Date: 2019-12-25 22:36:03 CET, cola version: 1.3.2
Document is loading...
All available functions which can be applied to this res_list object:
res_list
#> A 'ConsensusPartitionList' object with 24 methods.
#> On a matrix with 17314 rows and 500 columns.
#> Top rows are extracted by 'SD, CV, MAD, ATC' methods.
#> Subgroups are detected by 'hclust, kmeans, skmeans, pam, mclust, NMF' method.
#> Number of partitions are tried for k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> Performed in total 30000 partitions by row resampling.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartitionList' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots" "collect_stats"
#> [5] "colnames" "functional_enrichment" "get_anno_col" "get_anno"
#> [9] "get_classes" "get_matrix" "get_membership" "get_stats"
#> [13] "is_best_k" "is_stable_k" "ncol" "nrow"
#> [17] "rownames" "show" "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
#> [21] "top_rows_heatmap" "top_rows_overlap"
#>
#> You can get result for a single method by, e.g. object["SD", "hclust"] or object["SD:hclust"]
#> or a subset of methods by object[c("SD", "CV")], c("hclust", "kmeans")]
The call of run_all_consensus_partition_methods() was:
#> run_all_consensus_partition_methods(data = mat, mc.cores = 4)
Dimension of the input matrix:
mat = get_matrix(res_list)
dim(mat)
#> [1] 17314 500
The density distribution for each sample is visualized as in one column in the following heatmap. The clustering is based on the distance which is the Kolmogorov-Smirnov statistic between two distributions.
library(ComplexHeatmap)
densityHeatmap(mat, ylab = "value", cluster_columns = TRUE, show_column_names = FALSE,
mc.cores = 4)
Folowing table shows the best k (number of partitions) for each combination
of top-value methods and partition methods. Clicking on the method name in
the table goes to the section for a single combination of methods.
The cola vignette explains the definition of the metrics used for determining the best number of partitions.
suggest_best_k(res_list)
| The best k | 1-PAC | Mean silhouette | Concordance | Optional k | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
| SD:hclust | 2 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | ** | |
| SD:kmeans | 2 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | ** | |
| SD:NMF | 3 | 1.000 | 0.959 | 0.984 | ** | 2 |
| CV:hclust | 2 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | ** | |
| CV:kmeans | 2 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | ** | |
| CV:pam | 2 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | ** | |
| CV:mclust | 2 | 1.000 | 0.999 | 1.000 | ** | |
| CV:NMF | 2 | 1.000 | 0.995 | 0.998 | ** | |
| MAD:kmeans | 2 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | ** | |
| MAD:mclust | 3 | 1.000 | 0.981 | 0.991 | ** | 2 |
| ATC:hclust | 2 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | ** | |
| MAD:NMF | 3 | 1.000 | 0.945 | 0.972 | ** | 2 |
| ATC:kmeans | 3 | 0.997 | 0.961 | 0.946 | ** | 2 |
| ATC:NMF | 2 | 0.983 | 0.966 | 0.986 | ** | |
| SD:skmeans | 4 | 0.964 | 0.935 | 0.974 | ** | 2,3 |
| SD:mclust | 4 | 0.954 | 0.945 | 0.972 | ** | 2,3 |
| SD:pam | 6 | 0.945 | 0.896 | 0.950 | * | 2,4,5 |
| CV:skmeans | 3 | 0.935 | 0.933 | 0.972 | * | 2 |
| ATC:skmeans | 5 | 0.930 | 0.920 | 0.967 | * | 2,4 |
| ATC:pam | 6 | 0.926 | 0.867 | 0.939 | * | 2,3,4 |
| ATC:mclust | 4 | 0.921 | 0.927 | 0.954 | * | 2 |
| MAD:pam | 6 | 0.909 | 0.783 | 0.904 | * | 2,4,5 |
| MAD:skmeans | 5 | 0.901 | 0.912 | 0.933 | * | 4 |
| MAD:hclust | 3 | 0.702 | 0.863 | 0.910 |
**: 1-PAC > 0.95, *: 1-PAC > 0.9
Cumulative distribution function curves of consensus matrix for all methods.
collect_plots(res_list, fun = plot_ecdf)
Consensus heatmaps for all methods. (What is a consensus heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
Membership heatmaps for all methods. (What is a membership heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
Signature heatmaps for all methods. (What is a signature heatmap?)
Note in following heatmaps, rows are scaled.
collect_plots(res_list, k = 2, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
The statistics used for measuring the stability of consensus partitioning. (How are they defined?)
get_stats(res_list, k = 2)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 2 1.000 0.983 0.993 0.375 0.624 0.624
#> CV:NMF 2 1.000 0.995 0.998 0.361 0.641 0.641
#> MAD:NMF 2 0.967 0.942 0.977 0.396 0.598 0.598
#> ATC:NMF 2 0.983 0.966 0.986 0.380 0.626 0.626
#> SD:skmeans 2 1.000 0.963 0.985 0.394 0.607 0.607
#> CV:skmeans 2 1.000 0.978 0.991 0.377 0.628 0.628
#> MAD:skmeans 2 0.719 0.897 0.952 0.427 0.589 0.589
#> ATC:skmeans 2 1.000 0.986 0.995 0.432 0.570 0.570
#> SD:mclust 2 1.000 1.000 1.000 0.358 0.643 0.643
#> CV:mclust 2 1.000 0.999 1.000 0.357 0.643 0.643
#> MAD:mclust 2 1.000 1.000 1.000 0.358 0.643 0.643
#> ATC:mclust 2 1.000 1.000 1.000 0.358 0.643 0.643
#> SD:kmeans 2 1.000 1.000 1.000 0.358 0.643 0.643
#> CV:kmeans 2 1.000 1.000 1.000 0.358 0.643 0.643
#> MAD:kmeans 2 1.000 1.000 1.000 0.358 0.643 0.643
#> ATC:kmeans 2 1.000 1.000 1.000 0.358 0.643 0.643
#> SD:pam 2 1.000 1.000 1.000 0.358 0.643 0.643
#> CV:pam 2 1.000 1.000 1.000 0.358 0.643 0.643
#> MAD:pam 2 1.000 1.000 1.000 0.358 0.643 0.643
#> ATC:pam 2 1.000 1.000 1.000 0.358 0.643 0.643
#> SD:hclust 2 1.000 1.000 1.000 0.358 0.643 0.643
#> CV:hclust 2 1.000 1.000 1.000 0.358 0.643 0.643
#> MAD:hclust 2 0.465 0.884 0.894 0.387 0.643 0.643
#> ATC:hclust 2 1.000 1.000 1.000 0.358 0.643 0.643
get_stats(res_list, k = 3)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 3 1.000 0.959 0.984 0.750 0.692 0.517
#> CV:NMF 3 0.685 0.941 0.885 0.688 0.704 0.540
#> MAD:NMF 3 1.000 0.945 0.972 0.651 0.698 0.515
#> ATC:NMF 3 0.693 0.746 0.892 0.664 0.713 0.544
#> SD:skmeans 3 0.932 0.936 0.974 0.673 0.719 0.543
#> CV:skmeans 3 0.935 0.933 0.972 0.726 0.709 0.541
#> MAD:skmeans 3 0.863 0.878 0.952 0.546 0.723 0.540
#> ATC:skmeans 3 0.779 0.923 0.954 0.194 0.936 0.889
#> SD:mclust 3 0.981 0.951 0.981 0.753 0.733 0.585
#> CV:mclust 3 0.792 0.872 0.932 0.720 0.733 0.585
#> MAD:mclust 3 1.000 0.981 0.991 0.725 0.744 0.601
#> ATC:mclust 3 0.728 0.829 0.913 0.764 0.712 0.552
#> SD:kmeans 3 0.747 0.804 0.871 0.733 0.706 0.543
#> CV:kmeans 3 0.646 0.909 0.907 0.718 0.705 0.542
#> MAD:kmeans 3 0.578 0.323 0.725 0.718 0.925 0.884
#> ATC:kmeans 3 0.997 0.961 0.946 0.747 0.707 0.544
#> SD:pam 3 0.874 0.883 0.950 0.822 0.705 0.541
#> CV:pam 3 0.834 0.919 0.960 0.809 0.707 0.544
#> MAD:pam 3 0.898 0.903 0.961 0.820 0.705 0.541
#> ATC:pam 3 0.991 0.950 0.979 0.812 0.709 0.547
#> SD:hclust 3 0.616 0.859 0.895 0.660 0.725 0.572
#> CV:hclust 3 0.951 0.936 0.954 0.120 0.970 0.953
#> MAD:hclust 3 0.702 0.863 0.910 0.528 0.725 0.572
#> ATC:hclust 3 0.679 0.819 0.913 0.683 0.735 0.588
get_stats(res_list, k = 4)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 4 0.884 0.853 0.931 0.1006 0.905 0.733
#> CV:NMF 4 0.795 0.754 0.884 0.1571 0.979 0.941
#> MAD:NMF 4 0.835 0.789 0.901 0.0725 0.961 0.890
#> ATC:NMF 4 0.649 0.657 0.799 0.1463 0.828 0.558
#> SD:skmeans 4 0.964 0.935 0.974 0.1148 0.891 0.695
#> CV:skmeans 4 0.817 0.856 0.913 0.1221 0.849 0.603
#> MAD:skmeans 4 0.955 0.935 0.974 0.1186 0.876 0.658
#> ATC:skmeans 4 0.980 0.933 0.975 0.3227 0.799 0.610
#> SD:mclust 4 0.954 0.945 0.972 0.1942 0.851 0.615
#> CV:mclust 4 0.806 0.817 0.916 0.1994 0.829 0.579
#> MAD:mclust 4 0.805 0.894 0.928 0.2036 0.849 0.617
#> ATC:mclust 4 0.921 0.927 0.954 0.1838 0.855 0.613
#> SD:kmeans 4 0.743 0.900 0.898 0.1581 0.885 0.682
#> CV:kmeans 4 0.703 0.653 0.806 0.1596 0.886 0.694
#> MAD:kmeans 4 0.744 0.890 0.893 0.1728 0.635 0.386
#> ATC:kmeans 4 0.738 0.817 0.859 0.1375 0.797 0.504
#> SD:pam 4 0.966 0.929 0.972 0.1411 0.871 0.647
#> CV:pam 4 0.751 0.757 0.873 0.1052 0.923 0.785
#> MAD:pam 4 0.971 0.940 0.975 0.1422 0.855 0.613
#> ATC:pam 4 0.912 0.900 0.960 0.1408 0.853 0.613
#> SD:hclust 4 0.609 0.785 0.856 0.2093 0.882 0.681
#> CV:hclust 4 0.855 0.774 0.908 0.0677 0.985 0.975
#> MAD:hclust 4 0.633 0.722 0.781 0.2027 0.888 0.694
#> ATC:hclust 4 0.666 0.714 0.857 0.1278 0.887 0.722
get_stats(res_list, k = 5)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 5 0.837 0.776 0.889 0.0398 0.935 0.779
#> CV:NMF 5 0.813 0.829 0.898 0.0770 0.866 0.617
#> MAD:NMF 5 0.811 0.817 0.881 0.0821 0.888 0.672
#> ATC:NMF 5 0.691 0.619 0.747 0.0598 0.919 0.712
#> SD:skmeans 5 0.883 0.833 0.916 0.0611 0.920 0.716
#> CV:skmeans 5 0.878 0.859 0.933 0.0561 0.942 0.788
#> MAD:skmeans 5 0.901 0.912 0.933 0.0639 0.937 0.764
#> ATC:skmeans 5 0.930 0.920 0.967 0.0616 0.924 0.773
#> SD:mclust 5 0.859 0.843 0.918 0.0484 0.909 0.672
#> CV:mclust 5 0.714 0.625 0.761 0.0576 0.902 0.651
#> MAD:mclust 5 0.862 0.837 0.915 0.0585 0.912 0.682
#> ATC:mclust 5 0.797 0.737 0.857 0.0480 0.887 0.605
#> SD:kmeans 5 0.813 0.668 0.834 0.0754 0.978 0.919
#> CV:kmeans 5 0.715 0.770 0.825 0.0612 0.890 0.648
#> MAD:kmeans 5 0.807 0.772 0.852 0.0701 0.964 0.865
#> ATC:kmeans 5 0.741 0.786 0.816 0.0849 0.860 0.545
#> SD:pam 5 0.903 0.879 0.913 0.0688 0.935 0.752
#> CV:pam 5 0.696 0.560 0.754 0.0681 0.879 0.621
#> MAD:pam 5 0.917 0.927 0.953 0.0665 0.934 0.747
#> ATC:pam 5 0.837 0.793 0.884 0.0605 0.901 0.656
#> SD:hclust 5 0.716 0.737 0.829 0.0675 0.955 0.829
#> CV:hclust 5 0.663 0.728 0.865 0.0919 0.989 0.982
#> MAD:hclust 5 0.721 0.780 0.862 0.0831 0.943 0.788
#> ATC:hclust 5 0.698 0.666 0.801 0.0513 0.919 0.756
get_stats(res_list, k = 6)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 6 0.806 0.709 0.850 0.0373 0.927 0.730
#> CV:NMF 6 0.840 0.824 0.901 0.0417 0.957 0.821
#> MAD:NMF 6 0.784 0.706 0.846 0.0367 0.923 0.716
#> ATC:NMF 6 0.711 0.552 0.726 0.0410 0.932 0.724
#> SD:skmeans 6 0.851 0.798 0.852 0.0343 0.902 0.612
#> CV:skmeans 6 0.836 0.763 0.869 0.0489 0.916 0.664
#> MAD:skmeans 6 0.865 0.818 0.884 0.0364 0.959 0.810
#> ATC:skmeans 6 0.879 0.791 0.913 0.0402 0.946 0.812
#> SD:mclust 6 0.885 0.803 0.894 0.0390 0.953 0.788
#> CV:mclust 6 0.703 0.606 0.739 0.0285 0.927 0.683
#> MAD:mclust 6 0.850 0.827 0.907 0.0348 0.918 0.656
#> ATC:mclust 6 0.804 0.747 0.819 0.0348 0.912 0.639
#> SD:kmeans 6 0.779 0.626 0.751 0.0421 0.942 0.786
#> CV:kmeans 6 0.759 0.715 0.780 0.0526 0.987 0.946
#> MAD:kmeans 6 0.799 0.739 0.807 0.0467 0.941 0.759
#> ATC:kmeans 6 0.738 0.692 0.780 0.0499 0.924 0.670
#> SD:pam 6 0.945 0.896 0.950 0.0286 0.942 0.739
#> CV:pam 6 0.718 0.649 0.768 0.0510 0.918 0.670
#> MAD:pam 6 0.909 0.783 0.904 0.0310 0.965 0.833
#> ATC:pam 6 0.926 0.867 0.939 0.0458 0.900 0.593
#> SD:hclust 6 0.754 0.716 0.807 0.0298 0.986 0.940
#> CV:hclust 6 0.626 0.652 0.830 0.1091 0.899 0.833
#> MAD:hclust 6 0.774 0.787 0.859 0.0342 0.976 0.895
#> ATC:hclust 6 0.692 0.646 0.807 0.0686 0.898 0.656
Following heatmap plots the partition for each combination of methods and the lightness correspond to the silhouette scores for samples in each method. On top the consensus subgroup is inferred from all methods by taking the mean silhouette scores as weight.
collect_stats(res_list, k = 2)
collect_stats(res_list, k = 3)
collect_stats(res_list, k = 4)
collect_stats(res_list, k = 5)
collect_stats(res_list, k = 6)
Collect partitions from all methods:
collect_classes(res_list, k = 2)
collect_classes(res_list, k = 3)
collect_classes(res_list, k = 4)
collect_classes(res_list, k = 5)
collect_classes(res_list, k = 6)
Overlap of top rows from different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "euler")
Also visualize the correspondance of rankings between different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "correspondance")
Heatmaps of the top rows:
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 1000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 2000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 3000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 4000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 5000)
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17314 rows and 500 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.3577 0.643 0.643
#> 3 3 0.616 0.859 0.895 0.6602 0.725 0.572
#> 4 4 0.609 0.785 0.856 0.2093 0.882 0.681
#> 5 5 0.716 0.737 0.829 0.0675 0.955 0.829
#> 6 6 0.754 0.716 0.807 0.0298 0.986 0.940
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1500170 2 0 1 0 1
#> SRR1402368 2 0 1 0 1
#> SRR607743 2 0 1 0 1
#> SRR1457375 2 0 1 0 1
#> SRR1470923 1 0 1 1 0
#> SRR817954 1 0 1 1 0
#> SRR809259 1 0 1 1 0
#> SRR1439785 2 0 1 0 1
#> SRR814768 1 0 1 1 0
#> SRR1102031 2 0 1 0 1
#> SRR1363611 2 0 1 0 1
#> SRR1468447 2 0 1 0 1
#> SRR1071931 2 0 1 0 1
#> SRR810981 1 0 1 1 0
#> SRR615299 2 0 1 0 1
#> SRR663585 2 0 1 0 1
#> SRR1326773 2 0 1 0 1
#> SRR1351166 2 0 1 0 1
#> SRR1477452 1 0 1 1 0
#> SRR1084720 2 0 1 0 1
#> SRR1420320 2 0 1 0 1
#> SRR1081712 2 0 1 0 1
#> SRR1318241 2 0 1 0 1
#> SRR1333718 2 0 1 0 1
#> SRR1313514 2 0 1 0 1
#> SRR1477861 2 0 1 0 1
#> SRR1318005 2 0 1 0 1
#> SRR1354665 2 0 1 0 1
#> SRR657707 2 0 1 0 1
#> SRR1370742 2 0 1 0 1
#> SRR1412947 2 0 1 0 1
#> SRR661553 2 0 1 0 1
#> SRR1328869 1 0 1 1 0
#> SRR662211 2 0 1 0 1
#> SRR1348181 2 0 1 0 1
#> SRR1416560 2 0 1 0 1
#> SRR1319772 2 0 1 0 1
#> SRR1091452 2 0 1 0 1
#> SRR1338812 1 0 1 1 0
#> SRR1392072 2 0 1 0 1
#> SRR814844 2 0 1 0 1
#> SRR1376619 2 0 1 0 1
#> SRR603690 2 0 1 0 1
#> SRR2184980 2 0 1 0 1
#> SRR613963 2 0 1 0 1
#> SRR1323422 1 0 1 1 0
#> SRR1397673 2 0 1 0 1
#> SRR1434650 2 0 1 0 1
#> SRR659875 2 0 1 0 1
#> SRR1465734 2 0 1 0 1
#> SRR1076847 2 0 1 0 1
#> SRR1415072 1 0 1 1 0
#> SRR659319 2 0 1 0 1
#> SRR663088 2 0 1 0 1
#> SRR1352021 1 0 1 1 0
#> SRR1325527 1 0 1 1 0
#> SRR1105369 1 0 1 1 0
#> SRR659935 2 0 1 0 1
#> SRR1352530 2 0 1 0 1
#> SRR662594 2 0 1 0 1
#> SRR1095309 1 0 1 1 0
#> SRR615647 2 0 1 0 1
#> SRR813019 2 0 1 0 1
#> SRR1374647 2 0 1 0 1
#> SRR603472 2 0 1 0 1
#> SRR661529 2 0 1 0 1
#> SRR607018 2 0 1 0 1
#> SRR627423 2 0 1 0 1
#> SRR654921 2 0 1 0 1
#> SRR1418968 1 0 1 1 0
#> SRR660871 2 0 1 0 1
#> SRR1330522 2 0 1 0 1
#> SRR1499958 2 0 1 0 1
#> SRR614059 2 0 1 0 1
#> SRR1071403 1 0 1 1 0
#> SRR1486719 2 0 1 0 1
#> SRR1440421 2 0 1 0 1
#> SRR1310412 2 0 1 0 1
#> SRR614767 2 0 1 0 1
#> SRR820709 1 0 1 1 0
#> SRR1471500 1 0 1 1 0
#> SRR658093 2 0 1 0 1
#> SRR1088168 2 0 1 0 1
#> SRR1418707 2 0 1 0 1
#> SRR1354291 2 0 1 0 1
#> SRR2165806 1 0 1 1 0
#> SRR1415684 2 0 1 0 1
#> SRR1433860 2 0 1 0 1
#> SRR1311062 2 0 1 0 1
#> SRR1360359 1 0 1 1 0
#> SRR661385 2 0 1 0 1
#> SRR615407 2 0 1 0 1
#> SRR1413892 2 0 1 0 1
#> SRR1443459 2 0 1 0 1
#> SRR1338942 1 0 1 1 0
#> SRR657480 2 0 1 0 1
#> SRR1399433 2 0 1 0 1
#> SRR818537 2 0 1 0 1
#> SRR1101324 2 0 1 0 1
#> SRR807637 2 0 1 0 1
#> SRR1091918 1 0 1 1 0
#> SRR598300 2 0 1 0 1
#> SRR1085426 1 0 1 1 0
#> SRR1376294 2 0 1 0 1
#> SRR813891 1 0 1 1 0
#> SRR1467431 2 0 1 0 1
#> SRR658742 2 0 1 0 1
#> SRR1419234 1 0 1 1 0
#> SRR1404813 2 0 1 0 1
#> SRR603496 2 0 1 0 1
#> SRR1407758 2 0 1 0 1
#> SRR810945 2 0 1 0 1
#> SRR817234 2 0 1 0 1
#> SRR1444852 2 0 1 0 1
#> SRR660378 2 0 1 0 1
#> SRR1467835 2 0 1 0 1
#> SRR1338964 2 0 1 0 1
#> SRR1079259 2 0 1 0 1
#> SRR1072345 2 0 1 0 1
#> SRR598725 2 0 1 0 1
#> SRR1447938 1 0 1 1 0
#> SRR1356397 1 0 1 1 0
#> SRR1360460 2 0 1 0 1
#> SRR1429468 2 0 1 0 1
#> SRR1446850 2 0 1 0 1
#> SRR1320363 2 0 1 0 1
#> SRR1413810 2 0 1 0 1
#> SRR598831 2 0 1 0 1
#> SRR1381865 1 0 1 1 0
#> SRR660957 2 0 1 0 1
#> SRR1491332 2 0 1 0 1
#> SRR1099744 2 0 1 0 1
#> SRR1464618 2 0 1 0 1
#> SRR1414559 2 0 1 0 1
#> SRR1337540 2 0 1 0 1
#> SRR1444283 1 0 1 1 0
#> SRR2184942 2 0 1 0 1
#> SRR660295 1 0 1 1 0
#> SRR601335 2 0 1 0 1
#> SRR1363742 2 0 1 0 1
#> SRR1345847 2 0 1 0 1
#> SRR614960 2 0 1 0 1
#> SRR819919 1 0 1 1 0
#> SRR603330 2 0 1 0 1
#> SRR1327951 1 0 1 1 0
#> SRR1401885 1 0 1 1 0
#> SRR1345266 2 0 1 0 1
#> SRR1338055 2 0 1 0 1
#> SRR1430157 2 0 1 0 1
#> SRR1320137 2 0 1 0 1
#> SRR1093483 1 0 1 1 0
#> SRR1341080 1 0 1 1 0
#> SRR1459913 2 0 1 0 1
#> SRR2170490 1 0 1 1 0
#> SRR1479845 2 0 1 0 1
#> SRR1436420 1 0 1 1 0
#> SRR1481060 2 0 1 0 1
#> SRR662282 2 0 1 0 1
#> SRR1487089 2 0 1 0 1
#> SRR1075683 1 0 1 1 0
#> SRR1338536 1 0 1 1 0
#> SRR1338880 2 0 1 0 1
#> SRR1453456 2 0 1 0 1
#> SRR1457895 1 0 1 1 0
#> SRR1440603 2 0 1 0 1
#> SRR658633 2 0 1 0 1
#> SRR1388081 2 0 1 0 1
#> SRR813339 2 0 1 0 1
#> SRR809725 1 0 1 1 0
#> SRR627441 2 0 1 0 1
#> SRR613603 2 0 1 0 1
#> SRR1096571 2 0 1 0 1
#> SRR1392701 1 0 1 1 0
#> SRR1344326 1 0 1 1 0
#> SRR1367693 2 0 1 0 1
#> SRR660697 2 0 1 0 1
#> SRR1489926 2 0 1 0 1
#> SRR811491 2 0 1 0 1
#> SRR1311644 2 0 1 0 1
#> SRR1451740 2 0 1 0 1
#> SRR615117 2 0 1 0 1
#> SRR1391748 2 0 1 0 1
#> SRR1466556 2 0 1 0 1
#> SRR614972 2 0 1 0 1
#> SRR1406200 1 0 1 1 0
#> SRR819210 2 0 1 0 1
#> SRR662174 1 0 1 1 0
#> SRR811988 1 0 1 1 0
#> SRR663236 2 0 1 0 1
#> SRR1312598 2 0 1 0 1
#> SRR1330129 2 0 1 0 1
#> SRR1357781 2 0 1 0 1
#> SRR1315517 2 0 1 0 1
#> SRR1400032 2 0 1 0 1
#> SRR1413722 1 0 1 1 0
#> SRR612827 2 0 1 0 1
#> SRR814794 1 0 1 1 0
#> SRR819430 1 0 1 1 0
#> SRR1395509 2 0 1 0 1
#> SRR808728 2 0 1 0 1
#> SRR1070813 2 0 1 0 1
#> SRR1389133 2 0 1 0 1
#> SRR601263 2 0 1 0 1
#> SRR604718 2 0 1 0 1
#> SRR1481351 2 0 1 0 1
#> SRR1334608 2 0 1 0 1
#> SRR658681 2 0 1 0 1
#> SRR809283 2 0 1 0 1
#> SRR1459300 1 0 1 1 0
#> SRR1392547 2 0 1 0 1
#> SRR811049 2 0 1 0 1
#> SRR1464835 2 0 1 0 1
#> SRR1339619 2 0 1 0 1
#> SRR658501 2 0 1 0 1
#> SRR1447523 2 0 1 0 1
#> SRR1415048 1 0 1 1 0
#> SRR1355451 1 0 1 1 0
#> SRR1444348 2 0 1 0 1
#> SRR603890 2 0 1 0 1
#> SRR810595 2 0 1 0 1
#> SRR1446244 2 0 1 0 1
#> SRR817373 2 0 1 0 1
#> SRR1457291 2 0 1 0 1
#> SRR598220 2 0 1 0 1
#> SRR1477991 2 0 1 0 1
#> SRR598172 2 0 1 0 1
#> SRR1349032 2 0 1 0 1
#> SRR604002 2 0 1 0 1
#> SRR1378026 2 0 1 0 1
#> SRR1404401 2 0 1 0 1
#> SRR1333240 2 0 1 0 1
#> SRR1089399 2 0 1 0 1
#> SRR603421 2 0 1 0 1
#> SRR812562 1 0 1 1 0
#> SRR808520 2 0 1 0 1
#> SRR811839 1 0 1 1 0
#> SRR814317 2 0 1 0 1
#> SRR1436763 2 0 1 0 1
#> SRR1486021 2 0 1 0 1
#> SRR1465018 2 0 1 0 1
#> SRR1080998 2 0 1 0 1
#> SRR1083432 2 0 1 0 1
#> SRR1082833 1 0 1 1 0
#> SRR1465804 1 0 1 1 0
#> SRR1326536 2 0 1 0 1
#> SRR614011 2 0 1 0 1
#> SRR1365873 2 0 1 0 1
#> SRR1498789 2 0 1 0 1
#> SRR601581 2 0 1 0 1
#> SRR603566 2 0 1 0 1
#> SRR1373981 1 0 1 1 0
#> SRR821410 2 0 1 0 1
#> SRR1076511 2 0 1 0 1
#> SRR614143 2 0 1 0 1
#> SRR1333570 2 0 1 0 1
#> SRR1366813 2 0 1 0 1
#> SRR1388746 1 0 1 1 0
#> SRR1420558 2 0 1 0 1
#> SRR1409510 2 0 1 0 1
#> SRR816250 2 0 1 0 1
#> SRR614131 2 0 1 0 1
#> SRR1331130 1 0 1 1 0
#> SRR1316015 2 0 1 0 1
#> SRR1470798 2 0 1 0 1
#> SRR614179 2 0 1 0 1
#> SRR1474863 2 0 1 0 1
#> SRR813560 2 0 1 0 1
#> SRR1312187 2 0 1 0 1
#> SRR1420960 2 0 1 0 1
#> SRR1355102 2 0 1 0 1
#> SRR1084577 2 0 1 0 1
#> SRR659971 2 0 1 0 1
#> SRR1350855 2 0 1 0 1
#> SRR820779 2 0 1 0 1
#> SRR1476300 2 0 1 0 1
#> SRR1090907 2 0 1 0 1
#> SRR662294 2 0 1 0 1
#> SRR1480789 2 0 1 0 1
#> SRR1336263 2 0 1 0 1
#> SRR660776 1 0 1 1 0
#> SRR1090508 2 0 1 0 1
#> SRR615563 2 0 1 0 1
#> SRR1101175 1 0 1 1 0
#> SRR2164650 2 0 1 0 1
#> SRR1431205 2 0 1 0 1
#> SRR1339856 2 0 1 0 1
#> SRR1352147 2 0 1 0 1
#> SRR808968 1 0 1 1 0
#> SRR627419 2 0 1 0 1
#> SRR1402391 1 0 1 1 0
#> SRR663609 2 0 1 0 1
#> SRR2167857 2 0 1 0 1
#> SRR1398752 1 0 1 1 0
#> SRR1469169 1 0 1 1 0
#> SRR1405437 2 0 1 0 1
#> SRR1416955 1 0 1 1 0
#> SRR1317064 2 0 1 0 1
#> SRR659001 2 0 1 0 1
#> SRR2170696 2 0 1 0 1
#> SRR816589 2 0 1 0 1
#> SRR1087487 2 0 1 0 1
#> SRR1329485 2 0 1 0 1
#> SRR816920 2 0 1 0 1
#> SRR1341432 1 0 1 1 0
#> SRR1361590 2 0 1 0 1
#> SRR817046 2 0 1 0 1
#> SRR1471331 2 0 1 0 1
#> SRR660788 2 0 1 0 1
#> SRR819234 1 0 1 1 0
#> SRR810853 2 0 1 0 1
#> SRR809427 2 0 1 0 1
#> SRR2170217 2 0 1 0 1
#> SRR1386967 2 0 1 0 1
#> SRR1420344 2 0 1 0 1
#> SRR1334535 1 0 1 1 0
#> SRR614503 2 0 1 0 1
#> SRR602564 2 0 1 0 1
#> SRR1420669 2 0 1 0 1
#> SRR819024 2 0 1 0 1
#> SRR656223 2 0 1 0 1
#> SRR608428 2 0 1 0 1
#> SRR1345647 1 0 1 1 0
#> SRR1389324 2 0 1 0 1
#> SRR1361368 2 0 1 0 1
#> SRR1322619 2 0 1 0 1
#> SRR1349276 2 0 1 0 1
#> SRR1404024 1 0 1 1 0
#> SRR1370637 2 0 1 0 1
#> SRR1452631 2 0 1 0 1
#> SRR608392 2 0 1 0 1
#> SRR1357757 2 0 1 0 1
#> SRR1074646 2 0 1 0 1
#> SRR1367499 2 0 1 0 1
#> SRR1343501 2 0 1 0 1
#> SRR1394406 2 0 1 0 1
#> SRR1381435 2 0 1 0 1
#> SRR1467407 1 0 1 1 0
#> SRR1092422 2 0 1 0 1
#> SRR1380270 2 0 1 0 1
#> SRR1091817 2 0 1 0 1
#> SRR1440137 2 0 1 0 1
#> SRR614311 2 0 1 0 1
#> SRR1407516 2 0 1 0 1
#> SRR815494 2 0 1 0 1
#> SRR1333209 2 0 1 0 1
#> SRR615177 2 0 1 0 1
#> SRR1099648 2 0 1 0 1
#> SRR659720 2 0 1 0 1
#> SRR2185057 1 0 1 1 0
#> SRR1467125 1 0 1 1 0
#> SRR657468 2 0 1 0 1
#> SRR660042 2 0 1 0 1
#> SRR2170864 2 0 1 0 1
#> SRR1440491 2 0 1 0 1
#> SRR1440852 2 0 1 0 1
#> SRR811169 1 0 1 1 0
#> SRR1331311 2 0 1 0 1
#> SRR818009 1 0 1 1 0
#> SRR1351836 2 0 1 0 1
#> SRR1498313 2 0 1 0 1
#> SRR1441975 2 0 1 0 1
#> SRR819096 1 0 1 1 0
#> SRR1073679 2 0 1 0 1
#> SRR1489116 2 0 1 0 1
#> SRR1354138 2 0 1 0 1
#> SRR1490589 2 0 1 0 1
#> SRR1412987 2 0 1 0 1
#> SRR602034 2 0 1 0 1
#> SRR1353437 1 0 1 1 0
#> SRR1072871 2 0 1 0 1
#> SRR661577 2 0 1 0 1
#> SRR612190 2 0 1 0 1
#> SRR1399880 1 0 1 1 0
#> SRR1101787 2 0 1 0 1
#> SRR657869 1 0 1 1 0
#> SRR1446332 1 0 1 1 0
#> SRR816039 1 0 1 1 0
#> SRR1485141 2 0 1 0 1
#> SRR1476697 1 0 1 1 0
#> SRR1379538 2 0 1 0 1
#> SRR1331422 1 0 1 1 0
#> SRR660859 2 0 1 0 1
#> SRR1097594 1 0 1 1 0
#> SRR1311419 2 0 1 0 1
#> SRR1336706 2 0 1 0 1
#> SRR1472976 2 0 1 0 1
#> SRR1321307 1 0 1 1 0
#> SRR807493 1 0 1 1 0
#> SRR812461 2 0 1 0 1
#> SRR1477149 2 0 1 0 1
#> SRR1457397 2 0 1 0 1
#> SRR661913 2 0 1 0 1
#> SRR1069024 2 0 1 0 1
#> SRR2165634 1 0 1 1 0
#> SRR1478722 2 0 1 0 1
#> SRR1328642 2 0 1 0 1
#> SRR1488261 2 0 1 0 1
#> SRR1318815 2 0 1 0 1
#> SRR816945 1 0 1 1 0
#> SRR1367432 2 0 1 0 1
#> SRR1359280 2 0 1 0 1
#> SRR1313910 2 0 1 0 1
#> SRR1457315 2 0 1 0 1
#> SRR815398 1 0 1 1 0
#> SRR656958 2 0 1 0 1
#> SRR600688 2 0 1 0 1
#> SRR1098952 1 0 1 1 0
#> SRR1314916 2 0 1 0 1
#> SRR614167 2 0 1 0 1
#> SRR1348114 2 0 1 0 1
#> SRR658033 2 0 1 0 1
#> SRR1077503 2 0 1 0 1
#> SRR661854 2 0 1 0 1
#> SRR811379 2 0 1 0 1
#> SRR1318857 2 0 1 0 1
#> SRR656445 2 0 1 0 1
#> SRR1433044 2 0 1 0 1
#> SRR1486391 1 0 1 1 0
#> SRR656071 2 0 1 0 1
#> SRR1364824 1 0 1 1 0
#> SRR1379133 1 0 1 1 0
#> SRR1394169 1 0 1 1 0
#> SRR816745 2 0 1 0 1
#> SRR601038 2 0 1 0 1
#> SRR1360080 1 0 1 1 0
#> SRR814868 2 0 1 0 1
#> SRR1485997 1 0 1 1 0
#> SRR1435560 2 0 1 0 1
#> SRR1333330 1 0 1 1 0
#> SRR663513 2 0 1 0 1
#> SRR1328407 2 0 1 0 1
#> SRR602784 2 0 1 0 1
#> SRR1348468 2 0 1 0 1
#> SRR663717 2 0 1 0 1
#> SRR602217 2 0 1 0 1
#> SRR603140 2 0 1 0 1
#> SRR1340804 1 0 1 1 0
#> SRR1457574 2 0 1 0 1
#> SRR1333462 2 0 1 0 1
#> SRR1094601 1 0 1 1 0
#> SRR1434610 2 0 1 0 1
#> SRR1435833 2 0 1 0 1
#> SRR1398728 2 0 1 0 1
#> SRR1358343 2 0 1 0 1
#> SRR1410890 2 0 1 0 1
#> SRR1350371 1 0 1 1 0
#> SRR1392478 2 0 1 0 1
#> SRR1099260 2 0 1 0 1
#> SRR1433576 2 0 1 0 1
#> SRR1345541 2 0 1 0 1
#> SRR1086328 1 0 1 1 0
#> SRR810391 2 0 1 0 1
#> SRR1476207 2 0 1 0 1
#> SRR627435 2 0 1 0 1
#> SRR1489862 1 0 1 1 0
#> SRR1419086 1 0 1 1 0
#> SRR1436539 1 0 1 1 0
#> SRR1396191 2 0 1 0 1
#> SRR1490115 2 0 1 0 1
#> SRR1377714 2 0 1 0 1
#> SRR819394 1 0 1 1 0
#> SRR663161 2 0 1 0 1
#> SRR607042 2 0 1 0 1
#> SRR656203 2 0 1 0 1
#> SRR660602 2 0 1 0 1
#> SRR1440397 1 0 1 1 0
#> SRR1369264 1 0 1 1 0
#> SRR809233 1 0 1 1 0
#> SRR663249 2 0 1 0 1
#> SRR661242 2 0 1 0 1
#> SRR1332007 2 0 1 0 1
#> SRR809619 2 0 1 0 1
#> SRR819975 1 0 1 1 0
#> SRR599281 2 0 1 0 1
#> SRR662366 2 0 1 0 1
#> SRR1317898 2 0 1 0 1
#> SRR1382485 2 0 1 0 1
#> SRR2166420 1 0 1 1 0
#> SRR1419429 1 0 1 1 0
#> SRR1092541 2 0 1 0 1
#> SRR817444 2 0 1 0 1
#> SRR1320403 2 0 1 0 1
#> SRR1101483 2 0 1 0 1
#> SRR1331684 2 0 1 0 1
#> SRR1400054 2 0 1 0 1
#> SRR1406088 2 0 1 0 1
#> SRR820733 2 0 1 0 1
#> SRR1314113 2 0 1 0 1
#> SRR1382615 2 0 1 0 1
#> SRR1480745 1 0 1 1 0
#> SRR1468850 2 0 1 0 1
#> SRR656782 2 0 1 0 1
#> SRR821364 1 0 1 1 0
#> SRR1101106 1 0 1 1 0
#> SRR659295 2 0 1 0 1
#> SRR1357103 2 0 1 0 1
#> SRR809185 2 0 1 0 1
#> SRR811583 2 0 1 0 1
#> SRR1468050 1 0 1 1 0
#> SRR1440224 2 0 1 0 1
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1500170 2 0.4605 0.8504 0 0.796 0.204
#> SRR1402368 3 0.2356 0.8997 0 0.072 0.928
#> SRR607743 3 0.3116 0.8813 0 0.108 0.892
#> SRR1457375 2 0.4654 0.8513 0 0.792 0.208
#> SRR1470923 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR817954 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR809259 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1439785 3 0.2878 0.8947 0 0.096 0.904
#> SRR814768 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1102031 3 0.5621 0.4133 0 0.308 0.692
#> SRR1363611 3 0.4002 0.7632 0 0.160 0.840
#> SRR1468447 2 0.3482 0.8264 0 0.872 0.128
#> SRR1071931 3 0.1753 0.8898 0 0.048 0.952
#> SRR810981 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR615299 2 0.1163 0.7728 0 0.972 0.028
#> SRR663585 3 0.3619 0.8635 0 0.136 0.864
#> SRR1326773 3 0.5465 0.5450 0 0.288 0.712
#> SRR1351166 2 0.5016 0.8377 0 0.760 0.240
#> SRR1477452 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1084720 3 0.3116 0.8873 0 0.108 0.892
#> SRR1420320 3 0.1860 0.8708 0 0.052 0.948
#> SRR1081712 2 0.4654 0.8513 0 0.792 0.208
#> SRR1318241 3 0.2261 0.8999 0 0.068 0.932
#> SRR1333718 2 0.5835 0.7027 0 0.660 0.340
#> SRR1313514 2 0.0747 0.7638 0 0.984 0.016
#> SRR1477861 2 0.4842 0.8331 0 0.776 0.224
#> SRR1318005 2 0.0892 0.7676 0 0.980 0.020
#> SRR1354665 2 0.5968 0.7348 0 0.636 0.364
#> SRR657707 3 0.2356 0.8999 0 0.072 0.928
#> SRR1370742 3 0.2448 0.8995 0 0.076 0.924
#> SRR1412947 2 0.5948 0.6893 0 0.640 0.360
#> SRR661553 3 0.0237 0.8745 0 0.004 0.996
#> SRR1328869 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR662211 2 0.4555 0.8504 0 0.800 0.200
#> SRR1348181 3 0.2959 0.8917 0 0.100 0.900
#> SRR1416560 3 0.2537 0.8991 0 0.080 0.920
#> SRR1319772 3 0.2537 0.9006 0 0.080 0.920
#> SRR1091452 3 0.1860 0.8795 0 0.052 0.948
#> SRR1338812 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1392072 2 0.1163 0.7732 0 0.972 0.028
#> SRR814844 3 0.0747 0.8666 0 0.016 0.984
#> SRR1376619 3 0.3116 0.8874 0 0.108 0.892
#> SRR603690 3 0.3816 0.8149 0 0.148 0.852
#> SRR2184980 2 0.4750 0.8498 0 0.784 0.216
#> SRR613963 3 0.0747 0.8666 0 0.016 0.984
#> SRR1323422 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1397673 3 0.3686 0.8608 0 0.140 0.860
#> SRR1434650 2 0.4654 0.8350 0 0.792 0.208
#> SRR659875 2 0.5216 0.8109 0 0.740 0.260
#> SRR1465734 3 0.2356 0.8999 0 0.072 0.928
#> SRR1076847 2 0.0892 0.7675 0 0.980 0.020
#> SRR1415072 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR659319 3 0.4702 0.7598 0 0.212 0.788
#> SRR663088 3 0.0747 0.8666 0 0.016 0.984
#> SRR1352021 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR659935 3 0.2356 0.8688 0 0.072 0.928
#> SRR1352530 3 0.3116 0.8874 0 0.108 0.892
#> SRR662594 3 0.2356 0.8999 0 0.072 0.928
#> SRR1095309 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR615647 3 0.3116 0.8874 0 0.108 0.892
#> SRR813019 2 0.4931 0.8279 0 0.768 0.232
#> SRR1374647 2 0.4750 0.8505 0 0.784 0.216
#> SRR603472 2 0.4654 0.8363 0 0.792 0.208
#> SRR661529 3 0.0592 0.8695 0 0.012 0.988
#> SRR607018 3 0.5363 0.6371 0 0.276 0.724
#> SRR627423 2 0.6154 0.5723 0 0.592 0.408
#> SRR654921 3 0.0747 0.8666 0 0.016 0.984
#> SRR1418968 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR660871 3 0.2796 0.8957 0 0.092 0.908
#> SRR1330522 3 0.2537 0.8995 0 0.080 0.920
#> SRR1499958 2 0.5327 0.8176 0 0.728 0.272
#> SRR614059 3 0.2356 0.8997 0 0.072 0.928
#> SRR1071403 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1486719 2 0.4605 0.8504 0 0.796 0.204
#> SRR1440421 2 0.2537 0.8033 0 0.920 0.080
#> SRR1310412 3 0.2165 0.8993 0 0.064 0.936
#> SRR614767 2 0.4654 0.8513 0 0.792 0.208
#> SRR820709 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR658093 3 0.3686 0.8593 0 0.140 0.860
#> SRR1088168 3 0.3267 0.8816 0 0.116 0.884
#> SRR1418707 2 0.4605 0.8504 0 0.796 0.204
#> SRR1354291 2 0.0892 0.7675 0 0.980 0.020
#> SRR2165806 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1415684 3 0.0592 0.8695 0 0.012 0.988
#> SRR1433860 3 0.3192 0.8845 0 0.112 0.888
#> SRR1311062 2 0.4504 0.8507 0 0.804 0.196
#> SRR1360359 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR661385 3 0.3116 0.8874 0 0.108 0.892
#> SRR615407 2 0.4750 0.8505 0 0.784 0.216
#> SRR1413892 3 0.3412 0.8750 0 0.124 0.876
#> SRR1443459 2 0.5529 0.7922 0 0.704 0.296
#> SRR1338942 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR657480 3 0.2537 0.9006 0 0.080 0.920
#> SRR1399433 3 0.1031 0.8802 0 0.024 0.976
#> SRR818537 2 0.4750 0.8344 0 0.784 0.216
#> SRR1101324 3 0.0747 0.8666 0 0.016 0.984
#> SRR807637 3 0.0747 0.8666 0 0.016 0.984
#> SRR1091918 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR598300 3 0.2165 0.8996 0 0.064 0.936
#> SRR1085426 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.4654 0.8513 0 0.792 0.208
#> SRR813891 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1467431 3 0.4121 0.7984 0 0.168 0.832
#> SRR658742 3 0.0747 0.8666 0 0.016 0.984
#> SRR1419234 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1404813 2 0.5291 0.8213 0 0.732 0.268
#> SRR603496 3 0.2711 0.8972 0 0.088 0.912
#> SRR1407758 3 0.3192 0.8845 0 0.112 0.888
#> SRR810945 2 0.5621 0.7877 0 0.692 0.308
#> SRR817234 2 0.1964 0.7904 0 0.944 0.056
#> SRR1444852 3 0.2448 0.8995 0 0.076 0.924
#> SRR660378 3 0.3267 0.8816 0 0.116 0.884
#> SRR1467835 2 0.5216 0.8238 0 0.740 0.260
#> SRR1338964 3 0.2356 0.8999 0 0.072 0.928
#> SRR1079259 3 0.1289 0.8808 0 0.032 0.968
#> SRR1072345 3 0.2261 0.8999 0 0.068 0.932
#> SRR598725 3 0.2356 0.8997 0 0.072 0.928
#> SRR1447938 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1360460 3 0.0747 0.8666 0 0.016 0.984
#> SRR1429468 2 0.4605 0.8504 0 0.796 0.204
#> SRR1446850 2 0.4887 0.8472 0 0.772 0.228
#> SRR1320363 3 0.2796 0.8962 0 0.092 0.908
#> SRR1413810 3 0.3192 0.8845 0 0.112 0.888
#> SRR598831 2 0.5016 0.8377 0 0.760 0.240
#> SRR1381865 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR660957 3 0.2448 0.8995 0 0.076 0.924
#> SRR1491332 3 0.5431 0.6187 0 0.284 0.716
#> SRR1099744 2 0.4887 0.8442 0 0.772 0.228
#> SRR1464618 3 0.6126 0.1045 0 0.400 0.600
#> SRR1414559 3 0.0747 0.8666 0 0.016 0.984
#> SRR1337540 3 0.0747 0.8666 0 0.016 0.984
#> SRR1444283 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2184942 3 0.2356 0.8996 0 0.072 0.928
#> SRR660295 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR601335 3 0.3192 0.8845 0 0.112 0.888
#> SRR1363742 3 0.3686 0.8593 0 0.140 0.860
#> SRR1345847 3 0.3619 0.8113 0 0.136 0.864
#> SRR614960 3 0.2356 0.8997 0 0.072 0.928
#> SRR819919 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR603330 2 0.0892 0.7675 0 0.980 0.020
#> SRR1327951 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1345266 2 0.6235 0.4964 0 0.564 0.436
#> SRR1338055 2 0.4291 0.8468 0 0.820 0.180
#> SRR1430157 2 0.5529 0.7882 0 0.704 0.296
#> SRR1320137 2 0.6045 0.7107 0 0.620 0.380
#> SRR1093483 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1459913 3 0.2448 0.8995 0 0.076 0.924
#> SRR2170490 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1479845 3 0.2959 0.8917 0 0.100 0.900
#> SRR1436420 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1481060 2 0.5835 0.7027 0 0.660 0.340
#> SRR662282 3 0.2959 0.8917 0 0.100 0.900
#> SRR1487089 3 0.0747 0.8666 0 0.016 0.984
#> SRR1075683 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1338536 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1338880 2 0.6295 0.3828 0 0.528 0.472
#> SRR1453456 3 0.2959 0.8921 0 0.100 0.900
#> SRR1457895 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1440603 2 0.4842 0.8331 0 0.776 0.224
#> SRR658633 2 0.4654 0.8513 0 0.792 0.208
#> SRR1388081 3 0.2356 0.8789 0 0.072 0.928
#> SRR813339 3 0.2711 0.8976 0 0.088 0.912
#> SRR809725 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR627441 2 0.0892 0.7675 0 0.980 0.020
#> SRR613603 3 0.2165 0.8993 0 0.064 0.936
#> SRR1096571 2 0.5621 0.7552 0 0.692 0.308
#> SRR1392701 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1344326 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1367693 2 0.6235 0.4964 0 0.564 0.436
#> SRR660697 3 0.5058 0.6009 0 0.244 0.756
#> SRR1489926 3 0.2711 0.8972 0 0.088 0.912
#> SRR811491 3 0.2711 0.8976 0 0.088 0.912
#> SRR1311644 3 0.0747 0.8666 0 0.016 0.984
#> SRR1451740 3 0.2796 0.8954 0 0.092 0.908
#> SRR615117 2 0.4654 0.8363 0 0.792 0.208
#> SRR1391748 3 0.0747 0.8666 0 0.016 0.984
#> SRR1466556 3 0.2448 0.8995 0 0.076 0.924
#> SRR614972 3 0.2537 0.8991 0 0.080 0.920
#> SRR1406200 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR819210 3 0.0237 0.8745 0 0.004 0.996
#> SRR662174 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR811988 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR663236 3 0.0892 0.8832 0 0.020 0.980
#> SRR1312598 2 0.5254 0.8240 0 0.736 0.264
#> SRR1330129 2 0.0892 0.7675 0 0.980 0.020
#> SRR1357781 2 0.0747 0.7638 0 0.984 0.016
#> SRR1315517 2 0.0892 0.7675 0 0.980 0.020
#> SRR1400032 3 0.2796 0.8954 0 0.092 0.908
#> SRR1413722 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR612827 3 0.2711 0.8971 0 0.088 0.912
#> SRR814794 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR819430 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1395509 3 0.0892 0.8729 0 0.020 0.980
#> SRR808728 3 0.6215 0.1218 0 0.428 0.572
#> SRR1070813 2 0.5098 0.8341 0 0.752 0.248
#> SRR1389133 3 0.2165 0.8996 0 0.064 0.936
#> SRR601263 3 0.2356 0.8999 0 0.072 0.928
#> SRR604718 3 0.0892 0.8701 0 0.020 0.980
#> SRR1481351 3 0.2711 0.8972 0 0.088 0.912
#> SRR1334608 3 0.4702 0.7598 0 0.212 0.788
#> SRR658681 2 0.5621 0.7552 0 0.692 0.308
#> SRR809283 3 0.0747 0.8666 0 0.016 0.984
#> SRR1459300 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1392547 2 0.5621 0.7552 0 0.692 0.308
#> SRR811049 3 0.2356 0.8999 0 0.072 0.928
#> SRR1464835 3 0.0747 0.8666 0 0.016 0.984
#> SRR1339619 2 0.5560 0.7915 0 0.700 0.300
#> SRR658501 3 0.2625 0.8982 0 0.084 0.916
#> SRR1447523 3 0.2356 0.8997 0 0.072 0.928
#> SRR1415048 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1444348 2 0.6140 0.5768 0 0.596 0.404
#> SRR603890 2 0.0892 0.7675 0 0.980 0.020
#> SRR810595 3 0.3038 0.8901 0 0.104 0.896
#> SRR1446244 2 0.6235 0.4964 0 0.564 0.436
#> SRR817373 3 0.1031 0.8802 0 0.024 0.976
#> SRR1457291 3 0.2537 0.8734 0 0.080 0.920
#> SRR598220 3 0.2878 0.8833 0 0.096 0.904
#> SRR1477991 2 0.4796 0.8492 0 0.780 0.220
#> SRR598172 2 0.4291 0.8467 0 0.820 0.180
#> SRR1349032 2 0.5835 0.7207 0 0.660 0.340
#> SRR604002 2 0.1643 0.7838 0 0.956 0.044
#> SRR1378026 3 0.3116 0.8873 0 0.108 0.892
#> SRR1404401 2 0.0892 0.7675 0 0.980 0.020
#> SRR1333240 2 0.4750 0.8302 0 0.784 0.216
#> SRR1089399 2 0.4235 0.8460 0 0.824 0.176
#> SRR603421 2 0.1753 0.7858 0 0.952 0.048
#> SRR812562 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR808520 3 0.6235 0.0802 0 0.436 0.564
#> SRR811839 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR814317 2 0.4605 0.8504 0 0.796 0.204
#> SRR1436763 3 0.0747 0.8666 0 0.016 0.984
#> SRR1486021 3 0.2537 0.8734 0 0.080 0.920
#> SRR1465018 2 0.1753 0.7858 0 0.952 0.048
#> SRR1080998 3 0.2356 0.8999 0 0.072 0.928
#> SRR1083432 3 0.3192 0.8850 0 0.112 0.888
#> SRR1082833 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1326536 3 0.2537 0.8991 0 0.080 0.920
#> SRR614011 2 0.5621 0.7716 0 0.692 0.308
#> SRR1365873 2 0.4842 0.8488 0 0.776 0.224
#> SRR1498789 2 0.4654 0.8513 0 0.792 0.208
#> SRR601581 3 0.6274 -0.2007 0 0.456 0.544
#> SRR603566 2 0.5621 0.7552 0 0.692 0.308
#> SRR1373981 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR821410 2 0.4654 0.8513 0 0.792 0.208
#> SRR1076511 3 0.0747 0.8666 0 0.016 0.984
#> SRR614143 3 0.2711 0.8961 0 0.088 0.912
#> SRR1333570 3 0.2356 0.8997 0 0.072 0.928
#> SRR1366813 2 0.4974 0.8403 0 0.764 0.236
#> SRR1388746 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1420558 3 0.2066 0.8988 0 0.060 0.940
#> SRR1409510 3 0.3192 0.8845 0 0.112 0.888
#> SRR816250 2 0.4654 0.8513 0 0.792 0.208
#> SRR614131 2 0.6215 0.5264 0 0.572 0.428
#> SRR1331130 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1316015 3 0.2959 0.8917 0 0.100 0.900
#> SRR1470798 3 0.3192 0.8845 0 0.112 0.888
#> SRR614179 2 0.5016 0.8256 0 0.760 0.240
#> SRR1474863 2 0.4654 0.8513 0 0.792 0.208
#> SRR813560 2 0.4702 0.8489 0 0.788 0.212
#> SRR1312187 3 0.3412 0.8356 0 0.124 0.876
#> SRR1420960 3 0.2959 0.8921 0 0.100 0.900
#> SRR1355102 3 0.2448 0.8995 0 0.076 0.924
#> SRR1084577 3 0.3116 0.8873 0 0.108 0.892
#> SRR659971 2 0.5254 0.8215 0 0.736 0.264
#> SRR1350855 3 0.0747 0.8666 0 0.016 0.984
#> SRR820779 3 0.3116 0.8874 0 0.108 0.892
#> SRR1476300 3 0.2537 0.8991 0 0.080 0.920
#> SRR1090907 3 0.0747 0.8666 0 0.016 0.984
#> SRR662294 2 0.0892 0.7675 0 0.980 0.020
#> SRR1480789 2 0.5098 0.8195 0 0.752 0.248
#> SRR1336263 3 0.0747 0.8666 0 0.016 0.984
#> SRR660776 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1090508 2 0.0892 0.7675 0 0.980 0.020
#> SRR615563 3 0.0892 0.8700 0 0.020 0.980
#> SRR1101175 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2164650 2 0.5621 0.7589 0 0.692 0.308
#> SRR1431205 2 0.2711 0.8072 0 0.912 0.088
#> SRR1339856 3 0.3116 0.8270 0 0.108 0.892
#> SRR1352147 3 0.6154 0.1855 0 0.408 0.592
#> SRR808968 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR627419 2 0.2356 0.7990 0 0.928 0.072
#> SRR1402391 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR663609 3 0.4931 0.7235 0 0.232 0.768
#> SRR2167857 2 0.0747 0.7638 0 0.984 0.016
#> SRR1398752 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1405437 2 0.4887 0.8442 0 0.772 0.228
#> SRR1416955 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1317064 3 0.3941 0.7726 0 0.156 0.844
#> SRR659001 3 0.0747 0.8703 0 0.016 0.984
#> SRR2170696 3 0.0747 0.8666 0 0.016 0.984
#> SRR816589 3 0.3686 0.8608 0 0.140 0.860
#> SRR1087487 3 0.3192 0.8845 0 0.112 0.888
#> SRR1329485 3 0.2959 0.8917 0 0.100 0.900
#> SRR816920 3 0.0747 0.8666 0 0.016 0.984
#> SRR1341432 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1361590 3 0.0747 0.8666 0 0.016 0.984
#> SRR817046 3 0.2625 0.8991 0 0.084 0.916
#> SRR1471331 3 0.3192 0.8845 0 0.112 0.888
#> SRR660788 3 0.0747 0.8666 0 0.016 0.984
#> SRR819234 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR810853 2 0.4750 0.8344 0 0.784 0.216
#> SRR809427 3 0.1643 0.8720 0 0.044 0.956
#> SRR2170217 3 0.0747 0.8666 0 0.016 0.984
#> SRR1386967 3 0.3551 0.8708 0 0.132 0.868
#> SRR1420344 2 0.5465 0.7977 0 0.712 0.288
#> SRR1334535 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR614503 3 0.2261 0.8542 0 0.068 0.932
#> SRR602564 3 0.1529 0.8865 0 0.040 0.960
#> SRR1420669 3 0.0424 0.8807 0 0.008 0.992
#> SRR819024 3 0.2537 0.8991 0 0.080 0.920
#> SRR656223 3 0.4702 0.7598 0 0.212 0.788
#> SRR608428 2 0.4504 0.8501 0 0.804 0.196
#> SRR1345647 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1389324 2 0.1643 0.7833 0 0.956 0.044
#> SRR1361368 3 0.4399 0.7430 0 0.188 0.812
#> SRR1322619 2 0.5216 0.8274 0 0.740 0.260
#> SRR1349276 3 0.0892 0.8683 0 0.020 0.980
#> SRR1404024 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1370637 2 0.5016 0.8380 0 0.760 0.240
#> SRR1452631 3 0.0747 0.8666 0 0.016 0.984
#> SRR608392 3 0.4702 0.7598 0 0.212 0.788
#> SRR1357757 3 0.2537 0.8993 0 0.080 0.920
#> SRR1074646 3 0.0592 0.8790 0 0.012 0.988
#> SRR1367499 3 0.3192 0.8850 0 0.112 0.888
#> SRR1343501 3 0.6140 0.2219 0 0.404 0.596
#> SRR1394406 3 0.2165 0.8993 0 0.064 0.936
#> SRR1381435 3 0.3752 0.8564 0 0.144 0.856
#> SRR1467407 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1092422 2 0.1031 0.7704 0 0.976 0.024
#> SRR1380270 2 0.5098 0.8195 0 0.752 0.248
#> SRR1091817 2 0.4654 0.8513 0 0.792 0.208
#> SRR1440137 2 0.5948 0.6893 0 0.640 0.360
#> SRR614311 3 0.5397 0.5234 0 0.280 0.720
#> SRR1407516 3 0.1163 0.8785 0 0.028 0.972
#> SRR815494 3 0.2625 0.8981 0 0.084 0.916
#> SRR1333209 3 0.3482 0.8235 0 0.128 0.872
#> SRR615177 3 0.0747 0.8666 0 0.016 0.984
#> SRR1099648 2 0.5835 0.7027 0 0.660 0.340
#> SRR659720 3 0.2625 0.8977 0 0.084 0.916
#> SRR2185057 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1467125 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR657468 3 0.0747 0.8666 0 0.016 0.984
#> SRR660042 3 0.2356 0.8997 0 0.072 0.928
#> SRR2170864 2 0.4654 0.8513 0 0.792 0.208
#> SRR1440491 3 0.2066 0.8826 0 0.060 0.940
#> SRR1440852 3 0.2959 0.8921 0 0.100 0.900
#> SRR811169 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1331311 3 0.2448 0.8583 0 0.076 0.924
#> SRR818009 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1351836 2 0.4504 0.8498 0 0.804 0.196
#> SRR1498313 2 0.0892 0.7675 0 0.980 0.020
#> SRR1441975 2 0.4504 0.8501 0 0.804 0.196
#> SRR819096 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1073679 3 0.3192 0.8817 0 0.112 0.888
#> SRR1489116 3 0.5363 0.6371 0 0.276 0.724
#> SRR1354138 3 0.3192 0.8845 0 0.112 0.888
#> SRR1490589 3 0.2356 0.8997 0 0.072 0.928
#> SRR1412987 3 0.0747 0.8666 0 0.016 0.984
#> SRR602034 3 0.2959 0.8917 0 0.100 0.900
#> SRR1353437 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1072871 3 0.2796 0.8953 0 0.092 0.908
#> SRR661577 3 0.1031 0.8721 0 0.024 0.976
#> SRR612190 3 0.1753 0.8898 0 0.048 0.952
#> SRR1399880 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1101787 3 0.0747 0.8703 0 0.016 0.984
#> SRR657869 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1446332 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR816039 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1485141 3 0.2959 0.8921 0 0.100 0.900
#> SRR1476697 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1379538 3 0.6309 -0.3185 0 0.496 0.504
#> SRR1331422 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR660859 3 0.2165 0.8993 0 0.064 0.936
#> SRR1097594 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1311419 3 0.3192 0.8845 0 0.112 0.888
#> SRR1336706 2 0.5138 0.8160 0 0.748 0.252
#> SRR1472976 3 0.0592 0.8694 0 0.012 0.988
#> SRR1321307 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR807493 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR812461 3 0.3192 0.8850 0 0.112 0.888
#> SRR1477149 2 0.0892 0.7675 0 0.980 0.020
#> SRR1457397 2 0.4654 0.8363 0 0.792 0.208
#> SRR661913 3 0.2356 0.8997 0 0.072 0.928
#> SRR1069024 2 0.5098 0.8195 0 0.752 0.248
#> SRR2165634 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1478722 3 0.2448 0.8995 0 0.076 0.924
#> SRR1328642 2 0.1411 0.7785 0 0.964 0.036
#> SRR1488261 3 0.2356 0.8997 0 0.072 0.928
#> SRR1318815 3 0.0747 0.8666 0 0.016 0.984
#> SRR816945 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1367432 3 0.0747 0.8666 0 0.016 0.984
#> SRR1359280 2 0.2537 0.8033 0 0.920 0.080
#> SRR1313910 2 0.5497 0.7927 0 0.708 0.292
#> SRR1457315 3 0.0424 0.8807 0 0.008 0.992
#> SRR815398 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR656958 3 0.3116 0.8872 0 0.108 0.892
#> SRR600688 3 0.1643 0.8856 0 0.044 0.956
#> SRR1098952 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1314916 3 0.2959 0.8917 0 0.100 0.900
#> SRR614167 3 0.2796 0.8957 0 0.092 0.908
#> SRR1348114 2 0.5621 0.7716 0 0.692 0.308
#> SRR658033 3 0.6280 -0.1235 0 0.460 0.540
#> SRR1077503 3 0.2356 0.8996 0 0.072 0.928
#> SRR661854 3 0.2711 0.8972 0 0.088 0.912
#> SRR811379 3 0.2066 0.8826 0 0.060 0.940
#> SRR1318857 2 0.5465 0.7977 0 0.712 0.288
#> SRR656445 3 0.3267 0.8816 0 0.116 0.884
#> SRR1433044 2 0.0892 0.7675 0 0.980 0.020
#> SRR1486391 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR656071 3 0.2356 0.8997 0 0.072 0.928
#> SRR1364824 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR816745 2 0.4750 0.8344 0 0.784 0.216
#> SRR601038 2 0.5216 0.8109 0 0.740 0.260
#> SRR1360080 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR814868 3 0.2356 0.8999 0 0.072 0.928
#> SRR1485997 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1435560 3 0.0747 0.8703 0 0.016 0.984
#> SRR1333330 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR663513 3 0.1860 0.8897 0 0.052 0.948
#> SRR1328407 2 0.4931 0.8279 0 0.768 0.232
#> SRR602784 2 0.5835 0.7027 0 0.660 0.340
#> SRR1348468 3 0.0747 0.8666 0 0.016 0.984
#> SRR663717 2 0.6267 0.4617 0 0.548 0.452
#> SRR602217 2 0.4702 0.8516 0 0.788 0.212
#> SRR603140 3 0.2261 0.8999 0 0.068 0.932
#> SRR1340804 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1457574 3 0.3192 0.8845 0 0.112 0.888
#> SRR1333462 2 0.0747 0.7638 0 0.984 0.016
#> SRR1094601 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1434610 3 0.1411 0.8785 0 0.036 0.964
#> SRR1435833 3 0.1860 0.8708 0 0.052 0.948
#> SRR1398728 2 0.5465 0.7977 0 0.712 0.288
#> SRR1358343 3 0.1964 0.8469 0 0.056 0.944
#> SRR1410890 2 0.5497 0.7928 0 0.708 0.292
#> SRR1350371 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1392478 2 0.4887 0.8443 0 0.772 0.228
#> SRR1099260 3 0.5363 0.6371 0 0.276 0.724
#> SRR1433576 3 0.3267 0.8854 0 0.116 0.884
#> SRR1345541 3 0.1411 0.8900 0 0.036 0.964
#> SRR1086328 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR810391 3 0.2448 0.8995 0 0.076 0.924
#> SRR1476207 3 0.2165 0.8993 0 0.064 0.936
#> SRR627435 2 0.6192 0.5121 0 0.580 0.420
#> SRR1489862 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1419086 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1396191 3 0.2537 0.8991 0 0.080 0.920
#> SRR1490115 3 0.2625 0.8991 0 0.084 0.916
#> SRR1377714 3 0.2537 0.8993 0 0.080 0.920
#> SRR819394 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR663161 3 0.0747 0.8666 0 0.016 0.984
#> SRR607042 2 0.5363 0.7972 0 0.724 0.276
#> SRR656203 3 0.4002 0.7727 0 0.160 0.840
#> SRR660602 3 0.3267 0.8816 0 0.116 0.884
#> SRR1440397 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1369264 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR809233 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR663249 2 0.5327 0.8147 0 0.728 0.272
#> SRR661242 3 0.2448 0.8764 0 0.076 0.924
#> SRR1332007 2 0.4842 0.8331 0 0.776 0.224
#> SRR809619 3 0.4346 0.7507 0 0.184 0.816
#> SRR819975 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR599281 2 0.4504 0.8501 0 0.804 0.196
#> SRR662366 3 0.2711 0.8971 0 0.088 0.912
#> SRR1317898 3 0.2448 0.8995 0 0.076 0.924
#> SRR1382485 3 0.1860 0.8755 0 0.052 0.948
#> SRR2166420 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1419429 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1092541 3 0.3038 0.8901 0 0.104 0.896
#> SRR817444 3 0.6215 0.1218 0 0.428 0.572
#> SRR1320403 2 0.1031 0.7704 0 0.976 0.024
#> SRR1101483 2 0.5591 0.7772 0 0.696 0.304
#> SRR1331684 3 0.3116 0.8873 0 0.108 0.892
#> SRR1400054 3 0.0747 0.8666 0 0.016 0.984
#> SRR1406088 2 0.5560 0.7915 0 0.700 0.300
#> SRR820733 3 0.0592 0.8790 0 0.012 0.988
#> SRR1314113 3 0.0747 0.8666 0 0.016 0.984
#> SRR1382615 3 0.5621 0.5590 0 0.308 0.692
#> SRR1480745 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1468850 2 0.5178 0.8330 0 0.744 0.256
#> SRR656782 3 0.2356 0.9004 0 0.072 0.928
#> SRR821364 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR659295 2 0.0747 0.7638 0 0.984 0.016
#> SRR1357103 2 0.5098 0.8195 0 0.752 0.248
#> SRR809185 3 0.2448 0.8742 0 0.076 0.924
#> SRR811583 3 0.0424 0.8764 0 0.008 0.992
#> SRR1468050 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1440224 2 0.4654 0.8513 0 0.792 0.208
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1500170 2 0.5325 0.77447 0 0.744 0.096 0.160
#> SRR1402368 3 0.1211 0.86945 0 0.000 0.960 0.040
#> SRR607743 3 0.5658 0.37529 0 0.040 0.632 0.328
#> SRR1457375 2 0.5428 0.78101 0 0.740 0.120 0.140
#> SRR1470923 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785 3 0.1743 0.86305 0 0.004 0.940 0.056
#> SRR814768 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031 4 0.7503 0.30728 0 0.276 0.228 0.496
#> SRR1363611 4 0.5962 0.66556 0 0.128 0.180 0.692
#> SRR1468447 2 0.3667 0.76571 0 0.856 0.056 0.088
#> SRR1071931 4 0.5602 0.49323 0 0.024 0.408 0.568
#> SRR810981 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299 2 0.0657 0.72250 0 0.984 0.012 0.004
#> SRR663585 3 0.1022 0.86090 0 0.032 0.968 0.000
#> SRR1326773 3 0.7660 -0.16698 0 0.216 0.428 0.356
#> SRR1351166 2 0.5891 0.76458 0 0.700 0.132 0.168
#> SRR1477452 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720 3 0.0188 0.87399 0 0.004 0.996 0.000
#> SRR1420320 4 0.3984 0.77095 0 0.040 0.132 0.828
#> SRR1081712 2 0.5428 0.78101 0 0.740 0.120 0.140
#> SRR1318241 3 0.4134 0.64947 0 0.000 0.740 0.260
#> SRR1333718 2 0.5112 0.46019 0 0.560 0.436 0.004
#> SRR1313514 2 0.0000 0.71093 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477861 2 0.4406 0.66894 0 0.700 0.300 0.000
#> SRR1318005 2 0.0188 0.71531 0 0.996 0.004 0.000
#> SRR1354665 2 0.6627 0.64571 0 0.588 0.112 0.300
#> SRR657707 3 0.3975 0.68698 0 0.000 0.760 0.240
#> SRR1370742 3 0.0921 0.87300 0 0.000 0.972 0.028
#> SRR1412947 2 0.7028 0.65771 0 0.576 0.196 0.228
#> SRR661553 4 0.3311 0.77926 0 0.000 0.172 0.828
#> SRR1328869 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211 2 0.5304 0.77779 0 0.748 0.104 0.148
#> SRR1348181 3 0.0188 0.87516 0 0.000 0.996 0.004
#> SRR1416560 3 0.0817 0.87449 0 0.000 0.976 0.024
#> SRR1319772 3 0.2593 0.82636 0 0.004 0.892 0.104
#> SRR1091452 4 0.5582 0.59589 0 0.032 0.348 0.620
#> SRR1338812 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072 2 0.0672 0.72173 0 0.984 0.008 0.008
#> SRR814844 4 0.0336 0.76631 0 0.000 0.008 0.992
#> SRR1376619 3 0.0188 0.87411 0 0.004 0.996 0.000
#> SRR603690 4 0.6698 0.54596 0 0.104 0.340 0.556
#> SRR2184980 2 0.5412 0.77264 0 0.736 0.096 0.168
#> SRR613963 4 0.1118 0.78031 0 0.000 0.036 0.964
#> SRR1323422 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673 3 0.1118 0.85840 0 0.036 0.964 0.000
#> SRR1434650 2 0.4456 0.68307 0 0.716 0.280 0.004
#> SRR659875 2 0.4855 0.61852 0 0.644 0.352 0.004
#> SRR1465734 3 0.3975 0.68688 0 0.000 0.760 0.240
#> SRR1076847 2 0.0188 0.71506 0 0.996 0.004 0.000
#> SRR1415072 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319 3 0.2469 0.79444 0 0.108 0.892 0.000
#> SRR663088 4 0.0336 0.76631 0 0.000 0.008 0.992
#> SRR1352021 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935 4 0.5754 0.63601 0 0.048 0.316 0.636
#> SRR1352530 3 0.0188 0.87411 0 0.004 0.996 0.000
#> SRR662594 3 0.3975 0.68688 0 0.000 0.760 0.240
#> SRR1095309 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647 3 0.0188 0.87411 0 0.004 0.996 0.000
#> SRR813019 2 0.4792 0.66065 0 0.680 0.312 0.008
#> SRR1374647 2 0.5533 0.78202 0 0.732 0.136 0.132
#> SRR603472 2 0.4250 0.68364 0 0.724 0.276 0.000
#> SRR661529 4 0.3486 0.76598 0 0.000 0.188 0.812
#> SRR607018 3 0.3448 0.71544 0 0.168 0.828 0.004
#> SRR627423 2 0.6833 0.55857 0 0.584 0.272 0.144
#> SRR654921 4 0.0336 0.76631 0 0.000 0.008 0.992
#> SRR1418968 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871 3 0.0469 0.87587 0 0.000 0.988 0.012
#> SRR1330522 3 0.1109 0.87467 0 0.004 0.968 0.028
#> SRR1499958 2 0.6194 0.74493 0 0.668 0.132 0.200
#> SRR614059 3 0.1867 0.85432 0 0.000 0.928 0.072
#> SRR1071403 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719 2 0.5325 0.77447 0 0.744 0.096 0.160
#> SRR1440421 2 0.2494 0.74838 0 0.916 0.036 0.048
#> SRR1310412 3 0.4382 0.59074 0 0.000 0.704 0.296
#> SRR614767 2 0.5480 0.78114 0 0.736 0.124 0.140
#> SRR820709 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093 3 0.1118 0.85833 0 0.036 0.964 0.000
#> SRR1088168 3 0.0469 0.87145 0 0.012 0.988 0.000
#> SRR1418707 2 0.5325 0.77447 0 0.744 0.096 0.160
#> SRR1354291 2 0.0188 0.71506 0 0.996 0.004 0.000
#> SRR2165806 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684 4 0.3444 0.76750 0 0.000 0.184 0.816
#> SRR1433860 3 0.0336 0.87275 0 0.008 0.992 0.000
#> SRR1311062 2 0.5102 0.78035 0 0.764 0.100 0.136
#> SRR1360359 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385 3 0.0188 0.87411 0 0.004 0.996 0.000
#> SRR615407 2 0.5533 0.78202 0 0.732 0.136 0.132
#> SRR1413892 3 0.0707 0.86744 0 0.020 0.980 0.000
#> SRR1443459 2 0.6327 0.72251 0 0.648 0.124 0.228
#> SRR1338942 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480 3 0.2593 0.82636 0 0.004 0.892 0.104
#> SRR1399433 4 0.3791 0.76602 0 0.004 0.200 0.796
#> SRR818537 2 0.4509 0.67605 0 0.708 0.288 0.004
#> SRR1101324 4 0.1557 0.78593 0 0.000 0.056 0.944
#> SRR807637 4 0.0336 0.76631 0 0.000 0.008 0.992
#> SRR1091918 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300 3 0.4431 0.57376 0 0.000 0.696 0.304
#> SRR1085426 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.5480 0.78114 0 0.736 0.124 0.140
#> SRR813891 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431 4 0.6889 0.39831 0 0.108 0.396 0.496
#> SRR658742 4 0.1716 0.78858 0 0.000 0.064 0.936
#> SRR1419234 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813 2 0.6159 0.74848 0 0.672 0.132 0.196
#> SRR603496 3 0.3708 0.78495 0 0.020 0.832 0.148
#> SRR1407758 3 0.0336 0.87275 0 0.008 0.992 0.000
#> SRR810945 2 0.6580 0.72268 0 0.632 0.196 0.172
#> SRR817234 2 0.1733 0.73717 0 0.948 0.024 0.028
#> SRR1444852 3 0.0921 0.87300 0 0.000 0.972 0.028
#> SRR660378 3 0.0469 0.87145 0 0.012 0.988 0.000
#> SRR1467835 2 0.6086 0.75163 0 0.680 0.132 0.188
#> SRR1338964 3 0.3975 0.68698 0 0.000 0.760 0.240
#> SRR1079259 4 0.4250 0.68758 0 0.000 0.276 0.724
#> SRR1072345 3 0.4134 0.64947 0 0.000 0.740 0.260
#> SRR598725 3 0.1022 0.87193 0 0.000 0.968 0.032
#> SRR1447938 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460 4 0.0592 0.77088 0 0.000 0.016 0.984
#> SRR1429468 2 0.5325 0.77447 0 0.744 0.096 0.160
#> SRR1446850 2 0.5628 0.77912 0 0.724 0.132 0.144
#> SRR1320363 3 0.1118 0.87026 0 0.000 0.964 0.036
#> SRR1413810 3 0.0336 0.87275 0 0.008 0.992 0.000
#> SRR598831 2 0.5891 0.76458 0 0.700 0.132 0.168
#> SRR1381865 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957 3 0.0921 0.87300 0 0.000 0.972 0.028
#> SRR1491332 3 0.3539 0.70282 0 0.176 0.820 0.004
#> SRR1099744 2 0.5647 0.77125 0 0.720 0.116 0.164
#> SRR1464618 4 0.7215 0.00949 0 0.348 0.152 0.500
#> SRR1414559 4 0.1716 0.78858 0 0.000 0.064 0.936
#> SRR1337540 4 0.0336 0.76631 0 0.000 0.008 0.992
#> SRR1444283 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942 3 0.2973 0.79640 0 0.000 0.856 0.144
#> SRR660295 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335 3 0.0336 0.87275 0 0.008 0.992 0.000
#> SRR1363742 3 0.1118 0.85833 0 0.036 0.964 0.000
#> SRR1345847 4 0.6497 0.60703 0 0.100 0.304 0.596
#> SRR614960 3 0.1211 0.86873 0 0.000 0.960 0.040
#> SRR819919 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330 2 0.0188 0.71506 0 0.996 0.004 0.000
#> SRR1327951 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266 2 0.7145 0.49785 0 0.508 0.144 0.348
#> SRR1338055 2 0.4869 0.78284 0 0.780 0.132 0.088
#> SRR1430157 2 0.6390 0.72268 0 0.644 0.132 0.224
#> SRR1320137 2 0.6700 0.62060 0 0.572 0.112 0.316
#> SRR1093483 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913 3 0.0921 0.87300 0 0.000 0.972 0.028
#> SRR2170490 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845 3 0.0188 0.87516 0 0.000 0.996 0.004
#> SRR1436420 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060 2 0.5112 0.46019 0 0.560 0.436 0.004
#> SRR662282 3 0.0188 0.87516 0 0.000 0.996 0.004
#> SRR1487089 4 0.0336 0.76631 0 0.000 0.008 0.992
#> SRR1075683 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880 2 0.7645 0.45329 0 0.468 0.268 0.264
#> SRR1453456 3 0.0524 0.87575 0 0.004 0.988 0.008
#> SRR1457895 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603 2 0.4406 0.66894 0 0.700 0.300 0.000
#> SRR658633 2 0.5428 0.78101 0 0.740 0.120 0.140
#> SRR1388081 4 0.5957 0.44750 0 0.040 0.420 0.540
#> SRR813339 3 0.1211 0.86880 0 0.000 0.960 0.040
#> SRR809725 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441 2 0.0188 0.71506 0 0.996 0.004 0.000
#> SRR613603 3 0.4008 0.67691 0 0.000 0.756 0.244
#> SRR1096571 2 0.5028 0.53378 0 0.596 0.400 0.004
#> SRR1392701 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693 2 0.7145 0.49785 0 0.508 0.144 0.348
#> SRR660697 4 0.7171 0.46184 0 0.212 0.232 0.556
#> SRR1489926 3 0.3658 0.78931 0 0.020 0.836 0.144
#> SRR811491 3 0.1211 0.86880 0 0.000 0.960 0.040
#> SRR1311644 4 0.1557 0.78593 0 0.000 0.056 0.944
#> SRR1451740 3 0.0469 0.87569 0 0.000 0.988 0.012
#> SRR615117 2 0.4250 0.68364 0 0.724 0.276 0.000
#> SRR1391748 4 0.0336 0.76631 0 0.000 0.008 0.992
#> SRR1466556 3 0.1118 0.87102 0 0.000 0.964 0.036
#> SRR614972 3 0.0817 0.87449 0 0.000 0.976 0.024
#> SRR1406200 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210 4 0.3266 0.78099 0 0.000 0.168 0.832
#> SRR662174 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236 4 0.4431 0.65656 0 0.000 0.304 0.696
#> SRR1312598 2 0.6123 0.75115 0 0.676 0.132 0.192
#> SRR1330129 2 0.0188 0.71506 0 0.996 0.004 0.000
#> SRR1357781 2 0.0000 0.71093 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315517 2 0.0188 0.71506 0 0.996 0.004 0.000
#> SRR1400032 3 0.0469 0.87569 0 0.000 0.988 0.012
#> SRR1413722 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827 3 0.0592 0.87586 0 0.000 0.984 0.016
#> SRR814794 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509 4 0.2530 0.79442 0 0.000 0.112 0.888
#> SRR808728 3 0.4720 0.35631 0 0.324 0.672 0.004
#> SRR1070813 2 0.5857 0.75544 0 0.696 0.108 0.196
#> SRR1389133 3 0.4431 0.57376 0 0.000 0.696 0.304
#> SRR601263 3 0.3975 0.68688 0 0.000 0.760 0.240
#> SRR604718 4 0.2773 0.79590 0 0.004 0.116 0.880
#> SRR1481351 3 0.3708 0.78495 0 0.020 0.832 0.148
#> SRR1334608 3 0.2469 0.79444 0 0.108 0.892 0.000
#> SRR658681 2 0.5028 0.53378 0 0.596 0.400 0.004
#> SRR809283 4 0.0921 0.77640 0 0.000 0.028 0.972
#> SRR1459300 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547 2 0.5028 0.53378 0 0.596 0.400 0.004
#> SRR811049 3 0.3975 0.68688 0 0.000 0.760 0.240
#> SRR1464835 4 0.0336 0.76631 0 0.000 0.008 0.992
#> SRR1339619 2 0.6374 0.72086 0 0.644 0.128 0.228
#> SRR658501 3 0.0707 0.87533 0 0.000 0.980 0.020
#> SRR1447523 3 0.1211 0.86873 0 0.000 0.960 0.040
#> SRR1415048 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348 2 0.7077 0.56374 0 0.536 0.148 0.316
#> SRR603890 2 0.0188 0.71506 0 0.996 0.004 0.000
#> SRR810595 3 0.0524 0.87644 0 0.004 0.988 0.008
#> SRR1446244 2 0.7145 0.49785 0 0.508 0.144 0.348
#> SRR817373 4 0.3791 0.76602 0 0.004 0.200 0.796
#> SRR1457291 4 0.6094 0.44904 0 0.048 0.416 0.536
#> SRR598220 3 0.5860 0.19072 0 0.040 0.580 0.380
#> SRR1477991 2 0.5676 0.77853 0 0.720 0.136 0.144
#> SRR598172 2 0.4901 0.78307 0 0.780 0.112 0.108
#> SRR1349032 2 0.6740 0.67199 0 0.600 0.144 0.256
#> SRR604002 2 0.0921 0.72391 0 0.972 0.028 0.000
#> SRR1378026 3 0.0376 0.87525 0 0.004 0.992 0.004
#> SRR1404401 2 0.0188 0.71506 0 0.996 0.004 0.000
#> SRR1333240 2 0.4509 0.67848 0 0.708 0.288 0.004
#> SRR1089399 2 0.4827 0.78025 0 0.784 0.092 0.124
#> SRR603421 2 0.1406 0.73201 0 0.960 0.016 0.024
#> SRR812562 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520 3 0.4761 0.32997 0 0.332 0.664 0.004
#> SRR811839 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317 2 0.5325 0.77447 0 0.744 0.096 0.160
#> SRR1436763 4 0.0921 0.77640 0 0.000 0.028 0.972
#> SRR1486021 4 0.6094 0.44904 0 0.048 0.416 0.536
#> SRR1465018 2 0.1406 0.73201 0 0.960 0.016 0.024
#> SRR1080998 3 0.3975 0.68698 0 0.000 0.760 0.240
#> SRR1083432 3 0.0336 0.87365 0 0.008 0.992 0.000
#> SRR1082833 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536 3 0.0817 0.87449 0 0.000 0.976 0.024
#> SRR614011 2 0.6494 0.71034 0 0.632 0.136 0.232
#> SRR1365873 2 0.5483 0.78155 0 0.736 0.128 0.136
#> SRR1498789 2 0.5480 0.78114 0 0.736 0.124 0.140
#> SRR601581 4 0.7279 -0.21338 0 0.408 0.148 0.444
#> SRR603566 2 0.5028 0.53378 0 0.596 0.400 0.004
#> SRR1373981 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410 2 0.5428 0.78101 0 0.740 0.120 0.140
#> SRR1076511 4 0.0336 0.76631 0 0.000 0.008 0.992
#> SRR614143 3 0.4898 0.57980 0 0.024 0.716 0.260
#> SRR1333570 3 0.1022 0.87193 0 0.000 0.968 0.032
#> SRR1366813 2 0.5792 0.76717 0 0.708 0.124 0.168
#> SRR1388746 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558 3 0.4134 0.62886 0 0.000 0.740 0.260
#> SRR1409510 3 0.0336 0.87275 0 0.008 0.992 0.000
#> SRR816250 2 0.5480 0.78114 0 0.736 0.124 0.140
#> SRR614131 2 0.7083 0.55647 0 0.528 0.328 0.144
#> SRR1331130 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015 3 0.0188 0.87516 0 0.000 0.996 0.004
#> SRR1470798 3 0.0336 0.87275 0 0.008 0.992 0.000
#> SRR614179 2 0.4564 0.64560 0 0.672 0.328 0.000
#> SRR1474863 2 0.5428 0.78101 0 0.740 0.120 0.140
#> SRR813560 2 0.5427 0.77238 0 0.736 0.100 0.164
#> SRR1312187 4 0.4805 0.71634 0 0.084 0.132 0.784
#> SRR1420960 3 0.0524 0.87575 0 0.004 0.988 0.008
#> SRR1355102 3 0.0921 0.87300 0 0.000 0.972 0.028
#> SRR1084577 3 0.0188 0.87399 0 0.004 0.996 0.000
#> SRR659971 2 0.6123 0.74994 0 0.676 0.132 0.192
#> SRR1350855 4 0.0592 0.77088 0 0.000 0.016 0.984
#> SRR820779 3 0.0188 0.87411 0 0.004 0.996 0.000
#> SRR1476300 3 0.0817 0.87449 0 0.000 0.976 0.024
#> SRR1090907 4 0.1022 0.77833 0 0.000 0.032 0.968
#> SRR662294 2 0.0188 0.71506 0 0.996 0.004 0.000
#> SRR1480789 2 0.4800 0.63363 0 0.656 0.340 0.004
#> SRR1336263 4 0.0592 0.77088 0 0.000 0.016 0.984
#> SRR660776 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508 2 0.0188 0.71506 0 0.996 0.004 0.000
#> SRR615563 4 0.2654 0.79511 0 0.004 0.108 0.888
#> SRR1101175 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650 2 0.5039 0.53715 0 0.592 0.404 0.004
#> SRR1431205 2 0.2578 0.74909 0 0.912 0.036 0.052
#> SRR1339856 4 0.5292 0.71256 0 0.088 0.168 0.744
#> SRR1352147 4 0.7896 -0.08739 0 0.348 0.292 0.360
#> SRR808968 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419 2 0.2586 0.75351 0 0.912 0.048 0.040
#> SRR1402391 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609 3 0.2760 0.77298 0 0.128 0.872 0.000
#> SRR2167857 2 0.0000 0.71093 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398752 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437 2 0.5647 0.77125 0 0.720 0.116 0.164
#> SRR1416955 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064 4 0.6904 0.56103 0 0.132 0.312 0.556
#> SRR659001 4 0.2469 0.79499 0 0.000 0.108 0.892
#> SRR2170696 4 0.1637 0.78752 0 0.000 0.060 0.940
#> SRR816589 3 0.1118 0.85840 0 0.036 0.964 0.000
#> SRR1087487 3 0.0336 0.87275 0 0.008 0.992 0.000
#> SRR1329485 3 0.0188 0.87516 0 0.000 0.996 0.004
#> SRR816920 4 0.1716 0.78827 0 0.000 0.064 0.936
#> SRR1341432 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590 4 0.0469 0.76908 0 0.000 0.012 0.988
#> SRR817046 3 0.1716 0.85374 0 0.000 0.936 0.064
#> SRR1471331 3 0.0336 0.87275 0 0.008 0.992 0.000
#> SRR660788 4 0.1716 0.78827 0 0.000 0.064 0.936
#> SRR819234 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853 2 0.4509 0.67605 0 0.708 0.288 0.004
#> SRR809427 4 0.3390 0.79242 0 0.016 0.132 0.852
#> SRR2170217 4 0.1022 0.77833 0 0.000 0.032 0.968
#> SRR1386967 3 0.1022 0.86298 0 0.032 0.968 0.000
#> SRR1420344 2 0.6313 0.72919 0 0.652 0.128 0.220
#> SRR1334535 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503 4 0.3088 0.76322 0 0.052 0.060 0.888
#> SRR602564 4 0.5436 0.59773 0 0.024 0.356 0.620
#> SRR1420669 4 0.4134 0.71103 0 0.000 0.260 0.740
#> SRR819024 3 0.0817 0.87449 0 0.000 0.976 0.024
#> SRR656223 3 0.2469 0.79444 0 0.108 0.892 0.000
#> SRR608428 2 0.5326 0.78279 0 0.748 0.116 0.136
#> SRR1345647 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324 2 0.1510 0.73662 0 0.956 0.028 0.016
#> SRR1361368 4 0.6504 0.61445 0 0.148 0.216 0.636
#> SRR1322619 2 0.6075 0.75343 0 0.680 0.128 0.192
#> SRR1349276 4 0.0592 0.76842 0 0.000 0.016 0.984
#> SRR1404024 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637 2 0.5798 0.76194 0 0.704 0.112 0.184
#> SRR1452631 4 0.0469 0.76908 0 0.000 0.012 0.988
#> SRR608392 3 0.2469 0.79444 0 0.108 0.892 0.000
#> SRR1357757 3 0.3764 0.76050 0 0.012 0.816 0.172
#> SRR1074646 4 0.3266 0.78065 0 0.000 0.168 0.832
#> SRR1367499 3 0.0336 0.87365 0 0.008 0.992 0.000
#> SRR1343501 3 0.4844 0.40771 0 0.300 0.688 0.012
#> SRR1394406 3 0.4866 0.25511 0 0.000 0.596 0.404
#> SRR1381435 3 0.1211 0.85611 0 0.040 0.960 0.000
#> SRR1467407 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422 2 0.0336 0.71703 0 0.992 0.008 0.000
#> SRR1380270 2 0.4800 0.63346 0 0.656 0.340 0.004
#> SRR1091817 2 0.5480 0.78114 0 0.736 0.124 0.140
#> SRR1440137 2 0.7028 0.65771 0 0.576 0.196 0.228
#> SRR614311 4 0.6374 0.42439 0 0.228 0.128 0.644
#> SRR1407516 4 0.3937 0.77331 0 0.012 0.188 0.800
#> SRR815494 3 0.0707 0.87513 0 0.000 0.980 0.020
#> SRR1333209 4 0.4764 0.72968 0 0.088 0.124 0.788
#> SRR615177 4 0.1211 0.78165 0 0.000 0.040 0.960
#> SRR1099648 2 0.5112 0.46019 0 0.560 0.436 0.004
#> SRR659720 3 0.5085 0.50224 0 0.020 0.676 0.304
#> SRR2185057 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468 4 0.1637 0.78652 0 0.000 0.060 0.940
#> SRR660042 3 0.1867 0.85432 0 0.000 0.928 0.072
#> SRR2170864 2 0.5480 0.78114 0 0.736 0.124 0.140
#> SRR1440491 4 0.5766 0.48641 0 0.032 0.404 0.564
#> SRR1440852 3 0.0524 0.87575 0 0.004 0.988 0.008
#> SRR811169 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311 4 0.4832 0.74331 0 0.056 0.176 0.768
#> SRR818009 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836 2 0.5188 0.77691 0 0.756 0.096 0.148
#> SRR1498313 2 0.0188 0.71506 0 0.996 0.004 0.000
#> SRR1441975 2 0.5326 0.78279 0 0.748 0.116 0.136
#> SRR819096 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679 4 0.5957 0.42208 0 0.040 0.420 0.540
#> SRR1489116 3 0.3448 0.71544 0 0.168 0.828 0.004
#> SRR1354138 3 0.0336 0.87275 0 0.008 0.992 0.000
#> SRR1490589 3 0.1211 0.86873 0 0.000 0.960 0.040
#> SRR1412987 4 0.0336 0.76631 0 0.000 0.008 0.992
#> SRR602034 3 0.0188 0.87516 0 0.000 0.996 0.004
#> SRR1353437 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871 3 0.3813 0.78232 0 0.024 0.828 0.148
#> SRR661577 4 0.3311 0.78077 0 0.000 0.172 0.828
#> SRR612190 4 0.5602 0.49323 0 0.024 0.408 0.568
#> SRR1399880 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787 4 0.2530 0.79580 0 0.000 0.112 0.888
#> SRR657869 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141 3 0.0524 0.87575 0 0.004 0.988 0.008
#> SRR1476697 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538 2 0.7218 0.32408 0 0.444 0.140 0.416
#> SRR1331422 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859 3 0.4866 0.25511 0 0.000 0.596 0.404
#> SRR1097594 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419 3 0.0336 0.87275 0 0.008 0.992 0.000
#> SRR1336706 2 0.4819 0.62751 0 0.652 0.344 0.004
#> SRR1472976 4 0.2760 0.79570 0 0.000 0.128 0.872
#> SRR1321307 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461 3 0.0336 0.87365 0 0.008 0.992 0.000
#> SRR1477149 2 0.0188 0.71506 0 0.996 0.004 0.000
#> SRR1457397 2 0.4250 0.68364 0 0.724 0.276 0.000
#> SRR661913 3 0.1022 0.87193 0 0.000 0.968 0.032
#> SRR1069024 2 0.4800 0.63346 0 0.656 0.340 0.004
#> SRR2165634 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722 3 0.1022 0.87226 0 0.000 0.968 0.032
#> SRR1328642 2 0.0927 0.72643 0 0.976 0.016 0.008
#> SRR1488261 3 0.1867 0.85432 0 0.000 0.928 0.072
#> SRR1318815 4 0.0336 0.76631 0 0.000 0.008 0.992
#> SRR816945 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432 4 0.0336 0.76631 0 0.000 0.008 0.992
#> SRR1359280 2 0.2494 0.74838 0 0.916 0.036 0.048
#> SRR1313910 2 0.6359 0.72576 0 0.648 0.132 0.220
#> SRR1457315 4 0.4134 0.71103 0 0.000 0.260 0.740
#> SRR815398 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958 3 0.0524 0.87410 0 0.008 0.988 0.004
#> SRR600688 4 0.5587 0.56640 0 0.028 0.372 0.600
#> SRR1098952 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916 3 0.0188 0.87516 0 0.000 0.996 0.004
#> SRR614167 3 0.0469 0.87587 0 0.000 0.988 0.012
#> SRR1348114 2 0.6494 0.71019 0 0.632 0.136 0.232
#> SRR658033 2 0.7785 0.26369 0 0.404 0.248 0.348
#> SRR1077503 3 0.2973 0.79640 0 0.000 0.856 0.144
#> SRR661854 3 0.3708 0.78495 0 0.020 0.832 0.148
#> SRR811379 4 0.5686 0.54224 0 0.032 0.376 0.592
#> SRR1318857 2 0.6327 0.73059 0 0.652 0.132 0.216
#> SRR656445 3 0.0469 0.87145 0 0.012 0.988 0.000
#> SRR1433044 2 0.0188 0.71506 0 0.996 0.004 0.000
#> SRR1486391 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071 3 0.1211 0.86873 0 0.000 0.960 0.040
#> SRR1364824 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745 2 0.4509 0.67605 0 0.708 0.288 0.004
#> SRR601038 2 0.4855 0.61852 0 0.644 0.352 0.004
#> SRR1360080 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868 3 0.3444 0.75930 0 0.000 0.816 0.184
#> SRR1485997 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560 4 0.2530 0.79580 0 0.000 0.112 0.888
#> SRR1333330 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513 4 0.4998 0.18451 0 0.000 0.488 0.512
#> SRR1328407 2 0.4792 0.66065 0 0.680 0.312 0.008
#> SRR602784 2 0.5112 0.46019 0 0.560 0.436 0.004
#> SRR1348468 4 0.0592 0.77088 0 0.000 0.016 0.984
#> SRR663717 2 0.7184 0.46635 0 0.492 0.144 0.364
#> SRR602217 2 0.5619 0.77992 0 0.724 0.152 0.124
#> SRR603140 3 0.4134 0.64947 0 0.000 0.740 0.260
#> SRR1340804 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574 3 0.0336 0.87275 0 0.008 0.992 0.000
#> SRR1333462 2 0.0000 0.71093 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1094601 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610 4 0.4193 0.69281 0 0.000 0.268 0.732
#> SRR1435833 4 0.3984 0.77095 0 0.040 0.132 0.828
#> SRR1398728 2 0.6313 0.72919 0 0.652 0.128 0.220
#> SRR1358343 4 0.1545 0.74985 0 0.040 0.008 0.952
#> SRR1410890 2 0.6344 0.72525 0 0.648 0.128 0.224
#> SRR1350371 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478 2 0.5742 0.76927 0 0.712 0.120 0.168
#> SRR1099260 3 0.3448 0.71544 0 0.168 0.828 0.004
#> SRR1433576 3 0.4225 0.69576 0 0.024 0.792 0.184
#> SRR1345541 4 0.4981 0.29410 0 0.000 0.464 0.536
#> SRR1086328 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391 3 0.0921 0.87300 0 0.000 0.972 0.028
#> SRR1476207 3 0.4008 0.67691 0 0.000 0.756 0.244
#> SRR627435 2 0.5800 0.41554 0 0.548 0.420 0.032
#> SRR1489862 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191 3 0.0817 0.87449 0 0.000 0.976 0.024
#> SRR1490115 3 0.1792 0.85066 0 0.000 0.932 0.068
#> SRR1377714 3 0.3764 0.76050 0 0.012 0.816 0.172
#> SRR819394 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161 4 0.3074 0.78701 0 0.000 0.152 0.848
#> SRR607042 2 0.4920 0.59448 0 0.628 0.368 0.004
#> SRR656203 4 0.7006 0.51071 0 0.132 0.340 0.528
#> SRR660602 3 0.0469 0.87145 0 0.012 0.988 0.000
#> SRR1440397 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249 2 0.6181 0.74387 0 0.668 0.128 0.204
#> SRR661242 4 0.6038 0.43314 0 0.044 0.424 0.532
#> SRR1332007 2 0.4406 0.66894 0 0.700 0.300 0.000
#> SRR809619 4 0.6715 0.60448 0 0.144 0.252 0.604
#> SRR819975 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281 2 0.5326 0.78279 0 0.748 0.116 0.136
#> SRR662366 3 0.0592 0.87586 0 0.000 0.984 0.016
#> SRR1317898 3 0.0921 0.87300 0 0.000 0.972 0.028
#> SRR1382485 4 0.5530 0.61536 0 0.032 0.336 0.632
#> SRR2166420 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541 3 0.0376 0.87518 0 0.004 0.992 0.004
#> SRR817444 3 0.4720 0.35631 0 0.324 0.672 0.004
#> SRR1320403 2 0.0524 0.72003 0 0.988 0.008 0.004
#> SRR1101483 2 0.6465 0.71486 0 0.636 0.136 0.228
#> SRR1331684 3 0.0657 0.87545 0 0.004 0.984 0.012
#> SRR1400054 4 0.1716 0.78858 0 0.000 0.064 0.936
#> SRR1406088 2 0.6374 0.72086 0 0.644 0.128 0.228
#> SRR820733 4 0.3486 0.77036 0 0.000 0.188 0.812
#> SRR1314113 4 0.1867 0.78869 0 0.000 0.072 0.928
#> SRR1382615 3 0.3831 0.65598 0 0.204 0.792 0.004
#> SRR1480745 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850 2 0.6080 0.76618 0 0.684 0.156 0.160
#> SRR656782 3 0.3569 0.74529 0 0.000 0.804 0.196
#> SRR821364 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295 2 0.0000 0.71093 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357103 2 0.4800 0.63363 0 0.656 0.340 0.004
#> SRR809185 4 0.5897 0.55590 0 0.044 0.368 0.588
#> SRR811583 4 0.3355 0.78383 0 0.004 0.160 0.836
#> SRR1468050 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224 2 0.5480 0.78114 0 0.736 0.124 0.140
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1500170 2 0.2136 0.5992 0 0.904 0.000 0.008 0.088
#> SRR1402368 3 0.0955 0.8646 0 0.000 0.968 0.028 0.004
#> SRR607743 3 0.6903 0.2242 0 0.196 0.528 0.244 0.032
#> SRR1457375 2 0.2522 0.5940 0 0.880 0.012 0.000 0.108
#> SRR1470923 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785 3 0.2032 0.8529 0 0.020 0.924 0.052 0.004
#> SRR814768 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031 2 0.6726 -0.1836 0 0.488 0.120 0.360 0.032
#> SRR1363611 4 0.6266 0.6064 0 0.316 0.100 0.560 0.024
#> SRR1468447 5 0.4622 0.5567 0 0.440 0.012 0.000 0.548
#> SRR1071931 4 0.7012 0.5704 0 0.188 0.304 0.480 0.028
#> SRR810981 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299 5 0.3752 0.8203 0 0.292 0.000 0.000 0.708
#> SRR663585 3 0.1750 0.8511 0 0.036 0.936 0.000 0.028
#> SRR1326773 2 0.7446 -0.1421 0 0.420 0.292 0.248 0.040
#> SRR1351166 2 0.1408 0.6119 0 0.948 0.000 0.008 0.044
#> SRR1477452 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720 3 0.0671 0.8676 0 0.016 0.980 0.000 0.004
#> SRR1420320 4 0.5242 0.7256 0 0.220 0.060 0.696 0.024
#> SRR1081712 2 0.2522 0.5940 0 0.880 0.012 0.000 0.108
#> SRR1318241 3 0.4925 0.6388 0 0.044 0.712 0.224 0.020
#> SRR1333718 2 0.6503 0.2596 0 0.436 0.372 0.000 0.192
#> SRR1313514 5 0.2891 0.8577 0 0.176 0.000 0.000 0.824
#> SRR1477861 2 0.6673 0.1618 0 0.424 0.244 0.000 0.332
#> SRR1318005 5 0.3074 0.8650 0 0.196 0.000 0.000 0.804
#> SRR1354665 2 0.3477 0.5425 0 0.824 0.000 0.136 0.040
#> SRR657707 3 0.4692 0.6720 0 0.036 0.732 0.212 0.020
#> SRR1370742 3 0.0798 0.8667 0 0.000 0.976 0.016 0.008
#> SRR1412947 2 0.3410 0.5737 0 0.860 0.052 0.064 0.024
#> SRR661553 4 0.4931 0.7724 0 0.104 0.120 0.752 0.024
#> SRR1328869 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211 2 0.2392 0.5944 0 0.888 0.004 0.004 0.104
#> SRR1348181 3 0.0579 0.8686 0 0.008 0.984 0.000 0.008
#> SRR1416560 3 0.0566 0.8680 0 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR1319772 3 0.3182 0.8134 0 0.028 0.864 0.092 0.016
#> SRR1091452 4 0.6721 0.6354 0 0.208 0.256 0.520 0.016
#> SRR1338812 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072 5 0.3752 0.8208 0 0.292 0.000 0.000 0.708
#> SRR814844 4 0.2300 0.7190 0 0.040 0.000 0.908 0.052
#> SRR1376619 3 0.0671 0.8677 0 0.016 0.980 0.000 0.004
#> SRR603690 4 0.7266 0.5421 0 0.276 0.244 0.448 0.032
#> SRR2184980 2 0.2390 0.6033 0 0.896 0.000 0.020 0.084
#> SRR613963 4 0.2769 0.7663 0 0.064 0.020 0.892 0.024
#> SRR1323422 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673 3 0.1485 0.8569 0 0.032 0.948 0.000 0.020
#> SRR1434650 2 0.6569 0.2295 0 0.464 0.232 0.000 0.304
#> SRR659875 2 0.6553 0.2843 0 0.472 0.292 0.000 0.236
#> SRR1465734 3 0.4692 0.6715 0 0.036 0.732 0.212 0.020
#> SRR1076847 5 0.3109 0.8619 0 0.200 0.000 0.000 0.800
#> SRR1415072 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319 3 0.3159 0.7955 0 0.088 0.856 0.000 0.056
#> SRR663088 4 0.2104 0.7174 0 0.024 0.000 0.916 0.060
#> SRR1352021 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935 4 0.6832 0.6422 0 0.240 0.212 0.524 0.024
#> SRR1352530 3 0.0771 0.8679 0 0.020 0.976 0.000 0.004
#> SRR662594 3 0.4692 0.6715 0 0.036 0.732 0.212 0.020
#> SRR1095309 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647 3 0.0771 0.8679 0 0.020 0.976 0.000 0.004
#> SRR813019 2 0.6554 0.2556 0 0.476 0.252 0.000 0.272
#> SRR1374647 2 0.3209 0.5868 0 0.848 0.028 0.004 0.120
#> SRR603472 2 0.6653 0.1106 0 0.408 0.228 0.000 0.364
#> SRR661529 4 0.4633 0.7659 0 0.072 0.140 0.768 0.020
#> SRR607018 3 0.3994 0.7209 0 0.140 0.792 0.000 0.068
#> SRR627423 5 0.7165 0.3751 0 0.276 0.152 0.060 0.512
#> SRR654921 4 0.2300 0.7190 0 0.040 0.000 0.908 0.052
#> SRR1418968 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871 3 0.0486 0.8693 0 0.004 0.988 0.004 0.004
#> SRR1330522 3 0.0960 0.8682 0 0.004 0.972 0.016 0.008
#> SRR1499958 2 0.1195 0.6119 0 0.960 0.000 0.028 0.012
#> SRR614059 3 0.1981 0.8465 0 0.000 0.920 0.064 0.016
#> SRR1071403 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719 2 0.2248 0.5986 0 0.900 0.000 0.012 0.088
#> SRR1440421 5 0.4380 0.6970 0 0.376 0.008 0.000 0.616
#> SRR1310412 3 0.5296 0.5531 0 0.048 0.660 0.272 0.020
#> SRR614767 2 0.2777 0.5880 0 0.864 0.016 0.000 0.120
#> SRR820709 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093 3 0.1502 0.8536 0 0.056 0.940 0.000 0.004
#> SRR1088168 3 0.0955 0.8651 0 0.028 0.968 0.000 0.004
#> SRR1418707 2 0.2248 0.5986 0 0.900 0.000 0.012 0.088
#> SRR1354291 5 0.3074 0.8653 0 0.196 0.000 0.000 0.804
#> SRR2165806 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684 4 0.4590 0.7666 0 0.072 0.136 0.772 0.020
#> SRR1433860 3 0.0771 0.8664 0 0.020 0.976 0.000 0.004
#> SRR1311062 2 0.3081 0.5490 0 0.832 0.012 0.000 0.156
#> SRR1360359 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385 3 0.0771 0.8679 0 0.020 0.976 0.000 0.004
#> SRR615407 2 0.3209 0.5868 0 0.848 0.028 0.004 0.120
#> SRR1413892 3 0.1124 0.8617 0 0.036 0.960 0.000 0.004
#> SRR1443459 2 0.1626 0.6042 0 0.940 0.000 0.044 0.016
#> SRR1338942 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480 3 0.3237 0.8105 0 0.028 0.860 0.096 0.016
#> SRR1399433 4 0.5073 0.7636 0 0.124 0.128 0.732 0.016
#> SRR818537 2 0.6592 0.2354 0 0.460 0.240 0.000 0.300
#> SRR1101324 4 0.3076 0.7701 0 0.072 0.028 0.876 0.024
#> SRR807637 4 0.2409 0.7270 0 0.028 0.008 0.908 0.056
#> SRR1091918 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300 3 0.5022 0.5665 0 0.036 0.672 0.276 0.016
#> SRR1085426 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.2777 0.5880 0 0.864 0.016 0.000 0.120
#> SRR813891 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431 4 0.7457 0.4594 0 0.280 0.284 0.400 0.036
#> SRR658742 4 0.3302 0.7756 0 0.072 0.044 0.864 0.020
#> SRR1419234 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813 2 0.1300 0.6129 0 0.956 0.000 0.028 0.016
#> SRR603496 3 0.4548 0.7464 0 0.076 0.784 0.112 0.028
#> SRR1407758 3 0.0771 0.8664 0 0.020 0.976 0.000 0.004
#> SRR810945 2 0.4759 0.5566 0 0.780 0.072 0.060 0.088
#> SRR817234 5 0.4101 0.7717 0 0.332 0.004 0.000 0.664
#> SRR1444852 3 0.0798 0.8667 0 0.000 0.976 0.016 0.008
#> SRR660378 3 0.0865 0.8654 0 0.024 0.972 0.000 0.004
#> SRR1467835 2 0.1300 0.6111 0 0.956 0.000 0.016 0.028
#> SRR1338964 3 0.4692 0.6720 0 0.036 0.732 0.212 0.020
#> SRR1079259 4 0.6141 0.7032 0 0.132 0.212 0.628 0.028
#> SRR1072345 3 0.4925 0.6388 0 0.044 0.712 0.224 0.020
#> SRR598725 3 0.0898 0.8657 0 0.000 0.972 0.020 0.008
#> SRR1447938 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460 4 0.2304 0.7259 0 0.048 0.000 0.908 0.044
#> SRR1429468 2 0.2136 0.5992 0 0.904 0.000 0.008 0.088
#> SRR1446850 2 0.3209 0.5892 0 0.848 0.028 0.004 0.120
#> SRR1320363 3 0.1569 0.8616 0 0.008 0.948 0.032 0.012
#> SRR1413810 3 0.0771 0.8664 0 0.020 0.976 0.000 0.004
#> SRR598831 2 0.1408 0.6119 0 0.948 0.000 0.008 0.044
#> SRR1381865 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957 3 0.0798 0.8667 0 0.000 0.976 0.016 0.008
#> SRR1491332 3 0.4138 0.7060 0 0.148 0.780 0.000 0.072
#> SRR1099744 2 0.1894 0.6066 0 0.920 0.000 0.008 0.072
#> SRR1464618 2 0.5034 0.1724 0 0.648 0.016 0.308 0.028
#> SRR1414559 4 0.3331 0.7750 0 0.068 0.044 0.864 0.024
#> SRR1337540 4 0.2104 0.7174 0 0.024 0.000 0.916 0.060
#> SRR1444283 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942 3 0.3463 0.7880 0 0.020 0.840 0.120 0.020
#> SRR660295 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335 3 0.0771 0.8664 0 0.020 0.976 0.000 0.004
#> SRR1363742 3 0.1502 0.8536 0 0.056 0.940 0.000 0.004
#> SRR1345847 4 0.7102 0.5648 0 0.312 0.188 0.468 0.032
#> SRR614960 3 0.1082 0.8630 0 0.000 0.964 0.028 0.008
#> SRR819919 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330 5 0.2929 0.8608 0 0.180 0.000 0.000 0.820
#> SRR1327951 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266 2 0.3566 0.5020 0 0.812 0.004 0.160 0.024
#> SRR1338055 2 0.4240 0.4095 0 0.732 0.024 0.004 0.240
#> SRR1430157 2 0.1469 0.6050 0 0.948 0.000 0.036 0.016
#> SRR1320137 2 0.3691 0.5244 0 0.804 0.000 0.156 0.040
#> SRR1093483 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913 3 0.0798 0.8667 0 0.000 0.976 0.016 0.008
#> SRR2170490 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845 3 0.0693 0.8692 0 0.012 0.980 0.000 0.008
#> SRR1436420 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060 2 0.6503 0.2596 0 0.436 0.372 0.000 0.192
#> SRR662282 3 0.0693 0.8692 0 0.012 0.980 0.000 0.008
#> SRR1487089 4 0.2300 0.7190 0 0.040 0.000 0.908 0.052
#> SRR1075683 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880 2 0.5154 0.4739 0 0.744 0.108 0.108 0.040
#> SRR1453456 3 0.0579 0.8688 0 0.008 0.984 0.000 0.008
#> SRR1457895 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603 2 0.6673 0.1618 0 0.424 0.244 0.000 0.332
#> SRR658633 2 0.2681 0.5941 0 0.876 0.012 0.004 0.108
#> SRR1388081 4 0.7227 0.5141 0 0.224 0.320 0.428 0.028
#> SRR813339 3 0.1538 0.8621 0 0.008 0.948 0.036 0.008
#> SRR809725 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441 5 0.2929 0.8608 0 0.180 0.000 0.000 0.820
#> SRR613603 3 0.4805 0.6644 0 0.044 0.728 0.208 0.020
#> SRR1096571 2 0.6519 0.2770 0 0.456 0.340 0.000 0.204
#> SRR1392701 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693 2 0.3566 0.5020 0 0.812 0.004 0.160 0.024
#> SRR660697 2 0.6616 -0.3518 0 0.444 0.116 0.416 0.024
#> SRR1489926 3 0.4489 0.7510 0 0.072 0.788 0.112 0.028
#> SRR811491 3 0.1538 0.8621 0 0.008 0.948 0.036 0.008
#> SRR1311644 4 0.3076 0.7701 0 0.072 0.028 0.876 0.024
#> SRR1451740 3 0.0486 0.8690 0 0.004 0.988 0.004 0.004
#> SRR615117 2 0.6646 0.1280 0 0.416 0.228 0.000 0.356
#> SRR1391748 4 0.2300 0.7190 0 0.040 0.000 0.908 0.052
#> SRR1466556 3 0.0865 0.8660 0 0.000 0.972 0.024 0.004
#> SRR614972 3 0.0566 0.8680 0 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR1406200 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210 4 0.4885 0.7732 0 0.104 0.116 0.756 0.024
#> SRR662174 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236 4 0.5885 0.6892 0 0.108 0.236 0.636 0.020
#> SRR1312598 2 0.1117 0.6136 0 0.964 0.000 0.020 0.016
#> SRR1330129 5 0.3177 0.8638 0 0.208 0.000 0.000 0.792
#> SRR1357781 5 0.2891 0.8577 0 0.176 0.000 0.000 0.824
#> SRR1315517 5 0.3074 0.8653 0 0.196 0.000 0.000 0.804
#> SRR1400032 3 0.0486 0.8690 0 0.004 0.988 0.004 0.004
#> SRR1413722 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827 3 0.0613 0.8693 0 0.004 0.984 0.008 0.004
#> SRR814794 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509 4 0.4492 0.7690 0 0.140 0.052 0.780 0.028
#> SRR808728 3 0.5589 0.4137 0 0.244 0.628 0.000 0.128
#> SRR1070813 2 0.1626 0.6144 0 0.940 0.000 0.016 0.044
#> SRR1389133 3 0.5022 0.5665 0 0.036 0.672 0.276 0.016
#> SRR601263 3 0.4692 0.6715 0 0.036 0.732 0.212 0.020
#> SRR604718 4 0.4572 0.7724 0 0.128 0.060 0.780 0.032
#> SRR1481351 3 0.4548 0.7464 0 0.076 0.784 0.112 0.028
#> SRR1334608 3 0.3159 0.7955 0 0.088 0.856 0.000 0.056
#> SRR658681 2 0.6519 0.2770 0 0.456 0.340 0.000 0.204
#> SRR809283 4 0.2672 0.7602 0 0.064 0.016 0.896 0.024
#> SRR1459300 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547 2 0.6519 0.2770 0 0.456 0.340 0.000 0.204
#> SRR811049 3 0.4692 0.6715 0 0.036 0.732 0.212 0.020
#> SRR1464835 4 0.2300 0.7190 0 0.040 0.000 0.908 0.052
#> SRR1339619 2 0.1626 0.6042 0 0.940 0.000 0.044 0.016
#> SRR658501 3 0.0727 0.8689 0 0.004 0.980 0.012 0.004
#> SRR1447523 3 0.1168 0.8615 0 0.000 0.960 0.032 0.008
#> SRR1415048 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348 2 0.3304 0.5296 0 0.840 0.004 0.128 0.028
#> SRR603890 5 0.3109 0.8652 0 0.200 0.000 0.000 0.800
#> SRR810595 3 0.0771 0.8706 0 0.020 0.976 0.000 0.004
#> SRR1446244 2 0.3566 0.5020 0 0.812 0.004 0.160 0.024
#> SRR817373 4 0.5073 0.7636 0 0.124 0.128 0.732 0.016
#> SRR1457291 4 0.7250 0.5166 0 0.232 0.316 0.424 0.028
#> SRR598220 3 0.7048 0.0429 0 0.208 0.484 0.280 0.028
#> SRR1477991 2 0.2519 0.6017 0 0.884 0.016 0.000 0.100
#> SRR598172 2 0.3642 0.4330 0 0.760 0.008 0.000 0.232
#> SRR1349032 2 0.2610 0.5782 0 0.892 0.004 0.076 0.028
#> SRR604002 5 0.4219 0.7825 0 0.260 0.024 0.000 0.716
#> SRR1378026 3 0.1117 0.8696 0 0.020 0.964 0.000 0.016
#> SRR1404401 5 0.3074 0.8653 0 0.196 0.000 0.000 0.804
#> SRR1333240 2 0.6642 0.1447 0 0.428 0.232 0.000 0.340
#> SRR1089399 2 0.3280 0.5271 0 0.812 0.012 0.000 0.176
#> SRR603421 5 0.3876 0.7953 0 0.316 0.000 0.000 0.684
#> SRR812562 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520 3 0.5635 0.3933 0 0.252 0.620 0.000 0.128
#> SRR811839 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317 2 0.2136 0.5992 0 0.904 0.000 0.008 0.088
#> SRR1436763 4 0.2672 0.7602 0 0.064 0.016 0.896 0.024
#> SRR1486021 4 0.7250 0.5166 0 0.232 0.316 0.424 0.028
#> SRR1465018 5 0.3876 0.7953 0 0.316 0.000 0.000 0.684
#> SRR1080998 3 0.4692 0.6720 0 0.036 0.732 0.212 0.020
#> SRR1083432 3 0.0609 0.8684 0 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1082833 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536 3 0.0566 0.8680 0 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR614011 2 0.1741 0.5986 0 0.936 0.000 0.040 0.024
#> SRR1365873 2 0.3433 0.5777 0 0.832 0.032 0.004 0.132
#> SRR1498789 2 0.2777 0.5880 0 0.864 0.016 0.000 0.120
#> SRR601581 2 0.4719 0.3202 0 0.696 0.016 0.264 0.024
#> SRR603566 2 0.6519 0.2770 0 0.456 0.340 0.000 0.204
#> SRR1373981 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410 2 0.2681 0.5941 0 0.876 0.012 0.004 0.108
#> SRR1076511 4 0.2104 0.7174 0 0.024 0.000 0.916 0.060
#> SRR614143 3 0.5783 0.5473 0 0.116 0.664 0.196 0.024
#> SRR1333570 3 0.0898 0.8657 0 0.000 0.972 0.020 0.008
#> SRR1366813 2 0.1484 0.6115 0 0.944 0.000 0.008 0.048
#> SRR1388746 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558 3 0.4821 0.6254 0 0.032 0.716 0.228 0.024
#> SRR1409510 3 0.0771 0.8664 0 0.020 0.976 0.000 0.004
#> SRR816250 2 0.2777 0.5880 0 0.864 0.016 0.000 0.120
#> SRR614131 2 0.6709 0.2481 0 0.568 0.176 0.036 0.220
#> SRR1331130 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015 3 0.0451 0.8688 0 0.008 0.988 0.000 0.004
#> SRR1470798 3 0.0771 0.8664 0 0.020 0.976 0.000 0.004
#> SRR614179 2 0.6710 0.2020 0 0.424 0.272 0.000 0.304
#> SRR1474863 2 0.2681 0.5941 0 0.876 0.012 0.004 0.108
#> SRR813560 2 0.1956 0.6038 0 0.916 0.000 0.008 0.076
#> SRR1312187 4 0.5468 0.6316 0 0.300 0.028 0.632 0.040
#> SRR1420960 3 0.0579 0.8688 0 0.008 0.984 0.000 0.008
#> SRR1355102 3 0.0798 0.8667 0 0.000 0.976 0.016 0.008
#> SRR1084577 3 0.0671 0.8676 0 0.016 0.980 0.000 0.004
#> SRR659971 2 0.1018 0.6134 0 0.968 0.000 0.016 0.016
#> SRR1350855 4 0.2304 0.7259 0 0.048 0.000 0.908 0.044
#> SRR820779 3 0.0771 0.8679 0 0.020 0.976 0.000 0.004
#> SRR1476300 3 0.0566 0.8680 0 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR1090907 4 0.2541 0.7654 0 0.068 0.020 0.900 0.012
#> SRR662294 5 0.3074 0.8653 0 0.196 0.000 0.000 0.804
#> SRR1480789 2 0.6581 0.2744 0 0.468 0.280 0.000 0.252
#> SRR1336263 4 0.2304 0.7259 0 0.048 0.000 0.908 0.044
#> SRR660776 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508 5 0.2929 0.8608 0 0.180 0.000 0.000 0.820
#> SRR615563 4 0.4441 0.7706 0 0.128 0.052 0.788 0.032
#> SRR1101175 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650 2 0.6498 0.2774 0 0.460 0.340 0.000 0.200
#> SRR1431205 5 0.4504 0.6004 0 0.428 0.008 0.000 0.564
#> SRR1339856 4 0.6050 0.6467 0 0.300 0.080 0.592 0.028
#> SRR1352147 2 0.6277 0.2404 0 0.616 0.156 0.200 0.028
#> SRR808968 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419 5 0.4443 0.4875 0 0.472 0.000 0.004 0.524
#> SRR1402391 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609 3 0.3493 0.7725 0 0.108 0.832 0.000 0.060
#> SRR2167857 5 0.2891 0.8577 0 0.176 0.000 0.000 0.824
#> SRR1398752 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437 2 0.1764 0.6073 0 0.928 0.000 0.008 0.064
#> SRR1416955 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064 4 0.7239 0.4974 0 0.340 0.204 0.424 0.032
#> SRR659001 4 0.4455 0.7726 0 0.116 0.052 0.792 0.040
#> SRR2170696 4 0.3227 0.7736 0 0.072 0.040 0.868 0.020
#> SRR816589 3 0.1485 0.8569 0 0.032 0.948 0.000 0.020
#> SRR1087487 3 0.0771 0.8664 0 0.020 0.976 0.000 0.004
#> SRR1329485 3 0.0579 0.8686 0 0.008 0.984 0.000 0.008
#> SRR816920 4 0.3227 0.7740 0 0.072 0.040 0.868 0.020
#> SRR1341432 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590 4 0.2450 0.7334 0 0.052 0.000 0.900 0.048
#> SRR817046 3 0.2347 0.8434 0 0.016 0.912 0.056 0.016
#> SRR1471331 3 0.0771 0.8664 0 0.020 0.976 0.000 0.004
#> SRR660788 4 0.3227 0.7740 0 0.072 0.040 0.868 0.020
#> SRR819234 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853 2 0.6592 0.2354 0 0.460 0.240 0.000 0.300
#> SRR809427 4 0.5003 0.7615 0 0.172 0.076 0.732 0.020
#> SRR2170217 4 0.2541 0.7654 0 0.068 0.020 0.900 0.012
#> SRR1386967 3 0.1549 0.8548 0 0.040 0.944 0.000 0.016
#> SRR1420344 2 0.1444 0.6061 0 0.948 0.000 0.040 0.012
#> SRR1334535 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503 4 0.4746 0.7249 0 0.164 0.032 0.756 0.048
#> SRR602564 4 0.6480 0.6489 0 0.176 0.268 0.544 0.012
#> SRR1420669 4 0.5516 0.7306 0 0.100 0.196 0.684 0.020
#> SRR819024 3 0.0566 0.8680 0 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR656223 3 0.3159 0.7955 0 0.088 0.856 0.000 0.056
#> SRR608428 2 0.2865 0.5758 0 0.856 0.008 0.004 0.132
#> SRR1345647 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324 5 0.3949 0.7825 0 0.332 0.000 0.000 0.668
#> SRR1361368 4 0.6461 0.5375 0 0.356 0.116 0.508 0.020
#> SRR1322619 2 0.1117 0.6141 0 0.964 0.000 0.016 0.020
#> SRR1349276 4 0.2520 0.7346 0 0.056 0.000 0.896 0.048
#> SRR1404024 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637 2 0.1557 0.6110 0 0.940 0.000 0.008 0.052
#> SRR1452631 4 0.2304 0.7246 0 0.044 0.000 0.908 0.048
#> SRR608392 3 0.3159 0.7955 0 0.088 0.856 0.000 0.056
#> SRR1357757 3 0.4750 0.7206 0 0.080 0.764 0.132 0.024
#> SRR1074646 4 0.4543 0.7718 0 0.092 0.124 0.772 0.012
#> SRR1367499 3 0.0609 0.8684 0 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1343501 3 0.5626 0.4683 0 0.232 0.640 0.004 0.124
#> SRR1394406 3 0.6144 0.2396 0 0.088 0.548 0.344 0.020
#> SRR1381435 3 0.1648 0.8524 0 0.040 0.940 0.000 0.020
#> SRR1467407 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422 5 0.3086 0.8600 0 0.180 0.004 0.000 0.816
#> SRR1380270 2 0.6549 0.2822 0 0.476 0.280 0.000 0.244
#> SRR1091817 2 0.2777 0.5880 0 0.864 0.016 0.000 0.120
#> SRR1440137 2 0.3410 0.5737 0 0.860 0.052 0.064 0.024
#> SRR614311 2 0.5431 -0.2956 0 0.480 0.008 0.472 0.040
#> SRR1407516 4 0.4983 0.7687 0 0.116 0.128 0.740 0.016
#> SRR815494 3 0.0854 0.8687 0 0.004 0.976 0.012 0.008
#> SRR1333209 4 0.5477 0.6695 0 0.248 0.040 0.668 0.044
#> SRR615177 4 0.3137 0.7683 0 0.076 0.024 0.872 0.028
#> SRR1099648 2 0.6503 0.2596 0 0.436 0.372 0.000 0.192
#> SRR659720 3 0.6000 0.4540 0 0.112 0.620 0.248 0.020
#> SRR2185057 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468 4 0.2949 0.7700 0 0.064 0.028 0.884 0.024
#> SRR660042 3 0.1981 0.8465 0 0.000 0.920 0.064 0.016
#> SRR2170864 2 0.2777 0.5880 0 0.864 0.016 0.000 0.120
#> SRR1440491 4 0.7087 0.5510 0 0.216 0.304 0.456 0.024
#> SRR1440852 3 0.0451 0.8691 0 0.008 0.988 0.000 0.004
#> SRR811169 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311 4 0.5898 0.6880 0 0.264 0.088 0.624 0.024
#> SRR818009 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836 2 0.2127 0.5929 0 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR1498313 5 0.2929 0.8608 0 0.180 0.000 0.000 0.820
#> SRR1441975 2 0.2865 0.5758 0 0.856 0.008 0.004 0.132
#> SRR819096 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679 4 0.7386 0.5110 0 0.248 0.292 0.424 0.036
#> SRR1489116 3 0.3994 0.7209 0 0.140 0.792 0.000 0.068
#> SRR1354138 3 0.0771 0.8664 0 0.020 0.976 0.000 0.004
#> SRR1490589 3 0.1082 0.8630 0 0.000 0.964 0.028 0.008
#> SRR1412987 4 0.2300 0.7190 0 0.040 0.000 0.908 0.052
#> SRR602034 3 0.0579 0.8686 0 0.008 0.984 0.000 0.008
#> SRR1353437 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871 3 0.4605 0.7431 0 0.080 0.780 0.112 0.028
#> SRR661577 4 0.4743 0.7765 0 0.096 0.120 0.764 0.020
#> SRR612190 4 0.7012 0.5704 0 0.188 0.304 0.480 0.028
#> SRR1399880 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787 4 0.4368 0.7740 0 0.116 0.056 0.796 0.032
#> SRR657869 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141 3 0.0579 0.8688 0 0.008 0.984 0.000 0.008
#> SRR1476697 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538 2 0.4125 0.4144 0 0.748 0.004 0.224 0.024
#> SRR1331422 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859 3 0.6144 0.2396 0 0.088 0.548 0.344 0.020
#> SRR1097594 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419 3 0.0771 0.8664 0 0.020 0.976 0.000 0.004
#> SRR1336706 2 0.6562 0.2817 0 0.472 0.284 0.000 0.244
#> SRR1472976 4 0.4383 0.7813 0 0.108 0.080 0.792 0.020
#> SRR1321307 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461 3 0.0609 0.8684 0 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1477149 5 0.3210 0.8627 0 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR1457397 2 0.6650 0.1207 0 0.412 0.228 0.000 0.360
#> SRR661913 3 0.0898 0.8657 0 0.000 0.972 0.020 0.008
#> SRR1069024 2 0.6549 0.2822 0 0.476 0.280 0.000 0.244
#> SRR2165634 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722 3 0.0898 0.8661 0 0.000 0.972 0.020 0.008
#> SRR1328642 5 0.3969 0.8083 0 0.304 0.004 0.000 0.692
#> SRR1488261 3 0.1981 0.8465 0 0.000 0.920 0.064 0.016
#> SRR1318815 4 0.2300 0.7190 0 0.040 0.000 0.908 0.052
#> SRR816945 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432 4 0.2104 0.7174 0 0.024 0.000 0.916 0.060
#> SRR1359280 5 0.4367 0.7061 0 0.372 0.008 0.000 0.620
#> SRR1313910 2 0.1399 0.6054 0 0.952 0.000 0.028 0.020
#> SRR1457315 4 0.5516 0.7306 0 0.100 0.196 0.684 0.020
#> SRR815398 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958 3 0.0671 0.8672 0 0.016 0.980 0.000 0.004
#> SRR600688 4 0.6661 0.6291 0 0.172 0.276 0.532 0.020
#> SRR1098952 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916 3 0.0579 0.8686 0 0.008 0.984 0.000 0.008
#> SRR614167 3 0.0613 0.8695 0 0.004 0.984 0.004 0.008
#> SRR1348114 2 0.1741 0.5989 0 0.936 0.000 0.040 0.024
#> SRR658033 2 0.5689 0.3846 0 0.676 0.116 0.184 0.024
#> SRR1077503 3 0.3463 0.7880 0 0.020 0.840 0.120 0.020
#> SRR661854 3 0.4548 0.7464 0 0.076 0.784 0.112 0.028
#> SRR811379 4 0.6996 0.5941 0 0.212 0.280 0.484 0.024
#> SRR1318857 2 0.1281 0.6070 0 0.956 0.000 0.032 0.012
#> SRR656445 3 0.0955 0.8651 0 0.028 0.968 0.000 0.004
#> SRR1433044 5 0.3109 0.8652 0 0.200 0.000 0.000 0.800
#> SRR1486391 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071 3 0.1082 0.8630 0 0.000 0.964 0.028 0.008
#> SRR1364824 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745 2 0.6592 0.2354 0 0.460 0.240 0.000 0.300
#> SRR601038 2 0.6553 0.2843 0 0.472 0.292 0.000 0.236
#> SRR1360080 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868 3 0.4037 0.7487 0 0.028 0.796 0.156 0.020
#> SRR1485997 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560 4 0.4368 0.7740 0 0.116 0.056 0.796 0.032
#> SRR1333330 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513 3 0.6163 -0.1368 0 0.076 0.456 0.448 0.020
#> SRR1328407 2 0.6554 0.2556 0 0.476 0.252 0.000 0.272
#> SRR602784 2 0.6503 0.2596 0 0.436 0.372 0.000 0.192
#> SRR1348468 4 0.2304 0.7259 0 0.048 0.000 0.908 0.044
#> SRR663717 2 0.3769 0.4887 0 0.796 0.004 0.172 0.028
#> SRR602217 2 0.3459 0.5837 0 0.832 0.052 0.000 0.116
#> SRR603140 3 0.4925 0.6388 0 0.044 0.712 0.224 0.020
#> SRR1340804 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574 3 0.0771 0.8664 0 0.020 0.976 0.000 0.004
#> SRR1333462 5 0.2891 0.8577 0 0.176 0.000 0.000 0.824
#> SRR1094601 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610 4 0.6021 0.7053 0 0.120 0.212 0.640 0.028
#> SRR1435833 4 0.5242 0.7256 0 0.220 0.060 0.696 0.024
#> SRR1398728 2 0.1444 0.6061 0 0.948 0.000 0.040 0.012
#> SRR1358343 4 0.3216 0.7021 0 0.108 0.000 0.848 0.044
#> SRR1410890 2 0.1469 0.6052 0 0.948 0.000 0.036 0.016
#> SRR1350371 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478 2 0.1408 0.6127 0 0.948 0.000 0.008 0.044
#> SRR1099260 3 0.3994 0.7209 0 0.140 0.792 0.000 0.068
#> SRR1433576 3 0.5482 0.6112 0 0.160 0.700 0.116 0.024
#> SRR1345541 4 0.6251 0.3614 0 0.096 0.392 0.496 0.016
#> SRR1086328 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391 3 0.0798 0.8667 0 0.000 0.976 0.016 0.008
#> SRR1476207 3 0.4805 0.6644 0 0.044 0.728 0.208 0.020
#> SRR627435 5 0.6590 0.2984 0 0.172 0.304 0.012 0.512
#> SRR1489862 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191 3 0.0566 0.8680 0 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR1490115 3 0.2374 0.8431 0 0.020 0.912 0.052 0.016
#> SRR1377714 3 0.4750 0.7206 0 0.080 0.764 0.132 0.024
#> SRR819394 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161 4 0.4763 0.7786 0 0.088 0.116 0.768 0.028
#> SRR607042 2 0.6596 0.2763 0 0.456 0.308 0.000 0.236
#> SRR656203 4 0.7365 0.4606 0 0.344 0.236 0.388 0.032
#> SRR660602 3 0.0955 0.8651 0 0.028 0.968 0.000 0.004
#> SRR1440397 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249 2 0.1216 0.6122 0 0.960 0.000 0.020 0.020
#> SRR661242 4 0.7234 0.5063 0 0.224 0.324 0.424 0.028
#> SRR1332007 2 0.6673 0.1618 0 0.424 0.244 0.000 0.332
#> SRR809619 4 0.6763 0.5322 0 0.352 0.144 0.480 0.024
#> SRR819975 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281 2 0.2865 0.5758 0 0.856 0.008 0.004 0.132
#> SRR662366 3 0.0613 0.8693 0 0.004 0.984 0.008 0.004
#> SRR1317898 3 0.0671 0.8674 0 0.000 0.980 0.016 0.004
#> SRR1382485 4 0.6733 0.6452 0 0.196 0.256 0.528 0.020
#> SRR2166420 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541 3 0.0404 0.8692 0 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR817444 3 0.5589 0.4137 0 0.244 0.628 0.000 0.128
#> SRR1320403 5 0.3707 0.8254 0 0.284 0.000 0.000 0.716
#> SRR1101483 2 0.1661 0.6008 0 0.940 0.000 0.036 0.024
#> SRR1331684 3 0.1372 0.8690 0 0.024 0.956 0.004 0.016
#> SRR1400054 4 0.3302 0.7756 0 0.072 0.044 0.864 0.020
#> SRR1406088 2 0.1626 0.6042 0 0.940 0.000 0.044 0.016
#> SRR820733 4 0.4759 0.7649 0 0.092 0.144 0.752 0.012
#> SRR1314113 4 0.3405 0.7730 0 0.072 0.040 0.860 0.028
#> SRR1382615 3 0.4393 0.6714 0 0.168 0.756 0.000 0.076
#> SRR1480745 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850 2 0.3531 0.6041 0 0.852 0.032 0.036 0.080
#> SRR656782 3 0.4400 0.7226 0 0.032 0.768 0.176 0.024
#> SRR821364 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295 5 0.2891 0.8577 0 0.176 0.000 0.000 0.824
#> SRR1357103 2 0.6565 0.2794 0 0.472 0.280 0.000 0.248
#> SRR809185 4 0.7023 0.6023 0 0.236 0.256 0.484 0.024
#> SRR811583 4 0.4799 0.7739 0 0.108 0.112 0.760 0.020
#> SRR1468050 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224 2 0.2777 0.5880 0 0.864 0.016 0.000 0.120
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1500170 2 0.1714 0.62167 0 0.908 0.000 0.000 0.092 NA
#> SRR1402368 3 0.1296 0.84315 0 0.000 0.952 0.032 0.004 NA
#> SRR607743 3 0.6937 0.09216 0 0.128 0.448 0.300 0.000 NA
#> SRR1457375 2 0.3579 0.61063 0 0.824 0.008 0.020 0.112 NA
#> SRR1470923 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR817954 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR809259 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1439785 3 0.2145 0.83366 0 0.008 0.912 0.056 0.004 NA
#> SRR814768 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1102031 2 0.6456 -0.17951 0 0.440 0.060 0.376 0.000 NA
#> SRR1363611 4 0.5784 0.58795 0 0.252 0.040 0.592 0.000 NA
#> SRR1468447 5 0.4388 0.52959 0 0.372 0.008 0.004 0.604 NA
#> SRR1071931 4 0.6443 0.60855 0 0.124 0.212 0.556 0.000 NA
#> SRR810981 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR615299 5 0.2854 0.78684 0 0.208 0.000 0.000 0.792 NA
#> SRR663585 3 0.1524 0.82631 0 0.008 0.932 0.000 0.000 NA
#> SRR1326773 2 0.7542 -0.20856 0 0.340 0.232 0.296 0.004 NA
#> SRR1351166 2 0.1713 0.63719 0 0.928 0.000 0.000 0.044 NA
#> SRR1477452 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1084720 3 0.0458 0.84771 0 0.000 0.984 0.000 0.000 NA
#> SRR1420320 4 0.5336 0.67127 0 0.196 0.032 0.656 0.000 NA
#> SRR1081712 2 0.3493 0.61160 0 0.828 0.008 0.016 0.112 NA
#> SRR1318241 3 0.4780 0.60770 0 0.008 0.672 0.248 0.004 NA
#> SRR1333718 3 0.7266 -0.22930 0 0.312 0.352 0.000 0.100 NA
#> SRR1313514 5 0.1644 0.82144 0 0.076 0.000 0.000 0.920 NA
#> SRR1477861 2 0.7679 0.04134 0 0.296 0.196 0.000 0.252 NA
#> SRR1318005 5 0.2006 0.82971 0 0.104 0.000 0.000 0.892 NA
#> SRR1354665 2 0.3534 0.56812 0 0.824 0.000 0.092 0.020 NA
#> SRR657707 3 0.4610 0.64554 0 0.008 0.696 0.228 0.004 NA
#> SRR1370742 3 0.1251 0.84628 0 0.000 0.956 0.024 0.008 NA
#> SRR1412947 2 0.4064 0.59179 0 0.808 0.024 0.060 0.024 NA
#> SRR661553 4 0.3186 0.73282 0 0.028 0.076 0.856 0.004 NA
#> SRR1328869 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR662211 2 0.2398 0.61749 0 0.876 0.000 0.000 0.104 NA
#> SRR1348181 3 0.0653 0.84859 0 0.000 0.980 0.004 0.004 NA
#> SRR1416560 3 0.0951 0.84671 0 0.000 0.968 0.020 0.004 NA
#> SRR1319772 3 0.3246 0.79036 0 0.012 0.840 0.108 0.004 NA
#> SRR1091452 4 0.6348 0.62434 0 0.132 0.168 0.580 0.000 NA
#> SRR1338812 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1392072 5 0.2883 0.78553 0 0.212 0.000 0.000 0.788 NA
#> SRR814844 4 0.4152 0.63054 0 0.032 0.000 0.664 0.000 NA
#> SRR1376619 3 0.0692 0.84595 0 0.000 0.976 0.004 0.000 NA
#> SRR603690 4 0.6881 0.53741 0 0.208 0.180 0.496 0.000 NA
#> SRR2184980 2 0.2062 0.62657 0 0.900 0.000 0.008 0.088 NA
#> SRR613963 4 0.2742 0.71735 0 0.008 0.012 0.852 0.000 NA
#> SRR1323422 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1397673 3 0.1196 0.83665 0 0.008 0.952 0.000 0.000 NA
#> SRR1434650 2 0.7608 0.11460 0 0.336 0.188 0.000 0.224 NA
#> SRR659875 2 0.7554 0.16543 0 0.332 0.256 0.000 0.156 NA
#> SRR1465734 3 0.4610 0.64516 0 0.008 0.696 0.228 0.004 NA
#> SRR1076847 5 0.2165 0.82517 0 0.108 0.000 0.000 0.884 NA
#> SRR1415072 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR659319 3 0.3263 0.77431 0 0.060 0.848 0.000 0.028 NA
#> SRR663088 4 0.4123 0.55593 0 0.000 0.000 0.568 0.012 NA
#> SRR1352021 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1325527 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1105369 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR659935 4 0.6339 0.62391 0 0.172 0.132 0.580 0.000 NA
#> SRR1352530 3 0.0837 0.84622 0 0.004 0.972 0.004 0.000 NA
#> SRR662594 3 0.4610 0.64516 0 0.008 0.696 0.228 0.004 NA
#> SRR1095309 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR615647 3 0.0837 0.84622 0 0.004 0.972 0.004 0.000 NA
#> SRR813019 2 0.7810 0.14234 0 0.340 0.220 0.008 0.200 NA
#> SRR1374647 2 0.4196 0.60163 0 0.788 0.024 0.020 0.124 NA
#> SRR603472 5 0.7655 -0.01184 0 0.280 0.184 0.000 0.292 NA
#> SRR661529 4 0.3056 0.72590 0 0.008 0.084 0.856 0.004 NA
#> SRR607018 3 0.4129 0.71914 0 0.096 0.784 0.000 0.032 NA
#> SRR627423 5 0.7182 0.41813 0 0.188 0.036 0.060 0.492 NA
#> SRR654921 4 0.4152 0.63054 0 0.032 0.000 0.664 0.000 NA
#> SRR1418968 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR660871 3 0.0653 0.84913 0 0.000 0.980 0.012 0.004 NA
#> SRR1330522 3 0.0951 0.84717 0 0.000 0.968 0.020 0.008 NA
#> SRR1499958 2 0.1086 0.63552 0 0.964 0.000 0.012 0.012 NA
#> SRR614059 3 0.2195 0.82736 0 0.000 0.904 0.068 0.012 NA
#> SRR1071403 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1486719 2 0.1858 0.62209 0 0.904 0.000 0.000 0.092 NA
#> SRR1440421 5 0.3964 0.65347 0 0.308 0.004 0.004 0.676 NA
#> SRR1310412 3 0.5325 0.52996 0 0.020 0.620 0.276 0.004 NA
#> SRR614767 2 0.3875 0.60269 0 0.804 0.012 0.020 0.124 NA
#> SRR820709 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1471500 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR658093 3 0.1498 0.83516 0 0.028 0.940 0.000 0.000 NA
#> SRR1088168 3 0.0806 0.84373 0 0.008 0.972 0.000 0.000 NA
#> SRR1418707 2 0.1858 0.62209 0 0.904 0.000 0.000 0.092 NA
#> SRR1354291 5 0.1863 0.82993 0 0.104 0.000 0.000 0.896 NA
#> SRR2165806 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1415684 4 0.3004 0.72630 0 0.008 0.080 0.860 0.004 NA
#> SRR1433860 3 0.0547 0.84454 0 0.000 0.980 0.000 0.000 NA
#> SRR1311062 2 0.4107 0.56847 0 0.768 0.008 0.016 0.168 NA
#> SRR1360359 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR661385 3 0.0837 0.84622 0 0.004 0.972 0.004 0.000 NA
#> SRR615407 2 0.4196 0.60163 0 0.788 0.024 0.020 0.124 NA
#> SRR1413892 3 0.1003 0.84167 0 0.016 0.964 0.000 0.000 NA
#> SRR1443459 2 0.1313 0.63047 0 0.952 0.000 0.028 0.004 NA
#> SRR1338942 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR657480 3 0.3315 0.78737 0 0.012 0.836 0.108 0.004 NA
#> SRR1399433 4 0.3906 0.72948 0 0.060 0.064 0.808 0.000 NA
#> SRR818537 2 0.7623 0.12103 0 0.332 0.196 0.000 0.220 NA
#> SRR1101324 4 0.2420 0.71922 0 0.008 0.008 0.876 0.000 NA
#> SRR807637 4 0.4069 0.59497 0 0.004 0.000 0.612 0.008 NA
#> SRR1091918 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR598300 3 0.4876 0.55389 0 0.008 0.640 0.288 0.004 NA
#> SRR1085426 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1376294 2 0.3875 0.60269 0 0.804 0.012 0.020 0.124 NA
#> SRR813891 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1467431 4 0.7299 0.47030 0 0.216 0.208 0.424 0.000 NA
#> SRR658742 4 0.2644 0.72951 0 0.012 0.028 0.884 0.004 NA
#> SRR1419234 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1404813 2 0.1180 0.63641 0 0.960 0.000 0.012 0.016 NA
#> SRR603496 3 0.4958 0.69960 0 0.044 0.728 0.132 0.008 NA
#> SRR1407758 3 0.0547 0.84454 0 0.000 0.980 0.000 0.000 NA
#> SRR810945 2 0.5406 0.55929 0 0.724 0.064 0.072 0.084 NA
#> SRR817234 5 0.3452 0.73458 0 0.256 0.004 0.000 0.736 NA
#> SRR1444852 3 0.1149 0.84495 0 0.000 0.960 0.024 0.008 NA
#> SRR660378 3 0.0692 0.84394 0 0.004 0.976 0.000 0.000 NA
#> SRR1467835 2 0.1232 0.63677 0 0.956 0.000 0.004 0.024 NA
#> SRR1338964 3 0.4585 0.65065 0 0.008 0.700 0.224 0.004 NA
#> SRR1079259 4 0.5431 0.67421 0 0.060 0.148 0.672 0.000 NA
#> SRR1072345 3 0.4780 0.60770 0 0.008 0.672 0.248 0.004 NA
#> SRR598725 3 0.1230 0.84374 0 0.000 0.956 0.028 0.008 NA
#> SRR1447938 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1356397 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1360460 4 0.4172 0.64522 0 0.040 0.000 0.680 0.000 NA
#> SRR1429468 2 0.1714 0.62167 0 0.908 0.000 0.000 0.092 NA
#> SRR1446850 2 0.4218 0.60290 0 0.788 0.020 0.024 0.120 NA
#> SRR1320363 3 0.1480 0.83905 0 0.000 0.940 0.040 0.000 NA
#> SRR1413810 3 0.0547 0.84454 0 0.000 0.980 0.000 0.000 NA
#> SRR598831 2 0.1713 0.63719 0 0.928 0.000 0.000 0.044 NA
#> SRR1381865 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR660957 3 0.1149 0.84703 0 0.000 0.960 0.024 0.008 NA
#> SRR1491332 3 0.4315 0.70186 0 0.104 0.768 0.000 0.032 NA
#> SRR1099744 2 0.2277 0.63285 0 0.892 0.000 0.000 0.076 NA
#> SRR1464618 2 0.4632 0.26083 0 0.656 0.004 0.276 0.000 NA
#> SRR1414559 4 0.2753 0.72960 0 0.012 0.028 0.876 0.004 NA
#> SRR1337540 4 0.4123 0.55593 0 0.000 0.000 0.568 0.012 NA
#> SRR1444283 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2184942 3 0.3550 0.75387 0 0.004 0.804 0.144 0.004 NA
#> SRR660295 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR601335 3 0.0547 0.84454 0 0.000 0.980 0.000 0.000 NA
#> SRR1363742 3 0.1498 0.83516 0 0.028 0.940 0.000 0.000 NA
#> SRR1345847 4 0.6562 0.55166 0 0.252 0.120 0.524 0.000 NA
#> SRR614960 3 0.1409 0.84122 0 0.000 0.948 0.032 0.008 NA
#> SRR819919 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR603330 5 0.1700 0.82347 0 0.080 0.000 0.000 0.916 NA
#> SRR1327951 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1401885 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1345266 2 0.3193 0.53819 0 0.824 0.000 0.124 0.000 NA
#> SRR1338055 2 0.5096 0.43810 0 0.668 0.016 0.016 0.240 NA
#> SRR1430157 2 0.1138 0.63002 0 0.960 0.000 0.024 0.004 NA
#> SRR1320137 2 0.3799 0.55278 0 0.804 0.000 0.096 0.020 NA
#> SRR1093483 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1341080 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1459913 3 0.1149 0.84495 0 0.000 0.960 0.024 0.008 NA
#> SRR2170490 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1479845 3 0.0893 0.84875 0 0.004 0.972 0.004 0.004 NA
#> SRR1436420 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1481060 3 0.7275 -0.23634 0 0.312 0.348 0.000 0.100 NA
#> SRR662282 3 0.0893 0.84875 0 0.004 0.972 0.004 0.004 NA
#> SRR1487089 4 0.4152 0.63054 0 0.032 0.000 0.664 0.000 NA
#> SRR1075683 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1338536 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1338880 2 0.5464 0.48957 0 0.696 0.056 0.124 0.016 NA
#> SRR1453456 3 0.0653 0.84787 0 0.000 0.980 0.004 0.004 NA
#> SRR1457895 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1440603 2 0.7679 0.04134 0 0.296 0.196 0.000 0.252 NA
#> SRR658633 2 0.3660 0.61058 0 0.820 0.008 0.024 0.112 NA
#> SRR1388081 4 0.6931 0.55028 0 0.144 0.216 0.492 0.000 NA
#> SRR813339 3 0.1549 0.83788 0 0.000 0.936 0.044 0.000 NA
#> SRR809725 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR627441 5 0.1700 0.82347 0 0.080 0.000 0.000 0.916 NA
#> SRR613603 3 0.4757 0.61672 0 0.008 0.676 0.244 0.004 NA
#> SRR1096571 2 0.7401 0.17007 0 0.328 0.296 0.000 0.116 NA
#> SRR1392701 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1344326 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1367693 2 0.3193 0.53819 0 0.824 0.000 0.124 0.000 NA
#> SRR660697 4 0.6496 0.31118 0 0.396 0.068 0.420 0.000 NA
#> SRR1489926 3 0.4919 0.70420 0 0.044 0.732 0.128 0.008 NA
#> SRR811491 3 0.1549 0.83788 0 0.000 0.936 0.044 0.000 NA
#> SRR1311644 4 0.2420 0.71922 0 0.008 0.008 0.876 0.000 NA
#> SRR1451740 3 0.0653 0.84882 0 0.000 0.980 0.012 0.004 NA
#> SRR615117 2 0.7657 0.00935 0 0.292 0.184 0.000 0.276 NA
#> SRR1391748 4 0.4152 0.63054 0 0.032 0.000 0.664 0.000 NA
#> SRR1466556 3 0.1218 0.84476 0 0.000 0.956 0.028 0.004 NA
#> SRR614972 3 0.0951 0.84795 0 0.000 0.968 0.020 0.004 NA
#> SRR1406200 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR819210 4 0.3131 0.73318 0 0.028 0.072 0.860 0.004 NA
#> SRR662174 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR811988 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR663236 4 0.4832 0.68497 0 0.044 0.164 0.724 0.004 NA
#> SRR1312598 2 0.1065 0.63652 0 0.964 0.000 0.008 0.020 NA
#> SRR1330129 5 0.2003 0.82844 0 0.116 0.000 0.000 0.884 NA
#> SRR1357781 5 0.1644 0.82144 0 0.076 0.000 0.000 0.920 NA
#> SRR1315517 5 0.1863 0.82993 0 0.104 0.000 0.000 0.896 NA
#> SRR1400032 3 0.0653 0.84882 0 0.000 0.980 0.012 0.004 NA
#> SRR1413722 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR612827 3 0.0748 0.84895 0 0.000 0.976 0.016 0.004 NA
#> SRR814794 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR819430 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1395509 4 0.3817 0.72839 0 0.088 0.012 0.796 0.000 NA
#> SRR808728 3 0.5937 0.46382 0 0.168 0.616 0.000 0.068 NA
#> SRR1070813 2 0.1409 0.63874 0 0.948 0.000 0.008 0.032 NA
#> SRR1389133 3 0.4876 0.55389 0 0.008 0.640 0.288 0.004 NA
#> SRR601263 3 0.4610 0.64516 0 0.008 0.696 0.228 0.004 NA
#> SRR604718 4 0.3987 0.72995 0 0.084 0.020 0.788 0.000 NA
#> SRR1481351 3 0.4958 0.69960 0 0.044 0.728 0.132 0.008 NA
#> SRR1334608 3 0.3263 0.77431 0 0.060 0.848 0.000 0.028 NA
#> SRR658681 2 0.7398 0.16998 0 0.328 0.300 0.000 0.116 NA
#> SRR809283 4 0.3352 0.70213 0 0.016 0.004 0.796 0.004 NA
#> SRR1459300 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1392547 2 0.7398 0.16998 0 0.328 0.300 0.000 0.116 NA
#> SRR811049 3 0.4610 0.64516 0 0.008 0.696 0.228 0.004 NA
#> SRR1464835 4 0.4152 0.63054 0 0.032 0.000 0.664 0.000 NA
#> SRR1339619 2 0.1313 0.63040 0 0.952 0.000 0.028 0.004 NA
#> SRR658501 3 0.0748 0.84798 0 0.000 0.976 0.016 0.004 NA
#> SRR1447523 3 0.1483 0.83962 0 0.000 0.944 0.036 0.008 NA
#> SRR1415048 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1355451 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1444348 2 0.2968 0.56346 0 0.852 0.000 0.092 0.004 NA
#> SRR603890 5 0.1910 0.82972 0 0.108 0.000 0.000 0.892 NA
#> SRR810595 3 0.0622 0.84990 0 0.000 0.980 0.012 0.000 NA
#> SRR1446244 2 0.3193 0.53819 0 0.824 0.000 0.124 0.000 NA
#> SRR817373 4 0.3906 0.72948 0 0.060 0.064 0.808 0.000 NA
#> SRR1457291 4 0.6957 0.54439 0 0.152 0.216 0.488 0.000 NA
#> SRR598220 3 0.6947 -0.08546 0 0.136 0.408 0.348 0.000 NA
#> SRR1477991 2 0.3487 0.61698 0 0.832 0.012 0.020 0.108 NA
#> SRR598172 2 0.4697 0.46112 0 0.692 0.004 0.020 0.236 NA
#> SRR1349032 2 0.2263 0.60388 0 0.900 0.000 0.060 0.004 NA
#> SRR604002 5 0.4315 0.72657 0 0.148 0.024 0.000 0.756 NA
#> SRR1378026 3 0.0858 0.84840 0 0.000 0.968 0.004 0.000 NA
#> SRR1404401 5 0.1863 0.82993 0 0.104 0.000 0.000 0.896 NA
#> SRR1333240 2 0.7868 0.03554 0 0.300 0.200 0.008 0.268 NA
#> SRR1089399 2 0.3499 0.54980 0 0.780 0.008 0.004 0.196 NA
#> SRR603421 5 0.3136 0.76804 0 0.228 0.000 0.000 0.768 NA
#> SRR812562 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR808520 3 0.6029 0.44411 0 0.168 0.604 0.000 0.068 NA
#> SRR811839 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR814317 2 0.1714 0.62167 0 0.908 0.000 0.000 0.092 NA
#> SRR1436763 4 0.3352 0.70213 0 0.016 0.004 0.796 0.004 NA
#> SRR1486021 4 0.6957 0.54439 0 0.152 0.216 0.488 0.000 NA
#> SRR1465018 5 0.3136 0.76804 0 0.228 0.000 0.000 0.768 NA
#> SRR1080998 3 0.4585 0.65065 0 0.008 0.700 0.224 0.004 NA
#> SRR1083432 3 0.0291 0.84840 0 0.004 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR1082833 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1465804 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1326536 3 0.0837 0.84734 0 0.000 0.972 0.020 0.004 NA
#> SRR614011 2 0.1390 0.62439 0 0.948 0.000 0.032 0.004 NA
#> SRR1365873 2 0.4379 0.58990 0 0.772 0.024 0.020 0.136 NA
#> SRR1498789 2 0.3875 0.60269 0 0.804 0.012 0.020 0.124 NA
#> SRR601581 2 0.4418 0.36710 0 0.700 0.004 0.228 0.000 NA
#> SRR603566 2 0.7398 0.16998 0 0.328 0.300 0.000 0.116 NA
#> SRR1373981 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR821410 2 0.3660 0.61058 0 0.820 0.008 0.024 0.112 NA
#> SRR1076511 4 0.4123 0.55593 0 0.000 0.000 0.568 0.012 NA
#> SRR614143 3 0.5877 0.50451 0 0.052 0.608 0.244 0.008 NA
#> SRR1333570 3 0.1230 0.84374 0 0.000 0.956 0.028 0.008 NA
#> SRR1366813 2 0.1780 0.63672 0 0.924 0.000 0.000 0.048 NA
#> SRR1388746 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1420558 3 0.4319 0.61793 0 0.000 0.696 0.256 0.012 NA
#> SRR1409510 3 0.0547 0.84454 0 0.000 0.980 0.000 0.000 NA
#> SRR816250 2 0.3875 0.60269 0 0.804 0.012 0.020 0.124 NA
#> SRR614131 2 0.7282 0.27248 0 0.520 0.088 0.048 0.180 NA
#> SRR1331130 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1316015 3 0.0551 0.84858 0 0.000 0.984 0.004 0.004 NA
#> SRR1470798 3 0.0547 0.84454 0 0.000 0.980 0.000 0.000 NA
#> SRR614179 2 0.7698 0.08530 0 0.296 0.228 0.000 0.220 NA
#> SRR1474863 2 0.3660 0.61058 0 0.820 0.008 0.024 0.112 NA
#> SRR813560 2 0.1556 0.62667 0 0.920 0.000 0.000 0.080 NA
#> SRR1312187 4 0.5499 0.55467 0 0.292 0.004 0.560 0.000 NA
#> SRR1420960 3 0.0551 0.84842 0 0.000 0.984 0.004 0.004 NA
#> SRR1355102 3 0.1149 0.84495 0 0.000 0.960 0.024 0.008 NA
#> SRR1084577 3 0.0458 0.84771 0 0.000 0.984 0.000 0.000 NA
#> SRR659971 2 0.0951 0.63619 0 0.968 0.000 0.008 0.020 NA
#> SRR1350855 4 0.4172 0.64522 0 0.040 0.000 0.680 0.000 NA
#> SRR820779 3 0.0837 0.84622 0 0.004 0.972 0.004 0.000 NA
#> SRR1476300 3 0.0951 0.84671 0 0.000 0.968 0.020 0.004 NA
#> SRR1090907 4 0.2315 0.72150 0 0.016 0.008 0.892 0.000 NA
#> SRR662294 5 0.1863 0.82993 0 0.104 0.000 0.000 0.896 NA
#> SRR1480789 2 0.7590 0.15575 0 0.328 0.248 0.000 0.168 NA
#> SRR1336263 4 0.4172 0.64522 0 0.040 0.000 0.680 0.000 NA
#> SRR660776 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1090508 5 0.1700 0.82347 0 0.080 0.000 0.000 0.916 NA
#> SRR615563 4 0.3992 0.72606 0 0.088 0.012 0.780 0.000 NA
#> SRR1101175 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2164650 2 0.7390 0.16530 0 0.328 0.308 0.000 0.116 NA
#> SRR1431205 5 0.4169 0.55204 0 0.364 0.004 0.004 0.620 NA
#> SRR1339856 4 0.6101 0.58510 0 0.272 0.040 0.544 0.000 NA
#> SRR1352147 2 0.6387 0.26365 0 0.572 0.092 0.212 0.004 NA
#> SRR808968 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR627419 5 0.3804 0.44106 0 0.424 0.000 0.000 0.576 NA
#> SRR1402391 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR663609 3 0.3652 0.75491 0 0.072 0.820 0.000 0.028 NA
#> SRR2167857 5 0.1644 0.82144 0 0.076 0.000 0.000 0.920 NA
#> SRR1398752 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1469169 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1405437 2 0.2030 0.63430 0 0.908 0.000 0.000 0.064 NA
#> SRR1416955 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1317064 4 0.6928 0.48494 0 0.276 0.120 0.464 0.000 NA
#> SRR659001 4 0.3829 0.72869 0 0.072 0.012 0.792 0.000 NA
#> SRR2170696 4 0.2468 0.72419 0 0.008 0.016 0.880 0.000 NA
#> SRR816589 3 0.1196 0.83665 0 0.008 0.952 0.000 0.000 NA
#> SRR1087487 3 0.0547 0.84454 0 0.000 0.980 0.000 0.000 NA
#> SRR1329485 3 0.0653 0.84756 0 0.000 0.980 0.004 0.004 NA
#> SRR816920 4 0.2468 0.72510 0 0.008 0.016 0.880 0.000 NA
#> SRR1341432 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1361590 4 0.3934 0.65506 0 0.032 0.000 0.708 0.000 NA
#> SRR817046 3 0.2380 0.81461 0 0.000 0.892 0.068 0.004 NA
#> SRR1471331 3 0.0547 0.84454 0 0.000 0.980 0.000 0.000 NA
#> SRR660788 4 0.2468 0.72510 0 0.008 0.016 0.880 0.000 NA
#> SRR819234 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR810853 2 0.7629 0.12317 0 0.332 0.200 0.000 0.220 NA
#> SRR809427 4 0.4598 0.72367 0 0.124 0.024 0.736 0.000 NA
#> SRR2170217 4 0.2367 0.72067 0 0.016 0.008 0.888 0.000 NA
#> SRR1386967 3 0.1461 0.83037 0 0.016 0.940 0.000 0.000 NA
#> SRR1420344 2 0.1138 0.63147 0 0.960 0.000 0.024 0.004 NA
#> SRR1334535 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR614503 4 0.5365 0.65122 0 0.132 0.012 0.616 0.000 NA
#> SRR602564 4 0.6088 0.65199 0 0.116 0.184 0.604 0.000 NA
#> SRR1420669 4 0.4318 0.70609 0 0.032 0.124 0.772 0.004 NA
#> SRR819024 3 0.0951 0.84795 0 0.000 0.968 0.020 0.004 NA
#> SRR656223 3 0.3263 0.77431 0 0.060 0.848 0.000 0.028 NA
#> SRR608428 2 0.3685 0.59488 0 0.800 0.008 0.004 0.140 NA
#> SRR1345647 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1389324 5 0.3175 0.74454 0 0.256 0.000 0.000 0.744 NA
#> SRR1361368 4 0.6031 0.53089 0 0.284 0.056 0.556 0.000 NA
#> SRR1322619 2 0.1149 0.63781 0 0.960 0.000 0.008 0.024 NA
#> SRR1349276 4 0.3979 0.66348 0 0.036 0.000 0.708 0.000 NA
#> SRR1404024 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1370637 2 0.1219 0.63556 0 0.948 0.000 0.000 0.048 NA
#> SRR1452631 4 0.4098 0.63872 0 0.032 0.000 0.676 0.000 NA
#> SRR608392 3 0.3263 0.77431 0 0.060 0.848 0.000 0.028 NA
#> SRR1357757 3 0.5234 0.66379 0 0.044 0.692 0.160 0.004 NA
#> SRR1074646 4 0.3244 0.73494 0 0.024 0.064 0.848 0.000 NA
#> SRR1367499 3 0.0291 0.84840 0 0.004 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR1343501 3 0.6009 0.52092 0 0.156 0.636 0.012 0.068 NA
#> SRR1394406 3 0.5722 0.24107 0 0.024 0.508 0.384 0.004 NA
#> SRR1381435 3 0.1367 0.83332 0 0.012 0.944 0.000 0.000 NA
#> SRR1467407 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1092422 5 0.1843 0.82288 0 0.080 0.004 0.000 0.912 NA
#> SRR1380270 2 0.7556 0.16260 0 0.336 0.240 0.000 0.160 NA
#> SRR1091817 2 0.3875 0.60269 0 0.804 0.012 0.020 0.124 NA
#> SRR1440137 2 0.4064 0.59179 0 0.808 0.024 0.060 0.024 NA
#> SRR614311 2 0.5492 -0.22077 0 0.472 0.000 0.400 0.000 NA
#> SRR1407516 4 0.4323 0.73402 0 0.060 0.072 0.776 0.000 NA
#> SRR815494 3 0.1065 0.84791 0 0.000 0.964 0.020 0.008 NA
#> SRR1333209 4 0.5868 0.60332 0 0.248 0.016 0.552 0.000 NA
#> SRR615177 4 0.2617 0.72340 0 0.016 0.012 0.872 0.000 NA
#> SRR1099648 3 0.7275 -0.23658 0 0.312 0.348 0.000 0.100 NA
#> SRR659720 3 0.5956 0.40234 0 0.052 0.560 0.288 0.000 NA
#> SRR2185057 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1467125 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR657468 4 0.2212 0.71891 0 0.000 0.008 0.880 0.000 NA
#> SRR660042 3 0.2195 0.82736 0 0.000 0.904 0.068 0.012 NA
#> SRR2170864 2 0.3875 0.60269 0 0.804 0.012 0.020 0.124 NA
#> SRR1440491 4 0.6728 0.57589 0 0.140 0.204 0.524 0.000 NA
#> SRR1440852 3 0.0291 0.84862 0 0.000 0.992 0.004 0.004 NA
#> SRR811169 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1331311 4 0.6056 0.62958 0 0.236 0.048 0.572 0.000 NA
#> SRR818009 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1351836 2 0.2312 0.61770 0 0.876 0.000 0.000 0.112 NA
#> SRR1498313 5 0.1700 0.82347 0 0.080 0.000 0.000 0.916 NA
#> SRR1441975 2 0.3685 0.59488 0 0.800 0.008 0.004 0.140 NA
#> SRR819096 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1073679 4 0.6984 0.53286 0 0.172 0.220 0.480 0.000 NA
#> SRR1489116 3 0.4129 0.71914 0 0.096 0.784 0.000 0.032 NA
#> SRR1354138 3 0.0547 0.84454 0 0.000 0.980 0.000 0.000 NA
#> SRR1490589 3 0.1409 0.84122 0 0.000 0.948 0.032 0.008 NA
#> SRR1412987 4 0.4152 0.63054 0 0.032 0.000 0.664 0.000 NA
#> SRR602034 3 0.0653 0.84859 0 0.000 0.980 0.004 0.004 NA
#> SRR1353437 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1072871 3 0.5020 0.69607 0 0.048 0.724 0.132 0.008 NA
#> SRR661577 4 0.3716 0.73944 0 0.044 0.068 0.820 0.000 NA
#> SRR612190 4 0.6443 0.60855 0 0.124 0.212 0.556 0.000 NA
#> SRR1399880 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1101787 4 0.3877 0.72951 0 0.072 0.016 0.792 0.000 NA
#> SRR657869 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1446332 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR816039 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1485141 3 0.0653 0.84787 0 0.000 0.980 0.004 0.004 NA
#> SRR1476697 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1379538 2 0.3885 0.45749 0 0.756 0.000 0.180 0.000 NA
#> SRR1331422 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR660859 3 0.5722 0.24107 0 0.024 0.508 0.384 0.004 NA
#> SRR1097594 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1311419 3 0.0547 0.84454 0 0.000 0.980 0.000 0.000 NA
#> SRR1336706 2 0.7565 0.16404 0 0.332 0.252 0.000 0.160 NA
#> SRR1472976 4 0.3166 0.73912 0 0.048 0.036 0.856 0.000 NA
#> SRR1321307 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR807493 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR812461 3 0.0291 0.84840 0 0.004 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR1477149 5 0.2048 0.82743 0 0.120 0.000 0.000 0.880 NA
#> SRR1457397 5 0.7655 -0.02198 0 0.284 0.184 0.000 0.288 NA
#> SRR661913 3 0.1230 0.84374 0 0.000 0.956 0.028 0.008 NA
#> SRR1069024 2 0.7556 0.16260 0 0.336 0.240 0.000 0.160 NA
#> SRR2165634 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1478722 3 0.1332 0.84388 0 0.000 0.952 0.028 0.008 NA
#> SRR1328642 5 0.3302 0.76571 0 0.232 0.004 0.000 0.760 NA
#> SRR1488261 3 0.2195 0.82736 0 0.000 0.904 0.068 0.012 NA
#> SRR1318815 4 0.4152 0.63054 0 0.032 0.000 0.664 0.000 NA
#> SRR816945 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1367432 4 0.4123 0.55593 0 0.000 0.000 0.568 0.012 NA
#> SRR1359280 5 0.3928 0.66767 0 0.300 0.004 0.004 0.684 NA
#> SRR1313910 2 0.1059 0.63040 0 0.964 0.000 0.016 0.004 NA
#> SRR1457315 4 0.4318 0.70609 0 0.032 0.124 0.772 0.004 NA
#> SRR815398 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR656958 3 0.0458 0.84567 0 0.000 0.984 0.000 0.000 NA
#> SRR600688 4 0.5986 0.64390 0 0.100 0.192 0.612 0.000 NA
#> SRR1098952 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1314916 3 0.0653 0.84756 0 0.000 0.980 0.004 0.004 NA
#> SRR614167 3 0.0767 0.84934 0 0.000 0.976 0.012 0.004 NA
#> SRR1348114 2 0.1390 0.62462 0 0.948 0.000 0.032 0.004 NA
#> SRR658033 2 0.6002 0.40425 0 0.624 0.064 0.200 0.012 NA
#> SRR1077503 3 0.3550 0.75387 0 0.004 0.804 0.144 0.004 NA
#> SRR661854 3 0.4958 0.69960 0 0.044 0.728 0.132 0.008 NA
#> SRR811379 4 0.6525 0.59883 0 0.144 0.192 0.552 0.000 NA
#> SRR1318857 2 0.0951 0.63199 0 0.968 0.000 0.020 0.004 NA
#> SRR656445 3 0.0806 0.84373 0 0.008 0.972 0.000 0.000 NA
#> SRR1433044 5 0.1910 0.82972 0 0.108 0.000 0.000 0.892 NA
#> SRR1486391 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR656071 3 0.1409 0.84122 0 0.000 0.948 0.032 0.008 NA
#> SRR1364824 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1379133 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1394169 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR816745 2 0.7629 0.12317 0 0.332 0.200 0.000 0.220 NA
#> SRR601038 2 0.7554 0.16543 0 0.332 0.256 0.000 0.156 NA
#> SRR1360080 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR814868 3 0.4034 0.72056 0 0.008 0.764 0.172 0.004 NA
#> SRR1485997 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1435560 4 0.3877 0.72951 0 0.072 0.016 0.792 0.000 NA
#> SRR1333330 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR663513 4 0.5450 0.09190 0 0.008 0.416 0.492 0.004 NA
#> SRR1328407 2 0.7810 0.14234 0 0.340 0.220 0.008 0.200 NA
#> SRR602784 3 0.7275 -0.23634 0 0.312 0.348 0.000 0.100 NA
#> SRR1348468 4 0.4172 0.64522 0 0.040 0.000 0.680 0.000 NA
#> SRR663717 2 0.3412 0.52707 0 0.808 0.000 0.128 0.000 NA
#> SRR602217 2 0.4648 0.59975 0 0.764 0.044 0.024 0.120 NA
#> SRR603140 3 0.4780 0.60770 0 0.008 0.672 0.248 0.004 NA
#> SRR1340804 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1457574 3 0.0547 0.84454 0 0.000 0.980 0.000 0.000 NA
#> SRR1333462 5 0.1644 0.82144 0 0.076 0.000 0.000 0.920 NA
#> SRR1094601 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1434610 4 0.5281 0.67710 0 0.052 0.148 0.684 0.000 NA
#> SRR1435833 4 0.5336 0.67127 0 0.196 0.032 0.656 0.000 NA
#> SRR1398728 2 0.1138 0.63147 0 0.960 0.000 0.024 0.004 NA
#> SRR1358343 4 0.5095 0.57546 0 0.104 0.000 0.584 0.000 NA
#> SRR1410890 2 0.1138 0.63044 0 0.960 0.000 0.024 0.004 NA
#> SRR1350371 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1392478 2 0.1075 0.63466 0 0.952 0.000 0.000 0.048 NA
#> SRR1099260 3 0.4129 0.71914 0 0.096 0.784 0.000 0.032 NA
#> SRR1433576 3 0.5902 0.51581 0 0.104 0.628 0.168 0.000 NA
#> SRR1345541 4 0.5530 0.42886 0 0.036 0.316 0.576 0.000 NA
#> SRR1086328 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR810391 3 0.1149 0.84495 0 0.000 0.960 0.024 0.008 NA
#> SRR1476207 3 0.4757 0.61672 0 0.008 0.676 0.244 0.004 NA
#> SRR627435 5 0.7123 0.41356 0 0.072 0.164 0.028 0.496 NA
#> SRR1489862 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1419086 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1436539 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1396191 3 0.0837 0.84734 0 0.000 0.972 0.020 0.004 NA
#> SRR1490115 3 0.2364 0.81507 0 0.000 0.892 0.072 0.004 NA
#> SRR1377714 3 0.5234 0.66379 0 0.044 0.692 0.160 0.004 NA
#> SRR819394 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR663161 4 0.3332 0.73531 0 0.016 0.068 0.844 0.004 NA
#> SRR607042 2 0.7543 0.15644 0 0.324 0.284 0.000 0.152 NA
#> SRR656203 4 0.7142 0.46133 0 0.276 0.148 0.432 0.000 NA
#> SRR660602 3 0.0806 0.84373 0 0.008 0.972 0.000 0.000 NA
#> SRR1440397 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1369264 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR809233 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR663249 2 0.0870 0.63652 0 0.972 0.000 0.012 0.012 NA
#> SRR661242 4 0.6966 0.54621 0 0.144 0.224 0.484 0.000 NA
#> SRR1332007 2 0.7679 0.04134 0 0.296 0.196 0.000 0.252 NA
#> SRR809619 4 0.6378 0.52653 0 0.276 0.076 0.528 0.000 NA
#> SRR819975 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR599281 2 0.3685 0.59488 0 0.800 0.008 0.004 0.140 NA
#> SRR662366 3 0.0862 0.84865 0 0.000 0.972 0.016 0.004 NA
#> SRR1317898 3 0.0922 0.84673 0 0.000 0.968 0.024 0.004 NA
#> SRR1382485 4 0.6144 0.63509 0 0.116 0.164 0.604 0.000 NA
#> SRR2166420 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1419429 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1092541 3 0.0291 0.84878 0 0.000 0.992 0.004 0.000 NA
#> SRR817444 3 0.5937 0.46382 0 0.168 0.616 0.000 0.068 NA
#> SRR1320403 5 0.2793 0.79185 0 0.200 0.000 0.000 0.800 NA
#> SRR1101483 2 0.1313 0.62632 0 0.952 0.000 0.028 0.004 NA
#> SRR1331684 3 0.1074 0.84836 0 0.000 0.960 0.012 0.000 NA
#> SRR1400054 4 0.2644 0.72951 0 0.012 0.028 0.884 0.004 NA
#> SRR1406088 2 0.1313 0.63040 0 0.952 0.000 0.028 0.004 NA
#> SRR820733 4 0.3397 0.72961 0 0.024 0.084 0.836 0.000 NA
#> SRR1314113 4 0.2841 0.72304 0 0.008 0.020 0.860 0.004 NA
#> SRR1382615 3 0.4604 0.67295 0 0.116 0.744 0.000 0.036 NA
#> SRR1480745 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1468850 2 0.4363 0.61327 0 0.792 0.024 0.052 0.084 NA
#> SRR656782 3 0.4593 0.69392 0 0.016 0.724 0.184 0.004 NA
#> SRR821364 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1101106 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR659295 5 0.1644 0.82144 0 0.076 0.000 0.000 0.920 NA
#> SRR1357103 2 0.7575 0.16150 0 0.332 0.248 0.000 0.164 NA
#> SRR809185 4 0.6647 0.58902 0 0.168 0.168 0.540 0.000 NA
#> SRR811583 4 0.3347 0.73583 0 0.040 0.072 0.848 0.004 NA
#> SRR1468050 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1440224 2 0.3875 0.60269 0 0.804 0.012 0.020 0.124 NA
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17314 rows and 500 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.3577 0.643 0.643
#> 3 3 0.747 0.804 0.871 0.7334 0.706 0.543
#> 4 4 0.743 0.900 0.898 0.1581 0.885 0.682
#> 5 5 0.813 0.668 0.834 0.0754 0.978 0.919
#> 6 6 0.779 0.626 0.751 0.0421 0.942 0.786
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1500170 2 0 1 0 1
#> SRR1402368 2 0 1 0 1
#> SRR607743 2 0 1 0 1
#> SRR1457375 2 0 1 0 1
#> SRR1470923 1 0 1 1 0
#> SRR817954 1 0 1 1 0
#> SRR809259 1 0 1 1 0
#> SRR1439785 2 0 1 0 1
#> SRR814768 1 0 1 1 0
#> SRR1102031 2 0 1 0 1
#> SRR1363611 2 0 1 0 1
#> SRR1468447 2 0 1 0 1
#> SRR1071931 2 0 1 0 1
#> SRR810981 1 0 1 1 0
#> SRR615299 2 0 1 0 1
#> SRR663585 2 0 1 0 1
#> SRR1326773 2 0 1 0 1
#> SRR1351166 2 0 1 0 1
#> SRR1477452 1 0 1 1 0
#> SRR1084720 2 0 1 0 1
#> SRR1420320 2 0 1 0 1
#> SRR1081712 2 0 1 0 1
#> SRR1318241 2 0 1 0 1
#> SRR1333718 2 0 1 0 1
#> SRR1313514 2 0 1 0 1
#> SRR1477861 2 0 1 0 1
#> SRR1318005 2 0 1 0 1
#> SRR1354665 2 0 1 0 1
#> SRR657707 2 0 1 0 1
#> SRR1370742 2 0 1 0 1
#> SRR1412947 2 0 1 0 1
#> SRR661553 2 0 1 0 1
#> SRR1328869 1 0 1 1 0
#> SRR662211 2 0 1 0 1
#> SRR1348181 2 0 1 0 1
#> SRR1416560 2 0 1 0 1
#> SRR1319772 2 0 1 0 1
#> SRR1091452 2 0 1 0 1
#> SRR1338812 1 0 1 1 0
#> SRR1392072 2 0 1 0 1
#> SRR814844 2 0 1 0 1
#> SRR1376619 2 0 1 0 1
#> SRR603690 2 0 1 0 1
#> SRR2184980 2 0 1 0 1
#> SRR613963 2 0 1 0 1
#> SRR1323422 1 0 1 1 0
#> SRR1397673 2 0 1 0 1
#> SRR1434650 2 0 1 0 1
#> SRR659875 2 0 1 0 1
#> SRR1465734 2 0 1 0 1
#> SRR1076847 2 0 1 0 1
#> SRR1415072 1 0 1 1 0
#> SRR659319 2 0 1 0 1
#> SRR663088 2 0 1 0 1
#> SRR1352021 1 0 1 1 0
#> SRR1325527 1 0 1 1 0
#> SRR1105369 1 0 1 1 0
#> SRR659935 2 0 1 0 1
#> SRR1352530 2 0 1 0 1
#> SRR662594 2 0 1 0 1
#> SRR1095309 1 0 1 1 0
#> SRR615647 2 0 1 0 1
#> SRR813019 2 0 1 0 1
#> SRR1374647 2 0 1 0 1
#> SRR603472 2 0 1 0 1
#> SRR661529 2 0 1 0 1
#> SRR607018 2 0 1 0 1
#> SRR627423 2 0 1 0 1
#> SRR654921 2 0 1 0 1
#> SRR1418968 1 0 1 1 0
#> SRR660871 2 0 1 0 1
#> SRR1330522 2 0 1 0 1
#> SRR1499958 2 0 1 0 1
#> SRR614059 2 0 1 0 1
#> SRR1071403 1 0 1 1 0
#> SRR1486719 2 0 1 0 1
#> SRR1440421 2 0 1 0 1
#> SRR1310412 2 0 1 0 1
#> SRR614767 2 0 1 0 1
#> SRR820709 1 0 1 1 0
#> SRR1471500 1 0 1 1 0
#> SRR658093 2 0 1 0 1
#> SRR1088168 2 0 1 0 1
#> SRR1418707 2 0 1 0 1
#> SRR1354291 2 0 1 0 1
#> SRR2165806 1 0 1 1 0
#> SRR1415684 2 0 1 0 1
#> SRR1433860 2 0 1 0 1
#> SRR1311062 2 0 1 0 1
#> SRR1360359 1 0 1 1 0
#> SRR661385 2 0 1 0 1
#> SRR615407 2 0 1 0 1
#> SRR1413892 2 0 1 0 1
#> SRR1443459 2 0 1 0 1
#> SRR1338942 1 0 1 1 0
#> SRR657480 2 0 1 0 1
#> SRR1399433 2 0 1 0 1
#> SRR818537 2 0 1 0 1
#> SRR1101324 2 0 1 0 1
#> SRR807637 2 0 1 0 1
#> SRR1091918 1 0 1 1 0
#> SRR598300 2 0 1 0 1
#> SRR1085426 1 0 1 1 0
#> SRR1376294 2 0 1 0 1
#> SRR813891 1 0 1 1 0
#> SRR1467431 2 0 1 0 1
#> SRR658742 2 0 1 0 1
#> SRR1419234 1 0 1 1 0
#> SRR1404813 2 0 1 0 1
#> SRR603496 2 0 1 0 1
#> SRR1407758 2 0 1 0 1
#> SRR810945 2 0 1 0 1
#> SRR817234 2 0 1 0 1
#> SRR1444852 2 0 1 0 1
#> SRR660378 2 0 1 0 1
#> SRR1467835 2 0 1 0 1
#> SRR1338964 2 0 1 0 1
#> SRR1079259 2 0 1 0 1
#> SRR1072345 2 0 1 0 1
#> SRR598725 2 0 1 0 1
#> SRR1447938 1 0 1 1 0
#> SRR1356397 1 0 1 1 0
#> SRR1360460 2 0 1 0 1
#> SRR1429468 2 0 1 0 1
#> SRR1446850 2 0 1 0 1
#> SRR1320363 2 0 1 0 1
#> SRR1413810 2 0 1 0 1
#> SRR598831 2 0 1 0 1
#> SRR1381865 1 0 1 1 0
#> SRR660957 2 0 1 0 1
#> SRR1491332 2 0 1 0 1
#> SRR1099744 2 0 1 0 1
#> SRR1464618 2 0 1 0 1
#> SRR1414559 2 0 1 0 1
#> SRR1337540 2 0 1 0 1
#> SRR1444283 1 0 1 1 0
#> SRR2184942 2 0 1 0 1
#> SRR660295 1 0 1 1 0
#> SRR601335 2 0 1 0 1
#> SRR1363742 2 0 1 0 1
#> SRR1345847 2 0 1 0 1
#> SRR614960 2 0 1 0 1
#> SRR819919 1 0 1 1 0
#> SRR603330 2 0 1 0 1
#> SRR1327951 1 0 1 1 0
#> SRR1401885 1 0 1 1 0
#> SRR1345266 2 0 1 0 1
#> SRR1338055 2 0 1 0 1
#> SRR1430157 2 0 1 0 1
#> SRR1320137 2 0 1 0 1
#> SRR1093483 1 0 1 1 0
#> SRR1341080 1 0 1 1 0
#> SRR1459913 2 0 1 0 1
#> SRR2170490 1 0 1 1 0
#> SRR1479845 2 0 1 0 1
#> SRR1436420 1 0 1 1 0
#> SRR1481060 2 0 1 0 1
#> SRR662282 2 0 1 0 1
#> SRR1487089 2 0 1 0 1
#> SRR1075683 1 0 1 1 0
#> SRR1338536 1 0 1 1 0
#> SRR1338880 2 0 1 0 1
#> SRR1453456 2 0 1 0 1
#> SRR1457895 1 0 1 1 0
#> SRR1440603 2 0 1 0 1
#> SRR658633 2 0 1 0 1
#> SRR1388081 2 0 1 0 1
#> SRR813339 2 0 1 0 1
#> SRR809725 1 0 1 1 0
#> SRR627441 2 0 1 0 1
#> SRR613603 2 0 1 0 1
#> SRR1096571 2 0 1 0 1
#> SRR1392701 1 0 1 1 0
#> SRR1344326 1 0 1 1 0
#> SRR1367693 2 0 1 0 1
#> SRR660697 2 0 1 0 1
#> SRR1489926 2 0 1 0 1
#> SRR811491 2 0 1 0 1
#> SRR1311644 2 0 1 0 1
#> SRR1451740 2 0 1 0 1
#> SRR615117 2 0 1 0 1
#> SRR1391748 2 0 1 0 1
#> SRR1466556 2 0 1 0 1
#> SRR614972 2 0 1 0 1
#> SRR1406200 1 0 1 1 0
#> SRR819210 2 0 1 0 1
#> SRR662174 1 0 1 1 0
#> SRR811988 1 0 1 1 0
#> SRR663236 2 0 1 0 1
#> SRR1312598 2 0 1 0 1
#> SRR1330129 2 0 1 0 1
#> SRR1357781 2 0 1 0 1
#> SRR1315517 2 0 1 0 1
#> SRR1400032 2 0 1 0 1
#> SRR1413722 1 0 1 1 0
#> SRR612827 2 0 1 0 1
#> SRR814794 1 0 1 1 0
#> SRR819430 1 0 1 1 0
#> SRR1395509 2 0 1 0 1
#> SRR808728 2 0 1 0 1
#> SRR1070813 2 0 1 0 1
#> SRR1389133 2 0 1 0 1
#> SRR601263 2 0 1 0 1
#> SRR604718 2 0 1 0 1
#> SRR1481351 2 0 1 0 1
#> SRR1334608 2 0 1 0 1
#> SRR658681 2 0 1 0 1
#> SRR809283 2 0 1 0 1
#> SRR1459300 1 0 1 1 0
#> SRR1392547 2 0 1 0 1
#> SRR811049 2 0 1 0 1
#> SRR1464835 2 0 1 0 1
#> SRR1339619 2 0 1 0 1
#> SRR658501 2 0 1 0 1
#> SRR1447523 2 0 1 0 1
#> SRR1415048 1 0 1 1 0
#> SRR1355451 1 0 1 1 0
#> SRR1444348 2 0 1 0 1
#> SRR603890 2 0 1 0 1
#> SRR810595 2 0 1 0 1
#> SRR1446244 2 0 1 0 1
#> SRR817373 2 0 1 0 1
#> SRR1457291 2 0 1 0 1
#> SRR598220 2 0 1 0 1
#> SRR1477991 2 0 1 0 1
#> SRR598172 2 0 1 0 1
#> SRR1349032 2 0 1 0 1
#> SRR604002 2 0 1 0 1
#> SRR1378026 2 0 1 0 1
#> SRR1404401 2 0 1 0 1
#> SRR1333240 2 0 1 0 1
#> SRR1089399 2 0 1 0 1
#> SRR603421 2 0 1 0 1
#> SRR812562 1 0 1 1 0
#> SRR808520 2 0 1 0 1
#> SRR811839 1 0 1 1 0
#> SRR814317 2 0 1 0 1
#> SRR1436763 2 0 1 0 1
#> SRR1486021 2 0 1 0 1
#> SRR1465018 2 0 1 0 1
#> SRR1080998 2 0 1 0 1
#> SRR1083432 2 0 1 0 1
#> SRR1082833 1 0 1 1 0
#> SRR1465804 1 0 1 1 0
#> SRR1326536 2 0 1 0 1
#> SRR614011 2 0 1 0 1
#> SRR1365873 2 0 1 0 1
#> SRR1498789 2 0 1 0 1
#> SRR601581 2 0 1 0 1
#> SRR603566 2 0 1 0 1
#> SRR1373981 1 0 1 1 0
#> SRR821410 2 0 1 0 1
#> SRR1076511 2 0 1 0 1
#> SRR614143 2 0 1 0 1
#> SRR1333570 2 0 1 0 1
#> SRR1366813 2 0 1 0 1
#> SRR1388746 1 0 1 1 0
#> SRR1420558 2 0 1 0 1
#> SRR1409510 2 0 1 0 1
#> SRR816250 2 0 1 0 1
#> SRR614131 2 0 1 0 1
#> SRR1331130 1 0 1 1 0
#> SRR1316015 2 0 1 0 1
#> SRR1470798 2 0 1 0 1
#> SRR614179 2 0 1 0 1
#> SRR1474863 2 0 1 0 1
#> SRR813560 2 0 1 0 1
#> SRR1312187 2 0 1 0 1
#> SRR1420960 2 0 1 0 1
#> SRR1355102 2 0 1 0 1
#> SRR1084577 2 0 1 0 1
#> SRR659971 2 0 1 0 1
#> SRR1350855 2 0 1 0 1
#> SRR820779 2 0 1 0 1
#> SRR1476300 2 0 1 0 1
#> SRR1090907 2 0 1 0 1
#> SRR662294 2 0 1 0 1
#> SRR1480789 2 0 1 0 1
#> SRR1336263 2 0 1 0 1
#> SRR660776 1 0 1 1 0
#> SRR1090508 2 0 1 0 1
#> SRR615563 2 0 1 0 1
#> SRR1101175 1 0 1 1 0
#> SRR2164650 2 0 1 0 1
#> SRR1431205 2 0 1 0 1
#> SRR1339856 2 0 1 0 1
#> SRR1352147 2 0 1 0 1
#> SRR808968 1 0 1 1 0
#> SRR627419 2 0 1 0 1
#> SRR1402391 1 0 1 1 0
#> SRR663609 2 0 1 0 1
#> SRR2167857 2 0 1 0 1
#> SRR1398752 1 0 1 1 0
#> SRR1469169 1 0 1 1 0
#> SRR1405437 2 0 1 0 1
#> SRR1416955 1 0 1 1 0
#> SRR1317064 2 0 1 0 1
#> SRR659001 2 0 1 0 1
#> SRR2170696 2 0 1 0 1
#> SRR816589 2 0 1 0 1
#> SRR1087487 2 0 1 0 1
#> SRR1329485 2 0 1 0 1
#> SRR816920 2 0 1 0 1
#> SRR1341432 1 0 1 1 0
#> SRR1361590 2 0 1 0 1
#> SRR817046 2 0 1 0 1
#> SRR1471331 2 0 1 0 1
#> SRR660788 2 0 1 0 1
#> SRR819234 1 0 1 1 0
#> SRR810853 2 0 1 0 1
#> SRR809427 2 0 1 0 1
#> SRR2170217 2 0 1 0 1
#> SRR1386967 2 0 1 0 1
#> SRR1420344 2 0 1 0 1
#> SRR1334535 1 0 1 1 0
#> SRR614503 2 0 1 0 1
#> SRR602564 2 0 1 0 1
#> SRR1420669 2 0 1 0 1
#> SRR819024 2 0 1 0 1
#> SRR656223 2 0 1 0 1
#> SRR608428 2 0 1 0 1
#> SRR1345647 1 0 1 1 0
#> SRR1389324 2 0 1 0 1
#> SRR1361368 2 0 1 0 1
#> SRR1322619 2 0 1 0 1
#> SRR1349276 2 0 1 0 1
#> SRR1404024 1 0 1 1 0
#> SRR1370637 2 0 1 0 1
#> SRR1452631 2 0 1 0 1
#> SRR608392 2 0 1 0 1
#> SRR1357757 2 0 1 0 1
#> SRR1074646 2 0 1 0 1
#> SRR1367499 2 0 1 0 1
#> SRR1343501 2 0 1 0 1
#> SRR1394406 2 0 1 0 1
#> SRR1381435 2 0 1 0 1
#> SRR1467407 1 0 1 1 0
#> SRR1092422 2 0 1 0 1
#> SRR1380270 2 0 1 0 1
#> SRR1091817 2 0 1 0 1
#> SRR1440137 2 0 1 0 1
#> SRR614311 2 0 1 0 1
#> SRR1407516 2 0 1 0 1
#> SRR815494 2 0 1 0 1
#> SRR1333209 2 0 1 0 1
#> SRR615177 2 0 1 0 1
#> SRR1099648 2 0 1 0 1
#> SRR659720 2 0 1 0 1
#> SRR2185057 1 0 1 1 0
#> SRR1467125 1 0 1 1 0
#> SRR657468 2 0 1 0 1
#> SRR660042 2 0 1 0 1
#> SRR2170864 2 0 1 0 1
#> SRR1440491 2 0 1 0 1
#> SRR1440852 2 0 1 0 1
#> SRR811169 1 0 1 1 0
#> SRR1331311 2 0 1 0 1
#> SRR818009 1 0 1 1 0
#> SRR1351836 2 0 1 0 1
#> SRR1498313 2 0 1 0 1
#> SRR1441975 2 0 1 0 1
#> SRR819096 1 0 1 1 0
#> SRR1073679 2 0 1 0 1
#> SRR1489116 2 0 1 0 1
#> SRR1354138 2 0 1 0 1
#> SRR1490589 2 0 1 0 1
#> SRR1412987 2 0 1 0 1
#> SRR602034 2 0 1 0 1
#> SRR1353437 1 0 1 1 0
#> SRR1072871 2 0 1 0 1
#> SRR661577 2 0 1 0 1
#> SRR612190 2 0 1 0 1
#> SRR1399880 1 0 1 1 0
#> SRR1101787 2 0 1 0 1
#> SRR657869 1 0 1 1 0
#> SRR1446332 1 0 1 1 0
#> SRR816039 1 0 1 1 0
#> SRR1485141 2 0 1 0 1
#> SRR1476697 1 0 1 1 0
#> SRR1379538 2 0 1 0 1
#> SRR1331422 1 0 1 1 0
#> SRR660859 2 0 1 0 1
#> SRR1097594 1 0 1 1 0
#> SRR1311419 2 0 1 0 1
#> SRR1336706 2 0 1 0 1
#> SRR1472976 2 0 1 0 1
#> SRR1321307 1 0 1 1 0
#> SRR807493 1 0 1 1 0
#> SRR812461 2 0 1 0 1
#> SRR1477149 2 0 1 0 1
#> SRR1457397 2 0 1 0 1
#> SRR661913 2 0 1 0 1
#> SRR1069024 2 0 1 0 1
#> SRR2165634 1 0 1 1 0
#> SRR1478722 2 0 1 0 1
#> SRR1328642 2 0 1 0 1
#> SRR1488261 2 0 1 0 1
#> SRR1318815 2 0 1 0 1
#> SRR816945 1 0 1 1 0
#> SRR1367432 2 0 1 0 1
#> SRR1359280 2 0 1 0 1
#> SRR1313910 2 0 1 0 1
#> SRR1457315 2 0 1 0 1
#> SRR815398 1 0 1 1 0
#> SRR656958 2 0 1 0 1
#> SRR600688 2 0 1 0 1
#> SRR1098952 1 0 1 1 0
#> SRR1314916 2 0 1 0 1
#> SRR614167 2 0 1 0 1
#> SRR1348114 2 0 1 0 1
#> SRR658033 2 0 1 0 1
#> SRR1077503 2 0 1 0 1
#> SRR661854 2 0 1 0 1
#> SRR811379 2 0 1 0 1
#> SRR1318857 2 0 1 0 1
#> SRR656445 2 0 1 0 1
#> SRR1433044 2 0 1 0 1
#> SRR1486391 1 0 1 1 0
#> SRR656071 2 0 1 0 1
#> SRR1364824 1 0 1 1 0
#> SRR1379133 1 0 1 1 0
#> SRR1394169 1 0 1 1 0
#> SRR816745 2 0 1 0 1
#> SRR601038 2 0 1 0 1
#> SRR1360080 1 0 1 1 0
#> SRR814868 2 0 1 0 1
#> SRR1485997 1 0 1 1 0
#> SRR1435560 2 0 1 0 1
#> SRR1333330 1 0 1 1 0
#> SRR663513 2 0 1 0 1
#> SRR1328407 2 0 1 0 1
#> SRR602784 2 0 1 0 1
#> SRR1348468 2 0 1 0 1
#> SRR663717 2 0 1 0 1
#> SRR602217 2 0 1 0 1
#> SRR603140 2 0 1 0 1
#> SRR1340804 1 0 1 1 0
#> SRR1457574 2 0 1 0 1
#> SRR1333462 2 0 1 0 1
#> SRR1094601 1 0 1 1 0
#> SRR1434610 2 0 1 0 1
#> SRR1435833 2 0 1 0 1
#> SRR1398728 2 0 1 0 1
#> SRR1358343 2 0 1 0 1
#> SRR1410890 2 0 1 0 1
#> SRR1350371 1 0 1 1 0
#> SRR1392478 2 0 1 0 1
#> SRR1099260 2 0 1 0 1
#> SRR1433576 2 0 1 0 1
#> SRR1345541 2 0 1 0 1
#> SRR1086328 1 0 1 1 0
#> SRR810391 2 0 1 0 1
#> SRR1476207 2 0 1 0 1
#> SRR627435 2 0 1 0 1
#> SRR1489862 1 0 1 1 0
#> SRR1419086 1 0 1 1 0
#> SRR1436539 1 0 1 1 0
#> SRR1396191 2 0 1 0 1
#> SRR1490115 2 0 1 0 1
#> SRR1377714 2 0 1 0 1
#> SRR819394 1 0 1 1 0
#> SRR663161 2 0 1 0 1
#> SRR607042 2 0 1 0 1
#> SRR656203 2 0 1 0 1
#> SRR660602 2 0 1 0 1
#> SRR1440397 1 0 1 1 0
#> SRR1369264 1 0 1 1 0
#> SRR809233 1 0 1 1 0
#> SRR663249 2 0 1 0 1
#> SRR661242 2 0 1 0 1
#> SRR1332007 2 0 1 0 1
#> SRR809619 2 0 1 0 1
#> SRR819975 1 0 1 1 0
#> SRR599281 2 0 1 0 1
#> SRR662366 2 0 1 0 1
#> SRR1317898 2 0 1 0 1
#> SRR1382485 2 0 1 0 1
#> SRR2166420 1 0 1 1 0
#> SRR1419429 1 0 1 1 0
#> SRR1092541 2 0 1 0 1
#> SRR817444 2 0 1 0 1
#> SRR1320403 2 0 1 0 1
#> SRR1101483 2 0 1 0 1
#> SRR1331684 2 0 1 0 1
#> SRR1400054 2 0 1 0 1
#> SRR1406088 2 0 1 0 1
#> SRR820733 2 0 1 0 1
#> SRR1314113 2 0 1 0 1
#> SRR1382615 2 0 1 0 1
#> SRR1480745 1 0 1 1 0
#> SRR1468850 2 0 1 0 1
#> SRR656782 2 0 1 0 1
#> SRR821364 1 0 1 1 0
#> SRR1101106 1 0 1 1 0
#> SRR659295 2 0 1 0 1
#> SRR1357103 2 0 1 0 1
#> SRR809185 2 0 1 0 1
#> SRR811583 2 0 1 0 1
#> SRR1468050 1 0 1 1 0
#> SRR1440224 2 0 1 0 1
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1500170 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402368 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR607743 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1457375 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470923 1 0.2711 0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR817954 1 0.0237 0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR809259 1 0.0424 0.9735 0.992 0.000 0.008
#> SRR1439785 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR814768 1 0.2711 0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR1102031 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363611 2 0.5905 0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR1468447 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071931 2 0.5905 0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR810981 1 0.0237 0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR615299 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR663585 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1326773 2 0.6302 0.2783 0.000 0.520 0.480
#> SRR1351166 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477452 1 0.2537 0.9694 0.920 0.000 0.080
#> SRR1084720 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1420320 2 0.5905 0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR1081712 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318241 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1333718 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1313514 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477861 3 0.6252 0.3939 0.000 0.444 0.556
#> SRR1318005 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354665 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR657707 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1370742 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1412947 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR661553 2 0.5905 0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR1328869 1 0.2711 0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR662211 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348181 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1416560 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1319772 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1091452 2 0.5905 0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR1338812 1 0.2711 0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR1392072 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR814844 2 0.5905 0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR1376619 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR603690 2 0.5905 0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR2184980 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR613963 2 0.5905 0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR1323422 1 0.2711 0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR1397673 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1434650 2 0.6299 -0.2089 0.000 0.524 0.476
#> SRR659875 3 0.5650 0.6261 0.000 0.312 0.688
#> SRR1465734 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1076847 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415072 1 0.2711 0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR659319 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR663088 2 0.5905 0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR1352021 1 0.2711 0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR1325527 1 0.0237 0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR1105369 1 0.0237 0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR659935 2 0.5905 0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR1352530 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR662594 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1095309 1 0.0237 0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR615647 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR813019 3 0.6045 0.5126 0.000 0.380 0.620
#> SRR1374647 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR603472 2 0.6299 -0.2089 0.000 0.524 0.476
#> SRR661529 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR607018 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR627423 2 0.0424 0.7838 0.000 0.992 0.008
#> SRR654921 2 0.5905 0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR1418968 1 0.0424 0.9738 0.992 0.000 0.008
#> SRR660871 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1330522 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1499958 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR614059 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1071403 1 0.2711 0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR1486719 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440421 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310412 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR614767 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR820709 1 0.0892 0.9735 0.980 0.000 0.020
#> SRR1471500 1 0.2711 0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR658093 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1088168 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1418707 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354291 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR2165806 1 0.0237 0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR1415684 2 0.5905 0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR1433860 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1311062 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360359 1 0.2711 0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR661385 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR615407 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413892 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1443459 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338942 1 0.2711 0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR657480 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1399433 2 0.5905 0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR818537 3 0.6252 0.3939 0.000 0.444 0.556
#> SRR1101324 2 0.6225 0.4285 0.000 0.568 0.432
#> SRR807637 2 0.5905 0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR1091918 1 0.0237 0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR598300 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1085426 1 0.0237 0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR1376294 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR813891 1 0.2711 0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR1467431 2 0.4452 0.7029 0.000 0.808 0.192
#> SRR658742 2 0.6225 0.4285 0.000 0.568 0.432
#> SRR1419234 1 0.0237 0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR1404813 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR603496 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1407758 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR810945 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR817234 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444852 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR660378 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1467835 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338964 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1079259 2 0.5905 0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR1072345 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR598725 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1447938 1 0.2711 0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR1356397 1 0.0237 0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR1360460 2 0.5905 0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR1429468 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446850 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320363 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1413810 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR598831 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381865 1 0.2711 0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR660957 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1491332 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1099744 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464618 2 0.5098 0.6721 0.000 0.752 0.248
#> SRR1414559 2 0.6225 0.4285 0.000 0.568 0.432
#> SRR1337540 2 0.5905 0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR1444283 1 0.0424 0.9737 0.992 0.000 0.008
#> SRR2184942 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR660295 1 0.0237 0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR601335 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1363742 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1345847 2 0.5905 0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR614960 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR819919 1 0.0237 0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR603330 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327951 1 0.0237 0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR1401885 1 0.2711 0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR1345266 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338055 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430157 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320137 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093483 1 0.0892 0.9735 0.980 0.000 0.020
#> SRR1341080 1 0.2711 0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR1459913 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR2170490 1 0.0237 0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR1479845 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1436420 1 0.0237 0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR1481060 3 0.5650 0.6261 0.000 0.312 0.688
#> SRR662282 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1487089 2 0.5905 0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR1075683 1 0.2711 0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR1338536 1 0.2711 0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR1338880 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453456 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1457895 1 0.0237 0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR1440603 3 0.6252 0.3939 0.000 0.444 0.556
#> SRR658633 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388081 2 0.5905 0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR813339 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR809725 1 0.2356 0.9708 0.928 0.000 0.072
#> SRR627441 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR613603 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1096571 3 0.5706 0.6132 0.000 0.320 0.680
#> SRR1392701 1 0.0237 0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR1344326 1 0.1289 0.9731 0.968 0.000 0.032
#> SRR1367693 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR660697 2 0.5327 0.6575 0.000 0.728 0.272
#> SRR1489926 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR811491 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1311644 3 0.6305 -0.1517 0.000 0.484 0.516
#> SRR1451740 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR615117 3 0.6274 0.3694 0.000 0.456 0.544
#> SRR1391748 2 0.5905 0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR1466556 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR614972 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1406200 1 0.2711 0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR819210 2 0.5905 0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR662174 1 0.0892 0.9735 0.980 0.000 0.020
#> SRR811988 1 0.2711 0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR663236 3 0.4931 0.7026 0.000 0.232 0.768
#> SRR1312598 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330129 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357781 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315517 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400032 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1413722 1 0.2711 0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR612827 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR814794 1 0.0237 0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR819430 1 0.2711 0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR1395509 2 0.5905 0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR808728 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1070813 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389133 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR601263 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR604718 2 0.5905 0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR1481351 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1334608 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR658681 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR809283 2 0.5905 0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR1459300 1 0.0237 0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR1392547 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR811049 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1464835 2 0.5905 0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR1339619 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR658501 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1447523 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1415048 1 0.0592 0.9737 0.988 0.000 0.012
#> SRR1355451 1 0.2711 0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR1444348 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR603890 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR810595 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1446244 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR817373 2 0.5905 0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR1457291 2 0.5465 0.6471 0.000 0.712 0.288
#> SRR598220 3 0.2878 0.9199 0.000 0.096 0.904
#> SRR1477991 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR598172 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349032 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR604002 2 0.0747 0.7748 0.000 0.984 0.016
#> SRR1378026 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1404401 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333240 2 0.5905 0.1974 0.000 0.648 0.352
#> SRR1089399 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR603421 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR812562 1 0.2711 0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR808520 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR811839 1 0.0237 0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR814317 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436763 2 0.5905 0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR1486021 2 0.5905 0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR1465018 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080998 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1083432 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1082833 1 0.0237 0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR1465804 1 0.2711 0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR1326536 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR614011 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1365873 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498789 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR601581 2 0.5098 0.6721 0.000 0.752 0.248
#> SRR603566 3 0.6045 0.5126 0.000 0.380 0.620
#> SRR1373981 1 0.0237 0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR821410 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076511 2 0.5905 0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR614143 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1333570 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1366813 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388746 1 0.0237 0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR1420558 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1409510 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR816250 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR614131 2 0.3038 0.7453 0.000 0.896 0.104
#> SRR1331130 1 0.2711 0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR1316015 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1470798 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR614179 3 0.6062 0.5056 0.000 0.384 0.616
#> SRR1474863 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR813560 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312187 2 0.5760 0.6189 0.000 0.672 0.328
#> SRR1420960 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1355102 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1084577 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR659971 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350855 2 0.5905 0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR820779 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1476300 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1090907 2 0.5905 0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR662294 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480789 3 0.6204 0.4332 0.000 0.424 0.576
#> SRR1336263 2 0.5905 0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR660776 1 0.0237 0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR1090508 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR615563 2 0.5905 0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR1101175 1 0.0237 0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR2164650 3 0.5529 0.6510 0.000 0.296 0.704
#> SRR1431205 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339856 2 0.5138 0.6697 0.000 0.748 0.252
#> SRR1352147 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR808968 1 0.0237 0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR627419 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402391 1 0.0000 0.9734 1.000 0.000 0.000
#> SRR663609 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR2167857 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398752 1 0.0237 0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR1469169 1 0.0237 0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR1405437 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416955 1 0.2711 0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR1317064 2 0.5905 0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR659001 2 0.5905 0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR2170696 2 0.6225 0.4285 0.000 0.568 0.432
#> SRR816589 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1087487 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1329485 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR816920 2 0.6225 0.4285 0.000 0.568 0.432
#> SRR1341432 1 0.0237 0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR1361590 2 0.5905 0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR817046 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1471331 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR660788 3 0.5016 0.6857 0.000 0.240 0.760
#> SRR819234 1 0.2711 0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR810853 3 0.6204 0.4332 0.000 0.424 0.576
#> SRR809427 2 0.5905 0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR2170217 2 0.5905 0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR1386967 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1420344 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334535 1 0.2625 0.9688 0.916 0.000 0.084
#> SRR614503 2 0.5363 0.6550 0.000 0.724 0.276
#> SRR602564 2 0.5905 0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR1420669 2 0.6225 0.4285 0.000 0.568 0.432
#> SRR819024 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR656223 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR608428 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345647 1 0.2711 0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR1389324 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1361368 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322619 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349276 2 0.5905 0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR1404024 1 0.2711 0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR1370637 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452631 2 0.5905 0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR608392 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1357757 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1074646 2 0.5905 0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR1367499 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1343501 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1394406 2 0.6204 0.4487 0.000 0.576 0.424
#> SRR1381435 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1467407 1 0.0237 0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR1092422 2 0.5560 0.3419 0.000 0.700 0.300
#> SRR1380270 3 0.6204 0.4332 0.000 0.424 0.576
#> SRR1091817 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440137 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR614311 2 0.0237 0.7852 0.000 0.996 0.004
#> SRR1407516 2 0.5905 0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR815494 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1333209 2 0.5760 0.6189 0.000 0.672 0.328
#> SRR615177 2 0.6225 0.4285 0.000 0.568 0.432
#> SRR1099648 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR659720 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR2185057 1 0.0892 0.9735 0.980 0.000 0.020
#> SRR1467125 1 0.2711 0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR657468 2 0.6225 0.4285 0.000 0.568 0.432
#> SRR660042 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR2170864 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440491 2 0.5905 0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR1440852 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR811169 1 0.0424 0.9738 0.992 0.000 0.008
#> SRR1331311 2 0.5905 0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR818009 1 0.0237 0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR1351836 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498313 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441975 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR819096 1 0.2711 0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR1073679 2 0.6299 0.2953 0.000 0.524 0.476
#> SRR1489116 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1354138 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1490589 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1412987 2 0.5905 0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR602034 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1353437 1 0.2711 0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR1072871 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR661577 2 0.5905 0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR612190 2 0.5905 0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR1399880 1 0.2711 0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR1101787 2 0.5905 0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR657869 1 0.0237 0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR1446332 1 0.0237 0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR816039 1 0.2711 0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR1485141 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1476697 1 0.2356 0.9702 0.928 0.000 0.072
#> SRR1379538 2 0.2448 0.7574 0.000 0.924 0.076
#> SRR1331422 1 0.0237 0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR660859 3 0.2878 0.9199 0.000 0.096 0.904
#> SRR1097594 1 0.0237 0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR1311419 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1336706 3 0.5678 0.6197 0.000 0.316 0.684
#> SRR1472976 2 0.5905 0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR1321307 1 0.0237 0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR807493 1 0.0237 0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR812461 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1477149 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457397 2 0.6302 -0.2201 0.000 0.520 0.480
#> SRR661913 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1069024 3 0.6252 0.3939 0.000 0.444 0.556
#> SRR2165634 1 0.0237 0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR1478722 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1328642 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488261 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1318815 2 0.5905 0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR816945 1 0.0237 0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR1367432 2 0.5905 0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR1359280 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313910 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457315 3 0.6260 0.0112 0.000 0.448 0.552
#> SRR815398 1 0.0237 0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR656958 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR600688 2 0.5905 0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR1098952 1 0.0237 0.9737 0.996 0.000 0.004
#> SRR1314916 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR614167 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1348114 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR658033 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077503 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR661854 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR811379 2 0.5905 0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR1318857 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR656445 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1433044 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486391 1 0.0747 0.9738 0.984 0.000 0.016
#> SRR656071 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1364824 1 0.2711 0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR1379133 1 0.2711 0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR1394169 1 0.1753 0.9722 0.952 0.000 0.048
#> SRR816745 3 0.6204 0.4332 0.000 0.424 0.576
#> SRR601038 3 0.6204 0.4332 0.000 0.424 0.576
#> SRR1360080 1 0.0424 0.9737 0.992 0.000 0.008
#> SRR814868 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1485997 1 0.2711 0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR1435560 2 0.5905 0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR1333330 1 0.2711 0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR663513 3 0.6225 0.0855 0.000 0.432 0.568
#> SRR1328407 3 0.6204 0.4332 0.000 0.424 0.576
#> SRR602784 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1348468 2 0.5905 0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR663717 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR602217 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR603140 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1340804 1 0.2711 0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR1457574 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1333462 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1094601 1 0.2711 0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR1434610 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1435833 2 0.5905 0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR1398728 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358343 2 0.5650 0.6306 0.000 0.688 0.312
#> SRR1410890 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350371 1 0.0237 0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR1392478 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099260 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1433576 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1345541 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1086328 1 0.0237 0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR810391 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1476207 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR627435 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1489862 1 0.2165 0.9709 0.936 0.000 0.064
#> SRR1419086 1 0.0237 0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR1436539 1 0.2711 0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR1396191 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1490115 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1377714 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR819394 1 0.2711 0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR663161 2 0.5905 0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR607042 3 0.6045 0.5126 0.000 0.380 0.620
#> SRR656203 2 0.5905 0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR660602 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1440397 1 0.0237 0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR1369264 1 0.0424 0.9739 0.992 0.000 0.008
#> SRR809233 1 0.0237 0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR663249 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR661242 2 0.5905 0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR1332007 3 0.6252 0.3939 0.000 0.444 0.556
#> SRR809619 2 0.5905 0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR819975 1 0.2711 0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR599281 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR662366 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1317898 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1382485 2 0.5905 0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR2166420 1 0.2711 0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR1419429 1 0.0237 0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR1092541 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR817444 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1320403 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101483 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331684 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1400054 3 0.6291 -0.0824 0.000 0.468 0.532
#> SRR1406088 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR820733 2 0.6274 0.3596 0.000 0.544 0.456
#> SRR1314113 3 0.6291 -0.0824 0.000 0.468 0.532
#> SRR1382615 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1480745 1 0.0747 0.9737 0.984 0.000 0.016
#> SRR1468850 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR656782 3 0.2796 0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR821364 1 0.0237 0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR1101106 1 0.0237 0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR659295 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357103 3 0.6252 0.3939 0.000 0.444 0.556
#> SRR809185 2 0.5497 0.6444 0.000 0.708 0.292
#> SRR811583 2 0.5905 0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR1468050 1 0.2711 0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR1440224 2 0.0000 0.7865 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1500170 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1402368 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR607743 3 0.4855 0.2008 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1457375 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1470923 1 0.3649 0.9209 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR817954 1 0.0657 0.9329 0.984 0.012 0.000 0.004
#> SRR809259 1 0.0524 0.9348 0.988 0.004 0.000 0.008
#> SRR1439785 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR814768 1 0.3583 0.9252 0.816 0.004 0.000 0.180
#> SRR1102031 4 0.4755 0.8388 0.000 0.200 0.040 0.760
#> SRR1363611 4 0.4728 0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR1468447 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1071931 4 0.4728 0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR810981 1 0.0524 0.9333 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR615299 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR663585 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326773 3 0.4104 0.7530 0.000 0.080 0.832 0.088
#> SRR1351166 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1477452 1 0.3355 0.9277 0.836 0.004 0.000 0.160
#> SRR1084720 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420320 4 0.4728 0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR1081712 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1318241 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333718 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313514 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1477861 3 0.4972 0.1501 0.000 0.456 0.544 0.000
#> SRR1318005 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1354665 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR657707 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370742 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1412947 4 0.5106 0.7815 0.000 0.240 0.040 0.720
#> SRR661553 4 0.4728 0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR1328869 1 0.3668 0.9236 0.808 0.004 0.000 0.188
#> SRR662211 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1348181 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416560 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319772 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091452 4 0.4728 0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR1338812 1 0.3649 0.9209 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1392072 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR814844 4 0.4728 0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR1376619 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR603690 4 0.4728 0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR2184980 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR613963 4 0.4728 0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR1323422 1 0.3539 0.9246 0.820 0.004 0.000 0.176
#> SRR1397673 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434650 2 0.4961 0.1978 0.000 0.552 0.448 0.000
#> SRR659875 3 0.1118 0.9244 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1465734 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076847 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1415072 1 0.3649 0.9209 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR659319 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663088 4 0.4728 0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR1352021 1 0.3626 0.9234 0.812 0.004 0.000 0.184
#> SRR1325527 1 0.0376 0.9339 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1105369 1 0.0895 0.9335 0.976 0.020 0.000 0.004
#> SRR659935 4 0.4728 0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR1352530 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662594 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095309 1 0.1004 0.9321 0.972 0.024 0.000 0.004
#> SRR615647 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR813019 3 0.1792 0.8968 0.000 0.068 0.932 0.000
#> SRR1374647 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR603472 2 0.4277 0.6165 0.000 0.720 0.280 0.000
#> SRR661529 4 0.3688 0.8311 0.000 0.000 0.208 0.792
#> SRR607018 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR627423 2 0.6074 -0.1090 0.000 0.500 0.044 0.456
#> SRR654921 4 0.4728 0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR1418968 1 0.1305 0.9371 0.960 0.004 0.000 0.036
#> SRR660871 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330522 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499958 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR614059 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071403 1 0.3539 0.9246 0.820 0.004 0.000 0.176
#> SRR1486719 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1440421 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1310412 3 0.4585 0.4129 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR614767 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR820709 1 0.1890 0.9373 0.936 0.008 0.000 0.056
#> SRR1471500 1 0.3710 0.9231 0.804 0.004 0.000 0.192
#> SRR658093 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088168 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418707 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1354291 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR2165806 1 0.1109 0.9332 0.968 0.028 0.000 0.004
#> SRR1415684 4 0.4728 0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR1433860 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311062 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1360359 1 0.3649 0.9209 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR661385 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615407 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1413892 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443459 4 0.5578 0.6613 0.000 0.312 0.040 0.648
#> SRR1338942 1 0.3791 0.9213 0.796 0.004 0.000 0.200
#> SRR657480 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399433 4 0.4728 0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR818537 3 0.4898 0.2776 0.000 0.416 0.584 0.000
#> SRR1101324 4 0.4688 0.9350 0.000 0.080 0.128 0.792
#> SRR807637 4 0.4728 0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR1091918 1 0.0376 0.9339 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR598300 3 0.4134 0.5862 0.000 0.000 0.740 0.260
#> SRR1085426 1 0.0779 0.9327 0.980 0.016 0.000 0.004
#> SRR1376294 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR813891 1 0.3649 0.9209 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1467431 4 0.4614 0.9089 0.000 0.144 0.064 0.792
#> SRR658742 4 0.4688 0.9350 0.000 0.080 0.128 0.792
#> SRR1419234 1 0.0895 0.9336 0.976 0.020 0.000 0.004
#> SRR1404813 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR603496 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407758 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR810945 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR817234 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1444852 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660378 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467835 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1338964 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079259 4 0.5803 0.8604 0.000 0.196 0.104 0.700
#> SRR1072345 3 0.0921 0.9336 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR598725 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447938 1 0.3710 0.9223 0.804 0.004 0.000 0.192
#> SRR1356397 1 0.0376 0.9339 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1360460 4 0.4728 0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR1429468 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1446850 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1320363 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413810 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR598831 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1381865 1 0.3591 0.9258 0.824 0.008 0.000 0.168
#> SRR660957 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1491332 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099744 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1464618 4 0.4673 0.9248 0.000 0.132 0.076 0.792
#> SRR1414559 4 0.4688 0.9350 0.000 0.080 0.128 0.792
#> SRR1337540 4 0.4728 0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR1444283 1 0.1109 0.9370 0.968 0.004 0.000 0.028
#> SRR2184942 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660295 1 0.1004 0.9321 0.972 0.024 0.000 0.004
#> SRR601335 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363742 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345847 4 0.4728 0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR614960 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR819919 1 0.1004 0.9321 0.972 0.024 0.000 0.004
#> SRR603330 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1327951 1 0.0895 0.9324 0.976 0.020 0.000 0.004
#> SRR1401885 1 0.3649 0.9209 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1345266 2 0.5041 0.6180 0.000 0.728 0.040 0.232
#> SRR1338055 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1430157 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1320137 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1093483 1 0.1305 0.9371 0.960 0.004 0.000 0.036
#> SRR1341080 1 0.3791 0.9213 0.796 0.004 0.000 0.200
#> SRR1459913 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170490 1 0.1109 0.9332 0.968 0.028 0.000 0.004
#> SRR1479845 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436420 1 0.0779 0.9331 0.980 0.016 0.000 0.004
#> SRR1481060 3 0.1118 0.9244 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR662282 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487089 4 0.4728 0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR1075683 1 0.3649 0.9209 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1338536 1 0.3610 0.9216 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1338880 2 0.6000 -0.0639 0.000 0.508 0.040 0.452
#> SRR1453456 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457895 1 0.0376 0.9339 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1440603 3 0.4967 0.1638 0.000 0.452 0.548 0.000
#> SRR658633 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1388081 4 0.4728 0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR813339 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809725 1 0.2859 0.9329 0.880 0.008 0.000 0.112
#> SRR627441 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR613603 3 0.1022 0.9297 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1096571 3 0.1118 0.9244 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1392701 1 0.1109 0.9328 0.968 0.028 0.000 0.004
#> SRR1344326 1 0.1824 0.9372 0.936 0.004 0.000 0.060
#> SRR1367693 2 0.5041 0.6180 0.000 0.728 0.040 0.232
#> SRR660697 4 0.4673 0.9248 0.000 0.132 0.076 0.792
#> SRR1489926 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811491 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311644 4 0.4590 0.9120 0.000 0.060 0.148 0.792
#> SRR1451740 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615117 2 0.4992 0.0950 0.000 0.524 0.476 0.000
#> SRR1391748 4 0.4728 0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR1466556 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614972 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406200 1 0.3791 0.9213 0.796 0.004 0.000 0.200
#> SRR819210 4 0.4728 0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR662174 1 0.2060 0.9371 0.932 0.016 0.000 0.052
#> SRR811988 1 0.3636 0.9255 0.820 0.008 0.000 0.172
#> SRR663236 4 0.4225 0.8647 0.000 0.024 0.184 0.792
#> SRR1312598 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1330129 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1357781 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1315517 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1400032 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413722 1 0.3710 0.9231 0.804 0.004 0.000 0.192
#> SRR612827 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR814794 1 0.0524 0.9333 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR819430 1 0.3545 0.9261 0.828 0.008 0.000 0.164
#> SRR1395509 4 0.4728 0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR808728 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070813 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1389133 3 0.2760 0.8148 0.000 0.000 0.872 0.128
#> SRR601263 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR604718 4 0.4728 0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR1481351 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334608 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658681 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809283 4 0.4728 0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR1459300 1 0.0657 0.9340 0.984 0.012 0.000 0.004
#> SRR1392547 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811049 3 0.1474 0.9089 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1464835 4 0.4728 0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR1339619 2 0.5417 0.5070 0.000 0.676 0.040 0.284
#> SRR658501 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447523 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415048 1 0.1042 0.9375 0.972 0.008 0.000 0.020
#> SRR1355451 1 0.3649 0.9209 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1444348 2 0.5284 0.5515 0.000 0.696 0.040 0.264
#> SRR603890 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR810595 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446244 2 0.5933 0.1180 0.000 0.552 0.040 0.408
#> SRR817373 4 0.4728 0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR1457291 4 0.4688 0.9297 0.000 0.128 0.080 0.792
#> SRR598220 4 0.3726 0.8269 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR1477991 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR598172 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1349032 2 0.5933 0.1180 0.000 0.552 0.040 0.408
#> SRR604002 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1378026 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404401 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1333240 2 0.2530 0.8416 0.000 0.888 0.112 0.000
#> SRR1089399 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR603421 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR812562 1 0.3710 0.9225 0.804 0.004 0.000 0.192
#> SRR808520 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811839 1 0.1004 0.9321 0.972 0.024 0.000 0.004
#> SRR814317 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1436763 4 0.4728 0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR1486021 4 0.4728 0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR1465018 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1080998 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083432 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082833 1 0.0376 0.9339 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1465804 1 0.3649 0.9209 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1326536 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614011 2 0.5041 0.6180 0.000 0.728 0.040 0.232
#> SRR1365873 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1498789 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR601581 4 0.5953 0.7521 0.000 0.268 0.076 0.656
#> SRR603566 3 0.1211 0.9202 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR1373981 1 0.0376 0.9339 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR821410 2 0.1677 0.9198 0.000 0.948 0.040 0.012
#> SRR1076511 4 0.4728 0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR614143 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333570 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366813 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1388746 1 0.0524 0.9333 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR1420558 3 0.4500 0.4550 0.000 0.000 0.684 0.316
#> SRR1409510 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816250 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR614131 2 0.6292 -0.0037 0.000 0.524 0.060 0.416
#> SRR1331130 1 0.3649 0.9209 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1316015 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470798 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614179 3 0.1211 0.9202 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR1474863 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR813560 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1312187 4 0.4718 0.9431 0.000 0.116 0.092 0.792
#> SRR1420960 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355102 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084577 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659971 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1350855 4 0.4728 0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR820779 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476300 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090907 4 0.4728 0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR662294 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1480789 3 0.2216 0.8699 0.000 0.092 0.908 0.000
#> SRR1336263 4 0.4728 0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR660776 1 0.1004 0.9321 0.972 0.024 0.000 0.004
#> SRR1090508 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR615563 4 0.4728 0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR1101175 1 0.0657 0.9340 0.984 0.012 0.000 0.004
#> SRR2164650 3 0.1118 0.9244 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1431205 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1339856 4 0.4673 0.9248 0.000 0.132 0.076 0.792
#> SRR1352147 4 0.4423 0.8729 0.000 0.168 0.040 0.792
#> SRR808968 1 0.0524 0.9340 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR627419 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1402391 1 0.0804 0.9362 0.980 0.008 0.000 0.012
#> SRR663609 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2167857 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1398752 1 0.1174 0.9368 0.968 0.012 0.000 0.020
#> SRR1469169 1 0.0895 0.9324 0.976 0.020 0.000 0.004
#> SRR1405437 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1416955 1 0.3649 0.9209 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1317064 4 0.4728 0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR659001 4 0.4728 0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR2170696 4 0.4688 0.9350 0.000 0.080 0.128 0.792
#> SRR816589 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087487 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329485 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816920 4 0.4688 0.9350 0.000 0.080 0.128 0.792
#> SRR1341432 1 0.0524 0.9333 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR1361590 4 0.4728 0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR817046 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471331 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660788 4 0.4225 0.8647 0.000 0.024 0.184 0.792
#> SRR819234 1 0.3636 0.9247 0.820 0.008 0.000 0.172
#> SRR810853 3 0.3219 0.7856 0.000 0.164 0.836 0.000
#> SRR809427 4 0.4728 0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR2170217 4 0.4728 0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR1386967 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420344 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1334535 1 0.3448 0.9263 0.828 0.004 0.000 0.168
#> SRR614503 4 0.4673 0.9248 0.000 0.132 0.076 0.792
#> SRR602564 4 0.4728 0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR1420669 4 0.4688 0.9350 0.000 0.080 0.128 0.792
#> SRR819024 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR656223 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608428 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1345647 1 0.3649 0.9209 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1389324 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1361368 4 0.4423 0.8729 0.000 0.168 0.040 0.792
#> SRR1322619 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1349276 4 0.4728 0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR1404024 1 0.3649 0.9209 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1370637 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1452631 4 0.4728 0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR608392 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357757 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1074646 4 0.4728 0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR1367499 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343501 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394406 4 0.4688 0.9350 0.000 0.080 0.128 0.792
#> SRR1381435 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467407 1 0.0524 0.9340 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR1092422 2 0.2081 0.8743 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR1380270 3 0.3219 0.7856 0.000 0.164 0.836 0.000
#> SRR1091817 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1440137 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR614311 4 0.4462 0.8792 0.000 0.164 0.044 0.792
#> SRR1407516 4 0.4728 0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR815494 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333209 4 0.4718 0.9431 0.000 0.116 0.092 0.792
#> SRR615177 4 0.4688 0.9350 0.000 0.080 0.128 0.792
#> SRR1099648 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659720 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2185057 1 0.2282 0.9369 0.924 0.024 0.000 0.052
#> SRR1467125 1 0.3649 0.9209 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR657468 4 0.4688 0.9350 0.000 0.080 0.128 0.792
#> SRR660042 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170864 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1440491 4 0.4728 0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR1440852 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811169 1 0.1256 0.9373 0.964 0.008 0.000 0.028
#> SRR1331311 4 0.4728 0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR818009 1 0.0657 0.9338 0.984 0.012 0.000 0.004
#> SRR1351836 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1498313 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1441975 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR819096 1 0.3649 0.9209 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1073679 4 0.4673 0.9307 0.000 0.076 0.132 0.792
#> SRR1489116 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354138 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490589 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1412987 4 0.4728 0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR602034 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353437 1 0.3545 0.9261 0.828 0.008 0.000 0.164
#> SRR1072871 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661577 4 0.4728 0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR612190 4 0.4728 0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR1399880 1 0.3649 0.9209 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1101787 4 0.4728 0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR657869 1 0.1004 0.9321 0.972 0.024 0.000 0.004
#> SRR1446332 1 0.0188 0.9338 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR816039 1 0.3710 0.9231 0.804 0.004 0.000 0.192
#> SRR1485141 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476697 1 0.3157 0.9299 0.852 0.004 0.000 0.144
#> SRR1379538 4 0.5546 0.7464 0.000 0.268 0.052 0.680
#> SRR1331422 1 0.0779 0.9327 0.980 0.016 0.000 0.004
#> SRR660859 4 0.4643 0.6249 0.000 0.000 0.344 0.656
#> SRR1097594 1 0.0376 0.9339 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1311419 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336706 3 0.1118 0.9244 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1472976 4 0.4728 0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR1321307 1 0.1004 0.9321 0.972 0.024 0.000 0.004
#> SRR807493 1 0.0376 0.9339 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR812461 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477149 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1457397 2 0.4304 0.6083 0.000 0.716 0.284 0.000
#> SRR661913 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069024 3 0.4713 0.4279 0.000 0.360 0.640 0.000
#> SRR2165634 1 0.1209 0.9336 0.964 0.032 0.000 0.004
#> SRR1478722 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328642 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1488261 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318815 4 0.4728 0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR816945 1 0.1004 0.9321 0.972 0.024 0.000 0.004
#> SRR1367432 4 0.4728 0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR1359280 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1313910 2 0.5041 0.6180 0.000 0.728 0.040 0.232
#> SRR1457315 4 0.4462 0.8914 0.000 0.044 0.164 0.792
#> SRR815398 1 0.1004 0.9321 0.972 0.024 0.000 0.004
#> SRR656958 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR600688 4 0.4728 0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR1098952 1 0.0779 0.9367 0.980 0.004 0.000 0.016
#> SRR1314916 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614167 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348114 2 0.6000 -0.0744 0.000 0.508 0.040 0.452
#> SRR658033 4 0.4677 0.8486 0.000 0.192 0.040 0.768
#> SRR1077503 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661854 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811379 4 0.4728 0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR1318857 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR656445 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433044 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1486391 1 0.1576 0.9377 0.948 0.004 0.000 0.048
#> SRR656071 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1364824 1 0.3649 0.9209 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1379133 1 0.3681 0.9242 0.816 0.008 0.000 0.176
#> SRR1394169 1 0.2480 0.9351 0.904 0.008 0.000 0.088
#> SRR816745 3 0.3219 0.7856 0.000 0.164 0.836 0.000
#> SRR601038 3 0.2530 0.8486 0.000 0.112 0.888 0.000
#> SRR1360080 1 0.1109 0.9370 0.968 0.004 0.000 0.028
#> SRR814868 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485997 1 0.3583 0.9241 0.816 0.004 0.000 0.180
#> SRR1435560 4 0.4728 0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR1333330 1 0.3791 0.9213 0.796 0.004 0.000 0.200
#> SRR663513 4 0.4590 0.9120 0.000 0.060 0.148 0.792
#> SRR1328407 3 0.3837 0.6979 0.000 0.224 0.776 0.000
#> SRR602784 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348468 4 0.4728 0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR663717 4 0.5658 0.6283 0.000 0.328 0.040 0.632
#> SRR602217 2 0.2149 0.8781 0.000 0.912 0.088 0.000
#> SRR603140 3 0.4713 0.3292 0.000 0.000 0.640 0.360
#> SRR1340804 1 0.3649 0.9209 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1457574 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333462 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1094601 1 0.3751 0.9217 0.800 0.004 0.000 0.196
#> SRR1434610 4 0.4543 0.6639 0.000 0.000 0.324 0.676
#> SRR1435833 4 0.4728 0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR1398728 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1358343 4 0.6182 0.7384 0.000 0.276 0.088 0.636
#> SRR1410890 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1350371 1 0.1109 0.9328 0.968 0.028 0.000 0.004
#> SRR1392478 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1099260 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433576 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345541 4 0.3873 0.8092 0.000 0.000 0.228 0.772
#> SRR1086328 1 0.0895 0.9324 0.976 0.020 0.000 0.004
#> SRR810391 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476207 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR627435 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489862 1 0.3052 0.9303 0.860 0.004 0.000 0.136
#> SRR1419086 1 0.0524 0.9340 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR1436539 1 0.3649 0.9209 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1396191 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490115 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377714 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR819394 1 0.3649 0.9209 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR663161 4 0.4728 0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR607042 3 0.1211 0.9202 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR656203 4 0.4728 0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR660602 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440397 1 0.0524 0.9340 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR1369264 1 0.1004 0.9377 0.972 0.004 0.000 0.024
#> SRR809233 1 0.0524 0.9333 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR663249 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR661242 4 0.4728 0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR1332007 3 0.4431 0.5529 0.000 0.304 0.696 0.000
#> SRR809619 4 0.4728 0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR819975 1 0.3591 0.9258 0.824 0.008 0.000 0.168
#> SRR599281 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR662366 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317898 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382485 4 0.4728 0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR2166420 1 0.3893 0.9216 0.796 0.008 0.000 0.196
#> SRR1419429 1 0.1004 0.9321 0.972 0.024 0.000 0.004
#> SRR1092541 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR817444 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320403 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1101483 2 0.4088 0.7674 0.000 0.820 0.040 0.140
#> SRR1331684 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400054 4 0.4590 0.9120 0.000 0.060 0.148 0.792
#> SRR1406088 2 0.5168 0.5869 0.000 0.712 0.040 0.248
#> SRR820733 4 0.4673 0.9307 0.000 0.076 0.132 0.792
#> SRR1314113 4 0.4590 0.9120 0.000 0.060 0.148 0.792
#> SRR1382615 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480745 1 0.1452 0.9372 0.956 0.008 0.000 0.036
#> SRR1468850 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR656782 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR821364 1 0.0657 0.9329 0.984 0.012 0.000 0.004
#> SRR1101106 1 0.0707 0.9345 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR659295 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1357103 3 0.4713 0.4279 0.000 0.360 0.640 0.000
#> SRR809185 4 0.4688 0.9296 0.000 0.128 0.080 0.792
#> SRR811583 4 0.4728 0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR1468050 1 0.3583 0.9241 0.816 0.004 0.000 0.180
#> SRR1440224 2 0.1211 0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1500170 2 0.5038 0.3381 0.000 0.656 0.004 0.052 0.288
#> SRR1402368 3 0.1043 0.8489 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR607743 3 0.5329 0.3394 0.000 0.000 0.596 0.336 0.068
#> SRR1457375 2 0.5219 0.3248 0.000 0.644 0.004 0.064 0.288
#> SRR1470923 1 0.3969 0.8582 0.692 0.000 0.000 0.004 0.304
#> SRR817954 1 0.1282 0.8802 0.952 0.044 0.000 0.004 0.000
#> SRR809259 1 0.0451 0.8862 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1439785 3 0.0290 0.8588 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR814768 1 0.4015 0.8671 0.724 0.004 0.000 0.008 0.264
#> SRR1102031 4 0.6000 0.2336 0.000 0.132 0.004 0.576 0.288
#> SRR1363611 4 0.0963 0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1468447 2 0.3012 0.2346 0.000 0.872 0.004 0.052 0.072
#> SRR1071931 4 0.0963 0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR810981 1 0.1331 0.8808 0.952 0.040 0.000 0.008 0.000
#> SRR615299 2 0.1430 0.2632 0.000 0.944 0.004 0.052 0.000
#> SRR663585 3 0.2773 0.8336 0.000 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR1326773 3 0.6260 0.4250 0.000 0.000 0.516 0.172 0.312
#> SRR1351166 2 0.5435 0.2857 0.000 0.628 0.004 0.080 0.288
#> SRR1477452 1 0.3675 0.8743 0.772 0.004 0.000 0.008 0.216
#> SRR1084720 3 0.1608 0.8605 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1420320 4 0.0963 0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1081712 2 0.5100 0.3367 0.000 0.652 0.004 0.056 0.288
#> SRR1318241 3 0.2074 0.8231 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1333718 3 0.3661 0.7717 0.000 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR1313514 2 0.1430 0.2632 0.000 0.944 0.004 0.052 0.000
#> SRR1477861 2 0.6748 -0.1866 0.000 0.408 0.284 0.000 0.308
#> SRR1318005 2 0.1591 0.2567 0.000 0.940 0.004 0.052 0.004
#> SRR1354665 2 0.5160 0.3331 0.000 0.648 0.004 0.060 0.288
#> SRR657707 3 0.2074 0.8231 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1370742 3 0.0000 0.8603 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1412947 4 0.6323 0.0853 0.000 0.172 0.004 0.536 0.288
#> SRR661553 4 0.1124 0.8639 0.000 0.000 0.036 0.960 0.004
#> SRR1328869 1 0.3814 0.8637 0.720 0.000 0.000 0.004 0.276
#> SRR662211 2 0.5038 0.3381 0.000 0.656 0.004 0.052 0.288
#> SRR1348181 3 0.1544 0.8610 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1416560 3 0.0000 0.8603 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319772 3 0.1410 0.8453 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1091452 4 0.0963 0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1338812 1 0.3876 0.8564 0.684 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR1392072 2 0.1591 0.2621 0.000 0.940 0.004 0.052 0.004
#> SRR814844 4 0.0963 0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1376619 3 0.1608 0.8605 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR603690 4 0.0963 0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR2184980 2 0.5038 0.3381 0.000 0.656 0.004 0.052 0.288
#> SRR613963 4 0.1331 0.8608 0.000 0.000 0.040 0.952 0.008
#> SRR1323422 1 0.3579 0.8683 0.756 0.000 0.000 0.004 0.240
#> SRR1397673 3 0.1608 0.8605 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1434650 2 0.6942 -0.1942 0.000 0.420 0.264 0.008 0.308
#> SRR659875 3 0.4297 0.7442 0.000 0.020 0.692 0.000 0.288
#> SRR1465734 3 0.2074 0.8231 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1076847 2 0.1591 0.2567 0.000 0.940 0.004 0.052 0.004
#> SRR1415072 1 0.3857 0.8575 0.688 0.000 0.000 0.000 0.312
#> SRR659319 3 0.3684 0.7690 0.000 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR663088 4 0.1568 0.8584 0.000 0.000 0.036 0.944 0.020
#> SRR1352021 1 0.3586 0.8651 0.736 0.000 0.000 0.000 0.264
#> SRR1325527 1 0.0000 0.8836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.1557 0.8805 0.940 0.052 0.000 0.008 0.000
#> SRR659935 4 0.0963 0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1352530 3 0.1671 0.8599 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR662594 3 0.2074 0.8231 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1095309 1 0.1774 0.8771 0.932 0.052 0.000 0.016 0.000
#> SRR615647 3 0.1608 0.8605 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR813019 3 0.4950 0.7005 0.000 0.040 0.612 0.000 0.348
#> SRR1374647 2 0.5249 0.0445 0.000 0.608 0.004 0.052 0.336
#> SRR603472 2 0.6055 -0.2315 0.000 0.592 0.140 0.008 0.260
#> SRR661529 4 0.3995 0.7112 0.000 0.000 0.180 0.776 0.044
#> SRR607018 3 0.3661 0.7717 0.000 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR627423 4 0.6826 -0.2803 0.000 0.280 0.004 0.432 0.284
#> SRR654921 4 0.0963 0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1418968 1 0.1518 0.8898 0.944 0.004 0.000 0.004 0.048
#> SRR660871 3 0.0000 0.8603 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330522 3 0.0000 0.8603 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499958 2 0.5160 0.3331 0.000 0.648 0.004 0.060 0.288
#> SRR614059 3 0.1043 0.8488 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1071403 1 0.3579 0.8683 0.756 0.000 0.000 0.004 0.240
#> SRR1486719 2 0.5038 0.3381 0.000 0.656 0.004 0.052 0.288
#> SRR1440421 2 0.1430 0.2632 0.000 0.944 0.004 0.052 0.000
#> SRR1310412 3 0.5470 0.4967 0.000 0.000 0.636 0.252 0.112
#> SRR614767 2 0.5038 0.3381 0.000 0.656 0.004 0.052 0.288
#> SRR820709 1 0.2844 0.8899 0.880 0.020 0.000 0.012 0.088
#> SRR1471500 1 0.4046 0.8607 0.696 0.000 0.000 0.008 0.296
#> SRR658093 3 0.3534 0.7843 0.000 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR1088168 3 0.2516 0.8432 0.000 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR1418707 2 0.5038 0.3381 0.000 0.656 0.004 0.052 0.288
#> SRR1354291 2 0.1430 0.2632 0.000 0.944 0.004 0.052 0.000
#> SRR2165806 1 0.1725 0.8815 0.936 0.044 0.000 0.020 0.000
#> SRR1415684 4 0.0963 0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1433860 3 0.1732 0.8593 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1311062 2 0.5038 0.3381 0.000 0.656 0.004 0.052 0.288
#> SRR1360359 1 0.3876 0.8564 0.684 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR661385 3 0.1671 0.8599 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR615407 2 0.4996 0.3329 0.000 0.664 0.004 0.052 0.280
#> SRR1413892 3 0.2773 0.8327 0.000 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR1443459 4 0.6139 0.1901 0.000 0.148 0.004 0.560 0.288
#> SRR1338942 1 0.3990 0.8576 0.688 0.000 0.000 0.004 0.308
#> SRR657480 3 0.2605 0.8542 0.000 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1399433 4 0.0963 0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR818537 2 0.6791 -0.1870 0.000 0.384 0.308 0.000 0.308
#> SRR1101324 4 0.2946 0.8183 0.000 0.000 0.044 0.868 0.088
#> SRR807637 4 0.0963 0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1091918 1 0.0290 0.8834 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300 3 0.5532 0.4451 0.000 0.000 0.616 0.280 0.104
#> SRR1085426 1 0.1626 0.8792 0.940 0.044 0.000 0.016 0.000
#> SRR1376294 2 0.5160 0.3331 0.000 0.648 0.004 0.060 0.288
#> SRR813891 1 0.3876 0.8564 0.684 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR1467431 4 0.4025 0.6739 0.000 0.024 0.012 0.780 0.184
#> SRR658742 4 0.2153 0.8445 0.000 0.000 0.044 0.916 0.040
#> SRR1419234 1 0.1469 0.8810 0.948 0.036 0.000 0.016 0.000
#> SRR1404813 2 0.5160 0.3331 0.000 0.648 0.004 0.060 0.288
#> SRR603496 3 0.4030 0.7441 0.000 0.000 0.648 0.000 0.352
#> SRR1407758 3 0.1792 0.8585 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR810945 2 0.5038 0.3381 0.000 0.656 0.004 0.052 0.288
#> SRR817234 2 0.1430 0.2632 0.000 0.944 0.004 0.052 0.000
#> SRR1444852 3 0.0000 0.8603 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660378 3 0.1732 0.8593 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1467835 2 0.5435 0.2857 0.000 0.628 0.004 0.080 0.288
#> SRR1338964 3 0.2074 0.8231 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1079259 4 0.5486 0.5430 0.000 0.028 0.036 0.616 0.320
#> SRR1072345 3 0.2761 0.8074 0.000 0.000 0.872 0.024 0.104
#> SRR598725 3 0.0963 0.8504 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1447938 1 0.3906 0.8603 0.704 0.000 0.000 0.004 0.292
#> SRR1356397 1 0.0000 0.8836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460 4 0.0963 0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1429468 2 0.5038 0.3381 0.000 0.656 0.004 0.052 0.288
#> SRR1446850 2 0.5038 0.3381 0.000 0.656 0.004 0.052 0.288
#> SRR1320363 3 0.0880 0.8523 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1413810 3 0.1732 0.8593 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR598831 2 0.5160 0.3331 0.000 0.648 0.004 0.060 0.288
#> SRR1381865 1 0.3579 0.8688 0.756 0.000 0.000 0.004 0.240
#> SRR660957 3 0.0000 0.8603 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1491332 3 0.3661 0.7717 0.000 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR1099744 2 0.5038 0.3381 0.000 0.656 0.004 0.052 0.288
#> SRR1464618 4 0.4353 0.6407 0.000 0.012 0.024 0.740 0.224
#> SRR1414559 4 0.2153 0.8445 0.000 0.000 0.044 0.916 0.040
#> SRR1337540 4 0.1124 0.8639 0.000 0.000 0.036 0.960 0.004
#> SRR1444283 1 0.1492 0.8892 0.948 0.004 0.000 0.008 0.040
#> SRR2184942 3 0.2020 0.8241 0.000 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR660295 1 0.1872 0.8769 0.928 0.052 0.000 0.020 0.000
#> SRR601335 3 0.2605 0.8393 0.000 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1363742 3 0.2732 0.8344 0.000 0.000 0.840 0.000 0.160
#> SRR1345847 4 0.4240 0.6500 0.000 0.000 0.036 0.736 0.228
#> SRR614960 3 0.1478 0.8394 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR819919 1 0.1845 0.8774 0.928 0.056 0.000 0.016 0.000
#> SRR603330 2 0.2125 0.2185 0.000 0.920 0.004 0.052 0.024
#> SRR1327951 1 0.1774 0.8771 0.932 0.052 0.000 0.016 0.000
#> SRR1401885 1 0.3876 0.8564 0.684 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR1345266 2 0.6265 0.0153 0.000 0.544 0.004 0.164 0.288
#> SRR1338055 2 0.1934 0.2352 0.000 0.928 0.004 0.052 0.016
#> SRR1430157 2 0.5384 0.2958 0.000 0.632 0.004 0.076 0.288
#> SRR1320137 2 0.5100 0.3363 0.000 0.652 0.004 0.056 0.288
#> SRR1093483 1 0.1857 0.8895 0.928 0.004 0.000 0.008 0.060
#> SRR1341080 1 0.3949 0.8589 0.696 0.000 0.000 0.004 0.300
#> SRR1459913 3 0.0000 0.8603 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2170490 1 0.1725 0.8815 0.936 0.044 0.000 0.020 0.000
#> SRR1479845 3 0.1544 0.8610 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1436420 1 0.1701 0.8781 0.936 0.048 0.000 0.016 0.000
#> SRR1481060 3 0.4252 0.7501 0.000 0.020 0.700 0.000 0.280
#> SRR662282 3 0.2561 0.8405 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR1487089 4 0.0963 0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1075683 1 0.3876 0.8564 0.684 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR1338536 1 0.3949 0.8589 0.696 0.000 0.000 0.004 0.300
#> SRR1338880 4 0.6825 -0.2899 0.000 0.276 0.004 0.432 0.288
#> SRR1453456 3 0.1608 0.8605 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1457895 1 0.0162 0.8840 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1440603 2 0.6670 -0.1889 0.000 0.436 0.256 0.000 0.308
#> SRR658633 2 0.5100 0.3367 0.000 0.652 0.004 0.056 0.288
#> SRR1388081 4 0.0963 0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR813339 3 0.0000 0.8603 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809725 1 0.2763 0.8835 0.848 0.000 0.000 0.004 0.148
#> SRR627441 2 0.1934 0.2352 0.000 0.928 0.004 0.052 0.016
#> SRR613603 3 0.3012 0.7988 0.000 0.000 0.860 0.036 0.104
#> SRR1096571 3 0.4318 0.7412 0.000 0.020 0.688 0.000 0.292
#> SRR1392701 1 0.1845 0.8774 0.928 0.056 0.000 0.016 0.000
#> SRR1344326 1 0.2237 0.8899 0.904 0.004 0.000 0.008 0.084
#> SRR1367693 2 0.6265 0.0153 0.000 0.544 0.004 0.164 0.288
#> SRR660697 4 0.2544 0.8176 0.000 0.008 0.028 0.900 0.064
#> SRR1489926 3 0.2074 0.8398 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR811491 3 0.0000 0.8603 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311644 4 0.3159 0.8069 0.000 0.000 0.056 0.856 0.088
#> SRR1451740 3 0.0000 0.8603 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615117 2 0.6754 -0.1950 0.000 0.448 0.240 0.004 0.308
#> SRR1391748 4 0.0963 0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1466556 3 0.0000 0.8603 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614972 3 0.0510 0.8568 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1406200 1 0.3990 0.8576 0.688 0.000 0.000 0.004 0.308
#> SRR819210 4 0.1124 0.8639 0.000 0.000 0.036 0.960 0.004
#> SRR662174 1 0.2844 0.8899 0.880 0.020 0.000 0.012 0.088
#> SRR811988 1 0.3635 0.8678 0.748 0.000 0.000 0.004 0.248
#> SRR663236 4 0.2770 0.8099 0.000 0.000 0.076 0.880 0.044
#> SRR1312598 2 0.5038 0.3381 0.000 0.656 0.004 0.052 0.288
#> SRR1330129 2 0.1430 0.2632 0.000 0.944 0.004 0.052 0.000
#> SRR1357781 2 0.1430 0.2632 0.000 0.944 0.004 0.052 0.000
#> SRR1315517 2 0.1430 0.2632 0.000 0.944 0.004 0.052 0.000
#> SRR1400032 3 0.0000 0.8603 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413722 1 0.3934 0.8636 0.716 0.000 0.000 0.008 0.276
#> SRR612827 3 0.0000 0.8603 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814794 1 0.1364 0.8823 0.952 0.036 0.000 0.012 0.000
#> SRR819430 1 0.3521 0.8707 0.764 0.000 0.000 0.004 0.232
#> SRR1395509 4 0.0963 0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR808728 3 0.3730 0.7679 0.000 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR1070813 2 0.5275 0.3158 0.000 0.640 0.004 0.068 0.288
#> SRR1389133 3 0.4901 0.6287 0.000 0.000 0.712 0.184 0.104
#> SRR601263 3 0.2074 0.8231 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR604718 4 0.0963 0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1481351 3 0.3983 0.7499 0.000 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR1334608 3 0.3109 0.8165 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR658681 3 0.3661 0.7717 0.000 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR809283 4 0.1124 0.8639 0.000 0.000 0.036 0.960 0.004
#> SRR1459300 1 0.0807 0.8837 0.976 0.012 0.000 0.012 0.000
#> SRR1392547 3 0.3684 0.7690 0.000 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR811049 3 0.3237 0.7879 0.000 0.000 0.848 0.048 0.104
#> SRR1464835 4 0.0963 0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1339619 2 0.6629 -0.1400 0.000 0.484 0.004 0.224 0.288
#> SRR658501 3 0.0000 0.8603 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447523 3 0.1478 0.8394 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1415048 1 0.1331 0.8905 0.952 0.000 0.000 0.008 0.040
#> SRR1355451 1 0.3876 0.8564 0.684 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR1444348 2 0.6323 -0.0103 0.000 0.536 0.004 0.172 0.288
#> SRR603890 2 0.1430 0.2632 0.000 0.944 0.004 0.052 0.000
#> SRR810595 3 0.0000 0.8603 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446244 4 0.6913 -0.4031 0.000 0.320 0.004 0.388 0.288
#> SRR817373 4 0.0963 0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1457291 4 0.4318 0.6443 0.000 0.004 0.032 0.736 0.228
#> SRR598220 4 0.4215 0.7098 0.000 0.000 0.168 0.768 0.064
#> SRR1477991 2 0.5100 0.3367 0.000 0.652 0.004 0.056 0.288
#> SRR598172 2 0.2536 0.2459 0.000 0.900 0.004 0.052 0.044
#> SRR1349032 4 0.6902 -0.3826 0.000 0.312 0.004 0.396 0.288
#> SRR604002 2 0.2609 0.1558 0.000 0.896 0.004 0.052 0.048
#> SRR1378026 3 0.1671 0.8625 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1404401 2 0.1430 0.2632 0.000 0.944 0.004 0.052 0.000
#> SRR1333240 2 0.4846 -0.2275 0.000 0.720 0.032 0.028 0.220
#> SRR1089399 2 0.5038 0.3381 0.000 0.656 0.004 0.052 0.288
#> SRR603421 2 0.1430 0.2632 0.000 0.944 0.004 0.052 0.000
#> SRR812562 1 0.3661 0.8633 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR808520 3 0.3816 0.7582 0.000 0.000 0.696 0.000 0.304
#> SRR811839 1 0.1670 0.8778 0.936 0.052 0.000 0.012 0.000
#> SRR814317 2 0.5038 0.3381 0.000 0.656 0.004 0.052 0.288
#> SRR1436763 4 0.1124 0.8639 0.000 0.000 0.036 0.960 0.004
#> SRR1486021 4 0.4240 0.6500 0.000 0.000 0.036 0.736 0.228
#> SRR1465018 2 0.1430 0.2632 0.000 0.944 0.004 0.052 0.000
#> SRR1080998 3 0.2074 0.8231 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1083432 3 0.1608 0.8605 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1082833 1 0.0162 0.8840 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1465804 1 0.3876 0.8564 0.684 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR1326536 3 0.0000 0.8603 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614011 2 0.6265 0.0153 0.000 0.544 0.004 0.164 0.288
#> SRR1365873 2 0.4975 0.3292 0.000 0.668 0.004 0.052 0.276
#> SRR1498789 2 0.5038 0.3381 0.000 0.656 0.004 0.052 0.288
#> SRR601581 4 0.6055 0.4205 0.000 0.116 0.024 0.624 0.236
#> SRR603566 3 0.4786 0.7131 0.000 0.040 0.652 0.000 0.308
#> SRR1373981 1 0.0000 0.8836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410 2 0.5630 0.2243 0.000 0.612 0.004 0.096 0.288
#> SRR1076511 4 0.1997 0.8491 0.000 0.000 0.036 0.924 0.040
#> SRR614143 3 0.3336 0.7900 0.000 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR1333570 3 0.0609 0.8557 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1366813 2 0.5160 0.3331 0.000 0.648 0.004 0.060 0.288
#> SRR1388746 1 0.1364 0.8823 0.952 0.036 0.000 0.012 0.000
#> SRR1420558 3 0.5538 0.3720 0.000 0.000 0.596 0.312 0.092
#> SRR1409510 3 0.1341 0.8618 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR816250 2 0.5160 0.3331 0.000 0.648 0.004 0.060 0.288
#> SRR614131 4 0.7180 -0.3829 0.000 0.312 0.016 0.384 0.288
#> SRR1331130 1 0.3837 0.8578 0.692 0.000 0.000 0.000 0.308
#> SRR1316015 3 0.0000 0.8603 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470798 3 0.1608 0.8605 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR614179 3 0.6206 0.5518 0.000 0.168 0.528 0.000 0.304
#> SRR1474863 2 0.5100 0.3367 0.000 0.652 0.004 0.056 0.288
#> SRR813560 2 0.5038 0.3381 0.000 0.656 0.004 0.052 0.288
#> SRR1312187 4 0.1041 0.8618 0.000 0.004 0.032 0.964 0.000
#> SRR1420960 3 0.1608 0.8605 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1355102 3 0.0000 0.8603 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084577 3 0.2471 0.8446 0.000 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR659971 2 0.5100 0.3363 0.000 0.652 0.004 0.056 0.288
#> SRR1350855 4 0.0963 0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR820779 3 0.0000 0.8603 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476300 3 0.0000 0.8603 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090907 4 0.0963 0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR662294 2 0.1430 0.2632 0.000 0.944 0.004 0.052 0.000
#> SRR1480789 3 0.6248 0.5414 0.000 0.172 0.520 0.000 0.308
#> SRR1336263 4 0.0963 0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR660776 1 0.1872 0.8769 0.928 0.052 0.000 0.020 0.000
#> SRR1090508 2 0.1934 0.2352 0.000 0.928 0.004 0.052 0.016
#> SRR615563 4 0.0963 0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1101175 1 0.0451 0.8842 0.988 0.008 0.000 0.004 0.000
#> SRR2164650 3 0.4380 0.7359 0.000 0.020 0.676 0.000 0.304
#> SRR1431205 2 0.4756 0.2893 0.000 0.704 0.004 0.052 0.240
#> SRR1339856 4 0.2819 0.8020 0.000 0.012 0.024 0.884 0.080
#> SRR1352147 4 0.5076 0.4876 0.000 0.068 0.004 0.676 0.252
#> SRR808968 1 0.0609 0.8830 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419 2 0.2214 0.2532 0.000 0.916 0.004 0.052 0.028
#> SRR1402391 1 0.1518 0.8880 0.952 0.020 0.000 0.012 0.016
#> SRR663609 3 0.3816 0.7566 0.000 0.000 0.696 0.000 0.304
#> SRR2167857 2 0.2125 0.2185 0.000 0.920 0.004 0.052 0.024
#> SRR1398752 1 0.1799 0.8874 0.940 0.028 0.000 0.012 0.020
#> SRR1469169 1 0.1701 0.8786 0.936 0.048 0.000 0.016 0.000
#> SRR1405437 2 0.5100 0.3367 0.000 0.652 0.004 0.056 0.288
#> SRR1416955 1 0.3876 0.8564 0.684 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR1317064 4 0.1469 0.8571 0.000 0.000 0.036 0.948 0.016
#> SRR659001 4 0.0963 0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR2170696 4 0.2230 0.8424 0.000 0.000 0.044 0.912 0.044
#> SRR816589 3 0.1732 0.8593 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1087487 3 0.2561 0.8405 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR1329485 3 0.1608 0.8605 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR816920 4 0.2230 0.8424 0.000 0.000 0.044 0.912 0.044
#> SRR1341432 1 0.1124 0.8809 0.960 0.036 0.000 0.004 0.000
#> SRR1361590 4 0.0963 0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR817046 3 0.1410 0.8453 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1471331 3 0.1792 0.8585 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR660788 4 0.3055 0.8084 0.000 0.000 0.064 0.864 0.072
#> SRR819234 1 0.3579 0.8683 0.756 0.000 0.000 0.004 0.240
#> SRR810853 3 0.6422 0.4839 0.000 0.200 0.492 0.000 0.308
#> SRR809427 4 0.0963 0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR2170217 4 0.1124 0.8639 0.000 0.000 0.036 0.960 0.004
#> SRR1386967 3 0.2280 0.8495 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR1420344 2 0.5435 0.2857 0.000 0.628 0.004 0.080 0.288
#> SRR1334535 1 0.3579 0.8718 0.756 0.000 0.000 0.004 0.240
#> SRR614503 4 0.1082 0.8584 0.000 0.008 0.028 0.964 0.000
#> SRR602564 4 0.1750 0.8549 0.000 0.000 0.036 0.936 0.028
#> SRR1420669 4 0.2153 0.8445 0.000 0.000 0.044 0.916 0.040
#> SRR819024 3 0.0000 0.8603 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656223 3 0.3661 0.7717 0.000 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR608428 2 0.5160 0.3331 0.000 0.648 0.004 0.060 0.288
#> SRR1345647 1 0.3969 0.8582 0.692 0.000 0.000 0.004 0.304
#> SRR1389324 2 0.1430 0.2632 0.000 0.944 0.004 0.052 0.000
#> SRR1361368 4 0.4318 0.5955 0.000 0.032 0.004 0.736 0.228
#> SRR1322619 2 0.5160 0.3331 0.000 0.648 0.004 0.060 0.288
#> SRR1349276 4 0.0963 0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1404024 1 0.3876 0.8564 0.684 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR1370637 2 0.5160 0.3331 0.000 0.648 0.004 0.060 0.288
#> SRR1452631 4 0.0963 0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR608392 3 0.3774 0.7597 0.000 0.000 0.704 0.000 0.296
#> SRR1357757 3 0.2338 0.8191 0.000 0.000 0.884 0.004 0.112
#> SRR1074646 4 0.1124 0.8639 0.000 0.000 0.036 0.960 0.004
#> SRR1367499 3 0.1544 0.8610 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1343501 3 0.3752 0.7667 0.000 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR1394406 4 0.3962 0.7632 0.000 0.000 0.088 0.800 0.112
#> SRR1381435 3 0.2773 0.8327 0.000 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR1467407 1 0.0510 0.8834 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422 2 0.3718 -0.0772 0.000 0.832 0.028 0.028 0.112
#> SRR1380270 3 0.6454 0.4730 0.000 0.208 0.488 0.000 0.304
#> SRR1091817 2 0.5100 0.3367 0.000 0.652 0.004 0.056 0.288
#> SRR1440137 2 0.5219 0.3248 0.000 0.644 0.004 0.064 0.288
#> SRR614311 4 0.4694 0.4931 0.000 0.032 0.004 0.676 0.288
#> SRR1407516 4 0.1124 0.8639 0.000 0.000 0.036 0.960 0.004
#> SRR815494 3 0.0000 0.8603 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333209 4 0.1041 0.8618 0.000 0.004 0.032 0.964 0.000
#> SRR615177 4 0.2153 0.8445 0.000 0.000 0.044 0.916 0.040
#> SRR1099648 3 0.3661 0.7717 0.000 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR659720 3 0.3424 0.7828 0.000 0.000 0.760 0.000 0.240
#> SRR2185057 1 0.2947 0.8897 0.876 0.020 0.000 0.016 0.088
#> SRR1467125 1 0.4220 0.8596 0.688 0.004 0.000 0.008 0.300
#> SRR657468 4 0.2946 0.8183 0.000 0.000 0.044 0.868 0.088
#> SRR660042 3 0.1121 0.8472 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR2170864 2 0.5330 0.3059 0.000 0.636 0.004 0.072 0.288
#> SRR1440491 4 0.0963 0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1440852 3 0.0000 0.8603 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811169 1 0.1205 0.8898 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR1331311 4 0.0963 0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR818009 1 0.1364 0.8823 0.952 0.036 0.000 0.012 0.000
#> SRR1351836 2 0.5038 0.3381 0.000 0.656 0.004 0.052 0.288
#> SRR1498313 2 0.2125 0.2185 0.000 0.920 0.004 0.052 0.024
#> SRR1441975 2 0.5038 0.3381 0.000 0.656 0.004 0.052 0.288
#> SRR819096 1 0.3876 0.8564 0.684 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR1073679 4 0.2359 0.8366 0.000 0.000 0.060 0.904 0.036
#> SRR1489116 3 0.3837 0.7551 0.000 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR1354138 3 0.1671 0.8599 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1490589 3 0.1478 0.8394 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1412987 4 0.0963 0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR602034 3 0.1608 0.8605 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1353437 1 0.3550 0.8698 0.760 0.000 0.000 0.004 0.236
#> SRR1072871 3 0.2280 0.8215 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR661577 4 0.1124 0.8639 0.000 0.000 0.036 0.960 0.004
#> SRR612190 4 0.0963 0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1399880 1 0.4009 0.8571 0.684 0.000 0.000 0.004 0.312
#> SRR1101787 4 0.0963 0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR657869 1 0.1943 0.8770 0.924 0.056 0.000 0.020 0.000
#> SRR1446332 1 0.0451 0.8845 0.988 0.004 0.000 0.008 0.000
#> SRR816039 1 0.3980 0.8627 0.708 0.000 0.000 0.008 0.284
#> SRR1485141 3 0.1671 0.8599 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1476697 1 0.3086 0.8804 0.816 0.000 0.000 0.004 0.180
#> SRR1379538 4 0.5745 0.4278 0.000 0.112 0.012 0.640 0.236
#> SRR1331422 1 0.1626 0.8804 0.940 0.044 0.000 0.016 0.000
#> SRR660859 4 0.5799 0.4290 0.000 0.000 0.324 0.564 0.112
#> SRR1097594 1 0.0162 0.8840 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1311419 3 0.1732 0.8593 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1336706 3 0.4400 0.7342 0.000 0.020 0.672 0.000 0.308
#> SRR1472976 4 0.0963 0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1321307 1 0.1872 0.8769 0.928 0.052 0.000 0.020 0.000
#> SRR807493 1 0.0693 0.8839 0.980 0.008 0.000 0.012 0.000
#> SRR812461 3 0.1608 0.8605 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1477149 2 0.1430 0.2632 0.000 0.944 0.004 0.052 0.000
#> SRR1457397 2 0.6262 -0.2214 0.000 0.544 0.140 0.008 0.308
#> SRR661913 3 0.0000 0.8603 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069024 2 0.6815 -0.2600 0.000 0.356 0.336 0.000 0.308
#> SRR2165634 1 0.1300 0.8832 0.956 0.028 0.000 0.016 0.000
#> SRR1478722 3 0.0000 0.8603 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328642 2 0.1430 0.2632 0.000 0.944 0.004 0.052 0.000
#> SRR1488261 3 0.0963 0.8504 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1318815 4 0.0963 0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR816945 1 0.1943 0.8770 0.924 0.056 0.000 0.020 0.000
#> SRR1367432 4 0.0963 0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1359280 2 0.1430 0.2632 0.000 0.944 0.004 0.052 0.000
#> SRR1313910 2 0.6265 0.0153 0.000 0.544 0.004 0.164 0.288
#> SRR1457315 4 0.2514 0.8281 0.000 0.000 0.060 0.896 0.044
#> SRR815398 1 0.1872 0.8769 0.928 0.052 0.000 0.020 0.000
#> SRR656958 3 0.1608 0.8605 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR600688 4 0.1661 0.8564 0.000 0.000 0.036 0.940 0.024
#> SRR1098952 1 0.1059 0.8879 0.968 0.004 0.000 0.008 0.020
#> SRR1314916 3 0.1608 0.8605 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR614167 3 0.0000 0.8603 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348114 4 0.6846 -0.3034 0.000 0.284 0.004 0.424 0.288
#> SRR658033 4 0.5275 0.4133 0.000 0.068 0.004 0.640 0.288
#> SRR1077503 3 0.1544 0.8418 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR661854 3 0.1851 0.8407 0.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR811379 4 0.0963 0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1318857 2 0.5435 0.2857 0.000 0.628 0.004 0.080 0.288
#> SRR656445 3 0.2605 0.8400 0.000 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1433044 2 0.1430 0.2632 0.000 0.944 0.004 0.052 0.000
#> SRR1486391 1 0.1502 0.8908 0.940 0.000 0.000 0.004 0.056
#> SRR656071 3 0.1608 0.8354 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1364824 1 0.3876 0.8564 0.684 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR1379133 1 0.3452 0.8679 0.756 0.000 0.000 0.000 0.244
#> SRR1394169 1 0.2338 0.8889 0.884 0.000 0.000 0.004 0.112
#> SRR816745 3 0.6422 0.4839 0.000 0.200 0.492 0.000 0.308
#> SRR601038 3 0.6262 0.5367 0.000 0.176 0.520 0.000 0.304
#> SRR1360080 1 0.1202 0.8893 0.960 0.004 0.000 0.004 0.032
#> SRR814868 3 0.2020 0.8241 0.000 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1485997 1 0.3480 0.8671 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR1435560 4 0.1124 0.8639 0.000 0.000 0.036 0.960 0.004
#> SRR1333330 1 0.3969 0.8582 0.692 0.000 0.000 0.004 0.304
#> SRR663513 4 0.4357 0.7260 0.000 0.000 0.128 0.768 0.104
#> SRR1328407 3 0.5892 0.5641 0.000 0.108 0.520 0.000 0.372
#> SRR602784 3 0.3684 0.7690 0.000 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR1348468 4 0.0963 0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR663717 4 0.6204 0.1660 0.000 0.156 0.004 0.552 0.288
#> SRR602217 5 0.5974 0.0000 0.000 0.404 0.028 0.052 0.516
#> SRR603140 3 0.5382 0.4958 0.000 0.000 0.644 0.252 0.104
#> SRR1340804 1 0.3876 0.8564 0.684 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR1457574 3 0.0000 0.8603 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333462 2 0.1430 0.2632 0.000 0.944 0.004 0.052 0.000
#> SRR1094601 1 0.3949 0.8592 0.696 0.000 0.000 0.004 0.300
#> SRR1434610 4 0.5382 0.5583 0.000 0.000 0.252 0.644 0.104
#> SRR1435833 4 0.0963 0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1398728 2 0.5435 0.2857 0.000 0.628 0.004 0.080 0.288
#> SRR1358343 4 0.4572 0.6840 0.000 0.128 0.032 0.780 0.060
#> SRR1410890 2 0.5435 0.2857 0.000 0.628 0.004 0.080 0.288
#> SRR1350371 1 0.1845 0.8774 0.928 0.056 0.000 0.016 0.000
#> SRR1392478 2 0.5160 0.3331 0.000 0.648 0.004 0.060 0.288
#> SRR1099260 3 0.3534 0.7843 0.000 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR1433576 3 0.1608 0.8605 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1345541 4 0.5029 0.5520 0.000 0.000 0.292 0.648 0.060
#> SRR1086328 1 0.1800 0.8780 0.932 0.048 0.000 0.020 0.000
#> SRR810391 3 0.0000 0.8603 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476207 3 0.2074 0.8231 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR627435 3 0.5304 0.7039 0.000 0.080 0.628 0.000 0.292
#> SRR1489862 1 0.2848 0.8826 0.840 0.000 0.000 0.004 0.156
#> SRR1419086 1 0.0693 0.8839 0.980 0.008 0.000 0.012 0.000
#> SRR1436539 1 0.3876 0.8564 0.684 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR1396191 3 0.0000 0.8603 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490115 3 0.1608 0.8401 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1377714 3 0.3177 0.8010 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR819394 1 0.3876 0.8564 0.684 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR663161 4 0.1836 0.8531 0.000 0.000 0.036 0.932 0.032
#> SRR607042 3 0.4836 0.7111 0.000 0.044 0.652 0.000 0.304
#> SRR656203 4 0.3012 0.7903 0.000 0.000 0.036 0.860 0.104
#> SRR660602 3 0.1608 0.8605 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1440397 1 0.0451 0.8842 0.988 0.008 0.000 0.004 0.000
#> SRR1369264 1 0.0955 0.8893 0.968 0.000 0.000 0.004 0.028
#> SRR809233 1 0.1251 0.8806 0.956 0.036 0.000 0.008 0.000
#> SRR663249 2 0.5160 0.3331 0.000 0.648 0.004 0.060 0.288
#> SRR661242 4 0.0963 0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1332007 2 0.6808 -0.2472 0.000 0.368 0.324 0.000 0.308
#> SRR809619 4 0.3883 0.7068 0.000 0.000 0.036 0.780 0.184
#> SRR819975 1 0.3550 0.8698 0.760 0.000 0.000 0.004 0.236
#> SRR599281 2 0.5038 0.3381 0.000 0.656 0.004 0.052 0.288
#> SRR662366 3 0.0000 0.8603 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317898 3 0.0000 0.8603 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382485 4 0.0963 0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR2166420 1 0.4009 0.8569 0.684 0.000 0.000 0.004 0.312
#> SRR1419429 1 0.1774 0.8771 0.932 0.052 0.000 0.016 0.000
#> SRR1092541 3 0.0000 0.8603 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817444 3 0.3752 0.7667 0.000 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR1320403 2 0.1430 0.2632 0.000 0.944 0.004 0.052 0.000
#> SRR1101483 2 0.5886 0.1530 0.000 0.588 0.004 0.120 0.288
#> SRR1331684 3 0.0000 0.8603 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400054 4 0.2446 0.8322 0.000 0.000 0.056 0.900 0.044
#> SRR1406088 2 0.6378 -0.0362 0.000 0.528 0.004 0.180 0.288
#> SRR820733 4 0.2376 0.8359 0.000 0.000 0.052 0.904 0.044
#> SRR1314113 4 0.2446 0.8322 0.000 0.000 0.056 0.900 0.044
#> SRR1382615 3 0.3661 0.7717 0.000 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR1480745 1 0.2102 0.8902 0.916 0.004 0.000 0.012 0.068
#> SRR1468850 2 0.5100 0.3367 0.000 0.652 0.004 0.056 0.288
#> SRR656782 3 0.2074 0.8231 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR821364 1 0.1282 0.8802 0.952 0.044 0.000 0.004 0.000
#> SRR1101106 1 0.1808 0.8843 0.936 0.044 0.000 0.012 0.008
#> SRR659295 2 0.2125 0.2185 0.000 0.920 0.004 0.052 0.024
#> SRR1357103 3 0.6813 0.1602 0.000 0.332 0.360 0.000 0.308
#> SRR809185 4 0.4165 0.6737 0.000 0.004 0.032 0.756 0.208
#> SRR811583 4 0.0963 0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1468050 1 0.3508 0.8667 0.748 0.000 0.000 0.000 0.252
#> SRR1440224 2 0.5160 0.3331 0.000 0.648 0.004 0.060 0.288
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1500170 2 0.0405 0.733730 0.000 0.988 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR1402368 3 0.1405 0.658205 0.000 0.000 0.948 0.004 0.024 NA
#> SRR607743 3 0.5807 0.227449 0.000 0.000 0.560 0.296 0.032 NA
#> SRR1457375 2 0.1007 0.734191 0.000 0.968 0.008 0.004 0.004 NA
#> SRR1470923 1 0.3982 0.775444 0.536 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR817954 1 0.1267 0.815230 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 NA
#> SRR809259 1 0.0912 0.824282 0.972 0.004 0.000 0.008 0.004 NA
#> SRR1439785 3 0.0777 0.671289 0.000 0.000 0.972 0.000 0.004 NA
#> SRR814768 1 0.4616 0.792353 0.596 0.000 0.000 0.004 0.040 NA
#> SRR1102031 2 0.4461 0.386836 0.000 0.656 0.004 0.304 0.008 NA
#> SRR1363611 4 0.1621 0.877340 0.000 0.012 0.020 0.944 0.008 NA
#> SRR1468447 2 0.5872 0.440525 0.000 0.524 0.008 0.000 0.200 NA
#> SRR1071931 4 0.2896 0.839340 0.000 0.064 0.020 0.876 0.008 NA
#> SRR810981 1 0.1285 0.816840 0.944 0.000 0.000 0.004 0.052 NA
#> SRR615299 2 0.6284 0.351125 0.000 0.396 0.008 0.000 0.316 NA
#> SRR663585 3 0.3351 0.465311 0.000 0.000 0.712 0.000 0.288 NA
#> SRR1326773 3 0.7882 -0.133753 0.000 0.300 0.360 0.176 0.132 NA
#> SRR1351166 2 0.1218 0.727098 0.000 0.956 0.004 0.028 0.000 NA
#> SRR1477452 1 0.4372 0.802268 0.652 0.000 0.000 0.004 0.036 NA
#> SRR1084720 3 0.2527 0.621736 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168 NA
#> SRR1420320 4 0.1630 0.878680 0.000 0.016 0.020 0.940 0.000 NA
#> SRR1081712 2 0.0862 0.734010 0.000 0.972 0.008 0.000 0.004 NA
#> SRR1318241 3 0.3992 0.532391 0.000 0.000 0.756 0.008 0.052 NA
#> SRR1333718 3 0.3851 -0.000368 0.000 0.000 0.540 0.000 0.460 NA
#> SRR1313514 2 0.6293 0.345626 0.000 0.388 0.008 0.000 0.324 NA
#> SRR1477861 5 0.5944 0.539814 0.000 0.092 0.192 0.000 0.616 NA
#> SRR1318005 2 0.6297 0.340431 0.000 0.384 0.008 0.000 0.328 NA
#> SRR1354665 2 0.0405 0.735111 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000 NA
#> SRR657707 3 0.3884 0.535703 0.000 0.000 0.760 0.004 0.052 NA
#> SRR1370742 3 0.0000 0.678497 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1412947 2 0.4513 0.391729 0.000 0.656 0.004 0.300 0.008 NA
#> SRR661553 4 0.1874 0.877572 0.000 0.012 0.020 0.932 0.008 NA
#> SRR1328869 1 0.4093 0.787390 0.584 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR662211 2 0.0622 0.734178 0.000 0.980 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR1348181 3 0.2527 0.621736 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168 NA
#> SRR1416560 3 0.0146 0.677711 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 NA
#> SRR1319772 3 0.2831 0.594073 0.000 0.000 0.840 0.000 0.024 NA
#> SRR1091452 4 0.1621 0.877239 0.000 0.012 0.020 0.944 0.008 NA
#> SRR1338812 1 0.3982 0.774359 0.536 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR1392072 2 0.6284 0.351243 0.000 0.396 0.008 0.000 0.316 NA
#> SRR814844 4 0.1861 0.878785 0.000 0.016 0.020 0.928 0.000 NA
#> SRR1376619 3 0.2527 0.621736 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168 NA
#> SRR603690 4 0.1950 0.874640 0.000 0.012 0.020 0.928 0.008 NA
#> SRR2184980 2 0.0405 0.733730 0.000 0.988 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR613963 4 0.2125 0.876307 0.000 0.012 0.020 0.920 0.012 NA
#> SRR1323422 1 0.4250 0.791073 0.620 0.004 0.000 0.012 0.004 NA
#> SRR1397673 3 0.2597 0.615833 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176 NA
#> SRR1434650 5 0.6011 0.534660 0.000 0.108 0.172 0.000 0.616 NA
#> SRR659875 3 0.3997 -0.118421 0.000 0.004 0.508 0.000 0.488 NA
#> SRR1465734 3 0.3490 0.554282 0.000 0.000 0.784 0.000 0.040 NA
#> SRR1076847 2 0.6293 0.345626 0.000 0.388 0.008 0.000 0.324 NA
#> SRR1415072 1 0.4293 0.776203 0.536 0.000 0.000 0.012 0.004 NA
#> SRR659319 3 0.3857 -0.026181 0.000 0.000 0.532 0.000 0.468 NA
#> SRR663088 4 0.2512 0.870609 0.000 0.012 0.020 0.900 0.020 NA
#> SRR1352021 1 0.4315 0.786777 0.596 0.004 0.000 0.012 0.004 NA
#> SRR1325527 1 0.0291 0.820751 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1105369 1 0.1444 0.816327 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072 NA
#> SRR659935 4 0.1546 0.878166 0.000 0.016 0.020 0.944 0.000 NA
#> SRR1352530 3 0.2597 0.614880 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176 NA
#> SRR662594 3 0.4178 0.525264 0.000 0.000 0.748 0.016 0.052 NA
#> SRR1095309 1 0.1753 0.811639 0.912 0.000 0.000 0.004 0.084 NA
#> SRR615647 3 0.2527 0.621736 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168 NA
#> SRR813019 5 0.5271 0.219736 0.000 0.012 0.408 0.000 0.512 NA
#> SRR1374647 2 0.2278 0.714446 0.000 0.908 0.008 0.008 0.052 NA
#> SRR603472 5 0.6055 0.167098 0.000 0.140 0.040 0.000 0.552 NA
#> SRR661529 4 0.4632 0.693918 0.000 0.000 0.204 0.712 0.032 NA
#> SRR607018 3 0.3862 -0.047166 0.000 0.000 0.524 0.000 0.476 NA
#> SRR627423 2 0.3883 0.522056 0.000 0.728 0.004 0.240 0.000 NA
#> SRR654921 4 0.1861 0.878785 0.000 0.016 0.020 0.928 0.000 NA
#> SRR1418968 1 0.2182 0.829033 0.900 0.000 0.000 0.004 0.020 NA
#> SRR660871 3 0.0000 0.678497 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1330522 3 0.0458 0.678068 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 NA
#> SRR1499958 2 0.0405 0.735111 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000 NA
#> SRR614059 3 0.1405 0.658205 0.000 0.000 0.948 0.004 0.024 NA
#> SRR1071403 1 0.4250 0.791073 0.620 0.004 0.000 0.012 0.004 NA
#> SRR1486719 2 0.0806 0.731171 0.000 0.972 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR1440421 2 0.6289 0.348127 0.000 0.392 0.008 0.000 0.320 NA
#> SRR1310412 3 0.5862 0.349479 0.000 0.000 0.616 0.144 0.056 NA
#> SRR614767 2 0.0622 0.734532 0.000 0.980 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR820709 1 0.3240 0.828570 0.840 0.000 0.000 0.012 0.056 NA
#> SRR1471500 1 0.4229 0.780731 0.548 0.000 0.000 0.000 0.016 NA
#> SRR658093 3 0.3647 0.288699 0.000 0.000 0.640 0.000 0.360 NA
#> SRR1088168 3 0.3547 0.361095 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332 NA
#> SRR1418707 2 0.0260 0.734073 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR1354291 2 0.6293 0.345626 0.000 0.388 0.008 0.000 0.324 NA
#> SRR2165806 1 0.1988 0.813035 0.912 0.004 0.000 0.004 0.072 NA
#> SRR1415684 4 0.1414 0.878361 0.000 0.012 0.020 0.952 0.004 NA
#> SRR1433860 3 0.2631 0.611104 0.000 0.000 0.820 0.000 0.180 NA
#> SRR1311062 2 0.0972 0.732148 0.000 0.964 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR1360359 1 0.3982 0.774359 0.536 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR661385 3 0.2597 0.614880 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176 NA
#> SRR615407 2 0.1434 0.729754 0.000 0.948 0.008 0.000 0.020 NA
#> SRR1413892 3 0.3547 0.361095 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332 NA
#> SRR1443459 2 0.3915 0.420111 0.000 0.692 0.004 0.288 0.000 NA
#> SRR1338942 1 0.4165 0.775795 0.536 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR657480 3 0.5320 0.361268 0.000 0.000 0.572 0.000 0.288 NA
#> SRR1399433 4 0.1621 0.877903 0.000 0.012 0.020 0.944 0.008 NA
#> SRR818537 5 0.5069 0.553129 0.000 0.080 0.204 0.000 0.680 NA
#> SRR1101324 4 0.4414 0.752831 0.000 0.008 0.024 0.732 0.032 NA
#> SRR807637 4 0.1710 0.879696 0.000 0.016 0.020 0.936 0.000 NA
#> SRR1091918 1 0.0146 0.820447 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR598300 3 0.6069 0.301736 0.000 0.000 0.584 0.172 0.052 NA
#> SRR1085426 1 0.1267 0.815230 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 NA
#> SRR1376294 2 0.0767 0.734898 0.000 0.976 0.008 0.004 0.000 NA
#> SRR813891 1 0.3982 0.774359 0.536 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR1467431 4 0.5056 0.213233 0.000 0.432 0.012 0.516 0.008 NA
#> SRR658742 4 0.2642 0.860286 0.000 0.008 0.024 0.892 0.024 NA
#> SRR1419234 1 0.1757 0.815447 0.916 0.000 0.000 0.008 0.076 NA
#> SRR1404813 2 0.0405 0.735111 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000 NA
#> SRR603496 5 0.5007 0.179306 0.000 0.000 0.416 0.000 0.512 NA
#> SRR1407758 3 0.2631 0.611104 0.000 0.000 0.820 0.000 0.180 NA
#> SRR810945 2 0.0717 0.733967 0.000 0.976 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR817234 2 0.6289 0.348127 0.000 0.392 0.008 0.000 0.320 NA
#> SRR1444852 3 0.0000 0.678497 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR660378 3 0.2697 0.603428 0.000 0.000 0.812 0.000 0.188 NA
#> SRR1467835 2 0.1138 0.728554 0.000 0.960 0.004 0.024 0.000 NA
#> SRR1338964 3 0.3884 0.535703 0.000 0.000 0.760 0.004 0.052 NA
#> SRR1079259 2 0.6937 -0.040064 0.000 0.420 0.020 0.336 0.036 NA
#> SRR1072345 3 0.4684 0.492862 0.000 0.000 0.720 0.044 0.052 NA
#> SRR598725 3 0.0777 0.669216 0.000 0.000 0.972 0.000 0.024 NA
#> SRR1447938 1 0.4136 0.781240 0.560 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR1356397 1 0.0291 0.820751 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1360460 4 0.1861 0.878785 0.000 0.016 0.020 0.928 0.000 NA
#> SRR1429468 2 0.0806 0.731171 0.000 0.972 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR1446850 2 0.0717 0.733967 0.000 0.976 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR1320363 3 0.1245 0.662311 0.000 0.000 0.952 0.000 0.016 NA
#> SRR1413810 3 0.2631 0.611104 0.000 0.000 0.820 0.000 0.180 NA
#> SRR598831 2 0.0551 0.734551 0.000 0.984 0.004 0.008 0.000 NA
#> SRR1381865 1 0.3979 0.792471 0.628 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR660957 3 0.0000 0.678497 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1491332 3 0.3857 -0.026181 0.000 0.000 0.532 0.000 0.468 NA
#> SRR1099744 2 0.0622 0.734178 0.000 0.980 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR1464618 4 0.4564 0.138897 0.000 0.472 0.008 0.500 0.000 NA
#> SRR1414559 4 0.2765 0.860048 0.000 0.008 0.024 0.884 0.024 NA
#> SRR1337540 4 0.1974 0.877454 0.000 0.012 0.020 0.920 0.000 NA
#> SRR1444283 1 0.2058 0.828664 0.916 0.000 0.000 0.012 0.024 NA
#> SRR2184942 3 0.3646 0.548009 0.000 0.000 0.776 0.000 0.052 NA
#> SRR660295 1 0.1970 0.811342 0.900 0.000 0.000 0.008 0.092 NA
#> SRR601335 3 0.3151 0.518230 0.000 0.000 0.748 0.000 0.252 NA
#> SRR1363742 3 0.3464 0.406117 0.000 0.000 0.688 0.000 0.312 NA
#> SRR1345847 4 0.5340 0.150410 0.000 0.452 0.020 0.480 0.008 NA
#> SRR614960 3 0.2094 0.639914 0.000 0.000 0.908 0.004 0.024 NA
#> SRR819919 1 0.1908 0.811549 0.900 0.000 0.000 0.004 0.096 NA
#> SRR603330 2 0.6307 0.317738 0.000 0.368 0.008 0.000 0.344 NA
#> SRR1327951 1 0.1700 0.812370 0.916 0.000 0.000 0.004 0.080 NA
#> SRR1401885 1 0.4165 0.775242 0.536 0.000 0.000 0.012 0.000 NA
#> SRR1345266 2 0.2454 0.682117 0.000 0.876 0.004 0.104 0.000 NA
#> SRR1338055 2 0.6318 0.324608 0.000 0.368 0.008 0.000 0.332 NA
#> SRR1430157 2 0.0964 0.731149 0.000 0.968 0.004 0.016 0.000 NA
#> SRR1320137 2 0.0405 0.735111 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000 NA
#> SRR1093483 1 0.2600 0.827999 0.876 0.000 0.000 0.004 0.036 NA
#> SRR1341080 1 0.4204 0.777159 0.540 0.000 0.000 0.004 0.008 NA
#> SRR1459913 3 0.0000 0.678497 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2170490 1 0.1988 0.813035 0.912 0.004 0.000 0.004 0.072 NA
#> SRR1479845 3 0.2482 0.632377 0.000 0.000 0.848 0.000 0.148 NA
#> SRR1436420 1 0.1757 0.814483 0.916 0.000 0.000 0.008 0.076 NA
#> SRR1481060 3 0.3991 -0.061933 0.000 0.004 0.524 0.000 0.472 NA
#> SRR662282 3 0.3126 0.523417 0.000 0.000 0.752 0.000 0.248 NA
#> SRR1487089 4 0.1616 0.879700 0.000 0.012 0.020 0.940 0.000 NA
#> SRR1075683 1 0.3982 0.774359 0.536 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR1338536 1 0.3966 0.779615 0.552 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR1338880 2 0.4033 0.542830 0.000 0.736 0.004 0.220 0.004 NA
#> SRR1453456 3 0.2527 0.621736 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168 NA
#> SRR1457895 1 0.0405 0.820786 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1440603 5 0.5757 0.532312 0.000 0.092 0.160 0.000 0.644 NA
#> SRR658633 2 0.0862 0.734010 0.000 0.972 0.008 0.000 0.004 NA
#> SRR1388081 4 0.1874 0.873921 0.000 0.012 0.020 0.932 0.008 NA
#> SRR813339 3 0.0000 0.678497 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR809725 1 0.3679 0.817281 0.764 0.004 0.000 0.008 0.016 NA
#> SRR627441 2 0.6307 0.317738 0.000 0.368 0.008 0.000 0.344 NA
#> SRR613603 3 0.4745 0.487814 0.000 0.000 0.716 0.048 0.052 NA
#> SRR1096571 3 0.3997 -0.118421 0.000 0.004 0.508 0.000 0.488 NA
#> SRR1392701 1 0.2006 0.811745 0.892 0.000 0.000 0.004 0.104 NA
#> SRR1344326 1 0.2784 0.827804 0.848 0.000 0.000 0.008 0.012 NA
#> SRR1367693 2 0.2454 0.682117 0.000 0.876 0.004 0.104 0.000 NA
#> SRR660697 4 0.3493 0.754681 0.000 0.148 0.008 0.808 0.004 NA
#> SRR1489926 3 0.3907 0.544785 0.000 0.000 0.764 0.000 0.084 NA
#> SRR811491 3 0.0000 0.678497 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1311644 4 0.4414 0.752831 0.000 0.008 0.024 0.732 0.032 NA
#> SRR1451740 3 0.0000 0.678497 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR615117 5 0.5820 0.529125 0.000 0.104 0.152 0.000 0.640 NA
#> SRR1391748 4 0.1861 0.878785 0.000 0.016 0.020 0.928 0.000 NA
#> SRR1466556 3 0.0000 0.678497 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR614972 3 0.0508 0.674204 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012 NA
#> SRR1406200 1 0.4165 0.775795 0.536 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR819210 4 0.1710 0.878000 0.000 0.012 0.020 0.940 0.008 NA
#> SRR662174 1 0.3314 0.827290 0.828 0.000 0.000 0.004 0.076 NA
#> SRR811988 1 0.4138 0.790746 0.616 0.000 0.000 0.004 0.012 NA
#> SRR663236 4 0.2878 0.847632 0.000 0.000 0.032 0.872 0.032 NA
#> SRR1312598 2 0.0291 0.735113 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000 NA
#> SRR1330129 2 0.6293 0.345626 0.000 0.388 0.008 0.000 0.324 NA
#> SRR1357781 2 0.6293 0.345626 0.000 0.388 0.008 0.000 0.324 NA
#> SRR1315517 2 0.6293 0.345626 0.000 0.388 0.008 0.000 0.324 NA
#> SRR1400032 3 0.0363 0.678320 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 NA
#> SRR1413722 1 0.4184 0.786378 0.576 0.000 0.000 0.000 0.016 NA
#> SRR612827 3 0.0000 0.678497 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR814794 1 0.1471 0.819245 0.932 0.000 0.000 0.004 0.064 NA
#> SRR819430 1 0.4052 0.792541 0.628 0.000 0.000 0.000 0.016 NA
#> SRR1395509 4 0.1364 0.879596 0.000 0.016 0.020 0.952 0.000 NA
#> SRR808728 3 0.3866 -0.067762 0.000 0.000 0.516 0.000 0.484 NA
#> SRR1070813 2 0.0767 0.733228 0.000 0.976 0.004 0.008 0.000 NA
#> SRR1389133 3 0.5469 0.406244 0.000 0.000 0.656 0.104 0.052 NA
#> SRR601263 3 0.3884 0.535703 0.000 0.000 0.760 0.004 0.052 NA
#> SRR604718 4 0.1364 0.879596 0.000 0.016 0.020 0.952 0.000 NA
#> SRR1481351 5 0.4978 0.141043 0.000 0.000 0.432 0.000 0.500 NA
#> SRR1334608 3 0.3695 0.256014 0.000 0.000 0.624 0.000 0.376 NA
#> SRR658681 3 0.3857 -0.026181 0.000 0.000 0.532 0.000 0.468 NA
#> SRR809283 4 0.1616 0.880118 0.000 0.012 0.020 0.940 0.000 NA
#> SRR1459300 1 0.0603 0.819937 0.980 0.004 0.000 0.000 0.016 NA
#> SRR1392547 3 0.3860 -0.042550 0.000 0.000 0.528 0.000 0.472 NA
#> SRR811049 3 0.4684 0.492934 0.000 0.000 0.720 0.044 0.052 NA
#> SRR1464835 4 0.1861 0.878785 0.000 0.016 0.020 0.928 0.000 NA
#> SRR1339619 2 0.2846 0.647667 0.000 0.840 0.004 0.140 0.000 NA
#> SRR658501 3 0.0547 0.677658 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 NA
#> SRR1447523 3 0.1562 0.654513 0.000 0.000 0.940 0.004 0.024 NA
#> SRR1415048 1 0.1644 0.829920 0.932 0.004 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR1355451 1 0.3982 0.774359 0.536 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR1444348 2 0.2547 0.674706 0.000 0.868 0.004 0.112 0.000 NA
#> SRR603890 2 0.6293 0.345626 0.000 0.388 0.008 0.000 0.324 NA
#> SRR810595 3 0.1765 0.656067 0.000 0.000 0.904 0.000 0.096 NA
#> SRR1446244 2 0.3245 0.591302 0.000 0.796 0.004 0.184 0.000 NA
#> SRR817373 4 0.1527 0.877814 0.000 0.012 0.020 0.948 0.008 NA
#> SRR1457291 4 0.5190 0.122734 0.000 0.460 0.012 0.480 0.008 NA
#> SRR598220 4 0.5828 0.504677 0.000 0.000 0.292 0.560 0.032 NA
#> SRR1477991 2 0.0665 0.734984 0.000 0.980 0.008 0.004 0.000 NA
#> SRR598172 2 0.6017 0.420772 0.000 0.492 0.008 0.000 0.224 NA
#> SRR1349032 2 0.3277 0.586026 0.000 0.792 0.004 0.188 0.000 NA
#> SRR604002 5 0.6305 -0.298756 0.000 0.340 0.008 0.000 0.372 NA
#> SRR1378026 3 0.2491 0.632856 0.000 0.000 0.836 0.000 0.164 NA
#> SRR1404401 2 0.6293 0.345626 0.000 0.388 0.008 0.000 0.324 NA
#> SRR1333240 5 0.5944 0.136471 0.000 0.200 0.016 0.000 0.540 NA
#> SRR1089399 2 0.0806 0.731171 0.000 0.972 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR603421 2 0.6289 0.348127 0.000 0.392 0.008 0.000 0.320 NA
#> SRR812562 1 0.4218 0.785171 0.584 0.004 0.000 0.012 0.000 NA
#> SRR808520 3 0.3868 -0.100168 0.000 0.000 0.508 0.000 0.492 NA
#> SRR811839 1 0.1444 0.813998 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072 NA
#> SRR814317 2 0.0806 0.731171 0.000 0.972 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR1436763 4 0.1693 0.879704 0.000 0.012 0.020 0.936 0.000 NA
#> SRR1486021 4 0.5224 0.158421 0.000 0.452 0.020 0.488 0.008 NA
#> SRR1465018 2 0.6289 0.348127 0.000 0.392 0.008 0.000 0.320 NA
#> SRR1080998 3 0.3744 0.538538 0.000 0.000 0.764 0.000 0.052 NA
#> SRR1083432 3 0.2527 0.621736 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168 NA
#> SRR1082833 1 0.0653 0.821652 0.980 0.004 0.000 0.012 0.004 NA
#> SRR1465804 1 0.3982 0.774359 0.536 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR1326536 3 0.0000 0.678497 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR614011 2 0.2501 0.678752 0.000 0.872 0.004 0.108 0.000 NA
#> SRR1365873 2 0.1262 0.730237 0.000 0.956 0.008 0.000 0.020 NA
#> SRR1498789 2 0.0622 0.734532 0.000 0.980 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR601581 2 0.4489 0.161805 0.000 0.568 0.008 0.404 0.000 NA
#> SRR603566 5 0.4096 0.154346 0.000 0.008 0.484 0.000 0.508 NA
#> SRR1373981 1 0.0551 0.821188 0.984 0.004 0.000 0.008 0.004 NA
#> SRR821410 2 0.1223 0.732738 0.000 0.960 0.008 0.012 0.004 NA
#> SRR1076511 4 0.2842 0.862234 0.000 0.012 0.020 0.880 0.024 NA
#> SRR614143 3 0.5088 0.375214 0.000 0.000 0.632 0.000 0.200 NA
#> SRR1333570 3 0.0547 0.672353 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 NA
#> SRR1366813 2 0.0405 0.735111 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000 NA
#> SRR1388746 1 0.1349 0.818736 0.940 0.000 0.000 0.004 0.056 NA
#> SRR1420558 3 0.6235 0.253723 0.000 0.000 0.552 0.208 0.048 NA
#> SRR1409510 3 0.2491 0.624273 0.000 0.000 0.836 0.000 0.164 NA
#> SRR816250 2 0.0767 0.734898 0.000 0.976 0.008 0.004 0.000 NA
#> SRR614131 2 0.4068 0.559583 0.000 0.748 0.008 0.204 0.008 NA
#> SRR1331130 1 0.4242 0.775915 0.536 0.000 0.000 0.016 0.000 NA
#> SRR1316015 3 0.0547 0.677658 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 NA
#> SRR1470798 3 0.2527 0.621736 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168 NA
#> SRR614179 5 0.3911 0.433222 0.000 0.008 0.368 0.000 0.624 NA
#> SRR1474863 2 0.0622 0.734532 0.000 0.980 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR813560 2 0.0436 0.735024 0.000 0.988 0.004 0.004 0.000 NA
#> SRR1312187 4 0.1630 0.878188 0.000 0.016 0.020 0.940 0.000 NA
#> SRR1420960 3 0.2527 0.621736 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168 NA
#> SRR1355102 3 0.0000 0.678497 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1084577 3 0.3288 0.489633 0.000 0.000 0.724 0.000 0.276 NA
#> SRR659971 2 0.0291 0.735113 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000 NA
#> SRR1350855 4 0.1861 0.878785 0.000 0.016 0.020 0.928 0.000 NA
#> SRR820779 3 0.0713 0.676277 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 NA
#> SRR1476300 3 0.0146 0.677711 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 NA
#> SRR1090907 4 0.0909 0.880502 0.000 0.012 0.020 0.968 0.000 NA
#> SRR662294 2 0.6293 0.345626 0.000 0.388 0.008 0.000 0.324 NA
#> SRR1480789 5 0.4064 0.483571 0.000 0.020 0.336 0.000 0.644 NA
#> SRR1336263 4 0.1861 0.878785 0.000 0.016 0.020 0.928 0.000 NA
#> SRR660776 1 0.1918 0.811928 0.904 0.000 0.000 0.008 0.088 NA
#> SRR1090508 2 0.6300 0.334701 0.000 0.380 0.008 0.000 0.332 NA
#> SRR615563 4 0.1861 0.878785 0.000 0.016 0.020 0.928 0.000 NA
#> SRR1101175 1 0.0508 0.820639 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR2164650 5 0.3998 0.124568 0.000 0.004 0.492 0.000 0.504 NA
#> SRR1431205 2 0.2186 0.710561 0.000 0.908 0.008 0.000 0.048 NA
#> SRR1339856 4 0.3460 0.741551 0.000 0.168 0.008 0.796 0.000 NA
#> SRR1352147 2 0.4924 0.074276 0.000 0.524 0.004 0.428 0.008 NA
#> SRR808968 1 0.0603 0.819937 0.980 0.004 0.000 0.000 0.016 NA
#> SRR627419 2 0.6227 0.373269 0.000 0.428 0.008 0.000 0.284 NA
#> SRR1402391 1 0.1850 0.824365 0.924 0.000 0.000 0.008 0.052 NA
#> SRR663609 5 0.3868 0.106259 0.000 0.000 0.496 0.000 0.504 NA
#> SRR2167857 2 0.6307 0.317738 0.000 0.368 0.008 0.000 0.344 NA
#> SRR1398752 1 0.2393 0.827386 0.892 0.000 0.000 0.004 0.064 NA
#> SRR1469169 1 0.1387 0.814568 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068 NA
#> SRR1405437 2 0.0260 0.734073 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR1416955 1 0.3982 0.774359 0.536 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR1317064 4 0.2574 0.854267 0.000 0.048 0.020 0.896 0.008 NA
#> SRR659001 4 0.1364 0.880857 0.000 0.012 0.020 0.952 0.000 NA
#> SRR2170696 4 0.2704 0.858800 0.000 0.008 0.024 0.888 0.024 NA
#> SRR816589 3 0.2697 0.603428 0.000 0.000 0.812 0.000 0.188 NA
#> SRR1087487 3 0.3101 0.529216 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244 NA
#> SRR1329485 3 0.2527 0.621736 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168 NA
#> SRR816920 4 0.3151 0.841399 0.000 0.008 0.024 0.856 0.024 NA
#> SRR1341432 1 0.1398 0.817715 0.940 0.000 0.000 0.008 0.052 NA
#> SRR1361590 4 0.1861 0.878785 0.000 0.016 0.020 0.928 0.000 NA
#> SRR817046 3 0.2282 0.623851 0.000 0.000 0.888 0.000 0.024 NA
#> SRR1471331 3 0.2631 0.611104 0.000 0.000 0.820 0.000 0.180 NA
#> SRR660788 4 0.3492 0.816905 0.000 0.004 0.028 0.824 0.024 NA
#> SRR819234 1 0.4261 0.791117 0.620 0.004 0.000 0.008 0.008 NA
#> SRR810853 5 0.4285 0.505587 0.000 0.036 0.320 0.000 0.644 NA
#> SRR809427 4 0.1167 0.880959 0.000 0.012 0.020 0.960 0.000 NA
#> SRR2170217 4 0.1452 0.880454 0.000 0.012 0.020 0.948 0.000 NA
#> SRR1386967 3 0.3050 0.543346 0.000 0.000 0.764 0.000 0.236 NA
#> SRR1420344 2 0.1218 0.727098 0.000 0.956 0.004 0.028 0.000 NA
#> SRR1334535 1 0.3955 0.799598 0.648 0.000 0.000 0.008 0.004 NA
#> SRR614503 4 0.1679 0.870949 0.000 0.028 0.008 0.936 0.000 NA
#> SRR602564 4 0.2196 0.873792 0.000 0.012 0.020 0.916 0.012 NA
#> SRR1420669 4 0.2721 0.863138 0.000 0.008 0.024 0.888 0.028 NA
#> SRR819024 3 0.0146 0.677711 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 NA
#> SRR656223 3 0.3817 0.087374 0.000 0.000 0.568 0.000 0.432 NA
#> SRR608428 2 0.0717 0.734491 0.000 0.976 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR1345647 1 0.3982 0.775444 0.536 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR1389324 2 0.6289 0.348127 0.000 0.392 0.008 0.000 0.320 NA
#> SRR1361368 4 0.4950 0.098109 0.000 0.468 0.004 0.484 0.008 NA
#> SRR1322619 2 0.0405 0.735111 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000 NA
#> SRR1349276 4 0.1861 0.878785 0.000 0.016 0.020 0.928 0.000 NA
#> SRR1404024 1 0.3982 0.774359 0.536 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR1370637 2 0.0405 0.735111 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000 NA
#> SRR1452631 4 0.1861 0.878785 0.000 0.016 0.020 0.928 0.000 NA
#> SRR608392 3 0.3868 -0.111186 0.000 0.000 0.508 0.000 0.492 NA
#> SRR1357757 3 0.4148 0.525262 0.000 0.000 0.748 0.012 0.056 NA
#> SRR1074646 4 0.1680 0.880717 0.000 0.012 0.020 0.940 0.004 NA
#> SRR1367499 3 0.2491 0.624311 0.000 0.000 0.836 0.000 0.164 NA
#> SRR1343501 3 0.3866 -0.067762 0.000 0.000 0.516 0.000 0.484 NA
#> SRR1394406 4 0.6410 0.551106 0.000 0.008 0.180 0.564 0.056 NA
#> SRR1381435 3 0.3547 0.361095 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332 NA
#> SRR1467407 1 0.0508 0.820202 0.984 0.004 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR1092422 5 0.6325 -0.149331 0.000 0.260 0.016 0.000 0.444 NA
#> SRR1380270 5 0.4285 0.507071 0.000 0.036 0.320 0.000 0.644 NA
#> SRR1091817 2 0.0622 0.734532 0.000 0.980 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR1440137 2 0.0912 0.734628 0.000 0.972 0.008 0.004 0.004 NA
#> SRR614311 2 0.4323 0.228701 0.000 0.600 0.004 0.376 0.000 NA
#> SRR1407516 4 0.1527 0.877814 0.000 0.012 0.020 0.948 0.008 NA
#> SRR815494 3 0.0547 0.677658 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 NA
#> SRR1333209 4 0.1710 0.877828 0.000 0.016 0.020 0.936 0.000 NA
#> SRR615177 4 0.2642 0.860286 0.000 0.008 0.024 0.892 0.024 NA
#> SRR1099648 3 0.3857 -0.026181 0.000 0.000 0.532 0.000 0.468 NA
#> SRR659720 3 0.5142 0.367762 0.000 0.000 0.624 0.000 0.204 NA
#> SRR2185057 1 0.3713 0.824041 0.808 0.004 0.000 0.008 0.080 NA
#> SRR1467125 1 0.4504 0.779931 0.540 0.000 0.000 0.004 0.024 NA
#> SRR657468 4 0.4443 0.752368 0.000 0.008 0.024 0.728 0.032 NA
#> SRR660042 3 0.1636 0.653066 0.000 0.000 0.936 0.004 0.024 NA
#> SRR2170864 2 0.1317 0.732577 0.000 0.956 0.008 0.016 0.004 NA
#> SRR1440491 4 0.1621 0.877239 0.000 0.012 0.020 0.944 0.008 NA
#> SRR1440852 3 0.0547 0.677658 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 NA
#> SRR811169 1 0.1779 0.829409 0.920 0.000 0.000 0.000 0.016 NA
#> SRR1331311 4 0.1630 0.878698 0.000 0.016 0.020 0.940 0.000 NA
#> SRR818009 1 0.1524 0.819278 0.932 0.000 0.000 0.008 0.060 NA
#> SRR1351836 2 0.0405 0.733730 0.000 0.988 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR1498313 2 0.6307 0.317738 0.000 0.368 0.008 0.000 0.344 NA
#> SRR1441975 2 0.0717 0.734491 0.000 0.976 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR819096 1 0.4111 0.775482 0.536 0.000 0.000 0.004 0.004 NA
#> SRR1073679 4 0.4224 0.778982 0.000 0.008 0.132 0.776 0.020 NA
#> SRR1489116 5 0.3868 0.106259 0.000 0.000 0.496 0.000 0.504 NA
#> SRR1354138 3 0.2527 0.621736 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168 NA
#> SRR1490589 3 0.2094 0.639914 0.000 0.000 0.908 0.004 0.024 NA
#> SRR1412987 4 0.1861 0.878785 0.000 0.016 0.020 0.928 0.000 NA
#> SRR602034 3 0.2527 0.621736 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168 NA
#> SRR1353437 1 0.3979 0.792471 0.628 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR1072871 3 0.3829 0.538305 0.000 0.000 0.760 0.000 0.060 NA
#> SRR661577 4 0.0909 0.880502 0.000 0.012 0.020 0.968 0.000 NA
#> SRR612190 4 0.1621 0.877903 0.000 0.012 0.020 0.944 0.008 NA
#> SRR1399880 1 0.4111 0.774663 0.536 0.000 0.000 0.004 0.004 NA
#> SRR1101787 4 0.1364 0.879596 0.000 0.016 0.020 0.952 0.000 NA
#> SRR657869 1 0.2020 0.811208 0.896 0.000 0.000 0.008 0.096 NA
#> SRR1446332 1 0.0508 0.821226 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012 NA
#> SRR816039 1 0.4218 0.782659 0.556 0.000 0.000 0.000 0.016 NA
#> SRR1485141 3 0.2527 0.621736 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168 NA
#> SRR1476697 1 0.3452 0.813024 0.736 0.000 0.000 0.004 0.004 NA
#> SRR1379538 2 0.4522 0.106426 0.000 0.548 0.008 0.424 0.000 NA
#> SRR1331422 1 0.1141 0.816934 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 NA
#> SRR660859 4 0.6724 0.318495 0.000 0.000 0.308 0.440 0.056 NA
#> SRR1097594 1 0.0653 0.821652 0.980 0.004 0.000 0.012 0.004 NA
#> SRR1311419 3 0.2631 0.611104 0.000 0.000 0.820 0.000 0.180 NA
#> SRR1336706 5 0.3998 0.124568 0.000 0.004 0.492 0.000 0.504 NA
#> SRR1472976 4 0.1269 0.880765 0.000 0.012 0.020 0.956 0.000 NA
#> SRR1321307 1 0.1858 0.811027 0.904 0.000 0.000 0.004 0.092 NA
#> SRR807493 1 0.0653 0.821370 0.980 0.000 0.000 0.004 0.012 NA
#> SRR812461 3 0.2527 0.621736 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168 NA
#> SRR1477149 2 0.6293 0.345626 0.000 0.388 0.008 0.000 0.324 NA
#> SRR1457397 5 0.5992 0.185498 0.000 0.132 0.040 0.000 0.560 NA
#> SRR661913 3 0.0146 0.677711 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 NA
#> SRR1069024 5 0.4254 0.552517 0.000 0.072 0.216 0.000 0.712 NA
#> SRR2165634 1 0.1598 0.818203 0.940 0.008 0.000 0.004 0.040 NA
#> SRR1478722 3 0.0000 0.678497 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1328642 2 0.6293 0.345626 0.000 0.388 0.008 0.000 0.324 NA
#> SRR1488261 3 0.1405 0.658205 0.000 0.000 0.948 0.004 0.024 NA
#> SRR1318815 4 0.1861 0.878785 0.000 0.016 0.020 0.928 0.000 NA
#> SRR816945 1 0.2020 0.811208 0.896 0.000 0.000 0.008 0.096 NA
#> SRR1367432 4 0.1861 0.878785 0.000 0.016 0.020 0.928 0.000 NA
#> SRR1359280 2 0.6293 0.345626 0.000 0.388 0.008 0.000 0.324 NA
#> SRR1313910 2 0.2501 0.678752 0.000 0.872 0.004 0.108 0.000 NA
#> SRR1457315 4 0.2666 0.862453 0.000 0.008 0.024 0.892 0.032 NA
#> SRR815398 1 0.1918 0.811292 0.904 0.000 0.000 0.008 0.088 NA
#> SRR656958 3 0.2527 0.621736 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168 NA
#> SRR600688 4 0.2125 0.874853 0.000 0.012 0.020 0.920 0.012 NA
#> SRR1098952 1 0.1675 0.827217 0.936 0.000 0.000 0.008 0.032 NA
#> SRR1314916 3 0.2527 0.621736 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168 NA
#> SRR614167 3 0.0000 0.678497 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1348114 2 0.3430 0.558195 0.000 0.772 0.004 0.208 0.000 NA
#> SRR658033 2 0.4728 0.261276 0.000 0.596 0.004 0.360 0.008 NA
#> SRR1077503 3 0.2983 0.593092 0.000 0.000 0.832 0.000 0.032 NA
#> SRR661854 3 0.3493 0.567711 0.000 0.000 0.796 0.000 0.056 NA
#> SRR811379 4 0.1690 0.877433 0.000 0.016 0.020 0.940 0.004 NA
#> SRR1318857 2 0.0964 0.731149 0.000 0.968 0.004 0.016 0.000 NA
#> SRR656445 3 0.3547 0.361095 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332 NA
#> SRR1433044 2 0.6293 0.345626 0.000 0.388 0.008 0.000 0.324 NA
#> SRR1486391 1 0.1818 0.829993 0.920 0.004 0.000 0.004 0.004 NA
#> SRR656071 3 0.2822 0.608862 0.000 0.000 0.856 0.004 0.032 NA
#> SRR1364824 1 0.4111 0.774663 0.536 0.000 0.000 0.004 0.004 NA
#> SRR1379133 1 0.4250 0.791073 0.620 0.004 0.000 0.012 0.004 NA
#> SRR1394169 1 0.2920 0.824884 0.820 0.000 0.000 0.004 0.008 NA
#> SRR816745 5 0.4285 0.505587 0.000 0.036 0.320 0.000 0.644 NA
#> SRR601038 5 0.4234 0.500943 0.000 0.032 0.324 0.000 0.644 NA
#> SRR1360080 1 0.1410 0.827918 0.944 0.000 0.000 0.008 0.004 NA
#> SRR814868 3 0.3823 0.538803 0.000 0.000 0.764 0.004 0.048 NA
#> SRR1485997 1 0.4262 0.790505 0.616 0.004 0.000 0.012 0.004 NA
#> SRR1435560 4 0.1536 0.880757 0.000 0.012 0.020 0.944 0.000 NA
#> SRR1333330 1 0.4080 0.775699 0.536 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR663513 4 0.6400 0.530001 0.000 0.004 0.196 0.548 0.052 NA
#> SRR1328407 5 0.6212 0.376065 0.000 0.092 0.316 0.000 0.520 NA
#> SRR602784 3 0.3860 -0.042550 0.000 0.000 0.528 0.000 0.472 NA
#> SRR1348468 4 0.1861 0.878785 0.000 0.016 0.020 0.928 0.000 NA
#> SRR663717 2 0.4042 0.377099 0.000 0.664 0.004 0.316 0.000 NA
#> SRR602217 2 0.4495 0.566326 0.000 0.744 0.020 0.008 0.168 NA
#> SRR603140 3 0.5840 0.350580 0.000 0.000 0.616 0.148 0.052 NA
#> SRR1340804 1 0.3982 0.774359 0.536 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR1457574 3 0.0937 0.673625 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 NA
#> SRR1333462 2 0.6293 0.345626 0.000 0.388 0.008 0.000 0.324 NA
#> SRR1094601 1 0.4152 0.778939 0.548 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR1434610 4 0.6333 0.494847 0.000 0.000 0.212 0.540 0.052 NA
#> SRR1435833 4 0.1546 0.878855 0.000 0.016 0.020 0.944 0.000 NA
#> SRR1398728 2 0.1218 0.727098 0.000 0.956 0.004 0.028 0.000 NA
#> SRR1358343 4 0.4069 0.708766 0.000 0.192 0.020 0.752 0.000 NA
#> SRR1410890 2 0.1218 0.727098 0.000 0.956 0.004 0.028 0.000 NA
#> SRR1350371 1 0.1863 0.812214 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104 NA
#> SRR1392478 2 0.0405 0.735111 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000 NA
#> SRR1099260 3 0.3737 0.224572 0.000 0.000 0.608 0.000 0.392 NA
#> SRR1433576 3 0.3087 0.614556 0.000 0.000 0.808 0.004 0.176 NA
#> SRR1345541 4 0.5906 0.443165 0.000 0.000 0.328 0.528 0.032 NA
#> SRR1086328 1 0.1644 0.812896 0.920 0.000 0.000 0.004 0.076 NA
#> SRR810391 3 0.0000 0.678497 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1476207 3 0.4178 0.525264 0.000 0.000 0.748 0.016 0.052 NA
#> SRR627435 5 0.4594 0.063128 0.000 0.000 0.480 0.000 0.484 NA
#> SRR1489862 1 0.3795 0.810933 0.724 0.004 0.000 0.012 0.004 NA
#> SRR1419086 1 0.0653 0.821370 0.980 0.000 0.000 0.004 0.012 NA
#> SRR1436539 1 0.4165 0.775242 0.536 0.000 0.000 0.012 0.000 NA
#> SRR1396191 3 0.0146 0.677711 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 NA
#> SRR1490115 3 0.2826 0.596724 0.000 0.000 0.844 0.000 0.028 NA
#> SRR1377714 3 0.4952 0.406782 0.000 0.000 0.652 0.000 0.180 NA
#> SRR819394 1 0.3982 0.774359 0.536 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR663161 4 0.2358 0.869716 0.000 0.012 0.020 0.908 0.016 NA
#> SRR607042 5 0.4095 0.167383 0.000 0.008 0.480 0.000 0.512 NA
#> SRR656203 4 0.4637 0.577418 0.000 0.264 0.020 0.680 0.008 NA
#> SRR660602 3 0.2527 0.621736 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168 NA
#> SRR1440397 1 0.0405 0.820822 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1369264 1 0.1440 0.827833 0.948 0.004 0.000 0.012 0.004 NA
#> SRR809233 1 0.1349 0.816004 0.940 0.000 0.000 0.004 0.056 NA
#> SRR663249 2 0.0767 0.733228 0.000 0.976 0.004 0.008 0.000 NA
#> SRR661242 4 0.2024 0.873536 0.000 0.012 0.020 0.924 0.008 NA
#> SRR1332007 5 0.4402 0.554789 0.000 0.068 0.184 0.000 0.732 NA
#> SRR809619 4 0.5155 0.312119 0.000 0.392 0.020 0.548 0.008 NA
#> SRR819975 1 0.4102 0.793464 0.628 0.000 0.000 0.004 0.012 NA
#> SRR599281 2 0.0951 0.733436 0.000 0.968 0.008 0.000 0.004 NA
#> SRR662366 3 0.0000 0.678497 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1317898 3 0.0000 0.678497 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1382485 4 0.1414 0.878361 0.000 0.012 0.020 0.952 0.004 NA
#> SRR2166420 1 0.4528 0.770490 0.524 0.004 0.000 0.008 0.012 NA
#> SRR1419429 1 0.1556 0.812784 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080 NA
#> SRR1092541 3 0.0458 0.678068 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 NA
#> SRR817444 3 0.3866 -0.067762 0.000 0.000 0.516 0.000 0.484 NA
#> SRR1320403 2 0.6289 0.348127 0.000 0.392 0.008 0.000 0.320 NA
#> SRR1101483 2 0.2203 0.697409 0.000 0.896 0.004 0.084 0.000 NA
#> SRR1331684 3 0.0146 0.678151 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 NA
#> SRR1400054 4 0.2824 0.855367 0.000 0.008 0.024 0.880 0.024 NA
#> SRR1406088 2 0.2680 0.663768 0.000 0.856 0.004 0.124 0.000 NA
#> SRR820733 4 0.2783 0.861142 0.000 0.008 0.024 0.884 0.028 NA
#> SRR1314113 4 0.3201 0.838837 0.000 0.008 0.024 0.852 0.024 NA
#> SRR1382615 3 0.3854 -0.013225 0.000 0.000 0.536 0.000 0.464 NA
#> SRR1480745 1 0.2356 0.829449 0.884 0.000 0.000 0.004 0.016 NA
#> SRR1468850 2 0.0767 0.734898 0.000 0.976 0.008 0.004 0.000 NA
#> SRR656782 3 0.3884 0.535703 0.000 0.000 0.760 0.004 0.052 NA
#> SRR821364 1 0.1267 0.815230 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 NA
#> SRR1101106 1 0.1812 0.821857 0.912 0.000 0.000 0.000 0.080 NA
#> SRR659295 2 0.6307 0.317738 0.000 0.368 0.008 0.000 0.344 NA
#> SRR1357103 5 0.4281 0.549729 0.000 0.068 0.228 0.000 0.704 NA
#> SRR809185 4 0.5067 0.300702 0.000 0.396 0.012 0.548 0.008 NA
#> SRR811583 4 0.1364 0.880641 0.000 0.012 0.020 0.952 0.000 NA
#> SRR1468050 1 0.4273 0.789834 0.612 0.004 0.000 0.012 0.004 NA
#> SRR1440224 2 0.0665 0.734984 0.000 0.980 0.008 0.004 0.000 NA
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17314 rows and 500 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.963 0.985 0.3938 0.607 0.607
#> 3 3 0.932 0.936 0.974 0.6726 0.719 0.543
#> 4 4 0.964 0.935 0.974 0.1148 0.891 0.695
#> 5 5 0.883 0.833 0.916 0.0611 0.920 0.716
#> 6 6 0.851 0.798 0.852 0.0343 0.902 0.612
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3
There is also optional best \(k\) = 2 3 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1500170 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1402368 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR607743 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1457375 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1470923 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR817954 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR809259 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1439785 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR814768 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1102031 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1363611 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1468447 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1071931 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR810981 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR615299 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR663585 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1326773 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1351166 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1477452 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1084720 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1420320 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1081712 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1318241 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1333718 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1313514 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1477861 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1318005 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1354665 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR657707 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1370742 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1412947 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR661553 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1328869 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR662211 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1348181 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1416560 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1319772 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1091452 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1338812 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1392072 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR814844 1 0.7453 0.737 0.788 0.212
#> SRR1376619 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR603690 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2184980 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR613963 1 0.9710 0.359 0.600 0.400
#> SRR1323422 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1397673 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1434650 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR659875 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1465734 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1076847 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1415072 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR659319 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR663088 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1352021 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR659935 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1352530 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR662594 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1095309 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR615647 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR813019 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1374647 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR603472 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR661529 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR607018 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR627423 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR654921 1 0.7219 0.754 0.800 0.200
#> SRR1418968 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR660871 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1330522 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1499958 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR614059 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1071403 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1486719 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1440421 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1310412 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR614767 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR820709 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR658093 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1088168 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1418707 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1354291 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2165806 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1415684 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1433860 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1311062 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1360359 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR661385 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR615407 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1413892 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1443459 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1338942 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR657480 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1399433 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR818537 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1101324 1 0.9710 0.359 0.600 0.400
#> SRR807637 1 0.0376 0.970 0.996 0.004
#> SRR1091918 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR598300 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1085426 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR813891 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1467431 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR658742 1 0.9710 0.359 0.600 0.400
#> SRR1419234 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1404813 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR603496 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1407758 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR810945 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR817234 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1444852 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR660378 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1467835 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1338964 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1079259 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1072345 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR598725 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1447938 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1360460 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1429468 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1446850 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1320363 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1413810 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR598831 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1381865 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR660957 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1491332 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1099744 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1464618 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1414559 1 0.7745 0.712 0.772 0.228
#> SRR1337540 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1444283 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR2184942 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR660295 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR601335 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1363742 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1345847 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR614960 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR819919 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR603330 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1327951 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1345266 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1338055 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1430157 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1320137 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1093483 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1459913 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2170490 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1479845 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1436420 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1481060 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR662282 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1487089 2 0.7219 0.739 0.200 0.800
#> SRR1075683 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1338536 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1338880 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1453456 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1457895 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1440603 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR658633 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1388081 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR813339 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR809725 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR627441 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR613603 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1096571 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1392701 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1344326 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1367693 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR660697 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1489926 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR811491 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1311644 1 0.7950 0.693 0.760 0.240
#> SRR1451740 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR615117 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1391748 2 0.7056 0.751 0.192 0.808
#> SRR1466556 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR614972 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1406200 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR819210 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR662174 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR811988 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR663236 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1312598 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1330129 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1357781 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1315517 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1400032 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1413722 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR612827 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR814794 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR819430 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1395509 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR808728 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1070813 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1389133 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR601263 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR604718 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1481351 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1334608 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR658681 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR809283 2 0.9710 0.314 0.400 0.600
#> SRR1459300 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1392547 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR811049 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1464835 2 0.9710 0.314 0.400 0.600
#> SRR1339619 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR658501 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1447523 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1415048 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1444348 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR603890 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR810595 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1446244 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR817373 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1457291 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR598220 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1477991 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR598172 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1349032 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR604002 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1378026 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1404401 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1333240 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1089399 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR603421 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR812562 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR808520 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR811839 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR814317 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1436763 1 0.7219 0.754 0.800 0.200
#> SRR1486021 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1465018 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1080998 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1083432 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1082833 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1326536 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR614011 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1365873 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1498789 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR601581 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR603566 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1373981 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR821410 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1076511 1 0.7219 0.754 0.800 0.200
#> SRR614143 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1333570 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1366813 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1388746 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1420558 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1409510 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR816250 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR614131 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1331130 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1316015 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1470798 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR614179 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1474863 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR813560 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1312187 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1420960 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1355102 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1084577 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR659971 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1350855 2 0.9710 0.314 0.400 0.600
#> SRR820779 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1476300 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1090907 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR662294 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1480789 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1336263 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR660776 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1090508 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR615563 2 0.9710 0.314 0.400 0.600
#> SRR1101175 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR2164650 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1431205 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1339856 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1352147 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR808968 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR627419 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1402391 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR663609 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2167857 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1398752 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1405437 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1416955 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1317064 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR659001 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2170696 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR816589 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1087487 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1329485 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR816920 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1341432 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1361590 2 0.9732 0.303 0.404 0.596
#> SRR817046 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1471331 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR660788 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR819234 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR810853 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR809427 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2170217 2 0.8016 0.665 0.244 0.756
#> SRR1386967 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1420344 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1334535 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR614503 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR602564 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1420669 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR819024 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR656223 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR608428 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1345647 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1389324 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1361368 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1322619 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1349276 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1404024 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1370637 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1452631 1 0.9710 0.359 0.600 0.400
#> SRR608392 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1357757 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1074646 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1367499 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1343501 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1394406 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1381435 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1467407 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1092422 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1380270 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1091817 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1440137 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR614311 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1407516 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR815494 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1333209 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR615177 2 0.9661 0.337 0.392 0.608
#> SRR1099648 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR659720 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2185057 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1467125 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR657468 1 0.7299 0.748 0.796 0.204
#> SRR660042 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2170864 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1440491 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1440852 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR811169 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1331311 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR818009 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1351836 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1498313 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1441975 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR819096 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1073679 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1489116 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1354138 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1490589 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1412987 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR602034 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1353437 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1072871 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR661577 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR612190 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1399880 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1101787 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR657869 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1446332 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR816039 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1485141 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1476697 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1379538 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1331422 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR660859 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1097594 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1311419 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1336706 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1472976 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1321307 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR807493 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR812461 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1477149 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1457397 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR661913 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1069024 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2165634 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1478722 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1328642 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1488261 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1318815 1 0.9608 0.400 0.616 0.384
#> SRR816945 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1367432 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1359280 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1313910 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1457315 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR815398 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR656958 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR600688 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1098952 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1314916 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR614167 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1348114 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR658033 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1077503 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR661854 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR811379 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1318857 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR656445 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1433044 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1486391 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR656071 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1364824 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR816745 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR601038 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1360080 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR814868 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1485997 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1435560 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1333330 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR663513 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1328407 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR602784 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1348468 2 0.9710 0.314 0.400 0.600
#> SRR663717 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR602217 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR603140 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1340804 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1457574 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1333462 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1094601 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1434610 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1435833 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1398728 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1358343 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1410890 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1350371 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1392478 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1099260 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1433576 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1345541 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1086328 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR810391 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1476207 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR627435 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1489862 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1419086 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1396191 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1490115 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1377714 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR819394 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR663161 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR607042 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR656203 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR660602 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1440397 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1369264 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR809233 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR663249 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR661242 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1332007 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR809619 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR819975 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR599281 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR662366 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1317898 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1382485 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR2166420 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1419429 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1092541 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR817444 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1320403 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1101483 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1331684 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1400054 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1406088 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR820733 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1314113 2 0.9710 0.314 0.400 0.600
#> SRR1382615 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1480745 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1468850 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR656782 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR821364 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR659295 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1357103 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR809185 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR811583 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1468050 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1440224 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1500170 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402368 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR607743 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457375 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470923 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR817954 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR809259 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439785 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR814768 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102031 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363611 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468447 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071931 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR810981 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR615299 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR663585 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1326773 2 0.6140 0.3273 0.000 0.596 0.404
#> SRR1351166 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477452 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084720 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420320 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081712 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318241 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333718 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1313514 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477861 3 0.3686 0.8299 0.000 0.140 0.860
#> SRR1318005 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354665 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR657707 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370742 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1412947 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR661553 2 0.4235 0.7895 0.000 0.824 0.176
#> SRR1328869 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR662211 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348181 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416560 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1319772 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1091452 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338812 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392072 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR814844 2 0.6260 0.1621 0.448 0.552 0.000
#> SRR1376619 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR603690 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR2184980 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR613963 1 0.6330 0.3590 0.600 0.396 0.004
#> SRR1323422 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397673 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434650 3 0.6126 0.3328 0.000 0.400 0.600
#> SRR659875 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1465734 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1076847 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415072 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR659319 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR663088 1 0.4504 0.7526 0.804 0.196 0.000
#> SRR1352021 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR659935 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352530 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR662594 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095309 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR615647 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR813019 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1374647 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR603472 3 0.6308 0.0236 0.000 0.492 0.508
#> SRR661529 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR607018 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR627423 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR654921 1 0.6126 0.3529 0.600 0.400 0.000
#> SRR1418968 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR660871 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330522 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499958 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR614059 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1071403 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486719 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440421 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310412 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR614767 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR820709 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR658093 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088168 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418707 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354291 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR2165806 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415684 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433860 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1311062 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360359 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR661385 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR615407 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413892 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1443459 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338942 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR657480 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399433 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR818537 3 0.3619 0.8349 0.000 0.136 0.864
#> SRR1101324 3 0.6126 0.3231 0.400 0.000 0.600
#> SRR807637 1 0.5327 0.6323 0.728 0.272 0.000
#> SRR1091918 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR598300 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1085426 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR813891 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467431 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR658742 3 0.7581 0.2189 0.408 0.044 0.548
#> SRR1419234 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404813 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR603496 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407758 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR810945 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR817234 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444852 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR660378 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467835 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338964 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1079259 2 0.5529 0.5839 0.000 0.704 0.296
#> SRR1072345 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR598725 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447938 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360460 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429468 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446850 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320363 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413810 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR598831 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381865 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR660957 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1491332 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099744 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464618 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414559 1 0.7786 0.4352 0.600 0.068 0.332
#> SRR1337540 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444283 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR2184942 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR660295 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR601335 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1363742 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1345847 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR614960 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR819919 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR603330 2 0.3752 0.8225 0.000 0.856 0.144
#> SRR1327951 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345266 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338055 2 0.4121 0.7935 0.000 0.832 0.168
#> SRR1430157 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320137 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093483 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459913 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170490 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479845 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1436420 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481060 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR662282 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487089 2 0.1411 0.9318 0.036 0.964 0.000
#> SRR1075683 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338536 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338880 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453456 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457895 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440603 3 0.3551 0.8399 0.000 0.132 0.868
#> SRR658633 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388081 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR813339 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR809725 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR627441 2 0.0237 0.9596 0.000 0.996 0.004
#> SRR613603 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1096571 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1392701 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1344326 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367693 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR660697 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489926 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR811491 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1311644 1 0.6126 0.3306 0.600 0.000 0.400
#> SRR1451740 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR615117 3 0.5016 0.6824 0.000 0.240 0.760
#> SRR1391748 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466556 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR614972 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406200 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR819210 2 0.3340 0.8511 0.000 0.880 0.120
#> SRR662174 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR811988 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR663236 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1312598 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330129 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357781 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315517 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400032 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413722 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR612827 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR814794 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR819430 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1395509 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR808728 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1070813 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389133 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR601263 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR604718 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1481351 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1334608 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR658681 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR809283 2 0.3752 0.8150 0.144 0.856 0.000
#> SRR1459300 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392547 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR811049 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1464835 2 0.3752 0.8150 0.144 0.856 0.000
#> SRR1339619 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR658501 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447523 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415048 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444348 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR603890 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR810595 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1446244 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR817373 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457291 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR598220 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1477991 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR598172 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349032 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR604002 2 0.4555 0.7492 0.000 0.800 0.200
#> SRR1378026 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404401 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333240 2 0.6126 0.3382 0.000 0.600 0.400
#> SRR1089399 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR603421 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR812562 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR808520 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR811839 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR814317 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436763 1 0.5591 0.5724 0.696 0.304 0.000
#> SRR1486021 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465018 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080998 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083432 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1082833 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326536 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR614011 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1365873 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498789 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR601581 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR603566 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1373981 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR821410 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076511 1 0.4555 0.7470 0.800 0.200 0.000
#> SRR614143 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333570 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1366813 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388746 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420558 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409510 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR816250 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR614131 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331130 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316015 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470798 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR614179 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1474863 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR813560 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312187 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420960 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1355102 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1084577 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR659971 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350855 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR820779 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476300 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090907 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR662294 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480789 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1336263 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR660776 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090508 2 0.2356 0.8974 0.000 0.928 0.072
#> SRR615563 2 0.0237 0.9597 0.004 0.996 0.000
#> SRR1101175 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR2164650 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1431205 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339856 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352147 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR808968 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR627419 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402391 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR663609 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR2167857 2 0.4504 0.7549 0.000 0.804 0.196
#> SRR1398752 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405437 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416955 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317064 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR659001 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170696 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR816589 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1087487 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1329485 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR816920 3 0.0424 0.9723 0.000 0.008 0.992
#> SRR1341432 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361590 2 0.4555 0.7366 0.200 0.800 0.000
#> SRR817046 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1471331 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR660788 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR819234 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR810853 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR809427 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170217 2 0.3879 0.8047 0.152 0.848 0.000
#> SRR1386967 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420344 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334535 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR614503 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR602564 2 0.4504 0.7642 0.000 0.804 0.196
#> SRR1420669 3 0.0747 0.9643 0.000 0.016 0.984
#> SRR819024 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR656223 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR608428 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345647 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389324 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1361368 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322619 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349276 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404024 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370637 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452631 2 0.3816 0.8099 0.148 0.852 0.000
#> SRR608392 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1357757 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1074646 2 0.3619 0.8345 0.000 0.864 0.136
#> SRR1367499 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343501 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394406 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381435 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467407 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092422 2 0.6126 0.3382 0.000 0.600 0.400
#> SRR1380270 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1091817 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440137 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR614311 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407516 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR815494 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333209 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR615177 3 0.3551 0.8331 0.000 0.132 0.868
#> SRR1099648 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR659720 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR2185057 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467125 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR657468 1 0.6126 0.3306 0.600 0.000 0.400
#> SRR660042 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170864 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440491 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440852 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR811169 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331311 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR818009 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351836 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498313 2 0.4504 0.7549 0.000 0.804 0.196
#> SRR1441975 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR819096 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073679 3 0.0237 0.9762 0.000 0.004 0.996
#> SRR1489116 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1354138 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490589 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1412987 1 0.6111 0.3635 0.604 0.396 0.000
#> SRR602034 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1353437 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072871 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR661577 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR612190 2 0.3941 0.8124 0.000 0.844 0.156
#> SRR1399880 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101787 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR657869 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446332 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR816039 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485141 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476697 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379538 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331422 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR660859 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1097594 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311419 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1336706 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472976 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321307 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR807493 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR812461 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1477149 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457397 3 0.6062 0.3765 0.000 0.384 0.616
#> SRR661913 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1069024 3 0.0424 0.9726 0.000 0.008 0.992
#> SRR2165634 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478722 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1328642 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488261 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318815 2 0.5882 0.4504 0.348 0.652 0.000
#> SRR816945 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367432 1 0.4555 0.7470 0.800 0.200 0.000
#> SRR1359280 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313910 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457315 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR815398 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR656958 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR600688 3 0.5905 0.4395 0.000 0.352 0.648
#> SRR1098952 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314916 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR614167 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348114 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR658033 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077503 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR661854 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR811379 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318857 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR656445 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433044 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486391 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR656071 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1364824 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR816745 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR601038 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1360080 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR814868 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1485997 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435560 2 0.2711 0.8841 0.000 0.912 0.088
#> SRR1333330 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR663513 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1328407 3 0.3619 0.8349 0.000 0.136 0.864
#> SRR602784 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348468 2 0.3686 0.8199 0.140 0.860 0.000
#> SRR663717 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR602217 2 0.4605 0.7432 0.000 0.796 0.204
#> SRR603140 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340804 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457574 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333462 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1094601 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434610 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1435833 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398728 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358343 1 0.0747 0.9569 0.984 0.016 0.000
#> SRR1410890 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350371 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392478 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099260 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433576 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1345541 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1086328 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR810391 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476207 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR627435 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1489862 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419086 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396191 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490115 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1377714 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR819394 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR663161 2 0.6026 0.4212 0.000 0.624 0.376
#> SRR607042 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR656203 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR660602 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440397 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1369264 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR809233 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR663249 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR661242 2 0.0592 0.9529 0.000 0.988 0.012
#> SRR1332007 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR809619 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR819975 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR599281 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR662366 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1317898 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1382485 2 0.2878 0.8758 0.000 0.904 0.096
#> SRR2166420 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419429 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092541 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR817444 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1320403 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101483 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331684 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1400054 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406088 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR820733 3 0.0424 0.9723 0.000 0.008 0.992
#> SRR1314113 3 0.2448 0.9021 0.076 0.000 0.924
#> SRR1382615 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1480745 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468850 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR656782 3 0.0000 0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR821364 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR659295 2 0.4504 0.7549 0.000 0.804 0.196
#> SRR1357103 3 0.0424 0.9726 0.000 0.008 0.992
#> SRR809185 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR811583 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468050 1 0.0000 0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440224 2 0.0000 0.9630 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1500170 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402368 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR607743 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457375 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470923 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR814768 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031 2 0.0188 0.94808 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1363611 4 0.0000 0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468447 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071931 2 0.4356 0.58938 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR810981 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663585 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326773 3 0.5000 -0.00864 0.000 0.496 0.504 0.000
#> SRR1351166 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477452 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420320 4 0.0000 0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1081712 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318241 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333718 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313514 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477861 3 0.4855 0.32039 0.000 0.400 0.600 0.000
#> SRR1318005 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354665 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657707 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370742 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1412947 2 0.0188 0.94808 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR661553 4 0.0000 0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1328869 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348181 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416560 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319772 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091452 4 0.0000 0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1338812 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814844 4 0.0000 0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1376619 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR603690 4 0.4855 0.29602 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR2184980 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613963 4 0.0000 0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1323422 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434650 2 0.4843 0.35760 0.000 0.604 0.396 0.000
#> SRR659875 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465734 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076847 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415072 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663088 4 0.0000 0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352021 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935 4 0.0000 0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352530 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662594 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095309 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR813019 3 0.2281 0.87484 0.000 0.096 0.904 0.000
#> SRR1374647 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603472 2 0.3610 0.72562 0.000 0.800 0.200 0.000
#> SRR661529 3 0.4877 0.28343 0.000 0.000 0.592 0.408
#> SRR607018 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR627423 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR654921 4 0.0000 0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418968 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330522 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499958 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614059 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071403 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440421 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310412 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614767 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820709 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088168 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418707 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354291 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2165806 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684 4 0.0000 0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433860 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311062 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360359 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615407 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413892 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443459 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338942 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399433 4 0.0000 0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR818537 3 0.4855 0.32039 0.000 0.400 0.600 0.000
#> SRR1101324 4 0.2408 0.84413 0.000 0.000 0.104 0.896
#> SRR807637 4 0.2216 0.87004 0.092 0.000 0.000 0.908
#> SRR1091918 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085426 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813891 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431 2 0.3610 0.73571 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR658742 4 0.0000 0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419234 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603496 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407758 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR810945 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817234 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444852 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660378 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467835 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338964 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079259 2 0.3688 0.71526 0.000 0.792 0.208 0.000
#> SRR1072345 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR598725 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447938 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460 4 0.0000 0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1429468 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446850 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320363 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413810 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR598831 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381865 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1491332 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099744 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464618 4 0.0000 0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1414559 4 0.0000 0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1337540 1 0.1118 0.96089 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1444283 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660295 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363742 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345847 2 0.4855 0.35721 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR614960 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR819919 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327951 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338055 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430157 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320137 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093483 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170490 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436420 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662282 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487089 4 0.0000 0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1075683 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453456 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457895 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603 3 0.4855 0.32039 0.000 0.400 0.600 0.000
#> SRR658633 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388081 4 0.0000 0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR813339 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809725 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613603 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096571 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392701 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660697 2 0.4855 0.35721 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1489926 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811491 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311644 4 0.0469 0.94428 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1451740 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615117 2 0.4855 0.34678 0.000 0.600 0.400 0.000
#> SRR1391748 4 0.0000 0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466556 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614972 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406200 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210 4 0.0000 0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR662174 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236 4 0.0000 0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1312598 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330129 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357781 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315517 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400032 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413722 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR814794 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509 4 0.0000 0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR808728 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070813 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389133 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR601263 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR604718 4 0.0000 0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1481351 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334608 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658681 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809283 4 0.0000 0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1459300 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811049 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464835 4 0.0000 0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339619 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658501 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447523 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415048 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603890 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810595 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446244 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817373 4 0.0000 0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457291 2 0.4855 0.35721 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR598220 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477991 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598172 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349032 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR604002 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378026 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404401 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333240 2 0.3610 0.72562 0.000 0.800 0.200 0.000
#> SRR1089399 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603421 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR812562 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811839 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436763 4 0.0000 0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1486021 2 0.4855 0.35721 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1465018 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080998 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083432 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082833 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614011 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365873 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498789 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR601581 2 0.1389 0.90699 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR603566 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1373981 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076511 4 0.3726 0.71581 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR614143 3 0.2760 0.83820 0.000 0.128 0.872 0.000
#> SRR1333570 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366813 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388746 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409510 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816250 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614131 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331130 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470798 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614179 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1474863 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813560 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312187 4 0.0000 0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420960 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355102 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084577 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659971 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350855 4 0.0000 0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR820779 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476300 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090907 4 0.0000 0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR662294 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480789 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336263 4 0.0000 0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR660776 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615563 4 0.0000 0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1101175 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431205 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339856 4 0.0921 0.93098 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1352147 2 0.3486 0.75201 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR808968 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402391 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2167857 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398752 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416955 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064 4 0.4989 0.06049 0.000 0.472 0.000 0.528
#> SRR659001 4 0.0000 0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170696 4 0.0000 0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR816589 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087487 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329485 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816920 4 0.0000 0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1341432 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590 4 0.0000 0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR817046 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471331 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660788 4 0.0000 0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR819234 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853 3 0.0188 0.97053 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR809427 4 0.0000 0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170217 4 0.0000 0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1386967 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420344 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334535 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503 4 0.4898 0.24900 0.000 0.416 0.000 0.584
#> SRR602564 4 0.5517 0.29794 0.000 0.020 0.412 0.568
#> SRR1420669 4 0.0000 0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR819024 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR656223 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608428 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345647 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361368 2 0.4817 0.38712 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR1322619 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349276 4 0.0000 0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404024 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452631 4 0.0000 0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR608392 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357757 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1074646 4 0.0000 0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1367499 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343501 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394406 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381435 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467407 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422 2 0.2814 0.80841 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1380270 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091817 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440137 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614311 4 0.2081 0.87467 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR1407516 4 0.0000 0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR815494 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333209 4 0.0000 0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR615177 4 0.0000 0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099648 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659720 3 0.2530 0.85677 0.000 0.112 0.888 0.000
#> SRR2185057 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468 4 0.0000 0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR660042 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170864 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440491 4 0.0000 0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440852 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811169 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311 4 0.0000 0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR818009 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498313 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441975 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819096 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679 3 0.3610 0.72812 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1489116 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354138 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490589 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1412987 4 0.0000 0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR602034 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353437 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661577 4 0.0000 0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR612190 4 0.0000 0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399880 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787 4 0.0000 0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR657869 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476697 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538 4 0.4522 0.52575 0.000 0.320 0.000 0.680
#> SRR1331422 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1097594 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336706 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472976 4 0.0000 0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1321307 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477149 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457397 2 0.3801 0.69940 0.000 0.780 0.220 0.000
#> SRR661913 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069024 3 0.3610 0.74179 0.000 0.200 0.800 0.000
#> SRR2165634 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328642 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488261 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318815 4 0.0000 0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR816945 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432 4 0.0000 0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359280 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313910 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457315 4 0.0000 0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR815398 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR600688 4 0.4830 0.36714 0.000 0.000 0.392 0.608
#> SRR1098952 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614167 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348114 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658033 2 0.0188 0.94808 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1077503 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661854 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811379 4 0.0000 0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318857 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656445 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433044 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486391 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1364824 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745 3 0.1389 0.92653 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR601038 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360080 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485997 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560 4 0.0000 0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333330 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328407 3 0.4008 0.66968 0.000 0.244 0.756 0.000
#> SRR602784 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348468 4 0.0000 0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR663717 2 0.1557 0.89898 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR602217 2 0.3610 0.72562 0.000 0.800 0.200 0.000
#> SRR603140 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340804 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333462 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1094601 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610 3 0.4382 0.58572 0.000 0.000 0.704 0.296
#> SRR1435833 4 0.0000 0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1398728 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358343 1 0.1022 0.96410 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1410890 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350371 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099260 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433576 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345541 3 0.3024 0.80566 0.000 0.000 0.852 0.148
#> SRR1086328 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476207 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR627435 3 0.0188 0.97054 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1489862 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490115 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377714 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR819394 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161 4 0.0000 0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR607042 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR656203 2 0.4866 0.34647 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR660602 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440397 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661242 4 0.0592 0.94137 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1332007 3 0.3610 0.74179 0.000 0.200 0.800 0.000
#> SRR809619 2 0.4855 0.35721 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR819975 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662366 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317898 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382485 4 0.0000 0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2166420 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR817444 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320403 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101483 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331684 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400054 4 0.0000 0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406088 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820733 4 0.0000 0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1314113 4 0.0000 0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1382615 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480745 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656782 3 0.0000 0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR821364 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357103 3 0.3610 0.74179 0.000 0.200 0.800 0.000
#> SRR809185 4 0.3907 0.67130 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR811583 4 0.0000 0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468050 1 0.0000 0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224 2 0.0000 0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1500170 2 0.0000 0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402368 3 0.0000 0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607743 3 0.0000 0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457375 2 0.0000 0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470923 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785 3 0.0000 0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814768 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031 2 0.0000 0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1363611 4 0.4182 0.299547 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR1468447 5 0.4161 0.487069 0.000 0.392 0.000 0.000 0.608
#> SRR1071931 2 0.3210 0.722072 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR810981 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299 5 0.4045 0.537083 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR663585 3 0.0290 0.902938 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1326773 5 0.4341 0.223140 0.000 0.000 0.364 0.008 0.628
#> SRR1351166 2 0.0000 0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477452 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720 3 0.0290 0.902938 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1420320 4 0.0000 0.958534 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081712 2 0.0162 0.931281 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1318241 3 0.0000 0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333718 3 0.3999 0.591748 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1313514 5 0.4045 0.537083 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR1477861 5 0.3143 0.493176 0.000 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR1318005 5 0.4030 0.538623 0.000 0.352 0.000 0.000 0.648
#> SRR1354665 2 0.0000 0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657707 3 0.0000 0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370742 3 0.0000 0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1412947 2 0.0000 0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661553 4 0.0000 0.958534 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328869 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211 2 0.0000 0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348181 3 0.0290 0.902938 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1416560 3 0.0000 0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319772 3 0.0000 0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091452 4 0.0000 0.958534 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338812 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072 5 0.4045 0.537083 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR814844 4 0.0290 0.958325 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1376619 3 0.0162 0.904041 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR603690 4 0.4307 -0.078268 0.000 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR2184980 2 0.0000 0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613963 4 0.0290 0.958325 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1323422 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673 3 0.0290 0.902938 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1434650 5 0.3266 0.498482 0.000 0.004 0.200 0.000 0.796
#> SRR659875 3 0.4262 0.394751 0.000 0.000 0.560 0.000 0.440
#> SRR1465734 3 0.0000 0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076847 5 0.4015 0.540673 0.000 0.348 0.000 0.000 0.652
#> SRR1415072 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319 3 0.3999 0.591748 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR663088 4 0.0290 0.958325 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1352021 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935 4 0.0000 0.958534 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352530 3 0.0162 0.904041 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR662594 3 0.0000 0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095309 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647 3 0.0162 0.904041 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR813019 5 0.4088 0.219028 0.000 0.000 0.368 0.000 0.632
#> SRR1374647 5 0.3612 0.572063 0.000 0.268 0.000 0.000 0.732
#> SRR603472 5 0.0290 0.574687 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR661529 3 0.3612 0.560317 0.000 0.000 0.732 0.268 0.000
#> SRR607018 3 0.3999 0.591748 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR627423 2 0.0000 0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654921 4 0.0290 0.958325 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1418968 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871 3 0.0000 0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330522 3 0.0000 0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499958 2 0.0000 0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614059 3 0.0000 0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071403 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719 2 0.0000 0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440421 5 0.4045 0.537083 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR1310412 3 0.0000 0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614767 2 0.0000 0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820709 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093 3 0.3561 0.689928 0.000 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR1088168 3 0.2179 0.827755 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1418707 2 0.0000 0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354291 5 0.4045 0.537083 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR2165806 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684 4 0.0000 0.958534 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433860 3 0.0290 0.902938 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1311062 5 0.4268 0.395271 0.000 0.444 0.000 0.000 0.556
#> SRR1360359 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385 3 0.0290 0.902938 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR615407 5 0.4045 0.537083 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR1413892 3 0.1478 0.865275 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1443459 2 0.0000 0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338942 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480 3 0.3913 0.616838 0.000 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1399433 4 0.0000 0.958534 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR818537 5 0.3143 0.493176 0.000 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR1101324 4 0.2411 0.812827 0.000 0.000 0.108 0.884 0.008
#> SRR807637 4 0.2116 0.903107 0.040 0.028 0.000 0.924 0.008
#> SRR1091918 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300 3 0.0000 0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085426 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.0000 0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813891 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431 2 0.3143 0.729337 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR658742 4 0.0290 0.958325 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1419234 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813 2 0.0000 0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603496 5 0.4114 0.196175 0.000 0.000 0.376 0.000 0.624
#> SRR1407758 3 0.0290 0.902938 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR810945 5 0.4045 0.537083 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR817234 5 0.4045 0.537083 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR1444852 3 0.0000 0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660378 3 0.0290 0.902938 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1467835 2 0.0000 0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338964 3 0.0000 0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1079259 2 0.6030 0.196829 0.000 0.580 0.196 0.000 0.224
#> SRR1072345 3 0.0000 0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598725 3 0.0000 0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447938 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460 4 0.0290 0.958325 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1429468 2 0.0000 0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446850 5 0.4161 0.486197 0.000 0.392 0.000 0.000 0.608
#> SRR1320363 3 0.0000 0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413810 3 0.0290 0.902938 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR598831 2 0.0000 0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381865 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957 3 0.0000 0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1491332 3 0.3999 0.591748 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1099744 2 0.0000 0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464618 2 0.3143 0.689956 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR1414559 4 0.0290 0.958325 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1337540 1 0.0992 0.965509 0.968 0.000 0.000 0.024 0.008
#> SRR1444283 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942 3 0.0000 0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660295 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335 3 0.0290 0.902938 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1363742 3 0.0290 0.902938 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1345847 2 0.3274 0.712912 0.000 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR614960 3 0.0000 0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819919 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330 5 0.3612 0.572063 0.000 0.268 0.000 0.000 0.732
#> SRR1327951 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266 2 0.0000 0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338055 5 0.3612 0.572063 0.000 0.268 0.000 0.000 0.732
#> SRR1430157 2 0.0000 0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320137 2 0.0000 0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1093483 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913 3 0.0000 0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2170490 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845 3 0.0290 0.902938 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1436420 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060 3 0.4060 0.565085 0.000 0.000 0.640 0.000 0.360
#> SRR662282 3 0.0290 0.902938 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1487089 4 0.0290 0.958325 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1075683 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880 2 0.0290 0.927842 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1453456 3 0.0162 0.904041 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1457895 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603 5 0.2773 0.531964 0.000 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR658633 2 0.0000 0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388081 4 0.2813 0.779244 0.000 0.168 0.000 0.832 0.000
#> SRR813339 3 0.0000 0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809725 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441 5 0.3816 0.559350 0.000 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR613603 3 0.0000 0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096571 5 0.4138 0.171690 0.000 0.000 0.384 0.000 0.616
#> SRR1392701 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693 2 0.0000 0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660697 2 0.3003 0.751511 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000
#> SRR1489926 3 0.4015 0.585981 0.000 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR811491 3 0.0000 0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311644 4 0.0898 0.939124 0.000 0.000 0.020 0.972 0.008
#> SRR1451740 3 0.0000 0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615117 5 0.2930 0.532864 0.000 0.004 0.164 0.000 0.832
#> SRR1391748 4 0.0290 0.958325 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1466556 3 0.0000 0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614972 3 0.0000 0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406200 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210 4 0.0000 0.958534 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662174 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236 4 0.0000 0.958534 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312598 2 0.0000 0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330129 5 0.4045 0.537083 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR1357781 5 0.4045 0.537083 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR1315517 5 0.4045 0.537083 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR1400032 3 0.0000 0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413722 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827 3 0.0000 0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814794 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509 4 0.0000 0.958534 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR808728 3 0.3999 0.591748 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1070813 2 0.0000 0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389133 3 0.0000 0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR601263 3 0.0000 0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR604718 4 0.0000 0.958534 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1481351 3 0.4015 0.585981 0.000 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR1334608 3 0.3561 0.689928 0.000 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR658681 3 0.3999 0.591748 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR809283 4 0.0290 0.958325 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1459300 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547 3 0.4060 0.565085 0.000 0.000 0.640 0.000 0.360
#> SRR811049 3 0.0000 0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464835 4 0.0290 0.958325 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1339619 2 0.0000 0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658501 3 0.0000 0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447523 3 0.0000 0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415048 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348 2 0.0000 0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603890 5 0.4045 0.537083 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR810595 3 0.0000 0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446244 2 0.0000 0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817373 4 0.0000 0.958534 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457291 2 0.3274 0.712912 0.000 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR598220 3 0.0510 0.891156 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1477991 2 0.0000 0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598172 5 0.4045 0.537083 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR1349032 2 0.0000 0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604002 5 0.3074 0.576167 0.000 0.196 0.000 0.000 0.804
#> SRR1378026 3 0.0290 0.902938 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1404401 5 0.4045 0.537083 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR1333240 5 0.0290 0.574687 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1089399 2 0.0000 0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603421 5 0.4045 0.537083 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR812562 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520 3 0.3999 0.591748 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR811839 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317 2 0.0000 0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436763 4 0.0290 0.958325 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1486021 2 0.3274 0.712912 0.000 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR1465018 5 0.4045 0.537083 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR1080998 3 0.3480 0.698601 0.000 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1083432 3 0.0162 0.904041 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1082833 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536 3 0.0000 0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614011 2 0.0000 0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365873 5 0.4045 0.537083 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR1498789 2 0.0000 0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601581 2 0.0290 0.927842 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR603566 5 0.4088 0.219028 0.000 0.000 0.368 0.000 0.632
#> SRR1373981 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410 2 0.0000 0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076511 4 0.1557 0.905825 0.052 0.000 0.000 0.940 0.008
#> SRR614143 5 0.4088 0.219028 0.000 0.000 0.368 0.000 0.632
#> SRR1333570 3 0.0000 0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366813 2 0.0000 0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388746 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558 3 0.0000 0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409510 3 0.0162 0.904041 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR816250 2 0.0000 0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614131 2 0.1197 0.891721 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1331130 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015 3 0.0000 0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470798 3 0.0290 0.902938 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR614179 5 0.4088 0.219028 0.000 0.000 0.368 0.000 0.632
#> SRR1474863 2 0.0000 0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813560 2 0.0000 0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312187 4 0.2020 0.863165 0.000 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1420960 3 0.0162 0.904041 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1355102 3 0.0000 0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084577 3 0.0290 0.902938 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR659971 2 0.0000 0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350855 4 0.0290 0.958325 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR820779 3 0.0000 0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476300 3 0.0000 0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090907 4 0.0000 0.958534 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662294 5 0.4045 0.537083 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR1480789 5 0.4088 0.219028 0.000 0.000 0.368 0.000 0.632
#> SRR1336263 4 0.0290 0.958325 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR660776 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508 5 0.3612 0.572063 0.000 0.268 0.000 0.000 0.732
#> SRR615563 4 0.0290 0.958325 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1101175 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650 3 0.4306 0.249680 0.000 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR1431205 5 0.4045 0.537083 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR1339856 2 0.1410 0.879118 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1352147 2 0.2074 0.841622 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR808968 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419 5 0.4235 0.410188 0.000 0.424 0.000 0.000 0.576
#> SRR1402391 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609 3 0.4138 0.520555 0.000 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR2167857 5 0.3612 0.572063 0.000 0.268 0.000 0.000 0.732
#> SRR1398752 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437 2 0.0000 0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416955 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064 2 0.3452 0.681387 0.000 0.756 0.000 0.244 0.000
#> SRR659001 4 0.0000 0.958534 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170696 4 0.0290 0.958325 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR816589 3 0.0290 0.902938 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1087487 3 0.0290 0.902938 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1329485 3 0.0162 0.904041 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR816920 4 0.0290 0.958325 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1341432 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590 4 0.0290 0.958325 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR817046 3 0.0000 0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471331 3 0.0290 0.902938 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR660788 4 0.0451 0.956055 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR819234 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853 5 0.4088 0.219028 0.000 0.000 0.368 0.000 0.632
#> SRR809427 4 0.0000 0.958534 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170217 4 0.0290 0.958325 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1386967 3 0.0290 0.902938 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1420344 2 0.0000 0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334535 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503 2 0.2612 0.812256 0.000 0.868 0.000 0.124 0.008
#> SRR602564 4 0.7381 0.265803 0.000 0.168 0.276 0.488 0.068
#> SRR1420669 4 0.0000 0.958534 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR819024 3 0.0000 0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656223 3 0.3999 0.591748 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR608428 2 0.3661 0.515859 0.000 0.724 0.000 0.000 0.276
#> SRR1345647 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324 5 0.4045 0.537083 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR1361368 2 0.3242 0.717591 0.000 0.784 0.000 0.216 0.000
#> SRR1322619 2 0.0000 0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349276 4 0.0290 0.958325 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1404024 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637 2 0.0000 0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452631 4 0.2304 0.860291 0.000 0.100 0.000 0.892 0.008
#> SRR608392 3 0.4015 0.585981 0.000 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR1357757 3 0.0000 0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074646 4 0.0000 0.958534 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367499 3 0.0162 0.904041 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1343501 3 0.3999 0.591748 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1394406 3 0.3966 0.596926 0.000 0.000 0.664 0.000 0.336
#> SRR1381435 3 0.0290 0.902938 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1467407 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422 5 0.0404 0.574617 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1380270 5 0.4088 0.219028 0.000 0.000 0.368 0.000 0.632
#> SRR1091817 2 0.0000 0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440137 2 0.0000 0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614311 2 0.0703 0.914232 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1407516 4 0.0000 0.958534 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR815494 3 0.0162 0.904041 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1333209 4 0.0162 0.956186 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR615177 4 0.0290 0.958325 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1099648 3 0.3999 0.591748 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR659720 5 0.4088 0.219028 0.000 0.000 0.368 0.000 0.632
#> SRR2185057 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468 4 0.0451 0.956055 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR660042 3 0.0000 0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2170864 2 0.0000 0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440491 4 0.0000 0.958534 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440852 3 0.0000 0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811169 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311 4 0.0000 0.958534 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR818009 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836 2 0.1197 0.891935 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1498313 5 0.3612 0.572063 0.000 0.268 0.000 0.000 0.732
#> SRR1441975 2 0.3452 0.583165 0.000 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR819096 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679 3 0.3177 0.648535 0.000 0.000 0.792 0.208 0.000
#> SRR1489116 3 0.4074 0.558595 0.000 0.000 0.636 0.000 0.364
#> SRR1354138 3 0.0290 0.902938 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1490589 3 0.0000 0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1412987 4 0.0290 0.958325 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR602034 3 0.0290 0.902938 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1353437 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871 3 0.3999 0.591748 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR661577 4 0.0000 0.958534 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR612190 4 0.0000 0.958534 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399880 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787 4 0.0000 0.958534 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR657869 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141 3 0.0162 0.904041 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1476697 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538 2 0.0510 0.921582 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1331422 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859 3 0.0000 0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097594 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419 3 0.0290 0.902938 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1336706 5 0.4114 0.196175 0.000 0.000 0.376 0.000 0.624
#> SRR1472976 4 0.0000 0.958534 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321307 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461 3 0.0162 0.904041 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1477149 5 0.4045 0.537083 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR1457397 5 0.0290 0.574687 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR661913 3 0.0000 0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069024 5 0.3143 0.493176 0.000 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR2165634 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722 3 0.0000 0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328642 5 0.4045 0.537083 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR1488261 3 0.0000 0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318815 4 0.0290 0.958325 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR816945 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432 4 0.0290 0.958325 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1359280 5 0.4045 0.537083 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR1313910 2 0.0000 0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457315 4 0.0000 0.958534 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR815398 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958 3 0.0162 0.904041 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR600688 3 0.4451 -0.030794 0.000 0.004 0.504 0.492 0.000
#> SRR1098952 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916 3 0.0162 0.904041 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR614167 3 0.0000 0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348114 2 0.0000 0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658033 2 0.0000 0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1077503 3 0.3534 0.692656 0.000 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR661854 3 0.4015 0.585981 0.000 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR811379 4 0.0000 0.958534 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318857 2 0.0000 0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656445 3 0.0880 0.888072 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1433044 5 0.4045 0.537083 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR1486391 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071 3 0.0000 0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364824 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745 5 0.4088 0.219028 0.000 0.000 0.368 0.000 0.632
#> SRR601038 5 0.4088 0.219028 0.000 0.000 0.368 0.000 0.632
#> SRR1360080 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868 3 0.0000 0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485997 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560 4 0.0000 0.958534 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333330 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513 3 0.0000 0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328407 5 0.4088 0.219028 0.000 0.000 0.368 0.000 0.632
#> SRR602784 3 0.3999 0.591748 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1348468 4 0.0290 0.958325 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR663717 2 0.0000 0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602217 5 0.3829 0.517397 0.000 0.028 0.196 0.000 0.776
#> SRR603140 3 0.0000 0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340804 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574 3 0.0162 0.904041 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1333462 5 0.4045 0.537083 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR1094601 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610 3 0.3143 0.708018 0.000 0.000 0.796 0.204 0.000
#> SRR1435833 4 0.0000 0.958534 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398728 2 0.0000 0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358343 1 0.2929 0.814076 0.840 0.152 0.000 0.000 0.008
#> SRR1410890 2 0.0000 0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350371 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478 2 0.0000 0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099260 3 0.3876 0.626496 0.000 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR1433576 3 0.0290 0.902938 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1345541 3 0.2813 0.705271 0.000 0.000 0.832 0.168 0.000
#> SRR1086328 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391 3 0.0000 0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476207 3 0.0000 0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR627435 5 0.0510 0.576133 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1489862 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191 3 0.0000 0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490115 3 0.0000 0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377714 5 0.4249 0.000294 0.000 0.000 0.432 0.000 0.568
#> SRR819394 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161 4 0.0290 0.958325 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR607042 5 0.4138 0.171690 0.000 0.000 0.384 0.000 0.616
#> SRR656203 2 0.3395 0.692405 0.000 0.764 0.000 0.236 0.000
#> SRR660602 3 0.0162 0.904041 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1440397 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249 2 0.0000 0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661242 4 0.4276 0.354806 0.000 0.380 0.004 0.616 0.000
#> SRR1332007 5 0.2891 0.521249 0.000 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR809619 2 0.3395 0.692405 0.000 0.764 0.000 0.236 0.000
#> SRR819975 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281 5 0.4045 0.537083 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR662366 3 0.0000 0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317898 3 0.0000 0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382485 4 0.0000 0.958534 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2166420 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541 3 0.0000 0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817444 3 0.3999 0.591748 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1320403 5 0.4045 0.537083 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR1101483 2 0.0000 0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331684 3 0.0000 0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400054 4 0.0290 0.958325 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1406088 2 0.0000 0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820733 4 0.0000 0.958534 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314113 4 0.0451 0.956055 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR1382615 3 0.3983 0.596922 0.000 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR1480745 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850 2 0.2773 0.696480 0.000 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR656782 3 0.0000 0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR821364 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295 5 0.3612 0.572063 0.000 0.268 0.000 0.000 0.732
#> SRR1357103 5 0.3143 0.493176 0.000 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR809185 2 0.3109 0.737633 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR811583 4 0.0000 0.958534 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468050 1 0.0000 0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224 2 0.0000 0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1500170 2 0.0000 0.7758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402368 3 0.0000 0.8997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607743 3 0.2562 0.6853 0.000 0.000 0.828 0.172 0.000 0.000
#> SRR1457375 2 0.0935 0.7706 0.000 0.964 0.000 0.032 0.004 0.000
#> SRR1470923 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785 3 0.0000 0.8997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814768 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031 2 0.1267 0.7600 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000
#> SRR1363611 4 0.2768 0.7825 0.000 0.012 0.000 0.832 0.000 0.156
#> SRR1468447 2 0.4835 0.6900 0.000 0.592 0.000 0.072 0.336 0.000
#> SRR1071931 4 0.3175 0.7530 0.000 0.088 0.000 0.832 0.000 0.080
#> SRR810981 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299 2 0.5001 0.6740 0.000 0.540 0.000 0.076 0.384 0.000
#> SRR663585 3 0.2003 0.8110 0.000 0.000 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR1326773 5 0.5270 0.2427 0.000 0.000 0.100 0.404 0.496 0.000
#> SRR1351166 2 0.0937 0.7614 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1477452 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720 3 0.1267 0.8741 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1420320 4 0.3620 0.6443 0.000 0.000 0.000 0.648 0.000 0.352
#> SRR1081712 2 0.1934 0.7672 0.000 0.916 0.000 0.040 0.044 0.000
#> SRR1318241 3 0.2250 0.8211 0.000 0.000 0.888 0.092 0.000 0.020
#> SRR1333718 5 0.3717 0.7627 0.000 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR1313514 2 0.5001 0.6740 0.000 0.540 0.000 0.076 0.384 0.000
#> SRR1477861 5 0.2597 0.7149 0.000 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR1318005 2 0.5001 0.6740 0.000 0.540 0.000 0.076 0.384 0.000
#> SRR1354665 2 0.0000 0.7758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657707 3 0.2250 0.8211 0.000 0.000 0.888 0.092 0.000 0.020
#> SRR1370742 3 0.0000 0.8997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1412947 2 0.0790 0.7713 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR661553 4 0.2823 0.7734 0.000 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1328869 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211 2 0.0260 0.7763 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1348181 3 0.1141 0.8804 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1416560 3 0.0000 0.8997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319772 3 0.0000 0.8997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091452 4 0.2730 0.7792 0.000 0.000 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR1338812 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072 2 0.4994 0.6754 0.000 0.544 0.000 0.076 0.380 0.000
#> SRR814844 6 0.0547 0.8615 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1376619 3 0.0937 0.8881 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR603690 4 0.2706 0.7830 0.000 0.008 0.000 0.832 0.000 0.160
#> SRR2184980 2 0.0000 0.7758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613963 6 0.0547 0.8615 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1323422 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673 3 0.1714 0.8414 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000
#> SRR1434650 5 0.2597 0.7149 0.000 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR659875 5 0.3672 0.7721 0.000 0.000 0.368 0.000 0.632 0.000
#> SRR1465734 3 0.2866 0.8112 0.000 0.000 0.864 0.092 0.024 0.020
#> SRR1076847 2 0.5001 0.6740 0.000 0.540 0.000 0.076 0.384 0.000
#> SRR1415072 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319 5 0.3717 0.7627 0.000 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR663088 6 0.0547 0.8615 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1352021 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935 4 0.2996 0.7612 0.000 0.000 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR1352530 3 0.1141 0.8804 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR662594 3 0.2250 0.8211 0.000 0.000 0.888 0.092 0.000 0.020
#> SRR1095309 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647 3 0.0937 0.8881 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR813019 5 0.3499 0.7857 0.000 0.000 0.320 0.000 0.680 0.000
#> SRR1374647 5 0.5284 -0.4758 0.000 0.388 0.000 0.104 0.508 0.000
#> SRR603472 5 0.2420 0.3600 0.000 0.040 0.000 0.076 0.884 0.000
#> SRR661529 3 0.4751 0.3298 0.000 0.000 0.624 0.300 0.000 0.076
#> SRR607018 5 0.3717 0.7627 0.000 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR627423 2 0.0363 0.7732 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR654921 6 0.0547 0.8615 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1418968 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871 3 0.0000 0.8997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330522 3 0.0000 0.8997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499958 2 0.0632 0.7689 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR614059 3 0.0000 0.8997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071403 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719 2 0.0000 0.7758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440421 2 0.5001 0.6740 0.000 0.540 0.000 0.076 0.384 0.000
#> SRR1310412 3 0.2250 0.8211 0.000 0.000 0.888 0.092 0.000 0.020
#> SRR614767 2 0.0260 0.7763 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR820709 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093 5 0.3756 0.7383 0.000 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR1088168 3 0.3198 0.4898 0.000 0.000 0.740 0.000 0.260 0.000
#> SRR1418707 2 0.0000 0.7758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354291 2 0.5001 0.6740 0.000 0.540 0.000 0.076 0.384 0.000
#> SRR2165806 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684 4 0.2823 0.7734 0.000 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1433860 3 0.1141 0.8804 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1311062 2 0.4621 0.7006 0.000 0.632 0.000 0.064 0.304 0.000
#> SRR1360359 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385 3 0.1204 0.8773 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR615407 2 0.5250 0.6685 0.000 0.540 0.000 0.108 0.352 0.000
#> SRR1413892 3 0.2996 0.5834 0.000 0.000 0.772 0.000 0.228 0.000
#> SRR1443459 2 0.2092 0.6781 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000 0.000
#> SRR1338942 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480 5 0.4167 0.7578 0.000 0.000 0.368 0.020 0.612 0.000
#> SRR1399433 4 0.2730 0.7792 0.000 0.000 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR818537 5 0.2597 0.7149 0.000 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR1101324 6 0.2697 0.7267 0.000 0.000 0.044 0.092 0.000 0.864
#> SRR807637 6 0.0891 0.8553 0.008 0.000 0.000 0.024 0.000 0.968
#> SRR1091918 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300 3 0.2250 0.8211 0.000 0.000 0.888 0.092 0.000 0.020
#> SRR1085426 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.0000 0.7758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813891 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431 2 0.5185 0.3115 0.000 0.568 0.000 0.344 0.008 0.080
#> SRR658742 6 0.1714 0.8247 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000 0.908
#> SRR1419234 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813 2 0.0632 0.7689 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR603496 5 0.3499 0.7857 0.000 0.000 0.320 0.000 0.680 0.000
#> SRR1407758 3 0.1204 0.8773 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR810945 2 0.5001 0.6740 0.000 0.540 0.000 0.076 0.384 0.000
#> SRR817234 2 0.5001 0.6740 0.000 0.540 0.000 0.076 0.384 0.000
#> SRR1444852 3 0.0000 0.8997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660378 3 0.1610 0.8501 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR1467835 2 0.0790 0.7654 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1338964 3 0.2250 0.8211 0.000 0.000 0.888 0.092 0.000 0.020
#> SRR1079259 5 0.7378 0.3605 0.000 0.308 0.116 0.132 0.424 0.020
#> SRR1072345 3 0.2250 0.8211 0.000 0.000 0.888 0.092 0.000 0.020
#> SRR598725 3 0.0000 0.8997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447938 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460 6 0.1910 0.7911 0.000 0.000 0.000 0.108 0.000 0.892
#> SRR1429468 2 0.0000 0.7758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446850 2 0.4812 0.6885 0.000 0.588 0.000 0.068 0.344 0.000
#> SRR1320363 3 0.0000 0.8997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413810 3 0.1204 0.8773 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR598831 2 0.0713 0.7672 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1381865 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957 3 0.0000 0.8997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1491332 5 0.3717 0.7627 0.000 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR1099744 2 0.0520 0.7766 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008 0.000
#> SRR1464618 4 0.4083 0.3615 0.000 0.460 0.000 0.532 0.000 0.008
#> SRR1414559 6 0.0547 0.8615 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1337540 1 0.3765 0.3376 0.596 0.000 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR1444283 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942 3 0.1719 0.8477 0.000 0.000 0.924 0.060 0.000 0.016
#> SRR660295 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335 3 0.1714 0.8413 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000
#> SRR1363742 3 0.2092 0.7983 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1345847 4 0.3175 0.7530 0.000 0.088 0.000 0.832 0.000 0.080
#> SRR614960 3 0.0146 0.8984 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR819919 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330 2 0.5022 0.6649 0.000 0.528 0.000 0.076 0.396 0.000
#> SRR1327951 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266 2 0.1075 0.7561 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR1338055 2 0.5034 0.6580 0.000 0.520 0.000 0.076 0.404 0.000
#> SRR1430157 2 0.0937 0.7614 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1320137 2 0.0000 0.7758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1093483 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913 3 0.0000 0.8997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2170490 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845 3 0.1267 0.8742 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1436420 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060 5 0.3695 0.7680 0.000 0.000 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR662282 3 0.2048 0.8042 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR1487089 6 0.0547 0.8615 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1075683 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880 2 0.3867 -0.1937 0.000 0.512 0.000 0.488 0.000 0.000
#> SRR1453456 3 0.0937 0.8881 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1457895 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603 5 0.2340 0.6893 0.000 0.000 0.148 0.000 0.852 0.000
#> SRR658633 2 0.1225 0.7718 0.000 0.952 0.000 0.036 0.012 0.000
#> SRR1388081 4 0.2527 0.7824 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR813339 3 0.0000 0.8997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809725 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441 2 0.5001 0.6740 0.000 0.540 0.000 0.076 0.384 0.000
#> SRR613603 3 0.2250 0.8211 0.000 0.000 0.888 0.092 0.000 0.020
#> SRR1096571 5 0.3531 0.7848 0.000 0.000 0.328 0.000 0.672 0.000
#> SRR1392701 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693 2 0.0937 0.7614 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR660697 4 0.4747 0.5616 0.000 0.288 0.000 0.632 0.000 0.080
#> SRR1489926 5 0.4979 0.7314 0.000 0.000 0.316 0.056 0.612 0.016
#> SRR811491 3 0.0000 0.8997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311644 6 0.2487 0.7372 0.000 0.000 0.032 0.092 0.000 0.876
#> SRR1451740 3 0.0632 0.8946 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR615117 5 0.2482 0.6862 0.000 0.000 0.148 0.004 0.848 0.000
#> SRR1391748 6 0.0547 0.8615 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1466556 3 0.0000 0.8997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614972 3 0.0000 0.8997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406200 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210 4 0.2823 0.7734 0.000 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR662174 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236 4 0.4990 0.5657 0.000 0.000 0.152 0.644 0.000 0.204
#> SRR1312598 2 0.0000 0.7758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330129 2 0.5001 0.6740 0.000 0.540 0.000 0.076 0.384 0.000
#> SRR1357781 2 0.5001 0.6740 0.000 0.540 0.000 0.076 0.384 0.000
#> SRR1315517 2 0.5001 0.6740 0.000 0.540 0.000 0.076 0.384 0.000
#> SRR1400032 3 0.0363 0.8980 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1413722 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827 3 0.0000 0.8997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814794 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509 4 0.3428 0.6911 0.000 0.000 0.000 0.696 0.000 0.304
#> SRR808728 5 0.3717 0.7627 0.000 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR1070813 2 0.0937 0.7614 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1389133 3 0.2250 0.8211 0.000 0.000 0.888 0.092 0.000 0.020
#> SRR601263 3 0.2250 0.8211 0.000 0.000 0.888 0.092 0.000 0.020
#> SRR604718 4 0.3371 0.7053 0.000 0.000 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR1481351 5 0.3717 0.7627 0.000 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR1334608 5 0.3756 0.7392 0.000 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR658681 5 0.3717 0.7627 0.000 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR809283 6 0.0713 0.8592 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1459300 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547 5 0.3706 0.7657 0.000 0.000 0.380 0.000 0.620 0.000
#> SRR811049 3 0.2250 0.8211 0.000 0.000 0.888 0.092 0.000 0.020
#> SRR1464835 6 0.0547 0.8615 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1339619 2 0.1075 0.7561 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR658501 3 0.0363 0.8980 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1447523 3 0.0000 0.8997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415048 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348 2 0.1075 0.7561 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR603890 2 0.5001 0.6740 0.000 0.540 0.000 0.076 0.384 0.000
#> SRR810595 3 0.0000 0.8997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446244 2 0.1075 0.7561 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR817373 4 0.2730 0.7792 0.000 0.000 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR1457291 4 0.3175 0.7530 0.000 0.088 0.000 0.832 0.000 0.080
#> SRR598220 4 0.3867 0.0924 0.000 0.000 0.488 0.512 0.000 0.000
#> SRR1477991 2 0.0000 0.7758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598172 2 0.5001 0.6740 0.000 0.540 0.000 0.076 0.384 0.000
#> SRR1349032 2 0.1141 0.7531 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR604002 5 0.5061 -0.5493 0.000 0.428 0.000 0.076 0.496 0.000
#> SRR1378026 3 0.1863 0.8264 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR1404401 2 0.5001 0.6740 0.000 0.540 0.000 0.076 0.384 0.000
#> SRR1333240 5 0.2318 0.3700 0.000 0.044 0.000 0.064 0.892 0.000
#> SRR1089399 2 0.0405 0.7766 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR603421 2 0.5001 0.6740 0.000 0.540 0.000 0.076 0.384 0.000
#> SRR812562 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520 5 0.3717 0.7627 0.000 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR811839 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317 2 0.0000 0.7758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436763 6 0.0547 0.8615 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1486021 4 0.3175 0.7530 0.000 0.088 0.000 0.832 0.000 0.080
#> SRR1465018 2 0.5001 0.6740 0.000 0.540 0.000 0.076 0.384 0.000
#> SRR1080998 3 0.5682 -0.4018 0.000 0.000 0.460 0.092 0.428 0.020
#> SRR1083432 3 0.0713 0.8932 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1082833 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536 3 0.0000 0.8997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614011 2 0.0937 0.7614 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1365873 2 0.5001 0.6740 0.000 0.540 0.000 0.076 0.384 0.000
#> SRR1498789 2 0.0520 0.7766 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008 0.000
#> SRR601581 4 0.3866 0.3044 0.000 0.484 0.000 0.516 0.000 0.000
#> SRR603566 5 0.3499 0.7857 0.000 0.000 0.320 0.000 0.680 0.000
#> SRR1373981 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410 2 0.1075 0.7664 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR1076511 6 0.0717 0.8552 0.008 0.000 0.000 0.016 0.000 0.976
#> SRR614143 5 0.4649 0.7431 0.000 0.000 0.236 0.060 0.688 0.016
#> SRR1333570 3 0.0000 0.8997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366813 2 0.0632 0.7689 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1388746 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558 3 0.2250 0.8211 0.000 0.000 0.888 0.092 0.000 0.020
#> SRR1409510 3 0.0937 0.8881 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR816250 2 0.0000 0.7758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614131 2 0.4319 0.6716 0.000 0.724 0.000 0.168 0.108 0.000
#> SRR1331130 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015 3 0.0363 0.8980 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1470798 3 0.1204 0.8773 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR614179 5 0.3499 0.7857 0.000 0.000 0.320 0.000 0.680 0.000
#> SRR1474863 2 0.0622 0.7766 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012 0.000
#> SRR813560 2 0.0000 0.7758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312187 4 0.4377 0.6564 0.000 0.044 0.000 0.644 0.000 0.312
#> SRR1420960 3 0.0937 0.8881 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1355102 3 0.0000 0.8997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084577 3 0.2697 0.6816 0.000 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000
#> SRR659971 2 0.0146 0.7750 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1350855 6 0.0547 0.8615 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR820779 3 0.0363 0.8980 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1476300 3 0.0000 0.8997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090907 4 0.3409 0.6959 0.000 0.000 0.000 0.700 0.000 0.300
#> SRR662294 2 0.5001 0.6740 0.000 0.540 0.000 0.076 0.384 0.000
#> SRR1480789 5 0.3499 0.7857 0.000 0.000 0.320 0.000 0.680 0.000
#> SRR1336263 6 0.1007 0.8494 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.956
#> SRR660776 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508 2 0.5022 0.6649 0.000 0.528 0.000 0.076 0.396 0.000
#> SRR615563 6 0.0547 0.8615 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1101175 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650 5 0.3672 0.7721 0.000 0.000 0.368 0.000 0.632 0.000
#> SRR1431205 2 0.5001 0.6740 0.000 0.540 0.000 0.076 0.384 0.000
#> SRR1339856 4 0.4978 0.4213 0.000 0.396 0.000 0.532 0.000 0.072
#> SRR1352147 2 0.4095 0.5612 0.000 0.724 0.000 0.216 0.000 0.060
#> SRR808968 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419 2 0.4718 0.7010 0.000 0.632 0.000 0.076 0.292 0.000
#> SRR1402391 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609 5 0.3706 0.7657 0.000 0.000 0.380 0.000 0.620 0.000
#> SRR2167857 2 0.5022 0.6649 0.000 0.528 0.000 0.076 0.396 0.000
#> SRR1398752 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437 2 0.0146 0.7750 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1416955 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064 4 0.3167 0.7614 0.000 0.072 0.000 0.832 0.000 0.096
#> SRR659001 6 0.3634 0.3730 0.000 0.000 0.000 0.356 0.000 0.644
#> SRR2170696 6 0.1765 0.8218 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000 0.904
#> SRR816589 3 0.1863 0.8264 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR1087487 3 0.1267 0.8741 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1329485 3 0.0865 0.8900 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR816920 6 0.2135 0.8174 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR1341432 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590 6 0.0547 0.8615 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR817046 3 0.0000 0.8997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471331 3 0.1204 0.8773 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR660788 6 0.2950 0.7628 0.000 0.000 0.024 0.148 0.000 0.828
#> SRR819234 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853 5 0.3499 0.7857 0.000 0.000 0.320 0.000 0.680 0.000
#> SRR809427 4 0.3309 0.7192 0.000 0.000 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR2170217 6 0.1663 0.8275 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000 0.912
#> SRR1386967 3 0.1910 0.8215 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR1420344 2 0.0713 0.7672 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1334535 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503 2 0.4602 0.3477 0.000 0.572 0.000 0.044 0.000 0.384
#> SRR602564 4 0.3373 0.7759 0.000 0.004 0.008 0.808 0.020 0.160
#> SRR1420669 6 0.3804 0.2256 0.000 0.000 0.000 0.424 0.000 0.576
#> SRR819024 3 0.0000 0.8997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656223 5 0.3727 0.7574 0.000 0.000 0.388 0.000 0.612 0.000
#> SRR608428 2 0.4117 0.7236 0.000 0.716 0.000 0.056 0.228 0.000
#> SRR1345647 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324 2 0.5001 0.6740 0.000 0.540 0.000 0.076 0.384 0.000
#> SRR1361368 4 0.3667 0.7205 0.000 0.132 0.000 0.788 0.000 0.080
#> SRR1322619 2 0.0363 0.7728 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1349276 6 0.0547 0.8615 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1404024 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637 2 0.0713 0.7672 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1452631 6 0.1411 0.7971 0.000 0.060 0.000 0.004 0.000 0.936
#> SRR608392 5 0.3717 0.7627 0.000 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR1357757 3 0.0777 0.8843 0.000 0.000 0.972 0.024 0.000 0.004
#> SRR1074646 6 0.3789 0.2425 0.000 0.000 0.000 0.416 0.000 0.584
#> SRR1367499 3 0.0790 0.8917 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1343501 5 0.3717 0.7627 0.000 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR1394406 5 0.5526 0.6592 0.000 0.000 0.332 0.092 0.556 0.020
#> SRR1381435 3 0.2416 0.7445 0.000 0.000 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1467407 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422 5 0.2966 0.2916 0.000 0.076 0.000 0.076 0.848 0.000
#> SRR1380270 5 0.3499 0.7857 0.000 0.000 0.320 0.000 0.680 0.000
#> SRR1091817 2 0.0622 0.7766 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012 0.000
#> SRR1440137 2 0.0000 0.7758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614311 4 0.3986 0.3531 0.000 0.464 0.000 0.532 0.000 0.004
#> SRR1407516 4 0.2631 0.7817 0.000 0.000 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR815494 3 0.0632 0.8946 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1333209 4 0.4049 0.6431 0.000 0.020 0.000 0.648 0.000 0.332
#> SRR615177 6 0.1765 0.8218 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000 0.904
#> SRR1099648 5 0.3717 0.7627 0.000 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR659720 5 0.4926 0.7268 0.000 0.000 0.240 0.080 0.664 0.016
#> SRR2185057 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468 6 0.2333 0.7425 0.000 0.000 0.024 0.092 0.000 0.884
#> SRR660042 3 0.0146 0.8984 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2170864 2 0.0692 0.7752 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004 0.000
#> SRR1440491 4 0.2730 0.7792 0.000 0.000 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR1440852 3 0.0260 0.8988 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR811169 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311 4 0.3198 0.7464 0.000 0.000 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR818009 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836 2 0.2001 0.7675 0.000 0.912 0.000 0.048 0.040 0.000
#> SRR1498313 2 0.5022 0.6649 0.000 0.528 0.000 0.076 0.396 0.000
#> SRR1441975 2 0.4011 0.7275 0.000 0.732 0.000 0.056 0.212 0.000
#> SRR819096 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679 4 0.3896 0.6849 0.000 0.000 0.112 0.792 0.016 0.080
#> SRR1489116 5 0.3717 0.7627 0.000 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR1354138 3 0.1141 0.8804 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1490589 3 0.0146 0.8984 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1412987 6 0.0547 0.8615 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR602034 3 0.1141 0.8804 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1353437 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871 5 0.3717 0.7627 0.000 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR661577 4 0.3409 0.6938 0.000 0.000 0.000 0.700 0.000 0.300
#> SRR612190 4 0.2823 0.7734 0.000 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1399880 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787 4 0.3351 0.7087 0.000 0.000 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR657869 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141 3 0.0937 0.8881 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1476697 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538 4 0.3993 0.3248 0.000 0.476 0.000 0.520 0.000 0.004
#> SRR1331422 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859 3 0.2250 0.8211 0.000 0.000 0.888 0.092 0.000 0.020
#> SRR1097594 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419 3 0.1204 0.8773 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1336706 5 0.3515 0.7854 0.000 0.000 0.324 0.000 0.676 0.000
#> SRR1472976 6 0.3869 -0.2006 0.000 0.000 0.000 0.500 0.000 0.500
#> SRR1321307 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461 3 0.0632 0.8946 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1477149 2 0.5001 0.6740 0.000 0.540 0.000 0.076 0.384 0.000
#> SRR1457397 5 0.2106 0.3904 0.000 0.032 0.000 0.064 0.904 0.000
#> SRR661913 3 0.0000 0.8997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069024 5 0.2597 0.7149 0.000 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR2165634 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722 3 0.0000 0.8997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328642 2 0.5001 0.6740 0.000 0.540 0.000 0.076 0.384 0.000
#> SRR1488261 3 0.0000 0.8997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318815 6 0.0547 0.8615 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR816945 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432 6 0.0547 0.8615 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1359280 2 0.5001 0.6740 0.000 0.540 0.000 0.076 0.384 0.000
#> SRR1313910 2 0.0937 0.7614 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1457315 4 0.2964 0.7716 0.000 0.000 0.004 0.792 0.000 0.204
#> SRR815398 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958 3 0.0937 0.8881 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR600688 4 0.2945 0.7786 0.000 0.000 0.020 0.824 0.000 0.156
#> SRR1098952 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916 3 0.0937 0.8881 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR614167 3 0.0260 0.8988 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1348114 2 0.1075 0.7561 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR658033 2 0.2613 0.7136 0.000 0.848 0.000 0.140 0.012 0.000
#> SRR1077503 3 0.3997 -0.5403 0.000 0.000 0.508 0.004 0.488 0.000
#> SRR661854 5 0.3717 0.7627 0.000 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR811379 4 0.2793 0.7756 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1318857 2 0.0937 0.7614 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR656445 3 0.2491 0.7289 0.000 0.000 0.836 0.000 0.164 0.000
#> SRR1433044 2 0.5001 0.6740 0.000 0.540 0.000 0.076 0.384 0.000
#> SRR1486391 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071 3 0.0632 0.8878 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1364824 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745 5 0.3499 0.7857 0.000 0.000 0.320 0.000 0.680 0.000
#> SRR601038 5 0.3499 0.7857 0.000 0.000 0.320 0.000 0.680 0.000
#> SRR1360080 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868 3 0.2250 0.8211 0.000 0.000 0.888 0.092 0.000 0.020
#> SRR1485997 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560 6 0.3547 0.4374 0.000 0.000 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR1333330 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513 3 0.2250 0.8211 0.000 0.000 0.888 0.092 0.000 0.020
#> SRR1328407 5 0.3853 0.7812 0.000 0.000 0.304 0.016 0.680 0.000
#> SRR602784 5 0.3717 0.7627 0.000 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR1348468 6 0.0547 0.8615 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR663717 2 0.3351 0.3884 0.000 0.712 0.000 0.288 0.000 0.000
#> SRR602217 5 0.3529 0.6933 0.000 0.036 0.172 0.004 0.788 0.000
#> SRR603140 3 0.2250 0.8211 0.000 0.000 0.888 0.092 0.000 0.020
#> SRR1340804 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574 3 0.0937 0.8881 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1333462 2 0.5001 0.6740 0.000 0.540 0.000 0.076 0.384 0.000
#> SRR1094601 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610 3 0.3930 0.6707 0.000 0.000 0.764 0.092 0.000 0.144
#> SRR1435833 4 0.3695 0.6066 0.000 0.000 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR1398728 2 0.0937 0.7614 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1358343 6 0.4847 0.4700 0.220 0.124 0.000 0.000 0.000 0.656
#> SRR1410890 2 0.0937 0.7614 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1350371 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478 2 0.0632 0.7689 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1099260 5 0.3727 0.7568 0.000 0.000 0.388 0.000 0.612 0.000
#> SRR1433576 3 0.4750 0.4815 0.000 0.000 0.652 0.252 0.096 0.000
#> SRR1345541 3 0.4181 0.4944 0.000 0.000 0.700 0.248 0.000 0.052
#> SRR1086328 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391 3 0.0000 0.8997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476207 3 0.2250 0.8211 0.000 0.000 0.888 0.092 0.000 0.020
#> SRR627435 5 0.1391 0.4774 0.000 0.000 0.016 0.040 0.944 0.000
#> SRR1489862 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191 3 0.0000 0.8997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490115 3 0.1500 0.8574 0.000 0.000 0.936 0.052 0.000 0.012
#> SRR1377714 5 0.3531 0.7848 0.000 0.000 0.328 0.000 0.672 0.000
#> SRR819394 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161 6 0.2416 0.7674 0.000 0.000 0.000 0.156 0.000 0.844
#> SRR607042 5 0.3515 0.7854 0.000 0.000 0.324 0.000 0.676 0.000
#> SRR656203 4 0.3176 0.7554 0.000 0.084 0.000 0.832 0.000 0.084
#> SRR660602 3 0.0790 0.8928 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1440397 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249 2 0.0937 0.7614 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR661242 4 0.2821 0.7820 0.000 0.016 0.000 0.832 0.000 0.152
#> SRR1332007 5 0.2378 0.6942 0.000 0.000 0.152 0.000 0.848 0.000
#> SRR809619 4 0.3175 0.7530 0.000 0.088 0.000 0.832 0.000 0.080
#> SRR819975 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281 2 0.5071 0.6731 0.000 0.540 0.000 0.084 0.376 0.000
#> SRR662366 3 0.0000 0.8997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317898 3 0.0000 0.8997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382485 4 0.2823 0.7734 0.000 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR2166420 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541 3 0.0260 0.8988 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR817444 5 0.3717 0.7627 0.000 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR1320403 2 0.5001 0.6740 0.000 0.540 0.000 0.076 0.384 0.000
#> SRR1101483 2 0.0937 0.7614 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1331684 3 0.0000 0.8997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400054 6 0.2219 0.7883 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000 0.864
#> SRR1406088 2 0.0937 0.7614 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR820733 6 0.3804 0.2256 0.000 0.000 0.000 0.424 0.000 0.576
#> SRR1314113 6 0.1863 0.8156 0.000 0.000 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR1382615 5 0.3717 0.7627 0.000 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR1480745 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850 2 0.2979 0.7523 0.000 0.840 0.000 0.044 0.116 0.000
#> SRR656782 3 0.2250 0.8211 0.000 0.000 0.888 0.092 0.000 0.020
#> SRR821364 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295 2 0.5022 0.6649 0.000 0.528 0.000 0.076 0.396 0.000
#> SRR1357103 5 0.2597 0.7149 0.000 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR809185 4 0.3227 0.7534 0.000 0.088 0.000 0.828 0.000 0.084
#> SRR811583 4 0.3244 0.7407 0.000 0.000 0.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR1468050 1 0.0000 0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224 2 0.0000 0.7758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17314 rows and 500 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 6.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.3577 0.643 0.643
