cola Report for recount2:GTEx_blood

Date: 2019-12-25 22:36:03 CET, cola version: 1.3.2

Document is loading...


Summary

All available functions which can be applied to this res_list object:

res_list
#> A 'ConsensusPartitionList' object with 24 methods.
#>   On a matrix with 17314 rows and 500 columns.
#>   Top rows are extracted by 'SD, CV, MAD, ATC' methods.
#>   Subgroups are detected by 'hclust, kmeans, skmeans, pam, mclust, NMF' method.
#>   Number of partitions are tried for k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   Performed in total 30000 partitions by row resampling.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartitionList' object:
#>  [1] "cola_report"           "collect_classes"       "collect_plots"         "collect_stats"        
#>  [5] "colnames"              "functional_enrichment" "get_anno_col"          "get_anno"             
#>  [9] "get_classes"           "get_matrix"            "get_membership"        "get_stats"            
#> [13] "is_best_k"             "is_stable_k"           "ncol"                  "nrow"                 
#> [17] "rownames"              "show"                  "suggest_best_k"        "test_to_known_factors"
#> [21] "top_rows_heatmap"      "top_rows_overlap"     
#> 
#> You can get result for a single method by, e.g. object["SD", "hclust"] or object["SD:hclust"]
#> or a subset of methods by object[c("SD", "CV")], c("hclust", "kmeans")]

The call of run_all_consensus_partition_methods() was:

#> run_all_consensus_partition_methods(data = mat, mc.cores = 4)

Dimension of the input matrix:

mat = get_matrix(res_list)
dim(mat)
#> [1] 17314   500

Density distribution

The density distribution for each sample is visualized as in one column in the following heatmap. The clustering is based on the distance which is the Kolmogorov-Smirnov statistic between two distributions.

library(ComplexHeatmap)
densityHeatmap(mat, ylab = "value", cluster_columns = TRUE, show_column_names = FALSE,
    mc.cores = 4)

plot of chunk density-heatmap

Suggest the best k

Folowing table shows the best k (number of partitions) for each combination of top-value methods and partition methods. Clicking on the method name in the table goes to the section for a single combination of methods.

The cola vignette explains the definition of the metrics used for determining the best number of partitions.

suggest_best_k(res_list)
The best k 1-PAC Mean silhouette Concordance Optional k
SD:hclust 2 1.000 1.000 1.000 **
SD:kmeans 2 1.000 1.000 1.000 **
SD:NMF 3 1.000 0.959 0.984 ** 2
CV:hclust 2 1.000 1.000 1.000 **
CV:kmeans 2 1.000 1.000 1.000 **
CV:pam 2 1.000 1.000 1.000 **
CV:mclust 2 1.000 0.999 1.000 **
CV:NMF 2 1.000 0.995 0.998 **
MAD:kmeans 2 1.000 1.000 1.000 **
MAD:mclust 3 1.000 0.981 0.991 ** 2
ATC:hclust 2 1.000 1.000 1.000 **
MAD:NMF 3 1.000 0.945 0.972 ** 2
ATC:kmeans 3 0.997 0.961 0.946 ** 2
ATC:NMF 2 0.983 0.966 0.986 **
SD:skmeans 4 0.964 0.935 0.974 ** 2,3
SD:mclust 4 0.954 0.945 0.972 ** 2,3
SD:pam 6 0.945 0.896 0.950 * 2,4,5
CV:skmeans 3 0.935 0.933 0.972 * 2
ATC:skmeans 5 0.930 0.920 0.967 * 2,4
ATC:pam 6 0.926 0.867 0.939 * 2,3,4
ATC:mclust 4 0.921 0.927 0.954 * 2
MAD:pam 6 0.909 0.783 0.904 * 2,4,5
MAD:skmeans 5 0.901 0.912 0.933 * 4
MAD:hclust 3 0.702 0.863 0.910

**: 1-PAC > 0.95, *: 1-PAC > 0.9

CDF of consensus matrices

Cumulative distribution function curves of consensus matrix for all methods.

collect_plots(res_list, fun = plot_ecdf)

plot of chunk collect-plots

Consensus heatmap

Consensus heatmaps for all methods. (What is a consensus heatmap?)

collect_plots(res_list, k = 2, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-consensus-heatmap-1

collect_plots(res_list, k = 3, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-consensus-heatmap-2

collect_plots(res_list, k = 4, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-consensus-heatmap-3

collect_plots(res_list, k = 5, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-consensus-heatmap-4

collect_plots(res_list, k = 6, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-consensus-heatmap-5

Membership heatmap

Membership heatmaps for all methods. (What is a membership heatmap?)

collect_plots(res_list, k = 2, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-membership-heatmap-1

collect_plots(res_list, k = 3, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-membership-heatmap-2

collect_plots(res_list, k = 4, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-membership-heatmap-3

collect_plots(res_list, k = 5, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-membership-heatmap-4

collect_plots(res_list, k = 6, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-membership-heatmap-5

Signature heatmap

Signature heatmaps for all methods. (What is a signature heatmap?)

Note in following heatmaps, rows are scaled.

collect_plots(res_list, k = 2, fun = get_signatures, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-get-signatures-1

collect_plots(res_list, k = 3, fun = get_signatures, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-get-signatures-2

collect_plots(res_list, k = 4, fun = get_signatures, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-get-signatures-3

collect_plots(res_list, k = 5, fun = get_signatures, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-get-signatures-4

collect_plots(res_list, k = 6, fun = get_signatures, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-get-signatures-5

Statistics table

The statistics used for measuring the stability of consensus partitioning. (How are they defined?)

get_stats(res_list, k = 2)
#>             k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> SD:NMF      2 1.000           0.983       0.993          0.375 0.624   0.624
#> CV:NMF      2 1.000           0.995       0.998          0.361 0.641   0.641
#> MAD:NMF     2 0.967           0.942       0.977          0.396 0.598   0.598
#> ATC:NMF     2 0.983           0.966       0.986          0.380 0.626   0.626
#> SD:skmeans  2 1.000           0.963       0.985          0.394 0.607   0.607
#> CV:skmeans  2 1.000           0.978       0.991          0.377 0.628   0.628
#> MAD:skmeans 2 0.719           0.897       0.952          0.427 0.589   0.589
#> ATC:skmeans 2 1.000           0.986       0.995          0.432 0.570   0.570
#> SD:mclust   2 1.000           1.000       1.000          0.358 0.643   0.643
#> CV:mclust   2 1.000           0.999       1.000          0.357 0.643   0.643
#> MAD:mclust  2 1.000           1.000       1.000          0.358 0.643   0.643
#> ATC:mclust  2 1.000           1.000       1.000          0.358 0.643   0.643
#> SD:kmeans   2 1.000           1.000       1.000          0.358 0.643   0.643
#> CV:kmeans   2 1.000           1.000       1.000          0.358 0.643   0.643
#> MAD:kmeans  2 1.000           1.000       1.000          0.358 0.643   0.643
#> ATC:kmeans  2 1.000           1.000       1.000          0.358 0.643   0.643
#> SD:pam      2 1.000           1.000       1.000          0.358 0.643   0.643
#> CV:pam      2 1.000           1.000       1.000          0.358 0.643   0.643
#> MAD:pam     2 1.000           1.000       1.000          0.358 0.643   0.643
#> ATC:pam     2 1.000           1.000       1.000          0.358 0.643   0.643
#> SD:hclust   2 1.000           1.000       1.000          0.358 0.643   0.643
#> CV:hclust   2 1.000           1.000       1.000          0.358 0.643   0.643
#> MAD:hclust  2 0.465           0.884       0.894          0.387 0.643   0.643
#> ATC:hclust  2 1.000           1.000       1.000          0.358 0.643   0.643
get_stats(res_list, k = 3)
#>             k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> SD:NMF      3 1.000           0.959       0.984          0.750 0.692   0.517
#> CV:NMF      3 0.685           0.941       0.885          0.688 0.704   0.540
#> MAD:NMF     3 1.000           0.945       0.972          0.651 0.698   0.515
#> ATC:NMF     3 0.693           0.746       0.892          0.664 0.713   0.544
#> SD:skmeans  3 0.932           0.936       0.974          0.673 0.719   0.543
#> CV:skmeans  3 0.935           0.933       0.972          0.726 0.709   0.541
#> MAD:skmeans 3 0.863           0.878       0.952          0.546 0.723   0.540
#> ATC:skmeans 3 0.779           0.923       0.954          0.194 0.936   0.889
#> SD:mclust   3 0.981           0.951       0.981          0.753 0.733   0.585
#> CV:mclust   3 0.792           0.872       0.932          0.720 0.733   0.585
#> MAD:mclust  3 1.000           0.981       0.991          0.725 0.744   0.601
#> ATC:mclust  3 0.728           0.829       0.913          0.764 0.712   0.552
#> SD:kmeans   3 0.747           0.804       0.871          0.733 0.706   0.543
#> CV:kmeans   3 0.646           0.909       0.907          0.718 0.705   0.542
#> MAD:kmeans  3 0.578           0.323       0.725          0.718 0.925   0.884
#> ATC:kmeans  3 0.997           0.961       0.946          0.747 0.707   0.544
#> SD:pam      3 0.874           0.883       0.950          0.822 0.705   0.541
#> CV:pam      3 0.834           0.919       0.960          0.809 0.707   0.544
#> MAD:pam     3 0.898           0.903       0.961          0.820 0.705   0.541
#> ATC:pam     3 0.991           0.950       0.979          0.812 0.709   0.547
#> SD:hclust   3 0.616           0.859       0.895          0.660 0.725   0.572
#> CV:hclust   3 0.951           0.936       0.954          0.120 0.970   0.953
#> MAD:hclust  3 0.702           0.863       0.910          0.528 0.725   0.572
#> ATC:hclust  3 0.679           0.819       0.913          0.683 0.735   0.588
get_stats(res_list, k = 4)
#>             k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> SD:NMF      4 0.884           0.853       0.931         0.1006 0.905   0.733
#> CV:NMF      4 0.795           0.754       0.884         0.1571 0.979   0.941
#> MAD:NMF     4 0.835           0.789       0.901         0.0725 0.961   0.890
#> ATC:NMF     4 0.649           0.657       0.799         0.1463 0.828   0.558
#> SD:skmeans  4 0.964           0.935       0.974         0.1148 0.891   0.695
#> CV:skmeans  4 0.817           0.856       0.913         0.1221 0.849   0.603
#> MAD:skmeans 4 0.955           0.935       0.974         0.1186 0.876   0.658
#> ATC:skmeans 4 0.980           0.933       0.975         0.3227 0.799   0.610
#> SD:mclust   4 0.954           0.945       0.972         0.1942 0.851   0.615
#> CV:mclust   4 0.806           0.817       0.916         0.1994 0.829   0.579
#> MAD:mclust  4 0.805           0.894       0.928         0.2036 0.849   0.617
#> ATC:mclust  4 0.921           0.927       0.954         0.1838 0.855   0.613
#> SD:kmeans   4 0.743           0.900       0.898         0.1581 0.885   0.682
#> CV:kmeans   4 0.703           0.653       0.806         0.1596 0.886   0.694
#> MAD:kmeans  4 0.744           0.890       0.893         0.1728 0.635   0.386
#> ATC:kmeans  4 0.738           0.817       0.859         0.1375 0.797   0.504
#> SD:pam      4 0.966           0.929       0.972         0.1411 0.871   0.647
#> CV:pam      4 0.751           0.757       0.873         0.1052 0.923   0.785
#> MAD:pam     4 0.971           0.940       0.975         0.1422 0.855   0.613
#> ATC:pam     4 0.912           0.900       0.960         0.1408 0.853   0.613
#> SD:hclust   4 0.609           0.785       0.856         0.2093 0.882   0.681
#> CV:hclust   4 0.855           0.774       0.908         0.0677 0.985   0.975
#> MAD:hclust  4 0.633           0.722       0.781         0.2027 0.888   0.694
#> ATC:hclust  4 0.666           0.714       0.857         0.1278 0.887   0.722
get_stats(res_list, k = 5)
#>             k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> SD:NMF      5 0.837           0.776       0.889         0.0398 0.935   0.779
#> CV:NMF      5 0.813           0.829       0.898         0.0770 0.866   0.617
#> MAD:NMF     5 0.811           0.817       0.881         0.0821 0.888   0.672
#> ATC:NMF     5 0.691           0.619       0.747         0.0598 0.919   0.712
#> SD:skmeans  5 0.883           0.833       0.916         0.0611 0.920   0.716
#> CV:skmeans  5 0.878           0.859       0.933         0.0561 0.942   0.788
#> MAD:skmeans 5 0.901           0.912       0.933         0.0639 0.937   0.764
#> ATC:skmeans 5 0.930           0.920       0.967         0.0616 0.924   0.773
#> SD:mclust   5 0.859           0.843       0.918         0.0484 0.909   0.672
#> CV:mclust   5 0.714           0.625       0.761         0.0576 0.902   0.651
#> MAD:mclust  5 0.862           0.837       0.915         0.0585 0.912   0.682
#> ATC:mclust  5 0.797           0.737       0.857         0.0480 0.887   0.605
#> SD:kmeans   5 0.813           0.668       0.834         0.0754 0.978   0.919
#> CV:kmeans   5 0.715           0.770       0.825         0.0612 0.890   0.648
#> MAD:kmeans  5 0.807           0.772       0.852         0.0701 0.964   0.865
#> ATC:kmeans  5 0.741           0.786       0.816         0.0849 0.860   0.545
#> SD:pam      5 0.903           0.879       0.913         0.0688 0.935   0.752
#> CV:pam      5 0.696           0.560       0.754         0.0681 0.879   0.621
#> MAD:pam     5 0.917           0.927       0.953         0.0665 0.934   0.747
#> ATC:pam     5 0.837           0.793       0.884         0.0605 0.901   0.656
#> SD:hclust   5 0.716           0.737       0.829         0.0675 0.955   0.829
#> CV:hclust   5 0.663           0.728       0.865         0.0919 0.989   0.982
#> MAD:hclust  5 0.721           0.780       0.862         0.0831 0.943   0.788
#> ATC:hclust  5 0.698           0.666       0.801         0.0513 0.919   0.756
get_stats(res_list, k = 6)
#>             k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> SD:NMF      6 0.806           0.709       0.850         0.0373 0.927   0.730
#> CV:NMF      6 0.840           0.824       0.901         0.0417 0.957   0.821
#> MAD:NMF     6 0.784           0.706       0.846         0.0367 0.923   0.716
#> ATC:NMF     6 0.711           0.552       0.726         0.0410 0.932   0.724
#> SD:skmeans  6 0.851           0.798       0.852         0.0343 0.902   0.612
#> CV:skmeans  6 0.836           0.763       0.869         0.0489 0.916   0.664
#> MAD:skmeans 6 0.865           0.818       0.884         0.0364 0.959   0.810
#> ATC:skmeans 6 0.879           0.791       0.913         0.0402 0.946   0.812
#> SD:mclust   6 0.885           0.803       0.894         0.0390 0.953   0.788
#> CV:mclust   6 0.703           0.606       0.739         0.0285 0.927   0.683
#> MAD:mclust  6 0.850           0.827       0.907         0.0348 0.918   0.656
#> ATC:mclust  6 0.804           0.747       0.819         0.0348 0.912   0.639
#> SD:kmeans   6 0.779           0.626       0.751         0.0421 0.942   0.786
#> CV:kmeans   6 0.759           0.715       0.780         0.0526 0.987   0.946
#> MAD:kmeans  6 0.799           0.739       0.807         0.0467 0.941   0.759
#> ATC:kmeans  6 0.738           0.692       0.780         0.0499 0.924   0.670
#> SD:pam      6 0.945           0.896       0.950         0.0286 0.942   0.739
#> CV:pam      6 0.718           0.649       0.768         0.0510 0.918   0.670
#> MAD:pam     6 0.909           0.783       0.904         0.0310 0.965   0.833
#> ATC:pam     6 0.926           0.867       0.939         0.0458 0.900   0.593
#> SD:hclust   6 0.754           0.716       0.807         0.0298 0.986   0.940
#> CV:hclust   6 0.626           0.652       0.830         0.1091 0.899   0.833
#> MAD:hclust  6 0.774           0.787       0.859         0.0342 0.976   0.895
#> ATC:hclust  6 0.692           0.646       0.807         0.0686 0.898   0.656

Following heatmap plots the partition for each combination of methods and the lightness correspond to the silhouette scores for samples in each method. On top the consensus subgroup is inferred from all methods by taking the mean silhouette scores as weight.

collect_stats(res_list, k = 2)

plot of chunk tab-collect-stats-from-consensus-partition-list-1

collect_stats(res_list, k = 3)

plot of chunk tab-collect-stats-from-consensus-partition-list-2

collect_stats(res_list, k = 4)

plot of chunk tab-collect-stats-from-consensus-partition-list-3

collect_stats(res_list, k = 5)

plot of chunk tab-collect-stats-from-consensus-partition-list-4

collect_stats(res_list, k = 6)

plot of chunk tab-collect-stats-from-consensus-partition-list-5

Partition from all methods

Collect partitions from all methods:

collect_classes(res_list, k = 2)

plot of chunk tab-collect-classes-from-consensus-partition-list-1

collect_classes(res_list, k = 3)

plot of chunk tab-collect-classes-from-consensus-partition-list-2

collect_classes(res_list, k = 4)

plot of chunk tab-collect-classes-from-consensus-partition-list-3

collect_classes(res_list, k = 5)

plot of chunk tab-collect-classes-from-consensus-partition-list-4

collect_classes(res_list, k = 6)

plot of chunk tab-collect-classes-from-consensus-partition-list-5

Top rows overlap

Overlap of top rows from different top-row methods:

top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "euler")

plot of chunk tab-top-rows-overlap-by-euler-1

top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "euler")

plot of chunk tab-top-rows-overlap-by-euler-2

top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "euler")

plot of chunk tab-top-rows-overlap-by-euler-3

top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "euler")

plot of chunk tab-top-rows-overlap-by-euler-4

top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "euler")

plot of chunk tab-top-rows-overlap-by-euler-5

Also visualize the correspondance of rankings between different top-row methods:

top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "correspondance")

plot of chunk tab-top-rows-overlap-by-correspondance-1

top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "correspondance")

plot of chunk tab-top-rows-overlap-by-correspondance-2

top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "correspondance")

plot of chunk tab-top-rows-overlap-by-correspondance-3

top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "correspondance")

plot of chunk tab-top-rows-overlap-by-correspondance-4

top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "correspondance")

plot of chunk tab-top-rows-overlap-by-correspondance-5

Heatmaps of the top rows:

top_rows_heatmap(res_list, top_n = 1000)

plot of chunk tab-top-rows-heatmap-1

top_rows_heatmap(res_list, top_n = 2000)

plot of chunk tab-top-rows-heatmap-2

top_rows_heatmap(res_list, top_n = 3000)

plot of chunk tab-top-rows-heatmap-3

top_rows_heatmap(res_list, top_n = 4000)

plot of chunk tab-top-rows-heatmap-4

top_rows_heatmap(res_list, top_n = 5000)

plot of chunk tab-top-rows-heatmap-5

Results for each method


SD:hclust**

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["SD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:hclust"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 17314 rows and 500 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#>   Subgroups are detected by 'hclust' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 2.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk SD-hclust-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk SD-hclust-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 1.000           1.000       1.000         0.3577 0.643   0.643
#> 3 3 0.616           0.859       0.895         0.6602 0.725   0.572
#> 4 4 0.609           0.785       0.856         0.2093 0.882   0.681
#> 5 5 0.716           0.737       0.829         0.0675 0.955   0.829
#> 6 6 0.754           0.716       0.807         0.0298 0.986   0.940

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 2

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>            class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1500170     2       0          1  0  1
#> SRR1402368     2       0          1  0  1
#> SRR607743      2       0          1  0  1
#> SRR1457375     2       0          1  0  1
#> SRR1470923     1       0          1  1  0
#> SRR817954      1       0          1  1  0
#> SRR809259      1       0          1  1  0
#> SRR1439785     2       0          1  0  1
#> SRR814768      1       0          1  1  0
#> SRR1102031     2       0          1  0  1
#> SRR1363611     2       0          1  0  1
#> SRR1468447     2       0          1  0  1
#> SRR1071931     2       0          1  0  1
#> SRR810981      1       0          1  1  0
#> SRR615299      2       0          1  0  1
#> SRR663585      2       0          1  0  1
#> SRR1326773     2       0          1  0  1
#> SRR1351166     2       0          1  0  1
#> SRR1477452     1       0          1  1  0
#> SRR1084720     2       0          1  0  1
#> SRR1420320     2       0          1  0  1
#> SRR1081712     2       0          1  0  1
#> SRR1318241     2       0          1  0  1
#> SRR1333718     2       0          1  0  1
#> SRR1313514     2       0          1  0  1
#> SRR1477861     2       0          1  0  1
#> SRR1318005     2       0          1  0  1
#> SRR1354665     2       0          1  0  1
#> SRR657707      2       0          1  0  1
#> SRR1370742     2       0          1  0  1
#> SRR1412947     2       0          1  0  1
#> SRR661553      2       0          1  0  1
#> SRR1328869     1       0          1  1  0
#> SRR662211      2       0          1  0  1
#> SRR1348181     2       0          1  0  1
#> SRR1416560     2       0          1  0  1
#> SRR1319772     2       0          1  0  1
#> SRR1091452     2       0          1  0  1
#> SRR1338812     1       0          1  1  0
#> SRR1392072     2       0          1  0  1
#> SRR814844      2       0          1  0  1
#> SRR1376619     2       0          1  0  1
#> SRR603690      2       0          1  0  1
#> SRR2184980     2       0          1  0  1
#> SRR613963      2       0          1  0  1
#> SRR1323422     1       0          1  1  0
#> SRR1397673     2       0          1  0  1
#> SRR1434650     2       0          1  0  1
#> SRR659875      2       0          1  0  1
#> SRR1465734     2       0          1  0  1
#> SRR1076847     2       0          1  0  1
#> SRR1415072     1       0          1  1  0
#> SRR659319      2       0          1  0  1
#> SRR663088      2       0          1  0  1
#> SRR1352021     1       0          1  1  0
#> SRR1325527     1       0          1  1  0
#> SRR1105369     1       0          1  1  0
#> SRR659935      2       0          1  0  1
#> SRR1352530     2       0          1  0  1
#> SRR662594      2       0          1  0  1
#> SRR1095309     1       0          1  1  0
#> SRR615647      2       0          1  0  1
#> SRR813019      2       0          1  0  1
#> SRR1374647     2       0          1  0  1
#> SRR603472      2       0          1  0  1
#> SRR661529      2       0          1  0  1
#> SRR607018      2       0          1  0  1
#> SRR627423      2       0          1  0  1
#> SRR654921      2       0          1  0  1
#> SRR1418968     1       0          1  1  0
#> SRR660871      2       0          1  0  1
#> SRR1330522     2       0          1  0  1
#> SRR1499958     2       0          1  0  1
#> SRR614059      2       0          1  0  1
#> SRR1071403     1       0          1  1  0
#> SRR1486719     2       0          1  0  1
#> SRR1440421     2       0          1  0  1
#> SRR1310412     2       0          1  0  1
#> SRR614767      2       0          1  0  1
#> SRR820709      1       0          1  1  0
#> SRR1471500     1       0          1  1  0
#> SRR658093      2       0          1  0  1
#> SRR1088168     2       0          1  0  1
#> SRR1418707     2       0          1  0  1
#> SRR1354291     2       0          1  0  1
#> SRR2165806     1       0          1  1  0
#> SRR1415684     2       0          1  0  1
#> SRR1433860     2       0          1  0  1
#> SRR1311062     2       0          1  0  1
#> SRR1360359     1       0          1  1  0
#> SRR661385      2       0          1  0  1
#> SRR615407      2       0          1  0  1
#> SRR1413892     2       0          1  0  1
#> SRR1443459     2       0          1  0  1
#> SRR1338942     1       0          1  1  0
#> SRR657480      2       0          1  0  1
#> SRR1399433     2       0          1  0  1
#> SRR818537      2       0          1  0  1
#> SRR1101324     2       0          1  0  1
#> SRR807637      2       0          1  0  1
#> SRR1091918     1       0          1  1  0
#> SRR598300      2       0          1  0  1
#> SRR1085426     1       0          1  1  0
#> SRR1376294     2       0          1  0  1
#> SRR813891      1       0          1  1  0
#> SRR1467431     2       0          1  0  1
#> SRR658742      2       0          1  0  1
#> SRR1419234     1       0          1  1  0
#> SRR1404813     2       0          1  0  1
#> SRR603496      2       0          1  0  1
#> SRR1407758     2       0          1  0  1
#> SRR810945      2       0          1  0  1
#> SRR817234      2       0          1  0  1
#> SRR1444852     2       0          1  0  1
#> SRR660378      2       0          1  0  1
#> SRR1467835     2       0          1  0  1
#> SRR1338964     2       0          1  0  1
#> SRR1079259     2       0          1  0  1
#> SRR1072345     2       0          1  0  1
#> SRR598725      2       0          1  0  1
#> SRR1447938     1       0          1  1  0
#> SRR1356397     1       0          1  1  0
#> SRR1360460     2       0          1  0  1
#> SRR1429468     2       0          1  0  1
#> SRR1446850     2       0          1  0  1
#> SRR1320363     2       0          1  0  1
#> SRR1413810     2       0          1  0  1
#> SRR598831      2       0          1  0  1
#> SRR1381865     1       0          1  1  0
#> SRR660957      2       0          1  0  1
#> SRR1491332     2       0          1  0  1
#> SRR1099744     2       0          1  0  1
#> SRR1464618     2       0          1  0  1
#> SRR1414559     2       0          1  0  1
#> SRR1337540     2       0          1  0  1
#> SRR1444283     1       0          1  1  0
#> SRR2184942     2       0          1  0  1
#> SRR660295      1       0          1  1  0
#> SRR601335      2       0          1  0  1
#> SRR1363742     2       0          1  0  1
#> SRR1345847     2       0          1  0  1
#> SRR614960      2       0          1  0  1
#> SRR819919      1       0          1  1  0
#> SRR603330      2       0          1  0  1
#> SRR1327951     1       0          1  1  0
#> SRR1401885     1       0          1  1  0
#> SRR1345266     2       0          1  0  1
#> SRR1338055     2       0          1  0  1
#> SRR1430157     2       0          1  0  1
#> SRR1320137     2       0          1  0  1
#> SRR1093483     1       0          1  1  0
#> SRR1341080     1       0          1  1  0
#> SRR1459913     2       0          1  0  1
#> SRR2170490     1       0          1  1  0
#> SRR1479845     2       0          1  0  1
#> SRR1436420     1       0          1  1  0
#> SRR1481060     2       0          1  0  1
#> SRR662282      2       0          1  0  1
#> SRR1487089     2       0          1  0  1
#> SRR1075683     1       0          1  1  0
#> SRR1338536     1       0          1  1  0
#> SRR1338880     2       0          1  0  1
#> SRR1453456     2       0          1  0  1
#> SRR1457895     1       0          1  1  0
#> SRR1440603     2       0          1  0  1
#> SRR658633      2       0          1  0  1
#> SRR1388081     2       0          1  0  1
#> SRR813339      2       0          1  0  1
#> SRR809725      1       0          1  1  0
#> SRR627441      2       0          1  0  1
#> SRR613603      2       0          1  0  1
#> SRR1096571     2       0          1  0  1
#> SRR1392701     1       0          1  1  0
#> SRR1344326     1       0          1  1  0
#> SRR1367693     2       0          1  0  1
#> SRR660697      2       0          1  0  1
#> SRR1489926     2       0          1  0  1
#> SRR811491      2       0          1  0  1
#> SRR1311644     2       0          1  0  1
#> SRR1451740     2       0          1  0  1
#> SRR615117      2       0          1  0  1
#> SRR1391748     2       0          1  0  1
#> SRR1466556     2       0          1  0  1
#> SRR614972      2       0          1  0  1
#> SRR1406200     1       0          1  1  0
#> SRR819210      2       0          1  0  1
#> SRR662174      1       0          1  1  0
#> SRR811988      1       0          1  1  0
#> SRR663236      2       0          1  0  1
#> SRR1312598     2       0          1  0  1
#> SRR1330129     2       0          1  0  1
#> SRR1357781     2       0          1  0  1
#> SRR1315517     2       0          1  0  1
#> SRR1400032     2       0          1  0  1
#> SRR1413722     1       0          1  1  0
#> SRR612827      2       0          1  0  1
#> SRR814794      1       0          1  1  0
#> SRR819430      1       0          1  1  0
#> SRR1395509     2       0          1  0  1
#> SRR808728      2       0          1  0  1
#> SRR1070813     2       0          1  0  1
#> SRR1389133     2       0          1  0  1
#> SRR601263      2       0          1  0  1
#> SRR604718      2       0          1  0  1
#> SRR1481351     2       0          1  0  1
#> SRR1334608     2       0          1  0  1
#> SRR658681      2       0          1  0  1
#> SRR809283      2       0          1  0  1
#> SRR1459300     1       0          1  1  0
#> SRR1392547     2       0          1  0  1
#> SRR811049      2       0          1  0  1
#> SRR1464835     2       0          1  0  1
#> SRR1339619     2       0          1  0  1
#> SRR658501      2       0          1  0  1
#> SRR1447523     2       0          1  0  1
#> SRR1415048     1       0          1  1  0
#> SRR1355451     1       0          1  1  0
#> SRR1444348     2       0          1  0  1
#> SRR603890      2       0          1  0  1
#> SRR810595      2       0          1  0  1
#> SRR1446244     2       0          1  0  1
#> SRR817373      2       0          1  0  1
#> SRR1457291     2       0          1  0  1
#> SRR598220      2       0          1  0  1
#> SRR1477991     2       0          1  0  1
#> SRR598172      2       0          1  0  1
#> SRR1349032     2       0          1  0  1
#> SRR604002      2       0          1  0  1
#> SRR1378026     2       0          1  0  1
#> SRR1404401     2       0          1  0  1
#> SRR1333240     2       0          1  0  1
#> SRR1089399     2       0          1  0  1
#> SRR603421      2       0          1  0  1
#> SRR812562      1       0          1  1  0
#> SRR808520      2       0          1  0  1
#> SRR811839      1       0          1  1  0
#> SRR814317      2       0          1  0  1
#> SRR1436763     2       0          1  0  1
#> SRR1486021     2       0          1  0  1
#> SRR1465018     2       0          1  0  1
#> SRR1080998     2       0          1  0  1
#> SRR1083432     2       0          1  0  1
#> SRR1082833     1       0          1  1  0
#> SRR1465804     1       0          1  1  0
#> SRR1326536     2       0          1  0  1
#> SRR614011      2       0          1  0  1
#> SRR1365873     2       0          1  0  1
#> SRR1498789     2       0          1  0  1
#> SRR601581      2       0          1  0  1
#> SRR603566      2       0          1  0  1
#> SRR1373981     1       0          1  1  0
#> SRR821410      2       0          1  0  1
#> SRR1076511     2       0          1  0  1
#> SRR614143      2       0          1  0  1
#> SRR1333570     2       0          1  0  1
#> SRR1366813     2       0          1  0  1
#> SRR1388746     1       0          1  1  0
#> SRR1420558     2       0          1  0  1
#> SRR1409510     2       0          1  0  1
#> SRR816250      2       0          1  0  1
#> SRR614131      2       0          1  0  1
#> SRR1331130     1       0          1  1  0
#> SRR1316015     2       0          1  0  1
#> SRR1470798     2       0          1  0  1
#> SRR614179      2       0          1  0  1
#> SRR1474863     2       0          1  0  1
#> SRR813560      2       0          1  0  1
#> SRR1312187     2       0          1  0  1
#> SRR1420960     2       0          1  0  1
#> SRR1355102     2       0          1  0  1
#> SRR1084577     2       0          1  0  1
#> SRR659971      2       0          1  0  1
#> SRR1350855     2       0          1  0  1
#> SRR820779      2       0          1  0  1
#> SRR1476300     2       0          1  0  1
#> SRR1090907     2       0          1  0  1
#> SRR662294      2       0          1  0  1
#> SRR1480789     2       0          1  0  1
#> SRR1336263     2       0          1  0  1
#> SRR660776      1       0          1  1  0
#> SRR1090508     2       0          1  0  1
#> SRR615563      2       0          1  0  1
#> SRR1101175     1       0          1  1  0
#> SRR2164650     2       0          1  0  1
#> SRR1431205     2       0          1  0  1
#> SRR1339856     2       0          1  0  1
#> SRR1352147     2       0          1  0  1
#> SRR808968      1       0          1  1  0
#> SRR627419      2       0          1  0  1
#> SRR1402391     1       0          1  1  0
#> SRR663609      2       0          1  0  1
#> SRR2167857     2       0          1  0  1
#> SRR1398752     1       0          1  1  0
#> SRR1469169     1       0          1  1  0
#> SRR1405437     2       0          1  0  1
#> SRR1416955     1       0          1  1  0
#> SRR1317064     2       0          1  0  1
#> SRR659001      2       0          1  0  1
#> SRR2170696     2       0          1  0  1
#> SRR816589      2       0          1  0  1
#> SRR1087487     2       0          1  0  1
#> SRR1329485     2       0          1  0  1
#> SRR816920      2       0          1  0  1
#> SRR1341432     1       0          1  1  0
#> SRR1361590     2       0          1  0  1
#> SRR817046      2       0          1  0  1
#> SRR1471331     2       0          1  0  1
#> SRR660788      2       0          1  0  1
#> SRR819234      1       0          1  1  0
#> SRR810853      2       0          1  0  1
#> SRR809427      2       0          1  0  1
#> SRR2170217     2       0          1  0  1
#> SRR1386967     2       0          1  0  1
#> SRR1420344     2       0          1  0  1
#> SRR1334535     1       0          1  1  0
#> SRR614503      2       0          1  0  1
#> SRR602564      2       0          1  0  1
#> SRR1420669     2       0          1  0  1
#> SRR819024      2       0          1  0  1
#> SRR656223      2       0          1  0  1
#> SRR608428      2       0          1  0  1
#> SRR1345647     1       0          1  1  0
#> SRR1389324     2       0          1  0  1
#> SRR1361368     2       0          1  0  1
#> SRR1322619     2       0          1  0  1
#> SRR1349276     2       0          1  0  1
#> SRR1404024     1       0          1  1  0
#> SRR1370637     2       0          1  0  1
#> SRR1452631     2       0          1  0  1
#> SRR608392      2       0          1  0  1
#> SRR1357757     2       0          1  0  1
#> SRR1074646     2       0          1  0  1
#> SRR1367499     2       0          1  0  1
#> SRR1343501     2       0          1  0  1
#> SRR1394406     2       0          1  0  1
#> SRR1381435     2       0          1  0  1
#> SRR1467407     1       0          1  1  0
#> SRR1092422     2       0          1  0  1
#> SRR1380270     2       0          1  0  1
#> SRR1091817     2       0          1  0  1
#> SRR1440137     2       0          1  0  1
#> SRR614311      2       0          1  0  1
#> SRR1407516     2       0          1  0  1
#> SRR815494      2       0          1  0  1
#> SRR1333209     2       0          1  0  1
#> SRR615177      2       0          1  0  1
#> SRR1099648     2       0          1  0  1
#> SRR659720      2       0          1  0  1
#> SRR2185057     1       0          1  1  0
#> SRR1467125     1       0          1  1  0
#> SRR657468      2       0          1  0  1
#> SRR660042      2       0          1  0  1
#> SRR2170864     2       0          1  0  1
#> SRR1440491     2       0          1  0  1
#> SRR1440852     2       0          1  0  1
#> SRR811169      1       0          1  1  0
#> SRR1331311     2       0          1  0  1
#> SRR818009      1       0          1  1  0
#> SRR1351836     2       0          1  0  1
#> SRR1498313     2       0          1  0  1
#> SRR1441975     2       0          1  0  1
#> SRR819096      1       0          1  1  0
#> SRR1073679     2       0          1  0  1
#> SRR1489116     2       0          1  0  1
#> SRR1354138     2       0          1  0  1
#> SRR1490589     2       0          1  0  1
#> SRR1412987     2       0          1  0  1
#> SRR602034      2       0          1  0  1
#> SRR1353437     1       0          1  1  0
#> SRR1072871     2       0          1  0  1
#> SRR661577      2       0          1  0  1
#> SRR612190      2       0          1  0  1
#> SRR1399880     1       0          1  1  0
#> SRR1101787     2       0          1  0  1
#> SRR657869      1       0          1  1  0
#> SRR1446332     1       0          1  1  0
#> SRR816039      1       0          1  1  0
#> SRR1485141     2       0          1  0  1
#> SRR1476697     1       0          1  1  0
#> SRR1379538     2       0          1  0  1
#> SRR1331422     1       0          1  1  0
#> SRR660859      2       0          1  0  1
#> SRR1097594     1       0          1  1  0
#> SRR1311419     2       0          1  0  1
#> SRR1336706     2       0          1  0  1
#> SRR1472976     2       0          1  0  1
#> SRR1321307     1       0          1  1  0
#> SRR807493      1       0          1  1  0
#> SRR812461      2       0          1  0  1
#> SRR1477149     2       0          1  0  1
#> SRR1457397     2       0          1  0  1
#> SRR661913      2       0          1  0  1
#> SRR1069024     2       0          1  0  1
#> SRR2165634     1       0          1  1  0
#> SRR1478722     2       0          1  0  1
#> SRR1328642     2       0          1  0  1
#> SRR1488261     2       0          1  0  1
#> SRR1318815     2       0          1  0  1
#> SRR816945      1       0          1  1  0
#> SRR1367432     2       0          1  0  1
#> SRR1359280     2       0          1  0  1
#> SRR1313910     2       0          1  0  1
#> SRR1457315     2       0          1  0  1
#> SRR815398      1       0          1  1  0
#> SRR656958      2       0          1  0  1
#> SRR600688      2       0          1  0  1
#> SRR1098952     1       0          1  1  0
#> SRR1314916     2       0          1  0  1
#> SRR614167      2       0          1  0  1
#> SRR1348114     2       0          1  0  1
#> SRR658033      2       0          1  0  1
#> SRR1077503     2       0          1  0  1
#> SRR661854      2       0          1  0  1
#> SRR811379      2       0          1  0  1
#> SRR1318857     2       0          1  0  1
#> SRR656445      2       0          1  0  1
#> SRR1433044     2       0          1  0  1
#> SRR1486391     1       0          1  1  0
#> SRR656071      2       0          1  0  1
#> SRR1364824     1       0          1  1  0
#> SRR1379133     1       0          1  1  0
#> SRR1394169     1       0          1  1  0
#> SRR816745      2       0          1  0  1
#> SRR601038      2       0          1  0  1
#> SRR1360080     1       0          1  1  0
#> SRR814868      2       0          1  0  1
#> SRR1485997     1       0          1  1  0
#> SRR1435560     2       0          1  0  1
#> SRR1333330     1       0          1  1  0
#> SRR663513      2       0          1  0  1
#> SRR1328407     2       0          1  0  1
#> SRR602784      2       0          1  0  1
#> SRR1348468     2       0          1  0  1
#> SRR663717      2       0          1  0  1
#> SRR602217      2       0          1  0  1
#> SRR603140      2       0          1  0  1
#> SRR1340804     1       0          1  1  0
#> SRR1457574     2       0          1  0  1
#> SRR1333462     2       0          1  0  1
#> SRR1094601     1       0          1  1  0
#> SRR1434610     2       0          1  0  1
#> SRR1435833     2       0          1  0  1
#> SRR1398728     2       0          1  0  1
#> SRR1358343     2       0          1  0  1
#> SRR1410890     2       0          1  0  1
#> SRR1350371     1       0          1  1  0
#> SRR1392478     2       0          1  0  1
#> SRR1099260     2       0          1  0  1
#> SRR1433576     2       0          1  0  1
#> SRR1345541     2       0          1  0  1
#> SRR1086328     1       0          1  1  0
#> SRR810391      2       0          1  0  1
#> SRR1476207     2       0          1  0  1
#> SRR627435      2       0          1  0  1
#> SRR1489862     1       0          1  1  0
#> SRR1419086     1       0          1  1  0
#> SRR1436539     1       0          1  1  0
#> SRR1396191     2       0          1  0  1
#> SRR1490115     2       0          1  0  1
#> SRR1377714     2       0          1  0  1
#> SRR819394      1       0          1  1  0
#> SRR663161      2       0          1  0  1
#> SRR607042      2       0          1  0  1
#> SRR656203      2       0          1  0  1
#> SRR660602      2       0          1  0  1
#> SRR1440397     1       0          1  1  0
#> SRR1369264     1       0          1  1  0
#> SRR809233      1       0          1  1  0
#> SRR663249      2       0          1  0  1
#> SRR661242      2       0          1  0  1
#> SRR1332007     2       0          1  0  1
#> SRR809619      2       0          1  0  1
#> SRR819975      1       0          1  1  0
#> SRR599281      2       0          1  0  1
#> SRR662366      2       0          1  0  1
#> SRR1317898     2       0          1  0  1
#> SRR1382485     2       0          1  0  1
#> SRR2166420     1       0          1  1  0
#> SRR1419429     1       0          1  1  0
#> SRR1092541     2       0          1  0  1
#> SRR817444      2       0          1  0  1
#> SRR1320403     2       0          1  0  1
#> SRR1101483     2       0          1  0  1
#> SRR1331684     2       0          1  0  1
#> SRR1400054     2       0          1  0  1
#> SRR1406088     2       0          1  0  1
#> SRR820733      2       0          1  0  1
#> SRR1314113     2       0          1  0  1
#> SRR1382615     2       0          1  0  1
#> SRR1480745     1       0          1  1  0
#> SRR1468850     2       0          1  0  1
#> SRR656782      2       0          1  0  1
#> SRR821364      1       0          1  1  0
#> SRR1101106     1       0          1  1  0
#> SRR659295      2       0          1  0  1
#> SRR1357103     2       0          1  0  1
#> SRR809185      2       0          1  0  1
#> SRR811583      2       0          1  0  1
#> SRR1468050     1       0          1  1  0
#> SRR1440224     2       0          1  0  1

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>            class entropy silhouette p1    p2    p3
#> SRR1500170     2  0.4605     0.8504  0 0.796 0.204
#> SRR1402368     3  0.2356     0.8997  0 0.072 0.928
#> SRR607743      3  0.3116     0.8813  0 0.108 0.892
#> SRR1457375     2  0.4654     0.8513  0 0.792 0.208
#> SRR1470923     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR817954      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR809259      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1439785     3  0.2878     0.8947  0 0.096 0.904
#> SRR814768      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1102031     3  0.5621     0.4133  0 0.308 0.692
#> SRR1363611     3  0.4002     0.7632  0 0.160 0.840
#> SRR1468447     2  0.3482     0.8264  0 0.872 0.128
#> SRR1071931     3  0.1753     0.8898  0 0.048 0.952
#> SRR810981      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR615299      2  0.1163     0.7728  0 0.972 0.028
#> SRR663585      3  0.3619     0.8635  0 0.136 0.864
#> SRR1326773     3  0.5465     0.5450  0 0.288 0.712
#> SRR1351166     2  0.5016     0.8377  0 0.760 0.240
#> SRR1477452     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1084720     3  0.3116     0.8873  0 0.108 0.892
#> SRR1420320     3  0.1860     0.8708  0 0.052 0.948
#> SRR1081712     2  0.4654     0.8513  0 0.792 0.208
#> SRR1318241     3  0.2261     0.8999  0 0.068 0.932
#> SRR1333718     2  0.5835     0.7027  0 0.660 0.340
#> SRR1313514     2  0.0747     0.7638  0 0.984 0.016
#> SRR1477861     2  0.4842     0.8331  0 0.776 0.224
#> SRR1318005     2  0.0892     0.7676  0 0.980 0.020
#> SRR1354665     2  0.5968     0.7348  0 0.636 0.364
#> SRR657707      3  0.2356     0.8999  0 0.072 0.928
#> SRR1370742     3  0.2448     0.8995  0 0.076 0.924
#> SRR1412947     2  0.5948     0.6893  0 0.640 0.360
#> SRR661553      3  0.0237     0.8745  0 0.004 0.996
#> SRR1328869     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR662211      2  0.4555     0.8504  0 0.800 0.200
#> SRR1348181     3  0.2959     0.8917  0 0.100 0.900
#> SRR1416560     3  0.2537     0.8991  0 0.080 0.920
#> SRR1319772     3  0.2537     0.9006  0 0.080 0.920
#> SRR1091452     3  0.1860     0.8795  0 0.052 0.948
#> SRR1338812     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1392072     2  0.1163     0.7732  0 0.972 0.028
#> SRR814844      3  0.0747     0.8666  0 0.016 0.984
#> SRR1376619     3  0.3116     0.8874  0 0.108 0.892
#> SRR603690      3  0.3816     0.8149  0 0.148 0.852
#> SRR2184980     2  0.4750     0.8498  0 0.784 0.216
#> SRR613963      3  0.0747     0.8666  0 0.016 0.984
#> SRR1323422     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1397673     3  0.3686     0.8608  0 0.140 0.860
#> SRR1434650     2  0.4654     0.8350  0 0.792 0.208
#> SRR659875      2  0.5216     0.8109  0 0.740 0.260
#> SRR1465734     3  0.2356     0.8999  0 0.072 0.928
#> SRR1076847     2  0.0892     0.7675  0 0.980 0.020
#> SRR1415072     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR659319      3  0.4702     0.7598  0 0.212 0.788
#> SRR663088      3  0.0747     0.8666  0 0.016 0.984
#> SRR1352021     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1325527     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR659935      3  0.2356     0.8688  0 0.072 0.928
#> SRR1352530     3  0.3116     0.8874  0 0.108 0.892
#> SRR662594      3  0.2356     0.8999  0 0.072 0.928
#> SRR1095309     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR615647      3  0.3116     0.8874  0 0.108 0.892
#> SRR813019      2  0.4931     0.8279  0 0.768 0.232
#> SRR1374647     2  0.4750     0.8505  0 0.784 0.216
#> SRR603472      2  0.4654     0.8363  0 0.792 0.208
#> SRR661529      3  0.0592     0.8695  0 0.012 0.988
#> SRR607018      3  0.5363     0.6371  0 0.276 0.724
#> SRR627423      2  0.6154     0.5723  0 0.592 0.408
#> SRR654921      3  0.0747     0.8666  0 0.016 0.984
#> SRR1418968     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR660871      3  0.2796     0.8957  0 0.092 0.908
#> SRR1330522     3  0.2537     0.8995  0 0.080 0.920
#> SRR1499958     2  0.5327     0.8176  0 0.728 0.272
#> SRR614059      3  0.2356     0.8997  0 0.072 0.928
#> SRR1071403     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1486719     2  0.4605     0.8504  0 0.796 0.204
#> SRR1440421     2  0.2537     0.8033  0 0.920 0.080
#> SRR1310412     3  0.2165     0.8993  0 0.064 0.936
#> SRR614767      2  0.4654     0.8513  0 0.792 0.208
#> SRR820709      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR658093      3  0.3686     0.8593  0 0.140 0.860
#> SRR1088168     3  0.3267     0.8816  0 0.116 0.884
#> SRR1418707     2  0.4605     0.8504  0 0.796 0.204
#> SRR1354291     2  0.0892     0.7675  0 0.980 0.020
#> SRR2165806     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1415684     3  0.0592     0.8695  0 0.012 0.988
#> SRR1433860     3  0.3192     0.8845  0 0.112 0.888
#> SRR1311062     2  0.4504     0.8507  0 0.804 0.196
#> SRR1360359     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR661385      3  0.3116     0.8874  0 0.108 0.892
#> SRR615407      2  0.4750     0.8505  0 0.784 0.216
#> SRR1413892     3  0.3412     0.8750  0 0.124 0.876
#> SRR1443459     2  0.5529     0.7922  0 0.704 0.296
#> SRR1338942     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR657480      3  0.2537     0.9006  0 0.080 0.920
#> SRR1399433     3  0.1031     0.8802  0 0.024 0.976
#> SRR818537      2  0.4750     0.8344  0 0.784 0.216
#> SRR1101324     3  0.0747     0.8666  0 0.016 0.984
#> SRR807637      3  0.0747     0.8666  0 0.016 0.984
#> SRR1091918     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR598300      3  0.2165     0.8996  0 0.064 0.936
#> SRR1085426     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1376294     2  0.4654     0.8513  0 0.792 0.208
#> SRR813891      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1467431     3  0.4121     0.7984  0 0.168 0.832
#> SRR658742      3  0.0747     0.8666  0 0.016 0.984
#> SRR1419234     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1404813     2  0.5291     0.8213  0 0.732 0.268
#> SRR603496      3  0.2711     0.8972  0 0.088 0.912
#> SRR1407758     3  0.3192     0.8845  0 0.112 0.888
#> SRR810945      2  0.5621     0.7877  0 0.692 0.308
#> SRR817234      2  0.1964     0.7904  0 0.944 0.056
#> SRR1444852     3  0.2448     0.8995  0 0.076 0.924
#> SRR660378      3  0.3267     0.8816  0 0.116 0.884
#> SRR1467835     2  0.5216     0.8238  0 0.740 0.260
#> SRR1338964     3  0.2356     0.8999  0 0.072 0.928
#> SRR1079259     3  0.1289     0.8808  0 0.032 0.968
#> SRR1072345     3  0.2261     0.8999  0 0.068 0.932
#> SRR598725      3  0.2356     0.8997  0 0.072 0.928
#> SRR1447938     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1356397     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1360460     3  0.0747     0.8666  0 0.016 0.984
#> SRR1429468     2  0.4605     0.8504  0 0.796 0.204
#> SRR1446850     2  0.4887     0.8472  0 0.772 0.228
#> SRR1320363     3  0.2796     0.8962  0 0.092 0.908
#> SRR1413810     3  0.3192     0.8845  0 0.112 0.888
#> SRR598831      2  0.5016     0.8377  0 0.760 0.240
#> SRR1381865     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR660957      3  0.2448     0.8995  0 0.076 0.924
#> SRR1491332     3  0.5431     0.6187  0 0.284 0.716
#> SRR1099744     2  0.4887     0.8442  0 0.772 0.228
#> SRR1464618     3  0.6126     0.1045  0 0.400 0.600
#> SRR1414559     3  0.0747     0.8666  0 0.016 0.984
#> SRR1337540     3  0.0747     0.8666  0 0.016 0.984
#> SRR1444283     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR2184942     3  0.2356     0.8996  0 0.072 0.928
#> SRR660295      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR601335      3  0.3192     0.8845  0 0.112 0.888
#> SRR1363742     3  0.3686     0.8593  0 0.140 0.860
#> SRR1345847     3  0.3619     0.8113  0 0.136 0.864
#> SRR614960      3  0.2356     0.8997  0 0.072 0.928
#> SRR819919      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR603330      2  0.0892     0.7675  0 0.980 0.020
#> SRR1327951     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1345266     2  0.6235     0.4964  0 0.564 0.436
#> SRR1338055     2  0.4291     0.8468  0 0.820 0.180
#> SRR1430157     2  0.5529     0.7882  0 0.704 0.296
#> SRR1320137     2  0.6045     0.7107  0 0.620 0.380
#> SRR1093483     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1341080     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1459913     3  0.2448     0.8995  0 0.076 0.924
#> SRR2170490     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1479845     3  0.2959     0.8917  0 0.100 0.900
#> SRR1436420     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1481060     2  0.5835     0.7027  0 0.660 0.340
#> SRR662282      3  0.2959     0.8917  0 0.100 0.900
#> SRR1487089     3  0.0747     0.8666  0 0.016 0.984
#> SRR1075683     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1338536     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1338880     2  0.6295     0.3828  0 0.528 0.472
#> SRR1453456     3  0.2959     0.8921  0 0.100 0.900
#> SRR1457895     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1440603     2  0.4842     0.8331  0 0.776 0.224
#> SRR658633      2  0.4654     0.8513  0 0.792 0.208
#> SRR1388081     3  0.2356     0.8789  0 0.072 0.928
#> SRR813339      3  0.2711     0.8976  0 0.088 0.912
#> SRR809725      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR627441      2  0.0892     0.7675  0 0.980 0.020
#> SRR613603      3  0.2165     0.8993  0 0.064 0.936
#> SRR1096571     2  0.5621     0.7552  0 0.692 0.308
#> SRR1392701     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1344326     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1367693     2  0.6235     0.4964  0 0.564 0.436
#> SRR660697      3  0.5058     0.6009  0 0.244 0.756
#> SRR1489926     3  0.2711     0.8972  0 0.088 0.912
#> SRR811491      3  0.2711     0.8976  0 0.088 0.912
#> SRR1311644     3  0.0747     0.8666  0 0.016 0.984
#> SRR1451740     3  0.2796     0.8954  0 0.092 0.908
#> SRR615117      2  0.4654     0.8363  0 0.792 0.208
#> SRR1391748     3  0.0747     0.8666  0 0.016 0.984
#> SRR1466556     3  0.2448     0.8995  0 0.076 0.924
#> SRR614972      3  0.2537     0.8991  0 0.080 0.920
#> SRR1406200     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR819210      3  0.0237     0.8745  0 0.004 0.996
#> SRR662174      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR811988      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR663236      3  0.0892     0.8832  0 0.020 0.980
#> SRR1312598     2  0.5254     0.8240  0 0.736 0.264
#> SRR1330129     2  0.0892     0.7675  0 0.980 0.020
#> SRR1357781     2  0.0747     0.7638  0 0.984 0.016
#> SRR1315517     2  0.0892     0.7675  0 0.980 0.020
#> SRR1400032     3  0.2796     0.8954  0 0.092 0.908
#> SRR1413722     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR612827      3  0.2711     0.8971  0 0.088 0.912
#> SRR814794      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR819430      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1395509     3  0.0892     0.8729  0 0.020 0.980
#> SRR808728      3  0.6215     0.1218  0 0.428 0.572
#> SRR1070813     2  0.5098     0.8341  0 0.752 0.248
#> SRR1389133     3  0.2165     0.8996  0 0.064 0.936
#> SRR601263      3  0.2356     0.8999  0 0.072 0.928
#> SRR604718      3  0.0892     0.8701  0 0.020 0.980
#> SRR1481351     3  0.2711     0.8972  0 0.088 0.912
#> SRR1334608     3  0.4702     0.7598  0 0.212 0.788
#> SRR658681      2  0.5621     0.7552  0 0.692 0.308
#> SRR809283      3  0.0747     0.8666  0 0.016 0.984
#> SRR1459300     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1392547     2  0.5621     0.7552  0 0.692 0.308
#> SRR811049      3  0.2356     0.8999  0 0.072 0.928
#> SRR1464835     3  0.0747     0.8666  0 0.016 0.984
#> SRR1339619     2  0.5560     0.7915  0 0.700 0.300
#> SRR658501      3  0.2625     0.8982  0 0.084 0.916
#> SRR1447523     3  0.2356     0.8997  0 0.072 0.928
#> SRR1415048     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1444348     2  0.6140     0.5768  0 0.596 0.404
#> SRR603890      2  0.0892     0.7675  0 0.980 0.020
#> SRR810595      3  0.3038     0.8901  0 0.104 0.896
#> SRR1446244     2  0.6235     0.4964  0 0.564 0.436
#> SRR817373      3  0.1031     0.8802  0 0.024 0.976
#> SRR1457291     3  0.2537     0.8734  0 0.080 0.920
#> SRR598220      3  0.2878     0.8833  0 0.096 0.904
#> SRR1477991     2  0.4796     0.8492  0 0.780 0.220
#> SRR598172      2  0.4291     0.8467  0 0.820 0.180
#> SRR1349032     2  0.5835     0.7207  0 0.660 0.340
#> SRR604002      2  0.1643     0.7838  0 0.956 0.044
#> SRR1378026     3  0.3116     0.8873  0 0.108 0.892
#> SRR1404401     2  0.0892     0.7675  0 0.980 0.020
#> SRR1333240     2  0.4750     0.8302  0 0.784 0.216
#> SRR1089399     2  0.4235     0.8460  0 0.824 0.176
#> SRR603421      2  0.1753     0.7858  0 0.952 0.048
#> SRR812562      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR808520      3  0.6235     0.0802  0 0.436 0.564
#> SRR811839      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR814317      2  0.4605     0.8504  0 0.796 0.204
#> SRR1436763     3  0.0747     0.8666  0 0.016 0.984
#> SRR1486021     3  0.2537     0.8734  0 0.080 0.920
#> SRR1465018     2  0.1753     0.7858  0 0.952 0.048
#> SRR1080998     3  0.2356     0.8999  0 0.072 0.928
#> SRR1083432     3  0.3192     0.8850  0 0.112 0.888
#> SRR1082833     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1326536     3  0.2537     0.8991  0 0.080 0.920
#> SRR614011      2  0.5621     0.7716  0 0.692 0.308
#> SRR1365873     2  0.4842     0.8488  0 0.776 0.224
#> SRR1498789     2  0.4654     0.8513  0 0.792 0.208
#> SRR601581      3  0.6274    -0.2007  0 0.456 0.544
#> SRR603566      2  0.5621     0.7552  0 0.692 0.308
#> SRR1373981     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR821410      2  0.4654     0.8513  0 0.792 0.208
#> SRR1076511     3  0.0747     0.8666  0 0.016 0.984
#> SRR614143      3  0.2711     0.8961  0 0.088 0.912
#> SRR1333570     3  0.2356     0.8997  0 0.072 0.928
#> SRR1366813     2  0.4974     0.8403  0 0.764 0.236
#> SRR1388746     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1420558     3  0.2066     0.8988  0 0.060 0.940
#> SRR1409510     3  0.3192     0.8845  0 0.112 0.888
#> SRR816250      2  0.4654     0.8513  0 0.792 0.208
#> SRR614131      2  0.6215     0.5264  0 0.572 0.428
#> SRR1331130     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1316015     3  0.2959     0.8917  0 0.100 0.900
#> SRR1470798     3  0.3192     0.8845  0 0.112 0.888
#> SRR614179      2  0.5016     0.8256  0 0.760 0.240
#> SRR1474863     2  0.4654     0.8513  0 0.792 0.208
#> SRR813560      2  0.4702     0.8489  0 0.788 0.212
#> SRR1312187     3  0.3412     0.8356  0 0.124 0.876
#> SRR1420960     3  0.2959     0.8921  0 0.100 0.900
#> SRR1355102     3  0.2448     0.8995  0 0.076 0.924
#> SRR1084577     3  0.3116     0.8873  0 0.108 0.892
#> SRR659971      2  0.5254     0.8215  0 0.736 0.264
#> SRR1350855     3  0.0747     0.8666  0 0.016 0.984
#> SRR820779      3  0.3116     0.8874  0 0.108 0.892
#> SRR1476300     3  0.2537     0.8991  0 0.080 0.920
#> SRR1090907     3  0.0747     0.8666  0 0.016 0.984
#> SRR662294      2  0.0892     0.7675  0 0.980 0.020
#> SRR1480789     2  0.5098     0.8195  0 0.752 0.248
#> SRR1336263     3  0.0747     0.8666  0 0.016 0.984
#> SRR660776      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1090508     2  0.0892     0.7675  0 0.980 0.020
#> SRR615563      3  0.0892     0.8700  0 0.020 0.980
#> SRR1101175     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR2164650     2  0.5621     0.7589  0 0.692 0.308
#> SRR1431205     2  0.2711     0.8072  0 0.912 0.088
#> SRR1339856     3  0.3116     0.8270  0 0.108 0.892
#> SRR1352147     3  0.6154     0.1855  0 0.408 0.592
#> SRR808968      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR627419      2  0.2356     0.7990  0 0.928 0.072
#> SRR1402391     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR663609      3  0.4931     0.7235  0 0.232 0.768
#> SRR2167857     2  0.0747     0.7638  0 0.984 0.016
#> SRR1398752     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1405437     2  0.4887     0.8442  0 0.772 0.228
#> SRR1416955     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1317064     3  0.3941     0.7726  0 0.156 0.844
#> SRR659001      3  0.0747     0.8703  0 0.016 0.984
#> SRR2170696     3  0.0747     0.8666  0 0.016 0.984
#> SRR816589      3  0.3686     0.8608  0 0.140 0.860
#> SRR1087487     3  0.3192     0.8845  0 0.112 0.888
#> SRR1329485     3  0.2959     0.8917  0 0.100 0.900
#> SRR816920      3  0.0747     0.8666  0 0.016 0.984
#> SRR1341432     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1361590     3  0.0747     0.8666  0 0.016 0.984
#> SRR817046      3  0.2625     0.8991  0 0.084 0.916
#> SRR1471331     3  0.3192     0.8845  0 0.112 0.888
#> SRR660788      3  0.0747     0.8666  0 0.016 0.984
#> SRR819234      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR810853      2  0.4750     0.8344  0 0.784 0.216
#> SRR809427      3  0.1643     0.8720  0 0.044 0.956
#> SRR2170217     3  0.0747     0.8666  0 0.016 0.984
#> SRR1386967     3  0.3551     0.8708  0 0.132 0.868
#> SRR1420344     2  0.5465     0.7977  0 0.712 0.288
#> SRR1334535     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR614503      3  0.2261     0.8542  0 0.068 0.932
#> SRR602564      3  0.1529     0.8865  0 0.040 0.960
#> SRR1420669     3  0.0424     0.8807  0 0.008 0.992
#> SRR819024      3  0.2537     0.8991  0 0.080 0.920
#> SRR656223      3  0.4702     0.7598  0 0.212 0.788
#> SRR608428      2  0.4504     0.8501  0 0.804 0.196
#> SRR1345647     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1389324     2  0.1643     0.7833  0 0.956 0.044
#> SRR1361368     3  0.4399     0.7430  0 0.188 0.812
#> SRR1322619     2  0.5216     0.8274  0 0.740 0.260
#> SRR1349276     3  0.0892     0.8683  0 0.020 0.980
#> SRR1404024     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1370637     2  0.5016     0.8380  0 0.760 0.240
#> SRR1452631     3  0.0747     0.8666  0 0.016 0.984
#> SRR608392      3  0.4702     0.7598  0 0.212 0.788
#> SRR1357757     3  0.2537     0.8993  0 0.080 0.920
#> SRR1074646     3  0.0592     0.8790  0 0.012 0.988
#> SRR1367499     3  0.3192     0.8850  0 0.112 0.888
#> SRR1343501     3  0.6140     0.2219  0 0.404 0.596
#> SRR1394406     3  0.2165     0.8993  0 0.064 0.936
#> SRR1381435     3  0.3752     0.8564  0 0.144 0.856
#> SRR1467407     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1092422     2  0.1031     0.7704  0 0.976 0.024
#> SRR1380270     2  0.5098     0.8195  0 0.752 0.248
#> SRR1091817     2  0.4654     0.8513  0 0.792 0.208
#> SRR1440137     2  0.5948     0.6893  0 0.640 0.360
#> SRR614311      3  0.5397     0.5234  0 0.280 0.720
#> SRR1407516     3  0.1163     0.8785  0 0.028 0.972
#> SRR815494      3  0.2625     0.8981  0 0.084 0.916
#> SRR1333209     3  0.3482     0.8235  0 0.128 0.872
#> SRR615177      3  0.0747     0.8666  0 0.016 0.984
#> SRR1099648     2  0.5835     0.7027  0 0.660 0.340
#> SRR659720      3  0.2625     0.8977  0 0.084 0.916
#> SRR2185057     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1467125     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR657468      3  0.0747     0.8666  0 0.016 0.984
#> SRR660042      3  0.2356     0.8997  0 0.072 0.928
#> SRR2170864     2  0.4654     0.8513  0 0.792 0.208
#> SRR1440491     3  0.2066     0.8826  0 0.060 0.940
#> SRR1440852     3  0.2959     0.8921  0 0.100 0.900
#> SRR811169      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1331311     3  0.2448     0.8583  0 0.076 0.924
#> SRR818009      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1351836     2  0.4504     0.8498  0 0.804 0.196
#> SRR1498313     2  0.0892     0.7675  0 0.980 0.020
#> SRR1441975     2  0.4504     0.8501  0 0.804 0.196
#> SRR819096      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1073679     3  0.3192     0.8817  0 0.112 0.888
#> SRR1489116     3  0.5363     0.6371  0 0.276 0.724
#> SRR1354138     3  0.3192     0.8845  0 0.112 0.888
#> SRR1490589     3  0.2356     0.8997  0 0.072 0.928
#> SRR1412987     3  0.0747     0.8666  0 0.016 0.984
#> SRR602034      3  0.2959     0.8917  0 0.100 0.900
#> SRR1353437     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1072871     3  0.2796     0.8953  0 0.092 0.908
#> SRR661577      3  0.1031     0.8721  0 0.024 0.976
#> SRR612190      3  0.1753     0.8898  0 0.048 0.952
#> SRR1399880     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1101787     3  0.0747     0.8703  0 0.016 0.984
#> SRR657869      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1446332     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR816039      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1485141     3  0.2959     0.8921  0 0.100 0.900
#> SRR1476697     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1379538     3  0.6309    -0.3185  0 0.496 0.504
#> SRR1331422     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR660859      3  0.2165     0.8993  0 0.064 0.936
#> SRR1097594     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1311419     3  0.3192     0.8845  0 0.112 0.888
#> SRR1336706     2  0.5138     0.8160  0 0.748 0.252
#> SRR1472976     3  0.0592     0.8694  0 0.012 0.988
#> SRR1321307     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR807493      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR812461      3  0.3192     0.8850  0 0.112 0.888
#> SRR1477149     2  0.0892     0.7675  0 0.980 0.020
#> SRR1457397     2  0.4654     0.8363  0 0.792 0.208
#> SRR661913      3  0.2356     0.8997  0 0.072 0.928
#> SRR1069024     2  0.5098     0.8195  0 0.752 0.248
#> SRR2165634     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1478722     3  0.2448     0.8995  0 0.076 0.924
#> SRR1328642     2  0.1411     0.7785  0 0.964 0.036
#> SRR1488261     3  0.2356     0.8997  0 0.072 0.928
#> SRR1318815     3  0.0747     0.8666  0 0.016 0.984
#> SRR816945      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1367432     3  0.0747     0.8666  0 0.016 0.984
#> SRR1359280     2  0.2537     0.8033  0 0.920 0.080
#> SRR1313910     2  0.5497     0.7927  0 0.708 0.292
#> SRR1457315     3  0.0424     0.8807  0 0.008 0.992
#> SRR815398      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR656958      3  0.3116     0.8872  0 0.108 0.892
#> SRR600688      3  0.1643     0.8856  0 0.044 0.956
#> SRR1098952     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1314916     3  0.2959     0.8917  0 0.100 0.900
#> SRR614167      3  0.2796     0.8957  0 0.092 0.908
#> SRR1348114     2  0.5621     0.7716  0 0.692 0.308
#> SRR658033      3  0.6280    -0.1235  0 0.460 0.540
#> SRR1077503     3  0.2356     0.8996  0 0.072 0.928
#> SRR661854      3  0.2711     0.8972  0 0.088 0.912
#> SRR811379      3  0.2066     0.8826  0 0.060 0.940
#> SRR1318857     2  0.5465     0.7977  0 0.712 0.288
#> SRR656445      3  0.3267     0.8816  0 0.116 0.884
#> SRR1433044     2  0.0892     0.7675  0 0.980 0.020
#> SRR1486391     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR656071      3  0.2356     0.8997  0 0.072 0.928
#> SRR1364824     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1379133     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR816745      2  0.4750     0.8344  0 0.784 0.216
#> SRR601038      2  0.5216     0.8109  0 0.740 0.260
#> SRR1360080     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR814868      3  0.2356     0.8999  0 0.072 0.928
#> SRR1485997     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1435560     3  0.0747     0.8703  0 0.016 0.984
#> SRR1333330     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR663513      3  0.1860     0.8897  0 0.052 0.948
#> SRR1328407     2  0.4931     0.8279  0 0.768 0.232
#> SRR602784      2  0.5835     0.7027  0 0.660 0.340
#> SRR1348468     3  0.0747     0.8666  0 0.016 0.984
#> SRR663717      2  0.6267     0.4617  0 0.548 0.452
#> SRR602217      2  0.4702     0.8516  0 0.788 0.212
#> SRR603140      3  0.2261     0.8999  0 0.068 0.932
#> SRR1340804     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1457574     3  0.3192     0.8845  0 0.112 0.888
#> SRR1333462     2  0.0747     0.7638  0 0.984 0.016
#> SRR1094601     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1434610     3  0.1411     0.8785  0 0.036 0.964
#> SRR1435833     3  0.1860     0.8708  0 0.052 0.948
#> SRR1398728     2  0.5465     0.7977  0 0.712 0.288
#> SRR1358343     3  0.1964     0.8469  0 0.056 0.944
#> SRR1410890     2  0.5497     0.7928  0 0.708 0.292
#> SRR1350371     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1392478     2  0.4887     0.8443  0 0.772 0.228
#> SRR1099260     3  0.5363     0.6371  0 0.276 0.724
#> SRR1433576     3  0.3267     0.8854  0 0.116 0.884
#> SRR1345541     3  0.1411     0.8900  0 0.036 0.964
#> SRR1086328     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR810391      3  0.2448     0.8995  0 0.076 0.924
#> SRR1476207     3  0.2165     0.8993  0 0.064 0.936
#> SRR627435      2  0.6192     0.5121  0 0.580 0.420
#> SRR1489862     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1419086     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1396191     3  0.2537     0.8991  0 0.080 0.920
#> SRR1490115     3  0.2625     0.8991  0 0.084 0.916
#> SRR1377714     3  0.2537     0.8993  0 0.080 0.920
#> SRR819394      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR663161      3  0.0747     0.8666  0 0.016 0.984
#> SRR607042      2  0.5363     0.7972  0 0.724 0.276
#> SRR656203      3  0.4002     0.7727  0 0.160 0.840
#> SRR660602      3  0.3267     0.8816  0 0.116 0.884
#> SRR1440397     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1369264     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR809233      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR663249      2  0.5327     0.8147  0 0.728 0.272
#> SRR661242      3  0.2448     0.8764  0 0.076 0.924
#> SRR1332007     2  0.4842     0.8331  0 0.776 0.224
#> SRR809619      3  0.4346     0.7507  0 0.184 0.816
#> SRR819975      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR599281      2  0.4504     0.8501  0 0.804 0.196
#> SRR662366      3  0.2711     0.8971  0 0.088 0.912
#> SRR1317898     3  0.2448     0.8995  0 0.076 0.924
#> SRR1382485     3  0.1860     0.8755  0 0.052 0.948
#> SRR2166420     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1419429     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1092541     3  0.3038     0.8901  0 0.104 0.896
#> SRR817444      3  0.6215     0.1218  0 0.428 0.572
#> SRR1320403     2  0.1031     0.7704  0 0.976 0.024
#> SRR1101483     2  0.5591     0.7772  0 0.696 0.304
#> SRR1331684     3  0.3116     0.8873  0 0.108 0.892
#> SRR1400054     3  0.0747     0.8666  0 0.016 0.984
#> SRR1406088     2  0.5560     0.7915  0 0.700 0.300
#> SRR820733      3  0.0592     0.8790  0 0.012 0.988
#> SRR1314113     3  0.0747     0.8666  0 0.016 0.984
#> SRR1382615     3  0.5621     0.5590  0 0.308 0.692
#> SRR1480745     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1468850     2  0.5178     0.8330  0 0.744 0.256
#> SRR656782      3  0.2356     0.9004  0 0.072 0.928
#> SRR821364      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1101106     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR659295      2  0.0747     0.7638  0 0.984 0.016
#> SRR1357103     2  0.5098     0.8195  0 0.752 0.248
#> SRR809185      3  0.2448     0.8742  0 0.076 0.924
#> SRR811583      3  0.0424     0.8764  0 0.008 0.992
#> SRR1468050     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1440224     2  0.4654     0.8513  0 0.792 0.208

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>            class entropy silhouette p1    p2    p3    p4
#> SRR1500170     2  0.5325    0.77447  0 0.744 0.096 0.160
#> SRR1402368     3  0.1211    0.86945  0 0.000 0.960 0.040
#> SRR607743      3  0.5658    0.37529  0 0.040 0.632 0.328
#> SRR1457375     2  0.5428    0.78101  0 0.740 0.120 0.140
#> SRR1470923     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785     3  0.1743    0.86305  0 0.004 0.940 0.056
#> SRR814768      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031     4  0.7503    0.30728  0 0.276 0.228 0.496
#> SRR1363611     4  0.5962    0.66556  0 0.128 0.180 0.692
#> SRR1468447     2  0.3667    0.76571  0 0.856 0.056 0.088
#> SRR1071931     4  0.5602    0.49323  0 0.024 0.408 0.568
#> SRR810981      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299      2  0.0657    0.72250  0 0.984 0.012 0.004
#> SRR663585      3  0.1022    0.86090  0 0.032 0.968 0.000
#> SRR1326773     3  0.7660   -0.16698  0 0.216 0.428 0.356
#> SRR1351166     2  0.5891    0.76458  0 0.700 0.132 0.168
#> SRR1477452     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720     3  0.0188    0.87399  0 0.004 0.996 0.000
#> SRR1420320     4  0.3984    0.77095  0 0.040 0.132 0.828
#> SRR1081712     2  0.5428    0.78101  0 0.740 0.120 0.140
#> SRR1318241     3  0.4134    0.64947  0 0.000 0.740 0.260
#> SRR1333718     2  0.5112    0.46019  0 0.560 0.436 0.004
#> SRR1313514     2  0.0000    0.71093  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477861     2  0.4406    0.66894  0 0.700 0.300 0.000
#> SRR1318005     2  0.0188    0.71531  0 0.996 0.004 0.000
#> SRR1354665     2  0.6627    0.64571  0 0.588 0.112 0.300
#> SRR657707      3  0.3975    0.68698  0 0.000 0.760 0.240
#> SRR1370742     3  0.0921    0.87300  0 0.000 0.972 0.028
#> SRR1412947     2  0.7028    0.65771  0 0.576 0.196 0.228
#> SRR661553      4  0.3311    0.77926  0 0.000 0.172 0.828
#> SRR1328869     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211      2  0.5304    0.77779  0 0.748 0.104 0.148
#> SRR1348181     3  0.0188    0.87516  0 0.000 0.996 0.004
#> SRR1416560     3  0.0817    0.87449  0 0.000 0.976 0.024
#> SRR1319772     3  0.2593    0.82636  0 0.004 0.892 0.104
#> SRR1091452     4  0.5582    0.59589  0 0.032 0.348 0.620
#> SRR1338812     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072     2  0.0672    0.72173  0 0.984 0.008 0.008
#> SRR814844      4  0.0336    0.76631  0 0.000 0.008 0.992
#> SRR1376619     3  0.0188    0.87411  0 0.004 0.996 0.000
#> SRR603690      4  0.6698    0.54596  0 0.104 0.340 0.556
#> SRR2184980     2  0.5412    0.77264  0 0.736 0.096 0.168
#> SRR613963      4  0.1118    0.78031  0 0.000 0.036 0.964
#> SRR1323422     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673     3  0.1118    0.85840  0 0.036 0.964 0.000
#> SRR1434650     2  0.4456    0.68307  0 0.716 0.280 0.004
#> SRR659875      2  0.4855    0.61852  0 0.644 0.352 0.004
#> SRR1465734     3  0.3975    0.68688  0 0.000 0.760 0.240
#> SRR1076847     2  0.0188    0.71506  0 0.996 0.004 0.000
#> SRR1415072     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319      3  0.2469    0.79444  0 0.108 0.892 0.000
#> SRR663088      4  0.0336    0.76631  0 0.000 0.008 0.992
#> SRR1352021     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935      4  0.5754    0.63601  0 0.048 0.316 0.636
#> SRR1352530     3  0.0188    0.87411  0 0.004 0.996 0.000
#> SRR662594      3  0.3975    0.68688  0 0.000 0.760 0.240
#> SRR1095309     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647      3  0.0188    0.87411  0 0.004 0.996 0.000
#> SRR813019      2  0.4792    0.66065  0 0.680 0.312 0.008
#> SRR1374647     2  0.5533    0.78202  0 0.732 0.136 0.132
#> SRR603472      2  0.4250    0.68364  0 0.724 0.276 0.000
#> SRR661529      4  0.3486    0.76598  0 0.000 0.188 0.812
#> SRR607018      3  0.3448    0.71544  0 0.168 0.828 0.004
#> SRR627423      2  0.6833    0.55857  0 0.584 0.272 0.144
#> SRR654921      4  0.0336    0.76631  0 0.000 0.008 0.992
#> SRR1418968     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871      3  0.0469    0.87587  0 0.000 0.988 0.012
#> SRR1330522     3  0.1109    0.87467  0 0.004 0.968 0.028
#> SRR1499958     2  0.6194    0.74493  0 0.668 0.132 0.200
#> SRR614059      3  0.1867    0.85432  0 0.000 0.928 0.072
#> SRR1071403     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719     2  0.5325    0.77447  0 0.744 0.096 0.160
#> SRR1440421     2  0.2494    0.74838  0 0.916 0.036 0.048
#> SRR1310412     3  0.4382    0.59074  0 0.000 0.704 0.296
#> SRR614767      2  0.5480    0.78114  0 0.736 0.124 0.140
#> SRR820709      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093      3  0.1118    0.85833  0 0.036 0.964 0.000
#> SRR1088168     3  0.0469    0.87145  0 0.012 0.988 0.000
#> SRR1418707     2  0.5325    0.77447  0 0.744 0.096 0.160
#> SRR1354291     2  0.0188    0.71506  0 0.996 0.004 0.000
#> SRR2165806     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684     4  0.3444    0.76750  0 0.000 0.184 0.816
#> SRR1433860     3  0.0336    0.87275  0 0.008 0.992 0.000
#> SRR1311062     2  0.5102    0.78035  0 0.764 0.100 0.136
#> SRR1360359     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385      3  0.0188    0.87411  0 0.004 0.996 0.000
#> SRR615407      2  0.5533    0.78202  0 0.732 0.136 0.132
#> SRR1413892     3  0.0707    0.86744  0 0.020 0.980 0.000
#> SRR1443459     2  0.6327    0.72251  0 0.648 0.124 0.228
#> SRR1338942     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480      3  0.2593    0.82636  0 0.004 0.892 0.104
#> SRR1399433     4  0.3791    0.76602  0 0.004 0.200 0.796
#> SRR818537      2  0.4509    0.67605  0 0.708 0.288 0.004
#> SRR1101324     4  0.1557    0.78593  0 0.000 0.056 0.944
#> SRR807637      4  0.0336    0.76631  0 0.000 0.008 0.992
#> SRR1091918     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300      3  0.4431    0.57376  0 0.000 0.696 0.304
#> SRR1085426     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294     2  0.5480    0.78114  0 0.736 0.124 0.140
#> SRR813891      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431     4  0.6889    0.39831  0 0.108 0.396 0.496
#> SRR658742      4  0.1716    0.78858  0 0.000 0.064 0.936
#> SRR1419234     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813     2  0.6159    0.74848  0 0.672 0.132 0.196
#> SRR603496      3  0.3708    0.78495  0 0.020 0.832 0.148
#> SRR1407758     3  0.0336    0.87275  0 0.008 0.992 0.000
#> SRR810945      2  0.6580    0.72268  0 0.632 0.196 0.172
#> SRR817234      2  0.1733    0.73717  0 0.948 0.024 0.028
#> SRR1444852     3  0.0921    0.87300  0 0.000 0.972 0.028
#> SRR660378      3  0.0469    0.87145  0 0.012 0.988 0.000
#> SRR1467835     2  0.6086    0.75163  0 0.680 0.132 0.188
#> SRR1338964     3  0.3975    0.68698  0 0.000 0.760 0.240
#> SRR1079259     4  0.4250    0.68758  0 0.000 0.276 0.724
#> SRR1072345     3  0.4134    0.64947  0 0.000 0.740 0.260
#> SRR598725      3  0.1022    0.87193  0 0.000 0.968 0.032
#> SRR1447938     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460     4  0.0592    0.77088  0 0.000 0.016 0.984
#> SRR1429468     2  0.5325    0.77447  0 0.744 0.096 0.160
#> SRR1446850     2  0.5628    0.77912  0 0.724 0.132 0.144
#> SRR1320363     3  0.1118    0.87026  0 0.000 0.964 0.036
#> SRR1413810     3  0.0336    0.87275  0 0.008 0.992 0.000
#> SRR598831      2  0.5891    0.76458  0 0.700 0.132 0.168
#> SRR1381865     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957      3  0.0921    0.87300  0 0.000 0.972 0.028
#> SRR1491332     3  0.3539    0.70282  0 0.176 0.820 0.004
#> SRR1099744     2  0.5647    0.77125  0 0.720 0.116 0.164
#> SRR1464618     4  0.7215    0.00949  0 0.348 0.152 0.500
#> SRR1414559     4  0.1716    0.78858  0 0.000 0.064 0.936
#> SRR1337540     4  0.0336    0.76631  0 0.000 0.008 0.992
#> SRR1444283     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942     3  0.2973    0.79640  0 0.000 0.856 0.144
#> SRR660295      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335      3  0.0336    0.87275  0 0.008 0.992 0.000
#> SRR1363742     3  0.1118    0.85833  0 0.036 0.964 0.000
#> SRR1345847     4  0.6497    0.60703  0 0.100 0.304 0.596
#> SRR614960      3  0.1211    0.86873  0 0.000 0.960 0.040
#> SRR819919      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330      2  0.0188    0.71506  0 0.996 0.004 0.000
#> SRR1327951     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266     2  0.7145    0.49785  0 0.508 0.144 0.348
#> SRR1338055     2  0.4869    0.78284  0 0.780 0.132 0.088
#> SRR1430157     2  0.6390    0.72268  0 0.644 0.132 0.224
#> SRR1320137     2  0.6700    0.62060  0 0.572 0.112 0.316
#> SRR1093483     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913     3  0.0921    0.87300  0 0.000 0.972 0.028
#> SRR2170490     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845     3  0.0188    0.87516  0 0.000 0.996 0.004
#> SRR1436420     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060     2  0.5112    0.46019  0 0.560 0.436 0.004
#> SRR662282      3  0.0188    0.87516  0 0.000 0.996 0.004
#> SRR1487089     4  0.0336    0.76631  0 0.000 0.008 0.992
#> SRR1075683     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880     2  0.7645    0.45329  0 0.468 0.268 0.264
#> SRR1453456     3  0.0524    0.87575  0 0.004 0.988 0.008
#> SRR1457895     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603     2  0.4406    0.66894  0 0.700 0.300 0.000
#> SRR658633      2  0.5428    0.78101  0 0.740 0.120 0.140
#> SRR1388081     4  0.5957    0.44750  0 0.040 0.420 0.540
#> SRR813339      3  0.1211    0.86880  0 0.000 0.960 0.040
#> SRR809725      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441      2  0.0188    0.71506  0 0.996 0.004 0.000
#> SRR613603      3  0.4008    0.67691  0 0.000 0.756 0.244
#> SRR1096571     2  0.5028    0.53378  0 0.596 0.400 0.004
#> SRR1392701     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693     2  0.7145    0.49785  0 0.508 0.144 0.348
#> SRR660697      4  0.7171    0.46184  0 0.212 0.232 0.556
#> SRR1489926     3  0.3658    0.78931  0 0.020 0.836 0.144
#> SRR811491      3  0.1211    0.86880  0 0.000 0.960 0.040
#> SRR1311644     4  0.1557    0.78593  0 0.000 0.056 0.944
#> SRR1451740     3  0.0469    0.87569  0 0.000 0.988 0.012
#> SRR615117      2  0.4250    0.68364  0 0.724 0.276 0.000
#> SRR1391748     4  0.0336    0.76631  0 0.000 0.008 0.992
#> SRR1466556     3  0.1118    0.87102  0 0.000 0.964 0.036
#> SRR614972      3  0.0817    0.87449  0 0.000 0.976 0.024
#> SRR1406200     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210      4  0.3266    0.78099  0 0.000 0.168 0.832
#> SRR662174      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236      4  0.4431    0.65656  0 0.000 0.304 0.696
#> SRR1312598     2  0.6123    0.75115  0 0.676 0.132 0.192
#> SRR1330129     2  0.0188    0.71506  0 0.996 0.004 0.000
#> SRR1357781     2  0.0000    0.71093  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315517     2  0.0188    0.71506  0 0.996 0.004 0.000
#> SRR1400032     3  0.0469    0.87569  0 0.000 0.988 0.012
#> SRR1413722     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827      3  0.0592    0.87586  0 0.000 0.984 0.016
#> SRR814794      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509     4  0.2530    0.79442  0 0.000 0.112 0.888
#> SRR808728      3  0.4720    0.35631  0 0.324 0.672 0.004
#> SRR1070813     2  0.5857    0.75544  0 0.696 0.108 0.196
#> SRR1389133     3  0.4431    0.57376  0 0.000 0.696 0.304
#> SRR601263      3  0.3975    0.68688  0 0.000 0.760 0.240
#> SRR604718      4  0.2773    0.79590  0 0.004 0.116 0.880
#> SRR1481351     3  0.3708    0.78495  0 0.020 0.832 0.148
#> SRR1334608     3  0.2469    0.79444  0 0.108 0.892 0.000
#> SRR658681      2  0.5028    0.53378  0 0.596 0.400 0.004
#> SRR809283      4  0.0921    0.77640  0 0.000 0.028 0.972
#> SRR1459300     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547     2  0.5028    0.53378  0 0.596 0.400 0.004
#> SRR811049      3  0.3975    0.68688  0 0.000 0.760 0.240
#> SRR1464835     4  0.0336    0.76631  0 0.000 0.008 0.992
#> SRR1339619     2  0.6374    0.72086  0 0.644 0.128 0.228
#> SRR658501      3  0.0707    0.87533  0 0.000 0.980 0.020
#> SRR1447523     3  0.1211    0.86873  0 0.000 0.960 0.040
#> SRR1415048     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348     2  0.7077    0.56374  0 0.536 0.148 0.316
#> SRR603890      2  0.0188    0.71506  0 0.996 0.004 0.000
#> SRR810595      3  0.0524    0.87644  0 0.004 0.988 0.008
#> SRR1446244     2  0.7145    0.49785  0 0.508 0.144 0.348
#> SRR817373      4  0.3791    0.76602  0 0.004 0.200 0.796
#> SRR1457291     4  0.6094    0.44904  0 0.048 0.416 0.536
#> SRR598220      3  0.5860    0.19072  0 0.040 0.580 0.380
#> SRR1477991     2  0.5676    0.77853  0 0.720 0.136 0.144
#> SRR598172      2  0.4901    0.78307  0 0.780 0.112 0.108
#> SRR1349032     2  0.6740    0.67199  0 0.600 0.144 0.256
#> SRR604002      2  0.0921    0.72391  0 0.972 0.028 0.000
#> SRR1378026     3  0.0376    0.87525  0 0.004 0.992 0.004
#> SRR1404401     2  0.0188    0.71506  0 0.996 0.004 0.000
#> SRR1333240     2  0.4509    0.67848  0 0.708 0.288 0.004
#> SRR1089399     2  0.4827    0.78025  0 0.784 0.092 0.124
#> SRR603421      2  0.1406    0.73201  0 0.960 0.016 0.024
#> SRR812562      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520      3  0.4761    0.32997  0 0.332 0.664 0.004
#> SRR811839      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317      2  0.5325    0.77447  0 0.744 0.096 0.160
#> SRR1436763     4  0.0921    0.77640  0 0.000 0.028 0.972
#> SRR1486021     4  0.6094    0.44904  0 0.048 0.416 0.536
#> SRR1465018     2  0.1406    0.73201  0 0.960 0.016 0.024
#> SRR1080998     3  0.3975    0.68698  0 0.000 0.760 0.240
#> SRR1083432     3  0.0336    0.87365  0 0.008 0.992 0.000
#> SRR1082833     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536     3  0.0817    0.87449  0 0.000 0.976 0.024
#> SRR614011      2  0.6494    0.71034  0 0.632 0.136 0.232
#> SRR1365873     2  0.5483    0.78155  0 0.736 0.128 0.136
#> SRR1498789     2  0.5480    0.78114  0 0.736 0.124 0.140
#> SRR601581      4  0.7279   -0.21338  0 0.408 0.148 0.444
#> SRR603566      2  0.5028    0.53378  0 0.596 0.400 0.004
#> SRR1373981     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410      2  0.5428    0.78101  0 0.740 0.120 0.140
#> SRR1076511     4  0.0336    0.76631  0 0.000 0.008 0.992
#> SRR614143      3  0.4898    0.57980  0 0.024 0.716 0.260
#> SRR1333570     3  0.1022    0.87193  0 0.000 0.968 0.032
#> SRR1366813     2  0.5792    0.76717  0 0.708 0.124 0.168
#> SRR1388746     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558     3  0.4134    0.62886  0 0.000 0.740 0.260
#> SRR1409510     3  0.0336    0.87275  0 0.008 0.992 0.000
#> SRR816250      2  0.5480    0.78114  0 0.736 0.124 0.140
#> SRR614131      2  0.7083    0.55647  0 0.528 0.328 0.144
#> SRR1331130     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015     3  0.0188    0.87516  0 0.000 0.996 0.004
#> SRR1470798     3  0.0336    0.87275  0 0.008 0.992 0.000
#> SRR614179      2  0.4564    0.64560  0 0.672 0.328 0.000
#> SRR1474863     2  0.5428    0.78101  0 0.740 0.120 0.140
#> SRR813560      2  0.5427    0.77238  0 0.736 0.100 0.164
#> SRR1312187     4  0.4805    0.71634  0 0.084 0.132 0.784
#> SRR1420960     3  0.0524    0.87575  0 0.004 0.988 0.008
#> SRR1355102     3  0.0921    0.87300  0 0.000 0.972 0.028
#> SRR1084577     3  0.0188    0.87399  0 0.004 0.996 0.000
#> SRR659971      2  0.6123    0.74994  0 0.676 0.132 0.192
#> SRR1350855     4  0.0592    0.77088  0 0.000 0.016 0.984
#> SRR820779      3  0.0188    0.87411  0 0.004 0.996 0.000
#> SRR1476300     3  0.0817    0.87449  0 0.000 0.976 0.024
#> SRR1090907     4  0.1022    0.77833  0 0.000 0.032 0.968
#> SRR662294      2  0.0188    0.71506  0 0.996 0.004 0.000
#> SRR1480789     2  0.4800    0.63363  0 0.656 0.340 0.004
#> SRR1336263     4  0.0592    0.77088  0 0.000 0.016 0.984
#> SRR660776      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508     2  0.0188    0.71506  0 0.996 0.004 0.000
#> SRR615563      4  0.2654    0.79511  0 0.004 0.108 0.888
#> SRR1101175     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650     2  0.5039    0.53715  0 0.592 0.404 0.004
#> SRR1431205     2  0.2578    0.74909  0 0.912 0.036 0.052
#> SRR1339856     4  0.5292    0.71256  0 0.088 0.168 0.744
#> SRR1352147     4  0.7896   -0.08739  0 0.348 0.292 0.360
#> SRR808968      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419      2  0.2586    0.75351  0 0.912 0.048 0.040
#> SRR1402391     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609      3  0.2760    0.77298  0 0.128 0.872 0.000
#> SRR2167857     2  0.0000    0.71093  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398752     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437     2  0.5647    0.77125  0 0.720 0.116 0.164
#> SRR1416955     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064     4  0.6904    0.56103  0 0.132 0.312 0.556
#> SRR659001      4  0.2469    0.79499  0 0.000 0.108 0.892
#> SRR2170696     4  0.1637    0.78752  0 0.000 0.060 0.940
#> SRR816589      3  0.1118    0.85840  0 0.036 0.964 0.000
#> SRR1087487     3  0.0336    0.87275  0 0.008 0.992 0.000
#> SRR1329485     3  0.0188    0.87516  0 0.000 0.996 0.004
#> SRR816920      4  0.1716    0.78827  0 0.000 0.064 0.936
#> SRR1341432     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590     4  0.0469    0.76908  0 0.000 0.012 0.988
#> SRR817046      3  0.1716    0.85374  0 0.000 0.936 0.064
#> SRR1471331     3  0.0336    0.87275  0 0.008 0.992 0.000
#> SRR660788      4  0.1716    0.78827  0 0.000 0.064 0.936
#> SRR819234      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853      2  0.4509    0.67605  0 0.708 0.288 0.004
#> SRR809427      4  0.3390    0.79242  0 0.016 0.132 0.852
#> SRR2170217     4  0.1022    0.77833  0 0.000 0.032 0.968
#> SRR1386967     3  0.1022    0.86298  0 0.032 0.968 0.000
#> SRR1420344     2  0.6313    0.72919  0 0.652 0.128 0.220
#> SRR1334535     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503      4  0.3088    0.76322  0 0.052 0.060 0.888
#> SRR602564      4  0.5436    0.59773  0 0.024 0.356 0.620
#> SRR1420669     4  0.4134    0.71103  0 0.000 0.260 0.740
#> SRR819024      3  0.0817    0.87449  0 0.000 0.976 0.024
#> SRR656223      3  0.2469    0.79444  0 0.108 0.892 0.000
#> SRR608428      2  0.5326    0.78279  0 0.748 0.116 0.136
#> SRR1345647     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324     2  0.1510    0.73662  0 0.956 0.028 0.016
#> SRR1361368     4  0.6504    0.61445  0 0.148 0.216 0.636
#> SRR1322619     2  0.6075    0.75343  0 0.680 0.128 0.192
#> SRR1349276     4  0.0592    0.76842  0 0.000 0.016 0.984
#> SRR1404024     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637     2  0.5798    0.76194  0 0.704 0.112 0.184
#> SRR1452631     4  0.0469    0.76908  0 0.000 0.012 0.988
#> SRR608392      3  0.2469    0.79444  0 0.108 0.892 0.000
#> SRR1357757     3  0.3764    0.76050  0 0.012 0.816 0.172
#> SRR1074646     4  0.3266    0.78065  0 0.000 0.168 0.832
#> SRR1367499     3  0.0336    0.87365  0 0.008 0.992 0.000
#> SRR1343501     3  0.4844    0.40771  0 0.300 0.688 0.012
#> SRR1394406     3  0.4866    0.25511  0 0.000 0.596 0.404
#> SRR1381435     3  0.1211    0.85611  0 0.040 0.960 0.000
#> SRR1467407     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422     2  0.0336    0.71703  0 0.992 0.008 0.000
#> SRR1380270     2  0.4800    0.63346  0 0.656 0.340 0.004
#> SRR1091817     2  0.5480    0.78114  0 0.736 0.124 0.140
#> SRR1440137     2  0.7028    0.65771  0 0.576 0.196 0.228
#> SRR614311      4  0.6374    0.42439  0 0.228 0.128 0.644
#> SRR1407516     4  0.3937    0.77331  0 0.012 0.188 0.800
#> SRR815494      3  0.0707    0.87513  0 0.000 0.980 0.020
#> SRR1333209     4  0.4764    0.72968  0 0.088 0.124 0.788
#> SRR615177      4  0.1211    0.78165  0 0.000 0.040 0.960
#> SRR1099648     2  0.5112    0.46019  0 0.560 0.436 0.004
#> SRR659720      3  0.5085    0.50224  0 0.020 0.676 0.304
#> SRR2185057     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468      4  0.1637    0.78652  0 0.000 0.060 0.940
#> SRR660042      3  0.1867    0.85432  0 0.000 0.928 0.072
#> SRR2170864     2  0.5480    0.78114  0 0.736 0.124 0.140
#> SRR1440491     4  0.5766    0.48641  0 0.032 0.404 0.564
#> SRR1440852     3  0.0524    0.87575  0 0.004 0.988 0.008
#> SRR811169      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311     4  0.4832    0.74331  0 0.056 0.176 0.768
#> SRR818009      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836     2  0.5188    0.77691  0 0.756 0.096 0.148
#> SRR1498313     2  0.0188    0.71506  0 0.996 0.004 0.000
#> SRR1441975     2  0.5326    0.78279  0 0.748 0.116 0.136
#> SRR819096      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679     4  0.5957    0.42208  0 0.040 0.420 0.540
#> SRR1489116     3  0.3448    0.71544  0 0.168 0.828 0.004
#> SRR1354138     3  0.0336    0.87275  0 0.008 0.992 0.000
#> SRR1490589     3  0.1211    0.86873  0 0.000 0.960 0.040
#> SRR1412987     4  0.0336    0.76631  0 0.000 0.008 0.992
#> SRR602034      3  0.0188    0.87516  0 0.000 0.996 0.004
#> SRR1353437     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871     3  0.3813    0.78232  0 0.024 0.828 0.148
#> SRR661577      4  0.3311    0.78077  0 0.000 0.172 0.828
#> SRR612190      4  0.5602    0.49323  0 0.024 0.408 0.568
#> SRR1399880     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787     4  0.2530    0.79580  0 0.000 0.112 0.888
#> SRR657869      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141     3  0.0524    0.87575  0 0.004 0.988 0.008
#> SRR1476697     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538     2  0.7218    0.32408  0 0.444 0.140 0.416
#> SRR1331422     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859      3  0.4866    0.25511  0 0.000 0.596 0.404
#> SRR1097594     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419     3  0.0336    0.87275  0 0.008 0.992 0.000
#> SRR1336706     2  0.4819    0.62751  0 0.652 0.344 0.004
#> SRR1472976     4  0.2760    0.79570  0 0.000 0.128 0.872
#> SRR1321307     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461      3  0.0336    0.87365  0 0.008 0.992 0.000
#> SRR1477149     2  0.0188    0.71506  0 0.996 0.004 0.000
#> SRR1457397     2  0.4250    0.68364  0 0.724 0.276 0.000
#> SRR661913      3  0.1022    0.87193  0 0.000 0.968 0.032
#> SRR1069024     2  0.4800    0.63346  0 0.656 0.340 0.004
#> SRR2165634     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722     3  0.1022    0.87226  0 0.000 0.968 0.032
#> SRR1328642     2  0.0927    0.72643  0 0.976 0.016 0.008
#> SRR1488261     3  0.1867    0.85432  0 0.000 0.928 0.072
#> SRR1318815     4  0.0336    0.76631  0 0.000 0.008 0.992
#> SRR816945      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432     4  0.0336    0.76631  0 0.000 0.008 0.992
#> SRR1359280     2  0.2494    0.74838  0 0.916 0.036 0.048
#> SRR1313910     2  0.6359    0.72576  0 0.648 0.132 0.220
#> SRR1457315     4  0.4134    0.71103  0 0.000 0.260 0.740
#> SRR815398      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958      3  0.0524    0.87410  0 0.008 0.988 0.004
#> SRR600688      4  0.5587    0.56640  0 0.028 0.372 0.600
#> SRR1098952     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916     3  0.0188    0.87516  0 0.000 0.996 0.004
#> SRR614167      3  0.0469    0.87587  0 0.000 0.988 0.012
#> SRR1348114     2  0.6494    0.71019  0 0.632 0.136 0.232
#> SRR658033      2  0.7785    0.26369  0 0.404 0.248 0.348
#> SRR1077503     3  0.2973    0.79640  0 0.000 0.856 0.144
#> SRR661854      3  0.3708    0.78495  0 0.020 0.832 0.148
#> SRR811379      4  0.5686    0.54224  0 0.032 0.376 0.592
#> SRR1318857     2  0.6327    0.73059  0 0.652 0.132 0.216
#> SRR656445      3  0.0469    0.87145  0 0.012 0.988 0.000
#> SRR1433044     2  0.0188    0.71506  0 0.996 0.004 0.000
#> SRR1486391     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071      3  0.1211    0.86873  0 0.000 0.960 0.040
#> SRR1364824     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745      2  0.4509    0.67605  0 0.708 0.288 0.004
#> SRR601038      2  0.4855    0.61852  0 0.644 0.352 0.004
#> SRR1360080     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868      3  0.3444    0.75930  0 0.000 0.816 0.184
#> SRR1485997     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560     4  0.2530    0.79580  0 0.000 0.112 0.888
#> SRR1333330     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513      4  0.4998    0.18451  0 0.000 0.488 0.512
#> SRR1328407     2  0.4792    0.66065  0 0.680 0.312 0.008
#> SRR602784      2  0.5112    0.46019  0 0.560 0.436 0.004
#> SRR1348468     4  0.0592    0.77088  0 0.000 0.016 0.984
#> SRR663717      2  0.7184    0.46635  0 0.492 0.144 0.364
#> SRR602217      2  0.5619    0.77992  0 0.724 0.152 0.124
#> SRR603140      3  0.4134    0.64947  0 0.000 0.740 0.260
#> SRR1340804     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574     3  0.0336    0.87275  0 0.008 0.992 0.000
#> SRR1333462     2  0.0000    0.71093  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1094601     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610     4  0.4193    0.69281  0 0.000 0.268 0.732
#> SRR1435833     4  0.3984    0.77095  0 0.040 0.132 0.828
#> SRR1398728     2  0.6313    0.72919  0 0.652 0.128 0.220
#> SRR1358343     4  0.1545    0.74985  0 0.040 0.008 0.952
#> SRR1410890     2  0.6344    0.72525  0 0.648 0.128 0.224
#> SRR1350371     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478     2  0.5742    0.76927  0 0.712 0.120 0.168
#> SRR1099260     3  0.3448    0.71544  0 0.168 0.828 0.004
#> SRR1433576     3  0.4225    0.69576  0 0.024 0.792 0.184
#> SRR1345541     4  0.4981    0.29410  0 0.000 0.464 0.536
#> SRR1086328     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391      3  0.0921    0.87300  0 0.000 0.972 0.028
#> SRR1476207     3  0.4008    0.67691  0 0.000 0.756 0.244
#> SRR627435      2  0.5800    0.41554  0 0.548 0.420 0.032
#> SRR1489862     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191     3  0.0817    0.87449  0 0.000 0.976 0.024
#> SRR1490115     3  0.1792    0.85066  0 0.000 0.932 0.068
#> SRR1377714     3  0.3764    0.76050  0 0.012 0.816 0.172
#> SRR819394      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161      4  0.3074    0.78701  0 0.000 0.152 0.848
#> SRR607042      2  0.4920    0.59448  0 0.628 0.368 0.004
#> SRR656203      4  0.7006    0.51071  0 0.132 0.340 0.528
#> SRR660602      3  0.0469    0.87145  0 0.012 0.988 0.000
#> SRR1440397     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249      2  0.6181    0.74387  0 0.668 0.128 0.204
#> SRR661242      4  0.6038    0.43314  0 0.044 0.424 0.532
#> SRR1332007     2  0.4406    0.66894  0 0.700 0.300 0.000
#> SRR809619      4  0.6715    0.60448  0 0.144 0.252 0.604
#> SRR819975      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281      2  0.5326    0.78279  0 0.748 0.116 0.136
#> SRR662366      3  0.0592    0.87586  0 0.000 0.984 0.016
#> SRR1317898     3  0.0921    0.87300  0 0.000 0.972 0.028
#> SRR1382485     4  0.5530    0.61536  0 0.032 0.336 0.632
#> SRR2166420     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541     3  0.0376    0.87518  0 0.004 0.992 0.004
#> SRR817444      3  0.4720    0.35631  0 0.324 0.672 0.004
#> SRR1320403     2  0.0524    0.72003  0 0.988 0.008 0.004
#> SRR1101483     2  0.6465    0.71486  0 0.636 0.136 0.228
#> SRR1331684     3  0.0657    0.87545  0 0.004 0.984 0.012
#> SRR1400054     4  0.1716    0.78858  0 0.000 0.064 0.936
#> SRR1406088     2  0.6374    0.72086  0 0.644 0.128 0.228
#> SRR820733      4  0.3486    0.77036  0 0.000 0.188 0.812
#> SRR1314113     4  0.1867    0.78869  0 0.000 0.072 0.928
#> SRR1382615     3  0.3831    0.65598  0 0.204 0.792 0.004
#> SRR1480745     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850     2  0.6080    0.76618  0 0.684 0.156 0.160
#> SRR656782      3  0.3569    0.74529  0 0.000 0.804 0.196
#> SRR821364      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295      2  0.0000    0.71093  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357103     2  0.4800    0.63363  0 0.656 0.340 0.004
#> SRR809185      4  0.5897    0.55590  0 0.044 0.368 0.588
#> SRR811583      4  0.3355    0.78383  0 0.004 0.160 0.836
#> SRR1468050     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224     2  0.5480    0.78114  0 0.736 0.124 0.140

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>            class entropy silhouette p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR1500170     2  0.2136     0.5992  0 0.904 0.000 0.008 0.088
#> SRR1402368     3  0.0955     0.8646  0 0.000 0.968 0.028 0.004
#> SRR607743      3  0.6903     0.2242  0 0.196 0.528 0.244 0.032
#> SRR1457375     2  0.2522     0.5940  0 0.880 0.012 0.000 0.108
#> SRR1470923     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785     3  0.2032     0.8529  0 0.020 0.924 0.052 0.004
#> SRR814768      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031     2  0.6726    -0.1836  0 0.488 0.120 0.360 0.032
#> SRR1363611     4  0.6266     0.6064  0 0.316 0.100 0.560 0.024
#> SRR1468447     5  0.4622     0.5567  0 0.440 0.012 0.000 0.548
#> SRR1071931     4  0.7012     0.5704  0 0.188 0.304 0.480 0.028
#> SRR810981      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299      5  0.3752     0.8203  0 0.292 0.000 0.000 0.708
#> SRR663585      3  0.1750     0.8511  0 0.036 0.936 0.000 0.028
#> SRR1326773     2  0.7446    -0.1421  0 0.420 0.292 0.248 0.040
#> SRR1351166     2  0.1408     0.6119  0 0.948 0.000 0.008 0.044
#> SRR1477452     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720     3  0.0671     0.8676  0 0.016 0.980 0.000 0.004
#> SRR1420320     4  0.5242     0.7256  0 0.220 0.060 0.696 0.024
#> SRR1081712     2  0.2522     0.5940  0 0.880 0.012 0.000 0.108
#> SRR1318241     3  0.4925     0.6388  0 0.044 0.712 0.224 0.020
#> SRR1333718     2  0.6503     0.2596  0 0.436 0.372 0.000 0.192
#> SRR1313514     5  0.2891     0.8577  0 0.176 0.000 0.000 0.824
#> SRR1477861     2  0.6673     0.1618  0 0.424 0.244 0.000 0.332
#> SRR1318005     5  0.3074     0.8650  0 0.196 0.000 0.000 0.804
#> SRR1354665     2  0.3477     0.5425  0 0.824 0.000 0.136 0.040
#> SRR657707      3  0.4692     0.6720  0 0.036 0.732 0.212 0.020
#> SRR1370742     3  0.0798     0.8667  0 0.000 0.976 0.016 0.008
#> SRR1412947     2  0.3410     0.5737  0 0.860 0.052 0.064 0.024
#> SRR661553      4  0.4931     0.7724  0 0.104 0.120 0.752 0.024
#> SRR1328869     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211      2  0.2392     0.5944  0 0.888 0.004 0.004 0.104
#> SRR1348181     3  0.0579     0.8686  0 0.008 0.984 0.000 0.008
#> SRR1416560     3  0.0566     0.8680  0 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR1319772     3  0.3182     0.8134  0 0.028 0.864 0.092 0.016
#> SRR1091452     4  0.6721     0.6354  0 0.208 0.256 0.520 0.016
#> SRR1338812     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072     5  0.3752     0.8208  0 0.292 0.000 0.000 0.708
#> SRR814844      4  0.2300     0.7190  0 0.040 0.000 0.908 0.052
#> SRR1376619     3  0.0671     0.8677  0 0.016 0.980 0.000 0.004
#> SRR603690      4  0.7266     0.5421  0 0.276 0.244 0.448 0.032
#> SRR2184980     2  0.2390     0.6033  0 0.896 0.000 0.020 0.084
#> SRR613963      4  0.2769     0.7663  0 0.064 0.020 0.892 0.024
#> SRR1323422     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673     3  0.1485     0.8569  0 0.032 0.948 0.000 0.020
#> SRR1434650     2  0.6569     0.2295  0 0.464 0.232 0.000 0.304
#> SRR659875      2  0.6553     0.2843  0 0.472 0.292 0.000 0.236
#> SRR1465734     3  0.4692     0.6715  0 0.036 0.732 0.212 0.020
#> SRR1076847     5  0.3109     0.8619  0 0.200 0.000 0.000 0.800
#> SRR1415072     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319      3  0.3159     0.7955  0 0.088 0.856 0.000 0.056
#> SRR663088      4  0.2104     0.7174  0 0.024 0.000 0.916 0.060
#> SRR1352021     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935      4  0.6832     0.6422  0 0.240 0.212 0.524 0.024
#> SRR1352530     3  0.0771     0.8679  0 0.020 0.976 0.000 0.004
#> SRR662594      3  0.4692     0.6715  0 0.036 0.732 0.212 0.020
#> SRR1095309     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647      3  0.0771     0.8679  0 0.020 0.976 0.000 0.004
#> SRR813019      2  0.6554     0.2556  0 0.476 0.252 0.000 0.272
#> SRR1374647     2  0.3209     0.5868  0 0.848 0.028 0.004 0.120
#> SRR603472      2  0.6653     0.1106  0 0.408 0.228 0.000 0.364
#> SRR661529      4  0.4633     0.7659  0 0.072 0.140 0.768 0.020
#> SRR607018      3  0.3994     0.7209  0 0.140 0.792 0.000 0.068
#> SRR627423      5  0.7165     0.3751  0 0.276 0.152 0.060 0.512
#> SRR654921      4  0.2300     0.7190  0 0.040 0.000 0.908 0.052
#> SRR1418968     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871      3  0.0486     0.8693  0 0.004 0.988 0.004 0.004
#> SRR1330522     3  0.0960     0.8682  0 0.004 0.972 0.016 0.008
#> SRR1499958     2  0.1195     0.6119  0 0.960 0.000 0.028 0.012
#> SRR614059      3  0.1981     0.8465  0 0.000 0.920 0.064 0.016
#> SRR1071403     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719     2  0.2248     0.5986  0 0.900 0.000 0.012 0.088
#> SRR1440421     5  0.4380     0.6970  0 0.376 0.008 0.000 0.616
#> SRR1310412     3  0.5296     0.5531  0 0.048 0.660 0.272 0.020
#> SRR614767      2  0.2777     0.5880  0 0.864 0.016 0.000 0.120
#> SRR820709      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093      3  0.1502     0.8536  0 0.056 0.940 0.000 0.004
#> SRR1088168     3  0.0955     0.8651  0 0.028 0.968 0.000 0.004
#> SRR1418707     2  0.2248     0.5986  0 0.900 0.000 0.012 0.088
#> SRR1354291     5  0.3074     0.8653  0 0.196 0.000 0.000 0.804
#> SRR2165806     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684     4  0.4590     0.7666  0 0.072 0.136 0.772 0.020
#> SRR1433860     3  0.0771     0.8664  0 0.020 0.976 0.000 0.004
#> SRR1311062     2  0.3081     0.5490  0 0.832 0.012 0.000 0.156
#> SRR1360359     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385      3  0.0771     0.8679  0 0.020 0.976 0.000 0.004
#> SRR615407      2  0.3209     0.5868  0 0.848 0.028 0.004 0.120
#> SRR1413892     3  0.1124     0.8617  0 0.036 0.960 0.000 0.004
#> SRR1443459     2  0.1626     0.6042  0 0.940 0.000 0.044 0.016
#> SRR1338942     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480      3  0.3237     0.8105  0 0.028 0.860 0.096 0.016
#> SRR1399433     4  0.5073     0.7636  0 0.124 0.128 0.732 0.016
#> SRR818537      2  0.6592     0.2354  0 0.460 0.240 0.000 0.300
#> SRR1101324     4  0.3076     0.7701  0 0.072 0.028 0.876 0.024
#> SRR807637      4  0.2409     0.7270  0 0.028 0.008 0.908 0.056
#> SRR1091918     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300      3  0.5022     0.5665  0 0.036 0.672 0.276 0.016
#> SRR1085426     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294     2  0.2777     0.5880  0 0.864 0.016 0.000 0.120
#> SRR813891      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431     4  0.7457     0.4594  0 0.280 0.284 0.400 0.036
#> SRR658742      4  0.3302     0.7756  0 0.072 0.044 0.864 0.020
#> SRR1419234     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813     2  0.1300     0.6129  0 0.956 0.000 0.028 0.016
#> SRR603496      3  0.4548     0.7464  0 0.076 0.784 0.112 0.028
#> SRR1407758     3  0.0771     0.8664  0 0.020 0.976 0.000 0.004
#> SRR810945      2  0.4759     0.5566  0 0.780 0.072 0.060 0.088
#> SRR817234      5  0.4101     0.7717  0 0.332 0.004 0.000 0.664
#> SRR1444852     3  0.0798     0.8667  0 0.000 0.976 0.016 0.008
#> SRR660378      3  0.0865     0.8654  0 0.024 0.972 0.000 0.004
#> SRR1467835     2  0.1300     0.6111  0 0.956 0.000 0.016 0.028
#> SRR1338964     3  0.4692     0.6720  0 0.036 0.732 0.212 0.020
#> SRR1079259     4  0.6141     0.7032  0 0.132 0.212 0.628 0.028
#> SRR1072345     3  0.4925     0.6388  0 0.044 0.712 0.224 0.020
#> SRR598725      3  0.0898     0.8657  0 0.000 0.972 0.020 0.008
#> SRR1447938     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460     4  0.2304     0.7259  0 0.048 0.000 0.908 0.044
#> SRR1429468     2  0.2136     0.5992  0 0.904 0.000 0.008 0.088
#> SRR1446850     2  0.3209     0.5892  0 0.848 0.028 0.004 0.120
#> SRR1320363     3  0.1569     0.8616  0 0.008 0.948 0.032 0.012
#> SRR1413810     3  0.0771     0.8664  0 0.020 0.976 0.000 0.004
#> SRR598831      2  0.1408     0.6119  0 0.948 0.000 0.008 0.044
#> SRR1381865     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957      3  0.0798     0.8667  0 0.000 0.976 0.016 0.008
#> SRR1491332     3  0.4138     0.7060  0 0.148 0.780 0.000 0.072
#> SRR1099744     2  0.1894     0.6066  0 0.920 0.000 0.008 0.072
#> SRR1464618     2  0.5034     0.1724  0 0.648 0.016 0.308 0.028
#> SRR1414559     4  0.3331     0.7750  0 0.068 0.044 0.864 0.024
#> SRR1337540     4  0.2104     0.7174  0 0.024 0.000 0.916 0.060
#> SRR1444283     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942     3  0.3463     0.7880  0 0.020 0.840 0.120 0.020
#> SRR660295      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335      3  0.0771     0.8664  0 0.020 0.976 0.000 0.004
#> SRR1363742     3  0.1502     0.8536  0 0.056 0.940 0.000 0.004
#> SRR1345847     4  0.7102     0.5648  0 0.312 0.188 0.468 0.032
#> SRR614960      3  0.1082     0.8630  0 0.000 0.964 0.028 0.008
#> SRR819919      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330      5  0.2929     0.8608  0 0.180 0.000 0.000 0.820
#> SRR1327951     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266     2  0.3566     0.5020  0 0.812 0.004 0.160 0.024
#> SRR1338055     2  0.4240     0.4095  0 0.732 0.024 0.004 0.240
#> SRR1430157     2  0.1469     0.6050  0 0.948 0.000 0.036 0.016
#> SRR1320137     2  0.3691     0.5244  0 0.804 0.000 0.156 0.040
#> SRR1093483     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913     3  0.0798     0.8667  0 0.000 0.976 0.016 0.008
#> SRR2170490     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845     3  0.0693     0.8692  0 0.012 0.980 0.000 0.008
#> SRR1436420     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060     2  0.6503     0.2596  0 0.436 0.372 0.000 0.192
#> SRR662282      3  0.0693     0.8692  0 0.012 0.980 0.000 0.008
#> SRR1487089     4  0.2300     0.7190  0 0.040 0.000 0.908 0.052
#> SRR1075683     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880     2  0.5154     0.4739  0 0.744 0.108 0.108 0.040
#> SRR1453456     3  0.0579     0.8688  0 0.008 0.984 0.000 0.008
#> SRR1457895     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603     2  0.6673     0.1618  0 0.424 0.244 0.000 0.332
#> SRR658633      2  0.2681     0.5941  0 0.876 0.012 0.004 0.108
#> SRR1388081     4  0.7227     0.5141  0 0.224 0.320 0.428 0.028
#> SRR813339      3  0.1538     0.8621  0 0.008 0.948 0.036 0.008
#> SRR809725      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441      5  0.2929     0.8608  0 0.180 0.000 0.000 0.820
#> SRR613603      3  0.4805     0.6644  0 0.044 0.728 0.208 0.020
#> SRR1096571     2  0.6519     0.2770  0 0.456 0.340 0.000 0.204
#> SRR1392701     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693     2  0.3566     0.5020  0 0.812 0.004 0.160 0.024
#> SRR660697      2  0.6616    -0.3518  0 0.444 0.116 0.416 0.024
#> SRR1489926     3  0.4489     0.7510  0 0.072 0.788 0.112 0.028
#> SRR811491      3  0.1538     0.8621  0 0.008 0.948 0.036 0.008
#> SRR1311644     4  0.3076     0.7701  0 0.072 0.028 0.876 0.024
#> SRR1451740     3  0.0486     0.8690  0 0.004 0.988 0.004 0.004
#> SRR615117      2  0.6646     0.1280  0 0.416 0.228 0.000 0.356
#> SRR1391748     4  0.2300     0.7190  0 0.040 0.000 0.908 0.052
#> SRR1466556     3  0.0865     0.8660  0 0.000 0.972 0.024 0.004
#> SRR614972      3  0.0566     0.8680  0 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR1406200     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210      4  0.4885     0.7732  0 0.104 0.116 0.756 0.024
#> SRR662174      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236      4  0.5885     0.6892  0 0.108 0.236 0.636 0.020
#> SRR1312598     2  0.1117     0.6136  0 0.964 0.000 0.020 0.016
#> SRR1330129     5  0.3177     0.8638  0 0.208 0.000 0.000 0.792
#> SRR1357781     5  0.2891     0.8577  0 0.176 0.000 0.000 0.824
#> SRR1315517     5  0.3074     0.8653  0 0.196 0.000 0.000 0.804
#> SRR1400032     3  0.0486     0.8690  0 0.004 0.988 0.004 0.004
#> SRR1413722     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827      3  0.0613     0.8693  0 0.004 0.984 0.008 0.004
#> SRR814794      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509     4  0.4492     0.7690  0 0.140 0.052 0.780 0.028
#> SRR808728      3  0.5589     0.4137  0 0.244 0.628 0.000 0.128
#> SRR1070813     2  0.1626     0.6144  0 0.940 0.000 0.016 0.044
#> SRR1389133     3  0.5022     0.5665  0 0.036 0.672 0.276 0.016
#> SRR601263      3  0.4692     0.6715  0 0.036 0.732 0.212 0.020
#> SRR604718      4  0.4572     0.7724  0 0.128 0.060 0.780 0.032
#> SRR1481351     3  0.4548     0.7464  0 0.076 0.784 0.112 0.028
#> SRR1334608     3  0.3159     0.7955  0 0.088 0.856 0.000 0.056
#> SRR658681      2  0.6519     0.2770  0 0.456 0.340 0.000 0.204
#> SRR809283      4  0.2672     0.7602  0 0.064 0.016 0.896 0.024
#> SRR1459300     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547     2  0.6519     0.2770  0 0.456 0.340 0.000 0.204
#> SRR811049      3  0.4692     0.6715  0 0.036 0.732 0.212 0.020
#> SRR1464835     4  0.2300     0.7190  0 0.040 0.000 0.908 0.052
#> SRR1339619     2  0.1626     0.6042  0 0.940 0.000 0.044 0.016
#> SRR658501      3  0.0727     0.8689  0 0.004 0.980 0.012 0.004
#> SRR1447523     3  0.1168     0.8615  0 0.000 0.960 0.032 0.008
#> SRR1415048     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348     2  0.3304     0.5296  0 0.840 0.004 0.128 0.028
#> SRR603890      5  0.3109     0.8652  0 0.200 0.000 0.000 0.800
#> SRR810595      3  0.0771     0.8706  0 0.020 0.976 0.000 0.004
#> SRR1446244     2  0.3566     0.5020  0 0.812 0.004 0.160 0.024
#> SRR817373      4  0.5073     0.7636  0 0.124 0.128 0.732 0.016
#> SRR1457291     4  0.7250     0.5166  0 0.232 0.316 0.424 0.028
#> SRR598220      3  0.7048     0.0429  0 0.208 0.484 0.280 0.028
#> SRR1477991     2  0.2519     0.6017  0 0.884 0.016 0.000 0.100
#> SRR598172      2  0.3642     0.4330  0 0.760 0.008 0.000 0.232
#> SRR1349032     2  0.2610     0.5782  0 0.892 0.004 0.076 0.028
#> SRR604002      5  0.4219     0.7825  0 0.260 0.024 0.000 0.716
#> SRR1378026     3  0.1117     0.8696  0 0.020 0.964 0.000 0.016
#> SRR1404401     5  0.3074     0.8653  0 0.196 0.000 0.000 0.804
#> SRR1333240     2  0.6642     0.1447  0 0.428 0.232 0.000 0.340
#> SRR1089399     2  0.3280     0.5271  0 0.812 0.012 0.000 0.176
#> SRR603421      5  0.3876     0.7953  0 0.316 0.000 0.000 0.684
#> SRR812562      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520      3  0.5635     0.3933  0 0.252 0.620 0.000 0.128
#> SRR811839      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317      2  0.2136     0.5992  0 0.904 0.000 0.008 0.088
#> SRR1436763     4  0.2672     0.7602  0 0.064 0.016 0.896 0.024
#> SRR1486021     4  0.7250     0.5166  0 0.232 0.316 0.424 0.028
#> SRR1465018     5  0.3876     0.7953  0 0.316 0.000 0.000 0.684
#> SRR1080998     3  0.4692     0.6720  0 0.036 0.732 0.212 0.020
#> SRR1083432     3  0.0609     0.8684  0 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1082833     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536     3  0.0566     0.8680  0 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR614011      2  0.1741     0.5986  0 0.936 0.000 0.040 0.024
#> SRR1365873     2  0.3433     0.5777  0 0.832 0.032 0.004 0.132
#> SRR1498789     2  0.2777     0.5880  0 0.864 0.016 0.000 0.120
#> SRR601581      2  0.4719     0.3202  0 0.696 0.016 0.264 0.024
#> SRR603566      2  0.6519     0.2770  0 0.456 0.340 0.000 0.204
#> SRR1373981     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410      2  0.2681     0.5941  0 0.876 0.012 0.004 0.108
#> SRR1076511     4  0.2104     0.7174  0 0.024 0.000 0.916 0.060
#> SRR614143      3  0.5783     0.5473  0 0.116 0.664 0.196 0.024
#> SRR1333570     3  0.0898     0.8657  0 0.000 0.972 0.020 0.008
#> SRR1366813     2  0.1484     0.6115  0 0.944 0.000 0.008 0.048
#> SRR1388746     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558     3  0.4821     0.6254  0 0.032 0.716 0.228 0.024
#> SRR1409510     3  0.0771     0.8664  0 0.020 0.976 0.000 0.004
#> SRR816250      2  0.2777     0.5880  0 0.864 0.016 0.000 0.120
#> SRR614131      2  0.6709     0.2481  0 0.568 0.176 0.036 0.220
#> SRR1331130     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015     3  0.0451     0.8688  0 0.008 0.988 0.000 0.004
#> SRR1470798     3  0.0771     0.8664  0 0.020 0.976 0.000 0.004
#> SRR614179      2  0.6710     0.2020  0 0.424 0.272 0.000 0.304
#> SRR1474863     2  0.2681     0.5941  0 0.876 0.012 0.004 0.108
#> SRR813560      2  0.1956     0.6038  0 0.916 0.000 0.008 0.076
#> SRR1312187     4  0.5468     0.6316  0 0.300 0.028 0.632 0.040
#> SRR1420960     3  0.0579     0.8688  0 0.008 0.984 0.000 0.008
#> SRR1355102     3  0.0798     0.8667  0 0.000 0.976 0.016 0.008
#> SRR1084577     3  0.0671     0.8676  0 0.016 0.980 0.000 0.004
#> SRR659971      2  0.1018     0.6134  0 0.968 0.000 0.016 0.016
#> SRR1350855     4  0.2304     0.7259  0 0.048 0.000 0.908 0.044
#> SRR820779      3  0.0771     0.8679  0 0.020 0.976 0.000 0.004
#> SRR1476300     3  0.0566     0.8680  0 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR1090907     4  0.2541     0.7654  0 0.068 0.020 0.900 0.012
#> SRR662294      5  0.3074     0.8653  0 0.196 0.000 0.000 0.804
#> SRR1480789     2  0.6581     0.2744  0 0.468 0.280 0.000 0.252
#> SRR1336263     4  0.2304     0.7259  0 0.048 0.000 0.908 0.044
#> SRR660776      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508     5  0.2929     0.8608  0 0.180 0.000 0.000 0.820
#> SRR615563      4  0.4441     0.7706  0 0.128 0.052 0.788 0.032
#> SRR1101175     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650     2  0.6498     0.2774  0 0.460 0.340 0.000 0.200
#> SRR1431205     5  0.4504     0.6004  0 0.428 0.008 0.000 0.564
#> SRR1339856     4  0.6050     0.6467  0 0.300 0.080 0.592 0.028
#> SRR1352147     2  0.6277     0.2404  0 0.616 0.156 0.200 0.028
#> SRR808968      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419      5  0.4443     0.4875  0 0.472 0.000 0.004 0.524
#> SRR1402391     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609      3  0.3493     0.7725  0 0.108 0.832 0.000 0.060
#> SRR2167857     5  0.2891     0.8577  0 0.176 0.000 0.000 0.824
#> SRR1398752     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437     2  0.1764     0.6073  0 0.928 0.000 0.008 0.064
#> SRR1416955     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064     4  0.7239     0.4974  0 0.340 0.204 0.424 0.032
#> SRR659001      4  0.4455     0.7726  0 0.116 0.052 0.792 0.040
#> SRR2170696     4  0.3227     0.7736  0 0.072 0.040 0.868 0.020
#> SRR816589      3  0.1485     0.8569  0 0.032 0.948 0.000 0.020
#> SRR1087487     3  0.0771     0.8664  0 0.020 0.976 0.000 0.004
#> SRR1329485     3  0.0579     0.8686  0 0.008 0.984 0.000 0.008
#> SRR816920      4  0.3227     0.7740  0 0.072 0.040 0.868 0.020
#> SRR1341432     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590     4  0.2450     0.7334  0 0.052 0.000 0.900 0.048
#> SRR817046      3  0.2347     0.8434  0 0.016 0.912 0.056 0.016
#> SRR1471331     3  0.0771     0.8664  0 0.020 0.976 0.000 0.004
#> SRR660788      4  0.3227     0.7740  0 0.072 0.040 0.868 0.020
#> SRR819234      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853      2  0.6592     0.2354  0 0.460 0.240 0.000 0.300
#> SRR809427      4  0.5003     0.7615  0 0.172 0.076 0.732 0.020
#> SRR2170217     4  0.2541     0.7654  0 0.068 0.020 0.900 0.012
#> SRR1386967     3  0.1549     0.8548  0 0.040 0.944 0.000 0.016
#> SRR1420344     2  0.1444     0.6061  0 0.948 0.000 0.040 0.012
#> SRR1334535     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503      4  0.4746     0.7249  0 0.164 0.032 0.756 0.048
#> SRR602564      4  0.6480     0.6489  0 0.176 0.268 0.544 0.012
#> SRR1420669     4  0.5516     0.7306  0 0.100 0.196 0.684 0.020
#> SRR819024      3  0.0566     0.8680  0 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR656223      3  0.3159     0.7955  0 0.088 0.856 0.000 0.056
#> SRR608428      2  0.2865     0.5758  0 0.856 0.008 0.004 0.132
#> SRR1345647     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324     5  0.3949     0.7825  0 0.332 0.000 0.000 0.668
#> SRR1361368     4  0.6461     0.5375  0 0.356 0.116 0.508 0.020
#> SRR1322619     2  0.1117     0.6141  0 0.964 0.000 0.016 0.020
#> SRR1349276     4  0.2520     0.7346  0 0.056 0.000 0.896 0.048
#> SRR1404024     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637     2  0.1557     0.6110  0 0.940 0.000 0.008 0.052
#> SRR1452631     4  0.2304     0.7246  0 0.044 0.000 0.908 0.048
#> SRR608392      3  0.3159     0.7955  0 0.088 0.856 0.000 0.056
#> SRR1357757     3  0.4750     0.7206  0 0.080 0.764 0.132 0.024
#> SRR1074646     4  0.4543     0.7718  0 0.092 0.124 0.772 0.012
#> SRR1367499     3  0.0609     0.8684  0 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1343501     3  0.5626     0.4683  0 0.232 0.640 0.004 0.124
#> SRR1394406     3  0.6144     0.2396  0 0.088 0.548 0.344 0.020
#> SRR1381435     3  0.1648     0.8524  0 0.040 0.940 0.000 0.020
#> SRR1467407     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422     5  0.3086     0.8600  0 0.180 0.004 0.000 0.816
#> SRR1380270     2  0.6549     0.2822  0 0.476 0.280 0.000 0.244
#> SRR1091817     2  0.2777     0.5880  0 0.864 0.016 0.000 0.120
#> SRR1440137     2  0.3410     0.5737  0 0.860 0.052 0.064 0.024
#> SRR614311      2  0.5431    -0.2956  0 0.480 0.008 0.472 0.040
#> SRR1407516     4  0.4983     0.7687  0 0.116 0.128 0.740 0.016
#> SRR815494      3  0.0854     0.8687  0 0.004 0.976 0.012 0.008
#> SRR1333209     4  0.5477     0.6695  0 0.248 0.040 0.668 0.044
#> SRR615177      4  0.3137     0.7683  0 0.076 0.024 0.872 0.028
#> SRR1099648     2  0.6503     0.2596  0 0.436 0.372 0.000 0.192
#> SRR659720      3  0.6000     0.4540  0 0.112 0.620 0.248 0.020
#> SRR2185057     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468      4  0.2949     0.7700  0 0.064 0.028 0.884 0.024
#> SRR660042      3  0.1981     0.8465  0 0.000 0.920 0.064 0.016
#> SRR2170864     2  0.2777     0.5880  0 0.864 0.016 0.000 0.120
#> SRR1440491     4  0.7087     0.5510  0 0.216 0.304 0.456 0.024
#> SRR1440852     3  0.0451     0.8691  0 0.008 0.988 0.000 0.004
#> SRR811169      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311     4  0.5898     0.6880  0 0.264 0.088 0.624 0.024
#> SRR818009      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836     2  0.2127     0.5929  0 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR1498313     5  0.2929     0.8608  0 0.180 0.000 0.000 0.820
#> SRR1441975     2  0.2865     0.5758  0 0.856 0.008 0.004 0.132
#> SRR819096      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679     4  0.7386     0.5110  0 0.248 0.292 0.424 0.036
#> SRR1489116     3  0.3994     0.7209  0 0.140 0.792 0.000 0.068
#> SRR1354138     3  0.0771     0.8664  0 0.020 0.976 0.000 0.004
#> SRR1490589     3  0.1082     0.8630  0 0.000 0.964 0.028 0.008
#> SRR1412987     4  0.2300     0.7190  0 0.040 0.000 0.908 0.052
#> SRR602034      3  0.0579     0.8686  0 0.008 0.984 0.000 0.008
#> SRR1353437     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871     3  0.4605     0.7431  0 0.080 0.780 0.112 0.028
#> SRR661577      4  0.4743     0.7765  0 0.096 0.120 0.764 0.020
#> SRR612190      4  0.7012     0.5704  0 0.188 0.304 0.480 0.028
#> SRR1399880     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787     4  0.4368     0.7740  0 0.116 0.056 0.796 0.032
#> SRR657869      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141     3  0.0579     0.8688  0 0.008 0.984 0.000 0.008
#> SRR1476697     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538     2  0.4125     0.4144  0 0.748 0.004 0.224 0.024
#> SRR1331422     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859      3  0.6144     0.2396  0 0.088 0.548 0.344 0.020
#> SRR1097594     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419     3  0.0771     0.8664  0 0.020 0.976 0.000 0.004
#> SRR1336706     2  0.6562     0.2817  0 0.472 0.284 0.000 0.244
#> SRR1472976     4  0.4383     0.7813  0 0.108 0.080 0.792 0.020
#> SRR1321307     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461      3  0.0609     0.8684  0 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1477149     5  0.3210     0.8627  0 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR1457397     2  0.6650     0.1207  0 0.412 0.228 0.000 0.360
#> SRR661913      3  0.0898     0.8657  0 0.000 0.972 0.020 0.008
#> SRR1069024     2  0.6549     0.2822  0 0.476 0.280 0.000 0.244
#> SRR2165634     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722     3  0.0898     0.8661  0 0.000 0.972 0.020 0.008
#> SRR1328642     5  0.3969     0.8083  0 0.304 0.004 0.000 0.692
#> SRR1488261     3  0.1981     0.8465  0 0.000 0.920 0.064 0.016
#> SRR1318815     4  0.2300     0.7190  0 0.040 0.000 0.908 0.052
#> SRR816945      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432     4  0.2104     0.7174  0 0.024 0.000 0.916 0.060
#> SRR1359280     5  0.4367     0.7061  0 0.372 0.008 0.000 0.620
#> SRR1313910     2  0.1399     0.6054  0 0.952 0.000 0.028 0.020
#> SRR1457315     4  0.5516     0.7306  0 0.100 0.196 0.684 0.020
#> SRR815398      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958      3  0.0671     0.8672  0 0.016 0.980 0.000 0.004
#> SRR600688      4  0.6661     0.6291  0 0.172 0.276 0.532 0.020
#> SRR1098952     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916     3  0.0579     0.8686  0 0.008 0.984 0.000 0.008
#> SRR614167      3  0.0613     0.8695  0 0.004 0.984 0.004 0.008
#> SRR1348114     2  0.1741     0.5989  0 0.936 0.000 0.040 0.024
#> SRR658033      2  0.5689     0.3846  0 0.676 0.116 0.184 0.024
#> SRR1077503     3  0.3463     0.7880  0 0.020 0.840 0.120 0.020
#> SRR661854      3  0.4548     0.7464  0 0.076 0.784 0.112 0.028
#> SRR811379      4  0.6996     0.5941  0 0.212 0.280 0.484 0.024
#> SRR1318857     2  0.1281     0.6070  0 0.956 0.000 0.032 0.012
#> SRR656445      3  0.0955     0.8651  0 0.028 0.968 0.000 0.004
#> SRR1433044     5  0.3109     0.8652  0 0.200 0.000 0.000 0.800
#> SRR1486391     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071      3  0.1082     0.8630  0 0.000 0.964 0.028 0.008
#> SRR1364824     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745      2  0.6592     0.2354  0 0.460 0.240 0.000 0.300
#> SRR601038      2  0.6553     0.2843  0 0.472 0.292 0.000 0.236
#> SRR1360080     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868      3  0.4037     0.7487  0 0.028 0.796 0.156 0.020
#> SRR1485997     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560     4  0.4368     0.7740  0 0.116 0.056 0.796 0.032
#> SRR1333330     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513      3  0.6163    -0.1368  0 0.076 0.456 0.448 0.020
#> SRR1328407     2  0.6554     0.2556  0 0.476 0.252 0.000 0.272
#> SRR602784      2  0.6503     0.2596  0 0.436 0.372 0.000 0.192
#> SRR1348468     4  0.2304     0.7259  0 0.048 0.000 0.908 0.044
#> SRR663717      2  0.3769     0.4887  0 0.796 0.004 0.172 0.028
#> SRR602217      2  0.3459     0.5837  0 0.832 0.052 0.000 0.116
#> SRR603140      3  0.4925     0.6388  0 0.044 0.712 0.224 0.020
#> SRR1340804     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574     3  0.0771     0.8664  0 0.020 0.976 0.000 0.004
#> SRR1333462     5  0.2891     0.8577  0 0.176 0.000 0.000 0.824
#> SRR1094601     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610     4  0.6021     0.7053  0 0.120 0.212 0.640 0.028
#> SRR1435833     4  0.5242     0.7256  0 0.220 0.060 0.696 0.024
#> SRR1398728     2  0.1444     0.6061  0 0.948 0.000 0.040 0.012
#> SRR1358343     4  0.3216     0.7021  0 0.108 0.000 0.848 0.044
#> SRR1410890     2  0.1469     0.6052  0 0.948 0.000 0.036 0.016
#> SRR1350371     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478     2  0.1408     0.6127  0 0.948 0.000 0.008 0.044
#> SRR1099260     3  0.3994     0.7209  0 0.140 0.792 0.000 0.068
#> SRR1433576     3  0.5482     0.6112  0 0.160 0.700 0.116 0.024
#> SRR1345541     4  0.6251     0.3614  0 0.096 0.392 0.496 0.016
#> SRR1086328     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391      3  0.0798     0.8667  0 0.000 0.976 0.016 0.008
#> SRR1476207     3  0.4805     0.6644  0 0.044 0.728 0.208 0.020
#> SRR627435      5  0.6590     0.2984  0 0.172 0.304 0.012 0.512
#> SRR1489862     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191     3  0.0566     0.8680  0 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR1490115     3  0.2374     0.8431  0 0.020 0.912 0.052 0.016
#> SRR1377714     3  0.4750     0.7206  0 0.080 0.764 0.132 0.024
#> SRR819394      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161      4  0.4763     0.7786  0 0.088 0.116 0.768 0.028
#> SRR607042      2  0.6596     0.2763  0 0.456 0.308 0.000 0.236
#> SRR656203      4  0.7365     0.4606  0 0.344 0.236 0.388 0.032
#> SRR660602      3  0.0955     0.8651  0 0.028 0.968 0.000 0.004
#> SRR1440397     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249      2  0.1216     0.6122  0 0.960 0.000 0.020 0.020
#> SRR661242      4  0.7234     0.5063  0 0.224 0.324 0.424 0.028
#> SRR1332007     2  0.6673     0.1618  0 0.424 0.244 0.000 0.332
#> SRR809619      4  0.6763     0.5322  0 0.352 0.144 0.480 0.024
#> SRR819975      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281      2  0.2865     0.5758  0 0.856 0.008 0.004 0.132
#> SRR662366      3  0.0613     0.8693  0 0.004 0.984 0.008 0.004
#> SRR1317898     3  0.0671     0.8674  0 0.000 0.980 0.016 0.004
#> SRR1382485     4  0.6733     0.6452  0 0.196 0.256 0.528 0.020
#> SRR2166420     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541     3  0.0404     0.8692  0 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR817444      3  0.5589     0.4137  0 0.244 0.628 0.000 0.128
#> SRR1320403     5  0.3707     0.8254  0 0.284 0.000 0.000 0.716
#> SRR1101483     2  0.1661     0.6008  0 0.940 0.000 0.036 0.024
#> SRR1331684     3  0.1372     0.8690  0 0.024 0.956 0.004 0.016
#> SRR1400054     4  0.3302     0.7756  0 0.072 0.044 0.864 0.020
#> SRR1406088     2  0.1626     0.6042  0 0.940 0.000 0.044 0.016
#> SRR820733      4  0.4759     0.7649  0 0.092 0.144 0.752 0.012
#> SRR1314113     4  0.3405     0.7730  0 0.072 0.040 0.860 0.028
#> SRR1382615     3  0.4393     0.6714  0 0.168 0.756 0.000 0.076
#> SRR1480745     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850     2  0.3531     0.6041  0 0.852 0.032 0.036 0.080
#> SRR656782      3  0.4400     0.7226  0 0.032 0.768 0.176 0.024
#> SRR821364      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295      5  0.2891     0.8577  0 0.176 0.000 0.000 0.824
#> SRR1357103     2  0.6565     0.2794  0 0.472 0.280 0.000 0.248
#> SRR809185      4  0.7023     0.6023  0 0.236 0.256 0.484 0.024
#> SRR811583      4  0.4799     0.7739  0 0.108 0.112 0.760 0.020
#> SRR1468050     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224     2  0.2777     0.5880  0 0.864 0.016 0.000 0.120

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>            class entropy silhouette p1    p2    p3    p4    p5 p6
#> SRR1500170     2  0.1714    0.62167  0 0.908 0.000 0.000 0.092 NA
#> SRR1402368     3  0.1296    0.84315  0 0.000 0.952 0.032 0.004 NA
#> SRR607743      3  0.6937    0.09216  0 0.128 0.448 0.300 0.000 NA
#> SRR1457375     2  0.3579    0.61063  0 0.824 0.008 0.020 0.112 NA
#> SRR1470923     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR817954      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR809259      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1439785     3  0.2145    0.83366  0 0.008 0.912 0.056 0.004 NA
#> SRR814768      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1102031     2  0.6456   -0.17951  0 0.440 0.060 0.376 0.000 NA
#> SRR1363611     4  0.5784    0.58795  0 0.252 0.040 0.592 0.000 NA
#> SRR1468447     5  0.4388    0.52959  0 0.372 0.008 0.004 0.604 NA
#> SRR1071931     4  0.6443    0.60855  0 0.124 0.212 0.556 0.000 NA
#> SRR810981      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR615299      5  0.2854    0.78684  0 0.208 0.000 0.000 0.792 NA
#> SRR663585      3  0.1524    0.82631  0 0.008 0.932 0.000 0.000 NA
#> SRR1326773     2  0.7542   -0.20856  0 0.340 0.232 0.296 0.004 NA
#> SRR1351166     2  0.1713    0.63719  0 0.928 0.000 0.000 0.044 NA
#> SRR1477452     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1084720     3  0.0458    0.84771  0 0.000 0.984 0.000 0.000 NA
#> SRR1420320     4  0.5336    0.67127  0 0.196 0.032 0.656 0.000 NA
#> SRR1081712     2  0.3493    0.61160  0 0.828 0.008 0.016 0.112 NA
#> SRR1318241     3  0.4780    0.60770  0 0.008 0.672 0.248 0.004 NA
#> SRR1333718     3  0.7266   -0.22930  0 0.312 0.352 0.000 0.100 NA
#> SRR1313514     5  0.1644    0.82144  0 0.076 0.000 0.000 0.920 NA
#> SRR1477861     2  0.7679    0.04134  0 0.296 0.196 0.000 0.252 NA
#> SRR1318005     5  0.2006    0.82971  0 0.104 0.000 0.000 0.892 NA
#> SRR1354665     2  0.3534    0.56812  0 0.824 0.000 0.092 0.020 NA
#> SRR657707      3  0.4610    0.64554  0 0.008 0.696 0.228 0.004 NA
#> SRR1370742     3  0.1251    0.84628  0 0.000 0.956 0.024 0.008 NA
#> SRR1412947     2  0.4064    0.59179  0 0.808 0.024 0.060 0.024 NA
#> SRR661553      4  0.3186    0.73282  0 0.028 0.076 0.856 0.004 NA
#> SRR1328869     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR662211      2  0.2398    0.61749  0 0.876 0.000 0.000 0.104 NA
#> SRR1348181     3  0.0653    0.84859  0 0.000 0.980 0.004 0.004 NA
#> SRR1416560     3  0.0951    0.84671  0 0.000 0.968 0.020 0.004 NA
#> SRR1319772     3  0.3246    0.79036  0 0.012 0.840 0.108 0.004 NA
#> SRR1091452     4  0.6348    0.62434  0 0.132 0.168 0.580 0.000 NA
#> SRR1338812     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1392072     5  0.2883    0.78553  0 0.212 0.000 0.000 0.788 NA
#> SRR814844      4  0.4152    0.63054  0 0.032 0.000 0.664 0.000 NA
#> SRR1376619     3  0.0692    0.84595  0 0.000 0.976 0.004 0.000 NA
#> SRR603690      4  0.6881    0.53741  0 0.208 0.180 0.496 0.000 NA
#> SRR2184980     2  0.2062    0.62657  0 0.900 0.000 0.008 0.088 NA
#> SRR613963      4  0.2742    0.71735  0 0.008 0.012 0.852 0.000 NA
#> SRR1323422     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1397673     3  0.1196    0.83665  0 0.008 0.952 0.000 0.000 NA
#> SRR1434650     2  0.7608    0.11460  0 0.336 0.188 0.000 0.224 NA
#> SRR659875      2  0.7554    0.16543  0 0.332 0.256 0.000 0.156 NA
#> SRR1465734     3  0.4610    0.64516  0 0.008 0.696 0.228 0.004 NA
#> SRR1076847     5  0.2165    0.82517  0 0.108 0.000 0.000 0.884 NA
#> SRR1415072     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR659319      3  0.3263    0.77431  0 0.060 0.848 0.000 0.028 NA
#> SRR663088      4  0.4123    0.55593  0 0.000 0.000 0.568 0.012 NA
#> SRR1352021     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1325527     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1105369     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR659935      4  0.6339    0.62391  0 0.172 0.132 0.580 0.000 NA
#> SRR1352530     3  0.0837    0.84622  0 0.004 0.972 0.004 0.000 NA
#> SRR662594      3  0.4610    0.64516  0 0.008 0.696 0.228 0.004 NA
#> SRR1095309     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR615647      3  0.0837    0.84622  0 0.004 0.972 0.004 0.000 NA
#> SRR813019      2  0.7810    0.14234  0 0.340 0.220 0.008 0.200 NA
#> SRR1374647     2  0.4196    0.60163  0 0.788 0.024 0.020 0.124 NA
#> SRR603472      5  0.7655   -0.01184  0 0.280 0.184 0.000 0.292 NA
#> SRR661529      4  0.3056    0.72590  0 0.008 0.084 0.856 0.004 NA
#> SRR607018      3  0.4129    0.71914  0 0.096 0.784 0.000 0.032 NA
#> SRR627423      5  0.7182    0.41813  0 0.188 0.036 0.060 0.492 NA
#> SRR654921      4  0.4152    0.63054  0 0.032 0.000 0.664 0.000 NA
#> SRR1418968     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR660871      3  0.0653    0.84913  0 0.000 0.980 0.012 0.004 NA
#> SRR1330522     3  0.0951    0.84717  0 0.000 0.968 0.020 0.008 NA
#> SRR1499958     2  0.1086    0.63552  0 0.964 0.000 0.012 0.012 NA
#> SRR614059      3  0.2195    0.82736  0 0.000 0.904 0.068 0.012 NA
#> SRR1071403     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1486719     2  0.1858    0.62209  0 0.904 0.000 0.000 0.092 NA
#> SRR1440421     5  0.3964    0.65347  0 0.308 0.004 0.004 0.676 NA
#> SRR1310412     3  0.5325    0.52996  0 0.020 0.620 0.276 0.004 NA
#> SRR614767      2  0.3875    0.60269  0 0.804 0.012 0.020 0.124 NA
#> SRR820709      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1471500     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR658093      3  0.1498    0.83516  0 0.028 0.940 0.000 0.000 NA
#> SRR1088168     3  0.0806    0.84373  0 0.008 0.972 0.000 0.000 NA
#> SRR1418707     2  0.1858    0.62209  0 0.904 0.000 0.000 0.092 NA
#> SRR1354291     5  0.1863    0.82993  0 0.104 0.000 0.000 0.896 NA
#> SRR2165806     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1415684     4  0.3004    0.72630  0 0.008 0.080 0.860 0.004 NA
#> SRR1433860     3  0.0547    0.84454  0 0.000 0.980 0.000 0.000 NA
#> SRR1311062     2  0.4107    0.56847  0 0.768 0.008 0.016 0.168 NA
#> SRR1360359     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR661385      3  0.0837    0.84622  0 0.004 0.972 0.004 0.000 NA
#> SRR615407      2  0.4196    0.60163  0 0.788 0.024 0.020 0.124 NA
#> SRR1413892     3  0.1003    0.84167  0 0.016 0.964 0.000 0.000 NA
#> SRR1443459     2  0.1313    0.63047  0 0.952 0.000 0.028 0.004 NA
#> SRR1338942     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR657480      3  0.3315    0.78737  0 0.012 0.836 0.108 0.004 NA
#> SRR1399433     4  0.3906    0.72948  0 0.060 0.064 0.808 0.000 NA
#> SRR818537      2  0.7623    0.12103  0 0.332 0.196 0.000 0.220 NA
#> SRR1101324     4  0.2420    0.71922  0 0.008 0.008 0.876 0.000 NA
#> SRR807637      4  0.4069    0.59497  0 0.004 0.000 0.612 0.008 NA
#> SRR1091918     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR598300      3  0.4876    0.55389  0 0.008 0.640 0.288 0.004 NA
#> SRR1085426     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1376294     2  0.3875    0.60269  0 0.804 0.012 0.020 0.124 NA
#> SRR813891      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1467431     4  0.7299    0.47030  0 0.216 0.208 0.424 0.000 NA
#> SRR658742      4  0.2644    0.72951  0 0.012 0.028 0.884 0.004 NA
#> SRR1419234     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1404813     2  0.1180    0.63641  0 0.960 0.000 0.012 0.016 NA
#> SRR603496      3  0.4958    0.69960  0 0.044 0.728 0.132 0.008 NA
#> SRR1407758     3  0.0547    0.84454  0 0.000 0.980 0.000 0.000 NA
#> SRR810945      2  0.5406    0.55929  0 0.724 0.064 0.072 0.084 NA
#> SRR817234      5  0.3452    0.73458  0 0.256 0.004 0.000 0.736 NA
#> SRR1444852     3  0.1149    0.84495  0 0.000 0.960 0.024 0.008 NA
#> SRR660378      3  0.0692    0.84394  0 0.004 0.976 0.000 0.000 NA
#> SRR1467835     2  0.1232    0.63677  0 0.956 0.000 0.004 0.024 NA
#> SRR1338964     3  0.4585    0.65065  0 0.008 0.700 0.224 0.004 NA
#> SRR1079259     4  0.5431    0.67421  0 0.060 0.148 0.672 0.000 NA
#> SRR1072345     3  0.4780    0.60770  0 0.008 0.672 0.248 0.004 NA
#> SRR598725      3  0.1230    0.84374  0 0.000 0.956 0.028 0.008 NA
#> SRR1447938     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1356397     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1360460     4  0.4172    0.64522  0 0.040 0.000 0.680 0.000 NA
#> SRR1429468     2  0.1714    0.62167  0 0.908 0.000 0.000 0.092 NA
#> SRR1446850     2  0.4218    0.60290  0 0.788 0.020 0.024 0.120 NA
#> SRR1320363     3  0.1480    0.83905  0 0.000 0.940 0.040 0.000 NA
#> SRR1413810     3  0.0547    0.84454  0 0.000 0.980 0.000 0.000 NA
#> SRR598831      2  0.1713    0.63719  0 0.928 0.000 0.000 0.044 NA
#> SRR1381865     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR660957      3  0.1149    0.84703  0 0.000 0.960 0.024 0.008 NA
#> SRR1491332     3  0.4315    0.70186  0 0.104 0.768 0.000 0.032 NA
#> SRR1099744     2  0.2277    0.63285  0 0.892 0.000 0.000 0.076 NA
#> SRR1464618     2  0.4632    0.26083  0 0.656 0.004 0.276 0.000 NA
#> SRR1414559     4  0.2753    0.72960  0 0.012 0.028 0.876 0.004 NA
#> SRR1337540     4  0.4123    0.55593  0 0.000 0.000 0.568 0.012 NA
#> SRR1444283     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2184942     3  0.3550    0.75387  0 0.004 0.804 0.144 0.004 NA
#> SRR660295      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR601335      3  0.0547    0.84454  0 0.000 0.980 0.000 0.000 NA
#> SRR1363742     3  0.1498    0.83516  0 0.028 0.940 0.000 0.000 NA
#> SRR1345847     4  0.6562    0.55166  0 0.252 0.120 0.524 0.000 NA
#> SRR614960      3  0.1409    0.84122  0 0.000 0.948 0.032 0.008 NA
#> SRR819919      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR603330      5  0.1700    0.82347  0 0.080 0.000 0.000 0.916 NA
#> SRR1327951     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1401885     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1345266     2  0.3193    0.53819  0 0.824 0.000 0.124 0.000 NA
#> SRR1338055     2  0.5096    0.43810  0 0.668 0.016 0.016 0.240 NA
#> SRR1430157     2  0.1138    0.63002  0 0.960 0.000 0.024 0.004 NA
#> SRR1320137     2  0.3799    0.55278  0 0.804 0.000 0.096 0.020 NA
#> SRR1093483     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1341080     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1459913     3  0.1149    0.84495  0 0.000 0.960 0.024 0.008 NA
#> SRR2170490     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1479845     3  0.0893    0.84875  0 0.004 0.972 0.004 0.004 NA
#> SRR1436420     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1481060     3  0.7275   -0.23634  0 0.312 0.348 0.000 0.100 NA
#> SRR662282      3  0.0893    0.84875  0 0.004 0.972 0.004 0.004 NA
#> SRR1487089     4  0.4152    0.63054  0 0.032 0.000 0.664 0.000 NA
#> SRR1075683     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1338536     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1338880     2  0.5464    0.48957  0 0.696 0.056 0.124 0.016 NA
#> SRR1453456     3  0.0653    0.84787  0 0.000 0.980 0.004 0.004 NA
#> SRR1457895     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1440603     2  0.7679    0.04134  0 0.296 0.196 0.000 0.252 NA
#> SRR658633      2  0.3660    0.61058  0 0.820 0.008 0.024 0.112 NA
#> SRR1388081     4  0.6931    0.55028  0 0.144 0.216 0.492 0.000 NA
#> SRR813339      3  0.1549    0.83788  0 0.000 0.936 0.044 0.000 NA
#> SRR809725      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR627441      5  0.1700    0.82347  0 0.080 0.000 0.000 0.916 NA
#> SRR613603      3  0.4757    0.61672  0 0.008 0.676 0.244 0.004 NA
#> SRR1096571     2  0.7401    0.17007  0 0.328 0.296 0.000 0.116 NA
#> SRR1392701     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1344326     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1367693     2  0.3193    0.53819  0 0.824 0.000 0.124 0.000 NA
#> SRR660697      4  0.6496    0.31118  0 0.396 0.068 0.420 0.000 NA
#> SRR1489926     3  0.4919    0.70420  0 0.044 0.732 0.128 0.008 NA
#> SRR811491      3  0.1549    0.83788  0 0.000 0.936 0.044 0.000 NA
#> SRR1311644     4  0.2420    0.71922  0 0.008 0.008 0.876 0.000 NA
#> SRR1451740     3  0.0653    0.84882  0 0.000 0.980 0.012 0.004 NA
#> SRR615117      2  0.7657    0.00935  0 0.292 0.184 0.000 0.276 NA
#> SRR1391748     4  0.4152    0.63054  0 0.032 0.000 0.664 0.000 NA
#> SRR1466556     3  0.1218    0.84476  0 0.000 0.956 0.028 0.004 NA
#> SRR614972      3  0.0951    0.84795  0 0.000 0.968 0.020 0.004 NA
#> SRR1406200     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR819210      4  0.3131    0.73318  0 0.028 0.072 0.860 0.004 NA
#> SRR662174      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR811988      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR663236      4  0.4832    0.68497  0 0.044 0.164 0.724 0.004 NA
#> SRR1312598     2  0.1065    0.63652  0 0.964 0.000 0.008 0.020 NA
#> SRR1330129     5  0.2003    0.82844  0 0.116 0.000 0.000 0.884 NA
#> SRR1357781     5  0.1644    0.82144  0 0.076 0.000 0.000 0.920 NA
#> SRR1315517     5  0.1863    0.82993  0 0.104 0.000 0.000 0.896 NA
#> SRR1400032     3  0.0653    0.84882  0 0.000 0.980 0.012 0.004 NA
#> SRR1413722     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR612827      3  0.0748    0.84895  0 0.000 0.976 0.016 0.004 NA
#> SRR814794      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR819430      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1395509     4  0.3817    0.72839  0 0.088 0.012 0.796 0.000 NA
#> SRR808728      3  0.5937    0.46382  0 0.168 0.616 0.000 0.068 NA
#> SRR1070813     2  0.1409    0.63874  0 0.948 0.000 0.008 0.032 NA
#> SRR1389133     3  0.4876    0.55389  0 0.008 0.640 0.288 0.004 NA
#> SRR601263      3  0.4610    0.64516  0 0.008 0.696 0.228 0.004 NA
#> SRR604718      4  0.3987    0.72995  0 0.084 0.020 0.788 0.000 NA
#> SRR1481351     3  0.4958    0.69960  0 0.044 0.728 0.132 0.008 NA
#> SRR1334608     3  0.3263    0.77431  0 0.060 0.848 0.000 0.028 NA
#> SRR658681      2  0.7398    0.16998  0 0.328 0.300 0.000 0.116 NA
#> SRR809283      4  0.3352    0.70213  0 0.016 0.004 0.796 0.004 NA
#> SRR1459300     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1392547     2  0.7398    0.16998  0 0.328 0.300 0.000 0.116 NA
#> SRR811049      3  0.4610    0.64516  0 0.008 0.696 0.228 0.004 NA
#> SRR1464835     4  0.4152    0.63054  0 0.032 0.000 0.664 0.000 NA
#> SRR1339619     2  0.1313    0.63040  0 0.952 0.000 0.028 0.004 NA
#> SRR658501      3  0.0748    0.84798  0 0.000 0.976 0.016 0.004 NA
#> SRR1447523     3  0.1483    0.83962  0 0.000 0.944 0.036 0.008 NA
#> SRR1415048     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1355451     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1444348     2  0.2968    0.56346  0 0.852 0.000 0.092 0.004 NA
#> SRR603890      5  0.1910    0.82972  0 0.108 0.000 0.000 0.892 NA
#> SRR810595      3  0.0622    0.84990  0 0.000 0.980 0.012 0.000 NA
#> SRR1446244     2  0.3193    0.53819  0 0.824 0.000 0.124 0.000 NA
#> SRR817373      4  0.3906    0.72948  0 0.060 0.064 0.808 0.000 NA
#> SRR1457291     4  0.6957    0.54439  0 0.152 0.216 0.488 0.000 NA
#> SRR598220      3  0.6947   -0.08546  0 0.136 0.408 0.348 0.000 NA
#> SRR1477991     2  0.3487    0.61698  0 0.832 0.012 0.020 0.108 NA
#> SRR598172      2  0.4697    0.46112  0 0.692 0.004 0.020 0.236 NA
#> SRR1349032     2  0.2263    0.60388  0 0.900 0.000 0.060 0.004 NA
#> SRR604002      5  0.4315    0.72657  0 0.148 0.024 0.000 0.756 NA
#> SRR1378026     3  0.0858    0.84840  0 0.000 0.968 0.004 0.000 NA
#> SRR1404401     5  0.1863    0.82993  0 0.104 0.000 0.000 0.896 NA
#> SRR1333240     2  0.7868    0.03554  0 0.300 0.200 0.008 0.268 NA
#> SRR1089399     2  0.3499    0.54980  0 0.780 0.008 0.004 0.196 NA
#> SRR603421      5  0.3136    0.76804  0 0.228 0.000 0.000 0.768 NA
#> SRR812562      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR808520      3  0.6029    0.44411  0 0.168 0.604 0.000 0.068 NA
#> SRR811839      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR814317      2  0.1714    0.62167  0 0.908 0.000 0.000 0.092 NA
#> SRR1436763     4  0.3352    0.70213  0 0.016 0.004 0.796 0.004 NA
#> SRR1486021     4  0.6957    0.54439  0 0.152 0.216 0.488 0.000 NA
#> SRR1465018     5  0.3136    0.76804  0 0.228 0.000 0.000 0.768 NA
#> SRR1080998     3  0.4585    0.65065  0 0.008 0.700 0.224 0.004 NA
#> SRR1083432     3  0.0291    0.84840  0 0.004 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR1082833     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1465804     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1326536     3  0.0837    0.84734  0 0.000 0.972 0.020 0.004 NA
#> SRR614011      2  0.1390    0.62439  0 0.948 0.000 0.032 0.004 NA
#> SRR1365873     2  0.4379    0.58990  0 0.772 0.024 0.020 0.136 NA
#> SRR1498789     2  0.3875    0.60269  0 0.804 0.012 0.020 0.124 NA
#> SRR601581      2  0.4418    0.36710  0 0.700 0.004 0.228 0.000 NA
#> SRR603566      2  0.7398    0.16998  0 0.328 0.300 0.000 0.116 NA
#> SRR1373981     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR821410      2  0.3660    0.61058  0 0.820 0.008 0.024 0.112 NA
#> SRR1076511     4  0.4123    0.55593  0 0.000 0.000 0.568 0.012 NA
#> SRR614143      3  0.5877    0.50451  0 0.052 0.608 0.244 0.008 NA
#> SRR1333570     3  0.1230    0.84374  0 0.000 0.956 0.028 0.008 NA
#> SRR1366813     2  0.1780    0.63672  0 0.924 0.000 0.000 0.048 NA
#> SRR1388746     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1420558     3  0.4319    0.61793  0 0.000 0.696 0.256 0.012 NA
#> SRR1409510     3  0.0547    0.84454  0 0.000 0.980 0.000 0.000 NA
#> SRR816250      2  0.3875    0.60269  0 0.804 0.012 0.020 0.124 NA
#> SRR614131      2  0.7282    0.27248  0 0.520 0.088 0.048 0.180 NA
#> SRR1331130     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1316015     3  0.0551    0.84858  0 0.000 0.984 0.004 0.004 NA
#> SRR1470798     3  0.0547    0.84454  0 0.000 0.980 0.000 0.000 NA
#> SRR614179      2  0.7698    0.08530  0 0.296 0.228 0.000 0.220 NA
#> SRR1474863     2  0.3660    0.61058  0 0.820 0.008 0.024 0.112 NA
#> SRR813560      2  0.1556    0.62667  0 0.920 0.000 0.000 0.080 NA
#> SRR1312187     4  0.5499    0.55467  0 0.292 0.004 0.560 0.000 NA
#> SRR1420960     3  0.0551    0.84842  0 0.000 0.984 0.004 0.004 NA
#> SRR1355102     3  0.1149    0.84495  0 0.000 0.960 0.024 0.008 NA
#> SRR1084577     3  0.0458    0.84771  0 0.000 0.984 0.000 0.000 NA
#> SRR659971      2  0.0951    0.63619  0 0.968 0.000 0.008 0.020 NA
#> SRR1350855     4  0.4172    0.64522  0 0.040 0.000 0.680 0.000 NA
#> SRR820779      3  0.0837    0.84622  0 0.004 0.972 0.004 0.000 NA
#> SRR1476300     3  0.0951    0.84671  0 0.000 0.968 0.020 0.004 NA
#> SRR1090907     4  0.2315    0.72150  0 0.016 0.008 0.892 0.000 NA
#> SRR662294      5  0.1863    0.82993  0 0.104 0.000 0.000 0.896 NA
#> SRR1480789     2  0.7590    0.15575  0 0.328 0.248 0.000 0.168 NA
#> SRR1336263     4  0.4172    0.64522  0 0.040 0.000 0.680 0.000 NA
#> SRR660776      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1090508     5  0.1700    0.82347  0 0.080 0.000 0.000 0.916 NA
#> SRR615563      4  0.3992    0.72606  0 0.088 0.012 0.780 0.000 NA
#> SRR1101175     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2164650     2  0.7390    0.16530  0 0.328 0.308 0.000 0.116 NA
#> SRR1431205     5  0.4169    0.55204  0 0.364 0.004 0.004 0.620 NA
#> SRR1339856     4  0.6101    0.58510  0 0.272 0.040 0.544 0.000 NA
#> SRR1352147     2  0.6387    0.26365  0 0.572 0.092 0.212 0.004 NA
#> SRR808968      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR627419      5  0.3804    0.44106  0 0.424 0.000 0.000 0.576 NA
#> SRR1402391     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR663609      3  0.3652    0.75491  0 0.072 0.820 0.000 0.028 NA
#> SRR2167857     5  0.1644    0.82144  0 0.076 0.000 0.000 0.920 NA
#> SRR1398752     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1469169     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1405437     2  0.2030    0.63430  0 0.908 0.000 0.000 0.064 NA
#> SRR1416955     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1317064     4  0.6928    0.48494  0 0.276 0.120 0.464 0.000 NA
#> SRR659001      4  0.3829    0.72869  0 0.072 0.012 0.792 0.000 NA
#> SRR2170696     4  0.2468    0.72419  0 0.008 0.016 0.880 0.000 NA
#> SRR816589      3  0.1196    0.83665  0 0.008 0.952 0.000 0.000 NA
#> SRR1087487     3  0.0547    0.84454  0 0.000 0.980 0.000 0.000 NA
#> SRR1329485     3  0.0653    0.84756  0 0.000 0.980 0.004 0.004 NA
#> SRR816920      4  0.2468    0.72510  0 0.008 0.016 0.880 0.000 NA
#> SRR1341432     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1361590     4  0.3934    0.65506  0 0.032 0.000 0.708 0.000 NA
#> SRR817046      3  0.2380    0.81461  0 0.000 0.892 0.068 0.004 NA
#> SRR1471331     3  0.0547    0.84454  0 0.000 0.980 0.000 0.000 NA
#> SRR660788      4  0.2468    0.72510  0 0.008 0.016 0.880 0.000 NA
#> SRR819234      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR810853      2  0.7629    0.12317  0 0.332 0.200 0.000 0.220 NA
#> SRR809427      4  0.4598    0.72367  0 0.124 0.024 0.736 0.000 NA
#> SRR2170217     4  0.2367    0.72067  0 0.016 0.008 0.888 0.000 NA
#> SRR1386967     3  0.1461    0.83037  0 0.016 0.940 0.000 0.000 NA
#> SRR1420344     2  0.1138    0.63147  0 0.960 0.000 0.024 0.004 NA
#> SRR1334535     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR614503      4  0.5365    0.65122  0 0.132 0.012 0.616 0.000 NA
#> SRR602564      4  0.6088    0.65199  0 0.116 0.184 0.604 0.000 NA
#> SRR1420669     4  0.4318    0.70609  0 0.032 0.124 0.772 0.004 NA
#> SRR819024      3  0.0951    0.84795  0 0.000 0.968 0.020 0.004 NA
#> SRR656223      3  0.3263    0.77431  0 0.060 0.848 0.000 0.028 NA
#> SRR608428      2  0.3685    0.59488  0 0.800 0.008 0.004 0.140 NA
#> SRR1345647     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1389324     5  0.3175    0.74454  0 0.256 0.000 0.000 0.744 NA
#> SRR1361368     4  0.6031    0.53089  0 0.284 0.056 0.556 0.000 NA
#> SRR1322619     2  0.1149    0.63781  0 0.960 0.000 0.008 0.024 NA
#> SRR1349276     4  0.3979    0.66348  0 0.036 0.000 0.708 0.000 NA
#> SRR1404024     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1370637     2  0.1219    0.63556  0 0.948 0.000 0.000 0.048 NA
#> SRR1452631     4  0.4098    0.63872  0 0.032 0.000 0.676 0.000 NA
#> SRR608392      3  0.3263    0.77431  0 0.060 0.848 0.000 0.028 NA
#> SRR1357757     3  0.5234    0.66379  0 0.044 0.692 0.160 0.004 NA
#> SRR1074646     4  0.3244    0.73494  0 0.024 0.064 0.848 0.000 NA
#> SRR1367499     3  0.0291    0.84840  0 0.004 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR1343501     3  0.6009    0.52092  0 0.156 0.636 0.012 0.068 NA
#> SRR1394406     3  0.5722    0.24107  0 0.024 0.508 0.384 0.004 NA
#> SRR1381435     3  0.1367    0.83332  0 0.012 0.944 0.000 0.000 NA
#> SRR1467407     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1092422     5  0.1843    0.82288  0 0.080 0.004 0.000 0.912 NA
#> SRR1380270     2  0.7556    0.16260  0 0.336 0.240 0.000 0.160 NA
#> SRR1091817     2  0.3875    0.60269  0 0.804 0.012 0.020 0.124 NA
#> SRR1440137     2  0.4064    0.59179  0 0.808 0.024 0.060 0.024 NA
#> SRR614311      2  0.5492   -0.22077  0 0.472 0.000 0.400 0.000 NA
#> SRR1407516     4  0.4323    0.73402  0 0.060 0.072 0.776 0.000 NA
#> SRR815494      3  0.1065    0.84791  0 0.000 0.964 0.020 0.008 NA
#> SRR1333209     4  0.5868    0.60332  0 0.248 0.016 0.552 0.000 NA
#> SRR615177      4  0.2617    0.72340  0 0.016 0.012 0.872 0.000 NA
#> SRR1099648     3  0.7275   -0.23658  0 0.312 0.348 0.000 0.100 NA
#> SRR659720      3  0.5956    0.40234  0 0.052 0.560 0.288 0.000 NA
#> SRR2185057     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1467125     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR657468      4  0.2212    0.71891  0 0.000 0.008 0.880 0.000 NA
#> SRR660042      3  0.2195    0.82736  0 0.000 0.904 0.068 0.012 NA
#> SRR2170864     2  0.3875    0.60269  0 0.804 0.012 0.020 0.124 NA
#> SRR1440491     4  0.6728    0.57589  0 0.140 0.204 0.524 0.000 NA
#> SRR1440852     3  0.0291    0.84862  0 0.000 0.992 0.004 0.004 NA
#> SRR811169      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1331311     4  0.6056    0.62958  0 0.236 0.048 0.572 0.000 NA
#> SRR818009      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1351836     2  0.2312    0.61770  0 0.876 0.000 0.000 0.112 NA
#> SRR1498313     5  0.1700    0.82347  0 0.080 0.000 0.000 0.916 NA
#> SRR1441975     2  0.3685    0.59488  0 0.800 0.008 0.004 0.140 NA
#> SRR819096      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1073679     4  0.6984    0.53286  0 0.172 0.220 0.480 0.000 NA
#> SRR1489116     3  0.4129    0.71914  0 0.096 0.784 0.000 0.032 NA
#> SRR1354138     3  0.0547    0.84454  0 0.000 0.980 0.000 0.000 NA
#> SRR1490589     3  0.1409    0.84122  0 0.000 0.948 0.032 0.008 NA
#> SRR1412987     4  0.4152    0.63054  0 0.032 0.000 0.664 0.000 NA
#> SRR602034      3  0.0653    0.84859  0 0.000 0.980 0.004 0.004 NA
#> SRR1353437     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1072871     3  0.5020    0.69607  0 0.048 0.724 0.132 0.008 NA
#> SRR661577      4  0.3716    0.73944  0 0.044 0.068 0.820 0.000 NA
#> SRR612190      4  0.6443    0.60855  0 0.124 0.212 0.556 0.000 NA
#> SRR1399880     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1101787     4  0.3877    0.72951  0 0.072 0.016 0.792 0.000 NA
#> SRR657869      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1446332     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR816039      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1485141     3  0.0653    0.84787  0 0.000 0.980 0.004 0.004 NA
#> SRR1476697     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1379538     2  0.3885    0.45749  0 0.756 0.000 0.180 0.000 NA
#> SRR1331422     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR660859      3  0.5722    0.24107  0 0.024 0.508 0.384 0.004 NA
#> SRR1097594     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1311419     3  0.0547    0.84454  0 0.000 0.980 0.000 0.000 NA
#> SRR1336706     2  0.7565    0.16404  0 0.332 0.252 0.000 0.160 NA
#> SRR1472976     4  0.3166    0.73912  0 0.048 0.036 0.856 0.000 NA
#> SRR1321307     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR807493      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR812461      3  0.0291    0.84840  0 0.004 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR1477149     5  0.2048    0.82743  0 0.120 0.000 0.000 0.880 NA
#> SRR1457397     5  0.7655   -0.02198  0 0.284 0.184 0.000 0.288 NA
#> SRR661913      3  0.1230    0.84374  0 0.000 0.956 0.028 0.008 NA
#> SRR1069024     2  0.7556    0.16260  0 0.336 0.240 0.000 0.160 NA
#> SRR2165634     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1478722     3  0.1332    0.84388  0 0.000 0.952 0.028 0.008 NA
#> SRR1328642     5  0.3302    0.76571  0 0.232 0.004 0.000 0.760 NA
#> SRR1488261     3  0.2195    0.82736  0 0.000 0.904 0.068 0.012 NA
#> SRR1318815     4  0.4152    0.63054  0 0.032 0.000 0.664 0.000 NA
#> SRR816945      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1367432     4  0.4123    0.55593  0 0.000 0.000 0.568 0.012 NA
#> SRR1359280     5  0.3928    0.66767  0 0.300 0.004 0.004 0.684 NA
#> SRR1313910     2  0.1059    0.63040  0 0.964 0.000 0.016 0.004 NA
#> SRR1457315     4  0.4318    0.70609  0 0.032 0.124 0.772 0.004 NA
#> SRR815398      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR656958      3  0.0458    0.84567  0 0.000 0.984 0.000 0.000 NA
#> SRR600688      4  0.5986    0.64390  0 0.100 0.192 0.612 0.000 NA
#> SRR1098952     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1314916     3  0.0653    0.84756  0 0.000 0.980 0.004 0.004 NA
#> SRR614167      3  0.0767    0.84934  0 0.000 0.976 0.012 0.004 NA
#> SRR1348114     2  0.1390    0.62462  0 0.948 0.000 0.032 0.004 NA
#> SRR658033      2  0.6002    0.40425  0 0.624 0.064 0.200 0.012 NA
#> SRR1077503     3  0.3550    0.75387  0 0.004 0.804 0.144 0.004 NA
#> SRR661854      3  0.4958    0.69960  0 0.044 0.728 0.132 0.008 NA
#> SRR811379      4  0.6525    0.59883  0 0.144 0.192 0.552 0.000 NA
#> SRR1318857     2  0.0951    0.63199  0 0.968 0.000 0.020 0.004 NA
#> SRR656445      3  0.0806    0.84373  0 0.008 0.972 0.000 0.000 NA
#> SRR1433044     5  0.1910    0.82972  0 0.108 0.000 0.000 0.892 NA
#> SRR1486391     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR656071      3  0.1409    0.84122  0 0.000 0.948 0.032 0.008 NA
#> SRR1364824     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1379133     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1394169     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR816745      2  0.7629    0.12317  0 0.332 0.200 0.000 0.220 NA
#> SRR601038      2  0.7554    0.16543  0 0.332 0.256 0.000 0.156 NA
#> SRR1360080     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR814868      3  0.4034    0.72056  0 0.008 0.764 0.172 0.004 NA
#> SRR1485997     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1435560     4  0.3877    0.72951  0 0.072 0.016 0.792 0.000 NA
#> SRR1333330     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR663513      4  0.5450    0.09190  0 0.008 0.416 0.492 0.004 NA
#> SRR1328407     2  0.7810    0.14234  0 0.340 0.220 0.008 0.200 NA
#> SRR602784      3  0.7275   -0.23634  0 0.312 0.348 0.000 0.100 NA
#> SRR1348468     4  0.4172    0.64522  0 0.040 0.000 0.680 0.000 NA
#> SRR663717      2  0.3412    0.52707  0 0.808 0.000 0.128 0.000 NA
#> SRR602217      2  0.4648    0.59975  0 0.764 0.044 0.024 0.120 NA
#> SRR603140      3  0.4780    0.60770  0 0.008 0.672 0.248 0.004 NA
#> SRR1340804     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1457574     3  0.0547    0.84454  0 0.000 0.980 0.000 0.000 NA
#> SRR1333462     5  0.1644    0.82144  0 0.076 0.000 0.000 0.920 NA
#> SRR1094601     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1434610     4  0.5281    0.67710  0 0.052 0.148 0.684 0.000 NA
#> SRR1435833     4  0.5336    0.67127  0 0.196 0.032 0.656 0.000 NA
#> SRR1398728     2  0.1138    0.63147  0 0.960 0.000 0.024 0.004 NA
#> SRR1358343     4  0.5095    0.57546  0 0.104 0.000 0.584 0.000 NA
#> SRR1410890     2  0.1138    0.63044  0 0.960 0.000 0.024 0.004 NA
#> SRR1350371     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1392478     2  0.1075    0.63466  0 0.952 0.000 0.000 0.048 NA
#> SRR1099260     3  0.4129    0.71914  0 0.096 0.784 0.000 0.032 NA
#> SRR1433576     3  0.5902    0.51581  0 0.104 0.628 0.168 0.000 NA
#> SRR1345541     4  0.5530    0.42886  0 0.036 0.316 0.576 0.000 NA
#> SRR1086328     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR810391      3  0.1149    0.84495  0 0.000 0.960 0.024 0.008 NA
#> SRR1476207     3  0.4757    0.61672  0 0.008 0.676 0.244 0.004 NA
#> SRR627435      5  0.7123    0.41356  0 0.072 0.164 0.028 0.496 NA
#> SRR1489862     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1419086     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1436539     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1396191     3  0.0837    0.84734  0 0.000 0.972 0.020 0.004 NA
#> SRR1490115     3  0.2364    0.81507  0 0.000 0.892 0.072 0.004 NA
#> SRR1377714     3  0.5234    0.66379  0 0.044 0.692 0.160 0.004 NA
#> SRR819394      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR663161      4  0.3332    0.73531  0 0.016 0.068 0.844 0.004 NA
#> SRR607042      2  0.7543    0.15644  0 0.324 0.284 0.000 0.152 NA
#> SRR656203      4  0.7142    0.46133  0 0.276 0.148 0.432 0.000 NA
#> SRR660602      3  0.0806    0.84373  0 0.008 0.972 0.000 0.000 NA
#> SRR1440397     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1369264     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR809233      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR663249      2  0.0870    0.63652  0 0.972 0.000 0.012 0.012 NA
#> SRR661242      4  0.6966    0.54621  0 0.144 0.224 0.484 0.000 NA
#> SRR1332007     2  0.7679    0.04134  0 0.296 0.196 0.000 0.252 NA
#> SRR809619      4  0.6378    0.52653  0 0.276 0.076 0.528 0.000 NA
#> SRR819975      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR599281      2  0.3685    0.59488  0 0.800 0.008 0.004 0.140 NA
#> SRR662366      3  0.0862    0.84865  0 0.000 0.972 0.016 0.004 NA
#> SRR1317898     3  0.0922    0.84673  0 0.000 0.968 0.024 0.004 NA
#> SRR1382485     4  0.6144    0.63509  0 0.116 0.164 0.604 0.000 NA
#> SRR2166420     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1419429     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1092541     3  0.0291    0.84878  0 0.000 0.992 0.004 0.000 NA
#> SRR817444      3  0.5937    0.46382  0 0.168 0.616 0.000 0.068 NA
#> SRR1320403     5  0.2793    0.79185  0 0.200 0.000 0.000 0.800 NA
#> SRR1101483     2  0.1313    0.62632  0 0.952 0.000 0.028 0.004 NA
#> SRR1331684     3  0.1074    0.84836  0 0.000 0.960 0.012 0.000 NA
#> SRR1400054     4  0.2644    0.72951  0 0.012 0.028 0.884 0.004 NA
#> SRR1406088     2  0.1313    0.63040  0 0.952 0.000 0.028 0.004 NA
#> SRR820733      4  0.3397    0.72961  0 0.024 0.084 0.836 0.000 NA
#> SRR1314113     4  0.2841    0.72304  0 0.008 0.020 0.860 0.004 NA
#> SRR1382615     3  0.4604    0.67295  0 0.116 0.744 0.000 0.036 NA
#> SRR1480745     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1468850     2  0.4363    0.61327  0 0.792 0.024 0.052 0.084 NA
#> SRR656782      3  0.4593    0.69392  0 0.016 0.724 0.184 0.004 NA
#> SRR821364      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1101106     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR659295      5  0.1644    0.82144  0 0.076 0.000 0.000 0.920 NA
#> SRR1357103     2  0.7575    0.16150  0 0.332 0.248 0.000 0.164 NA
#> SRR809185      4  0.6647    0.58902  0 0.168 0.168 0.540 0.000 NA
#> SRR811583      4  0.3347    0.73583  0 0.040 0.072 0.848 0.004 NA
#> SRR1468050     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1440224     2  0.3875    0.60269  0 0.804 0.012 0.020 0.124 NA

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-hclust-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-hclust-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-hclust-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-hclust-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-hclust-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-hclust-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-hclust-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-hclust-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-hclust-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-hclust-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-hclust-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-hclust-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-hclust-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-hclust-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-hclust-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-hclust-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-hclust-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-hclust-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-hclust-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-hclust-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk SD-hclust-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-hclust-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-hclust-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-hclust-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-hclust-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-hclust-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk SD-hclust-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


SD:kmeans**

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["SD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:kmeans"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 17314 rows and 500 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#>   Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 2.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk SD-kmeans-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk SD-kmeans-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 1.000           1.000       1.000         0.3577 0.643   0.643
#> 3 3 0.747           0.804       0.871         0.7334 0.706   0.543
#> 4 4 0.743           0.900       0.898         0.1581 0.885   0.682
#> 5 5 0.813           0.668       0.834         0.0754 0.978   0.919
#> 6 6 0.779           0.626       0.751         0.0421 0.942   0.786

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 2

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>            class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1500170     2       0          1  0  1
#> SRR1402368     2       0          1  0  1
#> SRR607743      2       0          1  0  1
#> SRR1457375     2       0          1  0  1
#> SRR1470923     1       0          1  1  0
#> SRR817954      1       0          1  1  0
#> SRR809259      1       0          1  1  0
#> SRR1439785     2       0          1  0  1
#> SRR814768      1       0          1  1  0
#> SRR1102031     2       0          1  0  1
#> SRR1363611     2       0          1  0  1
#> SRR1468447     2       0          1  0  1
#> SRR1071931     2       0          1  0  1
#> SRR810981      1       0          1  1  0
#> SRR615299      2       0          1  0  1
#> SRR663585      2       0          1  0  1
#> SRR1326773     2       0          1  0  1
#> SRR1351166     2       0          1  0  1
#> SRR1477452     1       0          1  1  0
#> SRR1084720     2       0          1  0  1
#> SRR1420320     2       0          1  0  1
#> SRR1081712     2       0          1  0  1
#> SRR1318241     2       0          1  0  1
#> SRR1333718     2       0          1  0  1
#> SRR1313514     2       0          1  0  1
#> SRR1477861     2       0          1  0  1
#> SRR1318005     2       0          1  0  1
#> SRR1354665     2       0          1  0  1
#> SRR657707      2       0          1  0  1
#> SRR1370742     2       0          1  0  1
#> SRR1412947     2       0          1  0  1
#> SRR661553      2       0          1  0  1
#> SRR1328869     1       0          1  1  0
#> SRR662211      2       0          1  0  1
#> SRR1348181     2       0          1  0  1
#> SRR1416560     2       0          1  0  1
#> SRR1319772     2       0          1  0  1
#> SRR1091452     2       0          1  0  1
#> SRR1338812     1       0          1  1  0
#> SRR1392072     2       0          1  0  1
#> SRR814844      2       0          1  0  1
#> SRR1376619     2       0          1  0  1
#> SRR603690      2       0          1  0  1
#> SRR2184980     2       0          1  0  1
#> SRR613963      2       0          1  0  1
#> SRR1323422     1       0          1  1  0
#> SRR1397673     2       0          1  0  1
#> SRR1434650     2       0          1  0  1
#> SRR659875      2       0          1  0  1
#> SRR1465734     2       0          1  0  1
#> SRR1076847     2       0          1  0  1
#> SRR1415072     1       0          1  1  0
#> SRR659319      2       0          1  0  1
#> SRR663088      2       0          1  0  1
#> SRR1352021     1       0          1  1  0
#> SRR1325527     1       0          1  1  0
#> SRR1105369     1       0          1  1  0
#> SRR659935      2       0          1  0  1
#> SRR1352530     2       0          1  0  1
#> SRR662594      2       0          1  0  1
#> SRR1095309     1       0          1  1  0
#> SRR615647      2       0          1  0  1
#> SRR813019      2       0          1  0  1
#> SRR1374647     2       0          1  0  1
#> SRR603472      2       0          1  0  1
#> SRR661529      2       0          1  0  1
#> SRR607018      2       0          1  0  1
#> SRR627423      2       0          1  0  1
#> SRR654921      2       0          1  0  1
#> SRR1418968     1       0          1  1  0
#> SRR660871      2       0          1  0  1
#> SRR1330522     2       0          1  0  1
#> SRR1499958     2       0          1  0  1
#> SRR614059      2       0          1  0  1
#> SRR1071403     1       0          1  1  0
#> SRR1486719     2       0          1  0  1
#> SRR1440421     2       0          1  0  1
#> SRR1310412     2       0          1  0  1
#> SRR614767      2       0          1  0  1
#> SRR820709      1       0          1  1  0
#> SRR1471500     1       0          1  1  0
#> SRR658093      2       0          1  0  1
#> SRR1088168     2       0          1  0  1
#> SRR1418707     2       0          1  0  1
#> SRR1354291     2       0          1  0  1
#> SRR2165806     1       0          1  1  0
#> SRR1415684     2       0          1  0  1
#> SRR1433860     2       0          1  0  1
#> SRR1311062     2       0          1  0  1
#> SRR1360359     1       0          1  1  0
#> SRR661385      2       0          1  0  1
#> SRR615407      2       0          1  0  1
#> SRR1413892     2       0          1  0  1
#> SRR1443459     2       0          1  0  1
#> SRR1338942     1       0          1  1  0
#> SRR657480      2       0          1  0  1
#> SRR1399433     2       0          1  0  1
#> SRR818537      2       0          1  0  1
#> SRR1101324     2       0          1  0  1
#> SRR807637      2       0          1  0  1
#> SRR1091918     1       0          1  1  0
#> SRR598300      2       0          1  0  1
#> SRR1085426     1       0          1  1  0
#> SRR1376294     2       0          1  0  1
#> SRR813891      1       0          1  1  0
#> SRR1467431     2       0          1  0  1
#> SRR658742      2       0          1  0  1
#> SRR1419234     1       0          1  1  0
#> SRR1404813     2       0          1  0  1
#> SRR603496      2       0          1  0  1
#> SRR1407758     2       0          1  0  1
#> SRR810945      2       0          1  0  1
#> SRR817234      2       0          1  0  1
#> SRR1444852     2       0          1  0  1
#> SRR660378      2       0          1  0  1
#> SRR1467835     2       0          1  0  1
#> SRR1338964     2       0          1  0  1
#> SRR1079259     2       0          1  0  1
#> SRR1072345     2       0          1  0  1
#> SRR598725      2       0          1  0  1
#> SRR1447938     1       0          1  1  0
#> SRR1356397     1       0          1  1  0
#> SRR1360460     2       0          1  0  1
#> SRR1429468     2       0          1  0  1
#> SRR1446850     2       0          1  0  1
#> SRR1320363     2       0          1  0  1
#> SRR1413810     2       0          1  0  1
#> SRR598831      2       0          1  0  1
#> SRR1381865     1       0          1  1  0
#> SRR660957      2       0          1  0  1
#> SRR1491332     2       0          1  0  1
#> SRR1099744     2       0          1  0  1
#> SRR1464618     2       0          1  0  1
#> SRR1414559     2       0          1  0  1
#> SRR1337540     2       0          1  0  1
#> SRR1444283     1       0          1  1  0
#> SRR2184942     2       0          1  0  1
#> SRR660295      1       0          1  1  0
#> SRR601335      2       0          1  0  1
#> SRR1363742     2       0          1  0  1
#> SRR1345847     2       0          1  0  1
#> SRR614960      2       0          1  0  1
#> SRR819919      1       0          1  1  0
#> SRR603330      2       0          1  0  1
#> SRR1327951     1       0          1  1  0
#> SRR1401885     1       0          1  1  0
#> SRR1345266     2       0          1  0  1
#> SRR1338055     2       0          1  0  1
#> SRR1430157     2       0          1  0  1
#> SRR1320137     2       0          1  0  1
#> SRR1093483     1       0          1  1  0
#> SRR1341080     1       0          1  1  0
#> SRR1459913     2       0          1  0  1
#> SRR2170490     1       0          1  1  0
#> SRR1479845     2       0          1  0  1
#> SRR1436420     1       0          1  1  0
#> SRR1481060     2       0          1  0  1
#> SRR662282      2       0          1  0  1
#> SRR1487089     2       0          1  0  1
#> SRR1075683     1       0          1  1  0
#> SRR1338536     1       0          1  1  0
#> SRR1338880     2       0          1  0  1
#> SRR1453456     2       0          1  0  1
#> SRR1457895     1       0          1  1  0
#> SRR1440603     2       0          1  0  1
#> SRR658633      2       0          1  0  1
#> SRR1388081     2       0          1  0  1
#> SRR813339      2       0          1  0  1
#> SRR809725      1       0          1  1  0
#> SRR627441      2       0          1  0  1
#> SRR613603      2       0          1  0  1
#> SRR1096571     2       0          1  0  1
#> SRR1392701     1       0          1  1  0
#> SRR1344326     1       0          1  1  0
#> SRR1367693     2       0          1  0  1
#> SRR660697      2       0          1  0  1
#> SRR1489926     2       0          1  0  1
#> SRR811491      2       0          1  0  1
#> SRR1311644     2       0          1  0  1
#> SRR1451740     2       0          1  0  1
#> SRR615117      2       0          1  0  1
#> SRR1391748     2       0          1  0  1
#> SRR1466556     2       0          1  0  1
#> SRR614972      2       0          1  0  1
#> SRR1406200     1       0          1  1  0
#> SRR819210      2       0          1  0  1
#> SRR662174      1       0          1  1  0
#> SRR811988      1       0          1  1  0
#> SRR663236      2       0          1  0  1
#> SRR1312598     2       0          1  0  1
#> SRR1330129     2       0          1  0  1
#> SRR1357781     2       0          1  0  1
#> SRR1315517     2       0          1  0  1
#> SRR1400032     2       0          1  0  1
#> SRR1413722     1       0          1  1  0
#> SRR612827      2       0          1  0  1
#> SRR814794      1       0          1  1  0
#> SRR819430      1       0          1  1  0
#> SRR1395509     2       0          1  0  1
#> SRR808728      2       0          1  0  1
#> SRR1070813     2       0          1  0  1
#> SRR1389133     2       0          1  0  1
#> SRR601263      2       0          1  0  1
#> SRR604718      2       0          1  0  1
#> SRR1481351     2       0          1  0  1
#> SRR1334608     2       0          1  0  1
#> SRR658681      2       0          1  0  1
#> SRR809283      2       0          1  0  1
#> SRR1459300     1       0          1  1  0
#> SRR1392547     2       0          1  0  1
#> SRR811049      2       0          1  0  1
#> SRR1464835     2       0          1  0  1
#> SRR1339619     2       0          1  0  1
#> SRR658501      2       0          1  0  1
#> SRR1447523     2       0          1  0  1
#> SRR1415048     1       0          1  1  0
#> SRR1355451     1       0          1  1  0
#> SRR1444348     2       0          1  0  1
#> SRR603890      2       0          1  0  1
#> SRR810595      2       0          1  0  1
#> SRR1446244     2       0          1  0  1
#> SRR817373      2       0          1  0  1
#> SRR1457291     2       0          1  0  1
#> SRR598220      2       0          1  0  1
#> SRR1477991     2       0          1  0  1
#> SRR598172      2       0          1  0  1
#> SRR1349032     2       0          1  0  1
#> SRR604002      2       0          1  0  1
#> SRR1378026     2       0          1  0  1
#> SRR1404401     2       0          1  0  1
#> SRR1333240     2       0          1  0  1
#> SRR1089399     2       0          1  0  1
#> SRR603421      2       0          1  0  1
#> SRR812562      1       0          1  1  0
#> SRR808520      2       0          1  0  1
#> SRR811839      1       0          1  1  0
#> SRR814317      2       0          1  0  1
#> SRR1436763     2       0          1  0  1
#> SRR1486021     2       0          1  0  1
#> SRR1465018     2       0          1  0  1
#> SRR1080998     2       0          1  0  1
#> SRR1083432     2       0          1  0  1
#> SRR1082833     1       0          1  1  0
#> SRR1465804     1       0          1  1  0
#> SRR1326536     2       0          1  0  1
#> SRR614011      2       0          1  0  1
#> SRR1365873     2       0          1  0  1
#> SRR1498789     2       0          1  0  1
#> SRR601581      2       0          1  0  1
#> SRR603566      2       0          1  0  1
#> SRR1373981     1       0          1  1  0
#> SRR821410      2       0          1  0  1
#> SRR1076511     2       0          1  0  1
#> SRR614143      2       0          1  0  1
#> SRR1333570     2       0          1  0  1
#> SRR1366813     2       0          1  0  1
#> SRR1388746     1       0          1  1  0
#> SRR1420558     2       0          1  0  1
#> SRR1409510     2       0          1  0  1
#> SRR816250      2       0          1  0  1
#> SRR614131      2       0          1  0  1
#> SRR1331130     1       0          1  1  0
#> SRR1316015     2       0          1  0  1
#> SRR1470798     2       0          1  0  1
#> SRR614179      2       0          1  0  1
#> SRR1474863     2       0          1  0  1
#> SRR813560      2       0          1  0  1
#> SRR1312187     2       0          1  0  1
#> SRR1420960     2       0          1  0  1
#> SRR1355102     2       0          1  0  1
#> SRR1084577     2       0          1  0  1
#> SRR659971      2       0          1  0  1
#> SRR1350855     2       0          1  0  1
#> SRR820779      2       0          1  0  1
#> SRR1476300     2       0          1  0  1
#> SRR1090907     2       0          1  0  1
#> SRR662294      2       0          1  0  1
#> SRR1480789     2       0          1  0  1
#> SRR1336263     2       0          1  0  1
#> SRR660776      1       0          1  1  0
#> SRR1090508     2       0          1  0  1
#> SRR615563      2       0          1  0  1
#> SRR1101175     1       0          1  1  0
#> SRR2164650     2       0          1  0  1
#> SRR1431205     2       0          1  0  1
#> SRR1339856     2       0          1  0  1
#> SRR1352147     2       0          1  0  1
#> SRR808968      1       0          1  1  0
#> SRR627419      2       0          1  0  1
#> SRR1402391     1       0          1  1  0
#> SRR663609      2       0          1  0  1
#> SRR2167857     2       0          1  0  1
#> SRR1398752     1       0          1  1  0
#> SRR1469169     1       0          1  1  0
#> SRR1405437     2       0          1  0  1
#> SRR1416955     1       0          1  1  0
#> SRR1317064     2       0          1  0  1
#> SRR659001      2       0          1  0  1
#> SRR2170696     2       0          1  0  1
#> SRR816589      2       0          1  0  1
#> SRR1087487     2       0          1  0  1
#> SRR1329485     2       0          1  0  1
#> SRR816920      2       0          1  0  1
#> SRR1341432     1       0          1  1  0
#> SRR1361590     2       0          1  0  1
#> SRR817046      2       0          1  0  1
#> SRR1471331     2       0          1  0  1
#> SRR660788      2       0          1  0  1
#> SRR819234      1       0          1  1  0
#> SRR810853      2       0          1  0  1
#> SRR809427      2       0          1  0  1
#> SRR2170217     2       0          1  0  1
#> SRR1386967     2       0          1  0  1
#> SRR1420344     2       0          1  0  1
#> SRR1334535     1       0          1  1  0
#> SRR614503      2       0          1  0  1
#> SRR602564      2       0          1  0  1
#> SRR1420669     2       0          1  0  1
#> SRR819024      2       0          1  0  1
#> SRR656223      2       0          1  0  1
#> SRR608428      2       0          1  0  1
#> SRR1345647     1       0          1  1  0
#> SRR1389324     2       0          1  0  1
#> SRR1361368     2       0          1  0  1
#> SRR1322619     2       0          1  0  1
#> SRR1349276     2       0          1  0  1
#> SRR1404024     1       0          1  1  0
#> SRR1370637     2       0          1  0  1
#> SRR1452631     2       0          1  0  1
#> SRR608392      2       0          1  0  1
#> SRR1357757     2       0          1  0  1
#> SRR1074646     2       0          1  0  1
#> SRR1367499     2       0          1  0  1
#> SRR1343501     2       0          1  0  1
#> SRR1394406     2       0          1  0  1
#> SRR1381435     2       0          1  0  1
#> SRR1467407     1       0          1  1  0
#> SRR1092422     2       0          1  0  1
#> SRR1380270     2       0          1  0  1
#> SRR1091817     2       0          1  0  1
#> SRR1440137     2       0          1  0  1
#> SRR614311      2       0          1  0  1
#> SRR1407516     2       0          1  0  1
#> SRR815494      2       0          1  0  1
#> SRR1333209     2       0          1  0  1
#> SRR615177      2       0          1  0  1
#> SRR1099648     2       0          1  0  1
#> SRR659720      2       0          1  0  1
#> SRR2185057     1       0          1  1  0
#> SRR1467125     1       0          1  1  0
#> SRR657468      2       0          1  0  1
#> SRR660042      2       0          1  0  1
#> SRR2170864     2       0          1  0  1
#> SRR1440491     2       0          1  0  1
#> SRR1440852     2       0          1  0  1
#> SRR811169      1       0          1  1  0
#> SRR1331311     2       0          1  0  1
#> SRR818009      1       0          1  1  0
#> SRR1351836     2       0          1  0  1
#> SRR1498313     2       0          1  0  1
#> SRR1441975     2       0          1  0  1
#> SRR819096      1       0          1  1  0
#> SRR1073679     2       0          1  0  1
#> SRR1489116     2       0          1  0  1
#> SRR1354138     2       0          1  0  1
#> SRR1490589     2       0          1  0  1
#> SRR1412987     2       0          1  0  1
#> SRR602034      2       0          1  0  1
#> SRR1353437     1       0          1  1  0
#> SRR1072871     2       0          1  0  1
#> SRR661577      2       0          1  0  1
#> SRR612190      2       0          1  0  1
#> SRR1399880     1       0          1  1  0
#> SRR1101787     2       0          1  0  1
#> SRR657869      1       0          1  1  0
#> SRR1446332     1       0          1  1  0
#> SRR816039      1       0          1  1  0
#> SRR1485141     2       0          1  0  1
#> SRR1476697     1       0          1  1  0
#> SRR1379538     2       0          1  0  1
#> SRR1331422     1       0          1  1  0
#> SRR660859      2       0          1  0  1
#> SRR1097594     1       0          1  1  0
#> SRR1311419     2       0          1  0  1
#> SRR1336706     2       0          1  0  1
#> SRR1472976     2       0          1  0  1
#> SRR1321307     1       0          1  1  0
#> SRR807493      1       0          1  1  0
#> SRR812461      2       0          1  0  1
#> SRR1477149     2       0          1  0  1
#> SRR1457397     2       0          1  0  1
#> SRR661913      2       0          1  0  1
#> SRR1069024     2       0          1  0  1
#> SRR2165634     1       0          1  1  0
#> SRR1478722     2       0          1  0  1
#> SRR1328642     2       0          1  0  1
#> SRR1488261     2       0          1  0  1
#> SRR1318815     2       0          1  0  1
#> SRR816945      1       0          1  1  0
#> SRR1367432     2       0          1  0  1
#> SRR1359280     2       0          1  0  1
#> SRR1313910     2       0          1  0  1
#> SRR1457315     2       0          1  0  1
#> SRR815398      1       0          1  1  0
#> SRR656958      2       0          1  0  1
#> SRR600688      2       0          1  0  1
#> SRR1098952     1       0          1  1  0
#> SRR1314916     2       0          1  0  1
#> SRR614167      2       0          1  0  1
#> SRR1348114     2       0          1  0  1
#> SRR658033      2       0          1  0  1
#> SRR1077503     2       0          1  0  1
#> SRR661854      2       0          1  0  1
#> SRR811379      2       0          1  0  1
#> SRR1318857     2       0          1  0  1
#> SRR656445      2       0          1  0  1
#> SRR1433044     2       0          1  0  1
#> SRR1486391     1       0          1  1  0
#> SRR656071      2       0          1  0  1
#> SRR1364824     1       0          1  1  0
#> SRR1379133     1       0          1  1  0
#> SRR1394169     1       0          1  1  0
#> SRR816745      2       0          1  0  1
#> SRR601038      2       0          1  0  1
#> SRR1360080     1       0          1  1  0
#> SRR814868      2       0          1  0  1
#> SRR1485997     1       0          1  1  0
#> SRR1435560     2       0          1  0  1
#> SRR1333330     1       0          1  1  0
#> SRR663513      2       0          1  0  1
#> SRR1328407     2       0          1  0  1
#> SRR602784      2       0          1  0  1
#> SRR1348468     2       0          1  0  1
#> SRR663717      2       0          1  0  1
#> SRR602217      2       0          1  0  1
#> SRR603140      2       0          1  0  1
#> SRR1340804     1       0          1  1  0
#> SRR1457574     2       0          1  0  1
#> SRR1333462     2       0          1  0  1
#> SRR1094601     1       0          1  1  0
#> SRR1434610     2       0          1  0  1
#> SRR1435833     2       0          1  0  1
#> SRR1398728     2       0          1  0  1
#> SRR1358343     2       0          1  0  1
#> SRR1410890     2       0          1  0  1
#> SRR1350371     1       0          1  1  0
#> SRR1392478     2       0          1  0  1
#> SRR1099260     2       0          1  0  1
#> SRR1433576     2       0          1  0  1
#> SRR1345541     2       0          1  0  1
#> SRR1086328     1       0          1  1  0
#> SRR810391      2       0          1  0  1
#> SRR1476207     2       0          1  0  1
#> SRR627435      2       0          1  0  1
#> SRR1489862     1       0          1  1  0
#> SRR1419086     1       0          1  1  0
#> SRR1436539     1       0          1  1  0
#> SRR1396191     2       0          1  0  1
#> SRR1490115     2       0          1  0  1
#> SRR1377714     2       0          1  0  1
#> SRR819394      1       0          1  1  0
#> SRR663161      2       0          1  0  1
#> SRR607042      2       0          1  0  1
#> SRR656203      2       0          1  0  1
#> SRR660602      2       0          1  0  1
#> SRR1440397     1       0          1  1  0
#> SRR1369264     1       0          1  1  0
#> SRR809233      1       0          1  1  0
#> SRR663249      2       0          1  0  1
#> SRR661242      2       0          1  0  1
#> SRR1332007     2       0          1  0  1
#> SRR809619      2       0          1  0  1
#> SRR819975      1       0          1  1  0
#> SRR599281      2       0          1  0  1
#> SRR662366      2       0          1  0  1
#> SRR1317898     2       0          1  0  1
#> SRR1382485     2       0          1  0  1
#> SRR2166420     1       0          1  1  0
#> SRR1419429     1       0          1  1  0
#> SRR1092541     2       0          1  0  1
#> SRR817444      2       0          1  0  1
#> SRR1320403     2       0          1  0  1
#> SRR1101483     2       0          1  0  1
#> SRR1331684     2       0          1  0  1
#> SRR1400054     2       0          1  0  1
#> SRR1406088     2       0          1  0  1
#> SRR820733      2       0          1  0  1
#> SRR1314113     2       0          1  0  1
#> SRR1382615     2       0          1  0  1
#> SRR1480745     1       0          1  1  0
#> SRR1468850     2       0          1  0  1
#> SRR656782      2       0          1  0  1
#> SRR821364      1       0          1  1  0
#> SRR1101106     1       0          1  1  0
#> SRR659295      2       0          1  0  1
#> SRR1357103     2       0          1  0  1
#> SRR809185      2       0          1  0  1
#> SRR811583      2       0          1  0  1
#> SRR1468050     1       0          1  1  0
#> SRR1440224     2       0          1  0  1

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> SRR1500170     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402368     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR607743      3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1457375     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470923     1  0.2711     0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR817954      1  0.0237     0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR809259      1  0.0424     0.9735 0.992 0.000 0.008
#> SRR1439785     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR814768      1  0.2711     0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR1102031     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363611     2  0.5905     0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR1468447     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071931     2  0.5905     0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR810981      1  0.0237     0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR615299      2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR663585      3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1326773     2  0.6302     0.2783 0.000 0.520 0.480
#> SRR1351166     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477452     1  0.2537     0.9694 0.920 0.000 0.080
#> SRR1084720     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1420320     2  0.5905     0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR1081712     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318241     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1333718     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1313514     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477861     3  0.6252     0.3939 0.000 0.444 0.556
#> SRR1318005     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354665     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR657707      3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1370742     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1412947     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR661553      2  0.5905     0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR1328869     1  0.2711     0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR662211      2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348181     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1416560     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1319772     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1091452     2  0.5905     0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR1338812     1  0.2711     0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR1392072     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR814844      2  0.5905     0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR1376619     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR603690      2  0.5905     0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR2184980     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR613963      2  0.5905     0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR1323422     1  0.2711     0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR1397673     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1434650     2  0.6299    -0.2089 0.000 0.524 0.476
#> SRR659875      3  0.5650     0.6261 0.000 0.312 0.688
#> SRR1465734     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1076847     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415072     1  0.2711     0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR659319      3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR663088      2  0.5905     0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR1352021     1  0.2711     0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR1325527     1  0.0237     0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR1105369     1  0.0237     0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR659935      2  0.5905     0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR1352530     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR662594      3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1095309     1  0.0237     0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR615647      3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR813019      3  0.6045     0.5126 0.000 0.380 0.620
#> SRR1374647     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR603472      2  0.6299    -0.2089 0.000 0.524 0.476
#> SRR661529      3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR607018      3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR627423      2  0.0424     0.7838 0.000 0.992 0.008
#> SRR654921      2  0.5905     0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR1418968     1  0.0424     0.9738 0.992 0.000 0.008
#> SRR660871      3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1330522     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1499958     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR614059      3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1071403     1  0.2711     0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR1486719     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440421     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310412     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR614767      2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR820709      1  0.0892     0.9735 0.980 0.000 0.020
#> SRR1471500     1  0.2711     0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR658093      3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1088168     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1418707     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354291     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR2165806     1  0.0237     0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR1415684     2  0.5905     0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR1433860     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1311062     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360359     1  0.2711     0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR661385      3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR615407      2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413892     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1443459     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338942     1  0.2711     0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR657480      3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1399433     2  0.5905     0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR818537      3  0.6252     0.3939 0.000 0.444 0.556
#> SRR1101324     2  0.6225     0.4285 0.000 0.568 0.432
#> SRR807637      2  0.5905     0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR1091918     1  0.0237     0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR598300      3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1085426     1  0.0237     0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR1376294     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR813891      1  0.2711     0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR1467431     2  0.4452     0.7029 0.000 0.808 0.192
#> SRR658742      2  0.6225     0.4285 0.000 0.568 0.432
#> SRR1419234     1  0.0237     0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR1404813     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR603496      3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1407758     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR810945      2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR817234      2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444852     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR660378      3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1467835     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338964     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1079259     2  0.5905     0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR1072345     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR598725      3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1447938     1  0.2711     0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR1356397     1  0.0237     0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR1360460     2  0.5905     0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR1429468     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446850     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320363     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1413810     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR598831      2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381865     1  0.2711     0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR660957      3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1491332     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1099744     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464618     2  0.5098     0.6721 0.000 0.752 0.248
#> SRR1414559     2  0.6225     0.4285 0.000 0.568 0.432
#> SRR1337540     2  0.5905     0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR1444283     1  0.0424     0.9737 0.992 0.000 0.008
#> SRR2184942     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR660295      1  0.0237     0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR601335      3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1363742     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1345847     2  0.5905     0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR614960      3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR819919      1  0.0237     0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR603330      2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327951     1  0.0237     0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR1401885     1  0.2711     0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR1345266     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338055     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430157     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320137     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093483     1  0.0892     0.9735 0.980 0.000 0.020
#> SRR1341080     1  0.2711     0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR1459913     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR2170490     1  0.0237     0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR1479845     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1436420     1  0.0237     0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR1481060     3  0.5650     0.6261 0.000 0.312 0.688
#> SRR662282      3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1487089     2  0.5905     0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR1075683     1  0.2711     0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR1338536     1  0.2711     0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR1338880     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453456     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1457895     1  0.0237     0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR1440603     3  0.6252     0.3939 0.000 0.444 0.556
#> SRR658633      2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388081     2  0.5905     0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR813339      3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR809725      1  0.2356     0.9708 0.928 0.000 0.072
#> SRR627441      2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR613603      3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1096571     3  0.5706     0.6132 0.000 0.320 0.680
#> SRR1392701     1  0.0237     0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR1344326     1  0.1289     0.9731 0.968 0.000 0.032
#> SRR1367693     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR660697      2  0.5327     0.6575 0.000 0.728 0.272
#> SRR1489926     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR811491      3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1311644     3  0.6305    -0.1517 0.000 0.484 0.516
#> SRR1451740     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR615117      3  0.6274     0.3694 0.000 0.456 0.544
#> SRR1391748     2  0.5905     0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR1466556     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR614972      3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1406200     1  0.2711     0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR819210      2  0.5905     0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR662174      1  0.0892     0.9735 0.980 0.000 0.020
#> SRR811988      1  0.2711     0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR663236      3  0.4931     0.7026 0.000 0.232 0.768
#> SRR1312598     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330129     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357781     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315517     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400032     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1413722     1  0.2711     0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR612827      3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR814794      1  0.0237     0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR819430      1  0.2711     0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR1395509     2  0.5905     0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR808728      3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1070813     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389133     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR601263      3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR604718      2  0.5905     0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR1481351     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1334608     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR658681      3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR809283      2  0.5905     0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR1459300     1  0.0237     0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR1392547     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR811049      3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1464835     2  0.5905     0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR1339619     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR658501      3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1447523     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1415048     1  0.0592     0.9737 0.988 0.000 0.012
#> SRR1355451     1  0.2711     0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR1444348     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR603890      2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR810595      3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1446244     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR817373      2  0.5905     0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR1457291     2  0.5465     0.6471 0.000 0.712 0.288
#> SRR598220      3  0.2878     0.9199 0.000 0.096 0.904
#> SRR1477991     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR598172      2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349032     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR604002      2  0.0747     0.7748 0.000 0.984 0.016
#> SRR1378026     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1404401     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333240     2  0.5905     0.1974 0.000 0.648 0.352
#> SRR1089399     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR603421      2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR812562      1  0.2711     0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR808520      3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR811839      1  0.0237     0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR814317      2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436763     2  0.5905     0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR1486021     2  0.5905     0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR1465018     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080998     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1083432     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1082833     1  0.0237     0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR1465804     1  0.2711     0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR1326536     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR614011      2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1365873     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498789     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR601581      2  0.5098     0.6721 0.000 0.752 0.248
#> SRR603566      3  0.6045     0.5126 0.000 0.380 0.620
#> SRR1373981     1  0.0237     0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR821410      2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076511     2  0.5905     0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR614143      3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1333570     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1366813     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388746     1  0.0237     0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR1420558     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1409510     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR816250      2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR614131      2  0.3038     0.7453 0.000 0.896 0.104
#> SRR1331130     1  0.2711     0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR1316015     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1470798     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR614179      3  0.6062     0.5056 0.000 0.384 0.616
#> SRR1474863     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR813560      2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312187     2  0.5760     0.6189 0.000 0.672 0.328
#> SRR1420960     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1355102     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1084577     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR659971      2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350855     2  0.5905     0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR820779      3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1476300     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1090907     2  0.5905     0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR662294      2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480789     3  0.6204     0.4332 0.000 0.424 0.576
#> SRR1336263     2  0.5905     0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR660776      1  0.0237     0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR1090508     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR615563      2  0.5905     0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR1101175     1  0.0237     0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR2164650     3  0.5529     0.6510 0.000 0.296 0.704
#> SRR1431205     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339856     2  0.5138     0.6697 0.000 0.748 0.252
#> SRR1352147     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR808968      1  0.0237     0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR627419      2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402391     1  0.0000     0.9734 1.000 0.000 0.000
#> SRR663609      3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR2167857     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398752     1  0.0237     0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR1469169     1  0.0237     0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR1405437     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416955     1  0.2711     0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR1317064     2  0.5905     0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR659001      2  0.5905     0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR2170696     2  0.6225     0.4285 0.000 0.568 0.432
#> SRR816589      3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1087487     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1329485     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR816920      2  0.6225     0.4285 0.000 0.568 0.432
#> SRR1341432     1  0.0237     0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR1361590     2  0.5905     0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR817046      3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1471331     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR660788      3  0.5016     0.6857 0.000 0.240 0.760
#> SRR819234      1  0.2711     0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR810853      3  0.6204     0.4332 0.000 0.424 0.576
#> SRR809427      2  0.5905     0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR2170217     2  0.5905     0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR1386967     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1420344     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334535     1  0.2625     0.9688 0.916 0.000 0.084
#> SRR614503      2  0.5363     0.6550 0.000 0.724 0.276
#> SRR602564      2  0.5905     0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR1420669     2  0.6225     0.4285 0.000 0.568 0.432
#> SRR819024      3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR656223      3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR608428      2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345647     1  0.2711     0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR1389324     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1361368     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322619     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349276     2  0.5905     0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR1404024     1  0.2711     0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR1370637     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452631     2  0.5905     0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR608392      3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1357757     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1074646     2  0.5905     0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR1367499     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1343501     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1394406     2  0.6204     0.4487 0.000 0.576 0.424
#> SRR1381435     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1467407     1  0.0237     0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR1092422     2  0.5560     0.3419 0.000 0.700 0.300
#> SRR1380270     3  0.6204     0.4332 0.000 0.424 0.576
#> SRR1091817     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440137     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR614311      2  0.0237     0.7852 0.000 0.996 0.004
#> SRR1407516     2  0.5905     0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR815494      3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1333209     2  0.5760     0.6189 0.000 0.672 0.328
#> SRR615177      2  0.6225     0.4285 0.000 0.568 0.432
#> SRR1099648     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR659720      3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR2185057     1  0.0892     0.9735 0.980 0.000 0.020
#> SRR1467125     1  0.2711     0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR657468      2  0.6225     0.4285 0.000 0.568 0.432
#> SRR660042      3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR2170864     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440491     2  0.5905     0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR1440852     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR811169      1  0.0424     0.9738 0.992 0.000 0.008
#> SRR1331311     2  0.5905     0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR818009      1  0.0237     0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR1351836     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498313     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441975     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR819096      1  0.2711     0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR1073679     2  0.6299     0.2953 0.000 0.524 0.476
#> SRR1489116     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1354138     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1490589     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1412987     2  0.5905     0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR602034      3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1353437     1  0.2711     0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR1072871     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR661577      2  0.5905     0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR612190      2  0.5905     0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR1399880     1  0.2711     0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR1101787     2  0.5905     0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR657869      1  0.0237     0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR1446332     1  0.0237     0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR816039      1  0.2711     0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR1485141     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1476697     1  0.2356     0.9702 0.928 0.000 0.072
#> SRR1379538     2  0.2448     0.7574 0.000 0.924 0.076
#> SRR1331422     1  0.0237     0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR660859      3  0.2878     0.9199 0.000 0.096 0.904
#> SRR1097594     1  0.0237     0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR1311419     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1336706     3  0.5678     0.6197 0.000 0.316 0.684
#> SRR1472976     2  0.5905     0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR1321307     1  0.0237     0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR807493      1  0.0237     0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR812461      3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1477149     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457397     2  0.6302    -0.2201 0.000 0.520 0.480
#> SRR661913      3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1069024     3  0.6252     0.3939 0.000 0.444 0.556
#> SRR2165634     1  0.0237     0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR1478722     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1328642     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488261     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1318815     2  0.5905     0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR816945      1  0.0237     0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR1367432     2  0.5905     0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR1359280     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313910     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457315     3  0.6260     0.0112 0.000 0.448 0.552
#> SRR815398      1  0.0237     0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR656958      3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR600688      2  0.5905     0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR1098952     1  0.0237     0.9737 0.996 0.000 0.004
#> SRR1314916     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR614167      3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1348114     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR658033      2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077503     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR661854      3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR811379      2  0.5905     0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR1318857     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR656445      3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1433044     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486391     1  0.0747     0.9738 0.984 0.000 0.016
#> SRR656071      3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1364824     1  0.2711     0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR1379133     1  0.2711     0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR1394169     1  0.1753     0.9722 0.952 0.000 0.048
#> SRR816745      3  0.6204     0.4332 0.000 0.424 0.576
#> SRR601038      3  0.6204     0.4332 0.000 0.424 0.576
#> SRR1360080     1  0.0424     0.9737 0.992 0.000 0.008
#> SRR814868      3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1485997     1  0.2711     0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR1435560     2  0.5905     0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR1333330     1  0.2711     0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR663513      3  0.6225     0.0855 0.000 0.432 0.568
#> SRR1328407     3  0.6204     0.4332 0.000 0.424 0.576
#> SRR602784      3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1348468     2  0.5905     0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR663717      2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR602217      2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR603140      3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1340804     1  0.2711     0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR1457574     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1333462     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1094601     1  0.2711     0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR1434610     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1435833     2  0.5905     0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR1398728     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358343     2  0.5650     0.6306 0.000 0.688 0.312
#> SRR1410890     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350371     1  0.0237     0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR1392478     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099260     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1433576     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1345541     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1086328     1  0.0237     0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR810391      3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1476207     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR627435      3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1489862     1  0.2165     0.9709 0.936 0.000 0.064
#> SRR1419086     1  0.0237     0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR1436539     1  0.2711     0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR1396191     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1490115     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1377714     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR819394      1  0.2711     0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR663161      2  0.5905     0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR607042      3  0.6045     0.5126 0.000 0.380 0.620
#> SRR656203      2  0.5905     0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR660602      3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1440397     1  0.0237     0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR1369264     1  0.0424     0.9739 0.992 0.000 0.008
#> SRR809233      1  0.0237     0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR663249      2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR661242      2  0.5905     0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR1332007     3  0.6252     0.3939 0.000 0.444 0.556
#> SRR809619      2  0.5905     0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR819975      1  0.2711     0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR599281      2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR662366      3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1317898     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1382485     2  0.5905     0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR2166420     1  0.2711     0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR1419429     1  0.0237     0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR1092541     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR817444      3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1320403     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101483     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331684     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1400054     3  0.6291    -0.0824 0.000 0.468 0.532
#> SRR1406088     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR820733      2  0.6274     0.3596 0.000 0.544 0.456
#> SRR1314113     3  0.6291    -0.0824 0.000 0.468 0.532
#> SRR1382615     3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR1480745     1  0.0747     0.9737 0.984 0.000 0.016
#> SRR1468850     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR656782      3  0.2796     0.9248 0.000 0.092 0.908
#> SRR821364      1  0.0237     0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR1101106     1  0.0237     0.9732 0.996 0.000 0.004
#> SRR659295      2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357103     3  0.6252     0.3939 0.000 0.444 0.556
#> SRR809185      2  0.5497     0.6444 0.000 0.708 0.292
#> SRR811583      2  0.5905     0.6004 0.000 0.648 0.352
#> SRR1468050     1  0.2711     0.9685 0.912 0.000 0.088
#> SRR1440224     2  0.0000     0.7865 0.000 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR1500170     2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1402368     3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR607743      3  0.4855     0.2008 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1457375     2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1470923     1  0.3649     0.9209 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR817954      1  0.0657     0.9329 0.984 0.012 0.000 0.004
#> SRR809259      1  0.0524     0.9348 0.988 0.004 0.000 0.008
#> SRR1439785     3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR814768      1  0.3583     0.9252 0.816 0.004 0.000 0.180
#> SRR1102031     4  0.4755     0.8388 0.000 0.200 0.040 0.760
#> SRR1363611     4  0.4728     0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR1468447     2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1071931     4  0.4728     0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR810981      1  0.0524     0.9333 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR615299      2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR663585      3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326773     3  0.4104     0.7530 0.000 0.080 0.832 0.088
#> SRR1351166     2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1477452     1  0.3355     0.9277 0.836 0.004 0.000 0.160
#> SRR1084720     3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420320     4  0.4728     0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR1081712     2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1318241     3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333718     3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313514     2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1477861     3  0.4972     0.1501 0.000 0.456 0.544 0.000
#> SRR1318005     2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1354665     2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR657707      3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370742     3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1412947     4  0.5106     0.7815 0.000 0.240 0.040 0.720
#> SRR661553      4  0.4728     0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR1328869     1  0.3668     0.9236 0.808 0.004 0.000 0.188
#> SRR662211      2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1348181     3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416560     3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319772     3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091452     4  0.4728     0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR1338812     1  0.3649     0.9209 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1392072     2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR814844      4  0.4728     0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR1376619     3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR603690      4  0.4728     0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR2184980     2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR613963      4  0.4728     0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR1323422     1  0.3539     0.9246 0.820 0.004 0.000 0.176
#> SRR1397673     3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434650     2  0.4961     0.1978 0.000 0.552 0.448 0.000
#> SRR659875      3  0.1118     0.9244 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1465734     3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076847     2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1415072     1  0.3649     0.9209 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR659319      3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663088      4  0.4728     0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR1352021     1  0.3626     0.9234 0.812 0.004 0.000 0.184
#> SRR1325527     1  0.0376     0.9339 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1105369     1  0.0895     0.9335 0.976 0.020 0.000 0.004
#> SRR659935      4  0.4728     0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR1352530     3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662594      3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095309     1  0.1004     0.9321 0.972 0.024 0.000 0.004
#> SRR615647      3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR813019      3  0.1792     0.8968 0.000 0.068 0.932 0.000
#> SRR1374647     2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR603472      2  0.4277     0.6165 0.000 0.720 0.280 0.000
#> SRR661529      4  0.3688     0.8311 0.000 0.000 0.208 0.792
#> SRR607018      3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR627423      2  0.6074    -0.1090 0.000 0.500 0.044 0.456
#> SRR654921      4  0.4728     0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR1418968     1  0.1305     0.9371 0.960 0.004 0.000 0.036
#> SRR660871      3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330522     3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499958     2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR614059      3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071403     1  0.3539     0.9246 0.820 0.004 0.000 0.176
#> SRR1486719     2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1440421     2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1310412     3  0.4585     0.4129 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR614767      2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR820709      1  0.1890     0.9373 0.936 0.008 0.000 0.056
#> SRR1471500     1  0.3710     0.9231 0.804 0.004 0.000 0.192
#> SRR658093      3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088168     3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418707     2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1354291     2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR2165806     1  0.1109     0.9332 0.968 0.028 0.000 0.004
#> SRR1415684     4  0.4728     0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR1433860     3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311062     2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1360359     1  0.3649     0.9209 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR661385      3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615407      2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1413892     3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443459     4  0.5578     0.6613 0.000 0.312 0.040 0.648
#> SRR1338942     1  0.3791     0.9213 0.796 0.004 0.000 0.200
#> SRR657480      3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399433     4  0.4728     0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR818537      3  0.4898     0.2776 0.000 0.416 0.584 0.000
#> SRR1101324     4  0.4688     0.9350 0.000 0.080 0.128 0.792
#> SRR807637      4  0.4728     0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR1091918     1  0.0376     0.9339 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR598300      3  0.4134     0.5862 0.000 0.000 0.740 0.260
#> SRR1085426     1  0.0779     0.9327 0.980 0.016 0.000 0.004
#> SRR1376294     2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR813891      1  0.3649     0.9209 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1467431     4  0.4614     0.9089 0.000 0.144 0.064 0.792
#> SRR658742      4  0.4688     0.9350 0.000 0.080 0.128 0.792
#> SRR1419234     1  0.0895     0.9336 0.976 0.020 0.000 0.004
#> SRR1404813     2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR603496      3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407758     3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR810945      2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR817234      2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1444852     3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660378      3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467835     2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1338964     3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079259     4  0.5803     0.8604 0.000 0.196 0.104 0.700
#> SRR1072345     3  0.0921     0.9336 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR598725      3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447938     1  0.3710     0.9223 0.804 0.004 0.000 0.192
#> SRR1356397     1  0.0376     0.9339 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1360460     4  0.4728     0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR1429468     2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1446850     2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1320363     3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413810     3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR598831      2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1381865     1  0.3591     0.9258 0.824 0.008 0.000 0.168
#> SRR660957      3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1491332     3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099744     2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1464618     4  0.4673     0.9248 0.000 0.132 0.076 0.792
#> SRR1414559     4  0.4688     0.9350 0.000 0.080 0.128 0.792
#> SRR1337540     4  0.4728     0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR1444283     1  0.1109     0.9370 0.968 0.004 0.000 0.028
#> SRR2184942     3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660295      1  0.1004     0.9321 0.972 0.024 0.000 0.004
#> SRR601335      3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363742     3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345847     4  0.4728     0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR614960      3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR819919      1  0.1004     0.9321 0.972 0.024 0.000 0.004
#> SRR603330      2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1327951     1  0.0895     0.9324 0.976 0.020 0.000 0.004
#> SRR1401885     1  0.3649     0.9209 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1345266     2  0.5041     0.6180 0.000 0.728 0.040 0.232
#> SRR1338055     2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1430157     2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1320137     2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1093483     1  0.1305     0.9371 0.960 0.004 0.000 0.036
#> SRR1341080     1  0.3791     0.9213 0.796 0.004 0.000 0.200
#> SRR1459913     3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170490     1  0.1109     0.9332 0.968 0.028 0.000 0.004
#> SRR1479845     3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436420     1  0.0779     0.9331 0.980 0.016 0.000 0.004
#> SRR1481060     3  0.1118     0.9244 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR662282      3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487089     4  0.4728     0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR1075683     1  0.3649     0.9209 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1338536     1  0.3610     0.9216 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1338880     2  0.6000    -0.0639 0.000 0.508 0.040 0.452
#> SRR1453456     3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457895     1  0.0376     0.9339 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1440603     3  0.4967     0.1638 0.000 0.452 0.548 0.000
#> SRR658633      2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1388081     4  0.4728     0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR813339      3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809725      1  0.2859     0.9329 0.880 0.008 0.000 0.112
#> SRR627441      2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR613603      3  0.1022     0.9297 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1096571     3  0.1118     0.9244 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1392701     1  0.1109     0.9328 0.968 0.028 0.000 0.004
#> SRR1344326     1  0.1824     0.9372 0.936 0.004 0.000 0.060
#> SRR1367693     2  0.5041     0.6180 0.000 0.728 0.040 0.232
#> SRR660697      4  0.4673     0.9248 0.000 0.132 0.076 0.792
#> SRR1489926     3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811491      3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311644     4  0.4590     0.9120 0.000 0.060 0.148 0.792
#> SRR1451740     3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615117      2  0.4992     0.0950 0.000 0.524 0.476 0.000
#> SRR1391748     4  0.4728     0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR1466556     3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614972      3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406200     1  0.3791     0.9213 0.796 0.004 0.000 0.200
#> SRR819210      4  0.4728     0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR662174      1  0.2060     0.9371 0.932 0.016 0.000 0.052
#> SRR811988      1  0.3636     0.9255 0.820 0.008 0.000 0.172
#> SRR663236      4  0.4225     0.8647 0.000 0.024 0.184 0.792
#> SRR1312598     2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1330129     2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1357781     2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1315517     2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1400032     3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413722     1  0.3710     0.9231 0.804 0.004 0.000 0.192
#> SRR612827      3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR814794      1  0.0524     0.9333 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR819430      1  0.3545     0.9261 0.828 0.008 0.000 0.164
#> SRR1395509     4  0.4728     0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR808728      3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070813     2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1389133     3  0.2760     0.8148 0.000 0.000 0.872 0.128
#> SRR601263      3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR604718      4  0.4728     0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR1481351     3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334608     3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658681      3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809283      4  0.4728     0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR1459300     1  0.0657     0.9340 0.984 0.012 0.000 0.004
#> SRR1392547     3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811049      3  0.1474     0.9089 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1464835     4  0.4728     0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR1339619     2  0.5417     0.5070 0.000 0.676 0.040 0.284
#> SRR658501      3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447523     3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415048     1  0.1042     0.9375 0.972 0.008 0.000 0.020
#> SRR1355451     1  0.3649     0.9209 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1444348     2  0.5284     0.5515 0.000 0.696 0.040 0.264
#> SRR603890      2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR810595      3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446244     2  0.5933     0.1180 0.000 0.552 0.040 0.408
#> SRR817373      4  0.4728     0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR1457291     4  0.4688     0.9297 0.000 0.128 0.080 0.792
#> SRR598220      4  0.3726     0.8269 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR1477991     2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR598172      2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1349032     2  0.5933     0.1180 0.000 0.552 0.040 0.408
#> SRR604002      2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1378026     3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404401     2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1333240     2  0.2530     0.8416 0.000 0.888 0.112 0.000
#> SRR1089399     2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR603421      2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR812562      1  0.3710     0.9225 0.804 0.004 0.000 0.192
#> SRR808520      3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811839      1  0.1004     0.9321 0.972 0.024 0.000 0.004
#> SRR814317      2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1436763     4  0.4728     0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR1486021     4  0.4728     0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR1465018     2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1080998     3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083432     3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082833     1  0.0376     0.9339 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1465804     1  0.3649     0.9209 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1326536     3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614011      2  0.5041     0.6180 0.000 0.728 0.040 0.232
#> SRR1365873     2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1498789     2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR601581      4  0.5953     0.7521 0.000 0.268 0.076 0.656
#> SRR603566      3  0.1211     0.9202 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR1373981     1  0.0376     0.9339 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR821410      2  0.1677     0.9198 0.000 0.948 0.040 0.012
#> SRR1076511     4  0.4728     0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR614143      3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333570     3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366813     2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1388746     1  0.0524     0.9333 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR1420558     3  0.4500     0.4550 0.000 0.000 0.684 0.316
#> SRR1409510     3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816250      2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR614131      2  0.6292    -0.0037 0.000 0.524 0.060 0.416
#> SRR1331130     1  0.3649     0.9209 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1316015     3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470798     3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614179      3  0.1211     0.9202 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR1474863     2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR813560      2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1312187     4  0.4718     0.9431 0.000 0.116 0.092 0.792
#> SRR1420960     3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355102     3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084577     3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659971      2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1350855     4  0.4728     0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR820779      3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476300     3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090907     4  0.4728     0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR662294      2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1480789     3  0.2216     0.8699 0.000 0.092 0.908 0.000
#> SRR1336263     4  0.4728     0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR660776      1  0.1004     0.9321 0.972 0.024 0.000 0.004
#> SRR1090508     2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR615563      4  0.4728     0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR1101175     1  0.0657     0.9340 0.984 0.012 0.000 0.004
#> SRR2164650     3  0.1118     0.9244 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1431205     2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1339856     4  0.4673     0.9248 0.000 0.132 0.076 0.792
#> SRR1352147     4  0.4423     0.8729 0.000 0.168 0.040 0.792
#> SRR808968      1  0.0524     0.9340 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR627419      2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1402391     1  0.0804     0.9362 0.980 0.008 0.000 0.012
#> SRR663609      3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2167857     2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1398752     1  0.1174     0.9368 0.968 0.012 0.000 0.020
#> SRR1469169     1  0.0895     0.9324 0.976 0.020 0.000 0.004
#> SRR1405437     2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1416955     1  0.3649     0.9209 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1317064     4  0.4728     0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR659001      4  0.4728     0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR2170696     4  0.4688     0.9350 0.000 0.080 0.128 0.792
#> SRR816589      3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087487     3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329485     3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816920      4  0.4688     0.9350 0.000 0.080 0.128 0.792
#> SRR1341432     1  0.0524     0.9333 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR1361590     4  0.4728     0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR817046      3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471331     3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660788      4  0.4225     0.8647 0.000 0.024 0.184 0.792
#> SRR819234      1  0.3636     0.9247 0.820 0.008 0.000 0.172
#> SRR810853      3  0.3219     0.7856 0.000 0.164 0.836 0.000
#> SRR809427      4  0.4728     0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR2170217     4  0.4728     0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR1386967     3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420344     2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1334535     1  0.3448     0.9263 0.828 0.004 0.000 0.168
#> SRR614503      4  0.4673     0.9248 0.000 0.132 0.076 0.792
#> SRR602564      4  0.4728     0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR1420669     4  0.4688     0.9350 0.000 0.080 0.128 0.792
#> SRR819024      3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR656223      3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608428      2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1345647     1  0.3649     0.9209 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1389324     2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1361368     4  0.4423     0.8729 0.000 0.168 0.040 0.792
#> SRR1322619     2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1349276     4  0.4728     0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR1404024     1  0.3649     0.9209 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1370637     2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1452631     4  0.4728     0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR608392      3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357757     3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1074646     4  0.4728     0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR1367499     3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343501     3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394406     4  0.4688     0.9350 0.000 0.080 0.128 0.792
#> SRR1381435     3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467407     1  0.0524     0.9340 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR1092422     2  0.2081     0.8743 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR1380270     3  0.3219     0.7856 0.000 0.164 0.836 0.000
#> SRR1091817     2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1440137     2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR614311      4  0.4462     0.8792 0.000 0.164 0.044 0.792
#> SRR1407516     4  0.4728     0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR815494      3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333209     4  0.4718     0.9431 0.000 0.116 0.092 0.792
#> SRR615177      4  0.4688     0.9350 0.000 0.080 0.128 0.792
#> SRR1099648     3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659720      3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2185057     1  0.2282     0.9369 0.924 0.024 0.000 0.052
#> SRR1467125     1  0.3649     0.9209 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR657468      4  0.4688     0.9350 0.000 0.080 0.128 0.792
#> SRR660042      3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170864     2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1440491     4  0.4728     0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR1440852     3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811169      1  0.1256     0.9373 0.964 0.008 0.000 0.028
#> SRR1331311     4  0.4728     0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR818009      1  0.0657     0.9338 0.984 0.012 0.000 0.004
#> SRR1351836     2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1498313     2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1441975     2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR819096      1  0.3649     0.9209 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1073679     4  0.4673     0.9307 0.000 0.076 0.132 0.792
#> SRR1489116     3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354138     3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490589     3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1412987     4  0.4728     0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR602034      3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353437     1  0.3545     0.9261 0.828 0.008 0.000 0.164
#> SRR1072871     3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661577      4  0.4728     0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR612190      4  0.4728     0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR1399880     1  0.3649     0.9209 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1101787     4  0.4728     0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR657869      1  0.1004     0.9321 0.972 0.024 0.000 0.004
#> SRR1446332     1  0.0188     0.9338 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR816039      1  0.3710     0.9231 0.804 0.004 0.000 0.192
#> SRR1485141     3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476697     1  0.3157     0.9299 0.852 0.004 0.000 0.144
#> SRR1379538     4  0.5546     0.7464 0.000 0.268 0.052 0.680
#> SRR1331422     1  0.0779     0.9327 0.980 0.016 0.000 0.004
#> SRR660859      4  0.4643     0.6249 0.000 0.000 0.344 0.656
#> SRR1097594     1  0.0376     0.9339 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1311419     3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336706     3  0.1118     0.9244 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1472976     4  0.4728     0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR1321307     1  0.1004     0.9321 0.972 0.024 0.000 0.004
#> SRR807493      1  0.0376     0.9339 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR812461      3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477149     2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1457397     2  0.4304     0.6083 0.000 0.716 0.284 0.000
#> SRR661913      3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069024     3  0.4713     0.4279 0.000 0.360 0.640 0.000
#> SRR2165634     1  0.1209     0.9336 0.964 0.032 0.000 0.004
#> SRR1478722     3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328642     2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1488261     3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318815     4  0.4728     0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR816945      1  0.1004     0.9321 0.972 0.024 0.000 0.004
#> SRR1367432     4  0.4728     0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR1359280     2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1313910     2  0.5041     0.6180 0.000 0.728 0.040 0.232
#> SRR1457315     4  0.4462     0.8914 0.000 0.044 0.164 0.792
#> SRR815398      1  0.1004     0.9321 0.972 0.024 0.000 0.004
#> SRR656958      3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR600688      4  0.4728     0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR1098952     1  0.0779     0.9367 0.980 0.004 0.000 0.016
#> SRR1314916     3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614167      3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348114     2  0.6000    -0.0744 0.000 0.508 0.040 0.452
#> SRR658033      4  0.4677     0.8486 0.000 0.192 0.040 0.768
#> SRR1077503     3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661854      3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811379      4  0.4728     0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR1318857     2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR656445      3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433044     2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1486391     1  0.1576     0.9377 0.948 0.004 0.000 0.048
#> SRR656071      3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1364824     1  0.3649     0.9209 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1379133     1  0.3681     0.9242 0.816 0.008 0.000 0.176
#> SRR1394169     1  0.2480     0.9351 0.904 0.008 0.000 0.088
#> SRR816745      3  0.3219     0.7856 0.000 0.164 0.836 0.000
#> SRR601038      3  0.2530     0.8486 0.000 0.112 0.888 0.000
#> SRR1360080     1  0.1109     0.9370 0.968 0.004 0.000 0.028
#> SRR814868      3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485997     1  0.3583     0.9241 0.816 0.004 0.000 0.180
#> SRR1435560     4  0.4728     0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR1333330     1  0.3791     0.9213 0.796 0.004 0.000 0.200
#> SRR663513      4  0.4590     0.9120 0.000 0.060 0.148 0.792
#> SRR1328407     3  0.3837     0.6979 0.000 0.224 0.776 0.000
#> SRR602784      3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348468     4  0.4728     0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR663717      4  0.5658     0.6283 0.000 0.328 0.040 0.632
#> SRR602217      2  0.2149     0.8781 0.000 0.912 0.088 0.000
#> SRR603140      3  0.4713     0.3292 0.000 0.000 0.640 0.360
#> SRR1340804     1  0.3649     0.9209 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1457574     3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333462     2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1094601     1  0.3751     0.9217 0.800 0.004 0.000 0.196
#> SRR1434610     4  0.4543     0.6639 0.000 0.000 0.324 0.676
#> SRR1435833     4  0.4728     0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR1398728     2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1358343     4  0.6182     0.7384 0.000 0.276 0.088 0.636
#> SRR1410890     2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1350371     1  0.1109     0.9328 0.968 0.028 0.000 0.004
#> SRR1392478     2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1099260     3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433576     3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345541     4  0.3873     0.8092 0.000 0.000 0.228 0.772
#> SRR1086328     1  0.0895     0.9324 0.976 0.020 0.000 0.004
#> SRR810391      3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476207     3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR627435      3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489862     1  0.3052     0.9303 0.860 0.004 0.000 0.136
#> SRR1419086     1  0.0524     0.9340 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR1436539     1  0.3649     0.9209 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1396191     3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490115     3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377714     3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR819394      1  0.3649     0.9209 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR663161      4  0.4728     0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR607042      3  0.1211     0.9202 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR656203      4  0.4728     0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR660602      3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440397     1  0.0524     0.9340 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR1369264     1  0.1004     0.9377 0.972 0.004 0.000 0.024
#> SRR809233      1  0.0524     0.9333 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR663249      2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR661242      4  0.4728     0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR1332007     3  0.4431     0.5529 0.000 0.304 0.696 0.000
#> SRR809619      4  0.4728     0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR819975      1  0.3591     0.9258 0.824 0.008 0.000 0.168
#> SRR599281      2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR662366      3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317898     3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382485     4  0.4728     0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR2166420     1  0.3893     0.9216 0.796 0.008 0.000 0.196
#> SRR1419429     1  0.1004     0.9321 0.972 0.024 0.000 0.004
#> SRR1092541     3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR817444      3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320403     2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1101483     2  0.4088     0.7674 0.000 0.820 0.040 0.140
#> SRR1331684     3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400054     4  0.4590     0.9120 0.000 0.060 0.148 0.792
#> SRR1406088     2  0.5168     0.5869 0.000 0.712 0.040 0.248
#> SRR820733      4  0.4673     0.9307 0.000 0.076 0.132 0.792
#> SRR1314113     4  0.4590     0.9120 0.000 0.060 0.148 0.792
#> SRR1382615     3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480745     1  0.1452     0.9372 0.956 0.008 0.000 0.036
#> SRR1468850     2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR656782      3  0.0000     0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR821364      1  0.0657     0.9329 0.984 0.012 0.000 0.004
#> SRR1101106     1  0.0707     0.9345 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR659295      2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1357103     3  0.4713     0.4279 0.000 0.360 0.640 0.000
#> SRR809185      4  0.4688     0.9296 0.000 0.128 0.080 0.792
#> SRR811583      4  0.4728     0.9552 0.000 0.104 0.104 0.792
#> SRR1468050     1  0.3583     0.9241 0.816 0.004 0.000 0.180
#> SRR1440224     2  0.1211     0.9310 0.000 0.960 0.040 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR1500170     2  0.5038     0.3381 0.000 0.656 0.004 0.052 0.288
#> SRR1402368     3  0.1043     0.8489 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR607743      3  0.5329     0.3394 0.000 0.000 0.596 0.336 0.068
#> SRR1457375     2  0.5219     0.3248 0.000 0.644 0.004 0.064 0.288
#> SRR1470923     1  0.3969     0.8582 0.692 0.000 0.000 0.004 0.304
#> SRR817954      1  0.1282     0.8802 0.952 0.044 0.000 0.004 0.000
#> SRR809259      1  0.0451     0.8862 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1439785     3  0.0290     0.8588 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR814768      1  0.4015     0.8671 0.724 0.004 0.000 0.008 0.264
#> SRR1102031     4  0.6000     0.2336 0.000 0.132 0.004 0.576 0.288
#> SRR1363611     4  0.0963     0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1468447     2  0.3012     0.2346 0.000 0.872 0.004 0.052 0.072
#> SRR1071931     4  0.0963     0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR810981      1  0.1331     0.8808 0.952 0.040 0.000 0.008 0.000
#> SRR615299      2  0.1430     0.2632 0.000 0.944 0.004 0.052 0.000
#> SRR663585      3  0.2773     0.8336 0.000 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR1326773     3  0.6260     0.4250 0.000 0.000 0.516 0.172 0.312
#> SRR1351166     2  0.5435     0.2857 0.000 0.628 0.004 0.080 0.288
#> SRR1477452     1  0.3675     0.8743 0.772 0.004 0.000 0.008 0.216
#> SRR1084720     3  0.1608     0.8605 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1420320     4  0.0963     0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1081712     2  0.5100     0.3367 0.000 0.652 0.004 0.056 0.288
#> SRR1318241     3  0.2074     0.8231 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1333718     3  0.3661     0.7717 0.000 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR1313514     2  0.1430     0.2632 0.000 0.944 0.004 0.052 0.000
#> SRR1477861     2  0.6748    -0.1866 0.000 0.408 0.284 0.000 0.308
#> SRR1318005     2  0.1591     0.2567 0.000 0.940 0.004 0.052 0.004
#> SRR1354665     2  0.5160     0.3331 0.000 0.648 0.004 0.060 0.288
#> SRR657707      3  0.2074     0.8231 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1370742     3  0.0000     0.8603 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1412947     4  0.6323     0.0853 0.000 0.172 0.004 0.536 0.288
#> SRR661553      4  0.1124     0.8639 0.000 0.000 0.036 0.960 0.004
#> SRR1328869     1  0.3814     0.8637 0.720 0.000 0.000 0.004 0.276
#> SRR662211      2  0.5038     0.3381 0.000 0.656 0.004 0.052 0.288
#> SRR1348181     3  0.1544     0.8610 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1416560     3  0.0000     0.8603 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319772     3  0.1410     0.8453 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1091452     4  0.0963     0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1338812     1  0.3876     0.8564 0.684 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR1392072     2  0.1591     0.2621 0.000 0.940 0.004 0.052 0.004
#> SRR814844      4  0.0963     0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1376619     3  0.1608     0.8605 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR603690      4  0.0963     0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR2184980     2  0.5038     0.3381 0.000 0.656 0.004 0.052 0.288
#> SRR613963      4  0.1331     0.8608 0.000 0.000 0.040 0.952 0.008
#> SRR1323422     1  0.3579     0.8683 0.756 0.000 0.000 0.004 0.240
#> SRR1397673     3  0.1608     0.8605 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1434650     2  0.6942    -0.1942 0.000 0.420 0.264 0.008 0.308
#> SRR659875      3  0.4297     0.7442 0.000 0.020 0.692 0.000 0.288
#> SRR1465734     3  0.2074     0.8231 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1076847     2  0.1591     0.2567 0.000 0.940 0.004 0.052 0.004
#> SRR1415072     1  0.3857     0.8575 0.688 0.000 0.000 0.000 0.312
#> SRR659319      3  0.3684     0.7690 0.000 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR663088      4  0.1568     0.8584 0.000 0.000 0.036 0.944 0.020
#> SRR1352021     1  0.3586     0.8651 0.736 0.000 0.000 0.000 0.264
#> SRR1325527     1  0.0000     0.8836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.1557     0.8805 0.940 0.052 0.000 0.008 0.000
#> SRR659935      4  0.0963     0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1352530     3  0.1671     0.8599 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR662594      3  0.2074     0.8231 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1095309     1  0.1774     0.8771 0.932 0.052 0.000 0.016 0.000
#> SRR615647      3  0.1608     0.8605 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR813019      3  0.4950     0.7005 0.000 0.040 0.612 0.000 0.348
#> SRR1374647     2  0.5249     0.0445 0.000 0.608 0.004 0.052 0.336
#> SRR603472      2  0.6055    -0.2315 0.000 0.592 0.140 0.008 0.260
#> SRR661529      4  0.3995     0.7112 0.000 0.000 0.180 0.776 0.044
#> SRR607018      3  0.3661     0.7717 0.000 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR627423      4  0.6826    -0.2803 0.000 0.280 0.004 0.432 0.284
#> SRR654921      4  0.0963     0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1418968     1  0.1518     0.8898 0.944 0.004 0.000 0.004 0.048
#> SRR660871      3  0.0000     0.8603 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330522     3  0.0000     0.8603 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499958     2  0.5160     0.3331 0.000 0.648 0.004 0.060 0.288
#> SRR614059      3  0.1043     0.8488 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1071403     1  0.3579     0.8683 0.756 0.000 0.000 0.004 0.240
#> SRR1486719     2  0.5038     0.3381 0.000 0.656 0.004 0.052 0.288
#> SRR1440421     2  0.1430     0.2632 0.000 0.944 0.004 0.052 0.000
#> SRR1310412     3  0.5470     0.4967 0.000 0.000 0.636 0.252 0.112
#> SRR614767      2  0.5038     0.3381 0.000 0.656 0.004 0.052 0.288
#> SRR820709      1  0.2844     0.8899 0.880 0.020 0.000 0.012 0.088
#> SRR1471500     1  0.4046     0.8607 0.696 0.000 0.000 0.008 0.296
#> SRR658093      3  0.3534     0.7843 0.000 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR1088168     3  0.2516     0.8432 0.000 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR1418707     2  0.5038     0.3381 0.000 0.656 0.004 0.052 0.288
#> SRR1354291     2  0.1430     0.2632 0.000 0.944 0.004 0.052 0.000
#> SRR2165806     1  0.1725     0.8815 0.936 0.044 0.000 0.020 0.000
#> SRR1415684     4  0.0963     0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1433860     3  0.1732     0.8593 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1311062     2  0.5038     0.3381 0.000 0.656 0.004 0.052 0.288
#> SRR1360359     1  0.3876     0.8564 0.684 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR661385      3  0.1671     0.8599 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR615407      2  0.4996     0.3329 0.000 0.664 0.004 0.052 0.280
#> SRR1413892     3  0.2773     0.8327 0.000 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR1443459     4  0.6139     0.1901 0.000 0.148 0.004 0.560 0.288
#> SRR1338942     1  0.3990     0.8576 0.688 0.000 0.000 0.004 0.308
#> SRR657480      3  0.2605     0.8542 0.000 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1399433     4  0.0963     0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR818537      2  0.6791    -0.1870 0.000 0.384 0.308 0.000 0.308
#> SRR1101324     4  0.2946     0.8183 0.000 0.000 0.044 0.868 0.088
#> SRR807637      4  0.0963     0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1091918     1  0.0290     0.8834 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300      3  0.5532     0.4451 0.000 0.000 0.616 0.280 0.104
#> SRR1085426     1  0.1626     0.8792 0.940 0.044 0.000 0.016 0.000
#> SRR1376294     2  0.5160     0.3331 0.000 0.648 0.004 0.060 0.288
#> SRR813891      1  0.3876     0.8564 0.684 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR1467431     4  0.4025     0.6739 0.000 0.024 0.012 0.780 0.184
#> SRR658742      4  0.2153     0.8445 0.000 0.000 0.044 0.916 0.040
#> SRR1419234     1  0.1469     0.8810 0.948 0.036 0.000 0.016 0.000
#> SRR1404813     2  0.5160     0.3331 0.000 0.648 0.004 0.060 0.288
#> SRR603496      3  0.4030     0.7441 0.000 0.000 0.648 0.000 0.352
#> SRR1407758     3  0.1792     0.8585 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR810945      2  0.5038     0.3381 0.000 0.656 0.004 0.052 0.288
#> SRR817234      2  0.1430     0.2632 0.000 0.944 0.004 0.052 0.000
#> SRR1444852     3  0.0000     0.8603 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660378      3  0.1732     0.8593 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1467835     2  0.5435     0.2857 0.000 0.628 0.004 0.080 0.288
#> SRR1338964     3  0.2074     0.8231 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1079259     4  0.5486     0.5430 0.000 0.028 0.036 0.616 0.320
#> SRR1072345     3  0.2761     0.8074 0.000 0.000 0.872 0.024 0.104
#> SRR598725      3  0.0963     0.8504 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1447938     1  0.3906     0.8603 0.704 0.000 0.000 0.004 0.292
#> SRR1356397     1  0.0000     0.8836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460     4  0.0963     0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1429468     2  0.5038     0.3381 0.000 0.656 0.004 0.052 0.288
#> SRR1446850     2  0.5038     0.3381 0.000 0.656 0.004 0.052 0.288
#> SRR1320363     3  0.0880     0.8523 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1413810     3  0.1732     0.8593 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR598831      2  0.5160     0.3331 0.000 0.648 0.004 0.060 0.288
#> SRR1381865     1  0.3579     0.8688 0.756 0.000 0.000 0.004 0.240
#> SRR660957      3  0.0000     0.8603 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1491332     3  0.3661     0.7717 0.000 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR1099744     2  0.5038     0.3381 0.000 0.656 0.004 0.052 0.288
#> SRR1464618     4  0.4353     0.6407 0.000 0.012 0.024 0.740 0.224
#> SRR1414559     4  0.2153     0.8445 0.000 0.000 0.044 0.916 0.040
#> SRR1337540     4  0.1124     0.8639 0.000 0.000 0.036 0.960 0.004
#> SRR1444283     1  0.1492     0.8892 0.948 0.004 0.000 0.008 0.040
#> SRR2184942     3  0.2020     0.8241 0.000 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR660295      1  0.1872     0.8769 0.928 0.052 0.000 0.020 0.000
#> SRR601335      3  0.2605     0.8393 0.000 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1363742     3  0.2732     0.8344 0.000 0.000 0.840 0.000 0.160
#> SRR1345847     4  0.4240     0.6500 0.000 0.000 0.036 0.736 0.228
#> SRR614960      3  0.1478     0.8394 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR819919      1  0.1845     0.8774 0.928 0.056 0.000 0.016 0.000
#> SRR603330      2  0.2125     0.2185 0.000 0.920 0.004 0.052 0.024
#> SRR1327951     1  0.1774     0.8771 0.932 0.052 0.000 0.016 0.000
#> SRR1401885     1  0.3876     0.8564 0.684 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR1345266     2  0.6265     0.0153 0.000 0.544 0.004 0.164 0.288
#> SRR1338055     2  0.1934     0.2352 0.000 0.928 0.004 0.052 0.016
#> SRR1430157     2  0.5384     0.2958 0.000 0.632 0.004 0.076 0.288
#> SRR1320137     2  0.5100     0.3363 0.000 0.652 0.004 0.056 0.288
#> SRR1093483     1  0.1857     0.8895 0.928 0.004 0.000 0.008 0.060
#> SRR1341080     1  0.3949     0.8589 0.696 0.000 0.000 0.004 0.300
#> SRR1459913     3  0.0000     0.8603 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2170490     1  0.1725     0.8815 0.936 0.044 0.000 0.020 0.000
#> SRR1479845     3  0.1544     0.8610 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1436420     1  0.1701     0.8781 0.936 0.048 0.000 0.016 0.000
#> SRR1481060     3  0.4252     0.7501 0.000 0.020 0.700 0.000 0.280
#> SRR662282      3  0.2561     0.8405 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR1487089     4  0.0963     0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1075683     1  0.3876     0.8564 0.684 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR1338536     1  0.3949     0.8589 0.696 0.000 0.000 0.004 0.300
#> SRR1338880     4  0.6825    -0.2899 0.000 0.276 0.004 0.432 0.288
#> SRR1453456     3  0.1608     0.8605 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1457895     1  0.0162     0.8840 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1440603     2  0.6670    -0.1889 0.000 0.436 0.256 0.000 0.308
#> SRR658633      2  0.5100     0.3367 0.000 0.652 0.004 0.056 0.288
#> SRR1388081     4  0.0963     0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR813339      3  0.0000     0.8603 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809725      1  0.2763     0.8835 0.848 0.000 0.000 0.004 0.148
#> SRR627441      2  0.1934     0.2352 0.000 0.928 0.004 0.052 0.016
#> SRR613603      3  0.3012     0.7988 0.000 0.000 0.860 0.036 0.104
#> SRR1096571     3  0.4318     0.7412 0.000 0.020 0.688 0.000 0.292
#> SRR1392701     1  0.1845     0.8774 0.928 0.056 0.000 0.016 0.000
#> SRR1344326     1  0.2237     0.8899 0.904 0.004 0.000 0.008 0.084
#> SRR1367693     2  0.6265     0.0153 0.000 0.544 0.004 0.164 0.288
#> SRR660697      4  0.2544     0.8176 0.000 0.008 0.028 0.900 0.064
#> SRR1489926     3  0.2074     0.8398 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR811491      3  0.0000     0.8603 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311644     4  0.3159     0.8069 0.000 0.000 0.056 0.856 0.088
#> SRR1451740     3  0.0000     0.8603 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615117      2  0.6754    -0.1950 0.000 0.448 0.240 0.004 0.308
#> SRR1391748     4  0.0963     0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1466556     3  0.0000     0.8603 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614972      3  0.0510     0.8568 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1406200     1  0.3990     0.8576 0.688 0.000 0.000 0.004 0.308
#> SRR819210      4  0.1124     0.8639 0.000 0.000 0.036 0.960 0.004
#> SRR662174      1  0.2844     0.8899 0.880 0.020 0.000 0.012 0.088
#> SRR811988      1  0.3635     0.8678 0.748 0.000 0.000 0.004 0.248
#> SRR663236      4  0.2770     0.8099 0.000 0.000 0.076 0.880 0.044
#> SRR1312598     2  0.5038     0.3381 0.000 0.656 0.004 0.052 0.288
#> SRR1330129     2  0.1430     0.2632 0.000 0.944 0.004 0.052 0.000
#> SRR1357781     2  0.1430     0.2632 0.000 0.944 0.004 0.052 0.000
#> SRR1315517     2  0.1430     0.2632 0.000 0.944 0.004 0.052 0.000
#> SRR1400032     3  0.0000     0.8603 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413722     1  0.3934     0.8636 0.716 0.000 0.000 0.008 0.276
#> SRR612827      3  0.0000     0.8603 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814794      1  0.1364     0.8823 0.952 0.036 0.000 0.012 0.000
#> SRR819430      1  0.3521     0.8707 0.764 0.000 0.000 0.004 0.232
#> SRR1395509     4  0.0963     0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR808728      3  0.3730     0.7679 0.000 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR1070813     2  0.5275     0.3158 0.000 0.640 0.004 0.068 0.288
#> SRR1389133     3  0.4901     0.6287 0.000 0.000 0.712 0.184 0.104
#> SRR601263      3  0.2074     0.8231 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR604718      4  0.0963     0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1481351     3  0.3983     0.7499 0.000 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR1334608     3  0.3109     0.8165 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR658681      3  0.3661     0.7717 0.000 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR809283      4  0.1124     0.8639 0.000 0.000 0.036 0.960 0.004
#> SRR1459300     1  0.0807     0.8837 0.976 0.012 0.000 0.012 0.000
#> SRR1392547     3  0.3684     0.7690 0.000 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR811049      3  0.3237     0.7879 0.000 0.000 0.848 0.048 0.104
#> SRR1464835     4  0.0963     0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1339619     2  0.6629    -0.1400 0.000 0.484 0.004 0.224 0.288
#> SRR658501      3  0.0000     0.8603 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447523     3  0.1478     0.8394 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1415048     1  0.1331     0.8905 0.952 0.000 0.000 0.008 0.040
#> SRR1355451     1  0.3876     0.8564 0.684 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR1444348     2  0.6323    -0.0103 0.000 0.536 0.004 0.172 0.288
#> SRR603890      2  0.1430     0.2632 0.000 0.944 0.004 0.052 0.000
#> SRR810595      3  0.0000     0.8603 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446244     4  0.6913    -0.4031 0.000 0.320 0.004 0.388 0.288
#> SRR817373      4  0.0963     0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1457291     4  0.4318     0.6443 0.000 0.004 0.032 0.736 0.228
#> SRR598220      4  0.4215     0.7098 0.000 0.000 0.168 0.768 0.064
#> SRR1477991     2  0.5100     0.3367 0.000 0.652 0.004 0.056 0.288
#> SRR598172      2  0.2536     0.2459 0.000 0.900 0.004 0.052 0.044
#> SRR1349032     4  0.6902    -0.3826 0.000 0.312 0.004 0.396 0.288
#> SRR604002      2  0.2609     0.1558 0.000 0.896 0.004 0.052 0.048
#> SRR1378026     3  0.1671     0.8625 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1404401     2  0.1430     0.2632 0.000 0.944 0.004 0.052 0.000
#> SRR1333240     2  0.4846    -0.2275 0.000 0.720 0.032 0.028 0.220
#> SRR1089399     2  0.5038     0.3381 0.000 0.656 0.004 0.052 0.288
#> SRR603421      2  0.1430     0.2632 0.000 0.944 0.004 0.052 0.000
#> SRR812562      1  0.3661     0.8633 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR808520      3  0.3816     0.7582 0.000 0.000 0.696 0.000 0.304
#> SRR811839      1  0.1670     0.8778 0.936 0.052 0.000 0.012 0.000
#> SRR814317      2  0.5038     0.3381 0.000 0.656 0.004 0.052 0.288
#> SRR1436763     4  0.1124     0.8639 0.000 0.000 0.036 0.960 0.004
#> SRR1486021     4  0.4240     0.6500 0.000 0.000 0.036 0.736 0.228
#> SRR1465018     2  0.1430     0.2632 0.000 0.944 0.004 0.052 0.000
#> SRR1080998     3  0.2074     0.8231 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1083432     3  0.1608     0.8605 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1082833     1  0.0162     0.8840 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1465804     1  0.3876     0.8564 0.684 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR1326536     3  0.0000     0.8603 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614011      2  0.6265     0.0153 0.000 0.544 0.004 0.164 0.288
#> SRR1365873     2  0.4975     0.3292 0.000 0.668 0.004 0.052 0.276
#> SRR1498789     2  0.5038     0.3381 0.000 0.656 0.004 0.052 0.288
#> SRR601581      4  0.6055     0.4205 0.000 0.116 0.024 0.624 0.236
#> SRR603566      3  0.4786     0.7131 0.000 0.040 0.652 0.000 0.308
#> SRR1373981     1  0.0000     0.8836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410      2  0.5630     0.2243 0.000 0.612 0.004 0.096 0.288
#> SRR1076511     4  0.1997     0.8491 0.000 0.000 0.036 0.924 0.040
#> SRR614143      3  0.3336     0.7900 0.000 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR1333570     3  0.0609     0.8557 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1366813     2  0.5160     0.3331 0.000 0.648 0.004 0.060 0.288
#> SRR1388746     1  0.1364     0.8823 0.952 0.036 0.000 0.012 0.000
#> SRR1420558     3  0.5538     0.3720 0.000 0.000 0.596 0.312 0.092
#> SRR1409510     3  0.1341     0.8618 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR816250      2  0.5160     0.3331 0.000 0.648 0.004 0.060 0.288
#> SRR614131      4  0.7180    -0.3829 0.000 0.312 0.016 0.384 0.288
#> SRR1331130     1  0.3837     0.8578 0.692 0.000 0.000 0.000 0.308
#> SRR1316015     3  0.0000     0.8603 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470798     3  0.1608     0.8605 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR614179      3  0.6206     0.5518 0.000 0.168 0.528 0.000 0.304
#> SRR1474863     2  0.5100     0.3367 0.000 0.652 0.004 0.056 0.288
#> SRR813560      2  0.5038     0.3381 0.000 0.656 0.004 0.052 0.288
#> SRR1312187     4  0.1041     0.8618 0.000 0.004 0.032 0.964 0.000
#> SRR1420960     3  0.1608     0.8605 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1355102     3  0.0000     0.8603 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084577     3  0.2471     0.8446 0.000 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR659971      2  0.5100     0.3363 0.000 0.652 0.004 0.056 0.288
#> SRR1350855     4  0.0963     0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR820779      3  0.0000     0.8603 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476300     3  0.0000     0.8603 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090907     4  0.0963     0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR662294      2  0.1430     0.2632 0.000 0.944 0.004 0.052 0.000
#> SRR1480789     3  0.6248     0.5414 0.000 0.172 0.520 0.000 0.308
#> SRR1336263     4  0.0963     0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR660776      1  0.1872     0.8769 0.928 0.052 0.000 0.020 0.000
#> SRR1090508     2  0.1934     0.2352 0.000 0.928 0.004 0.052 0.016
#> SRR615563      4  0.0963     0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1101175     1  0.0451     0.8842 0.988 0.008 0.000 0.004 0.000
#> SRR2164650     3  0.4380     0.7359 0.000 0.020 0.676 0.000 0.304
#> SRR1431205     2  0.4756     0.2893 0.000 0.704 0.004 0.052 0.240
#> SRR1339856     4  0.2819     0.8020 0.000 0.012 0.024 0.884 0.080
#> SRR1352147     4  0.5076     0.4876 0.000 0.068 0.004 0.676 0.252
#> SRR808968      1  0.0609     0.8830 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419      2  0.2214     0.2532 0.000 0.916 0.004 0.052 0.028
#> SRR1402391     1  0.1518     0.8880 0.952 0.020 0.000 0.012 0.016
#> SRR663609      3  0.3816     0.7566 0.000 0.000 0.696 0.000 0.304
#> SRR2167857     2  0.2125     0.2185 0.000 0.920 0.004 0.052 0.024
#> SRR1398752     1  0.1799     0.8874 0.940 0.028 0.000 0.012 0.020
#> SRR1469169     1  0.1701     0.8786 0.936 0.048 0.000 0.016 0.000
#> SRR1405437     2  0.5100     0.3367 0.000 0.652 0.004 0.056 0.288
#> SRR1416955     1  0.3876     0.8564 0.684 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR1317064     4  0.1469     0.8571 0.000 0.000 0.036 0.948 0.016
#> SRR659001      4  0.0963     0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR2170696     4  0.2230     0.8424 0.000 0.000 0.044 0.912 0.044
#> SRR816589      3  0.1732     0.8593 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1087487     3  0.2561     0.8405 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR1329485     3  0.1608     0.8605 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR816920      4  0.2230     0.8424 0.000 0.000 0.044 0.912 0.044
#> SRR1341432     1  0.1124     0.8809 0.960 0.036 0.000 0.004 0.000
#> SRR1361590     4  0.0963     0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR817046      3  0.1410     0.8453 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1471331     3  0.1792     0.8585 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR660788      4  0.3055     0.8084 0.000 0.000 0.064 0.864 0.072
#> SRR819234      1  0.3579     0.8683 0.756 0.000 0.000 0.004 0.240
#> SRR810853      3  0.6422     0.4839 0.000 0.200 0.492 0.000 0.308
#> SRR809427      4  0.0963     0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR2170217     4  0.1124     0.8639 0.000 0.000 0.036 0.960 0.004
#> SRR1386967     3  0.2280     0.8495 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR1420344     2  0.5435     0.2857 0.000 0.628 0.004 0.080 0.288
#> SRR1334535     1  0.3579     0.8718 0.756 0.000 0.000 0.004 0.240
#> SRR614503      4  0.1082     0.8584 0.000 0.008 0.028 0.964 0.000
#> SRR602564      4  0.1750     0.8549 0.000 0.000 0.036 0.936 0.028
#> SRR1420669     4  0.2153     0.8445 0.000 0.000 0.044 0.916 0.040
#> SRR819024      3  0.0000     0.8603 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656223      3  0.3661     0.7717 0.000 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR608428      2  0.5160     0.3331 0.000 0.648 0.004 0.060 0.288
#> SRR1345647     1  0.3969     0.8582 0.692 0.000 0.000 0.004 0.304
#> SRR1389324     2  0.1430     0.2632 0.000 0.944 0.004 0.052 0.000
#> SRR1361368     4  0.4318     0.5955 0.000 0.032 0.004 0.736 0.228
#> SRR1322619     2  0.5160     0.3331 0.000 0.648 0.004 0.060 0.288
#> SRR1349276     4  0.0963     0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1404024     1  0.3876     0.8564 0.684 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR1370637     2  0.5160     0.3331 0.000 0.648 0.004 0.060 0.288
#> SRR1452631     4  0.0963     0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR608392      3  0.3774     0.7597 0.000 0.000 0.704 0.000 0.296
#> SRR1357757     3  0.2338     0.8191 0.000 0.000 0.884 0.004 0.112
#> SRR1074646     4  0.1124     0.8639 0.000 0.000 0.036 0.960 0.004
#> SRR1367499     3  0.1544     0.8610 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1343501     3  0.3752     0.7667 0.000 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR1394406     4  0.3962     0.7632 0.000 0.000 0.088 0.800 0.112
#> SRR1381435     3  0.2773     0.8327 0.000 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR1467407     1  0.0510     0.8834 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422     2  0.3718    -0.0772 0.000 0.832 0.028 0.028 0.112
#> SRR1380270     3  0.6454     0.4730 0.000 0.208 0.488 0.000 0.304
#> SRR1091817     2  0.5100     0.3367 0.000 0.652 0.004 0.056 0.288
#> SRR1440137     2  0.5219     0.3248 0.000 0.644 0.004 0.064 0.288
#> SRR614311      4  0.4694     0.4931 0.000 0.032 0.004 0.676 0.288
#> SRR1407516     4  0.1124     0.8639 0.000 0.000 0.036 0.960 0.004
#> SRR815494      3  0.0000     0.8603 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333209     4  0.1041     0.8618 0.000 0.004 0.032 0.964 0.000
#> SRR615177      4  0.2153     0.8445 0.000 0.000 0.044 0.916 0.040
#> SRR1099648     3  0.3661     0.7717 0.000 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR659720      3  0.3424     0.7828 0.000 0.000 0.760 0.000 0.240
#> SRR2185057     1  0.2947     0.8897 0.876 0.020 0.000 0.016 0.088
#> SRR1467125     1  0.4220     0.8596 0.688 0.004 0.000 0.008 0.300
#> SRR657468      4  0.2946     0.8183 0.000 0.000 0.044 0.868 0.088
#> SRR660042      3  0.1121     0.8472 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR2170864     2  0.5330     0.3059 0.000 0.636 0.004 0.072 0.288
#> SRR1440491     4  0.0963     0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1440852     3  0.0000     0.8603 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811169      1  0.1205     0.8898 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR1331311     4  0.0963     0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR818009      1  0.1364     0.8823 0.952 0.036 0.000 0.012 0.000
#> SRR1351836     2  0.5038     0.3381 0.000 0.656 0.004 0.052 0.288
#> SRR1498313     2  0.2125     0.2185 0.000 0.920 0.004 0.052 0.024
#> SRR1441975     2  0.5038     0.3381 0.000 0.656 0.004 0.052 0.288
#> SRR819096      1  0.3876     0.8564 0.684 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR1073679     4  0.2359     0.8366 0.000 0.000 0.060 0.904 0.036
#> SRR1489116     3  0.3837     0.7551 0.000 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR1354138     3  0.1671     0.8599 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1490589     3  0.1478     0.8394 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1412987     4  0.0963     0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR602034      3  0.1608     0.8605 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1353437     1  0.3550     0.8698 0.760 0.000 0.000 0.004 0.236
#> SRR1072871     3  0.2280     0.8215 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR661577      4  0.1124     0.8639 0.000 0.000 0.036 0.960 0.004
#> SRR612190      4  0.0963     0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1399880     1  0.4009     0.8571 0.684 0.000 0.000 0.004 0.312
#> SRR1101787     4  0.0963     0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR657869      1  0.1943     0.8770 0.924 0.056 0.000 0.020 0.000
#> SRR1446332     1  0.0451     0.8845 0.988 0.004 0.000 0.008 0.000
#> SRR816039      1  0.3980     0.8627 0.708 0.000 0.000 0.008 0.284
#> SRR1485141     3  0.1671     0.8599 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1476697     1  0.3086     0.8804 0.816 0.000 0.000 0.004 0.180
#> SRR1379538     4  0.5745     0.4278 0.000 0.112 0.012 0.640 0.236
#> SRR1331422     1  0.1626     0.8804 0.940 0.044 0.000 0.016 0.000
#> SRR660859      4  0.5799     0.4290 0.000 0.000 0.324 0.564 0.112
#> SRR1097594     1  0.0162     0.8840 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1311419     3  0.1732     0.8593 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1336706     3  0.4400     0.7342 0.000 0.020 0.672 0.000 0.308
#> SRR1472976     4  0.0963     0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1321307     1  0.1872     0.8769 0.928 0.052 0.000 0.020 0.000
#> SRR807493      1  0.0693     0.8839 0.980 0.008 0.000 0.012 0.000
#> SRR812461      3  0.1608     0.8605 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1477149     2  0.1430     0.2632 0.000 0.944 0.004 0.052 0.000
#> SRR1457397     2  0.6262    -0.2214 0.000 0.544 0.140 0.008 0.308
#> SRR661913      3  0.0000     0.8603 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069024     2  0.6815    -0.2600 0.000 0.356 0.336 0.000 0.308
#> SRR2165634     1  0.1300     0.8832 0.956 0.028 0.000 0.016 0.000
#> SRR1478722     3  0.0000     0.8603 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328642     2  0.1430     0.2632 0.000 0.944 0.004 0.052 0.000
#> SRR1488261     3  0.0963     0.8504 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1318815     4  0.0963     0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR816945      1  0.1943     0.8770 0.924 0.056 0.000 0.020 0.000
#> SRR1367432     4  0.0963     0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1359280     2  0.1430     0.2632 0.000 0.944 0.004 0.052 0.000
#> SRR1313910     2  0.6265     0.0153 0.000 0.544 0.004 0.164 0.288
#> SRR1457315     4  0.2514     0.8281 0.000 0.000 0.060 0.896 0.044
#> SRR815398      1  0.1872     0.8769 0.928 0.052 0.000 0.020 0.000
#> SRR656958      3  0.1608     0.8605 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR600688      4  0.1661     0.8564 0.000 0.000 0.036 0.940 0.024
#> SRR1098952     1  0.1059     0.8879 0.968 0.004 0.000 0.008 0.020
#> SRR1314916     3  0.1608     0.8605 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR614167      3  0.0000     0.8603 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348114     4  0.6846    -0.3034 0.000 0.284 0.004 0.424 0.288
#> SRR658033      4  0.5275     0.4133 0.000 0.068 0.004 0.640 0.288
#> SRR1077503     3  0.1544     0.8418 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR661854      3  0.1851     0.8407 0.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR811379      4  0.0963     0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1318857     2  0.5435     0.2857 0.000 0.628 0.004 0.080 0.288
#> SRR656445      3  0.2605     0.8400 0.000 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1433044     2  0.1430     0.2632 0.000 0.944 0.004 0.052 0.000
#> SRR1486391     1  0.1502     0.8908 0.940 0.000 0.000 0.004 0.056
#> SRR656071      3  0.1608     0.8354 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1364824     1  0.3876     0.8564 0.684 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR1379133     1  0.3452     0.8679 0.756 0.000 0.000 0.000 0.244
#> SRR1394169     1  0.2338     0.8889 0.884 0.000 0.000 0.004 0.112
#> SRR816745      3  0.6422     0.4839 0.000 0.200 0.492 0.000 0.308
#> SRR601038      3  0.6262     0.5367 0.000 0.176 0.520 0.000 0.304
#> SRR1360080     1  0.1202     0.8893 0.960 0.004 0.000 0.004 0.032
#> SRR814868      3  0.2020     0.8241 0.000 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1485997     1  0.3480     0.8671 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR1435560     4  0.1124     0.8639 0.000 0.000 0.036 0.960 0.004
#> SRR1333330     1  0.3969     0.8582 0.692 0.000 0.000 0.004 0.304
#> SRR663513      4  0.4357     0.7260 0.000 0.000 0.128 0.768 0.104
#> SRR1328407     3  0.5892     0.5641 0.000 0.108 0.520 0.000 0.372
#> SRR602784      3  0.3684     0.7690 0.000 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR1348468     4  0.0963     0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR663717      4  0.6204     0.1660 0.000 0.156 0.004 0.552 0.288
#> SRR602217      5  0.5974     0.0000 0.000 0.404 0.028 0.052 0.516
#> SRR603140      3  0.5382     0.4958 0.000 0.000 0.644 0.252 0.104
#> SRR1340804     1  0.3876     0.8564 0.684 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR1457574     3  0.0000     0.8603 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333462     2  0.1430     0.2632 0.000 0.944 0.004 0.052 0.000
#> SRR1094601     1  0.3949     0.8592 0.696 0.000 0.000 0.004 0.300
#> SRR1434610     4  0.5382     0.5583 0.000 0.000 0.252 0.644 0.104
#> SRR1435833     4  0.0963     0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1398728     2  0.5435     0.2857 0.000 0.628 0.004 0.080 0.288
#> SRR1358343     4  0.4572     0.6840 0.000 0.128 0.032 0.780 0.060
#> SRR1410890     2  0.5435     0.2857 0.000 0.628 0.004 0.080 0.288
#> SRR1350371     1  0.1845     0.8774 0.928 0.056 0.000 0.016 0.000
#> SRR1392478     2  0.5160     0.3331 0.000 0.648 0.004 0.060 0.288
#> SRR1099260     3  0.3534     0.7843 0.000 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR1433576     3  0.1608     0.8605 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1345541     4  0.5029     0.5520 0.000 0.000 0.292 0.648 0.060
#> SRR1086328     1  0.1800     0.8780 0.932 0.048 0.000 0.020 0.000
#> SRR810391      3  0.0000     0.8603 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476207     3  0.2074     0.8231 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR627435      3  0.5304     0.7039 0.000 0.080 0.628 0.000 0.292
#> SRR1489862     1  0.2848     0.8826 0.840 0.000 0.000 0.004 0.156
#> SRR1419086     1  0.0693     0.8839 0.980 0.008 0.000 0.012 0.000
#> SRR1436539     1  0.3876     0.8564 0.684 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR1396191     3  0.0000     0.8603 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490115     3  0.1608     0.8401 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1377714     3  0.3177     0.8010 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR819394      1  0.3876     0.8564 0.684 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR663161      4  0.1836     0.8531 0.000 0.000 0.036 0.932 0.032
#> SRR607042      3  0.4836     0.7111 0.000 0.044 0.652 0.000 0.304
#> SRR656203      4  0.3012     0.7903 0.000 0.000 0.036 0.860 0.104
#> SRR660602      3  0.1608     0.8605 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1440397     1  0.0451     0.8842 0.988 0.008 0.000 0.004 0.000
#> SRR1369264     1  0.0955     0.8893 0.968 0.000 0.000 0.004 0.028
#> SRR809233      1  0.1251     0.8806 0.956 0.036 0.000 0.008 0.000
#> SRR663249      2  0.5160     0.3331 0.000 0.648 0.004 0.060 0.288
#> SRR661242      4  0.0963     0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1332007     2  0.6808    -0.2472 0.000 0.368 0.324 0.000 0.308
#> SRR809619      4  0.3883     0.7068 0.000 0.000 0.036 0.780 0.184
#> SRR819975      1  0.3550     0.8698 0.760 0.000 0.000 0.004 0.236
#> SRR599281      2  0.5038     0.3381 0.000 0.656 0.004 0.052 0.288
#> SRR662366      3  0.0000     0.8603 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317898     3  0.0000     0.8603 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382485     4  0.0963     0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR2166420     1  0.4009     0.8569 0.684 0.000 0.000 0.004 0.312
#> SRR1419429     1  0.1774     0.8771 0.932 0.052 0.000 0.016 0.000
#> SRR1092541     3  0.0000     0.8603 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817444      3  0.3752     0.7667 0.000 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR1320403     2  0.1430     0.2632 0.000 0.944 0.004 0.052 0.000
#> SRR1101483     2  0.5886     0.1530 0.000 0.588 0.004 0.120 0.288
#> SRR1331684     3  0.0000     0.8603 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400054     4  0.2446     0.8322 0.000 0.000 0.056 0.900 0.044
#> SRR1406088     2  0.6378    -0.0362 0.000 0.528 0.004 0.180 0.288
#> SRR820733      4  0.2376     0.8359 0.000 0.000 0.052 0.904 0.044
#> SRR1314113     4  0.2446     0.8322 0.000 0.000 0.056 0.900 0.044
#> SRR1382615     3  0.3661     0.7717 0.000 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR1480745     1  0.2102     0.8902 0.916 0.004 0.000 0.012 0.068
#> SRR1468850     2  0.5100     0.3367 0.000 0.652 0.004 0.056 0.288
#> SRR656782      3  0.2074     0.8231 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR821364      1  0.1282     0.8802 0.952 0.044 0.000 0.004 0.000
#> SRR1101106     1  0.1808     0.8843 0.936 0.044 0.000 0.012 0.008
#> SRR659295      2  0.2125     0.2185 0.000 0.920 0.004 0.052 0.024
#> SRR1357103     3  0.6813     0.1602 0.000 0.332 0.360 0.000 0.308
#> SRR809185      4  0.4165     0.6737 0.000 0.004 0.032 0.756 0.208
#> SRR811583      4  0.0963     0.8648 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1468050     1  0.3508     0.8667 0.748 0.000 0.000 0.000 0.252
#> SRR1440224     2  0.5160     0.3331 0.000 0.648 0.004 0.060 0.288

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5 p6
#> SRR1500170     2  0.0405   0.733730 0.000 0.988 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR1402368     3  0.1405   0.658205 0.000 0.000 0.948 0.004 0.024 NA
#> SRR607743      3  0.5807   0.227449 0.000 0.000 0.560 0.296 0.032 NA
#> SRR1457375     2  0.1007   0.734191 0.000 0.968 0.008 0.004 0.004 NA
#> SRR1470923     1  0.3982   0.775444 0.536 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR817954      1  0.1267   0.815230 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 NA
#> SRR809259      1  0.0912   0.824282 0.972 0.004 0.000 0.008 0.004 NA
#> SRR1439785     3  0.0777   0.671289 0.000 0.000 0.972 0.000 0.004 NA
#> SRR814768      1  0.4616   0.792353 0.596 0.000 0.000 0.004 0.040 NA
#> SRR1102031     2  0.4461   0.386836 0.000 0.656 0.004 0.304 0.008 NA
#> SRR1363611     4  0.1621   0.877340 0.000 0.012 0.020 0.944 0.008 NA
#> SRR1468447     2  0.5872   0.440525 0.000 0.524 0.008 0.000 0.200 NA
#> SRR1071931     4  0.2896   0.839340 0.000 0.064 0.020 0.876 0.008 NA
#> SRR810981      1  0.1285   0.816840 0.944 0.000 0.000 0.004 0.052 NA
#> SRR615299      2  0.6284   0.351125 0.000 0.396 0.008 0.000 0.316 NA
#> SRR663585      3  0.3351   0.465311 0.000 0.000 0.712 0.000 0.288 NA
#> SRR1326773     3  0.7882  -0.133753 0.000 0.300 0.360 0.176 0.132 NA
#> SRR1351166     2  0.1218   0.727098 0.000 0.956 0.004 0.028 0.000 NA
#> SRR1477452     1  0.4372   0.802268 0.652 0.000 0.000 0.004 0.036 NA
#> SRR1084720     3  0.2527   0.621736 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168 NA
#> SRR1420320     4  0.1630   0.878680 0.000 0.016 0.020 0.940 0.000 NA
#> SRR1081712     2  0.0862   0.734010 0.000 0.972 0.008 0.000 0.004 NA
#> SRR1318241     3  0.3992   0.532391 0.000 0.000 0.756 0.008 0.052 NA
#> SRR1333718     3  0.3851  -0.000368 0.000 0.000 0.540 0.000 0.460 NA
#> SRR1313514     2  0.6293   0.345626 0.000 0.388 0.008 0.000 0.324 NA
#> SRR1477861     5  0.5944   0.539814 0.000 0.092 0.192 0.000 0.616 NA
#> SRR1318005     2  0.6297   0.340431 0.000 0.384 0.008 0.000 0.328 NA
#> SRR1354665     2  0.0405   0.735111 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000 NA
#> SRR657707      3  0.3884   0.535703 0.000 0.000 0.760 0.004 0.052 NA
#> SRR1370742     3  0.0000   0.678497 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1412947     2  0.4513   0.391729 0.000 0.656 0.004 0.300 0.008 NA
#> SRR661553      4  0.1874   0.877572 0.000 0.012 0.020 0.932 0.008 NA
#> SRR1328869     1  0.4093   0.787390 0.584 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR662211      2  0.0622   0.734178 0.000 0.980 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR1348181     3  0.2527   0.621736 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168 NA
#> SRR1416560     3  0.0146   0.677711 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 NA
#> SRR1319772     3  0.2831   0.594073 0.000 0.000 0.840 0.000 0.024 NA
#> SRR1091452     4  0.1621   0.877239 0.000 0.012 0.020 0.944 0.008 NA
#> SRR1338812     1  0.3982   0.774359 0.536 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR1392072     2  0.6284   0.351243 0.000 0.396 0.008 0.000 0.316 NA
#> SRR814844      4  0.1861   0.878785 0.000 0.016 0.020 0.928 0.000 NA
#> SRR1376619     3  0.2527   0.621736 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168 NA
#> SRR603690      4  0.1950   0.874640 0.000 0.012 0.020 0.928 0.008 NA
#> SRR2184980     2  0.0405   0.733730 0.000 0.988 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR613963      4  0.2125   0.876307 0.000 0.012 0.020 0.920 0.012 NA
#> SRR1323422     1  0.4250   0.791073 0.620 0.004 0.000 0.012 0.004 NA
#> SRR1397673     3  0.2597   0.615833 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176 NA
#> SRR1434650     5  0.6011   0.534660 0.000 0.108 0.172 0.000 0.616 NA
#> SRR659875      3  0.3997  -0.118421 0.000 0.004 0.508 0.000 0.488 NA
#> SRR1465734     3  0.3490   0.554282 0.000 0.000 0.784 0.000 0.040 NA
#> SRR1076847     2  0.6293   0.345626 0.000 0.388 0.008 0.000 0.324 NA
#> SRR1415072     1  0.4293   0.776203 0.536 0.000 0.000 0.012 0.004 NA
#> SRR659319      3  0.3857  -0.026181 0.000 0.000 0.532 0.000 0.468 NA
#> SRR663088      4  0.2512   0.870609 0.000 0.012 0.020 0.900 0.020 NA
#> SRR1352021     1  0.4315   0.786777 0.596 0.004 0.000 0.012 0.004 NA
#> SRR1325527     1  0.0291   0.820751 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1105369     1  0.1444   0.816327 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072 NA
#> SRR659935      4  0.1546   0.878166 0.000 0.016 0.020 0.944 0.000 NA
#> SRR1352530     3  0.2597   0.614880 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176 NA
#> SRR662594      3  0.4178   0.525264 0.000 0.000 0.748 0.016 0.052 NA
#> SRR1095309     1  0.1753   0.811639 0.912 0.000 0.000 0.004 0.084 NA
#> SRR615647      3  0.2527   0.621736 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168 NA
#> SRR813019      5  0.5271   0.219736 0.000 0.012 0.408 0.000 0.512 NA
#> SRR1374647     2  0.2278   0.714446 0.000 0.908 0.008 0.008 0.052 NA
#> SRR603472      5  0.6055   0.167098 0.000 0.140 0.040 0.000 0.552 NA
#> SRR661529      4  0.4632   0.693918 0.000 0.000 0.204 0.712 0.032 NA
#> SRR607018      3  0.3862  -0.047166 0.000 0.000 0.524 0.000 0.476 NA
#> SRR627423      2  0.3883   0.522056 0.000 0.728 0.004 0.240 0.000 NA
#> SRR654921      4  0.1861   0.878785 0.000 0.016 0.020 0.928 0.000 NA
#> SRR1418968     1  0.2182   0.829033 0.900 0.000 0.000 0.004 0.020 NA
#> SRR660871      3  0.0000   0.678497 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1330522     3  0.0458   0.678068 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 NA
#> SRR1499958     2  0.0405   0.735111 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000 NA
#> SRR614059      3  0.1405   0.658205 0.000 0.000 0.948 0.004 0.024 NA
#> SRR1071403     1  0.4250   0.791073 0.620 0.004 0.000 0.012 0.004 NA
#> SRR1486719     2  0.0806   0.731171 0.000 0.972 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR1440421     2  0.6289   0.348127 0.000 0.392 0.008 0.000 0.320 NA
#> SRR1310412     3  0.5862   0.349479 0.000 0.000 0.616 0.144 0.056 NA
#> SRR614767      2  0.0622   0.734532 0.000 0.980 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR820709      1  0.3240   0.828570 0.840 0.000 0.000 0.012 0.056 NA
#> SRR1471500     1  0.4229   0.780731 0.548 0.000 0.000 0.000 0.016 NA
#> SRR658093      3  0.3647   0.288699 0.000 0.000 0.640 0.000 0.360 NA
#> SRR1088168     3  0.3547   0.361095 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332 NA
#> SRR1418707     2  0.0260   0.734073 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR1354291     2  0.6293   0.345626 0.000 0.388 0.008 0.000 0.324 NA
#> SRR2165806     1  0.1988   0.813035 0.912 0.004 0.000 0.004 0.072 NA
#> SRR1415684     4  0.1414   0.878361 0.000 0.012 0.020 0.952 0.004 NA
#> SRR1433860     3  0.2631   0.611104 0.000 0.000 0.820 0.000 0.180 NA
#> SRR1311062     2  0.0972   0.732148 0.000 0.964 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR1360359     1  0.3982   0.774359 0.536 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR661385      3  0.2597   0.614880 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176 NA
#> SRR615407      2  0.1434   0.729754 0.000 0.948 0.008 0.000 0.020 NA
#> SRR1413892     3  0.3547   0.361095 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332 NA
#> SRR1443459     2  0.3915   0.420111 0.000 0.692 0.004 0.288 0.000 NA
#> SRR1338942     1  0.4165   0.775795 0.536 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR657480      3  0.5320   0.361268 0.000 0.000 0.572 0.000 0.288 NA
#> SRR1399433     4  0.1621   0.877903 0.000 0.012 0.020 0.944 0.008 NA
#> SRR818537      5  0.5069   0.553129 0.000 0.080 0.204 0.000 0.680 NA
#> SRR1101324     4  0.4414   0.752831 0.000 0.008 0.024 0.732 0.032 NA
#> SRR807637      4  0.1710   0.879696 0.000 0.016 0.020 0.936 0.000 NA
#> SRR1091918     1  0.0146   0.820447 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR598300      3  0.6069   0.301736 0.000 0.000 0.584 0.172 0.052 NA
#> SRR1085426     1  0.1267   0.815230 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 NA
#> SRR1376294     2  0.0767   0.734898 0.000 0.976 0.008 0.004 0.000 NA
#> SRR813891      1  0.3982   0.774359 0.536 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR1467431     4  0.5056   0.213233 0.000 0.432 0.012 0.516 0.008 NA
#> SRR658742      4  0.2642   0.860286 0.000 0.008 0.024 0.892 0.024 NA
#> SRR1419234     1  0.1757   0.815447 0.916 0.000 0.000 0.008 0.076 NA
#> SRR1404813     2  0.0405   0.735111 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000 NA
#> SRR603496      5  0.5007   0.179306 0.000 0.000 0.416 0.000 0.512 NA
#> SRR1407758     3  0.2631   0.611104 0.000 0.000 0.820 0.000 0.180 NA
#> SRR810945      2  0.0717   0.733967 0.000 0.976 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR817234      2  0.6289   0.348127 0.000 0.392 0.008 0.000 0.320 NA
#> SRR1444852     3  0.0000   0.678497 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR660378      3  0.2697   0.603428 0.000 0.000 0.812 0.000 0.188 NA
#> SRR1467835     2  0.1138   0.728554 0.000 0.960 0.004 0.024 0.000 NA
#> SRR1338964     3  0.3884   0.535703 0.000 0.000 0.760 0.004 0.052 NA
#> SRR1079259     2  0.6937  -0.040064 0.000 0.420 0.020 0.336 0.036 NA
#> SRR1072345     3  0.4684   0.492862 0.000 0.000 0.720 0.044 0.052 NA
#> SRR598725      3  0.0777   0.669216 0.000 0.000 0.972 0.000 0.024 NA
#> SRR1447938     1  0.4136   0.781240 0.560 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR1356397     1  0.0291   0.820751 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1360460     4  0.1861   0.878785 0.000 0.016 0.020 0.928 0.000 NA
#> SRR1429468     2  0.0806   0.731171 0.000 0.972 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR1446850     2  0.0717   0.733967 0.000 0.976 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR1320363     3  0.1245   0.662311 0.000 0.000 0.952 0.000 0.016 NA
#> SRR1413810     3  0.2631   0.611104 0.000 0.000 0.820 0.000 0.180 NA
#> SRR598831      2  0.0551   0.734551 0.000 0.984 0.004 0.008 0.000 NA
#> SRR1381865     1  0.3979   0.792471 0.628 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR660957      3  0.0000   0.678497 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1491332     3  0.3857  -0.026181 0.000 0.000 0.532 0.000 0.468 NA
#> SRR1099744     2  0.0622   0.734178 0.000 0.980 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR1464618     4  0.4564   0.138897 0.000 0.472 0.008 0.500 0.000 NA
#> SRR1414559     4  0.2765   0.860048 0.000 0.008 0.024 0.884 0.024 NA
#> SRR1337540     4  0.1974   0.877454 0.000 0.012 0.020 0.920 0.000 NA
#> SRR1444283     1  0.2058   0.828664 0.916 0.000 0.000 0.012 0.024 NA
#> SRR2184942     3  0.3646   0.548009 0.000 0.000 0.776 0.000 0.052 NA
#> SRR660295      1  0.1970   0.811342 0.900 0.000 0.000 0.008 0.092 NA
#> SRR601335      3  0.3151   0.518230 0.000 0.000 0.748 0.000 0.252 NA
#> SRR1363742     3  0.3464   0.406117 0.000 0.000 0.688 0.000 0.312 NA
#> SRR1345847     4  0.5340   0.150410 0.000 0.452 0.020 0.480 0.008 NA
#> SRR614960      3  0.2094   0.639914 0.000 0.000 0.908 0.004 0.024 NA
#> SRR819919      1  0.1908   0.811549 0.900 0.000 0.000 0.004 0.096 NA
#> SRR603330      2  0.6307   0.317738 0.000 0.368 0.008 0.000 0.344 NA
#> SRR1327951     1  0.1700   0.812370 0.916 0.000 0.000 0.004 0.080 NA
#> SRR1401885     1  0.4165   0.775242 0.536 0.000 0.000 0.012 0.000 NA
#> SRR1345266     2  0.2454   0.682117 0.000 0.876 0.004 0.104 0.000 NA
#> SRR1338055     2  0.6318   0.324608 0.000 0.368 0.008 0.000 0.332 NA
#> SRR1430157     2  0.0964   0.731149 0.000 0.968 0.004 0.016 0.000 NA
#> SRR1320137     2  0.0405   0.735111 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000 NA
#> SRR1093483     1  0.2600   0.827999 0.876 0.000 0.000 0.004 0.036 NA
#> SRR1341080     1  0.4204   0.777159 0.540 0.000 0.000 0.004 0.008 NA
#> SRR1459913     3  0.0000   0.678497 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR2170490     1  0.1988   0.813035 0.912 0.004 0.000 0.004 0.072 NA
#> SRR1479845     3  0.2482   0.632377 0.000 0.000 0.848 0.000 0.148 NA
#> SRR1436420     1  0.1757   0.814483 0.916 0.000 0.000 0.008 0.076 NA
#> SRR1481060     3  0.3991  -0.061933 0.000 0.004 0.524 0.000 0.472 NA
#> SRR662282      3  0.3126   0.523417 0.000 0.000 0.752 0.000 0.248 NA
#> SRR1487089     4  0.1616   0.879700 0.000 0.012 0.020 0.940 0.000 NA
#> SRR1075683     1  0.3982   0.774359 0.536 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR1338536     1  0.3966   0.779615 0.552 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR1338880     2  0.4033   0.542830 0.000 0.736 0.004 0.220 0.004 NA
#> SRR1453456     3  0.2527   0.621736 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168 NA
#> SRR1457895     1  0.0405   0.820786 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1440603     5  0.5757   0.532312 0.000 0.092 0.160 0.000 0.644 NA
#> SRR658633      2  0.0862   0.734010 0.000 0.972 0.008 0.000 0.004 NA
#> SRR1388081     4  0.1874   0.873921 0.000 0.012 0.020 0.932 0.008 NA
#> SRR813339      3  0.0000   0.678497 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR809725      1  0.3679   0.817281 0.764 0.004 0.000 0.008 0.016 NA
#> SRR627441      2  0.6307   0.317738 0.000 0.368 0.008 0.000 0.344 NA
#> SRR613603      3  0.4745   0.487814 0.000 0.000 0.716 0.048 0.052 NA
#> SRR1096571     3  0.3997  -0.118421 0.000 0.004 0.508 0.000 0.488 NA
#> SRR1392701     1  0.2006   0.811745 0.892 0.000 0.000 0.004 0.104 NA
#> SRR1344326     1  0.2784   0.827804 0.848 0.000 0.000 0.008 0.012 NA
#> SRR1367693     2  0.2454   0.682117 0.000 0.876 0.004 0.104 0.000 NA
#> SRR660697      4  0.3493   0.754681 0.000 0.148 0.008 0.808 0.004 NA
#> SRR1489926     3  0.3907   0.544785 0.000 0.000 0.764 0.000 0.084 NA
#> SRR811491      3  0.0000   0.678497 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1311644     4  0.4414   0.752831 0.000 0.008 0.024 0.732 0.032 NA
#> SRR1451740     3  0.0000   0.678497 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR615117      5  0.5820   0.529125 0.000 0.104 0.152 0.000 0.640 NA
#> SRR1391748     4  0.1861   0.878785 0.000 0.016 0.020 0.928 0.000 NA
#> SRR1466556     3  0.0000   0.678497 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR614972      3  0.0508   0.674204 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012 NA
#> SRR1406200     1  0.4165   0.775795 0.536 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR819210      4  0.1710   0.878000 0.000 0.012 0.020 0.940 0.008 NA
#> SRR662174      1  0.3314   0.827290 0.828 0.000 0.000 0.004 0.076 NA
#> SRR811988      1  0.4138   0.790746 0.616 0.000 0.000 0.004 0.012 NA
#> SRR663236      4  0.2878   0.847632 0.000 0.000 0.032 0.872 0.032 NA
#> SRR1312598     2  0.0291   0.735113 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000 NA
#> SRR1330129     2  0.6293   0.345626 0.000 0.388 0.008 0.000 0.324 NA
#> SRR1357781     2  0.6293   0.345626 0.000 0.388 0.008 0.000 0.324 NA
#> SRR1315517     2  0.6293   0.345626 0.000 0.388 0.008 0.000 0.324 NA
#> SRR1400032     3  0.0363   0.678320 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 NA
#> SRR1413722     1  0.4184   0.786378 0.576 0.000 0.000 0.000 0.016 NA
#> SRR612827      3  0.0000   0.678497 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR814794      1  0.1471   0.819245 0.932 0.000 0.000 0.004 0.064 NA
#> SRR819430      1  0.4052   0.792541 0.628 0.000 0.000 0.000 0.016 NA
#> SRR1395509     4  0.1364   0.879596 0.000 0.016 0.020 0.952 0.000 NA
#> SRR808728      3  0.3866  -0.067762 0.000 0.000 0.516 0.000 0.484 NA
#> SRR1070813     2  0.0767   0.733228 0.000 0.976 0.004 0.008 0.000 NA
#> SRR1389133     3  0.5469   0.406244 0.000 0.000 0.656 0.104 0.052 NA
#> SRR601263      3  0.3884   0.535703 0.000 0.000 0.760 0.004 0.052 NA
#> SRR604718      4  0.1364   0.879596 0.000 0.016 0.020 0.952 0.000 NA
#> SRR1481351     5  0.4978   0.141043 0.000 0.000 0.432 0.000 0.500 NA
#> SRR1334608     3  0.3695   0.256014 0.000 0.000 0.624 0.000 0.376 NA
#> SRR658681      3  0.3857  -0.026181 0.000 0.000 0.532 0.000 0.468 NA
#> SRR809283      4  0.1616   0.880118 0.000 0.012 0.020 0.940 0.000 NA
#> SRR1459300     1  0.0603   0.819937 0.980 0.004 0.000 0.000 0.016 NA
#> SRR1392547     3  0.3860  -0.042550 0.000 0.000 0.528 0.000 0.472 NA
#> SRR811049      3  0.4684   0.492934 0.000 0.000 0.720 0.044 0.052 NA
#> SRR1464835     4  0.1861   0.878785 0.000 0.016 0.020 0.928 0.000 NA
#> SRR1339619     2  0.2846   0.647667 0.000 0.840 0.004 0.140 0.000 NA
#> SRR658501      3  0.0547   0.677658 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 NA
#> SRR1447523     3  0.1562   0.654513 0.000 0.000 0.940 0.004 0.024 NA
#> SRR1415048     1  0.1644   0.829920 0.932 0.004 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR1355451     1  0.3982   0.774359 0.536 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR1444348     2  0.2547   0.674706 0.000 0.868 0.004 0.112 0.000 NA
#> SRR603890      2  0.6293   0.345626 0.000 0.388 0.008 0.000 0.324 NA
#> SRR810595      3  0.1765   0.656067 0.000 0.000 0.904 0.000 0.096 NA
#> SRR1446244     2  0.3245   0.591302 0.000 0.796 0.004 0.184 0.000 NA
#> SRR817373      4  0.1527   0.877814 0.000 0.012 0.020 0.948 0.008 NA
#> SRR1457291     4  0.5190   0.122734 0.000 0.460 0.012 0.480 0.008 NA
#> SRR598220      4  0.5828   0.504677 0.000 0.000 0.292 0.560 0.032 NA
#> SRR1477991     2  0.0665   0.734984 0.000 0.980 0.008 0.004 0.000 NA
#> SRR598172      2  0.6017   0.420772 0.000 0.492 0.008 0.000 0.224 NA
#> SRR1349032     2  0.3277   0.586026 0.000 0.792 0.004 0.188 0.000 NA
#> SRR604002      5  0.6305  -0.298756 0.000 0.340 0.008 0.000 0.372 NA
#> SRR1378026     3  0.2491   0.632856 0.000 0.000 0.836 0.000 0.164 NA
#> SRR1404401     2  0.6293   0.345626 0.000 0.388 0.008 0.000 0.324 NA
#> SRR1333240     5  0.5944   0.136471 0.000 0.200 0.016 0.000 0.540 NA
#> SRR1089399     2  0.0806   0.731171 0.000 0.972 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR603421      2  0.6289   0.348127 0.000 0.392 0.008 0.000 0.320 NA
#> SRR812562      1  0.4218   0.785171 0.584 0.004 0.000 0.012 0.000 NA
#> SRR808520      3  0.3868  -0.100168 0.000 0.000 0.508 0.000 0.492 NA
#> SRR811839      1  0.1444   0.813998 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072 NA
#> SRR814317      2  0.0806   0.731171 0.000 0.972 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR1436763     4  0.1693   0.879704 0.000 0.012 0.020 0.936 0.000 NA
#> SRR1486021     4  0.5224   0.158421 0.000 0.452 0.020 0.488 0.008 NA
#> SRR1465018     2  0.6289   0.348127 0.000 0.392 0.008 0.000 0.320 NA
#> SRR1080998     3  0.3744   0.538538 0.000 0.000 0.764 0.000 0.052 NA
#> SRR1083432     3  0.2527   0.621736 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168 NA
#> SRR1082833     1  0.0653   0.821652 0.980 0.004 0.000 0.012 0.004 NA
#> SRR1465804     1  0.3982   0.774359 0.536 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR1326536     3  0.0000   0.678497 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR614011      2  0.2501   0.678752 0.000 0.872 0.004 0.108 0.000 NA
#> SRR1365873     2  0.1262   0.730237 0.000 0.956 0.008 0.000 0.020 NA
#> SRR1498789     2  0.0622   0.734532 0.000 0.980 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR601581      2  0.4489   0.161805 0.000 0.568 0.008 0.404 0.000 NA
#> SRR603566      5  0.4096   0.154346 0.000 0.008 0.484 0.000 0.508 NA
#> SRR1373981     1  0.0551   0.821188 0.984 0.004 0.000 0.008 0.004 NA
#> SRR821410      2  0.1223   0.732738 0.000 0.960 0.008 0.012 0.004 NA
#> SRR1076511     4  0.2842   0.862234 0.000 0.012 0.020 0.880 0.024 NA
#> SRR614143      3  0.5088   0.375214 0.000 0.000 0.632 0.000 0.200 NA
#> SRR1333570     3  0.0547   0.672353 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 NA
#> SRR1366813     2  0.0405   0.735111 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000 NA
#> SRR1388746     1  0.1349   0.818736 0.940 0.000 0.000 0.004 0.056 NA
#> SRR1420558     3  0.6235   0.253723 0.000 0.000 0.552 0.208 0.048 NA
#> SRR1409510     3  0.2491   0.624273 0.000 0.000 0.836 0.000 0.164 NA
#> SRR816250      2  0.0767   0.734898 0.000 0.976 0.008 0.004 0.000 NA
#> SRR614131      2  0.4068   0.559583 0.000 0.748 0.008 0.204 0.008 NA
#> SRR1331130     1  0.4242   0.775915 0.536 0.000 0.000 0.016 0.000 NA
#> SRR1316015     3  0.0547   0.677658 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 NA
#> SRR1470798     3  0.2527   0.621736 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168 NA
#> SRR614179      5  0.3911   0.433222 0.000 0.008 0.368 0.000 0.624 NA
#> SRR1474863     2  0.0622   0.734532 0.000 0.980 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR813560      2  0.0436   0.735024 0.000 0.988 0.004 0.004 0.000 NA
#> SRR1312187     4  0.1630   0.878188 0.000 0.016 0.020 0.940 0.000 NA
#> SRR1420960     3  0.2527   0.621736 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168 NA
#> SRR1355102     3  0.0000   0.678497 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1084577     3  0.3288   0.489633 0.000 0.000 0.724 0.000 0.276 NA
#> SRR659971      2  0.0291   0.735113 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000 NA
#> SRR1350855     4  0.1861   0.878785 0.000 0.016 0.020 0.928 0.000 NA
#> SRR820779      3  0.0713   0.676277 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 NA
#> SRR1476300     3  0.0146   0.677711 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 NA
#> SRR1090907     4  0.0909   0.880502 0.000 0.012 0.020 0.968 0.000 NA
#> SRR662294      2  0.6293   0.345626 0.000 0.388 0.008 0.000 0.324 NA
#> SRR1480789     5  0.4064   0.483571 0.000 0.020 0.336 0.000 0.644 NA
#> SRR1336263     4  0.1861   0.878785 0.000 0.016 0.020 0.928 0.000 NA
#> SRR660776      1  0.1918   0.811928 0.904 0.000 0.000 0.008 0.088 NA
#> SRR1090508     2  0.6300   0.334701 0.000 0.380 0.008 0.000 0.332 NA
#> SRR615563      4  0.1861   0.878785 0.000 0.016 0.020 0.928 0.000 NA
#> SRR1101175     1  0.0508   0.820639 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR2164650     5  0.3998   0.124568 0.000 0.004 0.492 0.000 0.504 NA
#> SRR1431205     2  0.2186   0.710561 0.000 0.908 0.008 0.000 0.048 NA
#> SRR1339856     4  0.3460   0.741551 0.000 0.168 0.008 0.796 0.000 NA
#> SRR1352147     2  0.4924   0.074276 0.000 0.524 0.004 0.428 0.008 NA
#> SRR808968      1  0.0603   0.819937 0.980 0.004 0.000 0.000 0.016 NA
#> SRR627419      2  0.6227   0.373269 0.000 0.428 0.008 0.000 0.284 NA
#> SRR1402391     1  0.1850   0.824365 0.924 0.000 0.000 0.008 0.052 NA
#> SRR663609      5  0.3868   0.106259 0.000 0.000 0.496 0.000 0.504 NA
#> SRR2167857     2  0.6307   0.317738 0.000 0.368 0.008 0.000 0.344 NA
#> SRR1398752     1  0.2393   0.827386 0.892 0.000 0.000 0.004 0.064 NA
#> SRR1469169     1  0.1387   0.814568 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068 NA
#> SRR1405437     2  0.0260   0.734073 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR1416955     1  0.3982   0.774359 0.536 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR1317064     4  0.2574   0.854267 0.000 0.048 0.020 0.896 0.008 NA
#> SRR659001      4  0.1364   0.880857 0.000 0.012 0.020 0.952 0.000 NA
#> SRR2170696     4  0.2704   0.858800 0.000 0.008 0.024 0.888 0.024 NA
#> SRR816589      3  0.2697   0.603428 0.000 0.000 0.812 0.000 0.188 NA
#> SRR1087487     3  0.3101   0.529216 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244 NA
#> SRR1329485     3  0.2527   0.621736 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168 NA
#> SRR816920      4  0.3151   0.841399 0.000 0.008 0.024 0.856 0.024 NA
#> SRR1341432     1  0.1398   0.817715 0.940 0.000 0.000 0.008 0.052 NA
#> SRR1361590     4  0.1861   0.878785 0.000 0.016 0.020 0.928 0.000 NA
#> SRR817046      3  0.2282   0.623851 0.000 0.000 0.888 0.000 0.024 NA
#> SRR1471331     3  0.2631   0.611104 0.000 0.000 0.820 0.000 0.180 NA
#> SRR660788      4  0.3492   0.816905 0.000 0.004 0.028 0.824 0.024 NA
#> SRR819234      1  0.4261   0.791117 0.620 0.004 0.000 0.008 0.008 NA
#> SRR810853      5  0.4285   0.505587 0.000 0.036 0.320 0.000 0.644 NA
#> SRR809427      4  0.1167   0.880959 0.000 0.012 0.020 0.960 0.000 NA
#> SRR2170217     4  0.1452   0.880454 0.000 0.012 0.020 0.948 0.000 NA
#> SRR1386967     3  0.3050   0.543346 0.000 0.000 0.764 0.000 0.236 NA
#> SRR1420344     2  0.1218   0.727098 0.000 0.956 0.004 0.028 0.000 NA
#> SRR1334535     1  0.3955   0.799598 0.648 0.000 0.000 0.008 0.004 NA
#> SRR614503      4  0.1679   0.870949 0.000 0.028 0.008 0.936 0.000 NA
#> SRR602564      4  0.2196   0.873792 0.000 0.012 0.020 0.916 0.012 NA
#> SRR1420669     4  0.2721   0.863138 0.000 0.008 0.024 0.888 0.028 NA
#> SRR819024      3  0.0146   0.677711 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 NA
#> SRR656223      3  0.3817   0.087374 0.000 0.000 0.568 0.000 0.432 NA
#> SRR608428      2  0.0717   0.734491 0.000 0.976 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR1345647     1  0.3982   0.775444 0.536 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR1389324     2  0.6289   0.348127 0.000 0.392 0.008 0.000 0.320 NA
#> SRR1361368     4  0.4950   0.098109 0.000 0.468 0.004 0.484 0.008 NA
#> SRR1322619     2  0.0405   0.735111 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000 NA
#> SRR1349276     4  0.1861   0.878785 0.000 0.016 0.020 0.928 0.000 NA
#> SRR1404024     1  0.3982   0.774359 0.536 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR1370637     2  0.0405   0.735111 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000 NA
#> SRR1452631     4  0.1861   0.878785 0.000 0.016 0.020 0.928 0.000 NA
#> SRR608392      3  0.3868  -0.111186 0.000 0.000 0.508 0.000 0.492 NA
#> SRR1357757     3  0.4148   0.525262 0.000 0.000 0.748 0.012 0.056 NA
#> SRR1074646     4  0.1680   0.880717 0.000 0.012 0.020 0.940 0.004 NA
#> SRR1367499     3  0.2491   0.624311 0.000 0.000 0.836 0.000 0.164 NA
#> SRR1343501     3  0.3866  -0.067762 0.000 0.000 0.516 0.000 0.484 NA
#> SRR1394406     4  0.6410   0.551106 0.000 0.008 0.180 0.564 0.056 NA
#> SRR1381435     3  0.3547   0.361095 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332 NA
#> SRR1467407     1  0.0508   0.820202 0.984 0.004 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR1092422     5  0.6325  -0.149331 0.000 0.260 0.016 0.000 0.444 NA
#> SRR1380270     5  0.4285   0.507071 0.000 0.036 0.320 0.000 0.644 NA
#> SRR1091817     2  0.0622   0.734532 0.000 0.980 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR1440137     2  0.0912   0.734628 0.000 0.972 0.008 0.004 0.004 NA
#> SRR614311      2  0.4323   0.228701 0.000 0.600 0.004 0.376 0.000 NA
#> SRR1407516     4  0.1527   0.877814 0.000 0.012 0.020 0.948 0.008 NA
#> SRR815494      3  0.0547   0.677658 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 NA
#> SRR1333209     4  0.1710   0.877828 0.000 0.016 0.020 0.936 0.000 NA
#> SRR615177      4  0.2642   0.860286 0.000 0.008 0.024 0.892 0.024 NA
#> SRR1099648     3  0.3857  -0.026181 0.000 0.000 0.532 0.000 0.468 NA
#> SRR659720      3  0.5142   0.367762 0.000 0.000 0.624 0.000 0.204 NA
#> SRR2185057     1  0.3713   0.824041 0.808 0.004 0.000 0.008 0.080 NA
#> SRR1467125     1  0.4504   0.779931 0.540 0.000 0.000 0.004 0.024 NA
#> SRR657468      4  0.4443   0.752368 0.000 0.008 0.024 0.728 0.032 NA
#> SRR660042      3  0.1636   0.653066 0.000 0.000 0.936 0.004 0.024 NA
#> SRR2170864     2  0.1317   0.732577 0.000 0.956 0.008 0.016 0.004 NA
#> SRR1440491     4  0.1621   0.877239 0.000 0.012 0.020 0.944 0.008 NA
#> SRR1440852     3  0.0547   0.677658 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 NA
#> SRR811169      1  0.1779   0.829409 0.920 0.000 0.000 0.000 0.016 NA
#> SRR1331311     4  0.1630   0.878698 0.000 0.016 0.020 0.940 0.000 NA
#> SRR818009      1  0.1524   0.819278 0.932 0.000 0.000 0.008 0.060 NA
#> SRR1351836     2  0.0405   0.733730 0.000 0.988 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR1498313     2  0.6307   0.317738 0.000 0.368 0.008 0.000 0.344 NA
#> SRR1441975     2  0.0717   0.734491 0.000 0.976 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR819096      1  0.4111   0.775482 0.536 0.000 0.000 0.004 0.004 NA
#> SRR1073679     4  0.4224   0.778982 0.000 0.008 0.132 0.776 0.020 NA
#> SRR1489116     5  0.3868   0.106259 0.000 0.000 0.496 0.000 0.504 NA
#> SRR1354138     3  0.2527   0.621736 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168 NA
#> SRR1490589     3  0.2094   0.639914 0.000 0.000 0.908 0.004 0.024 NA
#> SRR1412987     4  0.1861   0.878785 0.000 0.016 0.020 0.928 0.000 NA
#> SRR602034      3  0.2527   0.621736 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168 NA
#> SRR1353437     1  0.3979   0.792471 0.628 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR1072871     3  0.3829   0.538305 0.000 0.000 0.760 0.000 0.060 NA
#> SRR661577      4  0.0909   0.880502 0.000 0.012 0.020 0.968 0.000 NA
#> SRR612190      4  0.1621   0.877903 0.000 0.012 0.020 0.944 0.008 NA
#> SRR1399880     1  0.4111   0.774663 0.536 0.000 0.000 0.004 0.004 NA
#> SRR1101787     4  0.1364   0.879596 0.000 0.016 0.020 0.952 0.000 NA
#> SRR657869      1  0.2020   0.811208 0.896 0.000 0.000 0.008 0.096 NA
#> SRR1446332     1  0.0508   0.821226 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012 NA
#> SRR816039      1  0.4218   0.782659 0.556 0.000 0.000 0.000 0.016 NA
#> SRR1485141     3  0.2527   0.621736 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168 NA
#> SRR1476697     1  0.3452   0.813024 0.736 0.000 0.000 0.004 0.004 NA
#> SRR1379538     2  0.4522   0.106426 0.000 0.548 0.008 0.424 0.000 NA
#> SRR1331422     1  0.1141   0.816934 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 NA
#> SRR660859      4  0.6724   0.318495 0.000 0.000 0.308 0.440 0.056 NA
#> SRR1097594     1  0.0653   0.821652 0.980 0.004 0.000 0.012 0.004 NA
#> SRR1311419     3  0.2631   0.611104 0.000 0.000 0.820 0.000 0.180 NA
#> SRR1336706     5  0.3998   0.124568 0.000 0.004 0.492 0.000 0.504 NA
#> SRR1472976     4  0.1269   0.880765 0.000 0.012 0.020 0.956 0.000 NA
#> SRR1321307     1  0.1858   0.811027 0.904 0.000 0.000 0.004 0.092 NA
#> SRR807493      1  0.0653   0.821370 0.980 0.000 0.000 0.004 0.012 NA
#> SRR812461      3  0.2527   0.621736 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168 NA
#> SRR1477149     2  0.6293   0.345626 0.000 0.388 0.008 0.000 0.324 NA
#> SRR1457397     5  0.5992   0.185498 0.000 0.132 0.040 0.000 0.560 NA
#> SRR661913      3  0.0146   0.677711 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 NA
#> SRR1069024     5  0.4254   0.552517 0.000 0.072 0.216 0.000 0.712 NA
#> SRR2165634     1  0.1598   0.818203 0.940 0.008 0.000 0.004 0.040 NA
#> SRR1478722     3  0.0000   0.678497 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1328642     2  0.6293   0.345626 0.000 0.388 0.008 0.000 0.324 NA
#> SRR1488261     3  0.1405   0.658205 0.000 0.000 0.948 0.004 0.024 NA
#> SRR1318815     4  0.1861   0.878785 0.000 0.016 0.020 0.928 0.000 NA
#> SRR816945      1  0.2020   0.811208 0.896 0.000 0.000 0.008 0.096 NA
#> SRR1367432     4  0.1861   0.878785 0.000 0.016 0.020 0.928 0.000 NA
#> SRR1359280     2  0.6293   0.345626 0.000 0.388 0.008 0.000 0.324 NA
#> SRR1313910     2  0.2501   0.678752 0.000 0.872 0.004 0.108 0.000 NA
#> SRR1457315     4  0.2666   0.862453 0.000 0.008 0.024 0.892 0.032 NA
#> SRR815398      1  0.1918   0.811292 0.904 0.000 0.000 0.008 0.088 NA
#> SRR656958      3  0.2527   0.621736 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168 NA
#> SRR600688      4  0.2125   0.874853 0.000 0.012 0.020 0.920 0.012 NA
#> SRR1098952     1  0.1675   0.827217 0.936 0.000 0.000 0.008 0.032 NA
#> SRR1314916     3  0.2527   0.621736 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168 NA
#> SRR614167      3  0.0000   0.678497 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1348114     2  0.3430   0.558195 0.000 0.772 0.004 0.208 0.000 NA
#> SRR658033      2  0.4728   0.261276 0.000 0.596 0.004 0.360 0.008 NA
#> SRR1077503     3  0.2983   0.593092 0.000 0.000 0.832 0.000 0.032 NA
#> SRR661854      3  0.3493   0.567711 0.000 0.000 0.796 0.000 0.056 NA
#> SRR811379      4  0.1690   0.877433 0.000 0.016 0.020 0.940 0.004 NA
#> SRR1318857     2  0.0964   0.731149 0.000 0.968 0.004 0.016 0.000 NA
#> SRR656445      3  0.3547   0.361095 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332 NA
#> SRR1433044     2  0.6293   0.345626 0.000 0.388 0.008 0.000 0.324 NA
#> SRR1486391     1  0.1818   0.829993 0.920 0.004 0.000 0.004 0.004 NA
#> SRR656071      3  0.2822   0.608862 0.000 0.000 0.856 0.004 0.032 NA
#> SRR1364824     1  0.4111   0.774663 0.536 0.000 0.000 0.004 0.004 NA
#> SRR1379133     1  0.4250   0.791073 0.620 0.004 0.000 0.012 0.004 NA
#> SRR1394169     1  0.2920   0.824884 0.820 0.000 0.000 0.004 0.008 NA
#> SRR816745      5  0.4285   0.505587 0.000 0.036 0.320 0.000 0.644 NA
#> SRR601038      5  0.4234   0.500943 0.000 0.032 0.324 0.000 0.644 NA
#> SRR1360080     1  0.1410   0.827918 0.944 0.000 0.000 0.008 0.004 NA
#> SRR814868      3  0.3823   0.538803 0.000 0.000 0.764 0.004 0.048 NA
#> SRR1485997     1  0.4262   0.790505 0.616 0.004 0.000 0.012 0.004 NA
#> SRR1435560     4  0.1536   0.880757 0.000 0.012 0.020 0.944 0.000 NA
#> SRR1333330     1  0.4080   0.775699 0.536 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR663513      4  0.6400   0.530001 0.000 0.004 0.196 0.548 0.052 NA
#> SRR1328407     5  0.6212   0.376065 0.000 0.092 0.316 0.000 0.520 NA
#> SRR602784      3  0.3860  -0.042550 0.000 0.000 0.528 0.000 0.472 NA
#> SRR1348468     4  0.1861   0.878785 0.000 0.016 0.020 0.928 0.000 NA
#> SRR663717      2  0.4042   0.377099 0.000 0.664 0.004 0.316 0.000 NA
#> SRR602217      2  0.4495   0.566326 0.000 0.744 0.020 0.008 0.168 NA
#> SRR603140      3  0.5840   0.350580 0.000 0.000 0.616 0.148 0.052 NA
#> SRR1340804     1  0.3982   0.774359 0.536 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR1457574     3  0.0937   0.673625 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 NA
#> SRR1333462     2  0.6293   0.345626 0.000 0.388 0.008 0.000 0.324 NA
#> SRR1094601     1  0.4152   0.778939 0.548 0.000 0.000 0.000 0.012 NA
#> SRR1434610     4  0.6333   0.494847 0.000 0.000 0.212 0.540 0.052 NA
#> SRR1435833     4  0.1546   0.878855 0.000 0.016 0.020 0.944 0.000 NA
#> SRR1398728     2  0.1218   0.727098 0.000 0.956 0.004 0.028 0.000 NA
#> SRR1358343     4  0.4069   0.708766 0.000 0.192 0.020 0.752 0.000 NA
#> SRR1410890     2  0.1218   0.727098 0.000 0.956 0.004 0.028 0.000 NA
#> SRR1350371     1  0.1863   0.812214 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104 NA
#> SRR1392478     2  0.0405   0.735111 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000 NA
#> SRR1099260     3  0.3737   0.224572 0.000 0.000 0.608 0.000 0.392 NA
#> SRR1433576     3  0.3087   0.614556 0.000 0.000 0.808 0.004 0.176 NA
#> SRR1345541     4  0.5906   0.443165 0.000 0.000 0.328 0.528 0.032 NA
#> SRR1086328     1  0.1644   0.812896 0.920 0.000 0.000 0.004 0.076 NA
#> SRR810391      3  0.0000   0.678497 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1476207     3  0.4178   0.525264 0.000 0.000 0.748 0.016 0.052 NA
#> SRR627435      5  0.4594   0.063128 0.000 0.000 0.480 0.000 0.484 NA
#> SRR1489862     1  0.3795   0.810933 0.724 0.004 0.000 0.012 0.004 NA
#> SRR1419086     1  0.0653   0.821370 0.980 0.000 0.000 0.004 0.012 NA
#> SRR1436539     1  0.4165   0.775242 0.536 0.000 0.000 0.012 0.000 NA
#> SRR1396191     3  0.0146   0.677711 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 NA
#> SRR1490115     3  0.2826   0.596724 0.000 0.000 0.844 0.000 0.028 NA
#> SRR1377714     3  0.4952   0.406782 0.000 0.000 0.652 0.000 0.180 NA
#> SRR819394      1  0.3982   0.774359 0.536 0.000 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR663161      4  0.2358   0.869716 0.000 0.012 0.020 0.908 0.016 NA
#> SRR607042      5  0.4095   0.167383 0.000 0.008 0.480 0.000 0.512 NA
#> SRR656203      4  0.4637   0.577418 0.000 0.264 0.020 0.680 0.008 NA
#> SRR660602      3  0.2527   0.621736 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168 NA
#> SRR1440397     1  0.0405   0.820822 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 NA
#> SRR1369264     1  0.1440   0.827833 0.948 0.004 0.000 0.012 0.004 NA
#> SRR809233      1  0.1349   0.816004 0.940 0.000 0.000 0.004 0.056 NA
#> SRR663249      2  0.0767   0.733228 0.000 0.976 0.004 0.008 0.000 NA
#> SRR661242      4  0.2024   0.873536 0.000 0.012 0.020 0.924 0.008 NA
#> SRR1332007     5  0.4402   0.554789 0.000 0.068 0.184 0.000 0.732 NA
#> SRR809619      4  0.5155   0.312119 0.000 0.392 0.020 0.548 0.008 NA
#> SRR819975      1  0.4102   0.793464 0.628 0.000 0.000 0.004 0.012 NA
#> SRR599281      2  0.0951   0.733436 0.000 0.968 0.008 0.000 0.004 NA
#> SRR662366      3  0.0000   0.678497 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1317898     3  0.0000   0.678497 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1382485     4  0.1414   0.878361 0.000 0.012 0.020 0.952 0.004 NA
#> SRR2166420     1  0.4528   0.770490 0.524 0.004 0.000 0.008 0.012 NA
#> SRR1419429     1  0.1556   0.812784 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080 NA
#> SRR1092541     3  0.0458   0.678068 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 NA
#> SRR817444      3  0.3866  -0.067762 0.000 0.000 0.516 0.000 0.484 NA
#> SRR1320403     2  0.6289   0.348127 0.000 0.392 0.008 0.000 0.320 NA
#> SRR1101483     2  0.2203   0.697409 0.000 0.896 0.004 0.084 0.000 NA
#> SRR1331684     3  0.0146   0.678151 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 NA
#> SRR1400054     4  0.2824   0.855367 0.000 0.008 0.024 0.880 0.024 NA
#> SRR1406088     2  0.2680   0.663768 0.000 0.856 0.004 0.124 0.000 NA
#> SRR820733      4  0.2783   0.861142 0.000 0.008 0.024 0.884 0.028 NA
#> SRR1314113     4  0.3201   0.838837 0.000 0.008 0.024 0.852 0.024 NA
#> SRR1382615     3  0.3854  -0.013225 0.000 0.000 0.536 0.000 0.464 NA
#> SRR1480745     1  0.2356   0.829449 0.884 0.000 0.000 0.004 0.016 NA
#> SRR1468850     2  0.0767   0.734898 0.000 0.976 0.008 0.004 0.000 NA
#> SRR656782      3  0.3884   0.535703 0.000 0.000 0.760 0.004 0.052 NA
#> SRR821364      1  0.1267   0.815230 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 NA
#> SRR1101106     1  0.1812   0.821857 0.912 0.000 0.000 0.000 0.080 NA
#> SRR659295      2  0.6307   0.317738 0.000 0.368 0.008 0.000 0.344 NA
#> SRR1357103     5  0.4281   0.549729 0.000 0.068 0.228 0.000 0.704 NA
#> SRR809185      4  0.5067   0.300702 0.000 0.396 0.012 0.548 0.008 NA
#> SRR811583      4  0.1364   0.880641 0.000 0.012 0.020 0.952 0.000 NA
#> SRR1468050     1  0.4273   0.789834 0.612 0.004 0.000 0.012 0.004 NA
#> SRR1440224     2  0.0665   0.734984 0.000 0.980 0.008 0.004 0.000 NA

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-kmeans-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-kmeans-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-kmeans-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-kmeans-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-kmeans-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-kmeans-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-kmeans-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-kmeans-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-kmeans-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-kmeans-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-kmeans-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-kmeans-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-kmeans-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-kmeans-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-kmeans-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-kmeans-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-kmeans-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-kmeans-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-kmeans-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-kmeans-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk SD-kmeans-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-kmeans-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-kmeans-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-kmeans-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-kmeans-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-kmeans-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk SD-kmeans-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


SD:skmeans**

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["SD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:skmeans"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 17314 rows and 500 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#>   Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 4.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk SD-skmeans-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk SD-skmeans-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 1.000           0.963       0.985         0.3938 0.607   0.607
#> 3 3 0.932           0.936       0.974         0.6726 0.719   0.543
#> 4 4 0.964           0.935       0.974         0.1148 0.891   0.695
#> 5 5 0.883           0.833       0.916         0.0611 0.920   0.716
#> 6 6 0.851           0.798       0.852         0.0343 0.902   0.612

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3

There is also optional best \(k\) = 2 3 that is worth to check.

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>            class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR1500170     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1402368     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR607743      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1457375     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1470923     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR817954      1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR809259      1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR1439785     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR814768      1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR1102031     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1363611     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1468447     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1071931     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR810981      1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR615299      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR663585      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1326773     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1351166     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1477452     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR1084720     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1420320     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1081712     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1318241     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1333718     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1313514     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1477861     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1318005     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1354665     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR657707      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1370742     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1412947     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR661553      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1328869     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR662211      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1348181     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1416560     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1319772     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1091452     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1338812     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR1392072     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR814844      1  0.7453      0.737 0.788 0.212
#> SRR1376619     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR603690      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR2184980     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR613963      1  0.9710      0.359 0.600 0.400
#> SRR1323422     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR1397673     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1434650     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR659875      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1465734     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1076847     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1415072     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR659319      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR663088      1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR1352021     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR1325527     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR659935      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1352530     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR662594      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1095309     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR615647      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR813019      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1374647     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR603472      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR661529      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR607018      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR627423      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR654921      1  0.7219      0.754 0.800 0.200
#> SRR1418968     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR660871      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1330522     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1499958     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR614059      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1071403     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR1486719     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1440421     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1310412     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR614767      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR820709      1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR658093      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1088168     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1418707     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1354291     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR2165806     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR1415684     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1433860     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1311062     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1360359     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR661385      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR615407      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1413892     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1443459     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1338942     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR657480      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1399433     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR818537      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1101324     1  0.9710      0.359 0.600 0.400
#> SRR807637      1  0.0376      0.970 0.996 0.004
#> SRR1091918     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR598300      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1085426     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR1376294     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR813891      1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR1467431     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR658742      1  0.9710      0.359 0.600 0.400
#> SRR1419234     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR1404813     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR603496      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1407758     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR810945      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR817234      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1444852     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR660378      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1467835     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1338964     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1079259     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1072345     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR598725      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1447938     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR1356397     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR1360460     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1429468     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1446850     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1320363     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1413810     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR598831      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1381865     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR660957      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1491332     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1099744     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1464618     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1414559     1  0.7745      0.712 0.772 0.228
#> SRR1337540     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR1444283     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR2184942     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR660295      1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR601335      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1363742     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1345847     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR614960      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR819919      1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR603330      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1327951     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR1345266     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1338055     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1430157     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1320137     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1093483     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR1341080     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR1459913     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR2170490     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR1479845     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1436420     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR1481060     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR662282      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1487089     2  0.7219      0.739 0.200 0.800
#> SRR1075683     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR1338536     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR1338880     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1453456     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1457895     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR1440603     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR658633      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1388081     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR813339      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR809725      1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR627441      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR613603      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1096571     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1392701     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR1344326     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR1367693     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR660697      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1489926     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR811491      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1311644     1  0.7950      0.693 0.760 0.240
#> SRR1451740     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR615117      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1391748     2  0.7056      0.751 0.192 0.808
#> SRR1466556     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR614972      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1406200     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR819210      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR662174      1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR811988      1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR663236      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1312598     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1330129     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1357781     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1315517     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1400032     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1413722     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR612827      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR814794      1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR819430      1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR1395509     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR808728      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1070813     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1389133     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR601263      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR604718      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1481351     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1334608     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR658681      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR809283      2  0.9710      0.314 0.400 0.600
#> SRR1459300     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR1392547     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR811049      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1464835     2  0.9710      0.314 0.400 0.600
#> SRR1339619     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR658501      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1447523     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1415048     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR1444348     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR603890      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR810595      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1446244     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR817373      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1457291     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR598220      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1477991     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR598172      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1349032     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR604002      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1378026     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1404401     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1333240     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1089399     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR603421      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR812562      1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR808520      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR811839      1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR814317      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1436763     1  0.7219      0.754 0.800 0.200
#> SRR1486021     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1465018     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1080998     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1083432     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1082833     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR1326536     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR614011      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1365873     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1498789     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR601581      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR603566      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1373981     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR821410      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1076511     1  0.7219      0.754 0.800 0.200
#> SRR614143      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1333570     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1366813     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1388746     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR1420558     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1409510     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR816250      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR614131      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1331130     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR1316015     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1470798     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR614179      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1474863     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR813560      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1312187     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1420960     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1355102     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1084577     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR659971      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1350855     2  0.9710      0.314 0.400 0.600
#> SRR820779      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1476300     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1090907     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR662294      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1480789     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1336263     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR660776      1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR1090508     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR615563      2  0.9710      0.314 0.400 0.600
#> SRR1101175     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR2164650     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1431205     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1339856     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1352147     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR808968      1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR627419      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1402391     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR663609      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR2167857     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1398752     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR1405437     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1416955     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR1317064     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR659001      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR2170696     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR816589      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1087487     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1329485     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR816920      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1341432     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR1361590     2  0.9732      0.303 0.404 0.596
#> SRR817046      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1471331     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR660788      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR819234      1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR810853      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR809427      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR2170217     2  0.8016      0.665 0.244 0.756
#> SRR1386967     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1420344     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1334535     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR614503      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR602564      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1420669     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR819024      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR656223      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR608428      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1345647     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR1389324     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1361368     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1322619     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1349276     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1404024     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR1370637     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1452631     1  0.9710      0.359 0.600 0.400
#> SRR608392      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1357757     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1074646     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1367499     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1343501     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1394406     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1381435     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1467407     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR1092422     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1380270     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1091817     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1440137     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR614311      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1407516     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR815494      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1333209     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR615177      2  0.9661      0.337 0.392 0.608
#> SRR1099648     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR659720      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR2185057     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR1467125     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR657468      1  0.7299      0.748 0.796 0.204
#> SRR660042      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR2170864     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1440491     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1440852     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR811169      1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR1331311     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR818009      1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR1351836     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1498313     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1441975     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR819096      1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR1073679     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1489116     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1354138     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1490589     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1412987     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR602034      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1353437     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR1072871     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR661577      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR612190      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1399880     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR1101787     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR657869      1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR1446332     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR816039      1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR1485141     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1476697     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR1379538     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1331422     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR660859      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1097594     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR1311419     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1336706     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1472976     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1321307     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR807493      1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR812461      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1477149     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1457397     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR661913      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1069024     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR2165634     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR1478722     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1328642     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1488261     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1318815     1  0.9608      0.400 0.616 0.384
#> SRR816945      1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR1367432     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR1359280     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1313910     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1457315     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR815398      1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR656958      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR600688      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1098952     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR1314916     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR614167      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1348114     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR658033      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1077503     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR661854      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR811379      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1318857     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR656445      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1433044     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1486391     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR656071      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1364824     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR1379133     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR816745      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR601038      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1360080     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR814868      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1485997     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR1435560     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1333330     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR663513      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1328407     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR602784      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1348468     2  0.9710      0.314 0.400 0.600
#> SRR663717      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR602217      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR603140      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1340804     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR1457574     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1333462     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1094601     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR1434610     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1435833     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1398728     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1358343     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR1410890     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1350371     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR1392478     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1099260     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1433576     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1345541     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1086328     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR810391      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1476207     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR627435      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1489862     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR1419086     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR1396191     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1490115     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1377714     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR819394      1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR663161      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR607042      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR656203      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR660602      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1440397     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR1369264     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR809233      1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR663249      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR661242      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1332007     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR809619      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR819975      1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR599281      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR662366      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1317898     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1382485     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR2166420     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR1419429     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR1092541     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR817444      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1320403     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1101483     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1331684     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1400054     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1406088     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR820733      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1314113     2  0.9710      0.314 0.400 0.600
#> SRR1382615     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1480745     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR1468850     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR656782      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR821364      1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR1101106     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR659295      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1357103     2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR809185      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR811583      2  0.0000      0.989 0.000 1.000
#> SRR1468050     1  0.0000      0.973 1.000 0.000
#> SRR1440224     2  0.0000      0.989 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> SRR1500170     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402368     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR607743      3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457375     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470923     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR817954      1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR809259      1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439785     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR814768      1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102031     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363611     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468447     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071931     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR810981      1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR615299      2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR663585      3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1326773     2  0.6140     0.3273 0.000 0.596 0.404
#> SRR1351166     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477452     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084720     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420320     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081712     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318241     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333718     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1313514     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477861     3  0.3686     0.8299 0.000 0.140 0.860
#> SRR1318005     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354665     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR657707      3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370742     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1412947     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR661553      2  0.4235     0.7895 0.000 0.824 0.176
#> SRR1328869     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR662211      2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348181     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416560     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1319772     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1091452     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338812     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392072     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR814844      2  0.6260     0.1621 0.448 0.552 0.000
#> SRR1376619     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR603690      2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR2184980     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR613963      1  0.6330     0.3590 0.600 0.396 0.004
#> SRR1323422     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397673     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434650     3  0.6126     0.3328 0.000 0.400 0.600
#> SRR659875      3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1465734     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1076847     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415072     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR659319      3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR663088      1  0.4504     0.7526 0.804 0.196 0.000
#> SRR1352021     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1325527     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR659935      2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352530     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR662594      3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095309     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR615647      3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR813019      3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1374647     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR603472      3  0.6308     0.0236 0.000 0.492 0.508
#> SRR661529      3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR607018      3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR627423      2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR654921      1  0.6126     0.3529 0.600 0.400 0.000
#> SRR1418968     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR660871      3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330522     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499958     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR614059      3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1071403     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486719     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440421     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310412     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR614767      2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR820709      1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR658093      3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088168     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418707     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354291     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR2165806     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415684     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433860     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1311062     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360359     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR661385      3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR615407      2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413892     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1443459     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338942     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR657480      3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399433     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR818537      3  0.3619     0.8349 0.000 0.136 0.864
#> SRR1101324     3  0.6126     0.3231 0.400 0.000 0.600
#> SRR807637      1  0.5327     0.6323 0.728 0.272 0.000
#> SRR1091918     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR598300      3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1085426     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376294     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR813891      1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467431     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR658742      3  0.7581     0.2189 0.408 0.044 0.548
#> SRR1419234     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404813     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR603496      3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407758     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR810945      2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR817234      2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444852     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR660378      3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467835     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338964     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1079259     2  0.5529     0.5839 0.000 0.704 0.296
#> SRR1072345     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR598725      3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447938     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356397     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360460     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429468     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446850     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320363     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413810     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR598831      2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381865     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR660957      3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1491332     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099744     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464618     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414559     1  0.7786     0.4352 0.600 0.068 0.332
#> SRR1337540     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444283     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR2184942     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR660295      1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR601335      3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1363742     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1345847     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR614960      3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR819919      1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR603330      2  0.3752     0.8225 0.000 0.856 0.144
#> SRR1327951     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345266     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338055     2  0.4121     0.7935 0.000 0.832 0.168
#> SRR1430157     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320137     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093483     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341080     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459913     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170490     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479845     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1436420     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481060     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR662282      3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487089     2  0.1411     0.9318 0.036 0.964 0.000
#> SRR1075683     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338536     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338880     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453456     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457895     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440603     3  0.3551     0.8399 0.000 0.132 0.868
#> SRR658633      2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388081     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR813339      3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR809725      1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR627441      2  0.0237     0.9596 0.000 0.996 0.004
#> SRR613603      3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1096571     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1392701     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1344326     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367693     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR660697      2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489926     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR811491      3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1311644     1  0.6126     0.3306 0.600 0.000 0.400
#> SRR1451740     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR615117      3  0.5016     0.6824 0.000 0.240 0.760
#> SRR1391748     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466556     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR614972      3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406200     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR819210      2  0.3340     0.8511 0.000 0.880 0.120
#> SRR662174      1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR811988      1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR663236      3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1312598     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330129     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357781     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315517     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400032     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413722     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR612827      3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR814794      1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR819430      1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1395509     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR808728      3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1070813     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389133     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR601263      3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR604718      2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1481351     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1334608     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR658681      3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR809283      2  0.3752     0.8150 0.144 0.856 0.000
#> SRR1459300     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392547     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR811049      3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1464835     2  0.3752     0.8150 0.144 0.856 0.000
#> SRR1339619     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR658501      3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447523     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415048     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444348     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR603890      2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR810595      3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1446244     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR817373      2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457291     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR598220      3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1477991     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR598172      2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349032     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR604002      2  0.4555     0.7492 0.000 0.800 0.200
#> SRR1378026     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404401     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333240     2  0.6126     0.3382 0.000 0.600 0.400
#> SRR1089399     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR603421      2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR812562      1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR808520      3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR811839      1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR814317      2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436763     1  0.5591     0.5724 0.696 0.304 0.000
#> SRR1486021     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465018     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080998     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083432     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1082833     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326536     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR614011      2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1365873     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498789     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR601581      2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR603566      3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1373981     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR821410      2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076511     1  0.4555     0.7470 0.800 0.200 0.000
#> SRR614143      3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333570     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1366813     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388746     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420558     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409510     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR816250      2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR614131      2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331130     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316015     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470798     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR614179      3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1474863     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR813560      2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312187     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420960     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1355102     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1084577     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR659971      2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350855     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR820779      3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476300     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090907     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR662294      2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480789     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1336263     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR660776      1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090508     2  0.2356     0.8974 0.000 0.928 0.072
#> SRR615563      2  0.0237     0.9597 0.004 0.996 0.000
#> SRR1101175     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR2164650     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1431205     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339856     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352147     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR808968      1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR627419      2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402391     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR663609      3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR2167857     2  0.4504     0.7549 0.000 0.804 0.196
#> SRR1398752     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405437     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416955     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317064     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR659001      2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170696     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR816589      3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1087487     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1329485     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR816920      3  0.0424     0.9723 0.000 0.008 0.992
#> SRR1341432     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361590     2  0.4555     0.7366 0.200 0.800 0.000
#> SRR817046      3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1471331     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR660788      3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR819234      1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR810853      3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR809427      2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170217     2  0.3879     0.8047 0.152 0.848 0.000
#> SRR1386967     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420344     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334535     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR614503      2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR602564      2  0.4504     0.7642 0.000 0.804 0.196
#> SRR1420669     3  0.0747     0.9643 0.000 0.016 0.984
#> SRR819024      3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR656223      3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR608428      2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345647     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389324     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1361368     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322619     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349276     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404024     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370637     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452631     2  0.3816     0.8099 0.148 0.852 0.000
#> SRR608392      3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1357757     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1074646     2  0.3619     0.8345 0.000 0.864 0.136
#> SRR1367499     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343501     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394406     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381435     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467407     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092422     2  0.6126     0.3382 0.000 0.600 0.400
#> SRR1380270     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1091817     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440137     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR614311      2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407516     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR815494      3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333209     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR615177      3  0.3551     0.8331 0.000 0.132 0.868
#> SRR1099648     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR659720      3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR2185057     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467125     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR657468      1  0.6126     0.3306 0.600 0.000 0.400
#> SRR660042      3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170864     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440491     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440852     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR811169      1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331311     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR818009      1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351836     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498313     2  0.4504     0.7549 0.000 0.804 0.196
#> SRR1441975     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR819096      1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073679     3  0.0237     0.9762 0.000 0.004 0.996
#> SRR1489116     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1354138     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490589     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1412987     1  0.6111     0.3635 0.604 0.396 0.000
#> SRR602034      3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1353437     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072871     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR661577      2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR612190      2  0.3941     0.8124 0.000 0.844 0.156
#> SRR1399880     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101787     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR657869      1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446332     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR816039      1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485141     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476697     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379538     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331422     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR660859      3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1097594     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311419     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1336706     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472976     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321307     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR807493      1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR812461      3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1477149     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457397     3  0.6062     0.3765 0.000 0.384 0.616
#> SRR661913      3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1069024     3  0.0424     0.9726 0.000 0.008 0.992
#> SRR2165634     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478722     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1328642     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488261     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318815     2  0.5882     0.4504 0.348 0.652 0.000
#> SRR816945      1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367432     1  0.4555     0.7470 0.800 0.200 0.000
#> SRR1359280     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313910     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457315     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR815398      1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR656958      3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR600688      3  0.5905     0.4395 0.000 0.352 0.648
#> SRR1098952     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314916     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR614167      3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348114     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR658033      2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077503     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR661854      3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR811379      2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318857     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR656445      3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433044     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486391     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR656071      3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1364824     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379133     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR816745      3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR601038      3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1360080     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR814868      3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1485997     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435560     2  0.2711     0.8841 0.000 0.912 0.088
#> SRR1333330     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR663513      3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1328407     3  0.3619     0.8349 0.000 0.136 0.864
#> SRR602784      3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348468     2  0.3686     0.8199 0.140 0.860 0.000
#> SRR663717      2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR602217      2  0.4605     0.7432 0.000 0.796 0.204
#> SRR603140      3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340804     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457574     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333462     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1094601     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434610     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1435833     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398728     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358343     1  0.0747     0.9569 0.984 0.016 0.000
#> SRR1410890     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350371     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392478     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099260     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433576     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1345541     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1086328     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR810391      3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476207     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR627435      3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1489862     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419086     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396191     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490115     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1377714     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR819394      1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR663161      2  0.6026     0.4212 0.000 0.624 0.376
#> SRR607042      3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR656203      2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR660602      3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440397     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1369264     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR809233      1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR663249      2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR661242      2  0.0592     0.9529 0.000 0.988 0.012
#> SRR1332007     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR809619      2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR819975      1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR599281      2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR662366      3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1317898     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1382485     2  0.2878     0.8758 0.000 0.904 0.096
#> SRR2166420     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419429     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092541     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR817444      3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1320403     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101483     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331684     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1400054     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406088     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR820733      3  0.0424     0.9723 0.000 0.008 0.992
#> SRR1314113     3  0.2448     0.9021 0.076 0.000 0.924
#> SRR1382615     3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR1480745     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468850     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR656782      3  0.0000     0.9800 0.000 0.000 1.000
#> SRR821364      1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101106     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR659295      2  0.4504     0.7549 0.000 0.804 0.196
#> SRR1357103     3  0.0424     0.9726 0.000 0.008 0.992
#> SRR809185      2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR811583      2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468050     1  0.0000     0.9713 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440224     2  0.0000     0.9630 0.000 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR1500170     2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402368     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR607743      3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457375     2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470923     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954      1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259      1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR814768      1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031     2  0.0188    0.94808 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1363611     4  0.0000    0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468447     2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071931     2  0.4356    0.58938 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR810981      1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299      2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663585      3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326773     3  0.5000   -0.00864 0.000 0.496 0.504 0.000
#> SRR1351166     2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477452     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420320     4  0.0000    0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1081712     2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318241     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333718     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313514     2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477861     3  0.4855    0.32039 0.000 0.400 0.600 0.000
#> SRR1318005     2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354665     2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657707      3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370742     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1412947     2  0.0188    0.94808 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR661553      4  0.0000    0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1328869     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211      2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348181     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416560     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319772     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091452     4  0.0000    0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1338812     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072     2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814844      4  0.0000    0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1376619     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR603690      4  0.4855    0.29602 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR2184980     2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613963      4  0.0000    0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1323422     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434650     2  0.4843    0.35760 0.000 0.604 0.396 0.000
#> SRR659875      3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465734     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076847     2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415072     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319      3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663088      4  0.0000    0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352021     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935      4  0.0000    0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352530     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662594      3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095309     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647      3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR813019      3  0.2281    0.87484 0.000 0.096 0.904 0.000
#> SRR1374647     2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603472      2  0.3610    0.72562 0.000 0.800 0.200 0.000
#> SRR661529      3  0.4877    0.28343 0.000 0.000 0.592 0.408
#> SRR607018      3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR627423      2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR654921      4  0.0000    0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418968     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871      3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330522     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499958     2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614059      3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071403     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719     2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440421     2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310412     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614767      2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820709      1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093      3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088168     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418707     2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354291     2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2165806     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684     4  0.0000    0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433860     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311062     2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360359     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385      3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615407      2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413892     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443459     2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338942     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480      3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399433     4  0.0000    0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR818537      3  0.4855    0.32039 0.000 0.400 0.600 0.000
#> SRR1101324     4  0.2408    0.84413 0.000 0.000 0.104 0.896
#> SRR807637      4  0.2216    0.87004 0.092 0.000 0.000 0.908
#> SRR1091918     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300      3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085426     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294     2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813891      1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431     2  0.3610    0.73571 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR658742      4  0.0000    0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419234     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813     2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603496      3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407758     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR810945      2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817234      2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444852     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660378      3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467835     2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338964     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079259     2  0.3688    0.71526 0.000 0.792 0.208 0.000
#> SRR1072345     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR598725      3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447938     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460     4  0.0000    0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1429468     2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446850     2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320363     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413810     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR598831      2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381865     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957      3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1491332     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099744     2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464618     4  0.0000    0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1414559     4  0.0000    0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1337540     1  0.1118    0.96089 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1444283     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660295      1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335      3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363742     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345847     2  0.4855    0.35721 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR614960      3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR819919      1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330      2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327951     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266     2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338055     2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430157     2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320137     2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093483     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170490     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436420     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662282      3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487089     4  0.0000    0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1075683     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880     2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453456     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457895     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603     3  0.4855    0.32039 0.000 0.400 0.600 0.000
#> SRR658633      2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388081     4  0.0000    0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR813339      3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809725      1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441      2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613603      3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096571     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392701     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693     2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660697      2  0.4855    0.35721 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1489926     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811491      3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311644     4  0.0469    0.94428 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1451740     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615117      2  0.4855    0.34678 0.000 0.600 0.400 0.000
#> SRR1391748     4  0.0000    0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466556     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614972      3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406200     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210      4  0.0000    0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR662174      1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988      1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236      4  0.0000    0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1312598     2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330129     2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357781     2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315517     2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400032     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413722     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827      3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR814794      1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430      1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509     4  0.0000    0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR808728      3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070813     2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389133     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR601263      3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR604718      4  0.0000    0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1481351     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334608     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658681      3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809283      4  0.0000    0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1459300     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811049      3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464835     4  0.0000    0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339619     2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658501      3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447523     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415048     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348     2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603890      2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810595      3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446244     2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817373      4  0.0000    0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457291     2  0.4855    0.35721 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR598220      3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477991     2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598172      2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349032     2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR604002      2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378026     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404401     2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333240     2  0.3610    0.72562 0.000 0.800 0.200 0.000
#> SRR1089399     2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603421      2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR812562      1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520      3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811839      1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317      2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436763     4  0.0000    0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1486021     2  0.4855    0.35721 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1465018     2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080998     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083432     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082833     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614011      2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365873     2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498789     2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR601581      2  0.1389    0.90699 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR603566      3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1373981     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410      2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076511     4  0.3726    0.71581 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR614143      3  0.2760    0.83820 0.000 0.128 0.872 0.000
#> SRR1333570     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366813     2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388746     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409510     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816250      2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614131      2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331130     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470798     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614179      3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1474863     2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813560      2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312187     4  0.0000    0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420960     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355102     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084577     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659971      2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350855     4  0.0000    0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR820779      3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476300     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090907     4  0.0000    0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR662294      2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480789     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336263     4  0.0000    0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR660776      1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508     2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615563      4  0.0000    0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1101175     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431205     2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339856     4  0.0921    0.93098 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1352147     2  0.3486    0.75201 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR808968      1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419      2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402391     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609      3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2167857     2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398752     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437     2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416955     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064     4  0.4989    0.06049 0.000 0.472 0.000 0.528
#> SRR659001      4  0.0000    0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170696     4  0.0000    0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR816589      3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087487     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329485     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816920      4  0.0000    0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1341432     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590     4  0.0000    0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR817046      3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471331     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660788      4  0.0000    0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR819234      1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853      3  0.0188    0.97053 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR809427      4  0.0000    0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170217     4  0.0000    0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1386967     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420344     2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334535     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503      4  0.4898    0.24900 0.000 0.416 0.000 0.584
#> SRR602564      4  0.5517    0.29794 0.000 0.020 0.412 0.568
#> SRR1420669     4  0.0000    0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR819024      3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR656223      3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608428      2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345647     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324     2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361368     2  0.4817    0.38712 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR1322619     2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349276     4  0.0000    0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404024     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637     2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452631     4  0.0000    0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR608392      3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357757     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1074646     4  0.0000    0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1367499     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343501     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394406     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381435     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467407     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422     2  0.2814    0.80841 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1380270     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091817     2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440137     2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614311      4  0.2081    0.87467 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR1407516     4  0.0000    0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR815494      3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333209     4  0.0000    0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR615177      4  0.0000    0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099648     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659720      3  0.2530    0.85677 0.000 0.112 0.888 0.000
#> SRR2185057     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468      4  0.0000    0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR660042      3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170864     2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440491     4  0.0000    0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440852     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811169      1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311     4  0.0000    0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR818009      1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836     2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498313     2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441975     2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819096      1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679     3  0.3610    0.72812 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1489116     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354138     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490589     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1412987     4  0.0000    0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR602034      3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353437     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661577      4  0.0000    0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR612190      4  0.0000    0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399880     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787     4  0.0000    0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR657869      1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039      1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476697     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538     4  0.4522    0.52575 0.000 0.320 0.000 0.680
#> SRR1331422     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859      3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1097594     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336706     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472976     4  0.0000    0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1321307     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493      1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461      3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477149     2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457397     2  0.3801    0.69940 0.000 0.780 0.220 0.000
#> SRR661913      3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069024     3  0.3610    0.74179 0.000 0.200 0.800 0.000
#> SRR2165634     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328642     2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488261     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318815     4  0.0000    0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR816945      1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432     4  0.0000    0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359280     2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313910     2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457315     4  0.0000    0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR815398      1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958      3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR600688      4  0.4830    0.36714 0.000 0.000 0.392 0.608
#> SRR1098952     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614167      3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348114     2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658033      2  0.0188    0.94808 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1077503     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661854      3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811379      4  0.0000    0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318857     2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656445      3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433044     2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486391     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071      3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1364824     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745      3  0.1389    0.92653 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR601038      3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360080     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868      3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485997     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560     4  0.0000    0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333330     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513      3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328407     3  0.4008    0.66968 0.000 0.244 0.756 0.000
#> SRR602784      3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348468     4  0.0000    0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR663717      2  0.1557    0.89898 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR602217      2  0.3610    0.72562 0.000 0.800 0.200 0.000
#> SRR603140      3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340804     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333462     2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1094601     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610     3  0.4382    0.58572 0.000 0.000 0.704 0.296
#> SRR1435833     4  0.0000    0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1398728     2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358343     1  0.1022    0.96410 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1410890     2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350371     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478     2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099260     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433576     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345541     3  0.3024    0.80566 0.000 0.000 0.852 0.148
#> SRR1086328     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391      3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476207     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR627435      3  0.0188    0.97054 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1489862     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490115     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377714     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR819394      1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161      4  0.0000    0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR607042      3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR656203      2  0.4866    0.34647 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR660602      3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440397     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233      1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249      2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661242      4  0.0592    0.94137 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1332007     3  0.3610    0.74179 0.000 0.200 0.800 0.000
#> SRR809619      2  0.4855    0.35721 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR819975      1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281      2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662366      3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317898     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382485     4  0.0000    0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2166420     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR817444      3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320403     2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101483     2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331684     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400054     4  0.0000    0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406088     2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820733      4  0.0000    0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1314113     4  0.0000    0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1382615     3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480745     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850     2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656782      3  0.0000    0.97432 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR821364      1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295      2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357103     3  0.3610    0.74179 0.000 0.200 0.800 0.000
#> SRR809185      4  0.3907    0.67130 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR811583      4  0.0000    0.95568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468050     1  0.0000    0.99938 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224     2  0.0000    0.95120 0.000 1.000 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR1500170     2  0.0000   0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402368     3  0.0000   0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607743      3  0.0000   0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457375     2  0.0000   0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470923     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954      1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259      1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785     3  0.0000   0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814768      1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031     2  0.0000   0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1363611     4  0.4182   0.299547 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR1468447     5  0.4161   0.487069 0.000 0.392 0.000 0.000 0.608
#> SRR1071931     2  0.3210   0.722072 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR810981      1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299      5  0.4045   0.537083 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR663585      3  0.0290   0.902938 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1326773     5  0.4341   0.223140 0.000 0.000 0.364 0.008 0.628
#> SRR1351166     2  0.0000   0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477452     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720     3  0.0290   0.902938 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1420320     4  0.0000   0.958534 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081712     2  0.0162   0.931281 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1318241     3  0.0000   0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333718     3  0.3999   0.591748 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1313514     5  0.4045   0.537083 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR1477861     5  0.3143   0.493176 0.000 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR1318005     5  0.4030   0.538623 0.000 0.352 0.000 0.000 0.648
#> SRR1354665     2  0.0000   0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657707      3  0.0000   0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370742     3  0.0000   0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1412947     2  0.0000   0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661553      4  0.0000   0.958534 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328869     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211      2  0.0000   0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348181     3  0.0290   0.902938 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1416560     3  0.0000   0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319772     3  0.0000   0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091452     4  0.0000   0.958534 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338812     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072     5  0.4045   0.537083 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR814844      4  0.0290   0.958325 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1376619     3  0.0162   0.904041 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR603690      4  0.4307  -0.078268 0.000 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR2184980     2  0.0000   0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613963      4  0.0290   0.958325 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1323422     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673     3  0.0290   0.902938 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1434650     5  0.3266   0.498482 0.000 0.004 0.200 0.000 0.796
#> SRR659875      3  0.4262   0.394751 0.000 0.000 0.560 0.000 0.440
#> SRR1465734     3  0.0000   0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076847     5  0.4015   0.540673 0.000 0.348 0.000 0.000 0.652
#> SRR1415072     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319      3  0.3999   0.591748 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR663088      4  0.0290   0.958325 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1352021     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935      4  0.0000   0.958534 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352530     3  0.0162   0.904041 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR662594      3  0.0000   0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095309     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647      3  0.0162   0.904041 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR813019      5  0.4088   0.219028 0.000 0.000 0.368 0.000 0.632
#> SRR1374647     5  0.3612   0.572063 0.000 0.268 0.000 0.000 0.732
#> SRR603472      5  0.0290   0.574687 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR661529      3  0.3612   0.560317 0.000 0.000 0.732 0.268 0.000
#> SRR607018      3  0.3999   0.591748 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR627423      2  0.0000   0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654921      4  0.0290   0.958325 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1418968     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871      3  0.0000   0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330522     3  0.0000   0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499958     2  0.0000   0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614059      3  0.0000   0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071403     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719     2  0.0000   0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440421     5  0.4045   0.537083 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR1310412     3  0.0000   0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614767      2  0.0000   0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820709      1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093      3  0.3561   0.689928 0.000 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR1088168     3  0.2179   0.827755 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1418707     2  0.0000   0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354291     5  0.4045   0.537083 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR2165806     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684     4  0.0000   0.958534 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433860     3  0.0290   0.902938 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1311062     5  0.4268   0.395271 0.000 0.444 0.000 0.000 0.556
#> SRR1360359     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385      3  0.0290   0.902938 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR615407      5  0.4045   0.537083 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR1413892     3  0.1478   0.865275 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1443459     2  0.0000   0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338942     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480      3  0.3913   0.616838 0.000 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1399433     4  0.0000   0.958534 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR818537      5  0.3143   0.493176 0.000 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR1101324     4  0.2411   0.812827 0.000 0.000 0.108 0.884 0.008
#> SRR807637      4  0.2116   0.903107 0.040 0.028 0.000 0.924 0.008
#> SRR1091918     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300      3  0.0000   0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085426     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294     2  0.0000   0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813891      1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431     2  0.3143   0.729337 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR658742      4  0.0290   0.958325 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1419234     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813     2  0.0000   0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603496      5  0.4114   0.196175 0.000 0.000 0.376 0.000 0.624
#> SRR1407758     3  0.0290   0.902938 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR810945      5  0.4045   0.537083 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR817234      5  0.4045   0.537083 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR1444852     3  0.0000   0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660378      3  0.0290   0.902938 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1467835     2  0.0000   0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338964     3  0.0000   0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1079259     2  0.6030   0.196829 0.000 0.580 0.196 0.000 0.224
#> SRR1072345     3  0.0000   0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598725      3  0.0000   0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447938     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460     4  0.0290   0.958325 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1429468     2  0.0000   0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446850     5  0.4161   0.486197 0.000 0.392 0.000 0.000 0.608
#> SRR1320363     3  0.0000   0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413810     3  0.0290   0.902938 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR598831      2  0.0000   0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381865     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957      3  0.0000   0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1491332     3  0.3999   0.591748 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1099744     2  0.0000   0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464618     2  0.3143   0.689956 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR1414559     4  0.0290   0.958325 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1337540     1  0.0992   0.965509 0.968 0.000 0.000 0.024 0.008
#> SRR1444283     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942     3  0.0000   0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660295      1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335      3  0.0290   0.902938 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1363742     3  0.0290   0.902938 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1345847     2  0.3274   0.712912 0.000 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR614960      3  0.0000   0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819919      1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330      5  0.3612   0.572063 0.000 0.268 0.000 0.000 0.732
#> SRR1327951     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266     2  0.0000   0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338055     5  0.3612   0.572063 0.000 0.268 0.000 0.000 0.732
#> SRR1430157     2  0.0000   0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320137     2  0.0000   0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1093483     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913     3  0.0000   0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2170490     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845     3  0.0290   0.902938 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1436420     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060     3  0.4060   0.565085 0.000 0.000 0.640 0.000 0.360
#> SRR662282      3  0.0290   0.902938 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1487089     4  0.0290   0.958325 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1075683     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880     2  0.0290   0.927842 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1453456     3  0.0162   0.904041 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1457895     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603     5  0.2773   0.531964 0.000 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR658633      2  0.0000   0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388081     4  0.2813   0.779244 0.000 0.168 0.000 0.832 0.000
#> SRR813339      3  0.0000   0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809725      1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441      5  0.3816   0.559350 0.000 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR613603      3  0.0000   0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096571     5  0.4138   0.171690 0.000 0.000 0.384 0.000 0.616
#> SRR1392701     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693     2  0.0000   0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660697      2  0.3003   0.751511 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000
#> SRR1489926     3  0.4015   0.585981 0.000 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR811491      3  0.0000   0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311644     4  0.0898   0.939124 0.000 0.000 0.020 0.972 0.008
#> SRR1451740     3  0.0000   0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615117      5  0.2930   0.532864 0.000 0.004 0.164 0.000 0.832
#> SRR1391748     4  0.0290   0.958325 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1466556     3  0.0000   0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614972      3  0.0000   0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406200     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210      4  0.0000   0.958534 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662174      1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988      1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236      4  0.0000   0.958534 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312598     2  0.0000   0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330129     5  0.4045   0.537083 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR1357781     5  0.4045   0.537083 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR1315517     5  0.4045   0.537083 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR1400032     3  0.0000   0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413722     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827      3  0.0000   0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814794      1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430      1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509     4  0.0000   0.958534 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR808728      3  0.3999   0.591748 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1070813     2  0.0000   0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389133     3  0.0000   0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR601263      3  0.0000   0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR604718      4  0.0000   0.958534 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1481351     3  0.4015   0.585981 0.000 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR1334608     3  0.3561   0.689928 0.000 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR658681      3  0.3999   0.591748 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR809283      4  0.0290   0.958325 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1459300     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547     3  0.4060   0.565085 0.000 0.000 0.640 0.000 0.360
#> SRR811049      3  0.0000   0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464835     4  0.0290   0.958325 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1339619     2  0.0000   0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658501      3  0.0000   0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447523     3  0.0000   0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415048     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348     2  0.0000   0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603890      5  0.4045   0.537083 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR810595      3  0.0000   0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446244     2  0.0000   0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817373      4  0.0000   0.958534 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457291     2  0.3274   0.712912 0.000 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR598220      3  0.0510   0.891156 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1477991     2  0.0000   0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598172      5  0.4045   0.537083 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR1349032     2  0.0000   0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604002      5  0.3074   0.576167 0.000 0.196 0.000 0.000 0.804
#> SRR1378026     3  0.0290   0.902938 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1404401     5  0.4045   0.537083 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR1333240     5  0.0290   0.574687 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1089399     2  0.0000   0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603421      5  0.4045   0.537083 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR812562      1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520      3  0.3999   0.591748 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR811839      1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317      2  0.0000   0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436763     4  0.0290   0.958325 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1486021     2  0.3274   0.712912 0.000 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR1465018     5  0.4045   0.537083 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR1080998     3  0.3480   0.698601 0.000 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1083432     3  0.0162   0.904041 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1082833     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536     3  0.0000   0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614011      2  0.0000   0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365873     5  0.4045   0.537083 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR1498789     2  0.0000   0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601581      2  0.0290   0.927842 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR603566      5  0.4088   0.219028 0.000 0.000 0.368 0.000 0.632
#> SRR1373981     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410      2  0.0000   0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076511     4  0.1557   0.905825 0.052 0.000 0.000 0.940 0.008
#> SRR614143      5  0.4088   0.219028 0.000 0.000 0.368 0.000 0.632
#> SRR1333570     3  0.0000   0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366813     2  0.0000   0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388746     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558     3  0.0000   0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409510     3  0.0162   0.904041 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR816250      2  0.0000   0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614131      2  0.1197   0.891721 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1331130     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015     3  0.0000   0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470798     3  0.0290   0.902938 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR614179      5  0.4088   0.219028 0.000 0.000 0.368 0.000 0.632
#> SRR1474863     2  0.0000   0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813560      2  0.0000   0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312187     4  0.2020   0.863165 0.000 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1420960     3  0.0162   0.904041 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1355102     3  0.0000   0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084577     3  0.0290   0.902938 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR659971      2  0.0000   0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350855     4  0.0290   0.958325 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR820779      3  0.0000   0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476300     3  0.0000   0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090907     4  0.0000   0.958534 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662294      5  0.4045   0.537083 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR1480789     5  0.4088   0.219028 0.000 0.000 0.368 0.000 0.632
#> SRR1336263     4  0.0290   0.958325 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR660776      1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508     5  0.3612   0.572063 0.000 0.268 0.000 0.000 0.732
#> SRR615563      4  0.0290   0.958325 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1101175     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650     3  0.4306   0.249680 0.000 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR1431205     5  0.4045   0.537083 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR1339856     2  0.1410   0.879118 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1352147     2  0.2074   0.841622 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR808968      1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419      5  0.4235   0.410188 0.000 0.424 0.000 0.000 0.576
#> SRR1402391     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609      3  0.4138   0.520555 0.000 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR2167857     5  0.3612   0.572063 0.000 0.268 0.000 0.000 0.732
#> SRR1398752     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437     2  0.0000   0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416955     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064     2  0.3452   0.681387 0.000 0.756 0.000 0.244 0.000
#> SRR659001      4  0.0000   0.958534 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170696     4  0.0290   0.958325 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR816589      3  0.0290   0.902938 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1087487     3  0.0290   0.902938 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1329485     3  0.0162   0.904041 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR816920      4  0.0290   0.958325 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1341432     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590     4  0.0290   0.958325 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR817046      3  0.0000   0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471331     3  0.0290   0.902938 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR660788      4  0.0451   0.956055 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR819234      1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853      5  0.4088   0.219028 0.000 0.000 0.368 0.000 0.632
#> SRR809427      4  0.0000   0.958534 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170217     4  0.0290   0.958325 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1386967     3  0.0290   0.902938 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1420344     2  0.0000   0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334535     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503      2  0.2612   0.812256 0.000 0.868 0.000 0.124 0.008
#> SRR602564      4  0.7381   0.265803 0.000 0.168 0.276 0.488 0.068
#> SRR1420669     4  0.0000   0.958534 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR819024      3  0.0000   0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656223      3  0.3999   0.591748 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR608428      2  0.3661   0.515859 0.000 0.724 0.000 0.000 0.276
#> SRR1345647     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324     5  0.4045   0.537083 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR1361368     2  0.3242   0.717591 0.000 0.784 0.000 0.216 0.000
#> SRR1322619     2  0.0000   0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349276     4  0.0290   0.958325 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1404024     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637     2  0.0000   0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452631     4  0.2304   0.860291 0.000 0.100 0.000 0.892 0.008
#> SRR608392      3  0.4015   0.585981 0.000 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR1357757     3  0.0000   0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074646     4  0.0000   0.958534 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367499     3  0.0162   0.904041 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1343501     3  0.3999   0.591748 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1394406     3  0.3966   0.596926 0.000 0.000 0.664 0.000 0.336
#> SRR1381435     3  0.0290   0.902938 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1467407     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422     5  0.0404   0.574617 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1380270     5  0.4088   0.219028 0.000 0.000 0.368 0.000 0.632
#> SRR1091817     2  0.0000   0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440137     2  0.0000   0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614311      2  0.0703   0.914232 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1407516     4  0.0000   0.958534 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR815494      3  0.0162   0.904041 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1333209     4  0.0162   0.956186 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR615177      4  0.0290   0.958325 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1099648     3  0.3999   0.591748 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR659720      5  0.4088   0.219028 0.000 0.000 0.368 0.000 0.632
#> SRR2185057     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468      4  0.0451   0.956055 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR660042      3  0.0000   0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2170864     2  0.0000   0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440491     4  0.0000   0.958534 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440852     3  0.0000   0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811169      1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311     4  0.0000   0.958534 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR818009      1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836     2  0.1197   0.891935 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1498313     5  0.3612   0.572063 0.000 0.268 0.000 0.000 0.732
#> SRR1441975     2  0.3452   0.583165 0.000 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR819096      1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679     3  0.3177   0.648535 0.000 0.000 0.792 0.208 0.000
#> SRR1489116     3  0.4074   0.558595 0.000 0.000 0.636 0.000 0.364
#> SRR1354138     3  0.0290   0.902938 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1490589     3  0.0000   0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1412987     4  0.0290   0.958325 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR602034      3  0.0290   0.902938 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1353437     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871     3  0.3999   0.591748 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR661577      4  0.0000   0.958534 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR612190      4  0.0000   0.958534 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399880     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787     4  0.0000   0.958534 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR657869      1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039      1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141     3  0.0162   0.904041 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1476697     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538     2  0.0510   0.921582 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1331422     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859      3  0.0000   0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097594     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419     3  0.0290   0.902938 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1336706     5  0.4114   0.196175 0.000 0.000 0.376 0.000 0.624
#> SRR1472976     4  0.0000   0.958534 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321307     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493      1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461      3  0.0162   0.904041 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1477149     5  0.4045   0.537083 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR1457397     5  0.0290   0.574687 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR661913      3  0.0000   0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069024     5  0.3143   0.493176 0.000 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR2165634     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722     3  0.0000   0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328642     5  0.4045   0.537083 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR1488261     3  0.0000   0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318815     4  0.0290   0.958325 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR816945      1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432     4  0.0290   0.958325 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1359280     5  0.4045   0.537083 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR1313910     2  0.0000   0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457315     4  0.0000   0.958534 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR815398      1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958      3  0.0162   0.904041 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR600688      3  0.4451  -0.030794 0.000 0.004 0.504 0.492 0.000
#> SRR1098952     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916     3  0.0162   0.904041 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR614167      3  0.0000   0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348114     2  0.0000   0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658033      2  0.0000   0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1077503     3  0.3534   0.692656 0.000 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR661854      3  0.4015   0.585981 0.000 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR811379      4  0.0000   0.958534 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318857     2  0.0000   0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656445      3  0.0880   0.888072 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1433044     5  0.4045   0.537083 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR1486391     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071      3  0.0000   0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364824     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745      5  0.4088   0.219028 0.000 0.000 0.368 0.000 0.632
#> SRR601038      5  0.4088   0.219028 0.000 0.000 0.368 0.000 0.632
#> SRR1360080     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868      3  0.0000   0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485997     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560     4  0.0000   0.958534 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333330     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513      3  0.0000   0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328407     5  0.4088   0.219028 0.000 0.000 0.368 0.000 0.632
#> SRR602784      3  0.3999   0.591748 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1348468     4  0.0290   0.958325 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR663717      2  0.0000   0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602217      5  0.3829   0.517397 0.000 0.028 0.196 0.000 0.776
#> SRR603140      3  0.0000   0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340804     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574     3  0.0162   0.904041 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1333462     5  0.4045   0.537083 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR1094601     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610     3  0.3143   0.708018 0.000 0.000 0.796 0.204 0.000
#> SRR1435833     4  0.0000   0.958534 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398728     2  0.0000   0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358343     1  0.2929   0.814076 0.840 0.152 0.000 0.000 0.008
#> SRR1410890     2  0.0000   0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350371     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478     2  0.0000   0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099260     3  0.3876   0.626496 0.000 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR1433576     3  0.0290   0.902938 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1345541     3  0.2813   0.705271 0.000 0.000 0.832 0.168 0.000
#> SRR1086328     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391      3  0.0000   0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476207     3  0.0000   0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR627435      5  0.0510   0.576133 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1489862     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191     3  0.0000   0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490115     3  0.0000   0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377714     5  0.4249   0.000294 0.000 0.000 0.432 0.000 0.568
#> SRR819394      1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161      4  0.0290   0.958325 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR607042      5  0.4138   0.171690 0.000 0.000 0.384 0.000 0.616
#> SRR656203      2  0.3395   0.692405 0.000 0.764 0.000 0.236 0.000
#> SRR660602      3  0.0162   0.904041 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1440397     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233      1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249      2  0.0000   0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661242      4  0.4276   0.354806 0.000 0.380 0.004 0.616 0.000
#> SRR1332007     5  0.2891   0.521249 0.000 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR809619      2  0.3395   0.692405 0.000 0.764 0.000 0.236 0.000
#> SRR819975      1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281      5  0.4045   0.537083 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR662366      3  0.0000   0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317898     3  0.0000   0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382485     4  0.0000   0.958534 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2166420     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541     3  0.0000   0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817444      3  0.3999   0.591748 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1320403     5  0.4045   0.537083 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR1101483     2  0.0000   0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331684     3  0.0000   0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400054     4  0.0290   0.958325 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1406088     2  0.0000   0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820733      4  0.0000   0.958534 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314113     4  0.0451   0.956055 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR1382615     3  0.3983   0.596922 0.000 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR1480745     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850     2  0.2773   0.696480 0.000 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR656782      3  0.0000   0.904581 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR821364      1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295      5  0.3612   0.572063 0.000 0.268 0.000 0.000 0.732
#> SRR1357103     5  0.3143   0.493176 0.000 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR809185      2  0.3109   0.737633 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR811583      4  0.0000   0.958534 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468050     1  0.0000   0.998310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224     2  0.0000   0.934347 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR1500170     2  0.0000     0.7758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402368     3  0.0000     0.8997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607743      3  0.2562     0.6853 0.000 0.000 0.828 0.172 0.000 0.000
#> SRR1457375     2  0.0935     0.7706 0.000 0.964 0.000 0.032 0.004 0.000
#> SRR1470923     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954      1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259      1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785     3  0.0000     0.8997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814768      1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031     2  0.1267     0.7600 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000
#> SRR1363611     4  0.2768     0.7825 0.000 0.012 0.000 0.832 0.000 0.156
#> SRR1468447     2  0.4835     0.6900 0.000 0.592 0.000 0.072 0.336 0.000
#> SRR1071931     4  0.3175     0.7530 0.000 0.088 0.000 0.832 0.000 0.080
#> SRR810981      1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299      2  0.5001     0.6740 0.000 0.540 0.000 0.076 0.384 0.000
#> SRR663585      3  0.2003     0.8110 0.000 0.000 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR1326773     5  0.5270     0.2427 0.000 0.000 0.100 0.404 0.496 0.000
#> SRR1351166     2  0.0937     0.7614 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1477452     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720     3  0.1267     0.8741 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1420320     4  0.3620     0.6443 0.000 0.000 0.000 0.648 0.000 0.352
#> SRR1081712     2  0.1934     0.7672 0.000 0.916 0.000 0.040 0.044 0.000
#> SRR1318241     3  0.2250     0.8211 0.000 0.000 0.888 0.092 0.000 0.020
#> SRR1333718     5  0.3717     0.7627 0.000 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR1313514     2  0.5001     0.6740 0.000 0.540 0.000 0.076 0.384 0.000
#> SRR1477861     5  0.2597     0.7149 0.000 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR1318005     2  0.5001     0.6740 0.000 0.540 0.000 0.076 0.384 0.000
#> SRR1354665     2  0.0000     0.7758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657707      3  0.2250     0.8211 0.000 0.000 0.888 0.092 0.000 0.020
#> SRR1370742     3  0.0000     0.8997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1412947     2  0.0790     0.7713 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR661553      4  0.2823     0.7734 0.000 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1328869     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211      2  0.0260     0.7763 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1348181     3  0.1141     0.8804 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1416560     3  0.0000     0.8997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319772     3  0.0000     0.8997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091452     4  0.2730     0.7792 0.000 0.000 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR1338812     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072     2  0.4994     0.6754 0.000 0.544 0.000 0.076 0.380 0.000
#> SRR814844      6  0.0547     0.8615 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1376619     3  0.0937     0.8881 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR603690      4  0.2706     0.7830 0.000 0.008 0.000 0.832 0.000 0.160
#> SRR2184980     2  0.0000     0.7758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613963      6  0.0547     0.8615 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1323422     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673     3  0.1714     0.8414 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000
#> SRR1434650     5  0.2597     0.7149 0.000 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR659875      5  0.3672     0.7721 0.000 0.000 0.368 0.000 0.632 0.000
#> SRR1465734     3  0.2866     0.8112 0.000 0.000 0.864 0.092 0.024 0.020
#> SRR1076847     2  0.5001     0.6740 0.000 0.540 0.000 0.076 0.384 0.000
#> SRR1415072     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319      5  0.3717     0.7627 0.000 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR663088      6  0.0547     0.8615 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1352021     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935      4  0.2996     0.7612 0.000 0.000 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR1352530     3  0.1141     0.8804 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR662594      3  0.2250     0.8211 0.000 0.000 0.888 0.092 0.000 0.020
#> SRR1095309     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647      3  0.0937     0.8881 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR813019      5  0.3499     0.7857 0.000 0.000 0.320 0.000 0.680 0.000
#> SRR1374647     5  0.5284    -0.4758 0.000 0.388 0.000 0.104 0.508 0.000
#> SRR603472      5  0.2420     0.3600 0.000 0.040 0.000 0.076 0.884 0.000
#> SRR661529      3  0.4751     0.3298 0.000 0.000 0.624 0.300 0.000 0.076
#> SRR607018      5  0.3717     0.7627 0.000 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR627423      2  0.0363     0.7732 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR654921      6  0.0547     0.8615 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1418968     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871      3  0.0000     0.8997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330522     3  0.0000     0.8997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499958     2  0.0632     0.7689 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR614059      3  0.0000     0.8997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071403     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719     2  0.0000     0.7758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440421     2  0.5001     0.6740 0.000 0.540 0.000 0.076 0.384 0.000
#> SRR1310412     3  0.2250     0.8211 0.000 0.000 0.888 0.092 0.000 0.020
#> SRR614767      2  0.0260     0.7763 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR820709      1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093      5  0.3756     0.7383 0.000 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR1088168     3  0.3198     0.4898 0.000 0.000 0.740 0.000 0.260 0.000
#> SRR1418707     2  0.0000     0.7758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354291     2  0.5001     0.6740 0.000 0.540 0.000 0.076 0.384 0.000
#> SRR2165806     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684     4  0.2823     0.7734 0.000 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1433860     3  0.1141     0.8804 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1311062     2  0.4621     0.7006 0.000 0.632 0.000 0.064 0.304 0.000
#> SRR1360359     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385      3  0.1204     0.8773 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR615407      2  0.5250     0.6685 0.000 0.540 0.000 0.108 0.352 0.000
#> SRR1413892     3  0.2996     0.5834 0.000 0.000 0.772 0.000 0.228 0.000
#> SRR1443459     2  0.2092     0.6781 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000 0.000
#> SRR1338942     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480      5  0.4167     0.7578 0.000 0.000 0.368 0.020 0.612 0.000
#> SRR1399433     4  0.2730     0.7792 0.000 0.000 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR818537      5  0.2597     0.7149 0.000 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR1101324     6  0.2697     0.7267 0.000 0.000 0.044 0.092 0.000 0.864
#> SRR807637      6  0.0891     0.8553 0.008 0.000 0.000 0.024 0.000 0.968
#> SRR1091918     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300      3  0.2250     0.8211 0.000 0.000 0.888 0.092 0.000 0.020
#> SRR1085426     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294     2  0.0000     0.7758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813891      1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431     2  0.5185     0.3115 0.000 0.568 0.000 0.344 0.008 0.080
#> SRR658742      6  0.1714     0.8247 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000 0.908
#> SRR1419234     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813     2  0.0632     0.7689 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR603496      5  0.3499     0.7857 0.000 0.000 0.320 0.000 0.680 0.000
#> SRR1407758     3  0.1204     0.8773 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR810945      2  0.5001     0.6740 0.000 0.540 0.000 0.076 0.384 0.000
#> SRR817234      2  0.5001     0.6740 0.000 0.540 0.000 0.076 0.384 0.000
#> SRR1444852     3  0.0000     0.8997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660378      3  0.1610     0.8501 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR1467835     2  0.0790     0.7654 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1338964     3  0.2250     0.8211 0.000 0.000 0.888 0.092 0.000 0.020
#> SRR1079259     5  0.7378     0.3605 0.000 0.308 0.116 0.132 0.424 0.020
#> SRR1072345     3  0.2250     0.8211 0.000 0.000 0.888 0.092 0.000 0.020
#> SRR598725      3  0.0000     0.8997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447938     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460     6  0.1910     0.7911 0.000 0.000 0.000 0.108 0.000 0.892
#> SRR1429468     2  0.0000     0.7758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446850     2  0.4812     0.6885 0.000 0.588 0.000 0.068 0.344 0.000
#> SRR1320363     3  0.0000     0.8997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413810     3  0.1204     0.8773 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR598831      2  0.0713     0.7672 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1381865     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957      3  0.0000     0.8997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1491332     5  0.3717     0.7627 0.000 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR1099744     2  0.0520     0.7766 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008 0.000
#> SRR1464618     4  0.4083     0.3615 0.000 0.460 0.000 0.532 0.000 0.008
#> SRR1414559     6  0.0547     0.8615 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1337540     1  0.3765     0.3376 0.596 0.000 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR1444283     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942     3  0.1719     0.8477 0.000 0.000 0.924 0.060 0.000 0.016
#> SRR660295      1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335      3  0.1714     0.8413 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000
#> SRR1363742     3  0.2092     0.7983 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1345847     4  0.3175     0.7530 0.000 0.088 0.000 0.832 0.000 0.080
#> SRR614960      3  0.0146     0.8984 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR819919      1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330      2  0.5022     0.6649 0.000 0.528 0.000 0.076 0.396 0.000
#> SRR1327951     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266     2  0.1075     0.7561 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR1338055     2  0.5034     0.6580 0.000 0.520 0.000 0.076 0.404 0.000
#> SRR1430157     2  0.0937     0.7614 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1320137     2  0.0000     0.7758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1093483     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913     3  0.0000     0.8997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2170490     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845     3  0.1267     0.8742 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1436420     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060     5  0.3695     0.7680 0.000 0.000 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR662282      3  0.2048     0.8042 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR1487089     6  0.0547     0.8615 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1075683     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880     2  0.3867    -0.1937 0.000 0.512 0.000 0.488 0.000 0.000
#> SRR1453456     3  0.0937     0.8881 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1457895     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603     5  0.2340     0.6893 0.000 0.000 0.148 0.000 0.852 0.000
#> SRR658633      2  0.1225     0.7718 0.000 0.952 0.000 0.036 0.012 0.000
#> SRR1388081     4  0.2527     0.7824 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR813339      3  0.0000     0.8997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809725      1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441      2  0.5001     0.6740 0.000 0.540 0.000 0.076 0.384 0.000
#> SRR613603      3  0.2250     0.8211 0.000 0.000 0.888 0.092 0.000 0.020
#> SRR1096571     5  0.3531     0.7848 0.000 0.000 0.328 0.000 0.672 0.000
#> SRR1392701     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693     2  0.0937     0.7614 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR660697      4  0.4747     0.5616 0.000 0.288 0.000 0.632 0.000 0.080
#> SRR1489926     5  0.4979     0.7314 0.000 0.000 0.316 0.056 0.612 0.016
#> SRR811491      3  0.0000     0.8997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311644     6  0.2487     0.7372 0.000 0.000 0.032 0.092 0.000 0.876
#> SRR1451740     3  0.0632     0.8946 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR615117      5  0.2482     0.6862 0.000 0.000 0.148 0.004 0.848 0.000
#> SRR1391748     6  0.0547     0.8615 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1466556     3  0.0000     0.8997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614972      3  0.0000     0.8997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406200     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210      4  0.2823     0.7734 0.000 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR662174      1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988      1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236      4  0.4990     0.5657 0.000 0.000 0.152 0.644 0.000 0.204
#> SRR1312598     2  0.0000     0.7758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330129     2  0.5001     0.6740 0.000 0.540 0.000 0.076 0.384 0.000
#> SRR1357781     2  0.5001     0.6740 0.000 0.540 0.000 0.076 0.384 0.000
#> SRR1315517     2  0.5001     0.6740 0.000 0.540 0.000 0.076 0.384 0.000
#> SRR1400032     3  0.0363     0.8980 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1413722     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827      3  0.0000     0.8997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814794      1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430      1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509     4  0.3428     0.6911 0.000 0.000 0.000 0.696 0.000 0.304
#> SRR808728      5  0.3717     0.7627 0.000 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR1070813     2  0.0937     0.7614 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1389133     3  0.2250     0.8211 0.000 0.000 0.888 0.092 0.000 0.020
#> SRR601263      3  0.2250     0.8211 0.000 0.000 0.888 0.092 0.000 0.020
#> SRR604718      4  0.3371     0.7053 0.000 0.000 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR1481351     5  0.3717     0.7627 0.000 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR1334608     5  0.3756     0.7392 0.000 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR658681      5  0.3717     0.7627 0.000 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR809283      6  0.0713     0.8592 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1459300     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547     5  0.3706     0.7657 0.000 0.000 0.380 0.000 0.620 0.000
#> SRR811049      3  0.2250     0.8211 0.000 0.000 0.888 0.092 0.000 0.020
#> SRR1464835     6  0.0547     0.8615 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1339619     2  0.1075     0.7561 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR658501      3  0.0363     0.8980 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1447523     3  0.0000     0.8997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415048     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348     2  0.1075     0.7561 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR603890      2  0.5001     0.6740 0.000 0.540 0.000 0.076 0.384 0.000
#> SRR810595      3  0.0000     0.8997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446244     2  0.1075     0.7561 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR817373      4  0.2730     0.7792 0.000 0.000 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR1457291     4  0.3175     0.7530 0.000 0.088 0.000 0.832 0.000 0.080
#> SRR598220      4  0.3867     0.0924 0.000 0.000 0.488 0.512 0.000 0.000
#> SRR1477991     2  0.0000     0.7758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598172      2  0.5001     0.6740 0.000 0.540 0.000 0.076 0.384 0.000
#> SRR1349032     2  0.1141     0.7531 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR604002      5  0.5061    -0.5493 0.000 0.428 0.000 0.076 0.496 0.000
#> SRR1378026     3  0.1863     0.8264 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR1404401     2  0.5001     0.6740 0.000 0.540 0.000 0.076 0.384 0.000
#> SRR1333240     5  0.2318     0.3700 0.000 0.044 0.000 0.064 0.892 0.000
#> SRR1089399     2  0.0405     0.7766 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR603421      2  0.5001     0.6740 0.000 0.540 0.000 0.076 0.384 0.000
#> SRR812562      1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520      5  0.3717     0.7627 0.000 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR811839      1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317      2  0.0000     0.7758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436763     6  0.0547     0.8615 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1486021     4  0.3175     0.7530 0.000 0.088 0.000 0.832 0.000 0.080
#> SRR1465018     2  0.5001     0.6740 0.000 0.540 0.000 0.076 0.384 0.000
#> SRR1080998     3  0.5682    -0.4018 0.000 0.000 0.460 0.092 0.428 0.020
#> SRR1083432     3  0.0713     0.8932 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1082833     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536     3  0.0000     0.8997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614011      2  0.0937     0.7614 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1365873     2  0.5001     0.6740 0.000 0.540 0.000 0.076 0.384 0.000
#> SRR1498789     2  0.0520     0.7766 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008 0.000
#> SRR601581      4  0.3866     0.3044 0.000 0.484 0.000 0.516 0.000 0.000
#> SRR603566      5  0.3499     0.7857 0.000 0.000 0.320 0.000 0.680 0.000
#> SRR1373981     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410      2  0.1075     0.7664 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR1076511     6  0.0717     0.8552 0.008 0.000 0.000 0.016 0.000 0.976
#> SRR614143      5  0.4649     0.7431 0.000 0.000 0.236 0.060 0.688 0.016
#> SRR1333570     3  0.0000     0.8997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366813     2  0.0632     0.7689 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1388746     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558     3  0.2250     0.8211 0.000 0.000 0.888 0.092 0.000 0.020
#> SRR1409510     3  0.0937     0.8881 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR816250      2  0.0000     0.7758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614131      2  0.4319     0.6716 0.000 0.724 0.000 0.168 0.108 0.000
#> SRR1331130     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015     3  0.0363     0.8980 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1470798     3  0.1204     0.8773 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR614179      5  0.3499     0.7857 0.000 0.000 0.320 0.000 0.680 0.000
#> SRR1474863     2  0.0622     0.7766 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012 0.000
#> SRR813560      2  0.0000     0.7758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312187     4  0.4377     0.6564 0.000 0.044 0.000 0.644 0.000 0.312
#> SRR1420960     3  0.0937     0.8881 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1355102     3  0.0000     0.8997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084577     3  0.2697     0.6816 0.000 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000
#> SRR659971      2  0.0146     0.7750 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1350855     6  0.0547     0.8615 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR820779      3  0.0363     0.8980 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1476300     3  0.0000     0.8997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090907     4  0.3409     0.6959 0.000 0.000 0.000 0.700 0.000 0.300
#> SRR662294      2  0.5001     0.6740 0.000 0.540 0.000 0.076 0.384 0.000
#> SRR1480789     5  0.3499     0.7857 0.000 0.000 0.320 0.000 0.680 0.000
#> SRR1336263     6  0.1007     0.8494 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.956
#> SRR660776      1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508     2  0.5022     0.6649 0.000 0.528 0.000 0.076 0.396 0.000
#> SRR615563      6  0.0547     0.8615 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1101175     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650     5  0.3672     0.7721 0.000 0.000 0.368 0.000 0.632 0.000
#> SRR1431205     2  0.5001     0.6740 0.000 0.540 0.000 0.076 0.384 0.000
#> SRR1339856     4  0.4978     0.4213 0.000 0.396 0.000 0.532 0.000 0.072
#> SRR1352147     2  0.4095     0.5612 0.000 0.724 0.000 0.216 0.000 0.060
#> SRR808968      1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419      2  0.4718     0.7010 0.000 0.632 0.000 0.076 0.292 0.000
#> SRR1402391     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609      5  0.3706     0.7657 0.000 0.000 0.380 0.000 0.620 0.000
#> SRR2167857     2  0.5022     0.6649 0.000 0.528 0.000 0.076 0.396 0.000
#> SRR1398752     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437     2  0.0146     0.7750 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1416955     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064     4  0.3167     0.7614 0.000 0.072 0.000 0.832 0.000 0.096
#> SRR659001      6  0.3634     0.3730 0.000 0.000 0.000 0.356 0.000 0.644
#> SRR2170696     6  0.1765     0.8218 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000 0.904
#> SRR816589      3  0.1863     0.8264 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR1087487     3  0.1267     0.8741 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1329485     3  0.0865     0.8900 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR816920      6  0.2135     0.8174 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR1341432     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590     6  0.0547     0.8615 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR817046      3  0.0000     0.8997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471331     3  0.1204     0.8773 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR660788      6  0.2950     0.7628 0.000 0.000 0.024 0.148 0.000 0.828
#> SRR819234      1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853      5  0.3499     0.7857 0.000 0.000 0.320 0.000 0.680 0.000
#> SRR809427      4  0.3309     0.7192 0.000 0.000 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR2170217     6  0.1663     0.8275 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000 0.912
#> SRR1386967     3  0.1910     0.8215 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR1420344     2  0.0713     0.7672 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1334535     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503      2  0.4602     0.3477 0.000 0.572 0.000 0.044 0.000 0.384
#> SRR602564      4  0.3373     0.7759 0.000 0.004 0.008 0.808 0.020 0.160
#> SRR1420669     6  0.3804     0.2256 0.000 0.000 0.000 0.424 0.000 0.576
#> SRR819024      3  0.0000     0.8997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656223      5  0.3727     0.7574 0.000 0.000 0.388 0.000 0.612 0.000
#> SRR608428      2  0.4117     0.7236 0.000 0.716 0.000 0.056 0.228 0.000
#> SRR1345647     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324     2  0.5001     0.6740 0.000 0.540 0.000 0.076 0.384 0.000
#> SRR1361368     4  0.3667     0.7205 0.000 0.132 0.000 0.788 0.000 0.080
#> SRR1322619     2  0.0363     0.7728 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1349276     6  0.0547     0.8615 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1404024     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637     2  0.0713     0.7672 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1452631     6  0.1411     0.7971 0.000 0.060 0.000 0.004 0.000 0.936
#> SRR608392      5  0.3717     0.7627 0.000 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR1357757     3  0.0777     0.8843 0.000 0.000 0.972 0.024 0.000 0.004
#> SRR1074646     6  0.3789     0.2425 0.000 0.000 0.000 0.416 0.000 0.584
#> SRR1367499     3  0.0790     0.8917 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1343501     5  0.3717     0.7627 0.000 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR1394406     5  0.5526     0.6592 0.000 0.000 0.332 0.092 0.556 0.020
#> SRR1381435     3  0.2416     0.7445 0.000 0.000 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1467407     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422     5  0.2966     0.2916 0.000 0.076 0.000 0.076 0.848 0.000
#> SRR1380270     5  0.3499     0.7857 0.000 0.000 0.320 0.000 0.680 0.000
#> SRR1091817     2  0.0622     0.7766 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012 0.000
#> SRR1440137     2  0.0000     0.7758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614311      4  0.3986     0.3531 0.000 0.464 0.000 0.532 0.000 0.004
#> SRR1407516     4  0.2631     0.7817 0.000 0.000 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR815494      3  0.0632     0.8946 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1333209     4  0.4049     0.6431 0.000 0.020 0.000 0.648 0.000 0.332
#> SRR615177      6  0.1765     0.8218 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000 0.904
#> SRR1099648     5  0.3717     0.7627 0.000 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR659720      5  0.4926     0.7268 0.000 0.000 0.240 0.080 0.664 0.016
#> SRR2185057     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468      6  0.2333     0.7425 0.000 0.000 0.024 0.092 0.000 0.884
#> SRR660042      3  0.0146     0.8984 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2170864     2  0.0692     0.7752 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004 0.000
#> SRR1440491     4  0.2730     0.7792 0.000 0.000 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR1440852     3  0.0260     0.8988 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR811169      1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311     4  0.3198     0.7464 0.000 0.000 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR818009      1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836     2  0.2001     0.7675 0.000 0.912 0.000 0.048 0.040 0.000
#> SRR1498313     2  0.5022     0.6649 0.000 0.528 0.000 0.076 0.396 0.000
#> SRR1441975     2  0.4011     0.7275 0.000 0.732 0.000 0.056 0.212 0.000
#> SRR819096      1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679     4  0.3896     0.6849 0.000 0.000 0.112 0.792 0.016 0.080
#> SRR1489116     5  0.3717     0.7627 0.000 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR1354138     3  0.1141     0.8804 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1490589     3  0.0146     0.8984 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1412987     6  0.0547     0.8615 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR602034      3  0.1141     0.8804 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1353437     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871     5  0.3717     0.7627 0.000 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR661577      4  0.3409     0.6938 0.000 0.000 0.000 0.700 0.000 0.300
#> SRR612190      4  0.2823     0.7734 0.000 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1399880     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787     4  0.3351     0.7087 0.000 0.000 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR657869      1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039      1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141     3  0.0937     0.8881 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1476697     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538     4  0.3993     0.3248 0.000 0.476 0.000 0.520 0.000 0.004
#> SRR1331422     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859      3  0.2250     0.8211 0.000 0.000 0.888 0.092 0.000 0.020
#> SRR1097594     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419     3  0.1204     0.8773 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1336706     5  0.3515     0.7854 0.000 0.000 0.324 0.000 0.676 0.000
#> SRR1472976     6  0.3869    -0.2006 0.000 0.000 0.000 0.500 0.000 0.500
#> SRR1321307     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493      1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461      3  0.0632     0.8946 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1477149     2  0.5001     0.6740 0.000 0.540 0.000 0.076 0.384 0.000
#> SRR1457397     5  0.2106     0.3904 0.000 0.032 0.000 0.064 0.904 0.000
#> SRR661913      3  0.0000     0.8997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069024     5  0.2597     0.7149 0.000 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR2165634     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722     3  0.0000     0.8997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328642     2  0.5001     0.6740 0.000 0.540 0.000 0.076 0.384 0.000
#> SRR1488261     3  0.0000     0.8997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318815     6  0.0547     0.8615 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR816945      1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432     6  0.0547     0.8615 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1359280     2  0.5001     0.6740 0.000 0.540 0.000 0.076 0.384 0.000
#> SRR1313910     2  0.0937     0.7614 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1457315     4  0.2964     0.7716 0.000 0.000 0.004 0.792 0.000 0.204
#> SRR815398      1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958      3  0.0937     0.8881 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR600688      4  0.2945     0.7786 0.000 0.000 0.020 0.824 0.000 0.156
#> SRR1098952     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916     3  0.0937     0.8881 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR614167      3  0.0260     0.8988 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1348114     2  0.1075     0.7561 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR658033      2  0.2613     0.7136 0.000 0.848 0.000 0.140 0.012 0.000
#> SRR1077503     3  0.3997    -0.5403 0.000 0.000 0.508 0.004 0.488 0.000
#> SRR661854      5  0.3717     0.7627 0.000 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR811379      4  0.2793     0.7756 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1318857     2  0.0937     0.7614 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR656445      3  0.2491     0.7289 0.000 0.000 0.836 0.000 0.164 0.000
#> SRR1433044     2  0.5001     0.6740 0.000 0.540 0.000 0.076 0.384 0.000
#> SRR1486391     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071      3  0.0632     0.8878 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1364824     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745      5  0.3499     0.7857 0.000 0.000 0.320 0.000 0.680 0.000
#> SRR601038      5  0.3499     0.7857 0.000 0.000 0.320 0.000 0.680 0.000
#> SRR1360080     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868      3  0.2250     0.8211 0.000 0.000 0.888 0.092 0.000 0.020
#> SRR1485997     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560     6  0.3547     0.4374 0.000 0.000 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR1333330     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513      3  0.2250     0.8211 0.000 0.000 0.888 0.092 0.000 0.020
#> SRR1328407     5  0.3853     0.7812 0.000 0.000 0.304 0.016 0.680 0.000
#> SRR602784      5  0.3717     0.7627 0.000 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR1348468     6  0.0547     0.8615 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR663717      2  0.3351     0.3884 0.000 0.712 0.000 0.288 0.000 0.000
#> SRR602217      5  0.3529     0.6933 0.000 0.036 0.172 0.004 0.788 0.000
#> SRR603140      3  0.2250     0.8211 0.000 0.000 0.888 0.092 0.000 0.020
#> SRR1340804     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574     3  0.0937     0.8881 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1333462     2  0.5001     0.6740 0.000 0.540 0.000 0.076 0.384 0.000
#> SRR1094601     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610     3  0.3930     0.6707 0.000 0.000 0.764 0.092 0.000 0.144
#> SRR1435833     4  0.3695     0.6066 0.000 0.000 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR1398728     2  0.0937     0.7614 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1358343     6  0.4847     0.4700 0.220 0.124 0.000 0.000 0.000 0.656
#> SRR1410890     2  0.0937     0.7614 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1350371     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478     2  0.0632     0.7689 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1099260     5  0.3727     0.7568 0.000 0.000 0.388 0.000 0.612 0.000
#> SRR1433576     3  0.4750     0.4815 0.000 0.000 0.652 0.252 0.096 0.000
#> SRR1345541     3  0.4181     0.4944 0.000 0.000 0.700 0.248 0.000 0.052
#> SRR1086328     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391      3  0.0000     0.8997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476207     3  0.2250     0.8211 0.000 0.000 0.888 0.092 0.000 0.020
#> SRR627435      5  0.1391     0.4774 0.000 0.000 0.016 0.040 0.944 0.000
#> SRR1489862     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191     3  0.0000     0.8997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490115     3  0.1500     0.8574 0.000 0.000 0.936 0.052 0.000 0.012
#> SRR1377714     5  0.3531     0.7848 0.000 0.000 0.328 0.000 0.672 0.000
#> SRR819394      1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161      6  0.2416     0.7674 0.000 0.000 0.000 0.156 0.000 0.844
#> SRR607042      5  0.3515     0.7854 0.000 0.000 0.324 0.000 0.676 0.000
#> SRR656203      4  0.3176     0.7554 0.000 0.084 0.000 0.832 0.000 0.084
#> SRR660602      3  0.0790     0.8928 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1440397     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233      1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249      2  0.0937     0.7614 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR661242      4  0.2821     0.7820 0.000 0.016 0.000 0.832 0.000 0.152
#> SRR1332007     5  0.2378     0.6942 0.000 0.000 0.152 0.000 0.848 0.000
#> SRR809619      4  0.3175     0.7530 0.000 0.088 0.000 0.832 0.000 0.080
#> SRR819975      1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281      2  0.5071     0.6731 0.000 0.540 0.000 0.084 0.376 0.000
#> SRR662366      3  0.0000     0.8997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317898     3  0.0000     0.8997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382485     4  0.2823     0.7734 0.000 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR2166420     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541     3  0.0260     0.8988 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR817444      5  0.3717     0.7627 0.000 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR1320403     2  0.5001     0.6740 0.000 0.540 0.000 0.076 0.384 0.000
#> SRR1101483     2  0.0937     0.7614 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1331684     3  0.0000     0.8997 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400054     6  0.2219     0.7883 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000 0.864
#> SRR1406088     2  0.0937     0.7614 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR820733      6  0.3804     0.2256 0.000 0.000 0.000 0.424 0.000 0.576
#> SRR1314113     6  0.1863     0.8156 0.000 0.000 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR1382615     5  0.3717     0.7627 0.000 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR1480745     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850     2  0.2979     0.7523 0.000 0.840 0.000 0.044 0.116 0.000
#> SRR656782      3  0.2250     0.8211 0.000 0.000 0.888 0.092 0.000 0.020
#> SRR821364      1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295      2  0.5022     0.6649 0.000 0.528 0.000 0.076 0.396 0.000
#> SRR1357103     5  0.2597     0.7149 0.000 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR809185      4  0.3227     0.7534 0.000 0.088 0.000 0.828 0.000 0.084
#> SRR811583      4  0.3244     0.7407 0.000 0.000 0.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR1468050     1  0.0000     0.9965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224     2  0.0000     0.7758 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-skmeans-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-skmeans-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-skmeans-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-skmeans-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-skmeans-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-skmeans-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-skmeans-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-skmeans-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-skmeans-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-skmeans-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-skmeans-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-skmeans-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-skmeans-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-skmeans-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-skmeans-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-skmeans-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-skmeans-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-skmeans-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-skmeans-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-skmeans-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk SD-skmeans-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-skmeans-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-skmeans-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-skmeans-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-skmeans-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-skmeans-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk SD-skmeans-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


SD:pam*

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["SD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:pam"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 17314 rows and 500 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#>   Subgroups are detected by 'pam' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 6.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk SD-pam-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk SD-pam-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 1.000           1.000       1.000         0.3577 0.643   0.643
#> 3 3 0.874           0.883       0.950         0.8221 0.705   0.541
#> 4 4 0.966           0.929       0.972         0.1411 0.871   0.647
#> 5 5 0.903           0.879       0.913         0.0688 0.935   0.752
#> 6 6 0.945           0.896       0.950         0.0286 0.942   0.739

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 6
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 4 5

There is also optional best \(k\) = 2 4 5 that is worth to check.

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>            class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1500170     2       0          1  0  1
#> SRR1402368     2       0          1  0  1
#> SRR607743      2       0          1  0  1
#> SRR1457375     2       0          1  0  1
#> SRR1470923     1       0          1  1  0
#> SRR817954      1       0          1  1  0
#> SRR809259      1       0          1  1  0
#> SRR1439785     2       0          1  0  1
#> SRR814768      1       0          1  1  0
#> SRR1102031     2       0          1  0  1
#> SRR1363611     2       0          1  0  1
#> SRR1468447     2       0          1  0  1
#> SRR1071931     2       0          1  0  1
#> SRR810981      1       0          1  1  0
#> SRR615299      2       0          1  0  1
#> SRR663585      2       0          1  0  1
#> SRR1326773     2       0          1  0  1
#> SRR1351166     2       0          1  0  1
#> SRR1477452     1       0          1  1  0
#> SRR1084720     2       0          1  0  1
#> SRR1420320     2       0          1  0  1
#> SRR1081712     2       0          1  0  1
#> SRR1318241     2       0          1  0  1
#> SRR1333718     2       0          1  0  1
#> SRR1313514     2       0          1  0  1
#> SRR1477861     2       0          1  0  1
#> SRR1318005     2       0          1  0  1
#> SRR1354665     2       0          1  0  1
#> SRR657707      2       0          1  0  1
#> SRR1370742     2       0          1  0  1
#> SRR1412947     2       0          1  0  1
#> SRR661553      2       0          1  0  1
#> SRR1328869     1       0          1  1  0
#> SRR662211      2       0          1  0  1
#> SRR1348181     2       0          1  0  1
#> SRR1416560     2       0          1  0  1
#> SRR1319772     2       0          1  0  1
#> SRR1091452     2       0          1  0  1
#> SRR1338812     1       0          1  1  0
#> SRR1392072     2       0          1  0  1
#> SRR814844      2       0          1  0  1
#> SRR1376619     2       0          1  0  1
#> SRR603690      2       0          1  0  1
#> SRR2184980     2       0          1  0  1
#> SRR613963      2       0          1  0  1
#> SRR1323422     1       0          1  1  0
#> SRR1397673     2       0          1  0  1
#> SRR1434650     2       0          1  0  1
#> SRR659875      2       0          1  0  1
#> SRR1465734     2       0          1  0  1
#> SRR1076847     2       0          1  0  1
#> SRR1415072     1       0          1  1  0
#> SRR659319      2       0          1  0  1
#> SRR663088      2       0          1  0  1
#> SRR1352021     1       0          1  1  0
#> SRR1325527     1       0          1  1  0
#> SRR1105369     1       0          1  1  0
#> SRR659935      2       0          1  0  1
#> SRR1352530     2       0          1  0  1
#> SRR662594      2       0          1  0  1
#> SRR1095309     1       0          1  1  0
#> SRR615647      2       0          1  0  1
#> SRR813019      2       0          1  0  1
#> SRR1374647     2       0          1  0  1
#> SRR603472      2       0          1  0  1
#> SRR661529      2       0          1  0  1
#> SRR607018      2       0          1  0  1
#> SRR627423      2       0          1  0  1
#> SRR654921      2       0          1  0  1
#> SRR1418968     1       0          1  1  0
#> SRR660871      2       0          1  0  1
#> SRR1330522     2       0          1  0  1
#> SRR1499958     2       0          1  0  1
#> SRR614059      2       0          1  0  1
#> SRR1071403     1       0          1  1  0
#> SRR1486719     2       0          1  0  1
#> SRR1440421     2       0          1  0  1
#> SRR1310412     2       0          1  0  1
#> SRR614767      2       0          1  0  1
#> SRR820709      1       0          1  1  0
#> SRR1471500     1       0          1  1  0
#> SRR658093      2       0          1  0  1
#> SRR1088168     2       0          1  0  1
#> SRR1418707     2       0          1  0  1
#> SRR1354291     2       0          1  0  1
#> SRR2165806     1       0          1  1  0
#> SRR1415684     2       0          1  0  1
#> SRR1433860     2       0          1  0  1
#> SRR1311062     2       0          1  0  1
#> SRR1360359     1       0          1  1  0
#> SRR661385      2       0          1  0  1
#> SRR615407      2       0          1  0  1
#> SRR1413892     2       0          1  0  1
#> SRR1443459     2       0          1  0  1
#> SRR1338942     1       0          1  1  0
#> SRR657480      2       0          1  0  1
#> SRR1399433     2       0          1  0  1
#> SRR818537      2       0          1  0  1
#> SRR1101324     2       0          1  0  1
#> SRR807637      2       0          1  0  1
#> SRR1091918     1       0          1  1  0
#> SRR598300      2       0          1  0  1
#> SRR1085426     1       0          1  1  0
#> SRR1376294     2       0          1  0  1
#> SRR813891      1       0          1  1  0
#> SRR1467431     2       0          1  0  1
#> SRR658742      2       0          1  0  1
#> SRR1419234     1       0          1  1  0
#> SRR1404813     2       0          1  0  1
#> SRR603496      2       0          1  0  1
#> SRR1407758     2       0          1  0  1
#> SRR810945      2       0          1  0  1
#> SRR817234      2       0          1  0  1
#> SRR1444852     2       0          1  0  1
#> SRR660378      2       0          1  0  1
#> SRR1467835     2       0          1  0  1
#> SRR1338964     2       0          1  0  1
#> SRR1079259     2       0          1  0  1
#> SRR1072345     2       0          1  0  1
#> SRR598725      2       0          1  0  1
#> SRR1447938     1       0          1  1  0
#> SRR1356397     1       0          1  1  0
#> SRR1360460     2       0          1  0  1
#> SRR1429468     2       0          1  0  1
#> SRR1446850     2       0          1  0  1
#> SRR1320363     2       0          1  0  1
#> SRR1413810     2       0          1  0  1
#> SRR598831      2       0          1  0  1
#> SRR1381865     1       0          1  1  0
#> SRR660957      2       0          1  0  1
#> SRR1491332     2       0          1  0  1
#> SRR1099744     2       0          1  0  1
#> SRR1464618     2       0          1  0  1
#> SRR1414559     2       0          1  0  1
#> SRR1337540     2       0          1  0  1
#> SRR1444283     1       0          1  1  0
#> SRR2184942     2       0          1  0  1
#> SRR660295      1       0          1  1  0
#> SRR601335      2       0          1  0  1
#> SRR1363742     2       0          1  0  1
#> SRR1345847     2       0          1  0  1
#> SRR614960      2       0          1  0  1
#> SRR819919      1       0          1  1  0
#> SRR603330      2       0          1  0  1
#> SRR1327951     1       0          1  1  0
#> SRR1401885     1       0          1  1  0
#> SRR1345266     2       0          1  0  1
#> SRR1338055     2       0          1  0  1
#> SRR1430157     2       0          1  0  1
#> SRR1320137     2       0          1  0  1
#> SRR1093483     1       0          1  1  0
#> SRR1341080     1       0          1  1  0
#> SRR1459913     2       0          1  0  1
#> SRR2170490     1       0          1  1  0
#> SRR1479845     2       0          1  0  1
#> SRR1436420     1       0          1  1  0
#> SRR1481060     2       0          1  0  1
#> SRR662282      2       0          1  0  1
#> SRR1487089     2       0          1  0  1
#> SRR1075683     1       0          1  1  0
#> SRR1338536     1       0          1  1  0
#> SRR1338880     2       0          1  0  1
#> SRR1453456     2       0          1  0  1
#> SRR1457895     1       0          1  1  0
#> SRR1440603     2       0          1  0  1
#> SRR658633      2       0          1  0  1
#> SRR1388081     2       0          1  0  1
#> SRR813339      2       0          1  0  1
#> SRR809725      1       0          1  1  0
#> SRR627441      2       0          1  0  1
#> SRR613603      2       0          1  0  1
#> SRR1096571     2       0          1  0  1
#> SRR1392701     1       0          1  1  0
#> SRR1344326     1       0          1  1  0
#> SRR1367693     2       0          1  0  1
#> SRR660697      2       0          1  0  1
#> SRR1489926     2       0          1  0  1
#> SRR811491      2       0          1  0  1
#> SRR1311644     2       0          1  0  1
#> SRR1451740     2       0          1  0  1
#> SRR615117      2       0          1  0  1
#> SRR1391748     2       0          1  0  1
#> SRR1466556     2       0          1  0  1
#> SRR614972      2       0          1  0  1
#> SRR1406200     1       0          1  1  0
#> SRR819210      2       0          1  0  1
#> SRR662174      1       0          1  1  0
#> SRR811988      1       0          1  1  0
#> SRR663236      2       0          1  0  1
#> SRR1312598     2       0          1  0  1
#> SRR1330129     2       0          1  0  1
#> SRR1357781     2       0          1  0  1
#> SRR1315517     2       0          1  0  1
#> SRR1400032     2       0          1  0  1
#> SRR1413722     1       0          1  1  0
#> SRR612827      2       0          1  0  1
#> SRR814794      1       0          1  1  0
#> SRR819430      1       0          1  1  0
#> SRR1395509     2       0          1  0  1
#> SRR808728      2       0          1  0  1
#> SRR1070813     2       0          1  0  1
#> SRR1389133     2       0          1  0  1
#> SRR601263      2       0          1  0  1
#> SRR604718      2       0          1  0  1
#> SRR1481351     2       0          1  0  1
#> SRR1334608     2       0          1  0  1
#> SRR658681      2       0          1  0  1
#> SRR809283      2       0          1  0  1
#> SRR1459300     1       0          1  1  0
#> SRR1392547     2       0          1  0  1
#> SRR811049      2       0          1  0  1
#> SRR1464835     2       0          1  0  1
#> SRR1339619     2       0          1  0  1
#> SRR658501      2       0          1  0  1
#> SRR1447523     2       0          1  0  1
#> SRR1415048     1       0          1  1  0
#> SRR1355451     1       0          1  1  0
#> SRR1444348     2       0          1  0  1
#> SRR603890      2       0          1  0  1
#> SRR810595      2       0          1  0  1
#> SRR1446244     2       0          1  0  1
#> SRR817373      2       0          1  0  1
#> SRR1457291     2       0          1  0  1
#> SRR598220      2       0          1  0  1
#> SRR1477991     2       0          1  0  1
#> SRR598172      2       0          1  0  1
#> SRR1349032     2       0          1  0  1
#> SRR604002      2       0          1  0  1
#> SRR1378026     2       0          1  0  1
#> SRR1404401     2       0          1  0  1
#> SRR1333240     2       0          1  0  1
#> SRR1089399     2       0          1  0  1
#> SRR603421      2       0          1  0  1
#> SRR812562      1       0          1  1  0
#> SRR808520      2       0          1  0  1
#> SRR811839      1       0          1  1  0
#> SRR814317      2       0          1  0  1
#> SRR1436763     2       0          1  0  1
#> SRR1486021     2       0          1  0  1
#> SRR1465018     2       0          1  0  1
#> SRR1080998     2       0          1  0  1
#> SRR1083432     2       0          1  0  1
#> SRR1082833     1       0          1  1  0
#> SRR1465804     1       0          1  1  0
#> SRR1326536     2       0          1  0  1
#> SRR614011      2       0          1  0  1
#> SRR1365873     2       0          1  0  1
#> SRR1498789     2       0          1  0  1
#> SRR601581      2       0          1  0  1
#> SRR603566      2       0          1  0  1
#> SRR1373981     1       0          1  1  0
#> SRR821410      2       0          1  0  1
#> SRR1076511     2       0          1  0  1
#> SRR614143      2       0          1  0  1
#> SRR1333570     2       0          1  0  1
#> SRR1366813     2       0          1  0  1
#> SRR1388746     1       0          1  1  0
#> SRR1420558     2       0          1  0  1
#> SRR1409510     2       0          1  0  1
#> SRR816250      2       0          1  0  1
#> SRR614131      2       0          1  0  1
#> SRR1331130     1       0          1  1  0
#> SRR1316015     2       0          1  0  1
#> SRR1470798     2       0          1  0  1
#> SRR614179      2       0          1  0  1
#> SRR1474863     2       0          1  0  1
#> SRR813560      2       0          1  0  1
#> SRR1312187     2       0          1  0  1
#> SRR1420960     2       0          1  0  1
#> SRR1355102     2       0          1  0  1
#> SRR1084577     2       0          1  0  1
#> SRR659971      2       0          1  0  1
#> SRR1350855     2       0          1  0  1
#> SRR820779      2       0          1  0  1
#> SRR1476300     2       0          1  0  1
#> SRR1090907     2       0          1  0  1
#> SRR662294      2       0          1  0  1
#> SRR1480789     2       0          1  0  1
#> SRR1336263     2       0          1  0  1
#> SRR660776      1       0          1  1  0
#> SRR1090508     2       0          1  0  1
#> SRR615563      2       0          1  0  1
#> SRR1101175     1       0          1  1  0
#> SRR2164650     2       0          1  0  1
#> SRR1431205     2       0          1  0  1
#> SRR1339856     2       0          1  0  1
#> SRR1352147     2       0          1  0  1
#> SRR808968      1       0          1  1  0
#> SRR627419      2       0          1  0  1
#> SRR1402391     1       0          1  1  0
#> SRR663609      2       0          1  0  1
#> SRR2167857     2       0          1  0  1
#> SRR1398752     1       0          1  1  0
#> SRR1469169     1       0          1  1  0
#> SRR1405437     2       0          1  0  1
#> SRR1416955     1       0          1  1  0
#> SRR1317064     2       0          1  0  1
#> SRR659001      2       0          1  0  1
#> SRR2170696     2       0          1  0  1
#> SRR816589      2       0          1  0  1
#> SRR1087487     2       0          1  0  1
#> SRR1329485     2       0          1  0  1
#> SRR816920      2       0          1  0  1
#> SRR1341432     1       0          1  1  0
#> SRR1361590     2       0          1  0  1
#> SRR817046      2       0          1  0  1
#> SRR1471331     2       0          1  0  1
#> SRR660788      2       0          1  0  1
#> SRR819234      1       0          1  1  0
#> SRR810853      2       0          1  0  1
#> SRR809427      2       0          1  0  1
#> SRR2170217     2       0          1  0  1
#> SRR1386967     2       0          1  0  1
#> SRR1420344     2       0          1  0  1
#> SRR1334535     1       0          1  1  0
#> SRR614503      2       0          1  0  1
#> SRR602564      2       0          1  0  1
#> SRR1420669     2       0          1  0  1
#> SRR819024      2       0          1  0  1
#> SRR656223      2       0          1  0  1
#> SRR608428      2       0          1  0  1
#> SRR1345647     1       0          1  1  0
#> SRR1389324     2       0          1  0  1
#> SRR1361368     2       0          1  0  1
#> SRR1322619     2       0          1  0  1
#> SRR1349276     2       0          1  0  1
#> SRR1404024     1       0          1  1  0
#> SRR1370637     2       0          1  0  1
#> SRR1452631     2       0          1  0  1
#> SRR608392      2       0          1  0  1
#> SRR1357757     2       0          1  0  1
#> SRR1074646     2       0          1  0  1
#> SRR1367499     2       0          1  0  1
#> SRR1343501     2       0          1  0  1
#> SRR1394406     2       0          1  0  1
#> SRR1381435     2       0          1  0  1
#> SRR1467407     1       0          1  1  0
#> SRR1092422     2       0          1  0  1
#> SRR1380270     2       0          1  0  1
#> SRR1091817     2       0          1  0  1
#> SRR1440137     2       0          1  0  1
#> SRR614311      2       0          1  0  1
#> SRR1407516     2       0          1  0  1
#> SRR815494      2       0          1  0  1
#> SRR1333209     2       0          1  0  1
#> SRR615177      2       0          1  0  1
#> SRR1099648     2       0          1  0  1
#> SRR659720      2       0          1  0  1
#> SRR2185057     1       0          1  1  0
#> SRR1467125     1       0          1  1  0
#> SRR657468      2       0          1  0  1
#> SRR660042      2       0          1  0  1
#> SRR2170864     2       0          1  0  1
#> SRR1440491     2       0          1  0  1
#> SRR1440852     2       0          1  0  1
#> SRR811169      1       0          1  1  0
#> SRR1331311     2       0          1  0  1
#> SRR818009      1       0          1  1  0
#> SRR1351836     2       0          1  0  1
#> SRR1498313     2       0          1  0  1
#> SRR1441975     2       0          1  0  1
#> SRR819096      1       0          1  1  0
#> SRR1073679     2       0          1  0  1
#> SRR1489116     2       0          1  0  1
#> SRR1354138     2       0          1  0  1
#> SRR1490589     2       0          1  0  1
#> SRR1412987     2       0          1  0  1
#> SRR602034      2       0          1  0  1
#> SRR1353437     1       0          1  1  0
#> SRR1072871     2       0          1  0  1
#> SRR661577      2       0          1  0  1
#> SRR612190      2       0          1  0  1
#> SRR1399880     1       0          1  1  0
#> SRR1101787     2       0          1  0  1
#> SRR657869      1       0          1  1  0
#> SRR1446332     1       0          1  1  0
#> SRR816039      1       0          1  1  0
#> SRR1485141     2       0          1  0  1
#> SRR1476697     1       0          1  1  0
#> SRR1379538     2       0          1  0  1
#> SRR1331422     1       0          1  1  0
#> SRR660859      2       0          1  0  1
#> SRR1097594     1       0          1  1  0
#> SRR1311419     2       0          1  0  1
#> SRR1336706     2       0          1  0  1
#> SRR1472976     2       0          1  0  1
#> SRR1321307     1       0          1  1  0
#> SRR807493      1       0          1  1  0
#> SRR812461      2       0          1  0  1
#> SRR1477149     2       0          1  0  1
#> SRR1457397     2       0          1  0  1
#> SRR661913      2       0          1  0  1
#> SRR1069024     2       0          1  0  1
#> SRR2165634     1       0          1  1  0
#> SRR1478722     2       0          1  0  1
#> SRR1328642     2       0          1  0  1
#> SRR1488261     2       0          1  0  1
#> SRR1318815     2       0          1  0  1
#> SRR816945      1       0          1  1  0
#> SRR1367432     2       0          1  0  1
#> SRR1359280     2       0          1  0  1
#> SRR1313910     2       0          1  0  1
#> SRR1457315     2       0          1  0  1
#> SRR815398      1       0          1  1  0
#> SRR656958      2       0          1  0  1
#> SRR600688      2       0          1  0  1
#> SRR1098952     1       0          1  1  0
#> SRR1314916     2       0          1  0  1
#> SRR614167      2       0          1  0  1
#> SRR1348114     2       0          1  0  1
#> SRR658033      2       0          1  0  1
#> SRR1077503     2       0          1  0  1
#> SRR661854      2       0          1  0  1
#> SRR811379      2       0          1  0  1
#> SRR1318857     2       0          1  0  1
#> SRR656445      2       0          1  0  1
#> SRR1433044     2       0          1  0  1
#> SRR1486391     1       0          1  1  0
#> SRR656071      2       0          1  0  1
#> SRR1364824     1       0          1  1  0
#> SRR1379133     1       0          1  1  0
#> SRR1394169     1       0          1  1  0
#> SRR816745      2       0          1  0  1
#> SRR601038      2       0          1  0  1
#> SRR1360080     1       0          1  1  0
#> SRR814868      2       0          1  0  1
#> SRR1485997     1       0          1  1  0
#> SRR1435560     2       0          1  0  1
#> SRR1333330     1       0          1  1  0
#> SRR663513      2       0          1  0  1
#> SRR1328407     2       0          1  0  1
#> SRR602784      2       0          1  0  1
#> SRR1348468     2       0          1  0  1
#> SRR663717      2       0          1  0  1
#> SRR602217      2       0          1  0  1
#> SRR603140      2       0          1  0  1
#> SRR1340804     1       0          1  1  0
#> SRR1457574     2       0          1  0  1
#> SRR1333462     2       0          1  0  1
#> SRR1094601     1       0          1  1  0
#> SRR1434610     2       0          1  0  1
#> SRR1435833     2       0          1  0  1
#> SRR1398728     2       0          1  0  1
#> SRR1358343     2       0          1  0  1
#> SRR1410890     2       0          1  0  1
#> SRR1350371     1       0          1  1  0
#> SRR1392478     2       0          1  0  1
#> SRR1099260     2       0          1  0  1
#> SRR1433576     2       0          1  0  1
#> SRR1345541     2       0          1  0  1
#> SRR1086328     1       0          1  1  0
#> SRR810391      2       0          1  0  1
#> SRR1476207     2       0          1  0  1
#> SRR627435      2       0          1  0  1
#> SRR1489862     1       0          1  1  0
#> SRR1419086     1       0          1  1  0
#> SRR1436539     1       0          1  1  0
#> SRR1396191     2       0          1  0  1
#> SRR1490115     2       0          1  0  1
#> SRR1377714     2       0          1  0  1
#> SRR819394      1       0          1  1  0
#> SRR663161      2       0          1  0  1
#> SRR607042      2       0          1  0  1
#> SRR656203      2       0          1  0  1
#> SRR660602      2       0          1  0  1
#> SRR1440397     1       0          1  1  0
#> SRR1369264     1       0          1  1  0
#> SRR809233      1       0          1  1  0
#> SRR663249      2       0          1  0  1
#> SRR661242      2       0          1  0  1
#> SRR1332007     2       0          1  0  1
#> SRR809619      2       0          1  0  1
#> SRR819975      1       0          1  1  0
#> SRR599281      2       0          1  0  1
#> SRR662366      2       0          1  0  1
#> SRR1317898     2       0          1  0  1
#> SRR1382485     2       0          1  0  1
#> SRR2166420     1       0          1  1  0
#> SRR1419429     1       0          1  1  0
#> SRR1092541     2       0          1  0  1
#> SRR817444      2       0          1  0  1
#> SRR1320403     2       0          1  0  1
#> SRR1101483     2       0          1  0  1
#> SRR1331684     2       0          1  0  1
#> SRR1400054     2       0          1  0  1
#> SRR1406088     2       0          1  0  1
#> SRR820733      2       0          1  0  1
#> SRR1314113     2       0          1  0  1
#> SRR1382615     2       0          1  0  1
#> SRR1480745     1       0          1  1  0
#> SRR1468850     2       0          1  0  1
#> SRR656782      2       0          1  0  1
#> SRR821364      1       0          1  1  0
#> SRR1101106     1       0          1  1  0
#> SRR659295      2       0          1  0  1
#> SRR1357103     2       0          1  0  1
#> SRR809185      2       0          1  0  1
#> SRR811583      2       0          1  0  1
#> SRR1468050     1       0          1  1  0
#> SRR1440224     2       0          1  0  1