#> 3 3 0.874 0.883 0.950 0.8221 0.705 0.541
#> 4 4 0.966 0.929 0.972 0.1411 0.871 0.647
#> 5 5 0.903 0.879 0.913 0.0688 0.935 0.752
#> 6 6 0.945 0.896 0.950 0.0286 0.942 0.739
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 6
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 4 5
There is also optional best \(k\) = 2 4 5 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1500170 2 0 1 0 1
#> SRR1402368 2 0 1 0 1
#> SRR607743 2 0 1 0 1
#> SRR1457375 2 0 1 0 1
#> SRR1470923 1 0 1 1 0
#> SRR817954 1 0 1 1 0
#> SRR809259 1 0 1 1 0
#> SRR1439785 2 0 1 0 1
#> SRR814768 1 0 1 1 0
#> SRR1102031 2 0 1 0 1
#> SRR1363611 2 0 1 0 1
#> SRR1468447 2 0 1 0 1
#> SRR1071931 2 0 1 0 1
#> SRR810981 1 0 1 1 0
#> SRR615299 2 0 1 0 1
#> SRR663585 2 0 1 0 1
#> SRR1326773 2 0 1 0 1
#> SRR1351166 2 0 1 0 1
#> SRR1477452 1 0 1 1 0
#> SRR1084720 2 0 1 0 1
#> SRR1420320 2 0 1 0 1
#> SRR1081712 2 0 1 0 1
#> SRR1318241 2 0 1 0 1
#> SRR1333718 2 0 1 0 1
#> SRR1313514 2 0 1 0 1
#> SRR1477861 2 0 1 0 1
#> SRR1318005 2 0 1 0 1
#> SRR1354665 2 0 1 0 1
#> SRR657707 2 0 1 0 1
#> SRR1370742 2 0 1 0 1
#> SRR1412947 2 0 1 0 1
#> SRR661553 2 0 1 0 1
#> SRR1328869 1 0 1 1 0
#> SRR662211 2 0 1 0 1
#> SRR1348181 2 0 1 0 1
#> SRR1416560 2 0 1 0 1
#> SRR1319772 2 0 1 0 1
#> SRR1091452 2 0 1 0 1
#> SRR1338812 1 0 1 1 0
#> SRR1392072 2 0 1 0 1
#> SRR814844 2 0 1 0 1
#> SRR1376619 2 0 1 0 1
#> SRR603690 2 0 1 0 1
#> SRR2184980 2 0 1 0 1
#> SRR613963 2 0 1 0 1
#> SRR1323422 1 0 1 1 0
#> SRR1397673 2 0 1 0 1
#> SRR1434650 2 0 1 0 1
#> SRR659875 2 0 1 0 1
#> SRR1465734 2 0 1 0 1
#> SRR1076847 2 0 1 0 1
#> SRR1415072 1 0 1 1 0
#> SRR659319 2 0 1 0 1
#> SRR663088 2 0 1 0 1
#> SRR1352021 1 0 1 1 0
#> SRR1325527 1 0 1 1 0
#> SRR1105369 1 0 1 1 0
#> SRR659935 2 0 1 0 1
#> SRR1352530 2 0 1 0 1
#> SRR662594 2 0 1 0 1
#> SRR1095309 1 0 1 1 0
#> SRR615647 2 0 1 0 1
#> SRR813019 2 0 1 0 1
#> SRR1374647 2 0 1 0 1
#> SRR603472 2 0 1 0 1
#> SRR661529 2 0 1 0 1
#> SRR607018 2 0 1 0 1
#> SRR627423 2 0 1 0 1
#> SRR654921 2 0 1 0 1
#> SRR1418968 1 0 1 1 0
#> SRR660871 2 0 1 0 1
#> SRR1330522 2 0 1 0 1
#> SRR1499958 2 0 1 0 1
#> SRR614059 2 0 1 0 1
#> SRR1071403 1 0 1 1 0
#> SRR1486719 2 0 1 0 1
#> SRR1440421 2 0 1 0 1
#> SRR1310412 2 0 1 0 1
#> SRR614767 2 0 1 0 1
#> SRR820709 1 0 1 1 0
#> SRR1471500 1 0 1 1 0
#> SRR658093 2 0 1 0 1
#> SRR1088168 2 0 1 0 1
#> SRR1418707 2 0 1 0 1
#> SRR1354291 2 0 1 0 1
#> SRR2165806 1 0 1 1 0
#> SRR1415684 2 0 1 0 1
#> SRR1433860 2 0 1 0 1
#> SRR1311062 2 0 1 0 1
#> SRR1360359 1 0 1 1 0
#> SRR661385 2 0 1 0 1
#> SRR615407 2 0 1 0 1
#> SRR1413892 2 0 1 0 1
#> SRR1443459 2 0 1 0 1
#> SRR1338942 1 0 1 1 0
#> SRR657480 2 0 1 0 1
#> SRR1399433 2 0 1 0 1
#> SRR818537 2 0 1 0 1
#> SRR1101324 2 0 1 0 1
#> SRR807637 2 0 1 0 1
#> SRR1091918 1 0 1 1 0
#> SRR598300 2 0 1 0 1
#> SRR1085426 1 0 1 1 0
#> SRR1376294 2 0 1 0 1
#> SRR813891 1 0 1 1 0
#> SRR1467431 2 0 1 0 1
#> SRR658742 2 0 1 0 1
#> SRR1419234 1 0 1 1 0
#> SRR1404813 2 0 1 0 1
#> SRR603496 2 0 1 0 1
#> SRR1407758 2 0 1 0 1
#> SRR810945 2 0 1 0 1
#> SRR817234 2 0 1 0 1
#> SRR1444852 2 0 1 0 1
#> SRR660378 2 0 1 0 1
#> SRR1467835 2 0 1 0 1
#> SRR1338964 2 0 1 0 1
#> SRR1079259 2 0 1 0 1
#> SRR1072345 2 0 1 0 1
#> SRR598725 2 0 1 0 1
#> SRR1447938 1 0 1 1 0
#> SRR1356397 1 0 1 1 0
#> SRR1360460 2 0 1 0 1
#> SRR1429468 2 0 1 0 1
#> SRR1446850 2 0 1 0 1
#> SRR1320363 2 0 1 0 1
#> SRR1413810 2 0 1 0 1
#> SRR598831 2 0 1 0 1
#> SRR1381865 1 0 1 1 0
#> SRR660957 2 0 1 0 1
#> SRR1491332 2 0 1 0 1
#> SRR1099744 2 0 1 0 1
#> SRR1464618 2 0 1 0 1
#> SRR1414559 2 0 1 0 1
#> SRR1337540 2 0 1 0 1
#> SRR1444283 1 0 1 1 0
#> SRR2184942 2 0 1 0 1
#> SRR660295 1 0 1 1 0
#> SRR601335 2 0 1 0 1
#> SRR1363742 2 0 1 0 1
#> SRR1345847 2 0 1 0 1
#> SRR614960 2 0 1 0 1
#> SRR819919 1 0 1 1 0
#> SRR603330 2 0 1 0 1
#> SRR1327951 1 0 1 1 0
#> SRR1401885 1 0 1 1 0
#> SRR1345266 2 0 1 0 1
#> SRR1338055 2 0 1 0 1
#> SRR1430157 2 0 1 0 1
#> SRR1320137 2 0 1 0 1
#> SRR1093483 1 0 1 1 0
#> SRR1341080 1 0 1 1 0
#> SRR1459913 2 0 1 0 1
#> SRR2170490 1 0 1 1 0
#> SRR1479845 2 0 1 0 1
#> SRR1436420 1 0 1 1 0
#> SRR1481060 2 0 1 0 1
#> SRR662282 2 0 1 0 1
#> SRR1487089 2 0 1 0 1
#> SRR1075683 1 0 1 1 0
#> SRR1338536 1 0 1 1 0
#> SRR1338880 2 0 1 0 1
#> SRR1453456 2 0 1 0 1
#> SRR1457895 1 0 1 1 0
#> SRR1440603 2 0 1 0 1
#> SRR658633 2 0 1 0 1
#> SRR1388081 2 0 1 0 1
#> SRR813339 2 0 1 0 1
#> SRR809725 1 0 1 1 0
#> SRR627441 2 0 1 0 1
#> SRR613603 2 0 1 0 1
#> SRR1096571 2 0 1 0 1
#> SRR1392701 1 0 1 1 0
#> SRR1344326 1 0 1 1 0
#> SRR1367693 2 0 1 0 1
#> SRR660697 2 0 1 0 1
#> SRR1489926 2 0 1 0 1
#> SRR811491 2 0 1 0 1
#> SRR1311644 2 0 1 0 1
#> SRR1451740 2 0 1 0 1
#> SRR615117 2 0 1 0 1
#> SRR1391748 2 0 1 0 1
#> SRR1466556 2 0 1 0 1
#> SRR614972 2 0 1 0 1
#> SRR1406200 1 0 1 1 0
#> SRR819210 2 0 1 0 1
#> SRR662174 1 0 1 1 0
#> SRR811988 1 0 1 1 0
#> SRR663236 2 0 1 0 1
#> SRR1312598 2 0 1 0 1
#> SRR1330129 2 0 1 0 1
#> SRR1357781 2 0 1 0 1
#> SRR1315517 2 0 1 0 1
#> SRR1400032 2 0 1 0 1
#> SRR1413722 1 0 1 1 0
#> SRR612827 2 0 1 0 1
#> SRR814794 1 0 1 1 0
#> SRR819430 1 0 1 1 0
#> SRR1395509 2 0 1 0 1
#> SRR808728 2 0 1 0 1
#> SRR1070813 2 0 1 0 1
#> SRR1389133 2 0 1 0 1
#> SRR601263 2 0 1 0 1
#> SRR604718 2 0 1 0 1
#> SRR1481351 2 0 1 0 1
#> SRR1334608 2 0 1 0 1
#> SRR658681 2 0 1 0 1
#> SRR809283 2 0 1 0 1
#> SRR1459300 1 0 1 1 0
#> SRR1392547 2 0 1 0 1
#> SRR811049 2 0 1 0 1
#> SRR1464835 2 0 1 0 1
#> SRR1339619 2 0 1 0 1
#> SRR658501 2 0 1 0 1
#> SRR1447523 2 0 1 0 1
#> SRR1415048 1 0 1 1 0
#> SRR1355451 1 0 1 1 0
#> SRR1444348 2 0 1 0 1
#> SRR603890 2 0 1 0 1
#> SRR810595 2 0 1 0 1
#> SRR1446244 2 0 1 0 1
#> SRR817373 2 0 1 0 1
#> SRR1457291 2 0 1 0 1
#> SRR598220 2 0 1 0 1
#> SRR1477991 2 0 1 0 1
#> SRR598172 2 0 1 0 1
#> SRR1349032 2 0 1 0 1
#> SRR604002 2 0 1 0 1
#> SRR1378026 2 0 1 0 1
#> SRR1404401 2 0 1 0 1
#> SRR1333240 2 0 1 0 1
#> SRR1089399 2 0 1 0 1
#> SRR603421 2 0 1 0 1
#> SRR812562 1 0 1 1 0
#> SRR808520 2 0 1 0 1
#> SRR811839 1 0 1 1 0
#> SRR814317 2 0 1 0 1
#> SRR1436763 2 0 1 0 1
#> SRR1486021 2 0 1 0 1
#> SRR1465018 2 0 1 0 1
#> SRR1080998 2 0 1 0 1
#> SRR1083432 2 0 1 0 1
#> SRR1082833 1 0 1 1 0
#> SRR1465804 1 0 1 1 0
#> SRR1326536 2 0 1 0 1
#> SRR614011 2 0 1 0 1
#> SRR1365873 2 0 1 0 1
#> SRR1498789 2 0 1 0 1
#> SRR601581 2 0 1 0 1
#> SRR603566 2 0 1 0 1
#> SRR1373981 1 0 1 1 0
#> SRR821410 2 0 1 0 1
#> SRR1076511 2 0 1 0 1
#> SRR614143 2 0 1 0 1
#> SRR1333570 2 0 1 0 1
#> SRR1366813 2 0 1 0 1
#> SRR1388746 1 0 1 1 0
#> SRR1420558 2 0 1 0 1
#> SRR1409510 2 0 1 0 1
#> SRR816250 2 0 1 0 1
#> SRR614131 2 0 1 0 1
#> SRR1331130 1 0 1 1 0
#> SRR1316015 2 0 1 0 1
#> SRR1470798 2 0 1 0 1
#> SRR614179 2 0 1 0 1
#> SRR1474863 2 0 1 0 1
#> SRR813560 2 0 1 0 1
#> SRR1312187 2 0 1 0 1
#> SRR1420960 2 0 1 0 1
#> SRR1355102 2 0 1 0 1
#> SRR1084577 2 0 1 0 1
#> SRR659971 2 0 1 0 1
#> SRR1350855 2 0 1 0 1
#> SRR820779 2 0 1 0 1
#> SRR1476300 2 0 1 0 1
#> SRR1090907 2 0 1 0 1
#> SRR662294 2 0 1 0 1
#> SRR1480789 2 0 1 0 1
#> SRR1336263 2 0 1 0 1
#> SRR660776 1 0 1 1 0
#> SRR1090508 2 0 1 0 1
#> SRR615563 2 0 1 0 1
#> SRR1101175 1 0 1 1 0
#> SRR2164650 2 0 1 0 1
#> SRR1431205 2 0 1 0 1
#> SRR1339856 2 0 1 0 1
#> SRR1352147 2 0 1 0 1
#> SRR808968 1 0 1 1 0
#> SRR627419 2 0 1 0 1
#> SRR1402391 1 0 1 1 0
#> SRR663609 2 0 1 0 1
#> SRR2167857 2 0 1 0 1
#> SRR1398752 1 0 1 1 0
#> SRR1469169 1 0 1 1 0
#> SRR1405437 2 0 1 0 1
#> SRR1416955 1 0 1 1 0
#> SRR1317064 2 0 1 0 1
#> SRR659001 2 0 1 0 1
#> SRR2170696 2 0 1 0 1
#> SRR816589 2 0 1 0 1
#> SRR1087487 2 0 1 0 1
#> SRR1329485 2 0 1 0 1
#> SRR816920 2 0 1 0 1
#> SRR1341432 1 0 1 1 0
#> SRR1361590 2 0 1 0 1
#> SRR817046 2 0 1 0 1
#> SRR1471331 2 0 1 0 1
#> SRR660788 2 0 1 0 1
#> SRR819234 1 0 1 1 0
#> SRR810853 2 0 1 0 1
#> SRR809427 2 0 1 0 1
#> SRR2170217 2 0 1 0 1
#> SRR1386967 2 0 1 0 1
#> SRR1420344 2 0 1 0 1
#> SRR1334535 1 0 1 1 0
#> SRR614503 2 0 1 0 1
#> SRR602564 2 0 1 0 1
#> SRR1420669 2 0 1 0 1
#> SRR819024 2 0 1 0 1
#> SRR656223 2 0 1 0 1
#> SRR608428 2 0 1 0 1
#> SRR1345647 1 0 1 1 0
#> SRR1389324 2 0 1 0 1
#> SRR1361368 2 0 1 0 1
#> SRR1322619 2 0 1 0 1
#> SRR1349276 2 0 1 0 1
#> SRR1404024 1 0 1 1 0
#> SRR1370637 2 0 1 0 1
#> SRR1452631 2 0 1 0 1
#> SRR608392 2 0 1 0 1
#> SRR1357757 2 0 1 0 1
#> SRR1074646 2 0 1 0 1
#> SRR1367499 2 0 1 0 1
#> SRR1343501 2 0 1 0 1
#> SRR1394406 2 0 1 0 1
#> SRR1381435 2 0 1 0 1
#> SRR1467407 1 0 1 1 0
#> SRR1092422 2 0 1 0 1
#> SRR1380270 2 0 1 0 1
#> SRR1091817 2 0 1 0 1
#> SRR1440137 2 0 1 0 1
#> SRR614311 2 0 1 0 1
#> SRR1407516 2 0 1 0 1
#> SRR815494 2 0 1 0 1
#> SRR1333209 2 0 1 0 1
#> SRR615177 2 0 1 0 1
#> SRR1099648 2 0 1 0 1
#> SRR659720 2 0 1 0 1
#> SRR2185057 1 0 1 1 0
#> SRR1467125 1 0 1 1 0
#> SRR657468 2 0 1 0 1
#> SRR660042 2 0 1 0 1
#> SRR2170864 2 0 1 0 1
#> SRR1440491 2 0 1 0 1
#> SRR1440852 2 0 1 0 1
#> SRR811169 1 0 1 1 0
#> SRR1331311 2 0 1 0 1
#> SRR818009 1 0 1 1 0
#> SRR1351836 2 0 1 0 1
#> SRR1498313 2 0 1 0 1
#> SRR1441975 2 0 1 0 1
#> SRR819096 1 0 1 1 0
#> SRR1073679 2 0 1 0 1
#> SRR1489116 2 0 1 0 1
#> SRR1354138 2 0 1 0 1
#> SRR1490589 2 0 1 0 1
#> SRR1412987 2 0 1 0 1
#> SRR602034 2 0 1 0 1
#> SRR1353437 1 0 1 1 0
#> SRR1072871 2 0 1 0 1
#> SRR661577 2 0 1 0 1
#> SRR612190 2 0 1 0 1
#> SRR1399880 1 0 1 1 0
#> SRR1101787 2 0 1 0 1
#> SRR657869 1 0 1 1 0
#> SRR1446332 1 0 1 1 0
#> SRR816039 1 0 1 1 0
#> SRR1485141 2 0 1 0 1
#> SRR1476697 1 0 1 1 0
#> SRR1379538 2 0 1 0 1
#> SRR1331422 1 0 1 1 0
#> SRR660859 2 0 1 0 1
#> SRR1097594 1 0 1 1 0
#> SRR1311419 2 0 1 0 1
#> SRR1336706 2 0 1 0 1
#> SRR1472976 2 0 1 0 1
#> SRR1321307 1 0 1 1 0
#> SRR807493 1 0 1 1 0
#> SRR812461 2 0 1 0 1
#> SRR1477149 2 0 1 0 1
#> SRR1457397 2 0 1 0 1
#> SRR661913 2 0 1 0 1
#> SRR1069024 2 0 1 0 1
#> SRR2165634 1 0 1 1 0
#> SRR1478722 2 0 1 0 1
#> SRR1328642 2 0 1 0 1
#> SRR1488261 2 0 1 0 1
#> SRR1318815 2 0 1 0 1
#> SRR816945 1 0 1 1 0
#> SRR1367432 2 0 1 0 1
#> SRR1359280 2 0 1 0 1
#> SRR1313910 2 0 1 0 1
#> SRR1457315 2 0 1 0 1
#> SRR815398 1 0 1 1 0
#> SRR656958 2 0 1 0 1
#> SRR600688 2 0 1 0 1
#> SRR1098952 1 0 1 1 0
#> SRR1314916 2 0 1 0 1
#> SRR614167 2 0 1 0 1
#> SRR1348114 2 0 1 0 1
#> SRR658033 2 0 1 0 1
#> SRR1077503 2 0 1 0 1
#> SRR661854 2 0 1 0 1
#> SRR811379 2 0 1 0 1
#> SRR1318857 2 0 1 0 1
#> SRR656445 2 0 1 0 1
#> SRR1433044 2 0 1 0 1
#> SRR1486391 1 0 1 1 0
#> SRR656071 2 0 1 0 1
#> SRR1364824 1 0 1 1 0
#> SRR1379133 1 0 1 1 0
#> SRR1394169 1 0 1 1 0
#> SRR816745 2 0 1 0 1
#> SRR601038 2 0 1 0 1
#> SRR1360080 1 0 1 1 0
#> SRR814868 2 0 1 0 1
#> SRR1485997 1 0 1 1 0
#> SRR1435560 2 0 1 0 1
#> SRR1333330 1 0 1 1 0
#> SRR663513 2 0 1 0 1
#> SRR1328407 2 0 1 0 1
#> SRR602784 2 0 1 0 1
#> SRR1348468 2 0 1 0 1
#> SRR663717 2 0 1 0 1
#> SRR602217 2 0 1 0 1
#> SRR603140 2 0 1 0 1
#> SRR1340804 1 0 1 1 0
#> SRR1457574 2 0 1 0 1
#> SRR1333462 2 0 1 0 1
#> SRR1094601 1 0 1 1 0
#> SRR1434610 2 0 1 0 1
#> SRR1435833 2 0 1 0 1
#> SRR1398728 2 0 1 0 1
#> SRR1358343 2 0 1 0 1
#> SRR1410890 2 0 1 0 1
#> SRR1350371 1 0 1 1 0
#> SRR1392478 2 0 1 0 1
#> SRR1099260 2 0 1 0 1
#> SRR1433576 2 0 1 0 1
#> SRR1345541 2 0 1 0 1
#> SRR1086328 1 0 1 1 0
#> SRR810391 2 0 1 0 1
#> SRR1476207 2 0 1 0 1
#> SRR627435 2 0 1 0 1
#> SRR1489862 1 0 1 1 0
#> SRR1419086 1 0 1 1 0
#> SRR1436539 1 0 1 1 0
#> SRR1396191 2 0 1 0 1
#> SRR1490115 2 0 1 0 1
#> SRR1377714 2 0 1 0 1
#> SRR819394 1 0 1 1 0
#> SRR663161 2 0 1 0 1
#> SRR607042 2 0 1 0 1
#> SRR656203 2 0 1 0 1
#> SRR660602 2 0 1 0 1
#> SRR1440397 1 0 1 1 0
#> SRR1369264 1 0 1 1 0
#> SRR809233 1 0 1 1 0
#> SRR663249 2 0 1 0 1
#> SRR661242 2 0 1 0 1
#> SRR1332007 2 0 1 0 1
#> SRR809619 2 0 1 0 1
#> SRR819975 1 0 1 1 0
#> SRR599281 2 0 1 0 1
#> SRR662366 2 0 1 0 1
#> SRR1317898 2 0 1 0 1
#> SRR1382485 2 0 1 0 1
#> SRR2166420 1 0 1 1 0
#> SRR1419429 1 0 1 1 0
#> SRR1092541 2 0 1 0 1
#> SRR817444 2 0 1 0 1
#> SRR1320403 2 0 1 0 1
#> SRR1101483 2 0 1 0 1
#> SRR1331684 2 0 1 0 1
#> SRR1400054 2 0 1 0 1
#> SRR1406088 2 0 1 0 1
#> SRR820733 2 0 1 0 1
#> SRR1314113 2 0 1 0 1
#> SRR1382615 2 0 1 0 1
#> SRR1480745 1 0 1 1 0
#> SRR1468850 2 0 1 0 1
#> SRR656782 2 0 1 0 1
#> SRR821364 1 0 1 1 0
#> SRR1101106 1 0 1 1 0
#> SRR659295 2 0 1 0 1
#> SRR1357103 2 0 1 0 1
#> SRR809185 2 0 1 0 1
#> SRR811583 2 0 1 0 1
#> SRR1468050 1 0 1 1 0
#> SRR1440224 2 0 1 0 1
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1500170 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR1402368 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR607743 3 0.0892 0.93167 0 0.020 0.980
#> SRR1457375 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR1470923 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR817954 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR809259 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1439785 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR814768 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1102031 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR1363611 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR1468447 2 0.2537 0.87448 0 0.920 0.080
#> SRR1071931 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR810981 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR615299 2 0.2537 0.87448 0 0.920 0.080
#> SRR663585 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1326773 3 0.6235 0.17220 0 0.436 0.564
#> SRR1351166 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR1477452 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1084720 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1420320 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR1081712 2 0.2537 0.87448 0 0.920 0.080
#> SRR1318241 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1333718 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1313514 2 0.2537 0.87448 0 0.920 0.080
#> SRR1477861 3 0.5733 0.47294 0 0.324 0.676
#> SRR1318005 2 0.2537 0.87448 0 0.920 0.080
#> SRR1354665 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR657707 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1370742 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1412947 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR661553 2 0.6192 0.31944 0 0.580 0.420
#> SRR1328869 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR662211 2 0.0592 0.90193 0 0.988 0.012
#> SRR1348181 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1416560 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1319772 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1091452 2 0.4605 0.72914 0 0.796 0.204
#> SRR1338812 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1392072 2 0.2537 0.87448 0 0.920 0.080
#> SRR814844 2 0.0592 0.90078 0 0.988 0.012
#> SRR1376619 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR603690 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR2184980 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR613963 2 0.6204 0.30840 0 0.576 0.424
#> SRR1323422 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1397673 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1434650 3 0.6192 0.22246 0 0.420 0.580
#> SRR659875 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1465734 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1076847 2 0.2537 0.87448 0 0.920 0.080
#> SRR1415072 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR659319 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR663088 2 0.6168 0.34069 0 0.588 0.412
#> SRR1352021 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR659935 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR1352530 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR662594 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1095309 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR615647 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR813019 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1374647 2 0.4452 0.76347 0 0.808 0.192
#> SRR603472 3 0.6215 0.19777 0 0.428 0.572
#> SRR661529 3 0.3412 0.83646 0 0.124 0.876
#> SRR607018 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR627423 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR654921 2 0.4555 0.73419 0 0.800 0.200
#> SRR1418968 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR660871 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1330522 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1499958 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR614059 3 0.1411 0.91787 0 0.036 0.964
#> SRR1071403 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1486719 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR1440421 2 0.2537 0.87448 0 0.920 0.080
#> SRR1310412 3 0.1163 0.92482 0 0.028 0.972
#> SRR614767 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR820709 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR658093 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1088168 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1418707 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR1354291 2 0.2537 0.87448 0 0.920 0.080
#> SRR2165806 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1415684 2 0.4346 0.75362 0 0.816 0.184
#> SRR1433860 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1311062 2 0.2537 0.87448 0 0.920 0.080
#> SRR1360359 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR661385 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR615407 2 0.2537 0.87448 0 0.920 0.080
#> SRR1413892 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1443459 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR1338942 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR657480 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1399433 2 0.5733 0.53783 0 0.676 0.324
#> SRR818537 3 0.4555 0.70680 0 0.200 0.800
#> SRR1101324 2 0.6244 0.26143 0 0.560 0.440
#> SRR807637 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR1091918 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR598300 3 0.2878 0.86386 0 0.096 0.904
#> SRR1085426 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR813891 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1467431 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR658742 2 0.6244 0.26143 0 0.560 0.440
#> SRR1419234 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1404813 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR603496 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1407758 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR810945 2 0.2537 0.87448 0 0.920 0.080
#> SRR817234 2 0.2537 0.87448 0 0.920 0.080
#> SRR1444852 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR660378 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1467835 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR1338964 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1079259 2 0.5291 0.63668 0 0.732 0.268
#> SRR1072345 3 0.0892 0.93156 0 0.020 0.980
#> SRR598725 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1447938 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1360460 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR1429468 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR1446850 2 0.2537 0.87448 0 0.920 0.080
#> SRR1320363 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1413810 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR598831 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR1381865 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR660957 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1491332 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1099744 2 0.2537 0.87448 0 0.920 0.080
#> SRR1464618 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR1414559 2 0.6225 0.28541 0 0.568 0.432
#> SRR1337540 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR1444283 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR2184942 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR660295 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR601335 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1363742 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1345847 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR614960 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR819919 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR603330 2 0.4346 0.77340 0 0.816 0.184
#> SRR1327951 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1345266 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR1338055 2 0.5926 0.47583 0 0.644 0.356
#> SRR1430157 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR1320137 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR1093483 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1459913 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR2170490 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1479845 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1436420 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1481060 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR662282 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1487089 2 0.5733 0.53783 0 0.676 0.324
#> SRR1075683 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1338536 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1338880 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR1453456 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1457895 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1440603 3 0.5706 0.48190 0 0.320 0.680
#> SRR658633 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR1388081 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR813339 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR809725 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR627441 2 0.2711 0.86852 0 0.912 0.088
#> SRR613603 3 0.0424 0.94117 0 0.008 0.992
#> SRR1096571 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1392701 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1344326 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1367693 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR660697 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR1489926 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR811491 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1311644 3 0.6299 0.03950 0 0.476 0.524
#> SRR1451740 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR615117 3 0.6204 0.21025 0 0.424 0.576
#> SRR1391748 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR1466556 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR614972 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1406200 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR819210 2 0.5948 0.46405 0 0.640 0.360
#> SRR662174 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR811988 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR663236 3 0.3412 0.83646 0 0.124 0.876
#> SRR1312598 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR1330129 2 0.2537 0.87448 0 0.920 0.080
#> SRR1357781 2 0.2537 0.87448 0 0.920 0.080
#> SRR1315517 2 0.2537 0.87448 0 0.920 0.080
#> SRR1400032 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1413722 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR612827 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR814794 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR819430 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1395509 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR808728 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1070813 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR1389133 3 0.2448 0.88066 0 0.076 0.924
#> SRR601263 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR604718 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR1481351 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1334608 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR658681 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR809283 2 0.4555 0.73419 0 0.800 0.200
#> SRR1459300 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1392547 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR811049 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1464835 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR1339619 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR658501 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1447523 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1415048 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1444348 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR603890 2 0.2537 0.87448 0 0.920 0.080
#> SRR810595 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1446244 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR817373 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR1457291 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR598220 3 0.2959 0.86043 0 0.100 0.900
#> SRR1477991 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR598172 2 0.2537 0.87448 0 0.920 0.080
#> SRR1349032 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR604002 2 0.4702 0.73737 0 0.788 0.212
#> SRR1378026 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1404401 2 0.2537 0.87448 0 0.920 0.080
#> SRR1333240 2 0.6140 0.36204 0 0.596 0.404
#> SRR1089399 2 0.2537 0.87448 0 0.920 0.080
#> SRR603421 2 0.2537 0.87448 0 0.920 0.080
#> SRR812562 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR808520 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR811839 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR814317 2 0.0592 0.90193 0 0.988 0.012
#> SRR1436763 2 0.4555 0.73419 0 0.800 0.200
#> SRR1486021 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR1465018 2 0.2537 0.87448 0 0.920 0.080
#> SRR1080998 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1083432 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1082833 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1326536 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR614011 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR1365873 2 0.2537 0.87448 0 0.920 0.080
#> SRR1498789 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR601581 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR603566 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1373981 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR821410 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR1076511 2 0.6192 0.31944 0 0.580 0.420
#> SRR614143 3 0.3116 0.83967 0 0.108 0.892
#> SRR1333570 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1366813 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR1388746 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1420558 3 0.2537 0.87666 0 0.080 0.920
#> SRR1409510 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR816250 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR614131 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR1331130 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1316015 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1470798 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR614179 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1474863 2 0.2537 0.87448 0 0.920 0.080
#> SRR813560 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR1312187 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR1420960 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1355102 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1084577 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR659971 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR1350855 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR820779 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1476300 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1090907 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR662294 2 0.2537 0.87448 0 0.920 0.080
#> SRR1480789 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1336263 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR660776 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1090508 2 0.2537 0.87448 0 0.920 0.080
#> SRR615563 2 0.1289 0.89051 0 0.968 0.032
#> SRR1101175 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR2164650 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1431205 2 0.2537 0.87448 0 0.920 0.080
#> SRR1339856 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR1352147 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR808968 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR627419 2 0.2537 0.87448 0 0.920 0.080
#> SRR1402391 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR663609 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR2167857 2 0.3879 0.80959 0 0.848 0.152
#> SRR1398752 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1405437 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR1416955 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1317064 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR659001 2 0.4654 0.72395 0 0.792 0.208
#> SRR2170696 3 0.6062 0.35029 0 0.384 0.616
#> SRR816589 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1087487 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1329485 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR816920 3 0.6291 0.07040 0 0.468 0.532
#> SRR1341432 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1361590 2 0.4555 0.73419 0 0.800 0.200
#> SRR817046 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1471331 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR660788 3 0.3412 0.83646 0 0.124 0.876
#> SRR819234 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR810853 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR809427 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR2170217 2 0.5733 0.53783 0 0.676 0.324
#> SRR1386967 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1420344 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR1334535 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR614503 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR602564 2 0.6180 0.33019 0 0.584 0.416
#> SRR1420669 3 0.6305 0.00631 0 0.484 0.516
#> SRR819024 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR656223 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR608428 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR1345647 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1389324 2 0.2537 0.87448 0 0.920 0.080
#> SRR1361368 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR1322619 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR1349276 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR1404024 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1370637 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR1452631 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR608392 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1357757 3 0.0747 0.93491 0 0.016 0.984
#> SRR1074646 2 0.6204 0.30838 0 0.576 0.424
#> SRR1367499 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1343501 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1394406 2 0.6225 0.28552 0 0.568 0.432
#> SRR1381435 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1467407 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1092422 2 0.6095 0.39362 0 0.608 0.392
#> SRR1380270 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1091817 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR1440137 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR614311 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR1407516 2 0.0424 0.90259 0 0.992 0.008
#> SRR815494 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1333209 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR615177 2 0.6244 0.26188 0 0.560 0.440
#> SRR1099648 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR659720 3 0.1643 0.90981 0 0.044 0.956
#> SRR2185057 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1467125 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR657468 2 0.6235 0.27362 0 0.564 0.436
#> SRR660042 3 0.2448 0.88066 0 0.076 0.924
#> SRR2170864 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR1440491 2 0.0424 0.90258 0 0.992 0.008
#> SRR1440852 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR811169 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1331311 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR818009 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1351836 2 0.2448 0.87630 0 0.924 0.076
#> SRR1498313 2 0.2711 0.86868 0 0.912 0.088
#> SRR1441975 2 0.2537 0.87448 0 0.920 0.080
#> SRR819096 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1073679 3 0.2959 0.86175 0 0.100 0.900
#> SRR1489116 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1354138 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1490589 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1412987 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR602034 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1353437 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1072871 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR661577 2 0.4654 0.72395 0 0.792 0.208
#> SRR612190 2 0.5785 0.52222 0 0.668 0.332
#> SRR1399880 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1101787 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR657869 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1446332 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR816039 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1485141 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1476697 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1379538 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR1331422 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR660859 3 0.3879 0.80515 0 0.152 0.848
#> SRR1097594 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1311419 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1336706 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1472976 2 0.4555 0.73419 0 0.800 0.200
#> SRR1321307 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR807493 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR812461 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1477149 2 0.2537 0.87448 0 0.920 0.080
#> SRR1457397 3 0.6204 0.21025 0 0.424 0.576
#> SRR661913 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1069024 3 0.4452 0.71947 0 0.192 0.808
#> SRR2165634 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1478722 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1328642 2 0.2537 0.87448 0 0.920 0.080
#> SRR1488261 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1318815 2 0.3412 0.81836 0 0.876 0.124
#> SRR816945 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1367432 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR1359280 2 0.2537 0.87448 0 0.920 0.080
#> SRR1313910 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR1457315 3 0.3816 0.80893 0 0.148 0.852
#> SRR815398 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR656958 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR600688 2 0.6180 0.33019 0 0.584 0.416
#> SRR1098952 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1314916 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR614167 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1348114 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR658033 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR1077503 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR661854 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR811379 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR1318857 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR656445 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1433044 2 0.2537 0.87448 0 0.920 0.080
#> SRR1486391 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR656071 3 0.2448 0.88066 0 0.076 0.924
#> SRR1364824 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR816745 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR601038 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1360080 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR814868 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1485997 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1435560 2 0.6204 0.30838 0 0.576 0.424
#> SRR1333330 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR663513 3 0.3752 0.81384 0 0.144 0.856
#> SRR1328407 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR602784 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1348468 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR663717 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR602217 2 0.4842 0.72118 0 0.776 0.224
#> SRR603140 3 0.2625 0.87837 0 0.084 0.916
#> SRR1340804 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1457574 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1333462 2 0.2537 0.87448 0 0.920 0.080
#> SRR1094601 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1434610 3 0.2711 0.87066 0 0.088 0.912
#> SRR1435833 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR1398728 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR1358343 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR1410890 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR1350371 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1392478 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR1099260 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1433576 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1345541 3 0.3412 0.83646 0 0.124 0.876
#> SRR1086328 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR810391 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1476207 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR627435 3 0.6302 0.01554 0 0.480 0.520
#> SRR1489862 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1419086 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1396191 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1490115 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1377714 3 0.0747 0.93536 0 0.016 0.984
#> SRR819394 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR663161 2 0.6168 0.34069 0 0.588 0.412
#> SRR607042 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR656203 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR660602 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1440397 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1369264 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR809233 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR663249 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR661242 2 0.2796 0.84763 0 0.908 0.092
#> SRR1332007 3 0.4235 0.74387 0 0.176 0.824
#> SRR809619 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR819975 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR599281 2 0.2537 0.87448 0 0.920 0.080
#> SRR662366 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1317898 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1382485 2 0.6192 0.31944 0 0.580 0.420
#> SRR2166420 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1419429 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1092541 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR817444 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1320403 2 0.2537 0.87448 0 0.920 0.080
#> SRR1101483 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR1331684 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1400054 3 0.3482 0.83205 0 0.128 0.872
#> SRR1406088 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR820733 3 0.5810 0.47457 0 0.336 0.664
#> SRR1314113 3 0.6274 0.11670 0 0.456 0.544
#> SRR1382615 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR1480745 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1468850 2 0.2448 0.87630 0 0.924 0.076
#> SRR656782 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR821364 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR659295 2 0.3551 0.82973 0 0.868 0.132
#> SRR1357103 3 0.0000 0.94726 0 0.000 1.000
#> SRR809185 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR811583 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
#> SRR1468050 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1440224 2 0.0000 0.90575 0 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1500170 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402368 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR607743 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457375 2 0.1118 0.9022 0 0.964 0.000 0.036
#> SRR1470923 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR814768 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031 4 0.3172 0.7873 0 0.160 0.000 0.840
#> SRR1363611 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468447 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071931 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR810981 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR663585 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326773 3 0.4500 0.5237 0 0.316 0.684 0.000
#> SRR1351166 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477452 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420320 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1081712 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318241 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333718 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313514 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477861 2 0.4855 0.3425 0 0.600 0.400 0.000
#> SRR1318005 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354665 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR657707 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370742 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1412947 2 0.4331 0.5849 0 0.712 0.000 0.288
#> SRR661553 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1328869 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348181 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416560 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319772 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091452 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1338812 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR814844 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1376619 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR603690 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR2184980 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR613963 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1323422 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434650 2 0.4730 0.4308 0 0.636 0.364 0.000
#> SRR659875 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465734 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076847 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415072 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR663088 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352021 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352530 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR662594 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095309 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR813019 3 0.4543 0.5052 0 0.324 0.676 0.000
#> SRR1374647 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR603472 2 0.3726 0.7080 0 0.788 0.212 0.000
#> SRR661529 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR607018 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR627423 4 0.3726 0.7272 0 0.212 0.000 0.788
#> SRR654921 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418968 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330522 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499958 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR614059 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071403 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440421 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310412 3 0.2011 0.8990 0 0.000 0.920 0.080
#> SRR614767 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR820709 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088168 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418707 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354291 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2165806 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433860 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311062 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360359 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR615407 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413892 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443459 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1338942 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399433 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR818537 3 0.4955 0.1767 0 0.444 0.556 0.000
#> SRR1101324 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR807637 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1091918 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085426 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR813891 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431 4 0.4933 0.1929 0 0.432 0.000 0.568
#> SRR658742 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419234 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR603496 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407758 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR810945 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR817234 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444852 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR660378 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467835 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338964 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079259 2 0.4843 0.3097 0 0.604 0.000 0.396
#> SRR1072345 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR598725 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447938 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1429468 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446850 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320363 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413810 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR598831 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381865 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1491332 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099744 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464618 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1414559 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1337540 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1444283 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR660295 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363742 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345847 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR614960 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR819919 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327951 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266 4 0.4431 0.5706 0 0.304 0.000 0.696
#> SRR1338055 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430157 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320137 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093483 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170490 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436420 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR662282 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487089 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1075683 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880 4 0.0817 0.9429 0 0.024 0.000 0.976
#> SRR1453456 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457895 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603 2 0.4855 0.3425 0 0.600 0.400 0.000
#> SRR658633 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388081 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR813339 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR809725 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR613603 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096571 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392701 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693 2 0.3726 0.6963 0 0.788 0.000 0.212
#> SRR660697 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1489926 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR811491 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311644 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1451740 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR615117 2 0.4804 0.3832 0 0.616 0.384 0.000
#> SRR1391748 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466556 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR614972 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406200 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR662174 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1312598 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330129 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357781 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315517 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400032 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413722 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR814794 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR808728 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070813 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389133 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR601263 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR604718 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1481351 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334608 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR658681 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR809283 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1459300 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR811049 3 0.0469 0.9666 0 0.000 0.988 0.012
#> SRR1464835 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339619 2 0.3610 0.7215 0 0.800 0.000 0.200
#> SRR658501 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447523 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415048 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348 2 0.4817 0.3323 0 0.612 0.000 0.388
#> SRR603890 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR810595 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446244 4 0.3569 0.7497 0 0.196 0.000 0.804
#> SRR817373 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457291 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR598220 3 0.4999 0.0218 0 0.000 0.508 0.492
#> SRR1477991 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR598172 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349032 2 0.4843 0.3099 0 0.604 0.000 0.396
#> SRR604002 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378026 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404401 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333240 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1089399 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR603421 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR812562 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR811839 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436763 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1486021 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1465018 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080998 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083432 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082833 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR614011 2 0.4955 0.2259 0 0.556 0.000 0.444
#> SRR1365873 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498789 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR601581 4 0.3528 0.7549 0 0.192 0.000 0.808
#> SRR603566 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1373981 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410 2 0.3528 0.7345 0 0.808 0.000 0.192
#> SRR1076511 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR614143 2 0.4500 0.5410 0 0.684 0.316 0.000
#> SRR1333570 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366813 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388746 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409510 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR816250 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR614131 4 0.4843 0.3638 0 0.396 0.000 0.604
#> SRR1331130 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470798 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR614179 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1474863 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR813560 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312187 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420960 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355102 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084577 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR659971 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350855 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR820779 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476300 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090907 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR662294 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480789 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336263 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR660776 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR615563 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1101175 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431205 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339856 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352147 2 0.4985 0.0845 0 0.532 0.000 0.468
#> SRR808968 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402391 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2167857 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398752 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416955 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR659001 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170696 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR816589 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087487 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329485 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR816920 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1341432 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR817046 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471331 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR660788 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR819234 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853 3 0.2149 0.8862 0 0.088 0.912 0.000
#> SRR809427 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170217 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1386967 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420344 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334535 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR602564 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420669 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR819024 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR656223 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR608428 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345647 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361368 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322619 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349276 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404024 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452631 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR608392 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357757 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1074646 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1367499 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343501 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394406 4 0.4284 0.7302 0 0.200 0.020 0.780
#> SRR1381435 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467407 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380270 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091817 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440137 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR614311 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407516 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR815494 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333209 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR615177 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099648 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR659720 2 0.5000 0.0360 0 0.504 0.496 0.000
#> SRR2185057 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR660042 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170864 2 0.2704 0.8165 0 0.876 0.000 0.124
#> SRR1440491 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440852 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR811169 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR818009 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498313 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441975 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR819096 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679 4 0.4746 0.4140 0 0.000 0.368 0.632
#> SRR1489116 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354138 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490589 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1412987 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR602034 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353437 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR661577 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR612190 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399880 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR657869 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476697 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1331422 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859 3 0.4595 0.7355 0 0.044 0.780 0.176
#> SRR1097594 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336706 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472976 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1321307 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477149 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457397 2 0.4500 0.5332 0 0.684 0.316 0.000
#> SRR661913 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069024 3 0.4431 0.5482 0 0.304 0.696 0.000
#> SRR2165634 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328642 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488261 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318815 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR816945 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359280 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313910 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457315 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR815398 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR600688 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098952 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR614167 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348114 4 0.4855 0.3532 0 0.400 0.000 0.600
#> SRR658033 4 0.4193 0.6166 0 0.268 0.000 0.732
#> SRR1077503 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR661854 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR811379 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318857 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR656445 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433044 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486391 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1364824 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745 3 0.2704 0.8424 0 0.124 0.876 0.000
#> SRR601038 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360080 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485997 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333330 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513 4 0.0817 0.9398 0 0.000 0.024 0.976
#> SRR1328407 2 0.4866 0.3318 0 0.596 0.404 0.000
#> SRR602784 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348468 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR663717 4 0.0469 0.9532 0 0.012 0.000 0.988
#> SRR602217 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR603140 3 0.3400 0.7709 0 0.000 0.820 0.180
#> SRR1340804 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333462 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1094601 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610 4 0.4790 0.3763 0 0.000 0.380 0.620
#> SRR1435833 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1398728 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358343 4 0.0921 0.9396 0 0.028 0.000 0.972
#> SRR1410890 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350371 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099260 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433576 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345541 4 0.0707 0.9439 0 0.000 0.020 0.980
#> SRR1086328 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476207 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR627435 3 0.2469 0.8611 0 0.108 0.892 0.000
#> SRR1489862 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490115 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377714 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR819394 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR607042 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR656203 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR660602 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440397 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR661242 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1332007 3 0.4500 0.5226 0 0.316 0.684 0.000
#> SRR809619 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR819975 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR662366 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317898 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382485 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR2166420 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR817444 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320403 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101483 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331684 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400054 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406088 2 0.4888 0.2948 0 0.588 0.000 0.412
#> SRR820733 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1314113 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1382615 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480745 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR656782 3 0.0000 0.9777 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR821364 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357103 3 0.4855 0.3125 0 0.400 0.600 0.000
#> SRR809185 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR811583 4 0.0000 0.9631 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468050 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224 2 0.0000 0.9320 0 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1500170 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402368 3 0.1608 0.8289 0 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR607743 3 0.3305 0.7350 0 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1457375 2 0.0963 0.9279 0 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1470923 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785 3 0.2561 0.7864 0 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR814768 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031 4 0.2732 0.7779 0 0.160 0.000 0.840 0.000
#> SRR1363611 4 0.0000 0.9285 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468447 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071931 4 0.0000 0.9285 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR810981 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663585 5 0.3534 0.8892 0 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1326773 5 0.4953 0.7067 0 0.196 0.088 0.004 0.712
#> SRR1351166 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477452 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720 3 0.4126 0.0577 0 0.000 0.620 0.000 0.380
#> SRR1420320 4 0.0000 0.9285 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081712 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318241 3 0.3534 0.7109 0 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR1333718 5 0.3534 0.8892 0 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1313514 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477861 5 0.3662 0.8872 0 0.004 0.252 0.000 0.744
#> SRR1318005 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354665 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657707 3 0.3534 0.7109 0 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR1370742 3 0.0000 0.8638 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1412947 2 0.3730 0.5956 0 0.712 0.000 0.288 0.000
#> SRR661553 4 0.0000 0.9285 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328869 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348181 3 0.0290 0.8584 0 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1416560 3 0.0000 0.8638 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319772 5 0.3561 0.6409 0 0.000 0.260 0.000 0.740
#> SRR1091452 4 0.0000 0.9285 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338812 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814844 4 0.0000 0.9285 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376619 3 0.0000 0.8638 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603690 4 0.0000 0.9285 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2184980 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613963 4 0.0000 0.9285 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323422 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673 3 0.3003 0.6330 0 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR1434650 5 0.4364 0.7784 0 0.120 0.112 0.000 0.768
#> SRR659875 5 0.3534 0.8892 0 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1465734 5 0.1792 0.6606 0 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR1076847 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415072 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319 5 0.3534 0.8892 0 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR663088 4 0.0000 0.9285 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352021 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935 4 0.0000 0.9285 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352530 3 0.0000 0.8638 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662594 3 0.3561 0.7093 0 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR1095309 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647 3 0.0000 0.8638 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813019 5 0.1544 0.7703 0 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR1374647 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603472 5 0.4968 0.7578 0 0.152 0.136 0.000 0.712
#> SRR661529 4 0.0880 0.9060 0 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR607018 5 0.3534 0.8892 0 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR627423 4 0.3210 0.7240 0 0.212 0.000 0.788 0.000
#> SRR654921 4 0.0000 0.9285 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418968 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871 3 0.0000 0.8638 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330522 3 0.0000 0.8638 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499958 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614059 3 0.3177 0.7453 0 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1071403 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440421 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310412 5 0.3521 0.5594 0 0.000 0.040 0.140 0.820
#> SRR614767 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820709 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093 5 0.3586 0.8815 0 0.000 0.264 0.000 0.736
#> SRR1088168 3 0.3074 0.6129 0 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR1418707 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354291 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2165806 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684 4 0.0000 0.9285 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433860 3 0.0000 0.8638 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311062 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360359 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385 3 0.0000 0.8638 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615407 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413892 5 0.3684 0.8624 0 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR1443459 4 0.0000 0.9285 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338942 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480 5 0.0162 0.7205 0 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1399433 4 0.0000 0.9285 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR818537 5 0.3662 0.8872 0 0.004 0.252 0.000 0.744
#> SRR1101324 4 0.3534 0.7309 0 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR807637 4 0.0000 0.9285 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091918 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300 3 0.3857 0.6739 0 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1085426 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813891 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431 4 0.4249 0.2016 0 0.432 0.000 0.568 0.000
#> SRR658742 4 0.0000 0.9285 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419234 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603496 5 0.0609 0.7341 0 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1407758 3 0.0000 0.8638 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810945 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817234 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444852 3 0.0000 0.8638 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660378 3 0.0000 0.8638 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467835 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338964 3 0.3561 0.7094 0 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR1079259 4 0.6729 0.1651 0 0.348 0.000 0.396 0.256
#> SRR1072345 3 0.3534 0.7109 0 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR598725 3 0.0000 0.8638 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447938 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460 4 0.0000 0.9285 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429468 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446850 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320363 3 0.3039 0.7559 0 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR1413810 3 0.0000 0.8638 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598831 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381865 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957 3 0.0000 0.8638 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1491332 5 0.3534 0.8892 0 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1099744 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464618 4 0.0000 0.9285 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414559 4 0.0000 0.9285 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337540 4 0.0000 0.9285 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444283 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942 3 0.3508 0.7141 0 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR660295 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335 3 0.4101 0.0784 0 0.000 0.628 0.000 0.372
#> SRR1363742 3 0.3143 0.5969 0 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1345847 4 0.0000 0.9285 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614960 3 0.3508 0.7141 0 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR819919 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327951 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266 4 0.3816 0.5757 0 0.304 0.000 0.696 0.000
#> SRR1338055 2 0.0609 0.9423 0 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1430157 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320137 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1093483 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913 3 0.0000 0.8638 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2170490 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845 3 0.0000 0.8638 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436420 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060 5 0.3534 0.8892 0 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR662282 3 0.1478 0.8056 0 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1487089 4 0.0000 0.9285 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075683 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880 4 0.0703 0.9124 0 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1453456 3 0.0000 0.8638 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457895 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603 5 0.3662 0.8872 0 0.004 0.252 0.000 0.744
#> SRR658633 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388081 4 0.0000 0.9285 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR813339 3 0.0162 0.8622 0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR809725 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613603 3 0.3534 0.7109 0 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR1096571 5 0.3534 0.8892 0 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1392701 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693 2 0.3210 0.7128 0 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR660697 4 0.0000 0.9285 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489926 5 0.0000 0.7174 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR811491 3 0.0000 0.8638 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311644 4 0.3689 0.7273 0 0.000 0.004 0.740 0.256
#> SRR1451740 3 0.0162 0.8610 0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR615117 5 0.3662 0.8872 0 0.004 0.252 0.000 0.744
#> SRR1391748 4 0.0000 0.9285 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466556 3 0.0000 0.8638 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614972 3 0.2561 0.7861 0 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR1406200 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210 4 0.0000 0.9285 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662174 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236 4 0.1121 0.9023 0 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR1312598 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330129 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357781 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315517 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400032 3 0.0000 0.8638 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413722 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827 3 0.0000 0.8638 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814794 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509 4 0.0000 0.9285 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR808728 5 0.3480 0.8855 0 0.000 0.248 0.000 0.752
#> SRR1070813 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389133 3 0.3837 0.6770 0 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR601263 3 0.3534 0.7109 0 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR604718 4 0.0000 0.9285 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1481351 5 0.2690 0.8298 0 0.000 0.156 0.000 0.844
#> SRR1334608 5 0.3534 0.8892 0 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR658681 5 0.3534 0.8892 0 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR809283 4 0.0000 0.9285 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459300 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547 5 0.3534 0.8892 0 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR811049 3 0.4227 0.5431 0 0.000 0.580 0.000 0.420
#> SRR1464835 4 0.0000 0.9285 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339619 2 0.3109 0.7397 0 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR658501 3 0.0000 0.8638 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447523 3 0.3508 0.7141 0 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR1415048 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348 2 0.4150 0.3310 0 0.612 0.000 0.388 0.000
#> SRR603890 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810595 3 0.0000 0.8638 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446244 4 0.3074 0.7452 0 0.196 0.000 0.804 0.000
#> SRR817373 4 0.0000 0.9285 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457291 4 0.0000 0.9285 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR598220 4 0.6627 0.1855 0 0.000 0.296 0.452 0.252
#> SRR1477991 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598172 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349032 2 0.4171 0.3077 0 0.604 0.000 0.396 0.000
#> SRR604002 2 0.1270 0.9112 0 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1378026 5 0.3534 0.8892 0 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1404401 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333240 2 0.3039 0.7453 0 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1089399 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603421 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812562 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520 5 0.3534 0.8892 0 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR811839 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436763 4 0.0000 0.9285 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486021 4 0.0000 0.9285 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465018 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1080998 5 0.1671 0.6756 0 0.000 0.076 0.000 0.924
#> SRR1083432 3 0.0000 0.8638 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082833 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536 3 0.0000 0.8638 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614011 2 0.4268 0.2232 0 0.556 0.000 0.444 0.000
#> SRR1365873 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498789 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601581 4 0.3039 0.7500 0 0.192 0.000 0.808 0.000
#> SRR603566 5 0.3534 0.8892 0 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1373981 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410 2 0.3039 0.7536 0 0.808 0.000 0.192 0.000
#> SRR1076511 4 0.0000 0.9285 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614143 5 0.0000 0.7174 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333570 3 0.0000 0.8638 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366813 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388746 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558 3 0.3534 0.7109 0 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR1409510 3 0.0000 0.8638 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816250 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614131 4 0.4171 0.3744 0 0.396 0.000 0.604 0.000
#> SRR1331130 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015 3 0.0000 0.8638 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470798 3 0.2424 0.7263 0 0.000 0.868 0.000 0.132
#> SRR614179 5 0.3534 0.8892 0 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1474863 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813560 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312187 4 0.0000 0.9285 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420960 3 0.0000 0.8638 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355102 3 0.0000 0.8638 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084577 5 0.3534 0.8892 0 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR659971 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350855 4 0.0000 0.9285 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR820779 3 0.0000 0.8638 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476300 3 0.0000 0.8638 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090907 4 0.0000 0.9285 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662294 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480789 5 0.3534 0.8892 0 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1336263 4 0.0000 0.9285 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660776 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615563 4 0.0000 0.9285 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101175 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650 5 0.3534 0.8892 0 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1431205 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339856 4 0.0000 0.9285 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352147 2 0.4294 0.0752 0 0.532 0.000 0.468 0.000
#> SRR808968 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402391 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609 5 0.3534 0.8892 0 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR2167857 2 0.0963 0.9273 0 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1398752 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416955 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064 4 0.0000 0.9285 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659001 4 0.0000 0.9285 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170696 4 0.3480 0.7385 0 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR816589 3 0.3983 0.2115 0 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR1087487 3 0.0000 0.8638 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329485 3 0.0000 0.8638 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816920 4 0.1270 0.8967 0 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1341432 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590 4 0.0000 0.9285 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR817046 3 0.3876 0.3873 0 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR1471331 3 0.0162 0.8611 0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR660788 4 0.3689 0.7273 0 0.000 0.004 0.740 0.256
#> SRR819234 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853 5 0.3534 0.8892 0 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR809427 4 0.0000 0.9285 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170217 4 0.0000 0.9285 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1386967 5 0.4287 0.5249 0 0.000 0.460 0.000 0.540
#> SRR1420344 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334535 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503 4 0.0000 0.9285 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR602564 4 0.2230 0.8529 0 0.000 0.000 0.884 0.116
#> SRR1420669 4 0.0000 0.9285 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR819024 3 0.0000 0.8638 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656223 5 0.3534 0.8892 0 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR608428 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345647 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361368 4 0.0000 0.9285 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322619 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349276 4 0.0000 0.9285 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404024 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452631 4 0.0000 0.9285 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608392 5 0.3534 0.8892 0 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1357757 5 0.1197 0.7259 0 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR1074646 4 0.0000 0.9285 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367499 3 0.0000 0.8638 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343501 5 0.3534 0.8892 0 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1394406 4 0.4029 0.6586 0 0.004 0.000 0.680 0.316
#> SRR1381435 3 0.3242 0.5731 0 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR1467407 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422 2 0.3336 0.6867 0 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1380270 5 0.3534 0.8892 0 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1091817 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440137 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614311 4 0.0000 0.9285 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407516 4 0.0000 0.9285 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR815494 3 0.0000 0.8638 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333209 4 0.0000 0.9285 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615177 4 0.0000 0.9285 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099648 5 0.3534 0.8892 0 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR659720 5 0.0000 0.7174 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2185057 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468 4 0.3534 0.7309 0 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR660042 3 0.3336 0.7317 0 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR2170864 2 0.2329 0.8390 0 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1440491 4 0.0000 0.9285 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440852 3 0.0000 0.8638 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811169 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311 4 0.0000 0.9285 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR818009 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498313 2 0.0510 0.9457 0 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1441975 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819096 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679 4 0.2625 0.8458 0 0.000 0.016 0.876 0.108
#> SRR1489116 5 0.3534 0.8892 0 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1354138 3 0.0000 0.8638 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490589 3 0.3366 0.7293 0 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR1412987 4 0.0000 0.9285 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR602034 3 0.0162 0.8611 0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1353437 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871 5 0.0000 0.7174 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR661577 4 0.0000 0.9285 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR612190 4 0.0000 0.9285 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399880 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787 4 0.0000 0.9285 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR657869 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141 3 0.0000 0.8638 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476697 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538 4 0.0000 0.9285 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331422 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859 4 0.6392 0.3062 0 0.000 0.172 0.456 0.372
#> SRR1097594 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419 3 0.0000 0.8638 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336706 5 0.3534 0.8892 0 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1472976 4 0.0000 0.9285 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321307 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461 3 0.0000 0.8638 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477149 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457397 5 0.4634 0.7875 0 0.120 0.136 0.000 0.744
#> SRR661913 3 0.0000 0.8638 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069024 5 0.3534 0.8892 0 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR2165634 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722 3 0.0000 0.8638 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328642 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488261 3 0.1851 0.8198 0 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1318815 4 0.0000 0.9285 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816945 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432 4 0.0000 0.9285 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359280 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313910 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457315 4 0.0000 0.9285 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR815398 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958 3 0.0000 0.8638 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR600688 4 0.0510 0.9199 0 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1098952 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916 3 0.0000 0.8638 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614167 3 0.0000 0.8638 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348114 4 0.4182 0.3643 0 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR658033 4 0.3612 0.6158 0 0.268 0.000 0.732 0.000
#> SRR1077503 5 0.0404 0.7174 0 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR661854 5 0.0290 0.7245 0 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR811379 4 0.0000 0.9285 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318857 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656445 3 0.2561 0.7019 0 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR1433044 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486391 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071 3 0.3508 0.7141 0 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR1364824 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745 5 0.3534 0.8892 0 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR601038 5 0.3534 0.8892 0 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1360080 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868 3 0.3534 0.7109 0 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR1485997 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560 4 0.0000 0.9285 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333330 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513 4 0.3741 0.7191 0 0.000 0.004 0.732 0.264
#> SRR1328407 5 0.0290 0.7242 0 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR602784 5 0.3534 0.8892 0 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1348468 4 0.0000 0.9285 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663717 4 0.0404 0.9206 0 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR602217 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603140 3 0.6682 0.2720 0 0.000 0.396 0.236 0.368
#> SRR1340804 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574 3 0.1851 0.7832 0 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1333462 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1094601 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610 4 0.5312 0.6261 0 0.000 0.096 0.648 0.256
#> SRR1435833 4 0.0000 0.9285 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398728 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358343 4 0.0794 0.9097 0 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1410890 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350371 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099260 5 0.3534 0.8892 0 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1433576 3 0.2929 0.6437 0 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR1345541 4 0.6603 -0.0836 0 0.000 0.392 0.396 0.212
#> SRR1086328 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391 3 0.0000 0.8638 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476207 3 0.3876 0.6704 0 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR627435 5 0.4134 0.8657 0 0.032 0.224 0.000 0.744
#> SRR1489862 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191 3 0.0000 0.8638 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490115 3 0.3508 0.7161 0 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR1377714 5 0.1341 0.7607 0 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR819394 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161 4 0.0000 0.9285 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR607042 5 0.3534 0.8892 0 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR656203 4 0.0000 0.9285 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660602 3 0.2516 0.7080 0 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR1440397 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661242 4 0.0000 0.9285 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332007 5 0.3534 0.8892 0 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR809619 4 0.0000 0.9285 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR819975 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662366 3 0.0000 0.8638 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317898 3 0.0000 0.8638 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382485 4 0.0000 0.9285 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2166420 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541 3 0.0000 0.8638 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817444 5 0.3534 0.8892 0 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1320403 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101483 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331684 3 0.1341 0.8174 0 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1400054 4 0.1908 0.8683 0 0.000 0.000 0.908 0.092
#> SRR1406088 2 0.4210 0.2943 0 0.588 0.000 0.412 0.000
#> SRR820733 4 0.0000 0.9285 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314113 4 0.3480 0.7387 0 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1382615 5 0.3534 0.8892 0 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1480745 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656782 3 0.3561 0.7094 0 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR821364 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295 2 0.0609 0.9424 0 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1357103 5 0.3534 0.8892 0 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR809185 4 0.0000 0.9285 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811583 4 0.0000 0.9285 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468050 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224 2 0.0000 0.9593 0 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1500170 2 0.0000 0.9345 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402368 6 0.3695 0.4972 0 0.000 0.376 0.000 0.000 0.624
#> SRR607743 6 0.0937 0.8770 0 0.000 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1457375 2 0.0937 0.9098 0 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1470923 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785 6 0.3330 0.6638 0 0.000 0.284 0.000 0.000 0.716
#> SRR814768 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031 4 0.2562 0.7735 0 0.172 0.000 0.828 0.000 0.000
#> SRR1363611 4 0.0000 0.9555 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468447 2 0.0146 0.9338 0 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1071931 4 0.0000 0.9555 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810981 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299 2 0.0717 0.9294 0 0.976 0.000 0.000 0.016 0.008
#> SRR663585 3 0.2883 0.7230 0 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR1326773 2 0.5404 0.2311 0 0.548 0.140 0.000 0.312 0.000
#> SRR1351166 2 0.0146 0.9335 0 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1477452 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720 3 0.2340 0.7948 0 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1420320 4 0.0000 0.9555 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081712 2 0.0146 0.9335 0 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1318241 6 0.0260 0.8946 0 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1333718 5 0.2003 0.9155 0 0.000 0.116 0.000 0.884 0.000
#> SRR1313514 2 0.1524 0.9123 0 0.932 0.000 0.000 0.060 0.008
#> SRR1477861 5 0.1267 0.9773 0 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR1318005 2 0.1524 0.9123 0 0.932 0.000 0.000 0.060 0.008
#> SRR1354665 2 0.0000 0.9345 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657707 6 0.0260 0.8946 0 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1370742 3 0.0000 0.9073 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1412947 2 0.3309 0.6118 0 0.720 0.000 0.280 0.000 0.000
#> SRR661553 4 0.0000 0.9555 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328869 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211 2 0.0000 0.9345 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348181 3 0.0713 0.8914 0 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1416560 3 0.0000 0.9073 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319772 6 0.4327 0.5551 0 0.000 0.056 0.000 0.264 0.680
#> SRR1091452 4 0.0000 0.9555 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338812 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072 2 0.0717 0.9294 0 0.976 0.000 0.000 0.016 0.008
#> SRR814844 4 0.0000 0.9555 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376619 3 0.0000 0.9073 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603690 4 0.0000 0.9555 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2184980 2 0.0000 0.9345 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613963 4 0.0000 0.9555 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323422 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673 3 0.1141 0.8765 0 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1434650 5 0.1267 0.9773 0 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR659875 5 0.1267 0.9773 0 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR1465734 6 0.0260 0.8919 0 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1076847 2 0.1524 0.9123 0 0.932 0.000 0.000 0.060 0.008
#> SRR1415072 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319 3 0.3695 0.4484 0 0.000 0.624 0.000 0.376 0.000
#> SRR663088 4 0.0000 0.9555 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352021 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935 4 0.0000 0.9555 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352530 3 0.0000 0.9073 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662594 6 0.0260 0.8946 0 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1095309 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647 3 0.0000 0.9073 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813019 5 0.1480 0.9551 0 0.000 0.040 0.000 0.940 0.020
#> SRR1374647 2 0.0260 0.9323 0 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR603472 5 0.0520 0.8963 0 0.008 0.000 0.000 0.984 0.008
#> SRR661529 4 0.0547 0.9383 0 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR607018 3 0.3854 0.1978 0 0.000 0.536 0.000 0.464 0.000
#> SRR627423 4 0.2912 0.7274 0 0.216 0.000 0.784 0.000 0.000
#> SRR654921 4 0.0000 0.9555 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418968 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871 3 0.0000 0.9073 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330522 3 0.0000 0.9073 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499958 2 0.0000 0.9345 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614059 6 0.3175 0.7024 0 0.000 0.256 0.000 0.000 0.744
#> SRR1071403 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719 2 0.0000 0.9345 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440421 2 0.0717 0.9294 0 0.976 0.000 0.000 0.016 0.008
#> SRR1310412 6 0.0260 0.8919 0 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR614767 2 0.0000 0.9345 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820709 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093 3 0.3101 0.6826 0 0.000 0.756 0.000 0.244 0.000
#> SRR1088168 3 0.0260 0.9032 0 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1418707 2 0.0000 0.9345 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354291 2 0.1524 0.9123 0 0.932 0.000 0.000 0.060 0.008
#> SRR2165806 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684 4 0.0000 0.9555 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433860 3 0.0000 0.9073 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311062 2 0.0000 0.9345 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360359 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385 3 0.0000 0.9073 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615407 2 0.0291 0.9333 0 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1413892 3 0.2491 0.7797 0 0.000 0.836 0.000 0.164 0.000
#> SRR1443459 4 0.0458 0.9447 0 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1338942 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480 6 0.1714 0.8353 0 0.000 0.000 0.000 0.092 0.908
#> SRR1399433 4 0.0000 0.9555 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR818537 5 0.1267 0.9773 0 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR1101324 6 0.0260 0.8923 0 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR807637 4 0.0146 0.9533 0 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1091918 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300 6 0.0260 0.8946 0 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1085426 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.0000 0.9345 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813891 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431 4 0.3823 0.1843 0 0.436 0.000 0.564 0.000 0.000
#> SRR658742 4 0.0000 0.9555 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419234 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813 2 0.0000 0.9345 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603496 5 0.1398 0.9123 0 0.000 0.008 0.000 0.940 0.052
#> SRR1407758 3 0.0000 0.9073 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810945 2 0.0260 0.9323 0 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR817234 2 0.1398 0.9159 0 0.940 0.000 0.000 0.052 0.008
#> SRR1444852 3 0.0000 0.9073 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660378 3 0.0000 0.9073 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467835 2 0.0000 0.9345 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338964 6 0.0260 0.8946 0 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1079259 6 0.0291 0.8922 0 0.004 0.000 0.004 0.000 0.992
#> SRR1072345 6 0.0260 0.8946 0 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR598725 3 0.0000 0.9073 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447938 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460 4 0.0000 0.9555 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429468 2 0.0000 0.9345 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446850 2 0.0000 0.9345 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320363 3 0.3684 0.3610 0 0.000 0.628 0.000 0.000 0.372
#> SRR1413810 3 0.0000 0.9073 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598831 2 0.0000 0.9345 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381865 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957 3 0.0000 0.9073 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1491332 3 0.3684 0.4573 0 0.000 0.628 0.000 0.372 0.000
#> SRR1099744 2 0.0000 0.9345 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464618 4 0.0146 0.9533 0 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1414559 4 0.0000 0.9555 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337540 4 0.0146 0.9533 0 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1444283 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942 6 0.0260 0.8946 0 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR660295 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335 3 0.2048 0.8222 0 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR1363742 3 0.0260 0.9032 0 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1345847 4 0.0000 0.9555 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614960 6 0.2912 0.7444 0 0.000 0.216 0.000 0.000 0.784
#> SRR819919 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330 2 0.1584 0.9102 0 0.928 0.000 0.000 0.064 0.008
#> SRR1327951 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266 4 0.3464 0.5638 0 0.312 0.000 0.688 0.000 0.000
#> SRR1338055 2 0.1204 0.9101 0 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1430157 2 0.0000 0.9345 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320137 2 0.0000 0.9345 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1093483 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913 3 0.0000 0.9073 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2170490 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845 3 0.0000 0.9073 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436420 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060 5 0.1387 0.9699 0 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR662282 3 0.0146 0.9054 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1487089 4 0.0000 0.9555 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075683 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880 4 0.0547 0.9393 0 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1453456 3 0.0000 0.9073 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457895 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603 5 0.1267 0.9773 0 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR658633 2 0.0000 0.9345 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388081 4 0.0000 0.9555 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813339 3 0.0000 0.9073 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809725 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441 2 0.1524 0.9123 0 0.932 0.000 0.000 0.060 0.008
#> SRR613603 6 0.0260 0.8946 0 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1096571 5 0.1267 0.9773 0 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR1392701 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693 2 0.2854 0.7204 0 0.792 0.000 0.208 0.000 0.000
#> SRR660697 4 0.0000 0.9555 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489926 6 0.3684 0.4217 0 0.000 0.000 0.000 0.372 0.628
#> SRR811491 3 0.0000 0.9073 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311644 6 0.0260 0.8923 0 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1451740 3 0.0146 0.9056 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR615117 5 0.1267 0.9773 0 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR1391748 4 0.0000 0.9555 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466556 3 0.0000 0.9073 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614972 6 0.3330 0.6651 0 0.000 0.284 0.000 0.000 0.716
#> SRR1406200 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210 4 0.0000 0.9555 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662174 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236 4 0.3833 0.1504 0 0.000 0.000 0.556 0.000 0.444
#> SRR1312598 2 0.0000 0.9345 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330129 2 0.0972 0.9256 0 0.964 0.000 0.000 0.028 0.008
#> SRR1357781 2 0.1524 0.9123 0 0.932 0.000 0.000 0.060 0.008
#> SRR1315517 2 0.1524 0.9123 0 0.932 0.000 0.000 0.060 0.008
#> SRR1400032 3 0.0000 0.9073 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413722 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827 3 0.0000 0.9073 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814794 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509 4 0.0000 0.9555 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808728 5 0.3351 0.6130 0 0.000 0.288 0.000 0.712 0.000
#> SRR1070813 2 0.0000 0.9345 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389133 6 0.0260 0.8946 0 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR601263 6 0.0260 0.8946 0 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR604718 4 0.0000 0.9555 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481351 3 0.4597 0.2909 0 0.000 0.548 0.000 0.412 0.040
#> SRR1334608 3 0.3695 0.4484 0 0.000 0.624 0.000 0.376 0.000
#> SRR658681 3 0.3684 0.4572 0 0.000 0.628 0.000 0.372 0.000
#> SRR809283 4 0.0000 0.9555 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459300 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547 5 0.1267 0.9773 0 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR811049 6 0.0260 0.8946 0 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1464835 4 0.0000 0.9555 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339619 2 0.2730 0.7448 0 0.808 0.000 0.192 0.000 0.000
#> SRR658501 3 0.0000 0.9073 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447523 6 0.2003 0.8288 0 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR1415048 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348 2 0.3717 0.3571 0 0.616 0.000 0.384 0.000 0.000
#> SRR603890 2 0.1524 0.9123 0 0.932 0.000 0.000 0.060 0.008
#> SRR810595 3 0.0000 0.9073 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446244 4 0.2793 0.7474 0 0.200 0.000 0.800 0.000 0.000
#> SRR817373 4 0.0000 0.9555 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457291 4 0.0000 0.9555 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598220 6 0.0260 0.8923 0 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1477991 2 0.0000 0.9345 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598172 2 0.0260 0.9332 0 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1349032 2 0.3747 0.3255 0 0.604 0.000 0.396 0.000 0.000
#> SRR604002 2 0.2915 0.7932 0 0.808 0.000 0.000 0.184 0.008
#> SRR1378026 3 0.3684 0.4572 0 0.000 0.628 0.000 0.372 0.000
#> SRR1404401 2 0.1524 0.9123 0 0.932 0.000 0.000 0.060 0.008
#> SRR1333240 2 0.4118 0.4228 0 0.628 0.000 0.000 0.352 0.020
#> SRR1089399 2 0.0000 0.9345 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603421 2 0.1010 0.9244 0 0.960 0.000 0.000 0.036 0.004
#> SRR812562 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520 5 0.1267 0.9773 0 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR811839 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317 2 0.0000 0.9345 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436763 4 0.0000 0.9555 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486021 4 0.0000 0.9555 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465018 2 0.1524 0.9123 0 0.932 0.000 0.000 0.060 0.008
#> SRR1080998 6 0.0260 0.8919 0 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1083432 3 0.0000 0.9073 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082833 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536 3 0.0000 0.9073 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614011 2 0.3810 0.2697 0 0.572 0.000 0.428 0.000 0.000
#> SRR1365873 2 0.0260 0.9332 0 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1498789 2 0.0000 0.9345 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601581 4 0.2730 0.7553 0 0.192 0.000 0.808 0.000 0.000
#> SRR603566 5 0.1267 0.9773 0 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR1373981 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410 2 0.2730 0.7528 0 0.808 0.000 0.192 0.000 0.000
#> SRR1076511 4 0.1610 0.8751 0 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR614143 6 0.0260 0.8919 0 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1333570 3 0.0000 0.9073 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366813 2 0.0000 0.9345 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388746 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558 6 0.0260 0.8946 0 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1409510 3 0.0000 0.9073 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816250 2 0.0000 0.9345 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614131 4 0.3717 0.3871 0 0.384 0.000 0.616 0.000 0.000
#> SRR1331130 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015 3 0.0000 0.9073 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470798 3 0.2491 0.7790 0 0.000 0.836 0.000 0.164 0.000
#> SRR614179 5 0.1267 0.9773 0 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR1474863 2 0.0000 0.9345 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813560 2 0.0000 0.9345 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312187 4 0.0146 0.9533 0 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1420960 3 0.0000 0.9073 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355102 3 0.0000 0.9073 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084577 3 0.2912 0.7181 0 0.000 0.784 0.000 0.216 0.000
#> SRR659971 2 0.0000 0.9345 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350855 4 0.0000 0.9555 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820779 3 0.0000 0.9073 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476300 3 0.0000 0.9073 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090907 4 0.0000 0.9555 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662294 2 0.1524 0.9123 0 0.932 0.000 0.000 0.060 0.008
#> SRR1480789 5 0.1267 0.9773 0 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR1336263 4 0.0000 0.9555 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660776 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508 2 0.1524 0.9123 0 0.932 0.000 0.000 0.060 0.008
#> SRR615563 4 0.0000 0.9555 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101175 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650 5 0.1267 0.9773 0 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR1431205 2 0.0363 0.9324 0 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1339856 4 0.0146 0.9533 0 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1352147 2 0.3864 0.0646 0 0.520 0.000 0.480 0.000 0.000
#> SRR808968 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419 2 0.0622 0.9304 0 0.980 0.000 0.000 0.012 0.008
#> SRR1402391 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609 5 0.1267 0.9773 0 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR2167857 2 0.2980 0.7879 0 0.800 0.000 0.000 0.192 0.008
#> SRR1398752 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437 2 0.0000 0.9345 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416955 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064 4 0.0000 0.9555 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659001 4 0.0000 0.9555 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2170696 6 0.1387 0.8452 0 0.000 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR816589 3 0.1327 0.8679 0 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1087487 3 0.0000 0.9073 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329485 3 0.0000 0.9073 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816920 6 0.3547 0.5319 0 0.000 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR1341432 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590 4 0.0000 0.9555 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817046 3 0.4045 0.7158 0 0.000 0.756 0.000 0.120 0.124
#> SRR1471331 3 0.0000 0.9073 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660788 6 0.0260 0.8923 0 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR819234 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853 5 0.1267 0.9773 0 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR809427 4 0.0000 0.9555 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2170217 4 0.0000 0.9555 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1386967 3 0.2883 0.7230 0 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR1420344 2 0.0000 0.9345 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334535 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503 4 0.0146 0.9533 0 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR602564 4 0.2597 0.7752 0 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR1420669 4 0.0000 0.9555 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819024 3 0.0363 0.8985 0 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR656223 3 0.2883 0.7230 0 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR608428 2 0.0146 0.9335 0 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1345647 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324 2 0.0717 0.9294 0 0.976 0.000 0.000 0.016 0.008
#> SRR1361368 4 0.0000 0.9555 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322619 2 0.0000 0.9345 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349276 4 0.0000 0.9555 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404024 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637 2 0.0000 0.9345 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452631 4 0.0146 0.9533 0 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR608392 5 0.1267 0.9773 0 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR1357757 6 0.2402 0.7867 0 0.000 0.004 0.000 0.140 0.856
#> SRR1074646 4 0.0000 0.9555 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367499 3 0.0000 0.9073 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343501 3 0.3765 0.3809 0 0.000 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR1394406 6 0.0260 0.8923 0 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1381435 3 0.0363 0.9012 0 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1467407 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422 2 0.3620 0.5157 0 0.648 0.000 0.000 0.352 0.000
#> SRR1380270 5 0.1267 0.9773 0 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR1091817 2 0.0000 0.9345 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440137 2 0.0000 0.9345 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614311 4 0.0146 0.9533 0 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1407516 4 0.0000 0.9555 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR815494 3 0.0000 0.9073 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333209 4 0.0000 0.9555 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615177 4 0.2562 0.7631 0 0.000 0.000 0.828 0.000 0.172
#> SRR1099648 5 0.1387 0.9699 0 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR659720 6 0.0260 0.8919 0 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR2185057 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468 6 0.0260 0.8923 0 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR660042 6 0.2996 0.7331 0 0.000 0.228 0.000 0.000 0.772
#> SRR2170864 2 0.2135 0.8276 0 0.872 0.000 0.128 0.000 0.000
#> SRR1440491 4 0.0000 0.9555 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440852 3 0.0000 0.9073 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811169 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311 4 0.0000 0.9555 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR818009 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836 2 0.0000 0.9345 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498313 2 0.1812 0.8990 0 0.912 0.000 0.000 0.080 0.008
#> SRR1441975 2 0.0146 0.9335 0 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR819096 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679 6 0.3483 0.6725 0 0.000 0.016 0.236 0.000 0.748
#> SRR1489116 5 0.1267 0.9773 0 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR1354138 3 0.0000 0.9073 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490589 6 0.2969 0.7366 0 0.000 0.224 0.000 0.000 0.776
#> SRR1412987 4 0.0000 0.9555 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602034 3 0.0146 0.9057 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1353437 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871 6 0.0260 0.8919 0 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR661577 4 0.0000 0.9555 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR612190 4 0.0000 0.9555 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399880 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787 4 0.0000 0.9555 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657869 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141 3 0.0000 0.9073 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476697 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538 4 0.0260 0.9506 0 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1331422 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859 6 0.0260 0.8946 0 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1097594 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419 3 0.0000 0.9073 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336706 5 0.1267 0.9773 0 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR1472976 4 0.0000 0.9555 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321307 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461 3 0.0000 0.9073 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477149 2 0.1124 0.9227 0 0.956 0.000 0.000 0.036 0.008
#> SRR1457397 5 0.0146 0.9055 0 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR661913 3 0.0000 0.9073 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069024 5 0.1267 0.9773 0 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR2165634 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722 3 0.0000 0.9073 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328642 2 0.0891 0.9270 0 0.968 0.000 0.000 0.024 0.008
#> SRR1488261 3 0.3563 0.4030 0 0.000 0.664 0.000 0.000 0.336
#> SRR1318815 4 0.0000 0.9555 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816945 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432 4 0.0146 0.9533 0 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1359280 2 0.0806 0.9282 0 0.972 0.000 0.000 0.020 0.008
#> SRR1313910 2 0.0000 0.9345 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457315 4 0.0000 0.9555 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR815398 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958 3 0.0000 0.9073 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600688 4 0.0458 0.9445 0 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1098952 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916 3 0.0000 0.9073 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614167 3 0.0000 0.9073 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348114 4 0.3747 0.3636 0 0.396 0.000 0.604 0.000 0.000
#> SRR658033 4 0.3288 0.6122 0 0.276 0.000 0.724 0.000 0.000
#> SRR1077503 6 0.1387 0.8515 0 0.000 0.000 0.000 0.068 0.932
#> SRR661854 6 0.3819 0.4173 0 0.000 0.004 0.000 0.372 0.624
#> SRR811379 4 0.0000 0.9555 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318857 2 0.0000 0.9345 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656445 3 0.0146 0.9054 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1433044 2 0.1524 0.9123 0 0.932 0.000 0.000 0.060 0.008
#> SRR1486391 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071 6 0.2178 0.8169 0 0.000 0.132 0.000 0.000 0.868
#> SRR1364824 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745 5 0.1267 0.9773 0 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR601038 5 0.1267 0.9773 0 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR1360080 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868 6 0.0260 0.8946 0 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1485997 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560 4 0.0000 0.9555 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333330 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513 6 0.0260 0.8923 0 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1328407 5 0.1327 0.8971 0 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR602784 5 0.1267 0.9773 0 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR1348468 4 0.0000 0.9555 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663717 4 0.0632 0.9382 0 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR602217 2 0.0146 0.9336 0 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR603140 6 0.0291 0.8938 0 0.000 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR1340804 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574 3 0.2300 0.7991 0 0.000 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1333462 2 0.1524 0.9123 0 0.932 0.000 0.000 0.060 0.008
#> SRR1094601 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610 6 0.0291 0.8938 0 0.000 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR1435833 4 0.0000 0.9555 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398728 2 0.0000 0.9345 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358343 4 0.0790 0.9301 0 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR1410890 2 0.0000 0.9345 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350371 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478 2 0.0000 0.9345 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099260 3 0.3684 0.4572 0 0.000 0.628 0.000 0.372 0.000
#> SRR1433576 3 0.0260 0.9032 0 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1345541 6 0.1152 0.8700 0 0.000 0.004 0.044 0.000 0.952
#> SRR1086328 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391 3 0.0000 0.9073 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476207 6 0.0260 0.8946 0 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR627435 3 0.3789 0.4050 0 0.000 0.584 0.000 0.416 0.000
#> SRR1489862 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191 3 0.0000 0.9073 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490115 6 0.0260 0.8946 0 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1377714 6 0.4514 0.3389 0 0.000 0.040 0.000 0.372 0.588
#> SRR819394 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161 4 0.0000 0.9555 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607042 5 0.1267 0.9773 0 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR656203 4 0.0000 0.9555 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660602 3 0.0146 0.9054 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1440397 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249 2 0.0000 0.9345 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661242 4 0.0000 0.9555 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332007 5 0.1267 0.9773 0 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR809619 4 0.0000 0.9555 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819975 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281 2 0.0260 0.9332 0 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR662366 3 0.0000 0.9073 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317898 3 0.0000 0.9073 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382485 4 0.0000 0.9555 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2166420 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541 3 0.0000 0.9073 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817444 5 0.1501 0.9615 0 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR1320403 2 0.0717 0.9294 0 0.976 0.000 0.000 0.016 0.008
#> SRR1101483 2 0.0000 0.9345 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331684 3 0.2300 0.7999 0 0.000 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1400054 6 0.3515 0.5423 0 0.000 0.000 0.324 0.000 0.676
#> SRR1406088 2 0.3782 0.2965 0 0.588 0.000 0.412 0.000 0.000
#> SRR820733 4 0.0000 0.9555 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314113 6 0.0547 0.8865 0 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1382615 3 0.3371 0.6086 0 0.000 0.708 0.000 0.292 0.000
#> SRR1480745 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850 2 0.0000 0.9345 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656782 6 0.0260 0.8946 0 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR821364 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295 2 0.2915 0.8006 0 0.808 0.000 0.000 0.184 0.008
#> SRR1357103 5 0.1267 0.9773 0 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR809185 4 0.0000 0.9555 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811583 4 0.0000 0.9555 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468050 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224 2 0.0000 0.9345 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17314 rows and 500 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.3577 0.643 0.643
#> 3 3 0.981 0.951 0.981 0.7532 0.733 0.585
#> 4 4 0.954 0.945 0.972 0.1942 0.851 0.615
#> 5 5 0.859 0.843 0.918 0.0484 0.909 0.672
#> 6 6 0.885 0.803 0.894 0.0390 0.953 0.788
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3
There is also optional best \(k\) = 2 3 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1500170 2 0 1 0 1
#> SRR1402368 2 0 1 0 1
#> SRR607743 2 0 1 0 1
#> SRR1457375 2 0 1 0 1
#> SRR1470923 1 0 1 1 0
#> SRR817954 1 0 1 1 0
#> SRR809259 1 0 1 1 0
#> SRR1439785 2 0 1 0 1
#> SRR814768 1 0 1 1 0
#> SRR1102031 2 0 1 0 1
#> SRR1363611 2 0 1 0 1
#> SRR1468447 2 0 1 0 1
#> SRR1071931 2 0 1 0 1
#> SRR810981 1 0 1 1 0
#> SRR615299 2 0 1 0 1
#> SRR663585 2 0 1 0 1
#> SRR1326773 2 0 1 0 1
#> SRR1351166 2 0 1 0 1
#> SRR1477452 1 0 1 1 0
#> SRR1084720 2 0 1 0 1
#> SRR1420320 2 0 1 0 1
#> SRR1081712 2 0 1 0 1
#> SRR1318241 2 0 1 0 1
#> SRR1333718 2 0 1 0 1
#> SRR1313514 2 0 1 0 1
#> SRR1477861 2 0 1 0 1
#> SRR1318005 2 0 1 0 1
#> SRR1354665 2 0 1 0 1
#> SRR657707 2 0 1 0 1
#> SRR1370742 2 0 1 0 1
#> SRR1412947 2 0 1 0 1
#> SRR661553 2 0 1 0 1
#> SRR1328869 1 0 1 1 0
#> SRR662211 2 0 1 0 1
#> SRR1348181 2 0 1 0 1
#> SRR1416560 2 0 1 0 1
#> SRR1319772 2 0 1 0 1
#> SRR1091452 2 0 1 0 1
#> SRR1338812 1 0 1 1 0
#> SRR1392072 2 0 1 0 1
#> SRR814844 2 0 1 0 1
#> SRR1376619 2 0 1 0 1
#> SRR603690 2 0 1 0 1
#> SRR2184980 2 0 1 0 1
#> SRR613963 2 0 1 0 1
#> SRR1323422 1 0 1 1 0
#> SRR1397673 2 0 1 0 1
#> SRR1434650 2 0 1 0 1
#> SRR659875 2 0 1 0 1
#> SRR1465734 2 0 1 0 1
#> SRR1076847 2 0 1 0 1
#> SRR1415072 1 0 1 1 0
#> SRR659319 2 0 1 0 1
#> SRR663088 2 0 1 0 1
#> SRR1352021 1 0 1 1 0
#> SRR1325527 1 0 1 1 0
#> SRR1105369 1 0 1 1 0
#> SRR659935 2 0 1 0 1
#> SRR1352530 2 0 1 0 1
#> SRR662594 2 0 1 0 1
#> SRR1095309 1 0 1 1 0
#> SRR615647 2 0 1 0 1
#> SRR813019 2 0 1 0 1
#> SRR1374647 2 0 1 0 1
#> SRR603472 2 0 1 0 1
#> SRR661529 2 0 1 0 1
#> SRR607018 2 0 1 0 1
#> SRR627423 2 0 1 0 1
#> SRR654921 2 0 1 0 1
#> SRR1418968 1 0 1 1 0
#> SRR660871 2 0 1 0 1
#> SRR1330522 2 0 1 0 1
#> SRR1499958 2 0 1 0 1
#> SRR614059 2 0 1 0 1
#> SRR1071403 1 0 1 1 0
#> SRR1486719 2 0 1 0 1
#> SRR1440421 2 0 1 0 1
#> SRR1310412 2 0 1 0 1
#> SRR614767 2 0 1 0 1
#> SRR820709 1 0 1 1 0
#> SRR1471500 1 0 1 1 0
#> SRR658093 2 0 1 0 1
#> SRR1088168 2 0 1 0 1
#> SRR1418707 2 0 1 0 1
#> SRR1354291 2 0 1 0 1
#> SRR2165806 1 0 1 1 0
#> SRR1415684 2 0 1 0 1
#> SRR1433860 2 0 1 0 1
#> SRR1311062 2 0 1 0 1
#> SRR1360359 1 0 1 1 0
#> SRR661385 2 0 1 0 1
#> SRR615407 2 0 1 0 1
#> SRR1413892 2 0 1 0 1
#> SRR1443459 2 0 1 0 1
#> SRR1338942 1 0 1 1 0
#> SRR657480 2 0 1 0 1
#> SRR1399433 2 0 1 0 1
#> SRR818537 2 0 1 0 1
#> SRR1101324 2 0 1 0 1
#> SRR807637 2 0 1 0 1
#> SRR1091918 1 0 1 1 0
#> SRR598300 2 0 1 0 1
#> SRR1085426 1 0 1 1 0
#> SRR1376294 2 0 1 0 1
#> SRR813891 1 0 1 1 0
#> SRR1467431 2 0 1 0 1
#> SRR658742 2 0 1 0 1
#> SRR1419234 1 0 1 1 0
#> SRR1404813 2 0 1 0 1
#> SRR603496 2 0 1 0 1
#> SRR1407758 2 0 1 0 1
#> SRR810945 2 0 1 0 1
#> SRR817234 2 0 1 0 1
#> SRR1444852 2 0 1 0 1
#> SRR660378 2 0 1 0 1
#> SRR1467835 2 0 1 0 1
#> SRR1338964 2 0 1 0 1
#> SRR1079259 2 0 1 0 1
#> SRR1072345 2 0 1 0 1
#> SRR598725 2 0 1 0 1
#> SRR1447938 1 0 1 1 0
#> SRR1356397 1 0 1 1 0
#> SRR1360460 2 0 1 0 1
#> SRR1429468 2 0 1 0 1
#> SRR1446850 2 0 1 0 1
#> SRR1320363 2 0 1 0 1
#> SRR1413810 2 0 1 0 1
#> SRR598831 2 0 1 0 1
#> SRR1381865 1 0 1 1 0
#> SRR660957 2 0 1 0 1
#> SRR1491332 2 0 1 0 1
#> SRR1099744 2 0 1 0 1
#> SRR1464618 2 0 1 0 1
#> SRR1414559 2 0 1 0 1
#> SRR1337540 2 0 1 0 1
#> SRR1444283 1 0 1 1 0
#> SRR2184942 2 0 1 0 1
#> SRR660295 1 0 1 1 0
#> SRR601335 2 0 1 0 1
#> SRR1363742 2 0 1 0 1
#> SRR1345847 2 0 1 0 1
#> SRR614960 2 0 1 0 1
#> SRR819919 1 0 1 1 0
#> SRR603330 2 0 1 0 1
#> SRR1327951 1 0 1 1 0
#> SRR1401885 1 0 1 1 0
#> SRR1345266 2 0 1 0 1
#> SRR1338055 2 0 1 0 1
#> SRR1430157 2 0 1 0 1
#> SRR1320137 2 0 1 0 1
#> SRR1093483 1 0 1 1 0
#> SRR1341080 1 0 1 1 0
#> SRR1459913 2 0 1 0 1
#> SRR2170490 1 0 1 1 0
#> SRR1479845 2 0 1 0 1
#> SRR1436420 1 0 1 1 0
#> SRR1481060 2 0 1 0 1
#> SRR662282 2 0 1 0 1
#> SRR1487089 2 0 1 0 1
#> SRR1075683 1 0 1 1 0
#> SRR1338536 1 0 1 1 0
#> SRR1338880 2 0 1 0 1
#> SRR1453456 2 0 1 0 1
#> SRR1457895 1 0 1 1 0
#> SRR1440603 2 0 1 0 1
#> SRR658633 2 0 1 0 1
#> SRR1388081 2 0 1 0 1
#> SRR813339 2 0 1 0 1
#> SRR809725 1 0 1 1 0
#> SRR627441 2 0 1 0 1
#> SRR613603 2 0 1 0 1
#> SRR1096571 2 0 1 0 1
#> SRR1392701 1 0 1 1 0
#> SRR1344326 1 0 1 1 0
#> SRR1367693 2 0 1 0 1
#> SRR660697 2 0 1 0 1
#> SRR1489926 2 0 1 0 1
#> SRR811491 2 0 1 0 1
#> SRR1311644 2 0 1 0 1
#> SRR1451740 2 0 1 0 1
#> SRR615117 2 0 1 0 1
#> SRR1391748 2 0 1 0 1
#> SRR1466556 2 0 1 0 1
#> SRR614972 2 0 1 0 1
#> SRR1406200 1 0 1 1 0
#> SRR819210 2 0 1 0 1
#> SRR662174 1 0 1 1 0
#> SRR811988 1 0 1 1 0
#> SRR663236 2 0 1 0 1
#> SRR1312598 2 0 1 0 1
#> SRR1330129 2 0 1 0 1
#> SRR1357781 2 0 1 0 1
#> SRR1315517 2 0 1 0 1
#> SRR1400032 2 0 1 0 1
#> SRR1413722 1 0 1 1 0
#> SRR612827 2 0 1 0 1
#> SRR814794 1 0 1 1 0
#> SRR819430 1 0 1 1 0
#> SRR1395509 2 0 1 0 1
#> SRR808728 2 0 1 0 1
#> SRR1070813 2 0 1 0 1
#> SRR1389133 2 0 1 0 1
#> SRR601263 2 0 1 0 1
#> SRR604718 2 0 1 0 1
#> SRR1481351 2 0 1 0 1
#> SRR1334608 2 0 1 0 1
#> SRR658681 2 0 1 0 1
#> SRR809283 2 0 1 0 1
#> SRR1459300 1 0 1 1 0
#> SRR1392547 2 0 1 0 1
#> SRR811049 2 0 1 0 1
#> SRR1464835 2 0 1 0 1
#> SRR1339619 2 0 1 0 1
#> SRR658501 2 0 1 0 1
#> SRR1447523 2 0 1 0 1
#> SRR1415048 1 0 1 1 0
#> SRR1355451 1 0 1 1 0
#> SRR1444348 2 0 1 0 1
#> SRR603890 2 0 1 0 1
#> SRR810595 2 0 1 0 1
#> SRR1446244 2 0 1 0 1
#> SRR817373 2 0 1 0 1
#> SRR1457291 2 0 1 0 1
#> SRR598220 2 0 1 0 1
#> SRR1477991 2 0 1 0 1
#> SRR598172 2 0 1 0 1
#> SRR1349032 2 0 1 0 1
#> SRR604002 2 0 1 0 1
#> SRR1378026 2 0 1 0 1
#> SRR1404401 2 0 1 0 1
#> SRR1333240 2 0 1 0 1
#> SRR1089399 2 0 1 0 1
#> SRR603421 2 0 1 0 1
#> SRR812562 1 0 1 1 0
#> SRR808520 2 0 1 0 1
#> SRR811839 1 0 1 1 0
#> SRR814317 2 0 1 0 1
#> SRR1436763 2 0 1 0 1
#> SRR1486021 2 0 1 0 1
#> SRR1465018 2 0 1 0 1
#> SRR1080998 2 0 1 0 1
#> SRR1083432 2 0 1 0 1
#> SRR1082833 1 0 1 1 0
#> SRR1465804 1 0 1 1 0
#> SRR1326536 2 0 1 0 1
#> SRR614011 2 0 1 0 1
#> SRR1365873 2 0 1 0 1
#> SRR1498789 2 0 1 0 1
#> SRR601581 2 0 1 0 1
#> SRR603566 2 0 1 0 1
#> SRR1373981 1 0 1 1 0
#> SRR821410 2 0 1 0 1
#> SRR1076511 2 0 1 0 1
#> SRR614143 2 0 1 0 1
#> SRR1333570 2 0 1 0 1
#> SRR1366813 2 0 1 0 1
#> SRR1388746 1 0 1 1 0
#> SRR1420558 2 0 1 0 1
#> SRR1409510 2 0 1 0 1
#> SRR816250 2 0 1 0 1
#> SRR614131 2 0 1 0 1
#> SRR1331130 1 0 1 1 0
#> SRR1316015 2 0 1 0 1
#> SRR1470798 2 0 1 0 1
#> SRR614179 2 0 1 0 1
#> SRR1474863 2 0 1 0 1
#> SRR813560 2 0 1 0 1
#> SRR1312187 2 0 1 0 1
#> SRR1420960 2 0 1 0 1
#> SRR1355102 2 0 1 0 1
#> SRR1084577 2 0 1 0 1
#> SRR659971 2 0 1 0 1
#> SRR1350855 2 0 1 0 1
#> SRR820779 2 0 1 0 1
#> SRR1476300 2 0 1 0 1
#> SRR1090907 2 0 1 0 1
#> SRR662294 2 0 1 0 1
#> SRR1480789 2 0 1 0 1
#> SRR1336263 2 0 1 0 1
#> SRR660776 1 0 1 1 0
#> SRR1090508 2 0 1 0 1
#> SRR615563 2 0 1 0 1
#> SRR1101175 1 0 1 1 0
#> SRR2164650 2 0 1 0 1
#> SRR1431205 2 0 1 0 1
#> SRR1339856 2 0 1 0 1
#> SRR1352147 2 0 1 0 1
#> SRR808968 1 0 1 1 0
#> SRR627419 2 0 1 0 1
#> SRR1402391 1 0 1 1 0
#> SRR663609 2 0 1 0 1
#> SRR2167857 2 0 1 0 1
#> SRR1398752 1 0 1 1 0
#> SRR1469169 1 0 1 1 0
#> SRR1405437 2 0 1 0 1
#> SRR1416955 1 0 1 1 0
#> SRR1317064 2 0 1 0 1
#> SRR659001 2 0 1 0 1
#> SRR2170696 2 0 1 0 1
#> SRR816589 2 0 1 0 1
#> SRR1087487 2 0 1 0 1
#> SRR1329485 2 0 1 0 1
#> SRR816920 2 0 1 0 1
#> SRR1341432 1 0 1 1 0
#> SRR1361590 2 0 1 0 1
#> SRR817046 2 0 1 0 1
#> SRR1471331 2 0 1 0 1
#> SRR660788 2 0 1 0 1
#> SRR819234 1 0 1 1 0
#> SRR810853 2 0 1 0 1
#> SRR809427 2 0 1 0 1
#> SRR2170217 2 0 1 0 1
#> SRR1386967 2 0 1 0 1
#> SRR1420344 2 0 1 0 1
#> SRR1334535 1 0 1 1 0
#> SRR614503 2 0 1 0 1
#> SRR602564 2 0 1 0 1
#> SRR1420669 2 0 1 0 1
#> SRR819024 2 0 1 0 1
#> SRR656223 2 0 1 0 1
#> SRR608428 2 0 1 0 1
#> SRR1345647 1 0 1 1 0
#> SRR1389324 2 0 1 0 1
#> SRR1361368 2 0 1 0 1
#> SRR1322619 2 0 1 0 1
#> SRR1349276 2 0 1 0 1
#> SRR1404024 1 0 1 1 0
#> SRR1370637 2 0 1 0 1
#> SRR1452631 2 0 1 0 1
#> SRR608392 2 0 1 0 1
#> SRR1357757 2 0 1 0 1
#> SRR1074646 2 0 1 0 1
#> SRR1367499 2 0 1 0 1
#> SRR1343501 2 0 1 0 1
#> SRR1394406 2 0 1 0 1
#> SRR1381435 2 0 1 0 1
#> SRR1467407 1 0 1 1 0
#> SRR1092422 2 0 1 0 1
#> SRR1380270 2 0 1 0 1
#> SRR1091817 2 0 1 0 1
#> SRR1440137 2 0 1 0 1
#> SRR614311 2 0 1 0 1
#> SRR1407516 2 0 1 0 1
#> SRR815494 2 0 1 0 1
#> SRR1333209 2 0 1 0 1
#> SRR615177 2 0 1 0 1
#> SRR1099648 2 0 1 0 1
#> SRR659720 2 0 1 0 1
#> SRR2185057 1 0 1 1 0
#> SRR1467125 1 0 1 1 0
#> SRR657468 2 0 1 0 1
#> SRR660042 2 0 1 0 1
#> SRR2170864 2 0 1 0 1
#> SRR1440491 2 0 1 0 1
#> SRR1440852 2 0 1 0 1
#> SRR811169 1 0 1 1 0
#> SRR1331311 2 0 1 0 1
#> SRR818009 1 0 1 1 0
#> SRR1351836 2 0 1 0 1
#> SRR1498313 2 0 1 0 1
#> SRR1441975 2 0 1 0 1
#> SRR819096 1 0 1 1 0
#> SRR1073679 2 0 1 0 1
#> SRR1489116 2 0 1 0 1
#> SRR1354138 2 0 1 0 1
#> SRR1490589 2 0 1 0 1
#> SRR1412987 2 0 1 0 1
#> SRR602034 2 0 1 0 1
#> SRR1353437 1 0 1 1 0
#> SRR1072871 2 0 1 0 1
#> SRR661577 2 0 1 0 1
#> SRR612190 2 0 1 0 1
#> SRR1399880 1 0 1 1 0
#> SRR1101787 2 0 1 0 1
#> SRR657869 1 0 1 1 0
#> SRR1446332 1 0 1 1 0
#> SRR816039 1 0 1 1 0
#> SRR1485141 2 0 1 0 1
#> SRR1476697 1 0 1 1 0
#> SRR1379538 2 0 1 0 1
#> SRR1331422 1 0 1 1 0
#> SRR660859 2 0 1 0 1
#> SRR1097594 1 0 1 1 0
#> SRR1311419 2 0 1 0 1
#> SRR1336706 2 0 1 0 1
#> SRR1472976 2 0 1 0 1
#> SRR1321307 1 0 1 1 0
#> SRR807493 1 0 1 1 0
#> SRR812461 2 0 1 0 1
#> SRR1477149 2 0 1 0 1
#> SRR1457397 2 0 1 0 1
#> SRR661913 2 0 1 0 1
#> SRR1069024 2 0 1 0 1
#> SRR2165634 1 0 1 1 0
#> SRR1478722 2 0 1 0 1
#> SRR1328642 2 0 1 0 1
#> SRR1488261 2 0 1 0 1
#> SRR1318815 2 0 1 0 1
#> SRR816945 1 0 1 1 0
#> SRR1367432 2 0 1 0 1
#> SRR1359280 2 0 1 0 1
#> SRR1313910 2 0 1 0 1
#> SRR1457315 2 0 1 0 1
#> SRR815398 1 0 1 1 0
#> SRR656958 2 0 1 0 1
#> SRR600688 2 0 1 0 1
#> SRR1098952 1 0 1 1 0
#> SRR1314916 2 0 1 0 1
#> SRR614167 2 0 1 0 1
#> SRR1348114 2 0 1 0 1
#> SRR658033 2 0 1 0 1
#> SRR1077503 2 0 1 0 1
#> SRR661854 2 0 1 0 1
#> SRR811379 2 0 1 0 1
#> SRR1318857 2 0 1 0 1
#> SRR656445 2 0 1 0 1
#> SRR1433044 2 0 1 0 1
#> SRR1486391 1 0 1 1 0
#> SRR656071 2 0 1 0 1
#> SRR1364824 1 0 1 1 0
#> SRR1379133 1 0 1 1 0
#> SRR1394169 1 0 1 1 0
#> SRR816745 2 0 1 0 1
#> SRR601038 2 0 1 0 1
#> SRR1360080 1 0 1 1 0
#> SRR814868 2 0 1 0 1
#> SRR1485997 1 0 1 1 0
#> SRR1435560 2 0 1 0 1
#> SRR1333330 1 0 1 1 0
#> SRR663513 2 0 1 0 1
#> SRR1328407 2 0 1 0 1
#> SRR602784 2 0 1 0 1
#> SRR1348468 2 0 1 0 1
#> SRR663717 2 0 1 0 1
#> SRR602217 2 0 1 0 1
#> SRR603140 2 0 1 0 1
#> SRR1340804 1 0 1 1 0
#> SRR1457574 2 0 1 0 1
#> SRR1333462 2 0 1 0 1
#> SRR1094601 1 0 1 1 0
#> SRR1434610 2 0 1 0 1
#> SRR1435833 2 0 1 0 1
#> SRR1398728 2 0 1 0 1
#> SRR1358343 2 0 1 0 1
#> SRR1410890 2 0 1 0 1
#> SRR1350371 1 0 1 1 0
#> SRR1392478 2 0 1 0 1
#> SRR1099260 2 0 1 0 1
#> SRR1433576 2 0 1 0 1
#> SRR1345541 2 0 1 0 1
#> SRR1086328 1 0 1 1 0
#> SRR810391 2 0 1 0 1
#> SRR1476207 2 0 1 0 1
#> SRR627435 2 0 1 0 1
#> SRR1489862 1 0 1 1 0
#> SRR1419086 1 0 1 1 0
#> SRR1436539 1 0 1 1 0
#> SRR1396191 2 0 1 0 1
#> SRR1490115 2 0 1 0 1
#> SRR1377714 2 0 1 0 1
#> SRR819394 1 0 1 1 0
#> SRR663161 2 0 1 0 1
#> SRR607042 2 0 1 0 1
#> SRR656203 2 0 1 0 1
#> SRR660602 2 0 1 0 1
#> SRR1440397 1 0 1 1 0
#> SRR1369264 1 0 1 1 0
#> SRR809233 1 0 1 1 0
#> SRR663249 2 0 1 0 1
#> SRR661242 2 0 1 0 1
#> SRR1332007 2 0 1 0 1
#> SRR809619 2 0 1 0 1
#> SRR819975 1 0 1 1 0
#> SRR599281 2 0 1 0 1
#> SRR662366 2 0 1 0 1
#> SRR1317898 2 0 1 0 1
#> SRR1382485 2 0 1 0 1
#> SRR2166420 1 0 1 1 0
#> SRR1419429 1 0 1 1 0
#> SRR1092541 2 0 1 0 1
#> SRR817444 2 0 1 0 1
#> SRR1320403 2 0 1 0 1
#> SRR1101483 2 0 1 0 1
#> SRR1331684 2 0 1 0 1
#> SRR1400054 2 0 1 0 1
#> SRR1406088 2 0 1 0 1
#> SRR820733 2 0 1 0 1
#> SRR1314113 2 0 1 0 1
#> SRR1382615 2 0 1 0 1
#> SRR1480745 1 0 1 1 0
#> SRR1468850 2 0 1 0 1
#> SRR656782 2 0 1 0 1
#> SRR821364 1 0 1 1 0
#> SRR1101106 1 0 1 1 0
#> SRR659295 2 0 1 0 1
#> SRR1357103 2 0 1 0 1
#> SRR809185 2 0 1 0 1
#> SRR811583 2 0 1 0 1
#> SRR1468050 1 0 1 1 0
#> SRR1440224 2 0 1 0 1
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1500170 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1402368 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR607743 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1457375 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1470923 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR817954 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR809259 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1439785 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR814768 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1102031 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1363611 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1468447 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1071931 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR810981 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR615299 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR663585 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR1326773 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1351166 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1477452 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1084720 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR1420320 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1081712 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1318241 2 0.2356 0.904 0 0.928 0.072
#> SRR1333718 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR1313514 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1477861 2 0.5926 0.466 0 0.644 0.356
#> SRR1318005 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1354665 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR657707 2 0.6291 0.146 0 0.532 0.468
#> SRR1370742 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR1412947 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR661553 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1328869 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR662211 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1348181 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR1416560 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR1319772 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR1091452 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1338812 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1392072 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR814844 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1376619 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR603690 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR2184980 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR613963 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1323422 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1397673 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR1434650 2 0.4931 0.702 0 0.768 0.232
#> SRR659875 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR1465734 2 0.6235 0.251 0 0.564 0.436
#> SRR1076847 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1415072 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR659319 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR663088 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1352021 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR659935 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1352530 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR662594 2 0.4931 0.702 0 0.768 0.232
#> SRR1095309 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR615647 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR813019 3 0.6260 0.161 0 0.448 0.552
#> SRR1374647 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR603472 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR661529 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR607018 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR627423 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR654921 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1418968 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR660871 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR1330522 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR1499958 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR614059 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR1071403 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1486719 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1440421 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1310412 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR614767 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR820709 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR658093 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR1088168 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR1418707 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1354291 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR2165806 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1415684 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1433860 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR1311062 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1360359 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR661385 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR615407 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1413892 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR1443459 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1338942 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR657480 3 0.6215 0.228 0 0.428 0.572
#> SRR1399433 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR818537 3 0.1964 0.913 0 0.056 0.944
#> SRR1101324 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR807637 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1091918 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR598300 2 0.3816 0.818 0 0.852 0.148
#> SRR1085426 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR813891 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1467431 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR658742 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1419234 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1404813 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR603496 2 0.5016 0.689 0 0.760 0.240
#> SRR1407758 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR810945 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR817234 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1444852 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR660378 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR1467835 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1338964 3 0.6235 0.202 0 0.436 0.564
#> SRR1079259 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1072345 2 0.5216 0.656 0 0.740 0.260
#> SRR598725 3 0.0747 0.958 0 0.016 0.984
#> SRR1447938 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1360460 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1429468 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1446850 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1320363 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR1413810 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR598831 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1381865 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR660957 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR1491332 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR1099744 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1464618 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1414559 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1337540 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1444283 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2184942 3 0.3482 0.829 0 0.128 0.872
#> SRR660295 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR601335 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR1363742 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR1345847 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR614960 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR819919 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR603330 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1327951 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1345266 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1338055 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1430157 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1320137 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1093483 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1459913 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR2170490 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1479845 2 0.6215 0.276 0 0.572 0.428
#> SRR1436420 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1481060 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR662282 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR1487089 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1075683 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1338536 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1338880 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1453456 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR1457895 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1440603 2 0.4346 0.771 0 0.816 0.184
#> SRR658633 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1388081 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR813339 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR809725 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR627441 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR613603 2 0.4931 0.701 0 0.768 0.232
#> SRR1096571 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR1392701 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1344326 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1367693 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR660697 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1489926 2 0.6154 0.333 0 0.592 0.408
#> SRR811491 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR1311644 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1451740 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR615117 2 0.5397 0.622 0 0.720 0.280
#> SRR1391748 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1466556 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR614972 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR1406200 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR819210 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR662174 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR811988 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR663236 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1312598 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1330129 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1357781 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1315517 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1400032 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR1413722 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR612827 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR814794 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR819430 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1395509 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR808728 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR1070813 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1389133 2 0.5760 0.527 0 0.672 0.328
#> SRR601263 2 0.6295 0.133 0 0.528 0.472
#> SRR604718 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1481351 3 0.1163 0.945 0 0.028 0.972
#> SRR1334608 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR658681 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR809283 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1459300 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1392547 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR811049 2 0.3038 0.869 0 0.896 0.104
#> SRR1464835 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1339619 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR658501 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR1447523 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR1415048 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1444348 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR603890 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR810595 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR1446244 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR817373 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1457291 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR598220 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1477991 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR598172 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1349032 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR604002 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1378026 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR1404401 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1333240 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1089399 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR603421 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR812562 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR808520 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR811839 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR814317 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1436763 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1486021 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1465018 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1080998 2 0.6095 0.377 0 0.608 0.392
#> SRR1083432 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR1082833 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1326536 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR614011 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1365873 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1498789 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR601581 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR603566 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR1373981 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR821410 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1076511 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR614143 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1333570 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR1366813 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1388746 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1420558 2 0.4555 0.748 0 0.800 0.200
#> SRR1409510 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR816250 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR614131 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1331130 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1316015 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR1470798 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR614179 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR1474863 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR813560 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1312187 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1420960 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR1355102 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR1084577 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR659971 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1350855 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR820779 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR1476300 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR1090907 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR662294 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1480789 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR1336263 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR660776 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1090508 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR615563 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1101175 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2164650 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR1431205 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1339856 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1352147 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR808968 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR627419 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1402391 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR663609 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR2167857 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1398752 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1405437 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1416955 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1317064 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR659001 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR2170696 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR816589 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR1087487 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR1329485 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR816920 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1341432 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1361590 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR817046 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR1471331 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR660788 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR819234 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR810853 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR809427 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR2170217 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1386967 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR1420344 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1334535 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR614503 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR602564 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1420669 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR819024 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR656223 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR608428 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1345647 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1389324 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1361368 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1322619 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1349276 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1404024 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1370637 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1452631 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR608392 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR1357757 2 0.0237 0.968 0 0.996 0.004
#> SRR1074646 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1367499 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR1343501 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR1394406 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1381435 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR1467407 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1092422 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1380270 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR1091817 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1440137 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR614311 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1407516 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR815494 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR1333209 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR615177 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1099648 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR659720 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR2185057 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1467125 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR657468 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR660042 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR2170864 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1440491 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1440852 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR811169 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1331311 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR818009 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1351836 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1498313 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1441975 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR819096 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1073679 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1489116 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR1354138 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR1490589 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR1412987 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR602034 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR1353437 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1072871 2 0.1031 0.950 0 0.976 0.024
#> SRR661577 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR612190 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1399880 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1101787 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR657869 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1446332 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR816039 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1485141 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR1476697 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1379538 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1331422 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR660859 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1097594 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1311419 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR1336706 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR1472976 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1321307 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR807493 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR812461 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR1477149 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1457397 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR661913 3 0.0747 0.958 0 0.016 0.984
#> SRR1069024 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR2165634 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1478722 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR1328642 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1488261 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR1318815 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR816945 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1367432 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1359280 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1313910 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1457315 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR815398 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR656958 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR600688 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1098952 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1314916 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR614167 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR1348114 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR658033 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1077503 3 0.5968 0.413 0 0.364 0.636
#> SRR661854 2 0.3340 0.851 0 0.880 0.120
#> SRR811379 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1318857 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR656445 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR1433044 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1486391 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR656071 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR1364824 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR816745 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR601038 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR1360080 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR814868 3 0.5016 0.673 0 0.240 0.760
#> SRR1485997 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1435560 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1333330 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR663513 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1328407 2 0.5560 0.584 0 0.700 0.300
#> SRR602784 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR1348468 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR663717 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR602217 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR603140 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1340804 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1457574 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR1333462 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1094601 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1434610 2 0.0592 0.961 0 0.988 0.012
#> SRR1435833 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1398728 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1358343 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1410890 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1350371 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1392478 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1099260 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR1433576 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1345541 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1086328 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR810391 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR1476207 2 0.5948 0.456 0 0.640 0.360
#> SRR627435 2 0.0237 0.968 0 0.996 0.004
#> SRR1489862 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1419086 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1396191 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR1490115 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR1377714 2 0.0237 0.968 0 0.996 0.004
#> SRR819394 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR663161 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR607042 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR656203 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR660602 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR1440397 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1369264 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR809233 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR663249 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR661242 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1332007 2 0.3192 0.860 0 0.888 0.112
#> SRR809619 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR819975 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR599281 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR662366 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR1317898 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR1382485 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR2166420 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1419429 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1092541 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR817444 3 0.5560 0.559 0 0.300 0.700
#> SRR1320403 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1101483 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1331684 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR1400054 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1406088 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR820733 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1314113 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1382615 3 0.0000 0.975 0 0.000 1.000
#> SRR1480745 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1468850 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR656782 2 0.6286 0.160 0 0.536 0.464
#> SRR821364 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR659295 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1357103 3 0.4121 0.779 0 0.168 0.832
#> SRR809185 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR811583 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
#> SRR1468050 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1440224 2 0.0000 0.972 0 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1500170 2 0.0592 0.96584 0 0.984 0.000 0.016
#> SRR1402368 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR607743 4 0.0000 0.93742 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457375 2 0.0921 0.96132 0 0.972 0.000 0.028
#> SRR1470923 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR814768 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031 2 0.0921 0.96132 0 0.972 0.000 0.028
#> SRR1363611 4 0.0336 0.93288 0 0.008 0.000 0.992
#> SRR1468447 2 0.0592 0.96584 0 0.984 0.000 0.016
#> SRR1071931 4 0.0000 0.93742 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR810981 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299 2 0.0469 0.96468 0 0.988 0.000 0.012
#> SRR663585 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326773 4 0.0000 0.93742 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1351166 2 0.0817 0.96344 0 0.976 0.000 0.024
#> SRR1477452 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420320 4 0.2530 0.84903 0 0.112 0.000 0.888
#> SRR1081712 2 0.0921 0.96132 0 0.972 0.000 0.028
#> SRR1318241 4 0.0707 0.92827 0 0.000 0.020 0.980
#> SRR1333718 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313514 2 0.0000 0.95995 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477861 3 0.0592 0.98000 0 0.016 0.984 0.000
#> SRR1318005 2 0.0000 0.95995 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354665 2 0.0707 0.96490 0 0.980 0.000 0.020
#> SRR657707 4 0.3219 0.83018 0 0.000 0.164 0.836
#> SRR1370742 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1412947 2 0.0921 0.96132 0 0.972 0.000 0.028
#> SRR661553 4 0.0000 0.93742 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1328869 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211 2 0.0592 0.96584 0 0.984 0.000 0.016
#> SRR1348181 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416560 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319772 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091452 4 0.0000 0.93742 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1338812 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072 2 0.0336 0.96316 0 0.992 0.000 0.008
#> SRR814844 4 0.0000 0.93742 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1376619 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR603690 4 0.0000 0.93742 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR2184980 2 0.0592 0.96584 0 0.984 0.000 0.016
#> SRR613963 4 0.0000 0.93742 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1323422 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434650 2 0.4830 0.32461 0 0.608 0.392 0.000
#> SRR659875 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465734 4 0.3172 0.83433 0 0.000 0.160 0.840
#> SRR1076847 2 0.0000 0.95995 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415072 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR663088 4 0.0000 0.93742 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352021 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935 4 0.1637 0.89528 0 0.060 0.000 0.940
#> SRR1352530 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR662594 4 0.3172 0.83419 0 0.000 0.160 0.840
#> SRR1095309 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR813019 3 0.1059 0.97013 0 0.012 0.972 0.016
#> SRR1374647 2 0.0817 0.96344 0 0.976 0.000 0.024
#> SRR603472 2 0.0000 0.95995 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR661529 4 0.0000 0.93742 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR607018 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR627423 4 0.4817 0.37496 0 0.388 0.000 0.612
#> SRR654921 4 0.0000 0.93742 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418968 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330522 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499958 2 0.0592 0.96584 0 0.984 0.000 0.016
#> SRR614059 3 0.1557 0.93333 0 0.000 0.944 0.056
#> SRR1071403 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719 2 0.0592 0.96584 0 0.984 0.000 0.016
#> SRR1440421 2 0.0000 0.95995 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310412 4 0.2281 0.88539 0 0.000 0.096 0.904
#> SRR614767 2 0.0592 0.96584 0 0.984 0.000 0.016
#> SRR820709 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088168 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418707 2 0.0592 0.96584 0 0.984 0.000 0.016
#> SRR1354291 2 0.0000 0.95995 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2165806 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684 4 0.0000 0.93742 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433860 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311062 2 0.0592 0.96584 0 0.984 0.000 0.016
#> SRR1360359 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR615407 2 0.0592 0.96584 0 0.984 0.000 0.016
#> SRR1413892 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443459 2 0.0921 0.96132 0 0.972 0.000 0.028
#> SRR1338942 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480 4 0.3764 0.77022 0 0.000 0.216 0.784
#> SRR1399433 4 0.0000 0.93742 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR818537 3 0.0592 0.98000 0 0.016 0.984 0.000
#> SRR1101324 4 0.0000 0.93742 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR807637 4 0.0000 0.93742 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1091918 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300 4 0.3024 0.84488 0 0.000 0.148 0.852
#> SRR1085426 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.0592 0.96584 0 0.984 0.000 0.016
#> SRR813891 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431 4 0.1557 0.89955 0 0.056 0.000 0.944
#> SRR658742 4 0.0000 0.93742 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419234 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813 2 0.0592 0.96584 0 0.984 0.000 0.016
#> SRR603496 3 0.0817 0.96742 0 0.000 0.976 0.024
#> SRR1407758 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR810945 2 0.0707 0.96490 0 0.980 0.000 0.020
#> SRR817234 2 0.0000 0.95995 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444852 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR660378 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467835 2 0.0707 0.96490 0 0.980 0.000 0.020
#> SRR1338964 4 0.3486 0.80438 0 0.000 0.188 0.812
#> SRR1079259 4 0.0188 0.93588 0 0.000 0.004 0.996
#> SRR1072345 4 0.1637 0.90801 0 0.000 0.060 0.940
#> SRR598725 3 0.4817 0.30996 0 0.000 0.612 0.388
#> SRR1447938 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460 4 0.0000 0.93742 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1429468 2 0.0592 0.96584 0 0.984 0.000 0.016
#> SRR1446850 2 0.0592 0.96584 0 0.984 0.000 0.016
#> SRR1320363 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413810 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR598831 2 0.0592 0.96584 0 0.984 0.000 0.016
#> SRR1381865 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1491332 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099744 2 0.0592 0.96584 0 0.984 0.000 0.016
#> SRR1464618 2 0.2589 0.86972 0 0.884 0.000 0.116
#> SRR1414559 4 0.0000 0.93742 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1337540 4 0.0000 0.93742 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1444283 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942 4 0.3219 0.83018 0 0.000 0.164 0.836
#> SRR660295 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363742 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345847 4 0.4040 0.65455 0 0.248 0.000 0.752
#> SRR614960 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR819919 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330 2 0.0000 0.95995 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327951 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266 2 0.0817 0.96344 0 0.976 0.000 0.024
#> SRR1338055 2 0.0000 0.95995 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430157 2 0.0592 0.96584 0 0.984 0.000 0.016
#> SRR1320137 2 0.0921 0.96132 0 0.972 0.000 0.028
#> SRR1093483 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170490 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845 4 0.3688 0.78109 0 0.000 0.208 0.792
#> SRR1436420 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR662282 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487089 4 0.0000 0.93742 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1075683 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880 2 0.0921 0.96132 0 0.972 0.000 0.028
#> SRR1453456 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457895 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603 3 0.0592 0.98000 0 0.016 0.984 0.000
#> SRR658633 2 0.0592 0.96584 0 0.984 0.000 0.016
#> SRR1388081 4 0.0592 0.92787 0 0.016 0.000 0.984
#> SRR813339 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR809725 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441 2 0.0000 0.95995 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR613603 4 0.3123 0.83803 0 0.000 0.156 0.844
#> SRR1096571 3 0.0336 0.98501 0 0.008 0.992 0.000
#> SRR1392701 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693 2 0.0817 0.96344 0 0.976 0.000 0.024
#> SRR660697 4 0.4193 0.63791 0 0.268 0.000 0.732
#> SRR1489926 4 0.4679 0.52871 0 0.000 0.352 0.648
#> SRR811491 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311644 4 0.0000 0.93742 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1451740 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR615117 3 0.1389 0.94966 0 0.048 0.952 0.000
#> SRR1391748 4 0.0000 0.93742 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466556 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR614972 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406200 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210 4 0.0000 0.93742 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR662174 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236 4 0.0000 0.93742 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1312598 2 0.0592 0.96584 0 0.984 0.000 0.016
#> SRR1330129 2 0.0000 0.95995 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357781 2 0.0000 0.95995 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315517 2 0.0000 0.95995 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400032 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413722 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR814794 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509 4 0.0000 0.93742 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR808728 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070813 2 0.0707 0.96490 0 0.980 0.000 0.020
#> SRR1389133 4 0.3172 0.83419 0 0.000 0.160 0.840
#> SRR601263 4 0.3219 0.83018 0 0.000 0.164 0.836
#> SRR604718 4 0.0000 0.93742 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1481351 3 0.0336 0.98207 0 0.000 0.992 0.008
#> SRR1334608 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR658681 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR809283 4 0.0000 0.93742 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1459300 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR811049 4 0.2760 0.86144 0 0.000 0.128 0.872
#> SRR1464835 4 0.0000 0.93742 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339619 2 0.0817 0.96344 0 0.976 0.000 0.024
#> SRR658501 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447523 3 0.0592 0.97589 0 0.000 0.984 0.016
#> SRR1415048 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348 2 0.0707 0.96490 0 0.980 0.000 0.020
#> SRR603890 2 0.0000 0.95995 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR810595 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446244 2 0.0921 0.96132 0 0.972 0.000 0.028
#> SRR817373 4 0.0000 0.93742 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457291 2 0.4776 0.41666 0 0.624 0.000 0.376
#> SRR598220 4 0.0000 0.93742 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1477991 2 0.0592 0.96584 0 0.984 0.000 0.016
#> SRR598172 2 0.0469 0.96468 0 0.988 0.000 0.012
#> SRR1349032 2 0.0817 0.96344 0 0.976 0.000 0.024
#> SRR604002 2 0.0000 0.95995 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378026 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404401 2 0.0000 0.95995 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333240 2 0.0000 0.95995 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1089399 2 0.0592 0.96584 0 0.984 0.000 0.016
#> SRR603421 2 0.0000 0.95995 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR812562 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR811839 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317 2 0.0592 0.96584 0 0.984 0.000 0.016
#> SRR1436763 4 0.0000 0.93742 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1486021 4 0.3356 0.76967 0 0.176 0.000 0.824
#> SRR1465018 2 0.0000 0.95995 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080998 4 0.3172 0.83419 0 0.000 0.160 0.840
#> SRR1083432 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082833 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR614011 2 0.0817 0.96344 0 0.976 0.000 0.024
#> SRR1365873 2 0.0592 0.96584 0 0.984 0.000 0.016
#> SRR1498789 2 0.0592 0.96584 0 0.984 0.000 0.016
#> SRR601581 2 0.4948 0.21704 0 0.560 0.000 0.440
#> SRR603566 3 0.0336 0.98501 0 0.008 0.992 0.000
#> SRR1373981 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410 2 0.0921 0.96132 0 0.972 0.000 0.028
#> SRR1076511 4 0.0000 0.93742 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR614143 4 0.3123 0.83784 0 0.000 0.156 0.844
#> SRR1333570 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366813 2 0.0592 0.96584 0 0.984 0.000 0.016
#> SRR1388746 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558 4 0.0592 0.93081 0 0.000 0.016 0.984
#> SRR1409510 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR816250 2 0.0592 0.96584 0 0.984 0.000 0.016
#> SRR614131 2 0.4981 0.12982 0 0.536 0.000 0.464
#> SRR1331130 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470798 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR614179 3 0.0592 0.98000 0 0.016 0.984 0.000
#> SRR1474863 2 0.0592 0.96584 0 0.984 0.000 0.016
#> SRR813560 2 0.0592 0.96584 0 0.984 0.000 0.016
#> SRR1312187 4 0.2589 0.84152 0 0.116 0.000 0.884
#> SRR1420960 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355102 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084577 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR659971 2 0.0592 0.96584 0 0.984 0.000 0.016
#> SRR1350855 4 0.0000 0.93742 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR820779 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476300 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090907 4 0.0000 0.93742 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR662294 2 0.0000 0.95995 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480789 3 0.0592 0.98000 0 0.016 0.984 0.000
#> SRR1336263 4 0.0000 0.93742 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR660776 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508 2 0.0000 0.95995 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR615563 4 0.0000 0.93742 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1101175 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650 3 0.0336 0.98501 0 0.008 0.992 0.000
#> SRR1431205 2 0.0592 0.96584 0 0.984 0.000 0.016
#> SRR1339856 2 0.5000 -0.00975 0 0.500 0.000 0.500
#> SRR1352147 2 0.0921 0.96132 0 0.972 0.000 0.028
#> SRR808968 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419 2 0.0000 0.95995 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402391 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609 3 0.0336 0.98501 0 0.008 0.992 0.000
#> SRR2167857 2 0.0000 0.95995 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398752 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437 2 0.0592 0.96584 0 0.984 0.000 0.016
#> SRR1416955 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064 4 0.2469 0.85466 0 0.108 0.000 0.892
#> SRR659001 4 0.0000 0.93742 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170696 4 0.0000 0.93742 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR816589 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087487 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329485 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR816920 4 0.0000 0.93742 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1341432 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590 4 0.0000 0.93742 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR817046 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471331 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR660788 4 0.0000 0.93742 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR819234 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853 3 0.0592 0.98000 0 0.016 0.984 0.000
#> SRR809427 4 0.0000 0.93742 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170217 4 0.0000 0.93742 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1386967 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420344 2 0.0817 0.96344 0 0.976 0.000 0.024
#> SRR1334535 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503 4 0.0000 0.93742 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR602564 4 0.0000 0.93742 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420669 4 0.0000 0.93742 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR819024 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR656223 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR608428 2 0.0817 0.96344 0 0.976 0.000 0.024
#> SRR1345647 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324 2 0.0000 0.95995 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361368 2 0.0921 0.96132 0 0.972 0.000 0.028
#> SRR1322619 2 0.0592 0.96584 0 0.984 0.000 0.016
#> SRR1349276 4 0.0000 0.93742 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404024 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637 2 0.0592 0.96584 0 0.984 0.000 0.016
#> SRR1452631 4 0.0000 0.93742 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR608392 3 0.0336 0.98501 0 0.008 0.992 0.000
#> SRR1357757 4 0.2868 0.85499 0 0.000 0.136 0.864
#> SRR1074646 4 0.0000 0.93742 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1367499 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343501 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394406 4 0.0592 0.93070 0 0.000 0.016 0.984
#> SRR1381435 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467407 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422 2 0.0000 0.95995 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380270 3 0.0592 0.98000 0 0.016 0.984 0.000
#> SRR1091817 2 0.0592 0.96584 0 0.984 0.000 0.016
#> SRR1440137 2 0.0707 0.96490 0 0.980 0.000 0.020
#> SRR614311 2 0.0921 0.96132 0 0.972 0.000 0.028
#> SRR1407516 4 0.0000 0.93742 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR815494 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333209 4 0.0000 0.93742 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR615177 4 0.0000 0.93742 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099648 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR659720 4 0.3123 0.83784 0 0.000 0.156 0.844
#> SRR2185057 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468 4 0.0000 0.93742 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR660042 3 0.1211 0.95118 0 0.000 0.960 0.040
#> SRR2170864 2 0.0817 0.96344 0 0.976 0.000 0.024
#> SRR1440491 4 0.0188 0.93523 0 0.004 0.000 0.996
#> SRR1440852 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR811169 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311 4 0.2760 0.83244 0 0.128 0.000 0.872
#> SRR818009 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836 2 0.0592 0.96584 0 0.984 0.000 0.016
#> SRR1498313 2 0.0000 0.95995 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441975 2 0.0592 0.96584 0 0.984 0.000 0.016
#> SRR819096 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679 4 0.0000 0.93742 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1489116 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354138 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490589 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1412987 4 0.0000 0.93742 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR602034 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353437 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871 4 0.3123 0.83784 0 0.000 0.156 0.844
#> SRR661577 4 0.0000 0.93742 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR612190 4 0.0000 0.93742 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399880 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787 4 0.0000 0.93742 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR657869 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476697 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538 2 0.4500 0.54704 0 0.684 0.000 0.316
#> SRR1331422 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859 4 0.1557 0.91007 0 0.000 0.056 0.944
#> SRR1097594 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336706 3 0.0336 0.98501 0 0.008 0.992 0.000
#> SRR1472976 4 0.0000 0.93742 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1321307 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477149 2 0.0000 0.95995 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457397 2 0.0000 0.95995 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR661913 3 0.4998 -0.05083 0 0.000 0.512 0.488
#> SRR1069024 3 0.0592 0.98000 0 0.016 0.984 0.000
#> SRR2165634 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328642 2 0.0336 0.96329 0 0.992 0.000 0.008
#> SRR1488261 3 0.0469 0.97959 0 0.000 0.988 0.012
#> SRR1318815 4 0.0000 0.93742 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR816945 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432 4 0.0000 0.93742 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359280 2 0.0000 0.95995 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313910 2 0.0921 0.96132 0 0.972 0.000 0.028
#> SRR1457315 4 0.0000 0.93742 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR815398 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR600688 4 0.0000 0.93742 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098952 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR614167 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348114 2 0.0921 0.96132 0 0.972 0.000 0.028
#> SRR658033 4 0.4941 0.23343 0 0.436 0.000 0.564
#> SRR1077503 4 0.3219 0.83018 0 0.000 0.164 0.836
#> SRR661854 4 0.3219 0.83018 0 0.000 0.164 0.836
#> SRR811379 4 0.0188 0.93523 0 0.004 0.000 0.996
#> SRR1318857 2 0.0592 0.96584 0 0.984 0.000 0.016
#> SRR656445 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433044 2 0.0000 0.95995 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486391 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071 3 0.0336 0.98314 0 0.000 0.992 0.008
#> SRR1364824 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745 3 0.0592 0.98000 0 0.016 0.984 0.000
#> SRR601038 3 0.0592 0.98000 0 0.016 0.984 0.000
#> SRR1360080 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868 4 0.3266 0.82592 0 0.000 0.168 0.832
#> SRR1485997 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560 4 0.0000 0.93742 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333330 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513 4 0.0000 0.93742 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1328407 4 0.7096 0.41148 0 0.144 0.332 0.524
#> SRR602784 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348468 4 0.0000 0.93742 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR663717 2 0.3311 0.79794 0 0.828 0.000 0.172
#> SRR602217 2 0.3266 0.80331 0 0.832 0.000 0.168
#> SRR603140 4 0.0000 0.93742 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340804 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333462 2 0.0000 0.95995 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1094601 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610 4 0.1118 0.92065 0 0.000 0.036 0.964
#> SRR1435833 4 0.0000 0.93742 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1398728 2 0.0707 0.96490 0 0.980 0.000 0.020
#> SRR1358343 4 0.0000 0.93742 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1410890 2 0.0707 0.96490 0 0.980 0.000 0.020
#> SRR1350371 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478 2 0.0592 0.96584 0 0.984 0.000 0.016
#> SRR1099260 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433576 4 0.0000 0.93742 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1345541 4 0.0000 0.93742 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1086328 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476207 4 0.3219 0.83018 0 0.000 0.164 0.836
#> SRR627435 4 0.5374 0.69473 0 0.052 0.244 0.704
#> SRR1489862 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490115 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377714 4 0.3123 0.83784 0 0.000 0.156 0.844
#> SRR819394 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161 4 0.0000 0.93742 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR607042 3 0.0188 0.98720 0 0.004 0.996 0.000
#> SRR656203 4 0.2921 0.81467 0 0.140 0.000 0.860
#> SRR660602 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440397 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249 2 0.0592 0.96584 0 0.984 0.000 0.016
#> SRR661242 4 0.0000 0.93742 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1332007 3 0.0592 0.98000 0 0.016 0.984 0.000
#> SRR809619 4 0.2281 0.86327 0 0.096 0.000 0.904
#> SRR819975 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281 2 0.0592 0.96584 0 0.984 0.000 0.016
#> SRR662366 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317898 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382485 4 0.0000 0.93742 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR2166420 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR817444 4 0.3444 0.80859 0 0.000 0.184 0.816
#> SRR1320403 2 0.0336 0.96316 0 0.992 0.000 0.008
#> SRR1101483 2 0.0817 0.96344 0 0.976 0.000 0.024
#> SRR1331684 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400054 4 0.0000 0.93742 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406088 2 0.0921 0.96132 0 0.972 0.000 0.028
#> SRR820733 4 0.0000 0.93742 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1314113 4 0.0000 0.93742 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1382615 3 0.0000 0.98932 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480745 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850 2 0.0817 0.96344 0 0.976 0.000 0.024
#> SRR656782 4 0.2149 0.89111 0 0.000 0.088 0.912
#> SRR821364 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295 2 0.0000 0.95995 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357103 3 0.0592 0.98000 0 0.016 0.984 0.000
#> SRR809185 2 0.3801 0.72558 0 0.780 0.000 0.220
#> SRR811583 4 0.0000 0.93742 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468050 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224 2 0.0592 0.96584 0 0.984 0.000 0.016
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1500170 2 0.0162 0.8810 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1402368 3 0.0324 0.9498 0 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR607743 4 0.2127 0.8258 0 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1457375 2 0.0566 0.8807 0 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1470923 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785 3 0.0000 0.9554 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814768 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031 2 0.0510 0.8797 0 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1363611 2 0.3642 0.7229 0 0.760 0.000 0.232 0.008
#> SRR1468447 2 0.0609 0.8774 0 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1071931 4 0.3992 0.6059 0 0.268 0.000 0.720 0.012
#> SRR810981 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299 2 0.1965 0.8278 0 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR663585 3 0.0162 0.9533 0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1326773 4 0.1668 0.8377 0 0.028 0.000 0.940 0.032
#> SRR1351166 2 0.0290 0.8804 0 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1477452 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720 3 0.0000 0.9554 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420320 2 0.3700 0.7129 0 0.752 0.000 0.240 0.008
#> SRR1081712 2 0.0324 0.8818 0 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1318241 4 0.2280 0.8209 0 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR1333718 3 0.0162 0.9533 0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1313514 5 0.3305 0.6832 0 0.224 0.000 0.000 0.776
#> SRR1477861 5 0.2471 0.7811 0 0.000 0.136 0.000 0.864
#> SRR1318005 5 0.3366 0.6713 0 0.232 0.000 0.000 0.768
#> SRR1354665 2 0.0609 0.8796 0 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR657707 4 0.3375 0.7938 0 0.000 0.056 0.840 0.104
#> SRR1370742 3 0.0671 0.9395 0 0.000 0.980 0.016 0.004
#> SRR1412947 2 0.0510 0.8797 0 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR661553 4 0.0963 0.8281 0 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1328869 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211 2 0.0000 0.8811 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348181 3 0.0000 0.9554 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416560 3 0.0000 0.9554 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319772 3 0.4930 0.4922 0 0.000 0.684 0.244 0.072
#> SRR1091452 4 0.4549 0.0113 0 0.464 0.000 0.528 0.008
#> SRR1338812 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072 2 0.1270 0.8598 0 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR814844 4 0.0290 0.8380 0 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1376619 3 0.0000 0.9554 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603690 4 0.4003 0.5337 0 0.288 0.000 0.704 0.008
#> SRR2184980 2 0.0609 0.8810 0 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR613963 4 0.0162 0.8404 0 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1323422 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673 3 0.0000 0.9554 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434650 5 0.3115 0.7927 0 0.036 0.112 0.000 0.852
#> SRR659875 5 0.3895 0.6051 0 0.000 0.320 0.000 0.680
#> SRR1465734 4 0.3339 0.7971 0 0.000 0.048 0.840 0.112
#> SRR1076847 5 0.3109 0.7067 0 0.200 0.000 0.000 0.800
#> SRR1415072 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319 3 0.3354 0.7851 0 0.000 0.844 0.088 0.068
#> SRR663088 4 0.0404 0.8415 0 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1352021 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935 2 0.3957 0.6576 0 0.712 0.000 0.280 0.008
#> SRR1352530 3 0.0000 0.9554 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662594 4 0.3193 0.8023 0 0.000 0.028 0.840 0.132
#> SRR1095309 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647 3 0.0000 0.9554 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813019 5 0.5472 0.5927 0 0.000 0.156 0.188 0.656
#> SRR1374647 2 0.3970 0.7395 0 0.788 0.000 0.156 0.056
#> SRR603472 5 0.1121 0.7714 0 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR661529 4 0.0703 0.8413 0 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR607018 3 0.5834 0.2767 0 0.000 0.588 0.136 0.276
#> SRR627423 2 0.4990 0.3718 0 0.600 0.000 0.360 0.040
#> SRR654921 4 0.0290 0.8380 0 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1418968 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871 3 0.0000 0.9554 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330522 3 0.0000 0.9554 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499958 2 0.0609 0.8796 0 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR614059 3 0.2286 0.8279 0 0.000 0.888 0.108 0.004
#> SRR1071403 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719 2 0.0609 0.8810 0 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1440421 2 0.1965 0.8269 0 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1310412 4 0.3061 0.8052 0 0.000 0.020 0.844 0.136
#> SRR614767 2 0.0290 0.8804 0 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR820709 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093 3 0.1485 0.9109 0 0.000 0.948 0.032 0.020
#> SRR1088168 3 0.0162 0.9532 0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1418707 2 0.0609 0.8810 0 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1354291 2 0.4015 0.4429 0 0.652 0.000 0.000 0.348
#> SRR2165806 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684 4 0.3728 0.6097 0 0.244 0.000 0.748 0.008
#> SRR1433860 3 0.0000 0.9554 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311062 2 0.0510 0.8784 0 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1360359 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385 3 0.0000 0.9554 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615407 2 0.0703 0.8760 0 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1413892 3 0.0000 0.9554 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443459 2 0.0609 0.8796 0 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1338942 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480 4 0.4357 0.7200 0 0.000 0.128 0.768 0.104
#> SRR1399433 4 0.4464 0.2134 0 0.408 0.000 0.584 0.008
#> SRR818537 5 0.2813 0.7683 0 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR1101324 4 0.1544 0.8357 0 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR807637 4 0.2189 0.8297 0 0.012 0.000 0.904 0.084
#> SRR1091918 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300 4 0.3193 0.8023 0 0.000 0.028 0.840 0.132
#> SRR1085426 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.0290 0.8804 0 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR813891 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431 2 0.4088 0.4933 0 0.632 0.000 0.368 0.000
#> SRR658742 4 0.0290 0.8411 0 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1419234 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813 2 0.0609 0.8796 0 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR603496 4 0.4465 0.7158 0 0.000 0.060 0.736 0.204
#> SRR1407758 3 0.0000 0.9554 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810945 2 0.2674 0.8084 0 0.868 0.000 0.012 0.120
#> SRR817234 2 0.3636 0.6061 0 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR1444852 3 0.0000 0.9554 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660378 3 0.0000 0.9554 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467835 2 0.0000 0.8811 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338964 4 0.3506 0.7881 0 0.000 0.064 0.832 0.104
#> SRR1079259 4 0.2477 0.8294 0 0.008 0.008 0.892 0.092
#> SRR1072345 4 0.2818 0.8115 0 0.000 0.012 0.856 0.132
#> SRR598725 3 0.3231 0.6996 0 0.000 0.800 0.196 0.004
#> SRR1447938 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460 2 0.4380 0.4832 0 0.616 0.000 0.376 0.008
#> SRR1429468 2 0.0404 0.8797 0 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1446850 2 0.0609 0.8774 0 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1320363 3 0.0000 0.9554 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413810 3 0.0000 0.9554 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598831 2 0.0162 0.8809 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1381865 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957 3 0.0000 0.9554 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1491332 3 0.0290 0.9508 0 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1099744 2 0.0404 0.8797 0 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1464618 2 0.1251 0.8713 0 0.956 0.000 0.036 0.008
#> SRR1414559 4 0.0290 0.8411 0 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1337540 4 0.2189 0.8297 0 0.012 0.000 0.904 0.084
#> SRR1444283 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942 4 0.3375 0.7938 0 0.000 0.056 0.840 0.104
#> SRR660295 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335 3 0.0000 0.9554 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1363742 3 0.0000 0.9554 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345847 2 0.3519 0.7362 0 0.776 0.000 0.216 0.008
#> SRR614960 3 0.0955 0.9276 0 0.000 0.968 0.028 0.004
#> SRR819919 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330 5 0.2230 0.7753 0 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR1327951 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266 2 0.0609 0.8796 0 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1338055 5 0.2773 0.7399 0 0.164 0.000 0.000 0.836
#> SRR1430157 2 0.0609 0.8796 0 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1320137 2 0.1205 0.8752 0 0.956 0.000 0.004 0.040
#> SRR1093483 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913 3 0.0000 0.9554 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2170490 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845 4 0.3916 0.7627 0 0.000 0.092 0.804 0.104
#> SRR1436420 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060 3 0.4481 0.1258 0 0.000 0.576 0.008 0.416
#> SRR662282 3 0.0162 0.9530 0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1487089 4 0.1484 0.8160 0 0.048 0.000 0.944 0.008
#> SRR1075683 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880 2 0.0451 0.8811 0 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1453456 3 0.0000 0.9554 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457895 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603 5 0.2411 0.7883 0 0.008 0.108 0.000 0.884
#> SRR658633 2 0.0290 0.8804 0 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1388081 2 0.4183 0.5825 0 0.668 0.000 0.324 0.008
#> SRR813339 3 0.0000 0.9554 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809725 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441 5 0.2230 0.7753 0 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR613603 4 0.3193 0.8023 0 0.000 0.028 0.840 0.132
#> SRR1096571 5 0.3508 0.7051 0 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR1392701 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693 2 0.0771 0.8791 0 0.976 0.000 0.004 0.020
#> SRR660697 2 0.2020 0.8330 0 0.900 0.000 0.100 0.000
#> SRR1489926 4 0.3412 0.7937 0 0.000 0.028 0.820 0.152
#> SRR811491 3 0.0000 0.9554 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311644 4 0.1544 0.8356 0 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR1451740 3 0.0000 0.9554 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615117 5 0.2612 0.7853 0 0.008 0.124 0.000 0.868
#> SRR1391748 4 0.4446 0.2416 0 0.400 0.000 0.592 0.008
#> SRR1466556 3 0.0000 0.9554 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614972 3 0.0000 0.9554 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406200 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210 4 0.1831 0.8023 0 0.076 0.000 0.920 0.004
#> SRR662174 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236 4 0.0162 0.8390 0 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1312598 2 0.0794 0.8807 0 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1330129 2 0.2966 0.7386 0 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1357781 5 0.2230 0.7753 0 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR1315517 5 0.4088 0.4289 0 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR1400032 3 0.0000 0.9554 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413722 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827 3 0.0000 0.9554 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814794 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509 2 0.3957 0.6579 0 0.712 0.000 0.280 0.008
#> SRR808728 4 0.5820 0.3897 0 0.000 0.308 0.572 0.120
#> SRR1070813 2 0.0290 0.8809 0 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1389133 4 0.3193 0.8023 0 0.000 0.028 0.840 0.132
#> SRR601263 4 0.3375 0.7938 0 0.000 0.056 0.840 0.104
#> SRR604718 2 0.4542 0.2564 0 0.536 0.000 0.456 0.008
#> SRR1481351 4 0.5372 0.5858 0 0.000 0.180 0.668 0.152
#> SRR1334608 3 0.0162 0.9533 0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR658681 3 0.0404 0.9481 0 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR809283 4 0.0162 0.8390 0 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1459300 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547 3 0.6160 -0.2062 0 0.000 0.448 0.132 0.420
#> SRR811049 4 0.3106 0.8050 0 0.000 0.024 0.844 0.132
#> SRR1464835 4 0.1251 0.8232 0 0.036 0.000 0.956 0.008
#> SRR1339619 2 0.0609 0.8796 0 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR658501 3 0.0000 0.9554 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447523 3 0.1502 0.8955 0 0.000 0.940 0.056 0.004
#> SRR1415048 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348 2 0.0404 0.8806 0 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR603890 2 0.3612 0.6110 0 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR810595 3 0.0000 0.9554 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446244 2 0.0771 0.8791 0 0.976 0.000 0.004 0.020
#> SRR817373 2 0.4533 0.2778 0 0.544 0.000 0.448 0.008
#> SRR1457291 2 0.2929 0.7901 0 0.840 0.000 0.152 0.008
#> SRR598220 4 0.0162 0.8404 0 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1477991 2 0.0290 0.8804 0 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR598172 2 0.0880 0.8716 0 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1349032 2 0.0609 0.8796 0 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR604002 5 0.2230 0.7753 0 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR1378026 3 0.1478 0.8926 0 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1404401 5 0.3305 0.6832 0 0.224 0.000 0.000 0.776
#> SRR1333240 5 0.2179 0.7763 0 0.112 0.000 0.000 0.888
#> SRR1089399 2 0.0162 0.8809 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR603421 2 0.2966 0.7400 0 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR812562 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520 4 0.6815 -0.1649 0 0.000 0.312 0.360 0.328
#> SRR811839 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317 2 0.0404 0.8797 0 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1436763 4 0.0000 0.8396 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486021 2 0.3861 0.6781 0 0.728 0.000 0.264 0.008
#> SRR1465018 2 0.2329 0.8057 0 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1080998 4 0.3427 0.7913 0 0.000 0.056 0.836 0.108
#> SRR1083432 3 0.0000 0.9554 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082833 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536 3 0.0000 0.9554 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614011 2 0.0609 0.8796 0 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1365873 2 0.0794 0.8742 0 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1498789 2 0.0290 0.8804 0 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR601581 2 0.0963 0.8724 0 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR603566 5 0.3336 0.7317 0 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR1373981 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410 2 0.0290 0.8804 0 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1076511 4 0.1197 0.8394 0 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR614143 4 0.3326 0.7967 0 0.000 0.024 0.824 0.152
#> SRR1333570 3 0.0771 0.9357 0 0.000 0.976 0.020 0.004
#> SRR1366813 2 0.0000 0.8811 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388746 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558 4 0.2583 0.8146 0 0.000 0.004 0.864 0.132
#> SRR1409510 3 0.0000 0.9554 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816250 2 0.0290 0.8804 0 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR614131 2 0.2471 0.7996 0 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR1331130 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015 3 0.0000 0.9554 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470798 3 0.0000 0.9554 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614179 5 0.3109 0.7531 0 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1474863 2 0.0290 0.8804 0 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR813560 2 0.0794 0.8815 0 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1312187 2 0.3318 0.7582 0 0.800 0.000 0.192 0.008
#> SRR1420960 3 0.0000 0.9554 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355102 3 0.0000 0.9554 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084577 3 0.0162 0.9533 0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR659971 2 0.0609 0.8796 0 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1350855 4 0.3885 0.5544 0 0.268 0.000 0.724 0.008
#> SRR820779 3 0.0000 0.9554 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476300 3 0.0000 0.9554 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090907 2 0.4446 0.4178 0 0.592 0.000 0.400 0.008
#> SRR662294 5 0.3876 0.5394 0 0.316 0.000 0.000 0.684
#> SRR1480789 5 0.3109 0.7531 0 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1336263 4 0.4522 0.0933 0 0.440 0.000 0.552 0.008
#> SRR660776 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508 5 0.2230 0.7753 0 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR615563 4 0.0162 0.8390 0 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1101175 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650 5 0.3774 0.6449 0 0.000 0.296 0.000 0.704
#> SRR1431205 2 0.0963 0.8702 0 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1339856 2 0.1357 0.8650 0 0.948 0.000 0.048 0.004
#> SRR1352147 2 0.0703 0.8773 0 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR808968 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419 2 0.1851 0.8362 0 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1402391 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609 5 0.3756 0.7083 0 0.000 0.248 0.008 0.744
#> SRR2167857 5 0.2230 0.7753 0 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR1398752 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437 2 0.0000 0.8811 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416955 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064 2 0.4147 0.5943 0 0.676 0.000 0.316 0.008
#> SRR659001 4 0.3455 0.6669 0 0.208 0.000 0.784 0.008
#> SRR2170696 4 0.0162 0.8404 0 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR816589 3 0.0000 0.9554 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087487 3 0.0000 0.9554 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329485 3 0.0000 0.9554 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816920 4 0.0162 0.8390 0 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1341432 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590 4 0.0798 0.8332 0 0.016 0.000 0.976 0.008
#> SRR817046 3 0.1310 0.9235 0 0.000 0.956 0.020 0.024
#> SRR1471331 3 0.0000 0.9554 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660788 4 0.0404 0.8415 0 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR819234 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853 5 0.3336 0.7320 0 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR809427 4 0.4522 0.0665 0 0.440 0.000 0.552 0.008
#> SRR2170217 4 0.0798 0.8338 0 0.016 0.000 0.976 0.008
#> SRR1386967 3 0.0510 0.9445 0 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1420344 2 0.0609 0.8796 0 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1334535 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503 4 0.3106 0.7691 0 0.132 0.000 0.844 0.024
#> SRR602564 4 0.1043 0.8396 0 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR1420669 4 0.0290 0.8380 0 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR819024 3 0.0000 0.9554 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656223 3 0.0162 0.9533 0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR608428 2 0.0290 0.8804 0 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1345647 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324 2 0.2561 0.7859 0 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR1361368 2 0.0794 0.8765 0 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1322619 2 0.0609 0.8796 0 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1349276 4 0.4542 0.0412 0 0.456 0.000 0.536 0.008
#> SRR1404024 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637 2 0.0404 0.8806 0 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1452631 4 0.0000 0.8396 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608392 5 0.4374 0.6692 0 0.000 0.272 0.028 0.700
#> SRR1357757 4 0.3197 0.8004 0 0.000 0.024 0.836 0.140
#> SRR1074646 4 0.3353 0.6769 0 0.196 0.000 0.796 0.008
#> SRR1367499 3 0.0000 0.9554 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343501 3 0.5733 0.3492 0 0.000 0.608 0.256 0.136
#> SRR1394406 4 0.2753 0.8151 0 0.000 0.008 0.856 0.136
#> SRR1381435 3 0.0000 0.9554 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467407 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422 5 0.2179 0.7763 0 0.112 0.000 0.000 0.888
#> SRR1380270 5 0.3143 0.7506 0 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR1091817 2 0.0290 0.8804 0 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1440137 2 0.0162 0.8809 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR614311 2 0.0880 0.8752 0 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1407516 4 0.0162 0.8404 0 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR815494 3 0.0000 0.9554 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333209 2 0.3551 0.7347 0 0.772 0.000 0.220 0.008
#> SRR615177 4 0.0290 0.8411 0 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1099648 3 0.1341 0.9055 0 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR659720 4 0.3278 0.7970 0 0.000 0.020 0.824 0.156
#> SRR2185057 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468 4 0.1478 0.8361 0 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR660042 3 0.2068 0.8492 0 0.000 0.904 0.092 0.004
#> SRR2170864 2 0.0290 0.8804 0 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1440491 2 0.4504 0.3397 0 0.564 0.000 0.428 0.008
#> SRR1440852 3 0.0000 0.9554 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811169 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311 2 0.3455 0.7452 0 0.784 0.000 0.208 0.008
#> SRR818009 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836 2 0.0404 0.8797 0 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1498313 5 0.2230 0.7753 0 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR1441975 2 0.0404 0.8795 0 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR819096 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679 4 0.1638 0.8104 0 0.064 0.000 0.932 0.004
#> SRR1489116 5 0.6698 0.3757 0 0.000 0.316 0.260 0.424
#> SRR1354138 3 0.0000 0.9554 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490589 3 0.0771 0.9357 0 0.000 0.976 0.020 0.004
#> SRR1412987 4 0.0290 0.8380 0 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR602034 3 0.0000 0.9554 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353437 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871 4 0.3284 0.7981 0 0.000 0.024 0.828 0.148
#> SRR661577 4 0.0451 0.8372 0 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR612190 4 0.1952 0.7961 0 0.084 0.000 0.912 0.004
#> SRR1399880 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787 2 0.4283 0.5397 0 0.644 0.000 0.348 0.008
#> SRR657869 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141 3 0.0000 0.9554 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476697 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538 2 0.1117 0.8754 0 0.964 0.000 0.016 0.020
#> SRR1331422 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859 4 0.2864 0.8093 0 0.000 0.012 0.852 0.136
#> SRR1097594 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419 3 0.0000 0.9554 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336706 5 0.3109 0.7531 0 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1472976 4 0.3700 0.6177 0 0.240 0.000 0.752 0.008
#> SRR1321307 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461 3 0.0000 0.9554 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477149 2 0.4060 0.4037 0 0.640 0.000 0.000 0.360
#> SRR1457397 5 0.0794 0.7675 0 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR661913 3 0.3086 0.7236 0 0.000 0.816 0.180 0.004
#> SRR1069024 5 0.2852 0.7663 0 0.000 0.172 0.000 0.828
#> SRR2165634 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722 3 0.0671 0.9395 0 0.000 0.980 0.016 0.004
#> SRR1328642 2 0.2280 0.8092 0 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR1488261 3 0.1205 0.9145 0 0.000 0.956 0.040 0.004
#> SRR1318815 4 0.0290 0.8380 0 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR816945 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432 4 0.0566 0.8381 0 0.004 0.000 0.984 0.012
#> SRR1359280 2 0.3837 0.5320 0 0.692 0.000 0.000 0.308
#> SRR1313910 2 0.0609 0.8796 0 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1457315 4 0.0162 0.8390 0 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR815398 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958 3 0.0162 0.9530 0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR600688 4 0.0963 0.8398 0 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1098952 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916 3 0.0000 0.9554 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614167 3 0.0000 0.9554 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348114 2 0.0771 0.8791 0 0.976 0.000 0.004 0.020
#> SRR658033 2 0.3480 0.6688 0 0.752 0.000 0.248 0.000
#> SRR1077503 4 0.3427 0.7913 0 0.000 0.056 0.836 0.108
#> SRR661854 4 0.3326 0.7967 0 0.000 0.024 0.824 0.152
#> SRR811379 2 0.4127 0.6051 0 0.680 0.000 0.312 0.008
#> SRR1318857 2 0.0609 0.8796 0 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR656445 3 0.0000 0.9554 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433044 5 0.4210 0.3139 0 0.412 0.000 0.000 0.588
#> SRR1486391 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071 3 0.1571 0.8914 0 0.000 0.936 0.060 0.004
#> SRR1364824 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745 5 0.3210 0.7450 0 0.000 0.212 0.000 0.788
#> SRR601038 5 0.3336 0.7320 0 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR1360080 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868 4 0.4266 0.7304 0 0.000 0.120 0.776 0.104
#> SRR1485997 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560 4 0.2193 0.7811 0 0.092 0.000 0.900 0.008
#> SRR1333330 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513 4 0.2424 0.8153 0 0.000 0.000 0.868 0.132
#> SRR1328407 5 0.6516 0.2408 0 0.012 0.144 0.352 0.492
#> SRR602784 3 0.3728 0.6111 0 0.000 0.748 0.008 0.244
#> SRR1348468 4 0.3093 0.7065 0 0.168 0.000 0.824 0.008
#> SRR663717 2 0.1012 0.8769 0 0.968 0.000 0.012 0.020
#> SRR602217 2 0.6113 0.3053 0 0.524 0.000 0.332 0.144
#> SRR603140 4 0.1544 0.8371 0 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR1340804 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574 3 0.0000 0.9554 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333462 5 0.2966 0.7232 0 0.184 0.000 0.000 0.816
#> SRR1094601 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610 4 0.2124 0.8288 0 0.000 0.004 0.900 0.096
#> SRR1435833 2 0.4367 0.4842 0 0.620 0.000 0.372 0.008
#> SRR1398728 2 0.0609 0.8796 0 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1358343 4 0.2616 0.8220 0 0.020 0.000 0.880 0.100
#> SRR1410890 2 0.0609 0.8796 0 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1350371 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478 2 0.0609 0.8796 0 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1099260 3 0.0703 0.9382 0 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1433576 4 0.0162 0.8390 0 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1345541 4 0.0703 0.8413 0 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1086328 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391 3 0.0000 0.9554 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476207 4 0.3193 0.8023 0 0.000 0.028 0.840 0.132
#> SRR627435 4 0.4695 0.6461 0 0.008 0.024 0.672 0.296
#> SRR1489862 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191 3 0.0000 0.9554 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490115 3 0.0771 0.9357 0 0.000 0.976 0.020 0.004
#> SRR1377714 4 0.3326 0.7967 0 0.000 0.024 0.824 0.152
#> SRR819394 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161 4 0.0404 0.8414 0 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR607042 5 0.3752 0.6512 0 0.000 0.292 0.000 0.708
#> SRR656203 2 0.3728 0.7050 0 0.748 0.000 0.244 0.008
#> SRR660602 3 0.0290 0.9508 0 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1440397 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249 2 0.0609 0.8796 0 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR661242 4 0.4127 0.4840 0 0.312 0.000 0.680 0.008
#> SRR1332007 5 0.1557 0.7788 0 0.008 0.052 0.000 0.940
#> SRR809619 2 0.3728 0.7072 0 0.748 0.000 0.244 0.008
#> SRR819975 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281 2 0.0510 0.8784 0 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR662366 3 0.0000 0.9554 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317898 3 0.0000 0.9554 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382485 4 0.4481 0.1951 0 0.416 0.000 0.576 0.008
#> SRR2166420 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541 3 0.0000 0.9554 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817444 4 0.4221 0.7350 0 0.000 0.108 0.780 0.112
#> SRR1320403 2 0.2179 0.8153 0 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1101483 2 0.0771 0.8791 0 0.976 0.000 0.004 0.020
#> SRR1331684 3 0.0290 0.9501 0 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1400054 4 0.0290 0.8411 0 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1406088 2 0.0609 0.8796 0 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR820733 4 0.0162 0.8390 0 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1314113 4 0.0290 0.8411 0 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1382615 3 0.0290 0.9508 0 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1480745 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850 2 0.0290 0.8804 0 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR656782 4 0.3165 0.8055 0 0.000 0.036 0.848 0.116
#> SRR821364 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295 5 0.2230 0.7753 0 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR1357103 5 0.2561 0.7781 0 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR809185 2 0.1331 0.8677 0 0.952 0.000 0.040 0.008
#> SRR811583 4 0.0162 0.8404 0 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1468050 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224 2 0.0290 0.8804 0 0.992 0.000 0.000 0.008
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1500170 2 0.0260 0.8323 0 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1402368 3 0.0713 0.9319 0 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR607743 4 0.3101 0.6807 0 0.000 0.000 0.756 0.244 0.000
#> SRR1457375 2 0.4437 -0.0373 0 0.576 0.000 0.032 0.000 0.392
#> SRR1470923 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785 3 0.0000 0.9510 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814768 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031 2 0.0806 0.8277 0 0.972 0.000 0.020 0.000 0.008
#> SRR1363611 2 0.4089 0.6460 0 0.696 0.000 0.264 0.000 0.040
#> SRR1468447 6 0.3592 0.7092 0 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> SRR1071931 4 0.2473 0.6965 0 0.136 0.000 0.856 0.000 0.008
#> SRR810981 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299 6 0.3221 0.7806 0 0.264 0.000 0.000 0.000 0.736
#> SRR663585 3 0.0713 0.9358 0 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1326773 4 0.1321 0.7578 0 0.020 0.000 0.952 0.004 0.024
#> SRR1351166 2 0.0603 0.8254 0 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016
#> SRR1477452 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720 3 0.0146 0.9502 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1420320 2 0.4191 0.6280 0 0.676 0.000 0.284 0.000 0.040
#> SRR1081712 6 0.4615 0.5119 0 0.424 0.000 0.040 0.000 0.536
#> SRR1318241 4 0.3620 0.6034 0 0.000 0.000 0.648 0.352 0.000
#> SRR1333718 3 0.3867 -0.1047 0 0.000 0.512 0.000 0.488 0.000
#> SRR1313514 6 0.1480 0.8124 0 0.040 0.000 0.000 0.020 0.940
#> SRR1477861 5 0.2201 0.8244 0 0.000 0.028 0.000 0.896 0.076
#> SRR1318005 6 0.1528 0.8164 0 0.048 0.000 0.000 0.016 0.936
#> SRR1354665 2 0.0000 0.8336 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657707 4 0.3911 0.5848 0 0.000 0.008 0.624 0.368 0.000
#> SRR1370742 3 0.0713 0.9319 0 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1412947 2 0.0972 0.8243 0 0.964 0.000 0.028 0.000 0.008
#> SRR661553 4 0.0146 0.7610 0 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1328869 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211 2 0.1714 0.7498 0 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1348181 3 0.0291 0.9494 0 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1416560 3 0.0000 0.9510 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319772 4 0.5879 0.2844 0 0.000 0.208 0.448 0.344 0.000
#> SRR1091452 4 0.4649 -0.1911 0 0.468 0.000 0.492 0.000 0.040
#> SRR1338812 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072 6 0.2912 0.8117 0 0.216 0.000 0.000 0.000 0.784
#> SRR814844 4 0.0937 0.7514 0 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1376619 3 0.0146 0.9502 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR603690 4 0.2981 0.6349 0 0.160 0.000 0.820 0.000 0.020
#> SRR2184980 2 0.0146 0.8327 0 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR613963 4 0.0260 0.7609 0 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1323422 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673 3 0.0363 0.9469 0 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1434650 5 0.3339 0.7660 0 0.012 0.028 0.000 0.816 0.144
#> SRR659875 5 0.1471 0.8428 0 0.000 0.064 0.000 0.932 0.004
#> SRR1465734 4 0.3852 0.5721 0 0.000 0.004 0.612 0.384 0.000
#> SRR1076847 6 0.1461 0.8145 0 0.044 0.000 0.000 0.016 0.940
#> SRR1415072 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319 5 0.3584 0.5924 0 0.000 0.308 0.004 0.688 0.000
#> SRR663088 4 0.0717 0.7622 0 0.000 0.000 0.976 0.016 0.008
#> SRR1352021 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935 2 0.4282 0.6092 0 0.656 0.000 0.304 0.000 0.040
#> SRR1352530 3 0.0363 0.9469 0 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR662594 4 0.3807 0.5879 0 0.000 0.004 0.628 0.368 0.000
#> SRR1095309 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647 3 0.0000 0.9510 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813019 5 0.3323 0.6963 0 0.000 0.036 0.128 0.824 0.012
#> SRR1374647 6 0.4498 0.7078 0 0.300 0.000 0.056 0.000 0.644
#> SRR603472 5 0.3237 0.7636 0 0.020 0.020 0.000 0.828 0.132
#> SRR661529 4 0.1501 0.7521 0 0.000 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR607018 5 0.1563 0.8394 0 0.000 0.056 0.012 0.932 0.000
#> SRR627423 2 0.4388 0.2722 0 0.572 0.000 0.400 0.000 0.028
#> SRR654921 4 0.0937 0.7514 0 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1418968 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871 3 0.0000 0.9510 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330522 3 0.0000 0.9510 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499958 2 0.0000 0.8336 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614059 3 0.1007 0.9184 0 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1071403 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719 2 0.0363 0.8301 0 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1440421 6 0.2969 0.8074 0 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776
#> SRR1310412 4 0.3672 0.5906 0 0.000 0.000 0.632 0.368 0.000
#> SRR614767 2 0.0260 0.8316 0 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR820709 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093 3 0.5640 0.1132 0 0.000 0.532 0.200 0.268 0.000
#> SRR1088168 3 0.1075 0.9180 0 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1418707 2 0.0260 0.8318 0 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1354291 6 0.1444 0.8236 0 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928
#> SRR2165806 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684 4 0.4131 0.4108 0 0.272 0.000 0.688 0.000 0.040
#> SRR1433860 3 0.0146 0.9502 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1311062 6 0.3727 0.6548 0 0.388 0.000 0.000 0.000 0.612
#> SRR1360359 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385 3 0.0260 0.9489 0 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR615407 6 0.4099 0.6616 0 0.372 0.000 0.016 0.000 0.612
#> SRR1413892 3 0.0260 0.9489 0 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1443459 2 0.0000 0.8336 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338942 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480 4 0.4294 0.4787 0 0.000 0.020 0.552 0.428 0.000
#> SRR1399433 4 0.4644 -0.1799 0 0.456 0.000 0.504 0.000 0.040
#> SRR818537 5 0.1780 0.8361 0 0.000 0.028 0.000 0.924 0.048
#> SRR1101324 4 0.1866 0.7486 0 0.000 0.000 0.908 0.084 0.008
#> SRR807637 4 0.2171 0.7516 0 0.032 0.000 0.912 0.040 0.016
#> SRR1091918 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300 4 0.3782 0.5945 0 0.000 0.004 0.636 0.360 0.000
#> SRR1085426 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.0146 0.8329 0 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR813891 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431 2 0.3861 0.5562 0 0.640 0.000 0.352 0.000 0.008
#> SRR658742 4 0.0891 0.7619 0 0.000 0.000 0.968 0.024 0.008
#> SRR1419234 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813 2 0.0000 0.8336 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603496 4 0.4091 0.4459 0 0.000 0.000 0.520 0.472 0.008
#> SRR1407758 3 0.0260 0.9489 0 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR810945 6 0.4629 0.4667 0 0.436 0.000 0.040 0.000 0.524
#> SRR817234 6 0.2454 0.8301 0 0.160 0.000 0.000 0.000 0.840
#> SRR1444852 3 0.0000 0.9510 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660378 3 0.0000 0.9510 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467835 2 0.0146 0.8336 0 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1338964 4 0.3911 0.5848 0 0.000 0.008 0.624 0.368 0.000
#> SRR1079259 4 0.3105 0.7328 0 0.036 0.000 0.844 0.108 0.012
#> SRR1072345 4 0.3887 0.5918 0 0.000 0.008 0.632 0.360 0.000
#> SRR598725 3 0.3066 0.7659 0 0.000 0.832 0.124 0.044 0.000
#> SRR1447938 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460 2 0.4620 0.3824 0 0.532 0.000 0.428 0.000 0.040
#> SRR1429468 2 0.0363 0.8301 0 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1446850 6 0.3765 0.6289 0 0.404 0.000 0.000 0.000 0.596
#> SRR1320363 3 0.0458 0.9412 0 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1413810 3 0.0260 0.9489 0 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR598831 2 0.0146 0.8329 0 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1381865 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957 3 0.0000 0.9510 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1491332 5 0.3864 0.1824 0 0.000 0.480 0.000 0.520 0.000
#> SRR1099744 2 0.3151 0.4560 0 0.748 0.000 0.000 0.000 0.252
#> SRR1464618 2 0.0713 0.8268 0 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1414559 4 0.0972 0.7615 0 0.000 0.000 0.964 0.028 0.008
#> SRR1337540 4 0.2100 0.7520 0 0.032 0.000 0.916 0.036 0.016
#> SRR1444283 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942 4 0.3887 0.5918 0 0.000 0.008 0.632 0.360 0.000
#> SRR660295 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335 3 0.0260 0.9489 0 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1363742 3 0.0458 0.9446 0 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1345847 2 0.3900 0.6724 0 0.728 0.000 0.232 0.000 0.040
#> SRR614960 3 0.1007 0.9184 0 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR819919 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330 6 0.1418 0.8061 0 0.032 0.000 0.000 0.024 0.944
#> SRR1327951 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266 2 0.0000 0.8336 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338055 6 0.1480 0.8122 0 0.040 0.000 0.000 0.020 0.940
#> SRR1430157 2 0.0000 0.8336 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320137 2 0.1176 0.8182 0 0.956 0.000 0.020 0.000 0.024
#> SRR1093483 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913 3 0.0146 0.9492 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2170490 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845 4 0.4004 0.5782 0 0.000 0.012 0.620 0.368 0.000
#> SRR1436420 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060 5 0.3867 0.6008 0 0.000 0.296 0.012 0.688 0.004
#> SRR662282 3 0.1204 0.9119 0 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1487089 4 0.1082 0.7499 0 0.004 0.000 0.956 0.000 0.040
#> SRR1075683 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880 2 0.0632 0.8286 0 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1453456 3 0.0260 0.9489 0 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1457895 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603 5 0.2412 0.8162 0 0.000 0.028 0.000 0.880 0.092
#> SRR658633 2 0.2762 0.5821 0 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196
#> SRR1388081 2 0.4332 0.5949 0 0.644 0.000 0.316 0.000 0.040
#> SRR813339 3 0.0000 0.9510 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809725 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441 6 0.1418 0.8061 0 0.032 0.000 0.000 0.024 0.944
#> SRR613603 4 0.3782 0.5945 0 0.000 0.004 0.636 0.360 0.000
#> SRR1096571 5 0.1082 0.8490 0 0.000 0.040 0.000 0.956 0.004
#> SRR1392701 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693 2 0.0000 0.8336 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660697 2 0.1462 0.8098 0 0.936 0.000 0.056 0.000 0.008
#> SRR1489926 4 0.3991 0.4513 0 0.000 0.000 0.524 0.472 0.004
#> SRR811491 3 0.0000 0.9510 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311644 4 0.1584 0.7549 0 0.000 0.000 0.928 0.064 0.008
#> SRR1451740 3 0.0000 0.9510 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615117 5 0.2605 0.8064 0 0.000 0.028 0.000 0.864 0.108
#> SRR1391748 4 0.3123 0.6526 0 0.136 0.000 0.824 0.000 0.040
#> SRR1466556 3 0.0000 0.9510 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614972 3 0.0000 0.9510 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406200 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210 4 0.0458 0.7569 0 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR662174 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236 4 0.0146 0.7610 0 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1312598 2 0.0000 0.8336 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330129 6 0.2092 0.8294 0 0.124 0.000 0.000 0.000 0.876
#> SRR1357781 6 0.1418 0.8061 0 0.032 0.000 0.000 0.024 0.944
#> SRR1315517 6 0.1563 0.8197 0 0.056 0.000 0.000 0.012 0.932
#> SRR1400032 3 0.0000 0.9510 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413722 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827 3 0.0000 0.9510 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814794 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509 2 0.4332 0.5939 0 0.644 0.000 0.316 0.000 0.040
#> SRR808728 5 0.4291 0.3043 0 0.000 0.044 0.292 0.664 0.000
#> SRR1070813 2 0.1075 0.7961 0 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1389133 4 0.3782 0.5945 0 0.000 0.004 0.636 0.360 0.000
#> SRR601263 4 0.3887 0.5918 0 0.000 0.008 0.632 0.360 0.000
#> SRR604718 2 0.4552 0.4669 0 0.572 0.000 0.388 0.000 0.040
#> SRR1481351 4 0.4179 0.4222 0 0.000 0.012 0.516 0.472 0.000
#> SRR1334608 3 0.1007 0.9219 0 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR658681 5 0.3833 0.2936 0 0.000 0.444 0.000 0.556 0.000
#> SRR809283 4 0.0790 0.7537 0 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1459300 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547 5 0.1769 0.8414 0 0.000 0.060 0.012 0.924 0.004
#> SRR811049 4 0.3782 0.5945 0 0.000 0.004 0.636 0.360 0.000
#> SRR1464835 4 0.0937 0.7514 0 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1339619 2 0.0000 0.8336 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658501 3 0.0000 0.9510 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447523 3 0.1007 0.9184 0 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1415048 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348 2 0.0000 0.8336 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603890 6 0.1714 0.8274 0 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR810595 3 0.0000 0.9510 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446244 2 0.0146 0.8331 0 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR817373 2 0.4591 0.4251 0 0.552 0.000 0.408 0.000 0.040
#> SRR1457291 2 0.4451 0.6443 0 0.680 0.000 0.248 0.000 0.072
#> SRR598220 4 0.0146 0.7610 0 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1477991 2 0.0146 0.8329 0 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR598172 6 0.3620 0.7018 0 0.352 0.000 0.000 0.000 0.648
#> SRR1349032 2 0.0000 0.8336 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604002 6 0.1492 0.8093 0 0.036 0.000 0.000 0.024 0.940
#> SRR1378026 3 0.3974 0.4185 0 0.000 0.680 0.024 0.296 0.000
#> SRR1404401 6 0.1549 0.8147 0 0.044 0.000 0.000 0.020 0.936
#> SRR1333240 6 0.1492 0.8093 0 0.036 0.000 0.000 0.024 0.940
#> SRR1089399 2 0.3428 0.2948 0 0.696 0.000 0.000 0.000 0.304
#> SRR603421 6 0.2527 0.8295 0 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832
#> SRR812562 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520 5 0.1708 0.8337 0 0.000 0.040 0.024 0.932 0.004
#> SRR811839 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317 2 0.0713 0.8206 0 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1436763 4 0.0547 0.7583 0 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1486021 2 0.4067 0.6505 0 0.700 0.000 0.260 0.000 0.040
#> SRR1465018 6 0.2996 0.8063 0 0.228 0.000 0.000 0.000 0.772
#> SRR1080998 4 0.4045 0.5130 0 0.000 0.008 0.564 0.428 0.000
#> SRR1083432 3 0.0146 0.9502 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1082833 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536 3 0.0000 0.9510 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614011 2 0.0000 0.8336 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365873 6 0.3695 0.6715 0 0.376 0.000 0.000 0.000 0.624
#> SRR1498789 2 0.0713 0.8175 0 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR601581 2 0.1074 0.8229 0 0.960 0.000 0.028 0.000 0.012
#> SRR603566 5 0.1196 0.8496 0 0.000 0.040 0.000 0.952 0.008
#> SRR1373981 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410 2 0.0146 0.8329 0 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1076511 4 0.0891 0.7618 0 0.000 0.000 0.968 0.024 0.008
#> SRR614143 4 0.4091 0.4459 0 0.000 0.000 0.520 0.472 0.008
#> SRR1333570 3 0.0713 0.9319 0 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1366813 2 0.0146 0.8329 0 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1388746 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558 4 0.3647 0.5966 0 0.000 0.000 0.640 0.360 0.000
#> SRR1409510 3 0.0146 0.9502 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR816250 2 0.0146 0.8329 0 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR614131 2 0.3156 0.6970 0 0.800 0.000 0.180 0.000 0.020
#> SRR1331130 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015 3 0.0000 0.9510 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470798 3 0.0260 0.9491 0 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR614179 5 0.1225 0.8485 0 0.000 0.036 0.000 0.952 0.012
#> SRR1474863 2 0.3607 0.1458 0 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348
#> SRR813560 2 0.0260 0.8318 0 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1312187 2 0.4044 0.6526 0 0.704 0.000 0.256 0.000 0.040
#> SRR1420960 3 0.0260 0.9489 0 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1355102 3 0.0146 0.9492 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1084577 3 0.4903 0.2399 0 0.000 0.568 0.360 0.072 0.000
#> SRR659971 2 0.0000 0.8336 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350855 4 0.2001 0.7262 0 0.048 0.000 0.912 0.000 0.040
#> SRR820779 3 0.0000 0.9510 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476300 3 0.0000 0.9510 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090907 2 0.4591 0.4273 0 0.552 0.000 0.408 0.000 0.040
#> SRR662294 6 0.1563 0.8197 0 0.056 0.000 0.000 0.012 0.932
#> SRR1480789 5 0.1225 0.8485 0 0.000 0.036 0.000 0.952 0.012
#> SRR1336263 4 0.4229 0.3648 0 0.292 0.000 0.668 0.000 0.040
#> SRR660776 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508 6 0.1492 0.8093 0 0.036 0.000 0.000 0.024 0.940
#> SRR615563 4 0.0937 0.7514 0 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1101175 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650 5 0.1226 0.8473 0 0.000 0.040 0.004 0.952 0.004
#> SRR1431205 6 0.3647 0.6910 0 0.360 0.000 0.000 0.000 0.640
#> SRR1339856 2 0.1151 0.8212 0 0.956 0.000 0.032 0.000 0.012
#> SRR1352147 2 0.0972 0.8243 0 0.964 0.000 0.028 0.000 0.008
#> SRR808968 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419 6 0.3828 0.5275 0 0.440 0.000 0.000 0.000 0.560
#> SRR1402391 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609 5 0.1082 0.8490 0 0.000 0.040 0.000 0.956 0.004
#> SRR2167857 6 0.1418 0.8061 0 0.032 0.000 0.000 0.024 0.944
#> SRR1398752 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437 2 0.0260 0.8310 0 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1416955 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064 2 0.3470 0.7079 0 0.772 0.000 0.200 0.000 0.028
#> SRR659001 4 0.3387 0.6106 0 0.164 0.000 0.796 0.000 0.040
#> SRR2170696 4 0.0260 0.7609 0 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR816589 3 0.0260 0.9489 0 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1087487 3 0.0260 0.9489 0 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1329485 3 0.0146 0.9502 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR816920 4 0.0146 0.7610 0 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1341432 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590 4 0.0937 0.7514 0 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR817046 3 0.5575 0.1579 0 0.000 0.528 0.304 0.168 0.000
#> SRR1471331 3 0.0260 0.9489 0 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR660788 4 0.0806 0.7622 0 0.000 0.000 0.972 0.020 0.008
#> SRR819234 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853 5 0.1297 0.8495 0 0.000 0.040 0.000 0.948 0.012
#> SRR809427 2 0.4609 0.4005 0 0.540 0.000 0.420 0.000 0.040
#> SRR2170217 4 0.0937 0.7514 0 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1386967 3 0.1204 0.9083 0 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1420344 2 0.0000 0.8336 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334535 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503 4 0.2896 0.6751 0 0.160 0.000 0.824 0.000 0.016
#> SRR602564 4 0.0891 0.7620 0 0.000 0.000 0.968 0.024 0.008
#> SRR1420669 4 0.0146 0.7610 0 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR819024 3 0.0000 0.9510 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656223 3 0.2003 0.8362 0 0.000 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR608428 2 0.0632 0.8210 0 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1345647 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324 6 0.2454 0.8299 0 0.160 0.000 0.000 0.000 0.840
#> SRR1361368 2 0.0790 0.8257 0 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1322619 2 0.0000 0.8336 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349276 4 0.4420 0.2401 0 0.340 0.000 0.620 0.000 0.040
#> SRR1404024 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637 2 0.0000 0.8336 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452631 4 0.1297 0.7558 0 0.012 0.000 0.948 0.000 0.040
#> SRR608392 5 0.1340 0.8450 0 0.000 0.040 0.008 0.948 0.004
#> SRR1357757 4 0.3717 0.5746 0 0.000 0.000 0.616 0.384 0.000
#> SRR1074646 4 0.4067 0.4378 0 0.260 0.000 0.700 0.000 0.040
#> SRR1367499 3 0.0000 0.9510 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343501 5 0.1563 0.8394 0 0.000 0.056 0.012 0.932 0.000
#> SRR1394406 4 0.3446 0.6346 0 0.000 0.000 0.692 0.308 0.000
#> SRR1381435 3 0.0260 0.9489 0 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1467407 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422 6 0.1492 0.8093 0 0.036 0.000 0.000 0.024 0.940
#> SRR1380270 5 0.1082 0.8490 0 0.000 0.040 0.000 0.956 0.004
#> SRR1091817 2 0.2762 0.5771 0 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196
#> SRR1440137 2 0.0146 0.8329 0 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR614311 2 0.0363 0.8323 0 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1407516 4 0.0260 0.7609 0 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR815494 3 0.0000 0.9510 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333209 2 0.4191 0.6274 0 0.676 0.000 0.284 0.000 0.040
#> SRR615177 4 0.0520 0.7617 0 0.000 0.000 0.984 0.008 0.008
#> SRR1099648 5 0.3828 0.3043 0 0.000 0.440 0.000 0.560 0.000
#> SRR659720 4 0.3991 0.4513 0 0.000 0.000 0.524 0.472 0.004
#> SRR2185057 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468 4 0.1524 0.7557 0 0.000 0.000 0.932 0.060 0.008
#> SRR660042 3 0.1789 0.8875 0 0.000 0.924 0.032 0.044 0.000
#> SRR2170864 2 0.0146 0.8336 0 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1440491 2 0.4603 0.4034 0 0.544 0.000 0.416 0.000 0.040
#> SRR1440852 3 0.0000 0.9510 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811169 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311 2 0.4191 0.6282 0 0.676 0.000 0.284 0.000 0.040
#> SRR818009 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836 2 0.0632 0.8235 0 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1498313 6 0.1492 0.8093 0 0.036 0.000 0.000 0.024 0.940
#> SRR1441975 6 0.3823 0.5708 0 0.436 0.000 0.000 0.000 0.564
#> SRR819096 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679 4 0.0363 0.7581 0 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1489116 5 0.1624 0.8367 0 0.000 0.040 0.020 0.936 0.004
#> SRR1354138 3 0.0146 0.9502 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1490589 3 0.0790 0.9292 0 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1412987 4 0.0937 0.7514 0 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR602034 3 0.0260 0.9491 0 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1353437 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871 4 0.3991 0.4513 0 0.000 0.000 0.524 0.472 0.004
#> SRR661577 4 0.1010 0.7511 0 0.004 0.000 0.960 0.000 0.036
#> SRR612190 4 0.0363 0.7581 0 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1399880 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787 2 0.4420 0.5555 0 0.620 0.000 0.340 0.000 0.040
#> SRR657869 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141 3 0.0146 0.9502 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1476697 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538 2 0.0520 0.8311 0 0.984 0.000 0.008 0.000 0.008
#> SRR1331422 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859 4 0.3672 0.5906 0 0.000 0.000 0.632 0.368 0.000
#> SRR1097594 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419 3 0.0260 0.9489 0 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1336706 5 0.1082 0.8490 0 0.000 0.040 0.000 0.956 0.004
#> SRR1472976 4 0.3900 0.4951 0 0.232 0.000 0.728 0.000 0.040
#> SRR1321307 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461 3 0.0000 0.9510 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477149 6 0.1663 0.8252 0 0.088 0.000 0.000 0.000 0.912
#> SRR1457397 5 0.2624 0.7933 0 0.000 0.020 0.000 0.856 0.124
#> SRR661913 3 0.2999 0.7706 0 0.000 0.836 0.124 0.040 0.000
#> SRR1069024 5 0.1713 0.8377 0 0.000 0.028 0.000 0.928 0.044
#> SRR2165634 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722 3 0.0713 0.9319 0 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1328642 6 0.2762 0.8220 0 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804
#> SRR1488261 3 0.1007 0.9184 0 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1318815 4 0.0937 0.7514 0 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR816945 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432 4 0.0508 0.7613 0 0.004 0.000 0.984 0.000 0.012
#> SRR1359280 6 0.2730 0.8228 0 0.192 0.000 0.000 0.000 0.808
#> SRR1313910 2 0.0000 0.8336 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457315 4 0.0000 0.7608 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR815398 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958 3 0.0790 0.9315 0 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR600688 4 0.0806 0.7623 0 0.000 0.000 0.972 0.020 0.008
#> SRR1098952 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916 3 0.0000 0.9510 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614167 3 0.0000 0.9510 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348114 2 0.0363 0.8312 0 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR658033 2 0.3555 0.5698 0 0.712 0.000 0.280 0.000 0.008
#> SRR1077503 4 0.4080 0.4727 0 0.000 0.008 0.536 0.456 0.000
#> SRR661854 4 0.3991 0.4513 0 0.000 0.000 0.524 0.472 0.004
#> SRR811379 2 0.4332 0.5933 0 0.644 0.000 0.316 0.000 0.040
#> SRR1318857 2 0.0000 0.8336 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656445 3 0.0260 0.9489 0 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1433044 6 0.1563 0.8197 0 0.056 0.000 0.000 0.012 0.932
#> SRR1486391 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071 3 0.1713 0.8920 0 0.000 0.928 0.028 0.044 0.000
#> SRR1364824 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745 5 0.1297 0.8495 0 0.000 0.040 0.000 0.948 0.012
#> SRR601038 5 0.1196 0.8496 0 0.000 0.040 0.000 0.952 0.008
#> SRR1360080 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868 4 0.5353 0.4542 0 0.000 0.120 0.528 0.352 0.000
#> SRR1485997 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560 4 0.2822 0.6779 0 0.108 0.000 0.852 0.000 0.040
#> SRR1333330 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513 4 0.3531 0.6193 0 0.000 0.000 0.672 0.328 0.000
#> SRR1328407 4 0.4846 0.4041 0 0.000 0.028 0.520 0.436 0.016
#> SRR602784 5 0.3428 0.5939 0 0.000 0.304 0.000 0.696 0.000
#> SRR1348468 4 0.2001 0.7245 0 0.048 0.000 0.912 0.000 0.040
#> SRR663717 2 0.0508 0.8302 0 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR602217 6 0.4314 0.7619 0 0.184 0.000 0.096 0.000 0.720
#> SRR603140 4 0.2003 0.7402 0 0.000 0.000 0.884 0.116 0.000
#> SRR1340804 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574 3 0.0000 0.9510 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333462 6 0.1418 0.8061 0 0.032 0.000 0.000 0.024 0.944
#> SRR1094601 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610 4 0.3076 0.6747 0 0.000 0.000 0.760 0.240 0.000
#> SRR1435833 2 0.4458 0.5311 0 0.608 0.000 0.352 0.000 0.040
#> SRR1398728 2 0.0000 0.8336 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358343 4 0.2415 0.7473 0 0.040 0.000 0.900 0.036 0.024
#> SRR1410890 2 0.0000 0.8336 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350371 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478 2 0.0000 0.8336 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099260 5 0.3833 0.3106 0 0.000 0.444 0.000 0.556 0.000
#> SRR1433576 4 0.0000 0.7608 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345541 4 0.1501 0.7521 0 0.000 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR1086328 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391 3 0.0146 0.9492 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1476207 4 0.3807 0.5879 0 0.000 0.004 0.628 0.368 0.000
#> SRR627435 4 0.4328 0.4409 0 0.000 0.000 0.520 0.460 0.020
#> SRR1489862 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191 3 0.0000 0.9510 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490115 3 0.0713 0.9319 0 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1377714 4 0.3991 0.4513 0 0.000 0.000 0.524 0.472 0.004
#> SRR819394 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161 4 0.0520 0.7617 0 0.000 0.000 0.984 0.008 0.008
#> SRR607042 5 0.1082 0.8490 0 0.000 0.040 0.000 0.956 0.004
#> SRR656203 2 0.3645 0.6823 0 0.740 0.000 0.236 0.000 0.024
#> SRR660602 3 0.1010 0.9274 0 0.000 0.960 0.004 0.036 0.000
#> SRR1440397 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249 2 0.0000 0.8336 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661242 4 0.2988 0.6609 0 0.144 0.000 0.828 0.000 0.028
#> SRR1332007 5 0.1845 0.8346 0 0.000 0.028 0.000 0.920 0.052
#> SRR809619 2 0.4002 0.6536 0 0.704 0.000 0.260 0.000 0.036
#> SRR819975 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281 6 0.3737 0.6488 0 0.392 0.000 0.000 0.000 0.608
#> SRR662366 3 0.0260 0.9469 0 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1317898 3 0.0146 0.9492 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1382485 4 0.4615 -0.0607 0 0.424 0.000 0.536 0.000 0.040
#> SRR2166420 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541 3 0.0000 0.9510 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817444 4 0.4517 0.4305 0 0.000 0.024 0.528 0.444 0.004
#> SRR1320403 6 0.2854 0.8155 0 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792
#> SRR1101483 2 0.0260 0.8323 0 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1331684 3 0.0547 0.9398 0 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1400054 4 0.0622 0.7621 0 0.000 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR1406088 2 0.0000 0.8336 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820733 4 0.0146 0.7610 0 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1314113 4 0.0622 0.7621 0 0.000 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR1382615 5 0.3868 0.1276 0 0.000 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1480745 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850 2 0.0790 0.8138 0 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR656782 4 0.3887 0.5918 0 0.000 0.008 0.632 0.360 0.000
#> SRR821364 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295 6 0.1418 0.8061 0 0.032 0.000 0.000 0.024 0.944
#> SRR1357103 5 0.1780 0.8361 0 0.000 0.028 0.000 0.924 0.048
#> SRR809185 2 0.1995 0.7972 0 0.912 0.000 0.052 0.000 0.036
#> SRR811583 4 0.0260 0.7609 0 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1468050 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224 2 0.0146 0.8329 0 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17314 rows and 500 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.983 0.993 0.3747 0.624 0.624
#> 3 3 1.000 0.959 0.984 0.7505 0.692 0.517
#> 4 4 0.884 0.853 0.931 0.1006 0.905 0.733
#> 5 5 0.837 0.776 0.889 0.0398 0.935 0.779
#> 6 6 0.806 0.709 0.850 0.0373 0.927 0.730
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1500170 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1402368 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR607743 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1457375 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1470923 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR817954 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR809259 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1439785 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR814768 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1102031 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1363611 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1468447 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1071931 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR810981 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR615299 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR663585 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1326773 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1351166 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1477452 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1084720 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1420320 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1081712 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1318241 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1333718 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1313514 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1477861 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1318005 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1354665 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR657707 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1370742 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1412947 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR661553 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1328869 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR662211 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1348181 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1416560 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1319772 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1091452 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1338812 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1392072 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR814844 2 0.8327 0.633 0.264 0.736
#> SRR1376619 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR603690 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2184980 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR613963 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1323422 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1397673 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1434650 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR659875 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1465734 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1076847 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1415072 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR659319 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR663088 1 0.7219 0.754 0.800 0.200
#> SRR1352021 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR659935 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1352530 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR662594 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1095309 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR615647 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR813019 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1374647 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR603472 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR661529 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR607018 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR627423 2 0.1184 0.980 0.016 0.984
#> SRR654921 1 0.9833 0.283 0.576 0.424
#> SRR1418968 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR660871 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1330522 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1499958 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR614059 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1071403 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1486719 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1440421 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1310412 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR614767 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR820709 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR658093 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1088168 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1418707 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1354291 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2165806 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1415684 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1433860 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1311062 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1360359 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR661385 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR615407 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1413892 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1443459 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1338942 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR657480 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1399433 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR818537 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1101324 2 0.0376 0.992 0.004 0.996
#> SRR807637 1 0.7528 0.730 0.784 0.216
#> SRR1091918 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR598300 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1085426 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR813891 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1467431 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR658742 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1419234 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1404813 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR603496 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1407758 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR810945 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR817234 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1444852 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR660378 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1467835 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1338964 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1079259 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1072345 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR598725 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1447938 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1360460 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1429468 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1446850 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1320363 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1413810 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR598831 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1381865 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR660957 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1491332 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1099744 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1464618 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1414559 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1337540 1 0.0938 0.972 0.988 0.012
#> SRR1444283 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR2184942 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR660295 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR601335 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1363742 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1345847 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR614960 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR819919 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR603330 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1327951 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1345266 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1338055 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1430157 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1320137 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1093483 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1459913 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2170490 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1479845 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1436420 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1481060 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR662282 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1487089 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1075683 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1338536 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1338880 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1453456 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1457895 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1440603 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR658633 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1388081 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR813339 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR809725 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR627441 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR613603 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1096571 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1392701 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1344326 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1367693 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR660697 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1489926 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR811491 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1311644 2 0.8207 0.648 0.256 0.744
#> SRR1451740 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR615117 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1391748 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1466556 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR614972 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1406200 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR819210 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR662174 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR811988 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR663236 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1312598 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1330129 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1357781 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1315517 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1400032 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1413722 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR612827 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR814794 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR819430 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1395509 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR808728 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1070813 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1389133 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR601263 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR604718 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1481351 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1334608 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR658681 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR809283 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1459300 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1392547 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR811049 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1464835 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1339619 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR658501 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1447523 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1415048 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1444348 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR603890 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR810595 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1446244 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR817373 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1457291 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR598220 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1477991 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR598172 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1349032 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR604002 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1378026 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1404401 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1333240 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1089399 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR603421 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR812562 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR808520 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR811839 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR814317 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1436763 1 0.9866 0.259 0.568 0.432
#> SRR1486021 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1465018 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1080998 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1083432 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1082833 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1326536 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR614011 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1365873 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1498789 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR601581 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR603566 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1373981 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR821410 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1076511 1 0.9170 0.516 0.668 0.332
#> SRR614143 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1333570 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1366813 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1388746 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1420558 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1409510 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR816250 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR614131 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1331130 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1316015 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1470798 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR614179 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1474863 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR813560 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1312187 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1420960 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1355102 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1084577 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR659971 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1350855 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR820779 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1476300 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1090907 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR662294 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1480789 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1336263 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR660776 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1090508 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR615563 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1101175 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR2164650 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1431205 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1339856 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1352147 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR808968 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR627419 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1402391 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR663609 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2167857 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1398752 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1405437 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1416955 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1317064 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR659001 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2170696 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR816589 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1087487 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1329485 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR816920 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1341432 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1361590 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR817046 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1471331 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR660788 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR819234 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR810853 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR809427 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2170217 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1386967 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1420344 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1334535 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR614503 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR602564 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1420669 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR819024 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR656223 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR608428 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1345647 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1389324 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1361368 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1322619 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1349276 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1404024 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1370637 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1452631 2 0.9491 0.403 0.368 0.632
#> SRR608392 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1357757 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1074646 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1367499 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1343501 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1394406 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1381435 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1467407 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1092422 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1380270 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1091817 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1440137 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR614311 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1407516 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR815494 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1333209 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR615177 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1099648 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR659720 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2185057 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1467125 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR657468 2 0.9710 0.316 0.400 0.600
#> SRR660042 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2170864 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1440491 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1440852 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR811169 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1331311 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR818009 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1351836 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1498313 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1441975 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR819096 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1073679 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1489116 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1354138 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1490589 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1412987 1 0.7745 0.711 0.772 0.228
#> SRR602034 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1353437 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1072871 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR661577 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR612190 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1399880 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1101787 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR657869 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1446332 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR816039 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1485141 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1476697 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1379538 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1331422 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR660859 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1097594 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1311419 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1336706 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1472976 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1321307 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR807493 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR812461 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1477149 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1457397 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR661913 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1069024 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2165634 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1478722 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1328642 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1488261 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1318815 2 0.1633 0.972 0.024 0.976
#> SRR816945 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1367432 1 0.7219 0.754 0.800 0.200
#> SRR1359280 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1313910 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1457315 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR815398 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR656958 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR600688 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1098952 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1314916 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR614167 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1348114 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR658033 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1077503 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR661854 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR811379 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1318857 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR656445 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1433044 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1486391 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR656071 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1364824 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR816745 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR601038 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1360080 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR814868 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1485997 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1435560 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1333330 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR663513 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1328407 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR602784 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1348468 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR663717 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR602217 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR603140 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1340804 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1457574 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1333462 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1094601 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1434610 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1435833 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1398728 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1358343 1 0.2236 0.949 0.964 0.036
#> SRR1410890 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1350371 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1392478 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1099260 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1433576 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1345541 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1086328 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR810391 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1476207 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR627435 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1489862 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1419086 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1396191 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1490115 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1377714 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR819394 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR663161 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR607042 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR656203 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR660602 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1440397 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1369264 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR809233 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR663249 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR661242 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1332007 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR809619 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR819975 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR599281 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR662366 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1317898 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1382485 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR2166420 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1419429 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1092541 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR817444 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1320403 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1101483 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1331684 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1400054 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1406088 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR820733 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1314113 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1382615 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1480745 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1468850 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR656782 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR821364 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR659295 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1357103 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR809185 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR811583 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1468050 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR1440224 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1500170 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402368 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR607743 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457375 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470923 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR817954 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR809259 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439785 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR814768 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102031 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363611 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468447 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071931 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR810981 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR615299 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR663585 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1326773 3 0.5560 0.5673 0.000 0.300 0.700
#> SRR1351166 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477452 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084720 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420320 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081712 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318241 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333718 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1313514 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477861 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318005 2 0.3551 0.8360 0.000 0.868 0.132
#> SRR1354665 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR657707 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370742 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1412947 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR661553 2 0.0424 0.9737 0.000 0.992 0.008
#> SRR1328869 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR662211 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348181 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416560 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1319772 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1091452 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338812 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392072 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR814844 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376619 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR603690 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR2184980 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR613963 2 0.2796 0.8874 0.092 0.908 0.000
#> SRR1323422 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397673 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434650 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR659875 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1465734 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1076847 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415072 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR659319 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR663088 1 0.5988 0.4210 0.632 0.368 0.000
#> SRR1352021 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR659935 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352530 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR662594 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095309 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR615647 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR813019 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1374647 2 0.1964 0.9252 0.000 0.944 0.056
#> SRR603472 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR661529 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR607018 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR627423 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR654921 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418968 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR660871 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330522 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499958 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR614059 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1071403 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486719 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440421 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310412 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR614767 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR820709 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR658093 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088168 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418707 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354291 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR2165806 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415684 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433860 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1311062 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360359 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR661385 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR615407 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413892 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1443459 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338942 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR657480 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399433 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR818537 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1101324 1 0.6305 0.0828 0.516 0.000 0.484
#> SRR807637 2 0.2261 0.9145 0.068 0.932 0.000
#> SRR1091918 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR598300 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1085426 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR813891 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467431 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR658742 1 0.7250 0.3196 0.572 0.032 0.396
#> SRR1419234 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404813 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR603496 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407758 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR810945 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR817234 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444852 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR660378 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467835 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338964 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1079259 2 0.4291 0.7757 0.000 0.820 0.180
#> SRR1072345 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR598725 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447938 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360460 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429468 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446850 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320363 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413810 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR598831 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381865 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR660957 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1491332 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099744 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464618 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414559 1 0.5315 0.7107 0.772 0.216 0.012
#> SRR1337540 1 0.6126 0.3384 0.600 0.400 0.000
#> SRR1444283 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR2184942 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR660295 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR601335 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1363742 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1345847 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR614960 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR819919 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR603330 3 0.4452 0.7576 0.000 0.192 0.808
#> SRR1327951 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345266 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338055 3 0.5560 0.5671 0.000 0.300 0.700
#> SRR1430157 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320137 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093483 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459913 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170490 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479845 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1436420 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481060 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR662282 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487089 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075683 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338536 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338880 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453456 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457895 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440603 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR658633 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388081 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR813339 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR809725 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR627441 2 0.6154 0.3102 0.000 0.592 0.408
#> SRR613603 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1096571 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1392701 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1344326 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367693 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR660697 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489926 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR811491 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1311644 1 0.6299 0.1115 0.524 0.000 0.476
#> SRR1451740 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR615117 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1391748 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466556 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR614972 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406200 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR819210 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR662174 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR811988 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR663236 3 0.0237 0.9838 0.000 0.004 0.996
#> SRR1312598 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330129 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357781 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315517 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400032 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413722 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR612827 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR814794 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR819430 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1395509 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR808728 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1070813 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389133 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR601263 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR604718 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1481351 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1334608 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR658681 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR809283 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459300 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392547 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR811049 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1464835 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339619 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR658501 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447523 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415048 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444348 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR603890 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR810595 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1446244 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR817373 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457291 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR598220 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1477991 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR598172 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349032 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR604002 2 0.6244 0.2127 0.000 0.560 0.440
#> SRR1378026 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404401 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333240 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1089399 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR603421 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR812562 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR808520 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR811839 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR814317 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436763 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486021 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465018 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080998 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083432 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1082833 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326536 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR614011 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1365873 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498789 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR601581 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR603566 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1373981 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR821410 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076511 1 0.4931 0.6930 0.768 0.232 0.000
#> SRR614143 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333570 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1366813 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388746 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420558 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409510 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR816250 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR614131 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331130 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316015 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470798 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR614179 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1474863 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR813560 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312187 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420960 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1355102 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1084577 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR659971 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350855 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR820779 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476300 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090907 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR662294 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480789 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1336263 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR660776 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090508 3 0.5810 0.4919 0.000 0.336 0.664
#> SRR615563 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101175 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR2164650 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1431205 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339856 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352147 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR808968 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR627419 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402391 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR663609 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR2167857 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1398752 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405437 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416955 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317064 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR659001 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170696 2 0.4842 0.7124 0.000 0.776 0.224
#> SRR816589 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1087487 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1329485 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR816920 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341432 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361590 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR817046 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1471331 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR660788 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR819234 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR810853 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR809427 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170217 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1386967 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420344 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334535 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR614503 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR602564 2 0.5968 0.4343 0.000 0.636 0.364
#> SRR1420669 2 0.1753 0.9336 0.000 0.952 0.048
#> SRR819024 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR656223 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR608428 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345647 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389324 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1361368 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322619 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349276 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404024 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370637 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452631 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR608392 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1357757 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1074646 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367499 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343501 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394406 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381435 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467407 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092422 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1380270 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1091817 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440137 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR614311 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407516 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR815494 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333209 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR615177 2 0.1453 0.9534 0.008 0.968 0.024
#> SRR1099648 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR659720 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR2185057 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467125 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR657468 1 0.5585 0.7209 0.772 0.024 0.204
#> SRR660042 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170864 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440491 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440852 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR811169 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331311 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR818009 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351836 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498313 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441975 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR819096 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073679 3 0.6305 0.0499 0.000 0.484 0.516
#> SRR1489116 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1354138 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490589 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1412987 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR602034 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1353437 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072871 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR661577 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR612190 2 0.1964 0.9252 0.000 0.944 0.056
#> SRR1399880 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101787 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR657869 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446332 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR816039 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485141 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476697 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379538 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331422 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR660859 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1097594 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311419 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1336706 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472976 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321307 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR807493 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR812461 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1477149 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457397 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR661913 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1069024 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR2165634 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478722 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1328642 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488261 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318815 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR816945 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367432 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359280 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313910 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457315 3 0.0892 0.9666 0.000 0.020 0.980
#> SRR815398 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR656958 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR600688 2 0.6045 0.3955 0.000 0.620 0.380
#> SRR1098952 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314916 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR614167 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348114 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR658033 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077503 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR661854 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR811379 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318857 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR656445 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433044 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486391 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR656071 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1364824 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR816745 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR601038 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1360080 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR814868 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1485997 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435560 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333330 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR663513 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1328407 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR602784 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348468 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR663717 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR602217 2 0.2625 0.8940 0.000 0.916 0.084
#> SRR603140 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340804 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457574 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333462 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1094601 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434610 3 0.0592 0.9754 0.000 0.012 0.988
#> SRR1435833 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398728 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358343 2 0.6045 0.3759 0.380 0.620 0.000
#> SRR1410890 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350371 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392478 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099260 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433576 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1345541 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1086328 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR810391 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476207 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR627435 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1489862 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419086 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396191 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490115 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1377714 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR819394 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR663161 2 0.4002 0.8007 0.160 0.840 0.000
#> SRR607042 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR656203 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR660602 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440397 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1369264 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR809233 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR663249 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR661242 2 0.0424 0.9737 0.000 0.992 0.008
#> SRR1332007 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR809619 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR819975 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR599281 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR662366 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1317898 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1382485 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR2166420 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419429 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092541 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR817444 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1320403 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101483 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331684 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1400054 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406088 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR820733 3 0.6168 0.2907 0.000 0.412 0.588
#> SRR1314113 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1382615 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1480745 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468850 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR656782 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR821364 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR659295 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1357103 3 0.0000 0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR809185 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR811583 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468050 1 0.0000 0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440224 2 0.0000 0.9813 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1500170 2 0.0592 0.9084 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1402368 3 0.0469 0.9429 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR607743 3 0.1356 0.9176 0.000 0.032 0.960 0.008
#> SRR1457375 2 0.0188 0.9057 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1470923 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785 3 0.0592 0.9402 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR814768 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031 2 0.0188 0.9057 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1363611 2 0.1716 0.9010 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1468447 2 0.0188 0.9057 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1071931 4 0.4898 0.2540 0.000 0.416 0.000 0.584
#> SRR810981 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299 2 0.0188 0.9057 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR663585 3 0.0000 0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326773 3 0.5137 0.1407 0.000 0.452 0.544 0.004
#> SRR1351166 2 0.1389 0.9055 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1477452 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720 3 0.0000 0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420320 2 0.2704 0.8657 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR1081712 2 0.0188 0.9057 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1318241 3 0.1302 0.9164 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR1333718 3 0.0188 0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1313514 2 0.0336 0.9036 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1477861 3 0.0336 0.9458 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1318005 2 0.1042 0.8872 0.000 0.972 0.020 0.008
#> SRR1354665 2 0.0921 0.9081 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR657707 4 0.4933 0.3223 0.000 0.000 0.432 0.568
#> SRR1370742 3 0.0000 0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1412947 2 0.0592 0.9085 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR661553 4 0.4193 0.5872 0.000 0.268 0.000 0.732
#> SRR1328869 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211 2 0.0188 0.9057 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1348181 3 0.0188 0.9473 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1416560 3 0.0592 0.9402 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1319772 3 0.0000 0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091452 2 0.4925 0.2998 0.000 0.572 0.000 0.428
#> SRR1338812 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072 2 0.0188 0.9057 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR814844 4 0.0817 0.7390 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1376619 3 0.0188 0.9473 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR603690 2 0.0188 0.9057 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2184980 2 0.1557 0.9035 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR613963 4 0.0376 0.7391 0.000 0.004 0.004 0.992
#> SRR1323422 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673 3 0.0000 0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434650 3 0.1890 0.8920 0.000 0.056 0.936 0.008
#> SRR659875 3 0.0188 0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1465734 3 0.2216 0.8648 0.000 0.000 0.908 0.092
#> SRR1076847 2 0.0524 0.9011 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1415072 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319 3 0.0000 0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663088 2 0.4538 0.6373 0.216 0.760 0.000 0.024
#> SRR1352021 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935 4 0.4941 0.1958 0.000 0.436 0.000 0.564
#> SRR1352530 3 0.0000 0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662594 3 0.4164 0.5907 0.000 0.000 0.736 0.264
#> SRR1095309 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647 3 0.0000 0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR813019 3 0.0188 0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1374647 2 0.0657 0.8987 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR603472 3 0.1635 0.9051 0.000 0.044 0.948 0.008
#> SRR661529 3 0.4898 0.2198 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR607018 3 0.0000 0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR627423 4 0.4356 0.5361 0.000 0.292 0.000 0.708
#> SRR654921 4 0.0707 0.7391 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1418968 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871 3 0.0336 0.9452 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1330522 3 0.0188 0.9471 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1499958 2 0.1940 0.8967 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR614059 3 0.4866 0.2650 0.000 0.000 0.596 0.404
#> SRR1071403 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719 2 0.0000 0.9066 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440421 2 0.0188 0.9057 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1310412 4 0.4193 0.5955 0.000 0.000 0.268 0.732
#> SRR614767 2 0.0336 0.9078 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR820709 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093 3 0.0000 0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088168 3 0.0188 0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1418707 2 0.0469 0.9082 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1354291 2 0.0188 0.9057 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2165806 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684 2 0.4933 0.2782 0.000 0.568 0.000 0.432
#> SRR1433860 3 0.0000 0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311062 2 0.0188 0.9057 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1360359 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385 3 0.0000 0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615407 2 0.0376 0.9035 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1413892 3 0.0188 0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1443459 2 0.2149 0.8917 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1338942 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480 3 0.0000 0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399433 2 0.1940 0.8967 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR818537 3 0.0524 0.9431 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR1101324 4 0.0524 0.7401 0.000 0.004 0.008 0.988
#> SRR807637 1 0.5158 0.0865 0.524 0.472 0.000 0.004
#> SRR1091918 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300 4 0.4877 0.3501 0.000 0.000 0.408 0.592
#> SRR1085426 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.0188 0.9073 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR813891 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431 2 0.0188 0.9057 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR658742 4 0.2334 0.7438 0.000 0.004 0.088 0.908
#> SRR1419234 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813 2 0.1211 0.9068 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR603496 3 0.0188 0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1407758 3 0.0000 0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR810945 4 0.4277 0.5505 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR817234 2 0.0188 0.9057 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1444852 3 0.0188 0.9471 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR660378 3 0.0188 0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1467835 2 0.1211 0.9068 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1338964 3 0.0469 0.9429 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1079259 4 0.3311 0.6734 0.000 0.172 0.000 0.828
#> SRR1072345 3 0.0469 0.9429 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR598725 3 0.0000 0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447938 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460 4 0.4500 0.4918 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR1429468 2 0.0707 0.9085 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1446850 2 0.1792 0.8998 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1320363 3 0.0336 0.9452 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1413810 3 0.0000 0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR598831 2 0.0817 0.9084 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1381865 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957 3 0.0000 0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1491332 3 0.0188 0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1099744 2 0.0336 0.9078 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1464618 2 0.3688 0.7784 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1414559 4 0.3234 0.7434 0.012 0.020 0.084 0.884
#> SRR1337540 1 0.4955 0.1625 0.556 0.444 0.000 0.000
#> SRR1444283 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942 3 0.4776 0.3507 0.000 0.000 0.624 0.376
#> SRR660295 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335 3 0.0000 0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363742 3 0.0000 0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345847 2 0.4222 0.6835 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR614960 3 0.4967 0.0735 0.000 0.000 0.548 0.452
#> SRR819919 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330 3 0.5024 0.3573 0.000 0.360 0.632 0.008
#> SRR1327951 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266 2 0.2216 0.8894 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1338055 3 0.5277 0.1358 0.000 0.460 0.532 0.008
#> SRR1430157 2 0.2216 0.8904 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1320137 2 0.0188 0.9073 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1093483 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913 3 0.3074 0.7935 0.000 0.000 0.848 0.152
#> SRR2170490 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845 3 0.4331 0.5593 0.000 0.000 0.712 0.288
#> SRR1436420 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060 3 0.0188 0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR662282 3 0.0000 0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487089 4 0.0817 0.7390 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1075683 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880 2 0.1940 0.8967 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1453456 3 0.0000 0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457895 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603 3 0.0188 0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR658633 2 0.0188 0.9057 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1388081 2 0.3311 0.8199 0.000 0.828 0.000 0.172
#> SRR813339 3 0.0336 0.9452 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR809725 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441 2 0.5257 0.1072 0.000 0.548 0.444 0.008
#> SRR613603 3 0.0188 0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1096571 3 0.0188 0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1392701 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693 2 0.1867 0.8981 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR660697 2 0.1867 0.8986 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1489926 3 0.0188 0.9471 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR811491 3 0.0188 0.9471 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1311644 4 0.0469 0.7407 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1451740 3 0.0188 0.9473 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR615117 3 0.1151 0.9257 0.000 0.024 0.968 0.008
#> SRR1391748 2 0.4103 0.6903 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR1466556 3 0.0188 0.9471 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR614972 3 0.0336 0.9452 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1406200 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210 2 0.1940 0.8967 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR662174 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236 4 0.4560 0.5644 0.000 0.004 0.296 0.700
#> SRR1312598 2 0.1557 0.9035 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1330129 2 0.0188 0.9057 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1357781 2 0.0336 0.9036 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1315517 2 0.0188 0.9057 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1400032 3 0.0188 0.9473 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1413722 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827 3 0.0707 0.9382 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR814794 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509 2 0.2281 0.8869 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR808728 3 0.0000 0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070813 2 0.0188 0.9073 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1389133 4 0.4898 0.3312 0.000 0.000 0.416 0.584
#> SRR601263 4 0.5000 0.1314 0.000 0.000 0.496 0.504
#> SRR604718 2 0.3975 0.7340 0.000 0.760 0.000 0.240
#> SRR1481351 3 0.0000 0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334608 3 0.0000 0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658681 3 0.0188 0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR809283 2 0.1302 0.9062 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1459300 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547 3 0.0188 0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR811049 4 0.4961 0.2819 0.000 0.000 0.448 0.552
#> SRR1464835 4 0.4193 0.5842 0.000 0.268 0.000 0.732
#> SRR1339619 2 0.2530 0.8776 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR658501 3 0.0000 0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447523 3 0.1022 0.9276 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1415048 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348 2 0.2408 0.8817 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR603890 2 0.0336 0.9036 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR810595 3 0.0188 0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1446244 2 0.2281 0.8868 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR817373 2 0.2011 0.8954 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1457291 2 0.1557 0.9035 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR598220 3 0.1302 0.9056 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR1477991 2 0.0469 0.9083 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR598172 2 0.0336 0.9036 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1349032 2 0.4134 0.7030 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR604002 3 0.5294 0.0823 0.000 0.484 0.508 0.008
#> SRR1378026 3 0.0000 0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404401 2 0.0524 0.9011 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1333240 3 0.1042 0.9297 0.000 0.020 0.972 0.008
#> SRR1089399 2 0.0188 0.9057 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR603421 2 0.0188 0.9057 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR812562 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520 3 0.0188 0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR811839 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317 2 0.0469 0.9082 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1436763 2 0.2345 0.8839 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1486021 2 0.0921 0.9082 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1465018 2 0.0188 0.9057 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1080998 3 0.2760 0.8190 0.000 0.000 0.872 0.128
#> SRR1083432 3 0.0000 0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082833 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536 3 0.0336 0.9452 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR614011 2 0.2081 0.8938 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1365873 2 0.0188 0.9057 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1498789 2 0.0188 0.9057 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR601581 4 0.4382 0.5258 0.000 0.296 0.000 0.704
#> SRR603566 3 0.0188 0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1373981 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410 2 0.0188 0.9057 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1076511 1 0.6851 0.2991 0.568 0.300 0.000 0.132
#> SRR614143 4 0.4454 0.5412 0.000 0.000 0.308 0.692
#> SRR1333570 3 0.0817 0.9353 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1366813 2 0.1022 0.9078 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1388746 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558 4 0.4477 0.5350 0.000 0.000 0.312 0.688
#> SRR1409510 3 0.0000 0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816250 2 0.0469 0.9083 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR614131 2 0.4925 0.2566 0.000 0.572 0.000 0.428
#> SRR1331130 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015 3 0.0592 0.9405 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1470798 3 0.0000 0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614179 3 0.0188 0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1474863 2 0.0188 0.9057 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR813560 2 0.2081 0.8938 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1312187 2 0.2647 0.8706 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR1420960 3 0.0000 0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355102 3 0.0188 0.9471 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1084577 3 0.0000 0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659971 2 0.2081 0.8936 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1350855 4 0.4250 0.5571 0.000 0.276 0.000 0.724
#> SRR820779 3 0.0188 0.9471 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1476300 3 0.0921 0.9323 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1090907 2 0.1940 0.8967 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR662294 2 0.0188 0.9057 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1480789 3 0.0188 0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1336263 4 0.4898 0.2418 0.000 0.416 0.000 0.584
#> SRR660776 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508 2 0.7499 -0.1051 0.000 0.500 0.244 0.256
#> SRR615563 4 0.3356 0.6710 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR1101175 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650 3 0.0188 0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1431205 2 0.0188 0.9057 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1339856 2 0.2216 0.8892 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1352147 2 0.1389 0.9054 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR808968 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419 2 0.0188 0.9073 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1402391 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609 3 0.0188 0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2167857 3 0.2342 0.8634 0.000 0.080 0.912 0.008
#> SRR1398752 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437 2 0.0592 0.9084 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1416955 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064 2 0.0592 0.9085 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR659001 4 0.4564 0.4670 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR2170696 4 0.0376 0.7391 0.000 0.004 0.004 0.992
#> SRR816589 3 0.0000 0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087487 3 0.0188 0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1329485 3 0.0000 0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816920 4 0.3649 0.6451 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR1341432 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590 4 0.4134 0.5868 0.000 0.260 0.000 0.740
#> SRR817046 3 0.0000 0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471331 3 0.0000 0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660788 4 0.3907 0.6563 0.000 0.000 0.232 0.768
#> SRR819234 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853 3 0.0524 0.9431 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR809427 2 0.4103 0.7073 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR2170217 2 0.2408 0.8811 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1386967 3 0.0000 0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420344 2 0.1940 0.8967 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1334535 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503 2 0.1118 0.9076 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR602564 4 0.3895 0.7355 0.000 0.036 0.132 0.832
#> SRR1420669 4 0.4332 0.7199 0.000 0.112 0.072 0.816
#> SRR819024 3 0.0336 0.9452 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR656223 3 0.0188 0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR608428 2 0.0188 0.9073 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1345647 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324 2 0.0188 0.9057 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1361368 2 0.2011 0.8954 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1322619 2 0.1211 0.9068 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1349276 2 0.4977 0.1725 0.000 0.540 0.000 0.460
#> SRR1404024 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637 2 0.1302 0.9067 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1452631 4 0.1940 0.7263 0.000 0.076 0.000 0.924
#> SRR608392 3 0.0188 0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1357757 3 0.0376 0.9458 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1074646 4 0.3356 0.6717 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR1367499 3 0.0000 0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343501 3 0.0188 0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1394406 4 0.0921 0.7426 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1381435 3 0.0188 0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1467407 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422 3 0.0524 0.9431 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR1380270 3 0.0188 0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1091817 2 0.0188 0.9057 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1440137 2 0.0000 0.9066 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614311 2 0.1940 0.8967 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1407516 2 0.2408 0.8803 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR815494 3 0.0000 0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333209 4 0.4522 0.4790 0.000 0.320 0.000 0.680
#> SRR615177 2 0.2081 0.8933 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1099648 3 0.0188 0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR659720 3 0.4713 0.3602 0.000 0.000 0.640 0.360
#> SRR2185057 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468 4 0.1639 0.7338 0.036 0.004 0.008 0.952
#> SRR660042 4 0.4907 0.3192 0.000 0.000 0.420 0.580
#> SRR2170864 2 0.0188 0.9073 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1440491 2 0.4356 0.6420 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR1440852 3 0.0000 0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811169 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311 2 0.3873 0.7366 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR818009 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836 2 0.0188 0.9057 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1498313 3 0.3300 0.7722 0.000 0.144 0.848 0.008
#> SRR1441975 2 0.0336 0.9065 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR819096 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679 2 0.7581 -0.1596 0.000 0.424 0.380 0.196
#> SRR1489116 3 0.0188 0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1354138 3 0.0188 0.9473 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1490589 3 0.3400 0.7438 0.000 0.000 0.820 0.180
#> SRR1412987 4 0.2149 0.7218 0.000 0.088 0.000 0.912
#> SRR602034 3 0.0000 0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353437 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871 3 0.0000 0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661577 2 0.2081 0.8948 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR612190 4 0.5080 0.2487 0.000 0.420 0.004 0.576
#> SRR1399880 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787 4 0.4804 0.3272 0.000 0.384 0.000 0.616
#> SRR657869 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141 3 0.0000 0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476697 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538 2 0.4331 0.6488 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR1331422 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859 4 0.2704 0.7262 0.000 0.000 0.124 0.876
#> SRR1097594 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419 3 0.0000 0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336706 3 0.0188 0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1472976 2 0.2345 0.8839 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1321307 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461 3 0.0000 0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477149 2 0.0188 0.9057 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1457397 3 0.0524 0.9431 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR661913 3 0.2814 0.8198 0.000 0.000 0.868 0.132
#> SRR1069024 3 0.0188 0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2165634 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722 3 0.0469 0.9429 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1328642 2 0.0524 0.9011 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1488261 4 0.4994 0.1377 0.000 0.000 0.480 0.520
#> SRR1318815 4 0.0707 0.7392 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR816945 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432 2 0.1716 0.9010 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1359280 2 0.0524 0.9011 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1313910 2 0.2469 0.8804 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR1457315 4 0.3908 0.6685 0.000 0.004 0.212 0.784
#> SRR815398 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958 3 0.0000 0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR600688 4 0.2563 0.7469 0.000 0.020 0.072 0.908
#> SRR1098952 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916 3 0.0188 0.9473 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR614167 3 0.1792 0.8939 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR1348114 2 0.3172 0.8339 0.000 0.840 0.000 0.160
#> SRR658033 2 0.0188 0.9057 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1077503 3 0.0188 0.9471 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR661854 3 0.0000 0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811379 4 0.4948 0.1643 0.000 0.440 0.000 0.560
#> SRR1318857 2 0.1792 0.8998 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR656445 3 0.0188 0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1433044 2 0.0336 0.9036 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1486391 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071 4 0.4543 0.5164 0.000 0.000 0.324 0.676
#> SRR1364824 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745 3 0.0188 0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR601038 3 0.0188 0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1360080 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868 3 0.4992 -0.0461 0.000 0.000 0.524 0.476
#> SRR1485997 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560 4 0.3172 0.6831 0.000 0.160 0.000 0.840
#> SRR1333330 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513 4 0.4907 0.3511 0.000 0.000 0.420 0.580
#> SRR1328407 3 0.0188 0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR602784 3 0.0188 0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1348468 4 0.2973 0.6941 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR663717 2 0.2589 0.8728 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR602217 2 0.3907 0.5633 0.000 0.768 0.232 0.000
#> SRR603140 3 0.1118 0.9241 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1340804 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574 3 0.0000 0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333462 2 0.0524 0.9011 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1094601 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610 4 0.4644 0.6640 0.000 0.024 0.228 0.748
#> SRR1435833 2 0.2281 0.8866 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1398728 2 0.1940 0.8967 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1358343 4 0.0921 0.7385 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1410890 2 0.0817 0.9083 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1350371 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478 2 0.1211 0.9068 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1099260 3 0.0000 0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433576 3 0.0000 0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345541 3 0.3172 0.7788 0.000 0.000 0.840 0.160
#> SRR1086328 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391 3 0.0469 0.9435 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1476207 3 0.0188 0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR627435 3 0.3208 0.7885 0.000 0.004 0.848 0.148
#> SRR1489862 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191 3 0.0592 0.9405 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1490115 3 0.0000 0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377714 3 0.1151 0.9258 0.000 0.024 0.968 0.008
#> SRR819394 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161 2 0.5972 0.4401 0.068 0.640 0.000 0.292
#> SRR607042 3 0.0188 0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR656203 2 0.2081 0.8936 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR660602 3 0.0000 0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440397 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249 2 0.2011 0.8954 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR661242 2 0.4730 0.4780 0.000 0.636 0.000 0.364
#> SRR1332007 3 0.0188 0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR809619 2 0.2081 0.8938 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR819975 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281 2 0.0188 0.9057 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR662366 3 0.0469 0.9435 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1317898 3 0.0000 0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382485 4 0.0817 0.7396 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR2166420 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541 3 0.0000 0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR817444 3 0.0188 0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1320403 2 0.0188 0.9057 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1101483 2 0.3172 0.8342 0.000 0.840 0.000 0.160
#> SRR1331684 3 0.0188 0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1400054 4 0.3219 0.7022 0.000 0.000 0.164 0.836
#> SRR1406088 2 0.2589 0.8742 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR820733 4 0.0524 0.7397 0.000 0.008 0.004 0.988
#> SRR1314113 4 0.0592 0.7410 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1382615 3 0.0188 0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1480745 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850 2 0.0188 0.9057 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR656782 3 0.2149 0.8687 0.000 0.000 0.912 0.088
#> SRR821364 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295 3 0.2412 0.8585 0.000 0.084 0.908 0.008
#> SRR1357103 3 0.0188 0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR809185 2 0.3074 0.8414 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR811583 2 0.0188 0.9057 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1468050 1 0.0000 0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224 2 0.1389 0.9055 0.000 0.952 0.000 0.048
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1500170 2 0.2732 0.7372 0.000 0.840 0.000 0.160 0.000
#> SRR1402368 3 0.0703 0.9428 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR607743 3 0.3795 0.6569 0.000 0.192 0.780 0.000 0.028
#> SRR1457375 2 0.0324 0.7955 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1470923 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785 3 0.0609 0.9434 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR814768 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031 2 0.0404 0.7913 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1363611 4 0.4446 0.1858 0.000 0.476 0.000 0.520 0.004
#> SRR1468447 2 0.0404 0.7914 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1071931 5 0.5935 0.2254 0.000 0.268 0.000 0.152 0.580
#> SRR810981 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299 2 0.0404 0.7913 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR663585 3 0.0510 0.9445 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1326773 2 0.4418 0.3218 0.000 0.652 0.332 0.000 0.016
#> SRR1351166 2 0.4030 0.4427 0.000 0.648 0.000 0.352 0.000
#> SRR1477452 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720 3 0.0404 0.9451 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1420320 2 0.4789 0.2888 0.000 0.584 0.000 0.392 0.024
#> SRR1081712 2 0.1124 0.7991 0.000 0.960 0.000 0.036 0.004
#> SRR1318241 3 0.1549 0.9150 0.000 0.000 0.944 0.040 0.016
#> SRR1333718 3 0.0290 0.9439 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1313514 2 0.0510 0.7895 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1477861 3 0.0404 0.9425 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1318005 2 0.1403 0.7665 0.000 0.952 0.024 0.000 0.024
#> SRR1354665 2 0.1082 0.7992 0.000 0.964 0.000 0.028 0.008
#> SRR657707 3 0.4736 0.1918 0.000 0.000 0.576 0.404 0.020
#> SRR1370742 3 0.0703 0.9422 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1412947 2 0.1121 0.7985 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR661553 5 0.6148 0.1551 0.000 0.180 0.000 0.268 0.552
#> SRR1328869 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211 2 0.1732 0.7876 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1348181 3 0.1270 0.9232 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1416560 3 0.0794 0.9404 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1319772 3 0.0404 0.9428 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1091452 2 0.5964 0.2933 0.000 0.536 0.000 0.124 0.340
#> SRR1338812 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072 2 0.1043 0.7987 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR814844 5 0.4629 0.4299 0.000 0.052 0.000 0.244 0.704
#> SRR1376619 3 0.0794 0.9404 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR603690 2 0.0798 0.7933 0.000 0.976 0.000 0.008 0.016
#> SRR2184980 2 0.1732 0.7908 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR613963 5 0.2331 0.5233 0.000 0.020 0.000 0.080 0.900
#> SRR1323422 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673 3 0.0290 0.9453 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1434650 3 0.1117 0.9266 0.000 0.020 0.964 0.000 0.016
#> SRR659875 3 0.0290 0.9439 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1465734 3 0.1012 0.9370 0.000 0.000 0.968 0.020 0.012
#> SRR1076847 2 0.1195 0.7735 0.000 0.960 0.012 0.000 0.028
#> SRR1415072 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319 3 0.0290 0.9450 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR663088 2 0.5991 0.1927 0.352 0.536 0.000 0.004 0.108
#> SRR1352021 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935 4 0.6422 0.3556 0.000 0.360 0.000 0.460 0.180
#> SRR1352530 3 0.0404 0.9450 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR662594 3 0.1012 0.9400 0.000 0.000 0.968 0.012 0.020
#> SRR1095309 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647 3 0.0609 0.9434 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR813019 3 0.0703 0.9375 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1374647 2 0.1568 0.7963 0.000 0.944 0.020 0.036 0.000
#> SRR603472 3 0.1012 0.9288 0.000 0.020 0.968 0.000 0.012
#> SRR661529 5 0.3521 0.6204 0.000 0.004 0.232 0.000 0.764
#> SRR607018 3 0.0290 0.9439 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR627423 5 0.5329 0.3538 0.000 0.184 0.000 0.144 0.672
#> SRR654921 4 0.3419 0.5421 0.000 0.016 0.000 0.804 0.180
#> SRR1418968 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871 3 0.0609 0.9434 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1330522 3 0.0703 0.9422 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1499958 2 0.3039 0.7124 0.000 0.808 0.000 0.192 0.000
#> SRR614059 5 0.4451 0.2630 0.000 0.000 0.492 0.004 0.504
#> SRR1071403 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719 2 0.0955 0.8005 0.000 0.968 0.000 0.028 0.004
#> SRR1440421 2 0.0510 0.7895 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1310412 5 0.5752 0.5819 0.000 0.000 0.240 0.148 0.612
#> SRR614767 2 0.1197 0.7979 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR820709 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093 3 0.0162 0.9446 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1088168 3 0.0290 0.9439 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1418707 2 0.1608 0.7927 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR1354291 2 0.0510 0.7895 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2165806 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684 2 0.5569 0.3286 0.000 0.556 0.000 0.080 0.364
#> SRR1433860 3 0.0510 0.9443 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1311062 2 0.1270 0.7973 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1360359 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385 3 0.0609 0.9438 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR615407 2 0.1608 0.7927 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR1413892 3 0.0162 0.9453 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1443459 4 0.4273 0.2695 0.000 0.448 0.000 0.552 0.000
#> SRR1338942 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480 3 0.0566 0.9414 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1399433 2 0.3809 0.6260 0.000 0.736 0.000 0.256 0.008
#> SRR818537 3 0.0566 0.9406 0.000 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR1101324 4 0.3430 0.4528 0.000 0.000 0.004 0.776 0.220
#> SRR807637 1 0.4922 0.2172 0.552 0.424 0.000 0.004 0.020
#> SRR1091918 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300 5 0.4637 0.3687 0.000 0.000 0.452 0.012 0.536
#> SRR1085426 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.1043 0.7988 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR813891 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431 2 0.4976 0.4112 0.000 0.660 0.016 0.296 0.028
#> SRR658742 5 0.4070 0.6213 0.000 0.004 0.164 0.048 0.784
#> SRR1419234 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813 2 0.1671 0.7912 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR603496 3 0.0290 0.9439 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1407758 3 0.0609 0.9434 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR810945 4 0.4895 0.6776 0.000 0.188 0.012 0.728 0.072
#> SRR817234 2 0.0703 0.7854 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1444852 3 0.0703 0.9422 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR660378 3 0.0162 0.9454 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1467835 2 0.3039 0.7092 0.000 0.808 0.000 0.192 0.000
#> SRR1338964 3 0.0992 0.9356 0.000 0.000 0.968 0.024 0.008
#> SRR1079259 4 0.1357 0.5637 0.000 0.004 0.000 0.948 0.048
#> SRR1072345 3 0.1549 0.9107 0.000 0.000 0.944 0.016 0.040
#> SRR598725 3 0.0880 0.9395 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1447938 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460 4 0.4994 0.6693 0.000 0.208 0.000 0.696 0.096
#> SRR1429468 2 0.3424 0.6450 0.000 0.760 0.000 0.240 0.000
#> SRR1446850 2 0.3343 0.7196 0.000 0.812 0.000 0.172 0.016
#> SRR1320363 3 0.0404 0.9448 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1413810 3 0.0703 0.9422 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR598831 2 0.2690 0.7415 0.000 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1381865 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957 3 0.0703 0.9422 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1491332 3 0.0290 0.9439 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1099744 2 0.1792 0.7866 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR1464618 4 0.4080 0.6692 0.000 0.252 0.000 0.728 0.020
#> SRR1414559 5 0.2026 0.5367 0.000 0.012 0.016 0.044 0.928
#> SRR1337540 1 0.7541 0.2333 0.492 0.144 0.000 0.260 0.104
#> SRR1444283 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942 3 0.4291 -0.0949 0.000 0.000 0.536 0.000 0.464
#> SRR660295 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335 3 0.0609 0.9434 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1363742 3 0.0162 0.9453 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1345847 4 0.3455 0.7057 0.000 0.208 0.000 0.784 0.008
#> SRR614960 3 0.3837 0.4857 0.000 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR819919 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330 2 0.2362 0.7016 0.000 0.900 0.076 0.000 0.024
#> SRR1327951 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266 2 0.4656 -0.0227 0.000 0.508 0.000 0.480 0.012
#> SRR1338055 2 0.1211 0.7738 0.000 0.960 0.016 0.000 0.024
#> SRR1430157 4 0.3636 0.6508 0.000 0.272 0.000 0.728 0.000
#> SRR1320137 2 0.0912 0.7943 0.000 0.972 0.000 0.012 0.016
#> SRR1093483 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913 3 0.4227 0.0713 0.000 0.000 0.580 0.000 0.420
#> SRR2170490 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845 5 0.4464 0.4795 0.000 0.000 0.408 0.008 0.584
#> SRR1436420 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060 3 0.0404 0.9425 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR662282 3 0.0703 0.9422 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1487089 5 0.3696 0.4604 0.000 0.016 0.000 0.212 0.772
#> SRR1075683 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880 2 0.3353 0.6987 0.000 0.796 0.000 0.196 0.008
#> SRR1453456 3 0.0609 0.9434 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1457895 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603 3 0.0290 0.9439 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR658633 2 0.0000 0.7954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388081 2 0.5728 0.4748 0.000 0.624 0.000 0.200 0.176
#> SRR813339 3 0.0794 0.9404 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR809725 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441 2 0.1893 0.7392 0.000 0.928 0.048 0.000 0.024
#> SRR613603 3 0.0404 0.9428 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1096571 3 0.0290 0.9451 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1392701 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693 2 0.2193 0.7835 0.000 0.900 0.000 0.092 0.008
#> SRR660697 2 0.1914 0.7935 0.000 0.924 0.000 0.060 0.016
#> SRR1489926 3 0.0703 0.9433 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR811491 3 0.0609 0.9434 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1311644 4 0.4482 0.2604 0.000 0.000 0.012 0.612 0.376
#> SRR1451740 3 0.0963 0.9359 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR615117 3 0.0807 0.9353 0.000 0.012 0.976 0.000 0.012
#> SRR1391748 2 0.5111 0.1941 0.000 0.552 0.000 0.408 0.040
#> SRR1466556 3 0.0510 0.9443 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR614972 3 0.0703 0.9424 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1406200 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210 2 0.3990 0.4836 0.000 0.688 0.000 0.308 0.004
#> SRR662174 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236 5 0.4540 0.5950 0.000 0.000 0.320 0.024 0.656
#> SRR1312598 2 0.2074 0.7798 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR1330129 2 0.1205 0.7989 0.000 0.956 0.000 0.040 0.004
#> SRR1357781 2 0.0865 0.7823 0.000 0.972 0.004 0.000 0.024
#> SRR1315517 2 0.0510 0.7895 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1400032 3 0.0880 0.9383 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1413722 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827 3 0.1270 0.9231 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR814794 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509 4 0.3039 0.7050 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000
#> SRR808728 3 0.0404 0.9428 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1070813 4 0.4517 0.3412 0.000 0.436 0.000 0.556 0.008
#> SRR1389133 5 0.4746 0.2974 0.000 0.000 0.480 0.016 0.504
#> SRR601263 3 0.1943 0.8999 0.000 0.000 0.924 0.056 0.020
#> SRR604718 4 0.3300 0.7066 0.000 0.204 0.000 0.792 0.004
#> SRR1481351 3 0.0290 0.9451 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1334608 3 0.0404 0.9448 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR658681 3 0.0290 0.9439 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR809283 2 0.0898 0.7987 0.000 0.972 0.000 0.020 0.008
#> SRR1459300 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547 3 0.0290 0.9439 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR811049 4 0.4988 0.0693 0.000 0.000 0.284 0.656 0.060
#> SRR1464835 5 0.5925 0.1411 0.000 0.316 0.000 0.128 0.556
#> SRR1339619 4 0.3534 0.6700 0.000 0.256 0.000 0.744 0.000
#> SRR658501 3 0.0609 0.9434 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1447523 3 0.0794 0.9404 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1415048 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348 2 0.4106 0.6131 0.000 0.724 0.000 0.256 0.020
#> SRR603890 2 0.0609 0.7874 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR810595 3 0.0290 0.9439 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1446244 2 0.4708 0.1525 0.000 0.548 0.000 0.436 0.016
#> SRR817373 2 0.3093 0.7283 0.000 0.824 0.000 0.168 0.008
#> SRR1457291 2 0.2930 0.7332 0.000 0.832 0.000 0.164 0.004
#> SRR598220 3 0.1211 0.9360 0.000 0.000 0.960 0.024 0.016
#> SRR1477991 2 0.0794 0.7992 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR598172 2 0.0510 0.7895 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1349032 4 0.2020 0.6778 0.000 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR604002 3 0.2388 0.8548 0.000 0.072 0.900 0.000 0.028
#> SRR1378026 3 0.0290 0.9439 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1404401 2 0.1106 0.7761 0.000 0.964 0.012 0.000 0.024
#> SRR1333240 3 0.2152 0.8897 0.000 0.032 0.924 0.012 0.032
#> SRR1089399 2 0.1270 0.7969 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR603421 2 0.0609 0.7874 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR812562 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520 3 0.0290 0.9439 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR811839 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317 2 0.3160 0.7059 0.000 0.808 0.000 0.188 0.004
#> SRR1436763 2 0.4299 0.2481 0.000 0.608 0.000 0.388 0.004
#> SRR1486021 2 0.2338 0.7725 0.000 0.884 0.000 0.112 0.004
#> SRR1465018 2 0.0510 0.7895 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1080998 3 0.2997 0.7772 0.000 0.000 0.840 0.148 0.012
#> SRR1083432 3 0.0404 0.9450 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1082833 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536 3 0.0703 0.9422 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR614011 2 0.4268 0.1671 0.000 0.556 0.000 0.444 0.000
#> SRR1365873 2 0.0404 0.7979 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1498789 2 0.0912 0.7958 0.000 0.972 0.000 0.016 0.012
#> SRR601581 4 0.4840 0.6515 0.000 0.152 0.000 0.724 0.124
#> SRR603566 3 0.0566 0.9406 0.000 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR1373981 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410 2 0.0566 0.7974 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1076511 1 0.6542 0.4720 0.604 0.104 0.000 0.064 0.228
#> SRR614143 3 0.4905 0.2823 0.000 0.000 0.624 0.040 0.336
#> SRR1333570 3 0.1544 0.9090 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1366813 2 0.2516 0.7552 0.000 0.860 0.000 0.140 0.000
#> SRR1388746 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558 5 0.3449 0.6143 0.000 0.000 0.164 0.024 0.812
#> SRR1409510 3 0.0703 0.9422 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR816250 2 0.1041 0.7993 0.000 0.964 0.000 0.032 0.004
#> SRR614131 2 0.5125 0.2108 0.000 0.544 0.000 0.040 0.416
#> SRR1331130 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015 3 0.1671 0.8988 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1470798 3 0.0703 0.9422 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR614179 3 0.0290 0.9439 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1474863 2 0.0566 0.7974 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR813560 4 0.3662 0.6749 0.000 0.252 0.000 0.744 0.004
#> SRR1312187 4 0.2536 0.6899 0.000 0.128 0.000 0.868 0.004
#> SRR1420960 3 0.0609 0.9434 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1355102 3 0.0703 0.9422 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1084577 3 0.0404 0.9451 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR659971 2 0.4273 0.1516 0.000 0.552 0.000 0.448 0.000
#> SRR1350855 4 0.3192 0.6815 0.000 0.112 0.000 0.848 0.040
#> SRR820779 3 0.0703 0.9424 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1476300 3 0.1270 0.9232 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1090907 2 0.4268 0.1547 0.000 0.556 0.000 0.444 0.000
#> SRR662294 2 0.0510 0.7895 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1480789 3 0.0290 0.9439 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1336263 4 0.4647 0.6790 0.000 0.184 0.000 0.732 0.084
#> SRR660776 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508 2 0.5481 0.3483 0.000 0.652 0.236 0.004 0.108
#> SRR615563 4 0.1251 0.5946 0.000 0.008 0.000 0.956 0.036
#> SRR1101175 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650 3 0.0290 0.9439 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1431205 2 0.0510 0.7895 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1339856 2 0.2300 0.7873 0.000 0.904 0.000 0.072 0.024
#> SRR1352147 2 0.1831 0.7902 0.000 0.920 0.000 0.076 0.004
#> SRR808968 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419 2 0.1341 0.7963 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1402391 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609 3 0.0162 0.9446 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2167857 3 0.2674 0.8021 0.000 0.120 0.868 0.000 0.012
#> SRR1398752 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437 2 0.2020 0.7802 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000
#> SRR1416955 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064 2 0.1012 0.7983 0.000 0.968 0.000 0.020 0.012
#> SRR659001 4 0.1557 0.6444 0.000 0.052 0.000 0.940 0.008
#> SRR2170696 4 0.2179 0.5554 0.000 0.000 0.004 0.896 0.100
#> SRR816589 3 0.0290 0.9439 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1087487 3 0.0510 0.9443 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1329485 3 0.0794 0.9404 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR816920 4 0.2367 0.5550 0.000 0.020 0.004 0.904 0.072
#> SRR1341432 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590 5 0.6408 -0.0988 0.000 0.172 0.000 0.388 0.440
#> SRR817046 3 0.0290 0.9439 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1471331 3 0.0609 0.9437 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR660788 4 0.3573 0.3253 0.000 0.000 0.152 0.812 0.036
#> SRR819234 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853 3 0.0807 0.9353 0.000 0.012 0.976 0.000 0.012
#> SRR809427 4 0.2351 0.6480 0.000 0.088 0.000 0.896 0.016
#> SRR2170217 2 0.3419 0.7128 0.000 0.804 0.000 0.180 0.016
#> SRR1386967 3 0.0404 0.9448 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1420344 2 0.3003 0.7116 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000
#> SRR1334535 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503 2 0.4464 0.4497 0.000 0.684 0.000 0.288 0.028
#> SRR602564 5 0.3596 0.5547 0.000 0.060 0.036 0.052 0.852
#> SRR1420669 5 0.5291 0.4441 0.000 0.056 0.024 0.236 0.684
#> SRR819024 3 0.0609 0.9438 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR656223 3 0.0290 0.9450 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR608428 2 0.0404 0.7987 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1345647 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324 2 0.0693 0.7950 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012
#> SRR1361368 4 0.4307 0.0771 0.000 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1322619 2 0.1908 0.7848 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000
#> SRR1349276 4 0.6232 0.3893 0.000 0.356 0.000 0.492 0.152
#> SRR1404024 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637 4 0.4256 0.3071 0.000 0.436 0.000 0.564 0.000
#> SRR1452631 4 0.4668 0.4481 0.000 0.044 0.000 0.684 0.272
#> SRR608392 3 0.0162 0.9446 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1357757 3 0.3593 0.7575 0.000 0.084 0.828 0.000 0.088
#> SRR1074646 4 0.2473 0.6197 0.000 0.032 0.000 0.896 0.072
#> SRR1367499 3 0.0162 0.9446 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1343501 3 0.0290 0.9439 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1394406 5 0.6001 0.2410 0.000 0.000 0.112 0.432 0.456
#> SRR1381435 3 0.0162 0.9446 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1467407 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422 3 0.1582 0.9084 0.000 0.028 0.944 0.000 0.028
#> SRR1380270 3 0.0290 0.9439 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1091817 2 0.0000 0.7954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440137 2 0.1043 0.7990 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR614311 2 0.3999 0.4622 0.000 0.656 0.000 0.344 0.000
#> SRR1407516 2 0.3194 0.7349 0.000 0.832 0.000 0.148 0.020
#> SRR815494 3 0.0703 0.9422 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1333209 4 0.3438 0.7025 0.000 0.172 0.000 0.808 0.020
#> SRR615177 2 0.5754 -0.1784 0.000 0.480 0.020 0.456 0.044
#> SRR1099648 3 0.0290 0.9439 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR659720 3 0.3214 0.7934 0.000 0.000 0.844 0.120 0.036
#> SRR2185057 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468 4 0.3143 0.4117 0.000 0.000 0.000 0.796 0.204
#> SRR660042 5 0.3906 0.6069 0.000 0.000 0.292 0.004 0.704
#> SRR2170864 2 0.0771 0.7982 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR1440491 2 0.6268 0.2877 0.000 0.536 0.000 0.204 0.260
#> SRR1440852 3 0.0609 0.9434 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR811169 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311 2 0.4977 0.3658 0.000 0.604 0.000 0.356 0.040
#> SRR818009 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836 2 0.4367 0.2831 0.000 0.620 0.000 0.372 0.008
#> SRR1498313 2 0.4526 0.3077 0.000 0.672 0.300 0.000 0.028
#> SRR1441975 2 0.2179 0.7787 0.000 0.896 0.000 0.100 0.004
#> SRR819096 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679 3 0.5762 -0.0349 0.000 0.040 0.496 0.440 0.024
#> SRR1489116 3 0.0290 0.9439 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1354138 3 0.0794 0.9404 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1490589 3 0.1341 0.9220 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1412987 4 0.3327 0.5833 0.000 0.028 0.000 0.828 0.144
#> SRR602034 3 0.0703 0.9422 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1353437 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871 3 0.0771 0.9374 0.000 0.000 0.976 0.004 0.020
#> SRR661577 2 0.2707 0.7601 0.000 0.860 0.000 0.132 0.008
#> SRR612190 5 0.5229 0.2816 0.000 0.324 0.000 0.064 0.612
#> SRR1399880 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787 4 0.1124 0.6308 0.000 0.036 0.000 0.960 0.004
#> SRR657869 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141 3 0.0703 0.9422 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1476697 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538 4 0.5131 0.3129 0.000 0.420 0.000 0.540 0.040
#> SRR1331422 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859 4 0.5680 0.1533 0.000 0.000 0.160 0.628 0.212
#> SRR1097594 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419 3 0.0609 0.9434 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1336706 3 0.0290 0.9439 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1472976 2 0.4617 0.1473 0.000 0.552 0.000 0.436 0.012
#> SRR1321307 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461 3 0.0510 0.9443 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1477149 2 0.3255 0.7474 0.000 0.840 0.012 0.136 0.012
#> SRR1457397 3 0.0566 0.9406 0.000 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR661913 5 0.4219 0.4543 0.000 0.000 0.416 0.000 0.584
#> SRR1069024 3 0.0404 0.9425 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2165634 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722 3 0.0880 0.9390 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1328642 2 0.1280 0.7981 0.000 0.960 0.008 0.024 0.008
#> SRR1488261 5 0.4403 0.4184 0.000 0.000 0.436 0.004 0.560
#> SRR1318815 5 0.4572 0.3946 0.000 0.036 0.000 0.280 0.684
#> SRR816945 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432 2 0.2464 0.7638 0.000 0.888 0.000 0.096 0.016
#> SRR1359280 2 0.0510 0.7895 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1313910 4 0.3550 0.6872 0.000 0.236 0.000 0.760 0.004
#> SRR1457315 5 0.5233 0.5964 0.000 0.004 0.164 0.136 0.696
#> SRR815398 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958 3 0.0290 0.9450 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR600688 5 0.4719 0.6169 0.000 0.008 0.156 0.088 0.748
#> SRR1098952 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916 3 0.0794 0.9404 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR614167 3 0.3109 0.7075 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1348114 4 0.3728 0.6802 0.000 0.244 0.000 0.748 0.008
#> SRR658033 2 0.0290 0.7929 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1077503 3 0.0290 0.9439 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR661854 3 0.0290 0.9451 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR811379 4 0.6784 0.2303 0.000 0.280 0.000 0.368 0.352
#> SRR1318857 4 0.4192 0.4055 0.000 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR656445 3 0.0162 0.9446 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1433044 2 0.0609 0.7874 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1486391 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071 5 0.4375 0.4433 0.000 0.000 0.420 0.004 0.576
#> SRR1364824 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745 3 0.0566 0.9406 0.000 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR601038 3 0.0404 0.9425 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1360080 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868 3 0.3214 0.8095 0.000 0.000 0.844 0.036 0.120
#> SRR1485997 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560 4 0.1082 0.6010 0.000 0.008 0.000 0.964 0.028
#> SRR1333330 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513 3 0.6638 -0.1720 0.000 0.000 0.436 0.328 0.236
#> SRR1328407 3 0.1507 0.9192 0.000 0.012 0.952 0.012 0.024
#> SRR602784 3 0.0290 0.9439 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1348468 4 0.3146 0.5922 0.000 0.028 0.000 0.844 0.128
#> SRR663717 4 0.3628 0.7022 0.000 0.216 0.000 0.772 0.012
#> SRR602217 2 0.5203 0.2833 0.000 0.608 0.332 0.060 0.000
#> SRR603140 3 0.1901 0.9013 0.000 0.004 0.932 0.024 0.040
#> SRR1340804 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574 3 0.0404 0.9448 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1333462 2 0.0865 0.7823 0.000 0.972 0.004 0.000 0.024
#> SRR1094601 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610 4 0.3695 0.3147 0.000 0.000 0.164 0.800 0.036
#> SRR1435833 2 0.3819 0.6481 0.000 0.756 0.000 0.228 0.016
#> SRR1398728 2 0.4450 -0.0672 0.000 0.508 0.000 0.488 0.004
#> SRR1358343 5 0.3958 0.4450 0.000 0.044 0.000 0.176 0.780
#> SRR1410890 2 0.3957 0.5257 0.000 0.712 0.000 0.280 0.008
#> SRR1350371 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478 2 0.4367 0.2329 0.000 0.580 0.000 0.416 0.004
#> SRR1099260 3 0.0290 0.9439 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1433576 3 0.0771 0.9430 0.000 0.000 0.976 0.004 0.020
#> SRR1345541 5 0.4687 0.5871 0.000 0.028 0.336 0.000 0.636
#> SRR1086328 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391 3 0.0794 0.9404 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1476207 3 0.0609 0.9398 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR627435 5 0.4527 0.6168 0.000 0.064 0.204 0.000 0.732
#> SRR1489862 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191 3 0.0963 0.9358 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1490115 3 0.0290 0.9451 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1377714 3 0.2951 0.7943 0.000 0.112 0.860 0.000 0.028
#> SRR819394 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161 2 0.3521 0.6716 0.012 0.808 0.000 0.008 0.172
#> SRR607042 3 0.0290 0.9439 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR656203 2 0.3141 0.7386 0.000 0.832 0.000 0.152 0.016
#> SRR660602 3 0.0290 0.9439 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1440397 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249 4 0.3913 0.5694 0.000 0.324 0.000 0.676 0.000
#> SRR661242 2 0.6035 0.3371 0.000 0.556 0.004 0.124 0.316
#> SRR1332007 3 0.0290 0.9439 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR809619 4 0.3884 0.6301 0.000 0.288 0.000 0.708 0.004
#> SRR819975 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281 2 0.0162 0.7942 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR662366 3 0.0794 0.9404 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1317898 3 0.0609 0.9434 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1382485 5 0.4770 0.3534 0.000 0.036 0.000 0.320 0.644
#> SRR2166420 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541 3 0.0609 0.9434 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR817444 3 0.0404 0.9428 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1320403 2 0.1043 0.7990 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1101483 4 0.2471 0.6948 0.000 0.136 0.000 0.864 0.000
#> SRR1331684 3 0.0290 0.9439 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1400054 5 0.5917 0.5666 0.000 0.000 0.224 0.180 0.596
#> SRR1406088 4 0.4227 0.3576 0.000 0.420 0.000 0.580 0.000
#> SRR820733 5 0.4950 0.2189 0.000 0.016 0.008 0.424 0.552
#> SRR1314113 5 0.3663 0.5067 0.000 0.000 0.016 0.208 0.776
#> SRR1382615 3 0.0290 0.9439 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1480745 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850 2 0.0510 0.7895 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR656782 3 0.1012 0.9370 0.000 0.000 0.968 0.020 0.012
#> SRR821364 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295 3 0.3967 0.5225 0.000 0.264 0.724 0.000 0.012
#> SRR1357103 3 0.0290 0.9439 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR809185 2 0.4707 0.6015 0.000 0.708 0.000 0.228 0.064
#> SRR811583 2 0.0566 0.7984 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1468050 1 0.0000 0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224 2 0.1168 0.7991 0.000 0.960 0.000 0.032 0.008
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1500170 4 0.3288 0.59297 0.000 0.276 0.000 0.724 0.000 0.000
#> SRR1402368 3 0.3413 0.78140 0.000 0.000 0.812 0.000 0.108 0.080
#> SRR607743 2 0.6450 -0.20977 0.000 0.400 0.384 0.000 0.184 0.032
#> SRR1457375 2 0.2135 0.74754 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000 0.000
#> SRR1470923 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785 3 0.1010 0.87142 0.000 0.000 0.960 0.000 0.036 0.004
#> SRR814768 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031 2 0.0547 0.75904 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1363611 4 0.2911 0.71828 0.000 0.144 0.000 0.832 0.024 0.000
#> SRR1468447 2 0.0790 0.76096 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1071931 6 0.4659 0.30753 0.000 0.048 0.000 0.336 0.004 0.612
#> SRR810981 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299 2 0.0713 0.76065 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR663585 3 0.0713 0.88205 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1326773 2 0.3860 0.47237 0.000 0.728 0.236 0.000 0.000 0.036
#> SRR1351166 4 0.2668 0.70480 0.000 0.168 0.000 0.828 0.004 0.000
#> SRR1477452 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720 3 0.0363 0.88437 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1420320 4 0.2595 0.70624 0.000 0.160 0.000 0.836 0.000 0.004
#> SRR1081712 2 0.3428 0.57903 0.000 0.696 0.000 0.304 0.000 0.000
#> SRR1318241 3 0.4123 0.24232 0.000 0.000 0.568 0.012 0.420 0.000
#> SRR1333718 3 0.0000 0.88398 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313514 2 0.0146 0.75193 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1477861 3 0.0146 0.88339 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1318005 2 0.0603 0.74190 0.000 0.980 0.016 0.000 0.004 0.000
#> SRR1354665 2 0.2762 0.70273 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000 0.000
#> SRR657707 3 0.4396 0.35847 0.000 0.000 0.612 0.036 0.352 0.000
#> SRR1370742 3 0.1753 0.85352 0.000 0.000 0.912 0.000 0.004 0.084
#> SRR1412947 2 0.3221 0.63743 0.000 0.736 0.000 0.264 0.000 0.000
#> SRR661553 6 0.5107 0.37914 0.000 0.064 0.000 0.284 0.024 0.628
#> SRR1328869 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211 2 0.3782 0.35081 0.000 0.588 0.000 0.412 0.000 0.000
#> SRR1348181 3 0.3390 0.57555 0.000 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR1416560 3 0.1327 0.86582 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1319772 3 0.1349 0.85458 0.000 0.004 0.940 0.000 0.056 0.000
#> SRR1091452 6 0.5705 -0.04516 0.000 0.164 0.000 0.380 0.000 0.456
#> SRR1338812 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072 2 0.3101 0.66122 0.000 0.756 0.000 0.244 0.000 0.000
#> SRR814844 4 0.4652 -0.00887 0.000 0.012 0.000 0.496 0.020 0.472
#> SRR1376619 3 0.0547 0.88377 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR603690 2 0.1524 0.76092 0.000 0.932 0.000 0.060 0.000 0.008
#> SRR2184980 4 0.3765 0.36365 0.000 0.404 0.000 0.596 0.000 0.000
#> SRR613963 6 0.3329 0.46055 0.000 0.004 0.000 0.220 0.008 0.768
#> SRR1323422 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673 3 0.0146 0.88431 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1434650 3 0.1124 0.86451 0.000 0.008 0.956 0.000 0.036 0.000
#> SRR659875 3 0.0000 0.88398 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465734 3 0.3482 0.51691 0.000 0.000 0.684 0.000 0.316 0.000
#> SRR1076847 2 0.0146 0.74618 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1415072 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319 3 0.0146 0.88427 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR663088 5 0.5689 0.33654 0.008 0.196 0.000 0.012 0.608 0.176
#> SRR1352021 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935 4 0.3068 0.71376 0.000 0.088 0.000 0.840 0.000 0.072
#> SRR1352530 3 0.0790 0.87997 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR662594 3 0.3136 0.70805 0.000 0.000 0.796 0.000 0.188 0.016
#> SRR1095309 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647 3 0.1007 0.87496 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR813019 3 0.2482 0.76540 0.000 0.004 0.848 0.000 0.148 0.000
#> SRR1374647 2 0.4420 0.64418 0.000 0.716 0.088 0.192 0.000 0.004
#> SRR603472 3 0.0405 0.88192 0.000 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
#> SRR661529 6 0.2416 0.50110 0.000 0.000 0.156 0.000 0.000 0.844
#> SRR607018 3 0.0000 0.88398 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627423 6 0.4182 0.43502 0.000 0.040 0.000 0.256 0.004 0.700
#> SRR654921 4 0.2265 0.65197 0.000 0.000 0.000 0.896 0.052 0.052
#> SRR1418968 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871 3 0.0547 0.88333 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1330522 3 0.0865 0.88006 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1499958 4 0.3266 0.59995 0.000 0.272 0.000 0.728 0.000 0.000
#> SRR614059 6 0.3937 0.36077 0.000 0.000 0.424 0.004 0.000 0.572
#> SRR1071403 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719 2 0.3198 0.58821 0.000 0.740 0.000 0.260 0.000 0.000
#> SRR1440421 2 0.0458 0.75760 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1310412 6 0.6505 0.10942 0.000 0.000 0.212 0.032 0.320 0.436
#> SRR614767 2 0.3266 0.62701 0.000 0.728 0.000 0.272 0.000 0.000
#> SRR820709 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093 3 0.0000 0.88398 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088168 3 0.0000 0.88398 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418707 2 0.3828 0.23802 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000 0.000
#> SRR1354291 2 0.0260 0.75393 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2165806 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684 6 0.5587 -0.00974 0.000 0.124 0.000 0.396 0.004 0.476
#> SRR1433860 3 0.0865 0.87922 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1311062 2 0.3175 0.64750 0.000 0.744 0.000 0.256 0.000 0.000
#> SRR1360359 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385 3 0.0547 0.88310 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR615407 2 0.3684 0.54080 0.000 0.664 0.004 0.332 0.000 0.000
#> SRR1413892 3 0.0260 0.88414 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1443459 4 0.2618 0.72696 0.000 0.116 0.000 0.860 0.024 0.000
#> SRR1338942 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480 3 0.2454 0.75333 0.000 0.000 0.840 0.000 0.160 0.000
#> SRR1399433 4 0.3101 0.63053 0.000 0.244 0.000 0.756 0.000 0.000
#> SRR818537 3 0.0146 0.88339 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1101324 4 0.4844 -0.26218 0.000 0.000 0.012 0.500 0.456 0.032
#> SRR807637 2 0.4034 0.49896 0.012 0.724 0.000 0.012 0.244 0.008
#> SRR1091918 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300 6 0.5593 0.30512 0.000 0.004 0.308 0.004 0.132 0.552
#> SRR1085426 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.3428 0.57663 0.000 0.696 0.000 0.304 0.000 0.000
#> SRR813891 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431 2 0.3748 0.42059 0.000 0.688 0.000 0.012 0.300 0.000
#> SRR658742 6 0.3274 0.51397 0.000 0.000 0.096 0.080 0.000 0.824
#> SRR1419234 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813 4 0.3869 -0.02949 0.000 0.500 0.000 0.500 0.000 0.000
#> SRR603496 3 0.0405 0.88147 0.000 0.004 0.988 0.000 0.008 0.000
#> SRR1407758 3 0.0790 0.88104 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR810945 4 0.5990 0.16935 0.000 0.088 0.008 0.512 0.360 0.032
#> SRR817234 2 0.0000 0.74919 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444852 3 0.1556 0.85826 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR660378 3 0.0458 0.88358 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1467835 4 0.3852 0.53665 0.000 0.324 0.000 0.664 0.012 0.000
#> SRR1338964 3 0.3547 0.54258 0.000 0.000 0.696 0.004 0.300 0.000
#> SRR1079259 4 0.4209 -0.01852 0.000 0.000 0.020 0.596 0.384 0.000
#> SRR1072345 5 0.4357 -0.05274 0.000 0.004 0.492 0.004 0.492 0.008
#> SRR598725 3 0.3558 0.69394 0.000 0.000 0.760 0.000 0.028 0.212
#> SRR1447938 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460 4 0.1245 0.71064 0.000 0.032 0.000 0.952 0.000 0.016
#> SRR1429468 4 0.3271 0.65947 0.000 0.232 0.000 0.760 0.008 0.000
#> SRR1446850 4 0.5277 0.34823 0.000 0.340 0.000 0.556 0.004 0.100
#> SRR1320363 3 0.0914 0.88087 0.000 0.000 0.968 0.000 0.016 0.016
#> SRR1413810 3 0.1267 0.86768 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR598831 4 0.3309 0.58929 0.000 0.280 0.000 0.720 0.000 0.000
#> SRR1381865 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957 3 0.1444 0.86243 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1491332 3 0.0260 0.88414 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1099744 2 0.3684 0.44698 0.000 0.628 0.000 0.372 0.000 0.000
#> SRR1464618 4 0.1426 0.68666 0.000 0.016 0.000 0.948 0.028 0.008
#> SRR1414559 6 0.3826 0.26267 0.000 0.012 0.000 0.016 0.236 0.736
#> SRR1337540 5 0.3299 0.43654 0.000 0.092 0.000 0.012 0.836 0.060
#> SRR1444283 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942 3 0.4911 0.04809 0.000 0.000 0.524 0.000 0.064 0.412
#> SRR660295 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335 3 0.1141 0.87221 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1363742 3 0.0146 0.88444 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1345847 4 0.1745 0.65161 0.000 0.012 0.000 0.920 0.068 0.000
#> SRR614960 3 0.3886 0.61145 0.000 0.000 0.708 0.000 0.028 0.264
#> SRR819919 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330 2 0.0692 0.72337 0.000 0.976 0.020 0.000 0.004 0.000
#> SRR1327951 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266 4 0.1728 0.72151 0.000 0.064 0.000 0.924 0.004 0.008
#> SRR1338055 2 0.0146 0.74602 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1430157 4 0.2527 0.64181 0.000 0.024 0.000 0.868 0.108 0.000
#> SRR1320137 2 0.0405 0.75181 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR1093483 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913 6 0.3862 0.16696 0.000 0.000 0.476 0.000 0.000 0.524
#> SRR2170490 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845 6 0.4834 0.43872 0.000 0.000 0.340 0.060 0.004 0.596
#> SRR1436420 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060 3 0.0000 0.88398 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662282 3 0.1327 0.86547 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1487089 6 0.4968 0.29116 0.000 0.004 0.000 0.352 0.068 0.576
#> SRR1075683 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880 4 0.3678 0.64148 0.000 0.220 0.000 0.752 0.004 0.024
#> SRR1453456 3 0.0547 0.88333 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1457895 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603 3 0.0436 0.88391 0.000 0.004 0.988 0.000 0.004 0.004
#> SRR658633 2 0.2178 0.74581 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000 0.000
#> SRR1388081 4 0.5288 0.35561 0.000 0.100 0.000 0.552 0.004 0.344
#> SRR813339 3 0.0547 0.88365 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR809725 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441 2 0.0291 0.74238 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR613603 3 0.2668 0.74617 0.000 0.004 0.828 0.000 0.168 0.000
#> SRR1096571 3 0.0790 0.88066 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1392701 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693 4 0.3547 0.49647 0.000 0.332 0.000 0.668 0.000 0.000
#> SRR660697 2 0.3659 0.46527 0.000 0.636 0.000 0.364 0.000 0.000
#> SRR1489926 3 0.4516 0.60205 0.000 0.012 0.708 0.000 0.068 0.212
#> SRR811491 3 0.0790 0.88194 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1311644 5 0.6088 0.31243 0.000 0.000 0.012 0.368 0.440 0.180
#> SRR1451740 3 0.2562 0.77041 0.000 0.000 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR615117 3 0.0291 0.88257 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1391748 4 0.2768 0.70675 0.000 0.156 0.000 0.832 0.000 0.012
#> SRR1466556 3 0.0937 0.87836 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR614972 3 0.0458 0.88416 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1406200 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210 4 0.4199 0.40132 0.000 0.380 0.000 0.600 0.020 0.000
#> SRR662174 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236 6 0.4860 0.47371 0.000 0.000 0.292 0.068 0.008 0.632
#> SRR1312598 4 0.3810 0.25076 0.000 0.428 0.000 0.572 0.000 0.000
#> SRR1330129 2 0.1863 0.75555 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000 0.000
#> SRR1357781 2 0.0146 0.74618 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1315517 2 0.0000 0.74919 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400032 3 0.2219 0.81512 0.000 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136
#> SRR1413722 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827 3 0.2454 0.78332 0.000 0.000 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR814794 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509 4 0.1564 0.71205 0.000 0.040 0.000 0.936 0.024 0.000
#> SRR808728 3 0.1204 0.85287 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1070813 4 0.3587 0.63571 0.000 0.068 0.000 0.792 0.140 0.000
#> SRR1389133 6 0.5667 0.30037 0.000 0.004 0.332 0.008 0.120 0.536
#> SRR601263 3 0.3965 0.34048 0.000 0.000 0.604 0.008 0.388 0.000
#> SRR604718 4 0.2179 0.70283 0.000 0.036 0.000 0.900 0.064 0.000
#> SRR1481351 3 0.0291 0.88257 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1334608 3 0.0000 0.88398 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658681 3 0.0363 0.88410 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR809283 2 0.2623 0.74350 0.000 0.852 0.000 0.132 0.000 0.016
#> SRR1459300 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547 3 0.0000 0.88398 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811049 5 0.4573 0.28478 0.000 0.000 0.372 0.044 0.584 0.000
#> SRR1464835 4 0.5899 0.24614 0.000 0.160 0.000 0.460 0.008 0.372
#> SRR1339619 4 0.1421 0.70348 0.000 0.028 0.000 0.944 0.028 0.000
#> SRR658501 3 0.1204 0.86984 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1447523 3 0.1471 0.86701 0.000 0.000 0.932 0.000 0.004 0.064
#> SRR1415048 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348 4 0.2538 0.72392 0.000 0.124 0.000 0.860 0.000 0.016
#> SRR603890 2 0.0146 0.75193 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR810595 3 0.0632 0.88276 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1446244 4 0.1958 0.72797 0.000 0.100 0.000 0.896 0.000 0.004
#> SRR817373 4 0.3867 0.00226 0.000 0.488 0.000 0.512 0.000 0.000
#> SRR1457291 4 0.3838 0.15411 0.000 0.448 0.000 0.552 0.000 0.000
#> SRR598220 3 0.3489 0.79614 0.000 0.008 0.828 0.008 0.100 0.056
#> SRR1477991 2 0.3050 0.66660 0.000 0.764 0.000 0.236 0.000 0.000
#> SRR598172 2 0.0146 0.75165 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1349032 4 0.2362 0.58192 0.000 0.004 0.000 0.860 0.136 0.000
#> SRR604002 3 0.4494 0.54082 0.000 0.216 0.692 0.000 0.092 0.000
#> SRR1378026 3 0.0291 0.88257 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1404401 2 0.0146 0.74618 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1333240 3 0.4859 0.34723 0.000 0.056 0.604 0.008 0.332 0.000
#> SRR1089399 2 0.3828 0.25399 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000 0.000
#> SRR603421 2 0.0146 0.74602 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR812562 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520 3 0.0260 0.88273 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR811839 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317 4 0.4030 0.70286 0.000 0.172 0.000 0.748 0.080 0.000
#> SRR1436763 4 0.5887 0.30049 0.000 0.328 0.000 0.456 0.216 0.000
#> SRR1486021 2 0.3817 0.29770 0.000 0.568 0.000 0.432 0.000 0.000
#> SRR1465018 2 0.0146 0.75165 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1080998 3 0.4144 0.38034 0.000 0.000 0.620 0.020 0.360 0.000
#> SRR1083432 3 0.0713 0.88166 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1082833 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536 3 0.1327 0.86582 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR614011 4 0.2778 0.70571 0.000 0.168 0.000 0.824 0.008 0.000
#> SRR1365873 2 0.1204 0.76163 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> SRR1498789 2 0.1141 0.76173 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR601581 4 0.2474 0.63661 0.000 0.004 0.000 0.884 0.080 0.032
#> SRR603566 3 0.0146 0.88339 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1373981 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410 2 0.2697 0.71135 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000 0.000
#> SRR1076511 5 0.3101 0.40713 0.000 0.032 0.000 0.000 0.820 0.148
#> SRR614143 3 0.5733 0.06226 0.000 0.000 0.488 0.000 0.328 0.184
#> SRR1333570 3 0.3541 0.63840 0.000 0.000 0.728 0.000 0.012 0.260
#> SRR1366813 4 0.3309 0.58903 0.000 0.280 0.000 0.720 0.000 0.000
#> SRR1388746 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558 6 0.4045 0.40422 0.000 0.000 0.124 0.000 0.120 0.756
#> SRR1409510 3 0.1075 0.87503 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR816250 2 0.3076 0.66363 0.000 0.760 0.000 0.240 0.000 0.000
#> SRR614131 6 0.4719 0.42618 0.000 0.100 0.000 0.216 0.004 0.680
#> SRR1331130 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015 3 0.2854 0.72228 0.000 0.000 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR1470798 3 0.0937 0.87823 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR614179 3 0.0405 0.88459 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1474863 2 0.2048 0.75012 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000 0.000
#> SRR813560 4 0.2445 0.63187 0.000 0.020 0.000 0.872 0.108 0.000
#> SRR1312187 4 0.2311 0.64451 0.000 0.016 0.000 0.880 0.104 0.000
#> SRR1420960 3 0.0790 0.88048 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1355102 3 0.1556 0.85826 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1084577 3 0.0713 0.88185 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR659971 4 0.2730 0.71503 0.000 0.152 0.000 0.836 0.012 0.000
#> SRR1350855 4 0.0806 0.69693 0.000 0.008 0.000 0.972 0.000 0.020
#> SRR820779 3 0.0790 0.87991 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1476300 3 0.2003 0.83269 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1090907 4 0.3269 0.69098 0.000 0.184 0.000 0.792 0.024 0.000
#> SRR662294 2 0.0146 0.75165 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1480789 3 0.0291 0.88257 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1336263 4 0.1116 0.69630 0.000 0.008 0.000 0.960 0.004 0.028
#> SRR660776 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508 2 0.5387 0.15346 0.000 0.604 0.108 0.000 0.272 0.016
#> SRR615563 4 0.3578 0.18849 0.000 0.000 0.000 0.660 0.340 0.000
#> SRR1101175 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650 3 0.0146 0.88339 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1431205 2 0.0146 0.75165 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1339856 2 0.3971 0.22122 0.000 0.548 0.000 0.448 0.000 0.004
#> SRR1352147 2 0.3866 0.08728 0.000 0.516 0.000 0.484 0.000 0.000
#> SRR808968 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419 2 0.3531 0.52927 0.000 0.672 0.000 0.328 0.000 0.000
#> SRR1402391 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609 3 0.0146 0.88427 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2167857 3 0.3991 0.11708 0.000 0.472 0.524 0.000 0.004 0.000
#> SRR1398752 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437 2 0.3843 0.21312 0.000 0.548 0.000 0.452 0.000 0.000
#> SRR1416955 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064 2 0.2669 0.73146 0.000 0.836 0.000 0.156 0.000 0.008
#> SRR659001 4 0.2491 0.55181 0.000 0.000 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR2170696 4 0.3899 -0.01634 0.000 0.000 0.000 0.592 0.404 0.004
#> SRR816589 3 0.0000 0.88398 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1087487 3 0.0790 0.88066 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1329485 3 0.1327 0.86585 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR816920 5 0.4260 0.25565 0.000 0.000 0.016 0.472 0.512 0.000
#> SRR1341432 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590 4 0.3280 0.63495 0.000 0.028 0.000 0.808 0.004 0.160
#> SRR817046 3 0.0291 0.88423 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1471331 3 0.0790 0.88031 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR660788 5 0.4591 0.30567 0.000 0.000 0.036 0.464 0.500 0.000
#> SRR819234 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853 3 0.0291 0.88257 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR809427 5 0.4660 0.17082 0.000 0.044 0.000 0.416 0.540 0.000
#> SRR2170217 4 0.3547 0.55089 0.000 0.300 0.000 0.696 0.000 0.004
#> SRR1386967 3 0.0146 0.88459 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1420344 4 0.4181 0.06495 0.000 0.476 0.000 0.512 0.012 0.000
#> SRR1334535 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503 5 0.4609 0.37657 0.000 0.296 0.000 0.008 0.648 0.048
#> SRR602564 6 0.3812 0.44060 0.000 0.044 0.040 0.032 0.052 0.832
#> SRR1420669 6 0.3996 0.35894 0.000 0.004 0.008 0.352 0.000 0.636
#> SRR819024 3 0.0260 0.88454 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR656223 3 0.0458 0.88358 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR608428 2 0.2454 0.73113 0.000 0.840 0.000 0.160 0.000 0.000
#> SRR1345647 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324 2 0.0806 0.75857 0.000 0.972 0.000 0.020 0.008 0.000
#> SRR1361368 4 0.2494 0.72750 0.000 0.120 0.000 0.864 0.016 0.000
#> SRR1322619 4 0.3867 0.01243 0.000 0.488 0.000 0.512 0.000 0.000
#> SRR1349276 4 0.2507 0.70217 0.000 0.040 0.000 0.884 0.004 0.072
#> SRR1404024 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637 4 0.2066 0.71944 0.000 0.072 0.000 0.904 0.024 0.000
#> SRR1452631 4 0.2800 0.65297 0.000 0.004 0.000 0.860 0.036 0.100
#> SRR608392 3 0.0146 0.88427 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1357757 3 0.7092 -0.12730 0.000 0.276 0.416 0.000 0.216 0.092
#> SRR1074646 4 0.1421 0.68944 0.000 0.000 0.000 0.944 0.028 0.028
#> SRR1367499 3 0.0146 0.88431 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1343501 3 0.0405 0.88147 0.000 0.004 0.988 0.000 0.008 0.000
#> SRR1394406 6 0.6803 -0.14826 0.000 0.000 0.040 0.300 0.300 0.360
#> SRR1381435 3 0.0146 0.88444 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1467407 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422 3 0.3732 0.68265 0.000 0.144 0.780 0.000 0.076 0.000
#> SRR1380270 3 0.0000 0.88398 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091817 2 0.1814 0.75565 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000 0.000
#> SRR1440137 2 0.3309 0.61610 0.000 0.720 0.000 0.280 0.000 0.000
#> SRR614311 4 0.2378 0.71326 0.000 0.152 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1407516 2 0.5682 0.55776 0.000 0.612 0.000 0.248 0.064 0.076
#> SRR815494 3 0.1556 0.85759 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1333209 4 0.1625 0.67026 0.000 0.012 0.000 0.928 0.060 0.000
#> SRR615177 5 0.4572 0.38652 0.000 0.244 0.000 0.032 0.692 0.032
#> SRR1099648 3 0.0000 0.88398 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659720 3 0.4377 0.14479 0.000 0.000 0.540 0.024 0.436 0.000
#> SRR2185057 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468 5 0.3608 0.47007 0.000 0.000 0.012 0.248 0.736 0.004
#> SRR660042 6 0.3081 0.49342 0.000 0.000 0.220 0.000 0.004 0.776
#> SRR2170864 2 0.2003 0.75153 0.000 0.884 0.000 0.116 0.000 0.000
#> SRR1440491 4 0.5629 0.26468 0.000 0.152 0.000 0.472 0.000 0.376
#> SRR1440852 3 0.1007 0.87651 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR811169 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311 4 0.2896 0.70388 0.000 0.160 0.000 0.824 0.000 0.016
#> SRR818009 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836 2 0.5022 0.53833 0.000 0.640 0.000 0.156 0.204 0.000
#> SRR1498313 2 0.1625 0.66258 0.000 0.928 0.060 0.000 0.012 0.000
#> SRR1441975 2 0.3756 0.38154 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000 0.000
#> SRR819096 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679 3 0.6391 0.06618 0.000 0.052 0.492 0.048 0.368 0.040
#> SRR1489116 3 0.0146 0.88339 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1354138 3 0.1714 0.84736 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1490589 3 0.4530 0.63863 0.000 0.000 0.704 0.000 0.160 0.136
#> SRR1412987 4 0.1074 0.69207 0.000 0.000 0.000 0.960 0.012 0.028
#> SRR602034 3 0.1267 0.86818 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1353437 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871 3 0.4056 0.27570 0.000 0.004 0.576 0.000 0.416 0.004
#> SRR661577 2 0.4568 0.47903 0.000 0.612 0.000 0.344 0.040 0.004
#> SRR612190 6 0.4305 0.43309 0.000 0.056 0.000 0.260 0.000 0.684
#> SRR1399880 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787 4 0.3221 0.37962 0.000 0.000 0.000 0.736 0.264 0.000
#> SRR657869 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141 3 0.1267 0.86768 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1476697 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538 4 0.1938 0.71215 0.000 0.040 0.000 0.920 0.004 0.036
#> SRR1331422 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859 5 0.6233 0.41364 0.000 0.000 0.144 0.212 0.572 0.072
#> SRR1097594 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419 3 0.0632 0.88273 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1336706 3 0.0146 0.88339 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1472976 4 0.3221 0.68955 0.000 0.188 0.000 0.792 0.020 0.000
#> SRR1321307 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461 3 0.0458 0.88373 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1477149 2 0.5837 0.27994 0.000 0.552 0.036 0.308 0.104 0.000
#> SRR1457397 3 0.0436 0.88391 0.000 0.004 0.988 0.000 0.004 0.004
#> SRR661913 6 0.4110 0.37624 0.000 0.000 0.376 0.000 0.016 0.608
#> SRR1069024 3 0.0146 0.88339 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2165634 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722 3 0.2266 0.83104 0.000 0.000 0.880 0.000 0.012 0.108
#> SRR1328642 2 0.3138 0.73229 0.000 0.832 0.060 0.108 0.000 0.000
#> SRR1488261 6 0.3747 0.39359 0.000 0.000 0.396 0.000 0.000 0.604
#> SRR1318815 4 0.4159 0.21396 0.000 0.000 0.000 0.588 0.016 0.396
#> SRR816945 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432 2 0.5577 0.23636 0.000 0.452 0.000 0.120 0.424 0.004
#> SRR1359280 2 0.0000 0.74919 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313910 4 0.1926 0.66802 0.000 0.020 0.000 0.912 0.068 0.000
#> SRR1457315 6 0.5235 0.48074 0.000 0.000 0.128 0.260 0.004 0.608
#> SRR815398 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958 3 0.0000 0.88398 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600688 6 0.3905 0.52141 0.000 0.000 0.136 0.076 0.008 0.780
#> SRR1098952 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916 3 0.1501 0.85866 0.000 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR614167 3 0.3371 0.54873 0.000 0.000 0.708 0.000 0.000 0.292
#> SRR1348114 4 0.1341 0.69701 0.000 0.024 0.000 0.948 0.028 0.000
#> SRR658033 2 0.1204 0.76100 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> SRR1077503 3 0.1219 0.86228 0.000 0.000 0.948 0.000 0.048 0.004
#> SRR661854 3 0.1843 0.84194 0.000 0.004 0.912 0.000 0.004 0.080
#> SRR811379 4 0.3263 0.62112 0.000 0.020 0.000 0.800 0.004 0.176
#> SRR1318857 4 0.2474 0.71844 0.000 0.080 0.000 0.880 0.040 0.000
#> SRR656445 3 0.0000 0.88398 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433044 2 0.0000 0.74919 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486391 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071 6 0.4903 0.33512 0.000 0.000 0.380 0.000 0.068 0.552
#> SRR1364824 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745 3 0.0146 0.88339 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR601038 3 0.0146 0.88339 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1360080 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868 5 0.4768 0.19776 0.000 0.000 0.416 0.000 0.532 0.052
#> SRR1485997 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560 4 0.3482 0.24727 0.000 0.000 0.000 0.684 0.316 0.000
#> SRR1333330 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513 5 0.2948 0.44246 0.000 0.012 0.084 0.000 0.860 0.044
#> SRR1328407 3 0.4045 0.54738 0.000 0.004 0.700 0.028 0.268 0.000
#> SRR602784 3 0.0000 0.88398 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348468 4 0.1341 0.67692 0.000 0.000 0.000 0.948 0.028 0.024
#> SRR663717 4 0.1418 0.70330 0.000 0.032 0.000 0.944 0.024 0.000
#> SRR602217 3 0.4992 -0.15898 0.000 0.068 0.468 0.464 0.000 0.000
#> SRR603140 3 0.4296 0.16199 0.000 0.008 0.544 0.008 0.440 0.000
#> SRR1340804 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574 3 0.0000 0.88398 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333462 2 0.0146 0.74618 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1094601 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610 4 0.5123 -0.24250 0.000 0.000 0.084 0.508 0.408 0.000
#> SRR1435833 4 0.3756 0.45568 0.000 0.352 0.000 0.644 0.004 0.000
#> SRR1398728 4 0.3867 0.67376 0.000 0.200 0.000 0.748 0.052 0.000
#> SRR1358343 6 0.5112 -0.01852 0.000 0.020 0.000 0.452 0.040 0.488
#> SRR1410890 4 0.5531 0.14439 0.000 0.416 0.000 0.452 0.132 0.000
#> SRR1350371 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478 4 0.3770 0.70818 0.000 0.148 0.000 0.776 0.076 0.000
#> SRR1099260 3 0.0146 0.88339 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1433576 3 0.2350 0.81807 0.000 0.000 0.888 0.076 0.000 0.036
#> SRR1345541 6 0.3265 0.48334 0.000 0.004 0.248 0.000 0.000 0.748
#> SRR1086328 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391 3 0.1610 0.85545 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1476207 3 0.3636 0.51095 0.000 0.004 0.676 0.000 0.320 0.000
#> SRR627435 6 0.3101 0.49764 0.000 0.032 0.148 0.000 0.000 0.820
#> SRR1489862 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191 3 0.1663 0.85123 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1490115 3 0.0508 0.88255 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1377714 3 0.3819 0.43848 0.000 0.340 0.652 0.000 0.008 0.000
#> SRR819394 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161 2 0.3345 0.62416 0.000 0.776 0.000 0.020 0.000 0.204
#> SRR607042 3 0.0291 0.88257 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR656203 4 0.3774 0.29767 0.000 0.408 0.000 0.592 0.000 0.000
#> SRR660602 3 0.0458 0.87958 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1440397 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249 4 0.1616 0.71189 0.000 0.048 0.000 0.932 0.020 0.000
#> SRR661242 6 0.4836 0.20914 0.000 0.052 0.000 0.380 0.004 0.564
#> SRR1332007 3 0.0551 0.88475 0.000 0.004 0.984 0.000 0.004 0.008
#> SRR809619 4 0.2318 0.71684 0.000 0.064 0.000 0.892 0.044 0.000
#> SRR819975 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281 2 0.1765 0.75657 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000 0.000
#> SRR662366 3 0.0713 0.88244 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1317898 3 0.1204 0.87284 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1382485 4 0.3872 0.29455 0.000 0.004 0.000 0.604 0.000 0.392
#> SRR2166420 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541 3 0.0937 0.87806 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR817444 3 0.1387 0.84390 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1320403 2 0.2454 0.73133 0.000 0.840 0.000 0.160 0.000 0.000
#> SRR1101483 4 0.2431 0.61323 0.000 0.008 0.000 0.860 0.132 0.000
#> SRR1331684 3 0.0858 0.88332 0.000 0.000 0.968 0.000 0.004 0.028
#> SRR1400054 6 0.5261 0.49386 0.000 0.000 0.180 0.076 0.064 0.680
#> SRR1406088 4 0.2972 0.72702 0.000 0.128 0.000 0.836 0.036 0.000
#> SRR820733 4 0.4069 0.30070 0.000 0.000 0.004 0.612 0.008 0.376
#> SRR1314113 6 0.3806 0.35544 0.000 0.000 0.000 0.088 0.136 0.776
#> SRR1382615 3 0.0146 0.88339 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1480745 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850 2 0.0458 0.75724 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR656782 3 0.3288 0.58800 0.000 0.000 0.724 0.000 0.276 0.000
#> SRR821364 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295 2 0.3950 -0.01006 0.000 0.564 0.432 0.000 0.004 0.000
#> SRR1357103 3 0.0508 0.87985 0.000 0.004 0.984 0.000 0.012 0.000
#> SRR809185 4 0.4638 0.63432 0.000 0.152 0.000 0.692 0.000 0.156
#> SRR811583 2 0.2450 0.75025 0.000 0.868 0.000 0.116 0.000 0.016
#> SRR1468050 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224 2 0.3499 0.55100 0.000 0.680 0.000 0.320 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17314 rows and 500 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.3577 0.643 0.643
#> 3 3 0.951 0.936 0.954 0.1203 0.970 0.953
#> 4 4 0.855 0.774 0.908 0.0677 0.985 0.975
#> 5 5 0.663 0.728 0.865 0.0919 0.989 0.982
#> 6 6 0.626 0.652 0.830 0.1091 0.899 0.833
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1500170 2 0 1 0 1
#> SRR1402368 2 0 1 0 1
#> SRR607743 2 0 1 0 1
#> SRR1457375 2 0 1 0 1
#> SRR1470923 1 0 1 1 0
#> SRR817954 1 0 1 1 0
#> SRR809259 1 0 1 1 0
#> SRR1439785 2 0 1 0 1
#> SRR814768 1 0 1 1 0
#> SRR1102031 2 0 1 0 1
#> SRR1363611 2 0 1 0 1
#> SRR1468447 2 0 1 0 1
#> SRR1071931 2 0 1 0 1
#> SRR810981 1 0 1 1 0
#> SRR615299 2 0 1 0 1
#> SRR663585 2 0 1 0 1
#> SRR1326773 2 0 1 0 1
#> SRR1351166 2 0 1 0 1
#> SRR1477452 1 0 1 1 0
#> SRR1084720 2 0 1 0 1
#> SRR1420320 2 0 1 0 1
#> SRR1081712 2 0 1 0 1
#> SRR1318241 2 0 1 0 1
#> SRR1333718 2 0 1 0 1
#> SRR1313514 2 0 1 0 1
#> SRR1477861 2 0 1 0 1
#> SRR1318005 2 0 1 0 1
#> SRR1354665 2 0 1 0 1
#> SRR657707 2 0 1 0 1
#> SRR1370742 2 0 1 0 1
#> SRR1412947 2 0 1 0 1
#> SRR661553 2 0 1 0 1
#> SRR1328869 1 0 1 1 0
#> SRR662211 2 0 1 0 1
#> SRR1348181 2 0 1 0 1
#> SRR1416560 2 0 1 0 1
#> SRR1319772 2 0 1 0 1
#> SRR1091452 2 0 1 0 1
#> SRR1338812 1 0 1 1 0
#> SRR1392072 2 0 1 0 1
#> SRR814844 2 0 1 0 1
#> SRR1376619 2 0 1 0 1
#> SRR603690 2 0 1 0 1
#> SRR2184980 2 0 1 0 1
#> SRR613963 2 0 1 0 1
#> SRR1323422 1 0 1 1 0
#> SRR1397673 2 0 1 0 1
#> SRR1434650 2 0 1 0 1
#> SRR659875 2 0 1 0 1
#> SRR1465734 2 0 1 0 1
#> SRR1076847 2 0 1 0 1
#> SRR1415072 1 0 1 1 0
#> SRR659319 2 0 1 0 1
#> SRR663088 2 0 1 0 1
#> SRR1352021 1 0 1 1 0
#> SRR1325527 1 0 1 1 0
#> SRR1105369 1 0 1 1 0
#> SRR659935 2 0 1 0 1
#> SRR1352530 2 0 1 0 1
#> SRR662594 2 0 1 0 1
#> SRR1095309 1 0 1 1 0
#> SRR615647 2 0 1 0 1
#> SRR813019 2 0 1 0 1
#> SRR1374647 2 0 1 0 1
#> SRR603472 2 0 1 0 1
#> SRR661529 2 0 1 0 1
#> SRR607018 2 0 1 0 1
#> SRR627423 2 0 1 0 1
#> SRR654921 2 0 1 0 1
#> SRR1418968 1 0 1 1 0
#> SRR660871 2 0 1 0 1
#> SRR1330522 2 0 1 0 1
#> SRR1499958 2 0 1 0 1
#> SRR614059 2 0 1 0 1
#> SRR1071403 1 0 1 1 0
#> SRR1486719 2 0 1 0 1
#> SRR1440421 2 0 1 0 1
#> SRR1310412 2 0 1 0 1
#> SRR614767 2 0 1 0 1
#> SRR820709 1 0 1 1 0
#> SRR1471500 1 0 1 1 0
#> SRR658093 2 0 1 0 1
#> SRR1088168 2 0 1 0 1
#> SRR1418707 2 0 1 0 1
#> SRR1354291 2 0 1 0 1
#> SRR2165806 1 0 1 1 0
#> SRR1415684 2 0 1 0 1
#> SRR1433860 2 0 1 0 1
#> SRR1311062 2 0 1 0 1
#> SRR1360359 1 0 1 1 0
#> SRR661385 2 0 1 0 1
#> SRR615407 2 0 1 0 1
#> SRR1413892 2 0 1 0 1
#> SRR1443459 2 0 1 0 1
#> SRR1338942 1 0 1 1 0
#> SRR657480 2 0 1 0 1
#> SRR1399433 2 0 1 0 1
#> SRR818537 2 0 1 0 1
#> SRR1101324 2 0 1 0 1
#> SRR807637 2 0 1 0 1
#> SRR1091918 1 0 1 1 0
#> SRR598300 2 0 1 0 1
#> SRR1085426 1 0 1 1 0
#> SRR1376294 2 0 1 0 1
#> SRR813891 1 0 1 1 0
#> SRR1467431 2 0 1 0 1
#> SRR658742 2 0 1 0 1
#> SRR1419234 1 0 1 1 0
#> SRR1404813 2 0 1 0 1
#> SRR603496 2 0 1 0 1
#> SRR1407758 2 0 1 0 1
#> SRR810945 2 0 1 0 1
#> SRR817234 2 0 1 0 1
#> SRR1444852 2 0 1 0 1
#> SRR660378 2 0 1 0 1
#> SRR1467835 2 0 1 0 1
#> SRR1338964 2 0 1 0 1
#> SRR1079259 2 0 1 0 1
#> SRR1072345 2 0 1 0 1
#> SRR598725 2 0 1 0 1
#> SRR1447938 1 0 1 1 0
#> SRR1356397 1 0 1 1 0
#> SRR1360460 2 0 1 0 1
#> SRR1429468 2 0 1 0 1
#> SRR1446850 2 0 1 0 1
#> SRR1320363 2 0 1 0 1
#> SRR1413810 2 0 1 0 1
#> SRR598831 2 0 1 0 1
#> SRR1381865 1 0 1 1 0
#> SRR660957 2 0 1 0 1
#> SRR1491332 2 0 1 0 1
#> SRR1099744 2 0 1 0 1
#> SRR1464618 2 0 1 0 1
#> SRR1414559 2 0 1 0 1
#> SRR1337540 2 0 1 0 1
#> SRR1444283 1 0 1 1 0
#> SRR2184942 2 0 1 0 1
#> SRR660295 1 0 1 1 0
#> SRR601335 2 0 1 0 1
#> SRR1363742 2 0 1 0 1
#> SRR1345847 2 0 1 0 1
#> SRR614960 2 0 1 0 1
#> SRR819919 1 0 1 1 0
#> SRR603330 2 0 1 0 1
#> SRR1327951 1 0 1 1 0
#> SRR1401885 1 0 1 1 0
#> SRR1345266 2 0 1 0 1
#> SRR1338055 2 0 1 0 1
#> SRR1430157 2 0 1 0 1
#> SRR1320137 2 0 1 0 1
#> SRR1093483 1 0 1 1 0
#> SRR1341080 1 0 1 1 0
#> SRR1459913 2 0 1 0 1
#> SRR2170490 1 0 1 1 0
#> SRR1479845 2 0 1 0 1
#> SRR1436420 1 0 1 1 0
#> SRR1481060 2 0 1 0 1
#> SRR662282 2 0 1 0 1
#> SRR1487089 2 0 1 0 1
#> SRR1075683 1 0 1 1 0
#> SRR1338536 1 0 1 1 0
#> SRR1338880 2 0 1 0 1
#> SRR1453456 2 0 1 0 1
#> SRR1457895 1 0 1 1 0
#> SRR1440603 2 0 1 0 1
#> SRR658633 2 0 1 0 1
#> SRR1388081 2 0 1 0 1
#> SRR813339 2 0 1 0 1
#> SRR809725 1 0 1 1 0
#> SRR627441 2 0 1 0 1
#> SRR613603 2 0 1 0 1
#> SRR1096571 2 0 1 0 1
#> SRR1392701 1 0 1 1 0
#> SRR1344326 1 0 1 1 0
#> SRR1367693 2 0 1 0 1
#> SRR660697 2 0 1 0 1
#> SRR1489926 2 0 1 0 1
#> SRR811491 2 0 1 0 1
#> SRR1311644 2 0 1 0 1
#> SRR1451740 2 0 1 0 1
#> SRR615117 2 0 1 0 1
#> SRR1391748 2 0 1 0 1
#> SRR1466556 2 0 1 0 1
#> SRR614972 2 0 1 0 1
#> SRR1406200 1 0 1 1 0
#> SRR819210 2 0 1 0 1
#> SRR662174 1 0 1 1 0
#> SRR811988 1 0 1 1 0
#> SRR663236 2 0 1 0 1
#> SRR1312598 2 0 1 0 1
#> SRR1330129 2 0 1 0 1
#> SRR1357781 2 0 1 0 1
#> SRR1315517 2 0 1 0 1
#> SRR1400032 2 0 1 0 1
#> SRR1413722 1 0 1 1 0
#> SRR612827 2 0 1 0 1
#> SRR814794 1 0 1 1 0
#> SRR819430 1 0 1 1 0
#> SRR1395509 2 0 1 0 1
#> SRR808728 2 0 1 0 1
#> SRR1070813 2 0 1 0 1
#> SRR1389133 2 0 1 0 1
#> SRR601263 2 0 1 0 1
#> SRR604718 2 0 1 0 1
#> SRR1481351 2 0 1 0 1
#> SRR1334608 2 0 1 0 1
#> SRR658681 2 0 1 0 1
#> SRR809283 2 0 1 0 1
#> SRR1459300 1 0 1 1 0
#> SRR1392547 2 0 1 0 1
#> SRR811049 2 0 1 0 1
#> SRR1464835 2 0 1 0 1
#> SRR1339619 2 0 1 0 1
#> SRR658501 2 0 1 0 1
#> SRR1447523 2 0 1 0 1
#> SRR1415048 1 0 1 1 0
#> SRR1355451 1 0 1 1 0
#> SRR1444348 2 0 1 0 1
#> SRR603890 2 0 1 0 1
#> SRR810595 2 0 1 0 1
#> SRR1446244 2 0 1 0 1
#> SRR817373 2 0 1 0 1
#> SRR1457291 2 0 1 0 1
#> SRR598220 2 0 1 0 1
#> SRR1477991 2 0 1 0 1
#> SRR598172 2 0 1 0 1
#> SRR1349032 2 0 1 0 1
#> SRR604002 2 0 1 0 1
#> SRR1378026 2 0 1 0 1
#> SRR1404401 2 0 1 0 1
#> SRR1333240 2 0 1 0 1
#> SRR1089399 2 0 1 0 1
#> SRR603421 2 0 1 0 1
#> SRR812562 1 0 1 1 0
#> SRR808520 2 0 1 0 1
#> SRR811839 1 0 1 1 0
#> SRR814317 2 0 1 0 1
#> SRR1436763 2 0 1 0 1
#> SRR1486021 2 0 1 0 1
#> SRR1465018 2 0 1 0 1
#> SRR1080998 2 0 1 0 1
#> SRR1083432 2 0 1 0 1
#> SRR1082833 1 0 1 1 0
#> SRR1465804 1 0 1 1 0
#> SRR1326536 2 0 1 0 1
#> SRR614011 2 0 1 0 1
#> SRR1365873 2 0 1 0 1
#> SRR1498789 2 0 1 0 1
#> SRR601581 2 0 1 0 1
#> SRR603566 2 0 1 0 1
#> SRR1373981 1 0 1 1 0
#> SRR821410 2 0 1 0 1
#> SRR1076511 2 0 1 0 1
#> SRR614143 2 0 1 0 1
#> SRR1333570 2 0 1 0 1
#> SRR1366813 2 0 1 0 1
#> SRR1388746 1 0 1 1 0
#> SRR1420558 2 0 1 0 1
#> SRR1409510 2 0 1 0 1
#> SRR816250 2 0 1 0 1
#> SRR614131 2 0 1 0 1
#> SRR1331130 1 0 1 1 0
#> SRR1316015 2 0 1 0 1
#> SRR1470798 2 0 1 0 1
#> SRR614179 2 0 1 0 1
#> SRR1474863 2 0 1 0 1
#> SRR813560 2 0 1 0 1
#> SRR1312187 2 0 1 0 1
#> SRR1420960 2 0 1 0 1
#> SRR1355102 2 0 1 0 1
#> SRR1084577 2 0 1 0 1
#> SRR659971 2 0 1 0 1
#> SRR1350855 2 0 1 0 1
#> SRR820779 2 0 1 0 1
#> SRR1476300 2 0 1 0 1
#> SRR1090907 2 0 1 0 1
#> SRR662294 2 0 1 0 1
#> SRR1480789 2 0 1 0 1
#> SRR1336263 2 0 1 0 1
#> SRR660776 1 0 1 1 0
#> SRR1090508 2 0 1 0 1
#> SRR615563 2 0 1 0 1
#> SRR1101175 1 0 1 1 0
#> SRR2164650 2 0 1 0 1
#> SRR1431205 2 0 1 0 1
#> SRR1339856 2 0 1 0 1
#> SRR1352147 2 0 1 0 1
#> SRR808968 1 0 1 1 0
#> SRR627419 2 0 1 0 1
#> SRR1402391 1 0 1 1 0
#> SRR663609 2 0 1 0 1
#> SRR2167857 2 0 1 0 1
#> SRR1398752 1 0 1 1 0
#> SRR1469169 1 0 1 1 0
#> SRR1405437 2 0 1 0 1
#> SRR1416955 1 0 1 1 0
#> SRR1317064 2 0 1 0 1
#> SRR659001 2 0 1 0 1
#> SRR2170696 2 0 1 0 1
#> SRR816589 2 0 1 0 1
#> SRR1087487 2 0 1 0 1
#> SRR1329485 2 0 1 0 1
#> SRR816920 2 0 1 0 1
#> SRR1341432 1 0 1 1 0
#> SRR1361590 2 0 1 0 1
#> SRR817046 2 0 1 0 1
#> SRR1471331 2 0 1 0 1
#> SRR660788 2 0 1 0 1
#> SRR819234 1 0 1 1 0