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>            class entropy silhouette p1    p2    p3
#> SRR1500170     2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR1402368     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR607743      3  0.0892    0.93167  0 0.020 0.980
#> SRR1457375     2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR1470923     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR817954      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR809259      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1439785     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR814768      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1102031     2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR1363611     2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR1468447     2  0.2537    0.87448  0 0.920 0.080
#> SRR1071931     2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR810981      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR615299      2  0.2537    0.87448  0 0.920 0.080
#> SRR663585      3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1326773     3  0.6235    0.17220  0 0.436 0.564
#> SRR1351166     2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR1477452     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1084720     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1420320     2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR1081712     2  0.2537    0.87448  0 0.920 0.080
#> SRR1318241     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1333718     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1313514     2  0.2537    0.87448  0 0.920 0.080
#> SRR1477861     3  0.5733    0.47294  0 0.324 0.676
#> SRR1318005     2  0.2537    0.87448  0 0.920 0.080
#> SRR1354665     2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR657707      3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1370742     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1412947     2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR661553      2  0.6192    0.31944  0 0.580 0.420
#> SRR1328869     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR662211      2  0.0592    0.90193  0 0.988 0.012
#> SRR1348181     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1416560     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1319772     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1091452     2  0.4605    0.72914  0 0.796 0.204
#> SRR1338812     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1392072     2  0.2537    0.87448  0 0.920 0.080
#> SRR814844      2  0.0592    0.90078  0 0.988 0.012
#> SRR1376619     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR603690      2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR2184980     2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR613963      2  0.6204    0.30840  0 0.576 0.424
#> SRR1323422     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1397673     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1434650     3  0.6192    0.22246  0 0.420 0.580
#> SRR659875      3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1465734     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1076847     2  0.2537    0.87448  0 0.920 0.080
#> SRR1415072     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR659319      3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR663088      2  0.6168    0.34069  0 0.588 0.412
#> SRR1352021     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1325527     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR659935      2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR1352530     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR662594      3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1095309     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR615647      3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR813019      3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1374647     2  0.4452    0.76347  0 0.808 0.192
#> SRR603472      3  0.6215    0.19777  0 0.428 0.572
#> SRR661529      3  0.3412    0.83646  0 0.124 0.876
#> SRR607018      3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR627423      2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR654921      2  0.4555    0.73419  0 0.800 0.200
#> SRR1418968     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR660871      3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1330522     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1499958     2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR614059      3  0.1411    0.91787  0 0.036 0.964
#> SRR1071403     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1486719     2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR1440421     2  0.2537    0.87448  0 0.920 0.080
#> SRR1310412     3  0.1163    0.92482  0 0.028 0.972
#> SRR614767      2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR820709      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR658093      3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1088168     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1418707     2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR1354291     2  0.2537    0.87448  0 0.920 0.080
#> SRR2165806     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1415684     2  0.4346    0.75362  0 0.816 0.184
#> SRR1433860     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1311062     2  0.2537    0.87448  0 0.920 0.080
#> SRR1360359     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR661385      3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR615407      2  0.2537    0.87448  0 0.920 0.080
#> SRR1413892     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1443459     2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR1338942     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR657480      3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1399433     2  0.5733    0.53783  0 0.676 0.324
#> SRR818537      3  0.4555    0.70680  0 0.200 0.800
#> SRR1101324     2  0.6244    0.26143  0 0.560 0.440
#> SRR807637      2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR1091918     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR598300      3  0.2878    0.86386  0 0.096 0.904
#> SRR1085426     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1376294     2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR813891      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1467431     2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR658742      2  0.6244    0.26143  0 0.560 0.440
#> SRR1419234     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1404813     2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR603496      3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1407758     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR810945      2  0.2537    0.87448  0 0.920 0.080
#> SRR817234      2  0.2537    0.87448  0 0.920 0.080
#> SRR1444852     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR660378      3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1467835     2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR1338964     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1079259     2  0.5291    0.63668  0 0.732 0.268
#> SRR1072345     3  0.0892    0.93156  0 0.020 0.980
#> SRR598725      3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1447938     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1356397     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1360460     2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR1429468     2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR1446850     2  0.2537    0.87448  0 0.920 0.080
#> SRR1320363     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1413810     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR598831      2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR1381865     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR660957      3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1491332     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1099744     2  0.2537    0.87448  0 0.920 0.080
#> SRR1464618     2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR1414559     2  0.6225    0.28541  0 0.568 0.432
#> SRR1337540     2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR1444283     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR2184942     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR660295      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR601335      3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1363742     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1345847     2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR614960      3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR819919      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR603330      2  0.4346    0.77340  0 0.816 0.184
#> SRR1327951     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1345266     2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR1338055     2  0.5926    0.47583  0 0.644 0.356
#> SRR1430157     2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR1320137     2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR1093483     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1341080     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1459913     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR2170490     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1479845     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1436420     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1481060     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR662282      3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1487089     2  0.5733    0.53783  0 0.676 0.324
#> SRR1075683     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1338536     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1338880     2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR1453456     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1457895     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1440603     3  0.5706    0.48190  0 0.320 0.680
#> SRR658633      2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR1388081     2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR813339      3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR809725      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR627441      2  0.2711    0.86852  0 0.912 0.088
#> SRR613603      3  0.0424    0.94117  0 0.008 0.992
#> SRR1096571     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1392701     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1344326     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1367693     2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR660697      2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR1489926     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR811491      3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1311644     3  0.6299    0.03950  0 0.476 0.524
#> SRR1451740     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR615117      3  0.6204    0.21025  0 0.424 0.576
#> SRR1391748     2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR1466556     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR614972      3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1406200     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR819210      2  0.5948    0.46405  0 0.640 0.360
#> SRR662174      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR811988      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR663236      3  0.3412    0.83646  0 0.124 0.876
#> SRR1312598     2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR1330129     2  0.2537    0.87448  0 0.920 0.080
#> SRR1357781     2  0.2537    0.87448  0 0.920 0.080
#> SRR1315517     2  0.2537    0.87448  0 0.920 0.080
#> SRR1400032     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1413722     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR612827      3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR814794      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR819430      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1395509     2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR808728      3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1070813     2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR1389133     3  0.2448    0.88066  0 0.076 0.924
#> SRR601263      3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR604718      2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR1481351     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1334608     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR658681      3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR809283      2  0.4555    0.73419  0 0.800 0.200
#> SRR1459300     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1392547     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR811049      3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1464835     2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR1339619     2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR658501      3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1447523     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1415048     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1444348     2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR603890      2  0.2537    0.87448  0 0.920 0.080
#> SRR810595      3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1446244     2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR817373      2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR1457291     2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR598220      3  0.2959    0.86043  0 0.100 0.900
#> SRR1477991     2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR598172      2  0.2537    0.87448  0 0.920 0.080
#> SRR1349032     2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR604002      2  0.4702    0.73737  0 0.788 0.212
#> SRR1378026     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1404401     2  0.2537    0.87448  0 0.920 0.080
#> SRR1333240     2  0.6140    0.36204  0 0.596 0.404
#> SRR1089399     2  0.2537    0.87448  0 0.920 0.080
#> SRR603421      2  0.2537    0.87448  0 0.920 0.080
#> SRR812562      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR808520      3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR811839      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR814317      2  0.0592    0.90193  0 0.988 0.012
#> SRR1436763     2  0.4555    0.73419  0 0.800 0.200
#> SRR1486021     2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR1465018     2  0.2537    0.87448  0 0.920 0.080
#> SRR1080998     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1083432     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1082833     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1326536     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR614011      2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR1365873     2  0.2537    0.87448  0 0.920 0.080
#> SRR1498789     2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR601581      2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR603566      3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1373981     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR821410      2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR1076511     2  0.6192    0.31944  0 0.580 0.420
#> SRR614143      3  0.3116    0.83967  0 0.108 0.892
#> SRR1333570     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1366813     2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR1388746     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1420558     3  0.2537    0.87666  0 0.080 0.920
#> SRR1409510     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR816250      2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR614131      2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR1331130     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1316015     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1470798     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR614179      3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1474863     2  0.2537    0.87448  0 0.920 0.080
#> SRR813560      2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR1312187     2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR1420960     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1355102     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1084577     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR659971      2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR1350855     2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR820779      3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1476300     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1090907     2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR662294      2  0.2537    0.87448  0 0.920 0.080
#> SRR1480789     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1336263     2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR660776      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1090508     2  0.2537    0.87448  0 0.920 0.080
#> SRR615563      2  0.1289    0.89051  0 0.968 0.032
#> SRR1101175     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR2164650     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1431205     2  0.2537    0.87448  0 0.920 0.080
#> SRR1339856     2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR1352147     2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR808968      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR627419      2  0.2537    0.87448  0 0.920 0.080
#> SRR1402391     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR663609      3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR2167857     2  0.3879    0.80959  0 0.848 0.152
#> SRR1398752     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1405437     2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR1416955     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1317064     2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR659001      2  0.4654    0.72395  0 0.792 0.208
#> SRR2170696     3  0.6062    0.35029  0 0.384 0.616
#> SRR816589      3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1087487     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1329485     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR816920      3  0.6291    0.07040  0 0.468 0.532
#> SRR1341432     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1361590     2  0.4555    0.73419  0 0.800 0.200
#> SRR817046      3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1471331     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR660788      3  0.3412    0.83646  0 0.124 0.876
#> SRR819234      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR810853      3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR809427      2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR2170217     2  0.5733    0.53783  0 0.676 0.324
#> SRR1386967     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1420344     2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR1334535     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR614503      2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR602564      2  0.6180    0.33019  0 0.584 0.416
#> SRR1420669     3  0.6305    0.00631  0 0.484 0.516
#> SRR819024      3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR656223      3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR608428      2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR1345647     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1389324     2  0.2537    0.87448  0 0.920 0.080
#> SRR1361368     2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR1322619     2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR1349276     2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR1404024     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1370637     2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR1452631     2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR608392      3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1357757     3  0.0747    0.93491  0 0.016 0.984
#> SRR1074646     2  0.6204    0.30838  0 0.576 0.424
#> SRR1367499     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1343501     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1394406     2  0.6225    0.28552  0 0.568 0.432
#> SRR1381435     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1467407     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1092422     2  0.6095    0.39362  0 0.608 0.392
#> SRR1380270     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1091817     2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR1440137     2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR614311      2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR1407516     2  0.0424    0.90259  0 0.992 0.008
#> SRR815494      3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1333209     2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR615177      2  0.6244    0.26188  0 0.560 0.440
#> SRR1099648     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR659720      3  0.1643    0.90981  0 0.044 0.956
#> SRR2185057     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1467125     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR657468      2  0.6235    0.27362  0 0.564 0.436
#> SRR660042      3  0.2448    0.88066  0 0.076 0.924
#> SRR2170864     2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR1440491     2  0.0424    0.90258  0 0.992 0.008
#> SRR1440852     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR811169      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1331311     2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR818009      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1351836     2  0.2448    0.87630  0 0.924 0.076
#> SRR1498313     2  0.2711    0.86868  0 0.912 0.088
#> SRR1441975     2  0.2537    0.87448  0 0.920 0.080
#> SRR819096      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1073679     3  0.2959    0.86175  0 0.100 0.900
#> SRR1489116     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1354138     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1490589     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1412987     2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR602034      3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1353437     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1072871     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR661577      2  0.4654    0.72395  0 0.792 0.208
#> SRR612190      2  0.5785    0.52222  0 0.668 0.332
#> SRR1399880     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1101787     2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR657869      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1446332     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR816039      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1485141     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1476697     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1379538     2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR1331422     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR660859      3  0.3879    0.80515  0 0.152 0.848
#> SRR1097594     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1311419     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1336706     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1472976     2  0.4555    0.73419  0 0.800 0.200
#> SRR1321307     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR807493      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR812461      3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1477149     2  0.2537    0.87448  0 0.920 0.080
#> SRR1457397     3  0.6204    0.21025  0 0.424 0.576
#> SRR661913      3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1069024     3  0.4452    0.71947  0 0.192 0.808
#> SRR2165634     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1478722     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1328642     2  0.2537    0.87448  0 0.920 0.080
#> SRR1488261     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1318815     2  0.3412    0.81836  0 0.876 0.124
#> SRR816945      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1367432     2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR1359280     2  0.2537    0.87448  0 0.920 0.080
#> SRR1313910     2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR1457315     3  0.3816    0.80893  0 0.148 0.852
#> SRR815398      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR656958      3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR600688      2  0.6180    0.33019  0 0.584 0.416
#> SRR1098952     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1314916     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR614167      3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1348114     2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR658033      2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR1077503     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR661854      3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR811379      2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR1318857     2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR656445      3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1433044     2  0.2537    0.87448  0 0.920 0.080
#> SRR1486391     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR656071      3  0.2448    0.88066  0 0.076 0.924
#> SRR1364824     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1379133     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR816745      3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR601038      3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1360080     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR814868      3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1485997     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1435560     2  0.6204    0.30838  0 0.576 0.424
#> SRR1333330     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR663513      3  0.3752    0.81384  0 0.144 0.856
#> SRR1328407     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR602784      3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1348468     2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR663717      2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR602217      2  0.4842    0.72118  0 0.776 0.224
#> SRR603140      3  0.2625    0.87837  0 0.084 0.916
#> SRR1340804     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1457574     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1333462     2  0.2537    0.87448  0 0.920 0.080
#> SRR1094601     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1434610     3  0.2711    0.87066  0 0.088 0.912
#> SRR1435833     2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR1398728     2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR1358343     2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR1410890     2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR1350371     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1392478     2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR1099260     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1433576     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1345541     3  0.3412    0.83646  0 0.124 0.876
#> SRR1086328     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR810391      3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1476207     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR627435      3  0.6302    0.01554  0 0.480 0.520
#> SRR1489862     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1419086     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1396191     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1490115     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1377714     3  0.0747    0.93536  0 0.016 0.984
#> SRR819394      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR663161      2  0.6168    0.34069  0 0.588 0.412
#> SRR607042      3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR656203      2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR660602      3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1440397     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1369264     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR809233      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR663249      2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR661242      2  0.2796    0.84763  0 0.908 0.092
#> SRR1332007     3  0.4235    0.74387  0 0.176 0.824
#> SRR809619      2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR819975      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR599281      2  0.2537    0.87448  0 0.920 0.080
#> SRR662366      3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1317898     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1382485     2  0.6192    0.31944  0 0.580 0.420
#> SRR2166420     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1419429     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1092541     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR817444      3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1320403     2  0.2537    0.87448  0 0.920 0.080
#> SRR1101483     2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR1331684     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1400054     3  0.3482    0.83205  0 0.128 0.872
#> SRR1406088     2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR820733      3  0.5810    0.47457  0 0.336 0.664
#> SRR1314113     3  0.6274    0.11670  0 0.456 0.544
#> SRR1382615     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR1480745     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1468850     2  0.2448    0.87630  0 0.924 0.076
#> SRR656782      3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR821364      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1101106     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR659295      2  0.3551    0.82973  0 0.868 0.132
#> SRR1357103     3  0.0000    0.94726  0 0.000 1.000
#> SRR809185      2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR811583      2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000
#> SRR1468050     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1440224     2  0.0000    0.90575  0 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>            class entropy silhouette p1    p2    p3    p4
#> SRR1500170     2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402368     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR607743      3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457375     2  0.1118     0.9022  0 0.964 0.000 0.036
#> SRR1470923     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR814768      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031     4  0.3172     0.7873  0 0.160 0.000 0.840
#> SRR1363611     4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468447     2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071931     4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR810981      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299      2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR663585      3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326773     3  0.4500     0.5237  0 0.316 0.684 0.000
#> SRR1351166     2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477452     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420320     4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1081712     2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318241     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333718     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313514     2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477861     2  0.4855     0.3425  0 0.600 0.400 0.000
#> SRR1318005     2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354665     2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR657707      3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370742     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1412947     2  0.4331     0.5849  0 0.712 0.000 0.288
#> SRR661553      4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1328869     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211      2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348181     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416560     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319772     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091452     4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1338812     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072     2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR814844      4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1376619     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR603690      4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR2184980     2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR613963      4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1323422     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434650     2  0.4730     0.4308  0 0.636 0.364 0.000
#> SRR659875      3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465734     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076847     2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415072     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319      3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR663088      4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352021     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935      4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352530     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR662594      3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095309     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647      3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR813019      3  0.4543     0.5052  0 0.324 0.676 0.000
#> SRR1374647     2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR603472      2  0.3726     0.7080  0 0.788 0.212 0.000
#> SRR661529      4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR607018      3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR627423      4  0.3726     0.7272  0 0.212 0.000 0.788
#> SRR654921      4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418968     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871      3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330522     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499958     2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR614059      3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071403     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719     2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440421     2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310412     3  0.2011     0.8990  0 0.000 0.920 0.080
#> SRR614767      2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR820709      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093      3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088168     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418707     2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354291     2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2165806     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684     4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433860     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311062     2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360359     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385      3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR615407      2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413892     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443459     4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1338942     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480      3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399433     4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR818537      3  0.4955     0.1767  0 0.444 0.556 0.000
#> SRR1101324     4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR807637      4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1091918     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300      3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085426     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294     2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR813891      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431     4  0.4933     0.1929  0 0.432 0.000 0.568
#> SRR658742      4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419234     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813     2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR603496      3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407758     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR810945      2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR817234      2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444852     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR660378      3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467835     2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338964     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079259     2  0.4843     0.3097  0 0.604 0.000 0.396
#> SRR1072345     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR598725      3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447938     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460     4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1429468     2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446850     2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320363     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413810     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR598831      2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381865     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957      3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1491332     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099744     2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464618     4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1414559     4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1337540     4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1444283     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR660295      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335      3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363742     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345847     4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR614960      3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR819919      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330      2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327951     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266     4  0.4431     0.5706  0 0.304 0.000 0.696
#> SRR1338055     2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430157     2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320137     2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093483     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170490     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436420     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR662282      3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487089     4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1075683     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880     4  0.0817     0.9429  0 0.024 0.000 0.976
#> SRR1453456     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457895     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603     2  0.4855     0.3425  0 0.600 0.400 0.000
#> SRR658633      2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388081     4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR813339      3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR809725      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441      2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR613603      3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096571     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392701     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693     2  0.3726     0.6963  0 0.788 0.000 0.212
#> SRR660697      4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1489926     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR811491      3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311644     4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1451740     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR615117      2  0.4804     0.3832  0 0.616 0.384 0.000
#> SRR1391748     4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466556     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR614972      3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406200     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210      4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR662174      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236      4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1312598     2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330129     2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357781     2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315517     2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400032     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413722     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827      3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR814794      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509     4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR808728      3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070813     2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389133     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR601263      3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR604718      4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1481351     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334608     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR658681      3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR809283      4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1459300     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR811049      3  0.0469     0.9666  0 0.000 0.988 0.012
#> SRR1464835     4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339619     2  0.3610     0.7215  0 0.800 0.000 0.200
#> SRR658501      3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447523     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415048     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348     2  0.4817     0.3323  0 0.612 0.000 0.388
#> SRR603890      2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR810595      3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446244     4  0.3569     0.7497  0 0.196 0.000 0.804
#> SRR817373      4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457291     4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR598220      3  0.4999     0.0218  0 0.000 0.508 0.492
#> SRR1477991     2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR598172      2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349032     2  0.4843     0.3099  0 0.604 0.000 0.396
#> SRR604002      2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378026     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404401     2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333240     2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1089399     2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR603421      2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR812562      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520      3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR811839      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317      2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436763     4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1486021     4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1465018     2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080998     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083432     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082833     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR614011      2  0.4955     0.2259  0 0.556 0.000 0.444
#> SRR1365873     2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498789     2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR601581      4  0.3528     0.7549  0 0.192 0.000 0.808
#> SRR603566      3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1373981     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410      2  0.3528     0.7345  0 0.808 0.000 0.192
#> SRR1076511     4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR614143      2  0.4500     0.5410  0 0.684 0.316 0.000
#> SRR1333570     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366813     2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388746     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409510     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR816250      2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR614131      4  0.4843     0.3638  0 0.396 0.000 0.604
#> SRR1331130     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470798     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR614179      3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1474863     2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR813560      2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312187     4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420960     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355102     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084577     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR659971      2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350855     4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR820779      3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476300     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090907     4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR662294      2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480789     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336263     4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR660776      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508     2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR615563      4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1101175     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431205     2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339856     4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352147     2  0.4985     0.0845  0 0.532 0.000 0.468
#> SRR808968      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419      2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402391     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609      3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2167857     2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398752     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437     2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416955     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064     4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR659001      4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170696     4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR816589      3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087487     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329485     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR816920      4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1341432     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590     4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR817046      3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471331     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR660788      4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR819234      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853      3  0.2149     0.8862  0 0.088 0.912 0.000
#> SRR809427      4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170217     4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1386967     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420344     2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334535     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503      4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR602564      4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420669     4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR819024      3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR656223      3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR608428      2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345647     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324     2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361368     4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322619     2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349276     4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404024     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637     2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452631     4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR608392      3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357757     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1074646     4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1367499     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343501     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394406     4  0.4284     0.7302  0 0.200 0.020 0.780
#> SRR1381435     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467407     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422     2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380270     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091817     2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440137     2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR614311      4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407516     4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR815494      3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333209     4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR615177      4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099648     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR659720      2  0.5000     0.0360  0 0.504 0.496 0.000
#> SRR2185057     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468      4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR660042      3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170864     2  0.2704     0.8165  0 0.876 0.000 0.124
#> SRR1440491     4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440852     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR811169      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311     4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR818009      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836     2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498313     2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441975     2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR819096      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679     4  0.4746     0.4140  0 0.000 0.368 0.632
#> SRR1489116     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354138     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490589     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1412987     4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR602034      3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353437     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR661577      4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR612190      4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399880     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787     4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR657869      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476697     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538     4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1331422     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859      3  0.4595     0.7355  0 0.044 0.780 0.176
#> SRR1097594     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336706     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472976     4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1321307     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461      3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477149     2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457397     2  0.4500     0.5332  0 0.684 0.316 0.000
#> SRR661913      3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069024     3  0.4431     0.5482  0 0.304 0.696 0.000
#> SRR2165634     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328642     2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488261     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318815     4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR816945      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432     4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359280     2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313910     2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457315     4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR815398      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958      3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR600688      4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098952     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR614167      3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348114     4  0.4855     0.3532  0 0.400 0.000 0.600
#> SRR658033      4  0.4193     0.6166  0 0.268 0.000 0.732
#> SRR1077503     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR661854      3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR811379      4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318857     2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR656445      3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433044     2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486391     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071      3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1364824     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745      3  0.2704     0.8424  0 0.124 0.876 0.000
#> SRR601038      3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360080     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868      3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485997     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560     4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333330     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513      4  0.0817     0.9398  0 0.000 0.024 0.976
#> SRR1328407     2  0.4866     0.3318  0 0.596 0.404 0.000
#> SRR602784      3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348468     4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR663717      4  0.0469     0.9532  0 0.012 0.000 0.988
#> SRR602217      2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR603140      3  0.3400     0.7709  0 0.000 0.820 0.180
#> SRR1340804     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333462     2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1094601     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610     4  0.4790     0.3763  0 0.000 0.380 0.620
#> SRR1435833     4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1398728     2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358343     4  0.0921     0.9396  0 0.028 0.000 0.972
#> SRR1410890     2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350371     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478     2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099260     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433576     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345541     4  0.0707     0.9439  0 0.000 0.020 0.980
#> SRR1086328     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391      3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476207     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR627435      3  0.2469     0.8611  0 0.108 0.892 0.000
#> SRR1489862     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490115     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377714     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR819394      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161      4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR607042      3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR656203      4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR660602      3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440397     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249      2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR661242      4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1332007     3  0.4500     0.5226  0 0.316 0.684 0.000
#> SRR809619      4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR819975      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281      2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR662366      3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317898     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382485     4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR2166420     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR817444      3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320403     2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101483     2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331684     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400054     4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406088     2  0.4888     0.2948  0 0.588 0.000 0.412
#> SRR820733      4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1314113     4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1382615     3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480745     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850     2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR656782      3  0.0000     0.9777  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR821364      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295      2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357103     3  0.4855     0.3125  0 0.400 0.600 0.000
#> SRR809185      4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR811583      4  0.0000     0.9631  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468050     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224     2  0.0000     0.9320  0 1.000 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>            class entropy silhouette p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR1500170     2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402368     3  0.1608     0.8289  0 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR607743      3  0.3305     0.7350  0 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1457375     2  0.0963     0.9279  0 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1470923     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785     3  0.2561     0.7864  0 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR814768      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031     4  0.2732     0.7779  0 0.160 0.000 0.840 0.000
#> SRR1363611     4  0.0000     0.9285  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468447     2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071931     4  0.0000     0.9285  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR810981      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299      2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663585      5  0.3534     0.8892  0 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1326773     5  0.4953     0.7067  0 0.196 0.088 0.004 0.712
#> SRR1351166     2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477452     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720     3  0.4126     0.0577  0 0.000 0.620 0.000 0.380
#> SRR1420320     4  0.0000     0.9285  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081712     2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318241     3  0.3534     0.7109  0 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR1333718     5  0.3534     0.8892  0 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1313514     2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477861     5  0.3662     0.8872  0 0.004 0.252 0.000 0.744
#> SRR1318005     2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354665     2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657707      3  0.3534     0.7109  0 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR1370742     3  0.0000     0.8638  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1412947     2  0.3730     0.5956  0 0.712 0.000 0.288 0.000
#> SRR661553      4  0.0000     0.9285  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328869     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211      2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348181     3  0.0290     0.8584  0 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1416560     3  0.0000     0.8638  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319772     5  0.3561     0.6409  0 0.000 0.260 0.000 0.740
#> SRR1091452     4  0.0000     0.9285  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338812     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072     2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814844      4  0.0000     0.9285  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376619     3  0.0000     0.8638  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603690      4  0.0000     0.9285  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2184980     2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613963      4  0.0000     0.9285  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323422     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673     3  0.3003     0.6330  0 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR1434650     5  0.4364     0.7784  0 0.120 0.112 0.000 0.768
#> SRR659875      5  0.3534     0.8892  0 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1465734     5  0.1792     0.6606  0 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR1076847     2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415072     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319      5  0.3534     0.8892  0 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR663088      4  0.0000     0.9285  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352021     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935      4  0.0000     0.9285  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352530     3  0.0000     0.8638  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662594      3  0.3561     0.7093  0 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR1095309     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647      3  0.0000     0.8638  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813019      5  0.1544     0.7703  0 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR1374647     2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603472      5  0.4968     0.7578  0 0.152 0.136 0.000 0.712
#> SRR661529      4  0.0880     0.9060  0 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR607018      5  0.3534     0.8892  0 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR627423      4  0.3210     0.7240  0 0.212 0.000 0.788 0.000
#> SRR654921      4  0.0000     0.9285  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418968     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871      3  0.0000     0.8638  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330522     3  0.0000     0.8638  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499958     2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614059      3  0.3177     0.7453  0 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1071403     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719     2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440421     2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310412     5  0.3521     0.5594  0 0.000 0.040 0.140 0.820
#> SRR614767      2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820709      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093      5  0.3586     0.8815  0 0.000 0.264 0.000 0.736
#> SRR1088168     3  0.3074     0.6129  0 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR1418707     2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354291     2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2165806     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684     4  0.0000     0.9285  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433860     3  0.0000     0.8638  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311062     2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360359     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385      3  0.0000     0.8638  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615407      2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413892     5  0.3684     0.8624  0 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR1443459     4  0.0000     0.9285  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338942     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480      5  0.0162     0.7205  0 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1399433     4  0.0000     0.9285  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR818537      5  0.3662     0.8872  0 0.004 0.252 0.000 0.744
#> SRR1101324     4  0.3534     0.7309  0 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR807637      4  0.0000     0.9285  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091918     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300      3  0.3857     0.6739  0 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1085426     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294     2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813891      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431     4  0.4249     0.2016  0 0.432 0.000 0.568 0.000
#> SRR658742      4  0.0000     0.9285  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419234     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813     2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603496      5  0.0609     0.7341  0 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1407758     3  0.0000     0.8638  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810945      2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817234      2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444852     3  0.0000     0.8638  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660378      3  0.0000     0.8638  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467835     2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338964     3  0.3561     0.7094  0 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR1079259     4  0.6729     0.1651  0 0.348 0.000 0.396 0.256
#> SRR1072345     3  0.3534     0.7109  0 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR598725      3  0.0000     0.8638  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447938     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460     4  0.0000     0.9285  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429468     2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446850     2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320363     3  0.3039     0.7559  0 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR1413810     3  0.0000     0.8638  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598831      2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381865     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957      3  0.0000     0.8638  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1491332     5  0.3534     0.8892  0 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1099744     2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464618     4  0.0000     0.9285  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414559     4  0.0000     0.9285  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337540     4  0.0000     0.9285  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444283     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942     3  0.3508     0.7141  0 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR660295      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335      3  0.4101     0.0784  0 0.000 0.628 0.000 0.372
#> SRR1363742     3  0.3143     0.5969  0 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1345847     4  0.0000     0.9285  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614960      3  0.3508     0.7141  0 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR819919      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330      2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327951     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266     4  0.3816     0.5757  0 0.304 0.000 0.696 0.000
#> SRR1338055     2  0.0609     0.9423  0 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1430157     2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320137     2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1093483     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913     3  0.0000     0.8638  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2170490     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845     3  0.0000     0.8638  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436420     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060     5  0.3534     0.8892  0 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR662282      3  0.1478     0.8056  0 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1487089     4  0.0000     0.9285  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075683     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880     4  0.0703     0.9124  0 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1453456     3  0.0000     0.8638  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457895     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603     5  0.3662     0.8872  0 0.004 0.252 0.000 0.744
#> SRR658633      2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388081     4  0.0000     0.9285  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR813339      3  0.0162     0.8622  0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR809725      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441      2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613603      3  0.3534     0.7109  0 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR1096571     5  0.3534     0.8892  0 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1392701     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693     2  0.3210     0.7128  0 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR660697      4  0.0000     0.9285  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489926     5  0.0000     0.7174  0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR811491      3  0.0000     0.8638  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311644     4  0.3689     0.7273  0 0.000 0.004 0.740 0.256
#> SRR1451740     3  0.0162     0.8610  0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR615117      5  0.3662     0.8872  0 0.004 0.252 0.000 0.744
#> SRR1391748     4  0.0000     0.9285  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466556     3  0.0000     0.8638  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614972      3  0.2561     0.7861  0 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR1406200     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210      4  0.0000     0.9285  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662174      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236      4  0.1121     0.9023  0 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR1312598     2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330129     2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357781     2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315517     2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400032     3  0.0000     0.8638  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413722     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827      3  0.0000     0.8638  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814794      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509     4  0.0000     0.9285  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR808728      5  0.3480     0.8855  0 0.000 0.248 0.000 0.752
#> SRR1070813     2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389133     3  0.3837     0.6770  0 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR601263      3  0.3534     0.7109  0 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR604718      4  0.0000     0.9285  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1481351     5  0.2690     0.8298  0 0.000 0.156 0.000 0.844
#> SRR1334608     5  0.3534     0.8892  0 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR658681      5  0.3534     0.8892  0 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR809283      4  0.0000     0.9285  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459300     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547     5  0.3534     0.8892  0 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR811049      3  0.4227     0.5431  0 0.000 0.580 0.000 0.420
#> SRR1464835     4  0.0000     0.9285  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339619     2  0.3109     0.7397  0 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR658501      3  0.0000     0.8638  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447523     3  0.3508     0.7141  0 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR1415048     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348     2  0.4150     0.3310  0 0.612 0.000 0.388 0.000
#> SRR603890      2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810595      3  0.0000     0.8638  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446244     4  0.3074     0.7452  0 0.196 0.000 0.804 0.000
#> SRR817373      4  0.0000     0.9285  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457291     4  0.0000     0.9285  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR598220      4  0.6627     0.1855  0 0.000 0.296 0.452 0.252
#> SRR1477991     2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598172      2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349032     2  0.4171     0.3077  0 0.604 0.000 0.396 0.000
#> SRR604002      2  0.1270     0.9112  0 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1378026     5  0.3534     0.8892  0 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1404401     2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333240     2  0.3039     0.7453  0 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1089399     2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603421      2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812562      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520      5  0.3534     0.8892  0 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR811839      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317      2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436763     4  0.0000     0.9285  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486021     4  0.0000     0.9285  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465018     2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1080998     5  0.1671     0.6756  0 0.000 0.076 0.000 0.924
#> SRR1083432     3  0.0000     0.8638  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082833     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536     3  0.0000     0.8638  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614011      2  0.4268     0.2232  0 0.556 0.000 0.444 0.000
#> SRR1365873     2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498789     2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601581      4  0.3039     0.7500  0 0.192 0.000 0.808 0.000
#> SRR603566      5  0.3534     0.8892  0 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1373981     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410      2  0.3039     0.7536  0 0.808 0.000 0.192 0.000
#> SRR1076511     4  0.0000     0.9285  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614143      5  0.0000     0.7174  0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333570     3  0.0000     0.8638  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366813     2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388746     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558     3  0.3534     0.7109  0 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR1409510     3  0.0000     0.8638  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816250      2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614131      4  0.4171     0.3744  0 0.396 0.000 0.604 0.000
#> SRR1331130     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015     3  0.0000     0.8638  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470798     3  0.2424     0.7263  0 0.000 0.868 0.000 0.132
#> SRR614179      5  0.3534     0.8892  0 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1474863     2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813560      2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312187     4  0.0000     0.9285  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420960     3  0.0000     0.8638  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355102     3  0.0000     0.8638  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084577     5  0.3534     0.8892  0 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR659971      2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350855     4  0.0000     0.9285  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR820779      3  0.0000     0.8638  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476300     3  0.0000     0.8638  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090907     4  0.0000     0.9285  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662294      2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480789     5  0.3534     0.8892  0 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1336263     4  0.0000     0.9285  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660776      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508     2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615563      4  0.0000     0.9285  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101175     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650     5  0.3534     0.8892  0 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1431205     2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339856     4  0.0000     0.9285  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352147     2  0.4294     0.0752  0 0.532 0.000 0.468 0.000
#> SRR808968      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419      2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402391     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609      5  0.3534     0.8892  0 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR2167857     2  0.0963     0.9273  0 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1398752     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437     2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416955     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064     4  0.0000     0.9285  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659001      4  0.0000     0.9285  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170696     4  0.3480     0.7385  0 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR816589      3  0.3983     0.2115  0 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR1087487     3  0.0000     0.8638  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329485     3  0.0000     0.8638  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816920      4  0.1270     0.8967  0 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1341432     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590     4  0.0000     0.9285  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR817046      3  0.3876     0.3873  0 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR1471331     3  0.0162     0.8611  0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR660788      4  0.3689     0.7273  0 0.000 0.004 0.740 0.256
#> SRR819234      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853      5  0.3534     0.8892  0 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR809427      4  0.0000     0.9285  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170217     4  0.0000     0.9285  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1386967     5  0.4287     0.5249  0 0.000 0.460 0.000 0.540
#> SRR1420344     2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334535     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503      4  0.0000     0.9285  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR602564      4  0.2230     0.8529  0 0.000 0.000 0.884 0.116
#> SRR1420669     4  0.0000     0.9285  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR819024      3  0.0000     0.8638  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656223      5  0.3534     0.8892  0 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR608428      2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345647     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324     2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361368     4  0.0000     0.9285  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322619     2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349276     4  0.0000     0.9285  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404024     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637     2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452631     4  0.0000     0.9285  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608392      5  0.3534     0.8892  0 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1357757     5  0.1197     0.7259  0 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR1074646     4  0.0000     0.9285  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367499     3  0.0000     0.8638  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343501     5  0.3534     0.8892  0 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1394406     4  0.4029     0.6586  0 0.004 0.000 0.680 0.316
#> SRR1381435     3  0.3242     0.5731  0 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR1467407     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422     2  0.3336     0.6867  0 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1380270     5  0.3534     0.8892  0 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1091817     2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440137     2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614311      4  0.0000     0.9285  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407516     4  0.0000     0.9285  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR815494      3  0.0000     0.8638  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333209     4  0.0000     0.9285  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615177      4  0.0000     0.9285  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099648     5  0.3534     0.8892  0 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR659720      5  0.0000     0.7174  0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2185057     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468      4  0.3534     0.7309  0 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR660042      3  0.3336     0.7317  0 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR2170864     2  0.2329     0.8390  0 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1440491     4  0.0000     0.9285  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440852     3  0.0000     0.8638  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811169      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311     4  0.0000     0.9285  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR818009      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836     2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498313     2  0.0510     0.9457  0 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1441975     2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819096      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679     4  0.2625     0.8458  0 0.000 0.016 0.876 0.108
#> SRR1489116     5  0.3534     0.8892  0 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1354138     3  0.0000     0.8638  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490589     3  0.3366     0.7293  0 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR1412987     4  0.0000     0.9285  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR602034      3  0.0162     0.8611  0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1353437     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871     5  0.0000     0.7174  0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR661577      4  0.0000     0.9285  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR612190      4  0.0000     0.9285  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399880     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787     4  0.0000     0.9285  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR657869      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141     3  0.0000     0.8638  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476697     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538     4  0.0000     0.9285  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331422     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859      4  0.6392     0.3062  0 0.000 0.172 0.456 0.372
#> SRR1097594     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419     3  0.0000     0.8638  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336706     5  0.3534     0.8892  0 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1472976     4  0.0000     0.9285  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321307     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461      3  0.0000     0.8638  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477149     2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457397     5  0.4634     0.7875  0 0.120 0.136 0.000 0.744
#> SRR661913      3  0.0000     0.8638  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069024     5  0.3534     0.8892  0 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR2165634     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722     3  0.0000     0.8638  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328642     2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488261     3  0.1851     0.8198  0 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1318815     4  0.0000     0.9285  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816945      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432     4  0.0000     0.9285  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359280     2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313910     2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457315     4  0.0000     0.9285  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR815398      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958      3  0.0000     0.8638  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR600688      4  0.0510     0.9199  0 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1098952     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916     3  0.0000     0.8638  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614167      3  0.0000     0.8638  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348114     4  0.4182     0.3643  0 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR658033      4  0.3612     0.6158  0 0.268 0.000 0.732 0.000
#> SRR1077503     5  0.0404     0.7174  0 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR661854      5  0.0290     0.7245  0 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR811379      4  0.0000     0.9285  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318857     2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656445      3  0.2561     0.7019  0 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR1433044     2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486391     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071      3  0.3508     0.7141  0 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR1364824     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745      5  0.3534     0.8892  0 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR601038      5  0.3534     0.8892  0 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1360080     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868      3  0.3534     0.7109  0 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR1485997     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560     4  0.0000     0.9285  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333330     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513      4  0.3741     0.7191  0 0.000 0.004 0.732 0.264
#> SRR1328407     5  0.0290     0.7242  0 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR602784      5  0.3534     0.8892  0 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1348468     4  0.0000     0.9285  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663717      4  0.0404     0.9206  0 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR602217      2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603140      3  0.6682     0.2720  0 0.000 0.396 0.236 0.368
#> SRR1340804     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574     3  0.1851     0.7832  0 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1333462     2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1094601     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610     4  0.5312     0.6261  0 0.000 0.096 0.648 0.256
#> SRR1435833     4  0.0000     0.9285  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398728     2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358343     4  0.0794     0.9097  0 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1410890     2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350371     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478     2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099260     5  0.3534     0.8892  0 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1433576     3  0.2929     0.6437  0 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR1345541     4  0.6603    -0.0836  0 0.000 0.392 0.396 0.212
#> SRR1086328     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391      3  0.0000     0.8638  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476207     3  0.3876     0.6704  0 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR627435      5  0.4134     0.8657  0 0.032 0.224 0.000 0.744
#> SRR1489862     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191     3  0.0000     0.8638  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490115     3  0.3508     0.7161  0 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR1377714     5  0.1341     0.7607  0 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR819394      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161      4  0.0000     0.9285  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR607042      5  0.3534     0.8892  0 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR656203      4  0.0000     0.9285  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660602      3  0.2516     0.7080  0 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR1440397     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249      2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661242      4  0.0000     0.9285  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332007     5  0.3534     0.8892  0 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR809619      4  0.0000     0.9285  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR819975      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281      2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662366      3  0.0000     0.8638  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317898     3  0.0000     0.8638  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382485     4  0.0000     0.9285  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2166420     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541     3  0.0000     0.8638  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817444      5  0.3534     0.8892  0 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1320403     2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101483     2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331684     3  0.1341     0.8174  0 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1400054     4  0.1908     0.8683  0 0.000 0.000 0.908 0.092
#> SRR1406088     2  0.4210     0.2943  0 0.588 0.000 0.412 0.000
#> SRR820733      4  0.0000     0.9285  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314113     4  0.3480     0.7387  0 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1382615     5  0.3534     0.8892  0 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1480745     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850     2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656782      3  0.3561     0.7094  0 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR821364      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295      2  0.0609     0.9424  0 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1357103     5  0.3534     0.8892  0 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR809185      4  0.0000     0.9285  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811583      4  0.0000     0.9285  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468050     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224     2  0.0000     0.9593  0 1.000 0.000 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>            class entropy silhouette p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR1500170     2  0.0000     0.9345  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402368     6  0.3695     0.4972  0 0.000 0.376 0.000 0.000 0.624
#> SRR607743      6  0.0937     0.8770  0 0.000 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1457375     2  0.0937     0.9098  0 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1470923     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785     6  0.3330     0.6638  0 0.000 0.284 0.000 0.000 0.716
#> SRR814768      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031     4  0.2562     0.7735  0 0.172 0.000 0.828 0.000 0.000
#> SRR1363611     4  0.0000     0.9555  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468447     2  0.0146     0.9338  0 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1071931     4  0.0000     0.9555  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810981      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299      2  0.0717     0.9294  0 0.976 0.000 0.000 0.016 0.008
#> SRR663585      3  0.2883     0.7230  0 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR1326773     2  0.5404     0.2311  0 0.548 0.140 0.000 0.312 0.000
#> SRR1351166     2  0.0146     0.9335  0 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1477452     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720     3  0.2340     0.7948  0 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1420320     4  0.0000     0.9555  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081712     2  0.0146     0.9335  0 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1318241     6  0.0260     0.8946  0 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1333718     5  0.2003     0.9155  0 0.000 0.116 0.000 0.884 0.000
#> SRR1313514     2  0.1524     0.9123  0 0.932 0.000 0.000 0.060 0.008
#> SRR1477861     5  0.1267     0.9773  0 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR1318005     2  0.1524     0.9123  0 0.932 0.000 0.000 0.060 0.008
#> SRR1354665     2  0.0000     0.9345  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657707      6  0.0260     0.8946  0 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1370742     3  0.0000     0.9073  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1412947     2  0.3309     0.6118  0 0.720 0.000 0.280 0.000 0.000
#> SRR661553      4  0.0000     0.9555  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328869     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211      2  0.0000     0.9345  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348181     3  0.0713     0.8914  0 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1416560     3  0.0000     0.9073  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319772     6  0.4327     0.5551  0 0.000 0.056 0.000 0.264 0.680
#> SRR1091452     4  0.0000     0.9555  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338812     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072     2  0.0717     0.9294  0 0.976 0.000 0.000 0.016 0.008
#> SRR814844      4  0.0000     0.9555  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376619     3  0.0000     0.9073  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603690      4  0.0000     0.9555  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2184980     2  0.0000     0.9345  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613963      4  0.0000     0.9555  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323422     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673     3  0.1141     0.8765  0 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1434650     5  0.1267     0.9773  0 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR659875      5  0.1267     0.9773  0 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR1465734     6  0.0260     0.8919  0 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1076847     2  0.1524     0.9123  0 0.932 0.000 0.000 0.060 0.008
#> SRR1415072     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319      3  0.3695     0.4484  0 0.000 0.624 0.000 0.376 0.000
#> SRR663088      4  0.0000     0.9555  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352021     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935      4  0.0000     0.9555  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352530     3  0.0000     0.9073  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662594      6  0.0260     0.8946  0 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1095309     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647      3  0.0000     0.9073  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813019      5  0.1480     0.9551  0 0.000 0.040 0.000 0.940 0.020
#> SRR1374647     2  0.0260     0.9323  0 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR603472      5  0.0520     0.8963  0 0.008 0.000 0.000 0.984 0.008
#> SRR661529      4  0.0547     0.9383  0 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR607018      3  0.3854     0.1978  0 0.000 0.536 0.000 0.464 0.000
#> SRR627423      4  0.2912     0.7274  0 0.216 0.000 0.784 0.000 0.000
#> SRR654921      4  0.0000     0.9555  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418968     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871      3  0.0000     0.9073  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330522     3  0.0000     0.9073  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499958     2  0.0000     0.9345  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614059      6  0.3175     0.7024  0 0.000 0.256 0.000 0.000 0.744
#> SRR1071403     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719     2  0.0000     0.9345  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440421     2  0.0717     0.9294  0 0.976 0.000 0.000 0.016 0.008
#> SRR1310412     6  0.0260     0.8919  0 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR614767      2  0.0000     0.9345  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820709      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093      3  0.3101     0.6826  0 0.000 0.756 0.000 0.244 0.000
#> SRR1088168     3  0.0260     0.9032  0 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1418707     2  0.0000     0.9345  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354291     2  0.1524     0.9123  0 0.932 0.000 0.000 0.060 0.008
#> SRR2165806     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684     4  0.0000     0.9555  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433860     3  0.0000     0.9073  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311062     2  0.0000     0.9345  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360359     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385      3  0.0000     0.9073  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615407      2  0.0291     0.9333  0 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1413892     3  0.2491     0.7797  0 0.000 0.836 0.000 0.164 0.000
#> SRR1443459     4  0.0458     0.9447  0 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1338942     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480      6  0.1714     0.8353  0 0.000 0.000 0.000 0.092 0.908
#> SRR1399433     4  0.0000     0.9555  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR818537      5  0.1267     0.9773  0 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR1101324     6  0.0260     0.8923  0 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR807637      4  0.0146     0.9533  0 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1091918     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300      6  0.0260     0.8946  0 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1085426     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294     2  0.0000     0.9345  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813891      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431     4  0.3823     0.1843  0 0.436 0.000 0.564 0.000 0.000
#> SRR658742      4  0.0000     0.9555  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419234     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813     2  0.0000     0.9345  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603496      5  0.1398     0.9123  0 0.000 0.008 0.000 0.940 0.052
#> SRR1407758     3  0.0000     0.9073  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810945      2  0.0260     0.9323  0 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR817234      2  0.1398     0.9159  0 0.940 0.000 0.000 0.052 0.008
#> SRR1444852     3  0.0000     0.9073  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660378      3  0.0000     0.9073  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467835     2  0.0000     0.9345  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338964     6  0.0260     0.8946  0 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1079259     6  0.0291     0.8922  0 0.004 0.000 0.004 0.000 0.992
#> SRR1072345     6  0.0260     0.8946  0 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR598725      3  0.0000     0.9073  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447938     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460     4  0.0000     0.9555  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429468     2  0.0000     0.9345  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446850     2  0.0000     0.9345  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320363     3  0.3684     0.3610  0 0.000 0.628 0.000 0.000 0.372
#> SRR1413810     3  0.0000     0.9073  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598831      2  0.0000     0.9345  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381865     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957      3  0.0000     0.9073  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1491332     3  0.3684     0.4573  0 0.000 0.628 0.000 0.372 0.000
#> SRR1099744     2  0.0000     0.9345  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464618     4  0.0146     0.9533  0 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1414559     4  0.0000     0.9555  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337540     4  0.0146     0.9533  0 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1444283     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942     6  0.0260     0.8946  0 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR660295      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335      3  0.2048     0.8222  0 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR1363742     3  0.0260     0.9032  0 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1345847     4  0.0000     0.9555  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614960      6  0.2912     0.7444  0 0.000 0.216 0.000 0.000 0.784
#> SRR819919      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330      2  0.1584     0.9102  0 0.928 0.000 0.000 0.064 0.008
#> SRR1327951     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266     4  0.3464     0.5638  0 0.312 0.000 0.688 0.000 0.000
#> SRR1338055     2  0.1204     0.9101  0 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1430157     2  0.0000     0.9345  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320137     2  0.0000     0.9345  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1093483     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913     3  0.0000     0.9073  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2170490     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845     3  0.0000     0.9073  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436420     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060     5  0.1387     0.9699  0 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR662282      3  0.0146     0.9054  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1487089     4  0.0000     0.9555  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075683     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880     4  0.0547     0.9393  0 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1453456     3  0.0000     0.9073  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457895     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603     5  0.1267     0.9773  0 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR658633      2  0.0000     0.9345  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388081     4  0.0000     0.9555  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813339      3  0.0000     0.9073  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809725      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441      2  0.1524     0.9123  0 0.932 0.000 0.000 0.060 0.008
#> SRR613603      6  0.0260     0.8946  0 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1096571     5  0.1267     0.9773  0 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR1392701     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693     2  0.2854     0.7204  0 0.792 0.000 0.208 0.000 0.000
#> SRR660697      4  0.0000     0.9555  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489926     6  0.3684     0.4217  0 0.000 0.000 0.000 0.372 0.628
#> SRR811491      3  0.0000     0.9073  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311644     6  0.0260     0.8923  0 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1451740     3  0.0146     0.9056  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR615117      5  0.1267     0.9773  0 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR1391748     4  0.0000     0.9555  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466556     3  0.0000     0.9073  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614972      6  0.3330     0.6651  0 0.000 0.284 0.000 0.000 0.716
#> SRR1406200     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210      4  0.0000     0.9555  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662174      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236      4  0.3833     0.1504  0 0.000 0.000 0.556 0.000 0.444
#> SRR1312598     2  0.0000     0.9345  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330129     2  0.0972     0.9256  0 0.964 0.000 0.000 0.028 0.008
#> SRR1357781     2  0.1524     0.9123  0 0.932 0.000 0.000 0.060 0.008
#> SRR1315517     2  0.1524     0.9123  0 0.932 0.000 0.000 0.060 0.008
#> SRR1400032     3  0.0000     0.9073  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413722     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827      3  0.0000     0.9073  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814794      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509     4  0.0000     0.9555  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808728      5  0.3351     0.6130  0 0.000 0.288 0.000 0.712 0.000
#> SRR1070813     2  0.0000     0.9345  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389133     6  0.0260     0.8946  0 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR601263      6  0.0260     0.8946  0 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR604718      4  0.0000     0.9555  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481351     3  0.4597     0.2909  0 0.000 0.548 0.000 0.412 0.040
#> SRR1334608     3  0.3695     0.4484  0 0.000 0.624 0.000 0.376 0.000
#> SRR658681      3  0.3684     0.4572  0 0.000 0.628 0.000 0.372 0.000
#> SRR809283      4  0.0000     0.9555  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459300     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547     5  0.1267     0.9773  0 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR811049      6  0.0260     0.8946  0 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1464835     4  0.0000     0.9555  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339619     2  0.2730     0.7448  0 0.808 0.000 0.192 0.000 0.000
#> SRR658501      3  0.0000     0.9073  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447523     6  0.2003     0.8288  0 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR1415048     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348     2  0.3717     0.3571  0 0.616 0.000 0.384 0.000 0.000
#> SRR603890      2  0.1524     0.9123  0 0.932 0.000 0.000 0.060 0.008
#> SRR810595      3  0.0000     0.9073  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446244     4  0.2793     0.7474  0 0.200 0.000 0.800 0.000 0.000
#> SRR817373      4  0.0000     0.9555  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457291     4  0.0000     0.9555  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598220      6  0.0260     0.8923  0 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1477991     2  0.0000     0.9345  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598172      2  0.0260     0.9332  0 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1349032     2  0.3747     0.3255  0 0.604 0.000 0.396 0.000 0.000
#> SRR604002      2  0.2915     0.7932  0 0.808 0.000 0.000 0.184 0.008
#> SRR1378026     3  0.3684     0.4572  0 0.000 0.628 0.000 0.372 0.000
#> SRR1404401     2  0.1524     0.9123  0 0.932 0.000 0.000 0.060 0.008
#> SRR1333240     2  0.4118     0.4228  0 0.628 0.000 0.000 0.352 0.020
#> SRR1089399     2  0.0000     0.9345  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603421      2  0.1010     0.9244  0 0.960 0.000 0.000 0.036 0.004
#> SRR812562      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520      5  0.1267     0.9773  0 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR811839      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317      2  0.0000     0.9345  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436763     4  0.0000     0.9555  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486021     4  0.0000     0.9555  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465018     2  0.1524     0.9123  0 0.932 0.000 0.000 0.060 0.008
#> SRR1080998     6  0.0260     0.8919  0 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1083432     3  0.0000     0.9073  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082833     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536     3  0.0000     0.9073  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614011      2  0.3810     0.2697  0 0.572 0.000 0.428 0.000 0.000
#> SRR1365873     2  0.0260     0.9332  0 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1498789     2  0.0000     0.9345  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601581      4  0.2730     0.7553  0 0.192 0.000 0.808 0.000 0.000
#> SRR603566      5  0.1267     0.9773  0 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR1373981     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410      2  0.2730     0.7528  0 0.808 0.000 0.192 0.000 0.000
#> SRR1076511     4  0.1610     0.8751  0 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR614143      6  0.0260     0.8919  0 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1333570     3  0.0000     0.9073  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366813     2  0.0000     0.9345  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388746     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558     6  0.0260     0.8946  0 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1409510     3  0.0000     0.9073  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816250      2  0.0000     0.9345  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614131      4  0.3717     0.3871  0 0.384 0.000 0.616 0.000 0.000
#> SRR1331130     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015     3  0.0000     0.9073  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470798     3  0.2491     0.7790  0 0.000 0.836 0.000 0.164 0.000
#> SRR614179      5  0.1267     0.9773  0 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR1474863     2  0.0000     0.9345  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813560      2  0.0000     0.9345  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312187     4  0.0146     0.9533  0 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1420960     3  0.0000     0.9073  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355102     3  0.0000     0.9073  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084577     3  0.2912     0.7181  0 0.000 0.784 0.000 0.216 0.000
#> SRR659971      2  0.0000     0.9345  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350855     4  0.0000     0.9555  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820779      3  0.0000     0.9073  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476300     3  0.0000     0.9073  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090907     4  0.0000     0.9555  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662294      2  0.1524     0.9123  0 0.932 0.000 0.000 0.060 0.008
#> SRR1480789     5  0.1267     0.9773  0 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR1336263     4  0.0000     0.9555  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660776      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508     2  0.1524     0.9123  0 0.932 0.000 0.000 0.060 0.008
#> SRR615563      4  0.0000     0.9555  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101175     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650     5  0.1267     0.9773  0 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR1431205     2  0.0363     0.9324  0 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1339856     4  0.0146     0.9533  0 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1352147     2  0.3864     0.0646  0 0.520 0.000 0.480 0.000 0.000
#> SRR808968      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419      2  0.0622     0.9304  0 0.980 0.000 0.000 0.012 0.008
#> SRR1402391     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609      5  0.1267     0.9773  0 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR2167857     2  0.2980     0.7879  0 0.800 0.000 0.000 0.192 0.008
#> SRR1398752     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437     2  0.0000     0.9345  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416955     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064     4  0.0000     0.9555  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659001      4  0.0000     0.9555  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2170696     6  0.1387     0.8452  0 0.000 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR816589      3  0.1327     0.8679  0 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1087487     3  0.0000     0.9073  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329485     3  0.0000     0.9073  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816920      6  0.3547     0.5319  0 0.000 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR1341432     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590     4  0.0000     0.9555  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817046      3  0.4045     0.7158  0 0.000 0.756 0.000 0.120 0.124
#> SRR1471331     3  0.0000     0.9073  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660788      6  0.0260     0.8923  0 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR819234      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853      5  0.1267     0.9773  0 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR809427      4  0.0000     0.9555  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2170217     4  0.0000     0.9555  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1386967     3  0.2883     0.7230  0 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR1420344     2  0.0000     0.9345  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334535     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503      4  0.0146     0.9533  0 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR602564      4  0.2597     0.7752  0 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR1420669     4  0.0000     0.9555  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819024      3  0.0363     0.8985  0 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR656223      3  0.2883     0.7230  0 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR608428      2  0.0146     0.9335  0 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1345647     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324     2  0.0717     0.9294  0 0.976 0.000 0.000 0.016 0.008
#> SRR1361368     4  0.0000     0.9555  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322619     2  0.0000     0.9345  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349276     4  0.0000     0.9555  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404024     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637     2  0.0000     0.9345  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452631     4  0.0146     0.9533  0 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR608392      5  0.1267     0.9773  0 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR1357757     6  0.2402     0.7867  0 0.000 0.004 0.000 0.140 0.856
#> SRR1074646     4  0.0000     0.9555  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367499     3  0.0000     0.9073  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343501     3  0.3765     0.3809  0 0.000 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR1394406     6  0.0260     0.8923  0 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1381435     3  0.0363     0.9012  0 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1467407     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422     2  0.3620     0.5157  0 0.648 0.000 0.000 0.352 0.000
#> SRR1380270     5  0.1267     0.9773  0 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR1091817     2  0.0000     0.9345  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440137     2  0.0000     0.9345  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614311      4  0.0146     0.9533  0 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1407516     4  0.0000     0.9555  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR815494      3  0.0000     0.9073  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333209     4  0.0000     0.9555  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615177      4  0.2562     0.7631  0 0.000 0.000 0.828 0.000 0.172
#> SRR1099648     5  0.1387     0.9699  0 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR659720      6  0.0260     0.8919  0 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR2185057     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468      6  0.0260     0.8923  0 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR660042      6  0.2996     0.7331  0 0.000 0.228 0.000 0.000 0.772
#> SRR2170864     2  0.2135     0.8276  0 0.872 0.000 0.128 0.000 0.000
#> SRR1440491     4  0.0000     0.9555  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440852     3  0.0000     0.9073  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811169      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311     4  0.0000     0.9555  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR818009      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836     2  0.0000     0.9345  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498313     2  0.1812     0.8990  0 0.912 0.000 0.000 0.080 0.008
#> SRR1441975     2  0.0146     0.9335  0 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR819096      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679     6  0.3483     0.6725  0 0.000 0.016 0.236 0.000 0.748
#> SRR1489116     5  0.1267     0.9773  0 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR1354138     3  0.0000     0.9073  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490589     6  0.2969     0.7366  0 0.000 0.224 0.000 0.000 0.776
#> SRR1412987     4  0.0000     0.9555  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602034      3  0.0146     0.9057  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1353437     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871     6  0.0260     0.8919  0 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR661577      4  0.0000     0.9555  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR612190      4  0.0000     0.9555  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399880     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787     4  0.0000     0.9555  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657869      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141     3  0.0000     0.9073  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476697     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538     4  0.0260     0.9506  0 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1331422     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859      6  0.0260     0.8946  0 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1097594     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419     3  0.0000     0.9073  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336706     5  0.1267     0.9773  0 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR1472976     4  0.0000     0.9555  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321307     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461      3  0.0000     0.9073  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477149     2  0.1124     0.9227  0 0.956 0.000 0.000 0.036 0.008
#> SRR1457397     5  0.0146     0.9055  0 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR661913      3  0.0000     0.9073  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069024     5  0.1267     0.9773  0 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR2165634     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722     3  0.0000     0.9073  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328642     2  0.0891     0.9270  0 0.968 0.000 0.000 0.024 0.008
#> SRR1488261     3  0.3563     0.4030  0 0.000 0.664 0.000 0.000 0.336
#> SRR1318815     4  0.0000     0.9555  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816945      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432     4  0.0146     0.9533  0 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1359280     2  0.0806     0.9282  0 0.972 0.000 0.000 0.020 0.008
#> SRR1313910     2  0.0000     0.9345  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457315     4  0.0000     0.9555  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR815398      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958      3  0.0000     0.9073  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600688      4  0.0458     0.9445  0 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1098952     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916     3  0.0000     0.9073  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614167      3  0.0000     0.9073  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348114     4  0.3747     0.3636  0 0.396 0.000 0.604 0.000 0.000
#> SRR658033      4  0.3288     0.6122  0 0.276 0.000 0.724 0.000 0.000
#> SRR1077503     6  0.1387     0.8515  0 0.000 0.000 0.000 0.068 0.932
#> SRR661854      6  0.3819     0.4173  0 0.000 0.004 0.000 0.372 0.624
#> SRR811379      4  0.0000     0.9555  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318857     2  0.0000     0.9345  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656445      3  0.0146     0.9054  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1433044     2  0.1524     0.9123  0 0.932 0.000 0.000 0.060 0.008
#> SRR1486391     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071      6  0.2178     0.8169  0 0.000 0.132 0.000 0.000 0.868
#> SRR1364824     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745      5  0.1267     0.9773  0 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR601038      5  0.1267     0.9773  0 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR1360080     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868      6  0.0260     0.8946  0 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1485997     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560     4  0.0000     0.9555  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333330     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513      6  0.0260     0.8923  0 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1328407     5  0.1327     0.8971  0 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR602784      5  0.1267     0.9773  0 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR1348468     4  0.0000     0.9555  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663717      4  0.0632     0.9382  0 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR602217      2  0.0146     0.9336  0 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR603140      6  0.0291     0.8938  0 0.000 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR1340804     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574     3  0.2300     0.7991  0 0.000 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1333462     2  0.1524     0.9123  0 0.932 0.000 0.000 0.060 0.008
#> SRR1094601     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610     6  0.0291     0.8938  0 0.000 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR1435833     4  0.0000     0.9555  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398728     2  0.0000     0.9345  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358343     4  0.0790     0.9301  0 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR1410890     2  0.0000     0.9345  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350371     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478     2  0.0000     0.9345  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099260     3  0.3684     0.4572  0 0.000 0.628 0.000 0.372 0.000
#> SRR1433576     3  0.0260     0.9032  0 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1345541     6  0.1152     0.8700  0 0.000 0.004 0.044 0.000 0.952
#> SRR1086328     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391      3  0.0000     0.9073  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476207     6  0.0260     0.8946  0 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR627435      3  0.3789     0.4050  0 0.000 0.584 0.000 0.416 0.000
#> SRR1489862     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191     3  0.0000     0.9073  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490115     6  0.0260     0.8946  0 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1377714     6  0.4514     0.3389  0 0.000 0.040 0.000 0.372 0.588
#> SRR819394      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161      4  0.0000     0.9555  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607042      5  0.1267     0.9773  0 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR656203      4  0.0000     0.9555  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660602      3  0.0146     0.9054  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1440397     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249      2  0.0000     0.9345  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661242      4  0.0000     0.9555  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332007     5  0.1267     0.9773  0 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR809619      4  0.0000     0.9555  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819975      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281      2  0.0260     0.9332  0 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR662366      3  0.0000     0.9073  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317898     3  0.0000     0.9073  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382485     4  0.0000     0.9555  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2166420     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541     3  0.0000     0.9073  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817444      5  0.1501     0.9615  0 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR1320403     2  0.0717     0.9294  0 0.976 0.000 0.000 0.016 0.008
#> SRR1101483     2  0.0000     0.9345  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331684     3  0.2300     0.7999  0 0.000 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1400054     6  0.3515     0.5423  0 0.000 0.000 0.324 0.000 0.676
#> SRR1406088     2  0.3782     0.2965  0 0.588 0.000 0.412 0.000 0.000
#> SRR820733      4  0.0000     0.9555  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314113     6  0.0547     0.8865  0 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1382615     3  0.3371     0.6086  0 0.000 0.708 0.000 0.292 0.000
#> SRR1480745     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850     2  0.0000     0.9345  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656782      6  0.0260     0.8946  0 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR821364      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295      2  0.2915     0.8006  0 0.808 0.000 0.000 0.184 0.008
#> SRR1357103     5  0.1267     0.9773  0 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR809185      4  0.0000     0.9555  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811583      4  0.0000     0.9555  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468050     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224     2  0.0000     0.9345  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-pam-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-pam-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-pam-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-pam-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-pam-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-pam-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-pam-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-pam-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-pam-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-pam-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-pam-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-pam-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-pam-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-pam-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-pam-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-pam-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-pam-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-pam-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-pam-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-pam-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk SD-pam-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-pam-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-pam-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-pam-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-pam-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-pam-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk SD-pam-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


SD:mclust**

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["SD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:mclust"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 17314 rows and 500 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#>   Subgroups are detected by 'mclust' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 4.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk SD-mclust-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk SD-mclust-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 1.000           1.000       1.000         0.3577 0.643   0.643
#> 3 3 0.981           0.951       0.981         0.7532 0.733   0.585
#> 4 4 0.954           0.945       0.972         0.1942 0.851   0.615
#> 5 5 0.859           0.843       0.918         0.0484 0.909   0.672
#> 6 6 0.885           0.803       0.894         0.0390 0.953   0.788

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3

There is also optional best \(k\) = 2 3 that is worth to check.

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>            class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1500170     2       0          1  0  1
#> SRR1402368     2       0          1  0  1
#> SRR607743      2       0          1  0  1
#> SRR1457375     2       0          1  0  1
#> SRR1470923     1       0          1  1  0
#> SRR817954      1       0          1  1  0
#> SRR809259      1       0          1  1  0
#> SRR1439785     2       0          1  0  1
#> SRR814768      1       0          1  1  0
#> SRR1102031     2       0          1  0  1
#> SRR1363611     2       0          1  0  1
#> SRR1468447     2       0          1  0  1
#> SRR1071931     2       0          1  0  1
#> SRR810981      1       0          1  1  0
#> SRR615299      2       0          1  0  1
#> SRR663585      2       0          1  0  1
#> SRR1326773     2       0          1  0  1
#> SRR1351166     2       0          1  0  1
#> SRR1477452     1       0          1  1  0
#> SRR1084720     2       0          1  0  1
#> SRR1420320     2       0          1  0  1
#> SRR1081712     2       0          1  0  1
#> SRR1318241     2       0          1  0  1
#> SRR1333718     2       0          1  0  1
#> SRR1313514     2       0          1  0  1
#> SRR1477861     2       0          1  0  1
#> SRR1318005     2       0          1  0  1
#> SRR1354665     2       0          1  0  1
#> SRR657707      2       0          1  0  1
#> SRR1370742     2       0          1  0  1
#> SRR1412947     2       0          1  0  1
#> SRR661553      2       0          1  0  1
#> SRR1328869     1       0          1  1  0
#> SRR662211      2       0          1  0  1
#> SRR1348181     2       0          1  0  1
#> SRR1416560     2       0          1  0  1
#> SRR1319772     2       0          1  0  1
#> SRR1091452     2       0          1  0  1
#> SRR1338812     1       0          1  1  0
#> SRR1392072     2       0          1  0  1
#> SRR814844      2       0          1  0  1
#> SRR1376619     2       0          1  0  1
#> SRR603690      2       0          1  0  1
#> SRR2184980     2       0          1  0  1
#> SRR613963      2       0          1  0  1
#> SRR1323422     1       0          1  1  0
#> SRR1397673     2       0          1  0  1
#> SRR1434650     2       0          1  0  1
#> SRR659875      2       0          1  0  1
#> SRR1465734     2       0          1  0  1
#> SRR1076847     2       0          1  0  1
#> SRR1415072     1       0          1  1  0
#> SRR659319      2       0          1  0  1
#> SRR663088      2       0          1  0  1
#> SRR1352021     1       0          1  1  0
#> SRR1325527     1       0          1  1  0
#> SRR1105369     1       0          1  1  0
#> SRR659935      2       0          1  0  1
#> SRR1352530     2       0          1  0  1
#> SRR662594      2       0          1  0  1
#> SRR1095309     1       0          1  1  0
#> SRR615647      2       0          1  0  1
#> SRR813019      2       0          1  0  1
#> SRR1374647     2       0          1  0  1
#> SRR603472      2       0          1  0  1
#> SRR661529      2       0          1  0  1
#> SRR607018      2       0          1  0  1
#> SRR627423      2       0          1  0  1
#> SRR654921      2       0          1  0  1
#> SRR1418968     1       0          1  1  0
#> SRR660871      2       0          1  0  1
#> SRR1330522     2       0          1  0  1
#> SRR1499958     2       0          1  0  1
#> SRR614059      2       0          1  0  1
#> SRR1071403     1       0          1  1  0
#> SRR1486719     2       0          1  0  1
#> SRR1440421     2       0          1  0  1
#> SRR1310412     2       0          1  0  1
#> SRR614767      2       0          1  0  1
#> SRR820709      1       0          1  1  0
#> SRR1471500     1       0          1  1  0
#> SRR658093      2       0          1  0  1
#> SRR1088168     2       0          1  0  1
#> SRR1418707     2       0          1  0  1
#> SRR1354291     2       0          1  0  1
#> SRR2165806     1       0          1  1  0
#> SRR1415684     2       0          1  0  1
#> SRR1433860     2       0          1  0  1
#> SRR1311062     2       0          1  0  1
#> SRR1360359     1       0          1  1  0
#> SRR661385      2       0          1  0  1
#> SRR615407      2       0          1  0  1
#> SRR1413892     2       0          1  0  1
#> SRR1443459     2       0          1  0  1
#> SRR1338942     1       0          1  1  0
#> SRR657480      2       0          1  0  1
#> SRR1399433     2       0          1  0  1
#> SRR818537      2       0          1  0  1
#> SRR1101324     2       0          1  0  1
#> SRR807637      2       0          1  0  1
#> SRR1091918     1       0          1  1  0
#> SRR598300      2       0          1  0  1
#> SRR1085426     1       0          1  1  0
#> SRR1376294     2       0          1  0  1
#> SRR813891      1       0          1  1  0
#> SRR1467431     2       0          1  0  1
#> SRR658742      2       0          1  0  1
#> SRR1419234     1       0          1  1  0
#> SRR1404813     2       0          1  0  1
#> SRR603496      2       0          1  0  1
#> SRR1407758     2       0          1  0  1
#> SRR810945      2       0          1  0  1
#> SRR817234      2       0          1  0  1
#> SRR1444852     2       0          1  0  1
#> SRR660378      2       0          1  0  1
#> SRR1467835     2       0          1  0  1
#> SRR1338964     2       0          1  0  1
#> SRR1079259     2       0          1  0  1
#> SRR1072345     2       0          1  0  1
#> SRR598725      2       0          1  0  1
#> SRR1447938     1       0          1  1  0
#> SRR1356397     1       0          1  1  0
#> SRR1360460     2       0          1  0  1
#> SRR1429468     2       0          1  0  1
#> SRR1446850     2       0          1  0  1
#> SRR1320363     2       0          1  0  1
#> SRR1413810     2       0          1  0  1
#> SRR598831      2       0          1  0  1
#> SRR1381865     1       0          1  1  0
#> SRR660957      2       0          1  0  1
#> SRR1491332     2       0          1  0  1
#> SRR1099744     2       0          1  0  1
#> SRR1464618     2       0          1  0  1
#> SRR1414559     2       0          1  0  1
#> SRR1337540     2       0          1  0  1
#> SRR1444283     1       0          1  1  0
#> SRR2184942     2       0          1  0  1
#> SRR660295      1       0          1  1  0
#> SRR601335      2       0          1  0  1
#> SRR1363742     2       0          1  0  1
#> SRR1345847     2       0          1  0  1
#> SRR614960      2       0          1  0  1
#> SRR819919      1       0          1  1  0
#> SRR603330      2       0          1  0  1
#> SRR1327951     1       0          1  1  0
#> SRR1401885     1       0          1  1  0
#> SRR1345266     2       0          1  0  1
#> SRR1338055     2       0          1  0  1
#> SRR1430157     2       0          1  0  1
#> SRR1320137     2       0          1  0  1
#> SRR1093483     1       0          1  1  0
#> SRR1341080     1       0          1  1  0
#> SRR1459913     2       0          1  0  1
#> SRR2170490     1       0          1  1  0
#> SRR1479845     2       0          1  0  1
#> SRR1436420     1       0          1  1  0
#> SRR1481060     2       0          1  0  1
#> SRR662282      2       0          1  0  1
#> SRR1487089     2       0          1  0  1
#> SRR1075683     1       0          1  1  0
#> SRR1338536     1       0          1  1  0
#> SRR1338880     2       0          1  0  1
#> SRR1453456     2       0          1  0  1
#> SRR1457895     1       0          1  1  0
#> SRR1440603     2       0          1  0  1
#> SRR658633      2       0          1  0  1
#> SRR1388081     2       0          1  0  1
#> SRR813339      2       0          1  0  1
#> SRR809725      1       0          1  1  0
#> SRR627441      2       0          1  0  1
#> SRR613603      2       0          1  0  1
#> SRR1096571     2       0          1  0  1
#> SRR1392701     1       0          1  1  0
#> SRR1344326     1       0          1  1  0
#> SRR1367693     2       0          1  0  1
#> SRR660697      2       0          1  0  1
#> SRR1489926     2       0          1  0  1
#> SRR811491      2       0          1  0  1
#> SRR1311644     2       0          1  0  1
#> SRR1451740     2       0          1  0  1
#> SRR615117      2       0          1  0  1
#> SRR1391748     2       0          1  0  1
#> SRR1466556     2       0          1  0  1
#> SRR614972      2       0          1  0  1
#> SRR1406200     1       0          1  1  0
#> SRR819210      2       0          1  0  1
#> SRR662174      1       0          1  1  0
#> SRR811988      1       0          1  1  0
#> SRR663236      2       0          1  0  1
#> SRR1312598     2       0          1  0  1
#> SRR1330129     2       0          1  0  1
#> SRR1357781     2       0          1  0  1
#> SRR1315517     2       0          1  0  1
#> SRR1400032     2       0          1  0  1
#> SRR1413722     1       0          1  1  0
#> SRR612827      2       0          1  0  1
#> SRR814794      1       0          1  1  0
#> SRR819430      1       0          1  1  0
#> SRR1395509     2       0          1  0  1
#> SRR808728      2       0          1  0  1
#> SRR1070813     2       0          1  0  1
#> SRR1389133     2       0          1  0  1
#> SRR601263      2       0          1  0  1
#> SRR604718      2       0          1  0  1
#> SRR1481351     2       0          1  0  1
#> SRR1334608     2       0          1  0  1
#> SRR658681      2       0          1  0  1
#> SRR809283      2       0          1  0  1
#> SRR1459300     1       0          1  1  0
#> SRR1392547     2       0          1  0  1
#> SRR811049      2       0          1  0  1
#> SRR1464835     2       0          1  0  1
#> SRR1339619     2       0          1  0  1
#> SRR658501      2       0          1  0  1
#> SRR1447523     2       0          1  0  1
#> SRR1415048     1       0          1  1  0
#> SRR1355451     1       0          1  1  0
#> SRR1444348     2       0          1  0  1
#> SRR603890      2       0          1  0  1
#> SRR810595      2       0          1  0  1
#> SRR1446244     2       0          1  0  1
#> SRR817373      2       0          1  0  1
#> SRR1457291     2       0          1  0  1
#> SRR598220      2       0          1  0  1
#> SRR1477991     2       0          1  0  1
#> SRR598172      2       0          1  0  1
#> SRR1349032     2       0          1  0  1
#> SRR604002      2       0          1  0  1
#> SRR1378026     2       0          1  0  1
#> SRR1404401     2       0          1  0  1
#> SRR1333240     2       0          1  0  1
#> SRR1089399     2       0          1  0  1
#> SRR603421      2       0          1  0  1
#> SRR812562      1       0          1  1  0
#> SRR808520      2       0          1  0  1
#> SRR811839      1       0          1  1  0
#> SRR814317      2       0          1  0  1
#> SRR1436763     2       0          1  0  1
#> SRR1486021     2       0          1  0  1
#> SRR1465018     2       0          1  0  1
#> SRR1080998     2       0          1  0  1
#> SRR1083432     2       0          1  0  1
#> SRR1082833     1       0          1  1  0
#> SRR1465804     1       0          1  1  0
#> SRR1326536     2       0          1  0  1
#> SRR614011      2       0          1  0  1
#> SRR1365873     2       0          1  0  1
#> SRR1498789     2       0          1  0  1
#> SRR601581      2       0          1  0  1
#> SRR603566      2       0          1  0  1
#> SRR1373981     1       0          1  1  0
#> SRR821410      2       0          1  0  1
#> SRR1076511     2       0          1  0  1
#> SRR614143      2       0          1  0  1
#> SRR1333570     2       0          1  0  1
#> SRR1366813     2       0          1  0  1
#> SRR1388746     1       0          1  1  0
#> SRR1420558     2       0          1  0  1
#> SRR1409510     2       0          1  0  1
#> SRR816250      2       0          1  0  1
#> SRR614131      2       0          1  0  1
#> SRR1331130     1       0          1  1  0
#> SRR1316015     2       0          1  0  1
#> SRR1470798     2       0          1  0  1
#> SRR614179      2       0          1  0  1
#> SRR1474863     2       0          1  0  1
#> SRR813560      2       0          1  0  1
#> SRR1312187     2       0          1  0  1
#> SRR1420960     2       0          1  0  1
#> SRR1355102     2       0          1  0  1
#> SRR1084577     2       0          1  0  1
#> SRR659971      2       0          1  0  1
#> SRR1350855     2       0          1  0  1
#> SRR820779      2       0          1  0  1
#> SRR1476300     2       0          1  0  1
#> SRR1090907     2       0          1  0  1
#> SRR662294      2       0          1  0  1
#> SRR1480789     2       0          1  0  1
#> SRR1336263     2       0          1  0  1
#> SRR660776      1       0          1  1  0
#> SRR1090508     2       0          1  0  1
#> SRR615563      2       0          1  0  1
#> SRR1101175     1       0          1  1  0
#> SRR2164650     2       0          1  0  1
#> SRR1431205     2       0          1  0  1
#> SRR1339856     2       0          1  0  1
#> SRR1352147     2       0          1  0  1
#> SRR808968      1       0          1  1  0
#> SRR627419      2       0          1  0  1
#> SRR1402391     1       0          1  1  0
#> SRR663609      2       0          1  0  1
#> SRR2167857     2       0          1  0  1
#> SRR1398752     1       0          1  1  0
#> SRR1469169     1       0          1  1  0
#> SRR1405437     2       0          1  0  1
#> SRR1416955     1       0          1  1  0
#> SRR1317064     2       0          1  0  1
#> SRR659001      2       0          1  0  1
#> SRR2170696     2       0          1  0  1
#> SRR816589      2       0          1  0  1
#> SRR1087487     2       0          1  0  1
#> SRR1329485     2       0          1  0  1
#> SRR816920      2       0          1  0  1
#> SRR1341432     1       0          1  1  0
#> SRR1361590     2       0          1  0  1
#> SRR817046      2       0          1  0  1
#> SRR1471331     2       0          1  0  1
#> SRR660788      2       0          1  0  1
#> SRR819234      1       0          1  1  0
#> SRR810853      2       0          1  0  1
#> SRR809427      2       0          1  0  1
#> SRR2170217     2       0          1  0  1
#> SRR1386967     2       0          1  0  1
#> SRR1420344     2       0          1  0  1
#> SRR1334535     1       0          1  1  0
#> SRR614503      2       0          1  0  1
#> SRR602564      2       0          1  0  1
#> SRR1420669     2       0          1  0  1
#> SRR819024      2       0          1  0  1
#> SRR656223      2       0          1  0  1
#> SRR608428      2       0          1  0  1
#> SRR1345647     1       0          1  1  0
#> SRR1389324     2       0          1  0  1
#> SRR1361368     2       0          1  0  1
#> SRR1322619     2       0          1  0  1
#> SRR1349276     2       0          1  0  1
#> SRR1404024     1       0          1  1  0
#> SRR1370637     2       0          1  0  1
#> SRR1452631     2       0          1  0  1
#> SRR608392      2       0          1  0  1
#> SRR1357757     2       0          1  0  1
#> SRR1074646     2       0          1  0  1
#> SRR1367499     2       0          1  0  1
#> SRR1343501     2       0          1  0  1
#> SRR1394406     2       0          1  0  1
#> SRR1381435     2       0          1  0  1
#> SRR1467407     1       0          1  1  0
#> SRR1092422     2       0          1  0  1
#> SRR1380270     2       0          1  0  1
#> SRR1091817     2       0          1  0  1
#> SRR1440137     2       0          1  0  1
#> SRR614311      2       0          1  0  1
#> SRR1407516     2       0          1  0  1
#> SRR815494      2       0          1  0  1
#> SRR1333209     2       0          1  0  1
#> SRR615177      2       0          1  0  1
#> SRR1099648     2       0          1  0  1
#> SRR659720      2       0          1  0  1
#> SRR2185057     1       0          1  1  0
#> SRR1467125     1       0          1  1  0
#> SRR657468      2       0          1  0  1
#> SRR660042      2       0          1  0  1
#> SRR2170864     2       0          1  0  1
#> SRR1440491     2       0          1  0  1
#> SRR1440852     2       0          1  0  1
#> SRR811169      1       0          1  1  0
#> SRR1331311     2       0          1  0  1
#> SRR818009      1       0          1  1  0
#> SRR1351836     2       0          1  0  1
#> SRR1498313     2       0          1  0  1
#> SRR1441975     2       0          1  0  1
#> SRR819096      1       0          1  1  0
#> SRR1073679     2       0          1  0  1
#> SRR1489116     2       0          1  0  1
#> SRR1354138     2       0          1  0  1
#> SRR1490589     2       0          1  0  1
#> SRR1412987     2       0          1  0  1
#> SRR602034      2       0          1  0  1
#> SRR1353437     1       0          1  1  0
#> SRR1072871     2       0          1  0  1
#> SRR661577      2       0          1  0  1
#> SRR612190      2       0          1  0  1
#> SRR1399880     1       0          1  1  0
#> SRR1101787     2       0          1  0  1
#> SRR657869      1       0          1  1  0
#> SRR1446332     1       0          1  1  0
#> SRR816039      1       0          1  1  0
#> SRR1485141     2       0          1  0  1
#> SRR1476697     1       0          1  1  0
#> SRR1379538     2       0          1  0  1
#> SRR1331422     1       0          1  1  0
#> SRR660859      2       0          1  0  1
#> SRR1097594     1       0          1  1  0
#> SRR1311419     2       0          1  0  1
#> SRR1336706     2       0          1  0  1
#> SRR1472976     2       0          1  0  1
#> SRR1321307     1       0          1  1  0
#> SRR807493      1       0          1  1  0
#> SRR812461      2       0          1  0  1
#> SRR1477149     2       0          1  0  1
#> SRR1457397     2       0          1  0  1
#> SRR661913      2       0          1  0  1
#> SRR1069024     2       0          1  0  1
#> SRR2165634     1       0          1  1  0
#> SRR1478722     2       0          1  0  1
#> SRR1328642     2       0          1  0  1
#> SRR1488261     2       0          1  0  1
#> SRR1318815     2       0          1  0  1
#> SRR816945      1       0          1  1  0
#> SRR1367432     2       0          1  0  1
#> SRR1359280     2       0          1  0  1
#> SRR1313910     2       0          1  0  1
#> SRR1457315     2       0          1  0  1
#> SRR815398      1       0          1  1  0
#> SRR656958      2       0          1  0  1
#> SRR600688      2       0          1  0  1
#> SRR1098952     1       0          1  1  0
#> SRR1314916     2       0          1  0  1
#> SRR614167      2       0          1  0  1
#> SRR1348114     2       0          1  0  1
#> SRR658033      2       0          1  0  1
#> SRR1077503     2       0          1  0  1
#> SRR661854      2       0          1  0  1
#> SRR811379      2       0          1  0  1
#> SRR1318857     2       0          1  0  1
#> SRR656445      2       0          1  0  1
#> SRR1433044     2       0          1  0  1
#> SRR1486391     1       0          1  1  0
#> SRR656071      2       0          1  0  1
#> SRR1364824     1       0          1  1  0
#> SRR1379133     1       0          1  1  0
#> SRR1394169     1       0          1  1  0
#> SRR816745      2       0          1  0  1
#> SRR601038      2       0          1  0  1
#> SRR1360080     1       0          1  1  0
#> SRR814868      2       0          1  0  1
#> SRR1485997     1       0          1  1  0
#> SRR1435560     2       0          1  0  1
#> SRR1333330     1       0          1  1  0
#> SRR663513      2       0          1  0  1
#> SRR1328407     2       0          1  0  1
#> SRR602784      2       0          1  0  1
#> SRR1348468     2       0          1  0  1
#> SRR663717      2       0          1  0  1
#> SRR602217      2       0          1  0  1
#> SRR603140      2       0          1  0  1
#> SRR1340804     1       0          1  1  0
#> SRR1457574     2       0          1  0  1
#> SRR1333462     2       0          1  0  1
#> SRR1094601     1       0          1  1  0
#> SRR1434610     2       0          1  0  1
#> SRR1435833     2       0          1  0  1
#> SRR1398728     2       0          1  0  1
#> SRR1358343     2       0          1  0  1
#> SRR1410890     2       0          1  0  1
#> SRR1350371     1       0          1  1  0
#> SRR1392478     2       0          1  0  1
#> SRR1099260     2       0          1  0  1
#> SRR1433576     2       0          1  0  1
#> SRR1345541     2       0          1  0  1
#> SRR1086328     1       0          1  1  0
#> SRR810391      2       0          1  0  1
#> SRR1476207     2       0          1  0  1
#> SRR627435      2       0          1  0  1
#> SRR1489862     1       0          1  1  0
#> SRR1419086     1       0          1  1  0
#> SRR1436539     1       0          1  1  0
#> SRR1396191     2       0          1  0  1
#> SRR1490115     2       0          1  0  1
#> SRR1377714     2       0          1  0  1
#> SRR819394      1       0          1  1  0
#> SRR663161      2       0          1  0  1
#> SRR607042      2       0          1  0  1
#> SRR656203      2       0          1  0  1
#> SRR660602      2       0          1  0  1
#> SRR1440397     1       0          1  1  0
#> SRR1369264     1       0          1  1  0
#> SRR809233      1       0          1  1  0
#> SRR663249      2       0          1  0  1
#> SRR661242      2       0          1  0  1
#> SRR1332007     2       0          1  0  1
#> SRR809619      2       0          1  0  1
#> SRR819975      1       0          1  1  0
#> SRR599281      2       0          1  0  1
#> SRR662366      2       0          1  0  1
#> SRR1317898     2       0          1  0  1
#> SRR1382485     2       0          1  0  1
#> SRR2166420     1       0          1  1  0
#> SRR1419429     1       0          1  1  0
#> SRR1092541     2       0          1  0  1
#> SRR817444      2       0          1  0  1
#> SRR1320403     2       0          1  0  1
#> SRR1101483     2       0          1  0  1
#> SRR1331684     2       0          1  0  1
#> SRR1400054     2       0          1  0  1
#> SRR1406088     2       0          1  0  1
#> SRR820733      2       0          1  0  1
#> SRR1314113     2       0          1  0  1
#> SRR1382615     2       0          1  0  1
#> SRR1480745     1       0          1  1  0
#> SRR1468850     2       0          1  0  1
#> SRR656782      2       0          1  0  1
#> SRR821364      1       0          1  1  0
#> SRR1101106     1       0          1  1  0
#> SRR659295      2       0          1  0  1
#> SRR1357103     2       0          1  0  1
#> SRR809185      2       0          1  0  1
#> SRR811583      2       0          1  0  1
#> SRR1468050     1       0          1  1  0
#> SRR1440224     2       0          1  0  1

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>            class entropy silhouette p1    p2    p3
#> SRR1500170     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1402368     3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR607743      2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1457375     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1470923     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR817954      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR809259      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1439785     3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR814768      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1102031     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1363611     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1468447     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1071931     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR810981      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR615299      2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR663585      3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR1326773     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1351166     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1477452     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1084720     3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR1420320     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1081712     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1318241     2  0.2356      0.904  0 0.928 0.072
#> SRR1333718     3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR1313514     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1477861     2  0.5926      0.466  0 0.644 0.356
#> SRR1318005     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1354665     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR657707      2  0.6291      0.146  0 0.532 0.468
#> SRR1370742     3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR1412947     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR661553      2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1328869     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR662211      2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1348181     3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR1416560     3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR1319772     3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR1091452     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1338812     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1392072     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR814844      2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1376619     3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR603690      2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR2184980     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR613963      2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1323422     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1397673     3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR1434650     2  0.4931      0.702  0 0.768 0.232
#> SRR659875      3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR1465734     2  0.6235      0.251  0 0.564 0.436
#> SRR1076847     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1415072     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR659319      3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR663088      2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1352021     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1325527     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR659935      2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1352530     3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR662594      2  0.4931      0.702  0 0.768 0.232
#> SRR1095309     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR615647      3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR813019      3  0.6260      0.161  0 0.448 0.552
#> SRR1374647     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR603472      2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR661529      2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR607018      3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR627423      2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR654921      2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1418968     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR660871      3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR1330522     3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR1499958     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR614059      3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR1071403     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1486719     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1440421     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1310412     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR614767      2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR820709      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR658093      3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR1088168     3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR1418707     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1354291     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR2165806     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1415684     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1433860     3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR1311062     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1360359     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR661385      3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR615407      2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1413892     3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR1443459     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1338942     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR657480      3  0.6215      0.228  0 0.428 0.572
#> SRR1399433     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR818537      3  0.1964      0.913  0 0.056 0.944
#> SRR1101324     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR807637      2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1091918     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR598300      2  0.3816      0.818  0 0.852 0.148
#> SRR1085426     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1376294     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR813891      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1467431     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR658742      2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1419234     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1404813     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR603496      2  0.5016      0.689  0 0.760 0.240
#> SRR1407758     3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR810945      2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR817234      2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1444852     3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR660378      3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR1467835     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1338964     3  0.6235      0.202  0 0.436 0.564
#> SRR1079259     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1072345     2  0.5216      0.656  0 0.740 0.260
#> SRR598725      3  0.0747      0.958  0 0.016 0.984
#> SRR1447938     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1356397     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1360460     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1429468     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1446850     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1320363     3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR1413810     3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR598831      2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1381865     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR660957      3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR1491332     3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR1099744     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1464618     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1414559     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1337540     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1444283     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR2184942     3  0.3482      0.829  0 0.128 0.872
#> SRR660295      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR601335      3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR1363742     3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR1345847     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR614960      3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR819919      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR603330      2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1327951     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1345266     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1338055     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1430157     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1320137     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1093483     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1341080     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1459913     3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR2170490     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1479845     2  0.6215      0.276  0 0.572 0.428
#> SRR1436420     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1481060     3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR662282      3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR1487089     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1075683     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1338536     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1338880     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1453456     3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR1457895     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1440603     2  0.4346      0.771  0 0.816 0.184
#> SRR658633      2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1388081     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR813339      3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR809725      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR627441      2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR613603      2  0.4931      0.701  0 0.768 0.232
#> SRR1096571     3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR1392701     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1344326     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1367693     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR660697      2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1489926     2  0.6154      0.333  0 0.592 0.408
#> SRR811491      3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR1311644     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1451740     3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR615117      2  0.5397      0.622  0 0.720 0.280
#> SRR1391748     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1466556     3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR614972      3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR1406200     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR819210      2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR662174      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR811988      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR663236      2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1312598     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1330129     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1357781     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1315517     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1400032     3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR1413722     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR612827      3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR814794      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR819430      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1395509     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR808728      3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR1070813     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1389133     2  0.5760      0.527  0 0.672 0.328
#> SRR601263      2  0.6295      0.133  0 0.528 0.472
#> SRR604718      2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1481351     3  0.1163      0.945  0 0.028 0.972
#> SRR1334608     3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR658681      3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR809283      2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1459300     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1392547     3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR811049      2  0.3038      0.869  0 0.896 0.104
#> SRR1464835     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1339619     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR658501      3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR1447523     3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR1415048     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1444348     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR603890      2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR810595      3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR1446244     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR817373      2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1457291     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR598220      2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1477991     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR598172      2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1349032     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR604002      2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1378026     3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR1404401     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1333240     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1089399     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR603421      2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR812562      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR808520      3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR811839      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR814317      2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1436763     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1486021     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1465018     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1080998     2  0.6095      0.377  0 0.608 0.392
#> SRR1083432     3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR1082833     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1326536     3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR614011      2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1365873     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1498789     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR601581      2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR603566      3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR1373981     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR821410      2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1076511     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR614143      2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1333570     3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR1366813     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1388746     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1420558     2  0.4555      0.748  0 0.800 0.200
#> SRR1409510     3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR816250      2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR614131      2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1331130     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1316015     3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR1470798     3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR614179      3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR1474863     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR813560      2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1312187     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1420960     3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR1355102     3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR1084577     3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR659971      2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1350855     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR820779      3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR1476300     3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR1090907     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR662294      2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1480789     3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR1336263     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR660776      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1090508     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR615563      2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1101175     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR2164650     3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR1431205     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1339856     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1352147     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR808968      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR627419      2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1402391     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR663609      3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR2167857     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1398752     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1405437     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1416955     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1317064     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR659001      2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR2170696     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR816589      3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR1087487     3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR1329485     3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR816920      2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1341432     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1361590     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR817046      3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR1471331     3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR660788      2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR819234      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR810853      3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR809427      2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR2170217     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1386967     3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR1420344     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1334535     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR614503      2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR602564      2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1420669     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR819024      3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR656223      3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR608428      2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1345647     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1389324     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1361368     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1322619     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1349276     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1404024     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1370637     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1452631     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR608392      3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR1357757     2  0.0237      0.968  0 0.996 0.004
#> SRR1074646     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1367499     3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR1343501     3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR1394406     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1381435     3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR1467407     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1092422     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1380270     3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR1091817     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1440137     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR614311      2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1407516     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR815494      3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR1333209     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR615177      2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1099648     3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR659720      2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR2185057     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1467125     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR657468      2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR660042      3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR2170864     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1440491     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1440852     3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR811169      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1331311     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR818009      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1351836     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1498313     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1441975     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR819096      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1073679     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1489116     3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR1354138     3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR1490589     3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR1412987     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR602034      3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR1353437     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1072871     2  0.1031      0.950  0 0.976 0.024
#> SRR661577      2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR612190      2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1399880     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1101787     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR657869      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1446332     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR816039      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1485141     3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR1476697     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1379538     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1331422     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR660859      2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1097594     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1311419     3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR1336706     3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR1472976     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1321307     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR807493      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR812461      3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR1477149     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1457397     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR661913      3  0.0747      0.958  0 0.016 0.984
#> SRR1069024     3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR2165634     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1478722     3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR1328642     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1488261     3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR1318815     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR816945      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1367432     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1359280     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1313910     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1457315     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR815398      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR656958      3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR600688      2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1098952     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1314916     3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR614167      3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR1348114     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR658033      2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1077503     3  0.5968      0.413  0 0.364 0.636
#> SRR661854      2  0.3340      0.851  0 0.880 0.120
#> SRR811379      2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1318857     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR656445      3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR1433044     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1486391     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR656071      3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR1364824     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1379133     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR816745      3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR601038      3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR1360080     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR814868      3  0.5016      0.673  0 0.240 0.760
#> SRR1485997     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1435560     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1333330     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR663513      2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1328407     2  0.5560      0.584  0 0.700 0.300
#> SRR602784      3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR1348468     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR663717      2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR602217      2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR603140      2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1340804     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1457574     3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR1333462     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1094601     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1434610     2  0.0592      0.961  0 0.988 0.012
#> SRR1435833     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1398728     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1358343     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1410890     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1350371     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1392478     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1099260     3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR1433576     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1345541     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1086328     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR810391      3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR1476207     2  0.5948      0.456  0 0.640 0.360
#> SRR627435      2  0.0237      0.968  0 0.996 0.004
#> SRR1489862     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1419086     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1396191     3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR1490115     3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR1377714     2  0.0237      0.968  0 0.996 0.004
#> SRR819394      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR663161      2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR607042      3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR656203      2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR660602      3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR1440397     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1369264     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR809233      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR663249      2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR661242      2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1332007     2  0.3192      0.860  0 0.888 0.112
#> SRR809619      2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR819975      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR599281      2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR662366      3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR1317898     3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR1382485     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR2166420     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1419429     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1092541     3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR817444      3  0.5560      0.559  0 0.300 0.700
#> SRR1320403     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1101483     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1331684     3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR1400054     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1406088     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR820733      2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1314113     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1382615     3  0.0000      0.975  0 0.000 1.000
#> SRR1480745     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1468850     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR656782      2  0.6286      0.160  0 0.536 0.464
#> SRR821364      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1101106     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR659295      2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1357103     3  0.4121      0.779  0 0.168 0.832
#> SRR809185      2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR811583      2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000
#> SRR1468050     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1440224     2  0.0000      0.972  0 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>            class entropy silhouette p1    p2    p3    p4
#> SRR1500170     2  0.0592    0.96584  0 0.984 0.000 0.016
#> SRR1402368     3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR607743      4  0.0000    0.93742  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457375     2  0.0921    0.96132  0 0.972 0.000 0.028
#> SRR1470923     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785     3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR814768      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031     2  0.0921    0.96132  0 0.972 0.000 0.028
#> SRR1363611     4  0.0336    0.93288  0 0.008 0.000 0.992
#> SRR1468447     2  0.0592    0.96584  0 0.984 0.000 0.016
#> SRR1071931     4  0.0000    0.93742  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR810981      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299      2  0.0469    0.96468  0 0.988 0.000 0.012
#> SRR663585      3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326773     4  0.0000    0.93742  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1351166     2  0.0817    0.96344  0 0.976 0.000 0.024
#> SRR1477452     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720     3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420320     4  0.2530    0.84903  0 0.112 0.000 0.888
#> SRR1081712     2  0.0921    0.96132  0 0.972 0.000 0.028
#> SRR1318241     4  0.0707    0.92827  0 0.000 0.020 0.980
#> SRR1333718     3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313514     2  0.0000    0.95995  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477861     3  0.0592    0.98000  0 0.016 0.984 0.000
#> SRR1318005     2  0.0000    0.95995  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354665     2  0.0707    0.96490  0 0.980 0.000 0.020
#> SRR657707      4  0.3219    0.83018  0 0.000 0.164 0.836
#> SRR1370742     3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1412947     2  0.0921    0.96132  0 0.972 0.000 0.028
#> SRR661553      4  0.0000    0.93742  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1328869     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211      2  0.0592    0.96584  0 0.984 0.000 0.016
#> SRR1348181     3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416560     3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319772     3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091452     4  0.0000    0.93742  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1338812     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072     2  0.0336    0.96316  0 0.992 0.000 0.008
#> SRR814844      4  0.0000    0.93742  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1376619     3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR603690      4  0.0000    0.93742  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR2184980     2  0.0592    0.96584  0 0.984 0.000 0.016
#> SRR613963      4  0.0000    0.93742  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1323422     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673     3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434650     2  0.4830    0.32461  0 0.608 0.392 0.000
#> SRR659875      3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465734     4  0.3172    0.83433  0 0.000 0.160 0.840
#> SRR1076847     2  0.0000    0.95995  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415072     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319      3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR663088      4  0.0000    0.93742  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352021     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935      4  0.1637    0.89528  0 0.060 0.000 0.940
#> SRR1352530     3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR662594      4  0.3172    0.83419  0 0.000 0.160 0.840
#> SRR1095309     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647      3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR813019      3  0.1059    0.97013  0 0.012 0.972 0.016
#> SRR1374647     2  0.0817    0.96344  0 0.976 0.000 0.024
#> SRR603472      2  0.0000    0.95995  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR661529      4  0.0000    0.93742  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR607018      3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR627423      4  0.4817    0.37496  0 0.388 0.000 0.612
#> SRR654921      4  0.0000    0.93742  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418968     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871      3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330522     3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499958     2  0.0592    0.96584  0 0.984 0.000 0.016
#> SRR614059      3  0.1557    0.93333  0 0.000 0.944 0.056
#> SRR1071403     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719     2  0.0592    0.96584  0 0.984 0.000 0.016
#> SRR1440421     2  0.0000    0.95995  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310412     4  0.2281    0.88539  0 0.000 0.096 0.904
#> SRR614767      2  0.0592    0.96584  0 0.984 0.000 0.016
#> SRR820709      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093      3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088168     3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418707     2  0.0592    0.96584  0 0.984 0.000 0.016
#> SRR1354291     2  0.0000    0.95995  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2165806     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684     4  0.0000    0.93742  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433860     3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311062     2  0.0592    0.96584  0 0.984 0.000 0.016
#> SRR1360359     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385      3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR615407      2  0.0592    0.96584  0 0.984 0.000 0.016
#> SRR1413892     3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443459     2  0.0921    0.96132  0 0.972 0.000 0.028
#> SRR1338942     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480      4  0.3764    0.77022  0 0.000 0.216 0.784
#> SRR1399433     4  0.0000    0.93742  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR818537      3  0.0592    0.98000  0 0.016 0.984 0.000
#> SRR1101324     4  0.0000    0.93742  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR807637      4  0.0000    0.93742  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1091918     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300      4  0.3024    0.84488  0 0.000 0.148 0.852
#> SRR1085426     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294     2  0.0592    0.96584  0 0.984 0.000 0.016
#> SRR813891      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431     4  0.1557    0.89955  0 0.056 0.000 0.944
#> SRR658742      4  0.0000    0.93742  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419234     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813     2  0.0592    0.96584  0 0.984 0.000 0.016
#> SRR603496      3  0.0817    0.96742  0 0.000 0.976 0.024
#> SRR1407758     3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR810945      2  0.0707    0.96490  0 0.980 0.000 0.020
#> SRR817234      2  0.0000    0.95995  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444852     3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR660378      3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467835     2  0.0707    0.96490  0 0.980 0.000 0.020
#> SRR1338964     4  0.3486    0.80438  0 0.000 0.188 0.812
#> SRR1079259     4  0.0188    0.93588  0 0.000 0.004 0.996
#> SRR1072345     4  0.1637    0.90801  0 0.000 0.060 0.940
#> SRR598725      3  0.4817    0.30996  0 0.000 0.612 0.388
#> SRR1447938     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460     4  0.0000    0.93742  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1429468     2  0.0592    0.96584  0 0.984 0.000 0.016
#> SRR1446850     2  0.0592    0.96584  0 0.984 0.000 0.016
#> SRR1320363     3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413810     3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR598831      2  0.0592    0.96584  0 0.984 0.000 0.016
#> SRR1381865     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957      3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1491332     3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099744     2  0.0592    0.96584  0 0.984 0.000 0.016
#> SRR1464618     2  0.2589    0.86972  0 0.884 0.000 0.116
#> SRR1414559     4  0.0000    0.93742  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1337540     4  0.0000    0.93742  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1444283     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942     4  0.3219    0.83018  0 0.000 0.164 0.836
#> SRR660295      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335      3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363742     3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345847     4  0.4040    0.65455  0 0.248 0.000 0.752
#> SRR614960      3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR819919      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330      2  0.0000    0.95995  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327951     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266     2  0.0817    0.96344  0 0.976 0.000 0.024
#> SRR1338055     2  0.0000    0.95995  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430157     2  0.0592    0.96584  0 0.984 0.000 0.016
#> SRR1320137     2  0.0921    0.96132  0 0.972 0.000 0.028
#> SRR1093483     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913     3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170490     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845     4  0.3688    0.78109  0 0.000 0.208 0.792
#> SRR1436420     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060     3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR662282      3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487089     4  0.0000    0.93742  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1075683     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880     2  0.0921    0.96132  0 0.972 0.000 0.028
#> SRR1453456     3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457895     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603     3  0.0592    0.98000  0 0.016 0.984 0.000
#> SRR658633      2  0.0592    0.96584  0 0.984 0.000 0.016
#> SRR1388081     4  0.0592    0.92787  0 0.016 0.000 0.984
#> SRR813339      3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR809725      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441      2  0.0000    0.95995  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR613603      4  0.3123    0.83803  0 0.000 0.156 0.844
#> SRR1096571     3  0.0336    0.98501  0 0.008 0.992 0.000
#> SRR1392701     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693     2  0.0817    0.96344  0 0.976 0.000 0.024
#> SRR660697      4  0.4193    0.63791  0 0.268 0.000 0.732
#> SRR1489926     4  0.4679    0.52871  0 0.000 0.352 0.648
#> SRR811491      3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311644     4  0.0000    0.93742  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1451740     3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR615117      3  0.1389    0.94966  0 0.048 0.952 0.000
#> SRR1391748     4  0.0000    0.93742  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466556     3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR614972      3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406200     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210      4  0.0000    0.93742  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR662174      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236      4  0.0000    0.93742  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1312598     2  0.0592    0.96584  0 0.984 0.000 0.016
#> SRR1330129     2  0.0000    0.95995  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357781     2  0.0000    0.95995  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315517     2  0.0000    0.95995  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400032     3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413722     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827      3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR814794      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509     4  0.0000    0.93742  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR808728      3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070813     2  0.0707    0.96490  0 0.980 0.000 0.020
#> SRR1389133     4  0.3172    0.83419  0 0.000 0.160 0.840
#> SRR601263      4  0.3219    0.83018  0 0.000 0.164 0.836
#> SRR604718      4  0.0000    0.93742  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1481351     3  0.0336    0.98207  0 0.000 0.992 0.008
#> SRR1334608     3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR658681      3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR809283      4  0.0000    0.93742  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1459300     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547     3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR811049      4  0.2760    0.86144  0 0.000 0.128 0.872
#> SRR1464835     4  0.0000    0.93742  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339619     2  0.0817    0.96344  0 0.976 0.000 0.024
#> SRR658501      3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447523     3  0.0592    0.97589  0 0.000 0.984 0.016
#> SRR1415048     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348     2  0.0707    0.96490  0 0.980 0.000 0.020
#> SRR603890      2  0.0000    0.95995  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR810595      3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446244     2  0.0921    0.96132  0 0.972 0.000 0.028
#> SRR817373      4  0.0000    0.93742  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457291     2  0.4776    0.41666  0 0.624 0.000 0.376
#> SRR598220      4  0.0000    0.93742  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1477991     2  0.0592    0.96584  0 0.984 0.000 0.016
#> SRR598172      2  0.0469    0.96468  0 0.988 0.000 0.012
#> SRR1349032     2  0.0817    0.96344  0 0.976 0.000 0.024
#> SRR604002      2  0.0000    0.95995  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378026     3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404401     2  0.0000    0.95995  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333240     2  0.0000    0.95995  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1089399     2  0.0592    0.96584  0 0.984 0.000 0.016
#> SRR603421      2  0.0000    0.95995  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR812562      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520      3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR811839      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317      2  0.0592    0.96584  0 0.984 0.000 0.016
#> SRR1436763     4  0.0000    0.93742  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1486021     4  0.3356    0.76967  0 0.176 0.000 0.824
#> SRR1465018     2  0.0000    0.95995  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080998     4  0.3172    0.83419  0 0.000 0.160 0.840
#> SRR1083432     3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082833     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536     3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR614011      2  0.0817    0.96344  0 0.976 0.000 0.024
#> SRR1365873     2  0.0592    0.96584  0 0.984 0.000 0.016
#> SRR1498789     2  0.0592    0.96584  0 0.984 0.000 0.016
#> SRR601581      2  0.4948    0.21704  0 0.560 0.000 0.440
#> SRR603566      3  0.0336    0.98501  0 0.008 0.992 0.000
#> SRR1373981     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410      2  0.0921    0.96132  0 0.972 0.000 0.028
#> SRR1076511     4  0.0000    0.93742  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR614143      4  0.3123    0.83784  0 0.000 0.156 0.844
#> SRR1333570     3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366813     2  0.0592    0.96584  0 0.984 0.000 0.016
#> SRR1388746     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558     4  0.0592    0.93081  0 0.000 0.016 0.984
#> SRR1409510     3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR816250      2  0.0592    0.96584  0 0.984 0.000 0.016
#> SRR614131      2  0.4981    0.12982  0 0.536 0.000 0.464
#> SRR1331130     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015     3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470798     3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR614179      3  0.0592    0.98000  0 0.016 0.984 0.000
#> SRR1474863     2  0.0592    0.96584  0 0.984 0.000 0.016
#> SRR813560      2  0.0592    0.96584  0 0.984 0.000 0.016
#> SRR1312187     4  0.2589    0.84152  0 0.116 0.000 0.884
#> SRR1420960     3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355102     3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084577     3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR659971      2  0.0592    0.96584  0 0.984 0.000 0.016
#> SRR1350855     4  0.0000    0.93742  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR820779      3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476300     3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090907     4  0.0000    0.93742  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR662294      2  0.0000    0.95995  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480789     3  0.0592    0.98000  0 0.016 0.984 0.000
#> SRR1336263     4  0.0000    0.93742  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR660776      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508     2  0.0000    0.95995  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR615563      4  0.0000    0.93742  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1101175     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650     3  0.0336    0.98501  0 0.008 0.992 0.000
#> SRR1431205     2  0.0592    0.96584  0 0.984 0.000 0.016
#> SRR1339856     2  0.5000   -0.00975  0 0.500 0.000 0.500
#> SRR1352147     2  0.0921    0.96132  0 0.972 0.000 0.028
#> SRR808968      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419      2  0.0000    0.95995  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402391     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609      3  0.0336    0.98501  0 0.008 0.992 0.000
#> SRR2167857     2  0.0000    0.95995  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398752     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437     2  0.0592    0.96584  0 0.984 0.000 0.016
#> SRR1416955     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064     4  0.2469    0.85466  0 0.108 0.000 0.892
#> SRR659001      4  0.0000    0.93742  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170696     4  0.0000    0.93742  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR816589      3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087487     3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329485     3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR816920      4  0.0000    0.93742  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1341432     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590     4  0.0000    0.93742  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR817046      3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471331     3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR660788      4  0.0000    0.93742  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR819234      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853      3  0.0592    0.98000  0 0.016 0.984 0.000
#> SRR809427      4  0.0000    0.93742  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170217     4  0.0000    0.93742  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1386967     3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420344     2  0.0817    0.96344  0 0.976 0.000 0.024
#> SRR1334535     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503      4  0.0000    0.93742  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR602564      4  0.0000    0.93742  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420669     4  0.0000    0.93742  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR819024      3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR656223      3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR608428      2  0.0817    0.96344  0 0.976 0.000 0.024
#> SRR1345647     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324     2  0.0000    0.95995  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361368     2  0.0921    0.96132  0 0.972 0.000 0.028
#> SRR1322619     2  0.0592    0.96584  0 0.984 0.000 0.016
#> SRR1349276     4  0.0000    0.93742  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404024     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637     2  0.0592    0.96584  0 0.984 0.000 0.016
#> SRR1452631     4  0.0000    0.93742  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR608392      3  0.0336    0.98501  0 0.008 0.992 0.000
#> SRR1357757     4  0.2868    0.85499  0 0.000 0.136 0.864
#> SRR1074646     4  0.0000    0.93742  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1367499     3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343501     3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394406     4  0.0592    0.93070  0 0.000 0.016 0.984
#> SRR1381435     3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467407     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422     2  0.0000    0.95995  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380270     3  0.0592    0.98000  0 0.016 0.984 0.000
#> SRR1091817     2  0.0592    0.96584  0 0.984 0.000 0.016
#> SRR1440137     2  0.0707    0.96490  0 0.980 0.000 0.020
#> SRR614311      2  0.0921    0.96132  0 0.972 0.000 0.028
#> SRR1407516     4  0.0000    0.93742  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR815494      3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333209     4  0.0000    0.93742  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR615177      4  0.0000    0.93742  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099648     3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR659720      4  0.3123    0.83784  0 0.000 0.156 0.844
#> SRR2185057     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468      4  0.0000    0.93742  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR660042      3  0.1211    0.95118  0 0.000 0.960 0.040
#> SRR2170864     2  0.0817    0.96344  0 0.976 0.000 0.024
#> SRR1440491     4  0.0188    0.93523  0 0.004 0.000 0.996
#> SRR1440852     3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR811169      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311     4  0.2760    0.83244  0 0.128 0.000 0.872
#> SRR818009      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836     2  0.0592    0.96584  0 0.984 0.000 0.016
#> SRR1498313     2  0.0000    0.95995  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441975     2  0.0592    0.96584  0 0.984 0.000 0.016
#> SRR819096      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679     4  0.0000    0.93742  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1489116     3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354138     3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490589     3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1412987     4  0.0000    0.93742  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR602034      3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353437     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871     4  0.3123    0.83784  0 0.000 0.156 0.844
#> SRR661577      4  0.0000    0.93742  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR612190      4  0.0000    0.93742  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399880     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787     4  0.0000    0.93742  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR657869      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141     3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476697     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538     2  0.4500    0.54704  0 0.684 0.000 0.316
#> SRR1331422     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859      4  0.1557    0.91007  0 0.000 0.056 0.944
#> SRR1097594     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419     3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336706     3  0.0336    0.98501  0 0.008 0.992 0.000
#> SRR1472976     4  0.0000    0.93742  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1321307     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461      3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477149     2  0.0000    0.95995  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457397     2  0.0000    0.95995  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR661913      3  0.4998   -0.05083  0 0.000 0.512 0.488
#> SRR1069024     3  0.0592    0.98000  0 0.016 0.984 0.000
#> SRR2165634     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722     3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328642     2  0.0336    0.96329  0 0.992 0.000 0.008
#> SRR1488261     3  0.0469    0.97959  0 0.000 0.988 0.012
#> SRR1318815     4  0.0000    0.93742  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR816945      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432     4  0.0000    0.93742  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359280     2  0.0000    0.95995  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313910     2  0.0921    0.96132  0 0.972 0.000 0.028
#> SRR1457315     4  0.0000    0.93742  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR815398      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958      3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR600688      4  0.0000    0.93742  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098952     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916     3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR614167      3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348114     2  0.0921    0.96132  0 0.972 0.000 0.028
#> SRR658033      4  0.4941    0.23343  0 0.436 0.000 0.564
#> SRR1077503     4  0.3219    0.83018  0 0.000 0.164 0.836
#> SRR661854      4  0.3219    0.83018  0 0.000 0.164 0.836
#> SRR811379      4  0.0188    0.93523  0 0.004 0.000 0.996
#> SRR1318857     2  0.0592    0.96584  0 0.984 0.000 0.016
#> SRR656445      3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433044     2  0.0000    0.95995  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486391     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071      3  0.0336    0.98314  0 0.000 0.992 0.008
#> SRR1364824     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745      3  0.0592    0.98000  0 0.016 0.984 0.000
#> SRR601038      3  0.0592    0.98000  0 0.016 0.984 0.000
#> SRR1360080     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868      4  0.3266    0.82592  0 0.000 0.168 0.832
#> SRR1485997     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560     4  0.0000    0.93742  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333330     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513      4  0.0000    0.93742  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1328407     4  0.7096    0.41148  0 0.144 0.332 0.524
#> SRR602784      3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348468     4  0.0000    0.93742  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR663717      2  0.3311    0.79794  0 0.828 0.000 0.172
#> SRR602217      2  0.3266    0.80331  0 0.832 0.000 0.168
#> SRR603140      4  0.0000    0.93742  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340804     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574     3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333462     2  0.0000    0.95995  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1094601     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610     4  0.1118    0.92065  0 0.000 0.036 0.964
#> SRR1435833     4  0.0000    0.93742  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1398728     2  0.0707    0.96490  0 0.980 0.000 0.020
#> SRR1358343     4  0.0000    0.93742  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1410890     2  0.0707    0.96490  0 0.980 0.000 0.020
#> SRR1350371     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478     2  0.0592    0.96584  0 0.984 0.000 0.016
#> SRR1099260     3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433576     4  0.0000    0.93742  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1345541     4  0.0000    0.93742  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1086328     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391      3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476207     4  0.3219    0.83018  0 0.000 0.164 0.836
#> SRR627435      4  0.5374    0.69473  0 0.052 0.244 0.704
#> SRR1489862     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191     3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490115     3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377714     4  0.3123    0.83784  0 0.000 0.156 0.844
#> SRR819394      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161      4  0.0000    0.93742  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR607042      3  0.0188    0.98720  0 0.004 0.996 0.000
#> SRR656203      4  0.2921    0.81467  0 0.140 0.000 0.860
#> SRR660602      3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440397     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249      2  0.0592    0.96584  0 0.984 0.000 0.016
#> SRR661242      4  0.0000    0.93742  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1332007     3  0.0592    0.98000  0 0.016 0.984 0.000
#> SRR809619      4  0.2281    0.86327  0 0.096 0.000 0.904
#> SRR819975      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281      2  0.0592    0.96584  0 0.984 0.000 0.016
#> SRR662366      3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317898     3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382485     4  0.0000    0.93742  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR2166420     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541     3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR817444      4  0.3444    0.80859  0 0.000 0.184 0.816
#> SRR1320403     2  0.0336    0.96316  0 0.992 0.000 0.008
#> SRR1101483     2  0.0817    0.96344  0 0.976 0.000 0.024
#> SRR1331684     3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400054     4  0.0000    0.93742  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406088     2  0.0921    0.96132  0 0.972 0.000 0.028
#> SRR820733      4  0.0000    0.93742  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1314113     4  0.0000    0.93742  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1382615     3  0.0000    0.98932  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480745     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850     2  0.0817    0.96344  0 0.976 0.000 0.024
#> SRR656782      4  0.2149    0.89111  0 0.000 0.088 0.912
#> SRR821364      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295      2  0.0000    0.95995  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357103     3  0.0592    0.98000  0 0.016 0.984 0.000
#> SRR809185      2  0.3801    0.72558  0 0.780 0.000 0.220
#> SRR811583      4  0.0000    0.93742  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468050     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224     2  0.0592    0.96584  0 0.984 0.000 0.016

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>            class entropy silhouette p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR1500170     2  0.0162     0.8810  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1402368     3  0.0324     0.9498  0 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR607743      4  0.2127     0.8258  0 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1457375     2  0.0566     0.8807  0 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1470923     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785     3  0.0000     0.9554  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814768      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031     2  0.0510     0.8797  0 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1363611     2  0.3642     0.7229  0 0.760 0.000 0.232 0.008
#> SRR1468447     2  0.0609     0.8774  0 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1071931     4  0.3992     0.6059  0 0.268 0.000 0.720 0.012
#> SRR810981      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299      2  0.1965     0.8278  0 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR663585      3  0.0162     0.9533  0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1326773     4  0.1668     0.8377  0 0.028 0.000 0.940 0.032
#> SRR1351166     2  0.0290     0.8804  0 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1477452     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720     3  0.0000     0.9554  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420320     2  0.3700     0.7129  0 0.752 0.000 0.240 0.008
#> SRR1081712     2  0.0324     0.8818  0 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1318241     4  0.2280     0.8209  0 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR1333718     3  0.0162     0.9533  0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1313514     5  0.3305     0.6832  0 0.224 0.000 0.000 0.776
#> SRR1477861     5  0.2471     0.7811  0 0.000 0.136 0.000 0.864
#> SRR1318005     5  0.3366     0.6713  0 0.232 0.000 0.000 0.768
#> SRR1354665     2  0.0609     0.8796  0 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR657707      4  0.3375     0.7938  0 0.000 0.056 0.840 0.104
#> SRR1370742     3  0.0671     0.9395  0 0.000 0.980 0.016 0.004
#> SRR1412947     2  0.0510     0.8797  0 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR661553      4  0.0963     0.8281  0 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1328869     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211      2  0.0000     0.8811  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348181     3  0.0000     0.9554  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416560     3  0.0000     0.9554  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319772     3  0.4930     0.4922  0 0.000 0.684 0.244 0.072
#> SRR1091452     4  0.4549     0.0113  0 0.464 0.000 0.528 0.008
#> SRR1338812     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072     2  0.1270     0.8598  0 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR814844      4  0.0290     0.8380  0 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1376619     3  0.0000     0.9554  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603690      4  0.4003     0.5337  0 0.288 0.000 0.704 0.008
#> SRR2184980     2  0.0609     0.8810  0 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR613963      4  0.0162     0.8404  0 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1323422     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673     3  0.0000     0.9554  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434650     5  0.3115     0.7927  0 0.036 0.112 0.000 0.852
#> SRR659875      5  0.3895     0.6051  0 0.000 0.320 0.000 0.680
#> SRR1465734     4  0.3339     0.7971  0 0.000 0.048 0.840 0.112
#> SRR1076847     5  0.3109     0.7067  0 0.200 0.000 0.000 0.800
#> SRR1415072     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319      3  0.3354     0.7851  0 0.000 0.844 0.088 0.068
#> SRR663088      4  0.0404     0.8415  0 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1352021     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935      2  0.3957     0.6576  0 0.712 0.000 0.280 0.008
#> SRR1352530     3  0.0000     0.9554  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662594      4  0.3193     0.8023  0 0.000 0.028 0.840 0.132
#> SRR1095309     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647      3  0.0000     0.9554  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813019      5  0.5472     0.5927  0 0.000 0.156 0.188 0.656
#> SRR1374647     2  0.3970     0.7395  0 0.788 0.000 0.156 0.056
#> SRR603472      5  0.1121     0.7714  0 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR661529      4  0.0703     0.8413  0 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR607018      3  0.5834     0.2767  0 0.000 0.588 0.136 0.276
#> SRR627423      2  0.4990     0.3718  0 0.600 0.000 0.360 0.040
#> SRR654921      4  0.0290     0.8380  0 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1418968     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871      3  0.0000     0.9554  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330522     3  0.0000     0.9554  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499958     2  0.0609     0.8796  0 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR614059      3  0.2286     0.8279  0 0.000 0.888 0.108 0.004
#> SRR1071403     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719     2  0.0609     0.8810  0 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1440421     2  0.1965     0.8269  0 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1310412     4  0.3061     0.8052  0 0.000 0.020 0.844 0.136
#> SRR614767      2  0.0290     0.8804  0 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR820709      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093      3  0.1485     0.9109  0 0.000 0.948 0.032 0.020
#> SRR1088168     3  0.0162     0.9532  0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1418707     2  0.0609     0.8810  0 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1354291     2  0.4015     0.4429  0 0.652 0.000 0.000 0.348
#> SRR2165806     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684     4  0.3728     0.6097  0 0.244 0.000 0.748 0.008
#> SRR1433860     3  0.0000     0.9554  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311062     2  0.0510     0.8784  0 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1360359     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385      3  0.0000     0.9554  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615407      2  0.0703     0.8760  0 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1413892     3  0.0000     0.9554  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443459     2  0.0609     0.8796  0 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1338942     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480      4  0.4357     0.7200  0 0.000 0.128 0.768 0.104
#> SRR1399433     4  0.4464     0.2134  0 0.408 0.000 0.584 0.008
#> SRR818537      5  0.2813     0.7683  0 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR1101324     4  0.1544     0.8357  0 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR807637      4  0.2189     0.8297  0 0.012 0.000 0.904 0.084
#> SRR1091918     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300      4  0.3193     0.8023  0 0.000 0.028 0.840 0.132
#> SRR1085426     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294     2  0.0290     0.8804  0 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR813891      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431     2  0.4088     0.4933  0 0.632 0.000 0.368 0.000
#> SRR658742      4  0.0290     0.8411  0 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1419234     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813     2  0.0609     0.8796  0 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR603496      4  0.4465     0.7158  0 0.000 0.060 0.736 0.204
#> SRR1407758     3  0.0000     0.9554  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810945      2  0.2674     0.8084  0 0.868 0.000 0.012 0.120
#> SRR817234      2  0.3636     0.6061  0 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR1444852     3  0.0000     0.9554  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660378      3  0.0000     0.9554  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467835     2  0.0000     0.8811  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338964     4  0.3506     0.7881  0 0.000 0.064 0.832 0.104
#> SRR1079259     4  0.2477     0.8294  0 0.008 0.008 0.892 0.092
#> SRR1072345     4  0.2818     0.8115  0 0.000 0.012 0.856 0.132
#> SRR598725      3  0.3231     0.6996  0 0.000 0.800 0.196 0.004
#> SRR1447938     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460     2  0.4380     0.4832  0 0.616 0.000 0.376 0.008
#> SRR1429468     2  0.0404     0.8797  0 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1446850     2  0.0609     0.8774  0 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1320363     3  0.0000     0.9554  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413810     3  0.0000     0.9554  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598831      2  0.0162     0.8809  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1381865     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957      3  0.0000     0.9554  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1491332     3  0.0290     0.9508  0 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1099744     2  0.0404     0.8797  0 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1464618     2  0.1251     0.8713  0 0.956 0.000 0.036 0.008
#> SRR1414559     4  0.0290     0.8411  0 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1337540     4  0.2189     0.8297  0 0.012 0.000 0.904 0.084
#> SRR1444283     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942     4  0.3375     0.7938  0 0.000 0.056 0.840 0.104
#> SRR660295      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335      3  0.0000     0.9554  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1363742     3  0.0000     0.9554  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345847     2  0.3519     0.7362  0 0.776 0.000 0.216 0.008
#> SRR614960      3  0.0955     0.9276  0 0.000 0.968 0.028 0.004
#> SRR819919      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330      5  0.2230     0.7753  0 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR1327951     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266     2  0.0609     0.8796  0 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1338055     5  0.2773     0.7399  0 0.164 0.000 0.000 0.836
#> SRR1430157     2  0.0609     0.8796  0 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1320137     2  0.1205     0.8752  0 0.956 0.000 0.004 0.040
#> SRR1093483     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913     3  0.0000     0.9554  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2170490     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845     4  0.3916     0.7627  0 0.000 0.092 0.804 0.104
#> SRR1436420     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060     3  0.4481     0.1258  0 0.000 0.576 0.008 0.416
#> SRR662282      3  0.0162     0.9530  0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1487089     4  0.1484     0.8160  0 0.048 0.000 0.944 0.008
#> SRR1075683     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880     2  0.0451     0.8811  0 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1453456     3  0.0000     0.9554  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457895     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603     5  0.2411     0.7883  0 0.008 0.108 0.000 0.884
#> SRR658633      2  0.0290     0.8804  0 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1388081     2  0.4183     0.5825  0 0.668 0.000 0.324 0.008
#> SRR813339      3  0.0000     0.9554  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809725      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441      5  0.2230     0.7753  0 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR613603      4  0.3193     0.8023  0 0.000 0.028 0.840 0.132
#> SRR1096571     5  0.3508     0.7051  0 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR1392701     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693     2  0.0771     0.8791  0 0.976 0.000 0.004 0.020
#> SRR660697      2  0.2020     0.8330  0 0.900 0.000 0.100 0.000
#> SRR1489926     4  0.3412     0.7937  0 0.000 0.028 0.820 0.152
#> SRR811491      3  0.0000     0.9554  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311644     4  0.1544     0.8356  0 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR1451740     3  0.0000     0.9554  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615117      5  0.2612     0.7853  0 0.008 0.124 0.000 0.868
#> SRR1391748     4  0.4446     0.2416  0 0.400 0.000 0.592 0.008
#> SRR1466556     3  0.0000     0.9554  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614972      3  0.0000     0.9554  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406200     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210      4  0.1831     0.8023  0 0.076 0.000 0.920 0.004
#> SRR662174      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236      4  0.0162     0.8390  0 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1312598     2  0.0794     0.8807  0 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1330129     2  0.2966     0.7386  0 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1357781     5  0.2230     0.7753  0 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR1315517     5  0.4088     0.4289  0 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR1400032     3  0.0000     0.9554  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413722     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827      3  0.0000     0.9554  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814794      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509     2  0.3957     0.6579  0 0.712 0.000 0.280 0.008
#> SRR808728      4  0.5820     0.3897  0 0.000 0.308 0.572 0.120
#> SRR1070813     2  0.0290     0.8809  0 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1389133     4  0.3193     0.8023  0 0.000 0.028 0.840 0.132
#> SRR601263      4  0.3375     0.7938  0 0.000 0.056 0.840 0.104
#> SRR604718      2  0.4542     0.2564  0 0.536 0.000 0.456 0.008
#> SRR1481351     4  0.5372     0.5858  0 0.000 0.180 0.668 0.152
#> SRR1334608     3  0.0162     0.9533  0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR658681      3  0.0404     0.9481  0 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR809283      4  0.0162     0.8390  0 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1459300     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547     3  0.6160    -0.2062  0 0.000 0.448 0.132 0.420
#> SRR811049      4  0.3106     0.8050  0 0.000 0.024 0.844 0.132
#> SRR1464835     4  0.1251     0.8232  0 0.036 0.000 0.956 0.008
#> SRR1339619     2  0.0609     0.8796  0 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR658501      3  0.0000     0.9554  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447523     3  0.1502     0.8955  0 0.000 0.940 0.056 0.004
#> SRR1415048     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348     2  0.0404     0.8806  0 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR603890      2  0.3612     0.6110  0 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR810595      3  0.0000     0.9554  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446244     2  0.0771     0.8791  0 0.976 0.000 0.004 0.020
#> SRR817373      2  0.4533     0.2778  0 0.544 0.000 0.448 0.008
#> SRR1457291     2  0.2929     0.7901  0 0.840 0.000 0.152 0.008
#> SRR598220      4  0.0162     0.8404  0 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1477991     2  0.0290     0.8804  0 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR598172      2  0.0880     0.8716  0 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1349032     2  0.0609     0.8796  0 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR604002      5  0.2230     0.7753  0 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR1378026     3  0.1478     0.8926  0 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1404401     5  0.3305     0.6832  0 0.224 0.000 0.000 0.776
#> SRR1333240     5  0.2179     0.7763  0 0.112 0.000 0.000 0.888
#> SRR1089399     2  0.0162     0.8809  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR603421      2  0.2966     0.7400  0 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR812562      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520      4  0.6815    -0.1649  0 0.000 0.312 0.360 0.328
#> SRR811839      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317      2  0.0404     0.8797  0 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1436763     4  0.0000     0.8396  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486021     2  0.3861     0.6781  0 0.728 0.000 0.264 0.008
#> SRR1465018     2  0.2329     0.8057  0 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1080998     4  0.3427     0.7913  0 0.000 0.056 0.836 0.108
#> SRR1083432     3  0.0000     0.9554  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082833     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536     3  0.0000     0.9554  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614011      2  0.0609     0.8796  0 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1365873     2  0.0794     0.8742  0 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1498789     2  0.0290     0.8804  0 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR601581      2  0.0963     0.8724  0 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR603566      5  0.3336     0.7317  0 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR1373981     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410      2  0.0290     0.8804  0 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1076511     4  0.1197     0.8394  0 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR614143      4  0.3326     0.7967  0 0.000 0.024 0.824 0.152
#> SRR1333570     3  0.0771     0.9357  0 0.000 0.976 0.020 0.004
#> SRR1366813     2  0.0000     0.8811  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388746     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558     4  0.2583     0.8146  0 0.000 0.004 0.864 0.132
#> SRR1409510     3  0.0000     0.9554  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816250      2  0.0290     0.8804  0 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR614131      2  0.2471     0.7996  0 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR1331130     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015     3  0.0000     0.9554  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470798     3  0.0000     0.9554  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614179      5  0.3109     0.7531  0 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1474863     2  0.0290     0.8804  0 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR813560      2  0.0794     0.8815  0 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1312187     2  0.3318     0.7582  0 0.800 0.000 0.192 0.008
#> SRR1420960     3  0.0000     0.9554  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355102     3  0.0000     0.9554  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084577     3  0.0162     0.9533  0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR659971      2  0.0609     0.8796  0 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1350855     4  0.3885     0.5544  0 0.268 0.000 0.724 0.008
#> SRR820779      3  0.0000     0.9554  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476300     3  0.0000     0.9554  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090907     2  0.4446     0.4178  0 0.592 0.000 0.400 0.008
#> SRR662294      5  0.3876     0.5394  0 0.316 0.000 0.000 0.684
#> SRR1480789     5  0.3109     0.7531  0 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1336263     4  0.4522     0.0933  0 0.440 0.000 0.552 0.008
#> SRR660776      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508     5  0.2230     0.7753  0 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR615563      4  0.0162     0.8390  0 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1101175     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650     5  0.3774     0.6449  0 0.000 0.296 0.000 0.704
#> SRR1431205     2  0.0963     0.8702  0 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1339856     2  0.1357     0.8650  0 0.948 0.000 0.048 0.004
#> SRR1352147     2  0.0703     0.8773  0 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR808968      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419      2  0.1851     0.8362  0 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1402391     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609      5  0.3756     0.7083  0 0.000 0.248 0.008 0.744
#> SRR2167857     5  0.2230     0.7753  0 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR1398752     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437     2  0.0000     0.8811  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416955     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064     2  0.4147     0.5943  0 0.676 0.000 0.316 0.008
#> SRR659001      4  0.3455     0.6669  0 0.208 0.000 0.784 0.008
#> SRR2170696     4  0.0162     0.8404  0 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR816589      3  0.0000     0.9554  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087487     3  0.0000     0.9554  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329485     3  0.0000     0.9554  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816920      4  0.0162     0.8390  0 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1341432     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590     4  0.0798     0.8332  0 0.016 0.000 0.976 0.008
#> SRR817046      3  0.1310     0.9235  0 0.000 0.956 0.020 0.024
#> SRR1471331     3  0.0000     0.9554  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660788      4  0.0404     0.8415  0 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR819234      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853      5  0.3336     0.7320  0 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR809427      4  0.4522     0.0665  0 0.440 0.000 0.552 0.008
#> SRR2170217     4  0.0798     0.8338  0 0.016 0.000 0.976 0.008
#> SRR1386967     3  0.0510     0.9445  0 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1420344     2  0.0609     0.8796  0 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1334535     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503      4  0.3106     0.7691  0 0.132 0.000 0.844 0.024
#> SRR602564      4  0.1043     0.8396  0 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR1420669     4  0.0290     0.8380  0 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR819024      3  0.0000     0.9554  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656223      3  0.0162     0.9533  0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR608428      2  0.0290     0.8804  0 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1345647     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324     2  0.2561     0.7859  0 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR1361368     2  0.0794     0.8765  0 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1322619     2  0.0609     0.8796  0 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1349276     4  0.4542     0.0412  0 0.456 0.000 0.536 0.008
#> SRR1404024     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637     2  0.0404     0.8806  0 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1452631     4  0.0000     0.8396  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608392      5  0.4374     0.6692  0 0.000 0.272 0.028 0.700
#> SRR1357757     4  0.3197     0.8004  0 0.000 0.024 0.836 0.140
#> SRR1074646     4  0.3353     0.6769  0 0.196 0.000 0.796 0.008
#> SRR1367499     3  0.0000     0.9554  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343501     3  0.5733     0.3492  0 0.000 0.608 0.256 0.136
#> SRR1394406     4  0.2753     0.8151  0 0.000 0.008 0.856 0.136
#> SRR1381435     3  0.0000     0.9554  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467407     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422     5  0.2179     0.7763  0 0.112 0.000 0.000 0.888
#> SRR1380270     5  0.3143     0.7506  0 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR1091817     2  0.0290     0.8804  0 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1440137     2  0.0162     0.8809  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR614311      2  0.0880     0.8752  0 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1407516     4  0.0162     0.8404  0 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR815494      3  0.0000     0.9554  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333209     2  0.3551     0.7347  0 0.772 0.000 0.220 0.008
#> SRR615177      4  0.0290     0.8411  0 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1099648     3  0.1341     0.9055  0 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR659720      4  0.3278     0.7970  0 0.000 0.020 0.824 0.156
#> SRR2185057     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468      4  0.1478     0.8361  0 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR660042      3  0.2068     0.8492  0 0.000 0.904 0.092 0.004
#> SRR2170864     2  0.0290     0.8804  0 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1440491     2  0.4504     0.3397  0 0.564 0.000 0.428 0.008
#> SRR1440852     3  0.0000     0.9554  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811169      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311     2  0.3455     0.7452  0 0.784 0.000 0.208 0.008
#> SRR818009      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836     2  0.0404     0.8797  0 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1498313     5  0.2230     0.7753  0 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR1441975     2  0.0404     0.8795  0 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR819096      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679     4  0.1638     0.8104  0 0.064 0.000 0.932 0.004
#> SRR1489116     5  0.6698     0.3757  0 0.000 0.316 0.260 0.424
#> SRR1354138     3  0.0000     0.9554  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490589     3  0.0771     0.9357  0 0.000 0.976 0.020 0.004
#> SRR1412987     4  0.0290     0.8380  0 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR602034      3  0.0000     0.9554  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353437     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871     4  0.3284     0.7981  0 0.000 0.024 0.828 0.148
#> SRR661577      4  0.0451     0.8372  0 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR612190      4  0.1952     0.7961  0 0.084 0.000 0.912 0.004
#> SRR1399880     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787     2  0.4283     0.5397  0 0.644 0.000 0.348 0.008
#> SRR657869      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141     3  0.0000     0.9554  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476697     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538     2  0.1117     0.8754  0 0.964 0.000 0.016 0.020
#> SRR1331422     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859      4  0.2864     0.8093  0 0.000 0.012 0.852 0.136
#> SRR1097594     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419     3  0.0000     0.9554  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336706     5  0.3109     0.7531  0 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1472976     4  0.3700     0.6177  0 0.240 0.000 0.752 0.008
#> SRR1321307     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461      3  0.0000     0.9554  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477149     2  0.4060     0.4037  0 0.640 0.000 0.000 0.360
#> SRR1457397     5  0.0794     0.7675  0 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR661913      3  0.3086     0.7236  0 0.000 0.816 0.180 0.004
#> SRR1069024     5  0.2852     0.7663  0 0.000 0.172 0.000 0.828
#> SRR2165634     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722     3  0.0671     0.9395  0 0.000 0.980 0.016 0.004
#> SRR1328642     2  0.2280     0.8092  0 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR1488261     3  0.1205     0.9145  0 0.000 0.956 0.040 0.004
#> SRR1318815     4  0.0290     0.8380  0 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR816945      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432     4  0.0566     0.8381  0 0.004 0.000 0.984 0.012
#> SRR1359280     2  0.3837     0.5320  0 0.692 0.000 0.000 0.308
#> SRR1313910     2  0.0609     0.8796  0 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1457315     4  0.0162     0.8390  0 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR815398      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958      3  0.0162     0.9530  0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR600688      4  0.0963     0.8398  0 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1098952     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916     3  0.0000     0.9554  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614167      3  0.0000     0.9554  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348114     2  0.0771     0.8791  0 0.976 0.000 0.004 0.020
#> SRR658033      2  0.3480     0.6688  0 0.752 0.000 0.248 0.000
#> SRR1077503     4  0.3427     0.7913  0 0.000 0.056 0.836 0.108
#> SRR661854      4  0.3326     0.7967  0 0.000 0.024 0.824 0.152
#> SRR811379      2  0.4127     0.6051  0 0.680 0.000 0.312 0.008
#> SRR1318857     2  0.0609     0.8796  0 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR656445      3  0.0000     0.9554  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433044     5  0.4210     0.3139  0 0.412 0.000 0.000 0.588
#> SRR1486391     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071      3  0.1571     0.8914  0 0.000 0.936 0.060 0.004
#> SRR1364824     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745      5  0.3210     0.7450  0 0.000 0.212 0.000 0.788
#> SRR601038      5  0.3336     0.7320  0 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR1360080     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868      4  0.4266     0.7304  0 0.000 0.120 0.776 0.104
#> SRR1485997     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560     4  0.2193     0.7811  0 0.092 0.000 0.900 0.008
#> SRR1333330     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513      4  0.2424     0.8153  0 0.000 0.000 0.868 0.132
#> SRR1328407     5  0.6516     0.2408  0 0.012 0.144 0.352 0.492
#> SRR602784      3  0.3728     0.6111  0 0.000 0.748 0.008 0.244
#> SRR1348468     4  0.3093     0.7065  0 0.168 0.000 0.824 0.008
#> SRR663717      2  0.1012     0.8769  0 0.968 0.000 0.012 0.020
#> SRR602217      2  0.6113     0.3053  0 0.524 0.000 0.332 0.144
#> SRR603140      4  0.1544     0.8371  0 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR1340804     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574     3  0.0000     0.9554  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333462     5  0.2966     0.7232  0 0.184 0.000 0.000 0.816
#> SRR1094601     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610     4  0.2124     0.8288  0 0.000 0.004 0.900 0.096
#> SRR1435833     2  0.4367     0.4842  0 0.620 0.000 0.372 0.008
#> SRR1398728     2  0.0609     0.8796  0 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1358343     4  0.2616     0.8220  0 0.020 0.000 0.880 0.100
#> SRR1410890     2  0.0609     0.8796  0 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1350371     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478     2  0.0609     0.8796  0 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1099260     3  0.0703     0.9382  0 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1433576     4  0.0162     0.8390  0 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1345541     4  0.0703     0.8413  0 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1086328     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391      3  0.0000     0.9554  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476207     4  0.3193     0.8023  0 0.000 0.028 0.840 0.132
#> SRR627435      4  0.4695     0.6461  0 0.008 0.024 0.672 0.296
#> SRR1489862     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191     3  0.0000     0.9554  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490115     3  0.0771     0.9357  0 0.000 0.976 0.020 0.004
#> SRR1377714     4  0.3326     0.7967  0 0.000 0.024 0.824 0.152
#> SRR819394      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161      4  0.0404     0.8414  0 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR607042      5  0.3752     0.6512  0 0.000 0.292 0.000 0.708
#> SRR656203      2  0.3728     0.7050  0 0.748 0.000 0.244 0.008
#> SRR660602      3  0.0290     0.9508  0 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1440397     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249      2  0.0609     0.8796  0 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR661242      4  0.4127     0.4840  0 0.312 0.000 0.680 0.008
#> SRR1332007     5  0.1557     0.7788  0 0.008 0.052 0.000 0.940
#> SRR809619      2  0.3728     0.7072  0 0.748 0.000 0.244 0.008
#> SRR819975      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281      2  0.0510     0.8784  0 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR662366      3  0.0000     0.9554  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317898     3  0.0000     0.9554  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382485     4  0.4481     0.1951  0 0.416 0.000 0.576 0.008
#> SRR2166420     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541     3  0.0000     0.9554  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817444      4  0.4221     0.7350  0 0.000 0.108 0.780 0.112
#> SRR1320403     2  0.2179     0.8153  0 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1101483     2  0.0771     0.8791  0 0.976 0.000 0.004 0.020
#> SRR1331684     3  0.0290     0.9501  0 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1400054     4  0.0290     0.8411  0 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1406088     2  0.0609     0.8796  0 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR820733      4  0.0162     0.8390  0 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1314113     4  0.0290     0.8411  0 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1382615     3  0.0290     0.9508  0 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1480745     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850     2  0.0290     0.8804  0 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR656782      4  0.3165     0.8055  0 0.000 0.036 0.848 0.116
#> SRR821364      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295      5  0.2230     0.7753  0 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR1357103     5  0.2561     0.7781  0 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR809185      2  0.1331     0.8677  0 0.952 0.000 0.040 0.008
#> SRR811583      4  0.0162     0.8404  0 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1468050     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224     2  0.0290     0.8804  0 0.992 0.000 0.000 0.008

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>            class entropy silhouette p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR1500170     2  0.0260     0.8323  0 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1402368     3  0.0713     0.9319  0 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR607743      4  0.3101     0.6807  0 0.000 0.000 0.756 0.244 0.000
#> SRR1457375     2  0.4437    -0.0373  0 0.576 0.000 0.032 0.000 0.392
#> SRR1470923     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785     3  0.0000     0.9510  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814768      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031     2  0.0806     0.8277  0 0.972 0.000 0.020 0.000 0.008
#> SRR1363611     2  0.4089     0.6460  0 0.696 0.000 0.264 0.000 0.040
#> SRR1468447     6  0.3592     0.7092  0 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> SRR1071931     4  0.2473     0.6965  0 0.136 0.000 0.856 0.000 0.008
#> SRR810981      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299      6  0.3221     0.7806  0 0.264 0.000 0.000 0.000 0.736
#> SRR663585      3  0.0713     0.9358  0 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1326773     4  0.1321     0.7578  0 0.020 0.000 0.952 0.004 0.024
#> SRR1351166     2  0.0603     0.8254  0 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016
#> SRR1477452     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720     3  0.0146     0.9502  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1420320     2  0.4191     0.6280  0 0.676 0.000 0.284 0.000 0.040
#> SRR1081712     6  0.4615     0.5119  0 0.424 0.000 0.040 0.000 0.536
#> SRR1318241     4  0.3620     0.6034  0 0.000 0.000 0.648 0.352 0.000
#> SRR1333718     3  0.3867    -0.1047  0 0.000 0.512 0.000 0.488 0.000
#> SRR1313514     6  0.1480     0.8124  0 0.040 0.000 0.000 0.020 0.940
#> SRR1477861     5  0.2201     0.8244  0 0.000 0.028 0.000 0.896 0.076
#> SRR1318005     6  0.1528     0.8164  0 0.048 0.000 0.000 0.016 0.936
#> SRR1354665     2  0.0000     0.8336  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657707      4  0.3911     0.5848  0 0.000 0.008 0.624 0.368 0.000
#> SRR1370742     3  0.0713     0.9319  0 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1412947     2  0.0972     0.8243  0 0.964 0.000 0.028 0.000 0.008
#> SRR661553      4  0.0146     0.7610  0 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1328869     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211      2  0.1714     0.7498  0 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1348181     3  0.0291     0.9494  0 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1416560     3  0.0000     0.9510  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319772     4  0.5879     0.2844  0 0.000 0.208 0.448 0.344 0.000
#> SRR1091452     4  0.4649    -0.1911  0 0.468 0.000 0.492 0.000 0.040
#> SRR1338812     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072     6  0.2912     0.8117  0 0.216 0.000 0.000 0.000 0.784
#> SRR814844      4  0.0937     0.7514  0 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1376619     3  0.0146     0.9502  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR603690      4  0.2981     0.6349  0 0.160 0.000 0.820 0.000 0.020
#> SRR2184980     2  0.0146     0.8327  0 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR613963      4  0.0260     0.7609  0 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1323422     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673     3  0.0363     0.9469  0 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1434650     5  0.3339     0.7660  0 0.012 0.028 0.000 0.816 0.144
#> SRR659875      5  0.1471     0.8428  0 0.000 0.064 0.000 0.932 0.004
#> SRR1465734     4  0.3852     0.5721  0 0.000 0.004 0.612 0.384 0.000
#> SRR1076847     6  0.1461     0.8145  0 0.044 0.000 0.000 0.016 0.940
#> SRR1415072     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319      5  0.3584     0.5924  0 0.000 0.308 0.004 0.688 0.000
#> SRR663088      4  0.0717     0.7622  0 0.000 0.000 0.976 0.016 0.008
#> SRR1352021     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935      2  0.4282     0.6092  0 0.656 0.000 0.304 0.000 0.040
#> SRR1352530     3  0.0363     0.9469  0 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR662594      4  0.3807     0.5879  0 0.000 0.004 0.628 0.368 0.000
#> SRR1095309     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647      3  0.0000     0.9510  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813019      5  0.3323     0.6963  0 0.000 0.036 0.128 0.824 0.012
#> SRR1374647     6  0.4498     0.7078  0 0.300 0.000 0.056 0.000 0.644
#> SRR603472      5  0.3237     0.7636  0 0.020 0.020 0.000 0.828 0.132
#> SRR661529      4  0.1501     0.7521  0 0.000 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR607018      5  0.1563     0.8394  0 0.000 0.056 0.012 0.932 0.000
#> SRR627423      2  0.4388     0.2722  0 0.572 0.000 0.400 0.000 0.028
#> SRR654921      4  0.0937     0.7514  0 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1418968     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871      3  0.0000     0.9510  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330522     3  0.0000     0.9510  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499958     2  0.0000     0.8336  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614059      3  0.1007     0.9184  0 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1071403     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719     2  0.0363     0.8301  0 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1440421     6  0.2969     0.8074  0 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776
#> SRR1310412     4  0.3672     0.5906  0 0.000 0.000 0.632 0.368 0.000
#> SRR614767      2  0.0260     0.8316  0 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR820709      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093      3  0.5640     0.1132  0 0.000 0.532 0.200 0.268 0.000
#> SRR1088168     3  0.1075     0.9180  0 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1418707     2  0.0260     0.8318  0 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1354291     6  0.1444     0.8236  0 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928
#> SRR2165806     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684     4  0.4131     0.4108  0 0.272 0.000 0.688 0.000 0.040
#> SRR1433860     3  0.0146     0.9502  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1311062     6  0.3727     0.6548  0 0.388 0.000 0.000 0.000 0.612
#> SRR1360359     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385      3  0.0260     0.9489  0 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR615407      6  0.4099     0.6616  0 0.372 0.000 0.016 0.000 0.612
#> SRR1413892     3  0.0260     0.9489  0 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1443459     2  0.0000     0.8336  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338942     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480      4  0.4294     0.4787  0 0.000 0.020 0.552 0.428 0.000
#> SRR1399433     4  0.4644    -0.1799  0 0.456 0.000 0.504 0.000 0.040
#> SRR818537      5  0.1780     0.8361  0 0.000 0.028 0.000 0.924 0.048
#> SRR1101324     4  0.1866     0.7486  0 0.000 0.000 0.908 0.084 0.008
#> SRR807637      4  0.2171     0.7516  0 0.032 0.000 0.912 0.040 0.016
#> SRR1091918     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300      4  0.3782     0.5945  0 0.000 0.004 0.636 0.360 0.000
#> SRR1085426     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294     2  0.0146     0.8329  0 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR813891      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431     2  0.3861     0.5562  0 0.640 0.000 0.352 0.000 0.008
#> SRR658742      4  0.0891     0.7619  0 0.000 0.000 0.968 0.024 0.008
#> SRR1419234     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813     2  0.0000     0.8336  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603496      4  0.4091     0.4459  0 0.000 0.000 0.520 0.472 0.008
#> SRR1407758     3  0.0260     0.9489  0 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR810945      6  0.4629     0.4667  0 0.436 0.000 0.040 0.000 0.524
#> SRR817234      6  0.2454     0.8301  0 0.160 0.000 0.000 0.000 0.840
#> SRR1444852     3  0.0000     0.9510  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660378      3  0.0000     0.9510  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467835     2  0.0146     0.8336  0 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1338964     4  0.3911     0.5848  0 0.000 0.008 0.624 0.368 0.000
#> SRR1079259     4  0.3105     0.7328  0 0.036 0.000 0.844 0.108 0.012
#> SRR1072345     4  0.3887     0.5918  0 0.000 0.008 0.632 0.360 0.000
#> SRR598725      3  0.3066     0.7659  0 0.000 0.832 0.124 0.044 0.000
#> SRR1447938     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460     2  0.4620     0.3824  0 0.532 0.000 0.428 0.000 0.040
#> SRR1429468     2  0.0363     0.8301  0 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1446850     6  0.3765     0.6289  0 0.404 0.000 0.000 0.000 0.596
#> SRR1320363     3  0.0458     0.9412  0 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1413810     3  0.0260     0.9489  0 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR598831      2  0.0146     0.8329  0 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1381865     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957      3  0.0000     0.9510  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1491332     5  0.3864     0.1824  0 0.000 0.480 0.000 0.520 0.000
#> SRR1099744     2  0.3151     0.4560  0 0.748 0.000 0.000 0.000 0.252
#> SRR1464618     2  0.0713     0.8268  0 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1414559     4  0.0972     0.7615  0 0.000 0.000 0.964 0.028 0.008
#> SRR1337540     4  0.2100     0.7520  0 0.032 0.000 0.916 0.036 0.016
#> SRR1444283     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942     4  0.3887     0.5918  0 0.000 0.008 0.632 0.360 0.000
#> SRR660295      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335      3  0.0260     0.9489  0 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1363742     3  0.0458     0.9446  0 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1345847     2  0.3900     0.6724  0 0.728 0.000 0.232 0.000 0.040
#> SRR614960      3  0.1007     0.9184  0 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR819919      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330      6  0.1418     0.8061  0 0.032 0.000 0.000 0.024 0.944
#> SRR1327951     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266     2  0.0000     0.8336  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338055     6  0.1480     0.8122  0 0.040 0.000 0.000 0.020 0.940
#> SRR1430157     2  0.0000     0.8336  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320137     2  0.1176     0.8182  0 0.956 0.000 0.020 0.000 0.024
#> SRR1093483     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913     3  0.0146     0.9492  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2170490     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845     4  0.4004     0.5782  0 0.000 0.012 0.620 0.368 0.000
#> SRR1436420     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060     5  0.3867     0.6008  0 0.000 0.296 0.012 0.688 0.004
#> SRR662282      3  0.1204     0.9119  0 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1487089     4  0.1082     0.7499  0 0.004 0.000 0.956 0.000 0.040
#> SRR1075683     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880     2  0.0632     0.8286  0 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1453456     3  0.0260     0.9489  0 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1457895     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603     5  0.2412     0.8162  0 0.000 0.028 0.000 0.880 0.092
#> SRR658633      2  0.2762     0.5821  0 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196
#> SRR1388081     2  0.4332     0.5949  0 0.644 0.000 0.316 0.000 0.040
#> SRR813339      3  0.0000     0.9510  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809725      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441      6  0.1418     0.8061  0 0.032 0.000 0.000 0.024 0.944
#> SRR613603      4  0.3782     0.5945  0 0.000 0.004 0.636 0.360 0.000
#> SRR1096571     5  0.1082     0.8490  0 0.000 0.040 0.000 0.956 0.004
#> SRR1392701     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693     2  0.0000     0.8336  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660697      2  0.1462     0.8098  0 0.936 0.000 0.056 0.000 0.008
#> SRR1489926     4  0.3991     0.4513  0 0.000 0.000 0.524 0.472 0.004
#> SRR811491      3  0.0000     0.9510  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311644     4  0.1584     0.7549  0 0.000 0.000 0.928 0.064 0.008
#> SRR1451740     3  0.0000     0.9510  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615117      5  0.2605     0.8064  0 0.000 0.028 0.000 0.864 0.108
#> SRR1391748     4  0.3123     0.6526  0 0.136 0.000 0.824 0.000 0.040
#> SRR1466556     3  0.0000     0.9510  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614972      3  0.0000     0.9510  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406200     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210      4  0.0458     0.7569  0 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR662174      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236      4  0.0146     0.7610  0 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1312598     2  0.0000     0.8336  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330129     6  0.2092     0.8294  0 0.124 0.000 0.000 0.000 0.876
#> SRR1357781     6  0.1418     0.8061  0 0.032 0.000 0.000 0.024 0.944
#> SRR1315517     6  0.1563     0.8197  0 0.056 0.000 0.000 0.012 0.932
#> SRR1400032     3  0.0000     0.9510  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413722     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827      3  0.0000     0.9510  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814794      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509     2  0.4332     0.5939  0 0.644 0.000 0.316 0.000 0.040
#> SRR808728      5  0.4291     0.3043  0 0.000 0.044 0.292 0.664 0.000
#> SRR1070813     2  0.1075     0.7961  0 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1389133     4  0.3782     0.5945  0 0.000 0.004 0.636 0.360 0.000
#> SRR601263      4  0.3887     0.5918  0 0.000 0.008 0.632 0.360 0.000
#> SRR604718      2  0.4552     0.4669  0 0.572 0.000 0.388 0.000 0.040
#> SRR1481351     4  0.4179     0.4222  0 0.000 0.012 0.516 0.472 0.000
#> SRR1334608     3  0.1007     0.9219  0 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR658681      5  0.3833     0.2936  0 0.000 0.444 0.000 0.556 0.000
#> SRR809283      4  0.0790     0.7537  0 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1459300     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547     5  0.1769     0.8414  0 0.000 0.060 0.012 0.924 0.004
#> SRR811049      4  0.3782     0.5945  0 0.000 0.004 0.636 0.360 0.000
#> SRR1464835     4  0.0937     0.7514  0 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1339619     2  0.0000     0.8336  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658501      3  0.0000     0.9510  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447523     3  0.1007     0.9184  0 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1415048     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348     2  0.0000     0.8336  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603890      6  0.1714     0.8274  0 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR810595      3  0.0000     0.9510  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446244     2  0.0146     0.8331  0 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR817373      2  0.4591     0.4251  0 0.552 0.000 0.408 0.000 0.040
#> SRR1457291     2  0.4451     0.6443  0 0.680 0.000 0.248 0.000 0.072
#> SRR598220      4  0.0146     0.7610  0 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1477991     2  0.0146     0.8329  0 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR598172      6  0.3620     0.7018  0 0.352 0.000 0.000 0.000 0.648
#> SRR1349032     2  0.0000     0.8336  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604002      6  0.1492     0.8093  0 0.036 0.000 0.000 0.024 0.940
#> SRR1378026     3  0.3974     0.4185  0 0.000 0.680 0.024 0.296 0.000
#> SRR1404401     6  0.1549     0.8147  0 0.044 0.000 0.000 0.020 0.936
#> SRR1333240     6  0.1492     0.8093  0 0.036 0.000 0.000 0.024 0.940
#> SRR1089399     2  0.3428     0.2948  0 0.696 0.000 0.000 0.000 0.304
#> SRR603421      6  0.2527     0.8295  0 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832
#> SRR812562      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520      5  0.1708     0.8337  0 0.000 0.040 0.024 0.932 0.004
#> SRR811839      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317      2  0.0713     0.8206  0 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1436763     4  0.0547     0.7583  0 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1486021     2  0.4067     0.6505  0 0.700 0.000 0.260 0.000 0.040
#> SRR1465018     6  0.2996     0.8063  0 0.228 0.000 0.000 0.000 0.772
#> SRR1080998     4  0.4045     0.5130  0 0.000 0.008 0.564 0.428 0.000
#> SRR1083432     3  0.0146     0.9502  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1082833     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536     3  0.0000     0.9510  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614011      2  0.0000     0.8336  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365873     6  0.3695     0.6715  0 0.376 0.000 0.000 0.000 0.624
#> SRR1498789     2  0.0713     0.8175  0 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR601581      2  0.1074     0.8229  0 0.960 0.000 0.028 0.000 0.012
#> SRR603566      5  0.1196     0.8496  0 0.000 0.040 0.000 0.952 0.008
#> SRR1373981     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410      2  0.0146     0.8329  0 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1076511     4  0.0891     0.7618  0 0.000 0.000 0.968 0.024 0.008
#> SRR614143      4  0.4091     0.4459  0 0.000 0.000 0.520 0.472 0.008
#> SRR1333570     3  0.0713     0.9319  0 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1366813     2  0.0146     0.8329  0 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1388746     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558     4  0.3647     0.5966  0 0.000 0.000 0.640 0.360 0.000
#> SRR1409510     3  0.0146     0.9502  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR816250      2  0.0146     0.8329  0 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR614131      2  0.3156     0.6970  0 0.800 0.000 0.180 0.000 0.020
#> SRR1331130     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015     3  0.0000     0.9510  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470798     3  0.0260     0.9491  0 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR614179      5  0.1225     0.8485  0 0.000 0.036 0.000 0.952 0.012
#> SRR1474863     2  0.3607     0.1458  0 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348
#> SRR813560      2  0.0260     0.8318  0 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1312187     2  0.4044     0.6526  0 0.704 0.000 0.256 0.000 0.040
#> SRR1420960     3  0.0260     0.9489  0 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1355102     3  0.0146     0.9492  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1084577     3  0.4903     0.2399  0 0.000 0.568 0.360 0.072 0.000
#> SRR659971      2  0.0000     0.8336  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350855     4  0.2001     0.7262  0 0.048 0.000 0.912 0.000 0.040
#> SRR820779      3  0.0000     0.9510  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476300     3  0.0000     0.9510  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090907     2  0.4591     0.4273  0 0.552 0.000 0.408 0.000 0.040
#> SRR662294      6  0.1563     0.8197  0 0.056 0.000 0.000 0.012 0.932
#> SRR1480789     5  0.1225     0.8485  0 0.000 0.036 0.000 0.952 0.012
#> SRR1336263     4  0.4229     0.3648  0 0.292 0.000 0.668 0.000 0.040
#> SRR660776      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508     6  0.1492     0.8093  0 0.036 0.000 0.000 0.024 0.940
#> SRR615563      4  0.0937     0.7514  0 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1101175     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650     5  0.1226     0.8473  0 0.000 0.040 0.004 0.952 0.004
#> SRR1431205     6  0.3647     0.6910  0 0.360 0.000 0.000 0.000 0.640
#> SRR1339856     2  0.1151     0.8212  0 0.956 0.000 0.032 0.000 0.012
#> SRR1352147     2  0.0972     0.8243  0 0.964 0.000 0.028 0.000 0.008
#> SRR808968      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419      6  0.3828     0.5275  0 0.440 0.000 0.000 0.000 0.560
#> SRR1402391     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609      5  0.1082     0.8490  0 0.000 0.040 0.000 0.956 0.004
#> SRR2167857     6  0.1418     0.8061  0 0.032 0.000 0.000 0.024 0.944
#> SRR1398752     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437     2  0.0260     0.8310  0 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1416955     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064     2  0.3470     0.7079  0 0.772 0.000 0.200 0.000 0.028
#> SRR659001      4  0.3387     0.6106  0 0.164 0.000 0.796 0.000 0.040
#> SRR2170696     4  0.0260     0.7609  0 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR816589      3  0.0260     0.9489  0 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1087487     3  0.0260     0.9489  0 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1329485     3  0.0146     0.9502  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR816920      4  0.0146     0.7610  0 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1341432     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590     4  0.0937     0.7514  0 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR817046      3  0.5575     0.1579  0 0.000 0.528 0.304 0.168 0.000
#> SRR1471331     3  0.0260     0.9489  0 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR660788      4  0.0806     0.7622  0 0.000 0.000 0.972 0.020 0.008
#> SRR819234      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853      5  0.1297     0.8495  0 0.000 0.040 0.000 0.948 0.012
#> SRR809427      2  0.4609     0.4005  0 0.540 0.000 0.420 0.000 0.040
#> SRR2170217     4  0.0937     0.7514  0 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1386967     3  0.1204     0.9083  0 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1420344     2  0.0000     0.8336  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334535     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503      4  0.2896     0.6751  0 0.160 0.000 0.824 0.000 0.016
#> SRR602564      4  0.0891     0.7620  0 0.000 0.000 0.968 0.024 0.008
#> SRR1420669     4  0.0146     0.7610  0 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR819024      3  0.0000     0.9510  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656223      3  0.2003     0.8362  0 0.000 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR608428      2  0.0632     0.8210  0 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1345647     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324     6  0.2454     0.8299  0 0.160 0.000 0.000 0.000 0.840
#> SRR1361368     2  0.0790     0.8257  0 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1322619     2  0.0000     0.8336  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349276     4  0.4420     0.2401  0 0.340 0.000 0.620 0.000 0.040
#> SRR1404024     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637     2  0.0000     0.8336  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452631     4  0.1297     0.7558  0 0.012 0.000 0.948 0.000 0.040
#> SRR608392      5  0.1340     0.8450  0 0.000 0.040 0.008 0.948 0.004
#> SRR1357757     4  0.3717     0.5746  0 0.000 0.000 0.616 0.384 0.000
#> SRR1074646     4  0.4067     0.4378  0 0.260 0.000 0.700 0.000 0.040
#> SRR1367499     3  0.0000     0.9510  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343501     5  0.1563     0.8394  0 0.000 0.056 0.012 0.932 0.000
#> SRR1394406     4  0.3446     0.6346  0 0.000 0.000 0.692 0.308 0.000
#> SRR1381435     3  0.0260     0.9489  0 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1467407     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422     6  0.1492     0.8093  0 0.036 0.000 0.000 0.024 0.940
#> SRR1380270     5  0.1082     0.8490  0 0.000 0.040 0.000 0.956 0.004
#> SRR1091817     2  0.2762     0.5771  0 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196
#> SRR1440137     2  0.0146     0.8329  0 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR614311      2  0.0363     0.8323  0 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1407516     4  0.0260     0.7609  0 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR815494      3  0.0000     0.9510  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333209     2  0.4191     0.6274  0 0.676 0.000 0.284 0.000 0.040
#> SRR615177      4  0.0520     0.7617  0 0.000 0.000 0.984 0.008 0.008
#> SRR1099648     5  0.3828     0.3043  0 0.000 0.440 0.000 0.560 0.000
#> SRR659720      4  0.3991     0.4513  0 0.000 0.000 0.524 0.472 0.004
#> SRR2185057     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468      4  0.1524     0.7557  0 0.000 0.000 0.932 0.060 0.008
#> SRR660042      3  0.1789     0.8875  0 0.000 0.924 0.032 0.044 0.000
#> SRR2170864     2  0.0146     0.8336  0 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1440491     2  0.4603     0.4034  0 0.544 0.000 0.416 0.000 0.040
#> SRR1440852     3  0.0000     0.9510  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811169      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311     2  0.4191     0.6282  0 0.676 0.000 0.284 0.000 0.040
#> SRR818009      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836     2  0.0632     0.8235  0 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1498313     6  0.1492     0.8093  0 0.036 0.000 0.000 0.024 0.940
#> SRR1441975     6  0.3823     0.5708  0 0.436 0.000 0.000 0.000 0.564
#> SRR819096      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679     4  0.0363     0.7581  0 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1489116     5  0.1624     0.8367  0 0.000 0.040 0.020 0.936 0.004
#> SRR1354138     3  0.0146     0.9502  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1490589     3  0.0790     0.9292  0 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1412987     4  0.0937     0.7514  0 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR602034      3  0.0260     0.9491  0 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1353437     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871     4  0.3991     0.4513  0 0.000 0.000 0.524 0.472 0.004
#> SRR661577      4  0.1010     0.7511  0 0.004 0.000 0.960 0.000 0.036
#> SRR612190      4  0.0363     0.7581  0 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1399880     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787     2  0.4420     0.5555  0 0.620 0.000 0.340 0.000 0.040
#> SRR657869      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141     3  0.0146     0.9502  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1476697     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538     2  0.0520     0.8311  0 0.984 0.000 0.008 0.000 0.008
#> SRR1331422     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859      4  0.3672     0.5906  0 0.000 0.000 0.632 0.368 0.000
#> SRR1097594     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419     3  0.0260     0.9489  0 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1336706     5  0.1082     0.8490  0 0.000 0.040 0.000 0.956 0.004
#> SRR1472976     4  0.3900     0.4951  0 0.232 0.000 0.728 0.000 0.040
#> SRR1321307     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461      3  0.0000     0.9510  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477149     6  0.1663     0.8252  0 0.088 0.000 0.000 0.000 0.912
#> SRR1457397     5  0.2624     0.7933  0 0.000 0.020 0.000 0.856 0.124
#> SRR661913      3  0.2999     0.7706  0 0.000 0.836 0.124 0.040 0.000
#> SRR1069024     5  0.1713     0.8377  0 0.000 0.028 0.000 0.928 0.044
#> SRR2165634     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722     3  0.0713     0.9319  0 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1328642     6  0.2762     0.8220  0 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804
#> SRR1488261     3  0.1007     0.9184  0 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1318815     4  0.0937     0.7514  0 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR816945      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432     4  0.0508     0.7613  0 0.004 0.000 0.984 0.000 0.012
#> SRR1359280     6  0.2730     0.8228  0 0.192 0.000 0.000 0.000 0.808
#> SRR1313910     2  0.0000     0.8336  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457315     4  0.0000     0.7608  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR815398      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958      3  0.0790     0.9315  0 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR600688      4  0.0806     0.7623  0 0.000 0.000 0.972 0.020 0.008
#> SRR1098952     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916     3  0.0000     0.9510  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614167      3  0.0000     0.9510  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348114     2  0.0363     0.8312  0 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR658033      2  0.3555     0.5698  0 0.712 0.000 0.280 0.000 0.008
#> SRR1077503     4  0.4080     0.4727  0 0.000 0.008 0.536 0.456 0.000
#> SRR661854      4  0.3991     0.4513  0 0.000 0.000 0.524 0.472 0.004
#> SRR811379      2  0.4332     0.5933  0 0.644 0.000 0.316 0.000 0.040
#> SRR1318857     2  0.0000     0.8336  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656445      3  0.0260     0.9489  0 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1433044     6  0.1563     0.8197  0 0.056 0.000 0.000 0.012 0.932
#> SRR1486391     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071      3  0.1713     0.8920  0 0.000 0.928 0.028 0.044 0.000
#> SRR1364824     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745      5  0.1297     0.8495  0 0.000 0.040 0.000 0.948 0.012
#> SRR601038      5  0.1196     0.8496  0 0.000 0.040 0.000 0.952 0.008
#> SRR1360080     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868      4  0.5353     0.4542  0 0.000 0.120 0.528 0.352 0.000
#> SRR1485997     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560     4  0.2822     0.6779  0 0.108 0.000 0.852 0.000 0.040
#> SRR1333330     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513      4  0.3531     0.6193  0 0.000 0.000 0.672 0.328 0.000
#> SRR1328407     4  0.4846     0.4041  0 0.000 0.028 0.520 0.436 0.016
#> SRR602784      5  0.3428     0.5939  0 0.000 0.304 0.000 0.696 0.000
#> SRR1348468     4  0.2001     0.7245  0 0.048 0.000 0.912 0.000 0.040
#> SRR663717      2  0.0508     0.8302  0 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR602217      6  0.4314     0.7619  0 0.184 0.000 0.096 0.000 0.720
#> SRR603140      4  0.2003     0.7402  0 0.000 0.000 0.884 0.116 0.000
#> SRR1340804     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574     3  0.0000     0.9510  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333462     6  0.1418     0.8061  0 0.032 0.000 0.000 0.024 0.944
#> SRR1094601     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610     4  0.3076     0.6747  0 0.000 0.000 0.760 0.240 0.000
#> SRR1435833     2  0.4458     0.5311  0 0.608 0.000 0.352 0.000 0.040
#> SRR1398728     2  0.0000     0.8336  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358343     4  0.2415     0.7473  0 0.040 0.000 0.900 0.036 0.024
#> SRR1410890     2  0.0000     0.8336  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350371     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478     2  0.0000     0.8336  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099260     5  0.3833     0.3106  0 0.000 0.444 0.000 0.556 0.000
#> SRR1433576     4  0.0000     0.7608  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345541     4  0.1501     0.7521  0 0.000 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR1086328     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391      3  0.0146     0.9492  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1476207     4  0.3807     0.5879  0 0.000 0.004 0.628 0.368 0.000
#> SRR627435      4  0.4328     0.4409  0 0.000 0.000 0.520 0.460 0.020
#> SRR1489862     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191     3  0.0000     0.9510  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490115     3  0.0713     0.9319  0 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1377714     4  0.3991     0.4513  0 0.000 0.000 0.524 0.472 0.004
#> SRR819394      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161      4  0.0520     0.7617  0 0.000 0.000 0.984 0.008 0.008
#> SRR607042      5  0.1082     0.8490  0 0.000 0.040 0.000 0.956 0.004
#> SRR656203      2  0.3645     0.6823  0 0.740 0.000 0.236 0.000 0.024
#> SRR660602      3  0.1010     0.9274  0 0.000 0.960 0.004 0.036 0.000
#> SRR1440397     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249      2  0.0000     0.8336  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661242      4  0.2988     0.6609  0 0.144 0.000 0.828 0.000 0.028
#> SRR1332007     5  0.1845     0.8346  0 0.000 0.028 0.000 0.920 0.052
#> SRR809619      2  0.4002     0.6536  0 0.704 0.000 0.260 0.000 0.036
#> SRR819975      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281      6  0.3737     0.6488  0 0.392 0.000 0.000 0.000 0.608
#> SRR662366      3  0.0260     0.9469  0 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1317898     3  0.0146     0.9492  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1382485     4  0.4615    -0.0607  0 0.424 0.000 0.536 0.000 0.040
#> SRR2166420     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541     3  0.0000     0.9510  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817444      4  0.4517     0.4305  0 0.000 0.024 0.528 0.444 0.004
#> SRR1320403     6  0.2854     0.8155  0 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792
#> SRR1101483     2  0.0260     0.8323  0 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1331684     3  0.0547     0.9398  0 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1400054     4  0.0622     0.7621  0 0.000 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR1406088     2  0.0000     0.8336  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820733      4  0.0146     0.7610  0 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1314113     4  0.0622     0.7621  0 0.000 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR1382615     5  0.3868     0.1276  0 0.000 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1480745     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850     2  0.0790     0.8138  0 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR656782      4  0.3887     0.5918  0 0.000 0.008 0.632 0.360 0.000
#> SRR821364      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295      6  0.1418     0.8061  0 0.032 0.000 0.000 0.024 0.944
#> SRR1357103     5  0.1780     0.8361  0 0.000 0.028 0.000 0.924 0.048
#> SRR809185      2  0.1995     0.7972  0 0.912 0.000 0.052 0.000 0.036
#> SRR811583      4  0.0260     0.7609  0 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1468050     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224     2  0.0146     0.8329  0 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-mclust-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-mclust-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-mclust-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-mclust-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-mclust-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-mclust-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-mclust-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-mclust-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-mclust-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-mclust-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-mclust-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-mclust-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-mclust-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-mclust-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-mclust-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-mclust-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-mclust-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-mclust-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-mclust-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-mclust-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk SD-mclust-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-mclust-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-mclust-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-mclust-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-mclust-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-mclust-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk SD-mclust-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


SD:NMF**

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["SD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:NMF"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 17314 rows and 500 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#>   Subgroups are detected by 'NMF' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 3.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk SD-NMF-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk SD-NMF-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 1.000           0.983       0.993         0.3747 0.624   0.624
#> 3 3 1.000           0.959       0.984         0.7505 0.692   0.517
#> 4 4 0.884           0.853       0.931         0.1006 0.905   0.733
#> 5 5 0.837           0.776       0.889         0.0398 0.935   0.779
#> 6 6 0.806           0.709       0.850         0.0373 0.927   0.730

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2

There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>            class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR1500170     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1402368     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR607743      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1457375     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1470923     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR817954      1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR809259      1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR1439785     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR814768      1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR1102031     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1363611     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1468447     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1071931     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR810981      1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR615299      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR663585      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1326773     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1351166     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1477452     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR1084720     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1420320     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1081712     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1318241     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1333718     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1313514     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1477861     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1318005     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1354665     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR657707      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1370742     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1412947     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR661553      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1328869     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR662211      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1348181     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1416560     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1319772     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1091452     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1338812     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR1392072     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR814844      2  0.8327      0.633 0.264 0.736
#> SRR1376619     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR603690      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR2184980     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR613963      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1323422     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR1397673     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1434650     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR659875      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1465734     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1076847     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1415072     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR659319      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR663088      1  0.7219      0.754 0.800 0.200
#> SRR1352021     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR1325527     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR659935      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1352530     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR662594      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1095309     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR615647      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR813019      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1374647     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR603472      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR661529      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR607018      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR627423      2  0.1184      0.980 0.016 0.984
#> SRR654921      1  0.9833      0.283 0.576 0.424
#> SRR1418968     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR660871      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1330522     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1499958     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR614059      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1071403     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR1486719     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1440421     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1310412     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR614767      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR820709      1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR658093      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1088168     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1418707     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1354291     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR2165806     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR1415684     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1433860     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1311062     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1360359     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR661385      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR615407      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1413892     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1443459     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1338942     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR657480      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1399433     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR818537      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1101324     2  0.0376      0.992 0.004 0.996
#> SRR807637      1  0.7528      0.730 0.784 0.216
#> SRR1091918     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR598300      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1085426     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR1376294     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR813891      1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR1467431     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR658742      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1419234     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR1404813     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR603496      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1407758     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR810945      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR817234      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1444852     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR660378      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1467835     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1338964     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1079259     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1072345     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR598725      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1447938     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR1356397     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR1360460     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1429468     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1446850     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1320363     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1413810     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR598831      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1381865     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR660957      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1491332     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1099744     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1464618     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1414559     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1337540     1  0.0938      0.972 0.988 0.012
#> SRR1444283     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR2184942     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR660295      1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR601335      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1363742     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1345847     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR614960      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR819919      1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR603330      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1327951     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR1345266     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1338055     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1430157     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1320137     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1093483     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR1341080     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR1459913     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR2170490     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR1479845     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1436420     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR1481060     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR662282      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1487089     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1075683     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR1338536     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR1338880     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1453456     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1457895     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR1440603     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR658633      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1388081     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR813339      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR809725      1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR627441      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR613603      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1096571     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1392701     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR1344326     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR1367693     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR660697      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1489926     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR811491      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1311644     2  0.8207      0.648 0.256 0.744
#> SRR1451740     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR615117      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1391748     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1466556     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR614972      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1406200     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR819210      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR662174      1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR811988      1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR663236      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1312598     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1330129     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1357781     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1315517     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1400032     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1413722     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR612827      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR814794      1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR819430      1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR1395509     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR808728      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1070813     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1389133     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR601263      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR604718      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1481351     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1334608     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR658681      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR809283      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1459300     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR1392547     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR811049      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1464835     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1339619     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR658501      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1447523     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1415048     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR1444348     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR603890      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR810595      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1446244     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR817373      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1457291     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR598220      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1477991     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR598172      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1349032     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR604002      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1378026     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1404401     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1333240     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1089399     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR603421      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR812562      1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR808520      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR811839      1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR814317      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1436763     1  0.9866      0.259 0.568 0.432
#> SRR1486021     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1465018     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1080998     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1083432     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1082833     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR1326536     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR614011      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1365873     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1498789     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR601581      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR603566      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1373981     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR821410      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1076511     1  0.9170      0.516 0.668 0.332
#> SRR614143      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1333570     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1366813     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1388746     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR1420558     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1409510     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR816250      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR614131      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1331130     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR1316015     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1470798     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR614179      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1474863     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR813560      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1312187     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1420960     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1355102     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1084577     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR659971      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1350855     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR820779      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1476300     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1090907     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR662294      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1480789     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1336263     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR660776      1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR1090508     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR615563      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1101175     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR2164650     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1431205     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1339856     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1352147     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR808968      1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR627419      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1402391     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR663609      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR2167857     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1398752     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR1405437     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1416955     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR1317064     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR659001      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR2170696     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR816589      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1087487     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1329485     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR816920      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1341432     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR1361590     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR817046      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1471331     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR660788      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR819234      1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR810853      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR809427      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR2170217     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1386967     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1420344     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1334535     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR614503      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR602564      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1420669     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR819024      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR656223      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR608428      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1345647     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR1389324     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1361368     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1322619     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1349276     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1404024     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR1370637     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1452631     2  0.9491      0.403 0.368 0.632
#> SRR608392      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1357757     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1074646     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1367499     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1343501     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1394406     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1381435     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1467407     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR1092422     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1380270     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1091817     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1440137     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR614311      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1407516     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR815494      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1333209     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR615177      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1099648     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR659720      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR2185057     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR1467125     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR657468      2  0.9710      0.316 0.400 0.600
#> SRR660042      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR2170864     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1440491     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1440852     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR811169      1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR1331311     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR818009      1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR1351836     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1498313     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1441975     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR819096      1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR1073679     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1489116     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1354138     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1490589     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1412987     1  0.7745      0.711 0.772 0.228
#> SRR602034      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1353437     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR1072871     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR661577      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR612190      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1399880     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR1101787     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR657869      1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR1446332     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR816039      1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR1485141     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1476697     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR1379538     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1331422     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR660859      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1097594     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR1311419     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1336706     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1472976     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1321307     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR807493      1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR812461      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1477149     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1457397     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR661913      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1069024     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR2165634     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR1478722     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1328642     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1488261     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1318815     2  0.1633      0.972 0.024 0.976
#> SRR816945      1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR1367432     1  0.7219      0.754 0.800 0.200
#> SRR1359280     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1313910     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1457315     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR815398      1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR656958      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR600688      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1098952     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR1314916     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR614167      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1348114     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR658033      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1077503     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR661854      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR811379      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1318857     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR656445      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1433044     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1486391     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR656071      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1364824     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR1379133     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR816745      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR601038      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1360080     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR814868      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1485997     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR1435560     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1333330     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR663513      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1328407     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR602784      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1348468     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR663717      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR602217      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR603140      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1340804     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR1457574     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1333462     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1094601     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR1434610     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1435833     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1398728     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1358343     1  0.2236      0.949 0.964 0.036
#> SRR1410890     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1350371     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR1392478     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1099260     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1433576     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1345541     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1086328     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR810391      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1476207     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR627435      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1489862     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR1419086     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR1396191     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1490115     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1377714     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR819394      1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR663161      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR607042      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR656203      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR660602      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1440397     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR1369264     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR809233      1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR663249      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR661242      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1332007     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR809619      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR819975      1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR599281      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR662366      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1317898     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1382485     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR2166420     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR1419429     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR1092541     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR817444      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1320403     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1101483     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1331684     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1400054     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1406088     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR820733      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1314113     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1382615     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1480745     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR1468850     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR656782      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR821364      1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR1101106     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR659295      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1357103     2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR809185      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR811583      2  0.0000      0.996 0.000 1.000
#> SRR1468050     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR1440224     2  0.0000      0.996 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> SRR1500170     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402368     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR607743      3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457375     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470923     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR817954      1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR809259      1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439785     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR814768      1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102031     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363611     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468447     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071931     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR810981      1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR615299      2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR663585      3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1326773     3  0.5560     0.5673 0.000 0.300 0.700
#> SRR1351166     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477452     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084720     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420320     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081712     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318241     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333718     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1313514     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477861     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318005     2  0.3551     0.8360 0.000 0.868 0.132
#> SRR1354665     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR657707      3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370742     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1412947     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR661553      2  0.0424     0.9737 0.000 0.992 0.008
#> SRR1328869     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR662211      2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348181     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416560     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1319772     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1091452     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338812     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392072     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR814844      2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376619     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR603690      2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR2184980     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR613963      2  0.2796     0.8874 0.092 0.908 0.000
#> SRR1323422     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397673     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434650     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR659875      3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1465734     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1076847     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415072     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR659319      3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR663088      1  0.5988     0.4210 0.632 0.368 0.000
#> SRR1352021     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1325527     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR659935      2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352530     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR662594      3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095309     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR615647      3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR813019      3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1374647     2  0.1964     0.9252 0.000 0.944 0.056
#> SRR603472      3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR661529      3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR607018      3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR627423      2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR654921      2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418968     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR660871      3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330522     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499958     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR614059      3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1071403     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486719     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440421     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310412     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR614767      2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR820709      1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR658093      3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088168     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418707     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354291     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR2165806     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415684     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433860     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1311062     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360359     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR661385      3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR615407      2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413892     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1443459     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338942     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR657480      3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399433     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR818537      3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1101324     1  0.6305     0.0828 0.516 0.000 0.484
#> SRR807637      2  0.2261     0.9145 0.068 0.932 0.000
#> SRR1091918     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR598300      3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1085426     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376294     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR813891      1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467431     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR658742      1  0.7250     0.3196 0.572 0.032 0.396
#> SRR1419234     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404813     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR603496      3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407758     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR810945      2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR817234      2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444852     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR660378      3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467835     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338964     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1079259     2  0.4291     0.7757 0.000 0.820 0.180
#> SRR1072345     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR598725      3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447938     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356397     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360460     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429468     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446850     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320363     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413810     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR598831      2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381865     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR660957      3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1491332     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099744     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464618     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414559     1  0.5315     0.7107 0.772 0.216 0.012
#> SRR1337540     1  0.6126     0.3384 0.600 0.400 0.000
#> SRR1444283     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR2184942     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR660295      1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR601335      3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1363742     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1345847     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR614960      3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR819919      1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR603330      3  0.4452     0.7576 0.000 0.192 0.808
#> SRR1327951     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345266     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338055     3  0.5560     0.5671 0.000 0.300 0.700
#> SRR1430157     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320137     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093483     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341080     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459913     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170490     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479845     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1436420     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481060     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR662282      3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487089     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075683     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338536     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338880     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453456     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457895     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440603     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR658633      2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388081     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR813339      3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR809725      1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR627441      2  0.6154     0.3102 0.000 0.592 0.408
#> SRR613603      3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1096571     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1392701     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1344326     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367693     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR660697      2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489926     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR811491      3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1311644     1  0.6299     0.1115 0.524 0.000 0.476
#> SRR1451740     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR615117      3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1391748     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466556     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR614972      3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406200     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR819210      2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR662174      1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR811988      1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR663236      3  0.0237     0.9838 0.000 0.004 0.996
#> SRR1312598     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330129     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357781     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315517     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400032     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413722     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR612827      3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR814794      1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR819430      1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1395509     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR808728      3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1070813     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389133     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR601263      3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR604718      2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1481351     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1334608     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR658681      3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR809283      2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459300     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392547     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR811049      3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1464835     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339619     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR658501      3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447523     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415048     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444348     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR603890      2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR810595      3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1446244     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR817373      2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457291     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR598220      3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1477991     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR598172      2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349032     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR604002      2  0.6244     0.2127 0.000 0.560 0.440
#> SRR1378026     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404401     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333240     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1089399     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR603421      2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR812562      1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR808520      3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR811839      1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR814317      2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436763     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486021     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465018     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080998     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083432     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1082833     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326536     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR614011      2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1365873     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498789     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR601581      2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR603566      3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1373981     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR821410      2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076511     1  0.4931     0.6930 0.768 0.232 0.000
#> SRR614143      3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333570     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1366813     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388746     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420558     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409510     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR816250      2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR614131      2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331130     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316015     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470798     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR614179      3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1474863     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR813560      2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312187     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420960     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1355102     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1084577     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR659971      2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350855     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR820779      3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476300     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090907     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR662294      2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480789     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1336263     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR660776      1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090508     3  0.5810     0.4919 0.000 0.336 0.664
#> SRR615563      2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101175     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR2164650     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1431205     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339856     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352147     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR808968      1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR627419      2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402391     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR663609      3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR2167857     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1398752     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405437     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416955     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317064     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR659001      2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170696     2  0.4842     0.7124 0.000 0.776 0.224
#> SRR816589      3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1087487     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1329485     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR816920      2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341432     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361590     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR817046      3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1471331     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR660788      3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR819234      1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR810853      3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR809427      2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170217     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1386967     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420344     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334535     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR614503      2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR602564      2  0.5968     0.4343 0.000 0.636 0.364
#> SRR1420669     2  0.1753     0.9336 0.000 0.952 0.048
#> SRR819024      3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR656223      3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR608428      2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345647     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389324     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1361368     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322619     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349276     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404024     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370637     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452631     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR608392      3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1357757     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1074646     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367499     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343501     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394406     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381435     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467407     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092422     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1380270     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1091817     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440137     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR614311      2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407516     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR815494      3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333209     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR615177      2  0.1453     0.9534 0.008 0.968 0.024
#> SRR1099648     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR659720      3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR2185057     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467125     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR657468      1  0.5585     0.7209 0.772 0.024 0.204
#> SRR660042      3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170864     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440491     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440852     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR811169      1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331311     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR818009      1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351836     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498313     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441975     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR819096      1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073679     3  0.6305     0.0499 0.000 0.484 0.516
#> SRR1489116     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1354138     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490589     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1412987     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR602034      3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1353437     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072871     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR661577      2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR612190      2  0.1964     0.9252 0.000 0.944 0.056
#> SRR1399880     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101787     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR657869      1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446332     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR816039      1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485141     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476697     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379538     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331422     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR660859      3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1097594     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311419     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1336706     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472976     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321307     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR807493      1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR812461      3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1477149     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457397     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR661913      3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1069024     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR2165634     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478722     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1328642     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488261     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318815     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR816945      1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367432     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359280     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313910     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457315     3  0.0892     0.9666 0.000 0.020 0.980
#> SRR815398      1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR656958      3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR600688      2  0.6045     0.3955 0.000 0.620 0.380
#> SRR1098952     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314916     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR614167      3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348114     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR658033      2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077503     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR661854      3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR811379      2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318857     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR656445      3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433044     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486391     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR656071      3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1364824     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379133     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR816745      3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR601038      3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1360080     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR814868      3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1485997     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435560     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333330     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR663513      3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1328407     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR602784      3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348468     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR663717      2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR602217      2  0.2625     0.8940 0.000 0.916 0.084
#> SRR603140      3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340804     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457574     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333462     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1094601     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434610     3  0.0592     0.9754 0.000 0.012 0.988
#> SRR1435833     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398728     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358343     2  0.6045     0.3759 0.380 0.620 0.000
#> SRR1410890     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350371     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392478     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099260     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433576     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1345541     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1086328     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR810391      3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476207     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR627435      3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1489862     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419086     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396191     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490115     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1377714     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR819394      1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR663161      2  0.4002     0.8007 0.160 0.840 0.000
#> SRR607042      3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR656203      2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR660602      3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440397     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1369264     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR809233      1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR663249      2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR661242      2  0.0424     0.9737 0.000 0.992 0.008
#> SRR1332007     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR809619      2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR819975      1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR599281      2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR662366      3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1317898     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1382485     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR2166420     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419429     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092541     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR817444      3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1320403     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101483     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331684     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1400054     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406088     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR820733      3  0.6168     0.2907 0.000 0.412 0.588
#> SRR1314113     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1382615     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1480745     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468850     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR656782      3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR821364      1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101106     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR659295      3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR1357103     3  0.0000     0.9879 0.000 0.000 1.000
#> SRR809185      2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR811583      2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468050     1  0.0000     0.9767 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440224     2  0.0000     0.9813 0.000 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR1500170     2  0.0592     0.9084 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1402368     3  0.0469     0.9429 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR607743      3  0.1356     0.9176 0.000 0.032 0.960 0.008
#> SRR1457375     2  0.0188     0.9057 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1470923     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954      1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259      1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785     3  0.0592     0.9402 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR814768      1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031     2  0.0188     0.9057 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1363611     2  0.1716     0.9010 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1468447     2  0.0188     0.9057 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1071931     4  0.4898     0.2540 0.000 0.416 0.000 0.584
#> SRR810981      1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299      2  0.0188     0.9057 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR663585      3  0.0000     0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326773     3  0.5137     0.1407 0.000 0.452 0.544 0.004
#> SRR1351166     2  0.1389     0.9055 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1477452     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720     3  0.0000     0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420320     2  0.2704     0.8657 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR1081712     2  0.0188     0.9057 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1318241     3  0.1302     0.9164 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR1333718     3  0.0188     0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1313514     2  0.0336     0.9036 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1477861     3  0.0336     0.9458 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1318005     2  0.1042     0.8872 0.000 0.972 0.020 0.008
#> SRR1354665     2  0.0921     0.9081 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR657707      4  0.4933     0.3223 0.000 0.000 0.432 0.568
#> SRR1370742     3  0.0000     0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1412947     2  0.0592     0.9085 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR661553      4  0.4193     0.5872 0.000 0.268 0.000 0.732
#> SRR1328869     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211      2  0.0188     0.9057 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1348181     3  0.0188     0.9473 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1416560     3  0.0592     0.9402 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1319772     3  0.0000     0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091452     2  0.4925     0.2998 0.000 0.572 0.000 0.428
#> SRR1338812     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072     2  0.0188     0.9057 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR814844      4  0.0817     0.7390 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1376619     3  0.0188     0.9473 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR603690      2  0.0188     0.9057 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2184980     2  0.1557     0.9035 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR613963      4  0.0376     0.7391 0.000 0.004 0.004 0.992
#> SRR1323422     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673     3  0.0000     0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434650     3  0.1890     0.8920 0.000 0.056 0.936 0.008
#> SRR659875      3  0.0188     0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1465734     3  0.2216     0.8648 0.000 0.000 0.908 0.092
#> SRR1076847     2  0.0524     0.9011 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1415072     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319      3  0.0000     0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663088      2  0.4538     0.6373 0.216 0.760 0.000 0.024
#> SRR1352021     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935      4  0.4941     0.1958 0.000 0.436 0.000 0.564
#> SRR1352530     3  0.0000     0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662594      3  0.4164     0.5907 0.000 0.000 0.736 0.264
#> SRR1095309     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647      3  0.0000     0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR813019      3  0.0188     0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1374647     2  0.0657     0.8987 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR603472      3  0.1635     0.9051 0.000 0.044 0.948 0.008
#> SRR661529      3  0.4898     0.2198 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR607018      3  0.0000     0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR627423      4  0.4356     0.5361 0.000 0.292 0.000 0.708
#> SRR654921      4  0.0707     0.7391 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1418968     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871      3  0.0336     0.9452 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1330522     3  0.0188     0.9471 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1499958     2  0.1940     0.8967 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR614059      3  0.4866     0.2650 0.000 0.000 0.596 0.404
#> SRR1071403     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719     2  0.0000     0.9066 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440421     2  0.0188     0.9057 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1310412     4  0.4193     0.5955 0.000 0.000 0.268 0.732
#> SRR614767      2  0.0336     0.9078 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR820709      1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093      3  0.0000     0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088168     3  0.0188     0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1418707     2  0.0469     0.9082 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1354291     2  0.0188     0.9057 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2165806     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684     2  0.4933     0.2782 0.000 0.568 0.000 0.432
#> SRR1433860     3  0.0000     0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311062     2  0.0188     0.9057 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1360359     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385      3  0.0000     0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615407      2  0.0376     0.9035 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1413892     3  0.0188     0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1443459     2  0.2149     0.8917 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1338942     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480      3  0.0000     0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399433     2  0.1940     0.8967 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR818537      3  0.0524     0.9431 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR1101324     4  0.0524     0.7401 0.000 0.004 0.008 0.988
#> SRR807637      1  0.5158     0.0865 0.524 0.472 0.000 0.004
#> SRR1091918     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300      4  0.4877     0.3501 0.000 0.000 0.408 0.592
#> SRR1085426     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294     2  0.0188     0.9073 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR813891      1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431     2  0.0188     0.9057 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR658742      4  0.2334     0.7438 0.000 0.004 0.088 0.908
#> SRR1419234     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813     2  0.1211     0.9068 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR603496      3  0.0188     0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1407758     3  0.0000     0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR810945      4  0.4277     0.5505 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR817234      2  0.0188     0.9057 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1444852     3  0.0188     0.9471 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR660378      3  0.0188     0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1467835     2  0.1211     0.9068 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1338964     3  0.0469     0.9429 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1079259     4  0.3311     0.6734 0.000 0.172 0.000 0.828
#> SRR1072345     3  0.0469     0.9429 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR598725      3  0.0000     0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447938     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460     4  0.4500     0.4918 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR1429468     2  0.0707     0.9085 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1446850     2  0.1792     0.8998 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1320363     3  0.0336     0.9452 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1413810     3  0.0000     0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR598831      2  0.0817     0.9084 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1381865     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957      3  0.0000     0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1491332     3  0.0188     0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1099744     2  0.0336     0.9078 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1464618     2  0.3688     0.7784 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1414559     4  0.3234     0.7434 0.012 0.020 0.084 0.884
#> SRR1337540     1  0.4955     0.1625 0.556 0.444 0.000 0.000
#> SRR1444283     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942     3  0.4776     0.3507 0.000 0.000 0.624 0.376
#> SRR660295      1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335      3  0.0000     0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363742     3  0.0000     0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345847     2  0.4222     0.6835 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR614960      3  0.4967     0.0735 0.000 0.000 0.548 0.452
#> SRR819919      1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330      3  0.5024     0.3573 0.000 0.360 0.632 0.008
#> SRR1327951     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266     2  0.2216     0.8894 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1338055     3  0.5277     0.1358 0.000 0.460 0.532 0.008
#> SRR1430157     2  0.2216     0.8904 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1320137     2  0.0188     0.9073 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1093483     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913     3  0.3074     0.7935 0.000 0.000 0.848 0.152
#> SRR2170490     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845     3  0.4331     0.5593 0.000 0.000 0.712 0.288
#> SRR1436420     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060     3  0.0188     0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR662282      3  0.0000     0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487089     4  0.0817     0.7390 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1075683     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880     2  0.1940     0.8967 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1453456     3  0.0000     0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457895     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603     3  0.0188     0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR658633      2  0.0188     0.9057 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1388081     2  0.3311     0.8199 0.000 0.828 0.000 0.172
#> SRR813339      3  0.0336     0.9452 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR809725      1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441      2  0.5257     0.1072 0.000 0.548 0.444 0.008
#> SRR613603      3  0.0188     0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1096571     3  0.0188     0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1392701     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693     2  0.1867     0.8981 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR660697      2  0.1867     0.8986 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1489926     3  0.0188     0.9471 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR811491      3  0.0188     0.9471 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1311644     4  0.0469     0.7407 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1451740     3  0.0188     0.9473 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR615117      3  0.1151     0.9257 0.000 0.024 0.968 0.008
#> SRR1391748     2  0.4103     0.6903 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR1466556     3  0.0188     0.9471 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR614972      3  0.0336     0.9452 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1406200     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210      2  0.1940     0.8967 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR662174      1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988      1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236      4  0.4560     0.5644 0.000 0.004 0.296 0.700
#> SRR1312598     2  0.1557     0.9035 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1330129     2  0.0188     0.9057 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1357781     2  0.0336     0.9036 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1315517     2  0.0188     0.9057 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1400032     3  0.0188     0.9473 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1413722     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827      3  0.0707     0.9382 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR814794      1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430      1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509     2  0.2281     0.8869 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR808728      3  0.0000     0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070813     2  0.0188     0.9073 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1389133     4  0.4898     0.3312 0.000 0.000 0.416 0.584
#> SRR601263      4  0.5000     0.1314 0.000 0.000 0.496 0.504
#> SRR604718      2  0.3975     0.7340 0.000 0.760 0.000 0.240
#> SRR1481351     3  0.0000     0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334608     3  0.0000     0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658681      3  0.0188     0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR809283      2  0.1302     0.9062 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1459300     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547     3  0.0188     0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR811049      4  0.4961     0.2819 0.000 0.000 0.448 0.552
#> SRR1464835     4  0.4193     0.5842 0.000 0.268 0.000 0.732
#> SRR1339619     2  0.2530     0.8776 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR658501      3  0.0000     0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447523     3  0.1022     0.9276 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1415048     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348     2  0.2408     0.8817 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR603890      2  0.0336     0.9036 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR810595      3  0.0188     0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1446244     2  0.2281     0.8868 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR817373      2  0.2011     0.8954 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1457291     2  0.1557     0.9035 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR598220      3  0.1302     0.9056 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR1477991     2  0.0469     0.9083 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR598172      2  0.0336     0.9036 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1349032     2  0.4134     0.7030 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR604002      3  0.5294     0.0823 0.000 0.484 0.508 0.008
#> SRR1378026     3  0.0000     0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404401     2  0.0524     0.9011 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1333240     3  0.1042     0.9297 0.000 0.020 0.972 0.008
#> SRR1089399     2  0.0188     0.9057 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR603421      2  0.0188     0.9057 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR812562      1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520      3  0.0188     0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR811839      1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317      2  0.0469     0.9082 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1436763     2  0.2345     0.8839 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1486021     2  0.0921     0.9082 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1465018     2  0.0188     0.9057 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1080998     3  0.2760     0.8190 0.000 0.000 0.872 0.128
#> SRR1083432     3  0.0000     0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082833     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536     3  0.0336     0.9452 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR614011      2  0.2081     0.8938 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1365873     2  0.0188     0.9057 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1498789     2  0.0188     0.9057 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR601581      4  0.4382     0.5258 0.000 0.296 0.000 0.704
#> SRR603566      3  0.0188     0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1373981     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410      2  0.0188     0.9057 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1076511     1  0.6851     0.2991 0.568 0.300 0.000 0.132
#> SRR614143      4  0.4454     0.5412 0.000 0.000 0.308 0.692
#> SRR1333570     3  0.0817     0.9353 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1366813     2  0.1022     0.9078 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1388746     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558     4  0.4477     0.5350 0.000 0.000 0.312 0.688
#> SRR1409510     3  0.0000     0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816250      2  0.0469     0.9083 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR614131      2  0.4925     0.2566 0.000 0.572 0.000 0.428
#> SRR1331130     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015     3  0.0592     0.9405 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1470798     3  0.0000     0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614179      3  0.0188     0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1474863     2  0.0188     0.9057 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR813560      2  0.2081     0.8938 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1312187     2  0.2647     0.8706 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR1420960     3  0.0000     0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355102     3  0.0188     0.9471 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1084577     3  0.0000     0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659971      2  0.2081     0.8936 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1350855     4  0.4250     0.5571 0.000 0.276 0.000 0.724
#> SRR820779      3  0.0188     0.9471 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1476300     3  0.0921     0.9323 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1090907     2  0.1940     0.8967 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR662294      2  0.0188     0.9057 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1480789     3  0.0188     0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1336263     4  0.4898     0.2418 0.000 0.416 0.000 0.584
#> SRR660776      1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508     2  0.7499    -0.1051 0.000 0.500 0.244 0.256
#> SRR615563      4  0.3356     0.6710 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR1101175     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650     3  0.0188     0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1431205     2  0.0188     0.9057 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1339856     2  0.2216     0.8892 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1352147     2  0.1389     0.9054 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR808968      1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419      2  0.0188     0.9073 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1402391     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609      3  0.0188     0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2167857     3  0.2342     0.8634 0.000 0.080 0.912 0.008
#> SRR1398752     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437     2  0.0592     0.9084 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1416955     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064     2  0.0592     0.9085 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR659001      4  0.4564     0.4670 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR2170696     4  0.0376     0.7391 0.000 0.004 0.004 0.992
#> SRR816589      3  0.0000     0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087487     3  0.0188     0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1329485     3  0.0000     0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816920      4  0.3649     0.6451 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR1341432     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590     4  0.4134     0.5868 0.000 0.260 0.000 0.740
#> SRR817046      3  0.0000     0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471331     3  0.0000     0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660788      4  0.3907     0.6563 0.000 0.000 0.232 0.768
#> SRR819234      1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853      3  0.0524     0.9431 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR809427      2  0.4103     0.7073 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR2170217     2  0.2408     0.8811 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1386967     3  0.0000     0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420344     2  0.1940     0.8967 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1334535     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503      2  0.1118     0.9076 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR602564      4  0.3895     0.7355 0.000 0.036 0.132 0.832
#> SRR1420669     4  0.4332     0.7199 0.000 0.112 0.072 0.816
#> SRR819024      3  0.0336     0.9452 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR656223      3  0.0188     0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR608428      2  0.0188     0.9073 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1345647     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324     2  0.0188     0.9057 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1361368     2  0.2011     0.8954 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1322619     2  0.1211     0.9068 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1349276     2  0.4977     0.1725 0.000 0.540 0.000 0.460
#> SRR1404024     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637     2  0.1302     0.9067 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1452631     4  0.1940     0.7263 0.000 0.076 0.000 0.924
#> SRR608392      3  0.0188     0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1357757     3  0.0376     0.9458 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1074646     4  0.3356     0.6717 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR1367499     3  0.0000     0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343501     3  0.0188     0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1394406     4  0.0921     0.7426 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1381435     3  0.0188     0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1467407     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422     3  0.0524     0.9431 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR1380270     3  0.0188     0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1091817     2  0.0188     0.9057 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1440137     2  0.0000     0.9066 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614311      2  0.1940     0.8967 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1407516     2  0.2408     0.8803 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR815494      3  0.0000     0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333209     4  0.4522     0.4790 0.000 0.320 0.000 0.680
#> SRR615177      2  0.2081     0.8933 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1099648     3  0.0188     0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR659720      3  0.4713     0.3602 0.000 0.000 0.640 0.360
#> SRR2185057     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468      4  0.1639     0.7338 0.036 0.004 0.008 0.952
#> SRR660042      4  0.4907     0.3192 0.000 0.000 0.420 0.580
#> SRR2170864     2  0.0188     0.9073 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1440491     2  0.4356     0.6420 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR1440852     3  0.0000     0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811169      1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311     2  0.3873     0.7366 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR818009      1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836     2  0.0188     0.9057 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1498313     3  0.3300     0.7722 0.000 0.144 0.848 0.008
#> SRR1441975     2  0.0336     0.9065 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR819096      1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679     2  0.7581    -0.1596 0.000 0.424 0.380 0.196
#> SRR1489116     3  0.0188     0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1354138     3  0.0188     0.9473 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1490589     3  0.3400     0.7438 0.000 0.000 0.820 0.180
#> SRR1412987     4  0.2149     0.7218 0.000 0.088 0.000 0.912
#> SRR602034      3  0.0000     0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353437     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871     3  0.0000     0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661577      2  0.2081     0.8948 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR612190      4  0.5080     0.2487 0.000 0.420 0.004 0.576
#> SRR1399880     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787     4  0.4804     0.3272 0.000 0.384 0.000 0.616
#> SRR657869      1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039      1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141     3  0.0000     0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476697     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538     2  0.4331     0.6488 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR1331422     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859      4  0.2704     0.7262 0.000 0.000 0.124 0.876
#> SRR1097594     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419     3  0.0000     0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336706     3  0.0188     0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1472976     2  0.2345     0.8839 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1321307     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493      1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461      3  0.0000     0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477149     2  0.0188     0.9057 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1457397     3  0.0524     0.9431 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR661913      3  0.2814     0.8198 0.000 0.000 0.868 0.132
#> SRR1069024     3  0.0188     0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2165634     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722     3  0.0469     0.9429 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1328642     2  0.0524     0.9011 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1488261     4  0.4994     0.1377 0.000 0.000 0.480 0.520
#> SRR1318815     4  0.0707     0.7392 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR816945      1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432     2  0.1716     0.9010 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1359280     2  0.0524     0.9011 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1313910     2  0.2469     0.8804 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR1457315     4  0.3908     0.6685 0.000 0.004 0.212 0.784
#> SRR815398      1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958      3  0.0000     0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR600688      4  0.2563     0.7469 0.000 0.020 0.072 0.908
#> SRR1098952     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916     3  0.0188     0.9473 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR614167      3  0.1792     0.8939 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR1348114     2  0.3172     0.8339 0.000 0.840 0.000 0.160
#> SRR658033      2  0.0188     0.9057 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1077503     3  0.0188     0.9471 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR661854      3  0.0000     0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811379      4  0.4948     0.1643 0.000 0.440 0.000 0.560
#> SRR1318857     2  0.1792     0.8998 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR656445      3  0.0188     0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1433044     2  0.0336     0.9036 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1486391     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071      4  0.4543     0.5164 0.000 0.000 0.324 0.676
#> SRR1364824     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745      3  0.0188     0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR601038      3  0.0188     0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1360080     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868      3  0.4992    -0.0461 0.000 0.000 0.524 0.476
#> SRR1485997     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560     4  0.3172     0.6831 0.000 0.160 0.000 0.840
#> SRR1333330     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513      4  0.4907     0.3511 0.000 0.000 0.420 0.580
#> SRR1328407     3  0.0188     0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR602784      3  0.0188     0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1348468     4  0.2973     0.6941 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR663717      2  0.2589     0.8728 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR602217      2  0.3907     0.5633 0.000 0.768 0.232 0.000
#> SRR603140      3  0.1118     0.9241 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1340804     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574     3  0.0000     0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333462     2  0.0524     0.9011 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1094601     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610     4  0.4644     0.6640 0.000 0.024 0.228 0.748
#> SRR1435833     2  0.2281     0.8866 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1398728     2  0.1940     0.8967 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1358343     4  0.0921     0.7385 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1410890     2  0.0817     0.9083 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1350371     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478     2  0.1211     0.9068 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1099260     3  0.0000     0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433576     3  0.0000     0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345541     3  0.3172     0.7788 0.000 0.000 0.840 0.160
#> SRR1086328     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391      3  0.0469     0.9435 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1476207     3  0.0188     0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR627435      3  0.3208     0.7885 0.000 0.004 0.848 0.148
#> SRR1489862     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191     3  0.0592     0.9405 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1490115     3  0.0000     0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377714     3  0.1151     0.9258 0.000 0.024 0.968 0.008
#> SRR819394      1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161      2  0.5972     0.4401 0.068 0.640 0.000 0.292
#> SRR607042      3  0.0188     0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR656203      2  0.2081     0.8936 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR660602      3  0.0000     0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440397     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233      1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249      2  0.2011     0.8954 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR661242      2  0.4730     0.4780 0.000 0.636 0.000 0.364
#> SRR1332007     3  0.0188     0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR809619      2  0.2081     0.8938 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR819975      1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281      2  0.0188     0.9057 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR662366      3  0.0469     0.9435 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1317898     3  0.0000     0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382485     4  0.0817     0.7396 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR2166420     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541     3  0.0000     0.9484 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR817444      3  0.0188     0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1320403     2  0.0188     0.9057 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1101483     2  0.3172     0.8342 0.000 0.840 0.000 0.160
#> SRR1331684     3  0.0188     0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1400054     4  0.3219     0.7022 0.000 0.000 0.164 0.836
#> SRR1406088     2  0.2589     0.8742 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR820733      4  0.0524     0.7397 0.000 0.008 0.004 0.988
#> SRR1314113     4  0.0592     0.7410 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1382615     3  0.0188     0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1480745     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850     2  0.0188     0.9057 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR656782      3  0.2149     0.8687 0.000 0.000 0.912 0.088
#> SRR821364      1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295      3  0.2412     0.8585 0.000 0.084 0.908 0.008
#> SRR1357103     3  0.0188     0.9479 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR809185      2  0.3074     0.8414 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR811583      2  0.0188     0.9057 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1468050     1  0.0000     0.9862 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224     2  0.1389     0.9055 0.000 0.952 0.000 0.048

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR1500170     2  0.2732     0.7372 0.000 0.840 0.000 0.160 0.000
#> SRR1402368     3  0.0703     0.9428 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR607743      3  0.3795     0.6569 0.000 0.192 0.780 0.000 0.028
#> SRR1457375     2  0.0324     0.7955 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1470923     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954      1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259      1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785     3  0.0609     0.9434 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR814768      1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031     2  0.0404     0.7913 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1363611     4  0.4446     0.1858 0.000 0.476 0.000 0.520 0.004
#> SRR1468447     2  0.0404     0.7914 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1071931     5  0.5935     0.2254 0.000 0.268 0.000 0.152 0.580
#> SRR810981      1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299      2  0.0404     0.7913 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR663585      3  0.0510     0.9445 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1326773     2  0.4418     0.3218 0.000 0.652 0.332 0.000 0.016
#> SRR1351166     2  0.4030     0.4427 0.000 0.648 0.000 0.352 0.000
#> SRR1477452     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720     3  0.0404     0.9451 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1420320     2  0.4789     0.2888 0.000 0.584 0.000 0.392 0.024
#> SRR1081712     2  0.1124     0.7991 0.000 0.960 0.000 0.036 0.004
#> SRR1318241     3  0.1549     0.9150 0.000 0.000 0.944 0.040 0.016
#> SRR1333718     3  0.0290     0.9439 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1313514     2  0.0510     0.7895 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1477861     3  0.0404     0.9425 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1318005     2  0.1403     0.7665 0.000 0.952 0.024 0.000 0.024
#> SRR1354665     2  0.1082     0.7992 0.000 0.964 0.000 0.028 0.008
#> SRR657707      3  0.4736     0.1918 0.000 0.000 0.576 0.404 0.020
#> SRR1370742     3  0.0703     0.9422 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1412947     2  0.1121     0.7985 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR661553      5  0.6148     0.1551 0.000 0.180 0.000 0.268 0.552
#> SRR1328869     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211      2  0.1732     0.7876 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1348181     3  0.1270     0.9232 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1416560     3  0.0794     0.9404 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1319772     3  0.0404     0.9428 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1091452     2  0.5964     0.2933 0.000 0.536 0.000 0.124 0.340
#> SRR1338812     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072     2  0.1043     0.7987 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR814844      5  0.4629     0.4299 0.000 0.052 0.000 0.244 0.704
#> SRR1376619     3  0.0794     0.9404 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR603690      2  0.0798     0.7933 0.000 0.976 0.000 0.008 0.016
#> SRR2184980     2  0.1732     0.7908 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR613963      5  0.2331     0.5233 0.000 0.020 0.000 0.080 0.900
#> SRR1323422     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673     3  0.0290     0.9453 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1434650     3  0.1117     0.9266 0.000 0.020 0.964 0.000 0.016
#> SRR659875      3  0.0290     0.9439 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1465734     3  0.1012     0.9370 0.000 0.000 0.968 0.020 0.012
#> SRR1076847     2  0.1195     0.7735 0.000 0.960 0.012 0.000 0.028
#> SRR1415072     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319      3  0.0290     0.9450 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR663088      2  0.5991     0.1927 0.352 0.536 0.000 0.004 0.108
#> SRR1352021     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935      4  0.6422     0.3556 0.000 0.360 0.000 0.460 0.180
#> SRR1352530     3  0.0404     0.9450 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR662594      3  0.1012     0.9400 0.000 0.000 0.968 0.012 0.020
#> SRR1095309     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647      3  0.0609     0.9434 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR813019      3  0.0703     0.9375 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1374647     2  0.1568     0.7963 0.000 0.944 0.020 0.036 0.000
#> SRR603472      3  0.1012     0.9288 0.000 0.020 0.968 0.000 0.012
#> SRR661529      5  0.3521     0.6204 0.000 0.004 0.232 0.000 0.764
#> SRR607018      3  0.0290     0.9439 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR627423      5  0.5329     0.3538 0.000 0.184 0.000 0.144 0.672
#> SRR654921      4  0.3419     0.5421 0.000 0.016 0.000 0.804 0.180
#> SRR1418968     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871      3  0.0609     0.9434 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1330522     3  0.0703     0.9422 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1499958     2  0.3039     0.7124 0.000 0.808 0.000 0.192 0.000
#> SRR614059      5  0.4451     0.2630 0.000 0.000 0.492 0.004 0.504
#> SRR1071403     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719     2  0.0955     0.8005 0.000 0.968 0.000 0.028 0.004
#> SRR1440421     2  0.0510     0.7895 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1310412     5  0.5752     0.5819 0.000 0.000 0.240 0.148 0.612
#> SRR614767      2  0.1197     0.7979 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR820709      1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093      3  0.0162     0.9446 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1088168     3  0.0290     0.9439 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1418707     2  0.1608     0.7927 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR1354291     2  0.0510     0.7895 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR2165806     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684     2  0.5569     0.3286 0.000 0.556 0.000 0.080 0.364
#> SRR1433860     3  0.0510     0.9443 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1311062     2  0.1270     0.7973 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1360359     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385      3  0.0609     0.9438 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR615407      2  0.1608     0.7927 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR1413892     3  0.0162     0.9453 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1443459     4  0.4273     0.2695 0.000 0.448 0.000 0.552 0.000
#> SRR1338942     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480      3  0.0566     0.9414 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1399433     2  0.3809     0.6260 0.000 0.736 0.000 0.256 0.008
#> SRR818537      3  0.0566     0.9406 0.000 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR1101324     4  0.3430     0.4528 0.000 0.000 0.004 0.776 0.220
#> SRR807637      1  0.4922     0.2172 0.552 0.424 0.000 0.004 0.020
#> SRR1091918     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300      5  0.4637     0.3687 0.000 0.000 0.452 0.012 0.536
#> SRR1085426     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294     2  0.1043     0.7988 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR813891      1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431     2  0.4976     0.4112 0.000 0.660 0.016 0.296 0.028
#> SRR658742      5  0.4070     0.6213 0.000 0.004 0.164 0.048 0.784
#> SRR1419234     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813     2  0.1671     0.7912 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR603496      3  0.0290     0.9439 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1407758     3  0.0609     0.9434 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR810945      4  0.4895     0.6776 0.000 0.188 0.012 0.728 0.072
#> SRR817234      2  0.0703     0.7854 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1444852     3  0.0703     0.9422 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR660378      3  0.0162     0.9454 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1467835     2  0.3039     0.7092 0.000 0.808 0.000 0.192 0.000
#> SRR1338964     3  0.0992     0.9356 0.000 0.000 0.968 0.024 0.008
#> SRR1079259     4  0.1357     0.5637 0.000 0.004 0.000 0.948 0.048
#> SRR1072345     3  0.1549     0.9107 0.000 0.000 0.944 0.016 0.040
#> SRR598725      3  0.0880     0.9395 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1447938     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460     4  0.4994     0.6693 0.000 0.208 0.000 0.696 0.096
#> SRR1429468     2  0.3424     0.6450 0.000 0.760 0.000 0.240 0.000
#> SRR1446850     2  0.3343     0.7196 0.000 0.812 0.000 0.172 0.016
#> SRR1320363     3  0.0404     0.9448 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1413810     3  0.0703     0.9422 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR598831      2  0.2690     0.7415 0.000 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1381865     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957      3  0.0703     0.9422 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1491332     3  0.0290     0.9439 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1099744     2  0.1792     0.7866 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR1464618     4  0.4080     0.6692 0.000 0.252 0.000 0.728 0.020
#> SRR1414559     5  0.2026     0.5367 0.000 0.012 0.016 0.044 0.928
#> SRR1337540     1  0.7541     0.2333 0.492 0.144 0.000 0.260 0.104
#> SRR1444283     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942     3  0.4291    -0.0949 0.000 0.000 0.536 0.000 0.464
#> SRR660295      1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335      3  0.0609     0.9434 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1363742     3  0.0162     0.9453 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1345847     4  0.3455     0.7057 0.000 0.208 0.000 0.784 0.008
#> SRR614960      3  0.3837     0.4857 0.000 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR819919      1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330      2  0.2362     0.7016 0.000 0.900 0.076 0.000 0.024
#> SRR1327951     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266     2  0.4656    -0.0227 0.000 0.508 0.000 0.480 0.012
#> SRR1338055     2  0.1211     0.7738 0.000 0.960 0.016 0.000 0.024
#> SRR1430157     4  0.3636     0.6508 0.000 0.272 0.000 0.728 0.000
#> SRR1320137     2  0.0912     0.7943 0.000 0.972 0.000 0.012 0.016
#> SRR1093483     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913     3  0.4227     0.0713 0.000 0.000 0.580 0.000 0.420
#> SRR2170490     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845     5  0.4464     0.4795 0.000 0.000 0.408 0.008 0.584
#> SRR1436420     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060     3  0.0404     0.9425 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR662282      3  0.0703     0.9422 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1487089     5  0.3696     0.4604 0.000 0.016 0.000 0.212 0.772
#> SRR1075683     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880     2  0.3353     0.6987 0.000 0.796 0.000 0.196 0.008
#> SRR1453456     3  0.0609     0.9434 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1457895     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603     3  0.0290     0.9439 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR658633      2  0.0000     0.7954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388081     2  0.5728     0.4748 0.000 0.624 0.000 0.200 0.176
#> SRR813339      3  0.0794     0.9404 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR809725      1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441      2  0.1893     0.7392 0.000 0.928 0.048 0.000 0.024
#> SRR613603      3  0.0404     0.9428 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1096571     3  0.0290     0.9451 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1392701     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693     2  0.2193     0.7835 0.000 0.900 0.000 0.092 0.008
#> SRR660697      2  0.1914     0.7935 0.000 0.924 0.000 0.060 0.016
#> SRR1489926     3  0.0703     0.9433 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR811491      3  0.0609     0.9434 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1311644     4  0.4482     0.2604 0.000 0.000 0.012 0.612 0.376
#> SRR1451740     3  0.0963     0.9359 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR615117      3  0.0807     0.9353 0.000 0.012 0.976 0.000 0.012
#> SRR1391748     2  0.5111     0.1941 0.000 0.552 0.000 0.408 0.040
#> SRR1466556     3  0.0510     0.9443 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR614972      3  0.0703     0.9424 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1406200     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210      2  0.3990     0.4836 0.000 0.688 0.000 0.308 0.004
#> SRR662174      1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988      1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236      5  0.4540     0.5950 0.000 0.000 0.320 0.024 0.656
#> SRR1312598     2  0.2074     0.7798 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR1330129     2  0.1205     0.7989 0.000 0.956 0.000 0.040 0.004
#> SRR1357781     2  0.0865     0.7823 0.000 0.972 0.004 0.000 0.024
#> SRR1315517     2  0.0510     0.7895 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1400032     3  0.0880     0.9383 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1413722     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827      3  0.1270     0.9231 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR814794      1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430      1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509     4  0.3039     0.7050 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000
#> SRR808728      3  0.0404     0.9428 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1070813     4  0.4517     0.3412 0.000 0.436 0.000 0.556 0.008
#> SRR1389133     5  0.4746     0.2974 0.000 0.000 0.480 0.016 0.504
#> SRR601263      3  0.1943     0.8999 0.000 0.000 0.924 0.056 0.020
#> SRR604718      4  0.3300     0.7066 0.000 0.204 0.000 0.792 0.004
#> SRR1481351     3  0.0290     0.9451 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1334608     3  0.0404     0.9448 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR658681      3  0.0290     0.9439 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR809283      2  0.0898     0.7987 0.000 0.972 0.000 0.020 0.008
#> SRR1459300     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547     3  0.0290     0.9439 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR811049      4  0.4988     0.0693 0.000 0.000 0.284 0.656 0.060
#> SRR1464835     5  0.5925     0.1411 0.000 0.316 0.000 0.128 0.556
#> SRR1339619     4  0.3534     0.6700 0.000 0.256 0.000 0.744 0.000
#> SRR658501      3  0.0609     0.9434 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1447523     3  0.0794     0.9404 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1415048     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348     2  0.4106     0.6131 0.000 0.724 0.000 0.256 0.020
#> SRR603890      2  0.0609     0.7874 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR810595      3  0.0290     0.9439 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1446244     2  0.4708     0.1525 0.000 0.548 0.000 0.436 0.016
#> SRR817373      2  0.3093     0.7283 0.000 0.824 0.000 0.168 0.008
#> SRR1457291     2  0.2930     0.7332 0.000 0.832 0.000 0.164 0.004
#> SRR598220      3  0.1211     0.9360 0.000 0.000 0.960 0.024 0.016
#> SRR1477991     2  0.0794     0.7992 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR598172      2  0.0510     0.7895 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1349032     4  0.2020     0.6778 0.000 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR604002      3  0.2388     0.8548 0.000 0.072 0.900 0.000 0.028
#> SRR1378026     3  0.0290     0.9439 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1404401     2  0.1106     0.7761 0.000 0.964 0.012 0.000 0.024
#> SRR1333240     3  0.2152     0.8897 0.000 0.032 0.924 0.012 0.032
#> SRR1089399     2  0.1270     0.7969 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR603421      2  0.0609     0.7874 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR812562      1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520      3  0.0290     0.9439 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR811839      1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317      2  0.3160     0.7059 0.000 0.808 0.000 0.188 0.004
#> SRR1436763     2  0.4299     0.2481 0.000 0.608 0.000 0.388 0.004
#> SRR1486021     2  0.2338     0.7725 0.000 0.884 0.000 0.112 0.004
#> SRR1465018     2  0.0510     0.7895 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1080998     3  0.2997     0.7772 0.000 0.000 0.840 0.148 0.012
#> SRR1083432     3  0.0404     0.9450 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1082833     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536     3  0.0703     0.9422 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR614011      2  0.4268     0.1671 0.000 0.556 0.000 0.444 0.000
#> SRR1365873     2  0.0404     0.7979 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1498789     2  0.0912     0.7958 0.000 0.972 0.000 0.016 0.012
#> SRR601581      4  0.4840     0.6515 0.000 0.152 0.000 0.724 0.124
#> SRR603566      3  0.0566     0.9406 0.000 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR1373981     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410      2  0.0566     0.7974 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1076511     1  0.6542     0.4720 0.604 0.104 0.000 0.064 0.228
#> SRR614143      3  0.4905     0.2823 0.000 0.000 0.624 0.040 0.336
#> SRR1333570     3  0.1544     0.9090 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1366813     2  0.2516     0.7552 0.000 0.860 0.000 0.140 0.000
#> SRR1388746     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558     5  0.3449     0.6143 0.000 0.000 0.164 0.024 0.812
#> SRR1409510     3  0.0703     0.9422 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR816250      2  0.1041     0.7993 0.000 0.964 0.000 0.032 0.004
#> SRR614131      2  0.5125     0.2108 0.000 0.544 0.000 0.040 0.416
#> SRR1331130     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015     3  0.1671     0.8988 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1470798     3  0.0703     0.9422 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR614179      3  0.0290     0.9439 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1474863     2  0.0566     0.7974 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR813560      4  0.3662     0.6749 0.000 0.252 0.000 0.744 0.004
#> SRR1312187     4  0.2536     0.6899 0.000 0.128 0.000 0.868 0.004
#> SRR1420960     3  0.0609     0.9434 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1355102     3  0.0703     0.9422 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1084577     3  0.0404     0.9451 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR659971      2  0.4273     0.1516 0.000 0.552 0.000 0.448 0.000
#> SRR1350855     4  0.3192     0.6815 0.000 0.112 0.000 0.848 0.040
#> SRR820779      3  0.0703     0.9424 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1476300     3  0.1270     0.9232 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1090907     2  0.4268     0.1547 0.000 0.556 0.000 0.444 0.000
#> SRR662294      2  0.0510     0.7895 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1480789     3  0.0290     0.9439 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1336263     4  0.4647     0.6790 0.000 0.184 0.000 0.732 0.084
#> SRR660776      1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508     2  0.5481     0.3483 0.000 0.652 0.236 0.004 0.108
#> SRR615563      4  0.1251     0.5946 0.000 0.008 0.000 0.956 0.036
#> SRR1101175     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650     3  0.0290     0.9439 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1431205     2  0.0510     0.7895 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1339856     2  0.2300     0.7873 0.000 0.904 0.000 0.072 0.024
#> SRR1352147     2  0.1831     0.7902 0.000 0.920 0.000 0.076 0.004
#> SRR808968      1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419      2  0.1341     0.7963 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1402391     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609      3  0.0162     0.9446 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2167857     3  0.2674     0.8021 0.000 0.120 0.868 0.000 0.012
#> SRR1398752     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437     2  0.2020     0.7802 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000
#> SRR1416955     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064     2  0.1012     0.7983 0.000 0.968 0.000 0.020 0.012
#> SRR659001      4  0.1557     0.6444 0.000 0.052 0.000 0.940 0.008
#> SRR2170696     4  0.2179     0.5554 0.000 0.000 0.004 0.896 0.100
#> SRR816589      3  0.0290     0.9439 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1087487     3  0.0510     0.9443 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1329485     3  0.0794     0.9404 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR816920      4  0.2367     0.5550 0.000 0.020 0.004 0.904 0.072
#> SRR1341432     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590     5  0.6408    -0.0988 0.000 0.172 0.000 0.388 0.440
#> SRR817046      3  0.0290     0.9439 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1471331     3  0.0609     0.9437 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR660788      4  0.3573     0.3253 0.000 0.000 0.152 0.812 0.036
#> SRR819234      1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853      3  0.0807     0.9353 0.000 0.012 0.976 0.000 0.012
#> SRR809427      4  0.2351     0.6480 0.000 0.088 0.000 0.896 0.016
#> SRR2170217     2  0.3419     0.7128 0.000 0.804 0.000 0.180 0.016
#> SRR1386967     3  0.0404     0.9448 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1420344     2  0.3003     0.7116 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000
#> SRR1334535     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503      2  0.4464     0.4497 0.000 0.684 0.000 0.288 0.028
#> SRR602564      5  0.3596     0.5547 0.000 0.060 0.036 0.052 0.852
#> SRR1420669     5  0.5291     0.4441 0.000 0.056 0.024 0.236 0.684
#> SRR819024      3  0.0609     0.9438 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR656223      3  0.0290     0.9450 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR608428      2  0.0404     0.7987 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1345647     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324     2  0.0693     0.7950 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012
#> SRR1361368     4  0.4307     0.0771 0.000 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1322619     2  0.1908     0.7848 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000
#> SRR1349276     4  0.6232     0.3893 0.000 0.356 0.000 0.492 0.152
#> SRR1404024     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637     4  0.4256     0.3071 0.000 0.436 0.000 0.564 0.000
#> SRR1452631     4  0.4668     0.4481 0.000 0.044 0.000 0.684 0.272
#> SRR608392      3  0.0162     0.9446 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1357757     3  0.3593     0.7575 0.000 0.084 0.828 0.000 0.088
#> SRR1074646     4  0.2473     0.6197 0.000 0.032 0.000 0.896 0.072
#> SRR1367499     3  0.0162     0.9446 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1343501     3  0.0290     0.9439 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1394406     5  0.6001     0.2410 0.000 0.000 0.112 0.432 0.456
#> SRR1381435     3  0.0162     0.9446 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1467407     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422     3  0.1582     0.9084 0.000 0.028 0.944 0.000 0.028
#> SRR1380270     3  0.0290     0.9439 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1091817     2  0.0000     0.7954 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440137     2  0.1043     0.7990 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR614311      2  0.3999     0.4622 0.000 0.656 0.000 0.344 0.000
#> SRR1407516     2  0.3194     0.7349 0.000 0.832 0.000 0.148 0.020
#> SRR815494      3  0.0703     0.9422 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1333209     4  0.3438     0.7025 0.000 0.172 0.000 0.808 0.020
#> SRR615177      2  0.5754    -0.1784 0.000 0.480 0.020 0.456 0.044
#> SRR1099648     3  0.0290     0.9439 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR659720      3  0.3214     0.7934 0.000 0.000 0.844 0.120 0.036
#> SRR2185057     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468      4  0.3143     0.4117 0.000 0.000 0.000 0.796 0.204
#> SRR660042      5  0.3906     0.6069 0.000 0.000 0.292 0.004 0.704
#> SRR2170864     2  0.0771     0.7982 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR1440491     2  0.6268     0.2877 0.000 0.536 0.000 0.204 0.260
#> SRR1440852     3  0.0609     0.9434 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR811169      1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311     2  0.4977     0.3658 0.000 0.604 0.000 0.356 0.040
#> SRR818009      1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836     2  0.4367     0.2831 0.000 0.620 0.000 0.372 0.008
#> SRR1498313     2  0.4526     0.3077 0.000 0.672 0.300 0.000 0.028
#> SRR1441975     2  0.2179     0.7787 0.000 0.896 0.000 0.100 0.004
#> SRR819096      1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679     3  0.5762    -0.0349 0.000 0.040 0.496 0.440 0.024
#> SRR1489116     3  0.0290     0.9439 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1354138     3  0.0794     0.9404 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1490589     3  0.1341     0.9220 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1412987     4  0.3327     0.5833 0.000 0.028 0.000 0.828 0.144
#> SRR602034      3  0.0703     0.9422 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1353437     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871     3  0.0771     0.9374 0.000 0.000 0.976 0.004 0.020
#> SRR661577      2  0.2707     0.7601 0.000 0.860 0.000 0.132 0.008
#> SRR612190      5  0.5229     0.2816 0.000 0.324 0.000 0.064 0.612
#> SRR1399880     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787     4  0.1124     0.6308 0.000 0.036 0.000 0.960 0.004
#> SRR657869      1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039      1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141     3  0.0703     0.9422 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1476697     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538     4  0.5131     0.3129 0.000 0.420 0.000 0.540 0.040
#> SRR1331422     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859      4  0.5680     0.1533 0.000 0.000 0.160 0.628 0.212
#> SRR1097594     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419     3  0.0609     0.9434 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1336706     3  0.0290     0.9439 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1472976     2  0.4617     0.1473 0.000 0.552 0.000 0.436 0.012
#> SRR1321307     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493      1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461      3  0.0510     0.9443 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1477149     2  0.3255     0.7474 0.000 0.840 0.012 0.136 0.012
#> SRR1457397     3  0.0566     0.9406 0.000 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR661913      5  0.4219     0.4543 0.000 0.000 0.416 0.000 0.584
#> SRR1069024     3  0.0404     0.9425 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR2165634     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722     3  0.0880     0.9390 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1328642     2  0.1280     0.7981 0.000 0.960 0.008 0.024 0.008
#> SRR1488261     5  0.4403     0.4184 0.000 0.000 0.436 0.004 0.560
#> SRR1318815     5  0.4572     0.3946 0.000 0.036 0.000 0.280 0.684
#> SRR816945      1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432     2  0.2464     0.7638 0.000 0.888 0.000 0.096 0.016
#> SRR1359280     2  0.0510     0.7895 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1313910     4  0.3550     0.6872 0.000 0.236 0.000 0.760 0.004
#> SRR1457315     5  0.5233     0.5964 0.000 0.004 0.164 0.136 0.696
#> SRR815398      1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958      3  0.0290     0.9450 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR600688      5  0.4719     0.6169 0.000 0.008 0.156 0.088 0.748
#> SRR1098952     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916     3  0.0794     0.9404 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR614167      3  0.3109     0.7075 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1348114     4  0.3728     0.6802 0.000 0.244 0.000 0.748 0.008
#> SRR658033      2  0.0290     0.7929 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1077503     3  0.0290     0.9439 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR661854      3  0.0290     0.9451 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR811379      4  0.6784     0.2303 0.000 0.280 0.000 0.368 0.352
#> SRR1318857     4  0.4192     0.4055 0.000 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR656445      3  0.0162     0.9446 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1433044     2  0.0609     0.7874 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1486391     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071      5  0.4375     0.4433 0.000 0.000 0.420 0.004 0.576
#> SRR1364824     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745      3  0.0566     0.9406 0.000 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR601038      3  0.0404     0.9425 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1360080     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868      3  0.3214     0.8095 0.000 0.000 0.844 0.036 0.120
#> SRR1485997     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560     4  0.1082     0.6010 0.000 0.008 0.000 0.964 0.028
#> SRR1333330     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513      3  0.6638    -0.1720 0.000 0.000 0.436 0.328 0.236
#> SRR1328407     3  0.1507     0.9192 0.000 0.012 0.952 0.012 0.024
#> SRR602784      3  0.0290     0.9439 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1348468     4  0.3146     0.5922 0.000 0.028 0.000 0.844 0.128
#> SRR663717      4  0.3628     0.7022 0.000 0.216 0.000 0.772 0.012
#> SRR602217      2  0.5203     0.2833 0.000 0.608 0.332 0.060 0.000
#> SRR603140      3  0.1901     0.9013 0.000 0.004 0.932 0.024 0.040
#> SRR1340804     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574     3  0.0404     0.9448 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1333462     2  0.0865     0.7823 0.000 0.972 0.004 0.000 0.024
#> SRR1094601     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610     4  0.3695     0.3147 0.000 0.000 0.164 0.800 0.036
#> SRR1435833     2  0.3819     0.6481 0.000 0.756 0.000 0.228 0.016
#> SRR1398728     2  0.4450    -0.0672 0.000 0.508 0.000 0.488 0.004
#> SRR1358343     5  0.3958     0.4450 0.000 0.044 0.000 0.176 0.780
#> SRR1410890     2  0.3957     0.5257 0.000 0.712 0.000 0.280 0.008
#> SRR1350371     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478     2  0.4367     0.2329 0.000 0.580 0.000 0.416 0.004
#> SRR1099260     3  0.0290     0.9439 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1433576     3  0.0771     0.9430 0.000 0.000 0.976 0.004 0.020
#> SRR1345541     5  0.4687     0.5871 0.000 0.028 0.336 0.000 0.636
#> SRR1086328     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391      3  0.0794     0.9404 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1476207     3  0.0609     0.9398 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR627435      5  0.4527     0.6168 0.000 0.064 0.204 0.000 0.732
#> SRR1489862     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191     3  0.0963     0.9358 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1490115     3  0.0290     0.9451 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1377714     3  0.2951     0.7943 0.000 0.112 0.860 0.000 0.028
#> SRR819394      1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161      2  0.3521     0.6716 0.012 0.808 0.000 0.008 0.172
#> SRR607042      3  0.0290     0.9439 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR656203      2  0.3141     0.7386 0.000 0.832 0.000 0.152 0.016
#> SRR660602      3  0.0290     0.9439 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1440397     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233      1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249      4  0.3913     0.5694 0.000 0.324 0.000 0.676 0.000
#> SRR661242      2  0.6035     0.3371 0.000 0.556 0.004 0.124 0.316
#> SRR1332007     3  0.0290     0.9439 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR809619      4  0.3884     0.6301 0.000 0.288 0.000 0.708 0.004
#> SRR819975      1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281      2  0.0162     0.7942 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR662366      3  0.0794     0.9404 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1317898     3  0.0609     0.9434 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1382485     5  0.4770     0.3534 0.000 0.036 0.000 0.320 0.644
#> SRR2166420     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541     3  0.0609     0.9434 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR817444      3  0.0404     0.9428 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1320403     2  0.1043     0.7990 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1101483     4  0.2471     0.6948 0.000 0.136 0.000 0.864 0.000
#> SRR1331684     3  0.0290     0.9439 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1400054     5  0.5917     0.5666 0.000 0.000 0.224 0.180 0.596
#> SRR1406088     4  0.4227     0.3576 0.000 0.420 0.000 0.580 0.000
#> SRR820733      5  0.4950     0.2189 0.000 0.016 0.008 0.424 0.552
#> SRR1314113     5  0.3663     0.5067 0.000 0.000 0.016 0.208 0.776
#> SRR1382615     3  0.0290     0.9439 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1480745     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850     2  0.0510     0.7895 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR656782      3  0.1012     0.9370 0.000 0.000 0.968 0.020 0.012
#> SRR821364      1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295      3  0.3967     0.5225 0.000 0.264 0.724 0.000 0.012
#> SRR1357103     3  0.0290     0.9439 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR809185      2  0.4707     0.6015 0.000 0.708 0.000 0.228 0.064
#> SRR811583      2  0.0566     0.7984 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1468050     1  0.0000     0.9884 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224     2  0.1168     0.7991 0.000 0.960 0.000 0.032 0.008