#> SRR810853 2 0 1 0 1
#> SRR809427 2 0 1 0 1
#> SRR2170217 2 0 1 0 1
#> SRR1386967 2 0 1 0 1
#> SRR1420344 2 0 1 0 1
#> SRR1334535 1 0 1 1 0
#> SRR614503 2 0 1 0 1
#> SRR602564 2 0 1 0 1
#> SRR1420669 2 0 1 0 1
#> SRR819024 2 0 1 0 1
#> SRR656223 2 0 1 0 1
#> SRR608428 2 0 1 0 1
#> SRR1345647 1 0 1 1 0
#> SRR1389324 2 0 1 0 1
#> SRR1361368 2 0 1 0 1
#> SRR1322619 2 0 1 0 1
#> SRR1349276 2 0 1 0 1
#> SRR1404024 1 0 1 1 0
#> SRR1370637 2 0 1 0 1
#> SRR1452631 2 0 1 0 1
#> SRR608392 2 0 1 0 1
#> SRR1357757 2 0 1 0 1
#> SRR1074646 2 0 1 0 1
#> SRR1367499 2 0 1 0 1
#> SRR1343501 2 0 1 0 1
#> SRR1394406 2 0 1 0 1
#> SRR1381435 2 0 1 0 1
#> SRR1467407 1 0 1 1 0
#> SRR1092422 2 0 1 0 1
#> SRR1380270 2 0 1 0 1
#> SRR1091817 2 0 1 0 1
#> SRR1440137 2 0 1 0 1
#> SRR614311 2 0 1 0 1
#> SRR1407516 2 0 1 0 1
#> SRR815494 2 0 1 0 1
#> SRR1333209 2 0 1 0 1
#> SRR615177 2 0 1 0 1
#> SRR1099648 2 0 1 0 1
#> SRR659720 2 0 1 0 1
#> SRR2185057 1 0 1 1 0
#> SRR1467125 1 0 1 1 0
#> SRR657468 2 0 1 0 1
#> SRR660042 2 0 1 0 1
#> SRR2170864 2 0 1 0 1
#> SRR1440491 2 0 1 0 1
#> SRR1440852 2 0 1 0 1
#> SRR811169 1 0 1 1 0
#> SRR1331311 2 0 1 0 1
#> SRR818009 1 0 1 1 0
#> SRR1351836 2 0 1 0 1
#> SRR1498313 2 0 1 0 1
#> SRR1441975 2 0 1 0 1
#> SRR819096 1 0 1 1 0
#> SRR1073679 2 0 1 0 1
#> SRR1489116 2 0 1 0 1
#> SRR1354138 2 0 1 0 1
#> SRR1490589 2 0 1 0 1
#> SRR1412987 2 0 1 0 1
#> SRR602034 2 0 1 0 1
#> SRR1353437 1 0 1 1 0
#> SRR1072871 2 0 1 0 1
#> SRR661577 2 0 1 0 1
#> SRR612190 2 0 1 0 1
#> SRR1399880 1 0 1 1 0
#> SRR1101787 2 0 1 0 1
#> SRR657869 1 0 1 1 0
#> SRR1446332 1 0 1 1 0
#> SRR816039 1 0 1 1 0
#> SRR1485141 2 0 1 0 1
#> SRR1476697 1 0 1 1 0
#> SRR1379538 2 0 1 0 1
#> SRR1331422 1 0 1 1 0
#> SRR660859 2 0 1 0 1
#> SRR1097594 1 0 1 1 0
#> SRR1311419 2 0 1 0 1
#> SRR1336706 2 0 1 0 1
#> SRR1472976 2 0 1 0 1
#> SRR1321307 1 0 1 1 0
#> SRR807493 1 0 1 1 0
#> SRR812461 2 0 1 0 1
#> SRR1477149 2 0 1 0 1
#> SRR1457397 2 0 1 0 1
#> SRR661913 2 0 1 0 1
#> SRR1069024 2 0 1 0 1
#> SRR2165634 1 0 1 1 0
#> SRR1478722 2 0 1 0 1
#> SRR1328642 2 0 1 0 1
#> SRR1488261 2 0 1 0 1
#> SRR1318815 2 0 1 0 1
#> SRR816945 1 0 1 1 0
#> SRR1367432 2 0 1 0 1
#> SRR1359280 2 0 1 0 1
#> SRR1313910 2 0 1 0 1
#> SRR1457315 2 0 1 0 1
#> SRR815398 1 0 1 1 0
#> SRR656958 2 0 1 0 1
#> SRR600688 2 0 1 0 1
#> SRR1098952 1 0 1 1 0
#> SRR1314916 2 0 1 0 1
#> SRR614167 2 0 1 0 1
#> SRR1348114 2 0 1 0 1
#> SRR658033 2 0 1 0 1
#> SRR1077503 2 0 1 0 1
#> SRR661854 2 0 1 0 1
#> SRR811379 2 0 1 0 1
#> SRR1318857 2 0 1 0 1
#> SRR656445 2 0 1 0 1
#> SRR1433044 2 0 1 0 1
#> SRR1486391 1 0 1 1 0
#> SRR656071 2 0 1 0 1
#> SRR1364824 1 0 1 1 0
#> SRR1379133 1 0 1 1 0
#> SRR1394169 1 0 1 1 0
#> SRR816745 2 0 1 0 1
#> SRR601038 2 0 1 0 1
#> SRR1360080 1 0 1 1 0
#> SRR814868 2 0 1 0 1
#> SRR1485997 1 0 1 1 0
#> SRR1435560 2 0 1 0 1
#> SRR1333330 1 0 1 1 0
#> SRR663513 2 0 1 0 1
#> SRR1328407 2 0 1 0 1
#> SRR602784 2 0 1 0 1
#> SRR1348468 2 0 1 0 1
#> SRR663717 2 0 1 0 1
#> SRR602217 2 0 1 0 1
#> SRR603140 2 0 1 0 1
#> SRR1340804 1 0 1 1 0
#> SRR1457574 2 0 1 0 1
#> SRR1333462 2 0 1 0 1
#> SRR1094601 1 0 1 1 0
#> SRR1434610 2 0 1 0 1
#> SRR1435833 2 0 1 0 1
#> SRR1398728 2 0 1 0 1
#> SRR1358343 2 0 1 0 1
#> SRR1410890 2 0 1 0 1
#> SRR1350371 1 0 1 1 0
#> SRR1392478 2 0 1 0 1
#> SRR1099260 2 0 1 0 1
#> SRR1433576 2 0 1 0 1
#> SRR1345541 2 0 1 0 1
#> SRR1086328 1 0 1 1 0
#> SRR810391 2 0 1 0 1
#> SRR1476207 2 0 1 0 1
#> SRR627435 2 0 1 0 1
#> SRR1489862 1 0 1 1 0
#> SRR1419086 1 0 1 1 0
#> SRR1436539 1 0 1 1 0
#> SRR1396191 2 0 1 0 1
#> SRR1490115 2 0 1 0 1
#> SRR1377714 2 0 1 0 1
#> SRR819394 1 0 1 1 0
#> SRR663161 2 0 1 0 1
#> SRR607042 2 0 1 0 1
#> SRR656203 2 0 1 0 1
#> SRR660602 2 0 1 0 1
#> SRR1440397 1 0 1 1 0
#> SRR1369264 1 0 1 1 0
#> SRR809233 1 0 1 1 0
#> SRR663249 2 0 1 0 1
#> SRR661242 2 0 1 0 1
#> SRR1332007 2 0 1 0 1
#> SRR809619 2 0 1 0 1
#> SRR819975 1 0 1 1 0
#> SRR599281 2 0 1 0 1
#> SRR662366 2 0 1 0 1
#> SRR1317898 2 0 1 0 1
#> SRR1382485 2 0 1 0 1
#> SRR2166420 1 0 1 1 0
#> SRR1419429 1 0 1 1 0
#> SRR1092541 2 0 1 0 1
#> SRR817444 2 0 1 0 1
#> SRR1320403 2 0 1 0 1
#> SRR1101483 2 0 1 0 1
#> SRR1331684 2 0 1 0 1
#> SRR1400054 2 0 1 0 1
#> SRR1406088 2 0 1 0 1
#> SRR820733 2 0 1 0 1
#> SRR1314113 2 0 1 0 1
#> SRR1382615 2 0 1 0 1
#> SRR1480745 1 0 1 1 0
#> SRR1468850 2 0 1 0 1
#> SRR656782 2 0 1 0 1
#> SRR821364 1 0 1 1 0
#> SRR1101106 1 0 1 1 0
#> SRR659295 2 0 1 0 1
#> SRR1357103 2 0 1 0 1
#> SRR809185 2 0 1 0 1
#> SRR811583 2 0 1 0 1
#> SRR1468050 1 0 1 1 0
#> SRR1440224 2 0 1 0 1
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1500170 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402368 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR607743 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457375 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470923 1 0.1411 0.9448 0.964 0.000 0.036
#> SRR817954 1 0.0892 0.9477 0.980 0.000 0.020
#> SRR809259 1 0.3192 0.9386 0.888 0.000 0.112
#> SRR1439785 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR814768 1 0.2261 0.9460 0.932 0.000 0.068
#> SRR1102031 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363611 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468447 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071931 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR810981 1 0.1964 0.9341 0.944 0.000 0.056
#> SRR615299 2 0.0237 0.9711 0.000 0.996 0.004
#> SRR663585 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326773 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1351166 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477452 1 0.1964 0.9371 0.944 0.000 0.056
#> SRR1084720 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420320 2 0.0237 0.9714 0.000 0.996 0.004
#> SRR1081712 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318241 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333718 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313514 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477861 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318005 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354665 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR657707 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370742 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1412947 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR661553 2 0.4555 0.6061 0.000 0.800 0.200
#> SRR1328869 1 0.2959 0.9409 0.900 0.000 0.100
#> SRR662211 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348181 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416560 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319772 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091452 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338812 1 0.4002 0.9178 0.840 0.000 0.160
#> SRR1392072 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR814844 2 0.0237 0.9714 0.000 0.996 0.004
#> SRR1376619 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR603690 2 0.1964 0.9012 0.000 0.944 0.056
#> SRR2184980 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR613963 2 0.5810 0.0670 0.000 0.664 0.336
#> SRR1323422 1 0.0892 0.9462 0.980 0.000 0.020
#> SRR1397673 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434650 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR659875 2 0.0237 0.9711 0.000 0.996 0.004
#> SRR1465734 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076847 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415072 1 0.3412 0.9335 0.876 0.000 0.124
#> SRR659319 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR663088 2 0.0237 0.9714 0.000 0.996 0.004
#> SRR1352021 1 0.3412 0.9333 0.876 0.000 0.124
#> SRR1325527 1 0.1860 0.9479 0.948 0.000 0.052
#> SRR1105369 1 0.3038 0.9394 0.896 0.000 0.104
#> SRR659935 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352530 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR662594 2 0.6309 -0.6044 0.000 0.504 0.496
#> SRR1095309 1 0.1964 0.9341 0.944 0.000 0.056
#> SRR615647 2 0.5859 0.0348 0.000 0.656 0.344
#> SRR813019 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374647 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR603472 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR661529 3 0.6026 0.8871 0.000 0.376 0.624
#> SRR607018 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR627423 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR654921 2 0.0237 0.9714 0.000 0.996 0.004
#> SRR1418968 1 0.1964 0.9341 0.944 0.000 0.056
#> SRR660871 2 0.5016 0.4855 0.000 0.760 0.240
#> SRR1330522 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499958 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR614059 3 0.6045 0.8819 0.000 0.380 0.620
#> SRR1071403 1 0.2356 0.9469 0.928 0.000 0.072
#> SRR1486719 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440421 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310412 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR614767 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR820709 1 0.1643 0.9475 0.956 0.000 0.044
#> SRR1471500 1 0.3619 0.9289 0.864 0.000 0.136
#> SRR658093 2 0.3038 0.8209 0.000 0.896 0.104
#> SRR1088168 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418707 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354291 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR2165806 1 0.0892 0.9473 0.980 0.000 0.020
#> SRR1415684 2 0.4178 0.6773 0.000 0.828 0.172
#> SRR1433860 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311062 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360359 1 0.4002 0.9178 0.840 0.000 0.160
#> SRR661385 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR615407 2 0.1411 0.9303 0.000 0.964 0.036
#> SRR1413892 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443459 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338942 1 0.4002 0.9178 0.840 0.000 0.160
#> SRR657480 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399433 2 0.4605 0.5952 0.000 0.796 0.204
#> SRR818537 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101324 2 0.0237 0.9714 0.000 0.996 0.004
#> SRR807637 3 0.4750 0.8026 0.000 0.216 0.784
#> SRR1091918 1 0.1860 0.9486 0.948 0.000 0.052
#> SRR598300 2 0.3752 0.7420 0.000 0.856 0.144
#> SRR1085426 1 0.1411 0.9408 0.964 0.000 0.036
#> SRR1376294 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR813891 1 0.2261 0.9468 0.932 0.000 0.068
#> SRR1467431 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR658742 3 0.6026 0.8871 0.000 0.376 0.624
#> SRR1419234 1 0.2261 0.9472 0.932 0.000 0.068
#> SRR1404813 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR603496 2 0.3482 0.7757 0.000 0.872 0.128
#> SRR1407758 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR810945 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR817234 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444852 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR660378 2 0.5363 0.3566 0.000 0.724 0.276
#> SRR1467835 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338964 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079259 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072345 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR598725 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447938 1 0.3412 0.9329 0.876 0.000 0.124
#> SRR1356397 1 0.1860 0.9486 0.948 0.000 0.052
#> SRR1360460 2 0.0237 0.9714 0.000 0.996 0.004
#> SRR1429468 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446850 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320363 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413810 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR598831 2 0.1753 0.9137 0.000 0.952 0.048
#> SRR1381865 1 0.2165 0.9470 0.936 0.000 0.064
#> SRR660957 2 0.0237 0.9712 0.000 0.996 0.004
#> SRR1491332 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099744 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464618 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414559 2 0.2959 0.8242 0.000 0.900 0.100
#> SRR1337540 2 0.0237 0.9714 0.000 0.996 0.004
#> SRR1444283 1 0.1643 0.9418 0.956 0.000 0.044
#> SRR2184942 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR660295 1 0.1964 0.9341 0.944 0.000 0.056
#> SRR601335 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363742 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345847 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR614960 2 0.5016 0.4855 0.000 0.760 0.240
#> SRR819919 1 0.1529 0.9460 0.960 0.000 0.040
#> SRR603330 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327951 1 0.1753 0.9374 0.952 0.000 0.048
#> SRR1401885 1 0.4002 0.9178 0.840 0.000 0.160
#> SRR1345266 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338055 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430157 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320137 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093483 1 0.2261 0.9460 0.932 0.000 0.068
#> SRR1341080 1 0.4002 0.9178 0.840 0.000 0.160
#> SRR1459913 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170490 1 0.1411 0.9408 0.964 0.000 0.036
#> SRR1479845 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436420 1 0.1031 0.9450 0.976 0.000 0.024
#> SRR1481060 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR662282 2 0.5760 0.1214 0.000 0.672 0.328
#> SRR1487089 2 0.0237 0.9714 0.000 0.996 0.004
#> SRR1075683 1 0.4002 0.9178 0.840 0.000 0.160
#> SRR1338536 1 0.3482 0.9311 0.872 0.000 0.128
#> SRR1338880 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453456 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457895 1 0.1031 0.9431 0.976 0.000 0.024
#> SRR1440603 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR658633 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388081 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR813339 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR809725 1 0.4002 0.9178 0.840 0.000 0.160
#> SRR627441 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR613603 2 0.6079 -0.2019 0.000 0.612 0.388
#> SRR1096571 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392701 1 0.2711 0.9428 0.912 0.000 0.088
#> SRR1344326 1 0.1964 0.9341 0.944 0.000 0.056
#> SRR1367693 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR660697 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489926 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR811491 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311644 2 0.0237 0.9714 0.000 0.996 0.004
#> SRR1451740 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR615117 2 0.0424 0.9667 0.000 0.992 0.008
#> SRR1391748 2 0.0237 0.9714 0.000 0.996 0.004
#> SRR1466556 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR614972 2 0.5016 0.4855 0.000 0.760 0.240
#> SRR1406200 1 0.4002 0.9178 0.840 0.000 0.160
#> SRR819210 2 0.2448 0.8710 0.000 0.924 0.076
#> SRR662174 1 0.2066 0.9472 0.940 0.000 0.060
#> SRR811988 1 0.3941 0.9198 0.844 0.000 0.156
#> SRR663236 2 0.4605 0.5952 0.000 0.796 0.204
#> SRR1312598 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330129 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357781 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315517 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400032 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413722 1 0.3116 0.9388 0.892 0.000 0.108
#> SRR612827 2 0.3267 0.7981 0.000 0.884 0.116
#> SRR814794 1 0.1860 0.9386 0.948 0.000 0.052
#> SRR819430 1 0.2711 0.9445 0.912 0.000 0.088
#> SRR1395509 2 0.0237 0.9714 0.000 0.996 0.004
#> SRR808728 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070813 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389133 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR601263 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR604718 2 0.1031 0.9465 0.000 0.976 0.024
#> SRR1481351 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334608 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR658681 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR809283 2 0.1289 0.9370 0.000 0.968 0.032
#> SRR1459300 1 0.1643 0.9410 0.956 0.000 0.044
#> SRR1392547 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR811049 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464835 2 0.0237 0.9714 0.000 0.996 0.004
#> SRR1339619 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR658501 2 0.0592 0.9619 0.000 0.988 0.012
#> SRR1447523 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415048 1 0.1964 0.9341 0.944 0.000 0.056
#> SRR1355451 1 0.0592 0.9469 0.988 0.000 0.012
#> SRR1444348 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR603890 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR810595 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446244 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR817373 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457291 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR598220 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477991 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR598172 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349032 2 0.0424 0.9675 0.000 0.992 0.008
#> SRR604002 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378026 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404401 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333240 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089399 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR603421 2 0.1411 0.9303 0.000 0.964 0.036
#> SRR812562 1 0.4002 0.9178 0.840 0.000 0.160
#> SRR808520 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR811839 1 0.1163 0.9476 0.972 0.000 0.028
#> SRR814317 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436763 2 0.0237 0.9714 0.000 0.996 0.004
#> SRR1486021 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465018 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080998 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083432 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082833 1 0.1031 0.9471 0.976 0.000 0.024
#> SRR1465804 1 0.3482 0.9321 0.872 0.000 0.128
#> SRR1326536 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR614011 2 0.1031 0.9465 0.000 0.976 0.024
#> SRR1365873 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498789 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR601581 2 0.0237 0.9712 0.000 0.996 0.004
#> SRR603566 2 0.0592 0.9621 0.000 0.988 0.012
#> SRR1373981 1 0.1289 0.9480 0.968 0.000 0.032
#> SRR821410 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076511 3 0.4750 0.8026 0.000 0.216 0.784
#> SRR614143 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333570 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366813 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388746 1 0.1964 0.9341 0.944 0.000 0.056
#> SRR1420558 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409510 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR816250 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR614131 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331130 1 0.3551 0.9303 0.868 0.000 0.132
#> SRR1316015 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470798 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR614179 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1474863 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR813560 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312187 2 0.0592 0.9632 0.000 0.988 0.012
#> SRR1420960 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355102 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084577 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR659971 2 0.1163 0.9412 0.000 0.972 0.028
#> SRR1350855 2 0.0237 0.9714 0.000 0.996 0.004
#> SRR820779 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476300 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090907 2 0.0237 0.9714 0.000 0.996 0.004
#> SRR662294 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480789 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336263 2 0.0237 0.9714 0.000 0.996 0.004
#> SRR660776 1 0.3340 0.9373 0.880 0.000 0.120
#> SRR1090508 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR615563 2 0.0592 0.9632 0.000 0.988 0.012
#> SRR1101175 1 0.2356 0.9457 0.928 0.000 0.072
#> SRR2164650 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431205 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339856 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352147 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR808968 1 0.1289 0.9416 0.968 0.000 0.032
#> SRR627419 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402391 1 0.2066 0.9356 0.940 0.000 0.060
#> SRR663609 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR2167857 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398752 1 0.1411 0.9486 0.964 0.000 0.036
#> SRR1469169 1 0.1964 0.9375 0.944 0.000 0.056
#> SRR1405437 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416955 1 0.4002 0.9178 0.840 0.000 0.160
#> SRR1317064 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR659001 2 0.0424 0.9668 0.000 0.992 0.008
#> SRR2170696 2 0.0424 0.9675 0.000 0.992 0.008
#> SRR816589 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087487 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329485 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR816920 2 0.0424 0.9675 0.000 0.992 0.008
#> SRR1341432 1 0.1163 0.9433 0.972 0.000 0.028
#> SRR1361590 2 0.0237 0.9714 0.000 0.996 0.004
#> SRR817046 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471331 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR660788 2 0.1860 0.9080 0.000 0.948 0.052
#> SRR819234 1 0.1031 0.9468 0.976 0.000 0.024
#> SRR810853 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR809427 2 0.0747 0.9563 0.000 0.984 0.016
#> SRR2170217 2 0.0237 0.9714 0.000 0.996 0.004
#> SRR1386967 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420344 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334535 1 0.2796 0.9423 0.908 0.000 0.092
#> SRR614503 2 0.0592 0.9632 0.000 0.988 0.012
#> SRR602564 2 0.1411 0.9305 0.000 0.964 0.036
#> SRR1420669 2 0.0424 0.9675 0.000 0.992 0.008
#> SRR819024 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR656223 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR608428 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345647 1 0.2261 0.9482 0.932 0.000 0.068
#> SRR1389324 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1361368 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322619 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349276 2 0.0237 0.9714 0.000 0.996 0.004
#> SRR1404024 1 0.4002 0.9178 0.840 0.000 0.160
#> SRR1370637 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452631 2 0.0237 0.9714 0.000 0.996 0.004
#> SRR608392 2 0.2878 0.8355 0.000 0.904 0.096
#> SRR1357757 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1074646 2 0.0424 0.9675 0.000 0.992 0.008
#> SRR1367499 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343501 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394406 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381435 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467407 1 0.1753 0.9482 0.952 0.000 0.048
#> SRR1092422 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380270 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091817 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440137 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR614311 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407516 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR815494 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333209 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR615177 2 0.2448 0.8710 0.000 0.924 0.076
#> SRR1099648 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR659720 2 0.0237 0.9711 0.000 0.996 0.004
#> SRR2185057 1 0.2066 0.9472 0.940 0.000 0.060
#> SRR1467125 1 0.1753 0.9422 0.952 0.000 0.048
#> SRR657468 2 0.0237 0.9714 0.000 0.996 0.004
#> SRR660042 3 0.6045 0.8819 0.000 0.380 0.620
#> SRR2170864 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440491 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440852 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR811169 1 0.3038 0.9397 0.896 0.000 0.104
#> SRR1331311 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR818009 1 0.2066 0.9356 0.940 0.000 0.060
#> SRR1351836 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498313 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441975 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR819096 1 0.2066 0.9479 0.940 0.000 0.060
#> SRR1073679 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489116 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354138 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490589 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1412987 2 0.0237 0.9714 0.000 0.996 0.004
#> SRR602034 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353437 1 0.3619 0.9287 0.864 0.000 0.136
#> SRR1072871 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR661577 3 0.4796 0.8078 0.000 0.220 0.780
#> SRR612190 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399880 1 0.3619 0.9288 0.864 0.000 0.136
#> SRR1101787 2 0.0592 0.9632 0.000 0.988 0.012
#> SRR657869 1 0.1964 0.9341 0.944 0.000 0.056
#> SRR1446332 1 0.1753 0.9371 0.952 0.000 0.048
#> SRR816039 1 0.4002 0.9178 0.840 0.000 0.160
#> SRR1485141 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476697 1 0.1753 0.9371 0.952 0.000 0.048
#> SRR1379538 2 0.0237 0.9714 0.000 0.996 0.004
#> SRR1331422 1 0.1964 0.9375 0.944 0.000 0.056
#> SRR660859 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1097594 1 0.0747 0.9455 0.984 0.000 0.016
#> SRR1311419 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336706 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472976 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321307 1 0.1964 0.9341 0.944 0.000 0.056
#> SRR807493 1 0.1643 0.9385 0.956 0.000 0.044
#> SRR812461 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477149 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457397 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR661913 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069024 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR2165634 1 0.1289 0.9416 0.968 0.000 0.032
#> SRR1478722 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328642 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488261 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318815 2 0.0237 0.9714 0.000 0.996 0.004
#> SRR816945 1 0.1964 0.9341 0.944 0.000 0.056
#> SRR1367432 2 0.0237 0.9714 0.000 0.996 0.004
#> SRR1359280 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313910 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457315 2 0.0424 0.9675 0.000 0.992 0.008
#> SRR815398 1 0.1964 0.9341 0.944 0.000 0.056
#> SRR656958 2 0.4291 0.6575 0.000 0.820 0.180
#> SRR600688 2 0.1860 0.9073 0.000 0.948 0.052
#> SRR1098952 1 0.1411 0.9486 0.964 0.000 0.036
#> SRR1314916 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR614167 2 0.5016 0.4855 0.000 0.760 0.240
#> SRR1348114 2 0.0237 0.9712 0.000 0.996 0.004
#> SRR658033 2 0.1411 0.9303 0.000 0.964 0.036
#> SRR1077503 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR661854 2 0.6309 -0.6044 0.000 0.504 0.496
#> SRR811379 2 0.0592 0.9632 0.000 0.988 0.012
#> SRR1318857 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR656445 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433044 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486391 1 0.1643 0.9410 0.956 0.000 0.044
#> SRR656071 2 0.0237 0.9711 0.000 0.996 0.004
#> SRR1364824 1 0.3941 0.9198 0.844 0.000 0.156
#> SRR1379133 1 0.1163 0.9479 0.972 0.000 0.028
#> SRR1394169 1 0.2878 0.9412 0.904 0.000 0.096
#> SRR816745 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR601038 2 0.0237 0.9711 0.000 0.996 0.004
#> SRR1360080 1 0.1860 0.9385 0.948 0.000 0.052
#> SRR814868 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485997 1 0.1289 0.9480 0.968 0.000 0.032
#> SRR1435560 2 0.0424 0.9675 0.000 0.992 0.008
#> SRR1333330 1 0.4002 0.9178 0.840 0.000 0.160
#> SRR663513 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328407 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR602784 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348468 2 0.0237 0.9714 0.000 0.996 0.004
#> SRR663717 2 0.0592 0.9632 0.000 0.988 0.012
#> SRR602217 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR603140 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340804 1 0.4002 0.9178 0.840 0.000 0.160
#> SRR1457574 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333462 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1094601 1 0.3941 0.9198 0.844 0.000 0.156
#> SRR1434610 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435833 2 0.0237 0.9714 0.000 0.996 0.004
#> SRR1398728 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358343 2 0.0237 0.9714 0.000 0.996 0.004
#> SRR1410890 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350371 1 0.2711 0.9428 0.912 0.000 0.088
#> SRR1392478 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099260 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433576 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345541 2 0.0424 0.9674 0.000 0.992 0.008
#> SRR1086328 1 0.1753 0.9379 0.952 0.000 0.048
#> SRR810391 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476207 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR627435 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489862 1 0.2261 0.9472 0.932 0.000 0.068
#> SRR1419086 1 0.1753 0.9374 0.952 0.000 0.048
#> SRR1436539 1 0.3551 0.9301 0.868 0.000 0.132
#> SRR1396191 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490115 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377714 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR819394 1 0.0747 0.9477 0.984 0.000 0.016
#> SRR663161 3 0.6026 0.8871 0.000 0.376 0.624
#> SRR607042 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR656203 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR660602 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440397 1 0.1529 0.9426 0.960 0.000 0.040
#> SRR1369264 1 0.2261 0.9472 0.932 0.000 0.068
#> SRR809233 1 0.1753 0.9371 0.952 0.000 0.048
#> SRR663249 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR661242 2 0.0237 0.9711 0.000 0.996 0.004
#> SRR1332007 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR809619 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR819975 1 0.3267 0.9373 0.884 0.000 0.116
#> SRR599281 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR662366 2 0.3752 0.7393 0.000 0.856 0.144
#> SRR1317898 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382485 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR2166420 1 0.4002 0.9178 0.840 0.000 0.160
#> SRR1419429 1 0.1964 0.9375 0.944 0.000 0.056
#> SRR1092541 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR817444 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320403 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101483 2 0.0237 0.9712 0.000 0.996 0.004
#> SRR1331684 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400054 3 0.5706 0.8921 0.000 0.320 0.680
#> SRR1406088 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR820733 2 0.0424 0.9675 0.000 0.992 0.008
#> SRR1314113 2 0.0237 0.9714 0.000 0.996 0.004
#> SRR1382615 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480745 1 0.1860 0.9385 0.948 0.000 0.052
#> SRR1468850 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR656782 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR821364 1 0.0892 0.9473 0.980 0.000 0.020
#> SRR1101106 1 0.3482 0.9320 0.872 0.000 0.128
#> SRR659295 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357103 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR809185 2 0.0237 0.9712 0.000 0.996 0.004
#> SRR811583 3 0.5706 0.8921 0.000 0.320 0.680
#> SRR1468050 1 0.1289 0.9480 0.968 0.000 0.032
#> SRR1440224 2 0.0000 0.9748 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1500170 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402368 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR607743 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457375 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470923 1 0.2124 0.6244 0.932 0.040 0.000 0.028
#> SRR817954 1 0.2089 0.6090 0.932 0.048 0.000 0.020
#> SRR809259 1 0.5193 -0.3218 0.656 0.324 0.000 0.020
#> SRR1439785 3 0.0188 0.9518 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR814768 1 0.5109 0.3746 0.744 0.196 0.000 0.060
#> SRR1102031 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363611 3 0.0336 0.9504 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1468447 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071931 3 0.1389 0.9242 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR810981 1 0.2546 0.6015 0.912 0.028 0.000 0.060
#> SRR615299 3 0.0188 0.9510 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR663585 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326773 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1351166 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477452 1 0.3239 0.6109 0.880 0.052 0.000 0.068
#> SRR1084720 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420320 3 0.2149 0.8842 0.000 0.088 0.912 0.000
#> SRR1081712 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318241 3 0.0188 0.9518 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1333718 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313514 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477861 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318005 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354665 3 0.0592 0.9467 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR657707 3 0.0188 0.9518 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1370742 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1412947 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661553 3 0.5148 0.4852 0.000 0.056 0.736 0.208
#> SRR1328869 1 0.4158 0.3497 0.768 0.224 0.000 0.008
#> SRR662211 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348181 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416560 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319772 3 0.0188 0.9518 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1091452 3 0.1389 0.9242 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR1338812 2 0.5408 0.9873 0.488 0.500 0.000 0.012
#> SRR1392072 3 0.0188 0.9519 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR814844 3 0.2216 0.8793 0.000 0.092 0.908 0.000
#> SRR1376619 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR603690 3 0.2363 0.8807 0.000 0.024 0.920 0.056
#> SRR2184980 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613963 3 0.5790 -0.0964 0.000 0.044 0.616 0.340
#> SRR1323422 1 0.2796 0.5804 0.892 0.092 0.000 0.016
#> SRR1397673 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434650 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659875 3 0.0524 0.9460 0.000 0.008 0.988 0.004
#> SRR1465734 3 0.0188 0.9518 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1076847 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415072 1 0.5548 -0.3352 0.628 0.340 0.000 0.032
#> SRR659319 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663088 3 0.2216 0.8793 0.000 0.092 0.908 0.000
#> SRR1352021 1 0.5386 -0.5107 0.612 0.368 0.000 0.020
#> SRR1325527 1 0.2987 0.5654 0.880 0.104 0.000 0.016
#> SRR1105369 1 0.5279 0.2298 0.704 0.252 0.000 0.044
#> SRR659935 3 0.1557 0.9174 0.000 0.056 0.944 0.000
#> SRR1352530 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662594 4 0.5295 0.6106 0.000 0.008 0.488 0.504
#> SRR1095309 1 0.4030 0.5289 0.836 0.092 0.000 0.072
#> SRR615647 3 0.5093 -0.0706 0.000 0.012 0.640 0.348
#> SRR813019 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374647 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR603472 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661529 4 0.4730 0.8376 0.000 0.000 0.364 0.636
#> SRR607018 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR627423 3 0.2149 0.8845 0.000 0.088 0.912 0.000
#> SRR654921 3 0.2216 0.8793 0.000 0.092 0.908 0.000
#> SRR1418968 1 0.2450 0.6054 0.912 0.016 0.000 0.072
#> SRR660871 3 0.4420 0.4579 0.000 0.012 0.748 0.240
#> SRR1330522 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499958 3 0.0592 0.9470 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR614059 4 0.5159 0.8373 0.000 0.012 0.364 0.624
#> SRR1071403 1 0.5143 0.0804 0.708 0.256 0.000 0.036
#> SRR1486719 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440421 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310412 3 0.0592 0.9471 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR614767 3 0.1004 0.9402 0.000 0.024 0.972 0.004
#> SRR820709 1 0.4300 0.5800 0.820 0.088 0.000 0.092
#> SRR1471500 1 0.5708 -0.7360 0.556 0.416 0.000 0.028
#> SRR658093 3 0.2799 0.8023 0.000 0.008 0.884 0.108
#> SRR1088168 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418707 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354291 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2165806 1 0.2124 0.6146 0.932 0.040 0.000 0.028
#> SRR1415684 3 0.4874 0.5735 0.000 0.056 0.764 0.180
#> SRR1433860 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311062 3 0.0188 0.9519 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1360359 2 0.5295 0.9860 0.488 0.504 0.000 0.008
#> SRR661385 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615407 3 0.1584 0.9131 0.000 0.012 0.952 0.036
#> SRR1413892 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443459 3 0.1637 0.9137 0.000 0.060 0.940 0.000
#> SRR1338942 1 0.5294 -0.9412 0.508 0.484 0.000 0.008
#> SRR657480 3 0.0188 0.9518 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1399433 3 0.5184 0.4716 0.000 0.056 0.732 0.212
#> SRR818537 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101324 3 0.2216 0.8793 0.000 0.092 0.908 0.000
#> SRR807637 4 0.3853 0.5941 0.000 0.020 0.160 0.820
#> SRR1091918 1 0.2845 0.5894 0.896 0.076 0.000 0.028
#> SRR598300 3 0.3812 0.7127 0.000 0.028 0.832 0.140
#> SRR1085426 1 0.1677 0.6215 0.948 0.012 0.000 0.040
#> SRR1376294 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR813891 1 0.4872 0.1922 0.728 0.244 0.000 0.028
#> SRR1467431 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658742 4 0.4713 0.8386 0.000 0.000 0.360 0.640
#> SRR1419234 1 0.4707 0.3169 0.760 0.204 0.000 0.036
#> SRR1404813 3 0.0188 0.9519 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR603496 3 0.3217 0.7599 0.000 0.012 0.860 0.128
#> SRR1407758 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR810945 3 0.0469 0.9489 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR817234 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444852 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660378 3 0.4690 0.3156 0.000 0.012 0.712 0.276
#> SRR1467835 3 0.0188 0.9519 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1338964 3 0.0336 0.9505 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1079259 3 0.0469 0.9488 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1072345 3 0.0469 0.9488 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR598725 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447938 1 0.5628 -0.7378 0.556 0.420 0.000 0.024
#> SRR1356397 1 0.2845 0.5894 0.896 0.076 0.000 0.028
#> SRR1360460 3 0.2149 0.8842 0.000 0.088 0.912 0.000
#> SRR1429468 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446850 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320363 3 0.0188 0.9518 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1413810 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR598831 3 0.2089 0.8944 0.000 0.020 0.932 0.048
#> SRR1381865 1 0.3743 0.4855 0.824 0.160 0.000 0.016
#> SRR660957 3 0.0524 0.9495 0.000 0.008 0.988 0.004
#> SRR1491332 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099744 3 0.0188 0.9519 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1464618 3 0.1637 0.9137 0.000 0.060 0.940 0.000
#> SRR1414559 3 0.4605 0.6796 0.000 0.092 0.800 0.108
#> SRR1337540 3 0.2149 0.8842 0.000 0.088 0.912 0.000
#> SRR1444283 1 0.2965 0.6175 0.892 0.036 0.000 0.072
#> SRR2184942 3 0.0188 0.9518 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR660295 1 0.4171 0.5291 0.828 0.088 0.000 0.084
#> SRR601335 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363742 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345847 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614960 3 0.4420 0.4579 0.000 0.012 0.748 0.240
#> SRR819919 1 0.3398 0.6093 0.872 0.068 0.000 0.060
#> SRR603330 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327951 1 0.2002 0.6154 0.936 0.020 0.000 0.044
#> SRR1401885 1 0.5508 -0.9355 0.508 0.476 0.000 0.016
#> SRR1345266 3 0.1557 0.9167 0.000 0.056 0.944 0.000
#> SRR1338055 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430157 3 0.0336 0.9506 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1320137 3 0.1118 0.9333 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1093483 1 0.5147 0.3621 0.740 0.200 0.000 0.060
#> SRR1341080 2 0.5168 0.9624 0.496 0.500 0.000 0.004
#> SRR1459913 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170490 1 0.1677 0.6215 0.948 0.012 0.000 0.040
#> SRR1479845 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436420 1 0.2399 0.6203 0.920 0.048 0.000 0.032
#> SRR1481060 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662282 3 0.4999 0.0485 0.000 0.012 0.660 0.328
#> SRR1487089 3 0.2149 0.8842 0.000 0.088 0.912 0.000
#> SRR1075683 2 0.5408 0.9873 0.488 0.500 0.000 0.012
#> SRR1338536 1 0.5353 -0.7560 0.556 0.432 0.000 0.012
#> SRR1338880 3 0.1211 0.9303 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR1453456 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457895 1 0.1059 0.6232 0.972 0.016 0.000 0.012
#> SRR1440603 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658633 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388081 3 0.0707 0.9437 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR813339 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809725 1 0.5112 -0.7450 0.560 0.436 0.000 0.004
#> SRR627441 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613603 3 0.5256 -0.2869 0.000 0.012 0.596 0.392
#> SRR1096571 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392701 1 0.5219 0.3269 0.728 0.216 0.000 0.056
#> SRR1344326 1 0.2450 0.6054 0.912 0.016 0.000 0.072
#> SRR1367693 3 0.1211 0.9301 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR660697 3 0.1637 0.9138 0.000 0.060 0.940 0.000
#> SRR1489926 3 0.0188 0.9518 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR811491 3 0.0188 0.9518 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1311644 3 0.2216 0.8793 0.000 0.092 0.908 0.000
#> SRR1451740 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615117 3 0.0804 0.9399 0.000 0.012 0.980 0.008
#> SRR1391748 3 0.2216 0.8793 0.000 0.092 0.908 0.000
#> SRR1466556 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614972 3 0.4420 0.4579 0.000 0.012 0.748 0.240
#> SRR1406200 1 0.5168 -0.9577 0.500 0.496 0.000 0.004
#> SRR819210 3 0.3764 0.7911 0.000 0.072 0.852 0.076
#> SRR662174 1 0.5132 0.4156 0.748 0.184 0.000 0.068
#> SRR811988 1 0.5137 -0.8011 0.544 0.452 0.000 0.004
#> SRR663236 3 0.5184 0.4716 0.000 0.056 0.732 0.212
#> SRR1312598 3 0.0592 0.9467 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1330129 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357781 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315517 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400032 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413722 1 0.5645 -0.4910 0.604 0.364 0.000 0.032
#> SRR612827 3 0.3224 0.7747 0.000 0.016 0.864 0.120
#> SRR814794 1 0.2670 0.6229 0.908 0.040 0.000 0.052
#> SRR819430 1 0.4857 -0.0232 0.700 0.284 0.000 0.016
#> SRR1395509 3 0.2149 0.8840 0.000 0.088 0.912 0.000
#> SRR808728 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070813 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389133 3 0.0592 0.9471 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR601263 3 0.0336 0.9505 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR604718 3 0.2036 0.9113 0.000 0.032 0.936 0.032
#> SRR1481351 3 0.0188 0.9518 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1334608 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658681 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809283 3 0.3051 0.8471 0.000 0.088 0.884 0.028
#> SRR1459300 1 0.1488 0.6229 0.956 0.012 0.000 0.032
#> SRR1392547 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811049 3 0.0469 0.9488 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1464835 3 0.2216 0.8793 0.000 0.092 0.908 0.000
#> SRR1339619 3 0.1302 0.9276 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR658501 3 0.0469 0.9456 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1447523 3 0.0336 0.9508 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1415048 1 0.2222 0.6076 0.924 0.016 0.000 0.060
#> SRR1355451 1 0.3015 0.5927 0.884 0.092 0.000 0.024
#> SRR1444348 3 0.0336 0.9506 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR603890 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR810595 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446244 3 0.1637 0.9137 0.000 0.060 0.940 0.000
#> SRR817373 3 0.0707 0.9437 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR1457291 3 0.0336 0.9504 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR598220 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477991 3 0.0336 0.9506 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR598172 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349032 3 0.2101 0.9031 0.000 0.060 0.928 0.012
#> SRR604002 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378026 3 0.0336 0.9505 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1404401 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333240 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089399 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR603421 3 0.1584 0.9131 0.000 0.012 0.952 0.036
#> SRR812562 1 0.5488 -0.8604 0.532 0.452 0.000 0.016
#> SRR808520 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811839 1 0.3745 0.5876 0.852 0.088 0.000 0.060
#> SRR814317 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436763 3 0.2149 0.8842 0.000 0.088 0.912 0.000
#> SRR1486021 3 0.0336 0.9507 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1465018 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080998 3 0.0469 0.9488 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1083432 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082833 1 0.3377 0.5203 0.848 0.140 0.000 0.012
#> SRR1465804 1 0.5716 -0.7747 0.552 0.420 0.000 0.028
#> SRR1326536 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614011 3 0.1936 0.9142 0.000 0.028 0.940 0.032
#> SRR1365873 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498789 3 0.0188 0.9519 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR601581 3 0.2021 0.9073 0.000 0.056 0.932 0.012
#> SRR603566 3 0.0937 0.9362 0.000 0.012 0.976 0.012
#> SRR1373981 1 0.3176 0.5719 0.880 0.084 0.000 0.036
#> SRR821410 3 0.0188 0.9519 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1076511 4 0.3900 0.6038 0.000 0.020 0.164 0.816
#> SRR614143 3 0.0188 0.9518 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1333570 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366813 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388746 1 0.3474 0.5624 0.868 0.064 0.000 0.068
#> SRR1420558 3 0.0817 0.9425 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1409510 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816250 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614131 3 0.1389 0.9242 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR1331130 1 0.5543 -0.7814 0.556 0.424 0.000 0.020
#> SRR1316015 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470798 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614179 3 0.0376 0.9488 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1474863 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR813560 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312187 3 0.2222 0.8994 0.000 0.060 0.924 0.016
#> SRR1420960 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355102 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084577 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659971 3 0.1584 0.9190 0.000 0.012 0.952 0.036
#> SRR1350855 3 0.2149 0.8842 0.000 0.088 0.912 0.000
#> SRR820779 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476300 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090907 3 0.2149 0.8842 0.000 0.088 0.912 0.000
#> SRR662294 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480789 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336263 3 0.2149 0.8842 0.000 0.088 0.912 0.000
#> SRR660776 1 0.4542 0.4642 0.752 0.228 0.000 0.020
#> SRR1090508 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615563 3 0.2222 0.8994 0.000 0.060 0.924 0.016
#> SRR1101175 1 0.3790 0.4787 0.820 0.164 0.000 0.016
#> SRR2164650 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431205 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339856 3 0.2081 0.8890 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR1352147 3 0.0707 0.9445 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR808968 1 0.1510 0.6233 0.956 0.016 0.000 0.028
#> SRR627419 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402391 1 0.3301 0.6070 0.876 0.048 0.000 0.076
#> SRR663609 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2167857 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398752 1 0.4673 0.5012 0.792 0.132 0.000 0.076
#> SRR1469169 1 0.2282 0.6225 0.924 0.024 0.000 0.052
#> SRR1405437 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416955 2 0.5408 0.9873 0.488 0.500 0.000 0.012
#> SRR1317064 3 0.1211 0.9308 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR659001 3 0.1388 0.9326 0.000 0.028 0.960 0.012
#> SRR2170696 3 0.2412 0.8808 0.000 0.084 0.908 0.008
#> SRR816589 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087487 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329485 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816920 3 0.2342 0.8857 0.000 0.080 0.912 0.008
#> SRR1341432 1 0.2586 0.6154 0.912 0.040 0.000 0.048
#> SRR1361590 3 0.2216 0.8793 0.000 0.092 0.908 0.000
#> SRR817046 3 0.0188 0.9518 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1471331 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660788 3 0.3383 0.8274 0.000 0.076 0.872 0.052
#> SRR819234 1 0.2522 0.5935 0.908 0.076 0.000 0.016
#> SRR810853 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809427 3 0.1624 0.9257 0.000 0.028 0.952 0.020
#> SRR2170217 3 0.2149 0.8842 0.000 0.088 0.912 0.000
#> SRR1386967 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420344 3 0.0817 0.9423 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1334535 1 0.4546 0.1688 0.732 0.256 0.000 0.012
#> SRR614503 3 0.2101 0.9030 0.000 0.060 0.928 0.012
#> SRR602564 3 0.2319 0.8971 0.000 0.040 0.924 0.036
#> SRR1420669 3 0.2342 0.8857 0.000 0.080 0.912 0.008
#> SRR819024 3 0.0188 0.9518 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR656223 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608428 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345647 1 0.4228 0.2989 0.760 0.232 0.000 0.008
#> SRR1389324 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1361368 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322619 3 0.0817 0.9420 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1349276 3 0.2216 0.8793 0.000 0.092 0.908 0.000
#> SRR1404024 2 0.5295 0.9844 0.488 0.504 0.000 0.008
#> SRR1370637 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452631 3 0.2216 0.8793 0.000 0.092 0.908 0.000
#> SRR608392 3 0.2741 0.8175 0.000 0.012 0.892 0.096
#> SRR1357757 3 0.0336 0.9505 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1074646 3 0.2480 0.8755 0.000 0.088 0.904 0.008
#> SRR1367499 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343501 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394406 3 0.0469 0.9488 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1381435 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467407 1 0.2861 0.5745 0.888 0.096 0.000 0.016
#> SRR1092422 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380270 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091817 3 0.0188 0.9519 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1440137 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614311 3 0.1109 0.9373 0.000 0.028 0.968 0.004
#> SRR1407516 3 0.1118 0.9340 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR815494 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333209 3 0.1302 0.9276 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR615177 3 0.3764 0.7911 0.000 0.072 0.852 0.076
#> SRR1099648 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659720 3 0.0469 0.9496 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR2185057 1 0.5132 0.4156 0.748 0.184 0.000 0.068
#> SRR1467125 1 0.3617 0.5984 0.860 0.076 0.000 0.064
#> SRR657468 3 0.2216 0.8793 0.000 0.092 0.908 0.000
#> SRR660042 4 0.5159 0.8373 0.000 0.012 0.364 0.624
#> SRR2170864 3 0.0188 0.9519 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1440491 3 0.0707 0.9437 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR1440852 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811169 1 0.4678 0.2847 0.744 0.232 0.000 0.024
#> SRR1331311 3 0.2081 0.8890 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR818009 1 0.3301 0.6047 0.876 0.048 0.000 0.076
#> SRR1351836 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498313 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441975 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR819096 1 0.4956 0.2383 0.732 0.232 0.000 0.036
#> SRR1073679 3 0.0592 0.9468 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1489116 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354138 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490589 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1412987 3 0.2216 0.8793 0.000 0.092 0.908 0.000
#> SRR602034 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353437 1 0.5543 -0.7436 0.556 0.424 0.000 0.020
#> SRR1072871 3 0.0188 0.9518 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR661577 4 0.3768 0.6455 0.000 0.008 0.184 0.808
#> SRR612190 3 0.1389 0.9242 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR1399880 1 0.5723 -0.5970 0.580 0.388 0.000 0.032
#> SRR1101787 3 0.2222 0.8994 0.000 0.060 0.924 0.016
#> SRR657869 1 0.6520 0.1632 0.552 0.364 0.000 0.084
#> SRR1446332 1 0.1975 0.6114 0.936 0.016 0.000 0.048
#> SRR816039 2 0.5295 0.9860 0.488 0.504 0.000 0.008
#> SRR1485141 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476697 1 0.2021 0.6109 0.932 0.012 0.000 0.056
#> SRR1379538 3 0.2081 0.8891 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR1331422 1 0.3471 0.6058 0.868 0.072 0.000 0.060
#> SRR660859 3 0.0469 0.9488 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1097594 1 0.2546 0.5844 0.900 0.092 0.000 0.008
#> SRR1311419 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336706 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472976 3 0.1716 0.9099 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR1321307 1 0.3959 0.5293 0.840 0.092 0.000 0.068
#> SRR807493 1 0.1635 0.6185 0.948 0.008 0.000 0.044
#> SRR812461 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477149 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457397 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661913 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069024 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2165634 1 0.1510 0.6233 0.956 0.016 0.000 0.028
#> SRR1478722 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328642 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488261 3 0.0592 0.9473 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1318815 3 0.2216 0.8793 0.000 0.092 0.908 0.000
#> SRR816945 1 0.2845 0.5962 0.896 0.028 0.000 0.076
#> SRR1367432 3 0.2149 0.8842 0.000 0.088 0.912 0.000
#> SRR1359280 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313910 3 0.0336 0.9506 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1457315 3 0.2342 0.8857 0.000 0.080 0.912 0.008
#> SRR815398 1 0.3056 0.5873 0.888 0.040 0.000 0.072
#> SRR656958 3 0.3852 0.6302 0.000 0.012 0.808 0.180
#> SRR600688 3 0.2282 0.8865 0.000 0.024 0.924 0.052
#> SRR1098952 1 0.4621 0.5061 0.796 0.128 0.000 0.076
#> SRR1314916 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614167 3 0.4420 0.4579 0.000 0.012 0.748 0.240
#> SRR1348114 3 0.2021 0.9073 0.000 0.056 0.932 0.012
#> SRR658033 3 0.1584 0.9131 0.000 0.012 0.952 0.036
#> SRR1077503 3 0.0188 0.9518 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR661854 4 0.5295 0.6106 0.000 0.008 0.488 0.504
#> SRR811379 3 0.2222 0.8994 0.000 0.060 0.924 0.016
#> SRR1318857 3 0.0592 0.9470 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR656445 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433044 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486391 1 0.1488 0.6229 0.956 0.012 0.000 0.032
#> SRR656071 3 0.0524 0.9495 0.000 0.008 0.988 0.004
#> SRR1364824 2 0.5295 0.9770 0.488 0.504 0.000 0.008
#> SRR1379133 1 0.2722 0.6023 0.904 0.064 0.000 0.032
#> SRR1394169 1 0.4655 0.3606 0.760 0.208 0.000 0.032
#> SRR816745 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR601038 3 0.0524 0.9460 0.000 0.008 0.988 0.004
#> SRR1360080 1 0.2282 0.6190 0.924 0.024 0.000 0.052
#> SRR814868 3 0.0188 0.9518 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1485997 1 0.3176 0.5719 0.880 0.084 0.000 0.036
#> SRR1435560 3 0.2101 0.9031 0.000 0.060 0.928 0.012
#> SRR1333330 1 0.5168 -0.9628 0.500 0.496 0.000 0.004
#> SRR663513 3 0.0592 0.9471 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1328407 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR602784 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348468 3 0.2216 0.8793 0.000 0.092 0.908 0.000
#> SRR663717 3 0.2222 0.8994 0.000 0.060 0.924 0.016
#> SRR602217 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR603140 3 0.0469 0.9488 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1340804 2 0.5408 0.9873 0.488 0.500 0.000 0.012
#> SRR1457574 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333462 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1094601 2 0.5295 0.9770 0.488 0.504 0.000 0.008
#> SRR1434610 3 0.0469 0.9488 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1435833 3 0.1867 0.9012 0.000 0.072 0.928 0.000
#> SRR1398728 3 0.0921 0.9400 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1358343 3 0.2216 0.8793 0.000 0.092 0.908 0.000
#> SRR1410890 3 0.0336 0.9504 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1350371 1 0.5219 0.3269 0.728 0.216 0.000 0.056
#> SRR1392478 3 0.0336 0.9506 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1099260 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433576 3 0.0188 0.9520 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1345541 3 0.2401 0.8744 0.000 0.092 0.904 0.004
#> SRR1086328 1 0.1902 0.6210 0.932 0.004 0.000 0.064
#> SRR810391 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476207 3 0.0336 0.9505 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR627435 3 0.1211 0.9317 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR1489862 1 0.4888 0.2494 0.740 0.224 0.000 0.036
#> SRR1419086 1 0.1888 0.6163 0.940 0.016 0.000 0.044
#> SRR1436539 1 0.5428 -0.5588 0.600 0.380 0.000 0.020
#> SRR1396191 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490115 3 0.0188 0.9518 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1377714 3 0.0336 0.9505 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR819394 1 0.3659 0.5293 0.840 0.136 0.000 0.024
#> SRR663161 4 0.4713 0.8386 0.000 0.000 0.360 0.640
#> SRR607042 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR656203 3 0.0707 0.9445 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR660602 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440397 1 0.2036 0.6257 0.936 0.032 0.000 0.032
#> SRR1369264 1 0.4888 0.2494 0.740 0.224 0.000 0.036
#> SRR809233 1 0.2300 0.6068 0.924 0.028 0.000 0.048
#> SRR663249 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661242 3 0.0672 0.9476 0.000 0.008 0.984 0.008
#> SRR1332007 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809619 3 0.0592 0.9466 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR819975 1 0.5193 -0.2927 0.656 0.324 0.000 0.020
#> SRR599281 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662366 3 0.3377 0.7307 0.000 0.012 0.848 0.140
#> SRR1317898 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382485 3 0.1389 0.9242 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR2166420 2 0.5408 0.9873 0.488 0.500 0.000 0.012
#> SRR1419429 1 0.3547 0.6049 0.864 0.072 0.000 0.064
#> SRR1092541 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR817444 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320403 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101483 3 0.1284 0.9359 0.000 0.024 0.964 0.012
#> SRR1331684 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400054 4 0.4673 0.8009 0.000 0.008 0.292 0.700
#> SRR1406088 3 0.0921 0.9400 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR820733 3 0.2480 0.8755 0.000 0.088 0.904 0.008
#> SRR1314113 3 0.2216 0.8793 0.000 0.092 0.908 0.000
#> SRR1382615 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480745 1 0.2282 0.6190 0.924 0.024 0.000 0.052
#> SRR1468850 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR656782 3 0.0188 0.9518 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR821364 1 0.2124 0.6146 0.932 0.040 0.000 0.028
#> SRR1101106 1 0.5837 -0.6743 0.564 0.400 0.000 0.036
#> SRR659295 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357103 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809185 3 0.2101 0.9038 0.000 0.060 0.928 0.012
#> SRR811583 4 0.4673 0.8009 0.000 0.008 0.292 0.700
#> SRR1468050 1 0.3176 0.5719 0.880 0.084 0.000 0.036
#> SRR1440224 3 0.0000 0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1500170 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402368 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607743 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457375 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470923 1 0.2201 0.6539 0.920 0.032 0.000 0.008 0.040
#> SRR817954 1 0.2363 0.6412 0.912 0.024 0.000 0.012 0.052
#> SRR809259 1 0.4962 -0.2124 0.632 0.024 0.000 0.012 0.332
#> SRR1439785 3 0.0162 0.9069 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR814768 1 0.4974 0.4412 0.720 0.088 0.000 0.008 0.184
#> SRR1102031 3 0.0290 0.9063 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1363611 3 0.1043 0.8926 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1468447 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071931 3 0.2424 0.8259 0.000 0.132 0.868 0.000 0.000
#> SRR810981 1 0.2325 0.6249 0.904 0.068 0.000 0.000 0.028
#> SRR615299 3 0.0290 0.9059 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR663585 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326773 3 0.0162 0.9071 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1351166 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477452 1 0.2859 0.6386 0.876 0.068 0.000 0.000 0.056
#> SRR1084720 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420320 3 0.3586 0.6692 0.000 0.264 0.736 0.000 0.000
#> SRR1081712 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318241 3 0.0290 0.9061 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1333718 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313514 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477861 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318005 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354665 3 0.1478 0.8782 0.000 0.064 0.936 0.000 0.000
#> SRR657707 3 0.0290 0.9061 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1370742 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1412947 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661553 3 0.5285 0.4060 0.000 0.288 0.632 0.080 0.000
#> SRR1328869 1 0.4142 0.4244 0.752 0.016 0.000 0.012 0.220
#> SRR662211 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348181 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416560 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319772 3 0.0162 0.9069 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1091452 3 0.2424 0.8261 0.000 0.132 0.868 0.000 0.000
#> SRR1338812 5 0.4796 0.8429 0.468 0.012 0.000 0.004 0.516
#> SRR1392072 3 0.0162 0.9071 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR814844 3 0.3636 0.6571 0.000 0.272 0.728 0.000 0.000
#> SRR1376619 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603690 3 0.2516 0.8089 0.000 0.140 0.860 0.000 0.000
#> SRR2184980 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613963 3 0.6083 0.1255 0.000 0.224 0.572 0.204 0.000
#> SRR1323422 1 0.3166 0.6008 0.860 0.016 0.000 0.020 0.104
#> SRR1397673 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434650 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659875 3 0.0794 0.8933 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1465734 3 0.0404 0.9051 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1076847 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415072 1 0.5494 -0.2290 0.592 0.052 0.000 0.012 0.344
#> SRR659319 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663088 3 0.3636 0.6571 0.000 0.272 0.728 0.000 0.000
#> SRR1352021 1 0.5268 -0.3789 0.588 0.020 0.000 0.024 0.368
#> SRR1325527 1 0.3019 0.6020 0.864 0.012 0.000 0.016 0.108
#> SRR1105369 1 0.5200 0.3111 0.676 0.072 0.000 0.008 0.244
#> SRR659935 3 0.2605 0.8116 0.000 0.148 0.852 0.000 0.000
#> SRR1352530 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662594 3 0.6756 -0.6943 0.000 0.364 0.372 0.264 0.000
#> SRR1095309 1 0.3702 0.5334 0.820 0.084 0.000 0.000 0.096
#> SRR615647 3 0.6047 -0.3658 0.000 0.376 0.500 0.124 0.000
#> SRR813019 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374647 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603472 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661529 2 0.6498 0.8943 0.000 0.484 0.224 0.292 0.000
#> SRR607018 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR627423 3 0.3612 0.6639 0.000 0.268 0.732 0.000 0.000
#> SRR654921 3 0.3636 0.6571 0.000 0.272 0.728 0.000 0.000
#> SRR1418968 1 0.2110 0.6307 0.912 0.072 0.000 0.000 0.016
#> SRR660871 3 0.5088 0.4004 0.000 0.228 0.680 0.092 0.000
#> SRR1330522 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499958 3 0.1121 0.8907 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR614059 2 0.6417 0.9333 0.000 0.504 0.216 0.280 0.000
#> SRR1071403 1 0.5290 0.1593 0.676 0.036 0.000 0.036 0.252
#> SRR1486719 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440421 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310412 3 0.0794 0.8993 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR614767 3 0.1270 0.8860 0.000 0.052 0.948 0.000 0.000
#> SRR820709 1 0.4123 0.6040 0.796 0.108 0.000 0.004 0.092
#> SRR1471500 1 0.5284 -0.6180 0.532 0.040 0.000 0.004 0.424
#> SRR658093 3 0.2966 0.6938 0.000 0.184 0.816 0.000 0.000
#> SRR1088168 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418707 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354291 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2165806 1 0.2313 0.6470 0.916 0.032 0.000 0.012 0.040
#> SRR1415684 3 0.4887 0.4763 0.000 0.288 0.660 0.052 0.000
#> SRR1433860 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311062 3 0.0162 0.9071 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1360359 5 0.4552 0.8424 0.468 0.008 0.000 0.000 0.524
#> SRR661385 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615407 3 0.1478 0.8643 0.000 0.064 0.936 0.000 0.000
#> SRR1413892 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443459 3 0.2852 0.7880 0.000 0.172 0.828 0.000 0.000
#> SRR1338942 5 0.4974 0.8036 0.484 0.020 0.000 0.004 0.492
#> SRR657480 3 0.0162 0.9069 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1399433 3 0.5323 0.3801 0.000 0.296 0.624 0.080 0.000
#> SRR818537 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101324 3 0.3636 0.6571 0.000 0.272 0.728 0.000 0.000
#> SRR807637 4 0.1121 0.4033 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR1091918 1 0.3018 0.6249 0.876 0.024 0.000 0.020 0.080
#> SRR598300 3 0.3596 0.6813 0.000 0.200 0.784 0.016 0.000
#> SRR1085426 1 0.1281 0.6500 0.956 0.032 0.000 0.000 0.012
#> SRR1376294 3 0.0290 0.9063 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR813891 1 0.4805 0.2526 0.700 0.032 0.000 0.016 0.252
#> SRR1467431 3 0.0290 0.9063 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR658742 2 0.6432 0.9060 0.000 0.492 0.204 0.304 0.000
#> SRR1419234 1 0.4923 0.3629 0.728 0.036 0.000 0.036 0.200
#> SRR1404813 3 0.0510 0.9038 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR603496 3 0.3381 0.6873 0.000 0.176 0.808 0.016 0.000
#> SRR1407758 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810945 3 0.0963 0.8953 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR817234 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444852 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660378 3 0.5260 0.2856 0.000 0.264 0.648 0.088 0.000
#> SRR1467835 3 0.0290 0.9060 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1338964 3 0.0404 0.9050 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1079259 3 0.0609 0.9023 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1072345 3 0.0609 0.9023 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR598725 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447938 1 0.5225 -0.6253 0.532 0.024 0.000 0.012 0.432
#> SRR1356397 1 0.3018 0.6249 0.876 0.024 0.000 0.020 0.080
#> SRR1360460 3 0.3612 0.6637 0.000 0.268 0.732 0.000 0.000
#> SRR1429468 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446850 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320363 3 0.0162 0.9069 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1413810 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598831 3 0.2583 0.8168 0.000 0.132 0.864 0.004 0.000
#> SRR1381865 1 0.3693 0.5260 0.804 0.012 0.000 0.016 0.168
#> SRR660957 3 0.0510 0.9044 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1491332 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099744 3 0.0162 0.9071 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1464618 3 0.2852 0.7880 0.000 0.172 0.828 0.000 0.000
#> SRR1414559 3 0.5759 0.2432 0.000 0.324 0.568 0.108 0.000
#> SRR1337540 3 0.3612 0.6637 0.000 0.268 0.732 0.000 0.000
#> SRR1444283 1 0.2676 0.6441 0.884 0.080 0.000 0.000 0.036
#> SRR2184942 3 0.0290 0.9061 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR660295 1 0.3912 0.5334 0.804 0.108 0.000 0.000 0.088
#> SRR601335 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1363742 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345847 3 0.0703 0.9010 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR614960 3 0.5088 0.4004 0.000 0.228 0.680 0.092 0.000
#> SRR819919 1 0.3339 0.6364 0.852 0.072 0.000 0.004 0.072
#> SRR603330 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327951 1 0.1800 0.6413 0.932 0.048 0.000 0.000 0.020
#> SRR1401885 5 0.5099 0.8064 0.484 0.012 0.000 0.016 0.488
#> SRR1345266 3 0.2648 0.8075 0.000 0.152 0.848 0.000 0.000
#> SRR1338055 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430157 3 0.1043 0.8928 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1320137 3 0.2280 0.8355 0.000 0.120 0.880 0.000 0.000
#> SRR1093483 1 0.5007 0.4311 0.716 0.088 0.000 0.008 0.188
#> SRR1341080 5 0.4557 0.8313 0.476 0.008 0.000 0.000 0.516
#> SRR1459913 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2170490 1 0.1281 0.6500 0.956 0.032 0.000 0.000 0.012
#> SRR1479845 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436420 1 0.2451 0.6505 0.904 0.036 0.000 0.004 0.056
#> SRR1481060 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662282 3 0.5700 0.0981 0.000 0.280 0.600 0.120 0.000
#> SRR1487089 3 0.3586 0.6692 0.000 0.264 0.736 0.000 0.000
#> SRR1075683 5 0.4796 0.8429 0.468 0.012 0.000 0.004 0.516
#> SRR1338536 1 0.5071 -0.6378 0.532 0.012 0.000 0.016 0.440
#> SRR1338880 3 0.2074 0.8493 0.000 0.104 0.896 0.000 0.000
#> SRR1453456 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457895 1 0.1419 0.6526 0.956 0.016 0.000 0.012 0.016
#> SRR1440603 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658633 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388081 3 0.1121 0.8900 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR813339 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809725 1 0.4718 -0.6224 0.540 0.016 0.000 0.000 0.444
#> SRR627441 3 0.0162 0.9063 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR613603 3 0.6285 -0.5024 0.000 0.392 0.456 0.152 0.000
#> SRR1096571 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392701 1 0.5113 0.3948 0.700 0.084 0.000 0.008 0.208
#> SRR1344326 1 0.2110 0.6307 0.912 0.072 0.000 0.000 0.016
#> SRR1367693 3 0.2471 0.8221 0.000 0.136 0.864 0.000 0.000
#> SRR660697 3 0.2732 0.7993 0.000 0.160 0.840 0.000 0.000
#> SRR1489926 3 0.0162 0.9069 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR811491 3 0.0162 0.9069 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1311644 3 0.3636 0.6571 0.000 0.272 0.728 0.000 0.000
#> SRR1451740 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615117 3 0.0880 0.8900 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1391748 3 0.3636 0.6571 0.000 0.272 0.728 0.000 0.000
#> SRR1466556 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614972 3 0.5060 0.4135 0.000 0.224 0.684 0.092 0.000
#> SRR1406200 5 0.4593 0.8246 0.480 0.004 0.000 0.004 0.512
#> SRR819210 3 0.4370 0.6468 0.000 0.236 0.724 0.040 0.000
#> SRR662174 1 0.4972 0.4683 0.724 0.096 0.000 0.008 0.172
#> SRR811988 1 0.4692 -0.6742 0.528 0.008 0.000 0.004 0.460
#> SRR663236 3 0.5323 0.3801 0.000 0.296 0.624 0.080 0.000
#> SRR1312598 3 0.1410 0.8806 0.000 0.060 0.940 0.000 0.000
#> SRR1330129 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357781 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315517 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400032 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413722 1 0.5341 -0.3701 0.580 0.052 0.000 0.004 0.364
#> SRR612827 3 0.3427 0.6743 0.000 0.192 0.796 0.012 0.000
#> SRR814794 1 0.2304 0.6533 0.908 0.048 0.000 0.000 0.044
#> SRR819430 1 0.4520 0.0812 0.680 0.008 0.000 0.016 0.296
#> SRR1395509 3 0.3508 0.6868 0.000 0.252 0.748 0.000 0.000
#> SRR808728 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070813 3 0.0162 0.9071 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1389133 3 0.0794 0.8993 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR601263 3 0.0510 0.9040 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR604718 3 0.2690 0.8095 0.000 0.156 0.844 0.000 0.000
#> SRR1481351 3 0.0290 0.9061 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1334608 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658681 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809283 3 0.4243 0.6313 0.000 0.264 0.712 0.024 0.000
#> SRR1459300 1 0.1364 0.6517 0.952 0.036 0.000 0.000 0.012
#> SRR1392547 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811049 3 0.0609 0.9023 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1464835 3 0.3636 0.6571 0.000 0.272 0.728 0.000 0.000
#> SRR1339619 3 0.2127 0.8483 0.000 0.108 0.892 0.000 0.000
#> SRR658501 3 0.0404 0.9021 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1447523 3 0.0609 0.9024 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1415048 1 0.1774 0.6352 0.932 0.052 0.000 0.000 0.016
#> SRR1355451 1 0.3218 0.6211 0.860 0.032 0.000 0.012 0.096
#> SRR1444348 3 0.1043 0.8928 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR603890 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810595 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446244 3 0.2891 0.7835 0.000 0.176 0.824 0.000 0.000
#> SRR817373 3 0.1121 0.8900 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR1457291 3 0.0703 0.9005 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR598220 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477991 3 0.0880 0.8970 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR598172 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349032 3 0.3109 0.7575 0.000 0.200 0.800 0.000 0.000
#> SRR604002 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378026 3 0.0290 0.9062 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1404401 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333240 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1089399 3 0.0162 0.9071 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR603421 3 0.1478 0.8643 0.000 0.064 0.936 0.000 0.000
#> SRR812562 1 0.5092 -0.7480 0.508 0.012 0.000 0.016 0.464
#> SRR808520 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811839 1 0.3629 0.6186 0.832 0.072 0.000 0.004 0.092
#> SRR814317 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436763 3 0.3586 0.6692 0.000 0.264 0.736 0.000 0.000
#> SRR1486021 3 0.0404 0.9055 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1465018 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080998 3 0.0609 0.9023 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1083432 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082833 1 0.3685 0.5425 0.816 0.020 0.000 0.016 0.148
#> SRR1465804 1 0.5434 -0.6580 0.524 0.036 0.000 0.012 0.428
#> SRR1326536 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614011 3 0.2280 0.8396 0.000 0.120 0.880 0.000 0.000
#> SRR1365873 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498789 3 0.0162 0.9071 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR601581 3 0.3074 0.7622 0.000 0.196 0.804 0.000 0.000
#> SRR603566 3 0.0963 0.8868 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR1373981 1 0.3589 0.5953 0.848 0.036 0.000 0.032 0.084
#> SRR821410 3 0.0290 0.9060 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1076511 4 0.1478 0.4224 0.000 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR614143 3 0.0290 0.9061 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1333570 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366813 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388746 1 0.3055 0.5825 0.864 0.072 0.000 0.000 0.064
#> SRR1420558 3 0.1197 0.8894 0.000 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR1409510 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816250 3 0.0290 0.9063 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR614131 3 0.2471 0.8223 0.000 0.136 0.864 0.000 0.000
#> SRR1331130 1 0.5057 -0.6793 0.532 0.008 0.000 0.020 0.440
#> SRR1316015 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470798 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614179 3 0.0404 0.9030 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1474863 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813560 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312187 3 0.3177 0.7489 0.000 0.208 0.792 0.000 0.000
#> SRR1420960 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355102 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084577 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659971 3 0.2127 0.8469 0.000 0.108 0.892 0.000 0.000
#> SRR1350855 3 0.3586 0.6692 0.000 0.264 0.736 0.000 0.000
#> SRR820779 3 0.0162 0.9070 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1476300 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090907 3 0.3612 0.6637 0.000 0.268 0.732 0.000 0.000
#> SRR662294 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480789 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336263 3 0.3586 0.6692 0.000 0.264 0.736 0.000 0.000
#> SRR660776 1 0.4644 0.4690 0.720 0.052 0.000 0.004 0.224
#> SRR1090508 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615563 3 0.3177 0.7489 0.000 0.208 0.792 0.000 0.000
#> SRR1101175 1 0.3754 0.5301 0.804 0.016 0.000 0.016 0.164
#> SRR2164650 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431205 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339856 3 0.3480 0.6927 0.000 0.248 0.752 0.000 0.000
#> SRR1352147 3 0.1608 0.8724 0.000 0.072 0.928 0.000 0.000
#> SRR808968 1 0.1300 0.6519 0.956 0.028 0.000 0.000 0.016
#> SRR627419 3 0.0162 0.9063 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1402391 1 0.2914 0.6344 0.872 0.076 0.000 0.000 0.052
#> SRR663609 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2167857 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398752 1 0.4471 0.5355 0.772 0.088 0.000 0.008 0.132
#> SRR1469169 1 0.2214 0.6522 0.916 0.052 0.000 0.004 0.028
#> SRR1405437 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416955 5 0.4796 0.8429 0.468 0.012 0.000 0.004 0.516
#> SRR1317064 3 0.2329 0.8329 0.000 0.124 0.876 0.000 0.000
#> SRR659001 3 0.2329 0.8371 0.000 0.124 0.876 0.000 0.000
#> SRR2170696 3 0.3395 0.7110 0.000 0.236 0.764 0.000 0.000
#> SRR816589 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087487 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329485 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816920 3 0.3366 0.7158 0.000 0.232 0.768 0.000 0.000
#> SRR1341432 1 0.2536 0.6425 0.900 0.052 0.000 0.004 0.044
#> SRR1361590 3 0.3636 0.6571 0.000 0.272 0.728 0.000 0.000
#> SRR817046 3 0.0162 0.9069 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1471331 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660788 3 0.4080 0.6563 0.000 0.252 0.728 0.020 0.000
#> SRR819234 1 0.2986 0.6168 0.876 0.020 0.000 0.020 0.084
#> SRR810853 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809427 3 0.2535 0.8484 0.000 0.076 0.892 0.032 0.000
#> SRR2170217 3 0.3612 0.6637 0.000 0.268 0.732 0.000 0.000
#> SRR1386967 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420344 3 0.1851 0.8627 0.000 0.088 0.912 0.000 0.000
#> SRR1334535 1 0.4460 0.2790 0.716 0.012 0.000 0.020 0.252
#> SRR614503 3 0.3109 0.7564 0.000 0.200 0.800 0.000 0.000
#> SRR602564 3 0.2929 0.7826 0.000 0.180 0.820 0.000 0.000
#> SRR1420669 3 0.3366 0.7163 0.000 0.232 0.768 0.000 0.000
#> SRR819024 3 0.0162 0.9069 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR656223 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR608428 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345647 1 0.4202 0.3809 0.744 0.016 0.000 0.012 0.228
#> SRR1389324 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361368 3 0.0794 0.8988 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1322619 3 0.1608 0.8732 0.000 0.072 0.928 0.000 0.000
#> SRR1349276 3 0.3636 0.6571 0.000 0.272 0.728 0.000 0.000
#> SRR1404024 5 0.4698 0.8427 0.468 0.008 0.000 0.004 0.520
#> SRR1370637 3 0.0162 0.9071 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1452631 3 0.3612 0.6639 0.000 0.268 0.732 0.000 0.000
#> SRR608392 3 0.2732 0.7362 0.000 0.160 0.840 0.000 0.000
#> SRR1357757 3 0.0290 0.9062 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1074646 3 0.3508 0.6878 0.000 0.252 0.748 0.000 0.000
#> SRR1367499 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343501 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394406 3 0.0609 0.9023 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1381435 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467407 1 0.2914 0.6102 0.872 0.012 0.000 0.016 0.100
#> SRR1092422 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380270 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091817 3 0.0162 0.9071 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1440137 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614311 3 0.2179 0.8460 0.000 0.112 0.888 0.000 0.000
#> SRR1407516 3 0.2179 0.8433 0.000 0.112 0.888 0.000 0.000
#> SRR815494 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333209 3 0.2127 0.8483 0.000 0.108 0.892 0.000 0.000
#> SRR615177 3 0.4370 0.6468 0.000 0.236 0.724 0.040 0.000
#> SRR1099648 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659720 3 0.0609 0.9034 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR2185057 1 0.4972 0.4683 0.724 0.096 0.000 0.008 0.172
#> SRR1467125 1 0.3362 0.6267 0.844 0.076 0.000 0.000 0.080
#> SRR657468 3 0.3636 0.6571 0.000 0.272 0.728 0.000 0.000
#> SRR660042 2 0.6417 0.9333 0.000 0.504 0.216 0.280 0.000
#> SRR2170864 3 0.0162 0.9071 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1440491 3 0.1043 0.8924 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1440852 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811169 1 0.4468 0.3736 0.728 0.040 0.000 0.004 0.228
#> SRR1331311 3 0.3305 0.7261 0.000 0.224 0.776 0.000 0.000
#> SRR818009 1 0.2974 0.6307 0.868 0.080 0.000 0.000 0.052
#> SRR1351836 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498313 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441975 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819096 1 0.4918 0.2942 0.704 0.044 0.000 0.016 0.236
#> SRR1073679 3 0.1043 0.8931 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1489116 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354138 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490589 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1412987 3 0.3636 0.6571 0.000 0.272 0.728 0.000 0.000
#> SRR602034 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353437 1 0.5236 -0.6225 0.532 0.020 0.000 0.016 0.432
#> SRR1072871 3 0.0162 0.9069 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR661577 4 0.4588 0.2559 0.000 0.136 0.116 0.748 0.000
#> SRR612190 3 0.2471 0.8223 0.000 0.136 0.864 0.000 0.000
#> SRR1399880 1 0.5469 -0.4850 0.548 0.056 0.000 0.004 0.392
#> SRR1101787 3 0.3177 0.7489 0.000 0.208 0.792 0.000 0.000
#> SRR657869 5 0.5962 -0.0922 0.424 0.108 0.000 0.000 0.468
#> SRR1446332 1 0.1626 0.6381 0.940 0.044 0.000 0.000 0.016
#> SRR816039 5 0.4552 0.8424 0.468 0.008 0.000 0.000 0.524
#> SRR1485141 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476697 1 0.1740 0.6368 0.932 0.056 0.000 0.000 0.012
#> SRR1379538 3 0.3508 0.6876 0.000 0.252 0.748 0.000 0.000
#> SRR1331422 1 0.2983 0.6362 0.868 0.056 0.000 0.000 0.076
#> SRR660859 3 0.0609 0.9023 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1097594 1 0.2967 0.6044 0.868 0.012 0.000 0.016 0.104
#> SRR1311419 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336706 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472976 3 0.2773 0.7952 0.000 0.164 0.836 0.000 0.000
#> SRR1321307 1 0.3644 0.5341 0.824 0.080 0.000 0.000 0.096
#> SRR807493 1 0.1364 0.6482 0.952 0.036 0.000 0.000 0.012
#> SRR812461 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477149 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457397 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661913 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069024 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2165634 1 0.1300 0.6519 0.956 0.028 0.000 0.000 0.016
#> SRR1478722 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328642 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488261 3 0.0963 0.8956 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR1318815 3 0.3636 0.6571 0.000 0.272 0.728 0.000 0.000
#> SRR816945 1 0.2511 0.6202 0.892 0.080 0.000 0.000 0.028
#> SRR1367432 3 0.3612 0.6637 0.000 0.268 0.732 0.000 0.000
#> SRR1359280 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313910 3 0.1043 0.8928 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1457315 3 0.3366 0.7163 0.000 0.232 0.768 0.000 0.000
#> SRR815398 1 0.2694 0.6096 0.884 0.076 0.000 0.000 0.040
#> SRR656958 3 0.4295 0.5476 0.000 0.216 0.740 0.044 0.000
#> SRR600688 3 0.2690 0.7968 0.000 0.156 0.844 0.000 0.000
#> SRR1098952 1 0.4427 0.5402 0.776 0.088 0.000 0.008 0.128
#> SRR1314916 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614167 3 0.5088 0.4004 0.000 0.228 0.680 0.092 0.000
#> SRR1348114 3 0.3074 0.7622 0.000 0.196 0.804 0.000 0.000
#> SRR658033 3 0.1478 0.8643 0.000 0.064 0.936 0.000 0.000
#> SRR1077503 3 0.0290 0.9061 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR661854 3 0.6756 -0.6943 0.000 0.364 0.372 0.264 0.000
#> SRR811379 3 0.3177 0.7489 0.000 0.208 0.792 0.000 0.000
#> SRR1318857 3 0.1121 0.8907 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR656445 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433044 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486391 1 0.1364 0.6517 0.952 0.036 0.000 0.000 0.012
#> SRR656071 3 0.0609 0.9029 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1364824 5 0.4650 0.8358 0.468 0.012 0.000 0.000 0.520
#> SRR1379133 1 0.2998 0.6324 0.884 0.036 0.000 0.028 0.052
#> SRR1394169 1 0.4615 0.4262 0.736 0.032 0.000 0.020 0.212
#> SRR816745 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR601038 3 0.0794 0.8933 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1360080 1 0.2067 0.6489 0.924 0.044 0.000 0.004 0.028
#> SRR814868 3 0.0290 0.9061 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1485997 1 0.3589 0.5953 0.848 0.036 0.000 0.032 0.084
#> SRR1435560 3 0.3143 0.7532 0.000 0.204 0.796 0.000 0.000
#> SRR1333330 5 0.4593 0.8279 0.480 0.004 0.000 0.004 0.512
#> SRR663513 3 0.0794 0.8993 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1328407 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602784 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348468 3 0.3612 0.6639 0.000 0.268 0.732 0.000 0.000
#> SRR663717 3 0.3177 0.7489 0.000 0.208 0.792 0.000 0.000
#> SRR602217 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603140 3 0.0703 0.9009 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1340804 5 0.4796 0.8429 0.468 0.012 0.000 0.004 0.516
#> SRR1457574 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333462 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1094601 5 0.4650 0.8358 0.468 0.012 0.000 0.000 0.520
#> SRR1434610 3 0.0609 0.9023 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1435833 3 0.3143 0.7503 0.000 0.204 0.796 0.000 0.000
#> SRR1398728 3 0.1792 0.8664 0.000 0.084 0.916 0.000 0.000
#> SRR1358343 3 0.3636 0.6571 0.000 0.272 0.728 0.000 0.000
#> SRR1410890 3 0.0703 0.9005 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1350371 1 0.5113 0.3948 0.700 0.084 0.000 0.008 0.208
#> SRR1392478 3 0.0794 0.8987 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1099260 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433576 3 0.0162 0.9072 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1345541 3 0.3661 0.6501 0.000 0.276 0.724 0.000 0.000
#> SRR1086328 1 0.1704 0.6493 0.928 0.068 0.000 0.000 0.004
#> SRR810391 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476207 3 0.0290 0.9062 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR627435 3 0.2230 0.8420 0.000 0.116 0.884 0.000 0.000
#> SRR1489862 1 0.5076 0.3037 0.708 0.036 0.000 0.036 0.220
#> SRR1419086 1 0.1701 0.6424 0.936 0.048 0.000 0.000 0.016
#> SRR1436539 1 0.5301 -0.4268 0.576 0.020 0.000 0.024 0.380
#> SRR1396191 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490115 3 0.0162 0.9069 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1377714 3 0.0290 0.9062 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR819394 1 0.3759 0.5546 0.812 0.028 0.000 0.012 0.148
#> SRR663161 2 0.6432 0.9060 0.000 0.492 0.204 0.304 0.000
#> SRR607042 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656203 3 0.1671 0.8697 0.000 0.076 0.924 0.000 0.000
#> SRR660602 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440397 1 0.2234 0.6558 0.920 0.032 0.000 0.012 0.036
#> SRR1369264 1 0.5076 0.3037 0.708 0.036 0.000 0.036 0.220
#> SRR809233 1 0.1981 0.6321 0.924 0.048 0.000 0.000 0.028
#> SRR663249 3 0.0162 0.9071 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR661242 3 0.0609 0.9029 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1332007 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809619 3 0.1341 0.8835 0.000 0.056 0.944 0.000 0.000
#> SRR819975 1 0.4895 -0.1926 0.632 0.020 0.000 0.012 0.336
#> SRR599281 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662366 3 0.3888 0.6815 0.000 0.148 0.796 0.056 0.000
#> SRR1317898 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382485 3 0.2424 0.8261 0.000 0.132 0.868 0.000 0.000
#> SRR2166420 5 0.4796 0.8429 0.468 0.012 0.000 0.004 0.516
#> SRR1419429 1 0.3116 0.6347 0.860 0.064 0.000 0.000 0.076
#> SRR1092541 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817444 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320403 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101483 3 0.2280 0.8403 0.000 0.120 0.880 0.000 0.000
#> SRR1331684 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400054 4 0.6109 -0.5381 0.000 0.212 0.220 0.568 0.000
#> SRR1406088 3 0.1792 0.8664 0.000 0.084 0.916 0.000 0.000
#> SRR820733 3 0.3508 0.6878 0.000 0.252 0.748 0.000 0.000
#> SRR1314113 3 0.3636 0.6571 0.000 0.272 0.728 0.000 0.000
#> SRR1382615 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480745 1 0.2067 0.6489 0.924 0.044 0.000 0.004 0.028
#> SRR1468850 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656782 3 0.0290 0.9061 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR821364 1 0.2313 0.6470 0.916 0.032 0.000 0.012 0.040
#> SRR1101106 1 0.5435 -0.5530 0.540 0.052 0.000 0.004 0.404
#> SRR659295 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357103 3 0.0000 0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809185 3 0.3003 0.7721 0.000 0.188 0.812 0.000 0.000
#> SRR811583 4 0.6109 -0.5381 0.000 0.212 0.220 0.568 0.000
#> SRR1468050 1 0.3589 0.5953 0.848 0.036 0.000 0.032 0.084
#> SRR1440224 3 0.0290 0.9063 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1500170 3 0.0458 0.85317 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1402368 3 0.0363 0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR607743 3 0.0291 0.85901 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1457375 3 0.0260 0.85587 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1470923 1 0.1895 0.74860 0.912 0.072 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR817954 1 0.2328 0.75463 0.904 0.044 0.000 0.032 0.000 0.020
#> SRR809259 1 0.5286 0.66074 0.620 0.136 0.000 0.236 0.000 0.008
#> SRR1439785 3 0.0508 0.85835 0.000 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR814768 1 0.5612 0.67445 0.652 0.076 0.000 0.096 0.000 0.176
#> SRR1102031 3 0.1267 0.82538 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR1363611 3 0.2178 0.74088 0.000 0.000 0.868 0.132 0.000 0.000
#> SRR1468447 3 0.0000 0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071931 3 0.3076 0.53643 0.000 0.000 0.760 0.240 0.000 0.000
#> SRR810981 1 0.2260 0.70791 0.860 0.140 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299 3 0.1636 0.82848 0.000 0.000 0.936 0.036 0.004 0.024
#> SRR663585 3 0.0363 0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1326773 3 0.0458 0.85542 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1351166 3 0.0713 0.84827 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1477452 1 0.2655 0.72202 0.848 0.140 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1084720 3 0.0363 0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1420320 4 0.3868 0.50660 0.000 0.000 0.496 0.504 0.000 0.000
#> SRR1081712 3 0.0146 0.85706 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1318241 3 0.0806 0.85464 0.000 0.000 0.972 0.008 0.000 0.020
#> SRR1333718 3 0.0260 0.85801 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1313514 3 0.0000 0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477861 3 0.0000 0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318005 3 0.0000 0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354665 3 0.2135 0.75093 0.000 0.000 0.872 0.128 0.000 0.000
#> SRR657707 3 0.0806 0.85464 0.000 0.000 0.972 0.008 0.000 0.020
#> SRR1370742 3 0.0363 0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1412947 3 0.0458 0.85317 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR661553 3 0.6028 -0.23052 0.000 0.000 0.524 0.244 0.016 0.216
#> SRR1328869 1 0.4359 0.74331 0.744 0.060 0.000 0.172 0.000 0.024
#> SRR662211 3 0.0713 0.84838 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1348181 3 0.0363 0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1416560 3 0.0363 0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1319772 3 0.0405 0.85878 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> SRR1091452 3 0.3076 0.53619 0.000 0.000 0.760 0.240 0.000 0.000
#> SRR1338812 4 0.5500 -0.72130 0.444 0.088 0.000 0.456 0.000 0.012
#> SRR1392072 3 0.0777 0.84939 0.000 0.000 0.972 0.024 0.004 0.000
#> SRR814844 4 0.3864 0.53358 0.000 0.000 0.480 0.520 0.000 0.000
#> SRR1376619 3 0.0363 0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR603690 3 0.4085 0.57428 0.000 0.000 0.752 0.120 0.000 0.128
#> SRR2184980 3 0.0547 0.85151 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR613963 3 0.6551 -0.37922 0.000 0.000 0.448 0.200 0.040 0.312
#> SRR1323422 1 0.2629 0.75426 0.868 0.092 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1397673 3 0.0363 0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1434650 3 0.0000 0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659875 3 0.1333 0.82872 0.000 0.000 0.944 0.008 0.000 0.048
#> SRR1465734 3 0.0909 0.85314 0.000 0.000 0.968 0.012 0.000 0.020
#> SRR1076847 3 0.0000 0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415072 1 0.6343 0.64140 0.556 0.084 0.000 0.232 0.000 0.128
#> SRR659319 3 0.0363 0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR663088 4 0.3864 0.53358 0.000 0.000 0.480 0.520 0.000 0.000
#> SRR1352021 1 0.5424 0.65055 0.592 0.136 0.000 0.264 0.000 0.008
#> SRR1325527 1 0.3095 0.75711 0.856 0.052 0.000 0.072 0.000 0.020
#> SRR1105369 1 0.5794 0.68480 0.640 0.080 0.000 0.136 0.000 0.144
#> SRR659935 3 0.3266 0.45124 0.000 0.000 0.728 0.272 0.000 0.000
#> SRR1352530 3 0.0363 0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR662594 6 0.5138 0.60504 0.000 0.000 0.360 0.008 0.072 0.560
#> SRR1095309 1 0.3383 0.57773 0.728 0.268 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR615647 6 0.4039 0.52749 0.000 0.000 0.424 0.008 0.000 0.568
#> SRR813019 3 0.0000 0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374647 3 0.0146 0.85706 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR603472 3 0.0000 0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661529 6 0.4438 0.47249 0.000 0.000 0.208 0.004 0.080 0.708
#> SRR607018 3 0.0363 0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR627423 4 0.3866 0.53153 0.000 0.000 0.484 0.516 0.000 0.000
#> SRR654921 4 0.3864 0.53358 0.000 0.000 0.480 0.520 0.000 0.000
#> SRR1418968 1 0.2048 0.71242 0.880 0.120 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871 3 0.3955 0.04727 0.000 0.000 0.608 0.008 0.000 0.384
#> SRR1330522 3 0.0363 0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1499958 3 0.1714 0.79629 0.000 0.000 0.908 0.092 0.000 0.000
#> SRR614059 6 0.4091 0.46243 0.000 0.000 0.200 0.000 0.068 0.732
#> SRR1071403 1 0.4873 0.69197 0.676 0.160 0.000 0.160 0.000 0.004
#> SRR1486719 3 0.0547 0.85151 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1440421 3 0.0000 0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310412 3 0.1480 0.83634 0.000 0.000 0.940 0.040 0.000 0.020
#> SRR614767 3 0.2622 0.76421 0.000 0.000 0.868 0.104 0.004 0.024
#> SRR820709 1 0.4585 0.70646 0.740 0.128 0.000 0.028 0.000 0.104
#> SRR1471500 1 0.6304 0.58906 0.508 0.096 0.000 0.320 0.000 0.076
#> SRR658093 3 0.3217 0.55354 0.000 0.000 0.768 0.008 0.000 0.224
#> SRR1088168 3 0.0363 0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1418707 3 0.0547 0.85151 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1354291 3 0.0000 0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2165806 1 0.2156 0.75249 0.912 0.048 0.000 0.020 0.000 0.020
#> SRR1415684 3 0.5790 -0.17919 0.000 0.000 0.544 0.248 0.008 0.200
#> SRR1433860 3 0.0363 0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1311062 3 0.0777 0.84939 0.000 0.000 0.972 0.024 0.004 0.000
#> SRR1360359 4 0.5415 -0.72527 0.448 0.088 0.000 0.456 0.000 0.008
#> SRR661385 3 0.0260 0.85801 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR615407 3 0.2432 0.75961 0.000 0.000 0.876 0.024 0.000 0.100
#> SRR1413892 3 0.0363 0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1443459 3 0.3547 0.25736 0.000 0.000 0.668 0.332 0.000 0.000
#> SRR1338942 1 0.5729 0.55196 0.484 0.100 0.000 0.396 0.000 0.020
#> SRR657480 3 0.0508 0.85835 0.000 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR1399433 3 0.6082 -0.26004 0.000 0.000 0.512 0.248 0.016 0.224
#> SRR818537 3 0.0000 0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101324 4 0.3864 0.53358 0.000 0.000 0.480 0.520 0.000 0.000
#> SRR807637 5 0.0000 0.00621 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091918 1 0.2818 0.75704 0.876 0.048 0.000 0.052 0.000 0.024
#> SRR598300 3 0.4122 0.51342 0.000 0.000 0.724 0.064 0.000 0.212
#> SRR1085426 1 0.1387 0.73228 0.932 0.068 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294 3 0.0632 0.85196 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR813891 1 0.4741 0.71613 0.696 0.116 0.000 0.180 0.000 0.008
#> SRR1467431 3 0.0458 0.85513 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR658742 6 0.4437 0.38657 0.000 0.000 0.188 0.004 0.092 0.716
#> SRR1419234 1 0.4411 0.71387 0.728 0.148 0.000 0.120 0.000 0.004
#> SRR1404813 3 0.1588 0.81182 0.000 0.000 0.924 0.072 0.004 0.000
#> SRR603496 3 0.3373 0.51102 0.000 0.000 0.744 0.008 0.000 0.248
#> SRR1407758 3 0.0363 0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR810945 3 0.1812 0.80442 0.000 0.000 0.912 0.080 0.000 0.008
#> SRR817234 3 0.0000 0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444852 3 0.0363 0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR660378 3 0.4018 -0.10222 0.000 0.000 0.580 0.008 0.000 0.412
#> SRR1467835 3 0.1471 0.81923 0.000 0.000 0.932 0.064 0.004 0.000
#> SRR1338964 3 0.0909 0.85312 0.000 0.000 0.968 0.012 0.000 0.020
#> SRR1079259 3 0.1334 0.84183 0.000 0.000 0.948 0.032 0.000 0.020
#> SRR1072345 3 0.1176 0.84694 0.000 0.000 0.956 0.024 0.000 0.020
#> SRR598725 3 0.0363 0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1447938 1 0.5592 0.58650 0.516 0.136 0.000 0.344 0.000 0.004
#> SRR1356397 1 0.2818 0.75704 0.876 0.048 0.000 0.052 0.000 0.024
#> SRR1360460 4 0.3868 0.51702 0.000 0.000 0.492 0.508 0.000 0.000
#> SRR1429468 3 0.0547 0.85151 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1446850 3 0.0000 0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320363 3 0.0603 0.85687 0.000 0.000 0.980 0.004 0.000 0.016
#> SRR1413810 3 0.0363 0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR598831 3 0.4406 0.54192 0.000 0.000 0.736 0.140 0.008 0.116
#> SRR1381865 1 0.3937 0.75239 0.792 0.080 0.000 0.108 0.000 0.020
#> SRR660957 3 0.0909 0.85459 0.000 0.000 0.968 0.012 0.000 0.020
#> SRR1491332 3 0.0363 0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1099744 3 0.0692 0.85132 0.000 0.000 0.976 0.020 0.004 0.000
#> SRR1464618 3 0.3547 0.25736 0.000 0.000 0.668 0.332 0.000 0.000
#> SRR1414559 4 0.6302 -0.00262 0.000 0.000 0.316 0.508 0.112 0.064
#> SRR1337540 4 0.3866 0.53201 0.000 0.000 0.484 0.516 0.000 0.000
#> SRR1444283 1 0.3210 0.73040 0.840 0.108 0.000 0.020 0.000 0.032
#> SRR2184942 3 0.0806 0.85464 0.000 0.000 0.972 0.008 0.000 0.020
#> SRR660295 1 0.4333 0.41269 0.596 0.380 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR601335 3 0.0363 0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1363742 3 0.0363 0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1345847 3 0.1714 0.79236 0.000 0.000 0.908 0.092 0.000 0.000
#> SRR614960 3 0.3955 0.04727 0.000 0.000 0.608 0.008 0.000 0.384
#> SRR819919 1 0.3777 0.74426 0.812 0.084 0.000 0.032 0.000 0.072
#> SRR603330 3 0.0000 0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327951 1 0.1714 0.72495 0.908 0.092 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.5609 0.53658 0.464 0.112 0.000 0.416 0.000 0.008
#> SRR1345266 3 0.3266 0.45875 0.000 0.000 0.728 0.272 0.000 0.000
#> SRR1338055 3 0.0000 0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430157 3 0.1765 0.78889 0.000 0.000 0.904 0.096 0.000 0.000
#> SRR1320137 3 0.2941 0.58100 0.000 0.000 0.780 0.220 0.000 0.000
#> SRR1093483 1 0.5654 0.67294 0.648 0.076 0.000 0.100 0.000 0.176
#> SRR1341080 1 0.5535 0.52588 0.460 0.092 0.000 0.436 0.000 0.012
#> SRR1459913 3 0.0363 0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2170490 1 0.1387 0.73228 0.932 0.068 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845 3 0.0363 0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1436420 1 0.2563 0.75839 0.880 0.084 0.000 0.028 0.000 0.008
#> SRR1481060 3 0.0260 0.85801 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR662282 3 0.4080 -0.29144 0.000 0.000 0.536 0.008 0.000 0.456
#> SRR1487089 4 0.3868 0.50660 0.000 0.000 0.496 0.504 0.000 0.000
#> SRR1075683 4 0.5500 -0.72130 0.444 0.088 0.000 0.456 0.000 0.012
#> SRR1338536 1 0.5395 0.58679 0.520 0.124 0.000 0.356 0.000 0.000
#> SRR1338880 3 0.2823 0.61707 0.000 0.000 0.796 0.204 0.000 0.000
#> SRR1453456 3 0.0363 0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1457895 1 0.1349 0.74388 0.940 0.056 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1440603 3 0.0000 0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658633 3 0.0146 0.85706 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1388081 3 0.2234 0.75267 0.000 0.000 0.872 0.124 0.004 0.000
#> SRR813339 3 0.0363 0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR809725 1 0.5763 0.59544 0.520 0.076 0.000 0.364 0.000 0.040
#> SRR627441 3 0.0405 0.85640 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> SRR613603 6 0.4090 0.57493 0.000 0.000 0.384 0.008 0.004 0.604
#> SRR1096571 3 0.0000 0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392701 1 0.5675 0.67056 0.644 0.072 0.000 0.104 0.000 0.180
#> SRR1344326 1 0.2003 0.71062 0.884 0.116 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693 3 0.3076 0.53340 0.000 0.000 0.760 0.240 0.000 0.000
#> SRR660697 3 0.3448 0.42894 0.000 0.000 0.716 0.280 0.000 0.004
#> SRR1489926 3 0.0603 0.85687 0.000 0.000 0.980 0.004 0.000 0.016
#> SRR811491 3 0.0603 0.85715 0.000 0.000 0.980 0.004 0.000 0.016
#> SRR1311644 4 0.3864 0.53358 0.000 0.000 0.480 0.520 0.000 0.000
#> SRR1451740 3 0.0363 0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR615117 3 0.1471 0.81842 0.000 0.000 0.932 0.004 0.000 0.064
#> SRR1391748 4 0.3867 0.52584 0.000 0.000 0.488 0.512 0.000 0.000
#> SRR1466556 3 0.0363 0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR614972 3 0.3945 0.06984 0.000 0.000 0.612 0.008 0.000 0.380
#> SRR1406200 1 0.5419 0.53358 0.468 0.100 0.000 0.428 0.000 0.004
#> SRR819210 3 0.5292 -0.35460 0.000 0.000 0.524 0.392 0.012 0.072
#> SRR662174 1 0.5678 0.66703 0.648 0.088 0.000 0.092 0.000 0.172
#> SRR811988 1 0.5480 0.59159 0.520 0.104 0.000 0.368 0.000 0.008
#> SRR663236 3 0.6082 -0.26004 0.000 0.000 0.512 0.248 0.016 0.224
#> SRR1312598 3 0.1957 0.77154 0.000 0.000 0.888 0.112 0.000 0.000
#> SRR1330129 3 0.0000 0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357781 3 0.0000 0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315517 3 0.0363 0.85563 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1400032 3 0.0363 0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1413722 1 0.6249 0.63634 0.556 0.096 0.000 0.256 0.000 0.092
#> SRR612827 3 0.3487 0.54343 0.000 0.000 0.756 0.020 0.000 0.224
#> SRR814794 1 0.2163 0.73965 0.892 0.096 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR819430 1 0.4923 0.70122 0.672 0.120 0.000 0.200 0.000 0.008
#> SRR1395509 3 0.3993 -0.43165 0.000 0.000 0.520 0.476 0.000 0.004
#> SRR808728 3 0.0260 0.85801 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1070813 3 0.0790 0.84474 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1389133 3 0.1480 0.83634 0.000 0.000 0.940 0.040 0.000 0.020
#> SRR601263 3 0.1168 0.84872 0.000 0.000 0.956 0.016 0.000 0.028
#> SRR604718 3 0.4198 0.45480 0.000 0.000 0.708 0.232 0.000 0.060
#> SRR1481351 3 0.0806 0.85464 0.000 0.000 0.972 0.008 0.000 0.020
#> SRR1334608 3 0.0363 0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR658681 3 0.0000 0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809283 4 0.4564 0.49671 0.000 0.000 0.472 0.500 0.008 0.020
#> SRR1459300 1 0.1531 0.74014 0.928 0.068 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1392547 3 0.0000 0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811049 3 0.1257 0.84445 0.000 0.000 0.952 0.028 0.000 0.020
#> SRR1464835 4 0.3867 0.52584 0.000 0.000 0.488 0.512 0.000 0.000
#> SRR1339619 3 0.3081 0.58820 0.000 0.000 0.776 0.220 0.004 0.000
#> SRR658501 3 0.0790 0.85298 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1447523 3 0.1092 0.84973 0.000 0.000 0.960 0.020 0.000 0.020
#> SRR1415048 1 0.1957 0.71825 0.888 0.112 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.2647 0.75938 0.868 0.088 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1444348 3 0.1814 0.78418 0.000 0.000 0.900 0.100 0.000 0.000
#> SRR603890 3 0.0260 0.85653 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR810595 3 0.0363 0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1446244 3 0.3563 0.24044 0.000 0.000 0.664 0.336 0.000 0.000
#> SRR817373 3 0.2234 0.75267 0.000 0.000 0.872 0.124 0.004 0.000
#> SRR1457291 3 0.1753 0.80240 0.000 0.000 0.912 0.084 0.004 0.000
#> SRR598220 3 0.0146 0.85790 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1477991 3 0.1327 0.82537 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000 0.000
#> SRR598172 3 0.0508 0.85444 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR1349032 3 0.4392 0.12655 0.000 0.000 0.628 0.332 0.000 0.040
#> SRR604002 3 0.0000 0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378026 3 0.0622 0.85734 0.000 0.000 0.980 0.008 0.000 0.012
#> SRR1404401 3 0.0000 0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333240 3 0.0000 0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1089399 3 0.0937 0.84033 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR603421 3 0.2176 0.77789 0.000 0.000 0.896 0.024 0.000 0.080
#> SRR812562 1 0.5576 0.57050 0.496 0.112 0.000 0.384 0.000 0.008
#> SRR808520 3 0.0260 0.85801 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR811839 1 0.4039 0.74419 0.796 0.060 0.000 0.052 0.000 0.092
#> SRR814317 3 0.0458 0.85317 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1436763 4 0.3868 0.51746 0.000 0.000 0.492 0.508 0.000 0.000
#> SRR1486021 3 0.1434 0.83002 0.000 0.000 0.940 0.048 0.000 0.012
#> SRR1465018 3 0.0000 0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1080998 3 0.1257 0.84445 0.000 0.000 0.952 0.028 0.000 0.020
#> SRR1083432 3 0.0363 0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1082833 1 0.3268 0.74952 0.824 0.100 0.000 0.076 0.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.5969 0.58680 0.512 0.116 0.000 0.340 0.000 0.032
#> SRR1326536 3 0.0363 0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR614011 3 0.3911 0.58709 0.000 0.000 0.760 0.180 0.004 0.056
#> SRR1365873 3 0.0000 0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498789 3 0.0777 0.84939 0.000 0.000 0.972 0.024 0.004 0.000
#> SRR601581 3 0.4330 0.14168 0.000 0.000 0.632 0.332 0.000 0.036
#> SRR603566 3 0.1700 0.80268 0.000 0.000 0.916 0.004 0.000 0.080
#> SRR1373981 1 0.2748 0.74642 0.848 0.128 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR821410 3 0.1411 0.82266 0.000 0.000 0.936 0.060 0.004 0.000
#> SRR1076511 5 0.0632 0.13279 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR614143 3 0.0806 0.85464 0.000 0.000 0.972 0.008 0.000 0.020
#> SRR1333570 3 0.0363 0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1366813 3 0.0547 0.85151 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1388746 1 0.2793 0.65517 0.800 0.200 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558 3 0.2301 0.78049 0.000 0.000 0.884 0.096 0.000 0.020
#> SRR1409510 3 0.0363 0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR816250 3 0.0632 0.85196 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR614131 3 0.3101 0.52618 0.000 0.000 0.756 0.244 0.000 0.000
#> SRR1331130 1 0.5568 0.58501 0.516 0.116 0.000 0.360 0.000 0.008
#> SRR1316015 3 0.0363 0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1470798 3 0.0363 0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR614179 3 0.0363 0.85473 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1474863 3 0.0146 0.85706 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR813560 3 0.0632 0.84998 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1312187 3 0.4493 0.06065 0.000 0.000 0.612 0.344 0.000 0.044
#> SRR1420960 3 0.0363 0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1355102 3 0.0363 0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1084577 3 0.0363 0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR659971 3 0.4012 0.56932 0.000 0.000 0.752 0.164 0.000 0.084
#> SRR1350855 4 0.3868 0.50660 0.000 0.000 0.496 0.504 0.000 0.000
#> SRR820779 3 0.0692 0.85606 0.000 0.000 0.976 0.004 0.000 0.020
#> SRR1476300 3 0.0363 0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1090907 4 0.3867 0.52642 0.000 0.000 0.488 0.512 0.000 0.000
#> SRR662294 3 0.0000 0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480789 3 0.0000 0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336263 4 0.3868 0.50660 0.000 0.000 0.496 0.504 0.000 0.000
#> SRR660776 1 0.6428 0.44519 0.520 0.284 0.000 0.108 0.000 0.088
#> SRR1090508 3 0.0000 0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615563 3 0.4493 0.06065 0.000 0.000 0.612 0.344 0.000 0.044
#> SRR1101175 1 0.3978 0.75378 0.792 0.068 0.000 0.112 0.000 0.028
#> SRR2164650 3 0.0363 0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1431205 3 0.0000 0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339856 3 0.3823 -0.26420 0.000 0.000 0.564 0.436 0.000 0.000
#> SRR1352147 3 0.2454 0.69653 0.000 0.000 0.840 0.160 0.000 0.000
#> SRR808968 1 0.1556 0.73497 0.920 0.080 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419 3 0.0405 0.85640 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> SRR1402391 1 0.2734 0.71639 0.840 0.148 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR663609 3 0.0260 0.85801 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2167857 3 0.0000 0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398752 1 0.5216 0.69897 0.700 0.100 0.000 0.076 0.000 0.124
#> SRR1469169 1 0.1757 0.74273 0.916 0.076 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1405437 3 0.0458 0.85317 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1416955 4 0.5500 -0.72130 0.444 0.088 0.000 0.456 0.000 0.012
#> SRR1317064 3 0.2996 0.56521 0.000 0.000 0.772 0.228 0.000 0.000
#> SRR659001 3 0.3867 0.54546 0.000 0.000 0.744 0.216 0.004 0.036
#> SRR2170696 3 0.4123 -0.22495 0.000 0.000 0.568 0.420 0.000 0.012
#> SRR816589 3 0.0363 0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1087487 3 0.0363 0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1329485 3 0.0363 0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR816920 3 0.4212 -0.26113 0.000 0.000 0.560 0.424 0.000 0.016
#> SRR1341432 1 0.2400 0.72226 0.872 0.116 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR1361590 4 0.3867 0.52584 0.000 0.000 0.488 0.512 0.000 0.000
#> SRR817046 3 0.0603 0.85687 0.000 0.000 0.980 0.004 0.000 0.016
#> SRR1471331 3 0.0363 0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR660788 3 0.4920 -0.29819 0.000 0.000 0.544 0.396 0.004 0.056
#> SRR819234 1 0.2384 0.75456 0.884 0.084 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR810853 3 0.0000 0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809427 3 0.3841 0.62608 0.000 0.000 0.780 0.164 0.036 0.020
#> SRR2170217 4 0.3867 0.52642 0.000 0.000 0.488 0.512 0.000 0.000
#> SRR1386967 3 0.0260 0.85801 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1420344 3 0.2562 0.68580 0.000 0.000 0.828 0.172 0.000 0.000
#> SRR1334535 1 0.4482 0.72017 0.712 0.096 0.000 0.188 0.000 0.004
#> SRR614503 3 0.4524 -0.23599 0.000 0.000 0.560 0.404 0.000 0.036
#> SRR602564 3 0.4368 0.46435 0.000 0.000 0.708 0.204 0.000 0.088
#> SRR1420669 3 0.4109 -0.19471 0.000 0.000 0.576 0.412 0.000 0.012
#> SRR819024 3 0.0603 0.85715 0.000 0.000 0.980 0.004 0.000 0.016
#> SRR656223 3 0.0363 0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR608428 3 0.0146 0.85755 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1345647 1 0.4141 0.73121 0.740 0.092 0.000 0.168 0.000 0.000
#> SRR1389324 3 0.0000 0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361368 3 0.2048 0.75849 0.000 0.000 0.880 0.120 0.000 0.000
#> SRR1322619 3 0.2664 0.65979 0.000 0.000 0.816 0.184 0.000 0.000
#> SRR1349276 4 0.3867 0.52584 0.000 0.000 0.488 0.512 0.000 0.000
#> SRR1404024 1 0.5535 0.52333 0.460 0.092 0.000 0.436 0.000 0.012
#> SRR1370637 3 0.0937 0.84033 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR1452631 4 0.3998 0.51238 0.000 0.000 0.492 0.504 0.004 0.000
#> SRR608392 3 0.3161 0.57880 0.000 0.000 0.776 0.008 0.000 0.216
#> SRR1357757 3 0.0520 0.85854 0.000 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008
#> SRR1074646 3 0.4157 -0.33035 0.000 0.000 0.544 0.444 0.000 0.012
#> SRR1367499 3 0.0260 0.85801 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1343501 3 0.0260 0.85801 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1394406 3 0.1334 0.84183 0.000 0.000 0.948 0.032 0.000 0.020
#> SRR1381435 3 0.0363 0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1467407 1 0.2981 0.75710 0.864 0.052 0.000 0.064 0.000 0.020
#> SRR1092422 3 0.0000 0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380270 3 0.0000 0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091817 3 0.0713 0.84854 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1440137 3 0.0458 0.85317 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR614311 3 0.3780 0.53888 0.000 0.000 0.744 0.224 0.004 0.028
#> SRR1407516 3 0.2854 0.60994 0.000 0.000 0.792 0.208 0.000 0.000
#> SRR815494 3 0.0363 0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1333209 3 0.3081 0.58820 0.000 0.000 0.776 0.220 0.004 0.000
#> SRR615177 3 0.5292 -0.35460 0.000 0.000 0.524 0.392 0.012 0.072
#> SRR1099648 3 0.0363 0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR659720 3 0.1257 0.84292 0.000 0.000 0.952 0.020 0.000 0.028
#> SRR2185057 1 0.5678 0.66703 0.648 0.088 0.000 0.092 0.000 0.172
#> SRR1467125 1 0.3790 0.73364 0.804 0.116 0.000 0.028 0.000 0.052
#> SRR657468 4 0.3864 0.53358 0.000 0.000 0.480 0.520 0.000 0.000
#> SRR660042 6 0.4091 0.46243 0.000 0.000 0.200 0.000 0.068 0.732
#> SRR2170864 3 0.0713 0.84854 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1440491 3 0.2191 0.75848 0.000 0.000 0.876 0.120 0.004 0.000
#> SRR1440852 3 0.0363 0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR811169 1 0.4961 0.72804 0.712 0.056 0.000 0.156 0.000 0.076
#> SRR1331311 3 0.3727 -0.01302 0.000 0.000 0.612 0.388 0.000 0.000
#> SRR818009 1 0.2700 0.71088 0.836 0.156 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1351836 3 0.0000 0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498313 3 0.0000 0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441975 3 0.0000 0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819096 1 0.4924 0.72195 0.704 0.112 0.000 0.156 0.000 0.028
#> SRR1073679 3 0.2070 0.78100 0.000 0.000 0.892 0.100 0.000 0.008
#> SRR1489116 3 0.0000 0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354138 3 0.0363 0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1490589 3 0.0363 0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1412987 4 0.3864 0.53358 0.000 0.000 0.480 0.520 0.000 0.000
#> SRR602034 3 0.0363 0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1353437 1 0.5631 0.59215 0.520 0.128 0.000 0.344 0.000 0.008
#> SRR1072871 3 0.0692 0.85564 0.000 0.000 0.976 0.004 0.000 0.020
#> SRR661577 5 0.4873 0.36256 0.000 0.000 0.080 0.000 0.600 0.320
#> SRR612190 3 0.3101 0.52618 0.000 0.000 0.756 0.244 0.000 0.000
#> SRR1399880 1 0.6599 0.59741 0.512 0.096 0.000 0.264 0.000 0.128
#> SRR1101787 3 0.4493 0.06065 0.000 0.000 0.612 0.344 0.000 0.044
#> SRR657869 2 0.2964 0.00000 0.204 0.792 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1446332 1 0.1814 0.71873 0.900 0.100 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039 4 0.5451 -0.72361 0.444 0.092 0.000 0.456 0.000 0.008
#> SRR1485141 3 0.0363 0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1476697 1 0.1765 0.71613 0.904 0.096 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538 3 0.3862 -0.42166 0.000 0.000 0.524 0.476 0.000 0.000
#> SRR1331422 1 0.2968 0.73729 0.840 0.128 0.000 0.028 0.000 0.004
#> SRR660859 3 0.1334 0.84183 0.000 0.000 0.948 0.032 0.000 0.020
#> SRR1097594 1 0.2595 0.75490 0.872 0.084 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1311419 3 0.0363 0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1336706 3 0.0000 0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472976 3 0.3468 0.42186 0.000 0.000 0.712 0.284 0.000 0.004
#> SRR1321307 1 0.3244 0.57713 0.732 0.268 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493 1 0.1267 0.73090 0.940 0.060 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461 3 0.0363 0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1477149 3 0.0000 0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457397 3 0.0000 0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661913 3 0.0363 0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1069024 3 0.0000 0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2165634 1 0.1556 0.73497 0.920 0.080 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722 3 0.0363 0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1328642 3 0.0000 0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488261 3 0.1682 0.82648 0.000 0.000 0.928 0.052 0.000 0.020
#> SRR1318815 4 0.3864 0.53358 0.000 0.000 0.480 0.520 0.000 0.000
#> SRR816945 1 0.2300 0.70244 0.856 0.144 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432 4 0.3867 0.52642 0.000 0.000 0.488 0.512 0.000 0.000
#> SRR1359280 3 0.0000 0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313910 3 0.1610 0.80247 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000 0.000
#> SRR1457315 3 0.4109 -0.19471 0.000 0.000 0.576 0.412 0.000 0.012
#> SRR815398 1 0.2454 0.69207 0.840 0.160 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958 3 0.3741 0.30135 0.000 0.000 0.672 0.008 0.000 0.320
#> SRR600688 3 0.4237 0.53763 0.000 0.000 0.736 0.144 0.000 0.120
#> SRR1098952 1 0.5177 0.70189 0.704 0.100 0.000 0.076 0.000 0.120
#> SRR1314916 3 0.0363 0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR614167 3 0.3955 0.04727 0.000 0.000 0.608 0.008 0.000 0.384
#> SRR1348114 3 0.4330 0.14168 0.000 0.000 0.632 0.332 0.000 0.036
#> SRR658033 3 0.2432 0.75961 0.000 0.000 0.876 0.024 0.000 0.100
#> SRR1077503 3 0.0806 0.85464 0.000 0.000 0.972 0.008 0.000 0.020
#> SRR661854 6 0.5138 0.60504 0.000 0.000 0.360 0.008 0.072 0.560
#> SRR811379 3 0.4493 0.06065 0.000 0.000 0.612 0.344 0.000 0.044
#> SRR1318857 3 0.1663 0.80063 0.000 0.000 0.912 0.088 0.000 0.000
#> SRR656445 3 0.0363 0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1433044 3 0.0000 0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486391 1 0.1531 0.74014 0.928 0.068 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR656071 3 0.1088 0.85002 0.000 0.000 0.960 0.016 0.000 0.024
#> SRR1364824 4 0.5424 -0.72458 0.444 0.100 0.000 0.452 0.000 0.004
#> SRR1379133 1 0.2664 0.74568 0.848 0.136 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.4952 0.74033 0.716 0.064 0.000 0.148 0.000 0.072
#> SRR816745 3 0.0363 0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR601038 3 0.1333 0.82872 0.000 0.000 0.944 0.008 0.000 0.048
#> SRR1360080 1 0.1556 0.73113 0.920 0.080 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868 3 0.0806 0.85464 0.000 0.000 0.972 0.008 0.000 0.020
#> SRR1485997 1 0.2748 0.74642 0.848 0.128 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1435560 3 0.4371 0.09211 0.000 0.000 0.620 0.344 0.000 0.036
#> SRR1333330 1 0.5381 0.54092 0.476 0.096 0.000 0.424 0.000 0.004
#> SRR663513 3 0.1480 0.83634 0.000 0.000 0.940 0.040 0.000 0.020
#> SRR1328407 3 0.0000 0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602784 3 0.0260 0.85801 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1348468 4 0.3998 0.51238 0.000 0.000 0.492 0.504 0.004 0.000
#> SRR663717 3 0.4506 0.03894 0.000 0.000 0.608 0.348 0.000 0.044
#> SRR602217 3 0.0000 0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603140 3 0.1572 0.83461 0.000 0.000 0.936 0.036 0.000 0.028
#> SRR1340804 4 0.5500 -0.72130 0.444 0.088 0.000 0.456 0.000 0.012
#> SRR1457574 3 0.0363 0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1333462 3 0.0000 0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1094601 4 0.5424 -0.72458 0.444 0.100 0.000 0.452 0.000 0.004
#> SRR1434610 3 0.1334 0.84183 0.000 0.000 0.948 0.032 0.000 0.020
#> SRR1435833 3 0.3699 0.22434 0.000 0.000 0.660 0.336 0.004 0.000
#> SRR1398728 3 0.2527 0.69500 0.000 0.000 0.832 0.168 0.000 0.000
#> SRR1358343 4 0.3864 0.53358 0.000 0.000 0.480 0.520 0.000 0.000
#> SRR1410890 3 0.1753 0.80240 0.000 0.000 0.912 0.084 0.004 0.000
#> SRR1350371 1 0.5675 0.67056 0.644 0.072 0.000 0.104 0.000 0.180
#> SRR1392478 3 0.1267 0.82824 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR1099260 3 0.0363 0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1433576 3 0.0508 0.85858 0.000 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR1345541 4 0.4262 0.50752 0.000 0.000 0.476 0.508 0.000 0.016
#> SRR1086328 1 0.1765 0.73190 0.904 0.096 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391 3 0.0363 0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1476207 3 0.0622 0.85734 0.000 0.000 0.980 0.008 0.000 0.012
#> SRR627435 3 0.2762 0.63552 0.000 0.000 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR1489862 1 0.4563 0.70919 0.712 0.152 0.000 0.132 0.000 0.004
#> SRR1419086 1 0.1663 0.72360 0.912 0.088 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.5476 0.64244 0.580 0.136 0.000 0.276 0.000 0.008
#> SRR1396191 3 0.0363 0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1490115 3 0.0603 0.85687 0.000 0.000 0.980 0.004 0.000 0.016
#> SRR1377714 3 0.0520 0.85854 0.000 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008
#> SRR819394 1 0.3225 0.75662 0.828 0.092 0.000 0.080 0.000 0.000
#> SRR663161 6 0.4437 0.38657 0.000 0.000 0.188 0.004 0.092 0.716
#> SRR607042 3 0.0260 0.85801 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR656203 3 0.2340 0.71630 0.000 0.000 0.852 0.148 0.000 0.000
#> SRR660602 3 0.0363 0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1440397 1 0.1728 0.74882 0.924 0.064 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR1369264 1 0.4600 0.70659 0.708 0.152 0.000 0.136 0.000 0.004
#> SRR809233 1 0.2048 0.71326 0.880 0.120 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249 3 0.0937 0.84033 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR661242 3 0.2039 0.79757 0.000 0.000 0.904 0.076 0.000 0.020
#> SRR1332007 3 0.0000 0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809619 3 0.2048 0.75751 0.000 0.000 0.880 0.120 0.000 0.000
#> SRR819975 1 0.5153 0.66657 0.628 0.112 0.000 0.252 0.000 0.008
#> SRR599281 3 0.0000 0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662366 3 0.3421 0.51360 0.000 0.000 0.736 0.008 0.000 0.256
#> SRR1317898 3 0.0363 0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1382485 3 0.3050 0.54679 0.000 0.000 0.764 0.236 0.000 0.000
#> SRR2166420 4 0.5500 -0.72130 0.444 0.088 0.000 0.456 0.000 0.012
#> SRR1419429 1 0.3201 0.73494 0.824 0.140 0.000 0.028 0.000 0.008
#> SRR1092541 3 0.0363 0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR817444 3 0.0260 0.85801 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1320403 3 0.0363 0.85487 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1101483 3 0.3431 0.54080 0.000 0.000 0.756 0.228 0.000 0.016
#> SRR1331684 3 0.0363 0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1400054 5 0.6171 -0.08251 0.000 0.000 0.200 0.024 0.512 0.264
#> SRR1406088 3 0.2527 0.69500 0.000 0.000 0.832 0.168 0.000 0.000
#> SRR820733 3 0.4157 -0.33035 0.000 0.000 0.544 0.444 0.000 0.012
#> SRR1314113 4 0.3864 0.53358 0.000 0.000 0.480 0.520 0.000 0.000
#> SRR1382615 3 0.0260 0.85801 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1480745 1 0.1556 0.73113 0.920 0.080 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850 3 0.0000 0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656782 3 0.0806 0.85464 0.000 0.000 0.972 0.008 0.000 0.020
#> SRR821364 1 0.2156 0.75249 0.912 0.048 0.000 0.020 0.000 0.020
#> SRR1101106 1 0.6492 0.59697 0.516 0.096 0.000 0.280 0.000 0.108
#> SRR659295 3 0.0000 0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357103 3 0.0146 0.85790 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR809185 3 0.4166 0.20727 0.000 0.000 0.648 0.324 0.000 0.028
#> SRR811583 5 0.6171 -0.08251 0.000 0.000 0.200 0.024 0.512 0.264
#> SRR1468050 1 0.2748 0.74642 0.848 0.128 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1440224 3 0.0632 0.85196 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17314 rows and 500 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.3577 0.643 0.643
#> 3 3 0.646 0.909 0.907 0.7178 0.705 0.542
#> 4 4 0.703 0.653 0.806 0.1596 0.886 0.694
#> 5 5 0.715 0.770 0.825 0.0612 0.890 0.648
#> 6 6 0.759 0.715 0.780 0.0526 0.987 0.946
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1500170 2 0 1 0 1
#> SRR1402368 2 0 1 0 1
#> SRR607743 2 0 1 0 1
#> SRR1457375 2 0 1 0 1
#> SRR1470923 1 0 1 1 0
#> SRR817954 1 0 1 1 0
#> SRR809259 1 0 1 1 0
#> SRR1439785 2 0 1 0 1
#> SRR814768 1 0 1 1 0
#> SRR1102031 2 0 1 0 1
#> SRR1363611 2 0 1 0 1
#> SRR1468447 2 0 1 0 1
#> SRR1071931 2 0 1 0 1
#> SRR810981 1 0 1 1 0
#> SRR615299 2 0 1 0 1
#> SRR663585 2 0 1 0 1
#> SRR1326773 2 0 1 0 1
#> SRR1351166 2 0 1 0 1
#> SRR1477452 1 0 1 1 0
#> SRR1084720 2 0 1 0 1
#> SRR1420320 2 0 1 0 1
#> SRR1081712 2 0 1 0 1
#> SRR1318241 2 0 1 0 1
#> SRR1333718 2 0 1 0 1
#> SRR1313514 2 0 1 0 1
#> SRR1477861 2 0 1 0 1
#> SRR1318005 2 0 1 0 1
#> SRR1354665 2 0 1 0 1
#> SRR657707 2 0 1 0 1
#> SRR1370742 2 0 1 0 1
#> SRR1412947 2 0 1 0 1
#> SRR661553 2 0 1 0 1
#> SRR1328869 1 0 1 1 0
#> SRR662211 2 0 1 0 1
#> SRR1348181 2 0 1 0 1
#> SRR1416560 2 0 1 0 1
#> SRR1319772 2 0 1 0 1
#> SRR1091452 2 0 1 0 1
#> SRR1338812 1 0 1 1 0
#> SRR1392072 2 0 1 0 1
#> SRR814844 2 0 1 0 1
#> SRR1376619 2 0 1 0 1
#> SRR603690 2 0 1 0 1
#> SRR2184980 2 0 1 0 1
#> SRR613963 2 0 1 0 1
#> SRR1323422 1 0 1 1 0
#> SRR1397673 2 0 1 0 1
#> SRR1434650 2 0 1 0 1
#> SRR659875 2 0 1 0 1
#> SRR1465734 2 0 1 0 1
#> SRR1076847 2 0 1 0 1
#> SRR1415072 1 0 1 1 0
#> SRR659319 2 0 1 0 1
#> SRR663088 2 0 1 0 1
#> SRR1352021 1 0 1 1 0
#> SRR1325527 1 0 1 1 0
#> SRR1105369 1 0 1 1 0
#> SRR659935 2 0 1 0 1
#> SRR1352530 2 0 1 0 1
#> SRR662594 2 0 1 0 1
#> SRR1095309 1 0 1 1 0
#> SRR615647 2 0 1 0 1
#> SRR813019 2 0 1 0 1
#> SRR1374647 2 0 1 0 1
#> SRR603472 2 0 1 0 1
#> SRR661529 2 0 1 0 1
#> SRR607018 2 0 1 0 1
#> SRR627423 2 0 1 0 1
#> SRR654921 2 0 1 0 1
#> SRR1418968 1 0 1 1 0
#> SRR660871 2 0 1 0 1
#> SRR1330522 2 0 1 0 1
#> SRR1499958 2 0 1 0 1
#> SRR614059 2 0 1 0 1
#> SRR1071403 1 0 1 1 0
#> SRR1486719 2 0 1 0 1
#> SRR1440421 2 0 1 0 1
#> SRR1310412 2 0 1 0 1
#> SRR614767 2 0 1 0 1
#> SRR820709 1 0 1 1 0
#> SRR1471500 1 0 1 1 0
#> SRR658093 2 0 1 0 1
#> SRR1088168 2 0 1 0 1
#> SRR1418707 2 0 1 0 1
#> SRR1354291 2 0 1 0 1
#> SRR2165806 1 0 1 1 0
#> SRR1415684 2 0 1 0 1
#> SRR1433860 2 0 1 0 1
#> SRR1311062 2 0 1 0 1
#> SRR1360359 1 0 1 1 0
#> SRR661385 2 0 1 0 1
#> SRR615407 2 0 1 0 1
#> SRR1413892 2 0 1 0 1
#> SRR1443459 2 0 1 0 1
#> SRR1338942 1 0 1 1 0
#> SRR657480 2 0 1 0 1
#> SRR1399433 2 0 1 0 1
#> SRR818537 2 0 1 0 1
#> SRR1101324 2 0 1 0 1
#> SRR807637 2 0 1 0 1
#> SRR1091918 1 0 1 1 0
#> SRR598300 2 0 1 0 1
#> SRR1085426 1 0 1 1 0
#> SRR1376294 2 0 1 0 1
#> SRR813891 1 0 1 1 0
#> SRR1467431 2 0 1 0 1
#> SRR658742 2 0 1 0 1
#> SRR1419234 1 0 1 1 0
#> SRR1404813 2 0 1 0 1
#> SRR603496 2 0 1 0 1
#> SRR1407758 2 0 1 0 1
#> SRR810945 2 0 1 0 1
#> SRR817234 2 0 1 0 1
#> SRR1444852 2 0 1 0 1
#> SRR660378 2 0 1 0 1
#> SRR1467835 2 0 1 0 1
#> SRR1338964 2 0 1 0 1
#> SRR1079259 2 0 1 0 1
#> SRR1072345 2 0 1 0 1
#> SRR598725 2 0 1 0 1
#> SRR1447938 1 0 1 1 0
#> SRR1356397 1 0 1 1 0
#> SRR1360460 2 0 1 0 1
#> SRR1429468 2 0 1 0 1
#> SRR1446850 2 0 1 0 1
#> SRR1320363 2 0 1 0 1
#> SRR1413810 2 0 1 0 1
#> SRR598831 2 0 1 0 1
#> SRR1381865 1 0 1 1 0
#> SRR660957 2 0 1 0 1
#> SRR1491332 2 0 1 0 1
#> SRR1099744 2 0 1 0 1
#> SRR1464618 2 0 1 0 1
#> SRR1414559 2 0 1 0 1
#> SRR1337540 2 0 1 0 1
#> SRR1444283 1 0 1 1 0
#> SRR2184942 2 0 1 0 1
#> SRR660295 1 0 1 1 0
#> SRR601335 2 0 1 0 1
#> SRR1363742 2 0 1 0 1
#> SRR1345847 2 0 1 0 1
#> SRR614960 2 0 1 0 1
#> SRR819919 1 0 1 1 0
#> SRR603330 2 0 1 0 1
#> SRR1327951 1 0 1 1 0
#> SRR1401885 1 0 1 1 0
#> SRR1345266 2 0 1 0 1
#> SRR1338055 2 0 1 0 1
#> SRR1430157 2 0 1 0 1
#> SRR1320137 2 0 1 0 1
#> SRR1093483 1 0 1 1 0
#> SRR1341080 1 0 1 1 0
#> SRR1459913 2 0 1 0 1
#> SRR2170490 1 0 1 1 0
#> SRR1479845 2 0 1 0 1
#> SRR1436420 1 0 1 1 0
#> SRR1481060 2 0 1 0 1
#> SRR662282 2 0 1 0 1
#> SRR1487089 2 0 1 0 1
#> SRR1075683 1 0 1 1 0
#> SRR1338536 1 0 1 1 0
#> SRR1338880 2 0 1 0 1
#> SRR1453456 2 0 1 0 1
#> SRR1457895 1 0 1 1 0
#> SRR1440603 2 0 1 0 1
#> SRR658633 2 0 1 0 1
#> SRR1388081 2 0 1 0 1
#> SRR813339 2 0 1 0 1
#> SRR809725 1 0 1 1 0
#> SRR627441 2 0 1 0 1
#> SRR613603 2 0 1 0 1
#> SRR1096571 2 0 1 0 1
#> SRR1392701 1 0 1 1 0
#> SRR1344326 1 0 1 1 0
#> SRR1367693 2 0 1 0 1
#> SRR660697 2 0 1 0 1
#> SRR1489926 2 0 1 0 1
#> SRR811491 2 0 1 0 1
#> SRR1311644 2 0 1 0 1
#> SRR1451740 2 0 1 0 1
#> SRR615117 2 0 1 0 1
#> SRR1391748 2 0 1 0 1
#> SRR1466556 2 0 1 0 1
#> SRR614972 2 0 1 0 1
#> SRR1406200 1 0 1 1 0
#> SRR819210 2 0 1 0 1
#> SRR662174 1 0 1 1 0
#> SRR811988 1 0 1 1 0
#> SRR663236 2 0 1 0 1
#> SRR1312598 2 0 1 0 1
#> SRR1330129 2 0 1 0 1
#> SRR1357781 2 0 1 0 1
#> SRR1315517 2 0 1 0 1
#> SRR1400032 2 0 1 0 1
#> SRR1413722 1 0 1 1 0
#> SRR612827 2 0 1 0 1
#> SRR814794 1 0 1 1 0
#> SRR819430 1 0 1 1 0
#> SRR1395509 2 0 1 0 1
#> SRR808728 2 0 1 0 1
#> SRR1070813 2 0 1 0 1
#> SRR1389133 2 0 1 0 1
#> SRR601263 2 0 1 0 1
#> SRR604718 2 0 1 0 1
#> SRR1481351 2 0 1 0 1
#> SRR1334608 2 0 1 0 1
#> SRR658681 2 0 1 0 1
#> SRR809283 2 0 1 0 1
#> SRR1459300 1 0 1 1 0
#> SRR1392547 2 0 1 0 1
#> SRR811049 2 0 1 0 1
#> SRR1464835 2 0 1 0 1
#> SRR1339619 2 0 1 0 1
#> SRR658501 2 0 1 0 1
#> SRR1447523 2 0 1 0 1
#> SRR1415048 1 0 1 1 0
#> SRR1355451 1 0 1 1 0
#> SRR1444348 2 0 1 0 1
#> SRR603890 2 0 1 0 1
#> SRR810595 2 0 1 0 1
#> SRR1446244 2 0 1 0 1
#> SRR817373 2 0 1 0 1
#> SRR1457291 2 0 1 0 1
#> SRR598220 2 0 1 0 1
#> SRR1477991 2 0 1 0 1
#> SRR598172 2 0 1 0 1
#> SRR1349032 2 0 1 0 1
#> SRR604002 2 0 1 0 1
#> SRR1378026 2 0 1 0 1
#> SRR1404401 2 0 1 0 1
#> SRR1333240 2 0 1 0 1
#> SRR1089399 2 0 1 0 1
#> SRR603421 2 0 1 0 1
#> SRR812562 1 0 1 1 0
#> SRR808520 2 0 1 0 1
#> SRR811839 1 0 1 1 0
#> SRR814317 2 0 1 0 1
#> SRR1436763 2 0 1 0 1
#> SRR1486021 2 0 1 0 1
#> SRR1465018 2 0 1 0 1
#> SRR1080998 2 0 1 0 1
#> SRR1083432 2 0 1 0 1
#> SRR1082833 1 0 1 1 0
#> SRR1465804 1 0 1 1 0
#> SRR1326536 2 0 1 0 1
#> SRR614011 2 0 1 0 1
#> SRR1365873 2 0 1 0 1
#> SRR1498789 2 0 1 0 1
#> SRR601581 2 0 1 0 1
#> SRR603566 2 0 1 0 1
#> SRR1373981 1 0 1 1 0
#> SRR821410 2 0 1 0 1
#> SRR1076511 2 0 1 0 1
#> SRR614143 2 0 1 0 1
#> SRR1333570 2 0 1 0 1
#> SRR1366813 2 0 1 0 1
#> SRR1388746 1 0 1 1 0
#> SRR1420558 2 0 1 0 1
#> SRR1409510 2 0 1 0 1
#> SRR816250 2 0 1 0 1
#> SRR614131 2 0 1 0 1
#> SRR1331130 1 0 1 1 0
#> SRR1316015 2 0 1 0 1
#> SRR1470798 2 0 1 0 1
#> SRR614179 2 0 1 0 1
#> SRR1474863 2 0 1 0 1
#> SRR813560 2 0 1 0 1
#> SRR1312187 2 0 1 0 1
#> SRR1420960 2 0 1 0 1
#> SRR1355102 2 0 1 0 1
#> SRR1084577 2 0 1 0 1
#> SRR659971 2 0 1 0 1
#> SRR1350855 2 0 1 0 1
#> SRR820779 2 0 1 0 1
#> SRR1476300 2 0 1 0 1
#> SRR1090907 2 0 1 0 1
#> SRR662294 2 0 1 0 1
#> SRR1480789 2 0 1 0 1
#> SRR1336263 2 0 1 0 1
#> SRR660776 1 0 1 1 0
#> SRR1090508 2 0 1 0 1
#> SRR615563 2 0 1 0 1
#> SRR1101175 1 0 1 1 0
#> SRR2164650 2 0 1 0 1
#> SRR1431205 2 0 1 0 1
#> SRR1339856 2 0 1 0 1
#> SRR1352147 2 0 1 0 1
#> SRR808968 1 0 1 1 0
#> SRR627419 2 0 1 0 1
#> SRR1402391 1 0 1 1 0
#> SRR663609 2 0 1 0 1
#> SRR2167857 2 0 1 0 1
#> SRR1398752 1 0 1 1 0
#> SRR1469169 1 0 1 1 0
#> SRR1405437 2 0 1 0 1
#> SRR1416955 1 0 1 1 0
#> SRR1317064 2 0 1 0 1
#> SRR659001 2 0 1 0 1
#> SRR2170696 2 0 1 0 1
#> SRR816589 2 0 1 0 1
#> SRR1087487 2 0 1 0 1
#> SRR1329485 2 0 1 0 1
#> SRR816920 2 0 1 0 1
#> SRR1341432 1 0 1 1 0
#> SRR1361590 2 0 1 0 1
#> SRR817046 2 0 1 0 1
#> SRR1471331 2 0 1 0 1
#> SRR660788 2 0 1 0 1
#> SRR819234 1 0 1 1 0
#> SRR810853 2 0 1 0 1
#> SRR809427 2 0 1 0 1
#> SRR2170217 2 0 1 0 1
#> SRR1386967 2 0 1 0 1
#> SRR1420344 2 0 1 0 1
#> SRR1334535 1 0 1 1 0
#> SRR614503 2 0 1 0 1
#> SRR602564 2 0 1 0 1
#> SRR1420669 2 0 1 0 1
#> SRR819024 2 0 1 0 1
#> SRR656223 2 0 1 0 1
#> SRR608428 2 0 1 0 1
#> SRR1345647 1 0 1 1 0
#> SRR1389324 2 0 1 0 1
#> SRR1361368 2 0 1 0 1
#> SRR1322619 2 0 1 0 1
#> SRR1349276 2 0 1 0 1
#> SRR1404024 1 0 1 1 0
#> SRR1370637 2 0 1 0 1
#> SRR1452631 2 0 1 0 1
#> SRR608392 2 0 1 0 1
#> SRR1357757 2 0 1 0 1
#> SRR1074646 2 0 1 0 1
#> SRR1367499 2 0 1 0 1
#> SRR1343501 2 0 1 0 1
#> SRR1394406 2 0 1 0 1
#> SRR1381435 2 0 1 0 1
#> SRR1467407 1 0 1 1 0
#> SRR1092422 2 0 1 0 1
#> SRR1380270 2 0 1 0 1
#> SRR1091817 2 0 1 0 1
#> SRR1440137 2 0 1 0 1
#> SRR614311 2 0 1 0 1
#> SRR1407516 2 0 1 0 1
#> SRR815494 2 0 1 0 1
#> SRR1333209 2 0 1 0 1
#> SRR615177 2 0 1 0 1
#> SRR1099648 2 0 1 0 1
#> SRR659720 2 0 1 0 1
#> SRR2185057 1 0 1 1 0
#> SRR1467125 1 0 1 1 0
#> SRR657468 2 0 1 0 1
#> SRR660042 2 0 1 0 1
#> SRR2170864 2 0 1 0 1
#> SRR1440491 2 0 1 0 1
#> SRR1440852 2 0 1 0 1
#> SRR811169 1 0 1 1 0
#> SRR1331311 2 0 1 0 1
#> SRR818009 1 0 1 1 0
#> SRR1351836 2 0 1 0 1
#> SRR1498313 2 0 1 0 1
#> SRR1441975 2 0 1 0 1
#> SRR819096 1 0 1 1 0
#> SRR1073679 2 0 1 0 1
#> SRR1489116 2 0 1 0 1
#> SRR1354138 2 0 1 0 1
#> SRR1490589 2 0 1 0 1
#> SRR1412987 2 0 1 0 1
#> SRR602034 2 0 1 0 1
#> SRR1353437 1 0 1 1 0
#> SRR1072871 2 0 1 0 1
#> SRR661577 2 0 1 0 1
#> SRR612190 2 0 1 0 1
#> SRR1399880 1 0 1 1 0
#> SRR1101787 2 0 1 0 1
#> SRR657869 1 0 1 1 0
#> SRR1446332 1 0 1 1 0
#> SRR816039 1 0 1 1 0
#> SRR1485141 2 0 1 0 1
#> SRR1476697 1 0 1 1 0
#> SRR1379538 2 0 1 0 1
#> SRR1331422 1 0 1 1 0
#> SRR660859 2 0 1 0 1
#> SRR1097594 1 0 1 1 0
#> SRR1311419 2 0 1 0 1
#> SRR1336706 2 0 1 0 1
#> SRR1472976 2 0 1 0 1
#> SRR1321307 1 0 1 1 0
#> SRR807493 1 0 1 1 0
#> SRR812461 2 0 1 0 1
#> SRR1477149 2 0 1 0 1
#> SRR1457397 2 0 1 0 1
#> SRR661913 2 0 1 0 1
#> SRR1069024 2 0 1 0 1
#> SRR2165634 1 0 1 1 0
#> SRR1478722 2 0 1 0 1
#> SRR1328642 2 0 1 0 1
#> SRR1488261 2 0 1 0 1
#> SRR1318815 2 0 1 0 1
#> SRR816945 1 0 1 1 0
#> SRR1367432 2 0 1 0 1
#> SRR1359280 2 0 1 0 1
#> SRR1313910 2 0 1 0 1
#> SRR1457315 2 0 1 0 1
#> SRR815398 1 0 1 1 0
#> SRR656958 2 0 1 0 1
#> SRR600688 2 0 1 0 1
#> SRR1098952 1 0 1 1 0
#> SRR1314916 2 0 1 0 1
#> SRR614167 2 0 1 0 1
#> SRR1348114 2 0 1 0 1
#> SRR658033 2 0 1 0 1
#> SRR1077503 2 0 1 0 1
#> SRR661854 2 0 1 0 1
#> SRR811379 2 0 1 0 1
#> SRR1318857 2 0 1 0 1
#> SRR656445 2 0 1 0 1
#> SRR1433044 2 0 1 0 1
#> SRR1486391 1 0 1 1 0
#> SRR656071 2 0 1 0 1
#> SRR1364824 1 0 1 1 0
#> SRR1379133 1 0 1 1 0
#> SRR1394169 1 0 1 1 0
#> SRR816745 2 0 1 0 1
#> SRR601038 2 0 1 0 1
#> SRR1360080 1 0 1 1 0
#> SRR814868 2 0 1 0 1
#> SRR1485997 1 0 1 1 0
#> SRR1435560 2 0 1 0 1
#> SRR1333330 1 0 1 1 0
#> SRR663513 2 0 1 0 1
#> SRR1328407 2 0 1 0 1
#> SRR602784 2 0 1 0 1
#> SRR1348468 2 0 1 0 1
#> SRR663717 2 0 1 0 1
#> SRR602217 2 0 1 0 1
#> SRR603140 2 0 1 0 1
#> SRR1340804 1 0 1 1 0
#> SRR1457574 2 0 1 0 1
#> SRR1333462 2 0 1 0 1
#> SRR1094601 1 0 1 1 0
#> SRR1434610 2 0 1 0 1
#> SRR1435833 2 0 1 0 1
#> SRR1398728 2 0 1 0 1
#> SRR1358343 2 0 1 0 1
#> SRR1410890 2 0 1 0 1
#> SRR1350371 1 0 1 1 0
#> SRR1392478 2 0 1 0 1
#> SRR1099260 2 0 1 0 1
#> SRR1433576 2 0 1 0 1
#> SRR1345541 2 0 1 0 1
#> SRR1086328 1 0 1 1 0
#> SRR810391 2 0 1 0 1
#> SRR1476207 2 0 1 0 1
#> SRR627435 2 0 1 0 1
#> SRR1489862 1 0 1 1 0
#> SRR1419086 1 0 1 1 0
#> SRR1436539 1 0 1 1 0
#> SRR1396191 2 0 1 0 1
#> SRR1490115 2 0 1 0 1
#> SRR1377714 2 0 1 0 1
#> SRR819394 1 0 1 1 0
#> SRR663161 2 0 1 0 1
#> SRR607042 2 0 1 0 1
#> SRR656203 2 0 1 0 1
#> SRR660602 2 0 1 0 1
#> SRR1440397 1 0 1 1 0
#> SRR1369264 1 0 1 1 0
#> SRR809233 1 0 1 1 0
#> SRR663249 2 0 1 0 1
#> SRR661242 2 0 1 0 1
#> SRR1332007 2 0 1 0 1
#> SRR809619 2 0 1 0 1
#> SRR819975 1 0 1 1 0
#> SRR599281 2 0 1 0 1
#> SRR662366 2 0 1 0 1
#> SRR1317898 2 0 1 0 1
#> SRR1382485 2 0 1 0 1
#> SRR2166420 1 0 1 1 0
#> SRR1419429 1 0 1 1 0
#> SRR1092541 2 0 1 0 1
#> SRR817444 2 0 1 0 1
#> SRR1320403 2 0 1 0 1
#> SRR1101483 2 0 1 0 1
#> SRR1331684 2 0 1 0 1
#> SRR1400054 2 0 1 0 1
#> SRR1406088 2 0 1 0 1
#> SRR820733 2 0 1 0 1
#> SRR1314113 2 0 1 0 1
#> SRR1382615 2 0 1 0 1
#> SRR1480745 1 0 1 1 0
#> SRR1468850 2 0 1 0 1
#> SRR656782 2 0 1 0 1
#> SRR821364 1 0 1 1 0
#> SRR1101106 1 0 1 1 0
#> SRR659295 2 0 1 0 1
#> SRR1357103 2 0 1 0 1
#> SRR809185 2 0 1 0 1
#> SRR811583 2 0 1 0 1
#> SRR1468050 1 0 1 1 0
#> SRR1440224 2 0 1 0 1
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1500170 2 0.2448 0.8663 0.000 0.924 0.076
#> SRR1402368 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR607743 3 0.4605 0.8960 0.000 0.204 0.796
#> SRR1457375 2 0.4235 0.7333 0.000 0.824 0.176
#> SRR1470923 1 0.1031 0.9619 0.976 0.000 0.024
#> SRR817954 1 0.0000 0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR809259 1 0.3340 0.9575 0.880 0.000 0.120
#> SRR1439785 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR814768 1 0.2448 0.9613 0.924 0.000 0.076
#> SRR1102031 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363611 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468447 2 0.6280 -0.1139 0.000 0.540 0.460
#> SRR1071931 2 0.0237 0.9334 0.000 0.996 0.004
#> SRR810981 1 0.0000 0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR615299 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR663585 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1326773 3 0.5529 0.7663 0.000 0.296 0.704
#> SRR1351166 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477452 1 0.0000 0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084720 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1420320 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081712 3 0.5397 0.7902 0.000 0.280 0.720
#> SRR1318241 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1333718 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1313514 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1477861 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1318005 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1354665 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR657707 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1370742 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1412947 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR661553 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328869 1 0.3551 0.9555 0.868 0.000 0.132
#> SRR662211 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348181 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1416560 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1319772 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1091452 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338812 1 0.3619 0.9548 0.864 0.000 0.136
#> SRR1392072 2 0.3340 0.8141 0.000 0.880 0.120
#> SRR814844 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376619 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR603690 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR2184980 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR613963 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323422 1 0.3340 0.9576 0.880 0.000 0.120
#> SRR1397673 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1434650 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR659875 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1465734 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1076847 3 0.5465 0.7778 0.000 0.288 0.712
#> SRR1415072 1 0.3619 0.9548 0.864 0.000 0.136
#> SRR659319 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR663088 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352021 1 0.3619 0.9548 0.864 0.000 0.136
#> SRR1325527 1 0.2448 0.9619 0.924 0.000 0.076
#> SRR1105369 1 0.2625 0.9608 0.916 0.000 0.084
#> SRR659935 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352530 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR662594 2 0.3412 0.8151 0.000 0.876 0.124
#> SRR1095309 1 0.0000 0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR615647 3 0.5016 0.8444 0.000 0.240 0.760
#> SRR813019 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1374647 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR603472 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR661529 2 0.0237 0.9334 0.000 0.996 0.004
#> SRR607018 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR627423 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR654921 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418968 1 0.0000 0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR660871 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1330522 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1499958 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR614059 2 0.6026 0.2876 0.000 0.624 0.376
#> SRR1071403 1 0.3619 0.9548 0.864 0.000 0.136
#> SRR1486719 2 0.4346 0.7202 0.000 0.816 0.184
#> SRR1440421 3 0.6235 0.4644 0.000 0.436 0.564
#> SRR1310412 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR614767 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR820709 1 0.0000 0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.3619 0.9548 0.864 0.000 0.136
#> SRR658093 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1088168 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1418707 2 0.3551 0.7983 0.000 0.868 0.132
#> SRR1354291 3 0.5497 0.7716 0.000 0.292 0.708
#> SRR2165806 1 0.0000 0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415684 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433860 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1311062 2 0.4235 0.7333 0.000 0.824 0.176
#> SRR1360359 1 0.3619 0.9548 0.864 0.000 0.136
#> SRR661385 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR615407 2 0.0237 0.9334 0.000 0.996 0.004
#> SRR1413892 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1443459 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338942 1 0.3619 0.9548 0.864 0.000 0.136
#> SRR657480 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1399433 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR818537 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1101324 2 0.3038 0.8388 0.000 0.896 0.104
#> SRR807637 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091918 1 0.0000 0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR598300 2 0.6026 0.2876 0.000 0.624 0.376
#> SRR1085426 1 0.0000 0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.0237 0.9333 0.000 0.996 0.004
#> SRR813891 1 0.3619 0.9548 0.864 0.000 0.136
#> SRR1467431 2 0.6307 -0.2183 0.000 0.512 0.488
#> SRR658742 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419234 1 0.3340 0.9576 0.880 0.000 0.120
#> SRR1404813 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR603496 3 0.5591 0.7423 0.000 0.304 0.696
#> SRR1407758 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR810945 2 0.5678 0.4821 0.000 0.684 0.316
#> SRR817234 3 0.4291 0.9232 0.000 0.180 0.820
#> SRR1444852 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR660378 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1467835 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338964 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1079259 2 0.4555 0.7041 0.000 0.800 0.200
#> SRR1072345 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR598725 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1447938 1 0.3619 0.9548 0.864 0.000 0.136
#> SRR1356397 1 0.0000 0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360460 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429468 2 0.0237 0.9333 0.000 0.996 0.004
#> SRR1446850 3 0.5678 0.7226 0.000 0.316 0.684
#> SRR1320363 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1413810 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR598831 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381865 1 0.3551 0.9555 0.868 0.000 0.132
#> SRR660957 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1491332 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1099744 2 0.0747 0.9241 0.000 0.984 0.016
#> SRR1464618 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414559 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337540 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444283 1 0.0000 0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR2184942 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR660295 1 0.0000 0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR601335 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1363742 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1345847 2 0.0892 0.9212 0.000 0.980 0.020
#> SRR614960 3 0.5254 0.8086 0.000 0.264 0.736
#> SRR819919 1 0.0000 0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR603330 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1327951 1 0.0000 0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.3619 0.9548 0.864 0.000 0.136
#> SRR1345266 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338055 3 0.6215 0.4862 0.000 0.428 0.572
#> SRR1430157 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320137 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093483 1 0.2448 0.9613 0.924 0.000 0.076
#> SRR1341080 1 0.3619 0.9548 0.864 0.000 0.136
#> SRR1459913 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR2170490 1 0.0000 0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479845 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1436420 1 0.0000 0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481060 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR662282 3 0.3879 0.9522 0.000 0.152 0.848
#> SRR1487089 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075683 1 0.3619 0.9548 0.864 0.000 0.136
#> SRR1338536 1 0.3619 0.9548 0.864 0.000 0.136
#> SRR1338880 2 0.2356 0.8730 0.000 0.928 0.072
#> SRR1453456 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1457895 1 0.0000 0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440603 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR658633 2 0.4399 0.7135 0.000 0.812 0.188
#> SRR1388081 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR813339 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR809725 1 0.3619 0.9548 0.864 0.000 0.136
#> SRR627441 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR613603 2 0.6026 0.2876 0.000 0.624 0.376
#> SRR1096571 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1392701 1 0.2261 0.9616 0.932 0.000 0.068
#> SRR1344326 1 0.0000 0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367693 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR660697 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489926 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR811491 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1311644 2 0.1289 0.9111 0.000 0.968 0.032
#> SRR1451740 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR615117 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1391748 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466556 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR614972 3 0.4121 0.9356 0.000 0.168 0.832
#> SRR1406200 1 0.3619 0.9548 0.864 0.000 0.136
#> SRR819210 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR662174 1 0.2448 0.9613 0.924 0.000 0.076
#> SRR811988 1 0.3619 0.9548 0.864 0.000 0.136
#> SRR663236 2 0.3816 0.7834 0.000 0.852 0.148
#> SRR1312598 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330129 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1357781 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1315517 3 0.6309 0.2757 0.000 0.496 0.504
#> SRR1400032 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1413722 1 0.3482 0.9565 0.872 0.000 0.128
#> SRR612827 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR814794 1 0.0000 0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR819430 1 0.3412 0.9570 0.876 0.000 0.124
#> SRR1395509 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR808728 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1070813 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389133 3 0.4291 0.9221 0.000 0.180 0.820
#> SRR601263 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR604718 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1481351 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1334608 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR658681 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR809283 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459300 1 0.0000 0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392547 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR811049 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1464835 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339619 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR658501 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1447523 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1415048 1 0.0000 0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.1753 0.9611 0.952 0.000 0.048
#> SRR1444348 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR603890 3 0.6305 0.3173 0.000 0.484 0.516
#> SRR810595 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1446244 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR817373 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457291 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR598220 3 0.5810 0.6950 0.000 0.336 0.664
#> SRR1477991 2 0.0424 0.9305 0.000 0.992 0.008
#> SRR598172 2 0.6062 0.2123 0.000 0.616 0.384
#> SRR1349032 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR604002 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1378026 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1404401 3 0.3686 0.9643 0.000 0.140 0.860
#> SRR1333240 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1089399 2 0.0424 0.9305 0.000 0.992 0.008
#> SRR603421 2 0.0747 0.9253 0.000 0.984 0.016
#> SRR812562 1 0.3619 0.9548 0.864 0.000 0.136
#> SRR808520 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR811839 1 0.0000 0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR814317 2 0.3941 0.7642 0.000 0.844 0.156
#> SRR1436763 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486021 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465018 2 0.6309 -0.2545 0.000 0.504 0.496
#> SRR1080998 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1083432 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1082833 1 0.0000 0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.3619 0.9548 0.864 0.000 0.136
#> SRR1326536 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR614011 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1365873 3 0.4654 0.8912 0.000 0.208 0.792
#> SRR1498789 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR601581 2 0.0237 0.9334 0.000 0.996 0.004
#> SRR603566 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1373981 1 0.0000 0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR821410 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076511 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR614143 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1333570 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1366813 2 0.0424 0.9305 0.000 0.992 0.008
#> SRR1388746 1 0.0000 0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420558 3 0.5678 0.7201 0.000 0.316 0.684
#> SRR1409510 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR816250 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR614131 2 0.0237 0.9334 0.000 0.996 0.004
#> SRR1331130 1 0.3619 0.9548 0.864 0.000 0.136
#> SRR1316015 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1470798 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR614179 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1474863 2 0.5968 0.2837 0.000 0.636 0.364
#> SRR813560 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312187 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420960 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1355102 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1084577 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR659971 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350855 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR820779 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1476300 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1090907 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR662294 3 0.3752 0.9605 0.000 0.144 0.856
#> SRR1480789 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1336263 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR660776 1 0.3340 0.9575 0.880 0.000 0.120
#> SRR1090508 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR615563 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101175 1 0.2878 0.9605 0.904 0.000 0.096
#> SRR2164650 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1431205 2 0.6308 -0.2399 0.000 0.508 0.492
#> SRR1339856 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352147 2 0.0592 0.9284 0.000 0.988 0.012
#> SRR808968 1 0.0000 0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR627419 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402391 1 0.0000 0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR663609 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR2167857 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1398752 1 0.0000 0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.0000 0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405437 2 0.0424 0.9305 0.000 0.992 0.008
#> SRR1416955 1 0.3619 0.9548 0.864 0.000 0.136
#> SRR1317064 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR659001 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170696 2 0.1163 0.9144 0.000 0.972 0.028
#> SRR816589 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1087487 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1329485 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR816920 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341432 1 0.0000 0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361590 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR817046 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1471331 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR660788 2 0.3816 0.7832 0.000 0.852 0.148
#> SRR819234 1 0.0000 0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR810853 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR809427 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170217 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1386967 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1420344 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334535 1 0.3412 0.9570 0.876 0.000 0.124
#> SRR614503 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR602564 2 0.3816 0.7833 0.000 0.852 0.148
#> SRR1420669 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR819024 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR656223 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR608428 2 0.2711 0.8534 0.000 0.912 0.088
#> SRR1345647 1 0.3412 0.9571 0.876 0.000 0.124
#> SRR1389324 3 0.5882 0.6725 0.000 0.348 0.652
#> SRR1361368 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322619 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349276 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404024 1 0.3619 0.9548 0.864 0.000 0.136
#> SRR1370637 2 0.0237 0.9334 0.000 0.996 0.004
#> SRR1452631 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR608392 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1357757 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1074646 2 0.0237 0.9334 0.000 0.996 0.004
#> SRR1367499 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1343501 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1394406 2 0.5810 0.4089 0.000 0.664 0.336
#> SRR1381435 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1467407 1 0.3116 0.9590 0.892 0.000 0.108
#> SRR1092422 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1380270 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1091817 2 0.0424 0.9305 0.000 0.992 0.008
#> SRR1440137 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR614311 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407516 2 0.3267 0.8246 0.000 0.884 0.116
#> SRR815494 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1333209 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR615177 2 0.0424 0.9306 0.000 0.992 0.008
#> SRR1099648 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR659720 3 0.4399 0.9177 0.000 0.188 0.812
#> SRR2185057 1 0.2448 0.9613 0.924 0.000 0.076
#> SRR1467125 1 0.1860 0.9623 0.948 0.000 0.052
#> SRR657468 2 0.3267 0.8249 0.000 0.884 0.116
#> SRR660042 2 0.6026 0.2876 0.000 0.624 0.376
#> SRR2170864 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440491 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440852 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR811169 1 0.2261 0.9617 0.932 0.000 0.068
#> SRR1331311 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR818009 1 0.0000 0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351836 2 0.6244 -0.0258 0.000 0.560 0.440
#> SRR1498313 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1441975 3 0.6045 0.6035 0.000 0.380 0.620
#> SRR819096 1 0.3619 0.9548 0.864 0.000 0.136
#> SRR1073679 2 0.4974 0.6472 0.000 0.764 0.236
#> SRR1489116 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1354138 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1490589 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1412987 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR602034 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1353437 1 0.3619 0.9548 0.864 0.000 0.136
#> SRR1072871 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR661577 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR612190 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399880 1 0.3619 0.9548 0.864 0.000 0.136
#> SRR1101787 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR657869 1 0.0000 0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446332 1 0.0000 0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR816039 1 0.3619 0.9548 0.864 0.000 0.136
#> SRR1485141 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1476697 1 0.0000 0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379538 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331422 1 0.0000 0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR660859 3 0.5591 0.7422 0.000 0.304 0.696
#> SRR1097594 1 0.0000 0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311419 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1336706 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1472976 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321307 1 0.0000 0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR807493 1 0.0000 0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR812461 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1477149 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1457397 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR661913 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1069024 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR2165634 1 0.0000 0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478722 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1328642 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1488261 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1318815 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR816945 1 0.0000 0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367432 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359280 3 0.4235 0.9276 0.000 0.176 0.824
#> SRR1313910 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457315 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR815398 1 0.0000 0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR656958 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR600688 2 0.3686 0.7943 0.000 0.860 0.140
#> SRR1098952 1 0.0424 0.9619 0.992 0.000 0.008
#> SRR1314916 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR614167 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1348114 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR658033 2 0.0237 0.9334 0.000 0.996 0.004
#> SRR1077503 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR661854 2 0.5835 0.3977 0.000 0.660 0.340
#> SRR811379 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318857 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR656445 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1433044 3 0.3816 0.9565 0.000 0.148 0.852
#> SRR1486391 1 0.0000 0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR656071 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1364824 1 0.3619 0.9548 0.864 0.000 0.136
#> SRR1379133 1 0.0000 0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.3482 0.9562 0.872 0.000 0.128
#> SRR816745 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR601038 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1360080 1 0.0000 0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR814868 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1485997 1 0.0237 0.9618 0.996 0.000 0.004
#> SRR1435560 2 0.0237 0.9334 0.000 0.996 0.004
#> SRR1333330 1 0.3619 0.9548 0.864 0.000 0.136
#> SRR663513 2 0.5905 0.3630 0.000 0.648 0.352
#> SRR1328407 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR602784 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1348468 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR663717 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR602217 3 0.5859 0.6800 0.000 0.344 0.656
#> SRR603140 3 0.5678 0.7203 0.000 0.316 0.684
#> SRR1340804 1 0.3619 0.9548 0.864 0.000 0.136
#> SRR1457574 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1333462 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1094601 1 0.3619 0.9548 0.864 0.000 0.136
#> SRR1434610 3 0.5706 0.7125 0.000 0.320 0.680
#> SRR1435833 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398728 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358343 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410890 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350371 1 0.2625 0.9608 0.916 0.000 0.084
#> SRR1392478 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099260 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1433576 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1345541 2 0.2959 0.8432 0.000 0.900 0.100
#> SRR1086328 1 0.0000 0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR810391 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1476207 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR627435 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1489862 1 0.2878 0.9601 0.904 0.000 0.096
#> SRR1419086 1 0.0000 0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.3619 0.9548 0.864 0.000 0.136
#> SRR1396191 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1490115 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1377714 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR819394 1 0.3551 0.9556 0.868 0.000 0.132
#> SRR663161 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR607042 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR656203 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR660602 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1440397 1 0.0592 0.9621 0.988 0.000 0.012
#> SRR1369264 1 0.3340 0.9576 0.880 0.000 0.120
#> SRR809233 1 0.0000 0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR663249 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR661242 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332007 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR809619 2 0.3551 0.8045 0.000 0.868 0.132
#> SRR819975 1 0.3551 0.9555 0.868 0.000 0.132
#> SRR599281 3 0.6305 0.3174 0.000 0.484 0.516
#> SRR662366 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1317898 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1382485 2 0.0237 0.9334 0.000 0.996 0.004
#> SRR2166420 1 0.3619 0.9548 0.864 0.000 0.136
#> SRR1419429 1 0.0000 0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092541 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR817444 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1320403 3 0.5733 0.7179 0.000 0.324 0.676
#> SRR1101483 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331684 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1400054 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406088 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR820733 2 0.3879 0.7776 0.000 0.848 0.152
#> SRR1314113 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382615 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1480745 1 0.0000 0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468850 3 0.4931 0.8599 0.000 0.232 0.768
#> SRR656782 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR821364 1 0.0000 0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.3482 0.9564 0.872 0.000 0.128
#> SRR659295 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1357103 3 0.3619 0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR809185 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR811583 2 0.0000 0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468050 1 0.0237 0.9617 0.996 0.000 0.004
#> SRR1440224 2 0.0237 0.9333 0.000 0.996 0.004
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1500170 2 0.1209 0.56254 0.000 0.964 0.032 0.004
#> SRR1402368 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR607743 3 0.4215 0.79023 0.000 0.104 0.824 0.072
#> SRR1457375 2 0.1398 0.56126 0.000 0.956 0.040 0.004
#> SRR1470923 1 0.1042 0.93682 0.972 0.008 0.000 0.020
#> SRR817954 1 0.0336 0.93564 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR809259 1 0.3545 0.92495 0.828 0.008 0.000 0.164
#> SRR1439785 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR814768 1 0.2412 0.93515 0.908 0.008 0.000 0.084
#> SRR1102031 2 0.1411 0.55938 0.000 0.960 0.020 0.020
#> SRR1363611 2 0.0707 0.56046 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1468447 2 0.3306 0.49111 0.000 0.840 0.156 0.004
#> SRR1071931 2 0.4711 0.22277 0.000 0.740 0.024 0.236
#> SRR810981 1 0.0188 0.93516 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR615299 2 0.5193 0.27170 0.000 0.656 0.020 0.324
#> SRR663585 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326773 2 0.5088 0.15711 0.000 0.572 0.424 0.004
#> SRR1351166 2 0.3037 0.53036 0.000 0.880 0.020 0.100
#> SRR1477452 1 0.0336 0.93517 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1084720 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420320 2 0.5550 -0.19300 0.000 0.552 0.020 0.428
#> SRR1081712 2 0.4855 0.33519 0.000 0.644 0.352 0.004
#> SRR1318241 3 0.1305 0.89523 0.000 0.036 0.960 0.004
#> SRR1333718 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313514 3 0.5155 0.19035 0.000 0.468 0.528 0.004
#> SRR1477861 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318005 3 0.5088 0.31432 0.000 0.424 0.572 0.004
#> SRR1354665 2 0.0707 0.56046 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR657707 3 0.2125 0.86357 0.000 0.076 0.920 0.004
#> SRR1370742 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1412947 2 0.1520 0.55849 0.000 0.956 0.020 0.024
#> SRR661553 4 0.4855 0.73764 0.000 0.268 0.020 0.712
#> SRR1328869 1 0.3494 0.92410 0.824 0.004 0.000 0.172
#> SRR662211 2 0.3037 0.53036 0.000 0.880 0.020 0.100
#> SRR1348181 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416560 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319772 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091452 2 0.4642 0.21064 0.000 0.740 0.020 0.240
#> SRR1338812 1 0.3444 0.92176 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1392072 2 0.3435 0.53122 0.000 0.864 0.036 0.100
#> SRR814844 2 0.5517 -0.26867 0.000 0.568 0.020 0.412
#> SRR1376619 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR603690 4 0.4826 0.73629 0.000 0.264 0.020 0.716
#> SRR2184980 2 0.1042 0.56110 0.000 0.972 0.020 0.008
#> SRR613963 4 0.4576 0.73411 0.000 0.232 0.020 0.748
#> SRR1323422 1 0.3401 0.92729 0.840 0.008 0.000 0.152
#> SRR1397673 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434650 3 0.0469 0.91299 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR659875 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465734 3 0.2125 0.86357 0.000 0.076 0.920 0.004
#> SRR1076847 2 0.4991 0.25868 0.000 0.608 0.388 0.004
#> SRR1415072 1 0.3583 0.92207 0.816 0.004 0.000 0.180
#> SRR659319 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663088 4 0.5602 0.50053 0.000 0.472 0.020 0.508
#> SRR1352021 1 0.3444 0.92176 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1325527 1 0.2271 0.93677 0.916 0.008 0.000 0.076
#> SRR1105369 1 0.2271 0.93567 0.916 0.008 0.000 0.076
#> SRR659935 2 0.5355 -0.13722 0.000 0.620 0.020 0.360
#> SRR1352530 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662594 4 0.5279 0.71630 0.000 0.232 0.052 0.716
#> SRR1095309 1 0.0188 0.93516 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR615647 3 0.4990 0.49657 0.000 0.008 0.640 0.352
#> SRR813019 3 0.2125 0.86357 0.000 0.076 0.920 0.004
#> SRR1374647 3 0.5088 0.31528 0.000 0.424 0.572 0.004
#> SRR603472 3 0.2408 0.83662 0.000 0.104 0.896 0.000
#> SRR661529 4 0.4898 0.73554 0.000 0.260 0.024 0.716
#> SRR607018 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR627423 4 0.5594 0.36326 0.000 0.460 0.020 0.520
#> SRR654921 2 0.5564 -0.33750 0.000 0.544 0.020 0.436
#> SRR1418968 1 0.0188 0.93516 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR660871 3 0.4477 0.58219 0.000 0.000 0.688 0.312
#> SRR1330522 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499958 2 0.0707 0.56046 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR614059 4 0.5615 0.57139 0.000 0.096 0.188 0.716
#> SRR1071403 1 0.3583 0.92225 0.816 0.004 0.000 0.180
#> SRR1486719 2 0.1398 0.55929 0.000 0.956 0.040 0.004
#> SRR1440421 2 0.4428 0.39527 0.000 0.720 0.276 0.004
#> SRR1310412 3 0.2197 0.85988 0.000 0.080 0.916 0.004
#> SRR614767 2 0.3037 0.53036 0.000 0.880 0.020 0.100
#> SRR820709 1 0.0336 0.93517 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.3444 0.92176 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR658093 3 0.0817 0.90727 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1088168 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418707 2 0.1118 0.56122 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1354291 2 0.4677 0.36375 0.000 0.680 0.316 0.004
#> SRR2165806 1 0.0000 0.93540 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684 4 0.5558 0.57404 0.000 0.432 0.020 0.548
#> SRR1433860 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311062 2 0.3525 0.53072 0.000 0.860 0.040 0.100
#> SRR1360359 1 0.3444 0.92176 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR661385 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615407 4 0.4964 0.73372 0.000 0.256 0.028 0.716
#> SRR1413892 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443459 2 0.3708 0.49618 0.000 0.832 0.020 0.148
#> SRR1338942 1 0.3444 0.92176 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR657480 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399433 4 0.5543 0.58728 0.000 0.424 0.020 0.556
#> SRR818537 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101324 2 0.6727 -0.35090 0.000 0.496 0.092 0.412
#> SRR807637 4 0.4399 0.72485 0.000 0.212 0.020 0.768
#> SRR1091918 1 0.0336 0.93564 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR598300 4 0.5594 0.66653 0.000 0.192 0.092 0.716
#> SRR1085426 1 0.0000 0.93540 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.3037 0.53036 0.000 0.880 0.020 0.100
#> SRR813891 1 0.3444 0.92176 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1467431 2 0.4122 0.43108 0.000 0.760 0.236 0.004
#> SRR658742 4 0.4855 0.73764 0.000 0.268 0.020 0.712
#> SRR1419234 1 0.3401 0.92718 0.840 0.008 0.000 0.152
#> SRR1404813 2 0.3037 0.53036 0.000 0.880 0.020 0.100
#> SRR603496 4 0.6806 0.29811 0.000 0.112 0.344 0.544
#> SRR1407758 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR810945 2 0.3539 0.46527 0.000 0.820 0.176 0.004
#> SRR817234 2 0.5147 0.03351 0.000 0.536 0.460 0.004
#> SRR1444852 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660378 3 0.4500 0.57605 0.000 0.000 0.684 0.316
#> SRR1467835 2 0.3037 0.53036 0.000 0.880 0.020 0.100
#> SRR1338964 3 0.1824 0.87698 0.000 0.060 0.936 0.004
#> SRR1079259 2 0.4259 0.47281 0.000 0.816 0.128 0.056
#> SRR1072345 3 0.2530 0.84087 0.000 0.100 0.896 0.004
#> SRR598725 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447938 1 0.3444 0.92176 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1356397 1 0.0000 0.93540 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460 2 0.5586 -0.19933 0.000 0.528 0.020 0.452
#> SRR1429468 2 0.0707 0.56046 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1446850 2 0.4053 0.43211 0.000 0.768 0.228 0.004
#> SRR1320363 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413810 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR598831 4 0.3946 0.68954 0.000 0.168 0.020 0.812
#> SRR1381865 1 0.3636 0.92315 0.820 0.008 0.000 0.172
#> SRR660957 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1491332 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099744 2 0.3143 0.53112 0.000 0.876 0.024 0.100
#> SRR1464618 2 0.5465 -0.00518 0.000 0.588 0.020 0.392
#> SRR1414559 4 0.5085 0.72404 0.000 0.304 0.020 0.676
#> SRR1337540 2 0.5558 -0.32133 0.000 0.548 0.020 0.432
#> SRR1444283 1 0.0188 0.93516 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2184942 3 0.2125 0.86357 0.000 0.076 0.920 0.004
#> SRR660295 1 0.0336 0.93540 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR601335 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363742 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345847 2 0.1398 0.55635 0.000 0.956 0.040 0.004
#> SRR614960 3 0.5284 0.44526 0.000 0.016 0.616 0.368
#> SRR819919 1 0.0336 0.93517 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR603330 3 0.4741 0.51590 0.000 0.328 0.668 0.004
#> SRR1327951 1 0.0336 0.93564 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.3444 0.92176 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1345266 2 0.0707 0.56046 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1338055 2 0.5929 0.37132 0.000 0.640 0.296 0.064
#> SRR1430157 2 0.0707 0.56046 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1320137 2 0.0707 0.56046 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1093483 1 0.2198 0.93599 0.920 0.008 0.000 0.072
#> SRR1341080 1 0.3444 0.92176 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1459913 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170490 1 0.0000 0.93540 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845 3 0.0188 0.91780 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1436420 1 0.0336 0.93564 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1481060 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662282 3 0.4585 0.54946 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1487089 2 0.5487 -0.23959 0.000 0.580 0.020 0.400
#> SRR1075683 1 0.3444 0.92176 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1338536 1 0.3444 0.92176 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1338880 2 0.2149 0.53072 0.000 0.912 0.088 0.000
#> SRR1453456 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457895 1 0.0336 0.93564 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1440603 3 0.1022 0.89970 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR658633 2 0.1398 0.55929 0.000 0.956 0.040 0.004
#> SRR1388081 2 0.4963 0.29184 0.000 0.696 0.020 0.284
#> SRR813339 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809725 1 0.3444 0.92176 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR627441 3 0.5070 0.43450 0.000 0.372 0.620 0.008
#> SRR613603 4 0.5690 0.59609 0.000 0.116 0.168 0.716
#> SRR1096571 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392701 1 0.1970 0.93659 0.932 0.008 0.000 0.060
#> SRR1344326 1 0.0188 0.93516 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1367693 2 0.0895 0.55895 0.000 0.976 0.020 0.004
#> SRR660697 2 0.5498 -0.24746 0.000 0.576 0.020 0.404
#> SRR1489926 3 0.2125 0.86357 0.000 0.076 0.920 0.004
#> SRR811491 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311644 2 0.6016 -0.29888 0.000 0.544 0.044 0.412
#> SRR1451740 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615117 3 0.2546 0.86978 0.000 0.028 0.912 0.060
#> SRR1391748 4 0.5607 0.31005 0.000 0.484 0.020 0.496
#> SRR1466556 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614972 3 0.4836 0.55480 0.000 0.008 0.672 0.320
#> SRR1406200 1 0.3444 0.92176 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR819210 4 0.5173 0.71238 0.000 0.320 0.020 0.660
#> SRR662174 1 0.2542 0.93493 0.904 0.012 0.000 0.084
#> SRR811988 1 0.3444 0.92176 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR663236 4 0.5631 0.70583 0.000 0.232 0.072 0.696
#> SRR1312598 2 0.1042 0.56106 0.000 0.972 0.020 0.008
#> SRR1330129 2 0.5165 -0.05166 0.000 0.512 0.484 0.004
#> SRR1357781 3 0.5112 0.28210 0.000 0.436 0.560 0.004
#> SRR1315517 2 0.6010 0.42116 0.000 0.676 0.220 0.104
#> SRR1400032 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413722 1 0.3401 0.92810 0.840 0.008 0.000 0.152
#> SRR612827 3 0.2530 0.83626 0.000 0.000 0.888 0.112
#> SRR814794 1 0.0188 0.93516 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR819430 1 0.3636 0.92315 0.820 0.008 0.000 0.172
#> SRR1395509 2 0.5498 -0.24746 0.000 0.576 0.020 0.404
#> SRR808728 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070813 2 0.0707 0.56046 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1389133 3 0.2737 0.83653 0.000 0.104 0.888 0.008
#> SRR601263 3 0.0188 0.91802 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR604718 4 0.4855 0.73764 0.000 0.268 0.020 0.712
#> SRR1481351 3 0.0188 0.91802 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1334608 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658681 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809283 4 0.4576 0.68917 0.000 0.232 0.020 0.748
#> SRR1459300 1 0.0336 0.93564 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1392547 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811049 3 0.2197 0.85988 0.000 0.080 0.916 0.004
#> SRR1464835 4 0.5606 0.31929 0.000 0.480 0.020 0.500
#> SRR1339619 2 0.3037 0.53036 0.000 0.880 0.020 0.100
#> SRR658501 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447523 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415048 1 0.0188 0.93561 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.2198 0.93560 0.920 0.008 0.000 0.072
#> SRR1444348 2 0.0707 0.56046 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR603890 2 0.6351 0.38156 0.000 0.628 0.268 0.104
#> SRR810595 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446244 2 0.4284 0.43770 0.000 0.780 0.020 0.200
#> SRR817373 2 0.5355 0.09834 0.000 0.620 0.020 0.360
#> SRR1457291 2 0.3037 0.53036 0.000 0.880 0.020 0.100
#> SRR598220 3 0.4155 0.66530 0.000 0.240 0.756 0.004
#> SRR1477991 2 0.1004 0.56227 0.000 0.972 0.024 0.004
#> SRR598172 2 0.5199 0.47985 0.000 0.756 0.144 0.100
#> SRR1349032 2 0.4163 0.33547 0.000 0.792 0.020 0.188
#> SRR604002 3 0.4889 0.46388 0.000 0.360 0.636 0.004
#> SRR1378026 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404401 3 0.5168 0.11598 0.000 0.492 0.504 0.004
#> SRR1333240 3 0.4905 0.45540 0.000 0.364 0.632 0.004
#> SRR1089399 2 0.1004 0.56096 0.000 0.972 0.024 0.004
#> SRR603421 2 0.5746 -0.03352 0.000 0.572 0.032 0.396
#> SRR812562 1 0.3444 0.92176 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR808520 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811839 1 0.0336 0.93517 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR814317 2 0.1545 0.56189 0.000 0.952 0.040 0.008
#> SRR1436763 2 0.5517 -0.26867 0.000 0.568 0.020 0.412
#> SRR1486021 2 0.1042 0.56110 0.000 0.972 0.020 0.008
#> SRR1465018 2 0.3791 0.45736 0.000 0.796 0.200 0.004
#> SRR1080998 3 0.2125 0.86357 0.000 0.076 0.920 0.004
#> SRR1083432 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082833 1 0.0336 0.93564 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.3444 0.92176 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1326536 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614011 4 0.5607 0.29903 0.000 0.488 0.020 0.492
#> SRR1365873 2 0.5016 0.24180 0.000 0.600 0.396 0.004
#> SRR1498789 2 0.3037 0.53036 0.000 0.880 0.020 0.100
#> SRR601581 2 0.5523 -0.19184 0.000 0.596 0.024 0.380
#> SRR603566 3 0.4382 0.60767 0.000 0.000 0.704 0.296
#> SRR1373981 1 0.0336 0.93564 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR821410 2 0.3037 0.53036 0.000 0.880 0.020 0.100
#> SRR1076511 4 0.4245 0.69084 0.000 0.196 0.020 0.784
#> SRR614143 3 0.2125 0.86357 0.000 0.076 0.920 0.004
#> SRR1333570 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366813 2 0.0817 0.56149 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1388746 1 0.0188 0.93516 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1420558 3 0.1677 0.88122 0.000 0.040 0.948 0.012
#> SRR1409510 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816250 2 0.3037 0.53036 0.000 0.880 0.020 0.100
#> SRR614131 2 0.5778 -0.41751 0.000 0.500 0.028 0.472
#> SRR1331130 1 0.3444 0.92176 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1316015 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470798 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614179 3 0.0188 0.91802 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1474863 2 0.2831 0.51628 0.000 0.876 0.120 0.004
#> SRR813560 2 0.0895 0.56095 0.000 0.976 0.020 0.004
#> SRR1312187 2 0.5465 -0.22097 0.000 0.588 0.020 0.392
#> SRR1420960 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355102 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084577 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659971 4 0.4882 0.73720 0.000 0.272 0.020 0.708
#> SRR1350855 2 0.5476 -0.22864 0.000 0.584 0.020 0.396
#> SRR820779 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476300 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090907 2 0.5597 -0.23598 0.000 0.516 0.020 0.464
#> SRR662294 2 0.5158 -0.01172 0.000 0.524 0.472 0.004
#> SRR1480789 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336263 2 0.5498 -0.24746 0.000 0.576 0.020 0.404
#> SRR660776 1 0.3498 0.92623 0.832 0.008 0.000 0.160
#> SRR1090508 3 0.5004 0.39553 0.000 0.392 0.604 0.004
#> SRR615563 4 0.4855 0.73764 0.000 0.268 0.020 0.712
#> SRR1101175 1 0.2859 0.93309 0.880 0.008 0.000 0.112
#> SRR2164650 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431205 2 0.3710 0.46370 0.000 0.804 0.192 0.004
#> SRR1339856 2 0.4910 0.11440 0.000 0.704 0.020 0.276
#> SRR1352147 2 0.1109 0.56005 0.000 0.968 0.028 0.004
#> SRR808968 1 0.0336 0.93564 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR627419 2 0.0895 0.56015 0.000 0.976 0.020 0.004
#> SRR1402391 1 0.0188 0.93516 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR663609 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2167857 3 0.4535 0.56755 0.000 0.292 0.704 0.004
#> SRR1398752 1 0.0336 0.93517 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.0336 0.93564 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1405437 2 0.0817 0.56149 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1416955 1 0.3444 0.92176 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1317064 2 0.0707 0.56046 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR659001 4 0.4542 0.67920 0.000 0.228 0.020 0.752
#> SRR2170696 2 0.6079 -0.29487 0.000 0.544 0.048 0.408
#> SRR816589 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087487 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329485 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816920 2 0.5508 -0.25851 0.000 0.572 0.020 0.408
#> SRR1341432 1 0.0000 0.93540 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590 4 0.5606 0.31929 0.000 0.480 0.020 0.500
#> SRR817046 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471331 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660788 4 0.5968 0.68743 0.000 0.236 0.092 0.672
#> SRR819234 1 0.0336 0.93564 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR810853 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809427 2 0.5570 -0.16305 0.000 0.540 0.020 0.440
#> SRR2170217 4 0.5606 0.31929 0.000 0.480 0.020 0.500
#> SRR1386967 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420344 2 0.2256 0.54872 0.000 0.924 0.020 0.056
#> SRR1334535 1 0.3591 0.92411 0.824 0.008 0.000 0.168
#> SRR614503 4 0.5526 0.59881 0.000 0.416 0.020 0.564
#> SRR602564 4 0.5321 0.71231 0.000 0.228 0.056 0.716
#> SRR1420669 2 0.5498 -0.24746 0.000 0.576 0.020 0.404
#> SRR819024 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR656223 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608428 2 0.1305 0.56025 0.000 0.960 0.036 0.004
#> SRR1345647 1 0.3539 0.92282 0.820 0.004 0.000 0.176
#> SRR1389324 2 0.4769 0.37034 0.000 0.684 0.308 0.008
#> SRR1361368 2 0.3501 0.50398 0.000 0.848 0.020 0.132
#> SRR1322619 2 0.0707 0.56046 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1349276 4 0.5607 0.31005 0.000 0.484 0.020 0.496
#> SRR1404024 1 0.3444 0.92176 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1370637 2 0.0817 0.56061 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1452631 4 0.5607 0.31005 0.000 0.484 0.020 0.496
#> SRR608392 3 0.4072 0.67095 0.000 0.000 0.748 0.252
#> SRR1357757 3 0.2530 0.84087 0.000 0.100 0.896 0.004
#> SRR1074646 2 0.5611 -0.27291 0.000 0.564 0.024 0.412
#> SRR1367499 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343501 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394406 2 0.7841 -0.16856 0.000 0.396 0.332 0.272
#> SRR1381435 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467407 1 0.3142 0.93035 0.860 0.008 0.000 0.132
#> SRR1092422 3 0.4905 0.45540 0.000 0.364 0.632 0.004
#> SRR1380270 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091817 2 0.3143 0.53112 0.000 0.876 0.024 0.100
#> SRR1440137 2 0.0707 0.56046 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR614311 2 0.5607 -0.29438 0.000 0.496 0.020 0.484
#> SRR1407516 2 0.6811 -0.32900 0.000 0.496 0.100 0.404
#> SRR815494 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333209 2 0.5465 -0.00518 0.000 0.588 0.020 0.392
#> SRR615177 4 0.4927 0.73722 0.000 0.264 0.024 0.712
#> SRR1099648 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659720 3 0.4332 0.78438 0.000 0.112 0.816 0.072
#> SRR2185057 1 0.2542 0.93493 0.904 0.012 0.000 0.084
#> SRR1467125 1 0.1890 0.93706 0.936 0.008 0.000 0.056
#> SRR657468 4 0.6507 0.44445 0.000 0.464 0.072 0.464
#> SRR660042 4 0.5615 0.57139 0.000 0.096 0.188 0.716
#> SRR2170864 2 0.3037 0.53036 0.000 0.880 0.020 0.100
#> SRR1440491 2 0.5526 -0.08533 0.000 0.564 0.020 0.416
#> SRR1440852 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811169 1 0.1743 0.93702 0.940 0.004 0.000 0.056
#> SRR1331311 2 0.5339 -0.12634 0.000 0.624 0.020 0.356
#> SRR818009 1 0.0188 0.93516 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1351836 2 0.3157 0.49989 0.000 0.852 0.144 0.004
#> SRR1498313 3 0.5028 0.37736 0.000 0.400 0.596 0.004
#> SRR1441975 2 0.4632 0.37079 0.000 0.688 0.308 0.004
#> SRR819096 1 0.3583 0.92207 0.816 0.004 0.000 0.180
#> SRR1073679 2 0.4372 0.39293 0.000 0.728 0.268 0.004
#> SRR1489116 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354138 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490589 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1412987 2 0.5517 -0.26867 0.000 0.568 0.020 0.412
#> SRR602034 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353437 1 0.3444 0.92176 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1072871 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661577 4 0.3946 0.68954 0.000 0.168 0.020 0.812
#> SRR612190 2 0.5543 -0.29794 0.000 0.556 0.020 0.424
#> SRR1399880 1 0.3583 0.92207 0.816 0.004 0.000 0.180
#> SRR1101787 2 0.5558 -0.32573 0.000 0.548 0.020 0.432
#> SRR657869 1 0.0336 0.93540 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1446332 1 0.0000 0.93540 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039 1 0.3444 0.92176 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1485141 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476697 1 0.0000 0.93540 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538 2 0.5371 -0.14775 0.000 0.616 0.020 0.364
#> SRR1331422 1 0.0188 0.93516 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR660859 3 0.3208 0.79723 0.000 0.148 0.848 0.004
#> SRR1097594 1 0.0336 0.93564 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1311419 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336706 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472976 2 0.5498 -0.24746 0.000 0.576 0.020 0.404
#> SRR1321307 1 0.0188 0.93516 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR807493 1 0.0336 0.93564 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR812461 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477149 2 0.5168 -0.07931 0.000 0.504 0.492 0.004
#> SRR1457397 3 0.2408 0.83662 0.000 0.104 0.896 0.000
#> SRR661913 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069024 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2165634 1 0.0336 0.93564 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1478722 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328642 2 0.5168 -0.09500 0.000 0.500 0.496 0.004
#> SRR1488261 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318815 4 0.5581 0.38855 0.000 0.448 0.020 0.532
#> SRR816945 1 0.0188 0.93516 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1367432 4 0.5606 0.31929 0.000 0.480 0.020 0.500
#> SRR1359280 2 0.5151 0.01887 0.000 0.532 0.464 0.004
#> SRR1313910 2 0.3037 0.53036 0.000 0.880 0.020 0.100
#> SRR1457315 2 0.5487 -0.23959 0.000 0.580 0.020 0.400
#> SRR815398 1 0.0188 0.93516 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR656958 3 0.4250 0.63728 0.000 0.000 0.724 0.276
#> SRR600688 4 0.5321 0.71231 0.000 0.228 0.056 0.716
#> SRR1098952 1 0.0524 0.93598 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR1314916 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614167 3 0.4477 0.58219 0.000 0.000 0.688 0.312
#> SRR1348114 2 0.5355 -0.13705 0.000 0.620 0.020 0.360
#> SRR658033 4 0.4898 0.73554 0.000 0.260 0.024 0.716
#> SRR1077503 3 0.2125 0.86357 0.000 0.076 0.920 0.004
#> SRR661854 4 0.5594 0.66653 0.000 0.192 0.092 0.716
#> SRR811379 4 0.5558 0.57660 0.000 0.432 0.020 0.548
#> SRR1318857 2 0.1174 0.56077 0.000 0.968 0.020 0.012
#> SRR656445 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433044 2 0.5168 -0.08522 0.000 0.504 0.492 0.004
#> SRR1486391 1 0.0336 0.93564 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR656071 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1364824 1 0.3444 0.92176 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1379133 1 0.0336 0.93564 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.3636 0.92315 0.820 0.008 0.000 0.172
#> SRR816745 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR601038 3 0.0188 0.91802 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1360080 1 0.0000 0.93540 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868 3 0.1661 0.88331 0.000 0.052 0.944 0.004
#> SRR1485997 1 0.0524 0.93641 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR1435560 2 0.5643 -0.31900 0.000 0.548 0.024 0.428
#> SRR1333330 1 0.3444 0.92176 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR663513 3 0.7423 -0.10579 0.000 0.344 0.476 0.180
#> SRR1328407 3 0.2334 0.85690 0.000 0.088 0.908 0.004
#> SRR602784 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348468 2 0.5607 -0.30556 0.000 0.492 0.020 0.488
#> SRR663717 4 0.5013 0.73155 0.000 0.292 0.020 0.688
#> SRR602217 2 0.4535 0.38472 0.000 0.704 0.292 0.004
#> SRR603140 3 0.3278 0.81490 0.000 0.116 0.864 0.020
#> SRR1340804 1 0.3444 0.92176 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1457574 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333462 3 0.5137 0.23602 0.000 0.452 0.544 0.004
#> SRR1094601 1 0.3444 0.92176 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1434610 3 0.3668 0.74611 0.000 0.188 0.808 0.004
#> SRR1435833 2 0.5526 -0.08533 0.000 0.564 0.020 0.416
#> SRR1398728 2 0.3037 0.53036 0.000 0.880 0.020 0.100
#> SRR1358343 2 0.5581 -0.30920 0.000 0.532 0.020 0.448
#> SRR1410890 2 0.3037 0.53036 0.000 0.880 0.020 0.100
#> SRR1350371 1 0.2480 0.93495 0.904 0.008 0.000 0.088
#> SRR1392478 2 0.2563 0.54359 0.000 0.908 0.020 0.072
#> SRR1099260 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433576 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345541 4 0.6275 0.66132 0.000 0.328 0.076 0.596
#> SRR1086328 1 0.0336 0.93564 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR810391 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476207 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR627435 3 0.0895 0.90676 0.000 0.020 0.976 0.004
#> SRR1489862 1 0.3249 0.92917 0.852 0.008 0.000 0.140
#> SRR1419086 1 0.0336 0.93564 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.3444 0.92176 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1396191 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490115 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377714 3 0.2401 0.84912 0.000 0.092 0.904 0.004
#> SRR819394 1 0.3444 0.92176 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR663161 4 0.4399 0.72460 0.000 0.212 0.020 0.768
#> SRR607042 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR656203 2 0.0707 0.56046 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR660602 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440397 1 0.0672 0.93682 0.984 0.008 0.000 0.008
#> SRR1369264 1 0.3450 0.92647 0.836 0.008 0.000 0.156
#> SRR809233 1 0.0188 0.93559 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR663249 2 0.0895 0.55895 0.000 0.976 0.020 0.004
#> SRR661242 4 0.4767 0.65871 0.000 0.256 0.020 0.724
#> SRR1332007 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809619 2 0.2593 0.51695 0.000 0.892 0.104 0.004
#> SRR819975 1 0.3636 0.92315 0.820 0.008 0.000 0.172
#> SRR599281 2 0.4372 0.40161 0.000 0.728 0.268 0.004
#> SRR662366 3 0.2011 0.85971 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR1317898 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382485 2 0.4807 0.18971 0.000 0.728 0.024 0.248
#> SRR2166420 1 0.3444 0.92176 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1419429 1 0.0188 0.93516 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1092541 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR817444 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320403 2 0.4769 0.37034 0.000 0.684 0.308 0.008
#> SRR1101483 2 0.4963 0.09059 0.000 0.696 0.020 0.284
#> SRR1331684 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400054 4 0.4436 0.71881 0.000 0.216 0.020 0.764
#> SRR1406088 2 0.0707 0.56046 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR820733 2 0.6969 -0.42107 0.000 0.452 0.112 0.436
#> SRR1314113 2 0.5590 -0.35877 0.000 0.524 0.020 0.456
#> SRR1382615 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480745 1 0.0188 0.93516 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1468850 2 0.5060 0.19546 0.000 0.584 0.412 0.004
#> SRR656782 3 0.2125 0.86357 0.000 0.076 0.920 0.004
#> SRR821364 1 0.0000 0.93540 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.3591 0.92439 0.824 0.008 0.000 0.168
#> SRR659295 3 0.4560 0.56218 0.000 0.296 0.700 0.004
#> SRR1357103 3 0.0000 0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809185 2 0.5414 -0.18030 0.000 0.604 0.020 0.376
#> SRR811583 4 0.4826 0.73692 0.000 0.264 0.020 0.716
#> SRR1468050 1 0.0336 0.93564 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1440224 2 0.3037 0.53036 0.000 0.880 0.020 0.100
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1500170 2 0.4576 0.74257 0.000 0.608 0.016 0.376 0.000
#> SRR1402368 3 0.0324 0.93446 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR607743 3 0.4927 0.70253 0.000 0.044 0.756 0.140 0.060
#> SRR1457375 2 0.4651 0.74554 0.000 0.608 0.020 0.372 0.000
#> SRR1470923 1 0.1907 0.85969 0.928 0.028 0.000 0.000 0.044
#> SRR817954 1 0.0880 0.85728 0.968 0.032 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259 1 0.5210 0.83141 0.684 0.132 0.000 0.000 0.184
#> SRR1439785 3 0.0000 0.93530 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814768 1 0.3780 0.85457 0.828 0.100 0.000 0.012 0.060
#> SRR1102031 2 0.4696 0.72117 0.000 0.584 0.012 0.400 0.004
#> SRR1363611 2 0.4641 0.67406 0.000 0.532 0.012 0.456 0.000
#> SRR1468447 2 0.4956 0.74813 0.000 0.636 0.048 0.316 0.000
#> SRR1071931 4 0.2416 0.68890 0.000 0.100 0.012 0.888 0.000
#> SRR810981 1 0.0290 0.85451 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299 2 0.5686 0.44919 0.000 0.656 0.012 0.124 0.208
#> SRR663585 3 0.0162 0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1326773 2 0.5687 0.69990 0.000 0.628 0.164 0.208 0.000
#> SRR1351166 2 0.4054 0.62017 0.000 0.744 0.012 0.236 0.008
#> SRR1477452 1 0.1168 0.85326 0.960 0.032 0.000 0.008 0.000
#> SRR1084720 3 0.0000 0.93530 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420320 4 0.2645 0.75852 0.000 0.096 0.012 0.884 0.008
#> SRR1081712 2 0.5555 0.72127 0.000 0.636 0.132 0.232 0.000
#> SRR1318241 3 0.3146 0.81025 0.000 0.052 0.856 0.092 0.000
#> SRR1333718 3 0.0000 0.93530 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313514 2 0.5773 0.65501 0.000 0.616 0.216 0.168 0.000
#> SRR1477861 3 0.0794 0.92113 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1318005 2 0.5901 0.60062 0.000 0.584 0.268 0.148 0.000
#> SRR1354665 2 0.4828 0.72135 0.000 0.572 0.012 0.408 0.008
#> SRR657707 3 0.3821 0.74105 0.000 0.052 0.800 0.148 0.000
#> SRR1370742 3 0.0324 0.93446 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1412947 2 0.4547 0.72323 0.000 0.588 0.012 0.400 0.000
#> SRR661553 5 0.4040 0.69638 0.000 0.000 0.012 0.276 0.712
#> SRR1328869 1 0.5365 0.82784 0.664 0.132 0.000 0.000 0.204
#> SRR662211 2 0.4054 0.62017 0.000 0.744 0.012 0.236 0.008
#> SRR1348181 3 0.0162 0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1416560 3 0.0324 0.93446 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1319772 3 0.0000 0.93530 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091452 4 0.2624 0.65720 0.000 0.116 0.012 0.872 0.000
#> SRR1338812 1 0.5403 0.81891 0.644 0.108 0.000 0.000 0.248
#> SRR1392072 2 0.4124 0.62328 0.000 0.744 0.016 0.232 0.008
#> SRR814844 4 0.1356 0.78018 0.000 0.004 0.012 0.956 0.028
#> SRR1376619 3 0.0162 0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR603690 5 0.3863 0.71656 0.000 0.000 0.012 0.248 0.740
#> SRR2184980 2 0.4537 0.73241 0.000 0.592 0.012 0.396 0.000
#> SRR613963 4 0.4723 0.17934 0.000 0.008 0.012 0.612 0.368
#> SRR1323422 1 0.5144 0.83330 0.692 0.132 0.000 0.000 0.176
#> SRR1397673 3 0.0000 0.93530 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434650 3 0.0794 0.92113 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR659875 3 0.0000 0.93530 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465734 3 0.3821 0.74105 0.000 0.052 0.800 0.148 0.000
#> SRR1076847 2 0.5692 0.69806 0.000 0.628 0.168 0.204 0.000
#> SRR1415072 1 0.5806 0.82295 0.644 0.136 0.000 0.012 0.208
#> SRR659319 3 0.0000 0.93530 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663088 4 0.2522 0.72381 0.000 0.000 0.012 0.880 0.108
#> SRR1352021 1 0.5490 0.82062 0.644 0.128 0.000 0.000 0.228
#> SRR1325527 1 0.3862 0.85427 0.808 0.104 0.000 0.000 0.088
#> SRR1105369 1 0.4010 0.85368 0.812 0.108 0.000 0.012 0.068
#> SRR659935 4 0.0912 0.77391 0.000 0.016 0.012 0.972 0.000
#> SRR1352530 3 0.0162 0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR662594 5 0.3934 0.71981 0.000 0.000 0.016 0.244 0.740
#> SRR1095309 1 0.0609 0.85447 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647 5 0.4040 0.65270 0.000 0.000 0.260 0.016 0.724
#> SRR813019 3 0.4078 0.72681 0.000 0.068 0.784 0.148 0.000
#> SRR1374647 2 0.6004 0.61153 0.000 0.576 0.256 0.168 0.000
#> SRR603472 3 0.3177 0.69834 0.000 0.208 0.792 0.000 0.000
#> SRR661529 5 0.3863 0.71656 0.000 0.000 0.012 0.248 0.740
#> SRR607018 3 0.0000 0.93530 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR627423 4 0.4082 0.68865 0.000 0.164 0.012 0.788 0.036
#> SRR654921 4 0.1364 0.77618 0.000 0.000 0.012 0.952 0.036
#> SRR1418968 1 0.0162 0.85470 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871 5 0.3838 0.64021 0.000 0.000 0.280 0.004 0.716
#> SRR1330522 3 0.0162 0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1499958 2 0.4574 0.72359 0.000 0.576 0.012 0.412 0.000
#> SRR614059 5 0.4514 0.72833 0.000 0.000 0.072 0.188 0.740
#> SRR1071403 1 0.5504 0.82113 0.644 0.132 0.000 0.000 0.224
#> SRR1486719 2 0.4570 0.74466 0.000 0.632 0.020 0.348 0.000
#> SRR1440421 2 0.5449 0.73349 0.000 0.636 0.108 0.256 0.000
#> SRR1310412 3 0.3904 0.73043 0.000 0.052 0.792 0.156 0.000
#> SRR614767 2 0.4054 0.62017 0.000 0.744 0.012 0.236 0.008
#> SRR820709 1 0.1364 0.85304 0.952 0.036 0.000 0.012 0.000
#> SRR1471500 1 0.5403 0.81891 0.644 0.108 0.000 0.000 0.248
#> SRR658093 3 0.3143 0.71753 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1088168 3 0.0000 0.93530 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418707 2 0.4651 0.74482 0.000 0.608 0.020 0.372 0.000
#> SRR1354291 2 0.5525 0.72628 0.000 0.636 0.124 0.240 0.000
#> SRR2165806 1 0.0162 0.85567 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684 4 0.2069 0.75053 0.000 0.000 0.012 0.912 0.076
#> SRR1433860 3 0.0000 0.93530 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311062 2 0.4188 0.62587 0.000 0.744 0.020 0.228 0.008
#> SRR1360359 1 0.5403 0.81891 0.644 0.108 0.000 0.000 0.248
#> SRR661385 3 0.0162 0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR615407 5 0.3863 0.71656 0.000 0.000 0.012 0.248 0.740
#> SRR1413892 3 0.0000 0.93530 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443459 4 0.4557 0.56622 0.000 0.324 0.012 0.656 0.008
#> SRR1338942 1 0.5403 0.81891 0.644 0.108 0.000 0.000 0.248
#> SRR657480 3 0.0290 0.93241 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1399433 4 0.2248 0.73911 0.000 0.000 0.012 0.900 0.088
#> SRR818537 3 0.0703 0.92332 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1101324 4 0.1828 0.76362 0.000 0.004 0.032 0.936 0.028
#> SRR807637 5 0.4721 0.63673 0.000 0.016 0.012 0.316 0.656
#> SRR1091918 1 0.0963 0.85733 0.964 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300 5 0.4254 0.72911 0.000 0.000 0.040 0.220 0.740
#> SRR1085426 1 0.0000 0.85490 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.4054 0.62017 0.000 0.744 0.012 0.236 0.008
#> SRR813891 1 0.5459 0.82007 0.644 0.120 0.000 0.000 0.236
#> SRR1467431 2 0.5086 0.74747 0.000 0.636 0.060 0.304 0.000
#> SRR658742 5 0.3863 0.71656 0.000 0.000 0.012 0.248 0.740
#> SRR1419234 1 0.5177 0.83234 0.688 0.132 0.000 0.000 0.180
#> SRR1404813 2 0.4054 0.62017 0.000 0.744 0.012 0.236 0.008
#> SRR603496 5 0.4826 0.70773 0.000 0.004 0.116 0.144 0.736
#> SRR1407758 3 0.0162 0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR810945 2 0.5237 0.74205 0.000 0.628 0.072 0.300 0.000
#> SRR817234 2 0.5700 0.69095 0.000 0.628 0.176 0.196 0.000
#> SRR1444852 3 0.0162 0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR660378 5 0.3838 0.64021 0.000 0.000 0.280 0.004 0.716
#> SRR1467835 2 0.4054 0.62017 0.000 0.744 0.012 0.236 0.008
#> SRR1338964 3 0.3339 0.79093 0.000 0.048 0.840 0.112 0.000
#> SRR1079259 4 0.5213 0.00195 0.000 0.320 0.064 0.616 0.000
#> SRR1072345 3 0.4021 0.71288 0.000 0.052 0.780 0.168 0.000
#> SRR598725 3 0.0324 0.93446 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1447938 1 0.5442 0.81964 0.644 0.116 0.000 0.000 0.240
#> SRR1356397 1 0.0703 0.85756 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460 4 0.3705 0.69000 0.000 0.192 0.012 0.788 0.008
#> SRR1429468 2 0.4494 0.73960 0.000 0.608 0.012 0.380 0.000
#> SRR1446850 2 0.5373 0.73989 0.000 0.632 0.092 0.276 0.000
#> SRR1320363 3 0.0162 0.93444 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1413810 3 0.0162 0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR598831 5 0.4501 0.70531 0.000 0.036 0.012 0.212 0.740
#> SRR1381865 1 0.5452 0.82561 0.656 0.144 0.000 0.000 0.200
#> SRR660957 3 0.0324 0.93446 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1491332 3 0.0000 0.93530 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099744 2 0.4054 0.62017 0.000 0.744 0.012 0.236 0.008
#> SRR1464618 4 0.3966 0.68465 0.000 0.224 0.012 0.756 0.008
#> SRR1414559 4 0.3391 0.60156 0.000 0.000 0.012 0.800 0.188
#> SRR1337540 4 0.1670 0.77303 0.000 0.000 0.012 0.936 0.052
#> SRR1444283 1 0.0865 0.85346 0.972 0.024 0.000 0.004 0.000
#> SRR2184942 3 0.3821 0.74105 0.000 0.052 0.800 0.148 0.000
#> SRR660295 1 0.0880 0.85325 0.968 0.032 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335 3 0.0162 0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1363742 3 0.0162 0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1345847 2 0.4551 0.74204 0.000 0.616 0.016 0.368 0.000
#> SRR614960 5 0.4276 0.66031 0.000 0.000 0.244 0.032 0.724
#> SRR819919 1 0.0963 0.85341 0.964 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330 2 0.5250 0.36762 0.000 0.536 0.416 0.048 0.000
#> SRR1327951 1 0.0290 0.85541 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.5423 0.81923 0.644 0.112 0.000 0.000 0.244
#> SRR1345266 2 0.4644 0.66677 0.000 0.528 0.012 0.460 0.000
#> SRR1338055 2 0.4926 0.72182 0.000 0.712 0.112 0.176 0.000
#> SRR1430157 2 0.4494 0.73960 0.000 0.608 0.012 0.380 0.000
#> SRR1320137 2 0.4582 0.72160 0.000 0.572 0.012 0.416 0.000
#> SRR1093483 1 0.3265 0.85636 0.860 0.088 0.000 0.012 0.040
#> SRR1341080 1 0.5403 0.81891 0.644 0.108 0.000 0.000 0.248
#> SRR1459913 3 0.0324 0.93446 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR2170490 1 0.0000 0.85490 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845 3 0.0727 0.92826 0.000 0.004 0.980 0.012 0.004
#> SRR1436420 1 0.0794 0.85692 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060 3 0.0404 0.93002 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR662282 5 0.3885 0.64812 0.000 0.000 0.268 0.008 0.724
#> SRR1487089 4 0.1393 0.78027 0.000 0.008 0.012 0.956 0.024
#> SRR1075683 1 0.5403 0.81891 0.644 0.108 0.000 0.000 0.248
#> SRR1338536 1 0.5403 0.81891 0.644 0.108 0.000 0.000 0.248
#> SRR1338880 2 0.4898 0.73878 0.000 0.592 0.032 0.376 0.000
#> SRR1453456 3 0.0162 0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1457895 1 0.0609 0.85606 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603 3 0.0880 0.91821 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR658633 2 0.4624 0.74536 0.000 0.636 0.024 0.340 0.000
#> SRR1388081 4 0.4502 0.61508 0.000 0.312 0.012 0.668 0.008
#> SRR813339 3 0.0324 0.93446 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR809725 1 0.5660 0.82039 0.644 0.116 0.000 0.008 0.232
#> SRR627441 2 0.6817 0.48898 0.000 0.536 0.304 0.096 0.064
#> SRR613603 5 0.4489 0.72913 0.000 0.000 0.068 0.192 0.740
#> SRR1096571 3 0.0703 0.92332 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1392701 1 0.2906 0.85694 0.880 0.080 0.000 0.012 0.028
#> SRR1344326 1 0.0162 0.85470 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693 4 0.4656 -0.59193 0.000 0.480 0.012 0.508 0.000
#> SRR660697 4 0.1095 0.77890 0.000 0.008 0.012 0.968 0.012
#> SRR1489926 3 0.3821 0.74105 0.000 0.052 0.800 0.148 0.000
#> SRR811491 3 0.0324 0.93446 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1311644 4 0.1461 0.77649 0.000 0.004 0.016 0.952 0.028
#> SRR1451740 3 0.0162 0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR615117 3 0.6319 0.22335 0.000 0.216 0.528 0.000 0.256
#> SRR1391748 4 0.3952 0.69598 0.000 0.176 0.012 0.788 0.024
#> SRR1466556 3 0.0162 0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR614972 5 0.3790 0.64546 0.000 0.000 0.272 0.004 0.724
#> SRR1406200 1 0.5403 0.81891 0.644 0.108 0.000 0.000 0.248
#> SRR819210 4 0.3628 0.56645 0.000 0.000 0.012 0.772 0.216
#> SRR662174 1 0.3766 0.85434 0.828 0.104 0.000 0.012 0.056
#> SRR811988 1 0.5442 0.81963 0.644 0.116 0.000 0.000 0.240
#> SRR663236 5 0.4966 0.50861 0.000 0.000 0.032 0.404 0.564
#> SRR1312598 2 0.4714 0.72298 0.000 0.576 0.012 0.408 0.004
#> SRR1330129 2 0.5700 0.67453 0.000 0.628 0.196 0.176 0.000
#> SRR1357781 2 0.5875 0.61546 0.000 0.592 0.256 0.152 0.000
#> SRR1315517 2 0.4185 0.65581 0.000 0.796 0.084 0.112 0.008
#> SRR1400032 3 0.0162 0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1413722 1 0.5617 0.83048 0.668 0.132 0.000 0.012 0.188
#> SRR612827 3 0.3741 0.61522 0.000 0.004 0.732 0.000 0.264
#> SRR814794 1 0.0290 0.85469 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430 1 0.5345 0.82794 0.668 0.136 0.000 0.000 0.196
#> SRR1395509 4 0.1483 0.78011 0.000 0.008 0.012 0.952 0.028
#> SRR808728 3 0.0000 0.93530 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070813 2 0.4494 0.73960 0.000 0.608 0.012 0.380 0.000
#> SRR1389133 3 0.4177 0.71459 0.000 0.052 0.776 0.168 0.004
#> SRR601263 3 0.0609 0.92718 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR604718 4 0.4517 0.12506 0.000 0.000 0.012 0.600 0.388
#> SRR1481351 3 0.1043 0.91105 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1334608 3 0.0000 0.93530 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658681 3 0.0703 0.92332 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR809283 4 0.5535 0.53752 0.000 0.164 0.012 0.680 0.144
#> SRR1459300 1 0.0404 0.85570 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547 3 0.0703 0.92332 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR811049 3 0.3863 0.73570 0.000 0.052 0.796 0.152 0.000
#> SRR1464835 4 0.4037 0.69628 0.000 0.176 0.012 0.784 0.028
#> SRR1339619 2 0.4164 0.60021 0.000 0.728 0.012 0.252 0.008
#> SRR658501 3 0.0162 0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1447523 3 0.0324 0.93446 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1415048 1 0.0000 0.85490 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.3255 0.85593 0.848 0.052 0.000 0.000 0.100
#> SRR1444348 2 0.4622 0.69507 0.000 0.548 0.012 0.440 0.000
#> SRR603890 2 0.3918 0.66394 0.000 0.804 0.100 0.096 0.000
#> SRR810595 3 0.0162 0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1446244 4 0.4423 0.62827 0.000 0.296 0.012 0.684 0.008
#> SRR817373 4 0.4241 0.66133 0.000 0.264 0.012 0.716 0.008
#> SRR1457291 2 0.4054 0.62017 0.000 0.744 0.012 0.236 0.008
#> SRR598220 3 0.5437 0.49209 0.000 0.128 0.652 0.220 0.000
#> SRR1477991 2 0.4527 0.73459 0.000 0.596 0.012 0.392 0.000
#> SRR598172 2 0.4230 0.64865 0.000 0.776 0.048 0.168 0.008
#> SRR1349032 4 0.2674 0.64832 0.000 0.120 0.012 0.868 0.000
#> SRR604002 2 0.6121 0.52054 0.000 0.528 0.324 0.148 0.000
#> SRR1378026 3 0.0000 0.93530 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404401 2 0.5696 0.67074 0.000 0.628 0.200 0.172 0.000
#> SRR1333240 2 0.6121 0.52054 0.000 0.528 0.324 0.148 0.000
#> SRR1089399 2 0.4482 0.73995 0.000 0.612 0.012 0.376 0.000
#> SRR603421 5 0.6581 0.02797 0.000 0.400 0.012 0.144 0.444
#> SRR812562 1 0.5423 0.81923 0.644 0.112 0.000 0.000 0.244
#> SRR808520 3 0.0000 0.93530 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811839 1 0.1522 0.85329 0.944 0.044 0.000 0.012 0.000
#> SRR814317 2 0.4639 0.74609 0.000 0.612 0.020 0.368 0.000
#> SRR1436763 4 0.1195 0.77877 0.000 0.000 0.012 0.960 0.028
#> SRR1486021 2 0.4730 0.71885 0.000 0.568 0.012 0.416 0.004
#> SRR1465018 2 0.5199 0.74508 0.000 0.636 0.072 0.292 0.000
#> SRR1080998 3 0.3821 0.74105 0.000 0.052 0.800 0.148 0.000
#> SRR1083432 3 0.0162 0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1082833 1 0.0794 0.85660 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.5403 0.81891 0.644 0.108 0.000 0.000 0.248
#> SRR1326536 3 0.0162 0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR614011 4 0.3618 0.69149 0.000 0.196 0.012 0.788 0.004
#> SRR1365873 2 0.5638 0.70797 0.000 0.632 0.152 0.216 0.000
#> SRR1498789 2 0.4054 0.62017 0.000 0.744 0.012 0.236 0.008
#> SRR601581 4 0.0854 0.77767 0.000 0.008 0.012 0.976 0.004
#> SRR603566 5 0.4184 0.63002 0.000 0.016 0.284 0.000 0.700
#> SRR1373981 1 0.0794 0.85660 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410 2 0.4054 0.62017 0.000 0.744 0.012 0.236 0.008
#> SRR1076511 5 0.6594 0.42909 0.000 0.164 0.012 0.324 0.500
#> SRR614143 3 0.3970 0.72728 0.000 0.056 0.788 0.156 0.000
#> SRR1333570 3 0.0324 0.93446 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1366813 2 0.4527 0.73523 0.000 0.596 0.012 0.392 0.000
#> SRR1388746 1 0.0609 0.85354 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558 3 0.2741 0.79217 0.000 0.004 0.860 0.132 0.004
#> SRR1409510 3 0.0162 0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR816250 2 0.4054 0.62017 0.000 0.744 0.012 0.236 0.008
#> SRR614131 4 0.2625 0.75071 0.000 0.048 0.012 0.900 0.040
#> SRR1331130 1 0.5459 0.82005 0.644 0.120 0.000 0.000 0.236
#> SRR1316015 3 0.0162 0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1470798 3 0.0162 0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR614179 3 0.0609 0.92500 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1474863 2 0.4857 0.74795 0.000 0.636 0.040 0.324 0.000
#> SRR813560 2 0.4547 0.73123 0.000 0.588 0.012 0.400 0.000
#> SRR1312187 4 0.0912 0.77475 0.000 0.016 0.012 0.972 0.000
#> SRR1420960 3 0.0162 0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1355102 3 0.0324 0.93446 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1084577 3 0.0162 0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR659971 5 0.4747 0.56377 0.000 0.008 0.012 0.376 0.604
#> SRR1350855 4 0.0854 0.77767 0.000 0.008 0.012 0.976 0.004
#> SRR820779 3 0.0162 0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1476300 3 0.0162 0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1090907 4 0.3705 0.69000 0.000 0.192 0.012 0.788 0.008
#> SRR662294 2 0.5703 0.68072 0.000 0.628 0.188 0.184 0.000
#> SRR1480789 3 0.0703 0.92332 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1336263 4 0.1483 0.78011 0.000 0.008 0.012 0.952 0.028
#> SRR660776 1 0.5163 0.83786 0.692 0.152 0.000 0.000 0.156
#> SRR1090508 2 0.6133 0.56258 0.000 0.544 0.292 0.164 0.000
#> SRR615563 4 0.4371 0.26573 0.000 0.000 0.012 0.644 0.344
#> SRR1101175 1 0.4317 0.84898 0.772 0.112 0.000 0.000 0.116
#> SRR2164650 3 0.0000 0.93530 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431205 2 0.5126 0.74661 0.000 0.636 0.064 0.300 0.000
#> SRR1339856 4 0.1670 0.74608 0.000 0.052 0.012 0.936 0.000
#> SRR1352147 2 0.4470 0.74022 0.000 0.616 0.012 0.372 0.000
#> SRR808968 1 0.0162 0.85519 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419 2 0.4482 0.73995 0.000 0.612 0.012 0.376 0.000
#> SRR1402391 1 0.0703 0.85319 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609 3 0.0000 0.93530 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2167857 2 0.4437 0.24182 0.000 0.532 0.464 0.004 0.000
#> SRR1398752 1 0.1444 0.85291 0.948 0.040 0.000 0.012 0.000
#> SRR1469169 1 0.0000 0.85490 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437 2 0.4557 0.72890 0.000 0.584 0.012 0.404 0.000
#> SRR1416955 1 0.5403 0.81891 0.644 0.108 0.000 0.000 0.248
#> SRR1317064 2 0.4658 0.62759 0.000 0.504 0.012 0.484 0.000
#> SRR659001 4 0.5600 0.53052 0.000 0.176 0.012 0.672 0.140
#> SRR2170696 4 0.1588 0.77787 0.000 0.008 0.016 0.948 0.028
#> SRR816589 3 0.0162 0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1087487 3 0.0000 0.93530 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329485 3 0.0162 0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR816920 4 0.1356 0.77963 0.000 0.004 0.012 0.956 0.028
#> SRR1341432 1 0.0290 0.85583 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590 4 0.3952 0.69716 0.000 0.176 0.012 0.788 0.024
#> SRR817046 3 0.0162 0.93444 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1471331 3 0.0162 0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR660788 4 0.3656 0.59610 0.000 0.000 0.032 0.800 0.168
#> SRR819234 1 0.0794 0.85660 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853 3 0.0404 0.93002 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR809427 4 0.3935 0.68349 0.000 0.220 0.012 0.760 0.008
#> SRR2170217 4 0.4268 0.68755 0.000 0.184 0.012 0.768 0.036
#> SRR1386967 3 0.0000 0.93530 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420344 2 0.4735 0.70955 0.000 0.608 0.012 0.372 0.008
#> SRR1334535 1 0.5305 0.82860 0.672 0.132 0.000 0.000 0.196
#> SRR614503 4 0.3750 0.54364 0.000 0.000 0.012 0.756 0.232
#> SRR602564 5 0.4558 0.63361 0.000 0.000 0.024 0.324 0.652
#> SRR1420669 4 0.1483 0.78011 0.000 0.008 0.012 0.952 0.028
#> SRR819024 3 0.0324 0.93446 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR656223 3 0.0000 0.93530 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR608428 2 0.4497 0.74284 0.000 0.632 0.016 0.352 0.000
#> SRR1345647 1 0.5322 0.82572 0.660 0.112 0.000 0.000 0.228
#> SRR1389324 2 0.5525 0.72691 0.000 0.636 0.124 0.240 0.000
#> SRR1361368 4 0.4502 0.51184 0.000 0.312 0.012 0.668 0.008
#> SRR1322619 2 0.4505 0.73846 0.000 0.604 0.012 0.384 0.000
#> SRR1349276 4 0.3597 0.69307 0.000 0.180 0.012 0.800 0.008
#> SRR1404024 1 0.5403 0.81891 0.644 0.108 0.000 0.000 0.248
#> SRR1370637 2 0.4494 0.73960 0.000 0.608 0.012 0.380 0.000
#> SRR1452631 4 0.4110 0.68838 0.000 0.184 0.012 0.776 0.028
#> SRR608392 5 0.3857 0.59215 0.000 0.000 0.312 0.000 0.688
#> SRR1357757 3 0.4021 0.71288 0.000 0.052 0.780 0.168 0.000
#> SRR1074646 4 0.1356 0.77963 0.000 0.004 0.012 0.956 0.028
#> SRR1367499 3 0.0000 0.93530 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343501 3 0.0000 0.93530 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394406 4 0.4426 0.47150 0.000 0.052 0.196 0.748 0.004
#> SRR1381435 3 0.0000 0.93530 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467407 1 0.4807 0.84143 0.728 0.132 0.000 0.000 0.140
#> SRR1092422 2 0.6121 0.52054 0.000 0.528 0.324 0.148 0.000
#> SRR1380270 3 0.0703 0.92332 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1091817 2 0.4054 0.62017 0.000 0.744 0.012 0.236 0.008
#> SRR1440137 2 0.4574 0.72359 0.000 0.576 0.012 0.412 0.000
#> SRR614311 4 0.3740 0.68877 0.000 0.196 0.012 0.784 0.008
#> SRR1407516 4 0.2395 0.73995 0.000 0.040 0.036 0.912 0.012
#> SRR815494 3 0.0162 0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1333209 4 0.4190 0.66637 0.000 0.256 0.012 0.724 0.008
#> SRR615177 4 0.4213 0.35330 0.000 0.000 0.012 0.680 0.308
#> SRR1099648 3 0.0000 0.93530 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659720 3 0.7168 0.30026 0.000 0.072 0.544 0.180 0.204
#> SRR2185057 1 0.3766 0.85434 0.828 0.104 0.000 0.012 0.056
#> SRR1467125 1 0.3367 0.85713 0.856 0.080 0.000 0.012 0.052
#> SRR657468 4 0.1990 0.76028 0.000 0.004 0.028 0.928 0.040
#> SRR660042 5 0.4514 0.72833 0.000 0.000 0.072 0.188 0.740
#> SRR2170864 2 0.4054 0.62017 0.000 0.744 0.012 0.236 0.008
#> SRR1440491 4 0.4110 0.67313 0.000 0.244 0.012 0.736 0.008
#> SRR1440852 3 0.0162 0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR811169 1 0.3191 0.85949 0.860 0.084 0.000 0.004 0.052
#> SRR1331311 4 0.0912 0.77391 0.000 0.016 0.012 0.972 0.000
#> SRR818009 1 0.0703 0.85319 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836 2 0.4908 0.74816 0.000 0.636 0.044 0.320 0.000
#> SRR1498313 2 0.6133 0.56287 0.000 0.544 0.292 0.164 0.000
#> SRR1441975 2 0.5470 0.73191 0.000 0.636 0.112 0.252 0.000
#> SRR819096 1 0.5718 0.82224 0.644 0.132 0.000 0.008 0.216
#> SRR1073679 2 0.5876 0.66788 0.000 0.604 0.192 0.204 0.000
#> SRR1489116 3 0.0000 0.93530 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354138 3 0.0162 0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1490589 3 0.0324 0.93446 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1412987 4 0.1356 0.78018 0.000 0.004 0.012 0.956 0.028
#> SRR602034 3 0.0162 0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1353437 1 0.5490 0.82088 0.644 0.128 0.000 0.000 0.228
#> SRR1072871 3 0.0290 0.93347 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR661577 5 0.6049 0.60228 0.000 0.160 0.012 0.212 0.616
#> SRR612190 4 0.1442 0.77912 0.000 0.004 0.012 0.952 0.032
#> SRR1399880 1 0.5738 0.82066 0.644 0.116 0.000 0.012 0.228
#> SRR1101787 4 0.1444 0.77456 0.000 0.000 0.012 0.948 0.040
#> SRR657869 1 0.0880 0.85325 0.968 0.032 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332 1 0.0000 0.85490 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039 1 0.5403 0.81891 0.644 0.108 0.000 0.000 0.248
#> SRR1485141 3 0.0162 0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1476697 1 0.0000 0.85490 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538 4 0.0807 0.77554 0.000 0.012 0.012 0.976 0.000
#> SRR1331422 1 0.0609 0.85368 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859 3 0.4575 0.61951 0.000 0.052 0.712 0.236 0.000
#> SRR1097594 1 0.0703 0.85627 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419 3 0.0162 0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1336706 3 0.0404 0.93002 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1472976 4 0.1483 0.78011 0.000 0.008 0.012 0.952 0.028
#> SRR1321307 1 0.0290 0.85451 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493 1 0.0162 0.85519 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461 3 0.0162 0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1477149 2 0.5779 0.65928 0.000 0.616 0.212 0.172 0.000
#> SRR1457397 3 0.3210 0.69703 0.000 0.212 0.788 0.000 0.000
#> SRR661913 3 0.0324 0.93446 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1069024 3 0.0703 0.92332 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR2165634 1 0.0162 0.85519 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722 3 0.0162 0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1328642 2 0.5696 0.66986 0.000 0.628 0.200 0.172 0.000
#> SRR1488261 3 0.0324 0.93446 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1318815 4 0.4157 0.68494 0.000 0.164 0.012 0.784 0.040
#> SRR816945 1 0.0703 0.85319 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432 4 0.4191 0.68823 0.000 0.184 0.012 0.772 0.032
#> SRR1359280 2 0.5702 0.68768 0.000 0.628 0.180 0.192 0.000
#> SRR1313910 2 0.4164 0.62256 0.000 0.728 0.012 0.252 0.008
#> SRR1457315 4 0.1483 0.77929 0.000 0.008 0.012 0.952 0.028
#> SRR815398 1 0.0290 0.85451 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958 5 0.3837 0.60141 0.000 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR600688 5 0.3934 0.71981 0.000 0.000 0.016 0.244 0.740
#> SRR1098952 1 0.2069 0.85589 0.924 0.052 0.000 0.012 0.012
#> SRR1314916 3 0.0162 0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR614167 5 0.3838 0.64021 0.000 0.000 0.280 0.004 0.716
#> SRR1348114 4 0.0912 0.77421 0.000 0.016 0.012 0.972 0.000
#> SRR658033 5 0.3863 0.71656 0.000 0.000 0.012 0.248 0.740
#> SRR1077503 3 0.3779 0.74506 0.000 0.052 0.804 0.144 0.000
#> SRR661854 5 0.4254 0.72911 0.000 0.000 0.040 0.220 0.740
#> SRR811379 4 0.2189 0.74166 0.000 0.000 0.012 0.904 0.084
#> SRR1318857 2 0.4828 0.72135 0.000 0.572 0.012 0.408 0.008
#> SRR656445 3 0.0000 0.93530 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433044 2 0.5696 0.67074 0.000 0.628 0.200 0.172 0.000
#> SRR1486391 1 0.0510 0.85592 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071 3 0.0324 0.93446 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1364824 1 0.5403 0.81891 0.644 0.108 0.000 0.000 0.248
#> SRR1379133 1 0.0794 0.85660 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.5329 0.83015 0.672 0.144 0.000 0.000 0.184
#> SRR816745 3 0.0404 0.93002 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR601038 3 0.0290 0.93220 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1360080 1 0.0000 0.85490 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868 3 0.2972 0.81853 0.000 0.024 0.864 0.108 0.004
#> SRR1485997 1 0.0880 0.85703 0.968 0.032 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560 4 0.1444 0.77456 0.000 0.000 0.012 0.948 0.040
#> SRR1333330 1 0.5403 0.81891 0.644 0.108 0.000 0.000 0.248
#> SRR663513 4 0.5168 0.17876 0.000 0.052 0.356 0.592 0.000
#> SRR1328407 3 0.4036 0.73263 0.000 0.068 0.788 0.144 0.000
#> SRR602784 3 0.0000 0.93530 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348468 4 0.4025 0.68883 0.000 0.184 0.012 0.780 0.024
#> SRR663717 4 0.4270 0.33119 0.000 0.000 0.012 0.668 0.320
#> SRR602217 2 0.5470 0.73191 0.000 0.636 0.112 0.252 0.000
#> SRR603140 3 0.4203 0.68692 0.000 0.052 0.760 0.188 0.000
#> SRR1340804 1 0.5403 0.81891 0.644 0.108 0.000 0.000 0.248
#> SRR1457574 3 0.0162 0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1333462 2 0.5832 0.62543 0.000 0.600 0.248 0.152 0.000
#> SRR1094601 1 0.5403 0.81891 0.644 0.108 0.000 0.000 0.248
#> SRR1434610 3 0.4730 0.57744 0.000 0.052 0.688 0.260 0.000
#> SRR1435833 4 0.3904 0.68501 0.000 0.216 0.012 0.764 0.008
#> SRR1398728 2 0.4082 0.61571 0.000 0.740 0.012 0.240 0.008
#> SRR1358343 4 0.2149 0.77808 0.000 0.036 0.012 0.924 0.028
#> SRR1410890 2 0.4054 0.62017 0.000 0.744 0.012 0.236 0.008
#> SRR1350371 1 0.4342 0.85133 0.788 0.116 0.000 0.012 0.084
#> SRR1392478 2 0.4507 0.70711 0.000 0.644 0.012 0.340 0.004
#> SRR1099260 3 0.0000 0.93530 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433576 3 0.0162 0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1345541 4 0.3110 0.69751 0.000 0.004 0.028 0.856 0.112
#> SRR1086328 1 0.0162 0.85519 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391 3 0.0324 0.93446 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1476207 3 0.0162 0.93444 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR627435 3 0.0613 0.93213 0.000 0.008 0.984 0.004 0.004
#> SRR1489862 1 0.4922 0.83873 0.716 0.128 0.000 0.000 0.156
#> SRR1419086 1 0.0162 0.85519 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.5459 0.82005 0.644 0.120 0.000 0.000 0.236
#> SRR1396191 3 0.0324 0.93446 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1490115 3 0.0404 0.93168 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1377714 3 0.3339 0.79110 0.000 0.048 0.840 0.112 0.000
#> SRR819394 1 0.5459 0.82007 0.644 0.120 0.000 0.000 0.236
#> SRR663161 5 0.4231 0.71419 0.000 0.016 0.012 0.232 0.740
#> SRR607042 3 0.0404 0.93002 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR656203 2 0.4574 0.72359 0.000 0.576 0.012 0.412 0.000
#> SRR660602 3 0.0000 0.93530 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440397 1 0.1399 0.86007 0.952 0.028 0.000 0.000 0.020
#> SRR1369264 1 0.5177 0.83234 0.688 0.132 0.000 0.000 0.180
#> SRR809233 1 0.0000 0.85490 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249 2 0.4574 0.72353 0.000 0.576 0.012 0.412 0.000
#> SRR661242 5 0.6987 0.18344 0.000 0.228 0.012 0.360 0.400
#> SRR1332007 3 0.0703 0.92332 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR809619 2 0.4836 0.74387 0.000 0.612 0.032 0.356 0.000
#> SRR819975 1 0.5354 0.82763 0.668 0.140 0.000 0.000 0.192
#> SRR599281 2 0.5404 0.73654 0.000 0.636 0.100 0.264 0.000
#> SRR662366 3 0.3048 0.74854 0.000 0.004 0.820 0.000 0.176
#> SRR1317898 3 0.0324 0.93446 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1382485 4 0.2522 0.66898 0.000 0.108 0.012 0.880 0.000
#> SRR2166420 1 0.5403 0.81891 0.644 0.108 0.000 0.000 0.248
#> SRR1419429 1 0.0404 0.85426 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541 3 0.0162 0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR817444 3 0.0000 0.93530 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320403 2 0.5490 0.73005 0.000 0.636 0.116 0.248 0.000
#> SRR1101483 4 0.2470 0.68220 0.000 0.104 0.012 0.884 0.000
#> SRR1331684 3 0.0162 0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1400054 5 0.5088 0.63412 0.000 0.036 0.012 0.308 0.644
#> SRR1406088 2 0.4574 0.72359 0.000 0.576 0.012 0.412 0.000
#> SRR820733 4 0.2149 0.74254 0.000 0.000 0.048 0.916 0.036
#> SRR1314113 4 0.2228 0.77478 0.000 0.028 0.012 0.920 0.040
#> SRR1382615 3 0.0000 0.93530 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480745 1 0.0162 0.85470 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850 2 0.5673 0.70499 0.000 0.628 0.156 0.216 0.000
#> SRR656782 3 0.3821 0.74105 0.000 0.052 0.800 0.148 0.000
#> SRR821364 1 0.0162 0.85567 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.5627 0.82925 0.664 0.124 0.000 0.012 0.200
#> SRR659295 2 0.4727 0.27480 0.000 0.532 0.452 0.016 0.000
#> SRR1357103 3 0.0794 0.92113 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR809185 4 0.1012 0.77291 0.000 0.020 0.012 0.968 0.000
#> SRR811583 5 0.4928 0.48845 0.000 0.012 0.012 0.408 0.568
#> SRR1468050 1 0.1041 0.85799 0.964 0.032 0.000 0.000 0.004
#> SRR1440224 2 0.4054 0.62017 0.000 0.744 0.012 0.236 0.008
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1500170 2 0.0935 0.6792 0.000 0.964 0.000 0.032 NA 0.000
#> SRR1402368 3 0.0458 0.8749 0.000 0.000 0.984 0.000 NA 0.000
#> SRR607743 3 0.6086 0.5776 0.000 0.176 0.636 0.104 NA 0.028
#> SRR1457375 2 0.1552 0.6778 0.000 0.940 0.004 0.036 NA 0.000
#> SRR1470923 1 0.2113 0.8291 0.896 0.000 0.000 0.008 NA 0.004
#> SRR817954 1 0.1148 0.8282 0.960 0.000 0.000 0.020 NA 0.016
#> SRR809259 1 0.4509 0.7917 0.620 0.000 0.000 0.020 NA 0.016
#> SRR1439785 3 0.0000 0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR814768 1 0.3911 0.8232 0.796 0.004 0.000 0.032 NA 0.036
#> SRR1102031 2 0.3232 0.5927 0.000 0.812 0.000 0.160 NA 0.008
#> SRR1363611 2 0.2933 0.5506 0.000 0.796 0.000 0.200 NA 0.000
#> SRR1468447 2 0.4115 0.6664 0.000 0.736 0.020 0.020 NA 0.004
#> SRR1071931 4 0.3619 0.6664 0.000 0.316 0.000 0.680 NA 0.000
#> SRR810981 1 0.0146 0.8248 0.996 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR615299 2 0.6835 0.2212 0.000 0.456 0.000 0.072 NA 0.268
#> SRR663585 3 0.0000 0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1326773 2 0.3878 0.6718 0.000 0.764 0.056 0.000 NA 0.004
#> SRR1351166 2 0.5009 0.5080 0.000 0.676 0.000 0.100 NA 0.020
#> SRR1477452 1 0.1464 0.8235 0.944 0.004 0.000 0.016 NA 0.036
#> SRR1084720 3 0.0000 0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1420320 4 0.2678 0.7696 0.000 0.116 0.000 0.860 NA 0.020
#> SRR1081712 2 0.4138 0.6575 0.000 0.720 0.048 0.000 NA 0.004
#> SRR1318241 3 0.4723 0.6206 0.000 0.232 0.664 0.000 NA 0.000
#> SRR1333718 3 0.0000 0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1313514 2 0.4494 0.6412 0.000 0.692 0.072 0.000 NA 0.004
#> SRR1477861 3 0.3678 0.7040 0.000 0.024 0.752 0.000 NA 0.004
#> SRR1318005 2 0.4818 0.6165 0.000 0.664 0.100 0.000 NA 0.004
#> SRR1354665 2 0.2294 0.6519 0.000 0.896 0.000 0.076 NA 0.008
#> SRR657707 3 0.4895 0.5694 0.000 0.264 0.632 0.000 NA 0.000
#> SRR1370742 3 0.0547 0.8736 0.000 0.000 0.980 0.000 NA 0.000
#> SRR1412947 2 0.2494 0.6333 0.000 0.864 0.000 0.120 NA 0.000
#> SRR661553 6 0.4760 0.6999 0.000 0.024 0.000 0.204 NA 0.700
#> SRR1328869 1 0.4090 0.7869 0.604 0.000 0.000 0.008 NA 0.004
#> SRR662211 2 0.5009 0.5080 0.000 0.676 0.000 0.100 NA 0.020
#> SRR1348181 3 0.0000 0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1416560 3 0.0458 0.8749 0.000 0.000 0.984 0.000 NA 0.000
#> SRR1319772 3 0.0000 0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1091452 4 0.3995 0.4213 0.000 0.480 0.000 0.516 NA 0.000
#> SRR1338812 1 0.3899 0.7802 0.592 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR1392072 2 0.5103 0.5110 0.000 0.676 0.004 0.096 NA 0.020
#> SRR814844 4 0.2191 0.7696 0.000 0.120 0.000 0.876 NA 0.000
#> SRR1376619 3 0.0000 0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR603690 6 0.2151 0.8201 0.000 0.016 0.000 0.072 NA 0.904
#> SRR2184980 2 0.1657 0.6686 0.000 0.928 0.000 0.056 NA 0.000
#> SRR613963 4 0.5120 0.2783 0.000 0.016 0.000 0.612 NA 0.300
#> SRR1323422 1 0.4471 0.7994 0.648 0.000 0.000 0.020 NA 0.020
#> SRR1397673 3 0.0000 0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1434650 3 0.3627 0.7040 0.000 0.020 0.752 0.000 NA 0.004
#> SRR659875 3 0.0260 0.8763 0.000 0.000 0.992 0.000 NA 0.000
#> SRR1465734 3 0.4914 0.5627 0.000 0.268 0.628 0.000 NA 0.000
#> SRR1076847 2 0.4223 0.6540 0.000 0.712 0.052 0.000 NA 0.004
#> SRR1415072 1 0.4891 0.7850 0.592 0.004 0.000 0.032 NA 0.016
#> SRR659319 3 0.0000 0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR663088 4 0.2844 0.7557 0.000 0.104 0.000 0.860 NA 0.016
#> SRR1352021 1 0.4200 0.7824 0.592 0.000 0.000 0.004 NA 0.012
#> SRR1325527 1 0.3506 0.8271 0.800 0.000 0.000 0.020 NA 0.020
#> SRR1105369 1 0.3911 0.8236 0.796 0.004 0.000 0.032 NA 0.036
#> SRR659935 4 0.3109 0.7532 0.000 0.224 0.000 0.772 NA 0.000
#> SRR1352530 3 0.0000 0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR662594 6 0.2613 0.8197 0.000 0.016 0.000 0.068 NA 0.884
#> SRR1095309 1 0.0291 0.8248 0.992 0.000 0.000 0.004 NA 0.004
#> SRR615647 6 0.1838 0.8097 0.000 0.000 0.068 0.016 NA 0.916
#> SRR813019 3 0.5976 0.3086 0.000 0.264 0.484 0.000 NA 0.004
#> SRR1374647 2 0.4686 0.6270 0.000 0.676 0.088 0.000 NA 0.004
#> SRR603472 3 0.5277 0.5072 0.000 0.156 0.616 0.000 NA 0.004
#> SRR661529 6 0.2755 0.8182 0.000 0.016 0.000 0.068 NA 0.876
#> SRR607018 3 0.0000 0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR627423 4 0.1411 0.7450 0.000 0.060 0.000 0.936 NA 0.000
#> SRR654921 4 0.2135 0.7711 0.000 0.128 0.000 0.872 NA 0.000
#> SRR1418968 1 0.0146 0.8248 0.996 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR660871 6 0.1610 0.7995 0.000 0.000 0.084 0.000 NA 0.916
#> SRR1330522 3 0.0000 0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1499958 2 0.1700 0.6574 0.000 0.916 0.000 0.080 NA 0.000
#> SRR614059 6 0.2755 0.8240 0.000 0.000 0.016 0.068 NA 0.876
#> SRR1071403 1 0.4376 0.7834 0.592 0.000 0.000 0.012 NA 0.012
#> SRR1486719 2 0.1816 0.6897 0.000 0.928 0.004 0.016 NA 0.004
#> SRR1440421 2 0.4289 0.6617 0.000 0.720 0.036 0.012 NA 0.004
#> SRR1310412 3 0.4914 0.5627 0.000 0.268 0.628 0.000 NA 0.000
#> SRR614767 2 0.5009 0.5080 0.000 0.676 0.000 0.100 NA 0.020
#> SRR820709 1 0.1636 0.8228 0.936 0.004 0.000 0.024 NA 0.036
#> SRR1471500 1 0.4118 0.7810 0.592 0.000 0.000 0.004 NA 0.008
#> SRR658093 3 0.3804 0.2832 0.000 0.000 0.576 0.000 NA 0.424
#> SRR1088168 3 0.0000 0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1418707 2 0.0632 0.6826 0.000 0.976 0.000 0.024 NA 0.000
#> SRR1354291 2 0.4102 0.6569 0.000 0.720 0.044 0.000 NA 0.004
#> SRR2165806 1 0.0146 0.8259 0.996 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR1415684 4 0.3820 0.7396 0.000 0.112 0.000 0.804 NA 0.052
#> SRR1433860 3 0.0000 0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1311062 2 0.5103 0.5110 0.000 0.676 0.004 0.096 NA 0.020
#> SRR1360359 1 0.3899 0.7802 0.592 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR661385 3 0.0000 0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR615407 6 0.1838 0.8209 0.000 0.016 0.000 0.068 NA 0.916
#> SRR1413892 3 0.0000 0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1443459 4 0.6045 0.3460 0.000 0.360 0.000 0.472 NA 0.020
#> SRR1338942 1 0.3899 0.7802 0.592 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR657480 3 0.2376 0.8279 0.000 0.068 0.888 0.000 NA 0.000
#> SRR1399433 4 0.3623 0.7297 0.000 0.096 0.000 0.820 NA 0.056
#> SRR818537 3 0.3052 0.7226 0.000 0.000 0.780 0.000 NA 0.004
#> SRR1101324 4 0.4054 0.7353 0.000 0.192 0.008 0.748 NA 0.000
#> SRR807637 6 0.5231 0.5334 0.000 0.012 0.000 0.344 NA 0.568
#> SRR1091918 1 0.1237 0.8281 0.956 0.000 0.000 0.020 NA 0.020
#> SRR598300 6 0.2674 0.8201 0.000 0.008 0.008 0.068 NA 0.884
#> SRR1085426 1 0.0291 0.8250 0.992 0.000 0.000 0.004 NA 0.004
#> SRR1376294 2 0.5009 0.5080 0.000 0.676 0.000 0.100 NA 0.020
#> SRR813891 1 0.3899 0.7810 0.592 0.000 0.000 0.004 NA 0.000
#> SRR1467431 2 0.3907 0.6786 0.000 0.776 0.028 0.020 NA 0.004
#> SRR658742 6 0.3460 0.8054 0.000 0.016 0.000 0.084 NA 0.828
#> SRR1419234 1 0.4310 0.8006 0.656 0.000 0.000 0.016 NA 0.016
#> SRR1404813 2 0.5051 0.5037 0.000 0.672 0.000 0.104 NA 0.020
#> SRR603496 6 0.1942 0.8249 0.000 0.008 0.012 0.064 NA 0.916
#> SRR1407758 3 0.0000 0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR810945 2 0.2973 0.6829 0.000 0.836 0.024 0.004 NA 0.000
#> SRR817234 2 0.4280 0.6522 0.000 0.708 0.056 0.000 NA 0.004
#> SRR1444852 3 0.0000 0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR660378 6 0.1700 0.8026 0.000 0.000 0.080 0.004 NA 0.916
#> SRR1467835 2 0.5009 0.5080 0.000 0.676 0.000 0.100 NA 0.020
#> SRR1338964 3 0.4599 0.6460 0.000 0.212 0.684 0.000 NA 0.000
#> SRR1079259 2 0.4659 0.3731 0.000 0.704 0.008 0.180 NA 0.000
#> SRR1072345 3 0.4969 0.5415 0.000 0.280 0.616 0.000 NA 0.000
#> SRR598725 3 0.0547 0.8736 0.000 0.000 0.980 0.000 NA 0.000
#> SRR1447938 1 0.3899 0.7809 0.592 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR1356397 1 0.1053 0.8284 0.964 0.000 0.000 0.020 NA 0.012
#> SRR1360460 4 0.4677 0.6487 0.000 0.076 0.000 0.708 NA 0.020
#> SRR1429468 2 0.0790 0.6796 0.000 0.968 0.000 0.032 NA 0.000
#> SRR1446850 2 0.3000 0.6812 0.000 0.824 0.016 0.000 NA 0.004
#> SRR1320363 3 0.0713 0.8707 0.000 0.000 0.972 0.000 NA 0.000
#> SRR1413810 3 0.0000 0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR598831 6 0.1757 0.8199 0.000 0.008 0.000 0.076 NA 0.916
#> SRR1381865 1 0.4513 0.7850 0.596 0.000 0.000 0.016 NA 0.016
#> SRR660957 3 0.0547 0.8736 0.000 0.000 0.980 0.000 NA 0.000
#> SRR1491332 3 0.0000 0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1099744 2 0.5009 0.5080 0.000 0.676 0.000 0.100 NA 0.020
#> SRR1464618 4 0.5942 0.5387 0.000 0.232 0.000 0.552 NA 0.020
#> SRR1414559 4 0.4181 0.6778 0.000 0.076 0.000 0.788 NA 0.068
#> SRR1337540 4 0.2355 0.7654 0.000 0.112 0.000 0.876 NA 0.004
#> SRR1444283 1 0.1218 0.8247 0.956 0.004 0.000 0.012 NA 0.028
#> SRR2184942 3 0.4895 0.5694 0.000 0.264 0.632 0.000 NA 0.000
#> SRR660295 1 0.0993 0.8240 0.964 0.000 0.000 0.012 NA 0.024
#> SRR601335 3 0.0000 0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1363742 3 0.0000 0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1345847 2 0.1321 0.6830 0.000 0.952 0.004 0.020 NA 0.000
#> SRR614960 6 0.1908 0.8151 0.000 0.000 0.056 0.028 NA 0.916
#> SRR819919 1 0.0972 0.8243 0.964 0.000 0.000 0.008 NA 0.028
#> SRR603330 2 0.5351 0.5571 0.000 0.604 0.160 0.000 NA 0.004
#> SRR1327951 1 0.0405 0.8252 0.988 0.000 0.000 0.008 NA 0.004
#> SRR1401885 1 0.3993 0.7806 0.592 0.000 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1345266 2 0.2994 0.5085 0.000 0.788 0.000 0.208 NA 0.000
#> SRR1338055 2 0.4992 0.6549 0.000 0.652 0.036 0.036 NA 0.004
#> SRR1430157 2 0.0891 0.6827 0.000 0.968 0.000 0.024 NA 0.000
#> SRR1320137 2 0.2527 0.6007 0.000 0.832 0.000 0.168 NA 0.000
#> SRR1093483 1 0.3516 0.8252 0.832 0.004 0.000 0.032 NA 0.036
#> SRR1341080 1 0.3899 0.7802 0.592 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR1459913 3 0.0547 0.8736 0.000 0.000 0.980 0.000 NA 0.000
#> SRR2170490 1 0.0146 0.8254 0.996 0.000 0.000 0.004 NA 0.000
#> SRR1479845 3 0.2066 0.8365 0.000 0.072 0.904 0.000 NA 0.000
#> SRR1436420 1 0.0862 0.8278 0.972 0.000 0.000 0.016 NA 0.008
#> SRR1481060 3 0.1588 0.8385 0.000 0.000 0.924 0.000 NA 0.004
#> SRR662282 6 0.1700 0.8026 0.000 0.000 0.080 0.004 NA 0.916
#> SRR1487089 4 0.2260 0.7718 0.000 0.140 0.000 0.860 NA 0.000
#> SRR1075683 1 0.3899 0.7802 0.592 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR1338536 1 0.3899 0.7809 0.592 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR1338880 2 0.1946 0.6603 0.000 0.912 0.004 0.072 NA 0.000
#> SRR1453456 3 0.0000 0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1457895 1 0.0508 0.8261 0.984 0.000 0.000 0.012 NA 0.004
#> SRR1440603 3 0.3780 0.6979 0.000 0.028 0.744 0.000 NA 0.004
#> SRR658633 2 0.2568 0.6878 0.000 0.880 0.004 0.024 NA 0.004
#> SRR1388081 4 0.6335 0.3430 0.000 0.344 0.000 0.428 NA 0.020
#> SRR813339 3 0.0632 0.8722 0.000 0.000 0.976 0.000 NA 0.000
#> SRR809725 1 0.4343 0.7829 0.592 0.000 0.000 0.020 NA 0.004
#> SRR627441 2 0.5956 0.5648 0.000 0.596 0.100 0.000 NA 0.072
#> SRR613603 6 0.1982 0.8247 0.000 0.000 0.016 0.068 NA 0.912
#> SRR1096571 3 0.3023 0.7249 0.000 0.000 0.784 0.000 NA 0.004
#> SRR1392701 1 0.3467 0.8253 0.836 0.004 0.000 0.032 NA 0.036
#> SRR1344326 1 0.0146 0.8248 0.996 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR1367693 2 0.3426 0.3938 0.000 0.720 0.000 0.276 NA 0.000
#> SRR660697 4 0.2632 0.7721 0.000 0.164 0.000 0.832 NA 0.000
#> SRR1489926 3 0.4914 0.5627 0.000 0.268 0.628 0.000 NA 0.000
#> SRR811491 3 0.0632 0.8722 0.000 0.000 0.976 0.000 NA 0.000
#> SRR1311644 4 0.3485 0.7598 0.000 0.152 0.004 0.800 NA 0.000
#> SRR1451740 3 0.0000 0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR615117 6 0.7193 0.2886 0.000 0.124 0.236 0.000 NA 0.432
#> SRR1391748 4 0.1951 0.7430 0.000 0.060 0.000 0.916 NA 0.020
#> SRR1466556 3 0.0000 0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR614972 6 0.1700 0.8026 0.000 0.000 0.080 0.004 NA 0.916
#> SRR1406200 1 0.3993 0.7806 0.592 0.000 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR819210 4 0.3675 0.6653 0.000 0.044 0.000 0.816 NA 0.104
#> SRR662174 1 0.4036 0.8219 0.792 0.004 0.000 0.040 NA 0.040
#> SRR811988 1 0.4212 0.7824 0.592 0.000 0.000 0.008 NA 0.008
#> SRR663236 6 0.6197 0.3938 0.000 0.056 0.012 0.360 NA 0.504
#> SRR1312598 2 0.2265 0.6518 0.000 0.896 0.000 0.076 NA 0.004
#> SRR1330129 2 0.4390 0.6471 0.000 0.700 0.064 0.000 NA 0.004
#> SRR1357781 2 0.4775 0.6214 0.000 0.668 0.096 0.000 NA 0.004
#> SRR1315517 2 0.5995 0.5440 0.000 0.492 0.028 0.060 NA 0.024
#> SRR1400032 3 0.0000 0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1413722 1 0.4370 0.7924 0.616 0.000 0.000 0.020 NA 0.008
#> SRR612827 3 0.4988 0.1001 0.000 0.000 0.484 0.000 NA 0.448
#> SRR814794 1 0.0291 0.8250 0.992 0.000 0.000 0.004 NA 0.004
#> SRR819430 1 0.4416 0.7862 0.600 0.000 0.000 0.020 NA 0.008
#> SRR1395509 4 0.2191 0.7696 0.000 0.120 0.000 0.876 NA 0.000
#> SRR808728 3 0.0146 0.8782 0.000 0.000 0.996 0.000 NA 0.000
#> SRR1070813 2 0.0790 0.6796 0.000 0.968 0.000 0.032 NA 0.000
#> SRR1389133 3 0.5149 0.5840 0.000 0.248 0.640 0.016 NA 0.000
#> SRR601263 3 0.2728 0.8137 0.000 0.040 0.860 0.000 NA 0.000
#> SRR604718 4 0.4611 0.2316 0.000 0.016 0.000 0.584 NA 0.380
#> SRR1481351 3 0.3611 0.7702 0.000 0.096 0.796 0.000 NA 0.000
#> SRR1334608 3 0.0000 0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR658681 3 0.2838 0.7498 0.000 0.000 0.808 0.000 NA 0.004
#> SRR809283 4 0.3246 0.6452 0.000 0.016 0.000 0.844 NA 0.068
#> SRR1459300 1 0.0508 0.8261 0.984 0.000 0.000 0.012 NA 0.004
#> SRR1392547 3 0.3081 0.7201 0.000 0.000 0.776 0.000 NA 0.004
#> SRR811049 3 0.4914 0.5629 0.000 0.268 0.628 0.000 NA 0.000
#> SRR1464835 4 0.1411 0.7450 0.000 0.060 0.000 0.936 NA 0.000
#> SRR1339619 2 0.5636 0.3984 0.000 0.604 0.000 0.172 NA 0.020
#> SRR658501 3 0.0000 0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1447523 3 0.1267 0.8563 0.000 0.000 0.940 0.000 NA 0.000
#> SRR1415048 1 0.0146 0.8254 0.996 0.000 0.000 0.004 NA 0.000
#> SRR1355451 1 0.3133 0.8221 0.804 0.000 0.000 0.008 NA 0.008
#> SRR1444348 2 0.2838 0.5393 0.000 0.808 0.000 0.188 NA 0.000
#> SRR603890 2 0.5541 0.5981 0.000 0.560 0.032 0.060 NA 0.004
#> SRR810595 3 0.0000 0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1446244 4 0.6028 0.4047 0.000 0.336 0.000 0.492 NA 0.020
#> SRR817373 4 0.6312 0.3813 0.000 0.328 0.000 0.444 NA 0.020
#> SRR1457291 2 0.5051 0.5037 0.000 0.672 0.000 0.104 NA 0.020
#> SRR598220 3 0.5538 0.4028 0.000 0.336 0.552 0.020 NA 0.000
#> SRR1477991 2 0.1349 0.6711 0.000 0.940 0.000 0.056 NA 0.000
#> SRR598172 2 0.5971 0.5368 0.000 0.524 0.020 0.076 NA 0.024
#> SRR1349032 2 0.4631 -0.2672 0.000 0.536 0.000 0.428 NA 0.004
#> SRR604002 2 0.4979 0.6009 0.000 0.648 0.116 0.000 NA 0.004
#> SRR1378026 3 0.0000 0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1404401 2 0.4390 0.6471 0.000 0.700 0.064 0.000 NA 0.004
#> SRR1333240 2 0.4979 0.6009 0.000 0.648 0.116 0.000 NA 0.004
#> SRR1089399 2 0.0547 0.6829 0.000 0.980 0.000 0.020 NA 0.000
#> SRR603421 6 0.5184 0.4589 0.000 0.224 0.000 0.008 NA 0.636
#> SRR812562 1 0.3993 0.7806 0.592 0.000 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR808520 3 0.0000 0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR811839 1 0.1418 0.8248 0.944 0.000 0.000 0.024 NA 0.032
#> SRR814317 2 0.0777 0.6830 0.000 0.972 0.004 0.024 NA 0.000
#> SRR1436763 4 0.2100 0.7671 0.000 0.112 0.000 0.884 NA 0.000
#> SRR1486021 2 0.3141 0.6341 0.000 0.852 0.000 0.084 NA 0.024
#> SRR1465018 2 0.3979 0.6632 0.000 0.736 0.024 0.008 NA 0.004
#> SRR1080998 3 0.4855 0.5826 0.000 0.256 0.640 0.000 NA 0.000
#> SRR1083432 3 0.0000 0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1082833 1 0.1003 0.8276 0.964 0.000 0.000 0.016 NA 0.020
#> SRR1465804 1 0.3899 0.7802 0.592 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR1326536 3 0.0000 0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR614011 4 0.6271 0.4321 0.000 0.300 0.000 0.468 NA 0.020
#> SRR1365873 2 0.4223 0.6541 0.000 0.712 0.052 0.000 NA 0.004
#> SRR1498789 2 0.5009 0.5080 0.000 0.676 0.000 0.100 NA 0.020
#> SRR601581 4 0.3215 0.7447 0.000 0.240 0.000 0.756 NA 0.000
#> SRR603566 6 0.1556 0.8011 0.000 0.000 0.080 0.000 NA 0.920
#> SRR1373981 1 0.0820 0.8270 0.972 0.000 0.000 0.012 NA 0.016
#> SRR821410 2 0.5009 0.5080 0.000 0.676 0.000 0.100 NA 0.020
#> SRR1076511 6 0.6083 0.4631 0.000 0.016 0.000 0.328 NA 0.480
#> SRR614143 3 0.5382 0.4677 0.000 0.288 0.564 0.000 NA 0.000
#> SRR1333570 3 0.0547 0.8736 0.000 0.000 0.980 0.000 NA 0.000
#> SRR1366813 2 0.1082 0.6776 0.000 0.956 0.000 0.040 NA 0.000
#> SRR1388746 1 0.0508 0.8244 0.984 0.000 0.000 0.004 NA 0.012
#> SRR1420558 3 0.3756 0.7264 0.000 0.004 0.788 0.132 NA 0.000
#> SRR1409510 3 0.0000 0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR816250 2 0.5009 0.5080 0.000 0.676 0.000 0.100 NA 0.020
#> SRR614131 4 0.3895 0.6977 0.000 0.284 0.000 0.696 NA 0.016
#> SRR1331130 1 0.4118 0.7820 0.592 0.000 0.000 0.004 NA 0.008
#> SRR1316015 3 0.0000 0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1470798 3 0.0000 0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR614179 3 0.3023 0.7249 0.000 0.000 0.784 0.000 NA 0.004
#> SRR1474863 2 0.4052 0.6707 0.000 0.752 0.020 0.024 NA 0.004
#> SRR813560 2 0.1434 0.6724 0.000 0.940 0.000 0.048 NA 0.000
#> SRR1312187 4 0.3668 0.6808 0.000 0.328 0.000 0.668 NA 0.000
#> SRR1420960 3 0.0000 0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1355102 3 0.0260 0.8772 0.000 0.000 0.992 0.000 NA 0.000
#> SRR1084577 3 0.0000 0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR659971 6 0.4838 0.6366 0.000 0.152 0.000 0.140 NA 0.696
#> SRR1350855 4 0.2664 0.7658 0.000 0.184 0.000 0.816 NA 0.000
#> SRR820779 3 0.0000 0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1476300 3 0.0000 0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1090907 4 0.4502 0.6720 0.000 0.100 0.000 0.740 NA 0.020
#> SRR662294 2 0.4390 0.6471 0.000 0.700 0.064 0.000 NA 0.004
#> SRR1480789 3 0.3023 0.7249 0.000 0.000 0.784 0.000 NA 0.004
#> SRR1336263 4 0.2300 0.7719 0.000 0.144 0.000 0.856 NA 0.000
#> SRR660776 1 0.4828 0.8036 0.652 0.000 0.000 0.032 NA 0.036
#> SRR1090508 2 0.4859 0.6116 0.000 0.660 0.104 0.000 NA 0.004
#> SRR615563 4 0.4327 0.4019 0.000 0.016 0.000 0.652 NA 0.316
#> SRR1101175 1 0.3658 0.8237 0.776 0.000 0.000 0.020 NA 0.016
#> SRR2164650 3 0.0000 0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1431205 2 0.3979 0.6632 0.000 0.736 0.024 0.008 NA 0.004
#> SRR1339856 4 0.3351 0.7147 0.000 0.288 0.000 0.712 NA 0.000
#> SRR1352147 2 0.1074 0.6824 0.000 0.960 0.000 0.028 NA 0.000
#> SRR808968 1 0.0260 0.8254 0.992 0.000 0.000 0.008 NA 0.000
#> SRR627419 2 0.0713 0.6810 0.000 0.972 0.000 0.028 NA 0.000
#> SRR1402391 1 0.0603 0.8242 0.980 0.000 0.000 0.004 NA 0.016
#> SRR663609 3 0.0000 0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2167857 2 0.5614 0.5105 0.000 0.564 0.200 0.000 NA 0.004
#> SRR1398752 1 0.1716 0.8229 0.932 0.004 0.000 0.028 NA 0.036
#> SRR1469169 1 0.0291 0.8250 0.992 0.000 0.000 0.004 NA 0.004
#> SRR1405437 2 0.1779 0.6629 0.000 0.920 0.000 0.064 NA 0.000
#> SRR1416955 1 0.3899 0.7802 0.592 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR1317064 2 0.3448 0.4021 0.000 0.716 0.000 0.280 NA 0.000
#> SRR659001 4 0.5058 0.5888 0.000 0.032 0.000 0.672 NA 0.076
#> SRR2170696 4 0.3473 0.7548 0.000 0.192 0.004 0.780 NA 0.000
#> SRR816589 3 0.0000 0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1087487 3 0.0000 0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1329485 3 0.0000 0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR816920 4 0.2402 0.7716 0.000 0.140 0.000 0.856 NA 0.000
#> SRR1341432 1 0.0508 0.8259 0.984 0.000 0.000 0.004 NA 0.012
#> SRR1361590 4 0.1411 0.7450 0.000 0.060 0.000 0.936 NA 0.000
#> SRR817046 3 0.0865 0.8677 0.000 0.000 0.964 0.000 NA 0.000
#> SRR1471331 3 0.0000 0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR660788 4 0.4804 0.6832 0.000 0.108 0.020 0.752 NA 0.084
#> SRR819234 1 0.0909 0.8272 0.968 0.000 0.000 0.012 NA 0.020
#> SRR810853 3 0.2558 0.7758 0.000 0.000 0.840 0.000 NA 0.004
#> SRR809427 4 0.6299 0.4121 0.000 0.312 0.000 0.456 NA 0.020
#> SRR2170217 4 0.2952 0.7127 0.000 0.052 0.000 0.864 NA 0.016
#> SRR1386967 3 0.0000 0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1420344 2 0.3442 0.6157 0.000 0.824 0.000 0.104 NA 0.012
#> SRR1334535 1 0.4334 0.7879 0.608 0.000 0.000 0.012 NA 0.012
#> SRR614503 4 0.3962 0.6203 0.000 0.044 0.000 0.752 NA 0.196
#> SRR602564 6 0.3817 0.7433 0.000 0.100 0.000 0.100 NA 0.792
#> SRR1420669 4 0.2362 0.7717 0.000 0.136 0.000 0.860 NA 0.000
#> SRR819024 3 0.1444 0.8500 0.000 0.000 0.928 0.000 NA 0.000
#> SRR656223 3 0.0000 0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR608428 2 0.1633 0.6871 0.000 0.932 0.000 0.024 NA 0.000
#> SRR1345647 1 0.3996 0.7863 0.604 0.000 0.000 0.004 NA 0.004
#> SRR1389324 2 0.4013 0.6598 0.000 0.728 0.040 0.000 NA 0.004
#> SRR1361368 2 0.6106 -0.2648 0.000 0.432 0.000 0.396 NA 0.020
#> SRR1322619 2 0.0865 0.6788 0.000 0.964 0.000 0.036 NA 0.000
#> SRR1349276 4 0.3894 0.6951 0.000 0.064 0.000 0.792 NA 0.020
#> SRR1404024 1 0.3899 0.7802 0.592 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR1370637 2 0.1082 0.6766 0.000 0.956 0.000 0.040 NA 0.000
#> SRR1452631 4 0.4495 0.6493 0.000 0.060 0.000 0.720 NA 0.020
#> SRR608392 6 0.1910 0.7771 0.000 0.000 0.108 0.000 NA 0.892
#> SRR1357757 3 0.5783 0.5439 0.000 0.240 0.604 0.052 NA 0.000
#> SRR1074646 4 0.2632 0.7693 0.000 0.164 0.000 0.832 NA 0.000
#> SRR1367499 3 0.0000 0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1343501 3 0.0000 0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1394406 4 0.6401 0.3940 0.000 0.328 0.080 0.492 NA 0.000
#> SRR1381435 3 0.0000 0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1467407 1 0.4153 0.8126 0.712 0.000 0.000 0.020 NA 0.020
#> SRR1092422 2 0.4979 0.6009 0.000 0.648 0.116 0.000 NA 0.004
#> SRR1380270 3 0.3023 0.7249 0.000 0.000 0.784 0.000 NA 0.004
#> SRR1091817 2 0.5009 0.5080 0.000 0.676 0.000 0.100 NA 0.020
#> SRR1440137 2 0.2234 0.6342 0.000 0.872 0.000 0.124 NA 0.000
#> SRR614311 4 0.6045 0.5198 0.000 0.240 0.000 0.532 NA 0.020
#> SRR1407516 4 0.4035 0.7131 0.000 0.256 0.016 0.712 NA 0.000
#> SRR815494 3 0.0000 0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1333209 4 0.6263 0.4242 0.000 0.304 0.000 0.468 NA 0.020
#> SRR615177 4 0.4070 0.5633 0.000 0.020 0.000 0.764 NA 0.168
#> SRR1099648 3 0.0000 0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR659720 2 0.7457 -0.0676 0.000 0.328 0.256 0.000 NA 0.288
#> SRR2185057 1 0.4036 0.8219 0.792 0.004 0.000 0.040 NA 0.040
#> SRR1467125 1 0.3611 0.8265 0.816 0.004 0.000 0.028 NA 0.028
#> SRR657468 4 0.4310 0.7228 0.000 0.208 0.008 0.728 NA 0.004
#> SRR660042 6 0.2755 0.8240 0.000 0.000 0.016 0.068 NA 0.876
#> SRR2170864 2 0.5009 0.5080 0.000 0.676 0.000 0.100 NA 0.020
#> SRR1440491 4 0.6329 0.3809 0.000 0.328 0.000 0.440 NA 0.020
#> SRR1440852 3 0.0000 0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR811169 1 0.3273 0.8295 0.832 0.000 0.000 0.024 NA 0.024
#> SRR1331311 4 0.2994 0.7603 0.000 0.208 0.000 0.788 NA 0.000
#> SRR818009 1 0.0692 0.8239 0.976 0.000 0.000 0.004 NA 0.020
#> SRR1351836 2 0.3819 0.6675 0.000 0.752 0.020 0.008 NA 0.004
#> SRR1498313 2 0.4859 0.6116 0.000 0.660 0.104 0.000 NA 0.004
#> SRR1441975 2 0.4013 0.6598 0.000 0.728 0.040 0.000 NA 0.004
#> SRR819096 1 0.4407 0.7831 0.592 0.000 0.000 0.024 NA 0.004
#> SRR1073679 2 0.3282 0.6145 0.000 0.808 0.164 0.012 NA 0.000
#> SRR1489116 3 0.0260 0.8771 0.000 0.000 0.992 0.000 NA 0.000
#> SRR1354138 3 0.0000 0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1490589 3 0.0547 0.8736 0.000 0.000 0.980 0.000 NA 0.000
#> SRR1412987 4 0.2191 0.7696 0.000 0.120 0.000 0.876 NA 0.000
#> SRR602034 3 0.0000 0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1353437 1 0.4376 0.7833 0.592 0.000 0.000 0.012 NA 0.012
#> SRR1072871 3 0.1204 0.8617 0.000 0.000 0.944 0.000 NA 0.000
#> SRR661577 6 0.5190 0.6758 0.000 0.012 0.000 0.136 NA 0.648
#> SRR612190 4 0.2482 0.7722 0.000 0.148 0.000 0.848 NA 0.000
#> SRR1399880 1 0.4714 0.7826 0.592 0.004 0.000 0.020 NA 0.016
#> SRR1101787 4 0.3398 0.7484 0.000 0.216 0.000 0.768 NA 0.012
#> SRR657869 1 0.0993 0.8240 0.964 0.000 0.000 0.012 NA 0.024
#> SRR1446332 1 0.0146 0.8248 0.996 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR816039 1 0.3899 0.7802 0.592 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR1485141 3 0.0000 0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1476697 1 0.0146 0.8248 0.996 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR1379538 4 0.2762 0.7646 0.000 0.196 0.000 0.804 NA 0.000
#> SRR1331422 1 0.0363 0.8247 0.988 0.000 0.000 0.000 NA 0.012
#> SRR660859 3 0.6414 0.3981 0.000 0.280 0.524 0.088 NA 0.000
#> SRR1097594 1 0.0725 0.8267 0.976 0.000 0.000 0.012 NA 0.012
#> SRR1311419 3 0.0000 0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1336706 3 0.1644 0.8369 0.000 0.000 0.920 0.000 NA 0.004
#> SRR1472976 4 0.2146 0.7688 0.000 0.116 0.000 0.880 NA 0.000
#> SRR1321307 1 0.0146 0.8248 0.996 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR807493 1 0.0405 0.8252 0.988 0.000 0.000 0.008 NA 0.004
#> SRR812461 3 0.0000 0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1477149 2 0.4443 0.6444 0.000 0.696 0.068 0.000 NA 0.004
#> SRR1457397 3 0.5321 0.4952 0.000 0.156 0.608 0.000 NA 0.004
#> SRR661913 3 0.0547 0.8736 0.000 0.000 0.980 0.000 NA 0.000
#> SRR1069024 3 0.3052 0.7226 0.000 0.000 0.780 0.000 NA 0.004
#> SRR2165634 1 0.0260 0.8254 0.992 0.000 0.000 0.008 NA 0.000
#> SRR1478722 3 0.0000 0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1328642 2 0.4390 0.6471 0.000 0.700 0.064 0.000 NA 0.004
#> SRR1488261 3 0.1444 0.8501 0.000 0.000 0.928 0.000 NA 0.000
#> SRR1318815 4 0.1411 0.7450 0.000 0.060 0.000 0.936 NA 0.000
#> SRR816945 1 0.0692 0.8239 0.976 0.000 0.000 0.004 NA 0.020
#> SRR1367432 4 0.2670 0.7205 0.000 0.052 0.000 0.884 NA 0.020
#> SRR1359280 2 0.4336 0.6502 0.000 0.704 0.060 0.000 NA 0.004
#> SRR1313910 2 0.4971 0.5246 0.000 0.692 0.000 0.136 NA 0.020
#> SRR1457315 4 0.2482 0.7714 0.000 0.148 0.000 0.848 NA 0.000
#> SRR815398 1 0.0146 0.8248 0.996 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR656958 6 0.1863 0.7819 0.000 0.000 0.104 0.000 NA 0.896
#> SRR600688 6 0.1982 0.8211 0.000 0.016 0.000 0.068 NA 0.912
#> SRR1098952 1 0.2332 0.8246 0.908 0.004 0.000 0.032 NA 0.036
#> SRR1314916 3 0.0000 0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR614167 6 0.1610 0.7995 0.000 0.000 0.084 0.000 NA 0.916
#> SRR1348114 4 0.3915 0.5645 0.000 0.412 0.000 0.584 NA 0.000
#> SRR658033 6 0.1982 0.8211 0.000 0.016 0.000 0.068 NA 0.912
#> SRR1077503 3 0.4992 0.5600 0.000 0.260 0.624 0.000 NA 0.000
#> SRR661854 6 0.2044 0.8246 0.000 0.008 0.008 0.068 NA 0.912
#> SRR811379 4 0.3720 0.7476 0.000 0.152 0.000 0.788 NA 0.052
#> SRR1318857 2 0.2176 0.6509 0.000 0.896 0.000 0.080 NA 0.000
#> SRR656445 3 0.0000 0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1433044 2 0.4336 0.6502 0.000 0.704 0.060 0.000 NA 0.004
#> SRR1486391 1 0.0508 0.8261 0.984 0.000 0.000 0.012 NA 0.004
#> SRR656071 3 0.1501 0.8478 0.000 0.000 0.924 0.000 NA 0.000
#> SRR1364824 1 0.3899 0.7802 0.592 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR1379133 1 0.0820 0.8270 0.972 0.000 0.000 0.012 NA 0.016
#> SRR1394169 1 0.4522 0.7921 0.616 0.000 0.000 0.020 NA 0.016
#> SRR816745 3 0.2234 0.8003 0.000 0.000 0.872 0.000 NA 0.004
#> SRR601038 3 0.4014 0.7065 0.000 0.000 0.756 0.000 NA 0.096
#> SRR1360080 1 0.0146 0.8248 0.996 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR814868 3 0.4120 0.7071 0.000 0.160 0.744 0.000 NA 0.000
#> SRR1485997 1 0.1452 0.8295 0.948 0.000 0.000 0.020 NA 0.020
#> SRR1435560 4 0.3412 0.7480 0.000 0.212 0.004 0.772 NA 0.008
#> SRR1333330 1 0.3899 0.7802 0.592 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR663513 2 0.7354 -0.1018 0.000 0.312 0.296 0.288 NA 0.000
#> SRR1328407 3 0.6044 0.2397 0.000 0.292 0.460 0.000 NA 0.004
#> SRR602784 3 0.0260 0.8771 0.000 0.000 0.992 0.000 NA 0.000
#> SRR1348468 4 0.4603 0.6448 0.000 0.068 0.000 0.712 NA 0.020
#> SRR663717 4 0.4002 0.4782 0.000 0.016 0.000 0.692 NA 0.284
#> SRR602217 2 0.3084 0.6848 0.000 0.832 0.032 0.000 NA 0.004
#> SRR603140 3 0.6475 0.4003 0.000 0.300 0.524 0.016 NA 0.052
#> SRR1340804 1 0.3899 0.7802 0.592 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR1457574 3 0.0000 0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1333462 2 0.4686 0.6287 0.000 0.676 0.088 0.000 NA 0.004
#> SRR1094601 1 0.3774 0.7805 0.592 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1434610 3 0.6392 0.3774 0.000 0.296 0.516 0.084 NA 0.000
#> SRR1435833 4 0.5816 0.5648 0.000 0.196 0.000 0.576 NA 0.020
#> SRR1398728 2 0.5162 0.5017 0.000 0.668 0.000 0.136 NA 0.020
#> SRR1358343 4 0.2053 0.7676 0.000 0.108 0.000 0.888 NA 0.000
#> SRR1410890 2 0.5051 0.5037 0.000 0.672 0.000 0.104 NA 0.020
#> SRR1350371 1 0.4242 0.8193 0.760 0.004 0.000 0.032 NA 0.036
#> SRR1392478 2 0.2404 0.6557 0.000 0.884 0.000 0.080 NA 0.000
#> SRR1099260 3 0.0000 0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1433576 3 0.0000 0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1345541 4 0.4250 0.6950 0.000 0.076 0.008 0.788 NA 0.036
#> SRR1086328 1 0.0405 0.8252 0.988 0.000 0.000 0.008 NA 0.004
#> SRR810391 3 0.0458 0.8749 0.000 0.000 0.984 0.000 NA 0.000
#> SRR1476207 3 0.1075 0.8622 0.000 0.000 0.952 0.000 NA 0.000
#> SRR627435 3 0.1760 0.8526 0.000 0.020 0.928 0.004 NA 0.000
#> SRR1489862 1 0.4286 0.8085 0.688 0.000 0.000 0.020 NA 0.020
#> SRR1419086 1 0.0405 0.8252 0.988 0.000 0.000 0.008 NA 0.004
#> SRR1436539 1 0.3993 0.7815 0.592 0.000 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1396191 3 0.0547 0.8736 0.000 0.000 0.980 0.000 NA 0.000
#> SRR1490115 3 0.2060 0.8372 0.000 0.016 0.900 0.000 NA 0.000
#> SRR1377714 3 0.4747 0.6995 0.000 0.144 0.732 0.052 NA 0.000
#> SRR819394 1 0.3774 0.7805 0.592 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR663161 6 0.3264 0.8092 0.000 0.012 0.000 0.076 NA 0.840
#> SRR607042 3 0.2482 0.7822 0.000 0.000 0.848 0.000 NA 0.004
#> SRR656203 2 0.2445 0.6383 0.000 0.872 0.000 0.108 NA 0.000
#> SRR660602 3 0.0000 0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1440397 1 0.1370 0.8322 0.948 0.000 0.000 0.012 NA 0.004
#> SRR1369264 1 0.4471 0.7991 0.648 0.000 0.000 0.020 NA 0.020
#> SRR809233 1 0.0405 0.8252 0.988 0.000 0.000 0.008 NA 0.004
#> SRR663249 2 0.1958 0.6431 0.000 0.896 0.000 0.100 NA 0.000
#> SRR661242 6 0.7232 0.2695 0.000 0.152 0.000 0.196 NA 0.440
#> SRR1332007 3 0.3023 0.7249 0.000 0.000 0.784 0.000 NA 0.004
#> SRR809619 2 0.1448 0.6833 0.000 0.948 0.012 0.016 NA 0.000
#> SRR819975 1 0.4507 0.7852 0.596 0.000 0.000 0.020 NA 0.012
#> SRR599281 2 0.4339 0.6651 0.000 0.724 0.032 0.020 NA 0.004
#> SRR662366 3 0.4033 0.6339 0.000 0.000 0.724 0.000 NA 0.224
#> SRR1317898 3 0.0547 0.8736 0.000 0.000 0.980 0.000 NA 0.000
#> SRR1382485 4 0.3890 0.5595 0.000 0.400 0.000 0.596 NA 0.000
#> SRR2166420 1 0.3899 0.7802 0.592 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR1419429 1 0.0146 0.8248 0.996 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR1092541 3 0.0000 0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR817444 3 0.0000 0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1320403 2 0.4013 0.6598 0.000 0.728 0.040 0.000 NA 0.004
#> SRR1101483 2 0.3975 -0.3032 0.000 0.544 0.000 0.452 NA 0.000
#> SRR1331684 3 0.0000 0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1400054 6 0.5380 0.5373 0.000 0.020 0.000 0.340 NA 0.564
#> SRR1406088 2 0.1531 0.6633 0.000 0.928 0.000 0.068 NA 0.000
#> SRR820733 4 0.3178 0.7561 0.000 0.176 0.016 0.804 NA 0.000
#> SRR1314113 4 0.2212 0.7689 0.000 0.112 0.000 0.880 NA 0.000
#> SRR1382615 3 0.0000 0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1480745 1 0.0146 0.8248 0.996 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR1468850 2 0.4280 0.6522 0.000 0.708 0.056 0.000 NA 0.004
#> SRR656782 3 0.4895 0.5694 0.000 0.264 0.632 0.000 NA 0.000
#> SRR821364 1 0.0260 0.8254 0.992 0.000 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1101106 1 0.4983 0.7938 0.620 0.004 0.000 0.032 NA 0.028
#> SRR659295 2 0.5437 0.5435 0.000 0.592 0.172 0.000 NA 0.004
#> SRR1357103 3 0.3599 0.7069 0.000 0.020 0.756 0.000 NA 0.004
#> SRR809185 4 0.3923 0.5656 0.000 0.416 0.000 0.580 NA 0.000
#> SRR811583 6 0.5808 0.3777 0.000 0.040 0.000 0.392 NA 0.492
#> SRR1468050 1 0.1275 0.8303 0.956 0.000 0.000 0.012 NA 0.016
#> SRR1440224 2 0.4786 0.5278 0.000 0.700 0.000 0.100 NA 0.016
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17314 rows and 500 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.978 0.991 0.3773 0.628 0.628
#> 3 3 0.935 0.933 0.972 0.7263 0.709 0.541
#> 4 4 0.817 0.856 0.913 0.1221 0.849 0.603
#> 5 5 0.878 0.859 0.933 0.0561 0.942 0.788
#> 6 6 0.836 0.763 0.869 0.0489 0.916 0.664
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1500170 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1402368 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR607743 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1457375 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1470923 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR817954 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR809259 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1439785 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR814768 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1102031 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1363611 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1468447 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1071931 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR810981 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR615299 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR663585 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1326773 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1351166 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1477452 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1084720 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1420320 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1081712 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1318241 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1333718 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1313514 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1477861 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1318005 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1354665 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR657707 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1370742 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1412947 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR661553 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1328869 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR662211 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1348181 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1416560 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1319772 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1091452 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1338812 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1392072 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR814844 2 0.722 0.749 0.200 0.800
#> SRR1376619 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR603690 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR2184980 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR613963 2 0.971 0.341 0.400 0.600
#> SRR1323422 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1397673 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1434650 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR659875 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1465734 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1076847 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1415072 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR659319 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR663088 1 0.730 0.743 0.796 0.204
#> SRR1352021 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR659935 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1352530 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR662594 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1095309 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR615647 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR813019 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1374647 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR603472 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR661529 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR607018 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR627423 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR654921 2 0.969 0.352 0.396 0.604
#> SRR1418968 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR660871 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1330522 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1499958 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR614059 2 0.745 0.731 0.212 0.788
#> SRR1071403 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1486719 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1440421 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1310412 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR614767 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR820709 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR658093 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1088168 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1418707 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1354291 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR2165806 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1415684 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1433860 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1311062 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1360359 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR661385 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR615407 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1413892 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1443459 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1338942 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR657480 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1399433 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR818537 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1101324 2 0.634 0.807 0.160 0.840
#> SRR807637 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1091918 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR598300 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1085426 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR813891 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1467431 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR658742 1 0.644 0.802 0.836 0.164
#> SRR1419234 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1404813 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR603496 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1407758 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR810945 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR817234 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1444852 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR660378 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1467835 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1338964 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1079259 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1072345 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR598725 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1447938 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1360460 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1429468 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1446850 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1320363 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1413810 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR598831 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1381865 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR660957 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1491332 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1099744 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1464618 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1414559 2 0.827 0.650 0.260 0.740
#> SRR1337540 1 0.921 0.490 0.664 0.336
#> SRR1444283 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2184942 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR660295 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR601335 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1363742 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1345847 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR614960 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR819919 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR603330 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1327951 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1345266 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1338055 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1430157 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1320137 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1093483 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1459913 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR2170490 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1479845 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1436420 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1481060 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR662282 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1487089 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1075683 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1338536 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1338880 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1453456 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1457895 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1440603 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR658633 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1388081 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR813339 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR809725 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR627441 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR613603 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1096571 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1392701 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1344326 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1367693 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR660697 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1489926 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR811491 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1311644 2 0.955 0.404 0.376 0.624
#> SRR1451740 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR615117 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1391748 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1466556 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR614972 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1406200 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR819210 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR662174 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR811988 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR663236 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1312598 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1330129 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1357781 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1315517 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1400032 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1413722 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR612827 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR814794 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR819430 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1395509 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR808728 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1070813 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1389133 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR601263 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR604718 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1481351 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1334608 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR658681 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR809283 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1459300 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1392547 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR811049 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1464835 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1339619 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR658501 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1447523 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1415048 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1444348 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR603890 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR810595 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1446244 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR817373 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1457291 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR598220 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1477991 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR598172 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1349032 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR604002 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1378026 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1404401 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1333240 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1089399 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR603421 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR812562 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR808520 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR811839 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR814317 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1436763 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1486021 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1465018 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1080998 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1083432 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1082833 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1326536 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR614011 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1365873 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1498789 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR601581 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR603566 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1373981 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR821410 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1076511 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR614143 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1333570 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1366813 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1388746 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1420558 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1409510 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR816250 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR614131 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1331130 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1316015 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1470798 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR614179 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1474863 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR813560 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1312187 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1420960 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1355102 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1084577 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR659971 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1350855 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR820779 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1476300 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1090907 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR662294 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1480789 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1336263 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR660776 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1090508 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR615563 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1101175 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR2164650 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1431205 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1339856 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1352147 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR808968 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR627419 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1402391 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR663609 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR2167857 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1398752 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1405437 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1416955 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1317064 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR659001 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR2170696 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR816589 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1087487 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1329485 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR816920 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1341432 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1361590 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR817046 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1471331 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR660788 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR819234 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR810853 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR809427 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR2170217 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1386967 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1420344 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1334535 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR614503 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR602564 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1420669 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR819024 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR656223 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR608428 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1345647 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1389324 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1361368 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1322619 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1349276 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1404024 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1370637 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1452631 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR608392 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1357757 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1074646 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1367499 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1343501 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1394406 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1381435 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1467407 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1092422 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1380270 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1091817 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1440137 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR614311 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1407516 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR815494 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1333209 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR615177 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1099648 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR659720 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR2185057 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1467125 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR657468 2 0.494 0.874 0.108 0.892
#> SRR660042 2 0.969 0.352 0.396 0.604
#> SRR2170864 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1440491 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1440852 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR811169 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1331311 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR818009 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1351836 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1498313 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1441975 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR819096 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1073679 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1489116 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1354138 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1490589 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1412987 2 0.971 0.341 0.400 0.600
#> SRR602034 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1353437 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1072871 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR661577 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR612190 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1399880 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1101787 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR657869 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1446332 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR816039 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1485141 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1476697 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1379538 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1331422 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR660859 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1097594 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1311419 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1336706 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1472976 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1321307 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR807493 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR812461 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1477149 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1457397 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR661913 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1069024 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR2165634 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1478722 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1328642 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1488261 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1318815 2 0.946 0.434 0.364 0.636
#> SRR816945 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1367432 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1359280 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1313910 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1457315 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR815398 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR656958 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR600688 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1098952 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1314916 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR614167 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1348114 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR658033 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1077503 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR661854 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR811379 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1318857 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR656445 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1433044 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1486391 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR656071 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1364824 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR816745 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR601038 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1360080 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR814868 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1485997 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1435560 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1333330 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR663513 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1328407 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR602784 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1348468 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR663717 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR602217 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR603140 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1340804 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1457574 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1333462 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1094601 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1434610 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1435833 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1398728 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1358343 1 0.730 0.743 0.796 0.204
#> SRR1410890 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1350371 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1392478 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1099260 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1433576 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1345541 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1086328 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR810391 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1476207 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR627435 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1489862 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1419086 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1396191 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1490115 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1377714 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR819394 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR663161 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR607042 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR656203 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR660602 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1440397 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1369264 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR809233 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR663249 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR661242 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1332007 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR809619 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR819975 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR599281 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR662366 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1317898 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1382485 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR2166420 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1419429 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1092541 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR817444 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1320403 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1101483 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1331684 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1400054 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1406088 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR820733 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1314113 2 0.722 0.749 0.200 0.800
#> SRR1382615 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1480745 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1468850 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR656782 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR821364 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR659295 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1357103 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR809185 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR811583 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1468050 1 0.000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1440224 2 0.000 0.991 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1500170 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402368 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR607743 3 0.0237 0.9712 0.000 0.004 0.996
#> SRR1457375 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470923 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR817954 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR809259 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439785 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR814768 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102031 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363611 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468447 2 0.5058 0.6769 0.000 0.756 0.244
#> SRR1071931 2 0.0237 0.9439 0.000 0.996 0.004
#> SRR810981 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR615299 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR663585 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1326773 3 0.2066 0.9184 0.000 0.060 0.940
#> SRR1351166 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477452 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084720 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420320 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081712 3 0.5859 0.4669 0.000 0.344 0.656
#> SRR1318241 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333718 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1313514 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1477861 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318005 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1354665 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR657707 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370742 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1412947 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR661553 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328869 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR662211 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348181 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416560 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1319772 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1091452 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338812 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392072 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR814844 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376619 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR603690 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR2184980 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR613963 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323422 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397673 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434650 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR659875 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1465734 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1076847 3 0.4399 0.7603 0.000 0.188 0.812
#> SRR1415072 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR659319 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR663088 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352021 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR659935 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352530 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR662594 2 0.6045 0.4315 0.000 0.620 0.380
#> SRR1095309 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR615647 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR813019 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1374647 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR603472 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR661529 2 0.2878 0.8675 0.000 0.904 0.096
#> SRR607018 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR627423 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR654921 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418968 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR660871 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330522 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499958 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR614059 3 0.4555 0.7304 0.000 0.200 0.800
#> SRR1071403 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486719 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440421 3 0.6192 0.2781 0.000 0.420 0.580
#> SRR1310412 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR614767 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR820709 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR658093 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088168 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418707 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354291 3 0.5098 0.6678 0.000 0.248 0.752
#> SRR2165806 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415684 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433860 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1311062 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360359 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR661385 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR615407 2 0.1031 0.9285 0.000 0.976 0.024
#> SRR1413892 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1443459 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338942 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR657480 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399433 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR818537 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1101324 2 0.5465 0.6243 0.000 0.712 0.288
#> SRR807637 1 0.4346 0.7681 0.816 0.184 0.000
#> SRR1091918 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR598300 3 0.0237 0.9712 0.000 0.004 0.996
#> SRR1085426 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR813891 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467431 2 0.6267 0.2003 0.000 0.548 0.452
#> SRR658742 1 0.6260 0.2003 0.552 0.448 0.000
#> SRR1419234 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404813 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR603496 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407758 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR810945 2 0.5497 0.6195 0.000 0.708 0.292
#> SRR817234 3 0.1753 0.9303 0.000 0.048 0.952
#> SRR1444852 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR660378 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467835 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338964 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1079259 2 0.6026 0.4407 0.000 0.624 0.376
#> SRR1072345 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR598725 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447938 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360460 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429468 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446850 2 0.6260 0.2522 0.000 0.552 0.448
#> SRR1320363 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413810 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR598831 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381865 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR660957 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1491332 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099744 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464618 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414559 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337540 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444283 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR2184942 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR660295 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR601335 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1363742 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1345847 2 0.0892 0.9318 0.000 0.980 0.020
#> SRR614960 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR819919 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR603330 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1327951 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345266 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338055 3 0.6079 0.3688 0.000 0.388 0.612
#> SRR1430157 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320137 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093483 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459913 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170490 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479845 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1436420 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481060 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR662282 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487089 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075683 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338536 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338880 2 0.3038 0.8598 0.000 0.896 0.104
#> SRR1453456 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457895 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440603 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR658633 2 0.0592 0.9376 0.000 0.988 0.012
#> SRR1388081 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR813339 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR809725 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR627441 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR613603 3 0.0592 0.9640 0.000 0.012 0.988
#> SRR1096571 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1392701 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1344326 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367693 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR660697 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489926 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR811491 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1311644 2 0.4452 0.7678 0.000 0.808 0.192
#> SRR1451740 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR615117 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1391748 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466556 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR614972 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406200 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR819210 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR662174 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR811988 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR663236 2 0.4555 0.7577 0.000 0.800 0.200
#> SRR1312598 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330129 3 0.0237 0.9712 0.000 0.004 0.996
#> SRR1357781 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1315517 2 0.6235 0.2336 0.000 0.564 0.436
#> SRR1400032 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413722 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR612827 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR814794 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR819430 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1395509 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR808728 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1070813 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389133 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR601263 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR604718 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1481351 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1334608 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR658681 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR809283 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459300 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392547 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR811049 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1464835 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339619 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR658501 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447523 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415048 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444348 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR603890 3 0.6225 0.2409 0.000 0.432 0.568
#> SRR810595 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1446244 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR817373 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457291 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR598220 3 0.3267 0.8559 0.000 0.116 0.884
#> SRR1477991 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR598172 2 0.5138 0.6637 0.000 0.748 0.252
#> SRR1349032 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR604002 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1378026 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404401 3 0.0747 0.9606 0.000 0.016 0.984
#> SRR1333240 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1089399 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR603421 2 0.2165 0.8971 0.000 0.936 0.064
#> SRR812562 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR808520 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR811839 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR814317 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436763 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486021 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465018 2 0.6192 0.2835 0.000 0.580 0.420
#> SRR1080998 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083432 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1082833 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326536 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR614011 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1365873 3 0.2625 0.8938 0.000 0.084 0.916
#> SRR1498789 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR601581 2 0.0237 0.9439 0.000 0.996 0.004
#> SRR603566 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1373981 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR821410 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076511 1 0.4887 0.7036 0.772 0.228 0.000
#> SRR614143 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333570 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1366813 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388746 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420558 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409510 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR816250 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR614131 2 0.0592 0.9380 0.000 0.988 0.012
#> SRR1331130 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316015 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470798 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR614179 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1474863 2 0.4654 0.7316 0.000 0.792 0.208
#> SRR813560 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312187 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420960 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1355102 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1084577 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR659971 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350855 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR820779 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476300 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090907 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR662294 3 0.0592 0.9645 0.000 0.012 0.988
#> SRR1480789 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1336263 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR660776 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090508 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR615563 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101175 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR2164650 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1431205 2 0.6095 0.3634 0.000 0.608 0.392
#> SRR1339856 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352147 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR808968 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR627419 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402391 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR663609 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR2167857 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1398752 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405437 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416955 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317064 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR659001 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170696 2 0.3267 0.8486 0.000 0.884 0.116
#> SRR816589 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1087487 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1329485 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR816920 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341432 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361590 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR817046 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1471331 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR660788 2 0.4555 0.7577 0.000 0.800 0.200
#> SRR819234 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR810853 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR809427 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170217 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1386967 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420344 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334535 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR614503 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR602564 2 0.5397 0.6382 0.000 0.720 0.280
#> SRR1420669 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR819024 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR656223 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR608428 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345647 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389324 3 0.5591 0.5645 0.000 0.304 0.696
#> SRR1361368 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322619 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349276 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404024 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370637 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452631 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR608392 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1357757 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1074646 2 0.0592 0.9380 0.000 0.988 0.012
#> SRR1367499 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343501 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394406 3 0.3267 0.8505 0.000 0.116 0.884
#> SRR1381435 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467407 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092422 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1380270 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1091817 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440137 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR614311 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407516 2 0.4555 0.7577 0.000 0.800 0.200
#> SRR815494 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333209 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR615177 2 0.2878 0.8672 0.000 0.904 0.096
#> SRR1099648 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR659720 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR2185057 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467125 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR657468 2 0.4555 0.7577 0.000 0.800 0.200
#> SRR660042 3 0.5787 0.7641 0.136 0.068 0.796
#> SRR2170864 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440491 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440852 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR811169 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331311 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR818009 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351836 2 0.5098 0.6703 0.000 0.752 0.248
#> SRR1498313 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441975 3 0.6168 0.3009 0.000 0.412 0.588
#> SRR819096 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073679 2 0.5431 0.6351 0.000 0.716 0.284
#> SRR1489116 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1354138 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490589 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1412987 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR602034 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1353437 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072871 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR661577 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR612190 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399880 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101787 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR657869 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446332 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR816039 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485141 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476697 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379538 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331422 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR660859 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1097594 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311419 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1336706 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472976 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321307 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR807493 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR812461 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1477149 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457397 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR661913 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1069024 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR2165634 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478722 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1328642 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1488261 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318815 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR816945 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367432 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359280 3 0.1964 0.9224 0.000 0.056 0.944
#> SRR1313910 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457315 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR815398 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR656958 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR600688 2 0.4605 0.7524 0.000 0.796 0.204
#> SRR1098952 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314916 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR614167 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348114 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR658033 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077503 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR661854 3 0.4555 0.7304 0.000 0.200 0.800
#> SRR811379 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318857 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR656445 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433044 3 0.1753 0.9304 0.000 0.048 0.952
#> SRR1486391 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR656071 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1364824 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR816745 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR601038 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1360080 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR814868 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1485997 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435560 2 0.0237 0.9439 0.000 0.996 0.004
#> SRR1333330 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR663513 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1328407 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR602784 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348468 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR663717 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR602217 3 0.4504 0.7487 0.000 0.196 0.804
#> SRR603140 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340804 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457574 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333462 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1094601 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434610 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1435833 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398728 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358343 2 0.6244 0.2107 0.440 0.560 0.000
#> SRR1410890 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350371 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392478 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099260 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433576 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1345541 2 0.5363 0.6488 0.000 0.724 0.276
#> SRR1086328 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR810391 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476207 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR627435 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1489862 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419086 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396191 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490115 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1377714 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR819394 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR663161 2 0.4062 0.7750 0.164 0.836 0.000
#> SRR607042 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR656203 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR660602 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440397 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1369264 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR809233 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR663249 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR661242 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332007 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR809619 2 0.4346 0.7773 0.000 0.816 0.184
#> SRR819975 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR599281 3 0.6302 0.0724 0.000 0.480 0.520
#> SRR662366 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1317898 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1382485 2 0.0237 0.9439 0.000 0.996 0.004
#> SRR2166420 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419429 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092541 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR817444 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1320403 3 0.5397 0.6111 0.000 0.280 0.720
#> SRR1101483 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331684 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1400054 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406088 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR820733 2 0.4555 0.7577 0.000 0.800 0.200
#> SRR1314113 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382615 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1480745 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468850 3 0.2711 0.8882 0.000 0.088 0.912
#> SRR656782 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR821364 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR659295 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1357103 3 0.0000 0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR809185 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR811583 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468050 1 0.0000 0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440224 2 0.0000 0.9467 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1500170 2 0.0000 0.803 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402368 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR607743 3 0.1004 0.949 0.000 0.024 0.972 0.004
#> SRR1457375 2 0.0000 0.803 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470923 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR814768 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031 2 0.2216 0.772 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1363611 2 0.0000 0.803 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468447 2 0.0000 0.803 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071931 2 0.0000 0.803 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810981 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299 2 0.4543 0.602 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR663585 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326773 2 0.3801 0.664 0.000 0.780 0.220 0.000
#> SRR1351166 2 0.3074 0.737 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR1477452 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420320 4 0.3873 0.762 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR1081712 2 0.1302 0.791 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1318241 3 0.0817 0.950 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1333718 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313514 2 0.3873 0.657 0.000 0.772 0.228 0.000
#> SRR1477861 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318005 2 0.3873 0.657 0.000 0.772 0.228 0.000
#> SRR1354665 2 0.0188 0.802 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR657707 3 0.1940 0.905 0.000 0.076 0.924 0.000
#> SRR1370742 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1412947 2 0.2345 0.767 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR661553 4 0.3074 0.720 0.000 0.152 0.000 0.848
#> SRR1328869 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211 2 0.3074 0.737 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR1348181 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416560 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319772 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091452 2 0.2216 0.712 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1338812 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072 2 0.3074 0.737 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR814844 4 0.4776 0.748 0.000 0.376 0.000 0.624
#> SRR1376619 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR603690 2 0.4972 0.281 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR2184980 2 0.0000 0.803 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613963 4 0.0000 0.715 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1323422 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434650 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659875 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465734 3 0.1940 0.905 0.000 0.076 0.924 0.000
#> SRR1076847 2 0.3528 0.687 0.000 0.808 0.192 0.000
#> SRR1415072 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663088 4 0.4008 0.764 0.000 0.244 0.000 0.756
#> SRR1352021 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935 4 0.4790 0.746 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR1352530 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662594 4 0.3074 0.655 0.000 0.000 0.152 0.848
#> SRR1095309 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647 3 0.3873 0.735 0.000 0.000 0.772 0.228
#> SRR813019 3 0.2011 0.901 0.000 0.080 0.920 0.000
#> SRR1374647 2 0.3873 0.657 0.000 0.772 0.228 0.000
#> SRR603472 3 0.3172 0.785 0.000 0.160 0.840 0.000
#> SRR661529 4 0.3796 0.693 0.000 0.056 0.096 0.848
#> SRR607018 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR627423 4 0.3837 0.763 0.000 0.224 0.000 0.776
#> SRR654921 4 0.4776 0.748 0.000 0.376 0.000 0.624
#> SRR1418968 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871 3 0.3873 0.735 0.000 0.000 0.772 0.228
#> SRR1330522 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499958 2 0.0000 0.803 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614059 4 0.3907 0.581 0.000 0.000 0.232 0.768
#> SRR1071403 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719 2 0.0000 0.803 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440421 2 0.0000 0.803 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310412 3 0.1716 0.917 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR614767 2 0.3074 0.737 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR820709 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093 3 0.1389 0.931 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR1088168 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418707 2 0.0000 0.803 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354291 2 0.1792 0.780 0.000 0.932 0.068 0.000
#> SRR2165806 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684 4 0.4746 0.751 0.000 0.368 0.000 0.632
#> SRR1433860 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311062 2 0.3074 0.737 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR1360359 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615407 4 0.4933 0.271 0.000 0.432 0.000 0.568
#> SRR1413892 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443459 2 0.4830 0.269 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR1338942 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399433 4 0.4713 0.754 0.000 0.360 0.000 0.640
#> SRR818537 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101324 4 0.6542 0.695 0.000 0.252 0.128 0.620
#> SRR807637 4 0.3688 0.623 0.208 0.000 0.000 0.792
#> SRR1091918 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300 4 0.5143 0.329 0.000 0.012 0.360 0.628
#> SRR1085426 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.3074 0.737 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR813891 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431 2 0.0707 0.800 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR658742 4 0.0336 0.715 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1419234 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813 2 0.3074 0.737 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR603496 3 0.3873 0.735 0.000 0.000 0.772 0.228
#> SRR1407758 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR810945 2 0.2921 0.731 0.000 0.860 0.140 0.000
#> SRR817234 2 0.3837 0.661 0.000 0.776 0.224 0.000
#> SRR1444852 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660378 3 0.3873 0.735 0.000 0.000 0.772 0.228
#> SRR1467835 2 0.3074 0.737 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR1338964 3 0.1302 0.934 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR1079259 2 0.3024 0.724 0.000 0.852 0.148 0.000
#> SRR1072345 3 0.2081 0.896 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR598725 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447938 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460 4 0.3873 0.762 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR1429468 2 0.0000 0.803 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446850 2 0.1474 0.787 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1320363 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413810 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR598831 4 0.0188 0.715 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1381865 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1491332 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099744 2 0.3074 0.737 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR1464618 4 0.3873 0.762 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR1414559 4 0.1637 0.742 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1337540 4 0.3942 0.762 0.000 0.236 0.000 0.764
#> SRR1444283 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942 3 0.1716 0.917 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR660295 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363742 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345847 2 0.0592 0.801 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR614960 3 0.3873 0.735 0.000 0.000 0.772 0.228
#> SRR819919 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330 2 0.4713 0.516 0.000 0.640 0.360 0.000
#> SRR1327951 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266 2 0.0000 0.803 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338055 2 0.2976 0.759 0.000 0.872 0.008 0.120
#> SRR1430157 2 0.0000 0.803 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320137 2 0.0000 0.803 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093483 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170490 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436420 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662282 3 0.3873 0.735 0.000 0.000 0.772 0.228
#> SRR1487089 4 0.4776 0.748 0.000 0.376 0.000 0.624
#> SRR1075683 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880 2 0.1302 0.791 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1453456 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457895 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658633 2 0.0000 0.803 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388081 2 0.4250 0.568 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR813339 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809725 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441 2 0.5203 0.519 0.000 0.636 0.348 0.016
#> SRR613603 4 0.4679 0.357 0.000 0.000 0.352 0.648
#> SRR1096571 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392701 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693 2 0.0000 0.803 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660697 4 0.4790 0.746 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR1489926 3 0.1792 0.913 0.000 0.068 0.932 0.000
#> SRR811491 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311644 4 0.5986 0.735 0.000 0.320 0.060 0.620
#> SRR1451740 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615117 3 0.2142 0.917 0.000 0.016 0.928 0.056
#> SRR1391748 4 0.3873 0.762 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR1466556 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614972 3 0.3873 0.735 0.000 0.000 0.772 0.228
#> SRR1406200 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210 4 0.3266 0.728 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR662174 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236 4 0.4199 0.664 0.000 0.032 0.164 0.804
#> SRR1312598 2 0.0336 0.802 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1330129 2 0.3837 0.661 0.000 0.776 0.224 0.000
#> SRR1357781 2 0.3873 0.657 0.000 0.772 0.228 0.000
#> SRR1315517 2 0.3074 0.737 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR1400032 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413722 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827 3 0.1389 0.931 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR814794 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509 4 0.4776 0.748 0.000 0.376 0.000 0.624
#> SRR808728 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070813 2 0.0000 0.803 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389133 3 0.1637 0.920 0.000 0.060 0.940 0.000
#> SRR601263 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR604718 4 0.3074 0.720 0.000 0.152 0.000 0.848
#> SRR1481351 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334608 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658681 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809283 4 0.1792 0.744 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR1459300 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811049 3 0.1940 0.905 0.000 0.076 0.924 0.000
#> SRR1464835 4 0.3873 0.762 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR1339619 2 0.3074 0.737 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR658501 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447523 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415048 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348 2 0.0000 0.803 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603890 2 0.3024 0.740 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR810595 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446244 2 0.4866 0.227 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR817373 2 0.4761 0.331 0.000 0.628 0.000 0.372
#> SRR1457291 2 0.3074 0.737 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR598220 3 0.4250 0.611 0.000 0.276 0.724 0.000
#> SRR1477991 2 0.0469 0.801 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR598172 2 0.3074 0.737 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR1349032 2 0.4250 0.295 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR604002 2 0.4500 0.561 0.000 0.684 0.316 0.000
#> SRR1378026 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404401 2 0.3873 0.657 0.000 0.772 0.228 0.000
#> SRR1333240 2 0.4477 0.566 0.000 0.688 0.312 0.000
#> SRR1089399 2 0.0000 0.803 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603421 2 0.3873 0.631 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR812562 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811839 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317 2 0.0000 0.803 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436763 4 0.4761 0.749 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1486021 2 0.0921 0.797 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1465018 2 0.0000 0.803 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080998 3 0.1867 0.909 0.000 0.072 0.928 0.000
#> SRR1083432 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082833 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614011 4 0.3726 0.764 0.000 0.212 0.000 0.788
#> SRR1365873 2 0.3528 0.689 0.000 0.808 0.192 0.000
#> SRR1498789 2 0.3074 0.737 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR601581 4 0.4790 0.746 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR603566 3 0.3528 0.781 0.000 0.000 0.808 0.192
#> SRR1373981 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410 2 0.3074 0.737 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR1076511 4 0.1302 0.735 0.000 0.044 0.000 0.956
#> SRR614143 3 0.1940 0.905 0.000 0.076 0.924 0.000
#> SRR1333570 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366813 2 0.0000 0.803 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388746 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409510 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816250 2 0.3074 0.737 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR614131 2 0.1302 0.788 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1331130 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470798 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614179 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1474863 2 0.0000 0.803 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813560 2 0.0000 0.803 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312187 4 0.4776 0.748 0.000 0.376 0.000 0.624
#> SRR1420960 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355102 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084577 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659971 4 0.4500 0.553 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR1350855 4 0.4790 0.746 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR820779 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476300 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090907 4 0.3873 0.762 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR662294 2 0.3837 0.661 0.000 0.776 0.224 0.000
#> SRR1480789 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336263 4 0.4790 0.746 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR660776 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508 2 0.4040 0.636 0.000 0.752 0.248 0.000
#> SRR615563 4 0.3074 0.720 0.000 0.152 0.000 0.848
#> SRR1101175 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431205 2 0.0000 0.803 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339856 2 0.4406 0.212 0.000 0.700 0.000 0.300
#> SRR1352147 2 0.0000 0.803 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808968 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419 2 0.0000 0.803 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402391 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2167857 2 0.4730 0.512 0.000 0.636 0.364 0.000
#> SRR1398752 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437 2 0.0000 0.803 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416955 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064 2 0.0000 0.803 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659001 4 0.1474 0.738 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR2170696 4 0.5713 0.736 0.000 0.340 0.040 0.620
#> SRR816589 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087487 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329485 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816920 4 0.4790 0.746 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR1341432 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590 4 0.3873 0.762 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR817046 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471331 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660788 4 0.3751 0.640 0.000 0.004 0.196 0.800
#> SRR819234 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809427 4 0.3873 0.762 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR2170217 4 0.3873 0.762 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR1386967 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420344 2 0.2081 0.774 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1334535 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503 4 0.3400 0.733 0.000 0.180 0.000 0.820
#> SRR602564 4 0.3539 0.712 0.000 0.176 0.004 0.820
#> SRR1420669 4 0.4790 0.746 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR819024 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR656223 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608428 2 0.0000 0.803 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345647 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324 2 0.1302 0.793 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1361368 2 0.3024 0.740 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1322619 2 0.0000 0.803 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349276 4 0.3873 0.762 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR1404024 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637 2 0.0000 0.803 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452631 4 0.3873 0.762 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR608392 3 0.3311 0.806 0.000 0.000 0.828 0.172
#> SRR1357757 3 0.1118 0.941 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1074646 4 0.4790 0.746 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR1367499 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343501 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394406 3 0.2611 0.876 0.000 0.096 0.896 0.008
#> SRR1381435 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467407 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422 2 0.4500 0.561 0.000 0.684 0.316 0.000
#> SRR1380270 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091817 2 0.3074 0.737 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR1440137 2 0.0000 0.803 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614311 4 0.3873 0.762 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR1407516 2 0.1389 0.789 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR815494 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333209 4 0.3873 0.762 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR615177 4 0.3208 0.721 0.000 0.148 0.004 0.848
#> SRR1099648 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659720 3 0.2011 0.901 0.000 0.080 0.920 0.000
#> SRR2185057 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468 4 0.6180 0.732 0.000 0.296 0.080 0.624
#> SRR660042 4 0.3907 0.581 0.000 0.000 0.232 0.768
#> SRR2170864 2 0.3074 0.737 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR1440491 4 0.3873 0.762 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR1440852 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811169 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311 4 0.4790 0.746 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR818009 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836 2 0.0000 0.803 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498313 2 0.4040 0.636 0.000 0.752 0.248 0.000
#> SRR1441975 2 0.0336 0.802 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR819096 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679 2 0.4103 0.633 0.000 0.744 0.256 0.000
#> SRR1489116 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354138 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490589 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1412987 4 0.4776 0.748 0.000 0.376 0.000 0.624
#> SRR602034 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353437 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661577 4 0.0000 0.715 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR612190 4 0.4790 0.746 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR1399880 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787 4 0.4564 0.761 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR657869 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476697 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538 4 0.4790 0.746 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR1331422 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859 3 0.1940 0.905 0.000 0.076 0.924 0.000
#> SRR1097594 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336706 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472976 4 0.4790 0.746 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR1321307 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477149 2 0.3873 0.657 0.000 0.772 0.228 0.000
#> SRR1457397 3 0.3172 0.785 0.000 0.160 0.840 0.000
#> SRR661913 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069024 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2165634 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328642 2 0.3873 0.657 0.000 0.772 0.228 0.000
#> SRR1488261 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318815 4 0.3837 0.763 0.000 0.224 0.000 0.776
#> SRR816945 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432 4 0.3873 0.762 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR1359280 2 0.3837 0.661 0.000 0.776 0.224 0.000
#> SRR1313910 2 0.3074 0.737 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR1457315 4 0.4981 0.622 0.000 0.464 0.000 0.536
#> SRR815398 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958 3 0.3123 0.824 0.000 0.000 0.844 0.156
#> SRR600688 4 0.3377 0.664 0.000 0.012 0.140 0.848
#> SRR1098952 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614167 3 0.3873 0.735 0.000 0.000 0.772 0.228
#> SRR1348114 4 0.4830 0.732 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR658033 2 0.3975 0.620 0.000 0.760 0.000 0.240
#> SRR1077503 3 0.1940 0.905 0.000 0.076 0.924 0.000
#> SRR661854 4 0.4072 0.560 0.000 0.000 0.252 0.748
#> SRR811379 4 0.4564 0.761 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR1318857 2 0.0921 0.796 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR656445 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433044 2 0.3873 0.657 0.000 0.772 0.228 0.000
#> SRR1486391 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1364824 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR601038 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360080 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868 3 0.0921 0.947 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1485997 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560 4 0.4585 0.760 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR1333330 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513 3 0.2216 0.887 0.000 0.092 0.908 0.000
#> SRR1328407 3 0.2081 0.896 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR602784 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348468 4 0.3873 0.762 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR663717 4 0.3074 0.720 0.000 0.152 0.000 0.848
#> SRR602217 2 0.2814 0.735 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR603140 3 0.1716 0.917 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR1340804 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333462 2 0.3873 0.657 0.000 0.772 0.228 0.000
#> SRR1094601 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610 3 0.2149 0.892 0.000 0.088 0.912 0.000
#> SRR1435833 4 0.3873 0.762 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR1398728 2 0.3074 0.737 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR1358343 4 0.4018 0.762 0.004 0.224 0.000 0.772
#> SRR1410890 2 0.3074 0.737 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR1350371 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478 2 0.2081 0.776 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1099260 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433576 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345541 4 0.6531 0.706 0.000 0.204 0.160 0.636
#> SRR1086328 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476207 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR627435 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489862 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490115 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377714 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR819394 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161 4 0.0000 0.715 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR607042 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR656203 2 0.0817 0.798 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR660602 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440397 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249 2 0.0000 0.803 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661242 4 0.1792 0.741 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR1332007 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809619 2 0.1389 0.789 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR819975 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281 2 0.0000 0.803 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662366 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317898 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382485 2 0.3024 0.624 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR2166420 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR817444 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320403 2 0.1022 0.797 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1101483 2 0.4164 0.333 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR1331684 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400054 4 0.1118 0.732 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1406088 2 0.0000 0.803 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820733 4 0.6285 0.736 0.000 0.284 0.092 0.624
#> SRR1314113 4 0.3837 0.763 0.000 0.224 0.000 0.776
#> SRR1382615 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480745 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850 2 0.3764 0.668 0.000 0.784 0.216 0.000
#> SRR656782 3 0.1940 0.905 0.000 0.076 0.924 0.000
#> SRR821364 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295 2 0.4730 0.512 0.000 0.636 0.364 0.000
#> SRR1357103 3 0.0000 0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809185 4 0.4790 0.746 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR811583 4 0.1389 0.736 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR1468050 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224 2 0.3074 0.737 0.000 0.848 0.000 0.152
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1500170 2 0.0000 0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402368 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607743 3 0.1121 0.93060 0.00 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR1457375 2 0.0404 0.87455 0.00 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1470923 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814768 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031 2 0.2732 0.79519 0.00 0.840 0.000 0.160 0.000
#> SRR1363611 2 0.0609 0.87112 0.00 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1468447 2 0.0000 0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071931 2 0.4182 0.08742 0.00 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR810981 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299 5 0.6410 0.30508 0.00 0.304 0.000 0.200 0.496
#> SRR663585 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326773 2 0.0000 0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351166 2 0.3274 0.75213 0.00 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR1477452 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420320 4 0.0162 0.77141 0.00 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1081712 2 0.0000 0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318241 3 0.1043 0.94061 0.00 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1333718 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313514 2 0.0000 0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477861 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318005 2 0.0162 0.87612 0.00 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1354665 2 0.0794 0.86944 0.00 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR657707 3 0.2179 0.86706 0.00 0.112 0.888 0.000 0.000
#> SRR1370742 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1412947 2 0.2648 0.80007 0.00 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR661553 5 0.0566 0.80372 0.00 0.004 0.000 0.012 0.984
#> SRR1328869 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211 2 0.3274 0.75213 0.00 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR1348181 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416560 3 0.0162 0.96895 0.00 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1319772 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091452 2 0.4192 0.08584 0.00 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR1338812 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072 2 0.3274 0.75213 0.00 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR814844 4 0.3003 0.79511 0.00 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR1376619 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603690 5 0.0000 0.81072 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2184980 2 0.0609 0.87278 0.00 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR613963 5 0.3774 0.51677 0.00 0.000 0.000 0.296 0.704
#> SRR1323422 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434650 3 0.0162 0.96941 0.00 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR659875 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465734 3 0.2230 0.86323 0.00 0.116 0.884 0.000 0.000
#> SRR1076847 2 0.0000 0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415072 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663088 4 0.2605 0.79442 0.00 0.148 0.000 0.852 0.000
#> SRR1352021 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935 4 0.3109 0.79242 0.00 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1352530 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662594 5 0.0000 0.81072 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095309 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647 5 0.0000 0.81072 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR813019 3 0.2280 0.85841 0.00 0.120 0.880 0.000 0.000
#> SRR1374647 2 0.0162 0.87575 0.00 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR603472 3 0.3274 0.69012 0.00 0.220 0.780 0.000 0.000
#> SRR661529 5 0.0000 0.81072 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR607018 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR627423 4 0.0000 0.76997 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR654921 4 0.3109 0.79242 0.00 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1418968 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871 5 0.0000 0.81072 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330522 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499958 2 0.0609 0.87112 0.00 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR614059 5 0.0000 0.81072 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1071403 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719 2 0.0000 0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440421 2 0.0000 0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310412 3 0.2074 0.87709 0.00 0.104 0.896 0.000 0.000
#> SRR614767 2 0.3274 0.75213 0.00 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR820709 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093 5 0.4302 0.05582 0.00 0.000 0.480 0.000 0.520
#> SRR1088168 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418707 2 0.0000 0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354291 2 0.0000 0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2165806 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684 4 0.6564 0.21094 0.00 0.204 0.000 0.420 0.376
#> SRR1433860 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311062 2 0.3274 0.75213 0.00 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR1360359 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615407 5 0.0000 0.81072 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413892 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443459 4 0.0162 0.77142 0.00 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1338942 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480 3 0.0162 0.96941 0.00 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1399433 5 0.6630 -0.14833 0.00 0.220 0.000 0.376 0.404
#> SRR818537 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101324 4 0.3835 0.76713 0.00 0.156 0.048 0.796 0.000
#> SRR807637 5 0.4270 0.48775 0.32 0.000 0.000 0.012 0.668
#> SRR1091918 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300 5 0.0000 0.81072 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1085426 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.3274 0.75213 0.00 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR813891 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431 2 0.0000 0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658742 5 0.0000 0.81072 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419234 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813 2 0.3395 0.73807 0.00 0.764 0.000 0.236 0.000
#> SRR603496 5 0.0000 0.81072 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407758 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810945 2 0.0000 0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817234 2 0.0000 0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444852 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660378 5 0.0000 0.81072 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467835 2 0.3274 0.75213 0.00 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR1338964 3 0.1671 0.90572 0.00 0.076 0.924 0.000 0.000
#> SRR1079259 2 0.3003 0.64864 0.00 0.812 0.000 0.188 0.000
#> SRR1072345 3 0.2280 0.85836 0.00 0.120 0.880 0.000 0.000
#> SRR598725 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447938 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460 4 0.0000 0.76997 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429468 2 0.0000 0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446850 2 0.0000 0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320363 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413810 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598831 5 0.0000 0.81072 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381865 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1491332 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099744 2 0.3274 0.75213 0.00 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR1464618 4 0.0000 0.76997 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414559 4 0.4856 0.10873 0.00 0.028 0.000 0.584 0.388
#> SRR1337540 4 0.0162 0.77135 0.00 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1444283 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942 3 0.1908 0.88932 0.00 0.092 0.908 0.000 0.000
#> SRR660295 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1363742 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345847 2 0.0000 0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614960 5 0.0000 0.81072 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR819919 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330 2 0.3949 0.49046 0.00 0.668 0.332 0.000 0.000
#> SRR1327951 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266 2 0.3895 0.37095 0.00 0.680 0.000 0.320 0.000
#> SRR1338055 2 0.2813 0.78348 0.00 0.832 0.000 0.168 0.000
#> SRR1430157 2 0.0290 0.87583 0.00 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1320137 2 0.0609 0.87112 0.00 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1093483 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2170490 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436420 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662282 5 0.0000 0.81072 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487089 4 0.3109 0.79242 0.00 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1075683 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880 2 0.0290 0.87583 0.00 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1453456 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457895 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603 3 0.0162 0.96941 0.00 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR658633 2 0.0000 0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388081 4 0.0963 0.75743 0.00 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR813339 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809725 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441 2 0.5670 0.50024 0.00 0.632 0.176 0.000 0.192
#> SRR613603 5 0.0000 0.81072 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1096571 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392701 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693 2 0.0609 0.87112 0.00 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR660697 4 0.3109 0.79242 0.00 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1489926 3 0.2020 0.88150 0.00 0.100 0.900 0.000 0.000
#> SRR811491 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311644 4 0.3565 0.78464 0.00 0.176 0.024 0.800 0.000
#> SRR1451740 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615117 5 0.6044 0.45346 0.00 0.236 0.188 0.000 0.576
#> SRR1391748 4 0.0000 0.76997 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466556 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614972 5 0.0000 0.81072 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406200 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210 5 0.5826 0.08064 0.00 0.096 0.000 0.404 0.500
#> SRR662174 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236 5 0.5054 0.64381 0.00 0.032 0.140 0.084 0.744
#> SRR1312598 2 0.0794 0.86944 0.00 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1330129 2 0.0000 0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357781 2 0.0290 0.87394 0.00 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1315517 2 0.3109 0.75811 0.00 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR1400032 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413722 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827 5 0.4297 0.08407 0.00 0.000 0.472 0.000 0.528
#> SRR814794 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509 4 0.3074 0.79353 0.00 0.196 0.000 0.804 0.000
#> SRR808728 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070813 2 0.0000 0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389133 3 0.1851 0.89040 0.00 0.088 0.912 0.000 0.000
#> SRR601263 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR604718 5 0.2068 0.75175 0.00 0.004 0.000 0.092 0.904
#> SRR1481351 3 0.0609 0.95715 0.00 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1334608 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658681 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809283 4 0.4126 0.11789 0.00 0.000 0.000 0.620 0.380
#> SRR1459300 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811049 3 0.2230 0.86323 0.00 0.116 0.884 0.000 0.000
#> SRR1464835 4 0.0000 0.76997 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339619 4 0.3561 0.53046 0.00 0.260 0.000 0.740 0.000
#> SRR658501 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447523 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415048 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348 2 0.0794 0.86702 0.00 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR603890 2 0.3109 0.75811 0.00 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR810595 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446244 4 0.0000 0.76997 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR817373 4 0.0880 0.75930 0.00 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1457291 2 0.3395 0.73807 0.00 0.764 0.000 0.236 0.000
#> SRR598220 2 0.4304 0.00576 0.00 0.516 0.484 0.000 0.000
#> SRR1477991 2 0.0880 0.86923 0.00 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR598172 2 0.3242 0.75322 0.00 0.784 0.000 0.216 0.000
#> SRR1349032 4 0.3999 0.65459 0.00 0.344 0.000 0.656 0.000
#> SRR604002 2 0.3561 0.58474 0.00 0.740 0.260 0.000 0.000
#> SRR1378026 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404401 2 0.0000 0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333240 2 0.3586 0.57998 0.00 0.736 0.264 0.000 0.000
#> SRR1089399 2 0.0000 0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603421 5 0.3796 0.47196 0.00 0.300 0.000 0.000 0.700
#> SRR812562 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811839 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317 2 0.0000 0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436763 4 0.2966 0.79544 0.00 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1486021 2 0.1410 0.85585 0.00 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1465018 2 0.0000 0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1080998 3 0.2074 0.87627 0.00 0.104 0.896 0.000 0.000
#> SRR1083432 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082833 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614011 4 0.1043 0.74687 0.00 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR1365873 2 0.0000 0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498789 2 0.3274 0.75213 0.00 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR601581 4 0.3305 0.77919 0.00 0.224 0.000 0.776 0.000
#> SRR603566 5 0.0000 0.81072 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1373981 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410 2 0.3274 0.75213 0.00 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR1076511 5 0.4114 0.49107 0.00 0.000 0.000 0.376 0.624
#> SRR614143 3 0.2230 0.86323 0.00 0.116 0.884 0.000 0.000
#> SRR1333570 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366813 2 0.0404 0.87455 0.00 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1388746 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409510 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816250 2 0.3274 0.75213 0.00 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR614131 2 0.0579 0.87486 0.00 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR1331130 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470798 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614179 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474863 2 0.0000 0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813560 2 0.0404 0.87451 0.00 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1312187 4 0.3274 0.78199 0.00 0.220 0.000 0.780 0.000
#> SRR1420960 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355102 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084577 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659971 5 0.0162 0.80882 0.00 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1350855 4 0.3109 0.79242 0.00 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR820779 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476300 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090907 4 0.0000 0.76997 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662294 2 0.0000 0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480789 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336263 4 0.3109 0.79242 0.00 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR660776 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508 2 0.2891 0.69171 0.00 0.824 0.176 0.000 0.000
#> SRR615563 5 0.3796 0.50354 0.00 0.000 0.000 0.300 0.700
#> SRR1101175 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431205 2 0.0000 0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339856 4 0.3109 0.79242 0.00 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1352147 2 0.0162 0.87688 0.00 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR808968 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419 2 0.0000 0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402391 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2167857 2 0.3999 0.47475 0.00 0.656 0.344 0.000 0.000
#> SRR1398752 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437 2 0.0609 0.87112 0.00 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1416955 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064 2 0.0609 0.87112 0.00 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR659001 4 0.4138 0.12102 0.00 0.000 0.000 0.616 0.384
#> SRR2170696 4 0.3109 0.79242 0.00 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR816589 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087487 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329485 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816920 4 0.3109 0.79242 0.00 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1341432 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590 4 0.0000 0.76997 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR817046 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471331 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660788 5 0.6504 0.37535 0.00 0.008 0.192 0.272 0.528
#> SRR819234 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809427 4 0.0000 0.76997 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170217 4 0.0000 0.76997 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1386967 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420344 2 0.2230 0.82235 0.00 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR1334535 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503 5 0.4557 0.05390 0.00 0.008 0.000 0.476 0.516
#> SRR602564 5 0.0404 0.80400 0.00 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1420669 4 0.3109 0.79242 0.00 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR819024 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656223 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR608428 2 0.0000 0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345647 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324 2 0.0000 0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361368 4 0.4306 -0.18386 0.00 0.492 0.000 0.508 0.000
#> SRR1322619 2 0.0290 0.87583 0.00 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1349276 4 0.0000 0.76997 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404024 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637 2 0.0162 0.87688 0.00 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1452631 4 0.0000 0.76997 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608392 5 0.0162 0.80861 0.00 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1357757 3 0.1043 0.94058 0.00 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1074646 4 0.3109 0.79242 0.00 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1367499 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343501 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394406 3 0.6058 0.19707 0.00 0.136 0.528 0.336 0.000
#> SRR1381435 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467407 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422 2 0.3586 0.57991 0.00 0.736 0.264 0.000 0.000
#> SRR1380270 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091817 2 0.3274 0.75213 0.00 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR1440137 2 0.0609 0.87112 0.00 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR614311 4 0.0000 0.76997 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407516 2 0.0000 0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815494 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333209 4 0.0000 0.76997 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615177 5 0.3607 0.58954 0.00 0.004 0.000 0.244 0.752
#> SRR1099648 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659720 5 0.6096 0.38992 0.00 0.148 0.316 0.000 0.536
#> SRR2185057 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468 4 0.3734 0.77564 0.00 0.168 0.036 0.796 0.000
#> SRR660042 5 0.0000 0.81072 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170864 2 0.3274 0.75213 0.00 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR1440491 4 0.0290 0.76895 0.00 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1440852 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811169 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311 4 0.3109 0.79242 0.00 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR818009 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836 2 0.0000 0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498313 2 0.3039 0.67303 0.00 0.808 0.192 0.000 0.000
#> SRR1441975 2 0.0000 0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819096 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679 2 0.2929 0.71693 0.00 0.820 0.180 0.000 0.000
#> SRR1489116 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354138 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490589 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1412987 4 0.3039 0.79438 0.00 0.192 0.000 0.808 0.000
#> SRR602034 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353437 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661577 5 0.3109 0.67520 0.00 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR612190 4 0.3242 0.78390 0.00 0.216 0.000 0.784 0.000
#> SRR1399880 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787 4 0.3944 0.77936 0.00 0.200 0.000 0.768 0.032
#> SRR657869 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476697 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538 4 0.3109 0.79242 0.00 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1331422 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859 3 0.2230 0.86323 0.00 0.116 0.884 0.000 0.000
#> SRR1097594 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336706 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472976 4 0.3109 0.79242 0.00 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1321307 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477149 2 0.0000 0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457397 3 0.3242 0.69900 0.00 0.216 0.784 0.000 0.000
#> SRR661913 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069024 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2165634 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328642 2 0.0000 0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488261 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318815 4 0.0000 0.76997 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816945 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432 4 0.0000 0.76997 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359280 2 0.0000 0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313910 2 0.3274 0.75213 0.00 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR1457315 4 0.4074 0.61977 0.00 0.364 0.000 0.636 0.000
#> SRR815398 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958 5 0.0290 0.80627 0.00 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR600688 5 0.0000 0.81072 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098952 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614167 5 0.0000 0.81072 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348114 4 0.3305 0.77919 0.00 0.224 0.000 0.776 0.000
#> SRR658033 5 0.0000 0.81072 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1077503 3 0.2074 0.87720 0.00 0.104 0.896 0.000 0.000
#> SRR661854 5 0.0000 0.81072 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR811379 4 0.4305 0.76752 0.00 0.200 0.000 0.748 0.052
#> SRR1318857 2 0.1341 0.85778 0.00 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR656445 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433044 2 0.0000 0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486391 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364824 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR601038 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360080 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868 3 0.1043 0.93739 0.00 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1485997 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560 4 0.3863 0.78123 0.00 0.200 0.000 0.772 0.028
#> SRR1333330 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513 3 0.2329 0.85336 0.00 0.124 0.876 0.000 0.000
#> SRR1328407 3 0.2280 0.85917 0.00 0.120 0.880 0.000 0.000
#> SRR602784 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348468 4 0.0000 0.76997 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663717 4 0.3895 0.48166 0.00 0.000 0.000 0.680 0.320
#> SRR602217 2 0.0000 0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603140 3 0.2773 0.85238 0.00 0.112 0.868 0.000 0.020
#> SRR1340804 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333462 2 0.0162 0.87612 0.00 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1094601 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610 3 0.2280 0.85836 0.00 0.120 0.880 0.000 0.000
#> SRR1435833 4 0.0000 0.76997 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398728 2 0.3274 0.75213 0.00 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR1358343 4 0.0000 0.76997 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410890 2 0.3395 0.73807 0.00 0.764 0.000 0.236 0.000
#> SRR1350371 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478 2 0.2329 0.82084 0.00 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1099260 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433576 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345541 4 0.7142 -0.09418 0.00 0.032 0.176 0.400 0.392
#> SRR1086328 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476207 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR627435 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489862 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490115 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377714 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819394 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161 5 0.0000 0.81072 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR607042 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656203 2 0.1121 0.86369 0.00 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR660602 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440397 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249 2 0.0609 0.87112 0.00 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR661242 5 0.4302 0.63403 0.00 0.048 0.000 0.208 0.744
#> SRR1332007 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809619 2 0.0000 0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819975 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281 2 0.0000 0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662366 3 0.3876 0.51250 0.00 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR1317898 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382485 4 0.4088 0.61287 0.00 0.368 0.000 0.632 0.000
#> SRR2166420 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817444 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320403 2 0.0000 0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101483 4 0.4138 0.58307 0.00 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR1331684 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400054 5 0.3612 0.62438 0.00 0.000 0.000 0.268 0.732
#> SRR1406088 2 0.0609 0.87112 0.00 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR820733 4 0.3794 0.77455 0.00 0.152 0.048 0.800 0.000
#> SRR1314113 4 0.0000 0.76997 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382615 3 0.0000 0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480745 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850 2 0.0000 0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656782 3 0.2230 0.86323 0.00 0.116 0.884 0.000 0.000
#> SRR821364 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295 2 0.3983 0.48027 0.00 0.660 0.340 0.000 0.000
#> SRR1357103 3 0.0162 0.96941 0.00 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR809185 4 0.3305 0.77919 0.00 0.224 0.000 0.776 0.000
#> SRR811583 5 0.4126 0.48462 0.00 0.000 0.000 0.380 0.620
#> SRR1468050 1 0.0000 1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224 2 0.3274 0.75213 0.00 0.780 0.000 0.220 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1500170 2 0.4136 0.77928 0.000 0.732 0.000 0.192 0.076 0.000
#> SRR1402368 3 0.0000 0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607743 3 0.4399 -0.08147 0.000 0.000 0.516 0.024 0.460 0.000
#> SRR1457375 2 0.4008 0.78224 0.000 0.740 0.000 0.196 0.064 0.000
#> SRR1470923 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785 3 0.0458 0.88662 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR814768 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031 2 0.3101 0.77447 0.000 0.820 0.000 0.148 0.032 0.000
#> SRR1363611 2 0.4039 0.78010 0.000 0.732 0.000 0.208 0.060 0.000
#> SRR1468447 5 0.5392 0.47140 0.000 0.224 0.000 0.192 0.584 0.000
#> SRR1071931 2 0.4613 0.74802 0.000 0.660 0.000 0.260 0.080 0.000
#> SRR810981 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299 6 0.3684 0.52132 0.000 0.372 0.000 0.000 0.000 0.628
#> SRR663585 3 0.0000 0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326773 5 0.4343 0.64978 0.000 0.156 0.000 0.120 0.724 0.000
#> SRR1351166 2 0.0603 0.71908 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016 0.000
#> SRR1477452 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720 3 0.0000 0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420320 4 0.2003 0.74046 0.000 0.116 0.000 0.884 0.000 0.000
#> SRR1081712 5 0.4923 0.58122 0.000 0.176 0.000 0.168 0.656 0.000
#> SRR1318241 3 0.3782 0.44458 0.000 0.000 0.588 0.000 0.412 0.000
#> SRR1333718 3 0.0000 0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313514 5 0.2003 0.73642 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000
#> SRR1477861 5 0.2730 0.65545 0.000 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000
#> SRR1318005 5 0.2003 0.73642 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000
#> SRR1354665 2 0.3953 0.78319 0.000 0.744 0.000 0.196 0.060 0.000
#> SRR657707 3 0.3774 0.45496 0.000 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000
#> SRR1370742 3 0.0000 0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1412947 2 0.3776 0.78383 0.000 0.756 0.000 0.196 0.048 0.000
#> SRR661553 6 0.2134 0.80856 0.000 0.000 0.000 0.052 0.044 0.904
#> SRR1328869 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211 2 0.0000 0.71075 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348181 3 0.0000 0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416560 3 0.0000 0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319772 3 0.0000 0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091452 2 0.4377 0.76087 0.000 0.688 0.000 0.244 0.068 0.000
#> SRR1338812 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072 2 0.0000 0.71075 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814844 4 0.0146 0.75496 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1376619 3 0.0000 0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603690 6 0.0146 0.84479 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR2184980 2 0.3978 0.78329 0.000 0.744 0.000 0.192 0.064 0.000
#> SRR613963 6 0.4283 0.62195 0.000 0.008 0.000 0.244 0.044 0.704
#> SRR1323422 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673 3 0.0000 0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434650 5 0.2730 0.65545 0.000 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000
#> SRR659875 3 0.0458 0.88583 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1465734 3 0.3774 0.45496 0.000 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000
#> SRR1076847 5 0.3336 0.71149 0.000 0.132 0.000 0.056 0.812 0.000
#> SRR1415072 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319 3 0.0000 0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663088 4 0.1152 0.73875 0.000 0.004 0.000 0.952 0.044 0.000
#> SRR1352021 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935 4 0.3298 0.42791 0.000 0.236 0.000 0.756 0.008 0.000
#> SRR1352530 3 0.0000 0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662594 6 0.0000 0.84622 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095309 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647 6 0.0000 0.84622 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR813019 5 0.2340 0.66598 0.000 0.000 0.148 0.000 0.852 0.000
#> SRR1374647 5 0.2302 0.73482 0.000 0.120 0.000 0.008 0.872 0.000
#> SRR603472 5 0.3088 0.67042 0.000 0.020 0.172 0.000 0.808 0.000
#> SRR661529 6 0.0000 0.84622 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR607018 3 0.0146 0.89387 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR627423 4 0.2854 0.69394 0.000 0.208 0.000 0.792 0.000 0.000
#> SRR654921 4 0.0405 0.75476 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008 0.000
#> SRR1418968 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871 6 0.0000 0.84622 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330522 3 0.0000 0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499958 2 0.4062 0.78063 0.000 0.736 0.000 0.196 0.068 0.000
#> SRR614059 6 0.0000 0.84622 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1071403 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719 2 0.4418 0.76477 0.000 0.708 0.000 0.192 0.100 0.000
#> SRR1440421 5 0.5150 0.53785 0.000 0.188 0.000 0.188 0.624 0.000
#> SRR1310412 3 0.3774 0.45496 0.000 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000
#> SRR614767 2 0.0146 0.70851 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR820709 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093 3 0.3857 0.20938 0.000 0.000 0.532 0.000 0.000 0.468
#> SRR1088168 3 0.0000 0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418707 2 0.4114 0.77935 0.000 0.732 0.000 0.196 0.072 0.000
#> SRR1354291 5 0.4240 0.66114 0.000 0.124 0.000 0.140 0.736 0.000
#> SRR2165806 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684 4 0.5399 0.13556 0.000 0.036 0.000 0.536 0.048 0.380
#> SRR1433860 3 0.0000 0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311062 2 0.0000 0.71075 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360359 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385 3 0.0000 0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615407 6 0.0000 0.84622 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413892 3 0.0000 0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443459 2 0.3151 0.62427 0.000 0.748 0.000 0.252 0.000 0.000
#> SRR1338942 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480 3 0.3592 0.53409 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344 0.000
#> SRR1399433 4 0.5729 -0.06160 0.000 0.056 0.000 0.456 0.048 0.440
#> SRR818537 5 0.3126 0.61009 0.000 0.000 0.248 0.000 0.752 0.000
#> SRR1101324 4 0.3309 0.56813 0.000 0.000 0.000 0.720 0.280 0.000
#> SRR807637 6 0.5704 0.43036 0.312 0.020 0.000 0.040 0.044 0.584
#> SRR1091918 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300 6 0.0000 0.84622 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1085426 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.0146 0.71249 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR813891 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431 5 0.5392 0.48679 0.000 0.224 0.000 0.192 0.584 0.000
#> SRR658742 6 0.1152 0.83057 0.000 0.000 0.000 0.004 0.044 0.952
#> SRR1419234 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813 2 0.0260 0.70630 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR603496 6 0.0000 0.84622 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407758 3 0.0000 0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810945 5 0.2092 0.73454 0.000 0.124 0.000 0.000 0.876 0.000
#> SRR817234 5 0.2930 0.72487 0.000 0.124 0.000 0.036 0.840 0.000
#> SRR1444852 3 0.0000 0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660378 6 0.0000 0.84622 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467835 2 0.0146 0.70851 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1338964 3 0.3774 0.45496 0.000 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000
#> SRR1079259 2 0.3857 0.31773 0.000 0.532 0.000 0.000 0.468 0.000
#> SRR1072345 3 0.3774 0.45496 0.000 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000
#> SRR598725 3 0.0000 0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447938 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460 4 0.3266 0.66129 0.000 0.272 0.000 0.728 0.000 0.000
#> SRR1429468 2 0.4136 0.77928 0.000 0.732 0.000 0.192 0.076 0.000
#> SRR1446850 5 0.2135 0.73326 0.000 0.128 0.000 0.000 0.872 0.000
#> SRR1320363 3 0.0146 0.89379 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1413810 3 0.0000 0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598831 6 0.0260 0.84361 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1381865 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957 3 0.0000 0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1491332 3 0.0000 0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099744 2 0.0000 0.71075 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464618 2 0.3464 0.24319 0.000 0.688 0.000 0.312 0.000 0.000
#> SRR1414559 4 0.3217 0.69688 0.000 0.036 0.000 0.852 0.044 0.068
#> SRR1337540 4 0.3620 0.69022 0.000 0.184 0.000 0.772 0.044 0.000
#> SRR1444283 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942 3 0.3737 0.47779 0.000 0.000 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR660295 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335 3 0.0000 0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1363742 3 0.0000 0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345847 2 0.4890 0.71697 0.000 0.660 0.000 0.180 0.160 0.000
#> SRR614960 6 0.0000 0.84622 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR819919 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330 5 0.2436 0.73428 0.000 0.088 0.032 0.000 0.880 0.000
#> SRR1327951 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266 2 0.4305 0.75214 0.000 0.684 0.000 0.260 0.056 0.000
#> SRR1338055 5 0.4453 0.45788 0.000 0.400 0.000 0.032 0.568 0.000
#> SRR1430157 2 0.4136 0.77928 0.000 0.732 0.000 0.192 0.076 0.000
#> SRR1320137 2 0.4011 0.78114 0.000 0.736 0.000 0.204 0.060 0.000
#> SRR1093483 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913 3 0.0000 0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2170490 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845 3 0.2219 0.78618 0.000 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR1436420 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060 3 0.2631 0.70194 0.000 0.000 0.820 0.000 0.180 0.000
#> SRR662282 6 0.0000 0.84622 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487089 4 0.0405 0.75476 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008 0.000
#> SRR1075683 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880 2 0.4328 0.77097 0.000 0.716 0.000 0.192 0.092 0.000
#> SRR1453456 3 0.0000 0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457895 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603 5 0.2730 0.65545 0.000 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000
#> SRR658633 5 0.5697 0.33014 0.000 0.284 0.000 0.200 0.516 0.000
#> SRR1388081 2 0.2048 0.60255 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000 0.000
#> SRR813339 3 0.0000 0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809725 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441 5 0.2942 0.71439 0.000 0.064 0.008 0.000 0.860 0.068
#> SRR613603 6 0.0000 0.84622 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1096571 5 0.3866 0.18918 0.000 0.000 0.484 0.000 0.516 0.000
#> SRR1392701 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693 2 0.4025 0.77386 0.000 0.720 0.000 0.232 0.048 0.000
#> SRR660697 2 0.3868 0.42402 0.000 0.504 0.000 0.496 0.000 0.000
#> SRR1489926 3 0.3804 0.40865 0.000 0.000 0.576 0.000 0.424 0.000
#> SRR811491 3 0.0000 0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311644 4 0.3360 0.58326 0.000 0.004 0.000 0.732 0.264 0.000
#> SRR1451740 3 0.0000 0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615117 5 0.4716 0.23011 0.000 0.020 0.016 0.000 0.520 0.444
#> SRR1391748 4 0.2883 0.69224 0.000 0.212 0.000 0.788 0.000 0.000
#> SRR1466556 3 0.0000 0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614972 6 0.0000 0.84622 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406200 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210 4 0.4700 -0.08015 0.000 0.000 0.000 0.500 0.044 0.456
#> SRR662174 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236 6 0.5698 0.55097 0.000 0.000 0.148 0.180 0.044 0.628
#> SRR1312598 2 0.3953 0.78299 0.000 0.744 0.000 0.196 0.060 0.000
#> SRR1330129 5 0.2048 0.73569 0.000 0.120 0.000 0.000 0.880 0.000
#> SRR1357781 5 0.2003 0.73642 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000
#> SRR1315517 5 0.3851 0.41169 0.000 0.460 0.000 0.000 0.540 0.000
#> SRR1400032 3 0.0000 0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413722 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827 3 0.3862 0.18507 0.000 0.000 0.524 0.000 0.000 0.476
#> SRR814794 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509 4 0.0000 0.75446 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808728 3 0.2340 0.77763 0.000 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1070813 2 0.4136 0.77928 0.000 0.732 0.000 0.192 0.076 0.000
#> SRR1389133 3 0.3706 0.49683 0.000 0.000 0.620 0.000 0.380 0.000
#> SRR601263 3 0.3684 0.51457 0.000 0.000 0.628 0.000 0.372 0.000
#> SRR604718 6 0.2815 0.76359 0.000 0.000 0.000 0.120 0.032 0.848
#> SRR1481351 5 0.2823 0.63039 0.000 0.000 0.204 0.000 0.796 0.000
#> SRR1334608 3 0.0000 0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658681 5 0.3823 0.27228 0.000 0.000 0.436 0.000 0.564 0.000
#> SRR809283 4 0.6732 -0.00992 0.000 0.220 0.000 0.376 0.044 0.360
#> SRR1459300 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547 5 0.3482 0.52195 0.000 0.000 0.316 0.000 0.684 0.000
#> SRR811049 3 0.3774 0.45496 0.000 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000
#> SRR1464835 4 0.2854 0.69394 0.000 0.208 0.000 0.792 0.000 0.000
#> SRR1339619 2 0.1814 0.62719 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000 0.000
#> SRR658501 3 0.0000 0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447523 3 0.0000 0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415048 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348 2 0.4176 0.77725 0.000 0.720 0.000 0.212 0.068 0.000
#> SRR603890 5 0.3817 0.44410 0.000 0.432 0.000 0.000 0.568 0.000
#> SRR810595 3 0.0000 0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446244 2 0.2562 0.57187 0.000 0.828 0.000 0.172 0.000 0.000
#> SRR817373 2 0.2048 0.60255 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000 0.000
#> SRR1457291 2 0.0260 0.70630 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR598220 5 0.5984 0.60850 0.000 0.080 0.140 0.164 0.616 0.000
#> SRR1477991 2 0.3953 0.78299 0.000 0.744 0.000 0.196 0.060 0.000
#> SRR598172 2 0.3804 -0.21888 0.000 0.576 0.000 0.000 0.424 0.000
#> SRR1349032 2 0.4118 0.65836 0.000 0.628 0.000 0.352 0.020 0.000
#> SRR604002 5 0.1913 0.73009 0.000 0.080 0.012 0.000 0.908 0.000
#> SRR1378026 3 0.0000 0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404401 5 0.2003 0.73642 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000
#> SRR1333240 5 0.1913 0.73009 0.000 0.080 0.012 0.000 0.908 0.000
#> SRR1089399 2 0.4136 0.77928 0.000 0.732 0.000 0.192 0.076 0.000
#> SRR603421 6 0.3860 0.51519 0.000 0.036 0.000 0.000 0.236 0.728
#> SRR812562 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520 3 0.0146 0.89387 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR811839 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317 2 0.4156 0.77835 0.000 0.732 0.000 0.188 0.080 0.000
#> SRR1436763 4 0.0000 0.75446 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486021 2 0.3618 0.78363 0.000 0.768 0.000 0.192 0.040 0.000
#> SRR1465018 5 0.5303 0.51156 0.000 0.204 0.000 0.196 0.600 0.000
#> SRR1080998 3 0.3774 0.45496 0.000 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000
#> SRR1083432 3 0.0000 0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082833 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536 3 0.0000 0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614011 2 0.2613 0.56256 0.000 0.848 0.000 0.140 0.000 0.012
#> SRR1365873 5 0.4421 0.64843 0.000 0.128 0.000 0.156 0.716 0.000
#> SRR1498789 2 0.0000 0.71075 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601581 4 0.3136 0.53926 0.000 0.188 0.000 0.796 0.016 0.000
#> SRR603566 6 0.0000 0.84622 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1373981 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410 2 0.0146 0.70851 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1076511 6 0.5967 0.49485 0.000 0.264 0.000 0.124 0.044 0.568
#> SRR614143 5 0.1610 0.67394 0.000 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1333570 3 0.0000 0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366813 2 0.4062 0.78063 0.000 0.736 0.000 0.196 0.068 0.000
#> SRR1388746 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558 3 0.1007 0.86745 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1409510 3 0.0000 0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816250 2 0.0146 0.71249 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR614131 2 0.4516 0.77567 0.000 0.708 0.000 0.212 0.068 0.012
#> SRR1331130 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015 3 0.0000 0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470798 3 0.0000 0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614179 5 0.3866 0.18918 0.000 0.000 0.484 0.000 0.516 0.000
#> SRR1474863 5 0.5546 0.40908 0.000 0.256 0.000 0.192 0.552 0.000
#> SRR813560 2 0.4085 0.78067 0.000 0.736 0.000 0.192 0.072 0.000
#> SRR1312187 2 0.4076 0.51111 0.000 0.540 0.000 0.452 0.008 0.000
#> SRR1420960 3 0.0000 0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355102 3 0.0000 0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084577 3 0.0000 0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659971 6 0.0508 0.83876 0.000 0.012 0.000 0.004 0.000 0.984
#> SRR1350855 4 0.0405 0.75476 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008 0.000
#> SRR820779 3 0.0000 0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476300 3 0.0000 0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090907 2 0.3482 0.21018 0.000 0.684 0.000 0.316 0.000 0.000
#> SRR662294 5 0.2048 0.73569 0.000 0.120 0.000 0.000 0.880 0.000
#> SRR1480789 5 0.3838 0.27516 0.000 0.000 0.448 0.000 0.552 0.000
#> SRR1336263 4 0.0405 0.75476 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008 0.000
#> SRR660776 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508 5 0.1714 0.73057 0.000 0.092 0.000 0.000 0.908 0.000
#> SRR615563 6 0.3490 0.61180 0.000 0.000 0.000 0.268 0.008 0.724
#> SRR1101175 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650 3 0.0146 0.89387 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1431205 5 0.5062 0.56456 0.000 0.168 0.000 0.196 0.636 0.000
#> SRR1339856 4 0.4080 -0.31372 0.000 0.456 0.000 0.536 0.008 0.000
#> SRR1352147 2 0.4264 0.77457 0.000 0.720 0.000 0.196 0.084 0.000
#> SRR808968 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419 2 0.4205 0.77648 0.000 0.728 0.000 0.188 0.084 0.000
#> SRR1402391 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609 3 0.0146 0.89387 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2167857 5 0.2776 0.72770 0.000 0.088 0.052 0.000 0.860 0.000
#> SRR1398752 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437 2 0.4062 0.78063 0.000 0.736 0.000 0.196 0.068 0.000
#> SRR1416955 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064 2 0.4039 0.78016 0.000 0.732 0.000 0.208 0.060 0.000
#> SRR659001 6 0.5855 0.36649 0.000 0.296 0.000 0.180 0.008 0.516
#> SRR2170696 4 0.0547 0.75282 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR816589 3 0.0000 0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1087487 3 0.0000 0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329485 3 0.0000 0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816920 4 0.0260 0.75422 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1341432 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590 4 0.2854 0.69394 0.000 0.208 0.000 0.792 0.000 0.000
#> SRR817046 3 0.1765 0.82991 0.000 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1471331 3 0.0000 0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660788 6 0.6385 0.41105 0.000 0.000 0.188 0.232 0.052 0.528
#> SRR819234 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853 3 0.3737 0.25570 0.000 0.000 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR809427 2 0.2135 0.59248 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000 0.000
#> SRR2170217 4 0.3221 0.66039 0.000 0.264 0.000 0.736 0.000 0.000
#> SRR1386967 3 0.0000 0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420344 2 0.3364 0.78079 0.000 0.780 0.000 0.196 0.024 0.000
#> SRR1334535 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503 6 0.4210 0.48823 0.000 0.000 0.000 0.336 0.028 0.636
#> SRR602564 6 0.0937 0.82247 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1420669 4 0.0000 0.75446 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819024 3 0.0146 0.89379 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR656223 3 0.0000 0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608428 5 0.5556 0.39437 0.000 0.264 0.000 0.188 0.548 0.000
#> SRR1345647 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324 5 0.4800 0.59794 0.000 0.164 0.000 0.164 0.672 0.000
#> SRR1361368 2 0.1663 0.70304 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000 0.000
#> SRR1322619 2 0.4062 0.78063 0.000 0.736 0.000 0.196 0.068 0.000
#> SRR1349276 4 0.2912 0.69044 0.000 0.216 0.000 0.784 0.000 0.000
#> SRR1404024 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637 2 0.4136 0.77928 0.000 0.732 0.000 0.192 0.076 0.000
#> SRR1452631 4 0.3266 0.65811 0.000 0.272 0.000 0.728 0.000 0.000
#> SRR608392 6 0.0146 0.84394 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1357757 3 0.4116 0.37087 0.000 0.000 0.572 0.012 0.416 0.000
#> SRR1074646 4 0.0260 0.75422 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1367499 3 0.0000 0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343501 3 0.0146 0.89387 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1394406 5 0.6049 0.03717 0.000 0.000 0.268 0.324 0.408 0.000
#> SRR1381435 3 0.0000 0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467407 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422 5 0.2094 0.72867 0.000 0.080 0.020 0.000 0.900 0.000
#> SRR1380270 5 0.3288 0.57758 0.000 0.000 0.276 0.000 0.724 0.000
#> SRR1091817 2 0.0000 0.71075 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440137 2 0.4011 0.78114 0.000 0.736 0.000 0.204 0.060 0.000
#> SRR614311 2 0.2597 0.52691 0.000 0.824 0.000 0.176 0.000 0.000
#> SRR1407516 2 0.4892 0.70185 0.000 0.660 0.000 0.164 0.176 0.000
#> SRR815494 3 0.0000 0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333209 2 0.2527 0.54160 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000 0.000
#> SRR615177 6 0.4014 0.63820 0.000 0.000 0.000 0.240 0.044 0.716
#> SRR1099648 3 0.0146 0.89387 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR659720 5 0.3615 0.38620 0.000 0.000 0.008 0.000 0.700 0.292
#> SRR2185057 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468 4 0.3309 0.56813 0.000 0.000 0.000 0.720 0.280 0.000
#> SRR660042 6 0.0000 0.84622 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170864 2 0.0000 0.71075 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440491 2 0.2135 0.59248 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000 0.000
#> SRR1440852 3 0.0000 0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811169 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311 4 0.2778 0.57065 0.000 0.168 0.000 0.824 0.008 0.000
#> SRR818009 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836 5 0.5497 0.42039 0.000 0.256 0.000 0.184 0.560 0.000
#> SRR1498313 5 0.1908 0.73197 0.000 0.096 0.000 0.004 0.900 0.000
#> SRR1441975 5 0.4704 0.61075 0.000 0.160 0.000 0.156 0.684 0.000
#> SRR819096 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679 2 0.4549 0.59945 0.000 0.712 0.204 0.016 0.068 0.000
#> SRR1489116 3 0.0937 0.87056 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1354138 3 0.0000 0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490589 3 0.0000 0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1412987 4 0.0405 0.75560 0.000 0.008 0.000 0.988 0.004 0.000
#> SRR602034 3 0.0000 0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353437 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871 3 0.0713 0.87853 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR661577 6 0.3989 0.65609 0.000 0.236 0.000 0.000 0.044 0.720
#> SRR612190 4 0.0146 0.75368 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1399880 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787 4 0.3150 0.64776 0.000 0.112 0.000 0.840 0.012 0.036
#> SRR657869 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141 3 0.0000 0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476697 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538 4 0.0806 0.74760 0.000 0.020 0.000 0.972 0.008 0.000
#> SRR1331422 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859 3 0.3774 0.45496 0.000 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000
#> SRR1097594 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419 3 0.0000 0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336706 3 0.2996 0.62645 0.000 0.000 0.772 0.000 0.228 0.000
#> SRR1472976 4 0.0000 0.75446 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321307 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461 3 0.0000 0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477149 5 0.2048 0.73569 0.000 0.120 0.000 0.000 0.880 0.000
#> SRR1457397 5 0.2946 0.66681 0.000 0.012 0.176 0.000 0.812 0.000
#> SRR661913 3 0.0000 0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069024 5 0.3023 0.62854 0.000 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000
#> SRR2165634 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722 3 0.0000 0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328642 5 0.2572 0.72788 0.000 0.136 0.000 0.012 0.852 0.000
#> SRR1488261 3 0.0458 0.88651 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1318815 4 0.2854 0.69394 0.000 0.208 0.000 0.792 0.000 0.000
#> SRR816945 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432 4 0.3221 0.66205 0.000 0.264 0.000 0.736 0.000 0.000
#> SRR1359280 5 0.3066 0.72167 0.000 0.124 0.000 0.044 0.832 0.000
#> SRR1313910 2 0.1492 0.73757 0.000 0.940 0.000 0.036 0.024 0.000
#> SRR1457315 4 0.4332 0.10246 0.000 0.316 0.000 0.644 0.040 0.000
#> SRR815398 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958 6 0.0260 0.84135 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR600688 6 0.0000 0.84622 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098952 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916 3 0.0000 0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614167 6 0.0000 0.84622 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348114 2 0.4062 0.52548 0.000 0.552 0.000 0.440 0.008 0.000
#> SRR658033 6 0.0000 0.84622 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1077503 5 0.2416 0.66212 0.000 0.000 0.156 0.000 0.844 0.000
#> SRR661854 6 0.0000 0.84622 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR811379 4 0.4459 0.20959 0.000 0.012 0.000 0.588 0.016 0.384
#> SRR1318857 2 0.3896 0.78356 0.000 0.748 0.000 0.196 0.056 0.000
#> SRR656445 3 0.0000 0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433044 5 0.2048 0.73569 0.000 0.120 0.000 0.000 0.880 0.000
#> SRR1486391 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071 3 0.0937 0.87022 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1364824 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745 3 0.3126 0.58775 0.000 0.000 0.752 0.000 0.248 0.000
#> SRR601038 3 0.5016 0.06958 0.000 0.000 0.532 0.000 0.392 0.076
#> SRR1360080 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868 3 0.3695 0.50344 0.000 0.000 0.624 0.000 0.376 0.000
#> SRR1485997 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560 4 0.0984 0.75105 0.000 0.012 0.000 0.968 0.012 0.008
#> SRR1333330 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513 3 0.3797 0.43122 0.000 0.000 0.580 0.000 0.420 0.000
#> SRR1328407 5 0.2340 0.66598 0.000 0.000 0.148 0.000 0.852 0.000
#> SRR602784 3 0.0632 0.88218 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1348468 4 0.3288 0.65608 0.000 0.276 0.000 0.724 0.000 0.000
#> SRR663717 6 0.3563 0.49800 0.000 0.000 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR602217 5 0.3854 0.68829 0.000 0.136 0.000 0.092 0.772 0.000
#> SRR603140 5 0.4992 -0.21095 0.000 0.000 0.464 0.000 0.468 0.068
#> SRR1340804 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574 3 0.0000 0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333462 5 0.2003 0.73642 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000
#> SRR1094601 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610 3 0.3774 0.45496 0.000 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000
#> SRR1435833 2 0.3847 -0.25094 0.000 0.544 0.000 0.456 0.000 0.000
#> SRR1398728 2 0.0858 0.72770 0.000 0.968 0.000 0.028 0.004 0.000
#> SRR1358343 4 0.2854 0.69394 0.000 0.208 0.000 0.792 0.000 0.000
#> SRR1410890 2 0.0260 0.70630 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1350371 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478 2 0.3829 0.78482 0.000 0.760 0.000 0.180 0.060 0.000
#> SRR1099260 3 0.0000 0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433576 3 0.0000 0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345541 4 0.5469 0.45670 0.000 0.000 0.172 0.656 0.044 0.128
#> SRR1086328 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391 3 0.0000 0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476207 3 0.0000 0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627435 3 0.0146 0.89357 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1489862 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191 3 0.0000 0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490115 3 0.2454 0.76986 0.000 0.000 0.840 0.000 0.160 0.000
#> SRR1377714 3 0.2118 0.81579 0.000 0.000 0.888 0.008 0.104 0.000
#> SRR819394 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161 6 0.1007 0.83188 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR607042 3 0.3747 0.25052 0.000 0.000 0.604 0.000 0.396 0.000
#> SRR656203 2 0.3925 0.78310 0.000 0.744 0.000 0.200 0.056 0.000
#> SRR660602 3 0.0000 0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440397 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249 2 0.3983 0.77944 0.000 0.736 0.000 0.208 0.056 0.000
#> SRR661242 6 0.3756 0.54107 0.000 0.352 0.000 0.004 0.000 0.644
#> SRR1332007 5 0.3864 0.19798 0.000 0.000 0.480 0.000 0.520 0.000
#> SRR809619 2 0.4475 0.69351 0.000 0.700 0.000 0.100 0.200 0.000
#> SRR819975 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281 5 0.5454 0.44980 0.000 0.236 0.000 0.192 0.572 0.000
#> SRR662366 3 0.2631 0.73604 0.000 0.000 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1317898 3 0.0000 0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382485 2 0.4675 0.64087 0.000 0.580 0.000 0.368 0.052 0.000
#> SRR2166420 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541 3 0.0000 0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817444 3 0.0146 0.89387 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1320403 5 0.4697 0.61161 0.000 0.144 0.000 0.172 0.684 0.000
#> SRR1101483 2 0.4330 0.68192 0.000 0.632 0.000 0.332 0.036 0.000
#> SRR1331684 3 0.0000 0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400054 6 0.5474 0.59749 0.000 0.200 0.000 0.108 0.044 0.648
#> SRR1406088 2 0.4085 0.78067 0.000 0.736 0.000 0.192 0.072 0.000
#> SRR820733 4 0.1967 0.70457 0.000 0.000 0.084 0.904 0.012 0.000
#> SRR1314113 4 0.2854 0.69394 0.000 0.208 0.000 0.792 0.000 0.000
#> SRR1382615 3 0.0146 0.89387 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1480745 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850 5 0.3023 0.72358 0.000 0.120 0.000 0.044 0.836 0.000
#> SRR656782 3 0.3774 0.45496 0.000 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000
#> SRR821364 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295 5 0.2436 0.73428 0.000 0.088 0.032 0.000 0.880 0.000
#> SRR1357103 5 0.2762 0.65311 0.000 0.000 0.196 0.000 0.804 0.000
#> SRR809185 2 0.4032 0.56317 0.000 0.572 0.000 0.420 0.008 0.000
#> SRR811583 6 0.6135 0.48333 0.000 0.196 0.000 0.196 0.044 0.564
#> SRR1468050 1 0.0000 1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224 2 0.1010 0.72496 0.000 0.960 0.000 0.004 0.036 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17314 rows and 500 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.3577 0.643 0.643
#> 3 3 0.834 0.919 0.960 0.8094 0.707 0.544
#> 4 4 0.751 0.757 0.873 0.1052 0.923 0.785
#> 5 5 0.696 0.560 0.754 0.0681 0.879 0.621
#> 6 6 0.718 0.649 0.768 0.0510 0.918 0.670
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1500170 2 0 1 0 1
#> SRR1402368 2 0 1 0 1
#> SRR607743 2 0 1 0 1
#> SRR1457375 2 0 1 0 1
#> SRR1470923 1 0 1 1 0
#> SRR817954 1 0 1 1 0
#> SRR809259 1 0 1 1 0
#> SRR1439785 2 0 1 0 1
#> SRR814768 1 0 1 1 0
#> SRR1102031 2 0 1 0 1
#> SRR1363611 2 0 1 0 1
#> SRR1468447 2 0 1 0 1
#> SRR1071931 2 0 1 0 1
#> SRR810981 1 0 1 1 0
#> SRR615299 2 0 1 0 1
#> SRR663585 2 0 1 0 1
#> SRR1326773 2 0 1 0 1
#> SRR1351166 2 0 1 0 1
#> SRR1477452 1 0 1 1 0
#> SRR1084720 2 0 1 0 1
#> SRR1420320 2 0 1 0 1
#> SRR1081712 2 0 1 0 1
#> SRR1318241 2 0 1 0 1
#> SRR1333718 2 0 1 0 1
#> SRR1313514 2 0 1 0 1
#> SRR1477861 2 0 1 0 1
#> SRR1318005 2 0 1 0 1
#> SRR1354665 2 0 1 0 1
#> SRR657707 2 0 1 0 1
#> SRR1370742 2 0 1 0 1
#> SRR1412947 2 0 1 0 1
#> SRR661553 2 0 1 0 1
#> SRR1328869 1 0 1 1 0
#> SRR662211 2 0 1 0 1
#> SRR1348181 2 0 1 0 1
#> SRR1416560 2 0 1 0 1
#> SRR1319772 2 0 1 0 1
#> SRR1091452 2 0 1 0 1
#> SRR1338812 1 0 1 1 0
#> SRR1392072 2 0 1 0 1
#> SRR814844 2 0 1 0 1
#> SRR1376619 2 0 1 0 1
#> SRR603690 2 0 1 0 1
#> SRR2184980 2 0 1 0 1
#> SRR613963 2 0 1 0 1
#> SRR1323422 1 0 1 1 0
#> SRR1397673 2 0 1 0 1
#> SRR1434650 2 0 1 0 1
#> SRR659875 2 0 1 0 1
#> SRR1465734 2 0 1 0 1
#> SRR1076847 2 0 1 0 1
#> SRR1415072 1 0 1 1 0
#> SRR659319 2 0 1 0 1
#> SRR663088 2 0 1 0 1
#> SRR1352021 1 0 1 1 0
#> SRR1325527 1 0 1 1 0
#> SRR1105369 1 0 1 1 0
#> SRR659935 2 0 1 0 1
#> SRR1352530 2 0 1 0 1
#> SRR662594 2 0 1 0 1
#> SRR1095309 1 0 1 1 0
#> SRR615647 2 0 1 0 1
#> SRR813019 2 0 1 0 1
#> SRR1374647 2 0 1 0 1
#> SRR603472 2 0 1 0 1
#> SRR661529 2 0 1 0 1
#> SRR607018 2 0 1 0 1
#> SRR627423 2 0 1 0 1
#> SRR654921 2 0 1 0 1
#> SRR1418968 1 0 1 1 0
#> SRR660871 2 0 1 0 1
#> SRR1330522 2 0 1 0 1
#> SRR1499958 2 0 1 0 1
#> SRR614059 2 0 1 0 1
#> SRR1071403 1 0 1 1 0
#> SRR1486719 2 0 1 0 1
#> SRR1440421 2 0 1 0 1
#> SRR1310412 2 0 1 0 1
#> SRR614767 2 0 1 0 1
#> SRR820709 1 0 1 1 0
#> SRR1471500 1 0 1 1 0
#> SRR658093 2 0 1 0 1
#> SRR1088168 2 0 1 0 1
#> SRR1418707 2 0 1 0 1
#> SRR1354291 2 0 1 0 1
#> SRR2165806 1 0 1 1 0
#> SRR1415684 2 0 1 0 1
#> SRR1433860 2 0 1 0 1
#> SRR1311062 2 0 1 0 1
#> SRR1360359 1 0 1 1 0
#> SRR661385 2 0 1 0 1
#> SRR615407 2 0 1 0 1
#> SRR1413892 2 0 1 0 1
#> SRR1443459 2 0 1 0 1
#> SRR1338942 1 0 1 1 0
#> SRR657480 2 0 1 0 1
#> SRR1399433 2 0 1 0 1
#> SRR818537 2 0 1 0 1
#> SRR1101324 2 0 1 0 1
#> SRR807637 2 0 1 0 1
#> SRR1091918 1 0 1 1 0
#> SRR598300 2 0 1 0 1
#> SRR1085426 1 0 1 1 0
#> SRR1376294 2 0 1 0 1
#> SRR813891 1 0 1 1 0
#> SRR1467431 2 0 1 0 1
#> SRR658742 2 0 1 0 1
#> SRR1419234 1 0 1 1 0
#> SRR1404813 2 0 1 0 1
#> SRR603496 2 0 1 0 1
#> SRR1407758 2 0 1 0 1
#> SRR810945 2 0 1 0 1
#> SRR817234 2 0 1 0 1
#> SRR1444852 2 0 1 0 1
#> SRR660378 2 0 1 0 1
#> SRR1467835 2 0 1 0 1
#> SRR1338964 2 0 1 0 1
#> SRR1079259 2 0 1 0 1
#> SRR1072345 2 0 1 0 1
#> SRR598725 2 0 1 0 1
#> SRR1447938 1 0 1 1 0
#> SRR1356397 1 0 1 1 0
#> SRR1360460 2 0 1 0 1
#> SRR1429468 2 0 1 0 1
#> SRR1446850 2 0 1 0 1
#> SRR1320363 2 0 1 0 1
#> SRR1413810 2 0 1 0 1
#> SRR598831 2 0 1 0 1
#> SRR1381865 1 0 1 1 0
#> SRR660957 2 0 1 0 1
#> SRR1491332 2 0 1 0 1
#> SRR1099744 2 0 1 0 1
#> SRR1464618 2 0 1 0 1
#> SRR1414559 2 0 1 0 1
#> SRR1337540 2 0 1 0 1
#> SRR1444283 1 0 1 1 0
#> SRR2184942 2 0 1 0 1
#> SRR660295 1 0 1 1 0
#> SRR601335 2 0 1 0 1
#> SRR1363742 2 0 1 0 1
#> SRR1345847 2 0 1 0 1
#> SRR614960 2 0 1 0 1
#> SRR819919 1 0 1 1 0
#> SRR603330 2 0 1 0 1
#> SRR1327951 1 0 1 1 0
#> SRR1401885 1 0 1 1 0
#> SRR1345266 2 0 1 0 1
#> SRR1338055 2 0 1 0 1
#> SRR1430157 2 0 1 0 1
#> SRR1320137 2 0 1 0 1
#> SRR1093483 1 0 1 1 0
#> SRR1341080 1 0 1 1 0
#> SRR1459913 2 0 1 0 1
#> SRR2170490 1 0 1 1 0
#> SRR1479845 2 0 1 0 1
#> SRR1436420 1 0 1 1 0
#> SRR1481060 2 0 1 0 1
#> SRR662282 2 0 1 0 1
#> SRR1487089 2 0 1 0 1
#> SRR1075683 1 0 1 1 0
#> SRR1338536 1 0 1 1 0
#> SRR1338880 2 0 1 0 1
#> SRR1453456 2 0 1 0 1
#> SRR1457895 1 0 1 1 0
#> SRR1440603 2 0 1 0 1
#> SRR658633 2 0 1 0 1
#> SRR1388081 2 0 1 0 1
#> SRR813339 2 0 1 0 1
#> SRR809725 1 0 1 1 0
#> SRR627441 2 0 1 0 1
#> SRR613603 2 0 1 0 1
#> SRR1096571 2 0 1 0 1
#> SRR1392701 1 0 1 1 0
#> SRR1344326 1 0 1 1 0
#> SRR1367693 2 0 1 0 1
#> SRR660697 2 0 1 0 1
#> SRR1489926 2 0 1 0 1
#> SRR811491 2 0 1 0 1
#> SRR1311644 2 0 1 0 1
#> SRR1451740 2 0 1 0 1
#> SRR615117 2 0 1 0 1
#> SRR1391748 2 0 1 0 1
#> SRR1466556 2 0 1 0 1
#> SRR614972 2 0 1 0 1
#> SRR1406200 1 0 1 1 0
#> SRR819210 2 0 1 0 1
#> SRR662174 1 0 1 1 0
#> SRR811988 1 0 1 1 0
#> SRR663236 2 0 1 0 1
#> SRR1312598 2 0 1 0 1
#> SRR1330129 2 0 1 0 1
#> SRR1357781 2 0 1 0 1
#> SRR1315517 2 0 1 0 1
#> SRR1400032 2 0 1 0 1
#> SRR1413722 1 0 1 1 0
#> SRR612827 2 0 1 0 1
#> SRR814794 1 0 1 1 0
#> SRR819430 1 0 1 1 0
#> SRR1395509 2 0 1 0 1
#> SRR808728 2 0 1 0 1
#> SRR1070813 2 0 1 0 1
#> SRR1389133 2 0 1 0 1
#> SRR601263 2 0 1 0 1
#> SRR604718 2 0 1 0 1
#> SRR1481351 2 0 1 0 1
#> SRR1334608 2 0 1 0 1
#> SRR658681 2 0 1 0 1
#> SRR809283 2 0 1 0 1
#> SRR1459300 1 0 1 1 0
#> SRR1392547 2 0 1 0 1
#> SRR811049 2 0 1 0 1
#> SRR1464835 2 0 1 0 1
#> SRR1339619 2 0 1 0 1
#> SRR658501 2 0 1 0 1
#> SRR1447523 2 0 1 0 1
#> SRR1415048 1 0 1 1 0
#> SRR1355451 1 0 1 1 0
#> SRR1444348 2 0 1 0 1
#> SRR603890 2 0 1 0 1
#> SRR810595 2 0 1 0 1
#> SRR1446244 2 0 1 0 1
#> SRR817373 2 0 1 0 1
#> SRR1457291 2 0 1 0 1
#> SRR598220 2 0 1 0 1
#> SRR1477991 2 0 1 0 1
#> SRR598172 2 0 1 0 1
#> SRR1349032 2 0 1 0 1
#> SRR604002 2 0 1 0 1
#> SRR1378026 2 0 1 0 1
#> SRR1404401 2 0 1 0 1
#> SRR1333240 2 0 1 0 1
#> SRR1089399 2 0 1 0 1
#> SRR603421 2 0 1 0 1
#> SRR812562 1 0 1 1 0
#> SRR808520 2 0 1 0 1
#> SRR811839 1 0 1 1 0
#> SRR814317 2 0 1 0 1
#> SRR1436763 2 0 1 0 1
#> SRR1486021 2 0 1 0 1
#> SRR1465018 2 0 1 0 1
#> SRR1080998 2 0 1 0 1
#> SRR1083432 2 0 1 0 1
#> SRR1082833 1 0 1 1 0
#> SRR1465804 1 0 1 1 0
#> SRR1326536 2 0 1 0 1
#> SRR614011 2 0 1 0 1
#> SRR1365873 2 0 1 0 1
#> SRR1498789 2 0 1 0 1
#> SRR601581 2 0 1 0 1
#> SRR603566 2 0 1 0 1
#> SRR1373981 1 0 1 1 0
#> SRR821410 2 0 1 0 1
#> SRR1076511 2 0 1 0 1
#> SRR614143 2 0 1 0 1
#> SRR1333570 2 0 1 0 1
#> SRR1366813 2 0 1 0 1
#> SRR1388746 1 0 1 1 0
#> SRR1420558 2 0 1 0 1
#> SRR1409510 2 0 1 0 1
#> SRR816250 2 0 1 0 1
#> SRR614131 2 0 1 0 1
#> SRR1331130 1 0 1 1 0
#> SRR1316015 2 0 1 0 1
#> SRR1470798 2 0 1 0 1
#> SRR614179 2 0 1 0 1
#> SRR1474863 2 0 1 0 1
#> SRR813560 2 0 1 0 1
#> SRR1312187 2 0 1 0 1
#> SRR1420960 2 0 1 0 1
#> SRR1355102 2 0 1 0 1
#> SRR1084577 2 0 1 0 1
#> SRR659971 2 0 1 0 1
#> SRR1350855 2 0 1 0 1
#> SRR820779 2 0 1 0 1
#> SRR1476300 2 0 1 0 1
#> SRR1090907 2 0 1 0 1
#> SRR662294 2 0 1 0 1
#> SRR1480789 2 0 1 0 1