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR1500170     4  0.3288    0.59297 0.000 0.276 0.000 0.724 0.000 0.000
#> SRR1402368     3  0.3413    0.78140 0.000 0.000 0.812 0.000 0.108 0.080
#> SRR607743      2  0.6450   -0.20977 0.000 0.400 0.384 0.000 0.184 0.032
#> SRR1457375     2  0.2135    0.74754 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000 0.000
#> SRR1470923     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954      1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259      1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785     3  0.1010    0.87142 0.000 0.000 0.960 0.000 0.036 0.004
#> SRR814768      1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031     2  0.0547    0.75904 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1363611     4  0.2911    0.71828 0.000 0.144 0.000 0.832 0.024 0.000
#> SRR1468447     2  0.0790    0.76096 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1071931     6  0.4659    0.30753 0.000 0.048 0.000 0.336 0.004 0.612
#> SRR810981      1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299      2  0.0713    0.76065 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR663585      3  0.0713    0.88205 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1326773     2  0.3860    0.47237 0.000 0.728 0.236 0.000 0.000 0.036
#> SRR1351166     4  0.2668    0.70480 0.000 0.168 0.000 0.828 0.004 0.000
#> SRR1477452     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720     3  0.0363    0.88437 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1420320     4  0.2595    0.70624 0.000 0.160 0.000 0.836 0.000 0.004
#> SRR1081712     2  0.3428    0.57903 0.000 0.696 0.000 0.304 0.000 0.000
#> SRR1318241     3  0.4123    0.24232 0.000 0.000 0.568 0.012 0.420 0.000
#> SRR1333718     3  0.0000    0.88398 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313514     2  0.0146    0.75193 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1477861     3  0.0146    0.88339 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1318005     2  0.0603    0.74190 0.000 0.980 0.016 0.000 0.004 0.000
#> SRR1354665     2  0.2762    0.70273 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000 0.000
#> SRR657707      3  0.4396    0.35847 0.000 0.000 0.612 0.036 0.352 0.000
#> SRR1370742     3  0.1753    0.85352 0.000 0.000 0.912 0.000 0.004 0.084
#> SRR1412947     2  0.3221    0.63743 0.000 0.736 0.000 0.264 0.000 0.000
#> SRR661553      6  0.5107    0.37914 0.000 0.064 0.000 0.284 0.024 0.628
#> SRR1328869     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211      2  0.3782    0.35081 0.000 0.588 0.000 0.412 0.000 0.000
#> SRR1348181     3  0.3390    0.57555 0.000 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR1416560     3  0.1327    0.86582 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1319772     3  0.1349    0.85458 0.000 0.004 0.940 0.000 0.056 0.000
#> SRR1091452     6  0.5705   -0.04516 0.000 0.164 0.000 0.380 0.000 0.456
#> SRR1338812     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072     2  0.3101    0.66122 0.000 0.756 0.000 0.244 0.000 0.000
#> SRR814844      4  0.4652   -0.00887 0.000 0.012 0.000 0.496 0.020 0.472
#> SRR1376619     3  0.0547    0.88377 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR603690      2  0.1524    0.76092 0.000 0.932 0.000 0.060 0.000 0.008
#> SRR2184980     4  0.3765    0.36365 0.000 0.404 0.000 0.596 0.000 0.000
#> SRR613963      6  0.3329    0.46055 0.000 0.004 0.000 0.220 0.008 0.768
#> SRR1323422     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673     3  0.0146    0.88431 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1434650     3  0.1124    0.86451 0.000 0.008 0.956 0.000 0.036 0.000
#> SRR659875      3  0.0000    0.88398 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465734     3  0.3482    0.51691 0.000 0.000 0.684 0.000 0.316 0.000
#> SRR1076847     2  0.0146    0.74618 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1415072     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319      3  0.0146    0.88427 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR663088      5  0.5689    0.33654 0.008 0.196 0.000 0.012 0.608 0.176
#> SRR1352021     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935      4  0.3068    0.71376 0.000 0.088 0.000 0.840 0.000 0.072
#> SRR1352530     3  0.0790    0.87997 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR662594      3  0.3136    0.70805 0.000 0.000 0.796 0.000 0.188 0.016
#> SRR1095309     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647      3  0.1007    0.87496 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR813019      3  0.2482    0.76540 0.000 0.004 0.848 0.000 0.148 0.000
#> SRR1374647     2  0.4420    0.64418 0.000 0.716 0.088 0.192 0.000 0.004
#> SRR603472      3  0.0405    0.88192 0.000 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
#> SRR661529      6  0.2416    0.50110 0.000 0.000 0.156 0.000 0.000 0.844
#> SRR607018      3  0.0000    0.88398 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627423      6  0.4182    0.43502 0.000 0.040 0.000 0.256 0.004 0.700
#> SRR654921      4  0.2265    0.65197 0.000 0.000 0.000 0.896 0.052 0.052
#> SRR1418968     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871      3  0.0547    0.88333 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1330522     3  0.0865    0.88006 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1499958     4  0.3266    0.59995 0.000 0.272 0.000 0.728 0.000 0.000
#> SRR614059      6  0.3937    0.36077 0.000 0.000 0.424 0.004 0.000 0.572
#> SRR1071403     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719     2  0.3198    0.58821 0.000 0.740 0.000 0.260 0.000 0.000
#> SRR1440421     2  0.0458    0.75760 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1310412     6  0.6505    0.10942 0.000 0.000 0.212 0.032 0.320 0.436
#> SRR614767      2  0.3266    0.62701 0.000 0.728 0.000 0.272 0.000 0.000
#> SRR820709      1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093      3  0.0000    0.88398 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088168     3  0.0000    0.88398 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418707     2  0.3828    0.23802 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000 0.000
#> SRR1354291     2  0.0260    0.75393 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR2165806     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684     6  0.5587   -0.00974 0.000 0.124 0.000 0.396 0.004 0.476
#> SRR1433860     3  0.0865    0.87922 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1311062     2  0.3175    0.64750 0.000 0.744 0.000 0.256 0.000 0.000
#> SRR1360359     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385      3  0.0547    0.88310 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR615407      2  0.3684    0.54080 0.000 0.664 0.004 0.332 0.000 0.000
#> SRR1413892     3  0.0260    0.88414 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1443459     4  0.2618    0.72696 0.000 0.116 0.000 0.860 0.024 0.000
#> SRR1338942     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480      3  0.2454    0.75333 0.000 0.000 0.840 0.000 0.160 0.000
#> SRR1399433     4  0.3101    0.63053 0.000 0.244 0.000 0.756 0.000 0.000
#> SRR818537      3  0.0146    0.88339 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1101324     4  0.4844   -0.26218 0.000 0.000 0.012 0.500 0.456 0.032
#> SRR807637      2  0.4034    0.49896 0.012 0.724 0.000 0.012 0.244 0.008
#> SRR1091918     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300      6  0.5593    0.30512 0.000 0.004 0.308 0.004 0.132 0.552
#> SRR1085426     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294     2  0.3428    0.57663 0.000 0.696 0.000 0.304 0.000 0.000
#> SRR813891      1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431     2  0.3748    0.42059 0.000 0.688 0.000 0.012 0.300 0.000
#> SRR658742      6  0.3274    0.51397 0.000 0.000 0.096 0.080 0.000 0.824
#> SRR1419234     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813     4  0.3869   -0.02949 0.000 0.500 0.000 0.500 0.000 0.000
#> SRR603496      3  0.0405    0.88147 0.000 0.004 0.988 0.000 0.008 0.000
#> SRR1407758     3  0.0790    0.88104 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR810945      4  0.5990    0.16935 0.000 0.088 0.008 0.512 0.360 0.032
#> SRR817234      2  0.0000    0.74919 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444852     3  0.1556    0.85826 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR660378      3  0.0458    0.88358 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1467835     4  0.3852    0.53665 0.000 0.324 0.000 0.664 0.012 0.000
#> SRR1338964     3  0.3547    0.54258 0.000 0.000 0.696 0.004 0.300 0.000
#> SRR1079259     4  0.4209   -0.01852 0.000 0.000 0.020 0.596 0.384 0.000
#> SRR1072345     5  0.4357   -0.05274 0.000 0.004 0.492 0.004 0.492 0.008
#> SRR598725      3  0.3558    0.69394 0.000 0.000 0.760 0.000 0.028 0.212
#> SRR1447938     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460     4  0.1245    0.71064 0.000 0.032 0.000 0.952 0.000 0.016
#> SRR1429468     4  0.3271    0.65947 0.000 0.232 0.000 0.760 0.008 0.000
#> SRR1446850     4  0.5277    0.34823 0.000 0.340 0.000 0.556 0.004 0.100
#> SRR1320363     3  0.0914    0.88087 0.000 0.000 0.968 0.000 0.016 0.016
#> SRR1413810     3  0.1267    0.86768 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR598831      4  0.3309    0.58929 0.000 0.280 0.000 0.720 0.000 0.000
#> SRR1381865     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957      3  0.1444    0.86243 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1491332     3  0.0260    0.88414 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1099744     2  0.3684    0.44698 0.000 0.628 0.000 0.372 0.000 0.000
#> SRR1464618     4  0.1426    0.68666 0.000 0.016 0.000 0.948 0.028 0.008
#> SRR1414559     6  0.3826    0.26267 0.000 0.012 0.000 0.016 0.236 0.736
#> SRR1337540     5  0.3299    0.43654 0.000 0.092 0.000 0.012 0.836 0.060
#> SRR1444283     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942     3  0.4911    0.04809 0.000 0.000 0.524 0.000 0.064 0.412
#> SRR660295      1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335      3  0.1141    0.87221 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1363742     3  0.0146    0.88444 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1345847     4  0.1745    0.65161 0.000 0.012 0.000 0.920 0.068 0.000
#> SRR614960      3  0.3886    0.61145 0.000 0.000 0.708 0.000 0.028 0.264
#> SRR819919      1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330      2  0.0692    0.72337 0.000 0.976 0.020 0.000 0.004 0.000
#> SRR1327951     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266     4  0.1728    0.72151 0.000 0.064 0.000 0.924 0.004 0.008
#> SRR1338055     2  0.0146    0.74602 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1430157     4  0.2527    0.64181 0.000 0.024 0.000 0.868 0.108 0.000
#> SRR1320137     2  0.0405    0.75181 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR1093483     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913     6  0.3862    0.16696 0.000 0.000 0.476 0.000 0.000 0.524
#> SRR2170490     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845     6  0.4834    0.43872 0.000 0.000 0.340 0.060 0.004 0.596
#> SRR1436420     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060     3  0.0000    0.88398 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662282      3  0.1327    0.86547 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1487089     6  0.4968    0.29116 0.000 0.004 0.000 0.352 0.068 0.576
#> SRR1075683     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880     4  0.3678    0.64148 0.000 0.220 0.000 0.752 0.004 0.024
#> SRR1453456     3  0.0547    0.88333 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1457895     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603     3  0.0436    0.88391 0.000 0.004 0.988 0.000 0.004 0.004
#> SRR658633      2  0.2178    0.74581 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000 0.000
#> SRR1388081     4  0.5288    0.35561 0.000 0.100 0.000 0.552 0.004 0.344
#> SRR813339      3  0.0547    0.88365 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR809725      1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441      2  0.0291    0.74238 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR613603      3  0.2668    0.74617 0.000 0.004 0.828 0.000 0.168 0.000
#> SRR1096571     3  0.0790    0.88066 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1392701     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693     4  0.3547    0.49647 0.000 0.332 0.000 0.668 0.000 0.000
#> SRR660697      2  0.3659    0.46527 0.000 0.636 0.000 0.364 0.000 0.000
#> SRR1489926     3  0.4516    0.60205 0.000 0.012 0.708 0.000 0.068 0.212
#> SRR811491      3  0.0790    0.88194 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1311644     5  0.6088    0.31243 0.000 0.000 0.012 0.368 0.440 0.180
#> SRR1451740     3  0.2562    0.77041 0.000 0.000 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR615117      3  0.0291    0.88257 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1391748     4  0.2768    0.70675 0.000 0.156 0.000 0.832 0.000 0.012
#> SRR1466556     3  0.0937    0.87836 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR614972      3  0.0458    0.88416 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1406200     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210      4  0.4199    0.40132 0.000 0.380 0.000 0.600 0.020 0.000
#> SRR662174      1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988      1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236      6  0.4860    0.47371 0.000 0.000 0.292 0.068 0.008 0.632
#> SRR1312598     4  0.3810    0.25076 0.000 0.428 0.000 0.572 0.000 0.000
#> SRR1330129     2  0.1863    0.75555 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000 0.000
#> SRR1357781     2  0.0146    0.74618 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1315517     2  0.0000    0.74919 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400032     3  0.2219    0.81512 0.000 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136
#> SRR1413722     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827      3  0.2454    0.78332 0.000 0.000 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR814794      1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430      1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509     4  0.1564    0.71205 0.000 0.040 0.000 0.936 0.024 0.000
#> SRR808728      3  0.1204    0.85287 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1070813     4  0.3587    0.63571 0.000 0.068 0.000 0.792 0.140 0.000
#> SRR1389133     6  0.5667    0.30037 0.000 0.004 0.332 0.008 0.120 0.536
#> SRR601263      3  0.3965    0.34048 0.000 0.000 0.604 0.008 0.388 0.000
#> SRR604718      4  0.2179    0.70283 0.000 0.036 0.000 0.900 0.064 0.000
#> SRR1481351     3  0.0291    0.88257 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1334608     3  0.0000    0.88398 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658681      3  0.0363    0.88410 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR809283      2  0.2623    0.74350 0.000 0.852 0.000 0.132 0.000 0.016
#> SRR1459300     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547     3  0.0000    0.88398 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811049      5  0.4573    0.28478 0.000 0.000 0.372 0.044 0.584 0.000
#> SRR1464835     4  0.5899    0.24614 0.000 0.160 0.000 0.460 0.008 0.372
#> SRR1339619     4  0.1421    0.70348 0.000 0.028 0.000 0.944 0.028 0.000
#> SRR658501      3  0.1204    0.86984 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1447523     3  0.1471    0.86701 0.000 0.000 0.932 0.000 0.004 0.064
#> SRR1415048     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348     4  0.2538    0.72392 0.000 0.124 0.000 0.860 0.000 0.016
#> SRR603890      2  0.0146    0.75193 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR810595      3  0.0632    0.88276 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1446244     4  0.1958    0.72797 0.000 0.100 0.000 0.896 0.000 0.004
#> SRR817373      4  0.3867    0.00226 0.000 0.488 0.000 0.512 0.000 0.000
#> SRR1457291     4  0.3838    0.15411 0.000 0.448 0.000 0.552 0.000 0.000
#> SRR598220      3  0.3489    0.79614 0.000 0.008 0.828 0.008 0.100 0.056
#> SRR1477991     2  0.3050    0.66660 0.000 0.764 0.000 0.236 0.000 0.000
#> SRR598172      2  0.0146    0.75165 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1349032     4  0.2362    0.58192 0.000 0.004 0.000 0.860 0.136 0.000
#> SRR604002      3  0.4494    0.54082 0.000 0.216 0.692 0.000 0.092 0.000
#> SRR1378026     3  0.0291    0.88257 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1404401     2  0.0146    0.74618 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1333240     3  0.4859    0.34723 0.000 0.056 0.604 0.008 0.332 0.000
#> SRR1089399     2  0.3828    0.25399 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000 0.000
#> SRR603421      2  0.0146    0.74602 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR812562      1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520      3  0.0260    0.88273 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR811839      1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317      4  0.4030    0.70286 0.000 0.172 0.000 0.748 0.080 0.000
#> SRR1436763     4  0.5887    0.30049 0.000 0.328 0.000 0.456 0.216 0.000
#> SRR1486021     2  0.3817    0.29770 0.000 0.568 0.000 0.432 0.000 0.000
#> SRR1465018     2  0.0146    0.75165 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1080998     3  0.4144    0.38034 0.000 0.000 0.620 0.020 0.360 0.000
#> SRR1083432     3  0.0713    0.88166 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1082833     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536     3  0.1327    0.86582 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR614011      4  0.2778    0.70571 0.000 0.168 0.000 0.824 0.008 0.000
#> SRR1365873     2  0.1204    0.76163 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> SRR1498789     2  0.1141    0.76173 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR601581      4  0.2474    0.63661 0.000 0.004 0.000 0.884 0.080 0.032
#> SRR603566      3  0.0146    0.88339 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1373981     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410      2  0.2697    0.71135 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000 0.000
#> SRR1076511     5  0.3101    0.40713 0.000 0.032 0.000 0.000 0.820 0.148
#> SRR614143      3  0.5733    0.06226 0.000 0.000 0.488 0.000 0.328 0.184
#> SRR1333570     3  0.3541    0.63840 0.000 0.000 0.728 0.000 0.012 0.260
#> SRR1366813     4  0.3309    0.58903 0.000 0.280 0.000 0.720 0.000 0.000
#> SRR1388746     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558     6  0.4045    0.40422 0.000 0.000 0.124 0.000 0.120 0.756
#> SRR1409510     3  0.1075    0.87503 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR816250      2  0.3076    0.66363 0.000 0.760 0.000 0.240 0.000 0.000
#> SRR614131      6  0.4719    0.42618 0.000 0.100 0.000 0.216 0.004 0.680
#> SRR1331130     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015     3  0.2854    0.72228 0.000 0.000 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR1470798     3  0.0937    0.87823 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR614179      3  0.0405    0.88459 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1474863     2  0.2048    0.75012 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000 0.000
#> SRR813560      4  0.2445    0.63187 0.000 0.020 0.000 0.872 0.108 0.000
#> SRR1312187     4  0.2311    0.64451 0.000 0.016 0.000 0.880 0.104 0.000
#> SRR1420960     3  0.0790    0.88048 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1355102     3  0.1556    0.85826 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1084577     3  0.0713    0.88185 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR659971      4  0.2730    0.71503 0.000 0.152 0.000 0.836 0.012 0.000
#> SRR1350855     4  0.0806    0.69693 0.000 0.008 0.000 0.972 0.000 0.020
#> SRR820779      3  0.0790    0.87991 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1476300     3  0.2003    0.83269 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1090907     4  0.3269    0.69098 0.000 0.184 0.000 0.792 0.024 0.000
#> SRR662294      2  0.0146    0.75165 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1480789     3  0.0291    0.88257 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1336263     4  0.1116    0.69630 0.000 0.008 0.000 0.960 0.004 0.028
#> SRR660776      1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508     2  0.5387    0.15346 0.000 0.604 0.108 0.000 0.272 0.016
#> SRR615563      4  0.3578    0.18849 0.000 0.000 0.000 0.660 0.340 0.000
#> SRR1101175     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650     3  0.0146    0.88339 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1431205     2  0.0146    0.75165 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1339856     2  0.3971    0.22122 0.000 0.548 0.000 0.448 0.000 0.004
#> SRR1352147     2  0.3866    0.08728 0.000 0.516 0.000 0.484 0.000 0.000
#> SRR808968      1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419      2  0.3531    0.52927 0.000 0.672 0.000 0.328 0.000 0.000
#> SRR1402391     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609      3  0.0146    0.88427 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2167857     3  0.3991    0.11708 0.000 0.472 0.524 0.000 0.004 0.000
#> SRR1398752     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437     2  0.3843    0.21312 0.000 0.548 0.000 0.452 0.000 0.000
#> SRR1416955     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064     2  0.2669    0.73146 0.000 0.836 0.000 0.156 0.000 0.008
#> SRR659001      4  0.2491    0.55181 0.000 0.000 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR2170696     4  0.3899   -0.01634 0.000 0.000 0.000 0.592 0.404 0.004
#> SRR816589      3  0.0000    0.88398 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1087487     3  0.0790    0.88066 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1329485     3  0.1327    0.86585 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR816920      5  0.4260    0.25565 0.000 0.000 0.016 0.472 0.512 0.000
#> SRR1341432     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590     4  0.3280    0.63495 0.000 0.028 0.000 0.808 0.004 0.160
#> SRR817046      3  0.0291    0.88423 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1471331     3  0.0790    0.88031 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR660788      5  0.4591    0.30567 0.000 0.000 0.036 0.464 0.500 0.000
#> SRR819234      1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853      3  0.0291    0.88257 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR809427      5  0.4660    0.17082 0.000 0.044 0.000 0.416 0.540 0.000
#> SRR2170217     4  0.3547    0.55089 0.000 0.300 0.000 0.696 0.000 0.004
#> SRR1386967     3  0.0146    0.88459 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1420344     4  0.4181    0.06495 0.000 0.476 0.000 0.512 0.012 0.000
#> SRR1334535     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503      5  0.4609    0.37657 0.000 0.296 0.000 0.008 0.648 0.048
#> SRR602564      6  0.3812    0.44060 0.000 0.044 0.040 0.032 0.052 0.832
#> SRR1420669     6  0.3996    0.35894 0.000 0.004 0.008 0.352 0.000 0.636
#> SRR819024      3  0.0260    0.88454 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR656223      3  0.0458    0.88358 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR608428      2  0.2454    0.73113 0.000 0.840 0.000 0.160 0.000 0.000
#> SRR1345647     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324     2  0.0806    0.75857 0.000 0.972 0.000 0.020 0.008 0.000
#> SRR1361368     4  0.2494    0.72750 0.000 0.120 0.000 0.864 0.016 0.000
#> SRR1322619     4  0.3867    0.01243 0.000 0.488 0.000 0.512 0.000 0.000
#> SRR1349276     4  0.2507    0.70217 0.000 0.040 0.000 0.884 0.004 0.072
#> SRR1404024     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637     4  0.2066    0.71944 0.000 0.072 0.000 0.904 0.024 0.000
#> SRR1452631     4  0.2800    0.65297 0.000 0.004 0.000 0.860 0.036 0.100
#> SRR608392      3  0.0146    0.88427 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1357757     3  0.7092   -0.12730 0.000 0.276 0.416 0.000 0.216 0.092
#> SRR1074646     4  0.1421    0.68944 0.000 0.000 0.000 0.944 0.028 0.028
#> SRR1367499     3  0.0146    0.88431 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1343501     3  0.0405    0.88147 0.000 0.004 0.988 0.000 0.008 0.000
#> SRR1394406     6  0.6803   -0.14826 0.000 0.000 0.040 0.300 0.300 0.360
#> SRR1381435     3  0.0146    0.88444 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1467407     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422     3  0.3732    0.68265 0.000 0.144 0.780 0.000 0.076 0.000
#> SRR1380270     3  0.0000    0.88398 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091817     2  0.1814    0.75565 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000 0.000
#> SRR1440137     2  0.3309    0.61610 0.000 0.720 0.000 0.280 0.000 0.000
#> SRR614311      4  0.2378    0.71326 0.000 0.152 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1407516     2  0.5682    0.55776 0.000 0.612 0.000 0.248 0.064 0.076
#> SRR815494      3  0.1556    0.85759 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1333209     4  0.1625    0.67026 0.000 0.012 0.000 0.928 0.060 0.000
#> SRR615177      5  0.4572    0.38652 0.000 0.244 0.000 0.032 0.692 0.032
#> SRR1099648     3  0.0000    0.88398 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659720      3  0.4377    0.14479 0.000 0.000 0.540 0.024 0.436 0.000
#> SRR2185057     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468      5  0.3608    0.47007 0.000 0.000 0.012 0.248 0.736 0.004
#> SRR660042      6  0.3081    0.49342 0.000 0.000 0.220 0.000 0.004 0.776
#> SRR2170864     2  0.2003    0.75153 0.000 0.884 0.000 0.116 0.000 0.000
#> SRR1440491     4  0.5629    0.26468 0.000 0.152 0.000 0.472 0.000 0.376
#> SRR1440852     3  0.1007    0.87651 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR811169      1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311     4  0.2896    0.70388 0.000 0.160 0.000 0.824 0.000 0.016
#> SRR818009      1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836     2  0.5022    0.53833 0.000 0.640 0.000 0.156 0.204 0.000
#> SRR1498313     2  0.1625    0.66258 0.000 0.928 0.060 0.000 0.012 0.000
#> SRR1441975     2  0.3756    0.38154 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000 0.000
#> SRR819096      1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679     3  0.6391    0.06618 0.000 0.052 0.492 0.048 0.368 0.040
#> SRR1489116     3  0.0146    0.88339 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1354138     3  0.1714    0.84736 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1490589     3  0.4530    0.63863 0.000 0.000 0.704 0.000 0.160 0.136
#> SRR1412987     4  0.1074    0.69207 0.000 0.000 0.000 0.960 0.012 0.028
#> SRR602034      3  0.1267    0.86818 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1353437     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871     3  0.4056    0.27570 0.000 0.004 0.576 0.000 0.416 0.004
#> SRR661577      2  0.4568    0.47903 0.000 0.612 0.000 0.344 0.040 0.004
#> SRR612190      6  0.4305    0.43309 0.000 0.056 0.000 0.260 0.000 0.684
#> SRR1399880     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787     4  0.3221    0.37962 0.000 0.000 0.000 0.736 0.264 0.000
#> SRR657869      1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039      1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141     3  0.1267    0.86768 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1476697     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538     4  0.1938    0.71215 0.000 0.040 0.000 0.920 0.004 0.036
#> SRR1331422     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859      5  0.6233    0.41364 0.000 0.000 0.144 0.212 0.572 0.072
#> SRR1097594     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419     3  0.0632    0.88273 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1336706     3  0.0146    0.88339 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1472976     4  0.3221    0.68955 0.000 0.188 0.000 0.792 0.020 0.000
#> SRR1321307     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493      1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461      3  0.0458    0.88373 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1477149     2  0.5837    0.27994 0.000 0.552 0.036 0.308 0.104 0.000
#> SRR1457397     3  0.0436    0.88391 0.000 0.004 0.988 0.000 0.004 0.004
#> SRR661913      6  0.4110    0.37624 0.000 0.000 0.376 0.000 0.016 0.608
#> SRR1069024     3  0.0146    0.88339 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2165634     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722     3  0.2266    0.83104 0.000 0.000 0.880 0.000 0.012 0.108
#> SRR1328642     2  0.3138    0.73229 0.000 0.832 0.060 0.108 0.000 0.000
#> SRR1488261     6  0.3747    0.39359 0.000 0.000 0.396 0.000 0.000 0.604
#> SRR1318815     4  0.4159    0.21396 0.000 0.000 0.000 0.588 0.016 0.396
#> SRR816945      1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432     2  0.5577    0.23636 0.000 0.452 0.000 0.120 0.424 0.004
#> SRR1359280     2  0.0000    0.74919 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313910     4  0.1926    0.66802 0.000 0.020 0.000 0.912 0.068 0.000
#> SRR1457315     6  0.5235    0.48074 0.000 0.000 0.128 0.260 0.004 0.608
#> SRR815398      1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958      3  0.0000    0.88398 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600688      6  0.3905    0.52141 0.000 0.000 0.136 0.076 0.008 0.780
#> SRR1098952     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916     3  0.1501    0.85866 0.000 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR614167      3  0.3371    0.54873 0.000 0.000 0.708 0.000 0.000 0.292
#> SRR1348114     4  0.1341    0.69701 0.000 0.024 0.000 0.948 0.028 0.000
#> SRR658033      2  0.1204    0.76100 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> SRR1077503     3  0.1219    0.86228 0.000 0.000 0.948 0.000 0.048 0.004
#> SRR661854      3  0.1843    0.84194 0.000 0.004 0.912 0.000 0.004 0.080
#> SRR811379      4  0.3263    0.62112 0.000 0.020 0.000 0.800 0.004 0.176
#> SRR1318857     4  0.2474    0.71844 0.000 0.080 0.000 0.880 0.040 0.000
#> SRR656445      3  0.0000    0.88398 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433044     2  0.0000    0.74919 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486391     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071      6  0.4903    0.33512 0.000 0.000 0.380 0.000 0.068 0.552
#> SRR1364824     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745      3  0.0146    0.88339 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR601038      3  0.0146    0.88339 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1360080     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868      5  0.4768    0.19776 0.000 0.000 0.416 0.000 0.532 0.052
#> SRR1485997     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560     4  0.3482    0.24727 0.000 0.000 0.000 0.684 0.316 0.000
#> SRR1333330     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513      5  0.2948    0.44246 0.000 0.012 0.084 0.000 0.860 0.044
#> SRR1328407     3  0.4045    0.54738 0.000 0.004 0.700 0.028 0.268 0.000
#> SRR602784      3  0.0000    0.88398 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348468     4  0.1341    0.67692 0.000 0.000 0.000 0.948 0.028 0.024
#> SRR663717      4  0.1418    0.70330 0.000 0.032 0.000 0.944 0.024 0.000
#> SRR602217      3  0.4992   -0.15898 0.000 0.068 0.468 0.464 0.000 0.000
#> SRR603140      3  0.4296    0.16199 0.000 0.008 0.544 0.008 0.440 0.000
#> SRR1340804     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574     3  0.0000    0.88398 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333462     2  0.0146    0.74618 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1094601     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610     4  0.5123   -0.24250 0.000 0.000 0.084 0.508 0.408 0.000
#> SRR1435833     4  0.3756    0.45568 0.000 0.352 0.000 0.644 0.004 0.000
#> SRR1398728     4  0.3867    0.67376 0.000 0.200 0.000 0.748 0.052 0.000
#> SRR1358343     6  0.5112   -0.01852 0.000 0.020 0.000 0.452 0.040 0.488
#> SRR1410890     4  0.5531    0.14439 0.000 0.416 0.000 0.452 0.132 0.000
#> SRR1350371     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478     4  0.3770    0.70818 0.000 0.148 0.000 0.776 0.076 0.000
#> SRR1099260     3  0.0146    0.88339 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1433576     3  0.2350    0.81807 0.000 0.000 0.888 0.076 0.000 0.036
#> SRR1345541     6  0.3265    0.48334 0.000 0.004 0.248 0.000 0.000 0.748
#> SRR1086328     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391      3  0.1610    0.85545 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1476207     3  0.3636    0.51095 0.000 0.004 0.676 0.000 0.320 0.000
#> SRR627435      6  0.3101    0.49764 0.000 0.032 0.148 0.000 0.000 0.820
#> SRR1489862     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191     3  0.1663    0.85123 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1490115     3  0.0508    0.88255 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1377714     3  0.3819    0.43848 0.000 0.340 0.652 0.000 0.008 0.000
#> SRR819394      1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161      2  0.3345    0.62416 0.000 0.776 0.000 0.020 0.000 0.204
#> SRR607042      3  0.0291    0.88257 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR656203      4  0.3774    0.29767 0.000 0.408 0.000 0.592 0.000 0.000
#> SRR660602      3  0.0458    0.87958 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1440397     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233      1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249      4  0.1616    0.71189 0.000 0.048 0.000 0.932 0.020 0.000
#> SRR661242      6  0.4836    0.20914 0.000 0.052 0.000 0.380 0.004 0.564
#> SRR1332007     3  0.0551    0.88475 0.000 0.004 0.984 0.000 0.004 0.008
#> SRR809619      4  0.2318    0.71684 0.000 0.064 0.000 0.892 0.044 0.000
#> SRR819975      1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281      2  0.1765    0.75657 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000 0.000
#> SRR662366      3  0.0713    0.88244 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1317898     3  0.1204    0.87284 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1382485     4  0.3872    0.29455 0.000 0.004 0.000 0.604 0.000 0.392
#> SRR2166420     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541     3  0.0937    0.87806 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR817444      3  0.1387    0.84390 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1320403     2  0.2454    0.73133 0.000 0.840 0.000 0.160 0.000 0.000
#> SRR1101483     4  0.2431    0.61323 0.000 0.008 0.000 0.860 0.132 0.000
#> SRR1331684     3  0.0858    0.88332 0.000 0.000 0.968 0.000 0.004 0.028
#> SRR1400054     6  0.5261    0.49386 0.000 0.000 0.180 0.076 0.064 0.680
#> SRR1406088     4  0.2972    0.72702 0.000 0.128 0.000 0.836 0.036 0.000
#> SRR820733      4  0.4069    0.30070 0.000 0.000 0.004 0.612 0.008 0.376
#> SRR1314113     6  0.3806    0.35544 0.000 0.000 0.000 0.088 0.136 0.776
#> SRR1382615     3  0.0146    0.88339 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1480745     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850     2  0.0458    0.75724 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR656782      3  0.3288    0.58800 0.000 0.000 0.724 0.000 0.276 0.000
#> SRR821364      1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295      2  0.3950   -0.01006 0.000 0.564 0.432 0.000 0.004 0.000
#> SRR1357103     3  0.0508    0.87985 0.000 0.004 0.984 0.000 0.012 0.000
#> SRR809185      4  0.4638    0.63432 0.000 0.152 0.000 0.692 0.000 0.156
#> SRR811583      2  0.2450    0.75025 0.000 0.868 0.000 0.116 0.000 0.016
#> SRR1468050     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224     2  0.3499    0.55100 0.000 0.680 0.000 0.320 0.000 0.000

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-NMF-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-NMF-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-NMF-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-NMF-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-NMF-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-NMF-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-NMF-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-NMF-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-NMF-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-NMF-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-NMF-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-NMF-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-NMF-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-NMF-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-NMF-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-NMF-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-NMF-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-NMF-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-NMF-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-NMF-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk SD-NMF-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-NMF-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-NMF-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-NMF-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-NMF-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-NMF-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk SD-NMF-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


CV:hclust**

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["CV", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:hclust"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 17314 rows and 500 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#>   Subgroups are detected by 'hclust' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 2.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk CV-hclust-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk CV-hclust-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 1.000           1.000       1.000         0.3577 0.643   0.643
#> 3 3 0.951           0.936       0.954         0.1203 0.970   0.953
#> 4 4 0.855           0.774       0.908         0.0677 0.985   0.975
#> 5 5 0.663           0.728       0.865         0.0919 0.989   0.982
#> 6 6 0.626           0.652       0.830         0.1091 0.899   0.833

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 2

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>            class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1500170     2       0          1  0  1
#> SRR1402368     2       0          1  0  1
#> SRR607743      2       0          1  0  1
#> SRR1457375     2       0          1  0  1
#> SRR1470923     1       0          1  1  0
#> SRR817954      1       0          1  1  0
#> SRR809259      1       0          1  1  0
#> SRR1439785     2       0          1  0  1
#> SRR814768      1       0          1  1  0
#> SRR1102031     2       0          1  0  1
#> SRR1363611     2       0          1  0  1
#> SRR1468447     2       0          1  0  1
#> SRR1071931     2       0          1  0  1
#> SRR810981      1       0          1  1  0
#> SRR615299      2       0          1  0  1
#> SRR663585      2       0          1  0  1
#> SRR1326773     2       0          1  0  1
#> SRR1351166     2       0          1  0  1
#> SRR1477452     1       0          1  1  0
#> SRR1084720     2       0          1  0  1
#> SRR1420320     2       0          1  0  1
#> SRR1081712     2       0          1  0  1
#> SRR1318241     2       0          1  0  1
#> SRR1333718     2       0          1  0  1
#> SRR1313514     2       0          1  0  1
#> SRR1477861     2       0          1  0  1
#> SRR1318005     2       0          1  0  1
#> SRR1354665     2       0          1  0  1
#> SRR657707      2       0          1  0  1
#> SRR1370742     2       0          1  0  1
#> SRR1412947     2       0          1  0  1
#> SRR661553      2       0          1  0  1
#> SRR1328869     1       0          1  1  0
#> SRR662211      2       0          1  0  1
#> SRR1348181     2       0          1  0  1
#> SRR1416560     2       0          1  0  1
#> SRR1319772     2       0          1  0  1
#> SRR1091452     2       0          1  0  1
#> SRR1338812     1       0          1  1  0
#> SRR1392072     2       0          1  0  1
#> SRR814844      2       0          1  0  1
#> SRR1376619     2       0          1  0  1
#> SRR603690      2       0          1  0  1
#> SRR2184980     2       0          1  0  1
#> SRR613963      2       0          1  0  1
#> SRR1323422     1       0          1  1  0
#> SRR1397673     2       0          1  0  1
#> SRR1434650     2       0          1  0  1
#> SRR659875      2       0          1  0  1
#> SRR1465734     2       0          1  0  1
#> SRR1076847     2       0          1  0  1
#> SRR1415072     1       0          1  1  0
#> SRR659319      2       0          1  0  1
#> SRR663088      2       0          1  0  1
#> SRR1352021     1       0          1  1  0
#> SRR1325527     1       0          1  1  0
#> SRR1105369     1       0          1  1  0
#> SRR659935      2       0          1  0  1
#> SRR1352530     2       0          1  0  1
#> SRR662594      2       0          1  0  1
#> SRR1095309     1       0          1  1  0
#> SRR615647      2       0          1  0  1
#> SRR813019      2       0          1  0  1
#> SRR1374647     2       0          1  0  1
#> SRR603472      2       0          1  0  1
#> SRR661529      2       0          1  0  1
#> SRR607018      2       0          1  0  1
#> SRR627423      2       0          1  0  1
#> SRR654921      2       0          1  0  1
#> SRR1418968     1       0          1  1  0
#> SRR660871      2       0          1  0  1
#> SRR1330522     2       0          1  0  1
#> SRR1499958     2       0          1  0  1
#> SRR614059      2       0          1  0  1
#> SRR1071403     1       0          1  1  0
#> SRR1486719     2       0          1  0  1
#> SRR1440421     2       0          1  0  1
#> SRR1310412     2       0          1  0  1
#> SRR614767      2       0          1  0  1
#> SRR820709      1       0          1  1  0
#> SRR1471500     1       0          1  1  0
#> SRR658093      2       0          1  0  1
#> SRR1088168     2       0          1  0  1
#> SRR1418707     2       0          1  0  1
#> SRR1354291     2       0          1  0  1
#> SRR2165806     1       0          1  1  0
#> SRR1415684     2       0          1  0  1
#> SRR1433860     2       0          1  0  1
#> SRR1311062     2       0          1  0  1
#> SRR1360359     1       0          1  1  0
#> SRR661385      2       0          1  0  1
#> SRR615407      2       0          1  0  1
#> SRR1413892     2       0          1  0  1
#> SRR1443459     2       0          1  0  1
#> SRR1338942     1       0          1  1  0
#> SRR657480      2       0          1  0  1
#> SRR1399433     2       0          1  0  1
#> SRR818537      2       0          1  0  1
#> SRR1101324     2       0          1  0  1
#> SRR807637      2       0          1  0  1
#> SRR1091918     1       0          1  1  0
#> SRR598300      2       0          1  0  1
#> SRR1085426     1       0          1  1  0
#> SRR1376294     2       0          1  0  1
#> SRR813891      1       0          1  1  0
#> SRR1467431     2       0          1  0  1
#> SRR658742      2       0          1  0  1
#> SRR1419234     1       0          1  1  0
#> SRR1404813     2       0          1  0  1
#> SRR603496      2       0          1  0  1
#> SRR1407758     2       0          1  0  1
#> SRR810945      2       0          1  0  1
#> SRR817234      2       0          1  0  1
#> SRR1444852     2       0          1  0  1
#> SRR660378      2       0          1  0  1
#> SRR1467835     2       0          1  0  1
#> SRR1338964     2       0          1  0  1
#> SRR1079259     2       0          1  0  1
#> SRR1072345     2       0          1  0  1
#> SRR598725      2       0          1  0  1
#> SRR1447938     1       0          1  1  0
#> SRR1356397     1       0          1  1  0
#> SRR1360460     2       0          1  0  1
#> SRR1429468     2       0          1  0  1
#> SRR1446850     2       0          1  0  1
#> SRR1320363     2       0          1  0  1
#> SRR1413810     2       0          1  0  1
#> SRR598831      2       0          1  0  1
#> SRR1381865     1       0          1  1  0
#> SRR660957      2       0          1  0  1
#> SRR1491332     2       0          1  0  1
#> SRR1099744     2       0          1  0  1
#> SRR1464618     2       0          1  0  1
#> SRR1414559     2       0          1  0  1
#> SRR1337540     2       0          1  0  1
#> SRR1444283     1       0          1  1  0
#> SRR2184942     2       0          1  0  1
#> SRR660295      1       0          1  1  0
#> SRR601335      2       0          1  0  1
#> SRR1363742     2       0          1  0  1
#> SRR1345847     2       0          1  0  1
#> SRR614960      2       0          1  0  1
#> SRR819919      1       0          1  1  0
#> SRR603330      2       0          1  0  1
#> SRR1327951     1       0          1  1  0
#> SRR1401885     1       0          1  1  0
#> SRR1345266     2       0          1  0  1
#> SRR1338055     2       0          1  0  1
#> SRR1430157     2       0          1  0  1
#> SRR1320137     2       0          1  0  1
#> SRR1093483     1       0          1  1  0
#> SRR1341080     1       0          1  1  0
#> SRR1459913     2       0          1  0  1
#> SRR2170490     1       0          1  1  0
#> SRR1479845     2       0          1  0  1
#> SRR1436420     1       0          1  1  0
#> SRR1481060     2       0          1  0  1
#> SRR662282      2       0          1  0  1
#> SRR1487089     2       0          1  0  1
#> SRR1075683     1       0          1  1  0
#> SRR1338536     1       0          1  1  0
#> SRR1338880     2       0          1  0  1
#> SRR1453456     2       0          1  0  1
#> SRR1457895     1       0          1  1  0
#> SRR1440603     2       0          1  0  1
#> SRR658633      2       0          1  0  1
#> SRR1388081     2       0          1  0  1
#> SRR813339      2       0          1  0  1
#> SRR809725      1       0          1  1  0
#> SRR627441      2       0          1  0  1
#> SRR613603      2       0          1  0  1
#> SRR1096571     2       0          1  0  1
#> SRR1392701     1       0          1  1  0
#> SRR1344326     1       0          1  1  0
#> SRR1367693     2       0          1  0  1
#> SRR660697      2       0          1  0  1
#> SRR1489926     2       0          1  0  1
#> SRR811491      2       0          1  0  1
#> SRR1311644     2       0          1  0  1
#> SRR1451740     2       0          1  0  1
#> SRR615117      2       0          1  0  1
#> SRR1391748     2       0          1  0  1
#> SRR1466556     2       0          1  0  1
#> SRR614972      2       0          1  0  1
#> SRR1406200     1       0          1  1  0
#> SRR819210      2       0          1  0  1
#> SRR662174      1       0          1  1  0
#> SRR811988      1       0          1  1  0
#> SRR663236      2       0          1  0  1
#> SRR1312598     2       0          1  0  1
#> SRR1330129     2       0          1  0  1
#> SRR1357781     2       0          1  0  1
#> SRR1315517     2       0          1  0  1
#> SRR1400032     2       0          1  0  1
#> SRR1413722     1       0          1  1  0
#> SRR612827      2       0          1  0  1
#> SRR814794      1       0          1  1  0
#> SRR819430      1       0          1  1  0
#> SRR1395509     2       0          1  0  1
#> SRR808728      2       0          1  0  1
#> SRR1070813     2       0          1  0  1
#> SRR1389133     2       0          1  0  1
#> SRR601263      2       0          1  0  1
#> SRR604718      2       0          1  0  1
#> SRR1481351     2       0          1  0  1
#> SRR1334608     2       0          1  0  1
#> SRR658681      2       0          1  0  1
#> SRR809283      2       0          1  0  1
#> SRR1459300     1       0          1  1  0
#> SRR1392547     2       0          1  0  1
#> SRR811049      2       0          1  0  1
#> SRR1464835     2       0          1  0  1
#> SRR1339619     2       0          1  0  1
#> SRR658501      2       0          1  0  1
#> SRR1447523     2       0          1  0  1
#> SRR1415048     1       0          1  1  0
#> SRR1355451     1       0          1  1  0
#> SRR1444348     2       0          1  0  1
#> SRR603890      2       0          1  0  1
#> SRR810595      2       0          1  0  1
#> SRR1446244     2       0          1  0  1
#> SRR817373      2       0          1  0  1
#> SRR1457291     2       0          1  0  1
#> SRR598220      2       0          1  0  1
#> SRR1477991     2       0          1  0  1
#> SRR598172      2       0          1  0  1
#> SRR1349032     2       0          1  0  1
#> SRR604002      2       0          1  0  1
#> SRR1378026     2       0          1  0  1
#> SRR1404401     2       0          1  0  1
#> SRR1333240     2       0          1  0  1
#> SRR1089399     2       0          1  0  1
#> SRR603421      2       0          1  0  1
#> SRR812562      1       0          1  1  0
#> SRR808520      2       0          1  0  1
#> SRR811839      1       0          1  1  0
#> SRR814317      2       0          1  0  1
#> SRR1436763     2       0          1  0  1
#> SRR1486021     2       0          1  0  1
#> SRR1465018     2       0          1  0  1
#> SRR1080998     2       0          1  0  1
#> SRR1083432     2       0          1  0  1
#> SRR1082833     1       0          1  1  0
#> SRR1465804     1       0          1  1  0
#> SRR1326536     2       0          1  0  1
#> SRR614011      2       0          1  0  1
#> SRR1365873     2       0          1  0  1
#> SRR1498789     2       0          1  0  1
#> SRR601581      2       0          1  0  1
#> SRR603566      2       0          1  0  1
#> SRR1373981     1       0          1  1  0
#> SRR821410      2       0          1  0  1
#> SRR1076511     2       0          1  0  1
#> SRR614143      2       0          1  0  1
#> SRR1333570     2       0          1  0  1
#> SRR1366813     2       0          1  0  1
#> SRR1388746     1       0          1  1  0
#> SRR1420558     2       0          1  0  1
#> SRR1409510     2       0          1  0  1
#> SRR816250      2       0          1  0  1
#> SRR614131      2       0          1  0  1
#> SRR1331130     1       0          1  1  0
#> SRR1316015     2       0          1  0  1
#> SRR1470798     2       0          1  0  1
#> SRR614179      2       0          1  0  1
#> SRR1474863     2       0          1  0  1
#> SRR813560      2       0          1  0  1
#> SRR1312187     2       0          1  0  1
#> SRR1420960     2       0          1  0  1
#> SRR1355102     2       0          1  0  1
#> SRR1084577     2       0          1  0  1
#> SRR659971      2       0          1  0  1
#> SRR1350855     2       0          1  0  1
#> SRR820779      2       0          1  0  1
#> SRR1476300     2       0          1  0  1
#> SRR1090907     2       0          1  0  1
#> SRR662294      2       0          1  0  1
#> SRR1480789     2       0          1  0  1
#> SRR1336263     2       0          1  0  1
#> SRR660776      1       0          1  1  0
#> SRR1090508     2       0          1  0  1
#> SRR615563      2       0          1  0  1
#> SRR1101175     1       0          1  1  0
#> SRR2164650     2       0          1  0  1
#> SRR1431205     2       0          1  0  1
#> SRR1339856     2       0          1  0  1
#> SRR1352147     2       0          1  0  1
#> SRR808968      1       0          1  1  0
#> SRR627419      2       0          1  0  1
#> SRR1402391     1       0          1  1  0
#> SRR663609      2       0          1  0  1
#> SRR2167857     2       0          1  0  1
#> SRR1398752     1       0          1  1  0
#> SRR1469169     1       0          1  1  0
#> SRR1405437     2       0          1  0  1
#> SRR1416955     1       0          1  1  0
#> SRR1317064     2       0          1  0  1
#> SRR659001      2       0          1  0  1
#> SRR2170696     2       0          1  0  1
#> SRR816589      2       0          1  0  1
#> SRR1087487     2       0          1  0  1
#> SRR1329485     2       0          1  0  1
#> SRR816920      2       0          1  0  1
#> SRR1341432     1       0          1  1  0
#> SRR1361590     2       0          1  0  1
#> SRR817046      2       0          1  0  1
#> SRR1471331     2       0          1  0  1
#> SRR660788      2       0          1  0  1
#> SRR819234      1       0          1  1  0
#> SRR810853      2       0          1  0  1
#> SRR809427      2       0          1  0  1
#> SRR2170217     2       0          1  0  1
#> SRR1386967     2       0          1  0  1
#> SRR1420344     2       0          1  0  1
#> SRR1334535     1       0          1  1  0
#> SRR614503      2       0          1  0  1
#> SRR602564      2       0          1  0  1
#> SRR1420669     2       0          1  0  1
#> SRR819024      2       0          1  0  1
#> SRR656223      2       0          1  0  1
#> SRR608428      2       0          1  0  1
#> SRR1345647     1       0          1  1  0
#> SRR1389324     2       0          1  0  1
#> SRR1361368     2       0          1  0  1
#> SRR1322619     2       0          1  0  1
#> SRR1349276     2       0          1  0  1
#> SRR1404024     1       0          1  1  0
#> SRR1370637     2       0          1  0  1
#> SRR1452631     2       0          1  0  1
#> SRR608392      2       0          1  0  1
#> SRR1357757     2       0          1  0  1
#> SRR1074646     2       0          1  0  1
#> SRR1367499     2       0          1  0  1
#> SRR1343501     2       0          1  0  1
#> SRR1394406     2       0          1  0  1
#> SRR1381435     2       0          1  0  1
#> SRR1467407     1       0          1  1  0
#> SRR1092422     2       0          1  0  1
#> SRR1380270     2       0          1  0  1
#> SRR1091817     2       0          1  0  1
#> SRR1440137     2       0          1  0  1
#> SRR614311      2       0          1  0  1
#> SRR1407516     2       0          1  0  1
#> SRR815494      2       0          1  0  1
#> SRR1333209     2       0          1  0  1
#> SRR615177      2       0          1  0  1
#> SRR1099648     2       0          1  0  1
#> SRR659720      2       0          1  0  1
#> SRR2185057     1       0          1  1  0
#> SRR1467125     1       0          1  1  0
#> SRR657468      2       0          1  0  1
#> SRR660042      2       0          1  0  1
#> SRR2170864     2       0          1  0  1
#> SRR1440491     2       0          1  0  1
#> SRR1440852     2       0          1  0  1
#> SRR811169      1       0          1  1  0
#> SRR1331311     2       0          1  0  1
#> SRR818009      1       0          1  1  0
#> SRR1351836     2       0          1  0  1
#> SRR1498313     2       0          1  0  1
#> SRR1441975     2       0          1  0  1
#> SRR819096      1       0          1  1  0
#> SRR1073679     2       0          1  0  1
#> SRR1489116     2       0          1  0  1
#> SRR1354138     2       0          1  0  1
#> SRR1490589     2       0          1  0  1
#> SRR1412987     2       0          1  0  1
#> SRR602034      2       0          1  0  1
#> SRR1353437     1       0          1  1  0
#> SRR1072871     2       0          1  0  1
#> SRR661577      2       0          1  0  1
#> SRR612190      2       0          1  0  1
#> SRR1399880     1       0          1  1  0
#> SRR1101787     2       0          1  0  1
#> SRR657869      1       0          1  1  0
#> SRR1446332     1       0          1  1  0
#> SRR816039      1       0          1  1  0
#> SRR1485141     2       0          1  0  1
#> SRR1476697     1       0          1  1  0
#> SRR1379538     2       0          1  0  1
#> SRR1331422     1       0          1  1  0
#> SRR660859      2       0          1  0  1
#> SRR1097594     1       0          1  1  0
#> SRR1311419     2       0          1  0  1
#> SRR1336706     2       0          1  0  1
#> SRR1472976     2       0          1  0  1
#> SRR1321307     1       0          1  1  0
#> SRR807493      1       0          1  1  0
#> SRR812461      2       0          1  0  1
#> SRR1477149     2       0          1  0  1
#> SRR1457397     2       0          1  0  1
#> SRR661913      2       0          1  0  1
#> SRR1069024     2       0          1  0  1
#> SRR2165634     1       0          1  1  0
#> SRR1478722     2       0          1  0  1
#> SRR1328642     2       0          1  0  1
#> SRR1488261     2       0          1  0  1
#> SRR1318815     2       0          1  0  1
#> SRR816945      1       0          1  1  0
#> SRR1367432     2       0          1  0  1
#> SRR1359280     2       0          1  0  1
#> SRR1313910     2       0          1  0  1
#> SRR1457315     2       0          1  0  1
#> SRR815398      1       0          1  1  0
#> SRR656958      2       0          1  0  1
#> SRR600688      2       0          1  0  1
#> SRR1098952     1       0          1  1  0
#> SRR1314916     2       0          1  0  1
#> SRR614167      2       0          1  0  1
#> SRR1348114     2       0          1  0  1
#> SRR658033      2       0          1  0  1
#> SRR1077503     2       0          1  0  1
#> SRR661854      2       0          1  0  1
#> SRR811379      2       0          1  0  1
#> SRR1318857     2       0          1  0  1
#> SRR656445      2       0          1  0  1
#> SRR1433044     2       0          1  0  1
#> SRR1486391     1       0          1  1  0
#> SRR656071      2       0          1  0  1
#> SRR1364824     1       0          1  1  0
#> SRR1379133     1       0          1  1  0
#> SRR1394169     1       0          1  1  0
#> SRR816745      2       0          1  0  1
#> SRR601038      2       0          1  0  1
#> SRR1360080     1       0          1  1  0
#> SRR814868      2       0          1  0  1
#> SRR1485997     1       0          1  1  0
#> SRR1435560     2       0          1  0  1
#> SRR1333330     1       0          1  1  0
#> SRR663513      2       0          1  0  1
#> SRR1328407     2       0          1  0  1
#> SRR602784      2       0          1  0  1
#> SRR1348468     2       0          1  0  1
#> SRR663717      2       0          1  0  1
#> SRR602217      2       0          1  0  1
#> SRR603140      2       0          1  0  1
#> SRR1340804     1       0          1  1  0
#> SRR1457574     2       0          1  0  1
#> SRR1333462     2       0          1  0  1
#> SRR1094601     1       0          1  1  0
#> SRR1434610     2       0          1  0  1
#> SRR1435833     2       0          1  0  1
#> SRR1398728     2       0          1  0  1
#> SRR1358343     2       0          1  0  1
#> SRR1410890     2       0          1  0  1
#> SRR1350371     1       0          1  1  0
#> SRR1392478     2       0          1  0  1
#> SRR1099260     2       0          1  0  1
#> SRR1433576     2       0          1  0  1
#> SRR1345541     2       0          1  0  1
#> SRR1086328     1       0          1  1  0
#> SRR810391      2       0          1  0  1
#> SRR1476207     2       0          1  0  1
#> SRR627435      2       0          1  0  1
#> SRR1489862     1       0          1  1  0
#> SRR1419086     1       0          1  1  0
#> SRR1436539     1       0          1  1  0
#> SRR1396191     2       0          1  0  1
#> SRR1490115     2       0          1  0  1
#> SRR1377714     2       0          1  0  1
#> SRR819394      1       0          1  1  0
#> SRR663161      2       0          1  0  1
#> SRR607042      2       0          1  0  1
#> SRR656203      2       0          1  0  1
#> SRR660602      2       0          1  0  1
#> SRR1440397     1       0          1  1  0
#> SRR1369264     1       0          1  1  0
#> SRR809233      1       0          1  1  0
#> SRR663249      2       0          1  0  1
#> SRR661242      2       0          1  0  1
#> SRR1332007     2       0          1  0  1
#> SRR809619      2       0          1  0  1
#> SRR819975      1       0          1  1  0
#> SRR599281      2       0          1  0  1
#> SRR662366      2       0          1  0  1
#> SRR1317898     2       0          1  0  1
#> SRR1382485     2       0          1  0  1
#> SRR2166420     1       0          1  1  0
#> SRR1419429     1       0          1  1  0
#> SRR1092541     2       0          1  0  1
#> SRR817444      2       0          1  0  1
#> SRR1320403     2       0          1  0  1
#> SRR1101483     2       0          1  0  1
#> SRR1331684     2       0          1  0  1
#> SRR1400054     2       0          1  0  1
#> SRR1406088     2       0          1  0  1
#> SRR820733      2       0          1  0  1
#> SRR1314113     2       0          1  0  1
#> SRR1382615     2       0          1  0  1
#> SRR1480745     1       0          1  1  0
#> SRR1468850     2       0          1  0  1
#> SRR656782      2       0          1  0  1
#> SRR821364      1       0          1  1  0
#> SRR1101106     1       0          1  1  0
#> SRR659295      2       0          1  0  1
#> SRR1357103     2       0          1  0  1
#> SRR809185      2       0          1  0  1
#> SRR811583      2       0          1  0  1
#> SRR1468050     1       0          1  1  0
#> SRR1440224     2       0          1  0  1

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> SRR1500170     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402368     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR607743      2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457375     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470923     1  0.1411     0.9448 0.964 0.000 0.036
#> SRR817954      1  0.0892     0.9477 0.980 0.000 0.020
#> SRR809259      1  0.3192     0.9386 0.888 0.000 0.112
#> SRR1439785     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR814768      1  0.2261     0.9460 0.932 0.000 0.068
#> SRR1102031     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363611     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468447     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071931     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR810981      1  0.1964     0.9341 0.944 0.000 0.056
#> SRR615299      2  0.0237     0.9711 0.000 0.996 0.004
#> SRR663585      2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326773     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1351166     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477452     1  0.1964     0.9371 0.944 0.000 0.056
#> SRR1084720     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420320     2  0.0237     0.9714 0.000 0.996 0.004
#> SRR1081712     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318241     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333718     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313514     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477861     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318005     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354665     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR657707      2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370742     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1412947     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR661553      2  0.4555     0.6061 0.000 0.800 0.200
#> SRR1328869     1  0.2959     0.9409 0.900 0.000 0.100
#> SRR662211      2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348181     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416560     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319772     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091452     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338812     1  0.4002     0.9178 0.840 0.000 0.160
#> SRR1392072     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR814844      2  0.0237     0.9714 0.000 0.996 0.004
#> SRR1376619     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR603690      2  0.1964     0.9012 0.000 0.944 0.056
#> SRR2184980     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR613963      2  0.5810     0.0670 0.000 0.664 0.336
#> SRR1323422     1  0.0892     0.9462 0.980 0.000 0.020
#> SRR1397673     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434650     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR659875      2  0.0237     0.9711 0.000 0.996 0.004
#> SRR1465734     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076847     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415072     1  0.3412     0.9335 0.876 0.000 0.124
#> SRR659319      2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR663088      2  0.0237     0.9714 0.000 0.996 0.004
#> SRR1352021     1  0.3412     0.9333 0.876 0.000 0.124
#> SRR1325527     1  0.1860     0.9479 0.948 0.000 0.052
#> SRR1105369     1  0.3038     0.9394 0.896 0.000 0.104
#> SRR659935      2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352530     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR662594      2  0.6309    -0.6044 0.000 0.504 0.496
#> SRR1095309     1  0.1964     0.9341 0.944 0.000 0.056
#> SRR615647      2  0.5859     0.0348 0.000 0.656 0.344
#> SRR813019      2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374647     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR603472      2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR661529      3  0.6026     0.8871 0.000 0.376 0.624
#> SRR607018      2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR627423      2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR654921      2  0.0237     0.9714 0.000 0.996 0.004
#> SRR1418968     1  0.1964     0.9341 0.944 0.000 0.056
#> SRR660871      2  0.5016     0.4855 0.000 0.760 0.240
#> SRR1330522     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499958     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR614059      3  0.6045     0.8819 0.000 0.380 0.620
#> SRR1071403     1  0.2356     0.9469 0.928 0.000 0.072
#> SRR1486719     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440421     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310412     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR614767      2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR820709      1  0.1643     0.9475 0.956 0.000 0.044
#> SRR1471500     1  0.3619     0.9289 0.864 0.000 0.136
#> SRR658093      2  0.3038     0.8209 0.000 0.896 0.104
#> SRR1088168     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418707     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354291     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR2165806     1  0.0892     0.9473 0.980 0.000 0.020
#> SRR1415684     2  0.4178     0.6773 0.000 0.828 0.172
#> SRR1433860     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311062     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360359     1  0.4002     0.9178 0.840 0.000 0.160
#> SRR661385      2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR615407      2  0.1411     0.9303 0.000 0.964 0.036
#> SRR1413892     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443459     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338942     1  0.4002     0.9178 0.840 0.000 0.160
#> SRR657480      2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399433     2  0.4605     0.5952 0.000 0.796 0.204
#> SRR818537      2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101324     2  0.0237     0.9714 0.000 0.996 0.004
#> SRR807637      3  0.4750     0.8026 0.000 0.216 0.784
#> SRR1091918     1  0.1860     0.9486 0.948 0.000 0.052
#> SRR598300      2  0.3752     0.7420 0.000 0.856 0.144
#> SRR1085426     1  0.1411     0.9408 0.964 0.000 0.036
#> SRR1376294     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR813891      1  0.2261     0.9468 0.932 0.000 0.068
#> SRR1467431     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR658742      3  0.6026     0.8871 0.000 0.376 0.624
#> SRR1419234     1  0.2261     0.9472 0.932 0.000 0.068
#> SRR1404813     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR603496      2  0.3482     0.7757 0.000 0.872 0.128
#> SRR1407758     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR810945      2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR817234      2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444852     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR660378      2  0.5363     0.3566 0.000 0.724 0.276
#> SRR1467835     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338964     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079259     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072345     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR598725      2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447938     1  0.3412     0.9329 0.876 0.000 0.124
#> SRR1356397     1  0.1860     0.9486 0.948 0.000 0.052
#> SRR1360460     2  0.0237     0.9714 0.000 0.996 0.004
#> SRR1429468     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446850     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320363     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413810     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR598831      2  0.1753     0.9137 0.000 0.952 0.048
#> SRR1381865     1  0.2165     0.9470 0.936 0.000 0.064
#> SRR660957      2  0.0237     0.9712 0.000 0.996 0.004
#> SRR1491332     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099744     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464618     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414559     2  0.2959     0.8242 0.000 0.900 0.100
#> SRR1337540     2  0.0237     0.9714 0.000 0.996 0.004
#> SRR1444283     1  0.1643     0.9418 0.956 0.000 0.044
#> SRR2184942     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR660295      1  0.1964     0.9341 0.944 0.000 0.056
#> SRR601335      2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363742     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345847     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR614960      2  0.5016     0.4855 0.000 0.760 0.240
#> SRR819919      1  0.1529     0.9460 0.960 0.000 0.040
#> SRR603330      2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327951     1  0.1753     0.9374 0.952 0.000 0.048
#> SRR1401885     1  0.4002     0.9178 0.840 0.000 0.160
#> SRR1345266     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338055     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430157     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320137     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093483     1  0.2261     0.9460 0.932 0.000 0.068
#> SRR1341080     1  0.4002     0.9178 0.840 0.000 0.160
#> SRR1459913     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170490     1  0.1411     0.9408 0.964 0.000 0.036
#> SRR1479845     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436420     1  0.1031     0.9450 0.976 0.000 0.024
#> SRR1481060     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR662282      2  0.5760     0.1214 0.000 0.672 0.328
#> SRR1487089     2  0.0237     0.9714 0.000 0.996 0.004
#> SRR1075683     1  0.4002     0.9178 0.840 0.000 0.160
#> SRR1338536     1  0.3482     0.9311 0.872 0.000 0.128
#> SRR1338880     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453456     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457895     1  0.1031     0.9431 0.976 0.000 0.024
#> SRR1440603     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR658633      2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388081     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR813339      2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR809725      1  0.4002     0.9178 0.840 0.000 0.160
#> SRR627441      2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR613603      2  0.6079    -0.2019 0.000 0.612 0.388
#> SRR1096571     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392701     1  0.2711     0.9428 0.912 0.000 0.088
#> SRR1344326     1  0.1964     0.9341 0.944 0.000 0.056
#> SRR1367693     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR660697      2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489926     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR811491      2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311644     2  0.0237     0.9714 0.000 0.996 0.004
#> SRR1451740     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR615117      2  0.0424     0.9667 0.000 0.992 0.008
#> SRR1391748     2  0.0237     0.9714 0.000 0.996 0.004
#> SRR1466556     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR614972      2  0.5016     0.4855 0.000 0.760 0.240
#> SRR1406200     1  0.4002     0.9178 0.840 0.000 0.160
#> SRR819210      2  0.2448     0.8710 0.000 0.924 0.076
#> SRR662174      1  0.2066     0.9472 0.940 0.000 0.060
#> SRR811988      1  0.3941     0.9198 0.844 0.000 0.156
#> SRR663236      2  0.4605     0.5952 0.000 0.796 0.204
#> SRR1312598     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330129     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357781     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315517     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400032     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413722     1  0.3116     0.9388 0.892 0.000 0.108
#> SRR612827      2  0.3267     0.7981 0.000 0.884 0.116
#> SRR814794      1  0.1860     0.9386 0.948 0.000 0.052
#> SRR819430      1  0.2711     0.9445 0.912 0.000 0.088
#> SRR1395509     2  0.0237     0.9714 0.000 0.996 0.004
#> SRR808728      2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070813     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389133     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR601263      2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR604718      2  0.1031     0.9465 0.000 0.976 0.024
#> SRR1481351     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334608     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR658681      2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR809283      2  0.1289     0.9370 0.000 0.968 0.032
#> SRR1459300     1  0.1643     0.9410 0.956 0.000 0.044
#> SRR1392547     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR811049      2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464835     2  0.0237     0.9714 0.000 0.996 0.004
#> SRR1339619     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR658501      2  0.0592     0.9619 0.000 0.988 0.012
#> SRR1447523     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415048     1  0.1964     0.9341 0.944 0.000 0.056
#> SRR1355451     1  0.0592     0.9469 0.988 0.000 0.012
#> SRR1444348     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR603890      2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR810595      2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446244     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR817373      2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457291     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR598220      2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477991     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR598172      2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349032     2  0.0424     0.9675 0.000 0.992 0.008
#> SRR604002      2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378026     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404401     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333240     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089399     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR603421      2  0.1411     0.9303 0.000 0.964 0.036
#> SRR812562      1  0.4002     0.9178 0.840 0.000 0.160
#> SRR808520      2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR811839      1  0.1163     0.9476 0.972 0.000 0.028
#> SRR814317      2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436763     2  0.0237     0.9714 0.000 0.996 0.004
#> SRR1486021     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465018     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080998     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083432     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082833     1  0.1031     0.9471 0.976 0.000 0.024
#> SRR1465804     1  0.3482     0.9321 0.872 0.000 0.128
#> SRR1326536     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR614011      2  0.1031     0.9465 0.000 0.976 0.024
#> SRR1365873     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498789     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR601581      2  0.0237     0.9712 0.000 0.996 0.004
#> SRR603566      2  0.0592     0.9621 0.000 0.988 0.012
#> SRR1373981     1  0.1289     0.9480 0.968 0.000 0.032
#> SRR821410      2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076511     3  0.4750     0.8026 0.000 0.216 0.784
#> SRR614143      2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333570     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366813     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388746     1  0.1964     0.9341 0.944 0.000 0.056
#> SRR1420558     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409510     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR816250      2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR614131      2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331130     1  0.3551     0.9303 0.868 0.000 0.132
#> SRR1316015     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470798     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR614179      2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1474863     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR813560      2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312187     2  0.0592     0.9632 0.000 0.988 0.012
#> SRR1420960     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355102     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084577     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR659971      2  0.1163     0.9412 0.000 0.972 0.028
#> SRR1350855     2  0.0237     0.9714 0.000 0.996 0.004
#> SRR820779      2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476300     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090907     2  0.0237     0.9714 0.000 0.996 0.004
#> SRR662294      2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480789     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336263     2  0.0237     0.9714 0.000 0.996 0.004
#> SRR660776      1  0.3340     0.9373 0.880 0.000 0.120
#> SRR1090508     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR615563      2  0.0592     0.9632 0.000 0.988 0.012
#> SRR1101175     1  0.2356     0.9457 0.928 0.000 0.072
#> SRR2164650     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431205     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339856     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352147     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR808968      1  0.1289     0.9416 0.968 0.000 0.032
#> SRR627419      2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402391     1  0.2066     0.9356 0.940 0.000 0.060
#> SRR663609      2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR2167857     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398752     1  0.1411     0.9486 0.964 0.000 0.036
#> SRR1469169     1  0.1964     0.9375 0.944 0.000 0.056
#> SRR1405437     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416955     1  0.4002     0.9178 0.840 0.000 0.160
#> SRR1317064     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR659001      2  0.0424     0.9668 0.000 0.992 0.008
#> SRR2170696     2  0.0424     0.9675 0.000 0.992 0.008
#> SRR816589      2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087487     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329485     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR816920      2  0.0424     0.9675 0.000 0.992 0.008
#> SRR1341432     1  0.1163     0.9433 0.972 0.000 0.028
#> SRR1361590     2  0.0237     0.9714 0.000 0.996 0.004
#> SRR817046      2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471331     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR660788      2  0.1860     0.9080 0.000 0.948 0.052
#> SRR819234      1  0.1031     0.9468 0.976 0.000 0.024
#> SRR810853      2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR809427      2  0.0747     0.9563 0.000 0.984 0.016
#> SRR2170217     2  0.0237     0.9714 0.000 0.996 0.004
#> SRR1386967     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420344     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334535     1  0.2796     0.9423 0.908 0.000 0.092
#> SRR614503      2  0.0592     0.9632 0.000 0.988 0.012
#> SRR602564      2  0.1411     0.9305 0.000 0.964 0.036
#> SRR1420669     2  0.0424     0.9675 0.000 0.992 0.008
#> SRR819024      2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR656223      2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR608428      2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345647     1  0.2261     0.9482 0.932 0.000 0.068
#> SRR1389324     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1361368     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322619     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349276     2  0.0237     0.9714 0.000 0.996 0.004
#> SRR1404024     1  0.4002     0.9178 0.840 0.000 0.160
#> SRR1370637     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452631     2  0.0237     0.9714 0.000 0.996 0.004
#> SRR608392      2  0.2878     0.8355 0.000 0.904 0.096
#> SRR1357757     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1074646     2  0.0424     0.9675 0.000 0.992 0.008
#> SRR1367499     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343501     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394406     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381435     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467407     1  0.1753     0.9482 0.952 0.000 0.048
#> SRR1092422     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380270     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091817     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440137     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR614311      2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407516     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR815494      2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333209     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR615177      2  0.2448     0.8710 0.000 0.924 0.076
#> SRR1099648     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR659720      2  0.0237     0.9711 0.000 0.996 0.004
#> SRR2185057     1  0.2066     0.9472 0.940 0.000 0.060
#> SRR1467125     1  0.1753     0.9422 0.952 0.000 0.048
#> SRR657468      2  0.0237     0.9714 0.000 0.996 0.004
#> SRR660042      3  0.6045     0.8819 0.000 0.380 0.620
#> SRR2170864     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440491     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440852     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR811169      1  0.3038     0.9397 0.896 0.000 0.104
#> SRR1331311     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR818009      1  0.2066     0.9356 0.940 0.000 0.060
#> SRR1351836     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498313     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441975     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR819096      1  0.2066     0.9479 0.940 0.000 0.060
#> SRR1073679     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489116     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354138     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490589     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1412987     2  0.0237     0.9714 0.000 0.996 0.004
#> SRR602034      2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353437     1  0.3619     0.9287 0.864 0.000 0.136
#> SRR1072871     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR661577      3  0.4796     0.8078 0.000 0.220 0.780
#> SRR612190      2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399880     1  0.3619     0.9288 0.864 0.000 0.136
#> SRR1101787     2  0.0592     0.9632 0.000 0.988 0.012
#> SRR657869      1  0.1964     0.9341 0.944 0.000 0.056
#> SRR1446332     1  0.1753     0.9371 0.952 0.000 0.048
#> SRR816039      1  0.4002     0.9178 0.840 0.000 0.160
#> SRR1485141     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476697     1  0.1753     0.9371 0.952 0.000 0.048
#> SRR1379538     2  0.0237     0.9714 0.000 0.996 0.004
#> SRR1331422     1  0.1964     0.9375 0.944 0.000 0.056
#> SRR660859      2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1097594     1  0.0747     0.9455 0.984 0.000 0.016
#> SRR1311419     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336706     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472976     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321307     1  0.1964     0.9341 0.944 0.000 0.056
#> SRR807493      1  0.1643     0.9385 0.956 0.000 0.044
#> SRR812461      2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477149     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457397     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR661913      2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069024     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR2165634     1  0.1289     0.9416 0.968 0.000 0.032
#> SRR1478722     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328642     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488261     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318815     2  0.0237     0.9714 0.000 0.996 0.004
#> SRR816945      1  0.1964     0.9341 0.944 0.000 0.056
#> SRR1367432     2  0.0237     0.9714 0.000 0.996 0.004
#> SRR1359280     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313910     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457315     2  0.0424     0.9675 0.000 0.992 0.008
#> SRR815398      1  0.1964     0.9341 0.944 0.000 0.056
#> SRR656958      2  0.4291     0.6575 0.000 0.820 0.180
#> SRR600688      2  0.1860     0.9073 0.000 0.948 0.052
#> SRR1098952     1  0.1411     0.9486 0.964 0.000 0.036
#> SRR1314916     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR614167      2  0.5016     0.4855 0.000 0.760 0.240
#> SRR1348114     2  0.0237     0.9712 0.000 0.996 0.004
#> SRR658033      2  0.1411     0.9303 0.000 0.964 0.036
#> SRR1077503     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR661854      2  0.6309    -0.6044 0.000 0.504 0.496
#> SRR811379      2  0.0592     0.9632 0.000 0.988 0.012
#> SRR1318857     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR656445      2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433044     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486391     1  0.1643     0.9410 0.956 0.000 0.044
#> SRR656071      2  0.0237     0.9711 0.000 0.996 0.004
#> SRR1364824     1  0.3941     0.9198 0.844 0.000 0.156
#> SRR1379133     1  0.1163     0.9479 0.972 0.000 0.028
#> SRR1394169     1  0.2878     0.9412 0.904 0.000 0.096
#> SRR816745      2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR601038      2  0.0237     0.9711 0.000 0.996 0.004
#> SRR1360080     1  0.1860     0.9385 0.948 0.000 0.052
#> SRR814868      2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485997     1  0.1289     0.9480 0.968 0.000 0.032
#> SRR1435560     2  0.0424     0.9675 0.000 0.992 0.008
#> SRR1333330     1  0.4002     0.9178 0.840 0.000 0.160
#> SRR663513      2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328407     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR602784      2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348468     2  0.0237     0.9714 0.000 0.996 0.004
#> SRR663717      2  0.0592     0.9632 0.000 0.988 0.012
#> SRR602217      2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR603140      2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340804     1  0.4002     0.9178 0.840 0.000 0.160
#> SRR1457574     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333462     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1094601     1  0.3941     0.9198 0.844 0.000 0.156
#> SRR1434610     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435833     2  0.0237     0.9714 0.000 0.996 0.004
#> SRR1398728     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358343     2  0.0237     0.9714 0.000 0.996 0.004
#> SRR1410890     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350371     1  0.2711     0.9428 0.912 0.000 0.088
#> SRR1392478     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099260     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433576     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345541     2  0.0424     0.9674 0.000 0.992 0.008
#> SRR1086328     1  0.1753     0.9379 0.952 0.000 0.048
#> SRR810391      2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476207     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR627435      2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489862     1  0.2261     0.9472 0.932 0.000 0.068
#> SRR1419086     1  0.1753     0.9374 0.952 0.000 0.048
#> SRR1436539     1  0.3551     0.9301 0.868 0.000 0.132
#> SRR1396191     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490115     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377714     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR819394      1  0.0747     0.9477 0.984 0.000 0.016
#> SRR663161      3  0.6026     0.8871 0.000 0.376 0.624
#> SRR607042      2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR656203      2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR660602      2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440397     1  0.1529     0.9426 0.960 0.000 0.040
#> SRR1369264     1  0.2261     0.9472 0.932 0.000 0.068
#> SRR809233      1  0.1753     0.9371 0.952 0.000 0.048
#> SRR663249      2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR661242      2  0.0237     0.9711 0.000 0.996 0.004
#> SRR1332007     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR809619      2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR819975      1  0.3267     0.9373 0.884 0.000 0.116
#> SRR599281      2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR662366      2  0.3752     0.7393 0.000 0.856 0.144
#> SRR1317898     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382485     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR2166420     1  0.4002     0.9178 0.840 0.000 0.160
#> SRR1419429     1  0.1964     0.9375 0.944 0.000 0.056
#> SRR1092541     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR817444      2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320403     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101483     2  0.0237     0.9712 0.000 0.996 0.004
#> SRR1331684     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400054     3  0.5706     0.8921 0.000 0.320 0.680
#> SRR1406088     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR820733      2  0.0424     0.9675 0.000 0.992 0.008
#> SRR1314113     2  0.0237     0.9714 0.000 0.996 0.004
#> SRR1382615     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480745     1  0.1860     0.9385 0.948 0.000 0.052
#> SRR1468850     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR656782      2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR821364      1  0.0892     0.9473 0.980 0.000 0.020
#> SRR1101106     1  0.3482     0.9320 0.872 0.000 0.128
#> SRR659295      2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357103     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000
#> SRR809185      2  0.0237     0.9712 0.000 0.996 0.004
#> SRR811583      3  0.5706     0.8921 0.000 0.320 0.680
#> SRR1468050     1  0.1289     0.9480 0.968 0.000 0.032
#> SRR1440224     2  0.0000     0.9748 0.000 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR1500170     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402368     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR607743      3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457375     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470923     1  0.2124     0.6244 0.932 0.040 0.000 0.028
#> SRR817954      1  0.2089     0.6090 0.932 0.048 0.000 0.020
#> SRR809259      1  0.5193    -0.3218 0.656 0.324 0.000 0.020
#> SRR1439785     3  0.0188     0.9518 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR814768      1  0.5109     0.3746 0.744 0.196 0.000 0.060
#> SRR1102031     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363611     3  0.0336     0.9504 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1468447     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071931     3  0.1389     0.9242 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR810981      1  0.2546     0.6015 0.912 0.028 0.000 0.060
#> SRR615299      3  0.0188     0.9510 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR663585      3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326773     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1351166     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477452     1  0.3239     0.6109 0.880 0.052 0.000 0.068
#> SRR1084720     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420320     3  0.2149     0.8842 0.000 0.088 0.912 0.000
#> SRR1081712     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318241     3  0.0188     0.9518 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1333718     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313514     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477861     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318005     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354665     3  0.0592     0.9467 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR657707      3  0.0188     0.9518 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1370742     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1412947     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661553      3  0.5148     0.4852 0.000 0.056 0.736 0.208
#> SRR1328869     1  0.4158     0.3497 0.768 0.224 0.000 0.008
#> SRR662211      3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348181     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416560     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319772     3  0.0188     0.9518 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1091452     3  0.1389     0.9242 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR1338812     2  0.5408     0.9873 0.488 0.500 0.000 0.012
#> SRR1392072     3  0.0188     0.9519 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR814844      3  0.2216     0.8793 0.000 0.092 0.908 0.000
#> SRR1376619     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR603690      3  0.2363     0.8807 0.000 0.024 0.920 0.056
#> SRR2184980     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613963      3  0.5790    -0.0964 0.000 0.044 0.616 0.340
#> SRR1323422     1  0.2796     0.5804 0.892 0.092 0.000 0.016
#> SRR1397673     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434650     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659875      3  0.0524     0.9460 0.000 0.008 0.988 0.004
#> SRR1465734     3  0.0188     0.9518 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1076847     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415072     1  0.5548    -0.3352 0.628 0.340 0.000 0.032
#> SRR659319      3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663088      3  0.2216     0.8793 0.000 0.092 0.908 0.000
#> SRR1352021     1  0.5386    -0.5107 0.612 0.368 0.000 0.020
#> SRR1325527     1  0.2987     0.5654 0.880 0.104 0.000 0.016
#> SRR1105369     1  0.5279     0.2298 0.704 0.252 0.000 0.044
#> SRR659935      3  0.1557     0.9174 0.000 0.056 0.944 0.000
#> SRR1352530     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662594      4  0.5295     0.6106 0.000 0.008 0.488 0.504
#> SRR1095309     1  0.4030     0.5289 0.836 0.092 0.000 0.072
#> SRR615647      3  0.5093    -0.0706 0.000 0.012 0.640 0.348
#> SRR813019      3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374647     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR603472      3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661529      4  0.4730     0.8376 0.000 0.000 0.364 0.636
#> SRR607018      3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR627423      3  0.2149     0.8845 0.000 0.088 0.912 0.000
#> SRR654921      3  0.2216     0.8793 0.000 0.092 0.908 0.000
#> SRR1418968     1  0.2450     0.6054 0.912 0.016 0.000 0.072
#> SRR660871      3  0.4420     0.4579 0.000 0.012 0.748 0.240
#> SRR1330522     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499958     3  0.0592     0.9470 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR614059      4  0.5159     0.8373 0.000 0.012 0.364 0.624
#> SRR1071403     1  0.5143     0.0804 0.708 0.256 0.000 0.036
#> SRR1486719     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440421     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310412     3  0.0592     0.9471 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR614767      3  0.1004     0.9402 0.000 0.024 0.972 0.004
#> SRR820709      1  0.4300     0.5800 0.820 0.088 0.000 0.092
#> SRR1471500     1  0.5708    -0.7360 0.556 0.416 0.000 0.028
#> SRR658093      3  0.2799     0.8023 0.000 0.008 0.884 0.108
#> SRR1088168     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418707     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354291     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2165806     1  0.2124     0.6146 0.932 0.040 0.000 0.028
#> SRR1415684     3  0.4874     0.5735 0.000 0.056 0.764 0.180
#> SRR1433860     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311062     3  0.0188     0.9519 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1360359     2  0.5295     0.9860 0.488 0.504 0.000 0.008
#> SRR661385      3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615407      3  0.1584     0.9131 0.000 0.012 0.952 0.036
#> SRR1413892     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443459     3  0.1637     0.9137 0.000 0.060 0.940 0.000
#> SRR1338942     1  0.5294    -0.9412 0.508 0.484 0.000 0.008
#> SRR657480      3  0.0188     0.9518 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1399433     3  0.5184     0.4716 0.000 0.056 0.732 0.212
#> SRR818537      3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101324     3  0.2216     0.8793 0.000 0.092 0.908 0.000
#> SRR807637      4  0.3853     0.5941 0.000 0.020 0.160 0.820
#> SRR1091918     1  0.2845     0.5894 0.896 0.076 0.000 0.028
#> SRR598300      3  0.3812     0.7127 0.000 0.028 0.832 0.140
#> SRR1085426     1  0.1677     0.6215 0.948 0.012 0.000 0.040
#> SRR1376294     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR813891      1  0.4872     0.1922 0.728 0.244 0.000 0.028
#> SRR1467431     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658742      4  0.4713     0.8386 0.000 0.000 0.360 0.640
#> SRR1419234     1  0.4707     0.3169 0.760 0.204 0.000 0.036
#> SRR1404813     3  0.0188     0.9519 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR603496      3  0.3217     0.7599 0.000 0.012 0.860 0.128
#> SRR1407758     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR810945      3  0.0469     0.9489 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR817234      3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444852     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660378      3  0.4690     0.3156 0.000 0.012 0.712 0.276
#> SRR1467835     3  0.0188     0.9519 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1338964     3  0.0336     0.9505 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1079259     3  0.0469     0.9488 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1072345     3  0.0469     0.9488 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR598725      3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447938     1  0.5628    -0.7378 0.556 0.420 0.000 0.024
#> SRR1356397     1  0.2845     0.5894 0.896 0.076 0.000 0.028
#> SRR1360460     3  0.2149     0.8842 0.000 0.088 0.912 0.000
#> SRR1429468     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446850     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320363     3  0.0188     0.9518 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1413810     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR598831      3  0.2089     0.8944 0.000 0.020 0.932 0.048
#> SRR1381865     1  0.3743     0.4855 0.824 0.160 0.000 0.016
#> SRR660957      3  0.0524     0.9495 0.000 0.008 0.988 0.004
#> SRR1491332     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099744     3  0.0188     0.9519 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1464618     3  0.1637     0.9137 0.000 0.060 0.940 0.000
#> SRR1414559     3  0.4605     0.6796 0.000 0.092 0.800 0.108
#> SRR1337540     3  0.2149     0.8842 0.000 0.088 0.912 0.000
#> SRR1444283     1  0.2965     0.6175 0.892 0.036 0.000 0.072
#> SRR2184942     3  0.0188     0.9518 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR660295      1  0.4171     0.5291 0.828 0.088 0.000 0.084
#> SRR601335      3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363742     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345847     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614960      3  0.4420     0.4579 0.000 0.012 0.748 0.240
#> SRR819919      1  0.3398     0.6093 0.872 0.068 0.000 0.060
#> SRR603330      3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327951     1  0.2002     0.6154 0.936 0.020 0.000 0.044
#> SRR1401885     1  0.5508    -0.9355 0.508 0.476 0.000 0.016
#> SRR1345266     3  0.1557     0.9167 0.000 0.056 0.944 0.000
#> SRR1338055     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430157     3  0.0336     0.9506 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1320137     3  0.1118     0.9333 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1093483     1  0.5147     0.3621 0.740 0.200 0.000 0.060
#> SRR1341080     2  0.5168     0.9624 0.496 0.500 0.000 0.004
#> SRR1459913     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170490     1  0.1677     0.6215 0.948 0.012 0.000 0.040
#> SRR1479845     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436420     1  0.2399     0.6203 0.920 0.048 0.000 0.032
#> SRR1481060     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662282      3  0.4999     0.0485 0.000 0.012 0.660 0.328
#> SRR1487089     3  0.2149     0.8842 0.000 0.088 0.912 0.000
#> SRR1075683     2  0.5408     0.9873 0.488 0.500 0.000 0.012
#> SRR1338536     1  0.5353    -0.7560 0.556 0.432 0.000 0.012
#> SRR1338880     3  0.1211     0.9303 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR1453456     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457895     1  0.1059     0.6232 0.972 0.016 0.000 0.012
#> SRR1440603     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658633      3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388081     3  0.0707     0.9437 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR813339      3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809725      1  0.5112    -0.7450 0.560 0.436 0.000 0.004
#> SRR627441      3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613603      3  0.5256    -0.2869 0.000 0.012 0.596 0.392
#> SRR1096571     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392701     1  0.5219     0.3269 0.728 0.216 0.000 0.056
#> SRR1344326     1  0.2450     0.6054 0.912 0.016 0.000 0.072
#> SRR1367693     3  0.1211     0.9301 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR660697      3  0.1637     0.9138 0.000 0.060 0.940 0.000
#> SRR1489926     3  0.0188     0.9518 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR811491      3  0.0188     0.9518 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1311644     3  0.2216     0.8793 0.000 0.092 0.908 0.000
#> SRR1451740     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615117      3  0.0804     0.9399 0.000 0.012 0.980 0.008
#> SRR1391748     3  0.2216     0.8793 0.000 0.092 0.908 0.000
#> SRR1466556     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614972      3  0.4420     0.4579 0.000 0.012 0.748 0.240
#> SRR1406200     1  0.5168    -0.9577 0.500 0.496 0.000 0.004
#> SRR819210      3  0.3764     0.7911 0.000 0.072 0.852 0.076
#> SRR662174      1  0.5132     0.4156 0.748 0.184 0.000 0.068
#> SRR811988      1  0.5137    -0.8011 0.544 0.452 0.000 0.004
#> SRR663236      3  0.5184     0.4716 0.000 0.056 0.732 0.212
#> SRR1312598     3  0.0592     0.9467 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1330129     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357781     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315517     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400032     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413722     1  0.5645    -0.4910 0.604 0.364 0.000 0.032
#> SRR612827      3  0.3224     0.7747 0.000 0.016 0.864 0.120
#> SRR814794      1  0.2670     0.6229 0.908 0.040 0.000 0.052
#> SRR819430      1  0.4857    -0.0232 0.700 0.284 0.000 0.016
#> SRR1395509     3  0.2149     0.8840 0.000 0.088 0.912 0.000
#> SRR808728      3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070813     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389133     3  0.0592     0.9471 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR601263      3  0.0336     0.9505 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR604718      3  0.2036     0.9113 0.000 0.032 0.936 0.032
#> SRR1481351     3  0.0188     0.9518 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1334608     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658681      3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809283      3  0.3051     0.8471 0.000 0.088 0.884 0.028
#> SRR1459300     1  0.1488     0.6229 0.956 0.012 0.000 0.032
#> SRR1392547     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811049      3  0.0469     0.9488 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1464835     3  0.2216     0.8793 0.000 0.092 0.908 0.000
#> SRR1339619     3  0.1302     0.9276 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR658501      3  0.0469     0.9456 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1447523     3  0.0336     0.9508 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1415048     1  0.2222     0.6076 0.924 0.016 0.000 0.060
#> SRR1355451     1  0.3015     0.5927 0.884 0.092 0.000 0.024
#> SRR1444348     3  0.0336     0.9506 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR603890      3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR810595      3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446244     3  0.1637     0.9137 0.000 0.060 0.940 0.000
#> SRR817373      3  0.0707     0.9437 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR1457291     3  0.0336     0.9504 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR598220      3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477991     3  0.0336     0.9506 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR598172      3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349032     3  0.2101     0.9031 0.000 0.060 0.928 0.012
#> SRR604002      3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378026     3  0.0336     0.9505 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1404401     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333240     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089399     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR603421      3  0.1584     0.9131 0.000 0.012 0.952 0.036
#> SRR812562      1  0.5488    -0.8604 0.532 0.452 0.000 0.016
#> SRR808520      3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811839      1  0.3745     0.5876 0.852 0.088 0.000 0.060
#> SRR814317      3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436763     3  0.2149     0.8842 0.000 0.088 0.912 0.000
#> SRR1486021     3  0.0336     0.9507 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1465018     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080998     3  0.0469     0.9488 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1083432     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082833     1  0.3377     0.5203 0.848 0.140 0.000 0.012
#> SRR1465804     1  0.5716    -0.7747 0.552 0.420 0.000 0.028
#> SRR1326536     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614011      3  0.1936     0.9142 0.000 0.028 0.940 0.032
#> SRR1365873     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498789     3  0.0188     0.9519 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR601581      3  0.2021     0.9073 0.000 0.056 0.932 0.012
#> SRR603566      3  0.0937     0.9362 0.000 0.012 0.976 0.012
#> SRR1373981     1  0.3176     0.5719 0.880 0.084 0.000 0.036
#> SRR821410      3  0.0188     0.9519 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1076511     4  0.3900     0.6038 0.000 0.020 0.164 0.816
#> SRR614143      3  0.0188     0.9518 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1333570     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366813     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388746     1  0.3474     0.5624 0.868 0.064 0.000 0.068
#> SRR1420558     3  0.0817     0.9425 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1409510     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816250      3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614131      3  0.1389     0.9242 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR1331130     1  0.5543    -0.7814 0.556 0.424 0.000 0.020
#> SRR1316015     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470798     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614179      3  0.0376     0.9488 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1474863     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR813560      3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312187     3  0.2222     0.8994 0.000 0.060 0.924 0.016
#> SRR1420960     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355102     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084577     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659971      3  0.1584     0.9190 0.000 0.012 0.952 0.036
#> SRR1350855     3  0.2149     0.8842 0.000 0.088 0.912 0.000
#> SRR820779      3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476300     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090907     3  0.2149     0.8842 0.000 0.088 0.912 0.000
#> SRR662294      3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480789     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336263     3  0.2149     0.8842 0.000 0.088 0.912 0.000
#> SRR660776      1  0.4542     0.4642 0.752 0.228 0.000 0.020
#> SRR1090508     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615563      3  0.2222     0.8994 0.000 0.060 0.924 0.016
#> SRR1101175     1  0.3790     0.4787 0.820 0.164 0.000 0.016
#> SRR2164650     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431205     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339856     3  0.2081     0.8890 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR1352147     3  0.0707     0.9445 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR808968      1  0.1510     0.6233 0.956 0.016 0.000 0.028
#> SRR627419      3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402391     1  0.3301     0.6070 0.876 0.048 0.000 0.076
#> SRR663609      3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2167857     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398752     1  0.4673     0.5012 0.792 0.132 0.000 0.076
#> SRR1469169     1  0.2282     0.6225 0.924 0.024 0.000 0.052
#> SRR1405437     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416955     2  0.5408     0.9873 0.488 0.500 0.000 0.012
#> SRR1317064     3  0.1211     0.9308 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR659001      3  0.1388     0.9326 0.000 0.028 0.960 0.012
#> SRR2170696     3  0.2412     0.8808 0.000 0.084 0.908 0.008
#> SRR816589      3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087487     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329485     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816920      3  0.2342     0.8857 0.000 0.080 0.912 0.008
#> SRR1341432     1  0.2586     0.6154 0.912 0.040 0.000 0.048
#> SRR1361590     3  0.2216     0.8793 0.000 0.092 0.908 0.000
#> SRR817046      3  0.0188     0.9518 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1471331     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660788      3  0.3383     0.8274 0.000 0.076 0.872 0.052
#> SRR819234      1  0.2522     0.5935 0.908 0.076 0.000 0.016
#> SRR810853      3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809427      3  0.1624     0.9257 0.000 0.028 0.952 0.020
#> SRR2170217     3  0.2149     0.8842 0.000 0.088 0.912 0.000
#> SRR1386967     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420344     3  0.0817     0.9423 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1334535     1  0.4546     0.1688 0.732 0.256 0.000 0.012
#> SRR614503      3  0.2101     0.9030 0.000 0.060 0.928 0.012
#> SRR602564      3  0.2319     0.8971 0.000 0.040 0.924 0.036
#> SRR1420669     3  0.2342     0.8857 0.000 0.080 0.912 0.008
#> SRR819024      3  0.0188     0.9518 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR656223      3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608428      3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345647     1  0.4228     0.2989 0.760 0.232 0.000 0.008
#> SRR1389324     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1361368     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322619     3  0.0817     0.9420 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1349276     3  0.2216     0.8793 0.000 0.092 0.908 0.000
#> SRR1404024     2  0.5295     0.9844 0.488 0.504 0.000 0.008
#> SRR1370637     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452631     3  0.2216     0.8793 0.000 0.092 0.908 0.000
#> SRR608392      3  0.2741     0.8175 0.000 0.012 0.892 0.096
#> SRR1357757     3  0.0336     0.9505 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1074646     3  0.2480     0.8755 0.000 0.088 0.904 0.008
#> SRR1367499     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343501     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394406     3  0.0469     0.9488 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1381435     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467407     1  0.2861     0.5745 0.888 0.096 0.000 0.016
#> SRR1092422     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380270     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091817     3  0.0188     0.9519 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1440137     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614311      3  0.1109     0.9373 0.000 0.028 0.968 0.004
#> SRR1407516     3  0.1118     0.9340 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR815494      3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333209     3  0.1302     0.9276 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR615177      3  0.3764     0.7911 0.000 0.072 0.852 0.076
#> SRR1099648     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659720      3  0.0469     0.9496 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR2185057     1  0.5132     0.4156 0.748 0.184 0.000 0.068
#> SRR1467125     1  0.3617     0.5984 0.860 0.076 0.000 0.064
#> SRR657468      3  0.2216     0.8793 0.000 0.092 0.908 0.000
#> SRR660042      4  0.5159     0.8373 0.000 0.012 0.364 0.624
#> SRR2170864     3  0.0188     0.9519 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1440491     3  0.0707     0.9437 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR1440852     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811169      1  0.4678     0.2847 0.744 0.232 0.000 0.024
#> SRR1331311     3  0.2081     0.8890 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR818009      1  0.3301     0.6047 0.876 0.048 0.000 0.076
#> SRR1351836     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498313     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441975     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR819096      1  0.4956     0.2383 0.732 0.232 0.000 0.036
#> SRR1073679     3  0.0592     0.9468 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1489116     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354138     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490589     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1412987     3  0.2216     0.8793 0.000 0.092 0.908 0.000
#> SRR602034      3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353437     1  0.5543    -0.7436 0.556 0.424 0.000 0.020
#> SRR1072871     3  0.0188     0.9518 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR661577      4  0.3768     0.6455 0.000 0.008 0.184 0.808
#> SRR612190      3  0.1389     0.9242 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR1399880     1  0.5723    -0.5970 0.580 0.388 0.000 0.032
#> SRR1101787     3  0.2222     0.8994 0.000 0.060 0.924 0.016
#> SRR657869      1  0.6520     0.1632 0.552 0.364 0.000 0.084
#> SRR1446332     1  0.1975     0.6114 0.936 0.016 0.000 0.048
#> SRR816039      2  0.5295     0.9860 0.488 0.504 0.000 0.008
#> SRR1485141     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476697     1  0.2021     0.6109 0.932 0.012 0.000 0.056
#> SRR1379538     3  0.2081     0.8891 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR1331422     1  0.3471     0.6058 0.868 0.072 0.000 0.060
#> SRR660859      3  0.0469     0.9488 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1097594     1  0.2546     0.5844 0.900 0.092 0.000 0.008
#> SRR1311419     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336706     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472976     3  0.1716     0.9099 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR1321307     1  0.3959     0.5293 0.840 0.092 0.000 0.068
#> SRR807493      1  0.1635     0.6185 0.948 0.008 0.000 0.044
#> SRR812461      3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477149     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457397     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661913      3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069024     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2165634     1  0.1510     0.6233 0.956 0.016 0.000 0.028
#> SRR1478722     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328642     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488261     3  0.0592     0.9473 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1318815     3  0.2216     0.8793 0.000 0.092 0.908 0.000
#> SRR816945      1  0.2845     0.5962 0.896 0.028 0.000 0.076
#> SRR1367432     3  0.2149     0.8842 0.000 0.088 0.912 0.000
#> SRR1359280     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313910     3  0.0336     0.9506 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1457315     3  0.2342     0.8857 0.000 0.080 0.912 0.008
#> SRR815398      1  0.3056     0.5873 0.888 0.040 0.000 0.072
#> SRR656958      3  0.3852     0.6302 0.000 0.012 0.808 0.180
#> SRR600688      3  0.2282     0.8865 0.000 0.024 0.924 0.052
#> SRR1098952     1  0.4621     0.5061 0.796 0.128 0.000 0.076
#> SRR1314916     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614167      3  0.4420     0.4579 0.000 0.012 0.748 0.240
#> SRR1348114     3  0.2021     0.9073 0.000 0.056 0.932 0.012
#> SRR658033      3  0.1584     0.9131 0.000 0.012 0.952 0.036
#> SRR1077503     3  0.0188     0.9518 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR661854      4  0.5295     0.6106 0.000 0.008 0.488 0.504
#> SRR811379      3  0.2222     0.8994 0.000 0.060 0.924 0.016
#> SRR1318857     3  0.0592     0.9470 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR656445      3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433044     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486391     1  0.1488     0.6229 0.956 0.012 0.000 0.032
#> SRR656071      3  0.0524     0.9495 0.000 0.008 0.988 0.004
#> SRR1364824     2  0.5295     0.9770 0.488 0.504 0.000 0.008
#> SRR1379133     1  0.2722     0.6023 0.904 0.064 0.000 0.032
#> SRR1394169     1  0.4655     0.3606 0.760 0.208 0.000 0.032
#> SRR816745      3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR601038      3  0.0524     0.9460 0.000 0.008 0.988 0.004
#> SRR1360080     1  0.2282     0.6190 0.924 0.024 0.000 0.052
#> SRR814868      3  0.0188     0.9518 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1485997     1  0.3176     0.5719 0.880 0.084 0.000 0.036
#> SRR1435560     3  0.2101     0.9031 0.000 0.060 0.928 0.012
#> SRR1333330     1  0.5168    -0.9628 0.500 0.496 0.000 0.004
#> SRR663513      3  0.0592     0.9471 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1328407     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR602784      3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348468     3  0.2216     0.8793 0.000 0.092 0.908 0.000
#> SRR663717      3  0.2222     0.8994 0.000 0.060 0.924 0.016
#> SRR602217      3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR603140      3  0.0469     0.9488 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1340804     2  0.5408     0.9873 0.488 0.500 0.000 0.012
#> SRR1457574     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333462     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1094601     2  0.5295     0.9770 0.488 0.504 0.000 0.008
#> SRR1434610     3  0.0469     0.9488 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1435833     3  0.1867     0.9012 0.000 0.072 0.928 0.000
#> SRR1398728     3  0.0921     0.9400 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1358343     3  0.2216     0.8793 0.000 0.092 0.908 0.000
#> SRR1410890     3  0.0336     0.9504 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1350371     1  0.5219     0.3269 0.728 0.216 0.000 0.056
#> SRR1392478     3  0.0336     0.9506 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1099260     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433576     3  0.0188     0.9520 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1345541     3  0.2401     0.8744 0.000 0.092 0.904 0.004
#> SRR1086328     1  0.1902     0.6210 0.932 0.004 0.000 0.064
#> SRR810391      3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476207     3  0.0336     0.9505 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR627435      3  0.1211     0.9317 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR1489862     1  0.4888     0.2494 0.740 0.224 0.000 0.036
#> SRR1419086     1  0.1888     0.6163 0.940 0.016 0.000 0.044
#> SRR1436539     1  0.5428    -0.5588 0.600 0.380 0.000 0.020
#> SRR1396191     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490115     3  0.0188     0.9518 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1377714     3  0.0336     0.9505 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR819394      1  0.3659     0.5293 0.840 0.136 0.000 0.024
#> SRR663161      4  0.4713     0.8386 0.000 0.000 0.360 0.640
#> SRR607042      3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR656203      3  0.0707     0.9445 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR660602      3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440397     1  0.2036     0.6257 0.936 0.032 0.000 0.032
#> SRR1369264     1  0.4888     0.2494 0.740 0.224 0.000 0.036
#> SRR809233      1  0.2300     0.6068 0.924 0.028 0.000 0.048
#> SRR663249      3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661242      3  0.0672     0.9476 0.000 0.008 0.984 0.008
#> SRR1332007     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809619      3  0.0592     0.9466 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR819975      1  0.5193    -0.2927 0.656 0.324 0.000 0.020
#> SRR599281      3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662366      3  0.3377     0.7307 0.000 0.012 0.848 0.140
#> SRR1317898     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382485     3  0.1389     0.9242 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR2166420     2  0.5408     0.9873 0.488 0.500 0.000 0.012
#> SRR1419429     1  0.3547     0.6049 0.864 0.072 0.000 0.064
#> SRR1092541     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR817444      3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320403     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101483     3  0.1284     0.9359 0.000 0.024 0.964 0.012
#> SRR1331684     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400054     4  0.4673     0.8009 0.000 0.008 0.292 0.700
#> SRR1406088     3  0.0921     0.9400 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR820733      3  0.2480     0.8755 0.000 0.088 0.904 0.008
#> SRR1314113     3  0.2216     0.8793 0.000 0.092 0.908 0.000
#> SRR1382615     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480745     1  0.2282     0.6190 0.924 0.024 0.000 0.052
#> SRR1468850     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR656782      3  0.0188     0.9518 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR821364      1  0.2124     0.6146 0.932 0.040 0.000 0.028
#> SRR1101106     1  0.5837    -0.6743 0.564 0.400 0.000 0.036
#> SRR659295      3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357103     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809185      3  0.2101     0.9038 0.000 0.060 0.928 0.012
#> SRR811583      4  0.4673     0.8009 0.000 0.008 0.292 0.700
#> SRR1468050     1  0.3176     0.5719 0.880 0.084 0.000 0.036
#> SRR1440224     3  0.0000     0.9528 0.000 0.000 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR1500170     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402368     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607743      3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457375     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470923     1  0.2201     0.6539 0.920 0.032 0.000 0.008 0.040
#> SRR817954      1  0.2363     0.6412 0.912 0.024 0.000 0.012 0.052
#> SRR809259      1  0.4962    -0.2124 0.632 0.024 0.000 0.012 0.332
#> SRR1439785     3  0.0162     0.9069 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR814768      1  0.4974     0.4412 0.720 0.088 0.000 0.008 0.184
#> SRR1102031     3  0.0290     0.9063 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1363611     3  0.1043     0.8926 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1468447     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071931     3  0.2424     0.8259 0.000 0.132 0.868 0.000 0.000
#> SRR810981      1  0.2325     0.6249 0.904 0.068 0.000 0.000 0.028
#> SRR615299      3  0.0290     0.9059 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR663585      3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326773     3  0.0162     0.9071 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1351166     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477452     1  0.2859     0.6386 0.876 0.068 0.000 0.000 0.056
#> SRR1084720     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420320     3  0.3586     0.6692 0.000 0.264 0.736 0.000 0.000
#> SRR1081712     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318241     3  0.0290     0.9061 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1333718     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313514     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477861     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318005     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354665     3  0.1478     0.8782 0.000 0.064 0.936 0.000 0.000
#> SRR657707      3  0.0290     0.9061 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1370742     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1412947     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661553      3  0.5285     0.4060 0.000 0.288 0.632 0.080 0.000
#> SRR1328869     1  0.4142     0.4244 0.752 0.016 0.000 0.012 0.220
#> SRR662211      3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348181     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416560     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319772     3  0.0162     0.9069 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1091452     3  0.2424     0.8261 0.000 0.132 0.868 0.000 0.000
#> SRR1338812     5  0.4796     0.8429 0.468 0.012 0.000 0.004 0.516
#> SRR1392072     3  0.0162     0.9071 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR814844      3  0.3636     0.6571 0.000 0.272 0.728 0.000 0.000
#> SRR1376619     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603690      3  0.2516     0.8089 0.000 0.140 0.860 0.000 0.000
#> SRR2184980     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613963      3  0.6083     0.1255 0.000 0.224 0.572 0.204 0.000
#> SRR1323422     1  0.3166     0.6008 0.860 0.016 0.000 0.020 0.104
#> SRR1397673     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434650     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659875      3  0.0794     0.8933 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1465734     3  0.0404     0.9051 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1076847     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415072     1  0.5494    -0.2290 0.592 0.052 0.000 0.012 0.344
#> SRR659319      3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663088      3  0.3636     0.6571 0.000 0.272 0.728 0.000 0.000
#> SRR1352021     1  0.5268    -0.3789 0.588 0.020 0.000 0.024 0.368
#> SRR1325527     1  0.3019     0.6020 0.864 0.012 0.000 0.016 0.108
#> SRR1105369     1  0.5200     0.3111 0.676 0.072 0.000 0.008 0.244
#> SRR659935      3  0.2605     0.8116 0.000 0.148 0.852 0.000 0.000
#> SRR1352530     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662594      3  0.6756    -0.6943 0.000 0.364 0.372 0.264 0.000
#> SRR1095309     1  0.3702     0.5334 0.820 0.084 0.000 0.000 0.096
#> SRR615647      3  0.6047    -0.3658 0.000 0.376 0.500 0.124 0.000
#> SRR813019      3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374647     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603472      3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661529      2  0.6498     0.8943 0.000 0.484 0.224 0.292 0.000
#> SRR607018      3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR627423      3  0.3612     0.6639 0.000 0.268 0.732 0.000 0.000
#> SRR654921      3  0.3636     0.6571 0.000 0.272 0.728 0.000 0.000
#> SRR1418968     1  0.2110     0.6307 0.912 0.072 0.000 0.000 0.016
#> SRR660871      3  0.5088     0.4004 0.000 0.228 0.680 0.092 0.000
#> SRR1330522     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499958     3  0.1121     0.8907 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR614059      2  0.6417     0.9333 0.000 0.504 0.216 0.280 0.000
#> SRR1071403     1  0.5290     0.1593 0.676 0.036 0.000 0.036 0.252
#> SRR1486719     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440421     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310412     3  0.0794     0.8993 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR614767      3  0.1270     0.8860 0.000 0.052 0.948 0.000 0.000
#> SRR820709      1  0.4123     0.6040 0.796 0.108 0.000 0.004 0.092
#> SRR1471500     1  0.5284    -0.6180 0.532 0.040 0.000 0.004 0.424
#> SRR658093      3  0.2966     0.6938 0.000 0.184 0.816 0.000 0.000
#> SRR1088168     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418707     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354291     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2165806     1  0.2313     0.6470 0.916 0.032 0.000 0.012 0.040
#> SRR1415684     3  0.4887     0.4763 0.000 0.288 0.660 0.052 0.000
#> SRR1433860     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311062     3  0.0162     0.9071 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1360359     5  0.4552     0.8424 0.468 0.008 0.000 0.000 0.524
#> SRR661385      3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615407      3  0.1478     0.8643 0.000 0.064 0.936 0.000 0.000
#> SRR1413892     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443459     3  0.2852     0.7880 0.000 0.172 0.828 0.000 0.000
#> SRR1338942     5  0.4974     0.8036 0.484 0.020 0.000 0.004 0.492
#> SRR657480      3  0.0162     0.9069 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1399433     3  0.5323     0.3801 0.000 0.296 0.624 0.080 0.000
#> SRR818537      3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101324     3  0.3636     0.6571 0.000 0.272 0.728 0.000 0.000
#> SRR807637      4  0.1121     0.4033 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR1091918     1  0.3018     0.6249 0.876 0.024 0.000 0.020 0.080
#> SRR598300      3  0.3596     0.6813 0.000 0.200 0.784 0.016 0.000
#> SRR1085426     1  0.1281     0.6500 0.956 0.032 0.000 0.000 0.012
#> SRR1376294     3  0.0290     0.9063 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR813891      1  0.4805     0.2526 0.700 0.032 0.000 0.016 0.252
#> SRR1467431     3  0.0290     0.9063 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR658742      2  0.6432     0.9060 0.000 0.492 0.204 0.304 0.000
#> SRR1419234     1  0.4923     0.3629 0.728 0.036 0.000 0.036 0.200
#> SRR1404813     3  0.0510     0.9038 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR603496      3  0.3381     0.6873 0.000 0.176 0.808 0.016 0.000
#> SRR1407758     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810945      3  0.0963     0.8953 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR817234      3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444852     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660378      3  0.5260     0.2856 0.000 0.264 0.648 0.088 0.000
#> SRR1467835     3  0.0290     0.9060 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1338964     3  0.0404     0.9050 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1079259     3  0.0609     0.9023 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1072345     3  0.0609     0.9023 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR598725      3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447938     1  0.5225    -0.6253 0.532 0.024 0.000 0.012 0.432
#> SRR1356397     1  0.3018     0.6249 0.876 0.024 0.000 0.020 0.080
#> SRR1360460     3  0.3612     0.6637 0.000 0.268 0.732 0.000 0.000
#> SRR1429468     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446850     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320363     3  0.0162     0.9069 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1413810     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598831      3  0.2583     0.8168 0.000 0.132 0.864 0.004 0.000
#> SRR1381865     1  0.3693     0.5260 0.804 0.012 0.000 0.016 0.168
#> SRR660957      3  0.0510     0.9044 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1491332     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099744     3  0.0162     0.9071 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1464618     3  0.2852     0.7880 0.000 0.172 0.828 0.000 0.000
#> SRR1414559     3  0.5759     0.2432 0.000 0.324 0.568 0.108 0.000
#> SRR1337540     3  0.3612     0.6637 0.000 0.268 0.732 0.000 0.000
#> SRR1444283     1  0.2676     0.6441 0.884 0.080 0.000 0.000 0.036
#> SRR2184942     3  0.0290     0.9061 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR660295      1  0.3912     0.5334 0.804 0.108 0.000 0.000 0.088
#> SRR601335      3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1363742     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345847     3  0.0703     0.9010 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR614960      3  0.5088     0.4004 0.000 0.228 0.680 0.092 0.000
#> SRR819919      1  0.3339     0.6364 0.852 0.072 0.000 0.004 0.072
#> SRR603330      3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327951     1  0.1800     0.6413 0.932 0.048 0.000 0.000 0.020
#> SRR1401885     5  0.5099     0.8064 0.484 0.012 0.000 0.016 0.488
#> SRR1345266     3  0.2648     0.8075 0.000 0.152 0.848 0.000 0.000
#> SRR1338055     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430157     3  0.1043     0.8928 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1320137     3  0.2280     0.8355 0.000 0.120 0.880 0.000 0.000
#> SRR1093483     1  0.5007     0.4311 0.716 0.088 0.000 0.008 0.188
#> SRR1341080     5  0.4557     0.8313 0.476 0.008 0.000 0.000 0.516
#> SRR1459913     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2170490     1  0.1281     0.6500 0.956 0.032 0.000 0.000 0.012
#> SRR1479845     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436420     1  0.2451     0.6505 0.904 0.036 0.000 0.004 0.056
#> SRR1481060     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662282      3  0.5700     0.0981 0.000 0.280 0.600 0.120 0.000
#> SRR1487089     3  0.3586     0.6692 0.000 0.264 0.736 0.000 0.000
#> SRR1075683     5  0.4796     0.8429 0.468 0.012 0.000 0.004 0.516
#> SRR1338536     1  0.5071    -0.6378 0.532 0.012 0.000 0.016 0.440
#> SRR1338880     3  0.2074     0.8493 0.000 0.104 0.896 0.000 0.000
#> SRR1453456     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457895     1  0.1419     0.6526 0.956 0.016 0.000 0.012 0.016
#> SRR1440603     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658633      3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388081     3  0.1121     0.8900 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR813339      3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809725      1  0.4718    -0.6224 0.540 0.016 0.000 0.000 0.444
#> SRR627441      3  0.0162     0.9063 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR613603      3  0.6285    -0.5024 0.000 0.392 0.456 0.152 0.000
#> SRR1096571     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392701     1  0.5113     0.3948 0.700 0.084 0.000 0.008 0.208
#> SRR1344326     1  0.2110     0.6307 0.912 0.072 0.000 0.000 0.016
#> SRR1367693     3  0.2471     0.8221 0.000 0.136 0.864 0.000 0.000
#> SRR660697      3  0.2732     0.7993 0.000 0.160 0.840 0.000 0.000
#> SRR1489926     3  0.0162     0.9069 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR811491      3  0.0162     0.9069 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1311644     3  0.3636     0.6571 0.000 0.272 0.728 0.000 0.000
#> SRR1451740     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615117      3  0.0880     0.8900 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1391748     3  0.3636     0.6571 0.000 0.272 0.728 0.000 0.000
#> SRR1466556     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614972      3  0.5060     0.4135 0.000 0.224 0.684 0.092 0.000
#> SRR1406200     5  0.4593     0.8246 0.480 0.004 0.000 0.004 0.512
#> SRR819210      3  0.4370     0.6468 0.000 0.236 0.724 0.040 0.000
#> SRR662174      1  0.4972     0.4683 0.724 0.096 0.000 0.008 0.172
#> SRR811988      1  0.4692    -0.6742 0.528 0.008 0.000 0.004 0.460
#> SRR663236      3  0.5323     0.3801 0.000 0.296 0.624 0.080 0.000
#> SRR1312598     3  0.1410     0.8806 0.000 0.060 0.940 0.000 0.000
#> SRR1330129     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357781     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315517     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400032     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413722     1  0.5341    -0.3701 0.580 0.052 0.000 0.004 0.364
#> SRR612827      3  0.3427     0.6743 0.000 0.192 0.796 0.012 0.000
#> SRR814794      1  0.2304     0.6533 0.908 0.048 0.000 0.000 0.044
#> SRR819430      1  0.4520     0.0812 0.680 0.008 0.000 0.016 0.296
#> SRR1395509     3  0.3508     0.6868 0.000 0.252 0.748 0.000 0.000
#> SRR808728      3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070813     3  0.0162     0.9071 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1389133     3  0.0794     0.8993 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR601263      3  0.0510     0.9040 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR604718      3  0.2690     0.8095 0.000 0.156 0.844 0.000 0.000
#> SRR1481351     3  0.0290     0.9061 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1334608     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658681      3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809283      3  0.4243     0.6313 0.000 0.264 0.712 0.024 0.000
#> SRR1459300     1  0.1364     0.6517 0.952 0.036 0.000 0.000 0.012
#> SRR1392547     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811049      3  0.0609     0.9023 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1464835     3  0.3636     0.6571 0.000 0.272 0.728 0.000 0.000
#> SRR1339619     3  0.2127     0.8483 0.000 0.108 0.892 0.000 0.000
#> SRR658501      3  0.0404     0.9021 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1447523     3  0.0609     0.9024 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1415048     1  0.1774     0.6352 0.932 0.052 0.000 0.000 0.016
#> SRR1355451     1  0.3218     0.6211 0.860 0.032 0.000 0.012 0.096
#> SRR1444348     3  0.1043     0.8928 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR603890      3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810595      3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446244     3  0.2891     0.7835 0.000 0.176 0.824 0.000 0.000
#> SRR817373      3  0.1121     0.8900 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR1457291     3  0.0703     0.9005 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR598220      3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477991     3  0.0880     0.8970 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR598172      3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349032     3  0.3109     0.7575 0.000 0.200 0.800 0.000 0.000
#> SRR604002      3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378026     3  0.0290     0.9062 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1404401     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333240     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1089399     3  0.0162     0.9071 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR603421      3  0.1478     0.8643 0.000 0.064 0.936 0.000 0.000
#> SRR812562      1  0.5092    -0.7480 0.508 0.012 0.000 0.016 0.464
#> SRR808520      3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811839      1  0.3629     0.6186 0.832 0.072 0.000 0.004 0.092
#> SRR814317      3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436763     3  0.3586     0.6692 0.000 0.264 0.736 0.000 0.000
#> SRR1486021     3  0.0404     0.9055 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1465018     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080998     3  0.0609     0.9023 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1083432     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082833     1  0.3685     0.5425 0.816 0.020 0.000 0.016 0.148
#> SRR1465804     1  0.5434    -0.6580 0.524 0.036 0.000 0.012 0.428
#> SRR1326536     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614011      3  0.2280     0.8396 0.000 0.120 0.880 0.000 0.000
#> SRR1365873     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498789     3  0.0162     0.9071 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR601581      3  0.3074     0.7622 0.000 0.196 0.804 0.000 0.000
#> SRR603566      3  0.0963     0.8868 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR1373981     1  0.3589     0.5953 0.848 0.036 0.000 0.032 0.084
#> SRR821410      3  0.0290     0.9060 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1076511     4  0.1478     0.4224 0.000 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR614143      3  0.0290     0.9061 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1333570     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366813     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388746     1  0.3055     0.5825 0.864 0.072 0.000 0.000 0.064
#> SRR1420558     3  0.1197     0.8894 0.000 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR1409510     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816250      3  0.0290     0.9063 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR614131      3  0.2471     0.8223 0.000 0.136 0.864 0.000 0.000
#> SRR1331130     1  0.5057    -0.6793 0.532 0.008 0.000 0.020 0.440
#> SRR1316015     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470798     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614179      3  0.0404     0.9030 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1474863     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813560      3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312187     3  0.3177     0.7489 0.000 0.208 0.792 0.000 0.000
#> SRR1420960     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355102     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084577     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659971      3  0.2127     0.8469 0.000 0.108 0.892 0.000 0.000
#> SRR1350855     3  0.3586     0.6692 0.000 0.264 0.736 0.000 0.000
#> SRR820779      3  0.0162     0.9070 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1476300     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090907     3  0.3612     0.6637 0.000 0.268 0.732 0.000 0.000
#> SRR662294      3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480789     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336263     3  0.3586     0.6692 0.000 0.264 0.736 0.000 0.000
#> SRR660776      1  0.4644     0.4690 0.720 0.052 0.000 0.004 0.224
#> SRR1090508     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615563      3  0.3177     0.7489 0.000 0.208 0.792 0.000 0.000
#> SRR1101175     1  0.3754     0.5301 0.804 0.016 0.000 0.016 0.164
#> SRR2164650     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431205     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339856     3  0.3480     0.6927 0.000 0.248 0.752 0.000 0.000
#> SRR1352147     3  0.1608     0.8724 0.000 0.072 0.928 0.000 0.000
#> SRR808968      1  0.1300     0.6519 0.956 0.028 0.000 0.000 0.016
#> SRR627419      3  0.0162     0.9063 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1402391     1  0.2914     0.6344 0.872 0.076 0.000 0.000 0.052
#> SRR663609      3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2167857     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398752     1  0.4471     0.5355 0.772 0.088 0.000 0.008 0.132
#> SRR1469169     1  0.2214     0.6522 0.916 0.052 0.000 0.004 0.028
#> SRR1405437     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416955     5  0.4796     0.8429 0.468 0.012 0.000 0.004 0.516
#> SRR1317064     3  0.2329     0.8329 0.000 0.124 0.876 0.000 0.000
#> SRR659001      3  0.2329     0.8371 0.000 0.124 0.876 0.000 0.000
#> SRR2170696     3  0.3395     0.7110 0.000 0.236 0.764 0.000 0.000
#> SRR816589      3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087487     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329485     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816920      3  0.3366     0.7158 0.000 0.232 0.768 0.000 0.000
#> SRR1341432     1  0.2536     0.6425 0.900 0.052 0.000 0.004 0.044
#> SRR1361590     3  0.3636     0.6571 0.000 0.272 0.728 0.000 0.000
#> SRR817046      3  0.0162     0.9069 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1471331     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660788      3  0.4080     0.6563 0.000 0.252 0.728 0.020 0.000
#> SRR819234      1  0.2986     0.6168 0.876 0.020 0.000 0.020 0.084
#> SRR810853      3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809427      3  0.2535     0.8484 0.000 0.076 0.892 0.032 0.000
#> SRR2170217     3  0.3612     0.6637 0.000 0.268 0.732 0.000 0.000
#> SRR1386967     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420344     3  0.1851     0.8627 0.000 0.088 0.912 0.000 0.000
#> SRR1334535     1  0.4460     0.2790 0.716 0.012 0.000 0.020 0.252
#> SRR614503      3  0.3109     0.7564 0.000 0.200 0.800 0.000 0.000
#> SRR602564      3  0.2929     0.7826 0.000 0.180 0.820 0.000 0.000
#> SRR1420669     3  0.3366     0.7163 0.000 0.232 0.768 0.000 0.000
#> SRR819024      3  0.0162     0.9069 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR656223      3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR608428      3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345647     1  0.4202     0.3809 0.744 0.016 0.000 0.012 0.228
#> SRR1389324     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361368     3  0.0794     0.8988 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1322619     3  0.1608     0.8732 0.000 0.072 0.928 0.000 0.000
#> SRR1349276     3  0.3636     0.6571 0.000 0.272 0.728 0.000 0.000
#> SRR1404024     5  0.4698     0.8427 0.468 0.008 0.000 0.004 0.520
#> SRR1370637     3  0.0162     0.9071 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1452631     3  0.3612     0.6639 0.000 0.268 0.732 0.000 0.000
#> SRR608392      3  0.2732     0.7362 0.000 0.160 0.840 0.000 0.000
#> SRR1357757     3  0.0290     0.9062 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1074646     3  0.3508     0.6878 0.000 0.252 0.748 0.000 0.000
#> SRR1367499     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343501     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394406     3  0.0609     0.9023 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1381435     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467407     1  0.2914     0.6102 0.872 0.012 0.000 0.016 0.100
#> SRR1092422     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380270     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091817     3  0.0162     0.9071 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1440137     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614311      3  0.2179     0.8460 0.000 0.112 0.888 0.000 0.000
#> SRR1407516     3  0.2179     0.8433 0.000 0.112 0.888 0.000 0.000
#> SRR815494      3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333209     3  0.2127     0.8483 0.000 0.108 0.892 0.000 0.000
#> SRR615177      3  0.4370     0.6468 0.000 0.236 0.724 0.040 0.000
#> SRR1099648     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659720      3  0.0609     0.9034 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR2185057     1  0.4972     0.4683 0.724 0.096 0.000 0.008 0.172
#> SRR1467125     1  0.3362     0.6267 0.844 0.076 0.000 0.000 0.080
#> SRR657468      3  0.3636     0.6571 0.000 0.272 0.728 0.000 0.000
#> SRR660042      2  0.6417     0.9333 0.000 0.504 0.216 0.280 0.000
#> SRR2170864     3  0.0162     0.9071 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1440491     3  0.1043     0.8924 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1440852     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811169      1  0.4468     0.3736 0.728 0.040 0.000 0.004 0.228
#> SRR1331311     3  0.3305     0.7261 0.000 0.224 0.776 0.000 0.000
#> SRR818009      1  0.2974     0.6307 0.868 0.080 0.000 0.000 0.052
#> SRR1351836     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498313     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441975     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819096      1  0.4918     0.2942 0.704 0.044 0.000 0.016 0.236
#> SRR1073679     3  0.1043     0.8931 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1489116     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354138     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490589     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1412987     3  0.3636     0.6571 0.000 0.272 0.728 0.000 0.000
#> SRR602034      3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353437     1  0.5236    -0.6225 0.532 0.020 0.000 0.016 0.432
#> SRR1072871     3  0.0162     0.9069 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR661577      4  0.4588     0.2559 0.000 0.136 0.116 0.748 0.000
#> SRR612190      3  0.2471     0.8223 0.000 0.136 0.864 0.000 0.000
#> SRR1399880     1  0.5469    -0.4850 0.548 0.056 0.000 0.004 0.392
#> SRR1101787     3  0.3177     0.7489 0.000 0.208 0.792 0.000 0.000
#> SRR657869      5  0.5962    -0.0922 0.424 0.108 0.000 0.000 0.468
#> SRR1446332     1  0.1626     0.6381 0.940 0.044 0.000 0.000 0.016
#> SRR816039      5  0.4552     0.8424 0.468 0.008 0.000 0.000 0.524
#> SRR1485141     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476697     1  0.1740     0.6368 0.932 0.056 0.000 0.000 0.012
#> SRR1379538     3  0.3508     0.6876 0.000 0.252 0.748 0.000 0.000
#> SRR1331422     1  0.2983     0.6362 0.868 0.056 0.000 0.000 0.076
#> SRR660859      3  0.0609     0.9023 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1097594     1  0.2967     0.6044 0.868 0.012 0.000 0.016 0.104
#> SRR1311419     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336706     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472976     3  0.2773     0.7952 0.000 0.164 0.836 0.000 0.000
#> SRR1321307     1  0.3644     0.5341 0.824 0.080 0.000 0.000 0.096
#> SRR807493      1  0.1364     0.6482 0.952 0.036 0.000 0.000 0.012
#> SRR812461      3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477149     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457397     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661913      3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069024     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2165634     1  0.1300     0.6519 0.956 0.028 0.000 0.000 0.016
#> SRR1478722     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328642     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488261     3  0.0963     0.8956 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR1318815     3  0.3636     0.6571 0.000 0.272 0.728 0.000 0.000
#> SRR816945      1  0.2511     0.6202 0.892 0.080 0.000 0.000 0.028
#> SRR1367432     3  0.3612     0.6637 0.000 0.268 0.732 0.000 0.000
#> SRR1359280     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313910     3  0.1043     0.8928 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1457315     3  0.3366     0.7163 0.000 0.232 0.768 0.000 0.000
#> SRR815398      1  0.2694     0.6096 0.884 0.076 0.000 0.000 0.040
#> SRR656958      3  0.4295     0.5476 0.000 0.216 0.740 0.044 0.000
#> SRR600688      3  0.2690     0.7968 0.000 0.156 0.844 0.000 0.000
#> SRR1098952     1  0.4427     0.5402 0.776 0.088 0.000 0.008 0.128
#> SRR1314916     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614167      3  0.5088     0.4004 0.000 0.228 0.680 0.092 0.000
#> SRR1348114     3  0.3074     0.7622 0.000 0.196 0.804 0.000 0.000
#> SRR658033      3  0.1478     0.8643 0.000 0.064 0.936 0.000 0.000
#> SRR1077503     3  0.0290     0.9061 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR661854      3  0.6756    -0.6943 0.000 0.364 0.372 0.264 0.000
#> SRR811379      3  0.3177     0.7489 0.000 0.208 0.792 0.000 0.000
#> SRR1318857     3  0.1121     0.8907 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR656445      3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433044     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486391     1  0.1364     0.6517 0.952 0.036 0.000 0.000 0.012
#> SRR656071      3  0.0609     0.9029 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1364824     5  0.4650     0.8358 0.468 0.012 0.000 0.000 0.520
#> SRR1379133     1  0.2998     0.6324 0.884 0.036 0.000 0.028 0.052
#> SRR1394169     1  0.4615     0.4262 0.736 0.032 0.000 0.020 0.212
#> SRR816745      3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR601038      3  0.0794     0.8933 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1360080     1  0.2067     0.6489 0.924 0.044 0.000 0.004 0.028
#> SRR814868      3  0.0290     0.9061 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1485997     1  0.3589     0.5953 0.848 0.036 0.000 0.032 0.084
#> SRR1435560     3  0.3143     0.7532 0.000 0.204 0.796 0.000 0.000
#> SRR1333330     5  0.4593     0.8279 0.480 0.004 0.000 0.004 0.512
#> SRR663513      3  0.0794     0.8993 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1328407     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602784      3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348468     3  0.3612     0.6639 0.000 0.268 0.732 0.000 0.000
#> SRR663717      3  0.3177     0.7489 0.000 0.208 0.792 0.000 0.000
#> SRR602217      3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603140      3  0.0703     0.9009 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1340804     5  0.4796     0.8429 0.468 0.012 0.000 0.004 0.516
#> SRR1457574     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333462     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1094601     5  0.4650     0.8358 0.468 0.012 0.000 0.000 0.520
#> SRR1434610     3  0.0609     0.9023 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1435833     3  0.3143     0.7503 0.000 0.204 0.796 0.000 0.000
#> SRR1398728     3  0.1792     0.8664 0.000 0.084 0.916 0.000 0.000
#> SRR1358343     3  0.3636     0.6571 0.000 0.272 0.728 0.000 0.000
#> SRR1410890     3  0.0703     0.9005 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1350371     1  0.5113     0.3948 0.700 0.084 0.000 0.008 0.208
#> SRR1392478     3  0.0794     0.8987 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1099260     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433576     3  0.0162     0.9072 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1345541     3  0.3661     0.6501 0.000 0.276 0.724 0.000 0.000
#> SRR1086328     1  0.1704     0.6493 0.928 0.068 0.000 0.000 0.004
#> SRR810391      3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476207     3  0.0290     0.9062 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR627435      3  0.2230     0.8420 0.000 0.116 0.884 0.000 0.000
#> SRR1489862     1  0.5076     0.3037 0.708 0.036 0.000 0.036 0.220
#> SRR1419086     1  0.1701     0.6424 0.936 0.048 0.000 0.000 0.016
#> SRR1436539     1  0.5301    -0.4268 0.576 0.020 0.000 0.024 0.380
#> SRR1396191     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490115     3  0.0162     0.9069 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1377714     3  0.0290     0.9062 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR819394      1  0.3759     0.5546 0.812 0.028 0.000 0.012 0.148
#> SRR663161      2  0.6432     0.9060 0.000 0.492 0.204 0.304 0.000
#> SRR607042      3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656203      3  0.1671     0.8697 0.000 0.076 0.924 0.000 0.000
#> SRR660602      3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440397     1  0.2234     0.6558 0.920 0.032 0.000 0.012 0.036
#> SRR1369264     1  0.5076     0.3037 0.708 0.036 0.000 0.036 0.220
#> SRR809233      1  0.1981     0.6321 0.924 0.048 0.000 0.000 0.028
#> SRR663249      3  0.0162     0.9071 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR661242      3  0.0609     0.9029 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1332007     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809619      3  0.1341     0.8835 0.000 0.056 0.944 0.000 0.000
#> SRR819975      1  0.4895    -0.1926 0.632 0.020 0.000 0.012 0.336
#> SRR599281      3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662366      3  0.3888     0.6815 0.000 0.148 0.796 0.056 0.000
#> SRR1317898     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382485     3  0.2424     0.8261 0.000 0.132 0.868 0.000 0.000
#> SRR2166420     5  0.4796     0.8429 0.468 0.012 0.000 0.004 0.516
#> SRR1419429     1  0.3116     0.6347 0.860 0.064 0.000 0.000 0.076
#> SRR1092541     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817444      3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320403     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101483     3  0.2280     0.8403 0.000 0.120 0.880 0.000 0.000
#> SRR1331684     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400054     4  0.6109    -0.5381 0.000 0.212 0.220 0.568 0.000
#> SRR1406088     3  0.1792     0.8664 0.000 0.084 0.916 0.000 0.000
#> SRR820733      3  0.3508     0.6878 0.000 0.252 0.748 0.000 0.000
#> SRR1314113     3  0.3636     0.6571 0.000 0.272 0.728 0.000 0.000
#> SRR1382615     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480745     1  0.2067     0.6489 0.924 0.044 0.000 0.004 0.028
#> SRR1468850     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656782      3  0.0290     0.9061 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR821364      1  0.2313     0.6470 0.916 0.032 0.000 0.012 0.040
#> SRR1101106     1  0.5435    -0.5530 0.540 0.052 0.000 0.004 0.404
#> SRR659295      3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357103     3  0.0000     0.9077 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809185      3  0.3003     0.7721 0.000 0.188 0.812 0.000 0.000
#> SRR811583      4  0.6109    -0.5381 0.000 0.212 0.220 0.568 0.000
#> SRR1468050     1  0.3589     0.5953 0.848 0.036 0.000 0.032 0.084
#> SRR1440224     3  0.0290     0.9063 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR1500170     3  0.0458    0.85317 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1402368     3  0.0363    0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR607743      3  0.0291    0.85901 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1457375     3  0.0260    0.85587 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1470923     1  0.1895    0.74860 0.912 0.072 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR817954      1  0.2328    0.75463 0.904 0.044 0.000 0.032 0.000 0.020
#> SRR809259      1  0.5286    0.66074 0.620 0.136 0.000 0.236 0.000 0.008
#> SRR1439785     3  0.0508    0.85835 0.000 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR814768      1  0.5612    0.67445 0.652 0.076 0.000 0.096 0.000 0.176
#> SRR1102031     3  0.1267    0.82538 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR1363611     3  0.2178    0.74088 0.000 0.000 0.868 0.132 0.000 0.000
#> SRR1468447     3  0.0000    0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071931     3  0.3076    0.53643 0.000 0.000 0.760 0.240 0.000 0.000
#> SRR810981      1  0.2260    0.70791 0.860 0.140 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299      3  0.1636    0.82848 0.000 0.000 0.936 0.036 0.004 0.024
#> SRR663585      3  0.0363    0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1326773     3  0.0458    0.85542 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1351166     3  0.0713    0.84827 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1477452     1  0.2655    0.72202 0.848 0.140 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1084720     3  0.0363    0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1420320     4  0.3868    0.50660 0.000 0.000 0.496 0.504 0.000 0.000
#> SRR1081712     3  0.0146    0.85706 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1318241     3  0.0806    0.85464 0.000 0.000 0.972 0.008 0.000 0.020
#> SRR1333718     3  0.0260    0.85801 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1313514     3  0.0000    0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477861     3  0.0000    0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318005     3  0.0000    0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354665     3  0.2135    0.75093 0.000 0.000 0.872 0.128 0.000 0.000
#> SRR657707      3  0.0806    0.85464 0.000 0.000 0.972 0.008 0.000 0.020
#> SRR1370742     3  0.0363    0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1412947     3  0.0458    0.85317 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR661553      3  0.6028   -0.23052 0.000 0.000 0.524 0.244 0.016 0.216
#> SRR1328869     1  0.4359    0.74331 0.744 0.060 0.000 0.172 0.000 0.024
#> SRR662211      3  0.0713    0.84838 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1348181     3  0.0363    0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1416560     3  0.0363    0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1319772     3  0.0405    0.85878 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> SRR1091452     3  0.3076    0.53619 0.000 0.000 0.760 0.240 0.000 0.000
#> SRR1338812     4  0.5500   -0.72130 0.444 0.088 0.000 0.456 0.000 0.012
#> SRR1392072     3  0.0777    0.84939 0.000 0.000 0.972 0.024 0.004 0.000
#> SRR814844      4  0.3864    0.53358 0.000 0.000 0.480 0.520 0.000 0.000
#> SRR1376619     3  0.0363    0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR603690      3  0.4085    0.57428 0.000 0.000 0.752 0.120 0.000 0.128
#> SRR2184980     3  0.0547    0.85151 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR613963      3  0.6551   -0.37922 0.000 0.000 0.448 0.200 0.040 0.312
#> SRR1323422     1  0.2629    0.75426 0.868 0.092 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1397673     3  0.0363    0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1434650     3  0.0000    0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659875      3  0.1333    0.82872 0.000 0.000 0.944 0.008 0.000 0.048
#> SRR1465734     3  0.0909    0.85314 0.000 0.000 0.968 0.012 0.000 0.020
#> SRR1076847     3  0.0000    0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415072     1  0.6343    0.64140 0.556 0.084 0.000 0.232 0.000 0.128
#> SRR659319      3  0.0363    0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR663088      4  0.3864    0.53358 0.000 0.000 0.480 0.520 0.000 0.000
#> SRR1352021     1  0.5424    0.65055 0.592 0.136 0.000 0.264 0.000 0.008
#> SRR1325527     1  0.3095    0.75711 0.856 0.052 0.000 0.072 0.000 0.020
#> SRR1105369     1  0.5794    0.68480 0.640 0.080 0.000 0.136 0.000 0.144
#> SRR659935      3  0.3266    0.45124 0.000 0.000 0.728 0.272 0.000 0.000
#> SRR1352530     3  0.0363    0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR662594      6  0.5138    0.60504 0.000 0.000 0.360 0.008 0.072 0.560
#> SRR1095309     1  0.3383    0.57773 0.728 0.268 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR615647      6  0.4039    0.52749 0.000 0.000 0.424 0.008 0.000 0.568
#> SRR813019      3  0.0000    0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374647     3  0.0146    0.85706 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR603472      3  0.0000    0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661529      6  0.4438    0.47249 0.000 0.000 0.208 0.004 0.080 0.708
#> SRR607018      3  0.0363    0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR627423      4  0.3866    0.53153 0.000 0.000 0.484 0.516 0.000 0.000
#> SRR654921      4  0.3864    0.53358 0.000 0.000 0.480 0.520 0.000 0.000
#> SRR1418968     1  0.2048    0.71242 0.880 0.120 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871      3  0.3955    0.04727 0.000 0.000 0.608 0.008 0.000 0.384
#> SRR1330522     3  0.0363    0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1499958     3  0.1714    0.79629 0.000 0.000 0.908 0.092 0.000 0.000
#> SRR614059      6  0.4091    0.46243 0.000 0.000 0.200 0.000 0.068 0.732
#> SRR1071403     1  0.4873    0.69197 0.676 0.160 0.000 0.160 0.000 0.004
#> SRR1486719     3  0.0547    0.85151 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1440421     3  0.0000    0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310412     3  0.1480    0.83634 0.000 0.000 0.940 0.040 0.000 0.020
#> SRR614767      3  0.2622    0.76421 0.000 0.000 0.868 0.104 0.004 0.024
#> SRR820709      1  0.4585    0.70646 0.740 0.128 0.000 0.028 0.000 0.104
#> SRR1471500     1  0.6304    0.58906 0.508 0.096 0.000 0.320 0.000 0.076
#> SRR658093      3  0.3217    0.55354 0.000 0.000 0.768 0.008 0.000 0.224
#> SRR1088168     3  0.0363    0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1418707     3  0.0547    0.85151 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1354291     3  0.0000    0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2165806     1  0.2156    0.75249 0.912 0.048 0.000 0.020 0.000 0.020
#> SRR1415684     3  0.5790   -0.17919 0.000 0.000 0.544 0.248 0.008 0.200
#> SRR1433860     3  0.0363    0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1311062     3  0.0777    0.84939 0.000 0.000 0.972 0.024 0.004 0.000
#> SRR1360359     4  0.5415   -0.72527 0.448 0.088 0.000 0.456 0.000 0.008
#> SRR661385      3  0.0260    0.85801 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR615407      3  0.2432    0.75961 0.000 0.000 0.876 0.024 0.000 0.100
#> SRR1413892     3  0.0363    0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1443459     3  0.3547    0.25736 0.000 0.000 0.668 0.332 0.000 0.000
#> SRR1338942     1  0.5729    0.55196 0.484 0.100 0.000 0.396 0.000 0.020
#> SRR657480      3  0.0508    0.85835 0.000 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR1399433     3  0.6082   -0.26004 0.000 0.000 0.512 0.248 0.016 0.224
#> SRR818537      3  0.0000    0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101324     4  0.3864    0.53358 0.000 0.000 0.480 0.520 0.000 0.000
#> SRR807637      5  0.0000    0.00621 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091918     1  0.2818    0.75704 0.876 0.048 0.000 0.052 0.000 0.024
#> SRR598300      3  0.4122    0.51342 0.000 0.000 0.724 0.064 0.000 0.212
#> SRR1085426     1  0.1387    0.73228 0.932 0.068 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294     3  0.0632    0.85196 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR813891      1  0.4741    0.71613 0.696 0.116 0.000 0.180 0.000 0.008
#> SRR1467431     3  0.0458    0.85513 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR658742      6  0.4437    0.38657 0.000 0.000 0.188 0.004 0.092 0.716
#> SRR1419234     1  0.4411    0.71387 0.728 0.148 0.000 0.120 0.000 0.004
#> SRR1404813     3  0.1588    0.81182 0.000 0.000 0.924 0.072 0.004 0.000
#> SRR603496      3  0.3373    0.51102 0.000 0.000 0.744 0.008 0.000 0.248
#> SRR1407758     3  0.0363    0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR810945      3  0.1812    0.80442 0.000 0.000 0.912 0.080 0.000 0.008
#> SRR817234      3  0.0000    0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444852     3  0.0363    0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR660378      3  0.4018   -0.10222 0.000 0.000 0.580 0.008 0.000 0.412
#> SRR1467835     3  0.1471    0.81923 0.000 0.000 0.932 0.064 0.004 0.000
#> SRR1338964     3  0.0909    0.85312 0.000 0.000 0.968 0.012 0.000 0.020
#> SRR1079259     3  0.1334    0.84183 0.000 0.000 0.948 0.032 0.000 0.020
#> SRR1072345     3  0.1176    0.84694 0.000 0.000 0.956 0.024 0.000 0.020
#> SRR598725      3  0.0363    0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1447938     1  0.5592    0.58650 0.516 0.136 0.000 0.344 0.000 0.004
#> SRR1356397     1  0.2818    0.75704 0.876 0.048 0.000 0.052 0.000 0.024
#> SRR1360460     4  0.3868    0.51702 0.000 0.000 0.492 0.508 0.000 0.000
#> SRR1429468     3  0.0547    0.85151 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1446850     3  0.0000    0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320363     3  0.0603    0.85687 0.000 0.000 0.980 0.004 0.000 0.016
#> SRR1413810     3  0.0363    0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR598831      3  0.4406    0.54192 0.000 0.000 0.736 0.140 0.008 0.116
#> SRR1381865     1  0.3937    0.75239 0.792 0.080 0.000 0.108 0.000 0.020
#> SRR660957      3  0.0909    0.85459 0.000 0.000 0.968 0.012 0.000 0.020
#> SRR1491332     3  0.0363    0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1099744     3  0.0692    0.85132 0.000 0.000 0.976 0.020 0.004 0.000
#> SRR1464618     3  0.3547    0.25736 0.000 0.000 0.668 0.332 0.000 0.000
#> SRR1414559     4  0.6302   -0.00262 0.000 0.000 0.316 0.508 0.112 0.064
#> SRR1337540     4  0.3866    0.53201 0.000 0.000 0.484 0.516 0.000 0.000
#> SRR1444283     1  0.3210    0.73040 0.840 0.108 0.000 0.020 0.000 0.032
#> SRR2184942     3  0.0806    0.85464 0.000 0.000 0.972 0.008 0.000 0.020
#> SRR660295      1  0.4333    0.41269 0.596 0.380 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR601335      3  0.0363    0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1363742     3  0.0363    0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1345847     3  0.1714    0.79236 0.000 0.000 0.908 0.092 0.000 0.000
#> SRR614960      3  0.3955    0.04727 0.000 0.000 0.608 0.008 0.000 0.384
#> SRR819919      1  0.3777    0.74426 0.812 0.084 0.000 0.032 0.000 0.072
#> SRR603330      3  0.0000    0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327951     1  0.1714    0.72495 0.908 0.092 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.5609    0.53658 0.464 0.112 0.000 0.416 0.000 0.008
#> SRR1345266     3  0.3266    0.45875 0.000 0.000 0.728 0.272 0.000 0.000
#> SRR1338055     3  0.0000    0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430157     3  0.1765    0.78889 0.000 0.000 0.904 0.096 0.000 0.000
#> SRR1320137     3  0.2941    0.58100 0.000 0.000 0.780 0.220 0.000 0.000
#> SRR1093483     1  0.5654    0.67294 0.648 0.076 0.000 0.100 0.000 0.176
#> SRR1341080     1  0.5535    0.52588 0.460 0.092 0.000 0.436 0.000 0.012
#> SRR1459913     3  0.0363    0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR2170490     1  0.1387    0.73228 0.932 0.068 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845     3  0.0363    0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1436420     1  0.2563    0.75839 0.880 0.084 0.000 0.028 0.000 0.008
#> SRR1481060     3  0.0260    0.85801 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR662282      3  0.4080   -0.29144 0.000 0.000 0.536 0.008 0.000 0.456
#> SRR1487089     4  0.3868    0.50660 0.000 0.000 0.496 0.504 0.000 0.000
#> SRR1075683     4  0.5500   -0.72130 0.444 0.088 0.000 0.456 0.000 0.012
#> SRR1338536     1  0.5395    0.58679 0.520 0.124 0.000 0.356 0.000 0.000
#> SRR1338880     3  0.2823    0.61707 0.000 0.000 0.796 0.204 0.000 0.000
#> SRR1453456     3  0.0363    0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1457895     1  0.1349    0.74388 0.940 0.056 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1440603     3  0.0000    0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658633      3  0.0146    0.85706 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1388081     3  0.2234    0.75267 0.000 0.000 0.872 0.124 0.004 0.000
#> SRR813339      3  0.0363    0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR809725      1  0.5763    0.59544 0.520 0.076 0.000 0.364 0.000 0.040
#> SRR627441      3  0.0405    0.85640 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> SRR613603      6  0.4090    0.57493 0.000 0.000 0.384 0.008 0.004 0.604
#> SRR1096571     3  0.0000    0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392701     1  0.5675    0.67056 0.644 0.072 0.000 0.104 0.000 0.180
#> SRR1344326     1  0.2003    0.71062 0.884 0.116 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693     3  0.3076    0.53340 0.000 0.000 0.760 0.240 0.000 0.000
#> SRR660697      3  0.3448    0.42894 0.000 0.000 0.716 0.280 0.000 0.004
#> SRR1489926     3  0.0603    0.85687 0.000 0.000 0.980 0.004 0.000 0.016
#> SRR811491      3  0.0603    0.85715 0.000 0.000 0.980 0.004 0.000 0.016
#> SRR1311644     4  0.3864    0.53358 0.000 0.000 0.480 0.520 0.000 0.000
#> SRR1451740     3  0.0363    0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR615117      3  0.1471    0.81842 0.000 0.000 0.932 0.004 0.000 0.064
#> SRR1391748     4  0.3867    0.52584 0.000 0.000 0.488 0.512 0.000 0.000
#> SRR1466556     3  0.0363    0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR614972      3  0.3945    0.06984 0.000 0.000 0.612 0.008 0.000 0.380
#> SRR1406200     1  0.5419    0.53358 0.468 0.100 0.000 0.428 0.000 0.004
#> SRR819210      3  0.5292   -0.35460 0.000 0.000 0.524 0.392 0.012 0.072
#> SRR662174      1  0.5678    0.66703 0.648 0.088 0.000 0.092 0.000 0.172
#> SRR811988      1  0.5480    0.59159 0.520 0.104 0.000 0.368 0.000 0.008
#> SRR663236      3  0.6082   -0.26004 0.000 0.000 0.512 0.248 0.016 0.224
#> SRR1312598     3  0.1957    0.77154 0.000 0.000 0.888 0.112 0.000 0.000
#> SRR1330129     3  0.0000    0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357781     3  0.0000    0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315517     3  0.0363    0.85563 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1400032     3  0.0363    0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1413722     1  0.6249    0.63634 0.556 0.096 0.000 0.256 0.000 0.092
#> SRR612827      3  0.3487    0.54343 0.000 0.000 0.756 0.020 0.000 0.224
#> SRR814794      1  0.2163    0.73965 0.892 0.096 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR819430      1  0.4923    0.70122 0.672 0.120 0.000 0.200 0.000 0.008
#> SRR1395509     3  0.3993   -0.43165 0.000 0.000 0.520 0.476 0.000 0.004
#> SRR808728      3  0.0260    0.85801 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1070813     3  0.0790    0.84474 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1389133     3  0.1480    0.83634 0.000 0.000 0.940 0.040 0.000 0.020
#> SRR601263      3  0.1168    0.84872 0.000 0.000 0.956 0.016 0.000 0.028
#> SRR604718      3  0.4198    0.45480 0.000 0.000 0.708 0.232 0.000 0.060
#> SRR1481351     3  0.0806    0.85464 0.000 0.000 0.972 0.008 0.000 0.020
#> SRR1334608     3  0.0363    0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR658681      3  0.0000    0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809283      4  0.4564    0.49671 0.000 0.000 0.472 0.500 0.008 0.020
#> SRR1459300     1  0.1531    0.74014 0.928 0.068 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1392547     3  0.0000    0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811049      3  0.1257    0.84445 0.000 0.000 0.952 0.028 0.000 0.020
#> SRR1464835     4  0.3867    0.52584 0.000 0.000 0.488 0.512 0.000 0.000
#> SRR1339619     3  0.3081    0.58820 0.000 0.000 0.776 0.220 0.004 0.000
#> SRR658501      3  0.0790    0.85298 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1447523     3  0.1092    0.84973 0.000 0.000 0.960 0.020 0.000 0.020
#> SRR1415048     1  0.1957    0.71825 0.888 0.112 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.2647    0.75938 0.868 0.088 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1444348     3  0.1814    0.78418 0.000 0.000 0.900 0.100 0.000 0.000
#> SRR603890      3  0.0260    0.85653 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR810595      3  0.0363    0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1446244     3  0.3563    0.24044 0.000 0.000 0.664 0.336 0.000 0.000
#> SRR817373      3  0.2234    0.75267 0.000 0.000 0.872 0.124 0.004 0.000
#> SRR1457291     3  0.1753    0.80240 0.000 0.000 0.912 0.084 0.004 0.000
#> SRR598220      3  0.0146    0.85790 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1477991     3  0.1327    0.82537 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000 0.000
#> SRR598172      3  0.0508    0.85444 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR1349032     3  0.4392    0.12655 0.000 0.000 0.628 0.332 0.000 0.040
#> SRR604002      3  0.0000    0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378026     3  0.0622    0.85734 0.000 0.000 0.980 0.008 0.000 0.012
#> SRR1404401     3  0.0000    0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333240     3  0.0000    0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1089399     3  0.0937    0.84033 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR603421      3  0.2176    0.77789 0.000 0.000 0.896 0.024 0.000 0.080
#> SRR812562      1  0.5576    0.57050 0.496 0.112 0.000 0.384 0.000 0.008
#> SRR808520      3  0.0260    0.85801 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR811839      1  0.4039    0.74419 0.796 0.060 0.000 0.052 0.000 0.092
#> SRR814317      3  0.0458    0.85317 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1436763     4  0.3868    0.51746 0.000 0.000 0.492 0.508 0.000 0.000
#> SRR1486021     3  0.1434    0.83002 0.000 0.000 0.940 0.048 0.000 0.012
#> SRR1465018     3  0.0000    0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1080998     3  0.1257    0.84445 0.000 0.000 0.952 0.028 0.000 0.020
#> SRR1083432     3  0.0363    0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1082833     1  0.3268    0.74952 0.824 0.100 0.000 0.076 0.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.5969    0.58680 0.512 0.116 0.000 0.340 0.000 0.032
#> SRR1326536     3  0.0363    0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR614011      3  0.3911    0.58709 0.000 0.000 0.760 0.180 0.004 0.056
#> SRR1365873     3  0.0000    0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498789     3  0.0777    0.84939 0.000 0.000 0.972 0.024 0.004 0.000
#> SRR601581      3  0.4330    0.14168 0.000 0.000 0.632 0.332 0.000 0.036
#> SRR603566      3  0.1700    0.80268 0.000 0.000 0.916 0.004 0.000 0.080
#> SRR1373981     1  0.2748    0.74642 0.848 0.128 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR821410      3  0.1411    0.82266 0.000 0.000 0.936 0.060 0.004 0.000
#> SRR1076511     5  0.0632    0.13279 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR614143      3  0.0806    0.85464 0.000 0.000 0.972 0.008 0.000 0.020
#> SRR1333570     3  0.0363    0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1366813     3  0.0547    0.85151 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1388746     1  0.2793    0.65517 0.800 0.200 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558     3  0.2301    0.78049 0.000 0.000 0.884 0.096 0.000 0.020
#> SRR1409510     3  0.0363    0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR816250      3  0.0632    0.85196 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR614131      3  0.3101    0.52618 0.000 0.000 0.756 0.244 0.000 0.000
#> SRR1331130     1  0.5568    0.58501 0.516 0.116 0.000 0.360 0.000 0.008
#> SRR1316015     3  0.0363    0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1470798     3  0.0363    0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR614179      3  0.0363    0.85473 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1474863     3  0.0146    0.85706 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR813560      3  0.0632    0.84998 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1312187     3  0.4493    0.06065 0.000 0.000 0.612 0.344 0.000 0.044
#> SRR1420960     3  0.0363    0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1355102     3  0.0363    0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1084577     3  0.0363    0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR659971      3  0.4012    0.56932 0.000 0.000 0.752 0.164 0.000 0.084
#> SRR1350855     4  0.3868    0.50660 0.000 0.000 0.496 0.504 0.000 0.000
#> SRR820779      3  0.0692    0.85606 0.000 0.000 0.976 0.004 0.000 0.020
#> SRR1476300     3  0.0363    0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1090907     4  0.3867    0.52642 0.000 0.000 0.488 0.512 0.000 0.000
#> SRR662294      3  0.0000    0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480789     3  0.0000    0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336263     4  0.3868    0.50660 0.000 0.000 0.496 0.504 0.000 0.000
#> SRR660776      1  0.6428    0.44519 0.520 0.284 0.000 0.108 0.000 0.088
#> SRR1090508     3  0.0000    0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615563      3  0.4493    0.06065 0.000 0.000 0.612 0.344 0.000 0.044
#> SRR1101175     1  0.3978    0.75378 0.792 0.068 0.000 0.112 0.000 0.028
#> SRR2164650     3  0.0363    0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1431205     3  0.0000    0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339856     3  0.3823   -0.26420 0.000 0.000 0.564 0.436 0.000 0.000
#> SRR1352147     3  0.2454    0.69653 0.000 0.000 0.840 0.160 0.000 0.000
#> SRR808968      1  0.1556    0.73497 0.920 0.080 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419      3  0.0405    0.85640 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> SRR1402391     1  0.2734    0.71639 0.840 0.148 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR663609      3  0.0260    0.85801 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2167857     3  0.0000    0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398752     1  0.5216    0.69897 0.700 0.100 0.000 0.076 0.000 0.124
#> SRR1469169     1  0.1757    0.74273 0.916 0.076 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1405437     3  0.0458    0.85317 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1416955     4  0.5500   -0.72130 0.444 0.088 0.000 0.456 0.000 0.012
#> SRR1317064     3  0.2996    0.56521 0.000 0.000 0.772 0.228 0.000 0.000
#> SRR659001      3  0.3867    0.54546 0.000 0.000 0.744 0.216 0.004 0.036
#> SRR2170696     3  0.4123   -0.22495 0.000 0.000 0.568 0.420 0.000 0.012
#> SRR816589      3  0.0363    0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1087487     3  0.0363    0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1329485     3  0.0363    0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR816920      3  0.4212   -0.26113 0.000 0.000 0.560 0.424 0.000 0.016
#> SRR1341432     1  0.2400    0.72226 0.872 0.116 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR1361590     4  0.3867    0.52584 0.000 0.000 0.488 0.512 0.000 0.000
#> SRR817046      3  0.0603    0.85687 0.000 0.000 0.980 0.004 0.000 0.016
#> SRR1471331     3  0.0363    0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR660788      3  0.4920   -0.29819 0.000 0.000 0.544 0.396 0.004 0.056
#> SRR819234      1  0.2384    0.75456 0.884 0.084 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR810853      3  0.0000    0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809427      3  0.3841    0.62608 0.000 0.000 0.780 0.164 0.036 0.020
#> SRR2170217     4  0.3867    0.52642 0.000 0.000 0.488 0.512 0.000 0.000
#> SRR1386967     3  0.0260    0.85801 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1420344     3  0.2562    0.68580 0.000 0.000 0.828 0.172 0.000 0.000
#> SRR1334535     1  0.4482    0.72017 0.712 0.096 0.000 0.188 0.000 0.004
#> SRR614503      3  0.4524   -0.23599 0.000 0.000 0.560 0.404 0.000 0.036
#> SRR602564      3  0.4368    0.46435 0.000 0.000 0.708 0.204 0.000 0.088
#> SRR1420669     3  0.4109   -0.19471 0.000 0.000 0.576 0.412 0.000 0.012
#> SRR819024      3  0.0603    0.85715 0.000 0.000 0.980 0.004 0.000 0.016
#> SRR656223      3  0.0363    0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR608428      3  0.0146    0.85755 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1345647     1  0.4141    0.73121 0.740 0.092 0.000 0.168 0.000 0.000
#> SRR1389324     3  0.0000    0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361368     3  0.2048    0.75849 0.000 0.000 0.880 0.120 0.000 0.000
#> SRR1322619     3  0.2664    0.65979 0.000 0.000 0.816 0.184 0.000 0.000
#> SRR1349276     4  0.3867    0.52584 0.000 0.000 0.488 0.512 0.000 0.000
#> SRR1404024     1  0.5535    0.52333 0.460 0.092 0.000 0.436 0.000 0.012
#> SRR1370637     3  0.0937    0.84033 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR1452631     4  0.3998    0.51238 0.000 0.000 0.492 0.504 0.004 0.000
#> SRR608392      3  0.3161    0.57880 0.000 0.000 0.776 0.008 0.000 0.216
#> SRR1357757     3  0.0520    0.85854 0.000 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008
#> SRR1074646     3  0.4157   -0.33035 0.000 0.000 0.544 0.444 0.000 0.012
#> SRR1367499     3  0.0260    0.85801 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1343501     3  0.0260    0.85801 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1394406     3  0.1334    0.84183 0.000 0.000 0.948 0.032 0.000 0.020
#> SRR1381435     3  0.0363    0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1467407     1  0.2981    0.75710 0.864 0.052 0.000 0.064 0.000 0.020
#> SRR1092422     3  0.0000    0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380270     3  0.0000    0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091817     3  0.0713    0.84854 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1440137     3  0.0458    0.85317 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR614311      3  0.3780    0.53888 0.000 0.000 0.744 0.224 0.004 0.028
#> SRR1407516     3  0.2854    0.60994 0.000 0.000 0.792 0.208 0.000 0.000
#> SRR815494      3  0.0363    0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1333209     3  0.3081    0.58820 0.000 0.000 0.776 0.220 0.004 0.000
#> SRR615177      3  0.5292   -0.35460 0.000 0.000 0.524 0.392 0.012 0.072
#> SRR1099648     3  0.0363    0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR659720      3  0.1257    0.84292 0.000 0.000 0.952 0.020 0.000 0.028
#> SRR2185057     1  0.5678    0.66703 0.648 0.088 0.000 0.092 0.000 0.172
#> SRR1467125     1  0.3790    0.73364 0.804 0.116 0.000 0.028 0.000 0.052
#> SRR657468      4  0.3864    0.53358 0.000 0.000 0.480 0.520 0.000 0.000
#> SRR660042      6  0.4091    0.46243 0.000 0.000 0.200 0.000 0.068 0.732
#> SRR2170864     3  0.0713    0.84854 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1440491     3  0.2191    0.75848 0.000 0.000 0.876 0.120 0.004 0.000
#> SRR1440852     3  0.0363    0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR811169      1  0.4961    0.72804 0.712 0.056 0.000 0.156 0.000 0.076
#> SRR1331311     3  0.3727   -0.01302 0.000 0.000 0.612 0.388 0.000 0.000
#> SRR818009      1  0.2700    0.71088 0.836 0.156 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1351836     3  0.0000    0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498313     3  0.0000    0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441975     3  0.0000    0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819096      1  0.4924    0.72195 0.704 0.112 0.000 0.156 0.000 0.028
#> SRR1073679     3  0.2070    0.78100 0.000 0.000 0.892 0.100 0.000 0.008
#> SRR1489116     3  0.0000    0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354138     3  0.0363    0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1490589     3  0.0363    0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1412987     4  0.3864    0.53358 0.000 0.000 0.480 0.520 0.000 0.000
#> SRR602034      3  0.0363    0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1353437     1  0.5631    0.59215 0.520 0.128 0.000 0.344 0.000 0.008
#> SRR1072871     3  0.0692    0.85564 0.000 0.000 0.976 0.004 0.000 0.020
#> SRR661577      5  0.4873    0.36256 0.000 0.000 0.080 0.000 0.600 0.320
#> SRR612190      3  0.3101    0.52618 0.000 0.000 0.756 0.244 0.000 0.000
#> SRR1399880     1  0.6599    0.59741 0.512 0.096 0.000 0.264 0.000 0.128
#> SRR1101787     3  0.4493    0.06065 0.000 0.000 0.612 0.344 0.000 0.044
#> SRR657869      2  0.2964    0.00000 0.204 0.792 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1446332     1  0.1814    0.71873 0.900 0.100 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039      4  0.5451   -0.72361 0.444 0.092 0.000 0.456 0.000 0.008
#> SRR1485141     3  0.0363    0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1476697     1  0.1765    0.71613 0.904 0.096 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538     3  0.3862   -0.42166 0.000 0.000 0.524 0.476 0.000 0.000
#> SRR1331422     1  0.2968    0.73729 0.840 0.128 0.000 0.028 0.000 0.004
#> SRR660859      3  0.1334    0.84183 0.000 0.000 0.948 0.032 0.000 0.020
#> SRR1097594     1  0.2595    0.75490 0.872 0.084 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1311419     3  0.0363    0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1336706     3  0.0000    0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472976     3  0.3468    0.42186 0.000 0.000 0.712 0.284 0.000 0.004
#> SRR1321307     1  0.3244    0.57713 0.732 0.268 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493      1  0.1267    0.73090 0.940 0.060 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461      3  0.0363    0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1477149     3  0.0000    0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457397     3  0.0000    0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661913      3  0.0363    0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1069024     3  0.0000    0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2165634     1  0.1556    0.73497 0.920 0.080 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722     3  0.0363    0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1328642     3  0.0000    0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488261     3  0.1682    0.82648 0.000 0.000 0.928 0.052 0.000 0.020
#> SRR1318815     4  0.3864    0.53358 0.000 0.000 0.480 0.520 0.000 0.000
#> SRR816945      1  0.2300    0.70244 0.856 0.144 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432     4  0.3867    0.52642 0.000 0.000 0.488 0.512 0.000 0.000
#> SRR1359280     3  0.0000    0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313910     3  0.1610    0.80247 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000 0.000
#> SRR1457315     3  0.4109   -0.19471 0.000 0.000 0.576 0.412 0.000 0.012
#> SRR815398      1  0.2454    0.69207 0.840 0.160 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958      3  0.3741    0.30135 0.000 0.000 0.672 0.008 0.000 0.320
#> SRR600688      3  0.4237    0.53763 0.000 0.000 0.736 0.144 0.000 0.120
#> SRR1098952     1  0.5177    0.70189 0.704 0.100 0.000 0.076 0.000 0.120
#> SRR1314916     3  0.0363    0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR614167      3  0.3955    0.04727 0.000 0.000 0.608 0.008 0.000 0.384
#> SRR1348114     3  0.4330    0.14168 0.000 0.000 0.632 0.332 0.000 0.036
#> SRR658033      3  0.2432    0.75961 0.000 0.000 0.876 0.024 0.000 0.100
#> SRR1077503     3  0.0806    0.85464 0.000 0.000 0.972 0.008 0.000 0.020
#> SRR661854      6  0.5138    0.60504 0.000 0.000 0.360 0.008 0.072 0.560
#> SRR811379      3  0.4493    0.06065 0.000 0.000 0.612 0.344 0.000 0.044
#> SRR1318857     3  0.1663    0.80063 0.000 0.000 0.912 0.088 0.000 0.000
#> SRR656445      3  0.0363    0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1433044     3  0.0000    0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486391     1  0.1531    0.74014 0.928 0.068 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR656071      3  0.1088    0.85002 0.000 0.000 0.960 0.016 0.000 0.024
#> SRR1364824     4  0.5424   -0.72458 0.444 0.100 0.000 0.452 0.000 0.004
#> SRR1379133     1  0.2664    0.74568 0.848 0.136 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.4952    0.74033 0.716 0.064 0.000 0.148 0.000 0.072
#> SRR816745      3  0.0363    0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR601038      3  0.1333    0.82872 0.000 0.000 0.944 0.008 0.000 0.048
#> SRR1360080     1  0.1556    0.73113 0.920 0.080 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868      3  0.0806    0.85464 0.000 0.000 0.972 0.008 0.000 0.020
#> SRR1485997     1  0.2748    0.74642 0.848 0.128 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1435560     3  0.4371    0.09211 0.000 0.000 0.620 0.344 0.000 0.036
#> SRR1333330     1  0.5381    0.54092 0.476 0.096 0.000 0.424 0.000 0.004
#> SRR663513      3  0.1480    0.83634 0.000 0.000 0.940 0.040 0.000 0.020
#> SRR1328407     3  0.0000    0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602784      3  0.0260    0.85801 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1348468     4  0.3998    0.51238 0.000 0.000 0.492 0.504 0.004 0.000
#> SRR663717      3  0.4506    0.03894 0.000 0.000 0.608 0.348 0.000 0.044
#> SRR602217      3  0.0000    0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603140      3  0.1572    0.83461 0.000 0.000 0.936 0.036 0.000 0.028
#> SRR1340804     4  0.5500   -0.72130 0.444 0.088 0.000 0.456 0.000 0.012
#> SRR1457574     3  0.0363    0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1333462     3  0.0000    0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1094601     4  0.5424   -0.72458 0.444 0.100 0.000 0.452 0.000 0.004
#> SRR1434610     3  0.1334    0.84183 0.000 0.000 0.948 0.032 0.000 0.020
#> SRR1435833     3  0.3699    0.22434 0.000 0.000 0.660 0.336 0.004 0.000
#> SRR1398728     3  0.2527    0.69500 0.000 0.000 0.832 0.168 0.000 0.000
#> SRR1358343     4  0.3864    0.53358 0.000 0.000 0.480 0.520 0.000 0.000
#> SRR1410890     3  0.1753    0.80240 0.000 0.000 0.912 0.084 0.004 0.000
#> SRR1350371     1  0.5675    0.67056 0.644 0.072 0.000 0.104 0.000 0.180
#> SRR1392478     3  0.1267    0.82824 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR1099260     3  0.0363    0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1433576     3  0.0508    0.85858 0.000 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR1345541     4  0.4262    0.50752 0.000 0.000 0.476 0.508 0.000 0.016
#> SRR1086328     1  0.1765    0.73190 0.904 0.096 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391      3  0.0363    0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1476207     3  0.0622    0.85734 0.000 0.000 0.980 0.008 0.000 0.012
#> SRR627435      3  0.2762    0.63552 0.000 0.000 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR1489862     1  0.4563    0.70919 0.712 0.152 0.000 0.132 0.000 0.004
#> SRR1419086     1  0.1663    0.72360 0.912 0.088 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.5476    0.64244 0.580 0.136 0.000 0.276 0.000 0.008
#> SRR1396191     3  0.0363    0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1490115     3  0.0603    0.85687 0.000 0.000 0.980 0.004 0.000 0.016
#> SRR1377714     3  0.0520    0.85854 0.000 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008
#> SRR819394      1  0.3225    0.75662 0.828 0.092 0.000 0.080 0.000 0.000
#> SRR663161      6  0.4437    0.38657 0.000 0.000 0.188 0.004 0.092 0.716
#> SRR607042      3  0.0260    0.85801 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR656203      3  0.2340    0.71630 0.000 0.000 0.852 0.148 0.000 0.000
#> SRR660602      3  0.0363    0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1440397     1  0.1728    0.74882 0.924 0.064 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR1369264     1  0.4600    0.70659 0.708 0.152 0.000 0.136 0.000 0.004
#> SRR809233      1  0.2048    0.71326 0.880 0.120 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249      3  0.0937    0.84033 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR661242      3  0.2039    0.79757 0.000 0.000 0.904 0.076 0.000 0.020
#> SRR1332007     3  0.0000    0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809619      3  0.2048    0.75751 0.000 0.000 0.880 0.120 0.000 0.000
#> SRR819975      1  0.5153    0.66657 0.628 0.112 0.000 0.252 0.000 0.008
#> SRR599281      3  0.0000    0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662366      3  0.3421    0.51360 0.000 0.000 0.736 0.008 0.000 0.256
#> SRR1317898     3  0.0363    0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1382485     3  0.3050    0.54679 0.000 0.000 0.764 0.236 0.000 0.000
#> SRR2166420     4  0.5500   -0.72130 0.444 0.088 0.000 0.456 0.000 0.012
#> SRR1419429     1  0.3201    0.73494 0.824 0.140 0.000 0.028 0.000 0.008
#> SRR1092541     3  0.0363    0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR817444      3  0.0260    0.85801 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1320403     3  0.0363    0.85487 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1101483     3  0.3431    0.54080 0.000 0.000 0.756 0.228 0.000 0.016
#> SRR1331684     3  0.0363    0.85818 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1400054     5  0.6171   -0.08251 0.000 0.000 0.200 0.024 0.512 0.264
#> SRR1406088     3  0.2527    0.69500 0.000 0.000 0.832 0.168 0.000 0.000
#> SRR820733      3  0.4157   -0.33035 0.000 0.000 0.544 0.444 0.000 0.012
#> SRR1314113     4  0.3864    0.53358 0.000 0.000 0.480 0.520 0.000 0.000
#> SRR1382615     3  0.0260    0.85801 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1480745     1  0.1556    0.73113 0.920 0.080 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850     3  0.0000    0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656782      3  0.0806    0.85464 0.000 0.000 0.972 0.008 0.000 0.020
#> SRR821364      1  0.2156    0.75249 0.912 0.048 0.000 0.020 0.000 0.020
#> SRR1101106     1  0.6492    0.59697 0.516 0.096 0.000 0.280 0.000 0.108
#> SRR659295      3  0.0000    0.85744 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357103     3  0.0146    0.85790 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR809185      3  0.4166    0.20727 0.000 0.000 0.648 0.324 0.000 0.028
#> SRR811583      5  0.6171   -0.08251 0.000 0.000 0.200 0.024 0.512 0.264
#> SRR1468050     1  0.2748    0.74642 0.848 0.128 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1440224     3  0.0632    0.85196 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-hclust-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-hclust-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-hclust-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-hclust-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-hclust-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-hclust-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-hclust-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-hclust-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-hclust-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-hclust-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-hclust-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-hclust-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-hclust-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-hclust-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-hclust-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-hclust-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-hclust-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-hclust-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-hclust-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-hclust-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk CV-hclust-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-hclust-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-hclust-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-hclust-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-hclust-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-hclust-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk CV-hclust-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


CV:kmeans**

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["CV", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:kmeans"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 17314 rows and 500 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#>   Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 2.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk CV-kmeans-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk CV-kmeans-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 1.000           1.000       1.000         0.3577 0.643   0.643
#> 3 3 0.646           0.909       0.907         0.7178 0.705   0.542
#> 4 4 0.703           0.653       0.806         0.1596 0.886   0.694
#> 5 5 0.715           0.770       0.825         0.0612 0.890   0.648
#> 6 6 0.759           0.715       0.780         0.0526 0.987   0.946

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 2

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>            class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1500170     2       0          1  0  1
#> SRR1402368     2       0          1  0  1
#> SRR607743      2       0          1  0  1
#> SRR1457375     2       0          1  0  1
#> SRR1470923     1       0          1  1  0
#> SRR817954      1       0          1  1  0
#> SRR809259      1       0          1  1  0
#> SRR1439785     2       0          1  0  1
#> SRR814768      1       0          1  1  0
#> SRR1102031     2       0          1  0  1
#> SRR1363611     2       0          1  0  1
#> SRR1468447     2       0          1  0  1
#> SRR1071931     2       0          1  0  1
#> SRR810981      1       0          1  1  0
#> SRR615299      2       0          1  0  1
#> SRR663585      2       0          1  0  1
#> SRR1326773     2       0          1  0  1
#> SRR1351166     2       0          1  0  1
#> SRR1477452     1       0          1  1  0
#> SRR1084720     2       0          1  0  1
#> SRR1420320     2       0          1  0  1
#> SRR1081712     2       0          1  0  1
#> SRR1318241     2       0          1  0  1
#> SRR1333718     2       0          1  0  1
#> SRR1313514     2       0          1  0  1
#> SRR1477861     2       0          1  0  1
#> SRR1318005     2       0          1  0  1
#> SRR1354665     2       0          1  0  1
#> SRR657707      2       0          1  0  1
#> SRR1370742     2       0          1  0  1
#> SRR1412947     2       0          1  0  1
#> SRR661553      2       0          1  0  1
#> SRR1328869     1       0          1  1  0
#> SRR662211      2       0          1  0  1
#> SRR1348181     2       0          1  0  1
#> SRR1416560     2       0          1  0  1
#> SRR1319772     2       0          1  0  1
#> SRR1091452     2       0          1  0  1
#> SRR1338812     1       0          1  1  0
#> SRR1392072     2       0          1  0  1
#> SRR814844      2       0          1  0  1
#> SRR1376619     2       0          1  0  1
#> SRR603690      2       0          1  0  1
#> SRR2184980     2       0          1  0  1
#> SRR613963      2       0          1  0  1
#> SRR1323422     1       0          1  1  0
#> SRR1397673     2       0          1  0  1
#> SRR1434650     2       0          1  0  1
#> SRR659875      2       0          1  0  1
#> SRR1465734     2       0          1  0  1
#> SRR1076847     2       0          1  0  1
#> SRR1415072     1       0          1  1  0
#> SRR659319      2       0          1  0  1
#> SRR663088      2       0          1  0  1
#> SRR1352021     1       0          1  1  0
#> SRR1325527     1       0          1  1  0
#> SRR1105369     1       0          1  1  0
#> SRR659935      2       0          1  0  1
#> SRR1352530     2       0          1  0  1
#> SRR662594      2       0          1  0  1
#> SRR1095309     1       0          1  1  0
#> SRR615647      2       0          1  0  1
#> SRR813019      2       0          1  0  1
#> SRR1374647     2       0          1  0  1
#> SRR603472      2       0          1  0  1
#> SRR661529      2       0          1  0  1
#> SRR607018      2       0          1  0  1
#> SRR627423      2       0          1  0  1
#> SRR654921      2       0          1  0  1
#> SRR1418968     1       0          1  1  0
#> SRR660871      2       0          1  0  1
#> SRR1330522     2       0          1  0  1
#> SRR1499958     2       0          1  0  1
#> SRR614059      2       0          1  0  1
#> SRR1071403     1       0          1  1  0
#> SRR1486719     2       0          1  0  1
#> SRR1440421     2       0          1  0  1
#> SRR1310412     2       0          1  0  1
#> SRR614767      2       0          1  0  1
#> SRR820709      1       0          1  1  0
#> SRR1471500     1       0          1  1  0
#> SRR658093      2       0          1  0  1
#> SRR1088168     2       0          1  0  1
#> SRR1418707     2       0          1  0  1
#> SRR1354291     2       0          1  0  1
#> SRR2165806     1       0          1  1  0
#> SRR1415684     2       0          1  0  1
#> SRR1433860     2       0          1  0  1
#> SRR1311062     2       0          1  0  1
#> SRR1360359     1       0          1  1  0
#> SRR661385      2       0          1  0  1
#> SRR615407      2       0          1  0  1
#> SRR1413892     2       0          1  0  1
#> SRR1443459     2       0          1  0  1
#> SRR1338942     1       0          1  1  0
#> SRR657480      2       0          1  0  1
#> SRR1399433     2       0          1  0  1
#> SRR818537      2       0          1  0  1
#> SRR1101324     2       0          1  0  1
#> SRR807637      2       0          1  0  1
#> SRR1091918     1       0          1  1  0
#> SRR598300      2       0          1  0  1
#> SRR1085426     1       0          1  1  0
#> SRR1376294     2       0          1  0  1
#> SRR813891      1       0          1  1  0
#> SRR1467431     2       0          1  0  1
#> SRR658742      2       0          1  0  1
#> SRR1419234     1       0          1  1  0
#> SRR1404813     2       0          1  0  1
#> SRR603496      2       0          1  0  1
#> SRR1407758     2       0          1  0  1
#> SRR810945      2       0          1  0  1
#> SRR817234      2       0          1  0  1
#> SRR1444852     2       0          1  0  1
#> SRR660378      2       0          1  0  1
#> SRR1467835     2       0          1  0  1
#> SRR1338964     2       0          1  0  1
#> SRR1079259     2       0          1  0  1
#> SRR1072345     2       0          1  0  1
#> SRR598725      2       0          1  0  1
#> SRR1447938     1       0          1  1  0
#> SRR1356397     1       0          1  1  0
#> SRR1360460     2       0          1  0  1
#> SRR1429468     2       0          1  0  1
#> SRR1446850     2       0          1  0  1
#> SRR1320363     2       0          1  0  1
#> SRR1413810     2       0          1  0  1
#> SRR598831      2       0          1  0  1
#> SRR1381865     1       0          1  1  0
#> SRR660957      2       0          1  0  1
#> SRR1491332     2       0          1  0  1
#> SRR1099744     2       0          1  0  1
#> SRR1464618     2       0          1  0  1
#> SRR1414559     2       0          1  0  1
#> SRR1337540     2       0          1  0  1
#> SRR1444283     1       0          1  1  0
#> SRR2184942     2       0          1  0  1
#> SRR660295      1       0          1  1  0
#> SRR601335      2       0          1  0  1
#> SRR1363742     2       0          1  0  1
#> SRR1345847     2       0          1  0  1
#> SRR614960      2       0          1  0  1
#> SRR819919      1       0          1  1  0
#> SRR603330      2       0          1  0  1
#> SRR1327951     1       0          1  1  0
#> SRR1401885     1       0          1  1  0
#> SRR1345266     2       0          1  0  1
#> SRR1338055     2       0          1  0  1
#> SRR1430157     2       0          1  0  1
#> SRR1320137     2       0          1  0  1
#> SRR1093483     1       0          1  1  0
#> SRR1341080     1       0          1  1  0
#> SRR1459913     2       0          1  0  1
#> SRR2170490     1       0          1  1  0
#> SRR1479845     2       0          1  0  1
#> SRR1436420     1       0          1  1  0
#> SRR1481060     2       0          1  0  1
#> SRR662282      2       0          1  0  1
#> SRR1487089     2       0          1  0  1
#> SRR1075683     1       0          1  1  0
#> SRR1338536     1       0          1  1  0
#> SRR1338880     2       0          1  0  1
#> SRR1453456     2       0          1  0  1
#> SRR1457895     1       0          1  1  0
#> SRR1440603     2       0          1  0  1
#> SRR658633      2       0          1  0  1
#> SRR1388081     2       0          1  0  1
#> SRR813339      2       0          1  0  1
#> SRR809725      1       0          1  1  0
#> SRR627441      2       0          1  0  1
#> SRR613603      2       0          1  0  1
#> SRR1096571     2       0          1  0  1
#> SRR1392701     1       0          1  1  0
#> SRR1344326     1       0          1  1  0
#> SRR1367693     2       0          1  0  1
#> SRR660697      2       0          1  0  1
#> SRR1489926     2       0          1  0  1
#> SRR811491      2       0          1  0  1
#> SRR1311644     2       0          1  0  1
#> SRR1451740     2       0          1  0  1
#> SRR615117      2       0          1  0  1
#> SRR1391748     2       0          1  0  1
#> SRR1466556     2       0          1  0  1
#> SRR614972      2       0          1  0  1
#> SRR1406200     1       0          1  1  0
#> SRR819210      2       0          1  0  1
#> SRR662174      1       0          1  1  0
#> SRR811988      1       0          1  1  0
#> SRR663236      2       0          1  0  1
#> SRR1312598     2       0          1  0  1
#> SRR1330129     2       0          1  0  1
#> SRR1357781     2       0          1  0  1
#> SRR1315517     2       0          1  0  1
#> SRR1400032     2       0          1  0  1
#> SRR1413722     1       0          1  1  0
#> SRR612827      2       0          1  0  1
#> SRR814794      1       0          1  1  0
#> SRR819430      1       0          1  1  0
#> SRR1395509     2       0          1  0  1
#> SRR808728      2       0          1  0  1
#> SRR1070813     2       0          1  0  1
#> SRR1389133     2       0          1  0  1
#> SRR601263      2       0          1  0  1
#> SRR604718      2       0          1  0  1
#> SRR1481351     2       0          1  0  1
#> SRR1334608     2       0          1  0  1
#> SRR658681      2       0          1  0  1
#> SRR809283      2       0          1  0  1
#> SRR1459300     1       0          1  1  0
#> SRR1392547     2       0          1  0  1
#> SRR811049      2       0          1  0  1
#> SRR1464835     2       0          1  0  1
#> SRR1339619     2       0          1  0  1
#> SRR658501      2       0          1  0  1
#> SRR1447523     2       0          1  0  1
#> SRR1415048     1       0          1  1  0
#> SRR1355451     1       0          1  1  0
#> SRR1444348     2       0          1  0  1
#> SRR603890      2       0          1  0  1
#> SRR810595      2       0          1  0  1
#> SRR1446244     2       0          1  0  1
#> SRR817373      2       0          1  0  1
#> SRR1457291     2       0          1  0  1
#> SRR598220      2       0          1  0  1
#> SRR1477991     2       0          1  0  1
#> SRR598172      2       0          1  0  1
#> SRR1349032     2       0          1  0  1
#> SRR604002      2       0          1  0  1
#> SRR1378026     2       0          1  0  1
#> SRR1404401     2       0          1  0  1
#> SRR1333240     2       0          1  0  1
#> SRR1089399     2       0          1  0  1
#> SRR603421      2       0          1  0  1
#> SRR812562      1       0          1  1  0
#> SRR808520      2       0          1  0  1
#> SRR811839      1       0          1  1  0
#> SRR814317      2       0          1  0  1
#> SRR1436763     2       0          1  0  1
#> SRR1486021     2       0          1  0  1
#> SRR1465018     2       0          1  0  1
#> SRR1080998     2       0          1  0  1
#> SRR1083432     2       0          1  0  1
#> SRR1082833     1       0          1  1  0
#> SRR1465804     1       0          1  1  0
#> SRR1326536     2       0          1  0  1
#> SRR614011      2       0          1  0  1
#> SRR1365873     2       0          1  0  1
#> SRR1498789     2       0          1  0  1
#> SRR601581      2       0          1  0  1
#> SRR603566      2       0          1  0  1
#> SRR1373981     1       0          1  1  0
#> SRR821410      2       0          1  0  1
#> SRR1076511     2       0          1  0  1
#> SRR614143      2       0          1  0  1
#> SRR1333570     2       0          1  0  1
#> SRR1366813     2       0          1  0  1
#> SRR1388746     1       0          1  1  0
#> SRR1420558     2       0          1  0  1
#> SRR1409510     2       0          1  0  1
#> SRR816250      2       0          1  0  1
#> SRR614131      2       0          1  0  1
#> SRR1331130     1       0          1  1  0
#> SRR1316015     2       0          1  0  1
#> SRR1470798     2       0          1  0  1
#> SRR614179      2       0          1  0  1
#> SRR1474863     2       0          1  0  1
#> SRR813560      2       0          1  0  1
#> SRR1312187     2       0          1  0  1
#> SRR1420960     2       0          1  0  1
#> SRR1355102     2       0          1  0  1
#> SRR1084577     2       0          1  0  1
#> SRR659971      2       0          1  0  1
#> SRR1350855     2       0          1  0  1
#> SRR820779      2       0          1  0  1
#> SRR1476300     2       0          1  0  1
#> SRR1090907     2       0          1  0  1
#> SRR662294      2       0          1  0  1
#> SRR1480789     2       0          1  0  1
#> SRR1336263     2       0          1  0  1
#> SRR660776      1       0          1  1  0
#> SRR1090508     2       0          1  0  1
#> SRR615563      2       0          1  0  1
#> SRR1101175     1       0          1  1  0
#> SRR2164650     2       0          1  0  1
#> SRR1431205     2       0          1  0  1
#> SRR1339856     2       0          1  0  1
#> SRR1352147     2       0          1  0  1
#> SRR808968      1       0          1  1  0
#> SRR627419      2       0          1  0  1
#> SRR1402391     1       0          1  1  0
#> SRR663609      2       0          1  0  1
#> SRR2167857     2       0          1  0  1
#> SRR1398752     1       0          1  1  0
#> SRR1469169     1       0          1  1  0
#> SRR1405437     2       0          1  0  1
#> SRR1416955     1       0          1  1  0
#> SRR1317064     2       0          1  0  1
#> SRR659001      2       0          1  0  1
#> SRR2170696     2       0          1  0  1
#> SRR816589      2       0          1  0  1
#> SRR1087487     2       0          1  0  1
#> SRR1329485     2       0          1  0  1
#> SRR816920      2       0          1  0  1
#> SRR1341432     1       0          1  1  0
#> SRR1361590     2       0          1  0  1
#> SRR817046      2       0          1  0  1
#> SRR1471331     2       0          1  0  1
#> SRR660788      2       0          1  0  1
#> SRR819234      1       0          1  1  0
#> SRR810853      2       0          1  0  1
#> SRR809427      2       0          1  0  1
#> SRR2170217     2       0          1  0  1
#> SRR1386967     2       0          1  0  1
#> SRR1420344     2       0          1  0  1
#> SRR1334535     1       0          1  1  0
#> SRR614503      2       0          1  0  1
#> SRR602564      2       0          1  0  1
#> SRR1420669     2       0          1  0  1
#> SRR819024      2       0          1  0  1
#> SRR656223      2       0          1  0  1
#> SRR608428      2       0          1  0  1
#> SRR1345647     1       0          1  1  0
#> SRR1389324     2       0          1  0  1
#> SRR1361368     2       0          1  0  1
#> SRR1322619     2       0          1  0  1
#> SRR1349276     2       0          1  0  1
#> SRR1404024     1       0          1  1  0
#> SRR1370637     2       0          1  0  1
#> SRR1452631     2       0          1  0  1
#> SRR608392      2       0          1  0  1
#> SRR1357757     2       0          1  0  1
#> SRR1074646     2       0          1  0  1
#> SRR1367499     2       0          1  0  1
#> SRR1343501     2       0          1  0  1
#> SRR1394406     2       0          1  0  1
#> SRR1381435     2       0          1  0  1
#> SRR1467407     1       0          1  1  0
#> SRR1092422     2       0          1  0  1
#> SRR1380270     2       0          1  0  1
#> SRR1091817     2       0          1  0  1
#> SRR1440137     2       0          1  0  1
#> SRR614311      2       0          1  0  1
#> SRR1407516     2       0          1  0  1
#> SRR815494      2       0          1  0  1
#> SRR1333209     2       0          1  0  1
#> SRR615177      2       0          1  0  1
#> SRR1099648     2       0          1  0  1
#> SRR659720      2       0          1  0  1
#> SRR2185057     1       0          1  1  0
#> SRR1467125     1       0          1  1  0
#> SRR657468      2       0          1  0  1
#> SRR660042      2       0          1  0  1
#> SRR2170864     2       0          1  0  1
#> SRR1440491     2       0          1  0  1
#> SRR1440852     2       0          1  0  1
#> SRR811169      1       0          1  1  0
#> SRR1331311     2       0          1  0  1
#> SRR818009      1       0          1  1  0
#> SRR1351836     2       0          1  0  1
#> SRR1498313     2       0          1  0  1
#> SRR1441975     2       0          1  0  1
#> SRR819096      1       0          1  1  0
#> SRR1073679     2       0          1  0  1
#> SRR1489116     2       0          1  0  1
#> SRR1354138     2       0          1  0  1
#> SRR1490589     2       0          1  0  1
#> SRR1412987     2       0          1  0  1
#> SRR602034      2       0          1  0  1
#> SRR1353437     1       0          1  1  0
#> SRR1072871     2       0          1  0  1
#> SRR661577      2       0          1  0  1
#> SRR612190      2       0          1  0  1
#> SRR1399880     1       0          1  1  0
#> SRR1101787     2       0          1  0  1
#> SRR657869      1       0          1  1  0
#> SRR1446332     1       0          1  1  0
#> SRR816039      1       0          1  1  0
#> SRR1485141     2       0          1  0  1
#> SRR1476697     1       0          1  1  0
#> SRR1379538     2       0          1  0  1
#> SRR1331422     1       0          1  1  0
#> SRR660859      2       0          1  0  1
#> SRR1097594     1       0          1  1  0
#> SRR1311419     2       0          1  0  1
#> SRR1336706     2       0          1  0  1
#> SRR1472976     2       0          1  0  1
#> SRR1321307     1       0          1  1  0
#> SRR807493      1       0          1  1  0
#> SRR812461      2       0          1  0  1
#> SRR1477149     2       0          1  0  1
#> SRR1457397     2       0          1  0  1
#> SRR661913      2       0          1  0  1
#> SRR1069024     2       0          1  0  1
#> SRR2165634     1       0          1  1  0
#> SRR1478722     2       0          1  0  1
#> SRR1328642     2       0          1  0  1
#> SRR1488261     2       0          1  0  1
#> SRR1318815     2       0          1  0  1
#> SRR816945      1       0          1  1  0
#> SRR1367432     2       0          1  0  1
#> SRR1359280     2       0          1  0  1
#> SRR1313910     2       0          1  0  1
#> SRR1457315     2       0          1  0  1
#> SRR815398      1       0          1  1  0
#> SRR656958      2       0          1  0  1
#> SRR600688      2       0          1  0  1
#> SRR1098952     1       0          1  1  0
#> SRR1314916     2       0          1  0  1
#> SRR614167      2       0          1  0  1
#> SRR1348114     2       0          1  0  1
#> SRR658033      2       0          1  0  1
#> SRR1077503     2       0          1  0  1
#> SRR661854      2       0          1  0  1
#> SRR811379      2       0          1  0  1
#> SRR1318857     2       0          1  0  1
#> SRR656445      2       0          1  0  1
#> SRR1433044     2       0          1  0  1
#> SRR1486391     1       0          1  1  0
#> SRR656071      2       0          1  0  1
#> SRR1364824     1       0          1  1  0
#> SRR1379133     1       0          1  1  0
#> SRR1394169     1       0          1  1  0
#> SRR816745      2       0          1  0  1
#> SRR601038      2       0          1  0  1
#> SRR1360080     1       0          1  1  0
#> SRR814868      2       0          1  0  1
#> SRR1485997     1       0          1  1  0
#> SRR1435560     2       0          1  0  1
#> SRR1333330     1       0          1  1  0
#> SRR663513      2       0          1  0  1
#> SRR1328407     2       0          1  0  1
#> SRR602784      2       0          1  0  1
#> SRR1348468     2       0          1  0  1
#> SRR663717      2       0          1  0  1
#> SRR602217      2       0          1  0  1
#> SRR603140      2       0          1  0  1
#> SRR1340804     1       0          1  1  0
#> SRR1457574     2       0          1  0  1
#> SRR1333462     2       0          1  0  1
#> SRR1094601     1       0          1  1  0
#> SRR1434610     2       0          1  0  1
#> SRR1435833     2       0          1  0  1
#> SRR1398728     2       0          1  0  1
#> SRR1358343     2       0          1  0  1
#> SRR1410890     2       0          1  0  1
#> SRR1350371     1       0          1  1  0
#> SRR1392478     2       0          1  0  1
#> SRR1099260     2       0          1  0  1
#> SRR1433576     2       0          1  0  1
#> SRR1345541     2       0          1  0  1
#> SRR1086328     1       0          1  1  0
#> SRR810391      2       0          1  0  1
#> SRR1476207     2       0          1  0  1
#> SRR627435      2       0          1  0  1
#> SRR1489862     1       0          1  1  0
#> SRR1419086     1       0          1  1  0
#> SRR1436539     1       0          1  1  0
#> SRR1396191     2       0          1  0  1
#> SRR1490115     2       0          1  0  1
#> SRR1377714     2       0          1  0  1
#> SRR819394      1       0          1  1  0
#> SRR663161      2       0          1  0  1
#> SRR607042      2       0          1  0  1
#> SRR656203      2       0          1  0  1
#> SRR660602      2       0          1  0  1
#> SRR1440397     1       0          1  1  0
#> SRR1369264     1       0          1  1  0
#> SRR809233      1       0          1  1  0
#> SRR663249      2       0          1  0  1
#> SRR661242      2       0          1  0  1
#> SRR1332007     2       0          1  0  1
#> SRR809619      2       0          1  0  1
#> SRR819975      1       0          1  1  0
#> SRR599281      2       0          1  0  1
#> SRR662366      2       0          1  0  1
#> SRR1317898     2       0          1  0  1
#> SRR1382485     2       0          1  0  1
#> SRR2166420     1       0          1  1  0
#> SRR1419429     1       0          1  1  0
#> SRR1092541     2       0          1  0  1
#> SRR817444      2       0          1  0  1
#> SRR1320403     2       0          1  0  1
#> SRR1101483     2       0          1  0  1
#> SRR1331684     2       0          1  0  1
#> SRR1400054     2       0          1  0  1
#> SRR1406088     2       0          1  0  1
#> SRR820733      2       0          1  0  1
#> SRR1314113     2       0          1  0  1
#> SRR1382615     2       0          1  0  1
#> SRR1480745     1       0          1  1  0
#> SRR1468850     2       0          1  0  1
#> SRR656782      2       0          1  0  1
#> SRR821364      1       0          1  1  0
#> SRR1101106     1       0          1  1  0
#> SRR659295      2       0          1  0  1
#> SRR1357103     2       0          1  0  1
#> SRR809185      2       0          1  0  1
#> SRR811583      2       0          1  0  1
#> SRR1468050     1       0          1  1  0
#> SRR1440224     2       0          1  0  1

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> SRR1500170     2  0.2448     0.8663 0.000 0.924 0.076
#> SRR1402368     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR607743      3  0.4605     0.8960 0.000 0.204 0.796
#> SRR1457375     2  0.4235     0.7333 0.000 0.824 0.176
#> SRR1470923     1  0.1031     0.9619 0.976 0.000 0.024
#> SRR817954      1  0.0000     0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR809259      1  0.3340     0.9575 0.880 0.000 0.120
#> SRR1439785     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR814768      1  0.2448     0.9613 0.924 0.000 0.076
#> SRR1102031     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363611     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468447     2  0.6280    -0.1139 0.000 0.540 0.460
#> SRR1071931     2  0.0237     0.9334 0.000 0.996 0.004
#> SRR810981      1  0.0000     0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR615299      2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR663585      3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1326773     3  0.5529     0.7663 0.000 0.296 0.704
#> SRR1351166     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477452     1  0.0000     0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084720     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1420320     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081712     3  0.5397     0.7902 0.000 0.280 0.720
#> SRR1318241     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1333718     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1313514     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1477861     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1318005     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1354665     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR657707      3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1370742     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1412947     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR661553      2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328869     1  0.3551     0.9555 0.868 0.000 0.132
#> SRR662211      2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348181     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1416560     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1319772     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1091452     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338812     1  0.3619     0.9548 0.864 0.000 0.136
#> SRR1392072     2  0.3340     0.8141 0.000 0.880 0.120
#> SRR814844      2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376619     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR603690      2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR2184980     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR613963      2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323422     1  0.3340     0.9576 0.880 0.000 0.120
#> SRR1397673     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1434650     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR659875      3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1465734     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1076847     3  0.5465     0.7778 0.000 0.288 0.712
#> SRR1415072     1  0.3619     0.9548 0.864 0.000 0.136
#> SRR659319      3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR663088      2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352021     1  0.3619     0.9548 0.864 0.000 0.136
#> SRR1325527     1  0.2448     0.9619 0.924 0.000 0.076
#> SRR1105369     1  0.2625     0.9608 0.916 0.000 0.084
#> SRR659935      2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352530     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR662594      2  0.3412     0.8151 0.000 0.876 0.124
#> SRR1095309     1  0.0000     0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR615647      3  0.5016     0.8444 0.000 0.240 0.760
#> SRR813019      3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1374647     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR603472      3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR661529      2  0.0237     0.9334 0.000 0.996 0.004
#> SRR607018      3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR627423      2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR654921      2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418968     1  0.0000     0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR660871      3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1330522     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1499958     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR614059      2  0.6026     0.2876 0.000 0.624 0.376
#> SRR1071403     1  0.3619     0.9548 0.864 0.000 0.136
#> SRR1486719     2  0.4346     0.7202 0.000 0.816 0.184
#> SRR1440421     3  0.6235     0.4644 0.000 0.436 0.564
#> SRR1310412     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR614767      2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR820709      1  0.0000     0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.3619     0.9548 0.864 0.000 0.136
#> SRR658093      3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1088168     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1418707     2  0.3551     0.7983 0.000 0.868 0.132
#> SRR1354291     3  0.5497     0.7716 0.000 0.292 0.708
#> SRR2165806     1  0.0000     0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415684     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433860     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1311062     2  0.4235     0.7333 0.000 0.824 0.176
#> SRR1360359     1  0.3619     0.9548 0.864 0.000 0.136
#> SRR661385      3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR615407      2  0.0237     0.9334 0.000 0.996 0.004
#> SRR1413892     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1443459     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338942     1  0.3619     0.9548 0.864 0.000 0.136
#> SRR657480      3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1399433     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR818537      3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1101324     2  0.3038     0.8388 0.000 0.896 0.104
#> SRR807637      2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091918     1  0.0000     0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR598300      2  0.6026     0.2876 0.000 0.624 0.376
#> SRR1085426     1  0.0000     0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376294     2  0.0237     0.9333 0.000 0.996 0.004
#> SRR813891      1  0.3619     0.9548 0.864 0.000 0.136
#> SRR1467431     2  0.6307    -0.2183 0.000 0.512 0.488
#> SRR658742      2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419234     1  0.3340     0.9576 0.880 0.000 0.120
#> SRR1404813     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR603496      3  0.5591     0.7423 0.000 0.304 0.696
#> SRR1407758     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR810945      2  0.5678     0.4821 0.000 0.684 0.316
#> SRR817234      3  0.4291     0.9232 0.000 0.180 0.820
#> SRR1444852     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR660378      3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1467835     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338964     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1079259     2  0.4555     0.7041 0.000 0.800 0.200
#> SRR1072345     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR598725      3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1447938     1  0.3619     0.9548 0.864 0.000 0.136
#> SRR1356397     1  0.0000     0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360460     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429468     2  0.0237     0.9333 0.000 0.996 0.004
#> SRR1446850     3  0.5678     0.7226 0.000 0.316 0.684
#> SRR1320363     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1413810     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR598831      2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381865     1  0.3551     0.9555 0.868 0.000 0.132
#> SRR660957      3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1491332     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1099744     2  0.0747     0.9241 0.000 0.984 0.016
#> SRR1464618     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414559     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337540     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444283     1  0.0000     0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR2184942     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR660295      1  0.0000     0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR601335      3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1363742     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1345847     2  0.0892     0.9212 0.000 0.980 0.020
#> SRR614960      3  0.5254     0.8086 0.000 0.264 0.736
#> SRR819919      1  0.0000     0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR603330      3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1327951     1  0.0000     0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.3619     0.9548 0.864 0.000 0.136
#> SRR1345266     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338055     3  0.6215     0.4862 0.000 0.428 0.572
#> SRR1430157     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320137     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093483     1  0.2448     0.9613 0.924 0.000 0.076
#> SRR1341080     1  0.3619     0.9548 0.864 0.000 0.136
#> SRR1459913     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR2170490     1  0.0000     0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479845     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1436420     1  0.0000     0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481060     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR662282      3  0.3879     0.9522 0.000 0.152 0.848
#> SRR1487089     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075683     1  0.3619     0.9548 0.864 0.000 0.136
#> SRR1338536     1  0.3619     0.9548 0.864 0.000 0.136
#> SRR1338880     2  0.2356     0.8730 0.000 0.928 0.072
#> SRR1453456     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1457895     1  0.0000     0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440603     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR658633      2  0.4399     0.7135 0.000 0.812 0.188
#> SRR1388081     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR813339      3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR809725      1  0.3619     0.9548 0.864 0.000 0.136
#> SRR627441      3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR613603      2  0.6026     0.2876 0.000 0.624 0.376
#> SRR1096571     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1392701     1  0.2261     0.9616 0.932 0.000 0.068
#> SRR1344326     1  0.0000     0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367693     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR660697      2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489926     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR811491      3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1311644     2  0.1289     0.9111 0.000 0.968 0.032
#> SRR1451740     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR615117      3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1391748     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466556     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR614972      3  0.4121     0.9356 0.000 0.168 0.832
#> SRR1406200     1  0.3619     0.9548 0.864 0.000 0.136
#> SRR819210      2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR662174      1  0.2448     0.9613 0.924 0.000 0.076
#> SRR811988      1  0.3619     0.9548 0.864 0.000 0.136
#> SRR663236      2  0.3816     0.7834 0.000 0.852 0.148
#> SRR1312598     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330129     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1357781     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1315517     3  0.6309     0.2757 0.000 0.496 0.504
#> SRR1400032     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1413722     1  0.3482     0.9565 0.872 0.000 0.128
#> SRR612827      3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR814794      1  0.0000     0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR819430      1  0.3412     0.9570 0.876 0.000 0.124
#> SRR1395509     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR808728      3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1070813     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389133     3  0.4291     0.9221 0.000 0.180 0.820
#> SRR601263      3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR604718      2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1481351     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1334608     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR658681      3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR809283      2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459300     1  0.0000     0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392547     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR811049      3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1464835     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339619     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR658501      3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1447523     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1415048     1  0.0000     0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.1753     0.9611 0.952 0.000 0.048
#> SRR1444348     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR603890      3  0.6305     0.3173 0.000 0.484 0.516
#> SRR810595      3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1446244     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR817373      2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457291     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR598220      3  0.5810     0.6950 0.000 0.336 0.664
#> SRR1477991     2  0.0424     0.9305 0.000 0.992 0.008
#> SRR598172      2  0.6062     0.2123 0.000 0.616 0.384
#> SRR1349032     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR604002      3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1378026     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1404401     3  0.3686     0.9643 0.000 0.140 0.860
#> SRR1333240     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1089399     2  0.0424     0.9305 0.000 0.992 0.008
#> SRR603421      2  0.0747     0.9253 0.000 0.984 0.016
#> SRR812562      1  0.3619     0.9548 0.864 0.000 0.136
#> SRR808520      3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR811839      1  0.0000     0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR814317      2  0.3941     0.7642 0.000 0.844 0.156
#> SRR1436763     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486021     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465018     2  0.6309    -0.2545 0.000 0.504 0.496
#> SRR1080998     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1083432     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1082833     1  0.0000     0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.3619     0.9548 0.864 0.000 0.136
#> SRR1326536     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR614011      2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1365873     3  0.4654     0.8912 0.000 0.208 0.792
#> SRR1498789     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR601581      2  0.0237     0.9334 0.000 0.996 0.004
#> SRR603566      3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1373981     1  0.0000     0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR821410      2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076511     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR614143      3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1333570     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1366813     2  0.0424     0.9305 0.000 0.992 0.008
#> SRR1388746     1  0.0000     0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420558     3  0.5678     0.7201 0.000 0.316 0.684
#> SRR1409510     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR816250      2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR614131      2  0.0237     0.9334 0.000 0.996 0.004
#> SRR1331130     1  0.3619     0.9548 0.864 0.000 0.136
#> SRR1316015     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1470798     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR614179      3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1474863     2  0.5968     0.2837 0.000 0.636 0.364
#> SRR813560      2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312187     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420960     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1355102     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1084577     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR659971      2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350855     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR820779      3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1476300     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1090907     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR662294      3  0.3752     0.9605 0.000 0.144 0.856
#> SRR1480789     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1336263     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR660776      1  0.3340     0.9575 0.880 0.000 0.120
#> SRR1090508     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR615563      2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101175     1  0.2878     0.9605 0.904 0.000 0.096
#> SRR2164650     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1431205     2  0.6308    -0.2399 0.000 0.508 0.492
#> SRR1339856     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352147     2  0.0592     0.9284 0.000 0.988 0.012
#> SRR808968      1  0.0000     0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR627419      2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402391     1  0.0000     0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR663609      3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR2167857     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1398752     1  0.0000     0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.0000     0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405437     2  0.0424     0.9305 0.000 0.992 0.008
#> SRR1416955     1  0.3619     0.9548 0.864 0.000 0.136
#> SRR1317064     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR659001      2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170696     2  0.1163     0.9144 0.000 0.972 0.028
#> SRR816589      3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1087487     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1329485     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR816920      2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341432     1  0.0000     0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361590     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR817046      3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1471331     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR660788      2  0.3816     0.7832 0.000 0.852 0.148
#> SRR819234      1  0.0000     0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR810853      3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR809427      2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170217     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1386967     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1420344     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334535     1  0.3412     0.9570 0.876 0.000 0.124
#> SRR614503      2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR602564      2  0.3816     0.7833 0.000 0.852 0.148
#> SRR1420669     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR819024      3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR656223      3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR608428      2  0.2711     0.8534 0.000 0.912 0.088
#> SRR1345647     1  0.3412     0.9571 0.876 0.000 0.124
#> SRR1389324     3  0.5882     0.6725 0.000 0.348 0.652
#> SRR1361368     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322619     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349276     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404024     1  0.3619     0.9548 0.864 0.000 0.136
#> SRR1370637     2  0.0237     0.9334 0.000 0.996 0.004
#> SRR1452631     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR608392      3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1357757     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1074646     2  0.0237     0.9334 0.000 0.996 0.004
#> SRR1367499     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1343501     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1394406     2  0.5810     0.4089 0.000 0.664 0.336
#> SRR1381435     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1467407     1  0.3116     0.9590 0.892 0.000 0.108
#> SRR1092422     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1380270     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1091817     2  0.0424     0.9305 0.000 0.992 0.008
#> SRR1440137     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR614311      2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407516     2  0.3267     0.8246 0.000 0.884 0.116
#> SRR815494      3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1333209     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR615177      2  0.0424     0.9306 0.000 0.992 0.008
#> SRR1099648     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR659720      3  0.4399     0.9177 0.000 0.188 0.812
#> SRR2185057     1  0.2448     0.9613 0.924 0.000 0.076
#> SRR1467125     1  0.1860     0.9623 0.948 0.000 0.052
#> SRR657468      2  0.3267     0.8249 0.000 0.884 0.116
#> SRR660042      2  0.6026     0.2876 0.000 0.624 0.376
#> SRR2170864     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440491     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440852     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR811169      1  0.2261     0.9617 0.932 0.000 0.068
#> SRR1331311     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR818009      1  0.0000     0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351836     2  0.6244    -0.0258 0.000 0.560 0.440
#> SRR1498313     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1441975     3  0.6045     0.6035 0.000 0.380 0.620
#> SRR819096      1  0.3619     0.9548 0.864 0.000 0.136
#> SRR1073679     2  0.4974     0.6472 0.000 0.764 0.236
#> SRR1489116     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1354138     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1490589     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1412987     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR602034      3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1353437     1  0.3619     0.9548 0.864 0.000 0.136
#> SRR1072871     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR661577      2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR612190      2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399880     1  0.3619     0.9548 0.864 0.000 0.136
#> SRR1101787     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR657869      1  0.0000     0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446332     1  0.0000     0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR816039      1  0.3619     0.9548 0.864 0.000 0.136
#> SRR1485141     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1476697     1  0.0000     0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379538     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331422     1  0.0000     0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR660859      3  0.5591     0.7422 0.000 0.304 0.696
#> SRR1097594     1  0.0000     0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311419     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1336706     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1472976     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321307     1  0.0000     0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR807493      1  0.0000     0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR812461      3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1477149     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1457397     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR661913      3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1069024     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR2165634     1  0.0000     0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478722     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1328642     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1488261     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1318815     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR816945      1  0.0000     0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367432     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359280     3  0.4235     0.9276 0.000 0.176 0.824
#> SRR1313910     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457315     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR815398      1  0.0000     0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR656958      3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR600688      2  0.3686     0.7943 0.000 0.860 0.140
#> SRR1098952     1  0.0424     0.9619 0.992 0.000 0.008
#> SRR1314916     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR614167      3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1348114     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR658033      2  0.0237     0.9334 0.000 0.996 0.004
#> SRR1077503     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR661854      2  0.5835     0.3977 0.000 0.660 0.340
#> SRR811379      2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318857     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR656445      3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1433044     3  0.3816     0.9565 0.000 0.148 0.852
#> SRR1486391     1  0.0000     0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR656071      3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1364824     1  0.3619     0.9548 0.864 0.000 0.136
#> SRR1379133     1  0.0000     0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.3482     0.9562 0.872 0.000 0.128
#> SRR816745      3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR601038      3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1360080     1  0.0000     0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR814868      3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1485997     1  0.0237     0.9618 0.996 0.000 0.004
#> SRR1435560     2  0.0237     0.9334 0.000 0.996 0.004
#> SRR1333330     1  0.3619     0.9548 0.864 0.000 0.136
#> SRR663513      2  0.5905     0.3630 0.000 0.648 0.352
#> SRR1328407     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR602784      3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1348468     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR663717      2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR602217      3  0.5859     0.6800 0.000 0.344 0.656
#> SRR603140      3  0.5678     0.7203 0.000 0.316 0.684
#> SRR1340804     1  0.3619     0.9548 0.864 0.000 0.136
#> SRR1457574     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1333462     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1094601     1  0.3619     0.9548 0.864 0.000 0.136
#> SRR1434610     3  0.5706     0.7125 0.000 0.320 0.680
#> SRR1435833     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398728     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358343     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410890     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350371     1  0.2625     0.9608 0.916 0.000 0.084
#> SRR1392478     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099260     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1433576     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1345541     2  0.2959     0.8432 0.000 0.900 0.100
#> SRR1086328     1  0.0000     0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR810391      3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1476207     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR627435      3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1489862     1  0.2878     0.9601 0.904 0.000 0.096
#> SRR1419086     1  0.0000     0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.3619     0.9548 0.864 0.000 0.136
#> SRR1396191     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1490115     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1377714     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR819394      1  0.3551     0.9556 0.868 0.000 0.132
#> SRR663161      2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR607042      3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR656203      2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR660602      3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1440397     1  0.0592     0.9621 0.988 0.000 0.012
#> SRR1369264     1  0.3340     0.9576 0.880 0.000 0.120
#> SRR809233      1  0.0000     0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR663249      2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR661242      2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332007     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR809619      2  0.3551     0.8045 0.000 0.868 0.132
#> SRR819975      1  0.3551     0.9555 0.868 0.000 0.132
#> SRR599281      3  0.6305     0.3174 0.000 0.484 0.516
#> SRR662366      3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1317898     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1382485     2  0.0237     0.9334 0.000 0.996 0.004
#> SRR2166420     1  0.3619     0.9548 0.864 0.000 0.136
#> SRR1419429     1  0.0000     0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092541     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR817444      3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1320403     3  0.5733     0.7179 0.000 0.324 0.676
#> SRR1101483     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331684     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1400054     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406088     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR820733      2  0.3879     0.7776 0.000 0.848 0.152
#> SRR1314113     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382615     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1480745     1  0.0000     0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468850     3  0.4931     0.8599 0.000 0.232 0.768
#> SRR656782      3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR821364      1  0.0000     0.9616 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101106     1  0.3482     0.9564 0.872 0.000 0.128
#> SRR659295      3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR1357103     3  0.3619     0.9680 0.000 0.136 0.864
#> SRR809185      2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR811583      2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468050     1  0.0237     0.9617 0.996 0.000 0.004
#> SRR1440224     2  0.0237     0.9333 0.000 0.996 0.004

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR1500170     2  0.1209    0.56254 0.000 0.964 0.032 0.004
#> SRR1402368     3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR607743      3  0.4215    0.79023 0.000 0.104 0.824 0.072
#> SRR1457375     2  0.1398    0.56126 0.000 0.956 0.040 0.004
#> SRR1470923     1  0.1042    0.93682 0.972 0.008 0.000 0.020
#> SRR817954      1  0.0336    0.93564 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR809259      1  0.3545    0.92495 0.828 0.008 0.000 0.164
#> SRR1439785     3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR814768      1  0.2412    0.93515 0.908 0.008 0.000 0.084
#> SRR1102031     2  0.1411    0.55938 0.000 0.960 0.020 0.020
#> SRR1363611     2  0.0707    0.56046 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1468447     2  0.3306    0.49111 0.000 0.840 0.156 0.004
#> SRR1071931     2  0.4711    0.22277 0.000 0.740 0.024 0.236
#> SRR810981      1  0.0188    0.93516 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR615299      2  0.5193    0.27170 0.000 0.656 0.020 0.324
#> SRR663585      3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326773     2  0.5088    0.15711 0.000 0.572 0.424 0.004
#> SRR1351166     2  0.3037    0.53036 0.000 0.880 0.020 0.100
#> SRR1477452     1  0.0336    0.93517 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1084720     3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420320     2  0.5550   -0.19300 0.000 0.552 0.020 0.428
#> SRR1081712     2  0.4855    0.33519 0.000 0.644 0.352 0.004
#> SRR1318241     3  0.1305    0.89523 0.000 0.036 0.960 0.004
#> SRR1333718     3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313514     3  0.5155    0.19035 0.000 0.468 0.528 0.004
#> SRR1477861     3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318005     3  0.5088    0.31432 0.000 0.424 0.572 0.004
#> SRR1354665     2  0.0707    0.56046 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR657707      3  0.2125    0.86357 0.000 0.076 0.920 0.004
#> SRR1370742     3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1412947     2  0.1520    0.55849 0.000 0.956 0.020 0.024
#> SRR661553      4  0.4855    0.73764 0.000 0.268 0.020 0.712
#> SRR1328869     1  0.3494    0.92410 0.824 0.004 0.000 0.172
#> SRR662211      2  0.3037    0.53036 0.000 0.880 0.020 0.100
#> SRR1348181     3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416560     3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319772     3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091452     2  0.4642    0.21064 0.000 0.740 0.020 0.240
#> SRR1338812     1  0.3444    0.92176 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1392072     2  0.3435    0.53122 0.000 0.864 0.036 0.100
#> SRR814844      2  0.5517   -0.26867 0.000 0.568 0.020 0.412
#> SRR1376619     3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR603690      4  0.4826    0.73629 0.000 0.264 0.020 0.716
#> SRR2184980     2  0.1042    0.56110 0.000 0.972 0.020 0.008
#> SRR613963      4  0.4576    0.73411 0.000 0.232 0.020 0.748
#> SRR1323422     1  0.3401    0.92729 0.840 0.008 0.000 0.152
#> SRR1397673     3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434650     3  0.0469    0.91299 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR659875      3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465734     3  0.2125    0.86357 0.000 0.076 0.920 0.004
#> SRR1076847     2  0.4991    0.25868 0.000 0.608 0.388 0.004
#> SRR1415072     1  0.3583    0.92207 0.816 0.004 0.000 0.180
#> SRR659319      3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663088      4  0.5602    0.50053 0.000 0.472 0.020 0.508
#> SRR1352021     1  0.3444    0.92176 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1325527     1  0.2271    0.93677 0.916 0.008 0.000 0.076
#> SRR1105369     1  0.2271    0.93567 0.916 0.008 0.000 0.076
#> SRR659935      2  0.5355   -0.13722 0.000 0.620 0.020 0.360
#> SRR1352530     3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662594      4  0.5279    0.71630 0.000 0.232 0.052 0.716
#> SRR1095309     1  0.0188    0.93516 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR615647      3  0.4990    0.49657 0.000 0.008 0.640 0.352
#> SRR813019      3  0.2125    0.86357 0.000 0.076 0.920 0.004
#> SRR1374647     3  0.5088    0.31528 0.000 0.424 0.572 0.004
#> SRR603472      3  0.2408    0.83662 0.000 0.104 0.896 0.000
#> SRR661529      4  0.4898    0.73554 0.000 0.260 0.024 0.716
#> SRR607018      3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR627423      4  0.5594    0.36326 0.000 0.460 0.020 0.520
#> SRR654921      2  0.5564   -0.33750 0.000 0.544 0.020 0.436
#> SRR1418968     1  0.0188    0.93516 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR660871      3  0.4477    0.58219 0.000 0.000 0.688 0.312
#> SRR1330522     3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499958     2  0.0707    0.56046 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR614059      4  0.5615    0.57139 0.000 0.096 0.188 0.716
#> SRR1071403     1  0.3583    0.92225 0.816 0.004 0.000 0.180
#> SRR1486719     2  0.1398    0.55929 0.000 0.956 0.040 0.004
#> SRR1440421     2  0.4428    0.39527 0.000 0.720 0.276 0.004
#> SRR1310412     3  0.2197    0.85988 0.000 0.080 0.916 0.004
#> SRR614767      2  0.3037    0.53036 0.000 0.880 0.020 0.100
#> SRR820709      1  0.0336    0.93517 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.3444    0.92176 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR658093      3  0.0817    0.90727 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1088168     3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418707     2  0.1118    0.56122 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1354291     2  0.4677    0.36375 0.000 0.680 0.316 0.004
#> SRR2165806     1  0.0000    0.93540 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684     4  0.5558    0.57404 0.000 0.432 0.020 0.548
#> SRR1433860     3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311062     2  0.3525    0.53072 0.000 0.860 0.040 0.100
#> SRR1360359     1  0.3444    0.92176 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR661385      3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615407      4  0.4964    0.73372 0.000 0.256 0.028 0.716
#> SRR1413892     3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443459     2  0.3708    0.49618 0.000 0.832 0.020 0.148
#> SRR1338942     1  0.3444    0.92176 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR657480      3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399433     4  0.5543    0.58728 0.000 0.424 0.020 0.556
#> SRR818537      3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101324     2  0.6727   -0.35090 0.000 0.496 0.092 0.412
#> SRR807637      4  0.4399    0.72485 0.000 0.212 0.020 0.768
#> SRR1091918     1  0.0336    0.93564 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR598300      4  0.5594    0.66653 0.000 0.192 0.092 0.716
#> SRR1085426     1  0.0000    0.93540 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294     2  0.3037    0.53036 0.000 0.880 0.020 0.100
#> SRR813891      1  0.3444    0.92176 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1467431     2  0.4122    0.43108 0.000 0.760 0.236 0.004
#> SRR658742      4  0.4855    0.73764 0.000 0.268 0.020 0.712
#> SRR1419234     1  0.3401    0.92718 0.840 0.008 0.000 0.152
#> SRR1404813     2  0.3037    0.53036 0.000 0.880 0.020 0.100
#> SRR603496      4  0.6806    0.29811 0.000 0.112 0.344 0.544
#> SRR1407758     3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR810945      2  0.3539    0.46527 0.000 0.820 0.176 0.004
#> SRR817234      2  0.5147    0.03351 0.000 0.536 0.460 0.004
#> SRR1444852     3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660378      3  0.4500    0.57605 0.000 0.000 0.684 0.316
#> SRR1467835     2  0.3037    0.53036 0.000 0.880 0.020 0.100
#> SRR1338964     3  0.1824    0.87698 0.000 0.060 0.936 0.004
#> SRR1079259     2  0.4259    0.47281 0.000 0.816 0.128 0.056
#> SRR1072345     3  0.2530    0.84087 0.000 0.100 0.896 0.004
#> SRR598725      3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447938     1  0.3444    0.92176 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1356397     1  0.0000    0.93540 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460     2  0.5586   -0.19933 0.000 0.528 0.020 0.452
#> SRR1429468     2  0.0707    0.56046 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1446850     2  0.4053    0.43211 0.000 0.768 0.228 0.004
#> SRR1320363     3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413810     3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR598831      4  0.3946    0.68954 0.000 0.168 0.020 0.812
#> SRR1381865     1  0.3636    0.92315 0.820 0.008 0.000 0.172
#> SRR660957      3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1491332     3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099744     2  0.3143    0.53112 0.000 0.876 0.024 0.100
#> SRR1464618     2  0.5465   -0.00518 0.000 0.588 0.020 0.392
#> SRR1414559     4  0.5085    0.72404 0.000 0.304 0.020 0.676
#> SRR1337540     2  0.5558   -0.32133 0.000 0.548 0.020 0.432
#> SRR1444283     1  0.0188    0.93516 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR2184942     3  0.2125    0.86357 0.000 0.076 0.920 0.004
#> SRR660295      1  0.0336    0.93540 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR601335      3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363742     3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345847     2  0.1398    0.55635 0.000 0.956 0.040 0.004
#> SRR614960      3  0.5284    0.44526 0.000 0.016 0.616 0.368
#> SRR819919      1  0.0336    0.93517 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR603330      3  0.4741    0.51590 0.000 0.328 0.668 0.004
#> SRR1327951     1  0.0336    0.93564 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.3444    0.92176 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1345266     2  0.0707    0.56046 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1338055     2  0.5929    0.37132 0.000 0.640 0.296 0.064
#> SRR1430157     2  0.0707    0.56046 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1320137     2  0.0707    0.56046 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1093483     1  0.2198    0.93599 0.920 0.008 0.000 0.072
#> SRR1341080     1  0.3444    0.92176 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1459913     3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170490     1  0.0000    0.93540 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845     3  0.0188    0.91780 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1436420     1  0.0336    0.93564 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1481060     3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662282      3  0.4585    0.54946 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1487089     2  0.5487   -0.23959 0.000 0.580 0.020 0.400
#> SRR1075683     1  0.3444    0.92176 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1338536     1  0.3444    0.92176 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1338880     2  0.2149    0.53072 0.000 0.912 0.088 0.000
#> SRR1453456     3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457895     1  0.0336    0.93564 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1440603     3  0.1022    0.89970 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR658633      2  0.1398    0.55929 0.000 0.956 0.040 0.004
#> SRR1388081     2  0.4963    0.29184 0.000 0.696 0.020 0.284
#> SRR813339      3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809725      1  0.3444    0.92176 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR627441      3  0.5070    0.43450 0.000 0.372 0.620 0.008
#> SRR613603      4  0.5690    0.59609 0.000 0.116 0.168 0.716
#> SRR1096571     3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392701     1  0.1970    0.93659 0.932 0.008 0.000 0.060
#> SRR1344326     1  0.0188    0.93516 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1367693     2  0.0895    0.55895 0.000 0.976 0.020 0.004
#> SRR660697      2  0.5498   -0.24746 0.000 0.576 0.020 0.404
#> SRR1489926     3  0.2125    0.86357 0.000 0.076 0.920 0.004
#> SRR811491      3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311644     2  0.6016   -0.29888 0.000 0.544 0.044 0.412
#> SRR1451740     3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615117      3  0.2546    0.86978 0.000 0.028 0.912 0.060
#> SRR1391748     4  0.5607    0.31005 0.000 0.484 0.020 0.496
#> SRR1466556     3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614972      3  0.4836    0.55480 0.000 0.008 0.672 0.320
#> SRR1406200     1  0.3444    0.92176 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR819210      4  0.5173    0.71238 0.000 0.320 0.020 0.660
#> SRR662174      1  0.2542    0.93493 0.904 0.012 0.000 0.084
#> SRR811988      1  0.3444    0.92176 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR663236      4  0.5631    0.70583 0.000 0.232 0.072 0.696
#> SRR1312598     2  0.1042    0.56106 0.000 0.972 0.020 0.008
#> SRR1330129     2  0.5165   -0.05166 0.000 0.512 0.484 0.004
#> SRR1357781     3  0.5112    0.28210 0.000 0.436 0.560 0.004
#> SRR1315517     2  0.6010    0.42116 0.000 0.676 0.220 0.104
#> SRR1400032     3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413722     1  0.3401    0.92810 0.840 0.008 0.000 0.152
#> SRR612827      3  0.2530    0.83626 0.000 0.000 0.888 0.112
#> SRR814794      1  0.0188    0.93516 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR819430      1  0.3636    0.92315 0.820 0.008 0.000 0.172
#> SRR1395509     2  0.5498   -0.24746 0.000 0.576 0.020 0.404
#> SRR808728      3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070813     2  0.0707    0.56046 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1389133     3  0.2737    0.83653 0.000 0.104 0.888 0.008
#> SRR601263      3  0.0188    0.91802 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR604718      4  0.4855    0.73764 0.000 0.268 0.020 0.712
#> SRR1481351     3  0.0188    0.91802 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1334608     3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658681      3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809283      4  0.4576    0.68917 0.000 0.232 0.020 0.748
#> SRR1459300     1  0.0336    0.93564 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1392547     3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811049      3  0.2197    0.85988 0.000 0.080 0.916 0.004
#> SRR1464835     4  0.5606    0.31929 0.000 0.480 0.020 0.500
#> SRR1339619     2  0.3037    0.53036 0.000 0.880 0.020 0.100
#> SRR658501      3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447523     3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415048     1  0.0188    0.93561 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.2198    0.93560 0.920 0.008 0.000 0.072
#> SRR1444348     2  0.0707    0.56046 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR603890      2  0.6351    0.38156 0.000 0.628 0.268 0.104
#> SRR810595      3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446244     2  0.4284    0.43770 0.000 0.780 0.020 0.200
#> SRR817373      2  0.5355    0.09834 0.000 0.620 0.020 0.360
#> SRR1457291     2  0.3037    0.53036 0.000 0.880 0.020 0.100
#> SRR598220      3  0.4155    0.66530 0.000 0.240 0.756 0.004
#> SRR1477991     2  0.1004    0.56227 0.000 0.972 0.024 0.004
#> SRR598172      2  0.5199    0.47985 0.000 0.756 0.144 0.100
#> SRR1349032     2  0.4163    0.33547 0.000 0.792 0.020 0.188
#> SRR604002      3  0.4889    0.46388 0.000 0.360 0.636 0.004
#> SRR1378026     3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404401     3  0.5168    0.11598 0.000 0.492 0.504 0.004
#> SRR1333240     3  0.4905    0.45540 0.000 0.364 0.632 0.004
#> SRR1089399     2  0.1004    0.56096 0.000 0.972 0.024 0.004
#> SRR603421      2  0.5746   -0.03352 0.000 0.572 0.032 0.396
#> SRR812562      1  0.3444    0.92176 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR808520      3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811839      1  0.0336    0.93517 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR814317      2  0.1545    0.56189 0.000 0.952 0.040 0.008
#> SRR1436763     2  0.5517   -0.26867 0.000 0.568 0.020 0.412
#> SRR1486021     2  0.1042    0.56110 0.000 0.972 0.020 0.008
#> SRR1465018     2  0.3791    0.45736 0.000 0.796 0.200 0.004
#> SRR1080998     3  0.2125    0.86357 0.000 0.076 0.920 0.004
#> SRR1083432     3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082833     1  0.0336    0.93564 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.3444    0.92176 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1326536     3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614011      4  0.5607    0.29903 0.000 0.488 0.020 0.492
#> SRR1365873     2  0.5016    0.24180 0.000 0.600 0.396 0.004
#> SRR1498789     2  0.3037    0.53036 0.000 0.880 0.020 0.100
#> SRR601581      2  0.5523   -0.19184 0.000 0.596 0.024 0.380
#> SRR603566      3  0.4382    0.60767 0.000 0.000 0.704 0.296
#> SRR1373981     1  0.0336    0.93564 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR821410      2  0.3037    0.53036 0.000 0.880 0.020 0.100
#> SRR1076511     4  0.4245    0.69084 0.000 0.196 0.020 0.784
#> SRR614143      3  0.2125    0.86357 0.000 0.076 0.920 0.004
#> SRR1333570     3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366813     2  0.0817    0.56149 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1388746     1  0.0188    0.93516 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1420558     3  0.1677    0.88122 0.000 0.040 0.948 0.012
#> SRR1409510     3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816250      2  0.3037    0.53036 0.000 0.880 0.020 0.100
#> SRR614131      2  0.5778   -0.41751 0.000 0.500 0.028 0.472
#> SRR1331130     1  0.3444    0.92176 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1316015     3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470798     3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614179      3  0.0188    0.91802 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1474863     2  0.2831    0.51628 0.000 0.876 0.120 0.004
#> SRR813560      2  0.0895    0.56095 0.000 0.976 0.020 0.004
#> SRR1312187     2  0.5465   -0.22097 0.000 0.588 0.020 0.392
#> SRR1420960     3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355102     3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084577     3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659971      4  0.4882    0.73720 0.000 0.272 0.020 0.708
#> SRR1350855     2  0.5476   -0.22864 0.000 0.584 0.020 0.396
#> SRR820779      3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476300     3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090907     2  0.5597   -0.23598 0.000 0.516 0.020 0.464
#> SRR662294      2  0.5158   -0.01172 0.000 0.524 0.472 0.004
#> SRR1480789     3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336263     2  0.5498   -0.24746 0.000 0.576 0.020 0.404
#> SRR660776      1  0.3498    0.92623 0.832 0.008 0.000 0.160
#> SRR1090508     3  0.5004    0.39553 0.000 0.392 0.604 0.004
#> SRR615563      4  0.4855    0.73764 0.000 0.268 0.020 0.712
#> SRR1101175     1  0.2859    0.93309 0.880 0.008 0.000 0.112
#> SRR2164650     3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431205     2  0.3710    0.46370 0.000 0.804 0.192 0.004
#> SRR1339856     2  0.4910    0.11440 0.000 0.704 0.020 0.276
#> SRR1352147     2  0.1109    0.56005 0.000 0.968 0.028 0.004
#> SRR808968      1  0.0336    0.93564 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR627419      2  0.0895    0.56015 0.000 0.976 0.020 0.004
#> SRR1402391     1  0.0188    0.93516 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR663609      3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2167857     3  0.4535    0.56755 0.000 0.292 0.704 0.004
#> SRR1398752     1  0.0336    0.93517 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.0336    0.93564 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1405437     2  0.0817    0.56149 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1416955     1  0.3444    0.92176 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1317064     2  0.0707    0.56046 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR659001      4  0.4542    0.67920 0.000 0.228 0.020 0.752
#> SRR2170696     2  0.6079   -0.29487 0.000 0.544 0.048 0.408
#> SRR816589      3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087487     3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329485     3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816920      2  0.5508   -0.25851 0.000 0.572 0.020 0.408
#> SRR1341432     1  0.0000    0.93540 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590     4  0.5606    0.31929 0.000 0.480 0.020 0.500
#> SRR817046      3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471331     3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660788      4  0.5968    0.68743 0.000 0.236 0.092 0.672
#> SRR819234      1  0.0336    0.93564 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR810853      3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809427      2  0.5570   -0.16305 0.000 0.540 0.020 0.440
#> SRR2170217     4  0.5606    0.31929 0.000 0.480 0.020 0.500
#> SRR1386967     3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420344     2  0.2256    0.54872 0.000 0.924 0.020 0.056
#> SRR1334535     1  0.3591    0.92411 0.824 0.008 0.000 0.168
#> SRR614503      4  0.5526    0.59881 0.000 0.416 0.020 0.564
#> SRR602564      4  0.5321    0.71231 0.000 0.228 0.056 0.716
#> SRR1420669     2  0.5498   -0.24746 0.000 0.576 0.020 0.404
#> SRR819024      3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR656223      3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608428      2  0.1305    0.56025 0.000 0.960 0.036 0.004
#> SRR1345647     1  0.3539    0.92282 0.820 0.004 0.000 0.176
#> SRR1389324     2  0.4769    0.37034 0.000 0.684 0.308 0.008
#> SRR1361368     2  0.3501    0.50398 0.000 0.848 0.020 0.132
#> SRR1322619     2  0.0707    0.56046 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1349276     4  0.5607    0.31005 0.000 0.484 0.020 0.496
#> SRR1404024     1  0.3444    0.92176 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1370637     2  0.0817    0.56061 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1452631     4  0.5607    0.31005 0.000 0.484 0.020 0.496
#> SRR608392      3  0.4072    0.67095 0.000 0.000 0.748 0.252
#> SRR1357757     3  0.2530    0.84087 0.000 0.100 0.896 0.004
#> SRR1074646     2  0.5611   -0.27291 0.000 0.564 0.024 0.412
#> SRR1367499     3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343501     3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394406     2  0.7841   -0.16856 0.000 0.396 0.332 0.272
#> SRR1381435     3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467407     1  0.3142    0.93035 0.860 0.008 0.000 0.132
#> SRR1092422     3  0.4905    0.45540 0.000 0.364 0.632 0.004
#> SRR1380270     3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091817     2  0.3143    0.53112 0.000 0.876 0.024 0.100
#> SRR1440137     2  0.0707    0.56046 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR614311      2  0.5607   -0.29438 0.000 0.496 0.020 0.484
#> SRR1407516     2  0.6811   -0.32900 0.000 0.496 0.100 0.404
#> SRR815494      3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333209     2  0.5465   -0.00518 0.000 0.588 0.020 0.392
#> SRR615177      4  0.4927    0.73722 0.000 0.264 0.024 0.712
#> SRR1099648     3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659720      3  0.4332    0.78438 0.000 0.112 0.816 0.072
#> SRR2185057     1  0.2542    0.93493 0.904 0.012 0.000 0.084
#> SRR1467125     1  0.1890    0.93706 0.936 0.008 0.000 0.056
#> SRR657468      4  0.6507    0.44445 0.000 0.464 0.072 0.464
#> SRR660042      4  0.5615    0.57139 0.000 0.096 0.188 0.716
#> SRR2170864     2  0.3037    0.53036 0.000 0.880 0.020 0.100
#> SRR1440491     2  0.5526   -0.08533 0.000 0.564 0.020 0.416
#> SRR1440852     3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811169      1  0.1743    0.93702 0.940 0.004 0.000 0.056
#> SRR1331311     2  0.5339   -0.12634 0.000 0.624 0.020 0.356
#> SRR818009      1  0.0188    0.93516 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1351836     2  0.3157    0.49989 0.000 0.852 0.144 0.004
#> SRR1498313     3  0.5028    0.37736 0.000 0.400 0.596 0.004
#> SRR1441975     2  0.4632    0.37079 0.000 0.688 0.308 0.004
#> SRR819096      1  0.3583    0.92207 0.816 0.004 0.000 0.180
#> SRR1073679     2  0.4372    0.39293 0.000 0.728 0.268 0.004
#> SRR1489116     3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354138     3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490589     3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1412987     2  0.5517   -0.26867 0.000 0.568 0.020 0.412
#> SRR602034      3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353437     1  0.3444    0.92176 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1072871     3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661577      4  0.3946    0.68954 0.000 0.168 0.020 0.812
#> SRR612190      2  0.5543   -0.29794 0.000 0.556 0.020 0.424
#> SRR1399880     1  0.3583    0.92207 0.816 0.004 0.000 0.180
#> SRR1101787     2  0.5558   -0.32573 0.000 0.548 0.020 0.432
#> SRR657869      1  0.0336    0.93540 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1446332     1  0.0000    0.93540 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039      1  0.3444    0.92176 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1485141     3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476697     1  0.0000    0.93540 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538     2  0.5371   -0.14775 0.000 0.616 0.020 0.364
#> SRR1331422     1  0.0188    0.93516 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR660859      3  0.3208    0.79723 0.000 0.148 0.848 0.004
#> SRR1097594     1  0.0336    0.93564 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1311419     3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336706     3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472976     2  0.5498   -0.24746 0.000 0.576 0.020 0.404
#> SRR1321307     1  0.0188    0.93516 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR807493      1  0.0336    0.93564 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR812461      3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477149     2  0.5168   -0.07931 0.000 0.504 0.492 0.004
#> SRR1457397     3  0.2408    0.83662 0.000 0.104 0.896 0.000
#> SRR661913      3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069024     3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2165634     1  0.0336    0.93564 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1478722     3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328642     2  0.5168   -0.09500 0.000 0.500 0.496 0.004
#> SRR1488261     3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318815     4  0.5581    0.38855 0.000 0.448 0.020 0.532
#> SRR816945      1  0.0188    0.93516 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1367432     4  0.5606    0.31929 0.000 0.480 0.020 0.500
#> SRR1359280     2  0.5151    0.01887 0.000 0.532 0.464 0.004
#> SRR1313910     2  0.3037    0.53036 0.000 0.880 0.020 0.100
#> SRR1457315     2  0.5487   -0.23959 0.000 0.580 0.020 0.400
#> SRR815398      1  0.0188    0.93516 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR656958      3  0.4250    0.63728 0.000 0.000 0.724 0.276
#> SRR600688      4  0.5321    0.71231 0.000 0.228 0.056 0.716
#> SRR1098952     1  0.0524    0.93598 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR1314916     3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614167      3  0.4477    0.58219 0.000 0.000 0.688 0.312
#> SRR1348114     2  0.5355   -0.13705 0.000 0.620 0.020 0.360
#> SRR658033      4  0.4898    0.73554 0.000 0.260 0.024 0.716
#> SRR1077503     3  0.2125    0.86357 0.000 0.076 0.920 0.004
#> SRR661854      4  0.5594    0.66653 0.000 0.192 0.092 0.716
#> SRR811379      4  0.5558    0.57660 0.000 0.432 0.020 0.548
#> SRR1318857     2  0.1174    0.56077 0.000 0.968 0.020 0.012
#> SRR656445      3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433044     2  0.5168   -0.08522 0.000 0.504 0.492 0.004
#> SRR1486391     1  0.0336    0.93564 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR656071      3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1364824     1  0.3444    0.92176 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1379133     1  0.0336    0.93564 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.3636    0.92315 0.820 0.008 0.000 0.172
#> SRR816745      3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR601038      3  0.0188    0.91802 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1360080     1  0.0000    0.93540 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868      3  0.1661    0.88331 0.000 0.052 0.944 0.004
#> SRR1485997     1  0.0524    0.93641 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR1435560     2  0.5643   -0.31900 0.000 0.548 0.024 0.428
#> SRR1333330     1  0.3444    0.92176 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR663513      3  0.7423   -0.10579 0.000 0.344 0.476 0.180
#> SRR1328407     3  0.2334    0.85690 0.000 0.088 0.908 0.004
#> SRR602784      3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348468     2  0.5607   -0.30556 0.000 0.492 0.020 0.488
#> SRR663717      4  0.5013    0.73155 0.000 0.292 0.020 0.688
#> SRR602217      2  0.4535    0.38472 0.000 0.704 0.292 0.004
#> SRR603140      3  0.3278    0.81490 0.000 0.116 0.864 0.020
#> SRR1340804     1  0.3444    0.92176 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1457574     3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333462     3  0.5137    0.23602 0.000 0.452 0.544 0.004
#> SRR1094601     1  0.3444    0.92176 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1434610     3  0.3668    0.74611 0.000 0.188 0.808 0.004
#> SRR1435833     2  0.5526   -0.08533 0.000 0.564 0.020 0.416
#> SRR1398728     2  0.3037    0.53036 0.000 0.880 0.020 0.100
#> SRR1358343     2  0.5581   -0.30920 0.000 0.532 0.020 0.448
#> SRR1410890     2  0.3037    0.53036 0.000 0.880 0.020 0.100
#> SRR1350371     1  0.2480    0.93495 0.904 0.008 0.000 0.088
#> SRR1392478     2  0.2563    0.54359 0.000 0.908 0.020 0.072
#> SRR1099260     3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433576     3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345541     4  0.6275    0.66132 0.000 0.328 0.076 0.596
#> SRR1086328     1  0.0336    0.93564 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR810391      3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476207     3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR627435      3  0.0895    0.90676 0.000 0.020 0.976 0.004
#> SRR1489862     1  0.3249    0.92917 0.852 0.008 0.000 0.140
#> SRR1419086     1  0.0336    0.93564 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.3444    0.92176 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1396191     3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490115     3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377714     3  0.2401    0.84912 0.000 0.092 0.904 0.004
#> SRR819394      1  0.3444    0.92176 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR663161      4  0.4399    0.72460 0.000 0.212 0.020 0.768
#> SRR607042      3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR656203      2  0.0707    0.56046 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR660602      3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440397     1  0.0672    0.93682 0.984 0.008 0.000 0.008
#> SRR1369264     1  0.3450    0.92647 0.836 0.008 0.000 0.156
#> SRR809233      1  0.0188    0.93559 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR663249      2  0.0895    0.55895 0.000 0.976 0.020 0.004
#> SRR661242      4  0.4767    0.65871 0.000 0.256 0.020 0.724
#> SRR1332007     3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809619      2  0.2593    0.51695 0.000 0.892 0.104 0.004
#> SRR819975      1  0.3636    0.92315 0.820 0.008 0.000 0.172
#> SRR599281      2  0.4372    0.40161 0.000 0.728 0.268 0.004
#> SRR662366      3  0.2011    0.85971 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR1317898     3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382485     2  0.4807    0.18971 0.000 0.728 0.024 0.248
#> SRR2166420     1  0.3444    0.92176 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1419429     1  0.0188    0.93516 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1092541     3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR817444      3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320403     2  0.4769    0.37034 0.000 0.684 0.308 0.008
#> SRR1101483     2  0.4963    0.09059 0.000 0.696 0.020 0.284
#> SRR1331684     3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400054     4  0.4436    0.71881 0.000 0.216 0.020 0.764
#> SRR1406088     2  0.0707    0.56046 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR820733      2  0.6969   -0.42107 0.000 0.452 0.112 0.436
#> SRR1314113     2  0.5590   -0.35877 0.000 0.524 0.020 0.456
#> SRR1382615     3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480745     1  0.0188    0.93516 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1468850     2  0.5060    0.19546 0.000 0.584 0.412 0.004
#> SRR656782      3  0.2125    0.86357 0.000 0.076 0.920 0.004
#> SRR821364      1  0.0000    0.93540 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106     1  0.3591    0.92439 0.824 0.008 0.000 0.168
#> SRR659295      3  0.4560    0.56218 0.000 0.296 0.700 0.004
#> SRR1357103     3  0.0000    0.92004 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809185      2  0.5414   -0.18030 0.000 0.604 0.020 0.376
#> SRR811583      4  0.4826    0.73692 0.000 0.264 0.020 0.716
#> SRR1468050     1  0.0336    0.93564 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1440224     2  0.3037    0.53036 0.000 0.880 0.020 0.100

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR1500170     2  0.4576    0.74257 0.000 0.608 0.016 0.376 0.000
#> SRR1402368     3  0.0324    0.93446 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR607743      3  0.4927    0.70253 0.000 0.044 0.756 0.140 0.060
#> SRR1457375     2  0.4651    0.74554 0.000 0.608 0.020 0.372 0.000
#> SRR1470923     1  0.1907    0.85969 0.928 0.028 0.000 0.000 0.044
#> SRR817954      1  0.0880    0.85728 0.968 0.032 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259      1  0.5210    0.83141 0.684 0.132 0.000 0.000 0.184
#> SRR1439785     3  0.0000    0.93530 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814768      1  0.3780    0.85457 0.828 0.100 0.000 0.012 0.060
#> SRR1102031     2  0.4696    0.72117 0.000 0.584 0.012 0.400 0.004
#> SRR1363611     2  0.4641    0.67406 0.000 0.532 0.012 0.456 0.000
#> SRR1468447     2  0.4956    0.74813 0.000 0.636 0.048 0.316 0.000
#> SRR1071931     4  0.2416    0.68890 0.000 0.100 0.012 0.888 0.000
#> SRR810981      1  0.0290    0.85451 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299      2  0.5686    0.44919 0.000 0.656 0.012 0.124 0.208
#> SRR663585      3  0.0162    0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1326773     2  0.5687    0.69990 0.000 0.628 0.164 0.208 0.000
#> SRR1351166     2  0.4054    0.62017 0.000 0.744 0.012 0.236 0.008
#> SRR1477452     1  0.1168    0.85326 0.960 0.032 0.000 0.008 0.000
#> SRR1084720     3  0.0000    0.93530 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420320     4  0.2645    0.75852 0.000 0.096 0.012 0.884 0.008
#> SRR1081712     2  0.5555    0.72127 0.000 0.636 0.132 0.232 0.000
#> SRR1318241     3  0.3146    0.81025 0.000 0.052 0.856 0.092 0.000
#> SRR1333718     3  0.0000    0.93530 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313514     2  0.5773    0.65501 0.000 0.616 0.216 0.168 0.000
#> SRR1477861     3  0.0794    0.92113 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1318005     2  0.5901    0.60062 0.000 0.584 0.268 0.148 0.000
#> SRR1354665     2  0.4828    0.72135 0.000 0.572 0.012 0.408 0.008
#> SRR657707      3  0.3821    0.74105 0.000 0.052 0.800 0.148 0.000
#> SRR1370742     3  0.0324    0.93446 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1412947     2  0.4547    0.72323 0.000 0.588 0.012 0.400 0.000
#> SRR661553      5  0.4040    0.69638 0.000 0.000 0.012 0.276 0.712
#> SRR1328869     1  0.5365    0.82784 0.664 0.132 0.000 0.000 0.204
#> SRR662211      2  0.4054    0.62017 0.000 0.744 0.012 0.236 0.008
#> SRR1348181     3  0.0162    0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1416560     3  0.0324    0.93446 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1319772     3  0.0000    0.93530 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091452     4  0.2624    0.65720 0.000 0.116 0.012 0.872 0.000
#> SRR1338812     1  0.5403    0.81891 0.644 0.108 0.000 0.000 0.248
#> SRR1392072     2  0.4124    0.62328 0.000 0.744 0.016 0.232 0.008
#> SRR814844      4  0.1356    0.78018 0.000 0.004 0.012 0.956 0.028
#> SRR1376619     3  0.0162    0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR603690      5  0.3863    0.71656 0.000 0.000 0.012 0.248 0.740
#> SRR2184980     2  0.4537    0.73241 0.000 0.592 0.012 0.396 0.000
#> SRR613963      4  0.4723    0.17934 0.000 0.008 0.012 0.612 0.368
#> SRR1323422     1  0.5144    0.83330 0.692 0.132 0.000 0.000 0.176
#> SRR1397673     3  0.0000    0.93530 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434650     3  0.0794    0.92113 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR659875      3  0.0000    0.93530 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465734     3  0.3821    0.74105 0.000 0.052 0.800 0.148 0.000
#> SRR1076847     2  0.5692    0.69806 0.000 0.628 0.168 0.204 0.000
#> SRR1415072     1  0.5806    0.82295 0.644 0.136 0.000 0.012 0.208
#> SRR659319      3  0.0000    0.93530 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663088      4  0.2522    0.72381 0.000 0.000 0.012 0.880 0.108
#> SRR1352021     1  0.5490    0.82062 0.644 0.128 0.000 0.000 0.228
#> SRR1325527     1  0.3862    0.85427 0.808 0.104 0.000 0.000 0.088
#> SRR1105369     1  0.4010    0.85368 0.812 0.108 0.000 0.012 0.068
#> SRR659935      4  0.0912    0.77391 0.000 0.016 0.012 0.972 0.000
#> SRR1352530     3  0.0162    0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR662594      5  0.3934    0.71981 0.000 0.000 0.016 0.244 0.740
#> SRR1095309     1  0.0609    0.85447 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647      5  0.4040    0.65270 0.000 0.000 0.260 0.016 0.724
#> SRR813019      3  0.4078    0.72681 0.000 0.068 0.784 0.148 0.000
#> SRR1374647     2  0.6004    0.61153 0.000 0.576 0.256 0.168 0.000
#> SRR603472      3  0.3177    0.69834 0.000 0.208 0.792 0.000 0.000
#> SRR661529      5  0.3863    0.71656 0.000 0.000 0.012 0.248 0.740
#> SRR607018      3  0.0000    0.93530 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR627423      4  0.4082    0.68865 0.000 0.164 0.012 0.788 0.036
#> SRR654921      4  0.1364    0.77618 0.000 0.000 0.012 0.952 0.036
#> SRR1418968     1  0.0162    0.85470 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871      5  0.3838    0.64021 0.000 0.000 0.280 0.004 0.716
#> SRR1330522     3  0.0162    0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1499958     2  0.4574    0.72359 0.000 0.576 0.012 0.412 0.000
#> SRR614059      5  0.4514    0.72833 0.000 0.000 0.072 0.188 0.740
#> SRR1071403     1  0.5504    0.82113 0.644 0.132 0.000 0.000 0.224
#> SRR1486719     2  0.4570    0.74466 0.000 0.632 0.020 0.348 0.000
#> SRR1440421     2  0.5449    0.73349 0.000 0.636 0.108 0.256 0.000
#> SRR1310412     3  0.3904    0.73043 0.000 0.052 0.792 0.156 0.000
#> SRR614767      2  0.4054    0.62017 0.000 0.744 0.012 0.236 0.008
#> SRR820709      1  0.1364    0.85304 0.952 0.036 0.000 0.012 0.000
#> SRR1471500     1  0.5403    0.81891 0.644 0.108 0.000 0.000 0.248
#> SRR658093      3  0.3143    0.71753 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1088168     3  0.0000    0.93530 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418707     2  0.4651    0.74482 0.000 0.608 0.020 0.372 0.000
#> SRR1354291     2  0.5525    0.72628 0.000 0.636 0.124 0.240 0.000
#> SRR2165806     1  0.0162    0.85567 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684     4  0.2069    0.75053 0.000 0.000 0.012 0.912 0.076
#> SRR1433860     3  0.0000    0.93530 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311062     2  0.4188    0.62587 0.000 0.744 0.020 0.228 0.008
#> SRR1360359     1  0.5403    0.81891 0.644 0.108 0.000 0.000 0.248
#> SRR661385      3  0.0162    0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR615407      5  0.3863    0.71656 0.000 0.000 0.012 0.248 0.740
#> SRR1413892     3  0.0000    0.93530 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443459     4  0.4557    0.56622 0.000 0.324 0.012 0.656 0.008
#> SRR1338942     1  0.5403    0.81891 0.644 0.108 0.000 0.000 0.248
#> SRR657480      3  0.0290    0.93241 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1399433     4  0.2248    0.73911 0.000 0.000 0.012 0.900 0.088
#> SRR818537      3  0.0703    0.92332 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1101324     4  0.1828    0.76362 0.000 0.004 0.032 0.936 0.028
#> SRR807637      5  0.4721    0.63673 0.000 0.016 0.012 0.316 0.656
#> SRR1091918     1  0.0963    0.85733 0.964 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300      5  0.4254    0.72911 0.000 0.000 0.040 0.220 0.740
#> SRR1085426     1  0.0000    0.85490 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294     2  0.4054    0.62017 0.000 0.744 0.012 0.236 0.008
#> SRR813891      1  0.5459    0.82007 0.644 0.120 0.000 0.000 0.236
#> SRR1467431     2  0.5086    0.74747 0.000 0.636 0.060 0.304 0.000
#> SRR658742      5  0.3863    0.71656 0.000 0.000 0.012 0.248 0.740
#> SRR1419234     1  0.5177    0.83234 0.688 0.132 0.000 0.000 0.180
#> SRR1404813     2  0.4054    0.62017 0.000 0.744 0.012 0.236 0.008
#> SRR603496      5  0.4826    0.70773 0.000 0.004 0.116 0.144 0.736
#> SRR1407758     3  0.0162    0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR810945      2  0.5237    0.74205 0.000 0.628 0.072 0.300 0.000
#> SRR817234      2  0.5700    0.69095 0.000 0.628 0.176 0.196 0.000
#> SRR1444852     3  0.0162    0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR660378      5  0.3838    0.64021 0.000 0.000 0.280 0.004 0.716
#> SRR1467835     2  0.4054    0.62017 0.000 0.744 0.012 0.236 0.008
#> SRR1338964     3  0.3339    0.79093 0.000 0.048 0.840 0.112 0.000
#> SRR1079259     4  0.5213    0.00195 0.000 0.320 0.064 0.616 0.000
#> SRR1072345     3  0.4021    0.71288 0.000 0.052 0.780 0.168 0.000
#> SRR598725      3  0.0324    0.93446 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1447938     1  0.5442    0.81964 0.644 0.116 0.000 0.000 0.240
#> SRR1356397     1  0.0703    0.85756 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460     4  0.3705    0.69000 0.000 0.192 0.012 0.788 0.008
#> SRR1429468     2  0.4494    0.73960 0.000 0.608 0.012 0.380 0.000
#> SRR1446850     2  0.5373    0.73989 0.000 0.632 0.092 0.276 0.000
#> SRR1320363     3  0.0162    0.93444 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1413810     3  0.0162    0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR598831      5  0.4501    0.70531 0.000 0.036 0.012 0.212 0.740
#> SRR1381865     1  0.5452    0.82561 0.656 0.144 0.000 0.000 0.200
#> SRR660957      3  0.0324    0.93446 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1491332     3  0.0000    0.93530 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099744     2  0.4054    0.62017 0.000 0.744 0.012 0.236 0.008
#> SRR1464618     4  0.3966    0.68465 0.000 0.224 0.012 0.756 0.008
#> SRR1414559     4  0.3391    0.60156 0.000 0.000 0.012 0.800 0.188
#> SRR1337540     4  0.1670    0.77303 0.000 0.000 0.012 0.936 0.052
#> SRR1444283     1  0.0865    0.85346 0.972 0.024 0.000 0.004 0.000
#> SRR2184942     3  0.3821    0.74105 0.000 0.052 0.800 0.148 0.000
#> SRR660295      1  0.0880    0.85325 0.968 0.032 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335      3  0.0162    0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1363742     3  0.0162    0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1345847     2  0.4551    0.74204 0.000 0.616 0.016 0.368 0.000
#> SRR614960      5  0.4276    0.66031 0.000 0.000 0.244 0.032 0.724
#> SRR819919      1  0.0963    0.85341 0.964 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330      2  0.5250    0.36762 0.000 0.536 0.416 0.048 0.000
#> SRR1327951     1  0.0290    0.85541 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.5423    0.81923 0.644 0.112 0.000 0.000 0.244
#> SRR1345266     2  0.4644    0.66677 0.000 0.528 0.012 0.460 0.000
#> SRR1338055     2  0.4926    0.72182 0.000 0.712 0.112 0.176 0.000
#> SRR1430157     2  0.4494    0.73960 0.000 0.608 0.012 0.380 0.000
#> SRR1320137     2  0.4582    0.72160 0.000 0.572 0.012 0.416 0.000
#> SRR1093483     1  0.3265    0.85636 0.860 0.088 0.000 0.012 0.040
#> SRR1341080     1  0.5403    0.81891 0.644 0.108 0.000 0.000 0.248
#> SRR1459913     3  0.0324    0.93446 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR2170490     1  0.0000    0.85490 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845     3  0.0727    0.92826 0.000 0.004 0.980 0.012 0.004
#> SRR1436420     1  0.0794    0.85692 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060     3  0.0404    0.93002 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR662282      5  0.3885    0.64812 0.000 0.000 0.268 0.008 0.724
#> SRR1487089     4  0.1393    0.78027 0.000 0.008 0.012 0.956 0.024
#> SRR1075683     1  0.5403    0.81891 0.644 0.108 0.000 0.000 0.248
#> SRR1338536     1  0.5403    0.81891 0.644 0.108 0.000 0.000 0.248
#> SRR1338880     2  0.4898    0.73878 0.000 0.592 0.032 0.376 0.000
#> SRR1453456     3  0.0162    0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1457895     1  0.0609    0.85606 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603     3  0.0880    0.91821 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR658633      2  0.4624    0.74536 0.000 0.636 0.024 0.340 0.000
#> SRR1388081     4  0.4502    0.61508 0.000 0.312 0.012 0.668 0.008
#> SRR813339      3  0.0324    0.93446 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR809725      1  0.5660    0.82039 0.644 0.116 0.000 0.008 0.232
#> SRR627441      2  0.6817    0.48898 0.000 0.536 0.304 0.096 0.064
#> SRR613603      5  0.4489    0.72913 0.000 0.000 0.068 0.192 0.740
#> SRR1096571     3  0.0703    0.92332 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1392701     1  0.2906    0.85694 0.880 0.080 0.000 0.012 0.028
#> SRR1344326     1  0.0162    0.85470 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693     4  0.4656   -0.59193 0.000 0.480 0.012 0.508 0.000
#> SRR660697      4  0.1095    0.77890 0.000 0.008 0.012 0.968 0.012
#> SRR1489926     3  0.3821    0.74105 0.000 0.052 0.800 0.148 0.000
#> SRR811491      3  0.0324    0.93446 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1311644     4  0.1461    0.77649 0.000 0.004 0.016 0.952 0.028
#> SRR1451740     3  0.0162    0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR615117      3  0.6319    0.22335 0.000 0.216 0.528 0.000 0.256
#> SRR1391748     4  0.3952    0.69598 0.000 0.176 0.012 0.788 0.024
#> SRR1466556     3  0.0162    0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR614972      5  0.3790    0.64546 0.000 0.000 0.272 0.004 0.724
#> SRR1406200     1  0.5403    0.81891 0.644 0.108 0.000 0.000 0.248
#> SRR819210      4  0.3628    0.56645 0.000 0.000 0.012 0.772 0.216
#> SRR662174      1  0.3766    0.85434 0.828 0.104 0.000 0.012 0.056
#> SRR811988      1  0.5442    0.81963 0.644 0.116 0.000 0.000 0.240
#> SRR663236      5  0.4966    0.50861 0.000 0.000 0.032 0.404 0.564
#> SRR1312598     2  0.4714    0.72298 0.000 0.576 0.012 0.408 0.004
#> SRR1330129     2  0.5700    0.67453 0.000 0.628 0.196 0.176 0.000
#> SRR1357781     2  0.5875    0.61546 0.000 0.592 0.256 0.152 0.000
#> SRR1315517     2  0.4185    0.65581 0.000 0.796 0.084 0.112 0.008
#> SRR1400032     3  0.0162    0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1413722     1  0.5617    0.83048 0.668 0.132 0.000 0.012 0.188
#> SRR612827      3  0.3741    0.61522 0.000 0.004 0.732 0.000 0.264
#> SRR814794      1  0.0290    0.85469 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430      1  0.5345    0.82794 0.668 0.136 0.000 0.000 0.196
#> SRR1395509     4  0.1483    0.78011 0.000 0.008 0.012 0.952 0.028
#> SRR808728      3  0.0000    0.93530 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070813     2  0.4494    0.73960 0.000 0.608 0.012 0.380 0.000
#> SRR1389133     3  0.4177    0.71459 0.000 0.052 0.776 0.168 0.004
#> SRR601263      3  0.0609    0.92718 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR604718      4  0.4517    0.12506 0.000 0.000 0.012 0.600 0.388
#> SRR1481351     3  0.1043    0.91105 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1334608     3  0.0000    0.93530 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658681      3  0.0703    0.92332 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR809283      4  0.5535    0.53752 0.000 0.164 0.012 0.680 0.144
#> SRR1459300     1  0.0404    0.85570 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547     3  0.0703    0.92332 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR811049      3  0.3863    0.73570 0.000 0.052 0.796 0.152 0.000
#> SRR1464835     4  0.4037    0.69628 0.000 0.176 0.012 0.784 0.028
#> SRR1339619     2  0.4164    0.60021 0.000 0.728 0.012 0.252 0.008
#> SRR658501      3  0.0162    0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1447523     3  0.0324    0.93446 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1415048     1  0.0000    0.85490 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.3255    0.85593 0.848 0.052 0.000 0.000 0.100
#> SRR1444348     2  0.4622    0.69507 0.000 0.548 0.012 0.440 0.000
#> SRR603890      2  0.3918    0.66394 0.000 0.804 0.100 0.096 0.000
#> SRR810595      3  0.0162    0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1446244     4  0.4423    0.62827 0.000 0.296 0.012 0.684 0.008
#> SRR817373      4  0.4241    0.66133 0.000 0.264 0.012 0.716 0.008
#> SRR1457291     2  0.4054    0.62017 0.000 0.744 0.012 0.236 0.008
#> SRR598220      3  0.5437    0.49209 0.000 0.128 0.652 0.220 0.000
#> SRR1477991     2  0.4527    0.73459 0.000 0.596 0.012 0.392 0.000
#> SRR598172      2  0.4230    0.64865 0.000 0.776 0.048 0.168 0.008
#> SRR1349032     4  0.2674    0.64832 0.000 0.120 0.012 0.868 0.000
#> SRR604002      2  0.6121    0.52054 0.000 0.528 0.324 0.148 0.000
#> SRR1378026     3  0.0000    0.93530 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404401     2  0.5696    0.67074 0.000 0.628 0.200 0.172 0.000
#> SRR1333240     2  0.6121    0.52054 0.000 0.528 0.324 0.148 0.000
#> SRR1089399     2  0.4482    0.73995 0.000 0.612 0.012 0.376 0.000
#> SRR603421      5  0.6581    0.02797 0.000 0.400 0.012 0.144 0.444
#> SRR812562      1  0.5423    0.81923 0.644 0.112 0.000 0.000 0.244
#> SRR808520      3  0.0000    0.93530 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811839      1  0.1522    0.85329 0.944 0.044 0.000 0.012 0.000
#> SRR814317      2  0.4639    0.74609 0.000 0.612 0.020 0.368 0.000
#> SRR1436763     4  0.1195    0.77877 0.000 0.000 0.012 0.960 0.028
#> SRR1486021     2  0.4730    0.71885 0.000 0.568 0.012 0.416 0.004
#> SRR1465018     2  0.5199    0.74508 0.000 0.636 0.072 0.292 0.000
#> SRR1080998     3  0.3821    0.74105 0.000 0.052 0.800 0.148 0.000
#> SRR1083432     3  0.0162    0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1082833     1  0.0794    0.85660 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.5403    0.81891 0.644 0.108 0.000 0.000 0.248
#> SRR1326536     3  0.0162    0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR614011      4  0.3618    0.69149 0.000 0.196 0.012 0.788 0.004
#> SRR1365873     2  0.5638    0.70797 0.000 0.632 0.152 0.216 0.000
#> SRR1498789     2  0.4054    0.62017 0.000 0.744 0.012 0.236 0.008
#> SRR601581      4  0.0854    0.77767 0.000 0.008 0.012 0.976 0.004
#> SRR603566      5  0.4184    0.63002 0.000 0.016 0.284 0.000 0.700
#> SRR1373981     1  0.0794    0.85660 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410      2  0.4054    0.62017 0.000 0.744 0.012 0.236 0.008
#> SRR1076511     5  0.6594    0.42909 0.000 0.164 0.012 0.324 0.500
#> SRR614143      3  0.3970    0.72728 0.000 0.056 0.788 0.156 0.000
#> SRR1333570     3  0.0324    0.93446 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1366813     2  0.4527    0.73523 0.000 0.596 0.012 0.392 0.000
#> SRR1388746     1  0.0609    0.85354 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558     3  0.2741    0.79217 0.000 0.004 0.860 0.132 0.004
#> SRR1409510     3  0.0162    0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR816250      2  0.4054    0.62017 0.000 0.744 0.012 0.236 0.008
#> SRR614131      4  0.2625    0.75071 0.000 0.048 0.012 0.900 0.040
#> SRR1331130     1  0.5459    0.82005 0.644 0.120 0.000 0.000 0.236
#> SRR1316015     3  0.0162    0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1470798     3  0.0162    0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR614179      3  0.0609    0.92500 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1474863     2  0.4857    0.74795 0.000 0.636 0.040 0.324 0.000
#> SRR813560      2  0.4547    0.73123 0.000 0.588 0.012 0.400 0.000
#> SRR1312187     4  0.0912    0.77475 0.000 0.016 0.012 0.972 0.000
#> SRR1420960     3  0.0162    0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1355102     3  0.0324    0.93446 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1084577     3  0.0162    0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR659971      5  0.4747    0.56377 0.000 0.008 0.012 0.376 0.604
#> SRR1350855     4  0.0854    0.77767 0.000 0.008 0.012 0.976 0.004
#> SRR820779      3  0.0162    0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1476300     3  0.0162    0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1090907     4  0.3705    0.69000 0.000 0.192 0.012 0.788 0.008
#> SRR662294      2  0.5703    0.68072 0.000 0.628 0.188 0.184 0.000
#> SRR1480789     3  0.0703    0.92332 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1336263     4  0.1483    0.78011 0.000 0.008 0.012 0.952 0.028
#> SRR660776      1  0.5163    0.83786 0.692 0.152 0.000 0.000 0.156
#> SRR1090508     2  0.6133    0.56258 0.000 0.544 0.292 0.164 0.000
#> SRR615563      4  0.4371    0.26573 0.000 0.000 0.012 0.644 0.344
#> SRR1101175     1  0.4317    0.84898 0.772 0.112 0.000 0.000 0.116
#> SRR2164650     3  0.0000    0.93530 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431205     2  0.5126    0.74661 0.000 0.636 0.064 0.300 0.000
#> SRR1339856     4  0.1670    0.74608 0.000 0.052 0.012 0.936 0.000
#> SRR1352147     2  0.4470    0.74022 0.000 0.616 0.012 0.372 0.000
#> SRR808968      1  0.0162    0.85519 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419      2  0.4482    0.73995 0.000 0.612 0.012 0.376 0.000
#> SRR1402391     1  0.0703    0.85319 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609      3  0.0000    0.93530 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2167857     2  0.4437    0.24182 0.000 0.532 0.464 0.004 0.000
#> SRR1398752     1  0.1444    0.85291 0.948 0.040 0.000 0.012 0.000
#> SRR1469169     1  0.0000    0.85490 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437     2  0.4557    0.72890 0.000 0.584 0.012 0.404 0.000
#> SRR1416955     1  0.5403    0.81891 0.644 0.108 0.000 0.000 0.248
#> SRR1317064     2  0.4658    0.62759 0.000 0.504 0.012 0.484 0.000
#> SRR659001      4  0.5600    0.53052 0.000 0.176 0.012 0.672 0.140
#> SRR2170696     4  0.1588    0.77787 0.000 0.008 0.016 0.948 0.028
#> SRR816589      3  0.0162    0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1087487     3  0.0000    0.93530 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329485     3  0.0162    0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR816920      4  0.1356    0.77963 0.000 0.004 0.012 0.956 0.028
#> SRR1341432     1  0.0290    0.85583 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590     4  0.3952    0.69716 0.000 0.176 0.012 0.788 0.024
#> SRR817046      3  0.0162    0.93444 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1471331     3  0.0162    0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR660788      4  0.3656    0.59610 0.000 0.000 0.032 0.800 0.168
#> SRR819234      1  0.0794    0.85660 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853      3  0.0404    0.93002 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR809427      4  0.3935    0.68349 0.000 0.220 0.012 0.760 0.008
#> SRR2170217     4  0.4268    0.68755 0.000 0.184 0.012 0.768 0.036
#> SRR1386967     3  0.0000    0.93530 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420344     2  0.4735    0.70955 0.000 0.608 0.012 0.372 0.008
#> SRR1334535     1  0.5305    0.82860 0.672 0.132 0.000 0.000 0.196
#> SRR614503      4  0.3750    0.54364 0.000 0.000 0.012 0.756 0.232
#> SRR602564      5  0.4558    0.63361 0.000 0.000 0.024 0.324 0.652
#> SRR1420669     4  0.1483    0.78011 0.000 0.008 0.012 0.952 0.028
#> SRR819024      3  0.0324    0.93446 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR656223      3  0.0000    0.93530 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR608428      2  0.4497    0.74284 0.000 0.632 0.016 0.352 0.000
#> SRR1345647     1  0.5322    0.82572 0.660 0.112 0.000 0.000 0.228
#> SRR1389324     2  0.5525    0.72691 0.000 0.636 0.124 0.240 0.000
#> SRR1361368     4  0.4502    0.51184 0.000 0.312 0.012 0.668 0.008
#> SRR1322619     2  0.4505    0.73846 0.000 0.604 0.012 0.384 0.000
#> SRR1349276     4  0.3597    0.69307 0.000 0.180 0.012 0.800 0.008
#> SRR1404024     1  0.5403    0.81891 0.644 0.108 0.000 0.000 0.248
#> SRR1370637     2  0.4494    0.73960 0.000 0.608 0.012 0.380 0.000
#> SRR1452631     4  0.4110    0.68838 0.000 0.184 0.012 0.776 0.028
#> SRR608392      5  0.3857    0.59215 0.000 0.000 0.312 0.000 0.688
#> SRR1357757     3  0.4021    0.71288 0.000 0.052 0.780 0.168 0.000
#> SRR1074646     4  0.1356    0.77963 0.000 0.004 0.012 0.956 0.028
#> SRR1367499     3  0.0000    0.93530 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343501     3  0.0000    0.93530 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394406     4  0.4426    0.47150 0.000 0.052 0.196 0.748 0.004
#> SRR1381435     3  0.0000    0.93530 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467407     1  0.4807    0.84143 0.728 0.132 0.000 0.000 0.140
#> SRR1092422     2  0.6121    0.52054 0.000 0.528 0.324 0.148 0.000
#> SRR1380270     3  0.0703    0.92332 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1091817     2  0.4054    0.62017 0.000 0.744 0.012 0.236 0.008
#> SRR1440137     2  0.4574    0.72359 0.000 0.576 0.012 0.412 0.000
#> SRR614311      4  0.3740    0.68877 0.000 0.196 0.012 0.784 0.008
#> SRR1407516     4  0.2395    0.73995 0.000 0.040 0.036 0.912 0.012
#> SRR815494      3  0.0162    0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1333209     4  0.4190    0.66637 0.000 0.256 0.012 0.724 0.008
#> SRR615177      4  0.4213    0.35330 0.000 0.000 0.012 0.680 0.308
#> SRR1099648     3  0.0000    0.93530 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659720      3  0.7168    0.30026 0.000 0.072 0.544 0.180 0.204
#> SRR2185057     1  0.3766    0.85434 0.828 0.104 0.000 0.012 0.056
#> SRR1467125     1  0.3367    0.85713 0.856 0.080 0.000 0.012 0.052
#> SRR657468      4  0.1990    0.76028 0.000 0.004 0.028 0.928 0.040
#> SRR660042      5  0.4514    0.72833 0.000 0.000 0.072 0.188 0.740
#> SRR2170864     2  0.4054    0.62017 0.000 0.744 0.012 0.236 0.008
#> SRR1440491     4  0.4110    0.67313 0.000 0.244 0.012 0.736 0.008
#> SRR1440852     3  0.0162    0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR811169      1  0.3191    0.85949 0.860 0.084 0.000 0.004 0.052
#> SRR1331311     4  0.0912    0.77391 0.000 0.016 0.012 0.972 0.000
#> SRR818009      1  0.0703    0.85319 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836     2  0.4908    0.74816 0.000 0.636 0.044 0.320 0.000
#> SRR1498313     2  0.6133    0.56287 0.000 0.544 0.292 0.164 0.000
#> SRR1441975     2  0.5470    0.73191 0.000 0.636 0.112 0.252 0.000
#> SRR819096      1  0.5718    0.82224 0.644 0.132 0.000 0.008 0.216
#> SRR1073679     2  0.5876    0.66788 0.000 0.604 0.192 0.204 0.000
#> SRR1489116     3  0.0000    0.93530 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354138     3  0.0162    0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1490589     3  0.0324    0.93446 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1412987     4  0.1356    0.78018 0.000 0.004 0.012 0.956 0.028
#> SRR602034      3  0.0162    0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1353437     1  0.5490    0.82088 0.644 0.128 0.000 0.000 0.228
#> SRR1072871     3  0.0290    0.93347 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR661577      5  0.6049    0.60228 0.000 0.160 0.012 0.212 0.616
#> SRR612190      4  0.1442    0.77912 0.000 0.004 0.012 0.952 0.032
#> SRR1399880     1  0.5738    0.82066 0.644 0.116 0.000 0.012 0.228
#> SRR1101787     4  0.1444    0.77456 0.000 0.000 0.012 0.948 0.040
#> SRR657869      1  0.0880    0.85325 0.968 0.032 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332     1  0.0000    0.85490 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039      1  0.5403    0.81891 0.644 0.108 0.000 0.000 0.248
#> SRR1485141     3  0.0162    0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1476697     1  0.0000    0.85490 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538     4  0.0807    0.77554 0.000 0.012 0.012 0.976 0.000
#> SRR1331422     1  0.0609    0.85368 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859      3  0.4575    0.61951 0.000 0.052 0.712 0.236 0.000
#> SRR1097594     1  0.0703    0.85627 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419     3  0.0162    0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1336706     3  0.0404    0.93002 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1472976     4  0.1483    0.78011 0.000 0.008 0.012 0.952 0.028
#> SRR1321307     1  0.0290    0.85451 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493      1  0.0162    0.85519 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461      3  0.0162    0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1477149     2  0.5779    0.65928 0.000 0.616 0.212 0.172 0.000
#> SRR1457397     3  0.3210    0.69703 0.000 0.212 0.788 0.000 0.000
#> SRR661913      3  0.0324    0.93446 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1069024     3  0.0703    0.92332 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR2165634     1  0.0162    0.85519 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722     3  0.0162    0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1328642     2  0.5696    0.66986 0.000 0.628 0.200 0.172 0.000
#> SRR1488261     3  0.0324    0.93446 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1318815     4  0.4157    0.68494 0.000 0.164 0.012 0.784 0.040
#> SRR816945      1  0.0703    0.85319 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432     4  0.4191    0.68823 0.000 0.184 0.012 0.772 0.032
#> SRR1359280     2  0.5702    0.68768 0.000 0.628 0.180 0.192 0.000
#> SRR1313910     2  0.4164    0.62256 0.000 0.728 0.012 0.252 0.008
#> SRR1457315     4  0.1483    0.77929 0.000 0.008 0.012 0.952 0.028
#> SRR815398      1  0.0290    0.85451 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958      5  0.3837    0.60141 0.000 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR600688      5  0.3934    0.71981 0.000 0.000 0.016 0.244 0.740
#> SRR1098952     1  0.2069    0.85589 0.924 0.052 0.000 0.012 0.012
#> SRR1314916     3  0.0162    0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR614167      5  0.3838    0.64021 0.000 0.000 0.280 0.004 0.716
#> SRR1348114     4  0.0912    0.77421 0.000 0.016 0.012 0.972 0.000
#> SRR658033      5  0.3863    0.71656 0.000 0.000 0.012 0.248 0.740
#> SRR1077503     3  0.3779    0.74506 0.000 0.052 0.804 0.144 0.000
#> SRR661854      5  0.4254    0.72911 0.000 0.000 0.040 0.220 0.740
#> SRR811379      4  0.2189    0.74166 0.000 0.000 0.012 0.904 0.084
#> SRR1318857     2  0.4828    0.72135 0.000 0.572 0.012 0.408 0.008
#> SRR656445      3  0.0000    0.93530 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433044     2  0.5696    0.67074 0.000 0.628 0.200 0.172 0.000
#> SRR1486391     1  0.0510    0.85592 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071      3  0.0324    0.93446 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1364824     1  0.5403    0.81891 0.644 0.108 0.000 0.000 0.248
#> SRR1379133     1  0.0794    0.85660 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.5329    0.83015 0.672 0.144 0.000 0.000 0.184
#> SRR816745      3  0.0404    0.93002 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR601038      3  0.0290    0.93220 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1360080     1  0.0000    0.85490 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868      3  0.2972    0.81853 0.000 0.024 0.864 0.108 0.004
#> SRR1485997     1  0.0880    0.85703 0.968 0.032 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560     4  0.1444    0.77456 0.000 0.000 0.012 0.948 0.040
#> SRR1333330     1  0.5403    0.81891 0.644 0.108 0.000 0.000 0.248
#> SRR663513      4  0.5168    0.17876 0.000 0.052 0.356 0.592 0.000
#> SRR1328407     3  0.4036    0.73263 0.000 0.068 0.788 0.144 0.000
#> SRR602784      3  0.0000    0.93530 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348468     4  0.4025    0.68883 0.000 0.184 0.012 0.780 0.024
#> SRR663717      4  0.4270    0.33119 0.000 0.000 0.012 0.668 0.320
#> SRR602217      2  0.5470    0.73191 0.000 0.636 0.112 0.252 0.000
#> SRR603140      3  0.4203    0.68692 0.000 0.052 0.760 0.188 0.000
#> SRR1340804     1  0.5403    0.81891 0.644 0.108 0.000 0.000 0.248
#> SRR1457574     3  0.0162    0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1333462     2  0.5832    0.62543 0.000 0.600 0.248 0.152 0.000
#> SRR1094601     1  0.5403    0.81891 0.644 0.108 0.000 0.000 0.248
#> SRR1434610     3  0.4730    0.57744 0.000 0.052 0.688 0.260 0.000
#> SRR1435833     4  0.3904    0.68501 0.000 0.216 0.012 0.764 0.008
#> SRR1398728     2  0.4082    0.61571 0.000 0.740 0.012 0.240 0.008
#> SRR1358343     4  0.2149    0.77808 0.000 0.036 0.012 0.924 0.028
#> SRR1410890     2  0.4054    0.62017 0.000 0.744 0.012 0.236 0.008
#> SRR1350371     1  0.4342    0.85133 0.788 0.116 0.000 0.012 0.084
#> SRR1392478     2  0.4507    0.70711 0.000 0.644 0.012 0.340 0.004
#> SRR1099260     3  0.0000    0.93530 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433576     3  0.0162    0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1345541     4  0.3110    0.69751 0.000 0.004 0.028 0.856 0.112
#> SRR1086328     1  0.0162    0.85519 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391      3  0.0324    0.93446 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1476207     3  0.0162    0.93444 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR627435      3  0.0613    0.93213 0.000 0.008 0.984 0.004 0.004
#> SRR1489862     1  0.4922    0.83873 0.716 0.128 0.000 0.000 0.156
#> SRR1419086     1  0.0162    0.85519 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.5459    0.82005 0.644 0.120 0.000 0.000 0.236
#> SRR1396191     3  0.0324    0.93446 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1490115     3  0.0404    0.93168 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1377714     3  0.3339    0.79110 0.000 0.048 0.840 0.112 0.000
#> SRR819394      1  0.5459    0.82007 0.644 0.120 0.000 0.000 0.236
#> SRR663161      5  0.4231    0.71419 0.000 0.016 0.012 0.232 0.740
#> SRR607042      3  0.0404    0.93002 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR656203      2  0.4574    0.72359 0.000 0.576 0.012 0.412 0.000
#> SRR660602      3  0.0000    0.93530 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440397     1  0.1399    0.86007 0.952 0.028 0.000 0.000 0.020
#> SRR1369264     1  0.5177    0.83234 0.688 0.132 0.000 0.000 0.180
#> SRR809233      1  0.0000    0.85490 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249      2  0.4574    0.72353 0.000 0.576 0.012 0.412 0.000
#> SRR661242      5  0.6987    0.18344 0.000 0.228 0.012 0.360 0.400
#> SRR1332007     3  0.0703    0.92332 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR809619      2  0.4836    0.74387 0.000 0.612 0.032 0.356 0.000
#> SRR819975      1  0.5354    0.82763 0.668 0.140 0.000 0.000 0.192
#> SRR599281      2  0.5404    0.73654 0.000 0.636 0.100 0.264 0.000
#> SRR662366      3  0.3048    0.74854 0.000 0.004 0.820 0.000 0.176
#> SRR1317898     3  0.0324    0.93446 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1382485     4  0.2522    0.66898 0.000 0.108 0.012 0.880 0.000
#> SRR2166420     1  0.5403    0.81891 0.644 0.108 0.000 0.000 0.248
#> SRR1419429     1  0.0404    0.85426 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541     3  0.0162    0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR817444      3  0.0000    0.93530 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320403     2  0.5490    0.73005 0.000 0.636 0.116 0.248 0.000
#> SRR1101483     4  0.2470    0.68220 0.000 0.104 0.012 0.884 0.000
#> SRR1331684     3  0.0162    0.93547 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1400054     5  0.5088    0.63412 0.000 0.036 0.012 0.308 0.644
#> SRR1406088     2  0.4574    0.72359 0.000 0.576 0.012 0.412 0.000
#> SRR820733      4  0.2149    0.74254 0.000 0.000 0.048 0.916 0.036
#> SRR1314113     4  0.2228    0.77478 0.000 0.028 0.012 0.920 0.040
#> SRR1382615     3  0.0000    0.93530 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480745     1  0.0162    0.85470 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850     2  0.5673    0.70499 0.000 0.628 0.156 0.216 0.000
#> SRR656782      3  0.3821    0.74105 0.000 0.052 0.800 0.148 0.000
#> SRR821364      1  0.0162    0.85567 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106     1  0.5627    0.82925 0.664 0.124 0.000 0.012 0.200
#> SRR659295      2  0.4727    0.27480 0.000 0.532 0.452 0.016 0.000
#> SRR1357103     3  0.0794    0.92113 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR809185      4  0.1012    0.77291 0.000 0.020 0.012 0.968 0.000
#> SRR811583      5  0.4928    0.48845 0.000 0.012 0.012 0.408 0.568
#> SRR1468050     1  0.1041    0.85799 0.964 0.032 0.000 0.000 0.004
#> SRR1440224     2  0.4054    0.62017 0.000 0.744 0.012 0.236 0.008

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4 p5    p6
#> SRR1500170     2  0.0935     0.6792 0.000 0.964 0.000 0.032 NA 0.000
#> SRR1402368     3  0.0458     0.8749 0.000 0.000 0.984 0.000 NA 0.000
#> SRR607743      3  0.6086     0.5776 0.000 0.176 0.636 0.104 NA 0.028
#> SRR1457375     2  0.1552     0.6778 0.000 0.940 0.004 0.036 NA 0.000
#> SRR1470923     1  0.2113     0.8291 0.896 0.000 0.000 0.008 NA 0.004
#> SRR817954      1  0.1148     0.8282 0.960 0.000 0.000 0.020 NA 0.016
#> SRR809259      1  0.4509     0.7917 0.620 0.000 0.000 0.020 NA 0.016
#> SRR1439785     3  0.0000     0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR814768      1  0.3911     0.8232 0.796 0.004 0.000 0.032 NA 0.036
#> SRR1102031     2  0.3232     0.5927 0.000 0.812 0.000 0.160 NA 0.008
#> SRR1363611     2  0.2933     0.5506 0.000 0.796 0.000 0.200 NA 0.000
#> SRR1468447     2  0.4115     0.6664 0.000 0.736 0.020 0.020 NA 0.004
#> SRR1071931     4  0.3619     0.6664 0.000 0.316 0.000 0.680 NA 0.000
#> SRR810981      1  0.0146     0.8248 0.996 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR615299      2  0.6835     0.2212 0.000 0.456 0.000 0.072 NA 0.268
#> SRR663585      3  0.0000     0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1326773     2  0.3878     0.6718 0.000 0.764 0.056 0.000 NA 0.004
#> SRR1351166     2  0.5009     0.5080 0.000 0.676 0.000 0.100 NA 0.020
#> SRR1477452     1  0.1464     0.8235 0.944 0.004 0.000 0.016 NA 0.036
#> SRR1084720     3  0.0000     0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1420320     4  0.2678     0.7696 0.000 0.116 0.000 0.860 NA 0.020
#> SRR1081712     2  0.4138     0.6575 0.000 0.720 0.048 0.000 NA 0.004
#> SRR1318241     3  0.4723     0.6206 0.000 0.232 0.664 0.000 NA 0.000
#> SRR1333718     3  0.0000     0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1313514     2  0.4494     0.6412 0.000 0.692 0.072 0.000 NA 0.004
#> SRR1477861     3  0.3678     0.7040 0.000 0.024 0.752 0.000 NA 0.004
#> SRR1318005     2  0.4818     0.6165 0.000 0.664 0.100 0.000 NA 0.004
#> SRR1354665     2  0.2294     0.6519 0.000 0.896 0.000 0.076 NA 0.008
#> SRR657707      3  0.4895     0.5694 0.000 0.264 0.632 0.000 NA 0.000
#> SRR1370742     3  0.0547     0.8736 0.000 0.000 0.980 0.000 NA 0.000
#> SRR1412947     2  0.2494     0.6333 0.000 0.864 0.000 0.120 NA 0.000
#> SRR661553      6  0.4760     0.6999 0.000 0.024 0.000 0.204 NA 0.700
#> SRR1328869     1  0.4090     0.7869 0.604 0.000 0.000 0.008 NA 0.004
#> SRR662211      2  0.5009     0.5080 0.000 0.676 0.000 0.100 NA 0.020
#> SRR1348181     3  0.0000     0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1416560     3  0.0458     0.8749 0.000 0.000 0.984 0.000 NA 0.000
#> SRR1319772     3  0.0000     0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1091452     4  0.3995     0.4213 0.000 0.480 0.000 0.516 NA 0.000
#> SRR1338812     1  0.3899     0.7802 0.592 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR1392072     2  0.5103     0.5110 0.000 0.676 0.004 0.096 NA 0.020
#> SRR814844      4  0.2191     0.7696 0.000 0.120 0.000 0.876 NA 0.000
#> SRR1376619     3  0.0000     0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR603690      6  0.2151     0.8201 0.000 0.016 0.000 0.072 NA 0.904
#> SRR2184980     2  0.1657     0.6686 0.000 0.928 0.000 0.056 NA 0.000
#> SRR613963      4  0.5120     0.2783 0.000 0.016 0.000 0.612 NA 0.300
#> SRR1323422     1  0.4471     0.7994 0.648 0.000 0.000 0.020 NA 0.020
#> SRR1397673     3  0.0000     0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1434650     3  0.3627     0.7040 0.000 0.020 0.752 0.000 NA 0.004
#> SRR659875      3  0.0260     0.8763 0.000 0.000 0.992 0.000 NA 0.000
#> SRR1465734     3  0.4914     0.5627 0.000 0.268 0.628 0.000 NA 0.000
#> SRR1076847     2  0.4223     0.6540 0.000 0.712 0.052 0.000 NA 0.004
#> SRR1415072     1  0.4891     0.7850 0.592 0.004 0.000 0.032 NA 0.016
#> SRR659319      3  0.0000     0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR663088      4  0.2844     0.7557 0.000 0.104 0.000 0.860 NA 0.016
#> SRR1352021     1  0.4200     0.7824 0.592 0.000 0.000 0.004 NA 0.012
#> SRR1325527     1  0.3506     0.8271 0.800 0.000 0.000 0.020 NA 0.020
#> SRR1105369     1  0.3911     0.8236 0.796 0.004 0.000 0.032 NA 0.036
#> SRR659935      4  0.3109     0.7532 0.000 0.224 0.000 0.772 NA 0.000
#> SRR1352530     3  0.0000     0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR662594      6  0.2613     0.8197 0.000 0.016 0.000 0.068 NA 0.884
#> SRR1095309     1  0.0291     0.8248 0.992 0.000 0.000 0.004 NA 0.004
#> SRR615647      6  0.1838     0.8097 0.000 0.000 0.068 0.016 NA 0.916
#> SRR813019      3  0.5976     0.3086 0.000 0.264 0.484 0.000 NA 0.004
#> SRR1374647     2  0.4686     0.6270 0.000 0.676 0.088 0.000 NA 0.004
#> SRR603472      3  0.5277     0.5072 0.000 0.156 0.616 0.000 NA 0.004
#> SRR661529      6  0.2755     0.8182 0.000 0.016 0.000 0.068 NA 0.876
#> SRR607018      3  0.0000     0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR627423      4  0.1411     0.7450 0.000 0.060 0.000 0.936 NA 0.000
#> SRR654921      4  0.2135     0.7711 0.000 0.128 0.000 0.872 NA 0.000
#> SRR1418968     1  0.0146     0.8248 0.996 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR660871      6  0.1610     0.7995 0.000 0.000 0.084 0.000 NA 0.916
#> SRR1330522     3  0.0000     0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1499958     2  0.1700     0.6574 0.000 0.916 0.000 0.080 NA 0.000
#> SRR614059      6  0.2755     0.8240 0.000 0.000 0.016 0.068 NA 0.876
#> SRR1071403     1  0.4376     0.7834 0.592 0.000 0.000 0.012 NA 0.012
#> SRR1486719     2  0.1816     0.6897 0.000 0.928 0.004 0.016 NA 0.004
#> SRR1440421     2  0.4289     0.6617 0.000 0.720 0.036 0.012 NA 0.004
#> SRR1310412     3  0.4914     0.5627 0.000 0.268 0.628 0.000 NA 0.000
#> SRR614767      2  0.5009     0.5080 0.000 0.676 0.000 0.100 NA 0.020
#> SRR820709      1  0.1636     0.8228 0.936 0.004 0.000 0.024 NA 0.036
#> SRR1471500     1  0.4118     0.7810 0.592 0.000 0.000 0.004 NA 0.008
#> SRR658093      3  0.3804     0.2832 0.000 0.000 0.576 0.000 NA 0.424
#> SRR1088168     3  0.0000     0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1418707     2  0.0632     0.6826 0.000 0.976 0.000 0.024 NA 0.000
#> SRR1354291     2  0.4102     0.6569 0.000 0.720 0.044 0.000 NA 0.004
#> SRR2165806     1  0.0146     0.8259 0.996 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR1415684     4  0.3820     0.7396 0.000 0.112 0.000 0.804 NA 0.052
#> SRR1433860     3  0.0000     0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1311062     2  0.5103     0.5110 0.000 0.676 0.004 0.096 NA 0.020
#> SRR1360359     1  0.3899     0.7802 0.592 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR661385      3  0.0000     0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR615407      6  0.1838     0.8209 0.000 0.016 0.000 0.068 NA 0.916
#> SRR1413892     3  0.0000     0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1443459     4  0.6045     0.3460 0.000 0.360 0.000 0.472 NA 0.020
#> SRR1338942     1  0.3899     0.7802 0.592 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR657480      3  0.2376     0.8279 0.000 0.068 0.888 0.000 NA 0.000
#> SRR1399433     4  0.3623     0.7297 0.000 0.096 0.000 0.820 NA 0.056
#> SRR818537      3  0.3052     0.7226 0.000 0.000 0.780 0.000 NA 0.004
#> SRR1101324     4  0.4054     0.7353 0.000 0.192 0.008 0.748 NA 0.000
#> SRR807637      6  0.5231     0.5334 0.000 0.012 0.000 0.344 NA 0.568
#> SRR1091918     1  0.1237     0.8281 0.956 0.000 0.000 0.020 NA 0.020
#> SRR598300      6  0.2674     0.8201 0.000 0.008 0.008 0.068 NA 0.884
#> SRR1085426     1  0.0291     0.8250 0.992 0.000 0.000 0.004 NA 0.004
#> SRR1376294     2  0.5009     0.5080 0.000 0.676 0.000 0.100 NA 0.020
#> SRR813891      1  0.3899     0.7810 0.592 0.000 0.000 0.004 NA 0.000
#> SRR1467431     2  0.3907     0.6786 0.000 0.776 0.028 0.020 NA 0.004
#> SRR658742      6  0.3460     0.8054 0.000 0.016 0.000 0.084 NA 0.828
#> SRR1419234     1  0.4310     0.8006 0.656 0.000 0.000 0.016 NA 0.016
#> SRR1404813     2  0.5051     0.5037 0.000 0.672 0.000 0.104 NA 0.020
#> SRR603496      6  0.1942     0.8249 0.000 0.008 0.012 0.064 NA 0.916
#> SRR1407758     3  0.0000     0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR810945      2  0.2973     0.6829 0.000 0.836 0.024 0.004 NA 0.000
#> SRR817234      2  0.4280     0.6522 0.000 0.708 0.056 0.000 NA 0.004
#> SRR1444852     3  0.0000     0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR660378      6  0.1700     0.8026 0.000 0.000 0.080 0.004 NA 0.916
#> SRR1467835     2  0.5009     0.5080 0.000 0.676 0.000 0.100 NA 0.020
#> SRR1338964     3  0.4599     0.6460 0.000 0.212 0.684 0.000 NA 0.000
#> SRR1079259     2  0.4659     0.3731 0.000 0.704 0.008 0.180 NA 0.000
#> SRR1072345     3  0.4969     0.5415 0.000 0.280 0.616 0.000 NA 0.000
#> SRR598725      3  0.0547     0.8736 0.000 0.000 0.980 0.000 NA 0.000
#> SRR1447938     1  0.3899     0.7809 0.592 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR1356397     1  0.1053     0.8284 0.964 0.000 0.000 0.020 NA 0.012
#> SRR1360460     4  0.4677     0.6487 0.000 0.076 0.000 0.708 NA 0.020
#> SRR1429468     2  0.0790     0.6796 0.000 0.968 0.000 0.032 NA 0.000
#> SRR1446850     2  0.3000     0.6812 0.000 0.824 0.016 0.000 NA 0.004
#> SRR1320363     3  0.0713     0.8707 0.000 0.000 0.972 0.000 NA 0.000
#> SRR1413810     3  0.0000     0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR598831      6  0.1757     0.8199 0.000 0.008 0.000 0.076 NA 0.916
#> SRR1381865     1  0.4513     0.7850 0.596 0.000 0.000 0.016 NA 0.016
#> SRR660957      3  0.0547     0.8736 0.000 0.000 0.980 0.000 NA 0.000
#> SRR1491332     3  0.0000     0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1099744     2  0.5009     0.5080 0.000 0.676 0.000 0.100 NA 0.020
#> SRR1464618     4  0.5942     0.5387 0.000 0.232 0.000 0.552 NA 0.020
#> SRR1414559     4  0.4181     0.6778 0.000 0.076 0.000 0.788 NA 0.068
#> SRR1337540     4  0.2355     0.7654 0.000 0.112 0.000 0.876 NA 0.004
#> SRR1444283     1  0.1218     0.8247 0.956 0.004 0.000 0.012 NA 0.028
#> SRR2184942     3  0.4895     0.5694 0.000 0.264 0.632 0.000 NA 0.000
#> SRR660295      1  0.0993     0.8240 0.964 0.000 0.000 0.012 NA 0.024
#> SRR601335      3  0.0000     0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1363742     3  0.0000     0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1345847     2  0.1321     0.6830 0.000 0.952 0.004 0.020 NA 0.000
#> SRR614960      6  0.1908     0.8151 0.000 0.000 0.056 0.028 NA 0.916
#> SRR819919      1  0.0972     0.8243 0.964 0.000 0.000 0.008 NA 0.028
#> SRR603330      2  0.5351     0.5571 0.000 0.604 0.160 0.000 NA 0.004
#> SRR1327951     1  0.0405     0.8252 0.988 0.000 0.000 0.008 NA 0.004
#> SRR1401885     1  0.3993     0.7806 0.592 0.000 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1345266     2  0.2994     0.5085 0.000 0.788 0.000 0.208 NA 0.000
#> SRR1338055     2  0.4992     0.6549 0.000 0.652 0.036 0.036 NA 0.004
#> SRR1430157     2  0.0891     0.6827 0.000 0.968 0.000 0.024 NA 0.000
#> SRR1320137     2  0.2527     0.6007 0.000 0.832 0.000 0.168 NA 0.000
#> SRR1093483     1  0.3516     0.8252 0.832 0.004 0.000 0.032 NA 0.036
#> SRR1341080     1  0.3899     0.7802 0.592 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR1459913     3  0.0547     0.8736 0.000 0.000 0.980 0.000 NA 0.000
#> SRR2170490     1  0.0146     0.8254 0.996 0.000 0.000 0.004 NA 0.000
#> SRR1479845     3  0.2066     0.8365 0.000 0.072 0.904 0.000 NA 0.000
#> SRR1436420     1  0.0862     0.8278 0.972 0.000 0.000 0.016 NA 0.008
#> SRR1481060     3  0.1588     0.8385 0.000 0.000 0.924 0.000 NA 0.004
#> SRR662282      6  0.1700     0.8026 0.000 0.000 0.080 0.004 NA 0.916
#> SRR1487089     4  0.2260     0.7718 0.000 0.140 0.000 0.860 NA 0.000
#> SRR1075683     1  0.3899     0.7802 0.592 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR1338536     1  0.3899     0.7809 0.592 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR1338880     2  0.1946     0.6603 0.000 0.912 0.004 0.072 NA 0.000
#> SRR1453456     3  0.0000     0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1457895     1  0.0508     0.8261 0.984 0.000 0.000 0.012 NA 0.004
#> SRR1440603     3  0.3780     0.6979 0.000 0.028 0.744 0.000 NA 0.004
#> SRR658633      2  0.2568     0.6878 0.000 0.880 0.004 0.024 NA 0.004
#> SRR1388081     4  0.6335     0.3430 0.000 0.344 0.000 0.428 NA 0.020
#> SRR813339      3  0.0632     0.8722 0.000 0.000 0.976 0.000 NA 0.000
#> SRR809725      1  0.4343     0.7829 0.592 0.000 0.000 0.020 NA 0.004
#> SRR627441      2  0.5956     0.5648 0.000 0.596 0.100 0.000 NA 0.072
#> SRR613603      6  0.1982     0.8247 0.000 0.000 0.016 0.068 NA 0.912
#> SRR1096571     3  0.3023     0.7249 0.000 0.000 0.784 0.000 NA 0.004
#> SRR1392701     1  0.3467     0.8253 0.836 0.004 0.000 0.032 NA 0.036
#> SRR1344326     1  0.0146     0.8248 0.996 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR1367693     2  0.3426     0.3938 0.000 0.720 0.000 0.276 NA 0.000
#> SRR660697      4  0.2632     0.7721 0.000 0.164 0.000 0.832 NA 0.000
#> SRR1489926     3  0.4914     0.5627 0.000 0.268 0.628 0.000 NA 0.000
#> SRR811491      3  0.0632     0.8722 0.000 0.000 0.976 0.000 NA 0.000
#> SRR1311644     4  0.3485     0.7598 0.000 0.152 0.004 0.800 NA 0.000
#> SRR1451740     3  0.0000     0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR615117      6  0.7193     0.2886 0.000 0.124 0.236 0.000 NA 0.432
#> SRR1391748     4  0.1951     0.7430 0.000 0.060 0.000 0.916 NA 0.020
#> SRR1466556     3  0.0000     0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR614972      6  0.1700     0.8026 0.000 0.000 0.080 0.004 NA 0.916
#> SRR1406200     1  0.3993     0.7806 0.592 0.000 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR819210      4  0.3675     0.6653 0.000 0.044 0.000 0.816 NA 0.104
#> SRR662174      1  0.4036     0.8219 0.792 0.004 0.000 0.040 NA 0.040
#> SRR811988      1  0.4212     0.7824 0.592 0.000 0.000 0.008 NA 0.008
#> SRR663236      6  0.6197     0.3938 0.000 0.056 0.012 0.360 NA 0.504
#> SRR1312598     2  0.2265     0.6518 0.000 0.896 0.000 0.076 NA 0.004
#> SRR1330129     2  0.4390     0.6471 0.000 0.700 0.064 0.000 NA 0.004
#> SRR1357781     2  0.4775     0.6214 0.000 0.668 0.096 0.000 NA 0.004
#> SRR1315517     2  0.5995     0.5440 0.000 0.492 0.028 0.060 NA 0.024
#> SRR1400032     3  0.0000     0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1413722     1  0.4370     0.7924 0.616 0.000 0.000 0.020 NA 0.008
#> SRR612827      3  0.4988     0.1001 0.000 0.000 0.484 0.000 NA 0.448
#> SRR814794      1  0.0291     0.8250 0.992 0.000 0.000 0.004 NA 0.004
#> SRR819430      1  0.4416     0.7862 0.600 0.000 0.000 0.020 NA 0.008
#> SRR1395509     4  0.2191     0.7696 0.000 0.120 0.000 0.876 NA 0.000
#> SRR808728      3  0.0146     0.8782 0.000 0.000 0.996 0.000 NA 0.000
#> SRR1070813     2  0.0790     0.6796 0.000 0.968 0.000 0.032 NA 0.000
#> SRR1389133     3  0.5149     0.5840 0.000 0.248 0.640 0.016 NA 0.000
#> SRR601263      3  0.2728     0.8137 0.000 0.040 0.860 0.000 NA 0.000
#> SRR604718      4  0.4611     0.2316 0.000 0.016 0.000 0.584 NA 0.380
#> SRR1481351     3  0.3611     0.7702 0.000 0.096 0.796 0.000 NA 0.000
#> SRR1334608     3  0.0000     0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR658681      3  0.2838     0.7498 0.000 0.000 0.808 0.000 NA 0.004
#> SRR809283      4  0.3246     0.6452 0.000 0.016 0.000 0.844 NA 0.068
#> SRR1459300     1  0.0508     0.8261 0.984 0.000 0.000 0.012 NA 0.004
#> SRR1392547     3  0.3081     0.7201 0.000 0.000 0.776 0.000 NA 0.004
#> SRR811049      3  0.4914     0.5629 0.000 0.268 0.628 0.000 NA 0.000
#> SRR1464835     4  0.1411     0.7450 0.000 0.060 0.000 0.936 NA 0.000
#> SRR1339619     2  0.5636     0.3984 0.000 0.604 0.000 0.172 NA 0.020
#> SRR658501      3  0.0000     0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1447523     3  0.1267     0.8563 0.000 0.000 0.940 0.000 NA 0.000
#> SRR1415048     1  0.0146     0.8254 0.996 0.000 0.000 0.004 NA 0.000
#> SRR1355451     1  0.3133     0.8221 0.804 0.000 0.000 0.008 NA 0.008
#> SRR1444348     2  0.2838     0.5393 0.000 0.808 0.000 0.188 NA 0.000
#> SRR603890      2  0.5541     0.5981 0.000 0.560 0.032 0.060 NA 0.004
#> SRR810595      3  0.0000     0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1446244     4  0.6028     0.4047 0.000 0.336 0.000 0.492 NA 0.020
#> SRR817373      4  0.6312     0.3813 0.000 0.328 0.000 0.444 NA 0.020
#> SRR1457291     2  0.5051     0.5037 0.000 0.672 0.000 0.104 NA 0.020
#> SRR598220      3  0.5538     0.4028 0.000 0.336 0.552 0.020 NA 0.000
#> SRR1477991     2  0.1349     0.6711 0.000 0.940 0.000 0.056 NA 0.000
#> SRR598172      2  0.5971     0.5368 0.000 0.524 0.020 0.076 NA 0.024
#> SRR1349032     2  0.4631    -0.2672 0.000 0.536 0.000 0.428 NA 0.004
#> SRR604002      2  0.4979     0.6009 0.000 0.648 0.116 0.000 NA 0.004
#> SRR1378026     3  0.0000     0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1404401     2  0.4390     0.6471 0.000 0.700 0.064 0.000 NA 0.004
#> SRR1333240     2  0.4979     0.6009 0.000 0.648 0.116 0.000 NA 0.004
#> SRR1089399     2  0.0547     0.6829 0.000 0.980 0.000 0.020 NA 0.000
#> SRR603421      6  0.5184     0.4589 0.000 0.224 0.000 0.008 NA 0.636
#> SRR812562      1  0.3993     0.7806 0.592 0.000 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR808520      3  0.0000     0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR811839      1  0.1418     0.8248 0.944 0.000 0.000 0.024 NA 0.032
#> SRR814317      2  0.0777     0.6830 0.000 0.972 0.004 0.024 NA 0.000
#> SRR1436763     4  0.2100     0.7671 0.000 0.112 0.000 0.884 NA 0.000
#> SRR1486021     2  0.3141     0.6341 0.000 0.852 0.000 0.084 NA 0.024
#> SRR1465018     2  0.3979     0.6632 0.000 0.736 0.024 0.008 NA 0.004
#> SRR1080998     3  0.4855     0.5826 0.000 0.256 0.640 0.000 NA 0.000
#> SRR1083432     3  0.0000     0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1082833     1  0.1003     0.8276 0.964 0.000 0.000 0.016 NA 0.020
#> SRR1465804     1  0.3899     0.7802 0.592 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR1326536     3  0.0000     0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR614011      4  0.6271     0.4321 0.000 0.300 0.000 0.468 NA 0.020
#> SRR1365873     2  0.4223     0.6541 0.000 0.712 0.052 0.000 NA 0.004
#> SRR1498789     2  0.5009     0.5080 0.000 0.676 0.000 0.100 NA 0.020
#> SRR601581      4  0.3215     0.7447 0.000 0.240 0.000 0.756 NA 0.000
#> SRR603566      6  0.1556     0.8011 0.000 0.000 0.080 0.000 NA 0.920
#> SRR1373981     1  0.0820     0.8270 0.972 0.000 0.000 0.012 NA 0.016
#> SRR821410      2  0.5009     0.5080 0.000 0.676 0.000 0.100 NA 0.020
#> SRR1076511     6  0.6083     0.4631 0.000 0.016 0.000 0.328 NA 0.480
#> SRR614143      3  0.5382     0.4677 0.000 0.288 0.564 0.000 NA 0.000
#> SRR1333570     3  0.0547     0.8736 0.000 0.000 0.980 0.000 NA 0.000
#> SRR1366813     2  0.1082     0.6776 0.000 0.956 0.000 0.040 NA 0.000
#> SRR1388746     1  0.0508     0.8244 0.984 0.000 0.000 0.004 NA 0.012
#> SRR1420558     3  0.3756     0.7264 0.000 0.004 0.788 0.132 NA 0.000
#> SRR1409510     3  0.0000     0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR816250      2  0.5009     0.5080 0.000 0.676 0.000 0.100 NA 0.020
#> SRR614131      4  0.3895     0.6977 0.000 0.284 0.000 0.696 NA 0.016
#> SRR1331130     1  0.4118     0.7820 0.592 0.000 0.000 0.004 NA 0.008
#> SRR1316015     3  0.0000     0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1470798     3  0.0000     0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR614179      3  0.3023     0.7249 0.000 0.000 0.784 0.000 NA 0.004
#> SRR1474863     2  0.4052     0.6707 0.000 0.752 0.020 0.024 NA 0.004
#> SRR813560      2  0.1434     0.6724 0.000 0.940 0.000 0.048 NA 0.000
#> SRR1312187     4  0.3668     0.6808 0.000 0.328 0.000 0.668 NA 0.000
#> SRR1420960     3  0.0000     0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1355102     3  0.0260     0.8772 0.000 0.000 0.992 0.000 NA 0.000
#> SRR1084577     3  0.0000     0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR659971      6  0.4838     0.6366 0.000 0.152 0.000 0.140 NA 0.696
#> SRR1350855     4  0.2664     0.7658 0.000 0.184 0.000 0.816 NA 0.000
#> SRR820779      3  0.0000     0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1476300     3  0.0000     0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1090907     4  0.4502     0.6720 0.000 0.100 0.000 0.740 NA 0.020
#> SRR662294      2  0.4390     0.6471 0.000 0.700 0.064 0.000 NA 0.004
#> SRR1480789     3  0.3023     0.7249 0.000 0.000 0.784 0.000 NA 0.004
#> SRR1336263     4  0.2300     0.7719 0.000 0.144 0.000 0.856 NA 0.000
#> SRR660776      1  0.4828     0.8036 0.652 0.000 0.000 0.032 NA 0.036
#> SRR1090508     2  0.4859     0.6116 0.000 0.660 0.104 0.000 NA 0.004
#> SRR615563      4  0.4327     0.4019 0.000 0.016 0.000 0.652 NA 0.316
#> SRR1101175     1  0.3658     0.8237 0.776 0.000 0.000 0.020 NA 0.016
#> SRR2164650     3  0.0000     0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1431205     2  0.3979     0.6632 0.000 0.736 0.024 0.008 NA 0.004
#> SRR1339856     4  0.3351     0.7147 0.000 0.288 0.000 0.712 NA 0.000
#> SRR1352147     2  0.1074     0.6824 0.000 0.960 0.000 0.028 NA 0.000
#> SRR808968      1  0.0260     0.8254 0.992 0.000 0.000 0.008 NA 0.000
#> SRR627419      2  0.0713     0.6810 0.000 0.972 0.000 0.028 NA 0.000
#> SRR1402391     1  0.0603     0.8242 0.980 0.000 0.000 0.004 NA 0.016
#> SRR663609      3  0.0000     0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR2167857     2  0.5614     0.5105 0.000 0.564 0.200 0.000 NA 0.004
#> SRR1398752     1  0.1716     0.8229 0.932 0.004 0.000 0.028 NA 0.036
#> SRR1469169     1  0.0291     0.8250 0.992 0.000 0.000 0.004 NA 0.004
#> SRR1405437     2  0.1779     0.6629 0.000 0.920 0.000 0.064 NA 0.000
#> SRR1416955     1  0.3899     0.7802 0.592 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR1317064     2  0.3448     0.4021 0.000 0.716 0.000 0.280 NA 0.000
#> SRR659001      4  0.5058     0.5888 0.000 0.032 0.000 0.672 NA 0.076
#> SRR2170696     4  0.3473     0.7548 0.000 0.192 0.004 0.780 NA 0.000
#> SRR816589      3  0.0000     0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1087487     3  0.0000     0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1329485     3  0.0000     0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR816920      4  0.2402     0.7716 0.000 0.140 0.000 0.856 NA 0.000
#> SRR1341432     1  0.0508     0.8259 0.984 0.000 0.000 0.004 NA 0.012
#> SRR1361590     4  0.1411     0.7450 0.000 0.060 0.000 0.936 NA 0.000
#> SRR817046      3  0.0865     0.8677 0.000 0.000 0.964 0.000 NA 0.000
#> SRR1471331     3  0.0000     0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR660788      4  0.4804     0.6832 0.000 0.108 0.020 0.752 NA 0.084
#> SRR819234      1  0.0909     0.8272 0.968 0.000 0.000 0.012 NA 0.020
#> SRR810853      3  0.2558     0.7758 0.000 0.000 0.840 0.000 NA 0.004
#> SRR809427      4  0.6299     0.4121 0.000 0.312 0.000 0.456 NA 0.020
#> SRR2170217     4  0.2952     0.7127 0.000 0.052 0.000 0.864 NA 0.016
#> SRR1386967     3  0.0000     0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1420344     2  0.3442     0.6157 0.000 0.824 0.000 0.104 NA 0.012
#> SRR1334535     1  0.4334     0.7879 0.608 0.000 0.000 0.012 NA 0.012
#> SRR614503      4  0.3962     0.6203 0.000 0.044 0.000 0.752 NA 0.196
#> SRR602564      6  0.3817     0.7433 0.000 0.100 0.000 0.100 NA 0.792
#> SRR1420669     4  0.2362     0.7717 0.000 0.136 0.000 0.860 NA 0.000
#> SRR819024      3  0.1444     0.8500 0.000 0.000 0.928 0.000 NA 0.000
#> SRR656223      3  0.0000     0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR608428      2  0.1633     0.6871 0.000 0.932 0.000 0.024 NA 0.000
#> SRR1345647     1  0.3996     0.7863 0.604 0.000 0.000 0.004 NA 0.004
#> SRR1389324     2  0.4013     0.6598 0.000 0.728 0.040 0.000 NA 0.004
#> SRR1361368     2  0.6106    -0.2648 0.000 0.432 0.000 0.396 NA 0.020
#> SRR1322619     2  0.0865     0.6788 0.000 0.964 0.000 0.036 NA 0.000
#> SRR1349276     4  0.3894     0.6951 0.000 0.064 0.000 0.792 NA 0.020
#> SRR1404024     1  0.3899     0.7802 0.592 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR1370637     2  0.1082     0.6766 0.000 0.956 0.000 0.040 NA 0.000
#> SRR1452631     4  0.4495     0.6493 0.000 0.060 0.000 0.720 NA 0.020
#> SRR608392      6  0.1910     0.7771 0.000 0.000 0.108 0.000 NA 0.892
#> SRR1357757     3  0.5783     0.5439 0.000 0.240 0.604 0.052 NA 0.000
#> SRR1074646     4  0.2632     0.7693 0.000 0.164 0.000 0.832 NA 0.000
#> SRR1367499     3  0.0000     0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1343501     3  0.0000     0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1394406     4  0.6401     0.3940 0.000 0.328 0.080 0.492 NA 0.000
#> SRR1381435     3  0.0000     0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1467407     1  0.4153     0.8126 0.712 0.000 0.000 0.020 NA 0.020
#> SRR1092422     2  0.4979     0.6009 0.000 0.648 0.116 0.000 NA 0.004
#> SRR1380270     3  0.3023     0.7249 0.000 0.000 0.784 0.000 NA 0.004
#> SRR1091817     2  0.5009     0.5080 0.000 0.676 0.000 0.100 NA 0.020
#> SRR1440137     2  0.2234     0.6342 0.000 0.872 0.000 0.124 NA 0.000
#> SRR614311      4  0.6045     0.5198 0.000 0.240 0.000 0.532 NA 0.020
#> SRR1407516     4  0.4035     0.7131 0.000 0.256 0.016 0.712 NA 0.000
#> SRR815494      3  0.0000     0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1333209     4  0.6263     0.4242 0.000 0.304 0.000 0.468 NA 0.020
#> SRR615177      4  0.4070     0.5633 0.000 0.020 0.000 0.764 NA 0.168
#> SRR1099648     3  0.0000     0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR659720      2  0.7457    -0.0676 0.000 0.328 0.256 0.000 NA 0.288
#> SRR2185057     1  0.4036     0.8219 0.792 0.004 0.000 0.040 NA 0.040
#> SRR1467125     1  0.3611     0.8265 0.816 0.004 0.000 0.028 NA 0.028
#> SRR657468      4  0.4310     0.7228 0.000 0.208 0.008 0.728 NA 0.004
#> SRR660042      6  0.2755     0.8240 0.000 0.000 0.016 0.068 NA 0.876
#> SRR2170864     2  0.5009     0.5080 0.000 0.676 0.000 0.100 NA 0.020
#> SRR1440491     4  0.6329     0.3809 0.000 0.328 0.000 0.440 NA 0.020
#> SRR1440852     3  0.0000     0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR811169      1  0.3273     0.8295 0.832 0.000 0.000 0.024 NA 0.024
#> SRR1331311     4  0.2994     0.7603 0.000 0.208 0.000 0.788 NA 0.000
#> SRR818009      1  0.0692     0.8239 0.976 0.000 0.000 0.004 NA 0.020
#> SRR1351836     2  0.3819     0.6675 0.000 0.752 0.020 0.008 NA 0.004
#> SRR1498313     2  0.4859     0.6116 0.000 0.660 0.104 0.000 NA 0.004
#> SRR1441975     2  0.4013     0.6598 0.000 0.728 0.040 0.000 NA 0.004
#> SRR819096      1  0.4407     0.7831 0.592 0.000 0.000 0.024 NA 0.004
#> SRR1073679     2  0.3282     0.6145 0.000 0.808 0.164 0.012 NA 0.000
#> SRR1489116     3  0.0260     0.8771 0.000 0.000 0.992 0.000 NA 0.000
#> SRR1354138     3  0.0000     0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1490589     3  0.0547     0.8736 0.000 0.000 0.980 0.000 NA 0.000
#> SRR1412987     4  0.2191     0.7696 0.000 0.120 0.000 0.876 NA 0.000
#> SRR602034      3  0.0000     0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1353437     1  0.4376     0.7833 0.592 0.000 0.000 0.012 NA 0.012
#> SRR1072871     3  0.1204     0.8617 0.000 0.000 0.944 0.000 NA 0.000
#> SRR661577      6  0.5190     0.6758 0.000 0.012 0.000 0.136 NA 0.648
#> SRR612190      4  0.2482     0.7722 0.000 0.148 0.000 0.848 NA 0.000
#> SRR1399880     1  0.4714     0.7826 0.592 0.004 0.000 0.020 NA 0.016
#> SRR1101787     4  0.3398     0.7484 0.000 0.216 0.000 0.768 NA 0.012
#> SRR657869      1  0.0993     0.8240 0.964 0.000 0.000 0.012 NA 0.024
#> SRR1446332     1  0.0146     0.8248 0.996 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR816039      1  0.3899     0.7802 0.592 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR1485141     3  0.0000     0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1476697     1  0.0146     0.8248 0.996 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR1379538     4  0.2762     0.7646 0.000 0.196 0.000 0.804 NA 0.000
#> SRR1331422     1  0.0363     0.8247 0.988 0.000 0.000 0.000 NA 0.012
#> SRR660859      3  0.6414     0.3981 0.000 0.280 0.524 0.088 NA 0.000
#> SRR1097594     1  0.0725     0.8267 0.976 0.000 0.000 0.012 NA 0.012
#> SRR1311419     3  0.0000     0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1336706     3  0.1644     0.8369 0.000 0.000 0.920 0.000 NA 0.004
#> SRR1472976     4  0.2146     0.7688 0.000 0.116 0.000 0.880 NA 0.000
#> SRR1321307     1  0.0146     0.8248 0.996 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR807493      1  0.0405     0.8252 0.988 0.000 0.000 0.008 NA 0.004
#> SRR812461      3  0.0000     0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1477149     2  0.4443     0.6444 0.000 0.696 0.068 0.000 NA 0.004
#> SRR1457397     3  0.5321     0.4952 0.000 0.156 0.608 0.000 NA 0.004
#> SRR661913      3  0.0547     0.8736 0.000 0.000 0.980 0.000 NA 0.000
#> SRR1069024     3  0.3052     0.7226 0.000 0.000 0.780 0.000 NA 0.004
#> SRR2165634     1  0.0260     0.8254 0.992 0.000 0.000 0.008 NA 0.000
#> SRR1478722     3  0.0000     0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1328642     2  0.4390     0.6471 0.000 0.700 0.064 0.000 NA 0.004
#> SRR1488261     3  0.1444     0.8501 0.000 0.000 0.928 0.000 NA 0.000
#> SRR1318815     4  0.1411     0.7450 0.000 0.060 0.000 0.936 NA 0.000
#> SRR816945      1  0.0692     0.8239 0.976 0.000 0.000 0.004 NA 0.020
#> SRR1367432     4  0.2670     0.7205 0.000 0.052 0.000 0.884 NA 0.020
#> SRR1359280     2  0.4336     0.6502 0.000 0.704 0.060 0.000 NA 0.004
#> SRR1313910     2  0.4971     0.5246 0.000 0.692 0.000 0.136 NA 0.020
#> SRR1457315     4  0.2482     0.7714 0.000 0.148 0.000 0.848 NA 0.000
#> SRR815398      1  0.0146     0.8248 0.996 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR656958      6  0.1863     0.7819 0.000 0.000 0.104 0.000 NA 0.896
#> SRR600688      6  0.1982     0.8211 0.000 0.016 0.000 0.068 NA 0.912
#> SRR1098952     1  0.2332     0.8246 0.908 0.004 0.000 0.032 NA 0.036
#> SRR1314916     3  0.0000     0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR614167      6  0.1610     0.7995 0.000 0.000 0.084 0.000 NA 0.916
#> SRR1348114     4  0.3915     0.5645 0.000 0.412 0.000 0.584 NA 0.000
#> SRR658033      6  0.1982     0.8211 0.000 0.016 0.000 0.068 NA 0.912
#> SRR1077503     3  0.4992     0.5600 0.000 0.260 0.624 0.000 NA 0.000
#> SRR661854      6  0.2044     0.8246 0.000 0.008 0.008 0.068 NA 0.912
#> SRR811379      4  0.3720     0.7476 0.000 0.152 0.000 0.788 NA 0.052
#> SRR1318857     2  0.2176     0.6509 0.000 0.896 0.000 0.080 NA 0.000
#> SRR656445      3  0.0000     0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1433044     2  0.4336     0.6502 0.000 0.704 0.060 0.000 NA 0.004
#> SRR1486391     1  0.0508     0.8261 0.984 0.000 0.000 0.012 NA 0.004
#> SRR656071      3  0.1501     0.8478 0.000 0.000 0.924 0.000 NA 0.000
#> SRR1364824     1  0.3899     0.7802 0.592 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR1379133     1  0.0820     0.8270 0.972 0.000 0.000 0.012 NA 0.016
#> SRR1394169     1  0.4522     0.7921 0.616 0.000 0.000 0.020 NA 0.016
#> SRR816745      3  0.2234     0.8003 0.000 0.000 0.872 0.000 NA 0.004
#> SRR601038      3  0.4014     0.7065 0.000 0.000 0.756 0.000 NA 0.096
#> SRR1360080     1  0.0146     0.8248 0.996 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR814868      3  0.4120     0.7071 0.000 0.160 0.744 0.000 NA 0.000
#> SRR1485997     1  0.1452     0.8295 0.948 0.000 0.000 0.020 NA 0.020
#> SRR1435560     4  0.3412     0.7480 0.000 0.212 0.004 0.772 NA 0.008
#> SRR1333330     1  0.3899     0.7802 0.592 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR663513      2  0.7354    -0.1018 0.000 0.312 0.296 0.288 NA 0.000
#> SRR1328407     3  0.6044     0.2397 0.000 0.292 0.460 0.000 NA 0.004
#> SRR602784      3  0.0260     0.8771 0.000 0.000 0.992 0.000 NA 0.000
#> SRR1348468     4  0.4603     0.6448 0.000 0.068 0.000 0.712 NA 0.020
#> SRR663717      4  0.4002     0.4782 0.000 0.016 0.000 0.692 NA 0.284
#> SRR602217      2  0.3084     0.6848 0.000 0.832 0.032 0.000 NA 0.004
#> SRR603140      3  0.6475     0.4003 0.000 0.300 0.524 0.016 NA 0.052
#> SRR1340804     1  0.3899     0.7802 0.592 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR1457574     3  0.0000     0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1333462     2  0.4686     0.6287 0.000 0.676 0.088 0.000 NA 0.004
#> SRR1094601     1  0.3774     0.7805 0.592 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1434610     3  0.6392     0.3774 0.000 0.296 0.516 0.084 NA 0.000
#> SRR1435833     4  0.5816     0.5648 0.000 0.196 0.000 0.576 NA 0.020
#> SRR1398728     2  0.5162     0.5017 0.000 0.668 0.000 0.136 NA 0.020
#> SRR1358343     4  0.2053     0.7676 0.000 0.108 0.000 0.888 NA 0.000
#> SRR1410890     2  0.5051     0.5037 0.000 0.672 0.000 0.104 NA 0.020
#> SRR1350371     1  0.4242     0.8193 0.760 0.004 0.000 0.032 NA 0.036
#> SRR1392478     2  0.2404     0.6557 0.000 0.884 0.000 0.080 NA 0.000
#> SRR1099260     3  0.0000     0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1433576     3  0.0000     0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1345541     4  0.4250     0.6950 0.000 0.076 0.008 0.788 NA 0.036
#> SRR1086328     1  0.0405     0.8252 0.988 0.000 0.000 0.008 NA 0.004
#> SRR810391      3  0.0458     0.8749 0.000 0.000 0.984 0.000 NA 0.000
#> SRR1476207     3  0.1075     0.8622 0.000 0.000 0.952 0.000 NA 0.000
#> SRR627435      3  0.1760     0.8526 0.000 0.020 0.928 0.004 NA 0.000
#> SRR1489862     1  0.4286     0.8085 0.688 0.000 0.000 0.020 NA 0.020
#> SRR1419086     1  0.0405     0.8252 0.988 0.000 0.000 0.008 NA 0.004
#> SRR1436539     1  0.3993     0.7815 0.592 0.000 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1396191     3  0.0547     0.8736 0.000 0.000 0.980 0.000 NA 0.000
#> SRR1490115     3  0.2060     0.8372 0.000 0.016 0.900 0.000 NA 0.000
#> SRR1377714     3  0.4747     0.6995 0.000 0.144 0.732 0.052 NA 0.000
#> SRR819394      1  0.3774     0.7805 0.592 0.000 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR663161      6  0.3264     0.8092 0.000 0.012 0.000 0.076 NA 0.840
#> SRR607042      3  0.2482     0.7822 0.000 0.000 0.848 0.000 NA 0.004
#> SRR656203      2  0.2445     0.6383 0.000 0.872 0.000 0.108 NA 0.000
#> SRR660602      3  0.0000     0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1440397     1  0.1370     0.8322 0.948 0.000 0.000 0.012 NA 0.004
#> SRR1369264     1  0.4471     0.7991 0.648 0.000 0.000 0.020 NA 0.020
#> SRR809233      1  0.0405     0.8252 0.988 0.000 0.000 0.008 NA 0.004
#> SRR663249      2  0.1958     0.6431 0.000 0.896 0.000 0.100 NA 0.000
#> SRR661242      6  0.7232     0.2695 0.000 0.152 0.000 0.196 NA 0.440
#> SRR1332007     3  0.3023     0.7249 0.000 0.000 0.784 0.000 NA 0.004
#> SRR809619      2  0.1448     0.6833 0.000 0.948 0.012 0.016 NA 0.000
#> SRR819975      1  0.4507     0.7852 0.596 0.000 0.000 0.020 NA 0.012
#> SRR599281      2  0.4339     0.6651 0.000 0.724 0.032 0.020 NA 0.004
#> SRR662366      3  0.4033     0.6339 0.000 0.000 0.724 0.000 NA 0.224
#> SRR1317898     3  0.0547     0.8736 0.000 0.000 0.980 0.000 NA 0.000
#> SRR1382485     4  0.3890     0.5595 0.000 0.400 0.000 0.596 NA 0.000
#> SRR2166420     1  0.3899     0.7802 0.592 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR1419429     1  0.0146     0.8248 0.996 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR1092541     3  0.0000     0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR817444      3  0.0000     0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1320403     2  0.4013     0.6598 0.000 0.728 0.040 0.000 NA 0.004
#> SRR1101483     2  0.3975    -0.3032 0.000 0.544 0.000 0.452 NA 0.000
#> SRR1331684     3  0.0000     0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1400054     6  0.5380     0.5373 0.000 0.020 0.000 0.340 NA 0.564
#> SRR1406088     2  0.1531     0.6633 0.000 0.928 0.000 0.068 NA 0.000
#> SRR820733      4  0.3178     0.7561 0.000 0.176 0.016 0.804 NA 0.000
#> SRR1314113     4  0.2212     0.7689 0.000 0.112 0.000 0.880 NA 0.000
#> SRR1382615     3  0.0000     0.8792 0.000 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1480745     1  0.0146     0.8248 0.996 0.000 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR1468850     2  0.4280     0.6522 0.000 0.708 0.056 0.000 NA 0.004
#> SRR656782      3  0.4895     0.5694 0.000 0.264 0.632 0.000 NA 0.000
#> SRR821364      1  0.0260     0.8254 0.992 0.000 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1101106     1  0.4983     0.7938 0.620 0.004 0.000 0.032 NA 0.028
#> SRR659295      2  0.5437     0.5435 0.000 0.592 0.172 0.000 NA 0.004
#> SRR1357103     3  0.3599     0.7069 0.000 0.020 0.756 0.000 NA 0.004
#> SRR809185      4  0.3923     0.5656 0.000 0.416 0.000 0.580 NA 0.000
#> SRR811583      6  0.5808     0.3777 0.000 0.040 0.000 0.392 NA 0.492
#> SRR1468050     1  0.1275     0.8303 0.956 0.000 0.000 0.012 NA 0.016
#> SRR1440224     2  0.4786     0.5278 0.000 0.700 0.000 0.100 NA 0.016

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-kmeans-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-kmeans-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-kmeans-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-kmeans-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-kmeans-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-kmeans-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-kmeans-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-kmeans-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-kmeans-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-kmeans-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-kmeans-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-kmeans-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-kmeans-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-kmeans-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-kmeans-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-kmeans-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-kmeans-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-kmeans-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-kmeans-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-kmeans-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk CV-kmeans-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-kmeans-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-kmeans-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-kmeans-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-kmeans-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-kmeans-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk CV-kmeans-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


CV:skmeans*

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["CV", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:skmeans"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 17314 rows and 500 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#>   Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 3.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk CV-skmeans-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk CV-skmeans-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 1.000           0.978       0.991         0.3773 0.628   0.628
#> 3 3 0.935           0.933       0.972         0.7263 0.709   0.541
#> 4 4 0.817           0.856       0.913         0.1221 0.849   0.603
#> 5 5 0.878           0.859       0.933         0.0561 0.942   0.788
#> 6 6 0.836           0.763       0.869         0.0489 0.916   0.664

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2

There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>            class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR1500170     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1402368     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR607743      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1457375     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1470923     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR817954      1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR809259      1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR1439785     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR814768      1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR1102031     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1363611     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1468447     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1071931     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR810981      1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR615299      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR663585      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1326773     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1351166     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1477452     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR1084720     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1420320     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1081712     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1318241     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1333718     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1313514     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1477861     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1318005     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1354665     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR657707      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1370742     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1412947     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR661553      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1328869     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR662211      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1348181     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1416560     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1319772     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1091452     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1338812     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR1392072     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR814844      2   0.722      0.749 0.200 0.800
#> SRR1376619     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR603690      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR2184980     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR613963      2   0.971      0.341 0.400 0.600
#> SRR1323422     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR1397673     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1434650     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR659875      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1465734     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1076847     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1415072     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR659319      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR663088      1   0.730      0.743 0.796 0.204
#> SRR1352021     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR1325527     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR1105369     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR659935      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1352530     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR662594      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1095309     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR615647      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR813019      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1374647     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR603472      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR661529      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR607018      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR627423      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR654921      2   0.969      0.352 0.396 0.604
#> SRR1418968     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR660871      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1330522     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1499958     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR614059      2   0.745      0.731 0.212 0.788
#> SRR1071403     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR1486719     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1440421     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1310412     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR614767      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR820709      1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR1471500     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR658093      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1088168     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1418707     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1354291     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR2165806     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR1415684     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1433860     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1311062     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1360359     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR661385      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR615407      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1413892     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1443459     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1338942     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR657480      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1399433     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR818537      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1101324     2   0.634      0.807 0.160 0.840
#> SRR807637      1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR1091918     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR598300      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1085426     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR1376294     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR813891      1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR1467431     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR658742      1   0.644      0.802 0.836 0.164
#> SRR1419234     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR1404813     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR603496      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1407758     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR810945      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR817234      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1444852     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR660378      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1467835     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1338964     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1079259     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1072345     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR598725      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1447938     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR1356397     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR1360460     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1429468     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1446850     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1320363     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1413810     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR598831      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1381865     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR660957      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1491332     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1099744     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1464618     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1414559     2   0.827      0.650 0.260 0.740
#> SRR1337540     1   0.921      0.490 0.664 0.336
#> SRR1444283     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR2184942     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR660295      1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR601335      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1363742     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1345847     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR614960      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR819919      1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR603330      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1327951     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR1401885     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR1345266     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1338055     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1430157     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1320137     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1093483     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR1341080     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR1459913     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR2170490     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR1479845     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1436420     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR1481060     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR662282      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1487089     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1075683     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR1338536     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR1338880     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1453456     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1457895     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR1440603     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR658633      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1388081     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR813339      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR809725      1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR627441      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR613603      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1096571     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1392701     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR1344326     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR1367693     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR660697      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1489926     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR811491      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1311644     2   0.955      0.404 0.376 0.624
#> SRR1451740     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR615117      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1391748     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1466556     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR614972      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1406200     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR819210      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR662174      1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR811988      1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR663236      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1312598     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1330129     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1357781     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1315517     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1400032     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1413722     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR612827      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR814794      1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR819430      1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR1395509     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR808728      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1070813     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1389133     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR601263      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR604718      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1481351     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1334608     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR658681      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR809283      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1459300     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR1392547     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR811049      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1464835     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1339619     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR658501      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1447523     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1415048     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR1355451     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR1444348     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR603890      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR810595      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1446244     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR817373      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1457291     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR598220      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1477991     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR598172      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1349032     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR604002      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1378026     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1404401     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1333240     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1089399     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR603421      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR812562      1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR808520      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR811839      1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR814317      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1436763     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1486021     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1465018     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1080998     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1083432     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1082833     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR1465804     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR1326536     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR614011      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1365873     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1498789     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR601581      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR603566      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1373981     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR821410      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1076511     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR614143      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1333570     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1366813     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1388746     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR1420558     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1409510     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR816250      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR614131      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1331130     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR1316015     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1470798     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR614179      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1474863     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR813560      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1312187     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1420960     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1355102     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1084577     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR659971      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1350855     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR820779      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1476300     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1090907     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR662294      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1480789     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1336263     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR660776      1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR1090508     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR615563      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1101175     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR2164650     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1431205     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1339856     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1352147     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR808968      1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR627419      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1402391     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR663609      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR2167857     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1398752     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR1469169     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR1405437     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1416955     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR1317064     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR659001      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR2170696     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR816589      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1087487     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1329485     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR816920      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1341432     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR1361590     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR817046      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1471331     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR660788      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR819234      1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR810853      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR809427      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR2170217     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1386967     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1420344     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1334535     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR614503      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR602564      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1420669     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR819024      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR656223      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR608428      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1345647     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR1389324     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1361368     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1322619     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1349276     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1404024     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR1370637     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1452631     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR608392      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1357757     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1074646     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1367499     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1343501     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1394406     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1381435     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1467407     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR1092422     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1380270     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1091817     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1440137     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR614311      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1407516     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR815494      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1333209     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR615177      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1099648     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR659720      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR2185057     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR1467125     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR657468      2   0.494      0.874 0.108 0.892
#> SRR660042      2   0.969      0.352 0.396 0.604
#> SRR2170864     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1440491     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1440852     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR811169      1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR1331311     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR818009      1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR1351836     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1498313     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1441975     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR819096      1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR1073679     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1489116     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1354138     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1490589     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1412987     2   0.971      0.341 0.400 0.600
#> SRR602034      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1353437     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR1072871     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR661577      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR612190      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1399880     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR1101787     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR657869      1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR1446332     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR816039      1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR1485141     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1476697     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR1379538     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1331422     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR660859      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1097594     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR1311419     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1336706     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1472976     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1321307     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR807493      1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR812461      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1477149     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1457397     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR661913      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1069024     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR2165634     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR1478722     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1328642     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1488261     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1318815     2   0.946      0.434 0.364 0.636
#> SRR816945      1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR1367432     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1359280     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1313910     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1457315     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR815398      1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR656958      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR600688      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1098952     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR1314916     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR614167      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1348114     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR658033      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1077503     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR661854      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR811379      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1318857     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR656445      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1433044     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1486391     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR656071      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1364824     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR1379133     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR1394169     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR816745      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR601038      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1360080     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR814868      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1485997     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR1435560     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1333330     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR663513      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1328407     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR602784      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1348468     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR663717      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR602217      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR603140      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1340804     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR1457574     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1333462     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1094601     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR1434610     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1435833     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1398728     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1358343     1   0.730      0.743 0.796 0.204
#> SRR1410890     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1350371     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR1392478     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1099260     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1433576     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1345541     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1086328     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR810391      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1476207     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR627435      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1489862     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR1419086     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR1436539     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR1396191     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1490115     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1377714     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR819394      1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR663161      1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR607042      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR656203      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR660602      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1440397     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR1369264     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR809233      1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR663249      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR661242      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1332007     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR809619      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR819975      1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR599281      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR662366      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1317898     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1382485     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR2166420     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR1419429     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR1092541     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR817444      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1320403     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1101483     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1331684     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1400054     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1406088     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR820733      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1314113     2   0.722      0.749 0.200 0.800
#> SRR1382615     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1480745     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR1468850     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR656782      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR821364      1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR1101106     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR659295      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1357103     2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR809185      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR811583      2   0.000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1468050     1   0.000      0.992 1.000 0.000
#> SRR1440224     2   0.000      0.991 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> SRR1500170     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402368     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR607743      3  0.0237     0.9712 0.000 0.004 0.996
#> SRR1457375     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470923     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR817954      1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR809259      1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439785     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR814768      1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102031     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363611     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468447     2  0.5058     0.6769 0.000 0.756 0.244
#> SRR1071931     2  0.0237     0.9439 0.000 0.996 0.004
#> SRR810981      1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR615299      2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR663585      3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1326773     3  0.2066     0.9184 0.000 0.060 0.940
#> SRR1351166     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477452     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084720     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420320     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081712     3  0.5859     0.4669 0.000 0.344 0.656
#> SRR1318241     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333718     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1313514     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1477861     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318005     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1354665     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR657707      3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370742     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1412947     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR661553      2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328869     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR662211      2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348181     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416560     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1319772     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1091452     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338812     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392072     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR814844      2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376619     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR603690      2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR2184980     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR613963      2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323422     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397673     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434650     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR659875      3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1465734     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1076847     3  0.4399     0.7603 0.000 0.188 0.812
#> SRR1415072     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR659319      3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR663088      2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352021     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1325527     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR659935      2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352530     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR662594      2  0.6045     0.4315 0.000 0.620 0.380
#> SRR1095309     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR615647      3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR813019      3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1374647     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR603472      3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR661529      2  0.2878     0.8675 0.000 0.904 0.096
#> SRR607018      3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR627423      2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR654921      2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418968     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR660871      3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330522     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499958     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR614059      3  0.4555     0.7304 0.000 0.200 0.800
#> SRR1071403     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486719     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440421     3  0.6192     0.2781 0.000 0.420 0.580
#> SRR1310412     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR614767      2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR820709      1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR658093      3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088168     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418707     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354291     3  0.5098     0.6678 0.000 0.248 0.752
#> SRR2165806     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415684     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433860     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1311062     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360359     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR661385      3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR615407      2  0.1031     0.9285 0.000 0.976 0.024
#> SRR1413892     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1443459     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338942     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR657480      3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399433     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR818537      3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1101324     2  0.5465     0.6243 0.000 0.712 0.288
#> SRR807637      1  0.4346     0.7681 0.816 0.184 0.000
#> SRR1091918     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR598300      3  0.0237     0.9712 0.000 0.004 0.996
#> SRR1085426     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376294     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR813891      1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467431     2  0.6267     0.2003 0.000 0.548 0.452
#> SRR658742      1  0.6260     0.2003 0.552 0.448 0.000
#> SRR1419234     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404813     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR603496      3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407758     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR810945      2  0.5497     0.6195 0.000 0.708 0.292
#> SRR817234      3  0.1753     0.9303 0.000 0.048 0.952
#> SRR1444852     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR660378      3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467835     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338964     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1079259     2  0.6026     0.4407 0.000 0.624 0.376
#> SRR1072345     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR598725      3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447938     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356397     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360460     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429468     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446850     2  0.6260     0.2522 0.000 0.552 0.448
#> SRR1320363     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413810     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR598831      2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381865     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR660957      3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1491332     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099744     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464618     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414559     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337540     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444283     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR2184942     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR660295      1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR601335      3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1363742     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1345847     2  0.0892     0.9318 0.000 0.980 0.020
#> SRR614960      3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR819919      1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR603330      3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1327951     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345266     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338055     3  0.6079     0.3688 0.000 0.388 0.612
#> SRR1430157     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320137     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093483     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341080     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459913     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170490     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479845     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1436420     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481060     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR662282      3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487089     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075683     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338536     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338880     2  0.3038     0.8598 0.000 0.896 0.104
#> SRR1453456     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457895     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440603     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR658633      2  0.0592     0.9376 0.000 0.988 0.012
#> SRR1388081     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR813339      3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR809725      1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR627441      3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR613603      3  0.0592     0.9640 0.000 0.012 0.988
#> SRR1096571     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1392701     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1344326     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367693     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR660697      2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489926     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR811491      3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1311644     2  0.4452     0.7678 0.000 0.808 0.192
#> SRR1451740     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR615117      3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1391748     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466556     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR614972      3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406200     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR819210      2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR662174      1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR811988      1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR663236      2  0.4555     0.7577 0.000 0.800 0.200
#> SRR1312598     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330129     3  0.0237     0.9712 0.000 0.004 0.996
#> SRR1357781     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1315517     2  0.6235     0.2336 0.000 0.564 0.436
#> SRR1400032     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413722     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR612827      3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR814794      1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR819430      1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1395509     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR808728      3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1070813     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389133     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR601263      3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR604718      2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1481351     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1334608     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR658681      3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR809283      2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459300     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392547     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR811049      3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1464835     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339619     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR658501      3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447523     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415048     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444348     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR603890      3  0.6225     0.2409 0.000 0.432 0.568
#> SRR810595      3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1446244     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR817373      2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457291     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR598220      3  0.3267     0.8559 0.000 0.116 0.884
#> SRR1477991     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR598172      2  0.5138     0.6637 0.000 0.748 0.252
#> SRR1349032     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR604002      3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1378026     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404401     3  0.0747     0.9606 0.000 0.016 0.984
#> SRR1333240     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1089399     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR603421      2  0.2165     0.8971 0.000 0.936 0.064
#> SRR812562      1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR808520      3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR811839      1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR814317      2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436763     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486021     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465018     2  0.6192     0.2835 0.000 0.580 0.420
#> SRR1080998     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083432     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1082833     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326536     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR614011      2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1365873     3  0.2625     0.8938 0.000 0.084 0.916
#> SRR1498789     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR601581      2  0.0237     0.9439 0.000 0.996 0.004
#> SRR603566      3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1373981     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR821410      2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076511     1  0.4887     0.7036 0.772 0.228 0.000
#> SRR614143      3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333570     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1366813     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388746     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420558     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409510     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR816250      2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR614131      2  0.0592     0.9380 0.000 0.988 0.012
#> SRR1331130     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316015     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470798     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR614179      3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1474863     2  0.4654     0.7316 0.000 0.792 0.208
#> SRR813560      2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312187     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420960     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1355102     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1084577     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR659971      2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350855     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR820779      3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476300     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090907     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR662294      3  0.0592     0.9645 0.000 0.012 0.988
#> SRR1480789     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1336263     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR660776      1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090508     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR615563      2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101175     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR2164650     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1431205     2  0.6095     0.3634 0.000 0.608 0.392
#> SRR1339856     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352147     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR808968      1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR627419      2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402391     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR663609      3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR2167857     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1398752     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405437     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416955     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317064     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR659001      2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170696     2  0.3267     0.8486 0.000 0.884 0.116
#> SRR816589      3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1087487     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1329485     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR816920      2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341432     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361590     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR817046      3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1471331     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR660788      2  0.4555     0.7577 0.000 0.800 0.200
#> SRR819234      1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR810853      3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR809427      2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170217     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1386967     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420344     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334535     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR614503      2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR602564      2  0.5397     0.6382 0.000 0.720 0.280
#> SRR1420669     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR819024      3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR656223      3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR608428      2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345647     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389324     3  0.5591     0.5645 0.000 0.304 0.696
#> SRR1361368     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322619     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349276     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404024     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370637     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452631     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR608392      3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1357757     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1074646     2  0.0592     0.9380 0.000 0.988 0.012
#> SRR1367499     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343501     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394406     3  0.3267     0.8505 0.000 0.116 0.884
#> SRR1381435     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467407     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092422     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1380270     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1091817     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440137     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR614311      2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407516     2  0.4555     0.7577 0.000 0.800 0.200
#> SRR815494      3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333209     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR615177      2  0.2878     0.8672 0.000 0.904 0.096
#> SRR1099648     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR659720      3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR2185057     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467125     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR657468      2  0.4555     0.7577 0.000 0.800 0.200
#> SRR660042      3  0.5787     0.7641 0.136 0.068 0.796
#> SRR2170864     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440491     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440852     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR811169      1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331311     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR818009      1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351836     2  0.5098     0.6703 0.000 0.752 0.248
#> SRR1498313     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441975     3  0.6168     0.3009 0.000 0.412 0.588
#> SRR819096      1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073679     2  0.5431     0.6351 0.000 0.716 0.284
#> SRR1489116     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1354138     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490589     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1412987     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR602034      3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1353437     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072871     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR661577      2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR612190      2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399880     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101787     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR657869      1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446332     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR816039      1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485141     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476697     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379538     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331422     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR660859      3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1097594     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311419     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1336706     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472976     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321307     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR807493      1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR812461      3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1477149     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457397     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR661913      3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1069024     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR2165634     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478722     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1328642     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1488261     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318815     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR816945      1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367432     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359280     3  0.1964     0.9224 0.000 0.056 0.944
#> SRR1313910     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457315     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR815398      1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR656958      3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR600688      2  0.4605     0.7524 0.000 0.796 0.204
#> SRR1098952     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314916     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR614167      3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348114     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR658033      2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077503     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR661854      3  0.4555     0.7304 0.000 0.200 0.800
#> SRR811379      2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318857     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR656445      3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433044     3  0.1753     0.9304 0.000 0.048 0.952
#> SRR1486391     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR656071      3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1364824     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379133     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR816745      3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR601038      3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1360080     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR814868      3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1485997     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435560     2  0.0237     0.9439 0.000 0.996 0.004
#> SRR1333330     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR663513      3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1328407     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR602784      3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348468     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR663717      2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR602217      3  0.4504     0.7487 0.000 0.196 0.804
#> SRR603140      3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340804     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457574     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333462     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1094601     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434610     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1435833     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398728     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358343     2  0.6244     0.2107 0.440 0.560 0.000
#> SRR1410890     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350371     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392478     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099260     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433576     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1345541     2  0.5363     0.6488 0.000 0.724 0.276
#> SRR1086328     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR810391      3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476207     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR627435      3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1489862     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419086     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396191     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490115     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1377714     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR819394      1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR663161      2  0.4062     0.7750 0.164 0.836 0.000
#> SRR607042      3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR656203      2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR660602      3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440397     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1369264     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR809233      1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR663249      2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR661242      2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332007     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR809619      2  0.4346     0.7773 0.000 0.816 0.184
#> SRR819975      1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR599281      3  0.6302     0.0724 0.000 0.480 0.520
#> SRR662366      3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1317898     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1382485     2  0.0237     0.9439 0.000 0.996 0.004
#> SRR2166420     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419429     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092541     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR817444      3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1320403     3  0.5397     0.6111 0.000 0.280 0.720
#> SRR1101483     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331684     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1400054     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406088     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR820733      2  0.4555     0.7577 0.000 0.800 0.200
#> SRR1314113     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382615     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1480745     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468850     3  0.2711     0.8882 0.000 0.088 0.912
#> SRR656782      3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR821364      1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101106     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR659295      3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR1357103     3  0.0000     0.9746 0.000 0.000 1.000
#> SRR809185      2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR811583      2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468050     1  0.0000     0.9926 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440224     2  0.0000     0.9467 0.000 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR1500170     2  0.0000      0.803 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402368     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR607743      3  0.1004      0.949 0.000 0.024 0.972 0.004
#> SRR1457375     2  0.0000      0.803 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470923     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954      1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259      1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR814768      1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031     2  0.2216      0.772 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1363611     2  0.0000      0.803 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468447     2  0.0000      0.803 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071931     2  0.0000      0.803 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810981      1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299      2  0.4543      0.602 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR663585      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326773     2  0.3801      0.664 0.000 0.780 0.220 0.000
#> SRR1351166     2  0.3074      0.737 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR1477452     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420320     4  0.3873      0.762 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR1081712     2  0.1302      0.791 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1318241     3  0.0817      0.950 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1333718     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313514     2  0.3873      0.657 0.000 0.772 0.228 0.000
#> SRR1477861     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318005     2  0.3873      0.657 0.000 0.772 0.228 0.000
#> SRR1354665     2  0.0188      0.802 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR657707      3  0.1940      0.905 0.000 0.076 0.924 0.000
#> SRR1370742     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1412947     2  0.2345      0.767 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR661553      4  0.3074      0.720 0.000 0.152 0.000 0.848
#> SRR1328869     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211      2  0.3074      0.737 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR1348181     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416560     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319772     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091452     2  0.2216      0.712 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1338812     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072     2  0.3074      0.737 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR814844      4  0.4776      0.748 0.000 0.376 0.000 0.624
#> SRR1376619     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR603690      2  0.4972      0.281 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR2184980     2  0.0000      0.803 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613963      4  0.0000      0.715 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1323422     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434650     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659875      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465734     3  0.1940      0.905 0.000 0.076 0.924 0.000
#> SRR1076847     2  0.3528      0.687 0.000 0.808 0.192 0.000
#> SRR1415072     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663088      4  0.4008      0.764 0.000 0.244 0.000 0.756
#> SRR1352021     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935      4  0.4790      0.746 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR1352530     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662594      4  0.3074      0.655 0.000 0.000 0.152 0.848
#> SRR1095309     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647      3  0.3873      0.735 0.000 0.000 0.772 0.228
#> SRR813019      3  0.2011      0.901 0.000 0.080 0.920 0.000
#> SRR1374647     2  0.3873      0.657 0.000 0.772 0.228 0.000
#> SRR603472      3  0.3172      0.785 0.000 0.160 0.840 0.000
#> SRR661529      4  0.3796      0.693 0.000 0.056 0.096 0.848
#> SRR607018      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR627423      4  0.3837      0.763 0.000 0.224 0.000 0.776
#> SRR654921      4  0.4776      0.748 0.000 0.376 0.000 0.624
#> SRR1418968     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871      3  0.3873      0.735 0.000 0.000 0.772 0.228
#> SRR1330522     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499958     2  0.0000      0.803 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614059      4  0.3907      0.581 0.000 0.000 0.232 0.768
#> SRR1071403     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719     2  0.0000      0.803 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440421     2  0.0000      0.803 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310412     3  0.1716      0.917 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR614767      2  0.3074      0.737 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR820709      1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093      3  0.1389      0.931 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR1088168     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418707     2  0.0000      0.803 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354291     2  0.1792      0.780 0.000 0.932 0.068 0.000
#> SRR2165806     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684     4  0.4746      0.751 0.000 0.368 0.000 0.632
#> SRR1433860     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311062     2  0.3074      0.737 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR1360359     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615407      4  0.4933      0.271 0.000 0.432 0.000 0.568
#> SRR1413892     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443459     2  0.4830      0.269 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR1338942     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399433     4  0.4713      0.754 0.000 0.360 0.000 0.640
#> SRR818537      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101324     4  0.6542      0.695 0.000 0.252 0.128 0.620
#> SRR807637      4  0.3688      0.623 0.208 0.000 0.000 0.792
#> SRR1091918     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300      4  0.5143      0.329 0.000 0.012 0.360 0.628
#> SRR1085426     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294     2  0.3074      0.737 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR813891      1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431     2  0.0707      0.800 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR658742      4  0.0336      0.715 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1419234     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813     2  0.3074      0.737 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR603496      3  0.3873      0.735 0.000 0.000 0.772 0.228
#> SRR1407758     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR810945      2  0.2921      0.731 0.000 0.860 0.140 0.000
#> SRR817234      2  0.3837      0.661 0.000 0.776 0.224 0.000
#> SRR1444852     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660378      3  0.3873      0.735 0.000 0.000 0.772 0.228
#> SRR1467835     2  0.3074      0.737 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR1338964     3  0.1302      0.934 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR1079259     2  0.3024      0.724 0.000 0.852 0.148 0.000
#> SRR1072345     3  0.2081      0.896 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR598725      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447938     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460     4  0.3873      0.762 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR1429468     2  0.0000      0.803 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446850     2  0.1474      0.787 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1320363     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413810     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR598831      4  0.0188      0.715 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1381865     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1491332     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099744     2  0.3074      0.737 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR1464618     4  0.3873      0.762 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR1414559     4  0.1637      0.742 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1337540     4  0.3942      0.762 0.000 0.236 0.000 0.764
#> SRR1444283     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942     3  0.1716      0.917 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR660295      1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363742     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345847     2  0.0592      0.801 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR614960      3  0.3873      0.735 0.000 0.000 0.772 0.228
#> SRR819919      1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330      2  0.4713      0.516 0.000 0.640 0.360 0.000
#> SRR1327951     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266     2  0.0000      0.803 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338055     2  0.2976      0.759 0.000 0.872 0.008 0.120
#> SRR1430157     2  0.0000      0.803 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320137     2  0.0000      0.803 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093483     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170490     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436420     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662282      3  0.3873      0.735 0.000 0.000 0.772 0.228
#> SRR1487089     4  0.4776      0.748 0.000 0.376 0.000 0.624
#> SRR1075683     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880     2  0.1302      0.791 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1453456     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457895     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658633      2  0.0000      0.803 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388081     2  0.4250      0.568 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR813339      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809725      1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441      2  0.5203      0.519 0.000 0.636 0.348 0.016
#> SRR613603      4  0.4679      0.357 0.000 0.000 0.352 0.648
#> SRR1096571     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392701     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693     2  0.0000      0.803 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660697      4  0.4790      0.746 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR1489926     3  0.1792      0.913 0.000 0.068 0.932 0.000
#> SRR811491      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311644     4  0.5986      0.735 0.000 0.320 0.060 0.620
#> SRR1451740     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615117      3  0.2142      0.917 0.000 0.016 0.928 0.056
#> SRR1391748     4  0.3873      0.762 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR1466556     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614972      3  0.3873      0.735 0.000 0.000 0.772 0.228
#> SRR1406200     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210      4  0.3266      0.728 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR662174      1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988      1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236      4  0.4199      0.664 0.000 0.032 0.164 0.804
#> SRR1312598     2  0.0336      0.802 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1330129     2  0.3837      0.661 0.000 0.776 0.224 0.000
#> SRR1357781     2  0.3873      0.657 0.000 0.772 0.228 0.000
#> SRR1315517     2  0.3074      0.737 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR1400032     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413722     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827      3  0.1389      0.931 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR814794      1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430      1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509     4  0.4776      0.748 0.000 0.376 0.000 0.624
#> SRR808728      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070813     2  0.0000      0.803 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389133     3  0.1637      0.920 0.000 0.060 0.940 0.000
#> SRR601263      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR604718      4  0.3074      0.720 0.000 0.152 0.000 0.848
#> SRR1481351     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334608     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658681      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809283      4  0.1792      0.744 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR1459300     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811049      3  0.1940      0.905 0.000 0.076 0.924 0.000
#> SRR1464835     4  0.3873      0.762 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR1339619     2  0.3074      0.737 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR658501      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447523     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415048     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348     2  0.0000      0.803 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603890      2  0.3024      0.740 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR810595      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446244     2  0.4866      0.227 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR817373      2  0.4761      0.331 0.000 0.628 0.000 0.372
#> SRR1457291     2  0.3074      0.737 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR598220      3  0.4250      0.611 0.000 0.276 0.724 0.000
#> SRR1477991     2  0.0469      0.801 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR598172      2  0.3074      0.737 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR1349032     2  0.4250      0.295 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR604002      2  0.4500      0.561 0.000 0.684 0.316 0.000
#> SRR1378026     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404401     2  0.3873      0.657 0.000 0.772 0.228 0.000
#> SRR1333240     2  0.4477      0.566 0.000 0.688 0.312 0.000
#> SRR1089399     2  0.0000      0.803 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603421      2  0.3873      0.631 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR812562      1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811839      1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317      2  0.0000      0.803 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436763     4  0.4761      0.749 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1486021     2  0.0921      0.797 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1465018     2  0.0000      0.803 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080998     3  0.1867      0.909 0.000 0.072 0.928 0.000
#> SRR1083432     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082833     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614011      4  0.3726      0.764 0.000 0.212 0.000 0.788
#> SRR1365873     2  0.3528      0.689 0.000 0.808 0.192 0.000
#> SRR1498789     2  0.3074      0.737 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR601581      4  0.4790      0.746 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR603566      3  0.3528      0.781 0.000 0.000 0.808 0.192
#> SRR1373981     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410      2  0.3074      0.737 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR1076511     4  0.1302      0.735 0.000 0.044 0.000 0.956
#> SRR614143      3  0.1940      0.905 0.000 0.076 0.924 0.000
#> SRR1333570     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366813     2  0.0000      0.803 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388746     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409510     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816250      2  0.3074      0.737 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR614131      2  0.1302      0.788 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1331130     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470798     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614179      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1474863     2  0.0000      0.803 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813560      2  0.0000      0.803 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312187     4  0.4776      0.748 0.000 0.376 0.000 0.624
#> SRR1420960     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355102     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084577     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659971      4  0.4500      0.553 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR1350855     4  0.4790      0.746 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR820779      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476300     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090907     4  0.3873      0.762 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR662294      2  0.3837      0.661 0.000 0.776 0.224 0.000
#> SRR1480789     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336263     4  0.4790      0.746 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR660776      1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508     2  0.4040      0.636 0.000 0.752 0.248 0.000
#> SRR615563      4  0.3074      0.720 0.000 0.152 0.000 0.848
#> SRR1101175     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431205     2  0.0000      0.803 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339856     2  0.4406      0.212 0.000 0.700 0.000 0.300
#> SRR1352147     2  0.0000      0.803 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808968      1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419      2  0.0000      0.803 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402391     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2167857     2  0.4730      0.512 0.000 0.636 0.364 0.000
#> SRR1398752     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437     2  0.0000      0.803 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416955     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064     2  0.0000      0.803 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659001      4  0.1474      0.738 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR2170696     4  0.5713      0.736 0.000 0.340 0.040 0.620
#> SRR816589      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087487     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329485     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816920      4  0.4790      0.746 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR1341432     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590     4  0.3873      0.762 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR817046      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471331     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660788      4  0.3751      0.640 0.000 0.004 0.196 0.800
#> SRR819234      1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809427      4  0.3873      0.762 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR2170217     4  0.3873      0.762 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR1386967     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420344     2  0.2081      0.774 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1334535     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503      4  0.3400      0.733 0.000 0.180 0.000 0.820
#> SRR602564      4  0.3539      0.712 0.000 0.176 0.004 0.820
#> SRR1420669     4  0.4790      0.746 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR819024      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR656223      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608428      2  0.0000      0.803 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345647     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324     2  0.1302      0.793 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1361368     2  0.3024      0.740 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1322619     2  0.0000      0.803 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349276     4  0.3873      0.762 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR1404024     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637     2  0.0000      0.803 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452631     4  0.3873      0.762 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR608392      3  0.3311      0.806 0.000 0.000 0.828 0.172
#> SRR1357757     3  0.1118      0.941 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1074646     4  0.4790      0.746 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR1367499     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343501     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394406     3  0.2611      0.876 0.000 0.096 0.896 0.008
#> SRR1381435     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467407     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422     2  0.4500      0.561 0.000 0.684 0.316 0.000
#> SRR1380270     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091817     2  0.3074      0.737 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR1440137     2  0.0000      0.803 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614311      4  0.3873      0.762 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR1407516     2  0.1389      0.789 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR815494      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333209     4  0.3873      0.762 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR615177      4  0.3208      0.721 0.000 0.148 0.004 0.848
#> SRR1099648     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659720      3  0.2011      0.901 0.000 0.080 0.920 0.000
#> SRR2185057     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468      4  0.6180      0.732 0.000 0.296 0.080 0.624
#> SRR660042      4  0.3907      0.581 0.000 0.000 0.232 0.768
#> SRR2170864     2  0.3074      0.737 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR1440491     4  0.3873      0.762 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR1440852     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811169      1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311     4  0.4790      0.746 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR818009      1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836     2  0.0000      0.803 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498313     2  0.4040      0.636 0.000 0.752 0.248 0.000
#> SRR1441975     2  0.0336      0.802 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR819096      1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679     2  0.4103      0.633 0.000 0.744 0.256 0.000
#> SRR1489116     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354138     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490589     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1412987     4  0.4776      0.748 0.000 0.376 0.000 0.624
#> SRR602034      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353437     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661577      4  0.0000      0.715 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR612190      4  0.4790      0.746 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR1399880     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787     4  0.4564      0.761 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR657869      1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039      1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476697     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538     4  0.4790      0.746 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR1331422     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859      3  0.1940      0.905 0.000 0.076 0.924 0.000
#> SRR1097594     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336706     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472976     4  0.4790      0.746 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR1321307     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493      1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477149     2  0.3873      0.657 0.000 0.772 0.228 0.000
#> SRR1457397     3  0.3172      0.785 0.000 0.160 0.840 0.000
#> SRR661913      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069024     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2165634     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328642     2  0.3873      0.657 0.000 0.772 0.228 0.000
#> SRR1488261     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318815     4  0.3837      0.763 0.000 0.224 0.000 0.776
#> SRR816945      1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432     4  0.3873      0.762 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR1359280     2  0.3837      0.661 0.000 0.776 0.224 0.000
#> SRR1313910     2  0.3074      0.737 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR1457315     4  0.4981      0.622 0.000 0.464 0.000 0.536
#> SRR815398      1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958      3  0.3123      0.824 0.000 0.000 0.844 0.156
#> SRR600688      4  0.3377      0.664 0.000 0.012 0.140 0.848
#> SRR1098952     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614167      3  0.3873      0.735 0.000 0.000 0.772 0.228
#> SRR1348114     4  0.4830      0.732 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR658033      2  0.3975      0.620 0.000 0.760 0.000 0.240
#> SRR1077503     3  0.1940      0.905 0.000 0.076 0.924 0.000
#> SRR661854      4  0.4072      0.560 0.000 0.000 0.252 0.748
#> SRR811379      4  0.4564      0.761 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR1318857     2  0.0921      0.796 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR656445      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433044     2  0.3873      0.657 0.000 0.772 0.228 0.000
#> SRR1486391     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1364824     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR601038      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360080     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868      3  0.0921      0.947 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1485997     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560     4  0.4585      0.760 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR1333330     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513      3  0.2216      0.887 0.000 0.092 0.908 0.000
#> SRR1328407     3  0.2081      0.896 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR602784      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348468     4  0.3873      0.762 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR663717      4  0.3074      0.720 0.000 0.152 0.000 0.848
#> SRR602217      2  0.2814      0.735 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR603140      3  0.1716      0.917 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR1340804     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333462     2  0.3873      0.657 0.000 0.772 0.228 0.000
#> SRR1094601     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610     3  0.2149      0.892 0.000 0.088 0.912 0.000
#> SRR1435833     4  0.3873      0.762 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR1398728     2  0.3074      0.737 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR1358343     4  0.4018      0.762 0.004 0.224 0.000 0.772
#> SRR1410890     2  0.3074      0.737 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR1350371     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478     2  0.2081      0.776 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1099260     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433576     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345541     4  0.6531      0.706 0.000 0.204 0.160 0.636
#> SRR1086328     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476207     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR627435      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489862     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490115     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377714     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR819394      1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161      4  0.0000      0.715 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR607042      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR656203      2  0.0817      0.798 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR660602      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440397     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233      1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249      2  0.0000      0.803 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661242      4  0.1792      0.741 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR1332007     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809619      2  0.1389      0.789 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR819975      1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281      2  0.0000      0.803 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662366      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317898     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382485     2  0.3024      0.624 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR2166420     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR817444      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320403     2  0.1022      0.797 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1101483     2  0.4164      0.333 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR1331684     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400054     4  0.1118      0.732 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1406088     2  0.0000      0.803 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820733      4  0.6285      0.736 0.000 0.284 0.092 0.624
#> SRR1314113     4  0.3837      0.763 0.000 0.224 0.000 0.776
#> SRR1382615     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480745     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850     2  0.3764      0.668 0.000 0.784 0.216 0.000
#> SRR656782      3  0.1940      0.905 0.000 0.076 0.924 0.000
#> SRR821364      1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295      2  0.4730      0.512 0.000 0.636 0.364 0.000
#> SRR1357103     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809185      4  0.4790      0.746 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR811583      4  0.1389      0.736 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR1468050     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224     2  0.3074      0.737 0.000 0.848 0.000 0.152

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>            class entropy silhouette   p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR1500170     2  0.0000    0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402368     3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607743      3  0.1121    0.93060 0.00 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR1457375     2  0.0404    0.87455 0.00 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1470923     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954      1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259      1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785     3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814768      1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031     2  0.2732    0.79519 0.00 0.840 0.000 0.160 0.000
#> SRR1363611     2  0.0609    0.87112 0.00 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1468447     2  0.0000    0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071931     2  0.4182    0.08742 0.00 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR810981      1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299      5  0.6410    0.30508 0.00 0.304 0.000 0.200 0.496
#> SRR663585      3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326773     2  0.0000    0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351166     2  0.3274    0.75213 0.00 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR1477452     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720     3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420320     4  0.0162    0.77141 0.00 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1081712     2  0.0000    0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318241     3  0.1043    0.94061 0.00 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1333718     3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313514     2  0.0000    0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477861     3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318005     2  0.0162    0.87612 0.00 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1354665     2  0.0794    0.86944 0.00 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR657707      3  0.2179    0.86706 0.00 0.112 0.888 0.000 0.000
#> SRR1370742     3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1412947     2  0.2648    0.80007 0.00 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR661553      5  0.0566    0.80372 0.00 0.004 0.000 0.012 0.984
#> SRR1328869     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211      2  0.3274    0.75213 0.00 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR1348181     3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416560     3  0.0162    0.96895 0.00 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1319772     3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091452     2  0.4192    0.08584 0.00 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR1338812     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072     2  0.3274    0.75213 0.00 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR814844      4  0.3003    0.79511 0.00 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR1376619     3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603690      5  0.0000    0.81072 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2184980     2  0.0609    0.87278 0.00 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR613963      5  0.3774    0.51677 0.00 0.000 0.000 0.296 0.704
#> SRR1323422     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673     3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434650     3  0.0162    0.96941 0.00 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR659875      3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465734     3  0.2230    0.86323 0.00 0.116 0.884 0.000 0.000
#> SRR1076847     2  0.0000    0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415072     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319      3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663088      4  0.2605    0.79442 0.00 0.148 0.000 0.852 0.000
#> SRR1352021     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935      4  0.3109    0.79242 0.00 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1352530     3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662594      5  0.0000    0.81072 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095309     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647      5  0.0000    0.81072 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR813019      3  0.2280    0.85841 0.00 0.120 0.880 0.000 0.000
#> SRR1374647     2  0.0162    0.87575 0.00 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR603472      3  0.3274    0.69012 0.00 0.220 0.780 0.000 0.000
#> SRR661529      5  0.0000    0.81072 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR607018      3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR627423      4  0.0000    0.76997 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR654921      4  0.3109    0.79242 0.00 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1418968     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871      5  0.0000    0.81072 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330522     3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499958     2  0.0609    0.87112 0.00 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR614059      5  0.0000    0.81072 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1071403     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719     2  0.0000    0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440421     2  0.0000    0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310412     3  0.2074    0.87709 0.00 0.104 0.896 0.000 0.000
#> SRR614767      2  0.3274    0.75213 0.00 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR820709      1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093      5  0.4302    0.05582 0.00 0.000 0.480 0.000 0.520
#> SRR1088168     3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418707     2  0.0000    0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354291     2  0.0000    0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2165806     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684     4  0.6564    0.21094 0.00 0.204 0.000 0.420 0.376
#> SRR1433860     3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311062     2  0.3274    0.75213 0.00 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR1360359     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385      3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615407      5  0.0000    0.81072 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413892     3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443459     4  0.0162    0.77142 0.00 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1338942     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480      3  0.0162    0.96941 0.00 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1399433     5  0.6630   -0.14833 0.00 0.220 0.000 0.376 0.404
#> SRR818537      3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101324     4  0.3835    0.76713 0.00 0.156 0.048 0.796 0.000
#> SRR807637      5  0.4270    0.48775 0.32 0.000 0.000 0.012 0.668
#> SRR1091918     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300      5  0.0000    0.81072 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1085426     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294     2  0.3274    0.75213 0.00 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR813891      1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431     2  0.0000    0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658742      5  0.0000    0.81072 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419234     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813     2  0.3395    0.73807 0.00 0.764 0.000 0.236 0.000
#> SRR603496      5  0.0000    0.81072 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407758     3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810945      2  0.0000    0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817234      2  0.0000    0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444852     3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660378      5  0.0000    0.81072 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467835     2  0.3274    0.75213 0.00 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR1338964     3  0.1671    0.90572 0.00 0.076 0.924 0.000 0.000
#> SRR1079259     2  0.3003    0.64864 0.00 0.812 0.000 0.188 0.000
#> SRR1072345     3  0.2280    0.85836 0.00 0.120 0.880 0.000 0.000
#> SRR598725      3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447938     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460     4  0.0000    0.76997 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429468     2  0.0000    0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446850     2  0.0000    0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320363     3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413810     3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598831      5  0.0000    0.81072 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381865     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957      3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1491332     3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099744     2  0.3274    0.75213 0.00 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR1464618     4  0.0000    0.76997 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414559     4  0.4856    0.10873 0.00 0.028 0.000 0.584 0.388
#> SRR1337540     4  0.0162    0.77135 0.00 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1444283     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942     3  0.1908    0.88932 0.00 0.092 0.908 0.000 0.000
#> SRR660295      1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335      3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1363742     3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345847     2  0.0000    0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614960      5  0.0000    0.81072 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR819919      1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330      2  0.3949    0.49046 0.00 0.668 0.332 0.000 0.000
#> SRR1327951     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266     2  0.3895    0.37095 0.00 0.680 0.000 0.320 0.000
#> SRR1338055     2  0.2813    0.78348 0.00 0.832 0.000 0.168 0.000
#> SRR1430157     2  0.0290    0.87583 0.00 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1320137     2  0.0609    0.87112 0.00 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1093483     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913     3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2170490     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845     3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436420     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060     3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662282      5  0.0000    0.81072 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487089     4  0.3109    0.79242 0.00 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1075683     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880     2  0.0290    0.87583 0.00 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1453456     3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457895     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603     3  0.0162    0.96941 0.00 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR658633      2  0.0000    0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388081     4  0.0963    0.75743 0.00 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR813339      3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809725      1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441      2  0.5670    0.50024 0.00 0.632 0.176 0.000 0.192
#> SRR613603      5  0.0000    0.81072 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1096571     3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392701     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693     2  0.0609    0.87112 0.00 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR660697      4  0.3109    0.79242 0.00 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1489926     3  0.2020    0.88150 0.00 0.100 0.900 0.000 0.000
#> SRR811491      3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311644     4  0.3565    0.78464 0.00 0.176 0.024 0.800 0.000
#> SRR1451740     3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615117      5  0.6044    0.45346 0.00 0.236 0.188 0.000 0.576
#> SRR1391748     4  0.0000    0.76997 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466556     3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614972      5  0.0000    0.81072 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406200     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210      5  0.5826    0.08064 0.00 0.096 0.000 0.404 0.500
#> SRR662174      1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988      1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236      5  0.5054    0.64381 0.00 0.032 0.140 0.084 0.744
#> SRR1312598     2  0.0794    0.86944 0.00 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1330129     2  0.0000    0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357781     2  0.0290    0.87394 0.00 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1315517     2  0.3109    0.75811 0.00 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR1400032     3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413722     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827      5  0.4297    0.08407 0.00 0.000 0.472 0.000 0.528
#> SRR814794      1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430      1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509     4  0.3074    0.79353 0.00 0.196 0.000 0.804 0.000
#> SRR808728      3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070813     2  0.0000    0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389133     3  0.1851    0.89040 0.00 0.088 0.912 0.000 0.000
#> SRR601263      3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR604718      5  0.2068    0.75175 0.00 0.004 0.000 0.092 0.904
#> SRR1481351     3  0.0609    0.95715 0.00 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1334608     3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658681      3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809283      4  0.4126    0.11789 0.00 0.000 0.000 0.620 0.380
#> SRR1459300     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547     3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811049      3  0.2230    0.86323 0.00 0.116 0.884 0.000 0.000
#> SRR1464835     4  0.0000    0.76997 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339619     4  0.3561    0.53046 0.00 0.260 0.000 0.740 0.000
#> SRR658501      3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447523     3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415048     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348     2  0.0794    0.86702 0.00 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR603890      2  0.3109    0.75811 0.00 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR810595      3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446244     4  0.0000    0.76997 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR817373      4  0.0880    0.75930 0.00 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1457291     2  0.3395    0.73807 0.00 0.764 0.000 0.236 0.000
#> SRR598220      2  0.4304    0.00576 0.00 0.516 0.484 0.000 0.000
#> SRR1477991     2  0.0880    0.86923 0.00 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR598172      2  0.3242    0.75322 0.00 0.784 0.000 0.216 0.000
#> SRR1349032     4  0.3999    0.65459 0.00 0.344 0.000 0.656 0.000
#> SRR604002      2  0.3561    0.58474 0.00 0.740 0.260 0.000 0.000
#> SRR1378026     3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404401     2  0.0000    0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333240     2  0.3586    0.57998 0.00 0.736 0.264 0.000 0.000
#> SRR1089399     2  0.0000    0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603421      5  0.3796    0.47196 0.00 0.300 0.000 0.000 0.700
#> SRR812562      1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520      3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811839      1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317      2  0.0000    0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436763     4  0.2966    0.79544 0.00 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1486021     2  0.1410    0.85585 0.00 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1465018     2  0.0000    0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1080998     3  0.2074    0.87627 0.00 0.104 0.896 0.000 0.000
#> SRR1083432     3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082833     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536     3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614011      4  0.1043    0.74687 0.00 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR1365873     2  0.0000    0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498789     2  0.3274    0.75213 0.00 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR601581      4  0.3305    0.77919 0.00 0.224 0.000 0.776 0.000
#> SRR603566      5  0.0000    0.81072 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1373981     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410      2  0.3274    0.75213 0.00 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR1076511     5  0.4114    0.49107 0.00 0.000 0.000 0.376 0.624
#> SRR614143      3  0.2230    0.86323 0.00 0.116 0.884 0.000 0.000
#> SRR1333570     3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366813     2  0.0404    0.87455 0.00 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1388746     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558     3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409510     3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816250      2  0.3274    0.75213 0.00 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR614131      2  0.0579    0.87486 0.00 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR1331130     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015     3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470798     3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614179      3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474863     2  0.0000    0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813560      2  0.0404    0.87451 0.00 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1312187     4  0.3274    0.78199 0.00 0.220 0.000 0.780 0.000
#> SRR1420960     3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355102     3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084577     3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659971      5  0.0162    0.80882 0.00 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1350855     4  0.3109    0.79242 0.00 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR820779      3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476300     3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090907     4  0.0000    0.76997 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662294      2  0.0000    0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480789     3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336263     4  0.3109    0.79242 0.00 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR660776      1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508     2  0.2891    0.69171 0.00 0.824 0.176 0.000 0.000
#> SRR615563      5  0.3796    0.50354 0.00 0.000 0.000 0.300 0.700
#> SRR1101175     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650     3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431205     2  0.0000    0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339856     4  0.3109    0.79242 0.00 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1352147     2  0.0162    0.87688 0.00 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR808968      1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419      2  0.0000    0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402391     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609      3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2167857     2  0.3999    0.47475 0.00 0.656 0.344 0.000 0.000
#> SRR1398752     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437     2  0.0609    0.87112 0.00 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1416955     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064     2  0.0609    0.87112 0.00 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR659001      4  0.4138    0.12102 0.00 0.000 0.000 0.616 0.384
#> SRR2170696     4  0.3109    0.79242 0.00 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR816589      3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087487     3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329485     3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816920      4  0.3109    0.79242 0.00 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1341432     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590     4  0.0000    0.76997 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR817046      3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471331     3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660788      5  0.6504    0.37535 0.00 0.008 0.192 0.272 0.528
#> SRR819234      1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853      3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809427      4  0.0000    0.76997 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170217     4  0.0000    0.76997 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1386967     3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420344     2  0.2230    0.82235 0.00 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR1334535     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503      5  0.4557    0.05390 0.00 0.008 0.000 0.476 0.516
#> SRR602564      5  0.0404    0.80400 0.00 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1420669     4  0.3109    0.79242 0.00 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR819024      3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656223      3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR608428      2  0.0000    0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345647     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324     2  0.0000    0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361368     4  0.4306   -0.18386 0.00 0.492 0.000 0.508 0.000
#> SRR1322619     2  0.0290    0.87583 0.00 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1349276     4  0.0000    0.76997 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404024     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637     2  0.0162    0.87688 0.00 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1452631     4  0.0000    0.76997 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608392      5  0.0162    0.80861 0.00 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1357757     3  0.1043    0.94058 0.00 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1074646     4  0.3109    0.79242 0.00 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1367499     3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343501     3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394406     3  0.6058    0.19707 0.00 0.136 0.528 0.336 0.000
#> SRR1381435     3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467407     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422     2  0.3586    0.57991 0.00 0.736 0.264 0.000 0.000
#> SRR1380270     3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091817     2  0.3274    0.75213 0.00 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR1440137     2  0.0609    0.87112 0.00 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR614311      4  0.0000    0.76997 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407516     2  0.0000    0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815494      3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333209     4  0.0000    0.76997 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615177      5  0.3607    0.58954 0.00 0.004 0.000 0.244 0.752
#> SRR1099648     3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659720      5  0.6096    0.38992 0.00 0.148 0.316 0.000 0.536
#> SRR2185057     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468      4  0.3734    0.77564 0.00 0.168 0.036 0.796 0.000
#> SRR660042      5  0.0000    0.81072 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170864     2  0.3274    0.75213 0.00 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR1440491     4  0.0290    0.76895 0.00 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1440852     3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811169      1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311     4  0.3109    0.79242 0.00 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR818009      1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836     2  0.0000    0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498313     2  0.3039    0.67303 0.00 0.808 0.192 0.000 0.000
#> SRR1441975     2  0.0000    0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819096      1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679     2  0.2929    0.71693 0.00 0.820 0.180 0.000 0.000
#> SRR1489116     3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354138     3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490589     3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1412987     4  0.3039    0.79438 0.00 0.192 0.000 0.808 0.000
#> SRR602034      3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353437     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871     3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661577      5  0.3109    0.67520 0.00 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR612190      4  0.3242    0.78390 0.00 0.216 0.000 0.784 0.000
#> SRR1399880     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787     4  0.3944    0.77936 0.00 0.200 0.000 0.768 0.032
#> SRR657869      1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039      1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141     3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476697     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538     4  0.3109    0.79242 0.00 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1331422     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859      3  0.2230    0.86323 0.00 0.116 0.884 0.000 0.000
#> SRR1097594     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419     3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336706     3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472976     4  0.3109    0.79242 0.00 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1321307     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493      1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461      3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477149     2  0.0000    0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457397     3  0.3242    0.69900 0.00 0.216 0.784 0.000 0.000
#> SRR661913      3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069024     3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2165634     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722     3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328642     2  0.0000    0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488261     3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318815     4  0.0000    0.76997 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816945      1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432     4  0.0000    0.76997 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359280     2  0.0000    0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313910     2  0.3274    0.75213 0.00 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR1457315     4  0.4074    0.61977 0.00 0.364 0.000 0.636 0.000
#> SRR815398      1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958      5  0.0290    0.80627 0.00 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR600688      5  0.0000    0.81072 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098952     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916     3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614167      5  0.0000    0.81072 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348114     4  0.3305    0.77919 0.00 0.224 0.000 0.776 0.000
#> SRR658033      5  0.0000    0.81072 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1077503     3  0.2074    0.87720 0.00 0.104 0.896 0.000 0.000
#> SRR661854      5  0.0000    0.81072 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR811379      4  0.4305    0.76752 0.00 0.200 0.000 0.748 0.052
#> SRR1318857     2  0.1341    0.85778 0.00 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR656445      3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433044     2  0.0000    0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486391     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071      3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364824     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745      3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR601038      3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360080     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868      3  0.1043    0.93739 0.00 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1485997     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560     4  0.3863    0.78123 0.00 0.200 0.000 0.772 0.028
#> SRR1333330     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513      3  0.2329    0.85336 0.00 0.124 0.876 0.000 0.000
#> SRR1328407     3  0.2280    0.85917 0.00 0.120 0.880 0.000 0.000
#> SRR602784      3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348468     4  0.0000    0.76997 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663717      4  0.3895    0.48166 0.00 0.000 0.000 0.680 0.320
#> SRR602217      2  0.0000    0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603140      3  0.2773    0.85238 0.00 0.112 0.868 0.000 0.020
#> SRR1340804     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574     3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333462     2  0.0162    0.87612 0.00 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1094601     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610     3  0.2280    0.85836 0.00 0.120 0.880 0.000 0.000
#> SRR1435833     4  0.0000    0.76997 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398728     2  0.3274    0.75213 0.00 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR1358343     4  0.0000    0.76997 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410890     2  0.3395    0.73807 0.00 0.764 0.000 0.236 0.000
#> SRR1350371     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478     2  0.2329    0.82084 0.00 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1099260     3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433576     3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345541     4  0.7142   -0.09418 0.00 0.032 0.176 0.400 0.392
#> SRR1086328     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391      3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476207     3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR627435      3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489862     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191     3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490115     3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377714     3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819394      1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161      5  0.0000    0.81072 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR607042      3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656203      2  0.1121    0.86369 0.00 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR660602      3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440397     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233      1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249      2  0.0609    0.87112 0.00 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR661242      5  0.4302    0.63403 0.00 0.048 0.000 0.208 0.744
#> SRR1332007     3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809619      2  0.0000    0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819975      1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281      2  0.0000    0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662366      3  0.3876    0.51250 0.00 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR1317898     3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382485     4  0.4088    0.61287 0.00 0.368 0.000 0.632 0.000
#> SRR2166420     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541     3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817444      3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320403     2  0.0000    0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101483     4  0.4138    0.58307 0.00 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR1331684     3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400054     5  0.3612    0.62438 0.00 0.000 0.000 0.268 0.732
#> SRR1406088     2  0.0609    0.87112 0.00 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR820733      4  0.3794    0.77455 0.00 0.152 0.048 0.800 0.000
#> SRR1314113     4  0.0000    0.76997 0.00 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382615     3  0.0000    0.97232 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480745     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850     2  0.0000    0.87778 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656782      3  0.2230    0.86323 0.00 0.116 0.884 0.000 0.000
#> SRR821364      1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295      2  0.3983    0.48027 0.00 0.660 0.340 0.000 0.000
#> SRR1357103     3  0.0162    0.96941 0.00 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR809185      4  0.3305    0.77919 0.00 0.224 0.000 0.776 0.000
#> SRR811583      5  0.4126    0.48462 0.00 0.000 0.000 0.380 0.620
#> SRR1468050     1  0.0000    1.00000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224     2  0.3274    0.75213 0.00 0.780 0.000 0.220 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR1500170     2  0.4136    0.77928 0.000 0.732 0.000 0.192 0.076 0.000
#> SRR1402368     3  0.0000    0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607743      3  0.4399   -0.08147 0.000 0.000 0.516 0.024 0.460 0.000
#> SRR1457375     2  0.4008    0.78224 0.000 0.740 0.000 0.196 0.064 0.000
#> SRR1470923     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954      1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259      1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785     3  0.0458    0.88662 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR814768      1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031     2  0.3101    0.77447 0.000 0.820 0.000 0.148 0.032 0.000
#> SRR1363611     2  0.4039    0.78010 0.000 0.732 0.000 0.208 0.060 0.000
#> SRR1468447     5  0.5392    0.47140 0.000 0.224 0.000 0.192 0.584 0.000
#> SRR1071931     2  0.4613    0.74802 0.000 0.660 0.000 0.260 0.080 0.000
#> SRR810981      1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299      6  0.3684    0.52132 0.000 0.372 0.000 0.000 0.000 0.628
#> SRR663585      3  0.0000    0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326773     5  0.4343    0.64978 0.000 0.156 0.000 0.120 0.724 0.000
#> SRR1351166     2  0.0603    0.71908 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016 0.000
#> SRR1477452     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720     3  0.0000    0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420320     4  0.2003    0.74046 0.000 0.116 0.000 0.884 0.000 0.000
#> SRR1081712     5  0.4923    0.58122 0.000 0.176 0.000 0.168 0.656 0.000
#> SRR1318241     3  0.3782    0.44458 0.000 0.000 0.588 0.000 0.412 0.000
#> SRR1333718     3  0.0000    0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313514     5  0.2003    0.73642 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000
#> SRR1477861     5  0.2730    0.65545 0.000 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000
#> SRR1318005     5  0.2003    0.73642 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000
#> SRR1354665     2  0.3953    0.78319 0.000 0.744 0.000 0.196 0.060 0.000
#> SRR657707      3  0.3774    0.45496 0.000 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000
#> SRR1370742     3  0.0000    0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1412947     2  0.3776    0.78383 0.000 0.756 0.000 0.196 0.048 0.000
#> SRR661553      6  0.2134    0.80856 0.000 0.000 0.000 0.052 0.044 0.904
#> SRR1328869     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211      2  0.0000    0.71075 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348181     3  0.0000    0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416560     3  0.0000    0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319772     3  0.0000    0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091452     2  0.4377    0.76087 0.000 0.688 0.000 0.244 0.068 0.000
#> SRR1338812     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072     2  0.0000    0.71075 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814844      4  0.0146    0.75496 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1376619     3  0.0000    0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603690      6  0.0146    0.84479 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR2184980     2  0.3978    0.78329 0.000 0.744 0.000 0.192 0.064 0.000
#> SRR613963      6  0.4283    0.62195 0.000 0.008 0.000 0.244 0.044 0.704
#> SRR1323422     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673     3  0.0000    0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434650     5  0.2730    0.65545 0.000 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000
#> SRR659875      3  0.0458    0.88583 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1465734     3  0.3774    0.45496 0.000 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000
#> SRR1076847     5  0.3336    0.71149 0.000 0.132 0.000 0.056 0.812 0.000
#> SRR1415072     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319      3  0.0000    0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663088      4  0.1152    0.73875 0.000 0.004 0.000 0.952 0.044 0.000
#> SRR1352021     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935      4  0.3298    0.42791 0.000 0.236 0.000 0.756 0.008 0.000
#> SRR1352530     3  0.0000    0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662594      6  0.0000    0.84622 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095309     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647      6  0.0000    0.84622 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR813019      5  0.2340    0.66598 0.000 0.000 0.148 0.000 0.852 0.000
#> SRR1374647     5  0.2302    0.73482 0.000 0.120 0.000 0.008 0.872 0.000
#> SRR603472      5  0.3088    0.67042 0.000 0.020 0.172 0.000 0.808 0.000
#> SRR661529      6  0.0000    0.84622 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR607018      3  0.0146    0.89387 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR627423      4  0.2854    0.69394 0.000 0.208 0.000 0.792 0.000 0.000
#> SRR654921      4  0.0405    0.75476 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008 0.000
#> SRR1418968     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871      6  0.0000    0.84622 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330522     3  0.0000    0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499958     2  0.4062    0.78063 0.000 0.736 0.000 0.196 0.068 0.000
#> SRR614059      6  0.0000    0.84622 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1071403     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719     2  0.4418    0.76477 0.000 0.708 0.000 0.192 0.100 0.000
#> SRR1440421     5  0.5150    0.53785 0.000 0.188 0.000 0.188 0.624 0.000
#> SRR1310412     3  0.3774    0.45496 0.000 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000
#> SRR614767      2  0.0146    0.70851 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR820709      1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093      3  0.3857    0.20938 0.000 0.000 0.532 0.000 0.000 0.468
#> SRR1088168     3  0.0000    0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418707     2  0.4114    0.77935 0.000 0.732 0.000 0.196 0.072 0.000
#> SRR1354291     5  0.4240    0.66114 0.000 0.124 0.000 0.140 0.736 0.000
#> SRR2165806     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684     4  0.5399    0.13556 0.000 0.036 0.000 0.536 0.048 0.380
#> SRR1433860     3  0.0000    0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311062     2  0.0000    0.71075 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360359     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385      3  0.0000    0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615407      6  0.0000    0.84622 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413892     3  0.0000    0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443459     2  0.3151    0.62427 0.000 0.748 0.000 0.252 0.000 0.000
#> SRR1338942     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480      3  0.3592    0.53409 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344 0.000
#> SRR1399433     4  0.5729   -0.06160 0.000 0.056 0.000 0.456 0.048 0.440
#> SRR818537      5  0.3126    0.61009 0.000 0.000 0.248 0.000 0.752 0.000
#> SRR1101324     4  0.3309    0.56813 0.000 0.000 0.000 0.720 0.280 0.000
#> SRR807637      6  0.5704    0.43036 0.312 0.020 0.000 0.040 0.044 0.584
#> SRR1091918     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300      6  0.0000    0.84622 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1085426     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294     2  0.0146    0.71249 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR813891      1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431     5  0.5392    0.48679 0.000 0.224 0.000 0.192 0.584 0.000
#> SRR658742      6  0.1152    0.83057 0.000 0.000 0.000 0.004 0.044 0.952
#> SRR1419234     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813     2  0.0260    0.70630 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR603496      6  0.0000    0.84622 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407758     3  0.0000    0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810945      5  0.2092    0.73454 0.000 0.124 0.000 0.000 0.876 0.000
#> SRR817234      5  0.2930    0.72487 0.000 0.124 0.000 0.036 0.840 0.000
#> SRR1444852     3  0.0000    0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660378      6  0.0000    0.84622 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467835     2  0.0146    0.70851 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1338964     3  0.3774    0.45496 0.000 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000
#> SRR1079259     2  0.3857    0.31773 0.000 0.532 0.000 0.000 0.468 0.000
#> SRR1072345     3  0.3774    0.45496 0.000 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000
#> SRR598725      3  0.0000    0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447938     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460     4  0.3266    0.66129 0.000 0.272 0.000 0.728 0.000 0.000
#> SRR1429468     2  0.4136    0.77928 0.000 0.732 0.000 0.192 0.076 0.000
#> SRR1446850     5  0.2135    0.73326 0.000 0.128 0.000 0.000 0.872 0.000
#> SRR1320363     3  0.0146    0.89379 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1413810     3  0.0000    0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598831      6  0.0260    0.84361 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1381865     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957      3  0.0000    0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1491332     3  0.0000    0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099744     2  0.0000    0.71075 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464618     2  0.3464    0.24319 0.000 0.688 0.000 0.312 0.000 0.000
#> SRR1414559     4  0.3217    0.69688 0.000 0.036 0.000 0.852 0.044 0.068
#> SRR1337540     4  0.3620    0.69022 0.000 0.184 0.000 0.772 0.044 0.000
#> SRR1444283     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942     3  0.3737    0.47779 0.000 0.000 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR660295      1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335      3  0.0000    0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1363742     3  0.0000    0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345847     2  0.4890    0.71697 0.000 0.660 0.000 0.180 0.160 0.000
#> SRR614960      6  0.0000    0.84622 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR819919      1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330      5  0.2436    0.73428 0.000 0.088 0.032 0.000 0.880 0.000
#> SRR1327951     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266     2  0.4305    0.75214 0.000 0.684 0.000 0.260 0.056 0.000
#> SRR1338055     5  0.4453    0.45788 0.000 0.400 0.000 0.032 0.568 0.000
#> SRR1430157     2  0.4136    0.77928 0.000 0.732 0.000 0.192 0.076 0.000
#> SRR1320137     2  0.4011    0.78114 0.000 0.736 0.000 0.204 0.060 0.000
#> SRR1093483     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913     3  0.0000    0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2170490     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845     3  0.2219    0.78618 0.000 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR1436420     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060     3  0.2631    0.70194 0.000 0.000 0.820 0.000 0.180 0.000
#> SRR662282      6  0.0000    0.84622 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487089     4  0.0405    0.75476 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008 0.000
#> SRR1075683     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880     2  0.4328    0.77097 0.000 0.716 0.000 0.192 0.092 0.000
#> SRR1453456     3  0.0000    0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457895     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603     5  0.2730    0.65545 0.000 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000
#> SRR658633      5  0.5697    0.33014 0.000 0.284 0.000 0.200 0.516 0.000
#> SRR1388081     2  0.2048    0.60255 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000 0.000
#> SRR813339      3  0.0000    0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809725      1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441      5  0.2942    0.71439 0.000 0.064 0.008 0.000 0.860 0.068
#> SRR613603      6  0.0000    0.84622 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1096571     5  0.3866    0.18918 0.000 0.000 0.484 0.000 0.516 0.000
#> SRR1392701     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693     2  0.4025    0.77386 0.000 0.720 0.000 0.232 0.048 0.000
#> SRR660697      2  0.3868    0.42402 0.000 0.504 0.000 0.496 0.000 0.000
#> SRR1489926     3  0.3804    0.40865 0.000 0.000 0.576 0.000 0.424 0.000
#> SRR811491      3  0.0000    0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311644     4  0.3360    0.58326 0.000 0.004 0.000 0.732 0.264 0.000
#> SRR1451740     3  0.0000    0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615117      5  0.4716    0.23011 0.000 0.020 0.016 0.000 0.520 0.444
#> SRR1391748     4  0.2883    0.69224 0.000 0.212 0.000 0.788 0.000 0.000
#> SRR1466556     3  0.0000    0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614972      6  0.0000    0.84622 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406200     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210      4  0.4700   -0.08015 0.000 0.000 0.000 0.500 0.044 0.456
#> SRR662174      1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988      1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236      6  0.5698    0.55097 0.000 0.000 0.148 0.180 0.044 0.628
#> SRR1312598     2  0.3953    0.78299 0.000 0.744 0.000 0.196 0.060 0.000
#> SRR1330129     5  0.2048    0.73569 0.000 0.120 0.000 0.000 0.880 0.000
#> SRR1357781     5  0.2003    0.73642 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000
#> SRR1315517     5  0.3851    0.41169 0.000 0.460 0.000 0.000 0.540 0.000
#> SRR1400032     3  0.0000    0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413722     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827      3  0.3862    0.18507 0.000 0.000 0.524 0.000 0.000 0.476
#> SRR814794      1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430      1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509     4  0.0000    0.75446 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808728      3  0.2340    0.77763 0.000 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1070813     2  0.4136    0.77928 0.000 0.732 0.000 0.192 0.076 0.000
#> SRR1389133     3  0.3706    0.49683 0.000 0.000 0.620 0.000 0.380 0.000
#> SRR601263      3  0.3684    0.51457 0.000 0.000 0.628 0.000 0.372 0.000
#> SRR604718      6  0.2815    0.76359 0.000 0.000 0.000 0.120 0.032 0.848
#> SRR1481351     5  0.2823    0.63039 0.000 0.000 0.204 0.000 0.796 0.000
#> SRR1334608     3  0.0000    0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658681      5  0.3823    0.27228 0.000 0.000 0.436 0.000 0.564 0.000
#> SRR809283      4  0.6732   -0.00992 0.000 0.220 0.000 0.376 0.044 0.360
#> SRR1459300     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547     5  0.3482    0.52195 0.000 0.000 0.316 0.000 0.684 0.000
#> SRR811049      3  0.3774    0.45496 0.000 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000
#> SRR1464835     4  0.2854    0.69394 0.000 0.208 0.000 0.792 0.000 0.000
#> SRR1339619     2  0.1814    0.62719 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000 0.000
#> SRR658501      3  0.0000    0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447523     3  0.0000    0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415048     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348     2  0.4176    0.77725 0.000 0.720 0.000 0.212 0.068 0.000
#> SRR603890      5  0.3817    0.44410 0.000 0.432 0.000 0.000 0.568 0.000
#> SRR810595      3  0.0000    0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446244     2  0.2562    0.57187 0.000 0.828 0.000 0.172 0.000 0.000
#> SRR817373      2  0.2048    0.60255 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000 0.000
#> SRR1457291     2  0.0260    0.70630 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR598220      5  0.5984    0.60850 0.000 0.080 0.140 0.164 0.616 0.000
#> SRR1477991     2  0.3953    0.78299 0.000 0.744 0.000 0.196 0.060 0.000
#> SRR598172      2  0.3804   -0.21888 0.000 0.576 0.000 0.000 0.424 0.000
#> SRR1349032     2  0.4118    0.65836 0.000 0.628 0.000 0.352 0.020 0.000
#> SRR604002      5  0.1913    0.73009 0.000 0.080 0.012 0.000 0.908 0.000
#> SRR1378026     3  0.0000    0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404401     5  0.2003    0.73642 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000
#> SRR1333240     5  0.1913    0.73009 0.000 0.080 0.012 0.000 0.908 0.000
#> SRR1089399     2  0.4136    0.77928 0.000 0.732 0.000 0.192 0.076 0.000
#> SRR603421      6  0.3860    0.51519 0.000 0.036 0.000 0.000 0.236 0.728
#> SRR812562      1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520      3  0.0146    0.89387 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR811839      1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317      2  0.4156    0.77835 0.000 0.732 0.000 0.188 0.080 0.000
#> SRR1436763     4  0.0000    0.75446 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486021     2  0.3618    0.78363 0.000 0.768 0.000 0.192 0.040 0.000
#> SRR1465018     5  0.5303    0.51156 0.000 0.204 0.000 0.196 0.600 0.000
#> SRR1080998     3  0.3774    0.45496 0.000 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000
#> SRR1083432     3  0.0000    0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082833     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536     3  0.0000    0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614011      2  0.2613    0.56256 0.000 0.848 0.000 0.140 0.000 0.012
#> SRR1365873     5  0.4421    0.64843 0.000 0.128 0.000 0.156 0.716 0.000
#> SRR1498789     2  0.0000    0.71075 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601581      4  0.3136    0.53926 0.000 0.188 0.000 0.796 0.016 0.000
#> SRR603566      6  0.0000    0.84622 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1373981     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410      2  0.0146    0.70851 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1076511     6  0.5967    0.49485 0.000 0.264 0.000 0.124 0.044 0.568
#> SRR614143      5  0.1610    0.67394 0.000 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1333570     3  0.0000    0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366813     2  0.4062    0.78063 0.000 0.736 0.000 0.196 0.068 0.000
#> SRR1388746     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558     3  0.1007    0.86745 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1409510     3  0.0000    0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816250      2  0.0146    0.71249 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR614131      2  0.4516    0.77567 0.000 0.708 0.000 0.212 0.068 0.012
#> SRR1331130     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015     3  0.0000    0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470798     3  0.0000    0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614179      5  0.3866    0.18918 0.000 0.000 0.484 0.000 0.516 0.000
#> SRR1474863     5  0.5546    0.40908 0.000 0.256 0.000 0.192 0.552 0.000
#> SRR813560      2  0.4085    0.78067 0.000 0.736 0.000 0.192 0.072 0.000
#> SRR1312187     2  0.4076    0.51111 0.000 0.540 0.000 0.452 0.008 0.000
#> SRR1420960     3  0.0000    0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355102     3  0.0000    0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084577     3  0.0000    0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659971      6  0.0508    0.83876 0.000 0.012 0.000 0.004 0.000 0.984
#> SRR1350855     4  0.0405    0.75476 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008 0.000
#> SRR820779      3  0.0000    0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476300     3  0.0000    0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090907     2  0.3482    0.21018 0.000 0.684 0.000 0.316 0.000 0.000
#> SRR662294      5  0.2048    0.73569 0.000 0.120 0.000 0.000 0.880 0.000
#> SRR1480789     5  0.3838    0.27516 0.000 0.000 0.448 0.000 0.552 0.000
#> SRR1336263     4  0.0405    0.75476 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008 0.000
#> SRR660776      1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508     5  0.1714    0.73057 0.000 0.092 0.000 0.000 0.908 0.000
#> SRR615563      6  0.3490    0.61180 0.000 0.000 0.000 0.268 0.008 0.724
#> SRR1101175     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650     3  0.0146    0.89387 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1431205     5  0.5062    0.56456 0.000 0.168 0.000 0.196 0.636 0.000
#> SRR1339856     4  0.4080   -0.31372 0.000 0.456 0.000 0.536 0.008 0.000
#> SRR1352147     2  0.4264    0.77457 0.000 0.720 0.000 0.196 0.084 0.000
#> SRR808968      1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419      2  0.4205    0.77648 0.000 0.728 0.000 0.188 0.084 0.000
#> SRR1402391     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609      3  0.0146    0.89387 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2167857     5  0.2776    0.72770 0.000 0.088 0.052 0.000 0.860 0.000
#> SRR1398752     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437     2  0.4062    0.78063 0.000 0.736 0.000 0.196 0.068 0.000
#> SRR1416955     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064     2  0.4039    0.78016 0.000 0.732 0.000 0.208 0.060 0.000
#> SRR659001      6  0.5855    0.36649 0.000 0.296 0.000 0.180 0.008 0.516
#> SRR2170696     4  0.0547    0.75282 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR816589      3  0.0000    0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1087487     3  0.0000    0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329485     3  0.0000    0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816920      4  0.0260    0.75422 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1341432     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590     4  0.2854    0.69394 0.000 0.208 0.000 0.792 0.000 0.000
#> SRR817046      3  0.1765    0.82991 0.000 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1471331     3  0.0000    0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660788      6  0.6385    0.41105 0.000 0.000 0.188 0.232 0.052 0.528
#> SRR819234      1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853      3  0.3737    0.25570 0.000 0.000 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR809427      2  0.2135    0.59248 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000 0.000
#> SRR2170217     4  0.3221    0.66039 0.000 0.264 0.000 0.736 0.000 0.000
#> SRR1386967     3  0.0000    0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420344     2  0.3364    0.78079 0.000 0.780 0.000 0.196 0.024 0.000
#> SRR1334535     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503      6  0.4210    0.48823 0.000 0.000 0.000 0.336 0.028 0.636
#> SRR602564      6  0.0937    0.82247 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1420669     4  0.0000    0.75446 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819024      3  0.0146    0.89379 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR656223      3  0.0000    0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608428      5  0.5556    0.39437 0.000 0.264 0.000 0.188 0.548 0.000
#> SRR1345647     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324     5  0.4800    0.59794 0.000 0.164 0.000 0.164 0.672 0.000
#> SRR1361368     2  0.1663    0.70304 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000 0.000
#> SRR1322619     2  0.4062    0.78063 0.000 0.736 0.000 0.196 0.068 0.000
#> SRR1349276     4  0.2912    0.69044 0.000 0.216 0.000 0.784 0.000 0.000
#> SRR1404024     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637     2  0.4136    0.77928 0.000 0.732 0.000 0.192 0.076 0.000
#> SRR1452631     4  0.3266    0.65811 0.000 0.272 0.000 0.728 0.000 0.000
#> SRR608392      6  0.0146    0.84394 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1357757     3  0.4116    0.37087 0.000 0.000 0.572 0.012 0.416 0.000
#> SRR1074646     4  0.0260    0.75422 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1367499     3  0.0000    0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343501     3  0.0146    0.89387 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1394406     5  0.6049    0.03717 0.000 0.000 0.268 0.324 0.408 0.000
#> SRR1381435     3  0.0000    0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467407     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422     5  0.2094    0.72867 0.000 0.080 0.020 0.000 0.900 0.000
#> SRR1380270     5  0.3288    0.57758 0.000 0.000 0.276 0.000 0.724 0.000
#> SRR1091817     2  0.0000    0.71075 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440137     2  0.4011    0.78114 0.000 0.736 0.000 0.204 0.060 0.000
#> SRR614311      2  0.2597    0.52691 0.000 0.824 0.000 0.176 0.000 0.000
#> SRR1407516     2  0.4892    0.70185 0.000 0.660 0.000 0.164 0.176 0.000
#> SRR815494      3  0.0000    0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333209     2  0.2527    0.54160 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000 0.000
#> SRR615177      6  0.4014    0.63820 0.000 0.000 0.000 0.240 0.044 0.716
#> SRR1099648     3  0.0146    0.89387 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR659720      5  0.3615    0.38620 0.000 0.000 0.008 0.000 0.700 0.292
#> SRR2185057     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468      4  0.3309    0.56813 0.000 0.000 0.000 0.720 0.280 0.000
#> SRR660042      6  0.0000    0.84622 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170864     2  0.0000    0.71075 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440491     2  0.2135    0.59248 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000 0.000
#> SRR1440852     3  0.0000    0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811169      1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311     4  0.2778    0.57065 0.000 0.168 0.000 0.824 0.008 0.000
#> SRR818009      1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836     5  0.5497    0.42039 0.000 0.256 0.000 0.184 0.560 0.000
#> SRR1498313     5  0.1908    0.73197 0.000 0.096 0.000 0.004 0.900 0.000
#> SRR1441975     5  0.4704    0.61075 0.000 0.160 0.000 0.156 0.684 0.000
#> SRR819096      1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679     2  0.4549    0.59945 0.000 0.712 0.204 0.016 0.068 0.000
#> SRR1489116     3  0.0937    0.87056 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1354138     3  0.0000    0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490589     3  0.0000    0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1412987     4  0.0405    0.75560 0.000 0.008 0.000 0.988 0.004 0.000
#> SRR602034      3  0.0000    0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353437     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871     3  0.0713    0.87853 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR661577      6  0.3989    0.65609 0.000 0.236 0.000 0.000 0.044 0.720
#> SRR612190      4  0.0146    0.75368 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1399880     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787     4  0.3150    0.64776 0.000 0.112 0.000 0.840 0.012 0.036
#> SRR657869      1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039      1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141     3  0.0000    0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476697     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538     4  0.0806    0.74760 0.000 0.020 0.000 0.972 0.008 0.000
#> SRR1331422     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859      3  0.3774    0.45496 0.000 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000
#> SRR1097594     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419     3  0.0000    0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336706     3  0.2996    0.62645 0.000 0.000 0.772 0.000 0.228 0.000
#> SRR1472976     4  0.0000    0.75446 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321307     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493      1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461      3  0.0000    0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477149     5  0.2048    0.73569 0.000 0.120 0.000 0.000 0.880 0.000
#> SRR1457397     5  0.2946    0.66681 0.000 0.012 0.176 0.000 0.812 0.000
#> SRR661913      3  0.0000    0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069024     5  0.3023    0.62854 0.000 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000
#> SRR2165634     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722     3  0.0000    0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328642     5  0.2572    0.72788 0.000 0.136 0.000 0.012 0.852 0.000
#> SRR1488261     3  0.0458    0.88651 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1318815     4  0.2854    0.69394 0.000 0.208 0.000 0.792 0.000 0.000
#> SRR816945      1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432     4  0.3221    0.66205 0.000 0.264 0.000 0.736 0.000 0.000
#> SRR1359280     5  0.3066    0.72167 0.000 0.124 0.000 0.044 0.832 0.000
#> SRR1313910     2  0.1492    0.73757 0.000 0.940 0.000 0.036 0.024 0.000
#> SRR1457315     4  0.4332    0.10246 0.000 0.316 0.000 0.644 0.040 0.000
#> SRR815398      1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958      6  0.0260    0.84135 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR600688      6  0.0000    0.84622 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098952     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916     3  0.0000    0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614167      6  0.0000    0.84622 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348114     2  0.4062    0.52548 0.000 0.552 0.000 0.440 0.008 0.000
#> SRR658033      6  0.0000    0.84622 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1077503     5  0.2416    0.66212 0.000 0.000 0.156 0.000 0.844 0.000
#> SRR661854      6  0.0000    0.84622 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR811379      4  0.4459    0.20959 0.000 0.012 0.000 0.588 0.016 0.384
#> SRR1318857     2  0.3896    0.78356 0.000 0.748 0.000 0.196 0.056 0.000
#> SRR656445      3  0.0000    0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433044     5  0.2048    0.73569 0.000 0.120 0.000 0.000 0.880 0.000
#> SRR1486391     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071      3  0.0937    0.87022 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1364824     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745      3  0.3126    0.58775 0.000 0.000 0.752 0.000 0.248 0.000
#> SRR601038      3  0.5016    0.06958 0.000 0.000 0.532 0.000 0.392 0.076
#> SRR1360080     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868      3  0.3695    0.50344 0.000 0.000 0.624 0.000 0.376 0.000
#> SRR1485997     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560     4  0.0984    0.75105 0.000 0.012 0.000 0.968 0.012 0.008
#> SRR1333330     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513      3  0.3797    0.43122 0.000 0.000 0.580 0.000 0.420 0.000
#> SRR1328407     5  0.2340    0.66598 0.000 0.000 0.148 0.000 0.852 0.000
#> SRR602784      3  0.0632    0.88218 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1348468     4  0.3288    0.65608 0.000 0.276 0.000 0.724 0.000 0.000
#> SRR663717      6  0.3563    0.49800 0.000 0.000 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR602217      5  0.3854    0.68829 0.000 0.136 0.000 0.092 0.772 0.000
#> SRR603140      5  0.4992   -0.21095 0.000 0.000 0.464 0.000 0.468 0.068
#> SRR1340804     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574     3  0.0000    0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333462     5  0.2003    0.73642 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000
#> SRR1094601     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610     3  0.3774    0.45496 0.000 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000
#> SRR1435833     2  0.3847   -0.25094 0.000 0.544 0.000 0.456 0.000 0.000
#> SRR1398728     2  0.0858    0.72770 0.000 0.968 0.000 0.028 0.004 0.000
#> SRR1358343     4  0.2854    0.69394 0.000 0.208 0.000 0.792 0.000 0.000
#> SRR1410890     2  0.0260    0.70630 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1350371     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478     2  0.3829    0.78482 0.000 0.760 0.000 0.180 0.060 0.000
#> SRR1099260     3  0.0000    0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433576     3  0.0000    0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345541     4  0.5469    0.45670 0.000 0.000 0.172 0.656 0.044 0.128
#> SRR1086328     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391      3  0.0000    0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476207     3  0.0000    0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627435      3  0.0146    0.89357 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1489862     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191     3  0.0000    0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490115     3  0.2454    0.76986 0.000 0.000 0.840 0.000 0.160 0.000
#> SRR1377714     3  0.2118    0.81579 0.000 0.000 0.888 0.008 0.104 0.000
#> SRR819394      1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161      6  0.1007    0.83188 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR607042      3  0.3747    0.25052 0.000 0.000 0.604 0.000 0.396 0.000
#> SRR656203      2  0.3925    0.78310 0.000 0.744 0.000 0.200 0.056 0.000
#> SRR660602      3  0.0000    0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440397     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233      1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249      2  0.3983    0.77944 0.000 0.736 0.000 0.208 0.056 0.000
#> SRR661242      6  0.3756    0.54107 0.000 0.352 0.000 0.004 0.000 0.644
#> SRR1332007     5  0.3864    0.19798 0.000 0.000 0.480 0.000 0.520 0.000
#> SRR809619      2  0.4475    0.69351 0.000 0.700 0.000 0.100 0.200 0.000
#> SRR819975      1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281      5  0.5454    0.44980 0.000 0.236 0.000 0.192 0.572 0.000
#> SRR662366      3  0.2631    0.73604 0.000 0.000 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1317898     3  0.0000    0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382485     2  0.4675    0.64087 0.000 0.580 0.000 0.368 0.052 0.000
#> SRR2166420     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541     3  0.0000    0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817444      3  0.0146    0.89387 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1320403     5  0.4697    0.61161 0.000 0.144 0.000 0.172 0.684 0.000
#> SRR1101483     2  0.4330    0.68192 0.000 0.632 0.000 0.332 0.036 0.000
#> SRR1331684     3  0.0000    0.89578 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400054     6  0.5474    0.59749 0.000 0.200 0.000 0.108 0.044 0.648
#> SRR1406088     2  0.4085    0.78067 0.000 0.736 0.000 0.192 0.072 0.000
#> SRR820733      4  0.1967    0.70457 0.000 0.000 0.084 0.904 0.012 0.000
#> SRR1314113     4  0.2854    0.69394 0.000 0.208 0.000 0.792 0.000 0.000
#> SRR1382615     3  0.0146    0.89387 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1480745     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850     5  0.3023    0.72358 0.000 0.120 0.000 0.044 0.836 0.000
#> SRR656782      3  0.3774    0.45496 0.000 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000
#> SRR821364      1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295      5  0.2436    0.73428 0.000 0.088 0.032 0.000 0.880 0.000
#> SRR1357103     5  0.2762    0.65311 0.000 0.000 0.196 0.000 0.804 0.000
#> SRR809185      2  0.4032    0.56317 0.000 0.572 0.000 0.420 0.008 0.000
#> SRR811583      6  0.6135    0.48333 0.000 0.196 0.000 0.196 0.044 0.564
#> SRR1468050     1  0.0000    1.00000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224     2  0.1010    0.72496 0.000 0.960 0.000 0.004 0.036 0.000

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-skmeans-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-skmeans-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-skmeans-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-skmeans-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-skmeans-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-skmeans-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-skmeans-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-skmeans-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-skmeans-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-skmeans-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-skmeans-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-skmeans-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-skmeans-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-skmeans-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-skmeans-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-skmeans-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-skmeans-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-skmeans-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-skmeans-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-skmeans-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk CV-skmeans-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-skmeans-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-skmeans-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-skmeans-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-skmeans-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-skmeans-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk CV-skmeans-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


CV:pam**

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["CV", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:pam"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 17314 rows and 500 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#>   Subgroups are detected by 'pam' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 2.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk CV-pam-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk CV-pam-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 1.000           1.000       1.000         0.3577 0.643   0.643
#> 3 3 0.834           0.919       0.960         0.8094 0.707   0.544
#> 4 4 0.751           0.757       0.873         0.1052 0.923   0.785
#> 5 5 0.696           0.560       0.754         0.0681 0.879   0.621
#> 6 6 0.718           0.649       0.768         0.0510 0.918   0.670

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 2

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>            class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1500170     2       0          1  0  1
#> SRR1402368     2       0          1  0  1
#> SRR607743      2       0          1  0  1
#> SRR1457375     2       0          1  0  1
#> SRR1470923     1       0          1  1  0
#> SRR817954      1       0          1  1  0
#> SRR809259      1       0          1  1  0
#> SRR1439785     2       0          1  0  1
#> SRR814768      1       0          1  1  0
#> SRR1102031     2       0          1  0  1
#> SRR1363611     2       0          1  0  1
#> SRR1468447     2       0          1  0  1
#> SRR1071931     2       0          1  0  1
#> SRR810981      1       0          1  1  0
#> SRR615299      2       0          1  0  1
#> SRR663585      2       0          1  0  1
#> SRR1326773     2       0          1  0  1
#> SRR1351166     2       0          1  0  1
#> SRR1477452     1       0          1  1  0
#> SRR1084720     2       0          1  0  1
#> SRR1420320     2       0          1  0  1
#> SRR1081712     2       0          1  0  1
#> SRR1318241     2       0          1  0  1
#> SRR1333718     2       0          1  0  1
#> SRR1313514     2       0          1  0  1
#> SRR1477861     2       0          1  0  1
#> SRR1318005     2       0          1  0  1
#> SRR1354665     2       0          1  0  1
#> SRR657707      2       0          1  0  1
#> SRR1370742     2       0          1  0  1
#> SRR1412947     2       0          1  0  1
#> SRR661553      2       0          1  0  1
#> SRR1328869     1       0          1  1  0
#> SRR662211      2       0          1  0  1
#> SRR1348181     2       0          1  0  1
#> SRR1416560     2       0          1  0  1
#> SRR1319772     2       0          1  0  1
#> SRR1091452     2       0          1  0  1
#> SRR1338812     1       0          1  1  0
#> SRR1392072     2       0          1  0  1
#> SRR814844      2       0          1  0  1
#> SRR1376619     2       0          1  0  1
#> SRR603690      2       0          1  0  1
#> SRR2184980     2       0          1  0  1
#> SRR613963      2       0          1  0  1
#> SRR1323422     1       0          1  1  0
#> SRR1397673     2       0          1  0  1
#> SRR1434650     2       0          1  0  1
#> SRR659875      2       0          1  0  1
#> SRR1465734     2       0          1  0  1
#> SRR1076847     2       0          1  0  1
#> SRR1415072     1       0          1  1  0
#> SRR659319      2       0          1  0  1
#> SRR663088      2       0          1  0  1
#> SRR1352021     1       0          1  1  0
#> SRR1325527     1       0          1  1  0
#> SRR1105369     1       0          1  1  0
#> SRR659935      2       0          1  0  1
#> SRR1352530     2       0          1  0  1
#> SRR662594      2       0          1  0  1
#> SRR1095309     1       0          1  1  0
#> SRR615647      2       0          1  0  1
#> SRR813019      2       0          1  0  1
#> SRR1374647     2       0          1  0  1
#> SRR603472      2       0          1  0  1
#> SRR661529      2       0          1  0  1
#> SRR607018      2       0          1  0  1
#> SRR627423      2       0          1  0  1
#> SRR654921      2       0          1  0  1
#> SRR1418968     1       0          1  1  0
#> SRR660871      2       0          1  0  1
#> SRR1330522     2       0          1  0  1
#> SRR1499958     2       0          1  0  1
#> SRR614059      2       0          1  0  1
#> SRR1071403     1       0          1  1  0
#> SRR1486719     2       0          1  0  1
#> SRR1440421     2       0          1  0  1
#> SRR1310412     2       0          1  0  1
#> SRR614767      2       0          1  0  1
#> SRR820709      1       0          1  1  0
#> SRR1471500     1       0          1  1  0
#> SRR658093      2       0          1  0  1
#> SRR1088168     2       0          1  0  1
#> SRR1418707     2       0          1  0  1
#> SRR1354291     2       0          1  0  1
#> SRR2165806     1       0          1  1  0
#> SRR1415684     2       0          1  0  1
#> SRR1433860     2       0          1  0  1
#> SRR1311062     2       0          1  0  1
#> SRR1360359     1       0          1  1  0
#> SRR661385      2       0          1  0  1
#> SRR615407      2       0          1  0  1
#> SRR1413892     2       0          1  0  1
#> SRR1443459     2       0          1  0  1
#> SRR1338942     1       0          1  1  0
#> SRR657480      2       0          1  0  1
#> SRR1399433     2       0          1  0  1
#> SRR818537      2       0          1  0  1
#> SRR1101324     2       0          1  0  1
#> SRR807637      2       0          1  0  1
#> SRR1091918     1       0          1  1  0
#> SRR598300      2       0          1  0  1
#> SRR1085426     1       0          1  1  0
#> SRR1376294     2       0          1  0  1
#> SRR813891      1       0          1  1  0
#> SRR1467431     2       0          1  0  1
#> SRR658742      2       0          1  0  1
#> SRR1419234     1       0          1  1  0
#> SRR1404813     2       0          1  0  1
#> SRR603496      2       0          1  0  1
#> SRR1407758     2       0          1  0  1
#> SRR810945      2       0          1  0  1
#> SRR817234      2       0          1  0  1
#> SRR1444852     2       0          1  0  1
#> SRR660378      2       0          1  0  1
#> SRR1467835     2       0          1  0  1
#> SRR1338964     2       0          1  0  1
#> SRR1079259     2       0          1  0  1
#> SRR1072345     2       0          1  0  1
#> SRR598725      2       0          1  0  1
#> SRR1447938     1       0          1  1  0
#> SRR1356397     1       0          1  1  0
#> SRR1360460     2       0          1  0  1
#> SRR1429468     2       0          1  0  1
#> SRR1446850     2       0          1  0  1
#> SRR1320363     2       0          1  0  1
#> SRR1413810     2       0          1  0  1
#> SRR598831      2       0          1  0  1
#> SRR1381865     1       0          1  1  0
#> SRR660957      2       0          1  0  1
#> SRR1491332     2       0          1  0  1
#> SRR1099744     2       0          1  0  1
#> SRR1464618     2       0          1  0  1
#> SRR1414559     2       0          1  0  1
#> SRR1337540     2       0          1  0  1
#> SRR1444283     1       0          1  1  0
#> SRR2184942     2       0          1  0  1
#> SRR660295      1       0          1  1  0
#> SRR601335      2       0          1  0  1
#> SRR1363742     2       0          1  0  1
#> SRR1345847     2       0          1  0  1
#> SRR614960      2       0          1  0  1
#> SRR819919      1       0          1  1  0
#> SRR603330      2       0          1  0  1
#> SRR1327951     1       0          1  1  0
#> SRR1401885     1       0          1  1  0
#> SRR1345266     2       0          1  0  1
#> SRR1338055     2       0          1  0  1
#> SRR1430157     2       0          1  0  1
#> SRR1320137     2       0          1  0  1
#> SRR1093483     1       0          1  1  0
#> SRR1341080     1       0          1  1  0
#> SRR1459913     2       0          1  0  1
#> SRR2170490     1       0          1  1  0
#> SRR1479845     2       0          1  0  1
#> SRR1436420     1       0          1  1  0
#> SRR1481060     2       0          1  0  1
#> SRR662282      2       0          1  0  1
#> SRR1487089     2       0          1  0  1
#> SRR1075683     1       0          1  1  0
#> SRR1338536     1       0          1  1  0
#> SRR1338880     2       0          1  0  1
#> SRR1453456     2       0          1  0  1
#> SRR1457895     1       0          1  1  0
#> SRR1440603     2       0          1  0  1
#> SRR658633      2       0          1  0  1
#> SRR1388081     2       0          1  0  1
#> SRR813339      2       0          1  0  1
#> SRR809725      1       0          1  1  0
#> SRR627441      2       0          1  0  1
#> SRR613603      2       0          1  0  1
#> SRR1096571     2       0          1  0  1
#> SRR1392701     1       0          1  1  0
#> SRR1344326     1       0          1  1  0
#> SRR1367693     2       0          1  0  1
#> SRR660697      2       0          1  0  1
#> SRR1489926     2       0          1  0  1
#> SRR811491      2       0          1  0  1
#> SRR1311644     2       0          1  0  1
#> SRR1451740     2       0          1  0  1
#> SRR615117      2       0          1  0  1
#> SRR1391748     2       0          1  0  1
#> SRR1466556     2       0          1  0  1
#> SRR614972      2       0          1  0  1
#> SRR1406200     1       0          1  1  0
#> SRR819210      2       0          1  0  1
#> SRR662174      1       0          1  1  0
#> SRR811988      1       0          1  1  0
#> SRR663236      2       0          1  0  1
#> SRR1312598     2       0          1  0  1
#> SRR1330129     2       0          1  0  1
#> SRR1357781     2       0          1  0  1
#> SRR1315517     2       0          1  0  1
#> SRR1400032     2       0          1  0  1
#> SRR1413722     1       0          1  1  0
#> SRR612827      2       0          1  0  1
#> SRR814794      1       0          1  1  0
#> SRR819430      1       0          1  1  0
#> SRR1395509     2       0          1  0  1
#> SRR808728      2       0          1  0  1
#> SRR1070813     2       0          1  0  1
#> SRR1389133     2       0          1  0  1
#> SRR601263      2       0          1  0  1
#> SRR604718      2       0          1  0  1
#> SRR1481351     2       0          1  0  1
#> SRR1334608     2       0          1  0  1
#> SRR658681      2       0          1  0  1
#> SRR809283      2       0          1  0  1
#> SRR1459300     1       0          1  1  0
#> SRR1392547     2       0          1  0  1
#> SRR811049      2       0          1  0  1
#> SRR1464835     2       0          1  0  1
#> SRR1339619     2       0          1  0  1
#> SRR658501      2       0          1  0  1
#> SRR1447523     2       0          1  0  1
#> SRR1415048     1       0          1  1  0
#> SRR1355451     1       0          1  1  0
#> SRR1444348     2       0          1  0  1
#> SRR603890      2       0          1  0  1
#> SRR810595      2       0          1  0  1
#> SRR1446244     2       0          1  0  1
#> SRR817373      2       0          1  0  1
#> SRR1457291     2       0          1  0  1
#> SRR598220      2       0          1  0  1
#> SRR1477991     2       0          1  0  1
#> SRR598172      2       0          1  0  1
#> SRR1349032     2       0          1  0  1
#> SRR604002      2       0          1  0  1
#> SRR1378026     2       0          1  0  1
#> SRR1404401     2       0          1  0  1
#> SRR1333240     2       0          1  0  1
#> SRR1089399     2       0          1  0  1
#> SRR603421      2       0          1  0  1
#> SRR812562      1       0          1  1  0
#> SRR808520      2       0          1  0  1
#> SRR811839      1       0          1  1  0
#> SRR814317      2       0          1  0  1
#> SRR1436763     2       0          1  0  1
#> SRR1486021     2       0          1  0  1
#> SRR1465018     2       0          1  0  1
#> SRR1080998     2       0          1  0  1
#> SRR1083432     2       0          1  0  1
#> SRR1082833     1       0          1  1  0
#> SRR1465804     1       0          1  1  0
#> SRR1326536     2       0          1  0  1
#> SRR614011      2       0          1  0  1
#> SRR1365873     2       0          1  0  1
#> SRR1498789     2       0          1  0  1
#> SRR601581      2       0          1  0  1
#> SRR603566      2       0          1  0  1
#> SRR1373981     1       0          1  1  0
#> SRR821410      2       0          1  0  1
#> SRR1076511     2       0          1  0  1
#> SRR614143      2       0          1  0  1
#> SRR1333570     2       0          1  0  1
#> SRR1366813     2       0          1  0  1
#> SRR1388746     1       0          1  1  0
#> SRR1420558     2       0          1  0  1
#> SRR1409510     2       0          1  0  1
#> SRR816250      2       0          1  0  1
#> SRR614131      2       0          1  0  1
#> SRR1331130     1       0          1  1  0
#> SRR1316015     2       0          1  0  1
#> SRR1470798     2       0          1  0  1
#> SRR614179      2       0          1  0  1
#> SRR1474863     2       0          1  0  1
#> SRR813560      2       0          1  0  1
#> SRR1312187     2       0          1  0  1
#> SRR1420960     2       0          1  0  1
#> SRR1355102     2       0          1  0  1
#> SRR1084577     2       0          1  0  1
#> SRR659971      2       0          1  0  1
#> SRR1350855     2       0          1  0  1
#> SRR820779      2       0          1  0  1
#> SRR1476300     2       0          1  0  1
#> SRR1090907     2       0          1  0  1
#> SRR662294      2       0          1  0  1
#> SRR1480789     2       0          1  0  1
#> SRR1336263     2       0          1  0  1
#> SRR660776      1       0          1  1  0
#> SRR1090508     2       0          1  0  1
#> SRR615563      2       0          1  0  1
#> SRR1101175     1       0          1  1  0
#> SRR2164650     2       0          1  0  1
#> SRR1431205     2       0          1  0  1
#> SRR1339856     2       0          1  0  1
#> SRR1352147     2       0          1  0  1
#> SRR808968      1       0          1  1  0
#> SRR627419      2       0          1  0  1
#> SRR1402391     1       0          1  1  0
#> SRR663609      2       0          1  0  1
#> SRR2167857     2       0          1  0  1
#> SRR1398752     1       0          1  1  0
#> SRR1469169     1       0          1  1  0
#> SRR1405437     2       0          1  0  1
#> SRR1416955     1       0          1  1  0
#> SRR1317064     2       0          1  0  1
#> SRR659001      2       0          1  0  1
#> SRR2170696     2       0          1  0  1
#> SRR816589      2       0          1  0  1
#> SRR1087487     2       0          1  0  1
#> SRR1329485     2       0          1  0  1
#> SRR816920      2       0          1  0  1
#> SRR1341432     1       0          1  1  0
#> SRR1361590     2       0          1  0  1
#> SRR817046      2       0          1  0  1
#> SRR1471331     2       0          1  0  1
#> SRR660788      2       0          1  0  1
#> SRR819234      1       0          1  1  0
#> SRR810853      2       0          1  0  1
#> SRR809427      2       0          1  0  1
#> SRR2170217     2       0          1  0  1
#> SRR1386967     2       0          1  0  1
#> SRR1420344     2       0          1  0  1
#> SRR1334535     1       0          1  1  0
#> SRR614503      2       0          1  0  1
#> SRR602564      2       0          1  0  1
#> SRR1420669     2       0          1  0  1
#> SRR819024      2       0          1  0  1
#> SRR656223      2       0          1  0  1
#> SRR608428      2       0          1  0  1
#> SRR1345647     1       0          1  1  0
#> SRR1389324     2       0          1  0  1
#> SRR1361368     2       0          1  0  1
#> SRR1322619     2       0          1  0  1
#> SRR1349276     2       0          1  0  1
#> SRR1404024     1       0          1  1  0
#> SRR1370637     2       0          1  0  1
#> SRR1452631     2       0          1  0  1
#> SRR608392      2       0          1  0  1
#> SRR1357757     2       0          1  0  1
#> SRR1074646     2       0          1  0  1
#> SRR1367499     2       0          1  0  1
#> SRR1343501     2       0          1  0  1
#> SRR1394406     2       0          1  0  1
#> SRR1381435     2       0          1  0  1
#> SRR1467407     1       0          1  1  0
#> SRR1092422     2       0          1  0  1
#> SRR1380270     2       0          1  0  1
#> SRR1091817     2       0          1  0  1
#> SRR1440137     2       0          1  0  1
#> SRR614311      2       0          1  0  1
#> SRR1407516     2       0          1  0  1
#> SRR815494      2       0          1  0  1
#> SRR1333209     2       0          1  0  1
#> SRR615177      2       0          1  0  1
#> SRR1099648     2       0          1  0  1
#> SRR659720      2       0          1  0  1
#> SRR2185057     1       0          1  1  0
#> SRR1467125     1       0          1  1  0
#> SRR657468      2       0          1  0  1
#> SRR660042      2       0          1  0  1
#> SRR2170864     2       0          1  0  1
#> SRR1440491     2       0          1  0  1
#> SRR1440852     2       0          1  0  1
#> SRR811169      1       0          1  1  0
#> SRR1331311     2       0          1  0  1
#> SRR818009      1       0          1  1  0
#> SRR1351836     2       0          1  0  1
#> SRR1498313     2       0          1  0  1
#> SRR1441975     2       0          1  0  1
#> SRR819096      1       0          1  1  0
#> SRR1073679     2       0          1  0  1
#> SRR1489116     2       0          1  0  1
#> SRR1354138     2       0          1  0  1
#> SRR1490589     2       0          1  0  1
#> SRR1412987     2       0          1  0  1
#> SRR602034      2       0          1  0  1
#> SRR1353437     1       0          1  1  0
#> SRR1072871     2       0          1  0  1
#> SRR661577      2       0          1  0  1
#> SRR612190      2       0          1  0  1
#> SRR1399880     1       0          1  1  0
#> SRR1101787     2       0          1  0  1
#> SRR657869      1       0          1  1  0
#> SRR1446332     1       0          1  1  0
#> SRR816039      1       0          1  1  0
#> SRR1485141     2       0          1  0  1
#> SRR1476697     1       0          1  1  0
#> SRR1379538     2       0          1  0  1
#> SRR1331422     1       0          1  1  0
#> SRR660859      2       0          1  0  1
#> SRR1097594     1       0          1  1  0
#> SRR1311419     2       0          1  0  1
#> SRR1336706     2       0          1  0  1
#> SRR1472976     2       0          1  0  1
#> SRR1321307     1       0          1  1  0
#> SRR807493      1       0          1  1  0
#> SRR812461      2       0          1  0  1
#> SRR1477149     2       0          1  0  1
#> SRR1457397     2       0          1  0  1
#> SRR661913      2       0          1  0  1
#> SRR1069024     2       0          1  0  1
#> SRR2165634     1       0          1  1  0
#> SRR1478722     2       0          1  0  1
#> SRR1328642     2       0          1  0  1
#> SRR1488261     2       0          1  0  1
#> SRR1318815     2       0          1  0  1
#> SRR816945      1       0          1  1  0
#> SRR1367432     2       0          1  0  1
#> SRR1359280     2       0          1  0  1
#> SRR1313910     2       0          1  0  1
#> SRR1457315     2       0          1  0  1
#> SRR815398      1       0          1  1  0
#> SRR656958      2       0          1  0  1
#> SRR600688      2       0          1  0  1
#> SRR1098952     1       0          1  1  0
#> SRR1314916     2       0          1  0  1
#> SRR614167      2       0          1  0  1
#> SRR1348114     2       0          1  0  1
#> SRR658033      2       0          1  0  1
#> SRR1077503     2       0          1  0  1
#> SRR661854      2       0          1  0  1
#> SRR811379      2       0          1  0  1
#> SRR1318857     2       0          1  0  1
#> SRR656445      2       0          1  0  1
#> SRR1433044     2       0          1  0  1
#> SRR1486391     1       0          1  1  0
#> SRR656071      2       0          1  0  1
#> SRR1364824     1       0          1  1  0
#> SRR1379133     1       0          1  1  0
#> SRR1394169     1       0          1  1  0
#> SRR816745      2       0          1  0  1
#> SRR601038      2       0          1  0  1
#> SRR1360080     1       0          1  1  0
#> SRR814868      2       0          1  0  1
#> SRR1485997     1       0          1  1  0
#> SRR1435560     2       0          1  0  1
#> SRR1333330     1       0          1  1  0
#> SRR663513      2       0          1  0  1
#> SRR1328407     2       0          1  0  1
#> SRR602784      2       0          1  0  1
#> SRR1348468     2       0          1  0  1
#> SRR663717      2       0          1  0  1
#> SRR602217      2       0          1  0  1
#> SRR603140      2       0          1  0  1
#> SRR1340804     1       0          1  1  0
#> SRR1457574     2       0          1  0  1
#> SRR1333462     2       0          1  0  1
#> SRR1094601     1       0          1  1  0
#> SRR1434610     2       0          1  0  1
#> SRR1435833     2       0          1  0  1
#> SRR1398728     2       0          1  0  1
#> SRR1358343     2       0          1  0  1
#> SRR1410890     2       0          1  0  1
#> SRR1350371     1       0          1  1  0
#> SRR1392478     2       0          1  0  1
#> SRR1099260     2       0          1  0  1
#> SRR1433576     2       0          1  0  1
#> SRR1345541     2       0          1  0  1
#> SRR1086328     1       0          1  1  0
#> SRR810391      2       0          1  0  1
#> SRR1476207     2       0          1  0  1
#> SRR627435      2       0          1  0  1
#> SRR1489862     1       0          1  1  0
#> SRR1419086     1       0          1  1  0
#> SRR1436539     1       0          1  1  0
#> SRR1396191     2       0          1  0  1
#> SRR1490115     2       0          1  0  1
#> SRR1377714     2       0          1  0  1
#> SRR819394      1       0          1  1  0
#> SRR663161      2       0          1  0  1
#> SRR607042      2       0          1  0  1
#> SRR656203      2       0          1  0  1
#> SRR660602      2       0          1  0  1
#> SRR1440397     1       0          1  1  0
#> SRR1369264     1       0          1  1  0
#> SRR809233      1       0          1  1  0
#> SRR663249      2       0          1  0  1
#> SRR661242      2       0          1  0  1
#> SRR1332007     2       0          1  0  1
#> SRR809619      2       0          1  0  1
#> SRR819975      1       0          1  1  0
#> SRR599281      2       0          1  0  1
#> SRR662366      2       0          1  0  1
#> SRR1317898     2       0          1  0  1
#> SRR1382485     2       0          1  0  1
#> SRR2166420     1       0          1  1  0
#> SRR1419429     1       0          1  1  0
#> SRR1092541     2       0          1  0  1
#> SRR817444      2       0          1  0  1
#> SRR1320403     2       0          1  0  1
#> SRR1101483     2       0          1  0  1
#> SRR1331684     2       0          1  0  1
#> SRR1400054     2       0          1  0  1
#> SRR1406088     2       0          1  0  1
#> SRR820733      2       0          1  0  1
#> SRR1314113     2       0          1  0  1
#> SRR1382615     2       0          1  0  1
#> SRR1480745     1       0          1  1  0
#> SRR1468850     2       0          1  0  1
#> SRR656782      2       0          1  0  1
#> SRR821364      1       0          1  1  0
#> SRR1101106     1       0          1  1  0
#> SRR659295      2       0          1  0  1
#> SRR1357103     2       0          1  0  1
#> SRR809185      2       0          1  0  1
#> SRR811583      2       0          1  0  1
#> SRR1468050     1       0          1  1  0
#> SRR1440224     2       0          1  0  1