#> SRR1336263 2 0 1 0 1
#> SRR660776 1 0 1 1 0
#> SRR1090508 2 0 1 0 1
#> SRR615563 2 0 1 0 1
#> SRR1101175 1 0 1 1 0
#> SRR2164650 2 0 1 0 1
#> SRR1431205 2 0 1 0 1
#> SRR1339856 2 0 1 0 1
#> SRR1352147 2 0 1 0 1
#> SRR808968 1 0 1 1 0
#> SRR627419 2 0 1 0 1
#> SRR1402391 1 0 1 1 0
#> SRR663609 2 0 1 0 1
#> SRR2167857 2 0 1 0 1
#> SRR1398752 1 0 1 1 0
#> SRR1469169 1 0 1 1 0
#> SRR1405437 2 0 1 0 1
#> SRR1416955 1 0 1 1 0
#> SRR1317064 2 0 1 0 1
#> SRR659001 2 0 1 0 1
#> SRR2170696 2 0 1 0 1
#> SRR816589 2 0 1 0 1
#> SRR1087487 2 0 1 0 1
#> SRR1329485 2 0 1 0 1
#> SRR816920 2 0 1 0 1
#> SRR1341432 1 0 1 1 0
#> SRR1361590 2 0 1 0 1
#> SRR817046 2 0 1 0 1
#> SRR1471331 2 0 1 0 1
#> SRR660788 2 0 1 0 1
#> SRR819234 1 0 1 1 0
#> SRR810853 2 0 1 0 1
#> SRR809427 2 0 1 0 1
#> SRR2170217 2 0 1 0 1
#> SRR1386967 2 0 1 0 1
#> SRR1420344 2 0 1 0 1
#> SRR1334535 1 0 1 1 0
#> SRR614503 2 0 1 0 1
#> SRR602564 2 0 1 0 1
#> SRR1420669 2 0 1 0 1
#> SRR819024 2 0 1 0 1
#> SRR656223 2 0 1 0 1
#> SRR608428 2 0 1 0 1
#> SRR1345647 1 0 1 1 0
#> SRR1389324 2 0 1 0 1
#> SRR1361368 2 0 1 0 1
#> SRR1322619 2 0 1 0 1
#> SRR1349276 2 0 1 0 1
#> SRR1404024 1 0 1 1 0
#> SRR1370637 2 0 1 0 1
#> SRR1452631 2 0 1 0 1
#> SRR608392 2 0 1 0 1
#> SRR1357757 2 0 1 0 1
#> SRR1074646 2 0 1 0 1
#> SRR1367499 2 0 1 0 1
#> SRR1343501 2 0 1 0 1
#> SRR1394406 2 0 1 0 1
#> SRR1381435 2 0 1 0 1
#> SRR1467407 1 0 1 1 0
#> SRR1092422 2 0 1 0 1
#> SRR1380270 2 0 1 0 1
#> SRR1091817 2 0 1 0 1
#> SRR1440137 2 0 1 0 1
#> SRR614311 2 0 1 0 1
#> SRR1407516 2 0 1 0 1
#> SRR815494 2 0 1 0 1
#> SRR1333209 2 0 1 0 1
#> SRR615177 2 0 1 0 1
#> SRR1099648 2 0 1 0 1
#> SRR659720 2 0 1 0 1
#> SRR2185057 1 0 1 1 0
#> SRR1467125 1 0 1 1 0
#> SRR657468 2 0 1 0 1
#> SRR660042 2 0 1 0 1
#> SRR2170864 2 0 1 0 1
#> SRR1440491 2 0 1 0 1
#> SRR1440852 2 0 1 0 1
#> SRR811169 1 0 1 1 0
#> SRR1331311 2 0 1 0 1
#> SRR818009 1 0 1 1 0
#> SRR1351836 2 0 1 0 1
#> SRR1498313 2 0 1 0 1
#> SRR1441975 2 0 1 0 1
#> SRR819096 1 0 1 1 0
#> SRR1073679 2 0 1 0 1
#> SRR1489116 2 0 1 0 1
#> SRR1354138 2 0 1 0 1
#> SRR1490589 2 0 1 0 1
#> SRR1412987 2 0 1 0 1
#> SRR602034 2 0 1 0 1
#> SRR1353437 1 0 1 1 0
#> SRR1072871 2 0 1 0 1
#> SRR661577 2 0 1 0 1
#> SRR612190 2 0 1 0 1
#> SRR1399880 1 0 1 1 0
#> SRR1101787 2 0 1 0 1
#> SRR657869 1 0 1 1 0
#> SRR1446332 1 0 1 1 0
#> SRR816039 1 0 1 1 0
#> SRR1485141 2 0 1 0 1
#> SRR1476697 1 0 1 1 0
#> SRR1379538 2 0 1 0 1
#> SRR1331422 1 0 1 1 0
#> SRR660859 2 0 1 0 1
#> SRR1097594 1 0 1 1 0
#> SRR1311419 2 0 1 0 1
#> SRR1336706 2 0 1 0 1
#> SRR1472976 2 0 1 0 1
#> SRR1321307 1 0 1 1 0
#> SRR807493 1 0 1 1 0
#> SRR812461 2 0 1 0 1
#> SRR1477149 2 0 1 0 1
#> SRR1457397 2 0 1 0 1
#> SRR661913 2 0 1 0 1
#> SRR1069024 2 0 1 0 1
#> SRR2165634 1 0 1 1 0
#> SRR1478722 2 0 1 0 1
#> SRR1328642 2 0 1 0 1
#> SRR1488261 2 0 1 0 1
#> SRR1318815 2 0 1 0 1
#> SRR816945 1 0 1 1 0
#> SRR1367432 2 0 1 0 1
#> SRR1359280 2 0 1 0 1
#> SRR1313910 2 0 1 0 1
#> SRR1457315 2 0 1 0 1
#> SRR815398 1 0 1 1 0
#> SRR656958 2 0 1 0 1
#> SRR600688 2 0 1 0 1
#> SRR1098952 1 0 1 1 0
#> SRR1314916 2 0 1 0 1
#> SRR614167 2 0 1 0 1
#> SRR1348114 2 0 1 0 1
#> SRR658033 2 0 1 0 1
#> SRR1077503 2 0 1 0 1
#> SRR661854 2 0 1 0 1
#> SRR811379 2 0 1 0 1
#> SRR1318857 2 0 1 0 1
#> SRR656445 2 0 1 0 1
#> SRR1433044 2 0 1 0 1
#> SRR1486391 1 0 1 1 0
#> SRR656071 2 0 1 0 1
#> SRR1364824 1 0 1 1 0
#> SRR1379133 1 0 1 1 0
#> SRR1394169 1 0 1 1 0
#> SRR816745 2 0 1 0 1
#> SRR601038 2 0 1 0 1
#> SRR1360080 1 0 1 1 0
#> SRR814868 2 0 1 0 1
#> SRR1485997 1 0 1 1 0
#> SRR1435560 2 0 1 0 1
#> SRR1333330 1 0 1 1 0
#> SRR663513 2 0 1 0 1
#> SRR1328407 2 0 1 0 1
#> SRR602784 2 0 1 0 1
#> SRR1348468 2 0 1 0 1
#> SRR663717 2 0 1 0 1
#> SRR602217 2 0 1 0 1
#> SRR603140 2 0 1 0 1
#> SRR1340804 1 0 1 1 0
#> SRR1457574 2 0 1 0 1
#> SRR1333462 2 0 1 0 1
#> SRR1094601 1 0 1 1 0
#> SRR1434610 2 0 1 0 1
#> SRR1435833 2 0 1 0 1
#> SRR1398728 2 0 1 0 1
#> SRR1358343 2 0 1 0 1
#> SRR1410890 2 0 1 0 1
#> SRR1350371 1 0 1 1 0
#> SRR1392478 2 0 1 0 1
#> SRR1099260 2 0 1 0 1
#> SRR1433576 2 0 1 0 1
#> SRR1345541 2 0 1 0 1
#> SRR1086328 1 0 1 1 0
#> SRR810391 2 0 1 0 1
#> SRR1476207 2 0 1 0 1
#> SRR627435 2 0 1 0 1
#> SRR1489862 1 0 1 1 0
#> SRR1419086 1 0 1 1 0
#> SRR1436539 1 0 1 1 0
#> SRR1396191 2 0 1 0 1
#> SRR1490115 2 0 1 0 1
#> SRR1377714 2 0 1 0 1
#> SRR819394 1 0 1 1 0
#> SRR663161 2 0 1 0 1
#> SRR607042 2 0 1 0 1
#> SRR656203 2 0 1 0 1
#> SRR660602 2 0 1 0 1
#> SRR1440397 1 0 1 1 0
#> SRR1369264 1 0 1 1 0
#> SRR809233 1 0 1 1 0
#> SRR663249 2 0 1 0 1
#> SRR661242 2 0 1 0 1
#> SRR1332007 2 0 1 0 1
#> SRR809619 2 0 1 0 1
#> SRR819975 1 0 1 1 0
#> SRR599281 2 0 1 0 1
#> SRR662366 2 0 1 0 1
#> SRR1317898 2 0 1 0 1
#> SRR1382485 2 0 1 0 1
#> SRR2166420 1 0 1 1 0
#> SRR1419429 1 0 1 1 0
#> SRR1092541 2 0 1 0 1
#> SRR817444 2 0 1 0 1
#> SRR1320403 2 0 1 0 1
#> SRR1101483 2 0 1 0 1
#> SRR1331684 2 0 1 0 1
#> SRR1400054 2 0 1 0 1
#> SRR1406088 2 0 1 0 1
#> SRR820733 2 0 1 0 1
#> SRR1314113 2 0 1 0 1
#> SRR1382615 2 0 1 0 1
#> SRR1480745 1 0 1 1 0
#> SRR1468850 2 0 1 0 1
#> SRR656782 2 0 1 0 1
#> SRR821364 1 0 1 1 0
#> SRR1101106 1 0 1 1 0
#> SRR659295 2 0 1 0 1
#> SRR1357103 2 0 1 0 1
#> SRR809185 2 0 1 0 1
#> SRR811583 2 0 1 0 1
#> SRR1468050 1 0 1 1 0
#> SRR1440224 2 0 1 0 1
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1500170 2 0.3686 0.8286 0 0.860 0.140
#> SRR1402368 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR607743 3 0.3116 0.8910 0 0.108 0.892
#> SRR1457375 2 0.3752 0.8241 0 0.856 0.144
#> SRR1470923 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR817954 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR809259 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1439785 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR814768 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1102031 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR1363611 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR1468447 2 0.3941 0.8100 0 0.844 0.156
#> SRR1071931 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR810981 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR615299 2 0.3879 0.8149 0 0.848 0.152
#> SRR663585 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1326773 3 0.3752 0.8604 0 0.144 0.856
#> SRR1351166 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR1477452 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1084720 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1420320 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR1081712 2 0.5733 0.5229 0 0.676 0.324
#> SRR1318241 3 0.2711 0.9024 0 0.088 0.912
#> SRR1333718 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1313514 3 0.3551 0.8698 0 0.132 0.868
#> SRR1477861 3 0.1289 0.9267 0 0.032 0.968
#> SRR1318005 3 0.3192 0.8868 0 0.112 0.888
#> SRR1354665 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR657707 3 0.2796 0.9002 0 0.092 0.908
#> SRR1370742 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1412947 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR661553 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR1328869 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR662211 2 0.0424 0.9469 0 0.992 0.008
#> SRR1348181 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1416560 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1319772 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1091452 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR1338812 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1392072 2 0.3941 0.8100 0 0.844 0.156
#> SRR814844 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR1376619 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR603690 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR2184980 2 0.0237 0.9493 0 0.996 0.004
#> SRR613963 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR1323422 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1397673 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1434650 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR659875 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1465734 3 0.2959 0.8953 0 0.100 0.900
#> SRR1076847 3 0.4178 0.8309 0 0.172 0.828
#> SRR1415072 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR659319 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR663088 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR1352021 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR659935 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR1352530 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR662594 2 0.6307 -0.0577 0 0.512 0.488
#> SRR1095309 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR615647 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR813019 3 0.2878 0.8978 0 0.096 0.904
#> SRR1374647 3 0.3482 0.8728 0 0.128 0.872
#> SRR603472 3 0.1411 0.9252 0 0.036 0.964
#> SRR661529 2 0.0892 0.9395 0 0.980 0.020
#> SRR607018 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR627423 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR654921 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR1418968 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR660871 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1330522 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1499958 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR614059 3 0.3941 0.7985 0 0.156 0.844
#> SRR1071403 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1486719 2 0.3879 0.8149 0 0.848 0.152
#> SRR1440421 3 0.5948 0.5113 0 0.360 0.640
#> SRR1310412 3 0.2711 0.9024 0 0.088 0.912
#> SRR614767 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR820709 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR658093 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1088168 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1418707 2 0.3752 0.8241 0 0.856 0.144
#> SRR1354291 3 0.6280 0.2208 0 0.460 0.540
#> SRR2165806 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1415684 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR1433860 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1311062 2 0.3941 0.8100 0 0.844 0.156
#> SRR1360359 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR661385 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR615407 2 0.1529 0.9255 0 0.960 0.040
#> SRR1413892 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1443459 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR1338942 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR657480 3 0.2711 0.9024 0 0.088 0.912
#> SRR1399433 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR818537 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1101324 2 0.1860 0.9148 0 0.948 0.052
#> SRR807637 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR1091918 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR598300 3 0.5363 0.6886 0 0.276 0.724
#> SRR1085426 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.0237 0.9493 0 0.996 0.004
#> SRR813891 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1467431 3 0.5529 0.6452 0 0.296 0.704
#> SRR658742 2 0.0892 0.9394 0 0.980 0.020
#> SRR1419234 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1404813 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR603496 3 0.3038 0.8925 0 0.104 0.896
#> SRR1407758 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR810945 2 0.5810 0.5035 0 0.664 0.336
#> SRR817234 3 0.4605 0.7913 0 0.204 0.796
#> SRR1444852 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR660378 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1467835 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR1338964 3 0.2711 0.9024 0 0.088 0.912
#> SRR1079259 2 0.2796 0.8811 0 0.908 0.092
#> SRR1072345 3 0.3340 0.8808 0 0.120 0.880
#> SRR598725 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1447938 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1360460 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR1429468 2 0.0237 0.9493 0 0.996 0.004
#> SRR1446850 2 0.4974 0.6993 0 0.764 0.236
#> SRR1320363 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1413810 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR598831 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR1381865 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR660957 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1491332 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1099744 2 0.3879 0.8149 0 0.848 0.152
#> SRR1464618 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR1414559 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR1337540 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR1444283 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2184942 3 0.2796 0.9002 0 0.092 0.908
#> SRR660295 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR601335 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1363742 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1345847 2 0.0237 0.9492 0 0.996 0.004
#> SRR614960 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR819919 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR603330 3 0.2711 0.9024 0 0.088 0.912
#> SRR1327951 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1345266 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR1338055 3 0.4702 0.7815 0 0.212 0.788
#> SRR1430157 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR1320137 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR1093483 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1459913 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR2170490 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1479845 3 0.2165 0.9139 0 0.064 0.936
#> SRR1436420 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1481060 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR662282 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1487089 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR1075683 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1338536 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1338880 2 0.0747 0.9420 0 0.984 0.016
#> SRR1453456 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1457895 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1440603 3 0.2711 0.9024 0 0.088 0.912
#> SRR658633 2 0.3816 0.8195 0 0.852 0.148
#> SRR1388081 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR813339 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR809725 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR627441 3 0.2878 0.8978 0 0.096 0.904
#> SRR613603 3 0.0424 0.9348 0 0.008 0.992
#> SRR1096571 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1392701 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1344326 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1367693 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR660697 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR1489926 3 0.2878 0.8978 0 0.096 0.904
#> SRR811491 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1311644 2 0.1529 0.9247 0 0.960 0.040
#> SRR1451740 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR615117 3 0.2625 0.9044 0 0.084 0.916
#> SRR1391748 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR1466556 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR614972 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1406200 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR819210 2 0.0237 0.9492 0 0.996 0.004
#> SRR662174 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR811988 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR663236 2 0.6295 0.0605 0 0.528 0.472
#> SRR1312598 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR1330129 3 0.4062 0.8384 0 0.164 0.836
#> SRR1357781 3 0.3192 0.8865 0 0.112 0.888
#> SRR1315517 3 0.6309 0.0840 0 0.496 0.504
#> SRR1400032 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1413722 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR612827 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR814794 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR819430 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1395509 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR808728 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1070813 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR1389133 3 0.2959 0.8953 0 0.100 0.900
#> SRR601263 3 0.2261 0.9121 0 0.068 0.932
#> SRR604718 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR1481351 3 0.2711 0.9024 0 0.088 0.912
#> SRR1334608 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR658681 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR809283 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR1459300 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1392547 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR811049 3 0.2959 0.8953 0 0.100 0.900
#> SRR1464835 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR1339619 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR658501 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1447523 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1415048 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1444348 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR603890 3 0.5397 0.6776 0 0.280 0.720
#> SRR810595 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1446244 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR817373 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR1457291 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR598220 3 0.3686 0.8625 0 0.140 0.860
#> SRR1477991 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR598172 2 0.3941 0.8100 0 0.844 0.156
#> SRR1349032 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR604002 3 0.3038 0.8925 0 0.104 0.896
#> SRR1378026 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1404401 3 0.4291 0.8209 0 0.180 0.820
#> SRR1333240 3 0.2878 0.8978 0 0.096 0.904
#> SRR1089399 2 0.0237 0.9493 0 0.996 0.004
#> SRR603421 2 0.4346 0.7747 0 0.816 0.184
#> SRR812562 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR808520 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR811839 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR814317 2 0.3941 0.8100 0 0.844 0.156
#> SRR1436763 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR1486021 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR1465018 2 0.5363 0.6206 0 0.724 0.276
#> SRR1080998 3 0.2959 0.8953 0 0.100 0.900
#> SRR1083432 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1082833 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1326536 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR614011 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR1365873 3 0.4702 0.7797 0 0.212 0.788
#> SRR1498789 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR601581 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR603566 3 0.0747 0.9323 0 0.016 0.984
#> SRR1373981 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR821410 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR1076511 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR614143 3 0.3038 0.8926 0 0.104 0.896
#> SRR1333570 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1366813 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR1388746 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1420558 3 0.3941 0.7985 0 0.156 0.844
#> SRR1409510 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR816250 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR614131 2 0.0237 0.9492 0 0.996 0.004
#> SRR1331130 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1316015 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1470798 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR614179 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1474863 2 0.3941 0.8100 0 0.844 0.156
#> SRR813560 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR1312187 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR1420960 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1355102 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1084577 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR659971 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR1350855 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR820779 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1476300 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1090907 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR662294 3 0.6286 0.1970 0 0.464 0.536
#> SRR1480789 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1336263 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR660776 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1090508 3 0.3482 0.8730 0 0.128 0.872
#> SRR615563 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR1101175 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2164650 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1431205 2 0.4291 0.7790 0 0.820 0.180
#> SRR1339856 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR1352147 2 0.0424 0.9470 0 0.992 0.008
#> SRR808968 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR627419 2 0.3038 0.8664 0 0.896 0.104
#> SRR1402391 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR663609 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR2167857 3 0.2711 0.9024 0 0.088 0.912
#> SRR1398752 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1405437 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR1416955 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1317064 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR659001 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR2170696 2 0.1031 0.9366 0 0.976 0.024
#> SRR816589 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1087487 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1329485 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR816920 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR1341432 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1361590 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR817046 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1471331 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR660788 2 0.3340 0.8527 0 0.880 0.120
#> SRR819234 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR810853 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR809427 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR2170217 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR1386967 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1420344 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR1334535 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR614503 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR602564 2 0.6095 0.3059 0 0.608 0.392
#> SRR1420669 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR819024 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR656223 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR608428 2 0.3941 0.8100 0 0.844 0.156
#> SRR1345647 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1389324 3 0.5178 0.7167 0 0.256 0.744
#> SRR1361368 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR1322619 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR1349276 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR1404024 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1370637 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR1452631 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR608392 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1357757 3 0.4452 0.8054 0 0.192 0.808
#> SRR1074646 2 0.0424 0.9470 0 0.992 0.008
#> SRR1367499 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1343501 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1394406 3 0.5733 0.6027 0 0.324 0.676
#> SRR1381435 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1467407 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1092422 3 0.3038 0.8926 0 0.104 0.896
#> SRR1380270 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1091817 2 0.3686 0.8286 0 0.860 0.140
#> SRR1440137 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR614311 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR1407516 2 0.1289 0.9316 0 0.968 0.032
#> SRR815494 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1333209 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR615177 2 0.0592 0.9445 0 0.988 0.012
#> SRR1099648 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR659720 3 0.2959 0.8954 0 0.100 0.900
#> SRR2185057 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1467125 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR657468 2 0.1860 0.9148 0 0.948 0.052
#> SRR660042 3 0.3941 0.7985 0 0.156 0.844
#> SRR2170864 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR1440491 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR1440852 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR811169 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1331311 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR818009 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1351836 2 0.3941 0.8100 0 0.844 0.156
#> SRR1498313 3 0.3686 0.8625 0 0.140 0.860
#> SRR1441975 3 0.4178 0.8297 0 0.172 0.828
#> SRR819096 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1073679 2 0.4931 0.7142 0 0.768 0.232
#> SRR1489116 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1354138 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1490589 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1412987 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR602034 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1353437 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1072871 3 0.0424 0.9349 0 0.008 0.992
#> SRR661577 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR612190 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR1399880 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1101787 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR657869 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1446332 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR816039 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1485141 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1476697 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1379538 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR1331422 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR660859 3 0.2959 0.8953 0 0.100 0.900
#> SRR1097594 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1311419 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1336706 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1472976 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR1321307 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR807493 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR812461 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1477149 3 0.3619 0.8657 0 0.136 0.864
#> SRR1457397 3 0.2711 0.9024 0 0.088 0.912
#> SRR661913 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1069024 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR2165634 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1478722 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1328642 3 0.3340 0.8799 0 0.120 0.880
#> SRR1488261 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1318815 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR816945 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1367432 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR1359280 3 0.3941 0.8468 0 0.156 0.844
#> SRR1313910 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR1457315 2 0.5327 0.6038 0 0.728 0.272
#> SRR815398 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR656958 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR600688 2 0.4235 0.7805 0 0.824 0.176
#> SRR1098952 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1314916 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR614167 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1348114 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR658033 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR1077503 3 0.2796 0.9002 0 0.092 0.908
#> SRR661854 3 0.4291 0.8195 0 0.180 0.820
#> SRR811379 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR1318857 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR656445 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1433044 3 0.4291 0.8211 0 0.180 0.820
#> SRR1486391 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR656071 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1364824 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR816745 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR601038 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1360080 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR814868 3 0.2711 0.9024 0 0.088 0.912
#> SRR1485997 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1435560 2 0.0424 0.9470 0 0.992 0.008
#> SRR1333330 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR663513 2 0.5621 0.5440 0 0.692 0.308
#> SRR1328407 3 0.2959 0.8953 0 0.100 0.900
#> SRR602784 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1348468 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR663717 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR602217 3 0.5859 0.5486 0 0.344 0.656
#> SRR603140 3 0.3482 0.8743 0 0.128 0.872
#> SRR1340804 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1457574 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1333462 3 0.3192 0.8865 0 0.112 0.888
#> SRR1094601 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1434610 3 0.2959 0.8956 0 0.100 0.900
#> SRR1435833 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR1398728 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR1358343 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR1410890 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR1350371 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1392478 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR1099260 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1433576 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1345541 2 0.6180 0.2289 0 0.584 0.416
#> SRR1086328 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR810391 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1476207 3 0.0424 0.9349 0 0.008 0.992
#> SRR627435 3 0.1964 0.9173 0 0.056 0.944
#> SRR1489862 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1419086 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1396191 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1490115 3 0.1163 0.9282 0 0.028 0.972
#> SRR1377714 3 0.3116 0.8905 0 0.108 0.892
#> SRR819394 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR663161 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR607042 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR656203 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR660602 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1440397 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1369264 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR809233 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR663249 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR661242 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR1332007 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR809619 2 0.1529 0.9248 0 0.960 0.040
#> SRR819975 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR599281 3 0.6008 0.4858 0 0.372 0.628
#> SRR662366 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1317898 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1382485 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR2166420 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1419429 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1092541 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR817444 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1320403 3 0.4654 0.7869 0 0.208 0.792
#> SRR1101483 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR1331684 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1400054 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR1406088 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR820733 2 0.2878 0.8753 0 0.904 0.096
#> SRR1314113 2 0.0592 0.9445 0 0.988 0.012
#> SRR1382615 3 0.0000 0.9372 0 0.000 1.000
#> SRR1480745 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1468850 3 0.6095 0.4217 0 0.392 0.608
#> SRR656782 3 0.2711 0.9024 0 0.088 0.912
#> SRR821364 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR659295 3 0.2878 0.8978 0 0.096 0.904
#> SRR1357103 3 0.2066 0.9156 0 0.060 0.940
#> SRR809185 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR811583 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
#> SRR1468050 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1440224 2 0.0000 0.9513 0 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1500170 2 0.1716 0.7349 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1402368 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR607743 3 0.3610 0.7585 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1457375 2 0.1557 0.7317 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1470923 1 0.0336 0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR817954 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR814768 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031 2 0.0921 0.7377 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1363611 2 0.3873 0.7227 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR1468447 2 0.3975 0.7145 0.000 0.760 0.000 0.240
#> SRR1071931 2 0.3907 0.7211 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR810981 1 0.0336 0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR615299 2 0.5000 -0.2910 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR663585 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326773 3 0.4857 0.7041 0.000 0.016 0.700 0.284
#> SRR1351166 2 0.0469 0.7246 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1477452 1 0.0336 0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1084720 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420320 2 0.1118 0.7311 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1081712 2 0.6663 0.4686 0.000 0.612 0.144 0.244
#> SRR1318241 3 0.4250 0.7219 0.000 0.000 0.724 0.276
#> SRR1333718 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313514 3 0.4621 0.7105 0.000 0.008 0.708 0.284
#> SRR1477861 3 0.2647 0.8188 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR1318005 3 0.4621 0.7105 0.000 0.008 0.708 0.284
#> SRR1354665 2 0.0921 0.7371 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR657707 3 0.4277 0.7199 0.000 0.000 0.720 0.280
#> SRR1370742 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1412947 2 0.1637 0.7448 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR661553 4 0.3074 0.5966 0.000 0.152 0.000 0.848
#> SRR1328869 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211 2 0.1118 0.7206 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1348181 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416560 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319772 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091452 2 0.4250 0.6714 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR1338812 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072 2 0.1211 0.7187 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR814844 2 0.3837 0.7233 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1376619 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR603690 4 0.4477 0.4847 0.000 0.312 0.000 0.688
#> SRR2184980 2 0.1557 0.7312 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR613963 4 0.3356 0.5886 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR1323422 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434650 3 0.0817 0.8521 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR659875 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465734 3 0.4277 0.7199 0.000 0.000 0.720 0.280
#> SRR1076847 3 0.4963 0.6999 0.000 0.020 0.696 0.284
#> SRR1415072 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663088 4 0.4790 0.3705 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR1352021 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935 2 0.3873 0.7206 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR1352530 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662594 4 0.1545 0.6057 0.000 0.040 0.008 0.952
#> SRR1095309 1 0.0336 0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR615647 4 0.4500 0.4734 0.000 0.000 0.316 0.684
#> SRR813019 3 0.4304 0.7168 0.000 0.000 0.716 0.284
#> SRR1374647 3 0.4304 0.7168 0.000 0.000 0.716 0.284
#> SRR603472 3 0.2704 0.8171 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR661529 4 0.2149 0.6122 0.000 0.088 0.000 0.912
#> SRR607018 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR627423 2 0.3074 0.6158 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR654921 4 0.4961 0.1543 0.000 0.448 0.000 0.552
#> SRR1418968 1 0.0336 0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR660871 3 0.4948 0.1382 0.000 0.000 0.560 0.440
#> SRR1330522 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499958 2 0.3688 0.7269 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR614059 4 0.4356 0.5041 0.000 0.000 0.292 0.708
#> SRR1071403 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719 2 0.3975 0.7139 0.000 0.760 0.000 0.240
#> SRR1440421 3 0.6897 0.4839 0.000 0.144 0.572 0.284
#> SRR1310412 3 0.4277 0.7199 0.000 0.000 0.720 0.280
#> SRR614767 2 0.1637 0.6848 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR820709 1 0.0336 0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1471500 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093 3 0.0188 0.8560 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1088168 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418707 2 0.3942 0.7169 0.000 0.764 0.000 0.236
#> SRR1354291 3 0.7874 -0.0277 0.000 0.336 0.380 0.284
#> SRR2165806 1 0.0336 0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1415684 4 0.4888 0.2824 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR1433860 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311062 2 0.1118 0.7206 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1360359 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615407 4 0.0817 0.5925 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1413892 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443459 2 0.0592 0.7267 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1338942 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480 3 0.4040 0.7421 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1399433 4 0.4790 0.3705 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR818537 3 0.0817 0.8521 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1101324 2 0.4964 0.5171 0.000 0.616 0.004 0.380
#> SRR807637 4 0.2760 0.6090 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR1091918 1 0.0336 0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR598300 4 0.1256 0.5963 0.000 0.008 0.028 0.964
#> SRR1085426 1 0.0336 0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1376294 2 0.1118 0.7206 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR813891 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431 3 0.6578 0.5403 0.000 0.136 0.620 0.244
#> SRR658742 4 0.2149 0.6122 0.000 0.088 0.000 0.912
#> SRR1419234 1 0.0188 0.9967 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1404813 2 0.0336 0.7239 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR603496 4 0.1211 0.5889 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1407758 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR810945 2 0.5990 0.5688 0.000 0.644 0.072 0.284
#> SRR817234 3 0.4857 0.7013 0.000 0.016 0.700 0.284
#> SRR1444852 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660378 4 0.4543 0.4627 0.000 0.000 0.324 0.676
#> SRR1467835 2 0.1118 0.7206 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1338964 3 0.4222 0.7239 0.000 0.000 0.728 0.272
#> SRR1079259 2 0.4883 0.6550 0.000 0.696 0.016 0.288
#> SRR1072345 3 0.4567 0.7153 0.000 0.008 0.716 0.276
#> SRR598725 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447938 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.0336 0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1360460 2 0.0707 0.7225 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1429468 2 0.3975 0.7139 0.000 0.760 0.000 0.240
#> SRR1446850 2 0.4744 0.6573 0.000 0.704 0.012 0.284
#> SRR1320363 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413810 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR598831 4 0.4406 0.5015 0.000 0.300 0.000 0.700
#> SRR1381865 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1491332 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099744 2 0.1118 0.7206 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1464618 2 0.0707 0.7225 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1414559 4 0.4761 0.3855 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1337540 2 0.3837 0.7233 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1444283 1 0.0336 0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2184942 3 0.4193 0.7259 0.000 0.000 0.732 0.268
#> SRR660295 1 0.0336 0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR601335 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363742 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345847 2 0.4277 0.6746 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR614960 4 0.4500 0.4734 0.000 0.000 0.316 0.684
#> SRR819919 1 0.0336 0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR603330 3 0.4304 0.7168 0.000 0.000 0.716 0.284
#> SRR1327951 1 0.0336 0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1401885 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266 2 0.3649 0.7295 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1338055 3 0.5902 0.6694 0.000 0.184 0.696 0.120
#> SRR1430157 2 0.3942 0.7166 0.000 0.764 0.000 0.236
#> SRR1320137 2 0.3688 0.7307 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1093483 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170490 1 0.0336 0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1479845 3 0.2281 0.8206 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR1436420 1 0.0336 0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1481060 3 0.0188 0.8570 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR662282 4 0.4500 0.4734 0.000 0.000 0.316 0.684
#> SRR1487089 2 0.3726 0.7292 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1075683 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880 2 0.3837 0.7232 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1453456 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457895 1 0.0336 0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1440603 3 0.4193 0.7307 0.000 0.000 0.732 0.268
#> SRR658633 2 0.4008 0.7130 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1388081 2 0.0707 0.7225 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR813339 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809725 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441 3 0.4454 0.6986 0.000 0.000 0.692 0.308
#> SRR613603 4 0.4382 0.4978 0.000 0.000 0.296 0.704
#> SRR1096571 3 0.1792 0.8379 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR1392701 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326 1 0.0336 0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1367693 2 0.3726 0.7257 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR660697 2 0.3907 0.7211 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR1489926 3 0.4304 0.7168 0.000 0.000 0.716 0.284
#> SRR811491 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311644 2 0.4585 0.6108 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1451740 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615117 3 0.4500 0.6945 0.000 0.000 0.684 0.316
#> SRR1391748 2 0.0817 0.7218 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1466556 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614972 4 0.4605 0.4447 0.000 0.000 0.336 0.664
#> SRR1406200 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210 4 0.4888 0.2825 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR662174 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236 4 0.6862 0.5068 0.000 0.176 0.228 0.596
#> SRR1312598 2 0.0921 0.7347 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1330129 3 0.5990 0.6305 0.000 0.072 0.644 0.284
#> SRR1357781 3 0.4621 0.7105 0.000 0.008 0.708 0.284
#> SRR1315517 2 0.6495 -0.1036 0.000 0.492 0.436 0.072
#> SRR1400032 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413722 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827 3 0.1716 0.8113 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR814794 1 0.0336 0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR819430 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509 2 0.3975 0.7119 0.000 0.760 0.000 0.240
#> SRR808728 3 0.0188 0.8571 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1070813 2 0.3975 0.7139 0.000 0.760 0.000 0.240
#> SRR1389133 3 0.4250 0.7211 0.000 0.000 0.724 0.276
#> SRR601263 3 0.2530 0.8172 0.000 0.000 0.888 0.112
#> SRR604718 4 0.4564 0.4552 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR1481351 3 0.4250 0.7219 0.000 0.000 0.724 0.276
#> SRR1334608 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658681 3 0.0336 0.8561 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR809283 2 0.4933 -0.1606 0.000 0.568 0.000 0.432
#> SRR1459300 1 0.0336 0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1392547 3 0.0707 0.8532 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR811049 3 0.4277 0.7199 0.000 0.000 0.720 0.280
#> SRR1464835 2 0.1022 0.7269 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1339619 2 0.0000 0.7236 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658501 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447523 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415048 1 0.0336 0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1355451 1 0.0336 0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1444348 2 0.3764 0.7263 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR603890 3 0.6245 0.5928 0.000 0.244 0.648 0.108
#> SRR810595 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446244 2 0.0469 0.7235 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR817373 2 0.0592 0.7232 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1457291 2 0.0336 0.7239 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR598220 3 0.4008 0.7303 0.000 0.000 0.756 0.244
#> SRR1477991 2 0.1474 0.7297 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR598172 2 0.1584 0.7152 0.000 0.952 0.012 0.036
#> SRR1349032 2 0.2081 0.7455 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR604002 3 0.4304 0.7168 0.000 0.000 0.716 0.284
#> SRR1378026 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404401 3 0.4621 0.7105 0.000 0.008 0.708 0.284
#> SRR1333240 3 0.4304 0.7168 0.000 0.000 0.716 0.284
#> SRR1089399 2 0.4072 0.7047 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR603421 4 0.4194 0.5331 0.000 0.228 0.008 0.764
#> SRR812562 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811839 1 0.0336 0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR814317 2 0.2011 0.7268 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1436763 2 0.4817 0.4455 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR1486021 2 0.4585 0.2296 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1465018 2 0.5113 0.6614 0.000 0.712 0.036 0.252
#> SRR1080998 3 0.4250 0.7219 0.000 0.000 0.724 0.276
#> SRR1083432 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082833 1 0.0336 0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1465804 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614011 2 0.4585 0.1324 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1365873 3 0.5062 0.6895 0.000 0.024 0.692 0.284
#> SRR1498789 2 0.0921 0.7231 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR601581 2 0.3837 0.7232 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR603566 4 0.4994 0.0625 0.000 0.000 0.480 0.520
#> SRR1373981 1 0.0336 0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR821410 2 0.0336 0.7239 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1076511 4 0.4356 0.5018 0.000 0.292 0.000 0.708
#> SRR614143 3 0.4331 0.7142 0.000 0.000 0.712 0.288
#> SRR1333570 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366813 2 0.3219 0.7417 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR1388746 1 0.0336 0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1420558 3 0.0779 0.8470 0.000 0.004 0.980 0.016
#> SRR1409510 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816250 2 0.0817 0.7239 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR614131 2 0.3907 0.7211 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR1331130 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470798 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614179 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1474863 2 0.3444 0.7374 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR813560 2 0.3444 0.7392 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR1312187 2 0.2081 0.7446 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1420960 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355102 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084577 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659971 4 0.4605 0.4533 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR1350855 2 0.3837 0.7232 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR820779 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476300 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090907 2 0.0817 0.7218 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR662294 2 0.7654 0.1871 0.000 0.464 0.252 0.284
#> SRR1480789 3 0.1302 0.8463 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR1336263 2 0.3873 0.7206 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR660776 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508 3 0.4304 0.7168 0.000 0.000 0.716 0.284
#> SRR615563 4 0.4431 0.4865 0.000 0.304 0.000 0.696
#> SRR1101175 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431205 2 0.4188 0.7084 0.000 0.752 0.004 0.244
#> SRR1339856 2 0.3837 0.7234 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1352147 2 0.4008 0.7130 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR808968 1 0.0336 0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR627419 2 0.4222 0.6935 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1402391 1 0.0336 0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR663609 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2167857 3 0.4304 0.7168 0.000 0.000 0.716 0.284
#> SRR1398752 1 0.0336 0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1469169 1 0.0336 0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1405437 2 0.2530 0.7429 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1416955 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064 2 0.3801 0.7283 0.000 0.780 0.000 0.220
#> SRR659001 2 0.4981 -0.2608 0.000 0.536 0.000 0.464
#> SRR2170696 4 0.4933 0.2107 0.000 0.432 0.000 0.568
#> SRR816589 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087487 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329485 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816920 2 0.3873 0.7206 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR1341432 1 0.0336 0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1361590 2 0.0921 0.7246 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR817046 3 0.1474 0.8433 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1471331 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660788 4 0.5682 0.4183 0.000 0.352 0.036 0.612
#> SRR819234 1 0.0336 0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR810853 3 0.0592 0.8541 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR809427 2 0.1389 0.7051 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR2170217 2 0.0817 0.7218 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1386967 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420344 2 0.0592 0.7339 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1334535 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503 2 0.4989 0.1731 0.000 0.528 0.000 0.472
#> SRR602564 4 0.5382 0.5322 0.000 0.124 0.132 0.744
#> SRR1420669 2 0.3873 0.7206 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR819024 3 0.0336 0.8564 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR656223 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608428 2 0.4697 0.5830 0.000 0.644 0.000 0.356
#> SRR1345647 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324 3 0.6357 0.6395 0.000 0.160 0.656 0.184
#> SRR1361368 2 0.1118 0.7311 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1322619 2 0.3726 0.7284 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1349276 2 0.0707 0.7225 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1404024 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637 2 0.3837 0.7227 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1452631 2 0.0707 0.7225 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR608392 3 0.4804 0.2982 0.000 0.000 0.616 0.384
#> SRR1357757 3 0.5131 0.6873 0.000 0.028 0.692 0.280
#> SRR1074646 2 0.4996 0.1241 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR1367499 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343501 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394406 3 0.6750 0.4408 0.000 0.104 0.540 0.356
#> SRR1381435 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467407 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422 3 0.4304 0.7168 0.000 0.000 0.716 0.284
#> SRR1380270 3 0.1211 0.8477 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR1091817 2 0.1118 0.7206 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1440137 2 0.3688 0.7308 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR614311 2 0.0469 0.7235 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1407516 2 0.4072 0.7057 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR815494 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333209 2 0.0469 0.7235 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR615177 4 0.4790 0.3705 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR1099648 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659720 3 0.4830 0.5842 0.000 0.000 0.608 0.392
#> SRR2185057 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468 2 0.4454 0.6461 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR660042 4 0.4356 0.5041 0.000 0.000 0.292 0.708
#> SRR2170864 2 0.0592 0.7247 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1440491 2 0.3569 0.4936 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR1440852 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811169 1 0.0336 0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1331311 2 0.3837 0.7232 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR818009 1 0.0336 0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1351836 2 0.3764 0.7290 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR1498313 3 0.4304 0.7168 0.000 0.000 0.716 0.284
#> SRR1441975 3 0.5417 0.6737 0.000 0.040 0.676 0.284
#> SRR819096 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679 2 0.6440 0.4768 0.000 0.644 0.208 0.148
#> SRR1489116 3 0.0188 0.8572 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1354138 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490589 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1412987 2 0.3873 0.7206 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR602034 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353437 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871 3 0.1940 0.8354 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR661577 4 0.4356 0.5018 0.000 0.292 0.000 0.708
#> SRR612190 2 0.3907 0.7211 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR1399880 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787 4 0.4790 0.3737 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR657869 1 0.0336 0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1446332 1 0.0336 0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR816039 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476697 1 0.0336 0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1379538 2 0.3837 0.7232 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1331422 1 0.0336 0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR660859 3 0.4585 0.6682 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1097594 1 0.0336 0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1311419 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336706 3 0.0336 0.8562 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1472976 2 0.3873 0.7206 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR1321307 1 0.0336 0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR807493 1 0.0336 0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR812461 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477149 3 0.4621 0.7105 0.000 0.008 0.708 0.284
#> SRR1457397 3 0.4103 0.7398 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR661913 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069024 3 0.0921 0.8511 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR2165634 1 0.0336 0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1478722 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328642 3 0.4483 0.7139 0.000 0.004 0.712 0.284
#> SRR1488261 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318815 2 0.4916 -0.1374 0.000 0.576 0.000 0.424
#> SRR816945 1 0.0336 0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1367432 2 0.0817 0.7218 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1359280 3 0.4304 0.7168 0.000 0.000 0.716 0.284
#> SRR1313910 2 0.0817 0.7350 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1457315 2 0.7847 -0.0410 0.000 0.396 0.276 0.328
#> SRR815398 1 0.0336 0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR656958 3 0.2814 0.7438 0.000 0.000 0.868 0.132
#> SRR600688 4 0.2266 0.6131 0.000 0.084 0.004 0.912
#> SRR1098952 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614167 4 0.4898 0.2885 0.000 0.000 0.416 0.584
#> SRR1348114 2 0.3801 0.7255 0.000 0.780 0.000 0.220
#> SRR658033 4 0.2814 0.6031 0.000 0.132 0.000 0.868
#> SRR1077503 3 0.4304 0.7168 0.000 0.000 0.716 0.284
#> SRR661854 4 0.1302 0.5917 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR811379 4 0.4790 0.3705 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR1318857 2 0.0817 0.7350 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR656445 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433044 3 0.4621 0.7105 0.000 0.008 0.708 0.284
#> SRR1486391 1 0.0336 0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR656071 3 0.2589 0.7591 0.000 0.000 0.884 0.116
#> SRR1364824 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR601038 3 0.0188 0.8560 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1360080 1 0.0336 0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR814868 3 0.4040 0.7388 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1485997 1 0.0336 0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1435560 4 0.4790 0.3705 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR1333330 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513 2 0.7129 0.2936 0.000 0.504 0.140 0.356
#> SRR1328407 3 0.4304 0.7168 0.000 0.000 0.716 0.284
#> SRR602784 3 0.0188 0.8571 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1348468 2 0.0707 0.7225 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR663717 4 0.4967 0.1196 0.000 0.452 0.000 0.548
#> SRR602217 3 0.6876 0.4995 0.000 0.140 0.572 0.288
#> SRR603140 3 0.5735 0.5185 0.000 0.032 0.576 0.392
#> SRR1340804 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333462 3 0.4621 0.7105 0.000 0.008 0.708 0.284
#> SRR1094601 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610 3 0.4250 0.7219 0.000 0.000 0.724 0.276
#> SRR1435833 2 0.0592 0.7232 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1398728 2 0.0188 0.7269 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1358343 2 0.3610 0.7332 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1410890 2 0.0336 0.7239 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1350371 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478 2 0.1474 0.7297 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1099260 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433576 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345541 3 0.7861 -0.1401 0.000 0.284 0.392 0.324
#> SRR1086328 1 0.0336 0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR810391 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476207 3 0.0592 0.8540 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR627435 3 0.2868 0.7985 0.000 0.000 0.864 0.136
#> SRR1489862 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086 1 0.0336 0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1436539 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490115 3 0.2281 0.8286 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR1377714 3 0.4164 0.7296 0.000 0.000 0.736 0.264
#> SRR819394 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161 4 0.2921 0.6053 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR607042 3 0.1118 0.8488 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR656203 2 0.1118 0.7383 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR660602 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440397 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233 1 0.0336 0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR663249 2 0.3688 0.7273 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR661242 2 0.4961 -0.2346 0.000 0.552 0.000 0.448
#> SRR1332007 3 0.1792 0.8376 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR809619 2 0.3873 0.7227 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR819975 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281 3 0.6753 0.5478 0.000 0.228 0.608 0.164
#> SRR662366 3 0.2530 0.7634 0.000 0.000 0.888 0.112
#> SRR1317898 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382485 2 0.3873 0.7233 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR2166420 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429 1 0.0336 0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1092541 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR817444 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320403 3 0.5727 0.6982 0.000 0.080 0.692 0.228
#> SRR1101483 2 0.3837 0.7232 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1331684 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400054 4 0.3942 0.5459 0.000 0.236 0.000 0.764
#> SRR1406088 2 0.3610 0.7331 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR820733 4 0.4790 0.3705 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR1314113 4 0.4888 0.3456 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR1382615 3 0.0000 0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480745 1 0.0336 0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1468850 2 0.7806 0.1045 0.000 0.420 0.296 0.284
#> SRR656782 3 0.4193 0.7266 0.000 0.000 0.732 0.268
#> SRR821364 1 0.0336 0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1101106 1 0.0000 0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295 3 0.4304 0.7168 0.000 0.000 0.716 0.284
#> SRR1357103 3 0.3219 0.7964 0.000 0.000 0.836 0.164
#> SRR809185 4 0.4994 0.0162 0.000 0.480 0.000 0.520
#> SRR811583 4 0.4250 0.5154 0.000 0.276 0.000 0.724
#> SRR1468050 1 0.0336 0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1440224 2 0.0921 0.7271 0.000 0.972 0.000 0.028
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1500170 2 0.1121 0.580337 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1402368 3 0.0000 0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607743 3 0.3562 0.635495 0.000 0.000 0.788 0.196 0.016
#> SRR1457375 2 0.0703 0.585265 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1470923 1 0.3647 0.888096 0.816 0.000 0.000 0.052 0.132
#> SRR817954 1 0.0162 0.909556 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR809259 1 0.0510 0.910093 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1439785 3 0.0000 0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814768 1 0.0290 0.908396 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1102031 2 0.2329 0.573705 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1363611 2 0.4659 0.136042 0.000 0.500 0.000 0.488 0.012
#> SRR1468447 2 0.4161 0.233275 0.000 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR1071931 4 0.4632 -0.053857 0.000 0.448 0.000 0.540 0.012
#> SRR810981 1 0.4272 0.867193 0.752 0.000 0.000 0.052 0.196
#> SRR615299 2 0.4805 0.192742 0.000 0.648 0.000 0.040 0.312
#> SRR663585 3 0.0000 0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326773 4 0.6056 -0.053636 0.000 0.084 0.408 0.496 0.012
#> SRR1351166 2 0.0162 0.583950 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1477452 1 0.4305 0.865899 0.748 0.000 0.000 0.052 0.200
#> SRR1084720 3 0.0000 0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420320 2 0.4387 0.415801 0.000 0.640 0.000 0.348 0.012
#> SRR1081712 2 0.4307 0.053339 0.000 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR1318241 3 0.4278 0.356669 0.000 0.000 0.548 0.452 0.000
#> SRR1333718 3 0.0324 0.847967 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1313514 4 0.5904 0.248801 0.000 0.260 0.136 0.600 0.004
#> SRR1477861 3 0.5149 0.399722 0.000 0.032 0.540 0.424 0.004
#> SRR1318005 4 0.5959 0.234457 0.000 0.152 0.244 0.600 0.004
#> SRR1354665 2 0.0703 0.585248 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR657707 3 0.4262 0.378932 0.000 0.000 0.560 0.440 0.000
#> SRR1370742 3 0.0000 0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1412947 2 0.1270 0.576838 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR661553 5 0.5240 0.440976 0.000 0.092 0.000 0.252 0.656
#> SRR1328869 1 0.0000 0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211 2 0.0451 0.580996 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1348181 3 0.0000 0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416560 3 0.0000 0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319772 3 0.0000 0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091452 4 0.4798 -0.047385 0.000 0.440 0.000 0.540 0.020
#> SRR1338812 1 0.0000 0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072 2 0.3196 0.417534 0.000 0.804 0.000 0.192 0.004
#> SRR814844 4 0.4637 -0.062782 0.000 0.452 0.000 0.536 0.012
#> SRR1376619 3 0.0000 0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603690 4 0.6091 0.137609 0.000 0.140 0.000 0.524 0.336
#> SRR2184980 2 0.0703 0.585290 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR613963 5 0.5778 0.192616 0.000 0.088 0.000 0.448 0.464
#> SRR1323422 1 0.0880 0.908962 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1397673 3 0.0162 0.849588 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1434650 3 0.4359 0.585234 0.000 0.016 0.692 0.288 0.004
#> SRR659875 3 0.0324 0.847967 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1465734 3 0.4262 0.378932 0.000 0.000 0.560 0.440 0.000
#> SRR1076847 4 0.5624 0.165676 0.000 0.088 0.308 0.600 0.004
#> SRR1415072 1 0.0290 0.908396 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR659319 3 0.0000 0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663088 4 0.6263 0.146667 0.000 0.216 0.000 0.540 0.244
#> SRR1352021 1 0.0000 0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.0000 0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.0000 0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935 4 0.4632 -0.053857 0.000 0.448 0.000 0.540 0.012
#> SRR1352530 3 0.0000 0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662594 5 0.3177 0.612632 0.000 0.000 0.000 0.208 0.792
#> SRR1095309 1 0.4203 0.870204 0.760 0.000 0.000 0.052 0.188
#> SRR615647 5 0.4066 0.585044 0.000 0.000 0.324 0.004 0.672
#> SRR813019 4 0.5068 -0.007772 0.000 0.032 0.384 0.580 0.004
#> SRR1374647 4 0.5503 0.128146 0.000 0.072 0.328 0.596 0.004
#> SRR603472 3 0.5166 0.378014 0.000 0.032 0.528 0.436 0.004
#> SRR661529 5 0.3388 0.611712 0.000 0.008 0.000 0.200 0.792
#> SRR607018 3 0.0162 0.849588 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR627423 2 0.4822 0.400897 0.000 0.616 0.000 0.352 0.032
#> SRR654921 4 0.6265 0.130489 0.000 0.240 0.000 0.540 0.220
#> SRR1418968 1 0.4305 0.865899 0.748 0.000 0.000 0.052 0.200
#> SRR660871 5 0.4450 0.265497 0.000 0.000 0.488 0.004 0.508
#> SRR1330522 3 0.0000 0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499958 2 0.3684 0.429304 0.000 0.720 0.000 0.280 0.000
#> SRR614059 5 0.3398 0.645245 0.000 0.000 0.216 0.004 0.780
#> SRR1071403 1 0.0162 0.908741 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1486719 2 0.3177 0.445019 0.000 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1440421 4 0.4505 0.110858 0.000 0.384 0.012 0.604 0.000
#> SRR1310412 3 0.4273 0.366175 0.000 0.000 0.552 0.448 0.000
#> SRR614767 2 0.1809 0.544174 0.000 0.928 0.000 0.012 0.060
#> SRR820709 1 0.4305 0.865899 0.748 0.000 0.000 0.052 0.200
#> SRR1471500 1 0.0000 0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093 3 0.0162 0.848152 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1088168 3 0.0162 0.849588 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1418707 2 0.3143 0.449405 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR1354291 4 0.4505 0.109768 0.000 0.384 0.012 0.604 0.000
#> SRR2165806 1 0.2376 0.903319 0.904 0.000 0.000 0.052 0.044
#> SRR1415684 4 0.6237 0.113323 0.000 0.264 0.000 0.540 0.196
#> SRR1433860 3 0.0000 0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311062 2 0.3123 0.427120 0.000 0.812 0.000 0.184 0.004
#> SRR1360359 1 0.0000 0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385 3 0.0000 0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615407 5 0.3242 0.611776 0.000 0.000 0.000 0.216 0.784
#> SRR1413892 3 0.0000 0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443459 2 0.4165 0.441666 0.000 0.672 0.000 0.320 0.008
#> SRR1338942 1 0.0000 0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480 3 0.4359 0.426716 0.000 0.000 0.584 0.412 0.004
#> SRR1399433 4 0.6263 0.146667 0.000 0.216 0.000 0.540 0.244
#> SRR818537 3 0.4268 0.604271 0.000 0.016 0.708 0.272 0.004
#> SRR1101324 4 0.4404 0.106508 0.000 0.252 0.000 0.712 0.036
#> SRR807637 5 0.3810 0.623356 0.000 0.040 0.000 0.168 0.792
#> SRR1091918 1 0.1557 0.907270 0.940 0.000 0.000 0.052 0.008
#> SRR598300 5 0.3607 0.590511 0.000 0.000 0.004 0.244 0.752
#> SRR1085426 1 0.3736 0.885732 0.808 0.000 0.000 0.052 0.140
#> SRR1376294 2 0.0451 0.580996 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR813891 1 0.0000 0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431 2 0.6447 -0.024371 0.000 0.472 0.192 0.336 0.000
#> SRR658742 5 0.3388 0.611712 0.000 0.008 0.000 0.200 0.792
#> SRR1419234 1 0.0912 0.909898 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR1404813 2 0.0451 0.580996 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR603496 5 0.3398 0.612066 0.000 0.000 0.004 0.216 0.780
#> SRR1407758 3 0.0000 0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810945 4 0.6264 0.145282 0.000 0.400 0.148 0.452 0.000
#> SRR817234 4 0.5637 0.228512 0.000 0.284 0.112 0.604 0.000
#> SRR1444852 3 0.0000 0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660378 5 0.4066 0.585320 0.000 0.000 0.324 0.004 0.672
#> SRR1467835 2 0.0451 0.580996 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1338964 3 0.4249 0.389245 0.000 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1079259 4 0.4990 0.017268 0.000 0.384 0.036 0.580 0.000
#> SRR1072345 3 0.4708 0.351593 0.000 0.016 0.548 0.436 0.000
#> SRR598725 3 0.0000 0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447938 1 0.0000 0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.0865 0.909848 0.972 0.000 0.000 0.024 0.004
#> SRR1360460 2 0.4435 0.428728 0.000 0.648 0.000 0.336 0.016
#> SRR1429468 2 0.3242 0.438104 0.000 0.784 0.000 0.216 0.000
#> SRR1446850 2 0.4538 0.076203 0.000 0.540 0.008 0.452 0.000
#> SRR1320363 3 0.0290 0.848055 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1413810 3 0.0000 0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598831 5 0.3388 0.572129 0.000 0.200 0.000 0.008 0.792
#> SRR1381865 1 0.0000 0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957 3 0.0000 0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1491332 3 0.0324 0.847967 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1099744 2 0.0451 0.580996 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1464618 2 0.4323 0.435889 0.000 0.656 0.000 0.332 0.012
#> SRR1414559 4 0.6240 0.148377 0.000 0.212 0.000 0.544 0.244
#> SRR1337540 4 0.4546 -0.077000 0.000 0.460 0.000 0.532 0.008
#> SRR1444283 1 0.4305 0.865899 0.748 0.000 0.000 0.052 0.200
#> SRR2184942 3 0.4235 0.400019 0.000 0.000 0.576 0.424 0.000
#> SRR660295 1 0.4305 0.865899 0.748 0.000 0.000 0.052 0.200
#> SRR601335 3 0.0000 0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1363742 3 0.0000 0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345847 2 0.3949 0.323788 0.000 0.668 0.000 0.332 0.000
#> SRR614960 5 0.4196 0.537087 0.000 0.000 0.356 0.004 0.640
#> SRR819919 1 0.3359 0.893831 0.840 0.000 0.000 0.052 0.108
#> SRR603330 4 0.5487 0.135705 0.000 0.072 0.324 0.600 0.004
#> SRR1327951 1 0.4238 0.868190 0.756 0.000 0.000 0.052 0.192
#> SRR1401885 1 0.0000 0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266 2 0.3661 0.434188 0.000 0.724 0.000 0.276 0.000
#> SRR1338055 4 0.6826 0.105165 0.000 0.284 0.280 0.432 0.004
#> SRR1430157 2 0.3210 0.442257 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR1320137 2 0.3816 0.415592 0.000 0.696 0.000 0.304 0.000
#> SRR1093483 1 0.0609 0.910089 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1341080 1 0.0000 0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913 3 0.0162 0.848092 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2170490 1 0.3555 0.889950 0.824 0.000 0.000 0.052 0.124
#> SRR1479845 3 0.1965 0.767314 0.000 0.000 0.904 0.096 0.000
#> SRR1436420 1 0.2450 0.902932 0.900 0.000 0.000 0.052 0.048
#> SRR1481060 3 0.0566 0.845104 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR662282 5 0.4084 0.580991 0.000 0.000 0.328 0.004 0.668
#> SRR1487089 4 0.4648 -0.091351 0.000 0.464 0.000 0.524 0.012
#> SRR1075683 1 0.0000 0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536 1 0.0000 0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880 4 0.4632 -0.053857 0.000 0.448 0.000 0.540 0.012
#> SRR1453456 3 0.0000 0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457895 1 0.4238 0.868190 0.756 0.000 0.000 0.052 0.192
#> SRR1440603 4 0.5058 -0.007046 0.000 0.032 0.380 0.584 0.004
#> SRR658633 2 0.3177 0.445019 0.000 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1388081 2 0.4066 0.447720 0.000 0.672 0.000 0.324 0.004
#> SRR813339 3 0.0000 0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809725 1 0.0000 0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441 4 0.5726 0.168845 0.000 0.080 0.304 0.604 0.012
#> SRR613603 5 0.3690 0.649704 0.000 0.000 0.200 0.020 0.780
#> SRR1096571 3 0.5024 0.478909 0.000 0.032 0.596 0.368 0.004
#> SRR1392701 1 0.0290 0.908396 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1344326 1 0.4305 0.865899 0.748 0.000 0.000 0.052 0.200
#> SRR1367693 2 0.3884 0.418886 0.000 0.708 0.000 0.288 0.004
#> SRR660697 4 0.4632 -0.053857 0.000 0.448 0.000 0.540 0.012
#> SRR1489926 3 0.4559 0.288026 0.000 0.008 0.512 0.480 0.000
#> SRR811491 3 0.0000 0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311644 4 0.4734 -0.000549 0.000 0.372 0.000 0.604 0.024
#> SRR1451740 3 0.0000 0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615117 4 0.6282 0.004142 0.000 0.032 0.364 0.528 0.076
#> SRR1391748 2 0.4323 0.425415 0.000 0.656 0.000 0.332 0.012
#> SRR1466556 3 0.0000 0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614972 5 0.4118 0.571005 0.000 0.000 0.336 0.004 0.660
#> SRR1406200 1 0.0000 0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210 4 0.6268 0.139223 0.000 0.228 0.000 0.540 0.232
#> SRR662174 1 0.1908 0.902695 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR811988 1 0.0000 0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236 4 0.7618 0.059204 0.000 0.096 0.176 0.484 0.244
#> SRR1312598 2 0.0609 0.585375 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1330129 4 0.5459 0.199755 0.000 0.316 0.084 0.600 0.000
#> SRR1357781 4 0.5919 0.251065 0.000 0.256 0.140 0.600 0.004
#> SRR1315517 2 0.4426 0.151958 0.000 0.612 0.004 0.380 0.004
#> SRR1400032 3 0.0000 0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413722 1 0.0000 0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827 3 0.0324 0.846346 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR814794 1 0.4305 0.865899 0.748 0.000 0.000 0.052 0.200
#> SRR819430 1 0.0000 0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509 4 0.4878 -0.051589 0.000 0.440 0.000 0.536 0.024
#> SRR808728 3 0.1430 0.821042 0.000 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR1070813 2 0.3242 0.438104 0.000 0.784 0.000 0.216 0.000
#> SRR1389133 3 0.4242 0.395701 0.000 0.000 0.572 0.428 0.000
#> SRR601263 3 0.2813 0.724549 0.000 0.000 0.832 0.168 0.000
#> SRR604718 4 0.6127 0.146873 0.000 0.152 0.000 0.532 0.316
#> SRR1481351 3 0.4448 0.303871 0.000 0.000 0.516 0.480 0.004
#> SRR1334608 3 0.0162 0.849588 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR658681 3 0.1041 0.834081 0.000 0.000 0.964 0.032 0.004
#> SRR809283 2 0.6697 0.181167 0.000 0.404 0.000 0.352 0.244
#> SRR1459300 1 0.3459 0.891909 0.832 0.000 0.000 0.052 0.116
#> SRR1392547 3 0.2719 0.752665 0.000 0.000 0.852 0.144 0.004
#> SRR811049 3 0.4262 0.378932 0.000 0.000 0.560 0.440 0.000
#> SRR1464835 2 0.4371 0.417102 0.000 0.644 0.000 0.344 0.012
#> SRR1339619 2 0.1952 0.576236 0.000 0.912 0.000 0.084 0.004
#> SRR658501 3 0.0000 0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447523 3 0.0000 0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415048 1 0.4272 0.867081 0.752 0.000 0.000 0.052 0.196
#> SRR1355451 1 0.2221 0.903737 0.912 0.000 0.000 0.052 0.036
#> SRR1444348 2 0.4327 0.344791 0.000 0.632 0.000 0.360 0.008
#> SRR603890 2 0.5511 0.026400 0.000 0.524 0.056 0.416 0.004
#> SRR810595 3 0.0000 0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446244 2 0.3730 0.469140 0.000 0.712 0.000 0.288 0.000
#> SRR817373 2 0.4183 0.445088 0.000 0.668 0.000 0.324 0.008
#> SRR1457291 2 0.0451 0.580996 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR598220 3 0.3970 0.598037 0.000 0.000 0.752 0.224 0.024
#> SRR1477991 2 0.0609 0.585375 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR598172 2 0.3766 0.314070 0.000 0.728 0.000 0.268 0.004
#> SRR1349032 2 0.4313 0.404184 0.000 0.636 0.000 0.356 0.008
#> SRR604002 4 0.5012 0.039823 0.000 0.032 0.364 0.600 0.004
#> SRR1378026 3 0.0000 0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404401 4 0.5934 0.250479 0.000 0.252 0.144 0.600 0.004
#> SRR1333240 4 0.5012 0.039823 0.000 0.032 0.364 0.600 0.004
#> SRR1089399 2 0.3636 0.376261 0.000 0.728 0.000 0.272 0.000
#> SRR603421 5 0.6876 0.045617 0.000 0.368 0.004 0.256 0.372
#> SRR812562 1 0.0000 0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520 3 0.0162 0.849588 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR811839 1 0.3863 0.882688 0.796 0.000 0.000 0.052 0.152
#> SRR814317 2 0.2074 0.535605 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR1436763 4 0.5760 0.010252 0.000 0.368 0.000 0.536 0.096
#> SRR1486021 2 0.6121 0.332326 0.000 0.528 0.000 0.324 0.148
#> SRR1465018 4 0.4300 -0.022574 0.000 0.476 0.000 0.524 0.000
#> SRR1080998 3 0.4256 0.385087 0.000 0.000 0.564 0.436 0.000
#> SRR1083432 3 0.0000 0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082833 1 0.2726 0.901274 0.884 0.000 0.000 0.052 0.064
#> SRR1465804 1 0.0000 0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536 3 0.0000 0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614011 2 0.6728 0.190823 0.000 0.404 0.000 0.336 0.260
#> SRR1365873 4 0.5522 0.180580 0.000 0.092 0.308 0.600 0.000
#> SRR1498789 2 0.0451 0.580996 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR601581 4 0.4632 -0.053857 0.000 0.448 0.000 0.540 0.012
#> SRR603566 5 0.4987 0.621878 0.000 0.000 0.236 0.080 0.684
#> SRR1373981 1 0.4238 0.868190 0.756 0.000 0.000 0.052 0.192
#> SRR821410 2 0.0451 0.580996 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1076511 5 0.3663 0.559490 0.000 0.208 0.000 0.016 0.776
#> SRR614143 3 0.5123 0.249135 0.000 0.028 0.492 0.476 0.004
#> SRR1333570 3 0.0000 0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366813 2 0.2424 0.524830 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000
#> SRR1388746 1 0.4305 0.865899 0.748 0.000 0.000 0.052 0.200
#> SRR1420558 3 0.3715 0.428686 0.000 0.004 0.736 0.260 0.000
#> SRR1409510 3 0.0000 0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816250 2 0.0324 0.581836 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR614131 4 0.4637 -0.060811 0.000 0.452 0.000 0.536 0.012
#> SRR1331130 1 0.0000 0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015 3 0.0000 0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470798 3 0.0000 0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614179 3 0.0451 0.846146 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1474863 2 0.4249 0.144228 0.000 0.568 0.000 0.432 0.000
#> SRR813560 2 0.2648 0.508455 0.000 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR1312187 2 0.4403 0.372049 0.000 0.608 0.000 0.384 0.008
#> SRR1420960 3 0.0000 0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355102 3 0.0000 0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084577 3 0.0000 0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659971 4 0.6188 0.140158 0.000 0.160 0.000 0.524 0.316
#> SRR1350855 4 0.4632 -0.053857 0.000 0.448 0.000 0.540 0.012
#> SRR820779 3 0.0000 0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476300 3 0.0000 0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090907 2 0.4418 0.432591 0.000 0.652 0.000 0.332 0.016
#> SRR662294 4 0.5409 0.200416 0.000 0.316 0.080 0.604 0.000
#> SRR1480789 3 0.4047 0.574826 0.000 0.000 0.676 0.320 0.004
#> SRR1336263 4 0.4632 -0.053857 0.000 0.448 0.000 0.540 0.012
#> SRR660776 1 0.0000 0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508 4 0.5487 0.135705 0.000 0.072 0.324 0.600 0.004
#> SRR615563 4 0.6035 0.147614 0.000 0.132 0.000 0.528 0.340
#> SRR1101175 1 0.0000 0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650 3 0.0324 0.847967 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1431205 4 0.4305 -0.043799 0.000 0.488 0.000 0.512 0.000
#> SRR1339856 4 0.4641 -0.070173 0.000 0.456 0.000 0.532 0.012
#> SRR1352147 2 0.3210 0.442257 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR808968 1 0.4238 0.868190 0.756 0.000 0.000 0.052 0.192
#> SRR627419 2 0.4114 0.402454 0.000 0.732 0.000 0.244 0.024
#> SRR1402391 1 0.4305 0.865899 0.748 0.000 0.000 0.052 0.200
#> SRR663609 3 0.0324 0.847967 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR2167857 4 0.5487 0.135705 0.000 0.072 0.324 0.600 0.004
#> SRR1398752 1 0.4305 0.865899 0.748 0.000 0.000 0.052 0.200
#> SRR1469169 1 0.4305 0.865899 0.748 0.000 0.000 0.052 0.200
#> SRR1405437 2 0.1732 0.563362 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1416955 1 0.0000 0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064 2 0.4304 0.166639 0.000 0.516 0.000 0.484 0.000
#> SRR659001 2 0.6814 0.152743 0.000 0.352 0.000 0.344 0.304
#> SRR2170696 4 0.6244 0.116397 0.000 0.260 0.000 0.540 0.200
#> SRR816589 3 0.0000 0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087487 3 0.0000 0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329485 3 0.0000 0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816920 4 0.4632 -0.053857 0.000 0.448 0.000 0.540 0.012
#> SRR1341432 1 0.4238 0.868190 0.756 0.000 0.000 0.052 0.192
#> SRR1361590 2 0.4356 0.419460 0.000 0.648 0.000 0.340 0.012
#> SRR817046 3 0.2773 0.734668 0.000 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR1471331 3 0.0000 0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660788 4 0.6921 0.150968 0.000 0.188 0.036 0.532 0.244
#> SRR819234 1 0.4305 0.865899 0.748 0.000 0.000 0.052 0.200
#> SRR810853 3 0.1892 0.801413 0.000 0.000 0.916 0.080 0.004
#> SRR809427 2 0.4763 0.418358 0.000 0.632 0.000 0.336 0.032
#> SRR2170217 2 0.4435 0.427611 0.000 0.648 0.000 0.336 0.016
#> SRR1386967 3 0.0000 0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420344 2 0.1908 0.580893 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000
#> SRR1334535 1 0.0000 0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503 4 0.6163 0.088178 0.000 0.292 0.000 0.540 0.168
#> SRR602564 4 0.5306 0.110157 0.000 0.028 0.032 0.644 0.296
#> SRR1420669 4 0.4632 -0.053857 0.000 0.448 0.000 0.540 0.012
#> SRR819024 3 0.0794 0.836440 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR656223 3 0.0162 0.849588 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR608428 2 0.4538 0.089305 0.000 0.540 0.000 0.452 0.008
#> SRR1345647 1 0.0000 0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324 4 0.5683 0.080267 0.000 0.428 0.068 0.500 0.004
#> SRR1361368 2 0.4402 0.411470 0.000 0.636 0.000 0.352 0.012
#> SRR1322619 2 0.3143 0.449405 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR1349276 2 0.4323 0.425415 0.000 0.656 0.000 0.332 0.012
#> SRR1404024 1 0.0000 0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637 2 0.3487 0.439850 0.000 0.780 0.000 0.212 0.008
#> SRR1452631 2 0.4435 0.428728 0.000 0.648 0.000 0.336 0.016
#> SRR608392 5 0.4452 0.233461 0.000 0.000 0.496 0.004 0.500
#> SRR1357757 3 0.4747 0.251068 0.000 0.016 0.496 0.488 0.000
#> SRR1074646 4 0.6082 0.068006 0.000 0.312 0.000 0.540 0.148
#> SRR1367499 3 0.0000 0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343501 3 0.0324 0.847967 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1394406 4 0.5131 0.221779 0.000 0.152 0.116 0.720 0.012
#> SRR1381435 3 0.0162 0.849588 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1467407 1 0.0000 0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422 4 0.5487 0.135705 0.000 0.072 0.324 0.600 0.004
#> SRR1380270 3 0.4047 0.574881 0.000 0.000 0.676 0.320 0.004
#> SRR1091817 2 0.0451 0.580996 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1440137 2 0.3109 0.454019 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR614311 2 0.4306 0.439413 0.000 0.660 0.000 0.328 0.012
#> SRR1407516 4 0.4798 -0.047028 0.000 0.440 0.000 0.540 0.020
#> SRR815494 3 0.0000 0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333209 2 0.4047 0.450620 0.000 0.676 0.000 0.320 0.004
#> SRR615177 4 0.6263 0.146667 0.000 0.216 0.000 0.540 0.244
#> SRR1099648 3 0.0324 0.847967 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR659720 3 0.5262 0.279948 0.000 0.016 0.504 0.460 0.020
#> SRR2185057 1 0.1121 0.908512 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1467125 1 0.2773 0.884684 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR657468 4 0.4789 -0.015669 0.000 0.392 0.000 0.584 0.024
#> SRR660042 5 0.3398 0.645245 0.000 0.000 0.216 0.004 0.780
#> SRR2170864 2 0.0451 0.580996 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1440491 2 0.4972 0.410017 0.000 0.620 0.000 0.336 0.044
#> SRR1440852 3 0.0000 0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811169 1 0.2139 0.904323 0.916 0.000 0.000 0.052 0.032
#> SRR1331311 4 0.4632 -0.053857 0.000 0.448 0.000 0.540 0.012
#> SRR818009 1 0.4305 0.865899 0.748 0.000 0.000 0.052 0.200
#> SRR1351836 2 0.4300 0.081376 0.000 0.524 0.000 0.476 0.000
#> SRR1498313 4 0.5487 0.135705 0.000 0.072 0.324 0.600 0.004
#> SRR1441975 4 0.5315 0.181739 0.000 0.332 0.068 0.600 0.000
#> SRR819096 1 0.0000 0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679 3 0.5862 0.017793 0.000 0.076 0.512 0.404 0.008
#> SRR1489116 3 0.1282 0.826819 0.000 0.000 0.952 0.044 0.004
#> SRR1354138 3 0.0000 0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490589 3 0.0000 0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1412987 4 0.4632 -0.053857 0.000 0.448 0.000 0.540 0.012
#> SRR602034 3 0.0000 0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353437 1 0.0000 0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871 3 0.3395 0.672193 0.000 0.000 0.764 0.236 0.000
#> SRR661577 5 0.3353 0.571645 0.000 0.196 0.000 0.008 0.796
#> SRR612190 4 0.4632 -0.053857 0.000 0.448 0.000 0.540 0.012
#> SRR1399880 1 0.0290 0.908396 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1101787 4 0.6255 0.148534 0.000 0.208 0.000 0.540 0.252
#> SRR657869 1 0.4305 0.865899 0.748 0.000 0.000 0.052 0.200
#> SRR1446332 1 0.4305 0.865899 0.748 0.000 0.000 0.052 0.200
#> SRR816039 1 0.0000 0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141 3 0.0000 0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476697 1 0.4272 0.867081 0.752 0.000 0.000 0.052 0.196
#> SRR1379538 4 0.4542 -0.068651 0.000 0.456 0.000 0.536 0.008
#> SRR1331422 1 0.3745 0.875247 0.780 0.000 0.000 0.024 0.196
#> SRR660859 3 0.4415 0.366569 0.000 0.000 0.552 0.444 0.004
#> SRR1097594 1 0.4134 0.870123 0.760 0.000 0.000 0.044 0.196
#> SRR1311419 3 0.0000 0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336706 3 0.1704 0.810143 0.000 0.000 0.928 0.068 0.004
#> SRR1472976 4 0.4632 -0.053857 0.000 0.448 0.000 0.540 0.012
#> SRR1321307 1 0.4305 0.865899 0.748 0.000 0.000 0.052 0.200
#> SRR807493 1 0.4238 0.868190 0.756 0.000 0.000 0.052 0.192
#> SRR812461 3 0.0000 0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477149 4 0.5786 0.229572 0.000 0.284 0.112 0.600 0.004
#> SRR1457397 4 0.5097 -0.054605 0.000 0.032 0.396 0.568 0.004
#> SRR661913 3 0.0000 0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069024 3 0.4380 0.581428 0.000 0.016 0.688 0.292 0.004
#> SRR2165634 1 0.4238 0.868190 0.756 0.000 0.000 0.052 0.192
#> SRR1478722 3 0.0000 0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328642 4 0.5981 0.235599 0.000 0.160 0.236 0.600 0.004
#> SRR1488261 3 0.0000 0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318815 2 0.6684 0.186914 0.000 0.408 0.000 0.352 0.240
#> SRR816945 1 0.4305 0.865899 0.748 0.000 0.000 0.052 0.200
#> SRR1367432 2 0.4323 0.425415 0.000 0.656 0.000 0.332 0.012
#> SRR1359280 4 0.5887 0.230772 0.000 0.132 0.264 0.600 0.004
#> SRR1313910 2 0.1851 0.582177 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR1457315 4 0.6712 0.085574 0.000 0.272 0.160 0.540 0.028
#> SRR815398 1 0.4305 0.865899 0.748 0.000 0.000 0.052 0.200
#> SRR656958 3 0.0566 0.837883 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR600688 5 0.3934 0.540418 0.000 0.008 0.000 0.276 0.716
#> SRR1098952 1 0.0703 0.909534 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1314916 3 0.0000 0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614167 5 0.4415 0.364823 0.000 0.000 0.444 0.004 0.552
#> SRR1348114 4 0.4637 -0.062782 0.000 0.452 0.000 0.536 0.012
#> SRR658033 5 0.3596 0.610051 0.000 0.016 0.000 0.200 0.784
#> SRR1077503 3 0.4802 0.277058 0.000 0.012 0.504 0.480 0.004
#> SRR661854 5 0.3398 0.612066 0.000 0.000 0.004 0.216 0.780
#> SRR811379 4 0.6263 0.146667 0.000 0.216 0.000 0.540 0.244
#> SRR1318857 2 0.1851 0.582101 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR656445 3 0.0162 0.849588 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1433044 4 0.5919 0.250969 0.000 0.256 0.140 0.600 0.004
#> SRR1486391 1 0.3317 0.894339 0.840 0.000 0.000 0.044 0.116
#> SRR656071 3 0.0579 0.840082 0.000 0.000 0.984 0.008 0.008
#> SRR1364824 1 0.0000 0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.1195 0.909262 0.960 0.000 0.000 0.012 0.028
#> SRR1394169 1 0.0000 0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745 3 0.0451 0.846577 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR601038 3 0.0451 0.846932 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1360080 1 0.4305 0.865899 0.748 0.000 0.000 0.052 0.200
#> SRR814868 3 0.3983 0.516778 0.000 0.000 0.660 0.340 0.000
#> SRR1485997 1 0.2221 0.903737 0.912 0.000 0.000 0.052 0.036
#> SRR1435560 4 0.6263 0.146667 0.000 0.216 0.000 0.540 0.244
#> SRR1333330 1 0.0000 0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513 4 0.5081 0.178822 0.000 0.204 0.076 0.708 0.012
#> SRR1328407 4 0.5036 0.020982 0.000 0.032 0.372 0.592 0.004
#> SRR602784 3 0.0566 0.844922 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR1348468 2 0.4435 0.428728 0.000 0.648 0.000 0.336 0.016
#> SRR663717 4 0.6258 0.138703 0.000 0.184 0.000 0.528 0.288
#> SRR602217 4 0.5492 0.096893 0.000 0.432 0.064 0.504 0.000
#> SRR603140 3 0.5486 0.270530 0.000 0.028 0.508 0.444 0.020
#> SRR1340804 1 0.0000 0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574 3 0.0000 0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333462 4 0.5919 0.250969 0.000 0.256 0.140 0.600 0.004
#> SRR1094601 1 0.0000 0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610 3 0.4256 0.385087 0.000 0.000 0.564 0.436 0.000
#> SRR1435833 2 0.4047 0.450620 0.000 0.676 0.000 0.320 0.004
#> SRR1398728 2 0.1732 0.579705 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1358343 4 0.4655 -0.122081 0.000 0.476 0.000 0.512 0.012
#> SRR1410890 2 0.0451 0.580996 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1350371 1 0.0290 0.908396 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1392478 2 0.0609 0.585375 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1099260 3 0.0000 0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433576 3 0.0000 0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345541 4 0.6645 0.119319 0.000 0.208 0.240 0.536 0.016
#> SRR1086328 1 0.4238 0.868190 0.756 0.000 0.000 0.052 0.192
#> SRR810391 3 0.0000 0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476207 3 0.0510 0.840736 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR627435 3 0.2471 0.723508 0.000 0.000 0.864 0.136 0.000
#> SRR1489862 1 0.1671 0.906008 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1419086 1 0.4305 0.865899 0.748 0.000 0.000 0.052 0.200
#> SRR1436539 1 0.0000 0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191 3 0.0000 0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490115 3 0.3508 0.657279 0.000 0.000 0.748 0.252 0.000
#> SRR1377714 3 0.4242 0.396018 0.000 0.000 0.572 0.428 0.000
#> SRR819394 1 0.0162 0.909531 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR663161 5 0.3930 0.625031 0.000 0.056 0.000 0.152 0.792
#> SRR607042 3 0.2890 0.739518 0.000 0.000 0.836 0.160 0.004
#> SRR656203 2 0.0880 0.585116 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR660602 3 0.0000 0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440397 1 0.2848 0.886632 0.840 0.000 0.000 0.004 0.156
#> SRR1369264 1 0.0000 0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233 1 0.4238 0.868190 0.756 0.000 0.000 0.052 0.192
#> SRR663249 2 0.4232 0.393690 0.000 0.676 0.000 0.312 0.012
#> SRR661242 2 0.6728 0.206484 0.000 0.416 0.000 0.308 0.276
#> SRR1332007 3 0.5058 0.465853 0.000 0.032 0.584 0.380 0.004
#> SRR809619 2 0.4565 0.272349 0.000 0.580 0.000 0.408 0.012
#> SRR819975 1 0.0000 0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281 2 0.5295 -0.016955 0.000 0.488 0.048 0.464 0.000
#> SRR662366 3 0.0162 0.848152 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1317898 3 0.0000 0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382485 4 0.4632 -0.053857 0.000 0.448 0.000 0.540 0.012
#> SRR2166420 1 0.0000 0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429 1 0.4305 0.865899 0.748 0.000 0.000 0.052 0.200
#> SRR1092541 3 0.0000 0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817444 3 0.0162 0.849588 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1320403 4 0.5518 0.134674 0.000 0.384 0.072 0.544 0.000
#> SRR1101483 4 0.4718 -0.050149 0.000 0.444 0.000 0.540 0.016
#> SRR1331684 3 0.0000 0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400054 5 0.3953 0.604965 0.000 0.148 0.000 0.060 0.792
#> SRR1406088 2 0.4218 0.383702 0.000 0.660 0.000 0.332 0.008
#> SRR820733 4 0.6263 0.146667 0.000 0.216 0.000 0.540 0.244
#> SRR1314113 4 0.6403 0.091193 0.000 0.256 0.000 0.512 0.232
#> SRR1382615 3 0.0324 0.847967 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1480745 1 0.4305 0.865899 0.748 0.000 0.000 0.052 0.200
#> SRR1468850 4 0.5443 0.202236 0.000 0.312 0.084 0.604 0.000
#> SRR656782 3 0.4249 0.390834 0.000 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR821364 1 0.2790 0.900695 0.880 0.000 0.000 0.052 0.068
#> SRR1101106 1 0.0000 0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295 4 0.5487 0.135705 0.000 0.072 0.324 0.600 0.004
#> SRR1357103 3 0.5124 0.292028 0.000 0.028 0.488 0.480 0.004
#> SRR809185 4 0.6244 0.116052 0.000 0.260 0.000 0.540 0.200
#> SRR811583 5 0.6498 0.014107 0.000 0.200 0.000 0.340 0.460
#> SRR1468050 1 0.2221 0.903737 0.912 0.000 0.000 0.052 0.036
#> SRR1440224 2 0.0290 0.584659 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1500170 2 0.2653 0.61536 0.000 0.844 0.000 0.144 0.012 0.000
#> SRR1402368 3 0.0458 0.86012 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR607743 3 0.4644 0.61773 0.000 0.000 0.744 0.132 0.064 0.060
#> SRR1457375 2 0.2219 0.61498 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000 0.000
#> SRR1470923 1 0.4456 0.83215 0.728 0.000 0.000 0.104 0.160 0.008
#> SRR817954 1 0.0146 0.86454 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR809259 1 0.0458 0.86514 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1439785 3 0.1908 0.84047 0.000 0.000 0.900 0.004 0.096 0.000
#> SRR814768 1 0.0260 0.86304 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1102031 2 0.2562 0.58995 0.000 0.828 0.000 0.172 0.000 0.000
#> SRR1363611 4 0.3774 0.29513 0.000 0.408 0.000 0.592 0.000 0.000
#> SRR1468447 2 0.5927 0.30542 0.000 0.452 0.000 0.316 0.232 0.000
#> SRR1071931 4 0.3052 0.67863 0.000 0.216 0.000 0.780 0.004 0.000
#> SRR810981 1 0.4941 0.80913 0.660 0.000 0.000 0.104 0.228 0.008
#> SRR615299 2 0.4166 0.44363 0.000 0.744 0.000 0.020 0.040 0.196
#> SRR663585 3 0.0146 0.86151 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1326773 5 0.7057 0.54477 0.000 0.220 0.116 0.204 0.460 0.000
#> SRR1351166 2 0.1714 0.60938 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000 0.000
#> SRR1477452 1 0.4965 0.80780 0.656 0.000 0.000 0.104 0.232 0.008
#> SRR1084720 3 0.0820 0.86129 0.000 0.000 0.972 0.016 0.012 0.000
#> SRR1420320 4 0.3756 0.48608 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000 0.000
#> SRR1081712 5 0.6125 0.03224 0.000 0.340 0.000 0.312 0.348 0.000
#> SRR1318241 5 0.5980 0.54796 0.000 0.000 0.292 0.264 0.444 0.000
#> SRR1333718 3 0.2697 0.78369 0.000 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000
#> SRR1313514 5 0.5016 0.68271 0.000 0.060 0.036 0.236 0.668 0.000
#> SRR1477861 5 0.4261 0.55437 0.000 0.000 0.252 0.056 0.692 0.000
#> SRR1318005 5 0.4847 0.68937 0.000 0.048 0.036 0.236 0.680 0.000
#> SRR1354665 2 0.2178 0.61470 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000 0.000
#> SRR657707 5 0.6001 0.54119 0.000 0.000 0.296 0.268 0.436 0.000
#> SRR1370742 3 0.0458 0.86012 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1412947 2 0.2300 0.61452 0.000 0.856 0.000 0.144 0.000 0.000
#> SRR661553 6 0.3841 0.50898 0.000 0.032 0.000 0.244 0.000 0.724
#> SRR1328869 1 0.0000 0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211 2 0.0363 0.60229 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1348181 3 0.0458 0.86012 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1416560 3 0.0458 0.86012 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1319772 3 0.2053 0.83627 0.000 0.000 0.888 0.004 0.108 0.000
#> SRR1091452 4 0.2969 0.67575 0.000 0.224 0.000 0.776 0.000 0.000
#> SRR1338812 1 0.0000 0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072 2 0.2629 0.53717 0.000 0.868 0.000 0.040 0.092 0.000
#> SRR814844 4 0.2912 0.68017 0.000 0.216 0.000 0.784 0.000 0.000
#> SRR1376619 3 0.0000 0.86130 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603690 4 0.4634 0.37782 0.000 0.044 0.000 0.556 0.000 0.400
#> SRR2184980 2 0.2219 0.61505 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000 0.000
#> SRR613963 6 0.3868 -0.09660 0.000 0.000 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR1323422 1 0.0858 0.86326 0.968 0.000 0.000 0.000 0.028 0.004
#> SRR1397673 3 0.2135 0.82758 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1434650 5 0.3817 0.09951 0.000 0.000 0.432 0.000 0.568 0.000
#> SRR659875 3 0.2762 0.77697 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR1465734 5 0.6001 0.54119 0.000 0.000 0.296 0.268 0.436 0.000
#> SRR1076847 5 0.4454 0.69409 0.000 0.032 0.028 0.236 0.704 0.000
#> SRR1415072 1 0.0260 0.86304 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR659319 3 0.1957 0.83501 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR663088 4 0.4314 0.66756 0.000 0.096 0.000 0.720 0.000 0.184
#> SRR1352021 1 0.0000 0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.0000 0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.0000 0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935 4 0.2941 0.67834 0.000 0.220 0.000 0.780 0.000 0.000
#> SRR1352530 3 0.0146 0.86136 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR662594 6 0.0260 0.83424 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1095309 1 0.4893 0.81254 0.668 0.000 0.000 0.104 0.220 0.008
#> SRR615647 6 0.1501 0.80698 0.000 0.000 0.076 0.000 0.000 0.924
#> SRR813019 5 0.4331 0.69704 0.000 0.000 0.076 0.220 0.704 0.000
#> SRR1374647 5 0.4704 0.70273 0.000 0.024 0.072 0.196 0.708 0.000
#> SRR603472 5 0.4565 0.59702 0.000 0.000 0.220 0.096 0.684 0.000
#> SRR661529 6 0.0260 0.83420 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR607018 3 0.2048 0.83164 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR627423 4 0.3769 0.52897 0.000 0.356 0.000 0.640 0.000 0.004
#> SRR654921 4 0.3822 0.68242 0.000 0.096 0.000 0.776 0.000 0.128
#> SRR1418968 1 0.4965 0.80780 0.656 0.000 0.000 0.104 0.232 0.008
#> SRR660871 6 0.4011 0.54480 0.000 0.000 0.304 0.024 0.000 0.672
#> SRR1330522 3 0.0458 0.86012 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1499958 2 0.3619 0.49176 0.000 0.680 0.000 0.316 0.004 0.000
#> SRR614059 6 0.0260 0.83553 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1071403 1 0.0146 0.86352 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1486719 2 0.4146 0.50365 0.000 0.676 0.000 0.288 0.036 0.000
#> SRR1440421 5 0.5871 0.50885 0.000 0.212 0.008 0.252 0.528 0.000
#> SRR1310412 5 0.6197 0.55819 0.000 0.008 0.280 0.272 0.440 0.000
#> SRR614767 2 0.1007 0.57515 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR820709 1 0.4965 0.80780 0.656 0.000 0.000 0.104 0.232 0.008
#> SRR1471500 1 0.0000 0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093 3 0.2020 0.84165 0.000 0.000 0.896 0.000 0.096 0.008
#> SRR1088168 3 0.2092 0.82971 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1418707 2 0.3489 0.51709 0.000 0.708 0.000 0.288 0.004 0.000
#> SRR1354291 5 0.5508 0.55977 0.000 0.168 0.004 0.252 0.576 0.000
#> SRR2165806 1 0.3315 0.84971 0.820 0.000 0.000 0.104 0.076 0.000
#> SRR1415684 4 0.4209 0.67997 0.000 0.104 0.000 0.736 0.000 0.160
#> SRR1433860 3 0.1556 0.84723 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1311062 2 0.2527 0.54218 0.000 0.876 0.000 0.040 0.084 0.000
#> SRR1360359 1 0.0000 0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385 3 0.1610 0.84536 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR615407 6 0.0291 0.83459 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.992
#> SRR1413892 3 0.1863 0.83807 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR1443459 4 0.3862 0.36142 0.000 0.476 0.000 0.524 0.000 0.000
#> SRR1338942 1 0.0000 0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480 5 0.5911 0.52074 0.000 0.000 0.316 0.228 0.456 0.000
#> SRR1399433 4 0.4344 0.66592 0.000 0.096 0.000 0.716 0.000 0.188
#> SRR818537 5 0.3828 0.07177 0.000 0.000 0.440 0.000 0.560 0.000
#> SRR1101324 4 0.3683 0.49862 0.000 0.052 0.000 0.784 0.160 0.004
#> SRR807637 6 0.0458 0.83192 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1091918 1 0.2795 0.85501 0.856 0.000 0.000 0.100 0.044 0.000
#> SRR598300 6 0.2585 0.77956 0.000 0.000 0.004 0.068 0.048 0.880
#> SRR1085426 1 0.4522 0.82972 0.720 0.000 0.000 0.104 0.168 0.008
#> SRR1376294 2 0.0000 0.59926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813891 1 0.0000 0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431 2 0.6200 0.38021 0.000 0.504 0.024 0.272 0.200 0.000
#> SRR658742 6 0.0260 0.83420 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1419234 1 0.1498 0.86422 0.940 0.000 0.000 0.032 0.028 0.000
#> SRR1404813 2 0.0000 0.59926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603496 6 0.0260 0.83424 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1407758 3 0.0000 0.86130 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810945 5 0.6268 0.41063 0.000 0.280 0.020 0.224 0.476 0.000
#> SRR817234 5 0.5671 0.63607 0.000 0.124 0.032 0.240 0.604 0.000
#> SRR1444852 3 0.0458 0.86012 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR660378 6 0.1700 0.80536 0.000 0.000 0.080 0.004 0.000 0.916
#> SRR1467835 2 0.0000 0.59926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338964 5 0.6009 0.53267 0.000 0.000 0.300 0.268 0.432 0.000
#> SRR1079259 4 0.6412 -0.27167 0.000 0.260 0.016 0.396 0.328 0.000
#> SRR1072345 3 0.6534 -0.45383 0.000 0.000 0.388 0.252 0.336 0.024
#> SRR598725 3 0.0547 0.85903 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1447938 1 0.0000 0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.1984 0.86205 0.912 0.000 0.000 0.056 0.032 0.000
#> SRR1360460 2 0.3868 -0.36268 0.000 0.508 0.000 0.492 0.000 0.000
#> SRR1429468 2 0.5204 0.40476 0.000 0.584 0.000 0.292 0.124 0.000
#> SRR1446850 2 0.6187 -0.18461 0.000 0.392 0.008 0.224 0.376 0.000
#> SRR1320363 3 0.1498 0.85297 0.000 0.000 0.940 0.032 0.028 0.000
#> SRR1413810 3 0.0000 0.86130 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598831 6 0.1333 0.81536 0.000 0.048 0.000 0.008 0.000 0.944
#> SRR1381865 1 0.0000 0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957 3 0.0547 0.85903 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1491332 3 0.2597 0.79449 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176 0.000
#> SRR1099744 2 0.0000 0.59926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464618 4 0.3869 0.35932 0.000 0.500 0.000 0.500 0.000 0.000
#> SRR1414559 4 0.4191 0.66574 0.000 0.088 0.000 0.732 0.000 0.180
#> SRR1337540 4 0.4065 0.68465 0.000 0.220 0.000 0.724 0.000 0.056
#> SRR1444283 1 0.4965 0.80780 0.656 0.000 0.000 0.104 0.232 0.008
#> SRR2184942 3 0.6053 -0.43359 0.000 0.000 0.408 0.272 0.320 0.000
#> SRR660295 1 0.4965 0.80780 0.656 0.000 0.000 0.104 0.232 0.008
#> SRR601335 3 0.0000 0.86130 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1363742 3 0.0458 0.86140 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1345847 2 0.5887 0.19860 0.000 0.476 0.000 0.272 0.252 0.000
#> SRR614960 6 0.2651 0.76967 0.000 0.000 0.112 0.028 0.000 0.860
#> SRR819919 1 0.4030 0.83924 0.756 0.000 0.000 0.104 0.140 0.000
#> SRR603330 5 0.4448 0.69897 0.000 0.024 0.036 0.236 0.704 0.000
#> SRR1327951 1 0.4917 0.81016 0.664 0.000 0.000 0.104 0.224 0.008
#> SRR1401885 1 0.0000 0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266 2 0.3601 0.49613 0.000 0.684 0.000 0.312 0.004 0.000
#> SRR1338055 5 0.5517 0.36252 0.000 0.316 0.020 0.096 0.568 0.000
#> SRR1430157 2 0.3615 0.51050 0.000 0.700 0.000 0.292 0.008 0.000
#> SRR1320137 2 0.3823 0.25762 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000 0.000
#> SRR1093483 1 0.0717 0.86514 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016 0.000
#> SRR1341080 1 0.0000 0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913 3 0.0547 0.85824 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR2170490 1 0.4387 0.83410 0.736 0.000 0.000 0.104 0.152 0.008
#> SRR1479845 3 0.2146 0.75834 0.000 0.000 0.880 0.116 0.004 0.000
#> SRR1436420 1 0.3367 0.84923 0.816 0.000 0.000 0.104 0.080 0.000
#> SRR1481060 3 0.2883 0.76221 0.000 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR662282 6 0.2854 0.67553 0.000 0.000 0.208 0.000 0.000 0.792
#> SRR1487089 4 0.2996 0.67843 0.000 0.228 0.000 0.772 0.000 0.000
#> SRR1075683 1 0.0000 0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536 1 0.0000 0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880 4 0.3163 0.66809 0.000 0.232 0.000 0.764 0.004 0.000
#> SRR1453456 3 0.0146 0.86183 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1457895 1 0.4917 0.81016 0.664 0.000 0.000 0.104 0.224 0.008
#> SRR1440603 5 0.4307 0.70656 0.000 0.000 0.072 0.224 0.704 0.000
#> SRR658633 2 0.3615 0.51196 0.000 0.700 0.000 0.292 0.008 0.000
#> SRR1388081 2 0.3578 0.00896 0.000 0.660 0.000 0.340 0.000 0.000
#> SRR813339 3 0.0458 0.86012 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR809725 1 0.0000 0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441 5 0.5332 0.66149 0.000 0.028 0.036 0.164 0.700 0.072
#> SRR613603 6 0.0260 0.83553 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1096571 5 0.3482 0.41950 0.000 0.000 0.316 0.000 0.684 0.000
#> SRR1392701 1 0.0260 0.86304 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1344326 1 0.4965 0.80780 0.656 0.000 0.000 0.104 0.232 0.008
#> SRR1367693 2 0.3756 0.44055 0.000 0.644 0.000 0.352 0.004 0.000
#> SRR660697 4 0.3023 0.67004 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000 0.000
#> SRR1489926 5 0.5943 0.56926 0.000 0.000 0.292 0.252 0.456 0.000
#> SRR811491 3 0.0547 0.85933 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1311644 4 0.3508 0.60300 0.000 0.104 0.000 0.812 0.080 0.004
#> SRR1451740 3 0.0260 0.86120 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR615117 5 0.4659 0.41763 0.000 0.000 0.076 0.004 0.668 0.252
#> SRR1391748 4 0.3797 0.46091 0.000 0.420 0.000 0.580 0.000 0.000
#> SRR1466556 3 0.1814 0.83941 0.000 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000
#> SRR614972 6 0.2889 0.76860 0.000 0.000 0.108 0.044 0.000 0.848
#> SRR1406200 1 0.0000 0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210 4 0.4478 0.67314 0.000 0.104 0.000 0.716 0.004 0.176
#> SRR662174 1 0.1814 0.85617 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100 0.000
#> SRR811988 1 0.0000 0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236 4 0.5497 0.50995 0.000 0.028 0.148 0.636 0.000 0.188
#> SRR1312598 2 0.2278 0.61580 0.000 0.868 0.000 0.128 0.004 0.000
#> SRR1330129 5 0.5781 0.61328 0.000 0.148 0.028 0.236 0.588 0.000
#> SRR1357781 5 0.5016 0.68271 0.000 0.060 0.036 0.236 0.668 0.000
#> SRR1315517 2 0.4552 0.08451 0.000 0.572 0.000 0.040 0.388 0.000
#> SRR1400032 3 0.0458 0.86012 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1413722 1 0.0000 0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827 3 0.2361 0.79017 0.000 0.000 0.884 0.028 0.000 0.088
#> SRR814794 1 0.4965 0.80780 0.656 0.000 0.000 0.104 0.232 0.008
#> SRR819430 1 0.0000 0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509 4 0.3947 0.68627 0.000 0.220 0.000 0.732 0.000 0.048
#> SRR808728 3 0.2996 0.74116 0.000 0.000 0.772 0.000 0.228 0.000
#> SRR1070813 2 0.4389 0.48236 0.000 0.660 0.000 0.288 0.052 0.000
#> SRR1389133 3 0.6041 -0.42348 0.000 0.000 0.416 0.272 0.312 0.000
#> SRR601263 3 0.4830 0.57303 0.000 0.000 0.668 0.160 0.172 0.000
#> SRR604718 4 0.4694 0.44120 0.000 0.052 0.000 0.572 0.000 0.376
#> SRR1481351 5 0.5589 0.63855 0.000 0.000 0.216 0.236 0.548 0.000
#> SRR1334608 3 0.2092 0.82981 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR658681 3 0.2996 0.74478 0.000 0.000 0.772 0.000 0.228 0.000
#> SRR809283 4 0.5319 0.56222 0.000 0.220 0.000 0.596 0.000 0.184
#> SRR1459300 1 0.4207 0.83711 0.748 0.000 0.000 0.104 0.144 0.004
#> SRR1392547 3 0.3737 0.44944 0.000 0.000 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR811049 5 0.6001 0.53955 0.000 0.000 0.296 0.268 0.436 0.000
#> SRR1464835 4 0.3737 0.49793 0.000 0.392 0.000 0.608 0.000 0.000
#> SRR1339619 2 0.0713 0.58698 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR658501 3 0.0458 0.86012 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1447523 3 0.0458 0.86012 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1415048 1 0.4941 0.80901 0.660 0.000 0.000 0.104 0.228 0.008
#> SRR1355451 1 0.3159 0.85122 0.832 0.000 0.000 0.100 0.068 0.000
#> SRR1444348 4 0.3997 -0.01807 0.000 0.488 0.000 0.508 0.004 0.000
#> SRR603890 5 0.5083 0.45594 0.000 0.284 0.020 0.068 0.628 0.000
#> SRR810595 3 0.0260 0.86163 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1446244 2 0.3747 0.00067 0.000 0.604 0.000 0.396 0.000 0.000
#> SRR817373 2 0.3515 0.05840 0.000 0.676 0.000 0.324 0.000 0.000
#> SRR1457291 2 0.0000 0.59926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598220 3 0.5045 0.43097 0.000 0.000 0.636 0.244 0.116 0.004
#> SRR1477991 2 0.2178 0.61470 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000 0.000
#> SRR598172 2 0.3738 0.45228 0.000 0.752 0.000 0.040 0.208 0.000
#> SRR1349032 2 0.3982 -0.02108 0.000 0.536 0.000 0.460 0.000 0.004
#> SRR604002 5 0.3860 0.70057 0.000 0.000 0.036 0.236 0.728 0.000
#> SRR1378026 3 0.1910 0.83659 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR1404401 5 0.5016 0.68271 0.000 0.060 0.036 0.236 0.668 0.000
#> SRR1333240 5 0.3860 0.70057 0.000 0.000 0.036 0.236 0.728 0.000
#> SRR1089399 2 0.5539 0.37318 0.000 0.548 0.000 0.272 0.180 0.000
#> SRR603421 6 0.6819 0.16774 0.000 0.236 0.000 0.056 0.280 0.428
#> SRR812562 1 0.0000 0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520 3 0.2178 0.82550 0.000 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000
#> SRR811839 1 0.4461 0.82529 0.704 0.000 0.000 0.104 0.192 0.000
#> SRR814317 2 0.4083 0.58094 0.000 0.752 0.000 0.132 0.116 0.000
#> SRR1436763 4 0.4295 0.69192 0.000 0.160 0.000 0.728 0.000 0.112
#> SRR1486021 4 0.5201 0.31955 0.000 0.408 0.000 0.500 0.000 0.092
#> SRR1465018 5 0.5896 0.35442 0.000 0.236 0.000 0.296 0.468 0.000
#> SRR1080998 5 0.6009 0.53267 0.000 0.000 0.300 0.268 0.432 0.000
#> SRR1083432 3 0.0260 0.86197 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1082833 1 0.3719 0.84725 0.800 0.000 0.000 0.104 0.088 0.008
#> SRR1465804 1 0.0000 0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536 3 0.0458 0.86012 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR614011 4 0.5528 0.50130 0.000 0.192 0.000 0.556 0.000 0.252
#> SRR1365873 5 0.5641 0.64890 0.000 0.124 0.040 0.212 0.624 0.000
#> SRR1498789 2 0.0000 0.59926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601581 4 0.3081 0.67689 0.000 0.220 0.000 0.776 0.004 0.000
#> SRR603566 6 0.2027 0.81117 0.000 0.000 0.032 0.016 0.032 0.920
#> SRR1373981 1 0.4917 0.81016 0.664 0.000 0.000 0.104 0.224 0.008
#> SRR821410 2 0.0000 0.59926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076511 6 0.3351 0.60958 0.000 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712
#> SRR614143 5 0.6034 0.62780 0.000 0.012 0.224 0.256 0.508 0.000
#> SRR1333570 3 0.0458 0.86012 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1366813 2 0.2883 0.58456 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000 0.000
#> SRR1388746 1 0.4965 0.80780 0.656 0.000 0.000 0.104 0.232 0.008
#> SRR1420558 3 0.1444 0.83105 0.000 0.000 0.928 0.072 0.000 0.000
#> SRR1409510 3 0.0458 0.86012 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR816250 2 0.0937 0.60723 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR614131 4 0.3713 0.60747 0.000 0.284 0.000 0.704 0.004 0.008
#> SRR1331130 1 0.0000 0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015 3 0.0458 0.86012 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1470798 3 0.0603 0.86077 0.000 0.000 0.980 0.016 0.004 0.000
#> SRR614179 3 0.2969 0.74914 0.000 0.000 0.776 0.000 0.224 0.000
#> SRR1474863 2 0.5169 0.49307 0.000 0.604 0.000 0.260 0.136 0.000
#> SRR813560 2 0.3215 0.56144 0.000 0.756 0.000 0.240 0.004 0.000
#> SRR1312187 4 0.3684 0.53170 0.000 0.372 0.000 0.628 0.000 0.000
#> SRR1420960 3 0.0000 0.86130 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355102 3 0.0458 0.86012 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1084577 3 0.0260 0.86163 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR659971 4 0.5242 0.40141 0.000 0.100 0.000 0.516 0.000 0.384
#> SRR1350855 4 0.2912 0.68017 0.000 0.216 0.000 0.784 0.000 0.000
#> SRR820779 3 0.0458 0.86012 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1476300 3 0.0458 0.86012 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1090907 2 0.3869 -0.37674 0.000 0.500 0.000 0.500 0.000 0.000
#> SRR662294 5 0.5671 0.63492 0.000 0.124 0.032 0.240 0.604 0.000
#> SRR1480789 5 0.3737 0.23057 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608 0.000
#> SRR1336263 4 0.2912 0.68017 0.000 0.216 0.000 0.784 0.000 0.000
#> SRR660776 1 0.0000 0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508 5 0.4448 0.69897 0.000 0.024 0.036 0.236 0.704 0.000
#> SRR615563 4 0.4766 0.38737 0.000 0.044 0.000 0.552 0.004 0.400
#> SRR1101175 1 0.0000 0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650 3 0.2762 0.77697 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR1431205 5 0.5930 0.31440 0.000 0.240 0.000 0.304 0.456 0.000
#> SRR1339856 4 0.3023 0.67257 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000 0.000
#> SRR1352147 2 0.3993 0.49311 0.000 0.676 0.000 0.300 0.024 0.000
#> SRR808968 1 0.4917 0.81016 0.664 0.000 0.000 0.104 0.224 0.008
#> SRR627419 2 0.4732 0.50876 0.000 0.660 0.000 0.276 0.040 0.024
#> SRR1402391 1 0.4965 0.80780 0.656 0.000 0.000 0.104 0.232 0.008
#> SRR663609 3 0.2793 0.77304 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR2167857 5 0.4448 0.69897 0.000 0.024 0.036 0.236 0.704 0.000
#> SRR1398752 1 0.4965 0.80780 0.656 0.000 0.000 0.104 0.232 0.008
#> SRR1469169 1 0.4965 0.80780 0.656 0.000 0.000 0.104 0.232 0.008
#> SRR1405437 2 0.2738 0.60103 0.000 0.820 0.000 0.176 0.004 0.000
#> SRR1416955 1 0.0000 0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064 4 0.3717 0.39978 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000 0.000
#> SRR659001 4 0.5736 0.37182 0.000 0.340 0.000 0.480 0.000 0.180
#> SRR2170696 4 0.3065 0.67220 0.000 0.100 0.000 0.844 0.004 0.052
#> SRR816589 3 0.1141 0.85459 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1087487 3 0.0146 0.86151 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1329485 3 0.0000 0.86130 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816920 4 0.2597 0.68041 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000 0.000
#> SRR1341432 1 0.4917 0.81016 0.664 0.000 0.000 0.104 0.224 0.008
#> SRR1361590 4 0.3765 0.48395 0.000 0.404 0.000 0.596 0.000 0.000
#> SRR817046 3 0.3817 0.51952 0.000 0.000 0.720 0.028 0.252 0.000
#> SRR1471331 3 0.0146 0.86151 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR660788 4 0.5027 0.64329 0.000 0.080 0.032 0.696 0.004 0.188
#> SRR819234 1 0.4965 0.80780 0.656 0.000 0.000 0.104 0.232 0.008
#> SRR810853 3 0.3330 0.66521 0.000 0.000 0.716 0.000 0.284 0.000
#> SRR809427 2 0.4091 -0.34441 0.000 0.520 0.000 0.472 0.000 0.008
#> SRR2170217 4 0.3843 0.42572 0.000 0.452 0.000 0.548 0.000 0.000
#> SRR1386967 3 0.0260 0.86161 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1420344 2 0.2416 0.59983 0.000 0.844 0.000 0.156 0.000 0.000
#> SRR1334535 1 0.0000 0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503 4 0.4674 0.67091 0.000 0.120 0.000 0.696 0.004 0.180
#> SRR602564 4 0.5176 0.52383 0.000 0.004 0.016 0.652 0.092 0.236
#> SRR1420669 4 0.2378 0.67747 0.000 0.152 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR819024 3 0.1934 0.82522 0.000 0.000 0.916 0.044 0.040 0.000
#> SRR656223 3 0.2003 0.83362 0.000 0.000 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR608428 2 0.5561 0.35759 0.000 0.552 0.000 0.244 0.204 0.000
#> SRR1345647 1 0.0000 0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324 5 0.5310 0.57417 0.000 0.192 0.020 0.140 0.648 0.000
#> SRR1361368 4 0.3737 0.49877 0.000 0.392 0.000 0.608 0.000 0.000
#> SRR1322619 2 0.3489 0.51709 0.000 0.708 0.000 0.288 0.004 0.000
#> SRR1349276 4 0.3810 0.45189 0.000 0.428 0.000 0.572 0.000 0.000
#> SRR1404024 1 0.0000 0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637 2 0.4124 0.45428 0.000 0.644 0.000 0.332 0.024 0.000
#> SRR1452631 2 0.3864 -0.34524 0.000 0.520 0.000 0.480 0.000 0.000
#> SRR608392 6 0.3738 0.58615 0.000 0.000 0.312 0.004 0.004 0.680
#> SRR1357757 3 0.6051 -0.51132 0.000 0.000 0.384 0.256 0.360 0.000
#> SRR1074646 4 0.4313 0.68406 0.000 0.124 0.000 0.728 0.000 0.148
#> SRR1367499 3 0.1863 0.83842 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR1343501 3 0.2416 0.81027 0.000 0.000 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1394406 4 0.5259 -0.14573 0.000 0.012 0.084 0.580 0.324 0.000
#> SRR1381435 3 0.2092 0.82971 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1467407 1 0.0000 0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422 5 0.4448 0.69897 0.000 0.024 0.036 0.236 0.704 0.000
#> SRR1380270 5 0.3756 0.20692 0.000 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR1091817 2 0.0000 0.59926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440137 2 0.3371 0.51762 0.000 0.708 0.000 0.292 0.000 0.000
#> SRR614311 2 0.3828 -0.27443 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000 0.000
#> SRR1407516 4 0.4336 0.68101 0.000 0.232 0.000 0.704 0.004 0.060
#> SRR815494 3 0.0717 0.86113 0.000 0.000 0.976 0.016 0.008 0.000
#> SRR1333209 2 0.3446 0.10903 0.000 0.692 0.000 0.308 0.000 0.000
#> SRR615177 4 0.4482 0.66609 0.000 0.096 0.000 0.712 0.004 0.188
#> SRR1099648 3 0.2762 0.77697 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR659720 5 0.6371 0.58695 0.000 0.008 0.268 0.240 0.472 0.012
#> SRR2185057 1 0.1007 0.86290 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1467125 1 0.2743 0.83985 0.828 0.000 0.000 0.000 0.164 0.008
#> SRR657468 4 0.3677 0.62816 0.000 0.124 0.000 0.800 0.068 0.008
#> SRR660042 6 0.0260 0.83553 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR2170864 2 0.0000 0.59926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440491 2 0.4086 -0.32882 0.000 0.528 0.000 0.464 0.000 0.008
#> SRR1440852 3 0.0458 0.86012 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR811169 1 0.3150 0.85117 0.832 0.000 0.000 0.104 0.064 0.000
#> SRR1331311 4 0.2941 0.67834 0.000 0.220 0.000 0.780 0.000 0.000
#> SRR818009 1 0.4965 0.80780 0.656 0.000 0.000 0.104 0.232 0.008
#> SRR1351836 2 0.5725 0.35423 0.000 0.512 0.000 0.280 0.208 0.000
#> SRR1498313 5 0.4448 0.69897 0.000 0.024 0.036 0.236 0.704 0.000
#> SRR1441975 5 0.6327 0.44943 0.000 0.284 0.020 0.236 0.460 0.000
#> SRR819096 1 0.0000 0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679 3 0.5295 0.33149 0.000 0.092 0.604 0.288 0.016 0.000
#> SRR1489116 3 0.3050 0.73612 0.000 0.000 0.764 0.000 0.236 0.000
#> SRR1354138 3 0.0000 0.86130 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490589 3 0.0458 0.86012 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1412987 4 0.2912 0.68017 0.000 0.216 0.000 0.784 0.000 0.000
#> SRR602034 3 0.0603 0.86077 0.000 0.000 0.980 0.016 0.004 0.000
#> SRR1353437 1 0.0000 0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871 3 0.4499 0.14688 0.000 0.000 0.540 0.032 0.428 0.000
#> SRR661577 6 0.1610 0.79611 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> SRR612190 4 0.3081 0.67676 0.000 0.220 0.000 0.776 0.004 0.000
#> SRR1399880 1 0.0260 0.86304 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1101787 4 0.3985 0.67571 0.000 0.088 0.000 0.768 0.004 0.140
#> SRR657869 1 0.4965 0.80780 0.656 0.000 0.000 0.104 0.232 0.008
#> SRR1446332 1 0.4965 0.80780 0.656 0.000 0.000 0.104 0.232 0.008
#> SRR816039 1 0.0000 0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141 3 0.1556 0.84722 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1476697 1 0.4941 0.80901 0.660 0.000 0.000 0.104 0.228 0.008
#> SRR1379538 4 0.2941 0.67848 0.000 0.220 0.000 0.780 0.000 0.000
#> SRR1331422 1 0.4253 0.82660 0.720 0.000 0.000 0.052 0.220 0.008
#> SRR660859 5 0.6156 0.53842 0.000 0.004 0.300 0.276 0.420 0.000
#> SRR1097594 1 0.4813 0.81385 0.672 0.000 0.000 0.092 0.228 0.008
#> SRR1311419 3 0.0820 0.86286 0.000 0.000 0.972 0.012 0.016 0.000
#> SRR1336706 3 0.3330 0.66516 0.000 0.000 0.716 0.000 0.284 0.000
#> SRR1472976 4 0.3190 0.68207 0.000 0.220 0.000 0.772 0.000 0.008
#> SRR1321307 1 0.4965 0.80780 0.656 0.000 0.000 0.104 0.232 0.008
#> SRR807493 1 0.4917 0.81016 0.664 0.000 0.000 0.104 0.224 0.008
#> SRR812461 3 0.0000 0.86130 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477149 5 0.5069 0.67952 0.000 0.064 0.036 0.236 0.664 0.000
#> SRR1457397 5 0.4300 0.70428 0.000 0.000 0.080 0.208 0.712 0.000
#> SRR661913 3 0.0458 0.86012 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1069024 5 0.3810 0.11363 0.000 0.000 0.428 0.000 0.572 0.000
#> SRR2165634 1 0.4917 0.81016 0.664 0.000 0.000 0.104 0.224 0.008
#> SRR1478722 3 0.0603 0.86077 0.000 0.000 0.980 0.016 0.004 0.000
#> SRR1328642 5 0.4780 0.68873 0.000 0.048 0.032 0.236 0.684 0.000
#> SRR1488261 3 0.1007 0.84900 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000
#> SRR1318815 4 0.5119 0.54318 0.000 0.264 0.000 0.608 0.000 0.128
#> SRR816945 1 0.4965 0.80780 0.656 0.000 0.000 0.104 0.232 0.008
#> SRR1367432 4 0.3833 0.43313 0.000 0.444 0.000 0.556 0.000 0.000
#> SRR1359280 5 0.4522 0.69792 0.000 0.028 0.036 0.236 0.700 0.000
#> SRR1313910 2 0.2416 0.59983 0.000 0.844 0.000 0.156 0.000 0.000
#> SRR1457315 4 0.3079 0.64630 0.000 0.096 0.056 0.844 0.000 0.004
#> SRR815398 1 0.4965 0.80780 0.656 0.000 0.000 0.104 0.232 0.008
#> SRR656958 3 0.1261 0.84593 0.000 0.000 0.952 0.024 0.000 0.024
#> SRR600688 6 0.2092 0.74041 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1098952 1 0.0713 0.86390 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1314916 3 0.0458 0.86012 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR614167 6 0.3202 0.71034 0.000 0.000 0.176 0.024 0.000 0.800
#> SRR1348114 4 0.3023 0.67002 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000 0.000
#> SRR658033 6 0.1370 0.81713 0.000 0.036 0.000 0.012 0.004 0.948
#> SRR1077503 5 0.5550 0.63706 0.000 0.000 0.216 0.228 0.556 0.000
#> SRR661854 6 0.0260 0.83424 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR811379 4 0.4120 0.67766 0.000 0.096 0.000 0.744 0.000 0.160
#> SRR1318857 2 0.2378 0.60304 0.000 0.848 0.000 0.152 0.000 0.000
#> SRR656445 3 0.2003 0.83394 0.000 0.000 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR1433044 5 0.5016 0.68271 0.000 0.060 0.036 0.236 0.668 0.000
#> SRR1486391 1 0.4032 0.84241 0.764 0.000 0.000 0.092 0.140 0.004
#> SRR656071 3 0.1367 0.84300 0.000 0.000 0.944 0.044 0.000 0.012
#> SRR1364824 1 0.0000 0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.1723 0.86355 0.928 0.000 0.000 0.036 0.036 0.000
#> SRR1394169 1 0.0000 0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745 3 0.2793 0.77304 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR601038 3 0.2902 0.77541 0.000 0.000 0.800 0.000 0.196 0.004
#> SRR1360080 1 0.4965 0.80780 0.656 0.000 0.000 0.104 0.232 0.008
#> SRR814868 3 0.5801 -0.11605 0.000 0.000 0.500 0.260 0.240 0.000
#> SRR1485997 1 0.3103 0.85200 0.836 0.000 0.000 0.100 0.064 0.000
#> SRR1435560 4 0.3907 0.67555 0.000 0.088 0.000 0.776 0.004 0.132
#> SRR1333330 1 0.0000 0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513 4 0.6083 -0.23448 0.000 0.032 0.120 0.524 0.320 0.004
#> SRR1328407 5 0.4305 0.69760 0.000 0.000 0.076 0.216 0.708 0.000
#> SRR602784 3 0.2762 0.77697 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR1348468 2 0.3864 -0.34524 0.000 0.520 0.000 0.480 0.000 0.000
#> SRR663717 4 0.4779 0.45686 0.000 0.060 0.000 0.572 0.000 0.368
#> SRR602217 5 0.6551 0.31680 0.000 0.372 0.036 0.196 0.396 0.000
#> SRR603140 5 0.6983 0.54791 0.000 0.008 0.252 0.256 0.432 0.052
#> SRR1340804 1 0.0000 0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574 3 0.1814 0.83917 0.000 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000
#> SRR1333462 5 0.5016 0.68271 0.000 0.060 0.036 0.236 0.668 0.000
#> SRR1094601 1 0.0000 0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610 5 0.6299 0.54343 0.000 0.012 0.292 0.268 0.428 0.000
#> SRR1435833 2 0.3563 0.02220 0.000 0.664 0.000 0.336 0.000 0.000
#> SRR1398728 2 0.2135 0.59813 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000 0.000
#> SRR1358343 4 0.2969 0.68054 0.000 0.224 0.000 0.776 0.000 0.000
#> SRR1410890 2 0.0000 0.59926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350371 1 0.0260 0.86304 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1392478 2 0.2135 0.61450 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000 0.000
#> SRR1099260 3 0.1957 0.83501 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1433576 3 0.1863 0.83807 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR1345541 4 0.4478 0.59659 0.000 0.092 0.104 0.764 0.004 0.036
#> SRR1086328 1 0.4917 0.81016 0.664 0.000 0.000 0.104 0.224 0.008
#> SRR810391 3 0.0458 0.86012 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1476207 3 0.2726 0.82274 0.000 0.000 0.856 0.032 0.112 0.000
#> SRR627435 3 0.3269 0.70801 0.000 0.000 0.828 0.128 0.016 0.028
#> SRR1489862 1 0.1588 0.86079 0.924 0.000 0.000 0.000 0.072 0.004
#> SRR1419086 1 0.4965 0.80780 0.656 0.000 0.000 0.104 0.232 0.008
#> SRR1436539 1 0.0000 0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191 3 0.0458 0.86012 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1490115 3 0.5003 0.15192 0.000 0.000 0.588 0.092 0.320 0.000
#> SRR1377714 5 0.5895 0.47563 0.000 0.000 0.356 0.208 0.436 0.000
#> SRR819394 1 0.0146 0.86450 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR663161 6 0.0260 0.83420 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR607042 3 0.3828 0.30141 0.000 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR656203 2 0.2300 0.61396 0.000 0.856 0.000 0.144 0.000 0.000
#> SRR660602 3 0.1863 0.83792 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR1440397 1 0.2958 0.84194 0.824 0.000 0.000 0.008 0.160 0.008
#> SRR1369264 1 0.0000 0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233 1 0.4917 0.81016 0.664 0.000 0.000 0.104 0.224 0.008
#> SRR663249 2 0.3995 0.11450 0.000 0.516 0.000 0.480 0.004 0.000
#> SRR661242 2 0.5818 -0.14625 0.000 0.424 0.000 0.392 0.000 0.184
#> SRR1332007 5 0.3351 0.47339 0.000 0.000 0.288 0.000 0.712 0.000
#> SRR809619 4 0.3758 0.51808 0.000 0.324 0.000 0.668 0.008 0.000
#> SRR819975 1 0.0000 0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281 2 0.5792 0.08582 0.000 0.524 0.016 0.132 0.328 0.000
#> SRR662366 3 0.0458 0.86012 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1317898 3 0.0458 0.86012 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1382485 4 0.3052 0.67863 0.000 0.216 0.000 0.780 0.004 0.000
#> SRR2166420 1 0.0000 0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429 1 0.4965 0.80780 0.656 0.000 0.000 0.104 0.232 0.008
#> SRR1092541 3 0.0458 0.86012 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR817444 3 0.2092 0.82981 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1320403 5 0.5897 0.54697 0.000 0.228 0.024 0.180 0.568 0.000
#> SRR1101483 4 0.3109 0.67402 0.000 0.224 0.000 0.772 0.004 0.000
#> SRR1331684 3 0.1863 0.83831 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR1400054 6 0.0993 0.82791 0.000 0.024 0.000 0.012 0.000 0.964
#> SRR1406088 2 0.4051 0.24193 0.000 0.560 0.000 0.432 0.008 0.000
#> SRR820733 4 0.4222 0.66462 0.000 0.088 0.000 0.728 0.000 0.184
#> SRR1314113 4 0.3123 0.67972 0.000 0.112 0.000 0.832 0.000 0.056
#> SRR1382615 3 0.2762 0.77877 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR1480745 1 0.4965 0.80780 0.656 0.000 0.000 0.104 0.232 0.008
#> SRR1468850 5 0.5998 0.58395 0.000 0.176 0.028 0.240 0.556 0.000
#> SRR656782 5 0.6031 0.51836 0.000 0.000 0.312 0.268 0.420 0.000
#> SRR821364 1 0.3612 0.84660 0.796 0.000 0.000 0.104 0.100 0.000
#> SRR1101106 1 0.0000 0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295 5 0.4448 0.69897 0.000 0.024 0.036 0.236 0.704 0.000
#> SRR1357103 5 0.4252 0.64035 0.000 0.000 0.188 0.088 0.724 0.000
#> SRR809185 4 0.3876 0.68401 0.000 0.108 0.000 0.772 0.000 0.120
#> SRR811583 6 0.5224 -0.27576 0.000 0.092 0.000 0.440 0.000 0.468
#> SRR1468050 1 0.3206 0.85034 0.828 0.000 0.000 0.104 0.068 0.000
#> SRR1440224 2 0.1765 0.61252 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17314 rows and 500 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.999 1.000 0.3573 0.643 0.643
#> 3 3 0.792 0.872 0.932 0.7199 0.733 0.585
#> 4 4 0.806 0.817 0.916 0.1994 0.829 0.579
#> 5 5 0.714 0.625 0.761 0.0576 0.902 0.651
#> 6 6 0.703 0.606 0.739 0.0285 0.927 0.683
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1500170 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1402368 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR607743 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1457375 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1470923 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR817954 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR809259 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1439785 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR814768 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1102031 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1363611 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1468447 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1071931 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR810981 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR615299 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR663585 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1326773 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1351166 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1477452 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1084720 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1420320 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1081712 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1318241 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1333718 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1313514 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1477861 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1318005 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1354665 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR657707 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1370742 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1412947 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR661553 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1328869 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR662211 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1348181 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1416560 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1319772 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1091452 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1338812 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1392072 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR814844 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1376619 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR603690 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2184980 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR613963 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1323422 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1397673 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1434650 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR659875 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1465734 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1076847 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1415072 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR659319 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR663088 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1352021 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR659935 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1352530 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR662594 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1095309 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR615647 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR813019 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1374647 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR603472 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR661529 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR607018 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR627423 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR654921 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1418968 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR660871 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1330522 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1499958 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR614059 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1071403 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1486719 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1440421 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1310412 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR614767 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR820709 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR658093 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1088168 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1418707 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1354291 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2165806 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1415684 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1433860 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1311062 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1360359 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR661385 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR615407 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1413892 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1443459 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1338942 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR657480 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1399433 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR818537 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1101324 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR807637 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1091918 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR598300 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1085426 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR813891 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1467431 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR658742 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1419234 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1404813 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR603496 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1407758 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR810945 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR817234 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1444852 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR660378 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1467835 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1338964 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1079259 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1072345 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR598725 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1447938 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1360460 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1429468 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1446850 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1320363 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1413810 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR598831 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1381865 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR660957 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1491332 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1099744 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1464618 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1414559 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1337540 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1444283 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2184942 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR660295 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR601335 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1363742 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1345847 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR614960 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR819919 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR603330 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1327951 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1345266 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1338055 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1430157 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1320137 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1093483 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1459913 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2170490 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1479845 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1436420 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1481060 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR662282 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1487089 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1075683 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1338536 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1338880 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1453456 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1457895 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1440603 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR658633 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1388081 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR813339 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR809725 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR627441 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR613603 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1096571 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1392701 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1344326 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1367693 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR660697 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1489926 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR811491 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1311644 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1451740 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR615117 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1391748 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1466556 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR614972 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1406200 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR819210 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR662174 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR811988 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR663236 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1312598 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1330129 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1357781 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1315517 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1400032 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1413722 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR612827 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR814794 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR819430 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1395509 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR808728 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1070813 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1389133 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR601263 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR604718 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1481351 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1334608 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR658681 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR809283 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1459300 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1392547 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR811049 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1464835 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1339619 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR658501 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1447523 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1415048 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1444348 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR603890 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR810595 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1446244 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR817373 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1457291 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR598220 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1477991 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR598172 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1349032 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR604002 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1378026 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1404401 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1333240 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1089399 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR603421 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR812562 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR808520 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR811839 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR814317 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1436763 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1486021 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1465018 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1080998 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1083432 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1082833 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1326536 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR614011 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1365873 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1498789 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR601581 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR603566 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1373981 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR821410 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1076511 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR614143 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1333570 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1366813 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1388746 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1420558 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1409510 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR816250 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR614131 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1331130 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1316015 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1470798 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR614179 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1474863 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR813560 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1312187 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1420960 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1355102 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1084577 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR659971 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1350855 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR820779 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1476300 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1090907 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR662294 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1480789 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1336263 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR660776 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1090508 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR615563 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1101175 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2164650 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1431205 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1339856 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1352147 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR808968 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR627419 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1402391 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR663609 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2167857 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1398752 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1405437 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1416955 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1317064 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR659001 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2170696 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR816589 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1087487 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1329485 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR816920 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1341432 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1361590 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR817046 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1471331 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR660788 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR819234 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR810853 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR809427 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2170217 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1386967 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1420344 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1334535 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR614503 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR602564 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1420669 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR819024 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR656223 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR608428 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1345647 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1389324 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1361368 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1322619 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1349276 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1404024 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1370637 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1452631 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR608392 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1357757 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1074646 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1367499 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1343501 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1394406 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1381435 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1467407 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1092422 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1380270 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1091817 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1440137 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR614311 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1407516 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR815494 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1333209 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR615177 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1099648 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR659720 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2185057 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1467125 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR657468 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR660042 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2170864 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1440491 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1440852 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR811169 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1331311 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR818009 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1351836 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1498313 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1441975 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR819096 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1073679 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1489116 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1354138 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1490589 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1412987 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR602034 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1353437 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1072871 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR661577 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR612190 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1399880 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1101787 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR657869 1 0.738 0.737 0.792 0.208
#> SRR1446332 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR816039 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1485141 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1476697 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1379538 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1331422 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR660859 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1097594 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1311419 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1336706 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1472976 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1321307 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR807493 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR812461 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1477149 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1457397 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR661913 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1069024 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2165634 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1478722 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1328642 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1488261 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1318815 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR816945 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1367432 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1359280 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1313910 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1457315 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR815398 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR656958 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR600688 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1098952 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1314916 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR614167 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1348114 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR658033 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1077503 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR661854 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR811379 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1318857 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR656445 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1433044 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1486391 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR656071 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1364824 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR816745 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR601038 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1360080 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR814868 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1485997 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1435560 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1333330 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR663513 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1328407 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR602784 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1348468 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR663717 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR602217 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR603140 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1340804 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1457574 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1333462 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1094601 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1434610 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1435833 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1398728 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1358343 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1410890 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1350371 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1392478 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1099260 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1433576 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1345541 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1086328 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR810391 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1476207 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR627435 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1489862 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1419086 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1396191 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1490115 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1377714 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR819394 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR663161 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR607042 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR656203 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR660602 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1440397 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1369264 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR809233 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR663249 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR661242 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1332007 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR809619 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR819975 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR599281 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR662366 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1317898 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1382485 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2166420 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1419429 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1092541 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR817444 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1320403 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1101483 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1331684 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1400054 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1406088 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR820733 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1314113 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1382615 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1480745 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1468850 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR656782 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR821364 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR659295 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1357103 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR809185 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR811583 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1468050 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1440224 2 0.000 1.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1500170 2 0.3038 0.9048 0.000 0.896 0.104
#> SRR1402368 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR607743 2 0.2625 0.9109 0.000 0.916 0.084
#> SRR1457375 2 0.2878 0.9087 0.000 0.904 0.096
#> SRR1470923 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR817954 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR809259 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439785 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR814768 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102031 2 0.2878 0.9087 0.000 0.904 0.096
#> SRR1363611 2 0.3038 0.9048 0.000 0.896 0.104
#> SRR1468447 2 0.3752 0.8755 0.000 0.856 0.144
#> SRR1071931 2 0.3038 0.9048 0.000 0.896 0.104
#> SRR810981 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR615299 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR663585 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1326773 2 0.2878 0.9087 0.000 0.904 0.096
#> SRR1351166 2 0.2878 0.9087 0.000 0.904 0.096
#> SRR1477452 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084720 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420320 2 0.2796 0.9096 0.000 0.908 0.092
#> SRR1081712 2 0.4842 0.7819 0.000 0.776 0.224
#> SRR1318241 3 0.6079 0.3615 0.000 0.388 0.612
#> SRR1333718 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1313514 2 0.5926 0.5360 0.000 0.644 0.356
#> SRR1477861 3 0.4504 0.7218 0.000 0.196 0.804
#> SRR1318005 3 0.6045 0.3906 0.000 0.380 0.620
#> SRR1354665 2 0.2878 0.9087 0.000 0.904 0.096
#> SRR657707 3 0.6008 0.4064 0.000 0.372 0.628
#> SRR1370742 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1412947 2 0.2878 0.9087 0.000 0.904 0.096
#> SRR661553 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328869 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR662211 2 0.0237 0.9039 0.000 0.996 0.004
#> SRR1348181 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416560 2 0.5948 0.5144 0.000 0.640 0.360
#> SRR1319772 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1091452 2 0.2878 0.9087 0.000 0.904 0.096
#> SRR1338812 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392072 2 0.2878 0.9087 0.000 0.904 0.096
#> SRR814844 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376619 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR603690 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR2184980 2 0.2796 0.9096 0.000 0.908 0.092
#> SRR613963 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323422 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397673 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434650 3 0.5098 0.6528 0.000 0.248 0.752
#> SRR659875 3 0.6309 -0.0266 0.000 0.496 0.504
#> SRR1465734 2 0.5835 0.5742 0.000 0.660 0.340
#> SRR1076847 2 0.2959 0.9069 0.000 0.900 0.100
#> SRR1415072 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR659319 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR663088 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352021 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR659935 2 0.2796 0.9096 0.000 0.908 0.092
#> SRR1352530 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR662594 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095309 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR615647 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR813019 3 0.5650 0.5471 0.000 0.312 0.688
#> SRR1374647 2 0.5465 0.6783 0.000 0.712 0.288
#> SRR603472 3 0.5431 0.5968 0.000 0.284 0.716
#> SRR661529 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR607018 3 0.5785 0.4701 0.000 0.332 0.668
#> SRR627423 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR654921 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418968 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR660871 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330522 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499958 2 0.2959 0.9072 0.000 0.900 0.100
#> SRR614059 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071403 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486719 2 0.3752 0.8755 0.000 0.856 0.144
#> SRR1440421 2 0.3192 0.9003 0.000 0.888 0.112
#> SRR1310412 2 0.4654 0.8023 0.000 0.792 0.208
#> SRR614767 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR820709 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR658093 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088168 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418707 2 0.3340 0.8950 0.000 0.880 0.120
#> SRR1354291 2 0.4002 0.8602 0.000 0.840 0.160
#> SRR2165806 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415684 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433860 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1311062 2 0.2878 0.9087 0.000 0.904 0.096
#> SRR1360359 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR661385 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR615407 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413892 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1443459 2 0.2878 0.9087 0.000 0.904 0.096
#> SRR1338942 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR657480 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399433 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR818537 3 0.0892 0.8757 0.000 0.020 0.980
#> SRR1101324 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR807637 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091918 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR598300 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085426 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.2878 0.9087 0.000 0.904 0.096
#> SRR813891 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467431 2 0.4002 0.8600 0.000 0.840 0.160
#> SRR658742 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419234 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404813 2 0.2878 0.9087 0.000 0.904 0.096
#> SRR603496 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407758 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR810945 2 0.4605 0.8081 0.000 0.796 0.204
#> SRR817234 2 0.4121 0.8519 0.000 0.832 0.168
#> SRR1444852 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR660378 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467835 2 0.2878 0.9087 0.000 0.904 0.096
#> SRR1338964 3 0.5678 0.5394 0.000 0.316 0.684
#> SRR1079259 2 0.4291 0.8382 0.000 0.820 0.180
#> SRR1072345 2 0.3267 0.8984 0.000 0.884 0.116
#> SRR598725 3 0.6126 0.3532 0.000 0.400 0.600
#> SRR1447938 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360460 2 0.2448 0.9110 0.000 0.924 0.076
#> SRR1429468 2 0.2878 0.9087 0.000 0.904 0.096
#> SRR1446850 2 0.5465 0.6783 0.000 0.712 0.288
#> SRR1320363 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413810 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR598831 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381865 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR660957 3 0.6235 0.1934 0.000 0.436 0.564
#> SRR1491332 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099744 2 0.2878 0.9087 0.000 0.904 0.096
#> SRR1464618 2 0.2878 0.9087 0.000 0.904 0.096
#> SRR1414559 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337540 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444283 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR2184942 2 0.6111 0.3974 0.000 0.604 0.396
#> SRR660295 1 0.0237 0.9940 0.996 0.004 0.000
#> SRR601335 3 0.2537 0.8357 0.000 0.080 0.920
#> SRR1363742 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1345847 2 0.4062 0.8559 0.000 0.836 0.164
#> SRR614960 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR819919 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR603330 3 0.5650 0.5467 0.000 0.312 0.688
#> SRR1327951 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345266 2 0.2959 0.9073 0.000 0.900 0.100
#> SRR1338055 2 0.3116 0.9027 0.000 0.892 0.108
#> SRR1430157 2 0.3619 0.8827 0.000 0.864 0.136
#> SRR1320137 2 0.2537 0.9108 0.000 0.920 0.080
#> SRR1093483 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459913 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170490 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479845 3 0.4346 0.7380 0.000 0.184 0.816
#> SRR1436420 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481060 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR662282 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487089 2 0.0424 0.9047 0.000 0.992 0.008
#> SRR1075683 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338536 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338880 2 0.4121 0.8517 0.000 0.832 0.168
#> SRR1453456 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457895 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440603 3 0.5291 0.6227 0.000 0.268 0.732
#> SRR658633 2 0.3038 0.9054 0.000 0.896 0.104
#> SRR1388081 2 0.2796 0.9096 0.000 0.908 0.092
#> SRR813339 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR809725 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR627441 2 0.2537 0.9110 0.000 0.920 0.080
#> SRR613603 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096571 3 0.0892 0.8757 0.000 0.020 0.980
#> SRR1392701 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1344326 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367693 2 0.2878 0.9087 0.000 0.904 0.096
#> SRR660697 2 0.2625 0.9107 0.000 0.916 0.084
#> SRR1489926 3 0.5678 0.5394 0.000 0.316 0.684
#> SRR811491 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1311644 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1451740 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR615117 2 0.0237 0.9039 0.000 0.996 0.004
#> SRR1391748 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466556 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR614972 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406200 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR819210 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR662174 1 0.0237 0.9940 0.996 0.004 0.000
#> SRR811988 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR663236 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312598 2 0.2878 0.9087 0.000 0.904 0.096
#> SRR1330129 2 0.5529 0.6633 0.000 0.704 0.296
#> SRR1357781 3 0.6280 0.1117 0.000 0.460 0.540
#> SRR1315517 2 0.3038 0.9048 0.000 0.896 0.104
#> SRR1400032 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413722 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR612827 2 0.0237 0.9039 0.000 0.996 0.004
#> SRR814794 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR819430 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1395509 2 0.0424 0.9047 0.000 0.992 0.008
#> SRR808728 3 0.0892 0.8758 0.000 0.020 0.980
#> SRR1070813 2 0.3038 0.9054 0.000 0.896 0.104
#> SRR1389133 2 0.3267 0.8973 0.000 0.884 0.116
#> SRR601263 2 0.6095 0.4437 0.000 0.608 0.392
#> SRR604718 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1481351 3 0.1163 0.8717 0.000 0.028 0.972
#> SRR1334608 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR658681 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR809283 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459300 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392547 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR811049 2 0.5291 0.7176 0.000 0.732 0.268
#> SRR1464835 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339619 2 0.2878 0.9087 0.000 0.904 0.096
#> SRR658501 3 0.6235 0.1873 0.000 0.436 0.564
#> SRR1447523 3 0.3116 0.8134 0.000 0.108 0.892
#> SRR1415048 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444348 2 0.3619 0.8826 0.000 0.864 0.136
#> SRR603890 2 0.2356 0.9109 0.000 0.928 0.072
#> SRR810595 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1446244 2 0.2878 0.9087 0.000 0.904 0.096
#> SRR817373 2 0.2796 0.9096 0.000 0.908 0.092
#> SRR1457291 2 0.2796 0.9096 0.000 0.908 0.092
#> SRR598220 2 0.2878 0.9087 0.000 0.904 0.096
#> SRR1477991 2 0.3116 0.9027 0.000 0.892 0.108
#> SRR598172 2 0.2878 0.9087 0.000 0.904 0.096
#> SRR1349032 2 0.0237 0.9039 0.000 0.996 0.004
#> SRR604002 3 0.5733 0.5226 0.000 0.324 0.676
#> SRR1378026 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404401 2 0.5431 0.6860 0.000 0.716 0.284
#> SRR1333240 3 0.5706 0.5311 0.000 0.320 0.680
#> SRR1089399 2 0.0237 0.9039 0.000 0.996 0.004
#> SRR603421 2 0.0237 0.9039 0.000 0.996 0.004
#> SRR812562 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR808520 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR811839 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR814317 2 0.3038 0.9048 0.000 0.896 0.104
#> SRR1436763 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486021 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465018 2 0.3412 0.8922 0.000 0.876 0.124
#> SRR1080998 2 0.6299 0.1403 0.000 0.524 0.476
#> SRR1083432 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1082833 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326536 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR614011 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1365873 2 0.5363 0.6997 0.000 0.724 0.276
#> SRR1498789 2 0.2878 0.9087 0.000 0.904 0.096
#> SRR601581 2 0.2625 0.9107 0.000 0.916 0.084
#> SRR603566 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1373981 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR821410 2 0.0747 0.9059 0.000 0.984 0.016
#> SRR1076511 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR614143 2 0.5859 0.5661 0.000 0.656 0.344
#> SRR1333570 3 0.3879 0.7709 0.000 0.152 0.848
#> SRR1366813 2 0.2878 0.9087 0.000 0.904 0.096
#> SRR1388746 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420558 2 0.3192 0.9012 0.000 0.888 0.112
#> SRR1409510 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR816250 2 0.2878 0.9087 0.000 0.904 0.096
#> SRR614131 2 0.2625 0.9107 0.000 0.916 0.084
#> SRR1331130 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316015 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470798 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR614179 2 0.6252 0.2311 0.000 0.556 0.444
#> SRR1474863 2 0.2878 0.9087 0.000 0.904 0.096
#> SRR813560 2 0.2878 0.9087 0.000 0.904 0.096
#> SRR1312187 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420960 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1355102 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1084577 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR659971 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350855 2 0.0424 0.9047 0.000 0.992 0.008
#> SRR820779 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476300 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090907 2 0.2625 0.9107 0.000 0.916 0.084
#> SRR662294 2 0.5327 0.7054 0.000 0.728 0.272
#> SRR1480789 3 0.0424 0.8811 0.000 0.008 0.992
#> SRR1336263 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR660776 1 0.0237 0.9940 0.996 0.004 0.000
#> SRR1090508 3 0.6235 0.2031 0.000 0.436 0.564
#> SRR615563 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101175 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR2164650 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1431205 2 0.3752 0.8757 0.000 0.856 0.144
#> SRR1339856 2 0.2878 0.9087 0.000 0.904 0.096
#> SRR1352147 2 0.3038 0.9048 0.000 0.896 0.104
#> SRR808968 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR627419 2 0.2448 0.9109 0.000 0.924 0.076
#> SRR1402391 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR663609 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR2167857 3 0.5650 0.5467 0.000 0.312 0.688
#> SRR1398752 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405437 2 0.2537 0.9111 0.000 0.920 0.080
#> SRR1416955 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317064 2 0.3038 0.9048 0.000 0.896 0.104
#> SRR659001 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170696 2 0.2711 0.9103 0.000 0.912 0.088
#> SRR816589 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1087487 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1329485 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR816920 2 0.0592 0.9053 0.000 0.988 0.012
#> SRR1341432 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361590 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR817046 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1471331 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR660788 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR819234 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR810853 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR809427 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170217 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1386967 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420344 2 0.2796 0.9096 0.000 0.908 0.092
#> SRR1334535 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR614503 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR602564 2 0.0237 0.9039 0.000 0.996 0.004
#> SRR1420669 2 0.2537 0.9108 0.000 0.920 0.080
#> SRR819024 3 0.6045 0.3491 0.000 0.380 0.620
#> SRR656223 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR608428 2 0.2711 0.9102 0.000 0.912 0.088
#> SRR1345647 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389324 2 0.3038 0.9048 0.000 0.896 0.104
#> SRR1361368 2 0.2878 0.9087 0.000 0.904 0.096
#> SRR1322619 2 0.3619 0.8826 0.000 0.864 0.136
#> SRR1349276 2 0.0237 0.9039 0.000 0.996 0.004
#> SRR1404024 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370637 2 0.0424 0.9039 0.000 0.992 0.008
#> SRR1452631 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR608392 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357757 2 0.2796 0.9094 0.000 0.908 0.092
#> SRR1074646 2 0.0424 0.9047 0.000 0.992 0.008
#> SRR1367499 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343501 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394406 2 0.2796 0.9099 0.000 0.908 0.092
#> SRR1381435 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467407 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092422 3 0.5733 0.5226 0.000 0.324 0.676
#> SRR1380270 3 0.1289 0.8696 0.000 0.032 0.968
#> SRR1091817 2 0.2625 0.9108 0.000 0.916 0.084
#> SRR1440137 2 0.2878 0.9087 0.000 0.904 0.096
#> SRR614311 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407516 2 0.2959 0.9069 0.000 0.900 0.100
#> SRR815494 3 0.4235 0.7387 0.000 0.176 0.824
#> SRR1333209 2 0.2796 0.9096 0.000 0.908 0.092
#> SRR615177 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099648 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR659720 2 0.2625 0.9107 0.000 0.916 0.084
#> SRR2185057 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467125 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR657468 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR660042 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170864 2 0.2448 0.9109 0.000 0.924 0.076
#> SRR1440491 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440852 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR811169 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331311 2 0.2796 0.9096 0.000 0.908 0.092
#> SRR818009 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351836 2 0.3267 0.8978 0.000 0.884 0.116
#> SRR1498313 2 0.5431 0.6741 0.000 0.716 0.284
#> SRR1441975 2 0.3619 0.8827 0.000 0.864 0.136
#> SRR819096 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073679 2 0.2165 0.8873 0.000 0.936 0.064
#> SRR1489116 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1354138 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490589 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1412987 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR602034 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1353437 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072871 3 0.6062 0.3839 0.000 0.384 0.616
#> SRR661577 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR612190 2 0.2537 0.9108 0.000 0.920 0.080
#> SRR1399880 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101787 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR657869 1 0.4974 0.7000 0.764 0.236 0.000
#> SRR1446332 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR816039 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485141 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476697 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379538 2 0.2625 0.9107 0.000 0.916 0.084
#> SRR1331422 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR660859 2 0.3267 0.8985 0.000 0.884 0.116
#> SRR1097594 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311419 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1336706 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472976 2 0.2448 0.9110 0.000 0.924 0.076
#> SRR1321307 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR807493 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR812461 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1477149 2 0.5529 0.6633 0.000 0.704 0.296
#> SRR1457397 3 0.5397 0.6033 0.000 0.280 0.720
#> SRR661913 3 0.5926 0.4487 0.000 0.356 0.644
#> SRR1069024 3 0.1289 0.8697 0.000 0.032 0.968
#> SRR2165634 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478722 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1328642 2 0.3941 0.8647 0.000 0.844 0.156
#> SRR1488261 2 0.5706 0.5995 0.000 0.680 0.320
#> SRR1318815 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR816945 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367432 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359280 2 0.4555 0.8141 0.000 0.800 0.200
#> SRR1313910 2 0.2878 0.9087 0.000 0.904 0.096
#> SRR1457315 2 0.2711 0.9102 0.000 0.912 0.088
#> SRR815398 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR656958 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR600688 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098952 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314916 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR614167 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348114 2 0.1964 0.9101 0.000 0.944 0.056
#> SRR658033 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077503 3 0.5678 0.5394 0.000 0.316 0.684
#> SRR661854 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR811379 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318857 2 0.2878 0.9087 0.000 0.904 0.096
#> SRR656445 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433044 2 0.4452 0.8250 0.000 0.808 0.192
#> SRR1486391 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR656071 2 0.2625 0.9108 0.000 0.916 0.084
#> SRR1364824 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR816745 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR601038 2 0.0237 0.9039 0.000 0.996 0.004
#> SRR1360080 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR814868 3 0.5397 0.6047 0.000 0.280 0.720
#> SRR1485997 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435560 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333330 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR663513 2 0.2625 0.9109 0.000 0.916 0.084
#> SRR1328407 3 0.5650 0.5471 0.000 0.312 0.688
#> SRR602784 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348468 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR663717 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR602217 2 0.2878 0.9087 0.000 0.904 0.096
#> SRR603140 2 0.2878 0.9089 0.000 0.904 0.096
#> SRR1340804 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457574 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333462 3 0.6307 -0.0124 0.000 0.488 0.512
#> SRR1094601 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434610 2 0.3267 0.8977 0.000 0.884 0.116
#> SRR1435833 2 0.1163 0.9074 0.000 0.972 0.028
#> SRR1398728 2 0.2878 0.9087 0.000 0.904 0.096
#> SRR1358343 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410890 2 0.2878 0.9087 0.000 0.904 0.096
#> SRR1350371 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392478 2 0.3038 0.9048 0.000 0.896 0.104
#> SRR1099260 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433576 2 0.5497 0.6709 0.000 0.708 0.292
#> SRR1345541 2 0.0424 0.9048 0.000 0.992 0.008
#> SRR1086328 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR810391 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476207 3 0.5948 0.4548 0.000 0.360 0.640
#> SRR627435 2 0.5905 0.5213 0.000 0.648 0.352
#> SRR1489862 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419086 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396191 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490115 3 0.2959 0.8156 0.000 0.100 0.900
#> SRR1377714 2 0.5254 0.7089 0.000 0.736 0.264
#> SRR819394 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR663161 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR607042 3 0.1753 0.8572 0.000 0.048 0.952
#> SRR656203 2 0.2878 0.9087 0.000 0.904 0.096
#> SRR660602 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440397 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1369264 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR809233 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR663249 2 0.0237 0.9039 0.000 0.996 0.004
#> SRR661242 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332007 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR809619 2 0.3340 0.8952 0.000 0.880 0.120
#> SRR819975 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR599281 2 0.2878 0.9087 0.000 0.904 0.096
#> SRR662366 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317898 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1382485 2 0.3482 0.8890 0.000 0.872 0.128
#> SRR2166420 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419429 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092541 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR817444 2 0.6140 0.4071 0.000 0.596 0.404
#> SRR1320403 2 0.3038 0.9048 0.000 0.896 0.104
#> SRR1101483 2 0.0424 0.9047 0.000 0.992 0.008
#> SRR1331684 3 0.5706 0.5037 0.000 0.320 0.680
#> SRR1400054 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406088 2 0.2878 0.9087 0.000 0.904 0.096
#> SRR820733 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314113 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382615 3 0.0000 0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1480745 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468850 2 0.4002 0.8603 0.000 0.840 0.160
#> SRR656782 2 0.6154 0.4008 0.000 0.592 0.408
#> SRR821364 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR659295 2 0.6045 0.4726 0.000 0.620 0.380
#> SRR1357103 3 0.1860 0.8582 0.000 0.052 0.948
#> SRR809185 2 0.0237 0.9039 0.000 0.996 0.004
#> SRR811583 2 0.0000 0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468050 1 0.0000 0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440224 2 0.3038 0.9048 0.000 0.896 0.104
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1500170 2 0.0000 0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402368 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR607743 2 0.6523 0.3869 0.000 0.564 0.088 0.348
#> SRR1457375 2 0.0000 0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470923 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR814768 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031 2 0.0000 0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1363611 2 0.0000 0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468447 2 0.0000 0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071931 2 0.4008 0.6335 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR810981 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299 4 0.0000 0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR663585 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326773 4 0.4985 0.0642 0.000 0.468 0.000 0.532
#> SRR1351166 2 0.0188 0.8314 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1477452 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420320 2 0.0188 0.8315 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1081712 2 0.0000 0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318241 2 0.4761 0.5037 0.000 0.628 0.372 0.000
#> SRR1333718 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313514 2 0.1389 0.8156 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR1477861 3 0.2469 0.8407 0.000 0.108 0.892 0.000
#> SRR1318005 2 0.0469 0.8302 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1354665 2 0.0000 0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657707 2 0.4605 0.5660 0.000 0.664 0.336 0.000
#> SRR1370742 3 0.2011 0.8718 0.000 0.080 0.920 0.000
#> SRR1412947 2 0.0000 0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661553 4 0.0000 0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1328869 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211 4 0.4933 0.2185 0.000 0.432 0.000 0.568
#> SRR1348181 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416560 4 0.7799 0.0418 0.000 0.328 0.260 0.412
#> SRR1319772 3 0.0817 0.9241 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1091452 2 0.2345 0.7807 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1338812 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072 2 0.1118 0.8214 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR814844 4 0.1716 0.8457 0.000 0.064 0.000 0.936
#> SRR1376619 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR603690 4 0.0000 0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2184980 2 0.0469 0.8294 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR613963 4 0.0000 0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1323422 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434650 3 0.2281 0.8555 0.000 0.096 0.904 0.000
#> SRR659875 3 0.4632 0.5512 0.000 0.004 0.688 0.308
#> SRR1465734 2 0.6248 0.6067 0.000 0.644 0.252 0.104
#> SRR1076847 2 0.2530 0.7821 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1415072 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663088 4 0.1716 0.8457 0.000 0.064 0.000 0.936
#> SRR1352021 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935 2 0.1022 0.8248 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1352530 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662594 4 0.0000 0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095309 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647 4 0.0000 0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR813019 2 0.4855 0.4463 0.000 0.600 0.400 0.000
#> SRR1374647 2 0.0469 0.8300 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR603472 3 0.4804 0.3219 0.000 0.384 0.616 0.000
#> SRR661529 4 0.0000 0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR607018 3 0.4095 0.7303 0.000 0.016 0.792 0.192
#> SRR627423 4 0.0000 0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR654921 4 0.1716 0.8457 0.000 0.064 0.000 0.936
#> SRR1418968 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871 4 0.0000 0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330522 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499958 2 0.0000 0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614059 4 0.0000 0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1071403 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719 2 0.0000 0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440421 2 0.0000 0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310412 2 0.4868 0.6067 0.000 0.684 0.304 0.012
#> SRR614767 4 0.4103 0.6343 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR820709 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093 4 0.0000 0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088168 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418707 2 0.0000 0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354291 2 0.0000 0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2165806 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684 4 0.4585 0.4983 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR1433860 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311062 2 0.1118 0.8214 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1360359 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615407 4 0.0000 0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413892 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443459 2 0.0000 0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338942 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480 3 0.3266 0.7500 0.000 0.168 0.832 0.000
#> SRR1399433 4 0.3726 0.7073 0.000 0.212 0.000 0.788
#> SRR818537 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101324 4 0.2081 0.8368 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR807637 4 0.0000 0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1091918 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300 4 0.0000 0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1085426 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.0592 0.8286 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR813891 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431 2 0.0000 0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658742 4 0.0000 0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419234 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813 2 0.1118 0.8214 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR603496 4 0.0000 0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407758 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR810945 2 0.3545 0.7351 0.000 0.828 0.008 0.164
#> SRR817234 2 0.0000 0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444852 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660378 4 0.0000 0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467835 2 0.1118 0.8214 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1338964 2 0.4746 0.5114 0.000 0.632 0.368 0.000
#> SRR1079259 2 0.3649 0.6796 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1072345 2 0.4957 0.6105 0.000 0.684 0.300 0.016
#> SRR598725 3 0.4817 0.7468 0.000 0.088 0.784 0.128
#> SRR1447938 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460 2 0.1302 0.8196 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1429468 2 0.1022 0.8230 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1446850 2 0.0188 0.8316 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1320363 3 0.0336 0.9362 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1413810 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR598831 4 0.0000 0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381865 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957 3 0.4770 0.5845 0.000 0.012 0.700 0.288
#> SRR1491332 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099744 2 0.1118 0.8214 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1464618 2 0.1022 0.8228 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1414559 4 0.1022 0.8576 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR1337540 4 0.1716 0.8457 0.000 0.064 0.000 0.936
#> SRR1444283 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942 2 0.4477 0.6002 0.000 0.688 0.312 0.000
#> SRR660295 1 0.1637 0.9381 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR601335 3 0.2402 0.8744 0.000 0.012 0.912 0.076
#> SRR1363742 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345847 2 0.0000 0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614960 4 0.0000 0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR819919 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330 2 0.4564 0.5550 0.000 0.672 0.328 0.000
#> SRR1327951 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266 2 0.0000 0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338055 2 0.0000 0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430157 2 0.0000 0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320137 2 0.4948 0.2155 0.000 0.560 0.000 0.440
#> SRR1093483 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913 3 0.1389 0.9024 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR2170490 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845 2 0.4746 0.5112 0.000 0.632 0.368 0.000
#> SRR1436420 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662282 4 0.0000 0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487089 2 0.4585 0.4936 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1075683 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880 2 0.0000 0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453456 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457895 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603 3 0.4193 0.5972 0.000 0.268 0.732 0.000
#> SRR658633 2 0.0000 0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388081 2 0.1118 0.8214 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR813339 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809725 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441 4 0.6275 0.0263 0.000 0.460 0.056 0.484
#> SRR613603 4 0.0000 0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1096571 3 0.1211 0.9114 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR1392701 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693 2 0.0000 0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660697 2 0.0921 0.8258 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1489926 2 0.4564 0.5778 0.000 0.672 0.328 0.000
#> SRR811491 3 0.0336 0.9363 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1311644 4 0.1867 0.8428 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR1451740 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615117 4 0.0000 0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1391748 4 0.4164 0.6385 0.000 0.264 0.000 0.736
#> SRR1466556 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614972 4 0.0000 0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406200 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210 4 0.3873 0.6882 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR662174 1 0.1637 0.9381 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR811988 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236 4 0.0000 0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1312598 2 0.0000 0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330129 2 0.1118 0.8213 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1357781 2 0.1637 0.8095 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR1315517 2 0.0921 0.8246 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1400032 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413722 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827 4 0.0000 0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR814794 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509 2 0.4304 0.5783 0.000 0.716 0.000 0.284
#> SRR808728 3 0.4277 0.5306 0.000 0.280 0.720 0.000
#> SRR1070813 2 0.0000 0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389133 2 0.6617 0.5553 0.000 0.608 0.264 0.128
#> SRR601263 2 0.6028 0.4791 0.000 0.584 0.364 0.052
#> SRR604718 4 0.0188 0.8633 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1481351 3 0.4713 0.3215 0.000 0.360 0.640 0.000
#> SRR1334608 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658681 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809283 4 0.0469 0.8622 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1459300 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811049 2 0.5282 0.6324 0.000 0.688 0.276 0.036
#> SRR1464835 4 0.2011 0.8391 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR1339619 2 0.1118 0.8214 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR658501 3 0.3945 0.7057 0.000 0.004 0.780 0.216
#> SRR1447523 3 0.1109 0.9186 0.000 0.028 0.968 0.004
#> SRR1415048 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348 2 0.0000 0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603890 2 0.4888 0.2907 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR810595 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446244 2 0.0000 0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817373 2 0.1118 0.8214 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1457291 2 0.1118 0.8214 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR598220 2 0.4817 0.3969 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR1477991 2 0.0000 0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598172 2 0.1118 0.8214 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1349032 2 0.3837 0.6476 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR604002 2 0.3569 0.7265 0.000 0.804 0.196 0.000
#> SRR1378026 3 0.0707 0.9274 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR1404401 2 0.0188 0.8316 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1333240 2 0.2814 0.7712 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1089399 2 0.4843 0.3260 0.000 0.604 0.000 0.396
#> SRR603421 4 0.2704 0.7920 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR812562 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811839 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317 2 0.0000 0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436763 4 0.1716 0.8457 0.000 0.064 0.000 0.936
#> SRR1486021 4 0.2589 0.8006 0.000 0.116 0.000 0.884
#> SRR1465018 2 0.0000 0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080998 2 0.4677 0.5934 0.000 0.680 0.316 0.004
#> SRR1083432 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082833 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614011 4 0.1940 0.8311 0.000 0.076 0.000 0.924
#> SRR1365873 2 0.0000 0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498789 2 0.1118 0.8214 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR601581 2 0.1637 0.8149 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR603566 4 0.0000 0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1373981 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410 2 0.2281 0.7923 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1076511 4 0.0000 0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR614143 2 0.5093 0.5401 0.000 0.640 0.348 0.012
#> SRR1333570 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366813 2 0.0000 0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388746 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558 2 0.6477 0.4719 0.000 0.600 0.100 0.300
#> SRR1409510 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816250 2 0.0000 0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614131 2 0.4679 0.4755 0.000 0.648 0.000 0.352
#> SRR1331130 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470798 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614179 3 0.5080 0.2867 0.000 0.004 0.576 0.420
#> SRR1474863 2 0.0000 0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813560 2 0.0000 0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312187 2 0.4713 0.4129 0.000 0.640 0.000 0.360
#> SRR1420960 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355102 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084577 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659971 4 0.2647 0.7942 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR1350855 4 0.4925 0.2886 0.000 0.428 0.000 0.572
#> SRR820779 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476300 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090907 2 0.3074 0.7276 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR662294 2 0.1635 0.8198 0.000 0.948 0.008 0.044
#> SRR1480789 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336263 4 0.4992 0.1252 0.000 0.476 0.000 0.524
#> SRR660776 1 0.1637 0.9381 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1090508 2 0.1940 0.8063 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR615563 4 0.0000 0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1101175 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431205 2 0.0000 0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339856 2 0.0000 0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352147 2 0.0000 0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808968 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419 2 0.4564 0.4746 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR1402391 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2167857 2 0.4967 0.2468 0.000 0.548 0.452 0.000
#> SRR1398752 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437 2 0.1637 0.8101 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1416955 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064 2 0.0000 0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659001 4 0.0000 0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170696 2 0.4382 0.5621 0.000 0.704 0.000 0.296
#> SRR816589 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087487 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329485 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816920 2 0.4406 0.5551 0.000 0.700 0.000 0.300
#> SRR1341432 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590 4 0.1867 0.8429 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR817046 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471331 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660788 4 0.1389 0.8518 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR819234 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809427 4 0.4382 0.5499 0.000 0.296 0.000 0.704
#> SRR2170217 4 0.2704 0.8080 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1386967 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420344 2 0.0000 0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334535 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503 4 0.4304 0.5723 0.000 0.284 0.000 0.716
#> SRR602564 4 0.3266 0.7545 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR1420669 2 0.4382 0.5621 0.000 0.704 0.000 0.296
#> SRR819024 3 0.7851 -0.0483 0.000 0.268 0.376 0.356
#> SRR656223 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608428 2 0.2469 0.7806 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR1345647 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324 2 0.0000 0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361368 2 0.0000 0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322619 2 0.0000 0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349276 4 0.4804 0.4027 0.000 0.384 0.000 0.616
#> SRR1404024 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637 2 0.4643 0.4449 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1452631 4 0.2530 0.8165 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR608392 4 0.0000 0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1357757 2 0.6393 0.5695 0.000 0.616 0.284 0.100
#> SRR1074646 2 0.4382 0.5617 0.000 0.704 0.000 0.296
#> SRR1367499 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343501 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394406 2 0.5300 0.5275 0.000 0.664 0.028 0.308
#> SRR1381435 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467407 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422 2 0.3528 0.7305 0.000 0.808 0.192 0.000
#> SRR1380270 3 0.0188 0.9390 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1091817 2 0.1637 0.8126 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1440137 2 0.0000 0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614311 4 0.4697 0.4525 0.000 0.356 0.000 0.644
#> SRR1407516 2 0.4356 0.5680 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR815494 3 0.2266 0.8707 0.000 0.004 0.912 0.084
#> SRR1333209 2 0.1211 0.8204 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR615177 4 0.0469 0.8622 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1099648 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659720 4 0.4661 0.4278 0.000 0.348 0.000 0.652
#> SRR2185057 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468 4 0.1792 0.8444 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR660042 4 0.0000 0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170864 2 0.3266 0.7253 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR1440491 4 0.3610 0.7176 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1440852 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811169 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311 2 0.0188 0.8315 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR818009 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836 2 0.0000 0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498313 2 0.3052 0.7674 0.000 0.860 0.136 0.004
#> SRR1441975 2 0.0000 0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819096 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679 4 0.5678 0.1058 0.000 0.452 0.024 0.524
#> SRR1489116 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354138 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490589 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1412987 4 0.1716 0.8457 0.000 0.064 0.000 0.936
#> SRR602034 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353437 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871 2 0.4543 0.5837 0.000 0.676 0.324 0.000
#> SRR661577 4 0.0000 0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR612190 2 0.4304 0.5797 0.000 0.716 0.000 0.284
#> SRR1399880 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787 4 0.4585 0.5015 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR657869 4 0.4564 0.4687 0.328 0.000 0.000 0.672
#> SRR1446332 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476697 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538 2 0.4008 0.6329 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1331422 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859 2 0.6162 0.6278 0.000 0.676 0.168 0.156
#> SRR1097594 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336706 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472976 2 0.4967 0.1875 0.000 0.548 0.000 0.452
#> SRR1321307 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477149 2 0.1474 0.8134 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1457397 3 0.4746 0.3633 0.000 0.368 0.632 0.000
#> SRR661913 3 0.1978 0.8802 0.000 0.068 0.928 0.004
#> SRR1069024 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2165634 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328642 2 0.1792 0.8072 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1488261 2 0.7843 0.1825 0.000 0.388 0.344 0.268
#> SRR1318815 4 0.0336 0.8629 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR816945 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432 4 0.1716 0.8457 0.000 0.064 0.000 0.936
#> SRR1359280 2 0.0000 0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313910 2 0.0000 0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457315 2 0.4500 0.5402 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR815398 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958 4 0.0000 0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR600688 4 0.0000 0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098952 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614167 4 0.0000 0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348114 2 0.2530 0.7760 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR658033 4 0.0000 0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1077503 2 0.4605 0.5657 0.000 0.664 0.336 0.000
#> SRR661854 4 0.0000 0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR811379 4 0.1022 0.8574 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR1318857 2 0.0000 0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656445 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433044 2 0.0000 0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486391 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071 4 0.7325 0.3331 0.000 0.192 0.288 0.520
#> SRR1364824 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR601038 4 0.0592 0.8563 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1360080 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868 2 0.4564 0.5776 0.000 0.672 0.328 0.000
#> SRR1485997 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560 4 0.4989 0.0859 0.000 0.472 0.000 0.528
#> SRR1333330 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513 2 0.5543 0.4207 0.000 0.612 0.028 0.360
#> SRR1328407 2 0.4730 0.5185 0.000 0.636 0.364 0.000
#> SRR602784 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348468 4 0.3610 0.7275 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR663717 4 0.1867 0.8307 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR602217 2 0.2530 0.7799 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR603140 2 0.4730 0.4535 0.000 0.636 0.000 0.364
#> SRR1340804 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333462 2 0.1557 0.8113 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR1094601 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610 2 0.6115 0.6328 0.000 0.680 0.172 0.148
#> SRR1435833 2 0.1302 0.8185 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1398728 2 0.0000 0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358343 4 0.1716 0.8457 0.000 0.064 0.000 0.936
#> SRR1410890 2 0.1118 0.8214 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1350371 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478 2 0.0000 0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099260 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433576 2 0.6928 0.4268 0.000 0.556 0.136 0.308
#> SRR1345541 4 0.4948 0.2061 0.000 0.440 0.000 0.560
#> SRR1086328 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476207 2 0.4819 0.5500 0.000 0.652 0.344 0.004
#> SRR627435 2 0.5085 0.6026 0.000 0.676 0.304 0.020
#> SRR1489862 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490115 2 0.4972 0.2801 0.000 0.544 0.456 0.000
#> SRR1377714 2 0.5206 0.5940 0.000 0.668 0.308 0.024
#> SRR819394 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161 4 0.0000 0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR607042 3 0.0469 0.9333 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR656203 2 0.0000 0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660602 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440397 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249 2 0.4331 0.5575 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR661242 4 0.0000 0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1332007 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809619 2 0.0000 0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819975 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281 2 0.1557 0.8137 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR662366 4 0.0469 0.8591 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1317898 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382485 2 0.0000 0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2166420 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR817444 3 0.7723 -0.0971 0.000 0.364 0.408 0.228
#> SRR1320403 2 0.0000 0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101483 2 0.3726 0.6700 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1331684 3 0.5329 0.1602 0.000 0.420 0.568 0.012
#> SRR1400054 4 0.0000 0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406088 2 0.0000 0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820733 4 0.4888 0.2978 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR1314113 4 0.1716 0.8457 0.000 0.064 0.000 0.936
#> SRR1382615 3 0.0000 0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480745 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850 2 0.0000 0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656782 2 0.5007 0.5286 0.000 0.636 0.356 0.008
#> SRR821364 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295 2 0.6167 0.6070 0.000 0.652 0.248 0.100
#> SRR1357103 3 0.1022 0.9168 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR809185 2 0.4679 0.4326 0.000 0.648 0.000 0.352
#> SRR811583 4 0.0000 0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468050 1 0.0000 0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224 2 0.0000 0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1500170 2 0.3586 0.51168 0.000 0.736 0.000 0.000 0.264
#> SRR1402368 3 0.1121 0.89833 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR607743 5 0.5098 0.42822 0.000 0.084 0.064 0.096 0.756
#> SRR1457375 2 0.3561 0.51541 0.000 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR1470923 1 0.0290 0.99063 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954 1 0.0404 0.99005 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259 1 0.0000 0.99116 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785 3 0.1430 0.89663 0.000 0.004 0.944 0.000 0.052
#> SRR814768 1 0.0290 0.99063 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031 2 0.3730 0.53997 0.000 0.712 0.000 0.000 0.288
#> SRR1363611 2 0.4300 0.24201 0.000 0.524 0.000 0.000 0.476
#> SRR1468447 2 0.4273 0.14522 0.000 0.552 0.000 0.000 0.448
#> SRR1071931 5 0.4901 0.22780 0.000 0.268 0.000 0.060 0.672
#> SRR810981 1 0.0404 0.98985 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299 4 0.6292 0.68084 0.000 0.208 0.000 0.532 0.260
#> SRR663585 3 0.0000 0.91075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326773 5 0.5411 0.28386 0.000 0.160 0.000 0.176 0.664
#> SRR1351166 2 0.3282 0.54855 0.000 0.804 0.000 0.008 0.188
#> SRR1477452 1 0.0404 0.98985 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720 3 0.0609 0.90700 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1420320 2 0.4602 0.42531 0.000 0.708 0.000 0.052 0.240
#> SRR1081712 5 0.4307 0.00354 0.000 0.500 0.000 0.000 0.500
#> SRR1318241 5 0.4496 0.43924 0.000 0.056 0.216 0.000 0.728
#> SRR1333718 3 0.0000 0.91075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313514 5 0.4510 0.15477 0.000 0.432 0.008 0.000 0.560
#> SRR1477861 3 0.2903 0.83634 0.000 0.080 0.872 0.000 0.048
#> SRR1318005 5 0.4497 0.17017 0.000 0.424 0.008 0.000 0.568
#> SRR1354665 2 0.3612 0.52801 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR657707 5 0.4240 0.43648 0.000 0.036 0.228 0.000 0.736
#> SRR1370742 3 0.4029 0.58468 0.000 0.004 0.680 0.000 0.316
#> SRR1412947 2 0.3796 0.53524 0.000 0.700 0.000 0.000 0.300
#> SRR661553 4 0.4959 0.74078 0.000 0.128 0.000 0.712 0.160
#> SRR1328869 1 0.0404 0.98985 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211 2 0.6685 -0.17817 0.000 0.436 0.000 0.284 0.280
#> SRR1348181 3 0.0000 0.91075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416560 5 0.6510 0.25940 0.000 0.052 0.120 0.224 0.604
#> SRR1319772 3 0.2798 0.83138 0.000 0.008 0.852 0.000 0.140
#> SRR1091452 5 0.4706 0.27800 0.000 0.256 0.000 0.052 0.692
#> SRR1338812 1 0.0290 0.99031 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072 2 0.3326 0.53995 0.000 0.824 0.000 0.024 0.152
#> SRR814844 4 0.6526 0.60829 0.000 0.316 0.000 0.468 0.216
#> SRR1376619 3 0.0000 0.91075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603690 4 0.6343 0.65041 0.000 0.200 0.000 0.516 0.284
#> SRR2184980 2 0.3857 0.48007 0.000 0.688 0.000 0.000 0.312
#> SRR613963 4 0.3657 0.75025 0.000 0.116 0.000 0.820 0.064
#> SRR1323422 1 0.0000 0.99116 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673 3 0.0451 0.90925 0.000 0.008 0.988 0.000 0.004
#> SRR1434650 3 0.2813 0.83844 0.000 0.084 0.876 0.000 0.040
#> SRR659875 3 0.5979 0.43868 0.000 0.000 0.588 0.220 0.192
#> SRR1465734 5 0.4313 0.46843 0.000 0.076 0.100 0.024 0.800
#> SRR1076847 5 0.5006 0.27075 0.000 0.328 0.000 0.048 0.624
#> SRR1415072 1 0.0290 0.99031 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319 3 0.0000 0.91075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663088 4 0.5597 0.69219 0.000 0.160 0.000 0.640 0.200
#> SRR1352021 1 0.0290 0.99031 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.0162 0.99096 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.0290 0.99031 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935 5 0.5509 -0.19320 0.000 0.468 0.000 0.064 0.468
#> SRR1352530 3 0.0000 0.91075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662594 4 0.2110 0.73910 0.000 0.072 0.000 0.912 0.016
#> SRR1095309 1 0.0162 0.99096 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647 4 0.2798 0.70305 0.000 0.008 0.000 0.852 0.140
#> SRR813019 5 0.5405 0.28797 0.000 0.064 0.380 0.000 0.556
#> SRR1374647 5 0.4299 0.22839 0.000 0.388 0.004 0.000 0.608
#> SRR603472 3 0.4718 0.64956 0.000 0.180 0.728 0.000 0.092
#> SRR661529 4 0.2535 0.74393 0.000 0.076 0.000 0.892 0.032
#> SRR607018 3 0.4504 0.70193 0.000 0.000 0.748 0.084 0.168
#> SRR627423 4 0.5792 0.72047 0.000 0.224 0.000 0.612 0.164
#> SRR654921 4 0.6263 0.65967 0.000 0.276 0.000 0.532 0.192
#> SRR1418968 1 0.0290 0.99063 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871 4 0.2909 0.70346 0.000 0.012 0.000 0.848 0.140
#> SRR1330522 3 0.0000 0.91075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499958 2 0.3534 0.52086 0.000 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR614059 4 0.1732 0.70517 0.000 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR1071403 1 0.0290 0.99031 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719 2 0.3796 0.47376 0.000 0.700 0.000 0.000 0.300
#> SRR1440421 2 0.4307 -0.01521 0.000 0.504 0.000 0.000 0.496
#> SRR1310412 5 0.4093 0.46793 0.000 0.052 0.120 0.020 0.808
#> SRR614767 4 0.6721 0.48627 0.000 0.352 0.000 0.396 0.252
#> SRR820709 1 0.0404 0.98985 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.0290 0.99031 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093 4 0.3427 0.71744 0.000 0.012 0.000 0.796 0.192
#> SRR1088168 3 0.0162 0.91040 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1418707 2 0.3730 0.48758 0.000 0.712 0.000 0.000 0.288
#> SRR1354291 5 0.4302 0.06764 0.000 0.480 0.000 0.000 0.520
#> SRR2165806 1 0.0404 0.98985 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684 5 0.6729 -0.44878 0.000 0.252 0.000 0.372 0.376
#> SRR1433860 3 0.0000 0.91075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311062 2 0.3368 0.53871 0.000 0.820 0.000 0.024 0.156
#> SRR1360359 1 0.0290 0.99031 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385 3 0.0794 0.90433 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR615407 4 0.3691 0.75073 0.000 0.104 0.000 0.820 0.076
#> SRR1413892 3 0.0000 0.91075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443459 2 0.3074 0.54995 0.000 0.804 0.000 0.000 0.196
#> SRR1338942 1 0.0000 0.99116 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480 3 0.4182 0.51107 0.000 0.004 0.644 0.000 0.352
#> SRR1399433 5 0.6661 -0.37096 0.000 0.232 0.000 0.356 0.412
#> SRR818537 3 0.1661 0.89250 0.000 0.024 0.940 0.000 0.036
#> SRR1101324 4 0.5901 0.64321 0.000 0.148 0.000 0.584 0.268
#> SRR807637 4 0.2597 0.73103 0.000 0.092 0.000 0.884 0.024
#> SRR1091918 1 0.0162 0.99096 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300 4 0.3883 0.73129 0.000 0.036 0.000 0.780 0.184
#> SRR1085426 1 0.0404 0.98985 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.3391 0.54657 0.000 0.800 0.000 0.012 0.188
#> SRR813891 1 0.0000 0.99116 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431 5 0.4302 0.06436 0.000 0.480 0.000 0.000 0.520
#> SRR658742 4 0.2561 0.72877 0.000 0.096 0.000 0.884 0.020
#> SRR1419234 1 0.0404 0.99005 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813 2 0.3326 0.54235 0.000 0.824 0.000 0.024 0.152
#> SRR603496 4 0.2930 0.71724 0.000 0.004 0.000 0.832 0.164
#> SRR1407758 3 0.0000 0.91075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810945 5 0.4563 0.31033 0.000 0.244 0.000 0.048 0.708
#> SRR817234 5 0.4268 0.13376 0.000 0.444 0.000 0.000 0.556
#> SRR1444852 3 0.0000 0.91075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660378 4 0.2909 0.70346 0.000 0.012 0.000 0.848 0.140
#> SRR1467835 2 0.3151 0.54358 0.000 0.836 0.000 0.020 0.144
#> SRR1338964 5 0.4455 0.41536 0.000 0.036 0.260 0.000 0.704
#> SRR1079259 5 0.3954 0.35334 0.000 0.192 0.000 0.036 0.772
#> SRR1072345 5 0.4360 0.46572 0.000 0.080 0.132 0.008 0.780
#> SRR598725 3 0.5486 0.09901 0.000 0.024 0.512 0.024 0.440
#> SRR1447938 1 0.0000 0.99116 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.0162 0.99096 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460 2 0.5232 0.33757 0.000 0.668 0.000 0.104 0.228
#> SRR1429468 2 0.4482 0.41502 0.000 0.636 0.000 0.016 0.348
#> SRR1446850 5 0.4304 0.03784 0.000 0.484 0.000 0.000 0.516
#> SRR1320363 3 0.2304 0.86842 0.000 0.008 0.892 0.000 0.100
#> SRR1413810 3 0.0000 0.91075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598831 4 0.5372 0.73764 0.000 0.152 0.000 0.668 0.180
#> SRR1381865 1 0.0000 0.99116 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957 3 0.5822 0.54140 0.000 0.008 0.636 0.152 0.204
#> SRR1491332 3 0.0162 0.91040 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1099744 2 0.3236 0.54435 0.000 0.828 0.000 0.020 0.152
#> SRR1464618 2 0.4138 0.45631 0.000 0.780 0.000 0.072 0.148
#> SRR1414559 4 0.4922 0.73279 0.000 0.156 0.000 0.716 0.128
#> SRR1337540 4 0.5625 0.68918 0.000 0.160 0.000 0.636 0.204
#> SRR1444283 1 0.0290 0.99075 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942 5 0.4272 0.45289 0.000 0.052 0.196 0.000 0.752
#> SRR660295 1 0.2962 0.88694 0.872 0.016 0.000 0.096 0.016
#> SRR601335 3 0.3375 0.80556 0.000 0.000 0.840 0.056 0.104
#> SRR1363742 3 0.0000 0.91075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345847 5 0.4283 0.06781 0.000 0.456 0.000 0.000 0.544
#> SRR614960 4 0.2909 0.70346 0.000 0.012 0.000 0.848 0.140
#> SRR819919 1 0.0162 0.99096 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330 5 0.6504 0.25908 0.000 0.288 0.228 0.000 0.484
#> SRR1327951 1 0.0162 0.99096 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.0290 0.99031 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266 2 0.3774 0.52873 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR1338055 5 0.4307 0.03373 0.000 0.496 0.000 0.000 0.504
#> SRR1430157 2 0.3684 0.50016 0.000 0.720 0.000 0.000 0.280
#> SRR1320137 2 0.6072 0.27598 0.000 0.484 0.000 0.124 0.392
#> SRR1093483 1 0.0162 0.99096 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.0290 0.99031 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913 3 0.3913 0.57081 0.000 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR2170490 1 0.0290 0.99075 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845 5 0.4297 0.43437 0.000 0.036 0.236 0.000 0.728
#> SRR1436420 1 0.0290 0.99063 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060 3 0.0290 0.90965 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR662282 4 0.2864 0.70526 0.000 0.012 0.000 0.852 0.136
#> SRR1487089 2 0.6069 0.25538 0.000 0.524 0.000 0.136 0.340
#> SRR1075683 1 0.0290 0.99031 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536 1 0.0290 0.99031 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880 2 0.4300 0.26241 0.000 0.524 0.000 0.000 0.476
#> SRR1453456 3 0.0000 0.91075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457895 1 0.0162 0.99096 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603 3 0.3849 0.77071 0.000 0.112 0.808 0.000 0.080
#> SRR658633 5 0.4420 0.11100 0.000 0.448 0.000 0.004 0.548
#> SRR1388081 2 0.3779 0.51489 0.000 0.776 0.000 0.024 0.200
#> SRR813339 3 0.1043 0.90163 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR809725 1 0.0290 0.99031 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441 5 0.7251 0.31896 0.000 0.156 0.068 0.264 0.512
#> SRR613603 4 0.2753 0.71164 0.000 0.008 0.000 0.856 0.136
#> SRR1096571 3 0.2674 0.84000 0.000 0.012 0.868 0.000 0.120
#> SRR1392701 1 0.0510 0.98962 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326 1 0.0290 0.99075 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693 2 0.4584 0.51662 0.000 0.660 0.000 0.028 0.312
#> SRR660697 5 0.5708 -0.04354 0.000 0.384 0.000 0.088 0.528
#> SRR1489926 5 0.4527 0.41486 0.000 0.040 0.260 0.000 0.700
#> SRR811491 3 0.2771 0.83174 0.000 0.012 0.860 0.000 0.128
#> SRR1311644 4 0.5866 0.66582 0.000 0.156 0.000 0.596 0.248
#> SRR1451740 3 0.0703 0.90718 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR615117 4 0.3659 0.71781 0.000 0.012 0.000 0.768 0.220
#> SRR1391748 2 0.6034 0.08058 0.000 0.572 0.000 0.172 0.256
#> SRR1466556 3 0.0000 0.91075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614972 4 0.3203 0.71373 0.000 0.012 0.000 0.820 0.168
#> SRR1406200 1 0.0290 0.99031 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210 5 0.6600 -0.39831 0.000 0.212 0.000 0.380 0.408
#> SRR662174 1 0.2962 0.88694 0.872 0.016 0.000 0.096 0.016
#> SRR811988 1 0.0290 0.99031 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236 4 0.4686 0.74018 0.000 0.104 0.000 0.736 0.160
#> SRR1312598 2 0.3480 0.52649 0.000 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR1330129 5 0.4533 0.13185 0.000 0.448 0.008 0.000 0.544
#> SRR1357781 5 0.4590 0.17344 0.000 0.420 0.012 0.000 0.568
#> SRR1315517 2 0.4473 0.32958 0.000 0.656 0.000 0.020 0.324
#> SRR1400032 3 0.0162 0.91040 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1413722 1 0.0290 0.99063 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827 4 0.3845 0.71752 0.000 0.024 0.000 0.768 0.208
#> SRR814794 1 0.0510 0.98962 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430 1 0.0290 0.99031 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509 2 0.5759 0.28018 0.000 0.568 0.000 0.108 0.324
#> SRR808728 3 0.4040 0.63940 0.000 0.012 0.712 0.000 0.276
#> SRR1070813 2 0.3684 0.50156 0.000 0.720 0.000 0.000 0.280
#> SRR1389133 5 0.4499 0.46008 0.000 0.076 0.108 0.028 0.788
#> SRR601263 5 0.4442 0.46040 0.000 0.040 0.184 0.016 0.760
#> SRR604718 4 0.6166 0.66399 0.000 0.180 0.000 0.548 0.272
#> SRR1481351 3 0.4403 0.42969 0.000 0.008 0.608 0.000 0.384
#> SRR1334608 3 0.0000 0.91075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658681 3 0.0451 0.90902 0.000 0.008 0.988 0.000 0.004
#> SRR809283 4 0.6367 0.66695 0.000 0.248 0.000 0.520 0.232
#> SRR1459300 1 0.0290 0.99063 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547 3 0.1082 0.90274 0.000 0.008 0.964 0.000 0.028
#> SRR811049 5 0.4130 0.46855 0.000 0.076 0.108 0.012 0.804
#> SRR1464835 2 0.6307 -0.12001 0.000 0.532 0.000 0.224 0.244
#> SRR1339619 2 0.3284 0.54288 0.000 0.828 0.000 0.024 0.148
#> SRR658501 3 0.4944 0.63288 0.000 0.000 0.700 0.092 0.208
#> SRR1447523 3 0.4457 0.42525 0.000 0.012 0.620 0.000 0.368
#> SRR1415048 1 0.0404 0.98985 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.0404 0.98985 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348 2 0.3876 0.51699 0.000 0.684 0.000 0.000 0.316
#> SRR603890 5 0.6523 0.14019 0.000 0.372 0.000 0.196 0.432
#> SRR810595 3 0.0000 0.91075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446244 2 0.4270 0.50266 0.000 0.748 0.000 0.048 0.204
#> SRR817373 2 0.4380 0.46331 0.000 0.708 0.000 0.032 0.260
#> SRR1457291 2 0.3241 0.54279 0.000 0.832 0.000 0.024 0.144
#> SRR598220 5 0.4386 0.35834 0.000 0.140 0.000 0.096 0.764
#> SRR1477991 2 0.3612 0.50868 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR598172 2 0.3882 0.48378 0.000 0.756 0.000 0.020 0.224
#> SRR1349032 2 0.6099 0.18234 0.000 0.512 0.000 0.136 0.352
#> SRR604002 5 0.5273 0.27219 0.000 0.352 0.060 0.000 0.588
#> SRR1378026 3 0.2719 0.82889 0.000 0.004 0.852 0.000 0.144
#> SRR1404401 5 0.4278 0.13117 0.000 0.452 0.000 0.000 0.548
#> SRR1333240 5 0.5341 0.22919 0.000 0.376 0.060 0.000 0.564
#> SRR1089399 2 0.6460 0.06791 0.000 0.412 0.000 0.180 0.408
#> SRR603421 4 0.6284 0.59619 0.000 0.188 0.000 0.524 0.288
#> SRR812562 1 0.0290 0.99031 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520 3 0.0771 0.90761 0.000 0.004 0.976 0.000 0.020
#> SRR811839 1 0.0404 0.98985 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317 2 0.3636 0.50281 0.000 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR1436763 4 0.6402 0.64422 0.000 0.288 0.000 0.504 0.208
#> SRR1486021 4 0.6660 0.54963 0.000 0.244 0.000 0.432 0.324
#> SRR1465018 2 0.4302 0.04195 0.000 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR1080998 5 0.4291 0.45546 0.000 0.048 0.188 0.004 0.760
#> SRR1083432 3 0.0000 0.91075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082833 1 0.0290 0.99075 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.0290 0.99031 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536 3 0.0000 0.91075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614011 4 0.6596 0.61921 0.000 0.256 0.000 0.464 0.280
#> SRR1365873 5 0.4278 0.12152 0.000 0.452 0.000 0.000 0.548
#> SRR1498789 2 0.3151 0.54358 0.000 0.836 0.000 0.020 0.144
#> SRR601581 5 0.5721 -0.15734 0.000 0.424 0.000 0.084 0.492
#> SRR603566 4 0.3427 0.71744 0.000 0.012 0.000 0.796 0.192
#> SRR1373981 1 0.0404 0.98985 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410 2 0.4924 0.33381 0.000 0.668 0.000 0.060 0.272
#> SRR1076511 4 0.2707 0.73141 0.000 0.100 0.000 0.876 0.024
#> SRR614143 5 0.4291 0.46433 0.000 0.092 0.136 0.000 0.772
#> SRR1333570 3 0.2516 0.82393 0.000 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR1366813 2 0.3612 0.50868 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1388746 1 0.0162 0.99096 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558 5 0.4085 0.45638 0.000 0.052 0.068 0.056 0.824
#> SRR1409510 3 0.0000 0.91075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816250 2 0.3242 0.54181 0.000 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR614131 5 0.4486 0.34253 0.000 0.172 0.000 0.080 0.748
#> SRR1331130 1 0.0290 0.99031 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015 3 0.0162 0.91024 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1470798 3 0.0000 0.91075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614179 3 0.6233 0.26090 0.000 0.000 0.520 0.312 0.168
#> SRR1474863 2 0.4294 0.09561 0.000 0.532 0.000 0.000 0.468
#> SRR813560 2 0.3913 0.46552 0.000 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR1312187 2 0.6746 -0.17523 0.000 0.392 0.000 0.264 0.344
#> SRR1420960 3 0.0000 0.91075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355102 3 0.0510 0.90832 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1084577 3 0.0162 0.91040 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR659971 4 0.6445 0.63406 0.000 0.216 0.000 0.496 0.288
#> SRR1350855 2 0.6000 0.26273 0.000 0.532 0.000 0.128 0.340
#> SRR820779 3 0.0880 0.90330 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1476300 3 0.0000 0.91075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090907 2 0.5268 0.34106 0.000 0.668 0.000 0.112 0.220
#> SRR662294 5 0.4654 0.27188 0.000 0.348 0.000 0.024 0.628
#> SRR1480789 3 0.1522 0.89443 0.000 0.012 0.944 0.000 0.044
#> SRR1336263 2 0.5967 0.21378 0.000 0.556 0.000 0.136 0.308
#> SRR660776 1 0.2859 0.88802 0.876 0.012 0.000 0.096 0.016
#> SRR1090508 5 0.4856 0.21632 0.000 0.388 0.028 0.000 0.584
#> SRR615563 4 0.5740 0.70134 0.000 0.152 0.000 0.616 0.232
#> SRR1101175 1 0.0162 0.99096 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650 3 0.0000 0.91075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431205 2 0.4307 -0.01520 0.000 0.500 0.000 0.000 0.500
#> SRR1339856 2 0.4780 0.47839 0.000 0.672 0.000 0.048 0.280
#> SRR1352147 2 0.4446 0.17516 0.000 0.520 0.000 0.004 0.476
#> SRR808968 1 0.0404 0.98985 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419 5 0.6323 0.10562 0.000 0.360 0.000 0.164 0.476
#> SRR1402391 1 0.0404 0.98985 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609 3 0.0000 0.91075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2167857 3 0.6723 -0.18673 0.000 0.260 0.408 0.000 0.332
#> SRR1398752 1 0.0404 0.98985 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.0510 0.98962 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437 2 0.4697 0.44071 0.000 0.648 0.000 0.032 0.320
#> SRR1416955 1 0.0992 0.97438 0.968 0.008 0.000 0.024 0.000
#> SRR1317064 2 0.4359 0.38683 0.000 0.584 0.000 0.004 0.412
#> SRR659001 4 0.6458 0.64720 0.000 0.224 0.000 0.496 0.280
#> SRR2170696 5 0.4786 0.32148 0.000 0.188 0.000 0.092 0.720
#> SRR816589 3 0.0000 0.91075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087487 3 0.0290 0.91000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1329485 3 0.0000 0.91075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816920 5 0.6463 0.03397 0.000 0.276 0.000 0.228 0.496
#> SRR1341432 1 0.0162 0.99096 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590 2 0.6369 -0.15450 0.000 0.520 0.000 0.236 0.244
#> SRR817046 3 0.2471 0.84607 0.000 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR1471331 3 0.0000 0.91075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660788 4 0.6069 0.51302 0.000 0.136 0.000 0.524 0.340
#> SRR819234 1 0.0162 0.99096 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853 3 0.0693 0.90856 0.000 0.012 0.980 0.000 0.008
#> SRR809427 4 0.6787 0.52406 0.000 0.332 0.000 0.380 0.288
#> SRR2170217 2 0.6627 -0.34186 0.000 0.448 0.000 0.308 0.244
#> SRR1386967 3 0.0162 0.91025 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1420344 2 0.3636 0.52127 0.000 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR1334535 1 0.0290 0.99031 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503 4 0.6545 0.61726 0.000 0.240 0.000 0.476 0.284
#> SRR602564 5 0.5775 -0.36509 0.000 0.088 0.000 0.440 0.472
#> SRR1420669 5 0.5656 0.19356 0.000 0.236 0.000 0.140 0.624
#> SRR819024 5 0.5708 0.39939 0.000 0.024 0.192 0.112 0.672
#> SRR656223 3 0.0000 0.91075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR608428 5 0.4902 0.25699 0.000 0.304 0.000 0.048 0.648
#> SRR1345647 1 0.0290 0.99031 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324 5 0.4302 0.07277 0.000 0.480 0.000 0.000 0.520
#> SRR1361368 2 0.3796 0.52729 0.000 0.700 0.000 0.000 0.300
#> SRR1322619 2 0.3661 0.50318 0.000 0.724 0.000 0.000 0.276
#> SRR1349276 2 0.5993 0.09103 0.000 0.580 0.000 0.172 0.248
#> SRR1404024 1 0.0290 0.99031 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637 2 0.6394 0.10340 0.000 0.476 0.000 0.180 0.344
#> SRR1452631 2 0.6044 0.00465 0.000 0.576 0.000 0.188 0.236
#> SRR608392 4 0.3242 0.71367 0.000 0.012 0.000 0.816 0.172
#> SRR1357757 5 0.5807 0.43677 0.000 0.112 0.152 0.048 0.688
#> SRR1074646 5 0.6441 0.00985 0.000 0.256 0.000 0.240 0.504
#> SRR1367499 3 0.0000 0.91075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343501 3 0.0771 0.90664 0.000 0.004 0.976 0.000 0.020
#> SRR1394406 5 0.4016 0.41032 0.000 0.092 0.000 0.112 0.796
#> SRR1381435 3 0.0000 0.91075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467407 1 0.0162 0.99090 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422 5 0.5297 0.25414 0.000 0.360 0.060 0.000 0.580
#> SRR1380270 3 0.2754 0.84214 0.000 0.080 0.880 0.000 0.040
#> SRR1091817 2 0.3821 0.50961 0.000 0.764 0.000 0.020 0.216
#> SRR1440137 2 0.3534 0.53556 0.000 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR614311 4 0.6742 0.54196 0.000 0.316 0.000 0.408 0.276
#> SRR1407516 5 0.4613 0.31965 0.000 0.200 0.000 0.072 0.728
#> SRR815494 3 0.3980 0.77283 0.000 0.000 0.796 0.076 0.128
#> SRR1333209 2 0.4096 0.43985 0.000 0.784 0.000 0.072 0.144
#> SRR615177 4 0.5847 0.70382 0.000 0.188 0.000 0.608 0.204
#> SRR1099648 3 0.0162 0.91025 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR659720 5 0.4681 0.17833 0.000 0.052 0.000 0.252 0.696
#> SRR2185057 1 0.0510 0.98962 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125 1 0.0510 0.98962 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468 4 0.5791 0.66081 0.000 0.140 0.000 0.600 0.260
#> SRR660042 4 0.1732 0.70517 0.000 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR2170864 2 0.4865 0.41052 0.000 0.684 0.000 0.064 0.252
#> SRR1440491 4 0.6725 0.58337 0.000 0.288 0.000 0.420 0.292
#> SRR1440852 3 0.0000 0.91075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811169 1 0.0290 0.99063 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311 2 0.5022 0.39468 0.000 0.620 0.000 0.048 0.332
#> SRR818009 1 0.0510 0.99025 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836 2 0.4249 0.17336 0.000 0.568 0.000 0.000 0.432
#> SRR1498313 5 0.5277 0.27124 0.000 0.368 0.040 0.008 0.584
#> SRR1441975 5 0.4307 0.00436 0.000 0.500 0.000 0.000 0.500
#> SRR819096 1 0.0290 0.99063 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679 5 0.5633 0.26458 0.000 0.144 0.004 0.204 0.648
#> SRR1489116 3 0.1331 0.89711 0.000 0.008 0.952 0.000 0.040
#> SRR1354138 3 0.0290 0.90910 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1490589 3 0.2249 0.86138 0.000 0.008 0.896 0.000 0.096
#> SRR1412987 4 0.6516 0.61141 0.000 0.312 0.000 0.472 0.216
#> SRR602034 3 0.0162 0.91040 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1353437 1 0.0290 0.99031 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871 5 0.4481 0.43589 0.000 0.048 0.232 0.000 0.720
#> SRR661577 4 0.3857 0.73885 0.000 0.108 0.000 0.808 0.084
#> SRR612190 5 0.4974 0.27930 0.000 0.212 0.000 0.092 0.696
#> SRR1399880 1 0.0290 0.99031 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787 5 0.6671 -0.35784 0.000 0.236 0.000 0.352 0.412
#> SRR657869 4 0.5533 0.47502 0.248 0.016 0.000 0.656 0.080
#> SRR1446332 1 0.0162 0.99096 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039 1 0.0290 0.99031 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141 3 0.0000 0.91075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476697 1 0.0404 0.98985 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538 2 0.5785 0.28645 0.000 0.560 0.000 0.108 0.332
#> SRR1331422 1 0.0404 0.98985 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859 5 0.3912 0.46478 0.000 0.052 0.092 0.028 0.828
#> SRR1097594 1 0.0162 0.99096 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419 3 0.0000 0.91075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336706 3 0.1082 0.90186 0.000 0.008 0.964 0.000 0.028
#> SRR1472976 2 0.6646 0.08740 0.000 0.436 0.000 0.240 0.324
#> SRR1321307 1 0.0290 0.99075 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493 1 0.0404 0.98985 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461 3 0.1197 0.89748 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1477149 5 0.4528 0.14208 0.000 0.444 0.008 0.000 0.548
#> SRR1457397 3 0.4535 0.68484 0.000 0.160 0.748 0.000 0.092
#> SRR661913 3 0.4192 0.36469 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1069024 3 0.2438 0.86204 0.000 0.060 0.900 0.000 0.040
#> SRR2165634 1 0.0404 0.98985 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722 3 0.0290 0.90989 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1328642 5 0.4851 0.27697 0.000 0.340 0.000 0.036 0.624
#> SRR1488261 5 0.5392 0.40733 0.000 0.020 0.256 0.060 0.664
#> SRR1318815 4 0.5952 0.69838 0.000 0.252 0.000 0.584 0.164
#> SRR816945 1 0.0404 0.98985 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432 4 0.6458 0.63516 0.000 0.292 0.000 0.492 0.216
#> SRR1359280 5 0.4473 0.19625 0.000 0.412 0.000 0.008 0.580
#> SRR1313910 2 0.3336 0.53746 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1457315 5 0.4390 0.35133 0.000 0.156 0.000 0.084 0.760
#> SRR815398 1 0.0404 0.98985 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958 4 0.3355 0.71627 0.000 0.012 0.000 0.804 0.184
#> SRR600688 4 0.4803 0.73728 0.000 0.096 0.000 0.720 0.184
#> SRR1098952 1 0.0290 0.99075 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916 3 0.0000 0.91075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614167 4 0.2909 0.70346 0.000 0.012 0.000 0.848 0.140
#> SRR1348114 2 0.5826 0.19967 0.000 0.500 0.000 0.096 0.404
#> SRR658033 4 0.5841 0.69513 0.000 0.148 0.000 0.596 0.256
#> SRR1077503 5 0.4937 0.40661 0.000 0.064 0.264 0.000 0.672
#> SRR661854 4 0.1818 0.73790 0.000 0.024 0.000 0.932 0.044
#> SRR811379 4 0.6510 0.61799 0.000 0.224 0.000 0.480 0.296
#> SRR1318857 2 0.3480 0.52649 0.000 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR656445 3 0.0000 0.91075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433044 5 0.4283 0.11987 0.000 0.456 0.000 0.000 0.544
#> SRR1486391 1 0.0404 0.98985 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071 5 0.6599 0.27229 0.000 0.028 0.184 0.216 0.572
#> SRR1364824 1 0.0290 0.99031 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.0162 0.99096 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.0000 0.99116 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745 3 0.0290 0.90965 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR601038 4 0.4460 0.69368 0.000 0.020 0.012 0.716 0.252
#> SRR1360080 1 0.0404 0.98985 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868 5 0.4370 0.43102 0.000 0.040 0.236 0.000 0.724
#> SRR1485997 1 0.0162 0.99096 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560 5 0.6557 -0.29079 0.000 0.212 0.000 0.340 0.448
#> SRR1333330 1 0.0290 0.99031 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513 5 0.5160 0.41534 0.000 0.116 0.056 0.080 0.748
#> SRR1328407 5 0.6110 0.34854 0.000 0.216 0.216 0.000 0.568
#> SRR602784 3 0.0404 0.90917 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1348468 2 0.6016 0.02012 0.000 0.580 0.000 0.184 0.236
#> SRR663717 4 0.6268 0.64192 0.000 0.204 0.000 0.536 0.260
#> SRR602217 5 0.4822 0.27221 0.000 0.288 0.000 0.048 0.664
#> SRR603140 5 0.3670 0.39066 0.000 0.068 0.000 0.112 0.820
#> SRR1340804 1 0.0290 0.99031 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574 3 0.0510 0.90900 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1333462 5 0.4597 0.16671 0.000 0.424 0.012 0.000 0.564
#> SRR1094601 1 0.0290 0.99031 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610 5 0.4567 0.45254 0.000 0.100 0.088 0.028 0.784
#> SRR1435833 2 0.4923 0.35516 0.000 0.700 0.000 0.088 0.212
#> SRR1398728 2 0.2891 0.54929 0.000 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR1358343 4 0.5625 0.68918 0.000 0.160 0.000 0.636 0.204
#> SRR1410890 2 0.3370 0.54165 0.000 0.824 0.000 0.028 0.148
#> SRR1350371 1 0.0290 0.99031 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478 2 0.3424 0.53174 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR1099260 3 0.0162 0.91025 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1433576 5 0.3328 0.43048 0.000 0.036 0.020 0.084 0.860
#> SRR1345541 5 0.5489 0.29986 0.000 0.136 0.000 0.216 0.648
#> SRR1086328 1 0.0510 0.98962 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391 3 0.1341 0.89331 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1476207 5 0.5322 0.37406 0.000 0.072 0.320 0.000 0.608
#> SRR627435 5 0.4303 0.45466 0.000 0.056 0.192 0.000 0.752
#> SRR1489862 1 0.0290 0.99031 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086 1 0.0404 0.98985 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.0290 0.99031 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191 3 0.1732 0.88220 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1490115 5 0.5118 0.20373 0.000 0.040 0.412 0.000 0.548
#> SRR1377714 5 0.5423 0.43981 0.000 0.108 0.184 0.016 0.692
#> SRR819394 1 0.0162 0.99090 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161 4 0.2561 0.72877 0.000 0.096 0.000 0.884 0.020
#> SRR607042 3 0.2124 0.85551 0.000 0.000 0.900 0.004 0.096
#> SRR656203 2 0.4291 0.17987 0.000 0.536 0.000 0.000 0.464
#> SRR660602 3 0.0703 0.90591 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1440397 1 0.0290 0.99031 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264 1 0.0290 0.99031 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233 1 0.0404 0.98985 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249 2 0.6154 0.12988 0.000 0.508 0.000 0.144 0.348
#> SRR661242 4 0.6402 0.66014 0.000 0.216 0.000 0.508 0.276
#> SRR1332007 3 0.1522 0.89443 0.000 0.012 0.944 0.000 0.044
#> SRR809619 5 0.4138 0.12303 0.000 0.384 0.000 0.000 0.616
#> SRR819975 1 0.0000 0.99116 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281 5 0.4812 0.23634 0.000 0.372 0.000 0.028 0.600
#> SRR662366 4 0.4142 0.70744 0.000 0.012 0.016 0.752 0.220
#> SRR1317898 3 0.1341 0.89486 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1382485 5 0.4494 0.07196 0.000 0.380 0.000 0.012 0.608
#> SRR2166420 1 0.0290 0.99031 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429 1 0.0510 0.98962 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541 3 0.0000 0.91075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817444 5 0.6358 0.30778 0.000 0.020 0.280 0.132 0.568
#> SRR1320403 2 0.4304 0.00637 0.000 0.516 0.000 0.000 0.484
#> SRR1101483 2 0.6032 0.13302 0.000 0.460 0.000 0.116 0.424
#> SRR1331684 3 0.5904 -0.05295 0.000 0.068 0.468 0.012 0.452
#> SRR1400054 4 0.3336 0.74621 0.000 0.096 0.000 0.844 0.060
#> SRR1406088 2 0.3586 0.53324 0.000 0.736 0.000 0.000 0.264
#> SRR820733 5 0.6224 -0.11018 0.000 0.152 0.000 0.352 0.496
#> SRR1314113 4 0.5653 0.69594 0.000 0.160 0.000 0.632 0.208
#> SRR1382615 3 0.0290 0.90965 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1480745 1 0.0162 0.99096 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850 5 0.4294 0.09117 0.000 0.468 0.000 0.000 0.532
#> SRR656782 5 0.4170 0.45704 0.000 0.048 0.192 0.000 0.760
#> SRR821364 1 0.0290 0.99075 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.0404 0.99005 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295 5 0.6227 0.36083 0.000 0.276 0.112 0.024 0.588
#> SRR1357103 3 0.2624 0.85001 0.000 0.012 0.872 0.000 0.116
#> SRR809185 5 0.6691 -0.07391 0.000 0.312 0.000 0.260 0.428
#> SRR811583 4 0.5008 0.74330 0.000 0.152 0.000 0.708 0.140
#> SRR1468050 1 0.0290 0.99031 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224 2 0.3452 0.52929 0.000 0.756 0.000 0.000 0.244
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1500170 2 0.0790 0.64020 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1402368 3 0.2773 0.82945 0.000 0.004 0.852 0.012 0.128 0.004
#> SRR607743 5 0.6122 0.42643 0.000 0.152 0.032 0.296 0.520 0.000
#> SRR1457375 2 0.0937 0.63953 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1470923 1 0.1124 0.95992 0.956 0.000 0.000 0.000 0.008 0.036
#> SRR817954 1 0.1418 0.95671 0.944 0.000 0.000 0.000 0.032 0.024
#> SRR809259 1 0.0291 0.96286 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1439785 3 0.2362 0.84490 0.000 0.004 0.860 0.000 0.136 0.000
#> SRR814768 1 0.0692 0.96188 0.976 0.000 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR1102031 2 0.4449 0.53562 0.000 0.712 0.000 0.124 0.164 0.000
#> SRR1363611 2 0.5395 0.28839 0.000 0.564 0.000 0.124 0.308 0.004
#> SRR1468447 2 0.4178 0.45350 0.000 0.608 0.000 0.020 0.372 0.000
#> SRR1071931 5 0.6179 0.33916 0.000 0.236 0.000 0.324 0.432 0.008
#> SRR810981 1 0.1500 0.95312 0.936 0.000 0.000 0.000 0.012 0.052
#> SRR615299 4 0.3735 0.35355 0.000 0.000 0.000 0.784 0.092 0.124
#> SRR663585 3 0.0632 0.87395 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1326773 5 0.6375 0.22350 0.000 0.100 0.000 0.400 0.432 0.068
#> SRR1351166 2 0.0909 0.63691 0.000 0.968 0.000 0.020 0.012 0.000
#> SRR1477452 1 0.1196 0.95764 0.952 0.000 0.000 0.000 0.008 0.040
#> SRR1084720 3 0.1204 0.86910 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1420320 4 0.4821 0.02019 0.000 0.472 0.000 0.484 0.036 0.008
#> SRR1081712 2 0.4377 0.36080 0.000 0.540 0.000 0.024 0.436 0.000
#> SRR1318241 5 0.4444 0.53716 0.000 0.080 0.072 0.080 0.768 0.000
#> SRR1333718 3 0.0146 0.87302 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1313514 5 0.4488 -0.15277 0.000 0.420 0.000 0.032 0.548 0.000
#> SRR1477861 3 0.4054 0.71140 0.000 0.024 0.688 0.000 0.284 0.004
#> SRR1318005 5 0.4702 -0.11300 0.000 0.408 0.008 0.032 0.552 0.000
#> SRR1354665 2 0.0777 0.64225 0.000 0.972 0.000 0.004 0.024 0.000
#> SRR657707 5 0.4282 0.54317 0.000 0.084 0.064 0.072 0.780 0.000
#> SRR1370742 3 0.4791 0.57828 0.000 0.052 0.612 0.008 0.328 0.000
#> SRR1412947 2 0.4791 0.44807 0.000 0.652 0.000 0.104 0.244 0.000
#> SRR661553 4 0.4349 0.18444 0.000 0.000 0.000 0.708 0.084 0.208
#> SRR1328869 1 0.1196 0.95764 0.952 0.000 0.000 0.000 0.008 0.040
#> SRR662211 4 0.5379 0.44976 0.000 0.236 0.000 0.636 0.096 0.032
#> SRR1348181 3 0.0000 0.87369 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416560 5 0.7084 0.22035 0.000 0.056 0.040 0.316 0.464 0.124
#> SRR1319772 3 0.3956 0.74145 0.000 0.036 0.712 0.000 0.252 0.000
#> SRR1091452 5 0.6101 0.33914 0.000 0.236 0.000 0.336 0.424 0.004
#> SRR1338812 1 0.0972 0.95750 0.964 0.000 0.000 0.000 0.028 0.008
#> SRR1392072 2 0.1204 0.61042 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> SRR814844 4 0.4569 0.37619 0.000 0.100 0.000 0.756 0.060 0.084
#> SRR1376619 3 0.0260 0.87464 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR603690 4 0.4676 0.38520 0.000 0.020 0.000 0.724 0.120 0.136
#> SRR2184980 2 0.2318 0.61450 0.000 0.892 0.000 0.044 0.064 0.000
#> SRR613963 4 0.4403 -0.39919 0.000 0.000 0.000 0.508 0.024 0.468
#> SRR1323422 1 0.0291 0.96196 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1397673 3 0.1155 0.87265 0.000 0.004 0.956 0.000 0.036 0.004
#> SRR1434650 3 0.3855 0.72941 0.000 0.016 0.704 0.000 0.276 0.004
#> SRR659875 3 0.6895 0.35362 0.000 0.012 0.528 0.180 0.184 0.096
#> SRR1465734 5 0.4916 0.56324 0.000 0.108 0.028 0.160 0.704 0.000
#> SRR1076847 5 0.6007 0.18924 0.000 0.344 0.000 0.208 0.444 0.004
#> SRR1415072 1 0.0713 0.95914 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR659319 3 0.0146 0.87302 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR663088 6 0.5678 0.41911 0.000 0.032 0.000 0.420 0.072 0.476
#> SRR1352021 1 0.0603 0.96165 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR1325527 1 0.0858 0.96144 0.968 0.000 0.000 0.000 0.004 0.028
#> SRR1105369 1 0.0972 0.95988 0.964 0.000 0.000 0.000 0.028 0.008
#> SRR659935 4 0.5993 0.15572 0.000 0.280 0.000 0.496 0.216 0.008
#> SRR1352530 3 0.0000 0.87369 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662594 6 0.4333 0.59959 0.000 0.000 0.000 0.376 0.028 0.596
#> SRR1095309 1 0.0603 0.96329 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR615647 6 0.4443 0.70665 0.000 0.000 0.000 0.300 0.052 0.648
#> SRR813019 5 0.5340 0.30727 0.000 0.128 0.284 0.004 0.584 0.000
#> SRR1374647 5 0.4783 -0.12248 0.000 0.428 0.000 0.052 0.520 0.000
#> SRR603472 3 0.5267 0.45179 0.000 0.092 0.536 0.000 0.368 0.004
#> SRR661529 6 0.4319 0.58427 0.000 0.000 0.000 0.400 0.024 0.576
#> SRR607018 3 0.5171 0.64249 0.000 0.012 0.684 0.132 0.160 0.012
#> SRR627423 4 0.4214 0.19475 0.000 0.024 0.000 0.744 0.040 0.192
#> SRR654921 4 0.4582 0.34999 0.000 0.068 0.000 0.748 0.052 0.132
#> SRR1418968 1 0.0692 0.96188 0.976 0.000 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR660871 6 0.4476 0.70933 0.000 0.000 0.000 0.308 0.052 0.640
#> SRR1330522 3 0.0000 0.87369 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499958 2 0.0713 0.64028 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR614059 6 0.3668 0.66360 0.000 0.000 0.000 0.228 0.028 0.744
#> SRR1071403 1 0.0935 0.95869 0.964 0.000 0.000 0.000 0.032 0.004
#> SRR1486719 2 0.1387 0.62918 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1440421 2 0.4292 0.42513 0.000 0.588 0.000 0.024 0.388 0.000
#> SRR1310412 5 0.5337 0.57035 0.000 0.148 0.056 0.116 0.680 0.000
#> SRR614767 4 0.4261 0.42630 0.000 0.052 0.000 0.780 0.080 0.088
#> SRR820709 1 0.2815 0.90627 0.848 0.000 0.000 0.000 0.032 0.120
#> SRR1471500 1 0.0713 0.95914 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR658093 6 0.5035 0.67843 0.000 0.000 0.000 0.360 0.084 0.556
#> SRR1088168 3 0.0508 0.87457 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1418707 2 0.1267 0.63325 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1354291 2 0.4482 0.38520 0.000 0.552 0.000 0.032 0.416 0.000
#> SRR2165806 1 0.1367 0.95522 0.944 0.000 0.000 0.000 0.012 0.044
#> SRR1415684 4 0.5192 0.52046 0.000 0.092 0.000 0.688 0.168 0.052
#> SRR1433860 3 0.0000 0.87369 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311062 2 0.1500 0.61446 0.000 0.936 0.000 0.052 0.012 0.000
#> SRR1360359 1 0.0790 0.95905 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR661385 3 0.1610 0.86037 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR615407 4 0.4356 -0.27403 0.000 0.000 0.000 0.608 0.032 0.360
#> SRR1413892 3 0.0260 0.87388 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1443459 2 0.4368 0.50102 0.000 0.656 0.000 0.296 0.048 0.000
#> SRR1338942 1 0.0603 0.96339 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR657480 3 0.4453 0.57992 0.000 0.036 0.592 0.000 0.372 0.000
#> SRR1399433 4 0.5557 0.51519 0.000 0.108 0.000 0.656 0.172 0.064
#> SRR818537 3 0.3281 0.79853 0.000 0.012 0.784 0.000 0.200 0.004
#> SRR1101324 6 0.6822 0.26737 0.000 0.116 0.000 0.332 0.112 0.440
#> SRR807637 6 0.3930 0.53841 0.000 0.000 0.000 0.420 0.004 0.576
#> SRR1091918 1 0.0603 0.96258 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR598300 6 0.5341 0.65224 0.000 0.016 0.000 0.400 0.068 0.516
#> SRR1085426 1 0.1297 0.95804 0.948 0.000 0.000 0.000 0.012 0.040
#> SRR1376294 2 0.0993 0.63604 0.000 0.964 0.000 0.024 0.012 0.000
#> SRR813891 1 0.0520 0.96335 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR1467431 2 0.4463 0.41460 0.000 0.588 0.000 0.036 0.376 0.000
#> SRR658742 6 0.4057 0.55579 0.000 0.000 0.000 0.388 0.012 0.600
#> SRR1419234 1 0.1564 0.95470 0.936 0.000 0.000 0.000 0.040 0.024
#> SRR1404813 2 0.3974 0.51893 0.000 0.680 0.000 0.296 0.024 0.000
#> SRR603496 6 0.4619 0.70349 0.000 0.000 0.000 0.348 0.052 0.600
#> SRR1407758 3 0.0000 0.87369 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810945 5 0.5913 0.39184 0.000 0.256 0.000 0.276 0.468 0.000
#> SRR817234 2 0.4509 0.34888 0.000 0.532 0.000 0.032 0.436 0.000
#> SRR1444852 3 0.0000 0.87369 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660378 6 0.4476 0.70933 0.000 0.000 0.000 0.308 0.052 0.640
#> SRR1467835 2 0.1141 0.61377 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR1338964 5 0.4618 0.50689 0.000 0.080 0.120 0.052 0.748 0.000
#> SRR1079259 5 0.5958 0.43861 0.000 0.240 0.000 0.268 0.488 0.004
#> SRR1072345 5 0.5621 0.55916 0.000 0.160 0.056 0.136 0.648 0.000
#> SRR598725 3 0.6060 0.36311 0.000 0.072 0.528 0.052 0.340 0.008
#> SRR1447938 1 0.0909 0.96306 0.968 0.000 0.000 0.000 0.012 0.020
#> SRR1356397 1 0.0972 0.96141 0.964 0.000 0.000 0.000 0.008 0.028
#> SRR1360460 4 0.4456 0.35020 0.000 0.360 0.000 0.608 0.024 0.008
#> SRR1429468 2 0.3039 0.59086 0.000 0.848 0.000 0.060 0.088 0.004
#> SRR1446850 2 0.4396 0.32630 0.000 0.520 0.000 0.024 0.456 0.000
#> SRR1320363 3 0.3290 0.79517 0.000 0.016 0.776 0.000 0.208 0.000
#> SRR1413810 3 0.0000 0.87369 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598831 4 0.4663 0.09561 0.000 0.000 0.000 0.660 0.088 0.252
#> SRR1381865 1 0.0405 0.96241 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR660957 3 0.7226 0.18139 0.000 0.008 0.456 0.236 0.192 0.108
#> SRR1491332 3 0.0405 0.87412 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1099744 2 0.1141 0.61377 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR1464618 2 0.4384 0.13069 0.000 0.520 0.000 0.460 0.016 0.004
#> SRR1414559 6 0.5319 0.42753 0.000 0.020 0.000 0.456 0.056 0.468
#> SRR1337540 6 0.5680 0.41350 0.000 0.032 0.000 0.424 0.072 0.472
#> SRR1444283 1 0.0777 0.96276 0.972 0.000 0.000 0.000 0.004 0.024
#> SRR2184942 5 0.5025 0.56054 0.000 0.152 0.056 0.084 0.708 0.000
#> SRR660295 1 0.4212 0.72345 0.688 0.000 0.000 0.000 0.048 0.264
#> SRR601335 3 0.4108 0.77407 0.000 0.016 0.788 0.084 0.104 0.008
#> SRR1363742 3 0.0146 0.87302 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1345847 2 0.5312 0.25507 0.000 0.524 0.000 0.112 0.364 0.000
#> SRR614960 6 0.4476 0.70933 0.000 0.000 0.000 0.308 0.052 0.640
#> SRR819919 1 0.0972 0.96333 0.964 0.000 0.000 0.000 0.008 0.028
#> SRR603330 5 0.5270 0.17082 0.000 0.248 0.100 0.020 0.632 0.000
#> SRR1327951 1 0.0891 0.96422 0.968 0.000 0.000 0.000 0.008 0.024
#> SRR1401885 1 0.0790 0.95905 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1345266 2 0.1333 0.64090 0.000 0.944 0.000 0.008 0.048 0.000
#> SRR1338055 2 0.4333 0.43259 0.000 0.596 0.000 0.028 0.376 0.000
#> SRR1430157 2 0.1075 0.63695 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1320137 4 0.6072 0.26591 0.000 0.320 0.000 0.476 0.192 0.012
#> SRR1093483 1 0.0858 0.96154 0.968 0.000 0.000 0.000 0.004 0.028
#> SRR1341080 1 0.2679 0.89036 0.864 0.000 0.000 0.000 0.040 0.096
#> SRR1459913 3 0.4237 0.55184 0.000 0.020 0.584 0.000 0.396 0.000
#> SRR2170490 1 0.0972 0.96141 0.964 0.000 0.000 0.000 0.008 0.028
#> SRR1479845 5 0.5407 0.52268 0.000 0.096 0.124 0.084 0.692 0.004
#> SRR1436420 1 0.0891 0.96169 0.968 0.000 0.000 0.000 0.008 0.024
#> SRR1481060 3 0.1152 0.87180 0.000 0.000 0.952 0.000 0.044 0.004
#> SRR662282 6 0.4476 0.70933 0.000 0.000 0.000 0.308 0.052 0.640
#> SRR1487089 4 0.4862 0.49942 0.000 0.228 0.000 0.672 0.088 0.012
#> SRR1075683 1 0.0790 0.95905 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1338536 1 0.0713 0.95914 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1338880 2 0.5036 0.29824 0.000 0.568 0.000 0.088 0.344 0.000
#> SRR1453456 3 0.0000 0.87369 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457895 1 0.0717 0.96147 0.976 0.000 0.000 0.000 0.008 0.016
#> SRR1440603 3 0.4667 0.63813 0.000 0.056 0.632 0.000 0.308 0.004
#> SRR658633 2 0.5202 0.29233 0.000 0.516 0.000 0.080 0.400 0.004
#> SRR1388081 2 0.4897 0.39128 0.000 0.588 0.000 0.344 0.064 0.004
#> SRR813339 3 0.1501 0.86495 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR809725 1 0.0632 0.96032 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR627441 5 0.6958 0.18827 0.000 0.092 0.008 0.344 0.432 0.124
#> SRR613603 6 0.4436 0.70768 0.000 0.000 0.000 0.312 0.048 0.640
#> SRR1096571 3 0.4521 0.72455 0.000 0.040 0.688 0.004 0.256 0.012
#> SRR1392701 1 0.1723 0.95317 0.928 0.000 0.000 0.000 0.036 0.036
#> SRR1344326 1 0.0717 0.96217 0.976 0.000 0.000 0.000 0.008 0.016
#> SRR1367693 2 0.5119 0.43031 0.000 0.624 0.000 0.220 0.156 0.000
#> SRR660697 4 0.6014 0.06725 0.000 0.236 0.000 0.468 0.292 0.004
#> SRR1489926 5 0.4428 0.53154 0.000 0.084 0.088 0.060 0.768 0.000
#> SRR811491 3 0.3790 0.76847 0.000 0.020 0.772 0.024 0.184 0.000
#> SRR1311644 6 0.6634 0.30564 0.000 0.100 0.000 0.356 0.100 0.444
#> SRR1451740 3 0.0937 0.87255 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR615117 6 0.5248 0.63156 0.000 0.000 0.000 0.388 0.100 0.512
#> SRR1391748 4 0.4120 0.46956 0.000 0.188 0.000 0.748 0.052 0.012
#> SRR1466556 3 0.0260 0.87458 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR614972 6 0.4684 0.69462 0.000 0.000 0.000 0.352 0.056 0.592
#> SRR1406200 1 0.0790 0.95905 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR819210 4 0.5586 0.51210 0.000 0.108 0.000 0.652 0.176 0.064
#> SRR662174 1 0.4212 0.72345 0.688 0.000 0.000 0.000 0.048 0.264
#> SRR811988 1 0.0603 0.96165 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR663236 4 0.5348 0.00648 0.000 0.012 0.000 0.592 0.104 0.292
#> SRR1312598 2 0.0692 0.64042 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020 0.000
#> SRR1330129 2 0.4535 0.27984 0.000 0.484 0.000 0.032 0.484 0.000
#> SRR1357781 5 0.4688 -0.09927 0.000 0.400 0.008 0.032 0.560 0.000
#> SRR1315517 2 0.4361 0.50552 0.000 0.648 0.000 0.044 0.308 0.000
#> SRR1400032 3 0.0458 0.87471 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1413722 1 0.0935 0.96066 0.964 0.000 0.000 0.000 0.004 0.032
#> SRR612827 6 0.5350 0.65734 0.000 0.008 0.000 0.360 0.092 0.540
#> SRR814794 1 0.1865 0.94963 0.920 0.000 0.000 0.000 0.040 0.040
#> SRR819430 1 0.0363 0.96166 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1395509 4 0.4788 0.49689 0.000 0.248 0.000 0.668 0.072 0.012
#> SRR808728 3 0.4062 0.68574 0.000 0.024 0.660 0.000 0.316 0.000
#> SRR1070813 2 0.1141 0.63884 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1389133 5 0.5923 0.55273 0.000 0.156 0.056 0.136 0.640 0.012
#> SRR601263 5 0.5173 0.55453 0.000 0.092 0.060 0.152 0.696 0.000
#> SRR604718 4 0.4571 0.37149 0.000 0.016 0.000 0.728 0.104 0.152
#> SRR1481351 3 0.4419 0.58054 0.000 0.032 0.584 0.000 0.384 0.000
#> SRR1334608 3 0.0000 0.87369 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658681 3 0.2100 0.85182 0.000 0.000 0.884 0.000 0.112 0.004
#> SRR809283 4 0.4588 0.33526 0.000 0.020 0.000 0.728 0.092 0.160
#> SRR1459300 1 0.1074 0.96109 0.960 0.000 0.000 0.000 0.012 0.028
#> SRR1392547 3 0.2362 0.84147 0.000 0.000 0.860 0.000 0.136 0.004
#> SRR811049 5 0.5217 0.57303 0.000 0.128 0.052 0.128 0.692 0.000
#> SRR1464835 4 0.4446 0.42496 0.000 0.148 0.000 0.752 0.052 0.048
#> SRR1339619 2 0.3853 0.50929 0.000 0.680 0.000 0.304 0.016 0.000
#> SRR658501 3 0.6885 0.27923 0.000 0.016 0.500 0.224 0.204 0.056
#> SRR1447523 3 0.5898 0.40448 0.000 0.052 0.548 0.060 0.332 0.008
#> SRR1415048 1 0.1196 0.95764 0.952 0.000 0.000 0.000 0.008 0.040
#> SRR1355451 1 0.0891 0.96169 0.968 0.000 0.000 0.000 0.008 0.024
#> SRR1444348 2 0.2579 0.63555 0.000 0.872 0.000 0.040 0.088 0.000
#> SRR603890 5 0.6526 0.15767 0.000 0.284 0.000 0.328 0.368 0.020
#> SRR810595 3 0.0260 0.87464 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1446244 2 0.4367 0.37262 0.000 0.604 0.000 0.364 0.032 0.000
#> SRR817373 2 0.5530 0.20052 0.000 0.480 0.000 0.400 0.116 0.004
#> SRR1457291 2 0.3420 0.55767 0.000 0.748 0.000 0.240 0.012 0.000
#> SRR598220 5 0.6052 0.34654 0.000 0.164 0.000 0.348 0.472 0.016
#> SRR1477991 2 0.0865 0.64251 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR598172 2 0.3896 0.59345 0.000 0.748 0.000 0.056 0.196 0.000
#> SRR1349032 4 0.5613 0.40682 0.000 0.272 0.000 0.588 0.116 0.024
#> SRR604002 5 0.4717 0.09758 0.000 0.320 0.020 0.032 0.628 0.000
#> SRR1378026 3 0.3593 0.77411 0.000 0.024 0.748 0.000 0.228 0.000
#> SRR1404401 2 0.4532 0.30614 0.000 0.500 0.000 0.032 0.468 0.000
#> SRR1333240 5 0.4651 -0.02146 0.000 0.372 0.012 0.028 0.588 0.000
#> SRR1089399 4 0.6469 0.15526 0.000 0.356 0.000 0.420 0.192 0.032
#> SRR603421 4 0.6056 0.19483 0.000 0.032 0.000 0.556 0.228 0.184
#> SRR812562 1 0.0790 0.95905 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR808520 3 0.1858 0.86047 0.000 0.004 0.904 0.000 0.092 0.000
#> SRR811839 1 0.1265 0.95655 0.948 0.000 0.000 0.000 0.008 0.044
#> SRR814317 2 0.0865 0.63970 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1436763 4 0.4310 0.33068 0.000 0.060 0.000 0.772 0.052 0.116
#> SRR1486021 4 0.4720 0.48940 0.000 0.076 0.000 0.744 0.108 0.072
#> SRR1465018 2 0.4322 0.44073 0.000 0.600 0.000 0.028 0.372 0.000
#> SRR1080998 5 0.4917 0.56352 0.000 0.124 0.060 0.092 0.724 0.000
#> SRR1083432 3 0.0632 0.87395 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1082833 1 0.0603 0.96119 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1465804 1 0.0713 0.95914 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1326536 3 0.0000 0.87369 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614011 4 0.4255 0.41984 0.000 0.024 0.000 0.768 0.112 0.096
#> SRR1365873 2 0.4385 0.34328 0.000 0.532 0.000 0.024 0.444 0.000
#> SRR1498789 2 0.1285 0.61623 0.000 0.944 0.000 0.052 0.004 0.000
#> SRR601581 4 0.5798 0.22628 0.000 0.240 0.000 0.528 0.228 0.004
#> SRR603566 6 0.4993 0.68084 0.000 0.000 0.000 0.360 0.080 0.560
#> SRR1373981 1 0.1434 0.95378 0.940 0.000 0.000 0.000 0.012 0.048
#> SRR821410 2 0.5382 0.33320 0.000 0.536 0.000 0.352 0.108 0.004
#> SRR1076511 6 0.3907 0.53367 0.000 0.000 0.000 0.408 0.004 0.588
#> SRR614143 5 0.5033 0.56973 0.000 0.104 0.056 0.128 0.712 0.000
#> SRR1333570 3 0.3454 0.74523 0.000 0.012 0.760 0.000 0.224 0.004
#> SRR1366813 2 0.0713 0.64028 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1388746 1 0.0692 0.96304 0.976 0.000 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR1420558 5 0.5670 0.55303 0.000 0.124 0.048 0.152 0.664 0.012
#> SRR1409510 3 0.0146 0.87436 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR816250 2 0.0622 0.63742 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008 0.000
#> SRR614131 5 0.6085 0.29900 0.000 0.164 0.000 0.372 0.448 0.016
#> SRR1331130 1 0.0790 0.95905 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1316015 3 0.0363 0.87310 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1470798 3 0.0000 0.87369 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614179 3 0.7509 0.11271 0.000 0.016 0.448 0.208 0.160 0.168
#> SRR1474863 2 0.4684 0.40244 0.000 0.576 0.000 0.052 0.372 0.000
#> SRR813560 2 0.2660 0.61194 0.000 0.868 0.000 0.048 0.084 0.000
#> SRR1312187 4 0.5253 0.52944 0.000 0.136 0.000 0.688 0.124 0.052
#> SRR1420960 3 0.0000 0.87369 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355102 3 0.1219 0.86912 0.000 0.004 0.948 0.000 0.048 0.000
#> SRR1084577 3 0.0632 0.87451 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR659971 4 0.4278 0.37627 0.000 0.008 0.000 0.748 0.104 0.140
#> SRR1350855 4 0.4909 0.49376 0.000 0.236 0.000 0.664 0.088 0.012
#> SRR820779 3 0.2579 0.83973 0.000 0.004 0.876 0.032 0.088 0.000
#> SRR1476300 3 0.0000 0.87369 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090907 4 0.5113 0.38626 0.000 0.308 0.000 0.604 0.076 0.012
#> SRR662294 5 0.5499 0.10539 0.000 0.348 0.000 0.140 0.512 0.000
#> SRR1480789 3 0.3309 0.80218 0.000 0.016 0.788 0.000 0.192 0.004
#> SRR1336263 4 0.4562 0.49716 0.000 0.236 0.000 0.692 0.060 0.012
#> SRR660776 1 0.4107 0.73077 0.700 0.000 0.000 0.000 0.044 0.256
#> SRR1090508 5 0.4595 0.05006 0.000 0.352 0.012 0.028 0.608 0.000
#> SRR615563 4 0.4380 0.20867 0.000 0.000 0.000 0.700 0.080 0.220
#> SRR1101175 1 0.0692 0.96190 0.976 0.000 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR2164650 3 0.0405 0.87238 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1431205 2 0.4273 0.42742 0.000 0.596 0.000 0.024 0.380 0.000
#> SRR1339856 2 0.5137 0.30148 0.000 0.552 0.000 0.352 0.096 0.000
#> SRR1352147 2 0.4980 0.38403 0.000 0.608 0.000 0.100 0.292 0.000
#> SRR808968 1 0.1528 0.95441 0.936 0.000 0.000 0.000 0.016 0.048
#> SRR627419 4 0.6469 -0.19814 0.000 0.328 0.000 0.364 0.292 0.016
#> SRR1402391 1 0.1845 0.95265 0.920 0.000 0.000 0.000 0.028 0.052
#> SRR663609 3 0.0146 0.87302 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2167857 5 0.6078 0.14159 0.000 0.216 0.244 0.012 0.524 0.004
#> SRR1398752 1 0.1434 0.95378 0.940 0.000 0.000 0.000 0.012 0.048
#> SRR1469169 1 0.3276 0.87220 0.816 0.000 0.000 0.000 0.052 0.132
#> SRR1405437 2 0.2912 0.58747 0.000 0.852 0.000 0.076 0.072 0.000
#> SRR1416955 1 0.3083 0.85714 0.828 0.000 0.000 0.000 0.040 0.132
#> SRR1317064 2 0.5302 0.32918 0.000 0.584 0.000 0.120 0.292 0.004
#> SRR659001 4 0.3611 0.39449 0.000 0.000 0.000 0.796 0.108 0.096
#> SRR2170696 5 0.6119 0.29941 0.000 0.188 0.000 0.360 0.440 0.012
#> SRR816589 3 0.0000 0.87369 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1087487 3 0.0713 0.87431 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1329485 3 0.0000 0.87369 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816920 4 0.5882 0.13371 0.000 0.156 0.000 0.504 0.328 0.012
#> SRR1341432 1 0.0603 0.96329 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1361590 4 0.4529 0.41178 0.000 0.144 0.000 0.748 0.052 0.056
#> SRR817046 3 0.3509 0.77249 0.000 0.016 0.744 0.000 0.240 0.000
#> SRR1471331 3 0.0000 0.87369 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660788 4 0.6597 0.36443 0.000 0.112 0.000 0.516 0.260 0.112
#> SRR819234 1 0.0692 0.96190 0.976 0.000 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR810853 3 0.1542 0.87156 0.000 0.008 0.936 0.000 0.052 0.004
#> SRR809427 4 0.3243 0.42428 0.000 0.016 0.000 0.844 0.064 0.076
#> SRR2170217 4 0.3543 0.45340 0.000 0.124 0.000 0.812 0.052 0.012
#> SRR1386967 3 0.1075 0.87234 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1420344 2 0.3837 0.58891 0.000 0.752 0.000 0.196 0.052 0.000
#> SRR1334535 1 0.0777 0.96074 0.972 0.000 0.000 0.000 0.024 0.004
#> SRR614503 4 0.4480 0.45463 0.000 0.048 0.000 0.760 0.084 0.108
#> SRR602564 4 0.6735 0.26635 0.000 0.112 0.000 0.480 0.292 0.116
#> SRR1420669 4 0.6381 -0.12336 0.000 0.196 0.000 0.392 0.388 0.024
#> SRR819024 5 0.7693 0.36301 0.000 0.088 0.116 0.196 0.488 0.112
#> SRR656223 3 0.0547 0.87459 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR608428 5 0.6184 0.23973 0.000 0.344 0.000 0.264 0.388 0.004
#> SRR1345647 1 0.0458 0.96133 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1389324 2 0.4569 0.37339 0.000 0.564 0.000 0.040 0.396 0.000
#> SRR1361368 2 0.5111 0.45721 0.000 0.624 0.000 0.224 0.152 0.000
#> SRR1322619 2 0.1007 0.63698 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1349276 4 0.4060 0.46579 0.000 0.188 0.000 0.752 0.048 0.012
#> SRR1404024 1 0.0790 0.95905 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1370637 4 0.6278 0.15220 0.000 0.392 0.000 0.420 0.160 0.028
#> SRR1452631 4 0.4426 0.41035 0.000 0.168 0.000 0.744 0.036 0.052
#> SRR608392 6 0.4961 0.69090 0.000 0.000 0.000 0.348 0.080 0.572
#> SRR1357757 5 0.5871 0.52751 0.000 0.152 0.056 0.176 0.616 0.000
#> SRR1074646 4 0.5617 0.38933 0.000 0.148 0.000 0.600 0.232 0.020
#> SRR1367499 3 0.0000 0.87369 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343501 3 0.1814 0.85815 0.000 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000
#> SRR1394406 5 0.5860 0.52395 0.000 0.164 0.020 0.172 0.624 0.020
#> SRR1381435 3 0.0692 0.87298 0.000 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR1467407 1 0.0291 0.96196 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1092422 5 0.4542 0.08424 0.000 0.332 0.016 0.024 0.628 0.000
#> SRR1380270 3 0.3755 0.75809 0.000 0.020 0.732 0.000 0.244 0.004
#> SRR1091817 2 0.2908 0.58089 0.000 0.848 0.000 0.104 0.048 0.000
#> SRR1440137 2 0.3997 0.57322 0.000 0.760 0.000 0.108 0.132 0.000
#> SRR614311 4 0.4542 0.42965 0.000 0.036 0.000 0.748 0.128 0.088
#> SRR1407516 5 0.6146 0.35979 0.000 0.180 0.004 0.324 0.480 0.012
#> SRR815494 3 0.4638 0.74042 0.000 0.008 0.744 0.072 0.148 0.028
#> SRR1333209 4 0.4314 -0.02688 0.000 0.484 0.000 0.500 0.012 0.004
#> SRR615177 4 0.5787 0.37217 0.000 0.064 0.000 0.632 0.168 0.136
#> SRR1099648 3 0.0692 0.87131 0.000 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR659720 5 0.6274 0.12761 0.000 0.068 0.000 0.404 0.440 0.088
#> SRR2185057 1 0.3276 0.87220 0.816 0.000 0.000 0.000 0.052 0.132
#> SRR1467125 1 0.3276 0.87220 0.816 0.000 0.000 0.000 0.052 0.132
#> SRR657468 6 0.6726 0.27948 0.000 0.104 0.000 0.352 0.108 0.436
#> SRR660042 6 0.3668 0.66360 0.000 0.000 0.000 0.228 0.028 0.744
#> SRR2170864 2 0.4402 0.47778 0.000 0.700 0.000 0.216 0.084 0.000
#> SRR1440491 4 0.3942 0.42744 0.000 0.020 0.000 0.792 0.104 0.084
#> SRR1440852 3 0.0146 0.87440 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR811169 1 0.1010 0.95969 0.960 0.000 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR1331311 2 0.5551 0.08872 0.000 0.456 0.000 0.432 0.104 0.008
#> SRR818009 1 0.1930 0.95240 0.916 0.000 0.000 0.000 0.036 0.048
#> SRR1351836 2 0.4118 0.46924 0.000 0.628 0.000 0.020 0.352 0.000
#> SRR1498313 5 0.4903 -0.03133 0.000 0.424 0.008 0.044 0.524 0.000
#> SRR1441975 2 0.4388 0.41044 0.000 0.572 0.000 0.028 0.400 0.000
#> SRR819096 1 0.0891 0.96151 0.968 0.000 0.000 0.000 0.008 0.024
#> SRR1073679 5 0.6301 0.15038 0.000 0.096 0.000 0.404 0.436 0.064
#> SRR1489116 3 0.2544 0.83605 0.000 0.004 0.852 0.000 0.140 0.004
#> SRR1354138 3 0.0000 0.87369 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490589 3 0.3844 0.78464 0.000 0.008 0.788 0.044 0.152 0.008
#> SRR1412987 4 0.4468 0.35239 0.000 0.076 0.000 0.764 0.060 0.100
#> SRR602034 3 0.0260 0.87410 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1353437 1 0.0260 0.96204 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1072871 5 0.4580 0.54988 0.000 0.100 0.072 0.072 0.756 0.000
#> SRR661577 4 0.5033 -0.36240 0.000 0.000 0.000 0.476 0.072 0.452
#> SRR612190 5 0.6054 0.24669 0.000 0.188 0.000 0.384 0.420 0.008
#> SRR1399880 1 0.0713 0.95914 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1101787 4 0.5348 0.51330 0.000 0.100 0.000 0.680 0.156 0.064
#> SRR657869 6 0.3522 0.39956 0.128 0.000 0.000 0.012 0.048 0.812
#> SRR1446332 1 0.0547 0.96229 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR816039 1 0.0713 0.95914 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1485141 3 0.0632 0.87395 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1476697 1 0.1367 0.95704 0.944 0.000 0.000 0.000 0.012 0.044
#> SRR1379538 4 0.4968 0.47755 0.000 0.264 0.000 0.644 0.080 0.012
#> SRR1331422 1 0.1930 0.95245 0.916 0.000 0.000 0.000 0.036 0.048
#> SRR660859 5 0.5537 0.55643 0.000 0.144 0.052 0.148 0.656 0.000
#> SRR1097594 1 0.0692 0.96190 0.976 0.000 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR1311419 3 0.0146 0.87399 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1336706 3 0.2669 0.82882 0.000 0.008 0.836 0.000 0.156 0.000
#> SRR1472976 4 0.5953 0.31223 0.000 0.216 0.000 0.508 0.268 0.008
#> SRR1321307 1 0.3254 0.87906 0.816 0.000 0.000 0.000 0.048 0.136
#> SRR807493 1 0.1297 0.95804 0.948 0.000 0.000 0.000 0.012 0.040
#> SRR812461 3 0.3465 0.79335 0.000 0.004 0.820 0.060 0.112 0.004
#> SRR1477149 5 0.4659 -0.24141 0.000 0.460 0.004 0.032 0.504 0.000
#> SRR1457397 3 0.5260 0.48746 0.000 0.096 0.552 0.000 0.348 0.004
#> SRR661913 3 0.5674 0.36824 0.000 0.028 0.556 0.080 0.332 0.004
#> SRR1069024 3 0.3596 0.77096 0.000 0.016 0.748 0.000 0.232 0.004
#> SRR2165634 1 0.1297 0.95662 0.948 0.000 0.000 0.000 0.012 0.040
#> SRR1478722 3 0.0790 0.87408 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1328642 5 0.5650 0.11576 0.000 0.344 0.000 0.144 0.508 0.004
#> SRR1488261 5 0.7043 0.34836 0.000 0.084 0.284 0.168 0.456 0.008
#> SRR1318815 4 0.4067 0.24792 0.000 0.032 0.000 0.764 0.032 0.172
#> SRR816945 1 0.2679 0.92092 0.864 0.000 0.000 0.000 0.040 0.096
#> SRR1367432 4 0.4133 0.33695 0.000 0.060 0.000 0.788 0.052 0.100
#> SRR1359280 5 0.4902 -0.21024 0.000 0.460 0.000 0.060 0.480 0.000
#> SRR1313910 2 0.0725 0.63953 0.000 0.976 0.000 0.012 0.012 0.000
#> SRR1457315 5 0.6141 0.34476 0.000 0.184 0.000 0.336 0.464 0.016
#> SRR815398 1 0.1500 0.95312 0.936 0.000 0.000 0.000 0.012 0.052
#> SRR656958 6 0.4882 0.69117 0.000 0.000 0.000 0.352 0.072 0.576
#> SRR600688 4 0.4933 -0.00852 0.000 0.000 0.000 0.624 0.104 0.272
#> SRR1098952 1 0.0547 0.96225 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1314916 3 0.0260 0.87474 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR614167 6 0.4476 0.70933 0.000 0.000 0.000 0.308 0.052 0.640
#> SRR1348114 4 0.5363 0.38008 0.000 0.232 0.000 0.612 0.148 0.008
#> SRR658033 4 0.4402 0.27000 0.000 0.000 0.000 0.712 0.104 0.184
#> SRR1077503 5 0.4861 0.52072 0.000 0.112 0.084 0.072 0.732 0.000
#> SRR661854 6 0.4493 0.67711 0.000 0.000 0.000 0.344 0.044 0.612
#> SRR811379 4 0.4811 0.46101 0.000 0.044 0.000 0.728 0.128 0.100
#> SRR1318857 2 0.0692 0.64264 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020 0.000
#> SRR656445 3 0.0363 0.87448 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1433044 2 0.4534 0.29330 0.000 0.492 0.000 0.032 0.476 0.000
#> SRR1486391 1 0.1124 0.95992 0.956 0.000 0.000 0.000 0.008 0.036
#> SRR656071 5 0.7408 0.24041 0.000 0.052 0.076 0.284 0.460 0.128
#> SRR1364824 1 0.0603 0.96165 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR1379133 1 0.0603 0.96258 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1394169 1 0.0146 0.96322 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR816745 3 0.0777 0.87086 0.000 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR601038 6 0.5865 0.61363 0.000 0.004 0.012 0.368 0.124 0.492
#> SRR1360080 1 0.1225 0.95904 0.952 0.000 0.000 0.000 0.012 0.036
#> SRR814868 5 0.5289 0.46354 0.000 0.088 0.172 0.060 0.680 0.000
#> SRR1485997 1 0.0603 0.96119 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1435560 4 0.5548 0.50964 0.000 0.112 0.000 0.652 0.180 0.056
#> SRR1333330 1 0.0790 0.95905 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR663513 5 0.6247 0.50985 0.000 0.148 0.052 0.196 0.592 0.012
#> SRR1328407 5 0.4512 0.21763 0.000 0.276 0.028 0.016 0.676 0.004
#> SRR602784 3 0.1219 0.86822 0.000 0.000 0.948 0.000 0.048 0.004
#> SRR1348468 4 0.3921 0.43634 0.000 0.164 0.000 0.776 0.036 0.024
#> SRR663717 4 0.4410 0.34767 0.000 0.000 0.000 0.716 0.120 0.164
#> SRR602217 5 0.6125 0.30315 0.000 0.312 0.000 0.256 0.428 0.004
#> SRR603140 5 0.5898 0.37373 0.000 0.160 0.000 0.324 0.504 0.012
#> SRR1340804 1 0.0790 0.95905 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1457574 3 0.0937 0.87250 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1333462 5 0.4702 -0.11589 0.000 0.408 0.008 0.032 0.552 0.000
#> SRR1094601 1 0.0146 0.96212 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1434610 5 0.5664 0.55544 0.000 0.164 0.052 0.144 0.640 0.000
#> SRR1435833 4 0.4278 0.33777 0.000 0.352 0.000 0.624 0.016 0.008
#> SRR1398728 2 0.4107 0.53667 0.000 0.684 0.000 0.280 0.036 0.000
#> SRR1358343 6 0.5678 0.41672 0.000 0.032 0.000 0.420 0.072 0.476
#> SRR1410890 2 0.4018 0.49533 0.000 0.656 0.000 0.324 0.020 0.000
#> SRR1350371 1 0.0858 0.95870 0.968 0.000 0.000 0.000 0.028 0.004
#> SRR1392478 2 0.0363 0.64002 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1099260 3 0.0713 0.87490 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1433576 5 0.5604 0.49210 0.000 0.104 0.008 0.244 0.620 0.024
#> SRR1345541 5 0.6564 0.06752 0.000 0.120 0.000 0.400 0.408 0.072
#> SRR1086328 1 0.2308 0.93364 0.892 0.000 0.000 0.000 0.040 0.068
#> SRR810391 3 0.2968 0.81879 0.000 0.004 0.840 0.028 0.128 0.000
#> SRR1476207 5 0.6099 0.31939 0.000 0.148 0.320 0.028 0.504 0.000
#> SRR627435 5 0.5235 0.56604 0.000 0.144 0.060 0.104 0.692 0.000
#> SRR1489862 1 0.0603 0.96165 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR1419086 1 0.1434 0.95378 0.940 0.000 0.000 0.000 0.012 0.048
#> SRR1436539 1 0.0790 0.95905 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1396191 3 0.2668 0.81835 0.000 0.004 0.828 0.000 0.168 0.000
#> SRR1490115 5 0.5406 0.02191 0.000 0.084 0.384 0.012 0.520 0.000
#> SRR1377714 5 0.5691 0.54905 0.000 0.156 0.056 0.148 0.640 0.000
#> SRR819394 1 0.0547 0.96183 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR663161 6 0.4057 0.55579 0.000 0.000 0.000 0.388 0.012 0.600
#> SRR607042 3 0.2701 0.82343 0.000 0.000 0.864 0.028 0.104 0.004
#> SRR656203 2 0.5003 0.39106 0.000 0.608 0.000 0.104 0.288 0.000
#> SRR660602 3 0.1327 0.86673 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1440397 1 0.0858 0.95870 0.968 0.000 0.000 0.000 0.028 0.004
#> SRR1369264 1 0.0858 0.95993 0.968 0.000 0.000 0.000 0.028 0.004
#> SRR809233 1 0.1594 0.95350 0.932 0.000 0.000 0.000 0.016 0.052
#> SRR663249 4 0.6090 0.18222 0.000 0.384 0.000 0.452 0.140 0.024
#> SRR661242 4 0.3611 0.39449 0.000 0.000 0.000 0.796 0.108 0.096
#> SRR1332007 3 0.2920 0.82297 0.000 0.008 0.820 0.000 0.168 0.004
#> SRR809619 2 0.5454 0.08258 0.000 0.484 0.000 0.124 0.392 0.000
#> SRR819975 1 0.0291 0.96196 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR599281 5 0.5918 0.08172 0.000 0.380 0.000 0.180 0.436 0.004
#> SRR662366 6 0.5505 0.66198 0.000 0.000 0.012 0.340 0.104 0.544
#> SRR1317898 3 0.2092 0.84398 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1382485 2 0.5728 0.01593 0.000 0.452 0.000 0.168 0.380 0.000
#> SRR2166420 1 0.1049 0.95744 0.960 0.000 0.000 0.000 0.032 0.008
#> SRR1419429 1 0.3276 0.87220 0.816 0.000 0.000 0.000 0.052 0.132
#> SRR1092541 3 0.0000 0.87369 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817444 5 0.7169 0.34515 0.000 0.036 0.164 0.232 0.500 0.068
#> SRR1320403 2 0.4389 0.43241 0.000 0.596 0.000 0.032 0.372 0.000
#> SRR1101483 4 0.5455 0.39652 0.000 0.232 0.000 0.608 0.148 0.012
#> SRR1331684 3 0.7293 -0.20435 0.000 0.144 0.380 0.088 0.368 0.020
#> SRR1400054 4 0.4756 -0.41990 0.000 0.000 0.000 0.488 0.048 0.464
#> SRR1406088 2 0.1500 0.64550 0.000 0.936 0.000 0.012 0.052 0.000
#> SRR820733 4 0.6071 0.20121 0.000 0.120 0.000 0.520 0.320 0.040
#> SRR1314113 6 0.5974 0.41024 0.000 0.048 0.000 0.412 0.080 0.460
#> SRR1382615 3 0.0692 0.87131 0.000 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR1480745 1 0.0717 0.96147 0.976 0.000 0.000 0.000 0.008 0.016
#> SRR1468850 2 0.4341 0.38464 0.000 0.564 0.000 0.024 0.412 0.000
#> SRR656782 5 0.4742 0.56366 0.000 0.096 0.056 0.108 0.740 0.000
#> SRR821364 1 0.1549 0.95649 0.936 0.000 0.000 0.000 0.020 0.044
#> SRR1101106 1 0.1074 0.95622 0.960 0.000 0.000 0.000 0.028 0.012
#> SRR659295 5 0.6071 0.32124 0.000 0.232 0.044 0.116 0.596 0.012
#> SRR1357103 3 0.3711 0.75843 0.000 0.020 0.720 0.000 0.260 0.000
#> SRR809185 4 0.5674 0.49121 0.000 0.156 0.000 0.636 0.160 0.048
#> SRR811583 4 0.4596 0.12141 0.000 0.000 0.000 0.672 0.088 0.240
#> SRR1468050 1 0.0603 0.96165 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR1440224 2 0.0508 0.63962 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17314 rows and 500 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.995 0.998 0.3608 0.641 0.641
#> 3 3 0.685 0.941 0.885 0.6881 0.704 0.540
#> 4 4 0.795 0.754 0.884 0.1571 0.979 0.941
#> 5 5 0.813 0.829 0.898 0.0770 0.866 0.617
#> 6 6 0.840 0.824 0.901 0.0417 0.957 0.821
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1500170 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1402368 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR607743 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1457375 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1470923 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR817954 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR809259 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1439785 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR814768 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1102031 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1363611 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1468447 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1071931 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR810981 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR615299 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR663585 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1326773 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1351166 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1477452 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1084720 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1420320 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1081712 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1318241 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1333718 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1313514 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1477861 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1318005 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1354665 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR657707 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1370742 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1412947 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR661553 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1328869 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR662211 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1348181 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1416560 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1319772 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1091452 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1338812 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1392072 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR814844 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1376619 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR603690 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2184980 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR613963 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1323422 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1397673 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1434650 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR659875 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1465734 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1076847 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1415072 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR659319 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR663088 2 0.2423 0.957 0.040 0.960
#> SRR1352021 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR659935 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1352530 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR662594 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1095309 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR615647 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR813019 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1374647 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR603472 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR661529 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR607018 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR627423 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR654921 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1418968 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR660871 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1330522 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1499958 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR614059 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1071403 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1486719 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1440421 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1310412 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR614767 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR820709 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR658093 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1088168 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1418707 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1354291 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2165806 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1415684 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1433860 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1311062 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1360359 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR661385 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR615407 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1413892 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1443459 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1338942 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR657480 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1399433 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR818537 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1101324 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR807637 2 0.7139 0.756 0.196 0.804
#> SRR1091918 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR598300 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1085426 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR813891 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1467431 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR658742 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1419234 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1404813 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR603496 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1407758 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR810945 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR817234 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1444852 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR660378 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1467835 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1338964 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1079259 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1072345 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR598725 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1447938 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1360460 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1429468 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1446850 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1320363 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1413810 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR598831 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1381865 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR660957 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1491332 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1099744 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1464618 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1414559 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1337540 2 0.9815 0.276 0.420 0.580
#> SRR1444283 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2184942 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR660295 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR601335 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1363742 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1345847 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR614960 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR819919 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR603330 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1327951 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1345266 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1338055 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1430157 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1320137 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1093483 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1459913 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2170490 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1479845 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1436420 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1481060 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR662282 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1487089 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1075683 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1338536 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1338880 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1453456 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1457895 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1440603 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR658633 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1388081 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR813339 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR809725 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR627441 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR613603 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1096571 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1392701 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1344326 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1367693 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR660697 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1489926 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR811491 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1311644 2 0.0376 0.994 0.004 0.996
#> SRR1451740 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR615117 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1391748 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1466556 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR614972 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1406200 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR819210 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR662174 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR811988 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR663236 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1312598 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1330129 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1357781 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1315517 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1400032 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1413722 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR612827 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR814794 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR819430 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1395509 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR808728 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1070813 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1389133 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR601263 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR604718 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1481351 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1334608 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR658681 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR809283 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1459300 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1392547 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR811049 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1464835 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1339619 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR658501 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1447523 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1415048 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1444348 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR603890 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR810595 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1446244 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR817373 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1457291 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR598220 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1477991 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR598172 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1349032 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR604002 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1378026 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1404401 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1333240 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1089399 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR603421 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR812562 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR808520 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR811839 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR814317 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1436763 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1486021 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1465018 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1080998 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1083432 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1082833 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1326536 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR614011 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1365873 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1498789 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR601581 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR603566 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1373981 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR821410 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1076511 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR614143 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1333570 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1366813 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1388746 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1420558 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1409510 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR816250 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR614131 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1331130 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1316015 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1470798 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR614179 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1474863 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR813560 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1312187 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1420960 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1355102 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1084577 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR659971 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1350855 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR820779 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1476300 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1090907 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR662294 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1480789 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1336263 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR660776 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1090508 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR615563 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1101175 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR2164650 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1431205 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1339856 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1352147 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR808968 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR627419 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1402391 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR663609 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2167857 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1398752 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1405437 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1416955 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1317064 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR659001 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2170696 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR816589 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1087487 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1329485 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR816920 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1341432 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1361590 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR817046 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1471331 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR660788 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR819234 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR810853 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR809427 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2170217 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1386967 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1420344 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1334535 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR614503 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR602564 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1420669 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR819024 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR656223 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR608428 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1345647 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1389324 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1361368 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1322619 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1349276 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1404024 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1370637 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1452631 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR608392 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1357757 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1074646 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1367499 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1343501 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1394406 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1381435 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1467407 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1092422 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1380270 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1091817 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1440137 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR614311 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1407516 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR815494 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1333209 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR615177 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1099648 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR659720 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2185057 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1467125 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR657468 2 0.2948 0.944 0.052 0.948
#> SRR660042 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2170864 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1440491 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1440852 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR811169 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1331311 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR818009 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1351836 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1498313 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1441975 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR819096 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1073679 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1489116 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1354138 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1490589 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1412987 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR602034 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1353437 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1072871 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR661577 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR612190 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1399880 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1101787 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR657869 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1446332 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR816039 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1485141 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1476697 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1379538 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1331422 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR660859 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1097594 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1311419 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1336706 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1472976 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1321307 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR807493 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR812461 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1477149 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1457397 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR661913 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1069024 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2165634 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1478722 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1328642 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1488261 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1318815 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR816945 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1367432 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1359280 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1313910 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1457315 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR815398 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR656958 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR600688 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1098952 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1314916 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR614167 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1348114 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR658033 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1077503 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR661854 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR811379 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1318857 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR656445 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1433044 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1486391 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR656071 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1364824 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR816745 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR601038 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1360080 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR814868 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1485997 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1435560 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1333330 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR663513 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1328407 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR602784 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1348468 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR663717 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR602217 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR603140 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1340804 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1457574 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1333462 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1094601 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1434610 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1435833 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1398728 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1358343 1 0.8016 0.677 0.756 0.244
#> SRR1410890 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1350371 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1392478 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1099260 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1433576 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1345541 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1086328 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR810391 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1476207 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR627435 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1489862 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1419086 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1396191 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1490115 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1377714 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR819394 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR663161 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR607042 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR656203 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR660602 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1440397 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1369264 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR809233 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR663249 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR661242 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1332007 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR809619 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR819975 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR599281 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR662366 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1317898 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1382485 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR2166420 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1419429 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1092541 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR817444 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1320403 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1101483 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1331684 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1400054 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1406088 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR820733 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1314113 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1382615 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1480745 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1468850 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR656782 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR821364 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR659295 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1357103 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR809185 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR811583 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1468050 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1440224 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1500170 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1402368 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR607743 3 0.3482 0.8028 0.000 0.128 0.872
#> SRR1457375 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1470923 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR817954 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR809259 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439785 3 0.0237 0.9690 0.000 0.004 0.996
#> SRR814768 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102031 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1363611 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1468447 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1071931 2 0.3879 0.9197 0.000 0.848 0.152
#> SRR810981 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR615299 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR663585 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1326773 2 0.4702 0.9583 0.000 0.788 0.212
#> SRR1351166 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1477452 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084720 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420320 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1081712 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1318241 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333718 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1313514 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1477861 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318005 2 0.5706 0.8189 0.000 0.680 0.320
#> SRR1354665 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR657707 3 0.1964 0.9193 0.000 0.056 0.944
#> SRR1370742 3 0.0237 0.9690 0.000 0.004 0.996
#> SRR1412947 2 0.4605 0.9598 0.000 0.796 0.204
#> SRR661553 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1328869 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR662211 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1348181 3 0.0237 0.9690 0.000 0.004 0.996
#> SRR1416560 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1319772 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1091452 2 0.4605 0.9598 0.000 0.796 0.204
#> SRR1338812 1 0.4178 0.9035 0.828 0.172 0.000
#> SRR1392072 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR814844 2 0.2261 0.8373 0.000 0.932 0.068
#> SRR1376619 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR603690 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR2184980 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR613963 2 0.3879 0.9197 0.000 0.848 0.152
#> SRR1323422 1 0.1529 0.9691 0.960 0.040 0.000
#> SRR1397673 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434650 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR659875 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1465734 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1076847 2 0.4702 0.9583 0.000 0.788 0.212
#> SRR1415072 1 0.1643 0.9675 0.956 0.044 0.000
#> SRR659319 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR663088 2 0.0000 0.7607 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352021 1 0.1860 0.9643 0.948 0.052 0.000
#> SRR1325527 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR659935 2 0.4605 0.9598 0.000 0.796 0.204
#> SRR1352530 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR662594 3 0.5216 0.5098 0.000 0.260 0.740
#> SRR1095309 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR615647 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR813019 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1374647 2 0.5291 0.8954 0.000 0.732 0.268
#> SRR603472 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR661529 3 0.6302 -0.3469 0.000 0.480 0.520
#> SRR607018 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR627423 2 0.3879 0.9197 0.000 0.848 0.152
#> SRR654921 2 0.0592 0.7768 0.000 0.988 0.012
#> SRR1418968 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR660871 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330522 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499958 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR614059 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1071403 1 0.0592 0.9783 0.988 0.012 0.000
#> SRR1486719 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1440421 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1310412 3 0.2165 0.9144 0.000 0.064 0.936
#> SRR614767 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR820709 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.1529 0.9692 0.960 0.040 0.000
#> SRR658093 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088168 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418707 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1354291 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR2165806 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415684 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1433860 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1311062 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1360359 1 0.3941 0.9134 0.844 0.156 0.000
#> SRR661385 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR615407 2 0.5254 0.9020 0.000 0.736 0.264
#> SRR1413892 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1443459 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1338942 1 0.1643 0.9675 0.956 0.044 0.000
#> SRR657480 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399433 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR818537 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1101324 2 0.3846 0.7283 0.016 0.876 0.108
#> SRR807637 2 0.4887 0.6733 0.228 0.772 0.000
#> SRR1091918 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR598300 3 0.1031 0.9515 0.000 0.024 0.976
#> SRR1085426 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR813891 1 0.0592 0.9783 0.988 0.012 0.000
#> SRR1467431 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR658742 2 0.5327 0.8880 0.000 0.728 0.272
#> SRR1419234 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404813 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR603496 3 0.0424 0.9645 0.000 0.008 0.992
#> SRR1407758 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR810945 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR817234 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1444852 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR660378 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467835 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1338964 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1079259 2 0.4555 0.9574 0.000 0.800 0.200
#> SRR1072345 3 0.0424 0.9646 0.000 0.008 0.992
#> SRR598725 3 0.0237 0.9689 0.000 0.004 0.996
#> SRR1447938 1 0.1860 0.9643 0.948 0.052 0.000
#> SRR1356397 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360460 2 0.4605 0.9598 0.000 0.796 0.204
#> SRR1429468 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1446850 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1320363 3 0.0237 0.9690 0.000 0.004 0.996
#> SRR1413810 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR598831 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1381865 1 0.0747 0.9770 0.984 0.016 0.000
#> SRR660957 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1491332 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099744 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1464618 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1414559 2 0.2261 0.8361 0.000 0.932 0.068
#> SRR1337540 2 0.0424 0.7587 0.008 0.992 0.000
#> SRR1444283 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR2184942 3 0.3192 0.8580 0.000 0.112 0.888
#> SRR660295 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR601335 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1363742 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1345847 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR614960 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR819919 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR603330 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1327951 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.4002 0.9111 0.840 0.160 0.000
#> SRR1345266 2 0.4605 0.9598 0.000 0.796 0.204
#> SRR1338055 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1430157 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1320137 2 0.3192 0.8811 0.000 0.888 0.112
#> SRR1093483 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.3412 0.9307 0.876 0.124 0.000
#> SRR1459913 3 0.1031 0.9515 0.000 0.024 0.976
#> SRR2170490 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479845 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1436420 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481060 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR662282 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487089 2 0.3879 0.9197 0.000 0.848 0.152
#> SRR1075683 1 0.4002 0.9111 0.840 0.160 0.000
#> SRR1338536 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338880 2 0.4605 0.9598 0.000 0.796 0.204
#> SRR1453456 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457895 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440603 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR658633 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1388081 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR813339 3 0.0237 0.9690 0.000 0.004 0.996
#> SRR809725 1 0.1289 0.9718 0.968 0.032 0.000
#> SRR627441 3 0.5948 0.1686 0.000 0.360 0.640
#> SRR613603 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1096571 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1392701 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1344326 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367693 2 0.4399 0.9492 0.000 0.812 0.188
#> SRR660697 2 0.4605 0.9598 0.000 0.796 0.204
#> SRR1489926 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR811491 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1311644 2 0.5681 0.3839 0.236 0.748 0.016
#> SRR1451740 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR615117 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1391748 2 0.4291 0.9424 0.000 0.820 0.180
#> SRR1466556 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR614972 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406200 1 0.3879 0.9156 0.848 0.152 0.000
#> SRR819210 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR662174 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR811988 1 0.3116 0.9387 0.892 0.108 0.000
#> SRR663236 2 0.5785 0.8021 0.000 0.668 0.332
#> SRR1312598 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1330129 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1357781 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1315517 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1400032 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413722 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR612827 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR814794 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR819430 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1395509 2 0.4605 0.9598 0.000 0.796 0.204
#> SRR808728 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1070813 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1389133 3 0.3686 0.8290 0.000 0.140 0.860
#> SRR601263 3 0.1031 0.9515 0.000 0.024 0.976
#> SRR604718 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1481351 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1334608 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR658681 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR809283 2 0.4555 0.9575 0.000 0.800 0.200
#> SRR1459300 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392547 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR811049 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1464835 2 0.3879 0.9197 0.000 0.848 0.152
#> SRR1339619 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR658501 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447523 3 0.0424 0.9659 0.000 0.008 0.992
#> SRR1415048 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444348 2 0.4605 0.9598 0.000 0.796 0.204
#> SRR603890 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR810595 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1446244 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR817373 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1457291 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR598220 2 0.6126 0.6655 0.000 0.600 0.400
#> SRR1477991 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR598172 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1349032 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR604002 3 0.0237 0.9684 0.000 0.004 0.996
#> SRR1378026 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404401 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1333240 3 0.1643 0.9243 0.000 0.044 0.956
#> SRR1089399 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR603421 2 0.4887 0.9431 0.000 0.772 0.228
#> SRR812562 1 0.3879 0.9156 0.848 0.152 0.000
#> SRR808520 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR811839 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR814317 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1436763 2 0.0000 0.7607 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486021 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1465018 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1080998 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083432 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1082833 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.1289 0.9718 0.968 0.032 0.000
#> SRR1326536 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR614011 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1365873 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1498789 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR601581 2 0.4346 0.9458 0.000 0.816 0.184
#> SRR603566 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1373981 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR821410 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1076511 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR614143 3 0.1860 0.9267 0.000 0.052 0.948
#> SRR1333570 3 0.0237 0.9690 0.000 0.004 0.996
#> SRR1366813 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1388746 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420558 3 0.1964 0.9226 0.000 0.056 0.944
#> SRR1409510 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR816250 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR614131 2 0.4235 0.9396 0.000 0.824 0.176
#> SRR1331130 1 0.3752 0.9201 0.856 0.144 0.000
#> SRR1316015 3 0.0237 0.9690 0.000 0.004 0.996
#> SRR1470798 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR614179 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1474863 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR813560 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1312187 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1420960 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1355102 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1084577 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR659971 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1350855 2 0.2959 0.8704 0.000 0.900 0.100
#> SRR820779 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476300 3 0.0237 0.9690 0.000 0.004 0.996
#> SRR1090907 2 0.4605 0.9598 0.000 0.796 0.204
#> SRR662294 2 0.4702 0.9583 0.000 0.788 0.212
#> SRR1480789 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1336263 2 0.3116 0.8770 0.000 0.892 0.108
#> SRR660776 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090508 3 0.6307 -0.3672 0.000 0.488 0.512
#> SRR615563 2 0.4605 0.9598 0.000 0.796 0.204
#> SRR1101175 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR2164650 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1431205 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1339856 2 0.4605 0.9598 0.000 0.796 0.204
#> SRR1352147 2 0.4452 0.9518 0.000 0.808 0.192
#> SRR808968 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR627419 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1402391 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR663609 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR2167857 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1398752 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405437 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1416955 1 0.4062 0.9086 0.836 0.164 0.000
#> SRR1317064 2 0.4555 0.9575 0.000 0.800 0.200
#> SRR659001 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR2170696 2 0.4178 0.9363 0.000 0.828 0.172
#> SRR816589 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1087487 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1329485 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR816920 2 0.4605 0.9598 0.000 0.796 0.204
#> SRR1341432 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361590 2 0.3686 0.9091 0.000 0.860 0.140
#> SRR817046 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1471331 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR660788 2 0.5650 0.8345 0.000 0.688 0.312
#> SRR819234 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR810853 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR809427 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR2170217 2 0.4062 0.9304 0.000 0.836 0.164
#> SRR1386967 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420344 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1334535 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR614503 2 0.4605 0.9598 0.000 0.796 0.204
#> SRR602564 2 0.5706 0.8220 0.000 0.680 0.320
#> SRR1420669 2 0.3879 0.9199 0.000 0.848 0.152
#> SRR819024 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR656223 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR608428 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1345647 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389324 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1361368 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1322619 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1349276 2 0.4346 0.9459 0.000 0.816 0.184
#> SRR1404024 1 0.3879 0.9156 0.848 0.152 0.000
#> SRR1370637 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1452631 2 0.4121 0.9333 0.000 0.832 0.168
#> SRR608392 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1357757 3 0.4750 0.7394 0.000 0.216 0.784
#> SRR1074646 2 0.4605 0.9598 0.000 0.796 0.204
#> SRR1367499 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343501 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394406 3 0.3686 0.8516 0.000 0.140 0.860
#> SRR1381435 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467407 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092422 3 0.0892 0.9523 0.000 0.020 0.980
#> SRR1380270 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1091817 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1440137 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR614311 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1407516 2 0.2959 0.8690 0.000 0.900 0.100
#> SRR815494 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333209 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR615177 2 0.1163 0.7878 0.000 0.972 0.028
#> SRR1099648 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR659720 3 0.4002 0.7433 0.000 0.160 0.840
#> SRR2185057 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467125 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR657468 2 0.1905 0.7380 0.028 0.956 0.016
#> SRR660042 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170864 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1440491 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1440852 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR811169 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331311 2 0.4605 0.9598 0.000 0.796 0.204
#> SRR818009 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351836 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1498313 2 0.6307 0.0426 0.000 0.512 0.488
#> SRR1441975 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR819096 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073679 2 0.5291 0.8967 0.000 0.732 0.268
#> SRR1489116 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1354138 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490589 3 0.0237 0.9690 0.000 0.004 0.996
#> SRR1412987 2 0.1529 0.8076 0.000 0.960 0.040
#> SRR602034 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1353437 1 0.1529 0.9689 0.960 0.040 0.000
#> SRR1072871 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR661577 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR612190 2 0.3879 0.9201 0.000 0.848 0.152
#> SRR1399880 1 0.3941 0.9134 0.844 0.156 0.000
#> SRR1101787 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR657869 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446332 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR816039 1 0.3340 0.9327 0.880 0.120 0.000
#> SRR1485141 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476697 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379538 2 0.4062 0.9295 0.000 0.836 0.164
#> SRR1331422 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR660859 3 0.2066 0.9153 0.000 0.060 0.940
#> SRR1097594 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311419 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1336706 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472976 2 0.2066 0.8276 0.000 0.940 0.060
#> SRR1321307 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR807493 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR812461 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1477149 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1457397 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR661913 3 0.1860 0.9234 0.000 0.052 0.948
#> SRR1069024 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR2165634 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478722 3 0.0237 0.9690 0.000 0.004 0.996
#> SRR1328642 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1488261 3 0.1964 0.9193 0.000 0.056 0.944
#> SRR1318815 2 0.3879 0.9197 0.000 0.848 0.152
#> SRR816945 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367432 2 0.0747 0.7802 0.000 0.984 0.016
#> SRR1359280 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1313910 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1457315 2 0.4654 0.9585 0.000 0.792 0.208
#> SRR815398 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR656958 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR600688 2 0.6126 0.6717 0.000 0.600 0.400
#> SRR1098952 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314916 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR614167 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348114 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR658033 2 0.4796 0.9510 0.000 0.780 0.220
#> SRR1077503 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR661854 3 0.3879 0.7550 0.000 0.152 0.848
#> SRR811379 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1318857 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR656445 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433044 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1486391 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR656071 3 0.1163 0.9476 0.000 0.028 0.972
#> SRR1364824 1 0.3879 0.9156 0.848 0.152 0.000
#> SRR1379133 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.1529 0.9689 0.960 0.040 0.000
#> SRR816745 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR601038 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1360080 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR814868 3 0.1289 0.9437 0.000 0.032 0.968
#> SRR1485997 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435560 2 0.4605 0.9598 0.000 0.796 0.204
#> SRR1333330 1 0.2165 0.9592 0.936 0.064 0.000
#> SRR663513 3 0.5363 0.7132 0.000 0.276 0.724
#> SRR1328407 3 0.0747 0.9564 0.000 0.016 0.984
#> SRR602784 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348468 2 0.4002 0.9265 0.000 0.840 0.160
#> SRR663717 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR602217 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR603140 3 0.0892 0.9518 0.000 0.020 0.980
#> SRR1340804 1 0.3879 0.9156 0.848 0.152 0.000
#> SRR1457574 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333462 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1094601 1 0.1643 0.9675 0.956 0.044 0.000
#> SRR1434610 3 0.2959 0.8955 0.000 0.100 0.900
#> SRR1435833 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1398728 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1358343 2 0.0237 0.7662 0.000 0.996 0.004
#> SRR1410890 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1350371 1 0.3412 0.9308 0.876 0.124 0.000
#> SRR1392478 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1099260 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433576 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1345541 3 0.4974 0.6534 0.000 0.236 0.764
#> SRR1086328 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR810391 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476207 3 0.1289 0.9431 0.000 0.032 0.968
#> SRR627435 3 0.1964 0.9193 0.000 0.056 0.944
#> SRR1489862 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419086 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.3816 0.9179 0.852 0.148 0.000
#> SRR1396191 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490115 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1377714 3 0.3551 0.8464 0.000 0.132 0.868
#> SRR819394 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR663161 2 0.4974 0.9347 0.000 0.764 0.236
#> SRR607042 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR656203 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR660602 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440397 1 0.0424 0.9794 0.992 0.008 0.000
#> SRR1369264 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR809233 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR663249 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR661242 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1332007 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR809619 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR819975 1 0.1289 0.9718 0.968 0.032 0.000
#> SRR599281 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR662366 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1317898 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1382485 2 0.4605 0.9598 0.000 0.796 0.204
#> SRR2166420 1 0.4504 0.8870 0.804 0.196 0.000
#> SRR1419429 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092541 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR817444 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1320403 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1101483 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1331684 3 0.0892 0.9520 0.000 0.020 0.980
#> SRR1400054 2 0.4702 0.9583 0.000 0.788 0.212
#> SRR1406088 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR820733 2 0.5098 0.9128 0.000 0.752 0.248
#> SRR1314113 2 0.4121 0.9158 0.000 0.832 0.168
#> SRR1382615 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1480745 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468850 2 0.4605 0.9595 0.000 0.796 0.204
#> SRR656782 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR821364 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR659295 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1357103 3 0.0000 0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR809185 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR811583 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1468050 1 0.0000 0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440224 2 0.4654 0.9617 0.000 0.792 0.208
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1500170 2 0.0376 0.77920 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1402368 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR607743 3 0.5186 0.61486 0.000 0.164 0.752 0.084
#> SRR1457375 2 0.1978 0.75826 0.000 0.928 0.004 0.068
#> SRR1470923 1 0.0336 0.92945 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR817954 1 0.0000 0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259 1 0.0000 0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR814768 1 0.0336 0.92965 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1102031 2 0.0524 0.77906 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1363611 2 0.1398 0.77246 0.000 0.956 0.004 0.040
#> SRR1468447 2 0.0895 0.77731 0.000 0.976 0.004 0.020
#> SRR1071931 2 0.3831 0.63134 0.000 0.792 0.004 0.204
#> SRR810981 1 0.0000 0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299 2 0.4800 0.40365 0.000 0.656 0.004 0.340
#> SRR663585 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326773 2 0.4800 0.40365 0.000 0.656 0.004 0.340
#> SRR1351166 2 0.0188 0.77923 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1477452 1 0.0817 0.92734 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1084720 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420320 2 0.3208 0.69938 0.000 0.848 0.004 0.148
#> SRR1081712 2 0.2053 0.75606 0.000 0.924 0.004 0.072
#> SRR1318241 3 0.2760 0.79425 0.000 0.000 0.872 0.128
#> SRR1333718 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313514 2 0.2944 0.71153 0.000 0.868 0.004 0.128
#> SRR1477861 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318005 2 0.4332 0.64163 0.000 0.816 0.072 0.112
#> SRR1354665 2 0.1661 0.76798 0.000 0.944 0.004 0.052
#> SRR657707 3 0.4391 0.63023 0.000 0.008 0.740 0.252
#> SRR1370742 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1412947 2 0.1576 0.76966 0.000 0.948 0.004 0.048
#> SRR661553 2 0.5460 0.35360 0.000 0.632 0.028 0.340
#> SRR1328869 1 0.1474 0.92004 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR662211 2 0.2654 0.72998 0.000 0.888 0.004 0.108
#> SRR1348181 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416560 3 0.0188 0.89504 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1319772 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091452 2 0.3539 0.66821 0.000 0.820 0.004 0.176
#> SRR1338812 1 0.4819 0.71298 0.652 0.004 0.000 0.344
#> SRR1392072 2 0.2334 0.74542 0.000 0.908 0.004 0.088
#> SRR814844 2 0.3801 0.60718 0.000 0.780 0.000 0.220
#> SRR1376619 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR603690 2 0.4283 0.54206 0.000 0.740 0.004 0.256
#> SRR2184980 2 0.0188 0.77923 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR613963 2 0.3751 0.64582 0.000 0.800 0.004 0.196
#> SRR1323422 1 0.3311 0.86651 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR1397673 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434650 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659875 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465734 3 0.3219 0.75335 0.000 0.000 0.836 0.164
#> SRR1076847 2 0.4761 0.41721 0.000 0.664 0.004 0.332
#> SRR1415072 1 0.3528 0.85467 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR659319 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663088 4 0.4967 0.44230 0.000 0.452 0.000 0.548
#> SRR1352021 1 0.3400 0.86199 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1325527 1 0.1022 0.92567 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1105369 1 0.0592 0.92846 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR659935 2 0.3448 0.67764 0.000 0.828 0.004 0.168
#> SRR1352530 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662594 3 0.7046 0.27919 0.000 0.136 0.524 0.340
#> SRR1095309 1 0.0000 0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647 3 0.4624 0.54327 0.000 0.000 0.660 0.340
#> SRR813019 3 0.0336 0.89188 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1374647 2 0.2255 0.73268 0.000 0.920 0.068 0.012
#> SRR603472 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661529 3 0.7745 -0.04391 0.000 0.240 0.420 0.340
#> SRR607018 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR627423 2 0.3942 0.57981 0.000 0.764 0.000 0.236
#> SRR654921 2 0.4382 0.44662 0.000 0.704 0.000 0.296
#> SRR1418968 1 0.0000 0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871 3 0.1557 0.86256 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1330522 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499958 2 0.1743 0.76618 0.000 0.940 0.004 0.056
#> SRR614059 3 0.4454 0.59026 0.000 0.000 0.692 0.308
#> SRR1071403 1 0.2589 0.89561 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1486719 2 0.0895 0.77731 0.000 0.976 0.004 0.020
#> SRR1440421 2 0.2334 0.74542 0.000 0.908 0.004 0.088
#> SRR1310412 3 0.6503 0.00307 0.000 0.072 0.480 0.448
#> SRR614767 2 0.2593 0.73321 0.000 0.892 0.004 0.104
#> SRR820709 1 0.0000 0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.3266 0.86931 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR658093 3 0.2589 0.81230 0.000 0.000 0.884 0.116
#> SRR1088168 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418707 2 0.0188 0.77923 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1354291 2 0.2654 0.72998 0.000 0.888 0.004 0.108
#> SRR2165806 1 0.0000 0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684 2 0.0895 0.77755 0.000 0.976 0.004 0.020
#> SRR1433860 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311062 2 0.1902 0.76058 0.000 0.932 0.004 0.064
#> SRR1360359 1 0.4509 0.77379 0.708 0.004 0.000 0.288
#> SRR661385 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615407 2 0.6966 0.09166 0.000 0.532 0.128 0.340
#> SRR1413892 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443459 2 0.1398 0.77246 0.000 0.956 0.004 0.040
#> SRR1338942 1 0.3569 0.85205 0.804 0.000 0.000 0.196
#> SRR657480 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399433 2 0.2197 0.75115 0.000 0.916 0.004 0.080
#> SRR818537 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101324 4 0.5252 0.62452 0.000 0.336 0.020 0.644
#> SRR807637 1 0.7828 -0.12571 0.396 0.264 0.000 0.340
#> SRR1091918 1 0.0000 0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300 3 0.3024 0.78134 0.000 0.000 0.852 0.148
#> SRR1085426 1 0.0000 0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.0188 0.77923 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR813891 1 0.3266 0.86942 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR1467431 2 0.1109 0.77520 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR658742 2 0.7645 -0.16867 0.000 0.428 0.212 0.360
#> SRR1419234 1 0.0469 0.92914 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1404813 2 0.0188 0.77923 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR603496 3 0.6439 0.39432 0.000 0.084 0.576 0.340
#> SRR1407758 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR810945 2 0.1824 0.77290 0.000 0.936 0.004 0.060
#> SRR817234 2 0.1743 0.76441 0.000 0.940 0.004 0.056
#> SRR1444852 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660378 3 0.5057 0.52442 0.000 0.012 0.648 0.340
#> SRR1467835 2 0.0657 0.77851 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1338964 3 0.2408 0.81764 0.000 0.000 0.896 0.104
#> SRR1079259 2 0.3791 0.63685 0.000 0.796 0.004 0.200
#> SRR1072345 3 0.1978 0.84737 0.000 0.004 0.928 0.068
#> SRR598725 3 0.0188 0.89460 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1447938 1 0.3486 0.85696 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR1356397 1 0.0000 0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460 2 0.3494 0.67298 0.000 0.824 0.004 0.172
#> SRR1429468 2 0.1824 0.76265 0.000 0.936 0.004 0.060
#> SRR1446850 2 0.3208 0.69938 0.000 0.848 0.004 0.148
#> SRR1320363 3 0.1022 0.87759 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1413810 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR598831 2 0.4800 0.40365 0.000 0.656 0.004 0.340
#> SRR1381865 1 0.2408 0.90040 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR660957 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1491332 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099744 2 0.1109 0.77520 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR1464618 2 0.2944 0.71854 0.000 0.868 0.004 0.128
#> SRR1414559 2 0.4222 0.50097 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1337540 2 0.4643 0.15282 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1444283 1 0.0000 0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942 3 0.4304 0.59875 0.000 0.000 0.716 0.284
#> SRR660295 1 0.0000 0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363742 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345847 2 0.3257 0.69529 0.000 0.844 0.004 0.152
#> SRR614960 3 0.0336 0.89377 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR819919 1 0.0921 0.92672 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR603330 3 0.5292 0.62724 0.000 0.064 0.728 0.208
#> SRR1327951 1 0.0000 0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.4741 0.73171 0.668 0.004 0.000 0.328
#> SRR1345266 2 0.3402 0.68215 0.000 0.832 0.004 0.164
#> SRR1338055 2 0.2334 0.74542 0.000 0.908 0.004 0.088
#> SRR1430157 2 0.2053 0.75838 0.000 0.924 0.004 0.072
#> SRR1320137 2 0.1867 0.75727 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1093483 1 0.0469 0.92908 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1341080 1 0.3444 0.85905 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1459913 3 0.2973 0.77738 0.000 0.000 0.856 0.144
#> SRR2170490 1 0.1118 0.92511 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1479845 3 0.2408 0.81775 0.000 0.000 0.896 0.104
#> SRR1436420 1 0.0000 0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662282 3 0.5548 0.49092 0.000 0.032 0.628 0.340
#> SRR1487089 2 0.3791 0.63685 0.000 0.796 0.004 0.200
#> SRR1075683 1 0.4720 0.73622 0.672 0.004 0.000 0.324
#> SRR1338536 1 0.1211 0.92370 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1338880 2 0.3402 0.68215 0.000 0.832 0.004 0.164
#> SRR1453456 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457895 1 0.0000 0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658633 2 0.1305 0.77270 0.000 0.960 0.004 0.036
#> SRR1388081 2 0.1489 0.77109 0.000 0.952 0.004 0.044
#> SRR813339 3 0.0188 0.89586 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR809725 1 0.3024 0.87953 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR627441 3 0.7293 0.20802 0.000 0.164 0.496 0.340
#> SRR613603 3 0.5167 0.51799 0.000 0.016 0.644 0.340
#> SRR1096571 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392701 1 0.1474 0.92092 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1344326 1 0.0000 0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693 2 0.3257 0.69529 0.000 0.844 0.004 0.152
#> SRR660697 2 0.1824 0.76454 0.000 0.936 0.004 0.060
#> SRR1489926 3 0.1792 0.84974 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR811491 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311644 4 0.4781 0.61848 0.004 0.336 0.000 0.660
#> SRR1451740 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615117 3 0.6140 0.43327 0.000 0.064 0.596 0.340
#> SRR1391748 2 0.3583 0.66349 0.000 0.816 0.004 0.180
#> SRR1466556 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614972 3 0.3942 0.68351 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1406200 1 0.4072 0.81043 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR819210 2 0.0524 0.77950 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR662174 1 0.0000 0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988 1 0.3649 0.84631 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR663236 2 0.7814 -0.22813 0.000 0.416 0.304 0.280
#> SRR1312598 2 0.0657 0.77869 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1330129 2 0.1743 0.76441 0.000 0.940 0.004 0.056
#> SRR1357781 2 0.2714 0.72649 0.000 0.884 0.004 0.112
#> SRR1315517 2 0.2530 0.73643 0.000 0.896 0.004 0.100
#> SRR1400032 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413722 1 0.0188 0.92986 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR612827 3 0.0188 0.89592 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR814794 1 0.0000 0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430 1 0.1211 0.92361 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1395509 2 0.2053 0.75838 0.000 0.924 0.004 0.072
#> SRR808728 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070813 2 0.0524 0.77896 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1389133 3 0.5488 0.20365 0.000 0.016 0.532 0.452
#> SRR601263 3 0.3266 0.75146 0.000 0.000 0.832 0.168
#> SRR604718 2 0.2944 0.71374 0.000 0.868 0.004 0.128
#> SRR1481351 3 0.0188 0.89586 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1334608 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658681 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809283 2 0.1389 0.76799 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1459300 1 0.0000 0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811049 3 0.3448 0.74343 0.000 0.004 0.828 0.168
#> SRR1464835 2 0.3710 0.64750 0.000 0.804 0.004 0.192
#> SRR1339619 2 0.0895 0.77764 0.000 0.976 0.004 0.020
#> SRR658501 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447523 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415048 1 0.0000 0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.0921 0.92646 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1444348 2 0.3583 0.66315 0.000 0.816 0.004 0.180
#> SRR603890 2 0.4800 0.40365 0.000 0.656 0.004 0.340
#> SRR810595 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446244 2 0.2654 0.73491 0.000 0.888 0.004 0.108
#> SRR817373 2 0.0657 0.77869 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1457291 2 0.0524 0.77899 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR598220 2 0.3810 0.51346 0.000 0.804 0.188 0.008
#> SRR1477991 2 0.0524 0.77906 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR598172 2 0.2334 0.74542 0.000 0.908 0.004 0.088
#> SRR1349032 2 0.2125 0.75611 0.000 0.920 0.004 0.076
#> SRR604002 3 0.1452 0.87066 0.000 0.008 0.956 0.036
#> SRR1378026 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404401 2 0.3945 0.60103 0.000 0.780 0.004 0.216
#> SRR1333240 3 0.2921 0.71750 0.000 0.140 0.860 0.000
#> SRR1089399 2 0.2831 0.71965 0.000 0.876 0.004 0.120
#> SRR603421 2 0.6698 0.16003 0.000 0.556 0.104 0.340
#> SRR812562 1 0.4428 0.78535 0.720 0.004 0.000 0.276
#> SRR808520 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811839 1 0.0000 0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317 2 0.0657 0.77851 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1436763 2 0.4454 0.40550 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR1486021 2 0.2944 0.71258 0.000 0.868 0.004 0.128
#> SRR1465018 2 0.1109 0.77520 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR1080998 3 0.3142 0.78299 0.000 0.008 0.860 0.132
#> SRR1083432 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082833 1 0.0000 0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.3123 0.87542 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR1326536 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614011 2 0.2197 0.75205 0.000 0.916 0.004 0.080
#> SRR1365873 2 0.1109 0.77614 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR1498789 2 0.0779 0.77804 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR601581 2 0.3569 0.64300 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR603566 3 0.6140 0.43327 0.000 0.064 0.596 0.340
#> SRR1373981 1 0.0000 0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410 2 0.2334 0.74542 0.000 0.908 0.004 0.088
#> SRR1076511 2 0.4509 0.49075 0.000 0.708 0.004 0.288
#> SRR614143 3 0.5993 0.40905 0.000 0.064 0.628 0.308
#> SRR1333570 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366813 2 0.0524 0.77906 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1388746 1 0.0000 0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558 3 0.4434 0.64769 0.000 0.016 0.756 0.228
#> SRR1409510 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816250 2 0.0657 0.77869 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR614131 2 0.5022 0.52992 0.000 0.736 0.044 0.220
#> SRR1331130 1 0.3975 0.81988 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR1316015 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470798 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614179 3 0.3400 0.74797 0.000 0.000 0.820 0.180
#> SRR1474863 2 0.2053 0.75587 0.000 0.924 0.004 0.072
#> SRR813560 2 0.0895 0.77767 0.000 0.976 0.004 0.020
#> SRR1312187 2 0.1398 0.77272 0.000 0.956 0.004 0.040
#> SRR1420960 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355102 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084577 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659971 2 0.4720 0.43169 0.000 0.672 0.004 0.324
#> SRR1350855 2 0.3569 0.64300 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR820779 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476300 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090907 2 0.1004 0.77692 0.000 0.972 0.004 0.024
#> SRR662294 2 0.4632 0.45755 0.000 0.688 0.004 0.308
#> SRR1480789 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336263 2 0.3710 0.64750 0.000 0.804 0.004 0.192
#> SRR660776 1 0.0000 0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508 2 0.7329 -0.20260 0.000 0.516 0.296 0.188
#> SRR615563 2 0.3626 0.68773 0.000 0.812 0.004 0.184
#> SRR1101175 1 0.0188 0.92986 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2164650 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431205 2 0.1209 0.77399 0.000 0.964 0.004 0.032
#> SRR1339856 2 0.3355 0.68670 0.000 0.836 0.004 0.160
#> SRR1352147 2 0.2760 0.71680 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR808968 1 0.0000 0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419 2 0.4761 0.41784 0.000 0.664 0.004 0.332
#> SRR1402391 1 0.0000 0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2167857 3 0.1792 0.85008 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR1398752 1 0.0000 0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.0000 0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437 2 0.0779 0.77804 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR1416955 1 0.4699 0.74053 0.676 0.004 0.000 0.320
#> SRR1317064 2 0.2408 0.73624 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR659001 2 0.0779 0.77858 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR2170696 2 0.3982 0.60712 0.000 0.776 0.004 0.220
#> SRR816589 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087487 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329485 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816920 2 0.3710 0.64750 0.000 0.804 0.004 0.192
#> SRR1341432 1 0.0000 0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590 2 0.3710 0.64750 0.000 0.804 0.004 0.192
#> SRR817046 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471331 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660788 2 0.7278 -0.17976 0.000 0.528 0.284 0.188
#> SRR819234 1 0.0336 0.92945 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR810853 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809427 2 0.1902 0.76093 0.000 0.932 0.004 0.064
#> SRR2170217 2 0.2704 0.72016 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR1386967 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420344 2 0.0779 0.77816 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR1334535 1 0.1302 0.92252 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR614503 2 0.1398 0.77238 0.000 0.956 0.004 0.040
#> SRR602564 4 0.7906 0.19315 0.000 0.344 0.300 0.356
#> SRR1420669 2 0.3870 0.62540 0.000 0.788 0.004 0.208
#> SRR819024 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR656223 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608428 2 0.2593 0.73321 0.000 0.892 0.004 0.104
#> SRR1345647 1 0.1474 0.92040 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1389324 2 0.2654 0.72998 0.000 0.888 0.004 0.108
#> SRR1361368 2 0.0524 0.77906 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1322619 2 0.1305 0.77386 0.000 0.960 0.004 0.036
#> SRR1349276 2 0.3710 0.64750 0.000 0.804 0.004 0.192
#> SRR1404024 1 0.3982 0.83224 0.776 0.004 0.000 0.220
#> SRR1370637 2 0.1576 0.77014 0.000 0.948 0.004 0.048
#> SRR1452631 2 0.3710 0.64750 0.000 0.804 0.004 0.192
#> SRR608392 3 0.4564 0.56145 0.000 0.000 0.672 0.328
#> SRR1357757 3 0.4819 0.45698 0.000 0.004 0.652 0.344
#> SRR1074646 2 0.3710 0.64750 0.000 0.804 0.004 0.192
#> SRR1367499 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343501 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394406 4 0.7632 0.52450 0.000 0.244 0.288 0.468
#> SRR1381435 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467407 1 0.1211 0.92374 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1092422 3 0.1302 0.85704 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR1380270 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091817 2 0.1978 0.75826 0.000 0.928 0.004 0.068
#> SRR1440137 2 0.1576 0.76816 0.000 0.948 0.004 0.048
#> SRR614311 2 0.0657 0.77851 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1407516 2 0.5807 0.10904 0.000 0.612 0.044 0.344
#> SRR815494 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333209 2 0.2888 0.72187 0.000 0.872 0.004 0.124
#> SRR615177 2 0.4123 0.49320 0.000 0.772 0.008 0.220
#> SRR1099648 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659720 3 0.7613 0.01978 0.000 0.212 0.448 0.340
#> SRR2185057 1 0.1211 0.92433 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1467125 1 0.0000 0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468 4 0.4897 0.61912 0.008 0.332 0.000 0.660
#> SRR660042 3 0.4331 0.61767 0.000 0.000 0.712 0.288
#> SRR2170864 2 0.0657 0.77851 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1440491 2 0.0657 0.77851 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1440852 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811169 1 0.0336 0.92945 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1331311 2 0.3355 0.68670 0.000 0.836 0.004 0.160
#> SRR818009 1 0.0000 0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836 2 0.1109 0.77520 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR1498313 2 0.7491 -0.21342 0.000 0.500 0.232 0.268
#> SRR1441975 2 0.0779 0.77804 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR819096 1 0.1637 0.91755 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1073679 2 0.4283 0.24856 0.000 0.740 0.256 0.004
#> SRR1489116 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354138 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490589 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1412987 2 0.3801 0.60732 0.000 0.780 0.000 0.220
#> SRR602034 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353437 1 0.3486 0.85709 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR1072871 3 0.0188 0.89585 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR661577 2 0.4800 0.40365 0.000 0.656 0.004 0.340
#> SRR612190 2 0.4053 0.59555 0.000 0.768 0.004 0.228
#> SRR1399880 1 0.4456 0.78156 0.716 0.004 0.000 0.280
#> SRR1101787 2 0.3052 0.71525 0.000 0.860 0.004 0.136
#> SRR657869 1 0.0000 0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332 1 0.0000 0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039 1 0.4072 0.81058 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1485141 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476697 1 0.0000 0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538 2 0.3710 0.64750 0.000 0.804 0.004 0.192
#> SRR1331422 1 0.0000 0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859 3 0.6393 0.00983 0.000 0.064 0.480 0.456
#> SRR1097594 1 0.0000 0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336706 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472976 2 0.3569 0.63890 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR1321307 1 0.0000 0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493 1 0.0000 0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477149 2 0.1902 0.76058 0.000 0.932 0.004 0.064
#> SRR1457397 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661913 3 0.1716 0.85383 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1069024 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2165634 1 0.0000 0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722 3 0.0188 0.89591 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1328642 2 0.2773 0.72298 0.000 0.880 0.004 0.116
#> SRR1488261 3 0.3172 0.76241 0.000 0.000 0.840 0.160
#> SRR1318815 2 0.3649 0.63183 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR816945 1 0.0000 0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432 2 0.2011 0.75245 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1359280 2 0.2888 0.71565 0.000 0.872 0.004 0.124
#> SRR1313910 2 0.2466 0.74312 0.000 0.900 0.004 0.096
#> SRR1457315 2 0.3831 0.63125 0.000 0.792 0.004 0.204
#> SRR815398 1 0.0000 0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958 3 0.0707 0.88696 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR600688 3 0.7878 -0.17875 0.000 0.284 0.376 0.340
#> SRR1098952 1 0.0000 0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614167 3 0.0707 0.88692 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1348114 2 0.2125 0.75655 0.000 0.920 0.004 0.076
#> SRR658033 2 0.5271 0.37120 0.000 0.640 0.020 0.340
#> SRR1077503 3 0.2973 0.77694 0.000 0.000 0.856 0.144
#> SRR661854 3 0.6494 0.38544 0.000 0.088 0.572 0.340
#> SRR811379 2 0.1305 0.77469 0.000 0.960 0.004 0.036
#> SRR1318857 2 0.1109 0.77607 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR656445 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433044 2 0.2530 0.73643 0.000 0.896 0.004 0.100
#> SRR1486391 1 0.0000 0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071 3 0.2814 0.79309 0.000 0.000 0.868 0.132
#> SRR1364824 1 0.4134 0.80335 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR1379133 1 0.0000 0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.3400 0.86284 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR816745 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR601038 3 0.4624 0.54327 0.000 0.000 0.660 0.340
#> SRR1360080 1 0.0000 0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868 3 0.3219 0.75363 0.000 0.000 0.836 0.164
#> SRR1485997 1 0.2216 0.90581 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1435560 2 0.3710 0.64750 0.000 0.804 0.004 0.192
#> SRR1333330 1 0.3444 0.85975 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR663513 4 0.6194 0.45111 0.000 0.096 0.260 0.644
#> SRR1328407 3 0.2011 0.81245 0.000 0.080 0.920 0.000
#> SRR602784 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348468 2 0.3710 0.64750 0.000 0.804 0.004 0.192
#> SRR663717 2 0.0657 0.78001 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR602217 2 0.2888 0.71740 0.000 0.872 0.004 0.124
#> SRR603140 3 0.3881 0.72593 0.000 0.016 0.812 0.172
#> SRR1340804 1 0.4483 0.77771 0.712 0.004 0.000 0.284
#> SRR1457574 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333462 2 0.2334 0.74542 0.000 0.908 0.004 0.088
#> SRR1094601 1 0.3486 0.85719 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR1434610 3 0.7273 -0.16626 0.000 0.148 0.452 0.400
#> SRR1435833 2 0.1576 0.76985 0.000 0.948 0.004 0.048
#> SRR1398728 2 0.0376 0.77923 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1358343 4 0.4985 0.38495 0.000 0.468 0.000 0.532
#> SRR1410890 2 0.0895 0.77736 0.000 0.976 0.004 0.020
#> SRR1350371 1 0.4103 0.80781 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR1392478 2 0.0779 0.77816 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR1099260 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433576 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345541 3 0.7425 -0.07673 0.000 0.212 0.508 0.280
#> SRR1086328 1 0.0000 0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476207 3 0.0188 0.89460 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR627435 3 0.3764 0.70546 0.000 0.000 0.784 0.216
#> SRR1489862 1 0.0000 0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086 1 0.0000 0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.3873 0.82910 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1396191 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490115 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377714 3 0.1305 0.87239 0.000 0.004 0.960 0.036
#> SRR819394 1 0.2408 0.90106 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR663161 2 0.6074 0.27779 0.000 0.600 0.060 0.340
#> SRR607042 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR656203 2 0.2654 0.73512 0.000 0.888 0.004 0.108
#> SRR660602 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440397 1 0.1389 0.92125 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1369264 1 0.1637 0.91788 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR809233 1 0.0000 0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249 2 0.0376 0.77915 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR661242 2 0.2654 0.73032 0.000 0.888 0.004 0.108
#> SRR1332007 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809619 2 0.2593 0.73820 0.000 0.892 0.004 0.104
#> SRR819975 1 0.3123 0.87600 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR599281 2 0.2654 0.72998 0.000 0.888 0.004 0.108
#> SRR662366 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317898 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382485 2 0.3710 0.64750 0.000 0.804 0.004 0.192
#> SRR2166420 1 0.4916 0.61301 0.576 0.000 0.000 0.424
#> SRR1419429 1 0.0000 0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR817444 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320403 2 0.0779 0.77804 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR1101483 2 0.1209 0.77509 0.000 0.964 0.004 0.032
#> SRR1331684 3 0.0592 0.88501 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1400054 2 0.4800 0.40365 0.000 0.656 0.004 0.340
#> SRR1406088 2 0.1576 0.76994 0.000 0.948 0.004 0.048
#> SRR820733 2 0.6852 0.05985 0.000 0.600 0.192 0.208
#> SRR1314113 2 0.4999 -0.33405 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR1382615 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480745 1 0.0000 0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850 2 0.0469 0.77841 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR656782 3 0.3074 0.76775 0.000 0.000 0.848 0.152
#> SRR821364 1 0.0000 0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.0000 0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295 3 0.6382 0.40243 0.000 0.080 0.580 0.340
#> SRR1357103 3 0.0000 0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809185 2 0.1576 0.76994 0.000 0.948 0.004 0.048
#> SRR811583 2 0.4483 0.49665 0.000 0.712 0.004 0.284
#> SRR1468050 1 0.0188 0.92986 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1440224 2 0.1661 0.76798 0.000 0.944 0.004 0.052
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1500170 2 0.0162 0.9069 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1402368 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607743 3 0.3067 0.7527 0.000 0.140 0.844 0.012 0.004
#> SRR1457375 2 0.0000 0.9072 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470923 1 0.0290 0.9503 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR817954 1 0.0963 0.9491 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR809259 1 0.0290 0.9503 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1439785 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814768 1 0.0290 0.9503 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1102031 2 0.0404 0.9039 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1363611 2 0.0510 0.9027 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1468447 2 0.0162 0.9069 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1071931 4 0.3837 0.6746 0.000 0.308 0.000 0.692 0.000
#> SRR810981 1 0.0963 0.9491 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR615299 5 0.3074 0.6725 0.000 0.196 0.000 0.000 0.804
#> SRR663585 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326773 2 0.3876 0.4902 0.000 0.684 0.000 0.000 0.316
#> SRR1351166 2 0.0162 0.9069 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1477452 1 0.0290 0.9503 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1084720 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420320 2 0.1608 0.8567 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR1081712 2 0.0000 0.9072 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318241 3 0.1270 0.9164 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1333718 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313514 2 0.0162 0.9060 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1477861 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318005 2 0.0451 0.9009 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR1354665 2 0.0290 0.9061 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR657707 4 0.3123 0.5683 0.000 0.000 0.184 0.812 0.004
#> SRR1370742 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1412947 2 0.0404 0.9048 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR661553 5 0.5195 0.6106 0.000 0.156 0.008 0.128 0.708
#> SRR1328869 1 0.0703 0.9475 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR662211 2 0.0162 0.9060 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1348181 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416560 3 0.0290 0.9647 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1319772 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091452 2 0.4227 0.0513 0.000 0.580 0.000 0.420 0.000
#> SRR1338812 1 0.4501 0.7927 0.756 0.000 0.000 0.128 0.116
#> SRR1392072 2 0.0000 0.9072 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814844 4 0.3684 0.6879 0.000 0.280 0.000 0.720 0.000
#> SRR1376619 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603690 2 0.2787 0.7721 0.000 0.856 0.004 0.004 0.136
#> SRR2184980 2 0.0000 0.9072 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613963 4 0.4372 0.5825 0.000 0.072 0.000 0.756 0.172
#> SRR1323422 1 0.1357 0.9380 0.948 0.000 0.000 0.004 0.048
#> SRR1397673 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434650 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659875 3 0.0510 0.9583 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1465734 4 0.4218 0.4631 0.000 0.000 0.332 0.660 0.008
#> SRR1076847 2 0.4249 0.1669 0.000 0.568 0.000 0.000 0.432
#> SRR1415072 1 0.1774 0.9304 0.932 0.000 0.000 0.016 0.052
#> SRR659319 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663088 4 0.5617 0.5897 0.024 0.192 0.000 0.680 0.104
#> SRR1352021 1 0.1809 0.9283 0.928 0.000 0.000 0.012 0.060
#> SRR1325527 1 0.0290 0.9503 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1105369 1 0.0290 0.9512 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR659935 4 0.4235 0.4865 0.000 0.424 0.000 0.576 0.000
#> SRR1352530 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662594 5 0.2763 0.7869 0.000 0.004 0.148 0.000 0.848
#> SRR1095309 1 0.1124 0.9485 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR615647 5 0.2891 0.7837 0.000 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR813019 3 0.0833 0.9491 0.000 0.016 0.976 0.004 0.004
#> SRR1374647 2 0.1638 0.8406 0.000 0.932 0.064 0.004 0.000
#> SRR603472 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661529 5 0.3548 0.7782 0.000 0.044 0.112 0.008 0.836
#> SRR607018 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR627423 4 0.2773 0.6761 0.000 0.164 0.000 0.836 0.000
#> SRR654921 4 0.1704 0.6348 0.000 0.068 0.000 0.928 0.004
#> SRR1418968 1 0.0963 0.9491 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR660871 5 0.4015 0.6135 0.000 0.000 0.348 0.000 0.652
#> SRR1330522 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499958 2 0.0290 0.9061 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR614059 5 0.3399 0.7823 0.000 0.000 0.168 0.020 0.812
#> SRR1071403 1 0.1124 0.9432 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR1486719 2 0.0000 0.9072 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440421 2 0.0162 0.9060 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1310412 4 0.2583 0.5862 0.000 0.000 0.132 0.864 0.004
#> SRR614767 2 0.0162 0.9060 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR820709 1 0.0963 0.9491 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1471500 1 0.1168 0.9431 0.960 0.000 0.000 0.008 0.032
#> SRR658093 5 0.3999 0.6193 0.000 0.000 0.344 0.000 0.656
#> SRR1088168 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418707 2 0.0162 0.9069 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1354291 2 0.0162 0.9060 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2165806 1 0.0963 0.9491 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1415684 2 0.3942 0.5369 0.000 0.728 0.000 0.260 0.012
#> SRR1433860 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311062 2 0.0000 0.9072 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360359 1 0.4317 0.8083 0.772 0.000 0.000 0.112 0.116
#> SRR661385 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615407 5 0.3359 0.7451 0.000 0.108 0.052 0.000 0.840
#> SRR1413892 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443459 2 0.0162 0.9069 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1338942 1 0.1774 0.9304 0.932 0.000 0.000 0.016 0.052
#> SRR657480 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399433 2 0.1774 0.8661 0.000 0.932 0.000 0.016 0.052
#> SRR818537 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101324 4 0.0451 0.5869 0.000 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR807637 5 0.6387 0.4289 0.248 0.236 0.000 0.000 0.516
#> SRR1091918 1 0.0963 0.9491 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR598300 4 0.5256 0.4449 0.000 0.000 0.116 0.672 0.212
#> SRR1085426 1 0.0880 0.9498 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1376294 2 0.0162 0.9069 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR813891 1 0.1408 0.9382 0.948 0.000 0.000 0.008 0.044
#> SRR1467431 2 0.0451 0.9053 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR658742 5 0.5826 0.3494 0.000 0.020 0.060 0.356 0.564
#> SRR1419234 1 0.0290 0.9503 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1404813 2 0.0162 0.9069 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR603496 5 0.2930 0.7887 0.000 0.004 0.164 0.000 0.832
#> SRR1407758 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810945 4 0.5818 0.6083 0.000 0.196 0.004 0.628 0.172
#> SRR817234 2 0.0566 0.9036 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1444852 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660378 5 0.2930 0.7887 0.000 0.004 0.164 0.000 0.832
#> SRR1467835 2 0.0000 0.9072 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338964 3 0.0880 0.9422 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1079259 4 0.3906 0.6852 0.000 0.292 0.000 0.704 0.004
#> SRR1072345 3 0.0771 0.9504 0.000 0.004 0.976 0.020 0.000
#> SRR598725 3 0.0290 0.9657 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1447938 1 0.1251 0.9414 0.956 0.000 0.000 0.008 0.036
#> SRR1356397 1 0.0880 0.9499 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1360460 4 0.4262 0.4615 0.000 0.440 0.000 0.560 0.000
#> SRR1429468 2 0.0000 0.9072 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446850 2 0.3074 0.6900 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR1320363 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413810 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598831 5 0.2891 0.6877 0.000 0.176 0.000 0.000 0.824
#> SRR1381865 1 0.0703 0.9475 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR660957 3 0.0162 0.9698 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1491332 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099744 2 0.0000 0.9072 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464618 2 0.1671 0.8486 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1414559 4 0.3210 0.6858 0.000 0.212 0.000 0.788 0.000
#> SRR1337540 2 0.5474 0.5960 0.040 0.716 0.000 0.128 0.116
#> SRR1444283 1 0.1124 0.9485 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR2184942 4 0.3424 0.5344 0.000 0.000 0.240 0.760 0.000
#> SRR660295 1 0.1121 0.9467 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR601335 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1363742 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345847 2 0.3612 0.5436 0.000 0.732 0.000 0.268 0.000
#> SRR614960 5 0.6365 0.5039 0.000 0.000 0.252 0.228 0.520
#> SRR819919 1 0.0404 0.9514 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR603330 3 0.1740 0.9018 0.000 0.012 0.932 0.000 0.056
#> SRR1327951 1 0.1124 0.9485 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR1401885 1 0.4411 0.8006 0.764 0.000 0.000 0.120 0.116
#> SRR1345266 2 0.2648 0.7607 0.000 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR1338055 2 0.0162 0.9060 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1430157 2 0.1270 0.8720 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1320137 2 0.0510 0.9027 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1093483 1 0.0162 0.9513 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1341080 1 0.3375 0.8707 0.840 0.000 0.000 0.056 0.104
#> SRR1459913 4 0.4256 0.3307 0.000 0.000 0.436 0.564 0.000
#> SRR2170490 1 0.0404 0.9509 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1479845 3 0.4045 0.3364 0.000 0.000 0.644 0.356 0.000
#> SRR1436420 1 0.1124 0.9485 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR1481060 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662282 5 0.2930 0.7887 0.000 0.004 0.164 0.000 0.832
#> SRR1487089 4 0.3796 0.6811 0.000 0.300 0.000 0.700 0.000
#> SRR1075683 1 0.4365 0.8043 0.768 0.000 0.000 0.116 0.116
#> SRR1338536 1 0.0703 0.9475 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1338880 2 0.2471 0.7842 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR1453456 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457895 1 0.1124 0.9485 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR1440603 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658633 2 0.0162 0.9069 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1388081 2 0.0162 0.9069 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR813339 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809725 1 0.0771 0.9480 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR627441 5 0.2806 0.7879 0.000 0.004 0.152 0.000 0.844
#> SRR613603 5 0.3128 0.7880 0.000 0.004 0.168 0.004 0.824
#> SRR1096571 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392701 1 0.0162 0.9513 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1344326 1 0.1041 0.9496 0.964 0.000 0.000 0.004 0.032
#> SRR1367693 2 0.0963 0.8902 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR660697 2 0.0963 0.8901 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1489926 3 0.0703 0.9506 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR811491 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311644 4 0.0290 0.5865 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1451740 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615117 5 0.2970 0.7878 0.000 0.004 0.168 0.000 0.828
#> SRR1391748 2 0.4219 0.0665 0.000 0.584 0.000 0.416 0.000
#> SRR1466556 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614972 5 0.3074 0.7713 0.000 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR1406200 1 0.4317 0.8083 0.772 0.000 0.000 0.112 0.116
#> SRR819210 2 0.2396 0.8375 0.000 0.904 0.004 0.024 0.068
#> SRR662174 1 0.0963 0.9491 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR811988 1 0.2409 0.9117 0.900 0.000 0.000 0.032 0.068
#> SRR663236 5 0.7211 0.3074 0.000 0.060 0.136 0.332 0.472
#> SRR1312598 2 0.0162 0.9069 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1330129 2 0.0000 0.9072 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357781 2 0.0162 0.9060 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1315517 2 0.0162 0.9060 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1400032 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413722 1 0.0162 0.9508 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR612827 3 0.4982 0.4956 0.000 0.000 0.692 0.088 0.220
#> SRR814794 1 0.0963 0.9491 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR819430 1 0.0771 0.9486 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR1395509 2 0.0609 0.9009 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR808728 3 0.0162 0.9696 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1070813 2 0.0290 0.9059 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1389133 4 0.1831 0.5891 0.000 0.000 0.076 0.920 0.004
#> SRR601263 4 0.4161 0.4978 0.000 0.000 0.280 0.704 0.016
#> SRR604718 5 0.5819 0.4602 0.000 0.188 0.000 0.200 0.612
#> SRR1481351 3 0.0162 0.9694 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1334608 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658681 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809283 2 0.0566 0.9036 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1459300 1 0.0162 0.9513 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1392547 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811049 4 0.4030 0.4445 0.000 0.000 0.352 0.648 0.000
#> SRR1464835 4 0.4060 0.6144 0.000 0.360 0.000 0.640 0.000
#> SRR1339619 2 0.0162 0.9069 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR658501 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447523 3 0.0162 0.9699 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1415048 1 0.0963 0.9491 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1355451 1 0.0609 0.9485 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1444348 2 0.4294 -0.1610 0.000 0.532 0.000 0.468 0.000
#> SRR603890 5 0.4161 0.3979 0.000 0.392 0.000 0.000 0.608
#> SRR810595 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446244 2 0.0794 0.8930 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR817373 2 0.0000 0.9072 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457291 2 0.0000 0.9072 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598220 2 0.4146 0.4841 0.000 0.716 0.268 0.012 0.004
#> SRR1477991 2 0.0162 0.9069 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR598172 2 0.0162 0.9060 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1349032 2 0.4171 0.1216 0.000 0.604 0.000 0.396 0.000
#> SRR604002 3 0.3559 0.7126 0.000 0.008 0.804 0.012 0.176
#> SRR1378026 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404401 2 0.0290 0.9038 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1333240 3 0.2424 0.7758 0.000 0.132 0.868 0.000 0.000
#> SRR1089399 2 0.0162 0.9060 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR603421 5 0.4166 0.7306 0.000 0.148 0.056 0.008 0.788
#> SRR812562 1 0.4171 0.8197 0.784 0.000 0.000 0.104 0.112
#> SRR808520 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811839 1 0.0963 0.9491 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR814317 2 0.0162 0.9069 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1436763 4 0.4522 0.6599 0.000 0.248 0.000 0.708 0.044
#> SRR1486021 2 0.1671 0.8474 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1465018 2 0.0162 0.9069 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1080998 4 0.4470 0.4252 0.000 0.012 0.372 0.616 0.000
#> SRR1083432 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082833 1 0.0955 0.9503 0.968 0.000 0.000 0.004 0.028
#> SRR1465804 1 0.1830 0.9265 0.924 0.000 0.000 0.008 0.068
#> SRR1326536 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614011 2 0.2280 0.7984 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR1365873 2 0.0404 0.9039 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1498789 2 0.0000 0.9072 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601581 4 0.4138 0.6878 0.000 0.276 0.000 0.708 0.016
#> SRR603566 5 0.2890 0.7888 0.000 0.004 0.160 0.000 0.836
#> SRR1373981 1 0.0963 0.9491 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR821410 2 0.0162 0.9060 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1076511 2 0.3983 0.4434 0.000 0.660 0.000 0.000 0.340
#> SRR614143 4 0.3806 0.5623 0.000 0.000 0.104 0.812 0.084
#> SRR1333570 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366813 2 0.0162 0.9069 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1388746 1 0.1124 0.9485 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR1420558 4 0.3816 0.4913 0.000 0.000 0.304 0.696 0.000
#> SRR1409510 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816250 2 0.0162 0.9069 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR614131 4 0.5034 0.6573 0.000 0.168 0.008 0.720 0.104
#> SRR1331130 1 0.3691 0.8543 0.820 0.000 0.000 0.076 0.104
#> SRR1316015 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470798 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614179 3 0.2773 0.7581 0.000 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR1474863 2 0.0000 0.9072 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813560 2 0.0162 0.9069 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1312187 2 0.2377 0.7885 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1420960 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355102 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084577 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659971 5 0.3003 0.6795 0.000 0.188 0.000 0.000 0.812
#> SRR1350855 4 0.3876 0.6666 0.000 0.316 0.000 0.684 0.000
#> SRR820779 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476300 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090907 2 0.0404 0.9048 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR662294 2 0.1704 0.8541 0.000 0.928 0.000 0.004 0.068
#> SRR1480789 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336263 4 0.4030 0.6261 0.000 0.352 0.000 0.648 0.000
#> SRR660776 1 0.0963 0.9491 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1090508 4 0.5514 0.6365 0.000 0.176 0.172 0.652 0.000
#> SRR615563 4 0.5263 0.5397 0.000 0.100 0.000 0.660 0.240
#> SRR1101175 1 0.0162 0.9513 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2164650 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431205 2 0.0290 0.9057 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1339856 2 0.2648 0.7608 0.000 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR1352147 2 0.0609 0.9006 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR808968 1 0.0963 0.9491 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR627419 5 0.3300 0.6632 0.000 0.204 0.000 0.004 0.792
#> SRR1402391 1 0.1124 0.9485 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR663609 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2167857 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398752 1 0.0963 0.9491 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1469169 1 0.1124 0.9485 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR1405437 2 0.0000 0.9072 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416955 1 0.4457 0.7967 0.760 0.000 0.000 0.124 0.116
#> SRR1317064 2 0.0510 0.9027 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR659001 4 0.4449 0.3540 0.000 0.484 0.000 0.512 0.004
#> SRR2170696 4 0.3305 0.6905 0.000 0.224 0.000 0.776 0.000
#> SRR816589 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087487 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329485 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816920 4 0.4045 0.6206 0.000 0.356 0.000 0.644 0.000
#> SRR1341432 1 0.0963 0.9491 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1361590 4 0.3999 0.6374 0.000 0.344 0.000 0.656 0.000
#> SRR817046 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471331 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660788 4 0.5503 0.6193 0.000 0.128 0.192 0.672 0.008
#> SRR819234 1 0.0290 0.9503 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR810853 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809427 2 0.0000 0.9072 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2170217 2 0.0510 0.9027 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1386967 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420344 2 0.0162 0.9069 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1334535 1 0.1124 0.9442 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR614503 2 0.4269 0.6984 0.000 0.776 0.000 0.108 0.116
#> SRR602564 4 0.6381 0.2507 0.000 0.032 0.092 0.544 0.332
#> SRR1420669 4 0.3966 0.6471 0.000 0.336 0.000 0.664 0.000
#> SRR819024 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656223 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR608428 2 0.0162 0.9060 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1345647 1 0.1205 0.9427 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR1389324 2 0.0162 0.9060 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1361368 2 0.0162 0.9069 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1322619 2 0.0404 0.9049 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1349276 4 0.4138 0.5722 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR1404024 1 0.4169 0.8223 0.784 0.000 0.000 0.100 0.116
#> SRR1370637 2 0.2286 0.8115 0.000 0.888 0.000 0.004 0.108
#> SRR1452631 4 0.4015 0.6359 0.000 0.348 0.000 0.652 0.000
#> SRR608392 5 0.3305 0.7499 0.000 0.000 0.224 0.000 0.776
#> SRR1357757 3 0.5356 0.6201 0.028 0.004 0.728 0.124 0.116
#> SRR1074646 4 0.3999 0.6374 0.000 0.344 0.000 0.656 0.000
#> SRR1367499 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343501 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394406 4 0.2390 0.6112 0.000 0.020 0.084 0.896 0.000
#> SRR1381435 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467407 1 0.0290 0.9503 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1092422 3 0.1670 0.8946 0.000 0.052 0.936 0.012 0.000
#> SRR1380270 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091817 2 0.0000 0.9072 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440137 2 0.0162 0.9069 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR614311 2 0.0000 0.9072 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407516 4 0.5636 0.4404 0.000 0.372 0.012 0.560 0.056
#> SRR815494 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333209 2 0.2813 0.7300 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000
#> SRR615177 2 0.4914 0.5935 0.000 0.704 0.000 0.204 0.092
#> SRR1099648 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659720 5 0.5557 0.7009 0.000 0.048 0.104 0.136 0.712
#> SRR2185057 1 0.0290 0.9503 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1467125 1 0.0451 0.9505 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR657468 4 0.0898 0.5865 0.000 0.008 0.000 0.972 0.020
#> SRR660042 5 0.3527 0.7797 0.000 0.000 0.172 0.024 0.804
#> SRR2170864 2 0.0000 0.9072 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440491 2 0.0000 0.9072 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440852 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811169 1 0.0290 0.9514 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1331311 2 0.3366 0.6217 0.000 0.768 0.000 0.232 0.000
#> SRR818009 1 0.0963 0.9491 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1351836 2 0.0000 0.9072 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498313 2 0.5433 0.6249 0.012 0.736 0.032 0.112 0.108
#> SRR1441975 2 0.0000 0.9072 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819096 1 0.0703 0.9475 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1073679 2 0.4836 0.3645 0.000 0.652 0.304 0.044 0.000
#> SRR1489116 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354138 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490589 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1412987 4 0.3210 0.6896 0.000 0.212 0.000 0.788 0.000
#> SRR602034 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353437 1 0.1168 0.9432 0.960 0.000 0.000 0.008 0.032
#> SRR1072871 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661577 5 0.2891 0.6877 0.000 0.176 0.000 0.000 0.824
#> SRR612190 4 0.3491 0.6846 0.000 0.228 0.000 0.768 0.004
#> SRR1399880 1 0.4364 0.8047 0.768 0.000 0.000 0.120 0.112
#> SRR1101787 4 0.5396 0.6488 0.000 0.220 0.000 0.656 0.124
#> SRR657869 1 0.1270 0.9431 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1446332 1 0.1124 0.9485 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR816039 1 0.3226 0.8774 0.852 0.000 0.000 0.088 0.060
#> SRR1485141 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476697 1 0.0963 0.9491 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1379538 4 0.4074 0.6072 0.000 0.364 0.000 0.636 0.000
#> SRR1331422 1 0.0963 0.9491 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR660859 4 0.1981 0.5821 0.000 0.000 0.028 0.924 0.048
#> SRR1097594 1 0.0451 0.9517 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1311419 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336706 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472976 2 0.4210 0.0966 0.000 0.588 0.000 0.412 0.000
#> SRR1321307 1 0.1043 0.9481 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR807493 1 0.0963 0.9491 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR812461 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477149 2 0.0000 0.9072 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457397 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661913 3 0.0290 0.9664 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1069024 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2165634 1 0.0609 0.9511 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1478722 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328642 2 0.0162 0.9060 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1488261 4 0.3966 0.4550 0.000 0.000 0.336 0.664 0.000
#> SRR1318815 4 0.3305 0.6903 0.000 0.224 0.000 0.776 0.000
#> SRR816945 1 0.0963 0.9491 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1367432 2 0.0609 0.9018 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1359280 2 0.0162 0.9060 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1313910 2 0.0609 0.8990 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1457315 4 0.3949 0.6517 0.000 0.332 0.000 0.668 0.000
#> SRR815398 1 0.0963 0.9491 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR656958 3 0.4291 -0.0989 0.000 0.000 0.536 0.000 0.464
#> SRR600688 5 0.5188 0.7079 0.000 0.012 0.136 0.136 0.716
#> SRR1098952 1 0.0963 0.9491 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1314916 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614167 5 0.3837 0.6640 0.000 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR1348114 2 0.4210 0.0874 0.000 0.588 0.000 0.412 0.000
#> SRR658033 5 0.3421 0.7050 0.000 0.164 0.016 0.004 0.816
#> SRR1077503 3 0.0703 0.9499 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR661854 5 0.2806 0.7879 0.000 0.004 0.152 0.000 0.844
#> SRR811379 4 0.5490 0.6460 0.000 0.248 0.000 0.636 0.116
#> SRR1318857 2 0.0162 0.9069 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR656445 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433044 2 0.0162 0.9060 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1486391 1 0.0324 0.9517 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR656071 4 0.4150 0.3870 0.000 0.000 0.388 0.612 0.000
#> SRR1364824 1 0.3812 0.8452 0.812 0.000 0.000 0.092 0.096
#> SRR1379133 1 0.0451 0.9515 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1394169 1 0.0880 0.9453 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR816745 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR601038 5 0.3210 0.7599 0.000 0.000 0.212 0.000 0.788
#> SRR1360080 1 0.0566 0.9515 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR814868 4 0.4114 0.4164 0.000 0.000 0.376 0.624 0.000
#> SRR1485997 1 0.0703 0.9475 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1435560 4 0.4498 0.6826 0.000 0.280 0.000 0.688 0.032
#> SRR1333330 1 0.2046 0.9235 0.916 0.000 0.000 0.016 0.068
#> SRR663513 4 0.1670 0.5777 0.000 0.000 0.012 0.936 0.052
#> SRR1328407 3 0.2020 0.8336 0.000 0.100 0.900 0.000 0.000
#> SRR602784 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348468 4 0.4060 0.6229 0.000 0.360 0.000 0.640 0.000
#> SRR663717 4 0.6215 0.3369 0.000 0.156 0.000 0.508 0.336
#> SRR602217 2 0.2179 0.8158 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR603140 4 0.5491 0.4693 0.000 0.004 0.152 0.668 0.176
#> SRR1340804 1 0.4365 0.8043 0.768 0.000 0.000 0.116 0.116
#> SRR1457574 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333462 2 0.0000 0.9072 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1094601 1 0.1484 0.9361 0.944 0.000 0.000 0.008 0.048
#> SRR1434610 4 0.3160 0.6147 0.000 0.028 0.116 0.852 0.004
#> SRR1435833 2 0.0162 0.9069 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1398728 2 0.0000 0.9072 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358343 4 0.0880 0.6073 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1410890 2 0.0000 0.9072 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350371 1 0.2074 0.9259 0.920 0.000 0.000 0.044 0.036
#> SRR1392478 2 0.0162 0.9069 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1099260 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433576 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345541 4 0.6047 0.4224 0.000 0.136 0.332 0.532 0.000
#> SRR1086328 1 0.0963 0.9491 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR810391 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476207 3 0.0404 0.9614 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR627435 3 0.2648 0.8022 0.000 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR1489862 1 0.0566 0.9502 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1419086 1 0.1124 0.9485 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR1436539 1 0.3346 0.8715 0.844 0.000 0.000 0.064 0.092
#> SRR1396191 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490115 3 0.0162 0.9694 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1377714 3 0.2726 0.8501 0.000 0.000 0.884 0.052 0.064
#> SRR819394 1 0.1408 0.9398 0.948 0.000 0.000 0.008 0.044
#> SRR663161 5 0.3427 0.7261 0.000 0.128 0.028 0.008 0.836
#> SRR607042 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656203 2 0.0404 0.9049 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR660602 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440397 1 0.0865 0.9477 0.972 0.000 0.000 0.004 0.024
#> SRR1369264 1 0.0404 0.9498 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR809233 1 0.0963 0.9491 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR663249 2 0.1300 0.8881 0.000 0.956 0.000 0.016 0.028
#> SRR661242 2 0.4135 0.4366 0.000 0.656 0.000 0.004 0.340
#> SRR1332007 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809619 2 0.1043 0.8870 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR819975 1 0.0880 0.9453 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR599281 2 0.0162 0.9060 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR662366 3 0.2127 0.8470 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR1317898 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382485 4 0.3999 0.6373 0.000 0.344 0.000 0.656 0.000
#> SRR2166420 1 0.5091 0.7002 0.676 0.000 0.000 0.236 0.088
#> SRR1419429 1 0.1124 0.9485 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR1092541 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817444 3 0.0162 0.9698 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1320403 2 0.0000 0.9072 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101483 2 0.2648 0.7567 0.000 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR1331684 3 0.0609 0.9504 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1400054 5 0.3183 0.6914 0.000 0.156 0.000 0.016 0.828
#> SRR1406088 2 0.0963 0.8866 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR820733 4 0.4376 0.6433 0.000 0.092 0.144 0.764 0.000
#> SRR1314113 4 0.1732 0.6391 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR1382615 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480745 1 0.0609 0.9510 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1468850 2 0.0404 0.9039 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR656782 4 0.4452 0.1762 0.000 0.000 0.496 0.500 0.004
#> SRR821364 1 0.0963 0.9491 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1101106 1 0.0794 0.9504 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR659295 5 0.3132 0.7872 0.000 0.008 0.172 0.000 0.820
#> SRR1357103 3 0.0000 0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809185 2 0.4150 0.1679 0.000 0.612 0.000 0.388 0.000
#> SRR811583 2 0.4193 0.5205 0.000 0.684 0.000 0.012 0.304
#> SRR1468050 1 0.0566 0.9502 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1440224 2 0.0162 0.9069 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1500170 2 0.1895 0.8663 0.000 0.912 0.000 0.072 0.016 0.000
#> SRR1402368 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607743 3 0.5208 0.6305 0.000 0.136 0.708 0.052 0.096 0.008
#> SRR1457375 2 0.0000 0.8847 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470923 1 0.0865 0.9212 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR817954 1 0.0363 0.9271 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR809259 1 0.1444 0.9053 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR1439785 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814768 1 0.1501 0.9026 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1102031 2 0.1592 0.8720 0.000 0.940 0.000 0.032 0.020 0.008
#> SRR1363611 2 0.2063 0.8663 0.000 0.912 0.000 0.060 0.020 0.008
#> SRR1468447 2 0.1262 0.8761 0.000 0.956 0.000 0.016 0.020 0.008
#> SRR1071931 4 0.3204 0.7729 0.000 0.112 0.000 0.832 0.052 0.004
#> SRR810981 1 0.0000 0.9274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299 6 0.0865 0.8912 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR663585 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326773 2 0.3175 0.6327 0.000 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR1351166 2 0.1895 0.8663 0.000 0.912 0.000 0.072 0.016 0.000
#> SRR1477452 1 0.0000 0.9274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420320 2 0.2821 0.8190 0.000 0.832 0.000 0.152 0.016 0.000
#> SRR1081712 2 0.0363 0.8845 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1318241 3 0.1010 0.9295 0.000 0.000 0.960 0.036 0.004 0.000
#> SRR1333718 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313514 2 0.0653 0.8818 0.000 0.980 0.000 0.004 0.012 0.004
#> SRR1477861 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318005 2 0.0363 0.8828 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1354665 2 0.1895 0.8741 0.000 0.912 0.000 0.072 0.016 0.000
#> SRR657707 4 0.2278 0.7194 0.000 0.000 0.044 0.900 0.052 0.004
#> SRR1370742 3 0.0603 0.9475 0.000 0.000 0.980 0.004 0.016 0.000
#> SRR1412947 2 0.0993 0.8808 0.000 0.964 0.000 0.024 0.012 0.000
#> SRR661553 6 0.0520 0.9042 0.000 0.008 0.000 0.008 0.000 0.984
#> SRR1328869 1 0.1663 0.8937 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR662211 2 0.0000 0.8847 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348181 3 0.0146 0.9586 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1416560 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319772 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091452 4 0.4049 0.5794 0.000 0.332 0.000 0.648 0.020 0.000
#> SRR1338812 5 0.2178 0.7061 0.132 0.000 0.000 0.000 0.868 0.000
#> SRR1392072 2 0.0000 0.8847 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814844 4 0.2309 0.7735 0.000 0.084 0.000 0.888 0.028 0.000
#> SRR1376619 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603690 2 0.3959 0.6325 0.000 0.724 0.000 0.012 0.020 0.244
#> SRR2184980 2 0.1895 0.8663 0.000 0.912 0.000 0.072 0.016 0.000
#> SRR613963 4 0.3313 0.7100 0.000 0.000 0.000 0.816 0.060 0.124
#> SRR1323422 1 0.1610 0.8969 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000
#> SRR1397673 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434650 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659875 3 0.1007 0.9250 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1465734 4 0.3411 0.6190 0.000 0.000 0.232 0.756 0.004 0.008
#> SRR1076847 2 0.4093 -0.0120 0.000 0.516 0.000 0.000 0.008 0.476
#> SRR1415072 1 0.3515 0.4650 0.676 0.000 0.000 0.000 0.324 0.000
#> SRR659319 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663088 5 0.3737 0.3921 0.000 0.024 0.000 0.188 0.772 0.016
#> SRR1352021 1 0.2883 0.7275 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212 0.000
#> SRR1325527 1 0.1327 0.9093 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1105369 1 0.1327 0.9093 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR659935 4 0.3348 0.7441 0.000 0.216 0.000 0.768 0.016 0.000
#> SRR1352530 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662594 6 0.0520 0.9081 0.000 0.000 0.008 0.000 0.008 0.984
#> SRR1095309 1 0.0000 0.9274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647 6 0.0632 0.9077 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR813019 3 0.1194 0.9263 0.000 0.004 0.956 0.032 0.008 0.000
#> SRR1374647 2 0.2660 0.8027 0.000 0.872 0.100 0.016 0.008 0.004
#> SRR603472 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661529 6 0.0508 0.9105 0.000 0.000 0.012 0.000 0.004 0.984
#> SRR607018 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627423 4 0.1745 0.7299 0.000 0.012 0.000 0.920 0.068 0.000
#> SRR654921 4 0.0291 0.7423 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1418968 1 0.0000 0.9274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871 6 0.1556 0.8487 0.000 0.000 0.080 0.000 0.000 0.920
#> SRR1330522 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499958 2 0.2538 0.8430 0.000 0.860 0.000 0.124 0.016 0.000
#> SRR614059 6 0.0622 0.9095 0.000 0.000 0.012 0.000 0.008 0.980
#> SRR1071403 1 0.2135 0.8547 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000
#> SRR1486719 2 0.2006 0.8690 0.000 0.904 0.000 0.080 0.016 0.000
#> SRR1440421 2 0.0508 0.8821 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012 0.000
#> SRR1310412 4 0.2039 0.7192 0.000 0.000 0.020 0.904 0.076 0.000
#> SRR614767 2 0.0000 0.8847 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820709 1 0.0000 0.9274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.2135 0.8547 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000
#> SRR658093 6 0.1501 0.8543 0.000 0.000 0.076 0.000 0.000 0.924
#> SRR1088168 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418707 2 0.1838 0.8704 0.000 0.916 0.000 0.068 0.016 0.000
#> SRR1354291 2 0.0260 0.8835 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2165806 1 0.0000 0.9274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684 2 0.4926 0.4938 0.000 0.636 0.000 0.292 0.048 0.024
#> SRR1433860 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311062 2 0.0000 0.8847 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360359 5 0.3494 0.6891 0.252 0.000 0.000 0.012 0.736 0.000
#> SRR661385 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615407 6 0.0260 0.9096 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1413892 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443459 2 0.2163 0.8570 0.000 0.892 0.000 0.092 0.016 0.000
#> SRR1338942 1 0.3563 0.4277 0.664 0.000 0.000 0.000 0.336 0.000
#> SRR657480 3 0.0405 0.9541 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1399433 2 0.4542 0.7786 0.000 0.740 0.000 0.148 0.028 0.084
#> SRR818537 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101324 4 0.1387 0.7230 0.000 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000
#> SRR807637 6 0.4253 0.5845 0.052 0.220 0.000 0.000 0.008 0.720
#> SRR1091918 1 0.0790 0.9227 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR598300 4 0.4368 0.6362 0.000 0.000 0.008 0.716 0.064 0.212
#> SRR1085426 1 0.0000 0.9274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.0000 0.8847 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813891 1 0.3330 0.5727 0.716 0.000 0.000 0.000 0.284 0.000
#> SRR1467431 2 0.1592 0.8720 0.000 0.940 0.000 0.032 0.020 0.008
#> SRR658742 6 0.1615 0.8700 0.000 0.000 0.004 0.064 0.004 0.928
#> SRR1419234 1 0.1075 0.9173 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1404813 2 0.0146 0.8851 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR603496 6 0.0363 0.9110 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1407758 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810945 4 0.3792 0.7181 0.000 0.032 0.004 0.788 0.016 0.160
#> SRR817234 2 0.1592 0.8720 0.000 0.940 0.000 0.032 0.020 0.008
#> SRR1444852 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660378 6 0.0547 0.9091 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1467835 2 0.0146 0.8851 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1338964 3 0.1398 0.9104 0.000 0.000 0.940 0.052 0.008 0.000
#> SRR1079259 4 0.3062 0.7704 0.000 0.160 0.000 0.816 0.024 0.000
#> SRR1072345 3 0.2274 0.8665 0.000 0.000 0.892 0.088 0.012 0.008
#> SRR598725 3 0.2257 0.8824 0.000 0.000 0.904 0.048 0.040 0.008
#> SRR1447938 1 0.2092 0.8594 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000
#> SRR1356397 1 0.0363 0.9271 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1360460 4 0.3534 0.7280 0.000 0.244 0.000 0.740 0.016 0.000
#> SRR1429468 2 0.2214 0.8548 0.000 0.888 0.000 0.096 0.016 0.000
#> SRR1446850 4 0.4212 0.3050 0.000 0.424 0.000 0.560 0.016 0.000
#> SRR1320363 3 0.0291 0.9561 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1413810 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598831 6 0.0547 0.9015 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR1381865 1 0.1714 0.8905 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000
#> SRR660957 3 0.0146 0.9584 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1491332 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099744 2 0.0146 0.8851 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1464618 2 0.3037 0.7778 0.000 0.808 0.000 0.176 0.016 0.000
#> SRR1414559 4 0.3743 0.7489 0.000 0.064 0.000 0.792 0.136 0.008
#> SRR1337540 5 0.3636 0.4878 0.000 0.108 0.000 0.064 0.812 0.016
#> SRR1444283 1 0.0000 0.9274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942 4 0.3336 0.6857 0.000 0.000 0.132 0.812 0.056 0.000
#> SRR660295 1 0.0405 0.9193 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR601335 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1363742 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345847 4 0.3778 0.6804 0.000 0.272 0.000 0.708 0.020 0.000
#> SRR614960 6 0.3094 0.8258 0.000 0.000 0.060 0.048 0.032 0.860
#> SRR819919 1 0.0000 0.9274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330 3 0.4680 0.6961 0.000 0.088 0.748 0.016 0.020 0.128
#> SRR1327951 1 0.0000 0.9274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885 5 0.2320 0.7044 0.132 0.000 0.000 0.004 0.864 0.000
#> SRR1345266 4 0.4256 0.1782 0.000 0.464 0.000 0.520 0.016 0.000
#> SRR1338055 2 0.1167 0.8765 0.000 0.960 0.000 0.012 0.020 0.008
#> SRR1430157 2 0.2581 0.8358 0.000 0.856 0.000 0.128 0.016 0.000
#> SRR1320137 2 0.1806 0.8668 0.000 0.928 0.000 0.044 0.020 0.008
#> SRR1093483 1 0.0790 0.9228 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1341080 1 0.3647 0.3471 0.640 0.000 0.000 0.000 0.360 0.000
#> SRR1459913 3 0.4584 0.1515 0.000 0.000 0.556 0.404 0.040 0.000
#> SRR2170490 1 0.0000 0.9274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845 3 0.4282 0.1481 0.000 0.000 0.560 0.420 0.020 0.000
#> SRR1436420 1 0.0458 0.9267 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1481060 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662282 6 0.0632 0.9077 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR1487089 4 0.2945 0.7755 0.000 0.156 0.000 0.824 0.020 0.000
#> SRR1075683 5 0.2362 0.7084 0.136 0.000 0.000 0.004 0.860 0.000
#> SRR1338536 1 0.1957 0.8723 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000
#> SRR1338880 2 0.4078 0.5015 0.000 0.640 0.000 0.340 0.020 0.000
#> SRR1453456 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457895 1 0.0146 0.9274 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1440603 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658633 2 0.1592 0.8720 0.000 0.940 0.000 0.032 0.020 0.008
#> SRR1388081 2 0.0260 0.8852 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR813339 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809725 1 0.2178 0.8504 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132 0.000
#> SRR627441 6 0.0363 0.9110 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR613603 6 0.0508 0.9105 0.000 0.000 0.012 0.000 0.004 0.984
#> SRR1096571 3 0.0146 0.9589 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1392701 1 0.0260 0.9276 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1344326 1 0.0000 0.9274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693 2 0.3390 0.8277 0.000 0.808 0.000 0.152 0.032 0.008
#> SRR660697 2 0.2588 0.8497 0.000 0.876 0.000 0.092 0.024 0.008
#> SRR1489926 3 0.2629 0.8441 0.000 0.000 0.868 0.092 0.040 0.000
#> SRR811491 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311644 4 0.1556 0.7151 0.000 0.000 0.000 0.920 0.080 0.000
#> SRR1451740 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615117 6 0.0363 0.9110 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1391748 4 0.3652 0.6894 0.000 0.264 0.000 0.720 0.016 0.000
#> SRR1466556 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614972 6 0.0713 0.9054 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR1406200 5 0.3975 0.4039 0.452 0.000 0.000 0.004 0.544 0.000
#> SRR819210 2 0.3860 0.7855 0.000 0.804 0.000 0.084 0.028 0.084
#> SRR662174 1 0.0260 0.9276 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR811988 1 0.3076 0.6723 0.760 0.000 0.000 0.000 0.240 0.000