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>            class entropy silhouette p1    p2    p3
#> SRR1500170     2  0.3686     0.8286  0 0.860 0.140
#> SRR1402368     3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR607743      3  0.3116     0.8910  0 0.108 0.892
#> SRR1457375     2  0.3752     0.8241  0 0.856 0.144
#> SRR1470923     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR817954      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR809259      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1439785     3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR814768      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1102031     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR1363611     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR1468447     2  0.3941     0.8100  0 0.844 0.156
#> SRR1071931     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR810981      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR615299      2  0.3879     0.8149  0 0.848 0.152
#> SRR663585      3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1326773     3  0.3752     0.8604  0 0.144 0.856
#> SRR1351166     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR1477452     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1084720     3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1420320     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR1081712     2  0.5733     0.5229  0 0.676 0.324
#> SRR1318241     3  0.2711     0.9024  0 0.088 0.912
#> SRR1333718     3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1313514     3  0.3551     0.8698  0 0.132 0.868
#> SRR1477861     3  0.1289     0.9267  0 0.032 0.968
#> SRR1318005     3  0.3192     0.8868  0 0.112 0.888
#> SRR1354665     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR657707      3  0.2796     0.9002  0 0.092 0.908
#> SRR1370742     3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1412947     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR661553      2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR1328869     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR662211      2  0.0424     0.9469  0 0.992 0.008
#> SRR1348181     3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1416560     3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1319772     3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1091452     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR1338812     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1392072     2  0.3941     0.8100  0 0.844 0.156
#> SRR814844      2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR1376619     3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR603690      2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR2184980     2  0.0237     0.9493  0 0.996 0.004
#> SRR613963      2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR1323422     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1397673     3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1434650     3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR659875      3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1465734     3  0.2959     0.8953  0 0.100 0.900
#> SRR1076847     3  0.4178     0.8309  0 0.172 0.828
#> SRR1415072     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR659319      3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR663088      2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR1352021     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1325527     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR659935      2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR1352530     3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR662594      2  0.6307    -0.0577  0 0.512 0.488
#> SRR1095309     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR615647      3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR813019      3  0.2878     0.8978  0 0.096 0.904
#> SRR1374647     3  0.3482     0.8728  0 0.128 0.872
#> SRR603472      3  0.1411     0.9252  0 0.036 0.964
#> SRR661529      2  0.0892     0.9395  0 0.980 0.020
#> SRR607018      3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR627423      2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR654921      2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR1418968     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR660871      3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1330522     3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1499958     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR614059      3  0.3941     0.7985  0 0.156 0.844
#> SRR1071403     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1486719     2  0.3879     0.8149  0 0.848 0.152
#> SRR1440421     3  0.5948     0.5113  0 0.360 0.640
#> SRR1310412     3  0.2711     0.9024  0 0.088 0.912
#> SRR614767      2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR820709      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR658093      3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1088168     3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1418707     2  0.3752     0.8241  0 0.856 0.144
#> SRR1354291     3  0.6280     0.2208  0 0.460 0.540
#> SRR2165806     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1415684     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR1433860     3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1311062     2  0.3941     0.8100  0 0.844 0.156
#> SRR1360359     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR661385      3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR615407      2  0.1529     0.9255  0 0.960 0.040
#> SRR1413892     3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1443459     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR1338942     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR657480      3  0.2711     0.9024  0 0.088 0.912
#> SRR1399433     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR818537      3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1101324     2  0.1860     0.9148  0 0.948 0.052
#> SRR807637      2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR1091918     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR598300      3  0.5363     0.6886  0 0.276 0.724
#> SRR1085426     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1376294     2  0.0237     0.9493  0 0.996 0.004
#> SRR813891      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1467431     3  0.5529     0.6452  0 0.296 0.704
#> SRR658742      2  0.0892     0.9394  0 0.980 0.020
#> SRR1419234     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1404813     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR603496      3  0.3038     0.8925  0 0.104 0.896
#> SRR1407758     3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR810945      2  0.5810     0.5035  0 0.664 0.336
#> SRR817234      3  0.4605     0.7913  0 0.204 0.796
#> SRR1444852     3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR660378      3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1467835     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR1338964     3  0.2711     0.9024  0 0.088 0.912
#> SRR1079259     2  0.2796     0.8811  0 0.908 0.092
#> SRR1072345     3  0.3340     0.8808  0 0.120 0.880
#> SRR598725      3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1447938     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1356397     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1360460     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR1429468     2  0.0237     0.9493  0 0.996 0.004
#> SRR1446850     2  0.4974     0.6993  0 0.764 0.236
#> SRR1320363     3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1413810     3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR598831      2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR1381865     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR660957      3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1491332     3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1099744     2  0.3879     0.8149  0 0.848 0.152
#> SRR1464618     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR1414559     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR1337540     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR1444283     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR2184942     3  0.2796     0.9002  0 0.092 0.908
#> SRR660295      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR601335      3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1363742     3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1345847     2  0.0237     0.9492  0 0.996 0.004
#> SRR614960      3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR819919      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR603330      3  0.2711     0.9024  0 0.088 0.912
#> SRR1327951     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1345266     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR1338055     3  0.4702     0.7815  0 0.212 0.788
#> SRR1430157     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR1320137     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR1093483     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1341080     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1459913     3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR2170490     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1479845     3  0.2165     0.9139  0 0.064 0.936
#> SRR1436420     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1481060     3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR662282      3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1487089     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR1075683     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1338536     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1338880     2  0.0747     0.9420  0 0.984 0.016
#> SRR1453456     3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1457895     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1440603     3  0.2711     0.9024  0 0.088 0.912
#> SRR658633      2  0.3816     0.8195  0 0.852 0.148
#> SRR1388081     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR813339      3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR809725      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR627441      3  0.2878     0.8978  0 0.096 0.904
#> SRR613603      3  0.0424     0.9348  0 0.008 0.992
#> SRR1096571     3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1392701     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1344326     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1367693     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR660697      2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR1489926     3  0.2878     0.8978  0 0.096 0.904
#> SRR811491      3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1311644     2  0.1529     0.9247  0 0.960 0.040
#> SRR1451740     3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR615117      3  0.2625     0.9044  0 0.084 0.916
#> SRR1391748     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR1466556     3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR614972      3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1406200     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR819210      2  0.0237     0.9492  0 0.996 0.004
#> SRR662174      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR811988      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR663236      2  0.6295     0.0605  0 0.528 0.472
#> SRR1312598     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR1330129     3  0.4062     0.8384  0 0.164 0.836
#> SRR1357781     3  0.3192     0.8865  0 0.112 0.888
#> SRR1315517     3  0.6309     0.0840  0 0.496 0.504
#> SRR1400032     3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1413722     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR612827      3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR814794      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR819430      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1395509     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR808728      3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1070813     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR1389133     3  0.2959     0.8953  0 0.100 0.900
#> SRR601263      3  0.2261     0.9121  0 0.068 0.932
#> SRR604718      2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR1481351     3  0.2711     0.9024  0 0.088 0.912
#> SRR1334608     3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR658681      3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR809283      2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR1459300     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1392547     3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR811049      3  0.2959     0.8953  0 0.100 0.900
#> SRR1464835     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR1339619     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR658501      3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1447523     3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1415048     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1444348     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR603890      3  0.5397     0.6776  0 0.280 0.720
#> SRR810595      3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1446244     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR817373      2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR1457291     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR598220      3  0.3686     0.8625  0 0.140 0.860
#> SRR1477991     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR598172      2  0.3941     0.8100  0 0.844 0.156
#> SRR1349032     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR604002      3  0.3038     0.8925  0 0.104 0.896
#> SRR1378026     3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1404401     3  0.4291     0.8209  0 0.180 0.820
#> SRR1333240     3  0.2878     0.8978  0 0.096 0.904
#> SRR1089399     2  0.0237     0.9493  0 0.996 0.004
#> SRR603421      2  0.4346     0.7747  0 0.816 0.184
#> SRR812562      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR808520      3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR811839      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR814317      2  0.3941     0.8100  0 0.844 0.156
#> SRR1436763     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR1486021     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR1465018     2  0.5363     0.6206  0 0.724 0.276
#> SRR1080998     3  0.2959     0.8953  0 0.100 0.900
#> SRR1083432     3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1082833     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1326536     3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR614011      2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR1365873     3  0.4702     0.7797  0 0.212 0.788
#> SRR1498789     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR601581      2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR603566      3  0.0747     0.9323  0 0.016 0.984
#> SRR1373981     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR821410      2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR1076511     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR614143      3  0.3038     0.8926  0 0.104 0.896
#> SRR1333570     3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1366813     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR1388746     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1420558     3  0.3941     0.7985  0 0.156 0.844
#> SRR1409510     3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR816250      2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR614131      2  0.0237     0.9492  0 0.996 0.004
#> SRR1331130     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1316015     3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1470798     3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR614179      3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1474863     2  0.3941     0.8100  0 0.844 0.156
#> SRR813560      2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR1312187     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR1420960     3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1355102     3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1084577     3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR659971      2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR1350855     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR820779      3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1476300     3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1090907     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR662294      3  0.6286     0.1970  0 0.464 0.536
#> SRR1480789     3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1336263     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR660776      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1090508     3  0.3482     0.8730  0 0.128 0.872
#> SRR615563      2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR1101175     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR2164650     3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1431205     2  0.4291     0.7790  0 0.820 0.180
#> SRR1339856     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR1352147     2  0.0424     0.9470  0 0.992 0.008
#> SRR808968      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR627419      2  0.3038     0.8664  0 0.896 0.104
#> SRR1402391     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR663609      3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR2167857     3  0.2711     0.9024  0 0.088 0.912
#> SRR1398752     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1405437     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR1416955     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1317064     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR659001      2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR2170696     2  0.1031     0.9366  0 0.976 0.024
#> SRR816589      3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1087487     3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1329485     3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR816920      2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR1341432     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1361590     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR817046      3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1471331     3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR660788      2  0.3340     0.8527  0 0.880 0.120
#> SRR819234      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR810853      3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR809427      2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR2170217     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR1386967     3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1420344     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR1334535     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR614503      2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR602564      2  0.6095     0.3059  0 0.608 0.392
#> SRR1420669     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR819024      3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR656223      3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR608428      2  0.3941     0.8100  0 0.844 0.156
#> SRR1345647     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1389324     3  0.5178     0.7167  0 0.256 0.744
#> SRR1361368     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR1322619     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR1349276     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR1404024     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1370637     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR1452631     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR608392      3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1357757     3  0.4452     0.8054  0 0.192 0.808
#> SRR1074646     2  0.0424     0.9470  0 0.992 0.008
#> SRR1367499     3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1343501     3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1394406     3  0.5733     0.6027  0 0.324 0.676
#> SRR1381435     3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1467407     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1092422     3  0.3038     0.8926  0 0.104 0.896
#> SRR1380270     3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1091817     2  0.3686     0.8286  0 0.860 0.140
#> SRR1440137     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR614311      2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR1407516     2  0.1289     0.9316  0 0.968 0.032
#> SRR815494      3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1333209     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR615177      2  0.0592     0.9445  0 0.988 0.012
#> SRR1099648     3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR659720      3  0.2959     0.8954  0 0.100 0.900
#> SRR2185057     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1467125     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR657468      2  0.1860     0.9148  0 0.948 0.052
#> SRR660042      3  0.3941     0.7985  0 0.156 0.844
#> SRR2170864     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR1440491     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR1440852     3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR811169      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1331311     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR818009      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1351836     2  0.3941     0.8100  0 0.844 0.156
#> SRR1498313     3  0.3686     0.8625  0 0.140 0.860
#> SRR1441975     3  0.4178     0.8297  0 0.172 0.828
#> SRR819096      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1073679     2  0.4931     0.7142  0 0.768 0.232
#> SRR1489116     3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1354138     3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1490589     3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1412987     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR602034      3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1353437     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1072871     3  0.0424     0.9349  0 0.008 0.992
#> SRR661577      2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR612190      2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR1399880     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1101787     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR657869      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1446332     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR816039      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1485141     3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1476697     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1379538     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR1331422     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR660859      3  0.2959     0.8953  0 0.100 0.900
#> SRR1097594     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1311419     3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1336706     3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1472976     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR1321307     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR807493      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR812461      3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1477149     3  0.3619     0.8657  0 0.136 0.864
#> SRR1457397     3  0.2711     0.9024  0 0.088 0.912
#> SRR661913      3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1069024     3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR2165634     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1478722     3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1328642     3  0.3340     0.8799  0 0.120 0.880
#> SRR1488261     3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1318815     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR816945      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1367432     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR1359280     3  0.3941     0.8468  0 0.156 0.844
#> SRR1313910     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR1457315     2  0.5327     0.6038  0 0.728 0.272
#> SRR815398      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR656958      3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR600688      2  0.4235     0.7805  0 0.824 0.176
#> SRR1098952     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1314916     3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR614167      3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1348114     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR658033      2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR1077503     3  0.2796     0.9002  0 0.092 0.908
#> SRR661854      3  0.4291     0.8195  0 0.180 0.820
#> SRR811379      2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR1318857     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR656445      3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1433044     3  0.4291     0.8211  0 0.180 0.820
#> SRR1486391     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR656071      3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1364824     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1379133     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR816745      3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR601038      3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1360080     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR814868      3  0.2711     0.9024  0 0.088 0.912
#> SRR1485997     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1435560     2  0.0424     0.9470  0 0.992 0.008
#> SRR1333330     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR663513      2  0.5621     0.5440  0 0.692 0.308
#> SRR1328407     3  0.2959     0.8953  0 0.100 0.900
#> SRR602784      3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1348468     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR663717      2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR602217      3  0.5859     0.5486  0 0.344 0.656
#> SRR603140      3  0.3482     0.8743  0 0.128 0.872
#> SRR1340804     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1457574     3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1333462     3  0.3192     0.8865  0 0.112 0.888
#> SRR1094601     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1434610     3  0.2959     0.8956  0 0.100 0.900
#> SRR1435833     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR1398728     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR1358343     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR1410890     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR1350371     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1392478     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR1099260     3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1433576     3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1345541     2  0.6180     0.2289  0 0.584 0.416
#> SRR1086328     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR810391      3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1476207     3  0.0424     0.9349  0 0.008 0.992
#> SRR627435      3  0.1964     0.9173  0 0.056 0.944
#> SRR1489862     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1419086     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1396191     3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1490115     3  0.1163     0.9282  0 0.028 0.972
#> SRR1377714     3  0.3116     0.8905  0 0.108 0.892
#> SRR819394      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR663161      2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR607042      3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR656203      2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR660602      3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1440397     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1369264     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR809233      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR663249      2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR661242      2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR1332007     3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR809619      2  0.1529     0.9248  0 0.960 0.040
#> SRR819975      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR599281      3  0.6008     0.4858  0 0.372 0.628
#> SRR662366      3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1317898     3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1382485     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR2166420     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1419429     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1092541     3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR817444      3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1320403     3  0.4654     0.7869  0 0.208 0.792
#> SRR1101483     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR1331684     3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1400054     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR1406088     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR820733      2  0.2878     0.8753  0 0.904 0.096
#> SRR1314113     2  0.0592     0.9445  0 0.988 0.012
#> SRR1382615     3  0.0000     0.9372  0 0.000 1.000
#> SRR1480745     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1468850     3  0.6095     0.4217  0 0.392 0.608
#> SRR656782      3  0.2711     0.9024  0 0.088 0.912
#> SRR821364      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1101106     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR659295      3  0.2878     0.8978  0 0.096 0.904
#> SRR1357103     3  0.2066     0.9156  0 0.060 0.940
#> SRR809185      2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR811583      2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000
#> SRR1468050     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1440224     2  0.0000     0.9513  0 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR1500170     2  0.1716     0.7349 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1402368     3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR607743      3  0.3610     0.7585 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1457375     2  0.1557     0.7317 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1470923     1  0.0336     0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR817954      1  0.0000     0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259      1  0.0000     0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785     3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR814768      1  0.0000     0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031     2  0.0921     0.7377 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1363611     2  0.3873     0.7227 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR1468447     2  0.3975     0.7145 0.000 0.760 0.000 0.240
#> SRR1071931     2  0.3907     0.7211 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR810981      1  0.0336     0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR615299      2  0.5000    -0.2910 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR663585      3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326773     3  0.4857     0.7041 0.000 0.016 0.700 0.284
#> SRR1351166     2  0.0469     0.7246 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1477452     1  0.0336     0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1084720     3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420320     2  0.1118     0.7311 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1081712     2  0.6663     0.4686 0.000 0.612 0.144 0.244
#> SRR1318241     3  0.4250     0.7219 0.000 0.000 0.724 0.276
#> SRR1333718     3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313514     3  0.4621     0.7105 0.000 0.008 0.708 0.284
#> SRR1477861     3  0.2647     0.8188 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR1318005     3  0.4621     0.7105 0.000 0.008 0.708 0.284
#> SRR1354665     2  0.0921     0.7371 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR657707      3  0.4277     0.7199 0.000 0.000 0.720 0.280
#> SRR1370742     3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1412947     2  0.1637     0.7448 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR661553      4  0.3074     0.5966 0.000 0.152 0.000 0.848
#> SRR1328869     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211      2  0.1118     0.7206 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1348181     3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416560     3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319772     3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091452     2  0.4250     0.6714 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR1338812     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072     2  0.1211     0.7187 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR814844      2  0.3837     0.7233 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1376619     3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR603690      4  0.4477     0.4847 0.000 0.312 0.000 0.688
#> SRR2184980     2  0.1557     0.7312 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR613963      4  0.3356     0.5886 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR1323422     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673     3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434650     3  0.0817     0.8521 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR659875      3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465734     3  0.4277     0.7199 0.000 0.000 0.720 0.280
#> SRR1076847     3  0.4963     0.6999 0.000 0.020 0.696 0.284
#> SRR1415072     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319      3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663088      4  0.4790     0.3705 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR1352021     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935      2  0.3873     0.7206 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR1352530     3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662594      4  0.1545     0.6057 0.000 0.040 0.008 0.952
#> SRR1095309     1  0.0336     0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR615647      4  0.4500     0.4734 0.000 0.000 0.316 0.684
#> SRR813019      3  0.4304     0.7168 0.000 0.000 0.716 0.284
#> SRR1374647     3  0.4304     0.7168 0.000 0.000 0.716 0.284
#> SRR603472      3  0.2704     0.8171 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR661529      4  0.2149     0.6122 0.000 0.088 0.000 0.912
#> SRR607018      3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR627423      2  0.3074     0.6158 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR654921      4  0.4961     0.1543 0.000 0.448 0.000 0.552
#> SRR1418968     1  0.0336     0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR660871      3  0.4948     0.1382 0.000 0.000 0.560 0.440
#> SRR1330522     3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499958     2  0.3688     0.7269 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR614059      4  0.4356     0.5041 0.000 0.000 0.292 0.708
#> SRR1071403     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719     2  0.3975     0.7139 0.000 0.760 0.000 0.240
#> SRR1440421     3  0.6897     0.4839 0.000 0.144 0.572 0.284
#> SRR1310412     3  0.4277     0.7199 0.000 0.000 0.720 0.280
#> SRR614767      2  0.1637     0.6848 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR820709      1  0.0336     0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1471500     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093      3  0.0188     0.8560 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1088168     3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418707     2  0.3942     0.7169 0.000 0.764 0.000 0.236
#> SRR1354291     3  0.7874    -0.0277 0.000 0.336 0.380 0.284
#> SRR2165806     1  0.0336     0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1415684     4  0.4888     0.2824 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR1433860     3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311062     2  0.1118     0.7206 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1360359     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385      3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615407      4  0.0817     0.5925 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1413892     3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443459     2  0.0592     0.7267 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1338942     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480      3  0.4040     0.7421 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1399433     4  0.4790     0.3705 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR818537      3  0.0817     0.8521 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1101324     2  0.4964     0.5171 0.000 0.616 0.004 0.380
#> SRR807637      4  0.2760     0.6090 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR1091918     1  0.0336     0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR598300      4  0.1256     0.5963 0.000 0.008 0.028 0.964
#> SRR1085426     1  0.0336     0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1376294     2  0.1118     0.7206 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR813891      1  0.0000     0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431     3  0.6578     0.5403 0.000 0.136 0.620 0.244
#> SRR658742      4  0.2149     0.6122 0.000 0.088 0.000 0.912
#> SRR1419234     1  0.0188     0.9967 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1404813     2  0.0336     0.7239 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR603496      4  0.1211     0.5889 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1407758     3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR810945      2  0.5990     0.5688 0.000 0.644 0.072 0.284
#> SRR817234      3  0.4857     0.7013 0.000 0.016 0.700 0.284
#> SRR1444852     3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660378      4  0.4543     0.4627 0.000 0.000 0.324 0.676
#> SRR1467835     2  0.1118     0.7206 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1338964     3  0.4222     0.7239 0.000 0.000 0.728 0.272
#> SRR1079259     2  0.4883     0.6550 0.000 0.696 0.016 0.288
#> SRR1072345     3  0.4567     0.7153 0.000 0.008 0.716 0.276
#> SRR598725      3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447938     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397     1  0.0336     0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1360460     2  0.0707     0.7225 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1429468     2  0.3975     0.7139 0.000 0.760 0.000 0.240
#> SRR1446850     2  0.4744     0.6573 0.000 0.704 0.012 0.284
#> SRR1320363     3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413810     3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR598831      4  0.4406     0.5015 0.000 0.300 0.000 0.700
#> SRR1381865     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957      3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1491332     3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099744     2  0.1118     0.7206 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1464618     2  0.0707     0.7225 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1414559     4  0.4761     0.3855 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1337540     2  0.3837     0.7233 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1444283     1  0.0336     0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR2184942     3  0.4193     0.7259 0.000 0.000 0.732 0.268
#> SRR660295      1  0.0336     0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR601335      3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363742     3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345847     2  0.4277     0.6746 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR614960      4  0.4500     0.4734 0.000 0.000 0.316 0.684
#> SRR819919      1  0.0336     0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR603330      3  0.4304     0.7168 0.000 0.000 0.716 0.284
#> SRR1327951     1  0.0336     0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1401885     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266     2  0.3649     0.7295 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1338055     3  0.5902     0.6694 0.000 0.184 0.696 0.120
#> SRR1430157     2  0.3942     0.7166 0.000 0.764 0.000 0.236
#> SRR1320137     2  0.3688     0.7307 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1093483     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913     3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170490     1  0.0336     0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1479845     3  0.2281     0.8206 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR1436420     1  0.0336     0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1481060     3  0.0188     0.8570 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR662282      4  0.4500     0.4734 0.000 0.000 0.316 0.684
#> SRR1487089     2  0.3726     0.7292 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1075683     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880     2  0.3837     0.7232 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1453456     3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457895     1  0.0336     0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1440603     3  0.4193     0.7307 0.000 0.000 0.732 0.268
#> SRR658633      2  0.4008     0.7130 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1388081     2  0.0707     0.7225 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR813339      3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809725      1  0.0000     0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441      3  0.4454     0.6986 0.000 0.000 0.692 0.308
#> SRR613603      4  0.4382     0.4978 0.000 0.000 0.296 0.704
#> SRR1096571     3  0.1792     0.8379 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR1392701     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326     1  0.0336     0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1367693     2  0.3726     0.7257 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR660697      2  0.3907     0.7211 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR1489926     3  0.4304     0.7168 0.000 0.000 0.716 0.284
#> SRR811491      3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311644     2  0.4585     0.6108 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1451740     3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615117      3  0.4500     0.6945 0.000 0.000 0.684 0.316
#> SRR1391748     2  0.0817     0.7218 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1466556     3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614972      4  0.4605     0.4447 0.000 0.000 0.336 0.664
#> SRR1406200     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210      4  0.4888     0.2825 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR662174      1  0.0000     0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988      1  0.0000     0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236      4  0.6862     0.5068 0.000 0.176 0.228 0.596
#> SRR1312598     2  0.0921     0.7347 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1330129     3  0.5990     0.6305 0.000 0.072 0.644 0.284
#> SRR1357781     3  0.4621     0.7105 0.000 0.008 0.708 0.284
#> SRR1315517     2  0.6495    -0.1036 0.000 0.492 0.436 0.072
#> SRR1400032     3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413722     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827      3  0.1716     0.8113 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR814794      1  0.0336     0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR819430      1  0.0000     0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509     2  0.3975     0.7119 0.000 0.760 0.000 0.240
#> SRR808728      3  0.0188     0.8571 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1070813     2  0.3975     0.7139 0.000 0.760 0.000 0.240
#> SRR1389133     3  0.4250     0.7211 0.000 0.000 0.724 0.276
#> SRR601263      3  0.2530     0.8172 0.000 0.000 0.888 0.112
#> SRR604718      4  0.4564     0.4552 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR1481351     3  0.4250     0.7219 0.000 0.000 0.724 0.276
#> SRR1334608     3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658681      3  0.0336     0.8561 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR809283      2  0.4933    -0.1606 0.000 0.568 0.000 0.432
#> SRR1459300     1  0.0336     0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1392547     3  0.0707     0.8532 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR811049      3  0.4277     0.7199 0.000 0.000 0.720 0.280
#> SRR1464835     2  0.1022     0.7269 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1339619     2  0.0000     0.7236 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658501      3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447523     3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415048     1  0.0336     0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1355451     1  0.0336     0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1444348     2  0.3764     0.7263 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR603890      3  0.6245     0.5928 0.000 0.244 0.648 0.108
#> SRR810595      3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446244     2  0.0469     0.7235 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR817373      2  0.0592     0.7232 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1457291     2  0.0336     0.7239 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR598220      3  0.4008     0.7303 0.000 0.000 0.756 0.244
#> SRR1477991     2  0.1474     0.7297 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR598172      2  0.1584     0.7152 0.000 0.952 0.012 0.036
#> SRR1349032     2  0.2081     0.7455 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR604002      3  0.4304     0.7168 0.000 0.000 0.716 0.284
#> SRR1378026     3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404401     3  0.4621     0.7105 0.000 0.008 0.708 0.284
#> SRR1333240     3  0.4304     0.7168 0.000 0.000 0.716 0.284
#> SRR1089399     2  0.4072     0.7047 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR603421      4  0.4194     0.5331 0.000 0.228 0.008 0.764
#> SRR812562      1  0.0000     0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520      3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811839      1  0.0336     0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR814317      2  0.2011     0.7268 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1436763     2  0.4817     0.4455 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR1486021     2  0.4585     0.2296 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1465018     2  0.5113     0.6614 0.000 0.712 0.036 0.252
#> SRR1080998     3  0.4250     0.7219 0.000 0.000 0.724 0.276
#> SRR1083432     3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082833     1  0.0336     0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1465804     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536     3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614011      2  0.4585     0.1324 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1365873     3  0.5062     0.6895 0.000 0.024 0.692 0.284
#> SRR1498789     2  0.0921     0.7231 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR601581      2  0.3837     0.7232 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR603566      4  0.4994     0.0625 0.000 0.000 0.480 0.520
#> SRR1373981     1  0.0336     0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR821410      2  0.0336     0.7239 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1076511     4  0.4356     0.5018 0.000 0.292 0.000 0.708
#> SRR614143      3  0.4331     0.7142 0.000 0.000 0.712 0.288
#> SRR1333570     3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366813     2  0.3219     0.7417 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR1388746     1  0.0336     0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1420558     3  0.0779     0.8470 0.000 0.004 0.980 0.016
#> SRR1409510     3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816250      2  0.0817     0.7239 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR614131      2  0.3907     0.7211 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR1331130     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015     3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470798     3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614179      3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1474863     2  0.3444     0.7374 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR813560      2  0.3444     0.7392 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR1312187     2  0.2081     0.7446 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1420960     3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355102     3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084577     3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659971      4  0.4605     0.4533 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR1350855     2  0.3837     0.7232 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR820779      3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476300     3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090907     2  0.0817     0.7218 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR662294      2  0.7654     0.1871 0.000 0.464 0.252 0.284
#> SRR1480789     3  0.1302     0.8463 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR1336263     2  0.3873     0.7206 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR660776      1  0.0000     0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508     3  0.4304     0.7168 0.000 0.000 0.716 0.284
#> SRR615563      4  0.4431     0.4865 0.000 0.304 0.000 0.696
#> SRR1101175     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650     3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431205     2  0.4188     0.7084 0.000 0.752 0.004 0.244
#> SRR1339856     2  0.3837     0.7234 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1352147     2  0.4008     0.7130 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR808968      1  0.0336     0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR627419      2  0.4222     0.6935 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1402391     1  0.0336     0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR663609      3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2167857     3  0.4304     0.7168 0.000 0.000 0.716 0.284
#> SRR1398752     1  0.0336     0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1469169     1  0.0336     0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1405437     2  0.2530     0.7429 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1416955     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064     2  0.3801     0.7283 0.000 0.780 0.000 0.220
#> SRR659001      2  0.4981    -0.2608 0.000 0.536 0.000 0.464
#> SRR2170696     4  0.4933     0.2107 0.000 0.432 0.000 0.568
#> SRR816589      3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087487     3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329485     3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816920      2  0.3873     0.7206 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR1341432     1  0.0336     0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1361590     2  0.0921     0.7246 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR817046      3  0.1474     0.8433 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1471331     3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660788      4  0.5682     0.4183 0.000 0.352 0.036 0.612
#> SRR819234      1  0.0336     0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR810853      3  0.0592     0.8541 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR809427      2  0.1389     0.7051 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR2170217     2  0.0817     0.7218 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1386967     3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420344     2  0.0592     0.7339 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1334535     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503      2  0.4989     0.1731 0.000 0.528 0.000 0.472
#> SRR602564      4  0.5382     0.5322 0.000 0.124 0.132 0.744
#> SRR1420669     2  0.3873     0.7206 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR819024      3  0.0336     0.8564 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR656223      3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608428      2  0.4697     0.5830 0.000 0.644 0.000 0.356
#> SRR1345647     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324     3  0.6357     0.6395 0.000 0.160 0.656 0.184
#> SRR1361368     2  0.1118     0.7311 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1322619     2  0.3726     0.7284 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1349276     2  0.0707     0.7225 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1404024     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637     2  0.3837     0.7227 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1452631     2  0.0707     0.7225 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR608392      3  0.4804     0.2982 0.000 0.000 0.616 0.384
#> SRR1357757     3  0.5131     0.6873 0.000 0.028 0.692 0.280
#> SRR1074646     2  0.4996     0.1241 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR1367499     3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343501     3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394406     3  0.6750     0.4408 0.000 0.104 0.540 0.356
#> SRR1381435     3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467407     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422     3  0.4304     0.7168 0.000 0.000 0.716 0.284
#> SRR1380270     3  0.1211     0.8477 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR1091817     2  0.1118     0.7206 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1440137     2  0.3688     0.7308 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR614311      2  0.0469     0.7235 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1407516     2  0.4072     0.7057 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR815494      3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333209     2  0.0469     0.7235 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR615177      4  0.4790     0.3705 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR1099648     3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659720      3  0.4830     0.5842 0.000 0.000 0.608 0.392
#> SRR2185057     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468      2  0.4454     0.6461 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR660042      4  0.4356     0.5041 0.000 0.000 0.292 0.708
#> SRR2170864     2  0.0592     0.7247 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1440491     2  0.3569     0.4936 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR1440852     3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811169      1  0.0336     0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1331311     2  0.3837     0.7232 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR818009      1  0.0336     0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1351836     2  0.3764     0.7290 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR1498313     3  0.4304     0.7168 0.000 0.000 0.716 0.284
#> SRR1441975     3  0.5417     0.6737 0.000 0.040 0.676 0.284
#> SRR819096      1  0.0000     0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679     2  0.6440     0.4768 0.000 0.644 0.208 0.148
#> SRR1489116     3  0.0188     0.8572 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1354138     3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490589     3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1412987     2  0.3873     0.7206 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR602034      3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353437     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871     3  0.1940     0.8354 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR661577      4  0.4356     0.5018 0.000 0.292 0.000 0.708
#> SRR612190      2  0.3907     0.7211 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR1399880     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787     4  0.4790     0.3737 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR657869      1  0.0336     0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1446332     1  0.0336     0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR816039      1  0.0000     0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141     3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476697     1  0.0336     0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1379538     2  0.3837     0.7232 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1331422     1  0.0336     0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR660859      3  0.4585     0.6682 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1097594     1  0.0336     0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1311419     3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336706     3  0.0336     0.8562 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1472976     2  0.3873     0.7206 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR1321307     1  0.0336     0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR807493      1  0.0336     0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR812461      3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477149     3  0.4621     0.7105 0.000 0.008 0.708 0.284
#> SRR1457397     3  0.4103     0.7398 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR661913      3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069024     3  0.0921     0.8511 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR2165634     1  0.0336     0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1478722     3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328642     3  0.4483     0.7139 0.000 0.004 0.712 0.284
#> SRR1488261     3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318815     2  0.4916    -0.1374 0.000 0.576 0.000 0.424
#> SRR816945      1  0.0336     0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1367432     2  0.0817     0.7218 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1359280     3  0.4304     0.7168 0.000 0.000 0.716 0.284
#> SRR1313910     2  0.0817     0.7350 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1457315     2  0.7847    -0.0410 0.000 0.396 0.276 0.328
#> SRR815398      1  0.0336     0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR656958      3  0.2814     0.7438 0.000 0.000 0.868 0.132
#> SRR600688      4  0.2266     0.6131 0.000 0.084 0.004 0.912
#> SRR1098952     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916     3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614167      4  0.4898     0.2885 0.000 0.000 0.416 0.584
#> SRR1348114     2  0.3801     0.7255 0.000 0.780 0.000 0.220
#> SRR658033      4  0.2814     0.6031 0.000 0.132 0.000 0.868
#> SRR1077503     3  0.4304     0.7168 0.000 0.000 0.716 0.284
#> SRR661854      4  0.1302     0.5917 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR811379      4  0.4790     0.3705 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR1318857     2  0.0817     0.7350 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR656445      3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433044     3  0.4621     0.7105 0.000 0.008 0.708 0.284
#> SRR1486391     1  0.0336     0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR656071      3  0.2589     0.7591 0.000 0.000 0.884 0.116
#> SRR1364824     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745      3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR601038      3  0.0188     0.8560 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1360080     1  0.0336     0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR814868      3  0.4040     0.7388 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1485997     1  0.0336     0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1435560     4  0.4790     0.3705 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR1333330     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513      2  0.7129     0.2936 0.000 0.504 0.140 0.356
#> SRR1328407     3  0.4304     0.7168 0.000 0.000 0.716 0.284
#> SRR602784      3  0.0188     0.8571 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1348468     2  0.0707     0.7225 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR663717      4  0.4967     0.1196 0.000 0.452 0.000 0.548
#> SRR602217      3  0.6876     0.4995 0.000 0.140 0.572 0.288
#> SRR603140      3  0.5735     0.5185 0.000 0.032 0.576 0.392
#> SRR1340804     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574     3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333462     3  0.4621     0.7105 0.000 0.008 0.708 0.284
#> SRR1094601     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610     3  0.4250     0.7219 0.000 0.000 0.724 0.276
#> SRR1435833     2  0.0592     0.7232 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1398728     2  0.0188     0.7269 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1358343     2  0.3610     0.7332 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1410890     2  0.0336     0.7239 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1350371     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478     2  0.1474     0.7297 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1099260     3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433576     3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345541     3  0.7861    -0.1401 0.000 0.284 0.392 0.324
#> SRR1086328     1  0.0336     0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR810391      3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476207     3  0.0592     0.8540 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR627435      3  0.2868     0.7985 0.000 0.000 0.864 0.136
#> SRR1489862     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086     1  0.0336     0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1436539     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191     3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490115     3  0.2281     0.8286 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR1377714     3  0.4164     0.7296 0.000 0.000 0.736 0.264
#> SRR819394      1  0.0000     0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161      4  0.2921     0.6053 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR607042      3  0.1118     0.8488 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR656203      2  0.1118     0.7383 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR660602      3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440397     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233      1  0.0336     0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR663249      2  0.3688     0.7273 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR661242      2  0.4961    -0.2346 0.000 0.552 0.000 0.448
#> SRR1332007     3  0.1792     0.8376 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR809619      2  0.3873     0.7227 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR819975      1  0.0000     0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281      3  0.6753     0.5478 0.000 0.228 0.608 0.164
#> SRR662366      3  0.2530     0.7634 0.000 0.000 0.888 0.112
#> SRR1317898     3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382485     2  0.3873     0.7233 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR2166420     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429     1  0.0336     0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1092541     3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR817444      3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320403     3  0.5727     0.6982 0.000 0.080 0.692 0.228
#> SRR1101483     2  0.3837     0.7232 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1331684     3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400054     4  0.3942     0.5459 0.000 0.236 0.000 0.764
#> SRR1406088     2  0.3610     0.7331 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR820733      4  0.4790     0.3705 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR1314113     4  0.4888     0.3456 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR1382615     3  0.0000     0.8578 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480745     1  0.0336     0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1468850     2  0.7806     0.1045 0.000 0.420 0.296 0.284
#> SRR656782      3  0.4193     0.7266 0.000 0.000 0.732 0.268
#> SRR821364      1  0.0336     0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1101106     1  0.0000     0.9968 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295      3  0.4304     0.7168 0.000 0.000 0.716 0.284
#> SRR1357103     3  0.3219     0.7964 0.000 0.000 0.836 0.164
#> SRR809185      4  0.4994     0.0162 0.000 0.480 0.000 0.520
#> SRR811583      4  0.4250     0.5154 0.000 0.276 0.000 0.724
#> SRR1468050     1  0.0336     0.9964 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1440224     2  0.0921     0.7271 0.000 0.972 0.000 0.028

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR1500170     2  0.1121   0.580337 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1402368     3  0.0000   0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607743      3  0.3562   0.635495 0.000 0.000 0.788 0.196 0.016
#> SRR1457375     2  0.0703   0.585265 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1470923     1  0.3647   0.888096 0.816 0.000 0.000 0.052 0.132
#> SRR817954      1  0.0162   0.909556 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR809259      1  0.0510   0.910093 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1439785     3  0.0000   0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814768      1  0.0290   0.908396 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1102031     2  0.2329   0.573705 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1363611     2  0.4659   0.136042 0.000 0.500 0.000 0.488 0.012
#> SRR1468447     2  0.4161   0.233275 0.000 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR1071931     4  0.4632  -0.053857 0.000 0.448 0.000 0.540 0.012
#> SRR810981      1  0.4272   0.867193 0.752 0.000 0.000 0.052 0.196
#> SRR615299      2  0.4805   0.192742 0.000 0.648 0.000 0.040 0.312
#> SRR663585      3  0.0000   0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326773     4  0.6056  -0.053636 0.000 0.084 0.408 0.496 0.012
#> SRR1351166     2  0.0162   0.583950 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1477452     1  0.4305   0.865899 0.748 0.000 0.000 0.052 0.200
#> SRR1084720     3  0.0000   0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420320     2  0.4387   0.415801 0.000 0.640 0.000 0.348 0.012
#> SRR1081712     2  0.4307   0.053339 0.000 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR1318241     3  0.4278   0.356669 0.000 0.000 0.548 0.452 0.000
#> SRR1333718     3  0.0324   0.847967 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1313514     4  0.5904   0.248801 0.000 0.260 0.136 0.600 0.004
#> SRR1477861     3  0.5149   0.399722 0.000 0.032 0.540 0.424 0.004
#> SRR1318005     4  0.5959   0.234457 0.000 0.152 0.244 0.600 0.004
#> SRR1354665     2  0.0703   0.585248 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR657707      3  0.4262   0.378932 0.000 0.000 0.560 0.440 0.000
#> SRR1370742     3  0.0000   0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1412947     2  0.1270   0.576838 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR661553      5  0.5240   0.440976 0.000 0.092 0.000 0.252 0.656
#> SRR1328869     1  0.0000   0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211      2  0.0451   0.580996 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1348181     3  0.0000   0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416560     3  0.0000   0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319772     3  0.0000   0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091452     4  0.4798  -0.047385 0.000 0.440 0.000 0.540 0.020
#> SRR1338812     1  0.0000   0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072     2  0.3196   0.417534 0.000 0.804 0.000 0.192 0.004
#> SRR814844      4  0.4637  -0.062782 0.000 0.452 0.000 0.536 0.012
#> SRR1376619     3  0.0000   0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603690      4  0.6091   0.137609 0.000 0.140 0.000 0.524 0.336
#> SRR2184980     2  0.0703   0.585290 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR613963      5  0.5778   0.192616 0.000 0.088 0.000 0.448 0.464
#> SRR1323422     1  0.0880   0.908962 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1397673     3  0.0162   0.849588 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1434650     3  0.4359   0.585234 0.000 0.016 0.692 0.288 0.004
#> SRR659875      3  0.0324   0.847967 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1465734     3  0.4262   0.378932 0.000 0.000 0.560 0.440 0.000
#> SRR1076847     4  0.5624   0.165676 0.000 0.088 0.308 0.600 0.004
#> SRR1415072     1  0.0290   0.908396 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR659319      3  0.0000   0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663088      4  0.6263   0.146667 0.000 0.216 0.000 0.540 0.244
#> SRR1352021     1  0.0000   0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527     1  0.0000   0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.0000   0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935      4  0.4632  -0.053857 0.000 0.448 0.000 0.540 0.012
#> SRR1352530     3  0.0000   0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662594      5  0.3177   0.612632 0.000 0.000 0.000 0.208 0.792
#> SRR1095309     1  0.4203   0.870204 0.760 0.000 0.000 0.052 0.188
#> SRR615647      5  0.4066   0.585044 0.000 0.000 0.324 0.004 0.672
#> SRR813019      4  0.5068  -0.007772 0.000 0.032 0.384 0.580 0.004
#> SRR1374647     4  0.5503   0.128146 0.000 0.072 0.328 0.596 0.004
#> SRR603472      3  0.5166   0.378014 0.000 0.032 0.528 0.436 0.004
#> SRR661529      5  0.3388   0.611712 0.000 0.008 0.000 0.200 0.792
#> SRR607018      3  0.0162   0.849588 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR627423      2  0.4822   0.400897 0.000 0.616 0.000 0.352 0.032
#> SRR654921      4  0.6265   0.130489 0.000 0.240 0.000 0.540 0.220
#> SRR1418968     1  0.4305   0.865899 0.748 0.000 0.000 0.052 0.200
#> SRR660871      5  0.4450   0.265497 0.000 0.000 0.488 0.004 0.508
#> SRR1330522     3  0.0000   0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499958     2  0.3684   0.429304 0.000 0.720 0.000 0.280 0.000
#> SRR614059      5  0.3398   0.645245 0.000 0.000 0.216 0.004 0.780
#> SRR1071403     1  0.0162   0.908741 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1486719     2  0.3177   0.445019 0.000 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1440421     4  0.4505   0.110858 0.000 0.384 0.012 0.604 0.000
#> SRR1310412     3  0.4273   0.366175 0.000 0.000 0.552 0.448 0.000
#> SRR614767      2  0.1809   0.544174 0.000 0.928 0.000 0.012 0.060
#> SRR820709      1  0.4305   0.865899 0.748 0.000 0.000 0.052 0.200
#> SRR1471500     1  0.0000   0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093      3  0.0162   0.848152 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1088168     3  0.0162   0.849588 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1418707     2  0.3143   0.449405 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR1354291     4  0.4505   0.109768 0.000 0.384 0.012 0.604 0.000
#> SRR2165806     1  0.2376   0.903319 0.904 0.000 0.000 0.052 0.044
#> SRR1415684     4  0.6237   0.113323 0.000 0.264 0.000 0.540 0.196
#> SRR1433860     3  0.0000   0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311062     2  0.3123   0.427120 0.000 0.812 0.000 0.184 0.004
#> SRR1360359     1  0.0000   0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385      3  0.0000   0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615407      5  0.3242   0.611776 0.000 0.000 0.000 0.216 0.784
#> SRR1413892     3  0.0000   0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443459     2  0.4165   0.441666 0.000 0.672 0.000 0.320 0.008
#> SRR1338942     1  0.0000   0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480      3  0.4359   0.426716 0.000 0.000 0.584 0.412 0.004
#> SRR1399433     4  0.6263   0.146667 0.000 0.216 0.000 0.540 0.244
#> SRR818537      3  0.4268   0.604271 0.000 0.016 0.708 0.272 0.004
#> SRR1101324     4  0.4404   0.106508 0.000 0.252 0.000 0.712 0.036
#> SRR807637      5  0.3810   0.623356 0.000 0.040 0.000 0.168 0.792
#> SRR1091918     1  0.1557   0.907270 0.940 0.000 0.000 0.052 0.008
#> SRR598300      5  0.3607   0.590511 0.000 0.000 0.004 0.244 0.752
#> SRR1085426     1  0.3736   0.885732 0.808 0.000 0.000 0.052 0.140
#> SRR1376294     2  0.0451   0.580996 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR813891      1  0.0000   0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431     2  0.6447  -0.024371 0.000 0.472 0.192 0.336 0.000
#> SRR658742      5  0.3388   0.611712 0.000 0.008 0.000 0.200 0.792
#> SRR1419234     1  0.0912   0.909898 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR1404813     2  0.0451   0.580996 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR603496      5  0.3398   0.612066 0.000 0.000 0.004 0.216 0.780
#> SRR1407758     3  0.0000   0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810945      4  0.6264   0.145282 0.000 0.400 0.148 0.452 0.000
#> SRR817234      4  0.5637   0.228512 0.000 0.284 0.112 0.604 0.000
#> SRR1444852     3  0.0000   0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660378      5  0.4066   0.585320 0.000 0.000 0.324 0.004 0.672
#> SRR1467835     2  0.0451   0.580996 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1338964     3  0.4249   0.389245 0.000 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1079259     4  0.4990   0.017268 0.000 0.384 0.036 0.580 0.000
#> SRR1072345     3  0.4708   0.351593 0.000 0.016 0.548 0.436 0.000
#> SRR598725      3  0.0000   0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447938     1  0.0000   0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397     1  0.0865   0.909848 0.972 0.000 0.000 0.024 0.004
#> SRR1360460     2  0.4435   0.428728 0.000 0.648 0.000 0.336 0.016
#> SRR1429468     2  0.3242   0.438104 0.000 0.784 0.000 0.216 0.000
#> SRR1446850     2  0.4538   0.076203 0.000 0.540 0.008 0.452 0.000
#> SRR1320363     3  0.0290   0.848055 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1413810     3  0.0000   0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598831      5  0.3388   0.572129 0.000 0.200 0.000 0.008 0.792
#> SRR1381865     1  0.0000   0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957      3  0.0000   0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1491332     3  0.0324   0.847967 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1099744     2  0.0451   0.580996 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1464618     2  0.4323   0.435889 0.000 0.656 0.000 0.332 0.012
#> SRR1414559     4  0.6240   0.148377 0.000 0.212 0.000 0.544 0.244
#> SRR1337540     4  0.4546  -0.077000 0.000 0.460 0.000 0.532 0.008
#> SRR1444283     1  0.4305   0.865899 0.748 0.000 0.000 0.052 0.200
#> SRR2184942     3  0.4235   0.400019 0.000 0.000 0.576 0.424 0.000
#> SRR660295      1  0.4305   0.865899 0.748 0.000 0.000 0.052 0.200
#> SRR601335      3  0.0000   0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1363742     3  0.0000   0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345847     2  0.3949   0.323788 0.000 0.668 0.000 0.332 0.000
#> SRR614960      5  0.4196   0.537087 0.000 0.000 0.356 0.004 0.640
#> SRR819919      1  0.3359   0.893831 0.840 0.000 0.000 0.052 0.108
#> SRR603330      4  0.5487   0.135705 0.000 0.072 0.324 0.600 0.004
#> SRR1327951     1  0.4238   0.868190 0.756 0.000 0.000 0.052 0.192
#> SRR1401885     1  0.0000   0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266     2  0.3661   0.434188 0.000 0.724 0.000 0.276 0.000
#> SRR1338055     4  0.6826   0.105165 0.000 0.284 0.280 0.432 0.004
#> SRR1430157     2  0.3210   0.442257 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR1320137     2  0.3816   0.415592 0.000 0.696 0.000 0.304 0.000
#> SRR1093483     1  0.0609   0.910089 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1341080     1  0.0000   0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913     3  0.0162   0.848092 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2170490     1  0.3555   0.889950 0.824 0.000 0.000 0.052 0.124
#> SRR1479845     3  0.1965   0.767314 0.000 0.000 0.904 0.096 0.000
#> SRR1436420     1  0.2450   0.902932 0.900 0.000 0.000 0.052 0.048
#> SRR1481060     3  0.0566   0.845104 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR662282      5  0.4084   0.580991 0.000 0.000 0.328 0.004 0.668
#> SRR1487089     4  0.4648  -0.091351 0.000 0.464 0.000 0.524 0.012
#> SRR1075683     1  0.0000   0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536     1  0.0000   0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880     4  0.4632  -0.053857 0.000 0.448 0.000 0.540 0.012
#> SRR1453456     3  0.0000   0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457895     1  0.4238   0.868190 0.756 0.000 0.000 0.052 0.192
#> SRR1440603     4  0.5058  -0.007046 0.000 0.032 0.380 0.584 0.004
#> SRR658633      2  0.3177   0.445019 0.000 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1388081     2  0.4066   0.447720 0.000 0.672 0.000 0.324 0.004
#> SRR813339      3  0.0000   0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809725      1  0.0000   0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441      4  0.5726   0.168845 0.000 0.080 0.304 0.604 0.012
#> SRR613603      5  0.3690   0.649704 0.000 0.000 0.200 0.020 0.780
#> SRR1096571     3  0.5024   0.478909 0.000 0.032 0.596 0.368 0.004
#> SRR1392701     1  0.0290   0.908396 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1344326     1  0.4305   0.865899 0.748 0.000 0.000 0.052 0.200
#> SRR1367693     2  0.3884   0.418886 0.000 0.708 0.000 0.288 0.004
#> SRR660697      4  0.4632  -0.053857 0.000 0.448 0.000 0.540 0.012
#> SRR1489926     3  0.4559   0.288026 0.000 0.008 0.512 0.480 0.000
#> SRR811491      3  0.0000   0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311644     4  0.4734  -0.000549 0.000 0.372 0.000 0.604 0.024
#> SRR1451740     3  0.0000   0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615117      4  0.6282   0.004142 0.000 0.032 0.364 0.528 0.076
#> SRR1391748     2  0.4323   0.425415 0.000 0.656 0.000 0.332 0.012
#> SRR1466556     3  0.0000   0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614972      5  0.4118   0.571005 0.000 0.000 0.336 0.004 0.660
#> SRR1406200     1  0.0000   0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210      4  0.6268   0.139223 0.000 0.228 0.000 0.540 0.232
#> SRR662174      1  0.1908   0.902695 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR811988      1  0.0000   0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236      4  0.7618   0.059204 0.000 0.096 0.176 0.484 0.244
#> SRR1312598     2  0.0609   0.585375 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1330129     4  0.5459   0.199755 0.000 0.316 0.084 0.600 0.000
#> SRR1357781     4  0.5919   0.251065 0.000 0.256 0.140 0.600 0.004
#> SRR1315517     2  0.4426   0.151958 0.000 0.612 0.004 0.380 0.004
#> SRR1400032     3  0.0000   0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413722     1  0.0000   0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827      3  0.0324   0.846346 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR814794      1  0.4305   0.865899 0.748 0.000 0.000 0.052 0.200
#> SRR819430      1  0.0000   0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509     4  0.4878  -0.051589 0.000 0.440 0.000 0.536 0.024
#> SRR808728      3  0.1430   0.821042 0.000 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR1070813     2  0.3242   0.438104 0.000 0.784 0.000 0.216 0.000
#> SRR1389133     3  0.4242   0.395701 0.000 0.000 0.572 0.428 0.000
#> SRR601263      3  0.2813   0.724549 0.000 0.000 0.832 0.168 0.000
#> SRR604718      4  0.6127   0.146873 0.000 0.152 0.000 0.532 0.316
#> SRR1481351     3  0.4448   0.303871 0.000 0.000 0.516 0.480 0.004
#> SRR1334608     3  0.0162   0.849588 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR658681      3  0.1041   0.834081 0.000 0.000 0.964 0.032 0.004
#> SRR809283      2  0.6697   0.181167 0.000 0.404 0.000 0.352 0.244
#> SRR1459300     1  0.3459   0.891909 0.832 0.000 0.000 0.052 0.116
#> SRR1392547     3  0.2719   0.752665 0.000 0.000 0.852 0.144 0.004
#> SRR811049      3  0.4262   0.378932 0.000 0.000 0.560 0.440 0.000
#> SRR1464835     2  0.4371   0.417102 0.000 0.644 0.000 0.344 0.012
#> SRR1339619     2  0.1952   0.576236 0.000 0.912 0.000 0.084 0.004
#> SRR658501      3  0.0000   0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447523     3  0.0000   0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415048     1  0.4272   0.867081 0.752 0.000 0.000 0.052 0.196
#> SRR1355451     1  0.2221   0.903737 0.912 0.000 0.000 0.052 0.036
#> SRR1444348     2  0.4327   0.344791 0.000 0.632 0.000 0.360 0.008
#> SRR603890      2  0.5511   0.026400 0.000 0.524 0.056 0.416 0.004
#> SRR810595      3  0.0000   0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446244     2  0.3730   0.469140 0.000 0.712 0.000 0.288 0.000
#> SRR817373      2  0.4183   0.445088 0.000 0.668 0.000 0.324 0.008
#> SRR1457291     2  0.0451   0.580996 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR598220      3  0.3970   0.598037 0.000 0.000 0.752 0.224 0.024
#> SRR1477991     2  0.0609   0.585375 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR598172      2  0.3766   0.314070 0.000 0.728 0.000 0.268 0.004
#> SRR1349032     2  0.4313   0.404184 0.000 0.636 0.000 0.356 0.008
#> SRR604002      4  0.5012   0.039823 0.000 0.032 0.364 0.600 0.004
#> SRR1378026     3  0.0000   0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404401     4  0.5934   0.250479 0.000 0.252 0.144 0.600 0.004
#> SRR1333240     4  0.5012   0.039823 0.000 0.032 0.364 0.600 0.004
#> SRR1089399     2  0.3636   0.376261 0.000 0.728 0.000 0.272 0.000
#> SRR603421      5  0.6876   0.045617 0.000 0.368 0.004 0.256 0.372
#> SRR812562      1  0.0000   0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520      3  0.0162   0.849588 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR811839      1  0.3863   0.882688 0.796 0.000 0.000 0.052 0.152
#> SRR814317      2  0.2074   0.535605 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR1436763     4  0.5760   0.010252 0.000 0.368 0.000 0.536 0.096
#> SRR1486021     2  0.6121   0.332326 0.000 0.528 0.000 0.324 0.148
#> SRR1465018     4  0.4300  -0.022574 0.000 0.476 0.000 0.524 0.000
#> SRR1080998     3  0.4256   0.385087 0.000 0.000 0.564 0.436 0.000
#> SRR1083432     3  0.0000   0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082833     1  0.2726   0.901274 0.884 0.000 0.000 0.052 0.064
#> SRR1465804     1  0.0000   0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536     3  0.0000   0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614011      2  0.6728   0.190823 0.000 0.404 0.000 0.336 0.260
#> SRR1365873     4  0.5522   0.180580 0.000 0.092 0.308 0.600 0.000
#> SRR1498789     2  0.0451   0.580996 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR601581      4  0.4632  -0.053857 0.000 0.448 0.000 0.540 0.012
#> SRR603566      5  0.4987   0.621878 0.000 0.000 0.236 0.080 0.684
#> SRR1373981     1  0.4238   0.868190 0.756 0.000 0.000 0.052 0.192
#> SRR821410      2  0.0451   0.580996 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1076511     5  0.3663   0.559490 0.000 0.208 0.000 0.016 0.776
#> SRR614143      3  0.5123   0.249135 0.000 0.028 0.492 0.476 0.004
#> SRR1333570     3  0.0000   0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366813     2  0.2424   0.524830 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000
#> SRR1388746     1  0.4305   0.865899 0.748 0.000 0.000 0.052 0.200
#> SRR1420558     3  0.3715   0.428686 0.000 0.004 0.736 0.260 0.000
#> SRR1409510     3  0.0000   0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816250      2  0.0324   0.581836 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR614131      4  0.4637  -0.060811 0.000 0.452 0.000 0.536 0.012
#> SRR1331130     1  0.0000   0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015     3  0.0000   0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470798     3  0.0000   0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614179      3  0.0451   0.846146 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1474863     2  0.4249   0.144228 0.000 0.568 0.000 0.432 0.000
#> SRR813560      2  0.2648   0.508455 0.000 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR1312187     2  0.4403   0.372049 0.000 0.608 0.000 0.384 0.008
#> SRR1420960     3  0.0000   0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355102     3  0.0000   0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084577     3  0.0000   0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659971      4  0.6188   0.140158 0.000 0.160 0.000 0.524 0.316
#> SRR1350855     4  0.4632  -0.053857 0.000 0.448 0.000 0.540 0.012
#> SRR820779      3  0.0000   0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476300     3  0.0000   0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090907     2  0.4418   0.432591 0.000 0.652 0.000 0.332 0.016
#> SRR662294      4  0.5409   0.200416 0.000 0.316 0.080 0.604 0.000
#> SRR1480789     3  0.4047   0.574826 0.000 0.000 0.676 0.320 0.004
#> SRR1336263     4  0.4632  -0.053857 0.000 0.448 0.000 0.540 0.012
#> SRR660776      1  0.0000   0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508     4  0.5487   0.135705 0.000 0.072 0.324 0.600 0.004
#> SRR615563      4  0.6035   0.147614 0.000 0.132 0.000 0.528 0.340
#> SRR1101175     1  0.0000   0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650     3  0.0324   0.847967 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1431205     4  0.4305  -0.043799 0.000 0.488 0.000 0.512 0.000
#> SRR1339856     4  0.4641  -0.070173 0.000 0.456 0.000 0.532 0.012
#> SRR1352147     2  0.3210   0.442257 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR808968      1  0.4238   0.868190 0.756 0.000 0.000 0.052 0.192
#> SRR627419      2  0.4114   0.402454 0.000 0.732 0.000 0.244 0.024
#> SRR1402391     1  0.4305   0.865899 0.748 0.000 0.000 0.052 0.200
#> SRR663609      3  0.0324   0.847967 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR2167857     4  0.5487   0.135705 0.000 0.072 0.324 0.600 0.004
#> SRR1398752     1  0.4305   0.865899 0.748 0.000 0.000 0.052 0.200
#> SRR1469169     1  0.4305   0.865899 0.748 0.000 0.000 0.052 0.200
#> SRR1405437     2  0.1732   0.563362 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1416955     1  0.0000   0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064     2  0.4304   0.166639 0.000 0.516 0.000 0.484 0.000
#> SRR659001      2  0.6814   0.152743 0.000 0.352 0.000 0.344 0.304
#> SRR2170696     4  0.6244   0.116397 0.000 0.260 0.000 0.540 0.200
#> SRR816589      3  0.0000   0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087487     3  0.0000   0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329485     3  0.0000   0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816920      4  0.4632  -0.053857 0.000 0.448 0.000 0.540 0.012
#> SRR1341432     1  0.4238   0.868190 0.756 0.000 0.000 0.052 0.192
#> SRR1361590     2  0.4356   0.419460 0.000 0.648 0.000 0.340 0.012
#> SRR817046      3  0.2773   0.734668 0.000 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR1471331     3  0.0000   0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660788      4  0.6921   0.150968 0.000 0.188 0.036 0.532 0.244
#> SRR819234      1  0.4305   0.865899 0.748 0.000 0.000 0.052 0.200
#> SRR810853      3  0.1892   0.801413 0.000 0.000 0.916 0.080 0.004
#> SRR809427      2  0.4763   0.418358 0.000 0.632 0.000 0.336 0.032
#> SRR2170217     2  0.4435   0.427611 0.000 0.648 0.000 0.336 0.016
#> SRR1386967     3  0.0000   0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420344     2  0.1908   0.580893 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000
#> SRR1334535     1  0.0000   0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503      4  0.6163   0.088178 0.000 0.292 0.000 0.540 0.168
#> SRR602564      4  0.5306   0.110157 0.000 0.028 0.032 0.644 0.296
#> SRR1420669     4  0.4632  -0.053857 0.000 0.448 0.000 0.540 0.012
#> SRR819024      3  0.0794   0.836440 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR656223      3  0.0162   0.849588 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR608428      2  0.4538   0.089305 0.000 0.540 0.000 0.452 0.008
#> SRR1345647     1  0.0000   0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324     4  0.5683   0.080267 0.000 0.428 0.068 0.500 0.004
#> SRR1361368     2  0.4402   0.411470 0.000 0.636 0.000 0.352 0.012
#> SRR1322619     2  0.3143   0.449405 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR1349276     2  0.4323   0.425415 0.000 0.656 0.000 0.332 0.012
#> SRR1404024     1  0.0000   0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637     2  0.3487   0.439850 0.000 0.780 0.000 0.212 0.008
#> SRR1452631     2  0.4435   0.428728 0.000 0.648 0.000 0.336 0.016
#> SRR608392      5  0.4452   0.233461 0.000 0.000 0.496 0.004 0.500
#> SRR1357757     3  0.4747   0.251068 0.000 0.016 0.496 0.488 0.000
#> SRR1074646     4  0.6082   0.068006 0.000 0.312 0.000 0.540 0.148
#> SRR1367499     3  0.0000   0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343501     3  0.0324   0.847967 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1394406     4  0.5131   0.221779 0.000 0.152 0.116 0.720 0.012
#> SRR1381435     3  0.0162   0.849588 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1467407     1  0.0000   0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422     4  0.5487   0.135705 0.000 0.072 0.324 0.600 0.004
#> SRR1380270     3  0.4047   0.574881 0.000 0.000 0.676 0.320 0.004
#> SRR1091817     2  0.0451   0.580996 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1440137     2  0.3109   0.454019 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR614311      2  0.4306   0.439413 0.000 0.660 0.000 0.328 0.012
#> SRR1407516     4  0.4798  -0.047028 0.000 0.440 0.000 0.540 0.020
#> SRR815494      3  0.0000   0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333209     2  0.4047   0.450620 0.000 0.676 0.000 0.320 0.004
#> SRR615177      4  0.6263   0.146667 0.000 0.216 0.000 0.540 0.244
#> SRR1099648     3  0.0324   0.847967 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR659720      3  0.5262   0.279948 0.000 0.016 0.504 0.460 0.020
#> SRR2185057     1  0.1121   0.908512 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1467125     1  0.2773   0.884684 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR657468      4  0.4789  -0.015669 0.000 0.392 0.000 0.584 0.024
#> SRR660042      5  0.3398   0.645245 0.000 0.000 0.216 0.004 0.780
#> SRR2170864     2  0.0451   0.580996 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1440491     2  0.4972   0.410017 0.000 0.620 0.000 0.336 0.044
#> SRR1440852     3  0.0000   0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811169      1  0.2139   0.904323 0.916 0.000 0.000 0.052 0.032
#> SRR1331311     4  0.4632  -0.053857 0.000 0.448 0.000 0.540 0.012
#> SRR818009      1  0.4305   0.865899 0.748 0.000 0.000 0.052 0.200
#> SRR1351836     2  0.4300   0.081376 0.000 0.524 0.000 0.476 0.000
#> SRR1498313     4  0.5487   0.135705 0.000 0.072 0.324 0.600 0.004
#> SRR1441975     4  0.5315   0.181739 0.000 0.332 0.068 0.600 0.000
#> SRR819096      1  0.0000   0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679     3  0.5862   0.017793 0.000 0.076 0.512 0.404 0.008
#> SRR1489116     3  0.1282   0.826819 0.000 0.000 0.952 0.044 0.004
#> SRR1354138     3  0.0000   0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490589     3  0.0000   0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1412987     4  0.4632  -0.053857 0.000 0.448 0.000 0.540 0.012
#> SRR602034      3  0.0000   0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353437     1  0.0000   0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871     3  0.3395   0.672193 0.000 0.000 0.764 0.236 0.000
#> SRR661577      5  0.3353   0.571645 0.000 0.196 0.000 0.008 0.796
#> SRR612190      4  0.4632  -0.053857 0.000 0.448 0.000 0.540 0.012
#> SRR1399880     1  0.0290   0.908396 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1101787     4  0.6255   0.148534 0.000 0.208 0.000 0.540 0.252
#> SRR657869      1  0.4305   0.865899 0.748 0.000 0.000 0.052 0.200
#> SRR1446332     1  0.4305   0.865899 0.748 0.000 0.000 0.052 0.200
#> SRR816039      1  0.0000   0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141     3  0.0000   0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476697     1  0.4272   0.867081 0.752 0.000 0.000 0.052 0.196
#> SRR1379538     4  0.4542  -0.068651 0.000 0.456 0.000 0.536 0.008
#> SRR1331422     1  0.3745   0.875247 0.780 0.000 0.000 0.024 0.196
#> SRR660859      3  0.4415   0.366569 0.000 0.000 0.552 0.444 0.004
#> SRR1097594     1  0.4134   0.870123 0.760 0.000 0.000 0.044 0.196
#> SRR1311419     3  0.0000   0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336706     3  0.1704   0.810143 0.000 0.000 0.928 0.068 0.004
#> SRR1472976     4  0.4632  -0.053857 0.000 0.448 0.000 0.540 0.012
#> SRR1321307     1  0.4305   0.865899 0.748 0.000 0.000 0.052 0.200
#> SRR807493      1  0.4238   0.868190 0.756 0.000 0.000 0.052 0.192
#> SRR812461      3  0.0000   0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477149     4  0.5786   0.229572 0.000 0.284 0.112 0.600 0.004
#> SRR1457397     4  0.5097  -0.054605 0.000 0.032 0.396 0.568 0.004
#> SRR661913      3  0.0000   0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069024     3  0.4380   0.581428 0.000 0.016 0.688 0.292 0.004
#> SRR2165634     1  0.4238   0.868190 0.756 0.000 0.000 0.052 0.192
#> SRR1478722     3  0.0000   0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328642     4  0.5981   0.235599 0.000 0.160 0.236 0.600 0.004
#> SRR1488261     3  0.0000   0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318815     2  0.6684   0.186914 0.000 0.408 0.000 0.352 0.240
#> SRR816945      1  0.4305   0.865899 0.748 0.000 0.000 0.052 0.200
#> SRR1367432     2  0.4323   0.425415 0.000 0.656 0.000 0.332 0.012
#> SRR1359280     4  0.5887   0.230772 0.000 0.132 0.264 0.600 0.004
#> SRR1313910     2  0.1851   0.582177 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR1457315     4  0.6712   0.085574 0.000 0.272 0.160 0.540 0.028
#> SRR815398      1  0.4305   0.865899 0.748 0.000 0.000 0.052 0.200
#> SRR656958      3  0.0566   0.837883 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR600688      5  0.3934   0.540418 0.000 0.008 0.000 0.276 0.716
#> SRR1098952     1  0.0703   0.909534 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1314916     3  0.0000   0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614167      5  0.4415   0.364823 0.000 0.000 0.444 0.004 0.552
#> SRR1348114     4  0.4637  -0.062782 0.000 0.452 0.000 0.536 0.012
#> SRR658033      5  0.3596   0.610051 0.000 0.016 0.000 0.200 0.784
#> SRR1077503     3  0.4802   0.277058 0.000 0.012 0.504 0.480 0.004
#> SRR661854      5  0.3398   0.612066 0.000 0.000 0.004 0.216 0.780
#> SRR811379      4  0.6263   0.146667 0.000 0.216 0.000 0.540 0.244
#> SRR1318857     2  0.1851   0.582101 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR656445      3  0.0162   0.849588 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1433044     4  0.5919   0.250969 0.000 0.256 0.140 0.600 0.004
#> SRR1486391     1  0.3317   0.894339 0.840 0.000 0.000 0.044 0.116
#> SRR656071      3  0.0579   0.840082 0.000 0.000 0.984 0.008 0.008
#> SRR1364824     1  0.0000   0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133     1  0.1195   0.909262 0.960 0.000 0.000 0.012 0.028
#> SRR1394169     1  0.0000   0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745      3  0.0451   0.846577 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR601038      3  0.0451   0.846932 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1360080     1  0.4305   0.865899 0.748 0.000 0.000 0.052 0.200
#> SRR814868      3  0.3983   0.516778 0.000 0.000 0.660 0.340 0.000
#> SRR1485997     1  0.2221   0.903737 0.912 0.000 0.000 0.052 0.036
#> SRR1435560     4  0.6263   0.146667 0.000 0.216 0.000 0.540 0.244
#> SRR1333330     1  0.0000   0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513      4  0.5081   0.178822 0.000 0.204 0.076 0.708 0.012
#> SRR1328407     4  0.5036   0.020982 0.000 0.032 0.372 0.592 0.004
#> SRR602784      3  0.0566   0.844922 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR1348468     2  0.4435   0.428728 0.000 0.648 0.000 0.336 0.016
#> SRR663717      4  0.6258   0.138703 0.000 0.184 0.000 0.528 0.288
#> SRR602217      4  0.5492   0.096893 0.000 0.432 0.064 0.504 0.000
#> SRR603140      3  0.5486   0.270530 0.000 0.028 0.508 0.444 0.020
#> SRR1340804     1  0.0000   0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574     3  0.0000   0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333462     4  0.5919   0.250969 0.000 0.256 0.140 0.600 0.004
#> SRR1094601     1  0.0000   0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610     3  0.4256   0.385087 0.000 0.000 0.564 0.436 0.000
#> SRR1435833     2  0.4047   0.450620 0.000 0.676 0.000 0.320 0.004
#> SRR1398728     2  0.1732   0.579705 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1358343     4  0.4655  -0.122081 0.000 0.476 0.000 0.512 0.012
#> SRR1410890     2  0.0451   0.580996 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1350371     1  0.0290   0.908396 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1392478     2  0.0609   0.585375 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1099260     3  0.0000   0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433576     3  0.0000   0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345541     4  0.6645   0.119319 0.000 0.208 0.240 0.536 0.016
#> SRR1086328     1  0.4238   0.868190 0.756 0.000 0.000 0.052 0.192
#> SRR810391      3  0.0000   0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476207     3  0.0510   0.840736 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR627435      3  0.2471   0.723508 0.000 0.000 0.864 0.136 0.000
#> SRR1489862     1  0.1671   0.906008 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1419086     1  0.4305   0.865899 0.748 0.000 0.000 0.052 0.200
#> SRR1436539     1  0.0000   0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191     3  0.0000   0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490115     3  0.3508   0.657279 0.000 0.000 0.748 0.252 0.000
#> SRR1377714     3  0.4242   0.396018 0.000 0.000 0.572 0.428 0.000
#> SRR819394      1  0.0162   0.909531 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR663161      5  0.3930   0.625031 0.000 0.056 0.000 0.152 0.792
#> SRR607042      3  0.2890   0.739518 0.000 0.000 0.836 0.160 0.004
#> SRR656203      2  0.0880   0.585116 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR660602      3  0.0000   0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440397     1  0.2848   0.886632 0.840 0.000 0.000 0.004 0.156
#> SRR1369264     1  0.0000   0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233      1  0.4238   0.868190 0.756 0.000 0.000 0.052 0.192
#> SRR663249      2  0.4232   0.393690 0.000 0.676 0.000 0.312 0.012
#> SRR661242      2  0.6728   0.206484 0.000 0.416 0.000 0.308 0.276
#> SRR1332007     3  0.5058   0.465853 0.000 0.032 0.584 0.380 0.004
#> SRR809619      2  0.4565   0.272349 0.000 0.580 0.000 0.408 0.012
#> SRR819975      1  0.0000   0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281      2  0.5295  -0.016955 0.000 0.488 0.048 0.464 0.000
#> SRR662366      3  0.0162   0.848152 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1317898     3  0.0000   0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382485     4  0.4632  -0.053857 0.000 0.448 0.000 0.540 0.012
#> SRR2166420     1  0.0000   0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429     1  0.4305   0.865899 0.748 0.000 0.000 0.052 0.200
#> SRR1092541     3  0.0000   0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817444      3  0.0162   0.849588 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1320403     4  0.5518   0.134674 0.000 0.384 0.072 0.544 0.000
#> SRR1101483     4  0.4718  -0.050149 0.000 0.444 0.000 0.540 0.016
#> SRR1331684     3  0.0000   0.850838 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400054     5  0.3953   0.604965 0.000 0.148 0.000 0.060 0.792
#> SRR1406088     2  0.4218   0.383702 0.000 0.660 0.000 0.332 0.008
#> SRR820733      4  0.6263   0.146667 0.000 0.216 0.000 0.540 0.244
#> SRR1314113     4  0.6403   0.091193 0.000 0.256 0.000 0.512 0.232
#> SRR1382615     3  0.0324   0.847967 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1480745     1  0.4305   0.865899 0.748 0.000 0.000 0.052 0.200
#> SRR1468850     4  0.5443   0.202236 0.000 0.312 0.084 0.604 0.000
#> SRR656782      3  0.4249   0.390834 0.000 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR821364      1  0.2790   0.900695 0.880 0.000 0.000 0.052 0.068
#> SRR1101106     1  0.0000   0.909104 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295      4  0.5487   0.135705 0.000 0.072 0.324 0.600 0.004
#> SRR1357103     3  0.5124   0.292028 0.000 0.028 0.488 0.480 0.004
#> SRR809185      4  0.6244   0.116052 0.000 0.260 0.000 0.540 0.200
#> SRR811583      5  0.6498   0.014107 0.000 0.200 0.000 0.340 0.460
#> SRR1468050     1  0.2221   0.903737 0.912 0.000 0.000 0.052 0.036
#> SRR1440224     2  0.0290   0.584659 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR1500170     2  0.2653    0.61536 0.000 0.844 0.000 0.144 0.012 0.000
#> SRR1402368     3  0.0458    0.86012 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR607743      3  0.4644    0.61773 0.000 0.000 0.744 0.132 0.064 0.060
#> SRR1457375     2  0.2219    0.61498 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000 0.000
#> SRR1470923     1  0.4456    0.83215 0.728 0.000 0.000 0.104 0.160 0.008
#> SRR817954      1  0.0146    0.86454 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR809259      1  0.0458    0.86514 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1439785     3  0.1908    0.84047 0.000 0.000 0.900 0.004 0.096 0.000
#> SRR814768      1  0.0260    0.86304 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1102031     2  0.2562    0.58995 0.000 0.828 0.000 0.172 0.000 0.000
#> SRR1363611     4  0.3774    0.29513 0.000 0.408 0.000 0.592 0.000 0.000
#> SRR1468447     2  0.5927    0.30542 0.000 0.452 0.000 0.316 0.232 0.000
#> SRR1071931     4  0.3052    0.67863 0.000 0.216 0.000 0.780 0.004 0.000
#> SRR810981      1  0.4941    0.80913 0.660 0.000 0.000 0.104 0.228 0.008
#> SRR615299      2  0.4166    0.44363 0.000 0.744 0.000 0.020 0.040 0.196
#> SRR663585      3  0.0146    0.86151 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1326773     5  0.7057    0.54477 0.000 0.220 0.116 0.204 0.460 0.000
#> SRR1351166     2  0.1714    0.60938 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000 0.000
#> SRR1477452     1  0.4965    0.80780 0.656 0.000 0.000 0.104 0.232 0.008
#> SRR1084720     3  0.0820    0.86129 0.000 0.000 0.972 0.016 0.012 0.000
#> SRR1420320     4  0.3756    0.48608 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000 0.000
#> SRR1081712     5  0.6125    0.03224 0.000 0.340 0.000 0.312 0.348 0.000
#> SRR1318241     5  0.5980    0.54796 0.000 0.000 0.292 0.264 0.444 0.000
#> SRR1333718     3  0.2697    0.78369 0.000 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000
#> SRR1313514     5  0.5016    0.68271 0.000 0.060 0.036 0.236 0.668 0.000
#> SRR1477861     5  0.4261    0.55437 0.000 0.000 0.252 0.056 0.692 0.000
#> SRR1318005     5  0.4847    0.68937 0.000 0.048 0.036 0.236 0.680 0.000
#> SRR1354665     2  0.2178    0.61470 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000 0.000
#> SRR657707      5  0.6001    0.54119 0.000 0.000 0.296 0.268 0.436 0.000
#> SRR1370742     3  0.0458    0.86012 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1412947     2  0.2300    0.61452 0.000 0.856 0.000 0.144 0.000 0.000
#> SRR661553      6  0.3841    0.50898 0.000 0.032 0.000 0.244 0.000 0.724
#> SRR1328869     1  0.0000    0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211      2  0.0363    0.60229 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1348181     3  0.0458    0.86012 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1416560     3  0.0458    0.86012 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1319772     3  0.2053    0.83627 0.000 0.000 0.888 0.004 0.108 0.000
#> SRR1091452     4  0.2969    0.67575 0.000 0.224 0.000 0.776 0.000 0.000
#> SRR1338812     1  0.0000    0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072     2  0.2629    0.53717 0.000 0.868 0.000 0.040 0.092 0.000
#> SRR814844      4  0.2912    0.68017 0.000 0.216 0.000 0.784 0.000 0.000
#> SRR1376619     3  0.0000    0.86130 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603690      4  0.4634    0.37782 0.000 0.044 0.000 0.556 0.000 0.400
#> SRR2184980     2  0.2219    0.61505 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000 0.000
#> SRR613963      6  0.3868   -0.09660 0.000 0.000 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR1323422     1  0.0858    0.86326 0.968 0.000 0.000 0.000 0.028 0.004
#> SRR1397673     3  0.2135    0.82758 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1434650     5  0.3817    0.09951 0.000 0.000 0.432 0.000 0.568 0.000
#> SRR659875      3  0.2762    0.77697 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR1465734     5  0.6001    0.54119 0.000 0.000 0.296 0.268 0.436 0.000
#> SRR1076847     5  0.4454    0.69409 0.000 0.032 0.028 0.236 0.704 0.000
#> SRR1415072     1  0.0260    0.86304 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR659319      3  0.1957    0.83501 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR663088      4  0.4314    0.66756 0.000 0.096 0.000 0.720 0.000 0.184
#> SRR1352021     1  0.0000    0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527     1  0.0000    0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.0000    0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935      4  0.2941    0.67834 0.000 0.220 0.000 0.780 0.000 0.000
#> SRR1352530     3  0.0146    0.86136 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR662594      6  0.0260    0.83424 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1095309     1  0.4893    0.81254 0.668 0.000 0.000 0.104 0.220 0.008
#> SRR615647      6  0.1501    0.80698 0.000 0.000 0.076 0.000 0.000 0.924
#> SRR813019      5  0.4331    0.69704 0.000 0.000 0.076 0.220 0.704 0.000
#> SRR1374647     5  0.4704    0.70273 0.000 0.024 0.072 0.196 0.708 0.000
#> SRR603472      5  0.4565    0.59702 0.000 0.000 0.220 0.096 0.684 0.000
#> SRR661529      6  0.0260    0.83420 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR607018      3  0.2048    0.83164 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR627423      4  0.3769    0.52897 0.000 0.356 0.000 0.640 0.000 0.004
#> SRR654921      4  0.3822    0.68242 0.000 0.096 0.000 0.776 0.000 0.128
#> SRR1418968     1  0.4965    0.80780 0.656 0.000 0.000 0.104 0.232 0.008
#> SRR660871      6  0.4011    0.54480 0.000 0.000 0.304 0.024 0.000 0.672
#> SRR1330522     3  0.0458    0.86012 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1499958     2  0.3619    0.49176 0.000 0.680 0.000 0.316 0.004 0.000
#> SRR614059      6  0.0260    0.83553 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1071403     1  0.0146    0.86352 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1486719     2  0.4146    0.50365 0.000 0.676 0.000 0.288 0.036 0.000
#> SRR1440421     5  0.5871    0.50885 0.000 0.212 0.008 0.252 0.528 0.000
#> SRR1310412     5  0.6197    0.55819 0.000 0.008 0.280 0.272 0.440 0.000
#> SRR614767      2  0.1007    0.57515 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR820709      1  0.4965    0.80780 0.656 0.000 0.000 0.104 0.232 0.008
#> SRR1471500     1  0.0000    0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093      3  0.2020    0.84165 0.000 0.000 0.896 0.000 0.096 0.008
#> SRR1088168     3  0.2092    0.82971 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1418707     2  0.3489    0.51709 0.000 0.708 0.000 0.288 0.004 0.000
#> SRR1354291     5  0.5508    0.55977 0.000 0.168 0.004 0.252 0.576 0.000
#> SRR2165806     1  0.3315    0.84971 0.820 0.000 0.000 0.104 0.076 0.000
#> SRR1415684     4  0.4209    0.67997 0.000 0.104 0.000 0.736 0.000 0.160
#> SRR1433860     3  0.1556    0.84723 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1311062     2  0.2527    0.54218 0.000 0.876 0.000 0.040 0.084 0.000
#> SRR1360359     1  0.0000    0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385      3  0.1610    0.84536 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR615407      6  0.0291    0.83459 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004 0.992
#> SRR1413892     3  0.1863    0.83807 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR1443459     4  0.3862    0.36142 0.000 0.476 0.000 0.524 0.000 0.000
#> SRR1338942     1  0.0000    0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480      5  0.5911    0.52074 0.000 0.000 0.316 0.228 0.456 0.000
#> SRR1399433     4  0.4344    0.66592 0.000 0.096 0.000 0.716 0.000 0.188
#> SRR818537      5  0.3828    0.07177 0.000 0.000 0.440 0.000 0.560 0.000
#> SRR1101324     4  0.3683    0.49862 0.000 0.052 0.000 0.784 0.160 0.004
#> SRR807637      6  0.0458    0.83192 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1091918     1  0.2795    0.85501 0.856 0.000 0.000 0.100 0.044 0.000
#> SRR598300      6  0.2585    0.77956 0.000 0.000 0.004 0.068 0.048 0.880
#> SRR1085426     1  0.4522    0.82972 0.720 0.000 0.000 0.104 0.168 0.008
#> SRR1376294     2  0.0000    0.59926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813891      1  0.0000    0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431     2  0.6200    0.38021 0.000 0.504 0.024 0.272 0.200 0.000
#> SRR658742      6  0.0260    0.83420 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1419234     1  0.1498    0.86422 0.940 0.000 0.000 0.032 0.028 0.000
#> SRR1404813     2  0.0000    0.59926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603496      6  0.0260    0.83424 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1407758     3  0.0000    0.86130 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810945      5  0.6268    0.41063 0.000 0.280 0.020 0.224 0.476 0.000
#> SRR817234      5  0.5671    0.63607 0.000 0.124 0.032 0.240 0.604 0.000
#> SRR1444852     3  0.0458    0.86012 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR660378      6  0.1700    0.80536 0.000 0.000 0.080 0.004 0.000 0.916
#> SRR1467835     2  0.0000    0.59926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338964     5  0.6009    0.53267 0.000 0.000 0.300 0.268 0.432 0.000
#> SRR1079259     4  0.6412   -0.27167 0.000 0.260 0.016 0.396 0.328 0.000
#> SRR1072345     3  0.6534   -0.45383 0.000 0.000 0.388 0.252 0.336 0.024
#> SRR598725      3  0.0547    0.85903 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1447938     1  0.0000    0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397     1  0.1984    0.86205 0.912 0.000 0.000 0.056 0.032 0.000
#> SRR1360460     2  0.3868   -0.36268 0.000 0.508 0.000 0.492 0.000 0.000
#> SRR1429468     2  0.5204    0.40476 0.000 0.584 0.000 0.292 0.124 0.000
#> SRR1446850     2  0.6187   -0.18461 0.000 0.392 0.008 0.224 0.376 0.000
#> SRR1320363     3  0.1498    0.85297 0.000 0.000 0.940 0.032 0.028 0.000
#> SRR1413810     3  0.0000    0.86130 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598831      6  0.1333    0.81536 0.000 0.048 0.000 0.008 0.000 0.944
#> SRR1381865     1  0.0000    0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957      3  0.0547    0.85903 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1491332     3  0.2597    0.79449 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176 0.000
#> SRR1099744     2  0.0000    0.59926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464618     4  0.3869    0.35932 0.000 0.500 0.000 0.500 0.000 0.000
#> SRR1414559     4  0.4191    0.66574 0.000 0.088 0.000 0.732 0.000 0.180
#> SRR1337540     4  0.4065    0.68465 0.000 0.220 0.000 0.724 0.000 0.056
#> SRR1444283     1  0.4965    0.80780 0.656 0.000 0.000 0.104 0.232 0.008
#> SRR2184942     3  0.6053   -0.43359 0.000 0.000 0.408 0.272 0.320 0.000
#> SRR660295      1  0.4965    0.80780 0.656 0.000 0.000 0.104 0.232 0.008
#> SRR601335      3  0.0000    0.86130 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1363742     3  0.0458    0.86140 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1345847     2  0.5887    0.19860 0.000 0.476 0.000 0.272 0.252 0.000
#> SRR614960      6  0.2651    0.76967 0.000 0.000 0.112 0.028 0.000 0.860
#> SRR819919      1  0.4030    0.83924 0.756 0.000 0.000 0.104 0.140 0.000
#> SRR603330      5  0.4448    0.69897 0.000 0.024 0.036 0.236 0.704 0.000
#> SRR1327951     1  0.4917    0.81016 0.664 0.000 0.000 0.104 0.224 0.008
#> SRR1401885     1  0.0000    0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266     2  0.3601    0.49613 0.000 0.684 0.000 0.312 0.004 0.000
#> SRR1338055     5  0.5517    0.36252 0.000 0.316 0.020 0.096 0.568 0.000
#> SRR1430157     2  0.3615    0.51050 0.000 0.700 0.000 0.292 0.008 0.000
#> SRR1320137     2  0.3823    0.25762 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000 0.000
#> SRR1093483     1  0.0717    0.86514 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016 0.000
#> SRR1341080     1  0.0000    0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913     3  0.0547    0.85824 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR2170490     1  0.4387    0.83410 0.736 0.000 0.000 0.104 0.152 0.008
#> SRR1479845     3  0.2146    0.75834 0.000 0.000 0.880 0.116 0.004 0.000
#> SRR1436420     1  0.3367    0.84923 0.816 0.000 0.000 0.104 0.080 0.000
#> SRR1481060     3  0.2883    0.76221 0.000 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR662282      6  0.2854    0.67553 0.000 0.000 0.208 0.000 0.000 0.792
#> SRR1487089     4  0.2996    0.67843 0.000 0.228 0.000 0.772 0.000 0.000
#> SRR1075683     1  0.0000    0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536     1  0.0000    0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880     4  0.3163    0.66809 0.000 0.232 0.000 0.764 0.004 0.000
#> SRR1453456     3  0.0146    0.86183 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1457895     1  0.4917    0.81016 0.664 0.000 0.000 0.104 0.224 0.008
#> SRR1440603     5  0.4307    0.70656 0.000 0.000 0.072 0.224 0.704 0.000
#> SRR658633      2  0.3615    0.51196 0.000 0.700 0.000 0.292 0.008 0.000
#> SRR1388081     2  0.3578    0.00896 0.000 0.660 0.000 0.340 0.000 0.000
#> SRR813339      3  0.0458    0.86012 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR809725      1  0.0000    0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441      5  0.5332    0.66149 0.000 0.028 0.036 0.164 0.700 0.072
#> SRR613603      6  0.0260    0.83553 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1096571     5  0.3482    0.41950 0.000 0.000 0.316 0.000 0.684 0.000
#> SRR1392701     1  0.0260    0.86304 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1344326     1  0.4965    0.80780 0.656 0.000 0.000 0.104 0.232 0.008
#> SRR1367693     2  0.3756    0.44055 0.000 0.644 0.000 0.352 0.004 0.000
#> SRR660697      4  0.3023    0.67004 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000 0.000
#> SRR1489926     5  0.5943    0.56926 0.000 0.000 0.292 0.252 0.456 0.000
#> SRR811491      3  0.0547    0.85933 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1311644     4  0.3508    0.60300 0.000 0.104 0.000 0.812 0.080 0.004
#> SRR1451740     3  0.0260    0.86120 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR615117      5  0.4659    0.41763 0.000 0.000 0.076 0.004 0.668 0.252
#> SRR1391748     4  0.3797    0.46091 0.000 0.420 0.000 0.580 0.000 0.000
#> SRR1466556     3  0.1814    0.83941 0.000 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000
#> SRR614972      6  0.2889    0.76860 0.000 0.000 0.108 0.044 0.000 0.848
#> SRR1406200     1  0.0000    0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210      4  0.4478    0.67314 0.000 0.104 0.000 0.716 0.004 0.176
#> SRR662174      1  0.1814    0.85617 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100 0.000
#> SRR811988      1  0.0000    0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236      4  0.5497    0.50995 0.000 0.028 0.148 0.636 0.000 0.188
#> SRR1312598     2  0.2278    0.61580 0.000 0.868 0.000 0.128 0.004 0.000
#> SRR1330129     5  0.5781    0.61328 0.000 0.148 0.028 0.236 0.588 0.000
#> SRR1357781     5  0.5016    0.68271 0.000 0.060 0.036 0.236 0.668 0.000
#> SRR1315517     2  0.4552    0.08451 0.000 0.572 0.000 0.040 0.388 0.000
#> SRR1400032     3  0.0458    0.86012 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1413722     1  0.0000    0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827      3  0.2361    0.79017 0.000 0.000 0.884 0.028 0.000 0.088
#> SRR814794      1  0.4965    0.80780 0.656 0.000 0.000 0.104 0.232 0.008
#> SRR819430      1  0.0000    0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509     4  0.3947    0.68627 0.000 0.220 0.000 0.732 0.000 0.048
#> SRR808728      3  0.2996    0.74116 0.000 0.000 0.772 0.000 0.228 0.000
#> SRR1070813     2  0.4389    0.48236 0.000 0.660 0.000 0.288 0.052 0.000
#> SRR1389133     3  0.6041   -0.42348 0.000 0.000 0.416 0.272 0.312 0.000
#> SRR601263      3  0.4830    0.57303 0.000 0.000 0.668 0.160 0.172 0.000
#> SRR604718      4  0.4694    0.44120 0.000 0.052 0.000 0.572 0.000 0.376
#> SRR1481351     5  0.5589    0.63855 0.000 0.000 0.216 0.236 0.548 0.000
#> SRR1334608     3  0.2092    0.82981 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR658681      3  0.2996    0.74478 0.000 0.000 0.772 0.000 0.228 0.000
#> SRR809283      4  0.5319    0.56222 0.000 0.220 0.000 0.596 0.000 0.184
#> SRR1459300     1  0.4207    0.83711 0.748 0.000 0.000 0.104 0.144 0.004
#> SRR1392547     3  0.3737    0.44944 0.000 0.000 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR811049      5  0.6001    0.53955 0.000 0.000 0.296 0.268 0.436 0.000
#> SRR1464835     4  0.3737    0.49793 0.000 0.392 0.000 0.608 0.000 0.000
#> SRR1339619     2  0.0713    0.58698 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR658501      3  0.0458    0.86012 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1447523     3  0.0458    0.86012 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1415048     1  0.4941    0.80901 0.660 0.000 0.000 0.104 0.228 0.008
#> SRR1355451     1  0.3159    0.85122 0.832 0.000 0.000 0.100 0.068 0.000
#> SRR1444348     4  0.3997   -0.01807 0.000 0.488 0.000 0.508 0.004 0.000
#> SRR603890      5  0.5083    0.45594 0.000 0.284 0.020 0.068 0.628 0.000
#> SRR810595      3  0.0260    0.86163 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1446244     2  0.3747    0.00067 0.000 0.604 0.000 0.396 0.000 0.000
#> SRR817373      2  0.3515    0.05840 0.000 0.676 0.000 0.324 0.000 0.000
#> SRR1457291     2  0.0000    0.59926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598220      3  0.5045    0.43097 0.000 0.000 0.636 0.244 0.116 0.004
#> SRR1477991     2  0.2178    0.61470 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000 0.000
#> SRR598172      2  0.3738    0.45228 0.000 0.752 0.000 0.040 0.208 0.000
#> SRR1349032     2  0.3982   -0.02108 0.000 0.536 0.000 0.460 0.000 0.004
#> SRR604002      5  0.3860    0.70057 0.000 0.000 0.036 0.236 0.728 0.000
#> SRR1378026     3  0.1910    0.83659 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR1404401     5  0.5016    0.68271 0.000 0.060 0.036 0.236 0.668 0.000
#> SRR1333240     5  0.3860    0.70057 0.000 0.000 0.036 0.236 0.728 0.000
#> SRR1089399     2  0.5539    0.37318 0.000 0.548 0.000 0.272 0.180 0.000
#> SRR603421      6  0.6819    0.16774 0.000 0.236 0.000 0.056 0.280 0.428
#> SRR812562      1  0.0000    0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520      3  0.2178    0.82550 0.000 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000
#> SRR811839      1  0.4461    0.82529 0.704 0.000 0.000 0.104 0.192 0.000
#> SRR814317      2  0.4083    0.58094 0.000 0.752 0.000 0.132 0.116 0.000
#> SRR1436763     4  0.4295    0.69192 0.000 0.160 0.000 0.728 0.000 0.112
#> SRR1486021     4  0.5201    0.31955 0.000 0.408 0.000 0.500 0.000 0.092
#> SRR1465018     5  0.5896    0.35442 0.000 0.236 0.000 0.296 0.468 0.000
#> SRR1080998     5  0.6009    0.53267 0.000 0.000 0.300 0.268 0.432 0.000
#> SRR1083432     3  0.0260    0.86197 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1082833     1  0.3719    0.84725 0.800 0.000 0.000 0.104 0.088 0.008
#> SRR1465804     1  0.0000    0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536     3  0.0458    0.86012 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR614011      4  0.5528    0.50130 0.000 0.192 0.000 0.556 0.000 0.252
#> SRR1365873     5  0.5641    0.64890 0.000 0.124 0.040 0.212 0.624 0.000
#> SRR1498789     2  0.0000    0.59926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601581      4  0.3081    0.67689 0.000 0.220 0.000 0.776 0.004 0.000
#> SRR603566      6  0.2027    0.81117 0.000 0.000 0.032 0.016 0.032 0.920
#> SRR1373981     1  0.4917    0.81016 0.664 0.000 0.000 0.104 0.224 0.008
#> SRR821410      2  0.0000    0.59926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076511     6  0.3351    0.60958 0.000 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712
#> SRR614143      5  0.6034    0.62780 0.000 0.012 0.224 0.256 0.508 0.000
#> SRR1333570     3  0.0458    0.86012 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1366813     2  0.2883    0.58456 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000 0.000
#> SRR1388746     1  0.4965    0.80780 0.656 0.000 0.000 0.104 0.232 0.008
#> SRR1420558     3  0.1444    0.83105 0.000 0.000 0.928 0.072 0.000 0.000
#> SRR1409510     3  0.0458    0.86012 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR816250      2  0.0937    0.60723 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR614131      4  0.3713    0.60747 0.000 0.284 0.000 0.704 0.004 0.008
#> SRR1331130     1  0.0000    0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015     3  0.0458    0.86012 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1470798     3  0.0603    0.86077 0.000 0.000 0.980 0.016 0.004 0.000
#> SRR614179      3  0.2969    0.74914 0.000 0.000 0.776 0.000 0.224 0.000
#> SRR1474863     2  0.5169    0.49307 0.000 0.604 0.000 0.260 0.136 0.000
#> SRR813560      2  0.3215    0.56144 0.000 0.756 0.000 0.240 0.004 0.000
#> SRR1312187     4  0.3684    0.53170 0.000 0.372 0.000 0.628 0.000 0.000
#> SRR1420960     3  0.0000    0.86130 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355102     3  0.0458    0.86012 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1084577     3  0.0260    0.86163 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR659971      4  0.5242    0.40141 0.000 0.100 0.000 0.516 0.000 0.384
#> SRR1350855     4  0.2912    0.68017 0.000 0.216 0.000 0.784 0.000 0.000
#> SRR820779      3  0.0458    0.86012 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1476300     3  0.0458    0.86012 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1090907     2  0.3869   -0.37674 0.000 0.500 0.000 0.500 0.000 0.000
#> SRR662294      5  0.5671    0.63492 0.000 0.124 0.032 0.240 0.604 0.000
#> SRR1480789     5  0.3737    0.23057 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608 0.000
#> SRR1336263     4  0.2912    0.68017 0.000 0.216 0.000 0.784 0.000 0.000
#> SRR660776      1  0.0000    0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508     5  0.4448    0.69897 0.000 0.024 0.036 0.236 0.704 0.000
#> SRR615563      4  0.4766    0.38737 0.000 0.044 0.000 0.552 0.004 0.400
#> SRR1101175     1  0.0000    0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650     3  0.2762    0.77697 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR1431205     5  0.5930    0.31440 0.000 0.240 0.000 0.304 0.456 0.000
#> SRR1339856     4  0.3023    0.67257 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000 0.000
#> SRR1352147     2  0.3993    0.49311 0.000 0.676 0.000 0.300 0.024 0.000
#> SRR808968      1  0.4917    0.81016 0.664 0.000 0.000 0.104 0.224 0.008
#> SRR627419      2  0.4732    0.50876 0.000 0.660 0.000 0.276 0.040 0.024
#> SRR1402391     1  0.4965    0.80780 0.656 0.000 0.000 0.104 0.232 0.008
#> SRR663609      3  0.2793    0.77304 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR2167857     5  0.4448    0.69897 0.000 0.024 0.036 0.236 0.704 0.000
#> SRR1398752     1  0.4965    0.80780 0.656 0.000 0.000 0.104 0.232 0.008
#> SRR1469169     1  0.4965    0.80780 0.656 0.000 0.000 0.104 0.232 0.008
#> SRR1405437     2  0.2738    0.60103 0.000 0.820 0.000 0.176 0.004 0.000
#> SRR1416955     1  0.0000    0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064     4  0.3717    0.39978 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000 0.000
#> SRR659001      4  0.5736    0.37182 0.000 0.340 0.000 0.480 0.000 0.180
#> SRR2170696     4  0.3065    0.67220 0.000 0.100 0.000 0.844 0.004 0.052
#> SRR816589      3  0.1141    0.85459 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1087487     3  0.0146    0.86151 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1329485     3  0.0000    0.86130 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816920      4  0.2597    0.68041 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000 0.000
#> SRR1341432     1  0.4917    0.81016 0.664 0.000 0.000 0.104 0.224 0.008
#> SRR1361590     4  0.3765    0.48395 0.000 0.404 0.000 0.596 0.000 0.000
#> SRR817046      3  0.3817    0.51952 0.000 0.000 0.720 0.028 0.252 0.000
#> SRR1471331     3  0.0146    0.86151 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR660788      4  0.5027    0.64329 0.000 0.080 0.032 0.696 0.004 0.188
#> SRR819234      1  0.4965    0.80780 0.656 0.000 0.000 0.104 0.232 0.008
#> SRR810853      3  0.3330    0.66521 0.000 0.000 0.716 0.000 0.284 0.000
#> SRR809427      2  0.4091   -0.34441 0.000 0.520 0.000 0.472 0.000 0.008
#> SRR2170217     4  0.3843    0.42572 0.000 0.452 0.000 0.548 0.000 0.000
#> SRR1386967     3  0.0260    0.86161 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1420344     2  0.2416    0.59983 0.000 0.844 0.000 0.156 0.000 0.000
#> SRR1334535     1  0.0000    0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503      4  0.4674    0.67091 0.000 0.120 0.000 0.696 0.004 0.180
#> SRR602564      4  0.5176    0.52383 0.000 0.004 0.016 0.652 0.092 0.236
#> SRR1420669     4  0.2378    0.67747 0.000 0.152 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR819024      3  0.1934    0.82522 0.000 0.000 0.916 0.044 0.040 0.000
#> SRR656223      3  0.2003    0.83362 0.000 0.000 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR608428      2  0.5561    0.35759 0.000 0.552 0.000 0.244 0.204 0.000
#> SRR1345647     1  0.0000    0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324     5  0.5310    0.57417 0.000 0.192 0.020 0.140 0.648 0.000
#> SRR1361368     4  0.3737    0.49877 0.000 0.392 0.000 0.608 0.000 0.000
#> SRR1322619     2  0.3489    0.51709 0.000 0.708 0.000 0.288 0.004 0.000
#> SRR1349276     4  0.3810    0.45189 0.000 0.428 0.000 0.572 0.000 0.000
#> SRR1404024     1  0.0000    0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637     2  0.4124    0.45428 0.000 0.644 0.000 0.332 0.024 0.000
#> SRR1452631     2  0.3864   -0.34524 0.000 0.520 0.000 0.480 0.000 0.000
#> SRR608392      6  0.3738    0.58615 0.000 0.000 0.312 0.004 0.004 0.680
#> SRR1357757     3  0.6051   -0.51132 0.000 0.000 0.384 0.256 0.360 0.000
#> SRR1074646     4  0.4313    0.68406 0.000 0.124 0.000 0.728 0.000 0.148
#> SRR1367499     3  0.1863    0.83842 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR1343501     3  0.2416    0.81027 0.000 0.000 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1394406     4  0.5259   -0.14573 0.000 0.012 0.084 0.580 0.324 0.000
#> SRR1381435     3  0.2092    0.82971 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1467407     1  0.0000    0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422     5  0.4448    0.69897 0.000 0.024 0.036 0.236 0.704 0.000
#> SRR1380270     5  0.3756    0.20692 0.000 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR1091817     2  0.0000    0.59926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440137     2  0.3371    0.51762 0.000 0.708 0.000 0.292 0.000 0.000
#> SRR614311      2  0.3828   -0.27443 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000 0.000
#> SRR1407516     4  0.4336    0.68101 0.000 0.232 0.000 0.704 0.004 0.060
#> SRR815494      3  0.0717    0.86113 0.000 0.000 0.976 0.016 0.008 0.000
#> SRR1333209     2  0.3446    0.10903 0.000 0.692 0.000 0.308 0.000 0.000
#> SRR615177      4  0.4482    0.66609 0.000 0.096 0.000 0.712 0.004 0.188
#> SRR1099648     3  0.2762    0.77697 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR659720      5  0.6371    0.58695 0.000 0.008 0.268 0.240 0.472 0.012
#> SRR2185057     1  0.1007    0.86290 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1467125     1  0.2743    0.83985 0.828 0.000 0.000 0.000 0.164 0.008
#> SRR657468      4  0.3677    0.62816 0.000 0.124 0.000 0.800 0.068 0.008
#> SRR660042      6  0.0260    0.83553 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR2170864     2  0.0000    0.59926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440491     2  0.4086   -0.32882 0.000 0.528 0.000 0.464 0.000 0.008
#> SRR1440852     3  0.0458    0.86012 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR811169      1  0.3150    0.85117 0.832 0.000 0.000 0.104 0.064 0.000
#> SRR1331311     4  0.2941    0.67834 0.000 0.220 0.000 0.780 0.000 0.000
#> SRR818009      1  0.4965    0.80780 0.656 0.000 0.000 0.104 0.232 0.008
#> SRR1351836     2  0.5725    0.35423 0.000 0.512 0.000 0.280 0.208 0.000
#> SRR1498313     5  0.4448    0.69897 0.000 0.024 0.036 0.236 0.704 0.000
#> SRR1441975     5  0.6327    0.44943 0.000 0.284 0.020 0.236 0.460 0.000
#> SRR819096      1  0.0000    0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679     3  0.5295    0.33149 0.000 0.092 0.604 0.288 0.016 0.000
#> SRR1489116     3  0.3050    0.73612 0.000 0.000 0.764 0.000 0.236 0.000
#> SRR1354138     3  0.0000    0.86130 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490589     3  0.0458    0.86012 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1412987     4  0.2912    0.68017 0.000 0.216 0.000 0.784 0.000 0.000
#> SRR602034      3  0.0603    0.86077 0.000 0.000 0.980 0.016 0.004 0.000
#> SRR1353437     1  0.0000    0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871     3  0.4499    0.14688 0.000 0.000 0.540 0.032 0.428 0.000
#> SRR661577      6  0.1610    0.79611 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> SRR612190      4  0.3081    0.67676 0.000 0.220 0.000 0.776 0.004 0.000
#> SRR1399880     1  0.0260    0.86304 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1101787     4  0.3985    0.67571 0.000 0.088 0.000 0.768 0.004 0.140
#> SRR657869      1  0.4965    0.80780 0.656 0.000 0.000 0.104 0.232 0.008
#> SRR1446332     1  0.4965    0.80780 0.656 0.000 0.000 0.104 0.232 0.008
#> SRR816039      1  0.0000    0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141     3  0.1556    0.84722 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1476697     1  0.4941    0.80901 0.660 0.000 0.000 0.104 0.228 0.008
#> SRR1379538     4  0.2941    0.67848 0.000 0.220 0.000 0.780 0.000 0.000
#> SRR1331422     1  0.4253    0.82660 0.720 0.000 0.000 0.052 0.220 0.008
#> SRR660859      5  0.6156    0.53842 0.000 0.004 0.300 0.276 0.420 0.000
#> SRR1097594     1  0.4813    0.81385 0.672 0.000 0.000 0.092 0.228 0.008
#> SRR1311419     3  0.0820    0.86286 0.000 0.000 0.972 0.012 0.016 0.000
#> SRR1336706     3  0.3330    0.66516 0.000 0.000 0.716 0.000 0.284 0.000
#> SRR1472976     4  0.3190    0.68207 0.000 0.220 0.000 0.772 0.000 0.008
#> SRR1321307     1  0.4965    0.80780 0.656 0.000 0.000 0.104 0.232 0.008
#> SRR807493      1  0.4917    0.81016 0.664 0.000 0.000 0.104 0.224 0.008
#> SRR812461      3  0.0000    0.86130 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477149     5  0.5069    0.67952 0.000 0.064 0.036 0.236 0.664 0.000
#> SRR1457397     5  0.4300    0.70428 0.000 0.000 0.080 0.208 0.712 0.000
#> SRR661913      3  0.0458    0.86012 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1069024     5  0.3810    0.11363 0.000 0.000 0.428 0.000 0.572 0.000
#> SRR2165634     1  0.4917    0.81016 0.664 0.000 0.000 0.104 0.224 0.008
#> SRR1478722     3  0.0603    0.86077 0.000 0.000 0.980 0.016 0.004 0.000
#> SRR1328642     5  0.4780    0.68873 0.000 0.048 0.032 0.236 0.684 0.000
#> SRR1488261     3  0.1007    0.84900 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000
#> SRR1318815     4  0.5119    0.54318 0.000 0.264 0.000 0.608 0.000 0.128
#> SRR816945      1  0.4965    0.80780 0.656 0.000 0.000 0.104 0.232 0.008
#> SRR1367432     4  0.3833    0.43313 0.000 0.444 0.000 0.556 0.000 0.000
#> SRR1359280     5  0.4522    0.69792 0.000 0.028 0.036 0.236 0.700 0.000
#> SRR1313910     2  0.2416    0.59983 0.000 0.844 0.000 0.156 0.000 0.000
#> SRR1457315     4  0.3079    0.64630 0.000 0.096 0.056 0.844 0.000 0.004
#> SRR815398      1  0.4965    0.80780 0.656 0.000 0.000 0.104 0.232 0.008
#> SRR656958      3  0.1261    0.84593 0.000 0.000 0.952 0.024 0.000 0.024
#> SRR600688      6  0.2092    0.74041 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1098952     1  0.0713    0.86390 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1314916     3  0.0458    0.86012 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR614167      6  0.3202    0.71034 0.000 0.000 0.176 0.024 0.000 0.800
#> SRR1348114     4  0.3023    0.67002 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000 0.000
#> SRR658033      6  0.1370    0.81713 0.000 0.036 0.000 0.012 0.004 0.948
#> SRR1077503     5  0.5550    0.63706 0.000 0.000 0.216 0.228 0.556 0.000
#> SRR661854      6  0.0260    0.83424 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR811379      4  0.4120    0.67766 0.000 0.096 0.000 0.744 0.000 0.160
#> SRR1318857     2  0.2378    0.60304 0.000 0.848 0.000 0.152 0.000 0.000
#> SRR656445      3  0.2003    0.83394 0.000 0.000 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR1433044     5  0.5016    0.68271 0.000 0.060 0.036 0.236 0.668 0.000
#> SRR1486391     1  0.4032    0.84241 0.764 0.000 0.000 0.092 0.140 0.004
#> SRR656071      3  0.1367    0.84300 0.000 0.000 0.944 0.044 0.000 0.012
#> SRR1364824     1  0.0000    0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133     1  0.1723    0.86355 0.928 0.000 0.000 0.036 0.036 0.000
#> SRR1394169     1  0.0000    0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745      3  0.2793    0.77304 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR601038      3  0.2902    0.77541 0.000 0.000 0.800 0.000 0.196 0.004
#> SRR1360080     1  0.4965    0.80780 0.656 0.000 0.000 0.104 0.232 0.008
#> SRR814868      3  0.5801   -0.11605 0.000 0.000 0.500 0.260 0.240 0.000
#> SRR1485997     1  0.3103    0.85200 0.836 0.000 0.000 0.100 0.064 0.000
#> SRR1435560     4  0.3907    0.67555 0.000 0.088 0.000 0.776 0.004 0.132
#> SRR1333330     1  0.0000    0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513      4  0.6083   -0.23448 0.000 0.032 0.120 0.524 0.320 0.004
#> SRR1328407     5  0.4305    0.69760 0.000 0.000 0.076 0.216 0.708 0.000
#> SRR602784      3  0.2762    0.77697 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR1348468     2  0.3864   -0.34524 0.000 0.520 0.000 0.480 0.000 0.000
#> SRR663717      4  0.4779    0.45686 0.000 0.060 0.000 0.572 0.000 0.368
#> SRR602217      5  0.6551    0.31680 0.000 0.372 0.036 0.196 0.396 0.000
#> SRR603140      5  0.6983    0.54791 0.000 0.008 0.252 0.256 0.432 0.052
#> SRR1340804     1  0.0000    0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574     3  0.1814    0.83917 0.000 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000
#> SRR1333462     5  0.5016    0.68271 0.000 0.060 0.036 0.236 0.668 0.000
#> SRR1094601     1  0.0000    0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610     5  0.6299    0.54343 0.000 0.012 0.292 0.268 0.428 0.000
#> SRR1435833     2  0.3563    0.02220 0.000 0.664 0.000 0.336 0.000 0.000
#> SRR1398728     2  0.2135    0.59813 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000 0.000
#> SRR1358343     4  0.2969    0.68054 0.000 0.224 0.000 0.776 0.000 0.000
#> SRR1410890     2  0.0000    0.59926 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350371     1  0.0260    0.86304 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1392478     2  0.2135    0.61450 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000 0.000
#> SRR1099260     3  0.1957    0.83501 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1433576     3  0.1863    0.83807 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR1345541     4  0.4478    0.59659 0.000 0.092 0.104 0.764 0.004 0.036
#> SRR1086328     1  0.4917    0.81016 0.664 0.000 0.000 0.104 0.224 0.008
#> SRR810391      3  0.0458    0.86012 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1476207     3  0.2726    0.82274 0.000 0.000 0.856 0.032 0.112 0.000
#> SRR627435      3  0.3269    0.70801 0.000 0.000 0.828 0.128 0.016 0.028
#> SRR1489862     1  0.1588    0.86079 0.924 0.000 0.000 0.000 0.072 0.004
#> SRR1419086     1  0.4965    0.80780 0.656 0.000 0.000 0.104 0.232 0.008
#> SRR1436539     1  0.0000    0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191     3  0.0458    0.86012 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1490115     3  0.5003    0.15192 0.000 0.000 0.588 0.092 0.320 0.000
#> SRR1377714     5  0.5895    0.47563 0.000 0.000 0.356 0.208 0.436 0.000
#> SRR819394      1  0.0146    0.86450 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR663161      6  0.0260    0.83420 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR607042      3  0.3828    0.30141 0.000 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR656203      2  0.2300    0.61396 0.000 0.856 0.000 0.144 0.000 0.000
#> SRR660602      3  0.1863    0.83792 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR1440397     1  0.2958    0.84194 0.824 0.000 0.000 0.008 0.160 0.008
#> SRR1369264     1  0.0000    0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233      1  0.4917    0.81016 0.664 0.000 0.000 0.104 0.224 0.008
#> SRR663249      2  0.3995    0.11450 0.000 0.516 0.000 0.480 0.004 0.000
#> SRR661242      2  0.5818   -0.14625 0.000 0.424 0.000 0.392 0.000 0.184
#> SRR1332007     5  0.3351    0.47339 0.000 0.000 0.288 0.000 0.712 0.000
#> SRR809619      4  0.3758    0.51808 0.000 0.324 0.000 0.668 0.008 0.000
#> SRR819975      1  0.0000    0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281      2  0.5792    0.08582 0.000 0.524 0.016 0.132 0.328 0.000
#> SRR662366      3  0.0458    0.86012 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1317898     3  0.0458    0.86012 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1382485     4  0.3052    0.67863 0.000 0.216 0.000 0.780 0.004 0.000
#> SRR2166420     1  0.0000    0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429     1  0.4965    0.80780 0.656 0.000 0.000 0.104 0.232 0.008
#> SRR1092541     3  0.0458    0.86012 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR817444      3  0.2092    0.82981 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1320403     5  0.5897    0.54697 0.000 0.228 0.024 0.180 0.568 0.000
#> SRR1101483     4  0.3109    0.67402 0.000 0.224 0.000 0.772 0.004 0.000
#> SRR1331684     3  0.1863    0.83831 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR1400054     6  0.0993    0.82791 0.000 0.024 0.000 0.012 0.000 0.964
#> SRR1406088     2  0.4051    0.24193 0.000 0.560 0.000 0.432 0.008 0.000
#> SRR820733      4  0.4222    0.66462 0.000 0.088 0.000 0.728 0.000 0.184
#> SRR1314113     4  0.3123    0.67972 0.000 0.112 0.000 0.832 0.000 0.056
#> SRR1382615     3  0.2762    0.77877 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR1480745     1  0.4965    0.80780 0.656 0.000 0.000 0.104 0.232 0.008
#> SRR1468850     5  0.5998    0.58395 0.000 0.176 0.028 0.240 0.556 0.000
#> SRR656782      5  0.6031    0.51836 0.000 0.000 0.312 0.268 0.420 0.000
#> SRR821364      1  0.3612    0.84660 0.796 0.000 0.000 0.104 0.100 0.000
#> SRR1101106     1  0.0000    0.86405 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295      5  0.4448    0.69897 0.000 0.024 0.036 0.236 0.704 0.000
#> SRR1357103     5  0.4252    0.64035 0.000 0.000 0.188 0.088 0.724 0.000
#> SRR809185      4  0.3876    0.68401 0.000 0.108 0.000 0.772 0.000 0.120
#> SRR811583      6  0.5224   -0.27576 0.000 0.092 0.000 0.440 0.000 0.468
#> SRR1468050     1  0.3206    0.85034 0.828 0.000 0.000 0.104 0.068 0.000
#> SRR1440224     2  0.1765    0.61252 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000 0.000

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-pam-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-pam-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-pam-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-pam-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-pam-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-pam-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-pam-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-pam-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-pam-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-pam-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-pam-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-pam-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-pam-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-pam-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-pam-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-pam-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-pam-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-pam-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-pam-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-pam-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk CV-pam-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-pam-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-pam-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-pam-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-pam-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-pam-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk CV-pam-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


CV:mclust**

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["CV", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:mclust"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 17314 rows and 500 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#>   Subgroups are detected by 'mclust' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 2.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk CV-mclust-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk CV-mclust-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 1.000           0.999       1.000         0.3573 0.643   0.643
#> 3 3 0.792           0.872       0.932         0.7199 0.733   0.585
#> 4 4 0.806           0.817       0.916         0.1994 0.829   0.579
#> 5 5 0.714           0.625       0.761         0.0576 0.902   0.651
#> 6 6 0.703           0.606       0.739         0.0285 0.927   0.683

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 2

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>            class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR1500170     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1402368     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR607743      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1457375     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1470923     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR817954      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR809259      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1439785     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR814768      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1102031     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1363611     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1468447     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1071931     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR810981      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR615299      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR663585      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1326773     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1351166     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1477452     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1084720     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1420320     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1081712     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1318241     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1333718     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1313514     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1477861     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1318005     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1354665     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR657707      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1370742     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1412947     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR661553      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1328869     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR662211      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1348181     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1416560     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1319772     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1091452     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1338812     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1392072     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR814844      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1376619     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR603690      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR2184980     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR613963      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1323422     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1397673     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1434650     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR659875      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1465734     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1076847     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1415072     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR659319      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR663088      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1352021     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1325527     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1105369     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR659935      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1352530     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR662594      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1095309     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR615647      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR813019      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1374647     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR603472      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR661529      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR607018      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR627423      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR654921      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1418968     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR660871      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1330522     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1499958     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR614059      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1071403     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1486719     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1440421     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1310412     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR614767      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR820709      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1471500     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR658093      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1088168     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1418707     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1354291     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR2165806     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1415684     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1433860     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1311062     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1360359     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR661385      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR615407      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1413892     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1443459     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1338942     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR657480      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1399433     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR818537      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1101324     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR807637      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1091918     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR598300      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1085426     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1376294     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR813891      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1467431     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR658742      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1419234     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1404813     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR603496      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1407758     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR810945      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR817234      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1444852     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR660378      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1467835     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1338964     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1079259     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1072345     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR598725      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1447938     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1356397     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1360460     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1429468     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1446850     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1320363     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1413810     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR598831      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1381865     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR660957      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1491332     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1099744     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1464618     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1414559     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1337540     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1444283     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR2184942     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR660295      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR601335      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1363742     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1345847     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR614960      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR819919      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR603330      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1327951     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1401885     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1345266     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1338055     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1430157     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1320137     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1093483     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1341080     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1459913     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR2170490     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1479845     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1436420     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1481060     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR662282      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1487089     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1075683     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1338536     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1338880     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1453456     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1457895     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1440603     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR658633      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1388081     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR813339      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR809725      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR627441      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR613603      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1096571     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1392701     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1344326     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1367693     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR660697      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1489926     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR811491      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1311644     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1451740     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR615117      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1391748     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1466556     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR614972      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1406200     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR819210      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR662174      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR811988      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR663236      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1312598     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1330129     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1357781     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1315517     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1400032     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1413722     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR612827      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR814794      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR819430      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1395509     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR808728      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1070813     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1389133     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR601263      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR604718      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1481351     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1334608     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR658681      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR809283      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1459300     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1392547     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR811049      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1464835     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1339619     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR658501      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1447523     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1415048     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1355451     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1444348     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR603890      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR810595      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1446244     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR817373      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1457291     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR598220      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1477991     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR598172      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1349032     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR604002      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1378026     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1404401     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1333240     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1089399     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR603421      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR812562      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR808520      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR811839      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR814317      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1436763     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1486021     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1465018     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1080998     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1083432     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1082833     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1465804     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1326536     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR614011      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1365873     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1498789     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR601581      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR603566      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1373981     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR821410      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1076511     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR614143      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1333570     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1366813     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1388746     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1420558     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1409510     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR816250      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR614131      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1331130     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1316015     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1470798     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR614179      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1474863     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR813560      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1312187     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1420960     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1355102     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1084577     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR659971      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1350855     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR820779      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1476300     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1090907     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR662294      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1480789     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1336263     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR660776      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1090508     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR615563      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1101175     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR2164650     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1431205     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1339856     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1352147     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR808968      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR627419      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1402391     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR663609      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR2167857     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1398752     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1469169     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1405437     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1416955     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1317064     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR659001      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR2170696     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR816589      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1087487     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1329485     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR816920      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1341432     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1361590     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR817046      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1471331     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR660788      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR819234      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR810853      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR809427      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR2170217     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1386967     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1420344     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1334535     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR614503      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR602564      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1420669     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR819024      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR656223      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR608428      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1345647     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1389324     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1361368     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1322619     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1349276     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1404024     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1370637     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1452631     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR608392      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1357757     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1074646     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1367499     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1343501     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1394406     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1381435     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1467407     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1092422     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1380270     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1091817     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1440137     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR614311      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1407516     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR815494      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1333209     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR615177      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1099648     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR659720      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR2185057     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1467125     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR657468      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR660042      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR2170864     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1440491     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1440852     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR811169      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1331311     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR818009      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1351836     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1498313     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1441975     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR819096      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1073679     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1489116     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1354138     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1490589     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1412987     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR602034      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1353437     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1072871     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR661577      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR612190      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1399880     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1101787     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR657869      1   0.738      0.737 0.792 0.208
#> SRR1446332     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR816039      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1485141     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1476697     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1379538     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1331422     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR660859      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1097594     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1311419     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1336706     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1472976     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1321307     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR807493      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR812461      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1477149     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1457397     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR661913      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1069024     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR2165634     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1478722     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1328642     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1488261     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1318815     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR816945      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1367432     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1359280     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1313910     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1457315     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR815398      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR656958      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR600688      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1098952     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1314916     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR614167      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1348114     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR658033      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1077503     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR661854      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR811379      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1318857     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR656445      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1433044     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1486391     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR656071      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1364824     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1379133     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1394169     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR816745      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR601038      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1360080     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR814868      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1485997     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1435560     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1333330     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR663513      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1328407     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR602784      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1348468     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR663717      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR602217      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR603140      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1340804     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1457574     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1333462     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1094601     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1434610     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1435833     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1398728     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1358343     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1410890     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1350371     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1392478     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1099260     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1433576     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1345541     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1086328     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR810391      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1476207     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR627435      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1489862     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1419086     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1436539     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1396191     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1490115     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1377714     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR819394      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR663161      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR607042      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR656203      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR660602      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1440397     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1369264     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR809233      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR663249      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR661242      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1332007     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR809619      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR819975      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR599281      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR662366      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1317898     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1382485     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR2166420     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1419429     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1092541     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR817444      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1320403     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1101483     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1331684     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1400054     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1406088     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR820733      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1314113     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1382615     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1480745     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1468850     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR656782      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR821364      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1101106     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR659295      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1357103     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR809185      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR811583      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1468050     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1440224     2   0.000      1.000 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> SRR1500170     2  0.3038     0.9048 0.000 0.896 0.104
#> SRR1402368     3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR607743      2  0.2625     0.9109 0.000 0.916 0.084
#> SRR1457375     2  0.2878     0.9087 0.000 0.904 0.096
#> SRR1470923     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR817954      1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR809259      1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439785     3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR814768      1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102031     2  0.2878     0.9087 0.000 0.904 0.096
#> SRR1363611     2  0.3038     0.9048 0.000 0.896 0.104
#> SRR1468447     2  0.3752     0.8755 0.000 0.856 0.144
#> SRR1071931     2  0.3038     0.9048 0.000 0.896 0.104
#> SRR810981      1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR615299      2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR663585      3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1326773     2  0.2878     0.9087 0.000 0.904 0.096
#> SRR1351166     2  0.2878     0.9087 0.000 0.904 0.096
#> SRR1477452     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084720     3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420320     2  0.2796     0.9096 0.000 0.908 0.092
#> SRR1081712     2  0.4842     0.7819 0.000 0.776 0.224
#> SRR1318241     3  0.6079     0.3615 0.000 0.388 0.612
#> SRR1333718     3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1313514     2  0.5926     0.5360 0.000 0.644 0.356
#> SRR1477861     3  0.4504     0.7218 0.000 0.196 0.804
#> SRR1318005     3  0.6045     0.3906 0.000 0.380 0.620
#> SRR1354665     2  0.2878     0.9087 0.000 0.904 0.096
#> SRR657707      3  0.6008     0.4064 0.000 0.372 0.628
#> SRR1370742     3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1412947     2  0.2878     0.9087 0.000 0.904 0.096
#> SRR661553      2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328869     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR662211      2  0.0237     0.9039 0.000 0.996 0.004
#> SRR1348181     3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416560     2  0.5948     0.5144 0.000 0.640 0.360
#> SRR1319772     3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1091452     2  0.2878     0.9087 0.000 0.904 0.096
#> SRR1338812     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392072     2  0.2878     0.9087 0.000 0.904 0.096
#> SRR814844      2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376619     3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR603690      2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR2184980     2  0.2796     0.9096 0.000 0.908 0.092
#> SRR613963      2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323422     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397673     3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434650     3  0.5098     0.6528 0.000 0.248 0.752
#> SRR659875      3  0.6309    -0.0266 0.000 0.496 0.504
#> SRR1465734     2  0.5835     0.5742 0.000 0.660 0.340
#> SRR1076847     2  0.2959     0.9069 0.000 0.900 0.100
#> SRR1415072     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR659319      3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR663088      2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352021     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1325527     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR659935      2  0.2796     0.9096 0.000 0.908 0.092
#> SRR1352530     3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR662594      2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095309     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR615647      2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR813019      3  0.5650     0.5471 0.000 0.312 0.688
#> SRR1374647     2  0.5465     0.6783 0.000 0.712 0.288
#> SRR603472      3  0.5431     0.5968 0.000 0.284 0.716
#> SRR661529      2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR607018      3  0.5785     0.4701 0.000 0.332 0.668
#> SRR627423      2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR654921      2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418968     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR660871      2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330522     3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499958     2  0.2959     0.9072 0.000 0.900 0.100
#> SRR614059      2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071403     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486719     2  0.3752     0.8755 0.000 0.856 0.144
#> SRR1440421     2  0.3192     0.9003 0.000 0.888 0.112
#> SRR1310412     2  0.4654     0.8023 0.000 0.792 0.208
#> SRR614767      2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR820709      1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR658093      2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088168     3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418707     2  0.3340     0.8950 0.000 0.880 0.120
#> SRR1354291     2  0.4002     0.8602 0.000 0.840 0.160
#> SRR2165806     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415684     2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433860     3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1311062     2  0.2878     0.9087 0.000 0.904 0.096
#> SRR1360359     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR661385      3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR615407      2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413892     3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1443459     2  0.2878     0.9087 0.000 0.904 0.096
#> SRR1338942     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR657480      3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399433     2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR818537      3  0.0892     0.8757 0.000 0.020 0.980
#> SRR1101324     2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR807637      2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091918     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR598300      2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085426     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376294     2  0.2878     0.9087 0.000 0.904 0.096
#> SRR813891      1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467431     2  0.4002     0.8600 0.000 0.840 0.160
#> SRR658742      2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419234     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404813     2  0.2878     0.9087 0.000 0.904 0.096
#> SRR603496      2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407758     3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR810945      2  0.4605     0.8081 0.000 0.796 0.204
#> SRR817234      2  0.4121     0.8519 0.000 0.832 0.168
#> SRR1444852     3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR660378      2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467835     2  0.2878     0.9087 0.000 0.904 0.096
#> SRR1338964     3  0.5678     0.5394 0.000 0.316 0.684
#> SRR1079259     2  0.4291     0.8382 0.000 0.820 0.180
#> SRR1072345     2  0.3267     0.8984 0.000 0.884 0.116
#> SRR598725      3  0.6126     0.3532 0.000 0.400 0.600
#> SRR1447938     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356397     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360460     2  0.2448     0.9110 0.000 0.924 0.076
#> SRR1429468     2  0.2878     0.9087 0.000 0.904 0.096
#> SRR1446850     2  0.5465     0.6783 0.000 0.712 0.288
#> SRR1320363     3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413810     3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR598831      2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381865     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR660957      3  0.6235     0.1934 0.000 0.436 0.564
#> SRR1491332     3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099744     2  0.2878     0.9087 0.000 0.904 0.096
#> SRR1464618     2  0.2878     0.9087 0.000 0.904 0.096
#> SRR1414559     2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337540     2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444283     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR2184942     2  0.6111     0.3974 0.000 0.604 0.396
#> SRR660295      1  0.0237     0.9940 0.996 0.004 0.000
#> SRR601335      3  0.2537     0.8357 0.000 0.080 0.920
#> SRR1363742     3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1345847     2  0.4062     0.8559 0.000 0.836 0.164
#> SRR614960      2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR819919      1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR603330      3  0.5650     0.5467 0.000 0.312 0.688
#> SRR1327951     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345266     2  0.2959     0.9073 0.000 0.900 0.100
#> SRR1338055     2  0.3116     0.9027 0.000 0.892 0.108
#> SRR1430157     2  0.3619     0.8827 0.000 0.864 0.136
#> SRR1320137     2  0.2537     0.9108 0.000 0.920 0.080
#> SRR1093483     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341080     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459913     3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170490     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479845     3  0.4346     0.7380 0.000 0.184 0.816
#> SRR1436420     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481060     3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR662282      2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487089     2  0.0424     0.9047 0.000 0.992 0.008
#> SRR1075683     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338536     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338880     2  0.4121     0.8517 0.000 0.832 0.168
#> SRR1453456     3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457895     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440603     3  0.5291     0.6227 0.000 0.268 0.732
#> SRR658633      2  0.3038     0.9054 0.000 0.896 0.104
#> SRR1388081     2  0.2796     0.9096 0.000 0.908 0.092
#> SRR813339      3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR809725      1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR627441      2  0.2537     0.9110 0.000 0.920 0.080
#> SRR613603      2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096571     3  0.0892     0.8757 0.000 0.020 0.980
#> SRR1392701     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1344326     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367693     2  0.2878     0.9087 0.000 0.904 0.096
#> SRR660697      2  0.2625     0.9107 0.000 0.916 0.084
#> SRR1489926     3  0.5678     0.5394 0.000 0.316 0.684
#> SRR811491      3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1311644     2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1451740     3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR615117      2  0.0237     0.9039 0.000 0.996 0.004
#> SRR1391748     2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466556     3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR614972      2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406200     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR819210      2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR662174      1  0.0237     0.9940 0.996 0.004 0.000
#> SRR811988      1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR663236      2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312598     2  0.2878     0.9087 0.000 0.904 0.096
#> SRR1330129     2  0.5529     0.6633 0.000 0.704 0.296
#> SRR1357781     3  0.6280     0.1117 0.000 0.460 0.540
#> SRR1315517     2  0.3038     0.9048 0.000 0.896 0.104
#> SRR1400032     3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413722     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR612827      2  0.0237     0.9039 0.000 0.996 0.004
#> SRR814794      1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR819430      1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1395509     2  0.0424     0.9047 0.000 0.992 0.008
#> SRR808728      3  0.0892     0.8758 0.000 0.020 0.980
#> SRR1070813     2  0.3038     0.9054 0.000 0.896 0.104
#> SRR1389133     2  0.3267     0.8973 0.000 0.884 0.116
#> SRR601263      2  0.6095     0.4437 0.000 0.608 0.392
#> SRR604718      2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1481351     3  0.1163     0.8717 0.000 0.028 0.972
#> SRR1334608     3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR658681      3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR809283      2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459300     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392547     3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR811049      2  0.5291     0.7176 0.000 0.732 0.268
#> SRR1464835     2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339619     2  0.2878     0.9087 0.000 0.904 0.096
#> SRR658501      3  0.6235     0.1873 0.000 0.436 0.564
#> SRR1447523     3  0.3116     0.8134 0.000 0.108 0.892
#> SRR1415048     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444348     2  0.3619     0.8826 0.000 0.864 0.136
#> SRR603890      2  0.2356     0.9109 0.000 0.928 0.072
#> SRR810595      3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1446244     2  0.2878     0.9087 0.000 0.904 0.096
#> SRR817373      2  0.2796     0.9096 0.000 0.908 0.092
#> SRR1457291     2  0.2796     0.9096 0.000 0.908 0.092
#> SRR598220      2  0.2878     0.9087 0.000 0.904 0.096
#> SRR1477991     2  0.3116     0.9027 0.000 0.892 0.108
#> SRR598172      2  0.2878     0.9087 0.000 0.904 0.096
#> SRR1349032     2  0.0237     0.9039 0.000 0.996 0.004
#> SRR604002      3  0.5733     0.5226 0.000 0.324 0.676
#> SRR1378026     3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404401     2  0.5431     0.6860 0.000 0.716 0.284
#> SRR1333240     3  0.5706     0.5311 0.000 0.320 0.680
#> SRR1089399     2  0.0237     0.9039 0.000 0.996 0.004
#> SRR603421      2  0.0237     0.9039 0.000 0.996 0.004
#> SRR812562      1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR808520      3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR811839      1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR814317      2  0.3038     0.9048 0.000 0.896 0.104
#> SRR1436763     2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486021     2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465018     2  0.3412     0.8922 0.000 0.876 0.124
#> SRR1080998     2  0.6299     0.1403 0.000 0.524 0.476
#> SRR1083432     3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1082833     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326536     3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR614011      2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1365873     2  0.5363     0.6997 0.000 0.724 0.276
#> SRR1498789     2  0.2878     0.9087 0.000 0.904 0.096
#> SRR601581      2  0.2625     0.9107 0.000 0.916 0.084
#> SRR603566      2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1373981     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR821410      2  0.0747     0.9059 0.000 0.984 0.016
#> SRR1076511     2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR614143      2  0.5859     0.5661 0.000 0.656 0.344
#> SRR1333570     3  0.3879     0.7709 0.000 0.152 0.848
#> SRR1366813     2  0.2878     0.9087 0.000 0.904 0.096
#> SRR1388746     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420558     2  0.3192     0.9012 0.000 0.888 0.112
#> SRR1409510     3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR816250      2  0.2878     0.9087 0.000 0.904 0.096
#> SRR614131      2  0.2625     0.9107 0.000 0.916 0.084
#> SRR1331130     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316015     3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470798     3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR614179      2  0.6252     0.2311 0.000 0.556 0.444
#> SRR1474863     2  0.2878     0.9087 0.000 0.904 0.096
#> SRR813560      2  0.2878     0.9087 0.000 0.904 0.096
#> SRR1312187     2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420960     3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1355102     3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1084577     3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR659971      2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350855     2  0.0424     0.9047 0.000 0.992 0.008
#> SRR820779      3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476300     3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090907     2  0.2625     0.9107 0.000 0.916 0.084
#> SRR662294      2  0.5327     0.7054 0.000 0.728 0.272
#> SRR1480789     3  0.0424     0.8811 0.000 0.008 0.992
#> SRR1336263     2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR660776      1  0.0237     0.9940 0.996 0.004 0.000
#> SRR1090508     3  0.6235     0.2031 0.000 0.436 0.564
#> SRR615563      2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101175     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR2164650     3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1431205     2  0.3752     0.8757 0.000 0.856 0.144
#> SRR1339856     2  0.2878     0.9087 0.000 0.904 0.096
#> SRR1352147     2  0.3038     0.9048 0.000 0.896 0.104
#> SRR808968      1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR627419      2  0.2448     0.9109 0.000 0.924 0.076
#> SRR1402391     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR663609      3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR2167857     3  0.5650     0.5467 0.000 0.312 0.688
#> SRR1398752     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405437     2  0.2537     0.9111 0.000 0.920 0.080
#> SRR1416955     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317064     2  0.3038     0.9048 0.000 0.896 0.104
#> SRR659001      2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170696     2  0.2711     0.9103 0.000 0.912 0.088
#> SRR816589      3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1087487     3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1329485     3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR816920      2  0.0592     0.9053 0.000 0.988 0.012
#> SRR1341432     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361590     2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR817046      3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1471331     3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR660788      2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR819234      1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR810853      3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR809427      2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170217     2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1386967     3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420344     2  0.2796     0.9096 0.000 0.908 0.092
#> SRR1334535     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR614503      2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR602564      2  0.0237     0.9039 0.000 0.996 0.004
#> SRR1420669     2  0.2537     0.9108 0.000 0.920 0.080
#> SRR819024      3  0.6045     0.3491 0.000 0.380 0.620
#> SRR656223      3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR608428      2  0.2711     0.9102 0.000 0.912 0.088
#> SRR1345647     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389324     2  0.3038     0.9048 0.000 0.896 0.104
#> SRR1361368     2  0.2878     0.9087 0.000 0.904 0.096
#> SRR1322619     2  0.3619     0.8826 0.000 0.864 0.136
#> SRR1349276     2  0.0237     0.9039 0.000 0.996 0.004
#> SRR1404024     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370637     2  0.0424     0.9039 0.000 0.992 0.008
#> SRR1452631     2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR608392      2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357757     2  0.2796     0.9094 0.000 0.908 0.092
#> SRR1074646     2  0.0424     0.9047 0.000 0.992 0.008
#> SRR1367499     3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343501     3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394406     2  0.2796     0.9099 0.000 0.908 0.092
#> SRR1381435     3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467407     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092422     3  0.5733     0.5226 0.000 0.324 0.676
#> SRR1380270     3  0.1289     0.8696 0.000 0.032 0.968
#> SRR1091817     2  0.2625     0.9108 0.000 0.916 0.084
#> SRR1440137     2  0.2878     0.9087 0.000 0.904 0.096
#> SRR614311      2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407516     2  0.2959     0.9069 0.000 0.900 0.100
#> SRR815494      3  0.4235     0.7387 0.000 0.176 0.824
#> SRR1333209     2  0.2796     0.9096 0.000 0.908 0.092
#> SRR615177      2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099648     3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR659720      2  0.2625     0.9107 0.000 0.916 0.084
#> SRR2185057     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467125     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR657468      2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR660042      2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170864     2  0.2448     0.9109 0.000 0.924 0.076
#> SRR1440491     2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440852     3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR811169      1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331311     2  0.2796     0.9096 0.000 0.908 0.092
#> SRR818009      1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351836     2  0.3267     0.8978 0.000 0.884 0.116
#> SRR1498313     2  0.5431     0.6741 0.000 0.716 0.284
#> SRR1441975     2  0.3619     0.8827 0.000 0.864 0.136
#> SRR819096      1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073679     2  0.2165     0.8873 0.000 0.936 0.064
#> SRR1489116     3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1354138     3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490589     3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1412987     2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR602034      3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1353437     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072871     3  0.6062     0.3839 0.000 0.384 0.616
#> SRR661577      2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR612190      2  0.2537     0.9108 0.000 0.920 0.080
#> SRR1399880     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101787     2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR657869      1  0.4974     0.7000 0.764 0.236 0.000
#> SRR1446332     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR816039      1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485141     3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476697     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379538     2  0.2625     0.9107 0.000 0.916 0.084
#> SRR1331422     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR660859      2  0.3267     0.8985 0.000 0.884 0.116
#> SRR1097594     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311419     3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1336706     3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472976     2  0.2448     0.9110 0.000 0.924 0.076
#> SRR1321307     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR807493      1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR812461      3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1477149     2  0.5529     0.6633 0.000 0.704 0.296
#> SRR1457397     3  0.5397     0.6033 0.000 0.280 0.720
#> SRR661913      3  0.5926     0.4487 0.000 0.356 0.644
#> SRR1069024     3  0.1289     0.8697 0.000 0.032 0.968
#> SRR2165634     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478722     3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1328642     2  0.3941     0.8647 0.000 0.844 0.156
#> SRR1488261     2  0.5706     0.5995 0.000 0.680 0.320
#> SRR1318815     2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR816945      1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367432     2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359280     2  0.4555     0.8141 0.000 0.800 0.200
#> SRR1313910     2  0.2878     0.9087 0.000 0.904 0.096
#> SRR1457315     2  0.2711     0.9102 0.000 0.912 0.088
#> SRR815398      1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR656958      2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR600688      2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098952     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314916     3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR614167      2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348114     2  0.1964     0.9101 0.000 0.944 0.056
#> SRR658033      2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077503     3  0.5678     0.5394 0.000 0.316 0.684
#> SRR661854      2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR811379      2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318857     2  0.2878     0.9087 0.000 0.904 0.096
#> SRR656445      3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433044     2  0.4452     0.8250 0.000 0.808 0.192
#> SRR1486391     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR656071      2  0.2625     0.9108 0.000 0.916 0.084
#> SRR1364824     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379133     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR816745      3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR601038      2  0.0237     0.9039 0.000 0.996 0.004
#> SRR1360080     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR814868      3  0.5397     0.6047 0.000 0.280 0.720
#> SRR1485997     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435560     2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333330     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR663513      2  0.2625     0.9109 0.000 0.916 0.084
#> SRR1328407     3  0.5650     0.5471 0.000 0.312 0.688
#> SRR602784      3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348468     2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR663717      2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR602217      2  0.2878     0.9087 0.000 0.904 0.096
#> SRR603140      2  0.2878     0.9089 0.000 0.904 0.096
#> SRR1340804     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457574     3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333462     3  0.6307    -0.0124 0.000 0.488 0.512
#> SRR1094601     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434610     2  0.3267     0.8977 0.000 0.884 0.116
#> SRR1435833     2  0.1163     0.9074 0.000 0.972 0.028
#> SRR1398728     2  0.2878     0.9087 0.000 0.904 0.096
#> SRR1358343     2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410890     2  0.2878     0.9087 0.000 0.904 0.096
#> SRR1350371     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392478     2  0.3038     0.9048 0.000 0.896 0.104
#> SRR1099260     3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433576     2  0.5497     0.6709 0.000 0.708 0.292
#> SRR1345541     2  0.0424     0.9048 0.000 0.992 0.008
#> SRR1086328     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR810391      3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476207     3  0.5948     0.4548 0.000 0.360 0.640
#> SRR627435      2  0.5905     0.5213 0.000 0.648 0.352
#> SRR1489862     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419086     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396191     3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490115     3  0.2959     0.8156 0.000 0.100 0.900
#> SRR1377714     2  0.5254     0.7089 0.000 0.736 0.264
#> SRR819394      1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR663161      2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR607042      3  0.1753     0.8572 0.000 0.048 0.952
#> SRR656203      2  0.2878     0.9087 0.000 0.904 0.096
#> SRR660602      3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440397     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1369264     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR809233      1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR663249      2  0.0237     0.9039 0.000 0.996 0.004
#> SRR661242      2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332007     3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR809619      2  0.3340     0.8952 0.000 0.880 0.120
#> SRR819975      1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR599281      2  0.2878     0.9087 0.000 0.904 0.096
#> SRR662366      2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317898     3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1382485     2  0.3482     0.8890 0.000 0.872 0.128
#> SRR2166420     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419429     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092541     3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR817444      2  0.6140     0.4071 0.000 0.596 0.404
#> SRR1320403     2  0.3038     0.9048 0.000 0.896 0.104
#> SRR1101483     2  0.0424     0.9047 0.000 0.992 0.008
#> SRR1331684     3  0.5706     0.5037 0.000 0.320 0.680
#> SRR1400054     2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406088     2  0.2878     0.9087 0.000 0.904 0.096
#> SRR820733      2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314113     2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382615     3  0.0000     0.8846 0.000 0.000 1.000
#> SRR1480745     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468850     2  0.4002     0.8603 0.000 0.840 0.160
#> SRR656782      2  0.6154     0.4008 0.000 0.592 0.408
#> SRR821364      1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101106     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR659295      2  0.6045     0.4726 0.000 0.620 0.380
#> SRR1357103     3  0.1860     0.8582 0.000 0.052 0.948
#> SRR809185      2  0.0237     0.9039 0.000 0.996 0.004
#> SRR811583      2  0.0000     0.9028 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468050     1  0.0000     0.9976 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440224     2  0.3038     0.9048 0.000 0.896 0.104

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR1500170     2  0.0000     0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402368     3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR607743      2  0.6523     0.3869 0.000 0.564 0.088 0.348
#> SRR1457375     2  0.0000     0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470923     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954      1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259      1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785     3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR814768      1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031     2  0.0000     0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1363611     2  0.0000     0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468447     2  0.0000     0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071931     2  0.4008     0.6335 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR810981      1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299      4  0.0000     0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR663585      3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326773     4  0.4985     0.0642 0.000 0.468 0.000 0.532
#> SRR1351166     2  0.0188     0.8314 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1477452     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720     3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420320     2  0.0188     0.8315 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1081712     2  0.0000     0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318241     2  0.4761     0.5037 0.000 0.628 0.372 0.000
#> SRR1333718     3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313514     2  0.1389     0.8156 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR1477861     3  0.2469     0.8407 0.000 0.108 0.892 0.000
#> SRR1318005     2  0.0469     0.8302 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1354665     2  0.0000     0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657707      2  0.4605     0.5660 0.000 0.664 0.336 0.000
#> SRR1370742     3  0.2011     0.8718 0.000 0.080 0.920 0.000
#> SRR1412947     2  0.0000     0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661553      4  0.0000     0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1328869     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211      4  0.4933     0.2185 0.000 0.432 0.000 0.568
#> SRR1348181     3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416560     4  0.7799     0.0418 0.000 0.328 0.260 0.412
#> SRR1319772     3  0.0817     0.9241 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1091452     2  0.2345     0.7807 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1338812     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072     2  0.1118     0.8214 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR814844      4  0.1716     0.8457 0.000 0.064 0.000 0.936
#> SRR1376619     3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR603690      4  0.0000     0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2184980     2  0.0469     0.8294 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR613963      4  0.0000     0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1323422     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673     3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434650     3  0.2281     0.8555 0.000 0.096 0.904 0.000
#> SRR659875      3  0.4632     0.5512 0.000 0.004 0.688 0.308
#> SRR1465734     2  0.6248     0.6067 0.000 0.644 0.252 0.104
#> SRR1076847     2  0.2530     0.7821 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1415072     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319      3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663088      4  0.1716     0.8457 0.000 0.064 0.000 0.936
#> SRR1352021     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935      2  0.1022     0.8248 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1352530     3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662594      4  0.0000     0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095309     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647      4  0.0000     0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR813019      2  0.4855     0.4463 0.000 0.600 0.400 0.000
#> SRR1374647     2  0.0469     0.8300 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR603472      3  0.4804     0.3219 0.000 0.384 0.616 0.000
#> SRR661529      4  0.0000     0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR607018      3  0.4095     0.7303 0.000 0.016 0.792 0.192
#> SRR627423      4  0.0000     0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR654921      4  0.1716     0.8457 0.000 0.064 0.000 0.936
#> SRR1418968     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871      4  0.0000     0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330522     3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499958     2  0.0000     0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614059      4  0.0000     0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1071403     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719     2  0.0000     0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440421     2  0.0000     0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310412     2  0.4868     0.6067 0.000 0.684 0.304 0.012
#> SRR614767      4  0.4103     0.6343 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR820709      1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093      4  0.0000     0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088168     3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418707     2  0.0000     0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354291     2  0.0000     0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2165806     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684     4  0.4585     0.4983 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR1433860     3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311062     2  0.1118     0.8214 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1360359     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385      3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615407      4  0.0000     0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413892     3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443459     2  0.0000     0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338942     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480      3  0.3266     0.7500 0.000 0.168 0.832 0.000
#> SRR1399433     4  0.3726     0.7073 0.000 0.212 0.000 0.788
#> SRR818537      3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101324     4  0.2081     0.8368 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR807637      4  0.0000     0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1091918     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300      4  0.0000     0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1085426     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294     2  0.0592     0.8286 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR813891      1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431     2  0.0000     0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658742      4  0.0000     0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419234     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813     2  0.1118     0.8214 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR603496      4  0.0000     0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407758     3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR810945      2  0.3545     0.7351 0.000 0.828 0.008 0.164
#> SRR817234      2  0.0000     0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444852     3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660378      4  0.0000     0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467835     2  0.1118     0.8214 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1338964     2  0.4746     0.5114 0.000 0.632 0.368 0.000
#> SRR1079259     2  0.3649     0.6796 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1072345     2  0.4957     0.6105 0.000 0.684 0.300 0.016
#> SRR598725      3  0.4817     0.7468 0.000 0.088 0.784 0.128
#> SRR1447938     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460     2  0.1302     0.8196 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1429468     2  0.1022     0.8230 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1446850     2  0.0188     0.8316 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1320363     3  0.0336     0.9362 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1413810     3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR598831      4  0.0000     0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381865     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957      3  0.4770     0.5845 0.000 0.012 0.700 0.288
#> SRR1491332     3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099744     2  0.1118     0.8214 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1464618     2  0.1022     0.8228 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1414559     4  0.1022     0.8576 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR1337540     4  0.1716     0.8457 0.000 0.064 0.000 0.936
#> SRR1444283     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942     2  0.4477     0.6002 0.000 0.688 0.312 0.000
#> SRR660295      1  0.1637     0.9381 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR601335      3  0.2402     0.8744 0.000 0.012 0.912 0.076
#> SRR1363742     3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345847     2  0.0000     0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614960      4  0.0000     0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR819919      1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330      2  0.4564     0.5550 0.000 0.672 0.328 0.000
#> SRR1327951     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266     2  0.0000     0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338055     2  0.0000     0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430157     2  0.0000     0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320137     2  0.4948     0.2155 0.000 0.560 0.000 0.440
#> SRR1093483     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913     3  0.1389     0.9024 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR2170490     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845     2  0.4746     0.5112 0.000 0.632 0.368 0.000
#> SRR1436420     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060     3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662282      4  0.0000     0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487089     2  0.4585     0.4936 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1075683     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880     2  0.0000     0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453456     3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457895     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603     3  0.4193     0.5972 0.000 0.268 0.732 0.000
#> SRR658633      2  0.0000     0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388081     2  0.1118     0.8214 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR813339      3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809725      1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441      4  0.6275     0.0263 0.000 0.460 0.056 0.484
#> SRR613603      4  0.0000     0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1096571     3  0.1211     0.9114 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR1392701     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693     2  0.0000     0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660697      2  0.0921     0.8258 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1489926     2  0.4564     0.5778 0.000 0.672 0.328 0.000
#> SRR811491      3  0.0336     0.9363 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1311644     4  0.1867     0.8428 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR1451740     3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615117      4  0.0000     0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1391748     4  0.4164     0.6385 0.000 0.264 0.000 0.736
#> SRR1466556     3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614972      4  0.0000     0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406200     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210      4  0.3873     0.6882 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR662174      1  0.1637     0.9381 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR811988      1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236      4  0.0000     0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1312598     2  0.0000     0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330129     2  0.1118     0.8213 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1357781     2  0.1637     0.8095 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR1315517     2  0.0921     0.8246 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1400032     3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413722     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827      4  0.0000     0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR814794      1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430      1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509     2  0.4304     0.5783 0.000 0.716 0.000 0.284
#> SRR808728      3  0.4277     0.5306 0.000 0.280 0.720 0.000
#> SRR1070813     2  0.0000     0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389133     2  0.6617     0.5553 0.000 0.608 0.264 0.128
#> SRR601263      2  0.6028     0.4791 0.000 0.584 0.364 0.052
#> SRR604718      4  0.0188     0.8633 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1481351     3  0.4713     0.3215 0.000 0.360 0.640 0.000
#> SRR1334608     3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658681      3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809283      4  0.0469     0.8622 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1459300     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547     3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811049      2  0.5282     0.6324 0.000 0.688 0.276 0.036
#> SRR1464835     4  0.2011     0.8391 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR1339619     2  0.1118     0.8214 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR658501      3  0.3945     0.7057 0.000 0.004 0.780 0.216
#> SRR1447523     3  0.1109     0.9186 0.000 0.028 0.968 0.004
#> SRR1415048     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348     2  0.0000     0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603890      2  0.4888     0.2907 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR810595      3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446244     2  0.0000     0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817373      2  0.1118     0.8214 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1457291     2  0.1118     0.8214 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR598220      2  0.4817     0.3969 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR1477991     2  0.0000     0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598172      2  0.1118     0.8214 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1349032     2  0.3837     0.6476 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR604002      2  0.3569     0.7265 0.000 0.804 0.196 0.000
#> SRR1378026     3  0.0707     0.9274 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR1404401     2  0.0188     0.8316 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1333240     2  0.2814     0.7712 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1089399     2  0.4843     0.3260 0.000 0.604 0.000 0.396
#> SRR603421      4  0.2704     0.7920 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR812562      1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520      3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811839      1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317      2  0.0000     0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436763     4  0.1716     0.8457 0.000 0.064 0.000 0.936
#> SRR1486021     4  0.2589     0.8006 0.000 0.116 0.000 0.884
#> SRR1465018     2  0.0000     0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080998     2  0.4677     0.5934 0.000 0.680 0.316 0.004
#> SRR1083432     3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082833     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536     3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614011      4  0.1940     0.8311 0.000 0.076 0.000 0.924
#> SRR1365873     2  0.0000     0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498789     2  0.1118     0.8214 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR601581      2  0.1637     0.8149 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR603566      4  0.0000     0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1373981     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410      2  0.2281     0.7923 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1076511     4  0.0000     0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR614143      2  0.5093     0.5401 0.000 0.640 0.348 0.012
#> SRR1333570     3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366813     2  0.0000     0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388746     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558     2  0.6477     0.4719 0.000 0.600 0.100 0.300
#> SRR1409510     3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816250      2  0.0000     0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614131      2  0.4679     0.4755 0.000 0.648 0.000 0.352
#> SRR1331130     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015     3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470798     3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614179      3  0.5080     0.2867 0.000 0.004 0.576 0.420
#> SRR1474863     2  0.0000     0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813560      2  0.0000     0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312187     2  0.4713     0.4129 0.000 0.640 0.000 0.360
#> SRR1420960     3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355102     3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084577     3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659971      4  0.2647     0.7942 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR1350855     4  0.4925     0.2886 0.000 0.428 0.000 0.572
#> SRR820779      3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476300     3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090907     2  0.3074     0.7276 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR662294      2  0.1635     0.8198 0.000 0.948 0.008 0.044
#> SRR1480789     3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336263     4  0.4992     0.1252 0.000 0.476 0.000 0.524
#> SRR660776      1  0.1637     0.9381 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1090508     2  0.1940     0.8063 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR615563      4  0.0000     0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1101175     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650     3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431205     2  0.0000     0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339856     2  0.0000     0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352147     2  0.0000     0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808968      1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419      2  0.4564     0.4746 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR1402391     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609      3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2167857     2  0.4967     0.2468 0.000 0.548 0.452 0.000
#> SRR1398752     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437     2  0.1637     0.8101 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1416955     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064     2  0.0000     0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659001      4  0.0000     0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170696     2  0.4382     0.5621 0.000 0.704 0.000 0.296
#> SRR816589      3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087487     3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329485     3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816920      2  0.4406     0.5551 0.000 0.700 0.000 0.300
#> SRR1341432     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590     4  0.1867     0.8429 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR817046      3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471331     3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660788      4  0.1389     0.8518 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR819234      1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853      3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809427      4  0.4382     0.5499 0.000 0.296 0.000 0.704
#> SRR2170217     4  0.2704     0.8080 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1386967     3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420344     2  0.0000     0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334535     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503      4  0.4304     0.5723 0.000 0.284 0.000 0.716
#> SRR602564      4  0.3266     0.7545 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR1420669     2  0.4382     0.5621 0.000 0.704 0.000 0.296
#> SRR819024      3  0.7851    -0.0483 0.000 0.268 0.376 0.356
#> SRR656223      3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608428      2  0.2469     0.7806 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR1345647     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324     2  0.0000     0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361368     2  0.0000     0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322619     2  0.0000     0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349276     4  0.4804     0.4027 0.000 0.384 0.000 0.616
#> SRR1404024     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637     2  0.4643     0.4449 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1452631     4  0.2530     0.8165 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR608392      4  0.0000     0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1357757     2  0.6393     0.5695 0.000 0.616 0.284 0.100
#> SRR1074646     2  0.4382     0.5617 0.000 0.704 0.000 0.296
#> SRR1367499     3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343501     3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394406     2  0.5300     0.5275 0.000 0.664 0.028 0.308
#> SRR1381435     3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467407     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422     2  0.3528     0.7305 0.000 0.808 0.192 0.000
#> SRR1380270     3  0.0188     0.9390 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1091817     2  0.1637     0.8126 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1440137     2  0.0000     0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614311      4  0.4697     0.4525 0.000 0.356 0.000 0.644
#> SRR1407516     2  0.4356     0.5680 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR815494      3  0.2266     0.8707 0.000 0.004 0.912 0.084
#> SRR1333209     2  0.1211     0.8204 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR615177      4  0.0469     0.8622 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1099648     3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659720      4  0.4661     0.4278 0.000 0.348 0.000 0.652
#> SRR2185057     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468      4  0.1792     0.8444 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR660042      4  0.0000     0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170864     2  0.3266     0.7253 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR1440491     4  0.3610     0.7176 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1440852     3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811169      1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311     2  0.0188     0.8315 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR818009      1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836     2  0.0000     0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498313     2  0.3052     0.7674 0.000 0.860 0.136 0.004
#> SRR1441975     2  0.0000     0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819096      1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679     4  0.5678     0.1058 0.000 0.452 0.024 0.524
#> SRR1489116     3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354138     3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490589     3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1412987     4  0.1716     0.8457 0.000 0.064 0.000 0.936
#> SRR602034      3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353437     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871     2  0.4543     0.5837 0.000 0.676 0.324 0.000
#> SRR661577      4  0.0000     0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR612190      2  0.4304     0.5797 0.000 0.716 0.000 0.284
#> SRR1399880     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787     4  0.4585     0.5015 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR657869      4  0.4564     0.4687 0.328 0.000 0.000 0.672
#> SRR1446332     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039      1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141     3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476697     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538     2  0.4008     0.6329 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1331422     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859      2  0.6162     0.6278 0.000 0.676 0.168 0.156
#> SRR1097594     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419     3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336706     3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472976     2  0.4967     0.1875 0.000 0.548 0.000 0.452
#> SRR1321307     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493      1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461      3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477149     2  0.1474     0.8134 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1457397     3  0.4746     0.3633 0.000 0.368 0.632 0.000
#> SRR661913      3  0.1978     0.8802 0.000 0.068 0.928 0.004
#> SRR1069024     3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2165634     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722     3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328642     2  0.1792     0.8072 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1488261     2  0.7843     0.1825 0.000 0.388 0.344 0.268
#> SRR1318815     4  0.0336     0.8629 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR816945      1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432     4  0.1716     0.8457 0.000 0.064 0.000 0.936
#> SRR1359280     2  0.0000     0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313910     2  0.0000     0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457315     2  0.4500     0.5402 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR815398      1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958      4  0.0000     0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR600688      4  0.0000     0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098952     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916     3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614167      4  0.0000     0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348114     2  0.2530     0.7760 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR658033      4  0.0000     0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1077503     2  0.4605     0.5657 0.000 0.664 0.336 0.000
#> SRR661854      4  0.0000     0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR811379      4  0.1022     0.8574 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR1318857     2  0.0000     0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656445      3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433044     2  0.0000     0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486391     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071      4  0.7325     0.3331 0.000 0.192 0.288 0.520
#> SRR1364824     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745      3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR601038      4  0.0592     0.8563 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1360080     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868      2  0.4564     0.5776 0.000 0.672 0.328 0.000
#> SRR1485997     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560     4  0.4989     0.0859 0.000 0.472 0.000 0.528
#> SRR1333330     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513      2  0.5543     0.4207 0.000 0.612 0.028 0.360
#> SRR1328407     2  0.4730     0.5185 0.000 0.636 0.364 0.000
#> SRR602784      3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348468     4  0.3610     0.7275 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR663717      4  0.1867     0.8307 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR602217      2  0.2530     0.7799 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR603140      2  0.4730     0.4535 0.000 0.636 0.000 0.364
#> SRR1340804     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574     3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333462     2  0.1557     0.8113 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR1094601     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610     2  0.6115     0.6328 0.000 0.680 0.172 0.148
#> SRR1435833     2  0.1302     0.8185 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1398728     2  0.0000     0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358343     4  0.1716     0.8457 0.000 0.064 0.000 0.936
#> SRR1410890     2  0.1118     0.8214 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1350371     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478     2  0.0000     0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099260     3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433576     2  0.6928     0.4268 0.000 0.556 0.136 0.308
#> SRR1345541     4  0.4948     0.2061 0.000 0.440 0.000 0.560
#> SRR1086328     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391      3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476207     2  0.4819     0.5500 0.000 0.652 0.344 0.004
#> SRR627435      2  0.5085     0.6026 0.000 0.676 0.304 0.020
#> SRR1489862     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191     3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490115     2  0.4972     0.2801 0.000 0.544 0.456 0.000
#> SRR1377714     2  0.5206     0.5940 0.000 0.668 0.308 0.024
#> SRR819394      1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161      4  0.0000     0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR607042      3  0.0469     0.9333 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR656203      2  0.0000     0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660602      3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440397     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233      1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249      2  0.4331     0.5575 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR661242      4  0.0000     0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1332007     3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809619      2  0.0000     0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819975      1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281      2  0.1557     0.8137 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR662366      4  0.0469     0.8591 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1317898     3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382485     2  0.0000     0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2166420     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541     3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR817444      3  0.7723    -0.0971 0.000 0.364 0.408 0.228
#> SRR1320403     2  0.0000     0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101483     2  0.3726     0.6700 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1331684     3  0.5329     0.1602 0.000 0.420 0.568 0.012
#> SRR1400054     4  0.0000     0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406088     2  0.0000     0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820733      4  0.4888     0.2978 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR1314113     4  0.1716     0.8457 0.000 0.064 0.000 0.936
#> SRR1382615     3  0.0000     0.9418 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480745     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850     2  0.0000     0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656782      2  0.5007     0.5286 0.000 0.636 0.356 0.008
#> SRR821364      1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295      2  0.6167     0.6070 0.000 0.652 0.248 0.100
#> SRR1357103     3  0.1022     0.9168 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR809185      2  0.4679     0.4326 0.000 0.648 0.000 0.352
#> SRR811583      4  0.0000     0.8642 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468050     1  0.0000     0.9984 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224     2  0.0000     0.8323 0.000 1.000 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR1500170     2  0.3586    0.51168 0.000 0.736 0.000 0.000 0.264
#> SRR1402368     3  0.1121    0.89833 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR607743      5  0.5098    0.42822 0.000 0.084 0.064 0.096 0.756
#> SRR1457375     2  0.3561    0.51541 0.000 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR1470923     1  0.0290    0.99063 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954      1  0.0404    0.99005 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259      1  0.0000    0.99116 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785     3  0.1430    0.89663 0.000 0.004 0.944 0.000 0.052
#> SRR814768      1  0.0290    0.99063 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031     2  0.3730    0.53997 0.000 0.712 0.000 0.000 0.288
#> SRR1363611     2  0.4300    0.24201 0.000 0.524 0.000 0.000 0.476
#> SRR1468447     2  0.4273    0.14522 0.000 0.552 0.000 0.000 0.448
#> SRR1071931     5  0.4901    0.22780 0.000 0.268 0.000 0.060 0.672
#> SRR810981      1  0.0404    0.98985 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299      4  0.6292    0.68084 0.000 0.208 0.000 0.532 0.260
#> SRR663585      3  0.0000    0.91075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326773     5  0.5411    0.28386 0.000 0.160 0.000 0.176 0.664
#> SRR1351166     2  0.3282    0.54855 0.000 0.804 0.000 0.008 0.188
#> SRR1477452     1  0.0404    0.98985 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720     3  0.0609    0.90700 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1420320     2  0.4602    0.42531 0.000 0.708 0.000 0.052 0.240
#> SRR1081712     5  0.4307    0.00354 0.000 0.500 0.000 0.000 0.500
#> SRR1318241     5  0.4496    0.43924 0.000 0.056 0.216 0.000 0.728
#> SRR1333718     3  0.0000    0.91075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313514     5  0.4510    0.15477 0.000 0.432 0.008 0.000 0.560
#> SRR1477861     3  0.2903    0.83634 0.000 0.080 0.872 0.000 0.048
#> SRR1318005     5  0.4497    0.17017 0.000 0.424 0.008 0.000 0.568
#> SRR1354665     2  0.3612    0.52801 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR657707      5  0.4240    0.43648 0.000 0.036 0.228 0.000 0.736
#> SRR1370742     3  0.4029    0.58468 0.000 0.004 0.680 0.000 0.316
#> SRR1412947     2  0.3796    0.53524 0.000 0.700 0.000 0.000 0.300
#> SRR661553      4  0.4959    0.74078 0.000 0.128 0.000 0.712 0.160
#> SRR1328869     1  0.0404    0.98985 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211      2  0.6685   -0.17817 0.000 0.436 0.000 0.284 0.280
#> SRR1348181     3  0.0000    0.91075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416560     5  0.6510    0.25940 0.000 0.052 0.120 0.224 0.604
#> SRR1319772     3  0.2798    0.83138 0.000 0.008 0.852 0.000 0.140
#> SRR1091452     5  0.4706    0.27800 0.000 0.256 0.000 0.052 0.692
#> SRR1338812     1  0.0290    0.99031 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072     2  0.3326    0.53995 0.000 0.824 0.000 0.024 0.152
#> SRR814844      4  0.6526    0.60829 0.000 0.316 0.000 0.468 0.216
#> SRR1376619     3  0.0000    0.91075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603690      4  0.6343    0.65041 0.000 0.200 0.000 0.516 0.284
#> SRR2184980     2  0.3857    0.48007 0.000 0.688 0.000 0.000 0.312
#> SRR613963      4  0.3657    0.75025 0.000 0.116 0.000 0.820 0.064
#> SRR1323422     1  0.0000    0.99116 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673     3  0.0451    0.90925 0.000 0.008 0.988 0.000 0.004
#> SRR1434650     3  0.2813    0.83844 0.000 0.084 0.876 0.000 0.040
#> SRR659875      3  0.5979    0.43868 0.000 0.000 0.588 0.220 0.192
#> SRR1465734     5  0.4313    0.46843 0.000 0.076 0.100 0.024 0.800
#> SRR1076847     5  0.5006    0.27075 0.000 0.328 0.000 0.048 0.624
#> SRR1415072     1  0.0290    0.99031 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319      3  0.0000    0.91075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663088      4  0.5597    0.69219 0.000 0.160 0.000 0.640 0.200
#> SRR1352021     1  0.0290    0.99031 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527     1  0.0162    0.99096 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.0290    0.99031 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935      5  0.5509   -0.19320 0.000 0.468 0.000 0.064 0.468
#> SRR1352530     3  0.0000    0.91075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662594      4  0.2110    0.73910 0.000 0.072 0.000 0.912 0.016
#> SRR1095309     1  0.0162    0.99096 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647      4  0.2798    0.70305 0.000 0.008 0.000 0.852 0.140
#> SRR813019      5  0.5405    0.28797 0.000 0.064 0.380 0.000 0.556
#> SRR1374647     5  0.4299    0.22839 0.000 0.388 0.004 0.000 0.608
#> SRR603472      3  0.4718    0.64956 0.000 0.180 0.728 0.000 0.092
#> SRR661529      4  0.2535    0.74393 0.000 0.076 0.000 0.892 0.032
#> SRR607018      3  0.4504    0.70193 0.000 0.000 0.748 0.084 0.168
#> SRR627423      4  0.5792    0.72047 0.000 0.224 0.000 0.612 0.164
#> SRR654921      4  0.6263    0.65967 0.000 0.276 0.000 0.532 0.192
#> SRR1418968     1  0.0290    0.99063 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871      4  0.2909    0.70346 0.000 0.012 0.000 0.848 0.140
#> SRR1330522     3  0.0000    0.91075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499958     2  0.3534    0.52086 0.000 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR614059      4  0.1732    0.70517 0.000 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR1071403     1  0.0290    0.99031 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719     2  0.3796    0.47376 0.000 0.700 0.000 0.000 0.300
#> SRR1440421     2  0.4307   -0.01521 0.000 0.504 0.000 0.000 0.496
#> SRR1310412     5  0.4093    0.46793 0.000 0.052 0.120 0.020 0.808
#> SRR614767      4  0.6721    0.48627 0.000 0.352 0.000 0.396 0.252
#> SRR820709      1  0.0404    0.98985 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.0290    0.99031 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093      4  0.3427    0.71744 0.000 0.012 0.000 0.796 0.192
#> SRR1088168     3  0.0162    0.91040 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1418707     2  0.3730    0.48758 0.000 0.712 0.000 0.000 0.288
#> SRR1354291     5  0.4302    0.06764 0.000 0.480 0.000 0.000 0.520
#> SRR2165806     1  0.0404    0.98985 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684     5  0.6729   -0.44878 0.000 0.252 0.000 0.372 0.376
#> SRR1433860     3  0.0000    0.91075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311062     2  0.3368    0.53871 0.000 0.820 0.000 0.024 0.156
#> SRR1360359     1  0.0290    0.99031 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385      3  0.0794    0.90433 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR615407      4  0.3691    0.75073 0.000 0.104 0.000 0.820 0.076
#> SRR1413892     3  0.0000    0.91075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443459     2  0.3074    0.54995 0.000 0.804 0.000 0.000 0.196
#> SRR1338942     1  0.0000    0.99116 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480      3  0.4182    0.51107 0.000 0.004 0.644 0.000 0.352
#> SRR1399433     5  0.6661   -0.37096 0.000 0.232 0.000 0.356 0.412
#> SRR818537      3  0.1661    0.89250 0.000 0.024 0.940 0.000 0.036
#> SRR1101324     4  0.5901    0.64321 0.000 0.148 0.000 0.584 0.268
#> SRR807637      4  0.2597    0.73103 0.000 0.092 0.000 0.884 0.024
#> SRR1091918     1  0.0162    0.99096 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300      4  0.3883    0.73129 0.000 0.036 0.000 0.780 0.184
#> SRR1085426     1  0.0404    0.98985 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294     2  0.3391    0.54657 0.000 0.800 0.000 0.012 0.188
#> SRR813891      1  0.0000    0.99116 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431     5  0.4302    0.06436 0.000 0.480 0.000 0.000 0.520
#> SRR658742      4  0.2561    0.72877 0.000 0.096 0.000 0.884 0.020
#> SRR1419234     1  0.0404    0.99005 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813     2  0.3326    0.54235 0.000 0.824 0.000 0.024 0.152
#> SRR603496      4  0.2930    0.71724 0.000 0.004 0.000 0.832 0.164
#> SRR1407758     3  0.0000    0.91075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810945      5  0.4563    0.31033 0.000 0.244 0.000 0.048 0.708
#> SRR817234      5  0.4268    0.13376 0.000 0.444 0.000 0.000 0.556
#> SRR1444852     3  0.0000    0.91075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660378      4  0.2909    0.70346 0.000 0.012 0.000 0.848 0.140
#> SRR1467835     2  0.3151    0.54358 0.000 0.836 0.000 0.020 0.144
#> SRR1338964     5  0.4455    0.41536 0.000 0.036 0.260 0.000 0.704
#> SRR1079259     5  0.3954    0.35334 0.000 0.192 0.000 0.036 0.772
#> SRR1072345     5  0.4360    0.46572 0.000 0.080 0.132 0.008 0.780
#> SRR598725      3  0.5486    0.09901 0.000 0.024 0.512 0.024 0.440
#> SRR1447938     1  0.0000    0.99116 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397     1  0.0162    0.99096 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460     2  0.5232    0.33757 0.000 0.668 0.000 0.104 0.228
#> SRR1429468     2  0.4482    0.41502 0.000 0.636 0.000 0.016 0.348
#> SRR1446850     5  0.4304    0.03784 0.000 0.484 0.000 0.000 0.516
#> SRR1320363     3  0.2304    0.86842 0.000 0.008 0.892 0.000 0.100
#> SRR1413810     3  0.0000    0.91075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598831      4  0.5372    0.73764 0.000 0.152 0.000 0.668 0.180
#> SRR1381865     1  0.0000    0.99116 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957      3  0.5822    0.54140 0.000 0.008 0.636 0.152 0.204
#> SRR1491332     3  0.0162    0.91040 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1099744     2  0.3236    0.54435 0.000 0.828 0.000 0.020 0.152
#> SRR1464618     2  0.4138    0.45631 0.000 0.780 0.000 0.072 0.148
#> SRR1414559     4  0.4922    0.73279 0.000 0.156 0.000 0.716 0.128
#> SRR1337540     4  0.5625    0.68918 0.000 0.160 0.000 0.636 0.204
#> SRR1444283     1  0.0290    0.99075 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942     5  0.4272    0.45289 0.000 0.052 0.196 0.000 0.752
#> SRR660295      1  0.2962    0.88694 0.872 0.016 0.000 0.096 0.016
#> SRR601335      3  0.3375    0.80556 0.000 0.000 0.840 0.056 0.104
#> SRR1363742     3  0.0000    0.91075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345847     5  0.4283    0.06781 0.000 0.456 0.000 0.000 0.544
#> SRR614960      4  0.2909    0.70346 0.000 0.012 0.000 0.848 0.140
#> SRR819919      1  0.0162    0.99096 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330      5  0.6504    0.25908 0.000 0.288 0.228 0.000 0.484
#> SRR1327951     1  0.0162    0.99096 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.0290    0.99031 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266     2  0.3774    0.52873 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR1338055     5  0.4307    0.03373 0.000 0.496 0.000 0.000 0.504
#> SRR1430157     2  0.3684    0.50016 0.000 0.720 0.000 0.000 0.280
#> SRR1320137     2  0.6072    0.27598 0.000 0.484 0.000 0.124 0.392
#> SRR1093483     1  0.0162    0.99096 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080     1  0.0290    0.99031 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913     3  0.3913    0.57081 0.000 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR2170490     1  0.0290    0.99075 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845     5  0.4297    0.43437 0.000 0.036 0.236 0.000 0.728
#> SRR1436420     1  0.0290    0.99063 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060     3  0.0290    0.90965 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR662282      4  0.2864    0.70526 0.000 0.012 0.000 0.852 0.136
#> SRR1487089     2  0.6069    0.25538 0.000 0.524 0.000 0.136 0.340
#> SRR1075683     1  0.0290    0.99031 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536     1  0.0290    0.99031 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880     2  0.4300    0.26241 0.000 0.524 0.000 0.000 0.476
#> SRR1453456     3  0.0000    0.91075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457895     1  0.0162    0.99096 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603     3  0.3849    0.77071 0.000 0.112 0.808 0.000 0.080
#> SRR658633      5  0.4420    0.11100 0.000 0.448 0.000 0.004 0.548
#> SRR1388081     2  0.3779    0.51489 0.000 0.776 0.000 0.024 0.200
#> SRR813339      3  0.1043    0.90163 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR809725      1  0.0290    0.99031 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441      5  0.7251    0.31896 0.000 0.156 0.068 0.264 0.512
#> SRR613603      4  0.2753    0.71164 0.000 0.008 0.000 0.856 0.136
#> SRR1096571     3  0.2674    0.84000 0.000 0.012 0.868 0.000 0.120
#> SRR1392701     1  0.0510    0.98962 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326     1  0.0290    0.99075 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693     2  0.4584    0.51662 0.000 0.660 0.000 0.028 0.312
#> SRR660697      5  0.5708   -0.04354 0.000 0.384 0.000 0.088 0.528
#> SRR1489926     5  0.4527    0.41486 0.000 0.040 0.260 0.000 0.700
#> SRR811491      3  0.2771    0.83174 0.000 0.012 0.860 0.000 0.128
#> SRR1311644     4  0.5866    0.66582 0.000 0.156 0.000 0.596 0.248
#> SRR1451740     3  0.0703    0.90718 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR615117      4  0.3659    0.71781 0.000 0.012 0.000 0.768 0.220
#> SRR1391748     2  0.6034    0.08058 0.000 0.572 0.000 0.172 0.256
#> SRR1466556     3  0.0000    0.91075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614972      4  0.3203    0.71373 0.000 0.012 0.000 0.820 0.168
#> SRR1406200     1  0.0290    0.99031 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210      5  0.6600   -0.39831 0.000 0.212 0.000 0.380 0.408
#> SRR662174      1  0.2962    0.88694 0.872 0.016 0.000 0.096 0.016
#> SRR811988      1  0.0290    0.99031 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236      4  0.4686    0.74018 0.000 0.104 0.000 0.736 0.160
#> SRR1312598     2  0.3480    0.52649 0.000 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR1330129     5  0.4533    0.13185 0.000 0.448 0.008 0.000 0.544
#> SRR1357781     5  0.4590    0.17344 0.000 0.420 0.012 0.000 0.568
#> SRR1315517     2  0.4473    0.32958 0.000 0.656 0.000 0.020 0.324
#> SRR1400032     3  0.0162    0.91040 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1413722     1  0.0290    0.99063 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827      4  0.3845    0.71752 0.000 0.024 0.000 0.768 0.208
#> SRR814794      1  0.0510    0.98962 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430      1  0.0290    0.99031 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509     2  0.5759    0.28018 0.000 0.568 0.000 0.108 0.324
#> SRR808728      3  0.4040    0.63940 0.000 0.012 0.712 0.000 0.276
#> SRR1070813     2  0.3684    0.50156 0.000 0.720 0.000 0.000 0.280
#> SRR1389133     5  0.4499    0.46008 0.000 0.076 0.108 0.028 0.788
#> SRR601263      5  0.4442    0.46040 0.000 0.040 0.184 0.016 0.760
#> SRR604718      4  0.6166    0.66399 0.000 0.180 0.000 0.548 0.272
#> SRR1481351     3  0.4403    0.42969 0.000 0.008 0.608 0.000 0.384
#> SRR1334608     3  0.0000    0.91075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658681      3  0.0451    0.90902 0.000 0.008 0.988 0.000 0.004
#> SRR809283      4  0.6367    0.66695 0.000 0.248 0.000 0.520 0.232
#> SRR1459300     1  0.0290    0.99063 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547     3  0.1082    0.90274 0.000 0.008 0.964 0.000 0.028
#> SRR811049      5  0.4130    0.46855 0.000 0.076 0.108 0.012 0.804
#> SRR1464835     2  0.6307   -0.12001 0.000 0.532 0.000 0.224 0.244
#> SRR1339619     2  0.3284    0.54288 0.000 0.828 0.000 0.024 0.148
#> SRR658501      3  0.4944    0.63288 0.000 0.000 0.700 0.092 0.208
#> SRR1447523     3  0.4457    0.42525 0.000 0.012 0.620 0.000 0.368
#> SRR1415048     1  0.0404    0.98985 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.0404    0.98985 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348     2  0.3876    0.51699 0.000 0.684 0.000 0.000 0.316
#> SRR603890      5  0.6523    0.14019 0.000 0.372 0.000 0.196 0.432
#> SRR810595      3  0.0000    0.91075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446244     2  0.4270    0.50266 0.000 0.748 0.000 0.048 0.204
#> SRR817373      2  0.4380    0.46331 0.000 0.708 0.000 0.032 0.260
#> SRR1457291     2  0.3241    0.54279 0.000 0.832 0.000 0.024 0.144
#> SRR598220      5  0.4386    0.35834 0.000 0.140 0.000 0.096 0.764
#> SRR1477991     2  0.3612    0.50868 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR598172      2  0.3882    0.48378 0.000 0.756 0.000 0.020 0.224
#> SRR1349032     2  0.6099    0.18234 0.000 0.512 0.000 0.136 0.352
#> SRR604002      5  0.5273    0.27219 0.000 0.352 0.060 0.000 0.588
#> SRR1378026     3  0.2719    0.82889 0.000 0.004 0.852 0.000 0.144
#> SRR1404401     5  0.4278    0.13117 0.000 0.452 0.000 0.000 0.548
#> SRR1333240     5  0.5341    0.22919 0.000 0.376 0.060 0.000 0.564
#> SRR1089399     2  0.6460    0.06791 0.000 0.412 0.000 0.180 0.408
#> SRR603421      4  0.6284    0.59619 0.000 0.188 0.000 0.524 0.288
#> SRR812562      1  0.0290    0.99031 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520      3  0.0771    0.90761 0.000 0.004 0.976 0.000 0.020
#> SRR811839      1  0.0404    0.98985 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317      2  0.3636    0.50281 0.000 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR1436763     4  0.6402    0.64422 0.000 0.288 0.000 0.504 0.208
#> SRR1486021     4  0.6660    0.54963 0.000 0.244 0.000 0.432 0.324
#> SRR1465018     2  0.4302    0.04195 0.000 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR1080998     5  0.4291    0.45546 0.000 0.048 0.188 0.004 0.760
#> SRR1083432     3  0.0000    0.91075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082833     1  0.0290    0.99075 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.0290    0.99031 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536     3  0.0000    0.91075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614011      4  0.6596    0.61921 0.000 0.256 0.000 0.464 0.280
#> SRR1365873     5  0.4278    0.12152 0.000 0.452 0.000 0.000 0.548
#> SRR1498789     2  0.3151    0.54358 0.000 0.836 0.000 0.020 0.144
#> SRR601581      5  0.5721   -0.15734 0.000 0.424 0.000 0.084 0.492
#> SRR603566      4  0.3427    0.71744 0.000 0.012 0.000 0.796 0.192
#> SRR1373981     1  0.0404    0.98985 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410      2  0.4924    0.33381 0.000 0.668 0.000 0.060 0.272
#> SRR1076511     4  0.2707    0.73141 0.000 0.100 0.000 0.876 0.024
#> SRR614143      5  0.4291    0.46433 0.000 0.092 0.136 0.000 0.772
#> SRR1333570     3  0.2516    0.82393 0.000 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR1366813     2  0.3612    0.50868 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1388746     1  0.0162    0.99096 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558     5  0.4085    0.45638 0.000 0.052 0.068 0.056 0.824
#> SRR1409510     3  0.0000    0.91075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816250      2  0.3242    0.54181 0.000 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR614131      5  0.4486    0.34253 0.000 0.172 0.000 0.080 0.748
#> SRR1331130     1  0.0290    0.99031 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015     3  0.0162    0.91024 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1470798     3  0.0000    0.91075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614179      3  0.6233    0.26090 0.000 0.000 0.520 0.312 0.168
#> SRR1474863     2  0.4294    0.09561 0.000 0.532 0.000 0.000 0.468
#> SRR813560      2  0.3913    0.46552 0.000 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR1312187     2  0.6746   -0.17523 0.000 0.392 0.000 0.264 0.344
#> SRR1420960     3  0.0000    0.91075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355102     3  0.0510    0.90832 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1084577     3  0.0162    0.91040 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR659971      4  0.6445    0.63406 0.000 0.216 0.000 0.496 0.288
#> SRR1350855     2  0.6000    0.26273 0.000 0.532 0.000 0.128 0.340
#> SRR820779      3  0.0880    0.90330 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1476300     3  0.0000    0.91075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090907     2  0.5268    0.34106 0.000 0.668 0.000 0.112 0.220
#> SRR662294      5  0.4654    0.27188 0.000 0.348 0.000 0.024 0.628
#> SRR1480789     3  0.1522    0.89443 0.000 0.012 0.944 0.000 0.044
#> SRR1336263     2  0.5967    0.21378 0.000 0.556 0.000 0.136 0.308
#> SRR660776      1  0.2859    0.88802 0.876 0.012 0.000 0.096 0.016
#> SRR1090508     5  0.4856    0.21632 0.000 0.388 0.028 0.000 0.584
#> SRR615563      4  0.5740    0.70134 0.000 0.152 0.000 0.616 0.232
#> SRR1101175     1  0.0162    0.99096 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650     3  0.0000    0.91075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431205     2  0.4307   -0.01520 0.000 0.500 0.000 0.000 0.500
#> SRR1339856     2  0.4780    0.47839 0.000 0.672 0.000 0.048 0.280
#> SRR1352147     2  0.4446    0.17516 0.000 0.520 0.000 0.004 0.476
#> SRR808968      1  0.0404    0.98985 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419      5  0.6323    0.10562 0.000 0.360 0.000 0.164 0.476
#> SRR1402391     1  0.0404    0.98985 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609      3  0.0000    0.91075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2167857     3  0.6723   -0.18673 0.000 0.260 0.408 0.000 0.332
#> SRR1398752     1  0.0404    0.98985 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.0510    0.98962 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437     2  0.4697    0.44071 0.000 0.648 0.000 0.032 0.320
#> SRR1416955     1  0.0992    0.97438 0.968 0.008 0.000 0.024 0.000
#> SRR1317064     2  0.4359    0.38683 0.000 0.584 0.000 0.004 0.412
#> SRR659001      4  0.6458    0.64720 0.000 0.224 0.000 0.496 0.280
#> SRR2170696     5  0.4786    0.32148 0.000 0.188 0.000 0.092 0.720
#> SRR816589      3  0.0000    0.91075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087487     3  0.0290    0.91000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1329485     3  0.0000    0.91075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816920      5  0.6463    0.03397 0.000 0.276 0.000 0.228 0.496
#> SRR1341432     1  0.0162    0.99096 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590     2  0.6369   -0.15450 0.000 0.520 0.000 0.236 0.244
#> SRR817046      3  0.2471    0.84607 0.000 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR1471331     3  0.0000    0.91075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660788      4  0.6069    0.51302 0.000 0.136 0.000 0.524 0.340
#> SRR819234      1  0.0162    0.99096 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853      3  0.0693    0.90856 0.000 0.012 0.980 0.000 0.008
#> SRR809427      4  0.6787    0.52406 0.000 0.332 0.000 0.380 0.288
#> SRR2170217     2  0.6627   -0.34186 0.000 0.448 0.000 0.308 0.244
#> SRR1386967     3  0.0162    0.91025 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1420344     2  0.3636    0.52127 0.000 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR1334535     1  0.0290    0.99031 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503      4  0.6545    0.61726 0.000 0.240 0.000 0.476 0.284
#> SRR602564      5  0.5775   -0.36509 0.000 0.088 0.000 0.440 0.472
#> SRR1420669     5  0.5656    0.19356 0.000 0.236 0.000 0.140 0.624
#> SRR819024      5  0.5708    0.39939 0.000 0.024 0.192 0.112 0.672
#> SRR656223      3  0.0000    0.91075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR608428      5  0.4902    0.25699 0.000 0.304 0.000 0.048 0.648
#> SRR1345647     1  0.0290    0.99031 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324     5  0.4302    0.07277 0.000 0.480 0.000 0.000 0.520
#> SRR1361368     2  0.3796    0.52729 0.000 0.700 0.000 0.000 0.300
#> SRR1322619     2  0.3661    0.50318 0.000 0.724 0.000 0.000 0.276
#> SRR1349276     2  0.5993    0.09103 0.000 0.580 0.000 0.172 0.248
#> SRR1404024     1  0.0290    0.99031 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637     2  0.6394    0.10340 0.000 0.476 0.000 0.180 0.344
#> SRR1452631     2  0.6044    0.00465 0.000 0.576 0.000 0.188 0.236
#> SRR608392      4  0.3242    0.71367 0.000 0.012 0.000 0.816 0.172
#> SRR1357757     5  0.5807    0.43677 0.000 0.112 0.152 0.048 0.688
#> SRR1074646     5  0.6441    0.00985 0.000 0.256 0.000 0.240 0.504
#> SRR1367499     3  0.0000    0.91075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343501     3  0.0771    0.90664 0.000 0.004 0.976 0.000 0.020
#> SRR1394406     5  0.4016    0.41032 0.000 0.092 0.000 0.112 0.796
#> SRR1381435     3  0.0000    0.91075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467407     1  0.0162    0.99090 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422     5  0.5297    0.25414 0.000 0.360 0.060 0.000 0.580
#> SRR1380270     3  0.2754    0.84214 0.000 0.080 0.880 0.000 0.040
#> SRR1091817     2  0.3821    0.50961 0.000 0.764 0.000 0.020 0.216
#> SRR1440137     2  0.3534    0.53556 0.000 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR614311      4  0.6742    0.54196 0.000 0.316 0.000 0.408 0.276
#> SRR1407516     5  0.4613    0.31965 0.000 0.200 0.000 0.072 0.728
#> SRR815494      3  0.3980    0.77283 0.000 0.000 0.796 0.076 0.128
#> SRR1333209     2  0.4096    0.43985 0.000 0.784 0.000 0.072 0.144
#> SRR615177      4  0.5847    0.70382 0.000 0.188 0.000 0.608 0.204
#> SRR1099648     3  0.0162    0.91025 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR659720      5  0.4681    0.17833 0.000 0.052 0.000 0.252 0.696
#> SRR2185057     1  0.0510    0.98962 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125     1  0.0510    0.98962 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468      4  0.5791    0.66081 0.000 0.140 0.000 0.600 0.260
#> SRR660042      4  0.1732    0.70517 0.000 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR2170864     2  0.4865    0.41052 0.000 0.684 0.000 0.064 0.252
#> SRR1440491     4  0.6725    0.58337 0.000 0.288 0.000 0.420 0.292
#> SRR1440852     3  0.0000    0.91075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811169      1  0.0290    0.99063 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311     2  0.5022    0.39468 0.000 0.620 0.000 0.048 0.332
#> SRR818009      1  0.0510    0.99025 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836     2  0.4249    0.17336 0.000 0.568 0.000 0.000 0.432
#> SRR1498313     5  0.5277    0.27124 0.000 0.368 0.040 0.008 0.584
#> SRR1441975     5  0.4307    0.00436 0.000 0.500 0.000 0.000 0.500
#> SRR819096      1  0.0290    0.99063 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679     5  0.5633    0.26458 0.000 0.144 0.004 0.204 0.648
#> SRR1489116     3  0.1331    0.89711 0.000 0.008 0.952 0.000 0.040
#> SRR1354138     3  0.0290    0.90910 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1490589     3  0.2249    0.86138 0.000 0.008 0.896 0.000 0.096
#> SRR1412987     4  0.6516    0.61141 0.000 0.312 0.000 0.472 0.216
#> SRR602034      3  0.0162    0.91040 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1353437     1  0.0290    0.99031 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871     5  0.4481    0.43589 0.000 0.048 0.232 0.000 0.720
#> SRR661577      4  0.3857    0.73885 0.000 0.108 0.000 0.808 0.084
#> SRR612190      5  0.4974    0.27930 0.000 0.212 0.000 0.092 0.696
#> SRR1399880     1  0.0290    0.99031 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787     5  0.6671   -0.35784 0.000 0.236 0.000 0.352 0.412
#> SRR657869      4  0.5533    0.47502 0.248 0.016 0.000 0.656 0.080
#> SRR1446332     1  0.0162    0.99096 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039      1  0.0290    0.99031 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141     3  0.0000    0.91075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476697     1  0.0404    0.98985 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538     2  0.5785    0.28645 0.000 0.560 0.000 0.108 0.332
#> SRR1331422     1  0.0404    0.98985 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859      5  0.3912    0.46478 0.000 0.052 0.092 0.028 0.828
#> SRR1097594     1  0.0162    0.99096 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419     3  0.0000    0.91075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336706     3  0.1082    0.90186 0.000 0.008 0.964 0.000 0.028
#> SRR1472976     2  0.6646    0.08740 0.000 0.436 0.000 0.240 0.324
#> SRR1321307     1  0.0290    0.99075 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493      1  0.0404    0.98985 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461      3  0.1197    0.89748 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1477149     5  0.4528    0.14208 0.000 0.444 0.008 0.000 0.548
#> SRR1457397     3  0.4535    0.68484 0.000 0.160 0.748 0.000 0.092
#> SRR661913      3  0.4192    0.36469 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1069024     3  0.2438    0.86204 0.000 0.060 0.900 0.000 0.040
#> SRR2165634     1  0.0404    0.98985 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722     3  0.0290    0.90989 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1328642     5  0.4851    0.27697 0.000 0.340 0.000 0.036 0.624
#> SRR1488261     5  0.5392    0.40733 0.000 0.020 0.256 0.060 0.664
#> SRR1318815     4  0.5952    0.69838 0.000 0.252 0.000 0.584 0.164
#> SRR816945      1  0.0404    0.98985 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432     4  0.6458    0.63516 0.000 0.292 0.000 0.492 0.216
#> SRR1359280     5  0.4473    0.19625 0.000 0.412 0.000 0.008 0.580
#> SRR1313910     2  0.3336    0.53746 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1457315     5  0.4390    0.35133 0.000 0.156 0.000 0.084 0.760
#> SRR815398      1  0.0404    0.98985 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958      4  0.3355    0.71627 0.000 0.012 0.000 0.804 0.184
#> SRR600688      4  0.4803    0.73728 0.000 0.096 0.000 0.720 0.184
#> SRR1098952     1  0.0290    0.99075 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916     3  0.0000    0.91075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614167      4  0.2909    0.70346 0.000 0.012 0.000 0.848 0.140
#> SRR1348114     2  0.5826    0.19967 0.000 0.500 0.000 0.096 0.404
#> SRR658033      4  0.5841    0.69513 0.000 0.148 0.000 0.596 0.256
#> SRR1077503     5  0.4937    0.40661 0.000 0.064 0.264 0.000 0.672
#> SRR661854      4  0.1818    0.73790 0.000 0.024 0.000 0.932 0.044
#> SRR811379      4  0.6510    0.61799 0.000 0.224 0.000 0.480 0.296
#> SRR1318857     2  0.3480    0.52649 0.000 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR656445      3  0.0000    0.91075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433044     5  0.4283    0.11987 0.000 0.456 0.000 0.000 0.544
#> SRR1486391     1  0.0404    0.98985 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071      5  0.6599    0.27229 0.000 0.028 0.184 0.216 0.572
#> SRR1364824     1  0.0290    0.99031 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133     1  0.0162    0.99096 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.0000    0.99116 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745      3  0.0290    0.90965 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR601038      4  0.4460    0.69368 0.000 0.020 0.012 0.716 0.252
#> SRR1360080     1  0.0404    0.98985 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868      5  0.4370    0.43102 0.000 0.040 0.236 0.000 0.724
#> SRR1485997     1  0.0162    0.99096 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560     5  0.6557   -0.29079 0.000 0.212 0.000 0.340 0.448
#> SRR1333330     1  0.0290    0.99031 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513      5  0.5160    0.41534 0.000 0.116 0.056 0.080 0.748
#> SRR1328407     5  0.6110    0.34854 0.000 0.216 0.216 0.000 0.568
#> SRR602784      3  0.0404    0.90917 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1348468     2  0.6016    0.02012 0.000 0.580 0.000 0.184 0.236
#> SRR663717      4  0.6268    0.64192 0.000 0.204 0.000 0.536 0.260
#> SRR602217      5  0.4822    0.27221 0.000 0.288 0.000 0.048 0.664
#> SRR603140      5  0.3670    0.39066 0.000 0.068 0.000 0.112 0.820
#> SRR1340804     1  0.0290    0.99031 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574     3  0.0510    0.90900 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1333462     5  0.4597    0.16671 0.000 0.424 0.012 0.000 0.564
#> SRR1094601     1  0.0290    0.99031 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610     5  0.4567    0.45254 0.000 0.100 0.088 0.028 0.784
#> SRR1435833     2  0.4923    0.35516 0.000 0.700 0.000 0.088 0.212
#> SRR1398728     2  0.2891    0.54929 0.000 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR1358343     4  0.5625    0.68918 0.000 0.160 0.000 0.636 0.204
#> SRR1410890     2  0.3370    0.54165 0.000 0.824 0.000 0.028 0.148
#> SRR1350371     1  0.0290    0.99031 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478     2  0.3424    0.53174 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR1099260     3  0.0162    0.91025 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1433576     5  0.3328    0.43048 0.000 0.036 0.020 0.084 0.860
#> SRR1345541     5  0.5489    0.29986 0.000 0.136 0.000 0.216 0.648
#> SRR1086328     1  0.0510    0.98962 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391      3  0.1341    0.89331 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1476207     5  0.5322    0.37406 0.000 0.072 0.320 0.000 0.608
#> SRR627435      5  0.4303    0.45466 0.000 0.056 0.192 0.000 0.752
#> SRR1489862     1  0.0290    0.99031 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086     1  0.0404    0.98985 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.0290    0.99031 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191     3  0.1732    0.88220 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1490115     5  0.5118    0.20373 0.000 0.040 0.412 0.000 0.548
#> SRR1377714     5  0.5423    0.43981 0.000 0.108 0.184 0.016 0.692
#> SRR819394      1  0.0162    0.99090 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161      4  0.2561    0.72877 0.000 0.096 0.000 0.884 0.020
#> SRR607042      3  0.2124    0.85551 0.000 0.000 0.900 0.004 0.096
#> SRR656203      2  0.4291    0.17987 0.000 0.536 0.000 0.000 0.464
#> SRR660602      3  0.0703    0.90591 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1440397     1  0.0290    0.99031 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264     1  0.0290    0.99031 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233      1  0.0404    0.98985 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249      2  0.6154    0.12988 0.000 0.508 0.000 0.144 0.348
#> SRR661242      4  0.6402    0.66014 0.000 0.216 0.000 0.508 0.276
#> SRR1332007     3  0.1522    0.89443 0.000 0.012 0.944 0.000 0.044
#> SRR809619      5  0.4138    0.12303 0.000 0.384 0.000 0.000 0.616
#> SRR819975      1  0.0000    0.99116 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281      5  0.4812    0.23634 0.000 0.372 0.000 0.028 0.600
#> SRR662366      4  0.4142    0.70744 0.000 0.012 0.016 0.752 0.220
#> SRR1317898     3  0.1341    0.89486 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1382485     5  0.4494    0.07196 0.000 0.380 0.000 0.012 0.608
#> SRR2166420     1  0.0290    0.99031 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429     1  0.0510    0.98962 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541     3  0.0000    0.91075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817444      5  0.6358    0.30778 0.000 0.020 0.280 0.132 0.568
#> SRR1320403     2  0.4304    0.00637 0.000 0.516 0.000 0.000 0.484
#> SRR1101483     2  0.6032    0.13302 0.000 0.460 0.000 0.116 0.424
#> SRR1331684     3  0.5904   -0.05295 0.000 0.068 0.468 0.012 0.452
#> SRR1400054     4  0.3336    0.74621 0.000 0.096 0.000 0.844 0.060
#> SRR1406088     2  0.3586    0.53324 0.000 0.736 0.000 0.000 0.264
#> SRR820733      5  0.6224   -0.11018 0.000 0.152 0.000 0.352 0.496
#> SRR1314113     4  0.5653    0.69594 0.000 0.160 0.000 0.632 0.208
#> SRR1382615     3  0.0290    0.90965 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1480745     1  0.0162    0.99096 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850     5  0.4294    0.09117 0.000 0.468 0.000 0.000 0.532
#> SRR656782      5  0.4170    0.45704 0.000 0.048 0.192 0.000 0.760
#> SRR821364      1  0.0290    0.99075 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106     1  0.0404    0.99005 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295      5  0.6227    0.36083 0.000 0.276 0.112 0.024 0.588
#> SRR1357103     3  0.2624    0.85001 0.000 0.012 0.872 0.000 0.116
#> SRR809185      5  0.6691   -0.07391 0.000 0.312 0.000 0.260 0.428
#> SRR811583      4  0.5008    0.74330 0.000 0.152 0.000 0.708 0.140
#> SRR1468050     1  0.0290    0.99031 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224     2  0.3452    0.52929 0.000 0.756 0.000 0.000 0.244