#> SRR663236 6 0.4331 0.3836 0.000 0.000 0.016 0.340 0.012 0.632
#> SRR1312598 2 0.1895 0.8663 0.000 0.912 0.000 0.072 0.016 0.000
#> SRR1330129 2 0.1657 0.8750 0.000 0.928 0.000 0.056 0.016 0.000
#> SRR1357781 2 0.0260 0.8835 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1315517 2 0.0260 0.8835 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1400032 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413722 1 0.1387 0.9076 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR612827 3 0.6016 0.2907 0.000 0.000 0.540 0.156 0.028 0.276
#> SRR814794 1 0.0000 0.9274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430 1 0.1556 0.8999 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR1395509 2 0.3043 0.8405 0.000 0.836 0.000 0.132 0.024 0.008
#> SRR808728 3 0.0146 0.9586 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1070813 2 0.2398 0.8496 0.000 0.876 0.000 0.104 0.020 0.000
#> SRR1389133 4 0.2742 0.7210 0.000 0.000 0.044 0.872 0.076 0.008
#> SRR601263 4 0.3778 0.6884 0.000 0.000 0.128 0.800 0.048 0.024
#> SRR604718 6 0.2275 0.8225 0.000 0.008 0.000 0.096 0.008 0.888
#> SRR1481351 3 0.0717 0.9449 0.000 0.000 0.976 0.016 0.008 0.000
#> SRR1334608 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658681 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809283 2 0.2325 0.8523 0.000 0.900 0.000 0.048 0.044 0.008
#> SRR1459300 1 0.0000 0.9274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811049 4 0.3693 0.5686 0.000 0.004 0.280 0.708 0.008 0.000
#> SRR1464835 4 0.3318 0.7711 0.000 0.172 0.000 0.796 0.032 0.000
#> SRR1339619 2 0.1895 0.8663 0.000 0.912 0.000 0.072 0.016 0.000
#> SRR658501 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447523 3 0.0405 0.9536 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004 0.000
#> SRR1415048 1 0.0000 0.9274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.1556 0.8834 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR1444348 4 0.3404 0.7386 0.000 0.224 0.000 0.760 0.016 0.000
#> SRR603890 6 0.3050 0.6213 0.000 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764
#> SRR810595 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446244 2 0.2214 0.8560 0.000 0.888 0.000 0.096 0.016 0.000
#> SRR817373 2 0.0000 0.8847 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457291 2 0.0146 0.8851 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR598220 2 0.4731 0.5109 0.000 0.680 0.256 0.036 0.020 0.008
#> SRR1477991 2 0.0146 0.8851 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR598172 2 0.0260 0.8835 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1349032 4 0.3534 0.7280 0.000 0.244 0.000 0.740 0.016 0.000
#> SRR604002 3 0.4226 0.4834 0.000 0.004 0.648 0.016 0.004 0.328
#> SRR1378026 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404401 2 0.1332 0.8760 0.000 0.952 0.000 0.012 0.028 0.008
#> SRR1333240 3 0.2320 0.8138 0.000 0.132 0.864 0.000 0.004 0.000
#> SRR1089399 2 0.2151 0.8657 0.000 0.904 0.000 0.072 0.016 0.008
#> SRR603421 6 0.1198 0.9007 0.000 0.004 0.012 0.004 0.020 0.960
#> SRR812562 5 0.3828 0.4377 0.440 0.000 0.000 0.000 0.560 0.000
#> SRR808520 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811839 1 0.0000 0.9274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317 2 0.1895 0.8663 0.000 0.912 0.000 0.072 0.016 0.000
#> SRR1436763 4 0.5542 0.5957 0.000 0.216 0.000 0.608 0.160 0.016
#> SRR1486021 2 0.2257 0.8352 0.000 0.876 0.000 0.008 0.000 0.116
#> SRR1465018 2 0.1350 0.8755 0.000 0.952 0.000 0.020 0.020 0.008
#> SRR1080998 4 0.3991 0.5474 0.000 0.012 0.300 0.680 0.008 0.000
#> SRR1083432 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082833 1 0.0000 0.9274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804 5 0.3857 0.3509 0.468 0.000 0.000 0.000 0.532 0.000
#> SRR1326536 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614011 2 0.4656 0.6916 0.000 0.696 0.000 0.068 0.016 0.220
#> SRR1365873 2 0.2002 0.8660 0.000 0.916 0.000 0.056 0.020 0.008
#> SRR1498789 2 0.0000 0.8847 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601581 4 0.2094 0.7727 0.000 0.080 0.000 0.900 0.020 0.000
#> SRR603566 6 0.0508 0.9106 0.000 0.000 0.012 0.000 0.004 0.984
#> SRR1373981 1 0.0000 0.9274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410 2 0.0000 0.8847 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076511 2 0.3695 0.3866 0.000 0.624 0.000 0.000 0.000 0.376
#> SRR614143 4 0.3158 0.7266 0.000 0.000 0.032 0.856 0.060 0.052
#> SRR1333570 3 0.0603 0.9475 0.000 0.000 0.980 0.004 0.016 0.000
#> SRR1366813 2 0.1895 0.8663 0.000 0.912 0.000 0.072 0.016 0.000
#> SRR1388746 1 0.0000 0.9274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558 4 0.4038 0.6225 0.000 0.000 0.216 0.728 0.056 0.000
#> SRR1409510 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816250 2 0.0000 0.8847 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614131 4 0.3934 0.7256 0.000 0.020 0.004 0.800 0.076 0.100
#> SRR1331130 5 0.3428 0.6440 0.304 0.000 0.000 0.000 0.696 0.000
#> SRR1316015 3 0.0146 0.9586 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1470798 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614179 3 0.3499 0.5294 0.000 0.000 0.680 0.000 0.000 0.320
#> SRR1474863 2 0.0146 0.8842 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR813560 2 0.2060 0.8614 0.000 0.900 0.000 0.084 0.016 0.000
#> SRR1312187 2 0.4264 -0.0752 0.000 0.496 0.000 0.488 0.016 0.000
#> SRR1420960 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355102 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084577 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659971 6 0.0508 0.9036 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004 0.984
#> SRR1350855 4 0.2821 0.7703 0.000 0.152 0.000 0.832 0.016 0.000
#> SRR820779 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476300 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090907 2 0.1453 0.8784 0.000 0.944 0.000 0.040 0.008 0.008
#> SRR662294 2 0.3469 0.7767 0.000 0.816 0.000 0.032 0.020 0.132
#> SRR1480789 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336263 4 0.2821 0.7698 0.000 0.152 0.000 0.832 0.016 0.000
#> SRR660776 1 0.1267 0.9115 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1090508 4 0.5963 0.5872 0.000 0.092 0.232 0.608 0.060 0.008
#> SRR615563 4 0.3290 0.6694 0.000 0.000 0.000 0.776 0.016 0.208
#> SRR1101175 1 0.1327 0.9093 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR2164650 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1431205 2 0.1592 0.8720 0.000 0.940 0.000 0.032 0.020 0.008
#> SRR1339856 2 0.3582 0.6840 0.000 0.732 0.000 0.252 0.016 0.000
#> SRR1352147 2 0.3153 0.8425 0.000 0.832 0.000 0.128 0.032 0.008
#> SRR808968 1 0.0000 0.9274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419 6 0.0909 0.8980 0.000 0.020 0.000 0.012 0.000 0.968
#> SRR1402391 1 0.0000 0.9274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2167857 3 0.0405 0.9534 0.000 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
#> SRR1398752 1 0.0000 0.9274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.0000 0.9274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437 2 0.1895 0.8663 0.000 0.912 0.000 0.072 0.016 0.000
#> SRR1416955 5 0.2178 0.7061 0.132 0.000 0.000 0.000 0.868 0.000
#> SRR1317064 2 0.1890 0.8657 0.000 0.924 0.000 0.044 0.024 0.008
#> SRR659001 4 0.4368 0.4946 0.000 0.384 0.000 0.592 0.016 0.008
#> SRR2170696 4 0.2066 0.7713 0.000 0.072 0.000 0.904 0.024 0.000
#> SRR816589 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1087487 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329485 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816920 4 0.3221 0.7585 0.000 0.188 0.000 0.792 0.020 0.000
#> SRR1341432 1 0.0000 0.9274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590 4 0.3098 0.7728 0.000 0.164 0.000 0.812 0.024 0.000
#> SRR817046 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471331 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660788 4 0.3474 0.7053 0.000 0.008 0.140 0.816 0.024 0.012
#> SRR819234 1 0.0458 0.9269 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR810853 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809427 2 0.0909 0.8827 0.000 0.968 0.000 0.020 0.012 0.000
#> SRR2170217 2 0.1957 0.8666 0.000 0.920 0.000 0.048 0.024 0.008
#> SRR1386967 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420344 2 0.1895 0.8663 0.000 0.912 0.000 0.072 0.016 0.000
#> SRR1334535 1 0.1610 0.8970 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000
#> SRR614503 2 0.5443 0.5413 0.000 0.608 0.000 0.100 0.024 0.268
#> SRR602564 6 0.3000 0.8035 0.000 0.000 0.008 0.096 0.044 0.852
#> SRR1420669 4 0.3837 0.7691 0.000 0.152 0.000 0.780 0.060 0.008
#> SRR819024 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656223 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608428 2 0.0146 0.8851 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1345647 1 0.1863 0.8803 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR1389324 2 0.0000 0.8847 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361368 2 0.1838 0.8680 0.000 0.916 0.000 0.068 0.016 0.000
#> SRR1322619 2 0.2581 0.8416 0.000 0.856 0.000 0.128 0.016 0.000
#> SRR1349276 4 0.3290 0.7495 0.000 0.208 0.000 0.776 0.016 0.000
#> SRR1404024 5 0.3050 0.6989 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764 0.000
#> SRR1370637 2 0.4852 0.7005 0.000 0.696 0.000 0.112 0.016 0.176
#> SRR1452631 4 0.3201 0.7557 0.000 0.208 0.000 0.780 0.012 0.000
#> SRR608392 6 0.0713 0.9054 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR1357757 5 0.5550 0.2865 0.000 0.024 0.268 0.072 0.620 0.016
#> SRR1074646 4 0.2907 0.7694 0.000 0.152 0.000 0.828 0.020 0.000
#> SRR1367499 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343501 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394406 4 0.1524 0.7273 0.000 0.000 0.008 0.932 0.060 0.000
#> SRR1381435 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467407 1 0.1327 0.9093 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1092422 3 0.1977 0.8929 0.000 0.032 0.920 0.040 0.008 0.000
#> SRR1380270 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091817 2 0.0000 0.8847 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440137 2 0.1176 0.8783 0.000 0.956 0.000 0.024 0.020 0.000
#> SRR614311 2 0.1838 0.8680 0.000 0.916 0.000 0.068 0.016 0.000
#> SRR1407516 2 0.6010 0.4502 0.000 0.544 0.004 0.256 0.180 0.016
#> SRR815494 3 0.0146 0.9583 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1333209 4 0.4238 0.3378 0.000 0.444 0.000 0.540 0.016 0.000
#> SRR615177 5 0.4809 0.3517 0.000 0.208 0.000 0.080 0.692 0.020
#> SRR1099648 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659720 6 0.0912 0.9084 0.000 0.012 0.008 0.004 0.004 0.972
#> SRR2185057 1 0.0632 0.9255 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1467125 1 0.0713 0.9212 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR657468 4 0.1285 0.7287 0.000 0.000 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR660042 6 0.0547 0.9091 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR2170864 2 0.0000 0.8847 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440491 2 0.0260 0.8852 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1440852 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811169 1 0.1327 0.9096 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1331311 4 0.4110 0.4701 0.000 0.376 0.000 0.608 0.016 0.000
#> SRR818009 1 0.0146 0.9251 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1351836 2 0.0291 0.8852 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1498313 2 0.6238 0.3055 0.000 0.520 0.060 0.064 0.340 0.016
#> SRR1441975 2 0.1528 0.8752 0.000 0.936 0.000 0.048 0.016 0.000
#> SRR819096 1 0.2340 0.8288 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148 0.000
#> SRR1073679 2 0.6273 0.2486 0.000 0.492 0.264 0.224 0.016 0.004
#> SRR1489116 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354138 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490589 3 0.0508 0.9511 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012 0.000
#> SRR1412987 4 0.1334 0.7586 0.000 0.032 0.000 0.948 0.020 0.000
#> SRR602034 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353437 1 0.1663 0.8937 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR1072871 3 0.0508 0.9506 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR661577 6 0.0547 0.9021 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR612190 4 0.3803 0.7639 0.000 0.088 0.000 0.804 0.088 0.020
#> SRR1399880 5 0.4192 0.4927 0.412 0.000 0.000 0.016 0.572 0.000
#> SRR1101787 4 0.4004 0.7558 0.000 0.100 0.000 0.784 0.016 0.100
#> SRR657869 1 0.0520 0.9159 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR1446332 1 0.0000 0.9274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039 1 0.3725 0.4678 0.676 0.000 0.000 0.008 0.316 0.000
#> SRR1485141 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476697 1 0.0000 0.9274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538 4 0.3104 0.7597 0.000 0.184 0.000 0.800 0.016 0.000
#> SRR1331422 1 0.0000 0.9274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859 4 0.1644 0.7160 0.000 0.000 0.000 0.920 0.076 0.004
#> SRR1097594 1 0.0000 0.9274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336706 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472976 2 0.4193 0.6740 0.000 0.688 0.000 0.276 0.028 0.008
#> SRR1321307 1 0.0291 0.9224 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR807493 1 0.0000 0.9274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477149 2 0.2199 0.8595 0.000 0.892 0.000 0.088 0.020 0.000
#> SRR1457397 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661913 3 0.1765 0.8999 0.000 0.000 0.924 0.024 0.052 0.000
#> SRR1069024 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2165634 1 0.0000 0.9274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328642 2 0.0000 0.8847 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488261 4 0.4099 0.5847 0.000 0.000 0.244 0.708 0.048 0.000
#> SRR1318815 4 0.1967 0.7736 0.000 0.084 0.000 0.904 0.012 0.000
#> SRR816945 1 0.0146 0.9251 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1367432 2 0.2456 0.8531 0.000 0.892 0.000 0.052 0.048 0.008
#> SRR1359280 2 0.1065 0.8771 0.000 0.964 0.000 0.008 0.020 0.008
#> SRR1313910 2 0.2060 0.8612 0.000 0.900 0.000 0.084 0.016 0.000
#> SRR1457315 4 0.3776 0.7679 0.000 0.188 0.000 0.760 0.052 0.000
#> SRR815398 1 0.0146 0.9251 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR656958 6 0.3244 0.5472 0.000 0.000 0.268 0.000 0.000 0.732
#> SRR600688 6 0.0622 0.9103 0.000 0.000 0.012 0.008 0.000 0.980
#> SRR1098952 1 0.1007 0.9185 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1314916 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614167 6 0.1267 0.8731 0.000 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940
#> SRR1348114 4 0.3457 0.7301 0.000 0.232 0.000 0.752 0.016 0.000
#> SRR658033 6 0.0551 0.9067 0.000 0.008 0.004 0.000 0.004 0.984
#> SRR1077503 3 0.1701 0.8911 0.000 0.000 0.920 0.072 0.008 0.000
#> SRR661854 6 0.0363 0.9110 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR811379 4 0.4073 0.7587 0.000 0.124 0.000 0.776 0.016 0.084
#> SRR1318857 2 0.1895 0.8663 0.000 0.912 0.000 0.072 0.016 0.000
#> SRR656445 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433044 2 0.0951 0.8781 0.000 0.968 0.000 0.004 0.020 0.008
#> SRR1486391 1 0.0000 0.9274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071 4 0.4327 0.5613 0.000 0.000 0.264 0.680 0.056 0.000
#> SRR1364824 5 0.3998 0.2721 0.492 0.000 0.000 0.004 0.504 0.000
#> SRR1379133 1 0.0458 0.9268 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1394169 1 0.1663 0.8937 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR816745 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601038 6 0.0713 0.9054 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR1360080 1 0.0000 0.9274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868 4 0.4463 0.1938 0.000 0.000 0.456 0.516 0.028 0.000
#> SRR1485997 1 0.0937 0.9201 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1435560 4 0.2844 0.7759 0.000 0.104 0.000 0.860 0.020 0.016
#> SRR1333330 1 0.3737 0.2227 0.608 0.000 0.000 0.000 0.392 0.000
#> SRR663513 4 0.2865 0.7136 0.000 0.000 0.008 0.840 0.140 0.012
#> SRR1328407 3 0.2308 0.8318 0.000 0.108 0.880 0.004 0.008 0.000
#> SRR602784 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348468 4 0.3404 0.7424 0.000 0.224 0.000 0.760 0.016 0.000
#> SRR663717 4 0.3964 0.6351 0.000 0.016 0.000 0.724 0.016 0.244
#> SRR602217 2 0.3835 0.7978 0.000 0.796 0.000 0.072 0.016 0.116
#> SRR603140 4 0.4562 0.6705 0.000 0.000 0.044 0.732 0.048 0.176
#> SRR1340804 5 0.2597 0.7209 0.176 0.000 0.000 0.000 0.824 0.000
#> SRR1457574 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333462 2 0.0508 0.8821 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012 0.000
#> SRR1094601 1 0.2454 0.8128 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000
#> SRR1434610 4 0.1777 0.7506 0.000 0.004 0.044 0.928 0.024 0.000
#> SRR1435833 2 0.0146 0.8851 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1398728 2 0.1838 0.8680 0.000 0.916 0.000 0.068 0.016 0.000
#> SRR1358343 4 0.1700 0.7168 0.000 0.004 0.000 0.916 0.080 0.000
#> SRR1410890 2 0.0146 0.8851 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1350371 1 0.1531 0.9067 0.928 0.000 0.000 0.004 0.068 0.000
#> SRR1392478 2 0.1895 0.8663 0.000 0.912 0.000 0.072 0.016 0.000
#> SRR1099260 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433576 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345541 3 0.5700 0.5461 0.000 0.036 0.644 0.160 0.152 0.008
#> SRR1086328 1 0.0000 0.9274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476207 3 0.1483 0.9156 0.000 0.000 0.944 0.036 0.012 0.008
#> SRR627435 3 0.4480 0.6512 0.000 0.000 0.716 0.192 0.084 0.008
#> SRR1489862 1 0.1204 0.9147 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1419086 1 0.0000 0.9274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539 5 0.3833 0.4272 0.444 0.000 0.000 0.000 0.556 0.000
#> SRR1396191 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490115 3 0.0146 0.9585 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1377714 3 0.5742 0.5619 0.000 0.088 0.660 0.060 0.176 0.016
#> SRR819394 1 0.2378 0.8238 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152 0.000
#> SRR663161 6 0.0436 0.9042 0.004 0.004 0.000 0.000 0.004 0.988
#> SRR607042 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656203 2 0.0891 0.8839 0.000 0.968 0.000 0.024 0.008 0.000
#> SRR660602 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440397 1 0.0458 0.9271 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1369264 1 0.1267 0.9113 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR809233 1 0.0000 0.9274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249 2 0.3673 0.7804 0.000 0.780 0.000 0.180 0.016 0.024
#> SRR661242 6 0.3843 0.1614 0.000 0.452 0.000 0.000 0.000 0.548
#> SRR1332007 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809619 2 0.2907 0.8269 0.000 0.828 0.000 0.152 0.020 0.000
#> SRR819975 1 0.1714 0.8908 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000
#> SRR599281 2 0.0000 0.8847 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662366 3 0.2964 0.7330 0.000 0.000 0.792 0.000 0.004 0.204
#> SRR1317898 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382485 4 0.3168 0.7576 0.000 0.192 0.000 0.792 0.016 0.000
#> SRR2166420 5 0.3544 0.6865 0.120 0.000 0.000 0.080 0.800 0.000
#> SRR1419429 1 0.0000 0.9274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817444 3 0.0146 0.9585 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1320403 2 0.0000 0.8847 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101483 4 0.3853 0.6320 0.000 0.304 0.000 0.680 0.016 0.000
#> SRR1331684 3 0.0520 0.9505 0.000 0.008 0.984 0.000 0.008 0.000
#> SRR1400054 6 0.0820 0.9004 0.000 0.016 0.000 0.012 0.000 0.972
#> SRR1406088 2 0.2744 0.8157 0.000 0.840 0.000 0.144 0.016 0.000
#> SRR820733 4 0.1949 0.7359 0.000 0.004 0.088 0.904 0.004 0.000
#> SRR1314113 4 0.1700 0.7168 0.000 0.004 0.000 0.916 0.080 0.000
#> SRR1382615 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480745 1 0.0000 0.9274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850 2 0.2872 0.8345 0.000 0.864 0.000 0.052 0.076 0.008
#> SRR656782 4 0.4080 0.2206 0.000 0.000 0.456 0.536 0.008 0.000
#> SRR821364 1 0.0000 0.9274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.1327 0.9093 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR659295 6 0.0632 0.9077 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR1357103 3 0.0000 0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809185 4 0.3404 0.7403 0.000 0.224 0.000 0.760 0.016 0.000
#> SRR811583 2 0.5069 0.3296 0.000 0.560 0.000 0.044 0.020 0.376
#> SRR1468050 1 0.0363 0.9273 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1440224 2 0.0260 0.8852 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17314 rows and 500 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.465 0.884 0.894 0.3875 0.643 0.643
#> 3 3 0.702 0.863 0.910 0.5283 0.725 0.572
#> 4 4 0.633 0.722 0.781 0.2027 0.888 0.694
#> 5 5 0.721 0.780 0.862 0.0831 0.943 0.788
#> 6 6 0.774 0.787 0.859 0.0342 0.976 0.895
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1500170 2 0.0376 0.837 0.004 0.996
#> SRR1402368 2 0.7528 0.876 0.216 0.784
#> SRR607743 2 0.6531 0.878 0.168 0.832
#> SRR1457375 2 0.0000 0.838 0.000 1.000
#> SRR1470923 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR817954 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR809259 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1439785 2 0.7528 0.876 0.216 0.784
#> SRR814768 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1102031 2 0.2423 0.852 0.040 0.960
#> SRR1363611 2 0.4815 0.869 0.104 0.896
#> SRR1468447 2 0.3114 0.807 0.056 0.944
#> SRR1071931 2 0.7376 0.878 0.208 0.792
#> SRR810981 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR615299 2 0.6148 0.714 0.152 0.848
#> SRR663585 2 0.7376 0.878 0.208 0.792
#> SRR1326773 2 0.6531 0.878 0.168 0.832
#> SRR1351166 2 0.0000 0.838 0.000 1.000
#> SRR1477452 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1084720 2 0.7139 0.880 0.196 0.804
#> SRR1420320 2 0.7299 0.879 0.204 0.796
#> SRR1081712 2 0.0000 0.838 0.000 1.000
#> SRR1318241 2 0.7528 0.876 0.216 0.784
#> SRR1333718 2 0.0000 0.838 0.000 1.000
#> SRR1313514 2 0.6712 0.682 0.176 0.824
#> SRR1477861 2 0.0000 0.838 0.000 1.000
#> SRR1318005 2 0.6712 0.682 0.176 0.824
#> SRR1354665 2 0.0376 0.840 0.004 0.996
#> SRR657707 2 0.7528 0.876 0.216 0.784
#> SRR1370742 2 0.7528 0.876 0.216 0.784
#> SRR1412947 2 0.2423 0.852 0.040 0.960
#> SRR661553 2 0.7602 0.874 0.220 0.780
#> SRR1328869 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR662211 2 0.0000 0.838 0.000 1.000
#> SRR1348181 2 0.7528 0.876 0.216 0.784
#> SRR1416560 2 0.7528 0.876 0.216 0.784
#> SRR1319772 2 0.7528 0.876 0.216 0.784
#> SRR1091452 2 0.7528 0.876 0.216 0.784
#> SRR1338812 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1392072 2 0.6531 0.694 0.168 0.832
#> SRR814844 2 0.7674 0.871 0.224 0.776
#> SRR1376619 2 0.7453 0.878 0.212 0.788
#> SRR603690 2 0.6531 0.878 0.168 0.832
#> SRR2184980 2 0.0376 0.837 0.004 0.996
#> SRR613963 2 0.7602 0.874 0.220 0.780
#> SRR1323422 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1397673 2 0.6623 0.879 0.172 0.828
#> SRR1434650 2 0.0000 0.838 0.000 1.000
#> SRR659875 2 0.0000 0.838 0.000 1.000
#> SRR1465734 2 0.7528 0.876 0.216 0.784
#> SRR1076847 2 0.6623 0.688 0.172 0.828
#> SRR1415072 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR659319 2 0.0376 0.840 0.004 0.996
#> SRR663088 2 0.7674 0.871 0.224 0.776
#> SRR1352021 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR659935 2 0.7299 0.879 0.204 0.796
#> SRR1352530 2 0.7528 0.876 0.216 0.784
#> SRR662594 2 0.7528 0.876 0.216 0.784
#> SRR1095309 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR615647 2 0.7528 0.876 0.216 0.784
#> SRR813019 2 0.0000 0.838 0.000 1.000
#> SRR1374647 2 0.0000 0.838 0.000 1.000
#> SRR603472 2 0.0000 0.838 0.000 1.000
#> SRR661529 2 0.7602 0.874 0.220 0.780
#> SRR607018 2 0.1184 0.844 0.016 0.984
#> SRR627423 2 0.3733 0.851 0.072 0.928
#> SRR654921 2 0.7674 0.871 0.224 0.776
#> SRR1418968 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR660871 2 0.7528 0.876 0.216 0.784
#> SRR1330522 2 0.7528 0.876 0.216 0.784
#> SRR1499958 2 0.0376 0.840 0.004 0.996
#> SRR614059 2 0.7602 0.874 0.220 0.780
#> SRR1071403 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1486719 2 0.0000 0.838 0.000 1.000
#> SRR1440421 2 0.6343 0.704 0.160 0.840
#> SRR1310412 2 0.7376 0.879 0.208 0.792
#> SRR614767 2 0.0000 0.838 0.000 1.000
#> SRR820709 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR658093 2 0.5629 0.874 0.132 0.868
#> SRR1088168 2 0.6973 0.879 0.188 0.812
#> SRR1418707 2 0.0000 0.838 0.000 1.000
#> SRR1354291 2 0.6712 0.682 0.176 0.824
#> SRR2165806 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1415684 2 0.7528 0.876 0.216 0.784
#> SRR1433860 2 0.7453 0.878 0.212 0.788
#> SRR1311062 2 0.0000 0.838 0.000 1.000
#> SRR1360359 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR661385 2 0.6623 0.879 0.172 0.828
#> SRR615407 2 0.0000 0.838 0.000 1.000
#> SRR1413892 2 0.3274 0.858 0.060 0.940
#> SRR1443459 2 0.0000 0.838 0.000 1.000
#> SRR1338942 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR657480 2 0.7528 0.876 0.216 0.784
#> SRR1399433 2 0.7528 0.876 0.216 0.784
#> SRR818537 2 0.0000 0.838 0.000 1.000
#> SRR1101324 2 0.7602 0.874 0.220 0.780
#> SRR807637 2 0.6438 0.878 0.164 0.836
#> SRR1091918 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR598300 2 0.7602 0.874 0.220 0.780
#> SRR1085426 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.0000 0.838 0.000 1.000
#> SRR813891 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1467431 2 0.6247 0.877 0.156 0.844
#> SRR658742 2 0.7602 0.874 0.220 0.780
#> SRR1419234 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1404813 2 0.0000 0.838 0.000 1.000
#> SRR603496 2 0.7219 0.879 0.200 0.800
#> SRR1407758 2 0.7453 0.878 0.212 0.788
#> SRR810945 2 0.0000 0.838 0.000 1.000
#> SRR817234 2 0.6623 0.688 0.172 0.828
#> SRR1444852 2 0.7528 0.876 0.216 0.784
#> SRR660378 2 0.6623 0.879 0.172 0.828
#> SRR1467835 2 0.0000 0.838 0.000 1.000
#> SRR1338964 2 0.7528 0.876 0.216 0.784
#> SRR1079259 2 0.7528 0.876 0.216 0.784
#> SRR1072345 2 0.7528 0.876 0.216 0.784
#> SRR598725 2 0.7528 0.876 0.216 0.784
#> SRR1447938 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1360460 2 0.7674 0.871 0.224 0.776
#> SRR1429468 2 0.0376 0.837 0.004 0.996
#> SRR1446850 2 0.0376 0.837 0.004 0.996
#> SRR1320363 2 0.7453 0.877 0.212 0.788
#> SRR1413810 2 0.7453 0.878 0.212 0.788
#> SRR598831 2 0.0000 0.838 0.000 1.000
#> SRR1381865 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR660957 2 0.7528 0.876 0.216 0.784
#> SRR1491332 2 0.2236 0.851 0.036 0.964
#> SRR1099744 2 0.0000 0.838 0.000 1.000
#> SRR1464618 2 0.4690 0.868 0.100 0.900
#> SRR1414559 2 0.7602 0.874 0.220 0.780
#> SRR1337540 2 0.7674 0.871 0.224 0.776
#> SRR1444283 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2184942 2 0.7453 0.877 0.212 0.788
#> SRR660295 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR601335 2 0.7453 0.878 0.212 0.788
#> SRR1363742 2 0.5629 0.874 0.132 0.868
#> SRR1345847 2 0.6531 0.879 0.168 0.832
#> SRR614960 2 0.7602 0.874 0.220 0.780
#> SRR819919 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR603330 2 0.6712 0.682 0.176 0.824
#> SRR1327951 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1345266 2 0.3114 0.857 0.056 0.944
#> SRR1338055 2 0.0376 0.837 0.004 0.996
#> SRR1430157 2 0.0000 0.838 0.000 1.000
#> SRR1320137 2 0.0376 0.840 0.004 0.996
#> SRR1093483 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1459913 2 0.7528 0.876 0.216 0.784
#> SRR2170490 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1479845 2 0.7528 0.876 0.216 0.784
#> SRR1436420 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1481060 2 0.0000 0.838 0.000 1.000
#> SRR662282 2 0.7528 0.876 0.216 0.784
#> SRR1487089 2 0.7674 0.871 0.224 0.776
#> SRR1075683 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1338536 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1338880 2 0.3733 0.861 0.072 0.928
#> SRR1453456 2 0.7528 0.876 0.216 0.784
#> SRR1457895 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1440603 2 0.0000 0.838 0.000 1.000
#> SRR658633 2 0.0000 0.838 0.000 1.000
#> SRR1388081 2 0.7299 0.879 0.204 0.796
#> SRR813339 2 0.7453 0.877 0.212 0.788
#> SRR809725 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR627441 2 0.6712 0.682 0.176 0.824
#> SRR613603 2 0.7528 0.876 0.216 0.784
#> SRR1096571 2 0.0000 0.838 0.000 1.000
#> SRR1392701 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1344326 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1367693 2 0.3114 0.857 0.056 0.944
#> SRR660697 2 0.7376 0.879 0.208 0.792
#> SRR1489926 2 0.7219 0.879 0.200 0.800
#> SRR811491 2 0.7453 0.877 0.212 0.788
#> SRR1311644 2 0.7602 0.874 0.220 0.780
#> SRR1451740 2 0.7528 0.876 0.216 0.784
#> SRR615117 2 0.0000 0.838 0.000 1.000
#> SRR1391748 2 0.7674 0.871 0.224 0.776
#> SRR1466556 2 0.7528 0.876 0.216 0.784
#> SRR614972 2 0.7528 0.876 0.216 0.784
#> SRR1406200 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR819210 2 0.7602 0.874 0.220 0.780
#> SRR662174 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR811988 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR663236 2 0.7602 0.874 0.220 0.780
#> SRR1312598 2 0.0000 0.838 0.000 1.000
#> SRR1330129 2 0.6531 0.694 0.168 0.832
#> SRR1357781 2 0.6712 0.682 0.176 0.824
#> SRR1315517 2 0.6712 0.682 0.176 0.824
#> SRR1400032 2 0.7528 0.876 0.216 0.784
#> SRR1413722 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR612827 2 0.7528 0.876 0.216 0.784
#> SRR814794 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR819430 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1395509 2 0.7528 0.876 0.216 0.784
#> SRR808728 2 0.4690 0.868 0.100 0.900
#> SRR1070813 2 0.0000 0.838 0.000 1.000
#> SRR1389133 2 0.7602 0.874 0.220 0.780
#> SRR601263 2 0.7528 0.876 0.216 0.784
#> SRR604718 2 0.7528 0.876 0.216 0.784
#> SRR1481351 2 0.7219 0.879 0.200 0.800
#> SRR1334608 2 0.0376 0.840 0.004 0.996
#> SRR658681 2 0.0000 0.838 0.000 1.000
#> SRR809283 2 0.7674 0.871 0.224 0.776
#> SRR1459300 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1392547 2 0.0000 0.838 0.000 1.000
#> SRR811049 2 0.7528 0.876 0.216 0.784
#> SRR1464835 2 0.7674 0.871 0.224 0.776
#> SRR1339619 2 0.0000 0.838 0.000 1.000
#> SRR658501 2 0.7528 0.876 0.216 0.784
#> SRR1447523 2 0.7602 0.874 0.220 0.780
#> SRR1415048 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1444348 2 0.3114 0.857 0.056 0.944
#> SRR603890 2 0.6712 0.682 0.176 0.824
#> SRR810595 2 0.7376 0.879 0.208 0.792
#> SRR1446244 2 0.3114 0.857 0.056 0.944
#> SRR817373 2 0.7528 0.876 0.216 0.784
#> SRR1457291 2 0.6887 0.879 0.184 0.816
#> SRR598220 2 0.6531 0.878 0.168 0.832
#> SRR1477991 2 0.0000 0.838 0.000 1.000
#> SRR598172 2 0.0376 0.837 0.004 0.996
#> SRR1349032 2 0.2948 0.856 0.052 0.948
#> SRR604002 2 0.6148 0.714 0.152 0.848
#> SRR1378026 2 0.7219 0.880 0.200 0.800
#> SRR1404401 2 0.6712 0.682 0.176 0.824
#> SRR1333240 2 0.0938 0.834 0.012 0.988
#> SRR1089399 2 0.0376 0.837 0.004 0.996
#> SRR603421 2 0.6623 0.688 0.172 0.828
#> SRR812562 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR808520 2 0.4690 0.868 0.100 0.900
#> SRR811839 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR814317 2 0.0376 0.837 0.004 0.996
#> SRR1436763 2 0.7674 0.871 0.224 0.776
#> SRR1486021 2 0.6887 0.879 0.184 0.816
#> SRR1465018 2 0.6623 0.688 0.172 0.828
#> SRR1080998 2 0.7528 0.876 0.216 0.784
#> SRR1083432 2 0.7376 0.879 0.208 0.792
#> SRR1082833 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1326536 2 0.7528 0.876 0.216 0.784
#> SRR614011 2 0.0000 0.838 0.000 1.000
#> SRR1365873 2 0.0000 0.838 0.000 1.000
#> SRR1498789 2 0.0000 0.838 0.000 1.000
#> SRR601581 2 0.4690 0.868 0.100 0.900
#> SRR603566 2 0.0000 0.838 0.000 1.000
#> SRR1373981 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR821410 2 0.0000 0.838 0.000 1.000
#> SRR1076511 2 0.7674 0.871 0.224 0.776
#> SRR614143 2 0.7139 0.880 0.196 0.804
#> SRR1333570 2 0.7528 0.876 0.216 0.784
#> SRR1366813 2 0.0000 0.838 0.000 1.000
#> SRR1388746 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1420558 2 0.7602 0.874 0.220 0.780
#> SRR1409510 2 0.7453 0.878 0.212 0.788
#> SRR816250 2 0.0000 0.838 0.000 1.000
#> SRR614131 2 0.3584 0.860 0.068 0.932
#> SRR1331130 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1316015 2 0.7528 0.876 0.216 0.784
#> SRR1470798 2 0.7453 0.878 0.212 0.788
#> SRR614179 2 0.0000 0.838 0.000 1.000
#> SRR1474863 2 0.0000 0.838 0.000 1.000
#> SRR813560 2 0.0376 0.837 0.004 0.996
#> SRR1312187 2 0.5946 0.876 0.144 0.856
#> SRR1420960 2 0.7376 0.879 0.208 0.792
#> SRR1355102 2 0.7528 0.876 0.216 0.784
#> SRR1084577 2 0.7139 0.880 0.196 0.804
#> SRR659971 2 0.0672 0.839 0.008 0.992
#> SRR1350855 2 0.7674 0.871 0.224 0.776
#> SRR820779 2 0.7528 0.876 0.216 0.784
#> SRR1476300 2 0.7528 0.876 0.216 0.784
#> SRR1090907 2 0.7602 0.874 0.220 0.780
#> SRR662294 2 0.6712 0.682 0.176 0.824
#> SRR1480789 2 0.0000 0.838 0.000 1.000
#> SRR1336263 2 0.7674 0.871 0.224 0.776
#> SRR660776 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1090508 2 0.6712 0.682 0.176 0.824
#> SRR615563 2 0.7528 0.876 0.216 0.784
#> SRR1101175 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2164650 2 0.0000 0.838 0.000 1.000
#> SRR1431205 2 0.5946 0.723 0.144 0.856
#> SRR1339856 2 0.7376 0.879 0.208 0.792
#> SRR1352147 2 0.5059 0.870 0.112 0.888
#> SRR808968 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR627419 2 0.6438 0.699 0.164 0.836
#> SRR1402391 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR663609 2 0.0376 0.840 0.004 0.996
#> SRR2167857 2 0.6712 0.682 0.176 0.824
#> SRR1398752 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1405437 2 0.0000 0.838 0.000 1.000
#> SRR1416955 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1317064 2 0.5737 0.874 0.136 0.864
#> SRR659001 2 0.7528 0.876 0.216 0.784
#> SRR2170696 2 0.7602 0.874 0.220 0.780
#> SRR816589 2 0.7376 0.879 0.208 0.792
#> SRR1087487 2 0.7453 0.878 0.212 0.788
#> SRR1329485 2 0.7453 0.878 0.212 0.788
#> SRR816920 2 0.7602 0.874 0.220 0.780
#> SRR1341432 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1361590 2 0.7674 0.871 0.224 0.776
#> SRR817046 2 0.7453 0.877 0.212 0.788
#> SRR1471331 2 0.7453 0.878 0.212 0.788
#> SRR660788 2 0.7602 0.874 0.220 0.780
#> SRR819234 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR810853 2 0.0000 0.838 0.000 1.000
#> SRR809427 2 0.6531 0.878 0.168 0.832
#> SRR2170217 2 0.7602 0.874 0.220 0.780
#> SRR1386967 2 0.7139 0.880 0.196 0.804
#> SRR1420344 2 0.0376 0.840 0.004 0.996
#> SRR1334535 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR614503 2 0.6438 0.878 0.164 0.836
#> SRR602564 2 0.7453 0.878 0.212 0.788
#> SRR1420669 2 0.7602 0.874 0.220 0.780
#> SRR819024 2 0.7528 0.876 0.216 0.784
#> SRR656223 2 0.0376 0.840 0.004 0.996
#> SRR608428 2 0.0000 0.838 0.000 1.000
#> SRR1345647 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1389324 2 0.6623 0.688 0.172 0.828
#> SRR1361368 2 0.4815 0.869 0.104 0.896
#> SRR1322619 2 0.0000 0.838 0.000 1.000
#> SRR1349276 2 0.7674 0.871 0.224 0.776
#> SRR1404024 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1370637 2 0.0000 0.838 0.000 1.000
#> SRR1452631 2 0.7674 0.871 0.224 0.776
#> SRR608392 2 0.0376 0.840 0.004 0.996
#> SRR1357757 2 0.7219 0.879 0.200 0.800
#> SRR1074646 2 0.7602 0.874 0.220 0.780
#> SRR1367499 2 0.7376 0.879 0.208 0.792
#> SRR1343501 2 0.4690 0.868 0.100 0.900
#> SRR1394406 2 0.7376 0.879 0.208 0.792
#> SRR1381435 2 0.6712 0.879 0.176 0.824
#> SRR1467407 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1092422 2 0.6712 0.682 0.176 0.824
#> SRR1380270 2 0.0000 0.838 0.000 1.000
#> SRR1091817 2 0.0000 0.838 0.000 1.000
#> SRR1440137 2 0.2423 0.852 0.040 0.960
#> SRR614311 2 0.3879 0.862 0.076 0.924
#> SRR1407516 2 0.7453 0.878 0.212 0.788
#> SRR815494 2 0.7528 0.876 0.216 0.784
#> SRR1333209 2 0.6531 0.879 0.168 0.832
#> SRR615177 2 0.7602 0.874 0.220 0.780
#> SRR1099648 2 0.0000 0.838 0.000 1.000
#> SRR659720 2 0.7139 0.880 0.196 0.804
#> SRR2185057 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1467125 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR657468 2 0.7602 0.874 0.220 0.780
#> SRR660042 2 0.7602 0.874 0.220 0.780
#> SRR2170864 2 0.0000 0.838 0.000 1.000
#> SRR1440491 2 0.7528 0.876 0.216 0.784
#> SRR1440852 2 0.7528 0.876 0.216 0.784
#> SRR811169 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1331311 2 0.7299 0.879 0.204 0.796
#> SRR818009 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1351836 2 0.0376 0.837 0.004 0.996
#> SRR1498313 2 0.6712 0.682 0.176 0.824
#> SRR1441975 2 0.0000 0.838 0.000 1.000
#> SRR819096 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1073679 2 0.6531 0.878 0.168 0.832
#> SRR1489116 2 0.0376 0.840 0.004 0.996
#> SRR1354138 2 0.7453 0.878 0.212 0.788
#> SRR1490589 2 0.7602 0.874 0.220 0.780
#> SRR1412987 2 0.7674 0.871 0.224 0.776
#> SRR602034 2 0.7528 0.876 0.216 0.784
#> SRR1353437 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1072871 2 0.7139 0.880 0.196 0.804
#> SRR661577 2 0.7528 0.876 0.216 0.784
#> SRR612190 2 0.7376 0.878 0.208 0.792
#> SRR1399880 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1101787 2 0.7528 0.876 0.216 0.784
#> SRR657869 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1446332 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR816039 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1485141 2 0.7453 0.878 0.212 0.788
#> SRR1476697 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1379538 2 0.3431 0.859 0.064 0.936
#> SRR1331422 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR660859 2 0.7376 0.879 0.208 0.792
#> SRR1097594 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1311419 2 0.7453 0.878 0.212 0.788
#> SRR1336706 2 0.0000 0.838 0.000 1.000
#> SRR1472976 2 0.7376 0.879 0.208 0.792
#> SRR1321307 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR807493 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR812461 2 0.7376 0.879 0.208 0.792
#> SRR1477149 2 0.6531 0.694 0.168 0.832
#> SRR1457397 2 0.0000 0.838 0.000 1.000
#> SRR661913 2 0.7528 0.876 0.216 0.784
#> SRR1069024 2 0.0000 0.838 0.000 1.000
#> SRR2165634 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1478722 2 0.7528 0.876 0.216 0.784
#> SRR1328642 2 0.6247 0.709 0.156 0.844
#> SRR1488261 2 0.7602 0.874 0.220 0.780
#> SRR1318815 2 0.7674 0.871 0.224 0.776
#> SRR816945 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1367432 2 0.7674 0.871 0.224 0.776
#> SRR1359280 2 0.5946 0.723 0.144 0.856
#> SRR1313910 2 0.0000 0.838 0.000 1.000
#> SRR1457315 2 0.7602 0.874 0.220 0.780
#> SRR815398 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR656958 2 0.7299 0.879 0.204 0.796
#> SRR600688 2 0.7453 0.878 0.212 0.788
#> SRR1098952 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1314916 2 0.7453 0.878 0.212 0.788
#> SRR614167 2 0.7528 0.876 0.216 0.784
#> SRR1348114 2 0.0938 0.843 0.012 0.988
#> SRR658033 2 0.2423 0.852 0.040 0.960
#> SRR1077503 2 0.7453 0.877 0.212 0.788
#> SRR661854 2 0.7219 0.879 0.200 0.800
#> SRR811379 2 0.7528 0.876 0.216 0.784
#> SRR1318857 2 0.0000 0.838 0.000 1.000
#> SRR656445 2 0.6973 0.879 0.188 0.812
#> SRR1433044 2 0.6712 0.682 0.176 0.824
#> SRR1486391 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR656071 2 0.7602 0.874 0.220 0.780
#> SRR1364824 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR816745 2 0.0000 0.838 0.000 1.000
#> SRR601038 2 0.0000 0.838 0.000 1.000
#> SRR1360080 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR814868 2 0.7528 0.876 0.216 0.784
#> SRR1485997 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1435560 2 0.7602 0.874 0.220 0.780
#> SRR1333330 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR663513 2 0.7602 0.874 0.220 0.780
#> SRR1328407 2 0.0000 0.838 0.000 1.000
#> SRR602784 2 0.0000 0.838 0.000 1.000
#> SRR1348468 2 0.7674 0.871 0.224 0.776
#> SRR663717 2 0.3431 0.859 0.064 0.936
#> SRR602217 2 0.0000 0.838 0.000 1.000
#> SRR603140 2 0.7528 0.876 0.216 0.784
#> SRR1340804 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1457574 2 0.7299 0.879 0.204 0.796
#> SRR1333462 2 0.6712 0.682 0.176 0.824
#> SRR1094601 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1434610 2 0.7602 0.874 0.220 0.780
#> SRR1435833 2 0.7299 0.879 0.204 0.796
#> SRR1398728 2 0.0000 0.838 0.000 1.000
#> SRR1358343 2 0.7674 0.871 0.224 0.776
#> SRR1410890 2 0.0000 0.838 0.000 1.000
#> SRR1350371 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1392478 2 0.0000 0.838 0.000 1.000
#> SRR1099260 2 0.1414 0.846 0.020 0.980
#> SRR1433576 2 0.7299 0.879 0.204 0.796
#> SRR1345541 2 0.7602 0.874 0.220 0.780
#> SRR1086328 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR810391 2 0.7528 0.876 0.216 0.784
#> SRR1476207 2 0.7528 0.876 0.216 0.784
#> SRR627435 2 0.3733 0.851 0.072 0.928
#> SRR1489862 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1419086 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1396191 2 0.7528 0.876 0.216 0.784
#> SRR1490115 2 0.7453 0.877 0.212 0.788
#> SRR1377714 2 0.7219 0.879 0.200 0.800
#> SRR819394 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR663161 2 0.7453 0.878 0.212 0.788
#> SRR607042 2 0.0000 0.838 0.000 1.000
#> SRR656203 2 0.5059 0.870 0.112 0.888
#> SRR660602 2 0.6973 0.879 0.188 0.812
#> SRR1440397 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1369264 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR809233 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR663249 2 0.0000 0.838 0.000 1.000
#> SRR661242 2 0.7299 0.879 0.204 0.796
#> SRR1332007 2 0.0000 0.838 0.000 1.000
#> SRR809619 2 0.4815 0.869 0.104 0.896
#> SRR819975 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR599281 2 0.0000 0.838 0.000 1.000
#> SRR662366 2 0.7528 0.876 0.216 0.784
#> SRR1317898 2 0.7528 0.876 0.216 0.784
#> SRR1382485 2 0.7528 0.876 0.216 0.784
#> SRR2166420 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1419429 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1092541 2 0.7528 0.876 0.216 0.784
#> SRR817444 2 0.4690 0.868 0.100 0.900
#> SRR1320403 2 0.6148 0.714 0.152 0.848
#> SRR1101483 2 0.0000 0.838 0.000 1.000
#> SRR1331684 2 0.7219 0.880 0.200 0.800
#> SRR1400054 2 0.7602 0.874 0.220 0.780
#> SRR1406088 2 0.0000 0.838 0.000 1.000
#> SRR820733 2 0.7602 0.874 0.220 0.780
#> SRR1314113 2 0.7602 0.874 0.220 0.780
#> SRR1382615 2 0.1414 0.846 0.020 0.980
#> SRR1480745 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1468850 2 0.0000 0.838 0.000 1.000
#> SRR656782 2 0.7528 0.876 0.216 0.784
#> SRR821364 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR659295 2 0.6712 0.682 0.176 0.824
#> SRR1357103 2 0.0000 0.838 0.000 1.000
#> SRR809185 2 0.7528 0.876 0.216 0.784
#> SRR811583 2 0.7453 0.878 0.212 0.788
#> SRR1468050 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1440224 2 0.0000 0.838 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1500170 2 0.5058 0.8519 0.000 0.756 0.244
#> SRR1402368 3 0.0000 0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR607743 3 0.2959 0.8394 0.000 0.100 0.900
#> SRR1457375 2 0.5216 0.8518 0.000 0.740 0.260
#> SRR1470923 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817954 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809259 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439785 3 0.0237 0.9279 0.000 0.004 0.996
#> SRR814768 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102031 3 0.6225 -0.1543 0.000 0.432 0.568
#> SRR1363611 3 0.4842 0.6181 0.000 0.224 0.776
#> SRR1468447 2 0.3752 0.8086 0.000 0.856 0.144
#> SRR1071931 3 0.0892 0.9217 0.000 0.020 0.980
#> SRR810981 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615299 2 0.1031 0.7401 0.000 0.976 0.024
#> SRR663585 3 0.0747 0.9237 0.000 0.016 0.984
#> SRR1326773 3 0.3038 0.8343 0.000 0.104 0.896
#> SRR1351166 2 0.5431 0.8407 0.000 0.716 0.284
#> SRR1477452 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084720 3 0.1289 0.9121 0.000 0.032 0.968
#> SRR1420320 3 0.1267 0.9187 0.004 0.024 0.972
#> SRR1081712 2 0.5216 0.8518 0.000 0.740 0.260
#> SRR1318241 3 0.0000 0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333718 2 0.5988 0.7355 0.000 0.632 0.368
#> SRR1313514 2 0.0000 0.7179 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477861 2 0.4887 0.8470 0.000 0.772 0.228
#> SRR1318005 2 0.0000 0.7179 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354665 2 0.5327 0.8476 0.000 0.728 0.272
#> SRR657707 3 0.0000 0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370742 3 0.0000 0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR1412947 2 0.6026 0.7302 0.000 0.624 0.376
#> SRR661553 3 0.0237 0.9273 0.004 0.000 0.996
#> SRR1328869 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662211 2 0.5098 0.8521 0.000 0.752 0.248
#> SRR1348181 3 0.0000 0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416560 3 0.0000 0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR1319772 3 0.0237 0.9279 0.000 0.004 0.996
#> SRR1091452 3 0.0829 0.9250 0.004 0.012 0.984
#> SRR1338812 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392072 2 0.0424 0.7261 0.000 0.992 0.008
#> SRR814844 3 0.0424 0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1376619 3 0.0237 0.9277 0.000 0.004 0.996
#> SRR603690 3 0.3038 0.8343 0.000 0.104 0.896
#> SRR2184980 2 0.5058 0.8519 0.000 0.756 0.244
#> SRR613963 3 0.0237 0.9273 0.004 0.000 0.996
#> SRR1323422 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397673 3 0.2356 0.8710 0.000 0.072 0.928
#> SRR1434650 2 0.4796 0.8434 0.000 0.780 0.220
#> SRR659875 2 0.5859 0.7730 0.000 0.656 0.344
#> SRR1465734 3 0.0000 0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR1076847 2 0.0237 0.7222 0.000 0.996 0.004
#> SRR1415072 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659319 3 0.5621 0.4008 0.000 0.308 0.692
#> SRR663088 3 0.0424 0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1352021 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659935 3 0.1267 0.9187 0.004 0.024 0.972
#> SRR1352530 3 0.0000 0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR662594 3 0.0000 0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095309 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615647 3 0.0000 0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR813019 2 0.4842 0.8449 0.000 0.776 0.224
#> SRR1374647 2 0.5254 0.8504 0.000 0.736 0.264
#> SRR603472 2 0.4555 0.8369 0.000 0.800 0.200
#> SRR661529 3 0.0237 0.9273 0.004 0.000 0.996
#> SRR607018 3 0.5678 0.3739 0.000 0.316 0.684
#> SRR627423 2 0.5650 0.7581 0.000 0.688 0.312
#> SRR654921 3 0.0424 0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1418968 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660871 3 0.0000 0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330522 3 0.0000 0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499958 2 0.5397 0.8432 0.000 0.720 0.280
#> SRR614059 3 0.0237 0.9273 0.004 0.000 0.996
#> SRR1071403 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486719 2 0.5098 0.8520 0.000 0.752 0.248
#> SRR1440421 2 0.0747 0.7334 0.000 0.984 0.016
#> SRR1310412 3 0.0424 0.9268 0.000 0.008 0.992
#> SRR614767 2 0.5254 0.8508 0.000 0.736 0.264
#> SRR820709 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658093 3 0.3482 0.7970 0.000 0.128 0.872
#> SRR1088168 3 0.2066 0.8850 0.000 0.060 0.940
#> SRR1418707 2 0.5098 0.8520 0.000 0.752 0.248
#> SRR1354291 2 0.0000 0.7179 0.000 1.000 0.000
#> SRR2165806 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415684 3 0.0475 0.9275 0.004 0.004 0.992
#> SRR1433860 3 0.0237 0.9277 0.000 0.004 0.996
#> SRR1311062 2 0.5178 0.8522 0.000 0.744 0.256
#> SRR1360359 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661385 3 0.2165 0.8819 0.000 0.064 0.936
#> SRR615407 2 0.5254 0.8504 0.000 0.736 0.264
#> SRR1413892 3 0.4346 0.6982 0.000 0.184 0.816
#> SRR1443459 2 0.5678 0.8127 0.000 0.684 0.316
#> SRR1338942 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657480 3 0.0237 0.9279 0.000 0.004 0.996
#> SRR1399433 3 0.1267 0.9184 0.004 0.024 0.972
#> SRR818537 2 0.5254 0.8453 0.000 0.736 0.264
#> SRR1101324 3 0.0237 0.9273 0.004 0.000 0.996
#> SRR807637 3 0.3551 0.7923 0.000 0.132 0.868
#> SRR1091918 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598300 3 0.0237 0.9273 0.004 0.000 0.996
#> SRR1085426 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.5254 0.8508 0.000 0.736 0.264
#> SRR813891 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467431 3 0.3941 0.7557 0.000 0.156 0.844
#> SRR658742 3 0.0237 0.9273 0.004 0.000 0.996
#> SRR1419234 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404813 2 0.5291 0.8489 0.000 0.732 0.268
#> SRR603496 3 0.0892 0.9220 0.000 0.020 0.980
#> SRR1407758 3 0.0237 0.9277 0.000 0.004 0.996
#> SRR810945 2 0.5216 0.8518 0.000 0.740 0.260
#> SRR817234 2 0.0237 0.7221 0.000 0.996 0.004
#> SRR1444852 3 0.0000 0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR660378 3 0.2261 0.8758 0.000 0.068 0.932
#> SRR1467835 2 0.5431 0.8407 0.000 0.716 0.284
#> SRR1338964 3 0.0000 0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR1079259 3 0.0475 0.9278 0.004 0.004 0.992
#> SRR1072345 3 0.0000 0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR598725 3 0.0000 0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447938 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360460 3 0.0424 0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1429468 2 0.5058 0.8519 0.000 0.756 0.244
#> SRR1446850 2 0.5178 0.8508 0.000 0.744 0.256
#> SRR1320363 3 0.0237 0.9274 0.000 0.004 0.996
#> SRR1413810 3 0.0237 0.9277 0.000 0.004 0.996
#> SRR598831 2 0.5431 0.8407 0.000 0.716 0.284
#> SRR1381865 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660957 3 0.0000 0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR1491332 3 0.5397 0.4753 0.000 0.280 0.720
#> SRR1099744 2 0.5178 0.8526 0.000 0.744 0.256
#> SRR1464618 3 0.6168 -0.0685 0.000 0.412 0.588
#> SRR1414559 3 0.0237 0.9273 0.004 0.000 0.996
#> SRR1337540 3 0.0424 0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1444283 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2184942 3 0.0237 0.9274 0.000 0.004 0.996
#> SRR660295 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR601335 3 0.0237 0.9277 0.000 0.004 0.996
#> SRR1363742 3 0.3482 0.7970 0.000 0.128 0.872
#> SRR1345847 3 0.3038 0.8345 0.000 0.104 0.896
#> SRR614960 3 0.0237 0.9273 0.004 0.000 0.996
#> SRR819919 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603330 2 0.0000 0.7179 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327951 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345266 2 0.6168 0.6620 0.000 0.588 0.412
#> SRR1338055 2 0.5178 0.8523 0.000 0.744 0.256
#> SRR1430157 2 0.5650 0.8161 0.000 0.688 0.312
#> SRR1320137 2 0.5397 0.8440 0.000 0.720 0.280
#> SRR1093483 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459913 3 0.0000 0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170490 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479845 3 0.0000 0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR1436420 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481060 2 0.5988 0.7355 0.000 0.632 0.368
#> SRR662282 3 0.0000 0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487089 3 0.0424 0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1075683 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338536 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338880 3 0.6274 -0.2677 0.000 0.456 0.544
#> SRR1453456 3 0.0237 0.9277 0.000 0.004 0.996
#> SRR1457895 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440603 2 0.4654 0.8402 0.000 0.792 0.208
#> SRR658633 2 0.5216 0.8518 0.000 0.740 0.260
#> SRR1388081 3 0.0892 0.9215 0.000 0.020 0.980
#> SRR813339 3 0.0237 0.9274 0.000 0.004 0.996
#> SRR809725 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR627441 2 0.0000 0.7179 0.000 1.000 0.000
#> SRR613603 3 0.0000 0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR1096571 2 0.5882 0.7676 0.000 0.652 0.348
#> SRR1392701 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1344326 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367693 2 0.6168 0.6620 0.000 0.588 0.412
#> SRR660697 3 0.2496 0.8778 0.004 0.068 0.928
#> SRR1489926 3 0.0892 0.9220 0.000 0.020 0.980
#> SRR811491 3 0.0237 0.9274 0.000 0.004 0.996
#> SRR1311644 3 0.0237 0.9273 0.004 0.000 0.996
#> SRR1451740 3 0.0000 0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR615117 2 0.4555 0.8369 0.000 0.800 0.200
#> SRR1391748 3 0.0424 0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1466556 3 0.0000 0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR614972 3 0.0000 0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406200 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819210 3 0.0237 0.9273 0.004 0.000 0.996
#> SRR662174 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811988 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663236 3 0.0237 0.9273 0.004 0.000 0.996
#> SRR1312598 2 0.5291 0.8489 0.000 0.732 0.268
#> SRR1330129 2 0.0424 0.7261 0.000 0.992 0.008
#> SRR1357781 2 0.0000 0.7179 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315517 2 0.0000 0.7179 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400032 3 0.0000 0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413722 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR612827 3 0.0000 0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR814794 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819430 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1395509 3 0.2096 0.8916 0.004 0.052 0.944
#> SRR808728 3 0.6235 -0.1560 0.000 0.436 0.564
#> SRR1070813 2 0.5678 0.8122 0.000 0.684 0.316
#> SRR1389133 3 0.0237 0.9273 0.004 0.000 0.996
#> SRR601263 3 0.0000 0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR604718 3 0.0661 0.9268 0.004 0.008 0.988
#> SRR1481351 3 0.0892 0.9220 0.000 0.020 0.980
#> SRR1334608 3 0.5621 0.4008 0.000 0.308 0.692
#> SRR658681 2 0.5882 0.7676 0.000 0.652 0.348
#> SRR809283 3 0.0424 0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1459300 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392547 2 0.5882 0.7676 0.000 0.652 0.348
#> SRR811049 3 0.0000 0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR1464835 3 0.0424 0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1339619 2 0.5678 0.8127 0.000 0.684 0.316
#> SRR658501 3 0.0000 0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447523 3 0.0237 0.9273 0.004 0.000 0.996
#> SRR1415048 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444348 2 0.6225 0.6158 0.000 0.568 0.432
#> SRR603890 2 0.0000 0.7179 0.000 1.000 0.000
#> SRR810595 3 0.0424 0.9267 0.000 0.008 0.992
#> SRR1446244 2 0.6168 0.6620 0.000 0.588 0.412
#> SRR817373 3 0.1267 0.9184 0.004 0.024 0.972
#> SRR1457291 3 0.2165 0.8825 0.000 0.064 0.936
#> SRR598220 3 0.2959 0.8394 0.000 0.100 0.900
#> SRR1477991 2 0.5254 0.8508 0.000 0.736 0.264
#> SRR598172 2 0.5178 0.8523 0.000 0.744 0.256
#> SRR1349032 2 0.6215 0.6265 0.000 0.572 0.428
#> SRR604002 2 0.1643 0.7552 0.000 0.956 0.044
#> SRR1378026 3 0.1289 0.9120 0.000 0.032 0.968
#> SRR1404401 2 0.0000 0.7179 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333240 2 0.4399 0.8313 0.000 0.812 0.188
#> SRR1089399 2 0.5016 0.8514 0.000 0.760 0.240
#> SRR603421 2 0.0237 0.7221 0.000 0.996 0.004
#> SRR812562 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808520 3 0.6235 -0.1560 0.000 0.436 0.564
#> SRR811839 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814317 2 0.5058 0.8519 0.000 0.756 0.244
#> SRR1436763 3 0.0424 0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1486021 3 0.2165 0.8825 0.000 0.064 0.936
#> SRR1465018 2 0.0237 0.7221 0.000 0.996 0.004
#> SRR1080998 3 0.0000 0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083432 3 0.0747 0.9236 0.000 0.016 0.984
#> SRR1082833 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326536 3 0.0000 0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR614011 2 0.5733 0.8044 0.000 0.676 0.324
#> SRR1365873 2 0.5254 0.8498 0.000 0.736 0.264
#> SRR1498789 2 0.5254 0.8508 0.000 0.736 0.264
#> SRR601581 3 0.6168 -0.0685 0.000 0.412 0.588
#> SRR603566 2 0.5882 0.7676 0.000 0.652 0.348
#> SRR1373981 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR821410 2 0.5216 0.8518 0.000 0.740 0.260
#> SRR1076511 3 0.0424 0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR614143 3 0.1031 0.9194 0.000 0.024 0.976
#> SRR1333570 3 0.0000 0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR1366813 2 0.5397 0.8432 0.000 0.720 0.280
#> SRR1388746 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420558 3 0.0237 0.9273 0.004 0.000 0.996
#> SRR1409510 3 0.0237 0.9277 0.000 0.004 0.996
#> SRR816250 2 0.5254 0.8508 0.000 0.736 0.264
#> SRR614131 2 0.6267 0.5272 0.000 0.548 0.452
#> SRR1331130 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316015 3 0.0000 0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470798 3 0.0237 0.9277 0.000 0.004 0.996
#> SRR614179 2 0.5016 0.8483 0.000 0.760 0.240
#> SRR1474863 2 0.5216 0.8518 0.000 0.740 0.260
#> SRR813560 2 0.5058 0.8519 0.000 0.756 0.244
#> SRR1312187 3 0.3941 0.7518 0.000 0.156 0.844
#> SRR1420960 3 0.0424 0.9267 0.000 0.008 0.992
#> SRR1355102 3 0.0000 0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR1084577 3 0.1289 0.9121 0.000 0.032 0.968
#> SRR659971 2 0.5291 0.8496 0.000 0.732 0.268
#> SRR1350855 3 0.0424 0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR820779 3 0.0000 0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476300 3 0.0000 0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090907 3 0.0237 0.9273 0.004 0.000 0.996
#> SRR662294 2 0.0000 0.7179 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480789 2 0.5529 0.8251 0.000 0.704 0.296
#> SRR1336263 3 0.0424 0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR660776 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090508 2 0.0000 0.7179 0.000 1.000 0.000
#> SRR615563 3 0.0661 0.9268 0.004 0.008 0.988
#> SRR1101175 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2164650 2 0.5926 0.7557 0.000 0.644 0.356
#> SRR1431205 2 0.1411 0.7497 0.000 0.964 0.036
#> SRR1339856 3 0.1989 0.8990 0.004 0.048 0.948
#> SRR1352147 3 0.5733 0.3349 0.000 0.324 0.676
#> SRR808968 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR627419 2 0.0592 0.7298 0.000 0.988 0.012
#> SRR1402391 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663609 3 0.6180 -0.0552 0.000 0.416 0.584
#> SRR2167857 2 0.0000 0.7179 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398752 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405437 2 0.5254 0.8513 0.000 0.736 0.264
#> SRR1416955 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317064 3 0.5431 0.4626 0.000 0.284 0.716
#> SRR659001 3 0.0661 0.9268 0.004 0.008 0.988
#> SRR2170696 3 0.0237 0.9273 0.004 0.000 0.996
#> SRR816589 3 0.1031 0.9185 0.000 0.024 0.976
#> SRR1087487 3 0.0237 0.9277 0.000 0.004 0.996
#> SRR1329485 3 0.0237 0.9277 0.000 0.004 0.996
#> SRR816920 3 0.0237 0.9273 0.004 0.000 0.996
#> SRR1341432 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361590 3 0.0424 0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR817046 3 0.0237 0.9274 0.000 0.004 0.996
#> SRR1471331 3 0.0237 0.9277 0.000 0.004 0.996
#> SRR660788 3 0.0237 0.9273 0.004 0.000 0.996
#> SRR819234 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810853 2 0.5254 0.8453 0.000 0.736 0.264
#> SRR809427 3 0.3192 0.8232 0.000 0.112 0.888
#> SRR2170217 3 0.0237 0.9273 0.004 0.000 0.996
#> SRR1386967 3 0.1163 0.9163 0.000 0.028 0.972
#> SRR1420344 2 0.5397 0.8432 0.000 0.720 0.280
#> SRR1334535 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614503 3 0.3192 0.8218 0.000 0.112 0.888
#> SRR602564 3 0.1129 0.9216 0.004 0.020 0.976
#> SRR1420669 3 0.0237 0.9273 0.004 0.000 0.996
#> SRR819024 3 0.0000 0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR656223 3 0.5621 0.4008 0.000 0.308 0.692
#> SRR608428 2 0.5216 0.8518 0.000 0.740 0.260
#> SRR1345647 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389324 2 0.0237 0.7221 0.000 0.996 0.004
#> SRR1361368 3 0.4842 0.6181 0.000 0.224 0.776
#> SRR1322619 2 0.5254 0.8509 0.000 0.736 0.264
#> SRR1349276 3 0.0424 0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1404024 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370637 2 0.5098 0.8520 0.000 0.752 0.248
#> SRR1452631 3 0.0424 0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR608392 3 0.5621 0.4008 0.000 0.308 0.692
#> SRR1357757 3 0.0892 0.9220 0.000 0.020 0.980
#> SRR1074646 3 0.0237 0.9273 0.004 0.000 0.996
#> SRR1367499 3 0.0747 0.9236 0.000 0.016 0.984
#> SRR1343501 3 0.6235 -0.1560 0.000 0.436 0.564
#> SRR1394406 3 0.0424 0.9268 0.000 0.008 0.992
#> SRR1381435 3 0.2261 0.8758 0.000 0.068 0.932
#> SRR1467407 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092422 2 0.0000 0.7179 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380270 2 0.5621 0.8131 0.000 0.692 0.308
#> SRR1091817 2 0.5254 0.8506 0.000 0.736 0.264
#> SRR1440137 2 0.6026 0.7302 0.000 0.624 0.376
#> SRR614311 3 0.5178 0.5429 0.000 0.256 0.744
#> SRR1407516 3 0.1525 0.9127 0.004 0.032 0.964
#> SRR815494 3 0.0000 0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333209 3 0.2796 0.8503 0.000 0.092 0.908
#> SRR615177 3 0.0237 0.9273 0.004 0.000 0.996
#> SRR1099648 2 0.5988 0.7355 0.000 0.632 0.368
#> SRR659720 3 0.1031 0.9194 0.000 0.024 0.976
#> SRR2185057 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467125 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657468 3 0.0237 0.9273 0.004 0.000 0.996
#> SRR660042 3 0.0237 0.9273 0.004 0.000 0.996
#> SRR2170864 2 0.5254 0.8506 0.000 0.736 0.264
#> SRR1440491 3 0.0829 0.9250 0.004 0.012 0.984
#> SRR1440852 3 0.0000 0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR811169 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331311 3 0.1267 0.9187 0.004 0.024 0.972
#> SRR818009 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351836 2 0.5058 0.8519 0.000 0.756 0.244
#> SRR1498313 2 0.0000 0.7179 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441975 2 0.5216 0.8518 0.000 0.740 0.260
#> SRR819096 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073679 3 0.3192 0.8232 0.000 0.112 0.888
#> SRR1489116 3 0.5859 0.2752 0.000 0.344 0.656
#> SRR1354138 3 0.0237 0.9277 0.000 0.004 0.996
#> SRR1490589 3 0.0237 0.9273 0.004 0.000 0.996
#> SRR1412987 3 0.0424 0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR602034 3 0.0000 0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR1353437 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072871 3 0.1031 0.9194 0.000 0.024 0.976
#> SRR661577 3 0.1267 0.9182 0.004 0.024 0.972
#> SRR612190 3 0.0892 0.9217 0.000 0.020 0.980
#> SRR1399880 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101787 3 0.0829 0.9256 0.004 0.012 0.984
#> SRR657869 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446332 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816039 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485141 3 0.0237 0.9277 0.000 0.004 0.996
#> SRR1476697 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379538 3 0.6267 -0.2481 0.000 0.452 0.548
#> SRR1331422 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660859 3 0.0424 0.9268 0.000 0.008 0.992
#> SRR1097594 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311419 3 0.0237 0.9277 0.000 0.004 0.996
#> SRR1336706 2 0.5859 0.7734 0.000 0.656 0.344
#> SRR1472976 3 0.1129 0.9213 0.004 0.020 0.976
#> SRR1321307 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR807493 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR812461 3 0.0747 0.9236 0.000 0.016 0.984
#> SRR1477149 2 0.0424 0.7261 0.000 0.992 0.008
#> SRR1457397 2 0.4555 0.8369 0.000 0.800 0.200
#> SRR661913 3 0.0000 0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR1069024 2 0.5621 0.8131 0.000 0.692 0.308
#> SRR2165634 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478722 3 0.0000 0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR1328642 2 0.0892 0.7368 0.000 0.980 0.020
#> SRR1488261 3 0.0237 0.9273 0.004 0.000 0.996
#> SRR1318815 3 0.0424 0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR816945 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367432 3 0.0424 0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1359280 2 0.1289 0.7468 0.000 0.968 0.032
#> SRR1313910 2 0.5733 0.8037 0.000 0.676 0.324
#> SRR1457315 3 0.0237 0.9273 0.004 0.000 0.996
#> SRR815398 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656958 3 0.1031 0.9186 0.000 0.024 0.976
#> SRR600688 3 0.1129 0.9216 0.004 0.020 0.976
#> SRR1098952 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314916 3 0.0237 0.9277 0.000 0.004 0.996
#> SRR614167 3 0.0000 0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348114 2 0.5905 0.7691 0.000 0.648 0.352
#> SRR658033 2 0.6225 0.6082 0.000 0.568 0.432
#> SRR1077503 3 0.0237 0.9274 0.000 0.004 0.996
#> SRR661854 3 0.0892 0.9220 0.000 0.020 0.980
#> SRR811379 3 0.0829 0.9250 0.004 0.012 0.984
#> SRR1318857 2 0.5678 0.8133 0.000 0.684 0.316
#> SRR656445 3 0.2066 0.8850 0.000 0.060 0.940
#> SRR1433044 2 0.0000 0.7179 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486391 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656071 3 0.0237 0.9273 0.004 0.000 0.996
#> SRR1364824 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816745 2 0.5254 0.8453 0.000 0.736 0.264
#> SRR601038 2 0.5859 0.7730 0.000 0.656 0.344
#> SRR1360080 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814868 3 0.0000 0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR1485997 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435560 3 0.0475 0.9275 0.004 0.004 0.992
#> SRR1333330 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663513 3 0.0237 0.9273 0.004 0.000 0.996
#> SRR1328407 2 0.4842 0.8449 0.000 0.776 0.224
#> SRR602784 2 0.5988 0.7355 0.000 0.632 0.368
#> SRR1348468 3 0.0424 0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR663717 2 0.6244 0.5971 0.000 0.560 0.440
#> SRR602217 2 0.5254 0.8506 0.000 0.736 0.264
#> SRR603140 3 0.0000 0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340804 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457574 3 0.1031 0.9186 0.000 0.024 0.976
#> SRR1333462 2 0.0000 0.7179 0.000 1.000 0.000
#> SRR1094601 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434610 3 0.0237 0.9273 0.004 0.000 0.996
#> SRR1435833 3 0.1267 0.9187 0.004 0.024 0.972
#> SRR1398728 2 0.5591 0.8239 0.000 0.696 0.304
#> SRR1358343 3 0.0848 0.9244 0.008 0.008 0.984
#> SRR1410890 2 0.5678 0.8127 0.000 0.684 0.316
#> SRR1350371 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392478 2 0.5465 0.8378 0.000 0.712 0.288
#> SRR1099260 3 0.5621 0.4003 0.000 0.308 0.692
#> SRR1433576 3 0.0747 0.9238 0.000 0.016 0.984
#> SRR1345541 3 0.0237 0.9273 0.004 0.000 0.996
#> SRR1086328 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810391 3 0.0000 0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476207 3 0.0000 0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR627435 2 0.5650 0.7581 0.000 0.688 0.312
#> SRR1489862 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419086 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396191 3 0.0000 0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490115 3 0.0237 0.9274 0.000 0.004 0.996
#> SRR1377714 3 0.0892 0.9220 0.000 0.020 0.980
#> SRR819394 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663161 3 0.1129 0.9216 0.004 0.020 0.976
#> SRR607042 2 0.5760 0.7931 0.000 0.672 0.328
#> SRR656203 3 0.5733 0.3349 0.000 0.324 0.676
#> SRR660602 3 0.2066 0.8850 0.000 0.060 0.940
#> SRR1440397 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1369264 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809233 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663249 2 0.5678 0.8133 0.000 0.684 0.316
#> SRR661242 3 0.0892 0.9215 0.000 0.020 0.980
#> SRR1332007 2 0.4796 0.8436 0.000 0.780 0.220
#> SRR809619 3 0.4750 0.6365 0.000 0.216 0.784
#> SRR819975 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR599281 2 0.5216 0.8518 0.000 0.740 0.260
#> SRR662366 3 0.0000 0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR1317898 3 0.0000 0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR1382485 3 0.0829 0.9250 0.004 0.012 0.984
#> SRR2166420 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419429 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092541 3 0.0000 0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR817444 3 0.6235 -0.1560 0.000 0.436 0.564
#> SRR1320403 2 0.1031 0.7401 0.000 0.976 0.024
#> SRR1101483 2 0.5733 0.8037 0.000 0.676 0.324
#> SRR1331684 3 0.1289 0.9120 0.000 0.032 0.968
#> SRR1400054 3 0.0237 0.9273 0.004 0.000 0.996
#> SRR1406088 2 0.5678 0.8127 0.000 0.684 0.316
#> SRR820733 3 0.0237 0.9273 0.004 0.000 0.996
#> SRR1314113 3 0.0237 0.9273 0.004 0.000 0.996
#> SRR1382615 3 0.5291 0.5108 0.000 0.268 0.732
#> SRR1480745 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468850 2 0.5178 0.8519 0.000 0.744 0.256
#> SRR656782 3 0.0000 0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR821364 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659295 2 0.0000 0.7179 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357103 2 0.5706 0.8014 0.000 0.680 0.320
#> SRR809185 3 0.0829 0.9250 0.004 0.012 0.984
#> SRR811583 3 0.1399 0.9168 0.004 0.028 0.968
#> SRR1468050 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440224 2 0.5254 0.8508 0.000 0.736 0.264
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1500170 2 0.4222 0.6889 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1402368 3 0.0336 0.8123 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR607743 3 0.6448 0.0180 0.000 0.092 0.592 0.316
#> SRR1457375 2 0.5477 0.6934 0.000 0.728 0.092 0.180
#> SRR1470923 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785 3 0.1305 0.8059 0.000 0.004 0.960 0.036
#> SRR814768 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031 4 0.7500 -0.1053 0.000 0.404 0.180 0.416
#> SRR1363611 4 0.6686 0.5676 0.000 0.200 0.180 0.620
#> SRR1468447 2 0.5558 0.6364 0.000 0.608 0.028 0.364
#> SRR1071931 3 0.5594 -0.5160 0.000 0.020 0.520 0.460
#> SRR810981 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299 2 0.4748 0.6103 0.000 0.716 0.016 0.268
#> SRR663585 3 0.0927 0.8076 0.000 0.016 0.976 0.008
#> SRR1326773 3 0.6599 -0.1245 0.000 0.096 0.564 0.340
#> SRR1351166 2 0.5337 0.6819 0.000 0.696 0.044 0.260
#> SRR1477452 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720 3 0.1209 0.8021 0.000 0.032 0.964 0.004
#> SRR1420320 4 0.5026 0.7889 0.000 0.016 0.312 0.672
#> SRR1081712 2 0.5477 0.6934 0.000 0.728 0.092 0.180
#> SRR1318241 3 0.2704 0.6906 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR1333718 2 0.5823 0.4999 0.000 0.608 0.348 0.044
#> SRR1313514 2 0.4164 0.6016 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR1477861 2 0.6714 0.6226 0.000 0.612 0.228 0.160
#> SRR1318005 2 0.4164 0.6016 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR1354665 2 0.4560 0.6763 0.000 0.700 0.004 0.296
#> SRR657707 3 0.2704 0.6934 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR1370742 3 0.0188 0.8132 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1412947 2 0.6617 0.5879 0.000 0.600 0.120 0.280
#> SRR661553 4 0.4941 0.7240 0.000 0.000 0.436 0.564
#> SRR1328869 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211 2 0.5136 0.7026 0.000 0.728 0.048 0.224
#> SRR1348181 3 0.0188 0.8132 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1416560 3 0.0188 0.8131 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1319772 3 0.1576 0.7973 0.000 0.004 0.948 0.048
#> SRR1091452 4 0.5396 0.6693 0.000 0.012 0.464 0.524
#> SRR1338812 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072 2 0.4222 0.6041 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR814844 4 0.4655 0.7904 0.004 0.000 0.312 0.684
#> SRR1376619 3 0.0376 0.8137 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR603690 3 0.6727 -0.3233 0.000 0.096 0.520 0.384
#> SRR2184980 2 0.4222 0.6889 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR613963 4 0.4907 0.7408 0.000 0.000 0.420 0.580
#> SRR1323422 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673 3 0.2376 0.7540 0.000 0.068 0.916 0.016
#> SRR1434650 2 0.4655 0.6539 0.000 0.760 0.208 0.032
#> SRR659875 2 0.5717 0.5402 0.000 0.632 0.324 0.044
#> SRR1465734 3 0.2760 0.6873 0.000 0.000 0.872 0.128
#> SRR1076847 2 0.4283 0.6073 0.000 0.740 0.004 0.256
#> SRR1415072 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319 3 0.5383 0.4404 0.000 0.292 0.672 0.036
#> SRR663088 4 0.4720 0.7913 0.004 0.000 0.324 0.672
#> SRR1352021 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935 4 0.5047 0.7897 0.000 0.016 0.316 0.668
#> SRR1352530 3 0.0336 0.8129 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR662594 3 0.2760 0.6873 0.000 0.000 0.872 0.128
#> SRR1095309 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647 3 0.0336 0.8129 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR813019 2 0.4692 0.6518 0.000 0.756 0.212 0.032
#> SRR1374647 2 0.5582 0.6902 0.000 0.724 0.108 0.168
#> SRR603472 2 0.6613 0.6313 0.000 0.628 0.200 0.172
#> SRR661529 3 0.4985 -0.5191 0.000 0.000 0.532 0.468
#> SRR607018 3 0.5430 0.4289 0.000 0.300 0.664 0.036
#> SRR627423 2 0.7591 0.5029 0.000 0.452 0.208 0.340
#> SRR654921 4 0.4655 0.7904 0.004 0.000 0.312 0.684
#> SRR1418968 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871 3 0.0188 0.8132 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1330522 3 0.0188 0.8132 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1499958 2 0.4584 0.6704 0.000 0.696 0.004 0.300
#> SRR614059 3 0.1022 0.8005 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1071403 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719 2 0.4250 0.6876 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR1440421 2 0.4539 0.6066 0.000 0.720 0.008 0.272
#> SRR1310412 3 0.4539 0.3286 0.000 0.008 0.720 0.272
#> SRR614767 2 0.5292 0.6963 0.000 0.724 0.060 0.216
#> SRR820709 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093 3 0.3485 0.6840 0.000 0.116 0.856 0.028
#> SRR1088168 3 0.1970 0.7675 0.000 0.060 0.932 0.008
#> SRR1418707 2 0.4250 0.6876 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR1354291 2 0.4164 0.6016 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR2165806 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684 4 0.5137 0.7045 0.000 0.004 0.452 0.544
#> SRR1433860 3 0.0188 0.8127 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1311062 2 0.5184 0.7003 0.000 0.732 0.056 0.212
#> SRR1360359 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385 3 0.2174 0.7634 0.000 0.052 0.928 0.020
#> SRR615407 2 0.5582 0.6902 0.000 0.724 0.108 0.168
#> SRR1413892 3 0.4244 0.6108 0.000 0.168 0.800 0.032
#> SRR1443459 2 0.4643 0.6401 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1338942 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480 3 0.1661 0.7948 0.000 0.004 0.944 0.052
#> SRR1399433 4 0.5602 0.7456 0.000 0.024 0.408 0.568
#> SRR818537 2 0.5025 0.6257 0.000 0.716 0.252 0.032
#> SRR1101324 4 0.4961 0.7055 0.000 0.000 0.448 0.552
#> SRR807637 4 0.6338 0.7086 0.000 0.120 0.236 0.644
#> SRR1091918 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300 3 0.4304 0.2862 0.000 0.000 0.716 0.284
#> SRR1085426 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.5254 0.6969 0.000 0.724 0.056 0.220
#> SRR813891 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431 4 0.6897 0.6655 0.000 0.144 0.284 0.572
#> SRR658742 4 0.4941 0.7259 0.000 0.000 0.436 0.564
#> SRR1419234 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813 2 0.4356 0.6774 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR603496 3 0.2300 0.7831 0.000 0.016 0.920 0.064
#> SRR1407758 3 0.0376 0.8137 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR810945 2 0.5356 0.6987 0.000 0.728 0.072 0.200
#> SRR817234 2 0.4193 0.6029 0.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR1444852 3 0.0188 0.8132 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR660378 3 0.2300 0.7579 0.000 0.064 0.920 0.016
#> SRR1467835 2 0.5337 0.6819 0.000 0.696 0.044 0.260
#> SRR1338964 3 0.2647 0.6991 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR1079259 4 0.5112 0.7138 0.000 0.004 0.436 0.560
#> SRR1072345 3 0.2589 0.7013 0.000 0.000 0.884 0.116
#> SRR598725 3 0.0188 0.8132 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1447938 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460 4 0.4655 0.7904 0.004 0.000 0.312 0.684
#> SRR1429468 2 0.4222 0.6889 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1446850 2 0.5434 0.6984 0.000 0.728 0.084 0.188
#> SRR1320363 3 0.1004 0.8078 0.000 0.004 0.972 0.024
#> SRR1413810 3 0.0376 0.8137 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR598831 2 0.5337 0.6819 0.000 0.696 0.044 0.260
#> SRR1381865 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957 3 0.0188 0.8132 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1491332 3 0.5200 0.4775 0.000 0.264 0.700 0.036
#> SRR1099744 2 0.5090 0.6988 0.000 0.728 0.044 0.228
#> SRR1464618 4 0.6520 -0.0538 0.000 0.384 0.080 0.536
#> SRR1414559 4 0.4941 0.7259 0.000 0.000 0.436 0.564
#> SRR1337540 4 0.4655 0.7904 0.004 0.000 0.312 0.684
#> SRR1444283 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942 3 0.1489 0.7924 0.000 0.004 0.952 0.044
#> SRR660295 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335 3 0.0376 0.8137 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1363742 3 0.3485 0.6840 0.000 0.116 0.856 0.028
#> SRR1345847 4 0.6307 0.7432 0.000 0.092 0.288 0.620
#> SRR614960 3 0.1022 0.8005 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR819919 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330 2 0.4164 0.6016 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR1327951 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266 2 0.5700 0.5092 0.000 0.560 0.028 0.412
#> SRR1338055 2 0.6603 0.6682 0.000 0.580 0.104 0.316
#> SRR1430157 2 0.4624 0.6432 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR1320137 2 0.4608 0.6717 0.000 0.692 0.004 0.304
#> SRR1093483 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913 3 0.0188 0.8132 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2170490 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845 3 0.0188 0.8132 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1436420 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060 2 0.5823 0.4999 0.000 0.608 0.348 0.044
#> SRR662282 3 0.0188 0.8132 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1487089 4 0.4655 0.7904 0.004 0.000 0.312 0.684
#> SRR1075683 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880 4 0.7007 -0.1877 0.000 0.432 0.116 0.452
#> SRR1453456 3 0.0376 0.8136 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1457895 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603 2 0.6602 0.6312 0.000 0.628 0.208 0.164
#> SRR658633 2 0.5457 0.6952 0.000 0.728 0.088 0.184
#> SRR1388081 4 0.5604 0.6348 0.000 0.020 0.476 0.504
#> SRR813339 3 0.1109 0.8041 0.000 0.004 0.968 0.028
#> SRR809725 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441 2 0.4164 0.6016 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR613603 3 0.2704 0.6906 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR1096571 2 0.5736 0.5349 0.000 0.628 0.328 0.044
#> SRR1392701 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693 2 0.5700 0.5092 0.000 0.560 0.028 0.412
#> SRR660697 4 0.6234 0.7559 0.000 0.068 0.348 0.584
#> SRR1489926 3 0.2300 0.7831 0.000 0.016 0.920 0.064
#> SRR811491 3 0.1109 0.8041 0.000 0.004 0.968 0.028
#> SRR1311644 4 0.4961 0.7055 0.000 0.000 0.448 0.552
#> SRR1451740 3 0.0188 0.8132 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR615117 2 0.6537 0.6350 0.000 0.636 0.200 0.164
#> SRR1391748 4 0.4655 0.7904 0.004 0.000 0.312 0.684
#> SRR1466556 3 0.0336 0.8123 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR614972 3 0.0188 0.8131 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1406200 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210 4 0.4941 0.7240 0.000 0.000 0.436 0.564
#> SRR662174 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236 4 0.4981 0.6759 0.000 0.000 0.464 0.536
#> SRR1312598 2 0.4356 0.6774 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR1330129 2 0.4222 0.6041 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1357781 2 0.4164 0.6016 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR1315517 2 0.4164 0.6016 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR1400032 3 0.0188 0.8132 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1413722 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827 3 0.0188 0.8132 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR814794 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509 4 0.5365 0.7636 0.000 0.044 0.264 0.692
#> SRR808728 3 0.5881 0.0632 0.000 0.420 0.544 0.036
#> SRR1070813 2 0.4643 0.6416 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1389133 3 0.4304 0.2862 0.000 0.000 0.716 0.284
#> SRR601263 3 0.2589 0.7039 0.000 0.000 0.884 0.116
#> SRR604718 4 0.4677 0.7934 0.000 0.004 0.316 0.680
#> SRR1481351 3 0.2300 0.7831 0.000 0.016 0.920 0.064
#> SRR1334608 3 0.5383 0.4404 0.000 0.292 0.672 0.036
#> SRR658681 2 0.5736 0.5349 0.000 0.628 0.328 0.044
#> SRR809283 4 0.4741 0.7908 0.004 0.000 0.328 0.668
#> SRR1459300 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547 2 0.5736 0.5349 0.000 0.628 0.328 0.044
#> SRR811049 3 0.2589 0.7039 0.000 0.000 0.884 0.116
#> SRR1464835 4 0.4655 0.7904 0.004 0.000 0.312 0.684
#> SRR1339619 2 0.4643 0.6401 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR658501 3 0.0188 0.8131 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1447523 3 0.0921 0.8043 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1415048 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348 2 0.5888 0.4729 0.000 0.540 0.036 0.424
#> SRR603890 2 0.4164 0.6016 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR810595 3 0.0336 0.8110 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1446244 2 0.5700 0.5092 0.000 0.560 0.028 0.412
#> SRR817373 4 0.5602 0.7456 0.000 0.024 0.408 0.568
#> SRR1457291 4 0.6327 0.6416 0.000 0.060 0.444 0.496
#> SRR598220 3 0.6448 0.0180 0.000 0.092 0.592 0.316
#> SRR1477991 2 0.5288 0.6975 0.000 0.720 0.056 0.224
#> SRR598172 2 0.6603 0.6682 0.000 0.580 0.104 0.316
#> SRR1349032 2 0.5731 0.4824 0.000 0.544 0.028 0.428
#> SRR604002 2 0.4507 0.6464 0.000 0.788 0.044 0.168
#> SRR1378026 3 0.1209 0.8004 0.000 0.032 0.964 0.004
#> SRR1404401 2 0.4164 0.6016 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR1333240 2 0.6433 0.6391 0.000 0.648 0.188 0.164
#> SRR1089399 2 0.5041 0.7048 0.000 0.728 0.040 0.232
#> SRR603421 2 0.4193 0.6029 0.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR812562 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520 3 0.5881 0.0632 0.000 0.420 0.544 0.036
#> SRR811839 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317 2 0.4222 0.6889 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1436763 4 0.4741 0.7908 0.004 0.000 0.328 0.668
#> SRR1486021 4 0.6327 0.6416 0.000 0.060 0.444 0.496
#> SRR1465018 2 0.4193 0.6029 0.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR1080998 3 0.2647 0.6991 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR1083432 3 0.0592 0.8085 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1082833 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536 3 0.0188 0.8132 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR614011 2 0.4837 0.6312 0.000 0.648 0.004 0.348
#> SRR1365873 2 0.5511 0.6979 0.000 0.720 0.084 0.196
#> SRR1498789 2 0.5254 0.6969 0.000 0.724 0.056 0.220
#> SRR601581 4 0.6520 -0.0538 0.000 0.384 0.080 0.536
#> SRR603566 2 0.5736 0.5349 0.000 0.628 0.328 0.044
#> SRR1373981 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410 2 0.5477 0.6934 0.000 0.728 0.092 0.180
#> SRR1076511 4 0.4720 0.7913 0.004 0.000 0.324 0.672
#> SRR614143 3 0.4121 0.5642 0.000 0.020 0.796 0.184
#> SRR1333570 3 0.0188 0.8132 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1366813 2 0.5219 0.6873 0.000 0.712 0.044 0.244
#> SRR1388746 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558 3 0.4134 0.3593 0.000 0.000 0.740 0.260
#> SRR1409510 3 0.0376 0.8137 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR816250 2 0.5254 0.6969 0.000 0.724 0.056 0.220
#> SRR614131 4 0.7820 -0.3421 0.000 0.360 0.256 0.384
#> SRR1331130 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015 3 0.0188 0.8132 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1470798 3 0.0376 0.8137 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR614179 2 0.6209 0.6339 0.000 0.656 0.232 0.112
#> SRR1474863 2 0.5457 0.6952 0.000 0.728 0.088 0.184
#> SRR813560 2 0.4222 0.6889 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1312187 4 0.5990 0.6391 0.000 0.144 0.164 0.692
#> SRR1420960 3 0.0336 0.8110 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1355102 3 0.0188 0.8132 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1084577 3 0.1022 0.8012 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR659971 2 0.4509 0.6781 0.000 0.708 0.004 0.288
#> SRR1350855 4 0.4655 0.7904 0.004 0.000 0.312 0.684
#> SRR820779 3 0.0336 0.8129 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1476300 3 0.0188 0.8132 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1090907 4 0.4679 0.7843 0.000 0.000 0.352 0.648
#> SRR662294 2 0.4164 0.6016 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR1480789 2 0.6262 0.5968 0.000 0.628 0.280 0.092
#> SRR1336263 4 0.4655 0.7904 0.004 0.000 0.312 0.684
#> SRR660776 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508 2 0.4164 0.6016 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR615563 4 0.4677 0.7934 0.000 0.004 0.316 0.680
#> SRR1101175 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650 2 0.5773 0.5217 0.000 0.620 0.336 0.044
#> SRR1431205 2 0.3501 0.6689 0.000 0.848 0.020 0.132
#> SRR1339856 4 0.5898 0.7700 0.000 0.048 0.348 0.604
#> SRR1352147 4 0.7717 0.3124 0.000 0.304 0.252 0.444
#> SRR808968 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419 2 0.4250 0.6052 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR1402391 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609 3 0.5837 0.1342 0.000 0.400 0.564 0.036
#> SRR2167857 2 0.4164 0.6016 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR1398752 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437 2 0.5123 0.6964 0.000 0.724 0.044 0.232
#> SRR1416955 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064 4 0.7841 0.4319 0.000 0.272 0.332 0.396
#> SRR659001 4 0.4677 0.7934 0.000 0.004 0.316 0.680
#> SRR2170696 4 0.4933 0.7295 0.000 0.000 0.432 0.568
#> SRR816589 3 0.1004 0.8022 0.000 0.024 0.972 0.004
#> SRR1087487 3 0.0188 0.8127 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1329485 3 0.0376 0.8137 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR816920 4 0.4933 0.7295 0.000 0.000 0.432 0.568
#> SRR1341432 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590 4 0.4655 0.7904 0.004 0.000 0.312 0.684
#> SRR817046 3 0.1305 0.7984 0.000 0.004 0.960 0.036
#> SRR1471331 3 0.0376 0.8137 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR660788 4 0.4933 0.7295 0.000 0.000 0.432 0.568
#> SRR819234 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853 2 0.5025 0.6257 0.000 0.716 0.252 0.032
#> SRR809427 4 0.6167 0.7339 0.000 0.100 0.248 0.652
#> SRR2170217 4 0.4679 0.7843 0.000 0.000 0.352 0.648
#> SRR1386967 3 0.1151 0.8043 0.000 0.024 0.968 0.008
#> SRR1420344 2 0.4584 0.6704 0.000 0.696 0.004 0.300
#> SRR1334535 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503 4 0.5956 0.7181 0.000 0.100 0.220 0.680
#> SRR602564 3 0.5597 -0.5250 0.000 0.020 0.516 0.464
#> SRR1420669 4 0.4994 0.6376 0.000 0.000 0.480 0.520
#> SRR819024 3 0.0188 0.8131 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR656223 3 0.5383 0.4404 0.000 0.292 0.672 0.036
#> SRR608428 2 0.5384 0.6969 0.000 0.728 0.076 0.196
#> SRR1345647 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324 2 0.4193 0.6029 0.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR1361368 4 0.6497 0.5394 0.000 0.200 0.160 0.640
#> SRR1322619 2 0.4331 0.6802 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR1349276 4 0.4655 0.7904 0.004 0.000 0.312 0.684
#> SRR1404024 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637 2 0.4250 0.6876 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR1452631 4 0.4655 0.7904 0.004 0.000 0.312 0.684
#> SRR608392 3 0.5383 0.4404 0.000 0.292 0.672 0.036
#> SRR1357757 3 0.2300 0.7831 0.000 0.016 0.920 0.064
#> SRR1074646 4 0.4746 0.7765 0.000 0.000 0.368 0.632
#> SRR1367499 3 0.0592 0.8085 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1343501 3 0.5881 0.0632 0.000 0.420 0.544 0.036
#> SRR1394406 3 0.4673 0.2409 0.000 0.008 0.700 0.292
#> SRR1381435 3 0.2300 0.7580 0.000 0.064 0.920 0.016
#> SRR1467407 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422 2 0.4164 0.6016 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR1380270 2 0.5599 0.5880 0.000 0.664 0.288 0.048
#> SRR1091817 2 0.5496 0.6942 0.000 0.724 0.088 0.188
#> SRR1440137 2 0.6617 0.5879 0.000 0.600 0.120 0.280
#> SRR614311 4 0.6308 0.4539 0.000 0.232 0.120 0.648
#> SRR1407516 4 0.5756 0.7482 0.000 0.032 0.400 0.568
#> SRR815494 3 0.0188 0.8132 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1333209 4 0.5790 0.7363 0.000 0.080 0.236 0.684
#> SRR615177 4 0.4941 0.7240 0.000 0.000 0.436 0.564
#> SRR1099648 2 0.5823 0.4999 0.000 0.608 0.348 0.044
#> SRR659720 3 0.4245 0.5316 0.000 0.020 0.784 0.196
#> SRR2185057 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468 4 0.4948 0.7166 0.000 0.000 0.440 0.560
#> SRR660042 3 0.1022 0.8005 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR2170864 2 0.5496 0.6942 0.000 0.724 0.088 0.188
#> SRR1440491 4 0.5392 0.6770 0.000 0.012 0.460 0.528
#> SRR1440852 3 0.0188 0.8132 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR811169 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311 4 0.5026 0.7889 0.000 0.016 0.312 0.672
#> SRR818009 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836 2 0.4250 0.6889 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR1498313 2 0.4164 0.6016 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR1441975 2 0.5384 0.6969 0.000 0.728 0.076 0.196
#> SRR819096 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679 4 0.6393 0.7301 0.000 0.100 0.284 0.616
#> SRR1489116 3 0.5577 0.3560 0.000 0.328 0.636 0.036
#> SRR1354138 3 0.0376 0.8137 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1490589 3 0.0921 0.8043 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1412987 4 0.4655 0.7904 0.004 0.000 0.312 0.684
#> SRR602034 3 0.0188 0.8132 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1353437 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871 3 0.2563 0.7740 0.000 0.020 0.908 0.072
#> SRR661577 4 0.5548 0.7648 0.000 0.024 0.388 0.588
#> SRR612190 3 0.5594 -0.5160 0.000 0.020 0.520 0.460
#> SRR1399880 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787 4 0.4792 0.7932 0.000 0.008 0.312 0.680
#> SRR657869 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141 3 0.0376 0.8137 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1476697 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538 4 0.6305 -0.1945 0.000 0.424 0.060 0.516
#> SRR1331422 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859 3 0.4673 0.2409 0.000 0.008 0.700 0.292
#> SRR1097594 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419 3 0.0376 0.8137 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1336706 2 0.5866 0.5413 0.000 0.624 0.324 0.052
#> SRR1472976 4 0.5127 0.7840 0.000 0.012 0.356 0.632
#> SRR1321307 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461 3 0.0592 0.8085 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1477149 2 0.4222 0.6041 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1457397 2 0.6613 0.6313 0.000 0.628 0.200 0.172
#> SRR661913 3 0.0188 0.8132 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1069024 2 0.5599 0.5880 0.000 0.664 0.288 0.048
#> SRR2165634 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722 3 0.0188 0.8132 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1328642 2 0.4635 0.6095 0.000 0.720 0.012 0.268
#> SRR1488261 3 0.1022 0.8005 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1318815 4 0.4655 0.7904 0.004 0.000 0.312 0.684
#> SRR816945 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432 4 0.4655 0.7904 0.004 0.000 0.312 0.684
#> SRR1359280 2 0.4882 0.6120 0.000 0.708 0.020 0.272
#> SRR1313910 2 0.4679 0.6304 0.000 0.648 0.000 0.352
#> SRR1457315 4 0.4994 0.6376 0.000 0.000 0.480 0.520
#> SRR815398 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958 3 0.1174 0.8039 0.000 0.020 0.968 0.012
#> SRR600688 3 0.5597 -0.5250 0.000 0.020 0.516 0.464
#> SRR1098952 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916 3 0.0376 0.8137 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR614167 3 0.0188 0.8132 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1348114 2 0.5269 0.6011 0.000 0.620 0.016 0.364
#> SRR658033 2 0.6976 0.4827 0.000 0.544 0.136 0.320
#> SRR1077503 3 0.1489 0.7924 0.000 0.004 0.952 0.044
#> SRR661854 3 0.2300 0.7831 0.000 0.016 0.920 0.064
#> SRR811379 4 0.5378 0.6997 0.000 0.012 0.448 0.540
#> SRR1318857 2 0.4800 0.6402 0.000 0.656 0.004 0.340
#> SRR656445 3 0.1970 0.7675 0.000 0.060 0.932 0.008
#> SRR1433044 2 0.4164 0.6016 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR1486391 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071 3 0.1022 0.8005 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1364824 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745 2 0.5025 0.6257 0.000 0.716 0.252 0.032
#> SRR601038 2 0.5717 0.5402 0.000 0.632 0.324 0.044
#> SRR1360080 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868 3 0.2345 0.7240 0.000 0.000 0.900 0.100
#> SRR1485997 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560 4 0.4761 0.7921 0.000 0.004 0.332 0.664
#> SRR1333330 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513 4 0.4955 0.7119 0.000 0.000 0.444 0.556
#> SRR1328407 2 0.4692 0.6518 0.000 0.756 0.212 0.032
#> SRR602784 2 0.5823 0.4999 0.000 0.608 0.348 0.044
#> SRR1348468 4 0.4655 0.7904 0.004 0.000 0.312 0.684
#> SRR663717 2 0.5827 0.4568 0.000 0.532 0.032 0.436
#> SRR602217 2 0.5619 0.6797 0.000 0.724 0.152 0.124
#> SRR603140 3 0.2704 0.6906 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR1340804 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574 3 0.1174 0.8039 0.000 0.020 0.968 0.012
#> SRR1333462 2 0.4164 0.6016 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR1094601 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610 4 0.4948 0.7150 0.000 0.000 0.440 0.560
#> SRR1435833 4 0.5026 0.7889 0.000 0.016 0.312 0.672
#> SRR1398728 2 0.4605 0.6509 0.000 0.664 0.000 0.336
#> SRR1358343 4 0.4786 0.7864 0.004 0.004 0.304 0.688
#> SRR1410890 2 0.4643 0.6401 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1350371 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478 2 0.4522 0.6636 0.000 0.680 0.000 0.320
#> SRR1099260 3 0.5383 0.4415 0.000 0.292 0.672 0.036
#> SRR1433576 3 0.4175 0.5337 0.000 0.016 0.784 0.200
#> SRR1345541 3 0.3764 0.4886 0.000 0.000 0.784 0.216
#> SRR1086328 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391 3 0.0188 0.8132 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1476207 3 0.2704 0.6906 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR627435 2 0.7707 0.4751 0.000 0.452 0.272 0.276
#> SRR1489862 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191 3 0.0188 0.8132 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1490115 3 0.1305 0.7984 0.000 0.004 0.960 0.036
#> SRR1377714 3 0.2300 0.7831 0.000 0.016 0.920 0.064
#> SRR819394 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161 3 0.5597 -0.5250 0.000 0.020 0.516 0.464
#> SRR607042 2 0.5712 0.5640 0.000 0.644 0.308 0.048
#> SRR656203 4 0.7845 0.3401 0.000 0.304 0.292 0.404
#> SRR660602 3 0.1970 0.7675 0.000 0.060 0.932 0.008
#> SRR1440397 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249 2 0.4800 0.6402 0.000 0.656 0.004 0.340
#> SRR661242 3 0.5586 -0.4931 0.000 0.020 0.528 0.452
#> SRR1332007 2 0.6102 0.6432 0.000 0.672 0.212 0.116
#> SRR809619 4 0.6941 0.6066 0.000 0.192 0.220 0.588
#> SRR819975 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281 2 0.5384 0.6969 0.000 0.728 0.076 0.196
#> SRR662366 3 0.0188 0.8132 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1317898 3 0.0188 0.8131 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1382485 4 0.5366 0.7115 0.000 0.012 0.440 0.548
#> SRR2166420 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541 3 0.0188 0.8132 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR817444 3 0.5881 0.0632 0.000 0.420 0.544 0.036
#> SRR1320403 2 0.4748 0.6103 0.000 0.716 0.016 0.268
#> SRR1101483 2 0.4697 0.6309 0.000 0.644 0.000 0.356
#> SRR1331684 3 0.1022 0.7987 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR1400054 4 0.4961 0.7066 0.000 0.000 0.448 0.552
#> SRR1406088 2 0.4643 0.6401 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR820733 4 0.4898 0.7483 0.000 0.000 0.416 0.584
#> SRR1314113 4 0.4967 0.7007 0.000 0.000 0.452 0.548
#> SRR1382615 3 0.5025 0.4985 0.000 0.252 0.716 0.032
#> SRR1480745 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850 2 0.5148 0.6985 0.000 0.736 0.056 0.208
#> SRR656782 3 0.2647 0.7005 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR821364 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295 2 0.4164 0.6016 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR1357103 2 0.5742 0.5736 0.000 0.648 0.300 0.052
#> SRR809185 4 0.5366 0.7119 0.000 0.012 0.440 0.548
#> SRR811583 4 0.5708 0.7366 0.000 0.028 0.416 0.556
#> SRR1468050 1 0.0000 1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224 2 0.5254 0.6969 0.000 0.724 0.056 0.220
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1500170 2 0.4541 0.71587 0 0.752 0.000 0.112 0.136
#> SRR1402368 3 0.0703 0.86556 0 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR607743 3 0.6582 -0.10017 0 0.132 0.448 0.404 0.016
#> SRR1457375 2 0.4718 0.70880 0 0.764 0.020 0.084 0.132
#> SRR1470923 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785 3 0.1818 0.85746 0 0.024 0.932 0.044 0.000
#> SRR814768 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031 2 0.5504 0.33380 0 0.576 0.028 0.368 0.028
#> SRR1363611 4 0.4491 0.56746 0 0.280 0.024 0.692 0.004
#> SRR1468447 5 0.4161 0.70785 0 0.208 0.000 0.040 0.752
#> SRR1071931 4 0.5337 0.69249 0 0.064 0.252 0.668 0.016
#> SRR810981 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299 5 0.2179 0.89208 0 0.100 0.000 0.004 0.896
#> SRR663585 3 0.0865 0.86435 0 0.024 0.972 0.000 0.004
#> SRR1326773 4 0.6942 0.28240 0 0.196 0.364 0.424 0.016
#> SRR1351166 2 0.3919 0.73354 0 0.816 0.008 0.100 0.076
#> SRR1477452 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720 3 0.1041 0.86246 0 0.032 0.964 0.004 0.000
#> SRR1420320 4 0.2952 0.79286 0 0.104 0.020 0.868 0.008
#> SRR1081712 2 0.4718 0.70880 0 0.764 0.020 0.084 0.132
#> SRR1318241 3 0.3318 0.73210 0 0.008 0.800 0.192 0.000
#> SRR1333718 2 0.4575 0.48189 0 0.648 0.328 0.000 0.024
#> SRR1313514 5 0.1197 0.92282 0 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR1477861 2 0.6372 0.12799 0 0.460 0.144 0.004 0.392
#> SRR1318005 5 0.1197 0.92282 0 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR1354665 2 0.4457 0.71840 0 0.760 0.000 0.124 0.116
#> SRR657707 3 0.3318 0.73231 0 0.008 0.800 0.192 0.000
#> SRR1370742 3 0.0324 0.86810 0 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1412947 2 0.5043 0.67726 0 0.736 0.028 0.164 0.072
#> SRR661553 4 0.2719 0.80931 0 0.004 0.144 0.852 0.000
#> SRR1328869 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211 2 0.4339 0.72060 0 0.776 0.004 0.084 0.136
#> SRR1348181 3 0.0324 0.86810 0 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1416560 3 0.0404 0.86782 0 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1319772 3 0.2209 0.84977 0 0.032 0.912 0.056 0.000
#> SRR1091452 4 0.4081 0.78884 0 0.032 0.172 0.784 0.012
#> SRR1338812 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072 5 0.1478 0.92021 0 0.064 0.000 0.000 0.936
#> SRR814844 4 0.1544 0.79195 0 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1376619 3 0.0162 0.86775 0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR603690 4 0.6662 0.34786 0 0.148 0.368 0.468 0.016
#> SRR2184980 2 0.4493 0.71549 0 0.756 0.000 0.108 0.136
#> SRR613963 4 0.2389 0.81566 0 0.004 0.116 0.880 0.000
#> SRR1323422 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673 3 0.2124 0.82963 0 0.096 0.900 0.004 0.000
#> SRR1434650 2 0.4648 0.59280 0 0.752 0.108 0.004 0.136
#> SRR659875 2 0.4498 0.53558 0 0.688 0.280 0.000 0.032
#> SRR1465734 3 0.3318 0.73221 0 0.008 0.800 0.192 0.000
#> SRR1076847 5 0.1732 0.90572 0 0.080 0.000 0.000 0.920
#> SRR1415072 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319 3 0.4384 0.49103 0 0.324 0.660 0.000 0.016
#> SRR663088 4 0.1557 0.80339 0 0.052 0.008 0.940 0.000
#> SRR1352021 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935 4 0.3043 0.79814 0 0.104 0.024 0.864 0.008
#> SRR1352530 3 0.0486 0.86815 0 0.004 0.988 0.004 0.004
#> SRR662594 3 0.3318 0.73221 0 0.008 0.800 0.192 0.000
#> SRR1095309 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647 3 0.0486 0.86815 0 0.004 0.988 0.004 0.004
#> SRR813019 2 0.4653 0.59393 0 0.752 0.112 0.004 0.132
#> SRR1374647 2 0.5317 0.69497 0 0.724 0.036 0.092 0.148
#> SRR603472 2 0.6036 0.00888 0 0.460 0.100 0.004 0.436
#> SRR661529 4 0.4296 0.64170 0 0.008 0.292 0.692 0.008
#> SRR607018 3 0.4451 0.45478 0 0.340 0.644 0.000 0.016
#> SRR627423 5 0.5589 0.66793 0 0.144 0.100 0.048 0.708
#> SRR654921 4 0.1544 0.79195 0 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1418968 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871 3 0.0324 0.86810 0 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1330522 3 0.0324 0.86810 0 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1499958 2 0.4255 0.72083 0 0.776 0.000 0.128 0.096
#> SRR614059 3 0.1430 0.85394 0 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR1071403 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719 2 0.4498 0.71645 0 0.756 0.000 0.112 0.132
#> SRR1440421 5 0.1831 0.91141 0 0.076 0.000 0.004 0.920
#> SRR1310412 3 0.4789 0.33118 0 0.024 0.584 0.392 0.000
#> SRR614767 2 0.4360 0.71679 0 0.780 0.008 0.080 0.132
#> SRR820709 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093 3 0.2648 0.78078 0 0.152 0.848 0.000 0.000
#> SRR1088168 3 0.1892 0.84157 0 0.080 0.916 0.004 0.000
#> SRR1418707 2 0.4498 0.71645 0 0.756 0.000 0.112 0.132
#> SRR1354291 5 0.1197 0.92282 0 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR2165806 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684 4 0.3509 0.78264 0 0.008 0.196 0.792 0.004
#> SRR1433860 3 0.0000 0.86753 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311062 2 0.4225 0.71497 0 0.784 0.004 0.076 0.136
#> SRR1360359 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385 3 0.1544 0.84425 0 0.068 0.932 0.000 0.000
#> SRR615407 2 0.5317 0.69497 0 0.724 0.036 0.092 0.148
#> SRR1413892 3 0.3231 0.71643 0 0.196 0.800 0.000 0.004
#> SRR1443459 2 0.3489 0.71526 0 0.820 0.000 0.144 0.036
#> SRR1338942 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480 3 0.2359 0.84630 0 0.036 0.904 0.060 0.000
#> SRR1399433 4 0.3857 0.80977 0 0.048 0.132 0.812 0.008
#> SRR818537 2 0.4951 0.58141 0 0.720 0.172 0.004 0.104
#> SRR1101324 4 0.2605 0.80561 0 0.000 0.148 0.852 0.000
#> SRR807637 4 0.4014 0.64993 0 0.256 0.016 0.728 0.000
#> SRR1091918 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300 3 0.4531 0.22145 0 0.004 0.568 0.424 0.004
#> SRR1085426 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.4239 0.71648 0 0.784 0.004 0.080 0.132
#> SRR813891 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431 4 0.4584 0.59673 0 0.312 0.028 0.660 0.000
#> SRR658742 4 0.2561 0.80974 0 0.000 0.144 0.856 0.000
#> SRR1419234 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813 2 0.4316 0.72024 0 0.772 0.000 0.120 0.108
#> SRR603496 3 0.2885 0.83033 0 0.052 0.880 0.064 0.004
#> SRR1407758 3 0.0162 0.86775 0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR810945 2 0.5049 0.71519 0 0.740 0.024 0.096 0.140
#> SRR817234 5 0.1638 0.91662 0 0.064 0.000 0.004 0.932
#> SRR1444852 3 0.0324 0.86810 0 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR660378 3 0.2068 0.83351 0 0.092 0.904 0.004 0.000
#> SRR1467835 2 0.3919 0.73354 0 0.816 0.008 0.100 0.076
#> SRR1338964 3 0.3282 0.73717 0 0.008 0.804 0.188 0.000
#> SRR1079259 4 0.3016 0.81143 0 0.020 0.132 0.848 0.000
#> SRR1072345 3 0.3123 0.74071 0 0.004 0.812 0.184 0.000
#> SRR598725 3 0.0324 0.86810 0 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1447938 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460 4 0.1544 0.79195 0 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1429468 2 0.4493 0.71549 0 0.756 0.000 0.108 0.136
#> SRR1446850 2 0.5002 0.68679 0 0.728 0.016 0.080 0.176
#> SRR1320363 3 0.1492 0.85916 0 0.008 0.948 0.040 0.004
#> SRR1413810 3 0.0162 0.86775 0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR598831 2 0.3919 0.73354 0 0.816 0.008 0.100 0.076
#> SRR1381865 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957 3 0.0324 0.86810 0 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1491332 3 0.4213 0.52760 0 0.308 0.680 0.000 0.012
#> SRR1099744 2 0.4416 0.72214 0 0.776 0.008 0.084 0.132
#> SRR1464618 2 0.4630 0.28443 0 0.572 0.004 0.416 0.008
#> SRR1414559 4 0.2561 0.80974 0 0.000 0.144 0.856 0.000
#> SRR1337540 4 0.2127 0.77135 0 0.108 0.000 0.892 0.000
#> SRR1444283 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942 3 0.1894 0.84191 0 0.008 0.920 0.072 0.000
#> SRR660295 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335 3 0.0162 0.86775 0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1363742 3 0.2648 0.78078 0 0.152 0.848 0.000 0.000
#> SRR1345847 4 0.4275 0.77045 0 0.152 0.068 0.776 0.004
#> SRR614960 3 0.1430 0.85394 0 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR819919 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330 5 0.1197 0.92282 0 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR1327951 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266 2 0.3612 0.64822 0 0.764 0.000 0.228 0.008
#> SRR1338055 2 0.6578 0.15225 0 0.448 0.032 0.096 0.424
#> SRR1430157 2 0.3445 0.71632 0 0.824 0.000 0.140 0.036
#> SRR1320137 2 0.4545 0.71693 0 0.752 0.000 0.132 0.116
#> SRR1093483 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913 3 0.0324 0.86810 0 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR2170490 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845 3 0.0324 0.86810 0 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1436420 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060 2 0.4540 0.49398 0 0.656 0.320 0.000 0.024
#> SRR662282 3 0.0324 0.86810 0 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1487089 4 0.1544 0.79195 0 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1075683 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880 2 0.5465 0.36252 0 0.588 0.032 0.356 0.024
#> SRR1453456 3 0.0613 0.86849 0 0.008 0.984 0.004 0.004
#> SRR1457895 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603 2 0.6059 0.07282 0 0.480 0.104 0.004 0.412
#> SRR658633 2 0.4772 0.71086 0 0.760 0.020 0.088 0.132
#> SRR1388081 4 0.4677 0.73160 0 0.036 0.236 0.716 0.012
#> SRR813339 3 0.1408 0.85713 0 0.008 0.948 0.044 0.000
#> SRR809725 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441 5 0.1197 0.92282 0 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR613603 3 0.3318 0.73210 0 0.008 0.800 0.192 0.000
#> SRR1096571 2 0.4374 0.53705 0 0.700 0.272 0.000 0.028
#> SRR1392701 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693 2 0.3582 0.65231 0 0.768 0.000 0.224 0.008
#> SRR660697 4 0.5078 0.74609 0 0.172 0.096 0.720 0.012
#> SRR1489926 3 0.2878 0.83005 0 0.048 0.880 0.068 0.004
#> SRR811491 3 0.1408 0.85713 0 0.008 0.948 0.044 0.000
#> SRR1311644 4 0.2605 0.80561 0 0.000 0.148 0.852 0.000
#> SRR1451740 3 0.0324 0.86810 0 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR615117 2 0.6024 0.06280 0 0.480 0.100 0.004 0.416
#> SRR1391748 4 0.1544 0.79195 0 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1466556 3 0.0609 0.86651 0 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR614972 3 0.0404 0.86782 0 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1406200 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210 4 0.2719 0.80931 0 0.004 0.144 0.852 0.000
#> SRR662174 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236 4 0.3048 0.79096 0 0.004 0.176 0.820 0.000
#> SRR1312598 2 0.4316 0.72024 0 0.772 0.000 0.120 0.108
#> SRR1330129 5 0.1478 0.92021 0 0.064 0.000 0.000 0.936
#> SRR1357781 5 0.1197 0.92282 0 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR1315517 5 0.1197 0.92282 0 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR1400032 3 0.0324 0.86810 0 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1413722 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827 3 0.0324 0.86810 0 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR814794 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509 4 0.2843 0.76621 0 0.144 0.008 0.848 0.000
#> SRR808728 3 0.4824 0.07471 0 0.468 0.512 0.000 0.020
#> SRR1070813 2 0.3366 0.71694 0 0.828 0.000 0.140 0.032
#> SRR1389133 3 0.4531 0.22145 0 0.004 0.568 0.424 0.004
#> SRR601263 3 0.3246 0.74139 0 0.008 0.808 0.184 0.000
#> SRR604718 4 0.1774 0.80996 0 0.052 0.016 0.932 0.000
#> SRR1481351 3 0.2885 0.83033 0 0.052 0.880 0.064 0.004
#> SRR1334608 3 0.4384 0.49103 0 0.324 0.660 0.000 0.016
#> SRR658681 2 0.4374 0.53705 0 0.700 0.272 0.000 0.028
#> SRR809283 4 0.1012 0.80669 0 0.020 0.012 0.968 0.000
#> SRR1459300 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547 2 0.4374 0.53705 0 0.700 0.272 0.000 0.028
#> SRR811049 3 0.3246 0.74139 0 0.008 0.808 0.184 0.000
#> SRR1464835 4 0.1544 0.79195 0 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1339619 2 0.3489 0.71526 0 0.820 0.000 0.144 0.036
#> SRR658501 3 0.0404 0.86782 0 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1447523 3 0.1270 0.85572 0 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1415048 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348 2 0.3783 0.61862 0 0.740 0.000 0.252 0.008
#> SRR603890 5 0.1197 0.92282 0 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR810595 3 0.0451 0.86789 0 0.008 0.988 0.004 0.000
#> SRR1446244 2 0.3612 0.64822 0 0.764 0.000 0.228 0.008
#> SRR817373 4 0.3857 0.80977 0 0.048 0.132 0.812 0.008
#> SRR1457291 4 0.5362 0.71694 0 0.084 0.228 0.676 0.012
#> SRR598220 3 0.6582 -0.10017 0 0.132 0.448 0.404 0.016
#> SRR1477991 2 0.4326 0.71388 0 0.776 0.004 0.080 0.140
#> SRR598172 2 0.6578 0.15225 0 0.448 0.032 0.096 0.424
#> SRR1349032 2 0.3783 0.62095 0 0.740 0.000 0.252 0.008
#> SRR604002 5 0.4779 0.29512 0 0.388 0.024 0.000 0.588
#> SRR1378026 3 0.1282 0.85822 0 0.044 0.952 0.000 0.004
#> SRR1404401 5 0.1197 0.92282 0 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR1333240 2 0.5915 0.03548 0 0.476 0.088 0.004 0.432
#> SRR1089399 2 0.4368 0.71666 0 0.772 0.004 0.080 0.144
#> SRR603421 5 0.1502 0.92072 0 0.056 0.000 0.004 0.940
#> SRR812562 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520 3 0.4824 0.07471 0 0.468 0.512 0.000 0.020
#> SRR811839 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317 2 0.4493 0.71549 0 0.756 0.000 0.108 0.136
#> SRR1436763 4 0.1012 0.80669 0 0.020 0.012 0.968 0.000
#> SRR1486021 4 0.5362 0.71694 0 0.084 0.228 0.676 0.012
#> SRR1465018 5 0.1502 0.92072 0 0.056 0.000 0.004 0.940
#> SRR1080998 3 0.3282 0.73717 0 0.008 0.804 0.188 0.000
#> SRR1083432 3 0.0771 0.86613 0 0.020 0.976 0.004 0.000
#> SRR1082833 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536 3 0.0324 0.86810 0 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR614011 2 0.3452 0.71223 0 0.820 0.000 0.148 0.032
#> SRR1365873 2 0.5074 0.68710 0 0.724 0.016 0.088 0.172
#> SRR1498789 2 0.4239 0.71648 0 0.784 0.004 0.080 0.132
#> SRR601581 2 0.4621 0.29208 0 0.576 0.004 0.412 0.008
#> SRR603566 2 0.4374 0.53705 0 0.700 0.272 0.000 0.028
#> SRR1373981 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410 2 0.4718 0.70880 0 0.764 0.020 0.084 0.132
#> SRR1076511 4 0.1557 0.80339 0 0.052 0.008 0.940 0.000
#> SRR614143 3 0.4066 0.70199 0 0.032 0.768 0.196 0.004
#> SRR1333570 3 0.0324 0.86810 0 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1366813 2 0.4144 0.73207 0 0.800 0.008 0.100 0.092
#> SRR1388746 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558 3 0.4276 0.34544 0 0.000 0.616 0.380 0.004
#> SRR1409510 3 0.0162 0.86775 0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR816250 2 0.4239 0.71648 0 0.784 0.004 0.080 0.132
#> SRR614131 5 0.7622 0.35043 0 0.216 0.144 0.136 0.504
#> SRR1331130 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015 3 0.0324 0.86810 0 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1470798 3 0.0162 0.86775 0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR614179 2 0.6049 0.39520 0 0.564 0.164 0.000 0.272
#> SRR1474863 2 0.4772 0.71086 0 0.760 0.020 0.088 0.132
#> SRR813560 2 0.4493 0.71549 0 0.756 0.000 0.108 0.136
#> SRR1312187 4 0.3814 0.59445 0 0.276 0.004 0.720 0.000
#> SRR1420960 3 0.0451 0.86789 0 0.008 0.988 0.004 0.000
#> SRR1355102 3 0.0324 0.86810 0 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1084577 3 0.0880 0.86185 0 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR659971 2 0.4364 0.71959 0 0.768 0.000 0.120 0.112
#> SRR1350855 4 0.1544 0.79195 0 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR820779 3 0.0486 0.86815 0 0.004 0.988 0.004 0.004
#> SRR1476300 3 0.0324 0.86810 0 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1090907 4 0.0794 0.81186 0 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR662294 5 0.1197 0.92282 0 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR1480789 2 0.5713 0.49772 0 0.640 0.200 0.004 0.156
#> SRR1336263 4 0.1544 0.79195 0 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR660776 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508 5 0.1197 0.92282 0 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR615563 4 0.1701 0.81031 0 0.048 0.016 0.936 0.000
#> SRR1101175 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650 2 0.4583 0.52046 0 0.672 0.296 0.000 0.032
#> SRR1431205 5 0.4288 0.28440 0 0.384 0.000 0.004 0.612
#> SRR1339856 4 0.4727 0.77165 0 0.136 0.096 0.756 0.012
#> SRR1352147 2 0.6362 0.00252 0 0.492 0.084 0.396 0.028
#> SRR808968 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419 5 0.1544 0.91821 0 0.068 0.000 0.000 0.932
#> SRR1402391 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609 3 0.4811 0.14098 0 0.452 0.528 0.000 0.020
#> SRR2167857 5 0.1197 0.92282 0 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR1398752 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437 2 0.4288 0.72751 0 0.788 0.008 0.088 0.116
#> SRR1416955 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064 4 0.6983 0.34773 0 0.320 0.176 0.476 0.028
#> SRR659001 4 0.1701 0.81031 0 0.048 0.016 0.936 0.000
#> SRR2170696 4 0.2424 0.81250 0 0.000 0.132 0.868 0.000
#> SRR816589 3 0.1124 0.86215 0 0.036 0.960 0.004 0.000
#> SRR1087487 3 0.0000 0.86753 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329485 3 0.0162 0.86775 0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR816920 4 0.2424 0.81250 0 0.000 0.132 0.868 0.000
#> SRR1341432 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590 4 0.1478 0.79304 0 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR817046 3 0.1557 0.85296 0 0.008 0.940 0.052 0.000
#> SRR1471331 3 0.0162 0.86775 0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR660788 4 0.2424 0.81250 0 0.000 0.132 0.868 0.000
#> SRR819234 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853 2 0.5120 0.56970 0 0.684 0.212 0.000 0.104
#> SRR809427 4 0.3536 0.75668 0 0.156 0.032 0.812 0.000
#> SRR2170217 4 0.0794 0.81186 0 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1386967 3 0.1124 0.86174 0 0.036 0.960 0.000 0.004
#> SRR1420344 2 0.4255 0.72083 0 0.776 0.000 0.128 0.096
#> SRR1334535 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503 4 0.3689 0.64921 0 0.256 0.004 0.740 0.000
#> SRR602564 4 0.5182 0.72271 0 0.064 0.228 0.692 0.016
#> SRR1420669 4 0.3282 0.77870 0 0.008 0.188 0.804 0.000
#> SRR819024 3 0.0404 0.86782 0 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR656223 3 0.4384 0.49103 0 0.324 0.660 0.000 0.016
#> SRR608428 2 0.4522 0.71124 0 0.772 0.016 0.068 0.144
#> SRR1345647 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324 5 0.1502 0.92072 0 0.056 0.000 0.004 0.940
#> SRR1361368 4 0.4523 0.47594 0 0.344 0.012 0.640 0.004
#> SRR1322619 2 0.4365 0.72046 0 0.768 0.000 0.116 0.116
#> SRR1349276 4 0.1478 0.79304 0 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1404024 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637 2 0.4545 0.71665 0 0.752 0.000 0.116 0.132
#> SRR1452631 4 0.1544 0.79195 0 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR608392 3 0.4384 0.49103 0 0.324 0.660 0.000 0.016
#> SRR1357757 3 0.2885 0.83033 0 0.052 0.880 0.064 0.004
#> SRR1074646 4 0.1282 0.81412 0 0.004 0.044 0.952 0.000
#> SRR1367499 3 0.0865 0.86577 0 0.024 0.972 0.004 0.000
#> SRR1343501 3 0.4821 0.08453 0 0.464 0.516 0.000 0.020
#> SRR1394406 3 0.4833 0.26704 0 0.024 0.564 0.412 0.000
#> SRR1381435 3 0.2068 0.83279 0 0.092 0.904 0.004 0.000
#> SRR1467407 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422 5 0.1197 0.92282 0 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR1380270 2 0.4741 0.57438 0 0.724 0.204 0.004 0.068
#> SRR1091817 2 0.4752 0.70181 0 0.756 0.016 0.084 0.144
#> SRR1440137 2 0.5043 0.67726 0 0.736 0.028 0.164 0.072
#> SRR614311 4 0.4150 0.36773 0 0.388 0.000 0.612 0.000
#> SRR1407516 4 0.4124 0.80289 0 0.052 0.140 0.796 0.012
#> SRR815494 3 0.0324 0.86810 0 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1333209 4 0.3812 0.72388 0 0.196 0.020 0.780 0.004
#> SRR615177 4 0.2719 0.80931 0 0.004 0.144 0.852 0.000
#> SRR1099648 2 0.4575 0.48189 0 0.648 0.328 0.000 0.024
#> SRR659720 3 0.4165 0.68258 0 0.032 0.756 0.208 0.004
#> SRR2185057 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468 4 0.2536 0.81352 0 0.004 0.128 0.868 0.000
#> SRR660042 3 0.1430 0.85394 0 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR2170864 2 0.4752 0.70181 0 0.756 0.016 0.084 0.144
#> SRR1440491 4 0.4043 0.79103 0 0.032 0.168 0.788 0.012
#> SRR1440852 3 0.0324 0.86810 0 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR811169 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311 4 0.2952 0.79286 0 0.104 0.020 0.868 0.008
#> SRR818009 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836 2 0.4535 0.71419 0 0.752 0.000 0.108 0.140
#> SRR1498313 5 0.1197 0.92282 0 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR1441975 2 0.4522 0.71124 0 0.772 0.016 0.068 0.144
#> SRR819096 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679 4 0.4098 0.76463 0 0.156 0.064 0.780 0.000
#> SRR1489116 3 0.4626 0.38677 0 0.364 0.616 0.000 0.020
#> SRR1354138 3 0.0162 0.86775 0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1490589 3 0.1197 0.85729 0 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR1412987 4 0.1544 0.79195 0 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR602034 3 0.0324 0.86810 0 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1353437 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871 3 0.3081 0.82302 0 0.056 0.868 0.072 0.004
#> SRR661577 4 0.3597 0.81497 0 0.044 0.116 0.832 0.008
#> SRR612190 4 0.5337 0.69249 0 0.064 0.252 0.668 0.016
#> SRR1399880 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787 4 0.1774 0.81035 0 0.052 0.016 0.932 0.000
#> SRR657869 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141 3 0.0162 0.86775 0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1476697 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538 2 0.4276 0.39050 0 0.616 0.000 0.380 0.004
#> SRR1331422 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859 3 0.4833 0.26704 0 0.024 0.564 0.412 0.000
#> SRR1097594 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419 3 0.0162 0.86775 0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1336706 2 0.4690 0.54885 0 0.708 0.240 0.004 0.048
#> SRR1472976 4 0.2618 0.81918 0 0.036 0.052 0.900 0.012
#> SRR1321307 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461 3 0.0771 0.86613 0 0.020 0.976 0.004 0.000
#> SRR1477149 5 0.1478 0.92021 0 0.064 0.000 0.000 0.936
#> SRR1457397 2 0.6036 0.00888 0 0.460 0.100 0.004 0.436
#> SRR661913 3 0.0324 0.86810 0 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1069024 2 0.4741 0.57438 0 0.724 0.204 0.004 0.068
#> SRR2165634 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722 3 0.0324 0.86810 0 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1328642 5 0.2124 0.89472 0 0.096 0.000 0.004 0.900
#> SRR1488261 3 0.1430 0.85394 0 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR1318815 4 0.1544 0.79195 0 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR816945 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432 4 0.2020 0.77657 0 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1359280 5 0.2286 0.88603 0 0.108 0.000 0.004 0.888
#> SRR1313910 2 0.3531 0.71190 0 0.816 0.000 0.148 0.036
#> SRR1457315 4 0.3282 0.77870 0 0.008 0.188 0.804 0.000
#> SRR815398 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958 3 0.1202 0.86407 0 0.032 0.960 0.004 0.004
#> SRR600688 4 0.5122 0.72335 0 0.060 0.228 0.696 0.016
#> SRR1098952 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916 3 0.0162 0.86775 0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR614167 3 0.0324 0.86810 0 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1348114 2 0.3769 0.69630 0 0.788 0.000 0.180 0.032
#> SRR658033 2 0.5430 0.61674 0 0.684 0.032 0.224 0.060
#> SRR1077503 3 0.1894 0.84191 0 0.008 0.920 0.072 0.000
#> SRR661854 3 0.2885 0.83033 0 0.052 0.880 0.064 0.004
#> SRR811379 4 0.3924 0.79861 0 0.032 0.156 0.800 0.012
#> SRR1318857 2 0.3489 0.71527 0 0.820 0.000 0.144 0.036
#> SRR656445 3 0.1892 0.84157 0 0.080 0.916 0.004 0.000
#> SRR1433044 5 0.1197 0.92282 0 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR1486391 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071 3 0.1430 0.85394 0 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR1364824 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745 2 0.5120 0.56970 0 0.684 0.212 0.000 0.104
#> SRR601038 2 0.4498 0.53558 0 0.688 0.280 0.000 0.032
#> SRR1360080 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868 3 0.2852 0.75725 0 0.000 0.828 0.172 0.000
#> SRR1485997 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560 4 0.1750 0.81403 0 0.036 0.028 0.936 0.000
#> SRR1333330 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513 4 0.2707 0.81199 0 0.008 0.132 0.860 0.000
#> SRR1328407 2 0.4653 0.59393 0 0.752 0.112 0.004 0.132
#> SRR602784 2 0.4575 0.48189 0 0.648 0.328 0.000 0.024
#> SRR1348468 4 0.1544 0.79195 0 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR663717 2 0.3835 0.60684 0 0.732 0.000 0.260 0.008
#> SRR602217 2 0.5761 0.68018 0 0.700 0.092 0.068 0.140
#> SRR603140 3 0.3318 0.73210 0 0.008 0.800 0.192 0.000
#> SRR1340804 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574 3 0.1202 0.86407 0 0.032 0.960 0.004 0.004
#> SRR1333462 5 0.1197 0.92282 0 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR1094601 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610 4 0.2818 0.81260 0 0.012 0.132 0.856 0.000
#> SRR1435833 4 0.2952 0.79286 0 0.104 0.020 0.868 0.008
#> SRR1398728 2 0.3601 0.71888 0 0.820 0.000 0.128 0.052
#> SRR1358343 4 0.2439 0.76059 0 0.120 0.000 0.876 0.004
#> SRR1410890 2 0.3400 0.71667 0 0.828 0.000 0.136 0.036
#> SRR1350371 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478 2 0.3980 0.72031 0 0.796 0.000 0.128 0.076
#> SRR1099260 3 0.4418 0.47434 0 0.332 0.652 0.000 0.016
#> SRR1433576 3 0.4820 0.48759 0 0.024 0.664 0.300 0.012
#> SRR1345541 3 0.4422 0.49204 0 0.004 0.664 0.320 0.012
#> SRR1086328 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391 3 0.0324 0.86810 0 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1476207 3 0.3318 0.73210 0 0.008 0.800 0.192 0.000
#> SRR627435 5 0.5504 0.63343 0 0.104 0.152 0.036 0.708
#> SRR1489862 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191 3 0.0324 0.86810 0 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1490115 3 0.1557 0.85296 0 0.008 0.940 0.052 0.000
#> SRR1377714 3 0.2885 0.83033 0 0.052 0.880 0.064 0.004
#> SRR819394 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161 4 0.5094 0.72835 0 0.060 0.224 0.700 0.016
#> SRR607042 2 0.4735 0.54197 0 0.680 0.272 0.000 0.048
#> SRR656203 4 0.6802 0.27578 0 0.368 0.136 0.468 0.028
#> SRR660602 3 0.1892 0.84157 0 0.080 0.916 0.004 0.000
#> SRR1440397 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249 2 0.3489 0.71527 0 0.820 0.000 0.144 0.036
#> SRR661242 4 0.5019 0.66036 0 0.040 0.280 0.668 0.012
#> SRR1332007 2 0.5904 0.34329 0 0.572 0.112 0.004 0.312
#> SRR809619 4 0.5147 0.60024 0 0.264 0.068 0.664 0.004
#> SRR819975 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281 2 0.4522 0.71124 0 0.772 0.016 0.068 0.144
#> SRR662366 3 0.0324 0.86810 0 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1317898 3 0.0404 0.86782 0 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1382485 4 0.3799 0.80438 0 0.032 0.144 0.812 0.012
#> SRR2166420 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541 3 0.0324 0.86810 0 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR817444 3 0.4824 0.07471 0 0.468 0.512 0.000 0.020
#> SRR1320403 5 0.2179 0.89208 0 0.100 0.000 0.004 0.896
#> SRR1101483 2 0.3608 0.71130 0 0.812 0.000 0.148 0.040
#> SRR1331684 3 0.1121 0.85769 0 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR1400054 4 0.2848 0.80280 0 0.004 0.156 0.840 0.000
#> SRR1406088 2 0.3489 0.71526 0 0.820 0.000 0.144 0.036
#> SRR820733 4 0.2488 0.81753 0 0.004 0.124 0.872 0.000
#> SRR1314113 4 0.2732 0.80065 0 0.000 0.160 0.840 0.000
#> SRR1382615 3 0.3928 0.56900 0 0.296 0.700 0.000 0.004
#> SRR1480745 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850 2 0.4512 0.72080 0 0.772 0.012 0.080 0.136
#> SRR656782 3 0.3318 0.73325 0 0.008 0.800 0.192 0.000
#> SRR821364 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295 5 0.1197 0.92282 0 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR1357103 2 0.4712 0.56758 0 0.720 0.216 0.004 0.060
#> SRR809185 4 0.4069 0.80303 0 0.044 0.148 0.796 0.012
#> SRR811583 4 0.4787 0.78763 0 0.088 0.152 0.748 0.012
#> SRR1468050 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224 2 0.4239 0.71648 0 0.784 0.004 0.080 0.132
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1500170 2 0.2426 0.8060 0 0.884 0.000 0.012 0.012 0.092
#> SRR1402368 3 0.0692 0.8437 0 0.000 0.976 0.020 0.004 0.000
#> SRR607743 4 0.7004 0.2301 0 0.128 0.364 0.408 0.092 0.008
#> SRR1457375 2 0.4686 0.7561 0 0.736 0.000 0.040 0.136 0.088
#> SRR1470923 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785 3 0.2046 0.8245 0 0.000 0.908 0.060 0.032 0.000
#> SRR814768 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031 2 0.5752 0.4085 0 0.560 0.008 0.316 0.096 0.020
#> SRR1363611 4 0.4422 0.5520 0 0.320 0.004 0.644 0.028 0.004
#> SRR1468447 6 0.3904 0.6783 0 0.232 0.000 0.004 0.032 0.732
#> SRR1071931 4 0.5566 0.7129 0 0.048 0.148 0.680 0.108 0.016
#> SRR810981 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299 6 0.2383 0.8745 0 0.096 0.000 0.000 0.024 0.880
#> SRR663585 3 0.0713 0.8387 0 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1326773 4 0.7447 0.2974 0 0.140 0.296 0.396 0.160 0.008
#> SRR1351166 2 0.3089 0.8029 0 0.856 0.000 0.024 0.080 0.040
#> SRR1477452 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720 3 0.1152 0.8361 0 0.000 0.952 0.004 0.044 0.000
#> SRR1420320 4 0.3343 0.7831 0 0.148 0.008 0.816 0.024 0.004
#> SRR1081712 2 0.4686 0.7561 0 0.736 0.000 0.040 0.136 0.088
#> SRR1318241 3 0.3627 0.6918 0 0.004 0.752 0.224 0.020 0.000
#> SRR1333718 5 0.5434 0.6510 0 0.132 0.300 0.000 0.564 0.004
#> SRR1313514 6 0.1204 0.9056 0 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1477861 5 0.6312 0.3708 0 0.112 0.060 0.000 0.488 0.340
#> SRR1318005 6 0.1204 0.9056 0 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1354665 2 0.2151 0.8117 0 0.904 0.000 0.016 0.008 0.072
#> SRR657707 3 0.3653 0.6875 0 0.004 0.748 0.228 0.020 0.000
#> SRR1370742 3 0.0146 0.8447 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1412947 2 0.5058 0.7160 0 0.716 0.004 0.108 0.124 0.048
#> SRR661553 4 0.2306 0.7967 0 0.004 0.092 0.888 0.016 0.000
#> SRR1328869 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211 2 0.3380 0.8034 0 0.832 0.000 0.016 0.056 0.096
#> SRR1348181 3 0.0000 0.8445 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416560 3 0.0520 0.8452 0 0.000 0.984 0.008 0.008 0.000
#> SRR1319772 3 0.2563 0.8089 0 0.000 0.876 0.072 0.052 0.000
#> SRR1091452 4 0.4185 0.7857 0 0.036 0.092 0.796 0.064 0.012
#> SRR1338812 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072 6 0.1701 0.9012 0 0.072 0.000 0.000 0.008 0.920
#> SRR814844 4 0.2266 0.7889 0 0.108 0.000 0.880 0.012 0.000
#> SRR1376619 3 0.0146 0.8447 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR603690 4 0.6982 0.4077 0 0.132 0.280 0.476 0.104 0.008
#> SRR2184980 2 0.2225 0.8065 0 0.892 0.000 0.008 0.008 0.092
#> SRR613963 4 0.1923 0.8022 0 0.004 0.064 0.916 0.016 0.000
#> SRR1323422 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673 3 0.2053 0.7892 0 0.004 0.888 0.000 0.108 0.000
#> SRR1434650 5 0.4572 0.6572 0 0.168 0.016 0.000 0.724 0.092
#> SRR659875 5 0.5171 0.7461 0 0.136 0.216 0.000 0.640 0.008
#> SRR1465734 3 0.3543 0.6949 0 0.004 0.756 0.224 0.016 0.000
#> SRR1076847 6 0.2046 0.8864 0 0.060 0.000 0.000 0.032 0.908
#> SRR1415072 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319 3 0.4468 0.4095 0 0.040 0.640 0.000 0.316 0.004
#> SRR663088 4 0.2311 0.7963 0 0.104 0.000 0.880 0.016 0.000
#> SRR1352021 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935 4 0.3184 0.7922 0 0.140 0.008 0.828 0.020 0.004
#> SRR1352530 3 0.0260 0.8446 0 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR662594 3 0.3543 0.6949 0 0.004 0.756 0.224 0.016 0.000
#> SRR1095309 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647 3 0.0260 0.8446 0 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR813019 5 0.4760 0.6716 0 0.168 0.028 0.000 0.716 0.088
#> SRR1374647 2 0.5236 0.7280 0 0.704 0.012 0.040 0.144 0.100
#> SRR603472 5 0.5698 0.2177 0 0.108 0.016 0.000 0.500 0.376
#> SRR661529 4 0.4391 0.6754 0 0.004 0.220 0.716 0.052 0.008
#> SRR607018 3 0.4688 0.3515 0 0.052 0.616 0.000 0.328 0.004
#> SRR627423 6 0.5657 0.4985 0 0.084 0.024 0.012 0.280 0.600
#> SRR654921 4 0.2266 0.7889 0 0.108 0.000 0.880 0.012 0.000
#> SRR1418968 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871 3 0.0146 0.8447 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1330522 3 0.0146 0.8447 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1499958 2 0.2015 0.8098 0 0.916 0.000 0.016 0.012 0.056
#> SRR614059 3 0.1367 0.8299 0 0.000 0.944 0.044 0.012 0.000
#> SRR1071403 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719 2 0.2375 0.8068 0 0.888 0.000 0.012 0.012 0.088
#> SRR1440421 6 0.2006 0.8917 0 0.080 0.000 0.000 0.016 0.904
#> SRR1310412 3 0.4740 0.2923 0 0.012 0.544 0.416 0.028 0.000
#> SRR614767 2 0.3816 0.7870 0 0.800 0.000 0.016 0.092 0.092
#> SRR820709 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093 3 0.2859 0.7327 0 0.016 0.828 0.000 0.156 0.000
#> SRR1088168 3 0.1958 0.8022 0 0.000 0.896 0.004 0.100 0.000
#> SRR1418707 2 0.2375 0.8068 0 0.888 0.000 0.012 0.012 0.088
#> SRR1354291 6 0.1204 0.9056 0 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR2165806 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684 4 0.3483 0.7826 0 0.008 0.116 0.824 0.044 0.008
#> SRR1433860 3 0.0260 0.8443 0 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1311062 2 0.3864 0.7879 0 0.796 0.000 0.016 0.092 0.096
#> SRR1360359 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385 3 0.1745 0.8129 0 0.012 0.920 0.000 0.068 0.000
#> SRR615407 2 0.5236 0.7280 0 0.704 0.012 0.040 0.144 0.100
#> SRR1413892 3 0.3393 0.6773 0 0.020 0.784 0.000 0.192 0.004
#> SRR1443459 2 0.1257 0.7920 0 0.952 0.000 0.028 0.020 0.000
#> SRR1338942 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480 3 0.2794 0.7998 0 0.000 0.860 0.080 0.060 0.000
#> SRR1399433 4 0.3770 0.8040 0 0.056 0.064 0.828 0.040 0.012
#> SRR818537 5 0.5209 0.7231 0 0.160 0.076 0.000 0.692 0.072
#> SRR1101324 4 0.2308 0.7871 0 0.004 0.108 0.880 0.008 0.000
#> SRR807637 4 0.4522 0.5991 0 0.300 0.004 0.648 0.048 0.000
#> SRR1091918 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300 3 0.4165 0.1869 0 0.000 0.536 0.452 0.012 0.000
#> SRR1085426 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.3767 0.7891 0 0.804 0.000 0.016 0.088 0.092
#> SRR813891 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431 4 0.5184 0.5356 0 0.284 0.008 0.608 0.100 0.000
#> SRR658742 4 0.2250 0.7961 0 0.000 0.092 0.888 0.020 0.000
#> SRR1419234 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813 2 0.2102 0.8098 0 0.908 0.000 0.012 0.012 0.068
#> SRR603496 3 0.3618 0.7627 0 0.008 0.808 0.080 0.104 0.000
#> SRR1407758 3 0.0146 0.8447 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR810945 2 0.4595 0.7759 0 0.760 0.004 0.052 0.088 0.096
#> SRR817234 6 0.1757 0.8979 0 0.076 0.000 0.000 0.008 0.916
#> SRR1444852 3 0.0146 0.8447 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR660378 3 0.1910 0.7927 0 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR1467835 2 0.3089 0.8029 0 0.856 0.000 0.024 0.080 0.040
#> SRR1338964 3 0.3627 0.6921 0 0.004 0.752 0.224 0.020 0.000
#> SRR1079259 4 0.2554 0.7976 0 0.012 0.088 0.880 0.020 0.000
#> SRR1072345 3 0.3398 0.7026 0 0.004 0.768 0.216 0.012 0.000
#> SRR598725 3 0.0146 0.8447 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1447938 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460 4 0.2266 0.7889 0 0.108 0.000 0.880 0.012 0.000
#> SRR1429468 2 0.2326 0.8055 0 0.888 0.000 0.008 0.012 0.092
#> SRR1446850 2 0.4640 0.7470 0 0.728 0.000 0.020 0.128 0.124
#> SRR1320363 3 0.1265 0.8344 0 0.000 0.948 0.044 0.008 0.000
#> SRR1413810 3 0.0146 0.8447 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR598831 2 0.3089 0.8029 0 0.856 0.000 0.024 0.080 0.040
#> SRR1381865 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957 3 0.0146 0.8447 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1491332 3 0.4372 0.4411 0 0.036 0.652 0.000 0.308 0.004
#> SRR1099744 2 0.3608 0.7985 0 0.816 0.000 0.016 0.072 0.096
#> SRR1464618 2 0.4401 0.4313 0 0.656 0.000 0.300 0.040 0.004
#> SRR1414559 4 0.2250 0.7961 0 0.000 0.092 0.888 0.020 0.000
#> SRR1337540 4 0.3071 0.7482 0 0.180 0.000 0.804 0.016 0.000
#> SRR1444283 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942 3 0.2361 0.8046 0 0.000 0.884 0.088 0.028 0.000
#> SRR660295 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335 3 0.0146 0.8447 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1363742 3 0.2859 0.7327 0 0.016 0.828 0.000 0.156 0.000
#> SRR1345847 4 0.4204 0.7638 0 0.172 0.028 0.760 0.036 0.004
#> SRR614960 3 0.1265 0.8316 0 0.000 0.948 0.044 0.008 0.000
#> SRR819919 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330 6 0.1204 0.9056 0 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1327951 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266 2 0.2680 0.7258 0 0.860 0.000 0.108 0.032 0.000
#> SRR1338055 2 0.6743 0.0891 0 0.412 0.012 0.040 0.160 0.376
#> SRR1430157 2 0.1176 0.7927 0 0.956 0.000 0.024 0.020 0.000
#> SRR1320137 2 0.2322 0.8125 0 0.896 0.000 0.024 0.008 0.072
#> SRR1093483 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913 3 0.0146 0.8447 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2170490 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845 3 0.0146 0.8447 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1436420 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060 5 0.5357 0.6814 0 0.132 0.280 0.000 0.584 0.004
#> SRR662282 3 0.0146 0.8447 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1487089 4 0.2266 0.7889 0 0.108 0.000 0.880 0.012 0.000
#> SRR1075683 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880 2 0.4967 0.4463 0 0.644 0.016 0.288 0.040 0.012
#> SRR1453456 3 0.0260 0.8446 0 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1457895 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603 5 0.5721 0.2802 0 0.116 0.016 0.000 0.516 0.352
#> SRR658633 2 0.4648 0.7596 0 0.740 0.000 0.040 0.132 0.088
#> SRR1388081 4 0.5007 0.7431 0 0.040 0.140 0.728 0.076 0.016
#> SRR813339 3 0.1594 0.8297 0 0.000 0.932 0.052 0.016 0.000
#> SRR809725 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441 6 0.1204 0.9056 0 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR613603 3 0.3627 0.6918 0 0.004 0.752 0.224 0.020 0.000
#> SRR1096571 5 0.4917 0.7567 0 0.140 0.188 0.000 0.668 0.004
#> SRR1392701 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693 2 0.2633 0.7292 0 0.864 0.000 0.104 0.032 0.000
#> SRR660697 4 0.5534 0.7223 0 0.208 0.040 0.660 0.076 0.016
#> SRR1489926 3 0.3673 0.7600 0 0.008 0.804 0.088 0.100 0.000
#> SRR811491 3 0.1594 0.8297 0 0.000 0.932 0.052 0.016 0.000
#> SRR1311644 4 0.2308 0.7871 0 0.004 0.108 0.880 0.008 0.000
#> SRR1451740 3 0.0000 0.8445 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615117 5 0.5669 0.2652 0 0.108 0.016 0.000 0.516 0.360
#> SRR1391748 4 0.2266 0.7889 0 0.108 0.000 0.880 0.012 0.000
#> SRR1466556 3 0.0603 0.8444 0 0.000 0.980 0.016 0.004 0.000
#> SRR614972 3 0.0520 0.8452 0 0.000 0.984 0.008 0.008 0.000
#> SRR1406200 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210 4 0.2306 0.7967 0 0.004 0.092 0.888 0.016 0.000
#> SRR662174 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236 4 0.2890 0.7755 0 0.004 0.128 0.844 0.024 0.000
#> SRR1312598 2 0.2102 0.8098 0 0.908 0.000 0.012 0.012 0.068
#> SRR1330129 6 0.1701 0.9012 0 0.072 0.000 0.000 0.008 0.920
#> SRR1357781 6 0.1204 0.9056 0 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1315517 6 0.1204 0.9056 0 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1400032 3 0.0000 0.8445 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413722 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827 3 0.0146 0.8447 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR814794 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509 4 0.3259 0.7316 0 0.216 0.000 0.772 0.012 0.000
#> SRR808728 3 0.5073 -0.1983 0 0.076 0.476 0.000 0.448 0.000
#> SRR1070813 2 0.1341 0.7916 0 0.948 0.000 0.024 0.028 0.000
#> SRR1389133 3 0.4165 0.1869 0 0.000 0.536 0.452 0.012 0.000
#> SRR601263 3 0.3599 0.6961 0 0.004 0.756 0.220 0.020 0.000
#> SRR604718 4 0.1967 0.8039 0 0.084 0.000 0.904 0.012 0.000
#> SRR1481351 3 0.3618 0.7627 0 0.008 0.808 0.080 0.104 0.000
#> SRR1334608 3 0.4468 0.4095 0 0.040 0.640 0.000 0.316 0.004
#> SRR658681 5 0.4945 0.7562 0 0.140 0.192 0.000 0.664 0.004
#> SRR809283 4 0.1434 0.8013 0 0.048 0.000 0.940 0.012 0.000
#> SRR1459300 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547 5 0.4945 0.7562 0 0.140 0.192 0.000 0.664 0.004
#> SRR811049 3 0.3599 0.6961 0 0.004 0.756 0.220 0.020 0.000
#> SRR1464835 4 0.2266 0.7889 0 0.108 0.000 0.880 0.012 0.000
#> SRR1339619 2 0.1257 0.7920 0 0.952 0.000 0.028 0.020 0.000
#> SRR658501 3 0.0520 0.8452 0 0.000 0.984 0.008 0.008 0.000
#> SRR1447523 3 0.1367 0.8338 0 0.000 0.944 0.044 0.012 0.000
#> SRR1415048 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348 2 0.2942 0.7050 0 0.836 0.000 0.132 0.032 0.000
#> SRR603890 6 0.1204 0.9056 0 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR810595 3 0.0363 0.8437 0 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1446244 2 0.2680 0.7258 0 0.860 0.000 0.108 0.032 0.000
#> SRR817373 4 0.3770 0.8040 0 0.056 0.064 0.828 0.040 0.012
#> SRR1457291 4 0.5586 0.7264 0 0.084 0.132 0.688 0.080 0.016
#> SRR598220 4 0.7004 0.2301 0 0.128 0.364 0.408 0.092 0.008
#> SRR1477991 2 0.3862 0.7889 0 0.796 0.000 0.016 0.088 0.100
#> SRR598172 2 0.6743 0.0891 0 0.412 0.012 0.040 0.160 0.376
#> SRR1349032 2 0.2972 0.7034 0 0.836 0.000 0.128 0.036 0.000
#> SRR604002 6 0.5268 0.1792 0 0.108 0.000 0.000 0.360 0.532
#> SRR1378026 3 0.1075 0.8311 0 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1404401 6 0.1204 0.9056 0 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1333240 5 0.5645 0.2281 0 0.112 0.012 0.000 0.504 0.372
#> SRR1089399 2 0.3113 0.8031 0 0.844 0.000 0.008 0.048 0.100
#> SRR603421 6 0.1643 0.9021 0 0.068 0.000 0.000 0.008 0.924
#> SRR812562 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520 3 0.5073 -0.1983 0 0.076 0.476 0.000 0.448 0.000
#> SRR811839 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317 2 0.2326 0.8055 0 0.888 0.000 0.008 0.012 0.092
#> SRR1436763 4 0.1434 0.8013 0 0.048 0.000 0.940 0.012 0.000
#> SRR1486021 4 0.5586 0.7264 0 0.084 0.132 0.688 0.080 0.016
#> SRR1465018 6 0.1643 0.9021 0 0.068 0.000 0.000 0.008 0.924
#> SRR1080998 3 0.3627 0.6921 0 0.004 0.752 0.224 0.020 0.000
#> SRR1083432 3 0.0632 0.8413 0 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1082833 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536 3 0.0146 0.8447 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR614011 2 0.1341 0.7887 0 0.948 0.000 0.028 0.024 0.000
#> SRR1365873 2 0.4938 0.7363 0 0.708 0.000 0.032 0.136 0.124
#> SRR1498789 2 0.3767 0.7891 0 0.804 0.000 0.016 0.088 0.092
#> SRR601581 2 0.4384 0.4385 0 0.660 0.000 0.296 0.040 0.004
#> SRR603566 5 0.4945 0.7562 0 0.140 0.192 0.000 0.664 0.004
#> SRR1373981 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410 2 0.4686 0.7561 0 0.736 0.000 0.040 0.136 0.088
#> SRR1076511 4 0.2311 0.7963 0 0.104 0.000 0.880 0.016 0.000
#> SRR614143 3 0.4403 0.6536 0 0.016 0.712 0.224 0.048 0.000
#> SRR1333570 3 0.0146 0.8447 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1366813 2 0.3346 0.8033 0 0.840 0.000 0.024 0.080 0.056
#> SRR1388746 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558 3 0.4101 0.3036 0 0.000 0.580 0.408 0.012 0.000
#> SRR1409510 3 0.0146 0.8447 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR816250 2 0.3767 0.7891 0 0.804 0.000 0.016 0.088 0.092
#> SRR614131 6 0.7816 0.2259 0 0.184 0.056 0.088 0.256 0.416
#> SRR1331130 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015 3 0.0146 0.8447 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1470798 3 0.0146 0.8447 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR614179 5 0.6469 0.5852 0 0.136 0.092 0.000 0.544 0.228
#> SRR1474863 2 0.4648 0.7596 0 0.740 0.000 0.040 0.132 0.088
#> SRR813560 2 0.2326 0.8055 0 0.888 0.000 0.008 0.012 0.092
#> SRR1312187 4 0.4004 0.5039 0 0.368 0.000 0.620 0.012 0.000
#> SRR1420960 3 0.0363 0.8437 0 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1355102 3 0.0146 0.8447 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1084577 3 0.1007 0.8354 0 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR659971 2 0.2159 0.8101 0 0.904 0.000 0.012 0.012 0.072
#> SRR1350855 4 0.2266 0.7889 0 0.108 0.000 0.880 0.012 0.000
#> SRR820779 3 0.0260 0.8446 0 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1476300 3 0.0146 0.8447 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1090907 4 0.1116 0.8045 0 0.028 0.008 0.960 0.004 0.000
#> SRR662294 6 0.1204 0.9056 0 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1480789 5 0.5946 0.7002 0 0.144 0.104 0.000 0.628 0.124
#> SRR1336263 4 0.2266 0.7889 0 0.108 0.000 0.880 0.012 0.000
#> SRR660776 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508 6 0.1204 0.9056 0 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR615563 4 0.1913 0.8041 0 0.080 0.000 0.908 0.012 0.000
#> SRR1101175 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650 5 0.5273 0.7307 0 0.132 0.240 0.000 0.620 0.008
#> SRR1431205 6 0.4598 0.3298 0 0.360 0.000 0.000 0.048 0.592
#> SRR1339856 4 0.5290 0.7535 0 0.180 0.040 0.692 0.072 0.016
#> SRR1352147 2 0.6436 0.1083 0 0.504 0.052 0.328 0.104 0.012
#> SRR808968 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419 6 0.1757 0.8990 0 0.076 0.000 0.000 0.008 0.916
#> SRR1402391 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609 3 0.5030 -0.1308 0 0.060 0.480 0.000 0.456 0.004
#> SRR2167857 6 0.1204 0.9056 0 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1398752 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437 2 0.3408 0.8017 0 0.832 0.000 0.016 0.072 0.080
#> SRR1416955 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064 4 0.6895 0.3422 0 0.328 0.080 0.464 0.112 0.016
#> SRR659001 4 0.1913 0.8041 0 0.080 0.000 0.908 0.012 0.000
#> SRR2170696 4 0.1918 0.7967 0 0.000 0.088 0.904 0.008 0.000
#> SRR816589 3 0.0937 0.8361 0 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1087487 3 0.0260 0.8443 0 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1329485 3 0.0146 0.8447 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR816920 4 0.1918 0.7967 0 0.000 0.088 0.904 0.008 0.000
#> SRR1341432 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590 4 0.2218 0.7902 0 0.104 0.000 0.884 0.012 0.000
#> SRR817046 3 0.1807 0.8238 0 0.000 0.920 0.060 0.020 0.000
#> SRR1471331 3 0.0146 0.8447 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR660788 4 0.1918 0.7967 0 0.000 0.088 0.904 0.008 0.000
#> SRR819234 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853 5 0.5927 0.7523 0 0.156 0.152 0.000 0.620 0.072
#> SRR809427 4 0.3583 0.7537 0 0.180 0.012 0.784 0.024 0.000
#> SRR2170217 4 0.1116 0.8045 0 0.028 0.008 0.960 0.004 0.000
#> SRR1386967 3 0.1049 0.8350 0 0.008 0.960 0.000 0.032 0.000
#> SRR1420344 2 0.2015 0.8098 0 0.916 0.000 0.016 0.012 0.056
#> SRR1334535 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503 4 0.4249 0.5839 0 0.328 0.000 0.640 0.032 0.000
#> SRR602564 4 0.5321 0.7315 0 0.044 0.132 0.704 0.104 0.016
#> SRR1420669 4 0.3090 0.7645 0 0.004 0.140 0.828 0.028 0.000
#> SRR819024 3 0.0520 0.8452 0 0.000 0.984 0.008 0.008 0.000
#> SRR656223 3 0.4468 0.4095 0 0.040 0.640 0.000 0.316 0.004
#> SRR608428 2 0.4134 0.7714 0 0.772 0.000 0.016 0.116 0.096
#> SRR1345647 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324 6 0.1643 0.9021 0 0.068 0.000 0.000 0.008 0.924
#> SRR1361368 4 0.4733 0.3987 0 0.408 0.004 0.552 0.032 0.004
#> SRR1322619 2 0.1858 0.8109 0 0.912 0.000 0.012 0.000 0.076
#> SRR1349276 4 0.2218 0.7902 0 0.104 0.000 0.884 0.012 0.000
#> SRR1404024 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637 2 0.2467 0.8069 0 0.884 0.000 0.016 0.012 0.088
#> SRR1452631 4 0.2266 0.7889 0 0.108 0.000 0.880 0.012 0.000
#> SRR608392 3 0.4468 0.4095 0 0.040 0.640 0.000 0.316 0.004
#> SRR1357757 3 0.3618 0.7627 0 0.008 0.808 0.080 0.104 0.000
#> SRR1074646 4 0.0820 0.8034 0 0.016 0.012 0.972 0.000 0.000
#> SRR1367499 3 0.0713 0.8405 0 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1343501 3 0.5071 -0.1849 0 0.076 0.480 0.000 0.444 0.000
#> SRR1394406 3 0.4769 0.2172 0 0.012 0.520 0.440 0.028 0.000
#> SRR1381435 3 0.1910 0.7928 0 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR1467407 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422 6 0.1204 0.9056 0 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1380270 5 0.4978 0.7493 0 0.156 0.104 0.000 0.704 0.036
#> SRR1091817 2 0.4740 0.7533 0 0.732 0.000 0.040 0.132 0.096
#> SRR1440137 2 0.5058 0.7160 0 0.716 0.004 0.108 0.124 0.048
#> SRR614311 4 0.4405 0.2390 0 0.472 0.000 0.504 0.024 0.000
#> SRR1407516 4 0.4502 0.7975 0 0.076 0.072 0.780 0.056 0.016
#> SRR815494 3 0.0146 0.8447 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1333209 4 0.4141 0.7018 0 0.248 0.004 0.712 0.032 0.004
#> SRR615177 4 0.2306 0.7967 0 0.004 0.092 0.888 0.016 0.000
#> SRR1099648 5 0.5434 0.6510 0 0.132 0.300 0.000 0.564 0.004
#> SRR659720 3 0.4478 0.6375 0 0.016 0.700 0.236 0.048 0.000
#> SRR2185057 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468 4 0.2174 0.7975 0 0.008 0.088 0.896 0.008 0.000
#> SRR660042 3 0.1367 0.8299 0 0.000 0.944 0.044 0.012 0.000
#> SRR2170864 2 0.4740 0.7533 0 0.732 0.000 0.040 0.132 0.096
#> SRR1440491 4 0.4136 0.7876 0 0.036 0.088 0.800 0.064 0.012
#> SRR1440852 3 0.0000 0.8445 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811169 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311 4 0.3343 0.7831 0 0.148 0.008 0.816 0.024 0.004
#> SRR818009 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836 2 0.2376 0.8053 0 0.884 0.000 0.008 0.012 0.096
#> SRR1498313 6 0.1204 0.9056 0 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1441975 2 0.4134 0.7714 0 0.772 0.000 0.016 0.116 0.096
#> SRR819096 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679 4 0.3743 0.7590 0 0.160 0.024 0.788 0.028 0.000
#> SRR1489116 3 0.5059 0.2629 0 0.072 0.588 0.000 0.332 0.008
#> SRR1354138 3 0.0146 0.8447 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1490589 3 0.1297 0.8352 0 0.000 0.948 0.040 0.012 0.000
#> SRR1412987 4 0.2266 0.7889 0 0.108 0.000 0.880 0.012 0.000
#> SRR602034 3 0.0146 0.8447 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1353437 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871 3 0.3817 0.7528 0 0.012 0.796 0.088 0.104 0.000
#> SRR661577 4 0.3874 0.8087 0 0.068 0.064 0.820 0.036 0.012
#> SRR612190 4 0.5566 0.7129 0 0.048 0.148 0.680 0.108 0.016
#> SRR1399880 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787 4 0.1967 0.8041 0 0.084 0.000 0.904 0.012 0.000
#> SRR657869 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141 3 0.0146 0.8447 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1476697 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538 2 0.4089 0.5169 0 0.696 0.000 0.264 0.040 0.000
#> SRR1331422 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859 3 0.4769 0.2172 0 0.012 0.520 0.440 0.028 0.000
#> SRR1097594 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419 3 0.0146 0.8447 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1336706 5 0.4944 0.7576 0 0.136 0.140 0.000 0.700 0.024
#> SRR1472976 4 0.2847 0.8102 0 0.068 0.012 0.876 0.036 0.008
#> SRR1321307 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461 3 0.0632 0.8413 0 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1477149 6 0.1701 0.9012 0 0.072 0.000 0.000 0.008 0.920
#> SRR1457397 5 0.5698 0.2177 0 0.108 0.016 0.000 0.500 0.376
#> SRR661913 3 0.0146 0.8447 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1069024 5 0.4978 0.7493 0 0.156 0.104 0.000 0.704 0.036
#> SRR2165634 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722 3 0.0146 0.8447 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1328642 6 0.2333 0.8768 0 0.092 0.000 0.000 0.024 0.884
#> SRR1488261 3 0.1367 0.8299 0 0.000 0.944 0.044 0.012 0.000
#> SRR1318815 4 0.2266 0.7889 0 0.108 0.000 0.880 0.012 0.000
#> SRR816945 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432 4 0.2968 0.7575 0 0.168 0.000 0.816 0.016 0.000
#> SRR1359280 6 0.2510 0.8675 0 0.100 0.000 0.000 0.028 0.872
#> SRR1313910 2 0.1341 0.7895 0 0.948 0.000 0.028 0.024 0.000
#> SRR1457315 4 0.3090 0.7645 0 0.004 0.140 0.828 0.028 0.000
#> SRR815398 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958 3 0.0858 0.8381 0 0.004 0.968 0.000 0.028 0.000
#> SRR600688 4 0.5258 0.7326 0 0.040 0.132 0.708 0.104 0.016
#> SRR1098952 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916 3 0.0146 0.8447 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR614167 3 0.0146 0.8447 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1348114 2 0.1890 0.7741 0 0.916 0.000 0.060 0.024 0.000
#> SRR658033 2 0.5575 0.6374 0 0.660 0.008 0.172 0.120 0.040
#> SRR1077503 3 0.2361 0.8046 0 0.000 0.884 0.088 0.028 0.000
#> SRR661854 3 0.3618 0.7627 0 0.008 0.808 0.080 0.104 0.000
#> SRR811379 4 0.4097 0.7927 0 0.040 0.084 0.804 0.060 0.012
#> SRR1318857 2 0.1405 0.7920 0 0.948 0.000 0.024 0.024 0.004
#> SRR656445 3 0.1958 0.8022 0 0.000 0.896 0.004 0.100 0.000
#> SRR1433044 6 0.1204 0.9056 0 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1486391 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071 3 0.1265 0.8316 0 0.000 0.948 0.044 0.008 0.000
#> SRR1364824 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745 5 0.5927 0.7523 0 0.156 0.152 0.000 0.620 0.072
#> SRR601038 5 0.5171 0.7461 0 0.136 0.216 0.000 0.640 0.008
#> SRR1360080 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868 3 0.3201 0.7137 0 0.000 0.780 0.208 0.012 0.000
#> SRR1485997 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560 4 0.2102 0.8083 0 0.068 0.012 0.908 0.012 0.000
#> SRR1333330 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513 4 0.2326 0.7954 0 0.008 0.092 0.888 0.012 0.000
#> SRR1328407 5 0.4760 0.6716 0 0.168 0.028 0.000 0.716 0.088
#> SRR602784 5 0.5434 0.6510 0 0.132 0.300 0.000 0.564 0.004
#> SRR1348468 4 0.2266 0.7889 0 0.108 0.000 0.880 0.012 0.000
#> SRR663717 2 0.3054 0.6959 0 0.828 0.000 0.136 0.036 0.000
#> SRR602217 2 0.5728 0.6702 0 0.676 0.052 0.028 0.148 0.096
#> SRR603140 3 0.3627 0.6918 0 0.004 0.752 0.224 0.020 0.000
#> SRR1340804 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574 3 0.0858 0.8381 0 0.004 0.968 0.000 0.028 0.000
#> SRR1333462 6 0.1204 0.9056 0 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1094601 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610 4 0.2203 0.7988 0 0.004 0.084 0.896 0.016 0.000
#> SRR1435833 4 0.3343 0.7831 0 0.148 0.008 0.816 0.024 0.004
#> SRR1398728 2 0.1364 0.7978 0 0.952 0.000 0.012 0.020 0.016
#> SRR1358343 4 0.3460 0.7098 0 0.220 0.000 0.760 0.020 0.000
#> SRR1410890 2 0.1092 0.7935 0 0.960 0.000 0.020 0.020 0.000
#> SRR1350371 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478 2 0.1767 0.8035 0 0.932 0.000 0.020 0.012 0.036
#> SRR1099260 3 0.4659 0.3734 0 0.052 0.624 0.000 0.320 0.004
#> SRR1433576 3 0.5751 0.3806 0 0.024 0.576 0.304 0.084 0.012
#> SRR1345541 3 0.5063 0.4133 0 0.004 0.596 0.324 0.072 0.004
#> SRR1086328 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391 3 0.0146 0.8447 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1476207 3 0.3627 0.6918 0 0.004 0.752 0.224 0.020 0.000
#> SRR627435 6 0.5479 0.4626 0 0.020 0.060 0.016 0.304 0.600
#> SRR1489862 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191 3 0.0146 0.8447 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1490115 3 0.1807 0.8238 0 0.000 0.920 0.060 0.020 0.000
#> SRR1377714 3 0.3618 0.7627 0 0.008 0.808 0.080 0.104 0.000
#> SRR819394 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161 4 0.5220 0.7362 0 0.040 0.128 0.712 0.104 0.016
#> SRR607042 5 0.5542 0.7433 0 0.144 0.224 0.000 0.612 0.020
#> SRR656203 4 0.6552 0.2805 0 0.368 0.068 0.464 0.088 0.012
#> SRR660602 3 0.1958 0.8022 0 0.000 0.896 0.004 0.100 0.000
#> SRR1440397 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249 2 0.1405 0.7920 0 0.948 0.000 0.024 0.024 0.004
#> SRR661242 4 0.5180 0.6920 0 0.032 0.188 0.692 0.076 0.012
#> SRR1332007 5 0.5595 0.4708 0 0.140 0.016 0.000 0.588 0.256
#> SRR809619 4 0.5088 0.6138 0 0.280 0.044 0.640 0.032 0.004
#> SRR819975 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281 2 0.4134 0.7714 0 0.772 0.000 0.016 0.116 0.096
#> SRR662366 3 0.0146 0.8447 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1317898 3 0.0520 0.8452 0 0.000 0.984 0.008 0.008 0.000
#> SRR1382485 4 0.3940 0.7975 0 0.040 0.072 0.816 0.060 0.012
#> SRR2166420 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541 3 0.0146 0.8447 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR817444 3 0.5073 -0.1983 0 0.076 0.476 0.000 0.448 0.000
#> SRR1320403 6 0.2383 0.8745 0 0.096 0.000 0.000 0.024 0.880
#> SRR1101483 2 0.1485 0.7899 0 0.944 0.000 0.028 0.024 0.004
#> SRR1331684 3 0.1141 0.8303 0 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1400054 4 0.2622 0.7898 0 0.004 0.104 0.868 0.024 0.000
#> SRR1406088 2 0.1257 0.7920 0 0.952 0.000 0.028 0.020 0.000
#> SRR820733 4 0.2595 0.8045 0 0.016 0.084 0.880 0.020 0.000
#> SRR1314113 4 0.2312 0.7843 0 0.000 0.112 0.876 0.012 0.000
#> SRR1382615 3 0.4127 0.5033 0 0.036 0.680 0.000 0.284 0.000
#> SRR1480745 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850 2 0.3753 0.7927 0 0.808 0.000 0.020 0.084 0.088
#> SRR656782 3 0.3570 0.6912 0 0.004 0.752 0.228 0.016 0.000
#> SRR821364 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295 6 0.1204 0.9056 0 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1357103 5 0.4964 0.7533 0 0.156 0.116 0.000 0.700 0.028
#> SRR809185 4 0.4348 0.7967 0 0.056 0.084 0.788 0.060 0.012
#> SRR811583 4 0.5519 0.7776 0 0.120 0.084 0.696 0.084 0.016
#> SRR1468050 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224 2 0.3767 0.7891 0 0.804 0.000 0.016 0.088 0.092
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17314 rows and 500 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.3577 0.643 0.643
#> 3 3 0.578 0.323 0.725 0.7182 0.925 0.884
#> 4 4 0.744 0.890 0.893 0.1728 0.635 0.386
#> 5 5 0.807 0.772 0.852 0.0701 0.964 0.865
#> 6 6 0.799 0.739 0.807 0.0467 0.941 0.759
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1500170 2 0 1 0 1
#> SRR1402368 2 0 1 0 1
#> SRR607743 2 0 1 0 1
#> SRR1457375 2 0 1 0 1
#> SRR1470923 1 0 1 1 0
#> SRR817954 1 0 1 1 0
#> SRR809259 1 0 1 1 0
#> SRR1439785 2 0 1 0 1
#> SRR814768 1 0 1 1 0
#> SRR1102031 2 0 1 0 1
#> SRR1363611 2 0 1 0 1
#> SRR1468447 2 0 1 0 1
#> SRR1071931 2 0 1 0 1
#> SRR810981 1 0 1 1 0
#> SRR615299 2 0 1 0 1
#> SRR663585 2 0 1 0 1
#> SRR1326773 2 0 1 0 1
#> SRR1351166 2 0 1 0 1
#> SRR1477452 1 0 1 1 0
#> SRR1084720 2 0 1 0 1
#> SRR1420320 2 0 1 0 1
#> SRR1081712 2 0 1 0 1
#> SRR1318241 2 0 1 0 1
#> SRR1333718 2 0 1 0 1
#> SRR1313514 2 0 1 0 1
#> SRR1477861 2 0 1 0 1
#> SRR1318005 2 0 1 0 1
#> SRR1354665 2 0 1 0 1
#> SRR657707 2 0 1 0 1
#> SRR1370742 2 0 1 0 1
#> SRR1412947 2 0 1 0 1
#> SRR661553 2 0 1 0 1
#> SRR1328869 1 0 1 1 0
#> SRR662211 2 0 1 0 1
#> SRR1348181 2 0 1 0 1
#> SRR1416560 2 0 1 0 1
#> SRR1319772 2 0 1 0 1
#> SRR1091452 2 0 1 0 1
#> SRR1338812 1 0 1 1 0
#> SRR1392072 2 0 1 0 1
#> SRR814844 2 0 1 0 1
#> SRR1376619 2 0 1 0 1
#> SRR603690 2 0 1 0 1
#> SRR2184980 2 0 1 0 1
#> SRR613963 2 0 1 0 1
#> SRR1323422 1 0 1 1 0
#> SRR1397673 2 0 1 0 1
#> SRR1434650 2 0 1 0 1
#> SRR659875 2 0 1 0 1
#> SRR1465734 2 0 1 0 1
#> SRR1076847 2 0 1 0 1
#> SRR1415072 1 0 1 1 0
#> SRR659319 2 0 1 0 1
#> SRR663088 2 0 1 0 1
#> SRR1352021 1 0 1 1 0
#> SRR1325527 1 0 1 1 0
#> SRR1105369 1 0 1 1 0
#> SRR659935 2 0 1 0 1
#> SRR1352530 2 0 1 0 1
#> SRR662594 2 0 1 0 1
#> SRR1095309 1 0 1 1 0
#> SRR615647 2 0 1 0 1
#> SRR813019 2 0 1 0 1
#> SRR1374647 2 0 1 0 1
#> SRR603472 2 0 1 0 1
#> SRR661529 2 0 1 0 1
#> SRR607018 2 0 1 0 1
#> SRR627423 2 0 1 0 1
#> SRR654921 2 0 1 0 1
#> SRR1418968 1 0 1 1 0
#> SRR660871 2 0 1 0 1
#> SRR1330522 2 0 1 0 1
#> SRR1499958 2 0 1 0 1
#> SRR614059 2 0 1 0 1
#> SRR1071403 1 0 1 1 0
#> SRR1486719 2 0 1 0 1
#> SRR1440421 2 0 1 0 1
#> SRR1310412 2 0 1 0 1
#> SRR614767 2 0 1 0 1
#> SRR820709 1 0 1 1 0
#> SRR1471500 1 0 1 1 0
#> SRR658093 2 0 1 0 1
#> SRR1088168 2 0 1 0 1
#> SRR1418707 2 0 1 0 1
#> SRR1354291 2 0 1 0 1
#> SRR2165806 1 0 1 1 0
#> SRR1415684 2 0 1 0 1
#> SRR1433860 2 0 1 0 1
#> SRR1311062 2 0 1 0 1
#> SRR1360359 1 0 1 1 0
#> SRR661385 2 0 1 0 1
#> SRR615407 2 0 1 0 1
#> SRR1413892 2 0 1 0 1
#> SRR1443459 2 0 1 0 1
#> SRR1338942 1 0 1 1 0
#> SRR657480 2 0 1 0 1
#> SRR1399433 2 0 1 0 1
#> SRR818537 2 0 1 0 1
#> SRR1101324 2 0 1 0 1
#> SRR807637 2 0 1 0 1
#> SRR1091918 1 0 1 1 0
#> SRR598300 2 0 1 0 1
#> SRR1085426 1 0 1 1 0
#> SRR1376294 2 0 1 0 1
#> SRR813891 1 0 1 1 0
#> SRR1467431 2 0 1 0 1
#> SRR658742 2 0 1 0 1
#> SRR1419234 1 0 1 1 0
#> SRR1404813 2 0 1 0 1
#> SRR603496 2 0 1 0 1
#> SRR1407758 2 0 1 0 1
#> SRR810945 2 0 1 0 1
#> SRR817234 2 0 1 0 1
#> SRR1444852 2 0 1 0 1
#> SRR660378 2 0 1 0 1
#> SRR1467835 2 0 1 0 1
#> SRR1338964 2 0 1 0 1
#> SRR1079259 2 0 1 0 1
#> SRR1072345 2 0 1 0 1
#> SRR598725 2 0 1 0 1
#> SRR1447938 1 0 1 1 0
#> SRR1356397 1 0 1 1 0
#> SRR1360460 2 0 1 0 1
#> SRR1429468 2 0 1 0 1
#> SRR1446850 2 0 1 0 1
#> SRR1320363 2 0 1 0 1
#> SRR1413810 2 0 1 0 1
#> SRR598831 2 0 1 0 1
#> SRR1381865 1 0 1 1 0
#> SRR660957 2 0 1 0 1
#> SRR1491332 2 0 1 0 1
#> SRR1099744 2 0 1 0 1
#> SRR1464618 2 0 1 0 1
#> SRR1414559 2 0 1 0 1
#> SRR1337540 2 0 1 0 1
#> SRR1444283 1 0 1 1 0
#> SRR2184942 2 0 1 0 1
#> SRR660295 1 0 1 1 0
#> SRR601335 2 0 1 0 1
#> SRR1363742 2 0 1 0 1
#> SRR1345847 2 0 1 0 1
#> SRR614960 2 0 1 0 1
#> SRR819919 1 0 1 1 0
#> SRR603330 2 0 1 0 1
#> SRR1327951 1 0 1 1 0
#> SRR1401885 1 0 1 1 0
#> SRR1345266 2 0 1 0 1
#> SRR1338055 2 0 1 0 1
#> SRR1430157 2 0 1 0 1
#> SRR1320137 2 0 1 0 1
#> SRR1093483 1 0 1 1 0
#> SRR1341080 1 0 1 1 0
#> SRR1459913 2 0 1 0 1
#> SRR2170490 1 0 1 1 0
#> SRR1479845 2 0 1 0 1
#> SRR1436420 1 0 1 1 0
#> SRR1481060 2 0 1 0 1
#> SRR662282 2 0 1 0 1
#> SRR1487089 2 0 1 0 1
#> SRR1075683 1 0 1 1 0
#> SRR1338536 1 0 1 1 0
#> SRR1338880 2 0 1 0 1
#> SRR1453456 2 0 1 0 1
#> SRR1457895 1 0 1 1 0
#> SRR1440603 2 0 1 0 1
#> SRR658633 2 0 1 0 1
#> SRR1388081 2 0 1 0 1
#> SRR813339 2 0 1 0 1
#> SRR809725 1 0 1 1 0
#> SRR627441 2 0 1 0 1
#> SRR613603 2 0 1 0 1
#> SRR1096571 2 0 1 0 1
#> SRR1392701 1 0 1 1 0
#> SRR1344326 1 0 1 1 0
#> SRR1367693 2 0 1 0 1
#> SRR660697 2 0 1 0 1
#> SRR1489926 2 0 1 0 1
#> SRR811491 2 0 1 0 1
#> SRR1311644 2 0 1 0 1
#> SRR1451740 2 0 1 0 1
#> SRR615117 2 0 1 0 1
#> SRR1391748 2 0 1 0 1
#> SRR1466556 2 0 1 0 1
#> SRR614972 2 0 1 0 1
#> SRR1406200 1 0 1 1 0
#> SRR819210 2 0 1 0 1
#> SRR662174 1 0 1 1 0
#> SRR811988 1 0 1 1 0
#> SRR663236 2 0 1 0 1
#> SRR1312598 2 0 1 0 1
#> SRR1330129 2 0 1 0 1
#> SRR1357781 2 0 1 0 1
#> SRR1315517 2 0 1 0 1
#> SRR1400032 2 0 1 0 1
#> SRR1413722 1 0 1 1 0
#> SRR612827 2 0 1 0 1
#> SRR814794 1 0 1 1 0
#> SRR819430 1 0 1 1 0
#> SRR1395509 2 0 1 0 1
#> SRR808728 2 0 1 0 1
#> SRR1070813 2 0 1 0 1
#> SRR1389133 2 0 1 0 1
#> SRR601263 2 0 1 0 1
#> SRR604718 2 0 1 0 1
#> SRR1481351 2 0 1 0 1
#> SRR1334608 2 0 1 0 1
#> SRR658681 2 0 1 0 1
#> SRR809283 2 0 1 0 1
#> SRR1459300 1 0 1 1 0
#> SRR1392547 2 0 1 0 1
#> SRR811049 2 0 1 0 1
#> SRR1464835 2 0 1 0 1
#> SRR1339619 2 0 1 0 1
#> SRR658501 2 0 1 0 1
#> SRR1447523 2 0 1 0 1
#> SRR1415048 1 0 1 1 0
#> SRR1355451 1 0 1 1 0
#> SRR1444348 2 0 1 0 1
#> SRR603890 2 0 1 0 1
#> SRR810595 2 0 1 0 1
#> SRR1446244 2 0 1 0 1
#> SRR817373 2 0 1 0 1
#> SRR1457291 2 0 1 0 1
#> SRR598220 2 0 1 0 1
#> SRR1477991 2 0 1 0 1
#> SRR598172 2 0 1 0 1
#> SRR1349032 2 0 1 0 1
#> SRR604002 2 0 1 0 1
#> SRR1378026 2 0 1 0 1
#> SRR1404401 2 0 1 0 1
#> SRR1333240 2 0 1 0 1
#> SRR1089399 2 0 1 0 1
#> SRR603421 2 0 1 0 1
#> SRR812562 1 0 1 1 0
#> SRR808520 2 0 1 0 1
#> SRR811839 1 0 1 1 0
#> SRR814317 2 0 1 0 1
#> SRR1436763 2 0 1 0 1
#> SRR1486021 2 0 1 0 1
#> SRR1465018 2 0 1 0 1
#> SRR1080998 2 0 1 0 1
#> SRR1083432 2 0 1 0 1
#> SRR1082833 1 0 1 1 0
#> SRR1465804 1 0 1 1 0
#> SRR1326536 2 0 1 0 1
#> SRR614011 2 0 1 0 1
#> SRR1365873 2 0 1 0 1
#> SRR1498789 2 0 1 0 1
#> SRR601581 2 0 1 0 1
#> SRR603566 2 0 1 0 1
#> SRR1373981 1 0 1 1 0
#> SRR821410 2 0 1 0 1
#> SRR1076511 2 0 1 0 1
#> SRR614143 2 0 1 0 1
#> SRR1333570 2 0 1 0 1
#> SRR1366813 2 0 1 0 1
#> SRR1388746 1 0 1 1 0
#> SRR1420558 2 0 1 0 1
#> SRR1409510 2 0 1 0 1
#> SRR816250 2 0 1 0 1
#> SRR614131 2 0 1 0 1
#> SRR1331130 1 0 1 1 0
#> SRR1316015 2 0 1 0 1
#> SRR1470798 2 0 1 0 1
#> SRR614179 2 0 1 0 1
#> SRR1474863 2 0 1 0 1
#> SRR813560 2 0 1 0 1
#> SRR1312187 2 0 1 0 1
#> SRR1420960 2 0 1 0 1
#> SRR1355102 2 0 1 0 1
#> SRR1084577 2 0 1 0 1
#> SRR659971 2 0 1 0 1
#> SRR1350855 2 0 1 0 1
#> SRR820779 2 0 1 0 1
#> SRR1476300 2 0 1 0 1
#> SRR1090907 2 0 1 0 1
#> SRR662294 2 0 1 0 1
#> SRR1480789 2 0 1 0 1
#> SRR1336263 2 0 1 0 1
#> SRR660776 1 0 1 1 0
#> SRR1090508 2 0 1 0 1
#> SRR615563 2 0 1 0 1
#> SRR1101175 1 0 1 1 0
#> SRR2164650 2 0 1 0 1
#> SRR1431205 2 0 1 0 1
#> SRR1339856 2 0 1 0 1
#> SRR1352147 2 0 1 0 1
#> SRR808968 1 0 1 1 0
#> SRR627419 2 0 1 0 1
#> SRR1402391 1 0 1 1 0
#> SRR663609 2 0 1 0 1
#> SRR2167857 2 0 1 0 1
#> SRR1398752 1 0 1 1 0
#> SRR1469169 1 0 1 1 0
#> SRR1405437 2 0 1 0 1
#> SRR1416955 1 0 1 1 0
#> SRR1317064 2 0 1 0 1
#> SRR659001 2 0 1 0 1
#> SRR2170696 2 0 1 0 1
#> SRR816589 2 0 1 0 1
#> SRR1087487 2 0 1 0 1
#> SRR1329485 2 0 1 0 1
#> SRR816920 2 0 1 0 1
#> SRR1341432 1 0 1 1 0
#> SRR1361590 2 0 1 0 1
#> SRR817046 2 0 1 0 1
#> SRR1471331 2 0 1 0 1
#> SRR660788 2 0 1 0 1
#> SRR819234 1 0 1 1 0
#> SRR810853 2 0 1 0 1
#> SRR809427 2 0 1 0 1
#> SRR2170217 2 0 1 0 1
#> SRR1386967 2 0 1 0 1
#> SRR1420344 2 0 1 0 1
#> SRR1334535 1 0 1 1 0
#> SRR614503 2 0 1 0 1
#> SRR602564 2 0 1 0 1
#> SRR1420669 2 0 1 0 1
#> SRR819024 2 0 1 0 1
#> SRR656223 2 0 1 0 1
#> SRR608428 2 0 1 0 1
#> SRR1345647 1 0 1 1 0
#> SRR1389324 2 0 1 0 1
#> SRR1361368 2 0 1 0 1
#> SRR1322619 2 0 1 0 1
#> SRR1349276 2 0 1 0 1
#> SRR1404024 1 0 1 1 0
#> SRR1370637 2 0 1 0 1
#> SRR1452631 2 0 1 0 1
#> SRR608392 2 0 1 0 1
#> SRR1357757 2 0 1 0 1
#> SRR1074646 2 0 1 0 1
#> SRR1367499 2 0 1 0 1
#> SRR1343501 2 0 1 0 1
#> SRR1394406 2 0 1 0 1
#> SRR1381435 2 0 1 0 1
#> SRR1467407 1 0 1 1 0
#> SRR1092422 2 0 1 0 1
#> SRR1380270 2 0 1 0 1
#> SRR1091817 2 0 1 0 1
#> SRR1440137 2 0 1 0 1
#> SRR614311 2 0 1 0 1
#> SRR1407516 2 0 1 0 1
#> SRR815494 2 0 1 0 1
#> SRR1333209 2 0 1 0 1
#> SRR615177 2 0 1 0 1
#> SRR1099648 2 0 1 0 1
#> SRR659720 2 0 1 0 1
#> SRR2185057 1 0 1 1 0
#> SRR1467125 1 0 1 1 0
#> SRR657468 2 0 1 0 1
#> SRR660042 2 0 1 0 1
#> SRR2170864 2 0 1 0 1
#> SRR1440491 2 0 1 0 1
#> SRR1440852 2 0 1 0 1
#> SRR811169 1 0 1 1 0
#> SRR1331311 2 0 1 0 1
#> SRR818009 1 0 1 1 0
#> SRR1351836 2 0 1 0 1
#> SRR1498313 2 0 1 0 1
#> SRR1441975 2 0 1 0 1
#> SRR819096 1 0 1 1 0
#> SRR1073679 2 0 1 0 1
#> SRR1489116 2 0 1 0 1
#> SRR1354138 2 0 1 0 1
#> SRR1490589 2 0 1 0 1
#> SRR1412987 2 0 1 0 1
#> SRR602034 2 0 1 0 1
#> SRR1353437 1 0 1 1 0
#> SRR1072871 2 0 1 0 1
#> SRR661577 2 0 1 0 1
#> SRR612190 2 0 1 0 1
#> SRR1399880 1 0 1 1 0
#> SRR1101787 2 0 1 0 1
#> SRR657869 1 0 1 1 0
#> SRR1446332 1 0 1 1 0
#> SRR816039 1 0 1 1 0
#> SRR1485141 2 0 1 0 1
#> SRR1476697 1 0 1 1 0
#> SRR1379538 2 0 1 0 1
#> SRR1331422 1 0 1 1 0
#> SRR660859 2 0 1 0 1
#> SRR1097594 1 0 1 1 0
#> SRR1311419 2 0 1 0 1
#> SRR1336706 2 0 1 0 1
#> SRR1472976 2 0 1 0 1
#> SRR1321307 1 0 1 1 0
#> SRR807493 1 0 1 1 0
#> SRR812461 2 0 1 0 1
#> SRR1477149 2 0 1 0 1
#> SRR1457397 2 0 1 0 1
#> SRR661913 2 0 1 0 1
#> SRR1069024 2 0 1 0 1
#> SRR2165634 1 0 1 1 0
#> SRR1478722 2 0 1 0 1
#> SRR1328642 2 0 1 0 1
#> SRR1488261 2 0 1 0 1
#> SRR1318815 2 0 1 0 1
#> SRR816945 1 0 1 1 0
#> SRR1367432 2 0 1 0 1
#> SRR1359280 2 0 1 0 1
#> SRR1313910 2 0 1 0 1
#> SRR1457315 2 0 1 0 1
#> SRR815398 1 0 1 1 0
#> SRR656958 2 0 1 0 1
#> SRR600688 2 0 1 0 1
#> SRR1098952 1 0 1 1 0
#> SRR1314916 2 0 1 0 1
#> SRR614167 2 0 1 0 1
#> SRR1348114 2 0 1 0 1
#> SRR658033 2 0 1 0 1
#> SRR1077503 2 0 1 0 1
#> SRR661854 2 0 1 0 1
#> SRR811379 2 0 1 0 1
#> SRR1318857 2 0 1 0 1
#> SRR656445 2 0 1 0 1
#> SRR1433044 2 0 1 0 1
#> SRR1486391 1 0 1 1 0
#> SRR656071 2 0 1 0 1
#> SRR1364824 1 0 1 1 0
#> SRR1379133 1 0 1 1 0
#> SRR1394169 1 0 1 1 0
#> SRR816745 2 0 1 0 1
#> SRR601038 2 0 1 0 1
#> SRR1360080 1 0 1 1 0
#> SRR814868 2 0 1 0 1
#> SRR1485997 1 0 1 1 0
#> SRR1435560 2 0 1 0 1
#> SRR1333330 1 0 1 1 0
#> SRR663513 2 0 1 0 1
#> SRR1328407 2 0 1 0 1
#> SRR602784 2 0 1 0 1
#> SRR1348468 2 0 1 0 1
#> SRR663717 2 0 1 0 1
#> SRR602217 2 0 1 0 1
#> SRR603140 2 0 1 0 1
#> SRR1340804 1 0 1 1 0
#> SRR1457574 2 0 1 0 1
#> SRR1333462 2 0 1 0 1
#> SRR1094601 1 0 1 1 0
#> SRR1434610 2 0 1 0 1
#> SRR1435833 2 0 1 0 1
#> SRR1398728 2 0 1 0 1
#> SRR1358343 2 0 1 0 1
#> SRR1410890 2 0 1 0 1
#> SRR1350371 1 0 1 1 0
#> SRR1392478 2 0 1 0 1
#> SRR1099260 2 0 1 0 1
#> SRR1433576 2 0 1 0 1
#> SRR1345541 2 0 1 0 1
#> SRR1086328 1 0 1 1 0
#> SRR810391 2 0 1 0 1
#> SRR1476207 2 0 1 0 1
#> SRR627435 2 0 1 0 1
#> SRR1489862 1 0 1 1 0
#> SRR1419086 1 0 1 1 0
#> SRR1436539 1 0 1 1 0
#> SRR1396191 2 0 1 0 1
#> SRR1490115 2 0 1 0 1
#> SRR1377714 2 0 1 0 1
#> SRR819394 1 0 1 1 0
#> SRR663161 2 0 1 0 1
#> SRR607042 2 0 1 0 1
#> SRR656203 2 0 1 0 1
#> SRR660602 2 0 1 0 1
#> SRR1440397 1 0 1 1 0
#> SRR1369264 1 0 1 1 0
#> SRR809233 1 0 1 1 0
#> SRR663249 2 0 1 0 1
#> SRR661242 2 0 1 0 1
#> SRR1332007 2 0 1 0 1
#> SRR809619 2 0 1 0 1
#> SRR819975 1 0 1 1 0
#> SRR599281 2 0 1 0 1
#> SRR662366 2 0 1 0 1
#> SRR1317898 2 0 1 0 1
#> SRR1382485 2 0 1 0 1
#> SRR2166420 1 0 1 1 0
#> SRR1419429 1 0 1 1 0
#> SRR1092541 2 0 1 0 1
#> SRR817444 2 0 1 0 1
#> SRR1320403 2 0 1 0 1
#> SRR1101483 2 0 1 0 1
#> SRR1331684 2 0 1 0 1
#> SRR1400054 2 0 1 0 1
#> SRR1406088 2 0 1 0 1
#> SRR820733 2 0 1 0 1
#> SRR1314113 2 0 1 0 1
#> SRR1382615 2 0 1 0 1
#> SRR1480745 1 0 1 1 0
#> SRR1468850 2 0 1 0 1
#> SRR656782 2 0 1 0 1
#> SRR821364 1 0 1 1 0
#> SRR1101106 1 0 1 1 0
#> SRR659295 2 0 1 0 1
#> SRR1357103 2 0 1 0 1
#> SRR809185 2 0 1 0 1
#> SRR811583 2 0 1 0 1
#> SRR1468050 1 0 1 1 0
#> SRR1440224 2 0 1 0 1
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1500170 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1402368 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR607743 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1457375 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1470923 1 0.2066 0.9660 0.940 0.000 0.060
#> SRR817954 1 0.1643 0.9690 0.956 0.000 0.044
#> SRR809259 1 0.1411 0.9729 0.964 0.000 0.036
#> SRR1439785 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR814768 1 0.1031 0.9720 0.976 0.000 0.024
#> SRR1102031 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1363611 2 0.1031 0.1678 0.000 0.976 0.024
#> SRR1468447 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1071931 2 0.0747 0.1717 0.000 0.984 0.016
#> SRR810981 1 0.1643 0.9690 0.956 0.000 0.044
#> SRR615299 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR663585 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1326773 2 0.2878 0.1291 0.000 0.904 0.096
#> SRR1351166 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1477452 1 0.1163 0.9718 0.972 0.000 0.028
#> SRR1084720 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1420320 2 0.1031 0.1678 0.000 0.976 0.024
#> SRR1081712 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1318241 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1333718 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1313514 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1477861 3 0.3116 0.7047 0.000 0.108 0.892
#> SRR1318005 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1354665 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR657707 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1370742 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1412947 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR661553 2 0.0237 0.1724 0.000 0.996 0.004
#> SRR1328869 1 0.1163 0.9717 0.972 0.000 0.028
#> SRR662211 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1348181 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1416560 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1319772 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1091452 2 0.0237 0.1724 0.000 0.996 0.004
#> SRR1338812 1 0.1964 0.9664 0.944 0.000 0.056
#> SRR1392072 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR814844 2 0.0747 0.1717 0.000 0.984 0.016
#> SRR1376619 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR603690 2 0.0592 0.1720 0.000 0.988 0.012
#> SRR2184980 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR613963 2 0.1964 0.1519 0.000 0.944 0.056
#> SRR1323422 1 0.2066 0.9660 0.940 0.000 0.060
#> SRR1397673 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1434650 3 0.5706 0.3882 0.000 0.320 0.680
#> SRR659875 3 0.6192 0.2346 0.000 0.420 0.580
#> SRR1465734 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1076847 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1415072 1 0.2066 0.9660 0.940 0.000 0.060
#> SRR659319 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR663088 2 0.0424 0.1712 0.000 0.992 0.008
#> SRR1352021 1 0.2066 0.9660 0.940 0.000 0.060
#> SRR1325527 1 0.1643 0.9690 0.956 0.000 0.044
#> SRR1105369 1 0.1643 0.9690 0.956 0.000 0.044
#> SRR659935 2 0.0747 0.1717 0.000 0.984 0.016
#> SRR1352530 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR662594 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1095309 1 0.1643 0.9690 0.956 0.000 0.044
#> SRR615647 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR813019 3 0.3941 0.6954 0.000 0.156 0.844
#> SRR1374647 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR603472 3 0.5733 0.3808 0.000 0.324 0.676
#> SRR661529 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR607018 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR627423 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR654921 2 0.0747 0.1717 0.000 0.984 0.016
#> SRR1418968 1 0.1529 0.9720 0.960 0.000 0.040
#> SRR660871 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1330522 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1499958 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR614059 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1071403 1 0.1860 0.9673 0.948 0.000 0.052
#> SRR1486719 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1440421 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1310412 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR614767 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR820709 1 0.1753 0.9691 0.952 0.000 0.048
#> SRR1471500 1 0.0892 0.9723 0.980 0.000 0.020
#> SRR658093 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1088168 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1418707 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1354291 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR2165806 1 0.1643 0.9690 0.956 0.000 0.044
#> SRR1415684 2 0.0000 0.1724 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433860 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1311062 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1360359 1 0.1964 0.9664 0.944 0.000 0.056
#> SRR661385 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR615407 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1413892 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1443459 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1338942 1 0.1964 0.9664 0.944 0.000 0.056
#> SRR657480 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1399433 2 0.0237 0.1724 0.000 0.996 0.004
#> SRR818537 3 0.3116 0.7047 0.000 0.108 0.892
#> SRR1101324 2 0.4796 0.1291 0.000 0.780 0.220
#> SRR807637 2 0.3412 0.0562 0.000 0.876 0.124
#> SRR1091918 1 0.1643 0.9690 0.956 0.000 0.044
#> SRR598300 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1085426 1 0.1643 0.9690 0.956 0.000 0.044
#> SRR1376294 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR813891 1 0.2066 0.9660 0.940 0.000 0.060
#> SRR1467431 2 0.5905 -0.1012 0.000 0.648 0.352
#> SRR658742 2 0.4796 0.1291 0.000 0.780 0.220
#> SRR1419234 1 0.1753 0.9688 0.952 0.000 0.048
#> SRR1404813 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR603496 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1407758 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR810945 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR817234 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1444852 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR660378 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1467835 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1338964 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1079259 2 0.1031 0.1678 0.000 0.976 0.024
#> SRR1072345 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR598725 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1447938 1 0.1753 0.9684 0.952 0.000 0.048
#> SRR1356397 1 0.1643 0.9690 0.956 0.000 0.044
#> SRR1360460 2 0.0747 0.1717 0.000 0.984 0.016
#> SRR1429468 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1446850 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1320363 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1413810 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR598831 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1381865 1 0.1643 0.9689 0.956 0.000 0.044
#> SRR660957 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1491332 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1099744 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1464618 2 0.4452 -0.0153 0.000 0.808 0.192
#> SRR1414559 2 0.4796 0.1291 0.000 0.780 0.220
#> SRR1337540 2 0.1031 0.1678 0.000 0.976 0.024
#> SRR1444283 1 0.0747 0.9724 0.984 0.000 0.016
#> SRR2184942 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR660295 1 0.1753 0.9688 0.952 0.000 0.048
#> SRR601335 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1363742 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1345847 2 0.1031 0.1678 0.000 0.976 0.024
#> SRR614960 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR819919 1 0.1643 0.9690 0.956 0.000 0.044
#> SRR603330 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1327951 1 0.1643 0.9690 0.956 0.000 0.044
#> SRR1401885 1 0.2066 0.9660 0.940 0.000 0.060
#> SRR1345266 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1338055 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1430157 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1320137 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1093483 1 0.0592 0.9724 0.988 0.000 0.012
#> SRR1341080 1 0.1643 0.9693 0.956 0.000 0.044
#> SRR1459913 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR2170490 1 0.1643 0.9690 0.956 0.000 0.044
#> SRR1479845 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1436420 1 0.1753 0.9688 0.952 0.000 0.048
#> SRR1481060 2 0.6192 0.1682 0.000 0.580 0.420
#> SRR662282 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1487089 2 0.0237 0.1724 0.000 0.996 0.004
#> SRR1075683 1 0.1964 0.9664 0.944 0.000 0.056
#> SRR1338536 1 0.2066 0.9660 0.940 0.000 0.060
#> SRR1338880 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1453456 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1457895 1 0.1643 0.9690 0.956 0.000 0.044
#> SRR1440603 3 0.3116 0.7047 0.000 0.108 0.892
#> SRR658633 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1388081 2 0.0747 0.1717 0.000 0.984 0.016
#> SRR813339 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR809725 1 0.0747 0.9726 0.984 0.000 0.016
#> SRR627441 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR613603 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1096571 3 0.6235 0.1958 0.000 0.436 0.564
#> SRR1392701 1 0.1643 0.9690 0.956 0.000 0.044
#> SRR1344326 1 0.1289 0.9725 0.968 0.000 0.032
#> SRR1367693 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR660697 2 0.5678 -0.0904 0.000 0.684 0.316
#> SRR1489926 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR811491 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1311644 2 0.5810 0.1662 0.000 0.664 0.336
#> SRR1451740 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR615117 3 0.4002 0.6377 0.000 0.160 0.840
#> SRR1391748 2 0.0892 0.1699 0.000 0.980 0.020
#> SRR1466556 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR614972 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1406200 1 0.1964 0.9664 0.944 0.000 0.056
#> SRR819210 2 0.0237 0.1724 0.000 0.996 0.004
#> SRR662174 1 0.0892 0.9723 0.980 0.000 0.020
#> SRR811988 1 0.1289 0.9708 0.968 0.000 0.032
#> SRR663236 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1312598 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1330129 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1357781 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1315517 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1400032 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1413722 1 0.1163 0.9715 0.972 0.000 0.028
#> SRR612827 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR814794 1 0.1031 0.9718 0.976 0.000 0.024
#> SRR819430 1 0.1163 0.9716 0.972 0.000 0.028
#> SRR1395509 2 0.1031 0.1678 0.000 0.976 0.024
#> SRR808728 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1070813 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1389133 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR601263 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR604718 2 0.1031 0.1678 0.000 0.976 0.024
#> SRR1481351 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1334608 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR658681 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR809283 2 0.0424 0.1723 0.000 0.992 0.008
#> SRR1459300 1 0.1643 0.9690 0.956 0.000 0.044
#> SRR1392547 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR811049 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1464835 2 0.0747 0.1717 0.000 0.984 0.016
#> SRR1339619 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR658501 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1447523 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1415048 1 0.0592 0.9727 0.988 0.000 0.012
#> SRR1355451 1 0.1964 0.9664 0.944 0.000 0.056
#> SRR1444348 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR603890 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR810595 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1446244 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR817373 2 0.0424 0.1723 0.000 0.992 0.008
#> SRR1457291 2 0.1031 0.1678 0.000 0.976 0.024
#> SRR598220 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1477991 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR598172 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1349032 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR604002 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1378026 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1404401 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1333240 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1089399 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR603421 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR812562 1 0.1964 0.9664 0.944 0.000 0.056
#> SRR808520 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR811839 1 0.1643 0.9690 0.956 0.000 0.044
#> SRR814317 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1436763 2 0.0747 0.1717 0.000 0.984 0.016
#> SRR1486021 2 0.1031 0.1678 0.000 0.976 0.024
#> SRR1465018 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1080998 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1083432 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1082833 1 0.1163 0.9712 0.972 0.000 0.028
#> SRR1465804 1 0.1964 0.9664 0.944 0.000 0.056
#> SRR1326536 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR614011 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1365873 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1498789 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR601581 2 0.4452 -0.0153 0.000 0.808 0.192
#> SRR603566 3 0.4605 0.6384 0.000 0.204 0.796
#> SRR1373981 1 0.1529 0.9703 0.960 0.000 0.040
#> SRR821410 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1076511 2 0.0424 0.1712 0.000 0.992 0.008
#> SRR614143 2 0.5706 0.1514 0.000 0.680 0.320
#> SRR1333570 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1366813 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1388746 1 0.1643 0.9690 0.956 0.000 0.044
#> SRR1420558 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1409510 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR816250 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR614131 2 0.6180 -0.1046 0.000 0.584 0.416
#> SRR1331130 1 0.2066 0.9660 0.940 0.000 0.060
#> SRR1316015 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1470798 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR614179 3 0.4235 0.6745 0.000 0.176 0.824
#> SRR1474863 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR813560 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1312187 2 0.1031 0.1678 0.000 0.976 0.024
#> SRR1420960 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1355102 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1084577 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR659971 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1350855 2 0.1031 0.1678 0.000 0.976 0.024
#> SRR820779 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1476300 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1090907 2 0.0747 0.1717 0.000 0.984 0.016
#> SRR662294 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1480789 3 0.3482 0.7173 0.000 0.128 0.872
#> SRR1336263 2 0.0747 0.1717 0.000 0.984 0.016
#> SRR660776 1 0.1753 0.9688 0.952 0.000 0.048
#> SRR1090508 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR615563 2 0.0892 0.1699 0.000 0.980 0.020
#> SRR1101175 1 0.1643 0.9690 0.956 0.000 0.044
#> SRR2164650 3 0.6235 0.1958 0.000 0.436 0.564
#> SRR1431205 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1339856 2 0.5216 -0.0670 0.000 0.740 0.260
#> SRR1352147 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR808968 1 0.1643 0.9690 0.956 0.000 0.044
#> SRR627419 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1402391 1 0.1411 0.9724 0.964 0.000 0.036
#> SRR663609 3 0.6280 0.1262 0.000 0.460 0.540
#> SRR2167857 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1398752 1 0.0592 0.9724 0.988 0.000 0.012
#> SRR1469169 1 0.1753 0.9688 0.952 0.000 0.048
#> SRR1405437 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1416955 1 0.1964 0.9664 0.944 0.000 0.056
#> SRR1317064 2 0.1031 0.1678 0.000 0.976 0.024
#> SRR659001 2 0.0747 0.1717 0.000 0.984 0.016
#> SRR2170696 2 0.4974 0.1310 0.000 0.764 0.236
#> SRR816589 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1087487 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1329485 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR816920 2 0.4796 0.1291 0.000 0.780 0.220
#> SRR1341432 1 0.1753 0.9688 0.952 0.000 0.048
#> SRR1361590 2 0.0747 0.1717 0.000 0.984 0.016
#> SRR817046 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1471331 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR660788 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR819234 1 0.1964 0.9664 0.944 0.000 0.056
#> SRR810853 3 0.3482 0.7173 0.000 0.128 0.872
#> SRR809427 2 0.1031 0.1678 0.000 0.976 0.024
#> SRR2170217 2 0.0237 0.1724 0.000 0.996 0.004
#> SRR1386967 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1420344 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1334535 1 0.1643 0.9693 0.956 0.000 0.044
#> SRR614503 2 0.5785 -0.0958 0.000 0.668 0.332
#> SRR602564 2 0.0237 0.1724 0.000 0.996 0.004
#> SRR1420669 2 0.5058 0.1324 0.000 0.756 0.244
#> SRR819024 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR656223 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR608428 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1345647 1 0.2066 0.9660 0.940 0.000 0.060
#> SRR1389324 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1361368 2 0.5706 -0.0918 0.000 0.680 0.320
#> SRR1322619 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1349276 2 0.1031 0.1678 0.000 0.976 0.024
#> SRR1404024 1 0.2066 0.9660 0.940 0.000 0.060
#> SRR1370637 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1452631 2 0.1031 0.1678 0.000 0.976 0.024
#> SRR608392 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1357757 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1074646 2 0.0424 0.1712 0.000 0.992 0.008
#> SRR1367499 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1343501 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1394406 2 0.0592 0.1695 0.000 0.988 0.012
#> SRR1381435 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1467407 1 0.1643 0.9690 0.956 0.000 0.044
#> SRR1092422 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1380270 3 0.3482 0.7173 0.000 0.128 0.872
#> SRR1091817 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1440137 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR614311 2 0.5678 -0.0904 0.000 0.684 0.316
#> SRR1407516 2 0.0747 0.1717 0.000 0.984 0.016
#> SRR815494 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1333209 2 0.1031 0.1678 0.000 0.976 0.024
#> SRR615177 2 0.4605 0.1269 0.000 0.796 0.204
#> SRR1099648 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR659720 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR2185057 1 0.0892 0.9723 0.980 0.000 0.020
#> SRR1467125 1 0.1964 0.9664 0.944 0.000 0.056
#> SRR657468 2 0.2261 0.1474 0.000 0.932 0.068
#> SRR660042 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR2170864 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1440491 2 0.0237 0.1724 0.000 0.996 0.004
#> SRR1440852 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR811169 1 0.1411 0.9722 0.964 0.000 0.036
#> SRR1331311 2 0.1031 0.1678 0.000 0.976 0.024
#> SRR818009 1 0.1964 0.9698 0.944 0.000 0.056
#> SRR1351836 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1498313 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1441975 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR819096 1 0.2066 0.9660 0.940 0.000 0.060
#> SRR1073679 2 0.5678 0.1561 0.000 0.684 0.316
#> SRR1489116 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1354138 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1490589 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1412987 2 0.0892 0.1699 0.000 0.980 0.020
#> SRR602034 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1353437 1 0.1289 0.9708 0.968 0.000 0.032
#> SRR1072871 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR661577 2 0.0237 0.1724 0.000 0.996 0.004
#> SRR612190 2 0.0424 0.1712 0.000 0.992 0.008
#> SRR1399880 1 0.2066 0.9660 0.940 0.000 0.060
#> SRR1101787 2 0.1031 0.1678 0.000 0.976 0.024
#> SRR657869 1 0.1643 0.9690 0.956 0.000 0.044
#> SRR1446332 1 0.1643 0.9690 0.956 0.000 0.044
#> SRR816039 1 0.1411 0.9706 0.964 0.000 0.036
#> SRR1485141 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1476697 1 0.1529 0.9728 0.960 0.000 0.040
#> SRR1379538 2 0.5678 -0.0904 0.000 0.684 0.316
#> SRR1331422 1 0.1643 0.9690 0.956 0.000 0.044
#> SRR660859 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1097594 1 0.1753 0.9688 0.952 0.000 0.048
#> SRR1311419 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1336706 3 0.6192 0.2346 0.000 0.420 0.580
#> SRR1472976 2 0.0592 0.1720 0.000 0.988 0.012
#> SRR1321307 1 0.1643 0.9690 0.956 0.000 0.044
#> SRR807493 1 0.1753 0.9688 0.952 0.000 0.048
#> SRR812461 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1477149 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1457397 3 0.5591 0.4150 0.000 0.304 0.696
#> SRR661913 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1069024 3 0.3340 0.7166 0.000 0.120 0.880
#> SRR2165634 1 0.1643 0.9690 0.956 0.000 0.044
#> SRR1478722 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1328642 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1488261 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1318815 2 0.0747 0.1717 0.000 0.984 0.016
#> SRR816945 1 0.1753 0.9688 0.952 0.000 0.048
#> SRR1367432 2 0.1031 0.1678 0.000 0.976 0.024
#> SRR1359280 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1313910 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1457315 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR815398 1 0.1643 0.9690 0.956 0.000 0.044
#> SRR656958 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR600688 2 0.0237 0.1724 0.000 0.996 0.004
#> SRR1098952 1 0.0892 0.9723 0.980 0.000 0.020
#> SRR1314916 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR614167 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1348114 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR658033 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1077503 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR661854 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR811379 2 0.0747 0.1717 0.000 0.984 0.016
#> SRR1318857 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR656445 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1433044 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1486391 1 0.1643 0.9690 0.956 0.000 0.044
#> SRR656071 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1364824 1 0.1964 0.9664 0.944 0.000 0.056
#> SRR1379133 1 0.1964 0.9664 0.944 0.000 0.056
#> SRR1394169 1 0.1031 0.9724 0.976 0.000 0.024
#> SRR816745 3 0.3482 0.7173 0.000 0.128 0.872
#> SRR601038 3 0.3482 0.7173 0.000 0.128 0.872
#> SRR1360080 1 0.1643 0.9707 0.956 0.000 0.044
#> SRR814868 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1485997 1 0.2066 0.9660 0.940 0.000 0.060
#> SRR1435560 2 0.0237 0.1724 0.000 0.996 0.004
#> SRR1333330 1 0.1753 0.9692 0.952 0.000 0.048
#> SRR663513 2 0.6095 0.2015 0.000 0.608 0.392
#> SRR1328407 3 0.3038 0.7077 0.000 0.104 0.896
#> SRR602784 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1348468 2 0.0747 0.1717 0.000 0.984 0.016
#> SRR663717 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR602217 3 0.6309 0.0495 0.000 0.500 0.500
#> SRR603140 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1340804 1 0.1964 0.9664 0.944 0.000 0.056
#> SRR1457574 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1333462 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1094601 1 0.1964 0.9664 0.944 0.000 0.056
#> SRR1434610 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1435833 2 0.1031 0.1678 0.000 0.976 0.024
#> SRR1398728 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1358343 2 0.3412 0.0562 0.000 0.876 0.124
#> SRR1410890 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1350371 1 0.1753 0.9688 0.952 0.000 0.048
#> SRR1392478 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1099260 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1433576 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1345541 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1086328 1 0.1643 0.9690 0.956 0.000 0.044
#> SRR810391 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1476207 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR627435 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1489862 1 0.1643 0.9693 0.956 0.000 0.044
#> SRR1419086 1 0.1753 0.9688 0.952 0.000 0.048
#> SRR1436539 1 0.2066 0.9660 0.940 0.000 0.060
#> SRR1396191 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1490115 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1377714 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR819394 1 0.1964 0.9664 0.944 0.000 0.056
#> SRR663161 2 0.0237 0.1724 0.000 0.996 0.004
#> SRR607042 3 0.4887 0.6015 0.000 0.228 0.772
#> SRR656203 2 0.1031 0.1678 0.000 0.976 0.024
#> SRR660602 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1440397 1 0.1643 0.9690 0.956 0.000 0.044
#> SRR1369264 1 0.0892 0.9730 0.980 0.000 0.020
#> SRR809233 1 0.1643 0.9690 0.956 0.000 0.044
#> SRR663249 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR661242 2 0.0237 0.1724 0.000 0.996 0.004
#> SRR1332007 3 0.3340 0.7166 0.000 0.120 0.880
#> SRR809619 2 0.1031 0.1678 0.000 0.976 0.024
#> SRR819975 1 0.1529 0.9703 0.960 0.000 0.040
#> SRR599281 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR662366 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1317898 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1382485 2 0.0424 0.1712 0.000 0.992 0.008
#> SRR2166420 1 0.1964 0.9664 0.944 0.000 0.056
#> SRR1419429 1 0.1643 0.9690 0.956 0.000 0.044
#> SRR1092541 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR817444 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1320403 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1101483 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1331684 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1400054 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1406088 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR820733 2 0.5650 0.1543 0.000 0.688 0.312
#> SRR1314113 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1382615 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1480745 1 0.0237 0.9727 0.996 0.000 0.004
#> SRR1468850 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR656782 2 0.6126 0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR821364 1 0.1643 0.9690 0.956 0.000 0.044
#> SRR1101106 1 0.0237 0.9727 0.996 0.000 0.004
#> SRR659295 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1357103 3 0.3340 0.7166 0.000 0.120 0.880
#> SRR809185 2 0.1031 0.1678 0.000 0.976 0.024
#> SRR811583 2 0.0892 0.1699 0.000 0.980 0.020
#> SRR1468050 1 0.2066 0.9660 0.940 0.000 0.060
#> SRR1440224 2 0.6309 -0.0814 0.000 0.504 0.496
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1500170 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1402368 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR607743 3 0.0707 0.9486 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1457375 2 0.3806 0.7531 0.000 0.824 0.020 0.156
#> SRR1470923 1 0.1890 0.9241 0.936 0.008 0.000 0.056
#> SRR817954 1 0.3219 0.9218 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR809259 1 0.2814 0.9320 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR1439785 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR814768 1 0.0804 0.9317 0.980 0.012 0.000 0.008
#> SRR1102031 4 0.5213 0.6160 0.000 0.328 0.020 0.652
#> SRR1363611 4 0.5080 0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR1468447 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1071931 4 0.5080 0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR810981 1 0.3266 0.9214 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR615299 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR663585 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326773 3 0.6421 -0.0660 0.000 0.076 0.556 0.368
#> SRR1351166 2 0.4507 0.6438 0.000 0.756 0.020 0.224
#> SRR1477452 1 0.1042 0.9313 0.972 0.008 0.000 0.020
#> SRR1084720 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420320 4 0.5080 0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR1081712 2 0.0895 0.9240 0.000 0.976 0.020 0.004
#> SRR1318241 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333718 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313514 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1477861 2 0.4564 0.5331 0.000 0.672 0.328 0.000
#> SRR1318005 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1354665 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR657707 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370742 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1412947 2 0.5607 -0.1820 0.000 0.492 0.020 0.488
#> SRR661553 4 0.5080 0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR1328869 1 0.0336 0.9330 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR662211 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1348181 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416560 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319772 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091452 4 0.5080 0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR1338812 1 0.1767 0.9247 0.944 0.012 0.000 0.044
#> SRR1392072 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR814844 4 0.5080 0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR1376619 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR603690 4 0.5080 0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR2184980 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR613963 4 0.5011 0.9054 0.000 0.076 0.160 0.764
#> SRR1323422 1 0.1743 0.9251 0.940 0.004 0.000 0.056
#> SRR1397673 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434650 2 0.3688 0.7186 0.000 0.792 0.208 0.000
#> SRR659875 3 0.1474 0.9087 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR1465734 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076847 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1415072 1 0.1938 0.9244 0.936 0.012 0.000 0.052
#> SRR659319 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663088 4 0.5080 0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR1352021 1 0.1890 0.9241 0.936 0.008 0.000 0.056
#> SRR1325527 1 0.3219 0.9218 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1105369 1 0.3266 0.9214 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR659935 4 0.5080 0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR1352530 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662594 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095309 1 0.3311 0.9212 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR615647 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR813019 3 0.4605 0.4532 0.000 0.336 0.664 0.000
#> SRR1374647 2 0.3757 0.7587 0.000 0.828 0.020 0.152
#> SRR603472 2 0.1474 0.8898 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR661529 3 0.4040 0.5772 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR607018 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR627423 2 0.5586 -0.1330 0.000 0.528 0.020 0.452
#> SRR654921 4 0.5080 0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR1418968 1 0.2868 0.9283 0.864 0.000 0.000 0.136
#> SRR660871 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330522 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499958 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR614059 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071403 1 0.1398 0.9266 0.956 0.004 0.000 0.040
#> SRR1486719 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1440421 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1310412 3 0.0188 0.9662 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR614767 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR820709 1 0.1767 0.9265 0.944 0.012 0.000 0.044
#> SRR1471500 1 0.1489 0.9338 0.952 0.004 0.000 0.044
#> SRR658093 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088168 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418707 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1354291 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR2165806 1 0.3494 0.9199 0.824 0.004 0.000 0.172
#> SRR1415684 4 0.5080 0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR1433860 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311062 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1360359 1 0.1767 0.9247 0.944 0.012 0.000 0.044
#> SRR661385 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615407 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1413892 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443459 4 0.4436 0.7667 0.000 0.216 0.020 0.764
#> SRR1338942 1 0.1635 0.9252 0.948 0.008 0.000 0.044
#> SRR657480 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399433 4 0.5080 0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR818537 2 0.4907 0.3192 0.000 0.580 0.420 0.000
#> SRR1101324 4 0.4617 0.8657 0.000 0.032 0.204 0.764
#> SRR807637 4 0.6522 0.7274 0.000 0.280 0.112 0.608
#> SRR1091918 1 0.3219 0.9218 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR598300 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085426 1 0.3219 0.9218 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1376294 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR813891 1 0.1938 0.9238 0.936 0.012 0.000 0.052
#> SRR1467431 4 0.4907 0.8275 0.000 0.176 0.060 0.764
#> SRR658742 4 0.4617 0.8657 0.000 0.032 0.204 0.764
#> SRR1419234 1 0.3400 0.9226 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1404813 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR603496 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407758 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR810945 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR817234 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1444852 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660378 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467835 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1338964 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079259 4 0.5080 0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR1072345 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR598725 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447938 1 0.1305 0.9281 0.960 0.004 0.000 0.036
#> SRR1356397 1 0.3219 0.9218 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1360460 4 0.5080 0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR1429468 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1446850 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1320363 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413810 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR598831 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1381865 1 0.0921 0.9308 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR660957 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1491332 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099744 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1464618 4 0.5110 0.8802 0.000 0.132 0.104 0.764
#> SRR1414559 4 0.4617 0.8657 0.000 0.032 0.204 0.764
#> SRR1337540 4 0.5080 0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR1444283 1 0.1356 0.9333 0.960 0.008 0.000 0.032
#> SRR2184942 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660295 1 0.3444 0.9210 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR601335 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363742 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345847 4 0.5080 0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR614960 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR819919 1 0.3311 0.9212 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR603330 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1327951 1 0.3266 0.9214 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR1401885 1 0.1890 0.9241 0.936 0.008 0.000 0.056
#> SRR1345266 4 0.5594 0.3456 0.000 0.460 0.020 0.520
#> SRR1338055 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1430157 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1320137 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1093483 1 0.1388 0.9341 0.960 0.012 0.000 0.028
#> SRR1341080 1 0.1743 0.9248 0.940 0.004 0.000 0.056
#> SRR1459913 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170490 1 0.3494 0.9199 0.824 0.004 0.000 0.172
#> SRR1479845 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436420 1 0.3356 0.9217 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR1481060 3 0.0592 0.9520 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR662282 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487089 4 0.5080 0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR1075683 1 0.1767 0.9247 0.944 0.012 0.000 0.044
#> SRR1338536 1 0.1890 0.9241 0.936 0.008 0.000 0.056
#> SRR1338880 4 0.4436 0.7667 0.000 0.216 0.020 0.764
#> SRR1453456 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457895 1 0.3219 0.9218 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1440603 2 0.4543 0.5410 0.000 0.676 0.324 0.000
#> SRR658633 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1388081 4 0.5080 0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR813339 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809725 1 0.0921 0.9332 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR627441 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR613603 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096571 3 0.1474 0.9087 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR1392701 1 0.3311 0.9212 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR1344326 1 0.1661 0.9349 0.944 0.004 0.000 0.052
#> SRR1367693 2 0.2563 0.8503 0.000 0.908 0.020 0.072
#> SRR660697 4 0.4989 0.8434 0.000 0.164 0.072 0.764
#> SRR1489926 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811491 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311644 4 0.4088 0.8346 0.000 0.004 0.232 0.764
#> SRR1451740 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615117 2 0.4072 0.6637 0.000 0.748 0.252 0.000
#> SRR1391748 4 0.5080 0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR1466556 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614972 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406200 1 0.1545 0.9261 0.952 0.008 0.000 0.040
#> SRR819210 4 0.5080 0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR662174 1 0.1677 0.9337 0.948 0.012 0.000 0.040
#> SRR811988 1 0.0921 0.9308 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR663236 4 0.3942 0.8290 0.000 0.000 0.236 0.764
#> SRR1312598 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1330129 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1357781 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1315517 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1400032 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413722 1 0.0336 0.9334 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR612827 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR814794 1 0.2081 0.9325 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR819430 1 0.0469 0.9327 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1395509 4 0.5080 0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR808728 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070813 2 0.3806 0.7535 0.000 0.824 0.020 0.156
#> SRR1389133 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR601263 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR604718 4 0.5080 0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR1481351 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334608 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658681 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809283 4 0.5080 0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR1459300 1 0.3266 0.9214 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR1392547 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811049 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464835 4 0.5080 0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR1339619 4 0.4576 0.7500 0.000 0.232 0.020 0.748
#> SRR658501 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447523 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415048 1 0.0188 0.9332 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1355451 1 0.1767 0.9247 0.944 0.012 0.000 0.044
#> SRR1444348 4 0.5594 0.3456 0.000 0.460 0.020 0.520
#> SRR603890 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR810595 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446244 4 0.5594 0.3456 0.000 0.460 0.020 0.520
#> SRR817373 4 0.5080 0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR1457291 4 0.5080 0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR598220 4 0.4830 0.5744 0.000 0.000 0.392 0.608
#> SRR1477991 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR598172 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1349032 4 0.5465 0.5113 0.000 0.392 0.020 0.588
#> SRR604002 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1378026 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404401 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1333240 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1089399 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR603421 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR812562 1 0.1398 0.9266 0.956 0.004 0.000 0.040
#> SRR808520 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811839 1 0.3266 0.9214 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR814317 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1436763 4 0.5080 0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR1486021 4 0.5080 0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR1465018 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1080998 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083432 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082833 1 0.2647 0.9294 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR1465804 1 0.1767 0.9247 0.944 0.012 0.000 0.044
#> SRR1326536 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614011 2 0.5550 -0.0289 0.000 0.552 0.020 0.428
#> SRR1365873 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1498789 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR601581 4 0.5110 0.8802 0.000 0.132 0.104 0.764
#> SRR603566 3 0.3024 0.7885 0.000 0.148 0.852 0.000
#> SRR1373981 1 0.3266 0.9259 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR821410 2 0.3757 0.7587 0.000 0.828 0.020 0.152
#> SRR1076511 4 0.5080 0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR614143 3 0.0592 0.9509 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1333570 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366813 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1388746 1 0.3219 0.9218 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1420558 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409510 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816250 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR614131 4 0.5856 0.4825 0.000 0.408 0.036 0.556
#> SRR1331130 1 0.1890 0.9241 0.936 0.008 0.000 0.056
#> SRR1316015 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470798 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614179 3 0.4164 0.6042 0.000 0.264 0.736 0.000
#> SRR1474863 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR813560 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1312187 4 0.5080 0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR1420960 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355102 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084577 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659971 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1350855 4 0.5080 0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR820779 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476300 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090907 4 0.5080 0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR662294 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1480789 3 0.4761 0.3631 0.000 0.372 0.628 0.000
#> SRR1336263 4 0.5080 0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR660776 1 0.3444 0.9210 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1090508 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR615563 4 0.5080 0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR1101175 1 0.3219 0.9218 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR2164650 3 0.1474 0.9087 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR1431205 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1339856 4 0.5050 0.8579 0.000 0.152 0.084 0.764
#> SRR1352147 4 0.4436 0.7667 0.000 0.216 0.020 0.764
#> SRR808968 1 0.3219 0.9218 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR627419 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1402391 1 0.2918 0.9315 0.876 0.008 0.000 0.116
#> SRR663609 3 0.1389 0.9136 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR2167857 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1398752 1 0.1488 0.9341 0.956 0.012 0.000 0.032
#> SRR1469169 1 0.3400 0.9212 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1405437 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1416955 1 0.1767 0.9247 0.944 0.012 0.000 0.044
#> SRR1317064 4 0.5080 0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR659001 4 0.5080 0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR2170696 4 0.4562 0.8617 0.000 0.028 0.208 0.764
#> SRR816589 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087487 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329485 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816920 4 0.4617 0.8657 0.000 0.032 0.204 0.764
#> SRR1341432 1 0.3400 0.9212 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1361590 4 0.5080 0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR817046 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471331 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660788 4 0.3942 0.8290 0.000 0.000 0.236 0.764
#> SRR819234 1 0.1398 0.9266 0.956 0.004 0.000 0.040
#> SRR810853 3 0.4855 0.2848 0.000 0.400 0.600 0.000
#> SRR809427 4 0.5080 0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR2170217 4 0.5080 0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR1386967 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420344 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1334535 1 0.1824 0.9261 0.936 0.004 0.000 0.060
#> SRR614503 4 0.4964 0.8383 0.000 0.168 0.068 0.764
#> SRR602564 4 0.5080 0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR1420669 4 0.4562 0.8617 0.000 0.028 0.208 0.764
#> SRR819024 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR656223 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608428 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1345647 1 0.1890 0.9241 0.936 0.008 0.000 0.056
#> SRR1389324 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1361368 4 0.4964 0.8383 0.000 0.168 0.068 0.764
#> SRR1322619 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1349276 4 0.5080 0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR1404024 1 0.1890 0.9241 0.936 0.008 0.000 0.056
#> SRR1370637 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1452631 4 0.5080 0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR608392 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357757 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1074646 4 0.5080 0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR1367499 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343501 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394406 4 0.5066 0.9153 0.000 0.088 0.148 0.764
#> SRR1381435 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467407 1 0.3219 0.9218 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1092422 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1380270 3 0.4898 0.2358 0.000 0.416 0.584 0.000
#> SRR1091817 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1440137 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR614311 4 0.4989 0.8434 0.000 0.164 0.072 0.764
#> SRR1407516 4 0.5080 0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR815494 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333209 4 0.5080 0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR615177 4 0.4669 0.8694 0.000 0.036 0.200 0.764
#> SRR1099648 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659720 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2185057 1 0.2060 0.9331 0.932 0.016 0.000 0.052
#> SRR1467125 1 0.1798 0.9250 0.944 0.016 0.000 0.040
#> SRR657468 4 0.4989 0.9019 0.000 0.072 0.164 0.764
#> SRR660042 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170864 2 0.3160 0.8155 0.000 0.872 0.020 0.108
#> SRR1440491 4 0.5080 0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR1440852 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811169 1 0.2868 0.9283 0.864 0.000 0.000 0.136
#> SRR1331311 4 0.5080 0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR818009 1 0.3583 0.9225 0.816 0.004 0.000 0.180
#> SRR1351836 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1498313 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1441975 2 0.0895 0.9240 0.000 0.976 0.020 0.004
#> SRR819096 1 0.1975 0.9241 0.936 0.016 0.000 0.048
#> SRR1073679 4 0.4088 0.8346 0.000 0.004 0.232 0.764
#> SRR1489116 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354138 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490589 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1412987 4 0.5080 0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR602034 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353437 1 0.0817 0.9313 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1072871 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661577 4 0.5080 0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR612190 4 0.5080 0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR1399880 1 0.1975 0.9241 0.936 0.016 0.000 0.048
#> SRR1101787 4 0.5080 0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR657869 1 0.3311 0.9212 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR1446332 1 0.3219 0.9218 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR816039 1 0.1004 0.9328 0.972 0.004 0.000 0.024
#> SRR1485141 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476697 1 0.2081 0.9344 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1379538 4 0.4989 0.8434 0.000 0.164 0.072 0.764
#> SRR1331422 1 0.3266 0.9214 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR660859 4 0.4564 0.6977 0.000 0.000 0.328 0.672
#> SRR1097594 1 0.3311 0.9231 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR1311419 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336706 3 0.1474 0.9087 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR1472976 4 0.5080 0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR1321307 1 0.3311 0.9212 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR807493 1 0.3444 0.9210 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR812461 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477149 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1457397 2 0.3726 0.7138 0.000 0.788 0.212 0.000
#> SRR661913 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069024 2 0.4916 0.3083 0.000 0.576 0.424 0.000
#> SRR2165634 1 0.3494 0.9199 0.824 0.004 0.000 0.172
#> SRR1478722 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328642 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1488261 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318815 4 0.5080 0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR816945 1 0.3444 0.9210 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1367432 4 0.5080 0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR1359280 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1313910 4 0.5604 0.2971 0.000 0.476 0.020 0.504
#> SRR1457315 4 0.3942 0.8290 0.000 0.000 0.236 0.764
#> SRR815398 1 0.3311 0.9212 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR656958 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR600688 4 0.5080 0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR1098952 1 0.1545 0.9336 0.952 0.008 0.000 0.040
#> SRR1314916 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614167 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348114 4 0.5594 0.3456 0.000 0.460 0.020 0.520
#> SRR658033 4 0.5289 0.5911 0.000 0.344 0.020 0.636
#> SRR1077503 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661854 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811379 4 0.5080 0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR1318857 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR656445 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433044 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1486391 1 0.3172 0.9229 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR656071 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1364824 1 0.1767 0.9247 0.944 0.012 0.000 0.044
#> SRR1379133 1 0.1398 0.9266 0.956 0.004 0.000 0.040
#> SRR1394169 1 0.2589 0.9314 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR816745 3 0.4855 0.2848 0.000 0.400 0.600 0.000
#> SRR601038 3 0.4746 0.3736 0.000 0.368 0.632 0.000
#> SRR1360080 1 0.3402 0.9255 0.832 0.004 0.000 0.164
#> SRR814868 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485997 1 0.1890 0.9241 0.936 0.008 0.000 0.056
#> SRR1435560 4 0.5080 0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR1333330 1 0.1489 0.9273 0.952 0.004 0.000 0.044
#> SRR663513 4 0.3942 0.8290 0.000 0.000 0.236 0.764
#> SRR1328407 2 0.4994 0.1315 0.000 0.520 0.480 0.000
#> SRR602784 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348468 4 0.5080 0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR663717 4 0.5400 0.5515 0.000 0.372 0.020 0.608
#> SRR602217 2 0.3962 0.7538 0.000 0.820 0.028 0.152
#> SRR603140 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340804 1 0.1767 0.9247 0.944 0.012 0.000 0.044
#> SRR1457574 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333462 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1094601 1 0.1635 0.9252 0.948 0.008 0.000 0.044
#> SRR1434610 4 0.4277 0.7735 0.000 0.000 0.280 0.720
#> SRR1435833 4 0.5080 0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR1398728 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1358343 4 0.6522 0.7274 0.000 0.280 0.112 0.608
#> SRR1410890 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1350371 1 0.3668 0.9216 0.808 0.004 0.000 0.188
#> SRR1392478 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1099260 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433576 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345541 3 0.0921 0.9394 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1086328 1 0.3266 0.9214 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR810391 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476207 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR627435 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489862 1 0.1557 0.9278 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1419086 1 0.3400 0.9212 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1436539 1 0.1890 0.9241 0.936 0.008 0.000 0.056
#> SRR1396191 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490115 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377714 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR819394 1 0.1767 0.9247 0.944 0.012 0.000 0.044
#> SRR663161 4 0.5080 0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR607042 3 0.2216 0.8573 0.000 0.092 0.908 0.000
#> SRR656203 4 0.5080 0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR660602 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440397 1 0.3266 0.9214 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR1369264 1 0.2469 0.9343 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR809233 1 0.3219 0.9218 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR663249 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR661242 4 0.5080 0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR1332007 2 0.4916 0.3083 0.000 0.576 0.424 0.000
#> SRR809619 4 0.5080 0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR819975 1 0.1118 0.9300 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR599281 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR662366 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317898 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382485 4 0.5080 0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR2166420 1 0.2060 0.9233 0.932 0.016 0.000 0.052
#> SRR1419429 1 0.3311 0.9212 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR1092541 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR817444 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320403 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1101483 2 0.4284 0.6508 0.000 0.780 0.020 0.200
#> SRR1331684 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400054 4 0.3942 0.8290 0.000 0.000 0.236 0.764
#> SRR1406088 4 0.5152 0.6389 0.000 0.316 0.020 0.664
#> SRR820733 4 0.4284 0.8446 0.000 0.012 0.224 0.764
#> SRR1314113 4 0.3942 0.8290 0.000 0.000 0.236 0.764
#> SRR1382615 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480745 1 0.0817 0.9342 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1468850 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR656782 3 0.0000 0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR821364 1 0.3219 0.9218 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1101106 1 0.1022 0.9340 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR659295 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1357103 2 0.4916 0.3083 0.000 0.576 0.424 0.000
#> SRR809185 4 0.5080 0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR811583 4 0.5080 0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR1468050 1 0.1890 0.9241 0.936 0.008 0.000 0.056
#> SRR1440224 2 0.0707 0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1500170 2 0.0162 0.7641 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1402368 3 0.0703 0.8531 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR607743 3 0.3543 0.7463 0.000 0.000 0.828 0.060 0.112
#> SRR1457375 2 0.2674 0.6514 0.000 0.856 0.004 0.140 0.000
#> SRR1470923 1 0.3551 0.8674 0.820 0.000 0.000 0.044 0.136
#> SRR817954 1 0.2690 0.8786 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR809259 1 0.2230 0.8936 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1439785 3 0.0290 0.8619 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR814768 1 0.2610 0.8885 0.892 0.004 0.000 0.028 0.076
#> SRR1102031 2 0.4438 0.2462 0.000 0.608 0.004 0.384 0.004
#> SRR1363611 4 0.2437 0.9113 0.000 0.060 0.032 0.904 0.004
#> SRR1468447 2 0.3814 0.6105 0.000 0.720 0.004 0.000 0.276
#> SRR1071931 4 0.2576 0.9131 0.000 0.056 0.036 0.900 0.008
#> SRR810981 1 0.2648 0.8793 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR615299 2 0.3814 0.6105 0.000 0.720 0.004 0.000 0.276
#> SRR663585 3 0.0000 0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326773 4 0.7317 -0.0561 0.000 0.040 0.376 0.396 0.188
#> SRR1351166 2 0.3048 0.6160 0.000 0.820 0.004 0.176 0.000
#> SRR1477452 1 0.1991 0.8905 0.916 0.004 0.000 0.004 0.076
#> SRR1084720 3 0.0000 0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420320 4 0.2291 0.9131 0.000 0.056 0.036 0.908 0.000
#> SRR1081712 2 0.0451 0.7640 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1318241 3 0.2377 0.7970 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR1333718 3 0.3561 0.6154 0.000 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR1313514 2 0.3814 0.6105 0.000 0.720 0.004 0.000 0.276
#> SRR1477861 5 0.6049 0.6970 0.000 0.272 0.164 0.000 0.564
#> SRR1318005 2 0.3814 0.6105 0.000 0.720 0.004 0.000 0.276
#> SRR1354665 2 0.0324 0.7642 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR657707 3 0.2377 0.7970 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR1370742 3 0.0000 0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1412947 2 0.4270 0.3932 0.000 0.656 0.004 0.336 0.004
#> SRR661553 4 0.2701 0.9110 0.000 0.048 0.044 0.896 0.012
#> SRR1328869 1 0.2260 0.8902 0.908 0.000 0.000 0.028 0.064
#> SRR662211 2 0.0324 0.7646 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1348181 3 0.0000 0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416560 3 0.0000 0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319772 3 0.1544 0.8298 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1091452 4 0.2589 0.9117 0.000 0.048 0.044 0.900 0.008
#> SRR1338812 1 0.3767 0.8656 0.812 0.000 0.000 0.068 0.120
#> SRR1392072 2 0.3814 0.6105 0.000 0.720 0.004 0.000 0.276
#> SRR814844 4 0.2291 0.9131 0.000 0.056 0.036 0.908 0.000
#> SRR1376619 3 0.0000 0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603690 4 0.2584 0.9129 0.000 0.052 0.040 0.900 0.008
#> SRR2184980 2 0.0162 0.7641 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR613963 4 0.2589 0.9088 0.000 0.044 0.048 0.900 0.008
#> SRR1323422 1 0.2629 0.8763 0.860 0.000 0.000 0.004 0.136
#> SRR1397673 3 0.0000 0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434650 5 0.5097 0.5350 0.000 0.320 0.056 0.000 0.624
#> SRR659875 3 0.4339 0.4930 0.000 0.012 0.652 0.000 0.336
#> SRR1465734 3 0.2329 0.7998 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR1076847 2 0.3814 0.6105 0.000 0.720 0.004 0.000 0.276
#> SRR1415072 1 0.3521 0.8681 0.820 0.000 0.000 0.040 0.140
#> SRR659319 3 0.3561 0.6154 0.000 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR663088 4 0.2993 0.9055 0.000 0.048 0.044 0.884 0.024
#> SRR1352021 1 0.2753 0.8745 0.856 0.000 0.000 0.008 0.136
#> SRR1325527 1 0.2561 0.8809 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR1105369 1 0.2773 0.8780 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR659935 4 0.2291 0.9131 0.000 0.056 0.036 0.908 0.000
#> SRR1352530 3 0.0000 0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662594 3 0.2377 0.7970 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR1095309 1 0.2891 0.8751 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR615647 3 0.0000 0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813019 3 0.5951 0.0377 0.000 0.116 0.520 0.000 0.364
#> SRR1374647 2 0.5967 0.2517 0.000 0.608 0.004 0.184 0.204
#> SRR603472 5 0.4735 0.1420 0.000 0.460 0.016 0.000 0.524
#> SRR661529 3 0.5142 0.1859 0.000 0.000 0.564 0.392 0.044
#> SRR607018 3 0.3932 0.5361 0.000 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR627423 2 0.4218 0.3847 0.000 0.668 0.004 0.324 0.004
#> SRR654921 4 0.2291 0.9131 0.000 0.056 0.036 0.908 0.000
#> SRR1418968 1 0.2574 0.8894 0.876 0.000 0.000 0.012 0.112
#> SRR660871 3 0.0000 0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330522 3 0.0000 0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499958 2 0.0451 0.7639 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR614059 3 0.0703 0.8531 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1071403 1 0.2873 0.8765 0.860 0.000 0.000 0.020 0.120
#> SRR1486719 2 0.0162 0.7641 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1440421 2 0.3814 0.6105 0.000 0.720 0.004 0.000 0.276
#> SRR1310412 3 0.5251 0.5278 0.000 0.000 0.680 0.184 0.136
#> SRR614767 2 0.0324 0.7646 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR820709 1 0.3110 0.8800 0.856 0.004 0.000 0.028 0.112
#> SRR1471500 1 0.1469 0.8948 0.948 0.000 0.000 0.016 0.036
#> SRR658093 3 0.1965 0.8050 0.000 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1088168 3 0.0000 0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418707 2 0.0162 0.7641 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1354291 2 0.3814 0.6105 0.000 0.720 0.004 0.000 0.276
#> SRR2165806 1 0.3304 0.8747 0.816 0.000 0.000 0.016 0.168
#> SRR1415684 4 0.2464 0.9117 0.000 0.048 0.044 0.904 0.004
#> SRR1433860 3 0.0000 0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311062 2 0.0162 0.7641 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1360359 1 0.3705 0.8661 0.816 0.000 0.000 0.064 0.120
#> SRR661385 3 0.0000 0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615407 2 0.0324 0.7646 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1413892 3 0.1341 0.8353 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1443459 4 0.4321 0.4746 0.000 0.396 0.004 0.600 0.000
#> SRR1338942 1 0.3688 0.8668 0.816 0.000 0.000 0.060 0.124
#> SRR657480 3 0.3796 0.6033 0.000 0.000 0.700 0.000 0.300
#> SRR1399433 4 0.2464 0.9117 0.000 0.048 0.044 0.904 0.004
#> SRR818537 5 0.6150 0.7269 0.000 0.236 0.204 0.000 0.560
#> SRR1101324 4 0.3436 0.8564 0.000 0.012 0.080 0.852 0.056
#> SRR807637 4 0.4492 0.6551 0.000 0.296 0.020 0.680 0.004
#> SRR1091918 1 0.2605 0.8801 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR598300 3 0.2536 0.7939 0.000 0.000 0.868 0.004 0.128
#> SRR1085426 1 0.2813 0.8766 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1376294 2 0.0451 0.7639 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR813891 1 0.3714 0.8653 0.812 0.000 0.000 0.056 0.132
#> SRR1467431 4 0.4346 0.6429 0.000 0.304 0.012 0.680 0.004
#> SRR658742 4 0.3071 0.8666 0.000 0.012 0.080 0.872 0.036
#> SRR1419234 1 0.2852 0.8790 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR1404813 2 0.0451 0.7639 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR603496 3 0.4088 0.4873 0.000 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR1407758 3 0.0000 0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810945 2 0.0162 0.7641 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR817234 2 0.3814 0.6105 0.000 0.720 0.004 0.000 0.276
#> SRR1444852 3 0.0000 0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660378 3 0.0000 0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467835 2 0.0771 0.7588 0.000 0.976 0.004 0.020 0.000
#> SRR1338964 3 0.2280 0.8028 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR1079259 4 0.5632 0.7627 0.000 0.180 0.032 0.688 0.100
#> SRR1072345 3 0.2377 0.7970 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR598725 3 0.0000 0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447938 1 0.3090 0.8810 0.856 0.000 0.000 0.040 0.104
#> SRR1356397 1 0.2561 0.8799 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR1360460 4 0.2291 0.9131 0.000 0.056 0.036 0.908 0.000
#> SRR1429468 2 0.0162 0.7641 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1446850 2 0.0162 0.7641 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1320363 3 0.0000 0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413810 3 0.0000 0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598831 2 0.0566 0.7626 0.000 0.984 0.004 0.012 0.000
#> SRR1381865 1 0.2351 0.8875 0.896 0.000 0.000 0.016 0.088
#> SRR660957 3 0.0000 0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1491332 3 0.3561 0.6154 0.000 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR1099744 2 0.0162 0.7641 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1464618 4 0.3438 0.8255 0.000 0.172 0.020 0.808 0.000
#> SRR1414559 4 0.3149 0.8646 0.000 0.012 0.080 0.868 0.040
#> SRR1337540 4 0.3035 0.8805 0.000 0.112 0.032 0.856 0.000
#> SRR1444283 1 0.1365 0.8937 0.952 0.004 0.000 0.004 0.040
#> SRR2184942 3 0.1197 0.8387 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR660295 1 0.3391 0.8744 0.800 0.000 0.000 0.012 0.188
#> SRR601335 3 0.0000 0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1363742 3 0.0000 0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345847 4 0.2437 0.9113 0.000 0.060 0.032 0.904 0.004
#> SRR614960 3 0.0703 0.8531 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR819919 1 0.3280 0.8739 0.812 0.000 0.000 0.012 0.176
#> SRR603330 2 0.3861 0.5996 0.000 0.712 0.004 0.000 0.284
#> SRR1327951 1 0.2773 0.8777 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR1401885 1 0.3647 0.8661 0.816 0.000 0.000 0.052 0.132
#> SRR1345266 2 0.3969 0.4464 0.000 0.692 0.004 0.304 0.000
#> SRR1338055 2 0.3861 0.5996 0.000 0.712 0.004 0.000 0.284
#> SRR1430157 2 0.0865 0.7564 0.000 0.972 0.004 0.024 0.000
#> SRR1320137 2 0.0162 0.7641 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1093483 1 0.1278 0.8944 0.960 0.004 0.000 0.016 0.020
#> SRR1341080 1 0.3355 0.8728 0.832 0.000 0.000 0.036 0.132
#> SRR1459913 3 0.0000 0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2170490 1 0.3304 0.8747 0.816 0.000 0.000 0.016 0.168
#> SRR1479845 3 0.0000 0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436420 1 0.2773 0.8798 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR1481060 3 0.3586 0.6115 0.000 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR662282 3 0.0000 0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487089 4 0.2589 0.9112 0.000 0.048 0.044 0.900 0.008
#> SRR1075683 1 0.3767 0.8656 0.812 0.000 0.000 0.068 0.120
#> SRR1338536 1 0.3551 0.8674 0.820 0.000 0.000 0.044 0.136
#> SRR1338880 4 0.4375 0.5404 0.000 0.364 0.004 0.628 0.004
#> SRR1453456 3 0.0000 0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457895 1 0.2605 0.8813 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR1440603 5 0.5620 0.6491 0.000 0.272 0.116 0.000 0.612
#> SRR658633 2 0.0324 0.7646 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1388081 4 0.2576 0.9131 0.000 0.056 0.036 0.900 0.008
#> SRR813339 3 0.0000 0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809725 1 0.1597 0.8946 0.940 0.000 0.000 0.012 0.048
#> SRR627441 2 0.3814 0.6105 0.000 0.720 0.004 0.000 0.276
#> SRR613603 3 0.2377 0.7970 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR1096571 3 0.4306 0.5056 0.000 0.012 0.660 0.000 0.328
#> SRR1392701 1 0.3399 0.8745 0.812 0.004 0.000 0.012 0.172
#> SRR1344326 1 0.1544 0.8960 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1367693 2 0.1571 0.7296 0.000 0.936 0.004 0.060 0.000
#> SRR660697 4 0.3538 0.8199 0.000 0.176 0.016 0.804 0.004
#> SRR1489926 3 0.4088 0.4873 0.000 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR811491 3 0.0000 0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311644 4 0.3215 0.8405 0.000 0.000 0.092 0.852 0.056
#> SRR1451740 3 0.0000 0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615117 5 0.5525 0.6223 0.000 0.288 0.100 0.000 0.612
#> SRR1391748 4 0.2291 0.9131 0.000 0.056 0.036 0.908 0.000
#> SRR1466556 3 0.0000 0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614972 3 0.0000 0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406200 1 0.3688 0.8668 0.816 0.000 0.000 0.060 0.124
#> SRR819210 4 0.2589 0.9112 0.000 0.048 0.044 0.900 0.008
#> SRR662174 1 0.1885 0.8934 0.932 0.004 0.000 0.020 0.044
#> SRR811988 1 0.2270 0.8910 0.904 0.000 0.000 0.020 0.076
#> SRR663236 4 0.3003 0.8491 0.000 0.000 0.092 0.864 0.044
#> SRR1312598 2 0.0162 0.7641 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1330129 2 0.3814 0.6105 0.000 0.720 0.004 0.000 0.276
#> SRR1357781 2 0.3814 0.6105 0.000 0.720 0.004 0.000 0.276
#> SRR1315517 2 0.3814 0.6105 0.000 0.720 0.004 0.000 0.276
#> SRR1400032 3 0.0000 0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413722 1 0.2139 0.8921 0.916 0.000 0.000 0.032 0.052
#> SRR612827 3 0.0000 0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814794 1 0.1638 0.8949 0.932 0.000 0.000 0.004 0.064
#> SRR819430 1 0.2046 0.8907 0.916 0.000 0.000 0.016 0.068
#> SRR1395509 4 0.2278 0.9111 0.000 0.060 0.032 0.908 0.000
#> SRR808728 3 0.3932 0.5361 0.000 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR1070813 2 0.2338 0.6833 0.000 0.884 0.004 0.112 0.000
#> SRR1389133 3 0.2536 0.7939 0.000 0.000 0.868 0.004 0.128
#> SRR601263 3 0.2377 0.7970 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR604718 4 0.2278 0.9111 0.000 0.060 0.032 0.908 0.000
#> SRR1481351 3 0.4030 0.5059 0.000 0.000 0.648 0.000 0.352
#> SRR1334608 3 0.1478 0.8298 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR658681 3 0.3586 0.6116 0.000 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR809283 4 0.2584 0.9125 0.000 0.052 0.040 0.900 0.008
#> SRR1459300 1 0.2929 0.8766 0.820 0.000 0.000 0.000 0.180
#> SRR1392547 3 0.3966 0.5216 0.000 0.000 0.664 0.000 0.336
#> SRR811049 3 0.4637 0.6396 0.000 0.000 0.744 0.128 0.128
#> SRR1464835 4 0.2291 0.9131 0.000 0.056 0.036 0.908 0.000
#> SRR1339619 4 0.4449 0.2159 0.000 0.484 0.004 0.512 0.000
#> SRR658501 3 0.0000 0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447523 3 0.0703 0.8531 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1415048 1 0.1626 0.8931 0.940 0.000 0.000 0.016 0.044
#> SRR1355451 1 0.3767 0.8656 0.812 0.000 0.000 0.068 0.120
#> SRR1444348 2 0.4375 0.2831 0.000 0.628 0.004 0.364 0.004
#> SRR603890 2 0.3814 0.6105 0.000 0.720 0.004 0.000 0.276
#> SRR810595 3 0.0000 0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446244 2 0.4238 0.2814 0.000 0.628 0.004 0.368 0.000
#> SRR817373 4 0.2584 0.9129 0.000 0.052 0.040 0.900 0.008
#> SRR1457291 4 0.3142 0.8832 0.000 0.108 0.032 0.856 0.004
#> SRR598220 4 0.4413 0.6433 0.000 0.000 0.232 0.724 0.044
#> SRR1477991 2 0.0324 0.7646 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR598172 2 0.3814 0.6105 0.000 0.720 0.004 0.000 0.276
#> SRR1349032 2 0.4434 -0.0619 0.000 0.536 0.004 0.460 0.000
#> SRR604002 2 0.3884 0.5933 0.000 0.708 0.004 0.000 0.288
#> SRR1378026 3 0.0510 0.8597 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1404401 2 0.3814 0.6105 0.000 0.720 0.004 0.000 0.276
#> SRR1333240 5 0.4397 0.2073 0.000 0.432 0.004 0.000 0.564
#> SRR1089399 2 0.0162 0.7641 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR603421 2 0.3814 0.6105 0.000 0.720 0.004 0.000 0.276
#> SRR812562 1 0.3459 0.8708 0.832 0.000 0.000 0.052 0.116
#> SRR808520 3 0.3966 0.5216 0.000 0.000 0.664 0.000 0.336
#> SRR811839 1 0.2891 0.8753 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR814317 2 0.0162 0.7641 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1436763 4 0.2576 0.9129 0.000 0.056 0.036 0.900 0.008
#> SRR1486021 4 0.3733 0.8361 0.000 0.160 0.032 0.804 0.004
#> SRR1465018 2 0.3814 0.6105 0.000 0.720 0.004 0.000 0.276
#> SRR1080998 3 0.2605 0.7849 0.000 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1083432 3 0.0000 0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082833 1 0.2074 0.8907 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1465804 1 0.3767 0.8656 0.812 0.000 0.000 0.068 0.120
#> SRR1326536 3 0.0000 0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614011 2 0.3086 0.6062 0.000 0.816 0.004 0.180 0.000
#> SRR1365873 2 0.0324 0.7631 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1498789 2 0.0162 0.7641 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR601581 4 0.3438 0.8255 0.000 0.172 0.020 0.808 0.000
#> SRR603566 3 0.4836 0.4245 0.000 0.036 0.628 0.000 0.336
#> SRR1373981 1 0.2516 0.8841 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR821410 2 0.2629 0.6559 0.000 0.860 0.004 0.136 0.000
#> SRR1076511 4 0.3081 0.9035 0.000 0.048 0.044 0.880 0.028
#> SRR614143 3 0.4415 0.4433 0.000 0.008 0.604 0.000 0.388
#> SRR1333570 3 0.0000 0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366813 2 0.0566 0.7626 0.000 0.984 0.004 0.012 0.000
#> SRR1388746 1 0.2719 0.8808 0.852 0.000 0.000 0.004 0.144
#> SRR1420558 3 0.1502 0.8306 0.000 0.000 0.940 0.004 0.056
#> SRR1409510 3 0.0000 0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816250 2 0.0451 0.7639 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR614131 2 0.4675 -0.0327 0.000 0.544 0.008 0.444 0.004
#> SRR1331130 1 0.3578 0.8666 0.820 0.000 0.000 0.048 0.132
#> SRR1316015 3 0.0000 0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470798 3 0.0000 0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614179 5 0.5761 0.4211 0.000 0.088 0.420 0.000 0.492
#> SRR1474863 2 0.0324 0.7646 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR813560 2 0.0162 0.7641 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1312187 4 0.2278 0.9111 0.000 0.060 0.032 0.908 0.000
#> SRR1420960 3 0.0000 0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355102 3 0.0000 0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084577 3 0.0000 0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659971 2 0.0162 0.7641 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1350855 4 0.2278 0.9111 0.000 0.060 0.032 0.908 0.000
#> SRR820779 3 0.0000 0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476300 3 0.0000 0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090907 4 0.2451 0.9131 0.000 0.056 0.036 0.904 0.004
#> SRR662294 2 0.3814 0.6105 0.000 0.720 0.004 0.000 0.276
#> SRR1480789 5 0.6074 0.5791 0.000 0.128 0.372 0.000 0.500
#> SRR1336263 4 0.2291 0.9131 0.000 0.056 0.036 0.908 0.000
#> SRR660776 1 0.3318 0.8764 0.808 0.000 0.000 0.012 0.180
#> SRR1090508 2 0.3814 0.6105 0.000 0.720 0.004 0.000 0.276
#> SRR615563 4 0.2291 0.9131 0.000 0.056 0.036 0.908 0.000
#> SRR1101175 1 0.2852 0.8778 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR2164650 3 0.4339 0.4930 0.000 0.012 0.652 0.000 0.336
#> SRR1431205 2 0.2286 0.7137 0.000 0.888 0.004 0.000 0.108
#> SRR1339856 4 0.3236 0.8443 0.000 0.152 0.020 0.828 0.000
#> SRR1352147 4 0.4362 0.5475 0.000 0.360 0.004 0.632 0.004
#> SRR808968 1 0.2732 0.8779 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR627419 2 0.3814 0.6105 0.000 0.720 0.004 0.000 0.276
#> SRR1402391 1 0.2284 0.8934 0.896 0.004 0.000 0.004 0.096
#> SRR663609 3 0.4235 0.5031 0.000 0.008 0.656 0.000 0.336
#> SRR2167857 2 0.3861 0.5996 0.000 0.712 0.004 0.000 0.284
#> SRR1398752 1 0.1564 0.8946 0.948 0.004 0.000 0.024 0.024
#> SRR1469169 1 0.2813 0.8802 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1405437 2 0.0451 0.7639 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1416955 1 0.3767 0.8656 0.812 0.000 0.000 0.068 0.120
#> SRR1317064 4 0.2437 0.9113 0.000 0.060 0.032 0.904 0.004
#> SRR659001 4 0.2451 0.9131 0.000 0.056 0.036 0.904 0.004
#> SRR2170696 4 0.3096 0.8601 0.000 0.008 0.084 0.868 0.040
#> SRR816589 3 0.0000 0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087487 3 0.0000 0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329485 3 0.0000 0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816920 4 0.3224 0.8629 0.000 0.012 0.080 0.864 0.044
#> SRR1341432 1 0.2648 0.8811 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR1361590 4 0.2451 0.9131 0.000 0.056 0.036 0.904 0.004
#> SRR817046 3 0.1270 0.8402 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1471331 3 0.0000 0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660788 4 0.3215 0.8405 0.000 0.000 0.092 0.852 0.056
#> SRR819234 1 0.2873 0.8765 0.860 0.000 0.000 0.020 0.120
#> SRR810853 5 0.6149 0.6072 0.000 0.140 0.360 0.000 0.500
#> SRR809427 4 0.2278 0.9111 0.000 0.060 0.032 0.908 0.000
#> SRR2170217 4 0.2589 0.9112 0.000 0.048 0.044 0.900 0.008
#> SRR1386967 3 0.0000 0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420344 2 0.0771 0.7588 0.000 0.976 0.004 0.020 0.000
#> SRR1334535 1 0.2969 0.8803 0.852 0.000 0.000 0.020 0.128
#> SRR614503 4 0.3815 0.7700 0.000 0.220 0.012 0.764 0.004
#> SRR602564 4 0.2901 0.9081 0.000 0.048 0.044 0.888 0.020
#> SRR1420669 4 0.2952 0.8573 0.000 0.004 0.088 0.872 0.036
#> SRR819024 3 0.0000 0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656223 3 0.2280 0.7837 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR608428 2 0.0324 0.7646 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1345647 1 0.3551 0.8674 0.820 0.000 0.000 0.044 0.136
#> SRR1389324 2 0.3814 0.6105 0.000 0.720 0.004 0.000 0.276
#> SRR1361368 4 0.4346 0.6429 0.000 0.304 0.012 0.680 0.004
#> SRR1322619 2 0.0451 0.7639 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1349276 4 0.2291 0.9131 0.000 0.056 0.036 0.908 0.000
#> SRR1404024 1 0.3669 0.8656 0.816 0.000 0.000 0.056 0.128
#> SRR1370637 2 0.0566 0.7626 0.000 0.984 0.004 0.012 0.000
#> SRR1452631 4 0.3035 0.8805 0.000 0.112 0.032 0.856 0.000
#> SRR608392 3 0.3966 0.5216 0.000 0.000 0.664 0.000 0.336
#> SRR1357757 3 0.2424 0.7955 0.000 0.000 0.868 0.000 0.132
#> SRR1074646 4 0.2589 0.9112 0.000 0.048 0.044 0.900 0.008
#> SRR1367499 3 0.0000 0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343501 3 0.3949 0.5290 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1394406 4 0.4599 0.8367 0.000 0.048 0.044 0.780 0.128
#> SRR1381435 3 0.0000 0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467407 1 0.2690 0.8791 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR1092422 2 0.4375 0.2834 0.000 0.576 0.004 0.000 0.420
#> SRR1380270 5 0.6154 0.6266 0.000 0.144 0.348 0.000 0.508
#> SRR1091817 2 0.0324 0.7646 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1440137 2 0.0566 0.7626 0.000 0.984 0.004 0.012 0.000
#> SRR614311 4 0.3663 0.7861 0.000 0.208 0.016 0.776 0.000
#> SRR1407516 4 0.2576 0.9131 0.000 0.056 0.036 0.900 0.008
#> SRR815494 3 0.0000 0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333209 4 0.2278 0.9111 0.000 0.060 0.032 0.908 0.000
#> SRR615177 4 0.3071 0.8666 0.000 0.012 0.080 0.872 0.036
#> SRR1099648 3 0.3586 0.6115 0.000 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR659720 3 0.4161 0.4606 0.000 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR2185057 1 0.2451 0.8926 0.904 0.004 0.000 0.036 0.056
#> SRR1467125 1 0.3924 0.8664 0.808 0.004 0.000 0.068 0.120
#> SRR657468 4 0.3606 0.8845 0.000 0.040 0.052 0.852 0.056
#> SRR660042 3 0.0703 0.8531 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR2170864 2 0.1952 0.7091 0.000 0.912 0.004 0.084 0.000
#> SRR1440491 4 0.2589 0.9117 0.000 0.048 0.044 0.900 0.008
#> SRR1440852 3 0.0000 0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811169 1 0.2470 0.8893 0.884 0.000 0.000 0.012 0.104
#> SRR1331311 4 0.2278 0.9111 0.000 0.060 0.032 0.908 0.000
#> SRR818009 1 0.2964 0.8846 0.840 0.004 0.000 0.004 0.152
#> SRR1351836 2 0.0162 0.7641 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1498313 2 0.3861 0.5996 0.000 0.712 0.004 0.000 0.284
#> SRR1441975 2 0.0451 0.7640 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR819096 1 0.3714 0.8653 0.812 0.000 0.000 0.056 0.132
#> SRR1073679 4 0.2927 0.8515 0.000 0.000 0.092 0.868 0.040
#> SRR1489116 3 0.3966 0.5216 0.000 0.000 0.664 0.000 0.336
#> SRR1354138 3 0.0000 0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490589 3 0.0703 0.8531 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1412987 4 0.2291 0.9131 0.000 0.056 0.036 0.908 0.000
#> SRR602034 3 0.0000 0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353437 1 0.2110 0.8902 0.912 0.000 0.000 0.016 0.072
#> SRR1072871 3 0.4138 0.4708 0.000 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR661577 4 0.2589 0.9112 0.000 0.048 0.044 0.900 0.008
#> SRR612190 4 0.2701 0.9110 0.000 0.048 0.044 0.896 0.012
#> SRR1399880 1 0.3891 0.8659 0.808 0.004 0.000 0.060 0.128
#> SRR1101787 4 0.2278 0.9111 0.000 0.060 0.032 0.908 0.000
#> SRR657869 1 0.3399 0.8745 0.812 0.004 0.000 0.012 0.172
#> SRR1446332 1 0.2516 0.8817 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR816039 1 0.2209 0.8923 0.912 0.000 0.000 0.032 0.056
#> SRR1485141 3 0.0000 0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476697 1 0.2124 0.8954 0.900 0.000 0.000 0.004 0.096
#> SRR1379538 4 0.3727 0.7765 0.000 0.216 0.016 0.768 0.000
#> SRR1331422 1 0.2891 0.8766 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR660859 4 0.4637 0.7221 0.000 0.000 0.128 0.744 0.128
#> SRR1097594 1 0.2561 0.8830 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR1311419 3 0.0000 0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336706 3 0.4339 0.4930 0.000 0.012 0.652 0.000 0.336
#> SRR1472976 4 0.2459 0.9128 0.000 0.052 0.040 0.904 0.004
#> SRR1321307 1 0.3048 0.8749 0.820 0.000 0.000 0.004 0.176
#> SRR807493 1 0.3048 0.8789 0.820 0.000 0.000 0.004 0.176
#> SRR812461 3 0.0000 0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477149 2 0.3814 0.6105 0.000 0.720 0.004 0.000 0.276
#> SRR1457397 5 0.5415 0.4171 0.000 0.384 0.064 0.000 0.552
#> SRR661913 3 0.0000 0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069024 5 0.6203 0.7338 0.000 0.224 0.224 0.000 0.552
#> SRR2165634 1 0.3304 0.8747 0.816 0.000 0.000 0.016 0.168
#> SRR1478722 3 0.0000 0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328642 2 0.3814 0.6105 0.000 0.720 0.004 0.000 0.276
#> SRR1488261 3 0.0703 0.8531 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1318815 4 0.2291 0.9131 0.000 0.056 0.036 0.908 0.000
#> SRR816945 1 0.3511 0.8748 0.800 0.004 0.000 0.012 0.184
#> SRR1367432 4 0.2473 0.9065 0.000 0.072 0.032 0.896 0.000
#> SRR1359280 2 0.3814 0.6105 0.000 0.720 0.004 0.000 0.276
#> SRR1313910 2 0.3366 0.5689 0.000 0.784 0.004 0.212 0.000
#> SRR1457315 4 0.2927 0.8515 0.000 0.000 0.092 0.868 0.040
#> SRR815398 1 0.3242 0.8747 0.816 0.000 0.000 0.012 0.172
#> SRR656958 3 0.0000 0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR600688 4 0.2901 0.9081 0.000 0.048 0.044 0.888 0.020
#> SRR1098952 1 0.1041 0.8937 0.964 0.000 0.000 0.004 0.032
#> SRR1314916 3 0.0000 0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614167 3 0.0000 0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348114 2 0.4251 0.2692 0.000 0.624 0.004 0.372 0.000
#> SRR658033 2 0.4596 -0.1742 0.000 0.500 0.004 0.492 0.004
#> SRR1077503 3 0.3039 0.7451 0.000 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR661854 3 0.4088 0.4873 0.000 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR811379 4 0.2291 0.9131 0.000 0.056 0.036 0.908 0.000
#> SRR1318857 2 0.0771 0.7588 0.000 0.976 0.004 0.020 0.000
#> SRR656445 3 0.0000 0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433044 2 0.3814 0.6105 0.000 0.720 0.004 0.000 0.276
#> SRR1486391 1 0.2732 0.8802 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR656071 3 0.0880 0.8484 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1364824 1 0.3705 0.8661 0.816 0.000 0.000 0.064 0.120
#> SRR1379133 1 0.2873 0.8765 0.860 0.000 0.000 0.020 0.120
#> SRR1394169 1 0.1965 0.8928 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR816745 5 0.6149 0.6072 0.000 0.140 0.360 0.000 0.500
#> SRR601038 5 0.6074 0.5791 0.000 0.128 0.372 0.000 0.500
#> SRR1360080 1 0.2648 0.8858 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR814868 3 0.1341 0.8330 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1485997 1 0.2753 0.8745 0.856 0.000 0.000 0.008 0.136
#> SRR1435560 4 0.2589 0.9112 0.000 0.048 0.044 0.900 0.008
#> SRR1333330 1 0.3477 0.8748 0.832 0.000 0.000 0.056 0.112
#> SRR663513 4 0.4255 0.7694 0.000 0.000 0.096 0.776 0.128
#> SRR1328407 5 0.6795 0.5903 0.000 0.348 0.288 0.000 0.364
#> SRR602784 3 0.3730 0.5858 0.000 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR1348468 4 0.2291 0.9131 0.000 0.056 0.036 0.908 0.000
#> SRR663717 4 0.4383 0.3958 0.000 0.424 0.004 0.572 0.000
#> SRR602217 2 0.6046 -0.0878 0.000 0.540 0.012 0.092 0.356
#> SRR603140 3 0.3146 0.7727 0.000 0.000 0.844 0.028 0.128
#> SRR1340804 1 0.3767 0.8656 0.812 0.000 0.000 0.068 0.120
#> SRR1457574 3 0.0000 0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333462 2 0.3814 0.6105 0.000 0.720 0.004 0.000 0.276
#> SRR1094601 1 0.3413 0.8710 0.832 0.000 0.000 0.044 0.124
#> SRR1434610 4 0.4312 0.7590 0.000 0.000 0.104 0.772 0.124
#> SRR1435833 4 0.2278 0.9111 0.000 0.060 0.032 0.908 0.000
#> SRR1398728 2 0.0771 0.7588 0.000 0.976 0.004 0.020 0.000
#> SRR1358343 4 0.4297 0.6678 0.000 0.288 0.020 0.692 0.000
#> SRR1410890 2 0.0771 0.7588 0.000 0.976 0.004 0.020 0.000
#> SRR1350371 1 0.3475 0.8768 0.804 0.004 0.000 0.012 0.180
#> SRR1392478 2 0.0451 0.7639 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1099260 3 0.3143 0.6995 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1433576 3 0.0162 0.8640 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1345541 3 0.3543 0.7056 0.000 0.000 0.828 0.112 0.060
#> SRR1086328 1 0.2852 0.8778 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR810391 3 0.0000 0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476207 3 0.2377 0.7970 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR627435 3 0.4276 0.4275 0.000 0.004 0.616 0.000 0.380
#> SRR1489862 1 0.2488 0.8825 0.872 0.000 0.000 0.004 0.124
#> SRR1419086 1 0.2813 0.8802 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1436539 1 0.3578 0.8666 0.820 0.000 0.000 0.048 0.132
#> SRR1396191 3 0.0000 0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490115 3 0.0000 0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377714 3 0.4088 0.4873 0.000 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR819394 1 0.3767 0.8656 0.812 0.000 0.000 0.068 0.120
#> SRR663161 4 0.2701 0.9110 0.000 0.048 0.044 0.896 0.012
#> SRR607042 3 0.4435 0.4821 0.000 0.016 0.648 0.000 0.336
#> SRR656203 4 0.2437 0.9113 0.000 0.060 0.032 0.904 0.004
#> SRR660602 3 0.0000 0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440397 1 0.2813 0.8782 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1369264 1 0.2233 0.8972 0.892 0.000 0.000 0.004 0.104
#> SRR809233 1 0.2648 0.8790 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR663249 2 0.0771 0.7588 0.000 0.976 0.004 0.020 0.000
#> SRR661242 4 0.2589 0.9117 0.000 0.048 0.044 0.900 0.008
#> SRR1332007 5 0.5783 0.7020 0.000 0.228 0.160 0.000 0.612
#> SRR809619 4 0.2437 0.9113 0.000 0.060 0.032 0.904 0.004
#> SRR819975 1 0.2011 0.8897 0.908 0.000 0.000 0.004 0.088
#> SRR599281 2 0.0162 0.7641 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR662366 3 0.0000 0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317898 3 0.0000 0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382485 4 0.2589 0.9112 0.000 0.048 0.044 0.900 0.008
#> SRR2166420 1 0.3934 0.8649 0.800 0.000 0.000 0.076 0.124
#> SRR1419429 1 0.2891 0.8751 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR1092541 3 0.0000 0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817444 3 0.3932 0.5361 0.000 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR1320403 2 0.3814 0.6105 0.000 0.720 0.004 0.000 0.276
#> SRR1101483 2 0.2233 0.6885 0.000 0.892 0.004 0.104 0.000
#> SRR1331684 3 0.0000 0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400054 4 0.2927 0.8498 0.000 0.000 0.092 0.868 0.040
#> SRR1406088 2 0.4101 0.3930 0.000 0.664 0.004 0.332 0.000
#> SRR820733 4 0.2850 0.8521 0.000 0.000 0.092 0.872 0.036
#> SRR1314113 4 0.3215 0.8405 0.000 0.000 0.092 0.852 0.056
#> SRR1382615 3 0.3039 0.7064 0.000 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR1480745 1 0.0912 0.8951 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR1468850 2 0.0324 0.7646 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR656782 3 0.2329 0.8000 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR821364 1 0.2690 0.8786 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR1101106 1 0.0798 0.8949 0.976 0.000 0.000 0.016 0.008
#> SRR659295 2 0.3861 0.5996 0.000 0.712 0.004 0.000 0.284
#> SRR1357103 5 0.6225 0.7341 0.000 0.224 0.228 0.000 0.548
#> SRR809185 4 0.2437 0.9113 0.000 0.060 0.032 0.904 0.004
#> SRR811583 4 0.2451 0.9129 0.000 0.056 0.036 0.904 0.004
#> SRR1468050 1 0.2629 0.8763 0.860 0.000 0.000 0.004 0.136
#> SRR1440224 2 0.0451 0.7639 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1500170 2 0.4032 0.7855 0.000 0.572 0.000 0.008 0.000 0.420
#> SRR1402368 3 0.1564 0.7695 0.000 0.024 0.936 0.000 0.040 0.000
#> SRR607743 3 0.6297 0.2804 0.000 0.176 0.560 0.064 0.200 0.000
#> SRR1457375 2 0.5749 0.7160 0.000 0.552 0.000 0.116 0.024 0.308
#> SRR1470923 1 0.3612 0.8420 0.780 0.052 0.000 0.000 0.168 0.000
#> SRR817954 1 0.3168 0.8595 0.828 0.116 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR809259 1 0.2711 0.8785 0.872 0.068 0.000 0.000 0.056 0.004
#> SRR1439785 3 0.1010 0.7885 0.000 0.004 0.960 0.000 0.036 0.000
#> SRR814768 1 0.2631 0.8735 0.880 0.044 0.000 0.008 0.068 0.000
#> SRR1102031 2 0.5700 0.5706 0.000 0.560 0.000 0.304 0.024 0.112
#> SRR1363611 4 0.1409 0.8710 0.000 0.012 0.008 0.948 0.032 0.000
#> SRR1468447 6 0.0717 0.9328 0.000 0.016 0.000 0.008 0.000 0.976
#> SRR1071931 4 0.1718 0.8661 0.000 0.016 0.008 0.932 0.044 0.000
#> SRR810981 1 0.3328 0.8601 0.816 0.120 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR615299 6 0.0405 0.9495 0.000 0.004 0.000 0.008 0.000 0.988
#> SRR663585 3 0.0000 0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326773 4 0.6276 -0.1074 0.000 0.024 0.172 0.416 0.388 0.000
#> SRR1351166 2 0.5552 0.6527 0.000 0.576 0.000 0.220 0.004 0.200
#> SRR1477452 1 0.2631 0.8718 0.880 0.068 0.000 0.008 0.044 0.000
#> SRR1084720 3 0.0000 0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420320 4 0.0665 0.8758 0.000 0.008 0.008 0.980 0.004 0.000
#> SRR1081712 2 0.4795 0.7929 0.000 0.556 0.000 0.028 0.016 0.400
#> SRR1318241 3 0.5297 0.3670 0.000 0.168 0.616 0.004 0.212 0.000
#> SRR1333718 3 0.3823 -0.3727 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000
#> SRR1313514 6 0.0260 0.9541 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1477861 5 0.5045 0.4166 0.000 0.000 0.084 0.000 0.552 0.364
#> SRR1318005 6 0.0260 0.9541 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1354665 2 0.4116 0.7894 0.000 0.572 0.000 0.012 0.000 0.416
#> SRR657707 3 0.5223 0.3892 0.000 0.168 0.628 0.004 0.200 0.000
#> SRR1370742 3 0.0000 0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1412947 2 0.5700 0.5658 0.000 0.560 0.000 0.304 0.024 0.112
#> SRR661553 4 0.1346 0.8736 0.000 0.016 0.008 0.952 0.024 0.000
#> SRR1328869 1 0.2209 0.8758 0.900 0.024 0.000 0.000 0.072 0.004
#> SRR662211 2 0.4351 0.7900 0.000 0.564 0.000 0.012 0.008 0.416
#> SRR1348181 3 0.0000 0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416560 3 0.0000 0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319772 3 0.3852 0.5563 0.000 0.064 0.760 0.000 0.176 0.000
#> SRR1091452 4 0.1230 0.8722 0.000 0.008 0.008 0.956 0.028 0.000
#> SRR1338812 1 0.3440 0.8424 0.776 0.028 0.000 0.000 0.196 0.000
#> SRR1392072 6 0.0260 0.9541 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR814844 4 0.1149 0.8753 0.000 0.008 0.008 0.960 0.024 0.000
#> SRR1376619 3 0.0000 0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603690 4 0.1624 0.8670 0.000 0.012 0.008 0.936 0.044 0.000
#> SRR2184980 2 0.4045 0.7780 0.000 0.564 0.000 0.008 0.000 0.428
#> SRR613963 4 0.1332 0.8740 0.000 0.012 0.008 0.952 0.028 0.000
#> SRR1323422 1 0.3186 0.8558 0.836 0.060 0.000 0.004 0.100 0.000
#> SRR1397673 3 0.0146 0.8130 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1434650 5 0.4676 0.3221 0.000 0.000 0.040 0.004 0.572 0.384
#> SRR659875 5 0.3975 0.6393 0.000 0.000 0.452 0.000 0.544 0.004
#> SRR1465734 3 0.5297 0.3670 0.000 0.168 0.616 0.004 0.212 0.000
#> SRR1076847 6 0.0260 0.9541 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1415072 1 0.3646 0.8423 0.776 0.052 0.000 0.000 0.172 0.000
#> SRR659319 3 0.3843 -0.4182 0.000 0.000 0.548 0.000 0.452 0.000
#> SRR663088 4 0.2456 0.8500 0.000 0.076 0.008 0.888 0.028 0.000
#> SRR1352021 1 0.3368 0.8515 0.820 0.060 0.000 0.004 0.116 0.000
#> SRR1325527 1 0.3174 0.8616 0.836 0.104 0.000 0.000 0.056 0.004
#> SRR1105369 1 0.3295 0.8587 0.816 0.128 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR659935 4 0.0665 0.8759 0.000 0.004 0.008 0.980 0.008 0.000
#> SRR1352530 3 0.0000 0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662594 3 0.5297 0.3670 0.000 0.168 0.616 0.004 0.212 0.000
#> SRR1095309 1 0.3493 0.8545 0.796 0.148 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR615647 3 0.0000 0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813019 5 0.4300 0.6831 0.000 0.000 0.324 0.000 0.640 0.036
#> SRR1374647 2 0.7565 0.2687 0.000 0.340 0.000 0.200 0.276 0.184
#> SRR603472 6 0.2879 0.7028 0.000 0.000 0.004 0.004 0.176 0.816
#> SRR661529 3 0.5931 0.0454 0.000 0.076 0.468 0.408 0.048 0.000
#> SRR607018 5 0.3854 0.6199 0.000 0.000 0.464 0.000 0.536 0.000
#> SRR627423 2 0.6215 0.6374 0.000 0.528 0.000 0.220 0.032 0.220
#> SRR654921 4 0.1149 0.8753 0.000 0.008 0.008 0.960 0.024 0.000
#> SRR1418968 1 0.3107 0.8751 0.844 0.072 0.000 0.000 0.080 0.004
#> SRR660871 3 0.0000 0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330522 3 0.0000 0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499958 2 0.4184 0.7931 0.000 0.576 0.000 0.016 0.000 0.408
#> SRR614059 3 0.0993 0.7899 0.000 0.012 0.964 0.000 0.024 0.000
#> SRR1071403 1 0.3242 0.8518 0.816 0.032 0.000 0.004 0.148 0.000
#> SRR1486719 2 0.4045 0.7780 0.000 0.564 0.000 0.008 0.000 0.428
#> SRR1440421 6 0.0260 0.9541 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1310412 3 0.7463 -0.0971 0.000 0.168 0.384 0.232 0.216 0.000
#> SRR614767 2 0.4523 0.7882 0.000 0.556 0.000 0.012 0.016 0.416
#> SRR820709 1 0.3635 0.8547 0.804 0.068 0.000 0.008 0.120 0.000
#> SRR1471500 1 0.2113 0.8755 0.908 0.060 0.000 0.000 0.028 0.004
#> SRR658093 3 0.3076 0.3689 0.000 0.000 0.760 0.000 0.240 0.000
#> SRR1088168 3 0.0458 0.8040 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1418707 2 0.4045 0.7780 0.000 0.564 0.000 0.008 0.000 0.428
#> SRR1354291 6 0.0260 0.9541 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR2165806 1 0.3959 0.8516 0.760 0.172 0.000 0.000 0.064 0.004
#> SRR1415684 4 0.1065 0.8736 0.000 0.008 0.008 0.964 0.020 0.000
#> SRR1433860 3 0.0000 0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311062 2 0.4457 0.7715 0.000 0.544 0.000 0.008 0.016 0.432
#> SRR1360359 1 0.3440 0.8424 0.776 0.028 0.000 0.000 0.196 0.000
#> SRR661385 3 0.0000 0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615407 2 0.4889 0.7870 0.000 0.544 0.000 0.024 0.024 0.408
#> SRR1413892 3 0.1663 0.7084 0.000 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR1443459 2 0.4562 0.4080 0.000 0.576 0.000 0.388 0.004 0.032
#> SRR1338942 1 0.3549 0.8429 0.776 0.028 0.000 0.000 0.192 0.004
#> SRR657480 5 0.5082 0.4985 0.000 0.080 0.408 0.000 0.512 0.000
#> SRR1399433 4 0.1149 0.8730 0.000 0.008 0.008 0.960 0.024 0.000
#> SRR818537 5 0.5266 0.4689 0.000 0.000 0.112 0.000 0.544 0.344
#> SRR1101324 4 0.4928 0.7135 0.000 0.172 0.012 0.684 0.132 0.000
#> SRR807637 4 0.5294 0.5265 0.000 0.200 0.004 0.668 0.032 0.096
#> SRR1091918 1 0.3032 0.8609 0.840 0.104 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR598300 3 0.5223 0.3892 0.000 0.168 0.628 0.004 0.200 0.000
#> SRR1085426 1 0.3455 0.8552 0.800 0.144 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1376294 2 0.4669 0.7932 0.000 0.556 0.000 0.020 0.016 0.408
#> SRR813891 1 0.3618 0.8417 0.776 0.048 0.000 0.000 0.176 0.000
#> SRR1467431 4 0.4939 0.0636 0.000 0.428 0.004 0.520 0.044 0.004
#> SRR658742 4 0.2986 0.8300 0.000 0.104 0.012 0.852 0.032 0.000
#> SRR1419234 1 0.3336 0.8615 0.812 0.132 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1404813 2 0.4184 0.7931 0.000 0.576 0.000 0.016 0.000 0.408
#> SRR603496 5 0.3684 0.6593 0.000 0.000 0.372 0.000 0.628 0.000
#> SRR1407758 3 0.0000 0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810945 2 0.4440 0.7836 0.000 0.556 0.000 0.008 0.016 0.420
#> SRR817234 6 0.0260 0.9541 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1444852 3 0.0000 0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660378 3 0.0000 0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467835 2 0.4562 0.7910 0.000 0.576 0.000 0.032 0.004 0.388
#> SRR1338964 3 0.5297 0.3670 0.000 0.168 0.616 0.004 0.212 0.000
#> SRR1079259 4 0.5912 0.4977 0.000 0.300 0.008 0.504 0.188 0.000
#> SRR1072345 3 0.5223 0.3892 0.000 0.168 0.628 0.004 0.200 0.000
#> SRR598725 3 0.0000 0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447938 1 0.2804 0.8626 0.852 0.024 0.000 0.000 0.120 0.004
#> SRR1356397 1 0.3032 0.8609 0.840 0.104 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1360460 4 0.1149 0.8753 0.000 0.008 0.008 0.960 0.024 0.000
#> SRR1429468 2 0.4045 0.7780 0.000 0.564 0.000 0.008 0.000 0.428
#> SRR1446850 2 0.4440 0.7836 0.000 0.556 0.000 0.008 0.016 0.420
#> SRR1320363 3 0.0000 0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413810 3 0.0000 0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598831 2 0.4254 0.7939 0.000 0.576 0.000 0.020 0.000 0.404
#> SRR1381865 1 0.2443 0.8696 0.880 0.020 0.000 0.000 0.096 0.004
#> SRR660957 3 0.0000 0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1491332 3 0.3843 -0.4182 0.000 0.000 0.548 0.000 0.452 0.000
#> SRR1099744 2 0.4032 0.7855 0.000 0.572 0.000 0.008 0.000 0.420
#> SRR1464618 4 0.3421 0.6897 0.000 0.200 0.004 0.780 0.012 0.004
#> SRR1414559 4 0.3374 0.8144 0.000 0.120 0.012 0.824 0.044 0.000
#> SRR1337540 4 0.3335 0.8083 0.000 0.136 0.008 0.824 0.024 0.008
#> SRR1444283 1 0.2063 0.8744 0.912 0.060 0.000 0.008 0.020 0.000
#> SRR2184942 3 0.3611 0.6207 0.000 0.096 0.796 0.000 0.108 0.000
#> SRR660295 1 0.3861 0.8536 0.756 0.184 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR601335 3 0.0000 0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1363742 3 0.0000 0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345847 4 0.1666 0.8675 0.000 0.020 0.008 0.936 0.036 0.000
#> SRR614960 3 0.2001 0.7491 0.000 0.048 0.912 0.000 0.040 0.000
#> SRR819919 1 0.3660 0.8533 0.780 0.160 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR603330 6 0.0520 0.9464 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008 0.984
#> SRR1327951 1 0.3416 0.8551 0.804 0.140 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1401885 1 0.3585 0.8415 0.780 0.048 0.000 0.000 0.172 0.000
#> SRR1345266 2 0.5531 0.6347 0.000 0.576 0.000 0.240 0.004 0.180
#> SRR1338055 6 0.0806 0.9402 0.000 0.000 0.000 0.008 0.020 0.972
#> SRR1430157 2 0.4562 0.7910 0.000 0.576 0.000 0.032 0.004 0.388
#> SRR1320137 2 0.4032 0.7855 0.000 0.572 0.000 0.008 0.000 0.420
#> SRR1093483 1 0.2251 0.8763 0.904 0.036 0.000 0.008 0.052 0.000
#> SRR1341080 1 0.3434 0.8519 0.808 0.048 0.000 0.000 0.140 0.004
#> SRR1459913 3 0.0000 0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2170490 1 0.3959 0.8516 0.760 0.172 0.000 0.000 0.064 0.004
#> SRR1479845 3 0.0146 0.8125 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1436420 1 0.3416 0.8593 0.804 0.140 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1481060 3 0.3847 -0.4295 0.000 0.000 0.544 0.000 0.456 0.000
#> SRR662282 3 0.0000 0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487089 4 0.0891 0.8757 0.000 0.000 0.008 0.968 0.024 0.000
#> SRR1075683 1 0.3440 0.8424 0.776 0.028 0.000 0.000 0.196 0.000
#> SRR1338536 1 0.3578 0.8428 0.784 0.052 0.000 0.000 0.164 0.000
#> SRR1338880 2 0.4851 0.2640 0.000 0.524 0.000 0.428 0.040 0.008
#> SRR1453456 3 0.0000 0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457895 1 0.3032 0.8609 0.840 0.104 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1440603 5 0.4886 0.3526 0.000 0.000 0.064 0.000 0.540 0.396
#> SRR658633 2 0.4676 0.7904 0.000 0.552 0.000 0.016 0.020 0.412
#> SRR1388081 4 0.1332 0.8716 0.000 0.012 0.008 0.952 0.028 0.000
#> SRR813339 3 0.0000 0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809725 1 0.2094 0.8764 0.908 0.024 0.000 0.004 0.064 0.000
#> SRR627441 6 0.0260 0.9541 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR613603 3 0.5223 0.3892 0.000 0.168 0.628 0.004 0.200 0.000
#> SRR1096571 5 0.3986 0.6200 0.000 0.000 0.464 0.000 0.532 0.004
#> SRR1392701 1 0.3660 0.8533 0.780 0.160 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1344326 1 0.2249 0.8793 0.900 0.064 0.000 0.000 0.032 0.004
#> SRR1367693 2 0.5289 0.7384 0.000 0.576 0.000 0.112 0.004 0.308
#> SRR660697 4 0.4189 0.6384 0.000 0.224 0.004 0.724 0.044 0.004
#> SRR1489926 5 0.4866 0.6127 0.000 0.068 0.364 0.000 0.568 0.000
#> SRR811491 3 0.0146 0.8136 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1311644 4 0.4983 0.7086 0.000 0.168 0.016 0.684 0.132 0.000
#> SRR1451740 3 0.0000 0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615117 5 0.4709 0.3027 0.000 0.000 0.048 0.000 0.540 0.412
#> SRR1391748 4 0.1149 0.8753 0.000 0.008 0.008 0.960 0.024 0.000
#> SRR1466556 3 0.0000 0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614972 3 0.0146 0.8136 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1406200 1 0.3549 0.8429 0.776 0.028 0.000 0.000 0.192 0.004
#> SRR819210 4 0.1167 0.8744 0.000 0.012 0.008 0.960 0.020 0.000
#> SRR662174 1 0.2369 0.8751 0.900 0.060 0.000 0.008 0.028 0.004
#> SRR811988 1 0.2237 0.8724 0.896 0.020 0.000 0.000 0.080 0.004
#> SRR663236 4 0.3675 0.8122 0.000 0.128 0.016 0.804 0.052 0.000
#> SRR1312598 2 0.4032 0.7855 0.000 0.572 0.000 0.008 0.000 0.420
#> SRR1330129 6 0.0260 0.9541 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1357781 6 0.0260 0.9541 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1315517 6 0.0260 0.9541 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1400032 3 0.0000 0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413722 1 0.2307 0.8758 0.896 0.032 0.000 0.000 0.068 0.004
#> SRR612827 3 0.0000 0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814794 1 0.2639 0.8767 0.876 0.084 0.000 0.008 0.032 0.000
#> SRR819430 1 0.2039 0.8753 0.908 0.016 0.000 0.000 0.072 0.004
#> SRR1395509 4 0.1149 0.8753 0.000 0.008 0.008 0.960 0.024 0.000
#> SRR808728 5 0.3857 0.6123 0.000 0.000 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1070813 2 0.5289 0.7363 0.000 0.576 0.000 0.112 0.004 0.308
#> SRR1389133 3 0.5223 0.3892 0.000 0.168 0.628 0.004 0.200 0.000
#> SRR601263 3 0.5223 0.3892 0.000 0.168 0.628 0.004 0.200 0.000
#> SRR604718 4 0.0665 0.8758 0.000 0.008 0.008 0.980 0.004 0.000
#> SRR1481351 5 0.3765 0.6566 0.000 0.000 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR1334608 3 0.1910 0.6755 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR658681 3 0.3851 -0.4414 0.000 0.000 0.540 0.000 0.460 0.000
#> SRR809283 4 0.0806 0.8760 0.000 0.000 0.008 0.972 0.020 0.000
#> SRR1459300 1 0.3455 0.8545 0.800 0.144 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1392547 5 0.3847 0.6330 0.000 0.000 0.456 0.000 0.544 0.000
#> SRR811049 3 0.7439 -0.0900 0.000 0.168 0.392 0.224 0.216 0.000
#> SRR1464835 4 0.1149 0.8753 0.000 0.008 0.008 0.960 0.024 0.000
#> SRR1339619 2 0.5004 0.5083 0.000 0.576 0.000 0.348 0.004 0.072
#> SRR658501 3 0.0000 0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447523 3 0.1297 0.7781 0.000 0.012 0.948 0.000 0.040 0.000
#> SRR1415048 1 0.2278 0.8760 0.900 0.044 0.000 0.004 0.052 0.000
#> SRR1355451 1 0.3440 0.8424 0.776 0.028 0.000 0.000 0.196 0.000
#> SRR1444348 2 0.5497 0.6287 0.000 0.580 0.000 0.244 0.004 0.172
#> SRR603890 6 0.0260 0.9541 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR810595 3 0.0000 0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446244 2 0.5508 0.6237 0.000 0.576 0.000 0.252 0.004 0.168
#> SRR817373 4 0.1230 0.8722 0.000 0.008 0.008 0.956 0.028 0.000
#> SRR1457291 4 0.2808 0.8221 0.000 0.076 0.008 0.868 0.048 0.000
#> SRR598220 4 0.5255 0.7033 0.000 0.148 0.080 0.692 0.080 0.000
#> SRR1477991 2 0.4599 0.7915 0.000 0.556 0.000 0.016 0.016 0.412
#> SRR598172 6 0.0984 0.9251 0.000 0.012 0.000 0.008 0.012 0.968
#> SRR1349032 2 0.5289 0.5671 0.000 0.576 0.000 0.308 0.004 0.112
#> SRR604002 6 0.0622 0.9408 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012 0.980
#> SRR1378026 3 0.0937 0.7816 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1404401 6 0.0260 0.9541 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1333240 5 0.4076 0.0631 0.000 0.000 0.000 0.008 0.540 0.452
#> SRR1089399 2 0.4045 0.7780 0.000 0.564 0.000 0.008 0.000 0.428
#> SRR603421 6 0.0260 0.9541 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR812562 1 0.3385 0.8475 0.796 0.028 0.000 0.000 0.172 0.004
#> SRR808520 5 0.3851 0.6270 0.000 0.000 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR811839 1 0.3493 0.8545 0.796 0.148 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR814317 2 0.4045 0.7780 0.000 0.564 0.000 0.008 0.000 0.428
#> SRR1436763 4 0.0891 0.8757 0.000 0.000 0.008 0.968 0.024 0.000
#> SRR1486021 4 0.3382 0.7701 0.000 0.124 0.008 0.820 0.048 0.000
#> SRR1465018 6 0.0260 0.9541 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1080998 3 0.5544 0.2457 0.000 0.168 0.568 0.004 0.260 0.000
#> SRR1083432 3 0.0000 0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082833 1 0.2772 0.8721 0.864 0.092 0.000 0.004 0.040 0.000
#> SRR1465804 1 0.3440 0.8424 0.776 0.028 0.000 0.000 0.196 0.000
#> SRR1326536 3 0.0000 0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614011 2 0.5552 0.6689 0.000 0.576 0.000 0.200 0.004 0.220
#> SRR1365873 2 0.4533 0.7690 0.000 0.540 0.000 0.008 0.020 0.432
#> SRR1498789 2 0.4523 0.7882 0.000 0.556 0.000 0.012 0.016 0.416
#> SRR601581 4 0.3790 0.6635 0.000 0.216 0.004 0.752 0.024 0.004
#> SRR603566 5 0.4152 0.6502 0.000 0.000 0.440 0.000 0.548 0.012
#> SRR1373981 1 0.2937 0.8673 0.848 0.096 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR821410 2 0.5581 0.7357 0.000 0.556 0.000 0.100 0.020 0.324
#> SRR1076511 4 0.3075 0.8290 0.000 0.108 0.008 0.844 0.040 0.000
#> SRR614143 5 0.5064 0.6039 0.000 0.092 0.300 0.004 0.604 0.000
#> SRR1333570 3 0.0000 0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366813 2 0.4254 0.7939 0.000 0.576 0.000 0.020 0.000 0.404
#> SRR1388746 1 0.3324 0.8633 0.824 0.112 0.000 0.004 0.060 0.000
#> SRR1420558 3 0.4619 0.5106 0.000 0.168 0.704 0.004 0.124 0.000
#> SRR1409510 3 0.0000 0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816250 2 0.4669 0.7932 0.000 0.556 0.000 0.020 0.016 0.408
#> SRR614131 2 0.6060 0.5412 0.000 0.524 0.000 0.316 0.040 0.120
#> SRR1331130 1 0.3612 0.8420 0.780 0.052 0.000 0.000 0.168 0.000
#> SRR1316015 3 0.0000 0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470798 3 0.0000 0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614179 5 0.5378 0.6888 0.000 0.000 0.324 0.000 0.544 0.132
#> SRR1474863 2 0.4523 0.7882 0.000 0.556 0.000 0.012 0.016 0.416
#> SRR813560 2 0.4032 0.7855 0.000 0.572 0.000 0.008 0.000 0.420
#> SRR1312187 4 0.0984 0.8754 0.000 0.012 0.008 0.968 0.012 0.000
#> SRR1420960 3 0.0000 0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355102 3 0.0000 0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084577 3 0.0146 0.8130 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR659971 2 0.4032 0.7855 0.000 0.572 0.000 0.008 0.000 0.420
#> SRR1350855 4 0.1149 0.8753 0.000 0.008 0.008 0.960 0.024 0.000
#> SRR820779 3 0.0000 0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476300 3 0.0000 0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090907 4 0.0951 0.8759 0.000 0.004 0.008 0.968 0.020 0.000
#> SRR662294 6 0.0260 0.9541 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1480789 5 0.5467 0.6892 0.000 0.000 0.304 0.000 0.544 0.152
#> SRR1336263 4 0.1149 0.8753 0.000 0.008 0.008 0.960 0.024 0.000
#> SRR660776 1 0.3695 0.8561 0.776 0.164 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1090508 6 0.0260 0.9541 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR615563 4 0.1251 0.8747 0.000 0.012 0.008 0.956 0.024 0.000
#> SRR1101175 1 0.3377 0.8560 0.808 0.136 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR2164650 5 0.3975 0.6393 0.000 0.000 0.452 0.000 0.544 0.004
#> SRR1431205 6 0.4303 -0.2872 0.000 0.360 0.000 0.008 0.016 0.616
#> SRR1339856 4 0.3347 0.7528 0.000 0.152 0.004 0.812 0.028 0.004
#> SRR1352147 2 0.4944 0.2556 0.000 0.516 0.000 0.432 0.040 0.012
#> SRR808968 1 0.3295 0.8577 0.816 0.128 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR627419 6 0.0260 0.9541 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1402391 1 0.2763 0.8761 0.868 0.088 0.000 0.008 0.036 0.000
#> SRR663609 5 0.3975 0.6393 0.000 0.000 0.452 0.000 0.544 0.004
#> SRR2167857 6 0.0520 0.9464 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008 0.984
#> SRR1398752 1 0.2251 0.8763 0.904 0.036 0.000 0.008 0.052 0.000
#> SRR1469169 1 0.3455 0.8588 0.800 0.144 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1405437 2 0.4192 0.7922 0.000 0.572 0.000 0.016 0.000 0.412
#> SRR1416955 1 0.3440 0.8424 0.776 0.028 0.000 0.000 0.196 0.000
#> SRR1317064 4 0.1873 0.8628 0.000 0.020 0.008 0.924 0.048 0.000
#> SRR659001 4 0.0806 0.8760 0.000 0.000 0.008 0.972 0.020 0.000
#> SRR2170696 4 0.3543 0.8076 0.000 0.124 0.012 0.812 0.052 0.000
#> SRR816589 3 0.0146 0.8130 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1087487 3 0.0000 0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329485 3 0.0000 0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816920 4 0.4290 0.7579 0.000 0.168 0.012 0.744 0.076 0.000
#> SRR1341432 1 0.3227 0.8623 0.824 0.116 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1361590 4 0.1036 0.8755 0.000 0.004 0.008 0.964 0.024 0.000
#> SRR817046 3 0.2100 0.7073 0.000 0.004 0.884 0.000 0.112 0.000
#> SRR1471331 3 0.0000 0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660788 4 0.4748 0.7260 0.000 0.168 0.016 0.708 0.108 0.000
#> SRR819234 1 0.3242 0.8518 0.816 0.032 0.000 0.004 0.148 0.000
#> SRR810853 5 0.5496 0.6872 0.000 0.000 0.296 0.000 0.544 0.160
#> SRR809427 4 0.0551 0.8760 0.000 0.004 0.008 0.984 0.004 0.000
#> SRR2170217 4 0.0806 0.8760 0.000 0.000 0.008 0.972 0.020 0.000
#> SRR1386967 3 0.0000 0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420344 2 0.4371 0.7932 0.000 0.580 0.000 0.028 0.000 0.392
#> SRR1334535 1 0.3417 0.8577 0.812 0.052 0.000 0.000 0.132 0.004
#> SRR614503 4 0.4492 0.3517 0.000 0.352 0.004 0.616 0.008 0.020
#> SRR602564 4 0.2259 0.8632 0.000 0.044 0.008 0.904 0.044 0.000
#> SRR1420669 4 0.3033 0.8303 0.000 0.108 0.012 0.848 0.032 0.000
#> SRR819024 3 0.0146 0.8136 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR656223 3 0.2762 0.4892 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR608428 2 0.4676 0.7904 0.000 0.552 0.000 0.016 0.020 0.412
#> SRR1345647 1 0.3612 0.8420 0.780 0.052 0.000 0.000 0.168 0.000
#> SRR1389324 6 0.0260 0.9541 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1361368 4 0.4693 0.1147 0.000 0.424 0.004 0.540 0.028 0.004
#> SRR1322619 2 0.4192 0.7922 0.000 0.572 0.000 0.016 0.000 0.412
#> SRR1349276 4 0.1149 0.8753 0.000 0.008 0.008 0.960 0.024 0.000
#> SRR1404024 1 0.3585 0.8415 0.780 0.048 0.000 0.000 0.172 0.000
#> SRR1370637 2 0.4184 0.7931 0.000 0.576 0.000 0.016 0.000 0.408
#> SRR1452631 4 0.2686 0.8160 0.000 0.100 0.008 0.868 0.024 0.000
#> SRR608392 5 0.3847 0.6330 0.000 0.000 0.456 0.000 0.544 0.000
#> SRR1357757 3 0.5337 0.3466 0.000 0.164 0.608 0.004 0.224 0.000
#> SRR1074646 4 0.0806 0.8760 0.000 0.000 0.008 0.972 0.020 0.000
#> SRR1367499 3 0.0000 0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343501 5 0.3851 0.6270 0.000 0.000 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR1394406 4 0.5447 0.6139 0.000 0.168 0.008 0.604 0.220 0.000
#> SRR1381435 3 0.0146 0.8130 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1467407 1 0.3211 0.8589 0.824 0.120 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1092422 6 0.1812 0.8420 0.000 0.000 0.000 0.008 0.080 0.912
#> SRR1380270 5 0.5579 0.6750 0.000 0.000 0.264 0.000 0.544 0.192
#> SRR1091817 2 0.4599 0.7915 0.000 0.556 0.000 0.016 0.016 0.412
#> SRR1440137 2 0.4745 0.7920 0.000 0.552 0.000 0.020 0.020 0.408
#> SRR614311 4 0.4119 0.4062 0.000 0.348 0.004 0.636 0.008 0.004
#> SRR1407516 4 0.1230 0.8722 0.000 0.008 0.008 0.956 0.028 0.000
#> SRR815494 3 0.0000 0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333209 4 0.0767 0.8755 0.000 0.012 0.008 0.976 0.004 0.000
#> SRR615177 4 0.3286 0.8193 0.000 0.112 0.012 0.832 0.044 0.000
#> SRR1099648 3 0.3847 -0.4295 0.000 0.000 0.544 0.000 0.456 0.000
#> SRR659720 5 0.5252 0.5792 0.000 0.108 0.308 0.004 0.580 0.000
#> SRR2185057 1 0.2742 0.8735 0.872 0.084 0.000 0.004 0.036 0.004
#> SRR1467125 1 0.3543 0.8443 0.768 0.032 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR657468 4 0.4833 0.7185 0.000 0.172 0.008 0.688 0.132 0.000
#> SRR660042 3 0.0993 0.7899 0.000 0.012 0.964 0.000 0.024 0.000
#> SRR2170864 2 0.5463 0.7524 0.000 0.556 0.000 0.076 0.024 0.344
#> SRR1440491 4 0.1230 0.8722 0.000 0.008 0.008 0.956 0.028 0.000
#> SRR1440852 3 0.0000 0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811169 1 0.2888 0.8759 0.860 0.068 0.000 0.000 0.068 0.004
#> SRR1331311 4 0.0665 0.8759 0.000 0.004 0.008 0.980 0.008 0.000
#> SRR818009 1 0.3689 0.8675 0.800 0.120 0.000 0.008 0.072 0.000
#> SRR1351836 2 0.4032 0.7855 0.000 0.572 0.000 0.008 0.000 0.420
#> SRR1498313 6 0.0520 0.9464 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008 0.984
#> SRR1441975 2 0.4872 0.7911 0.000 0.552 0.000 0.028 0.020 0.400
#> SRR819096 1 0.3618 0.8417 0.776 0.048 0.000 0.000 0.176 0.000
#> SRR1073679 4 0.3603 0.8155 0.000 0.124 0.012 0.808 0.056 0.000
#> SRR1489116 5 0.3847 0.6330 0.000 0.000 0.456 0.000 0.544 0.000
#> SRR1354138 3 0.0000 0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490589 3 0.2001 0.7491 0.000 0.048 0.912 0.000 0.040 0.000
#> SRR1412987 4 0.1251 0.8747 0.000 0.012 0.008 0.956 0.024 0.000
#> SRR602034 3 0.0000 0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353437 1 0.2182 0.8731 0.900 0.020 0.000 0.000 0.076 0.004
#> SRR1072871 5 0.5135 0.5767 0.000 0.104 0.324 0.000 0.572 0.000
#> SRR661577 4 0.0520 0.8762 0.000 0.000 0.008 0.984 0.008 0.000
#> SRR612190 4 0.1426 0.8726 0.000 0.016 0.008 0.948 0.028 0.000
#> SRR1399880 1 0.3679 0.8430 0.772 0.052 0.000 0.000 0.176 0.000
#> SRR1101787 4 0.1149 0.8753 0.000 0.008 0.008 0.960 0.024 0.000
#> SRR657869 1 0.3660 0.8533 0.780 0.160 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1446332 1 0.3045 0.8615 0.840 0.100 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR816039 1 0.2320 0.8739 0.892 0.024 0.000 0.000 0.080 0.004
#> SRR1485141 3 0.0000 0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476697 1 0.2380 0.8772 0.892 0.068 0.000 0.000 0.036 0.004
#> SRR1379538 4 0.4448 0.4799 0.000 0.296 0.004 0.664 0.012 0.024
#> SRR1331422 1 0.3455 0.8545 0.800 0.144 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR660859 4 0.6012 0.5613 0.000 0.168 0.040 0.576 0.216 0.000
#> SRR1097594 1 0.3265 0.8641 0.828 0.112 0.000 0.004 0.056 0.000
#> SRR1311419 3 0.0000 0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336706 5 0.3975 0.6393 0.000 0.000 0.452 0.000 0.544 0.004
#> SRR1472976 4 0.0806 0.8760 0.000 0.000 0.008 0.972 0.020 0.000
#> SRR1321307 1 0.3602 0.8534 0.784 0.160 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR807493 1 0.3551 0.8586 0.792 0.148 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR812461 3 0.0000 0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477149 6 0.0260 0.9541 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1457397 6 0.3823 0.5691 0.000 0.000 0.044 0.004 0.192 0.760
#> SRR661913 3 0.0000 0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069024 5 0.5314 0.4866 0.000 0.000 0.120 0.000 0.544 0.336
#> SRR2165634 1 0.3959 0.8516 0.760 0.172 0.000 0.000 0.064 0.004
#> SRR1478722 3 0.0000 0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328642 6 0.0260 0.9541 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1488261 3 0.0993 0.7899 0.000 0.012 0.964 0.000 0.024 0.000
#> SRR1318815 4 0.1149 0.8753 0.000 0.008 0.008 0.960 0.024 0.000
#> SRR816945 1 0.3829 0.8543 0.760 0.180 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1367432 4 0.1346 0.8737 0.000 0.016 0.008 0.952 0.024 0.000
#> SRR1359280 6 0.0260 0.9541 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1313910 2 0.5554 0.6656 0.000 0.576 0.000 0.204 0.004 0.216
#> SRR1457315 4 0.3241 0.8288 0.000 0.112 0.016 0.836 0.036 0.000
#> SRR815398 1 0.3637 0.8528 0.780 0.164 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR656958 3 0.0000 0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600688 4 0.1592 0.8719 0.000 0.020 0.008 0.940 0.032 0.000
#> SRR1098952 1 0.2052 0.8746 0.912 0.056 0.000 0.004 0.028 0.000
#> SRR1314916 3 0.0000 0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614167 3 0.0000 0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348114 2 0.5508 0.6237 0.000 0.576 0.000 0.252 0.004 0.168
#> SRR658033 2 0.5845 0.4618 0.000 0.520 0.000 0.356 0.044 0.080
#> SRR1077503 3 0.5226 -0.3606 0.000 0.092 0.464 0.000 0.444 0.000
#> SRR661854 5 0.4389 0.6402 0.000 0.032 0.372 0.000 0.596 0.000
#> SRR811379 4 0.1078 0.8736 0.000 0.012 0.008 0.964 0.016 0.000
#> SRR1318857 2 0.4562 0.7910 0.000 0.576 0.000 0.032 0.004 0.388
#> SRR656445 3 0.0146 0.8130 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1433044 6 0.0260 0.9541 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1486391 1 0.3254 0.8583 0.820 0.124 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR656071 3 0.2542 0.7142 0.000 0.080 0.876 0.000 0.044 0.000
#> SRR1364824 1 0.3453 0.8457 0.788 0.028 0.000 0.000 0.180 0.004
#> SRR1379133 1 0.3236 0.8536 0.820 0.036 0.000 0.004 0.140 0.000
#> SRR1394169 1 0.2322 0.8755 0.896 0.064 0.000 0.000 0.036 0.004
#> SRR816745 5 0.5496 0.6872 0.000 0.000 0.296 0.000 0.544 0.160
#> SRR601038 5 0.5467 0.6892 0.000 0.000 0.304 0.000 0.544 0.152
#> SRR1360080 1 0.3204 0.8678 0.836 0.092 0.000 0.000 0.068 0.004
#> SRR814868 3 0.4540 0.5197 0.000 0.168 0.712 0.004 0.116 0.000
#> SRR1485997 1 0.3411 0.8511 0.816 0.060 0.000 0.004 0.120 0.000
#> SRR1435560 4 0.1821 0.8666 0.000 0.040 0.008 0.928 0.024 0.000
#> SRR1333330 1 0.3385 0.8528 0.796 0.028 0.000 0.000 0.172 0.004
#> SRR663513 4 0.5644 0.5996 0.000 0.168 0.016 0.592 0.224 0.000
#> SRR1328407 5 0.5637 0.6393 0.000 0.088 0.192 0.000 0.644 0.076
#> SRR602784 3 0.3868 -0.5292 0.000 0.000 0.508 0.000 0.492 0.000
#> SRR1348468 4 0.1149 0.8753 0.000 0.008 0.008 0.960 0.024 0.000
#> SRR663717 2 0.5389 0.2784 0.000 0.456 0.000 0.444 0.004 0.096
#> SRR602217 5 0.5928 0.2249 0.000 0.248 0.000 0.060 0.588 0.104
#> SRR603140 3 0.5700 0.3271 0.000 0.168 0.592 0.020 0.220 0.000
#> SRR1340804 1 0.3440 0.8424 0.776 0.028 0.000 0.000 0.196 0.000
#> SRR1457574 3 0.0000 0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333462 6 0.0260 0.9541 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1094601 1 0.3243 0.8507 0.812 0.028 0.000 0.000 0.156 0.004
#> SRR1434610 4 0.5700 0.5935 0.000 0.168 0.020 0.592 0.220 0.000
#> SRR1435833 4 0.0551 0.8760 0.000 0.004 0.008 0.984 0.004 0.000
#> SRR1398728 2 0.4562 0.7910 0.000 0.576 0.000 0.032 0.004 0.388
#> SRR1358343 4 0.4933 0.5919 0.000 0.176 0.004 0.704 0.024 0.092
#> SRR1410890 2 0.4562 0.7910 0.000 0.576 0.000 0.032 0.004 0.388
#> SRR1350371 1 0.3717 0.8569 0.776 0.160 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1392478 2 0.4184 0.7931 0.000 0.576 0.000 0.016 0.000 0.408
#> SRR1099260 3 0.3756 -0.2508 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1433576 3 0.1518 0.7614 0.000 0.008 0.944 0.024 0.024 0.000
#> SRR1345541 3 0.6315 0.3230 0.000 0.168 0.584 0.124 0.124 0.000
#> SRR1086328 1 0.3416 0.8551 0.804 0.140 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR810391 3 0.0000 0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476207 3 0.5297 0.3670 0.000 0.168 0.616 0.004 0.212 0.000
#> SRR627435 5 0.4989 0.6727 0.000 0.008 0.368 0.004 0.572 0.048
#> SRR1489862 1 0.3079 0.8629 0.844 0.056 0.000 0.004 0.096 0.000
#> SRR1419086 1 0.3416 0.8593 0.804 0.140 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1436539 1 0.3585 0.8415 0.780 0.048 0.000 0.000 0.172 0.000
#> SRR1396191 3 0.0000 0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490115 3 0.0865 0.7905 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1377714 5 0.3940 0.6648 0.000 0.008 0.336 0.004 0.652 0.000
#> SRR819394 1 0.3440 0.8424 0.776 0.028 0.000 0.000 0.196 0.000
#> SRR663161 4 0.1434 0.8734 0.000 0.020 0.008 0.948 0.024 0.000
#> SRR607042 5 0.4157 0.6471 0.000 0.000 0.444 0.000 0.544 0.012
#> SRR656203 4 0.1873 0.8628 0.000 0.020 0.008 0.924 0.048 0.000
#> SRR660602 3 0.0146 0.8130 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1440397 1 0.3336 0.8568 0.812 0.132 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1369264 1 0.2591 0.8797 0.880 0.064 0.000 0.004 0.052 0.000
#> SRR809233 1 0.3254 0.8582 0.820 0.124 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR663249 2 0.4504 0.7921 0.000 0.576 0.000 0.028 0.004 0.392
#> SRR661242 4 0.1555 0.8702 0.000 0.012 0.008 0.940 0.040 0.000
#> SRR1332007 5 0.4994 0.3974 0.000 0.000 0.076 0.000 0.544 0.380
#> SRR809619 4 0.1666 0.8675 0.000 0.020 0.008 0.936 0.036 0.000
#> SRR819975 1 0.2340 0.8724 0.896 0.044 0.000 0.000 0.056 0.004
#> SRR599281 2 0.4538 0.7652 0.000 0.536 0.000 0.008 0.020 0.436
#> SRR662366 3 0.0000 0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317898 3 0.0000 0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382485 4 0.0622 0.8758 0.000 0.000 0.008 0.980 0.012 0.000
#> SRR2166420 1 0.3760 0.8431 0.768 0.044 0.000 0.000 0.184 0.004
#> SRR1419429 1 0.3455 0.8545 0.800 0.144 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1092541 3 0.0000 0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817444 5 0.3854 0.6199 0.000 0.000 0.464 0.000 0.536 0.000
#> SRR1320403 6 0.0260 0.9541 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1101483 2 0.5352 0.7291 0.000 0.576 0.000 0.124 0.004 0.296
#> SRR1331684 3 0.0000 0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400054 4 0.3633 0.8038 0.000 0.124 0.016 0.808 0.052 0.000
#> SRR1406088 2 0.5422 0.6011 0.000 0.576 0.000 0.280 0.004 0.140
#> SRR820733 4 0.3170 0.8232 0.000 0.112 0.016 0.840 0.032 0.000
#> SRR1314113 4 0.4186 0.7649 0.000 0.164 0.016 0.756 0.064 0.000
#> SRR1382615 3 0.3684 -0.1517 0.000 0.000 0.628 0.000 0.372 0.000
#> SRR1480745 1 0.1788 0.8774 0.928 0.028 0.000 0.000 0.040 0.004
#> SRR1468850 2 0.4599 0.7915 0.000 0.556 0.000 0.016 0.016 0.412
#> SRR656782 3 0.5223 0.3892 0.000 0.168 0.628 0.004 0.200 0.000
#> SRR821364 1 0.3168 0.8595 0.828 0.116 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1101106 1 0.1860 0.8774 0.928 0.028 0.000 0.004 0.036 0.004
#> SRR659295 6 0.0520 0.9464 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008 0.984
#> SRR1357103 5 0.5147 0.4846 0.000 0.000 0.104 0.000 0.568 0.328
#> SRR809185 4 0.1503 0.8699 0.000 0.016 0.008 0.944 0.032 0.000
#> SRR811583 4 0.1332 0.8716 0.000 0.012 0.008 0.952 0.028 0.000
#> SRR1468050 1 0.3324 0.8524 0.824 0.060 0.000 0.004 0.112 0.000
#> SRR1440224 2 0.4599 0.7915 0.000 0.556 0.000 0.016 0.016 0.412
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17314 rows and 500 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 5.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.719 0.897 0.952 0.4265 0.589 0.589
#> 3 3 0.863 0.878 0.952 0.5461 0.723 0.540
#> 4 4 0.955 0.935 0.974 0.1186 0.876 0.658
#> 5 5 0.901 0.912 0.933 0.0639 0.937 0.764
#> 6 6 0.865 0.818 0.884 0.0364 0.959 0.810
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 5
#> attr(,"optional")
#> [1] 4
There is also optional best \(k\) = 4 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1500170 2 0.7219 0.783 0.200 0.800
#> SRR1402368 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR607743 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1457375 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1470923 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR817954 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR809259 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1439785 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR814768 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1102031 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1363611 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1468447 2 0.1414 0.932 0.020 0.980
#> SRR1071931 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR810981 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR615299 2 0.6887 0.799 0.184 0.816
#> SRR663585 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1326773 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1351166 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1477452 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1084720 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1420320 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1081712 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1318241 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1333718 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1313514 2 0.7219 0.783 0.200 0.800
#> SRR1477861 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1318005 2 0.3114 0.907 0.056 0.944
#> SRR1354665 2 0.7219 0.783 0.200 0.800
#> SRR657707 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1370742 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1412947 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR661553 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1328869 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR662211 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1348181 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1416560 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1319772 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1091452 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1338812 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1392072 2 0.7219 0.783 0.200 0.800
#> SRR814844 1 0.5842 0.817 0.860 0.140
#> SRR1376619 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR603690 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR2184980 2 0.7219 0.783 0.200 0.800
#> SRR613963 1 0.9686 0.416 0.604 0.396
#> SRR1323422 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1397673 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1434650 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR659875 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1465734 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1076847 2 0.1633 0.929 0.024 0.976
#> SRR1415072 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR659319 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR663088 1 0.7219 0.746 0.800 0.200
#> SRR1352021 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR659935 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1352530 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR662594 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1095309 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR615647 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR813019 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1374647 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR603472 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR661529 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR607018 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR627423 2 0.7219 0.783 0.200 0.800
#> SRR654921 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1418968 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR660871 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1330522 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1499958 2 0.7219 0.783 0.200 0.800
#> SRR614059 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1071403 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1486719 2 0.7219 0.783 0.200 0.800
#> SRR1440421 2 0.2603 0.915 0.044 0.956
#> SRR1310412 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR614767 2 0.4431 0.880 0.092 0.908
#> SRR820709 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR658093 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1088168 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1418707 2 0.7219 0.783 0.200 0.800
#> SRR1354291 2 0.7219 0.783 0.200 0.800
#> SRR2165806 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1415684 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1433860 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1311062 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1360359 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR661385 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR615407 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1413892 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1443459 2 0.7219 0.783 0.200 0.800
#> SRR1338942 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR657480 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1399433 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR818537 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1101324 1 0.9286 0.528 0.656 0.344
#> SRR807637 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1091918 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR598300 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1085426 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR813891 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1467431 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR658742 1 0.9710 0.406 0.600 0.400
#> SRR1419234 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1404813 2 0.7219 0.783 0.200 0.800
#> SRR603496 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1407758 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR810945 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR817234 2 0.6438 0.818 0.164 0.836
#> SRR1444852 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR660378 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1467835 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1338964 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1079259 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1072345 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR598725 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1447938 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1360460 2 0.9710 0.283 0.400 0.600
#> SRR1429468 2 0.7219 0.783 0.200 0.800
#> SRR1446850 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1320363 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1413810 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR598831 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1381865 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR660957 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1491332 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1099744 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1464618 2 0.4298 0.883 0.088 0.912
#> SRR1414559 1 0.9710 0.406 0.600 0.400
#> SRR1337540 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1444283 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR2184942 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR660295 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR601335 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1363742 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1345847 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR614960 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR819919 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR603330 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1327951 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1345266 2 0.7219 0.783 0.200 0.800
#> SRR1338055 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1430157 2 0.7219 0.783 0.200 0.800
#> SRR1320137 2 0.7219 0.783 0.200 0.800
#> SRR1093483 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1459913 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR2170490 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1479845 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1436420 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1481060 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR662282 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1487089 1 0.9710 0.406 0.600 0.400
#> SRR1075683 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1338536 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1338880 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1453456 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1457895 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1440603 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR658633 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1388081 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR813339 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR809725 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR627441 2 0.6887 0.799 0.184 0.816
#> SRR613603 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1096571 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1392701 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1344326 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1367693 2 0.7219 0.783 0.200 0.800
#> SRR660697 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1489926 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR811491 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1311644 1 0.7602 0.723 0.780 0.220
#> SRR1451740 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR615117 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1391748 1 0.9710 0.406 0.600 0.400
#> SRR1466556 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR614972 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1406200 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR819210 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR662174 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR811988 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR663236 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1312598 2 0.7219 0.783 0.200 0.800
#> SRR1330129 2 0.7219 0.783 0.200 0.800
#> SRR1357781 2 0.7219 0.783 0.200 0.800
#> SRR1315517 2 0.7219 0.783 0.200 0.800
#> SRR1400032 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1413722 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR612827 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR814794 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR819430 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1395509 2 0.7139 0.735 0.196 0.804
#> SRR808728 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1070813 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1389133 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR601263 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR604718 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1481351 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1334608 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR658681 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR809283 2 0.9710 0.283 0.400 0.600
#> SRR1459300 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1392547 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR811049 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1464835 1 0.9635 0.435 0.612 0.388
#> SRR1339619 2 0.7219 0.783 0.200 0.800
#> SRR658501 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1447523 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1415048 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1444348 2 0.7219 0.783 0.200 0.800
#> SRR603890 2 0.7219 0.783 0.200 0.800
#> SRR810595 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1446244 2 0.7219 0.783 0.200 0.800
#> SRR817373 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1457291 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR598220 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1477991 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR598172 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1349032 2 0.7219 0.783 0.200 0.800
#> SRR604002 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1378026 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1404401 2 0.6887 0.799 0.184 0.816
#> SRR1333240 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1089399 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR603421 2 0.6887 0.799 0.184 0.816
#> SRR812562 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR808520 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR811839 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR814317 2 0.7219 0.783 0.200 0.800
#> SRR1436763 1 0.7219 0.746 0.800 0.200
#> SRR1486021 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1465018 2 0.7219 0.783 0.200 0.800
#> SRR1080998 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1083432 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1082833 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1326536 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR614011 2 0.7219 0.783 0.200 0.800
#> SRR1365873 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1498789 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR601581 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR603566 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1373981 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR821410 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1076511 1 0.7219 0.746 0.800 0.200
#> SRR614143 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1333570 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1366813 2 0.6148 0.829 0.152 0.848
#> SRR1388746 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1420558 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1409510 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR816250 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR614131 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1331130 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1316015 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1470798 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR614179 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1474863 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR813560 2 0.7219 0.783 0.200 0.800
#> SRR1312187 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1420960 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1355102 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1084577 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR659971 2 0.7219 0.783 0.200 0.800
#> SRR1350855 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR820779 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1476300 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1090907 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR662294 2 0.7219 0.783 0.200 0.800
#> SRR1480789 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1336263 1 0.9833 0.341 0.576 0.424
#> SRR660776 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1090508 2 0.6887 0.799 0.184 0.816
#> SRR615563 1 0.8144 0.671 0.748 0.252
#> SRR1101175 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR2164650 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1431205 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1339856 2 0.0376 0.942 0.004 0.996
#> SRR1352147 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR808968 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR627419 2 0.7219 0.783 0.200 0.800
#> SRR1402391 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR663609 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR2167857 2 0.6887 0.799 0.184 0.816
#> SRR1398752 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1405437 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1416955 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1317064 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR659001 2 0.6148 0.797 0.152 0.848
#> SRR2170696 2 0.9710 0.283 0.400 0.600
#> SRR816589 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1087487 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1329485 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR816920 2 0.7139 0.735 0.196 0.804
#> SRR1341432 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1361590 1 0.9710 0.406 0.600 0.400
#> SRR817046 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1471331 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR660788 2 0.9710 0.283 0.400 0.600
#> SRR819234 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR810853 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR809427 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR2170217 2 0.9710 0.283 0.400 0.600
#> SRR1386967 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1420344 2 0.7219 0.783 0.200 0.800
#> SRR1334535 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR614503 2 0.7219 0.783 0.200 0.800
#> SRR602564 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1420669 2 0.7219 0.729 0.200 0.800
#> SRR819024 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR656223 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR608428 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1345647 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1389324 2 0.6887 0.799 0.184 0.816
#> SRR1361368 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1322619 2 0.7219 0.783 0.200 0.800
#> SRR1349276 1 0.9909 0.282 0.556 0.444
#> SRR1404024 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1370637 2 0.7219 0.783 0.200 0.800
#> SRR1452631 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR608392 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1357757 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1074646 2 0.8499 0.594 0.276 0.724
#> SRR1367499 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1343501 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1394406 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1381435 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1467407 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1092422 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1380270 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1091817 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1440137 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR614311 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1407516 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR815494 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1333209 2 0.5946 0.837 0.144 0.856
#> SRR615177 2 0.9710 0.283 0.400 0.600
#> SRR1099648 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR659720 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR2185057 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1467125 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR657468 1 0.7219 0.746 0.800 0.200
#> SRR660042 2 0.5294 0.836 0.120 0.880
#> SRR2170864 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1440491 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1440852 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR811169 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1331311 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR818009 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1351836 2 0.7219 0.783 0.200 0.800
#> SRR1498313 2 0.6048 0.833 0.148 0.852
#> SRR1441975 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR819096 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1073679 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1489116 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1354138 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1490589 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1412987 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR602034 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1353437 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1072871 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR661577 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR612190 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1399880 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1101787 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR657869 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1446332 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR816039 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1485141 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1476697 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1379538 2 0.7219 0.783 0.200 0.800
#> SRR1331422 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR660859 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1097594 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1311419 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1336706 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1472976 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1321307 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR807493 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR812461 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1477149 2 0.7219 0.783 0.200 0.800
#> SRR1457397 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR661913 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1069024 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR2165634 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1478722 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1328642 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1488261 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1318815 1 0.3274 0.900 0.940 0.060
#> SRR816945 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1367432 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1359280 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1313910 2 0.7219 0.783 0.200 0.800
#> SRR1457315 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR815398 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR656958 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR600688 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1098952 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1314916 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR614167 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1348114 2 0.7219 0.783 0.200 0.800
#> SRR658033 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1077503 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR661854 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR811379 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1318857 2 0.7219 0.783 0.200 0.800
#> SRR656445 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1433044 2 0.6887 0.799 0.184 0.816
#> SRR1486391 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR656071 2 0.7219 0.729 0.200 0.800
#> SRR1364824 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR816745 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR601038 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1360080 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR814868 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1485997 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1435560 2 0.7219 0.729 0.200 0.800
#> SRR1333330 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR663513 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1328407 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR602784 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1348468 1 0.9661 0.426 0.608 0.392
#> SRR663717 2 0.7219 0.783 0.200 0.800
#> SRR602217 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR603140 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1340804 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1457574 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1333462 2 0.7219 0.783 0.200 0.800
#> SRR1094601 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1434610 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1435833 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1398728 2 0.7219 0.783 0.200 0.800
#> SRR1358343 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1410890 2 0.7219 0.783 0.200 0.800
#> SRR1350371 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1392478 2 0.7219 0.783 0.200 0.800
#> SRR1099260 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1433576 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1345541 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1086328 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR810391 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1476207 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR627435 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1489862 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1419086 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1396191 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1490115 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1377714 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR819394 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR663161 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR607042 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR656203 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR660602 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1440397 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1369264 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR809233 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR663249 2 0.7219 0.783 0.200 0.800
#> SRR661242 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1332007 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR809619 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR819975 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR599281 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR662366 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1317898 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1382485 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR2166420 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1419429 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1092541 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR817444 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1320403 2 0.5946 0.836 0.144 0.856
#> SRR1101483 2 0.7219 0.783 0.200 0.800
#> SRR1331684 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1400054 2 0.9710 0.283 0.400 0.600
#> SRR1406088 2 0.7219 0.783 0.200 0.800
#> SRR820733 2 0.7219 0.729 0.200 0.800
#> SRR1314113 1 0.9710 0.406 0.600 0.400
#> SRR1382615 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1480745 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1468850 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR656782 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR821364 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR659295 2 0.6887 0.799 0.184 0.816
#> SRR1357103 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR809185 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR811583 2 0.0000 0.945 0.000 1.000
#> SRR1468050 1 0.0000 0.954 1.000 0.000
#> SRR1440224 2 0.6801 0.803 0.180 0.820
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1500170 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402368 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR607743 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457375 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470923 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR817954 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR809259 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439785 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR814768 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102031 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363611 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468447 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071931 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR810981 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR615299 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR663585 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1326773 3 0.5882 0.4935 0.000 0.348 0.652
#> SRR1351166 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477452 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084720 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420320 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081712 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318241 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333718 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1313514 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477861 2 0.6299 0.0264 0.000 0.524 0.476
#> SRR1318005 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354665 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR657707 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370742 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1412947 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR661553 3 0.4974 0.6681 0.000 0.236 0.764
#> SRR1328869 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR662211 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348181 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416560 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1319772 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1091452 2 0.6308 0.0523 0.000 0.508 0.492
#> SRR1338812 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392072 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR814844 1 0.6126 0.3632 0.600 0.400 0.000
#> SRR1376619 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR603690 2 0.0237 0.9405 0.000 0.996 0.004
#> SRR2184980 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR613963 1 0.8614 0.5352 0.600 0.172 0.228
#> SRR1323422 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397673 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434650 2 0.5926 0.4040 0.000 0.644 0.356
#> SRR659875 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1465734 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1076847 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415072 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR659319 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR663088 1 0.4555 0.7338 0.800 0.200 0.000
#> SRR1352021 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR659935 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352530 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR662594 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095309 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR615647 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR813019 3 0.5926 0.4743 0.000 0.356 0.644
#> SRR1374647 2 0.0237 0.9405 0.000 0.996 0.004
#> SRR603472 2 0.4555 0.7145 0.000 0.800 0.200
#> SRR661529 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR607018 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR627423 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR654921 1 0.6111 0.3729 0.604 0.396 0.000
#> SRR1418968 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR660871 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330522 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499958 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR614059 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1071403 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486719 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440421 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310412 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR614767 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR820709 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR658093 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088168 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418707 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354291 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR2165806 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415684 2 0.5948 0.4389 0.000 0.640 0.360
#> SRR1433860 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1311062 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360359 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR661385 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR615407 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413892 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1443459 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338942 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR657480 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399433 2 0.6180 0.2972 0.000 0.584 0.416
#> SRR818537 3 0.6299 0.1443 0.000 0.476 0.524
#> SRR1101324 1 0.6307 0.0508 0.512 0.000 0.488
#> SRR807637 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091918 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR598300 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1085426 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR813891 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467431 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR658742 3 0.4842 0.6861 0.224 0.000 0.776
#> SRR1419234 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404813 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR603496 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407758 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR810945 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR817234 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444852 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR660378 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467835 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338964 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1079259 2 0.3267 0.8294 0.000 0.884 0.116
#> SRR1072345 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR598725 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447938 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360460 2 0.4555 0.7069 0.200 0.800 0.000
#> SRR1429468 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446850 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320363 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413810 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR598831 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381865 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR660957 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1491332 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099744 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464618 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414559 3 0.6126 0.3158 0.400 0.000 0.600
#> SRR1337540 1 0.4555 0.7338 0.800 0.200 0.000
#> SRR1444283 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR2184942 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR660295 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR601335 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1363742 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1345847 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR614960 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR819919 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR603330 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327951 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345266 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338055 2 0.2448 0.8719 0.000 0.924 0.076
#> SRR1430157 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320137 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093483 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459913 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170490 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479845 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1436420 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481060 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR662282 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487089 1 0.6180 0.3211 0.584 0.416 0.000
#> SRR1075683 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338536 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338880 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453456 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457895 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440603 3 0.6299 0.1443 0.000 0.476 0.524
#> SRR658633 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388081 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR813339 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR809725 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR627441 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR613603 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1096571 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1392701 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1344326 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367693 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR660697 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489926 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR811491 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1311644 1 0.6305 0.0654 0.516 0.000 0.484
#> SRR1451740 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR615117 2 0.6126 0.2834 0.000 0.600 0.400
#> SRR1391748 2 0.5810 0.4507 0.336 0.664 0.000
#> SRR1466556 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR614972 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406200 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR819210 3 0.4887 0.6813 0.000 0.228 0.772
#> SRR662174 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR811988 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR663236 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1312598 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330129 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357781 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315517 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400032 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413722 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR612827 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR814794 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR819430 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1395509 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR808728 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1070813 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389133 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR601263 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR604718 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1481351 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1334608 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR658681 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR809283 2 0.6345 0.2791 0.400 0.596 0.004
#> SRR1459300 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392547 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR811049 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1464835 1 0.6215 0.2873 0.572 0.428 0.000
#> SRR1339619 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR658501 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447523 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415048 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444348 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR603890 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR810595 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1446244 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR817373 2 0.3192 0.8394 0.000 0.888 0.112
#> SRR1457291 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR598220 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1477991 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR598172 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349032 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR604002 2 0.1411 0.9111 0.000 0.964 0.036
#> SRR1378026 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404401 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333240 2 0.4555 0.7145 0.000 0.800 0.200
#> SRR1089399 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR603421 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR812562 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR808520 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR811839 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR814317 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436763 1 0.6126 0.3632 0.600 0.400 0.000
#> SRR1486021 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465018 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080998 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083432 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1082833 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326536 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR614011 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1365873 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498789 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR601581 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR603566 3 0.4555 0.7435 0.000 0.200 0.800
#> SRR1373981 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR821410 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076511 1 0.4555 0.7338 0.800 0.200 0.000
#> SRR614143 3 0.6126 0.3713 0.000 0.400 0.600
#> SRR1333570 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1366813 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388746 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420558 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409510 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR816250 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR614131 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331130 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316015 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470798 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR614179 3 0.4235 0.7739 0.000 0.176 0.824
#> SRR1474863 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR813560 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312187 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420960 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1355102 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1084577 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR659971 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350855 2 0.6126 0.2848 0.400 0.600 0.000
#> SRR820779 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476300 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090907 2 0.3267 0.8342 0.000 0.884 0.116
#> SRR662294 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480789 3 0.4555 0.7435 0.000 0.200 0.800
#> SRR1336263 2 0.5810 0.4507 0.336 0.664 0.000
#> SRR660776 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090508 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR615563 2 0.6154 0.2616 0.408 0.592 0.000
#> SRR1101175 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR2164650 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1431205 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339856 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352147 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR808968 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR627419 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402391 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR663609 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR2167857 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398752 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405437 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416955 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317064 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR659001 2 0.4062 0.7781 0.000 0.836 0.164
#> SRR2170696 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR816589 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1087487 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1329485 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR816920 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1341432 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361590 1 0.6168 0.3319 0.588 0.412 0.000
#> SRR817046 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1471331 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR660788 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR819234 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR810853 3 0.4605 0.7382 0.000 0.204 0.796
#> SRR809427 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170217 3 0.9576 -0.0209 0.196 0.396 0.408
#> SRR1386967 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420344 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334535 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR614503 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR602564 3 0.5465 0.6151 0.000 0.288 0.712
#> SRR1420669 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR819024 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR656223 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR608428 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345647 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389324 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1361368 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322619 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349276 2 0.4399 0.7252 0.188 0.812 0.000
#> SRR1404024 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370637 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452631 1 0.6154 0.3426 0.592 0.408 0.000
#> SRR608392 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1357757 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1074646 3 0.4931 0.6750 0.000 0.232 0.768
#> SRR1367499 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343501 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394406 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381435 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467407 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092422 2 0.4555 0.7145 0.000 0.800 0.200
#> SRR1380270 3 0.4555 0.7435 0.000 0.200 0.800
#> SRR1091817 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440137 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR614311 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407516 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR815494 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333209 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR615177 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099648 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR659720 3 0.6045 0.4199 0.000 0.380 0.620
#> SRR2185057 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467125 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR657468 1 0.6079 0.3585 0.612 0.000 0.388
#> SRR660042 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170864 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440491 2 0.6180 0.2972 0.000 0.584 0.416
#> SRR1440852 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR811169 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331311 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR818009 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351836 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498313 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441975 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR819096 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073679 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1489116 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1354138 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490589 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1412987 1 0.5098 0.6630 0.752 0.248 0.000
#> SRR602034 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1353437 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072871 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR661577 2 0.6302 0.0963 0.000 0.520 0.480
#> SRR612190 3 0.4974 0.6680 0.000 0.236 0.764
#> SRR1399880 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101787 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR657869 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446332 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR816039 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485141 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476697 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379538 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331422 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR660859 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1097594 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311419 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1336706 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472976 2 0.4931 0.6821 0.000 0.768 0.232
#> SRR1321307 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR807493 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR812461 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1477149 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457397 2 0.6126 0.2834 0.000 0.600 0.400
#> SRR661913 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1069024 3 0.6126 0.3713 0.000 0.400 0.600
#> SRR2165634 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478722 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1328642 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488261 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318815 1 0.6126 0.3632 0.600 0.400 0.000
#> SRR816945 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367432 1 0.6126 0.3632 0.600 0.400 0.000
#> SRR1359280 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313910 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457315 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR815398 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR656958 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR600688 3 0.0424 0.9413 0.000 0.008 0.992
#> SRR1098952 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314916 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR614167 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348114 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR658033 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077503 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR661854 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR811379 2 0.2796 0.8587 0.000 0.908 0.092
#> SRR1318857 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR656445 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433044 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486391 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR656071 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1364824 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR816745 3 0.5138 0.6679 0.000 0.252 0.748
#> SRR601038 3 0.4555 0.7435 0.000 0.200 0.800
#> SRR1360080 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR814868 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1485997 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435560 3 0.6111 0.3182 0.000 0.396 0.604
#> SRR1333330 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR663513 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1328407 3 0.6225 0.2834 0.000 0.432 0.568
#> SRR602784 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348468 2 0.6307 -0.0144 0.488 0.512 0.000
#> SRR663717 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR602217 2 0.4555 0.7145 0.000 0.800 0.200
#> SRR603140 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340804 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457574 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333462 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1094601 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434610 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1435833 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398728 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358343 1 0.0747 0.9363 0.984 0.016 0.000
#> SRR1410890 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350371 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392478 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099260 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433576 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1345541 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1086328 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR810391 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476207 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR627435 3 0.4399 0.7590 0.000 0.188 0.812
#> SRR1489862 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419086 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396191 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490115 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1377714 3 0.3879 0.8023 0.000 0.152 0.848
#> SRR819394 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR663161 3 0.5178 0.6338 0.000 0.256 0.744
#> SRR607042 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR656203 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR660602 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440397 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1369264 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR809233 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR663249 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR661242 3 0.1643 0.9095 0.000 0.044 0.956
#> SRR1332007 3 0.6126 0.3713 0.000 0.400 0.600
#> SRR809619 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR819975 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR599281 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR662366 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1317898 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1382485 3 0.6008 0.3834 0.000 0.372 0.628
#> SRR2166420 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419429 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092541 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR817444 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1320403 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101483 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331684 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1400054 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406088 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR820733 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1314113 3 0.0424 0.9412 0.008 0.000 0.992
#> SRR1382615 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1480745 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468850 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR656782 3 0.0000 0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR821364 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR659295 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357103 3 0.6126 0.3713 0.000 0.400 0.600
#> SRR809185 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR811583 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468050 1 0.0000 0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440224 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1500170 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402368 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR607743 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457375 2 0.1211 0.91900 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1470923 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR814768 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1363611 4 0.0000 0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468447 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071931 4 0.3610 0.74195 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR810981 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663585 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326773 3 0.3907 0.69164 0.000 0.232 0.768 0.000
#> SRR1351166 2 0.0592 0.94003 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1477452 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420320 4 0.0000 0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1081712 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318241 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333718 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313514 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477861 2 0.4855 0.34414 0.000 0.600 0.400 0.000
#> SRR1318005 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354665 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657707 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370742 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1412947 2 0.0707 0.93672 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR661553 4 0.0000 0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1328869 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348181 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416560 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319772 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091452 4 0.0000 0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1338812 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814844 4 0.0000 0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1376619 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR603690 4 0.3610 0.74195 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR2184980 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613963 4 0.0000 0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1323422 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434650 2 0.3610 0.74175 0.000 0.800 0.200 0.000
#> SRR659875 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465734 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076847 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415072 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663088 4 0.0000 0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352021 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935 4 0.0000 0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352530 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662594 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095309 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR813019 3 0.4790 0.38272 0.000 0.380 0.620 0.000
#> SRR1374647 2 0.3123 0.79234 0.000 0.844 0.156 0.000
#> SRR603472 2 0.3610 0.74175 0.000 0.800 0.200 0.000
#> SRR661529 3 0.1022 0.94091 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR607018 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR627423 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR654921 4 0.0000 0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418968 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330522 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499958 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614059 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071403 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440421 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310412 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614767 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820709 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088168 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418707 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354291 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2165806 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684 4 0.0000 0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433860 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311062 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360359 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615407 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413892 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443459 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338942 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399433 4 0.0000 0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR818537 2 0.4855 0.34414 0.000 0.600 0.400 0.000
#> SRR1101324 4 0.0000 0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR807637 2 0.1211 0.91571 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1091918 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085426 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813891 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431 2 0.3610 0.73415 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR658742 4 0.0000 0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419234 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603496 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407758 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR810945 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817234 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444852 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660378 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467835 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338964 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079259 2 0.3280 0.81851 0.000 0.860 0.124 0.016
#> SRR1072345 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR598725 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447938 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460 4 0.0000 0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1429468 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446850 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320363 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413810 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR598831 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381865 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1491332 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099744 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464618 4 0.0000 0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1414559 4 0.0000 0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1337540 1 0.3681 0.77389 0.816 0.008 0.000 0.176
#> SRR1444283 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660295 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363742 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345847 4 0.2149 0.87706 0.000 0.088 0.000 0.912
#> SRR614960 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR819919 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327951 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338055 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430157 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320137 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093483 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170490 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436420 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662282 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487089 4 0.0000 0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1075683 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880 2 0.3569 0.73984 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR1453456 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457895 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603 2 0.4855 0.34414 0.000 0.600 0.400 0.000
#> SRR658633 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388081 4 0.0000 0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR813339 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809725 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613603 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096571 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392701 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660697 2 0.4843 0.33984 0.000 0.604 0.000 0.396
#> SRR1489926 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811491 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311644 4 0.0000 0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1451740 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615117 2 0.3610 0.74175 0.000 0.800 0.200 0.000
#> SRR1391748 4 0.0000 0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466556 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614972 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406200 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210 4 0.0000 0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR662174 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236 4 0.0000 0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1312598 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330129 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357781 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315517 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400032 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413722 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR814794 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509 4 0.0000 0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR808728 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070813 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389133 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR601263 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR604718 4 0.0000 0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1481351 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334608 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658681 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809283 4 0.0000 0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1459300 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811049 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464835 4 0.0000 0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339619 2 0.0469 0.94328 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR658501 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447523 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415048 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603890 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810595 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446244 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817373 4 0.0000 0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457291 4 0.3610 0.74195 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR598220 3 0.1118 0.93558 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1477991 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598172 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349032 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR604002 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378026 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404401 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333240 2 0.3486 0.75585 0.000 0.812 0.188 0.000
#> SRR1089399 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603421 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR812562 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811839 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436763 4 0.0000 0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1486021 4 0.4790 0.38636 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR1465018 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080998 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083432 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082833 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614011 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365873 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498789 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR601581 4 0.0336 0.95228 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR603566 3 0.3649 0.73509 0.000 0.204 0.796 0.000
#> SRR1373981 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410 2 0.0188 0.94953 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1076511 4 0.0000 0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR614143 3 0.4888 0.29353 0.000 0.412 0.588 0.000
#> SRR1333570 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366813 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388746 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409510 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816250 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614131 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331130 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470798 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614179 3 0.3610 0.74090 0.000 0.200 0.800 0.000
#> SRR1474863 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813560 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312187 4 0.0000 0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420960 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355102 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084577 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659971 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350855 4 0.0000 0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR820779 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476300 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090907 4 0.0000 0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR662294 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480789 3 0.3688 0.72916 0.000 0.208 0.792 0.000
#> SRR1336263 4 0.0000 0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR660776 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615563 4 0.0000 0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1101175 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431205 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339856 4 0.0000 0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352147 2 0.3610 0.73415 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR808968 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402391 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2167857 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398752 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416955 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064 4 0.3610 0.74195 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR659001 4 0.0000 0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170696 4 0.0000 0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR816589 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087487 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329485 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816920 4 0.0000 0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1341432 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590 4 0.0000 0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR817046 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471331 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660788 4 0.0000 0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR819234 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853 3 0.3837 0.70458 0.000 0.224 0.776 0.000
#> SRR809427 4 0.0000 0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170217 4 0.0000 0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1386967 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420344 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334535 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503 2 0.0336 0.94646 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR602564 4 0.5609 0.66780 0.000 0.200 0.088 0.712
#> SRR1420669 4 0.0000 0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR819024 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR656223 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608428 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345647 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361368 4 0.4477 0.54769 0.000 0.312 0.000 0.688
#> SRR1322619 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349276 4 0.0000 0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404024 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452631 4 0.0000 0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR608392 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357757 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1074646 4 0.0000 0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1367499 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343501 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394406 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381435 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467407 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380270 3 0.3764 0.71706 0.000 0.216 0.784 0.000
#> SRR1091817 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440137 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614311 4 0.0000 0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407516 4 0.0000 0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR815494 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333209 4 0.0000 0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR615177 4 0.0000 0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099648 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659720 3 0.4855 0.32833 0.000 0.400 0.600 0.000
#> SRR2185057 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468 4 0.0000 0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR660042 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170864 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440491 4 0.0000 0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440852 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811169 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311 4 0.0000 0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR818009 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498313 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441975 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819096 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679 4 0.4790 0.41151 0.000 0.000 0.380 0.620
#> SRR1489116 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354138 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490589 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1412987 4 0.0000 0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR602034 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353437 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661577 4 0.0000 0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR612190 4 0.0000 0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399880 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787 4 0.0000 0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR657869 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476697 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538 4 0.3486 0.76319 0.000 0.188 0.000 0.812
#> SRR1331422 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1097594 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336706 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472976 4 0.0000 0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1321307 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477149 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457397 2 0.3610 0.74175 0.000 0.800 0.200 0.000
#> SRR661913 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069024 3 0.4866 0.31694 0.000 0.404 0.596 0.000
#> SRR2165634 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328642 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488261 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318815 4 0.0000 0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR816945 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432 4 0.0000 0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359280 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313910 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457315 4 0.0000 0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR815398 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR600688 4 0.0000 0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098952 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614167 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348114 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658033 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077503 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661854 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811379 4 0.0000 0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318857 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656445 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433044 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486391 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1364824 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745 3 0.4304 0.59920 0.000 0.284 0.716 0.000
#> SRR601038 3 0.3649 0.73509 0.000 0.204 0.796 0.000
#> SRR1360080 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485997 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560 4 0.0000 0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333330 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328407 2 0.4961 0.19844 0.000 0.552 0.448 0.000
#> SRR602784 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348468 4 0.0000 0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR663717 2 0.4907 0.23086 0.000 0.580 0.000 0.420
#> SRR602217 2 0.3610 0.74175 0.000 0.800 0.200 0.000
#> SRR603140 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340804 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333462 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1094601 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610 4 0.4907 0.24046 0.000 0.000 0.420 0.580
#> SRR1435833 4 0.0000 0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1398728 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358343 1 0.2131 0.93349 0.932 0.032 0.000 0.036
#> SRR1410890 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350371 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099260 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433576 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345541 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086328 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476207 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR627435 3 0.3610 0.74090 0.000 0.200 0.800 0.000
#> SRR1489862 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490115 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377714 3 0.3024 0.81182 0.000 0.148 0.852 0.000
#> SRR819394 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161 4 0.0000 0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR607042 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR656203 4 0.4277 0.61027 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR660602 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440397 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661242 4 0.0000 0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1332007 2 0.4948 0.22474 0.000 0.560 0.440 0.000
#> SRR809619 4 0.3486 0.75853 0.000 0.188 0.000 0.812
#> SRR819975 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662366 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317898 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382485 4 0.0000 0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2166420 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR817444 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320403 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101483 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331684 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400054 4 0.0000 0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406088 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820733 4 0.0000 0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1314113 4 0.0000 0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1382615 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480745 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656782 3 0.0000 0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR821364 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357103 3 0.5000 -0.00191 0.000 0.496 0.504 0.000
#> SRR809185 4 0.0000 0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR811583 4 0.0000 0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468050 1 0.0000 0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224 2 0.0000 0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1500170 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402368 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607743 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457375 2 0.0162 0.8936 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1470923 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814768 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1363611 4 0.0404 0.9326 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1468447 2 0.3612 0.8289 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1071931 4 0.3274 0.7129 0.000 0.220 0.000 0.780 0.000
#> SRR810981 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299 2 0.3612 0.8289 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR663585 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326773 5 0.3863 0.9041 0.000 0.000 0.248 0.012 0.740
#> SRR1351166 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477452 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420320 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081712 2 0.0510 0.8930 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1318241 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333718 5 0.3684 0.8957 0.000 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR1313514 2 0.3612 0.8289 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1477861 5 0.3003 0.8740 0.000 0.000 0.188 0.000 0.812
#> SRR1318005 2 0.3612 0.8289 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1354665 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657707 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370742 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1412947 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661553 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328869 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348181 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416560 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319772 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091452 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338812 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072 2 0.3612 0.8289 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR814844 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376619 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603690 4 0.3210 0.7246 0.000 0.212 0.000 0.788 0.000
#> SRR2184980 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613963 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323422 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434650 5 0.2690 0.8469 0.000 0.000 0.156 0.000 0.844
#> SRR659875 5 0.3534 0.9069 0.000 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1465734 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076847 2 0.3612 0.8289 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1415072 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319 5 0.3684 0.8957 0.000 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR663088 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352021 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352530 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662594 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095309 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813019 5 0.3452 0.9083 0.000 0.000 0.244 0.000 0.756
#> SRR1374647 2 0.4251 0.7221 0.000 0.624 0.004 0.000 0.372
#> SRR603472 5 0.0000 0.6782 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR661529 3 0.0510 0.9509 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR607018 5 0.3684 0.8957 0.000 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR627423 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654921 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418968 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330522 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499958 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614059 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071403 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440421 2 0.3612 0.8289 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1310412 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614767 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820709 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093 3 0.4278 -0.3071 0.000 0.000 0.548 0.000 0.452
#> SRR1088168 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418707 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354291 2 0.3612 0.8289 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR2165806 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433860 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311062 2 0.3612 0.8289 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1360359 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615407 2 0.3612 0.8289 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1413892 3 0.3074 0.6400 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR1443459 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338942 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480 5 0.3684 0.8957 0.000 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR1399433 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR818537 5 0.3003 0.8740 0.000 0.000 0.188 0.000 0.812
#> SRR1101324 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR807637 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091918 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085426 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813891 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431 2 0.3109 0.7469 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR658742 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419234 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603496 5 0.3480 0.9085 0.000 0.000 0.248 0.000 0.752
#> SRR1407758 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810945 2 0.3612 0.8289 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR817234 2 0.3612 0.8289 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1444852 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660378 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467835 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338964 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1079259 2 0.3336 0.6635 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1072345 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598725 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447938 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429468 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446850 2 0.3612 0.8289 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1320363 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413810 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598831 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381865 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1491332 5 0.3684 0.8957 0.000 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR1099744 2 0.0162 0.8943 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1464618 4 0.3612 0.6903 0.000 0.268 0.000 0.732 0.000
#> SRR1414559 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337540 1 0.3318 0.7658 0.800 0.192 0.000 0.008 0.000
#> SRR1444283 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660295 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1363742 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345847 4 0.3143 0.7391 0.000 0.204 0.000 0.796 0.000
#> SRR614960 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819919 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330 2 0.3684 0.8212 0.000 0.720 0.000 0.000 0.280
#> SRR1327951 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338055 2 0.3796 0.8050 0.000 0.700 0.000 0.000 0.300
#> SRR1430157 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320137 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1093483 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2170490 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436420 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060 5 0.3684 0.8957 0.000 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR662282 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487089 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075683 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880 2 0.0290 0.8906 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1453456 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457895 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603 5 0.0794 0.7165 0.000 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR658633 2 0.0510 0.8930 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1388081 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR813339 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809725 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441 2 0.3661 0.8238 0.000 0.724 0.000 0.000 0.276
#> SRR613603 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096571 5 0.3480 0.9085 0.000 0.000 0.248 0.000 0.752
#> SRR1392701 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660697 2 0.2329 0.7885 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1489926 5 0.3612 0.9022 0.000 0.000 0.268 0.000 0.732
#> SRR811491 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311644 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1451740 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615117 5 0.0404 0.6949 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1391748 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466556 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614972 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406200 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662174 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312598 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330129 2 0.3612 0.8289 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1357781 2 0.3612 0.8289 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1315517 2 0.3612 0.8289 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1400032 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413722 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814794 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR808728 5 0.3684 0.8957 0.000 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR1070813 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389133 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR601263 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR604718 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1481351 5 0.3612 0.9022 0.000 0.000 0.268 0.000 0.732
#> SRR1334608 3 0.4161 -0.0545 0.000 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR658681 5 0.3684 0.8957 0.000 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR809283 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459300 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547 5 0.3636 0.9004 0.000 0.000 0.272 0.000 0.728
#> SRR811049 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464835 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339619 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658501 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447523 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415048 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603890 2 0.3612 0.8289 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR810595 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446244 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817373 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457291 4 0.3305 0.7099 0.000 0.224 0.000 0.776 0.000
#> SRR598220 3 0.2516 0.7505 0.000 0.000 0.860 0.140 0.000
#> SRR1477991 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598172 2 0.3612 0.8289 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1349032 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604002 2 0.3684 0.8212 0.000 0.720 0.000 0.000 0.280
#> SRR1378026 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404401 2 0.3612 0.8289 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1333240 5 0.0000 0.6782 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1089399 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603421 2 0.3612 0.8289 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR812562 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520 5 0.3684 0.8957 0.000 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR811839 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436763 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486021 4 0.4201 0.2960 0.000 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR1465018 2 0.3612 0.8289 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1080998 3 0.2516 0.7606 0.000 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR1083432 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082833 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614011 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365873 2 0.3612 0.8289 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1498789 2 0.0404 0.8934 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR601581 4 0.3707 0.6687 0.000 0.284 0.000 0.716 0.000
#> SRR603566 5 0.3452 0.9083 0.000 0.000 0.244 0.000 0.756
#> SRR1373981 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076511 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614143 5 0.3003 0.8740 0.000 0.000 0.188 0.000 0.812
#> SRR1333570 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366813 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388746 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409510 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816250 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614131 2 0.3452 0.8362 0.000 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR1331130 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470798 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614179 5 0.3452 0.9083 0.000 0.000 0.244 0.000 0.756
#> SRR1474863 2 0.0510 0.8930 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR813560 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312187 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420960 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355102 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084577 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659971 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350855 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR820779 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476300 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090907 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662294 2 0.3612 0.8289 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1480789 5 0.3452 0.9083 0.000 0.000 0.244 0.000 0.756
#> SRR1336263 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660776 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508 2 0.3684 0.8212 0.000 0.720 0.000 0.000 0.280
#> SRR615563 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101175 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650 5 0.3480 0.9085 0.000 0.000 0.248 0.000 0.752
#> SRR1431205 2 0.3612 0.8289 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1339856 4 0.3949 0.5975 0.000 0.332 0.000 0.668 0.000
#> SRR1352147 2 0.1671 0.8562 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR808968 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419 2 0.3534 0.8328 0.000 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR1402391 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609 5 0.3534 0.9069 0.000 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR2167857 2 0.3684 0.8212 0.000 0.720 0.000 0.000 0.280
#> SRR1398752 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416955 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064 4 0.3336 0.7036 0.000 0.228 0.000 0.772 0.000
#> SRR659001 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170696 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816589 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087487 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329485 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816920 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341432 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR817046 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471331 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660788 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR819234 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853 5 0.3452 0.9083 0.000 0.000 0.244 0.000 0.756
#> SRR809427 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170217 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1386967 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420344 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334535 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602564 4 0.4581 0.6867 0.000 0.196 0.000 0.732 0.072
#> SRR1420669 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR819024 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656223 3 0.4242 -0.2144 0.000 0.000 0.572 0.000 0.428
#> SRR608428 2 0.1341 0.8843 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1345647 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324 2 0.3612 0.8289 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1361368 2 0.4138 0.3801 0.000 0.616 0.000 0.384 0.000
#> SRR1322619 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349276 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404024 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452631 4 0.3003 0.7779 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR608392 5 0.3612 0.9022 0.000 0.000 0.268 0.000 0.732
#> SRR1357757 3 0.0290 0.9643 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1074646 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367499 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343501 5 0.3684 0.8957 0.000 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR1394406 5 0.3707 0.8903 0.000 0.000 0.284 0.000 0.716
#> SRR1381435 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467407 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422 5 0.0000 0.6782 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1380270 5 0.3452 0.9083 0.000 0.000 0.244 0.000 0.756
#> SRR1091817 2 0.0510 0.8930 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1440137 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614311 4 0.3612 0.6903 0.000 0.268 0.000 0.732 0.000
#> SRR1407516 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR815494 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333209 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615177 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099648 5 0.3684 0.8957 0.000 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR659720 5 0.3452 0.9083 0.000 0.000 0.244 0.000 0.756
#> SRR2185057 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660042 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2170864 2 0.0404 0.8934 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1440491 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440852 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811169 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR818009 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498313 2 0.3684 0.8212 0.000 0.720 0.000 0.000 0.280
#> SRR1441975 2 0.0703 0.8915 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR819096 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679 4 0.4171 0.3648 0.000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR1489116 5 0.3561 0.9055 0.000 0.000 0.260 0.000 0.740
#> SRR1354138 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490589 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1412987 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR602034 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353437 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871 5 0.3636 0.9004 0.000 0.000 0.272 0.000 0.728
#> SRR661577 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR612190 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399880 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR657869 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476697 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538 4 0.3684 0.6739 0.000 0.280 0.000 0.720 0.000
#> SRR1331422 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097594 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336706 5 0.3480 0.9085 0.000 0.000 0.248 0.000 0.752
#> SRR1472976 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321307 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477149 2 0.3612 0.8289 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1457397 5 0.0000 0.6782 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR661913 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069024 5 0.3003 0.8740 0.000 0.000 0.188 0.000 0.812
#> SRR2165634 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328642 2 0.3612 0.8289 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1488261 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318815 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816945 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432 4 0.0162 0.9381 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1359280 2 0.3612 0.8289 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1313910 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457315 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR815398 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR600688 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098952 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614167 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348114 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658033 2 0.0510 0.8930 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1077503 5 0.4304 0.5017 0.000 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR661854 5 0.3612 0.9022 0.000 0.000 0.268 0.000 0.732
#> SRR811379 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318857 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656445 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433044 2 0.3612 0.8289 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1486391 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364824 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745 5 0.3452 0.9083 0.000 0.000 0.244 0.000 0.756
#> SRR601038 5 0.3452 0.9083 0.000 0.000 0.244 0.000 0.756
#> SRR1360080 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485997 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333330 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328407 5 0.3452 0.9083 0.000 0.000 0.244 0.000 0.756
#> SRR602784 5 0.3684 0.8957 0.000 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR1348468 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663717 2 0.3242 0.6486 0.000 0.784 0.000 0.216 0.000
#> SRR602217 5 0.3074 0.8769 0.000 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR603140 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340804 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333462 2 0.3612 0.8289 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1094601 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610 3 0.4287 0.1620 0.000 0.000 0.540 0.460 0.000
#> SRR1435833 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398728 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358343 1 0.4021 0.7276 0.764 0.200 0.000 0.036 0.000
#> SRR1410890 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350371 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099260 5 0.4227 0.6631 0.000 0.000 0.420 0.000 0.580
#> SRR1433576 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345541 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086328 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476207 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR627435 5 0.0963 0.7265 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1489862 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490115 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377714 5 0.3452 0.9083 0.000 0.000 0.244 0.000 0.756
#> SRR819394 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR607042 5 0.3480 0.9085 0.000 0.000 0.248 0.000 0.752
#> SRR656203 4 0.4192 0.3083 0.000 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR660602 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440397 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661242 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332007 5 0.1671 0.7748 0.000 0.000 0.076 0.000 0.924
#> SRR809619 4 0.3274 0.7160 0.000 0.220 0.000 0.780 0.000
#> SRR819975 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281 2 0.3612 0.8289 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR662366 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317898 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382485 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2166420 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817444 5 0.3684 0.8957 0.000 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR1320403 2 0.3612 0.8289 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1101483 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331684 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400054 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406088 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820733 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314113 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382615 5 0.4182 0.7050 0.000 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1480745 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850 2 0.1341 0.8842 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR656782 3 0.0000 0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR821364 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295 2 0.3684 0.8212 0.000 0.720 0.000 0.000 0.280
#> SRR1357103 5 0.3003 0.8740 0.000 0.000 0.188 0.000 0.812
#> SRR809185 4 0.0404 0.9326 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR811583 4 0.0000 0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468050 1 0.0000 0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224 2 0.0000 0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1500170 2 0.3857 0.2010 0.000 0.532 0.000 0.000 0.000 0.468
#> SRR1402368 3 0.0146 0.9203 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR607743 3 0.0260 0.9166 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1457375 2 0.4271 0.5547 0.000 0.664 0.000 0.020 0.012 0.304
#> SRR1470923 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785 3 0.0000 0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814768 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031 6 0.3394 0.8088 0.000 0.236 0.000 0.000 0.012 0.752
#> SRR1363611 4 0.3997 0.3047 0.000 0.000 0.000 0.508 0.004 0.488
#> SRR1468447 2 0.0363 0.7616 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1071931 4 0.3819 0.5419 0.000 0.000 0.000 0.624 0.004 0.372
#> SRR810981 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299 2 0.0000 0.7637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663585 3 0.0260 0.9209 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1326773 5 0.4373 0.8487 0.000 0.004 0.212 0.012 0.724 0.048
#> SRR1351166 6 0.3050 0.8184 0.000 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764
#> SRR1477452 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720 3 0.0260 0.9209 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1420320 4 0.1524 0.8549 0.000 0.000 0.000 0.932 0.008 0.060
#> SRR1081712 2 0.3494 0.6356 0.000 0.736 0.000 0.000 0.012 0.252
#> SRR1318241 3 0.4634 0.6583 0.000 0.000 0.692 0.000 0.164 0.144
#> SRR1333718 5 0.2969 0.8868 0.000 0.000 0.224 0.000 0.776 0.000
#> SRR1313514 2 0.0000 0.7637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477861 5 0.3356 0.8882 0.000 0.052 0.140 0.000 0.808 0.000
#> SRR1318005 2 0.0000 0.7637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354665 2 0.3747 0.4231 0.000 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396
#> SRR657707 3 0.4634 0.6583 0.000 0.000 0.692 0.000 0.164 0.144
#> SRR1370742 3 0.0000 0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1412947 2 0.4066 0.4124 0.000 0.596 0.000 0.000 0.012 0.392
#> SRR661553 4 0.1700 0.8492 0.000 0.000 0.000 0.916 0.004 0.080
#> SRR1328869 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211 2 0.3852 0.5484 0.000 0.664 0.000 0.000 0.012 0.324
#> SRR1348181 3 0.0260 0.9209 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1416560 3 0.0000 0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319772 3 0.0260 0.9209 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1091452 4 0.1858 0.8456 0.000 0.000 0.000 0.904 0.004 0.092
#> SRR1338812 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072 2 0.0000 0.7637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814844 4 0.0260 0.8597 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1376619 3 0.0260 0.9209 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR603690 4 0.3940 0.5901 0.000 0.008 0.000 0.652 0.004 0.336
#> SRR2184980 2 0.3647 0.4991 0.000 0.640 0.000 0.000 0.000 0.360
#> SRR613963 4 0.0000 0.8597 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323422 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673 3 0.0260 0.9209 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1434650 5 0.3464 0.8582 0.000 0.084 0.108 0.000 0.808 0.000
#> SRR659875 5 0.2805 0.9180 0.000 0.004 0.184 0.000 0.812 0.000
#> SRR1465734 3 0.4666 0.6540 0.000 0.000 0.688 0.000 0.168 0.144
#> SRR1076847 2 0.0000 0.7637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415072 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319 5 0.2697 0.9171 0.000 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR663088 4 0.0260 0.8597 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1352021 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935 4 0.1970 0.8474 0.000 0.000 0.000 0.900 0.008 0.092
#> SRR1352530 3 0.0260 0.9209 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR662594 3 0.4634 0.6583 0.000 0.000 0.692 0.000 0.164 0.144
#> SRR1095309 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647 3 0.0260 0.9209 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR813019 5 0.2442 0.8949 0.000 0.004 0.144 0.000 0.852 0.000
#> SRR1374647 2 0.3238 0.6569 0.000 0.832 0.036 0.012 0.120 0.000
#> SRR603472 2 0.3499 0.4032 0.000 0.680 0.000 0.000 0.320 0.000
#> SRR661529 3 0.0748 0.9036 0.000 0.000 0.976 0.016 0.004 0.004
#> SRR607018 5 0.2697 0.9171 0.000 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR627423 2 0.3198 0.6469 0.000 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR654921 4 0.0260 0.8597 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1418968 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871 3 0.0000 0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330522 3 0.0000 0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499958 6 0.3050 0.8184 0.000 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764
#> SRR614059 3 0.0000 0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071403 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719 2 0.3747 0.4231 0.000 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396
#> SRR1440421 2 0.0000 0.7637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310412 3 0.4634 0.6583 0.000 0.000 0.692 0.000 0.164 0.144
#> SRR614767 2 0.3445 0.6428 0.000 0.744 0.000 0.000 0.012 0.244
#> SRR820709 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093 5 0.3843 0.5084 0.000 0.000 0.452 0.000 0.548 0.000
#> SRR1088168 3 0.2178 0.7654 0.000 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000
#> SRR1418707 2 0.3747 0.4231 0.000 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396
#> SRR1354291 2 0.0000 0.7637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2165806 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684 4 0.1858 0.8456 0.000 0.000 0.000 0.904 0.004 0.092
#> SRR1433860 3 0.0260 0.9209 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1311062 2 0.0363 0.7616 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1360359 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385 3 0.0260 0.9209 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR615407 2 0.0508 0.7605 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012 0.000
#> SRR1413892 3 0.3371 0.4074 0.000 0.000 0.708 0.000 0.292 0.000
#> SRR1443459 6 0.2912 0.8136 0.000 0.216 0.000 0.000 0.000 0.784
#> SRR1338942 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480 5 0.2433 0.7316 0.000 0.000 0.044 0.000 0.884 0.072
#> SRR1399433 4 0.1858 0.8456 0.000 0.000 0.000 0.904 0.004 0.092
#> SRR818537 5 0.3293 0.8906 0.000 0.048 0.140 0.000 0.812 0.000
#> SRR1101324 4 0.4940 0.6204 0.000 0.000 0.008 0.676 0.172 0.144
#> SRR807637 6 0.3616 0.8070 0.000 0.232 0.000 0.008 0.012 0.748
#> SRR1091918 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300 3 0.4634 0.6583 0.000 0.000 0.692 0.000 0.164 0.144
#> SRR1085426 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.3867 0.5426 0.000 0.660 0.000 0.000 0.012 0.328
#> SRR813891 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431 6 0.5774 0.6273 0.000 0.240 0.000 0.188 0.012 0.560
#> SRR658742 4 0.0000 0.8597 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419234 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813 6 0.3175 0.7836 0.000 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744
#> SRR603496 5 0.2805 0.9180 0.000 0.004 0.184 0.000 0.812 0.000
#> SRR1407758 3 0.0260 0.9209 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR810945 2 0.0000 0.7637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817234 2 0.0000 0.7637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444852 3 0.0000 0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660378 3 0.0260 0.9209 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1467835 6 0.3050 0.8184 0.000 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764
#> SRR1338964 3 0.4634 0.6583 0.000 0.000 0.692 0.000 0.164 0.144
#> SRR1079259 6 0.4491 0.4720 0.000 0.068 0.004 0.000 0.240 0.688
#> SRR1072345 3 0.4634 0.6583 0.000 0.000 0.692 0.000 0.164 0.144
#> SRR598725 3 0.0000 0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447938 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460 4 0.0260 0.8597 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1429468 2 0.3747 0.4231 0.000 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396
#> SRR1446850 2 0.0146 0.7631 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1320363 3 0.0000 0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413810 3 0.0260 0.9209 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR598831 6 0.3050 0.8184 0.000 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764
#> SRR1381865 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957 3 0.0000 0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1491332 5 0.2697 0.9171 0.000 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR1099744 2 0.3151 0.6415 0.000 0.748 0.000 0.000 0.000 0.252
#> SRR1464618 6 0.2553 0.6509 0.000 0.000 0.000 0.144 0.008 0.848
#> SRR1414559 4 0.0713 0.8513 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1337540 1 0.4647 0.6085 0.700 0.000 0.000 0.096 0.008 0.196
#> SRR1444283 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942 3 0.0632 0.9049 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR660295 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335 3 0.0260 0.9209 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1363742 3 0.0260 0.9209 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1345847 6 0.3999 -0.2973 0.000 0.000 0.000 0.496 0.004 0.500
#> SRR614960 3 0.0146 0.9203 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR819919 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330 2 0.0000 0.7637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327951 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266 6 0.2969 0.8178 0.000 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776
#> SRR1338055 2 0.1075 0.7342 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1430157 6 0.3050 0.8184 0.000 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764
#> SRR1320137 2 0.3647 0.4991 0.000 0.640 0.000 0.000 0.000 0.360
#> SRR1093483 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913 3 0.0000 0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2170490 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845 3 0.0260 0.9209 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1436420 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060 5 0.2697 0.9171 0.000 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR662282 3 0.0260 0.9209 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1487089 4 0.0260 0.8597 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1075683 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880 6 0.3339 0.7486 0.000 0.144 0.000 0.028 0.012 0.816
#> SRR1453456 3 0.0260 0.9209 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1457895 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603 5 0.3473 0.8447 0.000 0.096 0.096 0.000 0.808 0.000
#> SRR658633 2 0.3368 0.6537 0.000 0.756 0.000 0.000 0.012 0.232
#> SRR1388081 4 0.2006 0.8401 0.000 0.000 0.000 0.892 0.004 0.104
#> SRR813339 3 0.0000 0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809725 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441 2 0.0000 0.7637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613603 3 0.4634 0.6583 0.000 0.000 0.692 0.000 0.164 0.144
#> SRR1096571 5 0.2805 0.9180 0.000 0.004 0.184 0.000 0.812 0.000
#> SRR1392701 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693 6 0.3050 0.8184 0.000 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764
#> SRR660697 6 0.3787 0.6842 0.000 0.100 0.000 0.120 0.000 0.780
#> SRR1489926 5 0.1387 0.8205 0.000 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR811491 3 0.0000 0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311644 4 0.5034 0.6164 0.000 0.000 0.012 0.672 0.172 0.144
#> SRR1451740 3 0.0146 0.9216 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR615117 5 0.3356 0.7890 0.000 0.140 0.052 0.000 0.808 0.000
#> SRR1391748 4 0.0260 0.8597 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1466556 3 0.0000 0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614972 3 0.0000 0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406200 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210 4 0.1531 0.8523 0.000 0.000 0.000 0.928 0.004 0.068
#> SRR662174 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236 4 0.1155 0.8568 0.000 0.000 0.004 0.956 0.004 0.036
#> SRR1312598 2 0.3857 0.2010 0.000 0.532 0.000 0.000 0.000 0.468
#> SRR1330129 2 0.0000 0.7637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357781 2 0.0000 0.7637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315517 2 0.0000 0.7637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400032 3 0.0146 0.9216 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1413722 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827 3 0.0000 0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814794 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509 4 0.1124 0.8513 0.000 0.000 0.000 0.956 0.008 0.036
#> SRR808728 5 0.3101 0.8656 0.000 0.000 0.244 0.000 0.756 0.000
#> SRR1070813 6 0.3050 0.8184 0.000 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764
#> SRR1389133 3 0.4634 0.6583 0.000 0.000 0.692 0.000 0.164 0.144
#> SRR601263 3 0.4634 0.6583 0.000 0.000 0.692 0.000 0.164 0.144
#> SRR604718 4 0.1196 0.8578 0.000 0.000 0.000 0.952 0.008 0.040
#> SRR1481351 5 0.2697 0.9171 0.000 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR1334608 3 0.3862 -0.3147 0.000 0.000 0.524 0.000 0.476 0.000
#> SRR658681 5 0.2697 0.9171 0.000 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR809283 4 0.0000 0.8597 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459300 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547 5 0.2697 0.9171 0.000 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR811049 3 0.4634 0.6583 0.000 0.000 0.692 0.000 0.164 0.144
#> SRR1464835 4 0.0260 0.8597 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1339619 6 0.2969 0.8178 0.000 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776
#> SRR658501 3 0.0000 0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447523 3 0.0000 0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415048 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348 6 0.2969 0.8178 0.000 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776
#> SRR603890 2 0.0000 0.7637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810595 3 0.0260 0.9209 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1446244 6 0.2969 0.8178 0.000 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776
#> SRR817373 4 0.1858 0.8456 0.000 0.000 0.000 0.904 0.004 0.092
#> SRR1457291 4 0.3986 0.3644 0.000 0.000 0.000 0.532 0.004 0.464
#> SRR598220 3 0.2913 0.7651 0.000 0.000 0.848 0.116 0.004 0.032
#> SRR1477991 2 0.3852 0.5487 0.000 0.664 0.000 0.000 0.012 0.324
#> SRR598172 2 0.0363 0.7616 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1349032 6 0.2969 0.8178 0.000 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776
#> SRR604002 2 0.0146 0.7620 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1378026 3 0.0260 0.9209 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1404401 2 0.0000 0.7637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333240 2 0.3823 0.1483 0.000 0.564 0.000 0.000 0.436 0.000
#> SRR1089399 2 0.3725 0.5627 0.000 0.676 0.000 0.000 0.008 0.316
#> SRR603421 2 0.0000 0.7637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812562 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520 5 0.2697 0.9171 0.000 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR811839 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317 2 0.3747 0.4231 0.000 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396
#> SRR1436763 4 0.0260 0.8597 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1486021 4 0.4661 0.2905 0.000 0.032 0.000 0.500 0.004 0.464
#> SRR1465018 2 0.0000 0.7637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1080998 5 0.5023 0.4918 0.000 0.000 0.220 0.000 0.636 0.144
#> SRR1083432 3 0.0260 0.9209 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1082833 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536 3 0.0000 0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614011 6 0.3050 0.8184 0.000 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764
#> SRR1365873 2 0.0363 0.7616 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1498789 2 0.3342 0.6572 0.000 0.760 0.000 0.000 0.012 0.228
#> SRR601581 6 0.2300 0.6589 0.000 0.000 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR603566 5 0.2805 0.9180 0.000 0.004 0.184 0.000 0.812 0.000
#> SRR1373981 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410 2 0.4177 0.1658 0.000 0.520 0.000 0.000 0.012 0.468
#> SRR1076511 4 0.1444 0.8273 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR614143 5 0.1549 0.7760 0.000 0.044 0.020 0.000 0.936 0.000
#> SRR1333570 3 0.0000 0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366813 6 0.3050 0.8184 0.000 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764
#> SRR1388746 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558 3 0.4199 0.6981 0.000 0.000 0.736 0.000 0.164 0.100
#> SRR1409510 3 0.0260 0.9209 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR816250 2 0.3819 0.5602 0.000 0.672 0.000 0.000 0.012 0.316
#> SRR614131 2 0.2356 0.6777 0.000 0.884 0.000 0.004 0.016 0.096
#> SRR1331130 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015 3 0.0000 0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470798 3 0.0260 0.9209 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR614179 5 0.2805 0.9180 0.000 0.004 0.184 0.000 0.812 0.000
#> SRR1474863 2 0.3368 0.6537 0.000 0.756 0.000 0.000 0.012 0.232
#> SRR813560 2 0.3857 0.2010 0.000 0.532 0.000 0.000 0.000 0.468
#> SRR1312187 4 0.4083 0.2807 0.000 0.000 0.000 0.532 0.008 0.460
#> SRR1420960 3 0.0260 0.9209 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1355102 3 0.0000 0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084577 3 0.1501 0.8508 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR659971 2 0.3857 0.2010 0.000 0.532 0.000 0.000 0.000 0.468
#> SRR1350855 4 0.0260 0.8597 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR820779 3 0.0000 0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476300 3 0.0000 0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090907 4 0.0146 0.8601 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR662294 2 0.0000 0.7637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480789 5 0.2805 0.9180 0.000 0.004 0.184 0.000 0.812 0.000
#> SRR1336263 4 0.0260 0.8597 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR660776 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508 2 0.0000 0.7637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615563 4 0.0260 0.8597 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1101175 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650 5 0.2805 0.9180 0.000 0.004 0.184 0.000 0.812 0.000
#> SRR1431205 2 0.0363 0.7616 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1339856 6 0.2593 0.6450 0.000 0.000 0.000 0.148 0.008 0.844
#> SRR1352147 6 0.5081 0.6972 0.000 0.204 0.000 0.124 0.012 0.660
#> SRR808968 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419 2 0.0000 0.7637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402391 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609 5 0.2805 0.9180 0.000 0.004 0.184 0.000 0.812 0.000
#> SRR2167857 2 0.0000 0.7637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398752 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437 2 0.3854 0.2159 0.000 0.536 0.000 0.000 0.000 0.464
#> SRR1416955 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064 4 0.4161 0.3891 0.000 0.000 0.000 0.540 0.012 0.448
#> SRR659001 4 0.0260 0.8597 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR2170696 4 0.1444 0.8273 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR816589 3 0.0260 0.9209 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1087487 3 0.0260 0.9209 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1329485 3 0.0146 0.9216 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR816920 4 0.4392 0.6568 0.000 0.000 0.000 0.720 0.136 0.144
#> SRR1341432 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590 4 0.0260 0.8597 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR817046 3 0.0000 0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471331 3 0.0260 0.9209 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR660788 4 0.4878 0.6217 0.000 0.000 0.008 0.684 0.164 0.144
#> SRR819234 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853 5 0.2805 0.9180 0.000 0.004 0.184 0.000 0.812 0.000
#> SRR809427 4 0.3741 0.5594 0.000 0.000 0.000 0.672 0.008 0.320
#> SRR2170217 4 0.0000 0.8597 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1386967 3 0.0260 0.9209 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1420344 6 0.3050 0.8184 0.000 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764
#> SRR1334535 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503 6 0.3050 0.8184 0.000 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764
#> SRR602564 4 0.5079 0.4610 0.000 0.304 0.000 0.600 0.004 0.092
#> SRR1420669 4 0.0146 0.8598 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR819024 3 0.0000 0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656223 5 0.3868 0.3892 0.000 0.000 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR608428 2 0.3046 0.6829 0.000 0.800 0.000 0.000 0.012 0.188
#> SRR1345647 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324 2 0.0000 0.7637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361368 6 0.3883 0.2586 0.000 0.012 0.000 0.332 0.000 0.656
#> SRR1322619 2 0.3857 0.2010 0.000 0.532 0.000 0.000 0.000 0.468
#> SRR1349276 4 0.0260 0.8597 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1404024 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637 6 0.3050 0.8184 0.000 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764
#> SRR1452631 4 0.2980 0.6579 0.000 0.000 0.000 0.800 0.008 0.192
#> SRR608392 5 0.2697 0.9171 0.000 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR1357757 3 0.1387 0.8592 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1074646 4 0.0000 0.8597 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367499 3 0.0260 0.9209 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1343501 5 0.2697 0.9171 0.000 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR1394406 5 0.3062 0.6601 0.000 0.000 0.032 0.000 0.824 0.144
#> SRR1381435 3 0.0260 0.9209 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1467407 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422 2 0.2631 0.5818 0.000 0.820 0.000 0.000 0.180 0.000
#> SRR1380270 5 0.2805 0.9180 0.000 0.004 0.184 0.000 0.812 0.000
#> SRR1091817 2 0.3368 0.6537 0.000 0.756 0.000 0.000 0.012 0.232
#> SRR1440137 2 0.3819 0.5597 0.000 0.672 0.000 0.000 0.012 0.316
#> SRR614311 6 0.2300 0.6589 0.000 0.000 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR1407516 4 0.1858 0.8456 0.000 0.000 0.000 0.904 0.004 0.092
#> SRR815494 3 0.0260 0.9209 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1333209 4 0.3861 0.5403 0.000 0.000 0.000 0.640 0.008 0.352
#> SRR615177 4 0.0713 0.8513 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1099648 5 0.2697 0.9171 0.000 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR659720 5 0.1218 0.7651 0.000 0.004 0.028 0.000 0.956 0.012
#> SRR2185057 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468 4 0.4940 0.6204 0.000 0.000 0.008 0.676 0.172 0.144
#> SRR660042 3 0.0000 0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2170864 2 0.3394 0.6502 0.000 0.752 0.000 0.000 0.012 0.236
#> SRR1440491 4 0.1858 0.8456 0.000 0.000 0.000 0.904 0.004 0.092
#> SRR1440852 3 0.0000 0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811169 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311 4 0.1970 0.8474 0.000 0.000 0.000 0.900 0.008 0.092
#> SRR818009 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836 2 0.3620 0.5134 0.000 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352
#> SRR1498313 2 0.0000 0.7637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441975 2 0.3342 0.6569 0.000 0.760 0.000 0.000 0.012 0.228
#> SRR819096 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679 4 0.5018 0.3216 0.000 0.000 0.396 0.536 0.004 0.064
#> SRR1489116 5 0.2805 0.9180 0.000 0.004 0.184 0.000 0.812 0.000
#> SRR1354138 3 0.0260 0.9209 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1490589 3 0.0146 0.9203 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1412987 4 0.0260 0.8597 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR602034 3 0.0260 0.9209 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1353437 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871 5 0.2697 0.9171 0.000 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR661577 4 0.1531 0.8523 0.000 0.000 0.000 0.928 0.004 0.068
#> SRR612190 4 0.1858 0.8456 0.000 0.000 0.000 0.904 0.004 0.092
#> SRR1399880 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787 4 0.1124 0.8513 0.000 0.000 0.000 0.956 0.008 0.036
#> SRR657869 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141 3 0.0260 0.9209 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1476697 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538 6 0.2300 0.6589 0.000 0.000 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR1331422 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859 3 0.4634 0.6583 0.000 0.000 0.692 0.000 0.164 0.144
#> SRR1097594 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419 3 0.0260 0.9209 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1336706 5 0.2805 0.9180 0.000 0.004 0.184 0.000 0.812 0.000
#> SRR1472976 4 0.0000 0.8597 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321307 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461 3 0.0146 0.9216 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1477149 2 0.0000 0.7637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457397 2 0.3547 0.3779 0.000 0.668 0.000 0.000 0.332 0.000
#> SRR661913 3 0.0000 0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069024 5 0.3293 0.8906 0.000 0.048 0.140 0.000 0.812 0.000
#> SRR2165634 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722 3 0.0000 0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328642 2 0.0000 0.7637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488261 3 0.0000 0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318815 4 0.0260 0.8597 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR816945 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432 4 0.0520 0.8576 0.000 0.000 0.000 0.984 0.008 0.008
#> SRR1359280 2 0.0000 0.7637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313910 6 0.3050 0.8184 0.000 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764
#> SRR1457315 4 0.1700 0.8492 0.000 0.000 0.000 0.916 0.004 0.080
#> SRR815398 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958 3 0.0146 0.9216 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR600688 4 0.1858 0.8456 0.000 0.000 0.000 0.904 0.004 0.092
#> SRR1098952 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916 3 0.0146 0.9216 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR614167 3 0.0000 0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348114 6 0.2969 0.8178 0.000 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776
#> SRR658033 2 0.3632 0.6569 0.000 0.756 0.000 0.012 0.012 0.220
#> SRR1077503 5 0.3782 0.6011 0.000 0.000 0.412 0.000 0.588 0.000
#> SRR661854 5 0.2697 0.9171 0.000 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR811379 4 0.1858 0.8456 0.000 0.000 0.000 0.904 0.004 0.092
#> SRR1318857 6 0.3050 0.8184 0.000 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764
#> SRR656445 3 0.0260 0.9209 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1433044 2 0.0000 0.7637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486391 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071 3 0.0777 0.9051 0.000 0.000 0.972 0.000 0.004 0.024
#> SRR1364824 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745 5 0.2805 0.9180 0.000 0.004 0.184 0.000 0.812 0.000
#> SRR601038 5 0.2805 0.9180 0.000 0.004 0.184 0.000 0.812 0.000
#> SRR1360080 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868 3 0.4634 0.6583 0.000 0.000 0.692 0.000 0.164 0.144
#> SRR1485997 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560 4 0.0260 0.8597 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1333330 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513 3 0.4634 0.6583 0.000 0.000 0.692 0.000 0.164 0.144
#> SRR1328407 5 0.0993 0.7755 0.000 0.012 0.024 0.000 0.964 0.000
#> SRR602784 5 0.2697 0.9171 0.000 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR1348468 4 0.0260 0.8597 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR663717 6 0.3328 0.7497 0.000 0.120 0.000 0.064 0.000 0.816
#> SRR602217 5 0.5092 0.6707 0.000 0.232 0.144 0.000 0.624 0.000
#> SRR603140 3 0.4634 0.6583 0.000 0.000 0.692 0.000 0.164 0.144
#> SRR1340804 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574 3 0.0260 0.9209 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1333462 2 0.0000 0.7637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1094601 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610 4 0.7277 0.1487 0.000 0.000 0.300 0.392 0.164 0.144
#> SRR1435833 4 0.1462 0.8556 0.000 0.000 0.000 0.936 0.008 0.056
#> SRR1398728 6 0.3050 0.8184 0.000 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764
#> SRR1358343 1 0.4038 0.6410 0.728 0.000 0.000 0.056 0.000 0.216
#> SRR1410890 6 0.3050 0.8184 0.000 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764
#> SRR1350371 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478 6 0.3050 0.8184 0.000 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764
#> SRR1099260 5 0.3446 0.7872 0.000 0.000 0.308 0.000 0.692 0.000
#> SRR1433576 3 0.1555 0.8772 0.000 0.000 0.940 0.008 0.012 0.040
#> SRR1345541 3 0.0405 0.9134 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004 0.000
#> SRR1086328 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391 3 0.0000 0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476207 3 0.4634 0.6583 0.000 0.000 0.692 0.000 0.164 0.144
#> SRR627435 2 0.5358 0.0897 0.000 0.544 0.128 0.000 0.328 0.000
#> SRR1489862 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191 3 0.0000 0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490115 3 0.0000 0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1377714 5 0.2805 0.9180 0.000 0.004 0.184 0.000 0.812 0.000
#> SRR819394 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161 4 0.1588 0.8513 0.000 0.000 0.000 0.924 0.004 0.072
#> SRR607042 5 0.2805 0.9180 0.000 0.004 0.184 0.000 0.812 0.000
#> SRR656203 4 0.4224 0.3172 0.000 0.008 0.000 0.512 0.004 0.476
#> SRR660602 3 0.0146 0.9216 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1440397 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249 6 0.3050 0.8184 0.000 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764
#> SRR661242 4 0.1908 0.8440 0.000 0.000 0.000 0.900 0.004 0.096
#> SRR1332007 5 0.3439 0.8702 0.000 0.072 0.120 0.000 0.808 0.000
#> SRR809619 6 0.3999 -0.2973 0.000 0.000 0.000 0.496 0.004 0.500
#> SRR819975 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281 2 0.0363 0.7616 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR662366 3 0.0000 0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317898 3 0.0000 0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382485 4 0.1858 0.8456 0.000 0.000 0.000 0.904 0.004 0.092
#> SRR2166420 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541 3 0.0000 0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817444 5 0.2823 0.9050 0.000 0.000 0.204 0.000 0.796 0.000
#> SRR1320403 2 0.0000 0.7637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101483 6 0.3050 0.8184 0.000 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764
#> SRR1331684 3 0.0260 0.9209 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1400054 4 0.1531 0.8305 0.000 0.000 0.000 0.928 0.004 0.068
#> SRR1406088 6 0.3050 0.8184 0.000 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764
#> SRR820733 4 0.0146 0.8598 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1314113 4 0.4845 0.6258 0.000 0.000 0.008 0.688 0.160 0.144
#> SRR1382615 5 0.3371 0.8101 0.000 0.000 0.292 0.000 0.708 0.000
#> SRR1480745 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850 2 0.2948 0.6843 0.000 0.804 0.000 0.000 0.008 0.188
#> SRR656782 3 0.4634 0.6583 0.000 0.000 0.692 0.000 0.164 0.144
#> SRR821364 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295 2 0.0000 0.7637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357103 5 0.3293 0.8906 0.000 0.048 0.140 0.000 0.812 0.000
#> SRR809185 4 0.4161 0.3998 0.000 0.000 0.000 0.540 0.012 0.448
#> SRR811583 4 0.1858 0.8456 0.000 0.000 0.000 0.904 0.004 0.092
#> SRR1468050 1 0.0000 0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224 2 0.3578 0.5331 0.000 0.660 0.000 0.000 0.000 0.340
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17314 rows and 500 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 6.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.3578 0.643 0.643
#> 3 3 0.898 0.903 0.961 0.8197 0.705 0.541
#> 4 4 0.971 0.940 0.975 0.1422 0.855 0.613
#> 5 5 0.917 0.927 0.953 0.0665 0.934 0.747
#> 6 6 0.909 0.783 0.904 0.0310 0.965 0.833
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 6
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 4 5
There is also optional best \(k\) = 2 4 5 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1500170 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1402368 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR607743 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1457375 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1470923 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR817954 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR809259 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1439785 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR814768 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1102031 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1363611 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1468447 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1071931 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR810981 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR615299 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR663585 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1326773 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1351166 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1477452 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1084720 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1420320 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1081712 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1318241 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1333718 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1313514 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1477861 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1318005 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1354665 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR657707 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1370742 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1412947 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR661553 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1328869 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR662211 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1348181 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1416560 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1319772 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1091452 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1338812 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1392072 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR814844 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1376619 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR603690 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2184980 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR613963 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1323422 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1397673 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1434650 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR659875 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1465734 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1076847 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1415072 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR659319 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR663088 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1352021 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR659935 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1352530 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR662594 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1095309 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR615647 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR813019 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1374647 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR603472 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR661529 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR607018 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR627423 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR654921 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1418968 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR660871 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1330522 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1499958 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR614059 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1071403 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1486719 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1440421 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1310412 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR614767 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR820709 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR658093 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1088168 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1418707 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1354291 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2165806 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1415684 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1433860 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1311062 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1360359 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR661385 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR615407 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1413892 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1443459 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1338942 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR657480 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1399433 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR818537 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1101324 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR807637 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1091918 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR598300 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1085426 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR813891 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1467431 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR658742 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1419234 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1404813 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR603496 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1407758 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR810945 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR817234 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1444852 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR660378 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1467835 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1338964 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1079259 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1072345 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR598725 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1447938 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1360460 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1429468 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1446850 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1320363 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1413810 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR598831 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1381865 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR660957 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1491332 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1099744 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1464618 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1414559 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1337540 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1444283 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2184942 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR660295 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR601335 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1363742 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1345847 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR614960 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR819919 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR603330 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1327951 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1345266 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1338055 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1430157 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1320137 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1093483 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1459913 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2170490 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1479845 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1436420 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1481060 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR662282 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1487089 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1075683 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1338536 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1338880 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1453456 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1457895 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1440603 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR658633 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1388081 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR813339 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR809725 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR627441 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR613603 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1096571 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1392701 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1344326 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1367693 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR660697 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1489926 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR811491 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1311644 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1451740 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR615117 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1391748 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1466556 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR614972 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1406200 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR819210 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR662174 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR811988 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR663236 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1312598 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1330129 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1357781 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1315517 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1400032 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1413722 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR612827 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR814794 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR819430 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1395509 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR808728 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1070813 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1389133 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR601263 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR604718 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1481351 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1334608 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR658681 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR809283 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1459300 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1392547 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR811049 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1464835 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1339619 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR658501 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1447523 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1415048 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1444348 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR603890 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR810595 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1446244 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR817373 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1457291 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR598220 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1477991 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR598172 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1349032 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR604002 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1378026 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1404401 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1333240 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1089399 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR603421 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR812562 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR808520 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR811839 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR814317 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1436763 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1486021 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1465018 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1080998 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1083432 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1082833 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1326536 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR614011 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1365873 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1498789 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR601581 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR603566 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1373981 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR821410 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1076511 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR614143 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1333570 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1366813 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1388746 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1420558 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1409510 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR816250 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR614131 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1331130 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1316015 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1470798 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR614179 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1474863 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR813560 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1312187 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1420960 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1355102 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1084577 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR659971 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1350855 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR820779 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1476300 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1090907 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR662294 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1480789 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1336263 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR660776 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1090508 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR615563 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1101175 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR2164650 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1431205 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1339856 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1352147 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR808968 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR627419 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1402391 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR663609 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2167857 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1398752 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1405437 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1416955 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1317064 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR659001 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2170696 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR816589 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1087487 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1329485 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR816920 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1341432 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1361590 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR817046 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1471331 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR660788 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR819234 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR810853 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR809427 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2170217 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1386967 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1420344 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1334535 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR614503 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR602564 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1420669 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR819024 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR656223 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR608428 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1345647 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1389324 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1361368 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1322619 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1349276 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1404024 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1370637 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1452631 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR608392 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1357757 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1074646 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1367499 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1343501 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1394406 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1381435 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1467407 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1092422 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1380270 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1091817 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1440137 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR614311 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1407516 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR815494 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1333209 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR615177 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1099648 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR659720 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2185057 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1467125 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR657468 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR660042 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2170864 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1440491 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1440852 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR811169 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1331311 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR818009 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1351836 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1498313 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1441975 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR819096 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1073679 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1489116 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1354138 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1490589 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1412987 2 0.224 0.963 0.036 0.964
#> SRR602034 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1353437 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1072871 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR661577 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR612190 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1399880 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1101787 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR657869 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1446332 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR816039 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1485141 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1476697 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1379538 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1331422 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR660859 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1097594 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1311419 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1336706 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1472976 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1321307 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR807493 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR812461 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1477149 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1457397 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR661913 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1069024 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2165634 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1478722 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1328642 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1488261 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1318815 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR816945 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1367432 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1359280 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1313910 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1457315 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR815398 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR656958 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR600688 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1098952 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1314916 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR614167 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1348114 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR658033 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1077503 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR661854 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR811379 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1318857 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR656445 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1433044 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1486391 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR656071 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1364824 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR816745 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR601038 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1360080 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR814868 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1485997 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1435560 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1333330 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR663513 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1328407 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR602784 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1348468 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR663717 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR602217 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR603140 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1340804 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1457574 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1333462 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1094601 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1434610 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1435833 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1398728 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1358343 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1410890 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1350371 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1392478 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1099260 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1433576 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1345541 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1086328 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR810391 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1476207 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR627435 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1489862 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1419086 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1396191 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1490115 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1377714 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR819394 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR663161 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR607042 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR656203 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR660602 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1440397 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1369264 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR809233 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR663249 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR661242 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1332007 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR809619 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR819975 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR599281 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR662366 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1317898 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1382485 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR2166420 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1419429 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1092541 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR817444 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1320403 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1101483 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1331684 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1400054 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1406088 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR820733 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1314113 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1382615 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1480745 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1468850 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR656782 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR821364 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR659295 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1357103 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR809185 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR811583 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1468050 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1440224 2 0.000 1.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1500170 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402368 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR607743 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457375 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470923 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817954 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809259 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439785 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR814768 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102031 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363611 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468447 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071931 2 0.1031 0.922 0.000 0.976 0.024
#> SRR810981 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615299 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR663585 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1326773 2 0.5397 0.616 0.000 0.720 0.280
#> SRR1351166 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477452 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084720 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420320 2 0.1163 0.919 0.000 0.972 0.028
#> SRR1081712 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318241 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333718 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1313514 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477861 2 0.6126 0.337 0.000 0.600 0.400
#> SRR1318005 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354665 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR657707 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370742 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1412947 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR661553 3 0.5835 0.489 0.000 0.340 0.660
#> SRR1328869 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662211 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348181 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416560 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1319772 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1091452 3 0.6126 0.341 0.000 0.400 0.600
#> SRR1338812 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392072 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR814844 2 0.6008 0.416 0.000 0.628 0.372
#> SRR1376619 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR603690 2 0.1529 0.910 0.000 0.960 0.040
#> SRR2184980 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR613963 3 0.4555 0.736 0.000 0.200 0.800
#> SRR1323422 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397673 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434650 2 0.5016 0.665 0.000 0.760 0.240
#> SRR659875 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1465734 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1076847 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415072 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659319 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR663088 3 0.5810 0.498 0.000 0.336 0.664
#> SRR1352021 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659935 2 0.1163 0.919 0.000 0.972 0.028
#> SRR1352530 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR662594 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095309 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615647 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR813019 3 0.1643 0.910 0.000 0.044 0.956
#> SRR1374647 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR603472 2 0.0237 0.935 0.000 0.996 0.004
#> SRR661529 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR607018 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR627423 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR654921 2 0.6140 0.334 0.000 0.596 0.404
#> SRR1418968 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660871 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330522 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499958 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR614059 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1071403 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486719 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440421 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310412 3 0.0237 0.944 0.000 0.004 0.996
#> SRR614767 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR820709 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658093 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088168 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418707 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354291 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR2165806 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415684 2 0.6168 0.311 0.000 0.588 0.412
#> SRR1433860 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1311062 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360359 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661385 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR615407 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413892 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1443459 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338942 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657480 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399433 3 0.6126 0.341 0.000 0.400 0.600
#> SRR818537 2 0.6126 0.337 0.000 0.600 0.400
#> SRR1101324 3 0.4555 0.736 0.000 0.200 0.800
#> SRR807637 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091918 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598300 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1085426 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR813891 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467431 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR658742 3 0.2356 0.884 0.000 0.072 0.928
#> SRR1419234 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404813 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR603496 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407758 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR810945 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR817234 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444852 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR660378 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467835 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338964 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1079259 2 0.4605 0.727 0.000 0.796 0.204
#> SRR1072345 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR598725 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447938 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360460 2 0.5465 0.593 0.000 0.712 0.288
#> SRR1429468 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446850 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320363 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413810 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR598831 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381865 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660957 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1491332 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099744 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464618 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414559 3 0.4555 0.736 0.000 0.200 0.800
#> SRR1337540 2 0.1399 0.917 0.004 0.968 0.028
#> SRR1444283 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2184942 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR660295 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR601335 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1363742 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1345847 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR614960 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR819919 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603330 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327951 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345266 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338055 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430157 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320137 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093483 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459913 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170490 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479845 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1436420 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481060 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR662282 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487089 3 0.6126 0.341 0.000 0.400 0.600
#> SRR1075683 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338536 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338880 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453456 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457895 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440603 2 0.6126 0.337 0.000 0.600 0.400
#> SRR658633 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388081 2 0.1529 0.910 0.000 0.960 0.040
#> SRR813339 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR809725 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR627441 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR613603 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1096571 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1392701 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1344326 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367693 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR660697 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489926 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR811491 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1311644 3 0.0592 0.938 0.000 0.012 0.988
#> SRR1451740 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR615117 2 0.5016 0.665 0.000 0.760 0.240
#> SRR1391748 2 0.1529 0.910 0.000 0.960 0.040
#> SRR1466556 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR614972 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406200 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819210 3 0.5926 0.453 0.000 0.356 0.644
#> SRR662174 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811988 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663236 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1312598 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330129 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357781 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315517 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400032 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413722 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR612827 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR814794 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819430 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1395509 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR808728 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1070813 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389133 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR601263 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR604718 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1481351 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1334608 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR658681 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR809283 2 0.6140 0.334 0.000 0.596 0.404
#> SRR1459300 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392547 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR811049 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1464835 2 0.5591 0.564 0.000 0.696 0.304
#> SRR1339619 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR658501 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447523 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415048 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444348 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR603890 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR810595 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1446244 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR817373 2 0.6192 0.287 0.000 0.580 0.420
#> SRR1457291 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR598220 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1477991 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR598172 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349032 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR604002 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378026 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404401 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333240 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089399 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR603421 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR812562 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808520 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR811839 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814317 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436763 2 0.6140 0.334 0.000 0.596 0.404
#> SRR1486021 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465018 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080998 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083432 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1082833 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326536 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR614011 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1365873 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498789 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR601581 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR603566 3 0.0424 0.941 0.000 0.008 0.992
#> SRR1373981 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR821410 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076511 3 0.5859 0.480 0.000 0.344 0.656
#> SRR614143 3 0.5835 0.514 0.000 0.340 0.660
#> SRR1333570 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1366813 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388746 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420558 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409510 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR816250 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR614131 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331130 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316015 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470798 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR614179 3 0.0237 0.944 0.000 0.004 0.996
#> SRR1474863 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR813560 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312187 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420960 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1355102 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1084577 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR659971 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350855 2 0.1163 0.919 0.000 0.972 0.028
#> SRR820779 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476300 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090907 2 0.5835 0.490 0.000 0.660 0.340
#> SRR662294 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480789 3 0.3619 0.810 0.000 0.136 0.864
#> SRR1336263 2 0.4702 0.717 0.000 0.788 0.212
#> SRR660776 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090508 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR615563 2 0.4796 0.705 0.000 0.780 0.220
#> SRR1101175 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2164650 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1431205 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339856 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352147 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR808968 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR627419 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402391 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663609 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR2167857 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398752 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405437 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416955 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317064 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR659001 2 0.6215 0.262 0.000 0.572 0.428
#> SRR2170696 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR816589 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1087487 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1329485 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR816920 3 0.0592 0.938 0.000 0.012 0.988
#> SRR1341432 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361590 2 0.6140 0.334 0.000 0.596 0.404
#> SRR817046 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1471331 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR660788 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR819234 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810853 3 0.1289 0.920 0.000 0.032 0.968
#> SRR809427 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170217 3 0.6111 0.352 0.000 0.396 0.604
#> SRR1386967 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420344 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334535 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614503 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR602564 3 0.6154 0.318 0.000 0.408 0.592
#> SRR1420669 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR819024 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR656223 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR608428 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345647 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389324 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1361368 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322619 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349276 2 0.1163 0.919 0.000 0.972 0.028
#> SRR1404024 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370637 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452631 2 0.1163 0.919 0.000 0.972 0.028
#> SRR608392 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1357757 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1074646 3 0.4504 0.741 0.000 0.196 0.804
#> SRR1367499 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343501 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394406 3 0.5058 0.670 0.000 0.244 0.756
#> SRR1381435 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467407 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092422 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380270 3 0.4702 0.705 0.000 0.212 0.788
#> SRR1091817 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440137 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR614311 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407516 2 0.1860 0.900 0.000 0.948 0.052
#> SRR815494 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333209 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR615177 3 0.4291 0.762 0.000 0.180 0.820
#> SRR1099648 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR659720 3 0.4555 0.736 0.000 0.200 0.800
#> SRR2185057 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467125 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657468 3 0.4605 0.730 0.000 0.204 0.796
#> SRR660042 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170864 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440491 2 0.6140 0.334 0.000 0.596 0.404
#> SRR1440852 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR811169 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331311 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR818009 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351836 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498313 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441975 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR819096 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073679 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1489116 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1354138 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490589 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1412987 2 0.5777 0.751 0.052 0.788 0.160
#> SRR602034 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1353437 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072871 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR661577 3 0.6180 0.295 0.000 0.416 0.584
#> SRR612190 3 0.6008 0.414 0.000 0.372 0.628
#> SRR1399880 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101787 2 0.2165 0.889 0.000 0.936 0.064
#> SRR657869 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446332 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816039 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485141 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476697 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379538 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331422 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660859 3 0.2625 0.872 0.000 0.084 0.916
#> SRR1097594 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311419 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1336706 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472976 2 0.6140 0.334 0.000 0.596 0.404
#> SRR1321307 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR807493 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR812461 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1477149 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457397 2 0.4178 0.762 0.000 0.828 0.172
#> SRR661913 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1069024 3 0.6140 0.299 0.000 0.404 0.596
#> SRR2165634 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478722 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1328642 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488261 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318815 2 0.6140 0.334 0.000 0.596 0.404
#> SRR816945 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367432 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359280 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313910 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457315 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR815398 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656958 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR600688 3 0.6126 0.341 0.000 0.400 0.600
#> SRR1098952 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314916 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR614167 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348114 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR658033 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077503 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR661854 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR811379 2 0.5016 0.675 0.000 0.760 0.240
#> SRR1318857 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR656445 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433044 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486391 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656071 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1364824 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816745 3 0.1529 0.913 0.000 0.040 0.960
#> SRR601038 3 0.1163 0.924 0.000 0.028 0.972
#> SRR1360080 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814868 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1485997 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435560 3 0.4654 0.725 0.000 0.208 0.792
#> SRR1333330 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663513 3 0.1643 0.911 0.000 0.044 0.956
#> SRR1328407 3 0.4796 0.694 0.000 0.220 0.780
#> SRR602784 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348468 2 0.6045 0.396 0.000 0.620 0.380
#> SRR663717 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR602217 2 0.0747 0.926 0.000 0.984 0.016
#> SRR603140 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340804 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457574 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333462 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1094601 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434610 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1435833 2 0.1163 0.919 0.000 0.972 0.028
#> SRR1398728 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358343 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410890 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350371 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392478 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099260 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433576 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1345541 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1086328 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810391 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476207 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR627435 2 0.4452 0.752 0.000 0.808 0.192
#> SRR1489862 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419086 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396191 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490115 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1377714 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR819394 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663161 3 0.6126 0.341 0.000 0.400 0.600
#> SRR607042 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR656203 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR660602 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440397 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1369264 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809233 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663249 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR661242 3 0.6026 0.401 0.000 0.376 0.624
#> SRR1332007 2 0.6168 0.305 0.000 0.588 0.412
#> SRR809619 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR819975 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR599281 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR662366 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1317898 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1382485 3 0.4931 0.689 0.000 0.232 0.768
#> SRR2166420 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419429 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092541 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR817444 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1320403 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101483 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331684 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1400054 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406088 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR820733 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1314113 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1382615 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1480745 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468850 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR656782 3 0.0000 0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR821364 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659295 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357103 3 0.6140 0.299 0.000 0.404 0.596
#> SRR809185 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR811583 2 0.1529 0.910 0.000 0.960 0.040
#> SRR1468050 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440224 2 0.0000 0.938 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1500170 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402368 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR607743 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457375 2 0.3311 0.7691 0 0.828 0.000 0.172
#> SRR1470923 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR814768 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031 2 0.1302 0.9052 0 0.956 0.000 0.044
#> SRR1363611 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468447 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071931 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR810981 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR663585 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326773 4 0.4382 0.5743 0 0.000 0.296 0.704
#> SRR1351166 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477452 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420320 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1081712 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318241 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333718 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313514 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477861 2 0.4406 0.5864 0 0.700 0.300 0.000
#> SRR1318005 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354665 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR657707 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370742 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1412947 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR661553 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1328869 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348181 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416560 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319772 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091452 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1338812 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR814844 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1376619 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR603690 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR2184980 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR613963 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1323422 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434650 2 0.3569 0.7470 0 0.804 0.196 0.000
#> SRR659875 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465734 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076847 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415072 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR663088 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352021 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352530 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR662594 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095309 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR813019 2 0.4804 0.4031 0 0.616 0.384 0.000
#> SRR1374647 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR603472 2 0.0188 0.9379 0 0.996 0.004 0.000
#> SRR661529 3 0.3444 0.7681 0 0.000 0.816 0.184
#> SRR607018 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR627423 4 0.4855 0.3713 0 0.400 0.000 0.600
#> SRR654921 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418968 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330522 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499958 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR614059 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071403 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440421 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310412 3 0.0524 0.9751 0 0.004 0.988 0.008
#> SRR614767 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR820709 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088168 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418707 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354291 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2165806 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433860 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311062 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360359 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR615407 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413892 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443459 4 0.0188 0.9562 0 0.004 0.000 0.996
#> SRR1338942 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399433 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR818537 2 0.4431 0.5790 0 0.696 0.304 0.000
#> SRR1101324 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR807637 4 0.3610 0.7524 0 0.200 0.000 0.800
#> SRR1091918 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085426 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR813891 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431 2 0.3444 0.7537 0 0.816 0.000 0.184
#> SRR658742 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419234 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR603496 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407758 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR810945 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR817234 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444852 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR660378 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467835 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338964 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079259 2 0.4855 0.2871 0 0.600 0.000 0.400
#> SRR1072345 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR598725 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447938 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1429468 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446850 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320363 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413810 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR598831 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381865 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1491332 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099744 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464618 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1414559 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1337540 4 0.3610 0.7524 0 0.200 0.000 0.800
#> SRR1444283 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR660295 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363742 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345847 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR614960 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR819919 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327951 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266 4 0.4998 0.0964 0 0.488 0.000 0.512
#> SRR1338055 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430157 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320137 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093483 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170490 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436420 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR662282 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487089 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1075683 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1453456 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457895 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603 2 0.4406 0.5864 0 0.700 0.300 0.000
#> SRR658633 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388081 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR813339 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR809725 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR613603 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096571 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392701 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR660697 4 0.0707 0.9432 0 0.020 0.000 0.980
#> SRR1489926 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR811491 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311644 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1451740 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR615117 2 0.4331 0.6076 0 0.712 0.288 0.000
#> SRR1391748 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466556 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR614972 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406200 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR662174 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1312598 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330129 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357781 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315517 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400032 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413722 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR814794 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR808728 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070813 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389133 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR601263 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR604718 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1481351 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334608 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR658681 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR809283 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1459300 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR811049 3 0.0336 0.9778 0 0.000 0.992 0.008
#> SRR1464835 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339619 4 0.4193 0.6425 0 0.268 0.000 0.732
#> SRR658501 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447523 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415048 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348 2 0.4888 0.2515 0 0.588 0.000 0.412
#> SRR603890 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR810595 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446244 4 0.3649 0.7470 0 0.204 0.000 0.796
#> SRR817373 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457291 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR598220 3 0.1389 0.9388 0 0.000 0.952 0.048
#> SRR1477991 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR598172 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349032 2 0.4898 0.2391 0 0.584 0.000 0.416
#> SRR604002 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378026 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404401 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333240 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1089399 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR603421 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR812562 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR811839 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436763 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1486021 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1465018 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080998 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083432 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082833 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR614011 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365873 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498789 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR601581 4 0.3569 0.7575 0 0.196 0.000 0.804
#> SRR603566 3 0.1022 0.9539 0 0.032 0.968 0.000
#> SRR1373981 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410 2 0.3486 0.7485 0 0.812 0.000 0.188
#> SRR1076511 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR614143 2 0.1302 0.9021 0 0.956 0.044 0.000
#> SRR1333570 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366813 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388746 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409510 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR816250 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR614131 4 0.4855 0.3713 0 0.400 0.000 0.600
#> SRR1331130 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470798 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR614179 3 0.0707 0.9660 0 0.020 0.980 0.000
#> SRR1474863 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR813560 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312187 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420960 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355102 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084577 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR659971 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350855 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR820779 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476300 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090907 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR662294 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480789 3 0.3610 0.7370 0 0.200 0.800 0.000
#> SRR1336263 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR660776 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR615563 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1101175 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431205 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339856 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352147 2 0.3400 0.7412 0 0.820 0.000 0.180
#> SRR808968 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402391 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2167857 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398752 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416955 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR659001 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170696 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR816589 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087487 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329485 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR816920 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1341432 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR817046 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471331 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR660788 4 0.0336 0.9520 0 0.000 0.008 0.992
#> SRR819234 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853 3 0.4431 0.5459 0 0.304 0.696 0.000
#> SRR809427 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170217 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1386967 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420344 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334535 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503 4 0.0469 0.9498 0 0.012 0.000 0.988
#> SRR602564 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420669 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR819024 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR656223 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR608428 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345647 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361368 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322619 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349276 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404024 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452631 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR608392 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357757 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1074646 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1367499 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343501 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394406 4 0.7412 0.3959 0 0.200 0.296 0.504
#> SRR1381435 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467407 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380270 3 0.4643 0.4535 0 0.344 0.656 0.000
#> SRR1091817 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440137 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR614311 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407516 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR815494 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333209 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR615177 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099648 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR659720 2 0.4866 0.3443 0 0.596 0.404 0.000
#> SRR2185057 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR660042 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170864 2 0.0592 0.9288 0 0.984 0.000 0.016
#> SRR1440491 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440852 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR811169 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR818009 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498313 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441975 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR819096 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679 4 0.1867 0.8888 0 0.000 0.072 0.928
#> SRR1489116 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354138 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490589 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1412987 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR602034 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353437 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR661577 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR612190 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399880 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR657869 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476697 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1331422 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859 3 0.2342 0.8941 0 0.080 0.912 0.008
#> SRR1097594 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336706 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472976 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1321307 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477149 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457397 2 0.3356 0.7685 0 0.824 0.176 0.000
#> SRR661913 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069024 2 0.4855 0.3614 0 0.600 0.400 0.000
#> SRR2165634 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328642 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488261 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318815 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR816945 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359280 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313910 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457315 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR815398 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR600688 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098952 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR614167 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348114 2 0.4776 0.3537 0 0.624 0.000 0.376
#> SRR658033 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077503 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR661854 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR811379 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318857 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR656445 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433044 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486391 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1364824 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745 3 0.4898 0.2567 0 0.416 0.584 0.000
#> SRR601038 3 0.3610 0.7370 0 0.200 0.800 0.000
#> SRR1360080 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485997 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333330 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513 4 0.4804 0.3718 0 0.000 0.384 0.616
#> SRR1328407 2 0.4454 0.5715 0 0.692 0.308 0.000
#> SRR602784 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348468 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR663717 4 0.2868 0.8296 0 0.136 0.000 0.864
#> SRR602217 2 0.0592 0.9276 0 0.984 0.016 0.000
#> SRR603140 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340804 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333462 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1094601 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610 3 0.4605 0.4825 0 0.000 0.664 0.336
#> SRR1435833 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1398728 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358343 4 0.3610 0.7524 0 0.200 0.000 0.800
#> SRR1410890 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350371 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099260 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433576 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345541 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086328 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476207 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR627435 3 0.1557 0.9277 0 0.056 0.944 0.000
#> SRR1489862 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490115 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377714 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR819394 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR607042 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR656203 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR660602 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440397 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR661242 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1332007 2 0.4477 0.5638 0 0.688 0.312 0.000
#> SRR809619 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR819975 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR662366 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317898 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382485 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR2166420 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR817444 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320403 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101483 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331684 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400054 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406088 2 0.1302 0.9051 0 0.956 0.000 0.044
#> SRR820733 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1314113 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1382615 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480745 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR656782 3 0.0000 0.9851 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR821364 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357103 2 0.4500 0.5560 0 0.684 0.316 0.000
#> SRR809185 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR811583 4 0.0000 0.9593 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468050 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224 2 0.0000 0.9411 0 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1500170 2 0.0510 0.9466 0 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1402368 3 0.0000 0.9651 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607743 5 0.2516 0.9063 0 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR1457375 2 0.2852 0.7918 0 0.828 0.000 0.172 0.000
#> SRR1470923 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785 3 0.0000 0.9651 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814768 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031 2 0.1043 0.9266 0 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1363611 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468447 2 0.0000 0.9469 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071931 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR810981 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299 2 0.0162 0.9465 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR663585 5 0.4015 0.6611 0 0.000 0.348 0.000 0.652
#> SRR1326773 5 0.4489 0.8258 0 0.016 0.084 0.120 0.780
#> SRR1351166 2 0.0609 0.9422 0 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1477452 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720 3 0.0290 0.9598 0 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1420320 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081712 2 0.0162 0.9465 0 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1318241 3 0.3210 0.7074 0 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1333718 5 0.2929 0.8773 0 0.000 0.180 0.000 0.820
#> SRR1313514 2 0.1792 0.9207 0 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1477861 5 0.2020 0.9344 0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1318005 2 0.1792 0.9207 0 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1354665 2 0.0510 0.9466 0 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR657707 3 0.1671 0.8924 0 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1370742 3 0.0000 0.9651 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1412947 2 0.0609 0.9422 0 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR661553 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328869 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211 2 0.0000 0.9469 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348181 3 0.1341 0.9133 0 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1416560 3 0.0000 0.9651 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319772 5 0.3983 0.6296 0 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1091452 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338812 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072 2 0.1341 0.9339 0 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR814844 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376619 3 0.0000 0.9651 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603690 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2184980 2 0.0510 0.9466 0 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR613963 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323422 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673 5 0.4210 0.5261 0 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR1434650 5 0.3321 0.8107 0 0.136 0.032 0.000 0.832
#> SRR659875 5 0.2020 0.9344 0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1465734 5 0.3366 0.8219 0 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR1076847 2 0.1792 0.9207 0 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1415072 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319 5 0.2020 0.9344 0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR663088 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352021 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352530 3 0.0000 0.9651 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662594 3 0.2929 0.7536 0 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR1095309 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647 3 0.0000 0.9651 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813019 5 0.2020 0.9344 0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1374647 2 0.0162 0.9465 0 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR603472 2 0.4287 0.3078 0 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR661529 3 0.0880 0.9283 0 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR607018 5 0.2020 0.9344 0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR627423 4 0.4517 0.3819 0 0.388 0.000 0.600 0.012
#> SRR654921 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418968 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871 3 0.0000 0.9651 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330522 3 0.0000 0.9651 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499958 2 0.0510 0.9466 0 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR614059 3 0.0000 0.9651 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071403 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719 2 0.0510 0.9466 0 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1440421 2 0.1270 0.9334 0 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1310412 5 0.2519 0.9237 0 0.000 0.100 0.016 0.884
#> SRR614767 2 0.0000 0.9469 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820709 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093 5 0.4138 0.5913 0 0.000 0.384 0.000 0.616
#> SRR1088168 3 0.0162 0.9624 0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1418707 2 0.0510 0.9466 0 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1354291 2 0.1792 0.9207 0 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR2165806 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433860 3 0.0000 0.9651 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311062 2 0.0000 0.9469 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360359 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385 3 0.0000 0.9651 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615407 2 0.0162 0.9465 0 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1413892 5 0.3876 0.7152 0 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR1443459 4 0.0798 0.9406 0 0.008 0.000 0.976 0.016
#> SRR1338942 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480 5 0.2020 0.9344 0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1399433 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR818537 5 0.2020 0.9344 0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1101324 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR807637 4 0.3109 0.7563 0 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1091918 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300 3 0.3177 0.7140 0 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1085426 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.0290 0.9470 0 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR813891 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431 2 0.2852 0.7875 0 0.828 0.000 0.172 0.000
#> SRR658742 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419234 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813 2 0.0510 0.9466 0 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR603496 5 0.2020 0.9344 0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1407758 3 0.0000 0.9651 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810945 2 0.0000 0.9469 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817234 2 0.1792 0.9207 0 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1444852 3 0.0000 0.9651 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660378 3 0.0000 0.9651 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467835 2 0.0404 0.9469 0 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1338964 3 0.3074 0.7345 0 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR1079259 2 0.4565 0.2755 0 0.580 0.000 0.408 0.012
#> SRR1072345 3 0.0703 0.9462 0 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR598725 3 0.0000 0.9651 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447938 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429468 2 0.0510 0.9466 0 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1446850 2 0.0000 0.9469 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320363 3 0.0290 0.9596 0 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1413810 3 0.0000 0.9651 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598831 2 0.0510 0.9466 0 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1381865 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957 3 0.0000 0.9651 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1491332 5 0.2020 0.9344 0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1099744 2 0.0000 0.9469 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464618 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414559 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337540 4 0.3456 0.7586 0 0.184 0.000 0.800 0.016
#> SRR1444283 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942 3 0.0000 0.9651 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660295 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335 3 0.0000 0.9651 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1363742 3 0.0000 0.9651 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345847 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614960 3 0.0000 0.9651 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819919 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330 2 0.1792 0.9207 0 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1327951 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266 4 0.4743 0.1051 0 0.472 0.000 0.512 0.016
#> SRR1338055 2 0.0404 0.9450 0 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1430157 2 0.0510 0.9466 0 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1320137 2 0.0510 0.9466 0 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1093483 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913 3 0.0000 0.9651 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2170490 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845 3 0.0000 0.9651 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436420 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060 5 0.3242 0.8420 0 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR662282 3 0.0000 0.9651 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487089 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075683 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453456 3 0.0000 0.9651 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457895 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603 5 0.2020 0.9344 0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR658633 2 0.0000 0.9469 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388081 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR813339 3 0.0000 0.9651 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809725 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441 2 0.1792 0.9207 0 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR613603 3 0.2852 0.7693 0 0.000 0.828 0.000 0.172
#> SRR1096571 5 0.2020 0.9344 0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1392701 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693 2 0.0510 0.9466 0 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR660697 4 0.0609 0.9411 0 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1489926 5 0.2020 0.9344 0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR811491 3 0.0000 0.9651 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311644 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1451740 3 0.0703 0.9467 0 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR615117 5 0.1768 0.9124 0 0.004 0.072 0.000 0.924
#> SRR1391748 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466556 3 0.0000 0.9651 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614972 3 0.0000 0.9651 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406200 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662174 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236 4 0.0290 0.9499 0 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1312598 2 0.0510 0.9466 0 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1330129 2 0.1732 0.9245 0 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1357781 2 0.1851 0.9208 0 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1315517 2 0.1792 0.9207 0 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1400032 3 0.0000 0.9651 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413722 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827 3 0.0000 0.9651 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814794 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR808728 5 0.3366 0.8219 0 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR1070813 2 0.0510 0.9466 0 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1389133 3 0.2929 0.7575 0 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR601263 3 0.1792 0.8840 0 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR604718 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1481351 5 0.2020 0.9344 0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1334608 5 0.2020 0.9344 0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR658681 5 0.2020 0.9344 0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR809283 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459300 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547 5 0.2020 0.9344 0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR811049 5 0.3949 0.6454 0 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR1464835 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339619 4 0.4040 0.6371 0 0.260 0.000 0.724 0.016
#> SRR658501 3 0.0000 0.9651 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447523 3 0.0000 0.9651 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415048 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348 2 0.4666 0.2530 0 0.572 0.000 0.412 0.016
#> SRR603890 2 0.1792 0.9207 0 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR810595 3 0.0000 0.9651 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446244 4 0.3492 0.7531 0 0.188 0.000 0.796 0.016
#> SRR817373 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457291 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR598220 3 0.4235 0.2738 0 0.000 0.576 0.424 0.000
#> SRR1477991 2 0.0404 0.9469 0 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR598172 2 0.0162 0.9465 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1349032 2 0.4674 0.2403 0 0.568 0.000 0.416 0.016
#> SRR604002 2 0.1043 0.9379 0 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1378026 5 0.2020 0.9344 0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1404401 2 0.1792 0.9207 0 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1333240 2 0.1608 0.9008 0 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1089399 2 0.0404 0.9469 0 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR603421 2 0.1544 0.9276 0 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR812562 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520 5 0.2020 0.9344 0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR811839 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317 2 0.0510 0.9466 0 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1436763 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486021 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465018 2 0.1792 0.9207 0 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1080998 5 0.2020 0.9344 0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1083432 3 0.0000 0.9651 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082833 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536 3 0.0000 0.9651 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614011 2 0.0510 0.9466 0 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1365873 2 0.0000 0.9469 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498789 2 0.0000 0.9469 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601581 4 0.2929 0.7757 0 0.180 0.000 0.820 0.000
#> SRR603566 5 0.2020 0.9344 0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1373981 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410 2 0.2966 0.7741 0 0.816 0.000 0.184 0.000
#> SRR1076511 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614143 5 0.2124 0.8365 0 0.096 0.004 0.000 0.900
#> SRR1333570 3 0.0000 0.9651 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366813 2 0.0510 0.9466 0 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1388746 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558 3 0.0000 0.9651 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409510 3 0.0000 0.9651 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816250 2 0.0000 0.9469 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614131 4 0.4171 0.3848 0 0.396 0.000 0.604 0.000
#> SRR1331130 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015 3 0.0000 0.9651 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470798 3 0.0404 0.9562 0 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR614179 5 0.2020 0.9344 0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1474863 2 0.0000 0.9469 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813560 2 0.0510 0.9466 0 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1312187 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420960 3 0.0000 0.9651 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355102 3 0.0000 0.9651 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084577 5 0.2773 0.8887 0 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR659971 2 0.0510 0.9466 0 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1350855 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR820779 3 0.0000 0.9651 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476300 3 0.0000 0.9651 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090907 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662294 2 0.1792 0.9207 0 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1480789 5 0.2020 0.9344 0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1336263 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660776 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508 2 0.1792 0.9207 0 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR615563 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101175 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650 5 0.2020 0.9344 0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1431205 2 0.0162 0.9465 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1339856 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352147 2 0.3039 0.7507 0 0.808 0.000 0.192 0.000
#> SRR808968 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419 2 0.1544 0.9344 0 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1402391 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609 5 0.2020 0.9344 0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR2167857 2 0.1792 0.9207 0 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1398752 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437 2 0.0510 0.9466 0 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1416955 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659001 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170696 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816589 3 0.0162 0.9624 0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1087487 3 0.0000 0.9651 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329485 3 0.0000 0.9651 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816920 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341432 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR817046 3 0.3561 0.6087 0 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR1471331 3 0.0000 0.9651 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660788 4 0.4294 0.0812 0 0.000 0.468 0.532 0.000
#> SRR819234 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853 5 0.2020 0.9344 0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR809427 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170217 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1386967 3 0.0404 0.9567 0 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1420344 2 0.0510 0.9466 0 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1334535 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503 4 0.0912 0.9377 0 0.012 0.000 0.972 0.016
#> SRR602564 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420669 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR819024 3 0.0000 0.9651 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656223 5 0.3816 0.7322 0 0.000 0.304 0.000 0.696
#> SRR608428 2 0.0162 0.9465 0 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1345647 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324 2 0.0162 0.9465 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1361368 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322619 2 0.0510 0.9466 0 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1349276 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404024 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637 2 0.0510 0.9466 0 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1452631 4 0.0162 0.9544 0 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR608392 5 0.2020 0.9344 0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1357757 5 0.2020 0.9344 0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1074646 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367499 3 0.0000 0.9651 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343501 5 0.2020 0.9344 0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1394406 4 0.5102 0.6504 0 0.128 0.000 0.696 0.176
#> SRR1381435 3 0.0162 0.9624 0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1467407 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422 2 0.1410 0.9196 0 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1380270 5 0.2020 0.9344 0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1091817 2 0.0000 0.9469 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440137 2 0.0000 0.9469 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614311 4 0.0162 0.9541 0 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1407516 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR815494 3 0.0000 0.9651 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333209 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615177 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099648 5 0.2516 0.9093 0 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR659720 5 0.2446 0.8917 0 0.044 0.056 0.000 0.900
#> SRR2185057 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660042 3 0.0000 0.9651 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2170864 2 0.0609 0.9407 0 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1440491 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440852 3 0.0000 0.9651 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811169 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR818009 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836 2 0.0510 0.9466 0 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1498313 2 0.1792 0.9207 0 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1441975 2 0.0162 0.9465 0 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR819096 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489116 5 0.2020 0.9344 0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1354138 3 0.0000 0.9651 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490589 3 0.0000 0.9651 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1412987 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR602034 3 0.0000 0.9651 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353437 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871 5 0.2020 0.9344 0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR661577 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR612190 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399880 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR657869 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141 3 0.0000 0.9651 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476697 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538 4 0.0671 0.9433 0 0.004 0.000 0.980 0.016
#> SRR1331422 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859 5 0.5684 0.5450 0 0.004 0.096 0.300 0.600
#> SRR1097594 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419 3 0.0000 0.9651 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336706 5 0.2020 0.9344 0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1472976 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321307 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461 3 0.0000 0.9651 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477149 2 0.1732 0.9225 0 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1457397 5 0.0510 0.8424 0 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR661913 3 0.0000 0.9651 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069024 5 0.2020 0.9344 0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR2165634 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722 3 0.0000 0.9651 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328642 2 0.1270 0.9334 0 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1488261 3 0.0000 0.9651 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318815 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816945 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359280 2 0.0162 0.9465 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1313910 2 0.0510 0.9466 0 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1457315 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR815398 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958 3 0.0000 0.9651 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR600688 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098952 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916 3 0.0000 0.9651 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614167 3 0.0000 0.9651 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348114 2 0.4576 0.3583 0 0.608 0.000 0.376 0.016
#> SRR658033 2 0.0000 0.9469 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1077503 5 0.3336 0.8265 0 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR661854 5 0.2020 0.9344 0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR811379 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318857 2 0.0510 0.9466 0 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR656445 3 0.0162 0.9624 0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1433044 2 0.1792 0.9207 0 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1486391 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071 3 0.0000 0.9651 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364824 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745 5 0.2020 0.9344 0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR601038 5 0.2020 0.9344 0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1360080 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868 3 0.0000 0.9651 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485997 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333330 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513 4 0.3391 0.7416 0 0.000 0.012 0.800 0.188
#> SRR1328407 5 0.2020 0.9344 0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR602784 5 0.2020 0.9344 0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1348468 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663717 4 0.2920 0.8230 0 0.132 0.000 0.852 0.016
#> SRR602217 2 0.3001 0.8112 0 0.844 0.008 0.004 0.144
#> SRR603140 5 0.4045 0.5961 0 0.000 0.356 0.000 0.644
#> SRR1340804 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574 3 0.0963 0.9353 0 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1333462 2 0.1792 0.9207 0 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1094601 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610 4 0.4404 0.5838 0 0.000 0.264 0.704 0.032
#> SRR1435833 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398728 2 0.0510 0.9466 0 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1358343 4 0.3456 0.7586 0 0.184 0.000 0.800 0.016
#> SRR1410890 2 0.0510 0.9466 0 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1350371 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478 2 0.0510 0.9466 0 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1099260 5 0.2020 0.9344 0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1433576 3 0.0000 0.9651 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345541 3 0.0451 0.9562 0 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1086328 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391 3 0.0000 0.9651 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476207 3 0.4138 0.2889 0 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR627435 5 0.2293 0.9211 0 0.016 0.084 0.000 0.900
#> SRR1489862 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191 3 0.0000 0.9651 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490115 3 0.1478 0.9066 0 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1377714 5 0.2293 0.9211 0 0.016 0.084 0.000 0.900
#> SRR819394 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR607042 5 0.2020 0.9344 0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR656203 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660602 3 0.0000 0.9651 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440397 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249 2 0.0510 0.9466 0 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR661242 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332007 5 0.2020 0.9344 0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR809619 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR819975 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281 2 0.0162 0.9465 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR662366 3 0.0000 0.9651 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317898 3 0.0000 0.9651 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382485 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2166420 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541 3 0.0000 0.9651 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817444 5 0.2020 0.9344 0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1320403 2 0.0162 0.9465 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1101483 2 0.0510 0.9466 0 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1331684 3 0.3336 0.6726 0 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR1400054 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406088 2 0.1444 0.9254 0 0.948 0.000 0.040 0.012
#> SRR820733 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314113 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382615 5 0.3774 0.7442 0 0.000 0.296 0.000 0.704
#> SRR1480745 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850 2 0.0000 0.9469 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656782 3 0.1197 0.9233 0 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR821364 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295 2 0.1792 0.9207 0 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1357103 5 0.2020 0.9344 0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR809185 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811583 4 0.0000 0.9570 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468050 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224 2 0.0510 0.9466 0 0.984 0.000 0.000 0.016
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1500170 2 0.0000 0.86723 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402368 3 0.3515 0.56123 0 0.000 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR607743 5 0.3864 0.41335 0 0.000 0.000 0.000 0.520 0.480
#> SRR1457375 2 0.2562 0.63893 0 0.828 0.000 0.172 0.000 0.000
#> SRR1470923 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785 3 0.3833 0.39263 0 0.000 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR814768 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031 2 0.0937 0.83152 0 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1363611 4 0.0000 0.92093 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468447 2 0.0000 0.86723 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071931 4 0.0000 0.92093 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810981 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299 2 0.0937 0.83974 0 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR663585 3 0.3547 0.39976 0 0.000 0.668 0.000 0.332 0.000
#> SRR1326773 5 0.2300 0.71454 0 0.000 0.000 0.144 0.856 0.000
#> SRR1351166 2 0.0547 0.85332 0 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1477452 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720 3 0.0260 0.88970 0 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1420320 4 0.0000 0.92093 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081712 2 0.0547 0.85332 0 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1318241 6 0.5655 -0.06124 0 0.000 0.360 0.000 0.160 0.480
#> SRR1333718 5 0.1814 0.78032 0 0.000 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1313514 6 0.3864 0.18277 0 0.480 0.000 0.000 0.000 0.520
#> SRR1477861 5 0.0000 0.85748 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318005 6 0.3864 0.18277 0 0.480 0.000 0.000 0.000 0.520
#> SRR1354665 2 0.0000 0.86723 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657707 3 0.4183 0.31817 0 0.000 0.508 0.000 0.012 0.480
#> SRR1370742 3 0.0000 0.89604 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1412947 2 0.0547 0.85332 0 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR661553 4 0.0000 0.92093 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328869 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211 2 0.0000 0.86723 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348181 3 0.1267 0.83883 0 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1416560 3 0.0000 0.89604 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319772 5 0.4433 0.51703 0 0.000 0.040 0.000 0.616 0.344
#> SRR1091452 4 0.0000 0.92093 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338812 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072 2 0.3050 0.58487 0 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR814844 4 0.0000 0.92093 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376619 3 0.0000 0.89604 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603690 4 0.0000 0.92093 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2184980 2 0.0000 0.86723 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613963 4 0.0000 0.92093 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323422 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673 5 0.3647 0.42295 0 0.000 0.360 0.000 0.640 0.000
#> SRR1434650 5 0.1327 0.79605 0 0.064 0.000 0.000 0.936 0.000
#> SRR659875 5 0.0000 0.85748 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465734 6 0.5555 -0.26308 0 0.000 0.140 0.000 0.380 0.480
#> SRR1076847 6 0.3864 0.18277 0 0.480 0.000 0.000 0.000 0.520
#> SRR1415072 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319 5 0.0000 0.85748 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663088 4 0.0000 0.92093 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352021 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935 4 0.0000 0.92093 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352530 3 0.0000 0.89604 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662594 6 0.5508 -0.13172 0 0.000 0.388 0.000 0.132 0.480
#> SRR1095309 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647 3 0.0000 0.89604 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813019 5 0.0000 0.85748 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374647 2 0.0909 0.84702 0 0.968 0.000 0.020 0.012 0.000
#> SRR603472 6 0.5643 0.22301 0 0.340 0.000 0.000 0.164 0.496
#> SRR661529 3 0.2762 0.66570 0 0.000 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR607018 5 0.0000 0.85748 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR627423 2 0.3854 0.11635 0 0.536 0.000 0.464 0.000 0.000
#> SRR654921 4 0.0000 0.92093 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418968 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871 3 0.0000 0.89604 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330522 3 0.0000 0.89604 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499958 2 0.0000 0.86723 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614059 3 0.0000 0.89604 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071403 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719 2 0.0000 0.86723 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440421 2 0.3101 0.57089 0 0.756 0.000 0.000 0.000 0.244
#> SRR1310412 5 0.4095 0.40377 0 0.000 0.000 0.008 0.512 0.480
#> SRR614767 2 0.0000 0.86723 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820709 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093 5 0.3717 0.38711 0 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR1088168 3 0.0000 0.89604 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418707 2 0.0000 0.86723 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354291 6 0.3864 0.18277 0 0.480 0.000 0.000 0.000 0.520
#> SRR2165806 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684 4 0.0000 0.92093 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433860 3 0.0000 0.89604 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311062 2 0.0000 0.86723 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360359 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385 3 0.0000 0.89604 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615407 2 0.0547 0.85332 0 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1413892 5 0.3833 0.25538 0 0.000 0.444 0.000 0.556 0.000
#> SRR1443459 4 0.0865 0.89108 0 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> SRR1338942 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480 5 0.3864 0.41335 0 0.000 0.000 0.000 0.520 0.480
#> SRR1399433 4 0.0000 0.92093 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR818537 5 0.0000 0.85748 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101324 4 0.3864 0.33096 0 0.000 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR807637 4 0.2823 0.69268 0 0.204 0.000 0.796 0.000 0.000
#> SRR1091918 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300 6 0.5673 -0.05402 0 0.000 0.356 0.000 0.164 0.480
#> SRR1085426 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.0000 0.86723 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813891 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431 2 0.2697 0.61177 0 0.812 0.000 0.188 0.000 0.000
#> SRR658742 4 0.0000 0.92093 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419234 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813 2 0.0000 0.86723 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603496 5 0.0000 0.85748 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407758 3 0.0000 0.89604 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810945 2 0.0000 0.86723 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817234 6 0.3864 0.18277 0 0.480 0.000 0.000 0.000 0.520
#> SRR1444852 3 0.0000 0.89604 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660378 3 0.0000 0.89604 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467835 2 0.0000 0.86723 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338964 6 0.5508 -0.11641 0 0.000 0.388 0.000 0.132 0.480
#> SRR1079259 6 0.5706 0.16547 0 0.348 0.000 0.172 0.000 0.480
#> SRR1072345 3 0.4263 0.31283 0 0.000 0.504 0.000 0.016 0.480
#> SRR598725 3 0.0000 0.89604 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447938 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460 4 0.0000 0.92093 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429468 2 0.0000 0.86723 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446850 2 0.0000 0.86723 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320363 3 0.0858 0.87366 0 0.000 0.968 0.000 0.004 0.028
#> SRR1413810 3 0.0000 0.89604 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598831 2 0.0000 0.86723 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381865 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957 3 0.0000 0.89604 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1491332 5 0.0000 0.85748 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099744 2 0.0000 0.86723 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464618 4 0.0000 0.92093 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414559 4 0.1141 0.87838 0 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1337540 4 0.2793 0.69782 0 0.200 0.000 0.800 0.000 0.000
#> SRR1444283 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942 3 0.3864 0.33741 0 0.000 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR660295 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335 3 0.0000 0.89604 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1363742 3 0.0000 0.89604 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345847 4 0.0000 0.92093 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614960 3 0.3727 0.47402 0 0.000 0.612 0.000 0.000 0.388
#> SRR819919 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330 6 0.3864 0.18277 0 0.480 0.000 0.000 0.000 0.520
#> SRR1327951 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266 2 0.3774 0.26099 0 0.592 0.000 0.408 0.000 0.000
#> SRR1338055 2 0.1245 0.83560 0 0.952 0.000 0.000 0.016 0.032
#> SRR1430157 2 0.0000 0.86723 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320137 2 0.0000 0.86723 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1093483 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913 3 0.0000 0.89604 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2170490 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845 3 0.0000 0.89604 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436420 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060 5 0.2260 0.73844 0 0.000 0.140 0.000 0.860 0.000
#> SRR662282 3 0.0000 0.89604 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487089 4 0.0000 0.92093 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075683 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880 4 0.0000 0.92093 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453456 3 0.0000 0.89604 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457895 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603 5 0.0000 0.85748 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658633 2 0.0000 0.86723 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388081 4 0.0000 0.92093 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813339 3 0.0000 0.89604 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809725 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441 6 0.3864 0.18277 0 0.480 0.000 0.000 0.000 0.520
#> SRR613603 6 0.5655 -0.06101 0 0.000 0.360 0.000 0.160 0.480
#> SRR1096571 5 0.0000 0.85748 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392701 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693 2 0.0000 0.86723 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660697 4 0.0458 0.90711 0 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1489926 5 0.0000 0.85748 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811491 3 0.0000 0.89604 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311644 4 0.3864 0.33096 0 0.000 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1451740 3 0.0547 0.88007 0 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR615117 5 0.0000 0.85748 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1391748 4 0.0000 0.92093 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466556 3 0.0000 0.89604 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614972 3 0.3330 0.61277 0 0.000 0.716 0.000 0.000 0.284
#> SRR1406200 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210 4 0.0000 0.92093 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662174 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236 4 0.3851 0.36198 0 0.000 0.000 0.540 0.000 0.460
#> SRR1312598 2 0.0000 0.86723 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330129 2 0.3797 0.12753 0 0.580 0.000 0.000 0.000 0.420
#> SRR1357781 6 0.3864 0.18277 0 0.480 0.000 0.000 0.000 0.520
#> SRR1315517 6 0.3864 0.18277 0 0.480 0.000 0.000 0.000 0.520
#> SRR1400032 3 0.0000 0.89604 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413722 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827 3 0.0000 0.89604 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814794 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509 4 0.0000 0.92093 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808728 5 0.2442 0.72614 0 0.000 0.144 0.000 0.852 0.004
#> SRR1070813 2 0.0000 0.86723 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389133 6 0.5673 -0.05402 0 0.000 0.356 0.000 0.164 0.480
#> SRR601263 3 0.4407 0.29904 0 0.000 0.496 0.000 0.024 0.480
#> SRR604718 4 0.0000 0.92093 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481351 5 0.0000 0.85748 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334608 5 0.0000 0.85748 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658681 5 0.0000 0.85748 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809283 4 0.0000 0.92093 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459300 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547 5 0.0000 0.85748 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811049 5 0.4594 0.36371 0 0.000 0.036 0.000 0.484 0.480
#> SRR1464835 4 0.0000 0.92093 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339619 4 0.3607 0.45541 0 0.348 0.000 0.652 0.000 0.000
#> SRR658501 3 0.0000 0.89604 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447523 3 0.3838 0.38686 0 0.000 0.552 0.000 0.000 0.448
#> SRR1415048 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348 2 0.3647 0.32845 0 0.640 0.000 0.360 0.000 0.000
#> SRR603890 6 0.3864 0.18277 0 0.480 0.000 0.000 0.000 0.520
#> SRR810595 3 0.0000 0.89604 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446244 4 0.3515 0.50581 0 0.324 0.000 0.676 0.000 0.000
#> SRR817373 4 0.0000 0.92093 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457291 4 0.0000 0.92093 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598220 6 0.5817 0.07425 0 0.000 0.208 0.312 0.000 0.480
#> SRR1477991 2 0.0000 0.86723 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598172 2 0.0790 0.84627 0 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1349032 2 0.3868 0.03863 0 0.508 0.000 0.492 0.000 0.000
#> SRR604002 2 0.3854 -0.03500 0 0.536 0.000 0.000 0.000 0.464
#> SRR1378026 5 0.0000 0.85748 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404401 6 0.3864 0.18277 0 0.480 0.000 0.000 0.000 0.520
#> SRR1333240 2 0.3175 0.48870 0 0.744 0.000 0.000 0.256 0.000
#> SRR1089399 2 0.0000 0.86723 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603421 2 0.3659 0.29947 0 0.636 0.000 0.000 0.000 0.364
#> SRR812562 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520 5 0.0000 0.85748 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811839 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317 2 0.0000 0.86723 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436763 4 0.0000 0.92093 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486021 4 0.0000 0.92093 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465018 6 0.3864 0.18277 0 0.480 0.000 0.000 0.000 0.520
#> SRR1080998 5 0.3864 0.41335 0 0.000 0.000 0.000 0.520 0.480
#> SRR1083432 3 0.0000 0.89604 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082833 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536 3 0.0000 0.89604 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614011 2 0.0000 0.86723 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365873 2 0.0146 0.86508 0 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1498789 2 0.0000 0.86723 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601581 4 0.2597 0.72524 0 0.176 0.000 0.824 0.000 0.000
#> SRR603566 5 0.0000 0.85748 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1373981 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410 2 0.2664 0.61624 0 0.816 0.000 0.184 0.000 0.000
#> SRR1076511 4 0.3499 0.56724 0 0.000 0.000 0.680 0.000 0.320
#> SRR614143 5 0.2260 0.76806 0 0.000 0.000 0.000 0.860 0.140
#> SRR1333570 3 0.0000 0.89604 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366813 2 0.0000 0.86723 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388746 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558 3 0.3864 0.33741 0 0.000 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR1409510 3 0.0000 0.89604 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816250 2 0.0000 0.86723 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614131 2 0.3868 0.04089 0 0.508 0.000 0.492 0.000 0.000
#> SRR1331130 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015 3 0.0000 0.89604 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470798 3 0.0363 0.88642 0 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR614179 5 0.0000 0.85748 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1474863 2 0.0000 0.86723 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813560 2 0.0000 0.86723 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312187 4 0.0000 0.92093 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420960 3 0.0000 0.89604 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355102 3 0.0000 0.89604 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084577 5 0.3854 0.20523 0 0.000 0.464 0.000 0.536 0.000
#> SRR659971 2 0.0000 0.86723 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350855 4 0.0000 0.92093 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820779 3 0.0000 0.89604 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476300 3 0.0000 0.89604 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090907 4 0.0000 0.92093 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662294 6 0.3864 0.18277 0 0.480 0.000 0.000 0.000 0.520
#> SRR1480789 5 0.0000 0.85748 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336263 4 0.0000 0.92093 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660776 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508 6 0.3864 0.18277 0 0.480 0.000 0.000 0.000 0.520
#> SRR615563 4 0.0000 0.92093 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101175 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650 5 0.0000 0.85748 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431205 2 0.0713 0.84924 0 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1339856 4 0.0000 0.92093 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352147 2 0.2762 0.60219 0 0.804 0.000 0.196 0.000 0.000
#> SRR808968 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419 2 0.3050 0.58250 0 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR1402391 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609 5 0.0000 0.85748 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2167857 6 0.3864 0.18277 0 0.480 0.000 0.000 0.000 0.520
#> SRR1398752 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437 2 0.0000 0.86723 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416955 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064 4 0.0000 0.92093 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659001 4 0.0000 0.92093 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2170696 4 0.3862 0.33735 0 0.000 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR816589 3 0.0000 0.89604 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1087487 3 0.0000 0.89604 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329485 3 0.0000 0.89604 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816920 4 0.3838 0.37945 0 0.000 0.000 0.552 0.000 0.448
#> SRR1341432 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590 4 0.0000 0.92093 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817046 3 0.3990 0.50811 0 0.000 0.688 0.000 0.284 0.028
#> SRR1471331 3 0.0000 0.89604 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660788 6 0.5673 -0.00467 0 0.000 0.164 0.356 0.000 0.480
#> SRR819234 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853 5 0.0000 0.85748 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809427 4 0.0000 0.92093 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2170217 4 0.0000 0.92093 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1386967 3 0.0363 0.88636 0 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1420344 2 0.0000 0.86723 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334535 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503 4 0.1141 0.87630 0 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000
#> SRR602564 4 0.0000 0.92093 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420669 4 0.0000 0.92093 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819024 3 0.0000 0.89604 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656223 3 0.3695 0.27877 0 0.000 0.624 0.000 0.376 0.000
#> SRR608428 2 0.0547 0.85332 0 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1345647 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324 2 0.2664 0.66798 0 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184
#> SRR1361368 4 0.0000 0.92093 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322619 2 0.0000 0.86723 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349276 4 0.0000 0.92093 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404024 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637 2 0.0000 0.86723 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452631 4 0.0000 0.92093 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR608392 5 0.0000 0.85748 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357757 5 0.1663 0.80264 0 0.000 0.000 0.000 0.912 0.088
#> SRR1074646 4 0.0000 0.92093 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367499 3 0.0000 0.89604 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343501 5 0.0000 0.85748 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394406 6 0.6784 0.08738 0 0.088 0.000 0.268 0.164 0.480
#> SRR1381435 3 0.0000 0.89604 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467407 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422 2 0.4172 0.42424 0 0.680 0.000 0.000 0.040 0.280
#> SRR1380270 5 0.0000 0.85748 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091817 2 0.0000 0.86723 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440137 2 0.0000 0.86723 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614311 4 0.0146 0.91765 0 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1407516 4 0.0000 0.92093 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR815494 3 0.0000 0.89604 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333209 4 0.0000 0.92093 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615177 4 0.3578 0.53861 0 0.000 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR1099648 5 0.1141 0.82127 0 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR659720 5 0.3864 0.41335 0 0.000 0.000 0.000 0.520 0.480
#> SRR2185057 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468 4 0.3864 0.33096 0 0.000 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR660042 3 0.0000 0.89604 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2170864 2 0.0865 0.83813 0 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1440491 4 0.0000 0.92093 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440852 3 0.0000 0.89604 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811169 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311 4 0.0000 0.92093 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR818009 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836 2 0.0000 0.86723 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498313 6 0.3864 0.18277 0 0.480 0.000 0.000 0.000 0.520
#> SRR1441975 2 0.0547 0.85332 0 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR819096 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679 4 0.3782 0.43536 0 0.000 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR1489116 5 0.0000 0.85748 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354138 3 0.0000 0.89604 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490589 3 0.3833 0.39263 0 0.000 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR1412987 4 0.0000 0.92093 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602034 3 0.0000 0.89604 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353437 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871 5 0.3446 0.59906 0 0.000 0.000 0.000 0.692 0.308
#> SRR661577 4 0.0000 0.92093 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR612190 4 0.0000 0.92093 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399880 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787 4 0.0000 0.92093 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657869 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141 3 0.0000 0.89604 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476697 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538 4 0.0632 0.90084 0 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1331422 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859 5 0.4651 0.36092 0 0.000 0.000 0.040 0.480 0.480
#> SRR1097594 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419 3 0.0000 0.89604 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336706 5 0.0000 0.85748 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472976 4 0.0000 0.92093 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321307 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461 3 0.0000 0.89604 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477149 2 0.3851 -0.01581 0 0.540 0.000 0.000 0.000 0.460
#> SRR1457397 5 0.3446 0.54177 0 0.000 0.000 0.000 0.692 0.308
#> SRR661913 3 0.0000 0.89604 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069024 5 0.0000 0.85748 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2165634 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722 3 0.0000 0.89604 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328642 2 0.3023 0.59259 0 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR1488261 3 0.0000 0.89604 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318815 4 0.0000 0.92093 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816945 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432 4 0.0000 0.92093 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359280 2 0.2562 0.68533 0 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR1313910 2 0.0000 0.86723 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457315 4 0.0000 0.92093 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR815398 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958 3 0.0000 0.89604 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600688 4 0.0000 0.92093 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098952 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916 3 0.0000 0.89604 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614167 3 0.0000 0.89604 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348114 2 0.3647 0.33131 0 0.640 0.000 0.360 0.000 0.000
#> SRR658033 2 0.0146 0.86479 0 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1077503 5 0.4392 0.65307 0 0.000 0.136 0.000 0.720 0.144
#> SRR661854 5 0.0000 0.85748 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811379 4 0.0000 0.92093 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318857 2 0.0000 0.86723 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656445 3 0.0000 0.89604 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433044 6 0.3864 0.18277 0 0.480 0.000 0.000 0.000 0.520
#> SRR1486391 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071 3 0.3843 0.38088 0 0.000 0.548 0.000 0.000 0.452
#> SRR1364824 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745 5 0.0000 0.85748 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR601038 5 0.0000 0.85748 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360080 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868 3 0.3864 0.33741 0 0.000 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR1485997 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560 4 0.0000 0.92093 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333330 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513 6 0.5706 -0.04407 0 0.000 0.000 0.348 0.172 0.480
#> SRR1328407 5 0.0000 0.85748 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR602784 5 0.0000 0.85748 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348468 4 0.0000 0.92093 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663717 4 0.2340 0.76752 0 0.148 0.000 0.852 0.000 0.000
#> SRR602217 2 0.2773 0.65275 0 0.828 0.000 0.004 0.164 0.004
#> SRR603140 5 0.4651 0.35771 0 0.000 0.040 0.000 0.480 0.480
#> SRR1340804 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574 3 0.1204 0.84962 0 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1333462 6 0.3864 0.18277 0 0.480 0.000 0.000 0.000 0.520
#> SRR1094601 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610 6 0.6119 0.02116 0 0.000 0.168 0.332 0.020 0.480
#> SRR1435833 4 0.0000 0.92093 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398728 2 0.0000 0.86723 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358343 4 0.2793 0.69782 0 0.200 0.000 0.800 0.000 0.000
#> SRR1410890 2 0.0000 0.86723 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350371 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478 2 0.0000 0.86723 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099260 5 0.0000 0.85748 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433576 3 0.0000 0.89604 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345541 3 0.4225 0.31843 0 0.000 0.508 0.008 0.004 0.480
#> SRR1086328 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391 3 0.0000 0.89604 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476207 6 0.5721 -0.15263 0 0.000 0.176 0.000 0.344 0.480
#> SRR627435 5 0.0000 0.85748 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489862 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191 3 0.0000 0.89604 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490115 6 0.4990 -0.24356 0 0.000 0.452 0.000 0.068 0.480
#> SRR1377714 5 0.0000 0.85748 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR819394 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161 4 0.0000 0.92093 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607042 5 0.0000 0.85748 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR656203 4 0.0000 0.92093 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660602 3 0.0000 0.89604 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440397 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249 2 0.0000 0.86723 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661242 4 0.0000 0.92093 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332007 5 0.0000 0.85748 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809619 4 0.0000 0.92093 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819975 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281 2 0.0547 0.85504 0 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR662366 3 0.0000 0.89604 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317898 3 0.0000 0.89604 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382485 4 0.0000 0.92093 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2166420 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541 3 0.0000 0.89604 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817444 5 0.0000 0.85748 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320403 2 0.2527 0.69034 0 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1101483 2 0.0000 0.86723 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331684 3 0.3175 0.58978 0 0.000 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR1400054 4 0.3860 0.34371 0 0.000 0.000 0.528 0.000 0.472
#> SRR1406088 2 0.0865 0.83395 0 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR820733 4 0.0000 0.92093 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314113 4 0.3864 0.33096 0 0.000 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1382615 5 0.3647 0.45430 0 0.000 0.360 0.000 0.640 0.000
#> SRR1480745 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850 2 0.0000 0.86723 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656782 3 0.4263 0.31199 0 0.000 0.504 0.000 0.016 0.480
#> SRR821364 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295 6 0.3864 0.18277 0 0.480 0.000 0.000 0.000 0.520
#> SRR1357103 5 0.0000 0.85748 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809185 4 0.0000 0.92093 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811583 4 0.0000 0.92093 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468050 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224 2 0.0000 0.86723 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17314 rows and 500 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.3577 0.643 0.643
#> 3 3 1.000 0.981 0.991 0.7251 0.744 0.601
#> 4 4 0.805 0.894 0.928 0.2036 0.849 0.617
#> 5 5 0.862 0.837 0.915 0.0585 0.912 0.682
#> 6 6 0.850 0.827 0.907 0.0348 0.918 0.656
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1500170 2 0 1 0 1
#> SRR1402368 2 0 1 0 1
#> SRR607743 2 0 1 0 1
#> SRR1457375 2 0 1 0 1
#> SRR1470923 1 0 1 1 0
#> SRR817954 1 0 1 1 0
#> SRR809259 1 0 1 1 0
#> SRR1439785 2 0 1 0 1
#> SRR814768 1 0 1 1 0
#> SRR1102031 2 0 1 0 1
#> SRR1363611 2 0 1 0 1
#> SRR1468447 2 0 1 0 1
#> SRR1071931 2 0 1 0 1
#> SRR810981 1 0 1 1 0
#> SRR615299 2 0 1 0 1
#> SRR663585 2 0 1 0 1
#> SRR1326773 2 0 1 0 1
#> SRR1351166 2 0 1 0 1
#> SRR1477452 1 0 1 1 0
#> SRR1084720 2 0 1 0 1
#> SRR1420320 2 0 1 0 1
#> SRR1081712 2 0 1 0 1
#> SRR1318241 2 0 1 0 1
#> SRR1333718 2 0 1 0 1
#> SRR1313514 2 0 1 0 1
#> SRR1477861 2 0 1 0 1
#> SRR1318005 2 0 1 0 1
#> SRR1354665 2 0 1 0 1
#> SRR657707 2 0 1 0 1
#> SRR1370742 2 0 1 0 1
#> SRR1412947 2 0 1 0 1
#> SRR661553 2 0 1 0 1
#> SRR1328869 1 0 1 1 0
#> SRR662211 2 0 1 0 1
#> SRR1348181 2 0 1 0 1
#> SRR1416560 2 0 1 0 1
#> SRR1319772 2 0 1 0 1
#> SRR1091452 2 0 1 0 1
#> SRR1338812 1 0 1 1 0
#> SRR1392072 2 0 1 0 1
#> SRR814844 2 0 1 0 1
#> SRR1376619 2 0 1 0 1
#> SRR603690 2 0 1 0 1
#> SRR2184980 2 0 1 0 1
#> SRR613963 2 0 1 0 1
#> SRR1323422 1 0 1 1 0
#> SRR1397673 2 0 1 0 1
#> SRR1434650 2 0 1 0 1
#> SRR659875 2 0 1 0 1
#> SRR1465734 2 0 1 0 1
#> SRR1076847 2 0 1 0 1
#> SRR1415072 1 0 1 1 0
#> SRR659319 2 0 1 0 1
#> SRR663088 2 0 1 0 1
#> SRR1352021 1 0 1 1 0
#> SRR1325527 1 0 1 1 0
#> SRR1105369 1 0 1 1 0
#> SRR659935 2 0 1 0 1
#> SRR1352530 2 0 1 0 1
#> SRR662594 2 0 1 0 1
#> SRR1095309 1 0 1 1 0
#> SRR615647 2 0 1 0 1
#> SRR813019 2 0 1 0 1
#> SRR1374647 2 0 1 0 1
#> SRR603472 2 0 1 0 1
#> SRR661529 2 0 1 0 1
#> SRR607018 2 0 1 0 1
#> SRR627423 2 0 1 0 1
#> SRR654921 2 0 1 0 1
#> SRR1418968 1 0 1 1 0
#> SRR660871 2 0 1 0 1
#> SRR1330522 2 0 1 0 1
#> SRR1499958 2 0 1 0 1
#> SRR614059 2 0 1 0 1
#> SRR1071403 1 0 1 1 0
#> SRR1486719 2 0 1 0 1
#> SRR1440421 2 0 1 0 1
#> SRR1310412 2 0 1 0 1
#> SRR614767 2 0 1 0 1
#> SRR820709 1 0 1 1 0
#> SRR1471500 1 0 1 1 0
#> SRR658093 2 0 1 0 1
#> SRR1088168 2 0 1 0 1
#> SRR1418707 2 0 1 0 1
#> SRR1354291 2 0 1 0 1
#> SRR2165806 1 0 1 1 0
#> SRR1415684 2 0 1 0 1
#> SRR1433860 2 0 1 0 1
#> SRR1311062 2 0 1 0 1
#> SRR1360359 1 0 1 1 0
#> SRR661385 2 0 1 0 1
#> SRR615407 2 0 1 0 1
#> SRR1413892 2 0 1 0 1
#> SRR1443459 2 0 1 0 1
#> SRR1338942 1 0 1 1 0
#> SRR657480 2 0 1 0 1
#> SRR1399433 2 0 1 0 1
#> SRR818537 2 0 1 0 1
#> SRR1101324 2 0 1 0 1
#> SRR807637 2 0 1 0 1
#> SRR1091918 1 0 1 1 0
#> SRR598300 2 0 1 0 1
#> SRR1085426 1 0 1 1 0
#> SRR1376294 2 0 1 0 1
#> SRR813891 1 0 1 1 0
#> SRR1467431 2 0 1 0 1
#> SRR658742 2 0 1 0 1
#> SRR1419234 1 0 1 1 0
#> SRR1404813 2 0 1 0 1
#> SRR603496 2 0 1 0 1
#> SRR1407758 2 0 1 0 1
#> SRR810945 2 0 1 0 1
#> SRR817234 2 0 1 0 1
#> SRR1444852 2 0 1 0 1
#> SRR660378 2 0 1 0 1
#> SRR1467835 2 0 1 0 1
#> SRR1338964 2 0 1 0 1
#> SRR1079259 2 0 1 0 1
#> SRR1072345 2 0 1 0 1
#> SRR598725 2 0 1 0 1
#> SRR1447938 1 0 1 1 0
#> SRR1356397 1 0 1 1 0
#> SRR1360460 2 0 1 0 1
#> SRR1429468 2 0 1 0 1
#> SRR1446850 2 0 1 0 1
#> SRR1320363 2 0 1 0 1
#> SRR1413810 2 0 1 0 1
#> SRR598831 2 0 1 0 1
#> SRR1381865 1 0 1 1 0
#> SRR660957 2 0 1 0 1
#> SRR1491332 2 0 1 0 1
#> SRR1099744 2 0 1 0 1
#> SRR1464618 2 0 1 0 1
#> SRR1414559 2 0 1 0 1
#> SRR1337540 2 0 1 0 1
#> SRR1444283 1 0 1 1 0
#> SRR2184942 2 0 1 0 1
#> SRR660295 1 0 1 1 0
#> SRR601335 2 0 1 0 1
#> SRR1363742 2 0 1 0 1
#> SRR1345847 2 0 1 0 1
#> SRR614960 2 0 1 0 1
#> SRR819919 1 0 1 1 0
#> SRR603330 2 0 1 0 1
#> SRR1327951 1 0 1 1 0
#> SRR1401885 1 0 1 1 0
#> SRR1345266 2 0 1 0 1
#> SRR1338055 2 0 1 0 1
#> SRR1430157 2 0 1 0 1
#> SRR1320137 2 0 1 0 1
#> SRR1093483 1 0 1 1 0
#> SRR1341080 1 0 1 1 0
#> SRR1459913 2 0 1 0 1
#> SRR2170490 1 0 1 1 0
#> SRR1479845 2 0 1 0 1
#> SRR1436420 1 0 1 1 0
#> SRR1481060 2 0 1 0 1
#> SRR662282 2 0 1 0 1
#> SRR1487089 2 0 1 0 1
#> SRR1075683 1 0 1 1 0
#> SRR1338536 1 0 1 1 0
#> SRR1338880 2 0 1 0 1
#> SRR1453456 2 0 1 0 1
#> SRR1457895 1 0 1 1 0
#> SRR1440603 2 0 1 0 1
#> SRR658633 2 0 1 0 1
#> SRR1388081 2 0 1 0 1
#> SRR813339 2 0 1 0 1
#> SRR809725 1 0 1 1 0
#> SRR627441 2 0 1 0 1
#> SRR613603 2 0 1 0 1
#> SRR1096571 2 0 1 0 1
#> SRR1392701 1 0 1 1 0
#> SRR1344326 1 0 1 1 0
#> SRR1367693 2 0 1 0 1
#> SRR660697 2 0 1 0 1
#> SRR1489926 2 0 1 0 1
#> SRR811491 2 0 1 0 1
#> SRR1311644 2 0 1 0 1
#> SRR1451740 2 0 1 0 1
#> SRR615117 2 0 1 0 1
#> SRR1391748 2 0 1 0 1
#> SRR1466556 2 0 1 0 1
#> SRR614972 2 0 1 0 1
#> SRR1406200 1 0 1 1 0
#> SRR819210 2 0 1 0 1
#> SRR662174 1 0 1 1 0
#> SRR811988 1 0 1 1 0
#> SRR663236 2 0 1 0 1
#> SRR1312598 2 0 1 0 1
#> SRR1330129 2 0 1 0 1
#> SRR1357781 2 0 1 0 1
#> SRR1315517 2 0 1 0 1
#> SRR1400032 2 0 1 0 1
#> SRR1413722 1 0 1 1 0
#> SRR612827 2 0 1 0 1
#> SRR814794 1 0 1 1 0
#> SRR819430 1 0 1 1 0
#> SRR1395509 2 0 1 0 1
#> SRR808728 2 0 1 0 1
#> SRR1070813 2 0 1 0 1
#> SRR1389133 2 0 1 0 1
#> SRR601263 2 0 1 0 1
#> SRR604718 2 0 1 0 1
#> SRR1481351 2 0 1 0 1
#> SRR1334608 2 0 1 0 1
#> SRR658681 2 0 1 0 1
#> SRR809283 2 0 1 0 1
#> SRR1459300 1 0 1 1 0
#> SRR1392547 2 0 1 0 1
#> SRR811049 2 0 1 0 1
#> SRR1464835 2 0 1 0 1
#> SRR1339619 2 0 1 0 1
#> SRR658501 2 0 1 0 1
#> SRR1447523 2 0 1 0 1
#> SRR1415048 1 0 1 1 0
#> SRR1355451 1 0 1 1 0
#> SRR1444348 2 0 1 0 1
#> SRR603890 2 0 1 0 1
#> SRR810595 2 0 1 0 1
#> SRR1446244 2 0 1 0 1
#> SRR817373 2 0 1 0 1
#> SRR1457291 2 0 1 0 1
#> SRR598220 2 0 1 0 1
#> SRR1477991 2 0 1 0 1
#> SRR598172 2 0 1 0 1
#> SRR1349032 2 0 1 0 1
#> SRR604002 2 0 1 0 1
#> SRR1378026 2 0 1 0 1
#> SRR1404401 2 0 1 0 1
#> SRR1333240 2 0 1 0 1
#> SRR1089399 2 0 1 0 1
#> SRR603421 2 0 1 0 1
#> SRR812562 1 0 1 1 0
#> SRR808520 2 0 1 0 1
#> SRR811839 1 0 1 1 0
#> SRR814317 2 0 1 0 1
#> SRR1436763 2 0 1 0 1
#> SRR1486021 2 0 1 0 1
#> SRR1465018 2 0 1 0 1
#> SRR1080998 2 0 1 0 1
#> SRR1083432 2 0 1 0 1
#> SRR1082833 1 0 1 1 0
#> SRR1465804 1 0 1 1 0
#> SRR1326536 2 0 1 0 1
#> SRR614011 2 0 1 0 1
#> SRR1365873 2 0 1 0 1
#> SRR1498789 2 0 1 0 1
#> SRR601581 2 0 1 0 1
#> SRR603566 2 0 1 0 1
#> SRR1373981 1 0 1 1 0
#> SRR821410 2 0 1 0 1
#> SRR1076511 2 0 1 0 1
#> SRR614143 2 0 1 0 1
#> SRR1333570 2 0 1 0 1
#> SRR1366813 2 0 1 0 1
#> SRR1388746 1 0 1 1 0
#> SRR1420558 2 0 1 0 1
#> SRR1409510 2 0 1 0 1
#> SRR816250 2 0 1 0 1
#> SRR614131 2 0 1 0 1
#> SRR1331130 1 0 1 1 0
#> SRR1316015 2 0 1 0 1
#> SRR1470798 2 0 1 0 1
#> SRR614179 2 0 1 0 1
#> SRR1474863 2 0 1 0 1
#> SRR813560 2 0 1 0 1
#> SRR1312187 2 0 1 0 1
#> SRR1420960 2 0 1 0 1
#> SRR1355102 2 0 1 0 1
#> SRR1084577 2 0 1 0 1
#> SRR659971 2 0 1 0 1
#> SRR1350855 2 0 1 0 1
#> SRR820779 2 0 1 0 1
#> SRR1476300 2 0 1 0 1
#> SRR1090907 2 0 1 0 1
#> SRR662294 2 0 1 0 1
#> SRR1480789 2 0 1 0 1
#> SRR1336263 2 0 1 0 1
#> SRR660776 1 0 1 1 0
#> SRR1090508 2 0 1 0 1
#> SRR615563 2 0 1 0 1
#> SRR1101175 1 0 1 1 0
#> SRR2164650 2 0 1 0 1
#> SRR1431205 2 0 1 0 1
#> SRR1339856 2 0 1 0 1
#> SRR1352147 2 0 1 0 1
#> SRR808968 1 0 1 1 0
#> SRR627419 2 0 1 0 1
#> SRR1402391 1 0 1 1 0
#> SRR663609 2 0 1 0 1
#> SRR2167857 2 0 1 0 1
#> SRR1398752 1 0 1 1 0
#> SRR1469169 1 0 1 1 0
#> SRR1405437 2 0 1 0 1
#> SRR1416955 1 0 1 1 0
#> SRR1317064 2 0 1 0 1
#> SRR659001 2 0 1 0 1
#> SRR2170696 2 0 1 0 1
#> SRR816589 2 0 1 0 1
#> SRR1087487 2 0 1 0 1
#> SRR1329485 2 0 1 0 1
#> SRR816920 2 0 1 0 1
#> SRR1341432 1 0 1 1 0
#> SRR1361590 2 0 1 0 1
#> SRR817046 2 0 1 0 1
#> SRR1471331 2 0 1 0 1
#> SRR660788 2 0 1 0 1
#> SRR819234 1 0 1 1 0
#> SRR810853 2 0 1 0 1
#> SRR809427 2 0 1 0 1
#> SRR2170217 2 0 1 0 1
#> SRR1386967 2 0 1 0 1
#> SRR1420344 2 0 1 0 1
#> SRR1334535 1 0 1 1 0
#> SRR614503 2 0 1 0 1
#> SRR602564 2 0 1 0 1
#> SRR1420669 2 0 1 0 1
#> SRR819024 2 0 1 0 1
#> SRR656223 2 0 1 0 1
#> SRR608428 2 0 1 0 1
#> SRR1345647 1 0 1 1 0
#> SRR1389324 2 0 1 0 1
#> SRR1361368 2 0 1 0 1
#> SRR1322619 2 0 1 0 1
#> SRR1349276 2 0 1 0 1
#> SRR1404024 1 0 1 1 0
#> SRR1370637 2 0 1 0 1
#> SRR1452631 2 0 1 0 1
#> SRR608392 2 0 1 0 1
#> SRR1357757 2 0 1 0 1
#> SRR1074646 2 0 1 0 1
#> SRR1367499 2 0 1 0 1
#> SRR1343501 2 0 1 0 1
#> SRR1394406 2 0 1 0 1
#> SRR1381435 2 0 1 0 1
#> SRR1467407 1 0 1 1 0
#> SRR1092422 2 0 1 0 1
#> SRR1380270 2 0 1 0 1
#> SRR1091817 2 0 1 0 1
#> SRR1440137 2 0 1 0 1
#> SRR614311 2 0 1 0 1
#> SRR1407516 2 0 1 0 1
#> SRR815494 2 0 1 0 1
#> SRR1333209 2 0 1 0 1
#> SRR615177 2 0 1 0 1
#> SRR1099648 2 0 1 0 1
#> SRR659720 2 0 1 0 1
#> SRR2185057 1 0 1 1 0
#> SRR1467125 1 0 1 1 0
#> SRR657468 2 0 1 0 1
#> SRR660042 2 0 1 0 1
#> SRR2170864 2 0 1 0 1
#> SRR1440491 2 0 1 0 1
#> SRR1440852 2 0 1 0 1
#> SRR811169 1 0 1 1 0
#> SRR1331311 2 0 1 0 1
#> SRR818009 1 0 1 1 0
#> SRR1351836 2 0 1 0 1
#> SRR1498313 2 0 1 0 1
#> SRR1441975 2 0 1 0 1
#> SRR819096 1 0 1 1 0
#> SRR1073679 2 0 1 0 1
#> SRR1489116 2 0 1 0 1
#> SRR1354138 2 0 1 0 1
#> SRR1490589 2 0 1 0 1
#> SRR1412987 2 0 1 0 1
#> SRR602034 2 0 1 0 1
#> SRR1353437 1 0 1 1 0
#> SRR1072871 2 0 1 0 1
#> SRR661577 2 0 1 0 1
#> SRR612190 2 0 1 0 1
#> SRR1399880 1 0 1 1 0
#> SRR1101787 2 0 1 0 1
#> SRR657869 1 0 1 1 0
#> SRR1446332 1 0 1 1 0
#> SRR816039 1 0 1 1 0
#> SRR1485141 2 0 1 0 1
#> SRR1476697 1 0 1 1 0
#> SRR1379538 2 0 1 0 1
#> SRR1331422 1 0 1 1 0
#> SRR660859 2 0 1 0 1
#> SRR1097594 1 0 1 1 0
#> SRR1311419 2 0 1 0 1
#> SRR1336706 2 0 1 0 1
#> SRR1472976 2 0 1 0 1
#> SRR1321307 1 0 1 1 0
#> SRR807493 1 0 1 1 0
#> SRR812461 2 0 1 0 1
#> SRR1477149 2 0 1 0 1
#> SRR1457397 2 0 1 0 1
#> SRR661913 2 0 1 0 1
#> SRR1069024 2 0 1 0 1
#> SRR2165634 1 0 1 1 0
#> SRR1478722 2 0 1 0 1
#> SRR1328642 2 0 1 0 1
#> SRR1488261 2 0 1 0 1
#> SRR1318815 2 0 1 0 1
#> SRR816945 1 0 1 1 0
#> SRR1367432 2 0 1 0 1
#> SRR1359280 2 0 1 0 1
#> SRR1313910 2 0 1 0 1
#> SRR1457315 2 0 1 0 1
#> SRR815398 1 0 1 1 0
#> SRR656958 2 0 1 0 1
#> SRR600688 2 0 1 0 1
#> SRR1098952 1 0 1 1 0
#> SRR1314916 2 0 1 0 1
#> SRR614167 2 0 1 0 1
#> SRR1348114 2 0 1 0 1
#> SRR658033 2 0 1 0 1
#> SRR1077503 2 0 1 0 1
#> SRR661854 2 0 1 0 1
#> SRR811379 2 0 1 0 1
#> SRR1318857 2 0 1 0 1
#> SRR656445 2 0 1 0 1
#> SRR1433044 2 0 1 0 1
#> SRR1486391 1 0 1 1 0
#> SRR656071 2 0 1 0 1
#> SRR1364824 1 0 1 1 0
#> SRR1379133 1 0 1 1 0
#> SRR1394169 1 0 1 1 0
#> SRR816745 2 0 1 0 1
#> SRR601038 2 0 1 0 1
#> SRR1360080 1 0 1 1 0
#> SRR814868 2 0 1 0 1
#> SRR1485997 1 0 1 1 0
#> SRR1435560 2 0 1 0 1
#> SRR1333330 1 0 1 1 0
#> SRR663513 2 0 1 0 1
#> SRR1328407 2 0 1 0 1
#> SRR602784 2 0 1 0 1
#> SRR1348468 2 0 1 0 1
#> SRR663717 2 0 1 0 1
#> SRR602217 2 0 1 0 1
#> SRR603140 2 0 1 0 1
#> SRR1340804 1 0 1 1 0
#> SRR1457574 2 0 1 0 1
#> SRR1333462 2 0 1 0 1
#> SRR1094601 1 0 1 1 0
#> SRR1434610 2 0 1 0 1
#> SRR1435833 2 0 1 0 1
#> SRR1398728 2 0 1 0 1
#> SRR1358343 2 0 1 0 1
#> SRR1410890 2 0 1 0 1
#> SRR1350371 1 0 1 1 0
#> SRR1392478 2 0 1 0 1
#> SRR1099260 2 0 1 0 1
#> SRR1433576 2 0 1 0 1
#> SRR1345541 2 0 1 0 1
#> SRR1086328 1 0 1 1 0
#> SRR810391 2 0 1 0 1
#> SRR1476207 2 0 1 0 1
#> SRR627435 2 0 1 0 1
#> SRR1489862 1 0 1 1 0
#> SRR1419086 1 0 1 1 0
#> SRR1436539 1 0 1 1 0
#> SRR1396191 2 0 1 0 1
#> SRR1490115 2 0 1 0 1
#> SRR1377714 2 0 1 0 1
#> SRR819394 1 0 1 1 0
#> SRR663161 2 0 1 0 1
#> SRR607042 2 0 1 0 1
#> SRR656203 2 0 1 0 1
#> SRR660602 2 0 1 0 1
#> SRR1440397 1 0 1 1 0
#> SRR1369264 1 0 1 1 0
#> SRR809233 1 0 1 1 0
#> SRR663249 2 0 1 0 1
#> SRR661242 2 0 1 0 1
#> SRR1332007 2 0 1 0 1
#> SRR809619 2 0 1 0 1
#> SRR819975 1 0 1 1 0
#> SRR599281 2 0 1 0 1
#> SRR662366 2 0 1 0 1
#> SRR1317898 2 0 1 0 1
#> SRR1382485 2 0 1 0 1
#> SRR2166420 1 0 1 1 0
#> SRR1419429 1 0 1 1 0
#> SRR1092541 2 0 1 0 1
#> SRR817444 2 0 1 0 1
#> SRR1320403 2 0 1 0 1
#> SRR1101483 2 0 1 0 1
#> SRR1331684 2 0 1 0 1
#> SRR1400054 2 0 1 0 1
#> SRR1406088 2 0 1 0 1
#> SRR820733 2 0 1 0 1
#> SRR1314113 2 0 1 0 1
#> SRR1382615 2 0 1 0 1
#> SRR1480745 1 0 1 1 0
#> SRR1468850 2 0 1 0 1
#> SRR656782 2 0 1 0 1
#> SRR821364 1 0 1 1 0
#> SRR1101106 1 0 1 1 0
#> SRR659295 2 0 1 0 1
#> SRR1357103 2 0 1 0 1
#> SRR809185 2 0 1 0 1
#> SRR811583 2 0 1 0 1
#> SRR1468050 1 0 1 1 0
#> SRR1440224 2 0 1 0 1
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1500170 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1402368 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR607743 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1457375 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1470923 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR817954 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR809259 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1439785 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR814768 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1102031 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1363611 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1468447 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1071931 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR810981 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR615299 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR663585 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR1326773 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1351166 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1477452 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1084720 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR1420320 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1081712 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1318241 2 0.0592 0.975 0 0.988 0.012
#> SRR1333718 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR1313514 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1477861 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1318005 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1354665 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR657707 2 0.3192 0.880 0 0.888 0.112
#> SRR1370742 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR1412947 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR661553 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1328869 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR662211 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1348181 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR1416560 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR1319772 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR1091452 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1338812 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1392072 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR814844 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1376619 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR603690 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR2184980 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR613963 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1323422 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1397673 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR1434650 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR659875 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR1465734 2 0.3340 0.871 0 0.880 0.120
#> SRR1076847 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1415072 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR659319 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR663088 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1352021 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR659935 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1352530 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR662594 2 0.1643 0.948 0 0.956 0.044
#> SRR1095309 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR615647 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR813019 2 0.3412 0.866 0 0.876 0.124
#> SRR1374647 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR603472 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR661529 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR607018 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR627423 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR654921 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1418968 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR660871 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR1330522 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR1499958 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR614059 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR1071403 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1486719 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1440421 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1310412 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR614767 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR820709 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR658093 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR1088168 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR1418707 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1354291 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR2165806 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1415684 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1433860 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR1311062 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1360359 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR661385 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR615407 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1413892 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR1443459 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1338942 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR657480 2 0.3879 0.832 0 0.848 0.152
#> SRR1399433 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR818537 2 0.5098 0.693 0 0.752 0.248
#> SRR1101324 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR807637 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1091918 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR598300 2 0.2959 0.892 0 0.900 0.100
#> SRR1085426 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR813891 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1467431 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR658742 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1419234 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1404813 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR603496 2 0.2165 0.929 0 0.936 0.064
#> SRR1407758 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR810945 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR817234 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1444852 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR660378 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR1467835 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1338964 2 0.3816 0.837 0 0.852 0.148
#> SRR1079259 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1072345 2 0.1289 0.958 0 0.968 0.032
#> SRR598725 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR1447938 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1360460 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1429468 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1446850 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1320363 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR1413810 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR598831 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1381865 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR660957 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR1491332 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR1099744 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1464618 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1414559 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1337540 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1444283 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2184942 2 0.6299 0.131 0 0.524 0.476
#> SRR660295 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR601335 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR1363742 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR1345847 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR614960 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR819919 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR603330 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1327951 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1345266 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1338055 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1430157 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1320137 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1093483 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1459913 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR2170490 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1479845 2 0.4555 0.768 0 0.800 0.200
#> SRR1436420 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1481060 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR662282 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR1487089 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1075683 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1338536 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1338880 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1453456 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR1457895 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1440603 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR658633 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1388081 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR813339 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR809725 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR627441 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR613603 2 0.3192 0.880 0 0.888 0.112
#> SRR1096571 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR1392701 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1344326 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1367693 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR660697 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1489926 2 0.2625 0.909 0 0.916 0.084
#> SRR811491 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR1311644 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1451740 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR615117 2 0.1411 0.955 0 0.964 0.036
#> SRR1391748 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1466556 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR614972 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR1406200 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR819210 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR662174 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR811988 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR663236 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1312598 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1330129 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1357781 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1315517 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1400032 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR1413722 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR612827 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR814794 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR819430 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1395509 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR808728 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR1070813 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1389133 2 0.3619 0.852 0 0.864 0.136
#> SRR601263 2 0.3551 0.857 0 0.868 0.132
#> SRR604718 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1481351 2 0.4931 0.719 0 0.768 0.232
#> SRR1334608 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR658681 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR809283 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1459300 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1392547 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR811049 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1464835 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1339619 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR658501 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR1447523 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR1415048 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1444348 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR603890 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR810595 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR1446244 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR817373 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1457291 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR598220 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1477991 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR598172 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1349032 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR604002 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1378026 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR1404401 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1333240 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1089399 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR603421 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR812562 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR808520 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR811839 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR814317 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1436763 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1486021 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1465018 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1080998 2 0.2796 0.901 0 0.908 0.092
#> SRR1083432 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR1082833 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1326536 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR614011 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1365873 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1498789 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR601581 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR603566 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR1373981 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR821410 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1076511 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR614143 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1333570 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR1366813 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1388746 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1420558 2 0.1964 0.937 0 0.944 0.056
#> SRR1409510 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR816250 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR614131 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1331130 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1316015 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR1470798 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR614179 3 0.1031 0.966 0 0.024 0.976
#> SRR1474863 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR813560 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1312187 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1420960 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR1355102 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR1084577 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR659971 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1350855 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR820779 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR1476300 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR1090907 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR662294 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1480789 3 0.5760 0.492 0 0.328 0.672
#> SRR1336263 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR660776 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1090508 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR615563 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1101175 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR2164650 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR1431205 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1339856 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1352147 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR808968 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR627419 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1402391 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR663609 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR2167857 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1398752 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1405437 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1416955 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1317064 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR659001 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR2170696 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR816589 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR1087487 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR1329485 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR816920 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1341432 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1361590 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR817046 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR1471331 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR660788 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR819234 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR810853 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR809427 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR2170217 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1386967 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR1420344 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1334535 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR614503 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR602564 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1420669 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR819024 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR656223 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR608428 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1345647 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1389324 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1361368 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1322619 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1349276 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1404024 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1370637 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1452631 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR608392 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR1357757 2 0.1289 0.958 0 0.968 0.032
#> SRR1074646 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1367499 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR1343501 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR1394406 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1381435 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR1467407 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1092422 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1380270 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR1091817 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1440137 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR614311 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1407516 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR815494 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR1333209 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR615177 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1099648 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR659720 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR2185057 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1467125 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR657468 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR660042 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR2170864 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1440491 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1440852 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR811169 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1331311 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR818009 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1351836 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1498313 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1441975 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR819096 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1073679 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1489116 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR1354138 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR1490589 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR1412987 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR602034 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR1353437 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1072871 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR661577 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR612190 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1399880 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1101787 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR657869 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1446332 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR816039 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1485141 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR1476697 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1379538 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1331422 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR660859 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1097594 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1311419 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR1336706 3 0.0237 0.991 0 0.004 0.996
#> SRR1472976 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1321307 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR807493 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR812461 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR1477149 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1457397 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR661913 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR1069024 3 0.1529 0.946 0 0.040 0.960
#> SRR2165634 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1478722 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR1328642 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1488261 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR1318815 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR816945 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1367432 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1359280 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1313910 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1457315 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR815398 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR656958 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR600688 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1098952 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1314916 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR614167 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR1348114 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR658033 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1077503 2 0.4555 0.768 0 0.800 0.200
#> SRR661854 2 0.1529 0.951 0 0.960 0.040
#> SRR811379 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1318857 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR656445 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR1433044 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1486391 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR656071 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR1364824 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR816745 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR601038 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR1360080 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR814868 2 0.4654 0.756 0 0.792 0.208
#> SRR1485997 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1435560 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1333330 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR663513 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1328407 2 0.2356 0.921 0 0.928 0.072
#> SRR602784 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR1348468 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR663717 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR602217 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR603140 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1340804 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1457574 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR1333462 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1094601 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1434610 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1435833 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1398728 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1358343 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1410890 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1350371 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1392478 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1099260 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR1433576 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1345541 2 0.0424 0.978 0 0.992 0.008
#> SRR1086328 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR810391 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR1476207 2 0.3116 0.884 0 0.892 0.108
#> SRR627435 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1489862 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1419086 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1396191 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR1490115 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR1377714 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR819394 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR663161 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR607042 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR656203 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR660602 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR1440397 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1369264 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR809233 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR663249 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR661242 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1332007 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR809619 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR819975 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR599281 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR662366 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR1317898 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR1382485 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR2166420 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1419429 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1092541 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR817444 2 0.5785 0.531 0 0.668 0.332
#> SRR1320403 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1101483 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1331684 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR1400054 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1406088 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR820733 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1314113 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1382615 3 0.0000 0.996 0 0.000 1.000
#> SRR1480745 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1468850 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR656782 2 0.3412 0.866 0 0.876 0.124
#> SRR821364 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR659295 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1357103 2 0.3482 0.862 0 0.872 0.128
#> SRR809185 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR811583 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
#> SRR1468050 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000
#> SRR1440224 2 0.0000 0.985 0 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1500170 2 0.2921 0.8962 0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1402368 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR607743 4 0.0804 0.8523 0 0.012 0.008 0.980
#> SRR1457375 2 0.2921 0.8962 0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1470923 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR814768 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031 2 0.2921 0.8962 0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1363611 4 0.4331 0.6602 0 0.288 0.000 0.712
#> SRR1468447 2 0.1557 0.8586 0 0.944 0.000 0.056
#> SRR1071931 4 0.2345 0.8647 0 0.100 0.000 0.900
#> SRR810981 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299 2 0.1637 0.8472 0 0.940 0.000 0.060
#> SRR663585 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326773 4 0.1940 0.8675 0 0.076 0.000 0.924
#> SRR1351166 2 0.2921 0.8962 0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1477452 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420320 4 0.3726 0.7713 0 0.212 0.000 0.788
#> SRR1081712 2 0.2921 0.8962 0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1318241 4 0.1151 0.8514 0 0.008 0.024 0.968
#> SRR1333718 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313514 2 0.2345 0.7985 0 0.900 0.000 0.100
#> SRR1477861 3 0.6750 0.3777 0 0.356 0.540 0.104
#> SRR1318005 2 0.2345 0.7985 0 0.900 0.000 0.100
#> SRR1354665 2 0.2921 0.8962 0 0.860 0.000 0.140
#> SRR657707 4 0.2737 0.8046 0 0.008 0.104 0.888
#> SRR1370742 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1412947 2 0.2921 0.8962 0 0.860 0.000 0.140
#> SRR661553 4 0.1867 0.8671 0 0.072 0.000 0.928
#> SRR1328869 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211 2 0.2921 0.8962 0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1348181 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416560 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319772 3 0.0188 0.9714 0 0.000 0.996 0.004
#> SRR1091452 4 0.2408 0.8629 0 0.104 0.000 0.896
#> SRR1338812 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072 2 0.0336 0.8359 0 0.992 0.000 0.008
#> SRR814844 4 0.2345 0.8647 0 0.100 0.000 0.900
#> SRR1376619 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR603690 4 0.2345 0.8647 0 0.100 0.000 0.900
#> SRR2184980 2 0.2921 0.8962 0 0.860 0.000 0.140
#> SRR613963 4 0.0000 0.8598 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1323422 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434650 2 0.5160 0.6555 0 0.760 0.136 0.104
#> SRR659875 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465734 4 0.1970 0.8331 0 0.008 0.060 0.932
#> SRR1076847 2 0.2345 0.7985 0 0.900 0.000 0.100
#> SRR1415072 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR663088 4 0.0000 0.8598 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352021 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935 4 0.2589 0.8562 0 0.116 0.000 0.884
#> SRR1352530 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR662594 4 0.1635 0.8393 0 0.008 0.044 0.948
#> SRR1095309 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR813019 4 0.6081 0.5661 0 0.088 0.260 0.652
#> SRR1374647 2 0.3610 0.8477 0 0.800 0.000 0.200
#> SRR603472 2 0.2345 0.7985 0 0.900 0.000 0.100
#> SRR661529 4 0.0336 0.8569 0 0.008 0.000 0.992
#> SRR607018 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR627423 4 0.3837 0.6367 0 0.224 0.000 0.776
#> SRR654921 4 0.2345 0.8647 0 0.100 0.000 0.900
#> SRR1418968 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330522 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499958 2 0.2921 0.8962 0 0.860 0.000 0.140
#> SRR614059 3 0.0336 0.9689 0 0.000 0.992 0.008
#> SRR1071403 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719 2 0.2921 0.8962 0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1440421 2 0.1557 0.8215 0 0.944 0.000 0.056
#> SRR1310412 4 0.0937 0.8505 0 0.012 0.012 0.976
#> SRR614767 2 0.2921 0.8962 0 0.860 0.000 0.140
#> SRR820709 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093 3 0.0188 0.9714 0 0.000 0.996 0.004
#> SRR1088168 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418707 2 0.2921 0.8962 0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1354291 2 0.2345 0.7985 0 0.900 0.000 0.100
#> SRR2165806 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684 4 0.2345 0.8647 0 0.100 0.000 0.900
#> SRR1433860 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311062 2 0.2814 0.8929 0 0.868 0.000 0.132
#> SRR1360359 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR615407 2 0.2921 0.8962 0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1413892 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443459 2 0.2921 0.8962 0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1338942 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480 4 0.3142 0.7839 0 0.008 0.132 0.860
#> SRR1399433 4 0.2530 0.8586 0 0.112 0.000 0.888
#> SRR818537 3 0.4662 0.8074 0 0.112 0.796 0.092
#> SRR1101324 4 0.0188 0.8587 0 0.004 0.000 0.996
#> SRR807637 4 0.0188 0.8587 0 0.004 0.000 0.996
#> SRR1091918 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300 4 0.2198 0.8238 0 0.008 0.072 0.920
#> SRR1085426 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.2921 0.8962 0 0.860 0.000 0.140
#> SRR813891 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431 4 0.4804 0.4564 0 0.384 0.000 0.616
#> SRR658742 4 0.0000 0.8598 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419234 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813 2 0.2921 0.8962 0 0.860 0.000 0.140
#> SRR603496 4 0.5200 0.6027 0 0.036 0.264 0.700
#> SRR1407758 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR810945 2 0.3873 0.8318 0 0.772 0.000 0.228
#> SRR817234 2 0.2345 0.7985 0 0.900 0.000 0.100
#> SRR1444852 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR660378 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467835 2 0.2921 0.8962 0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1338964 4 0.3249 0.7768 0 0.008 0.140 0.852
#> SRR1079259 4 0.1211 0.8628 0 0.040 0.000 0.960
#> SRR1072345 4 0.1545 0.8419 0 0.008 0.040 0.952
#> SRR598725 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447938 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460 4 0.2345 0.8647 0 0.100 0.000 0.900
#> SRR1429468 2 0.2921 0.8962 0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1446850 2 0.2921 0.8962 0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1320363 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413810 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR598831 2 0.2921 0.8962 0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1381865 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1491332 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099744 2 0.2921 0.8962 0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1464618 2 0.4877 0.3410 0 0.592 0.000 0.408
#> SRR1414559 4 0.0188 0.8587 0 0.004 0.000 0.996
#> SRR1337540 4 0.0188 0.8587 0 0.004 0.000 0.996
#> SRR1444283 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942 4 0.3498 0.7564 0 0.008 0.160 0.832
#> SRR660295 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363742 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345847 4 0.4072 0.7090 0 0.252 0.000 0.748
#> SRR614960 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR819919 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330 2 0.2345 0.7985 0 0.900 0.000 0.100
#> SRR1327951 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266 2 0.2921 0.8962 0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1338055 2 0.2408 0.8000 0 0.896 0.000 0.104
#> SRR1430157 2 0.2921 0.8962 0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1320137 2 0.3975 0.8372 0 0.760 0.000 0.240
#> SRR1093483 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170490 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845 4 0.3545 0.7535 0 0.008 0.164 0.828
#> SRR1436420 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060 3 0.0188 0.9714 0 0.000 0.996 0.004
#> SRR662282 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487089 4 0.2345 0.8647 0 0.100 0.000 0.900
#> SRR1075683 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880 2 0.2921 0.8962 0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1453456 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457895 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603 3 0.6822 0.3045 0 0.384 0.512 0.104
#> SRR658633 2 0.2921 0.8962 0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1388081 4 0.2345 0.8647 0 0.100 0.000 0.900
#> SRR813339 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR809725 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441 2 0.2345 0.7985 0 0.900 0.000 0.100
#> SRR613603 4 0.1970 0.8305 0 0.008 0.060 0.932
#> SRR1096571 3 0.0707 0.9622 0 0.020 0.980 0.000
#> SRR1392701 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693 2 0.2921 0.8962 0 0.860 0.000 0.140
#> SRR660697 4 0.4661 0.5457 0 0.348 0.000 0.652
#> SRR1489926 4 0.3862 0.7552 0 0.024 0.152 0.824
#> SRR811491 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311644 4 0.0188 0.8587 0 0.004 0.000 0.996
#> SRR1451740 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR615117 3 0.6794 0.3281 0 0.372 0.524 0.104
#> SRR1391748 4 0.2345 0.8647 0 0.100 0.000 0.900
#> SRR1466556 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR614972 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406200 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210 4 0.2408 0.8629 0 0.104 0.000 0.896
#> SRR662174 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236 4 0.1637 0.8674 0 0.060 0.000 0.940
#> SRR1312598 2 0.2921 0.8962 0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1330129 2 0.2345 0.7985 0 0.900 0.000 0.100
#> SRR1357781 2 0.2345 0.7985 0 0.900 0.000 0.100
#> SRR1315517 2 0.2345 0.7985 0 0.900 0.000 0.100
#> SRR1400032 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413722 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR814794 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509 4 0.4222 0.6924 0 0.272 0.000 0.728
#> SRR808728 3 0.1389 0.9365 0 0.000 0.952 0.048
#> SRR1070813 2 0.2921 0.8962 0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1389133 4 0.2675 0.8060 0 0.008 0.100 0.892
#> SRR601263 4 0.2675 0.8089 0 0.008 0.100 0.892
#> SRR604718 4 0.2345 0.8647 0 0.100 0.000 0.900
#> SRR1481351 3 0.3616 0.8272 0 0.036 0.852 0.112
#> SRR1334608 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR658681 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR809283 4 0.2345 0.8647 0 0.100 0.000 0.900
#> SRR1459300 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547 3 0.0188 0.9714 0 0.000 0.996 0.004
#> SRR811049 4 0.1151 0.8468 0 0.008 0.024 0.968
#> SRR1464835 4 0.2345 0.8647 0 0.100 0.000 0.900
#> SRR1339619 2 0.2921 0.8962 0 0.860 0.000 0.140
#> SRR658501 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447523 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415048 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348 2 0.2921 0.8962 0 0.860 0.000 0.140
#> SRR603890 2 0.2345 0.7985 0 0.900 0.000 0.100
#> SRR810595 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446244 2 0.2921 0.8962 0 0.860 0.000 0.140
#> SRR817373 4 0.2345 0.8647 0 0.100 0.000 0.900
#> SRR1457291 4 0.4992 0.1296 0 0.476 0.000 0.524
#> SRR598220 4 0.1302 0.8655 0 0.044 0.000 0.956
#> SRR1477991 2 0.2921 0.8962 0 0.860 0.000 0.140
#> SRR598172 2 0.2011 0.8518 0 0.920 0.000 0.080
#> SRR1349032 2 0.2921 0.8962 0 0.860 0.000 0.140
#> SRR604002 2 0.2345 0.7985 0 0.900 0.000 0.100
#> SRR1378026 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404401 2 0.2345 0.7985 0 0.900 0.000 0.100
#> SRR1333240 2 0.2408 0.8000 0 0.896 0.000 0.104
#> SRR1089399 2 0.2921 0.8962 0 0.860 0.000 0.140
#> SRR603421 2 0.2345 0.7985 0 0.900 0.000 0.100
#> SRR812562 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520 3 0.0188 0.9714 0 0.000 0.996 0.004
#> SRR811839 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317 2 0.2921 0.8962 0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1436763 4 0.2345 0.8647 0 0.100 0.000 0.900
#> SRR1486021 4 0.3726 0.7659 0 0.212 0.000 0.788
#> SRR1465018 2 0.2408 0.8005 0 0.896 0.000 0.104
#> SRR1080998 4 0.2799 0.8001 0 0.008 0.108 0.884
#> SRR1083432 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082833 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR614011 2 0.2921 0.8962 0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1365873 2 0.3172 0.8859 0 0.840 0.000 0.160
#> SRR1498789 2 0.2921 0.8962 0 0.860 0.000 0.140
#> SRR601581 4 0.4746 0.4977 0 0.368 0.000 0.632
#> SRR603566 3 0.3198 0.8886 0 0.080 0.880 0.040
#> SRR1373981 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410 2 0.2921 0.8962 0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1076511 4 0.0188 0.8587 0 0.004 0.000 0.996
#> SRR614143 4 0.2214 0.8300 0 0.028 0.044 0.928
#> SRR1333570 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366813 2 0.2921 0.8962 0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1388746 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558 4 0.1356 0.8445 0 0.008 0.032 0.960
#> SRR1409510 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR816250 2 0.2921 0.8962 0 0.860 0.000 0.140
#> SRR614131 4 0.4866 0.3426 0 0.404 0.000 0.596
#> SRR1331130 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470798 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR614179 3 0.2714 0.8928 0 0.112 0.884 0.004
#> SRR1474863 2 0.2921 0.8962 0 0.860 0.000 0.140
#> SRR813560 2 0.2921 0.8962 0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1312187 4 0.4941 0.2914 0 0.436 0.000 0.564
#> SRR1420960 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355102 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084577 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR659971 2 0.2921 0.8962 0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1350855 4 0.2345 0.8647 0 0.100 0.000 0.900
#> SRR820779 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476300 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090907 4 0.2530 0.8586 0 0.112 0.000 0.888
#> SRR662294 2 0.2345 0.7985 0 0.900 0.000 0.100
#> SRR1480789 3 0.2988 0.8863 0 0.112 0.876 0.012
#> SRR1336263 4 0.2345 0.8647 0 0.100 0.000 0.900
#> SRR660776 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508 2 0.2345 0.7985 0 0.900 0.000 0.100
#> SRR615563 4 0.2345 0.8647 0 0.100 0.000 0.900
#> SRR1101175 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650 3 0.1109 0.9546 0 0.028 0.968 0.004
#> SRR1431205 2 0.2973 0.8889 0 0.856 0.000 0.144
#> SRR1339856 4 0.4477 0.6220 0 0.312 0.000 0.688
#> SRR1352147 2 0.2921 0.8962 0 0.860 0.000 0.140
#> SRR808968 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419 2 0.1118 0.8278 0 0.964 0.000 0.036
#> SRR1402391 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609 3 0.0921 0.9570 0 0.028 0.972 0.000
#> SRR2167857 2 0.2345 0.7985 0 0.900 0.000 0.100
#> SRR1398752 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437 2 0.2921 0.8962 0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1416955 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064 4 0.4277 0.6790 0 0.280 0.000 0.720
#> SRR659001 4 0.2345 0.8647 0 0.100 0.000 0.900
#> SRR2170696 4 0.0469 0.8624 0 0.012 0.000 0.988
#> SRR816589 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087487 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329485 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR816920 4 0.2345 0.8647 0 0.100 0.000 0.900
#> SRR1341432 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590 4 0.2345 0.8647 0 0.100 0.000 0.900
#> SRR817046 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471331 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR660788 4 0.0188 0.8587 0 0.004 0.000 0.996
#> SRR819234 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853 3 0.2385 0.9202 0 0.052 0.920 0.028
#> SRR809427 4 0.2345 0.8647 0 0.100 0.000 0.900
#> SRR2170217 4 0.2345 0.8647 0 0.100 0.000 0.900
#> SRR1386967 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420344 2 0.2921 0.8962 0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1334535 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503 4 0.3219 0.8069 0 0.164 0.000 0.836
#> SRR602564 4 0.0000 0.8598 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420669 4 0.2345 0.8647 0 0.100 0.000 0.900
#> SRR819024 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR656223 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR608428 2 0.2921 0.8962 0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1345647 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324 2 0.2345 0.7985 0 0.900 0.000 0.100
#> SRR1361368 2 0.2921 0.8962 0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1322619 2 0.2921 0.8962 0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1349276 4 0.2345 0.8647 0 0.100 0.000 0.900
#> SRR1404024 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637 2 0.2921 0.8962 0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1452631 4 0.2345 0.8647 0 0.100 0.000 0.900
#> SRR608392 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357757 4 0.3659 0.7666 0 0.024 0.136 0.840
#> SRR1074646 4 0.2345 0.8647 0 0.100 0.000 0.900
#> SRR1367499 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343501 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394406 4 0.0469 0.8549 0 0.012 0.000 0.988
#> SRR1381435 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467407 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422 2 0.2345 0.7985 0 0.900 0.000 0.100
#> SRR1380270 3 0.2342 0.9151 0 0.080 0.912 0.008
#> SRR1091817 2 0.2921 0.8962 0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1440137 2 0.2921 0.8962 0 0.860 0.000 0.140
#> SRR614311 2 0.2921 0.8962 0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1407516 4 0.2149 0.8663 0 0.088 0.000 0.912
#> SRR815494 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333209 4 0.2345 0.8647 0 0.100 0.000 0.900
#> SRR615177 4 0.0000 0.8598 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099648 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR659720 4 0.1284 0.8434 0 0.024 0.012 0.964
#> SRR2185057 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468 4 0.0188 0.8587 0 0.004 0.000 0.996
#> SRR660042 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170864 2 0.2921 0.8962 0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1440491 4 0.2345 0.8647 0 0.100 0.000 0.900
#> SRR1440852 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR811169 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311 4 0.3873 0.7522 0 0.228 0.000 0.772
#> SRR818009 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836 2 0.2921 0.8962 0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1498313 2 0.2345 0.7985 0 0.900 0.000 0.100
#> SRR1441975 2 0.2921 0.8962 0 0.860 0.000 0.140
#> SRR819096 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679 4 0.2081 0.8669 0 0.084 0.000 0.916
#> SRR1489116 3 0.0188 0.9719 0 0.004 0.996 0.000
#> SRR1354138 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490589 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1412987 4 0.2345 0.8647 0 0.100 0.000 0.900
#> SRR602034 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353437 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871 4 0.2032 0.8334 0 0.028 0.036 0.936
#> SRR661577 4 0.2345 0.8647 0 0.100 0.000 0.900
#> SRR612190 4 0.1940 0.8670 0 0.076 0.000 0.924
#> SRR1399880 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787 4 0.2345 0.8647 0 0.100 0.000 0.900
#> SRR657869 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476697 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538 2 0.4985 0.1051 0 0.532 0.000 0.468
#> SRR1331422 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859 4 0.0657 0.8537 0 0.012 0.004 0.984
#> SRR1097594 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336706 3 0.2530 0.9027 0 0.100 0.896 0.004
#> SRR1472976 4 0.2345 0.8647 0 0.100 0.000 0.900
#> SRR1321307 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477149 2 0.2345 0.7985 0 0.900 0.000 0.100
#> SRR1457397 2 0.2675 0.7923 0 0.892 0.008 0.100
#> SRR661913 3 0.0469 0.9666 0 0.012 0.988 0.000
#> SRR1069024 3 0.3616 0.8649 0 0.112 0.852 0.036
#> SRR2165634 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328642 2 0.2149 0.8771 0 0.912 0.000 0.088
#> SRR1488261 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318815 4 0.2345 0.8647 0 0.100 0.000 0.900
#> SRR816945 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432 4 0.2011 0.8669 0 0.080 0.000 0.920
#> SRR1359280 2 0.2408 0.8042 0 0.896 0.000 0.104
#> SRR1313910 2 0.2921 0.8962 0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1457315 4 0.1940 0.8670 0 0.076 0.000 0.924
#> SRR815398 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR600688 4 0.0000 0.8598 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098952 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR614167 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348114 2 0.2921 0.8962 0 0.860 0.000 0.140
#> SRR658033 4 0.4406 0.6009 0 0.300 0.000 0.700
#> SRR1077503 4 0.2859 0.8001 0 0.008 0.112 0.880
#> SRR661854 4 0.3862 0.7552 0 0.024 0.152 0.824
#> SRR811379 4 0.2469 0.8608 0 0.108 0.000 0.892
#> SRR1318857 2 0.2921 0.8962 0 0.860 0.000 0.140
#> SRR656445 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433044 2 0.2345 0.7985 0 0.900 0.000 0.100
#> SRR1486391 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071 3 0.2281 0.8918 0 0.000 0.904 0.096
#> SRR1364824 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745 3 0.2845 0.9021 0 0.076 0.896 0.028
#> SRR601038 3 0.2402 0.9151 0 0.076 0.912 0.012
#> SRR1360080 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868 4 0.3498 0.7578 0 0.008 0.160 0.832
#> SRR1485997 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560 4 0.2345 0.8647 0 0.100 0.000 0.900
#> SRR1333330 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513 4 0.0657 0.8537 0 0.012 0.004 0.984
#> SRR1328407 4 0.6873 0.3929 0 0.272 0.148 0.580
#> SRR602784 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348468 4 0.2345 0.8647 0 0.100 0.000 0.900
#> SRR663717 2 0.4382 0.6489 0 0.704 0.000 0.296
#> SRR602217 4 0.4855 0.3452 0 0.400 0.000 0.600
#> SRR603140 4 0.0336 0.8569 0 0.008 0.000 0.992
#> SRR1340804 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333462 2 0.2345 0.7985 0 0.900 0.000 0.100
#> SRR1094601 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610 4 0.0592 0.8571 0 0.016 0.000 0.984
#> SRR1435833 4 0.2647 0.8535 0 0.120 0.000 0.880
#> SRR1398728 2 0.2921 0.8962 0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1358343 4 0.0188 0.8587 0 0.004 0.000 0.996
#> SRR1410890 2 0.2921 0.8962 0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1350371 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478 2 0.2921 0.8962 0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1099260 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433576 4 0.2149 0.8663 0 0.088 0.000 0.912
#> SRR1345541 4 0.0336 0.8569 0 0.008 0.000 0.992
#> SRR1086328 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476207 4 0.2675 0.8090 0 0.008 0.100 0.892
#> SRR627435 4 0.3760 0.7643 0 0.028 0.136 0.836
#> SRR1489862 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490115 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377714 4 0.3760 0.7643 0 0.028 0.136 0.836
#> SRR819394 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161 4 0.0000 0.8598 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR607042 3 0.0376 0.9695 0 0.004 0.992 0.004
#> SRR656203 4 0.4431 0.6315 0 0.304 0.000 0.696
#> SRR660602 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440397 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249 2 0.2921 0.8962 0 0.860 0.000 0.140
#> SRR661242 4 0.2345 0.8647 0 0.100 0.000 0.900
#> SRR1332007 3 0.6820 0.3506 0 0.364 0.528 0.108
#> SRR809619 4 0.4331 0.6496 0 0.288 0.000 0.712
#> SRR819975 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281 2 0.3172 0.8859 0 0.840 0.000 0.160
#> SRR662366 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317898 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382485 4 0.2345 0.8647 0 0.100 0.000 0.900
#> SRR2166420 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR817444 4 0.3088 0.7877 0 0.008 0.128 0.864
#> SRR1320403 2 0.0921 0.8336 0 0.972 0.000 0.028
#> SRR1101483 2 0.2921 0.8962 0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1331684 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400054 4 0.0000 0.8598 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406088 2 0.2921 0.8962 0 0.860 0.000 0.140
#> SRR820733 4 0.2345 0.8647 0 0.100 0.000 0.900
#> SRR1314113 4 0.0188 0.8587 0 0.004 0.000 0.996
#> SRR1382615 3 0.0000 0.9740 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480745 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850 2 0.2921 0.8962 0 0.860 0.000 0.140
#> SRR656782 4 0.1635 0.8405 0 0.008 0.044 0.948
#> SRR821364 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295 2 0.2345 0.7985 0 0.900 0.000 0.100
#> SRR1357103 3 0.4827 0.7945 0 0.124 0.784 0.092
#> SRR809185 4 0.5000 0.0339 0 0.500 0.000 0.500
#> SRR811583 4 0.1302 0.8667 0 0.044 0.000 0.956
#> SRR1468050 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224 2 0.2921 0.8962 0 0.860 0.000 0.140
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1500170 2 0.0000 0.8882 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402368 3 0.0000 0.9796 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607743 4 0.4181 0.7727 0 0.032 0.016 0.780 0.172
#> SRR1457375 2 0.0162 0.8882 0 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1470923 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785 3 0.0000 0.9796 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814768 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031 2 0.0290 0.8866 0 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1363611 2 0.4192 0.4227 0 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR1468447 2 0.1121 0.8628 0 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1071931 4 0.2104 0.8062 0 0.060 0.000 0.916 0.024
#> SRR810981 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299 2 0.1410 0.8507 0 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR663585 3 0.0162 0.9785 0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1326773 4 0.2221 0.8108 0 0.036 0.000 0.912 0.052
#> SRR1351166 2 0.0162 0.8882 0 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1477452 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720 3 0.0162 0.9785 0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1420320 2 0.4291 0.2567 0 0.536 0.000 0.464 0.000
#> SRR1081712 2 0.0510 0.8824 0 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1318241 4 0.3292 0.7921 0 0.004 0.032 0.844 0.120
#> SRR1333718 3 0.0794 0.9587 0 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1313514 5 0.3210 0.7229 0 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR1477861 5 0.0794 0.7729 0 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1318005 5 0.4030 0.5038 0 0.352 0.000 0.000 0.648
#> SRR1354665 2 0.0162 0.8882 0 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR657707 4 0.4068 0.7669 0 0.004 0.060 0.792 0.144
#> SRR1370742 3 0.0000 0.9796 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1412947 2 0.0510 0.8824 0 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR661553 4 0.1216 0.8101 0 0.020 0.000 0.960 0.020
#> SRR1328869 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211 2 0.0000 0.8882 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348181 3 0.0162 0.9785 0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1416560 3 0.0000 0.9796 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319772 4 0.5656 0.5616 0 0.000 0.236 0.624 0.140
#> SRR1091452 4 0.3636 0.5438 0 0.272 0.000 0.728 0.000
#> SRR1338812 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072 2 0.1851 0.8338 0 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR814844 4 0.0000 0.8015 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376619 3 0.0162 0.9785 0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR603690 4 0.2813 0.7177 0 0.168 0.000 0.832 0.000
#> SRR2184980 2 0.0162 0.8871 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR613963 4 0.1197 0.8091 0 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR1323422 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673 3 0.0290 0.9762 0 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1434650 5 0.3359 0.7676 0 0.164 0.020 0.000 0.816
#> SRR659875 5 0.3013 0.7391 0 0.000 0.160 0.008 0.832
#> SRR1465734 4 0.4109 0.7651 0 0.004 0.060 0.788 0.148
#> SRR1076847 5 0.3143 0.7313 0 0.204 0.000 0.000 0.796
#> SRR1415072 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319 3 0.4994 0.5440 0 0.000 0.696 0.208 0.096
#> SRR663088 4 0.1908 0.8064 0 0.000 0.000 0.908 0.092
#> SRR1352021 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935 4 0.4305 -0.1070 0 0.488 0.000 0.512 0.000
#> SRR1352530 3 0.0162 0.9785 0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR662594 4 0.4424 0.7637 0 0.020 0.044 0.772 0.164
#> SRR1095309 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647 3 0.0162 0.9785 0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR813019 5 0.5755 0.2373 0 0.052 0.036 0.288 0.624
#> SRR1374647 2 0.2563 0.7799 0 0.872 0.000 0.120 0.008
#> SRR603472 5 0.2732 0.7589 0 0.160 0.000 0.000 0.840
#> SRR661529 4 0.2919 0.7990 0 0.004 0.024 0.868 0.104
#> SRR607018 4 0.6097 0.4921 0 0.000 0.168 0.556 0.276
#> SRR627423 4 0.5644 0.5073 0 0.328 0.000 0.576 0.096
#> SRR654921 4 0.0000 0.8015 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418968 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871 3 0.0000 0.9796 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330522 3 0.0000 0.9796 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499958 2 0.0000 0.8882 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614059 3 0.0000 0.9796 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071403 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719 2 0.0000 0.8882 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440421 2 0.1851 0.8338 0 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1310412 4 0.4556 0.7569 0 0.032 0.028 0.756 0.184
#> SRR614767 2 0.0000 0.8882 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820709 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093 3 0.2723 0.8303 0 0.000 0.864 0.012 0.124
#> SRR1088168 3 0.0510 0.9701 0 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1418707 2 0.0000 0.8882 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354291 2 0.3983 0.4386 0 0.660 0.000 0.000 0.340
#> SRR2165806 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684 4 0.0162 0.8009 0 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1433860 3 0.0000 0.9796 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311062 2 0.0000 0.8882 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360359 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385 3 0.0162 0.9785 0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR615407 2 0.0162 0.8882 0 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1413892 3 0.0404 0.9719 0 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1443459 2 0.0404 0.8851 0 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1338942 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480 4 0.4109 0.7652 0 0.004 0.060 0.788 0.148
#> SRR1399433 4 0.4201 0.1978 0 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR818537 5 0.1341 0.7749 0 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1101324 4 0.1768 0.8098 0 0.004 0.000 0.924 0.072
#> SRR807637 4 0.3477 0.7914 0 0.056 0.000 0.832 0.112
#> SRR1091918 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300 4 0.4068 0.7669 0 0.004 0.060 0.792 0.144
#> SRR1085426 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.0000 0.8882 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813891 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431 2 0.4243 0.5821 0 0.712 0.000 0.264 0.024
#> SRR658742 4 0.1270 0.8092 0 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1419234 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813 2 0.0000 0.8882 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603496 4 0.5743 0.6339 0 0.032 0.060 0.632 0.276
#> SRR1407758 3 0.0000 0.9796 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810945 2 0.3146 0.7383 0 0.844 0.000 0.128 0.028
#> SRR817234 2 0.3109 0.7036 0 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1444852 3 0.0000 0.9796 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660378 3 0.0000 0.9796 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467835 2 0.0162 0.8882 0 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1338964 4 0.4068 0.7669 0 0.004 0.060 0.792 0.144
#> SRR1079259 4 0.3471 0.7896 0 0.072 0.000 0.836 0.092
#> SRR1072345 4 0.3567 0.7831 0 0.004 0.032 0.820 0.144
#> SRR598725 3 0.0162 0.9785 0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1447938 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460 4 0.3003 0.6644 0 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR1429468 2 0.0162 0.8871 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1446850 2 0.0000 0.8882 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320363 3 0.0162 0.9785 0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1413810 3 0.0000 0.9796 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598831 2 0.0000 0.8882 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381865 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957 3 0.0000 0.9796 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1491332 3 0.0880 0.9552 0 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1099744 2 0.0000 0.8882 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464618 2 0.2471 0.7894 0 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR1414559 4 0.1502 0.8101 0 0.004 0.000 0.940 0.056
#> SRR1337540 4 0.3477 0.7914 0 0.056 0.000 0.832 0.112
#> SRR1444283 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942 4 0.4505 0.7440 0 0.004 0.068 0.752 0.176
#> SRR660295 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335 3 0.0000 0.9796 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1363742 3 0.0510 0.9699 0 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1345847 2 0.4219 0.3943 0 0.584 0.000 0.416 0.000
#> SRR614960 3 0.0000 0.9796 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819919 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330 5 0.3003 0.7467 0 0.188 0.000 0.000 0.812
#> SRR1327951 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266 2 0.0162 0.8882 0 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1338055 5 0.3366 0.7360 0 0.212 0.004 0.000 0.784
#> SRR1430157 2 0.0000 0.8882 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320137 2 0.0324 0.8877 0 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1093483 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913 3 0.0000 0.9796 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2170490 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845 4 0.4109 0.7652 0 0.004 0.060 0.788 0.148
#> SRR1436420 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060 5 0.3966 0.4967 0 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR662282 3 0.0510 0.9701 0 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1487089 4 0.0000 0.8015 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075683 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880 2 0.0880 0.8733 0 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1453456 3 0.0000 0.9796 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457895 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603 5 0.0794 0.7729 0 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR658633 2 0.0000 0.8882 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388081 4 0.4268 0.0679 0 0.444 0.000 0.556 0.000
#> SRR813339 3 0.0000 0.9796 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809725 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441 5 0.3003 0.7467 0 0.188 0.000 0.000 0.812
#> SRR613603 4 0.4124 0.7688 0 0.008 0.056 0.792 0.144
#> SRR1096571 5 0.2798 0.7498 0 0.000 0.140 0.008 0.852
#> SRR1392701 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693 2 0.0000 0.8882 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660697 2 0.3210 0.6973 0 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR1489926 4 0.4991 0.7353 0 0.032 0.044 0.724 0.200
#> SRR811491 3 0.0000 0.9796 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311644 4 0.1608 0.8090 0 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1451740 3 0.0162 0.9785 0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR615117 5 0.1270 0.7747 0 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1391748 4 0.3210 0.6442 0 0.212 0.000 0.788 0.000
#> SRR1466556 3 0.0000 0.9796 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614972 3 0.0000 0.9796 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406200 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210 4 0.1410 0.7808 0 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR662174 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236 4 0.0404 0.8045 0 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1312598 2 0.0000 0.8882 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330129 2 0.2852 0.7450 0 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR1357781 5 0.3003 0.7467 0 0.188 0.000 0.000 0.812
#> SRR1315517 5 0.4235 0.3253 0 0.424 0.000 0.000 0.576
#> SRR1400032 3 0.0000 0.9796 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413722 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827 3 0.0000 0.9796 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814794 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509 2 0.4210 0.3934 0 0.588 0.000 0.412 0.000
#> SRR808728 4 0.5153 0.6704 0 0.000 0.112 0.684 0.204
#> SRR1070813 2 0.0162 0.8882 0 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1389133 4 0.4068 0.7669 0 0.004 0.060 0.792 0.144
#> SRR601263 4 0.4068 0.7669 0 0.004 0.060 0.792 0.144
#> SRR604718 4 0.4192 0.2542 0 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR1481351 4 0.5715 0.6322 0 0.020 0.080 0.636 0.264
#> SRR1334608 3 0.0162 0.9785 0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR658681 3 0.2674 0.8221 0 0.000 0.856 0.004 0.140
#> SRR809283 4 0.1732 0.7682 0 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR1459300 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547 5 0.3355 0.7111 0 0.000 0.184 0.012 0.804
#> SRR811049 4 0.3951 0.7817 0 0.020 0.032 0.808 0.140
#> SRR1464835 4 0.0000 0.8015 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339619 2 0.0162 0.8882 0 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR658501 3 0.0000 0.9796 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447523 3 0.0000 0.9796 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415048 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348 2 0.0162 0.8882 0 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR603890 2 0.3039 0.7160 0 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR810595 3 0.0000 0.9796 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446244 2 0.0162 0.8882 0 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR817373 4 0.4045 0.3501 0 0.356 0.000 0.644 0.000
#> SRR1457291 2 0.4201 0.4077 0 0.592 0.000 0.408 0.000
#> SRR598220 4 0.1725 0.8118 0 0.020 0.000 0.936 0.044
#> SRR1477991 2 0.0000 0.8882 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598172 2 0.1197 0.8586 0 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1349032 2 0.0609 0.8804 0 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR604002 5 0.3109 0.7356 0 0.200 0.000 0.000 0.800
#> SRR1378026 3 0.2471 0.8264 0 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR1404401 5 0.3684 0.6328 0 0.280 0.000 0.000 0.720
#> SRR1333240 5 0.3366 0.7374 0 0.212 0.004 0.000 0.784
#> SRR1089399 2 0.0000 0.8882 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603421 2 0.2813 0.7501 0 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR812562 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520 4 0.6289 0.2739 0 0.000 0.152 0.452 0.396
#> SRR811839 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317 2 0.0000 0.8882 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436763 4 0.0000 0.8015 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486021 2 0.4294 0.2373 0 0.532 0.000 0.468 0.000
#> SRR1465018 2 0.1965 0.8269 0 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1080998 4 0.4499 0.7595 0 0.020 0.044 0.764 0.172
#> SRR1083432 3 0.0000 0.9796 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082833 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536 3 0.0000 0.9796 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614011 2 0.0162 0.8882 0 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1365873 2 0.0000 0.8882 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498789 2 0.0000 0.8882 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601581 2 0.3177 0.7135 0 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR603566 5 0.2193 0.7665 0 0.000 0.092 0.008 0.900
#> SRR1373981 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410 2 0.0162 0.8882 0 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1076511 4 0.2824 0.8029 0 0.032 0.000 0.872 0.096
#> SRR614143 4 0.4738 0.7464 0 0.032 0.032 0.740 0.196
#> SRR1333570 3 0.0000 0.9796 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366813 2 0.0000 0.8882 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388746 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558 4 0.3795 0.7772 0 0.004 0.044 0.808 0.144
#> SRR1409510 3 0.0162 0.9785 0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR816250 2 0.0000 0.8882 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614131 2 0.4863 0.5112 0 0.672 0.000 0.272 0.056
#> SRR1331130 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015 3 0.0000 0.9796 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470798 3 0.0162 0.9785 0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR614179 5 0.1341 0.7749 0 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1474863 2 0.0000 0.8882 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813560 2 0.0162 0.8871 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1312187 2 0.3816 0.6145 0 0.696 0.000 0.304 0.000
#> SRR1420960 3 0.0000 0.9796 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355102 3 0.0000 0.9796 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084577 3 0.0290 0.9763 0 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR659971 2 0.0162 0.8871 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1350855 4 0.0794 0.7940 0 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR820779 3 0.0162 0.9785 0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1476300 3 0.0000 0.9796 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090907 4 0.4306 -0.1224 0 0.492 0.000 0.508 0.000
#> SRR662294 5 0.4150 0.4212 0 0.388 0.000 0.000 0.612
#> SRR1480789 5 0.1341 0.7749 0 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1336263 4 0.2773 0.6899 0 0.164 0.000 0.836 0.000
#> SRR660776 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508 5 0.3003 0.7467 0 0.188 0.000 0.000 0.812
#> SRR615563 4 0.0000 0.8015 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101175 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650 5 0.2843 0.7485 0 0.000 0.144 0.008 0.848
#> SRR1431205 2 0.0404 0.8833 0 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1339856 2 0.2329 0.7984 0 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1352147 2 0.0404 0.8846 0 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR808968 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419 2 0.1851 0.8338 0 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1402391 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609 5 0.2798 0.7508 0 0.000 0.140 0.008 0.852
#> SRR2167857 5 0.3003 0.7467 0 0.188 0.000 0.000 0.812
#> SRR1398752 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437 2 0.0000 0.8882 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416955 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064 2 0.4227 0.3258 0 0.580 0.000 0.420 0.000
#> SRR659001 4 0.2424 0.7273 0 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR2170696 4 0.0963 0.8082 0 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR816589 3 0.0162 0.9785 0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1087487 3 0.0000 0.9796 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329485 3 0.0000 0.9796 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816920 4 0.0000 0.8015 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341432 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590 4 0.0000 0.8015 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR817046 3 0.5309 0.2452 0 0.000 0.576 0.364 0.060
#> SRR1471331 3 0.0000 0.9796 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660788 4 0.1270 0.8092 0 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR819234 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853 5 0.2516 0.7547 0 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR809427 4 0.3612 0.5370 0 0.268 0.000 0.732 0.000
#> SRR2170217 4 0.0000 0.8015 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1386967 3 0.0162 0.9785 0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1420344 2 0.0162 0.8882 0 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1334535 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503 4 0.4876 0.6747 0 0.220 0.000 0.700 0.080
#> SRR602564 4 0.2984 0.8005 0 0.032 0.000 0.860 0.108
#> SRR1420669 4 0.0000 0.8015 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR819024 3 0.0000 0.9796 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656223 3 0.0162 0.9785 0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR608428 2 0.0162 0.8882 0 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1345647 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324 2 0.2690 0.7630 0 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR1361368 2 0.1043 0.8680 0 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1322619 2 0.0000 0.8882 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349276 4 0.3143 0.6566 0 0.204 0.000 0.796 0.000
#> SRR1404024 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637 2 0.0000 0.8882 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452631 4 0.0771 0.8056 0 0.020 0.000 0.976 0.004
#> SRR608392 5 0.3123 0.7332 0 0.000 0.160 0.012 0.828
#> SRR1357757 4 0.4926 0.7404 0 0.032 0.044 0.732 0.192
#> SRR1074646 4 0.0963 0.7906 0 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1367499 3 0.0000 0.9796 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343501 4 0.6728 0.1071 0 0.000 0.368 0.380 0.252
#> SRR1394406 4 0.3906 0.7878 0 0.032 0.024 0.816 0.128
#> SRR1381435 3 0.0000 0.9796 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467407 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422 5 0.3003 0.7467 0 0.188 0.000 0.000 0.812
#> SRR1380270 5 0.2127 0.7661 0 0.000 0.108 0.000 0.892
#> SRR1091817 2 0.0000 0.8882 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440137 2 0.0000 0.8882 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614311 2 0.1341 0.8596 0 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1407516 4 0.1668 0.8103 0 0.032 0.000 0.940 0.028
#> SRR815494 3 0.0162 0.9785 0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1333209 4 0.4101 0.2801 0 0.372 0.000 0.628 0.000
#> SRR615177 4 0.1270 0.8092 0 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1099648 3 0.2424 0.8370 0 0.000 0.868 0.000 0.132
#> SRR659720 4 0.4738 0.7464 0 0.032 0.032 0.740 0.196
#> SRR2185057 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468 4 0.2951 0.8001 0 0.028 0.000 0.860 0.112
#> SRR660042 3 0.0000 0.9796 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2170864 2 0.0162 0.8882 0 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1440491 4 0.3983 0.3927 0 0.340 0.000 0.660 0.000
#> SRR1440852 3 0.0000 0.9796 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811169 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311 2 0.4262 0.3235 0 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR818009 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836 2 0.0162 0.8871 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1498313 5 0.3003 0.7467 0 0.188 0.000 0.000 0.812
#> SRR1441975 2 0.0162 0.8882 0 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR819096 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679 4 0.0162 0.8028 0 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1489116 5 0.3577 0.7177 0 0.000 0.160 0.032 0.808
#> SRR1354138 3 0.0000 0.9796 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490589 3 0.0000 0.9796 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1412987 4 0.0000 0.8015 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR602034 3 0.0162 0.9785 0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1353437 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871 4 0.4888 0.7412 0 0.032 0.040 0.732 0.196
#> SRR661577 4 0.0000 0.8015 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR612190 4 0.1430 0.7925 0 0.052 0.000 0.944 0.004
#> SRR1399880 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787 4 0.4150 0.2287 0 0.388 0.000 0.612 0.000
#> SRR657869 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141 3 0.0000 0.9796 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476697 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538 2 0.1671 0.8393 0 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1331422 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859 4 0.4436 0.7621 0 0.032 0.024 0.764 0.180
#> SRR1097594 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419 3 0.0000 0.9796 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336706 5 0.1894 0.7692 0 0.000 0.072 0.008 0.920
#> SRR1472976 4 0.3210 0.6456 0 0.212 0.000 0.788 0.000
#> SRR1321307 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461 3 0.0000 0.9796 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477149 2 0.2929 0.7337 0 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1457397 5 0.2230 0.7731 0 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR661913 3 0.0162 0.9785 0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1069024 5 0.1341 0.7749 0 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR2165634 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722 3 0.0162 0.9785 0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1328642 2 0.1608 0.8429 0 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1488261 3 0.0000 0.9796 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318815 4 0.0000 0.8015 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816945 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432 4 0.1907 0.8053 0 0.028 0.000 0.928 0.044
#> SRR1359280 2 0.2230 0.8001 0 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1313910 2 0.0162 0.8882 0 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1457315 4 0.0290 0.8036 0 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR815398 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958 3 0.0162 0.9770 0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR600688 4 0.2769 0.8034 0 0.032 0.000 0.876 0.092
#> SRR1098952 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916 3 0.0000 0.9796 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614167 3 0.0000 0.9796 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348114 2 0.0290 0.8866 0 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR658033 2 0.5693 -0.1601 0 0.468 0.000 0.452 0.080
#> SRR1077503 4 0.4777 0.7363 0 0.012 0.064 0.736 0.188
#> SRR661854 4 0.4926 0.7404 0 0.032 0.044 0.732 0.192
#> SRR811379 4 0.4283 0.0219 0 0.456 0.000 0.544 0.000
#> SRR1318857 2 0.0000 0.8882 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656445 3 0.0290 0.9762 0 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1433044 5 0.4305 0.1173 0 0.488 0.000 0.000 0.512
#> SRR1486391 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071 3 0.0703 0.9485 0 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1364824 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745 5 0.2280 0.7629 0 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR601038 5 0.2424 0.7587 0 0.000 0.132 0.000 0.868
#> SRR1360080 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868 4 0.4192 0.7619 0 0.004 0.068 0.784 0.144
#> SRR1485997 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560 4 0.0162 0.8009 0 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1333330 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513 4 0.4436 0.7617 0 0.032 0.024 0.764 0.180
#> SRR1328407 5 0.6309 -0.1695 0 0.072 0.032 0.408 0.488
#> SRR602784 5 0.4262 0.2313 0 0.000 0.440 0.000 0.560
#> SRR1348468 4 0.0162 0.8009 0 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR663717 2 0.1121 0.8652 0 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR602217 2 0.5325 0.0573 0 0.520 0.000 0.428 0.052
#> SRR603140 4 0.2845 0.8050 0 0.020 0.008 0.876 0.096
#> SRR1340804 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574 3 0.0162 0.9785 0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1333462 5 0.3143 0.7313 0 0.204 0.000 0.000 0.796
#> SRR1094601 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610 4 0.0794 0.8063 0 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1435833 4 0.4273 0.0570 0 0.448 0.000 0.552 0.000
#> SRR1398728 2 0.0162 0.8882 0 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1358343 4 0.3477 0.7914 0 0.056 0.000 0.832 0.112
#> SRR1410890 2 0.0000 0.8882 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350371 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478 2 0.0000 0.8882 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099260 3 0.2389 0.8484 0 0.000 0.880 0.004 0.116
#> SRR1433576 4 0.0162 0.8028 0 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1345541 4 0.3037 0.7981 0 0.004 0.032 0.864 0.100
#> SRR1086328 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391 3 0.0000 0.9796 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476207 4 0.4642 0.7484 0 0.020 0.044 0.748 0.188
#> SRR627435 4 0.5236 0.6823 0 0.032 0.032 0.668 0.268
#> SRR1489862 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191 3 0.0000 0.9796 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490115 3 0.0000 0.9796 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377714 4 0.5116 0.7028 0 0.032 0.032 0.688 0.248
#> SRR819394 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161 4 0.2824 0.8029 0 0.032 0.000 0.872 0.096
#> SRR607042 5 0.2648 0.7479 0 0.000 0.152 0.000 0.848
#> SRR656203 2 0.4182 0.3946 0 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR660602 3 0.0290 0.9762 0 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1440397 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249 2 0.0000 0.8882 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661242 4 0.1671 0.7737 0 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR1332007 5 0.0794 0.7729 0 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR809619 2 0.4150 0.4538 0 0.612 0.000 0.388 0.000
#> SRR819975 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281 2 0.0162 0.8861 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR662366 3 0.0000 0.9796 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317898 3 0.0000 0.9796 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382485 4 0.1608 0.7700 0 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR2166420 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541 3 0.0000 0.9796 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817444 4 0.4382 0.7465 0 0.004 0.060 0.760 0.176
#> SRR1320403 2 0.1410 0.8507 0 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1101483 2 0.0162 0.8882 0 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1331684 3 0.0162 0.9785 0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1400054 4 0.1410 0.8092 0 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR1406088 2 0.0162 0.8882 0 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR820733 4 0.0000 0.8015 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314113 4 0.1544 0.8092 0 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR1382615 3 0.0703 0.9627 0 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1480745 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850 2 0.0000 0.8882 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656782 4 0.4068 0.7669 0 0.004 0.060 0.792 0.144
#> SRR821364 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295 5 0.3003 0.7467 0 0.188 0.000 0.000 0.812
#> SRR1357103 5 0.1341 0.7749 0 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR809185 2 0.3966 0.5527 0 0.664 0.000 0.336 0.000
#> SRR811583 4 0.2769 0.8034 0 0.032 0.000 0.876 0.092
#> SRR1468050 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224 2 0.0162 0.8882 0 0.996 0.000 0.004 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1500170 2 0.0146 0.9162 0 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1402368 3 0.2100 0.8681 0 0.000 0.884 0.112 0.004 0.000
#> SRR607743 5 0.3976 0.5856 0 0.000 0.004 0.380 0.612 0.004
#> SRR1457375 2 0.0458 0.9102 0 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1470923 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785 3 0.0000 0.9445 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814768 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031 2 0.0146 0.9162 0 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1363611 4 0.4110 0.6638 0 0.268 0.000 0.692 0.000 0.040
#> SRR1468447 2 0.2762 0.7250 0 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196
#> SRR1071931 4 0.3377 0.7625 0 0.188 0.000 0.784 0.028 0.000
#> SRR810981 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299 2 0.2491 0.7694 0 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR663585 3 0.0508 0.9394 0 0.000 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR1326773 4 0.5583 0.1000 0 0.124 0.000 0.480 0.392 0.004
#> SRR1351166 2 0.0146 0.9162 0 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1477452 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720 3 0.0146 0.9436 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1420320 4 0.3755 0.7277 0 0.220 0.000 0.744 0.000 0.036
#> SRR1081712 2 0.0547 0.9073 0 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1318241 5 0.4158 0.5223 0 0.000 0.008 0.416 0.572 0.004
#> SRR1333718 5 0.3330 0.5172 0 0.000 0.284 0.000 0.716 0.000
#> SRR1313514 6 0.1010 0.9530 0 0.036 0.000 0.000 0.004 0.960
#> SRR1477861 5 0.1007 0.7260 0 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR1318005 6 0.1007 0.9542 0 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR1354665 2 0.0000 0.9163 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657707 5 0.3791 0.6919 0 0.000 0.008 0.300 0.688 0.004
#> SRR1370742 3 0.0146 0.9436 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1412947 2 0.0146 0.9162 0 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR661553 4 0.0865 0.7736 0 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1328869 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211 2 0.0458 0.9102 0 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1348181 3 0.1349 0.9136 0 0.000 0.940 0.056 0.004 0.000
#> SRR1416560 3 0.0000 0.9445 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319772 5 0.4643 0.7158 0 0.000 0.128 0.184 0.688 0.000
#> SRR1091452 4 0.3555 0.7549 0 0.184 0.000 0.776 0.000 0.040
#> SRR1338812 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072 2 0.3867 0.0369 0 0.512 0.000 0.000 0.000 0.488
#> SRR814844 4 0.0865 0.7877 0 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1376619 3 0.0146 0.9436 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR603690 4 0.2804 0.7927 0 0.120 0.000 0.852 0.024 0.004
#> SRR2184980 2 0.0000 0.9163 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613963 4 0.0937 0.7720 0 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1323422 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673 3 0.3847 0.1505 0 0.000 0.544 0.000 0.456 0.000
#> SRR1434650 5 0.3072 0.6726 0 0.076 0.000 0.000 0.840 0.084
#> SRR659875 5 0.1088 0.7342 0 0.000 0.016 0.000 0.960 0.024
#> SRR1465734 5 0.3772 0.6948 0 0.000 0.008 0.296 0.692 0.004
#> SRR1076847 6 0.1082 0.9538 0 0.040 0.000 0.000 0.004 0.956
#> SRR1415072 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319 5 0.4594 -0.0838 0 0.000 0.480 0.036 0.484 0.000
#> SRR663088 4 0.0937 0.7720 0 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1352021 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935 4 0.3612 0.7466 0 0.200 0.000 0.764 0.000 0.036
#> SRR1352530 3 0.2003 0.8790 0 0.000 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR662594 5 0.3791 0.6919 0 0.000 0.008 0.300 0.688 0.004
#> SRR1095309 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647 3 0.1910 0.8848 0 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR813019 5 0.1788 0.7516 0 0.004 0.000 0.076 0.916 0.004
#> SRR1374647 2 0.1977 0.8696 0 0.920 0.000 0.032 0.008 0.040
#> SRR603472 5 0.3405 0.4513 0 0.004 0.000 0.000 0.724 0.272
#> SRR661529 4 0.3996 -0.3209 0 0.000 0.004 0.512 0.484 0.000
#> SRR607018 5 0.0547 0.7428 0 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR627423 4 0.4605 0.4228 0 0.364 0.000 0.596 0.032 0.008
#> SRR654921 4 0.0865 0.7877 0 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1418968 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871 3 0.0000 0.9445 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330522 3 0.0000 0.9445 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499958 2 0.0000 0.9163 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614059 3 0.2257 0.8615 0 0.000 0.876 0.116 0.008 0.000
#> SRR1071403 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719 2 0.0000 0.9163 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440421 6 0.2823 0.7635 0 0.204 0.000 0.000 0.000 0.796
#> SRR1310412 5 0.3619 0.6771 0 0.000 0.004 0.316 0.680 0.000
#> SRR614767 2 0.0146 0.9162 0 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR820709 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093 5 0.4201 0.5355 0 0.000 0.300 0.036 0.664 0.000
#> SRR1088168 5 0.3810 0.2371 0 0.000 0.428 0.000 0.572 0.000
#> SRR1418707 2 0.0000 0.9163 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354291 6 0.1075 0.9531 0 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR2165806 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684 4 0.2843 0.7874 0 0.116 0.000 0.848 0.000 0.036
#> SRR1433860 3 0.0146 0.9428 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1311062 2 0.0865 0.8970 0 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1360359 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385 3 0.2003 0.8790 0 0.000 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR615407 2 0.0865 0.8970 0 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1413892 3 0.2219 0.8641 0 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR1443459 2 0.0260 0.9118 0 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1338942 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480 5 0.3733 0.7025 0 0.000 0.008 0.288 0.700 0.004
#> SRR1399433 4 0.3456 0.7622 0 0.172 0.000 0.788 0.000 0.040
#> SRR818537 5 0.1007 0.7260 0 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR1101324 4 0.1814 0.7301 0 0.000 0.000 0.900 0.100 0.000
#> SRR807637 4 0.2933 0.7387 0 0.096 0.000 0.856 0.040 0.008
#> SRR1091918 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300 5 0.3791 0.6919 0 0.000 0.008 0.300 0.688 0.004
#> SRR1085426 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.0146 0.9162 0 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR813891 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431 2 0.3219 0.6906 0 0.792 0.000 0.192 0.012 0.004
#> SRR658742 4 0.1007 0.7697 0 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1419234 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813 2 0.0000 0.9163 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603496 5 0.2946 0.7483 0 0.000 0.004 0.184 0.808 0.004
#> SRR1407758 3 0.0000 0.9445 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810945 2 0.2712 0.7926 0 0.864 0.000 0.108 0.016 0.012
#> SRR817234 6 0.1556 0.9351 0 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920
#> SRR1444852 3 0.0000 0.9445 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660378 3 0.2003 0.8790 0 0.000 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR1467835 2 0.0146 0.9162 0 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1338964 5 0.3791 0.6919 0 0.000 0.008 0.300 0.688 0.004
#> SRR1079259 4 0.3005 0.7469 0 0.108 0.000 0.848 0.036 0.008
#> SRR1072345 5 0.3809 0.6882 0 0.000 0.008 0.304 0.684 0.004
#> SRR598725 3 0.2357 0.8612 0 0.000 0.872 0.116 0.012 0.000
#> SRR1447938 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460 4 0.3134 0.7780 0 0.144 0.000 0.820 0.000 0.036
#> SRR1429468 2 0.0000 0.9163 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446850 2 0.0790 0.9003 0 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1320363 3 0.0146 0.9436 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1413810 3 0.0000 0.9445 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598831 2 0.0146 0.9162 0 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1381865 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957 3 0.0000 0.9445 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1491332 5 0.3266 0.5373 0 0.000 0.272 0.000 0.728 0.000
#> SRR1099744 2 0.0146 0.9162 0 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1464618 2 0.3997 -0.1538 0 0.508 0.000 0.488 0.000 0.004
#> SRR1414559 4 0.0937 0.7720 0 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1337540 4 0.2579 0.7468 0 0.088 0.000 0.872 0.040 0.000
#> SRR1444283 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942 5 0.3729 0.6960 0 0.000 0.012 0.296 0.692 0.000
#> SRR660295 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335 3 0.1387 0.9053 0 0.000 0.932 0.068 0.000 0.000
#> SRR1363742 3 0.2340 0.8537 0 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1345847 4 0.3821 0.7239 0 0.220 0.000 0.740 0.000 0.040
#> SRR614960 3 0.2257 0.8615 0 0.000 0.876 0.116 0.008 0.000
#> SRR819919 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330 6 0.1010 0.9530 0 0.036 0.000 0.000 0.004 0.960
#> SRR1327951 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266 2 0.0000 0.9163 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338055 5 0.5336 0.2623 0 0.124 0.000 0.000 0.544 0.332
#> SRR1430157 2 0.0000 0.9163 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320137 2 0.0260 0.9135 0 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1093483 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913 3 0.0000 0.9445 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2170490 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845 5 0.3772 0.6948 0 0.000 0.008 0.296 0.692 0.004
#> SRR1436420 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060 5 0.3253 0.6179 0 0.000 0.192 0.000 0.788 0.020
#> SRR662282 5 0.3789 0.2635 0 0.000 0.416 0.000 0.584 0.000
#> SRR1487089 4 0.0865 0.7877 0 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1075683 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880 2 0.0603 0.9060 0 0.980 0.000 0.016 0.000 0.004
#> SRR1453456 3 0.0000 0.9445 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457895 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603 5 0.1007 0.7260 0 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR658633 2 0.0146 0.9162 0 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1388081 4 0.3490 0.7599 0 0.176 0.000 0.784 0.000 0.040
#> SRR813339 3 0.0000 0.9445 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809725 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441 6 0.1010 0.9530 0 0.036 0.000 0.000 0.004 0.960
#> SRR613603 5 0.3791 0.6919 0 0.000 0.008 0.300 0.688 0.004
#> SRR1096571 5 0.0891 0.7341 0 0.000 0.008 0.000 0.968 0.024
#> SRR1392701 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693 2 0.0000 0.9163 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660697 2 0.3109 0.6592 0 0.772 0.000 0.224 0.000 0.004
#> SRR1489926 5 0.3043 0.7471 0 0.000 0.004 0.196 0.796 0.004
#> SRR811491 3 0.0000 0.9445 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311644 4 0.2631 0.6199 0 0.000 0.000 0.820 0.180 0.000
#> SRR1451740 3 0.0146 0.9436 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR615117 5 0.1007 0.7260 0 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR1391748 4 0.3172 0.7758 0 0.148 0.000 0.816 0.000 0.036
#> SRR1466556 3 0.0000 0.9445 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614972 3 0.0000 0.9445 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406200 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210 4 0.2500 0.7935 0 0.116 0.000 0.868 0.004 0.012
#> SRR662174 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236 4 0.2003 0.7014 0 0.000 0.000 0.884 0.116 0.000
#> SRR1312598 2 0.0000 0.9163 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330129 6 0.1556 0.9351 0 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920
#> SRR1357781 6 0.1010 0.9530 0 0.036 0.000 0.000 0.004 0.960
#> SRR1315517 6 0.1007 0.9542 0 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR1400032 3 0.0000 0.9445 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413722 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827 3 0.0000 0.9445 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814794 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509 4 0.3956 0.6897 0 0.252 0.000 0.712 0.000 0.036
#> SRR808728 5 0.2288 0.7547 0 0.000 0.004 0.116 0.876 0.004
#> SRR1070813 2 0.0458 0.9102 0 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1389133 5 0.3791 0.6919 0 0.000 0.008 0.300 0.688 0.004
#> SRR601263 5 0.3791 0.6919 0 0.000 0.008 0.300 0.688 0.004
#> SRR604718 4 0.3388 0.7651 0 0.172 0.000 0.792 0.000 0.036
#> SRR1481351 5 0.2879 0.7494 0 0.000 0.004 0.176 0.816 0.004
#> SRR1334608 3 0.2092 0.8734 0 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR658681 5 0.2135 0.6883 0 0.000 0.128 0.000 0.872 0.000
#> SRR809283 4 0.0692 0.7861 0 0.000 0.000 0.976 0.004 0.020
#> SRR1459300 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547 5 0.0717 0.7408 0 0.000 0.016 0.000 0.976 0.008
#> SRR811049 5 0.3584 0.6841 0 0.000 0.004 0.308 0.688 0.000
#> SRR1464835 4 0.0865 0.7877 0 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1339619 2 0.0000 0.9163 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658501 3 0.0000 0.9445 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447523 3 0.2257 0.8615 0 0.000 0.876 0.116 0.008 0.000
#> SRR1415048 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348 2 0.0000 0.9163 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603890 6 0.1141 0.9513 0 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948
#> SRR810595 3 0.0000 0.9445 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446244 2 0.0000 0.9163 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817373 4 0.3315 0.7704 0 0.156 0.000 0.804 0.000 0.040
#> SRR1457291 4 0.4067 0.6749 0 0.260 0.000 0.700 0.000 0.040
#> SRR598220 4 0.3528 0.3445 0 0.004 0.000 0.700 0.296 0.000
#> SRR1477991 2 0.0146 0.9162 0 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR598172 2 0.2730 0.7309 0 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR1349032 2 0.0260 0.9118 0 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR604002 6 0.1082 0.9538 0 0.040 0.000 0.000 0.004 0.956
#> SRR1378026 5 0.3645 0.7119 0 0.000 0.152 0.064 0.784 0.000
#> SRR1404401 6 0.1082 0.9539 0 0.040 0.000 0.000 0.004 0.956
#> SRR1333240 5 0.5190 0.2194 0 0.096 0.000 0.000 0.528 0.376
#> SRR1089399 2 0.0458 0.9102 0 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR603421 6 0.1663 0.9283 0 0.088 0.000 0.000 0.000 0.912
#> SRR812562 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520 5 0.0951 0.7464 0 0.000 0.008 0.020 0.968 0.004
#> SRR811839 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317 2 0.0000 0.9163 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436763 4 0.0865 0.7877 0 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1486021 4 0.3998 0.6918 0 0.248 0.000 0.712 0.000 0.040
#> SRR1465018 6 0.2664 0.7953 0 0.184 0.000 0.000 0.000 0.816
#> SRR1080998 5 0.3703 0.6875 0 0.000 0.004 0.304 0.688 0.004
#> SRR1083432 3 0.0000 0.9445 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082833 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536 3 0.0000 0.9445 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614011 2 0.0000 0.9163 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365873 2 0.1610 0.8552 0 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1498789 2 0.0146 0.9162 0 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR601581 2 0.3944 0.0926 0 0.568 0.000 0.428 0.000 0.004
#> SRR603566 5 0.0717 0.7374 0 0.000 0.008 0.000 0.976 0.016
#> SRR1373981 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410 2 0.0146 0.9162 0 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1076511 4 0.1007 0.7702 0 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR614143 5 0.3499 0.7175 0 0.000 0.004 0.264 0.728 0.004
#> SRR1333570 3 0.1957 0.8702 0 0.000 0.888 0.112 0.000 0.000
#> SRR1366813 2 0.0146 0.9162 0 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1388746 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558 5 0.3791 0.6919 0 0.000 0.008 0.300 0.688 0.004
#> SRR1409510 3 0.0146 0.9436 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR816250 2 0.0146 0.9162 0 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR614131 2 0.3086 0.7324 0 0.820 0.000 0.156 0.020 0.004
#> SRR1331130 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015 3 0.0000 0.9445 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470798 3 0.0146 0.9436 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR614179 5 0.0935 0.7320 0 0.000 0.004 0.000 0.964 0.032
#> SRR1474863 2 0.0363 0.9126 0 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR813560 2 0.0000 0.9163 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312187 4 0.4107 0.6537 0 0.280 0.000 0.684 0.000 0.036
#> SRR1420960 3 0.0000 0.9445 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355102 3 0.0000 0.9445 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084577 3 0.2066 0.8964 0 0.000 0.904 0.072 0.024 0.000
#> SRR659971 2 0.0000 0.9163 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350855 4 0.1010 0.7891 0 0.004 0.000 0.960 0.000 0.036
#> SRR820779 3 0.0146 0.9436 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1476300 3 0.0000 0.9445 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090907 4 0.3315 0.7703 0 0.156 0.000 0.804 0.000 0.040
#> SRR662294 6 0.1007 0.9542 0 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR1480789 5 0.0865 0.7307 0 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1336263 4 0.3134 0.7780 0 0.144 0.000 0.820 0.000 0.036
#> SRR660776 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508 6 0.1124 0.9517 0 0.036 0.000 0.000 0.008 0.956
#> SRR615563 4 0.0865 0.7877 0 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1101175 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650 5 0.0717 0.7374 0 0.000 0.008 0.000 0.976 0.016
#> SRR1431205 2 0.1957 0.8264 0 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1339856 2 0.3765 0.1879 0 0.596 0.000 0.404 0.000 0.000
#> SRR1352147 2 0.0146 0.9162 0 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR808968 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419 2 0.3727 0.3672 0 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1402391 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609 5 0.0891 0.7341 0 0.000 0.008 0.000 0.968 0.024
#> SRR2167857 6 0.1010 0.9530 0 0.036 0.000 0.000 0.004 0.960
#> SRR1398752 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437 2 0.0146 0.9162 0 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1416955 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064 4 0.4247 0.6236 0 0.296 0.000 0.664 0.000 0.040
#> SRR659001 4 0.3054 0.7825 0 0.136 0.000 0.828 0.000 0.036
#> SRR2170696 4 0.0937 0.7720 0 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR816589 3 0.2178 0.8674 0 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000
#> SRR1087487 3 0.1908 0.8829 0 0.000 0.900 0.096 0.004 0.000
#> SRR1329485 3 0.0000 0.9445 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816920 4 0.0865 0.7738 0 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1341432 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590 4 0.0865 0.7877 0 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR817046 5 0.5145 0.3388 0 0.000 0.432 0.084 0.484 0.000
#> SRR1471331 3 0.0000 0.9445 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660788 4 0.1663 0.7330 0 0.000 0.000 0.912 0.088 0.000
#> SRR819234 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853 5 0.0972 0.7325 0 0.000 0.008 0.000 0.964 0.028
#> SRR809427 4 0.3172 0.7769 0 0.148 0.000 0.816 0.000 0.036
#> SRR2170217 4 0.1930 0.7975 0 0.048 0.000 0.916 0.000 0.036
#> SRR1386967 3 0.0547 0.9368 0 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1420344 2 0.0000 0.9163 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334535 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503 4 0.3558 0.6788 0 0.212 0.000 0.760 0.028 0.000
#> SRR602564 4 0.3426 0.4032 0 0.004 0.000 0.720 0.276 0.000
#> SRR1420669 4 0.0865 0.7738 0 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR819024 3 0.0000 0.9445 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656223 3 0.2416 0.8465 0 0.000 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR608428 2 0.0146 0.9162 0 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1345647 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324 6 0.1556 0.9351 0 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920
#> SRR1361368 2 0.1010 0.8896 0 0.960 0.000 0.036 0.000 0.004
#> SRR1322619 2 0.0000 0.9163 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349276 4 0.3134 0.7783 0 0.144 0.000 0.820 0.000 0.036
#> SRR1404024 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637 2 0.0000 0.9163 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452631 4 0.0547 0.7788 0 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR608392 5 0.0603 0.7416 0 0.000 0.016 0.000 0.980 0.004
#> SRR1357757 5 0.3606 0.7049 0 0.000 0.004 0.284 0.708 0.004
#> SRR1074646 4 0.3014 0.7829 0 0.132 0.000 0.832 0.000 0.036
#> SRR1367499 3 0.0000 0.9445 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343501 5 0.0993 0.7458 0 0.000 0.024 0.012 0.964 0.000
#> SRR1394406 4 0.3659 0.1790 0 0.000 0.000 0.636 0.364 0.000
#> SRR1381435 3 0.2003 0.8783 0 0.000 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR1467407 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422 6 0.4300 0.4568 0 0.036 0.000 0.000 0.324 0.640
#> SRR1380270 5 0.0972 0.7325 0 0.000 0.008 0.000 0.964 0.028
#> SRR1091817 2 0.0363 0.9126 0 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1440137 2 0.0146 0.9162 0 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR614311 2 0.3782 0.1604 0 0.588 0.000 0.412 0.000 0.000
#> SRR1407516 4 0.0865 0.7736 0 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR815494 3 0.0146 0.9436 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1333209 4 0.3172 0.7769 0 0.148 0.000 0.816 0.000 0.036
#> SRR615177 4 0.0937 0.7720 0 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1099648 5 0.2912 0.6083 0 0.000 0.216 0.000 0.784 0.000
#> SRR659720 5 0.3626 0.7021 0 0.000 0.004 0.288 0.704 0.004
#> SRR2185057 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468 4 0.1501 0.7499 0 0.000 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR660042 3 0.2257 0.8615 0 0.000 0.876 0.116 0.008 0.000
#> SRR2170864 2 0.0146 0.9162 0 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1440491 4 0.3351 0.7686 0 0.160 0.000 0.800 0.000 0.040
#> SRR1440852 3 0.0000 0.9445 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811169 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311 4 0.3727 0.7318 0 0.216 0.000 0.748 0.000 0.036
#> SRR818009 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836 2 0.0260 0.9152 0 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1498313 6 0.1124 0.9517 0 0.036 0.000 0.000 0.008 0.956
#> SRR1441975 2 0.0458 0.9102 0 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR819096 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679 4 0.2066 0.7926 0 0.052 0.000 0.908 0.040 0.000
#> SRR1489116 5 0.0260 0.7420 0 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1354138 3 0.0000 0.9445 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490589 3 0.2146 0.8645 0 0.000 0.880 0.116 0.004 0.000
#> SRR1412987 4 0.0865 0.7877 0 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR602034 3 0.0146 0.9436 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1353437 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871 5 0.3606 0.7049 0 0.000 0.004 0.284 0.708 0.004
#> SRR661577 4 0.2509 0.7942 0 0.088 0.000 0.876 0.000 0.036
#> SRR612190 4 0.1921 0.7954 0 0.052 0.000 0.916 0.032 0.000
#> SRR1399880 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787 4 0.3134 0.7780 0 0.144 0.000 0.820 0.000 0.036
#> SRR657869 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141 3 0.0000 0.9445 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476697 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538 2 0.0937 0.8854 0 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1331422 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859 5 0.3717 0.5860 0 0.000 0.000 0.384 0.616 0.000
#> SRR1097594 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419 3 0.0000 0.9445 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336706 5 0.0547 0.7374 0 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1472976 4 0.3172 0.7780 0 0.148 0.000 0.816 0.000 0.036
#> SRR1321307 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461 3 0.0000 0.9445 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477149 6 0.1501 0.9375 0 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1457397 5 0.1663 0.7044 0 0.000 0.000 0.000 0.912 0.088
#> SRR661913 3 0.2357 0.8612 0 0.000 0.872 0.116 0.012 0.000
#> SRR1069024 5 0.1007 0.7260 0 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR2165634 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722 3 0.0508 0.9396 0 0.000 0.984 0.004 0.012 0.000
#> SRR1328642 2 0.3175 0.6301 0 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR1488261 3 0.2257 0.8615 0 0.000 0.876 0.116 0.008 0.000
#> SRR1318815 4 0.0865 0.7877 0 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR816945 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432 4 0.0713 0.7765 0 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1359280 2 0.3309 0.5862 0 0.720 0.000 0.000 0.000 0.280
#> SRR1313910 2 0.0000 0.9163 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457315 4 0.1007 0.7697 0 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR815398 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958 3 0.2941 0.7566 0 0.000 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR600688 4 0.0865 0.7736 0 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1098952 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916 3 0.0000 0.9445 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614167 3 0.0000 0.9445 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348114 2 0.0000 0.9163 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658033 2 0.4649 0.1403 0 0.560 0.000 0.400 0.036 0.004
#> SRR1077503 5 0.3555 0.7072 0 0.000 0.008 0.280 0.712 0.000
#> SRR661854 5 0.3302 0.7336 0 0.000 0.004 0.232 0.760 0.004
#> SRR811379 4 0.3523 0.7573 0 0.180 0.000 0.780 0.000 0.040
#> SRR1318857 2 0.0000 0.9163 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656445 3 0.2135 0.8706 0 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1433044 6 0.1075 0.9531 0 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR1486391 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071 3 0.2257 0.8615 0 0.000 0.876 0.116 0.008 0.000
#> SRR1364824 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745 5 0.1049 0.7303 0 0.000 0.008 0.000 0.960 0.032
#> SRR601038 5 0.0972 0.7325 0 0.000 0.008 0.000 0.964 0.028
#> SRR1360080 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868 5 0.4518 0.7138 0 0.000 0.072 0.236 0.688 0.004
#> SRR1485997 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560 4 0.2294 0.7969 0 0.072 0.000 0.892 0.000 0.036
#> SRR1333330 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513 5 0.3737 0.5725 0 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000
#> SRR1328407 5 0.4166 0.6776 0 0.124 0.000 0.108 0.760 0.008
#> SRR602784 5 0.2362 0.6767 0 0.000 0.136 0.000 0.860 0.004
#> SRR1348468 4 0.1010 0.7891 0 0.004 0.000 0.960 0.000 0.036
#> SRR663717 2 0.0458 0.9057 0 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR602217 2 0.5582 0.4288 0 0.612 0.000 0.236 0.124 0.028
#> SRR603140 4 0.3993 -0.2944 0 0.000 0.004 0.520 0.476 0.000
#> SRR1340804 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574 3 0.1267 0.9050 0 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1333462 6 0.1010 0.9530 0 0.036 0.000 0.000 0.004 0.960
#> SRR1094601 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610 4 0.2416 0.6690 0 0.000 0.000 0.844 0.156 0.000
#> SRR1435833 4 0.3582 0.7493 0 0.196 0.000 0.768 0.000 0.036
#> SRR1398728 2 0.0000 0.9163 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358343 4 0.2933 0.7387 0 0.096 0.000 0.856 0.040 0.008
#> SRR1410890 2 0.0000 0.9163 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350371 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478 2 0.0000 0.9163 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099260 5 0.2793 0.6256 0 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1433576 4 0.2474 0.7958 0 0.080 0.000 0.880 0.040 0.000
#> SRR1345541 4 0.4227 -0.3618 0 0.000 0.008 0.496 0.492 0.004
#> SRR1086328 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391 3 0.0000 0.9445 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476207 5 0.3672 0.6887 0 0.000 0.008 0.304 0.688 0.000
#> SRR627435 5 0.2979 0.7479 0 0.000 0.004 0.188 0.804 0.004
#> SRR1489862 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191 3 0.0000 0.9445 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490115 3 0.0146 0.9436 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1377714 5 0.3354 0.7300 0 0.000 0.004 0.240 0.752 0.004
#> SRR819394 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161 4 0.0937 0.7720 0 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR607042 5 0.1088 0.7342 0 0.000 0.016 0.000 0.960 0.024
#> SRR656203 4 0.4332 0.5935 0 0.316 0.000 0.644 0.000 0.040
#> SRR660602 5 0.4569 0.3447 0 0.000 0.396 0.040 0.564 0.000
#> SRR1440397 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249 2 0.0000 0.9163 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661242 4 0.3083 0.7823 0 0.132 0.000 0.828 0.000 0.040
#> SRR1332007 5 0.1007 0.7260 0 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR809619 4 0.4044 0.6810 0 0.256 0.000 0.704 0.000 0.040
#> SRR819975 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281 2 0.1267 0.8774 0 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR662366 3 0.0000 0.9445 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317898 3 0.0000 0.9445 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382485 4 0.3054 0.7815 0 0.136 0.000 0.828 0.000 0.036
#> SRR2166420 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541 3 0.0000 0.9445 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817444 5 0.3054 0.7444 0 0.004 0.004 0.180 0.808 0.004
#> SRR1320403 2 0.3515 0.5044 0 0.676 0.000 0.000 0.000 0.324
#> SRR1101483 2 0.0000 0.9163 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331684 3 0.0146 0.9436 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1400054 4 0.3706 0.0583 0 0.000 0.000 0.620 0.380 0.000
#> SRR1406088 2 0.0000 0.9163 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820733 4 0.0937 0.7720 0 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1314113 4 0.3797 -0.1062 0 0.000 0.000 0.580 0.420 0.000
#> SRR1382615 3 0.3727 0.4349 0 0.000 0.612 0.000 0.388 0.000
#> SRR1480745 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850 2 0.0146 0.9162 0 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR656782 5 0.3791 0.6919 0 0.000 0.008 0.300 0.688 0.004
#> SRR821364 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295 6 0.1010 0.9530 0 0.036 0.000 0.000 0.004 0.960
#> SRR1357103 5 0.1007 0.7260 0 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR809185 4 0.4247 0.6207 0 0.296 0.000 0.664 0.000 0.040
#> SRR811583 4 0.2350 0.7552 0 0.076 0.000 0.888 0.036 0.000
#> SRR1468050 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224 2 0.0146 0.9162 0 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17314 rows and 500 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.967 0.942 0.977 0.3959 0.598 0.598
#> 3 3 1.000 0.945 0.972 0.6512 0.698 0.515
#> 4 4 0.835 0.789 0.901 0.0725 0.961 0.890
#> 5 5 0.811 0.817 0.881 0.0821 0.888 0.672
#> 6 6 0.784 0.706 0.846 0.0367 0.923 0.716
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1500170 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1402368 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR607743 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1457375 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1470923 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR817954 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR809259 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR1439785 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR814768 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR1102031 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1363611 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1468447 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1071931 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR810981 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR615299 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR663585 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1326773 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1351166 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1477452 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR1084720 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1420320 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1081712 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1318241 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1333718 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1313514 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1477861 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1318005 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1354665 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR657707 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1370742 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1412947 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR661553 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1328869 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR662211 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1348181 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1416560 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1319772 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1091452 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1338812 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR1392072 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR814844 1 0.8267 0.6657 0.740 0.260
#> SRR1376619 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR603690 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR2184980 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR613963 1 0.9944 0.2363 0.544 0.456
#> SRR1323422 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR1397673 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1434650 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR659875 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1465734 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1076847 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1415072 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR659319 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR663088 1 0.7674 0.7177 0.776 0.224
#> SRR1352021 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR659935 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1352530 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR662594 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1095309 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR615647 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR813019 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1374647 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR603472 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR661529 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR607018 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR627423 2 0.9286 0.4349 0.344 0.656
#> SRR654921 1 0.7219 0.7495 0.800 0.200
#> SRR1418968 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR660871 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1330522 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1499958 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR614059 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1071403 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR1486719 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1440421 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1310412 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR614767 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR820709 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR658093 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1088168 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1418707 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1354291 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR2165806 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR1415684 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1433860 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1311062 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1360359 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR661385 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR615407 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1413892 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1443459 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1338942 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR657480 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1399433 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR818537 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1101324 1 0.9896 0.2855 0.560 0.440
#> SRR807637 1 0.9608 0.4318 0.616 0.384
#> SRR1091918 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR598300 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1085426 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR813891 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR1467431 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR658742 2 0.7950 0.6599 0.240 0.760
#> SRR1419234 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR1404813 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR603496 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1407758 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR810945 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR817234 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1444852 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR660378 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1467835 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1338964 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1079259 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1072345 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR598725 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1447938 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR1360460 2 0.0376 0.9834 0.004 0.996
#> SRR1429468 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1446850 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1320363 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1413810 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR598831 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1381865 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR660957 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1491332 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1099744 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1464618 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1414559 2 0.9795 0.2278 0.416 0.584
#> SRR1337540 1 0.7219 0.7495 0.800 0.200
#> SRR1444283 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR2184942 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR660295 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR601335 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1363742 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1345847 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR614960 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR819919 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR603330 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1327951 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR1345266 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1338055 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1430157 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1320137 1 0.9909 0.2736 0.556 0.444
#> SRR1093483 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR1459913 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR2170490 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR1479845 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1436420 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR1481060 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR662282 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1487089 2 0.9686 0.2908 0.396 0.604
#> SRR1075683 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR1338536 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR1338880 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1453456 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1457895 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR1440603 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR658633 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1388081 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR813339 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR809725 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR627441 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR613603 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1096571 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1392701 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR1344326 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR1367693 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR660697 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1489926 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR811491 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1311644 1 0.9775 0.3634 0.588 0.412
#> SRR1451740 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR615117 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1391748 2 0.9963 0.0548 0.464 0.536
#> SRR1466556 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR614972 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1406200 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR819210 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR662174 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR811988 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR663236 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1312598 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1330129 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1357781 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1315517 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1400032 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1413722 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR612827 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR814794 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR819430 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR1395509 2 0.2043 0.9547 0.032 0.968
#> SRR808728 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1070813 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1389133 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR601263 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR604718 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1481351 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1334608 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR658681 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR809283 2 0.5294 0.8492 0.120 0.880
#> SRR1459300 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR1392547 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR811049 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1464835 1 0.9933 0.2490 0.548 0.452
#> SRR1339619 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR658501 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1447523 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1415048 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR1444348 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR603890 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR810595 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1446244 2 0.4298 0.8905 0.088 0.912
#> SRR817373 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1457291 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR598220 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1477991 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR598172 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1349032 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR604002 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1378026 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1404401 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1333240 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1089399 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR603421 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR812562 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR808520 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR811839 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR814317 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1436763 1 0.9661 0.4132 0.608 0.392
#> SRR1486021 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1465018 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1080998 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1083432 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1082833 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR1326536 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR614011 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1365873 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1498789 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR601581 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR603566 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1373981 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR821410 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1076511 1 0.9323 0.5095 0.652 0.348
#> SRR614143 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1333570 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1366813 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1388746 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR1420558 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1409510 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR816250 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR614131 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1331130 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR1316015 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1470798 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR614179 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1474863 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR813560 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1312187 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1420960 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1355102 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1084577 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR659971 2 0.3114 0.9283 0.056 0.944
#> SRR1350855 1 0.8555 0.6339 0.720 0.280
#> SRR820779 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1476300 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1090907 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR662294 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1480789 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1336263 2 0.6712 0.7684 0.176 0.824
#> SRR660776 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR1090508 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR615563 1 0.9710 0.3939 0.600 0.400
#> SRR1101175 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR2164650 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1431205 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1339856 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1352147 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR808968 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR627419 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1402391 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR663609 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR2167857 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1398752 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR1405437 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1416955 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR1317064 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR659001 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR2170696 2 0.0376 0.9834 0.004 0.996
#> SRR816589 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1087487 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1329485 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR816920 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1341432 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR1361590 1 0.9993 0.1410 0.516 0.484
#> SRR817046 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1471331 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR660788 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR819234 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR810853 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR809427 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR2170217 2 0.1184 0.9714 0.016 0.984
#> SRR1386967 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1420344 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1334535 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR614503 2 0.9954 0.0705 0.460 0.540
#> SRR602564 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1420669 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR819024 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR656223 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR608428 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1345647 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR1389324 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1361368 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1322619 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1349276 2 0.9661 0.3028 0.392 0.608
#> SRR1404024 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR1370637 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1452631 1 0.7219 0.7495 0.800 0.200
#> SRR608392 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1357757 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1074646 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1367499 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1343501 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1394406 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1381435 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1467407 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR1092422 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1380270 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1091817 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1440137 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR614311 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1407516 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR815494 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1333209 2 0.1633 0.9632 0.024 0.976
#> SRR615177 2 0.1633 0.9632 0.024 0.976
#> SRR1099648 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR659720 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR2185057 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR1467125 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR657468 1 0.9710 0.3939 0.600 0.400
#> SRR660042 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR2170864 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1440491 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1440852 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR811169 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR1331311 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR818009 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR1351836 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1498313 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1441975 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR819096 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR1073679 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1489116 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1354138 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1490589 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1412987 1 0.2236 0.9163 0.964 0.036
#> SRR602034 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1353437 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR1072871 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR661577 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR612190 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1399880 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR1101787 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR657869 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR1446332 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR816039 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR1485141 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1476697 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR1379538 2 0.9460 0.3826 0.364 0.636
#> SRR1331422 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR660859 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1097594 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR1311419 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1336706 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1472976 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1321307 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR807493 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR812461 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1477149 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1457397 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR661913 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1069024 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR2165634 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR1478722 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1328642 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1488261 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1318815 1 0.8386 0.6533 0.732 0.268
#> SRR816945 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR1367432 1 0.7219 0.7495 0.800 0.200
#> SRR1359280 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1313910 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1457315 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR815398 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR656958 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR600688 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1098952 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR1314916 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR614167 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1348114 2 0.4022 0.9002 0.080 0.920
#> SRR658033 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1077503 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR661854 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR811379 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1318857 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR656445 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1433044 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1486391 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR656071 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1364824 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR816745 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR601038 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1360080 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR814868 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1485997 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR1435560 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1333330 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR663513 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1328407 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR602784 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1348468 1 0.9850 0.3200 0.572 0.428
#> SRR663717 1 0.9775 0.3634 0.588 0.412
#> SRR602217 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR603140 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1340804 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR1457574 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1333462 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1094601 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR1434610 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1435833 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1398728 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1358343 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR1410890 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1350371 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR1392478 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1099260 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1433576 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1345541 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1086328 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR810391 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1476207 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR627435 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1489862 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR1419086 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR1396191 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1490115 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1377714 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR819394 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR663161 2 0.1184 0.9714 0.016 0.984
#> SRR607042 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR656203 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR660602 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1440397 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR1369264 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR809233 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR663249 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR661242 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1332007 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR809619 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR819975 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR599281 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR662366 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1317898 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1382485 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR2166420 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR1419429 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR1092541 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR817444 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1320403 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1101483 2 0.9833 0.2011 0.424 0.576
#> SRR1331684 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1400054 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1406088 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR820733 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1314113 2 0.4690 0.8755 0.100 0.900
#> SRR1382615 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1480745 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR1468850 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR656782 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR821364 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR659295 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1357103 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR809185 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR811583 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
#> SRR1468050 1 0.0000 0.9451 1.000 0.000
#> SRR1440224 2 0.0000 0.9873 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1500170 2 0.0747 0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR1402368 3 0.0237 0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR607743 3 0.0747 0.9749 0.000 0.016 0.984
#> SRR1457375 2 0.0892 0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR1470923 1 0.0000 0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR817954 1 0.0237 0.9759 0.996 0.004 0.000
#> SRR809259 1 0.0000 0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439785 3 0.0237 0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR814768 1 0.0000 0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102031 2 0.0747 0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR1363611 2 0.0747 0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR1468447 2 0.0892 0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR1071931 2 0.0892 0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR810981 1 0.0000 0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR615299 2 0.0892 0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR663585 3 0.0237 0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1326773 3 0.1529 0.9539 0.000 0.040 0.960
#> SRR1351166 2 0.0747 0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR1477452 1 0.0237 0.9759 0.996 0.004 0.000
#> SRR1084720 3 0.0237 0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1420320 2 0.0747 0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR1081712 2 0.0892 0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR1318241 3 0.0592 0.9774 0.000 0.012 0.988
#> SRR1333718 3 0.0424 0.9785 0.000 0.008 0.992
#> SRR1313514 2 0.0892 0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR1477861 3 0.0592 0.9774 0.000 0.012 0.988
#> SRR1318005 2 0.0892 0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR1354665 2 0.0747 0.9610 0.016 0.984 0.000
#> SRR657707 3 0.0592 0.9774 0.000 0.012 0.988
#> SRR1370742 3 0.0237 0.9752 0.004 0.000 0.996
#> SRR1412947 2 0.0747 0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR661553 2 0.0892 0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR1328869 1 0.0000 0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR662211 2 0.0747 0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR1348181 3 0.0829 0.9670 0.004 0.012 0.984
#> SRR1416560 3 0.0237 0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1319772 3 0.0237 0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1091452 2 0.0892 0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR1338812 1 0.0000 0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392072 2 0.0892 0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR814844 2 0.1964 0.9307 0.056 0.944 0.000
#> SRR1376619 3 0.0000 0.9775 0.000 0.000 1.000
#> SRR603690 2 0.0892 0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR2184980 2 0.0747 0.9610 0.016 0.984 0.000
#> SRR613963 1 0.6565 0.2614 0.576 0.416 0.008
#> SRR1323422 1 0.0000 0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397673 3 0.0237 0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1434650 3 0.4399 0.7750 0.000 0.188 0.812
#> SRR659875 3 0.0592 0.9774 0.000 0.012 0.988
#> SRR1465734 3 0.0592 0.9774 0.000 0.012 0.988
#> SRR1076847 2 0.0892 0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR1415072 1 0.0000 0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR659319 3 0.0237 0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR663088 1 0.6111 0.3335 0.604 0.396 0.000
#> SRR1352021 1 0.0000 0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.0000 0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.0237 0.9759 0.996 0.004 0.000
#> SRR659935 2 0.0747 0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR1352530 3 0.0237 0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR662594 3 0.0592 0.9774 0.000 0.012 0.988
#> SRR1095309 1 0.0237 0.9759 0.996 0.004 0.000
#> SRR615647 3 0.0237 0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR813019 3 0.0592 0.9774 0.000 0.012 0.988
#> SRR1374647 2 0.4702 0.7439 0.000 0.788 0.212
#> SRR603472 3 0.0892 0.9718 0.000 0.020 0.980
#> SRR661529 3 0.0424 0.9784 0.000 0.008 0.992
#> SRR607018 3 0.0237 0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR627423 2 0.1832 0.9484 0.036 0.956 0.008
#> SRR654921 2 0.2066 0.9270 0.060 0.940 0.000
#> SRR1418968 1 0.0000 0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR660871 3 0.0237 0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1330522 3 0.0000 0.9775 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499958 2 0.0747 0.9610 0.016 0.984 0.000
#> SRR614059 3 0.0475 0.9727 0.004 0.004 0.992
#> SRR1071403 1 0.0000 0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486719 2 0.0747 0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR1440421 2 0.0892 0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR1310412 3 0.0592 0.9774 0.000 0.012 0.988
#> SRR614767 2 0.0747 0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR820709 1 0.0000 0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.0000 0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR658093 3 0.0424 0.9785 0.000 0.008 0.992
#> SRR1088168 3 0.0424 0.9785 0.000 0.008 0.992
#> SRR1418707 2 0.0747 0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR1354291 2 0.0892 0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR2165806 1 0.0424 0.9719 0.992 0.008 0.000
#> SRR1415684 2 0.0892 0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR1433860 3 0.0237 0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1311062 2 0.0892 0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR1360359 1 0.0237 0.9759 0.996 0.004 0.000
#> SRR661385 3 0.0237 0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR615407 2 0.0892 0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR1413892 3 0.0237 0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1443459 2 0.0892 0.9590 0.020 0.980 0.000
#> SRR1338942 1 0.0000 0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR657480 3 0.0592 0.9774 0.000 0.012 0.988
#> SRR1399433 2 0.0892 0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR818537 3 0.0592 0.9774 0.000 0.012 0.988
#> SRR1101324 1 0.6228 0.4013 0.624 0.004 0.372
#> SRR807637 2 0.2066 0.9278 0.060 0.940 0.000
#> SRR1091918 1 0.0237 0.9759 0.996 0.004 0.000
#> SRR598300 3 0.0475 0.9773 0.004 0.004 0.992
#> SRR1085426 1 0.0000 0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.0747 0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR813891 1 0.0000 0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467431 2 0.0892 0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR658742 3 0.7184 0.0477 0.472 0.024 0.504
#> SRR1419234 1 0.0000 0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404813 2 0.0747 0.9610 0.016 0.984 0.000
#> SRR603496 3 0.0237 0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1407758 3 0.0237 0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR810945 2 0.0892 0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR817234 2 0.0892 0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR1444852 3 0.0237 0.9752 0.004 0.000 0.996
#> SRR660378 3 0.0237 0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1467835 2 0.0747 0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR1338964 3 0.0592 0.9774 0.000 0.012 0.988
#> SRR1079259 2 0.0747 0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR1072345 3 0.0592 0.9774 0.000 0.012 0.988
#> SRR598725 3 0.0829 0.9670 0.004 0.012 0.984
#> SRR1447938 1 0.0000 0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.0000 0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360460 2 0.0892 0.9590 0.020 0.980 0.000
#> SRR1429468 2 0.0661 0.9659 0.004 0.988 0.008
#> SRR1446850 2 0.0892 0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR1320363 3 0.0237 0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1413810 3 0.0237 0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR598831 2 0.0747 0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR1381865 1 0.0237 0.9759 0.996 0.004 0.000
#> SRR660957 3 0.0829 0.9670 0.004 0.012 0.984
#> SRR1491332 3 0.0237 0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1099744 2 0.0747 0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR1464618 2 0.0892 0.9590 0.020 0.980 0.000
#> SRR1414559 1 0.7475 0.3461 0.580 0.044 0.376
#> SRR1337540 2 0.6225 0.2473 0.432 0.568 0.000
#> SRR1444283 1 0.0000 0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR2184942 3 0.0475 0.9773 0.004 0.004 0.992
#> SRR660295 1 0.0237 0.9759 0.996 0.004 0.000
#> SRR601335 3 0.0237 0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1363742 3 0.0237 0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1345847 2 0.0892 0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR614960 3 0.0829 0.9670 0.004 0.012 0.984
#> SRR819919 1 0.0237 0.9759 0.996 0.004 0.000
#> SRR603330 2 0.6180 0.3012 0.000 0.584 0.416
#> SRR1327951 1 0.0237 0.9759 0.996 0.004 0.000
#> SRR1401885 1 0.0000 0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345266 2 0.0747 0.9610 0.016 0.984 0.000
#> SRR1338055 3 0.1289 0.9615 0.000 0.032 0.968
#> SRR1430157 2 0.0592 0.9628 0.012 0.988 0.000
#> SRR1320137 2 0.0892 0.9590 0.020 0.980 0.000
#> SRR1093483 1 0.0000 0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.0237 0.9759 0.996 0.004 0.000
#> SRR1459913 3 0.0829 0.9670 0.004 0.012 0.984
#> SRR2170490 1 0.0592 0.9690 0.988 0.012 0.000
#> SRR1479845 3 0.0237 0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1436420 1 0.0000 0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481060 3 0.0592 0.9774 0.000 0.012 0.988
#> SRR662282 3 0.0237 0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1487089 2 0.1289 0.9513 0.032 0.968 0.000
#> SRR1075683 1 0.0000 0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338536 1 0.0237 0.9759 0.996 0.004 0.000
#> SRR1338880 2 0.0747 0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR1453456 3 0.0237 0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1457895 1 0.0000 0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440603 3 0.0592 0.9774 0.000 0.012 0.988
#> SRR658633 2 0.0892 0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR1388081 2 0.0892 0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR813339 3 0.0237 0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR809725 1 0.0000 0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR627441 2 0.1031 0.9648 0.000 0.976 0.024
#> SRR613603 3 0.0592 0.9774 0.000 0.012 0.988
#> SRR1096571 3 0.0424 0.9785 0.000 0.008 0.992
#> SRR1392701 1 0.0000 0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1344326 1 0.0000 0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367693 2 0.0892 0.9590 0.020 0.980 0.000
#> SRR660697 2 0.0747 0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR1489926 3 0.0237 0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR811491 3 0.0237 0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1311644 1 0.6769 0.3397 0.592 0.016 0.392
#> SRR1451740 3 0.0829 0.9670 0.004 0.012 0.984
#> SRR615117 3 0.0747 0.9749 0.000 0.016 0.984
#> SRR1391748 2 0.0892 0.9590 0.020 0.980 0.000
#> SRR1466556 3 0.0237 0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR614972 3 0.0237 0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1406200 1 0.0000 0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR819210 2 0.0892 0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR662174 1 0.0424 0.9719 0.992 0.008 0.000
#> SRR811988 1 0.0000 0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR663236 3 0.0747 0.9749 0.000 0.016 0.984
#> SRR1312598 2 0.0747 0.9610 0.016 0.984 0.000
#> SRR1330129 2 0.0892 0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR1357781 2 0.0892 0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR1315517 2 0.0892 0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR1400032 3 0.0829 0.9670 0.004 0.012 0.984
#> SRR1413722 1 0.0000 0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR612827 3 0.0000 0.9775 0.000 0.000 1.000
#> SRR814794 1 0.0000 0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR819430 1 0.0237 0.9759 0.996 0.004 0.000
#> SRR1395509 2 0.0892 0.9590 0.020 0.980 0.000
#> SRR808728 3 0.0592 0.9774 0.000 0.012 0.988
#> SRR1070813 2 0.0747 0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR1389133 3 0.0237 0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR601263 3 0.0424 0.9784 0.000 0.008 0.992
#> SRR604718 2 0.0892 0.9590 0.020 0.980 0.000
#> SRR1481351 3 0.0237 0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1334608 3 0.0237 0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR658681 3 0.0237 0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR809283 2 0.1129 0.9599 0.020 0.976 0.004
#> SRR1459300 1 0.0000 0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392547 3 0.0592 0.9774 0.000 0.012 0.988
#> SRR811049 3 0.0592 0.9774 0.000 0.012 0.988
#> SRR1464835 2 0.1411 0.9482 0.036 0.964 0.000
#> SRR1339619 2 0.0747 0.9610 0.016 0.984 0.000
#> SRR658501 3 0.0237 0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1447523 3 0.0237 0.9752 0.004 0.000 0.996
#> SRR1415048 1 0.0000 0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.0000 0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444348 2 0.0747 0.9610 0.016 0.984 0.000
#> SRR603890 2 0.0892 0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR810595 3 0.0237 0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1446244 2 0.0892 0.9590 0.020 0.980 0.000
#> SRR817373 2 0.0892 0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR1457291 2 0.0892 0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR598220 3 0.0747 0.9749 0.000 0.016 0.984
#> SRR1477991 2 0.0747 0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR598172 2 0.0892 0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR1349032 2 0.0747 0.9610 0.016 0.984 0.000
#> SRR604002 2 0.4121 0.8044 0.000 0.832 0.168
#> SRR1378026 3 0.0237 0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1404401 2 0.0892 0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR1333240 3 0.2959 0.8901 0.000 0.100 0.900
#> SRR1089399 2 0.0747 0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR603421 2 0.0747 0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR812562 1 0.0000 0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR808520 3 0.0592 0.9774 0.000 0.012 0.988
#> SRR811839 1 0.0237 0.9759 0.996 0.004 0.000
#> SRR814317 2 0.0747 0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR1436763 2 0.1643 0.9417 0.044 0.956 0.000
#> SRR1486021 2 0.0892 0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR1465018 2 0.0747 0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR1080998 3 0.0592 0.9774 0.000 0.012 0.988
#> SRR1083432 3 0.0237 0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1082833 1 0.0237 0.9759 0.996 0.004 0.000
#> SRR1465804 1 0.0000 0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326536 3 0.0000 0.9775 0.000 0.000 1.000
#> SRR614011 2 0.0747 0.9610 0.016 0.984 0.000
#> SRR1365873 2 0.0892 0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR1498789 2 0.0892 0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR601581 2 0.0661 0.9659 0.004 0.988 0.008
#> SRR603566 3 0.0592 0.9774 0.000 0.012 0.988
#> SRR1373981 1 0.0000 0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR821410 2 0.0747 0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR1076511 1 0.5859 0.4657 0.656 0.344 0.000
#> SRR614143 3 0.0592 0.9774 0.000 0.012 0.988
#> SRR1333570 3 0.0829 0.9670 0.004 0.012 0.984
#> SRR1366813 2 0.0747 0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR1388746 1 0.0000 0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420558 3 0.0475 0.9773 0.004 0.004 0.992
#> SRR1409510 3 0.0475 0.9727 0.004 0.004 0.992
#> SRR816250 2 0.0747 0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR614131 2 0.0892 0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR1331130 1 0.0237 0.9759 0.996 0.004 0.000
#> SRR1316015 3 0.0829 0.9670 0.004 0.012 0.984
#> SRR1470798 3 0.0000 0.9775 0.000 0.000 1.000
#> SRR614179 3 0.0237 0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1474863 2 0.0747 0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR813560 2 0.0747 0.9610 0.016 0.984 0.000
#> SRR1312187 2 0.0747 0.9610 0.016 0.984 0.000
#> SRR1420960 3 0.0237 0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1355102 3 0.0475 0.9727 0.004 0.004 0.992
#> SRR1084577 3 0.0237 0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR659971 2 0.0892 0.9590 0.020 0.980 0.000
#> SRR1350855 2 0.0892 0.9590 0.020 0.980 0.000
#> SRR820779 3 0.0237 0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1476300 3 0.0829 0.9670 0.004 0.012 0.984
#> SRR1090907 2 0.0747 0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR662294 2 0.0892 0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR1480789 3 0.0424 0.9785 0.000 0.008 0.992
#> SRR1336263 2 0.0892 0.9590 0.020 0.980 0.000
#> SRR660776 1 0.0237 0.9759 0.996 0.004 0.000
#> SRR1090508 2 0.0892 0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR615563 2 0.1411 0.9482 0.036 0.964 0.000
#> SRR1101175 1 0.0237 0.9759 0.996 0.004 0.000
#> SRR2164650 3 0.0592 0.9774 0.000 0.012 0.988
#> SRR1431205 2 0.0892 0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR1339856 2 0.0892 0.9590 0.020 0.980 0.000
#> SRR1352147 2 0.0747 0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR808968 1 0.0000 0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR627419 2 0.0747 0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR1402391 1 0.0000 0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR663609 3 0.0237 0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR2167857 3 0.1529 0.9539 0.000 0.040 0.960
#> SRR1398752 1 0.0000 0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.0237 0.9759 0.996 0.004 0.000
#> SRR1405437 2 0.0747 0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR1416955 1 0.0000 0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317064 2 0.0892 0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR659001 2 0.0661 0.9644 0.008 0.988 0.004
#> SRR2170696 3 0.9857 -0.0233 0.252 0.368 0.380
#> SRR816589 3 0.0237 0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1087487 3 0.0237 0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1329485 3 0.0237 0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR816920 2 0.1411 0.9545 0.000 0.964 0.036
#> SRR1341432 1 0.0237 0.9759 0.996 0.004 0.000
#> SRR1361590 2 0.1529 0.9451 0.040 0.960 0.000
#> SRR817046 3 0.0237 0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1471331 3 0.0237 0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR660788 3 0.0983 0.9733 0.004 0.016 0.980
#> SRR819234 1 0.0000 0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR810853 3 0.0592 0.9774 0.000 0.012 0.988
#> SRR809427 2 0.0747 0.9610 0.016 0.984 0.000
#> SRR2170217 2 0.1015 0.9662 0.008 0.980 0.012
#> SRR1386967 3 0.0237 0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1420344 2 0.0892 0.9590 0.020 0.980 0.000
#> SRR1334535 1 0.0237 0.9759 0.996 0.004 0.000
#> SRR614503 2 0.0892 0.9590 0.020 0.980 0.000
#> SRR602564 3 0.5431 0.6034 0.000 0.284 0.716
#> SRR1420669 2 0.6309 0.0223 0.000 0.504 0.496
#> SRR819024 3 0.0237 0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR656223 3 0.0237 0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR608428 2 0.0892 0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR1345647 1 0.0237 0.9759 0.996 0.004 0.000
#> SRR1389324 2 0.0747 0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR1361368 2 0.0747 0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR1322619 2 0.0661 0.9659 0.004 0.988 0.008
#> SRR1349276 2 0.0892 0.9590 0.020 0.980 0.000
#> SRR1404024 1 0.0237 0.9759 0.996 0.004 0.000
#> SRR1370637 2 0.0592 0.9671 0.000 0.988 0.012
#> SRR1452631 2 0.1964 0.9307 0.056 0.944 0.000
#> SRR608392 3 0.0237 0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1357757 3 0.0829 0.9727 0.004 0.012 0.984
#> SRR1074646 2 0.0747 0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR1367499 3 0.0237 0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1343501 3 0.0592 0.9774 0.000 0.012 0.988
#> SRR1394406 3 0.0747 0.9749 0.000 0.016 0.984
#> SRR1381435 3 0.0237 0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1467407 1 0.0237 0.9759 0.996 0.004 0.000
#> SRR1092422 3 0.0747 0.9749 0.000 0.016 0.984
#> SRR1380270 3 0.0592 0.9774 0.000 0.012 0.988
#> SRR1091817 2 0.0892 0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR1440137 2 0.0747 0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR614311 2 0.0747 0.9610 0.016 0.984 0.000
#> SRR1407516 2 0.0892 0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR815494 3 0.0829 0.9670 0.004 0.012 0.984
#> SRR1333209 2 0.0892 0.9590 0.020 0.980 0.000
#> SRR615177 2 0.5111 0.7892 0.168 0.808 0.024
#> SRR1099648 3 0.0424 0.9785 0.000 0.008 0.992
#> SRR659720 3 0.0747 0.9749 0.000 0.016 0.984
#> SRR2185057 1 0.0592 0.9690 0.988 0.012 0.000
#> SRR1467125 1 0.0000 0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR657468 1 0.6107 0.7768 0.784 0.100 0.116
#> SRR660042 3 0.0829 0.9670 0.004 0.012 0.984
#> SRR2170864 2 0.0892 0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR1440491 2 0.0892 0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR1440852 3 0.0000 0.9775 0.000 0.000 1.000
#> SRR811169 1 0.0000 0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331311 2 0.0661 0.9659 0.004 0.988 0.008
#> SRR818009 1 0.0000 0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351836 2 0.0747 0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR1498313 3 0.1411 0.9578 0.000 0.036 0.964
#> SRR1441975 2 0.0892 0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR819096 1 0.0000 0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073679 3 0.2878 0.8942 0.000 0.096 0.904
#> SRR1489116 3 0.0237 0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1354138 3 0.0000 0.9775 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490589 3 0.0829 0.9670 0.004 0.012 0.984
#> SRR1412987 2 0.2066 0.9270 0.060 0.940 0.000
#> SRR602034 3 0.0661 0.9700 0.004 0.008 0.988
#> SRR1353437 1 0.0000 0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072871 3 0.0592 0.9774 0.000 0.012 0.988
#> SRR661577 2 0.0892 0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR612190 2 0.5397 0.6280 0.000 0.720 0.280
#> SRR1399880 1 0.0237 0.9759 0.996 0.004 0.000
#> SRR1101787 2 0.0747 0.9610 0.016 0.984 0.000
#> SRR657869 1 0.0237 0.9759 0.996 0.004 0.000
#> SRR1446332 1 0.0237 0.9759 0.996 0.004 0.000
#> SRR816039 1 0.0000 0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485141 3 0.0237 0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1476697 1 0.0000 0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379538 2 0.0892 0.9590 0.020 0.980 0.000
#> SRR1331422 1 0.0000 0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR660859 3 0.0424 0.9784 0.000 0.008 0.992
#> SRR1097594 1 0.0237 0.9759 0.996 0.004 0.000
#> SRR1311419 3 0.0237 0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1336706 3 0.0237 0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1472976 2 0.0747 0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR1321307 1 0.0000 0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR807493 1 0.0000 0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR812461 3 0.0237 0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1477149 2 0.0892 0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR1457397 3 0.0592 0.9774 0.000 0.012 0.988
#> SRR661913 3 0.0829 0.9670 0.004 0.012 0.984
#> SRR1069024 3 0.0592 0.9774 0.000 0.012 0.988
#> SRR2165634 1 0.0424 0.9719 0.992 0.008 0.000
#> SRR1478722 3 0.0475 0.9727 0.004 0.004 0.992
#> SRR1328642 2 0.0892 0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR1488261 3 0.0829 0.9670 0.004 0.012 0.984
#> SRR1318815 2 0.1964 0.9307 0.056 0.944 0.000
#> SRR816945 1 0.0000 0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367432 2 0.1964 0.9307 0.056 0.944 0.000
#> SRR1359280 2 0.0892 0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR1313910 2 0.0747 0.9610 0.016 0.984 0.000
#> SRR1457315 3 0.0747 0.9749 0.000 0.016 0.984
#> SRR815398 1 0.0000 0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR656958 3 0.0237 0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR600688 3 0.6307 0.0309 0.000 0.488 0.512
#> SRR1098952 1 0.0000 0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314916 3 0.0000 0.9775 0.000 0.000 1.000
#> SRR614167 3 0.0475 0.9727 0.004 0.004 0.992
#> SRR1348114 2 0.0892 0.9590 0.020 0.980 0.000
#> SRR658033 2 0.0892 0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR1077503 3 0.0592 0.9774 0.000 0.012 0.988
#> SRR661854 3 0.0237 0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR811379 2 0.0747 0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR1318857 2 0.0747 0.9610 0.016 0.984 0.000
#> SRR656445 3 0.0237 0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1433044 2 0.0892 0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR1486391 1 0.0000 0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR656071 3 0.0829 0.9670 0.004 0.012 0.984
#> SRR1364824 1 0.0000 0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.0000 0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.0000 0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR816745 3 0.0592 0.9774 0.000 0.012 0.988
#> SRR601038 3 0.0592 0.9774 0.000 0.012 0.988
#> SRR1360080 1 0.0237 0.9759 0.996 0.004 0.000
#> SRR814868 3 0.0237 0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1485997 1 0.0000 0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435560 2 0.0747 0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR1333330 1 0.0237 0.9759 0.996 0.004 0.000
#> SRR663513 3 0.0747 0.9749 0.000 0.016 0.984
#> SRR1328407 3 0.2356 0.9212 0.000 0.072 0.928
#> SRR602784 3 0.0424 0.9785 0.000 0.008 0.992
#> SRR1348468 2 0.1289 0.9513 0.032 0.968 0.000
#> SRR663717 2 0.0892 0.9590 0.020 0.980 0.000
#> SRR602217 2 0.6180 0.3065 0.000 0.584 0.416
#> SRR603140 3 0.0747 0.9749 0.000 0.016 0.984
#> SRR1340804 1 0.0000 0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457574 3 0.0237 0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1333462 2 0.0892 0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR1094601 1 0.0237 0.9759 0.996 0.004 0.000
#> SRR1434610 3 0.5254 0.6490 0.000 0.264 0.736
#> SRR1435833 2 0.0747 0.9610 0.016 0.984 0.000
#> SRR1398728 2 0.0747 0.9610 0.016 0.984 0.000
#> SRR1358343 2 0.6299 0.0989 0.476 0.524 0.000
#> SRR1410890 2 0.0747 0.9610 0.016 0.984 0.000
#> SRR1350371 1 0.0000 0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392478 2 0.0592 0.9628 0.012 0.988 0.000
#> SRR1099260 3 0.0237 0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1433576 3 0.0747 0.9749 0.000 0.016 0.984
#> SRR1345541 3 0.0424 0.9784 0.000 0.008 0.992
#> SRR1086328 1 0.0237 0.9759 0.996 0.004 0.000
#> SRR810391 3 0.0237 0.9752 0.004 0.000 0.996
#> SRR1476207 3 0.0592 0.9774 0.000 0.012 0.988
#> SRR627435 3 0.0661 0.9700 0.004 0.008 0.988
#> SRR1489862 1 0.0237 0.9759 0.996 0.004 0.000
#> SRR1419086 1 0.0000 0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.0000 0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396191 3 0.0661 0.9700 0.004 0.008 0.988
#> SRR1490115 3 0.0237 0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1377714 3 0.0592 0.9774 0.000 0.012 0.988
#> SRR819394 1 0.0000 0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR663161 2 0.5687 0.7066 0.224 0.756 0.020
#> SRR607042 3 0.0592 0.9774 0.000 0.012 0.988
#> SRR656203 2 0.0892 0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR660602 3 0.0237 0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1440397 1 0.0237 0.9759 0.996 0.004 0.000
#> SRR1369264 1 0.0000 0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR809233 1 0.0000 0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR663249 2 0.0747 0.9610 0.016 0.984 0.000
#> SRR661242 2 0.2261 0.9230 0.000 0.932 0.068
#> SRR1332007 3 0.0237 0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR809619 2 0.0747 0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR819975 1 0.0000 0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR599281 2 0.0892 0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR662366 3 0.0000 0.9775 0.000 0.000 1.000
#> SRR1317898 3 0.0000 0.9775 0.000 0.000 1.000
#> SRR1382485 2 0.0892 0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR2166420 1 0.0592 0.9690 0.988 0.012 0.000
#> SRR1419429 1 0.0237 0.9759 0.996 0.004 0.000
#> SRR1092541 3 0.0237 0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR817444 3 0.0592 0.9774 0.000 0.012 0.988
#> SRR1320403 2 0.0892 0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR1101483 2 0.0892 0.9590 0.020 0.980 0.000
#> SRR1331684 3 0.0237 0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1400054 3 0.0592 0.9774 0.000 0.012 0.988
#> SRR1406088 2 0.0747 0.9610 0.016 0.984 0.000
#> SRR820733 3 0.1643 0.9495 0.000 0.044 0.956
#> SRR1314113 3 0.2152 0.9469 0.036 0.016 0.948
#> SRR1382615 3 0.0237 0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1480745 1 0.0000 0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468850 2 0.0892 0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR656782 3 0.0592 0.9774 0.000 0.012 0.988
#> SRR821364 1 0.0237 0.9759 0.996 0.004 0.000
#> SRR1101106 1 0.0000 0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR659295 3 0.1753 0.9461 0.000 0.048 0.952
#> SRR1357103 3 0.0592 0.9774 0.000 0.012 0.988
#> SRR809185 2 0.0747 0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR811583 2 0.0892 0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR1468050 1 0.0237 0.9759 0.996 0.004 0.000
#> SRR1440224 2 0.0747 0.9681 0.000 0.984 0.016
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1500170 2 0.1557 0.81831 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1402368 3 0.0188 0.88780 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR607743 3 0.2408 0.79107 0.000 0.000 0.896 0.104
#> SRR1457375 2 0.3486 0.75999 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR1470923 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954 1 0.0188 0.96866 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR809259 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785 3 0.0000 0.88803 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR814768 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031 2 0.4250 0.69368 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR1363611 2 0.1867 0.81158 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1468447 2 0.4277 0.69019 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR1071931 2 0.4511 0.48428 0.000 0.724 0.008 0.268
#> SRR810981 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299 2 0.4193 0.70004 0.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR663585 3 0.3873 0.63760 0.000 0.000 0.772 0.228
#> SRR1326773 3 0.6711 -0.06876 0.000 0.308 0.576 0.116
#> SRR1351166 2 0.1940 0.80948 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1477452 1 0.0188 0.96866 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1084720 3 0.0000 0.88803 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420320 2 0.0921 0.82444 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1081712 2 0.2973 0.78459 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR1318241 3 0.0188 0.88762 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1333718 3 0.0000 0.88803 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313514 2 0.4431 0.66663 0.000 0.696 0.000 0.304
#> SRR1477861 3 0.0336 0.88680 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1318005 2 0.5130 0.63116 0.000 0.668 0.020 0.312
#> SRR1354665 2 0.2149 0.80922 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR657707 3 0.0000 0.88803 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370742 3 0.0921 0.87898 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1412947 2 0.3024 0.78164 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR661553 2 0.2376 0.78344 0.000 0.916 0.068 0.016
#> SRR1328869 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211 2 0.1637 0.81856 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1348181 3 0.4661 0.36122 0.000 0.000 0.652 0.348
#> SRR1416560 3 0.0469 0.88682 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1319772 3 0.0336 0.88680 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1091452 2 0.1716 0.81154 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1338812 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072 2 0.3610 0.75087 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR814844 2 0.1488 0.82115 0.012 0.956 0.000 0.032
#> SRR1376619 3 0.2530 0.80614 0.000 0.000 0.888 0.112
#> SRR603690 2 0.4304 0.68587 0.000 0.716 0.000 0.284
#> SRR2184980 2 0.0817 0.82622 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR613963 4 0.7245 0.29777 0.092 0.420 0.016 0.472
#> SRR1323422 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673 3 0.0000 0.88803 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434650 3 0.1716 0.84246 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR659875 3 0.0188 0.88762 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1465734 3 0.0188 0.88762 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1076847 2 0.4914 0.64243 0.000 0.676 0.012 0.312
#> SRR1415072 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319 3 0.0592 0.88487 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR663088 1 0.6262 0.13461 0.540 0.400 0.000 0.060
#> SRR1352021 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935 2 0.0469 0.82580 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1352530 3 0.0469 0.88682 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR662594 3 0.0188 0.88762 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1095309 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647 3 0.0707 0.88388 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR813019 3 0.1118 0.86923 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1374647 2 0.5116 0.67346 0.000 0.764 0.108 0.128
#> SRR603472 3 0.3975 0.55768 0.000 0.000 0.760 0.240
#> SRR661529 4 0.4933 0.32984 0.000 0.000 0.432 0.568
#> SRR607018 3 0.0000 0.88803 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR627423 4 0.5402 0.09276 0.012 0.472 0.000 0.516
#> SRR654921 2 0.2563 0.79970 0.020 0.908 0.000 0.072
#> SRR1418968 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871 3 0.0188 0.88780 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1330522 3 0.0336 0.88715 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1499958 2 0.0592 0.82701 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR614059 3 0.4697 0.33919 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR1071403 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719 2 0.2216 0.82501 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1440421 2 0.4454 0.66234 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR1310412 3 0.0336 0.88826 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR614767 2 0.2921 0.78583 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR820709 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093 3 0.0188 0.88780 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1088168 3 0.0000 0.88803 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418707 2 0.0707 0.82621 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1354291 2 0.4431 0.66663 0.000 0.696 0.000 0.304
#> SRR2165806 1 0.0188 0.96766 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1415684 2 0.0707 0.82530 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1433860 3 0.0707 0.88297 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1311062 2 0.3311 0.76861 0.000 0.828 0.000 0.172
#> SRR1360359 1 0.0188 0.96866 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR661385 3 0.0921 0.87996 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR615407 2 0.3266 0.77089 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR1413892 3 0.0188 0.88780 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1443459 2 0.1637 0.81669 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1338942 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480 3 0.0336 0.88710 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1399433 2 0.0469 0.82598 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR818537 3 0.0469 0.88527 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1101324 1 0.8680 0.07122 0.504 0.140 0.252 0.104
#> SRR807637 1 0.7902 -0.17260 0.364 0.336 0.000 0.300
#> SRR1091918 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300 3 0.1716 0.85667 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1085426 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.2149 0.80902 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR813891 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431 2 0.5971 0.56300 0.000 0.584 0.048 0.368
#> SRR658742 4 0.7983 0.52202 0.080 0.076 0.332 0.512
#> SRR1419234 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813 2 0.0817 0.82530 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR603496 3 0.0469 0.88542 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1407758 3 0.1637 0.85707 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR810945 2 0.1302 0.82855 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR817234 2 0.4477 0.65779 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1444852 3 0.0921 0.87898 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR660378 3 0.0188 0.88780 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1467835 2 0.1557 0.82277 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1338964 3 0.0592 0.88293 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1079259 2 0.7234 0.36887 0.072 0.656 0.164 0.108
#> SRR1072345 3 0.0336 0.88680 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR598725 3 0.1474 0.86350 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1447938 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460 2 0.1302 0.82134 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1429468 2 0.1940 0.80972 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1446850 2 0.0592 0.82575 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1320363 3 0.0188 0.88762 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1413810 3 0.3444 0.71143 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR598831 2 0.1118 0.82342 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1381865 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957 3 0.0707 0.88297 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1491332 3 0.0188 0.88762 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1099744 2 0.0817 0.82505 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1464618 2 0.1637 0.81607 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1414559 3 0.9940 -0.56792 0.196 0.268 0.272 0.264
#> SRR1337540 1 0.6449 0.45448 0.644 0.204 0.000 0.152
#> SRR1444283 1 0.0188 0.96866 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2184942 3 0.3172 0.74628 0.000 0.000 0.840 0.160
#> SRR660295 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335 3 0.3311 0.72926 0.000 0.000 0.828 0.172
#> SRR1363742 3 0.0592 0.88454 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1345847 2 0.2149 0.80319 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR614960 3 0.1118 0.87535 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR819919 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330 3 0.6585 0.11682 0.000 0.104 0.584 0.312
#> SRR1327951 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266 2 0.1474 0.81881 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1338055 3 0.7912 -0.36608 0.000 0.312 0.360 0.328
#> SRR1430157 2 0.2081 0.80523 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1320137 2 0.4304 0.68592 0.000 0.716 0.000 0.284
#> SRR1093483 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.0188 0.96866 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1459913 3 0.4661 0.36279 0.000 0.000 0.652 0.348
#> SRR2170490 1 0.0336 0.96480 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1479845 3 0.5000 -0.18900 0.000 0.000 0.504 0.496
#> SRR1436420 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060 3 0.0188 0.88762 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR662282 3 0.4072 0.59313 0.000 0.000 0.748 0.252
#> SRR1487089 2 0.1022 0.82331 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1075683 1 0.0188 0.96866 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1338536 1 0.0188 0.96866 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1338880 2 0.0592 0.82589 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1453456 3 0.0469 0.88603 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1457895 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603 3 0.0707 0.88082 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR658633 2 0.4164 0.70351 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR1388081 2 0.1118 0.82313 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR813339 3 0.0188 0.88804 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR809725 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441 2 0.7820 -0.05305 0.000 0.412 0.276 0.312
#> SRR613603 3 0.0336 0.88680 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1096571 3 0.0188 0.88791 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1392701 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693 2 0.0707 0.82530 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR660697 2 0.1118 0.82348 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1489926 3 0.0817 0.88473 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR811491 3 0.0000 0.88803 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311644 1 0.7007 0.00475 0.524 0.024 0.388 0.064
#> SRR1451740 3 0.1940 0.84299 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR615117 3 0.2530 0.78057 0.000 0.000 0.888 0.112
#> SRR1391748 2 0.0469 0.82580 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1466556 3 0.0188 0.88780 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR614972 3 0.0592 0.88454 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1406200 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210 2 0.1890 0.82191 0.000 0.936 0.008 0.056
#> SRR662174 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236 3 0.4748 0.52493 0.000 0.016 0.716 0.268
#> SRR1312598 2 0.0592 0.82585 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1330129 2 0.3801 0.73826 0.000 0.780 0.000 0.220
#> SRR1357781 2 0.4477 0.65779 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1315517 2 0.4454 0.66234 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR1400032 3 0.2868 0.77768 0.000 0.000 0.864 0.136
#> SRR1413722 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827 3 0.3569 0.69237 0.000 0.000 0.804 0.196
#> SRR814794 1 0.0188 0.96866 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR819430 1 0.0188 0.96866 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1395509 2 0.2281 0.79791 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR808728 3 0.0000 0.88803 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070813 2 0.2408 0.79528 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1389133 3 0.1557 0.86346 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR601263 3 0.0188 0.88762 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR604718 2 0.2011 0.80737 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1481351 3 0.0336 0.88680 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1334608 3 0.0469 0.88590 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR658681 3 0.0188 0.88762 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR809283 2 0.2011 0.81192 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1459300 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547 3 0.0336 0.88680 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR811049 3 0.1716 0.84119 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1464835 2 0.0336 0.82613 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1339619 2 0.2216 0.80053 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR658501 3 0.0188 0.88780 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1447523 3 0.0188 0.88780 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1415048 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348 2 0.0592 0.82563 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR603890 2 0.4431 0.66663 0.000 0.696 0.000 0.304
#> SRR810595 3 0.0188 0.88762 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1446244 2 0.1022 0.82378 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR817373 2 0.0592 0.82575 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1457291 2 0.0707 0.82530 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR598220 3 0.0188 0.88780 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1477991 2 0.2408 0.80295 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR598172 2 0.4454 0.66234 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR1349032 2 0.2345 0.79519 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR604002 3 0.5269 0.25011 0.000 0.016 0.620 0.364
#> SRR1378026 3 0.0336 0.88680 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1404401 2 0.4655 0.65298 0.000 0.684 0.004 0.312
#> SRR1333240 3 0.4356 0.46590 0.000 0.000 0.708 0.292
#> SRR1089399 2 0.1940 0.81385 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR603421 2 0.4477 0.65779 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR812562 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520 3 0.0188 0.88762 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR811839 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317 2 0.2149 0.80590 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1436763 2 0.1584 0.82110 0.012 0.952 0.000 0.036
#> SRR1486021 2 0.1022 0.82408 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1465018 2 0.4406 0.67088 0.000 0.700 0.000 0.300
#> SRR1080998 3 0.1389 0.85555 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR1083432 3 0.0000 0.88803 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082833 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536 3 0.0707 0.88297 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR614011 2 0.1118 0.82342 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1365873 2 0.4406 0.66993 0.000 0.700 0.000 0.300
#> SRR1498789 2 0.4072 0.71314 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR601581 2 0.1716 0.81507 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR603566 3 0.0469 0.88527 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1373981 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410 2 0.3801 0.73786 0.000 0.780 0.000 0.220
#> SRR1076511 1 0.4289 0.73961 0.796 0.032 0.000 0.172
#> SRR614143 3 0.0336 0.88826 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1333570 3 0.1637 0.85720 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR1366813 2 0.1118 0.82342 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1388746 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558 3 0.4500 0.44935 0.000 0.000 0.684 0.316
#> SRR1409510 3 0.2530 0.80572 0.000 0.000 0.888 0.112
#> SRR816250 2 0.3024 0.78199 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR614131 4 0.4730 0.23915 0.000 0.364 0.000 0.636
#> SRR1331130 1 0.0188 0.96866 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1316015 3 0.4454 0.46944 0.000 0.000 0.692 0.308
#> SRR1470798 3 0.1474 0.86348 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR614179 3 0.0592 0.88331 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1474863 2 0.4222 0.69729 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR813560 2 0.2149 0.80302 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1312187 2 0.2281 0.79791 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1420960 3 0.0592 0.88454 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1355102 3 0.0921 0.87898 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1084577 3 0.0592 0.88665 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR659971 2 0.1118 0.82342 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1350855 2 0.1867 0.81146 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR820779 3 0.0336 0.88756 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1476300 3 0.0921 0.87898 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1090907 2 0.2216 0.80080 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR662294 2 0.4454 0.66234 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR1480789 3 0.0336 0.88680 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1336263 2 0.1716 0.81505 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR660776 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508 2 0.7884 -0.13256 0.000 0.384 0.304 0.312
#> SRR615563 2 0.2345 0.79519 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1101175 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650 3 0.0188 0.88762 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1431205 2 0.4431 0.66663 0.000 0.696 0.000 0.304
#> SRR1339856 2 0.0921 0.82465 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1352147 2 0.0707 0.82530 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR808968 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419 2 0.2530 0.79949 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1402391 1 0.0188 0.96866 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR663609 3 0.0592 0.88673 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR2167857 3 0.6375 0.16437 0.000 0.088 0.600 0.312
#> SRR1398752 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.0188 0.96866 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1405437 2 0.0707 0.82530 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1416955 1 0.0188 0.96866 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1317064 2 0.2408 0.80351 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR659001 2 0.2345 0.79519 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR2170696 2 0.6173 0.50873 0.036 0.724 0.148 0.092
#> SRR816589 3 0.0000 0.88803 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087487 3 0.0707 0.88297 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1329485 3 0.2281 0.82393 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR816920 3 0.6813 -0.18194 0.000 0.380 0.516 0.104
#> SRR1341432 1 0.0188 0.96866 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1361590 2 0.1211 0.82195 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR817046 3 0.0336 0.88680 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1471331 3 0.3356 0.72416 0.000 0.000 0.824 0.176
#> SRR660788 3 0.3687 0.72345 0.000 0.064 0.856 0.080
#> SRR819234 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853 3 0.0469 0.88527 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR809427 2 0.2216 0.80379 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR2170217 2 0.0592 0.82549 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1386967 3 0.1302 0.86924 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR1420344 2 0.0707 0.82621 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1334535 1 0.0188 0.96866 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR614503 2 0.4406 0.70006 0.000 0.700 0.000 0.300
#> SRR602564 4 0.7922 0.51700 0.000 0.340 0.320 0.340
#> SRR1420669 2 0.7036 -0.03843 0.000 0.576 0.216 0.208
#> SRR819024 3 0.0188 0.88780 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR656223 3 0.1302 0.86936 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR608428 2 0.3311 0.76971 0.000 0.828 0.000 0.172
#> SRR1345647 1 0.0188 0.96866 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1389324 2 0.4679 0.65572 0.000 0.648 0.000 0.352
#> SRR1361368 2 0.1637 0.81649 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1322619 2 0.0817 0.82505 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1349276 2 0.0921 0.82411 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1404024 1 0.0188 0.96866 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1370637 2 0.2149 0.80302 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1452631 2 0.1398 0.82151 0.004 0.956 0.000 0.040
#> SRR608392 3 0.0336 0.88826 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1357757 3 0.2081 0.81633 0.000 0.000 0.916 0.084
#> SRR1074646 2 0.2408 0.79278 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1367499 3 0.0000 0.88803 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343501 3 0.0336 0.88680 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1394406 3 0.5272 0.52352 0.000 0.136 0.752 0.112
#> SRR1381435 3 0.0188 0.88780 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1467407 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422 3 0.2530 0.78098 0.000 0.000 0.888 0.112
#> SRR1380270 3 0.0188 0.88762 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1091817 2 0.4040 0.71705 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1440137 2 0.3486 0.75877 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR614311 2 0.1389 0.82057 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1407516 2 0.0817 0.82505 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR815494 3 0.1389 0.86646 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR1333209 2 0.1867 0.81146 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR615177 2 0.7547 0.04027 0.196 0.548 0.244 0.012
#> SRR1099648 3 0.0188 0.88762 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR659720 3 0.0817 0.87771 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR2185057 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125 1 0.0188 0.96866 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR657468 1 0.8396 0.25010 0.552 0.204 0.136 0.108
#> SRR660042 3 0.4843 0.20861 0.000 0.000 0.604 0.396
#> SRR2170864 2 0.4164 0.70340 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR1440491 2 0.0921 0.82511 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1440852 3 0.0707 0.88297 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR811169 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311 2 0.0188 0.82588 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR818009 1 0.0188 0.96866 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1351836 2 0.2760 0.81696 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR1498313 3 0.6535 0.12899 0.000 0.100 0.588 0.312
#> SRR1441975 2 0.0921 0.82541 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR819096 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679 3 0.2593 0.74882 0.000 0.104 0.892 0.004
#> SRR1489116 3 0.0336 0.88680 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1354138 3 0.4624 0.38576 0.000 0.000 0.660 0.340
#> SRR1490589 3 0.0188 0.88780 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1412987 2 0.2489 0.80214 0.020 0.912 0.000 0.068
#> SRR602034 3 0.1302 0.86949 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR1353437 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871 3 0.0469 0.88542 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR661577 2 0.0592 0.82575 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR612190 4 0.7060 0.42613 0.000 0.400 0.124 0.476
#> SRR1399880 1 0.0188 0.96866 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1101787 2 0.2345 0.79519 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR657869 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332 1 0.0188 0.96866 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR816039 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141 3 0.1211 0.87183 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR1476697 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538 2 0.1022 0.82331 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1331422 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859 3 0.0336 0.88744 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1097594 1 0.0188 0.96866 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1311419 3 0.1211 0.87191 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR1336706 3 0.0336 0.88680 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1472976 2 0.1118 0.82347 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1321307 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461 3 0.0188 0.88780 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1477149 2 0.3266 0.77194 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR1457397 3 0.1022 0.87188 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR661913 3 0.4804 0.24992 0.000 0.000 0.616 0.384
#> SRR1069024 3 0.0336 0.88680 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2165634 1 0.0188 0.96766 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1478722 3 0.0592 0.88454 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1328642 2 0.4304 0.68654 0.000 0.716 0.000 0.284
#> SRR1488261 3 0.4331 0.51646 0.000 0.000 0.712 0.288
#> SRR1318815 2 0.1211 0.82252 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR816945 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432 2 0.0895 0.82596 0.004 0.976 0.000 0.020
#> SRR1359280 2 0.4454 0.66234 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR1313910 2 0.2081 0.80523 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1457315 4 0.6918 0.42644 0.000 0.108 0.420 0.472
#> SRR815398 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958 3 0.0188 0.88780 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR600688 2 0.5807 0.03067 0.000 0.596 0.364 0.040
#> SRR1098952 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916 3 0.3764 0.65991 0.000 0.000 0.784 0.216
#> SRR614167 3 0.4543 0.42845 0.000 0.000 0.676 0.324
#> SRR1348114 2 0.1716 0.81448 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR658033 2 0.4454 0.66234 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR1077503 3 0.0000 0.88803 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661854 3 0.0592 0.88759 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR811379 2 0.1118 0.82286 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1318857 2 0.2216 0.80053 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR656445 3 0.0000 0.88803 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433044 2 0.4477 0.65779 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1486391 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071 3 0.1022 0.87760 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1364824 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745 3 0.0469 0.88527 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR601038 3 0.0336 0.88680 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1360080 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868 3 0.0000 0.88803 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485997 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560 2 0.2345 0.79519 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1333330 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513 3 0.0707 0.88088 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1328407 3 0.2635 0.80075 0.000 0.020 0.904 0.076
#> SRR602784 3 0.0000 0.88803 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348468 2 0.2081 0.80563 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR663717 2 0.2081 0.80523 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR602217 2 0.4624 0.21384 0.000 0.660 0.340 0.000
#> SRR603140 3 0.0336 0.88680 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1340804 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574 3 0.0000 0.88803 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333462 2 0.4477 0.65779 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1094601 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610 3 0.5010 0.55146 0.000 0.120 0.772 0.108
#> SRR1435833 2 0.0592 0.82585 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1398728 2 0.1940 0.81335 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1358343 2 0.3710 0.63339 0.192 0.804 0.000 0.004
#> SRR1410890 2 0.2216 0.81892 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1350371 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478 2 0.1867 0.81158 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1099260 3 0.0188 0.88762 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1433576 3 0.3498 0.73745 0.000 0.008 0.832 0.160
#> SRR1345541 3 0.4933 0.06716 0.000 0.000 0.568 0.432
#> SRR1086328 1 0.0188 0.96866 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR810391 3 0.1118 0.87427 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1476207 3 0.0336 0.88680 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR627435 4 0.4454 0.48750 0.000 0.000 0.308 0.692
#> SRR1489862 1 0.0188 0.96866 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1419086 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.0188 0.96866 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1396191 3 0.2216 0.82734 0.000 0.000 0.908 0.092
#> SRR1490115 3 0.0188 0.88762 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1377714 3 0.3172 0.70636 0.000 0.000 0.840 0.160
#> SRR819394 1 0.0188 0.96866 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR663161 2 0.5409 0.27975 0.012 0.496 0.000 0.492
#> SRR607042 3 0.0336 0.88680 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR656203 2 0.0707 0.82530 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR660602 3 0.0000 0.88803 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440397 1 0.0188 0.96866 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1369264 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249 2 0.2216 0.80053 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR661242 2 0.6653 -0.02454 0.000 0.568 0.104 0.328
#> SRR1332007 3 0.1118 0.86836 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR809619 2 0.2081 0.80581 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR819975 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281 2 0.4356 0.67891 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR662366 3 0.0592 0.88454 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1317898 3 0.0336 0.88720 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1382485 2 0.1867 0.80835 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR2166420 1 0.0188 0.96766 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1419429 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541 3 0.0188 0.88780 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR817444 3 0.0000 0.88803 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320403 2 0.3610 0.75087 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1101483 2 0.2149 0.80302 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1331684 3 0.0336 0.88680 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1400054 3 0.3448 0.73214 0.000 0.004 0.828 0.168
#> SRR1406088 2 0.1389 0.82047 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR820733 2 0.7313 -0.26154 0.000 0.508 0.176 0.316
#> SRR1314113 4 0.5112 0.32205 0.004 0.000 0.436 0.560
#> SRR1382615 3 0.0188 0.88762 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1480745 1 0.0000 0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850 2 0.3266 0.77156 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR656782 3 0.0188 0.88762 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR821364 1 0.0188 0.96866 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1101106 1 0.0188 0.96866 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR659295 3 0.6483 0.14158 0.000 0.096 0.592 0.312
#> SRR1357103 3 0.0336 0.88680 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR809185 2 0.0469 0.82580 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR811583 2 0.4222 0.69648 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1468050 1 0.0188 0.96866 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1440224 2 0.2281 0.80585 0.000 0.904 0.000 0.096
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1500170 4 0.2179 0.8120 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR1402368 3 0.1671 0.9012 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR607743 3 0.3276 0.8162 0.000 0.132 0.836 0.000 0.032
#> SRR1457375 2 0.3305 0.7581 0.000 0.776 0.000 0.224 0.000
#> SRR1470923 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785 3 0.0609 0.9153 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR814768 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031 2 0.2424 0.8133 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000
#> SRR1363611 4 0.1697 0.8336 0.000 0.060 0.000 0.932 0.008
#> SRR1468447 2 0.1608 0.8127 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR1071931 5 0.4552 0.5088 0.000 0.040 0.000 0.264 0.696
#> SRR810981 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299 2 0.1410 0.8109 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR663585 3 0.2648 0.8297 0.000 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR1326773 2 0.5403 0.2597 0.000 0.628 0.292 0.004 0.076
#> SRR1351166 4 0.1408 0.8352 0.000 0.044 0.000 0.948 0.008
#> SRR1477452 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720 3 0.0510 0.9147 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1420320 4 0.1478 0.8305 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1081712 2 0.3491 0.7495 0.000 0.768 0.000 0.228 0.004
#> SRR1318241 3 0.1608 0.8818 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1333718 3 0.0290 0.9139 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1313514 2 0.0290 0.7925 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1477861 3 0.0671 0.9114 0.000 0.016 0.980 0.000 0.004
#> SRR1318005 2 0.0324 0.7890 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1354665 2 0.4150 0.4813 0.000 0.612 0.000 0.388 0.000
#> SRR657707 3 0.2286 0.8489 0.000 0.004 0.888 0.000 0.108
#> SRR1370742 3 0.1908 0.8861 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1412947 2 0.3395 0.7464 0.000 0.764 0.000 0.236 0.000
#> SRR661553 4 0.5258 0.6363 0.000 0.140 0.000 0.680 0.180
#> SRR1328869 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211 2 0.4101 0.5165 0.000 0.628 0.000 0.372 0.000
#> SRR1348181 5 0.3983 0.6018 0.000 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1416560 3 0.1851 0.8897 0.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1319772 3 0.0609 0.9098 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1091452 5 0.5002 0.3708 0.000 0.044 0.000 0.344 0.612
#> SRR1338812 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072 2 0.2852 0.7983 0.000 0.828 0.000 0.172 0.000
#> SRR814844 4 0.2124 0.8222 0.000 0.028 0.000 0.916 0.056
#> SRR1376619 3 0.2471 0.8457 0.000 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR603690 2 0.3163 0.8011 0.000 0.824 0.000 0.164 0.012
#> SRR2184980 4 0.4392 0.3705 0.000 0.380 0.000 0.612 0.008
#> SRR613963 5 0.3534 0.5588 0.000 0.000 0.000 0.256 0.744
#> SRR1323422 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673 3 0.0609 0.9150 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1434650 3 0.3012 0.8217 0.000 0.036 0.860 0.000 0.104
#> SRR659875 3 0.0324 0.9130 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1465734 3 0.1671 0.8791 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1076847 2 0.0324 0.7890 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1415072 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319 3 0.0703 0.9153 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR663088 1 0.5574 0.4581 0.656 0.196 0.000 0.144 0.004
#> SRR1352021 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935 4 0.1830 0.8293 0.000 0.068 0.000 0.924 0.008
#> SRR1352530 3 0.1544 0.9009 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR662594 3 0.0963 0.9055 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1095309 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647 3 0.1732 0.8944 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR813019 3 0.2361 0.8528 0.000 0.012 0.892 0.000 0.096
#> SRR1374647 2 0.4078 0.7878 0.000 0.792 0.020 0.160 0.028
#> SRR603472 3 0.3398 0.6942 0.000 0.216 0.780 0.000 0.004
#> SRR661529 5 0.3280 0.6992 0.000 0.000 0.176 0.012 0.812
#> SRR607018 3 0.0162 0.9129 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR627423 5 0.5201 0.4692 0.008 0.084 0.000 0.220 0.688
#> SRR654921 4 0.0609 0.8200 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1418968 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871 3 0.0703 0.9138 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1330522 3 0.1478 0.9028 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1499958 4 0.2488 0.8029 0.000 0.124 0.000 0.872 0.004
#> SRR614059 5 0.3969 0.6513 0.000 0.000 0.304 0.004 0.692
#> SRR1071403 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719 4 0.4707 0.3641 0.000 0.392 0.000 0.588 0.020
#> SRR1440421 2 0.0794 0.8010 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1310412 3 0.2389 0.8412 0.000 0.004 0.880 0.000 0.116
#> SRR614767 2 0.3480 0.7347 0.000 0.752 0.000 0.248 0.000
#> SRR820709 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093 3 0.0703 0.9149 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1088168 3 0.0609 0.9130 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1418707 4 0.4171 0.3137 0.000 0.396 0.000 0.604 0.000
#> SRR1354291 2 0.0404 0.7945 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR2165806 1 0.0162 0.9892 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1415684 5 0.5685 0.1705 0.000 0.084 0.000 0.396 0.520
#> SRR1433860 3 0.1608 0.8978 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1311062 2 0.3143 0.7771 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR1360359 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385 3 0.1121 0.9102 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR615407 2 0.3353 0.7831 0.000 0.796 0.000 0.196 0.008
#> SRR1413892 3 0.0794 0.9131 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1443459 4 0.1704 0.8308 0.000 0.068 0.000 0.928 0.004
#> SRR1338942 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480 3 0.2074 0.8515 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1399433 4 0.1792 0.8235 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR818537 3 0.0798 0.9099 0.000 0.016 0.976 0.000 0.008
#> SRR1101324 4 0.4592 0.5983 0.000 0.004 0.100 0.756 0.140
#> SRR807637 2 0.4380 0.3263 0.376 0.616 0.000 0.008 0.000
#> SRR1091918 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300 3 0.2732 0.7817 0.000 0.000 0.840 0.000 0.160
#> SRR1085426 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.3895 0.6256 0.000 0.680 0.000 0.320 0.000
#> SRR813891 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431 2 0.4606 0.6329 0.000 0.768 0.112 0.108 0.012
#> SRR658742 5 0.4269 0.6865 0.000 0.000 0.108 0.116 0.776
#> SRR1419234 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813 4 0.3999 0.4594 0.000 0.344 0.000 0.656 0.000
#> SRR603496 3 0.0992 0.9073 0.000 0.024 0.968 0.000 0.008
#> SRR1407758 3 0.1792 0.8932 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR810945 4 0.5053 0.6671 0.000 0.216 0.000 0.688 0.096
#> SRR817234 2 0.0290 0.7925 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1444852 3 0.1965 0.8844 0.000 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR660378 3 0.1197 0.9082 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1467835 4 0.3681 0.7924 0.000 0.148 0.000 0.808 0.044
#> SRR1338964 3 0.2020 0.8570 0.000 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1079259 4 0.4393 0.6208 0.000 0.004 0.068 0.764 0.164
#> SRR1072345 3 0.1430 0.8918 0.000 0.004 0.944 0.000 0.052
#> SRR598725 3 0.2424 0.8537 0.000 0.000 0.868 0.000 0.132
#> SRR1447938 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460 4 0.0451 0.8268 0.000 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR1429468 4 0.3390 0.8196 0.000 0.100 0.000 0.840 0.060
#> SRR1446850 2 0.5995 0.2578 0.000 0.468 0.000 0.420 0.112
#> SRR1320363 3 0.0404 0.9134 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1413810 3 0.2561 0.8416 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR598831 4 0.2773 0.8181 0.000 0.112 0.000 0.868 0.020
#> SRR1381865 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957 3 0.1908 0.8876 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1491332 3 0.0404 0.9147 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1099744 4 0.4305 -0.0639 0.000 0.488 0.000 0.512 0.000
#> SRR1464618 4 0.0912 0.8261 0.000 0.012 0.000 0.972 0.016
#> SRR1414559 5 0.4360 0.6900 0.036 0.004 0.148 0.024 0.788
#> SRR1337540 1 0.4991 0.6828 0.728 0.120 0.000 0.008 0.144
#> SRR1444283 1 0.0162 0.9892 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942 3 0.3508 0.6423 0.000 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR660295 1 0.0162 0.9892 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR601335 3 0.2471 0.8513 0.000 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR1363742 3 0.1197 0.9090 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1345847 4 0.0771 0.8208 0.000 0.004 0.000 0.976 0.020
#> SRR614960 3 0.2074 0.8789 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR819919 1 0.0162 0.9892 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR603330 2 0.0510 0.7773 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1327951 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266 4 0.0609 0.8308 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1338055 2 0.0324 0.7890 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1430157 4 0.2208 0.7993 0.000 0.020 0.000 0.908 0.072
#> SRR1320137 2 0.1671 0.8129 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1093483 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.0324 0.9867 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR1459913 5 0.3895 0.6325 0.000 0.000 0.320 0.000 0.680
#> SRR2170490 1 0.0162 0.9892 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1479845 5 0.3807 0.7023 0.000 0.000 0.240 0.012 0.748
#> SRR1436420 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060 3 0.0693 0.9109 0.000 0.012 0.980 0.000 0.008
#> SRR662282 3 0.3684 0.6092 0.000 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR1487089 4 0.1997 0.8281 0.000 0.040 0.000 0.924 0.036
#> SRR1075683 1 0.0162 0.9892 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880 4 0.2377 0.7954 0.000 0.128 0.000 0.872 0.000
#> SRR1453456 3 0.1197 0.9088 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1457895 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603 3 0.0992 0.9120 0.000 0.024 0.968 0.000 0.008
#> SRR658633 2 0.2929 0.7938 0.000 0.820 0.000 0.180 0.000
#> SRR1388081 5 0.4717 0.2952 0.000 0.020 0.000 0.396 0.584
#> SRR813339 3 0.0510 0.9147 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR809725 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441 2 0.0324 0.7890 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR613603 3 0.0794 0.9070 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1096571 3 0.1831 0.8964 0.000 0.004 0.920 0.000 0.076
#> SRR1392701 1 0.0162 0.9892 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1344326 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693 4 0.2605 0.7794 0.000 0.148 0.000 0.852 0.000
#> SRR660697 2 0.4278 0.2944 0.000 0.548 0.000 0.452 0.000
#> SRR1489926 3 0.1310 0.9073 0.000 0.020 0.956 0.000 0.024
#> SRR811491 3 0.0290 0.9145 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1311644 4 0.5394 0.4896 0.008 0.004 0.152 0.700 0.136
#> SRR1451740 3 0.2179 0.8750 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR615117 3 0.2629 0.8099 0.000 0.136 0.860 0.000 0.004
#> SRR1391748 4 0.1544 0.8293 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1466556 3 0.1043 0.9131 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR614972 3 0.0703 0.9138 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1406200 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210 4 0.2074 0.8144 0.000 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR662174 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236 5 0.4218 0.6168 0.000 0.000 0.332 0.008 0.660
#> SRR1312598 4 0.3480 0.6587 0.000 0.248 0.000 0.752 0.000
#> SRR1330129 2 0.2127 0.8148 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR1357781 2 0.0290 0.7925 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1315517 2 0.0290 0.7925 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1400032 3 0.2471 0.8513 0.000 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR1413722 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827 3 0.3730 0.5942 0.000 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR814794 1 0.0324 0.9867 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR819430 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509 4 0.0290 0.8240 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR808728 3 0.0794 0.9067 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1070813 4 0.2873 0.7486 0.000 0.016 0.000 0.856 0.128
#> SRR1389133 3 0.2648 0.7944 0.000 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR601263 3 0.1732 0.8767 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR604718 4 0.0794 0.8328 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1481351 3 0.0000 0.9136 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334608 3 0.0703 0.9138 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR658681 3 0.0510 0.9149 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR809283 2 0.4182 0.4531 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1459300 1 0.0162 0.9892 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1392547 3 0.0566 0.9117 0.000 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR811049 3 0.2605 0.8067 0.000 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1464835 4 0.3184 0.7992 0.000 0.100 0.000 0.852 0.048
#> SRR1339619 4 0.1012 0.8248 0.000 0.012 0.000 0.968 0.020
#> SRR658501 3 0.1732 0.8944 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1447523 3 0.0609 0.9144 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1415048 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348 4 0.1410 0.8315 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR603890 2 0.0290 0.7925 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR810595 3 0.0290 0.9145 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1446244 4 0.1430 0.8336 0.000 0.052 0.000 0.944 0.004
#> SRR817373 4 0.2516 0.7852 0.000 0.140 0.000 0.860 0.000
#> SRR1457291 4 0.3109 0.7217 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR598220 3 0.1792 0.8917 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1477991 2 0.4030 0.5629 0.000 0.648 0.000 0.352 0.000
#> SRR598172 2 0.0566 0.7945 0.000 0.984 0.004 0.012 0.000
#> SRR1349032 4 0.2179 0.7573 0.000 0.000 0.000 0.888 0.112
#> SRR604002 3 0.4335 0.6752 0.000 0.168 0.760 0.000 0.072
#> SRR1378026 3 0.0000 0.9136 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404401 2 0.0324 0.7890 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1333240 3 0.3558 0.7822 0.000 0.064 0.828 0.000 0.108
#> SRR1089399 2 0.4192 0.4354 0.000 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR603421 2 0.0290 0.7925 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR812562 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520 3 0.0794 0.9067 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR811839 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317 4 0.3215 0.7982 0.000 0.056 0.000 0.852 0.092
#> SRR1436763 4 0.1704 0.8299 0.000 0.068 0.000 0.928 0.004
#> SRR1486021 2 0.5648 0.2096 0.000 0.476 0.000 0.448 0.076
#> SRR1465018 2 0.0880 0.8026 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1080998 3 0.2377 0.8282 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR1083432 3 0.0880 0.9128 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1082833 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.0324 0.9867 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR1326536 3 0.1341 0.9060 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR614011 4 0.1732 0.8262 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR1365873 2 0.2011 0.8136 0.000 0.908 0.000 0.088 0.004
#> SRR1498789 2 0.2377 0.8131 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR601581 4 0.1430 0.8120 0.000 0.004 0.000 0.944 0.052
#> SRR603566 3 0.0912 0.9087 0.000 0.016 0.972 0.000 0.012
#> SRR1373981 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410 2 0.3143 0.7764 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR1076511 1 0.3846 0.7356 0.776 0.200 0.000 0.004 0.020
#> SRR614143 3 0.2127 0.8502 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR1333570 3 0.2020 0.8816 0.000 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1366813 4 0.2020 0.8166 0.000 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1388746 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558 5 0.4359 0.5272 0.000 0.000 0.412 0.004 0.584
#> SRR1409510 3 0.2230 0.8709 0.000 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR816250 2 0.3452 0.7393 0.000 0.756 0.000 0.244 0.000
#> SRR614131 5 0.5258 0.4560 0.000 0.140 0.000 0.180 0.680
#> SRR1331130 1 0.0324 0.9867 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR1316015 5 0.4249 0.3901 0.000 0.000 0.432 0.000 0.568
#> SRR1470798 3 0.1732 0.8974 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR614179 3 0.1082 0.9141 0.000 0.008 0.964 0.000 0.028
#> SRR1474863 2 0.2561 0.8098 0.000 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR813560 4 0.2331 0.7936 0.000 0.020 0.000 0.900 0.080
#> SRR1312187 4 0.1704 0.7970 0.000 0.004 0.000 0.928 0.068
#> SRR1420960 3 0.1197 0.9082 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1355102 3 0.1908 0.8874 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1084577 3 0.1341 0.9063 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR659971 4 0.2011 0.8244 0.000 0.088 0.000 0.908 0.004
#> SRR1350855 4 0.0162 0.8255 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR820779 3 0.1544 0.9009 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1476300 3 0.1792 0.8927 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1090907 4 0.1082 0.8331 0.000 0.028 0.000 0.964 0.008
#> SRR662294 2 0.0290 0.7925 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1480789 3 0.0290 0.9141 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1336263 4 0.0324 0.8251 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR660776 1 0.0162 0.9892 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1090508 2 0.3620 0.6585 0.000 0.832 0.112 0.008 0.048
#> SRR615563 4 0.2439 0.7454 0.000 0.004 0.000 0.876 0.120
#> SRR1101175 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650 3 0.0566 0.9117 0.000 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR1431205 2 0.1341 0.8094 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1339856 4 0.4192 0.2774 0.000 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR1352147 4 0.3561 0.6333 0.000 0.260 0.000 0.740 0.000
#> SRR808968 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419 2 0.3534 0.7203 0.000 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR1402391 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609 3 0.0671 0.9159 0.000 0.004 0.980 0.000 0.016
#> SRR2167857 2 0.1732 0.6995 0.000 0.920 0.080 0.000 0.000
#> SRR1398752 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.0324 0.9867 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR1405437 4 0.4227 0.2232 0.000 0.420 0.000 0.580 0.000
#> SRR1416955 1 0.0451 0.9837 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR1317064 2 0.6694 0.3721 0.000 0.432 0.000 0.292 0.276
#> SRR659001 4 0.1768 0.7884 0.000 0.004 0.000 0.924 0.072
#> SRR2170696 4 0.3446 0.6949 0.000 0.004 0.048 0.840 0.108
#> SRR816589 3 0.0162 0.9129 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1087487 3 0.1792 0.8913 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1329485 3 0.2605 0.8367 0.000 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR816920 4 0.5276 0.5068 0.000 0.004 0.160 0.692 0.144
#> SRR1341432 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590 4 0.1018 0.8288 0.000 0.016 0.000 0.968 0.016
#> SRR817046 3 0.0162 0.9129 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1471331 3 0.2230 0.8703 0.000 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR660788 3 0.5038 0.6241 0.000 0.008 0.724 0.128 0.140
#> SRR819234 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853 3 0.0912 0.9087 0.000 0.016 0.972 0.000 0.012
#> SRR809427 4 0.2153 0.8305 0.000 0.040 0.000 0.916 0.044
#> SRR2170217 4 0.1774 0.8318 0.000 0.052 0.000 0.932 0.016
#> SRR1386967 3 0.1544 0.9025 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1420344 4 0.3906 0.5817 0.000 0.292 0.000 0.704 0.004
#> SRR1334535 1 0.0324 0.9867 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR614503 2 0.3379 0.7563 0.016 0.828 0.000 0.148 0.008
#> SRR602564 5 0.5042 0.6814 0.000 0.056 0.144 0.052 0.748
#> SRR1420669 5 0.4894 0.1629 0.000 0.000 0.024 0.456 0.520
#> SRR819024 3 0.0703 0.9138 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR656223 3 0.1732 0.8949 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR608428 2 0.2891 0.7965 0.000 0.824 0.000 0.176 0.000
#> SRR1345647 1 0.0324 0.9867 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR1389324 2 0.0671 0.7966 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1361368 4 0.1671 0.8269 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR1322619 4 0.4060 0.4113 0.000 0.360 0.000 0.640 0.000
#> SRR1349276 4 0.1444 0.8329 0.000 0.040 0.000 0.948 0.012
#> SRR1404024 1 0.0451 0.9837 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR1370637 4 0.1310 0.8288 0.000 0.024 0.000 0.956 0.020
#> SRR1452631 4 0.1168 0.8206 0.000 0.008 0.000 0.960 0.032
#> SRR608392 3 0.0566 0.9155 0.000 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR1357757 3 0.2605 0.8074 0.000 0.148 0.852 0.000 0.000
#> SRR1074646 4 0.0451 0.8222 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR1367499 3 0.0404 0.9147 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1343501 3 0.0510 0.9110 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1394406 4 0.6650 0.0304 0.000 0.004 0.316 0.468 0.212
#> SRR1381435 3 0.0609 0.9150 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1467407 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422 3 0.3714 0.7584 0.000 0.132 0.812 0.000 0.056
#> SRR1380270 3 0.0451 0.9150 0.000 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1091817 2 0.2929 0.7938 0.000 0.820 0.000 0.180 0.000
#> SRR1440137 2 0.3274 0.7627 0.000 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR614311 4 0.1341 0.8328 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1407516 4 0.3480 0.6531 0.000 0.248 0.000 0.752 0.000
#> SRR815494 3 0.1965 0.8834 0.000 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1333209 4 0.0898 0.8230 0.000 0.008 0.000 0.972 0.020
#> SRR615177 4 0.8081 0.1105 0.144 0.124 0.264 0.456 0.012
#> SRR1099648 3 0.0404 0.9120 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR659720 3 0.2471 0.8184 0.000 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR2185057 1 0.0162 0.9892 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1467125 1 0.0324 0.9867 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR657468 4 0.7853 0.1841 0.132 0.004 0.192 0.492 0.180
#> SRR660042 5 0.3814 0.6766 0.000 0.000 0.276 0.004 0.720
#> SRR2170864 2 0.3003 0.7892 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000
#> SRR1440491 5 0.5151 0.2491 0.000 0.044 0.000 0.396 0.560
#> SRR1440852 3 0.1270 0.9074 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR811169 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311 4 0.1892 0.8247 0.000 0.080 0.000 0.916 0.004
#> SRR818009 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836 4 0.4981 0.7167 0.000 0.188 0.000 0.704 0.108
#> SRR1498313 2 0.1270 0.7373 0.000 0.948 0.052 0.000 0.000
#> SRR1441975 4 0.4297 0.0115 0.000 0.472 0.000 0.528 0.000
#> SRR819096 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679 3 0.2189 0.8850 0.000 0.000 0.904 0.012 0.084
#> SRR1489116 3 0.0162 0.9129 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1354138 5 0.4192 0.4695 0.000 0.000 0.404 0.000 0.596
#> SRR1490589 3 0.0794 0.9130 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1412987 4 0.0162 0.8236 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR602034 3 0.1965 0.8850 0.000 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1353437 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871 3 0.1300 0.9013 0.000 0.016 0.956 0.000 0.028
#> SRR661577 4 0.3039 0.7319 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000
#> SRR612190 5 0.4378 0.5571 0.000 0.040 0.004 0.216 0.740
#> SRR1399880 1 0.0162 0.9892 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787 4 0.2488 0.7414 0.000 0.004 0.000 0.872 0.124
#> SRR657869 1 0.0162 0.9892 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1446332 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141 3 0.1792 0.8923 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1476697 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538 4 0.0703 0.8319 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1331422 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859 3 0.2488 0.8306 0.000 0.004 0.872 0.000 0.124
#> SRR1097594 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419 3 0.1851 0.8907 0.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1336706 3 0.0000 0.9136 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472976 4 0.1341 0.8322 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1321307 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493 1 0.0162 0.9892 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR812461 3 0.0703 0.9134 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1477149 2 0.4373 0.7407 0.000 0.760 0.000 0.160 0.080
#> SRR1457397 3 0.1877 0.8893 0.000 0.064 0.924 0.000 0.012
#> SRR661913 5 0.3932 0.6209 0.000 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR1069024 3 0.0566 0.9120 0.000 0.012 0.984 0.000 0.004
#> SRR2165634 1 0.0162 0.9892 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1478722 3 0.1544 0.9016 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1328642 2 0.1965 0.8128 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1488261 5 0.4182 0.5870 0.000 0.000 0.352 0.004 0.644
#> SRR1318815 4 0.3210 0.6533 0.000 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR816945 1 0.0162 0.9892 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1367432 4 0.3582 0.6885 0.008 0.224 0.000 0.768 0.000
#> SRR1359280 2 0.0451 0.7922 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1313910 4 0.1740 0.8058 0.000 0.012 0.000 0.932 0.056
#> SRR1457315 5 0.4545 0.6964 0.000 0.000 0.132 0.116 0.752
#> SRR815398 1 0.0162 0.9892 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR656958 3 0.0404 0.9148 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR600688 5 0.5006 0.6779 0.000 0.012 0.112 0.144 0.732
#> SRR1098952 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916 3 0.3684 0.6140 0.000 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR614167 5 0.4150 0.5207 0.000 0.000 0.388 0.000 0.612
#> SRR1348114 4 0.1106 0.8308 0.000 0.024 0.000 0.964 0.012
#> SRR658033 2 0.1270 0.8078 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1077503 3 0.0404 0.9118 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR661854 3 0.0324 0.9152 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR811379 4 0.1671 0.8030 0.000 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR1318857 4 0.2046 0.7998 0.000 0.016 0.000 0.916 0.068
#> SRR656445 3 0.0703 0.9153 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1433044 2 0.0290 0.7925 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1486391 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071 3 0.2127 0.8755 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR1364824 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745 3 0.0912 0.9087 0.000 0.016 0.972 0.000 0.012
#> SRR601038 3 0.0566 0.9120 0.000 0.012 0.984 0.000 0.004
#> SRR1360080 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868 3 0.1043 0.9039 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1485997 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560 4 0.2439 0.7454 0.000 0.004 0.000 0.876 0.120
#> SRR1333330 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513 3 0.2753 0.8154 0.000 0.008 0.856 0.000 0.136
#> SRR1328407 3 0.3011 0.7994 0.000 0.016 0.844 0.000 0.140
#> SRR602784 3 0.0404 0.9120 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1348468 4 0.0404 0.8226 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR663717 4 0.0992 0.8227 0.000 0.008 0.000 0.968 0.024
#> SRR602217 4 0.5543 0.0312 0.000 0.028 0.424 0.524 0.024
#> SRR603140 3 0.2377 0.8308 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR1340804 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574 3 0.0290 0.9145 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1333462 2 0.0290 0.7925 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1094601 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610 3 0.6461 0.0317 0.000 0.008 0.496 0.344 0.152
#> SRR1435833 4 0.2377 0.7962 0.000 0.128 0.000 0.872 0.000
#> SRR1398728 4 0.2597 0.8270 0.000 0.092 0.000 0.884 0.024
#> SRR1358343 4 0.1830 0.8315 0.012 0.052 0.000 0.932 0.004
#> SRR1410890 4 0.3565 0.7569 0.000 0.176 0.000 0.800 0.024
#> SRR1350371 1 0.0162 0.9892 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1392478 4 0.3301 0.8201 0.000 0.080 0.000 0.848 0.072
#> SRR1099260 3 0.0000 0.9136 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433576 3 0.3409 0.8075 0.000 0.000 0.824 0.032 0.144
#> SRR1345541 5 0.3662 0.6931 0.000 0.000 0.252 0.004 0.744
#> SRR1086328 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391 3 0.1792 0.8927 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1476207 3 0.1251 0.9009 0.000 0.008 0.956 0.000 0.036
#> SRR627435 5 0.3924 0.6898 0.008 0.024 0.168 0.004 0.796
#> SRR1489862 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191 3 0.2471 0.8499 0.000 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR1490115 3 0.0162 0.9129 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1377714 3 0.3074 0.7356 0.000 0.196 0.804 0.000 0.000
#> SRR819394 1 0.0324 0.9867 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR663161 2 0.6305 0.4819 0.036 0.596 0.004 0.084 0.280
#> SRR607042 3 0.0324 0.9146 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR656203 4 0.3300 0.7129 0.000 0.204 0.000 0.792 0.004
#> SRR660602 3 0.0404 0.9137 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1440397 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249 4 0.1117 0.8256 0.000 0.016 0.000 0.964 0.020
#> SRR661242 5 0.4116 0.5632 0.000 0.016 0.004 0.248 0.732
#> SRR1332007 3 0.1597 0.9008 0.000 0.048 0.940 0.000 0.012
#> SRR809619 4 0.1124 0.8341 0.000 0.036 0.000 0.960 0.004
#> SRR819975 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281 2 0.2127 0.8134 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR662366 3 0.0963 0.9122 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1317898 3 0.0963 0.9116 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1382485 4 0.3966 0.4471 0.000 0.000 0.000 0.664 0.336
#> SRR2166420 1 0.0162 0.9892 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1419429 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541 3 0.1043 0.9110 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR817444 3 0.1043 0.9012 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1320403 2 0.2732 0.8040 0.000 0.840 0.000 0.160 0.000
#> SRR1101483 4 0.2293 0.7902 0.000 0.016 0.000 0.900 0.084
#> SRR1331684 3 0.0290 0.9145 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1400054 3 0.4375 0.1770 0.000 0.000 0.576 0.004 0.420
#> SRR1406088 4 0.1809 0.8345 0.000 0.060 0.000 0.928 0.012
#> SRR820733 4 0.5164 0.4626 0.000 0.000 0.096 0.672 0.232
#> SRR1314113 5 0.4724 0.6325 0.000 0.000 0.104 0.164 0.732
#> SRR1382615 3 0.0162 0.9142 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1480745 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850 2 0.2825 0.8130 0.000 0.860 0.000 0.124 0.016
#> SRR656782 3 0.1792 0.8734 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR821364 1 0.0162 0.9891 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1101106 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295 2 0.1671 0.7049 0.000 0.924 0.076 0.000 0.000
#> SRR1357103 3 0.0579 0.9121 0.000 0.008 0.984 0.000 0.008
#> SRR809185 4 0.2378 0.8230 0.000 0.048 0.000 0.904 0.048
#> SRR811583 2 0.3209 0.7933 0.000 0.812 0.000 0.180 0.008
#> SRR1468050 1 0.0324 0.9867 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR1440224 2 0.4074 0.5402 0.000 0.636 0.000 0.364 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1500170 4 0.1643 0.7629 0.000 0.068 0.000 0.924 0.008 0.000
#> SRR1402368 3 0.1723 0.8406 0.000 0.000 0.928 0.000 0.036 0.036
#> SRR607743 3 0.5713 0.4889 0.000 0.140 0.648 0.000 0.136 0.076
#> SRR1457375 4 0.4258 0.1044 0.000 0.468 0.000 0.516 0.016 0.000
#> SRR1470923 1 0.0458 0.9815 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR817954 1 0.0146 0.9830 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR809259 1 0.0146 0.9830 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1439785 3 0.1152 0.8472 0.000 0.000 0.952 0.000 0.044 0.004
#> SRR814768 1 0.0260 0.9834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1102031 2 0.3050 0.6303 0.000 0.764 0.000 0.236 0.000 0.000
#> SRR1363611 4 0.1616 0.7574 0.000 0.020 0.000 0.932 0.048 0.000
#> SRR1468447 2 0.2092 0.7422 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000 0.000
#> SRR1071931 6 0.4687 -0.1240 0.000 0.020 0.004 0.456 0.008 0.512
#> SRR810981 1 0.0458 0.9793 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR615299 2 0.0547 0.7682 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR663585 3 0.2520 0.7726 0.000 0.000 0.844 0.000 0.004 0.152
#> SRR1326773 3 0.7535 -0.1103 0.000 0.288 0.444 0.116 0.048 0.104
#> SRR1351166 4 0.0717 0.7588 0.000 0.008 0.000 0.976 0.016 0.000
#> SRR1477452 1 0.0146 0.9837 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1084720 3 0.0717 0.8493 0.000 0.000 0.976 0.000 0.008 0.016
#> SRR1420320 4 0.0862 0.7586 0.000 0.008 0.000 0.972 0.016 0.004
#> SRR1081712 4 0.4368 0.4010 0.000 0.372 0.004 0.604 0.016 0.004
#> SRR1318241 3 0.3652 0.4886 0.000 0.004 0.672 0.000 0.324 0.000
#> SRR1333718 3 0.0777 0.8482 0.000 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR1313514 2 0.0405 0.7651 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR1477861 3 0.1080 0.8440 0.000 0.004 0.960 0.000 0.032 0.004
#> SRR1318005 2 0.0653 0.7667 0.000 0.980 0.000 0.012 0.004 0.004
#> SRR1354665 4 0.3672 0.4629 0.000 0.368 0.000 0.632 0.000 0.000
#> SRR657707 5 0.4227 0.1328 0.000 0.004 0.492 0.008 0.496 0.000
#> SRR1370742 3 0.2831 0.7648 0.000 0.000 0.840 0.000 0.024 0.136
#> SRR1412947 4 0.4089 0.1180 0.000 0.468 0.000 0.524 0.008 0.000
#> SRR661553 4 0.5313 0.3758 0.000 0.056 0.008 0.544 0.012 0.380
#> SRR1328869 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211 4 0.3863 0.5901 0.000 0.260 0.000 0.712 0.028 0.000
#> SRR1348181 6 0.3852 0.5590 0.000 0.000 0.324 0.000 0.012 0.664
#> SRR1416560 3 0.1802 0.8252 0.000 0.000 0.916 0.000 0.012 0.072
#> SRR1319772 3 0.1588 0.8265 0.000 0.004 0.924 0.000 0.072 0.000
#> SRR1091452 4 0.4179 0.5394 0.000 0.016 0.000 0.652 0.008 0.324
#> SRR1338812 1 0.0790 0.9742 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1392072 2 0.3607 0.4389 0.000 0.652 0.000 0.348 0.000 0.000
#> SRR814844 4 0.3423 0.7021 0.000 0.000 0.000 0.812 0.100 0.088
#> SRR1376619 3 0.3670 0.6383 0.000 0.000 0.736 0.000 0.024 0.240
#> SRR603690 2 0.5284 0.3323 0.000 0.552 0.000 0.368 0.024 0.056
#> SRR2184980 4 0.4245 0.6545 0.000 0.256 0.000 0.696 0.044 0.004
#> SRR613963 4 0.4297 0.2655 0.000 0.000 0.004 0.532 0.012 0.452