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR1500170     2  0.0790    0.64020 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1402368     3  0.2773    0.82945 0.000 0.004 0.852 0.012 0.128 0.004
#> SRR607743      5  0.6122    0.42643 0.000 0.152 0.032 0.296 0.520 0.000
#> SRR1457375     2  0.0937    0.63953 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1470923     1  0.1124    0.95992 0.956 0.000 0.000 0.000 0.008 0.036
#> SRR817954      1  0.1418    0.95671 0.944 0.000 0.000 0.000 0.032 0.024
#> SRR809259      1  0.0291    0.96286 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1439785     3  0.2362    0.84490 0.000 0.004 0.860 0.000 0.136 0.000
#> SRR814768      1  0.0692    0.96188 0.976 0.000 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR1102031     2  0.4449    0.53562 0.000 0.712 0.000 0.124 0.164 0.000
#> SRR1363611     2  0.5395    0.28839 0.000 0.564 0.000 0.124 0.308 0.004
#> SRR1468447     2  0.4178    0.45350 0.000 0.608 0.000 0.020 0.372 0.000
#> SRR1071931     5  0.6179    0.33916 0.000 0.236 0.000 0.324 0.432 0.008
#> SRR810981      1  0.1500    0.95312 0.936 0.000 0.000 0.000 0.012 0.052
#> SRR615299      4  0.3735    0.35355 0.000 0.000 0.000 0.784 0.092 0.124
#> SRR663585      3  0.0632    0.87395 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1326773     5  0.6375    0.22350 0.000 0.100 0.000 0.400 0.432 0.068
#> SRR1351166     2  0.0909    0.63691 0.000 0.968 0.000 0.020 0.012 0.000
#> SRR1477452     1  0.1196    0.95764 0.952 0.000 0.000 0.000 0.008 0.040
#> SRR1084720     3  0.1204    0.86910 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1420320     4  0.4821    0.02019 0.000 0.472 0.000 0.484 0.036 0.008
#> SRR1081712     2  0.4377    0.36080 0.000 0.540 0.000 0.024 0.436 0.000
#> SRR1318241     5  0.4444    0.53716 0.000 0.080 0.072 0.080 0.768 0.000
#> SRR1333718     3  0.0146    0.87302 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1313514     5  0.4488   -0.15277 0.000 0.420 0.000 0.032 0.548 0.000
#> SRR1477861     3  0.4054    0.71140 0.000 0.024 0.688 0.000 0.284 0.004
#> SRR1318005     5  0.4702   -0.11300 0.000 0.408 0.008 0.032 0.552 0.000
#> SRR1354665     2  0.0777    0.64225 0.000 0.972 0.000 0.004 0.024 0.000
#> SRR657707      5  0.4282    0.54317 0.000 0.084 0.064 0.072 0.780 0.000
#> SRR1370742     3  0.4791    0.57828 0.000 0.052 0.612 0.008 0.328 0.000
#> SRR1412947     2  0.4791    0.44807 0.000 0.652 0.000 0.104 0.244 0.000
#> SRR661553      4  0.4349    0.18444 0.000 0.000 0.000 0.708 0.084 0.208
#> SRR1328869     1  0.1196    0.95764 0.952 0.000 0.000 0.000 0.008 0.040
#> SRR662211      4  0.5379    0.44976 0.000 0.236 0.000 0.636 0.096 0.032
#> SRR1348181     3  0.0000    0.87369 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416560     5  0.7084    0.22035 0.000 0.056 0.040 0.316 0.464 0.124
#> SRR1319772     3  0.3956    0.74145 0.000 0.036 0.712 0.000 0.252 0.000
#> SRR1091452     5  0.6101    0.33914 0.000 0.236 0.000 0.336 0.424 0.004
#> SRR1338812     1  0.0972    0.95750 0.964 0.000 0.000 0.000 0.028 0.008
#> SRR1392072     2  0.1204    0.61042 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> SRR814844      4  0.4569    0.37619 0.000 0.100 0.000 0.756 0.060 0.084
#> SRR1376619     3  0.0260    0.87464 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR603690      4  0.4676    0.38520 0.000 0.020 0.000 0.724 0.120 0.136
#> SRR2184980     2  0.2318    0.61450 0.000 0.892 0.000 0.044 0.064 0.000
#> SRR613963      4  0.4403   -0.39919 0.000 0.000 0.000 0.508 0.024 0.468
#> SRR1323422     1  0.0291    0.96196 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1397673     3  0.1155    0.87265 0.000 0.004 0.956 0.000 0.036 0.004
#> SRR1434650     3  0.3855    0.72941 0.000 0.016 0.704 0.000 0.276 0.004
#> SRR659875      3  0.6895    0.35362 0.000 0.012 0.528 0.180 0.184 0.096
#> SRR1465734     5  0.4916    0.56324 0.000 0.108 0.028 0.160 0.704 0.000
#> SRR1076847     5  0.6007    0.18924 0.000 0.344 0.000 0.208 0.444 0.004
#> SRR1415072     1  0.0713    0.95914 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR659319      3  0.0146    0.87302 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR663088      6  0.5678    0.41911 0.000 0.032 0.000 0.420 0.072 0.476
#> SRR1352021     1  0.0603    0.96165 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR1325527     1  0.0858    0.96144 0.968 0.000 0.000 0.000 0.004 0.028
#> SRR1105369     1  0.0972    0.95988 0.964 0.000 0.000 0.000 0.028 0.008
#> SRR659935      4  0.5993    0.15572 0.000 0.280 0.000 0.496 0.216 0.008
#> SRR1352530     3  0.0000    0.87369 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662594      6  0.4333    0.59959 0.000 0.000 0.000 0.376 0.028 0.596
#> SRR1095309     1  0.0603    0.96329 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR615647      6  0.4443    0.70665 0.000 0.000 0.000 0.300 0.052 0.648
#> SRR813019      5  0.5340    0.30727 0.000 0.128 0.284 0.004 0.584 0.000
#> SRR1374647     5  0.4783   -0.12248 0.000 0.428 0.000 0.052 0.520 0.000
#> SRR603472      3  0.5267    0.45179 0.000 0.092 0.536 0.000 0.368 0.004
#> SRR661529      6  0.4319    0.58427 0.000 0.000 0.000 0.400 0.024 0.576
#> SRR607018      3  0.5171    0.64249 0.000 0.012 0.684 0.132 0.160 0.012
#> SRR627423      4  0.4214    0.19475 0.000 0.024 0.000 0.744 0.040 0.192
#> SRR654921      4  0.4582    0.34999 0.000 0.068 0.000 0.748 0.052 0.132
#> SRR1418968     1  0.0692    0.96188 0.976 0.000 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR660871      6  0.4476    0.70933 0.000 0.000 0.000 0.308 0.052 0.640
#> SRR1330522     3  0.0000    0.87369 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499958     2  0.0713    0.64028 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR614059      6  0.3668    0.66360 0.000 0.000 0.000 0.228 0.028 0.744
#> SRR1071403     1  0.0935    0.95869 0.964 0.000 0.000 0.000 0.032 0.004
#> SRR1486719     2  0.1387    0.62918 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1440421     2  0.4292    0.42513 0.000 0.588 0.000 0.024 0.388 0.000
#> SRR1310412     5  0.5337    0.57035 0.000 0.148 0.056 0.116 0.680 0.000
#> SRR614767      4  0.4261    0.42630 0.000 0.052 0.000 0.780 0.080 0.088
#> SRR820709      1  0.2815    0.90627 0.848 0.000 0.000 0.000 0.032 0.120
#> SRR1471500     1  0.0713    0.95914 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR658093      6  0.5035    0.67843 0.000 0.000 0.000 0.360 0.084 0.556
#> SRR1088168     3  0.0508    0.87457 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1418707     2  0.1267    0.63325 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1354291     2  0.4482    0.38520 0.000 0.552 0.000 0.032 0.416 0.000
#> SRR2165806     1  0.1367    0.95522 0.944 0.000 0.000 0.000 0.012 0.044
#> SRR1415684     4  0.5192    0.52046 0.000 0.092 0.000 0.688 0.168 0.052
#> SRR1433860     3  0.0000    0.87369 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311062     2  0.1500    0.61446 0.000 0.936 0.000 0.052 0.012 0.000
#> SRR1360359     1  0.0790    0.95905 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR661385      3  0.1610    0.86037 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR615407      4  0.4356   -0.27403 0.000 0.000 0.000 0.608 0.032 0.360
#> SRR1413892     3  0.0260    0.87388 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1443459     2  0.4368    0.50102 0.000 0.656 0.000 0.296 0.048 0.000
#> SRR1338942     1  0.0603    0.96339 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR657480      3  0.4453    0.57992 0.000 0.036 0.592 0.000 0.372 0.000
#> SRR1399433     4  0.5557    0.51519 0.000 0.108 0.000 0.656 0.172 0.064
#> SRR818537      3  0.3281    0.79853 0.000 0.012 0.784 0.000 0.200 0.004
#> SRR1101324     6  0.6822    0.26737 0.000 0.116 0.000 0.332 0.112 0.440
#> SRR807637      6  0.3930    0.53841 0.000 0.000 0.000 0.420 0.004 0.576
#> SRR1091918     1  0.0603    0.96258 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR598300      6  0.5341    0.65224 0.000 0.016 0.000 0.400 0.068 0.516
#> SRR1085426     1  0.1297    0.95804 0.948 0.000 0.000 0.000 0.012 0.040
#> SRR1376294     2  0.0993    0.63604 0.000 0.964 0.000 0.024 0.012 0.000
#> SRR813891      1  0.0520    0.96335 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR1467431     2  0.4463    0.41460 0.000 0.588 0.000 0.036 0.376 0.000
#> SRR658742      6  0.4057    0.55579 0.000 0.000 0.000 0.388 0.012 0.600
#> SRR1419234     1  0.1564    0.95470 0.936 0.000 0.000 0.000 0.040 0.024
#> SRR1404813     2  0.3974    0.51893 0.000 0.680 0.000 0.296 0.024 0.000
#> SRR603496      6  0.4619    0.70349 0.000 0.000 0.000 0.348 0.052 0.600
#> SRR1407758     3  0.0000    0.87369 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810945      5  0.5913    0.39184 0.000 0.256 0.000 0.276 0.468 0.000
#> SRR817234      2  0.4509    0.34888 0.000 0.532 0.000 0.032 0.436 0.000
#> SRR1444852     3  0.0000    0.87369 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660378      6  0.4476    0.70933 0.000 0.000 0.000 0.308 0.052 0.640
#> SRR1467835     2  0.1141    0.61377 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR1338964     5  0.4618    0.50689 0.000 0.080 0.120 0.052 0.748 0.000
#> SRR1079259     5  0.5958    0.43861 0.000 0.240 0.000 0.268 0.488 0.004
#> SRR1072345     5  0.5621    0.55916 0.000 0.160 0.056 0.136 0.648 0.000
#> SRR598725      3  0.6060    0.36311 0.000 0.072 0.528 0.052 0.340 0.008
#> SRR1447938     1  0.0909    0.96306 0.968 0.000 0.000 0.000 0.012 0.020
#> SRR1356397     1  0.0972    0.96141 0.964 0.000 0.000 0.000 0.008 0.028
#> SRR1360460     4  0.4456    0.35020 0.000 0.360 0.000 0.608 0.024 0.008
#> SRR1429468     2  0.3039    0.59086 0.000 0.848 0.000 0.060 0.088 0.004
#> SRR1446850     2  0.4396    0.32630 0.000 0.520 0.000 0.024 0.456 0.000
#> SRR1320363     3  0.3290    0.79517 0.000 0.016 0.776 0.000 0.208 0.000
#> SRR1413810     3  0.0000    0.87369 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598831      4  0.4663    0.09561 0.000 0.000 0.000 0.660 0.088 0.252
#> SRR1381865     1  0.0405    0.96241 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR660957      3  0.7226    0.18139 0.000 0.008 0.456 0.236 0.192 0.108
#> SRR1491332     3  0.0405    0.87412 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1099744     2  0.1141    0.61377 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR1464618     2  0.4384    0.13069 0.000 0.520 0.000 0.460 0.016 0.004
#> SRR1414559     6  0.5319    0.42753 0.000 0.020 0.000 0.456 0.056 0.468
#> SRR1337540     6  0.5680    0.41350 0.000 0.032 0.000 0.424 0.072 0.472
#> SRR1444283     1  0.0777    0.96276 0.972 0.000 0.000 0.000 0.004 0.024
#> SRR2184942     5  0.5025    0.56054 0.000 0.152 0.056 0.084 0.708 0.000
#> SRR660295      1  0.4212    0.72345 0.688 0.000 0.000 0.000 0.048 0.264
#> SRR601335      3  0.4108    0.77407 0.000 0.016 0.788 0.084 0.104 0.008
#> SRR1363742     3  0.0146    0.87302 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1345847     2  0.5312    0.25507 0.000 0.524 0.000 0.112 0.364 0.000
#> SRR614960      6  0.4476    0.70933 0.000 0.000 0.000 0.308 0.052 0.640
#> SRR819919      1  0.0972    0.96333 0.964 0.000 0.000 0.000 0.008 0.028
#> SRR603330      5  0.5270    0.17082 0.000 0.248 0.100 0.020 0.632 0.000
#> SRR1327951     1  0.0891    0.96422 0.968 0.000 0.000 0.000 0.008 0.024
#> SRR1401885     1  0.0790    0.95905 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1345266     2  0.1333    0.64090 0.000 0.944 0.000 0.008 0.048 0.000
#> SRR1338055     2  0.4333    0.43259 0.000 0.596 0.000 0.028 0.376 0.000
#> SRR1430157     2  0.1075    0.63695 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1320137     4  0.6072    0.26591 0.000 0.320 0.000 0.476 0.192 0.012
#> SRR1093483     1  0.0858    0.96154 0.968 0.000 0.000 0.000 0.004 0.028
#> SRR1341080     1  0.2679    0.89036 0.864 0.000 0.000 0.000 0.040 0.096
#> SRR1459913     3  0.4237    0.55184 0.000 0.020 0.584 0.000 0.396 0.000
#> SRR2170490     1  0.0972    0.96141 0.964 0.000 0.000 0.000 0.008 0.028
#> SRR1479845     5  0.5407    0.52268 0.000 0.096 0.124 0.084 0.692 0.004
#> SRR1436420     1  0.0891    0.96169 0.968 0.000 0.000 0.000 0.008 0.024
#> SRR1481060     3  0.1152    0.87180 0.000 0.000 0.952 0.000 0.044 0.004
#> SRR662282      6  0.4476    0.70933 0.000 0.000 0.000 0.308 0.052 0.640
#> SRR1487089     4  0.4862    0.49942 0.000 0.228 0.000 0.672 0.088 0.012
#> SRR1075683     1  0.0790    0.95905 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1338536     1  0.0713    0.95914 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1338880     2  0.5036    0.29824 0.000 0.568 0.000 0.088 0.344 0.000
#> SRR1453456     3  0.0000    0.87369 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457895     1  0.0717    0.96147 0.976 0.000 0.000 0.000 0.008 0.016
#> SRR1440603     3  0.4667    0.63813 0.000 0.056 0.632 0.000 0.308 0.004
#> SRR658633      2  0.5202    0.29233 0.000 0.516 0.000 0.080 0.400 0.004
#> SRR1388081     2  0.4897    0.39128 0.000 0.588 0.000 0.344 0.064 0.004
#> SRR813339      3  0.1501    0.86495 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR809725      1  0.0632    0.96032 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR627441      5  0.6958    0.18827 0.000 0.092 0.008 0.344 0.432 0.124
#> SRR613603      6  0.4436    0.70768 0.000 0.000 0.000 0.312 0.048 0.640
#> SRR1096571     3  0.4521    0.72455 0.000 0.040 0.688 0.004 0.256 0.012
#> SRR1392701     1  0.1723    0.95317 0.928 0.000 0.000 0.000 0.036 0.036
#> SRR1344326     1  0.0717    0.96217 0.976 0.000 0.000 0.000 0.008 0.016
#> SRR1367693     2  0.5119    0.43031 0.000 0.624 0.000 0.220 0.156 0.000
#> SRR660697      4  0.6014    0.06725 0.000 0.236 0.000 0.468 0.292 0.004
#> SRR1489926     5  0.4428    0.53154 0.000 0.084 0.088 0.060 0.768 0.000
#> SRR811491      3  0.3790    0.76847 0.000 0.020 0.772 0.024 0.184 0.000
#> SRR1311644     6  0.6634    0.30564 0.000 0.100 0.000 0.356 0.100 0.444
#> SRR1451740     3  0.0937    0.87255 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR615117      6  0.5248    0.63156 0.000 0.000 0.000 0.388 0.100 0.512
#> SRR1391748     4  0.4120    0.46956 0.000 0.188 0.000 0.748 0.052 0.012
#> SRR1466556     3  0.0260    0.87458 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR614972      6  0.4684    0.69462 0.000 0.000 0.000 0.352 0.056 0.592
#> SRR1406200     1  0.0790    0.95905 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR819210      4  0.5586    0.51210 0.000 0.108 0.000 0.652 0.176 0.064
#> SRR662174      1  0.4212    0.72345 0.688 0.000 0.000 0.000 0.048 0.264
#> SRR811988      1  0.0603    0.96165 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR663236      4  0.5348    0.00648 0.000 0.012 0.000 0.592 0.104 0.292
#> SRR1312598     2  0.0692    0.64042 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020 0.000
#> SRR1330129     2  0.4535    0.27984 0.000 0.484 0.000 0.032 0.484 0.000
#> SRR1357781     5  0.4688   -0.09927 0.000 0.400 0.008 0.032 0.560 0.000
#> SRR1315517     2  0.4361    0.50552 0.000 0.648 0.000 0.044 0.308 0.000
#> SRR1400032     3  0.0458    0.87471 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1413722     1  0.0935    0.96066 0.964 0.000 0.000 0.000 0.004 0.032
#> SRR612827      6  0.5350    0.65734 0.000 0.008 0.000 0.360 0.092 0.540
#> SRR814794      1  0.1865    0.94963 0.920 0.000 0.000 0.000 0.040 0.040
#> SRR819430      1  0.0363    0.96166 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1395509     4  0.4788    0.49689 0.000 0.248 0.000 0.668 0.072 0.012
#> SRR808728      3  0.4062    0.68574 0.000 0.024 0.660 0.000 0.316 0.000
#> SRR1070813     2  0.1141    0.63884 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1389133     5  0.5923    0.55273 0.000 0.156 0.056 0.136 0.640 0.012
#> SRR601263      5  0.5173    0.55453 0.000 0.092 0.060 0.152 0.696 0.000
#> SRR604718      4  0.4571    0.37149 0.000 0.016 0.000 0.728 0.104 0.152
#> SRR1481351     3  0.4419    0.58054 0.000 0.032 0.584 0.000 0.384 0.000
#> SRR1334608     3  0.0000    0.87369 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658681      3  0.2100    0.85182 0.000 0.000 0.884 0.000 0.112 0.004
#> SRR809283      4  0.4588    0.33526 0.000 0.020 0.000 0.728 0.092 0.160
#> SRR1459300     1  0.1074    0.96109 0.960 0.000 0.000 0.000 0.012 0.028
#> SRR1392547     3  0.2362    0.84147 0.000 0.000 0.860 0.000 0.136 0.004
#> SRR811049      5  0.5217    0.57303 0.000 0.128 0.052 0.128 0.692 0.000
#> SRR1464835     4  0.4446    0.42496 0.000 0.148 0.000 0.752 0.052 0.048
#> SRR1339619     2  0.3853    0.50929 0.000 0.680 0.000 0.304 0.016 0.000
#> SRR658501      3  0.6885    0.27923 0.000 0.016 0.500 0.224 0.204 0.056
#> SRR1447523     3  0.5898    0.40448 0.000 0.052 0.548 0.060 0.332 0.008
#> SRR1415048     1  0.1196    0.95764 0.952 0.000 0.000 0.000 0.008 0.040
#> SRR1355451     1  0.0891    0.96169 0.968 0.000 0.000 0.000 0.008 0.024
#> SRR1444348     2  0.2579    0.63555 0.000 0.872 0.000 0.040 0.088 0.000
#> SRR603890      5  0.6526    0.15767 0.000 0.284 0.000 0.328 0.368 0.020
#> SRR810595      3  0.0260    0.87464 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1446244     2  0.4367    0.37262 0.000 0.604 0.000 0.364 0.032 0.000
#> SRR817373      2  0.5530    0.20052 0.000 0.480 0.000 0.400 0.116 0.004
#> SRR1457291     2  0.3420    0.55767 0.000 0.748 0.000 0.240 0.012 0.000
#> SRR598220      5  0.6052    0.34654 0.000 0.164 0.000 0.348 0.472 0.016
#> SRR1477991     2  0.0865    0.64251 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR598172      2  0.3896    0.59345 0.000 0.748 0.000 0.056 0.196 0.000
#> SRR1349032     4  0.5613    0.40682 0.000 0.272 0.000 0.588 0.116 0.024
#> SRR604002      5  0.4717    0.09758 0.000 0.320 0.020 0.032 0.628 0.000
#> SRR1378026     3  0.3593    0.77411 0.000 0.024 0.748 0.000 0.228 0.000
#> SRR1404401     2  0.4532    0.30614 0.000 0.500 0.000 0.032 0.468 0.000
#> SRR1333240     5  0.4651   -0.02146 0.000 0.372 0.012 0.028 0.588 0.000
#> SRR1089399     4  0.6469    0.15526 0.000 0.356 0.000 0.420 0.192 0.032
#> SRR603421      4  0.6056    0.19483 0.000 0.032 0.000 0.556 0.228 0.184
#> SRR812562      1  0.0790    0.95905 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR808520      3  0.1858    0.86047 0.000 0.004 0.904 0.000 0.092 0.000
#> SRR811839      1  0.1265    0.95655 0.948 0.000 0.000 0.000 0.008 0.044
#> SRR814317      2  0.0865    0.63970 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1436763     4  0.4310    0.33068 0.000 0.060 0.000 0.772 0.052 0.116
#> SRR1486021     4  0.4720    0.48940 0.000 0.076 0.000 0.744 0.108 0.072
#> SRR1465018     2  0.4322    0.44073 0.000 0.600 0.000 0.028 0.372 0.000
#> SRR1080998     5  0.4917    0.56352 0.000 0.124 0.060 0.092 0.724 0.000
#> SRR1083432     3  0.0632    0.87395 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1082833     1  0.0603    0.96119 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1465804     1  0.0713    0.95914 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1326536     3  0.0000    0.87369 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614011      4  0.4255    0.41984 0.000 0.024 0.000 0.768 0.112 0.096
#> SRR1365873     2  0.4385    0.34328 0.000 0.532 0.000 0.024 0.444 0.000
#> SRR1498789     2  0.1285    0.61623 0.000 0.944 0.000 0.052 0.004 0.000
#> SRR601581      4  0.5798    0.22628 0.000 0.240 0.000 0.528 0.228 0.004
#> SRR603566      6  0.4993    0.68084 0.000 0.000 0.000 0.360 0.080 0.560
#> SRR1373981     1  0.1434    0.95378 0.940 0.000 0.000 0.000 0.012 0.048
#> SRR821410      2  0.5382    0.33320 0.000 0.536 0.000 0.352 0.108 0.004
#> SRR1076511     6  0.3907    0.53367 0.000 0.000 0.000 0.408 0.004 0.588
#> SRR614143      5  0.5033    0.56973 0.000 0.104 0.056 0.128 0.712 0.000
#> SRR1333570     3  0.3454    0.74523 0.000 0.012 0.760 0.000 0.224 0.004
#> SRR1366813     2  0.0713    0.64028 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1388746     1  0.0692    0.96304 0.976 0.000 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR1420558     5  0.5670    0.55303 0.000 0.124 0.048 0.152 0.664 0.012
#> SRR1409510     3  0.0146    0.87436 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR816250      2  0.0622    0.63742 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008 0.000
#> SRR614131      5  0.6085    0.29900 0.000 0.164 0.000 0.372 0.448 0.016
#> SRR1331130     1  0.0790    0.95905 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1316015     3  0.0363    0.87310 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1470798     3  0.0000    0.87369 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614179      3  0.7509    0.11271 0.000 0.016 0.448 0.208 0.160 0.168
#> SRR1474863     2  0.4684    0.40244 0.000 0.576 0.000 0.052 0.372 0.000
#> SRR813560      2  0.2660    0.61194 0.000 0.868 0.000 0.048 0.084 0.000
#> SRR1312187     4  0.5253    0.52944 0.000 0.136 0.000 0.688 0.124 0.052
#> SRR1420960     3  0.0000    0.87369 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355102     3  0.1219    0.86912 0.000 0.004 0.948 0.000 0.048 0.000
#> SRR1084577     3  0.0632    0.87451 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR659971      4  0.4278    0.37627 0.000 0.008 0.000 0.748 0.104 0.140
#> SRR1350855     4  0.4909    0.49376 0.000 0.236 0.000 0.664 0.088 0.012
#> SRR820779      3  0.2579    0.83973 0.000 0.004 0.876 0.032 0.088 0.000
#> SRR1476300     3  0.0000    0.87369 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090907     4  0.5113    0.38626 0.000 0.308 0.000 0.604 0.076 0.012
#> SRR662294      5  0.5499    0.10539 0.000 0.348 0.000 0.140 0.512 0.000
#> SRR1480789     3  0.3309    0.80218 0.000 0.016 0.788 0.000 0.192 0.004
#> SRR1336263     4  0.4562    0.49716 0.000 0.236 0.000 0.692 0.060 0.012
#> SRR660776      1  0.4107    0.73077 0.700 0.000 0.000 0.000 0.044 0.256
#> SRR1090508     5  0.4595    0.05006 0.000 0.352 0.012 0.028 0.608 0.000
#> SRR615563      4  0.4380    0.20867 0.000 0.000 0.000 0.700 0.080 0.220
#> SRR1101175     1  0.0692    0.96190 0.976 0.000 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR2164650     3  0.0405    0.87238 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1431205     2  0.4273    0.42742 0.000 0.596 0.000 0.024 0.380 0.000
#> SRR1339856     2  0.5137    0.30148 0.000 0.552 0.000 0.352 0.096 0.000
#> SRR1352147     2  0.4980    0.38403 0.000 0.608 0.000 0.100 0.292 0.000
#> SRR808968      1  0.1528    0.95441 0.936 0.000 0.000 0.000 0.016 0.048
#> SRR627419      4  0.6469   -0.19814 0.000 0.328 0.000 0.364 0.292 0.016
#> SRR1402391     1  0.1845    0.95265 0.920 0.000 0.000 0.000 0.028 0.052
#> SRR663609      3  0.0146    0.87302 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2167857     5  0.6078    0.14159 0.000 0.216 0.244 0.012 0.524 0.004
#> SRR1398752     1  0.1434    0.95378 0.940 0.000 0.000 0.000 0.012 0.048
#> SRR1469169     1  0.3276    0.87220 0.816 0.000 0.000 0.000 0.052 0.132
#> SRR1405437     2  0.2912    0.58747 0.000 0.852 0.000 0.076 0.072 0.000
#> SRR1416955     1  0.3083    0.85714 0.828 0.000 0.000 0.000 0.040 0.132
#> SRR1317064     2  0.5302    0.32918 0.000 0.584 0.000 0.120 0.292 0.004
#> SRR659001      4  0.3611    0.39449 0.000 0.000 0.000 0.796 0.108 0.096
#> SRR2170696     5  0.6119    0.29941 0.000 0.188 0.000 0.360 0.440 0.012
#> SRR816589      3  0.0000    0.87369 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1087487     3  0.0713    0.87431 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1329485     3  0.0000    0.87369 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816920      4  0.5882    0.13371 0.000 0.156 0.000 0.504 0.328 0.012
#> SRR1341432     1  0.0603    0.96329 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1361590     4  0.4529    0.41178 0.000 0.144 0.000 0.748 0.052 0.056
#> SRR817046      3  0.3509    0.77249 0.000 0.016 0.744 0.000 0.240 0.000
#> SRR1471331     3  0.0000    0.87369 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660788      4  0.6597    0.36443 0.000 0.112 0.000 0.516 0.260 0.112
#> SRR819234      1  0.0692    0.96190 0.976 0.000 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR810853      3  0.1542    0.87156 0.000 0.008 0.936 0.000 0.052 0.004
#> SRR809427      4  0.3243    0.42428 0.000 0.016 0.000 0.844 0.064 0.076
#> SRR2170217     4  0.3543    0.45340 0.000 0.124 0.000 0.812 0.052 0.012
#> SRR1386967     3  0.1075    0.87234 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1420344     2  0.3837    0.58891 0.000 0.752 0.000 0.196 0.052 0.000
#> SRR1334535     1  0.0777    0.96074 0.972 0.000 0.000 0.000 0.024 0.004
#> SRR614503      4  0.4480    0.45463 0.000 0.048 0.000 0.760 0.084 0.108
#> SRR602564      4  0.6735    0.26635 0.000 0.112 0.000 0.480 0.292 0.116
#> SRR1420669     4  0.6381   -0.12336 0.000 0.196 0.000 0.392 0.388 0.024
#> SRR819024      5  0.7693    0.36301 0.000 0.088 0.116 0.196 0.488 0.112
#> SRR656223      3  0.0547    0.87459 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR608428      5  0.6184    0.23973 0.000 0.344 0.000 0.264 0.388 0.004
#> SRR1345647     1  0.0458    0.96133 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1389324     2  0.4569    0.37339 0.000 0.564 0.000 0.040 0.396 0.000
#> SRR1361368     2  0.5111    0.45721 0.000 0.624 0.000 0.224 0.152 0.000
#> SRR1322619     2  0.1007    0.63698 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1349276     4  0.4060    0.46579 0.000 0.188 0.000 0.752 0.048 0.012
#> SRR1404024     1  0.0790    0.95905 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1370637     4  0.6278    0.15220 0.000 0.392 0.000 0.420 0.160 0.028
#> SRR1452631     4  0.4426    0.41035 0.000 0.168 0.000 0.744 0.036 0.052
#> SRR608392      6  0.4961    0.69090 0.000 0.000 0.000 0.348 0.080 0.572
#> SRR1357757     5  0.5871    0.52751 0.000 0.152 0.056 0.176 0.616 0.000
#> SRR1074646     4  0.5617    0.38933 0.000 0.148 0.000 0.600 0.232 0.020
#> SRR1367499     3  0.0000    0.87369 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343501     3  0.1814    0.85815 0.000 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000
#> SRR1394406     5  0.5860    0.52395 0.000 0.164 0.020 0.172 0.624 0.020
#> SRR1381435     3  0.0692    0.87298 0.000 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR1467407     1  0.0291    0.96196 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1092422     5  0.4542    0.08424 0.000 0.332 0.016 0.024 0.628 0.000
#> SRR1380270     3  0.3755    0.75809 0.000 0.020 0.732 0.000 0.244 0.004
#> SRR1091817     2  0.2908    0.58089 0.000 0.848 0.000 0.104 0.048 0.000
#> SRR1440137     2  0.3997    0.57322 0.000 0.760 0.000 0.108 0.132 0.000
#> SRR614311      4  0.4542    0.42965 0.000 0.036 0.000 0.748 0.128 0.088
#> SRR1407516     5  0.6146    0.35979 0.000 0.180 0.004 0.324 0.480 0.012
#> SRR815494      3  0.4638    0.74042 0.000 0.008 0.744 0.072 0.148 0.028
#> SRR1333209     4  0.4314   -0.02688 0.000 0.484 0.000 0.500 0.012 0.004
#> SRR615177      4  0.5787    0.37217 0.000 0.064 0.000 0.632 0.168 0.136
#> SRR1099648     3  0.0692    0.87131 0.000 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR659720      5  0.6274    0.12761 0.000 0.068 0.000 0.404 0.440 0.088
#> SRR2185057     1  0.3276    0.87220 0.816 0.000 0.000 0.000 0.052 0.132
#> SRR1467125     1  0.3276    0.87220 0.816 0.000 0.000 0.000 0.052 0.132
#> SRR657468      6  0.6726    0.27948 0.000 0.104 0.000 0.352 0.108 0.436
#> SRR660042      6  0.3668    0.66360 0.000 0.000 0.000 0.228 0.028 0.744
#> SRR2170864     2  0.4402    0.47778 0.000 0.700 0.000 0.216 0.084 0.000
#> SRR1440491     4  0.3942    0.42744 0.000 0.020 0.000 0.792 0.104 0.084
#> SRR1440852     3  0.0146    0.87440 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR811169      1  0.1010    0.95969 0.960 0.000 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR1331311     2  0.5551    0.08872 0.000 0.456 0.000 0.432 0.104 0.008
#> SRR818009      1  0.1930    0.95240 0.916 0.000 0.000 0.000 0.036 0.048
#> SRR1351836     2  0.4118    0.46924 0.000 0.628 0.000 0.020 0.352 0.000
#> SRR1498313     5  0.4903   -0.03133 0.000 0.424 0.008 0.044 0.524 0.000
#> SRR1441975     2  0.4388    0.41044 0.000 0.572 0.000 0.028 0.400 0.000
#> SRR819096      1  0.0891    0.96151 0.968 0.000 0.000 0.000 0.008 0.024
#> SRR1073679     5  0.6301    0.15038 0.000 0.096 0.000 0.404 0.436 0.064
#> SRR1489116     3  0.2544    0.83605 0.000 0.004 0.852 0.000 0.140 0.004
#> SRR1354138     3  0.0000    0.87369 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490589     3  0.3844    0.78464 0.000 0.008 0.788 0.044 0.152 0.008
#> SRR1412987     4  0.4468    0.35239 0.000 0.076 0.000 0.764 0.060 0.100
#> SRR602034      3  0.0260    0.87410 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1353437     1  0.0260    0.96204 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1072871     5  0.4580    0.54988 0.000 0.100 0.072 0.072 0.756 0.000
#> SRR661577      4  0.5033   -0.36240 0.000 0.000 0.000 0.476 0.072 0.452
#> SRR612190      5  0.6054    0.24669 0.000 0.188 0.000 0.384 0.420 0.008
#> SRR1399880     1  0.0713    0.95914 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1101787     4  0.5348    0.51330 0.000 0.100 0.000 0.680 0.156 0.064
#> SRR657869      6  0.3522    0.39956 0.128 0.000 0.000 0.012 0.048 0.812
#> SRR1446332     1  0.0547    0.96229 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR816039      1  0.0713    0.95914 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1485141     3  0.0632    0.87395 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1476697     1  0.1367    0.95704 0.944 0.000 0.000 0.000 0.012 0.044
#> SRR1379538     4  0.4968    0.47755 0.000 0.264 0.000 0.644 0.080 0.012
#> SRR1331422     1  0.1930    0.95245 0.916 0.000 0.000 0.000 0.036 0.048
#> SRR660859      5  0.5537    0.55643 0.000 0.144 0.052 0.148 0.656 0.000
#> SRR1097594     1  0.0692    0.96190 0.976 0.000 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR1311419     3  0.0146    0.87399 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1336706     3  0.2669    0.82882 0.000 0.008 0.836 0.000 0.156 0.000
#> SRR1472976     4  0.5953    0.31223 0.000 0.216 0.000 0.508 0.268 0.008
#> SRR1321307     1  0.3254    0.87906 0.816 0.000 0.000 0.000 0.048 0.136
#> SRR807493      1  0.1297    0.95804 0.948 0.000 0.000 0.000 0.012 0.040
#> SRR812461      3  0.3465    0.79335 0.000 0.004 0.820 0.060 0.112 0.004
#> SRR1477149     5  0.4659   -0.24141 0.000 0.460 0.004 0.032 0.504 0.000
#> SRR1457397     3  0.5260    0.48746 0.000 0.096 0.552 0.000 0.348 0.004
#> SRR661913      3  0.5674    0.36824 0.000 0.028 0.556 0.080 0.332 0.004
#> SRR1069024     3  0.3596    0.77096 0.000 0.016 0.748 0.000 0.232 0.004
#> SRR2165634     1  0.1297    0.95662 0.948 0.000 0.000 0.000 0.012 0.040
#> SRR1478722     3  0.0790    0.87408 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1328642     5  0.5650    0.11576 0.000 0.344 0.000 0.144 0.508 0.004
#> SRR1488261     5  0.7043    0.34836 0.000 0.084 0.284 0.168 0.456 0.008
#> SRR1318815     4  0.4067    0.24792 0.000 0.032 0.000 0.764 0.032 0.172
#> SRR816945      1  0.2679    0.92092 0.864 0.000 0.000 0.000 0.040 0.096
#> SRR1367432     4  0.4133    0.33695 0.000 0.060 0.000 0.788 0.052 0.100
#> SRR1359280     5  0.4902   -0.21024 0.000 0.460 0.000 0.060 0.480 0.000
#> SRR1313910     2  0.0725    0.63953 0.000 0.976 0.000 0.012 0.012 0.000
#> SRR1457315     5  0.6141    0.34476 0.000 0.184 0.000 0.336 0.464 0.016
#> SRR815398      1  0.1500    0.95312 0.936 0.000 0.000 0.000 0.012 0.052
#> SRR656958      6  0.4882    0.69117 0.000 0.000 0.000 0.352 0.072 0.576
#> SRR600688      4  0.4933   -0.00852 0.000 0.000 0.000 0.624 0.104 0.272
#> SRR1098952     1  0.0547    0.96225 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1314916     3  0.0260    0.87474 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR614167      6  0.4476    0.70933 0.000 0.000 0.000 0.308 0.052 0.640
#> SRR1348114     4  0.5363    0.38008 0.000 0.232 0.000 0.612 0.148 0.008
#> SRR658033      4  0.4402    0.27000 0.000 0.000 0.000 0.712 0.104 0.184
#> SRR1077503     5  0.4861    0.52072 0.000 0.112 0.084 0.072 0.732 0.000
#> SRR661854      6  0.4493    0.67711 0.000 0.000 0.000 0.344 0.044 0.612
#> SRR811379      4  0.4811    0.46101 0.000 0.044 0.000 0.728 0.128 0.100
#> SRR1318857     2  0.0692    0.64264 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020 0.000
#> SRR656445      3  0.0363    0.87448 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1433044     2  0.4534    0.29330 0.000 0.492 0.000 0.032 0.476 0.000
#> SRR1486391     1  0.1124    0.95992 0.956 0.000 0.000 0.000 0.008 0.036
#> SRR656071      5  0.7408    0.24041 0.000 0.052 0.076 0.284 0.460 0.128
#> SRR1364824     1  0.0603    0.96165 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR1379133     1  0.0603    0.96258 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1394169     1  0.0146    0.96322 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR816745      3  0.0777    0.87086 0.000 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR601038      6  0.5865    0.61363 0.000 0.004 0.012 0.368 0.124 0.492
#> SRR1360080     1  0.1225    0.95904 0.952 0.000 0.000 0.000 0.012 0.036
#> SRR814868      5  0.5289    0.46354 0.000 0.088 0.172 0.060 0.680 0.000
#> SRR1485997     1  0.0603    0.96119 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1435560     4  0.5548    0.50964 0.000 0.112 0.000 0.652 0.180 0.056
#> SRR1333330     1  0.0790    0.95905 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR663513      5  0.6247    0.50985 0.000 0.148 0.052 0.196 0.592 0.012
#> SRR1328407     5  0.4512    0.21763 0.000 0.276 0.028 0.016 0.676 0.004
#> SRR602784      3  0.1219    0.86822 0.000 0.000 0.948 0.000 0.048 0.004
#> SRR1348468     4  0.3921    0.43634 0.000 0.164 0.000 0.776 0.036 0.024
#> SRR663717      4  0.4410    0.34767 0.000 0.000 0.000 0.716 0.120 0.164
#> SRR602217      5  0.6125    0.30315 0.000 0.312 0.000 0.256 0.428 0.004
#> SRR603140      5  0.5898    0.37373 0.000 0.160 0.000 0.324 0.504 0.012
#> SRR1340804     1  0.0790    0.95905 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1457574     3  0.0937    0.87250 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1333462     5  0.4702   -0.11589 0.000 0.408 0.008 0.032 0.552 0.000
#> SRR1094601     1  0.0146    0.96212 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1434610     5  0.5664    0.55544 0.000 0.164 0.052 0.144 0.640 0.000
#> SRR1435833     4  0.4278    0.33777 0.000 0.352 0.000 0.624 0.016 0.008
#> SRR1398728     2  0.4107    0.53667 0.000 0.684 0.000 0.280 0.036 0.000
#> SRR1358343     6  0.5678    0.41672 0.000 0.032 0.000 0.420 0.072 0.476
#> SRR1410890     2  0.4018    0.49533 0.000 0.656 0.000 0.324 0.020 0.000
#> SRR1350371     1  0.0858    0.95870 0.968 0.000 0.000 0.000 0.028 0.004
#> SRR1392478     2  0.0363    0.64002 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1099260     3  0.0713    0.87490 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1433576     5  0.5604    0.49210 0.000 0.104 0.008 0.244 0.620 0.024
#> SRR1345541     5  0.6564    0.06752 0.000 0.120 0.000 0.400 0.408 0.072
#> SRR1086328     1  0.2308    0.93364 0.892 0.000 0.000 0.000 0.040 0.068
#> SRR810391      3  0.2968    0.81879 0.000 0.004 0.840 0.028 0.128 0.000
#> SRR1476207     5  0.6099    0.31939 0.000 0.148 0.320 0.028 0.504 0.000
#> SRR627435      5  0.5235    0.56604 0.000 0.144 0.060 0.104 0.692 0.000
#> SRR1489862     1  0.0603    0.96165 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR1419086     1  0.1434    0.95378 0.940 0.000 0.000 0.000 0.012 0.048
#> SRR1436539     1  0.0790    0.95905 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1396191     3  0.2668    0.81835 0.000 0.004 0.828 0.000 0.168 0.000
#> SRR1490115     5  0.5406    0.02191 0.000 0.084 0.384 0.012 0.520 0.000
#> SRR1377714     5  0.5691    0.54905 0.000 0.156 0.056 0.148 0.640 0.000
#> SRR819394      1  0.0547    0.96183 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR663161      6  0.4057    0.55579 0.000 0.000 0.000 0.388 0.012 0.600
#> SRR607042      3  0.2701    0.82343 0.000 0.000 0.864 0.028 0.104 0.004
#> SRR656203      2  0.5003    0.39106 0.000 0.608 0.000 0.104 0.288 0.000
#> SRR660602      3  0.1327    0.86673 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1440397     1  0.0858    0.95870 0.968 0.000 0.000 0.000 0.028 0.004
#> SRR1369264     1  0.0858    0.95993 0.968 0.000 0.000 0.000 0.028 0.004
#> SRR809233      1  0.1594    0.95350 0.932 0.000 0.000 0.000 0.016 0.052
#> SRR663249      4  0.6090    0.18222 0.000 0.384 0.000 0.452 0.140 0.024
#> SRR661242      4  0.3611    0.39449 0.000 0.000 0.000 0.796 0.108 0.096
#> SRR1332007     3  0.2920    0.82297 0.000 0.008 0.820 0.000 0.168 0.004
#> SRR809619      2  0.5454    0.08258 0.000 0.484 0.000 0.124 0.392 0.000
#> SRR819975      1  0.0291    0.96196 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR599281      5  0.5918    0.08172 0.000 0.380 0.000 0.180 0.436 0.004
#> SRR662366      6  0.5505    0.66198 0.000 0.000 0.012 0.340 0.104 0.544
#> SRR1317898     3  0.2092    0.84398 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1382485     2  0.5728    0.01593 0.000 0.452 0.000 0.168 0.380 0.000
#> SRR2166420     1  0.1049    0.95744 0.960 0.000 0.000 0.000 0.032 0.008
#> SRR1419429     1  0.3276    0.87220 0.816 0.000 0.000 0.000 0.052 0.132
#> SRR1092541     3  0.0000    0.87369 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817444      5  0.7169    0.34515 0.000 0.036 0.164 0.232 0.500 0.068
#> SRR1320403     2  0.4389    0.43241 0.000 0.596 0.000 0.032 0.372 0.000
#> SRR1101483     4  0.5455    0.39652 0.000 0.232 0.000 0.608 0.148 0.012
#> SRR1331684     3  0.7293   -0.20435 0.000 0.144 0.380 0.088 0.368 0.020
#> SRR1400054     4  0.4756   -0.41990 0.000 0.000 0.000 0.488 0.048 0.464
#> SRR1406088     2  0.1500    0.64550 0.000 0.936 0.000 0.012 0.052 0.000
#> SRR820733      4  0.6071    0.20121 0.000 0.120 0.000 0.520 0.320 0.040
#> SRR1314113     6  0.5974    0.41024 0.000 0.048 0.000 0.412 0.080 0.460
#> SRR1382615     3  0.0692    0.87131 0.000 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR1480745     1  0.0717    0.96147 0.976 0.000 0.000 0.000 0.008 0.016
#> SRR1468850     2  0.4341    0.38464 0.000 0.564 0.000 0.024 0.412 0.000
#> SRR656782      5  0.4742    0.56366 0.000 0.096 0.056 0.108 0.740 0.000
#> SRR821364      1  0.1549    0.95649 0.936 0.000 0.000 0.000 0.020 0.044
#> SRR1101106     1  0.1074    0.95622 0.960 0.000 0.000 0.000 0.028 0.012
#> SRR659295      5  0.6071    0.32124 0.000 0.232 0.044 0.116 0.596 0.012
#> SRR1357103     3  0.3711    0.75843 0.000 0.020 0.720 0.000 0.260 0.000
#> SRR809185      4  0.5674    0.49121 0.000 0.156 0.000 0.636 0.160 0.048
#> SRR811583      4  0.4596    0.12141 0.000 0.000 0.000 0.672 0.088 0.240
#> SRR1468050     1  0.0603    0.96165 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR1440224     2  0.0508    0.63962 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012 0.000

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-mclust-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-mclust-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-mclust-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-mclust-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-mclust-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-mclust-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-mclust-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-mclust-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-mclust-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-mclust-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-mclust-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-mclust-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-mclust-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-mclust-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-mclust-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-mclust-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-mclust-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-mclust-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-mclust-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-mclust-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk CV-mclust-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-mclust-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-mclust-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-mclust-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-mclust-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-mclust-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk CV-mclust-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


CV:NMF**

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["CV", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:NMF"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 17314 rows and 500 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#>   Subgroups are detected by 'NMF' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 2.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk CV-NMF-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk CV-NMF-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 1.000           0.995       0.998         0.3608 0.641   0.641
#> 3 3 0.685           0.941       0.885         0.6881 0.704   0.540
#> 4 4 0.795           0.754       0.884         0.1571 0.979   0.941
#> 5 5 0.813           0.829       0.898         0.0770 0.866   0.617
#> 6 6 0.840           0.824       0.901         0.0417 0.957   0.821

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 2

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>            class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR1500170     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1402368     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR607743      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1457375     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1470923     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR817954      1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR809259      1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1439785     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR814768      1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1102031     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1363611     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1468447     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1071931     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR810981      1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR615299      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR663585      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1326773     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1351166     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1477452     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1084720     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1420320     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1081712     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1318241     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1333718     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1313514     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1477861     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1318005     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1354665     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR657707      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1370742     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1412947     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR661553      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1328869     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR662211      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1348181     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1416560     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1319772     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1091452     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1338812     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1392072     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR814844      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1376619     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR603690      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR2184980     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR613963      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1323422     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1397673     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1434650     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR659875      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1465734     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1076847     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1415072     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR659319      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR663088      2  0.2423      0.957 0.040 0.960
#> SRR1352021     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1325527     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR659935      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1352530     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR662594      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1095309     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR615647      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR813019      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1374647     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR603472      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR661529      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR607018      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR627423      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR654921      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1418968     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR660871      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1330522     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1499958     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR614059      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1071403     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1486719     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1440421     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1310412     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR614767      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR820709      1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR658093      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1088168     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1418707     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1354291     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR2165806     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1415684     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1433860     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1311062     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1360359     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR661385      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR615407      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1413892     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1443459     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1338942     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR657480      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1399433     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR818537      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1101324     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR807637      2  0.7139      0.756 0.196 0.804
#> SRR1091918     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR598300      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1085426     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1376294     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR813891      1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1467431     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR658742      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1419234     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1404813     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR603496      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1407758     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR810945      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR817234      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1444852     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR660378      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1467835     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1338964     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1079259     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1072345     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR598725      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1447938     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1356397     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1360460     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1429468     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1446850     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1320363     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1413810     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR598831      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1381865     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR660957      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1491332     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1099744     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1464618     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1414559     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1337540     2  0.9815      0.276 0.420 0.580
#> SRR1444283     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR2184942     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR660295      1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR601335      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1363742     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1345847     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR614960      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR819919      1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR603330      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1327951     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1345266     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1338055     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1430157     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1320137     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1093483     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1341080     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1459913     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR2170490     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1479845     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1436420     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1481060     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR662282      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1487089     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1075683     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1338536     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1338880     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1453456     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1457895     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1440603     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR658633      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1388081     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR813339      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR809725      1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR627441      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR613603      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1096571     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1392701     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1344326     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1367693     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR660697      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1489926     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR811491      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1311644     2  0.0376      0.994 0.004 0.996
#> SRR1451740     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR615117      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1391748     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1466556     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR614972      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1406200     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR819210      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR662174      1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR811988      1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR663236      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1312598     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1330129     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1357781     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1315517     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1400032     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1413722     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR612827      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR814794      1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR819430      1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1395509     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR808728      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1070813     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1389133     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR601263      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR604718      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1481351     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1334608     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR658681      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR809283      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1459300     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1392547     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR811049      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1464835     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1339619     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR658501      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1447523     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1415048     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1444348     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR603890      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR810595      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1446244     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR817373      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1457291     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR598220      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1477991     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR598172      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1349032     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR604002      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1378026     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1404401     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1333240     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1089399     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR603421      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR812562      1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR808520      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR811839      1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR814317      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1436763     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1486021     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1465018     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1080998     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1083432     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1082833     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1326536     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR614011      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1365873     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1498789     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR601581      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR603566      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1373981     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR821410      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1076511     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR614143      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1333570     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1366813     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1388746     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1420558     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1409510     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR816250      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR614131      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1331130     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1316015     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1470798     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR614179      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1474863     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR813560      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1312187     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1420960     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1355102     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1084577     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR659971      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1350855     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR820779      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1476300     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1090907     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR662294      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1480789     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1336263     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR660776      1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1090508     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR615563      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1101175     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR2164650     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1431205     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1339856     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1352147     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR808968      1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR627419      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1402391     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR663609      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR2167857     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1398752     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1405437     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1416955     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1317064     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR659001      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR2170696     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR816589      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1087487     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1329485     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR816920      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1341432     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1361590     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR817046      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1471331     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR660788      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR819234      1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR810853      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR809427      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR2170217     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1386967     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1420344     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1334535     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR614503      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR602564      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1420669     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR819024      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR656223      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR608428      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1345647     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1389324     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1361368     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1322619     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1349276     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1404024     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1370637     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1452631     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR608392      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1357757     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1074646     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1367499     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1343501     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1394406     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1381435     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1467407     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1092422     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1380270     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1091817     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1440137     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR614311      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1407516     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR815494      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1333209     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR615177      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1099648     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR659720      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR2185057     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1467125     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR657468      2  0.2948      0.944 0.052 0.948
#> SRR660042      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR2170864     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1440491     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1440852     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR811169      1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1331311     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR818009      1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1351836     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1498313     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1441975     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR819096      1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1073679     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1489116     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1354138     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1490589     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1412987     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR602034      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1353437     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1072871     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR661577      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR612190      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1399880     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1101787     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR657869      1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1446332     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR816039      1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1485141     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1476697     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1379538     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1331422     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR660859      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1097594     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1311419     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1336706     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1472976     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1321307     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR807493      1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR812461      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1477149     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1457397     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR661913      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1069024     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR2165634     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1478722     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1328642     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1488261     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1318815     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR816945      1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1367432     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1359280     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1313910     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1457315     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR815398      1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR656958      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR600688      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1098952     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1314916     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR614167      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1348114     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR658033      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1077503     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR661854      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR811379      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1318857     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR656445      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1433044     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1486391     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR656071      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1364824     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1379133     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR816745      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR601038      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1360080     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR814868      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1485997     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1435560     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1333330     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR663513      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1328407     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR602784      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1348468     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR663717      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR602217      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR603140      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1340804     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1457574     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1333462     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1094601     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1434610     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1435833     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1398728     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1358343     1  0.8016      0.677 0.756 0.244
#> SRR1410890     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1350371     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1392478     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1099260     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1433576     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1345541     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1086328     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR810391      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1476207     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR627435      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1489862     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1419086     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1396191     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1490115     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1377714     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR819394      1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR663161      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR607042      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR656203      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR660602      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1440397     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1369264     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR809233      1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR663249      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR661242      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1332007     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR809619      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR819975      1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR599281      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR662366      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1317898     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1382485     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR2166420     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1419429     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1092541     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR817444      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1320403     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1101483     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1331684     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1400054     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1406088     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR820733      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1314113     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1382615     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1480745     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1468850     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR656782      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR821364      1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1101106     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR659295      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1357103     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR809185      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR811583      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1468050     1  0.0000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1440224     2  0.0000      0.998 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> SRR1500170     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1402368     3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR607743      3  0.3482     0.8028 0.000 0.128 0.872
#> SRR1457375     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1470923     1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR817954      1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR809259      1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439785     3  0.0237     0.9690 0.000 0.004 0.996
#> SRR814768      1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102031     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1363611     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1468447     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1071931     2  0.3879     0.9197 0.000 0.848 0.152
#> SRR810981      1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR615299      2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR663585      3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1326773     2  0.4702     0.9583 0.000 0.788 0.212
#> SRR1351166     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1477452     1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084720     3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420320     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1081712     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1318241     3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333718     3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1313514     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1477861     3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318005     2  0.5706     0.8189 0.000 0.680 0.320
#> SRR1354665     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR657707      3  0.1964     0.9193 0.000 0.056 0.944
#> SRR1370742     3  0.0237     0.9690 0.000 0.004 0.996
#> SRR1412947     2  0.4605     0.9598 0.000 0.796 0.204
#> SRR661553      2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1328869     1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR662211      2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1348181     3  0.0237     0.9690 0.000 0.004 0.996
#> SRR1416560     3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1319772     3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1091452     2  0.4605     0.9598 0.000 0.796 0.204
#> SRR1338812     1  0.4178     0.9035 0.828 0.172 0.000
#> SRR1392072     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR814844      2  0.2261     0.8373 0.000 0.932 0.068
#> SRR1376619     3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR603690      2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR2184980     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR613963      2  0.3879     0.9197 0.000 0.848 0.152
#> SRR1323422     1  0.1529     0.9691 0.960 0.040 0.000
#> SRR1397673     3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434650     3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR659875      3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1465734     3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1076847     2  0.4702     0.9583 0.000 0.788 0.212
#> SRR1415072     1  0.1643     0.9675 0.956 0.044 0.000
#> SRR659319      3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR663088      2  0.0000     0.7607 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352021     1  0.1860     0.9643 0.948 0.052 0.000
#> SRR1325527     1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR659935      2  0.4605     0.9598 0.000 0.796 0.204
#> SRR1352530     3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR662594      3  0.5216     0.5098 0.000 0.260 0.740
#> SRR1095309     1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR615647      3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR813019      3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1374647     2  0.5291     0.8954 0.000 0.732 0.268
#> SRR603472      3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR661529      3  0.6302    -0.3469 0.000 0.480 0.520
#> SRR607018      3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR627423      2  0.3879     0.9197 0.000 0.848 0.152
#> SRR654921      2  0.0592     0.7768 0.000 0.988 0.012
#> SRR1418968     1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR660871      3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330522     3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499958     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR614059      3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1071403     1  0.0592     0.9783 0.988 0.012 0.000
#> SRR1486719     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1440421     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1310412     3  0.2165     0.9144 0.000 0.064 0.936
#> SRR614767      2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR820709      1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.1529     0.9692 0.960 0.040 0.000
#> SRR658093      3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088168     3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418707     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1354291     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR2165806     1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415684     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1433860     3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1311062     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1360359     1  0.3941     0.9134 0.844 0.156 0.000
#> SRR661385      3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR615407      2  0.5254     0.9020 0.000 0.736 0.264
#> SRR1413892     3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1443459     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1338942     1  0.1643     0.9675 0.956 0.044 0.000
#> SRR657480      3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399433     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR818537      3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1101324     2  0.3846     0.7283 0.016 0.876 0.108
#> SRR807637      2  0.4887     0.6733 0.228 0.772 0.000
#> SRR1091918     1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR598300      3  0.1031     0.9515 0.000 0.024 0.976
#> SRR1085426     1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376294     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR813891      1  0.0592     0.9783 0.988 0.012 0.000
#> SRR1467431     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR658742      2  0.5327     0.8880 0.000 0.728 0.272
#> SRR1419234     1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404813     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR603496      3  0.0424     0.9645 0.000 0.008 0.992
#> SRR1407758     3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR810945      2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR817234      2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1444852     3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR660378      3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467835     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1338964     3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1079259     2  0.4555     0.9574 0.000 0.800 0.200
#> SRR1072345     3  0.0424     0.9646 0.000 0.008 0.992
#> SRR598725      3  0.0237     0.9689 0.000 0.004 0.996
#> SRR1447938     1  0.1860     0.9643 0.948 0.052 0.000
#> SRR1356397     1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360460     2  0.4605     0.9598 0.000 0.796 0.204
#> SRR1429468     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1446850     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1320363     3  0.0237     0.9690 0.000 0.004 0.996
#> SRR1413810     3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR598831      2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1381865     1  0.0747     0.9770 0.984 0.016 0.000
#> SRR660957      3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1491332     3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099744     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1464618     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1414559     2  0.2261     0.8361 0.000 0.932 0.068
#> SRR1337540     2  0.0424     0.7587 0.008 0.992 0.000
#> SRR1444283     1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR2184942     3  0.3192     0.8580 0.000 0.112 0.888
#> SRR660295      1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR601335      3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1363742     3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1345847     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR614960      3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR819919      1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR603330      3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1327951     1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.4002     0.9111 0.840 0.160 0.000
#> SRR1345266     2  0.4605     0.9598 0.000 0.796 0.204
#> SRR1338055     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1430157     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1320137     2  0.3192     0.8811 0.000 0.888 0.112
#> SRR1093483     1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341080     1  0.3412     0.9307 0.876 0.124 0.000
#> SRR1459913     3  0.1031     0.9515 0.000 0.024 0.976
#> SRR2170490     1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479845     3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1436420     1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481060     3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR662282      3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487089     2  0.3879     0.9197 0.000 0.848 0.152
#> SRR1075683     1  0.4002     0.9111 0.840 0.160 0.000
#> SRR1338536     1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338880     2  0.4605     0.9598 0.000 0.796 0.204
#> SRR1453456     3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457895     1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440603     3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR658633      2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1388081     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR813339      3  0.0237     0.9690 0.000 0.004 0.996
#> SRR809725      1  0.1289     0.9718 0.968 0.032 0.000
#> SRR627441      3  0.5948     0.1686 0.000 0.360 0.640
#> SRR613603      3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1096571     3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1392701     1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1344326     1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367693     2  0.4399     0.9492 0.000 0.812 0.188
#> SRR660697      2  0.4605     0.9598 0.000 0.796 0.204
#> SRR1489926     3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR811491      3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1311644     2  0.5681     0.3839 0.236 0.748 0.016
#> SRR1451740     3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR615117      3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1391748     2  0.4291     0.9424 0.000 0.820 0.180
#> SRR1466556     3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR614972      3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406200     1  0.3879     0.9156 0.848 0.152 0.000
#> SRR819210      2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR662174      1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR811988      1  0.3116     0.9387 0.892 0.108 0.000
#> SRR663236      2  0.5785     0.8021 0.000 0.668 0.332
#> SRR1312598     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1330129     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1357781     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1315517     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1400032     3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413722     1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR612827      3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR814794      1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR819430      1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1395509     2  0.4605     0.9598 0.000 0.796 0.204
#> SRR808728      3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1070813     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1389133     3  0.3686     0.8290 0.000 0.140 0.860
#> SRR601263      3  0.1031     0.9515 0.000 0.024 0.976
#> SRR604718      2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1481351     3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1334608     3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR658681      3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR809283      2  0.4555     0.9575 0.000 0.800 0.200
#> SRR1459300     1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392547     3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR811049      3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1464835     2  0.3879     0.9197 0.000 0.848 0.152
#> SRR1339619     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR658501      3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447523     3  0.0424     0.9659 0.000 0.008 0.992
#> SRR1415048     1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444348     2  0.4605     0.9598 0.000 0.796 0.204
#> SRR603890      2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR810595      3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1446244     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR817373      2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1457291     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR598220      2  0.6126     0.6655 0.000 0.600 0.400
#> SRR1477991     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR598172      2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1349032     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR604002      3  0.0237     0.9684 0.000 0.004 0.996
#> SRR1378026     3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404401     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1333240     3  0.1643     0.9243 0.000 0.044 0.956
#> SRR1089399     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR603421      2  0.4887     0.9431 0.000 0.772 0.228
#> SRR812562      1  0.3879     0.9156 0.848 0.152 0.000
#> SRR808520      3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR811839      1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR814317      2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1436763     2  0.0000     0.7607 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486021     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1465018     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1080998     3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083432     3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1082833     1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.1289     0.9718 0.968 0.032 0.000
#> SRR1326536     3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR614011      2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1365873     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1498789     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR601581      2  0.4346     0.9458 0.000 0.816 0.184
#> SRR603566      3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1373981     1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR821410      2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1076511     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR614143      3  0.1860     0.9267 0.000 0.052 0.948
#> SRR1333570     3  0.0237     0.9690 0.000 0.004 0.996
#> SRR1366813     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1388746     1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420558     3  0.1964     0.9226 0.000 0.056 0.944
#> SRR1409510     3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR816250      2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR614131      2  0.4235     0.9396 0.000 0.824 0.176
#> SRR1331130     1  0.3752     0.9201 0.856 0.144 0.000
#> SRR1316015     3  0.0237     0.9690 0.000 0.004 0.996
#> SRR1470798     3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR614179      3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1474863     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR813560      2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1312187     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1420960     3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1355102     3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1084577     3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR659971      2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1350855     2  0.2959     0.8704 0.000 0.900 0.100
#> SRR820779      3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476300     3  0.0237     0.9690 0.000 0.004 0.996
#> SRR1090907     2  0.4605     0.9598 0.000 0.796 0.204
#> SRR662294      2  0.4702     0.9583 0.000 0.788 0.212
#> SRR1480789     3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1336263     2  0.3116     0.8770 0.000 0.892 0.108
#> SRR660776      1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090508     3  0.6307    -0.3672 0.000 0.488 0.512
#> SRR615563      2  0.4605     0.9598 0.000 0.796 0.204
#> SRR1101175     1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR2164650     3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1431205     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1339856     2  0.4605     0.9598 0.000 0.796 0.204
#> SRR1352147     2  0.4452     0.9518 0.000 0.808 0.192
#> SRR808968      1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR627419      2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1402391     1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR663609      3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR2167857     3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1398752     1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405437     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1416955     1  0.4062     0.9086 0.836 0.164 0.000
#> SRR1317064     2  0.4555     0.9575 0.000 0.800 0.200
#> SRR659001      2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR2170696     2  0.4178     0.9363 0.000 0.828 0.172
#> SRR816589      3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1087487     3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1329485     3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR816920      2  0.4605     0.9598 0.000 0.796 0.204
#> SRR1341432     1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361590     2  0.3686     0.9091 0.000 0.860 0.140
#> SRR817046      3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1471331     3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR660788      2  0.5650     0.8345 0.000 0.688 0.312
#> SRR819234      1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR810853      3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR809427      2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR2170217     2  0.4062     0.9304 0.000 0.836 0.164
#> SRR1386967     3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420344     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1334535     1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR614503      2  0.4605     0.9598 0.000 0.796 0.204
#> SRR602564      2  0.5706     0.8220 0.000 0.680 0.320
#> SRR1420669     2  0.3879     0.9199 0.000 0.848 0.152
#> SRR819024      3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR656223      3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR608428      2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1345647     1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389324     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1361368     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1322619     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1349276     2  0.4346     0.9459 0.000 0.816 0.184
#> SRR1404024     1  0.3879     0.9156 0.848 0.152 0.000
#> SRR1370637     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1452631     2  0.4121     0.9333 0.000 0.832 0.168
#> SRR608392      3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1357757     3  0.4750     0.7394 0.000 0.216 0.784
#> SRR1074646     2  0.4605     0.9598 0.000 0.796 0.204
#> SRR1367499     3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343501     3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394406     3  0.3686     0.8516 0.000 0.140 0.860
#> SRR1381435     3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467407     1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092422     3  0.0892     0.9523 0.000 0.020 0.980
#> SRR1380270     3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1091817     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1440137     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR614311      2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1407516     2  0.2959     0.8690 0.000 0.900 0.100
#> SRR815494      3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333209     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR615177      2  0.1163     0.7878 0.000 0.972 0.028
#> SRR1099648     3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR659720      3  0.4002     0.7433 0.000 0.160 0.840
#> SRR2185057     1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467125     1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR657468      2  0.1905     0.7380 0.028 0.956 0.016
#> SRR660042      3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170864     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1440491     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1440852     3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR811169      1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331311     2  0.4605     0.9598 0.000 0.796 0.204
#> SRR818009      1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351836     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1498313     2  0.6307     0.0426 0.000 0.512 0.488
#> SRR1441975     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR819096      1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073679     2  0.5291     0.8967 0.000 0.732 0.268
#> SRR1489116     3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1354138     3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490589     3  0.0237     0.9690 0.000 0.004 0.996
#> SRR1412987     2  0.1529     0.8076 0.000 0.960 0.040
#> SRR602034      3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1353437     1  0.1529     0.9689 0.960 0.040 0.000
#> SRR1072871     3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR661577      2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR612190      2  0.3879     0.9201 0.000 0.848 0.152
#> SRR1399880     1  0.3941     0.9134 0.844 0.156 0.000
#> SRR1101787     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR657869      1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446332     1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR816039      1  0.3340     0.9327 0.880 0.120 0.000
#> SRR1485141     3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476697     1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379538     2  0.4062     0.9295 0.000 0.836 0.164
#> SRR1331422     1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR660859      3  0.2066     0.9153 0.000 0.060 0.940
#> SRR1097594     1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311419     3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1336706     3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472976     2  0.2066     0.8276 0.000 0.940 0.060
#> SRR1321307     1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR807493      1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR812461      3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1477149     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1457397     3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR661913      3  0.1860     0.9234 0.000 0.052 0.948
#> SRR1069024     3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR2165634     1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478722     3  0.0237     0.9690 0.000 0.004 0.996
#> SRR1328642     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1488261     3  0.1964     0.9193 0.000 0.056 0.944
#> SRR1318815     2  0.3879     0.9197 0.000 0.848 0.152
#> SRR816945      1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367432     2  0.0747     0.7802 0.000 0.984 0.016
#> SRR1359280     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1313910     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1457315     2  0.4654     0.9585 0.000 0.792 0.208
#> SRR815398      1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR656958      3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR600688      2  0.6126     0.6717 0.000 0.600 0.400
#> SRR1098952     1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314916     3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR614167      3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348114     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR658033      2  0.4796     0.9510 0.000 0.780 0.220
#> SRR1077503     3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR661854      3  0.3879     0.7550 0.000 0.152 0.848
#> SRR811379      2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1318857     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR656445      3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433044     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1486391     1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR656071      3  0.1163     0.9476 0.000 0.028 0.972
#> SRR1364824     1  0.3879     0.9156 0.848 0.152 0.000
#> SRR1379133     1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.1529     0.9689 0.960 0.040 0.000
#> SRR816745      3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR601038      3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1360080     1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR814868      3  0.1289     0.9437 0.000 0.032 0.968
#> SRR1485997     1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435560     2  0.4605     0.9598 0.000 0.796 0.204
#> SRR1333330     1  0.2165     0.9592 0.936 0.064 0.000
#> SRR663513      3  0.5363     0.7132 0.000 0.276 0.724
#> SRR1328407     3  0.0747     0.9564 0.000 0.016 0.984
#> SRR602784      3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348468     2  0.4002     0.9265 0.000 0.840 0.160
#> SRR663717      2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR602217      2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR603140      3  0.0892     0.9518 0.000 0.020 0.980
#> SRR1340804     1  0.3879     0.9156 0.848 0.152 0.000
#> SRR1457574     3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333462     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1094601     1  0.1643     0.9675 0.956 0.044 0.000
#> SRR1434610     3  0.2959     0.8955 0.000 0.100 0.900
#> SRR1435833     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1398728     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1358343     2  0.0237     0.7662 0.000 0.996 0.004
#> SRR1410890     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1350371     1  0.3412     0.9308 0.876 0.124 0.000
#> SRR1392478     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1099260     3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433576     3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1345541     3  0.4974     0.6534 0.000 0.236 0.764
#> SRR1086328     1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR810391      3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476207     3  0.1289     0.9431 0.000 0.032 0.968
#> SRR627435      3  0.1964     0.9193 0.000 0.056 0.944
#> SRR1489862     1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419086     1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.3816     0.9179 0.852 0.148 0.000
#> SRR1396191     3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490115     3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1377714     3  0.3551     0.8464 0.000 0.132 0.868
#> SRR819394      1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR663161      2  0.4974     0.9347 0.000 0.764 0.236
#> SRR607042      3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR656203      2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR660602      3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440397     1  0.0424     0.9794 0.992 0.008 0.000
#> SRR1369264     1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR809233      1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR663249      2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR661242      2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1332007     3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR809619      2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR819975      1  0.1289     0.9718 0.968 0.032 0.000
#> SRR599281      2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR662366      3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1317898     3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1382485     2  0.4605     0.9598 0.000 0.796 0.204
#> SRR2166420     1  0.4504     0.8870 0.804 0.196 0.000
#> SRR1419429     1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092541     3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR817444      3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1320403     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1101483     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1331684     3  0.0892     0.9520 0.000 0.020 0.980
#> SRR1400054     2  0.4702     0.9583 0.000 0.788 0.212
#> SRR1406088     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR820733      2  0.5098     0.9128 0.000 0.752 0.248
#> SRR1314113     2  0.4121     0.9158 0.000 0.832 0.168
#> SRR1382615     3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1480745     1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468850     2  0.4605     0.9595 0.000 0.796 0.204
#> SRR656782      3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR821364      1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101106     1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR659295      3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR1357103     3  0.0000     0.9721 0.000 0.000 1.000
#> SRR809185      2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR811583      2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208
#> SRR1468050     1  0.0000     0.9818 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440224     2  0.4654     0.9617 0.000 0.792 0.208

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR1500170     2  0.0376    0.77920 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1402368     3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR607743      3  0.5186    0.61486 0.000 0.164 0.752 0.084
#> SRR1457375     2  0.1978    0.75826 0.000 0.928 0.004 0.068
#> SRR1470923     1  0.0336    0.92945 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR817954      1  0.0000    0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259      1  0.0000    0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785     3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR814768      1  0.0336    0.92965 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1102031     2  0.0524    0.77906 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1363611     2  0.1398    0.77246 0.000 0.956 0.004 0.040
#> SRR1468447     2  0.0895    0.77731 0.000 0.976 0.004 0.020
#> SRR1071931     2  0.3831    0.63134 0.000 0.792 0.004 0.204
#> SRR810981      1  0.0000    0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299      2  0.4800    0.40365 0.000 0.656 0.004 0.340
#> SRR663585      3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326773     2  0.4800    0.40365 0.000 0.656 0.004 0.340
#> SRR1351166     2  0.0188    0.77923 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1477452     1  0.0817    0.92734 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1084720     3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420320     2  0.3208    0.69938 0.000 0.848 0.004 0.148
#> SRR1081712     2  0.2053    0.75606 0.000 0.924 0.004 0.072
#> SRR1318241     3  0.2760    0.79425 0.000 0.000 0.872 0.128
#> SRR1333718     3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313514     2  0.2944    0.71153 0.000 0.868 0.004 0.128
#> SRR1477861     3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318005     2  0.4332    0.64163 0.000 0.816 0.072 0.112
#> SRR1354665     2  0.1661    0.76798 0.000 0.944 0.004 0.052
#> SRR657707      3  0.4391    0.63023 0.000 0.008 0.740 0.252
#> SRR1370742     3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1412947     2  0.1576    0.76966 0.000 0.948 0.004 0.048
#> SRR661553      2  0.5460    0.35360 0.000 0.632 0.028 0.340
#> SRR1328869     1  0.1474    0.92004 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR662211      2  0.2654    0.72998 0.000 0.888 0.004 0.108
#> SRR1348181     3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416560     3  0.0188    0.89504 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1319772     3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091452     2  0.3539    0.66821 0.000 0.820 0.004 0.176
#> SRR1338812     1  0.4819    0.71298 0.652 0.004 0.000 0.344
#> SRR1392072     2  0.2334    0.74542 0.000 0.908 0.004 0.088
#> SRR814844      2  0.3801    0.60718 0.000 0.780 0.000 0.220
#> SRR1376619     3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR603690      2  0.4283    0.54206 0.000 0.740 0.004 0.256
#> SRR2184980     2  0.0188    0.77923 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR613963      2  0.3751    0.64582 0.000 0.800 0.004 0.196
#> SRR1323422     1  0.3311    0.86651 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR1397673     3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434650     3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659875      3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465734     3  0.3219    0.75335 0.000 0.000 0.836 0.164
#> SRR1076847     2  0.4761    0.41721 0.000 0.664 0.004 0.332
#> SRR1415072     1  0.3528    0.85467 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR659319      3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663088      4  0.4967    0.44230 0.000 0.452 0.000 0.548
#> SRR1352021     1  0.3400    0.86199 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1325527     1  0.1022    0.92567 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1105369     1  0.0592    0.92846 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR659935      2  0.3448    0.67764 0.000 0.828 0.004 0.168
#> SRR1352530     3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662594      3  0.7046    0.27919 0.000 0.136 0.524 0.340
#> SRR1095309     1  0.0000    0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647      3  0.4624    0.54327 0.000 0.000 0.660 0.340
#> SRR813019      3  0.0336    0.89188 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1374647     2  0.2255    0.73268 0.000 0.920 0.068 0.012
#> SRR603472      3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661529      3  0.7745   -0.04391 0.000 0.240 0.420 0.340
#> SRR607018      3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR627423      2  0.3942    0.57981 0.000 0.764 0.000 0.236
#> SRR654921      2  0.4382    0.44662 0.000 0.704 0.000 0.296
#> SRR1418968     1  0.0000    0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871      3  0.1557    0.86256 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1330522     3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499958     2  0.1743    0.76618 0.000 0.940 0.004 0.056
#> SRR614059      3  0.4454    0.59026 0.000 0.000 0.692 0.308
#> SRR1071403     1  0.2589    0.89561 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1486719     2  0.0895    0.77731 0.000 0.976 0.004 0.020
#> SRR1440421     2  0.2334    0.74542 0.000 0.908 0.004 0.088
#> SRR1310412     3  0.6503    0.00307 0.000 0.072 0.480 0.448
#> SRR614767      2  0.2593    0.73321 0.000 0.892 0.004 0.104
#> SRR820709      1  0.0000    0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.3266    0.86931 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR658093      3  0.2589    0.81230 0.000 0.000 0.884 0.116
#> SRR1088168     3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418707     2  0.0188    0.77923 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1354291     2  0.2654    0.72998 0.000 0.888 0.004 0.108
#> SRR2165806     1  0.0000    0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684     2  0.0895    0.77755 0.000 0.976 0.004 0.020
#> SRR1433860     3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311062     2  0.1902    0.76058 0.000 0.932 0.004 0.064
#> SRR1360359     1  0.4509    0.77379 0.708 0.004 0.000 0.288
#> SRR661385      3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615407      2  0.6966    0.09166 0.000 0.532 0.128 0.340
#> SRR1413892     3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443459     2  0.1398    0.77246 0.000 0.956 0.004 0.040
#> SRR1338942     1  0.3569    0.85205 0.804 0.000 0.000 0.196
#> SRR657480      3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399433     2  0.2197    0.75115 0.000 0.916 0.004 0.080
#> SRR818537      3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101324     4  0.5252    0.62452 0.000 0.336 0.020 0.644
#> SRR807637      1  0.7828   -0.12571 0.396 0.264 0.000 0.340
#> SRR1091918     1  0.0000    0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300      3  0.3024    0.78134 0.000 0.000 0.852 0.148
#> SRR1085426     1  0.0000    0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294     2  0.0188    0.77923 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR813891      1  0.3266    0.86942 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR1467431     2  0.1109    0.77520 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR658742      2  0.7645   -0.16867 0.000 0.428 0.212 0.360
#> SRR1419234     1  0.0469    0.92914 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1404813     2  0.0188    0.77923 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR603496      3  0.6439    0.39432 0.000 0.084 0.576 0.340
#> SRR1407758     3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR810945      2  0.1824    0.77290 0.000 0.936 0.004 0.060
#> SRR817234      2  0.1743    0.76441 0.000 0.940 0.004 0.056
#> SRR1444852     3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660378      3  0.5057    0.52442 0.000 0.012 0.648 0.340
#> SRR1467835     2  0.0657    0.77851 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1338964     3  0.2408    0.81764 0.000 0.000 0.896 0.104
#> SRR1079259     2  0.3791    0.63685 0.000 0.796 0.004 0.200
#> SRR1072345     3  0.1978    0.84737 0.000 0.004 0.928 0.068
#> SRR598725      3  0.0188    0.89460 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1447938     1  0.3486    0.85696 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR1356397     1  0.0000    0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460     2  0.3494    0.67298 0.000 0.824 0.004 0.172
#> SRR1429468     2  0.1824    0.76265 0.000 0.936 0.004 0.060
#> SRR1446850     2  0.3208    0.69938 0.000 0.848 0.004 0.148
#> SRR1320363     3  0.1022    0.87759 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1413810     3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR598831      2  0.4800    0.40365 0.000 0.656 0.004 0.340
#> SRR1381865     1  0.2408    0.90040 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR660957      3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1491332     3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099744     2  0.1109    0.77520 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR1464618     2  0.2944    0.71854 0.000 0.868 0.004 0.128
#> SRR1414559     2  0.4222    0.50097 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1337540     2  0.4643    0.15282 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1444283     1  0.0000    0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942     3  0.4304    0.59875 0.000 0.000 0.716 0.284
#> SRR660295      1  0.0000    0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335      3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363742     3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345847     2  0.3257    0.69529 0.000 0.844 0.004 0.152
#> SRR614960      3  0.0336    0.89377 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR819919      1  0.0921    0.92672 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR603330      3  0.5292    0.62724 0.000 0.064 0.728 0.208
#> SRR1327951     1  0.0000    0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.4741    0.73171 0.668 0.004 0.000 0.328
#> SRR1345266     2  0.3402    0.68215 0.000 0.832 0.004 0.164
#> SRR1338055     2  0.2334    0.74542 0.000 0.908 0.004 0.088
#> SRR1430157     2  0.2053    0.75838 0.000 0.924 0.004 0.072
#> SRR1320137     2  0.1867    0.75727 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1093483     1  0.0469    0.92908 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1341080     1  0.3444    0.85905 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1459913     3  0.2973    0.77738 0.000 0.000 0.856 0.144
#> SRR2170490     1  0.1118    0.92511 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1479845     3  0.2408    0.81775 0.000 0.000 0.896 0.104
#> SRR1436420     1  0.0000    0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060     3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662282      3  0.5548    0.49092 0.000 0.032 0.628 0.340
#> SRR1487089     2  0.3791    0.63685 0.000 0.796 0.004 0.200
#> SRR1075683     1  0.4720    0.73622 0.672 0.004 0.000 0.324
#> SRR1338536     1  0.1211    0.92370 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1338880     2  0.3402    0.68215 0.000 0.832 0.004 0.164
#> SRR1453456     3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457895     1  0.0000    0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603     3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658633      2  0.1305    0.77270 0.000 0.960 0.004 0.036
#> SRR1388081     2  0.1489    0.77109 0.000 0.952 0.004 0.044
#> SRR813339      3  0.0188    0.89586 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR809725      1  0.3024    0.87953 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR627441      3  0.7293    0.20802 0.000 0.164 0.496 0.340
#> SRR613603      3  0.5167    0.51799 0.000 0.016 0.644 0.340
#> SRR1096571     3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392701     1  0.1474    0.92092 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1344326     1  0.0000    0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693     2  0.3257    0.69529 0.000 0.844 0.004 0.152
#> SRR660697      2  0.1824    0.76454 0.000 0.936 0.004 0.060
#> SRR1489926     3  0.1792    0.84974 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR811491      3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311644     4  0.4781    0.61848 0.004 0.336 0.000 0.660
#> SRR1451740     3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615117      3  0.6140    0.43327 0.000 0.064 0.596 0.340
#> SRR1391748     2  0.3583    0.66349 0.000 0.816 0.004 0.180
#> SRR1466556     3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614972      3  0.3942    0.68351 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1406200     1  0.4072    0.81043 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR819210      2  0.0524    0.77950 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR662174      1  0.0000    0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988      1  0.3649    0.84631 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR663236      2  0.7814   -0.22813 0.000 0.416 0.304 0.280
#> SRR1312598     2  0.0657    0.77869 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1330129     2  0.1743    0.76441 0.000 0.940 0.004 0.056
#> SRR1357781     2  0.2714    0.72649 0.000 0.884 0.004 0.112
#> SRR1315517     2  0.2530    0.73643 0.000 0.896 0.004 0.100
#> SRR1400032     3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413722     1  0.0188    0.92986 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR612827      3  0.0188    0.89592 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR814794      1  0.0000    0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430      1  0.1211    0.92361 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1395509     2  0.2053    0.75838 0.000 0.924 0.004 0.072
#> SRR808728      3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070813     2  0.0524    0.77896 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1389133     3  0.5488    0.20365 0.000 0.016 0.532 0.452
#> SRR601263      3  0.3266    0.75146 0.000 0.000 0.832 0.168
#> SRR604718      2  0.2944    0.71374 0.000 0.868 0.004 0.128
#> SRR1481351     3  0.0188    0.89586 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1334608     3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658681      3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809283      2  0.1389    0.76799 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1459300     1  0.0000    0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547     3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811049      3  0.3448    0.74343 0.000 0.004 0.828 0.168
#> SRR1464835     2  0.3710    0.64750 0.000 0.804 0.004 0.192
#> SRR1339619     2  0.0895    0.77764 0.000 0.976 0.004 0.020
#> SRR658501      3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447523     3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415048     1  0.0000    0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.0921    0.92646 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1444348     2  0.3583    0.66315 0.000 0.816 0.004 0.180
#> SRR603890      2  0.4800    0.40365 0.000 0.656 0.004 0.340
#> SRR810595      3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446244     2  0.2654    0.73491 0.000 0.888 0.004 0.108
#> SRR817373      2  0.0657    0.77869 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1457291     2  0.0524    0.77899 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR598220      2  0.3810    0.51346 0.000 0.804 0.188 0.008
#> SRR1477991     2  0.0524    0.77906 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR598172      2  0.2334    0.74542 0.000 0.908 0.004 0.088
#> SRR1349032     2  0.2125    0.75611 0.000 0.920 0.004 0.076
#> SRR604002      3  0.1452    0.87066 0.000 0.008 0.956 0.036
#> SRR1378026     3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404401     2  0.3945    0.60103 0.000 0.780 0.004 0.216
#> SRR1333240     3  0.2921    0.71750 0.000 0.140 0.860 0.000
#> SRR1089399     2  0.2831    0.71965 0.000 0.876 0.004 0.120
#> SRR603421      2  0.6698    0.16003 0.000 0.556 0.104 0.340
#> SRR812562      1  0.4428    0.78535 0.720 0.004 0.000 0.276
#> SRR808520      3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811839      1  0.0000    0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317      2  0.0657    0.77851 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1436763     2  0.4454    0.40550 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR1486021     2  0.2944    0.71258 0.000 0.868 0.004 0.128
#> SRR1465018     2  0.1109    0.77520 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR1080998     3  0.3142    0.78299 0.000 0.008 0.860 0.132
#> SRR1083432     3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082833     1  0.0000    0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.3123    0.87542 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR1326536     3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614011      2  0.2197    0.75205 0.000 0.916 0.004 0.080
#> SRR1365873     2  0.1109    0.77614 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR1498789     2  0.0779    0.77804 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR601581      2  0.3569    0.64300 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR603566      3  0.6140    0.43327 0.000 0.064 0.596 0.340
#> SRR1373981     1  0.0000    0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410      2  0.2334    0.74542 0.000 0.908 0.004 0.088
#> SRR1076511     2  0.4509    0.49075 0.000 0.708 0.004 0.288
#> SRR614143      3  0.5993    0.40905 0.000 0.064 0.628 0.308
#> SRR1333570     3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366813     2  0.0524    0.77906 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1388746     1  0.0000    0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558     3  0.4434    0.64769 0.000 0.016 0.756 0.228
#> SRR1409510     3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816250      2  0.0657    0.77869 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR614131      2  0.5022    0.52992 0.000 0.736 0.044 0.220
#> SRR1331130     1  0.3975    0.81988 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR1316015     3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470798     3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614179      3  0.3400    0.74797 0.000 0.000 0.820 0.180
#> SRR1474863     2  0.2053    0.75587 0.000 0.924 0.004 0.072
#> SRR813560      2  0.0895    0.77767 0.000 0.976 0.004 0.020
#> SRR1312187     2  0.1398    0.77272 0.000 0.956 0.004 0.040
#> SRR1420960     3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355102     3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084577     3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659971      2  0.4720    0.43169 0.000 0.672 0.004 0.324
#> SRR1350855     2  0.3569    0.64300 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR820779      3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476300     3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090907     2  0.1004    0.77692 0.000 0.972 0.004 0.024
#> SRR662294      2  0.4632    0.45755 0.000 0.688 0.004 0.308
#> SRR1480789     3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336263     2  0.3710    0.64750 0.000 0.804 0.004 0.192
#> SRR660776      1  0.0000    0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508     2  0.7329   -0.20260 0.000 0.516 0.296 0.188
#> SRR615563      2  0.3626    0.68773 0.000 0.812 0.004 0.184
#> SRR1101175     1  0.0188    0.92986 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2164650     3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431205     2  0.1209    0.77399 0.000 0.964 0.004 0.032
#> SRR1339856     2  0.3355    0.68670 0.000 0.836 0.004 0.160
#> SRR1352147     2  0.2760    0.71680 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR808968      1  0.0000    0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419      2  0.4761    0.41784 0.000 0.664 0.004 0.332
#> SRR1402391     1  0.0000    0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609      3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2167857     3  0.1792    0.85008 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR1398752     1  0.0000    0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.0000    0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437     2  0.0779    0.77804 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR1416955     1  0.4699    0.74053 0.676 0.004 0.000 0.320
#> SRR1317064     2  0.2408    0.73624 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR659001      2  0.0779    0.77858 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR2170696     2  0.3982    0.60712 0.000 0.776 0.004 0.220
#> SRR816589      3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087487     3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329485     3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816920      2  0.3710    0.64750 0.000 0.804 0.004 0.192
#> SRR1341432     1  0.0000    0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590     2  0.3710    0.64750 0.000 0.804 0.004 0.192
#> SRR817046      3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471331     3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660788      2  0.7278   -0.17976 0.000 0.528 0.284 0.188
#> SRR819234      1  0.0336    0.92945 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR810853      3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809427      2  0.1902    0.76093 0.000 0.932 0.004 0.064
#> SRR2170217     2  0.2704    0.72016 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR1386967     3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420344     2  0.0779    0.77816 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR1334535     1  0.1302    0.92252 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR614503      2  0.1398    0.77238 0.000 0.956 0.004 0.040
#> SRR602564      4  0.7906    0.19315 0.000 0.344 0.300 0.356
#> SRR1420669     2  0.3870    0.62540 0.000 0.788 0.004 0.208
#> SRR819024      3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR656223      3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608428      2  0.2593    0.73321 0.000 0.892 0.004 0.104
#> SRR1345647     1  0.1474    0.92040 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1389324     2  0.2654    0.72998 0.000 0.888 0.004 0.108
#> SRR1361368     2  0.0524    0.77906 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1322619     2  0.1305    0.77386 0.000 0.960 0.004 0.036
#> SRR1349276     2  0.3710    0.64750 0.000 0.804 0.004 0.192
#> SRR1404024     1  0.3982    0.83224 0.776 0.004 0.000 0.220
#> SRR1370637     2  0.1576    0.77014 0.000 0.948 0.004 0.048
#> SRR1452631     2  0.3710    0.64750 0.000 0.804 0.004 0.192
#> SRR608392      3  0.4564    0.56145 0.000 0.000 0.672 0.328
#> SRR1357757     3  0.4819    0.45698 0.000 0.004 0.652 0.344
#> SRR1074646     2  0.3710    0.64750 0.000 0.804 0.004 0.192
#> SRR1367499     3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343501     3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394406     4  0.7632    0.52450 0.000 0.244 0.288 0.468
#> SRR1381435     3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467407     1  0.1211    0.92374 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1092422     3  0.1302    0.85704 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR1380270     3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091817     2  0.1978    0.75826 0.000 0.928 0.004 0.068
#> SRR1440137     2  0.1576    0.76816 0.000 0.948 0.004 0.048
#> SRR614311      2  0.0657    0.77851 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1407516     2  0.5807    0.10904 0.000 0.612 0.044 0.344
#> SRR815494      3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333209     2  0.2888    0.72187 0.000 0.872 0.004 0.124
#> SRR615177      2  0.4123    0.49320 0.000 0.772 0.008 0.220
#> SRR1099648     3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659720      3  0.7613    0.01978 0.000 0.212 0.448 0.340
#> SRR2185057     1  0.1211    0.92433 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1467125     1  0.0000    0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468      4  0.4897    0.61912 0.008 0.332 0.000 0.660
#> SRR660042      3  0.4331    0.61767 0.000 0.000 0.712 0.288
#> SRR2170864     2  0.0657    0.77851 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1440491     2  0.0657    0.77851 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1440852     3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811169      1  0.0336    0.92945 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1331311     2  0.3355    0.68670 0.000 0.836 0.004 0.160
#> SRR818009      1  0.0000    0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836     2  0.1109    0.77520 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR1498313     2  0.7491   -0.21342 0.000 0.500 0.232 0.268
#> SRR1441975     2  0.0779    0.77804 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR819096      1  0.1637    0.91755 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1073679     2  0.4283    0.24856 0.000 0.740 0.256 0.004
#> SRR1489116     3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354138     3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490589     3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1412987     2  0.3801    0.60732 0.000 0.780 0.000 0.220
#> SRR602034      3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353437     1  0.3486    0.85709 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR1072871     3  0.0188    0.89585 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR661577      2  0.4800    0.40365 0.000 0.656 0.004 0.340
#> SRR612190      2  0.4053    0.59555 0.000 0.768 0.004 0.228
#> SRR1399880     1  0.4456    0.78156 0.716 0.004 0.000 0.280
#> SRR1101787     2  0.3052    0.71525 0.000 0.860 0.004 0.136
#> SRR657869      1  0.0000    0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332     1  0.0000    0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039      1  0.4072    0.81058 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1485141     3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476697     1  0.0000    0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538     2  0.3710    0.64750 0.000 0.804 0.004 0.192
#> SRR1331422     1  0.0000    0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859      3  0.6393    0.00983 0.000 0.064 0.480 0.456
#> SRR1097594     1  0.0000    0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419     3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336706     3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472976     2  0.3569    0.63890 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR1321307     1  0.0000    0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493      1  0.0000    0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461      3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477149     2  0.1902    0.76058 0.000 0.932 0.004 0.064
#> SRR1457397     3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661913      3  0.1716    0.85383 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1069024     3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2165634     1  0.0000    0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722     3  0.0188    0.89591 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1328642     2  0.2773    0.72298 0.000 0.880 0.004 0.116
#> SRR1488261     3  0.3172    0.76241 0.000 0.000 0.840 0.160
#> SRR1318815     2  0.3649    0.63183 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR816945      1  0.0000    0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432     2  0.2011    0.75245 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1359280     2  0.2888    0.71565 0.000 0.872 0.004 0.124
#> SRR1313910     2  0.2466    0.74312 0.000 0.900 0.004 0.096
#> SRR1457315     2  0.3831    0.63125 0.000 0.792 0.004 0.204
#> SRR815398      1  0.0000    0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958      3  0.0707    0.88696 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR600688      3  0.7878   -0.17875 0.000 0.284 0.376 0.340
#> SRR1098952     1  0.0000    0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916     3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614167      3  0.0707    0.88692 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1348114     2  0.2125    0.75655 0.000 0.920 0.004 0.076
#> SRR658033      2  0.5271    0.37120 0.000 0.640 0.020 0.340
#> SRR1077503     3  0.2973    0.77694 0.000 0.000 0.856 0.144
#> SRR661854      3  0.6494    0.38544 0.000 0.088 0.572 0.340
#> SRR811379      2  0.1305    0.77469 0.000 0.960 0.004 0.036
#> SRR1318857     2  0.1109    0.77607 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR656445      3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433044     2  0.2530    0.73643 0.000 0.896 0.004 0.100
#> SRR1486391     1  0.0000    0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071      3  0.2814    0.79309 0.000 0.000 0.868 0.132
#> SRR1364824     1  0.4134    0.80335 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR1379133     1  0.0000    0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.3400    0.86284 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR816745      3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR601038      3  0.4624    0.54327 0.000 0.000 0.660 0.340
#> SRR1360080     1  0.0000    0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868      3  0.3219    0.75363 0.000 0.000 0.836 0.164
#> SRR1485997     1  0.2216    0.90581 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1435560     2  0.3710    0.64750 0.000 0.804 0.004 0.192
#> SRR1333330     1  0.3444    0.85975 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR663513      4  0.6194    0.45111 0.000 0.096 0.260 0.644
#> SRR1328407     3  0.2011    0.81245 0.000 0.080 0.920 0.000
#> SRR602784      3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348468     2  0.3710    0.64750 0.000 0.804 0.004 0.192
#> SRR663717      2  0.0657    0.78001 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR602217      2  0.2888    0.71740 0.000 0.872 0.004 0.124
#> SRR603140      3  0.3881    0.72593 0.000 0.016 0.812 0.172
#> SRR1340804     1  0.4483    0.77771 0.712 0.004 0.000 0.284
#> SRR1457574     3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333462     2  0.2334    0.74542 0.000 0.908 0.004 0.088
#> SRR1094601     1  0.3486    0.85719 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR1434610     3  0.7273   -0.16626 0.000 0.148 0.452 0.400
#> SRR1435833     2  0.1576    0.76985 0.000 0.948 0.004 0.048
#> SRR1398728     2  0.0376    0.77923 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1358343     4  0.4985    0.38495 0.000 0.468 0.000 0.532
#> SRR1410890     2  0.0895    0.77736 0.000 0.976 0.004 0.020
#> SRR1350371     1  0.4103    0.80781 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR1392478     2  0.0779    0.77816 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR1099260     3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433576     3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345541     3  0.7425   -0.07673 0.000 0.212 0.508 0.280
#> SRR1086328     1  0.0000    0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391      3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476207     3  0.0188    0.89460 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR627435      3  0.3764    0.70546 0.000 0.000 0.784 0.216
#> SRR1489862     1  0.0000    0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086     1  0.0000    0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.3873    0.82910 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1396191     3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490115     3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377714     3  0.1305    0.87239 0.000 0.004 0.960 0.036
#> SRR819394      1  0.2408    0.90106 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR663161      2  0.6074    0.27779 0.000 0.600 0.060 0.340
#> SRR607042      3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR656203      2  0.2654    0.73512 0.000 0.888 0.004 0.108
#> SRR660602      3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440397     1  0.1389    0.92125 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1369264     1  0.1637    0.91788 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR809233      1  0.0000    0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249      2  0.0376    0.77915 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR661242      2  0.2654    0.73032 0.000 0.888 0.004 0.108
#> SRR1332007     3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809619      2  0.2593    0.73820 0.000 0.892 0.004 0.104
#> SRR819975      1  0.3123    0.87600 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR599281      2  0.2654    0.72998 0.000 0.888 0.004 0.108
#> SRR662366      3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317898     3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382485     2  0.3710    0.64750 0.000 0.804 0.004 0.192
#> SRR2166420     1  0.4916    0.61301 0.576 0.000 0.000 0.424
#> SRR1419429     1  0.0000    0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541     3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR817444      3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320403     2  0.0779    0.77804 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR1101483     2  0.1209    0.77509 0.000 0.964 0.004 0.032
#> SRR1331684     3  0.0592    0.88501 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1400054     2  0.4800    0.40365 0.000 0.656 0.004 0.340
#> SRR1406088     2  0.1576    0.76994 0.000 0.948 0.004 0.048
#> SRR820733      2  0.6852    0.05985 0.000 0.600 0.192 0.208
#> SRR1314113     2  0.4999   -0.33405 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR1382615     3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480745     1  0.0000    0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850     2  0.0469    0.77841 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR656782      3  0.3074    0.76775 0.000 0.000 0.848 0.152
#> SRR821364      1  0.0000    0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106     1  0.0000    0.93020 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295      3  0.6382    0.40243 0.000 0.080 0.580 0.340
#> SRR1357103     3  0.0000    0.89798 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809185      2  0.1576    0.76994 0.000 0.948 0.004 0.048
#> SRR811583      2  0.4483    0.49665 0.000 0.712 0.004 0.284
#> SRR1468050     1  0.0188    0.92986 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1440224     2  0.1661    0.76798 0.000 0.944 0.004 0.052

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR1500170     2  0.0162     0.9069 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1402368     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607743      3  0.3067     0.7527 0.000 0.140 0.844 0.012 0.004
#> SRR1457375     2  0.0000     0.9072 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470923     1  0.0290     0.9503 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR817954      1  0.0963     0.9491 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR809259      1  0.0290     0.9503 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1439785     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814768      1  0.0290     0.9503 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1102031     2  0.0404     0.9039 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1363611     2  0.0510     0.9027 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1468447     2  0.0162     0.9069 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1071931     4  0.3837     0.6746 0.000 0.308 0.000 0.692 0.000
#> SRR810981      1  0.0963     0.9491 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR615299      5  0.3074     0.6725 0.000 0.196 0.000 0.000 0.804
#> SRR663585      3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326773     2  0.3876     0.4902 0.000 0.684 0.000 0.000 0.316
#> SRR1351166     2  0.0162     0.9069 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1477452     1  0.0290     0.9503 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1084720     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420320     2  0.1608     0.8567 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR1081712     2  0.0000     0.9072 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318241     3  0.1270     0.9164 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1333718     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313514     2  0.0162     0.9060 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1477861     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318005     2  0.0451     0.9009 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR1354665     2  0.0290     0.9061 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR657707      4  0.3123     0.5683 0.000 0.000 0.184 0.812 0.004
#> SRR1370742     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1412947     2  0.0404     0.9048 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR661553      5  0.5195     0.6106 0.000 0.156 0.008 0.128 0.708
#> SRR1328869     1  0.0703     0.9475 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR662211      2  0.0162     0.9060 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1348181     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416560     3  0.0290     0.9647 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1319772     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091452     2  0.4227     0.0513 0.000 0.580 0.000 0.420 0.000
#> SRR1338812     1  0.4501     0.7927 0.756 0.000 0.000 0.128 0.116
#> SRR1392072     2  0.0000     0.9072 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814844      4  0.3684     0.6879 0.000 0.280 0.000 0.720 0.000
#> SRR1376619     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603690      2  0.2787     0.7721 0.000 0.856 0.004 0.004 0.136
#> SRR2184980     2  0.0000     0.9072 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613963      4  0.4372     0.5825 0.000 0.072 0.000 0.756 0.172
#> SRR1323422     1  0.1357     0.9380 0.948 0.000 0.000 0.004 0.048
#> SRR1397673     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434650     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659875      3  0.0510     0.9583 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1465734     4  0.4218     0.4631 0.000 0.000 0.332 0.660 0.008
#> SRR1076847     2  0.4249     0.1669 0.000 0.568 0.000 0.000 0.432
#> SRR1415072     1  0.1774     0.9304 0.932 0.000 0.000 0.016 0.052
#> SRR659319      3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663088      4  0.5617     0.5897 0.024 0.192 0.000 0.680 0.104
#> SRR1352021     1  0.1809     0.9283 0.928 0.000 0.000 0.012 0.060
#> SRR1325527     1  0.0290     0.9503 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1105369     1  0.0290     0.9512 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR659935      4  0.4235     0.4865 0.000 0.424 0.000 0.576 0.000
#> SRR1352530     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662594      5  0.2763     0.7869 0.000 0.004 0.148 0.000 0.848
#> SRR1095309     1  0.1124     0.9485 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR615647      5  0.2891     0.7837 0.000 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR813019      3  0.0833     0.9491 0.000 0.016 0.976 0.004 0.004
#> SRR1374647     2  0.1638     0.8406 0.000 0.932 0.064 0.004 0.000
#> SRR603472      3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661529      5  0.3548     0.7782 0.000 0.044 0.112 0.008 0.836
#> SRR607018      3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR627423      4  0.2773     0.6761 0.000 0.164 0.000 0.836 0.000
#> SRR654921      4  0.1704     0.6348 0.000 0.068 0.000 0.928 0.004
#> SRR1418968     1  0.0963     0.9491 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR660871      5  0.4015     0.6135 0.000 0.000 0.348 0.000 0.652
#> SRR1330522     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499958     2  0.0290     0.9061 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR614059      5  0.3399     0.7823 0.000 0.000 0.168 0.020 0.812
#> SRR1071403     1  0.1124     0.9432 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR1486719     2  0.0000     0.9072 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440421     2  0.0162     0.9060 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1310412     4  0.2583     0.5862 0.000 0.000 0.132 0.864 0.004
#> SRR614767      2  0.0162     0.9060 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR820709      1  0.0963     0.9491 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1471500     1  0.1168     0.9431 0.960 0.000 0.000 0.008 0.032
#> SRR658093      5  0.3999     0.6193 0.000 0.000 0.344 0.000 0.656
#> SRR1088168     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418707     2  0.0162     0.9069 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1354291     2  0.0162     0.9060 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2165806     1  0.0963     0.9491 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1415684     2  0.3942     0.5369 0.000 0.728 0.000 0.260 0.012
#> SRR1433860     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311062     2  0.0000     0.9072 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360359     1  0.4317     0.8083 0.772 0.000 0.000 0.112 0.116
#> SRR661385      3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615407      5  0.3359     0.7451 0.000 0.108 0.052 0.000 0.840
#> SRR1413892     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443459     2  0.0162     0.9069 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1338942     1  0.1774     0.9304 0.932 0.000 0.000 0.016 0.052
#> SRR657480      3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399433     2  0.1774     0.8661 0.000 0.932 0.000 0.016 0.052
#> SRR818537      3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101324     4  0.0451     0.5869 0.000 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR807637      5  0.6387     0.4289 0.248 0.236 0.000 0.000 0.516
#> SRR1091918     1  0.0963     0.9491 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR598300      4  0.5256     0.4449 0.000 0.000 0.116 0.672 0.212
#> SRR1085426     1  0.0880     0.9498 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1376294     2  0.0162     0.9069 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR813891      1  0.1408     0.9382 0.948 0.000 0.000 0.008 0.044
#> SRR1467431     2  0.0451     0.9053 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR658742      5  0.5826     0.3494 0.000 0.020 0.060 0.356 0.564
#> SRR1419234     1  0.0290     0.9503 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1404813     2  0.0162     0.9069 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR603496      5  0.2930     0.7887 0.000 0.004 0.164 0.000 0.832
#> SRR1407758     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810945      4  0.5818     0.6083 0.000 0.196 0.004 0.628 0.172
#> SRR817234      2  0.0566     0.9036 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1444852     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660378      5  0.2930     0.7887 0.000 0.004 0.164 0.000 0.832
#> SRR1467835     2  0.0000     0.9072 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338964     3  0.0880     0.9422 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1079259     4  0.3906     0.6852 0.000 0.292 0.000 0.704 0.004
#> SRR1072345     3  0.0771     0.9504 0.000 0.004 0.976 0.020 0.000
#> SRR598725      3  0.0290     0.9657 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1447938     1  0.1251     0.9414 0.956 0.000 0.000 0.008 0.036
#> SRR1356397     1  0.0880     0.9499 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1360460     4  0.4262     0.4615 0.000 0.440 0.000 0.560 0.000
#> SRR1429468     2  0.0000     0.9072 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446850     2  0.3074     0.6900 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR1320363     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413810     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598831      5  0.2891     0.6877 0.000 0.176 0.000 0.000 0.824
#> SRR1381865     1  0.0703     0.9475 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR660957      3  0.0162     0.9698 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1491332     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099744     2  0.0000     0.9072 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464618     2  0.1671     0.8486 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1414559     4  0.3210     0.6858 0.000 0.212 0.000 0.788 0.000
#> SRR1337540     2  0.5474     0.5960 0.040 0.716 0.000 0.128 0.116
#> SRR1444283     1  0.1124     0.9485 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR2184942     4  0.3424     0.5344 0.000 0.000 0.240 0.760 0.000
#> SRR660295      1  0.1121     0.9467 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR601335      3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1363742     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345847     2  0.3612     0.5436 0.000 0.732 0.000 0.268 0.000
#> SRR614960      5  0.6365     0.5039 0.000 0.000 0.252 0.228 0.520
#> SRR819919      1  0.0404     0.9514 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR603330      3  0.1740     0.9018 0.000 0.012 0.932 0.000 0.056
#> SRR1327951     1  0.1124     0.9485 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR1401885     1  0.4411     0.8006 0.764 0.000 0.000 0.120 0.116
#> SRR1345266     2  0.2648     0.7607 0.000 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR1338055     2  0.0162     0.9060 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1430157     2  0.1270     0.8720 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1320137     2  0.0510     0.9027 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1093483     1  0.0162     0.9513 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1341080     1  0.3375     0.8707 0.840 0.000 0.000 0.056 0.104
#> SRR1459913     4  0.4256     0.3307 0.000 0.000 0.436 0.564 0.000
#> SRR2170490     1  0.0404     0.9509 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1479845     3  0.4045     0.3364 0.000 0.000 0.644 0.356 0.000
#> SRR1436420     1  0.1124     0.9485 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR1481060     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662282      5  0.2930     0.7887 0.000 0.004 0.164 0.000 0.832
#> SRR1487089     4  0.3796     0.6811 0.000 0.300 0.000 0.700 0.000
#> SRR1075683     1  0.4365     0.8043 0.768 0.000 0.000 0.116 0.116
#> SRR1338536     1  0.0703     0.9475 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1338880     2  0.2471     0.7842 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR1453456     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457895     1  0.1124     0.9485 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR1440603     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658633      2  0.0162     0.9069 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1388081     2  0.0162     0.9069 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR813339      3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809725      1  0.0771     0.9480 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR627441      5  0.2806     0.7879 0.000 0.004 0.152 0.000 0.844
#> SRR613603      5  0.3128     0.7880 0.000 0.004 0.168 0.004 0.824
#> SRR1096571     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392701     1  0.0162     0.9513 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1344326     1  0.1041     0.9496 0.964 0.000 0.000 0.004 0.032
#> SRR1367693     2  0.0963     0.8902 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR660697      2  0.0963     0.8901 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1489926     3  0.0703     0.9506 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR811491      3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311644     4  0.0290     0.5865 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1451740     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615117      5  0.2970     0.7878 0.000 0.004 0.168 0.000 0.828
#> SRR1391748     2  0.4219     0.0665 0.000 0.584 0.000 0.416 0.000
#> SRR1466556     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614972      5  0.3074     0.7713 0.000 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR1406200     1  0.4317     0.8083 0.772 0.000 0.000 0.112 0.116
#> SRR819210      2  0.2396     0.8375 0.000 0.904 0.004 0.024 0.068
#> SRR662174      1  0.0963     0.9491 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR811988      1  0.2409     0.9117 0.900 0.000 0.000 0.032 0.068
#> SRR663236      5  0.7211     0.3074 0.000 0.060 0.136 0.332 0.472
#> SRR1312598     2  0.0162     0.9069 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1330129     2  0.0000     0.9072 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357781     2  0.0162     0.9060 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1315517     2  0.0162     0.9060 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1400032     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413722     1  0.0162     0.9508 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR612827      3  0.4982     0.4956 0.000 0.000 0.692 0.088 0.220
#> SRR814794      1  0.0963     0.9491 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR819430      1  0.0771     0.9486 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR1395509     2  0.0609     0.9009 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR808728      3  0.0162     0.9696 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1070813     2  0.0290     0.9059 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1389133     4  0.1831     0.5891 0.000 0.000 0.076 0.920 0.004
#> SRR601263      4  0.4161     0.4978 0.000 0.000 0.280 0.704 0.016
#> SRR604718      5  0.5819     0.4602 0.000 0.188 0.000 0.200 0.612
#> SRR1481351     3  0.0162     0.9694 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1334608     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658681      3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809283      2  0.0566     0.9036 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1459300     1  0.0162     0.9513 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1392547     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811049      4  0.4030     0.4445 0.000 0.000 0.352 0.648 0.000
#> SRR1464835     4  0.4060     0.6144 0.000 0.360 0.000 0.640 0.000
#> SRR1339619     2  0.0162     0.9069 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR658501      3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447523     3  0.0162     0.9699 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1415048     1  0.0963     0.9491 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1355451     1  0.0609     0.9485 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1444348     2  0.4294    -0.1610 0.000 0.532 0.000 0.468 0.000
#> SRR603890      5  0.4161     0.3979 0.000 0.392 0.000 0.000 0.608
#> SRR810595      3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446244     2  0.0794     0.8930 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR817373      2  0.0000     0.9072 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457291     2  0.0000     0.9072 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598220      2  0.4146     0.4841 0.000 0.716 0.268 0.012 0.004
#> SRR1477991     2  0.0162     0.9069 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR598172      2  0.0162     0.9060 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1349032     2  0.4171     0.1216 0.000 0.604 0.000 0.396 0.000
#> SRR604002      3  0.3559     0.7126 0.000 0.008 0.804 0.012 0.176
#> SRR1378026     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404401     2  0.0290     0.9038 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1333240     3  0.2424     0.7758 0.000 0.132 0.868 0.000 0.000
#> SRR1089399     2  0.0162     0.9060 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR603421      5  0.4166     0.7306 0.000 0.148 0.056 0.008 0.788
#> SRR812562      1  0.4171     0.8197 0.784 0.000 0.000 0.104 0.112
#> SRR808520      3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811839      1  0.0963     0.9491 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR814317      2  0.0162     0.9069 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1436763     4  0.4522     0.6599 0.000 0.248 0.000 0.708 0.044
#> SRR1486021     2  0.1671     0.8474 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1465018     2  0.0162     0.9069 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1080998     4  0.4470     0.4252 0.000 0.012 0.372 0.616 0.000
#> SRR1083432     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082833     1  0.0955     0.9503 0.968 0.000 0.000 0.004 0.028
#> SRR1465804     1  0.1830     0.9265 0.924 0.000 0.000 0.008 0.068
#> SRR1326536     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614011      2  0.2280     0.7984 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR1365873     2  0.0404     0.9039 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1498789     2  0.0000     0.9072 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601581      4  0.4138     0.6878 0.000 0.276 0.000 0.708 0.016
#> SRR603566      5  0.2890     0.7888 0.000 0.004 0.160 0.000 0.836
#> SRR1373981     1  0.0963     0.9491 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR821410      2  0.0162     0.9060 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1076511     2  0.3983     0.4434 0.000 0.660 0.000 0.000 0.340
#> SRR614143      4  0.3806     0.5623 0.000 0.000 0.104 0.812 0.084
#> SRR1333570     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366813     2  0.0162     0.9069 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1388746     1  0.1124     0.9485 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR1420558     4  0.3816     0.4913 0.000 0.000 0.304 0.696 0.000
#> SRR1409510     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816250      2  0.0162     0.9069 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR614131      4  0.5034     0.6573 0.000 0.168 0.008 0.720 0.104
#> SRR1331130     1  0.3691     0.8543 0.820 0.000 0.000 0.076 0.104
#> SRR1316015     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470798     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614179      3  0.2773     0.7581 0.000 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR1474863     2  0.0000     0.9072 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813560      2  0.0162     0.9069 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1312187     2  0.2377     0.7885 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1420960     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355102     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084577     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659971      5  0.3003     0.6795 0.000 0.188 0.000 0.000 0.812
#> SRR1350855     4  0.3876     0.6666 0.000 0.316 0.000 0.684 0.000
#> SRR820779      3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476300     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090907     2  0.0404     0.9048 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR662294      2  0.1704     0.8541 0.000 0.928 0.000 0.004 0.068
#> SRR1480789     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336263     4  0.4030     0.6261 0.000 0.352 0.000 0.648 0.000
#> SRR660776      1  0.0963     0.9491 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1090508     4  0.5514     0.6365 0.000 0.176 0.172 0.652 0.000
#> SRR615563      4  0.5263     0.5397 0.000 0.100 0.000 0.660 0.240
#> SRR1101175     1  0.0162     0.9513 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2164650     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431205     2  0.0290     0.9057 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1339856     2  0.2648     0.7608 0.000 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR1352147     2  0.0609     0.9006 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR808968      1  0.0963     0.9491 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR627419      5  0.3300     0.6632 0.000 0.204 0.000 0.004 0.792
#> SRR1402391     1  0.1124     0.9485 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR663609      3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2167857     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398752     1  0.0963     0.9491 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1469169     1  0.1124     0.9485 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR1405437     2  0.0000     0.9072 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416955     1  0.4457     0.7967 0.760 0.000 0.000 0.124 0.116
#> SRR1317064     2  0.0510     0.9027 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR659001      4  0.4449     0.3540 0.000 0.484 0.000 0.512 0.004
#> SRR2170696     4  0.3305     0.6905 0.000 0.224 0.000 0.776 0.000
#> SRR816589      3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087487     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329485     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816920      4  0.4045     0.6206 0.000 0.356 0.000 0.644 0.000
#> SRR1341432     1  0.0963     0.9491 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1361590     4  0.3999     0.6374 0.000 0.344 0.000 0.656 0.000
#> SRR817046      3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471331     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660788      4  0.5503     0.6193 0.000 0.128 0.192 0.672 0.008
#> SRR819234      1  0.0290     0.9503 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR810853      3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809427      2  0.0000     0.9072 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2170217     2  0.0510     0.9027 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1386967     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420344     2  0.0162     0.9069 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1334535     1  0.1124     0.9442 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR614503      2  0.4269     0.6984 0.000 0.776 0.000 0.108 0.116
#> SRR602564      4  0.6381     0.2507 0.000 0.032 0.092 0.544 0.332
#> SRR1420669     4  0.3966     0.6471 0.000 0.336 0.000 0.664 0.000
#> SRR819024      3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656223      3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR608428      2  0.0162     0.9060 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1345647     1  0.1205     0.9427 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR1389324     2  0.0162     0.9060 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1361368     2  0.0162     0.9069 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1322619     2  0.0404     0.9049 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1349276     4  0.4138     0.5722 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR1404024     1  0.4169     0.8223 0.784 0.000 0.000 0.100 0.116
#> SRR1370637     2  0.2286     0.8115 0.000 0.888 0.000 0.004 0.108
#> SRR1452631     4  0.4015     0.6359 0.000 0.348 0.000 0.652 0.000
#> SRR608392      5  0.3305     0.7499 0.000 0.000 0.224 0.000 0.776
#> SRR1357757     3  0.5356     0.6201 0.028 0.004 0.728 0.124 0.116
#> SRR1074646     4  0.3999     0.6374 0.000 0.344 0.000 0.656 0.000
#> SRR1367499     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343501     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394406     4  0.2390     0.6112 0.000 0.020 0.084 0.896 0.000
#> SRR1381435     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467407     1  0.0290     0.9503 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1092422     3  0.1670     0.8946 0.000 0.052 0.936 0.012 0.000
#> SRR1380270     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091817     2  0.0000     0.9072 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440137     2  0.0162     0.9069 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR614311      2  0.0000     0.9072 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407516     4  0.5636     0.4404 0.000 0.372 0.012 0.560 0.056
#> SRR815494      3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333209     2  0.2813     0.7300 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000
#> SRR615177      2  0.4914     0.5935 0.000 0.704 0.000 0.204 0.092
#> SRR1099648     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659720      5  0.5557     0.7009 0.000 0.048 0.104 0.136 0.712
#> SRR2185057     1  0.0290     0.9503 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1467125     1  0.0451     0.9505 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR657468      4  0.0898     0.5865 0.000 0.008 0.000 0.972 0.020
#> SRR660042      5  0.3527     0.7797 0.000 0.000 0.172 0.024 0.804
#> SRR2170864     2  0.0000     0.9072 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440491     2  0.0000     0.9072 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440852     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811169      1  0.0290     0.9514 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1331311     2  0.3366     0.6217 0.000 0.768 0.000 0.232 0.000
#> SRR818009      1  0.0963     0.9491 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1351836     2  0.0000     0.9072 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498313     2  0.5433     0.6249 0.012 0.736 0.032 0.112 0.108
#> SRR1441975     2  0.0000     0.9072 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819096      1  0.0703     0.9475 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1073679     2  0.4836     0.3645 0.000 0.652 0.304 0.044 0.000
#> SRR1489116     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354138     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490589     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1412987     4  0.3210     0.6896 0.000 0.212 0.000 0.788 0.000
#> SRR602034      3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353437     1  0.1168     0.9432 0.960 0.000 0.000 0.008 0.032
#> SRR1072871     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661577      5  0.2891     0.6877 0.000 0.176 0.000 0.000 0.824
#> SRR612190      4  0.3491     0.6846 0.000 0.228 0.000 0.768 0.004
#> SRR1399880     1  0.4364     0.8047 0.768 0.000 0.000 0.120 0.112
#> SRR1101787     4  0.5396     0.6488 0.000 0.220 0.000 0.656 0.124
#> SRR657869      1  0.1270     0.9431 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1446332     1  0.1124     0.9485 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR816039      1  0.3226     0.8774 0.852 0.000 0.000 0.088 0.060
#> SRR1485141     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476697     1  0.0963     0.9491 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1379538     4  0.4074     0.6072 0.000 0.364 0.000 0.636 0.000
#> SRR1331422     1  0.0963     0.9491 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR660859      4  0.1981     0.5821 0.000 0.000 0.028 0.924 0.048
#> SRR1097594     1  0.0451     0.9517 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1311419     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336706     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472976     2  0.4210     0.0966 0.000 0.588 0.000 0.412 0.000
#> SRR1321307     1  0.1043     0.9481 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR807493      1  0.0963     0.9491 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR812461      3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477149     2  0.0000     0.9072 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457397     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661913      3  0.0290     0.9664 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1069024     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2165634     1  0.0609     0.9511 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1478722     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328642     2  0.0162     0.9060 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1488261     4  0.3966     0.4550 0.000 0.000 0.336 0.664 0.000
#> SRR1318815     4  0.3305     0.6903 0.000 0.224 0.000 0.776 0.000
#> SRR816945      1  0.0963     0.9491 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1367432     2  0.0609     0.9018 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1359280     2  0.0162     0.9060 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1313910     2  0.0609     0.8990 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1457315     4  0.3949     0.6517 0.000 0.332 0.000 0.668 0.000
#> SRR815398      1  0.0963     0.9491 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR656958      3  0.4291    -0.0989 0.000 0.000 0.536 0.000 0.464
#> SRR600688      5  0.5188     0.7079 0.000 0.012 0.136 0.136 0.716
#> SRR1098952     1  0.0963     0.9491 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1314916     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614167      5  0.3837     0.6640 0.000 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR1348114     2  0.4210     0.0874 0.000 0.588 0.000 0.412 0.000
#> SRR658033      5  0.3421     0.7050 0.000 0.164 0.016 0.004 0.816
#> SRR1077503     3  0.0703     0.9499 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR661854      5  0.2806     0.7879 0.000 0.004 0.152 0.000 0.844
#> SRR811379      4  0.5490     0.6460 0.000 0.248 0.000 0.636 0.116
#> SRR1318857     2  0.0162     0.9069 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR656445      3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433044     2  0.0162     0.9060 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1486391     1  0.0324     0.9517 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR656071      4  0.4150     0.3870 0.000 0.000 0.388 0.612 0.000
#> SRR1364824     1  0.3812     0.8452 0.812 0.000 0.000 0.092 0.096
#> SRR1379133     1  0.0451     0.9515 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1394169     1  0.0880     0.9453 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR816745      3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR601038      5  0.3210     0.7599 0.000 0.000 0.212 0.000 0.788
#> SRR1360080     1  0.0566     0.9515 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR814868      4  0.4114     0.4164 0.000 0.000 0.376 0.624 0.000
#> SRR1485997     1  0.0703     0.9475 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1435560     4  0.4498     0.6826 0.000 0.280 0.000 0.688 0.032
#> SRR1333330     1  0.2046     0.9235 0.916 0.000 0.000 0.016 0.068
#> SRR663513      4  0.1670     0.5777 0.000 0.000 0.012 0.936 0.052
#> SRR1328407     3  0.2020     0.8336 0.000 0.100 0.900 0.000 0.000
#> SRR602784      3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348468     4  0.4060     0.6229 0.000 0.360 0.000 0.640 0.000
#> SRR663717      4  0.6215     0.3369 0.000 0.156 0.000 0.508 0.336
#> SRR602217      2  0.2179     0.8158 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR603140      4  0.5491     0.4693 0.000 0.004 0.152 0.668 0.176
#> SRR1340804     1  0.4365     0.8043 0.768 0.000 0.000 0.116 0.116
#> SRR1457574     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333462     2  0.0000     0.9072 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1094601     1  0.1484     0.9361 0.944 0.000 0.000 0.008 0.048
#> SRR1434610     4  0.3160     0.6147 0.000 0.028 0.116 0.852 0.004
#> SRR1435833     2  0.0162     0.9069 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1398728     2  0.0000     0.9072 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358343     4  0.0880     0.6073 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1410890     2  0.0000     0.9072 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350371     1  0.2074     0.9259 0.920 0.000 0.000 0.044 0.036
#> SRR1392478     2  0.0162     0.9069 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1099260     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433576     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345541     4  0.6047     0.4224 0.000 0.136 0.332 0.532 0.000
#> SRR1086328     1  0.0963     0.9491 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR810391      3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476207     3  0.0404     0.9614 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR627435      3  0.2648     0.8022 0.000 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR1489862     1  0.0566     0.9502 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1419086     1  0.1124     0.9485 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR1436539     1  0.3346     0.8715 0.844 0.000 0.000 0.064 0.092
#> SRR1396191     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490115     3  0.0162     0.9694 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1377714     3  0.2726     0.8501 0.000 0.000 0.884 0.052 0.064
#> SRR819394      1  0.1408     0.9398 0.948 0.000 0.000 0.008 0.044
#> SRR663161      5  0.3427     0.7261 0.000 0.128 0.028 0.008 0.836
#> SRR607042      3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656203      2  0.0404     0.9049 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR660602      3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440397     1  0.0865     0.9477 0.972 0.000 0.000 0.004 0.024
#> SRR1369264     1  0.0404     0.9498 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR809233      1  0.0963     0.9491 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR663249      2  0.1300     0.8881 0.000 0.956 0.000 0.016 0.028
#> SRR661242      2  0.4135     0.4366 0.000 0.656 0.000 0.004 0.340
#> SRR1332007     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809619      2  0.1043     0.8870 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR819975      1  0.0880     0.9453 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR599281      2  0.0162     0.9060 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR662366      3  0.2127     0.8470 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR1317898     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382485     4  0.3999     0.6373 0.000 0.344 0.000 0.656 0.000
#> SRR2166420     1  0.5091     0.7002 0.676 0.000 0.000 0.236 0.088
#> SRR1419429     1  0.1124     0.9485 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR1092541     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817444      3  0.0162     0.9698 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1320403     2  0.0000     0.9072 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101483     2  0.2648     0.7567 0.000 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR1331684     3  0.0609     0.9504 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1400054     5  0.3183     0.6914 0.000 0.156 0.000 0.016 0.828
#> SRR1406088     2  0.0963     0.8866 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR820733      4  0.4376     0.6433 0.000 0.092 0.144 0.764 0.000
#> SRR1314113     4  0.1732     0.6391 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR1382615     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480745     1  0.0609     0.9510 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1468850     2  0.0404     0.9039 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR656782      4  0.4452     0.1762 0.000 0.000 0.496 0.500 0.004
#> SRR821364      1  0.0963     0.9491 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1101106     1  0.0794     0.9504 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR659295      5  0.3132     0.7872 0.000 0.008 0.172 0.000 0.820
#> SRR1357103     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809185      2  0.4150     0.1679 0.000 0.612 0.000 0.388 0.000
#> SRR811583      2  0.4193     0.5205 0.000 0.684 0.000 0.012 0.304
#> SRR1468050     1  0.0566     0.9502 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1440224     2  0.0162     0.9069 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR1500170     2  0.1895     0.8663 0.000 0.912 0.000 0.072 0.016 0.000
#> SRR1402368     3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607743      3  0.5208     0.6305 0.000 0.136 0.708 0.052 0.096 0.008
#> SRR1457375     2  0.0000     0.8847 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470923     1  0.0865     0.9212 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR817954      1  0.0363     0.9271 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR809259      1  0.1444     0.9053 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR1439785     3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814768      1  0.1501     0.9026 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1102031     2  0.1592     0.8720 0.000 0.940 0.000 0.032 0.020 0.008
#> SRR1363611     2  0.2063     0.8663 0.000 0.912 0.000 0.060 0.020 0.008
#> SRR1468447     2  0.1262     0.8761 0.000 0.956 0.000 0.016 0.020 0.008
#> SRR1071931     4  0.3204     0.7729 0.000 0.112 0.000 0.832 0.052 0.004
#> SRR810981      1  0.0000     0.9274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299      6  0.0865     0.8912 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR663585      3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326773     2  0.3175     0.6327 0.000 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR1351166     2  0.1895     0.8663 0.000 0.912 0.000 0.072 0.016 0.000
#> SRR1477452     1  0.0000     0.9274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720     3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420320     2  0.2821     0.8190 0.000 0.832 0.000 0.152 0.016 0.000
#> SRR1081712     2  0.0363     0.8845 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1318241     3  0.1010     0.9295 0.000 0.000 0.960 0.036 0.004 0.000
#> SRR1333718     3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313514     2  0.0653     0.8818 0.000 0.980 0.000 0.004 0.012 0.004
#> SRR1477861     3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318005     2  0.0363     0.8828 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1354665     2  0.1895     0.8741 0.000 0.912 0.000 0.072 0.016 0.000
#> SRR657707      4  0.2278     0.7194 0.000 0.000 0.044 0.900 0.052 0.004
#> SRR1370742     3  0.0603     0.9475 0.000 0.000 0.980 0.004 0.016 0.000
#> SRR1412947     2  0.0993     0.8808 0.000 0.964 0.000 0.024 0.012 0.000
#> SRR661553      6  0.0520     0.9042 0.000 0.008 0.000 0.008 0.000 0.984
#> SRR1328869     1  0.1663     0.8937 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR662211      2  0.0000     0.8847 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348181     3  0.0146     0.9586 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1416560     3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319772     3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091452     4  0.4049     0.5794 0.000 0.332 0.000 0.648 0.020 0.000
#> SRR1338812     5  0.2178     0.7061 0.132 0.000 0.000 0.000 0.868 0.000
#> SRR1392072     2  0.0000     0.8847 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814844      4  0.2309     0.7735 0.000 0.084 0.000 0.888 0.028 0.000
#> SRR1376619     3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603690      2  0.3959     0.6325 0.000 0.724 0.000 0.012 0.020 0.244
#> SRR2184980     2  0.1895     0.8663 0.000 0.912 0.000 0.072 0.016 0.000
#> SRR613963      4  0.3313     0.7100 0.000 0.000 0.000 0.816 0.060 0.124
#> SRR1323422     1  0.1610     0.8969 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000
#> SRR1397673     3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434650     3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659875      3  0.1007     0.9250 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1465734     4  0.3411     0.6190 0.000 0.000 0.232 0.756 0.004 0.008
#> SRR1076847     2  0.4093    -0.0120 0.000 0.516 0.000 0.000 0.008 0.476
#> SRR1415072     1  0.3515     0.4650 0.676 0.000 0.000 0.000 0.324 0.000
#> SRR659319      3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663088      5  0.3737     0.3921 0.000 0.024 0.000 0.188 0.772 0.016
#> SRR1352021     1  0.2883     0.7275 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212 0.000
#> SRR1325527     1  0.1327     0.9093 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1105369     1  0.1327     0.9093 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR659935      4  0.3348     0.7441 0.000 0.216 0.000 0.768 0.016 0.000
#> SRR1352530     3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662594      6  0.0520     0.9081 0.000 0.000 0.008 0.000 0.008 0.984
#> SRR1095309     1  0.0000     0.9274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647      6  0.0632     0.9077 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR813019      3  0.1194     0.9263 0.000 0.004 0.956 0.032 0.008 0.000
#> SRR1374647     2  0.2660     0.8027 0.000 0.872 0.100 0.016 0.008 0.004
#> SRR603472      3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661529      6  0.0508     0.9105 0.000 0.000 0.012 0.000 0.004 0.984
#> SRR607018      3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627423      4  0.1745     0.7299 0.000 0.012 0.000 0.920 0.068 0.000
#> SRR654921      4  0.0291     0.7423 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1418968     1  0.0000     0.9274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871      6  0.1556     0.8487 0.000 0.000 0.080 0.000 0.000 0.920
#> SRR1330522     3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499958     2  0.2538     0.8430 0.000 0.860 0.000 0.124 0.016 0.000
#> SRR614059      6  0.0622     0.9095 0.000 0.000 0.012 0.000 0.008 0.980
#> SRR1071403     1  0.2135     0.8547 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000
#> SRR1486719     2  0.2006     0.8690 0.000 0.904 0.000 0.080 0.016 0.000
#> SRR1440421     2  0.0508     0.8821 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012 0.000
#> SRR1310412     4  0.2039     0.7192 0.000 0.000 0.020 0.904 0.076 0.000
#> SRR614767      2  0.0000     0.8847 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820709      1  0.0000     0.9274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.2135     0.8547 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000
#> SRR658093      6  0.1501     0.8543 0.000 0.000 0.076 0.000 0.000 0.924
#> SRR1088168     3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418707     2  0.1838     0.8704 0.000 0.916 0.000 0.068 0.016 0.000
#> SRR1354291     2  0.0260     0.8835 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR2165806     1  0.0000     0.9274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684     2  0.4926     0.4938 0.000 0.636 0.000 0.292 0.048 0.024
#> SRR1433860     3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311062     2  0.0000     0.8847 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360359     5  0.3494     0.6891 0.252 0.000 0.000 0.012 0.736 0.000
#> SRR661385      3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615407      6  0.0260     0.9096 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1413892     3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443459     2  0.2163     0.8570 0.000 0.892 0.000 0.092 0.016 0.000
#> SRR1338942     1  0.3563     0.4277 0.664 0.000 0.000 0.000 0.336 0.000
#> SRR657480      3  0.0405     0.9541 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1399433     2  0.4542     0.7786 0.000 0.740 0.000 0.148 0.028 0.084
#> SRR818537      3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101324     4  0.1387     0.7230 0.000 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000
#> SRR807637      6  0.4253     0.5845 0.052 0.220 0.000 0.000 0.008 0.720
#> SRR1091918     1  0.0790     0.9227 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR598300      4  0.4368     0.6362 0.000 0.000 0.008 0.716 0.064 0.212
#> SRR1085426     1  0.0000     0.9274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294     2  0.0000     0.8847 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813891      1  0.3330     0.5727 0.716 0.000 0.000 0.000 0.284 0.000
#> SRR1467431     2  0.1592     0.8720 0.000 0.940 0.000 0.032 0.020 0.008
#> SRR658742      6  0.1615     0.8700 0.000 0.000 0.004 0.064 0.004 0.928
#> SRR1419234     1  0.1075     0.9173 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1404813     2  0.0146     0.8851 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR603496      6  0.0363     0.9110 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1407758     3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810945      4  0.3792     0.7181 0.000 0.032 0.004 0.788 0.016 0.160
#> SRR817234      2  0.1592     0.8720 0.000 0.940 0.000 0.032 0.020 0.008
#> SRR1444852     3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660378      6  0.0547     0.9091 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1467835     2  0.0146     0.8851 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1338964     3  0.1398     0.9104 0.000 0.000 0.940 0.052 0.008 0.000
#> SRR1079259     4  0.3062     0.7704 0.000 0.160 0.000 0.816 0.024 0.000
#> SRR1072345     3  0.2274     0.8665 0.000 0.000 0.892 0.088 0.012 0.008
#> SRR598725      3  0.2257     0.8824 0.000 0.000 0.904 0.048 0.040 0.008
#> SRR1447938     1  0.2092     0.8594 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000
#> SRR1356397     1  0.0363     0.9271 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1360460     4  0.3534     0.7280 0.000 0.244 0.000 0.740 0.016 0.000
#> SRR1429468     2  0.2214     0.8548 0.000 0.888 0.000 0.096 0.016 0.000
#> SRR1446850     4  0.4212     0.3050 0.000 0.424 0.000 0.560 0.016 0.000
#> SRR1320363     3  0.0291     0.9561 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1413810     3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598831      6  0.0547     0.9015 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR1381865     1  0.1714     0.8905 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000
#> SRR660957      3  0.0146     0.9584 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1491332     3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099744     2  0.0146     0.8851 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1464618     2  0.3037     0.7778 0.000 0.808 0.000 0.176 0.016 0.000
#> SRR1414559     4  0.3743     0.7489 0.000 0.064 0.000 0.792 0.136 0.008
#> SRR1337540     5  0.3636     0.4878 0.000 0.108 0.000 0.064 0.812 0.016
#> SRR1444283     1  0.0000     0.9274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942     4  0.3336     0.6857 0.000 0.000 0.132 0.812 0.056 0.000
#> SRR660295      1  0.0405     0.9193 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR601335      3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1363742     3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345847     4  0.3778     0.6804 0.000 0.272 0.000 0.708 0.020 0.000
#> SRR614960      6  0.3094     0.8258 0.000 0.000 0.060 0.048 0.032 0.860
#> SRR819919      1  0.0000     0.9274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330      3  0.4680     0.6961 0.000 0.088 0.748 0.016 0.020 0.128
#> SRR1327951     1  0.0000     0.9274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885     5  0.2320     0.7044 0.132 0.000 0.000 0.004 0.864 0.000
#> SRR1345266     4  0.4256     0.1782 0.000 0.464 0.000 0.520 0.016 0.000
#> SRR1338055     2  0.1167     0.8765 0.000 0.960 0.000 0.012 0.020 0.008
#> SRR1430157     2  0.2581     0.8358 0.000 0.856 0.000 0.128 0.016 0.000
#> SRR1320137     2  0.1806     0.8668 0.000 0.928 0.000 0.044 0.020 0.008
#> SRR1093483     1  0.0790     0.9228 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1341080     1  0.3647     0.3471 0.640 0.000 0.000 0.000 0.360 0.000
#> SRR1459913     3  0.4584     0.1515 0.000 0.000 0.556 0.404 0.040 0.000
#> SRR2170490     1  0.0000     0.9274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845     3  0.4282     0.1481 0.000 0.000 0.560 0.420 0.020 0.000
#> SRR1436420     1  0.0458     0.9267 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1481060     3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662282      6  0.0632     0.9077 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR1487089     4  0.2945     0.7755 0.000 0.156 0.000 0.824 0.020 0.000
#> SRR1075683     5  0.2362     0.7084 0.136 0.000 0.000 0.004 0.860 0.000
#> SRR1338536     1  0.1957     0.8723 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000
#> SRR1338880     2  0.4078     0.5015 0.000 0.640 0.000 0.340 0.020 0.000
#> SRR1453456     3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457895     1  0.0146     0.9274 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1440603     3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658633      2  0.1592     0.8720 0.000 0.940 0.000 0.032 0.020 0.008
#> SRR1388081     2  0.0260     0.8852 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR813339      3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809725      1  0.2178     0.8504 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132 0.000
#> SRR627441      6  0.0363     0.9110 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR613603      6  0.0508     0.9105 0.000 0.000 0.012 0.000 0.004 0.984
#> SRR1096571     3  0.0146     0.9589 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1392701     1  0.0260     0.9276 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1344326     1  0.0000     0.9274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693     2  0.3390     0.8277 0.000 0.808 0.000 0.152 0.032 0.008
#> SRR660697      2  0.2588     0.8497 0.000 0.876 0.000 0.092 0.024 0.008
#> SRR1489926     3  0.2629     0.8441 0.000 0.000 0.868 0.092 0.040 0.000
#> SRR811491      3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311644     4  0.1556     0.7151 0.000 0.000 0.000 0.920 0.080 0.000
#> SRR1451740     3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615117      6  0.0363     0.9110 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1391748     4  0.3652     0.6894 0.000 0.264 0.000 0.720 0.016 0.000
#> SRR1466556     3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614972      6  0.0713     0.9054 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR1406200     5  0.3975     0.4039 0.452 0.000 0.000 0.004 0.544 0.000
#> SRR819210      2  0.3860     0.7855 0.000 0.804 0.000 0.084 0.028 0.084
#> SRR662174      1  0.0260     0.9276 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR811988      1  0.3076     0.6723 0.760 0.000 0.000 0.000 0.240 0.000
#> SRR663236      6  0.4331     0.3836 0.000 0.000 0.016 0.340 0.012 0.632
#> SRR1312598     2  0.1895     0.8663 0.000 0.912 0.000 0.072 0.016 0.000
#> SRR1330129     2  0.1657     0.8750 0.000 0.928 0.000 0.056 0.016 0.000
#> SRR1357781     2  0.0260     0.8835 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1315517     2  0.0260     0.8835 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1400032     3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413722     1  0.1387     0.9076 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR612827      3  0.6016     0.2907 0.000 0.000 0.540 0.156 0.028 0.276
#> SRR814794      1  0.0000     0.9274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430      1  0.1556     0.8999 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR1395509     2  0.3043     0.8405 0.000 0.836 0.000 0.132 0.024 0.008
#> SRR808728      3  0.0146     0.9586 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1070813     2  0.2398     0.8496 0.000 0.876 0.000 0.104 0.020 0.000
#> SRR1389133     4  0.2742     0.7210 0.000 0.000 0.044 0.872 0.076 0.008
#> SRR601263      4  0.3778     0.6884 0.000 0.000 0.128 0.800 0.048 0.024
#> SRR604718      6  0.2275     0.8225 0.000 0.008 0.000 0.096 0.008 0.888
#> SRR1481351     3  0.0717     0.9449 0.000 0.000 0.976 0.016 0.008 0.000
#> SRR1334608     3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658681      3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809283      2  0.2325     0.8523 0.000 0.900 0.000 0.048 0.044 0.008
#> SRR1459300     1  0.0000     0.9274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547     3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811049      4  0.3693     0.5686 0.000 0.004 0.280 0.708 0.008 0.000
#> SRR1464835     4  0.3318     0.7711 0.000 0.172 0.000 0.796 0.032 0.000
#> SRR1339619     2  0.1895     0.8663 0.000 0.912 0.000 0.072 0.016 0.000
#> SRR658501      3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447523     3  0.0405     0.9536 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004 0.000
#> SRR1415048     1  0.0000     0.9274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.1556     0.8834 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR1444348     4  0.3404     0.7386 0.000 0.224 0.000 0.760 0.016 0.000
#> SRR603890      6  0.3050     0.6213 0.000 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764
#> SRR810595      3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446244     2  0.2214     0.8560 0.000 0.888 0.000 0.096 0.016 0.000
#> SRR817373      2  0.0000     0.8847 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457291     2  0.0146     0.8851 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR598220      2  0.4731     0.5109 0.000 0.680 0.256 0.036 0.020 0.008
#> SRR1477991     2  0.0146     0.8851 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR598172      2  0.0260     0.8835 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1349032     4  0.3534     0.7280 0.000 0.244 0.000 0.740 0.016 0.000
#> SRR604002      3  0.4226     0.4834 0.000 0.004 0.648 0.016 0.004 0.328
#> SRR1378026     3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404401     2  0.1332     0.8760 0.000 0.952 0.000 0.012 0.028 0.008
#> SRR1333240     3  0.2320     0.8138 0.000 0.132 0.864 0.000 0.004 0.000
#> SRR1089399     2  0.2151     0.8657 0.000 0.904 0.000 0.072 0.016 0.008
#> SRR603421      6  0.1198     0.9007 0.000 0.004 0.012 0.004 0.020 0.960
#> SRR812562      5  0.3828     0.4377 0.440 0.000 0.000 0.000 0.560 0.000
#> SRR808520      3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811839      1  0.0000     0.9274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317      2  0.1895     0.8663 0.000 0.912 0.000 0.072 0.016 0.000
#> SRR1436763     4  0.5542     0.5957 0.000 0.216 0.000 0.608 0.160 0.016
#> SRR1486021     2  0.2257     0.8352 0.000 0.876 0.000 0.008 0.000 0.116
#> SRR1465018     2  0.1350     0.8755 0.000 0.952 0.000 0.020 0.020 0.008
#> SRR1080998     4  0.3991     0.5474 0.000 0.012 0.300 0.680 0.008 0.000
#> SRR1083432     3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082833     1  0.0000     0.9274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804     5  0.3857     0.3509 0.468 0.000 0.000 0.000 0.532 0.000
#> SRR1326536     3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614011      2  0.4656     0.6916 0.000 0.696 0.000 0.068 0.016 0.220
#> SRR1365873     2  0.2002     0.8660 0.000 0.916 0.000 0.056 0.020 0.008
#> SRR1498789     2  0.0000     0.8847 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601581      4  0.2094     0.7727 0.000 0.080 0.000 0.900 0.020 0.000
#> SRR603566      6  0.0508     0.9106 0.000 0.000 0.012 0.000 0.004 0.984
#> SRR1373981     1  0.0000     0.9274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410      2  0.0000     0.8847 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076511     2  0.3695     0.3866 0.000 0.624 0.000 0.000 0.000 0.376
#> SRR614143      4  0.3158     0.7266 0.000 0.000 0.032 0.856 0.060 0.052
#> SRR1333570     3  0.0603     0.9475 0.000 0.000 0.980 0.004 0.016 0.000
#> SRR1366813     2  0.1895     0.8663 0.000 0.912 0.000 0.072 0.016 0.000
#> SRR1388746     1  0.0000     0.9274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558     4  0.4038     0.6225 0.000 0.000 0.216 0.728 0.056 0.000
#> SRR1409510     3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816250      2  0.0000     0.8847 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614131      4  0.3934     0.7256 0.000 0.020 0.004 0.800 0.076 0.100
#> SRR1331130     5  0.3428     0.6440 0.304 0.000 0.000 0.000 0.696 0.000
#> SRR1316015     3  0.0146     0.9586 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1470798     3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614179      3  0.3499     0.5294 0.000 0.000 0.680 0.000 0.000 0.320
#> SRR1474863     2  0.0146     0.8842 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR813560      2  0.2060     0.8614 0.000 0.900 0.000 0.084 0.016 0.000
#> SRR1312187     2  0.4264    -0.0752 0.000 0.496 0.000 0.488 0.016 0.000
#> SRR1420960     3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355102     3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084577     3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659971      6  0.0508     0.9036 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004 0.984
#> SRR1350855     4  0.2821     0.7703 0.000 0.152 0.000 0.832 0.016 0.000
#> SRR820779      3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476300     3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090907     2  0.1453     0.8784 0.000 0.944 0.000 0.040 0.008 0.008
#> SRR662294      2  0.3469     0.7767 0.000 0.816 0.000 0.032 0.020 0.132
#> SRR1480789     3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336263     4  0.2821     0.7698 0.000 0.152 0.000 0.832 0.016 0.000
#> SRR660776      1  0.1267     0.9115 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1090508     4  0.5963     0.5872 0.000 0.092 0.232 0.608 0.060 0.008
#> SRR615563      4  0.3290     0.6694 0.000 0.000 0.000 0.776 0.016 0.208
#> SRR1101175     1  0.1327     0.9093 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR2164650     3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1431205     2  0.1592     0.8720 0.000 0.940 0.000 0.032 0.020 0.008
#> SRR1339856     2  0.3582     0.6840 0.000 0.732 0.000 0.252 0.016 0.000
#> SRR1352147     2  0.3153     0.8425 0.000 0.832 0.000 0.128 0.032 0.008
#> SRR808968      1  0.0000     0.9274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419      6  0.0909     0.8980 0.000 0.020 0.000 0.012 0.000 0.968
#> SRR1402391     1  0.0000     0.9274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609      3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2167857     3  0.0405     0.9534 0.000 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
#> SRR1398752     1  0.0000     0.9274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.0000     0.9274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437     2  0.1895     0.8663 0.000 0.912 0.000 0.072 0.016 0.000
#> SRR1416955     5  0.2178     0.7061 0.132 0.000 0.000 0.000 0.868 0.000
#> SRR1317064     2  0.1890     0.8657 0.000 0.924 0.000 0.044 0.024 0.008
#> SRR659001      4  0.4368     0.4946 0.000 0.384 0.000 0.592 0.016 0.008
#> SRR2170696     4  0.2066     0.7713 0.000 0.072 0.000 0.904 0.024 0.000
#> SRR816589      3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1087487     3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329485     3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816920      4  0.3221     0.7585 0.000 0.188 0.000 0.792 0.020 0.000
#> SRR1341432     1  0.0000     0.9274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590     4  0.3098     0.7728 0.000 0.164 0.000 0.812 0.024 0.000
#> SRR817046      3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471331     3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660788      4  0.3474     0.7053 0.000 0.008 0.140 0.816 0.024 0.012
#> SRR819234      1  0.0458     0.9269 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR810853      3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809427      2  0.0909     0.8827 0.000 0.968 0.000 0.020 0.012 0.000
#> SRR2170217     2  0.1957     0.8666 0.000 0.920 0.000 0.048 0.024 0.008
#> SRR1386967     3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420344     2  0.1895     0.8663 0.000 0.912 0.000 0.072 0.016 0.000
#> SRR1334535     1  0.1610     0.8970 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000
#> SRR614503      2  0.5443     0.5413 0.000 0.608 0.000 0.100 0.024 0.268
#> SRR602564      6  0.3000     0.8035 0.000 0.000 0.008 0.096 0.044 0.852
#> SRR1420669     4  0.3837     0.7691 0.000 0.152 0.000 0.780 0.060 0.008
#> SRR819024      3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656223      3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608428      2  0.0146     0.8851 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1345647     1  0.1863     0.8803 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR1389324     2  0.0000     0.8847 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361368     2  0.1838     0.8680 0.000 0.916 0.000 0.068 0.016 0.000
#> SRR1322619     2  0.2581     0.8416 0.000 0.856 0.000 0.128 0.016 0.000
#> SRR1349276     4  0.3290     0.7495 0.000 0.208 0.000 0.776 0.016 0.000
#> SRR1404024     5  0.3050     0.6989 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764 0.000
#> SRR1370637     2  0.4852     0.7005 0.000 0.696 0.000 0.112 0.016 0.176
#> SRR1452631     4  0.3201     0.7557 0.000 0.208 0.000 0.780 0.012 0.000
#> SRR608392      6  0.0713     0.9054 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR1357757     5  0.5550     0.2865 0.000 0.024 0.268 0.072 0.620 0.016
#> SRR1074646     4  0.2907     0.7694 0.000 0.152 0.000 0.828 0.020 0.000
#> SRR1367499     3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343501     3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394406     4  0.1524     0.7273 0.000 0.000 0.008 0.932 0.060 0.000
#> SRR1381435     3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467407     1  0.1327     0.9093 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1092422     3  0.1977     0.8929 0.000 0.032 0.920 0.040 0.008 0.000
#> SRR1380270     3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091817     2  0.0000     0.8847 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440137     2  0.1176     0.8783 0.000 0.956 0.000 0.024 0.020 0.000
#> SRR614311      2  0.1838     0.8680 0.000 0.916 0.000 0.068 0.016 0.000
#> SRR1407516     2  0.6010     0.4502 0.000 0.544 0.004 0.256 0.180 0.016
#> SRR815494      3  0.0146     0.9583 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1333209     4  0.4238     0.3378 0.000 0.444 0.000 0.540 0.016 0.000
#> SRR615177      5  0.4809     0.3517 0.000 0.208 0.000 0.080 0.692 0.020
#> SRR1099648     3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659720      6  0.0912     0.9084 0.000 0.012 0.008 0.004 0.004 0.972
#> SRR2185057     1  0.0632     0.9255 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1467125     1  0.0713     0.9212 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR657468      4  0.1285     0.7287 0.000 0.000 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR660042      6  0.0547     0.9091 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR2170864     2  0.0000     0.8847 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440491     2  0.0260     0.8852 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1440852     3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811169      1  0.1327     0.9096 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1331311     4  0.4110     0.4701 0.000 0.376 0.000 0.608 0.016 0.000
#> SRR818009      1  0.0146     0.9251 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1351836     2  0.0291     0.8852 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1498313     2  0.6238     0.3055 0.000 0.520 0.060 0.064 0.340 0.016
#> SRR1441975     2  0.1528     0.8752 0.000 0.936 0.000 0.048 0.016 0.000
#> SRR819096      1  0.2340     0.8288 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148 0.000
#> SRR1073679     2  0.6273     0.2486 0.000 0.492 0.264 0.224 0.016 0.004
#> SRR1489116     3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354138     3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490589     3  0.0508     0.9511 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012 0.000
#> SRR1412987     4  0.1334     0.7586 0.000 0.032 0.000 0.948 0.020 0.000
#> SRR602034      3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353437     1  0.1663     0.8937 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR1072871     3  0.0508     0.9506 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR661577      6  0.0547     0.9021 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR612190      4  0.3803     0.7639 0.000 0.088 0.000 0.804 0.088 0.020
#> SRR1399880     5  0.4192     0.4927 0.412 0.000 0.000 0.016 0.572 0.000
#> SRR1101787     4  0.4004     0.7558 0.000 0.100 0.000 0.784 0.016 0.100
#> SRR657869      1  0.0520     0.9159 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR1446332     1  0.0000     0.9274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039      1  0.3725     0.4678 0.676 0.000 0.000 0.008 0.316 0.000
#> SRR1485141     3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476697     1  0.0000     0.9274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538     4  0.3104     0.7597 0.000 0.184 0.000 0.800 0.016 0.000
#> SRR1331422     1  0.0000     0.9274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859      4  0.1644     0.7160 0.000 0.000 0.000 0.920 0.076 0.004
#> SRR1097594     1  0.0000     0.9274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419     3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336706     3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472976     2  0.4193     0.6740 0.000 0.688 0.000 0.276 0.028 0.008
#> SRR1321307     1  0.0291     0.9224 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR807493      1  0.0000     0.9274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461      3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477149     2  0.2199     0.8595 0.000 0.892 0.000 0.088 0.020 0.000
#> SRR1457397     3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661913      3  0.1765     0.8999 0.000 0.000 0.924 0.024 0.052 0.000
#> SRR1069024     3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2165634     1  0.0000     0.9274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722     3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328642     2  0.0000     0.8847 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488261     4  0.4099     0.5847 0.000 0.000 0.244 0.708 0.048 0.000
#> SRR1318815     4  0.1967     0.7736 0.000 0.084 0.000 0.904 0.012 0.000
#> SRR816945      1  0.0146     0.9251 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1367432     2  0.2456     0.8531 0.000 0.892 0.000 0.052 0.048 0.008
#> SRR1359280     2  0.1065     0.8771 0.000 0.964 0.000 0.008 0.020 0.008
#> SRR1313910     2  0.2060     0.8612 0.000 0.900 0.000 0.084 0.016 0.000
#> SRR1457315     4  0.3776     0.7679 0.000 0.188 0.000 0.760 0.052 0.000
#> SRR815398      1  0.0146     0.9251 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR656958      6  0.3244     0.5472 0.000 0.000 0.268 0.000 0.000 0.732
#> SRR600688      6  0.0622     0.9103 0.000 0.000 0.012 0.008 0.000 0.980
#> SRR1098952     1  0.1007     0.9185 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1314916     3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614167      6  0.1267     0.8731 0.000 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940
#> SRR1348114     4  0.3457     0.7301 0.000 0.232 0.000 0.752 0.016 0.000
#> SRR658033      6  0.0551     0.9067 0.000 0.008 0.004 0.000 0.004 0.984
#> SRR1077503     3  0.1701     0.8911 0.000 0.000 0.920 0.072 0.008 0.000
#> SRR661854      6  0.0363     0.9110 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR811379      4  0.4073     0.7587 0.000 0.124 0.000 0.776 0.016 0.084
#> SRR1318857     2  0.1895     0.8663 0.000 0.912 0.000 0.072 0.016 0.000
#> SRR656445      3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433044     2  0.0951     0.8781 0.000 0.968 0.000 0.004 0.020 0.008
#> SRR1486391     1  0.0000     0.9274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071      4  0.4327     0.5613 0.000 0.000 0.264 0.680 0.056 0.000
#> SRR1364824     5  0.3998     0.2721 0.492 0.000 0.000 0.004 0.504 0.000
#> SRR1379133     1  0.0458     0.9268 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1394169     1  0.1663     0.8937 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR816745      3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601038      6  0.0713     0.9054 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR1360080     1  0.0000     0.9274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868      4  0.4463     0.1938 0.000 0.000 0.456 0.516 0.028 0.000
#> SRR1485997     1  0.0937     0.9201 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1435560     4  0.2844     0.7759 0.000 0.104 0.000 0.860 0.020 0.016
#> SRR1333330     1  0.3737     0.2227 0.608 0.000 0.000 0.000 0.392 0.000
#> SRR663513      4  0.2865     0.7136 0.000 0.000 0.008 0.840 0.140 0.012
#> SRR1328407     3  0.2308     0.8318 0.000 0.108 0.880 0.004 0.008 0.000
#> SRR602784      3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348468     4  0.3404     0.7424 0.000 0.224 0.000 0.760 0.016 0.000
#> SRR663717      4  0.3964     0.6351 0.000 0.016 0.000 0.724 0.016 0.244
#> SRR602217      2  0.3835     0.7978 0.000 0.796 0.000 0.072 0.016 0.116
#> SRR603140      4  0.4562     0.6705 0.000 0.000 0.044 0.732 0.048 0.176
#> SRR1340804     5  0.2597     0.7209 0.176 0.000 0.000 0.000 0.824 0.000
#> SRR1457574     3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333462     2  0.0508     0.8821 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012 0.000
#> SRR1094601     1  0.2454     0.8128 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160 0.000
#> SRR1434610     4  0.1777     0.7506 0.000 0.004 0.044 0.928 0.024 0.000
#> SRR1435833     2  0.0146     0.8851 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1398728     2  0.1838     0.8680 0.000 0.916 0.000 0.068 0.016 0.000
#> SRR1358343     4  0.1700     0.7168 0.000 0.004 0.000 0.916 0.080 0.000
#> SRR1410890     2  0.0146     0.8851 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1350371     1  0.1531     0.9067 0.928 0.000 0.000 0.004 0.068 0.000
#> SRR1392478     2  0.1895     0.8663 0.000 0.912 0.000 0.072 0.016 0.000
#> SRR1099260     3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433576     3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345541     3  0.5700     0.5461 0.000 0.036 0.644 0.160 0.152 0.008
#> SRR1086328     1  0.0000     0.9274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391      3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476207     3  0.1483     0.9156 0.000 0.000 0.944 0.036 0.012 0.008
#> SRR627435      3  0.4480     0.6512 0.000 0.000 0.716 0.192 0.084 0.008
#> SRR1489862     1  0.1204     0.9147 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1419086     1  0.0000     0.9274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539     5  0.3833     0.4272 0.444 0.000 0.000 0.000 0.556 0.000
#> SRR1396191     3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490115     3  0.0146     0.9585 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1377714     3  0.5742     0.5619 0.000 0.088 0.660 0.060 0.176 0.016
#> SRR819394      1  0.2378     0.8238 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152 0.000
#> SRR663161      6  0.0436     0.9042 0.004 0.004 0.000 0.000 0.004 0.988
#> SRR607042      3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656203      2  0.0891     0.8839 0.000 0.968 0.000 0.024 0.008 0.000
#> SRR660602      3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440397     1  0.0458     0.9271 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1369264     1  0.1267     0.9113 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR809233      1  0.0000     0.9274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249      2  0.3673     0.7804 0.000 0.780 0.000 0.180 0.016 0.024
#> SRR661242      6  0.3843     0.1614 0.000 0.452 0.000 0.000 0.000 0.548
#> SRR1332007     3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809619      2  0.2907     0.8269 0.000 0.828 0.000 0.152 0.020 0.000
#> SRR819975      1  0.1714     0.8908 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000
#> SRR599281      2  0.0000     0.8847 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662366      3  0.2964     0.7330 0.000 0.000 0.792 0.000 0.004 0.204
#> SRR1317898     3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382485     4  0.3168     0.7576 0.000 0.192 0.000 0.792 0.016 0.000
#> SRR2166420     5  0.3544     0.6865 0.120 0.000 0.000 0.080 0.800 0.000
#> SRR1419429     1  0.0000     0.9274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541     3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817444      3  0.0146     0.9585 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1320403     2  0.0000     0.8847 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101483     4  0.3853     0.6320 0.000 0.304 0.000 0.680 0.016 0.000
#> SRR1331684     3  0.0520     0.9505 0.000 0.008 0.984 0.000 0.008 0.000
#> SRR1400054     6  0.0820     0.9004 0.000 0.016 0.000 0.012 0.000 0.972
#> SRR1406088     2  0.2744     0.8157 0.000 0.840 0.000 0.144 0.016 0.000
#> SRR820733      4  0.1949     0.7359 0.000 0.004 0.088 0.904 0.004 0.000
#> SRR1314113     4  0.1700     0.7168 0.000 0.004 0.000 0.916 0.080 0.000
#> SRR1382615     3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480745     1  0.0000     0.9274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850     2  0.2872     0.8345 0.000 0.864 0.000 0.052 0.076 0.008
#> SRR656782      4  0.4080     0.2206 0.000 0.000 0.456 0.536 0.008 0.000
#> SRR821364      1  0.0000     0.9274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106     1  0.1327     0.9093 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR659295      6  0.0632     0.9077 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR1357103     3  0.0000     0.9609 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809185      4  0.3404     0.7403 0.000 0.224 0.000 0.760 0.016 0.000
#> SRR811583      2  0.5069     0.3296 0.000 0.560 0.000 0.044 0.020 0.376
#> SRR1468050     1  0.0363     0.9273 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1440224     2  0.0260     0.8852 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-NMF-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-NMF-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-NMF-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-NMF-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-NMF-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-NMF-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-NMF-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-NMF-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-NMF-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-NMF-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds

plot of chunk tab-CV-NMF-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-NMF-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-NMF-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-NMF-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-NMF-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds

plot of chunk tab-CV-NMF-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-NMF-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-NMF-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-NMF-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-NMF-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk CV-NMF-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-NMF-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-NMF-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-NMF-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-NMF-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-NMF-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk CV-NMF-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


MAD:hclust

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["MAD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:hclust"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 17314 rows and 500 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#>   Subgroups are detected by 'hclust' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 3.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk MAD-hclust-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk MAD-hclust-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 0.465           0.884       0.894         0.3875 0.643   0.643
#> 3 3 0.702           0.863       0.910         0.5283 0.725   0.572
#> 4 4 0.633           0.722       0.781         0.2027 0.888   0.694
#> 5 5 0.721           0.780       0.862         0.0831 0.943   0.788
#> 6 6 0.774           0.787       0.859         0.0342 0.976   0.895

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 3

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>            class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR1500170     2  0.0376      0.837 0.004 0.996
#> SRR1402368     2  0.7528      0.876 0.216 0.784
#> SRR607743      2  0.6531      0.878 0.168 0.832
#> SRR1457375     2  0.0000      0.838 0.000 1.000
#> SRR1470923     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR817954      1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR809259      1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1439785     2  0.7528      0.876 0.216 0.784
#> SRR814768      1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1102031     2  0.2423      0.852 0.040 0.960
#> SRR1363611     2  0.4815      0.869 0.104 0.896
#> SRR1468447     2  0.3114      0.807 0.056 0.944
#> SRR1071931     2  0.7376      0.878 0.208 0.792
#> SRR810981      1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR615299      2  0.6148      0.714 0.152 0.848
#> SRR663585      2  0.7376      0.878 0.208 0.792
#> SRR1326773     2  0.6531      0.878 0.168 0.832
#> SRR1351166     2  0.0000      0.838 0.000 1.000
#> SRR1477452     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1084720     2  0.7139      0.880 0.196 0.804
#> SRR1420320     2  0.7299      0.879 0.204 0.796
#> SRR1081712     2  0.0000      0.838 0.000 1.000
#> SRR1318241     2  0.7528      0.876 0.216 0.784
#> SRR1333718     2  0.0000      0.838 0.000 1.000
#> SRR1313514     2  0.6712      0.682 0.176 0.824
#> SRR1477861     2  0.0000      0.838 0.000 1.000
#> SRR1318005     2  0.6712      0.682 0.176 0.824
#> SRR1354665     2  0.0376      0.840 0.004 0.996
#> SRR657707      2  0.7528      0.876 0.216 0.784
#> SRR1370742     2  0.7528      0.876 0.216 0.784
#> SRR1412947     2  0.2423      0.852 0.040 0.960
#> SRR661553      2  0.7602      0.874 0.220 0.780
#> SRR1328869     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR662211      2  0.0000      0.838 0.000 1.000
#> SRR1348181     2  0.7528      0.876 0.216 0.784
#> SRR1416560     2  0.7528      0.876 0.216 0.784
#> SRR1319772     2  0.7528      0.876 0.216 0.784
#> SRR1091452     2  0.7528      0.876 0.216 0.784
#> SRR1338812     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1392072     2  0.6531      0.694 0.168 0.832
#> SRR814844      2  0.7674      0.871 0.224 0.776
#> SRR1376619     2  0.7453      0.878 0.212 0.788
#> SRR603690      2  0.6531      0.878 0.168 0.832
#> SRR2184980     2  0.0376      0.837 0.004 0.996
#> SRR613963      2  0.7602      0.874 0.220 0.780
#> SRR1323422     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1397673     2  0.6623      0.879 0.172 0.828
#> SRR1434650     2  0.0000      0.838 0.000 1.000
#> SRR659875      2  0.0000      0.838 0.000 1.000
#> SRR1465734     2  0.7528      0.876 0.216 0.784
#> SRR1076847     2  0.6623      0.688 0.172 0.828
#> SRR1415072     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR659319      2  0.0376      0.840 0.004 0.996
#> SRR663088      2  0.7674      0.871 0.224 0.776
#> SRR1352021     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1325527     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR659935      2  0.7299      0.879 0.204 0.796
#> SRR1352530     2  0.7528      0.876 0.216 0.784
#> SRR662594      2  0.7528      0.876 0.216 0.784
#> SRR1095309     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR615647      2  0.7528      0.876 0.216 0.784
#> SRR813019      2  0.0000      0.838 0.000 1.000
#> SRR1374647     2  0.0000      0.838 0.000 1.000
#> SRR603472      2  0.0000      0.838 0.000 1.000
#> SRR661529      2  0.7602      0.874 0.220 0.780
#> SRR607018      2  0.1184      0.844 0.016 0.984
#> SRR627423      2  0.3733      0.851 0.072 0.928
#> SRR654921      2  0.7674      0.871 0.224 0.776
#> SRR1418968     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR660871      2  0.7528      0.876 0.216 0.784
#> SRR1330522     2  0.7528      0.876 0.216 0.784
#> SRR1499958     2  0.0376      0.840 0.004 0.996
#> SRR614059      2  0.7602      0.874 0.220 0.780
#> SRR1071403     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1486719     2  0.0000      0.838 0.000 1.000
#> SRR1440421     2  0.6343      0.704 0.160 0.840
#> SRR1310412     2  0.7376      0.879 0.208 0.792
#> SRR614767      2  0.0000      0.838 0.000 1.000
#> SRR820709      1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR658093      2  0.5629      0.874 0.132 0.868
#> SRR1088168     2  0.6973      0.879 0.188 0.812
#> SRR1418707     2  0.0000      0.838 0.000 1.000
#> SRR1354291     2  0.6712      0.682 0.176 0.824
#> SRR2165806     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1415684     2  0.7528      0.876 0.216 0.784
#> SRR1433860     2  0.7453      0.878 0.212 0.788
#> SRR1311062     2  0.0000      0.838 0.000 1.000
#> SRR1360359     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR661385      2  0.6623      0.879 0.172 0.828
#> SRR615407      2  0.0000      0.838 0.000 1.000
#> SRR1413892     2  0.3274      0.858 0.060 0.940
#> SRR1443459     2  0.0000      0.838 0.000 1.000
#> SRR1338942     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR657480      2  0.7528      0.876 0.216 0.784
#> SRR1399433     2  0.7528      0.876 0.216 0.784
#> SRR818537      2  0.0000      0.838 0.000 1.000
#> SRR1101324     2  0.7602      0.874 0.220 0.780
#> SRR807637      2  0.6438      0.878 0.164 0.836
#> SRR1091918     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR598300      2  0.7602      0.874 0.220 0.780
#> SRR1085426     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1376294     2  0.0000      0.838 0.000 1.000
#> SRR813891      1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1467431     2  0.6247      0.877 0.156 0.844
#> SRR658742      2  0.7602      0.874 0.220 0.780
#> SRR1419234     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1404813     2  0.0000      0.838 0.000 1.000
#> SRR603496      2  0.7219      0.879 0.200 0.800
#> SRR1407758     2  0.7453      0.878 0.212 0.788
#> SRR810945      2  0.0000      0.838 0.000 1.000
#> SRR817234      2  0.6623      0.688 0.172 0.828
#> SRR1444852     2  0.7528      0.876 0.216 0.784
#> SRR660378      2  0.6623      0.879 0.172 0.828
#> SRR1467835     2  0.0000      0.838 0.000 1.000
#> SRR1338964     2  0.7528      0.876 0.216 0.784
#> SRR1079259     2  0.7528      0.876 0.216 0.784
#> SRR1072345     2  0.7528      0.876 0.216 0.784
#> SRR598725      2  0.7528      0.876 0.216 0.784
#> SRR1447938     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1356397     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1360460     2  0.7674      0.871 0.224 0.776
#> SRR1429468     2  0.0376      0.837 0.004 0.996
#> SRR1446850     2  0.0376      0.837 0.004 0.996
#> SRR1320363     2  0.7453      0.877 0.212 0.788
#> SRR1413810     2  0.7453      0.878 0.212 0.788
#> SRR598831      2  0.0000      0.838 0.000 1.000
#> SRR1381865     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR660957      2  0.7528      0.876 0.216 0.784
#> SRR1491332     2  0.2236      0.851 0.036 0.964
#> SRR1099744     2  0.0000      0.838 0.000 1.000
#> SRR1464618     2  0.4690      0.868 0.100 0.900
#> SRR1414559     2  0.7602      0.874 0.220 0.780
#> SRR1337540     2  0.7674      0.871 0.224 0.776
#> SRR1444283     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR2184942     2  0.7453      0.877 0.212 0.788
#> SRR660295      1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR601335      2  0.7453      0.878 0.212 0.788
#> SRR1363742     2  0.5629      0.874 0.132 0.868
#> SRR1345847     2  0.6531      0.879 0.168 0.832
#> SRR614960      2  0.7602      0.874 0.220 0.780
#> SRR819919      1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR603330      2  0.6712      0.682 0.176 0.824
#> SRR1327951     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1345266     2  0.3114      0.857 0.056 0.944
#> SRR1338055     2  0.0376      0.837 0.004 0.996
#> SRR1430157     2  0.0000      0.838 0.000 1.000
#> SRR1320137     2  0.0376      0.840 0.004 0.996
#> SRR1093483     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1341080     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1459913     2  0.7528      0.876 0.216 0.784
#> SRR2170490     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1479845     2  0.7528      0.876 0.216 0.784
#> SRR1436420     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1481060     2  0.0000      0.838 0.000 1.000
#> SRR662282      2  0.7528      0.876 0.216 0.784
#> SRR1487089     2  0.7674      0.871 0.224 0.776
#> SRR1075683     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1338536     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1338880     2  0.3733      0.861 0.072 0.928
#> SRR1453456     2  0.7528      0.876 0.216 0.784
#> SRR1457895     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1440603     2  0.0000      0.838 0.000 1.000
#> SRR658633      2  0.0000      0.838 0.000 1.000
#> SRR1388081     2  0.7299      0.879 0.204 0.796
#> SRR813339      2  0.7453      0.877 0.212 0.788
#> SRR809725      1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR627441      2  0.6712      0.682 0.176 0.824
#> SRR613603      2  0.7528      0.876 0.216 0.784
#> SRR1096571     2  0.0000      0.838 0.000 1.000
#> SRR1392701     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1344326     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1367693     2  0.3114      0.857 0.056 0.944
#> SRR660697      2  0.7376      0.879 0.208 0.792
#> SRR1489926     2  0.7219      0.879 0.200 0.800
#> SRR811491      2  0.7453      0.877 0.212 0.788
#> SRR1311644     2  0.7602      0.874 0.220 0.780
#> SRR1451740     2  0.7528      0.876 0.216 0.784
#> SRR615117      2  0.0000      0.838 0.000 1.000
#> SRR1391748     2  0.7674      0.871 0.224 0.776
#> SRR1466556     2  0.7528      0.876 0.216 0.784
#> SRR614972      2  0.7528      0.876 0.216 0.784
#> SRR1406200     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR819210      2  0.7602      0.874 0.220 0.780
#> SRR662174      1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR811988      1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR663236      2  0.7602      0.874 0.220 0.780
#> SRR1312598     2  0.0000      0.838 0.000 1.000
#> SRR1330129     2  0.6531      0.694 0.168 0.832
#> SRR1357781     2  0.6712      0.682 0.176 0.824
#> SRR1315517     2  0.6712      0.682 0.176 0.824
#> SRR1400032     2  0.7528      0.876 0.216 0.784
#> SRR1413722     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR612827      2  0.7528      0.876 0.216 0.784
#> SRR814794      1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR819430      1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1395509     2  0.7528      0.876 0.216 0.784
#> SRR808728      2  0.4690      0.868 0.100 0.900
#> SRR1070813     2  0.0000      0.838 0.000 1.000
#> SRR1389133     2  0.7602      0.874 0.220 0.780
#> SRR601263      2  0.7528      0.876 0.216 0.784
#> SRR604718      2  0.7528      0.876 0.216 0.784
#> SRR1481351     2  0.7219      0.879 0.200 0.800
#> SRR1334608     2  0.0376      0.840 0.004 0.996
#> SRR658681      2  0.0000      0.838 0.000 1.000
#> SRR809283      2  0.7674      0.871 0.224 0.776
#> SRR1459300     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1392547     2  0.0000      0.838 0.000 1.000
#> SRR811049      2  0.7528      0.876 0.216 0.784
#> SRR1464835     2  0.7674      0.871 0.224 0.776
#> SRR1339619     2  0.0000      0.838 0.000 1.000
#> SRR658501      2  0.7528      0.876 0.216 0.784
#> SRR1447523     2  0.7602      0.874 0.220 0.780
#> SRR1415048     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1444348     2  0.3114      0.857 0.056 0.944
#> SRR603890      2  0.6712      0.682 0.176 0.824
#> SRR810595      2  0.7376      0.879 0.208 0.792
#> SRR1446244     2  0.3114      0.857 0.056 0.944
#> SRR817373      2  0.7528      0.876 0.216 0.784
#> SRR1457291     2  0.6887      0.879 0.184 0.816
#> SRR598220      2  0.6531      0.878 0.168 0.832
#> SRR1477991     2  0.0000      0.838 0.000 1.000
#> SRR598172      2  0.0376      0.837 0.004 0.996
#> SRR1349032     2  0.2948      0.856 0.052 0.948
#> SRR604002      2  0.6148      0.714 0.152 0.848
#> SRR1378026     2  0.7219      0.880 0.200 0.800
#> SRR1404401     2  0.6712      0.682 0.176 0.824
#> SRR1333240     2  0.0938      0.834 0.012 0.988
#> SRR1089399     2  0.0376      0.837 0.004 0.996
#> SRR603421      2  0.6623      0.688 0.172 0.828
#> SRR812562      1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR808520      2  0.4690      0.868 0.100 0.900
#> SRR811839      1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR814317      2  0.0376      0.837 0.004 0.996
#> SRR1436763     2  0.7674      0.871 0.224 0.776
#> SRR1486021     2  0.6887      0.879 0.184 0.816
#> SRR1465018     2  0.6623      0.688 0.172 0.828
#> SRR1080998     2  0.7528      0.876 0.216 0.784
#> SRR1083432     2  0.7376      0.879 0.208 0.792
#> SRR1082833     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1326536     2  0.7528      0.876 0.216 0.784
#> SRR614011      2  0.0000      0.838 0.000 1.000
#> SRR1365873     2  0.0000      0.838 0.000 1.000
#> SRR1498789     2  0.0000      0.838 0.000 1.000
#> SRR601581      2  0.4690      0.868 0.100 0.900
#> SRR603566      2  0.0000      0.838 0.000 1.000
#> SRR1373981     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR821410      2  0.0000      0.838 0.000 1.000
#> SRR1076511     2  0.7674      0.871 0.224 0.776
#> SRR614143      2  0.7139      0.880 0.196 0.804
#> SRR1333570     2  0.7528      0.876 0.216 0.784
#> SRR1366813     2  0.0000      0.838 0.000 1.000
#> SRR1388746     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1420558     2  0.7602      0.874 0.220 0.780
#> SRR1409510     2  0.7453      0.878 0.212 0.788
#> SRR816250      2  0.0000      0.838 0.000 1.000
#> SRR614131      2  0.3584      0.860 0.068 0.932
#> SRR1331130     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1316015     2  0.7528      0.876 0.216 0.784
#> SRR1470798     2  0.7453      0.878 0.212 0.788
#> SRR614179      2  0.0000      0.838 0.000 1.000
#> SRR1474863     2  0.0000      0.838 0.000 1.000
#> SRR813560      2  0.0376      0.837 0.004 0.996
#> SRR1312187     2  0.5946      0.876 0.144 0.856
#> SRR1420960     2  0.7376      0.879 0.208 0.792
#> SRR1355102     2  0.7528      0.876 0.216 0.784
#> SRR1084577     2  0.7139      0.880 0.196 0.804
#> SRR659971      2  0.0672      0.839 0.008 0.992
#> SRR1350855     2  0.7674      0.871 0.224 0.776
#> SRR820779      2  0.7528      0.876 0.216 0.784
#> SRR1476300     2  0.7528      0.876 0.216 0.784
#> SRR1090907     2  0.7602      0.874 0.220 0.780
#> SRR662294      2  0.6712      0.682 0.176 0.824
#> SRR1480789     2  0.0000      0.838 0.000 1.000
#> SRR1336263     2  0.7674      0.871 0.224 0.776
#> SRR660776      1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1090508     2  0.6712      0.682 0.176 0.824
#> SRR615563      2  0.7528      0.876 0.216 0.784
#> SRR1101175     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR2164650     2  0.0000      0.838 0.000 1.000
#> SRR1431205     2  0.5946      0.723 0.144 0.856
#> SRR1339856     2  0.7376      0.879 0.208 0.792
#> SRR1352147     2  0.5059      0.870 0.112 0.888
#> SRR808968      1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR627419      2  0.6438      0.699 0.164 0.836
#> SRR1402391     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR663609      2  0.0376      0.840 0.004 0.996
#> SRR2167857     2  0.6712      0.682 0.176 0.824
#> SRR1398752     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1405437     2  0.0000      0.838 0.000 1.000
#> SRR1416955     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1317064     2  0.5737      0.874 0.136 0.864
#> SRR659001      2  0.7528      0.876 0.216 0.784
#> SRR2170696     2  0.7602      0.874 0.220 0.780
#> SRR816589      2  0.7376      0.879 0.208 0.792
#> SRR1087487     2  0.7453      0.878 0.212 0.788
#> SRR1329485     2  0.7453      0.878 0.212 0.788
#> SRR816920      2  0.7602      0.874 0.220 0.780
#> SRR1341432     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1361590     2  0.7674      0.871 0.224 0.776
#> SRR817046      2  0.7453      0.877 0.212 0.788
#> SRR1471331     2  0.7453      0.878 0.212 0.788
#> SRR660788      2  0.7602      0.874 0.220 0.780
#> SRR819234      1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR810853      2  0.0000      0.838 0.000 1.000
#> SRR809427      2  0.6531      0.878 0.168 0.832
#> SRR2170217     2  0.7602      0.874 0.220 0.780
#> SRR1386967     2  0.7139      0.880 0.196 0.804
#> SRR1420344     2  0.0376      0.840 0.004 0.996
#> SRR1334535     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR614503      2  0.6438      0.878 0.164 0.836
#> SRR602564      2  0.7453      0.878 0.212 0.788
#> SRR1420669     2  0.7602      0.874 0.220 0.780
#> SRR819024      2  0.7528      0.876 0.216 0.784
#> SRR656223      2  0.0376      0.840 0.004 0.996
#> SRR608428      2  0.0000      0.838 0.000 1.000
#> SRR1345647     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1389324     2  0.6623      0.688 0.172 0.828
#> SRR1361368     2  0.4815      0.869 0.104 0.896
#> SRR1322619     2  0.0000      0.838 0.000 1.000
#> SRR1349276     2  0.7674      0.871 0.224 0.776
#> SRR1404024     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1370637     2  0.0000      0.838 0.000 1.000
#> SRR1452631     2  0.7674      0.871 0.224 0.776
#> SRR608392      2  0.0376      0.840 0.004 0.996
#> SRR1357757     2  0.7219      0.879 0.200 0.800
#> SRR1074646     2  0.7602      0.874 0.220 0.780
#> SRR1367499     2  0.7376      0.879 0.208 0.792
#> SRR1343501     2  0.4690      0.868 0.100 0.900
#> SRR1394406     2  0.7376      0.879 0.208 0.792
#> SRR1381435     2  0.6712      0.879 0.176 0.824
#> SRR1467407     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1092422     2  0.6712      0.682 0.176 0.824
#> SRR1380270     2  0.0000      0.838 0.000 1.000
#> SRR1091817     2  0.0000      0.838 0.000 1.000
#> SRR1440137     2  0.2423      0.852 0.040 0.960
#> SRR614311      2  0.3879      0.862 0.076 0.924
#> SRR1407516     2  0.7453      0.878 0.212 0.788
#> SRR815494      2  0.7528      0.876 0.216 0.784
#> SRR1333209     2  0.6531      0.879 0.168 0.832
#> SRR615177      2  0.7602      0.874 0.220 0.780
#> SRR1099648     2  0.0000      0.838 0.000 1.000
#> SRR659720      2  0.7139      0.880 0.196 0.804
#> SRR2185057     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1467125     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR657468      2  0.7602      0.874 0.220 0.780
#> SRR660042      2  0.7602      0.874 0.220 0.780
#> SRR2170864     2  0.0000      0.838 0.000 1.000
#> SRR1440491     2  0.7528      0.876 0.216 0.784
#> SRR1440852     2  0.7528      0.876 0.216 0.784
#> SRR811169      1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1331311     2  0.7299      0.879 0.204 0.796
#> SRR818009      1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1351836     2  0.0376      0.837 0.004 0.996
#> SRR1498313     2  0.6712      0.682 0.176 0.824
#> SRR1441975     2  0.0000      0.838 0.000 1.000
#> SRR819096      1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1073679     2  0.6531      0.878 0.168 0.832
#> SRR1489116     2  0.0376      0.840 0.004 0.996
#> SRR1354138     2  0.7453      0.878 0.212 0.788
#> SRR1490589     2  0.7602      0.874 0.220 0.780
#> SRR1412987     2  0.7674      0.871 0.224 0.776
#> SRR602034      2  0.7528      0.876 0.216 0.784
#> SRR1353437     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1072871     2  0.7139      0.880 0.196 0.804
#> SRR661577      2  0.7528      0.876 0.216 0.784
#> SRR612190      2  0.7376      0.878 0.208 0.792
#> SRR1399880     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1101787     2  0.7528      0.876 0.216 0.784
#> SRR657869      1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1446332     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR816039      1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1485141     2  0.7453      0.878 0.212 0.788
#> SRR1476697     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1379538     2  0.3431      0.859 0.064 0.936
#> SRR1331422     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR660859      2  0.7376      0.879 0.208 0.792
#> SRR1097594     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1311419     2  0.7453      0.878 0.212 0.788
#> SRR1336706     2  0.0000      0.838 0.000 1.000
#> SRR1472976     2  0.7376      0.879 0.208 0.792
#> SRR1321307     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR807493      1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR812461      2  0.7376      0.879 0.208 0.792
#> SRR1477149     2  0.6531      0.694 0.168 0.832
#> SRR1457397     2  0.0000      0.838 0.000 1.000
#> SRR661913      2  0.7528      0.876 0.216 0.784
#> SRR1069024     2  0.0000      0.838 0.000 1.000
#> SRR2165634     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1478722     2  0.7528      0.876 0.216 0.784
#> SRR1328642     2  0.6247      0.709 0.156 0.844
#> SRR1488261     2  0.7602      0.874 0.220 0.780
#> SRR1318815     2  0.7674      0.871 0.224 0.776
#> SRR816945      1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1367432     2  0.7674      0.871 0.224 0.776
#> SRR1359280     2  0.5946      0.723 0.144 0.856
#> SRR1313910     2  0.0000      0.838 0.000 1.000
#> SRR1457315     2  0.7602      0.874 0.220 0.780
#> SRR815398      1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR656958      2  0.7299      0.879 0.204 0.796
#> SRR600688      2  0.7453      0.878 0.212 0.788
#> SRR1098952     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1314916     2  0.7453      0.878 0.212 0.788
#> SRR614167      2  0.7528      0.876 0.216 0.784
#> SRR1348114     2  0.0938      0.843 0.012 0.988
#> SRR658033      2  0.2423      0.852 0.040 0.960
#> SRR1077503     2  0.7453      0.877 0.212 0.788
#> SRR661854      2  0.7219      0.879 0.200 0.800
#> SRR811379      2  0.7528      0.876 0.216 0.784
#> SRR1318857     2  0.0000      0.838 0.000 1.000
#> SRR656445      2  0.6973      0.879 0.188 0.812
#> SRR1433044     2  0.6712      0.682 0.176 0.824
#> SRR1486391     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR656071      2  0.7602      0.874 0.220 0.780
#> SRR1364824     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1379133     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR816745      2  0.0000      0.838 0.000 1.000
#> SRR601038      2  0.0000      0.838 0.000 1.000
#> SRR1360080     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR814868      2  0.7528      0.876 0.216 0.784
#> SRR1485997     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1435560     2  0.7602      0.874 0.220 0.780
#> SRR1333330     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR663513      2  0.7602      0.874 0.220 0.780
#> SRR1328407     2  0.0000      0.838 0.000 1.000
#> SRR602784      2  0.0000      0.838 0.000 1.000
#> SRR1348468     2  0.7674      0.871 0.224 0.776
#> SRR663717      2  0.3431      0.859 0.064 0.936
#> SRR602217      2  0.0000      0.838 0.000 1.000
#> SRR603140      2  0.7528      0.876 0.216 0.784
#> SRR1340804     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1457574     2  0.7299      0.879 0.204 0.796
#> SRR1333462     2  0.6712      0.682 0.176 0.824
#> SRR1094601     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1434610     2  0.7602      0.874 0.220 0.780
#> SRR1435833     2  0.7299      0.879 0.204 0.796
#> SRR1398728     2  0.0000      0.838 0.000 1.000
#> SRR1358343     2  0.7674      0.871 0.224 0.776
#> SRR1410890     2  0.0000      0.838 0.000 1.000
#> SRR1350371     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1392478     2  0.0000      0.838 0.000 1.000
#> SRR1099260     2  0.1414      0.846 0.020 0.980
#> SRR1433576     2  0.7299      0.879 0.204 0.796
#> SRR1345541     2  0.7602      0.874 0.220 0.780
#> SRR1086328     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR810391      2  0.7528      0.876 0.216 0.784
#> SRR1476207     2  0.7528      0.876 0.216 0.784
#> SRR627435      2  0.3733      0.851 0.072 0.928
#> SRR1489862     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1419086     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1396191     2  0.7528      0.876 0.216 0.784
#> SRR1490115     2  0.7453      0.877 0.212 0.788
#> SRR1377714     2  0.7219      0.879 0.200 0.800
#> SRR819394      1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR663161      2  0.7453      0.878 0.212 0.788
#> SRR607042      2  0.0000      0.838 0.000 1.000
#> SRR656203      2  0.5059      0.870 0.112 0.888
#> SRR660602      2  0.6973      0.879 0.188 0.812
#> SRR1440397     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1369264     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR809233      1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR663249      2  0.0000      0.838 0.000 1.000
#> SRR661242      2  0.7299      0.879 0.204 0.796
#> SRR1332007     2  0.0000      0.838 0.000 1.000
#> SRR809619      2  0.4815      0.869 0.104 0.896
#> SRR819975      1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR599281      2  0.0000      0.838 0.000 1.000
#> SRR662366      2  0.7528      0.876 0.216 0.784
#> SRR1317898     2  0.7528      0.876 0.216 0.784
#> SRR1382485     2  0.7528      0.876 0.216 0.784
#> SRR2166420     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1419429     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1092541     2  0.7528      0.876 0.216 0.784
#> SRR817444      2  0.4690      0.868 0.100 0.900
#> SRR1320403     2  0.6148      0.714 0.152 0.848
#> SRR1101483     2  0.0000      0.838 0.000 1.000
#> SRR1331684     2  0.7219      0.880 0.200 0.800
#> SRR1400054     2  0.7602      0.874 0.220 0.780
#> SRR1406088     2  0.0000      0.838 0.000 1.000
#> SRR820733      2  0.7602      0.874 0.220 0.780
#> SRR1314113     2  0.7602      0.874 0.220 0.780
#> SRR1382615     2  0.1414      0.846 0.020 0.980
#> SRR1480745     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1468850     2  0.0000      0.838 0.000 1.000
#> SRR656782      2  0.7528      0.876 0.216 0.784
#> SRR821364      1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1101106     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR659295      2  0.6712      0.682 0.176 0.824
#> SRR1357103     2  0.0000      0.838 0.000 1.000
#> SRR809185      2  0.7528      0.876 0.216 0.784
#> SRR811583      2  0.7453      0.878 0.212 0.788
#> SRR1468050     1  0.0000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1440224     2  0.0000      0.838 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> SRR1500170     2  0.5058     0.8519 0.000 0.756 0.244
#> SRR1402368     3  0.0000     0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR607743      3  0.2959     0.8394 0.000 0.100 0.900
#> SRR1457375     2  0.5216     0.8518 0.000 0.740 0.260
#> SRR1470923     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817954      1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809259      1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439785     3  0.0237     0.9279 0.000 0.004 0.996
#> SRR814768      1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102031     3  0.6225    -0.1543 0.000 0.432 0.568
#> SRR1363611     3  0.4842     0.6181 0.000 0.224 0.776
#> SRR1468447     2  0.3752     0.8086 0.000 0.856 0.144
#> SRR1071931     3  0.0892     0.9217 0.000 0.020 0.980
#> SRR810981      1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615299      2  0.1031     0.7401 0.000 0.976 0.024
#> SRR663585      3  0.0747     0.9237 0.000 0.016 0.984
#> SRR1326773     3  0.3038     0.8343 0.000 0.104 0.896
#> SRR1351166     2  0.5431     0.8407 0.000 0.716 0.284
#> SRR1477452     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084720     3  0.1289     0.9121 0.000 0.032 0.968
#> SRR1420320     3  0.1267     0.9187 0.004 0.024 0.972
#> SRR1081712     2  0.5216     0.8518 0.000 0.740 0.260
#> SRR1318241     3  0.0000     0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333718     2  0.5988     0.7355 0.000 0.632 0.368
#> SRR1313514     2  0.0000     0.7179 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477861     2  0.4887     0.8470 0.000 0.772 0.228
#> SRR1318005     2  0.0000     0.7179 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354665     2  0.5327     0.8476 0.000 0.728 0.272
#> SRR657707      3  0.0000     0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370742     3  0.0000     0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR1412947     2  0.6026     0.7302 0.000 0.624 0.376
#> SRR661553      3  0.0237     0.9273 0.004 0.000 0.996
#> SRR1328869     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662211      2  0.5098     0.8521 0.000 0.752 0.248
#> SRR1348181     3  0.0000     0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416560     3  0.0000     0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR1319772     3  0.0237     0.9279 0.000 0.004 0.996
#> SRR1091452     3  0.0829     0.9250 0.004 0.012 0.984
#> SRR1338812     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392072     2  0.0424     0.7261 0.000 0.992 0.008
#> SRR814844      3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1376619     3  0.0237     0.9277 0.000 0.004 0.996
#> SRR603690      3  0.3038     0.8343 0.000 0.104 0.896
#> SRR2184980     2  0.5058     0.8519 0.000 0.756 0.244
#> SRR613963      3  0.0237     0.9273 0.004 0.000 0.996
#> SRR1323422     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397673     3  0.2356     0.8710 0.000 0.072 0.928
#> SRR1434650     2  0.4796     0.8434 0.000 0.780 0.220
#> SRR659875      2  0.5859     0.7730 0.000 0.656 0.344
#> SRR1465734     3  0.0000     0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR1076847     2  0.0237     0.7222 0.000 0.996 0.004
#> SRR1415072     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659319      3  0.5621     0.4008 0.000 0.308 0.692
#> SRR663088      3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1352021     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1325527     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659935      3  0.1267     0.9187 0.004 0.024 0.972
#> SRR1352530     3  0.0000     0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR662594      3  0.0000     0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095309     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615647      3  0.0000     0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR813019      2  0.4842     0.8449 0.000 0.776 0.224
#> SRR1374647     2  0.5254     0.8504 0.000 0.736 0.264
#> SRR603472      2  0.4555     0.8369 0.000 0.800 0.200
#> SRR661529      3  0.0237     0.9273 0.004 0.000 0.996
#> SRR607018      3  0.5678     0.3739 0.000 0.316 0.684
#> SRR627423      2  0.5650     0.7581 0.000 0.688 0.312
#> SRR654921      3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1418968     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660871      3  0.0000     0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330522     3  0.0000     0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499958     2  0.5397     0.8432 0.000 0.720 0.280
#> SRR614059      3  0.0237     0.9273 0.004 0.000 0.996
#> SRR1071403     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486719     2  0.5098     0.8520 0.000 0.752 0.248
#> SRR1440421     2  0.0747     0.7334 0.000 0.984 0.016
#> SRR1310412     3  0.0424     0.9268 0.000 0.008 0.992
#> SRR614767      2  0.5254     0.8508 0.000 0.736 0.264
#> SRR820709      1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658093      3  0.3482     0.7970 0.000 0.128 0.872
#> SRR1088168     3  0.2066     0.8850 0.000 0.060 0.940
#> SRR1418707     2  0.5098     0.8520 0.000 0.752 0.248
#> SRR1354291     2  0.0000     0.7179 0.000 1.000 0.000
#> SRR2165806     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415684     3  0.0475     0.9275 0.004 0.004 0.992
#> SRR1433860     3  0.0237     0.9277 0.000 0.004 0.996
#> SRR1311062     2  0.5178     0.8522 0.000 0.744 0.256
#> SRR1360359     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661385      3  0.2165     0.8819 0.000 0.064 0.936
#> SRR615407      2  0.5254     0.8504 0.000 0.736 0.264
#> SRR1413892     3  0.4346     0.6982 0.000 0.184 0.816
#> SRR1443459     2  0.5678     0.8127 0.000 0.684 0.316
#> SRR1338942     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657480      3  0.0237     0.9279 0.000 0.004 0.996
#> SRR1399433     3  0.1267     0.9184 0.004 0.024 0.972
#> SRR818537      2  0.5254     0.8453 0.000 0.736 0.264
#> SRR1101324     3  0.0237     0.9273 0.004 0.000 0.996
#> SRR807637      3  0.3551     0.7923 0.000 0.132 0.868
#> SRR1091918     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598300      3  0.0237     0.9273 0.004 0.000 0.996
#> SRR1085426     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376294     2  0.5254     0.8508 0.000 0.736 0.264
#> SRR813891      1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467431     3  0.3941     0.7557 0.000 0.156 0.844
#> SRR658742      3  0.0237     0.9273 0.004 0.000 0.996
#> SRR1419234     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404813     2  0.5291     0.8489 0.000 0.732 0.268
#> SRR603496      3  0.0892     0.9220 0.000 0.020 0.980
#> SRR1407758     3  0.0237     0.9277 0.000 0.004 0.996
#> SRR810945      2  0.5216     0.8518 0.000 0.740 0.260
#> SRR817234      2  0.0237     0.7221 0.000 0.996 0.004
#> SRR1444852     3  0.0000     0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR660378      3  0.2261     0.8758 0.000 0.068 0.932
#> SRR1467835     2  0.5431     0.8407 0.000 0.716 0.284
#> SRR1338964     3  0.0000     0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR1079259     3  0.0475     0.9278 0.004 0.004 0.992
#> SRR1072345     3  0.0000     0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR598725      3  0.0000     0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447938     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356397     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360460     3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1429468     2  0.5058     0.8519 0.000 0.756 0.244
#> SRR1446850     2  0.5178     0.8508 0.000 0.744 0.256
#> SRR1320363     3  0.0237     0.9274 0.000 0.004 0.996
#> SRR1413810     3  0.0237     0.9277 0.000 0.004 0.996
#> SRR598831      2  0.5431     0.8407 0.000 0.716 0.284
#> SRR1381865     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660957      3  0.0000     0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR1491332     3  0.5397     0.4753 0.000 0.280 0.720
#> SRR1099744     2  0.5178     0.8526 0.000 0.744 0.256
#> SRR1464618     3  0.6168    -0.0685 0.000 0.412 0.588
#> SRR1414559     3  0.0237     0.9273 0.004 0.000 0.996
#> SRR1337540     3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1444283     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2184942     3  0.0237     0.9274 0.000 0.004 0.996
#> SRR660295      1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR601335      3  0.0237     0.9277 0.000 0.004 0.996
#> SRR1363742     3  0.3482     0.7970 0.000 0.128 0.872
#> SRR1345847     3  0.3038     0.8345 0.000 0.104 0.896
#> SRR614960      3  0.0237     0.9273 0.004 0.000 0.996
#> SRR819919      1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603330      2  0.0000     0.7179 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327951     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345266     2  0.6168     0.6620 0.000 0.588 0.412
#> SRR1338055     2  0.5178     0.8523 0.000 0.744 0.256
#> SRR1430157     2  0.5650     0.8161 0.000 0.688 0.312
#> SRR1320137     2  0.5397     0.8440 0.000 0.720 0.280
#> SRR1093483     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341080     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459913     3  0.0000     0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170490     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479845     3  0.0000     0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR1436420     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481060     2  0.5988     0.7355 0.000 0.632 0.368
#> SRR662282      3  0.0000     0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487089     3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1075683     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338536     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338880     3  0.6274    -0.2677 0.000 0.456 0.544
#> SRR1453456     3  0.0237     0.9277 0.000 0.004 0.996
#> SRR1457895     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440603     2  0.4654     0.8402 0.000 0.792 0.208
#> SRR658633      2  0.5216     0.8518 0.000 0.740 0.260
#> SRR1388081     3  0.0892     0.9215 0.000 0.020 0.980
#> SRR813339      3  0.0237     0.9274 0.000 0.004 0.996
#> SRR809725      1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR627441      2  0.0000     0.7179 0.000 1.000 0.000
#> SRR613603      3  0.0000     0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR1096571     2  0.5882     0.7676 0.000 0.652 0.348
#> SRR1392701     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1344326     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367693     2  0.6168     0.6620 0.000 0.588 0.412
#> SRR660697      3  0.2496     0.8778 0.004 0.068 0.928
#> SRR1489926     3  0.0892     0.9220 0.000 0.020 0.980
#> SRR811491      3  0.0237     0.9274 0.000 0.004 0.996
#> SRR1311644     3  0.0237     0.9273 0.004 0.000 0.996
#> SRR1451740     3  0.0000     0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR615117      2  0.4555     0.8369 0.000 0.800 0.200
#> SRR1391748     3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1466556     3  0.0000     0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR614972      3  0.0000     0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406200     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819210      3  0.0237     0.9273 0.004 0.000 0.996
#> SRR662174      1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811988      1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663236      3  0.0237     0.9273 0.004 0.000 0.996
#> SRR1312598     2  0.5291     0.8489 0.000 0.732 0.268
#> SRR1330129     2  0.0424     0.7261 0.000 0.992 0.008
#> SRR1357781     2  0.0000     0.7179 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315517     2  0.0000     0.7179 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400032     3  0.0000     0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413722     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR612827      3  0.0000     0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR814794      1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819430      1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1395509     3  0.2096     0.8916 0.004 0.052 0.944
#> SRR808728      3  0.6235    -0.1560 0.000 0.436 0.564
#> SRR1070813     2  0.5678     0.8122 0.000 0.684 0.316
#> SRR1389133     3  0.0237     0.9273 0.004 0.000 0.996
#> SRR601263      3  0.0000     0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR604718      3  0.0661     0.9268 0.004 0.008 0.988
#> SRR1481351     3  0.0892     0.9220 0.000 0.020 0.980
#> SRR1334608     3  0.5621     0.4008 0.000 0.308 0.692
#> SRR658681      2  0.5882     0.7676 0.000 0.652 0.348
#> SRR809283      3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1459300     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392547     2  0.5882     0.7676 0.000 0.652 0.348
#> SRR811049      3  0.0000     0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR1464835     3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1339619     2  0.5678     0.8127 0.000 0.684 0.316
#> SRR658501      3  0.0000     0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447523     3  0.0237     0.9273 0.004 0.000 0.996
#> SRR1415048     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444348     2  0.6225     0.6158 0.000 0.568 0.432
#> SRR603890      2  0.0000     0.7179 0.000 1.000 0.000
#> SRR810595      3  0.0424     0.9267 0.000 0.008 0.992
#> SRR1446244     2  0.6168     0.6620 0.000 0.588 0.412
#> SRR817373      3  0.1267     0.9184 0.004 0.024 0.972
#> SRR1457291     3  0.2165     0.8825 0.000 0.064 0.936
#> SRR598220      3  0.2959     0.8394 0.000 0.100 0.900
#> SRR1477991     2  0.5254     0.8508 0.000 0.736 0.264
#> SRR598172      2  0.5178     0.8523 0.000 0.744 0.256
#> SRR1349032     2  0.6215     0.6265 0.000 0.572 0.428
#> SRR604002      2  0.1643     0.7552 0.000 0.956 0.044
#> SRR1378026     3  0.1289     0.9120 0.000 0.032 0.968
#> SRR1404401     2  0.0000     0.7179 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333240     2  0.4399     0.8313 0.000 0.812 0.188
#> SRR1089399     2  0.5016     0.8514 0.000 0.760 0.240
#> SRR603421      2  0.0237     0.7221 0.000 0.996 0.004
#> SRR812562      1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808520      3  0.6235    -0.1560 0.000 0.436 0.564
#> SRR811839      1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814317      2  0.5058     0.8519 0.000 0.756 0.244
#> SRR1436763     3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1486021     3  0.2165     0.8825 0.000 0.064 0.936
#> SRR1465018     2  0.0237     0.7221 0.000 0.996 0.004
#> SRR1080998     3  0.0000     0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083432     3  0.0747     0.9236 0.000 0.016 0.984
#> SRR1082833     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326536     3  0.0000     0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR614011      2  0.5733     0.8044 0.000 0.676 0.324
#> SRR1365873     2  0.5254     0.8498 0.000 0.736 0.264
#> SRR1498789     2  0.5254     0.8508 0.000 0.736 0.264
#> SRR601581      3  0.6168    -0.0685 0.000 0.412 0.588
#> SRR603566      2  0.5882     0.7676 0.000 0.652 0.348
#> SRR1373981     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR821410      2  0.5216     0.8518 0.000 0.740 0.260
#> SRR1076511     3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR614143      3  0.1031     0.9194 0.000 0.024 0.976
#> SRR1333570     3  0.0000     0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR1366813     2  0.5397     0.8432 0.000 0.720 0.280
#> SRR1388746     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420558     3  0.0237     0.9273 0.004 0.000 0.996
#> SRR1409510     3  0.0237     0.9277 0.000 0.004 0.996
#> SRR816250      2  0.5254     0.8508 0.000 0.736 0.264
#> SRR614131      2  0.6267     0.5272 0.000 0.548 0.452
#> SRR1331130     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316015     3  0.0000     0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470798     3  0.0237     0.9277 0.000 0.004 0.996
#> SRR614179      2  0.5016     0.8483 0.000 0.760 0.240
#> SRR1474863     2  0.5216     0.8518 0.000 0.740 0.260
#> SRR813560      2  0.5058     0.8519 0.000 0.756 0.244
#> SRR1312187     3  0.3941     0.7518 0.000 0.156 0.844
#> SRR1420960     3  0.0424     0.9267 0.000 0.008 0.992
#> SRR1355102     3  0.0000     0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR1084577     3  0.1289     0.9121 0.000 0.032 0.968
#> SRR659971      2  0.5291     0.8496 0.000 0.732 0.268
#> SRR1350855     3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR820779      3  0.0000     0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476300     3  0.0000     0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090907     3  0.0237     0.9273 0.004 0.000 0.996
#> SRR662294      2  0.0000     0.7179 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480789     2  0.5529     0.8251 0.000 0.704 0.296
#> SRR1336263     3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR660776      1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090508     2  0.0000     0.7179 0.000 1.000 0.000
#> SRR615563      3  0.0661     0.9268 0.004 0.008 0.988
#> SRR1101175     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2164650     2  0.5926     0.7557 0.000 0.644 0.356
#> SRR1431205     2  0.1411     0.7497 0.000 0.964 0.036
#> SRR1339856     3  0.1989     0.8990 0.004 0.048 0.948
#> SRR1352147     3  0.5733     0.3349 0.000 0.324 0.676
#> SRR808968      1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR627419      2  0.0592     0.7298 0.000 0.988 0.012
#> SRR1402391     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663609      3  0.6180    -0.0552 0.000 0.416 0.584
#> SRR2167857     2  0.0000     0.7179 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398752     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405437     2  0.5254     0.8513 0.000 0.736 0.264
#> SRR1416955     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317064     3  0.5431     0.4626 0.000 0.284 0.716
#> SRR659001      3  0.0661     0.9268 0.004 0.008 0.988
#> SRR2170696     3  0.0237     0.9273 0.004 0.000 0.996
#> SRR816589      3  0.1031     0.9185 0.000 0.024 0.976
#> SRR1087487     3  0.0237     0.9277 0.000 0.004 0.996
#> SRR1329485     3  0.0237     0.9277 0.000 0.004 0.996
#> SRR816920      3  0.0237     0.9273 0.004 0.000 0.996
#> SRR1341432     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361590     3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR817046      3  0.0237     0.9274 0.000 0.004 0.996
#> SRR1471331     3  0.0237     0.9277 0.000 0.004 0.996
#> SRR660788      3  0.0237     0.9273 0.004 0.000 0.996
#> SRR819234      1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810853      2  0.5254     0.8453 0.000 0.736 0.264
#> SRR809427      3  0.3192     0.8232 0.000 0.112 0.888
#> SRR2170217     3  0.0237     0.9273 0.004 0.000 0.996
#> SRR1386967     3  0.1163     0.9163 0.000 0.028 0.972
#> SRR1420344     2  0.5397     0.8432 0.000 0.720 0.280
#> SRR1334535     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614503      3  0.3192     0.8218 0.000 0.112 0.888
#> SRR602564      3  0.1129     0.9216 0.004 0.020 0.976
#> SRR1420669     3  0.0237     0.9273 0.004 0.000 0.996
#> SRR819024      3  0.0000     0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR656223      3  0.5621     0.4008 0.000 0.308 0.692
#> SRR608428      2  0.5216     0.8518 0.000 0.740 0.260
#> SRR1345647     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389324     2  0.0237     0.7221 0.000 0.996 0.004
#> SRR1361368     3  0.4842     0.6181 0.000 0.224 0.776
#> SRR1322619     2  0.5254     0.8509 0.000 0.736 0.264
#> SRR1349276     3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1404024     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370637     2  0.5098     0.8520 0.000 0.752 0.248
#> SRR1452631     3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR608392      3  0.5621     0.4008 0.000 0.308 0.692
#> SRR1357757     3  0.0892     0.9220 0.000 0.020 0.980
#> SRR1074646     3  0.0237     0.9273 0.004 0.000 0.996
#> SRR1367499     3  0.0747     0.9236 0.000 0.016 0.984
#> SRR1343501     3  0.6235    -0.1560 0.000 0.436 0.564
#> SRR1394406     3  0.0424     0.9268 0.000 0.008 0.992
#> SRR1381435     3  0.2261     0.8758 0.000 0.068 0.932
#> SRR1467407     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092422     2  0.0000     0.7179 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380270     2  0.5621     0.8131 0.000 0.692 0.308
#> SRR1091817     2  0.5254     0.8506 0.000 0.736 0.264
#> SRR1440137     2  0.6026     0.7302 0.000 0.624 0.376
#> SRR614311      3  0.5178     0.5429 0.000 0.256 0.744
#> SRR1407516     3  0.1525     0.9127 0.004 0.032 0.964
#> SRR815494      3  0.0000     0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333209     3  0.2796     0.8503 0.000 0.092 0.908
#> SRR615177      3  0.0237     0.9273 0.004 0.000 0.996
#> SRR1099648     2  0.5988     0.7355 0.000 0.632 0.368
#> SRR659720      3  0.1031     0.9194 0.000 0.024 0.976
#> SRR2185057     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467125     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657468      3  0.0237     0.9273 0.004 0.000 0.996
#> SRR660042      3  0.0237     0.9273 0.004 0.000 0.996
#> SRR2170864     2  0.5254     0.8506 0.000 0.736 0.264
#> SRR1440491     3  0.0829     0.9250 0.004 0.012 0.984
#> SRR1440852     3  0.0000     0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR811169      1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331311     3  0.1267     0.9187 0.004 0.024 0.972
#> SRR818009      1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351836     2  0.5058     0.8519 0.000 0.756 0.244
#> SRR1498313     2  0.0000     0.7179 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441975     2  0.5216     0.8518 0.000 0.740 0.260
#> SRR819096      1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073679     3  0.3192     0.8232 0.000 0.112 0.888
#> SRR1489116     3  0.5859     0.2752 0.000 0.344 0.656
#> SRR1354138     3  0.0237     0.9277 0.000 0.004 0.996
#> SRR1490589     3  0.0237     0.9273 0.004 0.000 0.996
#> SRR1412987     3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR602034      3  0.0000     0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR1353437     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072871     3  0.1031     0.9194 0.000 0.024 0.976
#> SRR661577      3  0.1267     0.9182 0.004 0.024 0.972
#> SRR612190      3  0.0892     0.9217 0.000 0.020 0.980
#> SRR1399880     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101787     3  0.0829     0.9256 0.004 0.012 0.984
#> SRR657869      1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446332     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816039      1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485141     3  0.0237     0.9277 0.000 0.004 0.996
#> SRR1476697     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379538     3  0.6267    -0.2481 0.000 0.452 0.548
#> SRR1331422     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660859      3  0.0424     0.9268 0.000 0.008 0.992
#> SRR1097594     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311419     3  0.0237     0.9277 0.000 0.004 0.996
#> SRR1336706     2  0.5859     0.7734 0.000 0.656 0.344
#> SRR1472976     3  0.1129     0.9213 0.004 0.020 0.976
#> SRR1321307     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR807493      1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR812461      3  0.0747     0.9236 0.000 0.016 0.984
#> SRR1477149     2  0.0424     0.7261 0.000 0.992 0.008
#> SRR1457397     2  0.4555     0.8369 0.000 0.800 0.200
#> SRR661913      3  0.0000     0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR1069024     2  0.5621     0.8131 0.000 0.692 0.308
#> SRR2165634     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478722     3  0.0000     0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR1328642     2  0.0892     0.7368 0.000 0.980 0.020
#> SRR1488261     3  0.0237     0.9273 0.004 0.000 0.996
#> SRR1318815     3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR816945      1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367432     3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1359280     2  0.1289     0.7468 0.000 0.968 0.032
#> SRR1313910     2  0.5733     0.8037 0.000 0.676 0.324
#> SRR1457315     3  0.0237     0.9273 0.004 0.000 0.996
#> SRR815398      1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656958      3  0.1031     0.9186 0.000 0.024 0.976
#> SRR600688      3  0.1129     0.9216 0.004 0.020 0.976
#> SRR1098952     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314916     3  0.0237     0.9277 0.000 0.004 0.996
#> SRR614167      3  0.0000     0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348114     2  0.5905     0.7691 0.000 0.648 0.352
#> SRR658033      2  0.6225     0.6082 0.000 0.568 0.432
#> SRR1077503     3  0.0237     0.9274 0.000 0.004 0.996
#> SRR661854      3  0.0892     0.9220 0.000 0.020 0.980
#> SRR811379      3  0.0829     0.9250 0.004 0.012 0.984
#> SRR1318857     2  0.5678     0.8133 0.000 0.684 0.316
#> SRR656445      3  0.2066     0.8850 0.000 0.060 0.940
#> SRR1433044     2  0.0000     0.7179 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486391     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656071      3  0.0237     0.9273 0.004 0.000 0.996
#> SRR1364824     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379133     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816745      2  0.5254     0.8453 0.000 0.736 0.264
#> SRR601038      2  0.5859     0.7730 0.000 0.656 0.344
#> SRR1360080     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814868      3  0.0000     0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR1485997     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435560     3  0.0475     0.9275 0.004 0.004 0.992
#> SRR1333330     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663513      3  0.0237     0.9273 0.004 0.000 0.996
#> SRR1328407     2  0.4842     0.8449 0.000 0.776 0.224
#> SRR602784      2  0.5988     0.7355 0.000 0.632 0.368
#> SRR1348468     3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR663717      2  0.6244     0.5971 0.000 0.560 0.440
#> SRR602217      2  0.5254     0.8506 0.000 0.736 0.264
#> SRR603140      3  0.0000     0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340804     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457574     3  0.1031     0.9186 0.000 0.024 0.976
#> SRR1333462     2  0.0000     0.7179 0.000 1.000 0.000
#> SRR1094601     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434610     3  0.0237     0.9273 0.004 0.000 0.996
#> SRR1435833     3  0.1267     0.9187 0.004 0.024 0.972
#> SRR1398728     2  0.5591     0.8239 0.000 0.696 0.304
#> SRR1358343     3  0.0848     0.9244 0.008 0.008 0.984
#> SRR1410890     2  0.5678     0.8127 0.000 0.684 0.316
#> SRR1350371     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392478     2  0.5465     0.8378 0.000 0.712 0.288
#> SRR1099260     3  0.5621     0.4003 0.000 0.308 0.692
#> SRR1433576     3  0.0747     0.9238 0.000 0.016 0.984
#> SRR1345541     3  0.0237     0.9273 0.004 0.000 0.996
#> SRR1086328     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810391      3  0.0000     0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476207     3  0.0000     0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR627435      2  0.5650     0.7581 0.000 0.688 0.312
#> SRR1489862     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419086     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396191     3  0.0000     0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490115     3  0.0237     0.9274 0.000 0.004 0.996
#> SRR1377714     3  0.0892     0.9220 0.000 0.020 0.980
#> SRR819394      1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663161      3  0.1129     0.9216 0.004 0.020 0.976
#> SRR607042      2  0.5760     0.7931 0.000 0.672 0.328
#> SRR656203      3  0.5733     0.3349 0.000 0.324 0.676
#> SRR660602      3  0.2066     0.8850 0.000 0.060 0.940
#> SRR1440397     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1369264     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809233      1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663249      2  0.5678     0.8133 0.000 0.684 0.316
#> SRR661242      3  0.0892     0.9215 0.000 0.020 0.980
#> SRR1332007     2  0.4796     0.8436 0.000 0.780 0.220
#> SRR809619      3  0.4750     0.6365 0.000 0.216 0.784
#> SRR819975      1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR599281      2  0.5216     0.8518 0.000 0.740 0.260
#> SRR662366      3  0.0000     0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR1317898     3  0.0000     0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR1382485     3  0.0829     0.9250 0.004 0.012 0.984
#> SRR2166420     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419429     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092541     3  0.0000     0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR817444      3  0.6235    -0.1560 0.000 0.436 0.564
#> SRR1320403     2  0.1031     0.7401 0.000 0.976 0.024
#> SRR1101483     2  0.5733     0.8037 0.000 0.676 0.324
#> SRR1331684     3  0.1289     0.9120 0.000 0.032 0.968
#> SRR1400054     3  0.0237     0.9273 0.004 0.000 0.996
#> SRR1406088     2  0.5678     0.8127 0.000 0.684 0.316
#> SRR820733      3  0.0237     0.9273 0.004 0.000 0.996
#> SRR1314113     3  0.0237     0.9273 0.004 0.000 0.996
#> SRR1382615     3  0.5291     0.5108 0.000 0.268 0.732
#> SRR1480745     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468850     2  0.5178     0.8519 0.000 0.744 0.256
#> SRR656782      3  0.0000     0.9277 0.000 0.000 1.000
#> SRR821364      1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101106     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659295      2  0.0000     0.7179 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357103     2  0.5706     0.8014 0.000 0.680 0.320
#> SRR809185      3  0.0829     0.9250 0.004 0.012 0.984
#> SRR811583      3  0.1399     0.9168 0.004 0.028 0.968
#> SRR1468050     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440224     2  0.5254     0.8508 0.000 0.736 0.264

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR1500170     2  0.4222     0.6889 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1402368     3  0.0336     0.8123 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR607743      3  0.6448     0.0180 0.000 0.092 0.592 0.316
#> SRR1457375     2  0.5477     0.6934 0.000 0.728 0.092 0.180
#> SRR1470923     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954      1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259      1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785     3  0.1305     0.8059 0.000 0.004 0.960 0.036
#> SRR814768      1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031     4  0.7500    -0.1053 0.000 0.404 0.180 0.416
#> SRR1363611     4  0.6686     0.5676 0.000 0.200 0.180 0.620
#> SRR1468447     2  0.5558     0.6364 0.000 0.608 0.028 0.364
#> SRR1071931     3  0.5594    -0.5160 0.000 0.020 0.520 0.460
#> SRR810981      1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299      2  0.4748     0.6103 0.000 0.716 0.016 0.268
#> SRR663585      3  0.0927     0.8076 0.000 0.016 0.976 0.008
#> SRR1326773     3  0.6599    -0.1245 0.000 0.096 0.564 0.340
#> SRR1351166     2  0.5337     0.6819 0.000 0.696 0.044 0.260
#> SRR1477452     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720     3  0.1209     0.8021 0.000 0.032 0.964 0.004
#> SRR1420320     4  0.5026     0.7889 0.000 0.016 0.312 0.672
#> SRR1081712     2  0.5477     0.6934 0.000 0.728 0.092 0.180
#> SRR1318241     3  0.2704     0.6906 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR1333718     2  0.5823     0.4999 0.000 0.608 0.348 0.044
#> SRR1313514     2  0.4164     0.6016 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR1477861     2  0.6714     0.6226 0.000 0.612 0.228 0.160
#> SRR1318005     2  0.4164     0.6016 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR1354665     2  0.4560     0.6763 0.000 0.700 0.004 0.296
#> SRR657707      3  0.2704     0.6934 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR1370742     3  0.0188     0.8132 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1412947     2  0.6617     0.5879 0.000 0.600 0.120 0.280
#> SRR661553      4  0.4941     0.7240 0.000 0.000 0.436 0.564
#> SRR1328869     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211      2  0.5136     0.7026 0.000 0.728 0.048 0.224
#> SRR1348181     3  0.0188     0.8132 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1416560     3  0.0188     0.8131 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1319772     3  0.1576     0.7973 0.000 0.004 0.948 0.048
#> SRR1091452     4  0.5396     0.6693 0.000 0.012 0.464 0.524
#> SRR1338812     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072     2  0.4222     0.6041 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR814844      4  0.4655     0.7904 0.004 0.000 0.312 0.684
#> SRR1376619     3  0.0376     0.8137 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR603690      3  0.6727    -0.3233 0.000 0.096 0.520 0.384
#> SRR2184980     2  0.4222     0.6889 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR613963      4  0.4907     0.7408 0.000 0.000 0.420 0.580
#> SRR1323422     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673     3  0.2376     0.7540 0.000 0.068 0.916 0.016
#> SRR1434650     2  0.4655     0.6539 0.000 0.760 0.208 0.032
#> SRR659875      2  0.5717     0.5402 0.000 0.632 0.324 0.044
#> SRR1465734     3  0.2760     0.6873 0.000 0.000 0.872 0.128
#> SRR1076847     2  0.4283     0.6073 0.000 0.740 0.004 0.256
#> SRR1415072     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319      3  0.5383     0.4404 0.000 0.292 0.672 0.036
#> SRR663088      4  0.4720     0.7913 0.004 0.000 0.324 0.672
#> SRR1352021     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935      4  0.5047     0.7897 0.000 0.016 0.316 0.668
#> SRR1352530     3  0.0336     0.8129 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR662594      3  0.2760     0.6873 0.000 0.000 0.872 0.128
#> SRR1095309     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647      3  0.0336     0.8129 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR813019      2  0.4692     0.6518 0.000 0.756 0.212 0.032
#> SRR1374647     2  0.5582     0.6902 0.000 0.724 0.108 0.168
#> SRR603472      2  0.6613     0.6313 0.000 0.628 0.200 0.172
#> SRR661529      3  0.4985    -0.5191 0.000 0.000 0.532 0.468
#> SRR607018      3  0.5430     0.4289 0.000 0.300 0.664 0.036
#> SRR627423      2  0.7591     0.5029 0.000 0.452 0.208 0.340
#> SRR654921      4  0.4655     0.7904 0.004 0.000 0.312 0.684
#> SRR1418968     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871      3  0.0188     0.8132 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1330522     3  0.0188     0.8132 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1499958     2  0.4584     0.6704 0.000 0.696 0.004 0.300
#> SRR614059      3  0.1022     0.8005 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1071403     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719     2  0.4250     0.6876 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR1440421     2  0.4539     0.6066 0.000 0.720 0.008 0.272
#> SRR1310412     3  0.4539     0.3286 0.000 0.008 0.720 0.272
#> SRR614767      2  0.5292     0.6963 0.000 0.724 0.060 0.216
#> SRR820709      1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093      3  0.3485     0.6840 0.000 0.116 0.856 0.028
#> SRR1088168     3  0.1970     0.7675 0.000 0.060 0.932 0.008
#> SRR1418707     2  0.4250     0.6876 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR1354291     2  0.4164     0.6016 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR2165806     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684     4  0.5137     0.7045 0.000 0.004 0.452 0.544
#> SRR1433860     3  0.0188     0.8127 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1311062     2  0.5184     0.7003 0.000 0.732 0.056 0.212
#> SRR1360359     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385      3  0.2174     0.7634 0.000 0.052 0.928 0.020
#> SRR615407      2  0.5582     0.6902 0.000 0.724 0.108 0.168
#> SRR1413892     3  0.4244     0.6108 0.000 0.168 0.800 0.032
#> SRR1443459     2  0.4643     0.6401 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1338942     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480      3  0.1661     0.7948 0.000 0.004 0.944 0.052
#> SRR1399433     4  0.5602     0.7456 0.000 0.024 0.408 0.568
#> SRR818537      2  0.5025     0.6257 0.000 0.716 0.252 0.032
#> SRR1101324     4  0.4961     0.7055 0.000 0.000 0.448 0.552
#> SRR807637      4  0.6338     0.7086 0.000 0.120 0.236 0.644
#> SRR1091918     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300      3  0.4304     0.2862 0.000 0.000 0.716 0.284
#> SRR1085426     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294     2  0.5254     0.6969 0.000 0.724 0.056 0.220
#> SRR813891      1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431     4  0.6897     0.6655 0.000 0.144 0.284 0.572
#> SRR658742      4  0.4941     0.7259 0.000 0.000 0.436 0.564
#> SRR1419234     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813     2  0.4356     0.6774 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR603496      3  0.2300     0.7831 0.000 0.016 0.920 0.064
#> SRR1407758     3  0.0376     0.8137 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR810945      2  0.5356     0.6987 0.000 0.728 0.072 0.200
#> SRR817234      2  0.4193     0.6029 0.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR1444852     3  0.0188     0.8132 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR660378      3  0.2300     0.7579 0.000 0.064 0.920 0.016
#> SRR1467835     2  0.5337     0.6819 0.000 0.696 0.044 0.260
#> SRR1338964     3  0.2647     0.6991 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR1079259     4  0.5112     0.7138 0.000 0.004 0.436 0.560
#> SRR1072345     3  0.2589     0.7013 0.000 0.000 0.884 0.116
#> SRR598725      3  0.0188     0.8132 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1447938     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460     4  0.4655     0.7904 0.004 0.000 0.312 0.684
#> SRR1429468     2  0.4222     0.6889 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1446850     2  0.5434     0.6984 0.000 0.728 0.084 0.188
#> SRR1320363     3  0.1004     0.8078 0.000 0.004 0.972 0.024
#> SRR1413810     3  0.0376     0.8137 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR598831      2  0.5337     0.6819 0.000 0.696 0.044 0.260
#> SRR1381865     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957      3  0.0188     0.8132 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1491332     3  0.5200     0.4775 0.000 0.264 0.700 0.036
#> SRR1099744     2  0.5090     0.6988 0.000 0.728 0.044 0.228
#> SRR1464618     4  0.6520    -0.0538 0.000 0.384 0.080 0.536
#> SRR1414559     4  0.4941     0.7259 0.000 0.000 0.436 0.564
#> SRR1337540     4  0.4655     0.7904 0.004 0.000 0.312 0.684
#> SRR1444283     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942     3  0.1489     0.7924 0.000 0.004 0.952 0.044
#> SRR660295      1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335      3  0.0376     0.8137 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1363742     3  0.3485     0.6840 0.000 0.116 0.856 0.028
#> SRR1345847     4  0.6307     0.7432 0.000 0.092 0.288 0.620
#> SRR614960      3  0.1022     0.8005 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR819919      1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330      2  0.4164     0.6016 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR1327951     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266     2  0.5700     0.5092 0.000 0.560 0.028 0.412
#> SRR1338055     2  0.6603     0.6682 0.000 0.580 0.104 0.316
#> SRR1430157     2  0.4624     0.6432 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR1320137     2  0.4608     0.6717 0.000 0.692 0.004 0.304
#> SRR1093483     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913     3  0.0188     0.8132 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR2170490     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845     3  0.0188     0.8132 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1436420     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060     2  0.5823     0.4999 0.000 0.608 0.348 0.044
#> SRR662282      3  0.0188     0.8132 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1487089     4  0.4655     0.7904 0.004 0.000 0.312 0.684
#> SRR1075683     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880     4  0.7007    -0.1877 0.000 0.432 0.116 0.452
#> SRR1453456     3  0.0376     0.8136 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1457895     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603     2  0.6602     0.6312 0.000 0.628 0.208 0.164
#> SRR658633      2  0.5457     0.6952 0.000 0.728 0.088 0.184
#> SRR1388081     4  0.5604     0.6348 0.000 0.020 0.476 0.504
#> SRR813339      3  0.1109     0.8041 0.000 0.004 0.968 0.028
#> SRR809725      1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441      2  0.4164     0.6016 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR613603      3  0.2704     0.6906 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR1096571     2  0.5736     0.5349 0.000 0.628 0.328 0.044
#> SRR1392701     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693     2  0.5700     0.5092 0.000 0.560 0.028 0.412
#> SRR660697      4  0.6234     0.7559 0.000 0.068 0.348 0.584
#> SRR1489926     3  0.2300     0.7831 0.000 0.016 0.920 0.064
#> SRR811491      3  0.1109     0.8041 0.000 0.004 0.968 0.028
#> SRR1311644     4  0.4961     0.7055 0.000 0.000 0.448 0.552
#> SRR1451740     3  0.0188     0.8132 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR615117      2  0.6537     0.6350 0.000 0.636 0.200 0.164
#> SRR1391748     4  0.4655     0.7904 0.004 0.000 0.312 0.684
#> SRR1466556     3  0.0336     0.8123 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR614972      3  0.0188     0.8131 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1406200     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210      4  0.4941     0.7240 0.000 0.000 0.436 0.564
#> SRR662174      1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988      1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236      4  0.4981     0.6759 0.000 0.000 0.464 0.536
#> SRR1312598     2  0.4356     0.6774 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR1330129     2  0.4222     0.6041 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1357781     2  0.4164     0.6016 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR1315517     2  0.4164     0.6016 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR1400032     3  0.0188     0.8132 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1413722     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827      3  0.0188     0.8132 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR814794      1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430      1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509     4  0.5365     0.7636 0.000 0.044 0.264 0.692
#> SRR808728      3  0.5881     0.0632 0.000 0.420 0.544 0.036
#> SRR1070813     2  0.4643     0.6416 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1389133     3  0.4304     0.2862 0.000 0.000 0.716 0.284
#> SRR601263      3  0.2589     0.7039 0.000 0.000 0.884 0.116
#> SRR604718      4  0.4677     0.7934 0.000 0.004 0.316 0.680
#> SRR1481351     3  0.2300     0.7831 0.000 0.016 0.920 0.064
#> SRR1334608     3  0.5383     0.4404 0.000 0.292 0.672 0.036
#> SRR658681      2  0.5736     0.5349 0.000 0.628 0.328 0.044
#> SRR809283      4  0.4741     0.7908 0.004 0.000 0.328 0.668
#> SRR1459300     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547     2  0.5736     0.5349 0.000 0.628 0.328 0.044
#> SRR811049      3  0.2589     0.7039 0.000 0.000 0.884 0.116
#> SRR1464835     4  0.4655     0.7904 0.004 0.000 0.312 0.684
#> SRR1339619     2  0.4643     0.6401 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR658501      3  0.0188     0.8131 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1447523     3  0.0921     0.8043 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1415048     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348     2  0.5888     0.4729 0.000 0.540 0.036 0.424
#> SRR603890      2  0.4164     0.6016 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR810595      3  0.0336     0.8110 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1446244     2  0.5700     0.5092 0.000 0.560 0.028 0.412
#> SRR817373      4  0.5602     0.7456 0.000 0.024 0.408 0.568
#> SRR1457291     4  0.6327     0.6416 0.000 0.060 0.444 0.496
#> SRR598220      3  0.6448     0.0180 0.000 0.092 0.592 0.316
#> SRR1477991     2  0.5288     0.6975 0.000 0.720 0.056 0.224
#> SRR598172      2  0.6603     0.6682 0.000 0.580 0.104 0.316
#> SRR1349032     2  0.5731     0.4824 0.000 0.544 0.028 0.428
#> SRR604002      2  0.4507     0.6464 0.000 0.788 0.044 0.168
#> SRR1378026     3  0.1209     0.8004 0.000 0.032 0.964 0.004
#> SRR1404401     2  0.4164     0.6016 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR1333240     2  0.6433     0.6391 0.000 0.648 0.188 0.164
#> SRR1089399     2  0.5041     0.7048 0.000 0.728 0.040 0.232
#> SRR603421      2  0.4193     0.6029 0.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR812562      1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520      3  0.5881     0.0632 0.000 0.420 0.544 0.036
#> SRR811839      1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317      2  0.4222     0.6889 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1436763     4  0.4741     0.7908 0.004 0.000 0.328 0.668
#> SRR1486021     4  0.6327     0.6416 0.000 0.060 0.444 0.496
#> SRR1465018     2  0.4193     0.6029 0.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR1080998     3  0.2647     0.6991 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR1083432     3  0.0592     0.8085 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1082833     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536     3  0.0188     0.8132 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR614011      2  0.4837     0.6312 0.000 0.648 0.004 0.348
#> SRR1365873     2  0.5511     0.6979 0.000 0.720 0.084 0.196
#> SRR1498789     2  0.5254     0.6969 0.000 0.724 0.056 0.220
#> SRR601581      4  0.6520    -0.0538 0.000 0.384 0.080 0.536
#> SRR603566      2  0.5736     0.5349 0.000 0.628 0.328 0.044
#> SRR1373981     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410      2  0.5477     0.6934 0.000 0.728 0.092 0.180
#> SRR1076511     4  0.4720     0.7913 0.004 0.000 0.324 0.672
#> SRR614143      3  0.4121     0.5642 0.000 0.020 0.796 0.184
#> SRR1333570     3  0.0188     0.8132 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1366813     2  0.5219     0.6873 0.000 0.712 0.044 0.244
#> SRR1388746     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558     3  0.4134     0.3593 0.000 0.000 0.740 0.260
#> SRR1409510     3  0.0376     0.8137 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR816250      2  0.5254     0.6969 0.000 0.724 0.056 0.220
#> SRR614131      4  0.7820    -0.3421 0.000 0.360 0.256 0.384
#> SRR1331130     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015     3  0.0188     0.8132 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1470798     3  0.0376     0.8137 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR614179      2  0.6209     0.6339 0.000 0.656 0.232 0.112
#> SRR1474863     2  0.5457     0.6952 0.000 0.728 0.088 0.184
#> SRR813560      2  0.4222     0.6889 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1312187     4  0.5990     0.6391 0.000 0.144 0.164 0.692
#> SRR1420960     3  0.0336     0.8110 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1355102     3  0.0188     0.8132 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1084577     3  0.1022     0.8012 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR659971      2  0.4509     0.6781 0.000 0.708 0.004 0.288
#> SRR1350855     4  0.4655     0.7904 0.004 0.000 0.312 0.684
#> SRR820779      3  0.0336     0.8129 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1476300     3  0.0188     0.8132 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1090907     4  0.4679     0.7843 0.000 0.000 0.352 0.648
#> SRR662294      2  0.4164     0.6016 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR1480789     2  0.6262     0.5968 0.000 0.628 0.280 0.092
#> SRR1336263     4  0.4655     0.7904 0.004 0.000 0.312 0.684
#> SRR660776      1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508     2  0.4164     0.6016 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR615563      4  0.4677     0.7934 0.000 0.004 0.316 0.680
#> SRR1101175     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650     2  0.5773     0.5217 0.000 0.620 0.336 0.044
#> SRR1431205     2  0.3501     0.6689 0.000 0.848 0.020 0.132
#> SRR1339856     4  0.5898     0.7700 0.000 0.048 0.348 0.604
#> SRR1352147     4  0.7717     0.3124 0.000 0.304 0.252 0.444
#> SRR808968      1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419      2  0.4250     0.6052 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR1402391     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609      3  0.5837     0.1342 0.000 0.400 0.564 0.036
#> SRR2167857     2  0.4164     0.6016 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR1398752     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437     2  0.5123     0.6964 0.000 0.724 0.044 0.232
#> SRR1416955     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064     4  0.7841     0.4319 0.000 0.272 0.332 0.396
#> SRR659001      4  0.4677     0.7934 0.000 0.004 0.316 0.680
#> SRR2170696     4  0.4933     0.7295 0.000 0.000 0.432 0.568
#> SRR816589      3  0.1004     0.8022 0.000 0.024 0.972 0.004
#> SRR1087487     3  0.0188     0.8127 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1329485     3  0.0376     0.8137 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR816920      4  0.4933     0.7295 0.000 0.000 0.432 0.568
#> SRR1341432     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590     4  0.4655     0.7904 0.004 0.000 0.312 0.684
#> SRR817046      3  0.1305     0.7984 0.000 0.004 0.960 0.036
#> SRR1471331     3  0.0376     0.8137 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR660788      4  0.4933     0.7295 0.000 0.000 0.432 0.568
#> SRR819234      1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853      2  0.5025     0.6257 0.000 0.716 0.252 0.032
#> SRR809427      4  0.6167     0.7339 0.000 0.100 0.248 0.652
#> SRR2170217     4  0.4679     0.7843 0.000 0.000 0.352 0.648
#> SRR1386967     3  0.1151     0.8043 0.000 0.024 0.968 0.008
#> SRR1420344     2  0.4584     0.6704 0.000 0.696 0.004 0.300
#> SRR1334535     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503      4  0.5956     0.7181 0.000 0.100 0.220 0.680
#> SRR602564      3  0.5597    -0.5250 0.000 0.020 0.516 0.464
#> SRR1420669     4  0.4994     0.6376 0.000 0.000 0.480 0.520
#> SRR819024      3  0.0188     0.8131 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR656223      3  0.5383     0.4404 0.000 0.292 0.672 0.036
#> SRR608428      2  0.5384     0.6969 0.000 0.728 0.076 0.196
#> SRR1345647     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324     2  0.4193     0.6029 0.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR1361368     4  0.6497     0.5394 0.000 0.200 0.160 0.640
#> SRR1322619     2  0.4331     0.6802 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR1349276     4  0.4655     0.7904 0.004 0.000 0.312 0.684
#> SRR1404024     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637     2  0.4250     0.6876 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR1452631     4  0.4655     0.7904 0.004 0.000 0.312 0.684
#> SRR608392      3  0.5383     0.4404 0.000 0.292 0.672 0.036
#> SRR1357757     3  0.2300     0.7831 0.000 0.016 0.920 0.064
#> SRR1074646     4  0.4746     0.7765 0.000 0.000 0.368 0.632
#> SRR1367499     3  0.0592     0.8085 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1343501     3  0.5881     0.0632 0.000 0.420 0.544 0.036
#> SRR1394406     3  0.4673     0.2409 0.000 0.008 0.700 0.292
#> SRR1381435     3  0.2300     0.7580 0.000 0.064 0.920 0.016
#> SRR1467407     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422     2  0.4164     0.6016 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR1380270     2  0.5599     0.5880 0.000 0.664 0.288 0.048
#> SRR1091817     2  0.5496     0.6942 0.000 0.724 0.088 0.188
#> SRR1440137     2  0.6617     0.5879 0.000 0.600 0.120 0.280
#> SRR614311      4  0.6308     0.4539 0.000 0.232 0.120 0.648
#> SRR1407516     4  0.5756     0.7482 0.000 0.032 0.400 0.568
#> SRR815494      3  0.0188     0.8132 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1333209     4  0.5790     0.7363 0.000 0.080 0.236 0.684
#> SRR615177      4  0.4941     0.7240 0.000 0.000 0.436 0.564
#> SRR1099648     2  0.5823     0.4999 0.000 0.608 0.348 0.044
#> SRR659720      3  0.4245     0.5316 0.000 0.020 0.784 0.196
#> SRR2185057     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468      4  0.4948     0.7166 0.000 0.000 0.440 0.560
#> SRR660042      3  0.1022     0.8005 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR2170864     2  0.5496     0.6942 0.000 0.724 0.088 0.188
#> SRR1440491     4  0.5392     0.6770 0.000 0.012 0.460 0.528
#> SRR1440852     3  0.0188     0.8132 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR811169      1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311     4  0.5026     0.7889 0.000 0.016 0.312 0.672
#> SRR818009      1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836     2  0.4250     0.6889 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR1498313     2  0.4164     0.6016 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR1441975     2  0.5384     0.6969 0.000 0.728 0.076 0.196
#> SRR819096      1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679     4  0.6393     0.7301 0.000 0.100 0.284 0.616
#> SRR1489116     3  0.5577     0.3560 0.000 0.328 0.636 0.036
#> SRR1354138     3  0.0376     0.8137 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1490589     3  0.0921     0.8043 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1412987     4  0.4655     0.7904 0.004 0.000 0.312 0.684
#> SRR602034      3  0.0188     0.8132 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1353437     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871     3  0.2563     0.7740 0.000 0.020 0.908 0.072
#> SRR661577      4  0.5548     0.7648 0.000 0.024 0.388 0.588
#> SRR612190      3  0.5594    -0.5160 0.000 0.020 0.520 0.460
#> SRR1399880     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787     4  0.4792     0.7932 0.000 0.008 0.312 0.680
#> SRR657869      1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039      1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141     3  0.0376     0.8137 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1476697     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538     4  0.6305    -0.1945 0.000 0.424 0.060 0.516
#> SRR1331422     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859      3  0.4673     0.2409 0.000 0.008 0.700 0.292
#> SRR1097594     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419     3  0.0376     0.8137 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1336706     2  0.5866     0.5413 0.000 0.624 0.324 0.052
#> SRR1472976     4  0.5127     0.7840 0.000 0.012 0.356 0.632
#> SRR1321307     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493      1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461      3  0.0592     0.8085 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1477149     2  0.4222     0.6041 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1457397     2  0.6613     0.6313 0.000 0.628 0.200 0.172
#> SRR661913      3  0.0188     0.8132 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1069024     2  0.5599     0.5880 0.000 0.664 0.288 0.048
#> SRR2165634     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722     3  0.0188     0.8132 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1328642     2  0.4635     0.6095 0.000 0.720 0.012 0.268
#> SRR1488261     3  0.1022     0.8005 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1318815     4  0.4655     0.7904 0.004 0.000 0.312 0.684
#> SRR816945      1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432     4  0.4655     0.7904 0.004 0.000 0.312 0.684
#> SRR1359280     2  0.4882     0.6120 0.000 0.708 0.020 0.272
#> SRR1313910     2  0.4679     0.6304 0.000 0.648 0.000 0.352
#> SRR1457315     4  0.4994     0.6376 0.000 0.000 0.480 0.520
#> SRR815398      1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958      3  0.1174     0.8039 0.000 0.020 0.968 0.012
#> SRR600688      3  0.5597    -0.5250 0.000 0.020 0.516 0.464
#> SRR1098952     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916     3  0.0376     0.8137 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR614167      3  0.0188     0.8132 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1348114     2  0.5269     0.6011 0.000 0.620 0.016 0.364
#> SRR658033      2  0.6976     0.4827 0.000 0.544 0.136 0.320
#> SRR1077503     3  0.1489     0.7924 0.000 0.004 0.952 0.044
#> SRR661854      3  0.2300     0.7831 0.000 0.016 0.920 0.064
#> SRR811379      4  0.5378     0.6997 0.000 0.012 0.448 0.540
#> SRR1318857     2  0.4800     0.6402 0.000 0.656 0.004 0.340
#> SRR656445      3  0.1970     0.7675 0.000 0.060 0.932 0.008
#> SRR1433044     2  0.4164     0.6016 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR1486391     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071      3  0.1022     0.8005 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1364824     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745      2  0.5025     0.6257 0.000 0.716 0.252 0.032
#> SRR601038      2  0.5717     0.5402 0.000 0.632 0.324 0.044
#> SRR1360080     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868      3  0.2345     0.7240 0.000 0.000 0.900 0.100
#> SRR1485997     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560     4  0.4761     0.7921 0.000 0.004 0.332 0.664
#> SRR1333330     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513      4  0.4955     0.7119 0.000 0.000 0.444 0.556
#> SRR1328407     2  0.4692     0.6518 0.000 0.756 0.212 0.032
#> SRR602784      2  0.5823     0.4999 0.000 0.608 0.348 0.044
#> SRR1348468     4  0.4655     0.7904 0.004 0.000 0.312 0.684
#> SRR663717      2  0.5827     0.4568 0.000 0.532 0.032 0.436
#> SRR602217      2  0.5619     0.6797 0.000 0.724 0.152 0.124
#> SRR603140      3  0.2704     0.6906 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR1340804     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574     3  0.1174     0.8039 0.000 0.020 0.968 0.012
#> SRR1333462     2  0.4164     0.6016 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR1094601     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610     4  0.4948     0.7150 0.000 0.000 0.440 0.560
#> SRR1435833     4  0.5026     0.7889 0.000 0.016 0.312 0.672
#> SRR1398728     2  0.4605     0.6509 0.000 0.664 0.000 0.336
#> SRR1358343     4  0.4786     0.7864 0.004 0.004 0.304 0.688
#> SRR1410890     2  0.4643     0.6401 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1350371     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478     2  0.4522     0.6636 0.000 0.680 0.000 0.320
#> SRR1099260     3  0.5383     0.4415 0.000 0.292 0.672 0.036
#> SRR1433576     3  0.4175     0.5337 0.000 0.016 0.784 0.200
#> SRR1345541     3  0.3764     0.4886 0.000 0.000 0.784 0.216
#> SRR1086328     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391      3  0.0188     0.8132 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1476207     3  0.2704     0.6906 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR627435      2  0.7707     0.4751 0.000 0.452 0.272 0.276
#> SRR1489862     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191     3  0.0188     0.8132 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1490115     3  0.1305     0.7984 0.000 0.004 0.960 0.036
#> SRR1377714     3  0.2300     0.7831 0.000 0.016 0.920 0.064
#> SRR819394      1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161      3  0.5597    -0.5250 0.000 0.020 0.516 0.464
#> SRR607042      2  0.5712     0.5640 0.000 0.644 0.308 0.048
#> SRR656203      4  0.7845     0.3401 0.000 0.304 0.292 0.404
#> SRR660602      3  0.1970     0.7675 0.000 0.060 0.932 0.008
#> SRR1440397     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233      1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249      2  0.4800     0.6402 0.000 0.656 0.004 0.340
#> SRR661242      3  0.5586    -0.4931 0.000 0.020 0.528 0.452
#> SRR1332007     2  0.6102     0.6432 0.000 0.672 0.212 0.116
#> SRR809619      4  0.6941     0.6066 0.000 0.192 0.220 0.588
#> SRR819975      1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281      2  0.5384     0.6969 0.000 0.728 0.076 0.196
#> SRR662366      3  0.0188     0.8132 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1317898     3  0.0188     0.8131 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1382485     4  0.5366     0.7115 0.000 0.012 0.440 0.548
#> SRR2166420     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541     3  0.0188     0.8132 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR817444      3  0.5881     0.0632 0.000 0.420 0.544 0.036
#> SRR1320403     2  0.4748     0.6103 0.000 0.716 0.016 0.268
#> SRR1101483     2  0.4697     0.6309 0.000 0.644 0.000 0.356
#> SRR1331684     3  0.1022     0.7987 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR1400054     4  0.4961     0.7066 0.000 0.000 0.448 0.552
#> SRR1406088     2  0.4643     0.6401 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR820733      4  0.4898     0.7483 0.000 0.000 0.416 0.584
#> SRR1314113     4  0.4967     0.7007 0.000 0.000 0.452 0.548
#> SRR1382615     3  0.5025     0.4985 0.000 0.252 0.716 0.032
#> SRR1480745     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850     2  0.5148     0.6985 0.000 0.736 0.056 0.208
#> SRR656782      3  0.2647     0.7005 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR821364      1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295      2  0.4164     0.6016 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR1357103     2  0.5742     0.5736 0.000 0.648 0.300 0.052
#> SRR809185      4  0.5366     0.7119 0.000 0.012 0.440 0.548
#> SRR811583      4  0.5708     0.7366 0.000 0.028 0.416 0.556
#> SRR1468050     1  0.0000     1.0000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224     2  0.5254     0.6969 0.000 0.724 0.056 0.220