#> SRR1323422 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673 3 0.0777 0.8495 0.000 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR1434650 3 0.2584 0.7672 0.000 0.004 0.848 0.000 0.144 0.004
#> SRR659875 3 0.0692 0.8466 0.000 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR1465734 3 0.4124 -0.0656 0.000 0.004 0.516 0.004 0.476 0.000
#> SRR1076847 2 0.0405 0.7651 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR1415072 1 0.0713 0.9765 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR659319 3 0.1421 0.8486 0.000 0.000 0.944 0.000 0.028 0.028
#> SRR663088 1 0.7781 -0.1801 0.364 0.076 0.000 0.184 0.324 0.052
#> SRR1352021 1 0.0458 0.9815 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1325527 1 0.0260 0.9822 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1105369 1 0.0146 0.9830 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR659935 4 0.0862 0.7611 0.000 0.008 0.000 0.972 0.004 0.016
#> SRR1352530 3 0.1367 0.8386 0.000 0.000 0.944 0.000 0.012 0.044
#> SRR662594 3 0.4278 0.3384 0.000 0.004 0.616 0.000 0.360 0.020
#> SRR1095309 1 0.0458 0.9793 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR615647 3 0.1434 0.8368 0.000 0.000 0.940 0.000 0.012 0.048
#> SRR813019 3 0.2946 0.7085 0.000 0.004 0.808 0.000 0.184 0.004
#> SRR1374647 4 0.5912 0.0274 0.000 0.424 0.044 0.472 0.016 0.044
#> SRR603472 3 0.2685 0.7961 0.000 0.080 0.872 0.000 0.044 0.004
#> SRR661529 6 0.2063 0.5961 0.000 0.000 0.060 0.020 0.008 0.912
#> SRR607018 3 0.1007 0.8414 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR627423 6 0.4467 0.4400 0.000 0.044 0.000 0.180 0.040 0.736
#> SRR654921 4 0.2703 0.6650 0.000 0.000 0.000 0.824 0.172 0.004
#> SRR1418968 1 0.0260 0.9822 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR660871 3 0.0820 0.8491 0.000 0.000 0.972 0.000 0.012 0.016
#> SRR1330522 3 0.1349 0.8366 0.000 0.000 0.940 0.000 0.004 0.056
#> SRR1499958 4 0.3098 0.7545 0.000 0.088 0.000 0.844 0.064 0.004
#> SRR614059 6 0.4253 0.5008 0.000 0.000 0.372 0.008 0.012 0.608
#> SRR1071403 1 0.0260 0.9834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1486719 4 0.4670 0.5718 0.000 0.292 0.000 0.636 0.072 0.000
#> SRR1440421 2 0.0632 0.7678 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1310412 5 0.6226 0.3089 0.000 0.008 0.228 0.016 0.524 0.224
#> SRR614767 4 0.4079 0.3742 0.000 0.380 0.000 0.608 0.008 0.004
#> SRR820709 1 0.0260 0.9834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1471500 1 0.0146 0.9837 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR658093 3 0.0993 0.8482 0.000 0.000 0.964 0.000 0.012 0.024
#> SRR1088168 3 0.0935 0.8486 0.000 0.000 0.964 0.000 0.032 0.004
#> SRR1418707 4 0.3271 0.6664 0.000 0.232 0.000 0.760 0.008 0.000
#> SRR1354291 2 0.0547 0.7682 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR2165806 1 0.0291 0.9829 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1415684 4 0.4527 0.6391 0.000 0.044 0.000 0.704 0.024 0.228
#> SRR1433860 3 0.1434 0.8364 0.000 0.000 0.940 0.000 0.012 0.048
#> SRR1311062 2 0.4080 0.1363 0.000 0.536 0.000 0.456 0.000 0.008
#> SRR1360359 1 0.0363 0.9826 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR661385 3 0.1124 0.8432 0.000 0.000 0.956 0.000 0.008 0.036
#> SRR615407 4 0.4768 0.1398 0.000 0.440 0.004 0.524 0.016 0.016
#> SRR1413892 3 0.0858 0.8472 0.000 0.000 0.968 0.000 0.004 0.028
#> SRR1443459 4 0.1434 0.7540 0.000 0.012 0.000 0.940 0.048 0.000
#> SRR1338942 1 0.0547 0.9801 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR657480 3 0.3087 0.7038 0.000 0.004 0.804 0.004 0.184 0.004
#> SRR1399433 4 0.2014 0.7621 0.000 0.016 0.004 0.924 0.032 0.024
#> SRR818537 3 0.1296 0.8439 0.000 0.004 0.948 0.000 0.044 0.004
#> SRR1101324 5 0.4607 0.5342 0.000 0.000 0.052 0.264 0.672 0.012
#> SRR807637 2 0.5598 0.3800 0.248 0.608 0.000 0.020 0.120 0.004
#> SRR1091918 1 0.0458 0.9793 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR598300 6 0.5381 0.3610 0.000 0.004 0.212 0.000 0.180 0.604
#> SRR1085426 1 0.0146 0.9830 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1376294 4 0.3940 0.4742 0.000 0.336 0.000 0.652 0.008 0.004
#> SRR813891 1 0.0632 0.9785 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1467431 2 0.5707 0.3394 0.000 0.556 0.024 0.080 0.332 0.008
#> SRR658742 6 0.2682 0.5594 0.000 0.000 0.020 0.084 0.020 0.876
#> SRR1419234 1 0.0547 0.9774 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1404813 4 0.2772 0.7037 0.000 0.180 0.000 0.816 0.004 0.000
#> SRR603496 3 0.2169 0.8198 0.000 0.012 0.900 0.000 0.080 0.008
#> SRR1407758 3 0.1753 0.8248 0.000 0.000 0.912 0.000 0.004 0.084
#> SRR810945 5 0.5505 0.4563 0.000 0.144 0.000 0.248 0.596 0.012
#> SRR817234 2 0.0260 0.7660 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1444852 3 0.2531 0.7820 0.000 0.000 0.856 0.000 0.012 0.132
#> SRR660378 3 0.1408 0.8403 0.000 0.000 0.944 0.000 0.020 0.036
#> SRR1467835 4 0.3946 0.6947 0.000 0.076 0.000 0.756 0.168 0.000
#> SRR1338964 3 0.3565 0.4993 0.000 0.004 0.692 0.000 0.304 0.000
#> SRR1079259 5 0.4408 0.4430 0.000 0.000 0.036 0.356 0.608 0.000
#> SRR1072345 3 0.3961 0.1481 0.000 0.004 0.556 0.000 0.440 0.000
#> SRR598725 3 0.4234 0.4195 0.000 0.000 0.644 0.000 0.032 0.324
#> SRR1447938 1 0.0146 0.9837 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1356397 1 0.0547 0.9774 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1360460 4 0.0717 0.7551 0.000 0.000 0.000 0.976 0.016 0.008
#> SRR1429468 4 0.4370 0.5753 0.000 0.064 0.000 0.684 0.252 0.000
#> SRR1446850 4 0.4225 0.6416 0.000 0.216 0.000 0.728 0.016 0.040
#> SRR1320363 3 0.2630 0.8018 0.000 0.004 0.872 0.000 0.092 0.032
#> SRR1413810 3 0.2070 0.8136 0.000 0.000 0.896 0.000 0.012 0.092
#> SRR598831 4 0.1995 0.7628 0.000 0.052 0.000 0.912 0.036 0.000
#> SRR1381865 1 0.0260 0.9834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR660957 3 0.2214 0.8068 0.000 0.000 0.888 0.000 0.016 0.096
#> SRR1491332 3 0.0692 0.8483 0.000 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR1099744 4 0.3578 0.5162 0.000 0.340 0.000 0.660 0.000 0.000
#> SRR1464618 4 0.1908 0.7266 0.000 0.000 0.000 0.900 0.096 0.004
#> SRR1414559 6 0.2438 0.5347 0.000 0.004 0.008 0.020 0.076 0.892
#> SRR1337540 5 0.5341 0.3040 0.208 0.096 0.000 0.040 0.656 0.000
#> SRR1444283 1 0.0458 0.9815 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2184942 6 0.3717 0.5715 0.000 0.000 0.148 0.000 0.072 0.780
#> SRR660295 1 0.0632 0.9752 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR601335 3 0.2121 0.8102 0.000 0.000 0.892 0.000 0.012 0.096
#> SRR1363742 3 0.1320 0.8431 0.000 0.000 0.948 0.000 0.016 0.036
#> SRR1345847 4 0.1082 0.7487 0.000 0.000 0.000 0.956 0.040 0.004
#> SRR614960 3 0.3834 0.5709 0.000 0.000 0.708 0.000 0.024 0.268
#> SRR819919 1 0.0632 0.9752 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR603330 2 0.0508 0.7541 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012 0.000
#> SRR1327951 1 0.0458 0.9793 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1401885 1 0.0547 0.9801 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1345266 4 0.0777 0.7580 0.000 0.000 0.000 0.972 0.024 0.004
#> SRR1338055 2 0.0779 0.7626 0.000 0.976 0.000 0.008 0.008 0.008
#> SRR1430157 4 0.3329 0.5880 0.000 0.004 0.000 0.756 0.236 0.004
#> SRR1320137 2 0.0692 0.7681 0.000 0.976 0.000 0.020 0.000 0.004
#> SRR1093483 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.0508 0.9824 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR1459913 6 0.3398 0.5984 0.000 0.000 0.252 0.000 0.008 0.740
#> SRR2170490 1 0.0603 0.9782 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR1479845 6 0.5703 0.5251 0.000 0.000 0.316 0.108 0.024 0.552
#> SRR1436420 1 0.0363 0.9809 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1481060 3 0.0935 0.8484 0.000 0.000 0.964 0.000 0.032 0.004
#> SRR662282 3 0.2491 0.7936 0.000 0.000 0.868 0.000 0.020 0.112
#> SRR1487089 4 0.2129 0.7534 0.000 0.000 0.000 0.904 0.040 0.056
#> SRR1075683 1 0.0632 0.9785 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1338536 1 0.0146 0.9837 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1338880 4 0.2579 0.7584 0.000 0.060 0.000 0.884 0.048 0.008
#> SRR1453456 3 0.1010 0.8437 0.000 0.000 0.960 0.000 0.004 0.036
#> SRR1457895 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603 3 0.1194 0.8465 0.000 0.004 0.956 0.000 0.032 0.008
#> SRR658633 2 0.4076 0.1408 0.000 0.540 0.000 0.452 0.008 0.000
#> SRR1388081 4 0.3888 0.6703 0.000 0.016 0.000 0.752 0.024 0.208
#> SRR813339 3 0.1934 0.8451 0.000 0.000 0.916 0.000 0.044 0.040
#> SRR809725 1 0.0260 0.9834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR627441 2 0.0291 0.7621 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR613603 3 0.2662 0.7544 0.000 0.004 0.840 0.000 0.152 0.004
#> SRR1096571 3 0.1644 0.8372 0.000 0.000 0.932 0.000 0.028 0.040
#> SRR1392701 1 0.0632 0.9752 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1344326 1 0.0547 0.9801 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1367693 4 0.2002 0.7615 0.000 0.076 0.000 0.908 0.012 0.004
#> SRR660697 4 0.3409 0.5575 0.000 0.300 0.000 0.700 0.000 0.000
#> SRR1489926 6 0.5864 0.3479 0.000 0.036 0.276 0.000 0.120 0.568
#> SRR811491 3 0.0865 0.8447 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1311644 5 0.4941 0.5132 0.000 0.000 0.032 0.244 0.668 0.056
#> SRR1451740 3 0.4461 0.2078 0.000 0.000 0.564 0.000 0.032 0.404
#> SRR615117 3 0.1370 0.8473 0.000 0.012 0.948 0.000 0.036 0.004
#> SRR1391748 4 0.0881 0.7601 0.000 0.008 0.000 0.972 0.012 0.008
#> SRR1466556 3 0.1049 0.8482 0.000 0.000 0.960 0.000 0.032 0.008
#> SRR614972 3 0.1572 0.8472 0.000 0.000 0.936 0.000 0.028 0.036
#> SRR1406200 1 0.0260 0.9834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR819210 4 0.2716 0.7581 0.000 0.044 0.008 0.880 0.064 0.004
#> SRR662174 1 0.0260 0.9834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR811988 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236 6 0.5434 0.4198 0.000 0.000 0.396 0.064 0.024 0.516
#> SRR1312598 4 0.2783 0.7317 0.000 0.148 0.000 0.836 0.016 0.000
#> SRR1330129 2 0.2416 0.7196 0.000 0.844 0.000 0.156 0.000 0.000
#> SRR1357781 2 0.0405 0.7651 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR1315517 2 0.0260 0.7660 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1400032 3 0.4025 0.2060 0.000 0.000 0.576 0.000 0.008 0.416
#> SRR1413722 1 0.0260 0.9834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR612827 6 0.4039 0.3558 0.000 0.000 0.424 0.000 0.008 0.568
#> SRR814794 1 0.0291 0.9838 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR819430 1 0.0260 0.9834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1395509 4 0.1219 0.7528 0.000 0.004 0.000 0.948 0.048 0.000
#> SRR808728 3 0.1788 0.8228 0.000 0.000 0.916 0.004 0.076 0.004
#> SRR1070813 4 0.3619 0.4629 0.000 0.004 0.000 0.680 0.316 0.000
#> SRR1389133 6 0.5562 0.3266 0.000 0.004 0.236 0.000 0.188 0.572
#> SRR601263 5 0.4128 0.1163 0.000 0.004 0.492 0.004 0.500 0.000
#> SRR604718 4 0.1700 0.7454 0.000 0.004 0.000 0.916 0.080 0.000
#> SRR1481351 3 0.3368 0.7599 0.000 0.004 0.820 0.000 0.060 0.116
#> SRR1334608 3 0.0891 0.8474 0.000 0.000 0.968 0.000 0.024 0.008
#> SRR658681 3 0.0993 0.8461 0.000 0.000 0.964 0.000 0.024 0.012
#> SRR809283 4 0.5345 0.3121 0.000 0.352 0.000 0.540 0.004 0.104
#> SRR1459300 1 0.0363 0.9813 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1392547 3 0.0858 0.8477 0.000 0.000 0.968 0.000 0.028 0.004
#> SRR811049 5 0.4093 0.4740 0.000 0.004 0.292 0.024 0.680 0.000
#> SRR1464835 4 0.2594 0.7567 0.000 0.028 0.000 0.884 0.016 0.072
#> SRR1339619 4 0.1285 0.7518 0.000 0.004 0.000 0.944 0.052 0.000
#> SRR658501 3 0.1563 0.8329 0.000 0.000 0.932 0.000 0.012 0.056
#> SRR1447523 3 0.1713 0.8462 0.000 0.000 0.928 0.000 0.044 0.028
#> SRR1415048 1 0.0146 0.9837 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1355451 1 0.0547 0.9801 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1444348 4 0.1148 0.7614 0.000 0.016 0.000 0.960 0.020 0.004
#> SRR603890 2 0.0508 0.7670 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004 0.000
#> SRR810595 3 0.0777 0.8487 0.000 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR1446244 4 0.1364 0.7588 0.000 0.004 0.000 0.944 0.048 0.004
#> SRR817373 4 0.2923 0.7559 0.000 0.052 0.000 0.868 0.020 0.060
#> SRR1457291 4 0.2990 0.7475 0.000 0.084 0.000 0.860 0.036 0.020
#> SRR598220 3 0.2595 0.8014 0.000 0.000 0.872 0.000 0.044 0.084
#> SRR1477991 4 0.3737 0.3897 0.000 0.392 0.000 0.608 0.000 0.000
#> SRR598172 2 0.0363 0.7674 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1349032 4 0.3482 0.4369 0.000 0.000 0.000 0.684 0.316 0.000
#> SRR604002 2 0.6031 -0.1880 0.000 0.448 0.328 0.000 0.220 0.004
#> SRR1378026 3 0.1410 0.8408 0.000 0.004 0.944 0.000 0.044 0.008
#> SRR1404401 2 0.0291 0.7621 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1333240 5 0.5243 0.3615 0.000 0.064 0.392 0.008 0.532 0.004
#> SRR1089399 4 0.3489 0.5765 0.000 0.288 0.000 0.708 0.004 0.000
#> SRR603421 2 0.0405 0.7651 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR812562 1 0.0547 0.9801 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR808520 3 0.1010 0.8428 0.000 0.000 0.960 0.000 0.036 0.004
#> SRR811839 1 0.0458 0.9793 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR814317 4 0.3715 0.6625 0.000 0.048 0.000 0.764 0.188 0.000
#> SRR1436763 4 0.3788 0.5312 0.000 0.012 0.000 0.704 0.280 0.004
#> SRR1486021 4 0.4573 0.6179 0.000 0.208 0.000 0.712 0.024 0.056
#> SRR1465018 2 0.0363 0.7674 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1080998 3 0.4292 0.1543 0.000 0.004 0.568 0.008 0.416 0.004
#> SRR1083432 3 0.1176 0.8441 0.000 0.000 0.956 0.000 0.020 0.024
#> SRR1082833 1 0.0363 0.9809 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1465804 1 0.0865 0.9717 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1326536 3 0.1141 0.8408 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR614011 4 0.2046 0.7524 0.000 0.032 0.000 0.908 0.060 0.000
#> SRR1365873 2 0.2595 0.7224 0.000 0.836 0.000 0.160 0.000 0.004
#> SRR1498789 2 0.2527 0.7042 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000 0.000
#> SRR601581 4 0.2743 0.6734 0.000 0.000 0.000 0.828 0.164 0.008
#> SRR603566 3 0.1010 0.8487 0.000 0.000 0.960 0.000 0.036 0.004
#> SRR1373981 1 0.0363 0.9809 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR821410 2 0.4097 -0.0415 0.000 0.500 0.000 0.492 0.008 0.000
#> SRR1076511 5 0.6213 0.0969 0.380 0.196 0.000 0.008 0.412 0.004
#> SRR614143 5 0.6043 0.1733 0.000 0.008 0.184 0.004 0.496 0.308
#> SRR1333570 3 0.3690 0.5409 0.000 0.000 0.700 0.000 0.012 0.288
#> SRR1366813 4 0.1387 0.7617 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR1388746 1 0.0146 0.9830 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1420558 6 0.3448 0.5376 0.000 0.000 0.072 0.004 0.108 0.816
#> SRR1409510 3 0.3431 0.6696 0.000 0.000 0.756 0.000 0.016 0.228
#> SRR816250 4 0.4024 0.3313 0.000 0.400 0.000 0.592 0.004 0.004
#> SRR614131 6 0.4575 0.4273 0.000 0.044 0.000 0.224 0.028 0.704
#> SRR1331130 1 0.0632 0.9785 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1316015 3 0.4184 -0.1177 0.000 0.000 0.504 0.000 0.012 0.484
#> SRR1470798 3 0.3619 0.6576 0.000 0.000 0.744 0.000 0.024 0.232
#> SRR614179 3 0.1313 0.8501 0.000 0.004 0.952 0.000 0.028 0.016
#> SRR1474863 2 0.3984 0.3084 0.000 0.596 0.000 0.396 0.008 0.000
#> SRR813560 4 0.3703 0.4692 0.000 0.004 0.000 0.688 0.304 0.004
#> SRR1312187 4 0.2597 0.6643 0.000 0.000 0.000 0.824 0.176 0.000
#> SRR1420960 3 0.1196 0.8406 0.000 0.000 0.952 0.000 0.008 0.040
#> SRR1355102 3 0.2212 0.8040 0.000 0.000 0.880 0.000 0.008 0.112
#> SRR1084577 3 0.1657 0.8386 0.000 0.000 0.928 0.000 0.016 0.056
#> SRR659971 4 0.3562 0.6859 0.000 0.040 0.000 0.788 0.168 0.004
#> SRR1350855 4 0.0363 0.7553 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR820779 3 0.1225 0.8418 0.000 0.000 0.952 0.000 0.012 0.036
#> SRR1476300 3 0.2019 0.8170 0.000 0.000 0.900 0.000 0.012 0.088
#> SRR1090907 4 0.0777 0.7592 0.000 0.004 0.000 0.972 0.024 0.000
#> SRR662294 2 0.0260 0.7660 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1480789 3 0.1226 0.8428 0.000 0.004 0.952 0.000 0.040 0.004
#> SRR1336263 4 0.0993 0.7558 0.000 0.000 0.000 0.964 0.024 0.012
#> SRR660776 1 0.0632 0.9752 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1090508 2 0.4063 0.4958 0.000 0.736 0.052 0.000 0.208 0.004
#> SRR615563 5 0.3998 0.0983 0.000 0.000 0.000 0.492 0.504 0.004
#> SRR1101175 1 0.0363 0.9809 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR2164650 3 0.0935 0.8437 0.000 0.000 0.964 0.000 0.032 0.004
#> SRR1431205 2 0.0937 0.7655 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1339856 4 0.3053 0.6961 0.000 0.172 0.000 0.812 0.012 0.004
#> SRR1352147 4 0.2957 0.7193 0.000 0.140 0.000 0.836 0.016 0.008
#> SRR808968 1 0.0260 0.9822 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR627419 4 0.3860 0.1694 0.000 0.472 0.000 0.528 0.000 0.000
#> SRR1402391 1 0.0146 0.9837 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR663609 3 0.0993 0.8490 0.000 0.000 0.964 0.000 0.024 0.012
#> SRR2167857 2 0.1036 0.7383 0.000 0.964 0.008 0.000 0.024 0.004
#> SRR1398752 1 0.0146 0.9830 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1469169 1 0.0692 0.9793 0.976 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004
#> SRR1405437 4 0.3103 0.6718 0.000 0.208 0.000 0.784 0.008 0.000
#> SRR1416955 1 0.0937 0.9690 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1317064 4 0.5252 0.5264 0.000 0.200 0.000 0.624 0.004 0.172
#> SRR659001 4 0.3607 0.3709 0.000 0.000 0.000 0.652 0.348 0.000
#> SRR2170696 5 0.3984 0.3456 0.000 0.000 0.008 0.396 0.596 0.000
#> SRR816589 3 0.0777 0.8463 0.000 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR1087487 3 0.1867 0.8248 0.000 0.000 0.916 0.000 0.020 0.064
#> SRR1329485 3 0.1913 0.8198 0.000 0.000 0.908 0.000 0.012 0.080
#> SRR816920 5 0.4254 0.5321 0.000 0.000 0.048 0.272 0.680 0.000
#> SRR1341432 1 0.0603 0.9781 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR1361590 4 0.1498 0.7570 0.000 0.000 0.000 0.940 0.028 0.032
#> SRR817046 3 0.1285 0.8377 0.000 0.004 0.944 0.000 0.052 0.000
#> SRR1471331 3 0.1858 0.8239 0.000 0.000 0.912 0.000 0.012 0.076
#> SRR660788 5 0.5066 0.5446 0.000 0.000 0.176 0.188 0.636 0.000
#> SRR819234 1 0.0260 0.9834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR810853 3 0.1155 0.8430 0.000 0.004 0.956 0.000 0.036 0.004
#> SRR809427 4 0.3721 0.5078 0.000 0.004 0.000 0.684 0.308 0.004
#> SRR2170217 4 0.1737 0.7621 0.000 0.020 0.000 0.932 0.008 0.040
#> SRR1386967 3 0.1524 0.8398 0.000 0.000 0.932 0.000 0.008 0.060
#> SRR1420344 4 0.4203 0.7157 0.000 0.136 0.000 0.740 0.124 0.000
#> SRR1334535 1 0.0603 0.9810 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR614503 2 0.5029 0.1044 0.000 0.484 0.000 0.060 0.452 0.004
#> SRR602564 6 0.2389 0.5551 0.000 0.020 0.012 0.036 0.024 0.908
#> SRR1420669 4 0.4202 0.5520 0.000 0.000 0.028 0.668 0.004 0.300
#> SRR819024 3 0.1245 0.8492 0.000 0.000 0.952 0.000 0.032 0.016
#> SRR656223 3 0.1643 0.8295 0.000 0.000 0.924 0.000 0.008 0.068
#> SRR608428 2 0.3489 0.5501 0.000 0.708 0.000 0.288 0.004 0.000
#> SRR1345647 1 0.0790 0.9742 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1389324 2 0.2009 0.7339 0.000 0.908 0.000 0.024 0.068 0.000
#> SRR1361368 4 0.1088 0.7607 0.000 0.016 0.000 0.960 0.024 0.000
#> SRR1322619 4 0.3136 0.6834 0.000 0.188 0.000 0.796 0.016 0.000
#> SRR1349276 4 0.1332 0.7601 0.000 0.008 0.000 0.952 0.028 0.012
#> SRR1404024 1 0.0865 0.9717 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1370637 4 0.1594 0.7532 0.000 0.016 0.000 0.932 0.052 0.000
#> SRR1452631 4 0.3634 0.4978 0.000 0.000 0.000 0.696 0.296 0.008
#> SRR608392 3 0.0909 0.8489 0.000 0.000 0.968 0.000 0.020 0.012
#> SRR1357757 3 0.6013 0.3100 0.000 0.264 0.572 0.000 0.064 0.100
#> SRR1074646 4 0.0806 0.7564 0.000 0.000 0.000 0.972 0.020 0.008
#> SRR1367499 3 0.0692 0.8478 0.000 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR1343501 3 0.1155 0.8414 0.000 0.004 0.956 0.000 0.036 0.004
#> SRR1394406 5 0.6483 0.4312 0.000 0.004 0.084 0.176 0.564 0.172
#> SRR1381435 3 0.0806 0.8482 0.000 0.000 0.972 0.000 0.020 0.008
#> SRR1467407 1 0.0458 0.9793 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1092422 2 0.5578 -0.1290 0.000 0.492 0.360 0.000 0.148 0.000
#> SRR1380270 3 0.0993 0.8496 0.000 0.000 0.964 0.000 0.024 0.012
#> SRR1091817 2 0.4018 0.2641 0.000 0.580 0.000 0.412 0.008 0.000
#> SRR1440137 4 0.4147 0.2177 0.000 0.436 0.000 0.552 0.012 0.000
#> SRR614311 4 0.0725 0.7606 0.000 0.012 0.000 0.976 0.012 0.000
#> SRR1407516 4 0.4732 0.7024 0.000 0.116 0.000 0.732 0.036 0.116
#> SRR815494 3 0.2748 0.7713 0.000 0.000 0.848 0.000 0.024 0.128
#> SRR1333209 4 0.1411 0.7373 0.000 0.000 0.000 0.936 0.060 0.004
#> SRR615177 5 0.7302 0.2836 0.012 0.068 0.080 0.312 0.476 0.052
#> SRR1099648 3 0.0692 0.8483 0.000 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR659720 5 0.4302 0.4284 0.000 0.004 0.368 0.020 0.608 0.000
#> SRR2185057 1 0.0858 0.9748 0.968 0.000 0.000 0.000 0.028 0.004
#> SRR1467125 1 0.0865 0.9717 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR657468 5 0.4219 0.5228 0.008 0.004 0.072 0.124 0.780 0.012
#> SRR660042 6 0.2491 0.6096 0.000 0.000 0.112 0.000 0.020 0.868
#> SRR2170864 2 0.3852 0.3493 0.000 0.612 0.000 0.384 0.004 0.000
#> SRR1440491 4 0.4140 0.5952 0.000 0.024 0.000 0.688 0.008 0.280
#> SRR1440852 3 0.1349 0.8401 0.000 0.000 0.940 0.000 0.004 0.056
#> SRR811169 1 0.0146 0.9830 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1331311 4 0.1167 0.7621 0.000 0.020 0.000 0.960 0.008 0.012
#> SRR818009 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836 5 0.5679 0.0537 0.000 0.156 0.000 0.408 0.436 0.000
#> SRR1498313 2 0.1341 0.7144 0.000 0.948 0.024 0.000 0.028 0.000
#> SRR1441975 4 0.4146 0.5513 0.000 0.288 0.000 0.676 0.036 0.000
#> SRR819096 1 0.0713 0.9765 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1073679 3 0.6551 0.0330 0.000 0.000 0.468 0.116 0.336 0.080
#> SRR1489116 3 0.1296 0.8389 0.000 0.004 0.948 0.000 0.044 0.004
#> SRR1354138 3 0.3748 0.4998 0.000 0.000 0.688 0.000 0.012 0.300
#> SRR1490589 3 0.3878 0.7321 0.000 0.000 0.772 0.000 0.112 0.116
#> SRR1412987 4 0.1082 0.7514 0.000 0.000 0.000 0.956 0.040 0.004
#> SRR602034 3 0.2450 0.7921 0.000 0.000 0.868 0.000 0.016 0.116
#> SRR1353437 1 0.0146 0.9837 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1072871 3 0.3905 0.4118 0.000 0.004 0.636 0.000 0.356 0.004
#> SRR661577 4 0.3436 0.7509 0.000 0.080 0.000 0.836 0.032 0.052
#> SRR612190 6 0.4245 0.4196 0.000 0.024 0.004 0.256 0.012 0.704
#> SRR1399880 1 0.0458 0.9820 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1101787 4 0.3833 0.0931 0.000 0.000 0.000 0.556 0.444 0.000
#> SRR657869 1 0.0632 0.9752 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1446332 1 0.0260 0.9834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR816039 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141 3 0.1802 0.8240 0.000 0.000 0.916 0.000 0.012 0.072
#> SRR1476697 1 0.0260 0.9834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1379538 4 0.0935 0.7585 0.000 0.000 0.000 0.964 0.032 0.004
#> SRR1331422 1 0.0260 0.9834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR660859 5 0.5071 0.5018 0.000 0.004 0.220 0.052 0.680 0.044
#> SRR1097594 1 0.0291 0.9829 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1311419 3 0.1686 0.8285 0.000 0.000 0.924 0.000 0.012 0.064
#> SRR1336706 3 0.1155 0.8422 0.000 0.004 0.956 0.000 0.036 0.004
#> SRR1472976 4 0.0858 0.7572 0.000 0.004 0.000 0.968 0.028 0.000
#> SRR1321307 1 0.0632 0.9752 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR807493 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461 3 0.0508 0.8485 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1477149 2 0.3633 0.6825 0.000 0.800 0.000 0.120 0.076 0.004
#> SRR1457397 3 0.1622 0.8494 0.000 0.016 0.940 0.000 0.028 0.016
#> SRR661913 6 0.3245 0.6062 0.000 0.000 0.228 0.000 0.008 0.764
#> SRR1069024 3 0.0858 0.8478 0.000 0.000 0.968 0.000 0.028 0.004
#> SRR2165634 1 0.0508 0.9802 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR1478722 3 0.2911 0.7635 0.000 0.000 0.832 0.000 0.024 0.144
#> SRR1328642 2 0.4004 0.5468 0.000 0.684 0.012 0.296 0.004 0.004
#> SRR1488261 6 0.3912 0.5495 0.000 0.000 0.340 0.000 0.012 0.648
#> SRR1318815 4 0.2331 0.7467 0.000 0.000 0.000 0.888 0.032 0.080
#> SRR816945 1 0.0632 0.9752 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1367432 4 0.4868 0.4673 0.000 0.076 0.000 0.592 0.332 0.000
#> SRR1359280 2 0.0363 0.7674 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1313910 4 0.2994 0.6181 0.000 0.000 0.000 0.788 0.208 0.004
#> SRR1457315 4 0.5076 0.2101 0.000 0.000 0.044 0.512 0.016 0.428
#> SRR815398 1 0.0632 0.9752 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR656958 3 0.1049 0.8468 0.000 0.000 0.960 0.000 0.032 0.008
#> SRR600688 6 0.4433 0.5084 0.000 0.024 0.040 0.176 0.012 0.748
#> SRR1098952 1 0.0146 0.9830 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1314916 3 0.2266 0.8047 0.000 0.000 0.880 0.000 0.012 0.108
#> SRR614167 6 0.4093 0.4359 0.000 0.000 0.404 0.000 0.012 0.584
#> SRR1348114 4 0.2146 0.7147 0.000 0.000 0.000 0.880 0.116 0.004
#> SRR658033 2 0.3304 0.7112 0.000 0.804 0.000 0.168 0.020 0.008
#> SRR1077503 3 0.1908 0.8097 0.000 0.004 0.900 0.000 0.096 0.000
#> SRR661854 3 0.4921 0.2778 0.000 0.008 0.584 0.000 0.056 0.352
#> SRR811379 4 0.2179 0.7504 0.000 0.000 0.000 0.900 0.036 0.064
#> SRR1318857 4 0.3133 0.6222 0.000 0.008 0.000 0.780 0.212 0.000
#> SRR656445 3 0.0909 0.8490 0.000 0.000 0.968 0.000 0.020 0.012
#> SRR1433044 2 0.0508 0.7670 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004 0.000
#> SRR1486391 1 0.0146 0.9838 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR656071 3 0.4581 -0.0516 0.000 0.000 0.516 0.000 0.036 0.448
#> SRR1364824 1 0.0260 0.9834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1379133 1 0.0363 0.9826 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1394169 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745 3 0.1285 0.8424 0.000 0.000 0.944 0.000 0.052 0.004
#> SRR601038 3 0.1003 0.8438 0.000 0.004 0.964 0.000 0.028 0.004
#> SRR1360080 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868 3 0.4117 0.0620 0.000 0.004 0.528 0.000 0.464 0.004
#> SRR1485997 1 0.0260 0.9834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1435560 4 0.3867 -0.0683 0.000 0.000 0.000 0.512 0.488 0.000
#> SRR1333330 1 0.0790 0.9744 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR663513 5 0.4355 0.5046 0.008 0.016 0.176 0.036 0.756 0.008
#> SRR1328407 3 0.4368 0.2843 0.000 0.004 0.604 0.016 0.372 0.004
#> SRR602784 3 0.0603 0.8484 0.000 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1348468 4 0.1644 0.7353 0.000 0.000 0.000 0.920 0.076 0.004
#> SRR663717 4 0.2595 0.6712 0.000 0.000 0.000 0.836 0.160 0.004
#> SRR602217 4 0.5085 0.2063 0.000 0.004 0.332 0.596 0.012 0.056
#> SRR603140 5 0.4191 0.4002 0.000 0.012 0.388 0.004 0.596 0.000
#> SRR1340804 1 0.0865 0.9717 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1457574 3 0.1196 0.8432 0.000 0.000 0.952 0.000 0.040 0.008
#> SRR1333462 2 0.0405 0.7651 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR1094601 1 0.0146 0.9837 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1434610 5 0.5506 0.5225 0.000 0.000 0.264 0.180 0.556 0.000
#> SRR1435833 4 0.1584 0.7618 0.000 0.064 0.000 0.928 0.008 0.000
#> SRR1398728 4 0.4024 0.5739 0.000 0.036 0.000 0.700 0.264 0.000
#> SRR1358343 4 0.3935 0.6950 0.052 0.016 0.000 0.788 0.140 0.004
#> SRR1410890 4 0.4281 0.6034 0.000 0.068 0.000 0.704 0.228 0.000
#> SRR1350371 1 0.0146 0.9830 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1392478 4 0.3487 0.6081 0.000 0.020 0.000 0.756 0.224 0.000
#> SRR1099260 3 0.1285 0.8371 0.000 0.004 0.944 0.000 0.052 0.000
#> SRR1433576 3 0.4652 0.5376 0.000 0.000 0.712 0.196 0.024 0.068
#> SRR1345541 6 0.2805 0.6151 0.000 0.000 0.184 0.000 0.004 0.812
#> SRR1086328 1 0.0260 0.9822 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR810391 3 0.2442 0.7791 0.000 0.000 0.852 0.000 0.004 0.144
#> SRR1476207 3 0.3565 0.5800 0.000 0.004 0.716 0.000 0.276 0.004
#> SRR627435 6 0.1476 0.5757 0.000 0.012 0.028 0.004 0.008 0.948
#> SRR1489862 1 0.0547 0.9801 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1419086 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.0363 0.9826 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1396191 3 0.2778 0.7504 0.000 0.000 0.824 0.000 0.008 0.168
#> SRR1490115 3 0.1668 0.8318 0.000 0.004 0.928 0.000 0.060 0.008
#> SRR1377714 3 0.4593 0.0797 0.000 0.472 0.492 0.000 0.036 0.000
#> SRR819394 1 0.0713 0.9765 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR663161 6 0.4886 0.1286 0.000 0.396 0.000 0.064 0.000 0.540
#> SRR607042 3 0.1124 0.8492 0.000 0.000 0.956 0.000 0.036 0.008
#> SRR656203 4 0.3128 0.7427 0.000 0.088 0.000 0.848 0.012 0.052
#> SRR660602 3 0.0777 0.8482 0.000 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR1440397 1 0.0146 0.9836 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1369264 1 0.0363 0.9809 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR809233 1 0.0458 0.9793 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR663249 4 0.1398 0.7500 0.000 0.008 0.000 0.940 0.052 0.000
#> SRR661242 4 0.4918 0.4020 0.000 0.016 0.012 0.580 0.020 0.372
#> SRR1332007 3 0.1938 0.8361 0.000 0.040 0.920 0.000 0.036 0.004
#> SRR809619 4 0.1625 0.7547 0.000 0.012 0.000 0.928 0.060 0.000
#> SRR819975 1 0.0458 0.9815 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR599281 2 0.3644 0.6092 0.000 0.732 0.000 0.252 0.008 0.008
#> SRR662366 3 0.1333 0.8449 0.000 0.000 0.944 0.000 0.008 0.048
#> SRR1317898 3 0.1444 0.8338 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1382485 4 0.2631 0.7184 0.000 0.000 0.000 0.840 0.008 0.152
#> SRR2166420 1 0.0777 0.9772 0.972 0.000 0.000 0.000 0.024 0.004
#> SRR1419429 1 0.0632 0.9785 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1092541 3 0.1141 0.8404 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR817444 3 0.1555 0.8330 0.000 0.000 0.932 0.004 0.060 0.004
#> SRR1320403 2 0.2631 0.6995 0.000 0.820 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1101483 4 0.3899 0.2208 0.000 0.000 0.000 0.592 0.404 0.004
#> SRR1331684 3 0.1155 0.8459 0.000 0.004 0.956 0.000 0.036 0.004
#> SRR1400054 6 0.4886 0.3692 0.000 0.000 0.416 0.032 0.016 0.536
#> SRR1406088 4 0.2176 0.7449 0.000 0.024 0.000 0.896 0.080 0.000
#> SRR820733 4 0.3872 0.6093 0.000 0.000 0.020 0.712 0.004 0.264
#> SRR1314113 6 0.4397 0.4276 0.000 0.000 0.012 0.072 0.188 0.728
#> SRR1382615 3 0.0692 0.8486 0.000 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR1480745 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850 2 0.1910 0.7480 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000 0.000
#> SRR656782 3 0.4063 0.1574 0.000 0.004 0.572 0.004 0.420 0.000
#> SRR821364 1 0.0291 0.9829 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1101106 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295 2 0.1036 0.7383 0.000 0.964 0.008 0.000 0.024 0.004
#> SRR1357103 3 0.1155 0.8432 0.000 0.004 0.956 0.000 0.036 0.004
#> SRR809185 4 0.2058 0.7572 0.000 0.012 0.000 0.916 0.024 0.048
#> SRR811583 2 0.3992 0.3989 0.000 0.624 0.000 0.364 0.000 0.012
#> SRR1468050 1 0.0458 0.9815 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1440224 4 0.3878 0.4685 0.000 0.348 0.000 0.644 0.004 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17314 rows and 500 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.3577 0.643 0.643
#> 3 3 0.679 0.819 0.913 0.6833 0.735 0.588
#> 4 4 0.666 0.714 0.857 0.1278 0.887 0.722
#> 5 5 0.698 0.666 0.801 0.0513 0.919 0.756
#> 6 6 0.692 0.646 0.807 0.0686 0.898 0.656
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1500170 2 0 1 0 1
#> SRR1402368 2 0 1 0 1
#> SRR607743 2 0 1 0 1
#> SRR1457375 2 0 1 0 1
#> SRR1470923 1 0 1 1 0
#> SRR817954 1 0 1 1 0
#> SRR809259 1 0 1 1 0
#> SRR1439785 2 0 1 0 1
#> SRR814768 1 0 1 1 0
#> SRR1102031 2 0 1 0 1
#> SRR1363611 2 0 1 0 1
#> SRR1468447 2 0 1 0 1
#> SRR1071931 2 0 1 0 1
#> SRR810981 1 0 1 1 0
#> SRR615299 2 0 1 0 1
#> SRR663585 2 0 1 0 1
#> SRR1326773 2 0 1 0 1
#> SRR1351166 2 0 1 0 1
#> SRR1477452 1 0 1 1 0
#> SRR1084720 2 0 1 0 1
#> SRR1420320 2 0 1 0 1
#> SRR1081712 2 0 1 0 1
#> SRR1318241 2 0 1 0 1
#> SRR1333718 2 0 1 0 1
#> SRR1313514 2 0 1 0 1
#> SRR1477861 2 0 1 0 1
#> SRR1318005 2 0 1 0 1
#> SRR1354665 2 0 1 0 1
#> SRR657707 2 0 1 0 1
#> SRR1370742 2 0 1 0 1
#> SRR1412947 2 0 1 0 1
#> SRR661553 2 0 1 0 1
#> SRR1328869 1 0 1 1 0
#> SRR662211 2 0 1 0 1
#> SRR1348181 2 0 1 0 1
#> SRR1416560 2 0 1 0 1
#> SRR1319772 2 0 1 0 1
#> SRR1091452 2 0 1 0 1
#> SRR1338812 1 0 1 1 0
#> SRR1392072 2 0 1 0 1
#> SRR814844 2 0 1 0 1
#> SRR1376619 2 0 1 0 1
#> SRR603690 2 0 1 0 1
#> SRR2184980 2 0 1 0 1
#> SRR613963 2 0 1 0 1
#> SRR1323422 1 0 1 1 0
#> SRR1397673 2 0 1 0 1
#> SRR1434650 2 0 1 0 1
#> SRR659875 2 0 1 0 1
#> SRR1465734 2 0 1 0 1
#> SRR1076847 2 0 1 0 1
#> SRR1415072 1 0 1 1 0
#> SRR659319 2 0 1 0 1
#> SRR663088 2 0 1 0 1
#> SRR1352021 1 0 1 1 0
#> SRR1325527 1 0 1 1 0
#> SRR1105369 1 0 1 1 0
#> SRR659935 2 0 1 0 1
#> SRR1352530 2 0 1 0 1
#> SRR662594 2 0 1 0 1
#> SRR1095309 1 0 1 1 0
#> SRR615647 2 0 1 0 1
#> SRR813019 2 0 1 0 1
#> SRR1374647 2 0 1 0 1
#> SRR603472 2 0 1 0 1
#> SRR661529 2 0 1 0 1
#> SRR607018 2 0 1 0 1
#> SRR627423 2 0 1 0 1
#> SRR654921 2 0 1 0 1
#> SRR1418968 1 0 1 1 0
#> SRR660871 2 0 1 0 1
#> SRR1330522 2 0 1 0 1
#> SRR1499958 2 0 1 0 1
#> SRR614059 2 0 1 0 1
#> SRR1071403 1 0 1 1 0
#> SRR1486719 2 0 1 0 1
#> SRR1440421 2 0 1 0 1
#> SRR1310412 2 0 1 0 1
#> SRR614767 2 0 1 0 1
#> SRR820709 1 0 1 1 0
#> SRR1471500 1 0 1 1 0
#> SRR658093 2 0 1 0 1
#> SRR1088168 2 0 1 0 1
#> SRR1418707 2 0 1 0 1
#> SRR1354291 2 0 1 0 1
#> SRR2165806 1 0 1 1 0
#> SRR1415684 2 0 1 0 1
#> SRR1433860 2 0 1 0 1
#> SRR1311062 2 0 1 0 1
#> SRR1360359 1 0 1 1 0
#> SRR661385 2 0 1 0 1
#> SRR615407 2 0 1 0 1
#> SRR1413892 2 0 1 0 1
#> SRR1443459 2 0 1 0 1
#> SRR1338942 1 0 1 1 0
#> SRR657480 2 0 1 0 1
#> SRR1399433 2 0 1 0 1
#> SRR818537 2 0 1 0 1
#> SRR1101324 2 0 1 0 1
#> SRR807637 2 0 1 0 1
#> SRR1091918 1 0 1 1 0
#> SRR598300 2 0 1 0 1
#> SRR1085426 1 0 1 1 0
#> SRR1376294 2 0 1 0 1
#> SRR813891 1 0 1 1 0
#> SRR1467431 2 0 1 0 1
#> SRR658742 2 0 1 0 1
#> SRR1419234 1 0 1 1 0
#> SRR1404813 2 0 1 0 1
#> SRR603496 2 0 1 0 1
#> SRR1407758 2 0 1 0 1
#> SRR810945 2 0 1 0 1
#> SRR817234 2 0 1 0 1
#> SRR1444852 2 0 1 0 1
#> SRR660378 2 0 1 0 1
#> SRR1467835 2 0 1 0 1
#> SRR1338964 2 0 1 0 1
#> SRR1079259 2 0 1 0 1
#> SRR1072345 2 0 1 0 1
#> SRR598725 2 0 1 0 1
#> SRR1447938 1 0 1 1 0
#> SRR1356397 1 0 1 1 0
#> SRR1360460 2 0 1 0 1
#> SRR1429468 2 0 1 0 1
#> SRR1446850 2 0 1 0 1
#> SRR1320363 2 0 1 0 1
#> SRR1413810 2 0 1 0 1
#> SRR598831 2 0 1 0 1
#> SRR1381865 1 0 1 1 0
#> SRR660957 2 0 1 0 1
#> SRR1491332 2 0 1 0 1
#> SRR1099744 2 0 1 0 1
#> SRR1464618 2 0 1 0 1
#> SRR1414559 2 0 1 0 1
#> SRR1337540 2 0 1 0 1
#> SRR1444283 1 0 1 1 0
#> SRR2184942 2 0 1 0 1
#> SRR660295 1 0 1 1 0
#> SRR601335 2 0 1 0 1
#> SRR1363742 2 0 1 0 1
#> SRR1345847 2 0 1 0 1
#> SRR614960 2 0 1 0 1
#> SRR819919 1 0 1 1 0
#> SRR603330 2 0 1 0 1
#> SRR1327951 1 0 1 1 0
#> SRR1401885 1 0 1 1 0
#> SRR1345266 2 0 1 0 1
#> SRR1338055 2 0 1 0 1
#> SRR1430157 2 0 1 0 1
#> SRR1320137 2 0 1 0 1
#> SRR1093483 1 0 1 1 0
#> SRR1341080 1 0 1 1 0
#> SRR1459913 2 0 1 0 1
#> SRR2170490 1 0 1 1 0
#> SRR1479845 2 0 1 0 1
#> SRR1436420 1 0 1 1 0
#> SRR1481060 2 0 1 0 1
#> SRR662282 2 0 1 0 1
#> SRR1487089 2 0 1 0 1
#> SRR1075683 1 0 1 1 0
#> SRR1338536 1 0 1 1 0
#> SRR1338880 2 0 1 0 1
#> SRR1453456 2 0 1 0 1
#> SRR1457895 1 0 1 1 0
#> SRR1440603 2 0 1 0 1
#> SRR658633 2 0 1 0 1
#> SRR1388081 2 0 1 0 1
#> SRR813339 2 0 1 0 1
#> SRR809725 1 0 1 1 0
#> SRR627441 2 0 1 0 1
#> SRR613603 2 0 1 0 1
#> SRR1096571 2 0 1 0 1
#> SRR1392701 1 0 1 1 0
#> SRR1344326 1 0 1 1 0
#> SRR1367693 2 0 1 0 1
#> SRR660697 2 0 1 0 1
#> SRR1489926 2 0 1 0 1
#> SRR811491 2 0 1 0 1
#> SRR1311644 2 0 1 0 1
#> SRR1451740 2 0 1 0 1
#> SRR615117 2 0 1 0 1
#> SRR1391748 2 0 1 0 1
#> SRR1466556 2 0 1 0 1
#> SRR614972 2 0 1 0 1
#> SRR1406200 1 0 1 1 0
#> SRR819210 2 0 1 0 1
#> SRR662174 1 0 1 1 0
#> SRR811988 1 0 1 1 0
#> SRR663236 2 0 1 0 1
#> SRR1312598 2 0 1 0 1
#> SRR1330129 2 0 1 0 1
#> SRR1357781 2 0 1 0 1
#> SRR1315517 2 0 1 0 1
#> SRR1400032 2 0 1 0 1
#> SRR1413722 1 0 1 1 0
#> SRR612827 2 0 1 0 1
#> SRR814794 1 0 1 1 0
#> SRR819430 1 0 1 1 0
#> SRR1395509 2 0 1 0 1
#> SRR808728 2 0 1 0 1
#> SRR1070813 2 0 1 0 1
#> SRR1389133 2 0 1 0 1
#> SRR601263 2 0 1 0 1
#> SRR604718 2 0 1 0 1
#> SRR1481351 2 0 1 0 1
#> SRR1334608 2 0 1 0 1
#> SRR658681 2 0 1 0 1
#> SRR809283 2 0 1 0 1
#> SRR1459300 1 0 1 1 0
#> SRR1392547 2 0 1 0 1
#> SRR811049 2 0 1 0 1
#> SRR1464835 2 0 1 0 1
#> SRR1339619 2 0 1 0 1
#> SRR658501 2 0 1 0 1
#> SRR1447523 2 0 1 0 1
#> SRR1415048 1 0 1 1 0
#> SRR1355451 1 0 1 1 0
#> SRR1444348 2 0 1 0 1
#> SRR603890 2 0 1 0 1
#> SRR810595 2 0 1 0 1
#> SRR1446244 2 0 1 0 1
#> SRR817373 2 0 1 0 1
#> SRR1457291 2 0 1 0 1
#> SRR598220 2 0 1 0 1
#> SRR1477991 2 0 1 0 1
#> SRR598172 2 0 1 0 1
#> SRR1349032 2 0 1 0 1
#> SRR604002 2 0 1 0 1
#> SRR1378026 2 0 1 0 1
#> SRR1404401 2 0 1 0 1
#> SRR1333240 2 0 1 0 1
#> SRR1089399 2 0 1 0 1
#> SRR603421 2 0 1 0 1
#> SRR812562 1 0 1 1 0
#> SRR808520 2 0 1 0 1
#> SRR811839 1 0 1 1 0
#> SRR814317 2 0 1 0 1
#> SRR1436763 2 0 1 0 1
#> SRR1486021 2 0 1 0 1
#> SRR1465018 2 0 1 0 1
#> SRR1080998 2 0 1 0 1
#> SRR1083432 2 0 1 0 1
#> SRR1082833 1 0 1 1 0
#> SRR1465804 1 0 1 1 0
#> SRR1326536 2 0 1 0 1
#> SRR614011 2 0 1 0 1
#> SRR1365873 2 0 1 0 1
#> SRR1498789 2 0 1 0 1
#> SRR601581 2 0 1 0 1
#> SRR603566 2 0 1 0 1
#> SRR1373981 1 0 1 1 0
#> SRR821410 2 0 1 0 1
#> SRR1076511 2 0 1 0 1
#> SRR614143 2 0 1 0 1
#> SRR1333570 2 0 1 0 1
#> SRR1366813 2 0 1 0 1
#> SRR1388746 1 0 1 1 0
#> SRR1420558 2 0 1 0 1
#> SRR1409510 2 0 1 0 1
#> SRR816250 2 0 1 0 1
#> SRR614131 2 0 1 0 1
#> SRR1331130 1 0 1 1 0
#> SRR1316015 2 0 1 0 1
#> SRR1470798 2 0 1 0 1
#> SRR614179 2 0 1 0 1
#> SRR1474863 2 0 1 0 1
#> SRR813560 2 0 1 0 1
#> SRR1312187 2 0 1 0 1
#> SRR1420960 2 0 1 0 1
#> SRR1355102 2 0 1 0 1
#> SRR1084577 2 0 1 0 1
#> SRR659971 2 0 1 0 1
#> SRR1350855 2 0 1 0 1
#> SRR820779 2 0 1 0 1
#> SRR1476300 2 0 1 0 1
#> SRR1090907 2 0 1 0 1
#> SRR662294 2 0 1 0 1
#> SRR1480789 2 0 1 0 1
#> SRR1336263 2 0 1 0 1
#> SRR660776 1 0 1 1 0
#> SRR1090508 2 0 1 0 1
#> SRR615563 2 0 1 0 1
#> SRR1101175 1 0 1 1 0
#> SRR2164650 2 0 1 0 1
#> SRR1431205 2 0 1 0 1
#> SRR1339856 2 0 1 0 1
#> SRR1352147 2 0 1 0 1
#> SRR808968 1 0 1 1 0
#> SRR627419 2 0 1 0 1
#> SRR1402391 1 0 1 1 0
#> SRR663609 2 0 1 0 1
#> SRR2167857 2 0 1 0 1
#> SRR1398752 1 0 1 1 0
#> SRR1469169 1 0 1 1 0
#> SRR1405437 2 0 1 0 1
#> SRR1416955 1 0 1 1 0
#> SRR1317064 2 0 1 0 1
#> SRR659001 2 0 1 0 1
#> SRR2170696 2 0 1 0 1
#> SRR816589 2 0 1 0 1
#> SRR1087487 2 0 1 0 1
#> SRR1329485 2 0 1 0 1
#> SRR816920 2 0 1 0 1
#> SRR1341432 1 0 1 1 0
#> SRR1361590 2 0 1 0 1
#> SRR817046 2 0 1 0 1
#> SRR1471331 2 0 1 0 1
#> SRR660788 2 0 1 0 1
#> SRR819234 1 0 1 1 0
#> SRR810853 2 0 1 0 1
#> SRR809427 2 0 1 0 1
#> SRR2170217 2 0 1 0 1
#> SRR1386967 2 0 1 0 1
#> SRR1420344 2 0 1 0 1
#> SRR1334535 1 0 1 1 0
#> SRR614503 2 0 1 0 1
#> SRR602564 2 0 1 0 1
#> SRR1420669 2 0 1 0 1
#> SRR819024 2 0 1 0 1
#> SRR656223 2 0 1 0 1
#> SRR608428 2 0 1 0 1
#> SRR1345647 1 0 1 1 0
#> SRR1389324 2 0 1 0 1
#> SRR1361368 2 0 1 0 1
#> SRR1322619 2 0 1 0 1
#> SRR1349276 2 0 1 0 1
#> SRR1404024 1 0 1 1 0
#> SRR1370637 2 0 1 0 1
#> SRR1452631 2 0 1 0 1
#> SRR608392 2 0 1 0 1
#> SRR1357757 2 0 1 0 1
#> SRR1074646 2 0 1 0 1
#> SRR1367499 2 0 1 0 1
#> SRR1343501 2 0 1 0 1
#> SRR1394406 2 0 1 0 1
#> SRR1381435 2 0 1 0 1
#> SRR1467407 1 0 1 1 0
#> SRR1092422 2 0 1 0 1
#> SRR1380270 2 0 1 0 1
#> SRR1091817 2 0 1 0 1
#> SRR1440137 2 0 1 0 1
#> SRR614311 2 0 1 0 1
#> SRR1407516 2 0 1 0 1
#> SRR815494 2 0 1 0 1
#> SRR1333209 2 0 1 0 1
#> SRR615177 2 0 1 0 1
#> SRR1099648 2 0 1 0 1
#> SRR659720 2 0 1 0 1
#> SRR2185057 1 0 1 1 0
#> SRR1467125 1 0 1 1 0
#> SRR657468 2 0 1 0 1
#> SRR660042 2 0 1 0 1
#> SRR2170864 2 0 1 0 1
#> SRR1440491 2 0 1 0 1
#> SRR1440852 2 0 1 0 1
#> SRR811169 1 0 1 1 0
#> SRR1331311 2 0 1 0 1
#> SRR818009 1 0 1 1 0
#> SRR1351836 2 0 1 0 1
#> SRR1498313 2 0 1 0 1
#> SRR1441975 2 0 1 0 1
#> SRR819096 1 0 1 1 0
#> SRR1073679 2 0 1 0 1
#> SRR1489116 2 0 1 0 1
#> SRR1354138 2 0 1 0 1
#> SRR1490589 2 0 1 0 1
#> SRR1412987 2 0 1 0 1
#> SRR602034 2 0 1 0 1
#> SRR1353437 1 0 1 1 0
#> SRR1072871 2 0 1 0 1
#> SRR661577 2 0 1 0 1
#> SRR612190 2 0 1 0 1
#> SRR1399880 1 0 1 1 0
#> SRR1101787 2 0 1 0 1
#> SRR657869 1 0 1 1 0
#> SRR1446332 1 0 1 1 0
#> SRR816039 1 0 1 1 0
#> SRR1485141 2 0 1 0 1
#> SRR1476697 1 0 1 1 0
#> SRR1379538 2 0 1 0 1
#> SRR1331422 1 0 1 1 0
#> SRR660859 2 0 1 0 1
#> SRR1097594 1 0 1 1 0
#> SRR1311419 2 0 1 0 1
#> SRR1336706 2 0 1 0 1
#> SRR1472976 2 0 1 0 1
#> SRR1321307 1 0 1 1 0
#> SRR807493 1 0 1 1 0
#> SRR812461 2 0 1 0 1
#> SRR1477149 2 0 1 0 1
#> SRR1457397 2 0 1 0 1
#> SRR661913 2 0 1 0 1
#> SRR1069024 2 0 1 0 1
#> SRR2165634 1 0 1 1 0
#> SRR1478722 2 0 1 0 1
#> SRR1328642 2 0 1 0 1
#> SRR1488261 2 0 1 0 1
#> SRR1318815 2 0 1 0 1
#> SRR816945 1 0 1 1 0
#> SRR1367432 2 0 1 0 1
#> SRR1359280 2 0 1 0 1
#> SRR1313910 2 0 1 0 1
#> SRR1457315 2 0 1 0 1
#> SRR815398 1 0 1 1 0
#> SRR656958 2 0 1 0 1
#> SRR600688 2 0 1 0 1
#> SRR1098952 1 0 1 1 0
#> SRR1314916 2 0 1 0 1
#> SRR614167 2 0 1 0 1
#> SRR1348114 2 0 1 0 1
#> SRR658033 2 0 1 0 1
#> SRR1077503 2 0 1 0 1
#> SRR661854 2 0 1 0 1
#> SRR811379 2 0 1 0 1
#> SRR1318857 2 0 1 0 1
#> SRR656445 2 0 1 0 1
#> SRR1433044 2 0 1 0 1
#> SRR1486391 1 0 1 1 0
#> SRR656071 2 0 1 0 1
#> SRR1364824 1 0 1 1 0
#> SRR1379133 1 0 1 1 0
#> SRR1394169 1 0 1 1 0
#> SRR816745 2 0 1 0 1
#> SRR601038 2 0 1 0 1
#> SRR1360080 1 0 1 1 0
#> SRR814868 2 0 1 0 1
#> SRR1485997 1 0 1 1 0
#> SRR1435560 2 0 1 0 1
#> SRR1333330 1 0 1 1 0
#> SRR663513 2 0 1 0 1
#> SRR1328407 2 0 1 0 1
#> SRR602784 2 0 1 0 1
#> SRR1348468 2 0 1 0 1
#> SRR663717 2 0 1 0 1
#> SRR602217 2 0 1 0 1
#> SRR603140 2 0 1 0 1
#> SRR1340804 1 0 1 1 0
#> SRR1457574 2 0 1 0 1
#> SRR1333462 2 0 1 0 1
#> SRR1094601 1 0 1 1 0
#> SRR1434610 2 0 1 0 1
#> SRR1435833 2 0 1 0 1
#> SRR1398728 2 0 1 0 1
#> SRR1358343 2 0 1 0 1
#> SRR1410890 2 0 1 0 1
#> SRR1350371 1 0 1 1 0
#> SRR1392478 2 0 1 0 1
#> SRR1099260 2 0 1 0 1
#> SRR1433576 2 0 1 0 1
#> SRR1345541 2 0 1 0 1
#> SRR1086328 1 0 1 1 0
#> SRR810391 2 0 1 0 1
#> SRR1476207 2 0 1 0 1
#> SRR627435 2 0 1 0 1
#> SRR1489862 1 0 1 1 0
#> SRR1419086 1 0 1 1 0
#> SRR1436539 1 0 1 1 0
#> SRR1396191 2 0 1 0 1
#> SRR1490115 2 0 1 0 1
#> SRR1377714 2 0 1 0 1
#> SRR819394 1 0 1 1 0
#> SRR663161 2 0 1 0 1
#> SRR607042 2 0 1 0 1
#> SRR656203 2 0 1 0 1
#> SRR660602 2 0 1 0 1
#> SRR1440397 1 0 1 1 0
#> SRR1369264 1 0 1 1 0
#> SRR809233 1 0 1 1 0
#> SRR663249 2 0 1 0 1
#> SRR661242 2 0 1 0 1
#> SRR1332007 2 0 1 0 1
#> SRR809619 2 0 1 0 1
#> SRR819975 1 0 1 1 0
#> SRR599281 2 0 1 0 1
#> SRR662366 2 0 1 0 1
#> SRR1317898 2 0 1 0 1
#> SRR1382485 2 0 1 0 1
#> SRR2166420 1 0 1 1 0
#> SRR1419429 1 0 1 1 0
#> SRR1092541 2 0 1 0 1
#> SRR817444 2 0 1 0 1
#> SRR1320403 2 0 1 0 1
#> SRR1101483 2 0 1 0 1
#> SRR1331684 2 0 1 0 1
#> SRR1400054 2 0 1 0 1
#> SRR1406088 2 0 1 0 1
#> SRR820733 2 0 1 0 1
#> SRR1314113 2 0 1 0 1
#> SRR1382615 2 0 1 0 1
#> SRR1480745 1 0 1 1 0
#> SRR1468850 2 0 1 0 1
#> SRR656782 2 0 1 0 1
#> SRR821364 1 0 1 1 0
#> SRR1101106 1 0 1 1 0
#> SRR659295 2 0 1 0 1
#> SRR1357103 2 0 1 0 1
#> SRR809185 2 0 1 0 1
#> SRR811583 2 0 1 0 1
#> SRR1468050 1 0 1 1 0
#> SRR1440224 2 0 1 0 1
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1500170 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1402368 3 0.3340 0.8166 0 0.120 0.880
#> SRR607743 2 0.6204 0.1342 0 0.576 0.424
#> SRR1457375 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1470923 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR817954 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR809259 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1439785 3 0.6280 0.3409 0 0.460 0.540
#> SRR814768 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1102031 2 0.3340 0.8294 0 0.880 0.120
#> SRR1363611 2 0.5810 0.4332 0 0.664 0.336
#> SRR1468447 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1071931 2 0.6154 0.2212 0 0.592 0.408
#> SRR810981 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR615299 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR663585 2 0.1643 0.8808 0 0.956 0.044
#> SRR1326773 2 0.1031 0.8889 0 0.976 0.024
#> SRR1351166 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1477452 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1084720 2 0.1964 0.8752 0 0.944 0.056
#> SRR1420320 3 0.4702 0.7727 0 0.212 0.788
#> SRR1081712 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1318241 3 0.6111 0.5125 0 0.396 0.604
#> SRR1333718 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1313514 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1477861 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1318005 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1354665 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR657707 3 0.5810 0.6328 0 0.336 0.664
#> SRR1370742 2 0.6309 -0.1886 0 0.504 0.496
#> SRR1412947 2 0.1643 0.8818 0 0.956 0.044
#> SRR661553 3 0.3267 0.8168 0 0.116 0.884
#> SRR1328869 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR662211 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1348181 2 0.3619 0.8137 0 0.864 0.136
#> SRR1416560 3 0.6309 0.2120 0 0.496 0.504
#> SRR1319772 3 0.6302 0.2735 0 0.480 0.520
#> SRR1091452 2 0.6062 0.3082 0 0.616 0.384
#> SRR1338812 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1392072 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR814844 3 0.0000 0.7901 0 0.000 1.000
#> SRR1376619 2 0.2356 0.8662 0 0.928 0.072
#> SRR603690 2 0.2959 0.8465 0 0.900 0.100
#> SRR2184980 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR613963 3 0.0000 0.7901 0 0.000 1.000
#> SRR1323422 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1397673 2 0.3192 0.8352 0 0.888 0.112
#> SRR1434650 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR659875 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1465734 2 0.5327 0.6038 0 0.728 0.272
#> SRR1076847 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1415072 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR659319 2 0.0237 0.8948 0 0.996 0.004
#> SRR663088 3 0.0000 0.7901 0 0.000 1.000
#> SRR1352021 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR659935 3 0.5178 0.7355 0 0.256 0.744
#> SRR1352530 2 0.3340 0.8291 0 0.880 0.120
#> SRR662594 3 0.3686 0.8118 0 0.140 0.860
#> SRR1095309 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR615647 2 0.4399 0.7500 0 0.812 0.188
#> SRR813019 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1374647 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR603472 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR661529 3 0.4062 0.8018 0 0.164 0.836
#> SRR607018 2 0.0237 0.8948 0 0.996 0.004
#> SRR627423 3 0.5465 0.6972 0 0.288 0.712
#> SRR654921 3 0.0000 0.7901 0 0.000 1.000
#> SRR1418968 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR660871 2 0.6309 -0.1874 0 0.504 0.496
#> SRR1330522 2 0.4235 0.7663 0 0.824 0.176
#> SRR1499958 2 0.1163 0.8878 0 0.972 0.028
#> SRR614059 3 0.0000 0.7901 0 0.000 1.000
#> SRR1071403 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1486719 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1440421 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1310412 3 0.3551 0.8140 0 0.132 0.868
#> SRR614767 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR820709 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR658093 2 0.0424 0.8939 0 0.992 0.008
#> SRR1088168 2 0.0424 0.8939 0 0.992 0.008
#> SRR1418707 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1354291 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR2165806 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1415684 3 0.4504 0.7841 0 0.196 0.804
#> SRR1433860 2 0.1529 0.8826 0 0.960 0.040
#> SRR1311062 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1360359 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR661385 2 0.3340 0.8291 0 0.880 0.120
#> SRR615407 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1413892 2 0.0237 0.8948 0 0.996 0.004
#> SRR1443459 2 0.2165 0.8705 0 0.936 0.064
#> SRR1338942 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR657480 2 0.5621 0.5257 0 0.692 0.308
#> SRR1399433 2 0.6154 0.2058 0 0.592 0.408
#> SRR818537 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1101324 3 0.0000 0.7901 0 0.000 1.000
#> SRR807637 3 0.1411 0.8090 0 0.036 0.964
#> SRR1091918 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR598300 3 0.2165 0.8139 0 0.064 0.936
#> SRR1085426 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR813891 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1467431 2 0.1643 0.8809 0 0.956 0.044
#> SRR658742 3 0.0000 0.7901 0 0.000 1.000
#> SRR1419234 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1404813 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR603496 2 0.3038 0.8416 0 0.896 0.104
#> SRR1407758 2 0.1753 0.8789 0 0.952 0.048
#> SRR810945 2 0.0892 0.8908 0 0.980 0.020
#> SRR817234 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1444852 2 0.4235 0.7663 0 0.824 0.176
#> SRR660378 2 0.1643 0.8819 0 0.956 0.044
#> SRR1467835 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1338964 3 0.6062 0.5398 0 0.384 0.616
#> SRR1079259 3 0.5465 0.6992 0 0.288 0.712
#> SRR1072345 3 0.4654 0.7754 0 0.208 0.792
#> SRR598725 3 0.4605 0.7792 0 0.204 0.796
#> SRR1447938 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1360460 3 0.4555 0.7813 0 0.200 0.800
#> SRR1429468 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1446850 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1320363 2 0.5216 0.6269 0 0.740 0.260
#> SRR1413810 2 0.1529 0.8826 0 0.960 0.040
#> SRR598831 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1381865 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR660957 3 0.6280 0.3423 0 0.460 0.540
#> SRR1491332 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1099744 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1464618 3 0.5291 0.7239 0 0.268 0.732
#> SRR1414559 3 0.0000 0.7901 0 0.000 1.000
#> SRR1337540 3 0.0000 0.7901 0 0.000 1.000
#> SRR1444283 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2184942 3 0.5948 0.5862 0 0.360 0.640
#> SRR660295 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR601335 2 0.1643 0.8808 0 0.956 0.044
#> SRR1363742 2 0.0424 0.8939 0 0.992 0.008
#> SRR1345847 2 0.2066 0.8733 0 0.940 0.060
#> SRR614960 3 0.2165 0.8139 0 0.064 0.936
#> SRR819919 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR603330 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1327951 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1345266 2 0.3116 0.8405 0 0.892 0.108
#> SRR1338055 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1430157 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1320137 2 0.3879 0.7963 0 0.848 0.152
#> SRR1093483 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1459913 3 0.6267 0.3665 0 0.452 0.548
#> SRR2170490 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1479845 2 0.4750 0.7078 0 0.784 0.216
#> SRR1436420 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1481060 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR662282 2 0.0592 0.8929 0 0.988 0.012
#> SRR1487089 3 0.0000 0.7901 0 0.000 1.000
#> SRR1075683 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1338536 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1338880 2 0.4654 0.7226 0 0.792 0.208
#> SRR1453456 2 0.3619 0.8125 0 0.864 0.136
#> SRR1457895 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1440603 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR658633 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1388081 2 0.4796 0.7028 0 0.780 0.220
#> SRR813339 3 0.6295 0.3018 0 0.472 0.528
#> SRR809725 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR627441 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR613603 3 0.2959 0.8179 0 0.100 0.900
#> SRR1096571 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1392701 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1344326 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1367693 2 0.4178 0.7671 0 0.828 0.172
#> SRR660697 3 0.5968 0.5823 0 0.364 0.636
#> SRR1489926 2 0.4002 0.7871 0 0.840 0.160
#> SRR811491 2 0.6309 -0.1886 0 0.504 0.496
#> SRR1311644 3 0.0000 0.7901 0 0.000 1.000
#> SRR1451740 2 0.6154 0.2018 0 0.592 0.408
#> SRR615117 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1391748 3 0.0424 0.7952 0 0.008 0.992
#> SRR1466556 2 0.6291 -0.0653 0 0.532 0.468
#> SRR614972 3 0.6280 0.3423 0 0.460 0.540
#> SRR1406200 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR819210 3 0.3412 0.8158 0 0.124 0.876
#> SRR662174 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR811988 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR663236 3 0.3267 0.8168 0 0.116 0.884
#> SRR1312598 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1330129 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1357781 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1315517 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1400032 2 0.6154 0.2018 0 0.592 0.408
#> SRR1413722 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR612827 3 0.6309 0.2177 0 0.496 0.504
#> SRR814794 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR819430 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1395509 3 0.2165 0.8159 0 0.064 0.936
#> SRR808728 2 0.0424 0.8939 0 0.992 0.008
#> SRR1070813 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1389133 3 0.2165 0.8139 0 0.064 0.936
#> SRR601263 3 0.5905 0.6019 0 0.352 0.648
#> SRR604718 3 0.3412 0.8158 0 0.124 0.876
#> SRR1481351 2 0.3038 0.8416 0 0.896 0.104
#> SRR1334608 2 0.0237 0.8948 0 0.996 0.004
#> SRR658681 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR809283 3 0.0000 0.7901 0 0.000 1.000
#> SRR1459300 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1392547 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR811049 3 0.4750 0.7695 0 0.216 0.784
#> SRR1464835 3 0.0000 0.7901 0 0.000 1.000
#> SRR1339619 2 0.2066 0.8727 0 0.940 0.060
#> SRR658501 2 0.6244 0.0691 0 0.560 0.440
#> SRR1447523 3 0.3752 0.8104 0 0.144 0.856
#> SRR1415048 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1444348 2 0.3752 0.8033 0 0.856 0.144
#> SRR603890 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR810595 2 0.3412 0.8245 0 0.876 0.124
#> SRR1446244 2 0.3752 0.8033 0 0.856 0.144
#> SRR817373 2 0.6308 -0.1779 0 0.508 0.492
#> SRR1457291 2 0.0237 0.8948 0 0.996 0.004
#> SRR598220 2 0.5835 0.4213 0 0.660 0.340
#> SRR1477991 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR598172 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1349032 3 0.5882 0.5989 0 0.348 0.652
#> SRR604002 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1378026 2 0.3482 0.8213 0 0.872 0.128
#> SRR1404401 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1333240 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1089399 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR603421 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR812562 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR808520 2 0.0424 0.8939 0 0.992 0.008
#> SRR811839 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR814317 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1436763 3 0.0000 0.7901 0 0.000 1.000
#> SRR1486021 2 0.0237 0.8948 0 0.996 0.004
#> SRR1465018 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1080998 3 0.6062 0.5398 0 0.384 0.616
#> SRR1083432 2 0.3192 0.8352 0 0.888 0.112
#> SRR1082833 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1326536 2 0.6291 -0.0655 0 0.532 0.468
#> SRR614011 2 0.2165 0.8705 0 0.936 0.064
#> SRR1365873 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1498789 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR601581 3 0.5291 0.7239 0 0.268 0.732
#> SRR603566 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1373981 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR821410 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1076511 3 0.0000 0.7901 0 0.000 1.000
#> SRR614143 2 0.5138 0.6400 0 0.748 0.252
#> SRR1333570 3 0.4555 0.7819 0 0.200 0.800
#> SRR1366813 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1388746 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1420558 3 0.2165 0.8139 0 0.064 0.936
#> SRR1409510 2 0.3482 0.8220 0 0.872 0.128
#> SRR816250 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR614131 2 0.4931 0.6815 0 0.768 0.232
#> SRR1331130 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1316015 2 0.6204 0.1381 0 0.576 0.424
#> SRR1470798 2 0.2448 0.8638 0 0.924 0.076
#> SRR614179 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1474863 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR813560 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1312187 3 0.2878 0.8183 0 0.096 0.904
#> SRR1420960 2 0.2066 0.8730 0 0.940 0.060
#> SRR1355102 3 0.6295 0.3018 0 0.472 0.528
#> SRR1084577 2 0.1964 0.8752 0 0.944 0.056
#> SRR659971 2 0.1289 0.8863 0 0.968 0.032
#> SRR1350855 3 0.0424 0.7952 0 0.008 0.992
#> SRR820779 2 0.4399 0.7500 0 0.812 0.188
#> SRR1476300 3 0.6280 0.3423 0 0.460 0.540
#> SRR1090907 3 0.2878 0.8183 0 0.096 0.904
#> SRR662294 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1480789 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1336263 3 0.2537 0.8172 0 0.080 0.920
#> SRR660776 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1090508 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR615563 3 0.0237 0.7929 0 0.004 0.996
#> SRR1101175 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2164650 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1431205 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1339856 3 0.5431 0.7057 0 0.284 0.716
#> SRR1352147 2 0.3038 0.8434 0 0.896 0.104
#> SRR808968 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR627419 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1402391 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR663609 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR2167857 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1398752 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1405437 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1416955 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1317064 2 0.3879 0.7963 0 0.848 0.152
#> SRR659001 3 0.1643 0.8115 0 0.044 0.956
#> SRR2170696 3 0.0747 0.8000 0 0.016 0.984
#> SRR816589 2 0.3192 0.8352 0 0.888 0.112
#> SRR1087487 2 0.0592 0.8927 0 0.988 0.012
#> SRR1329485 2 0.3412 0.8254 0 0.876 0.124
#> SRR816920 3 0.2165 0.8160 0 0.064 0.936
#> SRR1341432 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1361590 3 0.0000 0.7901 0 0.000 1.000
#> SRR817046 2 0.4235 0.7663 0 0.824 0.176
#> SRR1471331 2 0.1860 0.8769 0 0.948 0.052
#> SRR660788 3 0.0237 0.7929 0 0.004 0.996
#> SRR819234 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR810853 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR809427 3 0.1860 0.8138 0 0.052 0.948
#> SRR2170217 3 0.0000 0.7901 0 0.000 1.000
#> SRR1386967 2 0.1964 0.8752 0 0.944 0.056
#> SRR1420344 2 0.1163 0.8878 0 0.972 0.028
#> SRR1334535 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR614503 3 0.2711 0.8180 0 0.088 0.912
#> SRR602564 3 0.5882 0.6111 0 0.348 0.652
#> SRR1420669 3 0.3551 0.8136 0 0.132 0.868
#> SRR819024 3 0.6280 0.3423 0 0.460 0.540
#> SRR656223 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR608428 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1345647 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1389324 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1361368 2 0.5431 0.5679 0 0.716 0.284
#> SRR1322619 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1349276 3 0.2537 0.8172 0 0.080 0.920
#> SRR1404024 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1370637 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1452631 3 0.0000 0.7901 0 0.000 1.000
#> SRR608392 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1357757 3 0.5882 0.6136 0 0.348 0.652
#> SRR1074646 3 0.1753 0.8128 0 0.048 0.952
#> SRR1367499 2 0.3192 0.8352 0 0.888 0.112
#> SRR1343501 2 0.0424 0.8939 0 0.992 0.008
#> SRR1394406 3 0.3551 0.8140 0 0.132 0.868
#> SRR1381435 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1467407 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1092422 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1380270 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1091817 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1440137 2 0.0237 0.8948 0 0.996 0.004
#> SRR614311 3 0.5835 0.6124 0 0.340 0.660
#> SRR1407516 3 0.5431 0.7035 0 0.284 0.716
#> SRR815494 2 0.4121 0.7767 0 0.832 0.168
#> SRR1333209 3 0.5178 0.7355 0 0.256 0.744
#> SRR615177 3 0.0000 0.7901 0 0.000 1.000
#> SRR1099648 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR659720 2 0.6026 0.3195 0 0.624 0.376
#> SRR2185057 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1467125 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR657468 3 0.0000 0.7901 0 0.000 1.000
#> SRR660042 3 0.0000 0.7901 0 0.000 1.000
#> SRR2170864 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1440491 3 0.6140 0.4957 0 0.404 0.596
#> SRR1440852 2 0.3619 0.8125 0 0.864 0.136
#> SRR811169 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1331311 3 0.5178 0.7355 0 0.256 0.744
#> SRR818009 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1351836 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1498313 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1441975 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR819096 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1073679 2 0.2448 0.8641 0 0.924 0.076
#> SRR1489116 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1354138 2 0.1860 0.8769 0 0.948 0.052
#> SRR1490589 3 0.3752 0.8104 0 0.144 0.856
#> SRR1412987 3 0.0000 0.7901 0 0.000 1.000
#> SRR602034 2 0.3816 0.8002 0 0.852 0.148
#> SRR1353437 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1072871 2 0.6026 0.3195 0 0.624 0.376
#> SRR661577 3 0.2796 0.8180 0 0.092 0.908
#> SRR612190 3 0.4605 0.7802 0 0.204 0.796
#> SRR1399880 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1101787 3 0.2878 0.8183 0 0.096 0.904
#> SRR657869 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1446332 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR816039 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1485141 2 0.2066 0.8730 0 0.940 0.060
#> SRR1476697 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1379538 3 0.5058 0.7468 0 0.244 0.756
#> SRR1331422 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR660859 3 0.3551 0.8140 0 0.132 0.868
#> SRR1097594 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1311419 2 0.1529 0.8826 0 0.960 0.040
#> SRR1336706 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1472976 3 0.3412 0.8158 0 0.124 0.876
#> SRR1321307 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR807493 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR812461 2 0.3192 0.8352 0 0.888 0.112
#> SRR1477149 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1457397 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR661913 3 0.4605 0.7792 0 0.204 0.796
#> SRR1069024 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR2165634 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1478722 2 0.5431 0.5761 0 0.716 0.284
#> SRR1328642 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1488261 3 0.0000 0.7901 0 0.000 1.000
#> SRR1318815 3 0.0000 0.7901 0 0.000 1.000
#> SRR816945 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1367432 3 0.0000 0.7901 0 0.000 1.000
#> SRR1359280 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1313910 2 0.2066 0.8733 0 0.940 0.060
#> SRR1457315 3 0.3752 0.8099 0 0.144 0.856
#> SRR815398 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR656958 2 0.3879 0.7960 0 0.848 0.152
#> SRR600688 3 0.5810 0.6302 0 0.336 0.664
#> SRR1098952 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1314916 2 0.3412 0.8254 0 0.876 0.124
#> SRR614167 3 0.6267 0.3665 0 0.452 0.548
#> SRR1348114 2 0.4121 0.7728 0 0.832 0.168
#> SRR658033 2 0.2959 0.8465 0 0.900 0.100
#> SRR1077503 2 0.3038 0.8416 0 0.896 0.104
#> SRR661854 2 0.5560 0.5395 0 0.700 0.300
#> SRR811379 3 0.4605 0.7788 0 0.204 0.796
#> SRR1318857 2 0.0592 0.8927 0 0.988 0.012
#> SRR656445 2 0.0424 0.8939 0 0.992 0.008
#> SRR1433044 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1486391 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR656071 3 0.2165 0.8139 0 0.064 0.936
#> SRR1364824 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR816745 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR601038 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1360080 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR814868 3 0.2959 0.8179 0 0.100 0.900
#> SRR1485997 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1435560 3 0.2165 0.8160 0 0.064 0.936
#> SRR1333330 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR663513 3 0.2878 0.8181 0 0.096 0.904
#> SRR1328407 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR602784 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1348468 3 0.0000 0.7901 0 0.000 1.000
#> SRR663717 3 0.4452 0.7864 0 0.192 0.808
#> SRR602217 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR603140 3 0.5905 0.6019 0 0.352 0.648
#> SRR1340804 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1457574 2 0.4235 0.7680 0 0.824 0.176
#> SRR1333462 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1094601 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1434610 3 0.2066 0.8153 0 0.060 0.940
#> SRR1435833 3 0.4605 0.7789 0 0.204 0.796
#> SRR1398728 2 0.2165 0.8705 0 0.936 0.064
#> SRR1358343 3 0.0000 0.7901 0 0.000 1.000
#> SRR1410890 2 0.1643 0.8809 0 0.956 0.044
#> SRR1350371 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1392478 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1099260 2 0.0237 0.8948 0 0.996 0.004
#> SRR1433576 2 0.4346 0.7580 0 0.816 0.184
#> SRR1345541 3 0.3879 0.8076 0 0.152 0.848
#> SRR1086328 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR810391 3 0.6274 0.3541 0 0.456 0.544
#> SRR1476207 3 0.5882 0.6076 0 0.348 0.652
#> SRR627435 2 0.6008 0.3335 0 0.628 0.372
#> SRR1489862 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1419086 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1396191 3 0.6280 0.3423 0 0.460 0.540
#> SRR1490115 2 0.6305 -0.1378 0 0.516 0.484
#> SRR1377714 2 0.6215 0.1168 0 0.572 0.428
#> SRR819394 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR663161 3 0.0000 0.7901 0 0.000 1.000
#> SRR607042 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR656203 2 0.5835 0.4213 0 0.660 0.340
#> SRR660602 2 0.0592 0.8929 0 0.988 0.012
#> SRR1440397 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1369264 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR809233 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR663249 2 0.0592 0.8927 0 0.988 0.012
#> SRR661242 2 0.4796 0.7028 0 0.780 0.220
#> SRR1332007 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR809619 2 0.3116 0.8398 0 0.892 0.108
#> SRR819975 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR599281 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR662366 3 0.6280 0.3423 0 0.460 0.540
#> SRR1317898 2 0.6309 -0.1886 0 0.504 0.496
#> SRR1382485 3 0.5216 0.7313 0 0.260 0.740
#> SRR2166420 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1419429 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1092541 2 0.4178 0.7716 0 0.828 0.172
#> SRR817444 2 0.0424 0.8939 0 0.992 0.008
#> SRR1320403 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1101483 2 0.2165 0.8705 0 0.936 0.064
#> SRR1331684 2 0.3816 0.7999 0 0.852 0.148
#> SRR1400054 3 0.0237 0.7929 0 0.004 0.996
#> SRR1406088 2 0.2165 0.8705 0 0.936 0.064
#> SRR820733 3 0.1753 0.8128 0 0.048 0.952
#> SRR1314113 3 0.0000 0.7901 0 0.000 1.000
#> SRR1382615 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1480745 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1468850 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR656782 3 0.6302 0.2735 0 0.480 0.520
#> SRR821364 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR659295 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR1357103 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
#> SRR809185 2 0.5835 0.4511 0 0.660 0.340
#> SRR811583 3 0.4178 0.7983 0 0.172 0.828
#> SRR1468050 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1440224 2 0.0000 0.8954 0 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1500170 2 0.0188 0.85437 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1402368 3 0.4914 0.29898 0 0.012 0.676 0.312
#> SRR607743 3 0.5161 0.50775 0 0.300 0.676 0.024
#> SRR1457375 2 0.0000 0.85500 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470923 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785 3 0.5180 0.59812 0 0.196 0.740 0.064
#> SRR814768 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031 2 0.4605 0.58541 0 0.664 0.336 0.000
#> SRR1363611 3 0.5550 0.19427 0 0.428 0.552 0.020
#> SRR1468447 2 0.0188 0.85437 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1071931 3 0.6726 0.39480 0 0.364 0.536 0.100
#> SRR810981 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299 2 0.0188 0.85437 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR663585 2 0.4040 0.71340 0 0.752 0.248 0.000
#> SRR1326773 2 0.2216 0.83156 0 0.908 0.092 0.000
#> SRR1351166 2 0.0707 0.85676 0 0.980 0.020 0.000
#> SRR1477452 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720 2 0.4134 0.69862 0 0.740 0.260 0.000
#> SRR1420320 3 0.4669 0.49060 0 0.036 0.764 0.200
#> SRR1081712 2 0.0188 0.85437 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1318241 3 0.5515 0.59241 0 0.152 0.732 0.116
#> SRR1333718 2 0.0921 0.85519 0 0.972 0.028 0.000
#> SRR1313514 2 0.0188 0.85437 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1477861 2 0.0188 0.85437 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1318005 2 0.0188 0.85437 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1354665 2 0.0817 0.85627 0 0.976 0.024 0.000
#> SRR657707 3 0.5423 0.57911 0 0.116 0.740 0.144
#> SRR1370742 3 0.3569 0.59034 0 0.196 0.804 0.000
#> SRR1412947 2 0.2973 0.79604 0 0.856 0.144 0.000
#> SRR661553 3 0.4040 0.36099 0 0.000 0.752 0.248
#> SRR1328869 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211 2 0.0188 0.85437 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1348181 2 0.4855 0.48280 0 0.600 0.400 0.000
#> SRR1416560 3 0.3486 0.59330 0 0.188 0.812 0.000
#> SRR1319772 3 0.5257 0.59300 0 0.212 0.728 0.060
#> SRR1091452 3 0.6607 0.35023 0 0.376 0.536 0.088
#> SRR1338812 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072 2 0.0188 0.85437 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR814844 4 0.0817 0.81779 0 0.000 0.024 0.976
#> SRR1376619 2 0.4356 0.65864 0 0.708 0.292 0.000
#> SRR603690 2 0.4382 0.64997 0 0.704 0.296 0.000
#> SRR2184980 2 0.0469 0.85675 0 0.988 0.012 0.000
#> SRR613963 4 0.1022 0.81867 0 0.000 0.032 0.968
#> SRR1323422 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673 2 0.4522 0.62033 0 0.680 0.320 0.000
#> SRR1434650 2 0.0188 0.85437 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR659875 2 0.0188 0.85437 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1465734 3 0.5768 0.03621 0 0.456 0.516 0.028
#> SRR1076847 2 0.0188 0.85437 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1415072 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319 2 0.2011 0.83907 0 0.920 0.080 0.000
#> SRR663088 4 0.0817 0.81779 0 0.000 0.024 0.976
#> SRR1352021 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935 3 0.4663 0.54474 0 0.064 0.788 0.148
#> SRR1352530 2 0.4713 0.55443 0 0.640 0.360 0.000
#> SRR662594 3 0.3801 0.39827 0 0.000 0.780 0.220
#> SRR1095309 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647 2 0.4989 0.28785 0 0.528 0.472 0.000
#> SRR813019 2 0.0376 0.85526 0 0.992 0.004 0.004
#> SRR1374647 2 0.0469 0.85675 0 0.988 0.012 0.000
#> SRR603472 2 0.0188 0.85437 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR661529 3 0.3528 0.43311 0 0.000 0.808 0.192
#> SRR607018 2 0.1557 0.84845 0 0.944 0.056 0.000
#> SRR627423 3 0.1576 0.51177 0 0.004 0.948 0.048
#> SRR654921 4 0.0817 0.81779 0 0.000 0.024 0.976
#> SRR1418968 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871 3 0.3569 0.58994 0 0.196 0.804 0.000
#> SRR1330522 2 0.4972 0.32968 0 0.544 0.456 0.000
#> SRR1499958 2 0.2647 0.81046 0 0.880 0.120 0.000
#> SRR614059 4 0.4543 0.70310 0 0.000 0.324 0.676
#> SRR1071403 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719 2 0.0188 0.85437 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1440421 2 0.0188 0.85437 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1310412 3 0.3907 0.38742 0 0.000 0.768 0.232
#> SRR614767 2 0.0469 0.85675 0 0.988 0.012 0.000
#> SRR820709 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093 2 0.1792 0.84403 0 0.932 0.068 0.000
#> SRR1088168 2 0.1716 0.84573 0 0.936 0.064 0.000
#> SRR1418707 2 0.0188 0.85437 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1354291 2 0.0188 0.85437 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR2165806 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684 3 0.4182 0.48266 0 0.024 0.796 0.180
#> SRR1433860 2 0.3528 0.76579 0 0.808 0.192 0.000
#> SRR1311062 2 0.0188 0.85437 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1360359 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385 2 0.4730 0.54622 0 0.636 0.364 0.000
#> SRR615407 2 0.0469 0.85675 0 0.988 0.012 0.000
#> SRR1413892 2 0.1557 0.84845 0 0.944 0.056 0.000
#> SRR1443459 2 0.3764 0.74078 0 0.784 0.216 0.000
#> SRR1338942 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480 3 0.6257 0.13406 0 0.436 0.508 0.056
#> SRR1399433 3 0.6136 0.41146 0 0.356 0.584 0.060
#> SRR818537 2 0.0188 0.85437 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1101324 4 0.0817 0.81779 0 0.000 0.024 0.976
#> SRR807637 3 0.4972 -0.15465 0 0.000 0.544 0.456
#> SRR1091918 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300 3 0.4933 -0.19986 0 0.000 0.568 0.432
#> SRR1085426 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.0469 0.85675 0 0.988 0.012 0.000
#> SRR813891 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431 2 0.3266 0.78035 0 0.832 0.168 0.000
#> SRR658742 4 0.2081 0.81412 0 0.000 0.084 0.916
#> SRR1419234 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813 2 0.0469 0.85675 0 0.988 0.012 0.000
#> SRR603496 2 0.4134 0.70029 0 0.740 0.260 0.000
#> SRR1407758 2 0.4040 0.71177 0 0.752 0.248 0.000
#> SRR810945 2 0.2149 0.83139 0 0.912 0.088 0.000
#> SRR817234 2 0.0188 0.85437 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1444852 2 0.4972 0.32968 0 0.544 0.456 0.000
#> SRR660378 2 0.3569 0.76028 0 0.804 0.196 0.000
#> SRR1467835 2 0.0707 0.85676 0 0.980 0.020 0.000
#> SRR1338964 3 0.5423 0.59172 0 0.144 0.740 0.116
#> SRR1079259 3 0.5820 0.54256 0 0.100 0.696 0.204
#> SRR1072345 3 0.5646 0.44505 0 0.056 0.672 0.272
#> SRR598725 3 0.2944 0.48041 0 0.004 0.868 0.128
#> SRR1447938 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460 3 0.4888 0.46965 0 0.036 0.740 0.224
#> SRR1429468 2 0.0188 0.85437 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1446850 2 0.0469 0.85675 0 0.988 0.012 0.000
#> SRR1320363 3 0.5277 -0.00365 0 0.460 0.532 0.008
#> SRR1413810 2 0.3975 0.72070 0 0.760 0.240 0.000
#> SRR598831 2 0.0707 0.85676 0 0.980 0.020 0.000
#> SRR1381865 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957 3 0.3450 0.59656 0 0.156 0.836 0.008
#> SRR1491332 2 0.1211 0.85300 0 0.960 0.040 0.000
#> SRR1099744 2 0.0336 0.85627 0 0.992 0.008 0.000
#> SRR1464618 3 0.4919 0.55147 0 0.076 0.772 0.152
#> SRR1414559 4 0.2704 0.81448 0 0.000 0.124 0.876
#> SRR1337540 4 0.0817 0.81779 0 0.000 0.024 0.976
#> SRR1444283 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942 3 0.3013 0.57592 0 0.080 0.888 0.032
#> SRR660295 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335 2 0.4040 0.71340 0 0.752 0.248 0.000
#> SRR1363742 2 0.1792 0.84403 0 0.932 0.068 0.000
#> SRR1345847 2 0.3649 0.75398 0 0.796 0.204 0.000
#> SRR614960 3 0.4933 -0.19986 0 0.000 0.568 0.432
#> SRR819919 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330 2 0.0188 0.85437 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1327951 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266 2 0.4605 0.58734 0 0.664 0.336 0.000
#> SRR1338055 2 0.0188 0.85437 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1430157 2 0.0707 0.85676 0 0.980 0.020 0.000
#> SRR1320137 2 0.4776 0.50547 0 0.624 0.376 0.000
#> SRR1093483 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913 3 0.3208 0.59722 0 0.148 0.848 0.004
#> SRR2170490 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845 3 0.5404 -0.14065 0 0.476 0.512 0.012
#> SRR1436420 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060 2 0.0188 0.85437 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR662282 2 0.1792 0.84421 0 0.932 0.068 0.000
#> SRR1487089 4 0.4008 0.76278 0 0.000 0.244 0.756
#> SRR1075683 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880 2 0.5408 0.22092 0 0.500 0.488 0.012
#> SRR1453456 2 0.4804 0.50309 0 0.616 0.384 0.000
#> SRR1457895 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603 2 0.0188 0.85437 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR658633 2 0.0336 0.85627 0 0.992 0.008 0.000
#> SRR1388081 3 0.5404 -0.14157 0 0.476 0.512 0.012
#> SRR813339 3 0.3448 0.59518 0 0.168 0.828 0.004
#> SRR809725 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441 2 0.0188 0.85437 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR613603 3 0.4522 0.24843 0 0.000 0.680 0.320
#> SRR1096571 2 0.0817 0.85519 0 0.976 0.024 0.000
#> SRR1392701 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693 2 0.4877 0.42003 0 0.592 0.408 0.000
#> SRR660697 3 0.5257 0.59138 0 0.144 0.752 0.104
#> SRR1489926 2 0.4888 0.43800 0 0.588 0.412 0.000
#> SRR811491 3 0.3569 0.59034 0 0.196 0.804 0.000
#> SRR1311644 4 0.0817 0.81779 0 0.000 0.024 0.976
#> SRR1451740 3 0.4382 0.48744 0 0.296 0.704 0.000
#> SRR615117 2 0.0188 0.85437 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1391748 4 0.4382 0.72337 0 0.000 0.296 0.704
#> SRR1466556 3 0.5663 0.57123 0 0.264 0.676 0.060
#> SRR614972 3 0.3450 0.59656 0 0.156 0.836 0.008
#> SRR1406200 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210 3 0.3975 0.37499 0 0.000 0.760 0.240
#> SRR662174 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236 3 0.4040 0.36099 0 0.000 0.752 0.248
#> SRR1312598 2 0.0469 0.85675 0 0.988 0.012 0.000
#> SRR1330129 2 0.0188 0.85437 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1357781 2 0.0188 0.85437 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1315517 2 0.0188 0.85437 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1400032 3 0.4382 0.48744 0 0.296 0.704 0.000
#> SRR1413722 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827 3 0.3751 0.58982 0 0.196 0.800 0.004
#> SRR814794 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509 3 0.4804 0.07073 0 0.000 0.616 0.384
#> SRR808728 2 0.1716 0.84573 0 0.936 0.064 0.000
#> SRR1070813 2 0.0188 0.85437 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1389133 3 0.4933 -0.19986 0 0.000 0.568 0.432
#> SRR601263 3 0.5531 0.58069 0 0.128 0.732 0.140
#> SRR604718 3 0.3975 0.37499 0 0.000 0.760 0.240
#> SRR1481351 2 0.4134 0.70029 0 0.740 0.260 0.000
#> SRR1334608 2 0.1716 0.84566 0 0.936 0.064 0.000
#> SRR658681 2 0.1118 0.85397 0 0.964 0.036 0.000
#> SRR809283 4 0.4585 0.68073 0 0.000 0.332 0.668
#> SRR1459300 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547 2 0.0921 0.85519 0 0.972 0.028 0.000
#> SRR811049 3 0.5663 0.46269 0 0.060 0.676 0.264
#> SRR1464835 4 0.4008 0.76278 0 0.000 0.244 0.756
#> SRR1339619 2 0.3726 0.74482 0 0.788 0.212 0.000
#> SRR658501 3 0.4072 0.55575 0 0.252 0.748 0.000
#> SRR1447523 3 0.3837 0.39728 0 0.000 0.776 0.224
#> SRR1415048 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348 2 0.4804 0.48591 0 0.616 0.384 0.000
#> SRR603890 2 0.0188 0.85437 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR810595 2 0.4713 0.55380 0 0.640 0.360 0.000
#> SRR1446244 2 0.4804 0.48591 0 0.616 0.384 0.000
#> SRR817373 3 0.5716 0.55925 0 0.272 0.668 0.060
#> SRR1457291 2 0.1118 0.85437 0 0.964 0.036 0.000
#> SRR598220 3 0.5535 0.22205 0 0.420 0.560 0.020
#> SRR1477991 2 0.0469 0.85675 0 0.988 0.012 0.000
#> SRR598172 2 0.0188 0.85437 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1349032 3 0.7180 0.49827 0 0.188 0.548 0.264
#> SRR604002 2 0.0188 0.85437 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1378026 2 0.4776 0.52154 0 0.624 0.376 0.000
#> SRR1404401 2 0.0188 0.85437 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1333240 2 0.0188 0.85437 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1089399 2 0.0188 0.85437 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR603421 2 0.0188 0.85437 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR812562 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520 2 0.1557 0.84825 0 0.944 0.056 0.000
#> SRR811839 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317 2 0.0188 0.85437 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1436763 4 0.4585 0.68073 0 0.000 0.332 0.668
#> SRR1486021 2 0.1118 0.85437 0 0.964 0.036 0.000
#> SRR1465018 2 0.0188 0.85437 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1080998 3 0.5423 0.59172 0 0.144 0.740 0.116
#> SRR1083432 2 0.4522 0.62033 0 0.680 0.320 0.000
#> SRR1082833 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536 3 0.3837 0.57834 0 0.224 0.776 0.000
#> SRR614011 2 0.3801 0.73724 0 0.780 0.220 0.000
#> SRR1365873 2 0.0469 0.85675 0 0.988 0.012 0.000
#> SRR1498789 2 0.0469 0.85675 0 0.988 0.012 0.000
#> SRR601581 3 0.4919 0.55147 0 0.076 0.772 0.152
#> SRR603566 2 0.0921 0.85519 0 0.972 0.028 0.000
#> SRR1373981 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410 2 0.0469 0.85675 0 0.988 0.012 0.000
#> SRR1076511 4 0.0817 0.81779 0 0.000 0.024 0.976
#> SRR614143 3 0.4985 -0.03400 0 0.468 0.532 0.000
#> SRR1333570 3 0.2999 0.47489 0 0.004 0.864 0.132
#> SRR1366813 2 0.0592 0.85693 0 0.984 0.016 0.000
#> SRR1388746 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558 3 0.4933 -0.19986 0 0.000 0.568 0.432
#> SRR1409510 2 0.4713 0.55715 0 0.640 0.360 0.000
#> SRR816250 2 0.0469 0.85675 0 0.988 0.012 0.000
#> SRR614131 3 0.5392 -0.07621 0 0.460 0.528 0.012
#> SRR1331130 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015 3 0.4222 0.52522 0 0.272 0.728 0.000
#> SRR1470798 2 0.4356 0.65891 0 0.708 0.292 0.000
#> SRR614179 2 0.0188 0.85437 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1474863 2 0.0000 0.85500 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR813560 2 0.0707 0.85676 0 0.980 0.020 0.000
#> SRR1312187 3 0.5284 0.17489 0 0.016 0.616 0.368
#> SRR1420960 2 0.4193 0.68832 0 0.732 0.268 0.000
#> SRR1355102 3 0.3448 0.59518 0 0.168 0.828 0.004
#> SRR1084577 2 0.4134 0.69862 0 0.740 0.260 0.000
#> SRR659971 2 0.2868 0.79941 0 0.864 0.136 0.000
#> SRR1350855 4 0.4382 0.72337 0 0.000 0.296 0.704
#> SRR820779 2 0.4989 0.28785 0 0.528 0.472 0.000
#> SRR1476300 3 0.3450 0.59656 0 0.156 0.836 0.008
#> SRR1090907 3 0.5284 0.17489 0 0.016 0.616 0.368
#> SRR662294 2 0.0188 0.85437 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1480789 2 0.0188 0.85437 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1336263 3 0.4955 -0.17384 0 0.000 0.556 0.444
#> SRR660776 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508 2 0.0376 0.85520 0 0.992 0.004 0.004
#> SRR615563 4 0.4916 0.50124 0 0.000 0.424 0.576
#> SRR1101175 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650 2 0.0921 0.85519 0 0.972 0.028 0.000
#> SRR1431205 2 0.0188 0.85437 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1339856 3 0.4700 0.56469 0 0.084 0.792 0.124
#> SRR1352147 2 0.4222 0.67963 0 0.728 0.272 0.000
#> SRR808968 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419 2 0.0188 0.85437 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1402391 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609 2 0.0921 0.85468 0 0.972 0.028 0.000
#> SRR2167857 2 0.0188 0.85437 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1398752 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437 2 0.0469 0.85675 0 0.988 0.012 0.000
#> SRR1416955 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064 2 0.4804 0.49134 0 0.616 0.384 0.000
#> SRR659001 3 0.4961 -0.13228 0 0.000 0.552 0.448
#> SRR2170696 4 0.4961 0.43107 0 0.000 0.448 0.552
#> SRR816589 2 0.4477 0.63235 0 0.688 0.312 0.000
#> SRR1087487 2 0.2149 0.83571 0 0.912 0.088 0.000
#> SRR1329485 2 0.4817 0.49691 0 0.612 0.388 0.000
#> SRR816920 3 0.4877 0.00841 0 0.000 0.592 0.408
#> SRR1341432 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590 4 0.2760 0.81827 0 0.000 0.128 0.872
#> SRR817046 2 0.4972 0.32968 0 0.544 0.456 0.000
#> SRR1471331 2 0.4164 0.69416 0 0.736 0.264 0.000
#> SRR660788 4 0.4916 0.50124 0 0.000 0.424 0.576
#> SRR819234 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853 2 0.0188 0.85437 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR809427 3 0.5039 0.01762 0 0.004 0.592 0.404
#> SRR2170217 4 0.4585 0.68073 0 0.000 0.332 0.668
#> SRR1386967 2 0.4134 0.69792 0 0.740 0.260 0.000
#> SRR1420344 2 0.2647 0.81046 0 0.880 0.120 0.000
#> SRR1334535 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503 3 0.4661 0.18440 0 0.000 0.652 0.348
#> SRR602564 3 0.5058 0.58932 0 0.128 0.768 0.104
#> SRR1420669 3 0.4008 0.36144 0 0.000 0.756 0.244
#> SRR819024 3 0.3450 0.59656 0 0.156 0.836 0.008
#> SRR656223 2 0.0921 0.85468 0 0.972 0.028 0.000
#> SRR608428 2 0.0817 0.85627 0 0.976 0.024 0.000
#> SRR1345647 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324 2 0.0188 0.85437 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1361368 2 0.5506 0.13028 0 0.512 0.472 0.016
#> SRR1322619 2 0.0469 0.85675 0 0.988 0.012 0.000
#> SRR1349276 3 0.4955 -0.17384 0 0.000 0.556 0.444
#> SRR1404024 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637 2 0.0707 0.85676 0 0.980 0.020 0.000
#> SRR1452631 4 0.2408 0.82278 0 0.000 0.104 0.896
#> SRR608392 2 0.0921 0.85468 0 0.972 0.028 0.000
#> SRR1357757 3 0.4055 0.58341 0 0.108 0.832 0.060
#> SRR1074646 3 0.4981 -0.18306 0 0.000 0.536 0.464
#> SRR1367499 2 0.4522 0.62033 0 0.680 0.320 0.000
#> SRR1343501 2 0.1716 0.84573 0 0.936 0.064 0.000
#> SRR1394406 3 0.3907 0.38742 0 0.000 0.768 0.232
#> SRR1381435 2 0.1211 0.85300 0 0.960 0.040 0.000
#> SRR1467407 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422 2 0.0188 0.85437 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1380270 2 0.0188 0.85437 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1091817 2 0.0336 0.85627 0 0.992 0.008 0.000
#> SRR1440137 2 0.0921 0.85623 0 0.972 0.028 0.000
#> SRR614311 3 0.7159 0.49362 0 0.180 0.548 0.272
#> SRR1407516 3 0.5436 0.55805 0 0.092 0.732 0.176
#> SRR815494 2 0.4981 0.32184 0 0.536 0.464 0.000
#> SRR1333209 3 0.4663 0.54474 0 0.064 0.788 0.148
#> SRR615177 4 0.4585 0.68073 0 0.000 0.332 0.668
#> SRR1099648 2 0.0921 0.85519 0 0.972 0.028 0.000
#> SRR659720 3 0.5565 0.41246 0 0.344 0.624 0.032
#> SRR2185057 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468 4 0.0817 0.81779 0 0.000 0.024 0.976
#> SRR660042 4 0.3400 0.79018 0 0.000 0.180 0.820
#> SRR2170864 2 0.0817 0.85627 0 0.976 0.024 0.000
#> SRR1440491 3 0.5454 0.59024 0 0.172 0.732 0.096
#> SRR1440852 2 0.4804 0.50309 0 0.616 0.384 0.000
#> SRR811169 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311 3 0.4663 0.54474 0 0.064 0.788 0.148
#> SRR818009 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836 2 0.0188 0.85437 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1498313 2 0.0188 0.85437 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1441975 2 0.0000 0.85500 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR819096 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679 2 0.4222 0.67923 0 0.728 0.272 0.000
#> SRR1489116 2 0.1211 0.85320 0 0.960 0.040 0.000
#> SRR1354138 2 0.4134 0.69918 0 0.740 0.260 0.000
#> SRR1490589 3 0.3837 0.39728 0 0.000 0.776 0.224
#> SRR1412987 4 0.0817 0.81779 0 0.000 0.024 0.976
#> SRR602034 2 0.4916 0.42671 0 0.576 0.424 0.000
#> SRR1353437 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871 3 0.5565 0.41246 0 0.344 0.624 0.032
#> SRR661577 3 0.4605 0.20820 0 0.000 0.664 0.336
#> SRR612190 3 0.3853 0.48699 0 0.020 0.820 0.160
#> SRR1399880 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787 3 0.5284 0.17489 0 0.016 0.616 0.368
#> SRR657869 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141 2 0.4193 0.68832 0 0.732 0.268 0.000
#> SRR1476697 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538 3 0.3856 0.52558 0 0.032 0.832 0.136
#> SRR1331422 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859 3 0.3907 0.38742 0 0.000 0.768 0.232
#> SRR1097594 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419 2 0.3975 0.72070 0 0.760 0.240 0.000
#> SRR1336706 2 0.0921 0.85468 0 0.972 0.028 0.000
#> SRR1472976 3 0.3975 0.37499 0 0.000 0.760 0.240
#> SRR1321307 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461 2 0.4522 0.62033 0 0.680 0.320 0.000
#> SRR1477149 2 0.0188 0.85437 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1457397 2 0.0188 0.85437 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR661913 3 0.2944 0.48041 0 0.004 0.868 0.128
#> SRR1069024 2 0.0188 0.85437 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR2165634 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722 3 0.4941 0.09242 0 0.436 0.564 0.000
#> SRR1328642 2 0.0188 0.85437 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1488261 4 0.4543 0.70310 0 0.000 0.324 0.676
#> SRR1318815 4 0.1792 0.82330 0 0.000 0.068 0.932
#> SRR816945 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432 4 0.0817 0.81779 0 0.000 0.024 0.976
#> SRR1359280 2 0.0188 0.85437 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1313910 2 0.3649 0.75398 0 0.796 0.204 0.000
#> SRR1457315 3 0.3945 0.40772 0 0.004 0.780 0.216
#> SRR815398 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958 2 0.4898 0.43420 0 0.584 0.416 0.000
#> SRR600688 3 0.5066 0.58573 0 0.120 0.768 0.112
#> SRR1098952 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916 2 0.4817 0.49691 0 0.612 0.388 0.000
#> SRR614167 3 0.3208 0.59722 0 0.148 0.848 0.004
#> SRR1348114 2 0.4866 0.43347 0 0.596 0.404 0.000
#> SRR658033 2 0.4382 0.64997 0 0.704 0.296 0.000
#> SRR1077503 2 0.4134 0.70029 0 0.740 0.260 0.000
#> SRR661854 3 0.4888 0.17885 0 0.412 0.588 0.000
#> SRR811379 3 0.4238 0.49245 0 0.028 0.796 0.176
#> SRR1318857 2 0.1474 0.84849 0 0.948 0.052 0.000
#> SRR656445 2 0.1716 0.84573 0 0.936 0.064 0.000
#> SRR1433044 2 0.0188 0.85437 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1486391 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071 3 0.4933 -0.19986 0 0.000 0.568 0.432
#> SRR1364824 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745 2 0.0188 0.85437 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR601038 2 0.0188 0.85437 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1360080 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868 3 0.4522 0.24843 0 0.000 0.680 0.320
#> SRR1485997 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560 3 0.4877 0.00841 0 0.000 0.592 0.408
#> SRR1333330 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513 3 0.4585 0.22075 0 0.000 0.668 0.332
#> SRR1328407 2 0.0376 0.85526 0 0.992 0.004 0.004
#> SRR602784 2 0.0921 0.85519 0 0.972 0.028 0.000
#> SRR1348468 4 0.2408 0.82278 0 0.000 0.104 0.896
#> SRR663717 3 0.5599 0.40728 0 0.048 0.664 0.288
#> SRR602217 2 0.0469 0.85675 0 0.988 0.012 0.000
#> SRR603140 3 0.5531 0.58069 0 0.128 0.732 0.140
#> SRR1340804 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574 2 0.5244 0.36096 0 0.556 0.436 0.008
#> SRR1333462 2 0.0188 0.85437 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1094601 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610 3 0.4830 0.04352 0 0.000 0.608 0.392
#> SRR1435833 3 0.4485 0.48075 0 0.028 0.772 0.200
#> SRR1398728 2 0.3764 0.74078 0 0.784 0.216 0.000
#> SRR1358343 4 0.0817 0.81779 0 0.000 0.024 0.976
#> SRR1410890 2 0.3266 0.78035 0 0.832 0.168 0.000
#> SRR1350371 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478 2 0.0707 0.85676 0 0.980 0.020 0.000
#> SRR1099260 2 0.1557 0.84845 0 0.944 0.056 0.000
#> SRR1433576 2 0.5147 0.32734 0 0.536 0.460 0.004
#> SRR1345541 3 0.3873 0.40134 0 0.000 0.772 0.228
#> SRR1086328 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391 3 0.3257 0.59716 0 0.152 0.844 0.004
#> SRR1476207 3 0.5613 0.57355 0 0.120 0.724 0.156
#> SRR627435 3 0.5152 0.41044 0 0.316 0.664 0.020
#> SRR1489862 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191 3 0.3450 0.59656 0 0.156 0.836 0.008
#> SRR1490115 3 0.3688 0.58518 0 0.208 0.792 0.000
#> SRR1377714 3 0.5137 0.51533 0 0.296 0.680 0.024
#> SRR819394 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161 4 0.2814 0.81104 0 0.000 0.132 0.868
#> SRR607042 2 0.0188 0.85437 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR656203 3 0.5535 0.22205 0 0.420 0.560 0.020
#> SRR660602 2 0.2011 0.83867 0 0.920 0.080 0.000
#> SRR1440397 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249 2 0.1474 0.84849 0 0.948 0.052 0.000
#> SRR661242 3 0.5404 -0.14157 0 0.476 0.512 0.012
#> SRR1332007 2 0.0524 0.85549 0 0.988 0.008 0.004
#> SRR809619 2 0.4193 0.68436 0 0.732 0.268 0.000
#> SRR819975 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281 2 0.0000 0.85500 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR662366 3 0.3306 0.59714 0 0.156 0.840 0.004
#> SRR1317898 3 0.3569 0.59034 0 0.196 0.804 0.000
#> SRR1382485 3 0.4614 0.54707 0 0.064 0.792 0.144
#> SRR2166420 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541 2 0.4961 0.35431 0 0.552 0.448 0.000
#> SRR817444 2 0.1716 0.84573 0 0.936 0.064 0.000
#> SRR1320403 2 0.0188 0.85437 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1101483 2 0.3801 0.73724 0 0.780 0.220 0.000
#> SRR1331684 2 0.4843 0.47769 0 0.604 0.396 0.000
#> SRR1400054 4 0.4624 0.68223 0 0.000 0.340 0.660
#> SRR1406088 2 0.3764 0.74078 0 0.784 0.216 0.000
#> SRR820733 3 0.4981 -0.18306 0 0.000 0.536 0.464
#> SRR1314113 4 0.0817 0.81779 0 0.000 0.024 0.976
#> SRR1382615 2 0.0921 0.85468 0 0.972 0.028 0.000
#> SRR1480745 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850 2 0.0469 0.85675 0 0.988 0.012 0.000
#> SRR656782 3 0.5257 0.59300 0 0.212 0.728 0.060
#> SRR821364 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295 2 0.0188 0.85437 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1357103 2 0.0188 0.85437 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR809185 3 0.6580 0.21220 0 0.416 0.504 0.080
#> SRR811583 3 0.3539 0.45439 0 0.004 0.820 0.176
#> SRR1468050 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224 2 0.0469 0.85675 0 0.988 0.012 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1500170 2 0.0162 0.8021 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1402368 4 0.3304 0.6874 0 0.000 0.168 0.816 0.016
#> SRR607743 3 0.6091 0.4905 0 0.172 0.560 0.268 0.000
#> SRR1457375 2 0.0162 0.8032 0 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1470923 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785 3 0.5828 0.1742 0 0.100 0.520 0.380 0.000
#> SRR814768 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031 2 0.4878 0.0455 0 0.536 0.440 0.024 0.000
#> SRR1363611 3 0.6399 0.5720 0 0.316 0.492 0.192 0.000
#> SRR1468447 2 0.0162 0.8021 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1071931 3 0.6887 0.4966 0 0.248 0.468 0.272 0.012
#> SRR810981 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299 2 0.0162 0.8021 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR663585 2 0.4101 0.3991 0 0.628 0.372 0.000 0.000
#> SRR1326773 2 0.3280 0.7201 0 0.812 0.176 0.012 0.000
#> SRR1351166 2 0.1671 0.7987 0 0.924 0.076 0.000 0.000
#> SRR1477452 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720 2 0.4138 0.3609 0 0.616 0.384 0.000 0.000
#> SRR1420320 4 0.4570 0.6292 0 0.000 0.348 0.632 0.020
#> SRR1081712 2 0.0162 0.8021 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1318241 4 0.5901 0.1393 0 0.076 0.456 0.460 0.008
#> SRR1333718 2 0.1197 0.8026 0 0.952 0.048 0.000 0.000
#> SRR1313514 2 0.0162 0.8021 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1477861 2 0.0162 0.8021 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1318005 2 0.0162 0.8021 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1354665 2 0.1851 0.7930 0 0.912 0.088 0.000 0.000
#> SRR657707 4 0.5637 0.3837 0 0.060 0.392 0.540 0.008
#> SRR1370742 3 0.5135 0.3293 0 0.064 0.660 0.272 0.004
#> SRR1412947 2 0.3689 0.6093 0 0.740 0.256 0.004 0.000
#> SRR661553 4 0.3659 0.6965 0 0.000 0.220 0.768 0.012
#> SRR1328869 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211 2 0.0162 0.8021 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1348181 3 0.4964 0.2483 0 0.460 0.516 0.020 0.004
#> SRR1416560 3 0.5178 0.3131 0 0.064 0.652 0.280 0.004
#> SRR1319772 3 0.5913 0.2371 0 0.112 0.524 0.364 0.000
#> SRR1091452 3 0.6898 0.5280 0 0.260 0.484 0.240 0.016
#> SRR1338812 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072 2 0.0162 0.8021 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR814844 5 0.0703 0.8512 0 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1376619 2 0.4235 0.2305 0 0.576 0.424 0.000 0.000
#> SRR603690 2 0.4666 0.2040 0 0.572 0.412 0.016 0.000
#> SRR2184980 2 0.1410 0.8024 0 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR613963 5 0.1041 0.8516 0 0.000 0.004 0.032 0.964
#> SRR1323422 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673 2 0.4744 0.2042 0 0.572 0.408 0.020 0.000
#> SRR1434650 2 0.0162 0.8021 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR659875 2 0.0162 0.8021 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1465734 3 0.5864 0.5928 0 0.320 0.560 0.120 0.000
#> SRR1076847 2 0.0162 0.8021 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1415072 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319 2 0.3003 0.7191 0 0.812 0.188 0.000 0.000
#> SRR663088 5 0.1043 0.8509 0 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1352021 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935 4 0.5189 0.5498 0 0.028 0.376 0.584 0.012
#> SRR1352530 2 0.4744 -0.0893 0 0.508 0.476 0.016 0.000
#> SRR662594 4 0.4040 0.6892 0 0.000 0.260 0.724 0.016
#> SRR1095309 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647 3 0.5015 0.4622 0 0.392 0.576 0.028 0.004
#> SRR813019 2 0.0771 0.8050 0 0.976 0.020 0.000 0.004
#> SRR1374647 2 0.1410 0.8025 0 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR603472 2 0.0162 0.8021 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR661529 4 0.4902 0.6720 0 0.000 0.304 0.648 0.048
#> SRR607018 2 0.2516 0.7626 0 0.860 0.140 0.000 0.000
#> SRR627423 3 0.4054 -0.2962 0 0.000 0.732 0.248 0.020
#> SRR654921 5 0.0703 0.8512 0 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1418968 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871 3 0.5213 0.3312 0 0.068 0.652 0.276 0.004
#> SRR1330522 3 0.5111 0.4227 0 0.408 0.552 0.040 0.000
#> SRR1499958 2 0.3210 0.6762 0 0.788 0.212 0.000 0.000
#> SRR614059 5 0.5813 0.6005 0 0.000 0.112 0.328 0.560
#> SRR1071403 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719 2 0.0162 0.8021 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1440421 2 0.0162 0.8021 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1310412 4 0.3934 0.6925 0 0.000 0.244 0.740 0.016
#> SRR614767 2 0.1544 0.8007 0 0.932 0.068 0.000 0.000
#> SRR820709 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093 2 0.2648 0.7539 0 0.848 0.152 0.000 0.000
#> SRR1088168 2 0.2516 0.7632 0 0.860 0.140 0.000 0.000
#> SRR1418707 2 0.0162 0.8021 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1354291 2 0.0162 0.8021 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2165806 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684 4 0.4323 0.6465 0 0.000 0.332 0.656 0.012
#> SRR1433860 2 0.3876 0.5272 0 0.684 0.316 0.000 0.000
#> SRR1311062 2 0.0162 0.8021 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1360359 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385 2 0.4746 -0.1100 0 0.504 0.480 0.016 0.000
#> SRR615407 2 0.0963 0.8054 0 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR1413892 2 0.2516 0.7626 0 0.860 0.140 0.000 0.000
#> SRR1443459 2 0.4366 0.4824 0 0.664 0.320 0.016 0.000
#> SRR1338942 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480 3 0.6275 0.6018 0 0.300 0.520 0.180 0.000
#> SRR1399433 3 0.6621 0.5163 0 0.248 0.492 0.256 0.004
#> SRR818537 2 0.0162 0.8021 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1101324 5 0.0703 0.8512 0 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR807637 4 0.2903 0.4719 0 0.000 0.048 0.872 0.080
#> SRR1091918 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300 4 0.6562 0.1473 0 0.000 0.244 0.472 0.284
#> SRR1085426 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.1544 0.8007 0 0.932 0.068 0.000 0.000
#> SRR813891 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431 2 0.4090 0.5825 0 0.716 0.268 0.016 0.000
#> SRR658742 5 0.3112 0.8279 0 0.000 0.044 0.100 0.856
#> SRR1419234 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813 2 0.1410 0.8024 0 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR603496 2 0.4497 0.4079 0 0.632 0.352 0.016 0.000
#> SRR1407758 2 0.4101 0.3958 0 0.628 0.372 0.000 0.000
#> SRR810945 2 0.2891 0.7226 0 0.824 0.176 0.000 0.000
#> SRR817234 2 0.0162 0.8021 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1444852 3 0.5111 0.4227 0 0.408 0.552 0.040 0.000
#> SRR660378 2 0.3928 0.5524 0 0.700 0.296 0.004 0.000
#> SRR1467835 2 0.1671 0.7987 0 0.924 0.076 0.000 0.000
#> SRR1338964 4 0.5899 0.1845 0 0.076 0.444 0.472 0.008
#> SRR1079259 4 0.5448 0.5050 0 0.044 0.340 0.600 0.016
#> SRR1072345 4 0.4134 0.6260 0 0.004 0.284 0.704 0.008
#> SRR598725 4 0.4965 0.5386 0 0.000 0.452 0.520 0.028
#> SRR1447938 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460 4 0.4804 0.6450 0 0.000 0.328 0.636 0.036
#> SRR1429468 2 0.0162 0.8021 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1446850 2 0.1410 0.8025 0 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR1320363 3 0.5630 0.5852 0 0.324 0.580 0.096 0.000
#> SRR1413810 2 0.4074 0.4177 0 0.636 0.364 0.000 0.000
#> SRR598831 2 0.1671 0.7987 0 0.924 0.076 0.000 0.000
#> SRR1381865 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957 3 0.4755 0.1848 0 0.028 0.672 0.292 0.008
#> SRR1491332 2 0.2074 0.7861 0 0.896 0.104 0.000 0.000
#> SRR1099744 2 0.0404 0.8045 0 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1464618 4 0.5311 0.5361 0 0.036 0.368 0.584 0.012
#> SRR1414559 5 0.3779 0.8057 0 0.000 0.052 0.144 0.804
#> SRR1337540 5 0.1121 0.8495 0 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR1444283 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942 3 0.4844 -0.2791 0 0.012 0.564 0.416 0.008
#> SRR660295 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335 2 0.4101 0.3991 0 0.628 0.372 0.000 0.000
#> SRR1363742 2 0.2648 0.7539 0 0.848 0.152 0.000 0.000
#> SRR1345847 2 0.4309 0.5121 0 0.676 0.308 0.016 0.000
#> SRR614960 4 0.6578 0.1388 0 0.000 0.248 0.468 0.284
#> SRR819919 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330 2 0.0162 0.8021 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1327951 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266 2 0.4957 0.0287 0 0.528 0.444 0.028 0.000
#> SRR1338055 2 0.0162 0.8021 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1430157 2 0.1671 0.7987 0 0.924 0.076 0.000 0.000
#> SRR1320137 2 0.5236 -0.1647 0 0.492 0.464 0.044 0.000
#> SRR1093483 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913 3 0.4755 0.1770 0 0.032 0.664 0.300 0.004
#> SRR2170490 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845 3 0.4954 0.5126 0 0.352 0.616 0.020 0.012
#> SRR1436420 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060 2 0.0162 0.8021 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR662282 2 0.2648 0.7552 0 0.848 0.152 0.000 0.000
#> SRR1487089 5 0.5048 0.5892 0 0.000 0.040 0.380 0.580
#> SRR1075683 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880 3 0.4841 0.4703 0 0.376 0.600 0.016 0.008
#> SRR1453456 3 0.4907 0.1740 0 0.484 0.492 0.024 0.000
#> SRR1457895 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603 2 0.0162 0.8021 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR658633 2 0.0404 0.8045 0 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1388081 3 0.5037 0.5212 0 0.352 0.612 0.024 0.012
#> SRR813339 3 0.4865 0.2599 0 0.048 0.680 0.268 0.004
#> SRR809725 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441 2 0.0162 0.8021 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR613603 4 0.3055 0.6711 0 0.000 0.144 0.840 0.016
#> SRR1096571 2 0.1121 0.8021 0 0.956 0.044 0.000 0.000
#> SRR1392701 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693 3 0.5650 0.2663 0 0.460 0.464 0.076 0.000
#> SRR660697 3 0.5856 -0.2430 0 0.072 0.460 0.460 0.008
#> SRR1489926 3 0.5106 0.2854 0 0.456 0.508 0.036 0.000
#> SRR811491 3 0.5135 0.3293 0 0.064 0.660 0.272 0.004
#> SRR1311644 5 0.0703 0.8512 0 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1451740 3 0.5752 0.5054 0 0.164 0.636 0.196 0.004
#> SRR615117 2 0.0162 0.8021 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1391748 5 0.5103 0.4637 0 0.000 0.036 0.452 0.512
#> SRR1466556 3 0.6050 0.3912 0 0.144 0.544 0.312 0.000
#> SRR614972 3 0.4755 0.1848 0 0.028 0.672 0.292 0.008
#> SRR1406200 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210 4 0.3690 0.6960 0 0.000 0.224 0.764 0.012
#> SRR662174 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236 4 0.3690 0.6962 0 0.000 0.224 0.764 0.012
#> SRR1312598 2 0.1410 0.8024 0 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR1330129 2 0.0162 0.8021 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1357781 2 0.0162 0.8021 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1315517 2 0.0162 0.8021 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1400032 3 0.5752 0.5054 0 0.164 0.636 0.196 0.004
#> SRR1413722 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827 3 0.5225 0.3086 0 0.072 0.656 0.268 0.004
#> SRR814794 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509 4 0.2511 0.6065 0 0.000 0.080 0.892 0.028
#> SRR808728 2 0.2605 0.7570 0 0.852 0.148 0.000 0.000
#> SRR1070813 2 0.0324 0.8027 0 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1389133 4 0.6562 0.1473 0 0.000 0.244 0.472 0.284
#> SRR601263 4 0.5770 0.3179 0 0.068 0.408 0.516 0.008
#> SRR604718 4 0.3720 0.6950 0 0.000 0.228 0.760 0.012
#> SRR1481351 2 0.4497 0.4079 0 0.632 0.352 0.016 0.000
#> SRR1334608 2 0.2648 0.7524 0 0.848 0.152 0.000 0.000
#> SRR658681 2 0.1851 0.7946 0 0.912 0.088 0.000 0.000
#> SRR809283 4 0.5157 -0.3666 0 0.000 0.040 0.520 0.440
#> SRR1459300 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547 2 0.1341 0.8027 0 0.944 0.056 0.000 0.000
#> SRR811049 4 0.4240 0.6108 0 0.004 0.304 0.684 0.008
#> SRR1464835 5 0.5048 0.5892 0 0.000 0.040 0.380 0.580
#> SRR1339619 2 0.4329 0.4960 0 0.672 0.312 0.016 0.000
#> SRR658501 3 0.5626 0.4544 0 0.124 0.640 0.232 0.004
#> SRR1447523 4 0.4181 0.6904 0 0.000 0.268 0.712 0.020
#> SRR1415048 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348 2 0.5351 -0.1884 0 0.484 0.464 0.052 0.000
#> SRR603890 2 0.0162 0.8021 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR810595 2 0.4897 -0.0422 0 0.516 0.460 0.024 0.000
#> SRR1446244 2 0.5351 -0.1884 0 0.484 0.464 0.052 0.000
#> SRR817373 3 0.6545 0.3518 0 0.184 0.476 0.336 0.004
#> SRR1457291 2 0.2074 0.7857 0 0.896 0.104 0.000 0.000
#> SRR598220 3 0.6399 0.5690 0 0.308 0.496 0.196 0.000
#> SRR1477991 2 0.1410 0.8024 0 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR598172 2 0.0162 0.8021 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1349032 4 0.6264 0.3068 0 0.096 0.328 0.552 0.024
#> SRR604002 2 0.0162 0.8021 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1378026 2 0.4907 -0.1531 0 0.492 0.484 0.024 0.000
#> SRR1404401 2 0.0162 0.8021 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1333240 2 0.0162 0.8021 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1089399 2 0.0162 0.8021 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR603421 2 0.0162 0.8021 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR812562 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520 2 0.2471 0.7660 0 0.864 0.136 0.000 0.000
#> SRR811839 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317 2 0.0162 0.8021 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1436763 4 0.5157 -0.3666 0 0.000 0.040 0.520 0.440
#> SRR1486021 2 0.2074 0.7857 0 0.896 0.104 0.000 0.000
#> SRR1465018 2 0.0162 0.8021 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1080998 4 0.5899 0.1845 0 0.076 0.444 0.472 0.008
#> SRR1083432 2 0.4744 0.2042 0 0.572 0.408 0.020 0.000
#> SRR1082833 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536 3 0.5440 0.3995 0 0.096 0.648 0.252 0.004
#> SRR614011 2 0.4384 0.4732 0 0.660 0.324 0.016 0.000
#> SRR1365873 2 0.1410 0.8025 0 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR1498789 2 0.1544 0.8007 0 0.932 0.068 0.000 0.000
#> SRR601581 4 0.5311 0.5361 0 0.036 0.368 0.584 0.012
#> SRR603566 2 0.1197 0.8026 0 0.952 0.048 0.000 0.000
#> SRR1373981 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410 2 0.1410 0.8024 0 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR1076511 5 0.1043 0.8509 0 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR614143 3 0.5613 0.5746 0 0.332 0.576 0.092 0.000
#> SRR1333570 4 0.4878 0.5609 0 0.000 0.440 0.536 0.024
#> SRR1366813 2 0.1410 0.8036 0 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR1388746 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558 4 0.6578 0.1388 0 0.000 0.248 0.468 0.284
#> SRR1409510 2 0.4658 -0.0725 0 0.504 0.484 0.012 0.000
#> SRR816250 2 0.1544 0.8007 0 0.932 0.068 0.000 0.000
#> SRR614131 3 0.4978 0.5402 0 0.336 0.628 0.024 0.012
#> SRR1331130 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015 3 0.5661 0.4757 0 0.144 0.644 0.208 0.004
#> SRR1470798 2 0.4235 0.2313 0 0.576 0.424 0.000 0.000
#> SRR614179 2 0.0162 0.8021 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1474863 2 0.0162 0.8032 0 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR813560 2 0.1671 0.7987 0 0.924 0.076 0.000 0.000
#> SRR1312187 4 0.3099 0.6546 0 0.000 0.124 0.848 0.028
#> SRR1420960 2 0.4182 0.3134 0 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR1355102 3 0.4910 0.2521 0 0.048 0.672 0.276 0.004
#> SRR1084577 2 0.4138 0.3609 0 0.616 0.384 0.000 0.000
#> SRR659971 2 0.3424 0.6374 0 0.760 0.240 0.000 0.000
#> SRR1350855 5 0.5103 0.4637 0 0.000 0.036 0.452 0.512
#> SRR820779 3 0.5015 0.4622 0 0.392 0.576 0.028 0.004
#> SRR1476300 3 0.4755 0.1848 0 0.028 0.672 0.292 0.008
#> SRR1090907 4 0.3146 0.6525 0 0.000 0.128 0.844 0.028
#> SRR662294 2 0.0162 0.8021 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1480789 2 0.0162 0.8021 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1336263 4 0.5784 0.4039 0 0.000 0.144 0.604 0.252
#> SRR660776 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508 2 0.0771 0.8049 0 0.976 0.020 0.000 0.004
#> SRR615563 4 0.4284 0.1689 0 0.000 0.040 0.736 0.224
#> SRR1101175 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650 2 0.1197 0.8026 0 0.952 0.048 0.000 0.000
#> SRR1431205 2 0.0162 0.8021 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1339856 4 0.5473 0.4848 0 0.048 0.396 0.548 0.008
#> SRR1352147 2 0.4746 0.3089 0 0.600 0.376 0.024 0.000
#> SRR808968 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419 2 0.0162 0.8021 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1402391 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609 2 0.1270 0.8017 0 0.948 0.052 0.000 0.000
#> SRR2167857 2 0.0162 0.8021 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1398752 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437 2 0.1270 0.8036 0 0.948 0.052 0.000 0.000
#> SRR1416955 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064 2 0.5238 -0.1954 0 0.484 0.472 0.044 0.000
#> SRR659001 4 0.3146 0.4488 0 0.000 0.052 0.856 0.092
#> SRR2170696 4 0.4096 0.2412 0 0.000 0.040 0.760 0.200
#> SRR816589 2 0.4726 0.2360 0 0.580 0.400 0.020 0.000
#> SRR1087487 2 0.3177 0.6983 0 0.792 0.208 0.000 0.000
#> SRR1329485 3 0.4656 0.1953 0 0.480 0.508 0.012 0.000
#> SRR816920 4 0.3116 0.6052 0 0.000 0.076 0.860 0.064
#> SRR1341432 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590 5 0.2900 0.8373 0 0.000 0.028 0.108 0.864
#> SRR817046 3 0.5111 0.4227 0 0.408 0.552 0.040 0.000
#> SRR1471331 2 0.4161 0.3395 0 0.608 0.392 0.000 0.000
#> SRR660788 4 0.4254 0.1737 0 0.000 0.040 0.740 0.220
#> SRR819234 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853 2 0.0162 0.8021 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR809427 4 0.2511 0.5504 0 0.000 0.080 0.892 0.028
#> SRR2170217 4 0.5157 -0.3666 0 0.000 0.040 0.520 0.440
#> SRR1386967 2 0.4150 0.3515 0 0.612 0.388 0.000 0.000
#> SRR1420344 2 0.3210 0.6762 0 0.788 0.212 0.000 0.000
#> SRR1334535 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503 4 0.2773 0.6559 0 0.000 0.112 0.868 0.020
#> SRR602564 4 0.5760 0.2775 0 0.064 0.456 0.472 0.008
#> SRR1420669 4 0.4210 0.6923 0 0.000 0.224 0.740 0.036
#> SRR819024 3 0.4755 0.1848 0 0.028 0.672 0.292 0.008
#> SRR656223 2 0.1270 0.8017 0 0.948 0.052 0.000 0.000
#> SRR608428 2 0.1732 0.7960 0 0.920 0.080 0.000 0.000
#> SRR1345647 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324 2 0.0162 0.8021 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1361368 3 0.6292 0.4602 0 0.400 0.448 0.152 0.000
#> SRR1322619 2 0.1410 0.8024 0 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR1349276 4 0.5784 0.4039 0 0.000 0.144 0.604 0.252
#> SRR1404024 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637 2 0.1671 0.7987 0 0.924 0.076 0.000 0.000
#> SRR1452631 5 0.2597 0.8415 0 0.000 0.024 0.092 0.884
#> SRR608392 2 0.1270 0.8017 0 0.948 0.052 0.000 0.000
#> SRR1357757 4 0.5626 0.3352 0 0.076 0.420 0.504 0.000
#> SRR1074646 4 0.3192 0.4857 0 0.000 0.040 0.848 0.112
#> SRR1367499 2 0.4744 0.2042 0 0.572 0.408 0.020 0.000
#> SRR1343501 2 0.2561 0.7603 0 0.856 0.144 0.000 0.000
#> SRR1394406 4 0.3934 0.6925 0 0.000 0.244 0.740 0.016
#> SRR1381435 2 0.2074 0.7861 0 0.896 0.104 0.000 0.000
#> SRR1467407 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422 2 0.0162 0.8021 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1380270 2 0.0162 0.8021 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1091817 2 0.0404 0.8045 0 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1440137 2 0.1671 0.7998 0 0.924 0.076 0.000 0.000
#> SRR614311 4 0.6174 0.3322 0 0.088 0.328 0.560 0.024
#> SRR1407516 4 0.5098 0.5019 0 0.028 0.380 0.584 0.008
#> SRR815494 3 0.5097 0.4437 0 0.396 0.568 0.032 0.004
#> SRR1333209 4 0.5189 0.5498 0 0.028 0.376 0.584 0.012
#> SRR615177 4 0.5157 -0.3666 0 0.000 0.040 0.520 0.440
#> SRR1099648 2 0.1341 0.8026 0 0.944 0.056 0.000 0.000
#> SRR659720 3 0.6224 0.5473 0 0.220 0.548 0.232 0.000
#> SRR2185057 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468 5 0.1043 0.8509 0 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR660042 5 0.4662 0.7650 0 0.000 0.096 0.168 0.736
#> SRR2170864 2 0.1851 0.7930 0 0.912 0.088 0.000 0.000
#> SRR1440491 3 0.6278 -0.0876 0 0.096 0.472 0.416 0.016
#> SRR1440852 3 0.4907 0.1740 0 0.484 0.492 0.024 0.000
#> SRR811169 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311 4 0.5189 0.5498 0 0.028 0.376 0.584 0.012
#> SRR818009 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836 2 0.0162 0.8021 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1498313 2 0.0162 0.8021 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1441975 2 0.0000 0.8026 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819096 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679 2 0.4768 0.2822 0 0.592 0.384 0.024 0.000
#> SRR1489116 2 0.1965 0.7908 0 0.904 0.096 0.000 0.000
#> SRR1354138 2 0.4150 0.3529 0 0.612 0.388 0.000 0.000
#> SRR1490589 4 0.4181 0.6904 0 0.000 0.268 0.712 0.020
#> SRR1412987 5 0.0703 0.8512 0 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR602034 3 0.4940 0.3341 0 0.436 0.540 0.020 0.004
#> SRR1353437 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871 3 0.6224 0.5473 0 0.220 0.548 0.232 0.000
#> SRR661577 4 0.3016 0.6663 0 0.000 0.132 0.848 0.020
#> SRR612190 4 0.4734 0.6436 0 0.008 0.344 0.632 0.016
#> SRR1399880 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787 4 0.3099 0.6546 0 0.000 0.124 0.848 0.028
#> SRR657869 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141 2 0.4182 0.3134 0 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR1476697 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538 4 0.4582 0.5856 0 0.000 0.416 0.572 0.012
#> SRR1331422 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859 4 0.3934 0.6925 0 0.000 0.244 0.740 0.016
#> SRR1097594 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419 2 0.4074 0.4177 0 0.636 0.364 0.000 0.000
#> SRR1336706 2 0.1197 0.8009 0 0.952 0.048 0.000 0.000
#> SRR1472976 4 0.3690 0.6960 0 0.000 0.224 0.764 0.012
#> SRR1321307 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461 2 0.4744 0.2042 0 0.572 0.408 0.020 0.000
#> SRR1477149 2 0.0162 0.8021 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1457397 2 0.0162 0.8021 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR661913 4 0.4965 0.5386 0 0.000 0.452 0.520 0.028
#> SRR1069024 2 0.0162 0.8021 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2165634 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722 3 0.5579 0.6131 0 0.300 0.600 0.100 0.000
#> SRR1328642 2 0.0162 0.8021 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1488261 5 0.5813 0.6005 0 0.000 0.112 0.328 0.560
#> SRR1318815 5 0.1774 0.8504 0 0.000 0.016 0.052 0.932
#> SRR816945 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432 5 0.1121 0.8495 0 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR1359280 2 0.0162 0.8021 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1313910 2 0.4309 0.5121 0 0.676 0.308 0.016 0.000
#> SRR1457315 4 0.3942 0.6867 0 0.000 0.260 0.728 0.012
#> SRR815398 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958 3 0.4890 0.2941 0 0.452 0.524 0.024 0.000
#> SRR600688 4 0.5750 0.3230 0 0.056 0.448 0.484 0.012
#> SRR1098952 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916 3 0.4656 0.1953 0 0.480 0.508 0.012 0.000
#> SRR614167 3 0.4755 0.1770 0 0.032 0.664 0.300 0.004
#> SRR1348114 2 0.5605 -0.2643 0 0.464 0.464 0.072 0.000
#> SRR658033 2 0.4666 0.2040 0 0.572 0.412 0.016 0.000
#> SRR1077503 2 0.4497 0.4079 0 0.632 0.352 0.016 0.000
#> SRR661854 3 0.5681 0.6165 0 0.276 0.604 0.120 0.000
#> SRR811379 4 0.4402 0.6307 0 0.000 0.352 0.636 0.012
#> SRR1318857 2 0.2377 0.7692 0 0.872 0.128 0.000 0.000
#> SRR656445 2 0.2561 0.7603 0 0.856 0.144 0.000 0.000
#> SRR1433044 2 0.0162 0.8021 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1486391 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071 4 0.6578 0.1388 0 0.000 0.248 0.468 0.284
#> SRR1364824 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745 2 0.0162 0.8021 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR601038 2 0.0162 0.8021 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1360080 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868 4 0.3055 0.6723 0 0.000 0.144 0.840 0.016
#> SRR1485997 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560 4 0.3116 0.6052 0 0.000 0.076 0.860 0.064
#> SRR1333330 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513 4 0.3321 0.6617 0 0.000 0.136 0.832 0.032
#> SRR1328407 2 0.0865 0.8053 0 0.972 0.024 0.000 0.004
#> SRR602784 2 0.1197 0.8026 0 0.952 0.048 0.000 0.000
#> SRR1348468 5 0.2597 0.8415 0 0.000 0.024 0.092 0.884
#> SRR663717 4 0.4466 0.6526 0 0.008 0.256 0.712 0.024
#> SRR602217 2 0.1410 0.8025 0 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR603140 4 0.5770 0.3179 0 0.068 0.408 0.516 0.008
#> SRR1340804 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574 3 0.5137 0.3818 0 0.424 0.536 0.040 0.000
#> SRR1333462 2 0.0162 0.8021 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1094601 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610 4 0.2388 0.5920 0 0.000 0.072 0.900 0.028
#> SRR1435833 4 0.4540 0.6387 0 0.000 0.340 0.640 0.020
#> SRR1398728 2 0.4366 0.4824 0 0.664 0.320 0.016 0.000
#> SRR1358343 5 0.0703 0.8512 0 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1410890 2 0.4090 0.5825 0 0.716 0.268 0.016 0.000
#> SRR1350371 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478 2 0.1671 0.7987 0 0.924 0.076 0.000 0.000
#> SRR1099260 2 0.2516 0.7626 0 0.860 0.140 0.000 0.000
#> SRR1433576 3 0.4920 0.4137 0 0.408 0.568 0.016 0.008
#> SRR1345541 4 0.5568 0.6646 0 0.000 0.308 0.596 0.096
#> SRR1086328 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391 3 0.4715 0.1996 0 0.032 0.672 0.292 0.004
#> SRR1476207 4 0.5645 0.3456 0 0.060 0.396 0.536 0.008
#> SRR627435 3 0.4629 0.4919 0 0.204 0.740 0.036 0.020
#> SRR1489862 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191 3 0.4755 0.1848 0 0.028 0.672 0.292 0.008
#> SRR1490115 3 0.5257 0.3610 0 0.076 0.656 0.264 0.004
#> SRR1377714 3 0.6080 0.4833 0 0.168 0.560 0.272 0.000
#> SRR819394 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161 5 0.3995 0.7957 0 0.000 0.060 0.152 0.788
#> SRR607042 2 0.0162 0.8021 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR656203 3 0.6399 0.5690 0 0.308 0.496 0.196 0.000
#> SRR660602 2 0.2891 0.7295 0 0.824 0.176 0.000 0.000
#> SRR1440397 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249 2 0.2377 0.7692 0 0.872 0.128 0.000 0.000
#> SRR661242 3 0.5037 0.5212 0 0.352 0.612 0.024 0.012
#> SRR1332007 2 0.0671 0.8034 0 0.980 0.016 0.000 0.004
#> SRR809619 2 0.4950 0.3480 0 0.612 0.348 0.040 0.000
#> SRR819975 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281 2 0.0000 0.8026 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662366 3 0.4735 0.1939 0 0.032 0.668 0.296 0.004
#> SRR1317898 3 0.5135 0.3293 0 0.064 0.660 0.272 0.004
#> SRR1382485 4 0.5199 0.5435 0 0.028 0.380 0.580 0.012
#> SRR2166420 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541 3 0.5125 0.4019 0 0.416 0.544 0.040 0.000
#> SRR817444 2 0.2605 0.7570 0 0.852 0.148 0.000 0.000
#> SRR1320403 2 0.0162 0.8021 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1101483 2 0.4384 0.4732 0 0.660 0.324 0.016 0.000
#> SRR1331684 3 0.5046 0.2336 0 0.468 0.500 0.032 0.000
#> SRR1400054 5 0.5524 0.5262 0 0.000 0.068 0.416 0.516
#> SRR1406088 2 0.4366 0.4824 0 0.664 0.320 0.016 0.000
#> SRR820733 4 0.3242 0.4826 0 0.000 0.040 0.844 0.116
#> SRR1314113 5 0.0703 0.8512 0 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1382615 2 0.1270 0.8017 0 0.948 0.052 0.000 0.000
#> SRR1480745 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850 2 0.1608 0.7994 0 0.928 0.072 0.000 0.000
#> SRR656782 3 0.5913 0.2371 0 0.112 0.524 0.364 0.000
#> SRR821364 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295 2 0.0162 0.8021 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1357103 2 0.0162 0.8021 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR809185 3 0.6719 0.5836 0 0.300 0.504 0.180 0.016
#> SRR811583 4 0.4067 0.6714 0 0.000 0.300 0.692 0.008
#> SRR1468050 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224 2 0.1544 0.8007 0 0.932 0.068 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1500170 2 0.0000 0.82881 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402368 4 0.2948 0.49564 0 0.000 0.060 0.848 0.092 0.000
#> SRR607743 3 0.4093 0.26534 0 0.008 0.656 0.324 0.012 0.000
#> SRR1457375 2 0.1007 0.82655 0 0.956 0.044 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470923 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785 3 0.4517 -0.14978 0 0.000 0.524 0.444 0.032 0.000
#> SRR814768 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031 3 0.3492 0.66383 0 0.176 0.788 0.032 0.004 0.000
#> SRR1363611 3 0.4737 0.46147 0 0.068 0.672 0.248 0.012 0.000
#> SRR1468447 2 0.0000 0.82881 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071931 3 0.4942 0.23937 0 0.028 0.612 0.324 0.036 0.000
#> SRR810981 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299 2 0.0146 0.82887 0 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR663585 3 0.3490 0.54408 0 0.268 0.724 0.000 0.008 0.000
#> SRR1326773 2 0.4222 0.25080 0 0.516 0.472 0.008 0.004 0.000
#> SRR1351166 2 0.3175 0.71421 0 0.744 0.256 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477452 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720 3 0.3323 0.58542 0 0.240 0.752 0.000 0.008 0.000
#> SRR1420320 4 0.4008 0.54475 0 0.000 0.196 0.740 0.064 0.000
#> SRR1081712 2 0.0000 0.82881 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318241 4 0.4372 0.36942 0 0.000 0.432 0.544 0.024 0.000
#> SRR1333718 2 0.2772 0.77404 0 0.816 0.180 0.000 0.004 0.000
#> SRR1313514 2 0.0000 0.82881 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477861 2 0.0000 0.82881 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318005 2 0.0000 0.82881 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354665 2 0.3515 0.62007 0 0.676 0.324 0.000 0.000 0.000
#> SRR657707 4 0.4155 0.46863 0 0.000 0.364 0.616 0.020 0.000
#> SRR1370742 3 0.5399 -0.00263 0 0.000 0.528 0.344 0.128 0.000
#> SRR1412947 3 0.3823 0.13349 0 0.436 0.564 0.000 0.000 0.000
#> SRR661553 4 0.3112 0.52063 0 0.000 0.096 0.836 0.068 0.000
#> SRR1328869 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211 2 0.0000 0.82881 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348181 3 0.4052 0.65376 0 0.132 0.776 0.016 0.076 0.000
#> SRR1416560 3 0.5418 -0.02534 0 0.000 0.520 0.352 0.128 0.000
#> SRR1319772 3 0.4571 -0.08722 0 0.004 0.536 0.432 0.028 0.000
#> SRR1091452 3 0.5048 0.30455 0 0.032 0.632 0.288 0.048 0.000
#> SRR1338812 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072 2 0.0000 0.82881 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814844 6 0.0000 0.76154 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1376619 3 0.3281 0.63140 0 0.200 0.784 0.004 0.012 0.000
#> SRR603690 3 0.3571 0.62842 0 0.216 0.760 0.020 0.004 0.000
#> SRR2184980 2 0.2664 0.77224 0 0.816 0.184 0.000 0.000 0.000
#> SRR613963 6 0.0363 0.76005 0 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1323422 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673 3 0.3516 0.62164 0 0.220 0.760 0.016 0.004 0.000
#> SRR1434650 2 0.0000 0.82881 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659875 2 0.0146 0.82913 0 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465734 3 0.3756 0.55698 0 0.052 0.784 0.156 0.008 0.000
#> SRR1076847 2 0.0000 0.82881 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415072 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319 2 0.3955 0.36092 0 0.560 0.436 0.000 0.004 0.000
#> SRR663088 6 0.2555 0.72712 0 0.000 0.020 0.008 0.096 0.876
#> SRR1352021 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935 4 0.4190 0.53068 0 0.000 0.260 0.692 0.048 0.000
#> SRR1352530 3 0.3367 0.67112 0 0.164 0.804 0.020 0.012 0.000
#> SRR662594 4 0.3745 0.46679 0 0.000 0.100 0.784 0.116 0.000
#> SRR1095309 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647 3 0.3191 0.63371 0 0.076 0.852 0.036 0.036 0.000
#> SRR813019 2 0.2003 0.80968 0 0.884 0.116 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374647 2 0.2416 0.78780 0 0.844 0.156 0.000 0.000 0.000
#> SRR603472 2 0.0000 0.82881 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661529 4 0.5118 0.43853 0 0.000 0.132 0.692 0.140 0.036
#> SRR607018 2 0.3795 0.53402 0 0.632 0.364 0.000 0.004 0.000
#> SRR627423 5 0.5032 0.33011 0 0.000 0.196 0.164 0.640 0.000
#> SRR654921 6 0.0000 0.76154 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418968 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871 3 0.5399 -0.00592 0 0.000 0.528 0.344 0.128 0.000
#> SRR1330522 3 0.2787 0.63956 0 0.072 0.872 0.044 0.012 0.000
#> SRR1499958 3 0.3860 -0.01632 0 0.472 0.528 0.000 0.000 0.000
#> SRR614059 6 0.5654 0.27164 0 0.000 0.008 0.144 0.308 0.540
#> SRR1071403 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719 2 0.0000 0.82881 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440421 2 0.0000 0.82881 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310412 4 0.3563 0.46825 0 0.000 0.092 0.800 0.108 0.000
#> SRR614767 2 0.3101 0.72737 0 0.756 0.244 0.000 0.000 0.000
#> SRR820709 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093 2 0.3944 0.39978 0 0.568 0.428 0.000 0.004 0.000
#> SRR1088168 2 0.3907 0.44889 0 0.588 0.408 0.000 0.004 0.000
#> SRR1418707 2 0.0000 0.82881 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354291 2 0.0000 0.82881 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2165806 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684 4 0.4062 0.53622 0 0.000 0.176 0.744 0.080 0.000
#> SRR1433860 3 0.3830 0.31539 0 0.376 0.620 0.000 0.004 0.000
#> SRR1311062 2 0.0000 0.82881 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360359 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385 3 0.3331 0.67093 0 0.160 0.808 0.020 0.012 0.000
#> SRR615407 2 0.1863 0.81121 0 0.896 0.104 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413892 2 0.3795 0.53402 0 0.632 0.364 0.000 0.004 0.000
#> SRR1443459 3 0.3954 0.49277 0 0.296 0.684 0.016 0.004 0.000
#> SRR1338942 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480 3 0.4436 0.50820 0 0.060 0.712 0.216 0.012 0.000
#> SRR1399433 3 0.4321 0.30900 0 0.020 0.652 0.316 0.012 0.000
#> SRR818537 2 0.0000 0.82881 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101324 6 0.0000 0.76154 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR807637 4 0.3710 0.18829 0 0.000 0.020 0.776 0.184 0.020
#> SRR1091918 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300 5 0.6859 0.83717 0 0.000 0.048 0.340 0.356 0.256
#> SRR1085426 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.2562 0.77884 0 0.828 0.172 0.000 0.000 0.000
#> SRR813891 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431 3 0.4171 0.28286 0 0.380 0.604 0.012 0.004 0.000
#> SRR658742 6 0.2500 0.72214 0 0.000 0.004 0.012 0.116 0.868
#> SRR1419234 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813 2 0.2664 0.77224 0 0.816 0.184 0.000 0.000 0.000
#> SRR603496 3 0.3748 0.49733 0 0.300 0.688 0.012 0.000 0.000
#> SRR1407758 3 0.3421 0.56177 0 0.256 0.736 0.000 0.008 0.000
#> SRR810945 2 0.3838 0.30510 0 0.552 0.448 0.000 0.000 0.000
#> SRR817234 2 0.0000 0.82881 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444852 3 0.2787 0.63956 0 0.072 0.872 0.044 0.012 0.000
#> SRR660378 3 0.3864 0.39555 0 0.344 0.648 0.004 0.004 0.000
#> SRR1467835 2 0.3175 0.71421 0 0.744 0.256 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338964 4 0.4294 0.38981 0 0.000 0.428 0.552 0.020 0.000
#> SRR1079259 4 0.3835 0.50293 0 0.000 0.300 0.684 0.016 0.000
#> SRR1072345 4 0.3837 0.52605 0 0.000 0.196 0.752 0.052 0.000
#> SRR598725 4 0.5713 0.05582 0 0.000 0.152 0.496 0.348 0.004
#> SRR1447938 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460 4 0.4402 0.54368 0 0.000 0.184 0.732 0.068 0.016
#> SRR1429468 2 0.0000 0.82881 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446850 2 0.2416 0.78780 0 0.844 0.156 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320363 3 0.3675 0.57297 0 0.052 0.804 0.128 0.016 0.000
#> SRR1413810 3 0.3534 0.53186 0 0.276 0.716 0.000 0.008 0.000
#> SRR598831 2 0.3175 0.71421 0 0.744 0.256 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381865 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957 3 0.5719 -0.15377 0 0.000 0.460 0.372 0.168 0.000
#> SRR1491332 2 0.3383 0.69428 0 0.728 0.268 0.000 0.004 0.000
#> SRR1099744 2 0.1327 0.82344 0 0.936 0.064 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464618 4 0.4191 0.52478 0 0.000 0.284 0.676 0.040 0.000
#> SRR1414559 6 0.3242 0.69141 0 0.000 0.004 0.032 0.148 0.816
#> SRR1337540 6 0.2604 0.72568 0 0.000 0.020 0.008 0.100 0.872
#> SRR1444283 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942 4 0.5728 0.30172 0 0.000 0.336 0.484 0.180 0.000
#> SRR660295 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335 3 0.3490 0.54408 0 0.268 0.724 0.000 0.008 0.000
#> SRR1363742 2 0.3944 0.39978 0 0.568 0.428 0.000 0.004 0.000
#> SRR1345847 3 0.4210 0.41848 0 0.332 0.644 0.016 0.008 0.000
#> SRR614960 5 0.6858 0.83926 0 0.000 0.048 0.336 0.360 0.256
#> SRR819919 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330 2 0.0000 0.82881 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327951 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266 3 0.3499 0.66493 0 0.164 0.796 0.032 0.008 0.000
#> SRR1338055 2 0.0363 0.82929 0 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430157 2 0.3175 0.71421 0 0.744 0.256 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320137 3 0.3728 0.66374 0 0.152 0.784 0.060 0.004 0.000
#> SRR1093483 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913 3 0.5724 -0.16975 0 0.000 0.456 0.376 0.168 0.000
#> SRR2170490 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845 3 0.3779 0.57863 0 0.056 0.800 0.020 0.124 0.000
#> SRR1436420 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060 2 0.0000 0.82881 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662282 2 0.3841 0.49959 0 0.616 0.380 0.000 0.004 0.000
#> SRR1487089 6 0.5466 0.20191 0 0.000 0.000 0.280 0.164 0.556
#> SRR1075683 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880 3 0.3794 0.60911 0 0.076 0.804 0.020 0.100 0.000
#> SRR1453456 3 0.2740 0.66311 0 0.120 0.852 0.028 0.000 0.000
#> SRR1457895 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603 2 0.0000 0.82881 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658633 2 0.1141 0.82548 0 0.948 0.052 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388081 3 0.3730 0.58587 0 0.052 0.812 0.032 0.104 0.000
#> SRR813339 3 0.5624 -0.10235 0 0.000 0.488 0.356 0.156 0.000
#> SRR809725 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441 2 0.0000 0.82881 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613603 4 0.2629 0.46002 0 0.000 0.040 0.868 0.092 0.000
#> SRR1096571 2 0.2558 0.78262 0 0.840 0.156 0.000 0.004 0.000
#> SRR1392701 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693 3 0.4125 0.64396 0 0.140 0.756 0.100 0.004 0.000
#> SRR660697 4 0.4766 0.43490 0 0.004 0.400 0.552 0.044 0.000
#> SRR1489926 3 0.2842 0.65828 0 0.104 0.852 0.044 0.000 0.000
#> SRR811491 3 0.5399 -0.00263 0 0.000 0.528 0.344 0.128 0.000
#> SRR1311644 6 0.0000 0.76154 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1451740 3 0.5836 0.23262 0 0.028 0.564 0.276 0.132 0.000
#> SRR615117 2 0.0000 0.82881 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391748 6 0.5649 -0.04127 0 0.000 0.000 0.356 0.160 0.484
#> SRR1466556 3 0.4591 0.10845 0 0.012 0.588 0.376 0.024 0.000
#> SRR614972 3 0.5719 -0.15377 0 0.000 0.460 0.372 0.168 0.000
#> SRR1406200 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210 4 0.3150 0.52848 0 0.000 0.104 0.832 0.064 0.000
#> SRR662174 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236 4 0.3159 0.52479 0 0.000 0.100 0.832 0.068 0.000
#> SRR1312598 2 0.2664 0.77224 0 0.816 0.184 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330129 2 0.0000 0.82881 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357781 2 0.0000 0.82881 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315517 2 0.0000 0.82881 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400032 3 0.5836 0.23262 0 0.028 0.564 0.276 0.132 0.000
#> SRR1413722 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827 3 0.5677 -0.05009 0 0.004 0.504 0.344 0.148 0.000
#> SRR814794 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509 4 0.2605 0.41089 0 0.000 0.028 0.864 0.108 0.000
#> SRR808728 2 0.3930 0.42204 0 0.576 0.420 0.000 0.004 0.000
#> SRR1070813 2 0.1075 0.82485 0 0.952 0.048 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389133 5 0.6859 0.83717 0 0.000 0.048 0.340 0.356 0.256
#> SRR601263 4 0.4353 0.44542 0 0.000 0.384 0.588 0.028 0.000
#> SRR604718 4 0.3196 0.53161 0 0.000 0.108 0.828 0.064 0.000
#> SRR1481351 3 0.3748 0.49733 0 0.300 0.688 0.012 0.000 0.000
#> SRR1334608 2 0.3872 0.47287 0 0.604 0.392 0.000 0.004 0.000
#> SRR658681 2 0.3265 0.72000 0 0.748 0.248 0.000 0.004 0.000
#> SRR809283 4 0.5803 -0.44773 0 0.000 0.000 0.412 0.180 0.408
#> SRR1459300 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547 2 0.2933 0.76331 0 0.796 0.200 0.000 0.004 0.000
#> SRR811049 4 0.3892 0.52749 0 0.000 0.212 0.740 0.048 0.000
#> SRR1464835 6 0.5466 0.20191 0 0.000 0.000 0.280 0.164 0.556
#> SRR1339619 3 0.3990 0.47985 0 0.304 0.676 0.016 0.004 0.000
#> SRR658501 3 0.5515 0.16441 0 0.012 0.576 0.288 0.124 0.000
#> SRR1447523 4 0.3871 0.46201 0 0.000 0.084 0.768 0.148 0.000
#> SRR1415048 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348 3 0.3875 0.65741 0 0.144 0.780 0.068 0.008 0.000
#> SRR603890 2 0.0000 0.82881 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810595 3 0.2945 0.66850 0 0.156 0.824 0.020 0.000 0.000
#> SRR1446244 3 0.3875 0.65741 0 0.144 0.780 0.068 0.008 0.000
#> SRR817373 3 0.4510 0.04907 0 0.016 0.564 0.408 0.012 0.000
#> SRR1457291 2 0.3634 0.56413 0 0.644 0.356 0.000 0.000 0.000
#> SRR598220 3 0.4707 0.44955 0 0.064 0.672 0.252 0.012 0.000
#> SRR1477991 2 0.2664 0.77224 0 0.816 0.184 0.000 0.000 0.000
#> SRR598172 2 0.0000 0.82881 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349032 4 0.4634 0.41822 0 0.008 0.352 0.604 0.036 0.000
#> SRR604002 2 0.0000 0.82881 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378026 3 0.2748 0.66514 0 0.128 0.848 0.024 0.000 0.000
#> SRR1404401 2 0.0000 0.82881 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333240 2 0.0363 0.82921 0 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1089399 2 0.0000 0.82881 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603421 2 0.0363 0.82929 0 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR812562 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520 2 0.3881 0.47333 0 0.600 0.396 0.000 0.004 0.000
#> SRR811839 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317 2 0.0000 0.82881 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436763 4 0.5803 -0.44773 0 0.000 0.000 0.412 0.180 0.408
#> SRR1486021 2 0.3634 0.56413 0 0.644 0.356 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465018 2 0.0363 0.82929 0 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1080998 4 0.4294 0.38981 0 0.000 0.428 0.552 0.020 0.000
#> SRR1083432 3 0.3516 0.62164 0 0.220 0.760 0.016 0.004 0.000
#> SRR1082833 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536 3 0.5466 0.07177 0 0.004 0.548 0.320 0.128 0.000
#> SRR614011 3 0.3935 0.50088 0 0.292 0.688 0.016 0.004 0.000
#> SRR1365873 2 0.2416 0.78780 0 0.844 0.156 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498789 2 0.3101 0.72737 0 0.756 0.244 0.000 0.000 0.000
#> SRR601581 4 0.4191 0.52478 0 0.000 0.284 0.676 0.040 0.000
#> SRR603566 2 0.2805 0.77244 0 0.812 0.184 0.000 0.004 0.000
#> SRR1373981 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410 2 0.2664 0.77304 0 0.816 0.184 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076511 6 0.2555 0.72712 0 0.000 0.020 0.008 0.096 0.876
#> SRR614143 3 0.3382 0.57896 0 0.048 0.820 0.124 0.008 0.000
#> SRR1333570 4 0.5635 0.13709 0 0.000 0.152 0.528 0.316 0.004
#> SRR1366813 2 0.2762 0.76894 0 0.804 0.196 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388746 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558 5 0.6858 0.83926 0 0.000 0.048 0.336 0.360 0.256
#> SRR1409510 3 0.3918 0.66595 0 0.160 0.776 0.016 0.048 0.000
#> SRR816250 2 0.3101 0.72737 0 0.756 0.244 0.000 0.000 0.000
#> SRR614131 3 0.3707 0.56489 0 0.044 0.808 0.028 0.120 0.000
#> SRR1331130 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015 3 0.5728 0.18251 0 0.016 0.560 0.280 0.144 0.000
#> SRR1470798 3 0.3390 0.63157 0 0.200 0.780 0.008 0.012 0.000
#> SRR614179 2 0.0000 0.82881 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474863 2 0.0865 0.82743 0 0.964 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR813560 2 0.3151 0.71794 0 0.748 0.252 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312187 4 0.2846 0.48433 0 0.000 0.060 0.856 0.084 0.000
#> SRR1420960 3 0.3302 0.60055 0 0.232 0.760 0.004 0.004 0.000
#> SRR1355102 3 0.5642 -0.09589 0 0.000 0.488 0.352 0.160 0.000
#> SRR1084577 3 0.3323 0.58542 0 0.240 0.752 0.000 0.008 0.000
#> SRR659971 3 0.3823 0.13918 0 0.436 0.564 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350855 6 0.5649 -0.04127 0 0.000 0.000 0.356 0.160 0.484
#> SRR820779 3 0.3191 0.63371 0 0.076 0.852 0.036 0.036 0.000
#> SRR1476300 3 0.5719 -0.15377 0 0.000 0.460 0.372 0.168 0.000
#> SRR1090907 4 0.2897 0.48064 0 0.000 0.060 0.852 0.088 0.000
#> SRR662294 2 0.0000 0.82881 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480789 2 0.0000 0.82881 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336263 4 0.6036 -0.14310 0 0.000 0.060 0.588 0.132 0.220
#> SRR660776 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508 2 0.1141 0.82369 0 0.948 0.052 0.000 0.000 0.000
#> SRR615563 4 0.5173 -0.24776 0 0.000 0.000 0.620 0.200 0.180
#> SRR1101175 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650 2 0.2772 0.77404 0 0.816 0.180 0.000 0.004 0.000
#> SRR1431205 2 0.0363 0.82929 0 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339856 4 0.4443 0.50715 0 0.000 0.300 0.648 0.052 0.000
#> SRR1352147 3 0.3956 0.58707 0 0.252 0.712 0.036 0.000 0.000
#> SRR808968 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419 2 0.0146 0.82887 0 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402391 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609 2 0.2964 0.75367 0 0.792 0.204 0.000 0.004 0.000
#> SRR2167857 2 0.0000 0.82881 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398752 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437 2 0.2300 0.79483 0 0.856 0.144 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416955 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064 3 0.3801 0.66365 0 0.148 0.784 0.060 0.008 0.000
#> SRR659001 4 0.3878 0.12609 0 0.000 0.004 0.764 0.176 0.056
#> SRR2170696 4 0.4915 -0.17743 0 0.000 0.000 0.656 0.188 0.156
#> SRR816589 3 0.3570 0.61339 0 0.228 0.752 0.016 0.004 0.000
#> SRR1087487 2 0.3986 0.27655 0 0.532 0.464 0.000 0.004 0.000
#> SRR1329485 3 0.2982 0.66500 0 0.124 0.844 0.016 0.016 0.000
#> SRR816920 4 0.2797 0.38848 0 0.000 0.016 0.872 0.076 0.036
#> SRR1341432 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590 6 0.2331 0.73719 0 0.000 0.000 0.032 0.080 0.888
#> SRR817046 3 0.2787 0.63956 0 0.072 0.872 0.044 0.012 0.000
#> SRR1471331 3 0.3245 0.59689 0 0.228 0.764 0.000 0.008 0.000
#> SRR660788 4 0.5170 -0.24462 0 0.000 0.000 0.620 0.204 0.176
#> SRR819234 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853 2 0.0000 0.82881 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809427 4 0.2778 0.30459 0 0.000 0.008 0.824 0.168 0.000
#> SRR2170217 4 0.5803 -0.44773 0 0.000 0.000 0.412 0.180 0.408
#> SRR1386967 3 0.3463 0.58859 0 0.240 0.748 0.004 0.008 0.000
#> SRR1420344 3 0.3860 -0.01632 0 0.472 0.528 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334535 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503 4 0.2350 0.46062 0 0.000 0.036 0.888 0.076 0.000
#> SRR602564 4 0.4602 0.45144 0 0.000 0.384 0.572 0.044 0.000
#> SRR1420669 4 0.4267 0.47487 0 0.000 0.104 0.760 0.120 0.016
#> SRR819024 3 0.5719 -0.15377 0 0.000 0.460 0.372 0.168 0.000
#> SRR656223 2 0.2964 0.75367 0 0.792 0.204 0.000 0.004 0.000
#> SRR608428 2 0.3175 0.70342 0 0.744 0.256 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345647 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324 2 0.0363 0.82921 0 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361368 3 0.5163 0.55310 0 0.136 0.652 0.200 0.012 0.000
#> SRR1322619 2 0.2664 0.77224 0 0.816 0.184 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349276 4 0.6036 -0.14310 0 0.000 0.060 0.588 0.132 0.220
#> SRR1404024 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637 2 0.3175 0.71421 0 0.744 0.256 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452631 6 0.2106 0.74334 0 0.000 0.000 0.032 0.064 0.904
#> SRR608392 2 0.2964 0.75367 0 0.792 0.204 0.000 0.004 0.000
#> SRR1357757 4 0.4682 0.40606 0 0.000 0.396 0.556 0.048 0.000
#> SRR1074646 4 0.3587 0.18502 0 0.000 0.000 0.792 0.140 0.068
#> SRR1367499 3 0.3516 0.62164 0 0.220 0.760 0.016 0.004 0.000
#> SRR1343501 2 0.3930 0.42135 0 0.576 0.420 0.000 0.004 0.000
#> SRR1394406 4 0.3563 0.46825 0 0.000 0.092 0.800 0.108 0.000
#> SRR1381435 2 0.3383 0.69428 0 0.728 0.268 0.000 0.004 0.000
#> SRR1467407 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422 2 0.0000 0.82881 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380270 2 0.0000 0.82881 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091817 2 0.1204 0.82486 0 0.944 0.056 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440137 2 0.3244 0.70378 0 0.732 0.268 0.000 0.000 0.000
#> SRR614311 4 0.4518 0.42230 0 0.004 0.348 0.612 0.036 0.000
#> SRR1407516 4 0.4265 0.51854 0 0.000 0.300 0.660 0.040 0.000
#> SRR815494 3 0.4081 0.62840 0 0.092 0.788 0.032 0.088 0.000
#> SRR1333209 4 0.4190 0.53068 0 0.000 0.260 0.692 0.048 0.000
#> SRR615177 4 0.5803 -0.44773 0 0.000 0.000 0.412 0.180 0.408
#> SRR1099648 2 0.2964 0.76055 0 0.792 0.204 0.000 0.004 0.000
#> SRR659720 3 0.4347 0.35069 0 0.028 0.672 0.288 0.012 0.000
#> SRR2185057 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468 6 0.2555 0.72712 0 0.000 0.020 0.008 0.096 0.876
#> SRR660042 6 0.3979 0.60629 0 0.000 0.004 0.032 0.244 0.720
#> SRR2170864 2 0.3531 0.61279 0 0.672 0.328 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440491 4 0.4968 0.37677 0 0.004 0.432 0.508 0.056 0.000
#> SRR1440852 3 0.2740 0.66311 0 0.120 0.852 0.028 0.000 0.000
#> SRR811169 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311 4 0.4190 0.53068 0 0.000 0.260 0.692 0.048 0.000
#> SRR818009 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836 2 0.0363 0.82921 0 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498313 2 0.0000 0.82881 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441975 2 0.0458 0.82924 0 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR819096 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679 3 0.3570 0.60825 0 0.228 0.752 0.016 0.004 0.000
#> SRR1489116 2 0.3136 0.73447 0 0.768 0.228 0.000 0.004 0.000
#> SRR1354138 3 0.3271 0.59272 0 0.232 0.760 0.000 0.008 0.000
#> SRR1490589 4 0.3871 0.46201 0 0.000 0.084 0.768 0.148 0.000
#> SRR1412987 6 0.0000 0.76154 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR602034 3 0.3800 0.64518 0 0.108 0.800 0.016 0.076 0.000
#> SRR1353437 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871 3 0.4347 0.35069 0 0.028 0.672 0.288 0.012 0.000
#> SRR661577 4 0.2527 0.46484 0 0.000 0.040 0.876 0.084 0.000
#> SRR612190 4 0.4418 0.52202 0 0.000 0.192 0.708 0.100 0.000
#> SRR1399880 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787 4 0.2846 0.48433 0 0.000 0.060 0.856 0.084 0.000
#> SRR657869 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141 3 0.3302 0.60055 0 0.232 0.760 0.004 0.004 0.000
#> SRR1476697 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538 4 0.4663 0.51854 0 0.000 0.244 0.664 0.092 0.000
#> SRR1331422 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859 4 0.3563 0.46825 0 0.000 0.092 0.800 0.108 0.000
#> SRR1097594 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419 3 0.3534 0.53186 0 0.276 0.716 0.000 0.008 0.000
#> SRR1336706 2 0.2595 0.78329 0 0.836 0.160 0.000 0.004 0.000
#> SRR1472976 4 0.3150 0.52848 0 0.000 0.104 0.832 0.064 0.000
#> SRR1321307 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461 3 0.3516 0.62164 0 0.220 0.760 0.016 0.004 0.000
#> SRR1477149 2 0.0000 0.82881 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457397 2 0.0000 0.82881 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661913 4 0.5713 0.05582 0 0.000 0.152 0.496 0.348 0.004
#> SRR1069024 2 0.0000 0.82881 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2165634 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722 3 0.3910 0.55662 0 0.044 0.788 0.140 0.028 0.000
#> SRR1328642 2 0.0000 0.82881 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488261 6 0.5654 0.27164 0 0.000 0.008 0.144 0.308 0.540
#> SRR1318815 6 0.1196 0.75760 0 0.000 0.000 0.008 0.040 0.952
#> SRR816945 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432 6 0.2604 0.72568 0 0.000 0.020 0.008 0.100 0.872
#> SRR1359280 2 0.0000 0.82881 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313910 3 0.4210 0.41848 0 0.332 0.644 0.016 0.008 0.000
#> SRR1457315 4 0.3686 0.52591 0 0.000 0.124 0.788 0.088 0.000
#> SRR815398 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958 3 0.2679 0.65488 0 0.096 0.868 0.032 0.004 0.000
#> SRR600688 4 0.4552 0.46701 0 0.000 0.364 0.592 0.044 0.000
#> SRR1098952 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916 3 0.2982 0.66500 0 0.124 0.844 0.016 0.016 0.000
#> SRR614167 3 0.5724 -0.16975 0 0.000 0.456 0.376 0.168 0.000
#> SRR1348114 3 0.4225 0.64618 0 0.144 0.752 0.096 0.008 0.000
#> SRR658033 3 0.3571 0.62842 0 0.216 0.760 0.020 0.004 0.000
#> SRR1077503 3 0.3748 0.49733 0 0.300 0.688 0.012 0.000 0.000
#> SRR661854 3 0.4205 0.51098 0 0.036 0.760 0.164 0.040 0.000
#> SRR811379 4 0.4156 0.53836 0 0.000 0.188 0.732 0.080 0.000
#> SRR1318857 2 0.3695 0.52070 0 0.624 0.376 0.000 0.000 0.000
#> SRR656445 2 0.3930 0.42135 0 0.576 0.420 0.000 0.004 0.000
#> SRR1433044 2 0.0000 0.82881 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486391 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071 5 0.6858 0.83926 0 0.000 0.048 0.336 0.360 0.256
#> SRR1364824 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745 2 0.0000 0.82881 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601038 2 0.0000 0.82881 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360080 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868 4 0.2629 0.46415 0 0.000 0.040 0.868 0.092 0.000
#> SRR1485997 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560 4 0.2797 0.38848 0 0.000 0.016 0.872 0.076 0.036
#> SRR1333330 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513 4 0.3194 0.43566 0 0.000 0.044 0.840 0.104 0.012
#> SRR1328407 2 0.1910 0.81244 0 0.892 0.108 0.000 0.000 0.000
#> SRR602784 2 0.2772 0.77404 0 0.816 0.180 0.000 0.004 0.000
#> SRR1348468 6 0.2106 0.74334 0 0.000 0.000 0.032 0.064 0.904
#> SRR663717 4 0.3588 0.53729 0 0.000 0.180 0.776 0.044 0.000
#> SRR602217 2 0.2416 0.78780 0 0.844 0.156 0.000 0.000 0.000
#> SRR603140 4 0.4353 0.44542 0 0.000 0.384 0.588 0.028 0.000
#> SRR1340804 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574 3 0.2914 0.64571 0 0.084 0.860 0.048 0.008 0.000
#> SRR1333462 2 0.0000 0.82881 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1094601 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610 4 0.2662 0.38951 0 0.000 0.024 0.856 0.120 0.000
#> SRR1435833 4 0.3948 0.54609 0 0.000 0.188 0.748 0.064 0.000
#> SRR1398728 3 0.3954 0.49277 0 0.296 0.684 0.016 0.004 0.000
#> SRR1358343 6 0.0000 0.76154 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1410890 3 0.4171 0.28286 0 0.380 0.604 0.012 0.004 0.000
#> SRR1350371 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478 2 0.3175 0.71421 0 0.744 0.256 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099260 2 0.3795 0.53402 0 0.632 0.364 0.000 0.004 0.000
#> SRR1433576 3 0.3666 0.63674 0 0.092 0.812 0.016 0.080 0.000
#> SRR1345541 4 0.5897 0.29770 0 0.000 0.128 0.628 0.160 0.084
#> SRR1086328 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391 3 0.5667 -0.13730 0 0.000 0.472 0.368 0.160 0.000
#> SRR1476207 4 0.4378 0.44979 0 0.000 0.368 0.600 0.032 0.000
#> SRR627435 3 0.5552 0.26759 0 0.048 0.552 0.052 0.348 0.000
#> SRR1489862 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191 3 0.5719 -0.15377 0 0.000 0.460 0.372 0.168 0.000
#> SRR1490115 3 0.5369 0.03102 0 0.000 0.540 0.332 0.128 0.000
#> SRR1377714 3 0.4109 0.25641 0 0.008 0.652 0.328 0.012 0.000
#> SRR819394 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161 6 0.3647 0.66537 0 0.000 0.004 0.052 0.156 0.788
#> SRR607042 2 0.0000 0.82881 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656203 3 0.4707 0.44955 0 0.064 0.672 0.252 0.012 0.000
#> SRR660602 2 0.3993 0.24687 0 0.520 0.476 0.000 0.004 0.000
#> SRR1440397 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249 2 0.3695 0.52070 0 0.624 0.376 0.000 0.000 0.000
#> SRR661242 3 0.3730 0.58587 0 0.052 0.812 0.032 0.104 0.000
#> SRR1332007 2 0.1610 0.81859 0 0.916 0.084 0.000 0.000 0.000
#> SRR809619 3 0.4310 0.55434 0 0.268 0.684 0.044 0.004 0.000
#> SRR819975 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281 2 0.0458 0.82924 0 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR662366 3 0.5673 -0.14453 0 0.000 0.468 0.372 0.160 0.000
#> SRR1317898 3 0.5399 -0.00263 0 0.000 0.528 0.344 0.128 0.000
#> SRR1382485 4 0.4212 0.52878 0 0.000 0.264 0.688 0.048 0.000
#> SRR2166420 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541 3 0.2896 0.64493 0 0.080 0.864 0.044 0.012 0.000
#> SRR817444 2 0.3930 0.42204 0 0.576 0.420 0.000 0.004 0.000
#> SRR1320403 2 0.0000 0.82881 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101483 3 0.3935 0.50088 0 0.292 0.688 0.016 0.004 0.000
#> SRR1331684 3 0.2793 0.66142 0 0.112 0.856 0.028 0.004 0.000
#> SRR1400054 6 0.5849 0.11077 0 0.000 0.004 0.252 0.228 0.516
#> SRR1406088 3 0.3954 0.49277 0 0.296 0.684 0.016 0.004 0.000
#> SRR820733 4 0.3641 0.17828 0 0.000 0.000 0.788 0.140 0.072
#> SRR1314113 6 0.0000 0.76154 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1382615 2 0.2933 0.75541 0 0.796 0.200 0.000 0.004 0.000
#> SRR1480745 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850 2 0.2883 0.75090 0 0.788 0.212 0.000 0.000 0.000
#> SRR656782 3 0.4571 -0.08722 0 0.004 0.536 0.432 0.028 0.000
#> SRR821364 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295 2 0.0000 0.82881 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357103 2 0.0000 0.82881 0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809185 3 0.4706 0.46267 0 0.048 0.696 0.224 0.032 0.000
#> SRR811583 4 0.4232 0.50480 0 0.000 0.148 0.736 0.116 0.000
#> SRR1468050 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224 2 0.3101 0.72737 0 0.756 0.244 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17314 rows and 500 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.3577 0.643 0.643
#> 3 3 0.997 0.961 0.946 0.7467 0.707 0.544
#> 4 4 0.738 0.817 0.859 0.1375 0.797 0.504
#> 5 5 0.741 0.786 0.816 0.0849 0.860 0.545
#> 6 6 0.738 0.692 0.780 0.0499 0.924 0.670
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1500170 2 0 1 0 1
#> SRR1402368 2 0 1 0 1
#> SRR607743 2 0 1 0 1
#> SRR1457375 2 0 1 0 1
#> SRR1470923 1 0 1 1 0
#> SRR817954 1 0 1 1 0
#> SRR809259 1 0 1 1 0
#> SRR1439785 2 0 1 0 1
#> SRR814768 1 0 1 1 0
#> SRR1102031 2 0 1 0 1
#> SRR1363611 2 0 1 0 1
#> SRR1468447 2 0 1 0 1
#> SRR1071931 2 0 1 0 1
#> SRR810981 1 0 1 1 0
#> SRR615299 2 0 1 0 1
#> SRR663585 2 0 1 0 1
#> SRR1326773 2 0 1 0 1
#> SRR1351166 2 0 1 0 1
#> SRR1477452 1 0 1 1 0
#> SRR1084720 2 0 1 0 1
#> SRR1420320 2 0 1 0 1
#> SRR1081712 2 0 1 0 1
#> SRR1318241 2 0 1 0 1
#> SRR1333718 2 0 1 0 1
#> SRR1313514 2 0 1 0 1
#> SRR1477861 2 0 1 0 1
#> SRR1318005 2 0 1 0 1
#> SRR1354665 2 0 1 0 1
#> SRR657707 2 0 1 0 1
#> SRR1370742 2 0 1 0 1
#> SRR1412947 2 0 1 0 1
#> SRR661553 2 0 1 0 1
#> SRR1328869 1 0 1 1 0
#> SRR662211 2 0 1 0 1
#> SRR1348181 2 0 1 0 1
#> SRR1416560 2 0 1 0 1
#> SRR1319772 2 0 1 0 1
#> SRR1091452 2 0 1 0 1
#> SRR1338812 1 0 1 1 0
#> SRR1392072 2 0 1 0 1
#> SRR814844 2 0 1 0 1
#> SRR1376619 2 0 1 0 1
#> SRR603690 2 0 1 0 1
#> SRR2184980 2 0 1 0 1
#> SRR613963 2 0 1 0 1
#> SRR1323422 1 0 1 1 0
#> SRR1397673 2 0 1 0 1
#> SRR1434650 2 0 1 0 1
#> SRR659875 2 0 1 0 1
#> SRR1465734 2 0 1 0 1
#> SRR1076847 2 0 1 0 1
#> SRR1415072 1 0 1 1 0
#> SRR659319 2 0 1 0 1
#> SRR663088 2 0 1 0 1
#> SRR1352021 1 0 1 1 0
#> SRR1325527 1 0 1 1 0
#> SRR1105369 1 0 1 1 0
#> SRR659935 2 0 1 0 1
#> SRR1352530 2 0 1 0 1
#> SRR662594 2 0 1 0 1
#> SRR1095309 1 0 1 1 0
#> SRR615647 2 0 1 0 1
#> SRR813019 2 0 1 0 1
#> SRR1374647 2 0 1 0 1
#> SRR603472 2 0 1 0 1
#> SRR661529 2 0 1 0 1
#> SRR607018 2 0 1 0 1
#> SRR627423 2 0 1 0 1
#> SRR654921 2 0 1 0 1
#> SRR1418968 1 0 1 1 0
#> SRR660871 2 0 1 0 1
#> SRR1330522 2 0 1 0 1
#> SRR1499958 2 0 1 0 1
#> SRR614059 2 0 1 0 1
#> SRR1071403 1 0 1 1 0
#> SRR1486719 2 0 1 0 1
#> SRR1440421 2 0 1 0 1
#> SRR1310412 2 0 1 0 1
#> SRR614767 2 0 1 0 1
#> SRR820709 1 0 1 1 0
#> SRR1471500 1 0 1 1 0
#> SRR658093 2 0 1 0 1
#> SRR1088168 2 0 1 0 1
#> SRR1418707 2 0 1 0 1
#> SRR1354291 2 0 1 0 1
#> SRR2165806 1 0 1 1 0
#> SRR1415684 2 0 1 0 1
#> SRR1433860 2 0 1 0 1
#> SRR1311062 2 0 1 0 1
#> SRR1360359 1 0 1 1 0
#> SRR661385 2 0 1 0 1
#> SRR615407 2 0 1 0 1
#> SRR1413892 2 0 1 0 1
#> SRR1443459 2 0 1 0 1
#> SRR1338942 1 0 1 1 0
#> SRR657480 2 0 1 0 1
#> SRR1399433 2 0 1 0 1
#> SRR818537 2 0 1 0 1
#> SRR1101324 2 0 1 0 1
#> SRR807637 2 0 1 0 1
#> SRR1091918 1 0 1 1 0
#> SRR598300 2 0 1 0 1
#> SRR1085426 1 0 1 1 0
#> SRR1376294 2 0 1 0 1
#> SRR813891 1 0 1 1 0
#> SRR1467431 2 0 1 0 1
#> SRR658742 2 0 1 0 1
#> SRR1419234 1 0 1 1 0
#> SRR1404813 2 0 1 0 1
#> SRR603496 2 0 1 0 1
#> SRR1407758 2 0 1 0 1
#> SRR810945 2 0 1 0 1
#> SRR817234 2 0 1 0 1
#> SRR1444852 2 0 1 0 1
#> SRR660378 2 0 1 0 1
#> SRR1467835 2 0 1 0 1
#> SRR1338964 2 0 1 0 1
#> SRR1079259 2 0 1 0 1
#> SRR1072345 2 0 1 0 1
#> SRR598725 2 0 1 0 1
#> SRR1447938 1 0 1 1 0
#> SRR1356397 1 0 1 1 0
#> SRR1360460 2 0 1 0 1
#> SRR1429468 2 0 1 0 1
#> SRR1446850 2 0 1 0 1
#> SRR1320363 2 0 1 0 1
#> SRR1413810 2 0 1 0 1
#> SRR598831 2 0 1 0 1
#> SRR1381865 1 0 1 1 0
#> SRR660957 2 0 1 0 1
#> SRR1491332 2 0 1 0 1
#> SRR1099744 2 0 1 0 1
#> SRR1464618 2 0 1 0 1
#> SRR1414559 2 0 1 0 1
#> SRR1337540 2 0 1 0 1
#> SRR1444283 1 0 1 1 0
#> SRR2184942 2 0 1 0 1
#> SRR660295 1 0 1 1 0
#> SRR601335 2 0 1 0 1
#> SRR1363742 2 0 1 0 1
#> SRR1345847 2 0 1 0 1
#> SRR614960 2 0 1 0 1
#> SRR819919 1 0 1 1 0
#> SRR603330 2 0 1 0 1
#> SRR1327951 1 0 1 1 0
#> SRR1401885 1 0 1 1 0
#> SRR1345266 2 0 1 0 1
#> SRR1338055 2 0 1 0 1
#> SRR1430157 2 0 1 0 1
#> SRR1320137 2 0 1 0 1
#> SRR1093483 1 0 1 1 0
#> SRR1341080 1 0 1 1 0
#> SRR1459913 2 0 1 0 1
#> SRR2170490 1 0 1 1 0
#> SRR1479845 2 0 1 0 1
#> SRR1436420 1 0 1 1 0
#> SRR1481060 2 0 1 0 1
#> SRR662282 2 0 1 0 1
#> SRR1487089 2 0 1 0 1
#> SRR1075683 1 0 1 1 0
#> SRR1338536 1 0 1 1 0
#> SRR1338880 2 0 1 0 1
#> SRR1453456 2 0 1 0 1
#> SRR1457895 1 0 1 1 0
#> SRR1440603 2 0 1 0 1
#> SRR658633 2 0 1 0 1
#> SRR1388081 2 0 1 0 1
#> SRR813339 2 0 1 0 1
#> SRR809725 1 0 1 1 0
#> SRR627441 2 0 1 0 1
#> SRR613603 2 0 1 0 1
#> SRR1096571 2 0 1 0 1
#> SRR1392701 1 0 1 1 0
#> SRR1344326 1 0 1 1 0
#> SRR1367693 2 0 1 0 1
#> SRR660697 2 0 1 0 1
#> SRR1489926 2 0 1 0 1
#> SRR811491 2 0 1 0 1
#> SRR1311644 2 0 1 0 1
#> SRR1451740 2 0 1 0 1
#> SRR615117 2 0 1 0 1
#> SRR1391748 2 0 1 0 1
#> SRR1466556 2 0 1 0 1
#> SRR614972 2 0 1 0 1
#> SRR1406200 1 0 1 1 0
#> SRR819210 2 0 1 0 1
#> SRR662174 1 0 1 1 0
#> SRR811988 1 0 1 1 0
#> SRR663236 2 0 1 0 1
#> SRR1312598 2 0 1 0 1
#> SRR1330129 2 0 1 0 1
#> SRR1357781 2 0 1 0 1
#> SRR1315517 2 0 1 0 1
#> SRR1400032 2 0 1 0 1
#> SRR1413722 1 0 1 1 0
#> SRR612827 2 0 1 0 1
#> SRR814794 1 0 1 1 0
#> SRR819430 1 0 1 1 0
#> SRR1395509 2 0 1 0 1
#> SRR808728 2 0 1 0 1
#> SRR1070813 2 0 1 0 1
#> SRR1389133 2 0 1 0 1
#> SRR601263 2 0 1 0 1
#> SRR604718 2 0 1 0 1
#> SRR1481351 2 0 1 0 1
#> SRR1334608 2 0 1 0 1
#> SRR658681 2 0 1 0 1
#> SRR809283 2 0 1 0 1
#> SRR1459300 1 0 1 1 0
#> SRR1392547 2 0 1 0 1
#> SRR811049 2 0 1 0 1
#> SRR1464835 2 0 1 0 1
#> SRR1339619 2 0 1 0 1
#> SRR658501 2 0 1 0 1
#> SRR1447523 2 0 1 0 1
#> SRR1415048 1 0 1 1 0
#> SRR1355451 1 0 1 1 0
#> SRR1444348 2 0 1 0 1
#> SRR603890 2 0 1 0 1
#> SRR810595 2 0 1 0 1
#> SRR1446244 2 0 1 0 1
#> SRR817373 2 0 1 0 1
#> SRR1457291 2 0 1 0 1
#> SRR598220 2 0 1 0 1
#> SRR1477991 2 0 1 0 1
#> SRR598172 2 0 1 0 1
#> SRR1349032 2 0 1 0 1
#> SRR604002 2 0 1 0 1
#> SRR1378026 2 0 1 0 1
#> SRR1404401 2 0 1 0 1
#> SRR1333240 2 0 1 0 1
#> SRR1089399 2 0 1 0 1
#> SRR603421 2 0 1 0 1
#> SRR812562 1 0 1 1 0
#> SRR808520 2 0 1 0 1
#> SRR811839 1 0 1 1 0
#> SRR814317 2 0 1 0 1
#> SRR1436763 2 0 1 0 1
#> SRR1486021 2 0 1 0 1
#> SRR1465018 2 0 1 0 1
#> SRR1080998 2 0 1 0 1
#> SRR1083432 2 0 1 0 1
#> SRR1082833 1 0 1 1 0
#> SRR1465804 1 0 1 1 0
#> SRR1326536 2 0 1 0 1
#> SRR614011 2 0 1 0 1
#> SRR1365873 2 0 1 0 1
#> SRR1498789 2 0 1 0 1
#> SRR601581 2 0 1 0 1
#> SRR603566 2 0 1 0 1
#> SRR1373981 1 0 1 1 0
#> SRR821410 2 0 1 0 1
#> SRR1076511 2 0 1 0 1
#> SRR614143 2 0 1 0 1
#> SRR1333570 2 0 1 0 1
#> SRR1366813 2 0 1 0 1
#> SRR1388746 1 0 1 1 0
#> SRR1420558 2 0 1 0 1
#> SRR1409510 2 0 1 0 1
#> SRR816250 2 0 1 0 1
#> SRR614131 2 0 1 0 1
#> SRR1331130 1 0 1 1 0
#> SRR1316015 2 0 1 0 1
#> SRR1470798 2 0 1 0 1
#> SRR614179 2 0 1 0 1
#> SRR1474863 2 0 1 0 1
#> SRR813560 2 0 1 0 1
#> SRR1312187 2 0 1 0 1
#> SRR1420960 2 0 1 0 1
#> SRR1355102 2 0 1 0 1
#> SRR1084577 2 0 1 0 1
#> SRR659971 2 0 1 0 1
#> SRR1350855 2 0 1 0 1
#> SRR820779 2 0 1 0 1
#> SRR1476300 2 0 1 0 1
#> SRR1090907 2 0 1 0 1
#> SRR662294 2 0 1 0 1
#> SRR1480789 2 0 1 0 1
#> SRR1336263 2 0 1 0 1
#> SRR660776 1 0 1 1 0
#> SRR1090508 2 0 1 0 1
#> SRR615563 2 0 1 0 1
#> SRR1101175 1 0 1 1 0
#> SRR2164650 2 0 1 0 1
#> SRR1431205 2 0 1 0 1
#> SRR1339856 2 0 1 0 1
#> SRR1352147 2 0 1 0 1
#> SRR808968 1 0 1 1 0
#> SRR627419 2 0 1 0 1
#> SRR1402391 1 0 1 1 0
#> SRR663609 2 0 1 0 1
#> SRR2167857 2 0 1 0 1
#> SRR1398752 1 0 1 1 0
#> SRR1469169 1 0 1 1 0
#> SRR1405437 2 0 1 0 1
#> SRR1416955 1 0 1 1 0
#> SRR1317064 2 0 1 0 1
#> SRR659001 2 0 1 0 1
#> SRR2170696 2 0 1 0 1
#> SRR816589 2 0 1 0 1
#> SRR1087487 2 0 1 0 1
#> SRR1329485 2 0 1 0 1
#> SRR816920 2 0 1 0 1
#> SRR1341432 1 0 1 1 0
#> SRR1361590 2 0 1 0 1
#> SRR817046 2 0 1 0 1
#> SRR1471331 2 0 1 0 1
#> SRR660788 2 0 1 0 1
#> SRR819234 1 0 1 1 0
#> SRR810853 2 0 1 0 1
#> SRR809427 2 0 1 0 1
#> SRR2170217 2 0 1 0 1
#> SRR1386967 2 0 1 0 1
#> SRR1420344 2 0 1 0 1
#> SRR1334535 1 0 1 1 0
#> SRR614503 2 0 1 0 1
#> SRR602564 2 0 1 0 1
#> SRR1420669 2 0 1 0 1
#> SRR819024 2 0 1 0 1
#> SRR656223 2 0 1 0 1
#> SRR608428 2 0 1 0 1
#> SRR1345647 1 0 1 1 0
#> SRR1389324 2 0 1 0 1
#> SRR1361368 2 0 1 0 1
#> SRR1322619 2 0 1 0 1
#> SRR1349276 2 0 1 0 1
#> SRR1404024 1 0 1 1 0
#> SRR1370637 2 0 1 0 1
#> SRR1452631 2 0 1 0 1
#> SRR608392 2 0 1 0 1
#> SRR1357757 2 0 1 0 1
#> SRR1074646 2 0 1 0 1
#> SRR1367499 2 0 1 0 1
#> SRR1343501 2 0 1 0 1
#> SRR1394406 2 0 1 0 1
#> SRR1381435 2 0 1 0 1
#> SRR1467407 1 0 1 1 0
#> SRR1092422 2 0 1 0 1
#> SRR1380270 2 0 1 0 1
#> SRR1091817 2 0 1 0 1
#> SRR1440137 2 0 1 0 1
#> SRR614311 2 0 1 0 1
#> SRR1407516 2 0 1 0 1
#> SRR815494 2 0 1 0 1
#> SRR1333209 2 0 1 0 1
#> SRR615177 2 0 1 0 1
#> SRR1099648 2 0 1 0 1
#> SRR659720 2 0 1 0 1
#> SRR2185057 1 0 1 1 0
#> SRR1467125 1 0 1 1 0
#> SRR657468 2 0 1 0 1
#> SRR660042 2 0 1 0 1
#> SRR2170864 2 0 1 0 1
#> SRR1440491 2 0 1 0 1
#> SRR1440852 2 0 1 0 1
#> SRR811169 1 0 1 1 0
#> SRR1331311 2 0 1 0 1
#> SRR818009 1 0 1 1 0
#> SRR1351836 2 0 1 0 1
#> SRR1498313 2 0 1 0 1
#> SRR1441975 2 0 1 0 1
#> SRR819096 1 0 1 1 0
#> SRR1073679 2 0 1 0 1
#> SRR1489116 2 0 1 0 1
#> SRR1354138 2 0 1 0 1
#> SRR1490589 2 0 1 0 1
#> SRR1412987 2 0 1 0 1
#> SRR602034 2 0 1 0 1
#> SRR1353437 1 0 1 1 0
#> SRR1072871 2 0 1 0 1
#> SRR661577 2 0 1 0 1
#> SRR612190 2 0 1 0 1
#> SRR1399880 1 0 1 1 0
#> SRR1101787 2 0 1 0 1
#> SRR657869 1 0 1 1 0
#> SRR1446332 1 0 1 1 0
#> SRR816039 1 0 1 1 0
#> SRR1485141 2 0 1 0 1
#> SRR1476697 1 0 1 1 0
#> SRR1379538 2 0 1 0 1
#> SRR1331422 1 0 1 1 0
#> SRR660859 2 0 1 0 1
#> SRR1097594 1 0 1 1 0
#> SRR1311419 2 0 1 0 1
#> SRR1336706 2 0 1 0 1
#> SRR1472976 2 0 1 0 1
#> SRR1321307 1 0 1 1 0
#> SRR807493 1 0 1 1 0
#> SRR812461 2 0 1 0 1
#> SRR1477149 2 0 1 0 1
#> SRR1457397 2 0 1 0 1
#> SRR661913 2 0 1 0 1
#> SRR1069024 2 0 1 0 1
#> SRR2165634 1 0 1 1 0
#> SRR1478722 2 0 1 0 1
#> SRR1328642 2 0 1 0 1
#> SRR1488261 2 0 1 0 1
#> SRR1318815 2 0 1 0 1
#> SRR816945 1 0 1 1 0
#> SRR1367432 2 0 1 0 1
#> SRR1359280 2 0 1 0 1
#> SRR1313910 2 0 1 0 1
#> SRR1457315 2 0 1 0 1
#> SRR815398 1 0 1 1 0
#> SRR656958 2 0 1 0 1
#> SRR600688 2 0 1 0 1
#> SRR1098952 1 0 1 1 0
#> SRR1314916 2 0 1 0 1
#> SRR614167 2 0 1 0 1
#> SRR1348114 2 0 1 0 1
#> SRR658033 2 0 1 0 1
#> SRR1077503 2 0 1 0 1
#> SRR661854 2 0 1 0 1
#> SRR811379 2 0 1 0 1
#> SRR1318857 2 0 1 0 1
#> SRR656445 2 0 1 0 1
#> SRR1433044 2 0 1 0 1
#> SRR1486391 1 0 1 1 0
#> SRR656071 2 0 1 0 1
#> SRR1364824 1 0 1 1 0
#> SRR1379133 1 0 1 1 0
#> SRR1394169 1 0 1 1 0
#> SRR816745 2 0 1 0 1
#> SRR601038 2 0 1 0 1
#> SRR1360080 1 0 1 1 0
#> SRR814868 2 0 1 0 1
#> SRR1485997 1 0 1 1 0
#> SRR1435560 2 0 1 0 1
#> SRR1333330 1 0 1 1 0
#> SRR663513 2 0 1 0 1
#> SRR1328407 2 0 1 0 1
#> SRR602784 2 0 1 0 1
#> SRR1348468 2 0 1 0 1
#> SRR663717 2 0 1 0 1
#> SRR602217 2 0 1 0 1
#> SRR603140 2 0 1 0 1
#> SRR1340804 1 0 1 1 0
#> SRR1457574 2 0 1 0 1
#> SRR1333462 2 0 1 0 1
#> SRR1094601 1 0 1 1 0
#> SRR1434610 2 0 1 0 1
#> SRR1435833 2 0 1 0 1
#> SRR1398728 2 0 1 0 1
#> SRR1358343 2 0 1 0 1
#> SRR1410890 2 0 1 0 1
#> SRR1350371 1 0 1 1 0
#> SRR1392478 2 0 1 0 1
#> SRR1099260 2 0 1 0 1
#> SRR1433576 2 0 1 0 1
#> SRR1345541 2 0 1 0 1
#> SRR1086328 1 0 1 1 0
#> SRR810391 2 0 1 0 1
#> SRR1476207 2 0 1 0 1
#> SRR627435 2 0 1 0 1
#> SRR1489862 1 0 1 1 0
#> SRR1419086 1 0 1 1 0
#> SRR1436539 1 0 1 1 0
#> SRR1396191 2 0 1 0 1
#> SRR1490115 2 0 1 0 1
#> SRR1377714 2 0 1 0 1
#> SRR819394 1 0 1 1 0
#> SRR663161 2 0 1 0 1
#> SRR607042 2 0 1 0 1
#> SRR656203 2 0 1 0 1
#> SRR660602 2 0 1 0 1
#> SRR1440397 1 0 1 1 0
#> SRR1369264 1 0 1 1 0
#> SRR809233 1 0 1 1 0
#> SRR663249 2 0 1 0 1
#> SRR661242 2 0 1 0 1
#> SRR1332007 2 0 1 0 1
#> SRR809619 2 0 1 0 1
#> SRR819975 1 0 1 1 0
#> SRR599281 2 0 1 0 1
#> SRR662366 2 0 1 0 1
#> SRR1317898 2 0 1 0 1
#> SRR1382485 2 0 1 0 1
#> SRR2166420 1 0 1 1 0
#> SRR1419429 1 0 1 1 0
#> SRR1092541 2 0 1 0 1
#> SRR817444 2 0 1 0 1
#> SRR1320403 2 0 1 0 1
#> SRR1101483 2 0 1 0 1
#> SRR1331684 2 0 1 0 1
#> SRR1400054 2 0 1 0 1
#> SRR1406088 2 0 1 0 1
#> SRR820733 2 0 1 0 1
#> SRR1314113 2 0 1 0 1
#> SRR1382615 2 0 1 0 1
#> SRR1480745 1 0 1 1 0
#> SRR1468850 2 0 1 0 1
#> SRR656782 2 0 1 0 1
#> SRR821364 1 0 1 1 0
#> SRR1101106 1 0 1 1 0
#> SRR659295 2 0 1 0 1
#> SRR1357103 2 0 1 0 1
#> SRR809185 2 0 1 0 1
#> SRR811583 2 0 1 0 1
#> SRR1468050 1 0 1 1 0
#> SRR1440224 2 0 1 0 1
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1500170 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402368 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR607743 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1457375 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470923 1 0.0892 0.978 0.980 0.000 0.020
#> SRR817954 1 0.2165 0.973 0.936 0.000 0.064
#> SRR809259 1 0.2066 0.974 0.940 0.000 0.060
#> SRR1439785 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR814768 1 0.0237 0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR1102031 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363611 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1468447 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071931 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR810981 1 0.2165 0.973 0.936 0.000 0.064
#> SRR615299 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR663585 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326773 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1351166 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477452 1 0.0237 0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR1084720 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420320 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1081712 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318241 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1333718 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313514 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477861 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318005 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354665 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR657707 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1370742 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1412947 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR661553 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1328869 1 0.0237 0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR662211 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348181 2 0.4931 0.660 0.000 0.768 0.232
#> SRR1416560 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1319772 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1091452 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1338812 1 0.0892 0.978 0.980 0.000 0.020
#> SRR1392072 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR814844 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1376619 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR603690 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR2184980 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR613963 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1323422 1 0.0237 0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR1397673 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434650 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR659875 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465734 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1076847 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415072 1 0.0892 0.978 0.980 0.000 0.020
#> SRR659319 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR663088 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1352021 1 0.0892 0.978 0.980 0.000 0.020
#> SRR1325527 1 0.0424 0.980 0.992 0.000 0.008
#> SRR1105369 1 0.2066 0.974 0.940 0.000 0.060
#> SRR659935 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1352530 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR662594 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1095309 1 0.2261 0.972 0.932 0.000 0.068
#> SRR615647 2 0.6309 -0.167 0.000 0.504 0.496
#> SRR813019 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374647 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR603472 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR661529 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR607018 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR627423 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR654921 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1418968 1 0.2066 0.974 0.940 0.000 0.060
#> SRR660871 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1330522 3 0.6008 0.554 0.000 0.372 0.628
#> SRR1499958 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR614059 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1071403 1 0.0892 0.978 0.980 0.000 0.020
#> SRR1486719 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440421 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310412 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR614767 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR820709 1 0.2066 0.974 0.940 0.000 0.060
#> SRR1471500 1 0.2066 0.974 0.940 0.000 0.060
#> SRR658093 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088168 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418707 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354291 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR2165806 1 0.0237 0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR1415684 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1433860 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311062 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360359 1 0.0892 0.978 0.980 0.000 0.020
#> SRR661385 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR615407 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413892 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443459 2 0.5254 0.596 0.000 0.736 0.264
#> SRR1338942 1 0.0892 0.978 0.980 0.000 0.020
#> SRR657480 2 0.4654 0.704 0.000 0.792 0.208
#> SRR1399433 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR818537 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101324 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR807637 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1091918 1 0.2066 0.974 0.940 0.000 0.060
#> SRR598300 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1085426 1 0.2066 0.974 0.940 0.000 0.060
#> SRR1376294 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR813891 1 0.0892 0.978 0.980 0.000 0.020
#> SRR1467431 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR658742 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1419234 1 0.2261 0.972 0.932 0.000 0.068
#> SRR1404813 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR603496 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407758 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR810945 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR817234 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444852 3 0.5327 0.753 0.000 0.272 0.728
#> SRR660378 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467835 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338964 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1079259 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1072345 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR598725 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1447938 1 0.0237 0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR1356397 1 0.2066 0.974 0.940 0.000 0.060
#> SRR1360460 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1429468 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446850 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320363 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1413810 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR598831 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381865 1 0.0892 0.978 0.980 0.000 0.020
#> SRR660957 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1491332 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099744 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464618 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1414559 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1337540 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1444283 1 0.0892 0.978 0.980 0.000 0.020
#> SRR2184942 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR660295 1 0.2448 0.970 0.924 0.000 0.076
#> SRR601335 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363742 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345847 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR614960 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR819919 1 0.2066 0.974 0.940 0.000 0.060
#> SRR603330 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327951 1 0.2261 0.972 0.932 0.000 0.068
#> SRR1401885 1 0.0892 0.978 0.980 0.000 0.020
#> SRR1345266 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338055 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430157 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320137 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093483 1 0.2066 0.974 0.940 0.000 0.060
#> SRR1341080 1 0.2448 0.974 0.924 0.000 0.076
#> SRR1459913 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR2170490 1 0.0424 0.980 0.992 0.000 0.008
#> SRR1479845 3 0.5254 0.766 0.000 0.264 0.736
#> SRR1436420 1 0.2261 0.972 0.932 0.000 0.068
#> SRR1481060 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR662282 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487089 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1075683 1 0.0892 0.978 0.980 0.000 0.020
#> SRR1338536 1 0.1964 0.977 0.944 0.000 0.056
#> SRR1338880 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453456 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457895 1 0.0424 0.980 0.992 0.000 0.008
#> SRR1440603 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR658633 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388081 3 0.4605 0.857 0.000 0.204 0.796
#> SRR813339 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR809725 1 0.0747 0.980 0.984 0.000 0.016
#> SRR627441 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR613603 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1096571 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392701 1 0.2261 0.972 0.932 0.000 0.068
#> SRR1344326 1 0.0747 0.979 0.984 0.000 0.016
#> SRR1367693 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR660697 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1489926 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR811491 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1311644 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1451740 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR615117 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1391748 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1466556 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR614972 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1406200 1 0.0424 0.979 0.992 0.000 0.008
#> SRR819210 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR662174 1 0.2711 0.971 0.912 0.000 0.088
#> SRR811988 1 0.0237 0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR663236 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1312598 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330129 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357781 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315517 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400032 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1413722 1 0.0592 0.979 0.988 0.000 0.012
#> SRR612827 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR814794 1 0.2711 0.971 0.912 0.000 0.088
#> SRR819430 1 0.0892 0.978 0.980 0.000 0.020
#> SRR1395509 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR808728 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070813 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389133 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR601263 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR604718 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1481351 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334608 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR658681 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR809283 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1459300 1 0.0424 0.980 0.992 0.000 0.008
#> SRR1392547 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR811049 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1464835 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1339619 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR658501 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1447523 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1415048 1 0.0237 0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR1355451 1 0.0892 0.978 0.980 0.000 0.020
#> SRR1444348 2 0.0424 0.970 0.000 0.992 0.008
#> SRR603890 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR810595 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446244 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR817373 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1457291 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR598220 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1477991 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR598172 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349032 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR604002 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378026 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404401 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333240 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089399 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR603421 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR812562 1 0.0892 0.978 0.980 0.000 0.020
#> SRR808520 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR811839 1 0.2165 0.973 0.936 0.000 0.064
#> SRR814317 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436763 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1486021 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465018 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080998 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1083432 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082833 1 0.2066 0.974 0.940 0.000 0.060
#> SRR1465804 1 0.0892 0.978 0.980 0.000 0.020
#> SRR1326536 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR614011 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1365873 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498789 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR601581 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR603566 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1373981 1 0.2165 0.973 0.936 0.000 0.064
#> SRR821410 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076511 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR614143 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1333570 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1366813 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388746 1 0.2066 0.974 0.940 0.000 0.060
#> SRR1420558 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1409510 2 0.6026 0.304 0.000 0.624 0.376
#> SRR816250 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR614131 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1331130 1 0.0892 0.978 0.980 0.000 0.020
#> SRR1316015 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1470798 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR614179 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1474863 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR813560 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312187 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1420960 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355102 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1084577 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR659971 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350855 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR820779 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1476300 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1090907 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR662294 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480789 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336263 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR660776 1 0.2448 0.970 0.924 0.000 0.076
#> SRR1090508 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR615563 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1101175 1 0.0424 0.980 0.992 0.000 0.008
#> SRR2164650 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431205 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339856 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1352147 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR808968 1 0.0237 0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR627419 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402391 1 0.2066 0.974 0.940 0.000 0.060
#> SRR663609 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR2167857 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398752 1 0.2066 0.974 0.940 0.000 0.060
#> SRR1469169 1 0.2796 0.971 0.908 0.000 0.092
#> SRR1405437 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416955 1 0.1163 0.977 0.972 0.000 0.028
#> SRR1317064 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR659001 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR2170696 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR816589 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087487 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329485 2 0.4931 0.660 0.000 0.768 0.232
#> SRR816920 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1341432 1 0.2261 0.972 0.932 0.000 0.068
#> SRR1361590 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR817046 2 0.6045 0.292 0.000 0.620 0.380
#> SRR1471331 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR660788 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR819234 1 0.0892 0.978 0.980 0.000 0.020
#> SRR810853 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR809427 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR2170217 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1386967 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420344 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334535 1 0.1163 0.977 0.972 0.000 0.028
#> SRR614503 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR602564 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1420669 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR819024 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR656223 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR608428 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345647 1 0.0892 0.978 0.980 0.000 0.020
#> SRR1389324 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1361368 3 0.6267 0.339 0.000 0.452 0.548
#> SRR1322619 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349276 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1404024 1 0.1163 0.977 0.972 0.000 0.028
#> SRR1370637 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452631 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR608392 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357757 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1074646 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1367499 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343501 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394406 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1381435 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467407 1 0.2066 0.974 0.940 0.000 0.060
#> SRR1092422 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380270 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091817 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440137 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR614311 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1407516 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR815494 3 0.4887 0.823 0.000 0.228 0.772
#> SRR1333209 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR615177 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1099648 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR659720 3 0.6267 0.334 0.000 0.452 0.548
#> SRR2185057 1 0.1031 0.978 0.976 0.000 0.024
#> SRR1467125 1 0.1289 0.976 0.968 0.000 0.032
#> SRR657468 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR660042 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR2170864 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440491 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1440852 2 0.4399 0.737 0.000 0.812 0.188
#> SRR811169 1 0.2066 0.974 0.940 0.000 0.060
#> SRR1331311 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR818009 1 0.1643 0.977 0.956 0.000 0.044
#> SRR1351836 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498313 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441975 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR819096 1 0.0892 0.978 0.980 0.000 0.020
#> SRR1073679 3 0.6267 0.339 0.000 0.452 0.548
#> SRR1489116 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354138 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490589 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1412987 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR602034 2 0.4974 0.652 0.000 0.764 0.236
#> SRR1353437 1 0.0237 0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR1072871 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR661577 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR612190 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1399880 1 0.0892 0.978 0.980 0.000 0.020
#> SRR1101787 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR657869 1 0.2448 0.970 0.924 0.000 0.076
#> SRR1446332 1 0.0424 0.980 0.992 0.000 0.008
#> SRR816039 1 0.2261 0.972 0.932 0.000 0.068
#> SRR1485141 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476697 1 0.0424 0.979 0.992 0.000 0.008
#> SRR1379538 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1331422 1 0.0747 0.980 0.984 0.000 0.016
#> SRR660859 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1097594 1 0.1163 0.979 0.972 0.000 0.028
#> SRR1311419 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336706 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472976 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1321307 1 0.2261 0.972 0.932 0.000 0.068
#> SRR807493 1 0.0747 0.979 0.984 0.000 0.016
#> SRR812461 2 0.2796 0.874 0.000 0.908 0.092
#> SRR1477149 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457397 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR661913 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1069024 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR2165634 1 0.0237 0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR1478722 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1328642 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488261 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1318815 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR816945 1 0.2261 0.972 0.932 0.000 0.068
#> SRR1367432 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1359280 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313910 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457315 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR815398 1 0.2261 0.972 0.932 0.000 0.068
#> SRR656958 2 0.4452 0.731 0.000 0.808 0.192
#> SRR600688 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1098952 1 0.0424 0.980 0.992 0.000 0.008
#> SRR1314916 2 0.6045 0.292 0.000 0.620 0.380
#> SRR614167 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1348114 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR658033 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077503 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR661854 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR811379 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1318857 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR656445 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433044 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486391 1 0.0747 0.979 0.984 0.000 0.016
#> SRR656071 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1364824 1 0.0592 0.979 0.988 0.000 0.012
#> SRR1379133 1 0.0892 0.978 0.980 0.000 0.020
#> SRR1394169 1 0.0237 0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR816745 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR601038 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360080 1 0.1753 0.976 0.952 0.000 0.048
#> SRR814868 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1485997 1 0.0237 0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR1435560 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1333330 1 0.1163 0.977 0.972 0.000 0.028
#> SRR663513 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1328407 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR602784 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348468 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR663717 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR602217 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR603140 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1340804 1 0.0892 0.978 0.980 0.000 0.020
#> SRR1457574 3 0.2959 0.982 0.000 0.100 0.900
#> SRR1333462 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1094601 1 0.0237 0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR1434610 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1435833 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1398728 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358343 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1410890 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350371 1 0.1163 0.978 0.972 0.000 0.028
#> SRR1392478 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099260 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433576 2 0.4291 0.750 0.000 0.820 0.180
#> SRR1345541 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1086328 1 0.2261 0.972 0.932 0.000 0.068
#> SRR810391 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1476207 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR627435 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489862 1 0.1031 0.977 0.976 0.000 0.024
#> SRR1419086 1 0.0424 0.980 0.992 0.000 0.008
#> SRR1436539 1 0.0892 0.978 0.980 0.000 0.020
#> SRR1396191 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1490115 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1377714 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR819394 1 0.0892 0.978 0.980 0.000 0.020
#> SRR663161 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR607042 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR656203 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR660602 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440397 1 0.2356 0.975 0.928 0.000 0.072
#> SRR1369264 1 0.2066 0.974 0.940 0.000 0.060
#> SRR809233 1 0.2261 0.972 0.932 0.000 0.068
#> SRR663249 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR661242 3 0.3340 0.960 0.000 0.120 0.880
#> SRR1332007 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR809619 2 0.4346 0.744 0.000 0.816 0.184
#> SRR819975 1 0.0237 0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR599281 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR662366 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1317898 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1382485 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR2166420 1 0.0892 0.978 0.980 0.000 0.020
#> SRR1419429 1 0.2796 0.970 0.908 0.000 0.092
#> SRR1092541 2 0.6045 0.292 0.000 0.620 0.380
#> SRR817444 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320403 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101483 3 0.5138 0.787 0.000 0.252 0.748
#> SRR1331684 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400054 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1406088 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR820733 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1314113 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1382615 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480745 1 0.0237 0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR1468850 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR656782 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR821364 1 0.2165 0.973 0.936 0.000 0.064
#> SRR1101106 1 0.2448 0.970 0.924 0.000 0.076
#> SRR659295 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357103 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR809185 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR811583 3 0.2878 0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1468050 1 0.0892 0.978 0.980 0.000 0.020
#> SRR1440224 2 0.0000 0.978 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1500170 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1402368 3 0.4977 0.2482 0.000 0.000 0.540 0.460
#> SRR607743 3 0.3942 0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1457375 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1470923 1 0.0376 0.9292 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR817954 1 0.3444 0.9167 0.816 0.184 0.000 0.000
#> SRR809259 1 0.3444 0.9167 0.816 0.184 0.000 0.000
#> SRR1439785 3 0.3942 0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR814768 1 0.0000 0.9304 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031 3 0.0188 0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1363611 3 0.3942 0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1468447 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1071931 3 0.3942 0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR810981 1 0.3569 0.9131 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR615299 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR663585 3 0.4746 -0.2201 0.000 0.368 0.632 0.000
#> SRR1326773 3 0.4989 -0.5324 0.000 0.472 0.528 0.000
#> SRR1351166 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1477452 1 0.0000 0.9304 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720 3 0.0188 0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1420320 4 0.4776 0.3647 0.000 0.000 0.376 0.624
#> SRR1081712 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1318241 3 0.3942 0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1333718 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1313514 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1477861 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1318005 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1354665 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR657707 3 0.3942 0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1370742 3 0.3942 0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1412947 3 0.0188 0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR661553 4 0.2149 0.8830 0.000 0.000 0.088 0.912
#> SRR1328869 1 0.0000 0.9304 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1348181 3 0.1389 0.7465 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR1416560 3 0.3942 0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1319772 3 0.3942 0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1091452 3 0.3942 0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1338812 1 0.0844 0.9278 0.980 0.004 0.004 0.012
#> SRR1392072 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR814844 4 0.0921 0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1376619 3 0.0188 0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR603690 3 0.0188 0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR2184980 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR613963 4 0.0921 0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1323422 1 0.0336 0.9314 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1397673 3 0.0188 0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1434650 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR659875 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1465734 3 0.3942 0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1076847 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1415072 1 0.0992 0.9270 0.976 0.008 0.004 0.012
#> SRR659319 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR663088 4 0.0921 0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1352021 1 0.0712 0.9283 0.984 0.004 0.004 0.008
#> SRR1325527 1 0.2216 0.9311 0.908 0.092 0.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.3444 0.9167 0.816 0.184 0.000 0.000
#> SRR659935 3 0.4998 0.1482 0.000 0.000 0.512 0.488
#> SRR1352530 3 0.0188 0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR662594 3 0.4250 0.6744 0.000 0.000 0.724 0.276
#> SRR1095309 1 0.3942 0.9015 0.764 0.236 0.000 0.000
#> SRR615647 3 0.2814 0.7455 0.000 0.000 0.868 0.132
#> SRR813019 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1374647 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR603472 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR661529 4 0.0921 0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR607018 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR627423 4 0.0921 0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR654921 4 0.0921 0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1418968 1 0.3400 0.9177 0.820 0.180 0.000 0.000
#> SRR660871 3 0.3942 0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1330522 3 0.3266 0.7417 0.000 0.000 0.832 0.168
#> SRR1499958 3 0.1637 0.6655 0.000 0.060 0.940 0.000
#> SRR614059 4 0.0921 0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1071403 1 0.0992 0.9270 0.976 0.008 0.004 0.012
#> SRR1486719 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1440421 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1310412 4 0.1940 0.8938 0.000 0.000 0.076 0.924
#> SRR614767 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR820709 1 0.3444 0.9167 0.816 0.184 0.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.3444 0.9167 0.816 0.184 0.000 0.000
#> SRR658093 3 0.4977 -0.5018 0.000 0.460 0.540 0.000
#> SRR1088168 2 0.4981 0.6765 0.000 0.536 0.464 0.000
#> SRR1418707 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1354291 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR2165806 1 0.2081 0.9319 0.916 0.084 0.000 0.000
#> SRR1415684 4 0.4776 0.3647 0.000 0.000 0.376 0.624
#> SRR1433860 3 0.4985 -0.5224 0.000 0.468 0.532 0.000
#> SRR1311062 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1360359 1 0.0564 0.9287 0.988 0.004 0.004 0.004
#> SRR661385 3 0.0188 0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR615407 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1413892 2 0.4855 0.7901 0.000 0.600 0.400 0.000
#> SRR1443459 3 0.1389 0.7465 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR1338942 1 0.0376 0.9292 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR657480 3 0.1211 0.7457 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR1399433 3 0.3942 0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR818537 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1101324 4 0.0921 0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR807637 4 0.0921 0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1091918 1 0.3569 0.9131 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR598300 4 0.0921 0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1085426 1 0.3400 0.9176 0.820 0.180 0.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR813891 1 0.0712 0.9283 0.984 0.004 0.004 0.008
#> SRR1467431 3 0.0188 0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR658742 4 0.0921 0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1419234 1 0.3942 0.9015 0.764 0.236 0.000 0.000
#> SRR1404813 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR603496 3 0.0188 0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1407758 3 0.2704 0.5607 0.000 0.124 0.876 0.000
#> SRR810945 3 0.3528 0.4441 0.000 0.192 0.808 0.000
#> SRR817234 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1444852 3 0.3444 0.7394 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR660378 3 0.0188 0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1467835 3 0.4643 -0.1293 0.000 0.344 0.656 0.000
#> SRR1338964 3 0.3942 0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1079259 3 0.3942 0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1072345 3 0.4996 0.1635 0.000 0.000 0.516 0.484
#> SRR598725 3 0.4877 0.4046 0.000 0.000 0.592 0.408
#> SRR1447938 1 0.0921 0.9327 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.3528 0.9147 0.808 0.192 0.000 0.000
#> SRR1360460 4 0.1389 0.9173 0.000 0.000 0.048 0.952
#> SRR1429468 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1446850 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1320363 3 0.3942 0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1413810 3 0.2868 0.5373 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR598831 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1381865 1 0.0376 0.9292 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR660957 3 0.3942 0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1491332 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1099744 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1464618 3 0.3942 0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1414559 4 0.0921 0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1337540 4 0.0921 0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1444283 1 0.0992 0.9270 0.976 0.008 0.004 0.012
#> SRR2184942 3 0.3942 0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR660295 1 0.4103 0.8949 0.744 0.256 0.000 0.000
#> SRR601335 3 0.4985 -0.5224 0.000 0.468 0.532 0.000
#> SRR1363742 3 0.4985 -0.5224 0.000 0.468 0.532 0.000
#> SRR1345847 3 0.0188 0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR614960 4 0.0921 0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR819919 1 0.3610 0.9126 0.800 0.200 0.000 0.000
#> SRR603330 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1327951 1 0.3942 0.9015 0.764 0.236 0.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.0992 0.9270 0.976 0.008 0.004 0.012
#> SRR1345266 3 0.0188 0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1338055 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1430157 3 0.2081 0.6297 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR1320137 3 0.0188 0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1093483 1 0.3444 0.9167 0.816 0.184 0.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.3568 0.9143 0.856 0.116 0.004 0.024
#> SRR1459913 3 0.3942 0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR2170490 1 0.2216 0.9311 0.908 0.092 0.000 0.000
#> SRR1479845 3 0.3444 0.7394 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR1436420 1 0.3942 0.9015 0.764 0.236 0.000 0.000
#> SRR1481060 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR662282 2 0.4972 0.6923 0.000 0.544 0.456 0.000
#> SRR1487089 4 0.0921 0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1075683 1 0.0992 0.9270 0.976 0.008 0.004 0.012
#> SRR1338536 1 0.2081 0.9319 0.916 0.084 0.000 0.000
#> SRR1338880 3 0.0188 0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1453456 3 0.0188 0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1457895 1 0.2216 0.9311 0.908 0.092 0.000 0.000
#> SRR1440603 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR658633 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1388081 3 0.3688 0.7349 0.000 0.000 0.792 0.208
#> SRR813339 3 0.3942 0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR809725 1 0.1209 0.9345 0.964 0.032 0.004 0.000
#> SRR627441 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR613603 4 0.0921 0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1096571 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1392701 1 0.3942 0.9015 0.764 0.236 0.000 0.000
#> SRR1344326 1 0.0376 0.9292 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1367693 3 0.3942 0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR660697 3 0.3942 0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1489926 3 0.0188 0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR811491 3 0.3942 0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1311644 4 0.0921 0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1451740 3 0.3942 0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR615117 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1391748 4 0.0921 0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1466556 3 0.3942 0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR614972 3 0.3942 0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1406200 1 0.0000 0.9304 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210 4 0.2921 0.8240 0.000 0.000 0.140 0.860
#> SRR662174 1 0.4345 0.9087 0.788 0.188 0.004 0.020
#> SRR811988 1 0.0921 0.9327 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR663236 4 0.4776 0.3647 0.000 0.000 0.376 0.624
#> SRR1312598 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1330129 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1357781 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1315517 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1400032 3 0.3942 0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1413722 1 0.0000 0.9304 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827 3 0.3942 0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR814794 1 0.4426 0.9080 0.780 0.196 0.004 0.020
#> SRR819430 1 0.0712 0.9283 0.984 0.008 0.004 0.004
#> SRR1395509 4 0.0921 0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR808728 2 0.4972 0.6923 0.000 0.544 0.456 0.000
#> SRR1070813 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1389133 4 0.0921 0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR601263 3 0.3942 0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR604718 4 0.4776 0.3647 0.000 0.000 0.376 0.624
#> SRR1481351 3 0.0188 0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1334608 3 0.4998 -0.5725 0.000 0.488 0.512 0.000
#> SRR658681 2 0.4977 0.6845 0.000 0.540 0.460 0.000
#> SRR809283 4 0.0921 0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1459300 1 0.2216 0.9311 0.908 0.092 0.000 0.000
#> SRR1392547 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR811049 3 0.3942 0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1464835 4 0.0921 0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1339619 3 0.0188 0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR658501 3 0.3942 0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1447523 4 0.2589 0.8535 0.000 0.000 0.116 0.884
#> SRR1415048 1 0.0000 0.9304 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.0844 0.9278 0.980 0.004 0.004 0.012
#> SRR1444348 3 0.0524 0.7399 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR603890 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR810595 3 0.0188 0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1446244 3 0.3942 0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR817373 3 0.3942 0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1457291 3 0.3074 0.5037 0.000 0.152 0.848 0.000
#> SRR598220 3 0.3942 0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1477991 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR598172 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1349032 3 0.3942 0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR604002 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1378026 3 0.0188 0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1404401 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1333240 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1089399 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR603421 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR812562 1 0.0844 0.9278 0.980 0.004 0.004 0.012
#> SRR808520 2 0.4955 0.7147 0.000 0.556 0.444 0.000
#> SRR811839 1 0.3569 0.9131 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR814317 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1436763 4 0.0921 0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1486021 3 0.4585 -0.0822 0.000 0.332 0.668 0.000
#> SRR1465018 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1080998 3 0.3942 0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1083432 3 0.0188 0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1082833 1 0.3444 0.9167 0.816 0.184 0.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.1471 0.9250 0.960 0.012 0.004 0.024
#> SRR1326536 3 0.3942 0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR614011 3 0.0188 0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1365873 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1498789 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR601581 3 0.3942 0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR603566 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1373981 1 0.3726 0.9079 0.788 0.212 0.000 0.000
#> SRR821410 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1076511 4 0.0921 0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR614143 3 0.3942 0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1333570 4 0.2281 0.8754 0.000 0.000 0.096 0.904
#> SRR1366813 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1388746 1 0.3444 0.9167 0.816 0.184 0.000 0.000
#> SRR1420558 4 0.0921 0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1409510 3 0.2149 0.7476 0.000 0.000 0.912 0.088
#> SRR816250 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR614131 3 0.3942 0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1331130 1 0.0992 0.9270 0.976 0.008 0.004 0.012
#> SRR1316015 3 0.3942 0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1470798 3 0.0188 0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR614179 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1474863 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR813560 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1312187 4 0.5000 -0.0997 0.000 0.000 0.496 0.504
#> SRR1420960 3 0.0188 0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1355102 3 0.3942 0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1084577 3 0.0188 0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR659971 3 0.0188 0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1350855 4 0.0921 0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR820779 3 0.3942 0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1476300 3 0.3942 0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1090907 4 0.4761 0.3745 0.000 0.000 0.372 0.628
#> SRR662294 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1480789 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1336263 4 0.0921 0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR660776 1 0.4072 0.8957 0.748 0.252 0.000 0.000
#> SRR1090508 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR615563 4 0.0921 0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1101175 1 0.2281 0.9308 0.904 0.096 0.000 0.000
#> SRR2164650 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1431205 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1339856 3 0.3942 0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1352147 3 0.0188 0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR808968 1 0.1557 0.9334 0.944 0.056 0.000 0.000
#> SRR627419 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1402391 1 0.3486 0.9169 0.812 0.188 0.000 0.000
#> SRR663609 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR2167857 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1398752 1 0.3444 0.9167 0.816 0.184 0.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.4277 0.9096 0.800 0.172 0.004 0.024
#> SRR1405437 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1416955 1 0.2123 0.9196 0.936 0.032 0.004 0.028
#> SRR1317064 3 0.3942 0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR659001 4 0.0921 0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR2170696 4 0.0921 0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR816589 3 0.0592 0.7221 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1087487 2 0.4981 0.6765 0.000 0.536 0.464 0.000
#> SRR1329485 3 0.1389 0.7465 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR816920 4 0.0921 0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1341432 1 0.3907 0.9024 0.768 0.232 0.000 0.000
#> SRR1361590 4 0.0921 0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR817046 3 0.2149 0.7476 0.000 0.000 0.912 0.088
#> SRR1471331 3 0.0188 0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR660788 4 0.0921 0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR819234 1 0.0376 0.9292 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR810853 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR809427 3 0.4996 0.1635 0.000 0.000 0.516 0.484
#> SRR2170217 4 0.0921 0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1386967 3 0.0188 0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1420344 3 0.0188 0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1334535 1 0.2123 0.9196 0.936 0.032 0.004 0.028
#> SRR614503 4 0.2408 0.8672 0.000 0.000 0.104 0.896
#> SRR602564 3 0.3942 0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1420669 4 0.0921 0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR819024 3 0.3942 0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR656223 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR608428 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1345647 1 0.0992 0.9270 0.976 0.008 0.004 0.012
#> SRR1389324 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1361368 3 0.2973 0.7445 0.000 0.000 0.856 0.144
#> SRR1322619 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1349276 4 0.0921 0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1404024 1 0.1920 0.9211 0.944 0.024 0.004 0.028
#> SRR1370637 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1452631 4 0.0921 0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR608392 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1357757 3 0.3942 0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1074646 4 0.0921 0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1367499 3 0.0188 0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1343501 3 0.4817 -0.2890 0.000 0.388 0.612 0.000
#> SRR1394406 4 0.1637 0.9077 0.000 0.000 0.060 0.940
#> SRR1381435 2 0.4981 0.6765 0.000 0.536 0.464 0.000
#> SRR1467407 1 0.3444 0.9167 0.816 0.184 0.000 0.000
#> SRR1092422 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1380270 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1091817 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1440137 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR614311 3 0.3942 0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1407516 3 0.3942 0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR815494 3 0.3569 0.7374 0.000 0.000 0.804 0.196
#> SRR1333209 3 0.4933 0.3360 0.000 0.000 0.568 0.432
#> SRR615177 4 0.0921 0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1099648 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR659720 3 0.2647 0.7455 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR2185057 1 0.3100 0.9281 0.888 0.080 0.004 0.028
#> SRR1467125 1 0.2123 0.9196 0.936 0.032 0.004 0.028
#> SRR657468 4 0.0921 0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR660042 4 0.0921 0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR2170864 3 0.2081 0.6296 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR1440491 3 0.3942 0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1440852 3 0.1211 0.7457 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR811169 1 0.3569 0.9131 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR1331311 3 0.4998 0.1482 0.000 0.000 0.512 0.488
#> SRR818009 1 0.2973 0.9250 0.856 0.144 0.000 0.000
#> SRR1351836 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1498313 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1441975 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR819096 1 0.0844 0.9278 0.980 0.004 0.004 0.012
#> SRR1073679 3 0.2973 0.7445 0.000 0.000 0.856 0.144
#> SRR1489116 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1354138 3 0.0188 0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1490589 4 0.1637 0.9077 0.000 0.000 0.060 0.940
#> SRR1412987 4 0.0921 0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR602034 3 0.1389 0.7465 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR1353437 1 0.0921 0.9327 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1072871 3 0.3942 0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR661577 4 0.0921 0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR612190 4 0.4500 0.5155 0.000 0.000 0.316 0.684
#> SRR1399880 1 0.0992 0.9270 0.976 0.008 0.004 0.012
#> SRR1101787 4 0.1557 0.9112 0.000 0.000 0.056 0.944
#> SRR657869 1 0.4040 0.8972 0.752 0.248 0.000 0.000
#> SRR1446332 1 0.0921 0.9337 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR816039 1 0.3873 0.9033 0.772 0.228 0.000 0.000
#> SRR1485141 3 0.0188 0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1476697 1 0.0188 0.9299 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1379538 4 0.4776 0.3647 0.000 0.000 0.376 0.624
#> SRR1331422 1 0.1771 0.9344 0.948 0.036 0.004 0.012
#> SRR660859 4 0.1118 0.9254 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR1097594 1 0.2408 0.9317 0.896 0.104 0.000 0.000
#> SRR1311419 3 0.2868 0.5373 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR1336706 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1472976 4 0.0921 0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1321307 1 0.3942 0.9015 0.764 0.236 0.000 0.000
#> SRR807493 1 0.2281 0.9308 0.904 0.096 0.000 0.000
#> SRR812461 3 0.0592 0.7414 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1477149 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1457397 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR661913 4 0.2408 0.8672 0.000 0.000 0.104 0.896
#> SRR1069024 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR2165634 1 0.1557 0.9334 0.944 0.056 0.000 0.000
#> SRR1478722 3 0.3942 0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1328642 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1488261 4 0.0921 0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1318815 4 0.0921 0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR816945 1 0.3942 0.9015 0.764 0.236 0.000 0.000
#> SRR1367432 4 0.0921 0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1359280 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1313910 3 0.0188 0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1457315 4 0.3123 0.8025 0.000 0.000 0.156 0.844
#> SRR815398 1 0.3942 0.9015 0.764 0.236 0.000 0.000
#> SRR656958 3 0.1211 0.7457 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR600688 3 0.3942 0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1098952 1 0.2081 0.9320 0.916 0.084 0.000 0.000
#> SRR1314916 3 0.2149 0.7476 0.000 0.000 0.912 0.088
#> SRR614167 3 0.3942 0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1348114 3 0.3942 0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR658033 3 0.0188 0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1077503 3 0.0188 0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR661854 3 0.3942 0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR811379 4 0.4776 0.3647 0.000 0.000 0.376 0.624
#> SRR1318857 3 0.3975 0.2722 0.000 0.240 0.760 0.000
#> SRR656445 2 0.4985 0.6681 0.000 0.532 0.468 0.000
#> SRR1433044 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1486391 1 0.0376 0.9292 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR656071 4 0.0921 0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1364824 1 0.0000 0.9304 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.0376 0.9292 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1394169 1 0.1792 0.9326 0.932 0.068 0.000 0.000
#> SRR816745 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR601038 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1360080 1 0.2921 0.9262 0.860 0.140 0.000 0.000
#> SRR814868 4 0.0921 0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1485997 1 0.0000 0.9304 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560 4 0.0921 0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1333330 1 0.2123 0.9196 0.936 0.032 0.004 0.028
#> SRR663513 4 0.0921 0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1328407 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR602784 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1348468 4 0.0921 0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR663717 4 0.4855 0.2871 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR602217 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR603140 3 0.3942 0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1340804 1 0.0992 0.9270 0.976 0.008 0.004 0.012
#> SRR1457574 3 0.3942 0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1333462 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1094601 1 0.0592 0.9321 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1434610 4 0.0921 0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1435833 4 0.1389 0.9173 0.000 0.000 0.048 0.952
#> SRR1398728 3 0.0188 0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1358343 4 0.0921 0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1410890 3 0.2011 0.6359 0.000 0.080 0.920 0.000
#> SRR1350371 1 0.2921 0.9262 0.860 0.140 0.000 0.000
#> SRR1392478 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1099260 2 0.4981 0.6765 0.000 0.536 0.464 0.000
#> SRR1433576 3 0.1211 0.7457 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR1345541 4 0.0921 0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1086328 1 0.3942 0.9015 0.764 0.236 0.000 0.000
#> SRR810391 3 0.3942 0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1476207 3 0.3942 0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR627435 3 0.0188 0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1489862 1 0.1811 0.9225 0.948 0.020 0.004 0.028
#> SRR1419086 1 0.2216 0.9311 0.908 0.092 0.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.0992 0.9270 0.976 0.008 0.004 0.012
#> SRR1396191 3 0.3942 0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1490115 3 0.3942 0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1377714 3 0.3942 0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR819394 1 0.0992 0.9270 0.976 0.008 0.004 0.012
#> SRR663161 4 0.0921 0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR607042 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR656203 3 0.3942 0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR660602 3 0.0188 0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1440397 1 0.3408 0.9164 0.860 0.120 0.004 0.016
#> SRR1369264 1 0.3569 0.9131 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR809233 1 0.3907 0.9024 0.768 0.232 0.000 0.000
#> SRR663249 3 0.4790 -0.2595 0.000 0.380 0.620 0.000
#> SRR661242 3 0.3942 0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1332007 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR809619 3 0.1211 0.7457 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR819975 1 0.0000 0.9304 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR662366 3 0.3942 0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1317898 3 0.3942 0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1382485 3 0.3975 0.7235 0.000 0.000 0.760 0.240
#> SRR2166420 1 0.0376 0.9292 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1419429 1 0.4616 0.9010 0.760 0.216 0.004 0.020
#> SRR1092541 3 0.2149 0.7476 0.000 0.000 0.912 0.088
#> SRR817444 3 0.4989 -0.5324 0.000 0.472 0.528 0.000
#> SRR1320403 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1101483 3 0.3610 0.7369 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1331684 3 0.0188 0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1400054 4 0.0921 0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1406088 3 0.0188 0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR820733 4 0.0921 0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1314113 4 0.0921 0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1382615 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1480745 1 0.1211 0.9330 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR1468850 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR656782 3 0.3942 0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR821364 1 0.3444 0.9167 0.816 0.184 0.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.3975 0.9008 0.760 0.240 0.000 0.000
#> SRR659295 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1357103 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR809185 3 0.3942 0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR811583 4 0.2345 0.8714 0.000 0.000 0.100 0.900
#> SRR1468050 1 0.0992 0.9270 0.976 0.008 0.004 0.012
#> SRR1440224 2 0.4134 0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1500170 2 0.0290 0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1402368 5 0.4629 0.8230 0.000 0.000 0.244 0.052 0.704
#> SRR607743 5 0.3661 0.8325 0.000 0.000 0.276 0.000 0.724
#> SRR1457375 2 0.1043 0.9236 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR1470923 1 0.1281 0.9125 0.956 0.000 0.000 0.012 0.032
#> SRR817954 1 0.3477 0.9014 0.824 0.000 0.040 0.000 0.136
#> SRR809259 1 0.3551 0.9003 0.820 0.000 0.044 0.000 0.136
#> SRR1439785 5 0.3774 0.8304 0.000 0.000 0.296 0.000 0.704
#> SRR814768 1 0.0000 0.9185 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031 3 0.3691 0.7318 0.000 0.076 0.820 0.000 0.104
#> SRR1363611 5 0.3508 0.8084 0.000 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR1468447 2 0.0290 0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1071931 5 0.3177 0.8315 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR810981 1 0.3752 0.8949 0.804 0.000 0.048 0.000 0.148
#> SRR615299 2 0.0290 0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR663585 3 0.4199 0.7329 0.000 0.180 0.764 0.000 0.056
#> SRR1326773 3 0.4354 0.6664 0.000 0.256 0.712 0.000 0.032
#> SRR1351166 3 0.4747 0.5289 0.000 0.352 0.620 0.000 0.028
#> SRR1477452 1 0.0162 0.9190 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1084720 3 0.2983 0.7223 0.000 0.076 0.868 0.000 0.056
#> SRR1420320 5 0.4879 0.7162 0.000 0.000 0.108 0.176 0.716
#> SRR1081712 2 0.0290 0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1318241 5 0.3534 0.8379 0.000 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1333718 2 0.2424 0.8273 0.000 0.868 0.132 0.000 0.000
#> SRR1313514 2 0.0290 0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1477861 2 0.0290 0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1318005 2 0.0290 0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1354665 3 0.4747 0.5289 0.000 0.352 0.620 0.000 0.028
#> SRR657707 5 0.3534 0.8379 0.000 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1370742 5 0.3837 0.8263 0.000 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR1412947 3 0.3586 0.7345 0.000 0.076 0.828 0.000 0.096
#> SRR661553 5 0.4380 0.5838 0.000 0.000 0.032 0.260 0.708
#> SRR1328869 1 0.0290 0.9176 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR662211 2 0.0290 0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1348181 3 0.3882 0.5680 0.000 0.044 0.788 0.000 0.168
#> SRR1416560 5 0.3837 0.8263 0.000 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR1319772 5 0.4045 0.7868 0.000 0.000 0.356 0.000 0.644
#> SRR1091452 5 0.3177 0.8315 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1338812 1 0.1915 0.9083 0.928 0.000 0.000 0.040 0.032
#> SRR1392072 2 0.0290 0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR814844 4 0.1956 0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR1376619 3 0.2983 0.7223 0.000 0.076 0.868 0.000 0.056
#> SRR603690 3 0.3586 0.7341 0.000 0.076 0.828 0.000 0.096
#> SRR2184980 3 0.4304 0.2390 0.000 0.484 0.516 0.000 0.000
#> SRR613963 4 0.1956 0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR1323422 1 0.0404 0.9190 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1397673 3 0.2983 0.7223 0.000 0.076 0.868 0.000 0.056
#> SRR1434650 2 0.0290 0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR659875 2 0.0290 0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1465734 5 0.4242 0.6837 0.000 0.000 0.428 0.000 0.572
#> SRR1076847 2 0.0290 0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1415072 1 0.2067 0.9076 0.920 0.000 0.000 0.048 0.032
#> SRR659319 3 0.3913 0.5752 0.000 0.324 0.676 0.000 0.000
#> SRR663088 4 0.1956 0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR1352021 1 0.1836 0.9098 0.932 0.000 0.000 0.032 0.036
#> SRR1325527 1 0.1845 0.9184 0.928 0.000 0.016 0.000 0.056
#> SRR1105369 1 0.3477 0.9014 0.824 0.000 0.040 0.000 0.136
#> SRR659935 5 0.4757 0.7674 0.000 0.000 0.148 0.120 0.732
#> SRR1352530 3 0.2983 0.7223 0.000 0.076 0.868 0.000 0.056
#> SRR662594 5 0.3863 0.8407 0.000 0.000 0.248 0.012 0.740
#> SRR1095309 1 0.4414 0.8838 0.764 0.004 0.072 0.000 0.160
#> SRR615647 3 0.3795 0.5154 0.000 0.028 0.780 0.000 0.192
#> SRR813019 2 0.4235 0.1156 0.000 0.576 0.424 0.000 0.000
#> SRR1374647 2 0.3039 0.7392 0.000 0.808 0.192 0.000 0.000
#> SRR603472 2 0.0290 0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR661529 4 0.4481 0.3600 0.000 0.000 0.008 0.576 0.416
#> SRR607018 3 0.4114 0.4980 0.000 0.376 0.624 0.000 0.000
#> SRR627423 4 0.3809 0.7349 0.000 0.000 0.008 0.736 0.256
#> SRR654921 4 0.1956 0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR1418968 1 0.3238 0.9037 0.836 0.000 0.028 0.000 0.136
#> SRR660871 5 0.3837 0.8263 0.000 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR1330522 3 0.4508 0.0950 0.000 0.020 0.648 0.000 0.332
#> SRR1499958 3 0.3967 0.7413 0.000 0.108 0.800 0.000 0.092
#> SRR614059 4 0.1956 0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR1071403 1 0.1992 0.9079 0.924 0.000 0.000 0.044 0.032
#> SRR1486719 2 0.0290 0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1440421 2 0.0290 0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1310412 5 0.4468 0.6293 0.000 0.000 0.044 0.240 0.716
#> SRR614767 2 0.3661 0.5757 0.000 0.724 0.276 0.000 0.000
#> SRR820709 1 0.3355 0.9032 0.832 0.000 0.036 0.000 0.132
#> SRR1471500 1 0.3400 0.9019 0.828 0.000 0.036 0.000 0.136
#> SRR658093 3 0.3635 0.6786 0.000 0.248 0.748 0.000 0.004
#> SRR1088168 3 0.3661 0.6483 0.000 0.276 0.724 0.000 0.000
#> SRR1418707 2 0.0290 0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1354291 2 0.0290 0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR2165806 1 0.1787 0.9200 0.936 0.000 0.016 0.004 0.044
#> SRR1415684 5 0.4948 0.7107 0.000 0.000 0.108 0.184 0.708
#> SRR1433860 3 0.3305 0.6942 0.000 0.224 0.776 0.000 0.000
#> SRR1311062 2 0.0290 0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1360359 1 0.1836 0.9098 0.932 0.000 0.000 0.032 0.036
#> SRR661385 3 0.2983 0.7223 0.000 0.076 0.868 0.000 0.056
#> SRR615407 2 0.0609 0.9377 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1413892 3 0.3774 0.6210 0.000 0.296 0.704 0.000 0.000
#> SRR1443459 3 0.3521 0.6946 0.000 0.040 0.820 0.000 0.140
#> SRR1338942 1 0.1041 0.9132 0.964 0.000 0.000 0.004 0.032
#> SRR657480 3 0.3216 0.6824 0.000 0.044 0.848 0.000 0.108
#> SRR1399433 5 0.3177 0.8315 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR818537 2 0.0290 0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1101324 4 0.1956 0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR807637 4 0.1956 0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR1091918 1 0.3752 0.8949 0.804 0.000 0.048 0.000 0.148
#> SRR598300 4 0.1956 0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR1085426 1 0.3276 0.9032 0.836 0.000 0.032 0.000 0.132
#> SRR1376294 2 0.3661 0.5757 0.000 0.724 0.276 0.000 0.000
#> SRR813891 1 0.1753 0.9092 0.936 0.000 0.000 0.032 0.032
#> SRR1467431 3 0.3691 0.7318 0.000 0.076 0.820 0.000 0.104
#> SRR658742 4 0.1956 0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR1419234 1 0.4510 0.8838 0.764 0.004 0.068 0.004 0.160
#> SRR1404813 3 0.4726 0.4430 0.000 0.400 0.580 0.000 0.020
#> SRR603496 3 0.1671 0.7418 0.000 0.076 0.924 0.000 0.000
#> SRR1407758 3 0.3527 0.7368 0.000 0.116 0.828 0.000 0.056
#> SRR810945 3 0.3659 0.7131 0.000 0.220 0.768 0.000 0.012
#> SRR817234 2 0.0290 0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1444852 3 0.4367 -0.0912 0.000 0.008 0.620 0.000 0.372
#> SRR660378 3 0.2770 0.7278 0.000 0.076 0.880 0.000 0.044
#> SRR1467835 3 0.4618 0.7070 0.000 0.208 0.724 0.000 0.068
#> SRR1338964 5 0.3534 0.8379 0.000 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1079259 5 0.3177 0.8315 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1072345 5 0.4577 0.8093 0.000 0.000 0.176 0.084 0.740
#> SRR598725 5 0.4527 0.8253 0.000 0.000 0.272 0.036 0.692
#> SRR1447938 1 0.0510 0.9193 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1356397 1 0.3608 0.8974 0.812 0.000 0.040 0.000 0.148
#> SRR1360460 5 0.4547 0.2860 0.000 0.000 0.012 0.400 0.588
#> SRR1429468 2 0.0290 0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1446850 3 0.4278 0.3347 0.000 0.452 0.548 0.000 0.000
#> SRR1320363 5 0.4249 0.6768 0.000 0.000 0.432 0.000 0.568
#> SRR1413810 3 0.3527 0.7368 0.000 0.116 0.828 0.000 0.056
#> SRR598831 3 0.4747 0.5289 0.000 0.352 0.620 0.000 0.028
#> SRR1381865 1 0.1041 0.9132 0.964 0.000 0.000 0.004 0.032
#> SRR660957 5 0.3837 0.8263 0.000 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR1491332 3 0.4150 0.4762 0.000 0.388 0.612 0.000 0.000
#> SRR1099744 2 0.0290 0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1464618 5 0.3455 0.8311 0.000 0.000 0.208 0.008 0.784
#> SRR1414559 4 0.1956 0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR1337540 4 0.1956 0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR1444283 1 0.1915 0.9101 0.928 0.000 0.000 0.040 0.032
#> SRR2184942 5 0.3837 0.8263 0.000 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR660295 1 0.4586 0.8807 0.756 0.004 0.068 0.004 0.168
#> SRR601335 3 0.4555 0.7041 0.000 0.224 0.720 0.000 0.056
#> SRR1363742 3 0.3395 0.6866 0.000 0.236 0.764 0.000 0.000
#> SRR1345847 3 0.3691 0.7318 0.000 0.076 0.820 0.000 0.104
#> SRR614960 4 0.1956 0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR819919 1 0.3710 0.8956 0.808 0.000 0.048 0.000 0.144
#> SRR603330 2 0.0290 0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1327951 1 0.4414 0.8838 0.764 0.004 0.072 0.000 0.160
#> SRR1401885 1 0.1915 0.9083 0.928 0.000 0.000 0.040 0.032
#> SRR1345266 3 0.3691 0.7318 0.000 0.076 0.820 0.000 0.104
#> SRR1338055 2 0.0290 0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1430157 3 0.4069 0.7413 0.000 0.112 0.792 0.000 0.096
#> SRR1320137 3 0.3691 0.7318 0.000 0.076 0.820 0.000 0.104
#> SRR1093483 1 0.3477 0.9010 0.824 0.000 0.040 0.000 0.136
#> SRR1341080 1 0.3948 0.8982 0.808 0.000 0.004 0.076 0.112
#> SRR1459913 5 0.3837 0.8263 0.000 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR2170490 1 0.2005 0.9193 0.924 0.000 0.016 0.004 0.056
#> SRR1479845 3 0.4327 0.0634 0.000 0.008 0.632 0.000 0.360
#> SRR1436420 1 0.4414 0.8838 0.764 0.004 0.072 0.000 0.160
#> SRR1481060 2 0.0290 0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR662282 3 0.3707 0.6387 0.000 0.284 0.716 0.000 0.000
#> SRR1487089 4 0.1956 0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR1075683 1 0.1992 0.9079 0.924 0.000 0.000 0.044 0.032
#> SRR1338536 1 0.2732 0.9196 0.884 0.000 0.020 0.008 0.088
#> SRR1338880 3 0.3691 0.7318 0.000 0.076 0.820 0.000 0.104
#> SRR1453456 3 0.2983 0.7223 0.000 0.076 0.868 0.000 0.056
#> SRR1457895 1 0.1597 0.9190 0.940 0.000 0.012 0.000 0.048
#> SRR1440603 2 0.0290 0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR658633 2 0.1043 0.9236 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR1388081 3 0.4434 -0.1068 0.000 0.004 0.536 0.000 0.460
#> SRR813339 5 0.3857 0.8239 0.000 0.000 0.312 0.000 0.688
#> SRR809725 1 0.1282 0.9222 0.952 0.000 0.000 0.004 0.044
#> SRR627441 2 0.0290 0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR613603 5 0.4283 0.4291 0.000 0.000 0.008 0.348 0.644
#> SRR1096571 2 0.0290 0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1392701 1 0.4414 0.8838 0.764 0.004 0.072 0.000 0.160
#> SRR1344326 1 0.1168 0.9137 0.960 0.000 0.000 0.008 0.032
#> SRR1367693 5 0.4150 0.6494 0.000 0.000 0.388 0.000 0.612
#> SRR660697 5 0.3177 0.8315 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1489926 3 0.2983 0.7223 0.000 0.076 0.868 0.000 0.056
#> SRR811491 5 0.3837 0.8263 0.000 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR1311644 4 0.1956 0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR1451740 5 0.4074 0.7790 0.000 0.000 0.364 0.000 0.636
#> SRR615117 2 0.0290 0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1391748 4 0.1956 0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR1466556 5 0.3932 0.8133 0.000 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR614972 5 0.3837 0.8263 0.000 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR1406200 1 0.0290 0.9176 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR819210 5 0.4522 0.6073 0.000 0.000 0.044 0.248 0.708
#> SRR662174 1 0.4543 0.8952 0.768 0.000 0.016 0.064 0.152
#> SRR811988 1 0.0510 0.9193 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR663236 5 0.4948 0.7107 0.000 0.000 0.108 0.184 0.708
#> SRR1312598 3 0.4430 0.3209 0.000 0.456 0.540 0.000 0.004
#> SRR1330129 2 0.0290 0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1357781 2 0.0290 0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1315517 2 0.0290 0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1400032 5 0.4150 0.7491 0.000 0.000 0.388 0.000 0.612
#> SRR1413722 1 0.0404 0.9181 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR612827 5 0.3895 0.8192 0.000 0.000 0.320 0.000 0.680
#> SRR814794 1 0.4483 0.8959 0.768 0.000 0.012 0.064 0.156
#> SRR819430 1 0.2078 0.9114 0.924 0.000 0.004 0.036 0.036
#> SRR1395509 4 0.4392 0.4686 0.000 0.000 0.008 0.612 0.380
#> SRR808728 3 0.3838 0.6432 0.000 0.280 0.716 0.000 0.004
#> SRR1070813 2 0.2286 0.8563 0.000 0.888 0.108 0.000 0.004
#> SRR1389133 4 0.1956 0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR601263 5 0.3561 0.8376 0.000 0.000 0.260 0.000 0.740
#> SRR604718 5 0.4734 0.7254 0.000 0.000 0.108 0.160 0.732
#> SRR1481351 3 0.1671 0.7418 0.000 0.076 0.924 0.000 0.000
#> SRR1334608 3 0.3452 0.6806 0.000 0.244 0.756 0.000 0.000
#> SRR658681 3 0.3684 0.6442 0.000 0.280 0.720 0.000 0.000
#> SRR809283 4 0.1956 0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR1459300 1 0.1774 0.9185 0.932 0.000 0.016 0.000 0.052
#> SRR1392547 2 0.2605 0.8075 0.000 0.852 0.148 0.000 0.000
#> SRR811049 5 0.3534 0.8379 0.000 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1464835 4 0.1956 0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR1339619 3 0.3691 0.7318 0.000 0.076 0.820 0.000 0.104
#> SRR658501 5 0.4249 0.6768 0.000 0.000 0.432 0.000 0.568
#> SRR1447523 5 0.4876 0.6591 0.000 0.000 0.080 0.220 0.700
#> SRR1415048 1 0.0162 0.9190 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1355451 1 0.1753 0.9092 0.936 0.000 0.000 0.032 0.032
#> SRR1444348 3 0.3682 0.7287 0.000 0.072 0.820 0.000 0.108
#> SRR603890 2 0.0290 0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR810595 3 0.2983 0.7223 0.000 0.076 0.868 0.000 0.056
#> SRR1446244 5 0.3837 0.7660 0.000 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR817373 5 0.3177 0.8315 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1457291 3 0.4238 0.7443 0.000 0.136 0.776 0.000 0.088
#> SRR598220 5 0.3177 0.8315 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1477991 3 0.4430 0.3209 0.000 0.456 0.540 0.000 0.004
#> SRR598172 2 0.0290 0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1349032 5 0.3612 0.7947 0.000 0.000 0.268 0.000 0.732
#> SRR604002 2 0.0290 0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1378026 3 0.2983 0.7223 0.000 0.076 0.868 0.000 0.056
#> SRR1404401 2 0.0290 0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1333240 2 0.0290 0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1089399 2 0.0290 0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR603421 2 0.0290 0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR812562 1 0.1915 0.9083 0.928 0.000 0.000 0.040 0.032
#> SRR808520 3 0.3684 0.6442 0.000 0.280 0.720 0.000 0.000
#> SRR811839 1 0.3752 0.8949 0.804 0.000 0.048 0.000 0.148
#> SRR814317 2 0.0290 0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1436763 4 0.1956 0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR1486021 3 0.4522 0.7151 0.000 0.196 0.736 0.000 0.068
#> SRR1465018 2 0.0290 0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1080998 5 0.3508 0.8379 0.000 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR1083432 3 0.2983 0.7223 0.000 0.076 0.868 0.000 0.056
#> SRR1082833 1 0.3477 0.9010 0.824 0.000 0.040 0.000 0.136
#> SRR1465804 1 0.2344 0.9056 0.904 0.000 0.000 0.064 0.032
#> SRR1326536 5 0.3857 0.8239 0.000 0.000 0.312 0.000 0.688
#> SRR614011 3 0.3691 0.7318 0.000 0.076 0.820 0.000 0.104
#> SRR1365873 3 0.4304 0.2390 0.000 0.484 0.516 0.000 0.000
#> SRR1498789 3 0.4297 0.2774 0.000 0.472 0.528 0.000 0.000
#> SRR601581 5 0.3177 0.8315 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR603566 2 0.1851 0.8790 0.000 0.912 0.088 0.000 0.000
#> SRR1373981 1 0.3875 0.8904 0.792 0.000 0.048 0.000 0.160
#> SRR821410 3 0.4440 0.2861 0.000 0.468 0.528 0.000 0.004
#> SRR1076511 4 0.1956 0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR614143 5 0.4182 0.7328 0.000 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1333570 5 0.5127 0.6899 0.000 0.000 0.124 0.184 0.692
#> SRR1366813 2 0.3906 0.5317 0.000 0.704 0.292 0.000 0.004
#> SRR1388746 1 0.3400 0.9019 0.828 0.000 0.036 0.000 0.136
#> SRR1420558 4 0.1956 0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR1409510 3 0.3760 0.5236 0.000 0.028 0.784 0.000 0.188
#> SRR816250 3 0.4287 0.3130 0.000 0.460 0.540 0.000 0.000
#> SRR614131 5 0.3730 0.7726 0.000 0.000 0.288 0.000 0.712
#> SRR1331130 1 0.1992 0.9079 0.924 0.000 0.000 0.044 0.032
#> SRR1316015 5 0.4060 0.7833 0.000 0.000 0.360 0.000 0.640
#> SRR1470798 3 0.2983 0.7223 0.000 0.076 0.868 0.000 0.056
#> SRR614179 2 0.0290 0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1474863 2 0.0290 0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR813560 3 0.4430 0.3209 0.000 0.456 0.540 0.000 0.004
#> SRR1312187 5 0.4761 0.7637 0.000 0.000 0.144 0.124 0.732
#> SRR1420960 3 0.2983 0.7223 0.000 0.076 0.868 0.000 0.056
#> SRR1355102 5 0.3857 0.8239 0.000 0.000 0.312 0.000 0.688
#> SRR1084577 3 0.2983 0.7223 0.000 0.076 0.868 0.000 0.056
#> SRR659971 3 0.3691 0.7318 0.000 0.076 0.820 0.000 0.104
#> SRR1350855 4 0.1956 0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR820779 5 0.3837 0.8263 0.000 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR1476300 5 0.3837 0.8263 0.000 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR1090907 5 0.4879 0.7162 0.000 0.000 0.108 0.176 0.716
#> SRR662294 2 0.0290 0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1480789 2 0.0290 0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1336263 4 0.1956 0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR660776 1 0.4586 0.8807 0.756 0.004 0.068 0.004 0.168
#> SRR1090508 2 0.0404 0.9424 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR615563 4 0.1956 0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR1101175 1 0.2079 0.9172 0.916 0.000 0.020 0.000 0.064
#> SRR2164650 2 0.2074 0.8615 0.000 0.896 0.104 0.000 0.000
#> SRR1431205 2 0.0703 0.9350 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1339856 5 0.3177 0.8315 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1352147 3 0.3691 0.7318 0.000 0.076 0.820 0.000 0.104
#> SRR808968 1 0.0703 0.9197 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR627419 2 0.0290 0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1402391 1 0.3355 0.9032 0.832 0.000 0.036 0.000 0.132
#> SRR663609 2 0.0290 0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR2167857 2 0.0290 0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1398752 1 0.3400 0.9019 0.828 0.000 0.036 0.000 0.136
#> SRR1469169 1 0.4450 0.8950 0.772 0.004 0.004 0.072 0.148
#> SRR1405437 2 0.1478 0.9030 0.000 0.936 0.064 0.000 0.000
#> SRR1416955 1 0.2792 0.9020 0.884 0.004 0.000 0.072 0.040
#> SRR1317064 5 0.3730 0.7751 0.000 0.000 0.288 0.000 0.712
#> SRR659001 4 0.3835 0.7301 0.000 0.000 0.008 0.732 0.260
#> SRR2170696 4 0.1956 0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR816589 3 0.2770 0.7278 0.000 0.076 0.880 0.000 0.044
#> SRR1087487 3 0.3612 0.6554 0.000 0.268 0.732 0.000 0.000
#> SRR1329485 3 0.3413 0.6384 0.000 0.044 0.832 0.000 0.124
#> SRR816920 4 0.3861 0.7234 0.000 0.000 0.008 0.728 0.264
#> SRR1341432 1 0.4238 0.8852 0.768 0.000 0.068 0.000 0.164
#> SRR1361590 4 0.1956 0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR817046 3 0.3760 0.5236 0.000 0.028 0.784 0.000 0.188
#> SRR1471331 3 0.2983 0.7223 0.000 0.076 0.868 0.000 0.056
#> SRR660788 4 0.1956 0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR819234 1 0.1168 0.9129 0.960 0.000 0.000 0.008 0.032
#> SRR810853 2 0.0290 0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR809427 5 0.4751 0.7710 0.000 0.000 0.152 0.116 0.732
#> SRR2170217 4 0.1956 0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR1386967 3 0.2983 0.7223 0.000 0.076 0.868 0.000 0.056
#> SRR1420344 3 0.3691 0.7318 0.000 0.076 0.820 0.000 0.104
#> SRR1334535 1 0.2694 0.9018 0.884 0.000 0.000 0.076 0.040
#> SRR614503 5 0.4378 0.6005 0.000 0.000 0.036 0.248 0.716
#> SRR602564 5 0.3210 0.8325 0.000 0.000 0.212 0.000 0.788
#> SRR1420669 4 0.1956 0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR819024 5 0.3837 0.8263 0.000 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR656223 2 0.2230 0.8464 0.000 0.884 0.116 0.000 0.000
#> SRR608428 3 0.4287 0.3130 0.000 0.460 0.540 0.000 0.000
#> SRR1345647 1 0.2067 0.9076 0.920 0.000 0.000 0.048 0.032
#> SRR1389324 2 0.0290 0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1361368 3 0.3565 0.6495 0.000 0.024 0.800 0.000 0.176
#> SRR1322619 3 0.4430 0.3209 0.000 0.456 0.540 0.000 0.004
#> SRR1349276 4 0.1956 0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR1404024 1 0.2792 0.9020 0.884 0.004 0.000 0.072 0.040
#> SRR1370637 2 0.3969 0.5011 0.000 0.692 0.304 0.000 0.004
#> SRR1452631 4 0.1956 0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR608392 2 0.2179 0.8493 0.000 0.888 0.112 0.000 0.000
#> SRR1357757 5 0.3561 0.8376 0.000 0.000 0.260 0.000 0.740
#> SRR1074646 4 0.1956 0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR1367499 3 0.2983 0.7223 0.000 0.076 0.868 0.000 0.056
#> SRR1343501 3 0.3143 0.7159 0.000 0.204 0.796 0.000 0.000
#> SRR1394406 5 0.4147 0.4875 0.000 0.000 0.008 0.316 0.676
#> SRR1381435 3 0.3661 0.6483 0.000 0.276 0.724 0.000 0.000
#> SRR1467407 1 0.3477 0.9014 0.824 0.000 0.040 0.000 0.136
#> SRR1092422 2 0.0290 0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1380270 2 0.0290 0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1091817 2 0.1043 0.9236 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR1440137 3 0.4288 0.4825 0.000 0.384 0.612 0.000 0.004
#> SRR614311 5 0.3521 0.8201 0.000 0.000 0.232 0.004 0.764
#> SRR1407516 5 0.3177 0.8315 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR815494 3 0.4367 -0.0912 0.000 0.008 0.620 0.000 0.372
#> SRR1333209 5 0.4724 0.7808 0.000 0.000 0.164 0.104 0.732
#> SRR615177 4 0.1956 0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR1099648 2 0.3707 0.5574 0.000 0.716 0.284 0.000 0.000
#> SRR659720 3 0.4856 -0.0102 0.000 0.028 0.584 0.000 0.388
#> SRR2185057 1 0.3253 0.9095 0.864 0.000 0.012 0.068 0.056
#> SRR1467125 1 0.2792 0.9020 0.884 0.004 0.000 0.072 0.040
#> SRR657468 4 0.1956 0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR660042 4 0.1956 0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR2170864 3 0.3772 0.7413 0.000 0.172 0.792 0.000 0.036
#> SRR1440491 5 0.3177 0.8315 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1440852 3 0.3317 0.6493 0.000 0.044 0.840 0.000 0.116
#> SRR811169 1 0.3681 0.8959 0.808 0.000 0.044 0.000 0.148
#> SRR1331311 5 0.4757 0.7674 0.000 0.000 0.148 0.120 0.732
#> SRR818009 1 0.2669 0.9126 0.876 0.000 0.020 0.000 0.104
#> SRR1351836 2 0.1043 0.9236 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR1498313 2 0.0290 0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1441975 2 0.0703 0.9350 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR819096 1 0.1753 0.9092 0.936 0.000 0.000 0.032 0.032
#> SRR1073679 3 0.4540 0.3827 0.000 0.024 0.656 0.000 0.320
#> SRR1489116 3 0.4287 0.3130 0.000 0.460 0.540 0.000 0.000
#> SRR1354138 3 0.2983 0.7223 0.000 0.076 0.868 0.000 0.056
#> SRR1490589 5 0.4425 0.5344 0.000 0.000 0.024 0.296 0.680
#> SRR1412987 4 0.1956 0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR602034 3 0.3844 0.5752 0.000 0.044 0.792 0.000 0.164
#> SRR1353437 1 0.0510 0.9193 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1072871 5 0.3816 0.8128 0.000 0.000 0.304 0.000 0.696
#> SRR661577 5 0.4283 0.4291 0.000 0.000 0.008 0.348 0.644
#> SRR612190 5 0.4376 0.7514 0.000 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR1399880 1 0.1997 0.9089 0.924 0.000 0.000 0.040 0.036
#> SRR1101787 5 0.4309 0.4969 0.000 0.000 0.016 0.308 0.676
#> SRR657869 1 0.4586 0.8807 0.756 0.004 0.068 0.004 0.168
#> SRR1446332 1 0.0740 0.9205 0.980 0.000 0.008 0.004 0.008
#> SRR816039 1 0.4238 0.8852 0.768 0.000 0.068 0.000 0.164
#> SRR1485141 3 0.2983 0.7223 0.000 0.076 0.868 0.000 0.056
#> SRR1476697 1 0.0510 0.9167 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1379538 5 0.4734 0.7254 0.000 0.000 0.108 0.160 0.732
#> SRR1331422 1 0.1739 0.9148 0.940 0.004 0.000 0.024 0.032
#> SRR660859 5 0.4298 0.4218 0.000 0.000 0.008 0.352 0.640
#> SRR1097594 1 0.1892 0.9193 0.916 0.000 0.004 0.000 0.080
#> SRR1311419 3 0.3527 0.7368 0.000 0.116 0.828 0.000 0.056
#> SRR1336706 2 0.2074 0.8590 0.000 0.896 0.104 0.000 0.000
#> SRR1472976 5 0.4283 0.4291 0.000 0.000 0.008 0.348 0.644
#> SRR1321307 1 0.4414 0.8838 0.764 0.004 0.072 0.000 0.160
#> SRR807493 1 0.2079 0.9172 0.916 0.000 0.020 0.000 0.064
#> SRR812461 3 0.2983 0.6988 0.000 0.056 0.868 0.000 0.076
#> SRR1477149 2 0.0290 0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1457397 2 0.0290 0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR661913 5 0.5136 0.6931 0.000 0.000 0.128 0.180 0.692
#> SRR1069024 2 0.0290 0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR2165634 1 0.1356 0.9204 0.956 0.000 0.012 0.004 0.028
#> SRR1478722 5 0.3966 0.8069 0.000 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR1328642 2 0.0290 0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1488261 4 0.4147 0.6286 0.000 0.000 0.008 0.676 0.316
#> SRR1318815 4 0.1956 0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR816945 1 0.4414 0.8838 0.764 0.004 0.072 0.000 0.160
#> SRR1367432 4 0.1956 0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR1359280 2 0.0290 0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1313910 3 0.3691 0.7318 0.000 0.076 0.820 0.000 0.104
#> SRR1457315 5 0.4639 0.6291 0.000 0.000 0.056 0.236 0.708
#> SRR815398 1 0.4510 0.8838 0.764 0.004 0.068 0.004 0.160
#> SRR656958 3 0.3164 0.6643 0.000 0.044 0.852 0.000 0.104
#> SRR600688 5 0.3210 0.8325 0.000 0.000 0.212 0.000 0.788
#> SRR1098952 1 0.1628 0.9195 0.936 0.000 0.008 0.000 0.056
#> SRR1314916 3 0.3760 0.5236 0.000 0.028 0.784 0.000 0.188
#> SRR614167 5 0.3857 0.8239 0.000 0.000 0.312 0.000 0.688
#> SRR1348114 5 0.3612 0.7961 0.000 0.000 0.268 0.000 0.732
#> SRR658033 3 0.3476 0.7366 0.000 0.076 0.836 0.000 0.088
#> SRR1077503 3 0.1671 0.7418 0.000 0.076 0.924 0.000 0.000
#> SRR661854 5 0.4161 0.7447 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR811379 5 0.4948 0.7107 0.000 0.000 0.108 0.184 0.708
#> SRR1318857 3 0.4624 0.7303 0.000 0.164 0.740 0.000 0.096
#> SRR656445 3 0.3636 0.6533 0.000 0.272 0.728 0.000 0.000
#> SRR1433044 2 0.0290 0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1486391 1 0.0955 0.9141 0.968 0.000 0.000 0.004 0.028
#> SRR656071 4 0.1956 0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR1364824 1 0.0566 0.9183 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1379133 1 0.1168 0.9129 0.960 0.000 0.000 0.008 0.032
#> SRR1394169 1 0.1106 0.9199 0.964 0.000 0.012 0.000 0.024
#> SRR816745 2 0.0290 0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR601038 2 0.0290 0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1360080 1 0.2813 0.9112 0.868 0.000 0.024 0.000 0.108
#> SRR814868 5 0.4313 0.4137 0.000 0.000 0.008 0.356 0.636
#> SRR1485997 1 0.0290 0.9176 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1435560 4 0.3835 0.7301 0.000 0.000 0.008 0.732 0.260
#> SRR1333330 1 0.2792 0.9020 0.884 0.004 0.000 0.072 0.040
#> SRR663513 4 0.2707 0.8992 0.000 0.000 0.008 0.860 0.132
#> SRR1328407 2 0.4182 0.2089 0.000 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR602784 2 0.1121 0.9200 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000
#> SRR1348468 4 0.1956 0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR663717 5 0.4751 0.7348 0.000 0.000 0.116 0.152 0.732
#> SRR602217 2 0.4306 -0.1696 0.000 0.508 0.492 0.000 0.000
#> SRR603140 5 0.3534 0.8379 0.000 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1340804 1 0.1992 0.9079 0.924 0.000 0.000 0.044 0.032
#> SRR1457574 3 0.4449 -0.4887 0.000 0.004 0.512 0.000 0.484
#> SRR1333462 2 0.0290 0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1094601 1 0.0290 0.9192 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1434610 4 0.4425 0.4330 0.000 0.000 0.008 0.600 0.392
#> SRR1435833 5 0.4138 0.5492 0.000 0.000 0.016 0.276 0.708
#> SRR1398728 3 0.3691 0.7318 0.000 0.076 0.820 0.000 0.104
#> SRR1358343 4 0.1956 0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR1410890 3 0.4022 0.7382 0.000 0.100 0.796 0.000 0.104
#> SRR1350371 1 0.2722 0.9120 0.872 0.000 0.020 0.000 0.108
#> SRR1392478 3 0.4876 0.4471 0.000 0.396 0.576 0.000 0.028
#> SRR1099260 3 0.3684 0.6442 0.000 0.280 0.720 0.000 0.000
#> SRR1433576 3 0.3875 0.6925 0.000 0.048 0.792 0.000 0.160
#> SRR1345541 5 0.4341 0.3936 0.000 0.000 0.008 0.364 0.628
#> SRR1086328 1 0.4414 0.8838 0.764 0.004 0.072 0.000 0.160
#> SRR810391 5 0.3837 0.8263 0.000 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR1476207 5 0.3534 0.8379 0.000 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR627435 3 0.3116 0.7157 0.000 0.076 0.860 0.000 0.064
#> SRR1489862 1 0.2535 0.9048 0.892 0.000 0.000 0.076 0.032
#> SRR1419086 1 0.1872 0.9183 0.928 0.000 0.020 0.000 0.052
#> SRR1436539 1 0.1992 0.9079 0.924 0.000 0.000 0.044 0.032
#> SRR1396191 5 0.3837 0.8263 0.000 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR1490115 5 0.3837 0.8263 0.000 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR1377714 5 0.3684 0.7928 0.000 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR819394 1 0.1992 0.9079 0.924 0.000 0.000 0.044 0.032
#> SRR663161 4 0.1956 0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR607042 2 0.0290 0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR656203 5 0.3796 0.7671 0.000 0.000 0.300 0.000 0.700
#> SRR660602 3 0.1671 0.7418 0.000 0.076 0.924 0.000 0.000
#> SRR1440397 1 0.3948 0.8982 0.808 0.000 0.004 0.076 0.112
#> SRR1369264 1 0.3752 0.8949 0.804 0.000 0.048 0.000 0.148
#> SRR809233 1 0.4238 0.8852 0.768 0.000 0.068 0.000 0.164
#> SRR663249 3 0.4914 0.7006 0.000 0.204 0.704 0.000 0.092
#> SRR661242 3 0.4306 -0.2312 0.000 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR1332007 2 0.0290 0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR809619 3 0.3551 0.6997 0.000 0.044 0.820 0.000 0.136
#> SRR819975 1 0.0290 0.9176 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR599281 2 0.0290 0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR662366 5 0.3837 0.8263 0.000 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR1317898 5 0.3837 0.8263 0.000 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR1382485 5 0.3333 0.8327 0.000 0.000 0.208 0.004 0.788
#> SRR2166420 1 0.1285 0.9141 0.956 0.000 0.004 0.004 0.036
#> SRR1419429 1 0.4981 0.8867 0.740 0.004 0.024 0.056 0.176
#> SRR1092541 3 0.3760 0.5236 0.000 0.028 0.784 0.000 0.188
#> SRR817444 3 0.3689 0.6711 0.000 0.256 0.740 0.000 0.004
#> SRR1320403 2 0.0290 0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1101483 3 0.3519 0.5830 0.000 0.008 0.776 0.000 0.216
#> SRR1331684 3 0.2983 0.7223 0.000 0.076 0.868 0.000 0.056
#> SRR1400054 4 0.1956 0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR1406088 3 0.3691 0.7318 0.000 0.076 0.820 0.000 0.104
#> SRR820733 4 0.1956 0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR1314113 4 0.1956 0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR1382615 2 0.2127 0.8542 0.000 0.892 0.108 0.000 0.000
#> SRR1480745 1 0.0510 0.9193 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1468850 3 0.4287 0.3130 0.000 0.460 0.540 0.000 0.000
#> SRR656782 5 0.3661 0.8354 0.000 0.000 0.276 0.000 0.724
#> SRR821364 1 0.3477 0.9014 0.824 0.000 0.040 0.000 0.136
#> SRR1101106 1 0.4313 0.8826 0.760 0.000 0.068 0.000 0.172
#> SRR659295 2 0.0290 0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1357103 2 0.0290 0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR809185 5 0.3752 0.7702 0.000 0.000 0.292 0.000 0.708
#> SRR811583 5 0.4430 0.5917 0.000 0.000 0.036 0.256 0.708
#> SRR1468050 1 0.2067 0.9076 0.920 0.000 0.000 0.048 0.032
#> SRR1440224 3 0.4425 0.3315 0.000 0.452 0.544 0.000 0.004
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1500170 5 0.2048 0.80778 0.000 0.120 0.000 0.000 0.880 0.000
#> SRR1402368 4 0.3894 0.67918 0.000 0.000 0.220 0.740 0.004 0.036
#> SRR607743 3 0.4208 -0.06031 0.000 0.008 0.536 0.452 0.004 0.000
#> SRR1457375 5 0.2941 0.69804 0.000 0.220 0.000 0.000 0.780 0.000
#> SRR1470923 1 0.1218 0.88326 0.956 0.012 0.028 0.000 0.000 0.004
#> SRR817954 1 0.3867 0.86679 0.784 0.020 0.152 0.044 0.000 0.000
#> SRR809259 1 0.3930 0.86544 0.780 0.020 0.152 0.048 0.000 0.000
#> SRR1439785 4 0.3668 0.59662 0.000 0.000 0.328 0.668 0.004 0.000
#> SRR814768 1 0.0551 0.88853 0.984 0.004 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR1102031 2 0.5583 0.31132 0.000 0.580 0.292 0.104 0.024 0.000
#> SRR1363611 4 0.5052 0.43742 0.000 0.088 0.308 0.600 0.004 0.000
#> SRR1468447 5 0.0000 0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071931 4 0.4014 0.57661 0.000 0.024 0.276 0.696 0.004 0.000
#> SRR810981 1 0.4051 0.86321 0.772 0.020 0.152 0.056 0.000 0.000
#> SRR615299 5 0.0000 0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663585 2 0.4903 -0.00816 0.000 0.472 0.468 0.000 0.060 0.000
#> SRR1326773 2 0.3578 0.69619 0.000 0.812 0.088 0.008 0.092 0.000
#> SRR1351166 2 0.2706 0.70592 0.000 0.832 0.000 0.008 0.160 0.000
#> SRR1477452 1 0.0146 0.88927 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720 3 0.4147 0.56815 0.000 0.304 0.668 0.004 0.024 0.000
#> SRR1420320 4 0.3177 0.71775 0.000 0.024 0.040 0.856 0.004 0.076
#> SRR1081712 5 0.0000 0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318241 4 0.3769 0.55413 0.000 0.000 0.356 0.640 0.004 0.000
#> SRR1333718 5 0.4263 0.38936 0.000 0.376 0.024 0.000 0.600 0.000
#> SRR1313514 5 0.0000 0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477861 5 0.0000 0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318005 5 0.0000 0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354665 2 0.2632 0.70612 0.000 0.832 0.000 0.004 0.164 0.000
#> SRR657707 4 0.3136 0.67773 0.000 0.000 0.228 0.768 0.004 0.000
#> SRR1370742 3 0.3930 0.01653 0.000 0.000 0.576 0.420 0.004 0.000
#> SRR1412947 2 0.4733 0.45700 0.000 0.668 0.264 0.044 0.024 0.000
#> SRR661553 4 0.2540 0.71201 0.000 0.000 0.020 0.872 0.004 0.104
#> SRR1328869 1 0.0405 0.88878 0.988 0.004 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR662211 5 0.0000 0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348181 3 0.3913 0.67743 0.000 0.200 0.756 0.020 0.024 0.000
#> SRR1416560 4 0.3955 0.41559 0.000 0.000 0.436 0.560 0.004 0.000
#> SRR1319772 3 0.3848 0.42853 0.000 0.012 0.692 0.292 0.004 0.000
#> SRR1091452 4 0.4182 0.51734 0.000 0.024 0.312 0.660 0.004 0.000
#> SRR1338812 1 0.2288 0.87293 0.896 0.072 0.028 0.000 0.000 0.004
#> SRR1392072 5 0.0000 0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR814844 6 0.0692 0.96707 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004 0.976
#> SRR1376619 3 0.3650 0.66689 0.000 0.216 0.756 0.004 0.024 0.000
#> SRR603690 2 0.5493 0.19973 0.000 0.544 0.356 0.076 0.024 0.000
#> SRR2184980 2 0.3101 0.64857 0.000 0.756 0.000 0.000 0.244 0.000
#> SRR613963 6 0.0692 0.96707 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004 0.976
#> SRR1323422 1 0.0260 0.88940 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673 3 0.4078 0.53972 0.000 0.320 0.656 0.000 0.024 0.000
#> SRR1434650 5 0.0000 0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659875 5 0.0000 0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465734 3 0.3975 0.57843 0.000 0.048 0.744 0.204 0.004 0.000
#> SRR1076847 5 0.0000 0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415072 1 0.2344 0.87207 0.892 0.076 0.028 0.000 0.000 0.004
#> SRR659319 2 0.4728 0.64302 0.000 0.680 0.176 0.000 0.144 0.000
#> SRR663088 6 0.0837 0.96638 0.000 0.000 0.004 0.020 0.004 0.972
#> SRR1352021 1 0.1565 0.88177 0.940 0.028 0.028 0.000 0.000 0.004
#> SRR1325527 1 0.1881 0.88978 0.928 0.020 0.040 0.008 0.000 0.004
#> SRR1105369 1 0.3867 0.86679 0.784 0.020 0.152 0.044 0.000 0.000
#> SRR659935 4 0.3199 0.71856 0.000 0.024 0.068 0.856 0.004 0.048
#> SRR1352530 3 0.4214 0.54187 0.000 0.320 0.652 0.004 0.024 0.000
#> SRR662594 4 0.2994 0.68758 0.000 0.000 0.208 0.788 0.004 0.000
#> SRR1095309 1 0.5070 0.83293 0.680 0.024 0.184 0.112 0.000 0.000
#> SRR615647 3 0.3916 0.68409 0.000 0.192 0.760 0.032 0.016 0.000
#> SRR813019 2 0.3390 0.57898 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296 0.000
#> SRR1374647 2 0.3828 0.20180 0.000 0.560 0.000 0.000 0.440 0.000
#> SRR603472 5 0.0000 0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661529 4 0.3721 0.48015 0.000 0.000 0.004 0.684 0.004 0.308
#> SRR607018 2 0.4154 0.68889 0.000 0.740 0.096 0.000 0.164 0.000
#> SRR627423 4 0.4174 0.34405 0.000 0.016 0.000 0.628 0.004 0.352
#> SRR654921 6 0.0692 0.96707 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004 0.976
#> SRR1418968 1 0.3894 0.86786 0.792 0.020 0.140 0.044 0.000 0.004
#> SRR660871 4 0.3989 0.34277 0.000 0.000 0.468 0.528 0.004 0.000
#> SRR1330522 3 0.4348 0.67294 0.000 0.124 0.748 0.116 0.012 0.000
#> SRR1499958 2 0.3532 0.65572 0.000 0.828 0.092 0.044 0.036 0.000
#> SRR614059 6 0.1285 0.95883 0.000 0.000 0.000 0.052 0.004 0.944
#> SRR1071403 1 0.2288 0.87293 0.896 0.072 0.028 0.000 0.000 0.004
#> SRR1486719 5 0.0000 0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440421 5 0.0000 0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310412 4 0.3513 0.70827 0.000 0.000 0.084 0.812 0.004 0.100
#> SRR614767 2 0.3620 0.44275 0.000 0.648 0.000 0.000 0.352 0.000
#> SRR820709 1 0.3776 0.87068 0.792 0.024 0.148 0.036 0.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.3946 0.86692 0.780 0.024 0.152 0.044 0.000 0.000
#> SRR658093 2 0.4046 0.66405 0.000 0.748 0.168 0.000 0.084 0.000
#> SRR1088168 2 0.4154 0.67887 0.000 0.744 0.144 0.000 0.112 0.000
#> SRR1418707 5 0.0000 0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354291 5 0.0000 0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2165806 1 0.2034 0.89074 0.924 0.024 0.032 0.008 0.000 0.012
#> SRR1415684 4 0.3177 0.71775 0.000 0.024 0.040 0.856 0.004 0.076
#> SRR1433860 2 0.4874 0.47473 0.000 0.608 0.308 0.000 0.084 0.000
#> SRR1311062 5 0.0000 0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360359 1 0.1421 0.88284 0.944 0.028 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385 3 0.4111 0.57927 0.000 0.296 0.676 0.004 0.024 0.000
#> SRR615407 5 0.3817 0.27708 0.000 0.432 0.000 0.000 0.568 0.000
#> SRR1413892 2 0.4279 0.67940 0.000 0.732 0.140 0.000 0.128 0.000
#> SRR1443459 2 0.5876 0.27405 0.000 0.556 0.272 0.148 0.024 0.000
#> SRR1338942 1 0.1230 0.88402 0.956 0.008 0.028 0.000 0.000 0.008
#> SRR657480 3 0.3881 0.64283 0.000 0.252 0.720 0.004 0.024 0.000
#> SRR1399433 4 0.3239 0.68765 0.000 0.024 0.164 0.808 0.004 0.000
#> SRR818537 5 0.0000 0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101324 6 0.0692 0.96707 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004 0.976
#> SRR807637 6 0.1429 0.95890 0.000 0.000 0.004 0.052 0.004 0.940
#> SRR1091918 1 0.4051 0.86321 0.772 0.020 0.152 0.056 0.000 0.000
#> SRR598300 6 0.1082 0.96485 0.000 0.000 0.000 0.040 0.004 0.956
#> SRR1085426 1 0.3867 0.86828 0.792 0.020 0.144 0.040 0.000 0.004
#> SRR1376294 2 0.3547 0.48237 0.000 0.668 0.000 0.000 0.332 0.000
#> SRR813891 1 0.1485 0.88198 0.944 0.024 0.028 0.000 0.000 0.004
#> SRR1467431 2 0.4576 0.50214 0.000 0.696 0.236 0.044 0.024 0.000
#> SRR658742 6 0.0692 0.96707 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004 0.976
#> SRR1419234 1 0.5188 0.83239 0.680 0.024 0.176 0.116 0.000 0.004
#> SRR1404813 2 0.2854 0.68547 0.000 0.792 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR603496 2 0.4355 0.25365 0.000 0.556 0.420 0.000 0.024 0.000
#> SRR1407758 3 0.4561 0.24543 0.000 0.428 0.536 0.000 0.036 0.000
#> SRR810945 2 0.3784 0.67017 0.000 0.776 0.144 0.000 0.080 0.000
#> SRR817234 5 0.0000 0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444852 3 0.4284 0.65615 0.000 0.108 0.748 0.136 0.008 0.000
#> SRR660378 3 0.4252 0.41729 0.000 0.372 0.604 0.000 0.024 0.000
#> SRR1467835 2 0.3535 0.67782 0.000 0.832 0.068 0.040 0.060 0.000
#> SRR1338964 4 0.3528 0.62801 0.000 0.000 0.296 0.700 0.004 0.000
#> SRR1079259 4 0.2766 0.70465 0.000 0.020 0.124 0.852 0.004 0.000
#> SRR1072345 4 0.3695 0.70036 0.000 0.000 0.176 0.776 0.004 0.044
#> SRR598725 4 0.4361 0.40595 0.000 0.000 0.436 0.544 0.004 0.016
#> SRR1447938 1 0.0551 0.89039 0.984 0.004 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR1356397 1 0.3957 0.86710 0.788 0.020 0.140 0.048 0.000 0.004
#> SRR1360460 4 0.2964 0.63314 0.000 0.000 0.000 0.792 0.004 0.204
#> SRR1429468 5 0.0000 0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446850 2 0.2996 0.66724 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228 0.000
#> SRR1320363 3 0.3877 0.57200 0.000 0.040 0.748 0.208 0.004 0.000
#> SRR1413810 3 0.4561 0.24543 0.000 0.428 0.536 0.000 0.036 0.000
#> SRR598831 2 0.2632 0.70612 0.000 0.832 0.000 0.004 0.164 0.000
#> SRR1381865 1 0.1116 0.88373 0.960 0.008 0.028 0.000 0.000 0.004
#> SRR660957 4 0.3989 0.34277 0.000 0.000 0.468 0.528 0.004 0.000
#> SRR1491332 2 0.4174 0.68897 0.000 0.736 0.092 0.000 0.172 0.000
#> SRR1099744 5 0.3076 0.68123 0.000 0.240 0.000 0.000 0.760 0.000
#> SRR1464618 4 0.2848 0.70317 0.000 0.024 0.124 0.848 0.004 0.000
#> SRR1414559 6 0.0837 0.96638 0.000 0.000 0.004 0.020 0.004 0.972
#> SRR1337540 6 0.0837 0.96638 0.000 0.000 0.004 0.020 0.004 0.972
#> SRR1444283 1 0.2173 0.87539 0.904 0.064 0.028 0.000 0.000 0.004
#> SRR2184942 4 0.3982 0.36024 0.000 0.000 0.460 0.536 0.004 0.000
#> SRR660295 1 0.5376 0.82251 0.660 0.028 0.192 0.116 0.000 0.004
#> SRR601335 2 0.5149 0.10383 0.000 0.476 0.440 0.000 0.084 0.000
#> SRR1363742 2 0.4680 0.55513 0.000 0.652 0.264 0.000 0.084 0.000
#> SRR1345847 2 0.5239 0.44069 0.000 0.644 0.236 0.096 0.024 0.000
#> SRR614960 6 0.1531 0.94859 0.000 0.000 0.000 0.068 0.004 0.928
#> SRR819919 1 0.4137 0.86509 0.776 0.020 0.140 0.060 0.000 0.004
#> SRR603330 5 0.0000 0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327951 1 0.5188 0.83239 0.680 0.024 0.176 0.116 0.000 0.004
#> SRR1401885 1 0.2288 0.87293 0.896 0.072 0.028 0.000 0.000 0.004
#> SRR1345266 2 0.5365 0.41574 0.000 0.628 0.244 0.104 0.024 0.000
#> SRR1338055 5 0.0000 0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430157 2 0.3532 0.65572 0.000 0.828 0.092 0.044 0.036 0.000
#> SRR1320137 2 0.5297 0.30937 0.000 0.588 0.320 0.068 0.024 0.000
#> SRR1093483 1 0.3867 0.86619 0.784 0.020 0.152 0.044 0.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.4735 0.83563 0.704 0.132 0.156 0.004 0.000 0.004
#> SRR1459913 4 0.3989 0.34277 0.000 0.000 0.468 0.528 0.004 0.000
#> SRR2170490 1 0.2279 0.89015 0.912 0.024 0.040 0.012 0.000 0.012
#> SRR1479845 3 0.5255 0.60166 0.000 0.152 0.632 0.208 0.008 0.000
#> SRR1436420 1 0.5188 0.83239 0.680 0.024 0.176 0.116 0.000 0.004
#> SRR1481060 5 0.0000 0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662282 2 0.4273 0.67646 0.000 0.732 0.148 0.000 0.120 0.000
#> SRR1487089 6 0.1010 0.96600 0.000 0.000 0.000 0.036 0.004 0.960
#> SRR1075683 1 0.2288 0.87293 0.896 0.072 0.028 0.000 0.000 0.004
#> SRR1338536 1 0.2803 0.88991 0.856 0.012 0.116 0.016 0.000 0.000
#> SRR1338880 2 0.5386 0.39577 0.000 0.620 0.256 0.100 0.024 0.000
#> SRR1453456 3 0.4130 0.57350 0.000 0.300 0.672 0.004 0.024 0.000
#> SRR1457895 1 0.1736 0.89015 0.936 0.020 0.032 0.008 0.000 0.004
#> SRR1440603 5 0.0000 0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658633 5 0.3684 0.44608 0.000 0.372 0.000 0.000 0.628 0.000
#> SRR1388081 3 0.6136 0.18048 0.000 0.208 0.396 0.388 0.008 0.000
#> SRR813339 3 0.3547 0.40684 0.000 0.000 0.696 0.300 0.004 0.000
#> SRR809725 1 0.1245 0.89267 0.952 0.016 0.032 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441 5 0.0000 0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613603 4 0.3401 0.64172 0.000 0.000 0.016 0.776 0.004 0.204
#> SRR1096571 5 0.1075 0.86298 0.000 0.048 0.000 0.000 0.952 0.000
#> SRR1392701 1 0.5188 0.83239 0.680 0.024 0.176 0.116 0.000 0.004
#> SRR1344326 1 0.1230 0.88402 0.956 0.008 0.028 0.000 0.000 0.008
#> SRR1367693 4 0.5875 0.16811 0.000 0.188 0.324 0.484 0.004 0.000
#> SRR660697 4 0.3473 0.67057 0.000 0.024 0.192 0.780 0.004 0.000
#> SRR1489926 3 0.3650 0.66689 0.000 0.216 0.756 0.004 0.024 0.000
#> SRR811491 3 0.3996 -0.22635 0.000 0.000 0.512 0.484 0.004 0.000
#> SRR1311644 6 0.0837 0.96638 0.000 0.000 0.004 0.020 0.004 0.972
#> SRR1451740 3 0.3731 0.52254 0.000 0.020 0.736 0.240 0.004 0.000
#> SRR615117 5 0.0000 0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1391748 6 0.1753 0.93685 0.000 0.000 0.000 0.084 0.004 0.912
#> SRR1466556 3 0.3586 0.45058 0.000 0.004 0.712 0.280 0.004 0.000
#> SRR614972 4 0.3986 0.35288 0.000 0.000 0.464 0.532 0.004 0.000
#> SRR1406200 1 0.0520 0.88854 0.984 0.008 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR819210 4 0.2492 0.71388 0.000 0.000 0.020 0.876 0.004 0.100
#> SRR662174 1 0.4971 0.83468 0.668 0.128 0.196 0.008 0.000 0.000
#> SRR811988 1 0.0551 0.89039 0.984 0.004 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR663236 4 0.2750 0.72160 0.000 0.000 0.048 0.868 0.004 0.080
#> SRR1312598 2 0.3050 0.65923 0.000 0.764 0.000 0.000 0.236 0.000
#> SRR1330129 5 0.0000 0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357781 5 0.0000 0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315517 5 0.0000 0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400032 3 0.3798 0.55927 0.000 0.032 0.748 0.216 0.004 0.000
#> SRR1413722 1 0.0508 0.88862 0.984 0.012 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827 3 0.3565 0.45766 0.000 0.004 0.716 0.276 0.004 0.000
#> SRR814794 1 0.5055 0.83575 0.664 0.124 0.200 0.012 0.000 0.000
#> SRR819430 1 0.1720 0.88167 0.928 0.040 0.032 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509 4 0.3782 0.37180 0.000 0.000 0.000 0.636 0.004 0.360
#> SRR808728 2 0.4164 0.68472 0.000 0.744 0.132 0.000 0.124 0.000
#> SRR1070813 5 0.3737 0.37066 0.000 0.392 0.000 0.000 0.608 0.000
#> SRR1389133 6 0.1700 0.93996 0.000 0.000 0.000 0.080 0.004 0.916
#> SRR601263 4 0.3136 0.67773 0.000 0.000 0.228 0.768 0.004 0.000
#> SRR604718 4 0.3108 0.71685 0.000 0.024 0.036 0.860 0.004 0.076
#> SRR1481351 3 0.4292 0.36558 0.000 0.388 0.588 0.000 0.024 0.000
#> SRR1334608 2 0.4594 0.60135 0.000 0.676 0.232 0.000 0.092 0.000
#> SRR658681 2 0.4196 0.67892 0.000 0.740 0.144 0.000 0.116 0.000
#> SRR809283 6 0.1010 0.96600 0.000 0.000 0.000 0.036 0.004 0.960
#> SRR1459300 1 0.2257 0.88956 0.912 0.020 0.044 0.016 0.000 0.008
#> SRR1392547 5 0.3872 0.38573 0.000 0.392 0.004 0.000 0.604 0.000
#> SRR811049 4 0.3136 0.67773 0.000 0.000 0.228 0.768 0.004 0.000
#> SRR1464835 6 0.0692 0.96707 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004 0.976
#> SRR1339619 2 0.5211 0.45807 0.000 0.652 0.224 0.100 0.024 0.000
#> SRR658501 3 0.3877 0.57200 0.000 0.040 0.748 0.208 0.004 0.000
#> SRR1447523 4 0.4180 0.68544 0.000 0.000 0.132 0.752 0.004 0.112
#> SRR1415048 1 0.0622 0.89108 0.980 0.008 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.1716 0.88066 0.932 0.036 0.028 0.000 0.000 0.004
#> SRR1444348 2 0.5820 0.21417 0.000 0.536 0.320 0.120 0.024 0.000
#> SRR603890 5 0.0000 0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR810595 3 0.4094 0.53209 0.000 0.324 0.652 0.000 0.024 0.000
#> SRR1446244 4 0.5479 0.34574 0.000 0.136 0.304 0.556 0.004 0.000
#> SRR817373 4 0.4182 0.51734 0.000 0.024 0.312 0.660 0.004 0.000
#> SRR1457291 2 0.3466 0.65660 0.000 0.832 0.092 0.040 0.036 0.000
#> SRR598220 4 0.4260 0.49667 0.000 0.024 0.332 0.640 0.004 0.000
#> SRR1477991 2 0.3050 0.65923 0.000 0.764 0.000 0.000 0.236 0.000
#> SRR598172 5 0.0000 0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349032 4 0.5185 0.43017 0.000 0.104 0.300 0.592 0.004 0.000
#> SRR604002 5 0.0000 0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378026 3 0.3834 0.64111 0.000 0.244 0.728 0.004 0.024 0.000
#> SRR1404401 5 0.0000 0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333240 5 0.2300 0.78779 0.000 0.144 0.000 0.000 0.856 0.000
#> SRR1089399 5 0.0000 0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR603421 5 0.2730 0.73894 0.000 0.192 0.000 0.000 0.808 0.000
#> SRR812562 1 0.2231 0.87411 0.900 0.068 0.028 0.000 0.000 0.004
#> SRR808520 2 0.4159 0.68112 0.000 0.744 0.140 0.000 0.116 0.000
#> SRR811839 1 0.4108 0.86250 0.768 0.020 0.152 0.060 0.000 0.000
#> SRR814317 5 0.0000 0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436763 6 0.0837 0.96638 0.000 0.000 0.004 0.020 0.004 0.972
#> SRR1486021 2 0.3524 0.67178 0.000 0.832 0.076 0.040 0.052 0.000
#> SRR1465018 5 0.0000 0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080998 4 0.3528 0.62801 0.000 0.000 0.296 0.700 0.004 0.000
#> SRR1083432 3 0.4198 0.54917 0.000 0.316 0.656 0.004 0.024 0.000
#> SRR1082833 1 0.3867 0.86619 0.784 0.020 0.152 0.044 0.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.2776 0.86501 0.860 0.104 0.032 0.000 0.000 0.004
#> SRR1326536 3 0.3547 0.40684 0.000 0.000 0.696 0.300 0.004 0.000
#> SRR614011 2 0.5324 0.42054 0.000 0.632 0.244 0.100 0.024 0.000
#> SRR1365873 2 0.3288 0.61432 0.000 0.724 0.000 0.000 0.276 0.000
#> SRR1498789 2 0.3076 0.65380 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240 0.000
#> SRR601581 4 0.2804 0.70419 0.000 0.024 0.120 0.852 0.004 0.000
#> SRR603566 5 0.3634 0.47785 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644 0.000
#> SRR1373981 1 0.4248 0.85589 0.752 0.020 0.168 0.060 0.000 0.000
#> SRR821410 2 0.3050 0.65923 0.000 0.764 0.000 0.000 0.236 0.000
#> SRR1076511 6 0.0837 0.96638 0.000 0.000 0.004 0.020 0.004 0.972
#> SRR614143 3 0.3997 0.55989 0.000 0.044 0.736 0.216 0.004 0.000
#> SRR1333570 4 0.4885 0.58126 0.000 0.000 0.260 0.644 0.004 0.092
#> SRR1366813 2 0.3547 0.48238 0.000 0.668 0.000 0.000 0.332 0.000
#> SRR1388746 1 0.3801 0.86728 0.788 0.020 0.152 0.040 0.000 0.000
#> SRR1420558 6 0.1010 0.96600 0.000 0.000 0.000 0.036 0.004 0.960
#> SRR1409510 3 0.3958 0.68169 0.000 0.196 0.756 0.028 0.020 0.000
#> SRR816250 2 0.3050 0.65923 0.000 0.764 0.000 0.000 0.236 0.000
#> SRR614131 3 0.5058 0.24828 0.000 0.068 0.536 0.392 0.004 0.000
#> SRR1331130 1 0.2344 0.87207 0.892 0.076 0.028 0.000 0.000 0.004
#> SRR1316015 3 0.3653 0.54049 0.000 0.020 0.748 0.228 0.004 0.000
#> SRR1470798 3 0.3650 0.66689 0.000 0.216 0.756 0.004 0.024 0.000
#> SRR614179 5 0.0000 0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1474863 5 0.0146 0.89407 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR813560 2 0.3050 0.65923 0.000 0.764 0.000 0.000 0.236 0.000
#> SRR1312187 4 0.3206 0.71883 0.000 0.024 0.064 0.856 0.004 0.052
#> SRR1420960 3 0.4198 0.54917 0.000 0.316 0.656 0.004 0.024 0.000
#> SRR1355102 3 0.3584 0.38738 0.000 0.000 0.688 0.308 0.004 0.000
#> SRR1084577 3 0.4094 0.53209 0.000 0.324 0.652 0.000 0.024 0.000
#> SRR659971 2 0.4552 0.50923 0.000 0.700 0.232 0.044 0.024 0.000
#> SRR1350855 6 0.2006 0.91961 0.000 0.000 0.000 0.104 0.004 0.892
#> SRR820779 3 0.3619 0.36677 0.000 0.000 0.680 0.316 0.004 0.000
#> SRR1476300 4 0.3975 0.37673 0.000 0.000 0.452 0.544 0.004 0.000
#> SRR1090907 4 0.3231 0.71673 0.000 0.024 0.040 0.852 0.004 0.080
#> SRR662294 5 0.0000 0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480789 5 0.0000 0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336263 6 0.2402 0.88040 0.000 0.000 0.000 0.140 0.004 0.856
#> SRR660776 1 0.5376 0.82251 0.660 0.028 0.192 0.116 0.000 0.004
#> SRR1090508 5 0.2823 0.72288 0.000 0.204 0.000 0.000 0.796 0.000
#> SRR615563 6 0.1010 0.96600 0.000 0.000 0.000 0.036 0.004 0.960
#> SRR1101175 1 0.2233 0.88891 0.912 0.020 0.044 0.020 0.000 0.004
#> SRR2164650 5 0.3672 0.44966 0.000 0.368 0.000 0.000 0.632 0.000
#> SRR1431205 5 0.3864 0.11300 0.000 0.480 0.000 0.000 0.520 0.000
#> SRR1339856 4 0.3239 0.68765 0.000 0.024 0.164 0.808 0.004 0.000
#> SRR1352147 2 0.4691 0.47019 0.000 0.676 0.256 0.044 0.024 0.000
#> SRR808968 1 0.1406 0.89102 0.952 0.016 0.020 0.004 0.000 0.008
#> SRR627419 5 0.0000 0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402391 1 0.3946 0.86692 0.780 0.024 0.152 0.044 0.000 0.000
#> SRR663609 5 0.2527 0.76401 0.000 0.168 0.000 0.000 0.832 0.000
#> SRR2167857 5 0.0000 0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398752 1 0.3801 0.86728 0.788 0.020 0.152 0.040 0.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.5102 0.83105 0.668 0.140 0.180 0.004 0.000 0.008
#> SRR1405437 2 0.3868 -0.03610 0.000 0.508 0.000 0.000 0.492 0.000
#> SRR1416955 1 0.3606 0.84998 0.808 0.132 0.048 0.004 0.000 0.008
#> SRR1317064 4 0.5442 0.26593 0.000 0.116 0.348 0.532 0.004 0.000
#> SRR659001 4 0.3923 0.21675 0.000 0.000 0.000 0.580 0.004 0.416
#> SRR2170696 6 0.1082 0.96485 0.000 0.000 0.000 0.040 0.004 0.956
#> SRR816589 3 0.4401 0.16487 0.000 0.464 0.512 0.000 0.024 0.000
#> SRR1087487 2 0.4827 0.58732 0.000 0.652 0.236 0.000 0.112 0.000
#> SRR1329485 3 0.3731 0.67005 0.000 0.212 0.756 0.008 0.024 0.000
#> SRR816920 4 0.3979 0.10273 0.000 0.000 0.000 0.540 0.004 0.456
#> SRR1341432 1 0.4850 0.83987 0.700 0.020 0.176 0.104 0.000 0.000
#> SRR1361590 6 0.0692 0.96707 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004 0.976
#> SRR817046 3 0.4136 0.68351 0.000 0.192 0.748 0.040 0.020 0.000
#> SRR1471331 3 0.4214 0.54187 0.000 0.320 0.652 0.004 0.024 0.000
#> SRR660788 6 0.1226 0.96484 0.000 0.000 0.004 0.040 0.004 0.952
#> SRR819234 1 0.1313 0.88311 0.952 0.016 0.028 0.000 0.000 0.004
#> SRR810853 5 0.0000 0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809427 4 0.3003 0.72266 0.000 0.012 0.068 0.864 0.004 0.052
#> SRR2170217 6 0.1010 0.96600 0.000 0.000 0.000 0.036 0.004 0.960
#> SRR1386967 3 0.4214 0.54187 0.000 0.320 0.652 0.004 0.024 0.000
#> SRR1420344 2 0.4501 0.52069 0.000 0.708 0.224 0.044 0.024 0.000
#> SRR1334535 1 0.3606 0.84998 0.808 0.132 0.048 0.004 0.000 0.008
#> SRR614503 4 0.2443 0.71458 0.000 0.000 0.020 0.880 0.004 0.096
#> SRR602564 4 0.3340 0.67413 0.000 0.016 0.196 0.784 0.004 0.000
#> SRR1420669 6 0.2100 0.91171 0.000 0.000 0.000 0.112 0.004 0.884
#> SRR819024 4 0.3991 0.33196 0.000 0.000 0.472 0.524 0.004 0.000
#> SRR656223 5 0.4750 0.39593 0.000 0.340 0.064 0.000 0.596 0.000
#> SRR608428 2 0.3023 0.66285 0.000 0.768 0.000 0.000 0.232 0.000
#> SRR1345647 1 0.2344 0.87207 0.892 0.076 0.028 0.000 0.000 0.004
#> SRR1389324 5 0.0000 0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1361368 2 0.6364 -0.09143 0.000 0.420 0.316 0.248 0.016 0.000
#> SRR1322619 2 0.3050 0.65923 0.000 0.764 0.000 0.000 0.236 0.000
#> SRR1349276 6 0.2402 0.88040 0.000 0.000 0.000 0.140 0.004 0.856
#> SRR1404024 1 0.3465 0.85153 0.812 0.132 0.048 0.000 0.000 0.008
#> SRR1370637 2 0.3464 0.52532 0.000 0.688 0.000 0.000 0.312 0.000
#> SRR1452631 6 0.0692 0.96707 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004 0.976
#> SRR608392 5 0.4580 0.43252 0.000 0.336 0.052 0.000 0.612 0.000
#> SRR1357757 4 0.3081 0.68140 0.000 0.000 0.220 0.776 0.004 0.000
#> SRR1074646 6 0.2738 0.83187 0.000 0.000 0.000 0.176 0.004 0.820
#> SRR1367499 3 0.4147 0.56775 0.000 0.304 0.668 0.004 0.024 0.000
#> SRR1343501 2 0.4024 0.65068 0.000 0.744 0.184 0.000 0.072 0.000
#> SRR1394406 4 0.2500 0.70670 0.000 0.000 0.012 0.868 0.004 0.116
#> SRR1381435 2 0.4261 0.67089 0.000 0.732 0.156 0.000 0.112 0.000
#> SRR1467407 1 0.3867 0.86679 0.784 0.020 0.152 0.044 0.000 0.000
#> SRR1092422 5 0.0000 0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380270 5 0.0000 0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091817 5 0.3843 0.21774 0.000 0.452 0.000 0.000 0.548 0.000
#> SRR1440137 2 0.2762 0.69638 0.000 0.804 0.000 0.000 0.196 0.000
#> SRR614311 4 0.3316 0.68511 0.000 0.028 0.164 0.804 0.004 0.000
#> SRR1407516 4 0.2588 0.70861 0.000 0.012 0.124 0.860 0.004 0.000
#> SRR815494 3 0.4278 0.65259 0.000 0.104 0.748 0.140 0.008 0.000
#> SRR1333209 4 0.3118 0.71443 0.000 0.024 0.088 0.856 0.004 0.028
#> SRR615177 6 0.1155 0.96592 0.000 0.000 0.004 0.036 0.004 0.956
#> SRR1099648 2 0.4322 0.39684 0.000 0.600 0.028 0.000 0.372 0.000
#> SRR659720 3 0.4633 0.65168 0.000 0.124 0.724 0.136 0.016 0.000
#> SRR2185057 1 0.3883 0.85634 0.784 0.136 0.072 0.004 0.000 0.004
#> SRR1467125 1 0.3668 0.84845 0.804 0.132 0.052 0.004 0.000 0.008
#> SRR657468 6 0.0837 0.96638 0.000 0.000 0.004 0.020 0.004 0.972
#> SRR660042 6 0.0692 0.96707 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004 0.976
#> SRR2170864 2 0.3364 0.68139 0.000 0.828 0.096 0.008 0.068 0.000
#> SRR1440491 4 0.4182 0.51734 0.000 0.024 0.312 0.660 0.004 0.000
#> SRR1440852 3 0.3731 0.67005 0.000 0.212 0.756 0.008 0.024 0.000
#> SRR811169 1 0.3930 0.86518 0.780 0.020 0.152 0.048 0.000 0.000
#> SRR1331311 4 0.3199 0.71856 0.000 0.024 0.068 0.856 0.004 0.048
#> SRR818009 1 0.3397 0.87932 0.832 0.020 0.112 0.032 0.000 0.004
#> SRR1351836 5 0.3309 0.61768 0.000 0.280 0.000 0.000 0.720 0.000
#> SRR1498313 5 0.0000 0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441975 5 0.2793 0.72952 0.000 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000
#> SRR819096 1 0.1485 0.88198 0.944 0.024 0.028 0.000 0.000 0.004
#> SRR1073679 3 0.5470 0.62302 0.000 0.204 0.620 0.160 0.016 0.000
#> SRR1489116 2 0.4357 0.66273 0.000 0.700 0.076 0.000 0.224 0.000
#> SRR1354138 3 0.4014 0.60532 0.000 0.276 0.696 0.004 0.024 0.000
#> SRR1490589 4 0.4183 0.68261 0.000 0.000 0.116 0.752 0.004 0.128
#> SRR1412987 6 0.0692 0.96707 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004 0.976
#> SRR602034 3 0.3859 0.67522 0.000 0.204 0.756 0.016 0.024 0.000
#> SRR1353437 1 0.0551 0.89039 0.984 0.004 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR1072871 3 0.4278 0.26334 0.000 0.020 0.616 0.360 0.004 0.000
#> SRR661577 4 0.2809 0.67074 0.000 0.000 0.004 0.824 0.004 0.168
#> SRR612190 4 0.2641 0.72219 0.000 0.000 0.048 0.876 0.004 0.072
#> SRR1399880 1 0.2145 0.87412 0.900 0.072 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787 4 0.2738 0.66199 0.000 0.000 0.000 0.820 0.004 0.176
#> SRR657869 1 0.5275 0.82650 0.668 0.024 0.188 0.116 0.000 0.004
#> SRR1446332 1 0.1096 0.89220 0.964 0.008 0.020 0.004 0.000 0.004
#> SRR816039 1 0.4915 0.83782 0.696 0.024 0.180 0.100 0.000 0.000
#> SRR1485141 3 0.4198 0.54917 0.000 0.316 0.656 0.004 0.024 0.000
#> SRR1476697 1 0.0767 0.88768 0.976 0.004 0.012 0.000 0.000 0.008
#> SRR1379538 4 0.3177 0.71775 0.000 0.024 0.040 0.856 0.004 0.076
#> SRR1331422 1 0.3115 0.88653 0.856 0.080 0.048 0.008 0.000 0.008
#> SRR660859 4 0.3670 0.68891 0.000 0.000 0.056 0.788 0.004 0.152
#> SRR1097594 1 0.2095 0.89201 0.904 0.016 0.076 0.004 0.000 0.000
#> SRR1311419 3 0.4561 0.24543 0.000 0.428 0.536 0.000 0.036 0.000
#> SRR1336706 5 0.3499 0.54809 0.000 0.320 0.000 0.000 0.680 0.000
#> SRR1472976 4 0.2805 0.65708 0.000 0.000 0.000 0.812 0.004 0.184
#> SRR1321307 1 0.5188 0.83239 0.680 0.024 0.176 0.116 0.000 0.004
#> SRR807493 1 0.2233 0.88891 0.912 0.020 0.044 0.020 0.000 0.004
#> SRR812461 3 0.3650 0.66689 0.000 0.216 0.756 0.004 0.024 0.000
#> SRR1477149 5 0.0000 0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457397 5 0.0000 0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661913 4 0.5064 0.53190 0.000 0.000 0.300 0.604 0.004 0.092
#> SRR1069024 5 0.0000 0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2165634 1 0.1596 0.89137 0.944 0.020 0.020 0.004 0.000 0.012
#> SRR1478722 3 0.3543 0.46513 0.000 0.004 0.720 0.272 0.004 0.000
#> SRR1328642 5 0.0000 0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488261 4 0.4120 0.08477 0.000 0.000 0.004 0.524 0.004 0.468
#> SRR1318815 6 0.0692 0.96707 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004 0.976
#> SRR816945 1 0.5188 0.83239 0.680 0.024 0.176 0.116 0.000 0.004
#> SRR1367432 6 0.0837 0.96638 0.000 0.000 0.004 0.020 0.004 0.972
#> SRR1359280 5 0.0000 0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313910 2 0.5235 0.45050 0.000 0.648 0.228 0.100 0.024 0.000
#> SRR1457315 4 0.2575 0.71394 0.000 0.000 0.024 0.872 0.004 0.100
#> SRR815398 1 0.5188 0.83239 0.680 0.024 0.176 0.116 0.000 0.004
#> SRR656958 3 0.3650 0.66689 0.000 0.216 0.756 0.004 0.024 0.000
#> SRR600688 4 0.2320 0.70834 0.000 0.000 0.132 0.864 0.004 0.000
#> SRR1098952 1 0.1737 0.89195 0.932 0.020 0.040 0.008 0.000 0.000
#> SRR1314916 3 0.3958 0.68169 0.000 0.196 0.756 0.028 0.020 0.000
#> SRR614167 4 0.3989 0.34277 0.000 0.000 0.468 0.528 0.004 0.000
#> SRR1348114 4 0.4933 0.46306 0.000 0.080 0.300 0.616 0.004 0.000
#> SRR658033 2 0.4806 0.40729 0.000 0.644 0.292 0.040 0.024 0.000
#> SRR1077503 2 0.4393 0.15176 0.000 0.524 0.452 0.000 0.024 0.000
#> SRR661854 3 0.3973 0.53787 0.000 0.036 0.728 0.232 0.004 0.000
#> SRR811379 4 0.3177 0.71775 0.000 0.024 0.040 0.856 0.004 0.076
#> SRR1318857 2 0.3597 0.67397 0.000 0.828 0.072 0.044 0.056 0.000
#> SRR656445 2 0.4154 0.67887 0.000 0.744 0.144 0.000 0.112 0.000
#> SRR1433044 5 0.0000 0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486391 1 0.1230 0.88402 0.956 0.008 0.028 0.000 0.000 0.008
#> SRR656071 6 0.1082 0.96485 0.000 0.000 0.000 0.040 0.004 0.956
#> SRR1364824 1 0.0603 0.88866 0.980 0.016 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1379133 1 0.1313 0.88311 0.952 0.016 0.028 0.000 0.000 0.004
#> SRR1394169 1 0.1684 0.89051 0.940 0.016 0.028 0.008 0.000 0.008
#> SRR816745 5 0.0000 0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR601038 5 0.0000 0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360080 1 0.3423 0.87889 0.832 0.020 0.108 0.036 0.000 0.004
#> SRR814868 4 0.4046 0.67043 0.000 0.000 0.068 0.752 0.004 0.176
#> SRR1485997 1 0.0405 0.88878 0.988 0.004 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1435560 4 0.3915 0.22983 0.000 0.000 0.000 0.584 0.004 0.412
#> SRR1333330 1 0.3606 0.84998 0.808 0.132 0.048 0.004 0.000 0.008
#> SRR663513 6 0.3699 0.52872 0.000 0.000 0.000 0.336 0.004 0.660
#> SRR1328407 2 0.3371 0.57627 0.000 0.708 0.000 0.000 0.292 0.000
#> SRR602784 5 0.3266 0.63350 0.000 0.272 0.000 0.000 0.728 0.000
#> SRR1348468 6 0.0692 0.96707 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004 0.976
#> SRR663717 4 0.3190 0.71831 0.000 0.024 0.044 0.856 0.004 0.072
#> SRR602217 2 0.3151 0.64194 0.000 0.748 0.000 0.000 0.252 0.000
#> SRR603140 4 0.3468 0.63970 0.000 0.000 0.284 0.712 0.004 0.000
#> SRR1340804 1 0.2344 0.87207 0.892 0.076 0.028 0.000 0.000 0.004
#> SRR1457574 3 0.3965 0.62326 0.000 0.072 0.764 0.160 0.004 0.000
#> SRR1333462 5 0.0000 0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1094601 1 0.0405 0.89011 0.988 0.004 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610 4 0.3782 0.38206 0.000 0.000 0.000 0.636 0.004 0.360
#> SRR1435833 4 0.2723 0.69965 0.000 0.020 0.000 0.856 0.004 0.120
#> SRR1398728 2 0.4501 0.52069 0.000 0.708 0.224 0.044 0.024 0.000
#> SRR1358343 6 0.0692 0.96707 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004 0.976
#> SRR1410890 2 0.3552 0.65986 0.000 0.828 0.088 0.044 0.040 0.000
#> SRR1350371 1 0.3149 0.88398 0.856 0.020 0.080 0.040 0.000 0.004
#> SRR1392478 2 0.2871 0.69315 0.000 0.804 0.000 0.004 0.192 0.000
#> SRR1099260 2 0.4273 0.67646 0.000 0.732 0.148 0.000 0.120 0.000
#> SRR1433576 2 0.5702 0.21374 0.000 0.544 0.328 0.104 0.024 0.000
#> SRR1345541 4 0.3192 0.62941 0.000 0.000 0.004 0.776 0.004 0.216
#> SRR1086328 1 0.5188 0.83239 0.680 0.024 0.176 0.116 0.000 0.004
#> SRR810391 4 0.3989 0.34277 0.000 0.000 0.468 0.528 0.004 0.000
#> SRR1476207 4 0.3489 0.63624 0.000 0.000 0.288 0.708 0.004 0.000
#> SRR627435 3 0.3786 0.66493 0.000 0.220 0.748 0.008 0.024 0.000
#> SRR1489862 1 0.3041 0.85782 0.832 0.128 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086 1 0.2233 0.88891 0.912 0.020 0.044 0.020 0.000 0.004
#> SRR1436539 1 0.2288 0.87293 0.896 0.072 0.028 0.000 0.000 0.004
#> SRR1396191 4 0.3975 0.37673 0.000 0.000 0.452 0.544 0.004 0.000
#> SRR1490115 3 0.3601 0.37716 0.000 0.000 0.684 0.312 0.004 0.000
#> SRR1377714 3 0.5032 -0.11490 0.000 0.060 0.472 0.464 0.004 0.000
#> SRR819394 1 0.2288 0.87293 0.896 0.072 0.028 0.000 0.000 0.004
#> SRR663161 6 0.0692 0.96707 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004 0.976
#> SRR607042 5 0.0000 0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR656203 4 0.5215 0.34422 0.000 0.096 0.332 0.568 0.004 0.000
#> SRR660602 2 0.4355 0.21453 0.000 0.556 0.420 0.000 0.024 0.000
#> SRR1440397 1 0.4497 0.84846 0.732 0.112 0.144 0.012 0.000 0.000
#> SRR1369264 1 0.3991 0.86425 0.776 0.020 0.152 0.052 0.000 0.000
#> SRR809233 1 0.4958 0.83626 0.692 0.024 0.180 0.104 0.000 0.000
#> SRR663249 2 0.3597 0.68409 0.000 0.828 0.056 0.044 0.072 0.000
#> SRR661242 3 0.5867 0.42860 0.000 0.180 0.512 0.300 0.008 0.000
#> SRR1332007 5 0.2491 0.76796 0.000 0.164 0.000 0.000 0.836 0.000
#> SRR809619 2 0.5734 0.30209 0.000 0.572 0.276 0.128 0.024 0.000
#> SRR819975 1 0.0405 0.88878 0.988 0.004 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR599281 5 0.0000 0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662366 4 0.3989 0.34277 0.000 0.000 0.468 0.528 0.004 0.000
#> SRR1317898 3 0.3997 -0.23911 0.000 0.000 0.508 0.488 0.004 0.000
#> SRR1382485 4 0.2902 0.70639 0.000 0.024 0.116 0.852 0.004 0.004
#> SRR2166420 1 0.1434 0.88547 0.948 0.012 0.028 0.000 0.000 0.012
#> SRR1419429 1 0.5601 0.82778 0.640 0.132 0.196 0.020 0.000 0.012
#> SRR1092541 3 0.3928 0.68243 0.000 0.192 0.760 0.028 0.020 0.000
#> SRR817444 2 0.3650 0.69047 0.000 0.792 0.116 0.000 0.092 0.000
#> SRR1320403 5 0.0000 0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101483 2 0.6120 -0.05165 0.000 0.448 0.324 0.220 0.008 0.000
#> SRR1331684 3 0.3650 0.66689 0.000 0.216 0.756 0.004 0.024 0.000
#> SRR1400054 6 0.1082 0.96485 0.000 0.000 0.000 0.040 0.004 0.956
#> SRR1406088 2 0.4527 0.51454 0.000 0.704 0.228 0.044 0.024 0.000
#> SRR820733 6 0.1958 0.92328 0.000 0.000 0.000 0.100 0.004 0.896
#> SRR1314113 6 0.0692 0.96707 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004 0.976
#> SRR1382615 5 0.4291 0.54676 0.000 0.292 0.044 0.000 0.664 0.000
#> SRR1480745 1 0.1129 0.89083 0.964 0.012 0.012 0.004 0.000 0.008
#> SRR1468850 2 0.3050 0.65923 0.000 0.764 0.000 0.000 0.236 0.000
#> SRR656782 4 0.3636 0.60451 0.000 0.000 0.320 0.676 0.004 0.000
#> SRR821364 1 0.3867 0.86679 0.784 0.020 0.152 0.044 0.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.4974 0.83507 0.688 0.024 0.188 0.100 0.000 0.000
#> SRR659295 5 0.0000 0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357103 5 0.0000 0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809185 4 0.5485 0.24717 0.000 0.120 0.352 0.524 0.004 0.000
#> SRR811583 4 0.2454 0.71195 0.000 0.000 0.016 0.876 0.004 0.104
#> SRR1468050 1 0.2231 0.87403 0.900 0.068 0.028 0.000 0.000 0.004
#> SRR1440224 2 0.2996 0.66724 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17314 rows and 500 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 5.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.986 0.995 0.4317 0.570 0.570
#> 3 3 0.779 0.923 0.954 0.1940 0.936 0.889
#> 4 4 0.980 0.933 0.975 0.3227 0.799 0.610
#> 5 5 0.930 0.920 0.967 0.0616 0.924 0.773
#> 6 6 0.879 0.791 0.913 0.0402 0.946 0.812
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 5
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 4
There is also optional best \(k\) = 2 4 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1500170 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1402368 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR607743 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1457375 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1470923 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR817954 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR809259 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1439785 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR814768 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1102031 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1363611 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1468447 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1071931 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR810981 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR615299 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR663585 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1326773 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1351166 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1477452 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1084720 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1420320 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1081712 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1318241 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1333718 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1313514 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1477861 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1318005 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1354665 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR657707 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1370742 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1412947 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR661553 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1328869 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR662211 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1348181 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1416560 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1319772 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1091452 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1338812 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1392072 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR814844 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1376619 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR603690 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2184980 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR613963 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1323422 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1397673 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1434650 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR659875 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1465734 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1076847 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1415072 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR659319 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR663088 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1352021 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR659935 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1352530 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR662594 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1095309 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR615647 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR813019 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1374647 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR603472 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR661529 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR607018 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR627423 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR654921 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1418968 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR660871 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1330522 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1499958 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR614059 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1071403 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1486719 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1440421 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1310412 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR614767 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR820709 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR658093 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1088168 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1418707 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1354291 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2165806 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1415684 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1433860 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1311062 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1360359 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR661385 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR615407 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1413892 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1443459 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1338942 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR657480 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1399433 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR818537 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1101324 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR807637 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1091918 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR598300 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1085426 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR813891 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1467431 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR658742 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1419234 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1404813 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR603496 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1407758 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR810945 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR817234 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1444852 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR660378 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1467835 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1338964 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1079259 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1072345 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR598725 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1447938 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1360460 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1429468 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1446850 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1320363 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1413810 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR598831 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1381865 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR660957 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1491332 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1099744 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1464618 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1414559 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1337540 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1444283 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2184942 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR660295 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR601335 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1363742 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1345847 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR614960 1 0.4298 0.900 0.912 0.088
#> SRR819919 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR603330 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1327951 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1345266 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1338055 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1430157 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1320137 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1093483 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1459913 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2170490 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1479845 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1436420 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1481060 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR662282 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1487089 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1075683 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1338536 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1338880 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1453456 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1457895 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1440603 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR658633 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1388081 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR813339 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR809725 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR627441 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR613603 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1096571 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1392701 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1344326 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1367693 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR660697 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1489926 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR811491 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1311644 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1451740 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR615117 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1391748 1 0.7219 0.749 0.800 0.200
#> SRR1466556 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR614972 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1406200 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR819210 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR662174 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR811988 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR663236 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1312598 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1330129 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1357781 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1315517 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1400032 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1413722 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR612827 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR814794 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR819430 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1395509 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR808728 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1070813 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1389133 1 0.8763 0.580 0.704 0.296
#> SRR601263 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR604718 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1481351 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1334608 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR658681 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR809283 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1459300 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1392547 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR811049 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1464835 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1339619 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR658501 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1447523 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1415048 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1444348 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR603890 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR810595 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1446244 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR817373 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1457291 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR598220 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1477991 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR598172 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1349032 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR604002 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1378026 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1404401 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1333240 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1089399 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR603421 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR812562 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR808520 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR811839 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR814317 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1436763 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1486021 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1465018 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1080998 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1083432 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1082833 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1326536 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR614011 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1365873 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1498789 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR601581 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR603566 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1373981 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR821410 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1076511 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR614143 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1333570 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1366813 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1388746 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1420558 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1409510 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR816250 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR614131 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1331130 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1316015 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1470798 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR614179 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1474863 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR813560 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1312187 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1420960 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1355102 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1084577 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR659971 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1350855 1 0.9710 0.333 0.600 0.400
#> SRR820779 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1476300 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1090907 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR662294 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1480789 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1336263 2 0.9491 0.414 0.368 0.632
#> SRR660776 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1090508 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR615563 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1101175 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2164650 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1431205 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1339856 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1352147 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR808968 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR627419 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1402391 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR663609 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2167857 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1398752 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1405437 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1416955 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1317064 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR659001 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2170696 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR816589 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1087487 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1329485 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR816920 2 0.0672 0.987 0.008 0.992
#> SRR1341432 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1361590 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR817046 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1471331 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR660788 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR819234 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR810853 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR809427 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2170217 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1386967 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1420344 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1334535 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR614503 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR602564 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1420669 2 0.9710 0.330 0.400 0.600
#> SRR819024 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR656223 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR608428 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1345647 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1389324 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1361368 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1322619 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1349276 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1404024 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1370637 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1452631 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR608392 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1357757 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1074646 2 0.9710 0.330 0.400 0.600
#> SRR1367499 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1343501 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1394406 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1381435 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1467407 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1092422 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1380270 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1091817 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1440137 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR614311 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1407516 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR815494 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1333209 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR615177 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1099648 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR659720 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2185057 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1467125 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR657468 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR660042 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR2170864 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1440491 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1440852 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR811169 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1331311 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR818009 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1351836 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1498313 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1441975 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR819096 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1073679 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1489116 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1354138 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1490589 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1412987 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR602034 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1353437 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1072871 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR661577 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR612190 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1399880 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1101787 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR657869 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1446332 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR816039 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1485141 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1476697 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1379538 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1331422 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR660859 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1097594 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1311419 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1336706 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1472976 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1321307 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR807493 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR812461 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1477149 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1457397 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR661913 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1069024 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2165634 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1478722 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1328642 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1488261 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1318815 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR816945 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1367432 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1359280 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1313910 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1457315 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR815398 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR656958 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR600688 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1098952 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1314916 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR614167 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1348114 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR658033 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1077503 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR661854 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR811379 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1318857 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR656445 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1433044 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1486391 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR656071 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1364824 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR816745 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR601038 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1360080 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR814868 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1485997 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1435560 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1333330 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR663513 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1328407 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR602784 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1348468 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR663717 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR602217 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR603140 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1340804 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1457574 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1333462 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1094601 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1434610 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1435833 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1398728 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1358343 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1410890 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1350371 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1392478 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1099260 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1433576 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1345541 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1086328 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR810391 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1476207 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR627435 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1489862 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1419086 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1396191 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1490115 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1377714 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR819394 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR663161 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR607042 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR656203 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR660602 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1440397 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1369264 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR809233 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR663249 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR661242 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1332007 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR809619 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR819975 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR599281 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR662366 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1317898 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1382485 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR2166420 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1419429 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1092541 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR817444 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1320403 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1101483 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1331684 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1400054 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1406088 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR820733 2 0.9977 0.101 0.472 0.528
#> SRR1314113 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1382615 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1480745 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1468850 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR656782 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR821364 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR659295 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1357103 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR809185 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR811583 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1468050 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1440224 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1500170 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1402368 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR607743 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457375 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470923 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR817954 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR809259 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439785 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR814768 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102031 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1363611 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468447 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1071931 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR810981 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR615299 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR663585 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1326773 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1351166 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1477452 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084720 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1420320 3 0.2066 0.901 0.000 0.060 0.940
#> SRR1081712 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318241 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1333718 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1313514 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1477861 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318005 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1354665 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR657707 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1370742 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1412947 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR661553 3 0.1643 0.929 0.000 0.044 0.956
#> SRR1328869 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR662211 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348181 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1416560 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1319772 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1091452 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1338812 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392072 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR814844 1 0.4452 0.755 0.808 0.192 0.000
#> SRR1376619 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR603690 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR2184980 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR613963 1 0.4452 0.755 0.808 0.192 0.000
#> SRR1323422 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397673 3 0.3340 0.891 0.000 0.120 0.880
#> SRR1434650 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR659875 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1465734 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1076847 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415072 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR659319 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR663088 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352021 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR659935 3 0.0747 0.936 0.000 0.016 0.984
#> SRR1352530 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR662594 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1095309 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR615647 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR813019 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1374647 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR603472 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR661529 2 0.4974 0.590 0.000 0.764 0.236
#> SRR607018 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR627423 2 0.6045 0.475 0.000 0.620 0.380
#> SRR654921 1 0.4452 0.755 0.808 0.192 0.000
#> SRR1418968 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR660871 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1330522 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1499958 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR614059 2 0.3816 0.850 0.148 0.852 0.000
#> SRR1071403 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486719 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440421 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1310412 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR614767 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR820709 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR658093 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088168 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418707 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1354291 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR2165806 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415684 3 0.1753 0.912 0.000 0.048 0.952
#> SRR1433860 3 0.3192 0.895 0.000 0.112 0.888
#> SRR1311062 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1360359 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR661385 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR615407 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413892 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1443459 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1338942 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR657480 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399433 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR818537 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1101324 1 0.4291 0.773 0.820 0.180 0.000
#> SRR807637 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091918 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR598300 2 0.0000 0.830 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085426 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376294 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR813891 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467431 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR658742 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419234 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404813 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR603496 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407758 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR810945 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR817234 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1444852 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR660378 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467835 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1338964 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1079259 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1072345 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR598725 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1447938 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360460 2 0.6111 0.435 0.000 0.604 0.396
#> SRR1429468 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1446850 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1320363 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1413810 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR598831 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381865 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR660957 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1491332 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099744 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1464618 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1414559 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337540 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444283 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR2184942 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR660295 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR601335 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1363742 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1345847 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR614960 2 0.0000 0.830 0.000 1.000 0.000
#> SRR819919 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR603330 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1327951 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345266 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1338055 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1430157 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1320137 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1093483 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459913 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR2170490 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479845 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1436420 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481060 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR662282 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487089 2 0.3879 0.849 0.152 0.848 0.000
#> SRR1075683 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338536 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338880 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1453456 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1457895 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440603 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR658633 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1388081 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR813339 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR809725 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR627441 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR613603 3 0.4062 0.865 0.000 0.164 0.836
#> SRR1096571 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1392701 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1344326 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367693 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR660697 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1489926 3 0.3267 0.893 0.000 0.116 0.884
#> SRR811491 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1311644 1 0.1860 0.933 0.948 0.052 0.000
#> SRR1451740 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR615117 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1391748 2 0.3879 0.849 0.152 0.848 0.000
#> SRR1466556 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR614972 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1406200 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR819210 3 0.0747 0.936 0.000 0.016 0.984
#> SRR662174 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR811988 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR663236 3 0.4121 0.862 0.000 0.168 0.832
#> SRR1312598 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330129 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1357781 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1315517 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1400032 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1413722 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR612827 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR814794 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR819430 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1395509 2 0.3879 0.767 0.000 0.848 0.152
#> SRR808728 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1070813 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1389133 2 0.0000 0.830 0.000 1.000 0.000
#> SRR601263 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR604718 3 0.0747 0.936 0.000 0.016 0.984
#> SRR1481351 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1334608 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR658681 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR809283 2 0.3879 0.849 0.152 0.848 0.000
#> SRR1459300 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392547 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR811049 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1464835 2 0.3879 0.849 0.152 0.848 0.000
#> SRR1339619 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR658501 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1447523 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1415048 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444348 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR603890 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR810595 3 0.3752 0.878 0.000 0.144 0.856
#> SRR1446244 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR817373 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457291 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR598220 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1477991 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR598172 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1349032 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR604002 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1378026 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404401 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333240 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1089399 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR603421 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR812562 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR808520 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR811839 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR814317 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1436763 1 0.1643 0.941 0.956 0.044 0.000
#> SRR1486021 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1465018 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1080998 3 0.2796 0.905 0.000 0.092 0.908
#> SRR1083432 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1082833 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326536 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR614011 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1365873 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1498789 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR601581 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR603566 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1373981 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR821410 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1076511 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR614143 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333570 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1366813 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1388746 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420558 2 0.0000 0.830 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409510 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR816250 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR614131 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1331130 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316015 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1470798 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR614179 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1474863 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR813560 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1312187 3 0.1031 0.930 0.000 0.024 0.976
#> SRR1420960 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1355102 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1084577 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR659971 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1350855 2 0.3879 0.849 0.152 0.848 0.000
#> SRR820779 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1476300 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1090907 3 0.1031 0.930 0.000 0.024 0.976
#> SRR662294 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1480789 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1336263 2 0.3879 0.849 0.152 0.848 0.000
#> SRR660776 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090508 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR615563 2 0.3879 0.849 0.152 0.848 0.000
#> SRR1101175 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR2164650 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1431205 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339856 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352147 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR808968 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR627419 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1402391 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR663609 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR2167857 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1398752 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405437 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416955 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317064 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR659001 2 0.3879 0.767 0.000 0.848 0.152
#> SRR2170696 2 0.3879 0.849 0.152 0.848 0.000
#> SRR816589 3 0.3038 0.899 0.000 0.104 0.896
#> SRR1087487 3 0.3752 0.878 0.000 0.144 0.856
#> SRR1329485 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR816920 2 0.0000 0.830 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341432 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361590 2 0.3879 0.849 0.152 0.848 0.000
#> SRR817046 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1471331 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR660788 2 0.3879 0.849 0.152 0.848 0.000
#> SRR819234 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR810853 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR809427 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170217 2 0.3879 0.849 0.152 0.848 0.000
#> SRR1386967 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1420344 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1334535 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR614503 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR602564 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420669 2 0.3412 0.850 0.124 0.876 0.000
#> SRR819024 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR656223 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR608428 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1345647 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389324 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1361368 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322619 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1349276 2 0.3879 0.767 0.000 0.848 0.152
#> SRR1404024 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370637 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1452631 2 0.3879 0.849 0.152 0.848 0.000
#> SRR608392 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1357757 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1074646 2 0.3879 0.849 0.152 0.848 0.000
#> SRR1367499 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1343501 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394406 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1381435 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467407 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092422 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1380270 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1091817 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440137 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR614311 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407516 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR815494 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1333209 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR615177 2 0.4399 0.806 0.188 0.812 0.000
#> SRR1099648 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR659720 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR2185057 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467125 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR657468 1 0.2625 0.899 0.916 0.084 0.000
#> SRR660042 1 0.4346 0.767 0.816 0.184 0.000
#> SRR2170864 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440491 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440852 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR811169 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331311 3 0.0747 0.936 0.000 0.016 0.984
#> SRR818009 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351836 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1498313 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441975 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR819096 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073679 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1489116 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1354138 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1490589 3 0.4121 0.862 0.000 0.168 0.832
#> SRR1412987 1 0.4452 0.755 0.808 0.192 0.000
#> SRR602034 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1353437 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072871 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR661577 3 0.0424 0.941 0.000 0.008 0.992
#> SRR612190 3 0.2165 0.918 0.000 0.064 0.936
#> SRR1399880 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101787 3 0.5968 0.365 0.000 0.364 0.636
#> SRR657869 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446332 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR816039 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485141 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1476697 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379538 3 0.1860 0.908 0.000 0.052 0.948
#> SRR1331422 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR660859 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1097594 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311419 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1336706 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472976 3 0.6154 0.228 0.000 0.408 0.592
#> SRR1321307 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR807493 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR812461 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1477149 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457397 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR661913 3 0.3941 0.871 0.000 0.156 0.844
#> SRR1069024 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR2165634 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478722 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1328642 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1488261 2 0.0424 0.825 0.000 0.992 0.008
#> SRR1318815 1 0.5178 0.641 0.744 0.256 0.000
#> SRR816945 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367432 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359280 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1313910 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457315 3 0.4974 0.789 0.000 0.236 0.764
#> SRR815398 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR656958 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR600688 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098952 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314916 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR614167 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1348114 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR658033 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1077503 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR661854 3 0.3267 0.893 0.000 0.116 0.884
#> SRR811379 3 0.2625 0.879 0.000 0.084 0.916
#> SRR1318857 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR656445 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433044 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1486391 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR656071 2 0.0000 0.830 0.000 1.000 0.000
#> SRR1364824 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR816745 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR601038 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1360080 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR814868 3 0.4504 0.834 0.000 0.196 0.804
#> SRR1485997 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435560 2 0.0000 0.830 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333330 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR663513 2 0.0000 0.830 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328407 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR602784 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348468 2 0.3879 0.849 0.152 0.848 0.000
#> SRR663717 3 0.2066 0.901 0.000 0.060 0.940
#> SRR602217 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR603140 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1340804 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457574 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1333462 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1094601 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434610 2 0.0000 0.830 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435833 3 0.2625 0.879 0.000 0.084 0.916
#> SRR1398728 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1358343 1 0.3038 0.875 0.896 0.104 0.000
#> SRR1410890 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1350371 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392478 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099260 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433576 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1345541 3 0.6305 0.265 0.000 0.484 0.516
#> SRR1086328 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR810391 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1476207 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR627435 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1489862 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419086 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396191 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1490115 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1377714 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR819394 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR663161 1 0.3192 0.865 0.888 0.112 0.000
#> SRR607042 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR656203 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR660602 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440397 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1369264 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR809233 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR663249 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR661242 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1332007 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR809619 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR819975 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR599281 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR662366 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1317898 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1382485 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR2166420 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419429 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092541 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR817444 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1320403 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1101483 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1331684 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1400054 2 0.3879 0.849 0.152 0.848 0.000
#> SRR1406088 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR820733 2 0.3267 0.850 0.116 0.884 0.000
#> SRR1314113 1 0.3816 0.818 0.852 0.148 0.000
#> SRR1382615 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1480745 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468850 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR656782 3 0.3879 0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR821364 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR659295 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1357103 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR809185 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR811583 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468050 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440224 3 0.0000 0.946 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1500170 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402368 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR607743 2 0.1557 0.922 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR1457375 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470923 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR814768 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1363611 2 0.0188 0.980 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1468447 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071931 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810981 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663585 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1326773 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351166 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477452 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1420320 2 0.0779 0.967 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR1081712 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318241 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1333718 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313514 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477861 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318005 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354665 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657707 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1370742 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1412947 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661553 3 0.3764 0.700 0.000 0.172 0.816 0.012
#> SRR1328869 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348181 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1416560 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1319772 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1091452 2 0.0188 0.980 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1338812 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814844 4 0.4985 0.162 0.468 0.000 0.000 0.532
#> SRR1376619 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR603690 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2184980 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613963 4 0.4989 0.149 0.472 0.000 0.000 0.528
#> SRR1323422 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673 3 0.0707 0.946 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR1434650 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659875 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465734 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1076847 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415072 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319 3 0.4304 0.538 0.000 0.284 0.716 0.000
#> SRR663088 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352021 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935 2 0.0779 0.967 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR1352530 3 0.0336 0.959 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR662594 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1095309 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647 3 0.0336 0.959 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR813019 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374647 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603472 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661529 3 0.0469 0.953 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR607018 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR627423 2 0.4643 0.480 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR654921 4 0.4992 0.136 0.476 0.000 0.000 0.524
#> SRR1418968 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1330522 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1499958 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614059 4 0.0592 0.897 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1071403 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440421 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310412 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR614767 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820709 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1088168 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418707 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354291 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2165806 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684 2 0.0779 0.967 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR1433860 3 0.4888 0.319 0.000 0.412 0.588 0.000
#> SRR1311062 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360359 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385 3 0.0336 0.959 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR615407 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413892 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443459 2 0.0188 0.980 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1338942 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480 2 0.1474 0.928 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1399433 2 0.0188 0.980 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR818537 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101324 1 0.4933 0.184 0.568 0.000 0.000 0.432
#> SRR807637 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091918 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300 4 0.0592 0.898 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1085426 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813891 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658742 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419234 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603496 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407758 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR810945 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817234 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444852 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR660378 2 0.4277 0.602 0.000 0.720 0.280 0.000
#> SRR1467835 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338964 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1079259 2 0.0188 0.980 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1072345 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR598725 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1447938 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460 4 0.4936 0.361 0.000 0.372 0.004 0.624
#> SRR1429468 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446850 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320363 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1413810 3 0.0336 0.959 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR598831 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381865 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1491332 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099744 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464618 2 0.0188 0.980 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1414559 1 0.0336 0.966 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1337540 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444283 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR660295 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335 3 0.0336 0.959 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1363742 2 0.4643 0.465 0.000 0.656 0.344 0.000
#> SRR1345847 2 0.0188 0.980 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR614960 4 0.0592 0.898 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR819919 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327951 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266 2 0.0188 0.980 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1338055 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430157 2 0.0188 0.980 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1320137 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093483 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR2170490 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845 2 0.4916 0.249 0.000 0.576 0.424 0.000
#> SRR1436420 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662282 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487089 4 0.0000 0.907 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1075683 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880 2 0.0188 0.980 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1453456 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1457895 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658633 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388081 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813339 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR809725 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613603 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1096571 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392701 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693 2 0.0188 0.980 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR660697 2 0.0188 0.980 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1489926 3 0.0592 0.950 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR811491 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1311644 1 0.4643 0.437 0.656 0.000 0.000 0.344
#> SRR1451740 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR615117 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391748 4 0.0000 0.907 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466556 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR614972 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1406200 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210 2 0.0779 0.967 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR662174 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236 3 0.0469 0.950 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1312598 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330129 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357781 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315517 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400032 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1413722 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR814794 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509 4 0.0188 0.905 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR808728 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070813 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389133 4 0.0592 0.898 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR601263 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR604718 2 0.0779 0.967 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR1481351 3 0.0921 0.936 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1334608 3 0.4961 0.208 0.000 0.448 0.552 0.000
#> SRR658681 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809283 4 0.0000 0.907 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1459300 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811049 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1464835 4 0.0000 0.907 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339619 2 0.0188 0.980 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR658501 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1447523 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1415048 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348 2 0.0188 0.980 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR603890 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810595 3 0.0336 0.959 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1446244 2 0.0188 0.980 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR817373 2 0.0188 0.980 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1457291 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598220 2 0.0188 0.980 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1477991 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598172 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349032 2 0.0188 0.980 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR604002 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378026 3 0.4916 0.284 0.000 0.424 0.576 0.000
#> SRR1404401 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333240 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1089399 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603421 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR812562 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811839 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436763 1 0.4431 0.527 0.696 0.000 0.000 0.304
#> SRR1486021 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465018 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080998 3 0.3172 0.744 0.000 0.160 0.840 0.000
#> SRR1083432 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1082833 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR614011 2 0.0188 0.980 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1365873 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498789 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR601581 2 0.0188 0.980 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR603566 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1373981 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076511 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614143 3 0.0707 0.946 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR1333570 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1366813 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388746 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558 4 0.0592 0.898 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1409510 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR816250 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614131 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331130 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1470798 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR614179 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474863 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813560 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312187 2 0.0779 0.967 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR1420960 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1355102 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1084577 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR659971 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350855 4 0.0000 0.907 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR820779 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1476300 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1090907 2 0.0779 0.967 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR662294 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480789 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336263 4 0.0000 0.907 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR660776 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615563 4 0.0000 0.907 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1101175 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431205 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339856 2 0.0188 0.980 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1352147 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808968 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402391 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2167857 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398752 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416955 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659001 4 0.0188 0.905 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2170696 4 0.0000 0.907 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR816589 3 0.2704 0.800 0.000 0.124 0.876 0.000
#> SRR1087487 3 0.0469 0.955 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1329485 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR816920 4 0.0188 0.905 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1341432 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590 4 0.0000 0.907 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR817046 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1471331 3 0.0336 0.959 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR660788 4 0.0000 0.907 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR819234 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809427 2 0.0188 0.980 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2170217 4 0.0000 0.907 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1386967 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1420344 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334535 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503 2 0.0188 0.980 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR602564 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420669 4 0.0000 0.907 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR819024 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR656223 2 0.4761 0.396 0.000 0.628 0.372 0.000
#> SRR608428 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345647 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361368 2 0.0188 0.980 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1322619 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349276 4 0.0000 0.907 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404024 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452631 4 0.0000 0.907 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR608392 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357757 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1074646 4 0.0000 0.907 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1367499 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1343501 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394406 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1381435 2 0.4431 0.554 0.000 0.696 0.304 0.000
#> SRR1467407 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380270 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091817 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440137 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614311 2 0.0188 0.980 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1407516 2 0.0188 0.980 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR815494 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1333209 2 0.0657 0.971 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR615177 4 0.0000 0.907 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099648 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659720 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2185057 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468 1 0.4790 0.343 0.620 0.000 0.000 0.380
#> SRR660042 1 0.4933 0.184 0.568 0.000 0.000 0.432
#> SRR2170864 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440491 2 0.0188 0.980 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1440852 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR811169 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311 2 0.0779 0.967 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR818009 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498313 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441975 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819096 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489116 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354138 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1490589 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1412987 4 0.4985 0.162 0.468 0.000 0.000 0.532
#> SRR602034 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1353437 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871 3 0.4304 0.534 0.000 0.284 0.716 0.000
#> SRR661577 2 0.0657 0.971 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR612190 3 0.3172 0.733 0.000 0.160 0.840 0.000
#> SRR1399880 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787 2 0.4483 0.604 0.000 0.712 0.004 0.284
#> SRR657869 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1476697 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538 2 0.0779 0.967 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR1331422 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1097594 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419 3 0.0336 0.959 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1336706 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472976 2 0.4283 0.655 0.000 0.740 0.004 0.256
#> SRR1321307 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1477149 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457397 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661913 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1069024 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2165634 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1328642 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488261 3 0.1474 0.912 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1318815 4 0.4985 0.162 0.468 0.000 0.000 0.532
#> SRR816945 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432 1 0.0188 0.970 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1359280 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313910 2 0.0188 0.980 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1457315 3 0.0779 0.944 0.000 0.004 0.980 0.016
#> SRR815398 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958 3 0.0336 0.959 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR600688 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098952 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR614167 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1348114 2 0.0188 0.980 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR658033 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077503 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661854 3 0.0592 0.950 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR811379 2 0.0779 0.967 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR1318857 2 0.0188 0.980 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR656445 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433044 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486391 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071 4 0.0592 0.898 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1364824 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR601038 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360080 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1485997 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560 4 0.0188 0.905 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1333330 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513 4 0.2589 0.796 0.000 0.000 0.116 0.884
#> SRR1328407 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602784 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348468 4 0.0000 0.907 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR663717 2 0.0779 0.967 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR602217 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603140 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1340804 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1333462 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1094601 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610 4 0.0188 0.905 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1435833 2 0.0779 0.967 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR1398728 2 0.0188 0.980 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1358343 1 0.4776 0.354 0.624 0.000 0.000 0.376
#> SRR1410890 2 0.0188 0.980 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1350371 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099260 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433576 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345541 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1086328 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1476207 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR627435 2 0.4817 0.353 0.000 0.612 0.388 0.000
#> SRR1489862 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1490115 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1377714 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819394 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161 1 0.4661 0.429 0.652 0.000 0.000 0.348
#> SRR607042 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656203 2 0.0188 0.980 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR660602 2 0.2149 0.884 0.000 0.912 0.088 0.000
#> SRR1440397 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249 2 0.0188 0.980 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR661242 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332007 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809619 2 0.0188 0.980 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR819975 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662366 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1317898 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1382485 2 0.0657 0.971 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR2166420 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR817444 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320403 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101483 2 0.0188 0.980 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1331684 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1400054 4 0.0188 0.905 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1406088 2 0.0188 0.980 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR820733 4 0.0000 0.907 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1314113 1 0.4790 0.343 0.620 0.000 0.000 0.380
#> SRR1382615 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480745 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656782 3 0.0188 0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR821364 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357103 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809185 2 0.0188 0.980 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR811583 2 0.0188 0.980 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1468050 1 0.0000 0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224 2 0.0000 0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1500170 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402368 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607743 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457375 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470923 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814768 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1363611 2 0.3074 0.7812 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR1468447 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071931 2 0.2280 0.8724 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR810981 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663585 3 0.1043 0.9038 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1326773 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351166 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477452 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720 3 0.1043 0.9038 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1420320 4 0.0000 0.8903 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081712 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318241 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333718 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313514 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477861 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318005 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354665 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657707 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370742 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1412947 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661553 4 0.0000 0.8903 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328869 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348181 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416560 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319772 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091452 2 0.2280 0.8724 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR1338812 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814844 5 0.1121 0.8531 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR1376619 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603690 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184980 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613963 5 0.1043 0.8550 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR1323422 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673 3 0.2329 0.8084 0.000 0.124 0.876 0.000 0.000
#> SRR1434650 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659875 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465734 3 0.0510 0.9259 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1076847 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415072 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319 2 0.0404 0.9597 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR663088 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352021 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935 4 0.0000 0.8903 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352530 3 0.3109 0.6921 0.000 0.200 0.800 0.000 0.000
#> SRR662594 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095309 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647 3 0.3003 0.7106 0.000 0.188 0.812 0.000 0.000
#> SRR813019 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374647 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603472 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661529 3 0.6756 -0.1384 0.000 0.000 0.388 0.344 0.268
#> SRR607018 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627423 4 0.5844 0.4266 0.000 0.156 0.000 0.600 0.244
#> SRR654921 5 0.1478 0.8385 0.064 0.000 0.000 0.000 0.936
#> SRR1418968 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330522 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499958 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614059 5 0.0000 0.8651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1071403 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440421 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310412 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614767 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820709 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088168 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418707 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354291 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2165806 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684 4 0.0000 0.8903 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433860 2 0.4150 0.3569 0.000 0.612 0.388 0.000 0.000
#> SRR1311062 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360359 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385 3 0.1792 0.8567 0.000 0.084 0.916 0.000 0.000
#> SRR615407 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413892 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443459 2 0.1792 0.9057 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR1338942 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480 2 0.1608 0.9011 0.000 0.928 0.072 0.000 0.000
#> SRR1399433 4 0.3966 0.3963 0.000 0.336 0.000 0.664 0.000
#> SRR818537 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101324 5 0.2329 0.7851 0.124 0.000 0.000 0.000 0.876
#> SRR807637 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091918 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300 5 0.0000 0.8651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1085426 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813891 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658742 5 0.3949 0.5702 0.332 0.000 0.000 0.000 0.668
#> SRR1419234 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603496 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407758 3 0.1965 0.8428 0.000 0.096 0.904 0.000 0.000
#> SRR810945 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817234 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444852 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660378 2 0.0404 0.9597 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1467835 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338964 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1079259 4 0.1792 0.7803 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1072345 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598725 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447938 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460 4 0.0000 0.8903 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429468 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446850 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320363 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413810 3 0.3039 0.7052 0.000 0.192 0.808 0.000 0.000
#> SRR598831 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381865 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1491332 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099744 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464618 4 0.0000 0.8903 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414559 5 0.3999 0.5556 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> SRR1337540 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444283 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660295 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335 3 0.2605 0.7737 0.000 0.148 0.852 0.000 0.000
#> SRR1363742 2 0.2280 0.8440 0.000 0.880 0.120 0.000 0.000
#> SRR1345847 2 0.1792 0.9057 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR614960 5 0.0000 0.8651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR819919 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327951 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266 2 0.2280 0.8724 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR1338055 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430157 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320137 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1093483 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2170490 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845 2 0.4872 0.6586 0.000 0.720 0.160 0.120 0.000
#> SRR1436420 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662282 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487089 5 0.0000 0.8651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1075683 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880 2 0.2280 0.8724 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR1453456 3 0.0510 0.9259 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1457895 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658633 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388081 2 0.2280 0.8724 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR813339 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809725 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613603 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096571 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392701 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693 2 0.2280 0.8724 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR660697 2 0.2280 0.8724 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR1489926 3 0.2329 0.8124 0.000 0.124 0.876 0.000 0.000
#> SRR811491 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311644 5 0.3816 0.6020 0.304 0.000 0.000 0.000 0.696
#> SRR1451740 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615117 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391748 5 0.2813 0.7071 0.000 0.000 0.000 0.168 0.832
#> SRR1466556 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614972 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406200 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210 4 0.0000 0.8903 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662174 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236 4 0.1121 0.8516 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR1312598 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330129 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357781 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315517 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400032 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413722 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814794 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509 4 0.0000 0.8903 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR808728 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070813 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389133 5 0.0000 0.8651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR601263 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR604718 4 0.0000 0.8903 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1481351 2 0.0290 0.9632 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1334608 2 0.0404 0.9597 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR658681 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809283 5 0.0000 0.8651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1459300 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811049 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464835 5 0.0000 0.8651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339619 2 0.1792 0.9057 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR658501 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447523 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415048 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348 2 0.2280 0.8724 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR603890 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810595 3 0.3949 0.4648 0.000 0.332 0.668 0.000 0.000
#> SRR1446244 2 0.2329 0.8682 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR817373 2 0.1732 0.9091 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1457291 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598220 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477991 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598172 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349032 4 0.0794 0.8592 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR604002 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378026 2 0.1410 0.9133 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR1404401 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333240 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1089399 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603421 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812562 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811839 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436763 5 0.4192 0.4338 0.404 0.000 0.000 0.000 0.596
#> SRR1486021 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465018 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1080998 3 0.0510 0.9255 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1083432 3 0.0609 0.9225 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1082833 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614011 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365873 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498789 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601581 4 0.0000 0.8903 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR603566 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1373981 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076511 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614143 3 0.3661 0.5647 0.000 0.276 0.724 0.000 0.000
#> SRR1333570 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366813 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388746 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558 5 0.0000 0.8651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409510 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816250 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614131 2 0.2230 0.8764 0.000 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR1331130 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470798 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614179 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474863 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813560 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312187 4 0.0000 0.8903 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420960 3 0.0609 0.9225 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1355102 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084577 3 0.0609 0.9225 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR659971 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350855 4 0.3534 0.6465 0.000 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR820779 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476300 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090907 4 0.0000 0.8903 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662294 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480789 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336263 4 0.3534 0.6465 0.000 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR660776 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615563 5 0.0000 0.8651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1101175 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1431205 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339856 2 0.2280 0.8724 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR1352147 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808968 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402391 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2167857 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398752 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416955 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659001 4 0.0963 0.8687 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR2170696 5 0.0000 0.8651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR816589 2 0.4242 0.2363 0.000 0.572 0.428 0.000 0.000
#> SRR1087487 2 0.4307 -0.0154 0.000 0.504 0.496 0.000 0.000
#> SRR1329485 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816920 4 0.2230 0.7970 0.000 0.000 0.000 0.884 0.116
#> SRR1341432 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590 5 0.0000 0.8651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR817046 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471331 3 0.2561 0.7795 0.000 0.144 0.856 0.000 0.000
#> SRR660788 5 0.0000 0.8651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR819234 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809427 2 0.4192 0.3003 0.000 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR2170217 5 0.0000 0.8651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1386967 3 0.1608 0.8704 0.000 0.072 0.928 0.000 0.000
#> SRR1420344 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334535 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503 2 0.3074 0.7501 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR602564 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420669 5 0.3932 0.4191 0.000 0.000 0.000 0.328 0.672
#> SRR819024 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656223 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608428 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345647 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361368 2 0.2280 0.8724 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR1322619 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349276 4 0.3534 0.6465 0.000 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR1404024 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452631 5 0.0000 0.8651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR608392 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357757 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074646 4 0.2648 0.7638 0.000 0.000 0.000 0.848 0.152
#> SRR1367499 3 0.2280 0.8134 0.000 0.120 0.880 0.000 0.000
#> SRR1343501 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394406 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381435 2 0.0609 0.9528 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1467407 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380270 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091817 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440137 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614311 4 0.0290 0.8826 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1407516 2 0.1851 0.9022 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR815494 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333209 4 0.0000 0.8903 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615177 5 0.0162 0.8643 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1099648 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659720 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2185057 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468 5 0.3876 0.5889 0.316 0.000 0.000 0.000 0.684
#> SRR660042 5 0.1043 0.8550 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR2170864 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440491 2 0.2280 0.8724 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR1440852 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811169 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311 4 0.0000 0.8903 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR818009 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498313 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441975 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819096 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489116 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354138 3 0.1270 0.8916 0.000 0.052 0.948 0.000 0.000
#> SRR1490589 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1412987 5 0.1121 0.8531 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR602034 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353437 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871 3 0.4300 0.1488 0.000 0.476 0.524 0.000 0.000
#> SRR661577 4 0.3684 0.4728 0.000 0.280 0.000 0.720 0.000
#> SRR612190 4 0.5415 0.2742 0.000 0.064 0.384 0.552 0.000
#> SRR1399880 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787 4 0.0000 0.8903 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR657869 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141 3 0.0290 0.9320 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1476697 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538 4 0.0000 0.8903 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331422 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097594 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419 3 0.2690 0.7618 0.000 0.156 0.844 0.000 0.000
#> SRR1336706 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472976 4 0.0000 0.8903 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321307 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477149 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457397 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661913 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069024 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2165634 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328642 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488261 3 0.3143 0.7102 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1318815 5 0.0794 0.8588 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR816945 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432 1 0.0794 0.9684 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1359280 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313910 2 0.1792 0.9057 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR1457315 4 0.0000 0.8903 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR815398 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958 3 0.2377 0.8020 0.000 0.128 0.872 0.000 0.000
#> SRR600688 2 0.1792 0.9059 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR1098952 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614167 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348114 2 0.2280 0.8724 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR658033 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1077503 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661854 3 0.2020 0.8408 0.000 0.100 0.900 0.000 0.000
#> SRR811379 4 0.0000 0.8903 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318857 2 0.1544 0.9189 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR656445 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433044 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486391 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071 5 0.0000 0.8651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1364824 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601038 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360080 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485997 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560 4 0.2179 0.8014 0.000 0.000 0.000 0.888 0.112
#> SRR1333330 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513 3 0.4249 0.2656 0.000 0.000 0.568 0.000 0.432
#> SRR1328407 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602784 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348468 5 0.0000 0.8651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR663717 4 0.0000 0.8903 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR602217 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603140 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340804 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333462 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1094601 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610 4 0.2179 0.8014 0.000 0.000 0.000 0.888 0.112
#> SRR1435833 4 0.0000 0.8903 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398728 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358343 5 0.3534 0.6526 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744
#> SRR1410890 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350371 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099260 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433576 2 0.2179 0.8802 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1345541 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086328 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476207 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR627435 2 0.0162 0.9663 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1489862 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490115 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377714 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819394 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161 5 0.1270 0.8477 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948
#> SRR607042 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656203 2 0.2280 0.8724 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR660602 2 0.0609 0.9528 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1440397 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249 2 0.1792 0.9057 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR661242 2 0.2280 0.8724 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR1332007 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809619 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819975 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662366 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317898 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382485 4 0.0000 0.8903 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2166420 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817444 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320403 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101483 2 0.1732 0.9091 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1331684 3 0.0162 0.9349 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1400054 5 0.0000 0.8651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406088 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820733 5 0.0404 0.8577 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1314113 5 0.2929 0.7304 0.180 0.000 0.000 0.000 0.820
#> SRR1382615 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480745 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656782 3 0.0000 0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR821364 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357103 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809185 2 0.2280 0.8724 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR811583 2 0.2230 0.8764 0.000 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR1468050 1 0.0000 0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224 2 0.0000 0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1500170 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402368 3 0.3727 0.3560 0.000 0.000 0.612 0.000 0.388 0.000
#> SRR607743 2 0.1814 0.8218 0.000 0.900 0.100 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457375 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470923 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785 3 0.3695 0.3798 0.000 0.000 0.624 0.000 0.376 0.000
#> SRR814768 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1363611 4 0.3756 0.4146 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000 0.000
#> SRR1468447 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071931 4 0.3706 0.5090 0.000 0.380 0.000 0.620 0.000 0.000
#> SRR810981 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663585 3 0.0713 0.8481 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326773 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351166 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477452 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720 3 0.0713 0.8481 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420320 4 0.0000 0.5432 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081712 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318241 3 0.3727 0.3534 0.000 0.000 0.612 0.000 0.388 0.000
#> SRR1333718 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313514 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477861 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318005 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354665 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657707 3 0.3717 0.3625 0.000 0.000 0.616 0.000 0.384 0.000
#> SRR1370742 3 0.0000 0.8608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1412947 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661553 4 0.0260 0.5375 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1328869 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348181 3 0.0000 0.8608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416560 3 0.0000 0.8608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319772 3 0.1265 0.8351 0.000 0.008 0.948 0.000 0.044 0.000
#> SRR1091452 4 0.3659 0.5227 0.000 0.364 0.000 0.636 0.000 0.000
#> SRR1338812 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814844 6 0.1444 0.7150 0.072 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928
#> SRR1376619 3 0.0146 0.8598 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR603690 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184980 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613963 6 0.1556 0.7125 0.080 0.000 0.000 0.000 0.000 0.920
#> SRR1323422 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673 3 0.3620 0.3106 0.000 0.352 0.648 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434650 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659875 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465734 3 0.2597 0.6331 0.000 0.176 0.824 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076847 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415072 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319 2 0.3774 0.2848 0.000 0.592 0.408 0.000 0.000 0.000
#> SRR663088 1 0.0260 0.9763 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1352021 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935 4 0.0000 0.5432 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352530 3 0.1075 0.8289 0.000 0.048 0.952 0.000 0.000 0.000
#> SRR662594 3 0.0000 0.8608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095309 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647 3 0.1075 0.8291 0.000 0.048 0.952 0.000 0.000 0.000
#> SRR813019 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374647 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603472 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661529 4 0.7346 -0.1603 0.000 0.000 0.252 0.384 0.240 0.124
#> SRR607018 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627423 4 0.4108 0.3130 0.000 0.000 0.008 0.704 0.028 0.260
#> SRR654921 6 0.2178 0.6799 0.132 0.000 0.000 0.000 0.000 0.868
#> SRR1418968 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871 3 0.0000 0.8608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330522 3 0.0000 0.8608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499958 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614059 6 0.3266 0.6141 0.000 0.000 0.000 0.000 0.272 0.728
#> SRR1071403 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440421 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310412 3 0.3266 0.5639 0.000 0.000 0.728 0.000 0.272 0.000
#> SRR614767 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820709 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088168 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418707 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354291 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2165806 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684 4 0.0000 0.5432 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433860 3 0.3647 0.2706 0.000 0.360 0.640 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311062 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360359 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385 3 0.0865 0.8416 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR615407 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413892 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443459 2 0.3390 0.4642 0.000 0.704 0.000 0.296 0.000 0.000
#> SRR1338942 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480 2 0.3409 0.5055 0.000 0.700 0.300 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399433 4 0.2048 0.5328 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000 0.000
#> SRR818537 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101324 6 0.3390 0.5282 0.296 0.000 0.000 0.000 0.000 0.704
#> SRR807637 1 0.4758 0.0181 0.476 0.000 0.000 0.000 0.476 0.048
#> SRR1091918 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300 6 0.3547 0.6000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.332 0.668
#> SRR1085426 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813891 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658742 6 0.3804 0.3682 0.424 0.000 0.000 0.000 0.000 0.576
#> SRR1419234 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603496 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407758 3 0.0937 0.8378 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000 0.000
#> SRR810945 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817234 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444852 3 0.0000 0.8608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660378 2 0.2527 0.7249 0.000 0.832 0.168 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467835 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338964 3 0.3747 0.3343 0.000 0.000 0.604 0.000 0.396 0.000
#> SRR1079259 5 0.5596 0.3477 0.000 0.112 0.008 0.400 0.480 0.000
#> SRR1072345 3 0.3765 0.3145 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR598725 3 0.0790 0.8443 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1447938 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460 4 0.0000 0.5432 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429468 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446850 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320363 3 0.0000 0.8608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413810 3 0.1204 0.8189 0.000 0.056 0.944 0.000 0.000 0.000
#> SRR598831 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381865 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957 3 0.0000 0.8608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1491332 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099744 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464618 4 0.0000 0.5432 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414559 1 0.3862 -0.0800 0.524 0.000 0.000 0.000 0.000 0.476
#> SRR1337540 1 0.1462 0.9173 0.936 0.000 0.000 0.000 0.056 0.008
#> SRR1444283 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942 3 0.0000 0.8608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660295 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335 3 0.1007 0.8338 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR1363742 2 0.3499 0.4785 0.000 0.680 0.320 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345847 2 0.3330 0.4922 0.000 0.716 0.000 0.284 0.000 0.000
#> SRR614960 6 0.3684 0.5876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.372 0.628
#> SRR819919 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327951 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266 4 0.3659 0.5227 0.000 0.364 0.000 0.636 0.000 0.000
#> SRR1338055 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430157 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320137 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1093483 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913 3 0.0790 0.8443 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR2170490 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845 4 0.5134 0.4331 0.000 0.228 0.152 0.620 0.000 0.000
#> SRR1436420 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662282 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487089 6 0.0000 0.7132 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1075683 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880 4 0.3717 0.5043 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000 0.000
#> SRR1453456 3 0.0547 0.8532 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457895 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658633 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388081 4 0.3706 0.5090 0.000 0.380 0.000 0.620 0.000 0.000
#> SRR813339 3 0.0000 0.8608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809725 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613603 5 0.3862 -0.0177 0.000 0.000 0.476 0.000 0.524 0.000
#> SRR1096571 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392701 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693 4 0.3717 0.5041 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000 0.000
#> SRR660697 4 0.3659 0.5227 0.000 0.364 0.000 0.636 0.000 0.000
#> SRR1489926 3 0.0865 0.8417 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR811491 3 0.0000 0.8608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311644 6 0.3797 0.3795 0.420 0.000 0.000 0.000 0.000 0.580
#> SRR1451740 3 0.0000 0.8608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615117 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391748 6 0.2733 0.6849 0.000 0.000 0.000 0.056 0.080 0.864
#> SRR1466556 3 0.0865 0.8421 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR614972 3 0.0000 0.8608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406200 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210 4 0.2491 0.3665 0.000 0.000 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR662174 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236 4 0.0717 0.5269 0.000 0.000 0.016 0.976 0.008 0.000
#> SRR1312598 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330129 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357781 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315517 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400032 3 0.0000 0.8608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413722 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827 3 0.0000 0.8608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814794 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509 4 0.4563 -0.1175 0.000 0.000 0.000 0.604 0.348 0.048
#> SRR808728 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070813 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389133 6 0.3547 0.6000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.332 0.668
#> SRR601263 3 0.3634 0.4214 0.000 0.000 0.644 0.000 0.356 0.000
#> SRR604718 4 0.2527 0.3622 0.000 0.000 0.000 0.832 0.168 0.000
#> SRR1481351 2 0.3789 0.2556 0.000 0.584 0.416 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334608 2 0.3737 0.3209 0.000 0.608 0.392 0.000 0.000 0.000
#> SRR658681 2 0.1327 0.8674 0.000 0.936 0.064 0.000 0.000 0.000
#> SRR809283 6 0.1556 0.7047 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080 0.920
#> SRR1459300 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811049 3 0.3765 0.3145 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR1464835 6 0.0000 0.7132 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339619 2 0.3446 0.4319 0.000 0.692 0.000 0.308 0.000 0.000
#> SRR658501 3 0.0000 0.8608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447523 3 0.2219 0.7599 0.000 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR1415048 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348 4 0.3659 0.5227 0.000 0.364 0.000 0.636 0.000 0.000
#> SRR603890 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810595 3 0.2996 0.5328 0.000 0.228 0.772 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446244 4 0.3371 0.5304 0.000 0.292 0.000 0.708 0.000 0.000
#> SRR817373 2 0.3499 0.3992 0.000 0.680 0.000 0.320 0.000 0.000
#> SRR1457291 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598220 2 0.0260 0.9320 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1477991 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598172 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349032 4 0.0713 0.5439 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR604002 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378026 2 0.3672 0.3742 0.000 0.632 0.368 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404401 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333240 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1089399 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603421 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812562 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811839 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436763 6 0.4736 0.3836 0.396 0.000 0.000 0.000 0.052 0.552
#> SRR1486021 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465018 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1080998 3 0.4159 0.3017 0.000 0.016 0.588 0.000 0.396 0.000
#> SRR1083432 3 0.0547 0.8532 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082833 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536 3 0.0000 0.8608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614011 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365873 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498789 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601581 4 0.0000 0.5432 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603566 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1373981 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076511 1 0.0146 0.9807 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR614143 3 0.3515 0.3586 0.000 0.324 0.676 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333570 3 0.3266 0.5639 0.000 0.000 0.728 0.000 0.272 0.000
#> SRR1366813 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388746 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558 6 0.3428 0.6070 0.000 0.000 0.000 0.000 0.304 0.696
#> SRR1409510 3 0.0000 0.8608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816250 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614131 4 0.3706 0.5090 0.000 0.380 0.000 0.620 0.000 0.000
#> SRR1331130 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015 3 0.0000 0.8608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470798 3 0.0260 0.8585 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR614179 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474863 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813560 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312187 4 0.2562 0.3552 0.000 0.000 0.000 0.828 0.172 0.000
#> SRR1420960 3 0.0547 0.8532 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355102 3 0.0000 0.8608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084577 3 0.0547 0.8532 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR659971 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350855 6 0.3893 0.6158 0.000 0.000 0.000 0.156 0.080 0.764
#> SRR820779 3 0.0000 0.8608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476300 3 0.0713 0.8469 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1090907 4 0.2697 0.3283 0.000 0.000 0.000 0.812 0.188 0.000
#> SRR662294 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480789 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336263 6 0.4030 0.6016 0.000 0.000 0.000 0.172 0.080 0.748
#> SRR660776 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615563 6 0.3515 0.5793 0.000 0.000 0.000 0.000 0.324 0.676
#> SRR1101175 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1431205 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339856 4 0.3659 0.5227 0.000 0.364 0.000 0.636 0.000 0.000
#> SRR1352147 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808968 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402391 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2167857 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398752 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416955 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064 2 0.2454 0.7374 0.000 0.840 0.000 0.160 0.000 0.000
#> SRR659001 5 0.4538 0.4722 0.000 0.000 0.000 0.340 0.612 0.048
#> SRR2170696 6 0.3446 0.5964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.308 0.692
#> SRR816589 2 0.3860 0.0710 0.000 0.528 0.472 0.000 0.000 0.000
#> SRR1087487 3 0.2823 0.5689 0.000 0.204 0.796 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329485 3 0.0000 0.8608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816920 5 0.3974 0.4851 0.000 0.000 0.000 0.224 0.728 0.048
#> SRR1341432 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590 6 0.0000 0.7132 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR817046 3 0.0000 0.8608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471331 3 0.0937 0.8378 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000 0.000
#> SRR660788 5 0.3531 0.1341 0.000 0.000 0.000 0.000 0.672 0.328
#> SRR819234 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809427 5 0.5660 0.2426 0.000 0.308 0.000 0.180 0.512 0.000
#> SRR2170217 6 0.2340 0.6822 0.000 0.000 0.000 0.000 0.148 0.852
#> SRR1386967 3 0.0865 0.8416 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420344 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334535 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503 5 0.5631 0.2205 0.000 0.324 0.000 0.168 0.508 0.000
#> SRR602564 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420669 6 0.3735 0.6421 0.000 0.000 0.000 0.124 0.092 0.784
#> SRR819024 3 0.0000 0.8608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656223 2 0.2260 0.7726 0.000 0.860 0.140 0.000 0.000 0.000
#> SRR608428 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345647 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361368 2 0.3838 -0.0761 0.000 0.552 0.000 0.448 0.000 0.000
#> SRR1322619 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349276 6 0.4030 0.6016 0.000 0.000 0.000 0.172 0.080 0.748
#> SRR1404024 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452631 6 0.0000 0.7132 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR608392 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357757 3 0.0146 0.8596 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1074646 6 0.5630 0.3830 0.000 0.000 0.000 0.232 0.228 0.540
#> SRR1367499 3 0.3050 0.5253 0.000 0.236 0.764 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343501 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394406 3 0.3405 0.5584 0.000 0.000 0.724 0.004 0.272 0.000
#> SRR1381435 2 0.2135 0.7834 0.000 0.872 0.128 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467407 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380270 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091817 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440137 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614311 4 0.0146 0.5442 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1407516 2 0.3592 0.3272 0.000 0.656 0.000 0.344 0.000 0.000
#> SRR815494 3 0.0000 0.8608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333209 4 0.0000 0.5432 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615177 6 0.3592 0.5558 0.000 0.000 0.000 0.000 0.344 0.656
#> SRR1099648 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659720 2 0.1267 0.8721 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000 0.000
#> SRR2185057 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468 1 0.4264 -0.1763 0.496 0.000 0.000 0.000 0.016 0.488
#> SRR660042 6 0.4701 0.6195 0.128 0.000 0.000 0.000 0.192 0.680
#> SRR2170864 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440491 4 0.3659 0.5227 0.000 0.364 0.000 0.636 0.000 0.000
#> SRR1440852 3 0.0000 0.8608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811169 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311 4 0.0000 0.5432 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR818009 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498313 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441975 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819096 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679 2 0.0146 0.9365 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1489116 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354138 3 0.0790 0.8449 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490589 5 0.3647 0.2435 0.000 0.000 0.360 0.000 0.640 0.000
#> SRR1412987 6 0.1556 0.7126 0.080 0.000 0.000 0.000 0.000 0.920
#> SRR602034 3 0.0000 0.8608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353437 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871 2 0.4306 0.3404 0.000 0.624 0.344 0.000 0.032 0.000
#> SRR661577 5 0.5178 0.3057 0.000 0.088 0.000 0.424 0.488 0.000
#> SRR612190 4 0.3278 0.4138 0.000 0.040 0.152 0.808 0.000 0.000
#> SRR1399880 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787 5 0.3864 0.3821 0.000 0.000 0.000 0.480 0.520 0.000
#> SRR657869 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141 3 0.0363 0.8569 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476697 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538 4 0.0000 0.5432 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331422 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859 5 0.3684 0.2155 0.000 0.000 0.372 0.000 0.628 0.000
#> SRR1097594 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419 3 0.1007 0.8338 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336706 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472976 4 0.1714 0.4600 0.000 0.000 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR1321307 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461 3 0.0000 0.8608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477149 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457397 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661913 3 0.3266 0.5639 0.000 0.000 0.728 0.000 0.272 0.000
#> SRR1069024 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2165634 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722 3 0.0000 0.8608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328642 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488261 3 0.5377 0.2770 0.000 0.000 0.572 0.000 0.272 0.156
#> SRR1318815 6 0.0865 0.7194 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR816945 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432 1 0.2724 0.8266 0.864 0.000 0.000 0.000 0.052 0.084
#> SRR1359280 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313910 2 0.3409 0.4521 0.000 0.700 0.000 0.300 0.000 0.000
#> SRR1457315 4 0.0000 0.5432 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR815398 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958 3 0.1007 0.8336 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR600688 2 0.3866 -0.2097 0.000 0.516 0.000 0.484 0.000 0.000
#> SRR1098952 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916 3 0.0000 0.8608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614167 3 0.0632 0.8492 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1348114 4 0.3464 0.5282 0.000 0.312 0.000 0.688 0.000 0.000
#> SRR658033 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1077503 2 0.0260 0.9316 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR661854 3 0.0632 0.8508 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000 0.000
#> SRR811379 4 0.0000 0.5432 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318857 2 0.2135 0.7854 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000 0.000
#> SRR656445 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433044 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486391 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071 6 0.3684 0.5876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.372 0.628
#> SRR1364824 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601038 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360080 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868 5 0.3390 0.3724 0.000 0.000 0.296 0.000 0.704 0.000
#> SRR1485997 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560 5 0.4524 0.4735 0.000 0.000 0.000 0.336 0.616 0.048
#> SRR1333330 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513 5 0.0260 0.3768 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1328407 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602784 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348468 6 0.0260 0.7129 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR663717 4 0.0000 0.5432 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602217 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603140 3 0.3634 0.4215 0.000 0.000 0.644 0.000 0.356 0.000
#> SRR1340804 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574 3 0.0000 0.8608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333462 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1094601 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610 5 0.4122 0.4916 0.000 0.000 0.000 0.248 0.704 0.048
#> SRR1435833 4 0.0146 0.5409 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1398728 2 0.0146 0.9361 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1358343 6 0.3351 0.5364 0.288 0.000 0.000 0.000 0.000 0.712
#> SRR1410890 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350371 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099260 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433576 2 0.3854 -0.1416 0.000 0.536 0.000 0.464 0.000 0.000
#> SRR1345541 3 0.3373 0.5903 0.000 0.000 0.744 0.008 0.248 0.000
#> SRR1086328 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391 3 0.0000 0.8608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476207 3 0.3747 0.3343 0.000 0.000 0.604 0.000 0.396 0.000
#> SRR627435 2 0.4261 0.2374 0.000 0.572 0.408 0.020 0.000 0.000
#> SRR1489862 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191 3 0.0790 0.8443 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1490115 3 0.0000 0.8608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1377714 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819394 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161 6 0.2048 0.6895 0.120 0.000 0.000 0.000 0.000 0.880
#> SRR607042 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656203 4 0.3868 0.2695 0.000 0.496 0.000 0.504 0.000 0.000
#> SRR660602 2 0.2178 0.7780 0.000 0.868 0.132 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440397 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249 2 0.3351 0.4821 0.000 0.712 0.000 0.288 0.000 0.000
#> SRR661242 4 0.3695 0.5127 0.000 0.376 0.000 0.624 0.000 0.000
#> SRR1332007 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809619 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819975 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662366 3 0.0000 0.8608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317898 3 0.0000 0.8608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382485 4 0.0000 0.5432 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2166420 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541 3 0.0000 0.8608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817444 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320403 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101483 2 0.3309 0.5020 0.000 0.720 0.000 0.280 0.000 0.000
#> SRR1331684 3 0.1075 0.8299 0.000 0.048 0.952 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400054 6 0.2135 0.6990 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128 0.872
#> SRR1406088 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820733 6 0.2536 0.6903 0.000 0.000 0.000 0.020 0.116 0.864
#> SRR1314113 6 0.3409 0.5240 0.300 0.000 0.000 0.000 0.000 0.700
#> SRR1382615 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480745 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656782 3 0.2969 0.6435 0.000 0.000 0.776 0.000 0.224 0.000
#> SRR821364 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357103 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809185 4 0.3659 0.5227 0.000 0.364 0.000 0.636 0.000 0.000
#> SRR811583 4 0.3647 0.5235 0.000 0.360 0.000 0.640 0.000 0.000
#> SRR1468050 1 0.0000 0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224 2 0.0000 0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17314 rows and 500 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 6.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.3577 0.643 0.643
#> 3 3 0.991 0.950 0.979 0.8121 0.709 0.547
#> 4 4 0.912 0.900 0.960 0.1408 0.853 0.613
#> 5 5 0.837 0.793 0.884 0.0605 0.901 0.656
#> 6 6 0.926 0.867 0.939 0.0458 0.900 0.593
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 6
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3 4
There is also optional best \(k\) = 2 3 4 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1500170 2 0 1 0 1
#> SRR1402368 2 0 1 0 1
#> SRR607743 2 0 1 0 1
#> SRR1457375 2 0 1 0 1
#> SRR1470923 1 0 1 1 0
#> SRR817954 1 0 1 1 0
#> SRR809259 1 0 1 1 0
#> SRR1439785 2 0 1 0 1
#> SRR814768 1 0 1 1 0
#> SRR1102031 2 0 1 0 1
#> SRR1363611 2 0 1 0 1
#> SRR1468447 2 0 1 0 1
#> SRR1071931 2 0 1 0 1
#> SRR810981 1 0 1 1 0
#> SRR615299 2 0 1 0 1
#> SRR663585 2 0 1 0 1
#> SRR1326773 2 0 1 0 1
#> SRR1351166 2 0 1 0 1
#> SRR1477452 1 0 1 1 0
#> SRR1084720 2 0 1 0 1
#> SRR1420320 2 0 1 0 1
#> SRR1081712 2 0 1 0 1
#> SRR1318241 2 0 1 0 1
#> SRR1333718 2 0 1 0 1
#> SRR1313514 2 0 1 0 1
#> SRR1477861 2 0 1 0 1
#> SRR1318005 2 0 1 0 1
#> SRR1354665 2 0 1 0 1
#> SRR657707 2 0 1 0 1
#> SRR1370742 2 0 1 0 1
#> SRR1412947 2 0 1 0 1
#> SRR661553 2 0 1 0 1
#> SRR1328869 1 0 1 1 0
#> SRR662211 2 0 1 0 1
#> SRR1348181 2 0 1 0 1
#> SRR1416560 2 0 1 0 1
#> SRR1319772 2 0 1 0 1
#> SRR1091452 2 0 1 0 1
#> SRR1338812 1 0 1 1 0
#> SRR1392072 2 0 1 0 1
#> SRR814844 2 0 1 0 1
#> SRR1376619 2 0 1 0 1
#> SRR603690 2 0 1 0 1
#> SRR2184980 2 0 1 0 1
#> SRR613963 2 0 1 0 1
#> SRR1323422 1 0 1 1 0
#> SRR1397673 2 0 1 0 1
#> SRR1434650 2 0 1 0 1
#> SRR659875 2 0 1 0 1
#> SRR1465734 2 0 1 0 1
#> SRR1076847 2 0 1 0 1
#> SRR1415072 1 0 1 1 0
#> SRR659319 2 0 1 0 1
#> SRR663088 2 0 1 0 1
#> SRR1352021 1 0 1 1 0
#> SRR1325527 1 0 1 1 0
#> SRR1105369 1 0 1 1 0
#> SRR659935 2 0 1 0 1
#> SRR1352530 2 0 1 0 1
#> SRR662594 2 0 1 0 1
#> SRR1095309 1 0 1 1 0
#> SRR615647 2 0 1 0 1
#> SRR813019 2 0 1 0 1
#> SRR1374647 2 0 1 0 1
#> SRR603472 2 0 1 0 1
#> SRR661529 2 0 1 0 1
#> SRR607018 2 0 1 0 1
#> SRR627423 2 0 1 0 1
#> SRR654921 2 0 1 0 1
#> SRR1418968 1 0 1 1 0
#> SRR660871 2 0 1 0 1
#> SRR1330522 2 0 1 0 1
#> SRR1499958 2 0 1 0 1
#> SRR614059 2 0 1 0 1
#> SRR1071403 1 0 1 1 0
#> SRR1486719 2 0 1 0 1
#> SRR1440421 2 0 1 0 1
#> SRR1310412 2 0 1 0 1
#> SRR614767 2 0 1 0 1
#> SRR820709 1 0 1 1 0
#> SRR1471500 1 0 1 1 0
#> SRR658093 2 0 1 0 1
#> SRR1088168 2 0 1 0 1
#> SRR1418707 2 0 1 0 1
#> SRR1354291 2 0 1 0 1
#> SRR2165806 1 0 1 1 0
#> SRR1415684 2 0 1 0 1
#> SRR1433860 2 0 1 0 1
#> SRR1311062 2 0 1 0 1
#> SRR1360359 1 0 1 1 0
#> SRR661385 2 0 1 0 1
#> SRR615407 2 0 1 0 1
#> SRR1413892 2 0 1 0 1
#> SRR1443459 2 0 1 0 1
#> SRR1338942 1 0 1 1 0
#> SRR657480 2 0 1 0 1
#> SRR1399433 2 0 1 0 1
#> SRR818537 2 0 1 0 1
#> SRR1101324 2 0 1 0 1
#> SRR807637 2 0 1 0 1
#> SRR1091918 1 0 1 1 0
#> SRR598300 2 0 1 0 1
#> SRR1085426 1 0 1 1 0
#> SRR1376294 2 0 1 0 1
#> SRR813891 1 0 1 1 0
#> SRR1467431 2 0 1 0 1
#> SRR658742 2 0 1 0 1
#> SRR1419234 1 0 1 1 0
#> SRR1404813 2 0 1 0 1
#> SRR603496 2 0 1 0 1
#> SRR1407758 2 0 1 0 1
#> SRR810945 2 0 1 0 1
#> SRR817234 2 0 1 0 1
#> SRR1444852 2 0 1 0 1
#> SRR660378 2 0 1 0 1
#> SRR1467835 2 0 1 0 1
#> SRR1338964 2 0 1 0 1
#> SRR1079259 2 0 1 0 1
#> SRR1072345 2 0 1 0 1
#> SRR598725 2 0 1 0 1
#> SRR1447938 1 0 1 1 0
#> SRR1356397 1 0 1 1 0
#> SRR1360460 2 0 1 0 1
#> SRR1429468 2 0 1 0 1
#> SRR1446850 2 0 1 0 1
#> SRR1320363 2 0 1 0 1
#> SRR1413810 2 0 1 0 1
#> SRR598831 2 0 1 0 1
#> SRR1381865 1 0 1 1 0
#> SRR660957 2 0 1 0 1
#> SRR1491332 2 0 1 0 1
#> SRR1099744 2 0 1 0 1
#> SRR1464618 2 0 1 0 1
#> SRR1414559 2 0 1 0 1
#> SRR1337540 2 0 1 0 1
#> SRR1444283 1 0 1 1 0
#> SRR2184942 2 0 1 0 1
#> SRR660295 1 0 1 1 0
#> SRR601335 2 0 1 0 1
#> SRR1363742 2 0 1 0 1
#> SRR1345847 2 0 1 0 1
#> SRR614960 2 0 1 0 1
#> SRR819919 1 0 1 1 0
#> SRR603330 2 0 1 0 1
#> SRR1327951 1 0 1 1 0
#> SRR1401885 1 0 1 1 0
#> SRR1345266 2 0 1 0 1
#> SRR1338055 2 0 1 0 1
#> SRR1430157 2 0 1 0 1
#> SRR1320137 2 0 1 0 1
#> SRR1093483 1 0 1 1 0
#> SRR1341080 1 0 1 1 0
#> SRR1459913 2 0 1 0 1
#> SRR2170490 1 0 1 1 0
#> SRR1479845 2 0 1 0 1
#> SRR1436420 1 0 1 1 0
#> SRR1481060 2 0 1 0 1
#> SRR662282 2 0 1 0 1
#> SRR1487089 2 0 1 0 1
#> SRR1075683 1 0 1 1 0
#> SRR1338536 1 0 1 1 0
#> SRR1338880 2 0 1 0 1
#> SRR1453456 2 0 1 0 1
#> SRR1457895 1 0 1 1 0
#> SRR1440603 2 0 1 0 1
#> SRR658633 2 0 1 0 1
#> SRR1388081 2 0 1 0 1
#> SRR813339 2 0 1 0 1
#> SRR809725 1 0 1 1 0
#> SRR627441 2 0 1 0 1
#> SRR613603 2 0 1 0 1
#> SRR1096571 2 0 1 0 1
#> SRR1392701 1 0 1 1 0
#> SRR1344326 1 0 1 1 0
#> SRR1367693 2 0 1 0 1
#> SRR660697 2 0 1 0 1
#> SRR1489926 2 0 1 0 1
#> SRR811491 2 0 1 0 1
#> SRR1311644 2 0 1 0 1
#> SRR1451740 2 0 1 0 1
#> SRR615117 2 0 1 0 1
#> SRR1391748 2 0 1 0 1
#> SRR1466556 2 0 1 0 1
#> SRR614972 2 0 1 0 1
#> SRR1406200 1 0 1 1 0
#> SRR819210 2 0 1 0 1
#> SRR662174 1 0 1 1 0
#> SRR811988 1 0 1 1 0
#> SRR663236 2 0 1 0 1
#> SRR1312598 2 0 1 0 1
#> SRR1330129 2 0 1 0 1
#> SRR1357781 2 0 1 0 1
#> SRR1315517 2 0 1 0 1
#> SRR1400032 2 0 1 0 1
#> SRR1413722 1 0 1 1 0
#> SRR612827 2 0 1 0 1
#> SRR814794 1 0 1 1 0
#> SRR819430 1 0 1 1 0
#> SRR1395509 2 0 1 0 1
#> SRR808728 2 0 1 0 1
#> SRR1070813 2 0 1 0 1
#> SRR1389133 2 0 1 0 1
#> SRR601263 2 0 1 0 1
#> SRR604718 2 0 1 0 1
#> SRR1481351 2 0 1 0 1
#> SRR1334608 2 0 1 0 1
#> SRR658681 2 0 1 0 1
#> SRR809283 2 0 1 0 1
#> SRR1459300 1 0 1 1 0
#> SRR1392547 2 0 1 0 1
#> SRR811049 2 0 1 0 1
#> SRR1464835 2 0 1 0 1
#> SRR1339619 2 0 1 0 1
#> SRR658501 2 0 1 0 1
#> SRR1447523 2 0 1 0 1
#> SRR1415048 1 0 1 1 0
#> SRR1355451 1 0 1 1 0
#> SRR1444348 2 0 1 0 1
#> SRR603890 2 0 1 0 1
#> SRR810595 2 0 1 0 1
#> SRR1446244 2 0 1 0 1
#> SRR817373 2 0 1 0 1
#> SRR1457291 2 0 1 0 1
#> SRR598220 2 0 1 0 1
#> SRR1477991 2 0 1 0 1
#> SRR598172 2 0 1 0 1
#> SRR1349032 2 0 1 0 1
#> SRR604002 2 0 1 0 1
#> SRR1378026 2 0 1 0 1
#> SRR1404401 2 0 1 0 1
#> SRR1333240 2 0 1 0 1
#> SRR1089399 2 0 1 0 1
#> SRR603421 2 0 1 0 1
#> SRR812562 1 0 1 1 0
#> SRR808520 2 0 1 0 1
#> SRR811839 1 0 1 1 0
#> SRR814317 2 0 1 0 1
#> SRR1436763 2 0 1 0 1
#> SRR1486021 2 0 1 0 1
#> SRR1465018 2 0 1 0 1
#> SRR1080998 2 0 1 0 1
#> SRR1083432 2 0 1 0 1
#> SRR1082833 1 0 1 1 0
#> SRR1465804 1 0 1 1 0
#> SRR1326536 2 0 1 0 1
#> SRR614011 2 0 1 0 1
#> SRR1365873 2 0 1 0 1
#> SRR1498789 2 0 1 0 1
#> SRR601581 2 0 1 0 1
#> SRR603566 2 0 1 0 1
#> SRR1373981 1 0 1 1 0
#> SRR821410 2 0 1 0 1
#> SRR1076511 2 0 1 0 1
#> SRR614143 2 0 1 0 1
#> SRR1333570 2 0 1 0 1
#> SRR1366813 2 0 1 0 1
#> SRR1388746 1 0 1 1 0
#> SRR1420558 2 0 1 0 1
#> SRR1409510 2 0 1 0 1
#> SRR816250 2 0 1 0 1
#> SRR614131 2 0 1 0 1
#> SRR1331130 1 0 1 1 0
#> SRR1316015 2 0 1 0 1
#> SRR1470798 2 0 1 0 1
#> SRR614179 2 0 1 0 1
#> SRR1474863 2 0 1 0 1
#> SRR813560 2 0 1 0 1
#> SRR1312187 2 0 1 0 1
#> SRR1420960 2 0 1 0 1
#> SRR1355102 2 0 1 0 1
#> SRR1084577 2 0 1 0 1
#> SRR659971 2 0 1 0 1
#> SRR1350855 2 0 1 0 1
#> SRR820779 2 0 1 0 1
#> SRR1476300 2 0 1 0 1
#> SRR1090907 2 0 1 0 1
#> SRR662294 2 0 1 0 1
#> SRR1480789 2 0 1 0 1
#> SRR1336263 2 0 1 0 1
#> SRR660776 1 0 1 1 0
#> SRR1090508 2 0 1 0 1
#> SRR615563 2 0 1 0 1
#> SRR1101175 1 0 1 1 0
#> SRR2164650 2 0 1 0 1
#> SRR1431205 2 0 1 0 1
#> SRR1339856 2 0 1 0 1
#> SRR1352147 2 0 1 0 1
#> SRR808968 1 0 1 1 0
#> SRR627419 2 0 1 0 1
#> SRR1402391 1 0 1 1 0
#> SRR663609 2 0 1 0 1
#> SRR2167857 2 0 1 0 1
#> SRR1398752 1 0 1 1 0
#> SRR1469169 1 0 1 1 0
#> SRR1405437 2 0 1 0 1
#> SRR1416955 1 0 1 1 0
#> SRR1317064 2 0 1 0 1
#> SRR659001 2 0 1 0 1
#> SRR2170696 2 0 1 0 1
#> SRR816589 2 0 1 0 1
#> SRR1087487 2 0 1 0 1
#> SRR1329485 2 0 1 0 1
#> SRR816920 2 0 1 0 1
#> SRR1341432 1 0 1 1 0
#> SRR1361590 2 0 1 0 1
#> SRR817046 2 0 1 0 1
#> SRR1471331 2 0 1 0 1
#> SRR660788 2 0 1 0 1
#> SRR819234 1 0 1 1 0
#> SRR810853 2 0 1 0 1
#> SRR809427 2 0 1 0 1
#> SRR2170217 2 0 1 0 1
#> SRR1386967 2 0 1 0 1
#> SRR1420344 2 0 1 0 1
#> SRR1334535 1 0 1 1 0
#> SRR614503 2 0 1 0 1
#> SRR602564 2 0 1 0 1
#> SRR1420669 2 0 1 0 1
#> SRR819024 2 0 1 0 1
#> SRR656223 2 0 1 0 1
#> SRR608428 2 0 1 0 1
#> SRR1345647 1 0 1 1 0
#> SRR1389324 2 0 1 0 1
#> SRR1361368 2 0 1 0 1
#> SRR1322619 2 0 1 0 1
#> SRR1349276 2 0 1 0 1
#> SRR1404024 1 0 1 1 0
#> SRR1370637 2 0 1 0 1
#> SRR1452631 2 0 1 0 1
#> SRR608392 2 0 1 0 1
#> SRR1357757 2 0 1 0 1
#> SRR1074646 2 0 1 0 1
#> SRR1367499 2 0 1 0 1
#> SRR1343501 2 0 1 0 1
#> SRR1394406 2 0 1 0 1
#> SRR1381435 2 0 1 0 1
#> SRR1467407 1 0 1 1 0
#> SRR1092422 2 0 1 0 1
#> SRR1380270 2 0 1 0 1
#> SRR1091817 2 0 1 0 1
#> SRR1440137 2 0 1 0 1
#> SRR614311 2 0 1 0 1
#> SRR1407516 2 0 1 0 1
#> SRR815494 2 0 1 0 1
#> SRR1333209 2 0 1 0 1
#> SRR615177 2 0 1 0 1
#> SRR1099648 2 0 1 0 1
#> SRR659720 2 0 1 0 1
#> SRR2185057 1 0 1 1 0
#> SRR1467125 1 0 1 1 0
#> SRR657468 2 0 1 0 1
#> SRR660042 2 0 1 0 1
#> SRR2170864 2 0 1 0 1
#> SRR1440491 2 0 1 0 1
#> SRR1440852 2 0 1 0 1
#> SRR811169 1 0 1 1 0
#> SRR1331311 2 0 1 0 1
#> SRR818009 1 0 1 1 0
#> SRR1351836 2 0 1 0 1
#> SRR1498313 2 0 1 0 1
#> SRR1441975 2 0 1 0 1
#> SRR819096 1 0 1 1 0
#> SRR1073679 2 0 1 0 1
#> SRR1489116 2 0 1 0 1
#> SRR1354138 2 0 1 0 1
#> SRR1490589 2 0 1 0 1
#> SRR1412987 2 0 1 0 1
#> SRR602034 2 0 1 0 1
#> SRR1353437 1 0 1 1 0
#> SRR1072871 2 0 1 0 1
#> SRR661577 2 0 1 0 1
#> SRR612190 2 0 1 0 1
#> SRR1399880 1 0 1 1 0
#> SRR1101787 2 0 1 0 1
#> SRR657869 1 0 1 1 0
#> SRR1446332 1 0 1 1 0
#> SRR816039 1 0 1 1 0
#> SRR1485141 2 0 1 0 1
#> SRR1476697 1 0 1 1 0
#> SRR1379538 2 0 1 0 1
#> SRR1331422 1 0 1 1 0
#> SRR660859 2 0 1 0 1
#> SRR1097594 1 0 1 1 0
#> SRR1311419 2 0 1 0 1
#> SRR1336706 2 0 1 0 1
#> SRR1472976 2 0 1 0 1
#> SRR1321307 1 0 1 1 0
#> SRR807493 1 0 1 1 0
#> SRR812461 2 0 1 0 1
#> SRR1477149 2 0 1 0 1
#> SRR1457397 2 0 1 0 1
#> SRR661913 2 0 1 0 1
#> SRR1069024 2 0 1 0 1
#> SRR2165634 1 0 1 1 0
#> SRR1478722 2 0 1 0 1
#> SRR1328642 2 0 1 0 1
#> SRR1488261 2 0 1 0 1
#> SRR1318815 2 0 1 0 1
#> SRR816945 1 0 1 1 0
#> SRR1367432 2 0 1 0 1
#> SRR1359280 2 0 1 0 1
#> SRR1313910 2 0 1 0 1
#> SRR1457315 2 0 1 0 1
#> SRR815398 1 0 1 1 0
#> SRR656958 2 0 1 0 1
#> SRR600688 2 0 1 0 1
#> SRR1098952 1 0 1 1 0
#> SRR1314916 2 0 1 0 1
#> SRR614167 2 0 1 0 1
#> SRR1348114 2 0 1 0 1
#> SRR658033 2 0 1 0 1
#> SRR1077503 2 0 1 0 1
#> SRR661854 2 0 1 0 1
#> SRR811379 2 0 1 0 1
#> SRR1318857 2 0 1 0 1
#> SRR656445 2 0 1 0 1
#> SRR1433044 2 0 1 0 1
#> SRR1486391 1 0 1 1 0
#> SRR656071 2 0 1 0 1
#> SRR1364824 1 0 1 1 0
#> SRR1379133 1 0 1 1 0
#> SRR1394169 1 0 1 1 0
#> SRR816745 2 0 1 0 1
#> SRR601038 2 0 1 0 1
#> SRR1360080 1 0 1 1 0
#> SRR814868 2 0 1 0 1
#> SRR1485997 1 0 1 1 0
#> SRR1435560 2 0 1 0 1
#> SRR1333330 1 0 1 1 0
#> SRR663513 2 0 1 0 1
#> SRR1328407 2 0 1 0 1
#> SRR602784 2 0 1 0 1
#> SRR1348468 2 0 1 0 1
#> SRR663717 2 0 1 0 1
#> SRR602217 2 0 1 0 1
#> SRR603140 2 0 1 0 1
#> SRR1340804 1 0 1 1 0
#> SRR1457574 2 0 1 0 1
#> SRR1333462 2 0 1 0 1
#> SRR1094601 1 0 1 1 0
#> SRR1434610 2 0 1 0 1
#> SRR1435833 2 0 1 0 1
#> SRR1398728 2 0 1 0 1
#> SRR1358343 2 0 1 0 1
#> SRR1410890 2 0 1 0 1
#> SRR1350371 1 0 1 1 0
#> SRR1392478 2 0 1 0 1
#> SRR1099260 2 0 1 0 1
#> SRR1433576 2 0 1 0 1
#> SRR1345541 2 0 1 0 1
#> SRR1086328 1 0 1 1 0
#> SRR810391 2 0 1 0 1
#> SRR1476207 2 0 1 0 1
#> SRR627435 2 0 1 0 1
#> SRR1489862 1 0 1 1 0
#> SRR1419086 1 0 1 1 0
#> SRR1436539 1 0 1 1 0
#> SRR1396191 2 0 1 0 1
#> SRR1490115 2 0 1 0 1
#> SRR1377714 2 0 1 0 1
#> SRR819394 1 0 1 1 0
#> SRR663161 2 0 1 0 1
#> SRR607042 2 0 1 0 1
#> SRR656203 2 0 1 0 1
#> SRR660602 2 0 1 0 1
#> SRR1440397 1 0 1 1 0
#> SRR1369264 1 0 1 1 0
#> SRR809233 1 0 1 1 0
#> SRR663249 2 0 1 0 1
#> SRR661242 2 0 1 0 1
#> SRR1332007 2 0 1 0 1
#> SRR809619 2 0 1 0 1
#> SRR819975 1 0 1 1 0
#> SRR599281 2 0 1 0 1
#> SRR662366 2 0 1 0 1
#> SRR1317898 2 0 1 0 1
#> SRR1382485 2 0 1 0 1
#> SRR2166420 1 0 1 1 0
#> SRR1419429 1 0 1 1 0
#> SRR1092541 2 0 1 0 1
#> SRR817444 2 0 1 0 1
#> SRR1320403 2 0 1 0 1
#> SRR1101483 2 0 1 0 1
#> SRR1331684 2 0 1 0 1
#> SRR1400054 2 0 1 0 1
#> SRR1406088 2 0 1 0 1
#> SRR820733 2 0 1 0 1
#> SRR1314113 2 0 1 0 1
#> SRR1382615 2 0 1 0 1
#> SRR1480745 1 0 1 1 0
#> SRR1468850 2 0 1 0 1
#> SRR656782 2 0 1 0 1
#> SRR821364 1 0 1 1 0
#> SRR1101106 1 0 1 1 0
#> SRR659295 2 0 1 0 1
#> SRR1357103 2 0 1 0 1
#> SRR809185 2 0 1 0 1
#> SRR811583 2 0 1 0 1
#> SRR1468050 1 0 1 1 0
#> SRR1440224 2 0 1 0 1
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1500170 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1402368 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR607743 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1457375 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1470923 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR817954 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR809259 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1439785 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR814768 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1102031 3 0.5327 0.6418 0 0.272 0.728
#> SRR1363611 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1468447 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1071931 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR810981 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR615299 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR663585 2 0.2625 0.8913 0 0.916 0.084
#> SRR1326773 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1351166 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1477452 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1084720 3 0.4750 0.7392 0 0.216 0.784
#> SRR1420320 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1081712 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1318241 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1333718 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1313514 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1477861 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1318005 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1354665 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR657707 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1370742 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1412947 2 0.0424 0.9648 0 0.992 0.008
#> SRR661553 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1328869 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR662211 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1348181 3 0.2066 0.9262 0 0.060 0.940
#> SRR1416560 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1319772 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1091452 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1338812 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1392072 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR814844 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1376619 3 0.2066 0.9262 0 0.060 0.940
#> SRR603690 3 0.2448 0.9114 0 0.076 0.924
#> SRR2184980 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR613963 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1323422 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1397673 3 0.2165 0.9227 0 0.064 0.936
#> SRR1434650 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR659875 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1465734 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1076847 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1415072 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR659319 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR663088 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1352021 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR659935 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1352530 3 0.4702 0.7452 0 0.212 0.788
#> SRR662594 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1095309 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR615647 3 0.1643 0.9386 0 0.044 0.956
#> SRR813019 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1374647 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR603472 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR661529 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR607018 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR627423 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR654921 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1418968 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR660871 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1330522 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1499958 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR614059 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1071403 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1486719 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1440421 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1310412 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR614767 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR820709 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR658093 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1088168 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1418707 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1354291 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR2165806 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1415684 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1433860 2 0.2625 0.8913 0 0.916 0.084
#> SRR1311062 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1360359 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR661385 3 0.2165 0.9227 0 0.064 0.936
#> SRR615407 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1413892 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1443459 3 0.6168 0.3164 0 0.412 0.588
#> SRR1338942 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR657480 3 0.1289 0.9472 0 0.032 0.968
#> SRR1399433 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR818537 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1101324 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR807637 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1091918 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR598300 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1085426 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR813891 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1467431 2 0.6267 0.1541 0 0.548 0.452
#> SRR658742 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1419234 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1404813 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR603496 2 0.0237 0.9682 0 0.996 0.004
#> SRR1407758 2 0.2878 0.8788 0 0.904 0.096
#> SRR810945 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR817234 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1444852 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR660378 3 0.5098 0.6881 0 0.248 0.752
#> SRR1467835 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1338964 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1079259 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1072345 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR598725 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1447938 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1360460 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1429468 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1446850 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1320363 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1413810 2 0.3619 0.8341 0 0.864 0.136
#> SRR598831 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1381865 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR660957 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1491332 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1099744 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1464618 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1414559 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1337540 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1444283 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2184942 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR660295 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR601335 2 0.2625 0.8913 0 0.916 0.084
#> SRR1363742 2 0.2625 0.8913 0 0.916 0.084
#> SRR1345847 2 0.6235 0.2085 0 0.564 0.436
#> SRR614960 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR819919 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR603330 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1327951 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1345266 2 0.2165 0.9114 0 0.936 0.064
#> SRR1338055 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1430157 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1320137 2 0.6307 0.0219 0 0.512 0.488
#> SRR1093483 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1459913 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR2170490 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1479845 3 0.1860 0.9325 0 0.052 0.948
#> SRR1436420 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1481060 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR662282 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1487089 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1075683 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1338536 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1338880 2 0.0237 0.9682 0 0.996 0.004
#> SRR1453456 3 0.2537 0.9075 0 0.080 0.920
#> SRR1457895 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1440603 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR658633 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1388081 3 0.0592 0.9610 0 0.012 0.988
#> SRR813339 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR809725 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR627441 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR613603 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1096571 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1392701 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1344326 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1367693 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR660697 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1489926 3 0.1964 0.9294 0 0.056 0.944
#> SRR811491 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1311644 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1451740 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR615117 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1391748 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1466556 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR614972 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1406200 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR819210 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR662174 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR811988 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR663236 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1312598 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1330129 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1357781 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1315517 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1400032 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1413722 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR612827 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR814794 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR819430 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1395509 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR808728 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1070813 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1389133 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR601263 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR604718 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1481351 2 0.2711 0.8875 0 0.912 0.088
#> SRR1334608 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR658681 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR809283 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1459300 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1392547 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR811049 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1464835 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1339619 2 0.1411 0.9391 0 0.964 0.036
#> SRR658501 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1447523 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1415048 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1444348 3 0.5431 0.6177 0 0.284 0.716
#> SRR603890 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR810595 3 0.5835 0.5095 0 0.340 0.660
#> SRR1446244 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR817373 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1457291 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR598220 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1477991 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR598172 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1349032 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR604002 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1378026 3 0.2066 0.9262 0 0.060 0.940
#> SRR1404401 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1333240 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1089399 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR603421 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR812562 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR808520 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR811839 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR814317 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1436763 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1486021 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1465018 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1080998 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1083432 3 0.3686 0.8416 0 0.140 0.860
#> SRR1082833 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1326536 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR614011 2 0.6168 0.2840 0 0.588 0.412
#> SRR1365873 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1498789 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR601581 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR603566 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1373981 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR821410 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1076511 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR614143 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1333570 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1366813 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1388746 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1420558 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1409510 3 0.2066 0.9262 0 0.060 0.940
#> SRR816250 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR614131 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1331130 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1316015 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1470798 3 0.2165 0.9227 0 0.064 0.936
#> SRR614179 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1474863 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR813560 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1312187 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1420960 3 0.4750 0.7392 0 0.216 0.784
#> SRR1355102 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1084577 3 0.6168 0.3306 0 0.412 0.588
#> SRR659971 2 0.2165 0.9120 0 0.936 0.064
#> SRR1350855 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR820779 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1476300 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1090907 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR662294 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1480789 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1336263 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR660776 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1090508 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR615563 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1101175 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR2164650 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1431205 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1339856 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1352147 2 0.3941 0.8048 0 0.844 0.156
#> SRR808968 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR627419 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1402391 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR663609 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR2167857 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1398752 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1405437 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1416955 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1317064 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR659001 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR2170696 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR816589 3 0.6180 0.3182 0 0.416 0.584
#> SRR1087487 2 0.2625 0.8913 0 0.916 0.084
#> SRR1329485 3 0.2066 0.9262 0 0.060 0.940
#> SRR816920 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1341432 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1361590 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR817046 3 0.1643 0.9386 0 0.044 0.956
#> SRR1471331 3 0.5968 0.4560 0 0.364 0.636
#> SRR660788 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR819234 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR810853 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR809427 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR2170217 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1386967 3 0.5835 0.5095 0 0.340 0.660
#> SRR1420344 2 0.0237 0.9682 0 0.996 0.004
#> SRR1334535 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR614503 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR602564 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1420669 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR819024 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR656223 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR608428 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1345647 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1389324 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1361368 3 0.0592 0.9610 0 0.012 0.988
#> SRR1322619 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1349276 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1404024 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1370637 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1452631 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR608392 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1357757 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1074646 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1367499 3 0.2066 0.9262 0 0.060 0.940
#> SRR1343501 2 0.3816 0.8179 0 0.852 0.148
#> SRR1394406 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1381435 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1467407 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1092422 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1380270 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1091817 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1440137 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR614311 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1407516 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR815494 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1333209 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR615177 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1099648 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR659720 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR2185057 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1467125 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR657468 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR660042 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR2170864 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1440491 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1440852 3 0.2066 0.9262 0 0.060 0.940
#> SRR811169 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1331311 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR818009 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1351836 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1498313 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1441975 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR819096 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1073679 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1489116 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1354138 3 0.4504 0.7685 0 0.196 0.804
#> SRR1490589 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1412987 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR602034 3 0.2066 0.9262 0 0.060 0.940
#> SRR1353437 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1072871 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR661577 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR612190 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1399880 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1101787 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR657869 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1446332 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR816039 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1485141 3 0.4452 0.7741 0 0.192 0.808
#> SRR1476697 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1379538 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1331422 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR660859 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1097594 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1311419 2 0.3941 0.8082 0 0.844 0.156
#> SRR1336706 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1472976 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1321307 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR807493 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR812461 3 0.2066 0.9262 0 0.060 0.940
#> SRR1477149 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1457397 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR661913 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1069024 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR2165634 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1478722 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1328642 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1488261 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1318815 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR816945 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1367432 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1359280 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1313910 2 0.0424 0.9648 0 0.992 0.008
#> SRR1457315 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR815398 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR656958 3 0.2066 0.9262 0 0.060 0.940
#> SRR600688 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1098952 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1314916 3 0.2066 0.9262 0 0.060 0.940
#> SRR614167 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1348114 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR658033 2 0.6286 0.1164 0 0.536 0.464
#> SRR1077503 2 0.6260 0.1679 0 0.552 0.448
#> SRR661854 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR811379 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1318857 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR656445 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1433044 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1486391 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR656071 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1364824 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR816745 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR601038 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1360080 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR814868 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1485997 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1435560 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1333330 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR663513 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1328407 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR602784 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1348468 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR663717 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR602217 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR603140 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1340804 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1457574 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1333462 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1094601 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1434610 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1435833 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1398728 2 0.0237 0.9682 0 0.996 0.004
#> SRR1358343 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1410890 2 0.0237 0.9682 0 0.996 0.004
#> SRR1350371 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1392478 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1099260 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1433576 3 0.2066 0.9262 0 0.060 0.940
#> SRR1345541 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1086328 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR810391 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1476207 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR627435 3 0.3482 0.8577 0 0.128 0.872
#> SRR1489862 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1419086 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1396191 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1490115 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1377714 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR819394 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR663161 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR607042 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR656203 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR660602 3 0.5810 0.5184 0 0.336 0.664
#> SRR1440397 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1369264 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR809233 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR663249 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR661242 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1332007 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR809619 3 0.1753 0.9356 0 0.048 0.952
#> SRR819975 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR599281 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR662366 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1317898 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1382485 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR2166420 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1419429 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1092541 3 0.2066 0.9262 0 0.060 0.940
#> SRR817444 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1320403 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1101483 3 0.1860 0.9284 0 0.052 0.948
#> SRR1331684 3 0.2066 0.9262 0 0.060 0.940
#> SRR1400054 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1406088 2 0.1964 0.9195 0 0.944 0.056
#> SRR820733 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1314113 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1382615 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1480745 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1468850 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR656782 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR821364 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR659295 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR1357103 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
#> SRR809185 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR811583 3 0.0000 0.9690 0 0.000 1.000
#> SRR1468050 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000
#> SRR1440224 2 0.0000 0.9715 0 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1500170 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402368 3 0.0188 0.91928 0 0.000 0.996 0.004
#> SRR607743 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457375 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470923 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR814768 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363611 3 0.3610 0.73118 0 0.000 0.800 0.200
#> SRR1468447 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071931 3 0.0336 0.91699 0 0.000 0.992 0.008
#> SRR810981 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR663585 3 0.1940 0.85436 0 0.076 0.924 0.000
#> SRR1326773 2 0.0188 0.94913 0 0.996 0.004 0.000
#> SRR1351166 2 0.0188 0.94913 0 0.996 0.004 0.000
#> SRR1477452 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420320 4 0.1557 0.90759 0 0.000 0.056 0.944
#> SRR1081712 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318241 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333718 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313514 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477861 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318005 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354665 2 0.0336 0.94577 0 0.992 0.008 0.000
#> SRR657707 3 0.0188 0.91928 0 0.000 0.996 0.004
#> SRR1370742 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1412947 3 0.3688 0.71879 0 0.208 0.792 0.000
#> SRR661553 4 0.0336 0.95123 0 0.000 0.008 0.992
#> SRR1328869 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348181 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416560 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319772 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091452 3 0.0921 0.90351 0 0.000 0.972 0.028
#> SRR1338812 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR814844 4 0.0000 0.95720 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1376619 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR603690 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2184980 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR613963 4 0.0000 0.95720 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1323422 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434650 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR659875 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465734 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076847 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415072 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319 2 0.0469 0.94189 0 0.988 0.012 0.000
#> SRR663088 4 0.0000 0.95720 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352021 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935 4 0.4008 0.65505 0 0.000 0.244 0.756
#> SRR1352530 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR662594 3 0.0188 0.91928 0 0.000 0.996 0.004
#> SRR1095309 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR813019 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374647 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR603472 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR661529 4 0.0000 0.95720 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR607018 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR627423 4 0.0000 0.95720 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR654921 4 0.0000 0.95720 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418968 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330522 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499958 2 0.4679 0.45466 0 0.648 0.352 0.000
#> SRR614059 4 0.0000 0.95720 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1071403 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440421 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310412 3 0.4999 -0.00959 0 0.000 0.508 0.492
#> SRR614767 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR820709 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093 3 0.2589 0.81762 0 0.116 0.884 0.000
#> SRR1088168 2 0.3610 0.73742 0 0.800 0.200 0.000
#> SRR1418707 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354291 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2165806 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684 4 0.3172 0.78722 0 0.000 0.160 0.840
#> SRR1433860 3 0.4981 0.12087 0 0.464 0.536 0.000
#> SRR1311062 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360359 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR615407 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413892 2 0.0188 0.94913 0 0.996 0.004 0.000
#> SRR1443459 3 0.1004 0.90485 0 0.004 0.972 0.024
#> SRR1338942 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399433 3 0.3688 0.72128 0 0.000 0.792 0.208
#> SRR818537 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101324 4 0.0000 0.95720 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR807637 4 0.0000 0.95720 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1091918 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300 4 0.0000 0.95720 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1085426 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR813891 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR658742 4 0.0000 0.95720 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419234 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813 2 0.0188 0.94913 0 0.996 0.004 0.000
#> SRR603496 3 0.1557 0.87868 0 0.056 0.944 0.000
#> SRR1407758 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR810945 2 0.4679 0.45466 0 0.648 0.352 0.000
#> SRR817234 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444852 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR660378 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467835 2 0.4679 0.45466 0 0.648 0.352 0.000
#> SRR1338964 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079259 3 0.2868 0.80652 0 0.000 0.864 0.136
#> SRR1072345 3 0.3610 0.73090 0 0.000 0.800 0.200
#> SRR598725 3 0.0188 0.91928 0 0.000 0.996 0.004
#> SRR1447938 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460 4 0.0000 0.95720 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1429468 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446850 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320363 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413810 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR598831 2 0.0188 0.94913 0 0.996 0.004 0.000
#> SRR1381865 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1491332 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099744 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464618 3 0.4989 0.15002 0 0.000 0.528 0.472
#> SRR1414559 4 0.0000 0.95720 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1337540 4 0.0000 0.95720 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1444283 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR660295 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335 3 0.4855 0.31321 0 0.400 0.600 0.000
#> SRR1363742 3 0.4713 0.41281 0 0.360 0.640 0.000
#> SRR1345847 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR614960 4 0.0000 0.95720 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR819919 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327951 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266 3 0.3142 0.80268 0 0.132 0.860 0.008
#> SRR1338055 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430157 2 0.4679 0.45466 0 0.648 0.352 0.000
#> SRR1320137 3 0.3726 0.71308 0 0.212 0.788 0.000
#> SRR1093483 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170490 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436420 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR662282 2 0.3123 0.79572 0 0.844 0.156 0.000
#> SRR1487089 4 0.0000 0.95720 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1075683 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453456 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457895 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR658633 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388081 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR813339 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR809725 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR613603 4 0.0188 0.95425 0 0.000 0.004 0.996
#> SRR1096571 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392701 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693 3 0.0921 0.90351 0 0.000 0.972 0.028
#> SRR660697 3 0.3688 0.72128 0 0.000 0.792 0.208
#> SRR1489926 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR811491 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311644 4 0.0000 0.95720 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1451740 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR615117 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391748 4 0.0000 0.95720 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466556 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR614972 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406200 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210 4 0.0000 0.95720 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR662174 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236 4 0.1474 0.91352 0 0.000 0.052 0.948
#> SRR1312598 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330129 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357781 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315517 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400032 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413722 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR814794 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509 4 0.0000 0.95720 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR808728 2 0.0469 0.94187 0 0.988 0.012 0.000
#> SRR1070813 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389133 4 0.0000 0.95720 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR601263 3 0.0188 0.91928 0 0.000 0.996 0.004
#> SRR604718 4 0.0000 0.95720 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1481351 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334608 3 0.4985 0.10740 0 0.468 0.532 0.000
#> SRR658681 2 0.2589 0.83998 0 0.884 0.116 0.000
#> SRR809283 4 0.0000 0.95720 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1459300 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR811049 3 0.0188 0.91928 0 0.000 0.996 0.004
#> SRR1464835 4 0.0000 0.95720 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339619 3 0.4989 0.10891 0 0.472 0.528 0.000
#> SRR658501 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447523 3 0.3649 0.70073 0 0.000 0.796 0.204
#> SRR1415048 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348 3 0.0188 0.91941 0 0.000 0.996 0.004
#> SRR603890 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR810595 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446244 3 0.3610 0.73118 0 0.000 0.800 0.200
#> SRR817373 3 0.3610 0.73118 0 0.000 0.800 0.200
#> SRR1457291 2 0.4661 0.46363 0 0.652 0.348 0.000
#> SRR598220 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477991 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR598172 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349032 3 0.3610 0.73118 0 0.000 0.800 0.200
#> SRR604002 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378026 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404401 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333240 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1089399 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR603421 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR812562 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520 2 0.3311 0.77399 0 0.828 0.172 0.000
#> SRR811839 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436763 4 0.0000 0.95720 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1486021 2 0.4356 0.57774 0 0.708 0.292 0.000
#> SRR1465018 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080998 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083432 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082833 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR614011 3 0.3688 0.71879 0 0.208 0.792 0.000
#> SRR1365873 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498789 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR601581 3 0.4925 0.28574 0 0.000 0.572 0.428
#> SRR603566 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1373981 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076511 4 0.0000 0.95720 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR614143 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333570 4 0.5000 0.05353 0 0.000 0.496 0.504
#> SRR1366813 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388746 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558 4 0.0000 0.95720 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409510 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR816250 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR614131 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331130 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470798 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR614179 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474863 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR813560 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312187 4 0.4790 0.34606 0 0.000 0.380 0.620
#> SRR1420960 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355102 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084577 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR659971 3 0.5000 0.01707 0 0.496 0.504 0.000
#> SRR1350855 4 0.0000 0.95720 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR820779 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476300 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090907 4 0.3764 0.70353 0 0.000 0.216 0.784
#> SRR662294 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480789 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336263 4 0.0000 0.95720 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR660776 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR615563 4 0.0000 0.95720 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1101175 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431205 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339856 3 0.3726 0.71622 0 0.000 0.788 0.212
#> SRR1352147 3 0.1118 0.89530 0 0.036 0.964 0.000
#> SRR808968 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402391 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2167857 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398752 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416955 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064 3 0.0336 0.91699 0 0.000 0.992 0.008
#> SRR659001 4 0.0000 0.95720 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170696 4 0.0000 0.95720 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR816589 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087487 2 0.4830 0.35560 0 0.608 0.392 0.000
#> SRR1329485 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR816920 4 0.0000 0.95720 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1341432 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590 4 0.0000 0.95720 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR817046 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471331 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR660788 4 0.0000 0.95720 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR819234 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR809427 3 0.3688 0.72128 0 0.000 0.792 0.208
#> SRR2170217 4 0.0000 0.95720 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1386967 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420344 2 0.4697 0.44511 0 0.644 0.356 0.000
#> SRR1334535 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503 4 0.0336 0.95134 0 0.000 0.008 0.992
#> SRR602564 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420669 4 0.0000 0.95720 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR819024 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR656223 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR608428 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345647 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361368 3 0.2149 0.85359 0 0.000 0.912 0.088
#> SRR1322619 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349276 4 0.0000 0.95720 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404024 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452631 4 0.0000 0.95720 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR608392 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357757 3 0.3356 0.75893 0 0.000 0.824 0.176
#> SRR1074646 4 0.0000 0.95720 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1367499 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343501 3 0.0469 0.91304 0 0.012 0.988 0.000
#> SRR1394406 4 0.3873 0.69627 0 0.000 0.228 0.772
#> SRR1381435 2 0.3688 0.72619 0 0.792 0.208 0.000
#> SRR1467407 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380270 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091817 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440137 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR614311 3 0.4431 0.57171 0 0.000 0.696 0.304
#> SRR1407516 3 0.4454 0.56318 0 0.000 0.692 0.308
#> SRR815494 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333209 3 0.4994 0.12217 0 0.000 0.520 0.480
#> SRR615177 4 0.0000 0.95720 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099648 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR659720 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2185057 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468 4 0.0000 0.95720 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR660042 4 0.0000 0.95720 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170864 2 0.4679 0.45466 0 0.648 0.352 0.000
#> SRR1440491 3 0.0336 0.91699 0 0.000 0.992 0.008
#> SRR1440852 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR811169 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311 4 0.3649 0.72309 0 0.000 0.204 0.796
#> SRR818009 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498313 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441975 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR819096 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489116 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354138 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490589 4 0.4977 0.17830 0 0.000 0.460 0.540
#> SRR1412987 4 0.0000 0.95720 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR602034 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353437 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR661577 4 0.0000 0.95720 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR612190 4 0.0000 0.95720 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399880 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787 4 0.0000 0.95720 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR657869 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476697 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538 4 0.0000 0.95720 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1331422 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859 4 0.1792 0.89699 0 0.000 0.068 0.932
#> SRR1097594 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336706 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472976 4 0.0000 0.95720 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1321307 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477149 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457397 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR661913 3 0.4661 0.42374 0 0.000 0.652 0.348
#> SRR1069024 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2165634 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328642 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488261 4 0.3528 0.74663 0 0.000 0.192 0.808
#> SRR1318815 4 0.0000 0.95720 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR816945 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432 4 0.0000 0.95720 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359280 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313910 3 0.4855 0.33693 0 0.400 0.600 0.000
#> SRR1457315 4 0.0000 0.95720 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR815398 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR600688 3 0.0921 0.90396 0 0.000 0.972 0.028
#> SRR1098952 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR614167 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348114 3 0.0921 0.90351 0 0.000 0.972 0.028
#> SRR658033 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077503 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR661854 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR811379 4 0.0000 0.95720 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318857 2 0.4679 0.45466 0 0.648 0.352 0.000
#> SRR656445 2 0.3873 0.69619 0 0.772 0.228 0.000
#> SRR1433044 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486391 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071 4 0.0000 0.95720 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1364824 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR601038 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360080 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868 4 0.4304 0.59334 0 0.000 0.284 0.716
#> SRR1485997 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560 4 0.0000 0.95720 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333330 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513 4 0.0000 0.95720 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1328407 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR602784 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348468 4 0.0000 0.95720 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR663717 4 0.2921 0.81320 0 0.000 0.140 0.860
#> SRR602217 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR603140 3 0.0188 0.91928 0 0.000 0.996 0.004
#> SRR1340804 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333462 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1094601 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610 4 0.0000 0.95720 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1435833 4 0.0000 0.95720 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1398728 2 0.4843 0.34172 0 0.604 0.396 0.000
#> SRR1358343 4 0.0000 0.95720 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1410890 2 0.4679 0.45466 0 0.648 0.352 0.000
#> SRR1350371 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099260 2 0.0188 0.94913 0 0.996 0.004 0.000
#> SRR1433576 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345541 4 0.0000 0.95720 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1086328 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476207 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR627435 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489862 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490115 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377714 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR819394 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161 4 0.0000 0.95720 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR607042 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR656203 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR660602 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440397 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249 2 0.4643 0.47250 0 0.656 0.344 0.000
#> SRR661242 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332007 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR809619 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR819975 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR662366 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317898 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382485 3 0.4996 0.10751 0 0.000 0.516 0.484
#> SRR2166420 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR817444 3 0.4989 0.08788 0 0.472 0.528 0.000
#> SRR1320403 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101483 3 0.0804 0.91043 0 0.012 0.980 0.008
#> SRR1331684 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400054 4 0.0000 0.95720 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406088 3 0.4877 0.31467 0 0.408 0.592 0.000
#> SRR820733 4 0.0000 0.95720 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1314113 4 0.0000 0.95720 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1382615 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480745 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR656782 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR821364 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357103 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR809185 3 0.0000 0.92158 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR811583 4 0.0000 0.95720 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468050 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224 2 0.0000 0.95216 0 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1500170 2 0.3508 0.778181 0 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1402368 3 0.0880 0.834153 0 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR607743 3 0.0000 0.845273 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457375 2 0.3508 0.778181 0 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1470923 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785 3 0.0000 0.845273 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814768 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031 2 0.3913 0.232622 0 0.676 0.324 0.000 0.000
#> SRR1363611 3 0.3789 0.717715 0 0.224 0.760 0.016 0.000
#> SRR1468447 5 0.3816 0.414708 0 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1071931 3 0.3274 0.731993 0 0.220 0.780 0.000 0.000
#> SRR810981 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299 2 0.3684 0.752510 0 0.720 0.000 0.000 0.280
#> SRR663585 3 0.4489 0.295202 0 0.420 0.572 0.000 0.008
#> SRR1326773 2 0.3958 0.751007 0 0.780 0.044 0.000 0.176
#> SRR1351166 2 0.3395 0.777364 0 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1477452 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720 3 0.3109 0.692689 0 0.200 0.800 0.000 0.000
#> SRR1420320 4 0.5312 0.654097 0 0.220 0.116 0.664 0.000
#> SRR1081712 5 0.0000 0.900142 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318241 3 0.0880 0.838208 0 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1333718 2 0.3508 0.778181 0 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1313514 5 0.0000 0.900142 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1477861 5 0.0000 0.900142 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318005 5 0.0000 0.900142 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1354665 2 0.3395 0.777364 0 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR657707 3 0.0880 0.838208 0 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1370742 3 0.0000 0.845273 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1412947 2 0.3774 0.251809 0 0.704 0.296 0.000 0.000
#> SRR661553 4 0.3266 0.699382 0 0.004 0.200 0.796 0.000
#> SRR1328869 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211 5 0.0000 0.900142 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348181 3 0.0794 0.841875 0 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1416560 3 0.0000 0.845273 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319772 3 0.0000 0.845273 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091452 3 0.3430 0.729035 0 0.220 0.776 0.004 0.000
#> SRR1338812 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072 5 0.0000 0.900142 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR814844 4 0.0000 0.903356 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376619 3 0.0794 0.841875 0 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR603690 3 0.3612 0.724716 0 0.268 0.732 0.000 0.000
#> SRR2184980 2 0.3480 0.779090 0 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR613963 4 0.0000 0.903356 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323422 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673 3 0.3774 0.562756 0 0.296 0.704 0.000 0.000
#> SRR1434650 5 0.0000 0.900142 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR659875 5 0.3774 0.418524 0 0.296 0.000 0.000 0.704
#> SRR1465734 3 0.0000 0.845273 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076847 5 0.0000 0.900142 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415072 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319 2 0.3876 0.757071 0 0.776 0.032 0.000 0.192
#> SRR663088 4 0.0000 0.903356 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352021 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935 4 0.6376 0.407337 0 0.220 0.264 0.516 0.000
#> SRR1352530 3 0.4126 0.407228 0 0.380 0.620 0.000 0.000
#> SRR662594 3 0.0880 0.838208 0 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1095309 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647 3 0.0794 0.841875 0 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR813019 2 0.3508 0.778181 0 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1374647 2 0.3508 0.778181 0 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR603472 5 0.0000 0.900142 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR661529 4 0.0000 0.903356 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR607018 2 0.3912 0.773879 0 0.752 0.020 0.000 0.228
#> SRR627423 4 0.0000 0.903356 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR654921 4 0.0000 0.903356 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418968 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871 3 0.0000 0.845273 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330522 3 0.0794 0.841875 0 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1499958 2 0.3074 0.760150 0 0.804 0.000 0.000 0.196
#> SRR614059 4 0.0000 0.903356 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071403 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719 5 0.4030 0.274865 0 0.352 0.000 0.000 0.648
#> SRR1440421 5 0.0000 0.900142 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1310412 3 0.4278 0.155247 0 0.000 0.548 0.452 0.000
#> SRR614767 2 0.3508 0.778181 0 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR820709 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093 2 0.3563 0.615373 0 0.780 0.208 0.000 0.012
#> SRR1088168 2 0.3944 0.625416 0 0.768 0.200 0.000 0.032
#> SRR1418707 5 0.4278 -0.110794 0 0.452 0.000 0.000 0.548
#> SRR1354291 5 0.0000 0.900142 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2165806 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684 4 0.6285 0.447420 0 0.220 0.244 0.536 0.000
#> SRR1433860 2 0.4620 0.295226 0 0.592 0.392 0.000 0.016
#> SRR1311062 5 0.4262 -0.063764 0 0.440 0.000 0.000 0.560
#> SRR1360359 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385 3 0.3730 0.575070 0 0.288 0.712 0.000 0.000
#> SRR615407 2 0.3508 0.778181 0 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1413892 2 0.3876 0.757071 0 0.776 0.032 0.000 0.192
#> SRR1443459 2 0.3913 0.232622 0 0.676 0.324 0.000 0.000
#> SRR1338942 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480 3 0.0404 0.843362 0 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1399433 3 0.3852 0.716566 0 0.220 0.760 0.020 0.000
#> SRR818537 5 0.0000 0.900142 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1101324 4 0.0000 0.903356 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR807637 4 0.0000 0.903356 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091918 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300 4 0.0000 0.903356 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085426 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.3480 0.779090 0 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR813891 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431 2 0.4101 0.007612 0 0.628 0.372 0.000 0.000
#> SRR658742 4 0.0000 0.903356 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419234 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813 2 0.3480 0.779090 0 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR603496 2 0.4190 0.740611 0 0.768 0.060 0.000 0.172
#> SRR1407758 3 0.4341 0.345410 0 0.404 0.592 0.000 0.004
#> SRR810945 2 0.3395 0.777364 0 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR817234 5 0.0000 0.900142 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1444852 3 0.0794 0.841875 0 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR660378 3 0.4015 0.475153 0 0.348 0.652 0.000 0.000
#> SRR1467835 2 0.3395 0.777364 0 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1338964 3 0.0880 0.838208 0 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1079259 3 0.3852 0.716566 0 0.220 0.760 0.020 0.000
#> SRR1072345 3 0.1270 0.824549 0 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR598725 3 0.0000 0.845273 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447938 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460 4 0.0000 0.903356 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429468 2 0.4114 0.597382 0 0.624 0.000 0.000 0.376
#> SRR1446850 2 0.3480 0.779090 0 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR1320363 3 0.0000 0.845273 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413810 3 0.4359 0.325089 0 0.412 0.584 0.000 0.004
#> SRR598831 2 0.3395 0.777364 0 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1381865 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957 3 0.0000 0.845273 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1491332 2 0.4104 0.770577 0 0.748 0.032 0.000 0.220
#> SRR1099744 2 0.3508 0.778181 0 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1464618 4 0.6465 0.360948 0 0.220 0.288 0.492 0.000
#> SRR1414559 4 0.0000 0.903356 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337540 4 0.0000 0.903356 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444283 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942 3 0.0000 0.845273 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660295 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335 3 0.4708 0.230152 0 0.436 0.548 0.000 0.016
#> SRR1363742 2 0.4620 0.295226 0 0.592 0.392 0.000 0.016
#> SRR1345847 2 0.1341 0.599487 0 0.944 0.056 0.000 0.000
#> SRR614960 4 0.0000 0.903356 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR819919 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330 5 0.0000 0.900142 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1327951 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266 2 0.2124 0.612037 0 0.916 0.056 0.000 0.028
#> SRR1338055 2 0.3508 0.778181 0 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1430157 2 0.0794 0.650933 0 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1320137 2 0.3816 0.246448 0 0.696 0.304 0.000 0.000
#> SRR1093483 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913 3 0.0000 0.845273 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2170490 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845 3 0.0794 0.841875 0 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1436420 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060 5 0.0000 0.900142 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR662282 2 0.4247 0.681504 0 0.776 0.132 0.000 0.092
#> SRR1487089 4 0.0000 0.903356 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075683 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880 2 0.0794 0.620949 0 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1453456 3 0.3774 0.562756 0 0.296 0.704 0.000 0.000
#> SRR1457895 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603 5 0.0000 0.900142 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR658633 2 0.3508 0.778181 0 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1388081 3 0.3395 0.732399 0 0.236 0.764 0.000 0.000
#> SRR813339 3 0.0000 0.845273 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809725 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441 5 0.0000 0.900142 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR613603 4 0.3586 0.619093 0 0.000 0.264 0.736 0.000
#> SRR1096571 2 0.3983 0.661141 0 0.660 0.000 0.000 0.340
#> SRR1392701 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693 2 0.4235 -0.067333 0 0.576 0.424 0.000 0.000
#> SRR660697 3 0.3852 0.716566 0 0.220 0.760 0.020 0.000
#> SRR1489926 3 0.0794 0.841875 0 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR811491 3 0.0000 0.845273 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311644 4 0.0000 0.903356 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1451740 3 0.0794 0.841875 0 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR615117 5 0.0000 0.900142 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1391748 4 0.0000 0.903356 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466556 3 0.0000 0.845273 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614972 3 0.0000 0.845273 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406200 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210 4 0.4024 0.739699 0 0.220 0.028 0.752 0.000
#> SRR662174 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236 3 0.4030 0.434999 0 0.000 0.648 0.352 0.000
#> SRR1312598 2 0.3480 0.779090 0 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR1330129 5 0.0000 0.900142 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1357781 5 0.0000 0.900142 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1315517 5 0.0000 0.900142 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1400032 3 0.0794 0.841875 0 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1413722 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827 3 0.0000 0.845273 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814794 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509 4 0.0000 0.903356 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR808728 2 0.4104 0.770577 0 0.748 0.032 0.000 0.220
#> SRR1070813 2 0.3508 0.778181 0 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1389133 4 0.0000 0.903356 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR601263 3 0.0880 0.838208 0 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR604718 4 0.4325 0.728852 0 0.220 0.044 0.736 0.000
#> SRR1481351 3 0.4101 0.426113 0 0.372 0.628 0.000 0.000
#> SRR1334608 2 0.3757 0.615867 0 0.772 0.208 0.000 0.020
#> SRR658681 2 0.3696 0.611564 0 0.772 0.212 0.000 0.016
#> SRR809283 4 0.0000 0.903356 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459300 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547 2 0.3508 0.778181 0 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR811049 3 0.0880 0.838208 0 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1464835 4 0.0000 0.903356 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339619 2 0.1582 0.633682 0 0.944 0.028 0.000 0.028
#> SRR658501 3 0.0703 0.842557 0 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1447523 3 0.1410 0.818563 0 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR1415048 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348 2 0.3913 0.232622 0 0.676 0.324 0.000 0.000
#> SRR603890 5 0.0000 0.900142 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR810595 3 0.3913 0.518672 0 0.324 0.676 0.000 0.000
#> SRR1446244 2 0.4826 -0.244291 0 0.508 0.472 0.020 0.000
#> SRR817373 3 0.3430 0.729035 0 0.220 0.776 0.004 0.000
#> SRR1457291 2 0.0794 0.650933 0 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR598220 3 0.3274 0.731993 0 0.220 0.780 0.000 0.000
#> SRR1477991 2 0.3480 0.779090 0 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR598172 5 0.0000 0.900142 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1349032 3 0.3882 0.714338 0 0.224 0.756 0.020 0.000
#> SRR604002 5 0.0000 0.900142 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1378026 3 0.0794 0.841875 0 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1404401 5 0.0000 0.900142 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333240 2 0.3508 0.778181 0 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1089399 5 0.3039 0.653507 0 0.192 0.000 0.000 0.808
#> SRR603421 2 0.3508 0.778181 0 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR812562 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520 2 0.3876 0.757071 0 0.776 0.032 0.000 0.192
#> SRR811839 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317 5 0.3949 0.336702 0 0.332 0.000 0.000 0.668
#> SRR1436763 4 0.0000 0.903356 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486021 2 0.3366 0.776254 0 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR1465018 2 0.3876 0.703103 0 0.684 0.000 0.000 0.316
#> SRR1080998 3 0.1197 0.832410 0 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR1083432 3 0.3913 0.518672 0 0.324 0.676 0.000 0.000
#> SRR1082833 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536 3 0.0000 0.845273 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614011 2 0.3913 0.232622 0 0.676 0.324 0.000 0.000
#> SRR1365873 2 0.3508 0.778181 0 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1498789 2 0.3480 0.779090 0 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR601581 4 0.6491 0.350486 0 0.220 0.296 0.484 0.000
#> SRR603566 2 0.3508 0.778181 0 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1373981 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410 2 0.3480 0.779090 0 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR1076511 4 0.0000 0.903356 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614143 3 0.0000 0.845273 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333570 3 0.1478 0.815981 0 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR1366813 2 0.3480 0.779090 0 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR1388746 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558 4 0.0000 0.903356 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409510 3 0.0794 0.841875 0 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR816250 2 0.3480 0.779090 0 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR614131 3 0.3508 0.733513 0 0.252 0.748 0.000 0.000
#> SRR1331130 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015 3 0.0794 0.841875 0 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1470798 3 0.0794 0.841875 0 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR614179 5 0.1792 0.807818 0 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR1474863 2 0.3586 0.768431 0 0.736 0.000 0.000 0.264
#> SRR813560 2 0.3480 0.779090 0 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR1312187 4 0.6491 0.350662 0 0.220 0.296 0.484 0.000
#> SRR1420960 3 0.3796 0.556783 0 0.300 0.700 0.000 0.000
#> SRR1355102 3 0.0000 0.845273 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084577 3 0.3913 0.518672 0 0.324 0.676 0.000 0.000
#> SRR659971 2 0.2450 0.592027 0 0.896 0.076 0.000 0.028
#> SRR1350855 4 0.0000 0.903356 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR820779 3 0.0000 0.845273 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476300 3 0.0000 0.845273 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090907 4 0.6478 0.359825 0 0.220 0.292 0.488 0.000
#> SRR662294 5 0.0000 0.900142 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1480789 5 0.3774 0.418524 0 0.296 0.000 0.000 0.704
#> SRR1336263 4 0.0000 0.903356 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660776 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508 2 0.3508 0.778181 0 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR615563 4 0.0000 0.903356 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101175 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650 2 0.3508 0.778181 0 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1431205 2 0.3508 0.778181 0 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1339856 3 0.4024 0.709198 0 0.220 0.752 0.028 0.000
#> SRR1352147 2 0.2690 0.497282 0 0.844 0.156 0.000 0.000
#> SRR808968 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419 5 0.4278 -0.110794 0 0.452 0.000 0.000 0.548
#> SRR1402391 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609 2 0.3508 0.778181 0 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR2167857 5 0.0000 0.900142 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1398752 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437 2 0.3508 0.778181 0 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1416955 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064 3 0.3305 0.729805 0 0.224 0.776 0.000 0.000
#> SRR659001 4 0.0000 0.903356 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170696 4 0.0000 0.903356 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816589 3 0.4201 0.346997 0 0.408 0.592 0.000 0.000
#> SRR1087487 2 0.4497 0.399646 0 0.632 0.352 0.000 0.016
#> SRR1329485 3 0.0794 0.841875 0 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR816920 4 0.0000 0.903356 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341432 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590 4 0.0000 0.903356 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR817046 3 0.0794 0.841875 0 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1471331 3 0.4161 0.379960 0 0.392 0.608 0.000 0.000
#> SRR660788 4 0.0000 0.903356 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR819234 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853 5 0.0000 0.900142 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR809427 3 0.3852 0.716566 0 0.220 0.760 0.020 0.000
#> SRR2170217 4 0.0000 0.903356 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1386967 3 0.3932 0.510277 0 0.328 0.672 0.000 0.000
#> SRR1420344 2 0.0955 0.648728 0 0.968 0.004 0.000 0.028
#> SRR1334535 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503 3 0.6514 0.200768 0 0.220 0.476 0.304 0.000
#> SRR602564 3 0.3274 0.731993 0 0.220 0.780 0.000 0.000
#> SRR1420669 4 0.0000 0.903356 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR819024 3 0.0000 0.845273 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656223 2 0.4010 0.765643 0 0.760 0.032 0.000 0.208
#> SRR608428 2 0.3480 0.779090 0 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR1345647 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324 2 0.4242 0.490694 0 0.572 0.000 0.000 0.428
#> SRR1361368 2 0.4126 0.074227 0 0.620 0.380 0.000 0.000
#> SRR1322619 2 0.3480 0.779090 0 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR1349276 4 0.0000 0.903356 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404024 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637 2 0.3480 0.779090 0 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR1452631 4 0.0000 0.903356 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608392 2 0.4104 0.770577 0 0.748 0.032 0.000 0.220
#> SRR1357757 3 0.0510 0.841096 0 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1074646 4 0.0000 0.903356 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367499 3 0.1197 0.833400 0 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR1343501 2 0.4101 0.353196 0 0.628 0.372 0.000 0.000
#> SRR1394406 4 0.3988 0.754937 0 0.196 0.036 0.768 0.000
#> SRR1381435 2 0.3812 0.619091 0 0.772 0.204 0.000 0.024
#> SRR1467407 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422 5 0.3774 0.418524 0 0.296 0.000 0.000 0.704
#> SRR1380270 5 0.0000 0.900142 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1091817 2 0.3508 0.778181 0 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1440137 2 0.3480 0.779090 0 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR614311 3 0.6380 0.306157 0 0.224 0.516 0.260 0.000
#> SRR1407516 3 0.5396 0.589333 0 0.220 0.656 0.124 0.000
#> SRR815494 3 0.0794 0.841875 0 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1333209 4 0.6579 0.259294 0 0.220 0.332 0.448 0.000
#> SRR615177 4 0.0000 0.903356 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099648 2 0.3508 0.778181 0 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR659720 3 0.2732 0.772138 0 0.160 0.840 0.000 0.000
#> SRR2185057 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468 4 0.0000 0.903356 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660042 4 0.0000 0.903356 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170864 2 0.3395 0.777364 0 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1440491 3 0.3274 0.731993 0 0.220 0.780 0.000 0.000
#> SRR1440852 3 0.0794 0.841875 0 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR811169 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311 4 0.6376 0.407337 0 0.220 0.264 0.516 0.000
#> SRR818009 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836 2 0.3508 0.778181 0 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1498313 5 0.0000 0.900142 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441975 2 0.3508 0.778181 0 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR819096 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679 3 0.2561 0.782087 0 0.144 0.856 0.000 0.000
#> SRR1489116 2 0.3508 0.778181 0 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1354138 3 0.3003 0.706753 0 0.188 0.812 0.000 0.000
#> SRR1490589 3 0.3612 0.585899 0 0.000 0.732 0.268 0.000
#> SRR1412987 4 0.0000 0.903356 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR602034 3 0.0794 0.841875 0 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1353437 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871 3 0.0880 0.838208 0 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR661577 4 0.0000 0.903356 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR612190 4 0.1043 0.879582 0 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR1399880 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787 4 0.3274 0.754697 0 0.220 0.000 0.780 0.000
#> SRR657869 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141 3 0.3857 0.538251 0 0.312 0.688 0.000 0.000
#> SRR1476697 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538 4 0.3274 0.754697 0 0.220 0.000 0.780 0.000
#> SRR1331422 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859 4 0.3876 0.499861 0 0.000 0.316 0.684 0.000
#> SRR1097594 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419 3 0.4192 0.353447 0 0.404 0.596 0.000 0.000
#> SRR1336706 2 0.3508 0.778181 0 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1472976 4 0.0000 0.903356 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321307 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461 3 0.0794 0.841875 0 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1477149 5 0.0000 0.900142 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457397 5 0.0000 0.900142 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR661913 3 0.1043 0.829335 0 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1069024 5 0.0000 0.900142 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2165634 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722 3 0.0000 0.845273 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328642 5 0.0000 0.900142 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1488261 4 0.0000 0.903356 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318815 4 0.0000 0.903356 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816945 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432 4 0.0000 0.903356 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359280 5 0.0000 0.900142 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1313910 2 0.1582 0.633682 0 0.944 0.028 0.000 0.028
#> SRR1457315 4 0.0000 0.903356 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR815398 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958 3 0.0794 0.841875 0 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR600688 3 0.3852 0.716566 0 0.220 0.760 0.020 0.000
#> SRR1098952 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916 3 0.0794 0.841875 0 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR614167 3 0.0000 0.845273 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348114 3 0.3789 0.717715 0 0.224 0.760 0.016 0.000
#> SRR658033 3 0.4210 0.524533 0 0.412 0.588 0.000 0.000
#> SRR1077503 3 0.3707 0.584494 0 0.284 0.716 0.000 0.000
#> SRR661854 3 0.0000 0.845273 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811379 4 0.0404 0.896387 0 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1318857 2 0.0794 0.650933 0 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR656445 2 0.3863 0.622704 0 0.772 0.200 0.000 0.028
#> SRR1433044 5 0.0000 0.900142 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1486391 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071 4 0.0000 0.903356 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1364824 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745 5 0.0000 0.900142 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR601038 5 0.0000 0.900142 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1360080 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868 3 0.2020 0.791668 0 0.000 0.900 0.100 0.000
#> SRR1485997 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560 4 0.0000 0.903356 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333330 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513 4 0.0794 0.884448 0 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1328407 2 0.3508 0.778181 0 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR602784 2 0.3508 0.778181 0 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1348468 4 0.0000 0.903356 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663717 4 0.5032 0.683616 0 0.220 0.092 0.688 0.000
#> SRR602217 2 0.3508 0.778181 0 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR603140 3 0.0880 0.838208 0 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1340804 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574 3 0.0000 0.845273 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333462 5 0.0000 0.900142 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1094601 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610 4 0.0290 0.898278 0 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1435833 4 0.3274 0.754697 0 0.220 0.000 0.780 0.000
#> SRR1398728 2 0.1582 0.633682 0 0.944 0.028 0.000 0.028
#> SRR1358343 4 0.0000 0.903356 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410890 2 0.0794 0.650933 0 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1350371 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478 2 0.3395 0.777364 0 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1099260 2 0.3876 0.757071 0 0.776 0.032 0.000 0.192
#> SRR1433576 3 0.4088 0.508379 0 0.368 0.632 0.000 0.000
#> SRR1345541 4 0.0000 0.903356 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086328 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391 3 0.0000 0.845273 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476207 3 0.0880 0.838208 0 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR627435 3 0.0880 0.840758 0 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1489862 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191 3 0.0000 0.845273 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490115 3 0.0000 0.845273 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377714 3 0.0880 0.838208 0 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR819394 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161 4 0.0000 0.903356 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR607042 5 0.0000 0.900142 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR656203 3 0.3274 0.731993 0 0.220 0.780 0.000 0.000
#> SRR660602 3 0.4201 0.346997 0 0.408 0.592 0.000 0.000
#> SRR1440397 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249 2 0.0794 0.650933 0 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR661242 3 0.3480 0.735728 0 0.248 0.752 0.000 0.000
#> SRR1332007 2 0.3508 0.778181 0 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR809619 2 0.4060 0.136128 0 0.640 0.360 0.000 0.000
#> SRR819975 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281 2 0.3876 0.704440 0 0.684 0.000 0.000 0.316
#> SRR662366 3 0.0000 0.845273 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317898 3 0.0000 0.845273 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382485 3 0.6619 -0.000753 0 0.220 0.420 0.360 0.000
#> SRR2166420 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541 3 0.0794 0.841875 0 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR817444 2 0.4010 0.767792 0 0.760 0.032 0.000 0.208
#> SRR1320403 5 0.0000 0.900142 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1101483 2 0.4242 -0.080278 0 0.572 0.428 0.000 0.000
#> SRR1331684 3 0.0794 0.841875 0 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1400054 4 0.0000 0.903356 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406088 2 0.2900 0.560872 0 0.864 0.108 0.000 0.028
#> SRR820733 4 0.0000 0.903356 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314113 4 0.0000 0.903356 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382615 2 0.4104 0.770577 0 0.748 0.032 0.000 0.220
#> SRR1480745 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850 2 0.3480 0.779090 0 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR656782 3 0.0880 0.838208 0 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR821364 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295 5 0.0000 0.900142 0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1357103 5 0.3774 0.418524 0 0.296 0.000 0.000 0.704
#> SRR809185 3 0.3305 0.730209 0 0.224 0.776 0.000 0.000
#> SRR811583 4 0.4982 0.691399 0 0.220 0.088 0.692 0.000
#> SRR1468050 1 0.0000 1.000000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224 2 0.3480 0.779090 0 0.752 0.000 0.000 0.248
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1500170 2 0.0146 0.8344 0 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1402368 3 0.1856 0.9054 0 0.000 0.920 0.032 0.000 0.048
#> SRR607743 3 0.0790 0.9381 0 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1457375 2 0.0146 0.8344 0 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1470923 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785 3 0.0790 0.9381 0 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR814768 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031 4 0.0458 0.9151 0 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1363611 4 0.0000 0.9186 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468447 5 0.3774 0.5013 0 0.408 0.000 0.000 0.592 0.000
#> SRR1071931 4 0.0146 0.9185 0 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR810981 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299 2 0.2793 0.6014 0 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR663585 2 0.3789 0.4521 0 0.584 0.416 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326773 2 0.0260 0.8329 0 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351166 2 0.0146 0.8343 0 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1477452 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720 3 0.3847 -0.0896 0 0.456 0.544 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420320 4 0.0858 0.9090 0 0.000 0.004 0.968 0.000 0.028
#> SRR1081712 5 0.3684 0.5551 0 0.372 0.000 0.000 0.628 0.000
#> SRR1318241 3 0.1556 0.9058 0 0.000 0.920 0.080 0.000 0.000
#> SRR1333718 2 0.0146 0.8344 0 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1313514 5 0.0000 0.8983 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477861 5 0.0000 0.8983 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318005 5 0.0000 0.8983 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354665 2 0.0146 0.8343 0 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR657707 3 0.1556 0.9058 0 0.000 0.920 0.080 0.000 0.000
#> SRR1370742 3 0.0790 0.9381 0 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1412947 4 0.0914 0.9091 0 0.016 0.016 0.968 0.000 0.000
#> SRR661553 6 0.0790 0.9438 0 0.000 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR1328869 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211 5 0.3684 0.5551 0 0.372 0.000 0.000 0.628 0.000
#> SRR1348181 3 0.0146 0.9287 0 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416560 3 0.0790 0.9381 0 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1319772 3 0.0790 0.9381 0 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1091452 4 0.0146 0.9185 0 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1338812 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072 5 0.0000 0.8983 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR814844 6 0.0000 0.9735 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1376619 3 0.0146 0.9287 0 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR603690 4 0.3531 0.5502 0 0.000 0.328 0.672 0.000 0.000
#> SRR2184980 2 0.0146 0.8343 0 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR613963 6 0.0000 0.9735 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1323422 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673 2 0.3789 0.4521 0 0.584 0.416 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434650 5 0.1910 0.8303 0 0.108 0.000 0.000 0.892 0.000
#> SRR659875 2 0.1007 0.8126 0 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1465734 3 0.0790 0.9381 0 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1076847 5 0.0000 0.8983 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415072 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319 2 0.1556 0.8074 0 0.920 0.080 0.000 0.000 0.000
#> SRR663088 6 0.0000 0.9735 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352021 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935 4 0.0858 0.9090 0 0.000 0.004 0.968 0.000 0.028
#> SRR1352530 2 0.3797 0.4436 0 0.580 0.420 0.000 0.000 0.000
#> SRR662594 3 0.1556 0.9058 0 0.000 0.920 0.080 0.000 0.000
#> SRR1095309 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647 3 0.0146 0.9287 0 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR813019 2 0.0146 0.8344 0 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1374647 2 0.0146 0.8344 0 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR603472 5 0.0000 0.8983 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661529 6 0.0000 0.9735 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR607018 2 0.1075 0.8207 0 0.952 0.048 0.000 0.000 0.000
#> SRR627423 6 0.0000 0.9735 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR654921 6 0.0000 0.9735 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418968 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871 3 0.0790 0.9381 0 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1330522 3 0.0146 0.9287 0 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499958 2 0.3765 0.1943 0 0.596 0.000 0.404 0.000 0.000
#> SRR614059 6 0.0000 0.9735 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1071403 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719 5 0.3789 0.4885 0 0.416 0.000 0.000 0.584 0.000
#> SRR1440421 5 0.0000 0.8983 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310412 6 0.4238 0.4036 0 0.000 0.344 0.028 0.000 0.628
#> SRR614767 2 0.0146 0.8344 0 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR820709 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093 2 0.2969 0.7118 0 0.776 0.224 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088168 2 0.2883 0.7222 0 0.788 0.212 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418707 5 0.3789 0.4885 0 0.416 0.000 0.000 0.584 0.000
#> SRR1354291 5 0.0000 0.8983 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2165806 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684 4 0.0858 0.9090 0 0.000 0.004 0.968 0.000 0.028
#> SRR1433860 2 0.3782 0.4595 0 0.588 0.412 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311062 5 0.3789 0.4885 0 0.416 0.000 0.000 0.584 0.000
#> SRR1360359 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385 3 0.2996 0.6118 0 0.228 0.772 0.000 0.000 0.000
#> SRR615407 2 0.0146 0.8344 0 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1413892 2 0.1556 0.8074 0 0.920 0.080 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443459 4 0.0458 0.9151 0 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1338942 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480 4 0.3797 0.2216 0 0.000 0.420 0.580 0.000 0.000
#> SRR1399433 4 0.0146 0.9185 0 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR818537 5 0.0000 0.8983 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101324 6 0.0000 0.9735 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR807637 6 0.0000 0.9735 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1091918 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300 6 0.0000 0.9735 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1085426 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.0146 0.8343 0 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR813891 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431 4 0.3483 0.6504 0 0.236 0.016 0.748 0.000 0.000
#> SRR658742 6 0.0000 0.9735 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419234 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813 2 0.0146 0.8343 0 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR603496 2 0.3351 0.6424 0 0.712 0.288 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407758 2 0.3789 0.4521 0 0.584 0.416 0.000 0.000 0.000
#> SRR810945 2 0.0291 0.8339 0 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR817234 5 0.0000 0.8983 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444852 3 0.0146 0.9287 0 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR660378 2 0.3789 0.4521 0 0.584 0.416 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467835 2 0.0146 0.8343 0 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1338964 3 0.1556 0.9058 0 0.000 0.920 0.080 0.000 0.000
#> SRR1079259 4 0.0146 0.9185 0 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1072345 3 0.1863 0.9069 0 0.000 0.920 0.036 0.000 0.044
#> SRR598725 3 0.0790 0.9381 0 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1447938 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460 6 0.2664 0.7669 0 0.000 0.000 0.184 0.000 0.816
#> SRR1429468 2 0.3672 0.1905 0 0.632 0.000 0.000 0.368 0.000
#> SRR1446850 2 0.0146 0.8343 0 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1320363 3 0.0790 0.9381 0 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1413810 2 0.3789 0.4521 0 0.584 0.416 0.000 0.000 0.000
#> SRR598831 2 0.0146 0.8343 0 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1381865 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957 3 0.0790 0.9381 0 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1491332 2 0.1411 0.8171 0 0.936 0.060 0.000 0.004 0.000
#> SRR1099744 2 0.0146 0.8344 0 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1464618 4 0.0603 0.9149 0 0.000 0.004 0.980 0.000 0.016
#> SRR1414559 6 0.0000 0.9735 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1337540 6 0.0000 0.9735 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1444283 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942 3 0.0790 0.9381 0 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR660295 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335 2 0.3789 0.4521 0 0.584 0.416 0.000 0.000 0.000
#> SRR1363742 2 0.3774 0.4666 0 0.592 0.408 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345847 4 0.0858 0.9075 0 0.028 0.004 0.968 0.000 0.000
#> SRR614960 6 0.0000 0.9735 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR819919 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330 5 0.0000 0.8983 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327951 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266 4 0.0790 0.9060 0 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR1338055 2 0.0146 0.8344 0 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1430157 4 0.3288 0.6223 0 0.276 0.000 0.724 0.000 0.000
#> SRR1320137 4 0.0717 0.9132 0 0.016 0.008 0.976 0.000 0.000
#> SRR1093483 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913 3 0.0790 0.9381 0 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR2170490 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845 3 0.3601 0.5212 0 0.004 0.684 0.312 0.000 0.000
#> SRR1436420 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060 5 0.3023 0.7282 0 0.232 0.000 0.000 0.768 0.000
#> SRR662282 2 0.2178 0.7792 0 0.868 0.132 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487089 6 0.0000 0.9735 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1075683 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880 4 0.0914 0.9091 0 0.016 0.016 0.968 0.000 0.000
#> SRR1453456 3 0.3747 0.1483 0 0.396 0.604 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457895 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603 5 0.0000 0.8983 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658633 2 0.0146 0.8344 0 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1388081 4 0.0458 0.9146 0 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR813339 3 0.0790 0.9381 0 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR809725 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441 5 0.0000 0.8983 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613603 6 0.1334 0.9252 0 0.000 0.020 0.032 0.000 0.948
#> SRR1096571 2 0.0146 0.8344 0 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1392701 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693 4 0.0458 0.9151 0 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR660697 4 0.0146 0.9185 0 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1489926 3 0.0146 0.9287 0 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR811491 3 0.0790 0.9381 0 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1311644 6 0.0000 0.9735 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1451740 3 0.0146 0.9312 0 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR615117 5 0.0000 0.8983 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1391748 6 0.0000 0.9735 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466556 3 0.0790 0.9381 0 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR614972 3 0.0790 0.9381 0 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1406200 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210 4 0.0146 0.9185 0 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR662174 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236 6 0.5718 0.3788 0 0.000 0.252 0.228 0.000 0.520
#> SRR1312598 2 0.0146 0.8343 0 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1330129 5 0.0000 0.8983 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357781 5 0.0000 0.8983 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315517 5 0.0000 0.8983 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400032 3 0.0291 0.9300 0 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000
#> SRR1413722 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827 3 0.0790 0.9381 0 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR814794 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509 6 0.0000 0.9735 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR808728 2 0.1075 0.8202 0 0.952 0.048 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070813 2 0.0146 0.8344 0 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1389133 6 0.0000 0.9735 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR601263 3 0.1556 0.9058 0 0.000 0.920 0.080 0.000 0.000
#> SRR604718 4 0.0146 0.9185 0 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1481351 2 0.3789 0.4521 0 0.584 0.416 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334608 2 0.3634 0.5514 0 0.644 0.356 0.000 0.000 0.000
#> SRR658681 2 0.3076 0.7005 0 0.760 0.240 0.000 0.000 0.000
#> SRR809283 6 0.0000 0.9735 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1459300 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547 2 0.0146 0.8344 0 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR811049 3 0.1556 0.9058 0 0.000 0.920 0.080 0.000 0.000
#> SRR1464835 6 0.0000 0.9735 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339619 4 0.0790 0.9060 0 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR658501 3 0.0260 0.9324 0 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1447523 3 0.1856 0.9054 0 0.000 0.920 0.032 0.000 0.048
#> SRR1415048 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348 4 0.0458 0.9151 0 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR603890 5 0.0000 0.8983 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR810595 2 0.3789 0.4521 0 0.584 0.416 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446244 4 0.0000 0.9186 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817373 4 0.0146 0.9185 0 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1457291 2 0.2340 0.7260 0 0.852 0.000 0.148 0.000 0.000
#> SRR598220 4 0.0146 0.9185 0 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1477991 2 0.0146 0.8343 0 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR598172 5 0.0000 0.8983 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349032 4 0.0000 0.9186 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR604002 5 0.0000 0.8983 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378026 3 0.0146 0.9287 0 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404401 5 0.0000 0.8983 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333240 2 0.0146 0.8344 0 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1089399 5 0.3756 0.5135 0 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000
#> SRR603421 2 0.0146 0.8344 0 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR812562 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520 2 0.1471 0.8155 0 0.932 0.064 0.000 0.004 0.000
#> SRR811839 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317 5 0.3789 0.4885 0 0.416 0.000 0.000 0.584 0.000
#> SRR1436763 6 0.0000 0.9735 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1486021 2 0.0260 0.8330 0 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1465018 2 0.3499 0.3379 0 0.680 0.000 0.000 0.320 0.000
#> SRR1080998 4 0.3634 0.3902 0 0.000 0.356 0.644 0.000 0.000
#> SRR1083432 2 0.3833 0.3875 0 0.556 0.444 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082833 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536 3 0.0790 0.9381 0 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR614011 4 0.0713 0.9087 0 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1365873 2 0.0146 0.8344 0 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1498789 2 0.0146 0.8343 0 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR601581 4 0.0146 0.9185 0 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR603566 2 0.0146 0.8344 0 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1373981 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410 2 0.0146 0.8343 0 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1076511 6 0.0000 0.9735 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR614143 3 0.0790 0.9381 0 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1333570 3 0.1856 0.9054 0 0.000 0.920 0.032 0.000 0.048
#> SRR1366813 2 0.0146 0.8343 0 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1388746 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558 6 0.0000 0.9735 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409510 3 0.0146 0.9287 0 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR816250 2 0.0146 0.8343 0 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR614131 4 0.0713 0.9074 0 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1331130 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015 3 0.0146 0.9287 0 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470798 3 0.0146 0.9287 0 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR614179 5 0.3684 0.3406 0 0.372 0.000 0.000 0.628 0.000
#> SRR1474863 2 0.0363 0.8294 0 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR813560 2 0.0146 0.8343 0 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1312187 4 0.0146 0.9185 0 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1420960 3 0.3747 0.1483 0 0.396 0.604 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355102 3 0.0790 0.9381 0 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1084577 2 0.3789 0.4521 0 0.584 0.416 0.000 0.000 0.000
#> SRR659971 4 0.0858 0.9075 0 0.028 0.004 0.968 0.000 0.000
#> SRR1350855 6 0.0000 0.9735 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR820779 3 0.0790 0.9381 0 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1476300 3 0.0790 0.9381 0 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1090907 4 0.0146 0.9185 0 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR662294 5 0.0000 0.8983 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480789 2 0.3330 0.5624 0 0.716 0.000 0.000 0.284 0.000
#> SRR1336263 6 0.0000 0.9735 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR660776 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508 2 0.0146 0.8344 0 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR615563 6 0.0000 0.9735 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1101175 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650 2 0.0146 0.8344 0 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1431205 2 0.0146 0.8344 0 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1339856 4 0.0146 0.9185 0 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1352147 4 0.0858 0.9075 0 0.028 0.004 0.968 0.000 0.000
#> SRR808968 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419 5 0.3789 0.4885 0 0.416 0.000 0.000 0.584 0.000
#> SRR1402391 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609 2 0.0146 0.8344 0 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2167857 5 0.0000 0.8983 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398752 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437 2 0.0146 0.8344 0 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1416955 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064 4 0.0000 0.9186 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659001 6 0.0000 0.9735 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170696 6 0.0000 0.9735 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR816589 2 0.3789 0.4521 0 0.584 0.416 0.000 0.000 0.000
#> SRR1087487 2 0.3765 0.4736 0 0.596 0.404 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329485 3 0.0146 0.9287 0 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR816920 6 0.0000 0.9735 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1341432 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590 6 0.0000 0.9735 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR817046 3 0.0146 0.9287 0 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471331 2 0.3789 0.4521 0 0.584 0.416 0.000 0.000 0.000
#> SRR660788 6 0.0000 0.9735 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR819234 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853 5 0.0000 0.8983 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809427 4 0.0146 0.9185 0 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2170217 6 0.0000 0.9735 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1386967 2 0.3789 0.4521 0 0.584 0.416 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420344 4 0.0865 0.9037 0 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> SRR1334535 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503 4 0.0260 0.9168 0 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR602564 4 0.1501 0.8642 0 0.000 0.076 0.924 0.000 0.000
#> SRR1420669 6 0.0000 0.9735 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR819024 3 0.0790 0.9381 0 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR656223 2 0.1644 0.8103 0 0.920 0.076 0.000 0.004 0.000
#> SRR608428 2 0.0146 0.8343 0 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1345647 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324 2 0.0260 0.8328 0 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1361368 4 0.0000 0.9186 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322619 2 0.0146 0.8343 0 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1349276 6 0.0000 0.9735 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404024 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637 2 0.0146 0.8343 0 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1452631 6 0.0000 0.9735 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR608392 2 0.1219 0.8209 0 0.948 0.048 0.000 0.004 0.000
#> SRR1357757 3 0.0790 0.9381 0 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1074646 6 0.0000 0.9735 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1367499 3 0.0865 0.9045 0 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343501 2 0.3765 0.4736 0 0.596 0.404 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394406 6 0.2996 0.7074 0 0.000 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR1381435 2 0.3050 0.7048 0 0.764 0.236 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467407 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422 2 0.3409 0.5373 0 0.700 0.000 0.000 0.300 0.000
#> SRR1380270 5 0.0000 0.8983 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091817 2 0.0146 0.8344 0 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1440137 2 0.0146 0.8343 0 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR614311 4 0.0146 0.9185 0 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1407516 4 0.0146 0.9185 0 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR815494 3 0.0146 0.9287 0 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333209 4 0.0146 0.9185 0 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR615177 6 0.0000 0.9735 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099648 2 0.0146 0.8344 0 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR659720 3 0.3672 0.4254 0 0.000 0.632 0.368 0.000 0.000
#> SRR2185057 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468 6 0.0000 0.9735 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR660042 6 0.0000 0.9735 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170864 2 0.0146 0.8343 0 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1440491 4 0.0146 0.9185 0 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1440852 3 0.0146 0.9287 0 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR811169 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311 4 0.0858 0.9090 0 0.000 0.004 0.968 0.000 0.028
#> SRR818009 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836 2 0.0146 0.8344 0 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1498313 5 0.0000 0.8983 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441975 2 0.0146 0.8344 0 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR819096 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679 4 0.3620 0.4278 0 0.000 0.352 0.648 0.000 0.000
#> SRR1489116 2 0.0146 0.8344 0 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1354138 3 0.2762 0.6731 0 0.196 0.804 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490589 3 0.2868 0.8289 0 0.000 0.840 0.028 0.000 0.132
#> SRR1412987 6 0.0000 0.9735 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR602034 3 0.0146 0.9287 0 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353437 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871 3 0.1556 0.9058 0 0.000 0.920 0.080 0.000 0.000
#> SRR661577 6 0.0000 0.9735 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR612190 6 0.2092 0.8468 0 0.000 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1399880 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787 4 0.0858 0.9090 0 0.000 0.004 0.968 0.000 0.028
#> SRR657869 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141 2 0.3833 0.3875 0 0.556 0.444 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476697 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538 4 0.0865 0.9035 0 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1331422 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859 6 0.1644 0.9091 0 0.000 0.040 0.028 0.000 0.932
#> SRR1097594 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419 2 0.3789 0.4521 0 0.584 0.416 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336706 2 0.0146 0.8344 0 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1472976 6 0.0000 0.9735 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1321307 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461 3 0.0146 0.9287 0 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477149 5 0.0000 0.8983 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457397 5 0.0000 0.8983 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661913 3 0.1334 0.9273 0 0.000 0.948 0.032 0.000 0.020
#> SRR1069024 5 0.0000 0.8983 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2165634 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722 3 0.0790 0.9381 0 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1328642 5 0.0000 0.8983 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488261 6 0.0000 0.9735 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318815 6 0.0000 0.9735 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR816945 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432 6 0.0000 0.9735 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359280 5 0.0000 0.8983 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313910 4 0.0790 0.9060 0 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR1457315 6 0.0000 0.9735 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR815398 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958 3 0.0146 0.9287 0 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR600688 4 0.0146 0.9185 0 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1098952 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916 3 0.0146 0.9287 0 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR614167 3 0.0790 0.9381 0 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1348114 4 0.0146 0.9185 0 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR658033 4 0.2883 0.7523 0 0.000 0.212 0.788 0.000 0.000
#> SRR1077503 2 0.3797 0.4436 0 0.580 0.420 0.000 0.000 0.000
#> SRR661854 3 0.0790 0.9381 0 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR811379 4 0.3823 0.2357 0 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR1318857 4 0.2996 0.6908 0 0.228 0.000 0.772 0.000 0.000
#> SRR656445 2 0.3023 0.7089 0 0.768 0.232 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433044 5 0.0000 0.8983 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486391 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071 6 0.0000 0.9735 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1364824 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745 5 0.2854 0.7503 0 0.208 0.000 0.000 0.792 0.000
#> SRR601038 5 0.0000 0.8983 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360080 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868 3 0.2106 0.8920 0 0.000 0.904 0.032 0.000 0.064
#> SRR1485997 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560 6 0.0000 0.9735 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333330 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513 6 0.0713 0.9460 0 0.000 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1328407 2 0.0146 0.8344 0 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR602784 2 0.0146 0.8344 0 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1348468 6 0.0000 0.9735 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR663717 4 0.0858 0.9090 0 0.000 0.004 0.968 0.000 0.028
#> SRR602217 2 0.0146 0.8344 0 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR603140 3 0.1556 0.9058 0 0.000 0.920 0.080 0.000 0.000
#> SRR1340804 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574 3 0.0790 0.9381 0 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1333462 5 0.0000 0.8983 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1094601 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610 6 0.0260 0.9660 0 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1435833 4 0.0865 0.9035 0 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1398728 4 0.0790 0.9060 0 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR1358343 6 0.0000 0.9735 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1410890 4 0.3695 0.4179 0 0.376 0.000 0.624 0.000 0.000
#> SRR1350371 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478 2 0.0547 0.8247 0 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1099260 2 0.1556 0.8074 0 0.920 0.080 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433576 4 0.2793 0.7380 0 0.000 0.200 0.800 0.000 0.000
#> SRR1345541 6 0.0000 0.9735 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1086328 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391 3 0.0790 0.9381 0 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1476207 3 0.1556 0.9058 0 0.000 0.920 0.080 0.000 0.000
#> SRR627435 3 0.0937 0.9005 0 0.040 0.960 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489862 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191 3 0.0790 0.9381 0 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1490115 3 0.0790 0.9381 0 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1377714 4 0.3756 0.2809 0 0.000 0.400 0.600 0.000 0.000
#> SRR819394 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161 6 0.0000 0.9735 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR607042 5 0.0000 0.8983 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR656203 4 0.0146 0.9185 0 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR660602 2 0.3789 0.4521 0 0.584 0.416 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440397 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249 4 0.3050 0.6787 0 0.236 0.000 0.764 0.000 0.000
#> SRR661242 4 0.0790 0.9046 0 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1332007 2 0.0146 0.8344 0 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR809619 4 0.0000 0.9186 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819975 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281 2 0.1141 0.7958 0 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR662366 3 0.0790 0.9381 0 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1317898 3 0.0790 0.9381 0 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1382485 4 0.0146 0.9185 0 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2166420 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541 3 0.0146 0.9287 0 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR817444 2 0.1285 0.8198 0 0.944 0.052 0.004 0.000 0.000
#> SRR1320403 5 0.0000 0.8983 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101483 4 0.0000 0.9186 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331684 3 0.0146 0.9287 0 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400054 6 0.0000 0.9735 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406088 4 0.0790 0.9060 0 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR820733 6 0.0000 0.9735 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1314113 6 0.0000 0.9735 0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1382615 2 0.1219 0.8209 0 0.948 0.048 0.000 0.004 0.000
#> SRR1480745 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850 2 0.0146 0.8343 0 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR656782 3 0.1556 0.9058 0 0.000 0.920 0.080 0.000 0.000
#> SRR821364 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295 5 0.0000 0.8983 0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357103 2 0.3050 0.6309 0 0.764 0.000 0.000 0.236 0.000
#> SRR809185 4 0.0000 0.9186 0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811583 4 0.0865 0.9035 0 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1468050 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224 2 0.0146 0.8343 0 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17314 rows and 500 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.3577 0.643 0.643
#> 3 3 0.728 0.829 0.913 0.7637 0.712 0.552
#> 4 4 0.921 0.927 0.954 0.1838 0.855 0.613
#> 5 5 0.797 0.737 0.857 0.0480 0.887 0.605
#> 6 6 0.804 0.747 0.819 0.0348 0.912 0.639
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1500170 2 0 1 0 1
#> SRR1402368 2 0 1 0 1
#> SRR607743 2 0 1 0 1
#> SRR1457375 2 0 1 0 1
#> SRR1470923 1 0 1 1 0
#> SRR817954 1 0 1 1 0
#> SRR809259 1 0 1 1 0
#> SRR1439785 2 0 1 0 1
#> SRR814768 1 0 1 1 0
#> SRR1102031 2 0 1 0 1
#> SRR1363611 2 0 1 0 1
#> SRR1468447 2 0 1 0 1
#> SRR1071931 2 0 1 0 1
#> SRR810981 1 0 1 1 0
#> SRR615299 2 0 1 0 1
#> SRR663585 2 0 1 0 1
#> SRR1326773 2 0 1 0 1
#> SRR1351166 2 0 1 0 1
#> SRR1477452 1 0 1 1 0
#> SRR1084720 2 0 1 0 1
#> SRR1420320 2 0 1 0 1
#> SRR1081712 2 0 1 0 1
#> SRR1318241 2 0 1 0 1
#> SRR1333718 2 0 1 0 1
#> SRR1313514 2 0 1 0 1
#> SRR1477861 2 0 1 0 1
#> SRR1318005 2 0 1 0 1
#> SRR1354665 2 0 1 0 1
#> SRR657707 2 0 1 0 1
#> SRR1370742 2 0 1 0 1
#> SRR1412947 2 0 1 0 1
#> SRR661553 2 0 1 0 1
#> SRR1328869 1 0 1 1 0
#> SRR662211 2 0 1 0 1
#> SRR1348181 2 0 1 0 1
#> SRR1416560 2 0 1 0 1
#> SRR1319772 2 0 1 0 1
#> SRR1091452 2 0 1 0 1
#> SRR1338812 1 0 1 1 0
#> SRR1392072 2 0 1 0 1
#> SRR814844 2 0 1 0 1
#> SRR1376619 2 0 1 0 1
#> SRR603690 2 0 1 0 1
#> SRR2184980 2 0 1 0 1
#> SRR613963 2 0 1 0 1
#> SRR1323422 1 0 1 1 0
#> SRR1397673 2 0 1 0 1
#> SRR1434650 2 0 1 0 1
#> SRR659875 2 0 1 0 1
#> SRR1465734 2 0 1 0 1
#> SRR1076847 2 0 1 0 1
#> SRR1415072 1 0 1 1 0
#> SRR659319 2 0 1 0 1
#> SRR663088 2 0 1 0 1
#> SRR1352021 1 0 1 1 0
#> SRR1325527 1 0 1 1 0
#> SRR1105369 1 0 1 1 0
#> SRR659935 2 0 1 0 1
#> SRR1352530 2 0 1 0 1
#> SRR662594 2 0 1 0 1
#> SRR1095309 1 0 1 1 0
#> SRR615647 2 0 1 0 1
#> SRR813019 2 0 1 0 1
#> SRR1374647 2 0 1 0 1
#> SRR603472 2 0 1 0 1
#> SRR661529 2 0 1 0 1
#> SRR607018 2 0 1 0 1
#> SRR627423 2 0 1 0 1
#> SRR654921 2 0 1 0 1
#> SRR1418968 1 0 1 1 0
#> SRR660871 2 0 1 0 1
#> SRR1330522 2 0 1 0 1
#> SRR1499958 2 0 1 0 1
#> SRR614059 2 0 1 0 1
#> SRR1071403 1 0 1 1 0
#> SRR1486719 2 0 1 0 1
#> SRR1440421 2 0 1 0 1
#> SRR1310412 2 0 1 0 1
#> SRR614767 2 0 1 0 1
#> SRR820709 1 0 1 1 0
#> SRR1471500 1 0 1 1 0
#> SRR658093 2 0 1 0 1
#> SRR1088168 2 0 1 0 1
#> SRR1418707 2 0 1 0 1
#> SRR1354291 2 0 1 0 1
#> SRR2165806 1 0 1 1 0
#> SRR1415684 2 0 1 0 1
#> SRR1433860 2 0 1 0 1
#> SRR1311062 2 0 1 0 1
#> SRR1360359 1 0 1 1 0
#> SRR661385 2 0 1 0 1
#> SRR615407 2 0 1 0 1
#> SRR1413892 2 0 1 0 1
#> SRR1443459 2 0 1 0 1
#> SRR1338942 1 0 1 1 0
#> SRR657480 2 0 1 0 1
#> SRR1399433 2 0 1 0 1
#> SRR818537 2 0 1 0 1
#> SRR1101324 2 0 1 0 1
#> SRR807637 2 0 1 0 1
#> SRR1091918 1 0 1 1 0
#> SRR598300 2 0 1 0 1
#> SRR1085426 1 0 1 1 0
#> SRR1376294 2 0 1 0 1
#> SRR813891 1 0 1 1 0
#> SRR1467431 2 0 1 0 1
#> SRR658742 2 0 1 0 1
#> SRR1419234 1 0 1 1 0
#> SRR1404813 2 0 1 0 1
#> SRR603496 2 0 1 0 1
#> SRR1407758 2 0 1 0 1
#> SRR810945 2 0 1 0 1
#> SRR817234 2 0 1 0 1
#> SRR1444852 2 0 1 0 1
#> SRR660378 2 0 1 0 1
#> SRR1467835 2 0 1 0 1
#> SRR1338964 2 0 1 0 1
#> SRR1079259 2 0 1 0 1
#> SRR1072345 2 0 1 0 1
#> SRR598725 2 0 1 0 1
#> SRR1447938 1 0 1 1 0
#> SRR1356397 1 0 1 1 0
#> SRR1360460 2 0 1 0 1
#> SRR1429468 2 0 1 0 1
#> SRR1446850 2 0 1 0 1
#> SRR1320363 2 0 1 0 1
#> SRR1413810 2 0 1 0 1
#> SRR598831 2 0 1 0 1
#> SRR1381865 1 0 1 1 0
#> SRR660957 2 0 1 0 1
#> SRR1491332 2 0 1 0 1
#> SRR1099744 2 0 1 0 1
#> SRR1464618 2 0 1 0 1
#> SRR1414559 2 0 1 0 1
#> SRR1337540 2 0 1 0 1
#> SRR1444283 1 0 1 1 0
#> SRR2184942 2 0 1 0 1
#> SRR660295 1 0 1 1 0
#> SRR601335 2 0 1 0 1
#> SRR1363742 2 0 1 0 1
#> SRR1345847 2 0 1 0 1
#> SRR614960 2 0 1 0 1
#> SRR819919 1 0 1 1 0
#> SRR603330 2 0 1 0 1
#> SRR1327951 1 0 1 1 0
#> SRR1401885 1 0 1 1 0
#> SRR1345266 2 0 1 0 1
#> SRR1338055 2 0 1 0 1
#> SRR1430157 2 0 1 0 1
#> SRR1320137 2 0 1 0 1
#> SRR1093483 1 0 1 1 0
#> SRR1341080 1 0 1 1 0
#> SRR1459913 2 0 1 0 1
#> SRR2170490 1 0 1 1 0
#> SRR1479845 2 0 1 0 1
#> SRR1436420 1 0 1 1 0
#> SRR1481060 2 0 1 0 1
#> SRR662282 2 0 1 0 1
#> SRR1487089 2 0 1 0 1
#> SRR1075683 1 0 1 1 0
#> SRR1338536 1 0 1 1 0
#> SRR1338880 2 0 1 0 1
#> SRR1453456 2 0 1 0 1
#> SRR1457895 1 0 1 1 0
#> SRR1440603 2 0 1 0 1
#> SRR658633 2 0 1 0 1
#> SRR1388081 2 0 1 0 1
#> SRR813339 2 0 1 0 1
#> SRR809725 1 0 1 1 0
#> SRR627441 2 0 1 0 1
#> SRR613603 2 0 1 0 1
#> SRR1096571 2 0 1 0 1
#> SRR1392701 1 0 1 1 0
#> SRR1344326 1 0 1 1 0
#> SRR1367693 2 0 1 0 1
#> SRR660697 2 0 1 0 1
#> SRR1489926 2 0 1 0 1
#> SRR811491 2 0 1 0 1
#> SRR1311644 2 0 1 0 1
#> SRR1451740 2 0 1 0 1
#> SRR615117 2 0 1 0 1
#> SRR1391748 2 0 1 0 1
#> SRR1466556 2 0 1 0 1
#> SRR614972 2 0 1 0 1
#> SRR1406200 1 0 1 1 0
#> SRR819210 2 0 1 0 1
#> SRR662174 1 0 1 1 0
#> SRR811988 1 0 1 1 0
#> SRR663236 2 0 1 0 1
#> SRR1312598 2 0 1 0 1
#> SRR1330129 2 0 1 0 1
#> SRR1357781 2 0 1 0 1
#> SRR1315517 2 0 1 0 1
#> SRR1400032 2 0 1 0 1
#> SRR1413722 1 0 1 1 0
#> SRR612827 2 0 1 0 1
#> SRR814794 1 0 1 1 0
#> SRR819430 1 0 1 1 0
#> SRR1395509 2 0 1 0 1
#> SRR808728 2 0 1 0 1
#> SRR1070813 2 0 1 0 1
#> SRR1389133 2 0 1 0 1
#> SRR601263 2 0 1 0 1
#> SRR604718 2 0 1 0 1
#> SRR1481351 2 0 1 0 1
#> SRR1334608 2 0 1 0 1
#> SRR658681 2 0 1 0 1
#> SRR809283 2 0 1 0 1
#> SRR1459300 1 0 1 1 0
#> SRR1392547 2 0 1 0 1
#> SRR811049 2 0 1 0 1
#> SRR1464835 2 0 1 0 1
#> SRR1339619 2 0 1 0 1
#> SRR658501 2 0 1 0 1
#> SRR1447523 2 0 1 0 1
#> SRR1415048 1 0 1 1 0
#> SRR1355451 1 0 1 1 0
#> SRR1444348 2 0 1 0 1
#> SRR603890 2 0 1 0 1
#> SRR810595 2 0 1 0 1
#> SRR1446244 2 0 1 0 1
#> SRR817373 2 0 1 0 1
#> SRR1457291 2 0 1 0 1
#> SRR598220 2 0 1 0 1
#> SRR1477991 2 0 1 0 1
#> SRR598172 2 0 1 0 1
#> SRR1349032 2 0 1 0 1
#> SRR604002 2 0 1 0 1
#> SRR1378026 2 0 1 0 1
#> SRR1404401 2 0 1 0 1
#> SRR1333240 2 0 1 0 1
#> SRR1089399 2 0 1 0 1
#> SRR603421 2 0 1 0 1
#> SRR812562 1 0 1 1 0
#> SRR808520 2 0 1 0 1
#> SRR811839 1 0 1 1 0
#> SRR814317 2 0 1 0 1
#> SRR1436763 2 0 1 0 1
#> SRR1486021 2 0 1 0 1
#> SRR1465018 2 0 1 0 1
#> SRR1080998 2 0 1 0 1
#> SRR1083432 2 0 1 0 1
#> SRR1082833 1 0 1 1 0
#> SRR1465804 1 0 1 1 0
#> SRR1326536 2 0 1 0 1
#> SRR614011 2 0 1 0 1
#> SRR1365873 2 0 1 0 1
#> SRR1498789 2 0 1 0 1
#> SRR601581 2 0 1 0 1
#> SRR603566 2 0 1 0 1
#> SRR1373981 1 0 1 1 0
#> SRR821410 2 0 1 0 1
#> SRR1076511 2 0 1 0 1
#> SRR614143 2 0 1 0 1
#> SRR1333570 2 0 1 0 1
#> SRR1366813 2 0 1 0 1
#> SRR1388746 1 0 1 1 0
#> SRR1420558 2 0 1 0 1
#> SRR1409510 2 0 1 0 1
#> SRR816250 2 0 1 0 1
#> SRR614131 2 0 1 0 1
#> SRR1331130 1 0 1 1 0
#> SRR1316015 2 0 1 0 1
#> SRR1470798 2 0 1 0 1
#> SRR614179 2 0 1 0 1
#> SRR1474863 2 0 1 0 1
#> SRR813560 2 0 1 0 1
#> SRR1312187 2 0 1 0 1
#> SRR1420960 2 0 1 0 1
#> SRR1355102 2 0 1 0 1
#> SRR1084577 2 0 1 0 1
#> SRR659971 2 0 1 0 1
#> SRR1350855 2 0 1 0 1
#> SRR820779 2 0 1 0 1
#> SRR1476300 2 0 1 0 1
#> SRR1090907 2 0 1 0 1
#> SRR662294 2 0 1 0 1
#> SRR1480789 2 0 1 0 1
#> SRR1336263 2 0 1 0 1
#> SRR660776 1 0 1 1 0
#> SRR1090508 2 0 1 0 1
#> SRR615563 2 0 1 0 1
#> SRR1101175 1 0 1 1 0
#> SRR2164650 2 0 1 0 1
#> SRR1431205 2 0 1 0 1
#> SRR1339856 2 0 1 0 1
#> SRR1352147 2 0 1 0 1
#> SRR808968 1 0 1 1 0
#> SRR627419 2 0 1 0 1
#> SRR1402391 1 0 1 1 0
#> SRR663609 2 0 1 0 1
#> SRR2167857 2 0 1 0 1
#> SRR1398752 1 0 1 1 0
#> SRR1469169 1 0 1 1 0
#> SRR1405437 2 0 1 0 1
#> SRR1416955 1 0 1 1 0
#> SRR1317064 2 0 1 0 1
#> SRR659001 2 0 1 0 1
#> SRR2170696 2 0 1 0 1
#> SRR816589 2 0 1 0 1
#> SRR1087487 2 0 1 0 1
#> SRR1329485 2 0 1 0 1
#> SRR816920 2 0 1 0 1
#> SRR1341432 1 0 1 1 0
#> SRR1361590 2 0 1 0 1
#> SRR817046 2 0 1 0 1
#> SRR1471331 2 0 1 0 1
#> SRR660788 2 0 1 0 1
#> SRR819234 1 0 1 1 0
#> SRR810853 2 0 1 0 1
#> SRR809427 2 0 1 0 1
#> SRR2170217 2 0 1 0 1
#> SRR1386967 2 0 1 0 1
#> SRR1420344 2 0 1 0 1
#> SRR1334535 1 0 1 1 0
#> SRR614503 2 0 1 0 1
#> SRR602564 2 0 1 0 1
#> SRR1420669 2 0 1 0 1
#> SRR819024 2 0 1 0 1
#> SRR656223 2 0 1 0 1
#> SRR608428 2 0 1 0 1
#> SRR1345647 1 0 1 1 0
#> SRR1389324 2 0 1 0 1
#> SRR1361368 2 0 1 0 1
#> SRR1322619 2 0 1 0 1
#> SRR1349276 2 0 1 0 1
#> SRR1404024 1 0 1 1 0
#> SRR1370637 2 0 1 0 1
#> SRR1452631 2 0 1 0 1
#> SRR608392 2 0 1 0 1
#> SRR1357757 2 0 1 0 1
#> SRR1074646 2 0 1 0 1
#> SRR1367499 2 0 1 0 1
#> SRR1343501 2 0 1 0 1
#> SRR1394406 2 0 1 0 1
#> SRR1381435 2 0 1 0 1
#> SRR1467407 1 0 1 1 0
#> SRR1092422 2 0 1 0 1
#> SRR1380270 2 0 1 0 1
#> SRR1091817 2 0 1 0 1
#> SRR1440137 2 0 1 0 1
#> SRR614311 2 0 1 0 1
#> SRR1407516 2 0 1 0 1
#> SRR815494 2 0 1 0 1
#> SRR1333209 2 0 1 0 1
#> SRR615177 2 0 1 0 1
#> SRR1099648 2 0 1 0 1
#> SRR659720 2 0 1 0 1
#> SRR2185057 1 0 1 1 0
#> SRR1467125 1 0 1 1 0
#> SRR657468 2 0 1 0 1
#> SRR660042 2 0 1 0 1
#> SRR2170864 2 0 1 0 1
#> SRR1440491 2 0 1 0 1
#> SRR1440852 2 0 1 0 1
#> SRR811169 1 0 1 1 0
#> SRR1331311 2 0 1 0 1
#> SRR818009 1 0 1 1 0
#> SRR1351836 2 0 1 0 1
#> SRR1498313 2 0 1 0 1
#> SRR1441975 2 0 1 0 1
#> SRR819096 1 0 1 1 0
#> SRR1073679 2 0 1 0 1
#> SRR1489116 2 0 1 0 1
#> SRR1354138 2 0 1 0 1
#> SRR1490589 2 0 1 0 1
#> SRR1412987 2 0 1 0 1
#> SRR602034 2 0 1 0 1
#> SRR1353437 1 0 1 1 0
#> SRR1072871 2 0 1 0 1
#> SRR661577 2 0 1 0 1
#> SRR612190 2 0 1 0 1
#> SRR1399880 1 0 1 1 0
#> SRR1101787 2 0 1 0 1
#> SRR657869 1 0 1 1 0
#> SRR1446332 1 0 1 1 0
#> SRR816039 1 0 1 1 0
#> SRR1485141 2 0 1 0 1
#> SRR1476697 1 0 1 1 0
#> SRR1379538 2 0 1 0 1
#> SRR1331422 1 0 1 1 0
#> SRR660859 2 0 1 0 1
#> SRR1097594 1 0 1 1 0
#> SRR1311419 2 0 1 0 1
#> SRR1336706 2 0 1 0 1
#> SRR1472976 2 0 1 0 1
#> SRR1321307 1 0 1 1 0
#> SRR807493 1 0 1 1 0
#> SRR812461 2 0 1 0 1
#> SRR1477149 2 0 1 0 1
#> SRR1457397 2 0 1 0 1
#> SRR661913 2 0 1 0 1
#> SRR1069024 2 0 1 0 1
#> SRR2165634 1 0 1 1 0
#> SRR1478722 2 0 1 0 1
#> SRR1328642 2 0 1 0 1
#> SRR1488261 2 0 1 0 1
#> SRR1318815 2 0 1 0 1
#> SRR816945 1 0 1 1 0
#> SRR1367432 2 0 1 0 1
#> SRR1359280 2 0 1 0 1
#> SRR1313910 2 0 1 0 1
#> SRR1457315 2 0 1 0 1
#> SRR815398 1 0 1 1 0
#> SRR656958 2 0 1 0 1
#> SRR600688 2 0 1 0 1
#> SRR1098952 1 0 1 1 0
#> SRR1314916 2 0 1 0 1
#> SRR614167 2 0 1 0 1
#> SRR1348114 2 0 1 0 1
#> SRR658033 2 0 1 0 1
#> SRR1077503 2 0 1 0 1
#> SRR661854 2 0 1 0 1
#> SRR811379 2 0 1 0 1
#> SRR1318857 2 0 1 0 1
#> SRR656445 2 0 1 0 1
#> SRR1433044 2 0 1 0 1
#> SRR1486391 1 0 1 1 0
#> SRR656071 2 0 1 0 1
#> SRR1364824 1 0 1 1 0
#> SRR1379133 1 0 1 1 0
#> SRR1394169 1 0 1 1 0
#> SRR816745 2 0 1 0 1
#> SRR601038 2 0 1 0 1
#> SRR1360080 1 0 1 1 0
#> SRR814868 2 0 1 0 1
#> SRR1485997 1 0 1 1 0
#> SRR1435560 2 0 1 0 1
#> SRR1333330 1 0 1 1 0
#> SRR663513 2 0 1 0 1
#> SRR1328407 2 0 1 0 1
#> SRR602784 2 0 1 0 1
#> SRR1348468 2 0 1 0 1
#> SRR663717 2 0 1 0 1
#> SRR602217 2 0 1 0 1
#> SRR603140 2 0 1 0 1
#> SRR1340804 1 0 1 1 0
#> SRR1457574 2 0 1 0 1
#> SRR1333462 2 0 1 0 1
#> SRR1094601 1 0 1 1 0
#> SRR1434610 2 0 1 0 1
#> SRR1435833 2 0 1 0 1
#> SRR1398728 2 0 1 0 1
#> SRR1358343 2 0 1 0 1
#> SRR1410890 2 0 1 0 1
#> SRR1350371 1 0 1 1 0
#> SRR1392478 2 0 1 0 1
#> SRR1099260 2 0 1 0 1
#> SRR1433576 2 0 1 0 1
#> SRR1345541 2 0 1 0 1
#> SRR1086328 1 0 1 1 0
#> SRR810391 2 0 1 0 1
#> SRR1476207 2 0 1 0 1
#> SRR627435 2 0 1 0 1
#> SRR1489862 1 0 1 1 0
#> SRR1419086 1 0 1 1 0
#> SRR1436539 1 0 1 1 0
#> SRR1396191 2 0 1 0 1
#> SRR1490115 2 0 1 0 1
#> SRR1377714 2 0 1 0 1
#> SRR819394 1 0 1 1 0
#> SRR663161 2 0 1 0 1
#> SRR607042 2 0 1 0 1
#> SRR656203 2 0 1 0 1
#> SRR660602 2 0 1 0 1
#> SRR1440397 1 0 1 1 0
#> SRR1369264 1 0 1 1 0
#> SRR809233 1 0 1 1 0
#> SRR663249 2 0 1 0 1
#> SRR661242 2 0 1 0 1
#> SRR1332007 2 0 1 0 1
#> SRR809619 2 0 1 0 1
#> SRR819975 1 0 1 1 0
#> SRR599281 2 0 1 0 1
#> SRR662366 2 0 1 0 1
#> SRR1317898 2 0 1 0 1
#> SRR1382485 2 0 1 0 1
#> SRR2166420 1 0 1 1 0
#> SRR1419429 1 0 1 1 0
#> SRR1092541 2 0 1 0 1
#> SRR817444 2 0 1 0 1
#> SRR1320403 2 0 1 0 1
#> SRR1101483 2 0 1 0 1
#> SRR1331684 2 0 1 0 1
#> SRR1400054 2 0 1 0 1
#> SRR1406088 2 0 1 0 1
#> SRR820733 2 0 1 0 1
#> SRR1314113 2 0 1 0 1
#> SRR1382615 2 0 1 0 1
#> SRR1480745 1 0 1 1 0
#> SRR1468850 2 0 1 0 1
#> SRR656782 2 0 1 0 1
#> SRR821364 1 0 1 1 0
#> SRR1101106 1 0 1 1 0
#> SRR659295 2 0 1 0 1
#> SRR1357103 2 0 1 0 1
#> SRR809185 2 0 1 0 1
#> SRR811583 2 0 1 0 1
#> SRR1468050 1 0 1 1 0
#> SRR1440224 2 0 1 0 1
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1500170 2 0.0000 0.90629 0 1.000 0.000
#> SRR1402368 3 0.0424 0.83103 0 0.008 0.992
#> SRR607743 3 0.4796 0.78671 0 0.220 0.780
#> SRR1457375 2 0.0237 0.90756 0 0.996 0.004
#> SRR1470923 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR817954 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR809259 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1439785 3 0.0592 0.83197 0 0.012 0.988
#> SRR814768 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1102031 2 0.2356 0.84513 0 0.928 0.072
#> SRR1363611 2 0.0892 0.89570 0 0.980 0.020
#> SRR1468447 2 0.0237 0.90756 0 0.996 0.004
#> SRR1071931 3 0.5327 0.75138 0 0.272 0.728
#> SRR810981 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR615299 2 0.0237 0.90756 0 0.996 0.004
#> SRR663585 3 0.0592 0.83197 0 0.012 0.988
#> SRR1326773 2 0.0592 0.90268 0 0.988 0.012
#> SRR1351166 2 0.0424 0.90189 0 0.992 0.008
#> SRR1477452 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1084720 3 0.0592 0.83197 0 0.012 0.988
#> SRR1420320 2 0.6274 -0.06252 0 0.544 0.456
#> SRR1081712 2 0.0237 0.90756 0 0.996 0.004
#> SRR1318241 3 0.4346 0.80366 0 0.184 0.816
#> SRR1333718 3 0.1753 0.81962 0 0.048 0.952
#> SRR1313514 2 0.0237 0.90756 0 0.996 0.004
#> SRR1477861 2 0.0237 0.90756 0 0.996 0.004
#> SRR1318005 2 0.0237 0.90756 0 0.996 0.004
#> SRR1354665 2 0.0000 0.90629 0 1.000 0.000
#> SRR657707 3 0.2261 0.82952 0 0.068 0.932
#> SRR1370742 3 0.0424 0.83103 0 0.008 0.992
#> SRR1412947 2 0.6252 -0.02186 0 0.556 0.444
#> SRR661553 3 0.5178 0.76909 0 0.256 0.744
#> SRR1328869 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR662211 2 0.0237 0.90756 0 0.996 0.004
#> SRR1348181 3 0.0592 0.83197 0 0.012 0.988
#> SRR1416560 3 0.0592 0.83197 0 0.012 0.988
#> SRR1319772 3 0.0592 0.83197 0 0.012 0.988
#> SRR1091452 3 0.6026 0.59235 0 0.376 0.624
#> SRR1338812 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1392072 2 0.0237 0.90756 0 0.996 0.004
#> SRR814844 3 0.5178 0.76909 0 0.256 0.744
#> SRR1376619 3 0.0592 0.83197 0 0.012 0.988
#> SRR603690 3 0.5178 0.76909 0 0.256 0.744
#> SRR2184980 2 0.0000 0.90629 0 1.000 0.000
#> SRR613963 3 0.5178 0.76909 0 0.256 0.744
#> SRR1323422 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1397673 3 0.0592 0.83197 0 0.012 0.988
#> SRR1434650 2 0.0237 0.90756 0 0.996 0.004
#> SRR659875 2 0.5859 0.39337 0 0.656 0.344
#> SRR1465734 3 0.0592 0.83197 0 0.012 0.988
#> SRR1076847 2 0.0237 0.90756 0 0.996 0.004
#> SRR1415072 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR659319 3 0.0592 0.83197 0 0.012 0.988
#> SRR663088 3 0.5178 0.76909 0 0.256 0.744
#> SRR1352021 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR659935 3 0.6295 0.33093 0 0.472 0.528
#> SRR1352530 3 0.0592 0.83197 0 0.012 0.988
#> SRR662594 3 0.5138 0.77149 0 0.252 0.748
#> SRR1095309 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR615647 3 0.0592 0.83197 0 0.012 0.988
#> SRR813019 2 0.3879 0.74874 0 0.848 0.152
#> SRR1374647 2 0.0237 0.90756 0 0.996 0.004
#> SRR603472 2 0.0237 0.90756 0 0.996 0.004
#> SRR661529 3 0.5178 0.76909 0 0.256 0.744
#> SRR607018 3 0.1031 0.82900 0 0.024 0.976
#> SRR627423 3 0.5178 0.76909 0 0.256 0.744
#> SRR654921 3 0.5178 0.76909 0 0.256 0.744
#> SRR1418968 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR660871 3 0.0592 0.83197 0 0.012 0.988
#> SRR1330522 3 0.0592 0.83197 0 0.012 0.988
#> SRR1499958 2 0.0237 0.90437 0 0.996 0.004
#> SRR614059 3 0.5178 0.76909 0 0.256 0.744
#> SRR1071403 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1486719 2 0.0237 0.90756 0 0.996 0.004
#> SRR1440421 2 0.0237 0.90756 0 0.996 0.004
#> SRR1310412 3 0.4750 0.78993 0 0.216 0.784
#> SRR614767 2 0.0237 0.90756 0 0.996 0.004
#> SRR820709 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR658093 3 0.1860 0.82501 0 0.052 0.948
#> SRR1088168 3 0.4002 0.78075 0 0.160 0.840
#> SRR1418707 2 0.0237 0.90756 0 0.996 0.004
#> SRR1354291 2 0.0237 0.90756 0 0.996 0.004
#> SRR2165806 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1415684 3 0.5733 0.67928 0 0.324 0.676
#> SRR1433860 3 0.0592 0.83197 0 0.012 0.988
#> SRR1311062 2 0.0237 0.90756 0 0.996 0.004
#> SRR1360359 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR661385 3 0.0592 0.83197 0 0.012 0.988
#> SRR615407 2 0.0237 0.90756 0 0.996 0.004
#> SRR1413892 3 0.0592 0.83197 0 0.012 0.988
#> SRR1443459 2 0.0424 0.90189 0 0.992 0.008
#> SRR1338942 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR657480 3 0.3192 0.82059 0 0.112 0.888
#> SRR1399433 2 0.6215 0.06019 0 0.572 0.428
#> SRR818537 2 0.0237 0.90756 0 0.996 0.004
#> SRR1101324 3 0.5178 0.76909 0 0.256 0.744
#> SRR807637 3 0.5178 0.76909 0 0.256 0.744
#> SRR1091918 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR598300 3 0.4931 0.78223 0 0.232 0.768
#> SRR1085426 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.0237 0.90756 0 0.996 0.004
#> SRR813891 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1467431 2 0.0424 0.90620 0 0.992 0.008
#> SRR658742 3 0.5178 0.76909 0 0.256 0.744
#> SRR1419234 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1404813 2 0.0000 0.90629 0 1.000 0.000
#> SRR603496 3 0.5016 0.78252 0 0.240 0.760
#> SRR1407758 3 0.0592 0.83197 0 0.012 0.988
#> SRR810945 2 0.1031 0.89188 0 0.976 0.024
#> SRR817234 2 0.0237 0.90756 0 0.996 0.004
#> SRR1444852 3 0.0592 0.83197 0 0.012 0.988
#> SRR660378 3 0.0592 0.83197 0 0.012 0.988
#> SRR1467835 2 0.0000 0.90629 0 1.000 0.000
#> SRR1338964 3 0.5058 0.77020 0 0.244 0.756
#> SRR1079259 2 0.6204 0.07754 0 0.576 0.424
#> SRR1072345 3 0.4702 0.79014 0 0.212 0.788
#> SRR598725 3 0.0237 0.83022 0 0.004 0.996
#> SRR1447938 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1360460 3 0.6309 0.24747 0 0.496 0.504
#> SRR1429468 2 0.0237 0.90756 0 0.996 0.004
#> SRR1446850 2 0.0000 0.90629 0 1.000 0.000
#> SRR1320363 3 0.0592 0.83197 0 0.012 0.988
#> SRR1413810 3 0.0592 0.83197 0 0.012 0.988
#> SRR598831 2 0.0000 0.90629 0 1.000 0.000
#> SRR1381865 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR660957 3 0.0592 0.83197 0 0.012 0.988
#> SRR1491332 3 0.0892 0.83013 0 0.020 0.980
#> SRR1099744 2 0.0237 0.90756 0 0.996 0.004
#> SRR1464618 2 0.5968 0.28553 0 0.636 0.364
#> SRR1414559 3 0.5178 0.76909 0 0.256 0.744
#> SRR1337540 3 0.5178 0.76909 0 0.256 0.744
#> SRR1444283 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR2184942 3 0.1753 0.83032 0 0.048 0.952
#> SRR660295 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR601335 3 0.0592 0.83197 0 0.012 0.988
#> SRR1363742 3 0.0592 0.83197 0 0.012 0.988
#> SRR1345847 2 0.4346 0.69008 0 0.816 0.184
#> SRR614960 3 0.0000 0.82903 0 0.000 1.000
#> SRR819919 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR603330 2 0.0237 0.90756 0 0.996 0.004
#> SRR1327951 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1345266 2 0.0424 0.90189 0 0.992 0.008
#> SRR1338055 2 0.0237 0.90756 0 0.996 0.004
#> SRR1430157 2 0.0424 0.90189 0 0.992 0.008
#> SRR1320137 3 0.5178 0.76909 0 0.256 0.744
#> SRR1093483 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1459913 3 0.0424 0.83103 0 0.008 0.992
#> SRR2170490 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1479845 3 0.1289 0.83175 0 0.032 0.968
#> SRR1436420 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1481060 2 0.4062 0.72289 0 0.836 0.164
#> SRR662282 3 0.1753 0.83186 0 0.048 0.952
#> SRR1487089 3 0.5178 0.76909 0 0.256 0.744
#> SRR1075683 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1338536 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1338880 2 0.0237 0.90437 0 0.996 0.004
#> SRR1453456 3 0.0592 0.83197 0 0.012 0.988
#> SRR1457895 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1440603 2 0.0237 0.90756 0 0.996 0.004
#> SRR658633 2 0.0237 0.90756 0 0.996 0.004
#> SRR1388081 2 0.6295 -0.14227 0 0.528 0.472
#> SRR813339 3 0.0592 0.83197 0 0.012 0.988
#> SRR809725 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR627441 2 0.0237 0.90756 0 0.996 0.004
#> SRR613603 3 0.4974 0.78023 0 0.236 0.764
#> SRR1096571 3 0.0592 0.83197 0 0.012 0.988
#> SRR1392701 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1344326 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1367693 2 0.2261 0.84958 0 0.932 0.068
#> SRR660697 3 0.5397 0.74191 0 0.280 0.720
#> SRR1489926 3 0.4291 0.80436 0 0.180 0.820
#> SRR811491 3 0.0592 0.83197 0 0.012 0.988
#> SRR1311644 3 0.5178 0.76909 0 0.256 0.744
#> SRR1451740 3 0.0592 0.83197 0 0.012 0.988
#> SRR615117 2 0.0237 0.90756 0 0.996 0.004
#> SRR1391748 3 0.5650 0.69863 0 0.312 0.688
#> SRR1466556 3 0.0592 0.83197 0 0.012 0.988
#> SRR614972 3 0.0424 0.83103 0 0.008 0.992
#> SRR1406200 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR819210 3 0.5178 0.76909 0 0.256 0.744
#> SRR662174 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR811988 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR663236 3 0.5178 0.76909 0 0.256 0.744
#> SRR1312598 2 0.0000 0.90629 0 1.000 0.000
#> SRR1330129 2 0.0237 0.90756 0 0.996 0.004
#> SRR1357781 2 0.0237 0.90756 0 0.996 0.004
#> SRR1315517 2 0.0237 0.90756 0 0.996 0.004
#> SRR1400032 3 0.0592 0.83197 0 0.012 0.988
#> SRR1413722 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR612827 3 0.0424 0.83103 0 0.008 0.992
#> SRR814794 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR819430 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1395509 2 0.6204 0.07641 0 0.576 0.424
#> SRR808728 3 0.2261 0.80984 0 0.068 0.932
#> SRR1070813 2 0.0237 0.90437 0 0.996 0.004
#> SRR1389133 3 0.4887 0.78435 0 0.228 0.772
#> SRR601263 3 0.1643 0.83069 0 0.044 0.956
#> SRR604718 2 0.6225 0.04342 0 0.568 0.432
#> SRR1481351 3 0.0747 0.83245 0 0.016 0.984
#> SRR1334608 3 0.0592 0.83197 0 0.012 0.988
#> SRR658681 3 0.0592 0.83197 0 0.012 0.988
#> SRR809283 3 0.5178 0.76909 0 0.256 0.744
#> SRR1459300 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1392547 3 0.2066 0.81375 0 0.060 0.940
#> SRR811049 3 0.4555 0.79449 0 0.200 0.800
#> SRR1464835 3 0.5178 0.76909 0 0.256 0.744
#> SRR1339619 2 0.0424 0.90189 0 0.992 0.008
#> SRR658501 3 0.0592 0.83197 0 0.012 0.988
#> SRR1447523 3 0.0000 0.82903 0 0.000 1.000
#> SRR1415048 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1444348 2 0.0592 0.90053 0 0.988 0.012
#> SRR603890 2 0.0237 0.90756 0 0.996 0.004
#> SRR810595 3 0.0592 0.83197 0 0.012 0.988
#> SRR1446244 2 0.0747 0.89844 0 0.984 0.016
#> SRR817373 2 0.6267 -0.04489 0 0.548 0.452
#> SRR1457291 2 0.0000 0.90629 0 1.000 0.000
#> SRR598220 2 0.6295 -0.13868 0 0.528 0.472
#> SRR1477991 2 0.0000 0.90629 0 1.000 0.000
#> SRR598172 2 0.0237 0.90756 0 0.996 0.004
#> SRR1349032 2 0.0592 0.89894 0 0.988 0.012
#> SRR604002 2 0.0237 0.90756 0 0.996 0.004
#> SRR1378026 3 0.0747 0.83243 0 0.016 0.984
#> SRR1404401 2 0.0237 0.90756 0 0.996 0.004
#> SRR1333240 2 0.1529 0.87864 0 0.960 0.040
#> SRR1089399 2 0.0237 0.90756 0 0.996 0.004
#> SRR603421 2 0.0237 0.90756 0 0.996 0.004
#> SRR812562 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR808520 3 0.0892 0.83013 0 0.020 0.980
#> SRR811839 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR814317 2 0.0237 0.90756 0 0.996 0.004
#> SRR1436763 3 0.5178 0.76909 0 0.256 0.744
#> SRR1486021 2 0.0000 0.90629 0 1.000 0.000
#> SRR1465018 2 0.0237 0.90756 0 0.996 0.004
#> SRR1080998 3 0.5529 0.71745 0 0.296 0.704
#> SRR1083432 3 0.0592 0.83197 0 0.012 0.988
#> SRR1082833 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1326536 3 0.0592 0.83197 0 0.012 0.988
#> SRR614011 2 0.0424 0.90189 0 0.992 0.008
#> SRR1365873 2 0.0237 0.90756 0 0.996 0.004
#> SRR1498789 2 0.0237 0.90756 0 0.996 0.004
#> SRR601581 2 0.6299 -0.14683 0 0.524 0.476
#> SRR603566 2 0.0424 0.90511 0 0.992 0.008
#> SRR1373981 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR821410 2 0.0237 0.90756 0 0.996 0.004
#> SRR1076511 3 0.5178 0.76909 0 0.256 0.744
#> SRR614143 3 0.4842 0.78917 0 0.224 0.776
#> SRR1333570 3 0.0424 0.83103 0 0.008 0.992
#> SRR1366813 2 0.0000 0.90629 0 1.000 0.000
#> SRR1388746 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1420558 3 0.4796 0.78817 0 0.220 0.780
#> SRR1409510 3 0.0592 0.83197 0 0.012 0.988
#> SRR816250 2 0.0237 0.90756 0 0.996 0.004
#> SRR614131 3 0.5327 0.75138 0 0.272 0.728
#> SRR1331130 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1316015 3 0.0592 0.83197 0 0.012 0.988
#> SRR1470798 3 0.0592 0.83197 0 0.012 0.988
#> SRR614179 2 0.4235 0.71731 0 0.824 0.176
#> SRR1474863 2 0.0237 0.90756 0 0.996 0.004
#> SRR813560 2 0.0000 0.90629 0 1.000 0.000
#> SRR1312187 2 0.1031 0.89294 0 0.976 0.024
#> SRR1420960 3 0.0592 0.83197 0 0.012 0.988
#> SRR1355102 3 0.0424 0.83103 0 0.008 0.992
#> SRR1084577 3 0.0592 0.83197 0 0.012 0.988
#> SRR659971 2 0.0424 0.90189 0 0.992 0.008
#> SRR1350855 2 0.6244 0.00866 0 0.560 0.440
#> SRR820779 3 0.0592 0.83197 0 0.012 0.988
#> SRR1476300 3 0.0592 0.83197 0 0.012 0.988
#> SRR1090907 2 0.6204 0.07641 0 0.576 0.424
#> SRR662294 2 0.0237 0.90756 0 0.996 0.004
#> SRR1480789 2 0.1163 0.88823 0 0.972 0.028
#> SRR1336263 3 0.6244 0.42937 0 0.440 0.560
#> SRR660776 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1090508 2 0.0237 0.90756 0 0.996 0.004
#> SRR615563 3 0.5859 0.64572 0 0.344 0.656
#> SRR1101175 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR2164650 3 0.3551 0.78313 0 0.132 0.868
#> SRR1431205 2 0.0237 0.90756 0 0.996 0.004
#> SRR1339856 3 0.6154 0.51184 0 0.408 0.592
#> SRR1352147 2 0.0237 0.90437 0 0.996 0.004
#> SRR808968 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR627419 2 0.0237 0.90756 0 0.996 0.004
#> SRR1402391 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR663609 3 0.3340 0.82000 0 0.120 0.880
#> SRR2167857 2 0.0237 0.90756 0 0.996 0.004
#> SRR1398752 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1405437 2 0.0237 0.90756 0 0.996 0.004
#> SRR1416955 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1317064 3 0.6026 0.58538 0 0.376 0.624
#> SRR659001 2 0.6215 0.06019 0 0.572 0.428
#> SRR2170696 3 0.5859 0.64679 0 0.344 0.656
#> SRR816589 3 0.0592 0.83197 0 0.012 0.988
#> SRR1087487 3 0.0592 0.83197 0 0.012 0.988
#> SRR1329485 3 0.0592 0.83197 0 0.012 0.988
#> SRR816920 3 0.5178 0.76909 0 0.256 0.744
#> SRR1341432 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1361590 3 0.5327 0.75138 0 0.272 0.728
#> SRR817046 3 0.0592 0.83197 0 0.012 0.988
#> SRR1471331 3 0.0592 0.83197 0 0.012 0.988
#> SRR660788 3 0.5216 0.76526 0 0.260 0.740
#> SRR819234 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR810853 2 0.0237 0.90756 0 0.996 0.004
#> SRR809427 3 0.5291 0.75718 0 0.268 0.732
#> SRR2170217 3 0.5178 0.76909 0 0.256 0.744
#> SRR1386967 3 0.0592 0.83197 0 0.012 0.988
#> SRR1420344 2 0.0237 0.90437 0 0.996 0.004
#> SRR1334535 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR614503 3 0.5178 0.76909 0 0.256 0.744
#> SRR602564 3 0.5178 0.76909 0 0.256 0.744
#> SRR1420669 3 0.5254 0.76059 0 0.264 0.736
#> SRR819024 3 0.0592 0.83197 0 0.012 0.988
#> SRR656223 3 0.0592 0.83197 0 0.012 0.988
#> SRR608428 2 0.0237 0.90756 0 0.996 0.004
#> SRR1345647 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1389324 2 0.0237 0.90756 0 0.996 0.004
#> SRR1361368 2 0.0424 0.90189 0 0.992 0.008
#> SRR1322619 2 0.0000 0.90629 0 1.000 0.000
#> SRR1349276 3 0.5926 0.62457 0 0.356 0.644
#> SRR1404024 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1370637 2 0.0424 0.90189 0 0.992 0.008
#> SRR1452631 3 0.5291 0.75613 0 0.268 0.732
#> SRR608392 3 0.2625 0.82744 0 0.084 0.916
#> SRR1357757 3 0.5178 0.76909 0 0.256 0.744
#> SRR1074646 2 0.6244 0.00866 0 0.560 0.440
#> SRR1367499 3 0.0592 0.83197 0 0.012 0.988
#> SRR1343501 3 0.1860 0.81815 0 0.052 0.948
#> SRR1394406 3 0.5178 0.76909 0 0.256 0.744
#> SRR1381435 3 0.0592 0.83197 0 0.012 0.988
#> SRR1467407 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1092422 2 0.0237 0.90756 0 0.996 0.004
#> SRR1380270 2 0.0237 0.90756 0 0.996 0.004
#> SRR1091817 2 0.0237 0.90756 0 0.996 0.004
#> SRR1440137 2 0.0000 0.90629 0 1.000 0.000
#> SRR614311 2 0.1031 0.89294 0 0.976 0.024
#> SRR1407516 3 0.5178 0.76909 0 0.256 0.744
#> SRR815494 3 0.0592 0.83197 0 0.012 0.988
#> SRR1333209 2 0.6225 0.04342 0 0.568 0.432
#> SRR615177 3 0.5178 0.76909 0 0.256 0.744
#> SRR1099648 3 0.2066 0.81924 0 0.060 0.940
#> SRR659720 3 0.5138 0.77578 0 0.252 0.748
#> SRR2185057 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1467125 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR657468 3 0.5178 0.76909 0 0.256 0.744
#> SRR660042 3 0.4654 0.79300 0 0.208 0.792
#> SRR2170864 2 0.0237 0.90756 0 0.996 0.004
#> SRR1440491 3 0.6140 0.52921 0 0.404 0.596
#> SRR1440852 3 0.0592 0.83197 0 0.012 0.988
#> SRR811169 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1331311 2 0.6274 -0.06252 0 0.544 0.456
#> SRR818009 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1351836 2 0.0237 0.90756 0 0.996 0.004
#> SRR1498313 2 0.0237 0.90756 0 0.996 0.004
#> SRR1441975 2 0.0237 0.90756 0 0.996 0.004
#> SRR819096 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1073679 3 0.5621 0.71131 0 0.308 0.692
#> SRR1489116 3 0.1643 0.82136 0 0.044 0.956
#> SRR1354138 3 0.0592 0.83197 0 0.012 0.988
#> SRR1490589 3 0.0424 0.83103 0 0.008 0.992
#> SRR1412987 3 0.5178 0.76909 0 0.256 0.744
#> SRR602034 3 0.0592 0.83197 0 0.012 0.988
#> SRR1353437 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1072871 3 0.4931 0.78109 0 0.232 0.768
#> SRR661577 3 0.5178 0.76909 0 0.256 0.744
#> SRR612190 3 0.5178 0.76909 0 0.256 0.744
#> SRR1399880 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1101787 2 0.5178 0.56250 0 0.744 0.256
#> SRR657869 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1446332 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR816039 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1485141 3 0.0592 0.83197 0 0.012 0.988
#> SRR1476697 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1379538 3 0.6260 0.40517 0 0.448 0.552
#> SRR1331422 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR660859 3 0.4931 0.78223 0 0.232 0.768
#> SRR1097594 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1311419 3 0.0592 0.83197 0 0.012 0.988
#> SRR1336706 3 0.3941 0.79812 0 0.156 0.844
#> SRR1472976 3 0.5254 0.76059 0 0.264 0.736
#> SRR1321307 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR807493 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR812461 3 0.0592 0.83197 0 0.012 0.988
#> SRR1477149 2 0.0237 0.90756 0 0.996 0.004
#> SRR1457397 2 0.0237 0.90756 0 0.996 0.004
#> SRR661913 3 0.0424 0.83103 0 0.008 0.992
#> SRR1069024 2 0.0237 0.90756 0 0.996 0.004
#> SRR2165634 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1478722 3 0.0424 0.83103 0 0.008 0.992
#> SRR1328642 2 0.0237 0.90756 0 0.996 0.004
#> SRR1488261 3 0.2625 0.82493 0 0.084 0.916
#> SRR1318815 3 0.5178 0.76909 0 0.256 0.744
#> SRR816945 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1367432 3 0.5178 0.76909 0 0.256 0.744
#> SRR1359280 2 0.0237 0.90756 0 0.996 0.004
#> SRR1313910 2 0.0424 0.90189 0 0.992 0.008
#> SRR1457315 3 0.5216 0.76492 0 0.260 0.740
#> SRR815398 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR656958 3 0.0592 0.83197 0 0.012 0.988
#> SRR600688 3 0.5178 0.76909 0 0.256 0.744
#> SRR1098952 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1314916 3 0.0592 0.83197 0 0.012 0.988
#> SRR614167 3 0.0424 0.83103 0 0.008 0.992
#> SRR1348114 2 0.1031 0.89294 0 0.976 0.024
#> SRR658033 3 0.6095 0.56616 0 0.392 0.608
#> SRR1077503 3 0.4605 0.79701 0 0.204 0.796
#> SRR661854 3 0.4931 0.78223 0 0.232 0.768
#> SRR811379 2 0.6305 -0.17987 0 0.516 0.484
#> SRR1318857 2 0.0424 0.90189 0 0.992 0.008
#> SRR656445 3 0.1289 0.82632 0 0.032 0.968
#> SRR1433044 2 0.0237 0.90756 0 0.996 0.004
#> SRR1486391 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR656071 3 0.0424 0.83103 0 0.008 0.992
#> SRR1364824 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR816745 2 0.0424 0.90511 0 0.992 0.008
#> SRR601038 2 0.0237 0.90756 0 0.996 0.004
#> SRR1360080 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR814868 3 0.0000 0.82903 0 0.000 1.000
#> SRR1485997 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1435560 3 0.6192 0.48159 0 0.420 0.580
#> SRR1333330 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR663513 3 0.5138 0.77149 0 0.252 0.748
#> SRR1328407 2 0.2625 0.82745 0 0.916 0.084
#> SRR602784 3 0.3686 0.79151 0 0.140 0.860
#> SRR1348468 3 0.6244 0.42937 0 0.440 0.560
#> SRR663717 2 0.5138 0.57087 0 0.748 0.252
#> SRR602217 2 0.0237 0.90756 0 0.996 0.004
#> SRR603140 3 0.4887 0.78297 0 0.228 0.772
#> SRR1340804 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1457574 3 0.0592 0.83197 0 0.012 0.988
#> SRR1333462 2 0.0237 0.90756 0 0.996 0.004
#> SRR1094601 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1434610 2 0.6267 -0.04200 0 0.548 0.452
#> SRR1435833 3 0.6244 0.42837 0 0.440 0.560
#> SRR1398728 2 0.0424 0.90189 0 0.992 0.008
#> SRR1358343 3 0.5178 0.76909 0 0.256 0.744
#> SRR1410890 2 0.0424 0.90189 0 0.992 0.008
#> SRR1350371 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1392478 2 0.0237 0.90437 0 0.996 0.004
#> SRR1099260 3 0.2796 0.82554 0 0.092 0.908
#> SRR1433576 3 0.5397 0.74164 0 0.280 0.720
#> SRR1345541 3 0.5178 0.76909 0 0.256 0.744
#> SRR1086328 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR810391 3 0.0424 0.83103 0 0.008 0.992
#> SRR1476207 3 0.4750 0.78851 0 0.216 0.784
#> SRR627435 3 0.5138 0.76962 0 0.252 0.748
#> SRR1489862 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1419086 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1396191 3 0.0592 0.83197 0 0.012 0.988
#> SRR1490115 3 0.0424 0.83103 0 0.008 0.992
#> SRR1377714 3 0.5178 0.76909 0 0.256 0.744
#> SRR819394 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR663161 3 0.5178 0.76909 0 0.256 0.744
#> SRR607042 2 0.0237 0.90756 0 0.996 0.004
#> SRR656203 2 0.6192 0.08060 0 0.580 0.420
#> SRR660602 3 0.0592 0.83197 0 0.012 0.988
#> SRR1440397 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1369264 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR809233 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR663249 2 0.0424 0.90189 0 0.992 0.008
#> SRR661242 3 0.5810 0.67953 0 0.336 0.664
#> SRR1332007 3 0.6267 0.35311 0 0.452 0.548
#> SRR809619 2 0.0424 0.90189 0 0.992 0.008
#> SRR819975 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR599281 2 0.0237 0.90756 0 0.996 0.004
#> SRR662366 3 0.0424 0.83103 0 0.008 0.992
#> SRR1317898 3 0.0424 0.83103 0 0.008 0.992
#> SRR1382485 3 0.5621 0.70997 0 0.308 0.692
#> SRR2166420 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1419429 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1092541 3 0.0592 0.83197 0 0.012 0.988
#> SRR817444 3 0.5327 0.73232 0 0.272 0.728
#> SRR1320403 2 0.0237 0.90756 0 0.996 0.004
#> SRR1101483 2 0.0424 0.90189 0 0.992 0.008
#> SRR1331684 3 0.2711 0.82691 0 0.088 0.912
#> SRR1400054 3 0.5178 0.76909 0 0.256 0.744
#> SRR1406088 2 0.0424 0.90189 0 0.992 0.008
#> SRR820733 3 0.5216 0.76492 0 0.260 0.740
#> SRR1314113 3 0.5178 0.76909 0 0.256 0.744
#> SRR1382615 3 0.0747 0.83114 0 0.016 0.984
#> SRR1480745 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1468850 2 0.0237 0.90756 0 0.996 0.004
#> SRR656782 3 0.0592 0.83197 0 0.012 0.988
#> SRR821364 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR659295 2 0.0237 0.90756 0 0.996 0.004
#> SRR1357103 2 0.0237 0.90756 0 0.996 0.004
#> SRR809185 2 0.6299 -0.15871 0 0.524 0.476
#> SRR811583 3 0.5178 0.76909 0 0.256 0.744
#> SRR1468050 1 0.0000 1.00000 1 0.000 0.000
#> SRR1440224 2 0.0237 0.90756 0 0.996 0.004
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1500170 2 0.1302 0.944 0 0.956 0.000 0.044
#> SRR1402368 3 0.2081 0.899 0 0.000 0.916 0.084
#> SRR607743 4 0.2402 0.903 0 0.012 0.076 0.912
#> SRR1457375 2 0.0336 0.952 0 0.992 0.000 0.008
#> SRR1470923 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785 4 0.3764 0.769 0 0.000 0.216 0.784
#> SRR814768 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031 2 0.2222 0.923 0 0.924 0.016 0.060
#> SRR1363611 2 0.1940 0.925 0 0.924 0.000 0.076
#> SRR1468447 2 0.0000 0.952 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071931 4 0.2256 0.910 0 0.020 0.056 0.924
#> SRR810981 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299 2 0.0000 0.952 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR663585 3 0.0000 0.977 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326773 2 0.1356 0.934 0 0.960 0.032 0.008
#> SRR1351166 2 0.1302 0.944 0 0.956 0.000 0.044
#> SRR1477452 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720 3 0.0000 0.977 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420320 4 0.4252 0.685 0 0.252 0.004 0.744
#> SRR1081712 2 0.0336 0.952 0 0.992 0.000 0.008
#> SRR1318241 4 0.3172 0.836 0 0.000 0.160 0.840
#> SRR1333718 3 0.0817 0.961 0 0.024 0.976 0.000
#> SRR1313514 2 0.0188 0.951 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1477861 2 0.0376 0.950 0 0.992 0.004 0.004
#> SRR1318005 2 0.0188 0.951 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1354665 2 0.0592 0.951 0 0.984 0.000 0.016
#> SRR657707 4 0.1637 0.910 0 0.000 0.060 0.940
#> SRR1370742 3 0.0000 0.977 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1412947 2 0.4716 0.695 0 0.764 0.040 0.196
#> SRR661553 4 0.1389 0.911 0 0.000 0.048 0.952
#> SRR1328869 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211 2 0.0469 0.952 0 0.988 0.000 0.012
#> SRR1348181 3 0.0000 0.977 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416560 3 0.0000 0.977 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319772 3 0.0469 0.967 0 0.000 0.988 0.012
#> SRR1091452 4 0.3793 0.856 0 0.112 0.044 0.844
#> SRR1338812 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072 2 0.0000 0.952 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR814844 4 0.1474 0.912 0 0.000 0.052 0.948
#> SRR1376619 3 0.0000 0.977 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR603690 4 0.4998 0.780 0 0.200 0.052 0.748
#> SRR2184980 2 0.0817 0.950 0 0.976 0.000 0.024
#> SRR613963 4 0.1474 0.912 0 0.000 0.052 0.948
#> SRR1323422 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673 3 0.0000 0.977 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434650 2 0.0336 0.952 0 0.992 0.000 0.008
#> SRR659875 3 0.2654 0.878 0 0.108 0.888 0.004
#> SRR1465734 3 0.1792 0.915 0 0.000 0.932 0.068
#> SRR1076847 2 0.0000 0.952 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415072 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319 3 0.0000 0.977 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR663088 4 0.1474 0.912 0 0.000 0.052 0.948
#> SRR1352021 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935 4 0.1890 0.877 0 0.056 0.008 0.936
#> SRR1352530 3 0.0000 0.977 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR662594 4 0.1557 0.911 0 0.000 0.056 0.944
#> SRR1095309 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647 3 0.0000 0.977 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR813019 2 0.3764 0.727 0 0.784 0.216 0.000
#> SRR1374647 2 0.0188 0.951 0 0.996 0.004 0.000
#> SRR603472 2 0.0188 0.951 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR661529 4 0.1557 0.911 0 0.000 0.056 0.944
#> SRR607018 3 0.0817 0.961 0 0.024 0.976 0.000
#> SRR627423 4 0.1474 0.912 0 0.000 0.052 0.948
#> SRR654921 4 0.0921 0.907 0 0.000 0.028 0.972
#> SRR1418968 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871 3 0.0000 0.977 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330522 3 0.0000 0.977 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499958 2 0.1302 0.944 0 0.956 0.000 0.044
#> SRR614059 4 0.1474 0.912 0 0.000 0.052 0.948
#> SRR1071403 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719 2 0.0707 0.951 0 0.980 0.000 0.020
#> SRR1440421 2 0.0000 0.952 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310412 4 0.1716 0.908 0 0.000 0.064 0.936
#> SRR614767 2 0.0000 0.952 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR820709 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093 3 0.0817 0.961 0 0.024 0.976 0.000
#> SRR1088168 3 0.1022 0.955 0 0.032 0.968 0.000
#> SRR1418707 2 0.0707 0.951 0 0.980 0.000 0.020
#> SRR1354291 2 0.0188 0.951 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR2165806 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684 4 0.2596 0.882 0 0.068 0.024 0.908
#> SRR1433860 3 0.0000 0.977 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311062 2 0.0000 0.952 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360359 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385 3 0.0000 0.977 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR615407 2 0.0000 0.952 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413892 3 0.0336 0.972 0 0.008 0.992 0.000
#> SRR1443459 2 0.1792 0.931 0 0.932 0.000 0.068
#> SRR1338942 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480 4 0.1867 0.905 0 0.000 0.072 0.928
#> SRR1399433 4 0.4621 0.634 0 0.284 0.008 0.708
#> SRR818537 2 0.3257 0.813 0 0.844 0.152 0.004
#> SRR1101324 4 0.1474 0.912 0 0.000 0.052 0.948
#> SRR807637 4 0.1474 0.912 0 0.000 0.052 0.948
#> SRR1091918 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300 4 0.1557 0.911 0 0.000 0.056 0.944
#> SRR1085426 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.0469 0.952 0 0.988 0.000 0.012
#> SRR813891 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431 2 0.1902 0.933 0 0.932 0.004 0.064
#> SRR658742 4 0.1474 0.912 0 0.000 0.052 0.948
#> SRR1419234 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813 2 0.0921 0.949 0 0.972 0.000 0.028
#> SRR603496 4 0.4553 0.803 0 0.040 0.180 0.780
#> SRR1407758 3 0.0000 0.977 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR810945 2 0.1256 0.941 0 0.964 0.028 0.008
#> SRR817234 2 0.0000 0.952 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444852 3 0.0000 0.977 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR660378 3 0.0000 0.977 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467835 2 0.1211 0.945 0 0.960 0.000 0.040
#> SRR1338964 4 0.1557 0.911 0 0.000 0.056 0.944
#> SRR1079259 4 0.3266 0.779 0 0.168 0.000 0.832
#> SRR1072345 4 0.1637 0.910 0 0.000 0.060 0.940
#> SRR598725 3 0.4072 0.626 0 0.000 0.748 0.252
#> SRR1447938 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460 4 0.3688 0.742 0 0.208 0.000 0.792
#> SRR1429468 2 0.0817 0.950 0 0.976 0.000 0.024
#> SRR1446850 2 0.0000 0.952 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320363 3 0.0000 0.977 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413810 3 0.0000 0.977 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR598831 2 0.0707 0.951 0 0.980 0.000 0.020
#> SRR1381865 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957 3 0.0000 0.977 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1491332 3 0.0817 0.961 0 0.024 0.976 0.000
#> SRR1099744 2 0.0336 0.952 0 0.992 0.000 0.008
#> SRR1464618 4 0.5288 0.139 0 0.472 0.008 0.520
#> SRR1414559 4 0.1474 0.912 0 0.000 0.052 0.948
#> SRR1337540 4 0.1474 0.912 0 0.000 0.052 0.948
#> SRR1444283 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942 4 0.2589 0.875 0 0.000 0.116 0.884
#> SRR660295 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335 3 0.0000 0.977 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363742 3 0.0000 0.977 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345847 2 0.4917 0.495 0 0.656 0.008 0.336
#> SRR614960 4 0.3610 0.792 0 0.000 0.200 0.800
#> SRR819919 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330 2 0.0000 0.952 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327951 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266 2 0.1716 0.933 0 0.936 0.000 0.064
#> SRR1338055 2 0.0000 0.952 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430157 2 0.1302 0.944 0 0.956 0.000 0.044
#> SRR1320137 4 0.1474 0.912 0 0.000 0.052 0.948
#> SRR1093483 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913 3 0.0000 0.977 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170490 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845 3 0.3219 0.796 0 0.000 0.836 0.164
#> SRR1436420 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060 3 0.5039 0.315 0 0.404 0.592 0.004
#> SRR662282 3 0.0188 0.974 0 0.004 0.996 0.000
#> SRR1487089 4 0.0921 0.907 0 0.000 0.028 0.972
#> SRR1075683 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880 2 0.2124 0.927 0 0.924 0.008 0.068
#> SRR1453456 3 0.0000 0.977 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457895 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603 2 0.3870 0.735 0 0.788 0.208 0.004
#> SRR658633 2 0.0336 0.952 0 0.992 0.000 0.008
#> SRR1388081 4 0.5105 0.666 0 0.276 0.028 0.696
#> SRR813339 3 0.0000 0.977 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR809725 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441 2 0.0000 0.952 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR613603 4 0.1474 0.912 0 0.000 0.052 0.948
#> SRR1096571 3 0.0707 0.964 0 0.020 0.980 0.000
#> SRR1392701 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693 2 0.1940 0.925 0 0.924 0.000 0.076
#> SRR660697 4 0.2675 0.902 0 0.044 0.048 0.908
#> SRR1489926 4 0.4933 0.344 0 0.000 0.432 0.568
#> SRR811491 3 0.0000 0.977 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311644 4 0.1474 0.912 0 0.000 0.052 0.948
#> SRR1451740 3 0.0000 0.977 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR615117 2 0.0376 0.950 0 0.992 0.004 0.004
#> SRR1391748 4 0.0592 0.902 0 0.000 0.016 0.984
#> SRR1466556 3 0.2814 0.836 0 0.000 0.868 0.132
#> SRR614972 3 0.0000 0.977 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406200 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210 4 0.1118 0.910 0 0.000 0.036 0.964
#> SRR662174 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236 4 0.1637 0.910 0 0.000 0.060 0.940
#> SRR1312598 2 0.0817 0.950 0 0.976 0.000 0.024
#> SRR1330129 2 0.0188 0.951 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1357781 2 0.0188 0.951 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1315517 2 0.0188 0.951 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1400032 3 0.0000 0.977 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413722 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827 3 0.0000 0.977 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR814794 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509 4 0.4277 0.643 0 0.280 0.000 0.720
#> SRR808728 3 0.0817 0.961 0 0.024 0.976 0.000
#> SRR1070813 2 0.1637 0.936 0 0.940 0.000 0.060
#> SRR1389133 4 0.1557 0.911 0 0.000 0.056 0.944
#> SRR601263 4 0.2589 0.875 0 0.000 0.116 0.884
#> SRR604718 4 0.4222 0.655 0 0.272 0.000 0.728
#> SRR1481351 3 0.0000 0.977 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334608 3 0.0000 0.977 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR658681 3 0.0000 0.977 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR809283 4 0.1474 0.912 0 0.000 0.052 0.948
#> SRR1459300 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547 3 0.0817 0.961 0 0.024 0.976 0.000
#> SRR811049 4 0.1792 0.907 0 0.000 0.068 0.932
#> SRR1464835 4 0.1474 0.912 0 0.000 0.052 0.948
#> SRR1339619 2 0.1637 0.936 0 0.940 0.000 0.060
#> SRR658501 3 0.0000 0.977 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447523 4 0.2469 0.881 0 0.000 0.108 0.892
#> SRR1415048 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348 2 0.2271 0.921 0 0.916 0.008 0.076
#> SRR603890 2 0.0188 0.951 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR810595 3 0.0000 0.977 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446244 2 0.2125 0.923 0 0.920 0.004 0.076
#> SRR817373 4 0.4567 0.647 0 0.276 0.008 0.716
#> SRR1457291 2 0.1635 0.940 0 0.948 0.008 0.044
#> SRR598220 4 0.3972 0.741 0 0.204 0.008 0.788
#> SRR1477991 2 0.0592 0.951 0 0.984 0.000 0.016
#> SRR598172 2 0.0000 0.952 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349032 2 0.1940 0.925 0 0.924 0.000 0.076
#> SRR604002 2 0.0000 0.952 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378026 3 0.0000 0.977 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404401 2 0.0188 0.951 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1333240 2 0.3123 0.808 0 0.844 0.156 0.000
#> SRR1089399 2 0.0707 0.951 0 0.980 0.000 0.020
#> SRR603421 2 0.0000 0.952 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR812562 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520 3 0.0817 0.961 0 0.024 0.976 0.000
#> SRR811839 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317 2 0.0707 0.951 0 0.980 0.000 0.020
#> SRR1436763 4 0.1474 0.912 0 0.000 0.052 0.948
#> SRR1486021 2 0.1520 0.938 0 0.956 0.020 0.024
#> SRR1465018 2 0.0000 0.952 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080998 4 0.2174 0.908 0 0.020 0.052 0.928
#> SRR1083432 3 0.0000 0.977 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082833 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536 3 0.0000 0.977 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR614011 2 0.1557 0.938 0 0.944 0.000 0.056
#> SRR1365873 2 0.0000 0.952 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498789 2 0.0000 0.952 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR601581 4 0.4360 0.690 0 0.248 0.008 0.744
#> SRR603566 2 0.2589 0.855 0 0.884 0.116 0.000
#> SRR1373981 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410 2 0.0817 0.950 0 0.976 0.000 0.024
#> SRR1076511 4 0.1474 0.912 0 0.000 0.052 0.948
#> SRR614143 4 0.2081 0.898 0 0.000 0.084 0.916
#> SRR1333570 3 0.0000 0.977 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366813 2 0.1302 0.944 0 0.956 0.000 0.044
#> SRR1388746 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558 4 0.1557 0.911 0 0.000 0.056 0.944
#> SRR1409510 3 0.0000 0.977 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR816250 2 0.0000 0.952 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR614131 4 0.2466 0.907 0 0.028 0.056 0.916
#> SRR1331130 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015 3 0.0000 0.977 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470798 3 0.0000 0.977 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR614179 2 0.5028 0.334 0 0.596 0.400 0.004
#> SRR1474863 2 0.0336 0.952 0 0.992 0.000 0.008
#> SRR813560 2 0.1022 0.948 0 0.968 0.000 0.032
#> SRR1312187 2 0.2149 0.916 0 0.912 0.000 0.088
#> SRR1420960 3 0.0000 0.977 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355102 3 0.0000 0.977 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084577 3 0.0000 0.977 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR659971 2 0.1211 0.945 0 0.960 0.000 0.040
#> SRR1350855 4 0.4072 0.686 0 0.252 0.000 0.748
#> SRR820779 3 0.0336 0.971 0 0.000 0.992 0.008
#> SRR1476300 3 0.0000 0.977 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090907 4 0.4277 0.643 0 0.280 0.000 0.720
#> SRR662294 2 0.0000 0.952 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480789 2 0.4088 0.696 0 0.764 0.232 0.004
#> SRR1336263 4 0.1302 0.882 0 0.044 0.000 0.956
#> SRR660776 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508 2 0.0469 0.949 0 0.988 0.012 0.000
#> SRR615563 4 0.0188 0.895 0 0.004 0.000 0.996
#> SRR1101175 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650 3 0.0817 0.961 0 0.024 0.976 0.000
#> SRR1431205 2 0.0000 0.952 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339856 4 0.2867 0.846 0 0.104 0.012 0.884
#> SRR1352147 2 0.1637 0.936 0 0.940 0.000 0.060
#> SRR808968 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419 2 0.0000 0.952 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402391 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609 3 0.0779 0.964 0 0.016 0.980 0.004
#> SRR2167857 2 0.0188 0.951 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1398752 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437 2 0.0707 0.951 0 0.980 0.000 0.020
#> SRR1416955 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064 4 0.5312 0.692 0 0.268 0.040 0.692
#> SRR659001 4 0.4164 0.667 0 0.264 0.000 0.736
#> SRR2170696 4 0.0188 0.897 0 0.000 0.004 0.996
#> SRR816589 3 0.0000 0.977 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087487 3 0.0000 0.977 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329485 3 0.0000 0.977 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR816920 4 0.0921 0.908 0 0.000 0.028 0.972
#> SRR1341432 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590 4 0.1109 0.907 0 0.004 0.028 0.968
#> SRR817046 3 0.0000 0.977 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471331 3 0.0000 0.977 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR660788 4 0.0469 0.901 0 0.000 0.012 0.988
#> SRR819234 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853 2 0.0779 0.943 0 0.980 0.016 0.004
#> SRR809427 4 0.2385 0.907 0 0.028 0.052 0.920
#> SRR2170217 4 0.1211 0.910 0 0.000 0.040 0.960
#> SRR1386967 3 0.0000 0.977 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420344 2 0.1211 0.945 0 0.960 0.000 0.040
#> SRR1334535 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503 4 0.1474 0.912 0 0.000 0.052 0.948
#> SRR602564 4 0.1557 0.911 0 0.000 0.056 0.944
#> SRR1420669 4 0.0817 0.905 0 0.000 0.024 0.976
#> SRR819024 3 0.0000 0.977 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR656223 3 0.0000 0.977 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR608428 2 0.0000 0.952 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345647 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324 2 0.0336 0.952 0 0.992 0.000 0.008
#> SRR1361368 2 0.1940 0.925 0 0.924 0.000 0.076
#> SRR1322619 2 0.0817 0.950 0 0.976 0.000 0.024
#> SRR1349276 4 0.0804 0.897 0 0.012 0.008 0.980
#> SRR1404024 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637 2 0.1302 0.944 0 0.956 0.000 0.044
#> SRR1452631 4 0.0921 0.907 0 0.000 0.028 0.972
#> SRR608392 3 0.0188 0.974 0 0.000 0.996 0.004
#> SRR1357757 4 0.1474 0.912 0 0.000 0.052 0.948
#> SRR1074646 4 0.4072 0.686 0 0.252 0.000 0.748
#> SRR1367499 3 0.0000 0.977 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343501 3 0.0817 0.961 0 0.024 0.976 0.000
#> SRR1394406 4 0.1474 0.912 0 0.000 0.052 0.948
#> SRR1381435 3 0.0000 0.977 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467407 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422 2 0.1118 0.930 0 0.964 0.036 0.000
#> SRR1380270 2 0.3052 0.834 0 0.860 0.136 0.004
#> SRR1091817 2 0.0336 0.952 0 0.992 0.000 0.008
#> SRR1440137 2 0.0592 0.951 0 0.984 0.000 0.016
#> SRR614311 2 0.1940 0.925 0 0.924 0.000 0.076
#> SRR1407516 4 0.1474 0.912 0 0.000 0.052 0.948
#> SRR815494 3 0.0000 0.977 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333209 4 0.4594 0.640 0 0.280 0.008 0.712
#> SRR615177 4 0.1474 0.912 0 0.000 0.052 0.948
#> SRR1099648 3 0.0817 0.961 0 0.024 0.976 0.000
#> SRR659720 4 0.3370 0.889 0 0.048 0.080 0.872
#> SRR2185057 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468 4 0.1474 0.912 0 0.000 0.052 0.948
#> SRR660042 4 0.1557 0.911 0 0.000 0.056 0.944
#> SRR2170864 2 0.0592 0.952 0 0.984 0.000 0.016
#> SRR1440491 4 0.2002 0.907 0 0.020 0.044 0.936
#> SRR1440852 3 0.0000 0.977 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR811169 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311 4 0.4452 0.673 0 0.260 0.008 0.732
#> SRR818009 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836 2 0.0707 0.951 0 0.980 0.000 0.020
#> SRR1498313 2 0.0000 0.952 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441975 2 0.0188 0.952 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR819096 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679 4 0.4104 0.866 0 0.080 0.088 0.832
#> SRR1489116 3 0.0817 0.961 0 0.024 0.976 0.000
#> SRR1354138 3 0.0000 0.977 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490589 3 0.1474 0.933 0 0.000 0.948 0.052
#> SRR1412987 4 0.0921 0.907 0 0.000 0.028 0.972
#> SRR602034 3 0.0000 0.977 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353437 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871 4 0.1902 0.909 0 0.004 0.064 0.932
#> SRR661577 4 0.1474 0.912 0 0.000 0.052 0.948
#> SRR612190 4 0.1474 0.912 0 0.000 0.052 0.948
#> SRR1399880 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787 4 0.4804 0.422 0 0.384 0.000 0.616
#> SRR657869 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141 3 0.0000 0.977 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476697 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538 4 0.2737 0.845 0 0.104 0.008 0.888
#> SRR1331422 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859 4 0.1557 0.911 0 0.000 0.056 0.944
#> SRR1097594 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419 3 0.0000 0.977 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336706 3 0.1004 0.958 0 0.024 0.972 0.004
#> SRR1472976 4 0.1022 0.908 0 0.000 0.032 0.968
#> SRR1321307 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461 3 0.0000 0.977 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477149 2 0.0000 0.952 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457397 2 0.0188 0.951 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR661913 3 0.0000 0.977 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069024 2 0.3306 0.809 0 0.840 0.156 0.004
#> SRR2165634 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722 3 0.0000 0.977 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328642 2 0.0188 0.951 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1488261 4 0.2973 0.842 0 0.000 0.144 0.856
#> SRR1318815 4 0.1474 0.912 0 0.000 0.052 0.948
#> SRR816945 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432 4 0.1474 0.912 0 0.000 0.052 0.948
#> SRR1359280 2 0.0000 0.952 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313910 2 0.1474 0.940 0 0.948 0.000 0.052
#> SRR1457315 4 0.1474 0.911 0 0.000 0.052 0.948
#> SRR815398 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958 3 0.0000 0.977 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR600688 4 0.1474 0.912 0 0.000 0.052 0.948
#> SRR1098952 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916 3 0.0000 0.977 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR614167 3 0.0000 0.977 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348114 2 0.2271 0.921 0 0.916 0.008 0.076
#> SRR658033 4 0.5596 0.709 0 0.236 0.068 0.696
#> SRR1077503 3 0.0336 0.971 0 0.008 0.992 0.000
#> SRR661854 4 0.1557 0.911 0 0.000 0.056 0.944
#> SRR811379 4 0.3852 0.760 0 0.192 0.008 0.800
#> SRR1318857 2 0.1302 0.944 0 0.956 0.000 0.044
#> SRR656445 3 0.0817 0.961 0 0.024 0.976 0.000
#> SRR1433044 2 0.0188 0.951 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1486391 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071 3 0.2345 0.881 0 0.000 0.900 0.100
#> SRR1364824 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745 2 0.4018 0.710 0 0.772 0.224 0.004
#> SRR601038 2 0.2888 0.846 0 0.872 0.124 0.004
#> SRR1360080 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868 4 0.3444 0.810 0 0.000 0.184 0.816
#> SRR1485997 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560 4 0.0592 0.892 0 0.016 0.000 0.984
#> SRR1333330 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513 4 0.1474 0.912 0 0.000 0.052 0.948
#> SRR1328407 2 0.4224 0.822 0 0.812 0.144 0.044
#> SRR602784 3 0.0817 0.961 0 0.024 0.976 0.000
#> SRR1348468 4 0.0817 0.890 0 0.024 0.000 0.976
#> SRR663717 2 0.4804 0.376 0 0.616 0.000 0.384
#> SRR602217 2 0.0000 0.952 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR603140 4 0.1716 0.908 0 0.000 0.064 0.936
#> SRR1340804 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574 3 0.0000 0.977 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333462 2 0.0188 0.951 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1094601 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610 4 0.2760 0.818 0 0.128 0.000 0.872
#> SRR1435833 4 0.1389 0.880 0 0.048 0.000 0.952
#> SRR1398728 2 0.1302 0.944 0 0.956 0.000 0.044
#> SRR1358343 4 0.1474 0.912 0 0.000 0.052 0.948
#> SRR1410890 2 0.1118 0.947 0 0.964 0.000 0.036
#> SRR1350371 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478 2 0.1302 0.944 0 0.956 0.000 0.044
#> SRR1099260 3 0.0188 0.974 0 0.004 0.996 0.000
#> SRR1433576 4 0.1743 0.911 0 0.004 0.056 0.940
#> SRR1345541 4 0.1474 0.912 0 0.000 0.052 0.948
#> SRR1086328 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391 3 0.0000 0.977 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476207 4 0.1867 0.905 0 0.000 0.072 0.928
#> SRR627435 4 0.1743 0.912 0 0.004 0.056 0.940
#> SRR1489862 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191 3 0.0000 0.977 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490115 3 0.0817 0.958 0 0.000 0.976 0.024
#> SRR1377714 4 0.1474 0.912 0 0.000 0.052 0.948
#> SRR819394 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161 4 0.1474 0.912 0 0.000 0.052 0.948
#> SRR607042 2 0.4252 0.666 0 0.744 0.252 0.004
#> SRR656203 4 0.4621 0.625 0 0.284 0.008 0.708
#> SRR660602 3 0.0188 0.974 0 0.004 0.996 0.000
#> SRR1440397 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249 2 0.1302 0.944 0 0.956 0.000 0.044
#> SRR661242 4 0.2124 0.907 0 0.008 0.068 0.924
#> SRR1332007 3 0.3052 0.843 0 0.136 0.860 0.004
#> SRR809619 2 0.1867 0.928 0 0.928 0.000 0.072
#> SRR819975 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281 2 0.0000 0.952 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR662366 3 0.0000 0.977 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317898 3 0.0000 0.977 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382485 4 0.1389 0.911 0 0.000 0.048 0.952
#> SRR2166420 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541 3 0.0000 0.977 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR817444 3 0.1833 0.944 0 0.032 0.944 0.024
#> SRR1320403 2 0.0000 0.952 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101483 2 0.1940 0.925 0 0.924 0.000 0.076
#> SRR1331684 3 0.1716 0.916 0 0.000 0.936 0.064
#> SRR1400054 4 0.1474 0.912 0 0.000 0.052 0.948
#> SRR1406088 2 0.1302 0.944 0 0.956 0.000 0.044
#> SRR820733 4 0.0921 0.907 0 0.000 0.028 0.972
#> SRR1314113 4 0.1474 0.912 0 0.000 0.052 0.948
#> SRR1382615 3 0.0779 0.964 0 0.016 0.980 0.004
#> SRR1480745 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850 2 0.0592 0.951 0 0.984 0.000 0.016
#> SRR656782 3 0.4331 0.554 0 0.000 0.712 0.288
#> SRR821364 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295 2 0.0188 0.951 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1357103 2 0.3355 0.804 0 0.836 0.160 0.004
#> SRR809185 4 0.4826 0.678 0 0.264 0.020 0.716
#> SRR811583 4 0.1474 0.912 0 0.000 0.052 0.948
#> SRR1468050 1 0.0000 1.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224 2 0.0188 0.952 0 0.996 0.000 0.004
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1500170 2 0.3857 0.3378 0 0.688 0.000 0.000 0.312
#> SRR1402368 3 0.1638 0.8925 0 0.004 0.932 0.064 0.000
#> SRR607743 4 0.4979 0.1596 0 0.480 0.028 0.492 0.000
#> SRR1457375 5 0.4307 0.3180 0 0.500 0.000 0.000 0.500
#> SRR1470923 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785 3 0.4367 0.3846 0 0.000 0.620 0.372 0.008
#> SRR814768 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031 2 0.3197 0.5727 0 0.836 0.000 0.024 0.140
#> SRR1363611 2 0.3141 0.6010 0 0.852 0.000 0.040 0.108
#> SRR1468447 5 0.3876 0.6915 0 0.316 0.000 0.000 0.684
#> SRR1071931 2 0.3932 0.3458 0 0.672 0.000 0.328 0.000
#> SRR810981 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299 5 0.3707 0.7219 0 0.284 0.000 0.000 0.716
#> SRR663585 3 0.0162 0.9294 0 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1326773 2 0.4844 0.3267 0 0.668 0.052 0.000 0.280
#> SRR1351166 2 0.3837 0.3462 0 0.692 0.000 0.000 0.308
#> SRR1477452 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720 3 0.0000 0.9306 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420320 2 0.2230 0.6451 0 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR1081712 2 0.4297 -0.2427 0 0.528 0.000 0.000 0.472
#> SRR1318241 3 0.6243 0.2719 0 0.240 0.544 0.216 0.000
#> SRR1333718 3 0.1992 0.9103 0 0.032 0.924 0.000 0.044
#> SRR1313514 5 0.0510 0.7045 0 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1477861 5 0.1121 0.6989 0 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR1318005 5 0.0404 0.7024 0 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1354665 2 0.4088 0.1911 0 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR657707 4 0.6576 0.3799 0 0.216 0.340 0.444 0.000
#> SRR1370742 3 0.0510 0.9252 0 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1412947 2 0.2707 0.6392 0 0.876 0.000 0.100 0.024
#> SRR661553 2 0.3707 0.4127 0 0.716 0.000 0.284 0.000
#> SRR1328869 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211 2 0.4283 -0.1784 0 0.544 0.000 0.000 0.456
#> SRR1348181 3 0.0000 0.9306 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416560 3 0.0000 0.9306 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319772 3 0.1205 0.9113 0 0.004 0.956 0.040 0.000
#> SRR1091452 2 0.4024 0.5117 0 0.752 0.028 0.220 0.000
#> SRR1338812 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072 5 0.3707 0.7216 0 0.284 0.000 0.000 0.716
#> SRR814844 4 0.1121 0.8436 0 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1376619 3 0.0000 0.9306 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603690 2 0.4219 0.2563 0 0.584 0.000 0.416 0.000
#> SRR2184980 2 0.3932 0.3040 0 0.672 0.000 0.000 0.328
#> SRR613963 4 0.0703 0.8444 0 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1323422 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673 3 0.0963 0.9227 0 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1434650 5 0.4273 0.4476 0 0.448 0.000 0.000 0.552
#> SRR659875 5 0.5606 0.3040 0 0.104 0.296 0.000 0.600
#> SRR1465734 3 0.3734 0.7841 0 0.128 0.812 0.060 0.000
#> SRR1076847 5 0.3707 0.7219 0 0.284 0.000 0.000 0.716
#> SRR1415072 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319 3 0.0290 0.9296 0 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR663088 4 0.0000 0.8390 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352021 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935 2 0.2891 0.5892 0 0.824 0.000 0.176 0.000
#> SRR1352530 3 0.0703 0.9258 0 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR662594 4 0.0963 0.8450 0 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1095309 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647 3 0.0000 0.9306 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813019 3 0.6885 -0.2970 0 0.264 0.388 0.004 0.344
#> SRR1374647 5 0.4687 0.6652 0 0.336 0.028 0.000 0.636
#> SRR603472 5 0.0404 0.7024 0 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR661529 4 0.1205 0.8449 0 0.040 0.004 0.956 0.000
#> SRR607018 3 0.2927 0.8724 0 0.092 0.868 0.000 0.040
#> SRR627423 4 0.0000 0.8390 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR654921 4 0.3242 0.7479 0 0.216 0.000 0.784 0.000
#> SRR1418968 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871 3 0.0000 0.9306 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330522 3 0.0000 0.9306 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499958 2 0.3837 0.3463 0 0.692 0.000 0.000 0.308
#> SRR614059 4 0.1205 0.8449 0 0.040 0.004 0.956 0.000
#> SRR1071403 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719 2 0.3966 0.2825 0 0.664 0.000 0.000 0.336
#> SRR1440421 5 0.3707 0.7216 0 0.284 0.000 0.000 0.716
#> SRR1310412 4 0.2488 0.8134 0 0.124 0.004 0.872 0.000
#> SRR614767 5 0.4227 0.5328 0 0.420 0.000 0.000 0.580
#> SRR820709 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093 3 0.1818 0.9127 0 0.024 0.932 0.000 0.044
#> SRR1088168 3 0.2153 0.9072 0 0.040 0.916 0.000 0.044
#> SRR1418707 2 0.3983 0.2714 0 0.660 0.000 0.000 0.340
#> SRR1354291 5 0.0609 0.7064 0 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR2165806 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684 2 0.3039 0.5704 0 0.808 0.000 0.192 0.000
#> SRR1433860 3 0.0290 0.9296 0 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1311062 5 0.3636 0.7263 0 0.272 0.000 0.000 0.728
#> SRR1360359 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385 3 0.0609 0.9268 0 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR615407 5 0.4015 0.6542 0 0.348 0.000 0.000 0.652
#> SRR1413892 3 0.1444 0.9179 0 0.012 0.948 0.000 0.040
#> SRR1443459 2 0.2970 0.5369 0 0.828 0.000 0.004 0.168
#> SRR1338942 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480 3 0.5423 0.4674 0 0.112 0.644 0.244 0.000
#> SRR1399433 2 0.2338 0.6456 0 0.884 0.000 0.112 0.004
#> SRR818537 5 0.2193 0.7035 0 0.060 0.028 0.000 0.912
#> SRR1101324 4 0.0703 0.8444 0 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR807637 4 0.0000 0.8390 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091918 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300 4 0.1205 0.8449 0 0.040 0.004 0.956 0.000
#> SRR1085426 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.4150 0.1100 0 0.612 0.000 0.000 0.388
#> SRR813891 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431 2 0.3548 0.5239 0 0.796 0.004 0.012 0.188
#> SRR658742 4 0.0000 0.8390 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419234 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813 2 0.3913 0.3132 0 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR603496 4 0.6260 0.3607 0 0.372 0.152 0.476 0.000
#> SRR1407758 3 0.0000 0.9306 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810945 2 0.4119 0.5553 0 0.804 0.032 0.032 0.132
#> SRR817234 5 0.3707 0.7219 0 0.284 0.000 0.000 0.716
#> SRR1444852 3 0.0000 0.9306 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660378 3 0.2669 0.8590 0 0.104 0.876 0.020 0.000
#> SRR1467835 2 0.3857 0.3378 0 0.688 0.000 0.000 0.312
#> SRR1338964 4 0.6552 0.4655 0 0.276 0.248 0.476 0.000
#> SRR1079259 2 0.3266 0.5631 0 0.796 0.000 0.200 0.004
#> SRR1072345 4 0.3882 0.7415 0 0.224 0.020 0.756 0.000
#> SRR598725 3 0.4740 0.1270 0 0.016 0.516 0.468 0.000
#> SRR1447938 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460 2 0.2230 0.6451 0 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR1429468 2 0.3932 0.3034 0 0.672 0.000 0.000 0.328
#> SRR1446850 2 0.4604 -0.1778 0 0.560 0.012 0.000 0.428
#> SRR1320363 3 0.0000 0.9306 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413810 3 0.0000 0.9306 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598831 2 0.3949 0.2936 0 0.668 0.000 0.000 0.332
#> SRR1381865 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957 3 0.0566 0.9282 0 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR1491332 3 0.1741 0.9143 0 0.024 0.936 0.000 0.040
#> SRR1099744 5 0.4294 0.4241 0 0.468 0.000 0.000 0.532
#> SRR1464618 2 0.2248 0.6432 0 0.900 0.000 0.088 0.012
#> SRR1414559 4 0.0000 0.8390 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337540 4 0.0000 0.8390 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444283 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942 4 0.2694 0.8039 0 0.040 0.076 0.884 0.000
#> SRR660295 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335 3 0.0000 0.9306 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1363742 3 0.0703 0.9258 0 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1345847 2 0.1485 0.6213 0 0.948 0.000 0.020 0.032
#> SRR614960 4 0.3602 0.7092 0 0.024 0.180 0.796 0.000
#> SRR819919 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330 5 0.3143 0.7308 0 0.204 0.000 0.000 0.796
#> SRR1327951 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266 2 0.3086 0.5261 0 0.816 0.000 0.004 0.180
#> SRR1338055 5 0.3707 0.7219 0 0.284 0.000 0.000 0.716
#> SRR1430157 2 0.3816 0.3543 0 0.696 0.000 0.000 0.304
#> SRR1320137 4 0.1965 0.8201 0 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1093483 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913 3 0.0000 0.9306 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2170490 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845 3 0.2457 0.8742 0 0.008 0.900 0.076 0.016
#> SRR1436420 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060 5 0.5115 0.4946 0 0.092 0.232 0.000 0.676
#> SRR662282 3 0.3115 0.8569 0 0.112 0.852 0.000 0.036
#> SRR1487089 2 0.4307 -0.2476 0 0.500 0.000 0.500 0.000
#> SRR1075683 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880 2 0.1768 0.5997 0 0.924 0.000 0.004 0.072
#> SRR1453456 3 0.0162 0.9302 0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1457895 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603 5 0.2079 0.6940 0 0.064 0.020 0.000 0.916
#> SRR658633 5 0.4278 0.4623 0 0.452 0.000 0.000 0.548
#> SRR1388081 2 0.2127 0.6455 0 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR813339 3 0.0000 0.9306 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809725 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441 5 0.3707 0.7219 0 0.284 0.000 0.000 0.716
#> SRR613603 4 0.1792 0.8310 0 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1096571 3 0.1469 0.9182 0 0.016 0.948 0.000 0.036
#> SRR1392701 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693 2 0.3421 0.6295 0 0.840 0.000 0.080 0.080
#> SRR660697 2 0.3395 0.5319 0 0.764 0.000 0.236 0.000
#> SRR1489926 4 0.6163 0.4910 0 0.168 0.292 0.540 0.000
#> SRR811491 3 0.0000 0.9306 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311644 4 0.0865 0.8443 0 0.024 0.004 0.972 0.000
#> SRR1451740 3 0.0000 0.9306 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615117 5 0.1430 0.7163 0 0.052 0.004 0.000 0.944
#> SRR1391748 2 0.4201 0.0639 0 0.592 0.000 0.408 0.000
#> SRR1466556 3 0.2813 0.8525 0 0.000 0.868 0.108 0.024
#> SRR614972 3 0.0000 0.9306 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406200 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210 2 0.4074 0.2293 0 0.636 0.000 0.364 0.000
#> SRR662174 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236 4 0.4118 0.6163 0 0.336 0.004 0.660 0.000
#> SRR1312598 2 0.3913 0.3132 0 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR1330129 5 0.0880 0.7103 0 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR1357781 5 0.0510 0.7045 0 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1315517 5 0.0609 0.7064 0 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1400032 3 0.0000 0.9306 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413722 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827 3 0.0000 0.9306 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814794 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509 2 0.2439 0.6456 0 0.876 0.000 0.120 0.004
#> SRR808728 3 0.1992 0.9103 0 0.032 0.924 0.000 0.044
#> SRR1070813 2 0.3861 0.3881 0 0.712 0.000 0.004 0.284
#> SRR1389133 4 0.1205 0.8449 0 0.040 0.004 0.956 0.000
#> SRR601263 4 0.6349 0.5371 0 0.212 0.268 0.520 0.000
#> SRR604718 2 0.2230 0.6457 0 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR1481351 3 0.2900 0.8490 0 0.108 0.864 0.028 0.000
#> SRR1334608 3 0.0290 0.9296 0 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR658681 3 0.1124 0.9216 0 0.004 0.960 0.000 0.036
#> SRR809283 4 0.0000 0.8390 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459300 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547 3 0.1830 0.9131 0 0.028 0.932 0.000 0.040
#> SRR811049 2 0.4965 -0.1218 0 0.520 0.028 0.452 0.000
#> SRR1464835 4 0.0963 0.8448 0 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1339619 2 0.3491 0.4724 0 0.768 0.000 0.004 0.228
#> SRR658501 3 0.0162 0.9302 0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1447523 4 0.3495 0.7429 0 0.028 0.160 0.812 0.000
#> SRR1415048 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348 2 0.1216 0.6242 0 0.960 0.000 0.020 0.020
#> SRR603890 5 0.0609 0.7064 0 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR810595 3 0.2248 0.8804 0 0.088 0.900 0.012 0.000
#> SRR1446244 2 0.3116 0.6254 0 0.860 0.000 0.064 0.076
#> SRR817373 2 0.2230 0.6457 0 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR1457291 2 0.2741 0.5599 0 0.860 0.004 0.004 0.132
#> SRR598220 2 0.2966 0.5854 0 0.816 0.000 0.184 0.000
#> SRR1477991 2 0.3966 0.2825 0 0.664 0.000 0.000 0.336
#> SRR598172 5 0.3636 0.7253 0 0.272 0.000 0.000 0.728
#> SRR1349032 2 0.3692 0.5907 0 0.812 0.000 0.052 0.136
#> SRR604002 5 0.3612 0.7263 0 0.268 0.000 0.000 0.732
#> SRR1378026 3 0.3051 0.8371 0 0.120 0.852 0.028 0.000
#> SRR1404401 5 0.0510 0.7045 0 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1333240 5 0.5449 0.6366 0 0.264 0.104 0.000 0.632
#> SRR1089399 2 0.3966 0.2825 0 0.664 0.000 0.000 0.336
#> SRR603421 5 0.3707 0.7219 0 0.284 0.000 0.000 0.716
#> SRR812562 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520 3 0.1725 0.9141 0 0.020 0.936 0.000 0.044
#> SRR811839 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317 2 0.3932 0.3034 0 0.672 0.000 0.000 0.328
#> SRR1436763 4 0.0000 0.8390 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486021 2 0.3999 0.5333 0 0.808 0.068 0.008 0.116
#> SRR1465018 5 0.3707 0.7219 0 0.284 0.000 0.000 0.716
#> SRR1080998 2 0.4484 0.3590 0 0.668 0.024 0.308 0.000
#> SRR1083432 3 0.0290 0.9296 0 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1082833 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536 3 0.0000 0.9306 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614011 2 0.3048 0.5288 0 0.820 0.000 0.004 0.176
#> SRR1365873 5 0.4114 0.6137 0 0.376 0.000 0.000 0.624
#> SRR1498789 5 0.4182 0.5716 0 0.400 0.000 0.000 0.600
#> SRR601581 2 0.2230 0.6451 0 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR603566 5 0.5264 0.6631 0 0.256 0.092 0.000 0.652
#> SRR1373981 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410 2 0.3949 0.2936 0 0.668 0.000 0.000 0.332
#> SRR1076511 4 0.0000 0.8390 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614143 4 0.5104 0.7109 0 0.192 0.116 0.692 0.000
#> SRR1333570 3 0.2471 0.8289 0 0.000 0.864 0.136 0.000
#> SRR1366813 2 0.3857 0.3378 0 0.688 0.000 0.000 0.312
#> SRR1388746 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558 4 0.1205 0.8449 0 0.040 0.004 0.956 0.000
#> SRR1409510 3 0.0000 0.9306 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816250 5 0.4297 0.4105 0 0.472 0.000 0.000 0.528
#> SRR614131 4 0.3424 0.7387 0 0.240 0.000 0.760 0.000
#> SRR1331130 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015 3 0.0000 0.9306 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470798 3 0.0000 0.9306 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614179 5 0.5059 0.4921 0 0.112 0.192 0.000 0.696
#> SRR1474863 5 0.4306 0.3574 0 0.492 0.000 0.000 0.508
#> SRR813560 2 0.3895 0.3215 0 0.680 0.000 0.000 0.320
#> SRR1312187 2 0.2754 0.6392 0 0.880 0.000 0.080 0.040
#> SRR1420960 3 0.0290 0.9296 0 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1355102 3 0.0000 0.9306 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084577 3 0.0000 0.9306 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659971 2 0.3177 0.4923 0 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR1350855 2 0.2230 0.6453 0 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR820779 3 0.0324 0.9301 0 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1476300 3 0.0566 0.9280 0 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR1090907 2 0.2329 0.6425 0 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR662294 5 0.3684 0.7237 0 0.280 0.000 0.000 0.720
#> SRR1480789 5 0.4343 0.5899 0 0.096 0.136 0.000 0.768
#> SRR1336263 2 0.3305 0.5283 0 0.776 0.000 0.224 0.000
#> SRR660776 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508 5 0.4122 0.7034 0 0.304 0.004 0.004 0.688
#> SRR615563 2 0.3508 0.4770 0 0.748 0.000 0.252 0.000
#> SRR1101175 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650 3 0.2446 0.8985 0 0.056 0.900 0.000 0.044
#> SRR1431205 5 0.3999 0.6586 0 0.344 0.000 0.000 0.656
#> SRR1339856 2 0.2516 0.6312 0 0.860 0.000 0.140 0.000
#> SRR1352147 2 0.2970 0.5380 0 0.828 0.000 0.004 0.168
#> SRR808968 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419 5 0.3707 0.7219 0 0.284 0.000 0.000 0.716
#> SRR1402391 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609 3 0.4454 0.7864 0 0.112 0.760 0.000 0.128
#> SRR2167857 5 0.0404 0.7024 0 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1398752 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437 2 0.3949 0.2936 0 0.668 0.000 0.000 0.332
#> SRR1416955 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064 2 0.2561 0.6347 0 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR659001 2 0.2230 0.6451 0 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR2170696 2 0.3636 0.4441 0 0.728 0.000 0.272 0.000
#> SRR816589 3 0.0794 0.9251 0 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1087487 3 0.0000 0.9306 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329485 3 0.0290 0.9296 0 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR816920 2 0.4182 0.1311 0 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1341432 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590 4 0.3932 0.6298 0 0.328 0.000 0.672 0.000
#> SRR817046 3 0.0000 0.9306 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471331 3 0.0162 0.9302 0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR660788 2 0.3837 0.3696 0 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR819234 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853 5 0.1764 0.7146 0 0.064 0.008 0.000 0.928
#> SRR809427 4 0.2813 0.7828 0 0.168 0.000 0.832 0.000
#> SRR2170217 4 0.2471 0.8028 0 0.136 0.000 0.864 0.000
#> SRR1386967 3 0.0162 0.9302 0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1420344 2 0.3684 0.3955 0 0.720 0.000 0.000 0.280
#> SRR1334535 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503 4 0.0290 0.8411 0 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR602564 4 0.3109 0.7605 0 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1420669 2 0.4101 0.1762 0 0.628 0.000 0.372 0.000
#> SRR819024 3 0.0000 0.9306 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656223 3 0.0290 0.9296 0 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR608428 5 0.4278 0.4658 0 0.452 0.000 0.000 0.548
#> SRR1345647 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324 5 0.4291 0.4344 0 0.464 0.000 0.000 0.536
#> SRR1361368 2 0.2763 0.5540 0 0.848 0.000 0.004 0.148
#> SRR1322619 2 0.3913 0.3132 0 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR1349276 2 0.3730 0.4112 0 0.712 0.000 0.288 0.000
#> SRR1404024 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637 2 0.3837 0.3462 0 0.692 0.000 0.000 0.308
#> SRR1452631 4 0.4201 0.4865 0 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR608392 3 0.3459 0.8433 0 0.116 0.832 0.000 0.052
#> SRR1357757 4 0.0510 0.8428 0 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1074646 2 0.2230 0.6451 0 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR1367499 3 0.0162 0.9302 0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1343501 3 0.1992 0.9103 0 0.032 0.924 0.000 0.044
#> SRR1394406 4 0.2488 0.8142 0 0.124 0.004 0.872 0.000
#> SRR1381435 3 0.0703 0.9258 0 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1467407 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422 5 0.3921 0.7275 0 0.172 0.044 0.000 0.784
#> SRR1380270 5 0.1270 0.6884 0 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR1091817 5 0.4294 0.4270 0 0.468 0.000 0.000 0.532
#> SRR1440137 2 0.4126 0.1418 0 0.620 0.000 0.000 0.380
#> SRR614311 2 0.3800 0.6178 0 0.812 0.000 0.080 0.108
#> SRR1407516 4 0.3796 0.6512 0 0.300 0.000 0.700 0.000
#> SRR815494 3 0.0000 0.9306 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333209 2 0.2127 0.6454 0 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR615177 4 0.0000 0.8390 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099648 3 0.1907 0.9114 0 0.028 0.928 0.000 0.044
#> SRR659720 2 0.4526 0.4080 0 0.672 0.028 0.300 0.000
#> SRR2185057 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468 4 0.0703 0.8444 0 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR660042 4 0.1205 0.8449 0 0.040 0.004 0.956 0.000
#> SRR2170864 2 0.3143 0.4935 0 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1440491 2 0.3612 0.5133 0 0.764 0.008 0.228 0.000
#> SRR1440852 3 0.0000 0.9306 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811169 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311 2 0.2230 0.6451 0 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR818009 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836 2 0.3983 0.2714 0 0.660 0.000 0.000 0.340
#> SRR1498313 5 0.3730 0.7188 0 0.288 0.000 0.000 0.712
#> SRR1441975 5 0.4278 0.4522 0 0.452 0.000 0.000 0.548
#> SRR819096 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679 2 0.6282 0.1358 0 0.536 0.216 0.248 0.000
#> SRR1489116 3 0.3003 0.8705 0 0.092 0.864 0.000 0.044
#> SRR1354138 3 0.0000 0.9306 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490589 3 0.2690 0.8049 0 0.000 0.844 0.156 0.000
#> SRR1412987 4 0.3242 0.7479 0 0.216 0.000 0.784 0.000
#> SRR602034 3 0.0000 0.9306 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353437 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871 2 0.4522 0.0495 0 0.552 0.008 0.440 0.000
#> SRR661577 4 0.0000 0.8390 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR612190 4 0.2690 0.7964 0 0.156 0.000 0.844 0.000
#> SRR1399880 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787 2 0.2248 0.6432 0 0.900 0.000 0.088 0.012
#> SRR657869 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141 3 0.0162 0.9302 0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1476697 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538 2 0.3461 0.5329 0 0.772 0.000 0.224 0.004
#> SRR1331422 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859 4 0.1357 0.8435 0 0.048 0.004 0.948 0.000
#> SRR1097594 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419 3 0.0000 0.9306 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336706 3 0.3780 0.8303 0 0.116 0.812 0.000 0.072
#> SRR1472976 2 0.4297 -0.1624 0 0.528 0.000 0.472 0.000
#> SRR1321307 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461 3 0.0162 0.9302 0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1477149 5 0.4201 0.5561 0 0.408 0.000 0.000 0.592
#> SRR1457397 5 0.0510 0.7038 0 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR661913 3 0.1792 0.8776 0 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR1069024 5 0.1478 0.6954 0 0.064 0.000 0.000 0.936
#> SRR2165634 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722 3 0.0000 0.9306 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328642 5 0.1732 0.7212 0 0.080 0.000 0.000 0.920
#> SRR1488261 4 0.2423 0.8079 0 0.024 0.080 0.896 0.000
#> SRR1318815 4 0.0510 0.8431 0 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR816945 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432 4 0.0000 0.8390 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359280 5 0.3661 0.7248 0 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR1313910 2 0.3452 0.4497 0 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR1457315 4 0.4147 0.6480 0 0.316 0.008 0.676 0.000
#> SRR815398 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958 3 0.0000 0.9306 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR600688 4 0.4300 0.2560 0 0.476 0.000 0.524 0.000
#> SRR1098952 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916 3 0.0000 0.9306 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614167 3 0.0000 0.9306 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348114 2 0.2331 0.6416 0 0.900 0.000 0.080 0.020
#> SRR658033 2 0.4147 0.5749 0 0.760 0.016 0.208 0.016
#> SRR1077503 3 0.3821 0.7722 0 0.148 0.800 0.052 0.000
#> SRR661854 4 0.0963 0.8451 0 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR811379 2 0.2280 0.6434 0 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR1318857 2 0.3796 0.3621 0 0.700 0.000 0.000 0.300
#> SRR656445 3 0.1818 0.9127 0 0.024 0.932 0.000 0.044
#> SRR1433044 5 0.0510 0.7045 0 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1486391 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071 4 0.4446 0.0246 0 0.004 0.476 0.520 0.000
#> SRR1364824 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745 5 0.4835 0.6397 0 0.120 0.156 0.000 0.724
#> SRR601038 5 0.1701 0.7002 0 0.048 0.016 0.000 0.936
#> SRR1360080 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868 4 0.3615 0.7344 0 0.036 0.156 0.808 0.000
#> SRR1485997 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560 2 0.3210 0.5439 0 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR1333330 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513 4 0.1121 0.8439 0 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1328407 2 0.6148 0.1942 0 0.552 0.124 0.008 0.316
#> SRR602784 3 0.1992 0.9103 0 0.032 0.924 0.000 0.044
#> SRR1348468 2 0.3395 0.5089 0 0.764 0.000 0.236 0.000
#> SRR663717 2 0.2331 0.6416 0 0.900 0.000 0.080 0.020
#> SRR602217 5 0.4930 0.5831 0 0.388 0.032 0.000 0.580
#> SRR603140 4 0.4449 0.2184 0 0.484 0.004 0.512 0.000
#> SRR1340804 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574 3 0.0162 0.9302 0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1333462 5 0.0510 0.7045 0 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1094601 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610 2 0.3177 0.5513 0 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1435833 2 0.2690 0.6134 0 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1398728 2 0.3730 0.3822 0 0.712 0.000 0.000 0.288
#> SRR1358343 4 0.0000 0.8390 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410890 2 0.3876 0.3299 0 0.684 0.000 0.000 0.316
#> SRR1350371 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478 2 0.3857 0.3378 0 0.688 0.000 0.000 0.312
#> SRR1099260 3 0.3085 0.8540 0 0.116 0.852 0.000 0.032
#> SRR1433576 3 0.6444 0.0501 0 0.204 0.488 0.308 0.000
#> SRR1345541 4 0.1043 0.8445 0 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR1086328 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391 3 0.0000 0.9306 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476207 4 0.4774 0.3978 0 0.424 0.020 0.556 0.000
#> SRR627435 4 0.0880 0.8453 0 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1489862 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191 3 0.0000 0.9306 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490115 3 0.3967 0.7775 0 0.092 0.800 0.108 0.000
#> SRR1377714 4 0.1410 0.8372 0 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR819394 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161 4 0.0000 0.8390 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR607042 5 0.1732 0.6753 0 0.080 0.000 0.000 0.920
#> SRR656203 2 0.2971 0.6161 0 0.836 0.000 0.156 0.008
#> SRR660602 3 0.1205 0.9200 0 0.004 0.956 0.000 0.040
#> SRR1440397 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249 2 0.3730 0.3834 0 0.712 0.000 0.000 0.288
#> SRR661242 2 0.6718 -0.1629 0 0.420 0.272 0.308 0.000
#> SRR1332007 3 0.5803 0.4101 0 0.100 0.532 0.000 0.368
#> SRR809619 2 0.2763 0.5532 0 0.848 0.000 0.004 0.148
#> SRR819975 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281 5 0.3684 0.7233 0 0.280 0.000 0.000 0.720
#> SRR662366 3 0.0000 0.9306 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317898 3 0.0000 0.9306 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382485 4 0.5606 0.6054 0 0.296 0.104 0.600 0.000
#> SRR2166420 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541 3 0.0000 0.9306 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817444 3 0.4134 0.8096 0 0.116 0.808 0.052 0.024
#> SRR1320403 5 0.3395 0.7310 0 0.236 0.000 0.000 0.764
#> SRR1101483 2 0.2909 0.5640 0 0.848 0.000 0.012 0.140
#> SRR1331684 3 0.4404 0.7385 0 0.152 0.760 0.088 0.000
#> SRR1400054 4 0.0880 0.8451 0 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1406088 2 0.3177 0.4945 0 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR820733 4 0.4074 0.5808 0 0.364 0.000 0.636 0.000
#> SRR1314113 4 0.0865 0.8443 0 0.024 0.004 0.972 0.000
#> SRR1382615 3 0.2300 0.9039 0 0.040 0.908 0.000 0.052
#> SRR1480745 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850 5 0.4307 0.3451 0 0.496 0.000 0.000 0.504
#> SRR656782 3 0.1830 0.8878 0 0.008 0.924 0.068 0.000
#> SRR821364 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295 5 0.0404 0.7024 0 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1357103 5 0.3590 0.6854 0 0.092 0.080 0.000 0.828
#> SRR809185 2 0.2513 0.6423 0 0.876 0.008 0.116 0.000
#> SRR811583 4 0.0000 0.8390 0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468050 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224 2 0.4126 0.1459 0 0.620 0.000 0.000 0.380
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1500170 2 0.4499 0.6516 0 0.708 0.000 0.152 0.140 0.000
#> SRR1402368 3 0.2739 0.7875 0 0.000 0.872 0.032 0.012 0.084
#> SRR607743 4 0.4624 0.5869 0 0.004 0.040 0.708 0.028 0.220
#> SRR1457375 2 0.1461 0.6458 0 0.940 0.000 0.044 0.016 0.000
#> SRR1470923 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785 3 0.4696 0.6785 0 0.000 0.728 0.088 0.032 0.152
#> SRR814768 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031 4 0.4465 0.6591 0 0.128 0.000 0.748 0.100 0.024
#> SRR1363611 4 0.4131 0.6583 0 0.088 0.000 0.760 0.144 0.008
#> SRR1468447 2 0.0603 0.6101 0 0.980 0.000 0.004 0.016 0.000
#> SRR1071931 4 0.3368 0.7071 0 0.012 0.000 0.828 0.052 0.108
#> SRR810981 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299 2 0.0922 0.6009 0 0.968 0.000 0.004 0.024 0.004
#> SRR663585 3 0.0000 0.8617 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326773 2 0.4645 0.2175 0 0.616 0.040 0.336 0.008 0.000
#> SRR1351166 2 0.5034 0.6271 0 0.652 0.000 0.200 0.144 0.004
#> SRR1477452 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720 3 0.0000 0.8617 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420320 4 0.2828 0.7461 0 0.040 0.000 0.868 0.080 0.012
#> SRR1081712 2 0.2237 0.6671 0 0.896 0.000 0.068 0.036 0.000
#> SRR1318241 4 0.5461 0.5333 0 0.000 0.180 0.664 0.080 0.076
#> SRR1333718 3 0.5503 0.6549 0 0.048 0.620 0.060 0.268 0.004
#> SRR1313514 5 0.5218 0.8313 0 0.384 0.000 0.004 0.528 0.084
#> SRR1477861 5 0.3828 0.7961 0 0.440 0.000 0.000 0.560 0.000
#> SRR1318005 5 0.5218 0.8313 0 0.384 0.000 0.004 0.528 0.084
#> SRR1354665 2 0.3458 0.6718 0 0.808 0.000 0.112 0.080 0.000
#> SRR657707 4 0.5693 0.5398 0 0.000 0.116 0.648 0.076 0.160
#> SRR1370742 3 0.1232 0.8452 0 0.000 0.956 0.016 0.004 0.024
#> SRR1412947 4 0.3587 0.7207 0 0.116 0.000 0.816 0.044 0.024
#> SRR661553 4 0.2333 0.7386 0 0.004 0.000 0.896 0.040 0.060
#> SRR1328869 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211 2 0.2308 0.6678 0 0.892 0.000 0.068 0.040 0.000
#> SRR1348181 3 0.0000 0.8617 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416560 3 0.0717 0.8579 0 0.000 0.976 0.000 0.008 0.016
#> SRR1319772 3 0.4146 0.7188 0 0.000 0.752 0.180 0.052 0.016
#> SRR1091452 4 0.3610 0.7239 0 0.024 0.008 0.832 0.068 0.068
#> SRR1338812 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072 2 0.1493 0.5644 0 0.936 0.000 0.004 0.056 0.004
#> SRR814844 6 0.3123 0.8540 0 0.000 0.000 0.136 0.040 0.824
#> SRR1376619 3 0.0000 0.8617 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603690 4 0.4138 0.6716 0 0.044 0.000 0.752 0.020 0.184
#> SRR2184980 2 0.4281 0.6627 0 0.732 0.000 0.136 0.132 0.000
#> SRR613963 6 0.2398 0.8752 0 0.000 0.000 0.104 0.020 0.876
#> SRR1323422 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673 3 0.1777 0.8486 0 0.004 0.928 0.024 0.044 0.000
#> SRR1434650 2 0.2618 0.6114 0 0.872 0.000 0.076 0.052 0.000
#> SRR659875 5 0.6013 0.6200 0 0.308 0.152 0.016 0.520 0.004
#> SRR1465734 3 0.5126 0.5914 0 0.000 0.648 0.256 0.060 0.036
#> SRR1076847 2 0.1674 0.5541 0 0.924 0.000 0.004 0.068 0.004
#> SRR1415072 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319 3 0.0922 0.8569 0 0.000 0.968 0.004 0.024 0.004
#> SRR663088 6 0.2263 0.8759 0 0.000 0.000 0.100 0.016 0.884
#> SRR1352021 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935 4 0.1938 0.7525 0 0.020 0.000 0.920 0.052 0.008
#> SRR1352530 3 0.1067 0.8563 0 0.004 0.964 0.004 0.024 0.004
#> SRR662594 6 0.2968 0.8580 0 0.000 0.000 0.168 0.016 0.816
#> SRR1095309 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647 3 0.0363 0.8620 0 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR813019 2 0.5196 0.1466 0 0.704 0.144 0.088 0.060 0.004
#> SRR1374647 2 0.3753 0.4169 0 0.812 0.028 0.088 0.072 0.000
#> SRR603472 5 0.5218 0.8313 0 0.384 0.000 0.004 0.528 0.084
#> SRR661529 6 0.2783 0.8661 0 0.000 0.000 0.148 0.016 0.836
#> SRR607018 3 0.5219 0.6781 0 0.024 0.636 0.068 0.268 0.004
#> SRR627423 6 0.1863 0.8776 0 0.000 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR654921 6 0.4788 0.3687 0 0.000 0.000 0.396 0.056 0.548
#> SRR1418968 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871 3 0.0291 0.8607 0 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1330522 3 0.0000 0.8617 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499958 2 0.5112 0.6235 0 0.652 0.000 0.196 0.144 0.008
#> SRR614059 6 0.2783 0.8661 0 0.000 0.000 0.148 0.016 0.836
#> SRR1071403 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719 2 0.4204 0.6648 0 0.740 0.000 0.132 0.128 0.000
#> SRR1440421 2 0.1080 0.5930 0 0.960 0.000 0.004 0.032 0.004
#> SRR1310412 6 0.3998 0.6122 0 0.000 0.000 0.340 0.016 0.644
#> SRR614767 2 0.0717 0.6296 0 0.976 0.000 0.016 0.008 0.000
#> SRR820709 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093 3 0.5661 0.6458 0 0.060 0.604 0.072 0.264 0.000
#> SRR1088168 3 0.5834 0.6252 0 0.068 0.592 0.064 0.272 0.004
#> SRR1418707 2 0.4003 0.6683 0 0.760 0.000 0.124 0.116 0.000
#> SRR1354291 5 0.5218 0.8313 0 0.384 0.000 0.004 0.528 0.084
#> SRR2165806 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684 4 0.1542 0.7576 0 0.016 0.000 0.944 0.024 0.016
#> SRR1433860 3 0.1155 0.8534 0 0.000 0.956 0.004 0.036 0.004
#> SRR1311062 2 0.1204 0.5594 0 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1360359 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385 3 0.1067 0.8563 0 0.004 0.964 0.004 0.024 0.004
#> SRR615407 2 0.0725 0.6222 0 0.976 0.000 0.012 0.012 0.000
#> SRR1413892 3 0.4251 0.7336 0 0.004 0.708 0.040 0.244 0.004
#> SRR1443459 2 0.5817 0.3276 0 0.460 0.000 0.388 0.144 0.008
#> SRR1338942 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480 4 0.6276 0.1228 0 0.004 0.388 0.464 0.072 0.072
#> SRR1399433 4 0.2673 0.7359 0 0.044 0.000 0.880 0.064 0.012
#> SRR818537 5 0.4491 0.7531 0 0.476 0.008 0.016 0.500 0.000
#> SRR1101324 6 0.2491 0.8769 0 0.000 0.000 0.112 0.020 0.868
#> SRR807637 6 0.2263 0.8759 0 0.000 0.000 0.100 0.016 0.884
#> SRR1091918 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300 6 0.2869 0.8646 0 0.000 0.000 0.148 0.020 0.832
#> SRR1085426 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.2106 0.6657 0 0.904 0.000 0.064 0.032 0.000
#> SRR813891 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431 2 0.5868 0.4105 0 0.488 0.000 0.364 0.132 0.016
#> SRR658742 6 0.2263 0.8759 0 0.000 0.000 0.100 0.016 0.884
#> SRR1419234 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813 2 0.4354 0.6599 0 0.724 0.000 0.144 0.132 0.000
#> SRR603496 4 0.6228 0.3715 0 0.004 0.168 0.556 0.040 0.232
#> SRR1407758 3 0.0000 0.8617 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810945 2 0.5402 0.0884 0 0.488 0.024 0.444 0.020 0.024
#> SRR817234 2 0.1155 0.5958 0 0.956 0.000 0.004 0.036 0.004
#> SRR1444852 3 0.0000 0.8617 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660378 3 0.2744 0.8181 0 0.000 0.864 0.072 0.064 0.000
#> SRR1467835 2 0.4980 0.6323 0 0.660 0.000 0.192 0.144 0.004
#> SRR1338964 4 0.5158 0.6012 0 0.000 0.088 0.704 0.076 0.132
#> SRR1079259 4 0.2920 0.7556 0 0.016 0.000 0.864 0.080 0.040
#> SRR1072345 4 0.4962 0.4534 0 0.000 0.020 0.632 0.056 0.292
#> SRR598725 6 0.4533 0.2955 0 0.000 0.376 0.032 0.004 0.588
#> SRR1447938 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460 4 0.2555 0.7519 0 0.032 0.000 0.888 0.064 0.016
#> SRR1429468 2 0.4242 0.6639 0 0.736 0.000 0.136 0.128 0.000
#> SRR1446850 2 0.2560 0.5581 0 0.872 0.000 0.092 0.036 0.000
#> SRR1320363 3 0.0146 0.8613 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1413810 3 0.0146 0.8616 0 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR598831 2 0.4242 0.6639 0 0.736 0.000 0.136 0.128 0.000
#> SRR1381865 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957 3 0.1461 0.8488 0 0.000 0.940 0.000 0.016 0.044
#> SRR1491332 3 0.5202 0.6763 0 0.032 0.640 0.056 0.268 0.004
#> SRR1099744 2 0.0713 0.6427 0 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1464618 4 0.3050 0.7360 0 0.044 0.000 0.852 0.092 0.012
#> SRR1414559 6 0.2263 0.8759 0 0.000 0.000 0.100 0.016 0.884
#> SRR1337540 6 0.2263 0.8759 0 0.000 0.000 0.100 0.016 0.884
#> SRR1444283 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942 6 0.4038 0.7372 0 0.000 0.156 0.072 0.008 0.764
#> SRR660295 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335 3 0.0291 0.8611 0 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1363742 3 0.1812 0.8443 0 0.004 0.924 0.008 0.060 0.004
#> SRR1345847 4 0.5017 0.5483 0 0.212 0.000 0.664 0.112 0.012
#> SRR614960 6 0.3709 0.8162 0 0.000 0.076 0.100 0.016 0.808
#> SRR819919 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330 2 0.4234 -0.2690 0 0.676 0.000 0.000 0.280 0.044
#> SRR1327951 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266 2 0.5601 0.5299 0 0.556 0.000 0.292 0.144 0.008
#> SRR1338055 2 0.1010 0.6004 0 0.960 0.000 0.004 0.036 0.000
#> SRR1430157 2 0.5139 0.6205 0 0.648 0.000 0.200 0.144 0.008
#> SRR1320137 4 0.4208 0.0496 0 0.004 0.000 0.536 0.008 0.452
#> SRR1093483 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913 3 0.0291 0.8606 0 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR2170490 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845 3 0.2757 0.8218 0 0.004 0.884 0.052 0.024 0.036
#> SRR1436420 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060 5 0.6225 0.6095 0 0.380 0.152 0.028 0.440 0.000
#> SRR662282 3 0.4869 0.7081 0 0.004 0.664 0.088 0.240 0.004
#> SRR1487089 4 0.3892 0.6424 0 0.000 0.000 0.740 0.048 0.212
#> SRR1075683 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880 4 0.5284 0.4169 0 0.256 0.000 0.612 0.124 0.008
#> SRR1453456 3 0.0260 0.8617 0 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1457895 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603 5 0.4680 0.7609 0 0.388 0.020 0.012 0.576 0.004
#> SRR658633 2 0.0603 0.6327 0 0.980 0.000 0.016 0.004 0.000
#> SRR1388081 4 0.2555 0.7479 0 0.032 0.000 0.888 0.064 0.016
#> SRR813339 3 0.0146 0.8613 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR809725 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441 2 0.1219 0.5871 0 0.948 0.000 0.004 0.048 0.000
#> SRR613603 6 0.3992 0.5672 0 0.000 0.000 0.364 0.012 0.624
#> SRR1096571 3 0.5352 0.6702 0 0.044 0.636 0.056 0.260 0.004
#> SRR1392701 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693 4 0.3270 0.7119 0 0.072 0.000 0.836 0.084 0.008
#> SRR660697 4 0.2665 0.7496 0 0.024 0.000 0.884 0.032 0.060
#> SRR1489926 3 0.6174 0.4907 0 0.000 0.576 0.192 0.060 0.172
#> SRR811491 3 0.0146 0.8613 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1311644 6 0.2491 0.8769 0 0.000 0.000 0.112 0.020 0.868
#> SRR1451740 3 0.0146 0.8613 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR615117 2 0.4505 -0.6812 0 0.528 0.004 0.016 0.448 0.004
#> SRR1391748 4 0.2918 0.7376 0 0.004 0.000 0.856 0.052 0.088
#> SRR1466556 3 0.2375 0.8322 0 0.004 0.896 0.004 0.028 0.068
#> SRR614972 3 0.0291 0.8607 0 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1406200 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210 4 0.3223 0.7342 0 0.008 0.000 0.836 0.052 0.104
#> SRR662174 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236 4 0.3439 0.6800 0 0.000 0.000 0.808 0.072 0.120
#> SRR1312598 2 0.4281 0.6627 0 0.732 0.000 0.136 0.132 0.000
#> SRR1330129 5 0.4393 0.7460 0 0.480 0.000 0.004 0.500 0.016
#> SRR1357781 5 0.5218 0.8313 0 0.384 0.000 0.004 0.528 0.084
#> SRR1315517 5 0.5218 0.8313 0 0.384 0.000 0.004 0.528 0.084
#> SRR1400032 3 0.0146 0.8613 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1413722 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827 3 0.0146 0.8613 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR814794 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509 4 0.3222 0.7447 0 0.036 0.000 0.844 0.096 0.024
#> SRR808728 3 0.5684 0.6391 0 0.060 0.604 0.060 0.272 0.004
#> SRR1070813 2 0.5112 0.6243 0 0.652 0.000 0.196 0.144 0.008
#> SRR1389133 6 0.2783 0.8656 0 0.000 0.000 0.148 0.016 0.836
#> SRR601263 4 0.5755 0.4866 0 0.000 0.088 0.612 0.064 0.236
#> SRR604718 4 0.3147 0.7391 0 0.044 0.000 0.844 0.100 0.012
#> SRR1481351 3 0.2897 0.8089 0 0.000 0.852 0.088 0.060 0.000
#> SRR1334608 3 0.1080 0.8548 0 0.000 0.960 0.004 0.032 0.004
#> SRR658681 3 0.4360 0.7234 0 0.016 0.704 0.028 0.248 0.004
#> SRR809283 6 0.2263 0.8759 0 0.000 0.000 0.100 0.016 0.884
#> SRR1459300 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547 3 0.5682 0.6372 0 0.064 0.604 0.056 0.272 0.004
#> SRR811049 4 0.4692 0.6224 0 0.004 0.024 0.724 0.072 0.176
#> SRR1464835 6 0.2901 0.8645 0 0.000 0.000 0.128 0.032 0.840
#> SRR1339619 2 0.5394 0.5802 0 0.604 0.000 0.244 0.144 0.008
#> SRR658501 3 0.0363 0.8620 0 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1447523 6 0.4360 0.7185 0 0.000 0.172 0.072 0.016 0.740
#> SRR1415048 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348 4 0.4412 0.6207 0 0.128 0.000 0.736 0.128 0.008
#> SRR603890 5 0.5218 0.8313 0 0.384 0.000 0.004 0.528 0.084
#> SRR810595 3 0.2571 0.8229 0 0.000 0.876 0.064 0.060 0.000
#> SRR1446244 4 0.3976 0.6723 0 0.088 0.000 0.776 0.128 0.008
#> SRR817373 4 0.2384 0.7457 0 0.044 0.000 0.900 0.040 0.016
#> SRR1457291 4 0.5037 0.0899 0 0.408 0.000 0.524 0.064 0.004
#> SRR598220 4 0.1693 0.7601 0 0.020 0.000 0.936 0.012 0.032
#> SRR1477991 2 0.3611 0.6717 0 0.796 0.000 0.108 0.096 0.000
#> SRR598172 2 0.2001 0.5160 0 0.900 0.000 0.004 0.092 0.004
#> SRR1349032 4 0.5911 -0.0200 0 0.384 0.000 0.448 0.160 0.008
#> SRR604002 2 0.1897 0.5152 0 0.908 0.000 0.004 0.084 0.004
#> SRR1378026 3 0.3337 0.7930 0 0.000 0.824 0.108 0.064 0.004
#> SRR1404401 5 0.5218 0.8313 0 0.384 0.000 0.004 0.528 0.084
#> SRR1333240 2 0.4319 0.2321 0 0.772 0.116 0.028 0.080 0.004
#> SRR1089399 2 0.3735 0.6710 0 0.784 0.000 0.124 0.092 0.000
#> SRR603421 2 0.0692 0.6067 0 0.976 0.000 0.004 0.020 0.000
#> SRR812562 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520 3 0.5099 0.6784 0 0.040 0.648 0.040 0.268 0.004
#> SRR811839 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317 2 0.4242 0.6639 0 0.736 0.000 0.136 0.128 0.000
#> SRR1436763 6 0.2263 0.8759 0 0.000 0.000 0.100 0.016 0.884
#> SRR1486021 4 0.5378 0.0944 0 0.444 0.012 0.484 0.048 0.012
#> SRR1465018 2 0.0837 0.6027 0 0.972 0.000 0.004 0.020 0.004
#> SRR1080998 4 0.3701 0.7063 0 0.004 0.016 0.816 0.072 0.092
#> SRR1083432 3 0.0547 0.8600 0 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1082833 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536 3 0.0146 0.8613 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR614011 2 0.5749 0.4359 0 0.504 0.000 0.344 0.144 0.008
#> SRR1365873 2 0.0909 0.6289 0 0.968 0.000 0.020 0.012 0.000
#> SRR1498789 2 0.0993 0.6324 0 0.964 0.000 0.024 0.012 0.000
#> SRR601581 4 0.1984 0.7580 0 0.032 0.000 0.912 0.056 0.000
#> SRR603566 2 0.4682 0.2411 0 0.756 0.088 0.072 0.080 0.004
#> SRR1373981 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410 2 0.4242 0.6639 0 0.736 0.000 0.136 0.128 0.000
#> SRR1076511 6 0.2263 0.8759 0 0.000 0.000 0.100 0.016 0.884
#> SRR614143 4 0.5905 0.4042 0 0.000 0.096 0.584 0.060 0.260
#> SRR1333570 3 0.4436 0.3797 0 0.000 0.592 0.020 0.008 0.380
#> SRR1366813 2 0.4499 0.6516 0 0.708 0.000 0.152 0.140 0.000
#> SRR1388746 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558 6 0.2783 0.8656 0 0.000 0.000 0.148 0.016 0.836
#> SRR1409510 3 0.0000 0.8617 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816250 2 0.0935 0.6436 0 0.964 0.000 0.032 0.004 0.000
#> SRR614131 4 0.4308 0.4640 0 0.008 0.000 0.664 0.028 0.300
#> SRR1331130 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015 3 0.0000 0.8617 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470798 3 0.0000 0.8617 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614179 5 0.6149 0.5868 0 0.284 0.152 0.028 0.532 0.004
#> SRR1474863 2 0.1934 0.6627 0 0.916 0.000 0.044 0.040 0.000
#> SRR813560 2 0.4356 0.6594 0 0.724 0.000 0.140 0.136 0.000
#> SRR1312187 4 0.3322 0.7337 0 0.052 0.000 0.832 0.104 0.012
#> SRR1420960 3 0.0405 0.8611 0 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1355102 3 0.0146 0.8613 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1084577 3 0.0000 0.8617 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659971 2 0.5601 0.5358 0 0.556 0.000 0.292 0.144 0.008
#> SRR1350855 4 0.3150 0.7430 0 0.032 0.000 0.848 0.096 0.024
#> SRR820779 3 0.0622 0.8616 0 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008
#> SRR1476300 3 0.1124 0.8521 0 0.000 0.956 0.000 0.008 0.036
#> SRR1090907 4 0.3147 0.7391 0 0.044 0.000 0.844 0.100 0.012
#> SRR662294 2 0.2462 0.4338 0 0.860 0.000 0.004 0.132 0.004
#> SRR1480789 5 0.6034 0.6294 0 0.352 0.140 0.016 0.488 0.004
#> SRR1336263 4 0.2513 0.7514 0 0.008 0.000 0.888 0.060 0.044
#> SRR660776 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508 2 0.2095 0.6096 0 0.916 0.016 0.040 0.028 0.000
#> SRR615563 4 0.2591 0.7498 0 0.004 0.000 0.880 0.064 0.052
#> SRR1101175 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650 3 0.5816 0.6293 0 0.068 0.596 0.064 0.268 0.004
#> SRR1431205 2 0.0725 0.6222 0 0.976 0.000 0.012 0.012 0.000
#> SRR1339856 4 0.1944 0.7556 0 0.036 0.000 0.924 0.024 0.016
#> SRR1352147 4 0.5944 -0.2072 0 0.416 0.000 0.432 0.136 0.016
#> SRR808968 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419 2 0.0837 0.6027 0 0.972 0.000 0.004 0.020 0.004
#> SRR1402391 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609 3 0.5341 0.6227 0 0.016 0.584 0.072 0.324 0.004
#> SRR2167857 5 0.5176 0.8312 0 0.384 0.000 0.004 0.532 0.080
#> SRR1398752 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437 2 0.3921 0.6694 0 0.768 0.000 0.116 0.116 0.000
#> SRR1416955 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064 4 0.3041 0.7478 0 0.044 0.000 0.864 0.036 0.056
#> SRR659001 4 0.3150 0.7430 0 0.032 0.000 0.848 0.096 0.024
#> SRR2170696 4 0.2994 0.7429 0 0.004 0.000 0.852 0.080 0.064
#> SRR816589 3 0.1852 0.8486 0 0.004 0.928 0.024 0.040 0.004
#> SRR1087487 3 0.0436 0.8604 0 0.000 0.988 0.004 0.004 0.004
#> SRR1329485 3 0.0146 0.8618 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR816920 4 0.3354 0.7266 0 0.000 0.000 0.812 0.060 0.128
#> SRR1341432 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590 4 0.4254 0.5469 0 0.000 0.000 0.680 0.048 0.272
#> SRR817046 3 0.0146 0.8623 0 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1471331 3 0.0146 0.8616 0 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR660788 4 0.2744 0.7464 0 0.000 0.000 0.864 0.064 0.072
#> SRR819234 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853 2 0.4564 -0.7289 0 0.500 0.008 0.020 0.472 0.000
#> SRR809427 4 0.3940 0.4886 0 0.008 0.000 0.652 0.004 0.336
#> SRR2170217 4 0.4802 -0.0245 0 0.000 0.000 0.496 0.052 0.452
#> SRR1386967 3 0.0146 0.8616 0 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1420344 2 0.5131 0.6222 0 0.648 0.000 0.204 0.140 0.008
#> SRR1334535 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503 6 0.2730 0.8147 0 0.000 0.000 0.192 0.000 0.808
#> SRR602564 4 0.4064 0.4004 0 0.000 0.000 0.644 0.020 0.336
#> SRR1420669 4 0.3123 0.7293 0 0.000 0.000 0.836 0.076 0.088
#> SRR819024 3 0.0146 0.8613 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR656223 3 0.1708 0.8498 0 0.000 0.932 0.024 0.040 0.004
#> SRR608428 2 0.0937 0.6447 0 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1345647 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324 2 0.1152 0.6421 0 0.952 0.000 0.044 0.004 0.000
#> SRR1361368 4 0.5701 0.1470 0 0.324 0.000 0.524 0.144 0.008
#> SRR1322619 2 0.4281 0.6627 0 0.732 0.000 0.136 0.132 0.000
#> SRR1349276 4 0.2645 0.7489 0 0.008 0.000 0.880 0.056 0.056
#> SRR1404024 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637 2 0.4952 0.6301 0 0.664 0.000 0.188 0.144 0.004
#> SRR1452631 4 0.3776 0.6636 0 0.000 0.000 0.756 0.048 0.196
#> SRR608392 3 0.5084 0.6918 0 0.008 0.644 0.092 0.252 0.004
#> SRR1357757 6 0.2692 0.8677 0 0.000 0.000 0.148 0.012 0.840
#> SRR1074646 4 0.2790 0.7520 0 0.028 0.000 0.872 0.080 0.020
#> SRR1367499 3 0.1700 0.8475 0 0.000 0.928 0.024 0.048 0.000
#> SRR1343501 3 0.5733 0.6538 0 0.056 0.612 0.076 0.252 0.004
#> SRR1394406 6 0.4322 0.2852 0 0.000 0.000 0.452 0.020 0.528
#> SRR1381435 3 0.3032 0.8104 0 0.004 0.840 0.024 0.128 0.004
#> SRR1467407 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422 2 0.4648 -0.0821 0 0.700 0.048 0.020 0.228 0.004
#> SRR1380270 5 0.3915 0.8050 0 0.412 0.000 0.000 0.584 0.004
#> SRR1091817 2 0.0777 0.6422 0 0.972 0.000 0.024 0.004 0.000
#> SRR1440137 2 0.2563 0.6692 0 0.876 0.000 0.072 0.052 0.000
#> SRR614311 4 0.3297 0.7303 0 0.060 0.000 0.832 0.100 0.008
#> SRR1407516 4 0.3628 0.5787 0 0.004 0.000 0.720 0.008 0.268
#> SRR815494 3 0.0146 0.8619 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1333209 4 0.2951 0.7389 0 0.044 0.000 0.856 0.092 0.008
#> SRR615177 6 0.2263 0.8759 0 0.000 0.000 0.100 0.016 0.884
#> SRR1099648 3 0.5731 0.6324 0 0.068 0.600 0.056 0.272 0.004
#> SRR659720 4 0.4453 0.6758 0 0.012 0.032 0.768 0.060 0.128
#> SRR2185057 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468 6 0.2815 0.8726 0 0.000 0.000 0.120 0.032 0.848
#> SRR660042 6 0.2783 0.8656 0 0.000 0.000 0.148 0.016 0.836
#> SRR2170864 2 0.4203 0.4957 0 0.652 0.000 0.316 0.032 0.000
#> SRR1440491 4 0.2519 0.7309 0 0.004 0.000 0.884 0.068 0.044
#> SRR1440852 3 0.0000 0.8617 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811169 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311 4 0.2322 0.7530 0 0.036 0.000 0.896 0.064 0.004
#> SRR818009 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836 2 0.4165 0.6656 0 0.744 0.000 0.128 0.128 0.000
#> SRR1498313 2 0.1010 0.6004 0 0.960 0.000 0.004 0.036 0.000
#> SRR1441975 2 0.1320 0.6165 0 0.948 0.000 0.036 0.016 0.000
#> SRR819096 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679 4 0.4471 0.6723 0 0.004 0.072 0.772 0.064 0.088
#> SRR1489116 3 0.5377 0.6647 0 0.032 0.624 0.068 0.272 0.004
#> SRR1354138 3 0.0000 0.8617 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490589 3 0.4347 0.4935 0 0.000 0.672 0.028 0.012 0.288
#> SRR1412987 6 0.4807 0.1166 0 0.000 0.000 0.464 0.052 0.484
#> SRR602034 3 0.0000 0.8617 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353437 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871 4 0.4281 0.6137 0 0.004 0.008 0.732 0.052 0.204
#> SRR661577 6 0.2260 0.8671 0 0.000 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR612190 4 0.4219 0.2405 0 0.000 0.000 0.592 0.020 0.388
#> SRR1399880 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787 4 0.3194 0.7376 0 0.044 0.000 0.840 0.104 0.012
#> SRR657869 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141 3 0.0000 0.8617 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476697 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538 4 0.3243 0.7479 0 0.020 0.000 0.844 0.088 0.048
#> SRR1331422 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859 6 0.3898 0.6935 0 0.000 0.000 0.296 0.020 0.684
#> SRR1097594 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419 3 0.0146 0.8616 0 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1336706 3 0.5787 0.5997 0 0.040 0.568 0.080 0.308 0.004
#> SRR1472976 4 0.3395 0.7278 0 0.004 0.000 0.816 0.056 0.124
#> SRR1321307 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461 3 0.0260 0.8617 0 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1477149 2 0.1168 0.6331 0 0.956 0.000 0.028 0.016 0.000
#> SRR1457397 5 0.4882 0.8161 0 0.428 0.000 0.000 0.512 0.060
#> SRR661913 3 0.4093 0.2676 0 0.000 0.552 0.004 0.004 0.440
#> SRR1069024 5 0.4199 0.7833 0 0.444 0.000 0.008 0.544 0.004
#> SRR2165634 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722 3 0.0146 0.8613 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1328642 2 0.3993 -0.5510 0 0.592 0.000 0.000 0.400 0.008
#> SRR1488261 6 0.3341 0.8254 0 0.000 0.060 0.088 0.016 0.836
#> SRR1318815 6 0.2398 0.8752 0 0.000 0.000 0.104 0.020 0.876
#> SRR816945 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432 6 0.2263 0.8759 0 0.000 0.000 0.100 0.016 0.884
#> SRR1359280 2 0.1843 0.5361 0 0.912 0.000 0.004 0.080 0.004
#> SRR1313910 2 0.5470 0.5641 0 0.588 0.000 0.260 0.144 0.008
#> SRR1457315 4 0.3493 0.6857 0 0.000 0.004 0.812 0.072 0.112
#> SRR815398 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958 3 0.0603 0.8617 0 0.000 0.980 0.004 0.016 0.000
#> SRR600688 4 0.3789 0.6338 0 0.004 0.000 0.760 0.040 0.196
#> SRR1098952 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916 3 0.0000 0.8617 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614167 3 0.0291 0.8606 0 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1348114 4 0.3039 0.7218 0 0.056 0.000 0.852 0.084 0.008
#> SRR658033 4 0.3837 0.7259 0 0.024 0.020 0.820 0.044 0.092
#> SRR1077503 3 0.5340 0.3875 0 0.000 0.552 0.360 0.068 0.020
#> SRR661854 6 0.2814 0.8612 0 0.000 0.000 0.172 0.008 0.820
#> SRR811379 4 0.2639 0.7560 0 0.032 0.000 0.876 0.084 0.008
#> SRR1318857 2 0.5112 0.6235 0 0.652 0.000 0.196 0.144 0.008
#> SRR656445 3 0.5463 0.6522 0 0.060 0.620 0.044 0.272 0.004
#> SRR1433044 5 0.5218 0.8313 0 0.384 0.000 0.004 0.528 0.084
#> SRR1486391 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071 6 0.3991 0.7050 0 0.000 0.176 0.044 0.016 0.764
#> SRR1364824 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745 2 0.5962 -0.2829 0 0.616 0.116 0.064 0.200 0.004
#> SRR601038 5 0.4706 0.7609 0 0.468 0.012 0.016 0.500 0.004
#> SRR1360080 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868 6 0.4555 0.7698 0 0.000 0.080 0.184 0.016 0.720
#> SRR1485997 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560 4 0.2475 0.7543 0 0.012 0.000 0.892 0.060 0.036
#> SRR1333330 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513 6 0.2915 0.8474 0 0.000 0.000 0.184 0.008 0.808
#> SRR1328407 2 0.6422 0.5255 0 0.588 0.084 0.188 0.128 0.012
#> SRR602784 3 0.5766 0.6329 0 0.068 0.600 0.060 0.268 0.004
#> SRR1348468 4 0.2407 0.7506 0 0.004 0.000 0.892 0.056 0.048
#> SRR663717 4 0.3194 0.7376 0 0.044 0.000 0.840 0.104 0.012
#> SRR602217 2 0.3139 0.4878 0 0.848 0.012 0.084 0.056 0.000
#> SRR603140 4 0.4288 0.5902 0 0.000 0.004 0.716 0.064 0.216
#> SRR1340804 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574 3 0.0260 0.8619 0 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1333462 5 0.5218 0.8313 0 0.384 0.000 0.004 0.528 0.084
#> SRR1094601 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610 4 0.3048 0.7485 0 0.008 0.000 0.848 0.100 0.044
#> SRR1435833 4 0.3025 0.7499 0 0.028 0.000 0.860 0.080 0.032
#> SRR1398728 2 0.5190 0.6139 0 0.640 0.000 0.208 0.144 0.008
#> SRR1358343 6 0.2263 0.8759 0 0.000 0.000 0.100 0.016 0.884
#> SRR1410890 2 0.5290 0.6179 0 0.640 0.000 0.212 0.132 0.016
#> SRR1350371 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478 2 0.5085 0.6260 0 0.656 0.000 0.192 0.144 0.008
#> SRR1099260 3 0.4868 0.7032 0 0.004 0.664 0.112 0.220 0.000
#> SRR1433576 4 0.4620 0.6412 0 0.004 0.096 0.760 0.072 0.068
#> SRR1345541 6 0.2783 0.8661 0 0.000 0.000 0.148 0.016 0.836
#> SRR1086328 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391 3 0.0436 0.8595 0 0.000 0.988 0.004 0.004 0.004
#> SRR1476207 4 0.4756 0.5761 0 0.000 0.028 0.696 0.060 0.216
#> SRR627435 6 0.2951 0.8634 0 0.004 0.004 0.168 0.004 0.820
#> SRR1489862 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191 3 0.0146 0.8613 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1490115 3 0.3636 0.7713 0 0.000 0.812 0.064 0.016 0.108
#> SRR1377714 6 0.3690 0.6838 0 0.000 0.000 0.308 0.008 0.684
#> SRR819394 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161 6 0.2263 0.8759 0 0.000 0.000 0.100 0.016 0.884
#> SRR607042 5 0.3954 0.7657 0 0.372 0.004 0.004 0.620 0.000
#> SRR656203 4 0.1851 0.7568 0 0.024 0.000 0.928 0.036 0.012
#> SRR660602 3 0.5096 0.7205 0 0.028 0.692 0.100 0.176 0.004
#> SRR1440397 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249 2 0.5112 0.6235 0 0.652 0.000 0.196 0.144 0.008
#> SRR661242 4 0.3324 0.7092 0 0.004 0.024 0.848 0.068 0.056
#> SRR1332007 3 0.6290 0.3339 0 0.076 0.444 0.068 0.408 0.004
#> SRR809619 4 0.5523 0.2775 0 0.272 0.000 0.576 0.144 0.008
#> SRR819975 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281 2 0.1152 0.5894 0 0.952 0.000 0.004 0.044 0.000
#> SRR662366 3 0.0146 0.8613 0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1317898 3 0.0748 0.8542 0 0.000 0.976 0.004 0.004 0.016
#> SRR1382485 4 0.3513 0.6853 0 0.000 0.008 0.816 0.072 0.104
#> SRR2166420 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541 3 0.0000 0.8617 0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817444 3 0.6448 0.5189 0 0.076 0.540 0.260 0.120 0.004
#> SRR1320403 2 0.2772 0.2937 0 0.816 0.000 0.000 0.180 0.004
#> SRR1101483 4 0.5586 0.2211 0 0.288 0.000 0.560 0.144 0.008
#> SRR1331684 3 0.4540 0.7325 0 0.000 0.744 0.152 0.056 0.048
#> SRR1400054 6 0.2003 0.8771 0 0.000 0.000 0.116 0.000 0.884
#> SRR1406088 2 0.5601 0.5343 0 0.556 0.000 0.292 0.144 0.008
#> SRR820733 4 0.3570 0.6873 0 0.000 0.000 0.792 0.064 0.144
#> SRR1314113 6 0.2404 0.8772 0 0.000 0.000 0.112 0.016 0.872
#> SRR1382615 3 0.5154 0.6768 0 0.024 0.636 0.060 0.276 0.004
#> SRR1480745 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850 2 0.1934 0.6595 0 0.916 0.000 0.044 0.040 0.000
#> SRR656782 3 0.4962 0.5353 0 0.000 0.640 0.284 0.048 0.028
#> SRR821364 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295 5 0.5218 0.8313 0 0.384 0.000 0.004 0.528 0.084
#> SRR1357103 5 0.5847 0.6402 0 0.436 0.096 0.020 0.444 0.004
#> SRR809185 4 0.2479 0.7478 0 0.028 0.000 0.892 0.064 0.016
#> SRR811583 6 0.1863 0.8777 0 0.000 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR1468050 1 0.0000 1.0000 1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224 2 0.1007 0.6508 0 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17314 rows and 500 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.983 0.966 0.986 0.3797 0.626 0.626
#> 3 3 0.693 0.746 0.892 0.6641 0.713 0.544
#> 4 4 0.649 0.657 0.799 0.1463 0.828 0.558
#> 5 5 0.691 0.619 0.747 0.0598 0.919 0.712
#> 6 6 0.711 0.552 0.726 0.0410 0.932 0.724
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1500170 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1402368 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR607743 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1457375 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1470923 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR817954 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR809259 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR1439785 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR814768 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR1102031 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1363611 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1468447 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1071931 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR810981 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR615299 2 0.0672 0.9792 0.008 0.992
#> SRR663585 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1326773 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1351166 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1477452 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR1084720 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1420320 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1081712 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1318241 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1333718 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1313514 2 0.7299 0.7488 0.204 0.796
#> SRR1477861 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1318005 2 0.5946 0.8311 0.144 0.856
#> SRR1354665 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR657707 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1370742 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1412947 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR661553 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1328869 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR662211 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1348181 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1416560 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1319772 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1091452 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1338812 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR1392072 2 0.7139 0.7605 0.196 0.804
#> SRR814844 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1376619 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR603690 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR2184980 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR613963 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1323422 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR1397673 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1434650 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR659875 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1465734 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1076847 2 0.7453 0.7367 0.212 0.788
#> SRR1415072 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR659319 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR663088 2 0.4690 0.8831 0.100 0.900
#> SRR1352021 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR659935 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1352530 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR662594 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1095309 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR615647 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR813019 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1374647 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR603472 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR661529 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR607018 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR627423 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR654921 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1418968 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR660871 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1330522 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1499958 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR614059 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1071403 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR1486719 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1440421 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1310412 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR614767 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR820709 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR658093 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1088168 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1418707 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1354291 2 0.7376 0.7428 0.208 0.792
#> SRR2165806 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR1415684 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1433860 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1311062 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1360359 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR661385 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR615407 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1413892 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1443459 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1338942 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR657480 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1399433 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR818537 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1101324 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR807637 1 0.9248 0.4995 0.660 0.340
#> SRR1091918 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR598300 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1085426 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR813891 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR1467431 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR658742 1 0.7883 0.6946 0.764 0.236
#> SRR1419234 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR1404813 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR603496 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1407758 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR810945 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR817234 2 0.9552 0.4096 0.376 0.624
#> SRR1444852 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR660378 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1467835 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1338964 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1079259 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1072345 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR598725 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1447938 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR1360460 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1429468 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1446850 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1320363 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1413810 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR598831 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1381865 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR660957 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1491332 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1099744 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1464618 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1414559 2 0.1633 0.9641 0.024 0.976
#> SRR1337540 2 0.0938 0.9755 0.012 0.988
#> SRR1444283 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR2184942 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR660295 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR601335 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1363742 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1345847 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR614960 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR819919 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR603330 2 0.7815 0.7051 0.232 0.768
#> SRR1327951 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR1345266 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1338055 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1430157 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1320137 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1093483 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR1459913 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR2170490 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR1479845 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1436420 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR1481060 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR662282 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1487089 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1075683 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR1338536 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR1338880 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1453456 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1457895 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR1440603 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR658633 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1388081 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR813339 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR809725 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR627441 1 0.6438 0.7957 0.836 0.164
#> SRR613603 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1096571 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1392701 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR1344326 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR1367693 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR660697 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1489926 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR811491 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1311644 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1451740 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR615117 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1391748 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1466556 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR614972 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1406200 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR819210 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR662174 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR811988 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR663236 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1312598 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1330129 2 0.7299 0.7488 0.204 0.796
#> SRR1357781 2 0.7299 0.7488 0.204 0.796
#> SRR1315517 2 0.7299 0.7488 0.204 0.796
#> SRR1400032 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1413722 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR612827 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR814794 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR819430 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR1395509 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR808728 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1070813 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1389133 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR601263 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR604718 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1481351 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1334608 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR658681 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR809283 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1459300 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR1392547 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR811049 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1464835 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1339619 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR658501 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1447523 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1415048 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR1444348 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR603890 2 0.7376 0.7428 0.208 0.792
#> SRR810595 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1446244 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR817373 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1457291 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR598220 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1477991 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR598172 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1349032 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR604002 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1378026 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1404401 2 0.7376 0.7428 0.208 0.792
#> SRR1333240 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1089399 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR603421 2 0.0672 0.9791 0.008 0.992
#> SRR812562 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR808520 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR811839 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR814317 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1436763 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1486021 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1465018 2 0.4815 0.8811 0.104 0.896
#> SRR1080998 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1083432 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1082833 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR1326536 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR614011 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1365873 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1498789 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR601581 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR603566 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1373981 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR821410 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1076511 1 0.9998 0.0525 0.508 0.492
#> SRR614143 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1333570 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1366813 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1388746 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR1420558 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1409510 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR816250 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR614131 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1331130 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR1316015 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1470798 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR614179 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1474863 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR813560 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1312187 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1420960 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1355102 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1084577 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR659971 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1350855 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR820779 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1476300 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1090907 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR662294 2 0.9954 0.1603 0.460 0.540
#> SRR1480789 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1336263 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR660776 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR1090508 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR615563 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1101175 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR2164650 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1431205 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1339856 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1352147 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR808968 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR627419 2 0.9963 0.1469 0.464 0.536
#> SRR1402391 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR663609 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR2167857 2 0.7219 0.7547 0.200 0.800
#> SRR1398752 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR1405437 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1416955 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR1317064 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR659001 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR2170696 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR816589 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1087487 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1329485 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR816920 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1341432 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR1361590 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR817046 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1471331 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR660788 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR819234 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR810853 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR809427 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR2170217 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1386967 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1420344 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1334535 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR614503 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR602564 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1420669 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR819024 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR656223 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR608428 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1345647 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR1389324 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1361368 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1322619 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1349276 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1404024 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR1370637 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1452631 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR608392 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1357757 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1074646 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1367499 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1343501 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1394406 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1381435 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1467407 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR1092422 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1380270 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1091817 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1440137 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR614311 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1407516 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR815494 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1333209 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR615177 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1099648 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR659720 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR2185057 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR1467125 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR657468 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR660042 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR2170864 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1440491 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1440852 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR811169 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR1331311 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR818009 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR1351836 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1498313 1 0.9522 0.4006 0.628 0.372
#> SRR1441975 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR819096 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR1073679 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1489116 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1354138 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1490589 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1412987 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR602034 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1353437 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR1072871 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR661577 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR612190 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1399880 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR1101787 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR657869 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR1446332 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR816039 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR1485141 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1476697 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR1379538 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1331422 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR660859 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1097594 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR1311419 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1336706 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1472976 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1321307 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR807493 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR812461 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1477149 2 0.2236 0.9527 0.036 0.964
#> SRR1457397 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR661913 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1069024 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR2165634 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR1478722 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1328642 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1488261 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1318815 2 0.0376 0.9828 0.004 0.996
#> SRR816945 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR1367432 2 0.5178 0.8642 0.116 0.884
#> SRR1359280 2 0.2423 0.9487 0.040 0.960
#> SRR1313910 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1457315 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR815398 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR656958 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR600688 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1098952 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR1314916 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR614167 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1348114 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR658033 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1077503 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR661854 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR811379 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1318857 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR656445 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1433044 2 0.7299 0.7488 0.204 0.796
#> SRR1486391 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR656071 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1364824 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR816745 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR601038 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1360080 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR814868 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1485997 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR1435560 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1333330 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR663513 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1328407 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR602784 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1348468 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR663717 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR602217 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR603140 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1340804 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR1457574 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1333462 2 0.7299 0.7488 0.204 0.796
#> SRR1094601 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR1434610 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1435833 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1398728 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1358343 1 0.9393 0.4601 0.644 0.356
#> SRR1410890 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1350371 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR1392478 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1099260 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1433576 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1345541 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1086328 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR810391 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1476207 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR627435 2 0.6247 0.8179 0.156 0.844
#> SRR1489862 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR1419086 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR1396191 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1490115 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1377714 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR819394 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR663161 1 0.7056 0.7596 0.808 0.192
#> SRR607042 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR656203 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR660602 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1440397 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR1369264 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR809233 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR663249 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR661242 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1332007 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR809619 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR819975 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR599281 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR662366 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1317898 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1382485 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR2166420 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR1419429 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR1092541 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR817444 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1320403 2 0.2236 0.9527 0.036 0.964
#> SRR1101483 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1331684 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1400054 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1406088 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR820733 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1314113 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1382615 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR1480745 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR1468850 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR656782 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR821364 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR659295 2 0.7299 0.7488 0.204 0.796
#> SRR1357103 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR809185 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
#> SRR811583 2 0.0376 0.9828 0.004 0.996
#> SRR1468050 1 0.0000 0.9822 1.000 0.000
#> SRR1440224 2 0.0000 0.9864 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1500170 2 0.0000 0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402368 3 0.0592 0.83395 0.000 0.012 0.988
#> SRR607743 3 0.5650 0.53222 0.000 0.312 0.688
#> SRR1457375 2 0.2959 0.76151 0.000 0.900 0.100
#> SRR1470923 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR817954 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR809259 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439785 3 0.5254 0.60347 0.000 0.264 0.736
#> SRR814768 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102031 2 0.0000 0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363611 2 0.0000 0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468447 2 0.0000 0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071931 3 0.5882 0.46067 0.000 0.348 0.652
#> SRR810981 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR615299 2 0.3816 0.73047 0.000 0.852 0.148
#> SRR663585 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1326773 2 0.6299 0.17019 0.000 0.524 0.476
#> SRR1351166 2 0.0000 0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477452 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084720 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420320 2 0.5058 0.64646 0.000 0.756 0.244
#> SRR1081712 2 0.0000 0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318241 3 0.5785 0.49343 0.000 0.332 0.668
#> SRR1333718 3 0.2261 0.79995 0.000 0.068 0.932
#> SRR1313514 2 0.9369 0.12774 0.168 0.424 0.408
#> SRR1477861 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318005 2 0.6140 0.39329 0.000 0.596 0.404
#> SRR1354665 2 0.0000 0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR657707 3 0.5706 0.51744 0.000 0.320 0.680
#> SRR1370742 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1412947 2 0.6140 0.39329 0.000 0.596 0.404
#> SRR661553 3 0.6295 0.04740 0.000 0.472 0.528
#> SRR1328869 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR662211 2 0.0000 0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348181 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416560 3 0.1163 0.82579 0.000 0.028 0.972
#> SRR1319772 3 0.5560 0.55220 0.000 0.300 0.700
#> SRR1091452 2 0.6299 0.16912 0.000 0.524 0.476
#> SRR1338812 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392072 2 0.0000 0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR814844 2 0.5016 0.65134 0.000 0.760 0.240
#> SRR1376619 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR603690 3 0.6295 0.04612 0.000 0.472 0.528
#> SRR2184980 2 0.0000 0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR613963 3 0.0592 0.83143 0.000 0.012 0.988
#> SRR1323422 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397673 3 0.2878 0.77863 0.000 0.096 0.904
#> SRR1434650 2 0.0000 0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR659875 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1465734 3 0.2537 0.79049 0.000 0.080 0.920
#> SRR1076847 3 0.9672 -0.07234 0.212 0.384 0.404
#> SRR1415072 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR659319 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR663088 3 0.8844 0.06312 0.120 0.392 0.488
#> SRR1352021 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR659935 2 0.6154 0.38394 0.000 0.592 0.408
#> SRR1352530 3 0.0424 0.83557 0.000 0.008 0.992
#> SRR662594 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095309 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR615647 3 0.0592 0.83384 0.000 0.012 0.988
#> SRR813019 2 0.6299 0.17032 0.000 0.524 0.476
#> SRR1374647 3 0.6111 0.32984 0.000 0.396 0.604
#> SRR603472 3 0.5882 0.45491 0.000 0.348 0.652
#> SRR661529 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR607018 3 0.0424 0.83563 0.000 0.008 0.992
#> SRR627423 1 0.3340 0.86863 0.880 0.000 0.120
#> SRR654921 2 0.2448 0.77341 0.000 0.924 0.076
#> SRR1418968 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR660871 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330522 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499958 2 0.0000 0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR614059 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1071403 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486719 2 0.0000 0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440421 2 0.0000 0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310412 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR614767 2 0.5058 0.64633 0.000 0.756 0.244
#> SRR820709 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR658093 3 0.5882 0.45845 0.000 0.348 0.652
#> SRR1088168 3 0.5905 0.44897 0.000 0.352 0.648
#> SRR1418707 2 0.0000 0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354291 2 0.7163 0.64883 0.144 0.720 0.136
#> SRR2165806 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415684 2 0.6154 0.38359 0.000 0.592 0.408
#> SRR1433860 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1311062 2 0.6126 0.40247 0.000 0.600 0.400
#> SRR1360359 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR661385 3 0.0237 0.83702 0.000 0.004 0.996
#> SRR615407 2 0.2711 0.76799 0.000 0.912 0.088
#> SRR1413892 3 0.0237 0.83702 0.000 0.004 0.996
#> SRR1443459 2 0.0000 0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338942 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR657480 3 0.6026 0.38793 0.000 0.376 0.624
#> SRR1399433 2 0.3038 0.75952 0.000 0.896 0.104
#> SRR818537 3 0.5650 0.53221 0.000 0.312 0.688
#> SRR1101324 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR807637 2 0.3482 0.68687 0.128 0.872 0.000
#> SRR1091918 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR598300 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1085426 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376294 2 0.0237 0.79817 0.000 0.996 0.004
#> SRR813891 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467431 2 0.4750 0.67468 0.000 0.784 0.216
#> SRR658742 1 0.6421 0.36347 0.572 0.004 0.424
#> SRR1419234 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404813 2 0.0000 0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR603496 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407758 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR810945 3 0.6180 0.26446 0.000 0.416 0.584
#> SRR817234 2 0.5115 0.64467 0.188 0.796 0.016
#> SRR1444852 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR660378 3 0.1163 0.82571 0.000 0.028 0.972
#> SRR1467835 2 0.1031 0.79496 0.000 0.976 0.024
#> SRR1338964 3 0.6079 0.35419 0.000 0.388 0.612
#> SRR1079259 2 0.5968 0.47504 0.000 0.636 0.364
#> SRR1072345 3 0.5591 0.54573 0.000 0.304 0.696
#> SRR598725 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447938 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360460 2 0.5465 0.59311 0.000 0.712 0.288
#> SRR1429468 2 0.0000 0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446850 2 0.6192 0.35255 0.000 0.580 0.420
#> SRR1320363 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413810 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR598831 2 0.0000 0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381865 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR660957 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1491332 3 0.1031 0.82802 0.000 0.024 0.976
#> SRR1099744 2 0.2066 0.78145 0.000 0.940 0.060
#> SRR1464618 2 0.0424 0.79792 0.000 0.992 0.008
#> SRR1414559 3 0.0424 0.83322 0.008 0.000 0.992
#> SRR1337540 2 0.0000 0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444283 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR2184942 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR660295 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR601335 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1363742 3 0.0237 0.83702 0.000 0.004 0.996
#> SRR1345847 2 0.4504 0.69355 0.000 0.804 0.196
#> SRR614960 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR819919 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR603330 3 0.9962 -0.07675 0.292 0.344 0.364
#> SRR1327951 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345266 2 0.0000 0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338055 3 0.5678 0.52378 0.000 0.316 0.684
#> SRR1430157 2 0.0000 0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320137 2 0.0000 0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093483 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459913 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170490 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479845 3 0.1289 0.82378 0.000 0.032 0.968
#> SRR1436420 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481060 3 0.5560 0.55229 0.000 0.300 0.700
#> SRR662282 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487089 2 0.6302 0.15424 0.000 0.520 0.480
#> SRR1075683 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338536 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338880 2 0.1031 0.79503 0.000 0.976 0.024
#> SRR1453456 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457895 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440603 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR658633 2 0.0000 0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388081 2 0.6168 0.37373 0.000 0.588 0.412
#> SRR813339 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR809725 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR627441 1 0.1620 0.95478 0.964 0.012 0.024
#> SRR613603 3 0.5560 0.55220 0.000 0.300 0.700
#> SRR1096571 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1392701 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1344326 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367693 2 0.0000 0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR660697 2 0.6008 0.45975 0.000 0.628 0.372
#> SRR1489926 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR811491 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1311644 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1451740 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR615117 3 0.5621 0.53917 0.000 0.308 0.692
#> SRR1391748 2 0.0000 0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466556 3 0.1753 0.81363 0.000 0.048 0.952
#> SRR614972 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406200 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR819210 2 0.5835 0.51617 0.000 0.660 0.340
#> SRR662174 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR811988 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR663236 3 0.5859 0.46742 0.000 0.344 0.656
#> SRR1312598 2 0.0000 0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330129 2 0.0592 0.79134 0.012 0.988 0.000
#> SRR1357781 3 0.9623 -0.05866 0.204 0.384 0.412
#> SRR1315517 2 0.8175 0.55984 0.132 0.632 0.236
#> SRR1400032 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413722 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR612827 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR814794 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR819430 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1395509 2 0.0000 0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR808728 3 0.5733 0.50966 0.000 0.324 0.676
#> SRR1070813 2 0.0000 0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389133 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR601263 3 0.4796 0.65818 0.000 0.220 0.780
#> SRR604718 2 0.0592 0.79738 0.000 0.988 0.012
#> SRR1481351 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1334608 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR658681 3 0.3038 0.77214 0.000 0.104 0.896
#> SRR809283 2 0.2878 0.76429 0.000 0.904 0.096
#> SRR1459300 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392547 3 0.5591 0.54573 0.000 0.304 0.696
#> SRR811049 3 0.5706 0.51742 0.000 0.320 0.680
#> SRR1464835 2 0.6154 0.38456 0.000 0.592 0.408
#> SRR1339619 2 0.0000 0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR658501 3 0.0237 0.83702 0.000 0.004 0.996
#> SRR1447523 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415048 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444348 2 0.1289 0.79252 0.000 0.968 0.032
#> SRR603890 2 0.6372 0.67110 0.152 0.764 0.084
#> SRR810595 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1446244 2 0.0000 0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR817373 2 0.6126 0.40250 0.000 0.600 0.400
#> SRR1457291 2 0.6079 0.42817 0.000 0.612 0.388
#> SRR598220 2 0.6192 0.35307 0.000 0.580 0.420
#> SRR1477991 2 0.1163 0.79380 0.000 0.972 0.028
#> SRR598172 2 0.6192 0.35315 0.000 0.580 0.420
#> SRR1349032 2 0.0000 0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR604002 2 0.4399 0.70021 0.000 0.812 0.188
#> SRR1378026 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404401 3 0.9673 -0.08660 0.212 0.388 0.400
#> SRR1333240 3 0.6215 0.22280 0.000 0.428 0.572
#> SRR1089399 2 0.0000 0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR603421 2 0.0000 0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR812562 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR808520 3 0.5529 0.55839 0.000 0.296 0.704
#> SRR811839 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR814317 2 0.0000 0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436763 2 0.0000 0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486021 2 0.6180 0.36345 0.000 0.584 0.416
#> SRR1465018 2 0.0000 0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080998 3 0.6180 0.26642 0.000 0.416 0.584
#> SRR1083432 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1082833 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326536 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR614011 2 0.0000 0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1365873 2 0.6225 0.31878 0.000 0.568 0.432
#> SRR1498789 2 0.6126 0.40242 0.000 0.600 0.400
#> SRR601581 2 0.5905 0.49556 0.000 0.648 0.352
#> SRR603566 3 0.5678 0.52491 0.000 0.316 0.684
#> SRR1373981 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR821410 2 0.0000 0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076511 2 0.9865 0.00291 0.332 0.404 0.264
#> SRR614143 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333570 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1366813 2 0.0000 0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388746 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420558 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409510 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR816250 2 0.5397 0.60384 0.000 0.720 0.280
#> SRR614131 3 0.0592 0.83143 0.000 0.012 0.988
#> SRR1331130 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316015 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470798 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR614179 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1474863 2 0.0000 0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR813560 2 0.0000 0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312187 2 0.0000 0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420960 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1355102 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1084577 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR659971 2 0.0000 0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350855 2 0.0000 0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR820779 3 0.2165 0.80284 0.000 0.064 0.936
#> SRR1476300 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090907 2 0.0000 0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR662294 2 0.5202 0.59450 0.220 0.772 0.008
#> SRR1480789 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1336263 2 0.0747 0.79677 0.000 0.984 0.016
#> SRR660776 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090508 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR615563 2 0.5591 0.57126 0.000 0.696 0.304
#> SRR1101175 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR2164650 3 0.5529 0.55879 0.000 0.296 0.704
#> SRR1431205 2 0.0424 0.79794 0.000 0.992 0.008
#> SRR1339856 2 0.6026 0.45233 0.000 0.624 0.376
#> SRR1352147 2 0.1031 0.79504 0.000 0.976 0.024
#> SRR808968 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR627419 2 0.1289 0.77887 0.032 0.968 0.000
#> SRR1402391 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR663609 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR2167857 3 0.7124 0.50938 0.048 0.296 0.656
#> SRR1398752 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405437 2 0.0000 0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416955 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317064 2 0.6079 0.42820 0.000 0.612 0.388
#> SRR659001 2 0.0892 0.79587 0.000 0.980 0.020
#> SRR2170696 2 0.6225 0.31820 0.000 0.568 0.432
#> SRR816589 3 0.1031 0.82810 0.000 0.024 0.976
#> SRR1087487 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1329485 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR816920 2 0.6291 0.19991 0.000 0.532 0.468
#> SRR1341432 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361590 2 0.6026 0.45191 0.000 0.624 0.376
#> SRR817046 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1471331 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR660788 2 0.6307 0.12239 0.000 0.512 0.488
#> SRR819234 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR810853 3 0.6286 0.08238 0.000 0.464 0.536
#> SRR809427 2 0.0000 0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170217 2 0.0424 0.79790 0.000 0.992 0.008
#> SRR1386967 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420344 2 0.0000 0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334535 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR614503 2 0.0424 0.79803 0.000 0.992 0.008
#> SRR602564 3 0.4750 0.66177 0.000 0.216 0.784
#> SRR1420669 3 0.6308 -0.04316 0.000 0.492 0.508
#> SRR819024 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR656223 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR608428 2 0.6192 0.35315 0.000 0.580 0.420
#> SRR1345647 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389324 2 0.0892 0.79606 0.000 0.980 0.020
#> SRR1361368 2 0.0000 0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322619 2 0.0000 0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349276 2 0.1289 0.79286 0.000 0.968 0.032
#> SRR1404024 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370637 2 0.0000 0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452631 2 0.4796 0.67088 0.000 0.780 0.220
#> SRR608392 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1357757 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1074646 2 0.3752 0.73365 0.000 0.856 0.144
#> SRR1367499 3 0.5291 0.59817 0.000 0.268 0.732
#> SRR1343501 3 0.5882 0.45828 0.000 0.348 0.652
#> SRR1394406 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381435 3 0.0237 0.83702 0.000 0.004 0.996
#> SRR1467407 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092422 3 0.0237 0.83704 0.000 0.004 0.996
#> SRR1380270 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1091817 2 0.4121 0.71559 0.000 0.832 0.168
#> SRR1440137 2 0.0592 0.79741 0.000 0.988 0.012
#> SRR614311 2 0.0000 0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407516 2 0.6140 0.39329 0.000 0.596 0.404
#> SRR815494 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333209 2 0.4654 0.68259 0.000 0.792 0.208
#> SRR615177 2 0.5465 0.59393 0.000 0.712 0.288
#> SRR1099648 3 0.5650 0.53220 0.000 0.312 0.688
#> SRR659720 3 0.5621 0.53908 0.000 0.308 0.692
#> SRR2185057 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467125 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR657468 3 0.5835 0.47615 0.000 0.340 0.660
#> SRR660042 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170864 2 0.6168 0.37375 0.000 0.588 0.412
#> SRR1440491 2 0.6280 0.22724 0.000 0.540 0.460
#> SRR1440852 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR811169 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331311 2 0.5760 0.53536 0.000 0.672 0.328
#> SRR818009 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351836 2 0.0000 0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498313 1 0.6835 0.56627 0.676 0.040 0.284
#> SRR1441975 2 0.5098 0.64197 0.000 0.752 0.248
#> SRR819096 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073679 3 0.6111 0.32925 0.000 0.396 0.604
#> SRR1489116 3 0.0424 0.83563 0.000 0.008 0.992
#> SRR1354138 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490589 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1412987 2 0.0000 0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR602034 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1353437 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072871 3 0.5591 0.54573 0.000 0.304 0.696
#> SRR661577 2 0.5254 0.62376 0.000 0.736 0.264
#> SRR612190 3 0.0892 0.83004 0.000 0.020 0.980
#> SRR1399880 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101787 2 0.0424 0.79790 0.000 0.992 0.008
#> SRR657869 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446332 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR816039 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485141 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476697 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379538 2 0.0000 0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331422 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR660859 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1097594 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311419 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1336706 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472976 2 0.1031 0.79496 0.000 0.976 0.024
#> SRR1321307 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR807493 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR812461 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1477149 2 0.0000 0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457397 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR661913 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1069024 3 0.0237 0.83704 0.000 0.004 0.996
#> SRR2165634 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478722 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1328642 2 0.1163 0.79391 0.000 0.972 0.028
#> SRR1488261 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318815 3 0.5292 0.62937 0.008 0.228 0.764
#> SRR816945 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367432 2 0.0000 0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359280 3 0.8665 0.04829 0.104 0.412 0.484
#> SRR1313910 2 0.0000 0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457315 3 0.5733 0.50972 0.000 0.324 0.676
#> SRR815398 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR656958 3 0.0237 0.83702 0.000 0.004 0.996
#> SRR600688 3 0.5650 0.53222 0.000 0.312 0.688
#> SRR1098952 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314916 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR614167 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348114 2 0.0000 0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR658033 3 0.6026 0.38572 0.000 0.376 0.624
#> SRR1077503 3 0.4605 0.67609 0.000 0.204 0.796
#> SRR661854 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR811379 2 0.6111 0.41119 0.000 0.604 0.396
#> SRR1318857 2 0.0000 0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR656445 3 0.5785 0.49343 0.000 0.332 0.668
#> SRR1433044 2 0.8447 0.30576 0.092 0.516 0.392
#> SRR1486391 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR656071 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1364824 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR816745 3 0.6062 0.36457 0.000 0.384 0.616
#> SRR601038 3 0.5431 0.57608 0.000 0.284 0.716
#> SRR1360080 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR814868 3 0.0747 0.83192 0.000 0.016 0.984
#> SRR1485997 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435560 2 0.6154 0.38394 0.000 0.592 0.408
#> SRR1333330 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR663513 3 0.1529 0.81866 0.000 0.040 0.960
#> SRR1328407 2 0.3038 0.75983 0.000 0.896 0.104
#> SRR602784 3 0.5560 0.55220 0.000 0.300 0.700
#> SRR1348468 2 0.1529 0.78955 0.000 0.960 0.040
#> SRR663717 2 0.0000 0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR602217 2 0.6192 0.35277 0.000 0.580 0.420
#> SRR603140 3 0.5591 0.54573 0.000 0.304 0.696
#> SRR1340804 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457574 3 0.0237 0.83702 0.000 0.004 0.996
#> SRR1333462 3 0.9625 -0.07300 0.204 0.388 0.408
#> SRR1094601 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434610 2 0.5926 0.48906 0.000 0.644 0.356
#> SRR1435833 2 0.1753 0.78659 0.000 0.952 0.048
#> SRR1398728 2 0.0000 0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358343 2 0.7085 0.22906 0.356 0.612 0.032
#> SRR1410890 2 0.0000 0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350371 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392478 2 0.0000 0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099260 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433576 2 0.6235 0.30633 0.000 0.564 0.436
#> SRR1345541 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1086328 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR810391 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476207 3 0.5621 0.53908 0.000 0.308 0.692
#> SRR627435 3 0.0892 0.82314 0.020 0.000 0.980
#> SRR1489862 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419086 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396191 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490115 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1377714 3 0.5621 0.54023 0.000 0.308 0.692
#> SRR819394 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR663161 1 0.6000 0.73353 0.760 0.040 0.200
#> SRR607042 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR656203 2 0.6140 0.39329 0.000 0.596 0.404
#> SRR660602 3 0.5591 0.54573 0.000 0.304 0.696
#> SRR1440397 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1369264 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR809233 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR663249 2 0.0000 0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR661242 3 0.6168 0.28074 0.000 0.412 0.588
#> SRR1332007 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR809619 2 0.0747 0.79672 0.000 0.984 0.016
#> SRR819975 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR599281 2 0.6299 0.17044 0.000 0.524 0.476
#> SRR662366 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1317898 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1382485 2 0.6307 0.12212 0.000 0.512 0.488
#> SRR2166420 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419429 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092541 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR817444 3 0.6225 0.21006 0.000 0.432 0.568
#> SRR1320403 2 0.6373 0.38192 0.004 0.588 0.408
#> SRR1101483 2 0.0000 0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331684 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1400054 3 0.2165 0.80313 0.000 0.064 0.936
#> SRR1406088 2 0.0000 0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR820733 3 0.5926 0.43924 0.000 0.356 0.644
#> SRR1314113 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1382615 3 0.0000 0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1480745 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468850 2 0.1411 0.79126 0.000 0.964 0.036
#> SRR656782 3 0.5497 0.56441 0.000 0.292 0.708
#> SRR821364 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR659295 3 0.9520 0.11000 0.200 0.340 0.460
#> SRR1357103 3 0.1031 0.82789 0.000 0.024 0.976
#> SRR809185 2 0.6180 0.36345 0.000 0.584 0.416
#> SRR811583 3 0.6775 0.60384 0.096 0.164 0.740
#> SRR1468050 1 0.0000 0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440224 2 0.5785 0.52920 0.000 0.668 0.332
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1500170 2 0.4679 0.39648 0.000 0.648 0.000 0.352
#> SRR1402368 3 0.5149 0.57823 0.000 0.336 0.648 0.016
#> SRR607743 2 0.5493 -0.16360 0.000 0.528 0.456 0.016
#> SRR1457375 2 0.4399 0.58275 0.000 0.768 0.020 0.212
#> SRR1470923 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785 3 0.5279 0.46330 0.000 0.400 0.588 0.012
#> SRR814768 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031 2 0.4977 0.12733 0.000 0.540 0.000 0.460
#> SRR1363611 2 0.3975 0.55924 0.000 0.760 0.000 0.240
#> SRR1468447 4 0.4406 0.57796 0.000 0.300 0.000 0.700
#> SRR1071931 4 0.3494 0.57640 0.000 0.004 0.172 0.824
#> SRR810981 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299 2 0.5229 0.26735 0.000 0.564 0.008 0.428
#> SRR663585 3 0.1833 0.80089 0.000 0.032 0.944 0.024
#> SRR1326773 2 0.5669 0.55232 0.000 0.708 0.200 0.092
#> SRR1351166 2 0.3873 0.56785 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR1477452 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720 3 0.1398 0.82371 0.000 0.040 0.956 0.004
#> SRR1420320 4 0.4188 0.64198 0.000 0.244 0.004 0.752
#> SRR1081712 2 0.4040 0.55379 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1318241 2 0.5138 0.08682 0.000 0.600 0.392 0.008
#> SRR1333718 3 0.5663 0.38910 0.000 0.440 0.536 0.024
#> SRR1313514 2 0.7591 0.46855 0.088 0.572 0.056 0.284
#> SRR1477861 3 0.2450 0.82044 0.000 0.072 0.912 0.016
#> SRR1318005 2 0.5386 0.57496 0.000 0.708 0.056 0.236
#> SRR1354665 4 0.4776 0.43619 0.000 0.376 0.000 0.624
#> SRR657707 3 0.5329 0.38501 0.000 0.420 0.568 0.012
#> SRR1370742 3 0.1792 0.81908 0.000 0.068 0.932 0.000
#> SRR1412947 4 0.4507 0.65824 0.000 0.224 0.020 0.756
#> SRR661553 2 0.6916 0.45978 0.000 0.588 0.176 0.236
#> SRR1328869 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211 2 0.4999 -0.03304 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR1348181 3 0.2124 0.79332 0.000 0.028 0.932 0.040
#> SRR1416560 3 0.3626 0.75651 0.000 0.184 0.812 0.004
#> SRR1319772 3 0.5300 0.44904 0.000 0.408 0.580 0.012
#> SRR1091452 4 0.3523 0.65076 0.000 0.032 0.112 0.856
#> SRR1338812 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072 4 0.4356 0.59244 0.000 0.292 0.000 0.708
#> SRR814844 4 0.2376 0.65480 0.000 0.016 0.068 0.916
#> SRR1376619 3 0.1520 0.80674 0.000 0.020 0.956 0.024
#> SRR603690 2 0.6198 0.54927 0.000 0.660 0.116 0.224
#> SRR2184980 2 0.4994 0.03031 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR613963 4 0.5085 0.47207 0.000 0.032 0.260 0.708
#> SRR1323422 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673 3 0.5167 0.57146 0.000 0.340 0.644 0.016
#> SRR1434650 2 0.2329 0.55625 0.000 0.916 0.072 0.012
#> SRR659875 3 0.5560 0.48025 0.000 0.392 0.584 0.024
#> SRR1465734 3 0.4250 0.66087 0.000 0.276 0.724 0.000
#> SRR1076847 2 0.8396 0.45782 0.212 0.548 0.100 0.140
#> SRR1415072 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319 3 0.0336 0.81953 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR663088 4 0.8135 0.41572 0.152 0.076 0.204 0.568
#> SRR1352021 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935 4 0.4867 0.65508 0.000 0.232 0.032 0.736
#> SRR1352530 3 0.2466 0.81089 0.000 0.096 0.900 0.004
#> SRR662594 3 0.0188 0.82035 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1095309 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647 3 0.1059 0.82344 0.000 0.016 0.972 0.012
#> SRR813019 2 0.3494 0.51253 0.000 0.824 0.172 0.004
#> SRR1374647 4 0.6506 0.55453 0.000 0.132 0.240 0.628
#> SRR603472 2 0.6232 0.36279 0.000 0.596 0.332 0.072
#> SRR661529 3 0.5833 0.19102 0.000 0.032 0.528 0.440
#> SRR607018 3 0.4122 0.70559 0.000 0.236 0.760 0.004
#> SRR627423 4 0.4977 0.53199 0.024 0.032 0.164 0.780
#> SRR654921 4 0.2522 0.69366 0.000 0.076 0.016 0.908
#> SRR1418968 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871 3 0.2053 0.81882 0.000 0.072 0.924 0.004
#> SRR1330522 3 0.1557 0.82161 0.000 0.056 0.944 0.000
#> SRR1499958 4 0.4961 0.25017 0.000 0.448 0.000 0.552
#> SRR614059 3 0.5169 0.53885 0.000 0.032 0.696 0.272
#> SRR1071403 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719 2 0.3528 0.57713 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR1440421 2 0.4697 0.42184 0.000 0.644 0.000 0.356
#> SRR1310412 3 0.3215 0.75776 0.000 0.032 0.876 0.092
#> SRR614767 4 0.3428 0.69805 0.000 0.144 0.012 0.844
#> SRR820709 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093 3 0.5271 0.57373 0.000 0.320 0.656 0.024
#> SRR1088168 2 0.4883 0.28439 0.000 0.696 0.288 0.016
#> SRR1418707 2 0.4730 0.37372 0.000 0.636 0.000 0.364
#> SRR1354291 2 0.7279 0.48334 0.168 0.612 0.024 0.196
#> SRR2165806 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684 4 0.2589 0.68332 0.000 0.044 0.044 0.912
#> SRR1433860 3 0.0657 0.82262 0.000 0.012 0.984 0.004
#> SRR1311062 4 0.3554 0.70068 0.000 0.136 0.020 0.844
#> SRR1360359 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385 3 0.0779 0.82289 0.000 0.016 0.980 0.004
#> SRR615407 4 0.3105 0.69649 0.000 0.140 0.004 0.856
#> SRR1413892 3 0.2593 0.80758 0.000 0.104 0.892 0.004
#> SRR1443459 2 0.4972 0.13225 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR1338942 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480 2 0.5673 0.19882 0.000 0.596 0.372 0.032
#> SRR1399433 2 0.4522 0.47642 0.000 0.680 0.000 0.320
#> SRR818537 2 0.4576 0.40098 0.000 0.748 0.232 0.020
#> SRR1101324 3 0.4244 0.68139 0.000 0.032 0.800 0.168
#> SRR807637 2 0.4422 0.47421 0.116 0.824 0.044 0.016
#> SRR1091918 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300 3 0.3694 0.72851 0.000 0.032 0.844 0.124
#> SRR1085426 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294 4 0.4188 0.64355 0.000 0.244 0.004 0.752
#> SRR813891 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431 2 0.3716 0.56756 0.000 0.852 0.096 0.052
#> SRR658742 4 0.5937 0.24491 0.008 0.032 0.360 0.600
#> SRR1419234 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813 4 0.4776 0.44273 0.000 0.376 0.000 0.624
#> SRR603496 3 0.1807 0.82308 0.000 0.052 0.940 0.008
#> SRR1407758 3 0.0927 0.81493 0.000 0.008 0.976 0.016
#> SRR810945 2 0.6634 0.52028 0.000 0.624 0.212 0.164
#> SRR817234 2 0.7284 0.45480 0.204 0.604 0.020 0.172
#> SRR1444852 3 0.1637 0.82086 0.000 0.060 0.940 0.000
#> SRR660378 3 0.4594 0.65748 0.000 0.280 0.712 0.008
#> SRR1467835 2 0.3837 0.57169 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1338964 2 0.4792 0.30541 0.000 0.680 0.312 0.008
#> SRR1079259 2 0.4153 0.59026 0.000 0.820 0.048 0.132
#> SRR1072345 3 0.5650 0.39731 0.000 0.432 0.544 0.024
#> SRR598725 3 0.0336 0.81949 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1447938 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460 4 0.4053 0.65562 0.000 0.228 0.004 0.768
#> SRR1429468 2 0.3688 0.57208 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1446850 4 0.3367 0.64651 0.000 0.028 0.108 0.864
#> SRR1320363 3 0.1743 0.82199 0.000 0.056 0.940 0.004
#> SRR1413810 3 0.1733 0.80296 0.000 0.024 0.948 0.028
#> SRR598831 2 0.4406 0.49360 0.000 0.700 0.000 0.300
#> SRR1381865 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957 3 0.1743 0.82210 0.000 0.056 0.940 0.004
#> SRR1491332 3 0.5496 0.51573 0.000 0.372 0.604 0.024
#> SRR1099744 2 0.4585 0.46342 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1464618 4 0.4331 0.59841 0.000 0.288 0.000 0.712
#> SRR1414559 3 0.5756 0.39981 0.004 0.032 0.616 0.348
#> SRR1337540 2 0.1970 0.55116 0.000 0.932 0.060 0.008
#> SRR1444283 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942 3 0.0672 0.82144 0.000 0.008 0.984 0.008
#> SRR660295 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335 3 0.1733 0.80296 0.000 0.028 0.948 0.024
#> SRR1363742 3 0.1902 0.82123 0.000 0.064 0.932 0.004
#> SRR1345847 2 0.4948 0.19252 0.000 0.560 0.000 0.440
#> SRR614960 3 0.0921 0.82342 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR819919 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330 2 0.8861 0.36765 0.284 0.468 0.140 0.108
#> SRR1327951 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266 4 0.4040 0.64110 0.000 0.248 0.000 0.752
#> SRR1338055 3 0.6867 0.13624 0.000 0.412 0.484 0.104
#> SRR1430157 2 0.4356 0.50709 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR1320137 4 0.3668 0.68032 0.000 0.188 0.004 0.808
#> SRR1093483 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913 3 0.2483 0.78413 0.000 0.032 0.916 0.052
#> SRR2170490 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845 4 0.5842 0.02968 0.000 0.032 0.448 0.520
#> SRR1436420 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060 2 0.5386 0.12573 0.000 0.632 0.344 0.024
#> SRR662282 3 0.3856 0.71686 0.000 0.032 0.832 0.136
#> SRR1487089 4 0.4428 0.65681 0.000 0.068 0.124 0.808
#> SRR1075683 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880 4 0.2888 0.69823 0.000 0.124 0.004 0.872
#> SRR1453456 3 0.1743 0.82199 0.000 0.056 0.940 0.004
#> SRR1457895 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603 3 0.2918 0.79855 0.000 0.116 0.876 0.008
#> SRR658633 4 0.4907 0.30345 0.000 0.420 0.000 0.580
#> SRR1388081 4 0.2797 0.66959 0.000 0.032 0.068 0.900
#> SRR813339 3 0.0927 0.82003 0.000 0.008 0.976 0.016
#> SRR809725 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441 1 0.4735 0.78012 0.804 0.008 0.108 0.080
#> SRR613603 3 0.5597 0.33551 0.000 0.464 0.516 0.020
#> SRR1096571 3 0.4327 0.72098 0.000 0.216 0.768 0.016
#> SRR1392701 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693 4 0.4331 0.59850 0.000 0.288 0.000 0.712
#> SRR660697 4 0.3672 0.69293 0.000 0.164 0.012 0.824
#> SRR1489926 3 0.1520 0.80674 0.000 0.020 0.956 0.024
#> SRR811491 3 0.3498 0.77062 0.000 0.160 0.832 0.008
#> SRR1311644 3 0.3464 0.74311 0.000 0.032 0.860 0.108
#> SRR1451740 3 0.0779 0.81626 0.000 0.004 0.980 0.016
#> SRR615117 2 0.4820 0.29595 0.000 0.692 0.296 0.012
#> SRR1391748 4 0.3539 0.68609 0.000 0.176 0.004 0.820
#> SRR1466556 3 0.5167 0.56962 0.000 0.340 0.644 0.016
#> SRR614972 3 0.0779 0.82289 0.000 0.016 0.980 0.004
#> SRR1406200 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210 2 0.4483 0.52591 0.000 0.712 0.004 0.284
#> SRR662174 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236 3 0.7264 0.14731 0.000 0.392 0.460 0.148
#> SRR1312598 2 0.4994 0.02999 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1330129 2 0.5281 0.12778 0.008 0.528 0.000 0.464
#> SRR1357781 2 0.8090 0.45895 0.204 0.568 0.068 0.160
#> SRR1315517 2 0.7381 0.48761 0.124 0.596 0.032 0.248
#> SRR1400032 3 0.0779 0.81626 0.000 0.004 0.980 0.016
#> SRR1413722 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827 3 0.1406 0.80846 0.000 0.016 0.960 0.024
#> SRR814794 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509 2 0.4661 0.41131 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR808728 3 0.5548 0.43839 0.000 0.388 0.588 0.024
#> SRR1070813 2 0.3486 0.57558 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR1389133 3 0.3581 0.73737 0.000 0.032 0.852 0.116
#> SRR601263 3 0.4585 0.58413 0.000 0.332 0.668 0.000
#> SRR604718 2 0.4304 0.52161 0.000 0.716 0.000 0.284
#> SRR1481351 3 0.0672 0.82138 0.000 0.008 0.984 0.008
#> SRR1334608 3 0.0469 0.81867 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR658681 3 0.5673 0.36667 0.000 0.448 0.528 0.024
#> SRR809283 4 0.2737 0.69902 0.000 0.104 0.008 0.888
#> SRR1459300 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547 2 0.5420 0.11218 0.000 0.624 0.352 0.024
#> SRR811049 2 0.5310 -0.02689 0.000 0.576 0.412 0.012
#> SRR1464835 4 0.2909 0.65194 0.000 0.020 0.092 0.888
#> SRR1339619 2 0.4522 0.46131 0.000 0.680 0.000 0.320
#> SRR658501 3 0.2831 0.79992 0.000 0.120 0.876 0.004
#> SRR1447523 3 0.1474 0.82265 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR1415048 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348 4 0.3751 0.67610 0.000 0.196 0.004 0.800
#> SRR603890 2 0.6817 0.52782 0.132 0.664 0.028 0.176
#> SRR810595 3 0.3196 0.78683 0.000 0.136 0.856 0.008
#> SRR1446244 4 0.4008 0.64407 0.000 0.244 0.000 0.756
#> SRR817373 2 0.5038 0.46998 0.000 0.652 0.012 0.336
#> SRR1457291 4 0.4605 0.51351 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR598220 2 0.5222 0.58511 0.000 0.756 0.112 0.132
#> SRR1477991 4 0.4543 0.54047 0.000 0.324 0.000 0.676
#> SRR598172 2 0.5705 0.55708 0.000 0.676 0.064 0.260
#> SRR1349032 2 0.4624 0.43083 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR604002 2 0.3144 0.56952 0.000 0.884 0.072 0.044
#> SRR1378026 3 0.1398 0.82418 0.000 0.040 0.956 0.004
#> SRR1404401 2 0.8036 0.45921 0.204 0.568 0.060 0.168
#> SRR1333240 2 0.4079 0.48568 0.000 0.800 0.180 0.020
#> SRR1089399 4 0.4998 0.09449 0.000 0.488 0.000 0.512
#> SRR603421 2 0.3672 0.58752 0.000 0.824 0.012 0.164
#> SRR812562 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520 3 0.5298 0.51378 0.000 0.372 0.612 0.016
#> SRR811839 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317 2 0.4382 0.49693 0.000 0.704 0.000 0.296
#> SRR1436763 4 0.4961 0.27461 0.000 0.448 0.000 0.552
#> SRR1486021 4 0.5090 0.52031 0.000 0.324 0.016 0.660
#> SRR1465018 2 0.4967 0.12358 0.000 0.548 0.000 0.452
#> SRR1080998 2 0.4955 0.40977 0.000 0.708 0.268 0.024
#> SRR1083432 3 0.5152 0.60375 0.000 0.316 0.664 0.020
#> SRR1082833 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536 3 0.1902 0.82056 0.000 0.064 0.932 0.004
#> SRR614011 2 0.4948 0.18833 0.000 0.560 0.000 0.440
#> SRR1365873 4 0.3099 0.64339 0.000 0.020 0.104 0.876
#> SRR1498789 4 0.2965 0.69342 0.000 0.072 0.036 0.892
#> SRR601581 4 0.3032 0.69947 0.000 0.124 0.008 0.868
#> SRR603566 2 0.5152 0.22709 0.000 0.664 0.316 0.020
#> SRR1373981 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410 2 0.3837 0.57087 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1076511 2 0.7595 0.22922 0.288 0.548 0.140 0.024
#> SRR614143 3 0.0804 0.82077 0.000 0.008 0.980 0.012
#> SRR1333570 3 0.0469 0.82271 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1366813 2 0.4925 0.21789 0.000 0.572 0.000 0.428
#> SRR1388746 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558 3 0.2483 0.78319 0.000 0.032 0.916 0.052
#> SRR1409510 3 0.0779 0.81626 0.000 0.004 0.980 0.016
#> SRR816250 4 0.2706 0.69680 0.000 0.080 0.020 0.900
#> SRR614131 4 0.4900 0.49100 0.000 0.032 0.236 0.732
#> SRR1331130 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015 3 0.1520 0.80674 0.000 0.020 0.956 0.024
#> SRR1470798 3 0.1059 0.81339 0.000 0.012 0.972 0.016
#> SRR614179 3 0.3142 0.78924 0.000 0.132 0.860 0.008
#> SRR1474863 2 0.3873 0.56905 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR813560 4 0.4998 0.10542 0.000 0.488 0.000 0.512
#> SRR1312187 2 0.4277 0.51923 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR1420960 3 0.1398 0.82344 0.000 0.040 0.956 0.004
#> SRR1355102 3 0.0779 0.82289 0.000 0.016 0.980 0.004
#> SRR1084577 3 0.0672 0.82138 0.000 0.008 0.984 0.008
#> SRR659971 2 0.4985 0.06641 0.000 0.532 0.000 0.468
#> SRR1350855 4 0.4277 0.60668 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR820779 3 0.2773 0.80384 0.000 0.116 0.880 0.004
#> SRR1476300 3 0.1004 0.82340 0.000 0.024 0.972 0.004
#> SRR1090907 2 0.4134 0.54242 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR662294 2 0.7558 0.11207 0.196 0.444 0.000 0.360
#> SRR1480789 3 0.2593 0.80753 0.000 0.104 0.892 0.004
#> SRR1336263 4 0.3494 0.68761 0.000 0.172 0.004 0.824
#> SRR660776 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508 3 0.2730 0.81606 0.000 0.088 0.896 0.016
#> SRR615563 2 0.4008 0.56021 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1101175 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650 2 0.5643 -0.11322 0.000 0.548 0.428 0.024
#> SRR1431205 2 0.4164 0.54263 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR1339856 4 0.3547 0.69855 0.000 0.144 0.016 0.840
#> SRR1352147 2 0.4999 -0.01541 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR808968 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419 4 0.2999 0.69671 0.004 0.132 0.000 0.864
#> SRR1402391 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609 3 0.0657 0.81775 0.000 0.004 0.984 0.012
#> SRR2167857 3 0.6420 0.58619 0.012 0.284 0.632 0.072
#> SRR1398752 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437 2 0.4877 0.29034 0.000 0.592 0.000 0.408
#> SRR1416955 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064 4 0.4228 0.65372 0.000 0.232 0.008 0.760
#> SRR659001 2 0.4406 0.49699 0.000 0.700 0.000 0.300
#> SRR2170696 2 0.4951 0.58447 0.000 0.744 0.044 0.212
#> SRR816589 3 0.5047 0.60113 0.000 0.316 0.668 0.016
#> SRR1087487 3 0.1256 0.82320 0.000 0.028 0.964 0.008
#> SRR1329485 3 0.0657 0.81753 0.000 0.004 0.984 0.012
#> SRR816920 2 0.4482 0.56992 0.000 0.804 0.128 0.068
#> SRR1341432 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590 4 0.2623 0.66844 0.000 0.028 0.064 0.908
#> SRR817046 3 0.4690 0.67615 0.000 0.260 0.724 0.016
#> SRR1471331 3 0.1724 0.80375 0.000 0.020 0.948 0.032
#> SRR660788 2 0.4057 0.53714 0.000 0.812 0.160 0.028
#> SRR819234 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853 2 0.4121 0.47621 0.000 0.796 0.184 0.020
#> SRR809427 2 0.3071 0.56824 0.000 0.888 0.068 0.044
#> SRR2170217 4 0.4304 0.60358 0.000 0.284 0.000 0.716
#> SRR1386967 3 0.0592 0.81757 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1420344 2 0.4916 0.24561 0.000 0.576 0.000 0.424
#> SRR1334535 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503 2 0.3156 0.57655 0.000 0.884 0.048 0.068
#> SRR602564 3 0.5536 0.31768 0.000 0.024 0.592 0.384
#> SRR1420669 4 0.4735 0.64018 0.000 0.068 0.148 0.784
#> SRR819024 3 0.0895 0.82329 0.000 0.020 0.976 0.004
#> SRR656223 3 0.1629 0.80491 0.000 0.024 0.952 0.024
#> SRR608428 2 0.4798 0.59062 0.000 0.768 0.052 0.180
#> SRR1345647 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324 2 0.3421 0.58242 0.000 0.868 0.044 0.088
#> SRR1361368 2 0.4679 0.41525 0.000 0.648 0.000 0.352
#> SRR1322619 4 0.4431 0.57560 0.000 0.304 0.000 0.696
#> SRR1349276 4 0.2773 0.69834 0.000 0.116 0.004 0.880
#> SRR1404024 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637 2 0.4193 0.53298 0.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR1452631 4 0.2036 0.68041 0.000 0.032 0.032 0.936
#> SRR608392 3 0.1174 0.81157 0.000 0.012 0.968 0.020
#> SRR1357757 3 0.3048 0.80166 0.000 0.108 0.876 0.016
#> SRR1074646 4 0.4933 0.29567 0.000 0.432 0.000 0.568
#> SRR1367499 3 0.5582 0.45457 0.000 0.400 0.576 0.024
#> SRR1343501 2 0.5125 0.06507 0.000 0.604 0.388 0.008
#> SRR1394406 3 0.5411 0.47227 0.000 0.032 0.656 0.312
#> SRR1381435 3 0.5173 0.60002 0.000 0.320 0.660 0.020
#> SRR1467407 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422 3 0.3681 0.75805 0.000 0.176 0.816 0.008
#> SRR1380270 3 0.2402 0.81694 0.000 0.076 0.912 0.012
#> SRR1091817 2 0.4428 0.53911 0.000 0.720 0.004 0.276
#> SRR1440137 4 0.4331 0.59524 0.000 0.288 0.000 0.712
#> SRR614311 2 0.4998 -0.03327 0.000 0.512 0.000 0.488
#> SRR1407516 2 0.5206 0.51308 0.000 0.668 0.024 0.308
#> SRR815494 3 0.1211 0.82332 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR1333209 4 0.4916 0.31092 0.000 0.424 0.000 0.576
#> SRR615177 2 0.3156 0.57813 0.000 0.884 0.048 0.068
#> SRR1099648 2 0.5548 0.02411 0.000 0.588 0.388 0.024
#> SRR659720 2 0.5500 -0.16353 0.000 0.520 0.464 0.016
#> SRR2185057 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468 2 0.5130 0.23429 0.000 0.668 0.312 0.020
#> SRR660042 3 0.2943 0.76690 0.000 0.032 0.892 0.076
#> SRR2170864 2 0.6060 0.24116 0.000 0.516 0.044 0.440
#> SRR1440491 4 0.5383 0.66734 0.000 0.160 0.100 0.740
#> SRR1440852 3 0.1398 0.82344 0.000 0.040 0.956 0.004
#> SRR811169 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311 4 0.4123 0.66238 0.000 0.220 0.008 0.772
#> SRR818009 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836 2 0.2662 0.57728 0.000 0.900 0.016 0.084
#> SRR1498313 1 0.5286 0.29967 0.604 0.008 0.384 0.004
#> SRR1441975 2 0.4501 0.58375 0.000 0.764 0.024 0.212
#> SRR819096 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679 2 0.5970 0.32534 0.000 0.600 0.348 0.052
#> SRR1489116 3 0.4252 0.68983 0.000 0.252 0.744 0.004
#> SRR1354138 3 0.2399 0.78553 0.000 0.032 0.920 0.048
#> SRR1490589 3 0.3088 0.79205 0.000 0.128 0.864 0.008
#> SRR1412987 4 0.2546 0.69723 0.000 0.092 0.008 0.900
#> SRR602034 3 0.0804 0.82219 0.000 0.012 0.980 0.008
#> SRR1353437 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871 2 0.5691 -0.23365 0.000 0.508 0.468 0.024
#> SRR661577 2 0.4319 0.57298 0.000 0.760 0.012 0.228
#> SRR612190 4 0.5432 0.38270 0.000 0.032 0.316 0.652
#> SRR1399880 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787 2 0.3837 0.57064 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR657869 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141 3 0.0657 0.82262 0.000 0.012 0.984 0.004
#> SRR1476697 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538 4 0.2401 0.69551 0.000 0.092 0.004 0.904
#> SRR1331422 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859 3 0.1109 0.82337 0.000 0.028 0.968 0.004
#> SRR1097594 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419 3 0.0927 0.81493 0.000 0.008 0.976 0.016
#> SRR1336706 3 0.3032 0.79356 0.000 0.124 0.868 0.008
#> SRR1472976 4 0.4989 0.16731 0.000 0.472 0.000 0.528
#> SRR1321307 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461 3 0.3893 0.74404 0.000 0.196 0.796 0.008
#> SRR1477149 2 0.4304 0.51891 0.000 0.716 0.000 0.284
#> SRR1457397 3 0.1388 0.81647 0.000 0.012 0.960 0.028
#> SRR661913 3 0.1520 0.80674 0.000 0.020 0.956 0.024
#> SRR1069024 3 0.5213 0.58373 0.000 0.328 0.652 0.020
#> SRR2165634 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722 3 0.1489 0.82317 0.000 0.044 0.952 0.004
#> SRR1328642 4 0.4454 0.56788 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR1488261 3 0.3404 0.74750 0.000 0.032 0.864 0.104
#> SRR1318815 4 0.3088 0.60611 0.000 0.008 0.128 0.864
#> SRR816945 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432 2 0.3444 0.56311 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR1359280 4 0.5032 0.63069 0.000 0.080 0.156 0.764
#> SRR1313910 4 0.4999 0.08518 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR1457315 4 0.5530 0.41228 0.000 0.032 0.336 0.632
#> SRR815398 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958 3 0.2125 0.81760 0.000 0.076 0.920 0.004
#> SRR600688 4 0.5311 0.42349 0.000 0.024 0.328 0.648
#> SRR1098952 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916 3 0.1520 0.80674 0.000 0.020 0.956 0.024
#> SRR614167 3 0.2565 0.78256 0.000 0.032 0.912 0.056
#> SRR1348114 4 0.4925 0.31039 0.000 0.428 0.000 0.572
#> SRR658033 2 0.7176 0.44512 0.000 0.552 0.252 0.196
#> SRR1077503 3 0.5018 0.57690 0.000 0.332 0.656 0.012
#> SRR661854 3 0.1629 0.80491 0.000 0.024 0.952 0.024
#> SRR811379 4 0.3143 0.69952 0.000 0.100 0.024 0.876
#> SRR1318857 2 0.4713 0.38285 0.000 0.640 0.000 0.360
#> SRR656445 2 0.5387 0.00336 0.000 0.584 0.400 0.016
#> SRR1433044 2 0.6713 0.45140 0.032 0.580 0.044 0.344
#> SRR1486391 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071 3 0.0657 0.82262 0.000 0.012 0.984 0.004
#> SRR1364824 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745 2 0.4387 0.44466 0.000 0.776 0.200 0.024
#> SRR601038 2 0.5685 -0.20485 0.000 0.516 0.460 0.024
#> SRR1360080 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868 3 0.5047 0.60702 0.000 0.316 0.668 0.016
#> SRR1485997 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560 2 0.4644 0.57887 0.000 0.748 0.024 0.228
#> SRR1333330 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513 3 0.5130 0.59090 0.000 0.332 0.652 0.016
#> SRR1328407 2 0.2266 0.54913 0.000 0.912 0.084 0.004
#> SRR602784 2 0.5576 -0.14948 0.000 0.536 0.444 0.020
#> SRR1348468 4 0.3448 0.68914 0.000 0.168 0.004 0.828
#> SRR663717 4 0.4356 0.59327 0.000 0.292 0.000 0.708
#> SRR602217 2 0.6097 0.40441 0.000 0.580 0.056 0.364
#> SRR603140 3 0.5220 0.39726 0.000 0.424 0.568 0.008
#> SRR1340804 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574 3 0.1978 0.82077 0.000 0.068 0.928 0.004
#> SRR1333462 2 0.7874 0.46878 0.128 0.568 0.056 0.248
#> SRR1094601 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610 2 0.3621 0.57790 0.000 0.860 0.072 0.068
#> SRR1435833 4 0.4967 0.22555 0.000 0.452 0.000 0.548
#> SRR1398728 2 0.3837 0.57071 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1358343 4 0.1661 0.65522 0.000 0.004 0.052 0.944
#> SRR1410890 2 0.3356 0.58278 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR1350371 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478 2 0.4222 0.52838 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1099260 3 0.3402 0.77158 0.000 0.164 0.832 0.004
#> SRR1433576 2 0.6607 0.11171 0.000 0.476 0.080 0.444
#> SRR1345541 3 0.4932 0.58801 0.000 0.032 0.728 0.240
#> SRR1086328 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391 3 0.0469 0.81867 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1476207 2 0.5657 -0.13777 0.000 0.540 0.436 0.024
#> SRR627435 3 0.5766 0.28221 0.000 0.032 0.564 0.404
#> SRR1489862 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191 3 0.1284 0.81006 0.000 0.012 0.964 0.024
#> SRR1490115 3 0.2281 0.80996 0.000 0.096 0.904 0.000
#> SRR1377714 3 0.5924 0.34513 0.000 0.404 0.556 0.040
#> SRR819394 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161 4 0.6514 0.46017 0.104 0.032 0.172 0.692
#> SRR607042 3 0.2741 0.80842 0.000 0.096 0.892 0.012
#> SRR656203 2 0.5143 0.41423 0.000 0.628 0.012 0.360
#> SRR660602 3 0.5345 0.40923 0.000 0.428 0.560 0.012
#> SRR1440397 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249 2 0.4994 0.01017 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR661242 4 0.4057 0.60976 0.000 0.028 0.160 0.812
#> SRR1332007 3 0.2918 0.79791 0.000 0.116 0.876 0.008
#> SRR809619 2 0.3801 0.57266 0.000 0.780 0.000 0.220
#> SRR819975 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281 2 0.5964 0.56582 0.000 0.684 0.108 0.208
#> SRR662366 3 0.0469 0.81867 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1317898 3 0.1661 0.82251 0.000 0.052 0.944 0.004
#> SRR1382485 4 0.5326 0.65207 0.000 0.116 0.136 0.748
#> SRR2166420 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541 3 0.1398 0.82344 0.000 0.040 0.956 0.004
#> SRR817444 2 0.5903 0.35091 0.000 0.616 0.332 0.052
#> SRR1320403 4 0.2489 0.66126 0.000 0.020 0.068 0.912
#> SRR1101483 2 0.4981 0.09994 0.000 0.536 0.000 0.464
#> SRR1331684 3 0.5271 0.59628 0.000 0.320 0.656 0.024
#> SRR1400054 3 0.2376 0.81967 0.000 0.068 0.916 0.016
#> SRR1406088 2 0.4679 0.41553 0.000 0.648 0.000 0.352
#> SRR820733 4 0.6495 0.42123 0.000 0.084 0.356 0.560
#> SRR1314113 3 0.5565 0.41387 0.000 0.032 0.624 0.344
#> SRR1382615 3 0.3300 0.78149 0.000 0.144 0.848 0.008
#> SRR1480745 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850 2 0.4057 0.59033 0.000 0.812 0.028 0.160
#> SRR656782 3 0.4643 0.56062 0.000 0.344 0.656 0.000
#> SRR821364 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295 2 0.8503 0.09193 0.180 0.416 0.360 0.044
#> SRR1357103 3 0.3972 0.73817 0.000 0.204 0.788 0.008
#> SRR809185 4 0.3505 0.69502 0.000 0.088 0.048 0.864
#> SRR811583 4 0.3606 0.58854 0.000 0.024 0.132 0.844
#> SRR1468050 1 0.0000 0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224 4 0.3280 0.70116 0.000 0.124 0.016 0.860
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1500170 5 0.5044 0.172056 0.000 0.036 0.000 0.408 0.556
#> SRR1402368 3 0.3916 0.691438 0.000 0.012 0.732 0.000 0.256
#> SRR607743 2 0.5692 0.394600 0.000 0.624 0.268 0.008 0.100
#> SRR1457375 2 0.6441 0.522854 0.000 0.544 0.008 0.196 0.252
#> SRR1470923 1 0.0000 0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954 1 0.0290 0.993298 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259 1 0.0000 0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785 3 0.4227 0.451681 0.000 0.000 0.580 0.000 0.420
#> SRR814768 1 0.0000 0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031 4 0.6114 0.363428 0.000 0.152 0.000 0.536 0.312
#> SRR1363611 5 0.5274 0.247698 0.000 0.056 0.000 0.372 0.572
#> SRR1468447 4 0.5715 0.439368 0.000 0.228 0.000 0.620 0.152
#> SRR1071931 4 0.4606 0.476508 0.000 0.068 0.096 0.788 0.048
#> SRR810981 1 0.0000 0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299 2 0.4809 0.590176 0.000 0.740 0.020 0.184 0.056
#> SRR663585 3 0.2180 0.805859 0.000 0.020 0.924 0.024 0.032
#> SRR1326773 2 0.6868 0.468091 0.000 0.536 0.124 0.052 0.288
#> SRR1351166 5 0.4731 0.340127 0.000 0.032 0.000 0.328 0.640
#> SRR1477452 1 0.0000 0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720 3 0.1300 0.820963 0.000 0.016 0.956 0.000 0.028
#> SRR1420320 4 0.2771 0.612430 0.000 0.012 0.000 0.860 0.128
#> SRR1081712 5 0.6082 0.249308 0.000 0.148 0.000 0.312 0.540
#> SRR1318241 5 0.4859 0.176124 0.000 0.024 0.364 0.004 0.608
#> SRR1333718 3 0.4744 0.432927 0.000 0.020 0.572 0.000 0.408
#> SRR1313514 2 0.6797 0.568483 0.004 0.564 0.040 0.136 0.256
#> SRR1477861 3 0.3090 0.798990 0.000 0.104 0.860 0.004 0.032
#> SRR1318005 2 0.7105 0.399763 0.000 0.436 0.028 0.188 0.348
#> SRR1354665 4 0.6219 0.068719 0.000 0.384 0.000 0.472 0.144
#> SRR657707 5 0.5024 -0.153859 0.000 0.024 0.440 0.004 0.532
#> SRR1370742 3 0.1670 0.818739 0.000 0.012 0.936 0.000 0.052
#> SRR1412947 4 0.5683 0.434751 0.000 0.244 0.024 0.652 0.080
#> SRR661553 4 0.7343 0.093989 0.000 0.052 0.164 0.424 0.360
#> SRR1328869 1 0.0000 0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211 4 0.5639 0.247291 0.000 0.080 0.000 0.524 0.396
#> SRR1348181 3 0.2362 0.800969 0.000 0.024 0.916 0.028 0.032
#> SRR1416560 3 0.2629 0.792144 0.000 0.004 0.860 0.000 0.136
#> SRR1319772 3 0.4227 0.446131 0.000 0.000 0.580 0.000 0.420
#> SRR1091452 4 0.3163 0.554248 0.000 0.028 0.072 0.872 0.028
#> SRR1338812 1 0.0162 0.996870 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072 4 0.4827 0.557385 0.000 0.116 0.000 0.724 0.160
#> SRR814844 4 0.3661 0.525514 0.000 0.064 0.052 0.848 0.036
#> SRR1376619 3 0.2321 0.802850 0.000 0.044 0.916 0.024 0.016
#> SRR603690 2 0.4101 0.616235 0.000 0.816 0.052 0.100 0.032
#> SRR2184980 4 0.5606 0.359915 0.000 0.088 0.000 0.568 0.344
#> SRR613963 4 0.5848 0.359298 0.000 0.092 0.176 0.680 0.052
#> SRR1323422 1 0.0000 0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673 3 0.4130 0.640071 0.000 0.012 0.696 0.000 0.292
#> SRR1434650 5 0.2869 0.361209 0.000 0.016 0.040 0.056 0.888
#> SRR659875 3 0.4608 0.564920 0.000 0.024 0.640 0.000 0.336
#> SRR1465734 3 0.3452 0.777583 0.000 0.032 0.820 0.000 0.148
#> SRR1076847 2 0.4024 0.585288 0.016 0.840 0.060 0.044 0.040
#> SRR1415072 1 0.0162 0.996870 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319 3 0.1095 0.817247 0.000 0.012 0.968 0.008 0.012
#> SRR663088 2 0.5123 0.545655 0.000 0.736 0.072 0.156 0.036
#> SRR1352021 1 0.0000 0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.0000 0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.0162 0.996081 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935 4 0.2830 0.617766 0.000 0.016 0.020 0.884 0.080
#> SRR1352530 3 0.3055 0.790526 0.000 0.016 0.840 0.000 0.144
#> SRR662594 3 0.2912 0.792295 0.000 0.088 0.876 0.008 0.028
#> SRR1095309 1 0.0000 0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647 3 0.2900 0.816123 0.000 0.040 0.884 0.012 0.064
#> SRR813019 5 0.2921 0.358507 0.000 0.004 0.148 0.004 0.844
#> SRR1374647 4 0.5703 0.435837 0.000 0.112 0.172 0.684 0.032
#> SRR603472 5 0.7214 -0.094444 0.000 0.312 0.268 0.020 0.400
#> SRR661529 4 0.6914 0.124117 0.000 0.096 0.360 0.484 0.060
#> SRR607018 3 0.2915 0.790272 0.000 0.024 0.860 0.000 0.116
#> SRR627423 4 0.5854 0.377420 0.004 0.100 0.136 0.700 0.060
#> SRR654921 4 0.2473 0.574495 0.000 0.072 0.000 0.896 0.032
#> SRR1418968 1 0.0000 0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871 3 0.1628 0.819149 0.000 0.008 0.936 0.000 0.056
#> SRR1330522 3 0.1626 0.819074 0.000 0.016 0.940 0.000 0.044
#> SRR1499958 4 0.5150 0.490432 0.000 0.076 0.000 0.652 0.272
#> SRR614059 3 0.6897 0.323565 0.000 0.112 0.520 0.312 0.056
#> SRR1071403 1 0.0000 0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719 5 0.5973 0.246706 0.000 0.164 0.000 0.256 0.580
#> SRR1440421 2 0.6414 0.447517 0.000 0.532 0.004 0.260 0.204
#> SRR1310412 3 0.4854 0.703276 0.000 0.116 0.768 0.068 0.048
#> SRR614767 4 0.4296 0.504954 0.000 0.204 0.016 0.756 0.024
#> SRR820709 1 0.0000 0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500 1 0.0000 0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093 3 0.5357 0.406465 0.000 0.020 0.580 0.028 0.372
#> SRR1088168 5 0.4152 0.332120 0.000 0.012 0.296 0.000 0.692
#> SRR1418707 5 0.6513 0.000995 0.000 0.192 0.000 0.384 0.424
#> SRR1354291 2 0.8154 0.411710 0.096 0.408 0.012 0.176 0.308
#> SRR2165806 1 0.0162 0.996870 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684 4 0.2140 0.582552 0.000 0.024 0.040 0.924 0.012
#> SRR1433860 3 0.1117 0.822484 0.000 0.020 0.964 0.000 0.016
#> SRR1311062 4 0.4592 0.490805 0.000 0.208 0.024 0.740 0.028
#> SRR1360359 1 0.0000 0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385 3 0.2124 0.820017 0.000 0.028 0.916 0.000 0.056
#> SRR615407 4 0.2110 0.616638 0.000 0.016 0.000 0.912 0.072
#> SRR1413892 3 0.2361 0.805944 0.000 0.012 0.892 0.000 0.096
#> SRR1443459 4 0.5744 0.386377 0.000 0.108 0.000 0.572 0.320
#> SRR1338942 1 0.0162 0.996870 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480 5 0.4134 0.334738 0.000 0.004 0.284 0.008 0.704
#> SRR1399433 5 0.5454 0.002728 0.000 0.060 0.000 0.452 0.488
#> SRR818537 5 0.4276 0.337097 0.000 0.032 0.244 0.000 0.724
#> SRR1101324 3 0.6919 0.447841 0.000 0.128 0.572 0.224 0.076
#> SRR807637 2 0.6012 0.523106 0.040 0.664 0.036 0.032 0.228
#> SRR1091918 1 0.0000 0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300 3 0.5360 0.649485 0.000 0.104 0.732 0.112 0.052
#> SRR1085426 1 0.0000 0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294 4 0.4364 0.574713 0.000 0.120 0.000 0.768 0.112
#> SRR813891 1 0.0162 0.996870 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431 5 0.6517 -0.031321 0.000 0.300 0.060 0.076 0.564
#> SRR658742 4 0.6702 0.256514 0.004 0.108 0.232 0.596 0.060
#> SRR1419234 1 0.0000 0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813 4 0.5391 0.513941 0.000 0.116 0.000 0.652 0.232
#> SRR603496 3 0.1753 0.823265 0.000 0.032 0.936 0.000 0.032
#> SRR1407758 3 0.1095 0.815571 0.000 0.012 0.968 0.008 0.012
#> SRR810945 2 0.8373 0.275669 0.000 0.336 0.188 0.176 0.300
#> SRR817234 2 0.3872 0.611584 0.004 0.836 0.024 0.084 0.052
#> SRR1444852 3 0.1485 0.820632 0.000 0.020 0.948 0.000 0.032
#> SRR660378 3 0.3807 0.701767 0.000 0.012 0.748 0.000 0.240
#> SRR1467835 5 0.5490 0.305310 0.000 0.084 0.000 0.324 0.592
#> SRR1338964 5 0.3676 0.346925 0.000 0.004 0.232 0.004 0.760
#> SRR1079259 5 0.3063 0.366202 0.000 0.020 0.012 0.104 0.864
#> SRR1072345 3 0.5133 0.452539 0.000 0.044 0.568 0.000 0.388
#> SRR598725 3 0.1483 0.820733 0.000 0.028 0.952 0.008 0.012
#> SRR1447938 1 0.0000 0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.0000 0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460 4 0.2983 0.613117 0.000 0.040 0.000 0.864 0.096
#> SRR1429468 5 0.4836 0.357427 0.000 0.044 0.000 0.304 0.652
#> SRR1446850 4 0.3510 0.536447 0.000 0.048 0.064 0.856 0.032
#> SRR1320363 3 0.1251 0.821179 0.000 0.008 0.956 0.000 0.036
#> SRR1413810 3 0.2095 0.806187 0.000 0.020 0.928 0.024 0.028
#> SRR598831 5 0.5037 0.247152 0.000 0.040 0.000 0.376 0.584
#> SRR1381865 1 0.0000 0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957 3 0.1484 0.819203 0.000 0.008 0.944 0.000 0.048
#> SRR1491332 3 0.4642 0.596114 0.000 0.032 0.660 0.000 0.308
#> SRR1099744 4 0.6372 0.158725 0.000 0.168 0.000 0.456 0.376
#> SRR1464618 4 0.3231 0.590822 0.000 0.004 0.000 0.800 0.196
#> SRR1414559 3 0.7495 0.164474 0.000 0.288 0.448 0.208 0.056
#> SRR1337540 2 0.5909 0.351059 0.000 0.484 0.036 0.036 0.444
#> SRR1444283 1 0.0162 0.996870 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942 3 0.2400 0.803561 0.000 0.048 0.912 0.020 0.020
#> SRR660295 1 0.0000 0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335 3 0.2087 0.808754 0.000 0.020 0.928 0.020 0.032
#> SRR1363742 3 0.2777 0.802519 0.000 0.016 0.864 0.000 0.120
#> SRR1345847 4 0.4658 0.304500 0.000 0.016 0.000 0.576 0.408
#> SRR614960 3 0.1661 0.822751 0.000 0.036 0.940 0.000 0.024
#> SRR819919 1 0.0000 0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330 2 0.5074 0.568844 0.060 0.784 0.064 0.036 0.056
#> SRR1327951 1 0.0000 0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.0000 0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266 4 0.3264 0.605287 0.000 0.016 0.000 0.820 0.164
#> SRR1338055 2 0.3674 0.552512 0.000 0.832 0.116 0.032 0.020
#> SRR1430157 5 0.5185 0.222419 0.000 0.048 0.000 0.384 0.568
#> SRR1320137 4 0.5489 0.113358 0.000 0.420 0.012 0.528 0.040
#> SRR1093483 1 0.0000 0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.0000 0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913 3 0.2856 0.789242 0.000 0.044 0.892 0.032 0.032
#> SRR2170490 1 0.0000 0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845 4 0.6767 0.229725 0.004 0.100 0.272 0.568 0.056
#> SRR1436420 1 0.0000 0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060 5 0.4940 0.099513 0.000 0.032 0.392 0.000 0.576
#> SRR662282 3 0.4039 0.732959 0.000 0.032 0.816 0.112 0.040
#> SRR1487089 4 0.4661 0.518434 0.000 0.124 0.080 0.772 0.024
#> SRR1075683 1 0.0000 0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536 1 0.0000 0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880 4 0.2046 0.613005 0.000 0.016 0.000 0.916 0.068
#> SRR1453456 3 0.1043 0.820122 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1457895 1 0.0000 0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603 3 0.3214 0.784285 0.000 0.120 0.844 0.000 0.036
#> SRR658633 2 0.6477 0.161951 0.000 0.448 0.004 0.388 0.160
#> SRR1388081 4 0.2839 0.559689 0.000 0.036 0.048 0.892 0.024
#> SRR813339 3 0.1243 0.817690 0.000 0.028 0.960 0.008 0.004
#> SRR809725 1 0.0000 0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441 2 0.7196 0.238708 0.380 0.456 0.096 0.060 0.008
#> SRR613603 3 0.4957 0.367603 0.000 0.028 0.528 0.000 0.444
#> SRR1096571 3 0.3732 0.743523 0.000 0.032 0.792 0.000 0.176
#> SRR1392701 1 0.0000 0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326 1 0.0162 0.996870 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693 4 0.3462 0.589415 0.000 0.012 0.000 0.792 0.196
#> SRR660697 4 0.2728 0.609296 0.000 0.048 0.016 0.896 0.040
#> SRR1489926 3 0.2844 0.788973 0.000 0.044 0.892 0.024 0.040
#> SRR811491 3 0.2573 0.800042 0.000 0.016 0.880 0.000 0.104
#> SRR1311644 3 0.5803 0.618074 0.000 0.120 0.700 0.108 0.072
#> SRR1451740 3 0.1518 0.813461 0.000 0.020 0.952 0.016 0.012
#> SRR615117 5 0.6177 0.231712 0.000 0.140 0.316 0.004 0.540
#> SRR1391748 4 0.2144 0.614723 0.000 0.020 0.000 0.912 0.068
#> SRR1466556 3 0.3980 0.652726 0.000 0.008 0.708 0.000 0.284
#> SRR614972 3 0.1310 0.821205 0.000 0.024 0.956 0.000 0.020
#> SRR1406200 1 0.0000 0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210 5 0.4697 0.234033 0.000 0.020 0.000 0.388 0.592
#> SRR662174 1 0.0162 0.996081 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988 1 0.0000 0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236 3 0.7023 0.156220 0.000 0.052 0.520 0.284 0.144
#> SRR1312598 4 0.6036 0.372613 0.000 0.144 0.000 0.548 0.308
#> SRR1330129 4 0.6956 0.167720 0.008 0.244 0.004 0.460 0.284
#> SRR1357781 2 0.8506 0.438105 0.096 0.412 0.060 0.112 0.320
#> SRR1315517 2 0.6262 0.586658 0.000 0.608 0.024 0.148 0.220
#> SRR1400032 3 0.1617 0.811958 0.000 0.020 0.948 0.020 0.012
#> SRR1413722 1 0.0000 0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827 3 0.2165 0.805365 0.000 0.036 0.924 0.024 0.016
#> SRR814794 1 0.0162 0.996081 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430 1 0.0000 0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509 5 0.4446 0.201657 0.000 0.008 0.000 0.400 0.592
#> SRR808728 3 0.4909 0.277785 0.000 0.008 0.508 0.012 0.472
#> SRR1070813 5 0.4014 0.388918 0.000 0.016 0.000 0.256 0.728
#> SRR1389133 3 0.5197 0.661771 0.000 0.100 0.744 0.108 0.048
#> SRR601263 3 0.4350 0.677328 0.000 0.028 0.704 0.000 0.268
#> SRR604718 5 0.6164 0.090964 0.000 0.136 0.000 0.388 0.476
#> SRR1481351 3 0.0854 0.819667 0.000 0.004 0.976 0.012 0.008
#> SRR1334608 3 0.0981 0.817577 0.000 0.012 0.972 0.008 0.008
#> SRR658681 3 0.4744 0.435557 0.000 0.020 0.572 0.000 0.408
#> SRR809283 4 0.5198 0.459845 0.000 0.252 0.024 0.680 0.044
#> SRR1459300 1 0.0000 0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547 5 0.4885 0.074997 0.000 0.028 0.400 0.000 0.572
#> SRR811049 5 0.5057 0.144928 0.000 0.036 0.356 0.004 0.604
#> SRR1464835 4 0.3779 0.541024 0.000 0.068 0.060 0.840 0.032
#> SRR1339619 5 0.5195 0.211800 0.000 0.048 0.000 0.388 0.564
#> SRR658501 3 0.2179 0.805758 0.000 0.004 0.896 0.000 0.100
#> SRR1447523 3 0.2036 0.820119 0.000 0.024 0.920 0.000 0.056
#> SRR1415048 1 0.0000 0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.0162 0.996870 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348 4 0.2136 0.616210 0.000 0.008 0.000 0.904 0.088
#> SRR603890 2 0.7460 0.446536 0.040 0.460 0.012 0.164 0.324
#> SRR810595 3 0.2522 0.811542 0.000 0.052 0.896 0.000 0.052
#> SRR1446244 4 0.2909 0.609781 0.000 0.012 0.000 0.848 0.140
#> SRR817373 4 0.6655 0.153115 0.000 0.260 0.000 0.444 0.296
#> SRR1457291 4 0.5288 0.546670 0.000 0.120 0.008 0.696 0.176
#> SRR598220 5 0.6047 0.347083 0.000 0.080 0.076 0.176 0.668
#> SRR1477991 4 0.5104 0.539181 0.000 0.116 0.000 0.692 0.192
#> SRR598172 2 0.3821 0.611003 0.000 0.836 0.044 0.084 0.036
#> SRR1349032 5 0.4494 0.247840 0.000 0.012 0.000 0.380 0.608
#> SRR604002 5 0.4096 0.312518 0.000 0.084 0.036 0.060 0.820
#> SRR1378026 3 0.1168 0.822423 0.000 0.008 0.960 0.000 0.032
#> SRR1404401 2 0.7467 0.575863 0.056 0.560 0.040 0.116 0.228
#> SRR1333240 5 0.4686 0.295047 0.000 0.104 0.160 0.000 0.736
#> SRR1089399 4 0.5213 0.291938 0.000 0.048 0.000 0.556 0.396
#> SRR603421 2 0.5923 0.536105 0.000 0.572 0.000 0.140 0.288
#> SRR812562 1 0.0162 0.996870 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520 3 0.4651 0.510132 0.000 0.020 0.608 0.000 0.372
#> SRR811839 1 0.0000 0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317 5 0.4849 0.288147 0.000 0.032 0.000 0.360 0.608
#> SRR1436763 4 0.6631 0.209758 0.000 0.256 0.000 0.452 0.292
#> SRR1486021 4 0.5496 0.542815 0.000 0.136 0.020 0.696 0.148
#> SRR1465018 4 0.6766 0.078369 0.000 0.284 0.000 0.396 0.320
#> SRR1080998 5 0.3944 0.344148 0.000 0.020 0.212 0.004 0.764
#> SRR1083432 3 0.3789 0.719410 0.000 0.020 0.768 0.000 0.212
#> SRR1082833 1 0.0000 0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.0162 0.996870 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536 3 0.1282 0.820284 0.000 0.004 0.952 0.000 0.044
#> SRR614011 4 0.5365 0.236688 0.000 0.056 0.000 0.528 0.416
#> SRR1365873 4 0.4089 0.538328 0.000 0.072 0.076 0.820 0.032
#> SRR1498789 4 0.5093 0.375886 0.000 0.276 0.040 0.668 0.016
#> SRR601581 4 0.2726 0.602459 0.000 0.052 0.000 0.884 0.064
#> SRR603566 5 0.4558 0.277430 0.000 0.024 0.324 0.000 0.652
#> SRR1373981 1 0.0000 0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410 5 0.6529 0.109652 0.000 0.228 0.000 0.296 0.476
#> SRR1076511 2 0.6661 0.308965 0.048 0.520 0.092 0.000 0.340
#> SRR614143 3 0.3107 0.787626 0.000 0.088 0.868 0.012 0.032
#> SRR1333570 3 0.0898 0.820514 0.000 0.020 0.972 0.000 0.008
#> SRR1366813 4 0.5556 0.090040 0.000 0.068 0.000 0.476 0.456
#> SRR1388746 1 0.0000 0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558 3 0.4289 0.737548 0.000 0.108 0.804 0.040 0.048
#> SRR1409510 3 0.1314 0.814233 0.000 0.012 0.960 0.016 0.012
#> SRR816250 4 0.3090 0.572055 0.000 0.104 0.032 0.860 0.004
#> SRR614131 4 0.5953 0.354573 0.000 0.096 0.168 0.676 0.060
#> SRR1331130 1 0.0162 0.996870 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015 3 0.1908 0.808023 0.000 0.024 0.936 0.024 0.016
#> SRR1470798 3 0.1413 0.812928 0.000 0.012 0.956 0.020 0.012
#> SRR614179 3 0.3115 0.789123 0.000 0.112 0.852 0.000 0.036
#> SRR1474863 2 0.6607 0.368490 0.000 0.448 0.000 0.232 0.320
#> SRR813560 4 0.4833 0.292828 0.000 0.024 0.000 0.564 0.412
#> SRR1312187 5 0.4849 0.285331 0.000 0.032 0.000 0.360 0.608
#> SRR1420960 3 0.1597 0.818519 0.000 0.012 0.940 0.000 0.048
#> SRR1355102 3 0.0693 0.820809 0.000 0.012 0.980 0.000 0.008
#> SRR1084577 3 0.0671 0.821399 0.000 0.016 0.980 0.000 0.004
#> SRR659971 4 0.5345 0.267856 0.000 0.056 0.000 0.540 0.404
#> SRR1350855 4 0.3764 0.598997 0.000 0.044 0.000 0.800 0.156
#> SRR820779 3 0.3409 0.782391 0.000 0.024 0.816 0.000 0.160
#> SRR1476300 3 0.1195 0.822266 0.000 0.012 0.960 0.000 0.028
#> SRR1090907 5 0.5360 0.214784 0.000 0.060 0.000 0.384 0.556
#> SRR662294 2 0.5560 0.594038 0.040 0.712 0.008 0.172 0.068
#> SRR1480789 3 0.2570 0.806118 0.000 0.084 0.888 0.000 0.028
#> SRR1336263 4 0.2300 0.614505 0.000 0.024 0.000 0.904 0.072
#> SRR660776 1 0.0404 0.989679 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508 2 0.4907 -0.130337 0.000 0.512 0.468 0.008 0.012
#> SRR615563 5 0.4623 0.340868 0.000 0.032 0.000 0.304 0.664
#> SRR1101175 1 0.0000 0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650 5 0.4803 -0.087219 0.000 0.020 0.444 0.000 0.536
#> SRR1431205 2 0.6241 0.515940 0.000 0.580 0.008 0.220 0.192
#> SRR1339856 4 0.4071 0.573440 0.000 0.128 0.028 0.808 0.036
#> SRR1352147 4 0.5678 0.447207 0.000 0.116 0.000 0.600 0.284
#> SRR808968 1 0.0000 0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419 4 0.2381 0.614786 0.004 0.036 0.000 0.908 0.052
#> SRR1402391 1 0.0000 0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609 3 0.1518 0.816647 0.000 0.020 0.952 0.016 0.012
#> SRR2167857 3 0.6762 0.337346 0.000 0.308 0.524 0.036 0.132
#> SRR1398752 1 0.0000 0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.0162 0.996870 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437 4 0.6202 0.247620 0.000 0.148 0.000 0.496 0.356
#> SRR1416955 1 0.0510 0.987385 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064 4 0.5380 0.481011 0.000 0.216 0.012 0.680 0.092
#> SRR659001 5 0.4613 0.282047 0.000 0.020 0.000 0.360 0.620
#> SRR2170696 5 0.5267 0.358216 0.000 0.028 0.032 0.288 0.652
#> SRR816589 3 0.3835 0.693722 0.000 0.012 0.744 0.000 0.244
#> SRR1087487 3 0.1626 0.818381 0.000 0.016 0.940 0.000 0.044
#> SRR1329485 3 0.1772 0.816368 0.000 0.032 0.940 0.008 0.020
#> SRR816920 5 0.3947 0.349662 0.000 0.060 0.044 0.064 0.832
#> SRR1341432 1 0.0000 0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590 4 0.3036 0.550051 0.000 0.064 0.028 0.880 0.028
#> SRR817046 3 0.3236 0.769004 0.000 0.020 0.828 0.000 0.152
#> SRR1471331 3 0.2400 0.807110 0.000 0.048 0.912 0.020 0.020
#> SRR660788 5 0.3356 0.354122 0.000 0.024 0.120 0.012 0.844
#> SRR819234 1 0.0000 0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853 5 0.4010 0.347284 0.000 0.032 0.176 0.008 0.784
#> SRR809427 5 0.5981 -0.067715 0.000 0.308 0.028 0.072 0.592
#> SRR2170217 4 0.4434 0.568790 0.000 0.056 0.000 0.736 0.208
#> SRR1386967 3 0.1095 0.818373 0.000 0.012 0.968 0.008 0.012
#> SRR1420344 4 0.6685 0.041120 0.000 0.340 0.000 0.416 0.244
#> SRR1334535 1 0.0162 0.996870 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503 2 0.5811 0.558828 0.000 0.644 0.032 0.076 0.248
#> SRR602564 3 0.7530 -0.204268 0.000 0.308 0.352 0.304 0.036
#> SRR1420669 4 0.3267 0.545205 0.000 0.044 0.076 0.864 0.016
#> SRR819024 3 0.1800 0.821503 0.000 0.020 0.932 0.000 0.048
#> SRR656223 3 0.2188 0.808231 0.000 0.024 0.924 0.024 0.028
#> SRR608428 2 0.4207 0.617078 0.000 0.812 0.036 0.092 0.060
#> SRR1345647 1 0.0162 0.996870 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324 5 0.5533 0.207656 0.000 0.192 0.016 0.112 0.680
#> SRR1361368 5 0.5003 0.121530 0.000 0.032 0.000 0.424 0.544
#> SRR1322619 4 0.4581 0.570480 0.000 0.072 0.000 0.732 0.196
#> SRR1349276 4 0.1915 0.602693 0.000 0.032 0.000 0.928 0.040
#> SRR1404024 1 0.0162 0.996870 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637 5 0.4894 0.299781 0.000 0.036 0.000 0.352 0.612
#> SRR1452631 4 0.2228 0.570395 0.000 0.056 0.008 0.916 0.020
#> SRR608392 3 0.1393 0.817429 0.000 0.024 0.956 0.008 0.012
#> SRR1357757 3 0.4801 0.598672 0.000 0.284 0.668 0.000 0.048
#> SRR1074646 4 0.4066 0.476415 0.000 0.004 0.000 0.672 0.324
#> SRR1367499 3 0.4482 0.510787 0.000 0.012 0.612 0.000 0.376
#> SRR1343501 5 0.4525 0.187384 0.000 0.016 0.360 0.000 0.624
#> SRR1394406 3 0.7082 0.137944 0.000 0.116 0.440 0.388 0.056
#> SRR1381435 3 0.4054 0.680524 0.000 0.020 0.732 0.000 0.248
#> SRR1467407 1 0.0000 0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422 3 0.3983 0.753428 0.000 0.164 0.784 0.000 0.052
#> SRR1380270 3 0.2522 0.812130 0.000 0.052 0.896 0.000 0.052
#> SRR1091817 2 0.6804 0.360827 0.000 0.440 0.004 0.276 0.280
#> SRR1440137 4 0.4665 0.565326 0.000 0.112 0.000 0.740 0.148
#> SRR614311 4 0.4696 0.264593 0.000 0.016 0.000 0.556 0.428
#> SRR1407516 2 0.6898 0.274882 0.000 0.444 0.012 0.328 0.216
#> SRR815494 3 0.1300 0.820536 0.000 0.016 0.956 0.000 0.028
#> SRR1333209 4 0.4793 0.541991 0.000 0.068 0.000 0.700 0.232
#> SRR615177 2 0.6179 0.382683 0.000 0.480 0.032 0.060 0.428
#> SRR1099648 5 0.4494 0.124037 0.000 0.012 0.380 0.000 0.608
#> SRR659720 5 0.5234 0.010949 0.000 0.040 0.396 0.004 0.560
#> SRR2185057 1 0.0162 0.996870 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125 1 0.0290 0.994042 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468 5 0.4650 0.309416 0.000 0.056 0.216 0.004 0.724
#> SRR660042 3 0.4039 0.741612 0.000 0.084 0.824 0.040 0.052
#> SRR2170864 2 0.6248 0.433663 0.000 0.572 0.024 0.300 0.104
#> SRR1440491 4 0.3091 0.603691 0.000 0.032 0.044 0.880 0.044
#> SRR1440852 3 0.1117 0.822027 0.000 0.016 0.964 0.000 0.020
#> SRR811169 1 0.0000 0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311 4 0.2756 0.616205 0.000 0.024 0.004 0.880 0.092
#> SRR818009 1 0.0162 0.996081 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836 5 0.5661 0.204320 0.000 0.192 0.008 0.144 0.656
#> SRR1498313 2 0.3622 0.539095 0.008 0.832 0.128 0.024 0.008
#> SRR1441975 2 0.6845 0.332333 0.000 0.420 0.008 0.216 0.356
#> SRR819096 1 0.0162 0.996870 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679 2 0.7326 0.122887 0.000 0.364 0.276 0.024 0.336
#> SRR1489116 3 0.3183 0.767234 0.000 0.016 0.828 0.000 0.156
#> SRR1354138 3 0.2696 0.795701 0.000 0.040 0.900 0.028 0.032
#> SRR1490589 3 0.2769 0.809534 0.000 0.032 0.876 0.000 0.092
#> SRR1412987 4 0.2234 0.596030 0.000 0.044 0.004 0.916 0.036
#> SRR602034 3 0.0566 0.821740 0.000 0.012 0.984 0.000 0.004
#> SRR1353437 1 0.0000 0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871 5 0.5350 -0.220244 0.000 0.052 0.460 0.000 0.488
#> SRR661577 2 0.6269 0.509977 0.000 0.584 0.012 0.232 0.172
#> SRR612190 4 0.6140 0.315609 0.000 0.084 0.220 0.640 0.056
#> SRR1399880 1 0.0290 0.993298 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787 5 0.4425 0.365545 0.000 0.024 0.000 0.296 0.680
#> SRR657869 1 0.0000 0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332 1 0.0162 0.996870 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039 1 0.0000 0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141 3 0.0898 0.821989 0.000 0.020 0.972 0.000 0.008
#> SRR1476697 1 0.0162 0.996870 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538 4 0.1661 0.601693 0.000 0.024 0.000 0.940 0.036
#> SRR1331422 1 0.0162 0.996870 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859 3 0.3146 0.802411 0.000 0.092 0.856 0.000 0.052
#> SRR1097594 1 0.0000 0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419 3 0.1095 0.816701 0.000 0.012 0.968 0.008 0.012
#> SRR1336706 3 0.2233 0.808665 0.000 0.016 0.904 0.000 0.080
#> SRR1472976 4 0.5053 0.432670 0.000 0.052 0.000 0.624 0.324
#> SRR1321307 1 0.0000 0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493 1 0.0162 0.996870 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461 3 0.2825 0.788780 0.000 0.016 0.860 0.000 0.124
#> SRR1477149 5 0.4886 0.267237 0.000 0.032 0.000 0.372 0.596
#> SRR1457397 3 0.4204 0.686230 0.000 0.216 0.752 0.012 0.020
#> SRR661913 3 0.2447 0.797067 0.000 0.032 0.912 0.024 0.032
#> SRR1069024 3 0.4665 0.639256 0.000 0.048 0.692 0.000 0.260
#> SRR2165634 1 0.0162 0.996870 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722 3 0.1329 0.822557 0.000 0.032 0.956 0.004 0.008
#> SRR1328642 4 0.5747 0.486392 0.004 0.160 0.000 0.636 0.200
#> SRR1488261 3 0.4642 0.703948 0.000 0.084 0.784 0.092 0.040
#> SRR1318815 4 0.4715 0.467496 0.000 0.092 0.084 0.780 0.044
#> SRR816945 1 0.0000 0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432 2 0.5199 0.589566 0.000 0.720 0.016 0.140 0.124
#> SRR1359280 2 0.5658 0.439429 0.000 0.612 0.076 0.300 0.012
#> SRR1313910 4 0.5155 0.382944 0.000 0.052 0.000 0.596 0.352
#> SRR1457315 4 0.5159 0.418269 0.000 0.072 0.168 0.728 0.032
#> SRR815398 1 0.0000 0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958 3 0.1670 0.820765 0.000 0.012 0.936 0.000 0.052
#> SRR600688 4 0.5908 0.331054 0.000 0.080 0.232 0.648 0.040
#> SRR1098952 1 0.0162 0.996081 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916 3 0.1974 0.811155 0.000 0.036 0.932 0.016 0.016
#> SRR614167 3 0.3385 0.773023 0.000 0.056 0.864 0.044 0.036
#> SRR1348114 4 0.4213 0.484189 0.000 0.012 0.000 0.680 0.308
#> SRR658033 2 0.5136 0.614968 0.000 0.752 0.084 0.104 0.060
#> SRR1077503 3 0.4150 0.712368 0.000 0.036 0.748 0.000 0.216
#> SRR661854 3 0.2747 0.793070 0.000 0.048 0.896 0.020 0.036
#> SRR811379 4 0.2426 0.606643 0.000 0.036 0.000 0.900 0.064
#> SRR1318857 5 0.5111 0.162738 0.000 0.040 0.000 0.408 0.552
#> SRR656445 5 0.4264 0.133036 0.000 0.004 0.376 0.000 0.620
#> SRR1433044 2 0.5891 0.614065 0.000 0.664 0.028 0.156 0.152
#> SRR1486391 1 0.0000 0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071 3 0.1365 0.817158 0.000 0.040 0.952 0.004 0.004
#> SRR1364824 1 0.0000 0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.0162 0.996870 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.0000 0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745 5 0.3935 0.348837 0.000 0.024 0.200 0.004 0.772
#> SRR601038 3 0.5505 0.226426 0.000 0.064 0.484 0.000 0.452
#> SRR1360080 1 0.0000 0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868 3 0.4525 0.709169 0.000 0.056 0.724 0.000 0.220
#> SRR1485997 1 0.0000 0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560 5 0.4687 0.303821 0.000 0.028 0.000 0.336 0.636
#> SRR1333330 1 0.0162 0.996870 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513 3 0.4901 0.655325 0.000 0.060 0.672 0.000 0.268
#> SRR1328407 5 0.2464 0.364876 0.000 0.004 0.048 0.044 0.904
#> SRR602784 5 0.4760 -0.007290 0.000 0.020 0.416 0.000 0.564
#> SRR1348468 4 0.2946 0.610855 0.000 0.044 0.000 0.868 0.088
#> SRR663717 4 0.3563 0.583824 0.000 0.012 0.000 0.780 0.208
#> SRR602217 4 0.5268 0.351161 0.000 0.024 0.020 0.588 0.368
#> SRR603140 3 0.5224 0.372547 0.000 0.036 0.532 0.004 0.428
#> SRR1340804 1 0.0162 0.996870 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574 3 0.1981 0.821383 0.000 0.028 0.924 0.000 0.048
#> SRR1333462 2 0.7723 0.485264 0.028 0.456 0.032 0.188 0.296
#> SRR1094601 1 0.0000 0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610 5 0.2758 0.368710 0.000 0.012 0.024 0.076 0.888
#> SRR1435833 4 0.5238 0.497002 0.000 0.088 0.000 0.652 0.260
#> SRR1398728 5 0.5759 0.277224 0.000 0.108 0.000 0.324 0.568
#> SRR1358343 4 0.4063 0.498983 0.000 0.108 0.032 0.816 0.044
#> SRR1410890 5 0.5703 0.281533 0.000 0.140 0.000 0.244 0.616
#> SRR1350371 1 0.0000 0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478 5 0.4894 0.300098 0.000 0.036 0.000 0.352 0.612
#> SRR1099260 3 0.2144 0.813557 0.000 0.020 0.912 0.000 0.068
#> SRR1433576 4 0.5579 0.268595 0.000 0.028 0.028 0.544 0.400
#> SRR1345541 3 0.6196 0.518872 0.000 0.088 0.640 0.212 0.060
#> SRR1086328 1 0.0290 0.993298 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391 3 0.1299 0.816844 0.000 0.020 0.960 0.008 0.012
#> SRR1476207 3 0.5498 0.254679 0.000 0.064 0.496 0.000 0.440
#> SRR627435 4 0.7076 -0.051585 0.000 0.108 0.412 0.420 0.060
#> SRR1489862 1 0.0162 0.996870 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086 1 0.0000 0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.0000 0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191 3 0.1967 0.807306 0.000 0.036 0.932 0.020 0.012
#> SRR1490115 3 0.1740 0.817447 0.000 0.012 0.932 0.000 0.056
#> SRR1377714 3 0.6616 -0.046887 0.000 0.412 0.436 0.016 0.136
#> SRR819394 1 0.0162 0.996870 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161 4 0.7062 0.272604 0.012 0.168 0.172 0.588 0.060
#> SRR607042 3 0.2922 0.806379 0.000 0.056 0.872 0.000 0.072
#> SRR656203 4 0.5153 0.193399 0.000 0.040 0.000 0.524 0.436
#> SRR660602 3 0.4448 0.295673 0.000 0.004 0.516 0.000 0.480
#> SRR1440397 1 0.0000 0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264 1 0.0000 0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233 1 0.0000 0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249 4 0.4743 0.153021 0.000 0.016 0.000 0.512 0.472
#> SRR661242 4 0.3622 0.521905 0.000 0.032 0.092 0.844 0.032
#> SRR1332007 3 0.2770 0.804037 0.000 0.076 0.880 0.000 0.044
#> SRR809619 5 0.5099 0.318199 0.000 0.052 0.000 0.336 0.612
#> SRR819975 1 0.0162 0.996870 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281 2 0.4171 0.615963 0.000 0.808 0.052 0.112 0.028
#> SRR662366 3 0.1280 0.816736 0.000 0.024 0.960 0.008 0.008
#> SRR1317898 3 0.1124 0.820915 0.000 0.004 0.960 0.000 0.036
#> SRR1382485 4 0.3288 0.570301 0.000 0.040 0.076 0.864 0.020
#> SRR2166420 1 0.0162 0.996870 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429 1 0.0162 0.996870 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541 3 0.1012 0.821460 0.000 0.012 0.968 0.000 0.020
#> SRR817444 5 0.3875 0.358797 0.000 0.004 0.228 0.012 0.756
#> SRR1320403 4 0.4641 0.483272 0.000 0.180 0.048 0.752 0.020
#> SRR1101483 4 0.5165 0.348212 0.000 0.048 0.000 0.576 0.376
#> SRR1331684 3 0.4766 0.703203 0.000 0.132 0.732 0.000 0.136
#> SRR1400054 3 0.4207 0.767712 0.000 0.092 0.808 0.024 0.076
#> SRR1406088 4 0.6503 0.141667 0.000 0.192 0.000 0.436 0.372
#> SRR820733 4 0.5271 0.430155 0.000 0.080 0.168 0.720 0.032
#> SRR1314113 3 0.7102 0.130204 0.000 0.112 0.436 0.392 0.060
#> SRR1382615 3 0.2376 0.810517 0.000 0.052 0.904 0.000 0.044
#> SRR1480745 1 0.0000 0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850 2 0.6433 0.485057 0.000 0.524 0.012 0.144 0.320
#> SRR656782 3 0.4193 0.644400 0.000 0.012 0.684 0.000 0.304
#> SRR821364 1 0.0290 0.993298 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106 1 0.0290 0.993298 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295 2 0.9113 0.225908 0.188 0.312 0.248 0.032 0.220
#> SRR1357103 3 0.3152 0.786035 0.000 0.024 0.840 0.000 0.136
#> SRR809185 4 0.1597 0.595280 0.000 0.024 0.020 0.948 0.008
#> SRR811583 4 0.5588 0.450880 0.000 0.156 0.096 0.704 0.044
#> SRR1468050 1 0.0162 0.996870 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224 4 0.3774 0.544333 0.000 0.152 0.032 0.808 0.008
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1500170 5 0.4715 0.40352 0.000 0.052 0.000 0.336 0.608 0.004
#> SRR1402368 3 0.5777 0.27742 0.000 0.020 0.580 0.000 0.176 0.224
#> SRR607743 2 0.4444 0.46779 0.000 0.744 0.176 0.004 0.040 0.036
#> SRR1457375 2 0.6525 0.47200 0.000 0.556 0.008 0.140 0.220 0.076
#> SRR1470923 1 0.0000 0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954 1 0.0405 0.98625 0.988 0.004 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR809259 1 0.0000 0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785 3 0.4953 0.43736 0.000 0.000 0.624 0.000 0.268 0.108
#> SRR814768 1 0.0000 0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031 4 0.5885 0.13502 0.000 0.228 0.000 0.468 0.304 0.000
#> SRR1363611 5 0.5138 0.35806 0.000 0.072 0.000 0.360 0.560 0.008
#> SRR1468447 4 0.6062 0.31644 0.000 0.256 0.004 0.544 0.176 0.020
#> SRR1071931 4 0.4062 0.41417 0.000 0.004 0.060 0.744 0.000 0.192
#> SRR810981 1 0.0146 0.99089 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299 2 0.3693 0.61441 0.000 0.816 0.000 0.100 0.048 0.036
#> SRR663585 3 0.1777 0.72520 0.000 0.004 0.928 0.024 0.000 0.044
#> SRR1326773 2 0.7463 0.43047 0.000 0.488 0.188 0.040 0.180 0.104
#> SRR1351166 5 0.4578 0.42696 0.000 0.056 0.000 0.320 0.624 0.000
#> SRR1477452 1 0.0000 0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720 3 0.1116 0.73436 0.000 0.004 0.960 0.000 0.008 0.028
#> SRR1420320 4 0.2662 0.53145 0.000 0.024 0.000 0.856 0.120 0.000
#> SRR1081712 5 0.6697 0.31561 0.000 0.176 0.000 0.236 0.504 0.084
#> SRR1318241 5 0.5476 -0.04703 0.000 0.012 0.200 0.000 0.612 0.176
#> SRR1333718 3 0.4508 0.59068 0.000 0.004 0.716 0.000 0.164 0.116
#> SRR1313514 2 0.7757 0.48220 0.004 0.484 0.072 0.096 0.196 0.148
#> SRR1477861 3 0.3124 0.68956 0.000 0.008 0.828 0.000 0.024 0.140
#> SRR1318005 2 0.8438 0.27107 0.004 0.328 0.064 0.160 0.276 0.168
#> SRR1354665 2 0.5913 0.24686 0.000 0.508 0.000 0.344 0.124 0.024
#> SRR657707 5 0.5731 -0.34089 0.000 0.000 0.204 0.000 0.508 0.288
#> SRR1370742 3 0.1850 0.72662 0.000 0.008 0.924 0.000 0.016 0.052
#> SRR1412947 4 0.5318 0.24567 0.000 0.348 0.004 0.568 0.064 0.016
#> SRR661553 4 0.7906 -0.11085 0.000 0.044 0.100 0.340 0.192 0.324
#> SRR1328869 1 0.0000 0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211 5 0.6864 0.12240 0.000 0.140 0.000 0.380 0.388 0.092
#> SRR1348181 3 0.1989 0.71923 0.000 0.004 0.916 0.028 0.000 0.052
#> SRR1416560 3 0.3798 0.65052 0.000 0.000 0.788 0.004 0.100 0.108
#> SRR1319772 3 0.5219 0.33492 0.000 0.000 0.580 0.000 0.296 0.124
#> SRR1091452 4 0.3354 0.55139 0.000 0.036 0.060 0.852 0.008 0.044
#> SRR1338812 1 0.0146 0.99067 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1392072 4 0.5491 0.42745 0.000 0.156 0.000 0.648 0.160 0.036
#> SRR814844 4 0.3836 0.42092 0.000 0.004 0.016 0.728 0.004 0.248
#> SRR1376619 3 0.3422 0.60385 0.000 0.000 0.788 0.036 0.000 0.176
#> SRR603690 2 0.2137 0.61660 0.000 0.912 0.000 0.048 0.012 0.028
#> SRR2184980 4 0.5458 0.07476 0.000 0.112 0.000 0.512 0.372 0.004
#> SRR613963 4 0.4610 0.30323 0.000 0.004 0.072 0.672 0.000 0.252
#> SRR1323422 1 0.0000 0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673 3 0.3694 0.65409 0.000 0.000 0.784 0.000 0.140 0.076
#> SRR1434650 5 0.3094 0.39763 0.000 0.024 0.024 0.032 0.872 0.048
#> SRR659875 3 0.4456 0.59761 0.000 0.004 0.724 0.000 0.140 0.132
#> SRR1465734 6 0.6256 0.59847 0.000 0.040 0.284 0.000 0.160 0.516
#> SRR1076847 2 0.2030 0.59229 0.004 0.920 0.000 0.012 0.016 0.048
#> SRR1415072 1 0.0146 0.99067 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR659319 3 0.1219 0.73058 0.000 0.000 0.948 0.004 0.000 0.048
#> SRR663088 2 0.3625 0.43533 0.000 0.768 0.004 0.020 0.004 0.204
#> SRR1352021 1 0.0000 0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527 1 0.0146 0.99089 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369 1 0.0146 0.99089 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935 4 0.2189 0.56381 0.000 0.016 0.004 0.912 0.052 0.016
#> SRR1352530 3 0.2201 0.71990 0.000 0.000 0.900 0.000 0.048 0.052
#> SRR662594 6 0.5288 0.65820 0.000 0.012 0.268 0.032 0.048 0.640
#> SRR1095309 1 0.0000 0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647 3 0.1390 0.73584 0.000 0.000 0.948 0.004 0.016 0.032
#> SRR813019 5 0.3415 0.34808 0.000 0.000 0.096 0.004 0.820 0.080
#> SRR1374647 4 0.6949 0.24989 0.000 0.156 0.236 0.520 0.048 0.040
#> SRR603472 3 0.7352 0.13851 0.000 0.180 0.440 0.004 0.212 0.164
#> SRR661529 4 0.5417 0.11628 0.000 0.000 0.180 0.576 0.000 0.244
#> SRR607018 3 0.4224 0.61022 0.000 0.016 0.756 0.000 0.072 0.156
#> SRR627423 4 0.4197 0.37903 0.004 0.004 0.048 0.728 0.000 0.216
#> SRR654921 4 0.4091 0.44856 0.004 0.004 0.008 0.736 0.024 0.224
#> SRR1418968 1 0.0000 0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871 3 0.3911 0.60107 0.000 0.008 0.772 0.004 0.044 0.172
#> SRR1330522 3 0.1453 0.73244 0.000 0.008 0.944 0.000 0.008 0.040
#> SRR1499958 4 0.5190 0.21706 0.000 0.096 0.000 0.576 0.324 0.004
#> SRR614059 4 0.6618 -0.36174 0.012 0.008 0.232 0.404 0.004 0.340
#> SRR1071403 1 0.0146 0.99067 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1486719 5 0.5553 0.41080 0.000 0.168 0.000 0.208 0.608 0.016
#> SRR1440421 2 0.5998 0.48418 0.000 0.584 0.000 0.208 0.164 0.044
#> SRR1310412 6 0.5586 0.61844 0.004 0.000 0.256 0.144 0.008 0.588
#> SRR614767 4 0.4705 0.43445 0.000 0.248 0.008 0.684 0.048 0.012
#> SRR820709 1 0.0260 0.98823 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1471500 1 0.0000 0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093 3 0.5511 0.43721 0.000 0.000 0.608 0.040 0.272 0.080
#> SRR1088168 5 0.5152 -0.07148 0.000 0.000 0.400 0.000 0.512 0.088
#> SRR1418707 5 0.6165 0.22752 0.000 0.212 0.000 0.320 0.456 0.012
#> SRR1354291 2 0.9077 0.29867 0.108 0.308 0.036 0.124 0.264 0.160
#> SRR2165806 1 0.0146 0.99067 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1415684 4 0.2164 0.57172 0.000 0.044 0.012 0.916 0.008 0.020
#> SRR1433860 3 0.0777 0.73672 0.000 0.004 0.972 0.000 0.000 0.024
#> SRR1311062 4 0.5050 0.43848 0.000 0.216 0.020 0.684 0.068 0.012
#> SRR1360359 1 0.0000 0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385 3 0.0951 0.73771 0.000 0.000 0.968 0.004 0.008 0.020
#> SRR615407 4 0.2839 0.54716 0.000 0.044 0.000 0.860 0.092 0.004
#> SRR1413892 3 0.1074 0.73788 0.000 0.000 0.960 0.000 0.028 0.012
#> SRR1443459 4 0.5564 0.01198 0.000 0.140 0.000 0.472 0.388 0.000
#> SRR1338942 1 0.0000 0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480 5 0.4805 0.18510 0.000 0.000 0.292 0.004 0.632 0.072
#> SRR1399433 5 0.5421 0.15329 0.000 0.100 0.000 0.432 0.464 0.004
#> SRR818537 5 0.5737 -0.05218 0.000 0.004 0.380 0.000 0.468 0.148
#> SRR1101324 6 0.5847 0.64766 0.012 0.000 0.176 0.144 0.036 0.632
#> SRR807637 2 0.3658 0.47626 0.000 0.800 0.000 0.004 0.092 0.104
#> SRR1091918 1 0.0146 0.99089 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300 6 0.6190 0.50537 0.008 0.004 0.320 0.208 0.000 0.460
#> SRR1085426 1 0.0000 0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294 4 0.4882 0.45670 0.000 0.204 0.004 0.668 0.124 0.000
#> SRR813891 1 0.0000 0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431 5 0.5481 -0.00600 0.000 0.368 0.008 0.048 0.548 0.028
#> SRR658742 4 0.5216 0.07955 0.004 0.004 0.080 0.568 0.000 0.344
#> SRR1419234 1 0.0146 0.99089 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813 4 0.5428 0.30122 0.000 0.176 0.000 0.572 0.252 0.000
#> SRR603496 3 0.4667 0.38422 0.000 0.036 0.664 0.004 0.016 0.280
#> SRR1407758 3 0.1434 0.72751 0.000 0.000 0.940 0.012 0.000 0.048
#> SRR810945 6 0.7054 0.49334 0.000 0.208 0.096 0.060 0.088 0.548
#> SRR817234 2 0.1434 0.60642 0.000 0.948 0.000 0.028 0.012 0.012
#> SRR1444852 3 0.1523 0.73172 0.000 0.008 0.940 0.000 0.008 0.044
#> SRR660378 3 0.3159 0.68731 0.000 0.000 0.832 0.000 0.100 0.068
#> SRR1467835 5 0.5355 0.38497 0.000 0.108 0.000 0.308 0.576 0.008
#> SRR1338964 5 0.4356 0.20509 0.000 0.000 0.140 0.000 0.724 0.136
#> SRR1079259 5 0.3228 0.39371 0.000 0.000 0.020 0.044 0.844 0.092
#> SRR1072345 6 0.6735 0.50460 0.000 0.036 0.268 0.000 0.336 0.360
#> SRR598725 3 0.1624 0.73136 0.000 0.012 0.936 0.008 0.000 0.044
#> SRR1447938 1 0.0000 0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397 1 0.0000 0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460 4 0.2939 0.55382 0.000 0.044 0.004 0.864 0.080 0.008
#> SRR1429468 5 0.4545 0.47772 0.000 0.064 0.000 0.240 0.688 0.008
#> SRR1446850 4 0.2152 0.54785 0.000 0.004 0.024 0.904 0.000 0.068
#> SRR1320363 3 0.4055 0.55601 0.000 0.016 0.744 0.004 0.024 0.212
#> SRR1413810 3 0.1845 0.72164 0.000 0.000 0.920 0.028 0.000 0.052
#> SRR598831 5 0.4685 0.39675 0.000 0.048 0.000 0.344 0.604 0.004
#> SRR1381865 1 0.0000 0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957 3 0.0405 0.73746 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1491332 3 0.3675 0.66526 0.000 0.004 0.796 0.000 0.124 0.076
#> SRR1099744 4 0.6143 -0.01460 0.000 0.212 0.000 0.412 0.368 0.008
#> SRR1464618 4 0.3329 0.45417 0.000 0.008 0.000 0.768 0.220 0.004
#> SRR1414559 6 0.6517 0.60657 0.000 0.140 0.180 0.108 0.004 0.568
#> SRR1337540 2 0.5992 0.29100 0.000 0.464 0.000 0.012 0.360 0.164
#> SRR1444283 1 0.0000 0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942 6 0.5451 0.49792 0.000 0.076 0.376 0.008 0.008 0.532
#> SRR660295 1 0.0260 0.98838 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335 3 0.1552 0.72800 0.000 0.004 0.940 0.020 0.000 0.036
#> SRR1363742 3 0.2433 0.70750 0.000 0.000 0.884 0.000 0.044 0.072
#> SRR1345847 4 0.4423 0.06674 0.000 0.028 0.000 0.552 0.420 0.000
#> SRR614960 3 0.5412 -0.23590 0.000 0.016 0.488 0.004 0.060 0.432
#> SRR819919 1 0.0000 0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330 2 0.5265 0.56293 0.044 0.732 0.036 0.012 0.044 0.132
#> SRR1327951 1 0.0000 0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885 1 0.0000 0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266 4 0.3189 0.48851 0.000 0.020 0.000 0.796 0.184 0.000
#> SRR1338055 2 0.2565 0.60759 0.000 0.900 0.032 0.032 0.016 0.020
#> SRR1430157 5 0.4659 0.40744 0.000 0.048 0.000 0.336 0.612 0.004
#> SRR1320137 2 0.4705 0.25563 0.000 0.564 0.000 0.396 0.028 0.012
#> SRR1093483 1 0.0000 0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080 1 0.0260 0.98756 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913 3 0.4325 0.43751 0.000 0.000 0.692 0.064 0.000 0.244
#> SRR2170490 1 0.0000 0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845 4 0.4989 0.13363 0.000 0.000 0.316 0.592 0.000 0.092
#> SRR1436420 1 0.0146 0.99089 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060 3 0.5269 0.45948 0.000 0.004 0.604 0.000 0.260 0.132
#> SRR662282 3 0.3164 0.67814 0.000 0.004 0.832 0.044 0.000 0.120
#> SRR1487089 4 0.5378 0.29131 0.000 0.084 0.024 0.600 0.000 0.292
#> SRR1075683 1 0.0000 0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536 1 0.0000 0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880 4 0.2170 0.54801 0.000 0.012 0.000 0.888 0.100 0.000
#> SRR1453456 3 0.1124 0.73342 0.000 0.000 0.956 0.000 0.008 0.036
#> SRR1457895 1 0.0000 0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603 3 0.2401 0.71706 0.000 0.016 0.892 0.000 0.016 0.076
#> SRR658633 2 0.5804 0.23416 0.000 0.492 0.000 0.332 0.172 0.004
#> SRR1388081 4 0.0972 0.56499 0.000 0.000 0.008 0.964 0.000 0.028
#> SRR813339 3 0.3178 0.62698 0.000 0.000 0.804 0.016 0.004 0.176
#> SRR809725 1 0.0000 0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441 1 0.8046 -0.16790 0.400 0.236 0.204 0.016 0.024 0.120
#> SRR613603 5 0.6433 -0.43319 0.000 0.024 0.244 0.000 0.444 0.288
#> SRR1096571 3 0.3826 0.63795 0.000 0.004 0.784 0.000 0.088 0.124
#> SRR1392701 1 0.0146 0.99089 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326 1 0.0146 0.99067 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1367693 4 0.3582 0.46379 0.000 0.036 0.000 0.768 0.196 0.000
#> SRR660697 4 0.2753 0.56679 0.000 0.092 0.004 0.872 0.016 0.016
#> SRR1489926 3 0.5083 -0.02563 0.000 0.028 0.536 0.032 0.000 0.404
#> SRR811491 3 0.3857 0.63661 0.000 0.008 0.780 0.000 0.064 0.148
#> SRR1311644 6 0.5327 0.65927 0.004 0.004 0.200 0.124 0.012 0.656
#> SRR1451740 3 0.2592 0.68438 0.000 0.004 0.864 0.016 0.000 0.116
#> SRR615117 3 0.5974 0.35544 0.000 0.020 0.524 0.000 0.296 0.160
#> SRR1391748 4 0.1409 0.56370 0.000 0.012 0.000 0.948 0.032 0.008
#> SRR1466556 3 0.3103 0.69375 0.000 0.000 0.836 0.000 0.100 0.064
#> SRR614972 3 0.2426 0.70191 0.000 0.000 0.884 0.012 0.012 0.092
#> SRR1406200 1 0.0000 0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210 5 0.4721 0.40197 0.000 0.016 0.000 0.344 0.608 0.032
#> SRR662174 1 0.0000 0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988 1 0.0000 0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236 4 0.8297 -0.31909 0.000 0.072 0.260 0.308 0.104 0.256
#> SRR1312598 4 0.5890 0.03040 0.000 0.208 0.000 0.440 0.352 0.000
#> SRR1330129 4 0.7936 -0.06135 0.016 0.204 0.008 0.328 0.316 0.128
#> SRR1357781 2 0.9469 0.30197 0.124 0.276 0.120 0.068 0.240 0.172
#> SRR1315517 2 0.7326 0.52858 0.016 0.544 0.028 0.128 0.160 0.124
#> SRR1400032 3 0.3147 0.64003 0.000 0.008 0.816 0.016 0.000 0.160
#> SRR1413722 1 0.0000 0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827 3 0.3168 0.62371 0.000 0.000 0.804 0.024 0.000 0.172
#> SRR814794 1 0.0000 0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430 1 0.0000 0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509 5 0.4358 0.37393 0.000 0.008 0.000 0.380 0.596 0.016
#> SRR808728 3 0.4961 0.36938 0.000 0.000 0.564 0.004 0.368 0.064
#> SRR1070813 5 0.4087 0.48478 0.000 0.028 0.000 0.240 0.720 0.012
#> SRR1389133 6 0.6359 0.47395 0.008 0.004 0.328 0.252 0.000 0.408
#> SRR601263 6 0.6474 0.61154 0.000 0.028 0.236 0.004 0.248 0.484
#> SRR604718 5 0.5757 0.28881 0.000 0.144 0.000 0.348 0.500 0.008
#> SRR1481351 3 0.3572 0.58180 0.000 0.008 0.772 0.008 0.008 0.204
#> SRR1334608 3 0.0935 0.73436 0.000 0.000 0.964 0.004 0.000 0.032
#> SRR658681 3 0.4358 0.60528 0.000 0.004 0.728 0.000 0.172 0.096
#> SRR809283 4 0.5642 0.01069 0.000 0.420 0.000 0.468 0.016 0.096
#> SRR1459300 1 0.0000 0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547 3 0.5214 0.43175 0.000 0.004 0.584 0.000 0.308 0.104
#> SRR811049 5 0.5725 -0.34818 0.000 0.020 0.100 0.000 0.488 0.392
#> SRR1464835 4 0.4293 0.42176 0.000 0.032 0.016 0.704 0.000 0.248
#> SRR1339619 5 0.4788 0.39350 0.000 0.048 0.000 0.344 0.600 0.008
#> SRR658501 3 0.1341 0.73455 0.000 0.000 0.948 0.000 0.024 0.028
#> SRR1447523 3 0.5300 -0.23179 0.000 0.008 0.476 0.004 0.064 0.448
#> SRR1415048 1 0.0000 0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451 1 0.0000 0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348 4 0.1788 0.55535 0.000 0.004 0.000 0.916 0.076 0.004
#> SRR603890 2 0.8523 0.32710 0.072 0.364 0.020 0.116 0.276 0.152
#> SRR810595 3 0.1364 0.73984 0.000 0.020 0.952 0.000 0.012 0.016
#> SRR1446244 4 0.2988 0.51201 0.000 0.028 0.000 0.828 0.144 0.000
#> SRR817373 4 0.6355 -0.00543 0.000 0.376 0.000 0.380 0.228 0.016
#> SRR1457291 4 0.5937 0.35082 0.000 0.176 0.012 0.588 0.208 0.016
#> SRR598220 5 0.4992 0.46503 0.000 0.076 0.020 0.152 0.724 0.028
#> SRR1477991 4 0.5117 0.39326 0.000 0.172 0.000 0.628 0.200 0.000
#> SRR598172 2 0.1528 0.60636 0.000 0.944 0.000 0.028 0.012 0.016
#> SRR1349032 5 0.4121 0.37310 0.000 0.000 0.000 0.380 0.604 0.016
#> SRR604002 5 0.3193 0.36841 0.000 0.040 0.016 0.024 0.864 0.056
#> SRR1378026 3 0.2265 0.72236 0.000 0.000 0.900 0.008 0.024 0.068
#> SRR1404401 2 0.8693 0.45507 0.080 0.432 0.076 0.080 0.180 0.152
#> SRR1333240 5 0.5077 0.08713 0.000 0.032 0.068 0.000 0.660 0.240
#> SRR1089399 5 0.5301 0.12064 0.000 0.076 0.000 0.456 0.460 0.008
#> SRR603421 2 0.4482 0.53799 0.000 0.700 0.000 0.056 0.232 0.012
#> SRR812562 1 0.0000 0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520 3 0.4046 0.61713 0.000 0.000 0.748 0.000 0.168 0.084
#> SRR811839 1 0.0146 0.99089 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317 5 0.4514 0.45544 0.000 0.044 0.000 0.288 0.660 0.008
#> SRR1436763 2 0.6532 0.24286 0.000 0.448 0.000 0.256 0.264 0.032
#> SRR1486021 4 0.6408 0.34074 0.000 0.220 0.036 0.556 0.172 0.016
#> SRR1465018 5 0.6491 0.08499 0.000 0.328 0.000 0.324 0.332 0.016
#> SRR1080998 5 0.4358 0.13380 0.000 0.000 0.092 0.000 0.712 0.196
#> SRR1083432 3 0.2814 0.70849 0.000 0.004 0.864 0.000 0.080 0.052
#> SRR1082833 1 0.0000 0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804 1 0.0146 0.99067 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1326536 3 0.2255 0.71028 0.000 0.004 0.892 0.000 0.016 0.088
#> SRR614011 4 0.4977 -0.05647 0.000 0.056 0.000 0.496 0.444 0.004
#> SRR1365873 4 0.4661 0.50633 0.000 0.116 0.048 0.756 0.008 0.072
#> SRR1498789 4 0.5264 0.22827 0.000 0.360 0.024 0.572 0.016 0.028
#> SRR601581 4 0.2588 0.55240 0.000 0.004 0.008 0.888 0.040 0.060
#> SRR603566 3 0.5383 0.25898 0.000 0.000 0.472 0.000 0.416 0.112
#> SRR1373981 1 0.0000 0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410 5 0.6723 0.25038 0.000 0.228 0.000 0.256 0.460 0.056
#> SRR1076511 6 0.6518 0.33254 0.004 0.228 0.032 0.000 0.252 0.484
#> SRR614143 6 0.5355 0.66401 0.000 0.008 0.252 0.056 0.040 0.644
#> SRR1333570 3 0.3791 0.53311 0.000 0.016 0.748 0.008 0.004 0.224
#> SRR1366813 5 0.5277 0.17132 0.000 0.084 0.000 0.436 0.476 0.004
#> SRR1388746 1 0.0000 0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558 6 0.5471 0.64404 0.000 0.032 0.244 0.088 0.004 0.632
#> SRR1409510 3 0.1760 0.72467 0.000 0.004 0.928 0.020 0.000 0.048
#> SRR816250 4 0.3764 0.49430 0.000 0.192 0.008 0.772 0.016 0.012
#> SRR614131 4 0.4650 0.32933 0.000 0.004 0.096 0.688 0.000 0.212
#> SRR1331130 1 0.0000 0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015 3 0.2088 0.71387 0.000 0.000 0.904 0.028 0.000 0.068
#> SRR1470798 3 0.2006 0.71378 0.000 0.000 0.904 0.016 0.000 0.080
#> SRR614179 3 0.2926 0.68831 0.000 0.012 0.852 0.000 0.024 0.112
#> SRR1474863 2 0.6352 0.28561 0.000 0.480 0.000 0.172 0.312 0.036
#> SRR813560 4 0.4657 -0.08006 0.000 0.032 0.000 0.508 0.456 0.004
#> SRR1312187 5 0.4421 0.43098 0.000 0.028 0.000 0.328 0.636 0.008
#> SRR1420960 3 0.0748 0.73683 0.000 0.004 0.976 0.000 0.004 0.016
#> SRR1355102 3 0.1988 0.71706 0.000 0.004 0.912 0.008 0.004 0.072
#> SRR1084577 3 0.1226 0.73113 0.000 0.004 0.952 0.004 0.000 0.040
#> SRR659971 4 0.5245 -0.10995 0.000 0.056 0.000 0.476 0.452 0.016
#> SRR1350855 4 0.3284 0.49940 0.000 0.032 0.000 0.800 0.168 0.000
#> SRR820779 3 0.1982 0.73348 0.000 0.000 0.912 0.004 0.068 0.016
#> SRR1476300 3 0.1900 0.72112 0.000 0.000 0.916 0.008 0.008 0.068
#> SRR1090907 5 0.5230 0.35180 0.000 0.092 0.000 0.352 0.552 0.004
#> SRR662294 2 0.4945 0.60693 0.040 0.748 0.000 0.116 0.040 0.056
#> SRR1480789 3 0.2085 0.72390 0.000 0.008 0.912 0.000 0.024 0.056
#> SRR1336263 4 0.1667 0.56212 0.000 0.008 0.004 0.936 0.044 0.008
#> SRR660776 1 0.0405 0.98628 0.988 0.008 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1090508 6 0.5685 0.49244 0.000 0.300 0.120 0.000 0.020 0.560
#> SRR615563 5 0.4800 0.40164 0.000 0.004 0.000 0.192 0.680 0.124
#> SRR1101175 1 0.0000 0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650 3 0.4951 0.48499 0.000 0.000 0.620 0.000 0.276 0.104
#> SRR1431205 2 0.4743 0.55260 0.000 0.700 0.000 0.140 0.152 0.008
#> SRR1339856 4 0.4275 0.51411 0.000 0.156 0.008 0.760 0.012 0.064
#> SRR1352147 4 0.5998 0.18973 0.000 0.180 0.004 0.508 0.300 0.008
#> SRR808968 1 0.0000 0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419 4 0.3463 0.55426 0.000 0.064 0.000 0.832 0.080 0.024
#> SRR1402391 1 0.0000 0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609 3 0.1116 0.73477 0.000 0.004 0.960 0.008 0.000 0.028
#> SRR2167857 3 0.7215 0.30019 0.004 0.152 0.528 0.036 0.084 0.196
#> SRR1398752 1 0.0146 0.99089 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169 1 0.0146 0.99067 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1405437 4 0.6013 0.00892 0.000 0.204 0.000 0.428 0.364 0.004
#> SRR1416955 1 0.0870 0.97163 0.972 0.012 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1317064 4 0.5071 0.24742 0.000 0.356 0.000 0.564 0.076 0.004
#> SRR659001 5 0.4341 0.39802 0.000 0.004 0.000 0.356 0.616 0.024
#> SRR2170696 5 0.5212 0.38279 0.000 0.004 0.004 0.236 0.632 0.124
#> SRR816589 3 0.2658 0.70588 0.000 0.000 0.864 0.000 0.100 0.036
#> SRR1087487 3 0.1410 0.72922 0.000 0.004 0.944 0.000 0.008 0.044
#> SRR1329485 3 0.1088 0.73551 0.000 0.000 0.960 0.016 0.000 0.024
#> SRR816920 5 0.4791 0.08718 0.000 0.028 0.032 0.004 0.664 0.272
#> SRR1341432 1 0.0146 0.99089 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590 4 0.1471 0.55406 0.000 0.000 0.000 0.932 0.004 0.064
#> SRR817046 3 0.3348 0.69705 0.000 0.016 0.836 0.000 0.064 0.084
#> SRR1471331 3 0.1341 0.72895 0.000 0.000 0.948 0.024 0.000 0.028
#> SRR660788 5 0.3647 0.27821 0.000 0.004 0.052 0.000 0.788 0.156
#> SRR819234 1 0.0000 0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853 5 0.5484 0.18902 0.000 0.004 0.280 0.000 0.568 0.148
#> SRR809427 5 0.5730 0.01384 0.000 0.292 0.004 0.012 0.560 0.132
#> SRR2170217 4 0.4478 0.45081 0.000 0.104 0.000 0.716 0.176 0.004
#> SRR1386967 3 0.1003 0.73414 0.000 0.000 0.964 0.016 0.000 0.020
#> SRR1420344 2 0.6263 0.22507 0.000 0.468 0.000 0.304 0.208 0.020
#> SRR1334535 1 0.0000 0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503 2 0.5333 0.36193 0.000 0.612 0.000 0.004 0.180 0.204
#> SRR602564 6 0.7352 0.27783 0.000 0.304 0.128 0.204 0.000 0.364
#> SRR1420669 4 0.2540 0.53410 0.000 0.004 0.020 0.872 0.000 0.104
#> SRR819024 3 0.2151 0.71798 0.000 0.000 0.904 0.008 0.016 0.072
#> SRR656223 3 0.1624 0.72776 0.000 0.004 0.936 0.020 0.000 0.040
#> SRR608428 2 0.2186 0.59114 0.000 0.908 0.000 0.024 0.012 0.056
#> SRR1345647 1 0.0000 0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324 5 0.3838 0.37922 0.000 0.100 0.004 0.044 0.812 0.040
#> SRR1361368 5 0.4676 0.28011 0.000 0.036 0.000 0.416 0.544 0.004
#> SRR1322619 4 0.4601 0.41889 0.000 0.112 0.000 0.688 0.200 0.000
#> SRR1349276 4 0.1340 0.55841 0.000 0.000 0.004 0.948 0.008 0.040
#> SRR1404024 1 0.0146 0.99067 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1370637 5 0.4480 0.44293 0.000 0.044 0.000 0.304 0.648 0.004
#> SRR1452631 4 0.3269 0.49497 0.000 0.004 0.008 0.808 0.012 0.168
#> SRR608392 3 0.1536 0.72910 0.000 0.004 0.940 0.016 0.000 0.040
#> SRR1357757 2 0.6264 -0.17915 0.000 0.504 0.260 0.000 0.028 0.208
#> SRR1074646 4 0.4062 0.23969 0.000 0.004 0.000 0.640 0.344 0.012
#> SRR1367499 3 0.4186 0.59745 0.000 0.000 0.728 0.000 0.192 0.080
#> SRR1343501 3 0.5167 0.29266 0.000 0.000 0.500 0.000 0.412 0.088
#> SRR1394406 6 0.6270 0.43610 0.012 0.004 0.176 0.332 0.004 0.472
#> SRR1381435 3 0.3546 0.66810 0.000 0.004 0.808 0.000 0.112 0.076
#> SRR1467407 1 0.0146 0.99089 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422 6 0.5982 0.49000 0.000 0.104 0.368 0.000 0.036 0.492
#> SRR1380270 3 0.3473 0.64931 0.000 0.004 0.804 0.000 0.048 0.144
#> SRR1091817 2 0.6087 0.28283 0.000 0.496 0.000 0.240 0.252 0.012
#> SRR1440137 4 0.5600 0.37960 0.000 0.200 0.004 0.600 0.188 0.008
#> SRR614311 4 0.4721 -0.10095 0.000 0.036 0.000 0.496 0.464 0.004
#> SRR1407516 2 0.6508 0.49657 0.000 0.560 0.000 0.172 0.132 0.136
#> SRR815494 3 0.0692 0.73669 0.000 0.004 0.976 0.000 0.000 0.020
#> SRR1333209 4 0.4439 0.40003 0.000 0.064 0.000 0.692 0.240 0.004
#> SRR615177 2 0.5978 0.32091 0.000 0.528 0.004 0.008 0.256 0.204
#> SRR1099648 3 0.5087 0.31241 0.000 0.000 0.508 0.000 0.412 0.080
#> SRR659720 5 0.6055 -0.41079 0.000 0.024 0.136 0.000 0.464 0.376
#> SRR2185057 1 0.0146 0.99067 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1467125 1 0.0767 0.97527 0.976 0.012 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR657468 6 0.5509 0.42666 0.004 0.004 0.084 0.004 0.404 0.500
#> SRR660042 3 0.5391 -0.18849 0.000 0.000 0.492 0.116 0.000 0.392
#> SRR2170864 2 0.5259 0.46564 0.000 0.632 0.004 0.272 0.064 0.028
#> SRR1440491 4 0.3161 0.57346 0.000 0.052 0.028 0.868 0.024 0.028
#> SRR1440852 3 0.1942 0.72421 0.000 0.012 0.916 0.000 0.008 0.064
#> SRR811169 1 0.0000 0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311 4 0.2237 0.55792 0.000 0.024 0.004 0.904 0.064 0.004
#> SRR818009 1 0.0146 0.99067 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1351836 5 0.3816 0.38621 0.000 0.128 0.000 0.068 0.792 0.012
#> SRR1498313 2 0.1836 0.55782 0.000 0.928 0.012 0.008 0.004 0.048
#> SRR1441975 5 0.7464 -0.13385 0.000 0.344 0.012 0.188 0.352 0.104
#> SRR819096 1 0.0000 0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679 2 0.6985 -0.05098 0.000 0.372 0.060 0.000 0.280 0.288
#> SRR1489116 3 0.2237 0.72107 0.000 0.000 0.896 0.000 0.068 0.036
#> SRR1354138 3 0.1780 0.72074 0.000 0.000 0.924 0.028 0.000 0.048
#> SRR1490589 6 0.6091 0.40371 0.000 0.036 0.412 0.000 0.112 0.440
#> SRR1412987 4 0.3511 0.49654 0.000 0.008 0.008 0.780 0.008 0.196
#> SRR602034 3 0.0692 0.73695 0.000 0.004 0.976 0.000 0.000 0.020
#> SRR1353437 1 0.0000 0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871 6 0.6405 0.51525 0.000 0.040 0.156 0.000 0.364 0.440
#> SRR661577 2 0.5196 0.52817 0.000 0.692 0.000 0.056 0.096 0.156
#> SRR612190 4 0.4941 0.25240 0.000 0.000 0.124 0.640 0.000 0.236
#> SRR1399880 1 0.0291 0.98902 0.992 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1101787 5 0.4268 0.45283 0.000 0.004 0.000 0.272 0.684 0.040
#> SRR657869 1 0.0260 0.98838 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332 1 0.0000 0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039 1 0.0146 0.99089 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141 3 0.0603 0.73669 0.000 0.000 0.980 0.004 0.000 0.016
#> SRR1476697 1 0.0000 0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538 4 0.0993 0.56246 0.000 0.000 0.000 0.964 0.024 0.012
#> SRR1331422 1 0.0146 0.99067 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR660859 6 0.5188 0.68173 0.000 0.016 0.212 0.024 0.068 0.680
#> SRR1097594 1 0.0000 0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419 3 0.1341 0.72986 0.000 0.000 0.948 0.024 0.000 0.028
#> SRR1336706 3 0.0725 0.73785 0.000 0.000 0.976 0.000 0.012 0.012
#> SRR1472976 4 0.4866 0.15460 0.000 0.068 0.000 0.568 0.364 0.000
#> SRR1321307 1 0.0260 0.98838 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493 1 0.0000 0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461 3 0.1930 0.72703 0.000 0.000 0.916 0.000 0.048 0.036
#> SRR1477149 5 0.4810 0.46691 0.000 0.056 0.000 0.260 0.664 0.020
#> SRR1457397 3 0.4476 0.60800 0.000 0.052 0.748 0.012 0.020 0.168
#> SRR661913 3 0.3091 0.64484 0.000 0.004 0.824 0.024 0.000 0.148
#> SRR1069024 3 0.4293 0.59746 0.000 0.004 0.740 0.000 0.112 0.144
#> SRR2165634 1 0.0000 0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722 3 0.4647 0.39494 0.000 0.044 0.672 0.004 0.012 0.268
#> SRR1328642 4 0.7135 0.25287 0.000 0.148 0.016 0.500 0.220 0.116
#> SRR1488261 3 0.6206 -0.38965 0.004 0.004 0.396 0.220 0.000 0.376
#> SRR1318815 4 0.4122 0.36933 0.000 0.000 0.048 0.704 0.000 0.248
#> SRR816945 1 0.0000 0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432 2 0.3548 0.53963 0.000 0.824 0.000 0.028 0.048 0.100
#> SRR1359280 2 0.5849 0.54575 0.000 0.644 0.056 0.204 0.024 0.072
#> SRR1313910 4 0.4875 0.07469 0.000 0.052 0.000 0.544 0.400 0.004
#> SRR1457315 4 0.3872 0.44883 0.000 0.004 0.076 0.776 0.000 0.144
#> SRR815398 1 0.0000 0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958 3 0.2342 0.71305 0.000 0.000 0.888 0.004 0.020 0.088
#> SRR600688 4 0.5243 0.10709 0.000 0.008 0.068 0.552 0.004 0.368
#> SRR1098952 1 0.0146 0.99089 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916 3 0.1418 0.72823 0.000 0.000 0.944 0.024 0.000 0.032
#> SRR614167 3 0.4381 0.44024 0.000 0.000 0.692 0.072 0.000 0.236
#> SRR1348114 4 0.4437 0.22511 0.000 0.020 0.000 0.620 0.348 0.012
#> SRR658033 2 0.3687 0.62396 0.000 0.832 0.016 0.080 0.036 0.036
#> SRR1077503 6 0.6848 0.44277 0.000 0.076 0.364 0.000 0.164 0.396
#> SRR661854 3 0.5007 -0.21684 0.000 0.024 0.484 0.028 0.000 0.464
#> SRR811379 4 0.0972 0.56235 0.000 0.000 0.000 0.964 0.028 0.008
#> SRR1318857 5 0.4716 0.35049 0.000 0.044 0.000 0.376 0.576 0.004
#> SRR656445 3 0.5139 0.27795 0.000 0.000 0.492 0.000 0.424 0.084
#> SRR1433044 2 0.6963 0.56269 0.012 0.588 0.032 0.120 0.124 0.124
#> SRR1486391 1 0.0000 0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071 3 0.4833 -0.13718 0.000 0.004 0.520 0.012 0.024 0.440
#> SRR1364824 1 0.0000 0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133 1 0.0000 0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169 1 0.0000 0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745 5 0.5466 0.14654 0.000 0.004 0.320 0.000 0.548 0.128
#> SRR601038 3 0.5125 0.50780 0.000 0.004 0.636 0.000 0.220 0.140
#> SRR1360080 1 0.0000 0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868 6 0.6840 0.61481 0.000 0.088 0.240 0.000 0.192 0.480
#> SRR1485997 1 0.0000 0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560 5 0.4812 0.40641 0.000 0.004 0.000 0.224 0.668 0.104
#> SRR1333330 1 0.0146 0.99039 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513 6 0.6228 0.62081 0.000 0.052 0.172 0.000 0.220 0.556
#> SRR1328407 5 0.2459 0.38523 0.000 0.004 0.040 0.016 0.900 0.040
#> SRR602784 3 0.4990 0.47657 0.000 0.000 0.616 0.000 0.276 0.108
#> SRR1348468 4 0.2760 0.54738 0.000 0.000 0.004 0.868 0.076 0.052
#> SRR663717 4 0.3536 0.40797 0.000 0.004 0.000 0.736 0.252 0.008
#> SRR602217 4 0.6431 0.02987 0.000 0.020 0.112 0.484 0.352 0.032
#> SRR603140 6 0.6470 0.51216 0.000 0.028 0.204 0.000 0.376 0.392
#> SRR1340804 1 0.0000 0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574 3 0.2239 0.71982 0.000 0.000 0.900 0.008 0.020 0.072
#> SRR1333462 2 0.8987 0.38680 0.044 0.352 0.080 0.132 0.220 0.172
#> SRR1094601 1 0.0000 0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610 5 0.3251 0.38990 0.000 0.000 0.028 0.036 0.844 0.092
#> SRR1435833 4 0.5201 0.33063 0.000 0.120 0.000 0.608 0.268 0.004
#> SRR1398728 5 0.5340 0.42788 0.000 0.124 0.000 0.268 0.600 0.008
#> SRR1358343 4 0.4095 0.36268 0.004 0.004 0.008 0.692 0.008 0.284
#> SRR1410890 5 0.4781 0.44270 0.000 0.140 0.000 0.188 0.672 0.000
#> SRR1350371 1 0.0000 0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478 5 0.4601 0.43856 0.000 0.044 0.000 0.308 0.640 0.008
#> SRR1099260 3 0.3868 0.60903 0.000 0.012 0.772 0.000 0.044 0.172
#> SRR1433576 4 0.6260 -0.02286 0.000 0.000 0.168 0.468 0.336 0.028
#> SRR1345541 3 0.5993 -0.18538 0.000 0.004 0.472 0.296 0.000 0.228
#> SRR1086328 1 0.0520 0.98310 0.984 0.008 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR810391 3 0.3087 0.64593 0.000 0.004 0.820 0.012 0.004 0.160
#> SRR1476207 5 0.7016 -0.38429 0.000 0.080 0.240 0.000 0.424 0.256
#> SRR627435 4 0.6098 -0.21672 0.000 0.004 0.304 0.440 0.000 0.252
#> SRR1489862 1 0.0000 0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086 1 0.0000 0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539 1 0.0000 0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191 3 0.2201 0.71098 0.000 0.000 0.896 0.028 0.000 0.076
#> SRR1490115 3 0.2151 0.71918 0.000 0.008 0.904 0.000 0.016 0.072
#> SRR1377714 2 0.6128 0.29637 0.000 0.540 0.328 0.032 0.072 0.028
#> SRR819394 1 0.0000 0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161 4 0.5462 0.03322 0.000 0.032 0.056 0.520 0.000 0.392
#> SRR607042 3 0.3691 0.63745 0.000 0.004 0.788 0.000 0.060 0.148
#> SRR656203 4 0.4873 0.01621 0.000 0.060 0.000 0.520 0.420 0.000
#> SRR660602 3 0.4424 0.46669 0.000 0.000 0.632 0.000 0.324 0.044
#> SRR1440397 1 0.0260 0.98776 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264 1 0.0000 0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233 1 0.0146 0.99089 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249 5 0.4697 0.16283 0.000 0.028 0.000 0.464 0.500 0.008
#> SRR661242 4 0.2429 0.55546 0.000 0.008 0.064 0.896 0.004 0.028
#> SRR1332007 3 0.2285 0.72652 0.000 0.028 0.900 0.000 0.008 0.064
#> SRR809619 5 0.4634 0.44563 0.000 0.056 0.000 0.300 0.640 0.004
#> SRR819975 1 0.0000 0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281 2 0.3018 0.62515 0.000 0.868 0.004 0.064 0.028 0.036
#> SRR662366 3 0.1888 0.72148 0.000 0.000 0.916 0.012 0.004 0.068
#> SRR1317898 3 0.1801 0.72782 0.000 0.004 0.924 0.000 0.016 0.056
#> SRR1382485 4 0.2950 0.54555 0.000 0.016 0.028 0.864 0.004 0.088
#> SRR2166420 1 0.0146 0.99067 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1419429 1 0.0405 0.98513 0.988 0.004 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1092541 3 0.1299 0.73117 0.000 0.004 0.952 0.004 0.004 0.036
#> SRR817444 5 0.4828 0.26665 0.000 0.000 0.292 0.016 0.640 0.052
#> SRR1320403 4 0.5033 0.46818 0.000 0.172 0.024 0.712 0.020 0.072
#> SRR1101483 4 0.5089 -0.06738 0.000 0.044 0.000 0.496 0.444 0.016
#> SRR1331684 3 0.4338 0.64958 0.000 0.116 0.768 0.000 0.040 0.076
#> SRR1400054 6 0.6102 0.67848 0.000 0.004 0.224 0.088 0.088 0.596
#> SRR1406088 5 0.5931 0.08863 0.000 0.212 0.000 0.388 0.400 0.000
#> SRR820733 4 0.4773 0.31880 0.000 0.004 0.044 0.660 0.016 0.276
#> SRR1314113 6 0.6268 0.42468 0.012 0.004 0.196 0.348 0.000 0.440
#> SRR1382615 3 0.2701 0.69192 0.000 0.004 0.864 0.000 0.028 0.104
#> SRR1480745 1 0.0000 0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850 2 0.5210 0.48309 0.000 0.636 0.000 0.104 0.244 0.016
#> SRR656782 3 0.6176 -0.28735 0.000 0.004 0.408 0.000 0.276 0.312
#> SRR821364 1 0.0405 0.98625 0.988 0.004 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1101106 1 0.0520 0.98310 0.984 0.008 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR659295 3 0.8876 -0.13911 0.160 0.208 0.328 0.012 0.108 0.184
#> SRR1357103 3 0.3118 0.71364 0.000 0.000 0.836 0.000 0.072 0.092
#> SRR809185 4 0.1261 0.56528 0.000 0.004 0.008 0.956 0.004 0.028
#> SRR811583 4 0.5911 0.35693 0.000 0.196 0.040 0.608 0.004 0.152
#> SRR1468050 1 0.0000 0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224 4 0.4168 0.47856 0.000 0.212 0.008 0.740 0.020 0.020
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
sessionInfo()
#> R version 3.6.0 (2019-04-26)
#> Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
#> Running under: CentOS Linux 7 (Core)
#>
#> Matrix products: default
#> BLAS: /usr/lib64/libblas.so.3.4.2
#> LAPACK: /usr/lib64/liblapack.so.3.4.2
#>
#> locale:
#> [1] LC_CTYPE=en_GB.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=en_GB.UTF-8
#> [4] LC_COLLATE=en_GB.UTF-8 LC_MONETARY=en_GB.UTF-8 LC_MESSAGES=en_GB.UTF-8
#> [7] LC_PAPER=en_GB.UTF-8 LC_NAME=C LC_ADDRESS=C
#> [10] LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=en_GB.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
#>
#> attached base packages:
#> [1] grid stats graphics grDevices utils datasets methods base
#>
#> other attached packages:
#> [1] genefilter_1.66.0 ComplexHeatmap_2.3.1 markdown_1.1 knitr_1.26
#> [5] GetoptLong_0.1.7 cola_1.3.2
#>
#> loaded via a namespace (and not attached):
#> [1] circlize_0.4.8 shape_1.4.4 xfun_0.11 slam_0.1-46
#> [5] lattice_0.20-38 splines_3.6.0 colorspace_1.4-1 vctrs_0.2.0
#> [9] stats4_3.6.0 blob_1.2.0 XML_3.98-1.20 survival_2.44-1.1
#> [13] rlang_0.4.2 pillar_1.4.2 DBI_1.0.0 BiocGenerics_0.30.0
#> [17] bit64_0.9-7 RColorBrewer_1.1-2 matrixStats_0.55.0 stringr_1.4.0
#> [21] GlobalOptions_0.1.1 evaluate_0.14 memoise_1.1.0 Biobase_2.44.0
#> [25] IRanges_2.18.3 parallel_3.6.0 AnnotationDbi_1.46.1 highr_0.8
#> [29] Rcpp_1.0.3 xtable_1.8-4 backports_1.1.5 S4Vectors_0.22.1
#> [33] annotate_1.62.0 skmeans_0.2-11 bit_1.1-14 microbenchmark_1.4-7
#> [37] brew_1.0-6 impute_1.58.0 rjson_0.2.20 png_0.1-7
#> [41] digest_0.6.23 stringi_1.4.3 polyclip_1.10-0 clue_0.3-57
#> [45] tools_3.6.0 bitops_1.0-6 magrittr_1.5 eulerr_6.0.0
#> [49] RCurl_1.95-4.12 RSQLite_2.1.4 tibble_2.1.3 cluster_2.1.0
#> [53] crayon_1.3.4 pkgconfig_2.0.3 zeallot_0.1.0 Matrix_1.2-17
#> [57] xml2_1.2.2 httr_1.4.1 R6_2.4.1 mclust_5.4.5
#> [61] compiler_3.6.0