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>            class entropy silhouette p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR1500170     2  0.4541    0.71587  0 0.752 0.000 0.112 0.136
#> SRR1402368     3  0.0703    0.86556  0 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR607743      3  0.6582   -0.10017  0 0.132 0.448 0.404 0.016
#> SRR1457375     2  0.4718    0.70880  0 0.764 0.020 0.084 0.132
#> SRR1470923     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785     3  0.1818    0.85746  0 0.024 0.932 0.044 0.000
#> SRR814768      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031     2  0.5504    0.33380  0 0.576 0.028 0.368 0.028
#> SRR1363611     4  0.4491    0.56746  0 0.280 0.024 0.692 0.004
#> SRR1468447     5  0.4161    0.70785  0 0.208 0.000 0.040 0.752
#> SRR1071931     4  0.5337    0.69249  0 0.064 0.252 0.668 0.016
#> SRR810981      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299      5  0.2179    0.89208  0 0.100 0.000 0.004 0.896
#> SRR663585      3  0.0865    0.86435  0 0.024 0.972 0.000 0.004
#> SRR1326773     4  0.6942    0.28240  0 0.196 0.364 0.424 0.016
#> SRR1351166     2  0.3919    0.73354  0 0.816 0.008 0.100 0.076
#> SRR1477452     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720     3  0.1041    0.86246  0 0.032 0.964 0.004 0.000
#> SRR1420320     4  0.2952    0.79286  0 0.104 0.020 0.868 0.008
#> SRR1081712     2  0.4718    0.70880  0 0.764 0.020 0.084 0.132
#> SRR1318241     3  0.3318    0.73210  0 0.008 0.800 0.192 0.000
#> SRR1333718     2  0.4575    0.48189  0 0.648 0.328 0.000 0.024
#> SRR1313514     5  0.1197    0.92282  0 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR1477861     2  0.6372    0.12799  0 0.460 0.144 0.004 0.392
#> SRR1318005     5  0.1197    0.92282  0 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR1354665     2  0.4457    0.71840  0 0.760 0.000 0.124 0.116
#> SRR657707      3  0.3318    0.73231  0 0.008 0.800 0.192 0.000
#> SRR1370742     3  0.0324    0.86810  0 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1412947     2  0.5043    0.67726  0 0.736 0.028 0.164 0.072
#> SRR661553      4  0.2719    0.80931  0 0.004 0.144 0.852 0.000
#> SRR1328869     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211      2  0.4339    0.72060  0 0.776 0.004 0.084 0.136
#> SRR1348181     3  0.0324    0.86810  0 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1416560     3  0.0404    0.86782  0 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1319772     3  0.2209    0.84977  0 0.032 0.912 0.056 0.000
#> SRR1091452     4  0.4081    0.78884  0 0.032 0.172 0.784 0.012
#> SRR1338812     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072     5  0.1478    0.92021  0 0.064 0.000 0.000 0.936
#> SRR814844      4  0.1544    0.79195  0 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1376619     3  0.0162    0.86775  0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR603690      4  0.6662    0.34786  0 0.148 0.368 0.468 0.016
#> SRR2184980     2  0.4493    0.71549  0 0.756 0.000 0.108 0.136
#> SRR613963      4  0.2389    0.81566  0 0.004 0.116 0.880 0.000
#> SRR1323422     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673     3  0.2124    0.82963  0 0.096 0.900 0.004 0.000
#> SRR1434650     2  0.4648    0.59280  0 0.752 0.108 0.004 0.136
#> SRR659875      2  0.4498    0.53558  0 0.688 0.280 0.000 0.032
#> SRR1465734     3  0.3318    0.73221  0 0.008 0.800 0.192 0.000
#> SRR1076847     5  0.1732    0.90572  0 0.080 0.000 0.000 0.920
#> SRR1415072     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319      3  0.4384    0.49103  0 0.324 0.660 0.000 0.016
#> SRR663088      4  0.1557    0.80339  0 0.052 0.008 0.940 0.000
#> SRR1352021     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935      4  0.3043    0.79814  0 0.104 0.024 0.864 0.008
#> SRR1352530     3  0.0486    0.86815  0 0.004 0.988 0.004 0.004
#> SRR662594      3  0.3318    0.73221  0 0.008 0.800 0.192 0.000
#> SRR1095309     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647      3  0.0486    0.86815  0 0.004 0.988 0.004 0.004
#> SRR813019      2  0.4653    0.59393  0 0.752 0.112 0.004 0.132
#> SRR1374647     2  0.5317    0.69497  0 0.724 0.036 0.092 0.148
#> SRR603472      2  0.6036    0.00888  0 0.460 0.100 0.004 0.436
#> SRR661529      4  0.4296    0.64170  0 0.008 0.292 0.692 0.008
#> SRR607018      3  0.4451    0.45478  0 0.340 0.644 0.000 0.016
#> SRR627423      5  0.5589    0.66793  0 0.144 0.100 0.048 0.708
#> SRR654921      4  0.1544    0.79195  0 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1418968     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871      3  0.0324    0.86810  0 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1330522     3  0.0324    0.86810  0 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1499958     2  0.4255    0.72083  0 0.776 0.000 0.128 0.096
#> SRR614059      3  0.1430    0.85394  0 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR1071403     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719     2  0.4498    0.71645  0 0.756 0.000 0.112 0.132
#> SRR1440421     5  0.1831    0.91141  0 0.076 0.000 0.004 0.920
#> SRR1310412     3  0.4789    0.33118  0 0.024 0.584 0.392 0.000
#> SRR614767      2  0.4360    0.71679  0 0.780 0.008 0.080 0.132
#> SRR820709      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093      3  0.2648    0.78078  0 0.152 0.848 0.000 0.000
#> SRR1088168     3  0.1892    0.84157  0 0.080 0.916 0.004 0.000
#> SRR1418707     2  0.4498    0.71645  0 0.756 0.000 0.112 0.132
#> SRR1354291     5  0.1197    0.92282  0 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR2165806     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684     4  0.3509    0.78264  0 0.008 0.196 0.792 0.004
#> SRR1433860     3  0.0000    0.86753  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311062     2  0.4225    0.71497  0 0.784 0.004 0.076 0.136
#> SRR1360359     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385      3  0.1544    0.84425  0 0.068 0.932 0.000 0.000
#> SRR615407      2  0.5317    0.69497  0 0.724 0.036 0.092 0.148
#> SRR1413892     3  0.3231    0.71643  0 0.196 0.800 0.000 0.004
#> SRR1443459     2  0.3489    0.71526  0 0.820 0.000 0.144 0.036
#> SRR1338942     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480      3  0.2359    0.84630  0 0.036 0.904 0.060 0.000
#> SRR1399433     4  0.3857    0.80977  0 0.048 0.132 0.812 0.008
#> SRR818537      2  0.4951    0.58141  0 0.720 0.172 0.004 0.104
#> SRR1101324     4  0.2605    0.80561  0 0.000 0.148 0.852 0.000
#> SRR807637      4  0.4014    0.64993  0 0.256 0.016 0.728 0.000
#> SRR1091918     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300      3  0.4531    0.22145  0 0.004 0.568 0.424 0.004
#> SRR1085426     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294     2  0.4239    0.71648  0 0.784 0.004 0.080 0.132
#> SRR813891      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431     4  0.4584    0.59673  0 0.312 0.028 0.660 0.000
#> SRR658742      4  0.2561    0.80974  0 0.000 0.144 0.856 0.000
#> SRR1419234     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813     2  0.4316    0.72024  0 0.772 0.000 0.120 0.108
#> SRR603496      3  0.2885    0.83033  0 0.052 0.880 0.064 0.004
#> SRR1407758     3  0.0162    0.86775  0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR810945      2  0.5049    0.71519  0 0.740 0.024 0.096 0.140
#> SRR817234      5  0.1638    0.91662  0 0.064 0.000 0.004 0.932
#> SRR1444852     3  0.0324    0.86810  0 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR660378      3  0.2068    0.83351  0 0.092 0.904 0.004 0.000
#> SRR1467835     2  0.3919    0.73354  0 0.816 0.008 0.100 0.076
#> SRR1338964     3  0.3282    0.73717  0 0.008 0.804 0.188 0.000
#> SRR1079259     4  0.3016    0.81143  0 0.020 0.132 0.848 0.000
#> SRR1072345     3  0.3123    0.74071  0 0.004 0.812 0.184 0.000
#> SRR598725      3  0.0324    0.86810  0 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1447938     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460     4  0.1544    0.79195  0 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1429468     2  0.4493    0.71549  0 0.756 0.000 0.108 0.136
#> SRR1446850     2  0.5002    0.68679  0 0.728 0.016 0.080 0.176
#> SRR1320363     3  0.1492    0.85916  0 0.008 0.948 0.040 0.004
#> SRR1413810     3  0.0162    0.86775  0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR598831      2  0.3919    0.73354  0 0.816 0.008 0.100 0.076
#> SRR1381865     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957      3  0.0324    0.86810  0 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1491332     3  0.4213    0.52760  0 0.308 0.680 0.000 0.012
#> SRR1099744     2  0.4416    0.72214  0 0.776 0.008 0.084 0.132
#> SRR1464618     2  0.4630    0.28443  0 0.572 0.004 0.416 0.008
#> SRR1414559     4  0.2561    0.80974  0 0.000 0.144 0.856 0.000
#> SRR1337540     4  0.2127    0.77135  0 0.108 0.000 0.892 0.000
#> SRR1444283     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942     3  0.1894    0.84191  0 0.008 0.920 0.072 0.000
#> SRR660295      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335      3  0.0162    0.86775  0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1363742     3  0.2648    0.78078  0 0.152 0.848 0.000 0.000
#> SRR1345847     4  0.4275    0.77045  0 0.152 0.068 0.776 0.004
#> SRR614960      3  0.1430    0.85394  0 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR819919      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330      5  0.1197    0.92282  0 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR1327951     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266     2  0.3612    0.64822  0 0.764 0.000 0.228 0.008
#> SRR1338055     2  0.6578    0.15225  0 0.448 0.032 0.096 0.424
#> SRR1430157     2  0.3445    0.71632  0 0.824 0.000 0.140 0.036
#> SRR1320137     2  0.4545    0.71693  0 0.752 0.000 0.132 0.116
#> SRR1093483     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913     3  0.0324    0.86810  0 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR2170490     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845     3  0.0324    0.86810  0 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1436420     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060     2  0.4540    0.49398  0 0.656 0.320 0.000 0.024
#> SRR662282      3  0.0324    0.86810  0 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1487089     4  0.1544    0.79195  0 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1075683     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880     2  0.5465    0.36252  0 0.588 0.032 0.356 0.024
#> SRR1453456     3  0.0613    0.86849  0 0.008 0.984 0.004 0.004
#> SRR1457895     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603     2  0.6059    0.07282  0 0.480 0.104 0.004 0.412
#> SRR658633      2  0.4772    0.71086  0 0.760 0.020 0.088 0.132
#> SRR1388081     4  0.4677    0.73160  0 0.036 0.236 0.716 0.012
#> SRR813339      3  0.1408    0.85713  0 0.008 0.948 0.044 0.000
#> SRR809725      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441      5  0.1197    0.92282  0 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR613603      3  0.3318    0.73210  0 0.008 0.800 0.192 0.000
#> SRR1096571     2  0.4374    0.53705  0 0.700 0.272 0.000 0.028
#> SRR1392701     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693     2  0.3582    0.65231  0 0.768 0.000 0.224 0.008
#> SRR660697      4  0.5078    0.74609  0 0.172 0.096 0.720 0.012
#> SRR1489926     3  0.2878    0.83005  0 0.048 0.880 0.068 0.004
#> SRR811491      3  0.1408    0.85713  0 0.008 0.948 0.044 0.000
#> SRR1311644     4  0.2605    0.80561  0 0.000 0.148 0.852 0.000
#> SRR1451740     3  0.0324    0.86810  0 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR615117      2  0.6024    0.06280  0 0.480 0.100 0.004 0.416
#> SRR1391748     4  0.1544    0.79195  0 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1466556     3  0.0609    0.86651  0 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR614972      3  0.0404    0.86782  0 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1406200     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210      4  0.2719    0.80931  0 0.004 0.144 0.852 0.000
#> SRR662174      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236      4  0.3048    0.79096  0 0.004 0.176 0.820 0.000
#> SRR1312598     2  0.4316    0.72024  0 0.772 0.000 0.120 0.108
#> SRR1330129     5  0.1478    0.92021  0 0.064 0.000 0.000 0.936
#> SRR1357781     5  0.1197    0.92282  0 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR1315517     5  0.1197    0.92282  0 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR1400032     3  0.0324    0.86810  0 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1413722     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827      3  0.0324    0.86810  0 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR814794      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509     4  0.2843    0.76621  0 0.144 0.008 0.848 0.000
#> SRR808728      3  0.4824    0.07471  0 0.468 0.512 0.000 0.020
#> SRR1070813     2  0.3366    0.71694  0 0.828 0.000 0.140 0.032
#> SRR1389133     3  0.4531    0.22145  0 0.004 0.568 0.424 0.004
#> SRR601263      3  0.3246    0.74139  0 0.008 0.808 0.184 0.000
#> SRR604718      4  0.1774    0.80996  0 0.052 0.016 0.932 0.000
#> SRR1481351     3  0.2885    0.83033  0 0.052 0.880 0.064 0.004
#> SRR1334608     3  0.4384    0.49103  0 0.324 0.660 0.000 0.016
#> SRR658681      2  0.4374    0.53705  0 0.700 0.272 0.000 0.028
#> SRR809283      4  0.1012    0.80669  0 0.020 0.012 0.968 0.000
#> SRR1459300     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547     2  0.4374    0.53705  0 0.700 0.272 0.000 0.028
#> SRR811049      3  0.3246    0.74139  0 0.008 0.808 0.184 0.000
#> SRR1464835     4  0.1544    0.79195  0 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1339619     2  0.3489    0.71526  0 0.820 0.000 0.144 0.036
#> SRR658501      3  0.0404    0.86782  0 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1447523     3  0.1270    0.85572  0 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1415048     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348     2  0.3783    0.61862  0 0.740 0.000 0.252 0.008
#> SRR603890      5  0.1197    0.92282  0 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR810595      3  0.0451    0.86789  0 0.008 0.988 0.004 0.000
#> SRR1446244     2  0.3612    0.64822  0 0.764 0.000 0.228 0.008
#> SRR817373      4  0.3857    0.80977  0 0.048 0.132 0.812 0.008
#> SRR1457291     4  0.5362    0.71694  0 0.084 0.228 0.676 0.012
#> SRR598220      3  0.6582   -0.10017  0 0.132 0.448 0.404 0.016
#> SRR1477991     2  0.4326    0.71388  0 0.776 0.004 0.080 0.140
#> SRR598172      2  0.6578    0.15225  0 0.448 0.032 0.096 0.424
#> SRR1349032     2  0.3783    0.62095  0 0.740 0.000 0.252 0.008
#> SRR604002      5  0.4779    0.29512  0 0.388 0.024 0.000 0.588
#> SRR1378026     3  0.1282    0.85822  0 0.044 0.952 0.000 0.004
#> SRR1404401     5  0.1197    0.92282  0 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR1333240     2  0.5915    0.03548  0 0.476 0.088 0.004 0.432
#> SRR1089399     2  0.4368    0.71666  0 0.772 0.004 0.080 0.144
#> SRR603421      5  0.1502    0.92072  0 0.056 0.000 0.004 0.940
#> SRR812562      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520      3  0.4824    0.07471  0 0.468 0.512 0.000 0.020
#> SRR811839      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317      2  0.4493    0.71549  0 0.756 0.000 0.108 0.136
#> SRR1436763     4  0.1012    0.80669  0 0.020 0.012 0.968 0.000
#> SRR1486021     4  0.5362    0.71694  0 0.084 0.228 0.676 0.012
#> SRR1465018     5  0.1502    0.92072  0 0.056 0.000 0.004 0.940
#> SRR1080998     3  0.3282    0.73717  0 0.008 0.804 0.188 0.000
#> SRR1083432     3  0.0771    0.86613  0 0.020 0.976 0.004 0.000
#> SRR1082833     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536     3  0.0324    0.86810  0 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR614011      2  0.3452    0.71223  0 0.820 0.000 0.148 0.032
#> SRR1365873     2  0.5074    0.68710  0 0.724 0.016 0.088 0.172
#> SRR1498789     2  0.4239    0.71648  0 0.784 0.004 0.080 0.132
#> SRR601581      2  0.4621    0.29208  0 0.576 0.004 0.412 0.008
#> SRR603566      2  0.4374    0.53705  0 0.700 0.272 0.000 0.028
#> SRR1373981     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410      2  0.4718    0.70880  0 0.764 0.020 0.084 0.132
#> SRR1076511     4  0.1557    0.80339  0 0.052 0.008 0.940 0.000
#> SRR614143      3  0.4066    0.70199  0 0.032 0.768 0.196 0.004
#> SRR1333570     3  0.0324    0.86810  0 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1366813     2  0.4144    0.73207  0 0.800 0.008 0.100 0.092
#> SRR1388746     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558     3  0.4276    0.34544  0 0.000 0.616 0.380 0.004
#> SRR1409510     3  0.0162    0.86775  0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR816250      2  0.4239    0.71648  0 0.784 0.004 0.080 0.132
#> SRR614131      5  0.7622    0.35043  0 0.216 0.144 0.136 0.504
#> SRR1331130     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015     3  0.0324    0.86810  0 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1470798     3  0.0162    0.86775  0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR614179      2  0.6049    0.39520  0 0.564 0.164 0.000 0.272
#> SRR1474863     2  0.4772    0.71086  0 0.760 0.020 0.088 0.132
#> SRR813560      2  0.4493    0.71549  0 0.756 0.000 0.108 0.136
#> SRR1312187     4  0.3814    0.59445  0 0.276 0.004 0.720 0.000
#> SRR1420960     3  0.0451    0.86789  0 0.008 0.988 0.004 0.000
#> SRR1355102     3  0.0324    0.86810  0 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1084577     3  0.0880    0.86185  0 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR659971      2  0.4364    0.71959  0 0.768 0.000 0.120 0.112
#> SRR1350855     4  0.1544    0.79195  0 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR820779      3  0.0486    0.86815  0 0.004 0.988 0.004 0.004
#> SRR1476300     3  0.0324    0.86810  0 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1090907     4  0.0794    0.81186  0 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR662294      5  0.1197    0.92282  0 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR1480789     2  0.5713    0.49772  0 0.640 0.200 0.004 0.156
#> SRR1336263     4  0.1544    0.79195  0 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR660776      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508     5  0.1197    0.92282  0 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR615563      4  0.1701    0.81031  0 0.048 0.016 0.936 0.000
#> SRR1101175     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650     2  0.4583    0.52046  0 0.672 0.296 0.000 0.032
#> SRR1431205     5  0.4288    0.28440  0 0.384 0.000 0.004 0.612
#> SRR1339856     4  0.4727    0.77165  0 0.136 0.096 0.756 0.012
#> SRR1352147     2  0.6362    0.00252  0 0.492 0.084 0.396 0.028
#> SRR808968      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419      5  0.1544    0.91821  0 0.068 0.000 0.000 0.932
#> SRR1402391     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609      3  0.4811    0.14098  0 0.452 0.528 0.000 0.020
#> SRR2167857     5  0.1197    0.92282  0 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR1398752     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437     2  0.4288    0.72751  0 0.788 0.008 0.088 0.116
#> SRR1416955     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064     4  0.6983    0.34773  0 0.320 0.176 0.476 0.028
#> SRR659001      4  0.1701    0.81031  0 0.048 0.016 0.936 0.000
#> SRR2170696     4  0.2424    0.81250  0 0.000 0.132 0.868 0.000
#> SRR816589      3  0.1124    0.86215  0 0.036 0.960 0.004 0.000
#> SRR1087487     3  0.0000    0.86753  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329485     3  0.0162    0.86775  0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR816920      4  0.2424    0.81250  0 0.000 0.132 0.868 0.000
#> SRR1341432     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590     4  0.1478    0.79304  0 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR817046      3  0.1557    0.85296  0 0.008 0.940 0.052 0.000
#> SRR1471331     3  0.0162    0.86775  0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR660788      4  0.2424    0.81250  0 0.000 0.132 0.868 0.000
#> SRR819234      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853      2  0.5120    0.56970  0 0.684 0.212 0.000 0.104
#> SRR809427      4  0.3536    0.75668  0 0.156 0.032 0.812 0.000
#> SRR2170217     4  0.0794    0.81186  0 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1386967     3  0.1124    0.86174  0 0.036 0.960 0.000 0.004
#> SRR1420344     2  0.4255    0.72083  0 0.776 0.000 0.128 0.096
#> SRR1334535     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503      4  0.3689    0.64921  0 0.256 0.004 0.740 0.000
#> SRR602564      4  0.5182    0.72271  0 0.064 0.228 0.692 0.016
#> SRR1420669     4  0.3282    0.77870  0 0.008 0.188 0.804 0.000
#> SRR819024      3  0.0404    0.86782  0 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR656223      3  0.4384    0.49103  0 0.324 0.660 0.000 0.016
#> SRR608428      2  0.4522    0.71124  0 0.772 0.016 0.068 0.144
#> SRR1345647     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324     5  0.1502    0.92072  0 0.056 0.000 0.004 0.940
#> SRR1361368     4  0.4523    0.47594  0 0.344 0.012 0.640 0.004
#> SRR1322619     2  0.4365    0.72046  0 0.768 0.000 0.116 0.116
#> SRR1349276     4  0.1478    0.79304  0 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1404024     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637     2  0.4545    0.71665  0 0.752 0.000 0.116 0.132
#> SRR1452631     4  0.1544    0.79195  0 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR608392      3  0.4384    0.49103  0 0.324 0.660 0.000 0.016
#> SRR1357757     3  0.2885    0.83033  0 0.052 0.880 0.064 0.004
#> SRR1074646     4  0.1282    0.81412  0 0.004 0.044 0.952 0.000
#> SRR1367499     3  0.0865    0.86577  0 0.024 0.972 0.004 0.000
#> SRR1343501     3  0.4821    0.08453  0 0.464 0.516 0.000 0.020
#> SRR1394406     3  0.4833    0.26704  0 0.024 0.564 0.412 0.000
#> SRR1381435     3  0.2068    0.83279  0 0.092 0.904 0.004 0.000
#> SRR1467407     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422     5  0.1197    0.92282  0 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR1380270     2  0.4741    0.57438  0 0.724 0.204 0.004 0.068
#> SRR1091817     2  0.4752    0.70181  0 0.756 0.016 0.084 0.144
#> SRR1440137     2  0.5043    0.67726  0 0.736 0.028 0.164 0.072
#> SRR614311      4  0.4150    0.36773  0 0.388 0.000 0.612 0.000
#> SRR1407516     4  0.4124    0.80289  0 0.052 0.140 0.796 0.012
#> SRR815494      3  0.0324    0.86810  0 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1333209     4  0.3812    0.72388  0 0.196 0.020 0.780 0.004
#> SRR615177      4  0.2719    0.80931  0 0.004 0.144 0.852 0.000
#> SRR1099648     2  0.4575    0.48189  0 0.648 0.328 0.000 0.024
#> SRR659720      3  0.4165    0.68258  0 0.032 0.756 0.208 0.004
#> SRR2185057     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468      4  0.2536    0.81352  0 0.004 0.128 0.868 0.000
#> SRR660042      3  0.1430    0.85394  0 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR2170864     2  0.4752    0.70181  0 0.756 0.016 0.084 0.144
#> SRR1440491     4  0.4043    0.79103  0 0.032 0.168 0.788 0.012
#> SRR1440852     3  0.0324    0.86810  0 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR811169      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311     4  0.2952    0.79286  0 0.104 0.020 0.868 0.008
#> SRR818009      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836     2  0.4535    0.71419  0 0.752 0.000 0.108 0.140
#> SRR1498313     5  0.1197    0.92282  0 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR1441975     2  0.4522    0.71124  0 0.772 0.016 0.068 0.144
#> SRR819096      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679     4  0.4098    0.76463  0 0.156 0.064 0.780 0.000
#> SRR1489116     3  0.4626    0.38677  0 0.364 0.616 0.000 0.020
#> SRR1354138     3  0.0162    0.86775  0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1490589     3  0.1197    0.85729  0 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR1412987     4  0.1544    0.79195  0 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR602034      3  0.0324    0.86810  0 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1353437     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871     3  0.3081    0.82302  0 0.056 0.868 0.072 0.004
#> SRR661577      4  0.3597    0.81497  0 0.044 0.116 0.832 0.008
#> SRR612190      4  0.5337    0.69249  0 0.064 0.252 0.668 0.016
#> SRR1399880     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787     4  0.1774    0.81035  0 0.052 0.016 0.932 0.000
#> SRR657869      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141     3  0.0162    0.86775  0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1476697     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538     2  0.4276    0.39050  0 0.616 0.000 0.380 0.004
#> SRR1331422     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859      3  0.4833    0.26704  0 0.024 0.564 0.412 0.000
#> SRR1097594     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419     3  0.0162    0.86775  0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1336706     2  0.4690    0.54885  0 0.708 0.240 0.004 0.048
#> SRR1472976     4  0.2618    0.81918  0 0.036 0.052 0.900 0.012
#> SRR1321307     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461      3  0.0771    0.86613  0 0.020 0.976 0.004 0.000
#> SRR1477149     5  0.1478    0.92021  0 0.064 0.000 0.000 0.936
#> SRR1457397     2  0.6036    0.00888  0 0.460 0.100 0.004 0.436
#> SRR661913      3  0.0324    0.86810  0 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1069024     2  0.4741    0.57438  0 0.724 0.204 0.004 0.068
#> SRR2165634     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722     3  0.0324    0.86810  0 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1328642     5  0.2124    0.89472  0 0.096 0.000 0.004 0.900
#> SRR1488261     3  0.1430    0.85394  0 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR1318815     4  0.1544    0.79195  0 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR816945      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432     4  0.2020    0.77657  0 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1359280     5  0.2286    0.88603  0 0.108 0.000 0.004 0.888
#> SRR1313910     2  0.3531    0.71190  0 0.816 0.000 0.148 0.036
#> SRR1457315     4  0.3282    0.77870  0 0.008 0.188 0.804 0.000
#> SRR815398      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958      3  0.1202    0.86407  0 0.032 0.960 0.004 0.004
#> SRR600688      4  0.5122    0.72335  0 0.060 0.228 0.696 0.016
#> SRR1098952     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916     3  0.0162    0.86775  0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR614167      3  0.0324    0.86810  0 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1348114     2  0.3769    0.69630  0 0.788 0.000 0.180 0.032
#> SRR658033      2  0.5430    0.61674  0 0.684 0.032 0.224 0.060
#> SRR1077503     3  0.1894    0.84191  0 0.008 0.920 0.072 0.000
#> SRR661854      3  0.2885    0.83033  0 0.052 0.880 0.064 0.004
#> SRR811379      4  0.3924    0.79861  0 0.032 0.156 0.800 0.012
#> SRR1318857     2  0.3489    0.71527  0 0.820 0.000 0.144 0.036
#> SRR656445      3  0.1892    0.84157  0 0.080 0.916 0.004 0.000
#> SRR1433044     5  0.1197    0.92282  0 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR1486391     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071      3  0.1430    0.85394  0 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR1364824     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745      2  0.5120    0.56970  0 0.684 0.212 0.000 0.104
#> SRR601038      2  0.4498    0.53558  0 0.688 0.280 0.000 0.032
#> SRR1360080     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868      3  0.2852    0.75725  0 0.000 0.828 0.172 0.000
#> SRR1485997     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560     4  0.1750    0.81403  0 0.036 0.028 0.936 0.000
#> SRR1333330     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513      4  0.2707    0.81199  0 0.008 0.132 0.860 0.000
#> SRR1328407     2  0.4653    0.59393  0 0.752 0.112 0.004 0.132
#> SRR602784      2  0.4575    0.48189  0 0.648 0.328 0.000 0.024
#> SRR1348468     4  0.1544    0.79195  0 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR663717      2  0.3835    0.60684  0 0.732 0.000 0.260 0.008
#> SRR602217      2  0.5761    0.68018  0 0.700 0.092 0.068 0.140
#> SRR603140      3  0.3318    0.73210  0 0.008 0.800 0.192 0.000
#> SRR1340804     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574     3  0.1202    0.86407  0 0.032 0.960 0.004 0.004
#> SRR1333462     5  0.1197    0.92282  0 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR1094601     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610     4  0.2818    0.81260  0 0.012 0.132 0.856 0.000
#> SRR1435833     4  0.2952    0.79286  0 0.104 0.020 0.868 0.008
#> SRR1398728     2  0.3601    0.71888  0 0.820 0.000 0.128 0.052
#> SRR1358343     4  0.2439    0.76059  0 0.120 0.000 0.876 0.004
#> SRR1410890     2  0.3400    0.71667  0 0.828 0.000 0.136 0.036
#> SRR1350371     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478     2  0.3980    0.72031  0 0.796 0.000 0.128 0.076
#> SRR1099260     3  0.4418    0.47434  0 0.332 0.652 0.000 0.016
#> SRR1433576     3  0.4820    0.48759  0 0.024 0.664 0.300 0.012
#> SRR1345541     3  0.4422    0.49204  0 0.004 0.664 0.320 0.012
#> SRR1086328     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391      3  0.0324    0.86810  0 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1476207     3  0.3318    0.73210  0 0.008 0.800 0.192 0.000
#> SRR627435      5  0.5504    0.63343  0 0.104 0.152 0.036 0.708
#> SRR1489862     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191     3  0.0324    0.86810  0 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1490115     3  0.1557    0.85296  0 0.008 0.940 0.052 0.000
#> SRR1377714     3  0.2885    0.83033  0 0.052 0.880 0.064 0.004
#> SRR819394      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161      4  0.5094    0.72835  0 0.060 0.224 0.700 0.016
#> SRR607042      2  0.4735    0.54197  0 0.680 0.272 0.000 0.048
#> SRR656203      4  0.6802    0.27578  0 0.368 0.136 0.468 0.028
#> SRR660602      3  0.1892    0.84157  0 0.080 0.916 0.004 0.000
#> SRR1440397     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249      2  0.3489    0.71527  0 0.820 0.000 0.144 0.036
#> SRR661242      4  0.5019    0.66036  0 0.040 0.280 0.668 0.012
#> SRR1332007     2  0.5904    0.34329  0 0.572 0.112 0.004 0.312
#> SRR809619      4  0.5147    0.60024  0 0.264 0.068 0.664 0.004
#> SRR819975      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281      2  0.4522    0.71124  0 0.772 0.016 0.068 0.144
#> SRR662366      3  0.0324    0.86810  0 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1317898     3  0.0404    0.86782  0 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1382485     4  0.3799    0.80438  0 0.032 0.144 0.812 0.012
#> SRR2166420     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541     3  0.0324    0.86810  0 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR817444      3  0.4824    0.07471  0 0.468 0.512 0.000 0.020
#> SRR1320403     5  0.2179    0.89208  0 0.100 0.000 0.004 0.896
#> SRR1101483     2  0.3608    0.71130  0 0.812 0.000 0.148 0.040
#> SRR1331684     3  0.1121    0.85769  0 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR1400054     4  0.2848    0.80280  0 0.004 0.156 0.840 0.000
#> SRR1406088     2  0.3489    0.71526  0 0.820 0.000 0.144 0.036
#> SRR820733      4  0.2488    0.81753  0 0.004 0.124 0.872 0.000
#> SRR1314113     4  0.2732    0.80065  0 0.000 0.160 0.840 0.000
#> SRR1382615     3  0.3928    0.56900  0 0.296 0.700 0.000 0.004
#> SRR1480745     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850     2  0.4512    0.72080  0 0.772 0.012 0.080 0.136
#> SRR656782      3  0.3318    0.73325  0 0.008 0.800 0.192 0.000
#> SRR821364      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295      5  0.1197    0.92282  0 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR1357103     2  0.4712    0.56758  0 0.720 0.216 0.004 0.060
#> SRR809185      4  0.4069    0.80303  0 0.044 0.148 0.796 0.012
#> SRR811583      4  0.4787    0.78763  0 0.088 0.152 0.748 0.012
#> SRR1468050     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224     2  0.4239    0.71648  0 0.784 0.004 0.080 0.132

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>            class entropy silhouette p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR1500170     2  0.2426     0.8060  0 0.884 0.000 0.012 0.012 0.092
#> SRR1402368     3  0.0692     0.8437  0 0.000 0.976 0.020 0.004 0.000
#> SRR607743      4  0.7004     0.2301  0 0.128 0.364 0.408 0.092 0.008
#> SRR1457375     2  0.4686     0.7561  0 0.736 0.000 0.040 0.136 0.088
#> SRR1470923     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785     3  0.2046     0.8245  0 0.000 0.908 0.060 0.032 0.000
#> SRR814768      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031     2  0.5752     0.4085  0 0.560 0.008 0.316 0.096 0.020
#> SRR1363611     4  0.4422     0.5520  0 0.320 0.004 0.644 0.028 0.004
#> SRR1468447     6  0.3904     0.6783  0 0.232 0.000 0.004 0.032 0.732
#> SRR1071931     4  0.5566     0.7129  0 0.048 0.148 0.680 0.108 0.016
#> SRR810981      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299      6  0.2383     0.8745  0 0.096 0.000 0.000 0.024 0.880
#> SRR663585      3  0.0713     0.8387  0 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1326773     4  0.7447     0.2974  0 0.140 0.296 0.396 0.160 0.008
#> SRR1351166     2  0.3089     0.8029  0 0.856 0.000 0.024 0.080 0.040
#> SRR1477452     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720     3  0.1152     0.8361  0 0.000 0.952 0.004 0.044 0.000
#> SRR1420320     4  0.3343     0.7831  0 0.148 0.008 0.816 0.024 0.004
#> SRR1081712     2  0.4686     0.7561  0 0.736 0.000 0.040 0.136 0.088
#> SRR1318241     3  0.3627     0.6918  0 0.004 0.752 0.224 0.020 0.000
#> SRR1333718     5  0.5434     0.6510  0 0.132 0.300 0.000 0.564 0.004
#> SRR1313514     6  0.1204     0.9056  0 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1477861     5  0.6312     0.3708  0 0.112 0.060 0.000 0.488 0.340
#> SRR1318005     6  0.1204     0.9056  0 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1354665     2  0.2151     0.8117  0 0.904 0.000 0.016 0.008 0.072
#> SRR657707      3  0.3653     0.6875  0 0.004 0.748 0.228 0.020 0.000
#> SRR1370742     3  0.0146     0.8447  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1412947     2  0.5058     0.7160  0 0.716 0.004 0.108 0.124 0.048
#> SRR661553      4  0.2306     0.7967  0 0.004 0.092 0.888 0.016 0.000
#> SRR1328869     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211      2  0.3380     0.8034  0 0.832 0.000 0.016 0.056 0.096
#> SRR1348181     3  0.0000     0.8445  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416560     3  0.0520     0.8452  0 0.000 0.984 0.008 0.008 0.000
#> SRR1319772     3  0.2563     0.8089  0 0.000 0.876 0.072 0.052 0.000
#> SRR1091452     4  0.4185     0.7857  0 0.036 0.092 0.796 0.064 0.012
#> SRR1338812     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072     6  0.1701     0.9012  0 0.072 0.000 0.000 0.008 0.920
#> SRR814844      4  0.2266     0.7889  0 0.108 0.000 0.880 0.012 0.000
#> SRR1376619     3  0.0146     0.8447  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR603690      4  0.6982     0.4077  0 0.132 0.280 0.476 0.104 0.008
#> SRR2184980     2  0.2225     0.8065  0 0.892 0.000 0.008 0.008 0.092
#> SRR613963      4  0.1923     0.8022  0 0.004 0.064 0.916 0.016 0.000
#> SRR1323422     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673     3  0.2053     0.7892  0 0.004 0.888 0.000 0.108 0.000
#> SRR1434650     5  0.4572     0.6572  0 0.168 0.016 0.000 0.724 0.092
#> SRR659875      5  0.5171     0.7461  0 0.136 0.216 0.000 0.640 0.008
#> SRR1465734     3  0.3543     0.6949  0 0.004 0.756 0.224 0.016 0.000
#> SRR1076847     6  0.2046     0.8864  0 0.060 0.000 0.000 0.032 0.908
#> SRR1415072     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319      3  0.4468     0.4095  0 0.040 0.640 0.000 0.316 0.004
#> SRR663088      4  0.2311     0.7963  0 0.104 0.000 0.880 0.016 0.000
#> SRR1352021     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935      4  0.3184     0.7922  0 0.140 0.008 0.828 0.020 0.004
#> SRR1352530     3  0.0260     0.8446  0 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR662594      3  0.3543     0.6949  0 0.004 0.756 0.224 0.016 0.000
#> SRR1095309     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647      3  0.0260     0.8446  0 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR813019      5  0.4760     0.6716  0 0.168 0.028 0.000 0.716 0.088
#> SRR1374647     2  0.5236     0.7280  0 0.704 0.012 0.040 0.144 0.100
#> SRR603472      5  0.5698     0.2177  0 0.108 0.016 0.000 0.500 0.376
#> SRR661529      4  0.4391     0.6754  0 0.004 0.220 0.716 0.052 0.008
#> SRR607018      3  0.4688     0.3515  0 0.052 0.616 0.000 0.328 0.004
#> SRR627423      6  0.5657     0.4985  0 0.084 0.024 0.012 0.280 0.600
#> SRR654921      4  0.2266     0.7889  0 0.108 0.000 0.880 0.012 0.000
#> SRR1418968     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871      3  0.0146     0.8447  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1330522     3  0.0146     0.8447  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1499958     2  0.2015     0.8098  0 0.916 0.000 0.016 0.012 0.056
#> SRR614059      3  0.1367     0.8299  0 0.000 0.944 0.044 0.012 0.000
#> SRR1071403     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719     2  0.2375     0.8068  0 0.888 0.000 0.012 0.012 0.088
#> SRR1440421     6  0.2006     0.8917  0 0.080 0.000 0.000 0.016 0.904
#> SRR1310412     3  0.4740     0.2923  0 0.012 0.544 0.416 0.028 0.000
#> SRR614767      2  0.3816     0.7870  0 0.800 0.000 0.016 0.092 0.092
#> SRR820709      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093      3  0.2859     0.7327  0 0.016 0.828 0.000 0.156 0.000
#> SRR1088168     3  0.1958     0.8022  0 0.000 0.896 0.004 0.100 0.000
#> SRR1418707     2  0.2375     0.8068  0 0.888 0.000 0.012 0.012 0.088
#> SRR1354291     6  0.1204     0.9056  0 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR2165806     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684     4  0.3483     0.7826  0 0.008 0.116 0.824 0.044 0.008
#> SRR1433860     3  0.0260     0.8443  0 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1311062     2  0.3864     0.7879  0 0.796 0.000 0.016 0.092 0.096
#> SRR1360359     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385      3  0.1745     0.8129  0 0.012 0.920 0.000 0.068 0.000
#> SRR615407      2  0.5236     0.7280  0 0.704 0.012 0.040 0.144 0.100
#> SRR1413892     3  0.3393     0.6773  0 0.020 0.784 0.000 0.192 0.004
#> SRR1443459     2  0.1257     0.7920  0 0.952 0.000 0.028 0.020 0.000
#> SRR1338942     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480      3  0.2794     0.7998  0 0.000 0.860 0.080 0.060 0.000
#> SRR1399433     4  0.3770     0.8040  0 0.056 0.064 0.828 0.040 0.012
#> SRR818537      5  0.5209     0.7231  0 0.160 0.076 0.000 0.692 0.072
#> SRR1101324     4  0.2308     0.7871  0 0.004 0.108 0.880 0.008 0.000
#> SRR807637      4  0.4522     0.5991  0 0.300 0.004 0.648 0.048 0.000
#> SRR1091918     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300      3  0.4165     0.1869  0 0.000 0.536 0.452 0.012 0.000
#> SRR1085426     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294     2  0.3767     0.7891  0 0.804 0.000 0.016 0.088 0.092
#> SRR813891      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431     4  0.5184     0.5356  0 0.284 0.008 0.608 0.100 0.000
#> SRR658742      4  0.2250     0.7961  0 0.000 0.092 0.888 0.020 0.000
#> SRR1419234     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813     2  0.2102     0.8098  0 0.908 0.000 0.012 0.012 0.068
#> SRR603496      3  0.3618     0.7627  0 0.008 0.808 0.080 0.104 0.000
#> SRR1407758     3  0.0146     0.8447  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR810945      2  0.4595     0.7759  0 0.760 0.004 0.052 0.088 0.096
#> SRR817234      6  0.1757     0.8979  0 0.076 0.000 0.000 0.008 0.916
#> SRR1444852     3  0.0146     0.8447  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR660378      3  0.1910     0.7927  0 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR1467835     2  0.3089     0.8029  0 0.856 0.000 0.024 0.080 0.040
#> SRR1338964     3  0.3627     0.6921  0 0.004 0.752 0.224 0.020 0.000
#> SRR1079259     4  0.2554     0.7976  0 0.012 0.088 0.880 0.020 0.000
#> SRR1072345     3  0.3398     0.7026  0 0.004 0.768 0.216 0.012 0.000
#> SRR598725      3  0.0146     0.8447  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1447938     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460     4  0.2266     0.7889  0 0.108 0.000 0.880 0.012 0.000
#> SRR1429468     2  0.2326     0.8055  0 0.888 0.000 0.008 0.012 0.092
#> SRR1446850     2  0.4640     0.7470  0 0.728 0.000 0.020 0.128 0.124
#> SRR1320363     3  0.1265     0.8344  0 0.000 0.948 0.044 0.008 0.000
#> SRR1413810     3  0.0146     0.8447  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR598831      2  0.3089     0.8029  0 0.856 0.000 0.024 0.080 0.040
#> SRR1381865     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957      3  0.0146     0.8447  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1491332     3  0.4372     0.4411  0 0.036 0.652 0.000 0.308 0.004
#> SRR1099744     2  0.3608     0.7985  0 0.816 0.000 0.016 0.072 0.096
#> SRR1464618     2  0.4401     0.4313  0 0.656 0.000 0.300 0.040 0.004
#> SRR1414559     4  0.2250     0.7961  0 0.000 0.092 0.888 0.020 0.000
#> SRR1337540     4  0.3071     0.7482  0 0.180 0.000 0.804 0.016 0.000
#> SRR1444283     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942     3  0.2361     0.8046  0 0.000 0.884 0.088 0.028 0.000
#> SRR660295      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335      3  0.0146     0.8447  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1363742     3  0.2859     0.7327  0 0.016 0.828 0.000 0.156 0.000
#> SRR1345847     4  0.4204     0.7638  0 0.172 0.028 0.760 0.036 0.004
#> SRR614960      3  0.1265     0.8316  0 0.000 0.948 0.044 0.008 0.000
#> SRR819919      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330      6  0.1204     0.9056  0 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1327951     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266     2  0.2680     0.7258  0 0.860 0.000 0.108 0.032 0.000
#> SRR1338055     2  0.6743     0.0891  0 0.412 0.012 0.040 0.160 0.376
#> SRR1430157     2  0.1176     0.7927  0 0.956 0.000 0.024 0.020 0.000
#> SRR1320137     2  0.2322     0.8125  0 0.896 0.000 0.024 0.008 0.072
#> SRR1093483     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913     3  0.0146     0.8447  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2170490     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845     3  0.0146     0.8447  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1436420     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060     5  0.5357     0.6814  0 0.132 0.280 0.000 0.584 0.004
#> SRR662282      3  0.0146     0.8447  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1487089     4  0.2266     0.7889  0 0.108 0.000 0.880 0.012 0.000
#> SRR1075683     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880     2  0.4967     0.4463  0 0.644 0.016 0.288 0.040 0.012
#> SRR1453456     3  0.0260     0.8446  0 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1457895     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603     5  0.5721     0.2802  0 0.116 0.016 0.000 0.516 0.352
#> SRR658633      2  0.4648     0.7596  0 0.740 0.000 0.040 0.132 0.088
#> SRR1388081     4  0.5007     0.7431  0 0.040 0.140 0.728 0.076 0.016
#> SRR813339      3  0.1594     0.8297  0 0.000 0.932 0.052 0.016 0.000
#> SRR809725      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441      6  0.1204     0.9056  0 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR613603      3  0.3627     0.6918  0 0.004 0.752 0.224 0.020 0.000
#> SRR1096571     5  0.4917     0.7567  0 0.140 0.188 0.000 0.668 0.004
#> SRR1392701     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693     2  0.2633     0.7292  0 0.864 0.000 0.104 0.032 0.000
#> SRR660697      4  0.5534     0.7223  0 0.208 0.040 0.660 0.076 0.016
#> SRR1489926     3  0.3673     0.7600  0 0.008 0.804 0.088 0.100 0.000
#> SRR811491      3  0.1594     0.8297  0 0.000 0.932 0.052 0.016 0.000
#> SRR1311644     4  0.2308     0.7871  0 0.004 0.108 0.880 0.008 0.000
#> SRR1451740     3  0.0000     0.8445  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615117      5  0.5669     0.2652  0 0.108 0.016 0.000 0.516 0.360
#> SRR1391748     4  0.2266     0.7889  0 0.108 0.000 0.880 0.012 0.000
#> SRR1466556     3  0.0603     0.8444  0 0.000 0.980 0.016 0.004 0.000
#> SRR614972      3  0.0520     0.8452  0 0.000 0.984 0.008 0.008 0.000
#> SRR1406200     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210      4  0.2306     0.7967  0 0.004 0.092 0.888 0.016 0.000
#> SRR662174      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236      4  0.2890     0.7755  0 0.004 0.128 0.844 0.024 0.000
#> SRR1312598     2  0.2102     0.8098  0 0.908 0.000 0.012 0.012 0.068
#> SRR1330129     6  0.1701     0.9012  0 0.072 0.000 0.000 0.008 0.920
#> SRR1357781     6  0.1204     0.9056  0 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1315517     6  0.1204     0.9056  0 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1400032     3  0.0000     0.8445  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413722     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827      3  0.0146     0.8447  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR814794      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509     4  0.3259     0.7316  0 0.216 0.000 0.772 0.012 0.000
#> SRR808728      3  0.5073    -0.1983  0 0.076 0.476 0.000 0.448 0.000
#> SRR1070813     2  0.1341     0.7916  0 0.948 0.000 0.024 0.028 0.000
#> SRR1389133     3  0.4165     0.1869  0 0.000 0.536 0.452 0.012 0.000
#> SRR601263      3  0.3599     0.6961  0 0.004 0.756 0.220 0.020 0.000
#> SRR604718      4  0.1967     0.8039  0 0.084 0.000 0.904 0.012 0.000
#> SRR1481351     3  0.3618     0.7627  0 0.008 0.808 0.080 0.104 0.000
#> SRR1334608     3  0.4468     0.4095  0 0.040 0.640 0.000 0.316 0.004
#> SRR658681      5  0.4945     0.7562  0 0.140 0.192 0.000 0.664 0.004
#> SRR809283      4  0.1434     0.8013  0 0.048 0.000 0.940 0.012 0.000
#> SRR1459300     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547     5  0.4945     0.7562  0 0.140 0.192 0.000 0.664 0.004
#> SRR811049      3  0.3599     0.6961  0 0.004 0.756 0.220 0.020 0.000
#> SRR1464835     4  0.2266     0.7889  0 0.108 0.000 0.880 0.012 0.000
#> SRR1339619     2  0.1257     0.7920  0 0.952 0.000 0.028 0.020 0.000
#> SRR658501      3  0.0520     0.8452  0 0.000 0.984 0.008 0.008 0.000
#> SRR1447523     3  0.1367     0.8338  0 0.000 0.944 0.044 0.012 0.000
#> SRR1415048     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348     2  0.2942     0.7050  0 0.836 0.000 0.132 0.032 0.000
#> SRR603890      6  0.1204     0.9056  0 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR810595      3  0.0363     0.8437  0 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1446244     2  0.2680     0.7258  0 0.860 0.000 0.108 0.032 0.000
#> SRR817373      4  0.3770     0.8040  0 0.056 0.064 0.828 0.040 0.012
#> SRR1457291     4  0.5586     0.7264  0 0.084 0.132 0.688 0.080 0.016
#> SRR598220      4  0.7004     0.2301  0 0.128 0.364 0.408 0.092 0.008
#> SRR1477991     2  0.3862     0.7889  0 0.796 0.000 0.016 0.088 0.100
#> SRR598172      2  0.6743     0.0891  0 0.412 0.012 0.040 0.160 0.376
#> SRR1349032     2  0.2972     0.7034  0 0.836 0.000 0.128 0.036 0.000
#> SRR604002      6  0.5268     0.1792  0 0.108 0.000 0.000 0.360 0.532
#> SRR1378026     3  0.1075     0.8311  0 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1404401     6  0.1204     0.9056  0 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1333240     5  0.5645     0.2281  0 0.112 0.012 0.000 0.504 0.372
#> SRR1089399     2  0.3113     0.8031  0 0.844 0.000 0.008 0.048 0.100
#> SRR603421      6  0.1643     0.9021  0 0.068 0.000 0.000 0.008 0.924
#> SRR812562      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520      3  0.5073    -0.1983  0 0.076 0.476 0.000 0.448 0.000
#> SRR811839      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317      2  0.2326     0.8055  0 0.888 0.000 0.008 0.012 0.092
#> SRR1436763     4  0.1434     0.8013  0 0.048 0.000 0.940 0.012 0.000
#> SRR1486021     4  0.5586     0.7264  0 0.084 0.132 0.688 0.080 0.016
#> SRR1465018     6  0.1643     0.9021  0 0.068 0.000 0.000 0.008 0.924
#> SRR1080998     3  0.3627     0.6921  0 0.004 0.752 0.224 0.020 0.000
#> SRR1083432     3  0.0632     0.8413  0 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1082833     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536     3  0.0146     0.8447  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR614011      2  0.1341     0.7887  0 0.948 0.000 0.028 0.024 0.000
#> SRR1365873     2  0.4938     0.7363  0 0.708 0.000 0.032 0.136 0.124
#> SRR1498789     2  0.3767     0.7891  0 0.804 0.000 0.016 0.088 0.092
#> SRR601581      2  0.4384     0.4385  0 0.660 0.000 0.296 0.040 0.004
#> SRR603566      5  0.4945     0.7562  0 0.140 0.192 0.000 0.664 0.004
#> SRR1373981     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410      2  0.4686     0.7561  0 0.736 0.000 0.040 0.136 0.088
#> SRR1076511     4  0.2311     0.7963  0 0.104 0.000 0.880 0.016 0.000
#> SRR614143      3  0.4403     0.6536  0 0.016 0.712 0.224 0.048 0.000
#> SRR1333570     3  0.0146     0.8447  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1366813     2  0.3346     0.8033  0 0.840 0.000 0.024 0.080 0.056
#> SRR1388746     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558     3  0.4101     0.3036  0 0.000 0.580 0.408 0.012 0.000
#> SRR1409510     3  0.0146     0.8447  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR816250      2  0.3767     0.7891  0 0.804 0.000 0.016 0.088 0.092
#> SRR614131      6  0.7816     0.2259  0 0.184 0.056 0.088 0.256 0.416
#> SRR1331130     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015     3  0.0146     0.8447  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1470798     3  0.0146     0.8447  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR614179      5  0.6469     0.5852  0 0.136 0.092 0.000 0.544 0.228
#> SRR1474863     2  0.4648     0.7596  0 0.740 0.000 0.040 0.132 0.088
#> SRR813560      2  0.2326     0.8055  0 0.888 0.000 0.008 0.012 0.092
#> SRR1312187     4  0.4004     0.5039  0 0.368 0.000 0.620 0.012 0.000
#> SRR1420960     3  0.0363     0.8437  0 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1355102     3  0.0146     0.8447  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1084577     3  0.1007     0.8354  0 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR659971      2  0.2159     0.8101  0 0.904 0.000 0.012 0.012 0.072
#> SRR1350855     4  0.2266     0.7889  0 0.108 0.000 0.880 0.012 0.000
#> SRR820779      3  0.0260     0.8446  0 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1476300     3  0.0146     0.8447  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1090907     4  0.1116     0.8045  0 0.028 0.008 0.960 0.004 0.000
#> SRR662294      6  0.1204     0.9056  0 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1480789     5  0.5946     0.7002  0 0.144 0.104 0.000 0.628 0.124
#> SRR1336263     4  0.2266     0.7889  0 0.108 0.000 0.880 0.012 0.000
#> SRR660776      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508     6  0.1204     0.9056  0 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR615563      4  0.1913     0.8041  0 0.080 0.000 0.908 0.012 0.000
#> SRR1101175     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650     5  0.5273     0.7307  0 0.132 0.240 0.000 0.620 0.008
#> SRR1431205     6  0.4598     0.3298  0 0.360 0.000 0.000 0.048 0.592
#> SRR1339856     4  0.5290     0.7535  0 0.180 0.040 0.692 0.072 0.016
#> SRR1352147     2  0.6436     0.1083  0 0.504 0.052 0.328 0.104 0.012
#> SRR808968      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419      6  0.1757     0.8990  0 0.076 0.000 0.000 0.008 0.916
#> SRR1402391     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609      3  0.5030    -0.1308  0 0.060 0.480 0.000 0.456 0.004
#> SRR2167857     6  0.1204     0.9056  0 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1398752     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437     2  0.3408     0.8017  0 0.832 0.000 0.016 0.072 0.080
#> SRR1416955     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064     4  0.6895     0.3422  0 0.328 0.080 0.464 0.112 0.016
#> SRR659001      4  0.1913     0.8041  0 0.080 0.000 0.908 0.012 0.000
#> SRR2170696     4  0.1918     0.7967  0 0.000 0.088 0.904 0.008 0.000
#> SRR816589      3  0.0937     0.8361  0 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1087487     3  0.0260     0.8443  0 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1329485     3  0.0146     0.8447  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR816920      4  0.1918     0.7967  0 0.000 0.088 0.904 0.008 0.000
#> SRR1341432     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590     4  0.2218     0.7902  0 0.104 0.000 0.884 0.012 0.000
#> SRR817046      3  0.1807     0.8238  0 0.000 0.920 0.060 0.020 0.000
#> SRR1471331     3  0.0146     0.8447  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR660788      4  0.1918     0.7967  0 0.000 0.088 0.904 0.008 0.000
#> SRR819234      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853      5  0.5927     0.7523  0 0.156 0.152 0.000 0.620 0.072
#> SRR809427      4  0.3583     0.7537  0 0.180 0.012 0.784 0.024 0.000
#> SRR2170217     4  0.1116     0.8045  0 0.028 0.008 0.960 0.004 0.000
#> SRR1386967     3  0.1049     0.8350  0 0.008 0.960 0.000 0.032 0.000
#> SRR1420344     2  0.2015     0.8098  0 0.916 0.000 0.016 0.012 0.056
#> SRR1334535     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503      4  0.4249     0.5839  0 0.328 0.000 0.640 0.032 0.000
#> SRR602564      4  0.5321     0.7315  0 0.044 0.132 0.704 0.104 0.016
#> SRR1420669     4  0.3090     0.7645  0 0.004 0.140 0.828 0.028 0.000
#> SRR819024      3  0.0520     0.8452  0 0.000 0.984 0.008 0.008 0.000
#> SRR656223      3  0.4468     0.4095  0 0.040 0.640 0.000 0.316 0.004
#> SRR608428      2  0.4134     0.7714  0 0.772 0.000 0.016 0.116 0.096
#> SRR1345647     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324     6  0.1643     0.9021  0 0.068 0.000 0.000 0.008 0.924
#> SRR1361368     4  0.4733     0.3987  0 0.408 0.004 0.552 0.032 0.004
#> SRR1322619     2  0.1858     0.8109  0 0.912 0.000 0.012 0.000 0.076
#> SRR1349276     4  0.2218     0.7902  0 0.104 0.000 0.884 0.012 0.000
#> SRR1404024     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637     2  0.2467     0.8069  0 0.884 0.000 0.016 0.012 0.088
#> SRR1452631     4  0.2266     0.7889  0 0.108 0.000 0.880 0.012 0.000
#> SRR608392      3  0.4468     0.4095  0 0.040 0.640 0.000 0.316 0.004
#> SRR1357757     3  0.3618     0.7627  0 0.008 0.808 0.080 0.104 0.000
#> SRR1074646     4  0.0820     0.8034  0 0.016 0.012 0.972 0.000 0.000
#> SRR1367499     3  0.0713     0.8405  0 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1343501     3  0.5071    -0.1849  0 0.076 0.480 0.000 0.444 0.000
#> SRR1394406     3  0.4769     0.2172  0 0.012 0.520 0.440 0.028 0.000
#> SRR1381435     3  0.1910     0.7928  0 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR1467407     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422     6  0.1204     0.9056  0 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1380270     5  0.4978     0.7493  0 0.156 0.104 0.000 0.704 0.036
#> SRR1091817     2  0.4740     0.7533  0 0.732 0.000 0.040 0.132 0.096
#> SRR1440137     2  0.5058     0.7160  0 0.716 0.004 0.108 0.124 0.048
#> SRR614311      4  0.4405     0.2390  0 0.472 0.000 0.504 0.024 0.000
#> SRR1407516     4  0.4502     0.7975  0 0.076 0.072 0.780 0.056 0.016
#> SRR815494      3  0.0146     0.8447  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1333209     4  0.4141     0.7018  0 0.248 0.004 0.712 0.032 0.004
#> SRR615177      4  0.2306     0.7967  0 0.004 0.092 0.888 0.016 0.000
#> SRR1099648     5  0.5434     0.6510  0 0.132 0.300 0.000 0.564 0.004
#> SRR659720      3  0.4478     0.6375  0 0.016 0.700 0.236 0.048 0.000
#> SRR2185057     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468      4  0.2174     0.7975  0 0.008 0.088 0.896 0.008 0.000
#> SRR660042      3  0.1367     0.8299  0 0.000 0.944 0.044 0.012 0.000
#> SRR2170864     2  0.4740     0.7533  0 0.732 0.000 0.040 0.132 0.096
#> SRR1440491     4  0.4136     0.7876  0 0.036 0.088 0.800 0.064 0.012
#> SRR1440852     3  0.0000     0.8445  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811169      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311     4  0.3343     0.7831  0 0.148 0.008 0.816 0.024 0.004
#> SRR818009      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836     2  0.2376     0.8053  0 0.884 0.000 0.008 0.012 0.096
#> SRR1498313     6  0.1204     0.9056  0 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1441975     2  0.4134     0.7714  0 0.772 0.000 0.016 0.116 0.096
#> SRR819096      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679     4  0.3743     0.7590  0 0.160 0.024 0.788 0.028 0.000
#> SRR1489116     3  0.5059     0.2629  0 0.072 0.588 0.000 0.332 0.008
#> SRR1354138     3  0.0146     0.8447  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1490589     3  0.1297     0.8352  0 0.000 0.948 0.040 0.012 0.000
#> SRR1412987     4  0.2266     0.7889  0 0.108 0.000 0.880 0.012 0.000
#> SRR602034      3  0.0146     0.8447  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1353437     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871     3  0.3817     0.7528  0 0.012 0.796 0.088 0.104 0.000
#> SRR661577      4  0.3874     0.8087  0 0.068 0.064 0.820 0.036 0.012
#> SRR612190      4  0.5566     0.7129  0 0.048 0.148 0.680 0.108 0.016
#> SRR1399880     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787     4  0.1967     0.8041  0 0.084 0.000 0.904 0.012 0.000
#> SRR657869      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141     3  0.0146     0.8447  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1476697     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538     2  0.4089     0.5169  0 0.696 0.000 0.264 0.040 0.000
#> SRR1331422     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859      3  0.4769     0.2172  0 0.012 0.520 0.440 0.028 0.000
#> SRR1097594     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419     3  0.0146     0.8447  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1336706     5  0.4944     0.7576  0 0.136 0.140 0.000 0.700 0.024
#> SRR1472976     4  0.2847     0.8102  0 0.068 0.012 0.876 0.036 0.008
#> SRR1321307     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461      3  0.0632     0.8413  0 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1477149     6  0.1701     0.9012  0 0.072 0.000 0.000 0.008 0.920
#> SRR1457397     5  0.5698     0.2177  0 0.108 0.016 0.000 0.500 0.376
#> SRR661913      3  0.0146     0.8447  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1069024     5  0.4978     0.7493  0 0.156 0.104 0.000 0.704 0.036
#> SRR2165634     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722     3  0.0146     0.8447  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1328642     6  0.2333     0.8768  0 0.092 0.000 0.000 0.024 0.884
#> SRR1488261     3  0.1367     0.8299  0 0.000 0.944 0.044 0.012 0.000
#> SRR1318815     4  0.2266     0.7889  0 0.108 0.000 0.880 0.012 0.000
#> SRR816945      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432     4  0.2968     0.7575  0 0.168 0.000 0.816 0.016 0.000
#> SRR1359280     6  0.2510     0.8675  0 0.100 0.000 0.000 0.028 0.872
#> SRR1313910     2  0.1341     0.7895  0 0.948 0.000 0.028 0.024 0.000
#> SRR1457315     4  0.3090     0.7645  0 0.004 0.140 0.828 0.028 0.000
#> SRR815398      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958      3  0.0858     0.8381  0 0.004 0.968 0.000 0.028 0.000
#> SRR600688      4  0.5258     0.7326  0 0.040 0.132 0.708 0.104 0.016
#> SRR1098952     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916     3  0.0146     0.8447  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR614167      3  0.0146     0.8447  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1348114     2  0.1890     0.7741  0 0.916 0.000 0.060 0.024 0.000
#> SRR658033      2  0.5575     0.6374  0 0.660 0.008 0.172 0.120 0.040
#> SRR1077503     3  0.2361     0.8046  0 0.000 0.884 0.088 0.028 0.000
#> SRR661854      3  0.3618     0.7627  0 0.008 0.808 0.080 0.104 0.000
#> SRR811379      4  0.4097     0.7927  0 0.040 0.084 0.804 0.060 0.012
#> SRR1318857     2  0.1405     0.7920  0 0.948 0.000 0.024 0.024 0.004
#> SRR656445      3  0.1958     0.8022  0 0.000 0.896 0.004 0.100 0.000
#> SRR1433044     6  0.1204     0.9056  0 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1486391     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071      3  0.1265     0.8316  0 0.000 0.948 0.044 0.008 0.000
#> SRR1364824     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745      5  0.5927     0.7523  0 0.156 0.152 0.000 0.620 0.072
#> SRR601038      5  0.5171     0.7461  0 0.136 0.216 0.000 0.640 0.008
#> SRR1360080     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868      3  0.3201     0.7137  0 0.000 0.780 0.208 0.012 0.000
#> SRR1485997     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560     4  0.2102     0.8083  0 0.068 0.012 0.908 0.012 0.000
#> SRR1333330     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513      4  0.2326     0.7954  0 0.008 0.092 0.888 0.012 0.000
#> SRR1328407     5  0.4760     0.6716  0 0.168 0.028 0.000 0.716 0.088
#> SRR602784      5  0.5434     0.6510  0 0.132 0.300 0.000 0.564 0.004
#> SRR1348468     4  0.2266     0.7889  0 0.108 0.000 0.880 0.012 0.000
#> SRR663717      2  0.3054     0.6959  0 0.828 0.000 0.136 0.036 0.000
#> SRR602217      2  0.5728     0.6702  0 0.676 0.052 0.028 0.148 0.096
#> SRR603140      3  0.3627     0.6918  0 0.004 0.752 0.224 0.020 0.000
#> SRR1340804     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574     3  0.0858     0.8381  0 0.004 0.968 0.000 0.028 0.000
#> SRR1333462     6  0.1204     0.9056  0 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1094601     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610     4  0.2203     0.7988  0 0.004 0.084 0.896 0.016 0.000
#> SRR1435833     4  0.3343     0.7831  0 0.148 0.008 0.816 0.024 0.004
#> SRR1398728     2  0.1364     0.7978  0 0.952 0.000 0.012 0.020 0.016
#> SRR1358343     4  0.3460     0.7098  0 0.220 0.000 0.760 0.020 0.000
#> SRR1410890     2  0.1092     0.7935  0 0.960 0.000 0.020 0.020 0.000
#> SRR1350371     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478     2  0.1767     0.8035  0 0.932 0.000 0.020 0.012 0.036
#> SRR1099260     3  0.4659     0.3734  0 0.052 0.624 0.000 0.320 0.004
#> SRR1433576     3  0.5751     0.3806  0 0.024 0.576 0.304 0.084 0.012
#> SRR1345541     3  0.5063     0.4133  0 0.004 0.596 0.324 0.072 0.004
#> SRR1086328     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391      3  0.0146     0.8447  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1476207     3  0.3627     0.6918  0 0.004 0.752 0.224 0.020 0.000
#> SRR627435      6  0.5479     0.4626  0 0.020 0.060 0.016 0.304 0.600
#> SRR1489862     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191     3  0.0146     0.8447  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1490115     3  0.1807     0.8238  0 0.000 0.920 0.060 0.020 0.000
#> SRR1377714     3  0.3618     0.7627  0 0.008 0.808 0.080 0.104 0.000
#> SRR819394      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161      4  0.5220     0.7362  0 0.040 0.128 0.712 0.104 0.016
#> SRR607042      5  0.5542     0.7433  0 0.144 0.224 0.000 0.612 0.020
#> SRR656203      4  0.6552     0.2805  0 0.368 0.068 0.464 0.088 0.012
#> SRR660602      3  0.1958     0.8022  0 0.000 0.896 0.004 0.100 0.000
#> SRR1440397     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249      2  0.1405     0.7920  0 0.948 0.000 0.024 0.024 0.004
#> SRR661242      4  0.5180     0.6920  0 0.032 0.188 0.692 0.076 0.012
#> SRR1332007     5  0.5595     0.4708  0 0.140 0.016 0.000 0.588 0.256
#> SRR809619      4  0.5088     0.6138  0 0.280 0.044 0.640 0.032 0.004
#> SRR819975      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281      2  0.4134     0.7714  0 0.772 0.000 0.016 0.116 0.096
#> SRR662366      3  0.0146     0.8447  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1317898     3  0.0520     0.8452  0 0.000 0.984 0.008 0.008 0.000
#> SRR1382485     4  0.3940     0.7975  0 0.040 0.072 0.816 0.060 0.012
#> SRR2166420     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541     3  0.0146     0.8447  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR817444      3  0.5073    -0.1983  0 0.076 0.476 0.000 0.448 0.000
#> SRR1320403     6  0.2383     0.8745  0 0.096 0.000 0.000 0.024 0.880
#> SRR1101483     2  0.1485     0.7899  0 0.944 0.000 0.028 0.024 0.004
#> SRR1331684     3  0.1141     0.8303  0 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1400054     4  0.2622     0.7898  0 0.004 0.104 0.868 0.024 0.000
#> SRR1406088     2  0.1257     0.7920  0 0.952 0.000 0.028 0.020 0.000
#> SRR820733      4  0.2595     0.8045  0 0.016 0.084 0.880 0.020 0.000
#> SRR1314113     4  0.2312     0.7843  0 0.000 0.112 0.876 0.012 0.000
#> SRR1382615     3  0.4127     0.5033  0 0.036 0.680 0.000 0.284 0.000
#> SRR1480745     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850     2  0.3753     0.7927  0 0.808 0.000 0.020 0.084 0.088
#> SRR656782      3  0.3570     0.6912  0 0.004 0.752 0.228 0.016 0.000
#> SRR821364      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295      6  0.1204     0.9056  0 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1357103     5  0.4964     0.7533  0 0.156 0.116 0.000 0.700 0.028
#> SRR809185      4  0.4348     0.7967  0 0.056 0.084 0.788 0.060 0.012
#> SRR811583      4  0.5519     0.7776  0 0.120 0.084 0.696 0.084 0.016
#> SRR1468050     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224     2  0.3767     0.7891  0 0.804 0.000 0.016 0.088 0.092

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-hclust-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-hclust-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-hclust-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-hclust-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-hclust-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-hclust-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-hclust-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-hclust-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-hclust-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-hclust-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-hclust-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-hclust-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-hclust-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-hclust-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-hclust-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-hclust-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-hclust-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-hclust-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-hclust-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-hclust-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk MAD-hclust-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-hclust-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-hclust-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-hclust-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-hclust-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-hclust-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk MAD-hclust-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


MAD:kmeans**

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["MAD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:kmeans"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 17314 rows and 500 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#>   Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 2.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk MAD-kmeans-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk MAD-kmeans-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 1.000           1.000       1.000         0.3577 0.643   0.643
#> 3 3 0.578           0.323       0.725         0.7182 0.925   0.884
#> 4 4 0.744           0.890       0.893         0.1728 0.635   0.386
#> 5 5 0.807           0.772       0.852         0.0701 0.964   0.865
#> 6 6 0.799           0.739       0.807         0.0467 0.941   0.759

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 2

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>            class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1500170     2       0          1  0  1
#> SRR1402368     2       0          1  0  1
#> SRR607743      2       0          1  0  1
#> SRR1457375     2       0          1  0  1
#> SRR1470923     1       0          1  1  0
#> SRR817954      1       0          1  1  0
#> SRR809259      1       0          1  1  0
#> SRR1439785     2       0          1  0  1
#> SRR814768      1       0          1  1  0
#> SRR1102031     2       0          1  0  1
#> SRR1363611     2       0          1  0  1
#> SRR1468447     2       0          1  0  1
#> SRR1071931     2       0          1  0  1
#> SRR810981      1       0          1  1  0
#> SRR615299      2       0          1  0  1
#> SRR663585      2       0          1  0  1
#> SRR1326773     2       0          1  0  1
#> SRR1351166     2       0          1  0  1
#> SRR1477452     1       0          1  1  0
#> SRR1084720     2       0          1  0  1
#> SRR1420320     2       0          1  0  1
#> SRR1081712     2       0          1  0  1
#> SRR1318241     2       0          1  0  1
#> SRR1333718     2       0          1  0  1
#> SRR1313514     2       0          1  0  1
#> SRR1477861     2       0          1  0  1
#> SRR1318005     2       0          1  0  1
#> SRR1354665     2       0          1  0  1
#> SRR657707      2       0          1  0  1
#> SRR1370742     2       0          1  0  1
#> SRR1412947     2       0          1  0  1
#> SRR661553      2       0          1  0  1
#> SRR1328869     1       0          1  1  0
#> SRR662211      2       0          1  0  1
#> SRR1348181     2       0          1  0  1
#> SRR1416560     2       0          1  0  1
#> SRR1319772     2       0          1  0  1
#> SRR1091452     2       0          1  0  1
#> SRR1338812     1       0          1  1  0
#> SRR1392072     2       0          1  0  1
#> SRR814844      2       0          1  0  1
#> SRR1376619     2       0          1  0  1
#> SRR603690      2       0          1  0  1
#> SRR2184980     2       0          1  0  1
#> SRR613963      2       0          1  0  1
#> SRR1323422     1       0          1  1  0
#> SRR1397673     2       0          1  0  1
#> SRR1434650     2       0          1  0  1
#> SRR659875      2       0          1  0  1
#> SRR1465734     2       0          1  0  1
#> SRR1076847     2       0          1  0  1
#> SRR1415072     1       0          1  1  0
#> SRR659319      2       0          1  0  1
#> SRR663088      2       0          1  0  1
#> SRR1352021     1       0          1  1  0
#> SRR1325527     1       0          1  1  0
#> SRR1105369     1       0          1  1  0
#> SRR659935      2       0          1  0  1
#> SRR1352530     2       0          1  0  1
#> SRR662594      2       0          1  0  1
#> SRR1095309     1       0          1  1  0
#> SRR615647      2       0          1  0  1
#> SRR813019      2       0          1  0  1
#> SRR1374647     2       0          1  0  1
#> SRR603472      2       0          1  0  1
#> SRR661529      2       0          1  0  1
#> SRR607018      2       0          1  0  1
#> SRR627423      2       0          1  0  1
#> SRR654921      2       0          1  0  1
#> SRR1418968     1       0          1  1  0
#> SRR660871      2       0          1  0  1
#> SRR1330522     2       0          1  0  1
#> SRR1499958     2       0          1  0  1
#> SRR614059      2       0          1  0  1
#> SRR1071403     1       0          1  1  0
#> SRR1486719     2       0          1  0  1
#> SRR1440421     2       0          1  0  1
#> SRR1310412     2       0          1  0  1
#> SRR614767      2       0          1  0  1
#> SRR820709      1       0          1  1  0
#> SRR1471500     1       0          1  1  0
#> SRR658093      2       0          1  0  1
#> SRR1088168     2       0          1  0  1
#> SRR1418707     2       0          1  0  1
#> SRR1354291     2       0          1  0  1
#> SRR2165806     1       0          1  1  0
#> SRR1415684     2       0          1  0  1
#> SRR1433860     2       0          1  0  1
#> SRR1311062     2       0          1  0  1
#> SRR1360359     1       0          1  1  0
#> SRR661385      2       0          1  0  1
#> SRR615407      2       0          1  0  1
#> SRR1413892     2       0          1  0  1
#> SRR1443459     2       0          1  0  1
#> SRR1338942     1       0          1  1  0
#> SRR657480      2       0          1  0  1
#> SRR1399433     2       0          1  0  1
#> SRR818537      2       0          1  0  1
#> SRR1101324     2       0          1  0  1
#> SRR807637      2       0          1  0  1
#> SRR1091918     1       0          1  1  0
#> SRR598300      2       0          1  0  1
#> SRR1085426     1       0          1  1  0
#> SRR1376294     2       0          1  0  1
#> SRR813891      1       0          1  1  0
#> SRR1467431     2       0          1  0  1
#> SRR658742      2       0          1  0  1
#> SRR1419234     1       0          1  1  0
#> SRR1404813     2       0          1  0  1
#> SRR603496      2       0          1  0  1
#> SRR1407758     2       0          1  0  1
#> SRR810945      2       0          1  0  1
#> SRR817234      2       0          1  0  1
#> SRR1444852     2       0          1  0  1
#> SRR660378      2       0          1  0  1
#> SRR1467835     2       0          1  0  1
#> SRR1338964     2       0          1  0  1
#> SRR1079259     2       0          1  0  1
#> SRR1072345     2       0          1  0  1
#> SRR598725      2       0          1  0  1
#> SRR1447938     1       0          1  1  0
#> SRR1356397     1       0          1  1  0
#> SRR1360460     2       0          1  0  1
#> SRR1429468     2       0          1  0  1
#> SRR1446850     2       0          1  0  1
#> SRR1320363     2       0          1  0  1
#> SRR1413810     2       0          1  0  1
#> SRR598831      2       0          1  0  1
#> SRR1381865     1       0          1  1  0
#> SRR660957      2       0          1  0  1
#> SRR1491332     2       0          1  0  1
#> SRR1099744     2       0          1  0  1
#> SRR1464618     2       0          1  0  1
#> SRR1414559     2       0          1  0  1
#> SRR1337540     2       0          1  0  1
#> SRR1444283     1       0          1  1  0
#> SRR2184942     2       0          1  0  1
#> SRR660295      1       0          1  1  0
#> SRR601335      2       0          1  0  1
#> SRR1363742     2       0          1  0  1
#> SRR1345847     2       0          1  0  1
#> SRR614960      2       0          1  0  1
#> SRR819919      1       0          1  1  0
#> SRR603330      2       0          1  0  1
#> SRR1327951     1       0          1  1  0
#> SRR1401885     1       0          1  1  0
#> SRR1345266     2       0          1  0  1
#> SRR1338055     2       0          1  0  1
#> SRR1430157     2       0          1  0  1
#> SRR1320137     2       0          1  0  1
#> SRR1093483     1       0          1  1  0
#> SRR1341080     1       0          1  1  0
#> SRR1459913     2       0          1  0  1
#> SRR2170490     1       0          1  1  0
#> SRR1479845     2       0          1  0  1
#> SRR1436420     1       0          1  1  0
#> SRR1481060     2       0          1  0  1
#> SRR662282      2       0          1  0  1
#> SRR1487089     2       0          1  0  1
#> SRR1075683     1       0          1  1  0
#> SRR1338536     1       0          1  1  0
#> SRR1338880     2       0          1  0  1
#> SRR1453456     2       0          1  0  1
#> SRR1457895     1       0          1  1  0
#> SRR1440603     2       0          1  0  1
#> SRR658633      2       0          1  0  1
#> SRR1388081     2       0          1  0  1
#> SRR813339      2       0          1  0  1
#> SRR809725      1       0          1  1  0
#> SRR627441      2       0          1  0  1
#> SRR613603      2       0          1  0  1
#> SRR1096571     2       0          1  0  1
#> SRR1392701     1       0          1  1  0
#> SRR1344326     1       0          1  1  0
#> SRR1367693     2       0          1  0  1
#> SRR660697      2       0          1  0  1
#> SRR1489926     2       0          1  0  1
#> SRR811491      2       0          1  0  1
#> SRR1311644     2       0          1  0  1
#> SRR1451740     2       0          1  0  1
#> SRR615117      2       0          1  0  1
#> SRR1391748     2       0          1  0  1
#> SRR1466556     2       0          1  0  1
#> SRR614972      2       0          1  0  1
#> SRR1406200     1       0          1  1  0
#> SRR819210      2       0          1  0  1
#> SRR662174      1       0          1  1  0
#> SRR811988      1       0          1  1  0
#> SRR663236      2       0          1  0  1
#> SRR1312598     2       0          1  0  1
#> SRR1330129     2       0          1  0  1
#> SRR1357781     2       0          1  0  1
#> SRR1315517     2       0          1  0  1
#> SRR1400032     2       0          1  0  1
#> SRR1413722     1       0          1  1  0
#> SRR612827      2       0          1  0  1
#> SRR814794      1       0          1  1  0
#> SRR819430      1       0          1  1  0
#> SRR1395509     2       0          1  0  1
#> SRR808728      2       0          1  0  1
#> SRR1070813     2       0          1  0  1
#> SRR1389133     2       0          1  0  1
#> SRR601263      2       0          1  0  1
#> SRR604718      2       0          1  0  1
#> SRR1481351     2       0          1  0  1
#> SRR1334608     2       0          1  0  1
#> SRR658681      2       0          1  0  1
#> SRR809283      2       0          1  0  1
#> SRR1459300     1       0          1  1  0
#> SRR1392547     2       0          1  0  1
#> SRR811049      2       0          1  0  1
#> SRR1464835     2       0          1  0  1
#> SRR1339619     2       0          1  0  1
#> SRR658501      2       0          1  0  1
#> SRR1447523     2       0          1  0  1
#> SRR1415048     1       0          1  1  0
#> SRR1355451     1       0          1  1  0
#> SRR1444348     2       0          1  0  1
#> SRR603890      2       0          1  0  1
#> SRR810595      2       0          1  0  1
#> SRR1446244     2       0          1  0  1
#> SRR817373      2       0          1  0  1
#> SRR1457291     2       0          1  0  1
#> SRR598220      2       0          1  0  1
#> SRR1477991     2       0          1  0  1
#> SRR598172      2       0          1  0  1
#> SRR1349032     2       0          1  0  1
#> SRR604002      2       0          1  0  1
#> SRR1378026     2       0          1  0  1
#> SRR1404401     2       0          1  0  1
#> SRR1333240     2       0          1  0  1
#> SRR1089399     2       0          1  0  1
#> SRR603421      2       0          1  0  1
#> SRR812562      1       0          1  1  0
#> SRR808520      2       0          1  0  1
#> SRR811839      1       0          1  1  0
#> SRR814317      2       0          1  0  1
#> SRR1436763     2       0          1  0  1
#> SRR1486021     2       0          1  0  1
#> SRR1465018     2       0          1  0  1
#> SRR1080998     2       0          1  0  1
#> SRR1083432     2       0          1  0  1
#> SRR1082833     1       0          1  1  0
#> SRR1465804     1       0          1  1  0
#> SRR1326536     2       0          1  0  1
#> SRR614011      2       0          1  0  1
#> SRR1365873     2       0          1  0  1
#> SRR1498789     2       0          1  0  1
#> SRR601581      2       0          1  0  1
#> SRR603566      2       0          1  0  1
#> SRR1373981     1       0          1  1  0
#> SRR821410      2       0          1  0  1
#> SRR1076511     2       0          1  0  1
#> SRR614143      2       0          1  0  1
#> SRR1333570     2       0          1  0  1
#> SRR1366813     2       0          1  0  1
#> SRR1388746     1       0          1  1  0
#> SRR1420558     2       0          1  0  1
#> SRR1409510     2       0          1  0  1
#> SRR816250      2       0          1  0  1
#> SRR614131      2       0          1  0  1
#> SRR1331130     1       0          1  1  0
#> SRR1316015     2       0          1  0  1
#> SRR1470798     2       0          1  0  1
#> SRR614179      2       0          1  0  1
#> SRR1474863     2       0          1  0  1
#> SRR813560      2       0          1  0  1
#> SRR1312187     2       0          1  0  1
#> SRR1420960     2       0          1  0  1
#> SRR1355102     2       0          1  0  1
#> SRR1084577     2       0          1  0  1
#> SRR659971      2       0          1  0  1
#> SRR1350855     2       0          1  0  1
#> SRR820779      2       0          1  0  1
#> SRR1476300     2       0          1  0  1
#> SRR1090907     2       0          1  0  1
#> SRR662294      2       0          1  0  1
#> SRR1480789     2       0          1  0  1
#> SRR1336263     2       0          1  0  1
#> SRR660776      1       0          1  1  0
#> SRR1090508     2       0          1  0  1
#> SRR615563      2       0          1  0  1
#> SRR1101175     1       0          1  1  0
#> SRR2164650     2       0          1  0  1
#> SRR1431205     2       0          1  0  1
#> SRR1339856     2       0          1  0  1
#> SRR1352147     2       0          1  0  1
#> SRR808968      1       0          1  1  0
#> SRR627419      2       0          1  0  1
#> SRR1402391     1       0          1  1  0
#> SRR663609      2       0          1  0  1
#> SRR2167857     2       0          1  0  1
#> SRR1398752     1       0          1  1  0
#> SRR1469169     1       0          1  1  0
#> SRR1405437     2       0          1  0  1
#> SRR1416955     1       0          1  1  0
#> SRR1317064     2       0          1  0  1
#> SRR659001      2       0          1  0  1
#> SRR2170696     2       0          1  0  1
#> SRR816589      2       0          1  0  1
#> SRR1087487     2       0          1  0  1
#> SRR1329485     2       0          1  0  1
#> SRR816920      2       0          1  0  1
#> SRR1341432     1       0          1  1  0
#> SRR1361590     2       0          1  0  1
#> SRR817046      2       0          1  0  1
#> SRR1471331     2       0          1  0  1
#> SRR660788      2       0          1  0  1
#> SRR819234      1       0          1  1  0
#> SRR810853      2       0          1  0  1
#> SRR809427      2       0          1  0  1
#> SRR2170217     2       0          1  0  1
#> SRR1386967     2       0          1  0  1
#> SRR1420344     2       0          1  0  1
#> SRR1334535     1       0          1  1  0
#> SRR614503      2       0          1  0  1
#> SRR602564      2       0          1  0  1
#> SRR1420669     2       0          1  0  1
#> SRR819024      2       0          1  0  1
#> SRR656223      2       0          1  0  1
#> SRR608428      2       0          1  0  1
#> SRR1345647     1       0          1  1  0
#> SRR1389324     2       0          1  0  1
#> SRR1361368     2       0          1  0  1
#> SRR1322619     2       0          1  0  1
#> SRR1349276     2       0          1  0  1
#> SRR1404024     1       0          1  1  0
#> SRR1370637     2       0          1  0  1
#> SRR1452631     2       0          1  0  1
#> SRR608392      2       0          1  0  1
#> SRR1357757     2       0          1  0  1
#> SRR1074646     2       0          1  0  1
#> SRR1367499     2       0          1  0  1
#> SRR1343501     2       0          1  0  1
#> SRR1394406     2       0          1  0  1
#> SRR1381435     2       0          1  0  1
#> SRR1467407     1       0          1  1  0
#> SRR1092422     2       0          1  0  1
#> SRR1380270     2       0          1  0  1
#> SRR1091817     2       0          1  0  1
#> SRR1440137     2       0          1  0  1
#> SRR614311      2       0          1  0  1
#> SRR1407516     2       0          1  0  1
#> SRR815494      2       0          1  0  1
#> SRR1333209     2       0          1  0  1
#> SRR615177      2       0          1  0  1
#> SRR1099648     2       0          1  0  1
#> SRR659720      2       0          1  0  1
#> SRR2185057     1       0          1  1  0
#> SRR1467125     1       0          1  1  0
#> SRR657468      2       0          1  0  1
#> SRR660042      2       0          1  0  1
#> SRR2170864     2       0          1  0  1
#> SRR1440491     2       0          1  0  1
#> SRR1440852     2       0          1  0  1
#> SRR811169      1       0          1  1  0
#> SRR1331311     2       0          1  0  1
#> SRR818009      1       0          1  1  0
#> SRR1351836     2       0          1  0  1
#> SRR1498313     2       0          1  0  1
#> SRR1441975     2       0          1  0  1
#> SRR819096      1       0          1  1  0
#> SRR1073679     2       0          1  0  1
#> SRR1489116     2       0          1  0  1
#> SRR1354138     2       0          1  0  1
#> SRR1490589     2       0          1  0  1
#> SRR1412987     2       0          1  0  1
#> SRR602034      2       0          1  0  1
#> SRR1353437     1       0          1  1  0
#> SRR1072871     2       0          1  0  1
#> SRR661577      2       0          1  0  1
#> SRR612190      2       0          1  0  1
#> SRR1399880     1       0          1  1  0
#> SRR1101787     2       0          1  0  1
#> SRR657869      1       0          1  1  0
#> SRR1446332     1       0          1  1  0
#> SRR816039      1       0          1  1  0
#> SRR1485141     2       0          1  0  1
#> SRR1476697     1       0          1  1  0
#> SRR1379538     2       0          1  0  1
#> SRR1331422     1       0          1  1  0
#> SRR660859      2       0          1  0  1
#> SRR1097594     1       0          1  1  0
#> SRR1311419     2       0          1  0  1
#> SRR1336706     2       0          1  0  1
#> SRR1472976     2       0          1  0  1
#> SRR1321307     1       0          1  1  0
#> SRR807493      1       0          1  1  0
#> SRR812461      2       0          1  0  1
#> SRR1477149     2       0          1  0  1
#> SRR1457397     2       0          1  0  1
#> SRR661913      2       0          1  0  1
#> SRR1069024     2       0          1  0  1
#> SRR2165634     1       0          1  1  0
#> SRR1478722     2       0          1  0  1
#> SRR1328642     2       0          1  0  1
#> SRR1488261     2       0          1  0  1
#> SRR1318815     2       0          1  0  1
#> SRR816945      1       0          1  1  0
#> SRR1367432     2       0          1  0  1
#> SRR1359280     2       0          1  0  1
#> SRR1313910     2       0          1  0  1
#> SRR1457315     2       0          1  0  1
#> SRR815398      1       0          1  1  0
#> SRR656958      2       0          1  0  1
#> SRR600688      2       0          1  0  1
#> SRR1098952     1       0          1  1  0
#> SRR1314916     2       0          1  0  1
#> SRR614167      2       0          1  0  1
#> SRR1348114     2       0          1  0  1
#> SRR658033      2       0          1  0  1
#> SRR1077503     2       0          1  0  1
#> SRR661854      2       0          1  0  1
#> SRR811379      2       0          1  0  1
#> SRR1318857     2       0          1  0  1
#> SRR656445      2       0          1  0  1
#> SRR1433044     2       0          1  0  1
#> SRR1486391     1       0          1  1  0
#> SRR656071      2       0          1  0  1
#> SRR1364824     1       0          1  1  0
#> SRR1379133     1       0          1  1  0
#> SRR1394169     1       0          1  1  0
#> SRR816745      2       0          1  0  1
#> SRR601038      2       0          1  0  1
#> SRR1360080     1       0          1  1  0
#> SRR814868      2       0          1  0  1
#> SRR1485997     1       0          1  1  0
#> SRR1435560     2       0          1  0  1
#> SRR1333330     1       0          1  1  0
#> SRR663513      2       0          1  0  1
#> SRR1328407     2       0          1  0  1
#> SRR602784      2       0          1  0  1
#> SRR1348468     2       0          1  0  1
#> SRR663717      2       0          1  0  1
#> SRR602217      2       0          1  0  1
#> SRR603140      2       0          1  0  1
#> SRR1340804     1       0          1  1  0
#> SRR1457574     2       0          1  0  1
#> SRR1333462     2       0          1  0  1
#> SRR1094601     1       0          1  1  0
#> SRR1434610     2       0          1  0  1
#> SRR1435833     2       0          1  0  1
#> SRR1398728     2       0          1  0  1
#> SRR1358343     2       0          1  0  1
#> SRR1410890     2       0          1  0  1
#> SRR1350371     1       0          1  1  0
#> SRR1392478     2       0          1  0  1
#> SRR1099260     2       0          1  0  1
#> SRR1433576     2       0          1  0  1
#> SRR1345541     2       0          1  0  1
#> SRR1086328     1       0          1  1  0
#> SRR810391      2       0          1  0  1
#> SRR1476207     2       0          1  0  1
#> SRR627435      2       0          1  0  1
#> SRR1489862     1       0          1  1  0
#> SRR1419086     1       0          1  1  0
#> SRR1436539     1       0          1  1  0
#> SRR1396191     2       0          1  0  1
#> SRR1490115     2       0          1  0  1
#> SRR1377714     2       0          1  0  1
#> SRR819394      1       0          1  1  0
#> SRR663161      2       0          1  0  1
#> SRR607042      2       0          1  0  1
#> SRR656203      2       0          1  0  1
#> SRR660602      2       0          1  0  1
#> SRR1440397     1       0          1  1  0
#> SRR1369264     1       0          1  1  0
#> SRR809233      1       0          1  1  0
#> SRR663249      2       0          1  0  1
#> SRR661242      2       0          1  0  1
#> SRR1332007     2       0          1  0  1
#> SRR809619      2       0          1  0  1
#> SRR819975      1       0          1  1  0
#> SRR599281      2       0          1  0  1
#> SRR662366      2       0          1  0  1
#> SRR1317898     2       0          1  0  1
#> SRR1382485     2       0          1  0  1
#> SRR2166420     1       0          1  1  0
#> SRR1419429     1       0          1  1  0
#> SRR1092541     2       0          1  0  1
#> SRR817444      2       0          1  0  1
#> SRR1320403     2       0          1  0  1
#> SRR1101483     2       0          1  0  1
#> SRR1331684     2       0          1  0  1
#> SRR1400054     2       0          1  0  1
#> SRR1406088     2       0          1  0  1
#> SRR820733      2       0          1  0  1
#> SRR1314113     2       0          1  0  1
#> SRR1382615     2       0          1  0  1
#> SRR1480745     1       0          1  1  0
#> SRR1468850     2       0          1  0  1
#> SRR656782      2       0          1  0  1
#> SRR821364      1       0          1  1  0
#> SRR1101106     1       0          1  1  0
#> SRR659295      2       0          1  0  1
#> SRR1357103     2       0          1  0  1
#> SRR809185      2       0          1  0  1
#> SRR811583      2       0          1  0  1
#> SRR1468050     1       0          1  1  0
#> SRR1440224     2       0          1  0  1

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> SRR1500170     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1402368     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR607743      2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1457375     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1470923     1  0.2066     0.9660 0.940 0.000 0.060
#> SRR817954      1  0.1643     0.9690 0.956 0.000 0.044
#> SRR809259      1  0.1411     0.9729 0.964 0.000 0.036
#> SRR1439785     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR814768      1  0.1031     0.9720 0.976 0.000 0.024
#> SRR1102031     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1363611     2  0.1031     0.1678 0.000 0.976 0.024
#> SRR1468447     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1071931     2  0.0747     0.1717 0.000 0.984 0.016
#> SRR810981      1  0.1643     0.9690 0.956 0.000 0.044
#> SRR615299      2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR663585      2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1326773     2  0.2878     0.1291 0.000 0.904 0.096
#> SRR1351166     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1477452     1  0.1163     0.9718 0.972 0.000 0.028
#> SRR1084720     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1420320     2  0.1031     0.1678 0.000 0.976 0.024
#> SRR1081712     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1318241     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1333718     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1313514     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1477861     3  0.3116     0.7047 0.000 0.108 0.892
#> SRR1318005     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1354665     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR657707      2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1370742     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1412947     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR661553      2  0.0237     0.1724 0.000 0.996 0.004
#> SRR1328869     1  0.1163     0.9717 0.972 0.000 0.028
#> SRR662211      2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1348181     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1416560     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1319772     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1091452     2  0.0237     0.1724 0.000 0.996 0.004
#> SRR1338812     1  0.1964     0.9664 0.944 0.000 0.056
#> SRR1392072     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR814844      2  0.0747     0.1717 0.000 0.984 0.016
#> SRR1376619     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR603690      2  0.0592     0.1720 0.000 0.988 0.012
#> SRR2184980     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR613963      2  0.1964     0.1519 0.000 0.944 0.056
#> SRR1323422     1  0.2066     0.9660 0.940 0.000 0.060
#> SRR1397673     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1434650     3  0.5706     0.3882 0.000 0.320 0.680
#> SRR659875      3  0.6192     0.2346 0.000 0.420 0.580
#> SRR1465734     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1076847     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1415072     1  0.2066     0.9660 0.940 0.000 0.060
#> SRR659319      2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR663088      2  0.0424     0.1712 0.000 0.992 0.008
#> SRR1352021     1  0.2066     0.9660 0.940 0.000 0.060
#> SRR1325527     1  0.1643     0.9690 0.956 0.000 0.044
#> SRR1105369     1  0.1643     0.9690 0.956 0.000 0.044
#> SRR659935      2  0.0747     0.1717 0.000 0.984 0.016
#> SRR1352530     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR662594      2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1095309     1  0.1643     0.9690 0.956 0.000 0.044
#> SRR615647      2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR813019      3  0.3941     0.6954 0.000 0.156 0.844
#> SRR1374647     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR603472      3  0.5733     0.3808 0.000 0.324 0.676
#> SRR661529      2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR607018      2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR627423      2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR654921      2  0.0747     0.1717 0.000 0.984 0.016
#> SRR1418968     1  0.1529     0.9720 0.960 0.000 0.040
#> SRR660871      2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1330522     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1499958     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR614059      2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1071403     1  0.1860     0.9673 0.948 0.000 0.052
#> SRR1486719     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1440421     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1310412     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR614767      2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR820709      1  0.1753     0.9691 0.952 0.000 0.048
#> SRR1471500     1  0.0892     0.9723 0.980 0.000 0.020
#> SRR658093      2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1088168     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1418707     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1354291     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR2165806     1  0.1643     0.9690 0.956 0.000 0.044
#> SRR1415684     2  0.0000     0.1724 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433860     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1311062     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1360359     1  0.1964     0.9664 0.944 0.000 0.056
#> SRR661385      2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR615407      2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1413892     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1443459     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1338942     1  0.1964     0.9664 0.944 0.000 0.056
#> SRR657480      2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1399433     2  0.0237     0.1724 0.000 0.996 0.004
#> SRR818537      3  0.3116     0.7047 0.000 0.108 0.892
#> SRR1101324     2  0.4796     0.1291 0.000 0.780 0.220
#> SRR807637      2  0.3412     0.0562 0.000 0.876 0.124
#> SRR1091918     1  0.1643     0.9690 0.956 0.000 0.044
#> SRR598300      2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1085426     1  0.1643     0.9690 0.956 0.000 0.044
#> SRR1376294     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR813891      1  0.2066     0.9660 0.940 0.000 0.060
#> SRR1467431     2  0.5905    -0.1012 0.000 0.648 0.352
#> SRR658742      2  0.4796     0.1291 0.000 0.780 0.220
#> SRR1419234     1  0.1753     0.9688 0.952 0.000 0.048
#> SRR1404813     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR603496      2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1407758     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR810945      2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR817234      2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1444852     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR660378      2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1467835     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1338964     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1079259     2  0.1031     0.1678 0.000 0.976 0.024
#> SRR1072345     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR598725      2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1447938     1  0.1753     0.9684 0.952 0.000 0.048
#> SRR1356397     1  0.1643     0.9690 0.956 0.000 0.044
#> SRR1360460     2  0.0747     0.1717 0.000 0.984 0.016
#> SRR1429468     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1446850     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1320363     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1413810     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR598831      2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1381865     1  0.1643     0.9689 0.956 0.000 0.044
#> SRR660957      2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1491332     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1099744     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1464618     2  0.4452    -0.0153 0.000 0.808 0.192
#> SRR1414559     2  0.4796     0.1291 0.000 0.780 0.220
#> SRR1337540     2  0.1031     0.1678 0.000 0.976 0.024
#> SRR1444283     1  0.0747     0.9724 0.984 0.000 0.016
#> SRR2184942     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR660295      1  0.1753     0.9688 0.952 0.000 0.048
#> SRR601335      2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1363742     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1345847     2  0.1031     0.1678 0.000 0.976 0.024
#> SRR614960      2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR819919      1  0.1643     0.9690 0.956 0.000 0.044
#> SRR603330      2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1327951     1  0.1643     0.9690 0.956 0.000 0.044
#> SRR1401885     1  0.2066     0.9660 0.940 0.000 0.060
#> SRR1345266     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1338055     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1430157     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1320137     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1093483     1  0.0592     0.9724 0.988 0.000 0.012
#> SRR1341080     1  0.1643     0.9693 0.956 0.000 0.044
#> SRR1459913     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR2170490     1  0.1643     0.9690 0.956 0.000 0.044
#> SRR1479845     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1436420     1  0.1753     0.9688 0.952 0.000 0.048
#> SRR1481060     2  0.6192     0.1682 0.000 0.580 0.420
#> SRR662282      2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1487089     2  0.0237     0.1724 0.000 0.996 0.004
#> SRR1075683     1  0.1964     0.9664 0.944 0.000 0.056
#> SRR1338536     1  0.2066     0.9660 0.940 0.000 0.060
#> SRR1338880     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1453456     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1457895     1  0.1643     0.9690 0.956 0.000 0.044
#> SRR1440603     3  0.3116     0.7047 0.000 0.108 0.892
#> SRR658633      2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1388081     2  0.0747     0.1717 0.000 0.984 0.016
#> SRR813339      2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR809725      1  0.0747     0.9726 0.984 0.000 0.016
#> SRR627441      2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR613603      2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1096571     3  0.6235     0.1958 0.000 0.436 0.564
#> SRR1392701     1  0.1643     0.9690 0.956 0.000 0.044
#> SRR1344326     1  0.1289     0.9725 0.968 0.000 0.032
#> SRR1367693     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR660697      2  0.5678    -0.0904 0.000 0.684 0.316
#> SRR1489926     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR811491      2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1311644     2  0.5810     0.1662 0.000 0.664 0.336
#> SRR1451740     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR615117      3  0.4002     0.6377 0.000 0.160 0.840
#> SRR1391748     2  0.0892     0.1699 0.000 0.980 0.020
#> SRR1466556     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR614972      2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1406200     1  0.1964     0.9664 0.944 0.000 0.056
#> SRR819210      2  0.0237     0.1724 0.000 0.996 0.004
#> SRR662174      1  0.0892     0.9723 0.980 0.000 0.020
#> SRR811988      1  0.1289     0.9708 0.968 0.000 0.032
#> SRR663236      2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1312598     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1330129     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1357781     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1315517     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1400032     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1413722     1  0.1163     0.9715 0.972 0.000 0.028
#> SRR612827      2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR814794      1  0.1031     0.9718 0.976 0.000 0.024
#> SRR819430      1  0.1163     0.9716 0.972 0.000 0.028
#> SRR1395509     2  0.1031     0.1678 0.000 0.976 0.024
#> SRR808728      2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1070813     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1389133     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR601263      2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR604718      2  0.1031     0.1678 0.000 0.976 0.024
#> SRR1481351     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1334608     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR658681      2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR809283      2  0.0424     0.1723 0.000 0.992 0.008
#> SRR1459300     1  0.1643     0.9690 0.956 0.000 0.044
#> SRR1392547     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR811049      2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1464835     2  0.0747     0.1717 0.000 0.984 0.016
#> SRR1339619     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR658501      2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1447523     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1415048     1  0.0592     0.9727 0.988 0.000 0.012
#> SRR1355451     1  0.1964     0.9664 0.944 0.000 0.056
#> SRR1444348     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR603890      2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR810595      2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1446244     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR817373      2  0.0424     0.1723 0.000 0.992 0.008
#> SRR1457291     2  0.1031     0.1678 0.000 0.976 0.024
#> SRR598220      2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1477991     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR598172      2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1349032     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR604002      2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1378026     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1404401     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1333240     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1089399     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR603421      2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR812562      1  0.1964     0.9664 0.944 0.000 0.056
#> SRR808520      2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR811839      1  0.1643     0.9690 0.956 0.000 0.044
#> SRR814317      2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1436763     2  0.0747     0.1717 0.000 0.984 0.016
#> SRR1486021     2  0.1031     0.1678 0.000 0.976 0.024
#> SRR1465018     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1080998     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1083432     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1082833     1  0.1163     0.9712 0.972 0.000 0.028
#> SRR1465804     1  0.1964     0.9664 0.944 0.000 0.056
#> SRR1326536     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR614011      2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1365873     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1498789     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR601581      2  0.4452    -0.0153 0.000 0.808 0.192
#> SRR603566      3  0.4605     0.6384 0.000 0.204 0.796
#> SRR1373981     1  0.1529     0.9703 0.960 0.000 0.040
#> SRR821410      2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1076511     2  0.0424     0.1712 0.000 0.992 0.008
#> SRR614143      2  0.5706     0.1514 0.000 0.680 0.320
#> SRR1333570     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1366813     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1388746     1  0.1643     0.9690 0.956 0.000 0.044
#> SRR1420558     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1409510     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR816250      2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR614131      2  0.6180    -0.1046 0.000 0.584 0.416
#> SRR1331130     1  0.2066     0.9660 0.940 0.000 0.060
#> SRR1316015     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1470798     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR614179      3  0.4235     0.6745 0.000 0.176 0.824
#> SRR1474863     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR813560      2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1312187     2  0.1031     0.1678 0.000 0.976 0.024
#> SRR1420960     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1355102     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1084577     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR659971      2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1350855     2  0.1031     0.1678 0.000 0.976 0.024
#> SRR820779      2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1476300     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1090907     2  0.0747     0.1717 0.000 0.984 0.016
#> SRR662294      2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1480789     3  0.3482     0.7173 0.000 0.128 0.872
#> SRR1336263     2  0.0747     0.1717 0.000 0.984 0.016
#> SRR660776      1  0.1753     0.9688 0.952 0.000 0.048
#> SRR1090508     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR615563      2  0.0892     0.1699 0.000 0.980 0.020
#> SRR1101175     1  0.1643     0.9690 0.956 0.000 0.044
#> SRR2164650     3  0.6235     0.1958 0.000 0.436 0.564
#> SRR1431205     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1339856     2  0.5216    -0.0670 0.000 0.740 0.260
#> SRR1352147     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR808968      1  0.1643     0.9690 0.956 0.000 0.044
#> SRR627419      2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1402391     1  0.1411     0.9724 0.964 0.000 0.036
#> SRR663609      3  0.6280     0.1262 0.000 0.460 0.540
#> SRR2167857     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1398752     1  0.0592     0.9724 0.988 0.000 0.012
#> SRR1469169     1  0.1753     0.9688 0.952 0.000 0.048
#> SRR1405437     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1416955     1  0.1964     0.9664 0.944 0.000 0.056
#> SRR1317064     2  0.1031     0.1678 0.000 0.976 0.024
#> SRR659001      2  0.0747     0.1717 0.000 0.984 0.016
#> SRR2170696     2  0.4974     0.1310 0.000 0.764 0.236
#> SRR816589      2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1087487     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1329485     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR816920      2  0.4796     0.1291 0.000 0.780 0.220
#> SRR1341432     1  0.1753     0.9688 0.952 0.000 0.048
#> SRR1361590     2  0.0747     0.1717 0.000 0.984 0.016
#> SRR817046      2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1471331     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR660788      2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR819234      1  0.1964     0.9664 0.944 0.000 0.056
#> SRR810853      3  0.3482     0.7173 0.000 0.128 0.872
#> SRR809427      2  0.1031     0.1678 0.000 0.976 0.024
#> SRR2170217     2  0.0237     0.1724 0.000 0.996 0.004
#> SRR1386967     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1420344     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1334535     1  0.1643     0.9693 0.956 0.000 0.044
#> SRR614503      2  0.5785    -0.0958 0.000 0.668 0.332
#> SRR602564      2  0.0237     0.1724 0.000 0.996 0.004
#> SRR1420669     2  0.5058     0.1324 0.000 0.756 0.244
#> SRR819024      2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR656223      2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR608428      2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1345647     1  0.2066     0.9660 0.940 0.000 0.060
#> SRR1389324     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1361368     2  0.5706    -0.0918 0.000 0.680 0.320
#> SRR1322619     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1349276     2  0.1031     0.1678 0.000 0.976 0.024
#> SRR1404024     1  0.2066     0.9660 0.940 0.000 0.060
#> SRR1370637     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1452631     2  0.1031     0.1678 0.000 0.976 0.024
#> SRR608392      2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1357757     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1074646     2  0.0424     0.1712 0.000 0.992 0.008
#> SRR1367499     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1343501     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1394406     2  0.0592     0.1695 0.000 0.988 0.012
#> SRR1381435     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1467407     1  0.1643     0.9690 0.956 0.000 0.044
#> SRR1092422     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1380270     3  0.3482     0.7173 0.000 0.128 0.872
#> SRR1091817     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1440137     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR614311      2  0.5678    -0.0904 0.000 0.684 0.316
#> SRR1407516     2  0.0747     0.1717 0.000 0.984 0.016
#> SRR815494      2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1333209     2  0.1031     0.1678 0.000 0.976 0.024
#> SRR615177      2  0.4605     0.1269 0.000 0.796 0.204
#> SRR1099648     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR659720      2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR2185057     1  0.0892     0.9723 0.980 0.000 0.020
#> SRR1467125     1  0.1964     0.9664 0.944 0.000 0.056
#> SRR657468      2  0.2261     0.1474 0.000 0.932 0.068
#> SRR660042      2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR2170864     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1440491     2  0.0237     0.1724 0.000 0.996 0.004
#> SRR1440852     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR811169      1  0.1411     0.9722 0.964 0.000 0.036
#> SRR1331311     2  0.1031     0.1678 0.000 0.976 0.024
#> SRR818009      1  0.1964     0.9698 0.944 0.000 0.056
#> SRR1351836     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1498313     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1441975     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR819096      1  0.2066     0.9660 0.940 0.000 0.060
#> SRR1073679     2  0.5678     0.1561 0.000 0.684 0.316
#> SRR1489116     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1354138     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1490589     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1412987     2  0.0892     0.1699 0.000 0.980 0.020
#> SRR602034      2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1353437     1  0.1289     0.9708 0.968 0.000 0.032
#> SRR1072871     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR661577      2  0.0237     0.1724 0.000 0.996 0.004
#> SRR612190      2  0.0424     0.1712 0.000 0.992 0.008
#> SRR1399880     1  0.2066     0.9660 0.940 0.000 0.060
#> SRR1101787     2  0.1031     0.1678 0.000 0.976 0.024
#> SRR657869      1  0.1643     0.9690 0.956 0.000 0.044
#> SRR1446332     1  0.1643     0.9690 0.956 0.000 0.044
#> SRR816039      1  0.1411     0.9706 0.964 0.000 0.036
#> SRR1485141     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1476697     1  0.1529     0.9728 0.960 0.000 0.040
#> SRR1379538     2  0.5678    -0.0904 0.000 0.684 0.316
#> SRR1331422     1  0.1643     0.9690 0.956 0.000 0.044
#> SRR660859      2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1097594     1  0.1753     0.9688 0.952 0.000 0.048
#> SRR1311419     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1336706     3  0.6192     0.2346 0.000 0.420 0.580
#> SRR1472976     2  0.0592     0.1720 0.000 0.988 0.012
#> SRR1321307     1  0.1643     0.9690 0.956 0.000 0.044
#> SRR807493      1  0.1753     0.9688 0.952 0.000 0.048
#> SRR812461      2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1477149     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1457397     3  0.5591     0.4150 0.000 0.304 0.696
#> SRR661913      2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1069024     3  0.3340     0.7166 0.000 0.120 0.880
#> SRR2165634     1  0.1643     0.9690 0.956 0.000 0.044
#> SRR1478722     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1328642     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1488261     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1318815     2  0.0747     0.1717 0.000 0.984 0.016
#> SRR816945      1  0.1753     0.9688 0.952 0.000 0.048
#> SRR1367432     2  0.1031     0.1678 0.000 0.976 0.024
#> SRR1359280     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1313910     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1457315     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR815398      1  0.1643     0.9690 0.956 0.000 0.044
#> SRR656958      2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR600688      2  0.0237     0.1724 0.000 0.996 0.004
#> SRR1098952     1  0.0892     0.9723 0.980 0.000 0.020
#> SRR1314916     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR614167      2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1348114     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR658033      2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1077503     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR661854      2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR811379      2  0.0747     0.1717 0.000 0.984 0.016
#> SRR1318857     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR656445      2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1433044     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1486391     1  0.1643     0.9690 0.956 0.000 0.044
#> SRR656071      2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1364824     1  0.1964     0.9664 0.944 0.000 0.056
#> SRR1379133     1  0.1964     0.9664 0.944 0.000 0.056
#> SRR1394169     1  0.1031     0.9724 0.976 0.000 0.024
#> SRR816745      3  0.3482     0.7173 0.000 0.128 0.872
#> SRR601038      3  0.3482     0.7173 0.000 0.128 0.872
#> SRR1360080     1  0.1643     0.9707 0.956 0.000 0.044
#> SRR814868      2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1485997     1  0.2066     0.9660 0.940 0.000 0.060
#> SRR1435560     2  0.0237     0.1724 0.000 0.996 0.004
#> SRR1333330     1  0.1753     0.9692 0.952 0.000 0.048
#> SRR663513      2  0.6095     0.2015 0.000 0.608 0.392
#> SRR1328407     3  0.3038     0.7077 0.000 0.104 0.896
#> SRR602784      2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1348468     2  0.0747     0.1717 0.000 0.984 0.016
#> SRR663717      2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR602217      3  0.6309     0.0495 0.000 0.500 0.500
#> SRR603140      2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1340804     1  0.1964     0.9664 0.944 0.000 0.056
#> SRR1457574     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1333462     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1094601     1  0.1964     0.9664 0.944 0.000 0.056
#> SRR1434610     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1435833     2  0.1031     0.1678 0.000 0.976 0.024
#> SRR1398728     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1358343     2  0.3412     0.0562 0.000 0.876 0.124
#> SRR1410890     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1350371     1  0.1753     0.9688 0.952 0.000 0.048
#> SRR1392478     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1099260     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1433576     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1345541     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1086328     1  0.1643     0.9690 0.956 0.000 0.044
#> SRR810391      2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1476207     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR627435      2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1489862     1  0.1643     0.9693 0.956 0.000 0.044
#> SRR1419086     1  0.1753     0.9688 0.952 0.000 0.048
#> SRR1436539     1  0.2066     0.9660 0.940 0.000 0.060
#> SRR1396191     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1490115     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1377714     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR819394      1  0.1964     0.9664 0.944 0.000 0.056
#> SRR663161      2  0.0237     0.1724 0.000 0.996 0.004
#> SRR607042      3  0.4887     0.6015 0.000 0.228 0.772
#> SRR656203      2  0.1031     0.1678 0.000 0.976 0.024
#> SRR660602      2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1440397     1  0.1643     0.9690 0.956 0.000 0.044
#> SRR1369264     1  0.0892     0.9730 0.980 0.000 0.020
#> SRR809233      1  0.1643     0.9690 0.956 0.000 0.044
#> SRR663249      2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR661242      2  0.0237     0.1724 0.000 0.996 0.004
#> SRR1332007     3  0.3340     0.7166 0.000 0.120 0.880
#> SRR809619      2  0.1031     0.1678 0.000 0.976 0.024
#> SRR819975      1  0.1529     0.9703 0.960 0.000 0.040
#> SRR599281      2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR662366      2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1317898     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1382485     2  0.0424     0.1712 0.000 0.992 0.008
#> SRR2166420     1  0.1964     0.9664 0.944 0.000 0.056
#> SRR1419429     1  0.1643     0.9690 0.956 0.000 0.044
#> SRR1092541     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR817444      2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1320403     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1101483     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1331684     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1400054     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1406088     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR820733      2  0.5650     0.1543 0.000 0.688 0.312
#> SRR1314113     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1382615     2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR1480745     1  0.0237     0.9727 0.996 0.000 0.004
#> SRR1468850     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR656782      2  0.6126     0.2071 0.000 0.600 0.400
#> SRR821364      1  0.1643     0.9690 0.956 0.000 0.044
#> SRR1101106     1  0.0237     0.9727 0.996 0.000 0.004
#> SRR659295      2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496
#> SRR1357103     3  0.3340     0.7166 0.000 0.120 0.880
#> SRR809185      2  0.1031     0.1678 0.000 0.976 0.024
#> SRR811583      2  0.0892     0.1699 0.000 0.980 0.020
#> SRR1468050     1  0.2066     0.9660 0.940 0.000 0.060
#> SRR1440224     2  0.6309    -0.0814 0.000 0.504 0.496

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR1500170     2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1402368     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR607743      3  0.0707     0.9486 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1457375     2  0.3806     0.7531 0.000 0.824 0.020 0.156
#> SRR1470923     1  0.1890     0.9241 0.936 0.008 0.000 0.056
#> SRR817954      1  0.3219     0.9218 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR809259      1  0.2814     0.9320 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR1439785     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR814768      1  0.0804     0.9317 0.980 0.012 0.000 0.008
#> SRR1102031     4  0.5213     0.6160 0.000 0.328 0.020 0.652
#> SRR1363611     4  0.5080     0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR1468447     2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1071931     4  0.5080     0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR810981      1  0.3266     0.9214 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR615299      2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR663585      3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326773     3  0.6421    -0.0660 0.000 0.076 0.556 0.368
#> SRR1351166     2  0.4507     0.6438 0.000 0.756 0.020 0.224
#> SRR1477452     1  0.1042     0.9313 0.972 0.008 0.000 0.020
#> SRR1084720     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420320     4  0.5080     0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR1081712     2  0.0895     0.9240 0.000 0.976 0.020 0.004
#> SRR1318241     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333718     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313514     2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1477861     2  0.4564     0.5331 0.000 0.672 0.328 0.000
#> SRR1318005     2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1354665     2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR657707      3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370742     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1412947     2  0.5607    -0.1820 0.000 0.492 0.020 0.488
#> SRR661553      4  0.5080     0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR1328869     1  0.0336     0.9330 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR662211      2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1348181     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416560     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319772     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091452     4  0.5080     0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR1338812     1  0.1767     0.9247 0.944 0.012 0.000 0.044
#> SRR1392072     2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR814844      4  0.5080     0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR1376619     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR603690      4  0.5080     0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR2184980     2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR613963      4  0.5011     0.9054 0.000 0.076 0.160 0.764
#> SRR1323422     1  0.1743     0.9251 0.940 0.004 0.000 0.056
#> SRR1397673     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434650     2  0.3688     0.7186 0.000 0.792 0.208 0.000
#> SRR659875      3  0.1474     0.9087 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR1465734     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076847     2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1415072     1  0.1938     0.9244 0.936 0.012 0.000 0.052
#> SRR659319      3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663088      4  0.5080     0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR1352021     1  0.1890     0.9241 0.936 0.008 0.000 0.056
#> SRR1325527     1  0.3219     0.9218 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1105369     1  0.3266     0.9214 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR659935      4  0.5080     0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR1352530     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662594      3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095309     1  0.3311     0.9212 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR615647      3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR813019      3  0.4605     0.4532 0.000 0.336 0.664 0.000
#> SRR1374647     2  0.3757     0.7587 0.000 0.828 0.020 0.152
#> SRR603472      2  0.1474     0.8898 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR661529      3  0.4040     0.5772 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR607018      3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR627423      2  0.5586    -0.1330 0.000 0.528 0.020 0.452
#> SRR654921      4  0.5080     0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR1418968     1  0.2868     0.9283 0.864 0.000 0.000 0.136
#> SRR660871      3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330522     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499958     2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR614059      3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071403     1  0.1398     0.9266 0.956 0.004 0.000 0.040
#> SRR1486719     2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1440421     2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1310412     3  0.0188     0.9662 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR614767      2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR820709      1  0.1767     0.9265 0.944 0.012 0.000 0.044
#> SRR1471500     1  0.1489     0.9338 0.952 0.004 0.000 0.044
#> SRR658093      3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088168     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418707     2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1354291     2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR2165806     1  0.3494     0.9199 0.824 0.004 0.000 0.172
#> SRR1415684     4  0.5080     0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR1433860     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311062     2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1360359     1  0.1767     0.9247 0.944 0.012 0.000 0.044
#> SRR661385      3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615407      2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1413892     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443459     4  0.4436     0.7667 0.000 0.216 0.020 0.764
#> SRR1338942     1  0.1635     0.9252 0.948 0.008 0.000 0.044
#> SRR657480      3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399433     4  0.5080     0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR818537      2  0.4907     0.3192 0.000 0.580 0.420 0.000
#> SRR1101324     4  0.4617     0.8657 0.000 0.032 0.204 0.764
#> SRR807637      4  0.6522     0.7274 0.000 0.280 0.112 0.608
#> SRR1091918     1  0.3219     0.9218 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR598300      3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085426     1  0.3219     0.9218 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1376294     2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR813891      1  0.1938     0.9238 0.936 0.012 0.000 0.052
#> SRR1467431     4  0.4907     0.8275 0.000 0.176 0.060 0.764
#> SRR658742      4  0.4617     0.8657 0.000 0.032 0.204 0.764
#> SRR1419234     1  0.3400     0.9226 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1404813     2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR603496      3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407758     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR810945      2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR817234      2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1444852     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660378      3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467835     2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1338964     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079259     4  0.5080     0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR1072345     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR598725      3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447938     1  0.1305     0.9281 0.960 0.004 0.000 0.036
#> SRR1356397     1  0.3219     0.9218 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1360460     4  0.5080     0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR1429468     2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1446850     2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1320363     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413810     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR598831      2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1381865     1  0.0921     0.9308 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR660957      3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1491332     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099744     2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1464618     4  0.5110     0.8802 0.000 0.132 0.104 0.764
#> SRR1414559     4  0.4617     0.8657 0.000 0.032 0.204 0.764
#> SRR1337540     4  0.5080     0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR1444283     1  0.1356     0.9333 0.960 0.008 0.000 0.032
#> SRR2184942     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660295      1  0.3444     0.9210 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR601335      3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363742     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345847     4  0.5080     0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR614960      3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR819919      1  0.3311     0.9212 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR603330      2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1327951     1  0.3266     0.9214 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR1401885     1  0.1890     0.9241 0.936 0.008 0.000 0.056
#> SRR1345266     4  0.5594     0.3456 0.000 0.460 0.020 0.520
#> SRR1338055     2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1430157     2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1320137     2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1093483     1  0.1388     0.9341 0.960 0.012 0.000 0.028
#> SRR1341080     1  0.1743     0.9248 0.940 0.004 0.000 0.056
#> SRR1459913     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170490     1  0.3494     0.9199 0.824 0.004 0.000 0.172
#> SRR1479845     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436420     1  0.3356     0.9217 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR1481060     3  0.0592     0.9520 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR662282      3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487089     4  0.5080     0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR1075683     1  0.1767     0.9247 0.944 0.012 0.000 0.044
#> SRR1338536     1  0.1890     0.9241 0.936 0.008 0.000 0.056
#> SRR1338880     4  0.4436     0.7667 0.000 0.216 0.020 0.764
#> SRR1453456     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457895     1  0.3219     0.9218 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1440603     2  0.4543     0.5410 0.000 0.676 0.324 0.000
#> SRR658633      2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1388081     4  0.5080     0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR813339      3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809725      1  0.0921     0.9332 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR627441      2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR613603      3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096571     3  0.1474     0.9087 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR1392701     1  0.3311     0.9212 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR1344326     1  0.1661     0.9349 0.944 0.004 0.000 0.052
#> SRR1367693     2  0.2563     0.8503 0.000 0.908 0.020 0.072
#> SRR660697      4  0.4989     0.8434 0.000 0.164 0.072 0.764
#> SRR1489926     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811491      3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311644     4  0.4088     0.8346 0.000 0.004 0.232 0.764
#> SRR1451740     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615117      2  0.4072     0.6637 0.000 0.748 0.252 0.000
#> SRR1391748     4  0.5080     0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR1466556     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614972      3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406200     1  0.1545     0.9261 0.952 0.008 0.000 0.040
#> SRR819210      4  0.5080     0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR662174      1  0.1677     0.9337 0.948 0.012 0.000 0.040
#> SRR811988      1  0.0921     0.9308 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR663236      4  0.3942     0.8290 0.000 0.000 0.236 0.764
#> SRR1312598     2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1330129     2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1357781     2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1315517     2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1400032     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413722     1  0.0336     0.9334 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR612827      3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR814794      1  0.2081     0.9325 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR819430      1  0.0469     0.9327 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1395509     4  0.5080     0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR808728      3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070813     2  0.3806     0.7535 0.000 0.824 0.020 0.156
#> SRR1389133     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR601263      3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR604718      4  0.5080     0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR1481351     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334608     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658681      3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809283      4  0.5080     0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR1459300     1  0.3266     0.9214 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR1392547     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811049      3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464835     4  0.5080     0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR1339619     4  0.4576     0.7500 0.000 0.232 0.020 0.748
#> SRR658501      3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447523     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415048     1  0.0188     0.9332 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1355451     1  0.1767     0.9247 0.944 0.012 0.000 0.044
#> SRR1444348     4  0.5594     0.3456 0.000 0.460 0.020 0.520
#> SRR603890      2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR810595      3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446244     4  0.5594     0.3456 0.000 0.460 0.020 0.520
#> SRR817373      4  0.5080     0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR1457291     4  0.5080     0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR598220      4  0.4830     0.5744 0.000 0.000 0.392 0.608
#> SRR1477991     2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR598172      2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1349032     4  0.5465     0.5113 0.000 0.392 0.020 0.588
#> SRR604002      2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1378026     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404401     2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1333240     2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1089399     2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR603421      2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR812562      1  0.1398     0.9266 0.956 0.004 0.000 0.040
#> SRR808520      3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811839      1  0.3266     0.9214 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR814317      2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1436763     4  0.5080     0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR1486021     4  0.5080     0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR1465018     2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1080998     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083432     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082833     1  0.2647     0.9294 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR1465804     1  0.1767     0.9247 0.944 0.012 0.000 0.044
#> SRR1326536     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614011      2  0.5550    -0.0289 0.000 0.552 0.020 0.428
#> SRR1365873     2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1498789     2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR601581      4  0.5110     0.8802 0.000 0.132 0.104 0.764
#> SRR603566      3  0.3024     0.7885 0.000 0.148 0.852 0.000
#> SRR1373981     1  0.3266     0.9259 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR821410      2  0.3757     0.7587 0.000 0.828 0.020 0.152
#> SRR1076511     4  0.5080     0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR614143      3  0.0592     0.9509 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1333570     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366813     2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1388746     1  0.3219     0.9218 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1420558     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409510     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816250      2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR614131      4  0.5856     0.4825 0.000 0.408 0.036 0.556
#> SRR1331130     1  0.1890     0.9241 0.936 0.008 0.000 0.056
#> SRR1316015     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470798     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614179      3  0.4164     0.6042 0.000 0.264 0.736 0.000
#> SRR1474863     2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR813560      2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1312187     4  0.5080     0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR1420960     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355102     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084577     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659971      2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1350855     4  0.5080     0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR820779      3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476300     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090907     4  0.5080     0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR662294      2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1480789     3  0.4761     0.3631 0.000 0.372 0.628 0.000
#> SRR1336263     4  0.5080     0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR660776      1  0.3444     0.9210 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1090508     2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR615563      4  0.5080     0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR1101175     1  0.3219     0.9218 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR2164650     3  0.1474     0.9087 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR1431205     2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1339856     4  0.5050     0.8579 0.000 0.152 0.084 0.764
#> SRR1352147     4  0.4436     0.7667 0.000 0.216 0.020 0.764
#> SRR808968      1  0.3219     0.9218 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR627419      2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1402391     1  0.2918     0.9315 0.876 0.008 0.000 0.116
#> SRR663609      3  0.1389     0.9136 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR2167857     2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1398752     1  0.1488     0.9341 0.956 0.012 0.000 0.032
#> SRR1469169     1  0.3400     0.9212 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1405437     2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1416955     1  0.1767     0.9247 0.944 0.012 0.000 0.044
#> SRR1317064     4  0.5080     0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR659001      4  0.5080     0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR2170696     4  0.4562     0.8617 0.000 0.028 0.208 0.764
#> SRR816589      3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087487     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329485     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816920      4  0.4617     0.8657 0.000 0.032 0.204 0.764
#> SRR1341432     1  0.3400     0.9212 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1361590     4  0.5080     0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR817046      3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471331     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660788      4  0.3942     0.8290 0.000 0.000 0.236 0.764
#> SRR819234      1  0.1398     0.9266 0.956 0.004 0.000 0.040
#> SRR810853      3  0.4855     0.2848 0.000 0.400 0.600 0.000
#> SRR809427      4  0.5080     0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR2170217     4  0.5080     0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR1386967     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420344     2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1334535     1  0.1824     0.9261 0.936 0.004 0.000 0.060
#> SRR614503      4  0.4964     0.8383 0.000 0.168 0.068 0.764
#> SRR602564      4  0.5080     0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR1420669     4  0.4562     0.8617 0.000 0.028 0.208 0.764
#> SRR819024      3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR656223      3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608428      2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1345647     1  0.1890     0.9241 0.936 0.008 0.000 0.056
#> SRR1389324     2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1361368     4  0.4964     0.8383 0.000 0.168 0.068 0.764
#> SRR1322619     2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1349276     4  0.5080     0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR1404024     1  0.1890     0.9241 0.936 0.008 0.000 0.056
#> SRR1370637     2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1452631     4  0.5080     0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR608392      3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357757     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1074646     4  0.5080     0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR1367499     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343501     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394406     4  0.5066     0.9153 0.000 0.088 0.148 0.764
#> SRR1381435     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467407     1  0.3219     0.9218 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1092422     2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1380270     3  0.4898     0.2358 0.000 0.416 0.584 0.000
#> SRR1091817     2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1440137     2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR614311      4  0.4989     0.8434 0.000 0.164 0.072 0.764
#> SRR1407516     4  0.5080     0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR815494      3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333209     4  0.5080     0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR615177      4  0.4669     0.8694 0.000 0.036 0.200 0.764
#> SRR1099648     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659720      3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2185057     1  0.2060     0.9331 0.932 0.016 0.000 0.052
#> SRR1467125     1  0.1798     0.9250 0.944 0.016 0.000 0.040
#> SRR657468      4  0.4989     0.9019 0.000 0.072 0.164 0.764
#> SRR660042      3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170864     2  0.3160     0.8155 0.000 0.872 0.020 0.108
#> SRR1440491     4  0.5080     0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR1440852     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811169      1  0.2868     0.9283 0.864 0.000 0.000 0.136
#> SRR1331311     4  0.5080     0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR818009      1  0.3583     0.9225 0.816 0.004 0.000 0.180
#> SRR1351836     2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1498313     2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1441975     2  0.0895     0.9240 0.000 0.976 0.020 0.004
#> SRR819096      1  0.1975     0.9241 0.936 0.016 0.000 0.048
#> SRR1073679     4  0.4088     0.8346 0.000 0.004 0.232 0.764
#> SRR1489116     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354138     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490589     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1412987     4  0.5080     0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR602034      3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353437     1  0.0817     0.9313 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1072871     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661577      4  0.5080     0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR612190      4  0.5080     0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR1399880     1  0.1975     0.9241 0.936 0.016 0.000 0.048
#> SRR1101787     4  0.5080     0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR657869      1  0.3311     0.9212 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR1446332     1  0.3219     0.9218 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR816039      1  0.1004     0.9328 0.972 0.004 0.000 0.024
#> SRR1485141     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476697     1  0.2081     0.9344 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1379538     4  0.4989     0.8434 0.000 0.164 0.072 0.764
#> SRR1331422     1  0.3266     0.9214 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR660859      4  0.4564     0.6977 0.000 0.000 0.328 0.672
#> SRR1097594     1  0.3311     0.9231 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR1311419     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336706     3  0.1474     0.9087 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR1472976     4  0.5080     0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR1321307     1  0.3311     0.9212 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR807493      1  0.3444     0.9210 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR812461      3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477149     2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1457397     2  0.3726     0.7138 0.000 0.788 0.212 0.000
#> SRR661913      3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069024     2  0.4916     0.3083 0.000 0.576 0.424 0.000
#> SRR2165634     1  0.3494     0.9199 0.824 0.004 0.000 0.172
#> SRR1478722     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328642     2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1488261     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318815     4  0.5080     0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR816945      1  0.3444     0.9210 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1367432     4  0.5080     0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR1359280     2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1313910     4  0.5604     0.2971 0.000 0.476 0.020 0.504
#> SRR1457315     4  0.3942     0.8290 0.000 0.000 0.236 0.764
#> SRR815398      1  0.3311     0.9212 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR656958      3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR600688      4  0.5080     0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR1098952     1  0.1545     0.9336 0.952 0.008 0.000 0.040
#> SRR1314916     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614167      3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348114     4  0.5594     0.3456 0.000 0.460 0.020 0.520
#> SRR658033      4  0.5289     0.5911 0.000 0.344 0.020 0.636
#> SRR1077503     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661854      3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811379      4  0.5080     0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR1318857     2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR656445      3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433044     2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1486391     1  0.3172     0.9229 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR656071      3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1364824     1  0.1767     0.9247 0.944 0.012 0.000 0.044
#> SRR1379133     1  0.1398     0.9266 0.956 0.004 0.000 0.040
#> SRR1394169     1  0.2589     0.9314 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR816745      3  0.4855     0.2848 0.000 0.400 0.600 0.000
#> SRR601038      3  0.4746     0.3736 0.000 0.368 0.632 0.000
#> SRR1360080     1  0.3402     0.9255 0.832 0.004 0.000 0.164
#> SRR814868      3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485997     1  0.1890     0.9241 0.936 0.008 0.000 0.056
#> SRR1435560     4  0.5080     0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR1333330     1  0.1489     0.9273 0.952 0.004 0.000 0.044
#> SRR663513      4  0.3942     0.8290 0.000 0.000 0.236 0.764
#> SRR1328407     2  0.4994     0.1315 0.000 0.520 0.480 0.000
#> SRR602784      3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348468     4  0.5080     0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR663717      4  0.5400     0.5515 0.000 0.372 0.020 0.608
#> SRR602217      2  0.3962     0.7538 0.000 0.820 0.028 0.152
#> SRR603140      3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340804     1  0.1767     0.9247 0.944 0.012 0.000 0.044
#> SRR1457574     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333462     2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1094601     1  0.1635     0.9252 0.948 0.008 0.000 0.044
#> SRR1434610     4  0.4277     0.7735 0.000 0.000 0.280 0.720
#> SRR1435833     4  0.5080     0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR1398728     2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1358343     4  0.6522     0.7274 0.000 0.280 0.112 0.608
#> SRR1410890     2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1350371     1  0.3668     0.9216 0.808 0.004 0.000 0.188
#> SRR1392478     2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1099260     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433576     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345541     3  0.0921     0.9394 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1086328     1  0.3266     0.9214 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR810391      3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476207     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR627435      3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489862     1  0.1557     0.9278 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1419086     1  0.3400     0.9212 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1436539     1  0.1890     0.9241 0.936 0.008 0.000 0.056
#> SRR1396191     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490115     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377714     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR819394      1  0.1767     0.9247 0.944 0.012 0.000 0.044
#> SRR663161      4  0.5080     0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR607042      3  0.2216     0.8573 0.000 0.092 0.908 0.000
#> SRR656203      4  0.5080     0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR660602      3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440397     1  0.3266     0.9214 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR1369264     1  0.2469     0.9343 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR809233      1  0.3219     0.9218 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR663249      2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR661242      4  0.5080     0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR1332007     2  0.4916     0.3083 0.000 0.576 0.424 0.000
#> SRR809619      4  0.5080     0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR819975      1  0.1118     0.9300 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR599281      2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR662366      3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317898     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382485     4  0.5080     0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR2166420     1  0.2060     0.9233 0.932 0.016 0.000 0.052
#> SRR1419429     1  0.3311     0.9212 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR1092541     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR817444      3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320403     2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1101483     2  0.4284     0.6508 0.000 0.780 0.020 0.200
#> SRR1331684     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400054     4  0.3942     0.8290 0.000 0.000 0.236 0.764
#> SRR1406088     4  0.5152     0.6389 0.000 0.316 0.020 0.664
#> SRR820733      4  0.4284     0.8446 0.000 0.012 0.224 0.764
#> SRR1314113     4  0.3942     0.8290 0.000 0.000 0.236 0.764
#> SRR1382615     3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480745     1  0.0817     0.9342 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1468850     2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR656782      3  0.0000     0.9703 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR821364      1  0.3219     0.9218 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1101106     1  0.1022     0.9340 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR659295      2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1357103     2  0.4916     0.3083 0.000 0.576 0.424 0.000
#> SRR809185      4  0.5080     0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR811583      4  0.5080     0.9184 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR1468050     1  0.1890     0.9241 0.936 0.008 0.000 0.056
#> SRR1440224     2  0.0707     0.9274 0.000 0.980 0.020 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR1500170     2  0.0162     0.7641 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1402368     3  0.0703     0.8531 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR607743      3  0.3543     0.7463 0.000 0.000 0.828 0.060 0.112
#> SRR1457375     2  0.2674     0.6514 0.000 0.856 0.004 0.140 0.000
#> SRR1470923     1  0.3551     0.8674 0.820 0.000 0.000 0.044 0.136
#> SRR817954      1  0.2690     0.8786 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR809259      1  0.2230     0.8936 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1439785     3  0.0290     0.8619 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR814768      1  0.2610     0.8885 0.892 0.004 0.000 0.028 0.076
#> SRR1102031     2  0.4438     0.2462 0.000 0.608 0.004 0.384 0.004
#> SRR1363611     4  0.2437     0.9113 0.000 0.060 0.032 0.904 0.004
#> SRR1468447     2  0.3814     0.6105 0.000 0.720 0.004 0.000 0.276
#> SRR1071931     4  0.2576     0.9131 0.000 0.056 0.036 0.900 0.008
#> SRR810981      1  0.2648     0.8793 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR615299      2  0.3814     0.6105 0.000 0.720 0.004 0.000 0.276
#> SRR663585      3  0.0000     0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326773     4  0.7317    -0.0561 0.000 0.040 0.376 0.396 0.188
#> SRR1351166     2  0.3048     0.6160 0.000 0.820 0.004 0.176 0.000
#> SRR1477452     1  0.1991     0.8905 0.916 0.004 0.000 0.004 0.076
#> SRR1084720     3  0.0000     0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420320     4  0.2291     0.9131 0.000 0.056 0.036 0.908 0.000
#> SRR1081712     2  0.0451     0.7640 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1318241     3  0.2377     0.7970 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR1333718     3  0.3561     0.6154 0.000 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR1313514     2  0.3814     0.6105 0.000 0.720 0.004 0.000 0.276
#> SRR1477861     5  0.6049     0.6970 0.000 0.272 0.164 0.000 0.564
#> SRR1318005     2  0.3814     0.6105 0.000 0.720 0.004 0.000 0.276
#> SRR1354665     2  0.0324     0.7642 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR657707      3  0.2377     0.7970 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR1370742     3  0.0000     0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1412947     2  0.4270     0.3932 0.000 0.656 0.004 0.336 0.004
#> SRR661553      4  0.2701     0.9110 0.000 0.048 0.044 0.896 0.012
#> SRR1328869     1  0.2260     0.8902 0.908 0.000 0.000 0.028 0.064
#> SRR662211      2  0.0324     0.7646 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1348181     3  0.0000     0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416560     3  0.0000     0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319772     3  0.1544     0.8298 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1091452     4  0.2589     0.9117 0.000 0.048 0.044 0.900 0.008
#> SRR1338812     1  0.3767     0.8656 0.812 0.000 0.000 0.068 0.120
#> SRR1392072     2  0.3814     0.6105 0.000 0.720 0.004 0.000 0.276
#> SRR814844      4  0.2291     0.9131 0.000 0.056 0.036 0.908 0.000
#> SRR1376619     3  0.0000     0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603690      4  0.2584     0.9129 0.000 0.052 0.040 0.900 0.008
#> SRR2184980     2  0.0162     0.7641 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR613963      4  0.2589     0.9088 0.000 0.044 0.048 0.900 0.008
#> SRR1323422     1  0.2629     0.8763 0.860 0.000 0.000 0.004 0.136
#> SRR1397673     3  0.0000     0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434650     5  0.5097     0.5350 0.000 0.320 0.056 0.000 0.624
#> SRR659875      3  0.4339     0.4930 0.000 0.012 0.652 0.000 0.336
#> SRR1465734     3  0.2329     0.7998 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR1076847     2  0.3814     0.6105 0.000 0.720 0.004 0.000 0.276
#> SRR1415072     1  0.3521     0.8681 0.820 0.000 0.000 0.040 0.140
#> SRR659319      3  0.3561     0.6154 0.000 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR663088      4  0.2993     0.9055 0.000 0.048 0.044 0.884 0.024
#> SRR1352021     1  0.2753     0.8745 0.856 0.000 0.000 0.008 0.136
#> SRR1325527     1  0.2561     0.8809 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR1105369     1  0.2773     0.8780 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR659935      4  0.2291     0.9131 0.000 0.056 0.036 0.908 0.000
#> SRR1352530     3  0.0000     0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662594      3  0.2377     0.7970 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR1095309     1  0.2891     0.8751 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR615647      3  0.0000     0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813019      3  0.5951     0.0377 0.000 0.116 0.520 0.000 0.364
#> SRR1374647     2  0.5967     0.2517 0.000 0.608 0.004 0.184 0.204
#> SRR603472      5  0.4735     0.1420 0.000 0.460 0.016 0.000 0.524
#> SRR661529      3  0.5142     0.1859 0.000 0.000 0.564 0.392 0.044
#> SRR607018      3  0.3932     0.5361 0.000 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR627423      2  0.4218     0.3847 0.000 0.668 0.004 0.324 0.004
#> SRR654921      4  0.2291     0.9131 0.000 0.056 0.036 0.908 0.000
#> SRR1418968     1  0.2574     0.8894 0.876 0.000 0.000 0.012 0.112
#> SRR660871      3  0.0000     0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330522     3  0.0000     0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499958     2  0.0451     0.7639 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR614059      3  0.0703     0.8531 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1071403     1  0.2873     0.8765 0.860 0.000 0.000 0.020 0.120
#> SRR1486719     2  0.0162     0.7641 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1440421     2  0.3814     0.6105 0.000 0.720 0.004 0.000 0.276
#> SRR1310412     3  0.5251     0.5278 0.000 0.000 0.680 0.184 0.136
#> SRR614767      2  0.0324     0.7646 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR820709      1  0.3110     0.8800 0.856 0.004 0.000 0.028 0.112
#> SRR1471500     1  0.1469     0.8948 0.948 0.000 0.000 0.016 0.036
#> SRR658093      3  0.1965     0.8050 0.000 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1088168     3  0.0000     0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418707     2  0.0162     0.7641 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1354291     2  0.3814     0.6105 0.000 0.720 0.004 0.000 0.276
#> SRR2165806     1  0.3304     0.8747 0.816 0.000 0.000 0.016 0.168
#> SRR1415684     4  0.2464     0.9117 0.000 0.048 0.044 0.904 0.004
#> SRR1433860     3  0.0000     0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311062     2  0.0162     0.7641 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1360359     1  0.3705     0.8661 0.816 0.000 0.000 0.064 0.120
#> SRR661385      3  0.0000     0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615407      2  0.0324     0.7646 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1413892     3  0.1341     0.8353 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1443459     4  0.4321     0.4746 0.000 0.396 0.004 0.600 0.000
#> SRR1338942     1  0.3688     0.8668 0.816 0.000 0.000 0.060 0.124
#> SRR657480      3  0.3796     0.6033 0.000 0.000 0.700 0.000 0.300
#> SRR1399433     4  0.2464     0.9117 0.000 0.048 0.044 0.904 0.004
#> SRR818537      5  0.6150     0.7269 0.000 0.236 0.204 0.000 0.560
#> SRR1101324     4  0.3436     0.8564 0.000 0.012 0.080 0.852 0.056
#> SRR807637      4  0.4492     0.6551 0.000 0.296 0.020 0.680 0.004
#> SRR1091918     1  0.2605     0.8801 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR598300      3  0.2536     0.7939 0.000 0.000 0.868 0.004 0.128
#> SRR1085426     1  0.2813     0.8766 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1376294     2  0.0451     0.7639 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR813891      1  0.3714     0.8653 0.812 0.000 0.000 0.056 0.132
#> SRR1467431     4  0.4346     0.6429 0.000 0.304 0.012 0.680 0.004
#> SRR658742      4  0.3071     0.8666 0.000 0.012 0.080 0.872 0.036
#> SRR1419234     1  0.2852     0.8790 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR1404813     2  0.0451     0.7639 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR603496      3  0.4088     0.4873 0.000 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR1407758     3  0.0000     0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810945      2  0.0162     0.7641 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR817234      2  0.3814     0.6105 0.000 0.720 0.004 0.000 0.276
#> SRR1444852     3  0.0000     0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660378      3  0.0000     0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467835     2  0.0771     0.7588 0.000 0.976 0.004 0.020 0.000
#> SRR1338964     3  0.2280     0.8028 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR1079259     4  0.5632     0.7627 0.000 0.180 0.032 0.688 0.100
#> SRR1072345     3  0.2377     0.7970 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR598725      3  0.0000     0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447938     1  0.3090     0.8810 0.856 0.000 0.000 0.040 0.104
#> SRR1356397     1  0.2561     0.8799 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR1360460     4  0.2291     0.9131 0.000 0.056 0.036 0.908 0.000
#> SRR1429468     2  0.0162     0.7641 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1446850     2  0.0162     0.7641 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1320363     3  0.0000     0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413810     3  0.0000     0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598831      2  0.0566     0.7626 0.000 0.984 0.004 0.012 0.000
#> SRR1381865     1  0.2351     0.8875 0.896 0.000 0.000 0.016 0.088
#> SRR660957      3  0.0000     0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1491332     3  0.3561     0.6154 0.000 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR1099744     2  0.0162     0.7641 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1464618     4  0.3438     0.8255 0.000 0.172 0.020 0.808 0.000
#> SRR1414559     4  0.3149     0.8646 0.000 0.012 0.080 0.868 0.040
#> SRR1337540     4  0.3035     0.8805 0.000 0.112 0.032 0.856 0.000
#> SRR1444283     1  0.1365     0.8937 0.952 0.004 0.000 0.004 0.040
#> SRR2184942     3  0.1197     0.8387 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR660295      1  0.3391     0.8744 0.800 0.000 0.000 0.012 0.188
#> SRR601335      3  0.0000     0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1363742     3  0.0000     0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345847     4  0.2437     0.9113 0.000 0.060 0.032 0.904 0.004
#> SRR614960      3  0.0703     0.8531 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR819919      1  0.3280     0.8739 0.812 0.000 0.000 0.012 0.176
#> SRR603330      2  0.3861     0.5996 0.000 0.712 0.004 0.000 0.284
#> SRR1327951     1  0.2773     0.8777 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR1401885     1  0.3647     0.8661 0.816 0.000 0.000 0.052 0.132
#> SRR1345266     2  0.3969     0.4464 0.000 0.692 0.004 0.304 0.000
#> SRR1338055     2  0.3861     0.5996 0.000 0.712 0.004 0.000 0.284
#> SRR1430157     2  0.0865     0.7564 0.000 0.972 0.004 0.024 0.000
#> SRR1320137     2  0.0162     0.7641 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1093483     1  0.1278     0.8944 0.960 0.004 0.000 0.016 0.020
#> SRR1341080     1  0.3355     0.8728 0.832 0.000 0.000 0.036 0.132
#> SRR1459913     3  0.0000     0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2170490     1  0.3304     0.8747 0.816 0.000 0.000 0.016 0.168
#> SRR1479845     3  0.0000     0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436420     1  0.2773     0.8798 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR1481060     3  0.3586     0.6115 0.000 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR662282      3  0.0000     0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487089     4  0.2589     0.9112 0.000 0.048 0.044 0.900 0.008
#> SRR1075683     1  0.3767     0.8656 0.812 0.000 0.000 0.068 0.120
#> SRR1338536     1  0.3551     0.8674 0.820 0.000 0.000 0.044 0.136
#> SRR1338880     4  0.4375     0.5404 0.000 0.364 0.004 0.628 0.004
#> SRR1453456     3  0.0000     0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457895     1  0.2605     0.8813 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR1440603     5  0.5620     0.6491 0.000 0.272 0.116 0.000 0.612
#> SRR658633      2  0.0324     0.7646 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1388081     4  0.2576     0.9131 0.000 0.056 0.036 0.900 0.008
#> SRR813339      3  0.0000     0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809725      1  0.1597     0.8946 0.940 0.000 0.000 0.012 0.048
#> SRR627441      2  0.3814     0.6105 0.000 0.720 0.004 0.000 0.276
#> SRR613603      3  0.2377     0.7970 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR1096571     3  0.4306     0.5056 0.000 0.012 0.660 0.000 0.328
#> SRR1392701     1  0.3399     0.8745 0.812 0.004 0.000 0.012 0.172
#> SRR1344326     1  0.1544     0.8960 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1367693     2  0.1571     0.7296 0.000 0.936 0.004 0.060 0.000
#> SRR660697      4  0.3538     0.8199 0.000 0.176 0.016 0.804 0.004
#> SRR1489926     3  0.4088     0.4873 0.000 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR811491      3  0.0000     0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311644     4  0.3215     0.8405 0.000 0.000 0.092 0.852 0.056
#> SRR1451740     3  0.0000     0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615117      5  0.5525     0.6223 0.000 0.288 0.100 0.000 0.612
#> SRR1391748     4  0.2291     0.9131 0.000 0.056 0.036 0.908 0.000
#> SRR1466556     3  0.0000     0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614972      3  0.0000     0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406200     1  0.3688     0.8668 0.816 0.000 0.000 0.060 0.124
#> SRR819210      4  0.2589     0.9112 0.000 0.048 0.044 0.900 0.008
#> SRR662174      1  0.1885     0.8934 0.932 0.004 0.000 0.020 0.044
#> SRR811988      1  0.2270     0.8910 0.904 0.000 0.000 0.020 0.076
#> SRR663236      4  0.3003     0.8491 0.000 0.000 0.092 0.864 0.044
#> SRR1312598     2  0.0162     0.7641 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1330129     2  0.3814     0.6105 0.000 0.720 0.004 0.000 0.276
#> SRR1357781     2  0.3814     0.6105 0.000 0.720 0.004 0.000 0.276
#> SRR1315517     2  0.3814     0.6105 0.000 0.720 0.004 0.000 0.276
#> SRR1400032     3  0.0000     0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413722     1  0.2139     0.8921 0.916 0.000 0.000 0.032 0.052
#> SRR612827      3  0.0000     0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814794      1  0.1638     0.8949 0.932 0.000 0.000 0.004 0.064
#> SRR819430      1  0.2046     0.8907 0.916 0.000 0.000 0.016 0.068
#> SRR1395509     4  0.2278     0.9111 0.000 0.060 0.032 0.908 0.000
#> SRR808728      3  0.3932     0.5361 0.000 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR1070813     2  0.2338     0.6833 0.000 0.884 0.004 0.112 0.000
#> SRR1389133     3  0.2536     0.7939 0.000 0.000 0.868 0.004 0.128
#> SRR601263      3  0.2377     0.7970 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR604718      4  0.2278     0.9111 0.000 0.060 0.032 0.908 0.000
#> SRR1481351     3  0.4030     0.5059 0.000 0.000 0.648 0.000 0.352
#> SRR1334608     3  0.1478     0.8298 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR658681      3  0.3586     0.6116 0.000 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR809283      4  0.2584     0.9125 0.000 0.052 0.040 0.900 0.008
#> SRR1459300     1  0.2929     0.8766 0.820 0.000 0.000 0.000 0.180
#> SRR1392547     3  0.3966     0.5216 0.000 0.000 0.664 0.000 0.336
#> SRR811049      3  0.4637     0.6396 0.000 0.000 0.744 0.128 0.128
#> SRR1464835     4  0.2291     0.9131 0.000 0.056 0.036 0.908 0.000
#> SRR1339619     4  0.4449     0.2159 0.000 0.484 0.004 0.512 0.000
#> SRR658501      3  0.0000     0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447523     3  0.0703     0.8531 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1415048     1  0.1626     0.8931 0.940 0.000 0.000 0.016 0.044
#> SRR1355451     1  0.3767     0.8656 0.812 0.000 0.000 0.068 0.120
#> SRR1444348     2  0.4375     0.2831 0.000 0.628 0.004 0.364 0.004
#> SRR603890      2  0.3814     0.6105 0.000 0.720 0.004 0.000 0.276
#> SRR810595      3  0.0000     0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446244     2  0.4238     0.2814 0.000 0.628 0.004 0.368 0.000
#> SRR817373      4  0.2584     0.9129 0.000 0.052 0.040 0.900 0.008
#> SRR1457291     4  0.3142     0.8832 0.000 0.108 0.032 0.856 0.004
#> SRR598220      4  0.4413     0.6433 0.000 0.000 0.232 0.724 0.044
#> SRR1477991     2  0.0324     0.7646 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR598172      2  0.3814     0.6105 0.000 0.720 0.004 0.000 0.276
#> SRR1349032     2  0.4434    -0.0619 0.000 0.536 0.004 0.460 0.000
#> SRR604002      2  0.3884     0.5933 0.000 0.708 0.004 0.000 0.288
#> SRR1378026     3  0.0510     0.8597 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1404401     2  0.3814     0.6105 0.000 0.720 0.004 0.000 0.276
#> SRR1333240     5  0.4397     0.2073 0.000 0.432 0.004 0.000 0.564
#> SRR1089399     2  0.0162     0.7641 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR603421      2  0.3814     0.6105 0.000 0.720 0.004 0.000 0.276
#> SRR812562      1  0.3459     0.8708 0.832 0.000 0.000 0.052 0.116
#> SRR808520      3  0.3966     0.5216 0.000 0.000 0.664 0.000 0.336
#> SRR811839      1  0.2891     0.8753 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR814317      2  0.0162     0.7641 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1436763     4  0.2576     0.9129 0.000 0.056 0.036 0.900 0.008
#> SRR1486021     4  0.3733     0.8361 0.000 0.160 0.032 0.804 0.004
#> SRR1465018     2  0.3814     0.6105 0.000 0.720 0.004 0.000 0.276
#> SRR1080998     3  0.2605     0.7849 0.000 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1083432     3  0.0000     0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082833     1  0.2074     0.8907 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1465804     1  0.3767     0.8656 0.812 0.000 0.000 0.068 0.120
#> SRR1326536     3  0.0000     0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614011      2  0.3086     0.6062 0.000 0.816 0.004 0.180 0.000
#> SRR1365873     2  0.0324     0.7631 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1498789     2  0.0162     0.7641 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR601581      4  0.3438     0.8255 0.000 0.172 0.020 0.808 0.000
#> SRR603566      3  0.4836     0.4245 0.000 0.036 0.628 0.000 0.336
#> SRR1373981     1  0.2516     0.8841 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR821410      2  0.2629     0.6559 0.000 0.860 0.004 0.136 0.000
#> SRR1076511     4  0.3081     0.9035 0.000 0.048 0.044 0.880 0.028
#> SRR614143      3  0.4415     0.4433 0.000 0.008 0.604 0.000 0.388
#> SRR1333570     3  0.0000     0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366813     2  0.0566     0.7626 0.000 0.984 0.004 0.012 0.000
#> SRR1388746     1  0.2719     0.8808 0.852 0.000 0.000 0.004 0.144
#> SRR1420558     3  0.1502     0.8306 0.000 0.000 0.940 0.004 0.056
#> SRR1409510     3  0.0000     0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816250      2  0.0451     0.7639 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR614131      2  0.4675    -0.0327 0.000 0.544 0.008 0.444 0.004
#> SRR1331130     1  0.3578     0.8666 0.820 0.000 0.000 0.048 0.132
#> SRR1316015     3  0.0000     0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470798     3  0.0000     0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614179      5  0.5761     0.4211 0.000 0.088 0.420 0.000 0.492
#> SRR1474863     2  0.0324     0.7646 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR813560      2  0.0162     0.7641 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1312187     4  0.2278     0.9111 0.000 0.060 0.032 0.908 0.000
#> SRR1420960     3  0.0000     0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355102     3  0.0000     0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084577     3  0.0000     0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659971      2  0.0162     0.7641 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1350855     4  0.2278     0.9111 0.000 0.060 0.032 0.908 0.000
#> SRR820779      3  0.0000     0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476300     3  0.0000     0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090907     4  0.2451     0.9131 0.000 0.056 0.036 0.904 0.004
#> SRR662294      2  0.3814     0.6105 0.000 0.720 0.004 0.000 0.276
#> SRR1480789     5  0.6074     0.5791 0.000 0.128 0.372 0.000 0.500
#> SRR1336263     4  0.2291     0.9131 0.000 0.056 0.036 0.908 0.000
#> SRR660776      1  0.3318     0.8764 0.808 0.000 0.000 0.012 0.180
#> SRR1090508     2  0.3814     0.6105 0.000 0.720 0.004 0.000 0.276
#> SRR615563      4  0.2291     0.9131 0.000 0.056 0.036 0.908 0.000
#> SRR1101175     1  0.2852     0.8778 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR2164650     3  0.4339     0.4930 0.000 0.012 0.652 0.000 0.336
#> SRR1431205     2  0.2286     0.7137 0.000 0.888 0.004 0.000 0.108
#> SRR1339856     4  0.3236     0.8443 0.000 0.152 0.020 0.828 0.000
#> SRR1352147     4  0.4362     0.5475 0.000 0.360 0.004 0.632 0.004
#> SRR808968      1  0.2732     0.8779 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR627419      2  0.3814     0.6105 0.000 0.720 0.004 0.000 0.276
#> SRR1402391     1  0.2284     0.8934 0.896 0.004 0.000 0.004 0.096
#> SRR663609      3  0.4235     0.5031 0.000 0.008 0.656 0.000 0.336
#> SRR2167857     2  0.3861     0.5996 0.000 0.712 0.004 0.000 0.284
#> SRR1398752     1  0.1564     0.8946 0.948 0.004 0.000 0.024 0.024
#> SRR1469169     1  0.2813     0.8802 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1405437     2  0.0451     0.7639 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1416955     1  0.3767     0.8656 0.812 0.000 0.000 0.068 0.120
#> SRR1317064     4  0.2437     0.9113 0.000 0.060 0.032 0.904 0.004
#> SRR659001      4  0.2451     0.9131 0.000 0.056 0.036 0.904 0.004
#> SRR2170696     4  0.3096     0.8601 0.000 0.008 0.084 0.868 0.040
#> SRR816589      3  0.0000     0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087487     3  0.0000     0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329485     3  0.0000     0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816920      4  0.3224     0.8629 0.000 0.012 0.080 0.864 0.044
#> SRR1341432     1  0.2648     0.8811 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR1361590     4  0.2451     0.9131 0.000 0.056 0.036 0.904 0.004
#> SRR817046      3  0.1270     0.8402 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1471331     3  0.0000     0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660788      4  0.3215     0.8405 0.000 0.000 0.092 0.852 0.056
#> SRR819234      1  0.2873     0.8765 0.860 0.000 0.000 0.020 0.120
#> SRR810853      5  0.6149     0.6072 0.000 0.140 0.360 0.000 0.500
#> SRR809427      4  0.2278     0.9111 0.000 0.060 0.032 0.908 0.000
#> SRR2170217     4  0.2589     0.9112 0.000 0.048 0.044 0.900 0.008
#> SRR1386967     3  0.0000     0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420344     2  0.0771     0.7588 0.000 0.976 0.004 0.020 0.000
#> SRR1334535     1  0.2969     0.8803 0.852 0.000 0.000 0.020 0.128
#> SRR614503      4  0.3815     0.7700 0.000 0.220 0.012 0.764 0.004
#> SRR602564      4  0.2901     0.9081 0.000 0.048 0.044 0.888 0.020
#> SRR1420669     4  0.2952     0.8573 0.000 0.004 0.088 0.872 0.036
#> SRR819024      3  0.0000     0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656223      3  0.2280     0.7837 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR608428      2  0.0324     0.7646 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1345647     1  0.3551     0.8674 0.820 0.000 0.000 0.044 0.136
#> SRR1389324     2  0.3814     0.6105 0.000 0.720 0.004 0.000 0.276
#> SRR1361368     4  0.4346     0.6429 0.000 0.304 0.012 0.680 0.004
#> SRR1322619     2  0.0451     0.7639 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1349276     4  0.2291     0.9131 0.000 0.056 0.036 0.908 0.000
#> SRR1404024     1  0.3669     0.8656 0.816 0.000 0.000 0.056 0.128
#> SRR1370637     2  0.0566     0.7626 0.000 0.984 0.004 0.012 0.000
#> SRR1452631     4  0.3035     0.8805 0.000 0.112 0.032 0.856 0.000
#> SRR608392      3  0.3966     0.5216 0.000 0.000 0.664 0.000 0.336
#> SRR1357757     3  0.2424     0.7955 0.000 0.000 0.868 0.000 0.132
#> SRR1074646     4  0.2589     0.9112 0.000 0.048 0.044 0.900 0.008
#> SRR1367499     3  0.0000     0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343501     3  0.3949     0.5290 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1394406     4  0.4599     0.8367 0.000 0.048 0.044 0.780 0.128
#> SRR1381435     3  0.0000     0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467407     1  0.2690     0.8791 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR1092422     2  0.4375     0.2834 0.000 0.576 0.004 0.000 0.420
#> SRR1380270     5  0.6154     0.6266 0.000 0.144 0.348 0.000 0.508
#> SRR1091817     2  0.0324     0.7646 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1440137     2  0.0566     0.7626 0.000 0.984 0.004 0.012 0.000
#> SRR614311      4  0.3663     0.7861 0.000 0.208 0.016 0.776 0.000
#> SRR1407516     4  0.2576     0.9131 0.000 0.056 0.036 0.900 0.008
#> SRR815494      3  0.0000     0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333209     4  0.2278     0.9111 0.000 0.060 0.032 0.908 0.000
#> SRR615177      4  0.3071     0.8666 0.000 0.012 0.080 0.872 0.036
#> SRR1099648     3  0.3586     0.6115 0.000 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR659720      3  0.4161     0.4606 0.000 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR2185057     1  0.2451     0.8926 0.904 0.004 0.000 0.036 0.056
#> SRR1467125     1  0.3924     0.8664 0.808 0.004 0.000 0.068 0.120
#> SRR657468      4  0.3606     0.8845 0.000 0.040 0.052 0.852 0.056
#> SRR660042      3  0.0703     0.8531 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR2170864     2  0.1952     0.7091 0.000 0.912 0.004 0.084 0.000
#> SRR1440491     4  0.2589     0.9117 0.000 0.048 0.044 0.900 0.008
#> SRR1440852     3  0.0000     0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811169      1  0.2470     0.8893 0.884 0.000 0.000 0.012 0.104
#> SRR1331311     4  0.2278     0.9111 0.000 0.060 0.032 0.908 0.000
#> SRR818009      1  0.2964     0.8846 0.840 0.004 0.000 0.004 0.152
#> SRR1351836     2  0.0162     0.7641 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1498313     2  0.3861     0.5996 0.000 0.712 0.004 0.000 0.284
#> SRR1441975     2  0.0451     0.7640 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR819096      1  0.3714     0.8653 0.812 0.000 0.000 0.056 0.132
#> SRR1073679     4  0.2927     0.8515 0.000 0.000 0.092 0.868 0.040
#> SRR1489116     3  0.3966     0.5216 0.000 0.000 0.664 0.000 0.336
#> SRR1354138     3  0.0000     0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490589     3  0.0703     0.8531 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1412987     4  0.2291     0.9131 0.000 0.056 0.036 0.908 0.000
#> SRR602034      3  0.0000     0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353437     1  0.2110     0.8902 0.912 0.000 0.000 0.016 0.072
#> SRR1072871     3  0.4138     0.4708 0.000 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR661577      4  0.2589     0.9112 0.000 0.048 0.044 0.900 0.008
#> SRR612190      4  0.2701     0.9110 0.000 0.048 0.044 0.896 0.012
#> SRR1399880     1  0.3891     0.8659 0.808 0.004 0.000 0.060 0.128
#> SRR1101787     4  0.2278     0.9111 0.000 0.060 0.032 0.908 0.000
#> SRR657869      1  0.3399     0.8745 0.812 0.004 0.000 0.012 0.172
#> SRR1446332     1  0.2516     0.8817 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR816039      1  0.2209     0.8923 0.912 0.000 0.000 0.032 0.056
#> SRR1485141     3  0.0000     0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476697     1  0.2124     0.8954 0.900 0.000 0.000 0.004 0.096
#> SRR1379538     4  0.3727     0.7765 0.000 0.216 0.016 0.768 0.000
#> SRR1331422     1  0.2891     0.8766 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR660859      4  0.4637     0.7221 0.000 0.000 0.128 0.744 0.128
#> SRR1097594     1  0.2561     0.8830 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR1311419     3  0.0000     0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336706     3  0.4339     0.4930 0.000 0.012 0.652 0.000 0.336
#> SRR1472976     4  0.2459     0.9128 0.000 0.052 0.040 0.904 0.004
#> SRR1321307     1  0.3048     0.8749 0.820 0.000 0.000 0.004 0.176
#> SRR807493      1  0.3048     0.8789 0.820 0.000 0.000 0.004 0.176
#> SRR812461      3  0.0000     0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477149     2  0.3814     0.6105 0.000 0.720 0.004 0.000 0.276
#> SRR1457397     5  0.5415     0.4171 0.000 0.384 0.064 0.000 0.552
#> SRR661913      3  0.0000     0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069024     5  0.6203     0.7338 0.000 0.224 0.224 0.000 0.552
#> SRR2165634     1  0.3304     0.8747 0.816 0.000 0.000 0.016 0.168
#> SRR1478722     3  0.0000     0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328642     2  0.3814     0.6105 0.000 0.720 0.004 0.000 0.276
#> SRR1488261     3  0.0703     0.8531 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1318815     4  0.2291     0.9131 0.000 0.056 0.036 0.908 0.000
#> SRR816945      1  0.3511     0.8748 0.800 0.004 0.000 0.012 0.184
#> SRR1367432     4  0.2473     0.9065 0.000 0.072 0.032 0.896 0.000
#> SRR1359280     2  0.3814     0.6105 0.000 0.720 0.004 0.000 0.276
#> SRR1313910     2  0.3366     0.5689 0.000 0.784 0.004 0.212 0.000
#> SRR1457315     4  0.2927     0.8515 0.000 0.000 0.092 0.868 0.040
#> SRR815398      1  0.3242     0.8747 0.816 0.000 0.000 0.012 0.172
#> SRR656958      3  0.0000     0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR600688      4  0.2901     0.9081 0.000 0.048 0.044 0.888 0.020
#> SRR1098952     1  0.1041     0.8937 0.964 0.000 0.000 0.004 0.032
#> SRR1314916     3  0.0000     0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614167      3  0.0000     0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348114     2  0.4251     0.2692 0.000 0.624 0.004 0.372 0.000
#> SRR658033      2  0.4596    -0.1742 0.000 0.500 0.004 0.492 0.004
#> SRR1077503     3  0.3039     0.7451 0.000 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR661854      3  0.4088     0.4873 0.000 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR811379      4  0.2291     0.9131 0.000 0.056 0.036 0.908 0.000
#> SRR1318857     2  0.0771     0.7588 0.000 0.976 0.004 0.020 0.000
#> SRR656445      3  0.0000     0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433044     2  0.3814     0.6105 0.000 0.720 0.004 0.000 0.276
#> SRR1486391     1  0.2732     0.8802 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR656071      3  0.0880     0.8484 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1364824     1  0.3705     0.8661 0.816 0.000 0.000 0.064 0.120
#> SRR1379133     1  0.2873     0.8765 0.860 0.000 0.000 0.020 0.120
#> SRR1394169     1  0.1965     0.8928 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR816745      5  0.6149     0.6072 0.000 0.140 0.360 0.000 0.500
#> SRR601038      5  0.6074     0.5791 0.000 0.128 0.372 0.000 0.500
#> SRR1360080     1  0.2648     0.8858 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR814868      3  0.1341     0.8330 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1485997     1  0.2753     0.8745 0.856 0.000 0.000 0.008 0.136
#> SRR1435560     4  0.2589     0.9112 0.000 0.048 0.044 0.900 0.008
#> SRR1333330     1  0.3477     0.8748 0.832 0.000 0.000 0.056 0.112
#> SRR663513      4  0.4255     0.7694 0.000 0.000 0.096 0.776 0.128
#> SRR1328407     5  0.6795     0.5903 0.000 0.348 0.288 0.000 0.364
#> SRR602784      3  0.3730     0.5858 0.000 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR1348468     4  0.2291     0.9131 0.000 0.056 0.036 0.908 0.000
#> SRR663717      4  0.4383     0.3958 0.000 0.424 0.004 0.572 0.000
#> SRR602217      2  0.6046    -0.0878 0.000 0.540 0.012 0.092 0.356
#> SRR603140      3  0.3146     0.7727 0.000 0.000 0.844 0.028 0.128
#> SRR1340804     1  0.3767     0.8656 0.812 0.000 0.000 0.068 0.120
#> SRR1457574     3  0.0000     0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333462     2  0.3814     0.6105 0.000 0.720 0.004 0.000 0.276
#> SRR1094601     1  0.3413     0.8710 0.832 0.000 0.000 0.044 0.124
#> SRR1434610     4  0.4312     0.7590 0.000 0.000 0.104 0.772 0.124
#> SRR1435833     4  0.2278     0.9111 0.000 0.060 0.032 0.908 0.000
#> SRR1398728     2  0.0771     0.7588 0.000 0.976 0.004 0.020 0.000
#> SRR1358343     4  0.4297     0.6678 0.000 0.288 0.020 0.692 0.000
#> SRR1410890     2  0.0771     0.7588 0.000 0.976 0.004 0.020 0.000
#> SRR1350371     1  0.3475     0.8768 0.804 0.004 0.000 0.012 0.180
#> SRR1392478     2  0.0451     0.7639 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1099260     3  0.3143     0.6995 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1433576     3  0.0162     0.8640 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1345541     3  0.3543     0.7056 0.000 0.000 0.828 0.112 0.060
#> SRR1086328     1  0.2852     0.8778 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR810391      3  0.0000     0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476207     3  0.2377     0.7970 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR627435      3  0.4276     0.4275 0.000 0.004 0.616 0.000 0.380
#> SRR1489862     1  0.2488     0.8825 0.872 0.000 0.000 0.004 0.124
#> SRR1419086     1  0.2813     0.8802 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1436539     1  0.3578     0.8666 0.820 0.000 0.000 0.048 0.132
#> SRR1396191     3  0.0000     0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490115     3  0.0000     0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377714     3  0.4088     0.4873 0.000 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR819394      1  0.3767     0.8656 0.812 0.000 0.000 0.068 0.120
#> SRR663161      4  0.2701     0.9110 0.000 0.048 0.044 0.896 0.012
#> SRR607042      3  0.4435     0.4821 0.000 0.016 0.648 0.000 0.336
#> SRR656203      4  0.2437     0.9113 0.000 0.060 0.032 0.904 0.004
#> SRR660602      3  0.0000     0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440397     1  0.2813     0.8782 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1369264     1  0.2233     0.8972 0.892 0.000 0.000 0.004 0.104
#> SRR809233      1  0.2648     0.8790 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR663249      2  0.0771     0.7588 0.000 0.976 0.004 0.020 0.000
#> SRR661242      4  0.2589     0.9117 0.000 0.048 0.044 0.900 0.008
#> SRR1332007     5  0.5783     0.7020 0.000 0.228 0.160 0.000 0.612
#> SRR809619      4  0.2437     0.9113 0.000 0.060 0.032 0.904 0.004
#> SRR819975      1  0.2011     0.8897 0.908 0.000 0.000 0.004 0.088
#> SRR599281      2  0.0162     0.7641 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR662366      3  0.0000     0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317898     3  0.0000     0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382485     4  0.2589     0.9112 0.000 0.048 0.044 0.900 0.008
#> SRR2166420     1  0.3934     0.8649 0.800 0.000 0.000 0.076 0.124
#> SRR1419429     1  0.2891     0.8751 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR1092541     3  0.0000     0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817444      3  0.3932     0.5361 0.000 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR1320403     2  0.3814     0.6105 0.000 0.720 0.004 0.000 0.276
#> SRR1101483     2  0.2233     0.6885 0.000 0.892 0.004 0.104 0.000
#> SRR1331684     3  0.0000     0.8658 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400054     4  0.2927     0.8498 0.000 0.000 0.092 0.868 0.040
#> SRR1406088     2  0.4101     0.3930 0.000 0.664 0.004 0.332 0.000
#> SRR820733      4  0.2850     0.8521 0.000 0.000 0.092 0.872 0.036
#> SRR1314113     4  0.3215     0.8405 0.000 0.000 0.092 0.852 0.056
#> SRR1382615     3  0.3039     0.7064 0.000 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR1480745     1  0.0912     0.8951 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR1468850     2  0.0324     0.7646 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR656782      3  0.2329     0.8000 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR821364      1  0.2690     0.8786 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR1101106     1  0.0798     0.8949 0.976 0.000 0.000 0.016 0.008
#> SRR659295      2  0.3861     0.5996 0.000 0.712 0.004 0.000 0.284
#> SRR1357103     5  0.6225     0.7341 0.000 0.224 0.228 0.000 0.548
#> SRR809185      4  0.2437     0.9113 0.000 0.060 0.032 0.904 0.004
#> SRR811583      4  0.2451     0.9129 0.000 0.056 0.036 0.904 0.004
#> SRR1468050     1  0.2629     0.8763 0.860 0.000 0.000 0.004 0.136
#> SRR1440224     2  0.0451     0.7639 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR1500170     2  0.4032     0.7855 0.000 0.572 0.000 0.008 0.000 0.420
#> SRR1402368     3  0.1564     0.7695 0.000 0.024 0.936 0.000 0.040 0.000
#> SRR607743      3  0.6297     0.2804 0.000 0.176 0.560 0.064 0.200 0.000
#> SRR1457375     2  0.5749     0.7160 0.000 0.552 0.000 0.116 0.024 0.308
#> SRR1470923     1  0.3612     0.8420 0.780 0.052 0.000 0.000 0.168 0.000
#> SRR817954      1  0.3168     0.8595 0.828 0.116 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR809259      1  0.2711     0.8785 0.872 0.068 0.000 0.000 0.056 0.004
#> SRR1439785     3  0.1010     0.7885 0.000 0.004 0.960 0.000 0.036 0.000
#> SRR814768      1  0.2631     0.8735 0.880 0.044 0.000 0.008 0.068 0.000
#> SRR1102031     2  0.5700     0.5706 0.000 0.560 0.000 0.304 0.024 0.112
#> SRR1363611     4  0.1409     0.8710 0.000 0.012 0.008 0.948 0.032 0.000
#> SRR1468447     6  0.0717     0.9328 0.000 0.016 0.000 0.008 0.000 0.976
#> SRR1071931     4  0.1718     0.8661 0.000 0.016 0.008 0.932 0.044 0.000
#> SRR810981      1  0.3328     0.8601 0.816 0.120 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR615299      6  0.0405     0.9495 0.000 0.004 0.000 0.008 0.000 0.988
#> SRR663585      3  0.0000     0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326773     4  0.6276    -0.1074 0.000 0.024 0.172 0.416 0.388 0.000
#> SRR1351166     2  0.5552     0.6527 0.000 0.576 0.000 0.220 0.004 0.200
#> SRR1477452     1  0.2631     0.8718 0.880 0.068 0.000 0.008 0.044 0.000
#> SRR1084720     3  0.0000     0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420320     4  0.0665     0.8758 0.000 0.008 0.008 0.980 0.004 0.000
#> SRR1081712     2  0.4795     0.7929 0.000 0.556 0.000 0.028 0.016 0.400
#> SRR1318241     3  0.5297     0.3670 0.000 0.168 0.616 0.004 0.212 0.000
#> SRR1333718     3  0.3823    -0.3727 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000
#> SRR1313514     6  0.0260     0.9541 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1477861     5  0.5045     0.4166 0.000 0.000 0.084 0.000 0.552 0.364
#> SRR1318005     6  0.0260     0.9541 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1354665     2  0.4116     0.7894 0.000 0.572 0.000 0.012 0.000 0.416
#> SRR657707      3  0.5223     0.3892 0.000 0.168 0.628 0.004 0.200 0.000
#> SRR1370742     3  0.0000     0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1412947     2  0.5700     0.5658 0.000 0.560 0.000 0.304 0.024 0.112
#> SRR661553      4  0.1346     0.8736 0.000 0.016 0.008 0.952 0.024 0.000
#> SRR1328869     1  0.2209     0.8758 0.900 0.024 0.000 0.000 0.072 0.004
#> SRR662211      2  0.4351     0.7900 0.000 0.564 0.000 0.012 0.008 0.416
#> SRR1348181     3  0.0000     0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416560     3  0.0000     0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319772     3  0.3852     0.5563 0.000 0.064 0.760 0.000 0.176 0.000
#> SRR1091452     4  0.1230     0.8722 0.000 0.008 0.008 0.956 0.028 0.000
#> SRR1338812     1  0.3440     0.8424 0.776 0.028 0.000 0.000 0.196 0.000
#> SRR1392072     6  0.0260     0.9541 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR814844      4  0.1149     0.8753 0.000 0.008 0.008 0.960 0.024 0.000
#> SRR1376619     3  0.0000     0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603690      4  0.1624     0.8670 0.000 0.012 0.008 0.936 0.044 0.000
#> SRR2184980     2  0.4045     0.7780 0.000 0.564 0.000 0.008 0.000 0.428
#> SRR613963      4  0.1332     0.8740 0.000 0.012 0.008 0.952 0.028 0.000
#> SRR1323422     1  0.3186     0.8558 0.836 0.060 0.000 0.004 0.100 0.000
#> SRR1397673     3  0.0146     0.8130 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1434650     5  0.4676     0.3221 0.000 0.000 0.040 0.004 0.572 0.384
#> SRR659875      5  0.3975     0.6393 0.000 0.000 0.452 0.000 0.544 0.004
#> SRR1465734     3  0.5297     0.3670 0.000 0.168 0.616 0.004 0.212 0.000
#> SRR1076847     6  0.0260     0.9541 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1415072     1  0.3646     0.8423 0.776 0.052 0.000 0.000 0.172 0.000
#> SRR659319      3  0.3843    -0.4182 0.000 0.000 0.548 0.000 0.452 0.000
#> SRR663088      4  0.2456     0.8500 0.000 0.076 0.008 0.888 0.028 0.000
#> SRR1352021     1  0.3368     0.8515 0.820 0.060 0.000 0.004 0.116 0.000
#> SRR1325527     1  0.3174     0.8616 0.836 0.104 0.000 0.000 0.056 0.004
#> SRR1105369     1  0.3295     0.8587 0.816 0.128 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR659935      4  0.0665     0.8759 0.000 0.004 0.008 0.980 0.008 0.000
#> SRR1352530     3  0.0000     0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662594      3  0.5297     0.3670 0.000 0.168 0.616 0.004 0.212 0.000
#> SRR1095309     1  0.3493     0.8545 0.796 0.148 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR615647      3  0.0000     0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813019      5  0.4300     0.6831 0.000 0.000 0.324 0.000 0.640 0.036
#> SRR1374647     2  0.7565     0.2687 0.000 0.340 0.000 0.200 0.276 0.184
#> SRR603472      6  0.2879     0.7028 0.000 0.000 0.004 0.004 0.176 0.816
#> SRR661529      3  0.5931     0.0454 0.000 0.076 0.468 0.408 0.048 0.000
#> SRR607018      5  0.3854     0.6199 0.000 0.000 0.464 0.000 0.536 0.000
#> SRR627423      2  0.6215     0.6374 0.000 0.528 0.000 0.220 0.032 0.220
#> SRR654921      4  0.1149     0.8753 0.000 0.008 0.008 0.960 0.024 0.000
#> SRR1418968     1  0.3107     0.8751 0.844 0.072 0.000 0.000 0.080 0.004
#> SRR660871      3  0.0000     0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330522     3  0.0000     0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499958     2  0.4184     0.7931 0.000 0.576 0.000 0.016 0.000 0.408
#> SRR614059      3  0.0993     0.7899 0.000 0.012 0.964 0.000 0.024 0.000
#> SRR1071403     1  0.3242     0.8518 0.816 0.032 0.000 0.004 0.148 0.000
#> SRR1486719     2  0.4045     0.7780 0.000 0.564 0.000 0.008 0.000 0.428
#> SRR1440421     6  0.0260     0.9541 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1310412     3  0.7463    -0.0971 0.000 0.168 0.384 0.232 0.216 0.000
#> SRR614767      2  0.4523     0.7882 0.000 0.556 0.000 0.012 0.016 0.416
#> SRR820709      1  0.3635     0.8547 0.804 0.068 0.000 0.008 0.120 0.000
#> SRR1471500     1  0.2113     0.8755 0.908 0.060 0.000 0.000 0.028 0.004
#> SRR658093      3  0.3076     0.3689 0.000 0.000 0.760 0.000 0.240 0.000
#> SRR1088168     3  0.0458     0.8040 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1418707     2  0.4045     0.7780 0.000 0.564 0.000 0.008 0.000 0.428
#> SRR1354291     6  0.0260     0.9541 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR2165806     1  0.3959     0.8516 0.760 0.172 0.000 0.000 0.064 0.004
#> SRR1415684     4  0.1065     0.8736 0.000 0.008 0.008 0.964 0.020 0.000
#> SRR1433860     3  0.0000     0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311062     2  0.4457     0.7715 0.000 0.544 0.000 0.008 0.016 0.432
#> SRR1360359     1  0.3440     0.8424 0.776 0.028 0.000 0.000 0.196 0.000
#> SRR661385      3  0.0000     0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615407      2  0.4889     0.7870 0.000 0.544 0.000 0.024 0.024 0.408
#> SRR1413892     3  0.1663     0.7084 0.000 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR1443459     2  0.4562     0.4080 0.000 0.576 0.000 0.388 0.004 0.032
#> SRR1338942     1  0.3549     0.8429 0.776 0.028 0.000 0.000 0.192 0.004
#> SRR657480      5  0.5082     0.4985 0.000 0.080 0.408 0.000 0.512 0.000
#> SRR1399433     4  0.1149     0.8730 0.000 0.008 0.008 0.960 0.024 0.000
#> SRR818537      5  0.5266     0.4689 0.000 0.000 0.112 0.000 0.544 0.344
#> SRR1101324     4  0.4928     0.7135 0.000 0.172 0.012 0.684 0.132 0.000
#> SRR807637      4  0.5294     0.5265 0.000 0.200 0.004 0.668 0.032 0.096
#> SRR1091918     1  0.3032     0.8609 0.840 0.104 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR598300      3  0.5223     0.3892 0.000 0.168 0.628 0.004 0.200 0.000
#> SRR1085426     1  0.3455     0.8552 0.800 0.144 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1376294     2  0.4669     0.7932 0.000 0.556 0.000 0.020 0.016 0.408
#> SRR813891      1  0.3618     0.8417 0.776 0.048 0.000 0.000 0.176 0.000
#> SRR1467431     4  0.4939     0.0636 0.000 0.428 0.004 0.520 0.044 0.004
#> SRR658742      4  0.2986     0.8300 0.000 0.104 0.012 0.852 0.032 0.000
#> SRR1419234     1  0.3336     0.8615 0.812 0.132 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1404813     2  0.4184     0.7931 0.000 0.576 0.000 0.016 0.000 0.408
#> SRR603496      5  0.3684     0.6593 0.000 0.000 0.372 0.000 0.628 0.000
#> SRR1407758     3  0.0000     0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810945      2  0.4440     0.7836 0.000 0.556 0.000 0.008 0.016 0.420
#> SRR817234      6  0.0260     0.9541 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1444852     3  0.0000     0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660378      3  0.0000     0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467835     2  0.4562     0.7910 0.000 0.576 0.000 0.032 0.004 0.388
#> SRR1338964     3  0.5297     0.3670 0.000 0.168 0.616 0.004 0.212 0.000
#> SRR1079259     4  0.5912     0.4977 0.000 0.300 0.008 0.504 0.188 0.000
#> SRR1072345     3  0.5223     0.3892 0.000 0.168 0.628 0.004 0.200 0.000
#> SRR598725      3  0.0000     0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447938     1  0.2804     0.8626 0.852 0.024 0.000 0.000 0.120 0.004
#> SRR1356397     1  0.3032     0.8609 0.840 0.104 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1360460     4  0.1149     0.8753 0.000 0.008 0.008 0.960 0.024 0.000
#> SRR1429468     2  0.4045     0.7780 0.000 0.564 0.000 0.008 0.000 0.428
#> SRR1446850     2  0.4440     0.7836 0.000 0.556 0.000 0.008 0.016 0.420
#> SRR1320363     3  0.0000     0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413810     3  0.0000     0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598831      2  0.4254     0.7939 0.000 0.576 0.000 0.020 0.000 0.404
#> SRR1381865     1  0.2443     0.8696 0.880 0.020 0.000 0.000 0.096 0.004
#> SRR660957      3  0.0000     0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1491332     3  0.3843    -0.4182 0.000 0.000 0.548 0.000 0.452 0.000
#> SRR1099744     2  0.4032     0.7855 0.000 0.572 0.000 0.008 0.000 0.420
#> SRR1464618     4  0.3421     0.6897 0.000 0.200 0.004 0.780 0.012 0.004
#> SRR1414559     4  0.3374     0.8144 0.000 0.120 0.012 0.824 0.044 0.000
#> SRR1337540     4  0.3335     0.8083 0.000 0.136 0.008 0.824 0.024 0.008
#> SRR1444283     1  0.2063     0.8744 0.912 0.060 0.000 0.008 0.020 0.000
#> SRR2184942     3  0.3611     0.6207 0.000 0.096 0.796 0.000 0.108 0.000
#> SRR660295      1  0.3861     0.8536 0.756 0.184 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR601335      3  0.0000     0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1363742     3  0.0000     0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345847     4  0.1666     0.8675 0.000 0.020 0.008 0.936 0.036 0.000
#> SRR614960      3  0.2001     0.7491 0.000 0.048 0.912 0.000 0.040 0.000
#> SRR819919      1  0.3660     0.8533 0.780 0.160 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR603330      6  0.0520     0.9464 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008 0.984
#> SRR1327951     1  0.3416     0.8551 0.804 0.140 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1401885     1  0.3585     0.8415 0.780 0.048 0.000 0.000 0.172 0.000
#> SRR1345266     2  0.5531     0.6347 0.000 0.576 0.000 0.240 0.004 0.180
#> SRR1338055     6  0.0806     0.9402 0.000 0.000 0.000 0.008 0.020 0.972
#> SRR1430157     2  0.4562     0.7910 0.000 0.576 0.000 0.032 0.004 0.388
#> SRR1320137     2  0.4032     0.7855 0.000 0.572 0.000 0.008 0.000 0.420
#> SRR1093483     1  0.2251     0.8763 0.904 0.036 0.000 0.008 0.052 0.000
#> SRR1341080     1  0.3434     0.8519 0.808 0.048 0.000 0.000 0.140 0.004
#> SRR1459913     3  0.0000     0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2170490     1  0.3959     0.8516 0.760 0.172 0.000 0.000 0.064 0.004
#> SRR1479845     3  0.0146     0.8125 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1436420     1  0.3416     0.8593 0.804 0.140 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1481060     3  0.3847    -0.4295 0.000 0.000 0.544 0.000 0.456 0.000
#> SRR662282      3  0.0000     0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487089     4  0.0891     0.8757 0.000 0.000 0.008 0.968 0.024 0.000
#> SRR1075683     1  0.3440     0.8424 0.776 0.028 0.000 0.000 0.196 0.000
#> SRR1338536     1  0.3578     0.8428 0.784 0.052 0.000 0.000 0.164 0.000
#> SRR1338880     2  0.4851     0.2640 0.000 0.524 0.000 0.428 0.040 0.008
#> SRR1453456     3  0.0000     0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457895     1  0.3032     0.8609 0.840 0.104 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1440603     5  0.4886     0.3526 0.000 0.000 0.064 0.000 0.540 0.396
#> SRR658633      2  0.4676     0.7904 0.000 0.552 0.000 0.016 0.020 0.412
#> SRR1388081     4  0.1332     0.8716 0.000 0.012 0.008 0.952 0.028 0.000
#> SRR813339      3  0.0000     0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809725      1  0.2094     0.8764 0.908 0.024 0.000 0.004 0.064 0.000
#> SRR627441      6  0.0260     0.9541 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR613603      3  0.5223     0.3892 0.000 0.168 0.628 0.004 0.200 0.000
#> SRR1096571     5  0.3986     0.6200 0.000 0.000 0.464 0.000 0.532 0.004
#> SRR1392701     1  0.3660     0.8533 0.780 0.160 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1344326     1  0.2249     0.8793 0.900 0.064 0.000 0.000 0.032 0.004
#> SRR1367693     2  0.5289     0.7384 0.000 0.576 0.000 0.112 0.004 0.308
#> SRR660697      4  0.4189     0.6384 0.000 0.224 0.004 0.724 0.044 0.004
#> SRR1489926     5  0.4866     0.6127 0.000 0.068 0.364 0.000 0.568 0.000
#> SRR811491      3  0.0146     0.8136 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1311644     4  0.4983     0.7086 0.000 0.168 0.016 0.684 0.132 0.000
#> SRR1451740     3  0.0000     0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615117      5  0.4709     0.3027 0.000 0.000 0.048 0.000 0.540 0.412
#> SRR1391748     4  0.1149     0.8753 0.000 0.008 0.008 0.960 0.024 0.000
#> SRR1466556     3  0.0000     0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614972      3  0.0146     0.8136 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1406200     1  0.3549     0.8429 0.776 0.028 0.000 0.000 0.192 0.004
#> SRR819210      4  0.1167     0.8744 0.000 0.012 0.008 0.960 0.020 0.000
#> SRR662174      1  0.2369     0.8751 0.900 0.060 0.000 0.008 0.028 0.004
#> SRR811988      1  0.2237     0.8724 0.896 0.020 0.000 0.000 0.080 0.004
#> SRR663236      4  0.3675     0.8122 0.000 0.128 0.016 0.804 0.052 0.000
#> SRR1312598     2  0.4032     0.7855 0.000 0.572 0.000 0.008 0.000 0.420
#> SRR1330129     6  0.0260     0.9541 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1357781     6  0.0260     0.9541 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1315517     6  0.0260     0.9541 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1400032     3  0.0000     0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413722     1  0.2307     0.8758 0.896 0.032 0.000 0.000 0.068 0.004
#> SRR612827      3  0.0000     0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814794      1  0.2639     0.8767 0.876 0.084 0.000 0.008 0.032 0.000
#> SRR819430      1  0.2039     0.8753 0.908 0.016 0.000 0.000 0.072 0.004
#> SRR1395509     4  0.1149     0.8753 0.000 0.008 0.008 0.960 0.024 0.000
#> SRR808728      5  0.3857     0.6123 0.000 0.000 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1070813     2  0.5289     0.7363 0.000 0.576 0.000 0.112 0.004 0.308
#> SRR1389133     3  0.5223     0.3892 0.000 0.168 0.628 0.004 0.200 0.000
#> SRR601263      3  0.5223     0.3892 0.000 0.168 0.628 0.004 0.200 0.000
#> SRR604718      4  0.0665     0.8758 0.000 0.008 0.008 0.980 0.004 0.000
#> SRR1481351     5  0.3765     0.6566 0.000 0.000 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR1334608     3  0.1910     0.6755 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR658681      3  0.3851    -0.4414 0.000 0.000 0.540 0.000 0.460 0.000
#> SRR809283      4  0.0806     0.8760 0.000 0.000 0.008 0.972 0.020 0.000
#> SRR1459300     1  0.3455     0.8545 0.800 0.144 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1392547     5  0.3847     0.6330 0.000 0.000 0.456 0.000 0.544 0.000
#> SRR811049      3  0.7439    -0.0900 0.000 0.168 0.392 0.224 0.216 0.000
#> SRR1464835     4  0.1149     0.8753 0.000 0.008 0.008 0.960 0.024 0.000
#> SRR1339619     2  0.5004     0.5083 0.000 0.576 0.000 0.348 0.004 0.072
#> SRR658501      3  0.0000     0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447523     3  0.1297     0.7781 0.000 0.012 0.948 0.000 0.040 0.000
#> SRR1415048     1  0.2278     0.8760 0.900 0.044 0.000 0.004 0.052 0.000
#> SRR1355451     1  0.3440     0.8424 0.776 0.028 0.000 0.000 0.196 0.000
#> SRR1444348     2  0.5497     0.6287 0.000 0.580 0.000 0.244 0.004 0.172
#> SRR603890      6  0.0260     0.9541 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR810595      3  0.0000     0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446244     2  0.5508     0.6237 0.000 0.576 0.000 0.252 0.004 0.168
#> SRR817373      4  0.1230     0.8722 0.000 0.008 0.008 0.956 0.028 0.000
#> SRR1457291     4  0.2808     0.8221 0.000 0.076 0.008 0.868 0.048 0.000
#> SRR598220      4  0.5255     0.7033 0.000 0.148 0.080 0.692 0.080 0.000
#> SRR1477991     2  0.4599     0.7915 0.000 0.556 0.000 0.016 0.016 0.412
#> SRR598172      6  0.0984     0.9251 0.000 0.012 0.000 0.008 0.012 0.968
#> SRR1349032     2  0.5289     0.5671 0.000 0.576 0.000 0.308 0.004 0.112
#> SRR604002      6  0.0622     0.9408 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012 0.980
#> SRR1378026     3  0.0937     0.7816 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1404401     6  0.0260     0.9541 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1333240     5  0.4076     0.0631 0.000 0.000 0.000 0.008 0.540 0.452
#> SRR1089399     2  0.4045     0.7780 0.000 0.564 0.000 0.008 0.000 0.428
#> SRR603421      6  0.0260     0.9541 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR812562      1  0.3385     0.8475 0.796 0.028 0.000 0.000 0.172 0.004
#> SRR808520      5  0.3851     0.6270 0.000 0.000 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR811839      1  0.3493     0.8545 0.796 0.148 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR814317      2  0.4045     0.7780 0.000 0.564 0.000 0.008 0.000 0.428
#> SRR1436763     4  0.0891     0.8757 0.000 0.000 0.008 0.968 0.024 0.000
#> SRR1486021     4  0.3382     0.7701 0.000 0.124 0.008 0.820 0.048 0.000
#> SRR1465018     6  0.0260     0.9541 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1080998     3  0.5544     0.2457 0.000 0.168 0.568 0.004 0.260 0.000
#> SRR1083432     3  0.0000     0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082833     1  0.2772     0.8721 0.864 0.092 0.000 0.004 0.040 0.000
#> SRR1465804     1  0.3440     0.8424 0.776 0.028 0.000 0.000 0.196 0.000
#> SRR1326536     3  0.0000     0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614011      2  0.5552     0.6689 0.000 0.576 0.000 0.200 0.004 0.220
#> SRR1365873     2  0.4533     0.7690 0.000 0.540 0.000 0.008 0.020 0.432
#> SRR1498789     2  0.4523     0.7882 0.000 0.556 0.000 0.012 0.016 0.416
#> SRR601581      4  0.3790     0.6635 0.000 0.216 0.004 0.752 0.024 0.004
#> SRR603566      5  0.4152     0.6502 0.000 0.000 0.440 0.000 0.548 0.012
#> SRR1373981     1  0.2937     0.8673 0.848 0.096 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR821410      2  0.5581     0.7357 0.000 0.556 0.000 0.100 0.020 0.324
#> SRR1076511     4  0.3075     0.8290 0.000 0.108 0.008 0.844 0.040 0.000
#> SRR614143      5  0.5064     0.6039 0.000 0.092 0.300 0.004 0.604 0.000
#> SRR1333570     3  0.0000     0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366813     2  0.4254     0.7939 0.000 0.576 0.000 0.020 0.000 0.404
#> SRR1388746     1  0.3324     0.8633 0.824 0.112 0.000 0.004 0.060 0.000
#> SRR1420558     3  0.4619     0.5106 0.000 0.168 0.704 0.004 0.124 0.000
#> SRR1409510     3  0.0000     0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816250      2  0.4669     0.7932 0.000 0.556 0.000 0.020 0.016 0.408
#> SRR614131      2  0.6060     0.5412 0.000 0.524 0.000 0.316 0.040 0.120
#> SRR1331130     1  0.3612     0.8420 0.780 0.052 0.000 0.000 0.168 0.000
#> SRR1316015     3  0.0000     0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470798     3  0.0000     0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614179      5  0.5378     0.6888 0.000 0.000 0.324 0.000 0.544 0.132
#> SRR1474863     2  0.4523     0.7882 0.000 0.556 0.000 0.012 0.016 0.416
#> SRR813560      2  0.4032     0.7855 0.000 0.572 0.000 0.008 0.000 0.420
#> SRR1312187     4  0.0984     0.8754 0.000 0.012 0.008 0.968 0.012 0.000
#> SRR1420960     3  0.0000     0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355102     3  0.0000     0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084577     3  0.0146     0.8130 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR659971      2  0.4032     0.7855 0.000 0.572 0.000 0.008 0.000 0.420
#> SRR1350855     4  0.1149     0.8753 0.000 0.008 0.008 0.960 0.024 0.000
#> SRR820779      3  0.0000     0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476300     3  0.0000     0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090907     4  0.0951     0.8759 0.000 0.004 0.008 0.968 0.020 0.000
#> SRR662294      6  0.0260     0.9541 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1480789     5  0.5467     0.6892 0.000 0.000 0.304 0.000 0.544 0.152
#> SRR1336263     4  0.1149     0.8753 0.000 0.008 0.008 0.960 0.024 0.000
#> SRR660776      1  0.3695     0.8561 0.776 0.164 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1090508     6  0.0260     0.9541 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR615563      4  0.1251     0.8747 0.000 0.012 0.008 0.956 0.024 0.000
#> SRR1101175     1  0.3377     0.8560 0.808 0.136 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR2164650     5  0.3975     0.6393 0.000 0.000 0.452 0.000 0.544 0.004
#> SRR1431205     6  0.4303    -0.2872 0.000 0.360 0.000 0.008 0.016 0.616
#> SRR1339856     4  0.3347     0.7528 0.000 0.152 0.004 0.812 0.028 0.004
#> SRR1352147     2  0.4944     0.2556 0.000 0.516 0.000 0.432 0.040 0.012
#> SRR808968      1  0.3295     0.8577 0.816 0.128 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR627419      6  0.0260     0.9541 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1402391     1  0.2763     0.8761 0.868 0.088 0.000 0.008 0.036 0.000
#> SRR663609      5  0.3975     0.6393 0.000 0.000 0.452 0.000 0.544 0.004
#> SRR2167857     6  0.0520     0.9464 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008 0.984
#> SRR1398752     1  0.2251     0.8763 0.904 0.036 0.000 0.008 0.052 0.000
#> SRR1469169     1  0.3455     0.8588 0.800 0.144 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1405437     2  0.4192     0.7922 0.000 0.572 0.000 0.016 0.000 0.412
#> SRR1416955     1  0.3440     0.8424 0.776 0.028 0.000 0.000 0.196 0.000
#> SRR1317064     4  0.1873     0.8628 0.000 0.020 0.008 0.924 0.048 0.000
#> SRR659001      4  0.0806     0.8760 0.000 0.000 0.008 0.972 0.020 0.000
#> SRR2170696     4  0.3543     0.8076 0.000 0.124 0.012 0.812 0.052 0.000
#> SRR816589      3  0.0146     0.8130 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1087487     3  0.0000     0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329485     3  0.0000     0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816920      4  0.4290     0.7579 0.000 0.168 0.012 0.744 0.076 0.000
#> SRR1341432     1  0.3227     0.8623 0.824 0.116 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1361590     4  0.1036     0.8755 0.000 0.004 0.008 0.964 0.024 0.000
#> SRR817046      3  0.2100     0.7073 0.000 0.004 0.884 0.000 0.112 0.000
#> SRR1471331     3  0.0000     0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660788      4  0.4748     0.7260 0.000 0.168 0.016 0.708 0.108 0.000
#> SRR819234      1  0.3242     0.8518 0.816 0.032 0.000 0.004 0.148 0.000
#> SRR810853      5  0.5496     0.6872 0.000 0.000 0.296 0.000 0.544 0.160
#> SRR809427      4  0.0551     0.8760 0.000 0.004 0.008 0.984 0.004 0.000
#> SRR2170217     4  0.0806     0.8760 0.000 0.000 0.008 0.972 0.020 0.000
#> SRR1386967     3  0.0000     0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420344     2  0.4371     0.7932 0.000 0.580 0.000 0.028 0.000 0.392
#> SRR1334535     1  0.3417     0.8577 0.812 0.052 0.000 0.000 0.132 0.004
#> SRR614503      4  0.4492     0.3517 0.000 0.352 0.004 0.616 0.008 0.020
#> SRR602564      4  0.2259     0.8632 0.000 0.044 0.008 0.904 0.044 0.000
#> SRR1420669     4  0.3033     0.8303 0.000 0.108 0.012 0.848 0.032 0.000
#> SRR819024      3  0.0146     0.8136 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR656223      3  0.2762     0.4892 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR608428      2  0.4676     0.7904 0.000 0.552 0.000 0.016 0.020 0.412
#> SRR1345647     1  0.3612     0.8420 0.780 0.052 0.000 0.000 0.168 0.000
#> SRR1389324     6  0.0260     0.9541 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1361368     4  0.4693     0.1147 0.000 0.424 0.004 0.540 0.028 0.004
#> SRR1322619     2  0.4192     0.7922 0.000 0.572 0.000 0.016 0.000 0.412
#> SRR1349276     4  0.1149     0.8753 0.000 0.008 0.008 0.960 0.024 0.000
#> SRR1404024     1  0.3585     0.8415 0.780 0.048 0.000 0.000 0.172 0.000
#> SRR1370637     2  0.4184     0.7931 0.000 0.576 0.000 0.016 0.000 0.408
#> SRR1452631     4  0.2686     0.8160 0.000 0.100 0.008 0.868 0.024 0.000
#> SRR608392      5  0.3847     0.6330 0.000 0.000 0.456 0.000 0.544 0.000
#> SRR1357757     3  0.5337     0.3466 0.000 0.164 0.608 0.004 0.224 0.000
#> SRR1074646     4  0.0806     0.8760 0.000 0.000 0.008 0.972 0.020 0.000
#> SRR1367499     3  0.0000     0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343501     5  0.3851     0.6270 0.000 0.000 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR1394406     4  0.5447     0.6139 0.000 0.168 0.008 0.604 0.220 0.000
#> SRR1381435     3  0.0146     0.8130 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1467407     1  0.3211     0.8589 0.824 0.120 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1092422     6  0.1812     0.8420 0.000 0.000 0.000 0.008 0.080 0.912
#> SRR1380270     5  0.5579     0.6750 0.000 0.000 0.264 0.000 0.544 0.192
#> SRR1091817     2  0.4599     0.7915 0.000 0.556 0.000 0.016 0.016 0.412
#> SRR1440137     2  0.4745     0.7920 0.000 0.552 0.000 0.020 0.020 0.408
#> SRR614311      4  0.4119     0.4062 0.000 0.348 0.004 0.636 0.008 0.004
#> SRR1407516     4  0.1230     0.8722 0.000 0.008 0.008 0.956 0.028 0.000
#> SRR815494      3  0.0000     0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333209     4  0.0767     0.8755 0.000 0.012 0.008 0.976 0.004 0.000
#> SRR615177      4  0.3286     0.8193 0.000 0.112 0.012 0.832 0.044 0.000
#> SRR1099648     3  0.3847    -0.4295 0.000 0.000 0.544 0.000 0.456 0.000
#> SRR659720      5  0.5252     0.5792 0.000 0.108 0.308 0.004 0.580 0.000
#> SRR2185057     1  0.2742     0.8735 0.872 0.084 0.000 0.004 0.036 0.004
#> SRR1467125     1  0.3543     0.8443 0.768 0.032 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR657468      4  0.4833     0.7185 0.000 0.172 0.008 0.688 0.132 0.000
#> SRR660042      3  0.0993     0.7899 0.000 0.012 0.964 0.000 0.024 0.000
#> SRR2170864     2  0.5463     0.7524 0.000 0.556 0.000 0.076 0.024 0.344
#> SRR1440491     4  0.1230     0.8722 0.000 0.008 0.008 0.956 0.028 0.000
#> SRR1440852     3  0.0000     0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811169      1  0.2888     0.8759 0.860 0.068 0.000 0.000 0.068 0.004
#> SRR1331311     4  0.0665     0.8759 0.000 0.004 0.008 0.980 0.008 0.000
#> SRR818009      1  0.3689     0.8675 0.800 0.120 0.000 0.008 0.072 0.000
#> SRR1351836     2  0.4032     0.7855 0.000 0.572 0.000 0.008 0.000 0.420
#> SRR1498313     6  0.0520     0.9464 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008 0.984
#> SRR1441975     2  0.4872     0.7911 0.000 0.552 0.000 0.028 0.020 0.400
#> SRR819096      1  0.3618     0.8417 0.776 0.048 0.000 0.000 0.176 0.000
#> SRR1073679     4  0.3603     0.8155 0.000 0.124 0.012 0.808 0.056 0.000
#> SRR1489116     5  0.3847     0.6330 0.000 0.000 0.456 0.000 0.544 0.000
#> SRR1354138     3  0.0000     0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490589     3  0.2001     0.7491 0.000 0.048 0.912 0.000 0.040 0.000
#> SRR1412987     4  0.1251     0.8747 0.000 0.012 0.008 0.956 0.024 0.000
#> SRR602034      3  0.0000     0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353437     1  0.2182     0.8731 0.900 0.020 0.000 0.000 0.076 0.004
#> SRR1072871     5  0.5135     0.5767 0.000 0.104 0.324 0.000 0.572 0.000
#> SRR661577      4  0.0520     0.8762 0.000 0.000 0.008 0.984 0.008 0.000
#> SRR612190      4  0.1426     0.8726 0.000 0.016 0.008 0.948 0.028 0.000
#> SRR1399880     1  0.3679     0.8430 0.772 0.052 0.000 0.000 0.176 0.000
#> SRR1101787     4  0.1149     0.8753 0.000 0.008 0.008 0.960 0.024 0.000
#> SRR657869      1  0.3660     0.8533 0.780 0.160 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1446332     1  0.3045     0.8615 0.840 0.100 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR816039      1  0.2320     0.8739 0.892 0.024 0.000 0.000 0.080 0.004
#> SRR1485141     3  0.0000     0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476697     1  0.2380     0.8772 0.892 0.068 0.000 0.000 0.036 0.004
#> SRR1379538     4  0.4448     0.4799 0.000 0.296 0.004 0.664 0.012 0.024
#> SRR1331422     1  0.3455     0.8545 0.800 0.144 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR660859      4  0.6012     0.5613 0.000 0.168 0.040 0.576 0.216 0.000
#> SRR1097594     1  0.3265     0.8641 0.828 0.112 0.000 0.004 0.056 0.000
#> SRR1311419     3  0.0000     0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336706     5  0.3975     0.6393 0.000 0.000 0.452 0.000 0.544 0.004
#> SRR1472976     4  0.0806     0.8760 0.000 0.000 0.008 0.972 0.020 0.000
#> SRR1321307     1  0.3602     0.8534 0.784 0.160 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR807493      1  0.3551     0.8586 0.792 0.148 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR812461      3  0.0000     0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477149     6  0.0260     0.9541 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1457397     6  0.3823     0.5691 0.000 0.000 0.044 0.004 0.192 0.760
#> SRR661913      3  0.0000     0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069024     5  0.5314     0.4866 0.000 0.000 0.120 0.000 0.544 0.336
#> SRR2165634     1  0.3959     0.8516 0.760 0.172 0.000 0.000 0.064 0.004
#> SRR1478722     3  0.0000     0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328642     6  0.0260     0.9541 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1488261     3  0.0993     0.7899 0.000 0.012 0.964 0.000 0.024 0.000
#> SRR1318815     4  0.1149     0.8753 0.000 0.008 0.008 0.960 0.024 0.000
#> SRR816945      1  0.3829     0.8543 0.760 0.180 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1367432     4  0.1346     0.8737 0.000 0.016 0.008 0.952 0.024 0.000
#> SRR1359280     6  0.0260     0.9541 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1313910     2  0.5554     0.6656 0.000 0.576 0.000 0.204 0.004 0.216
#> SRR1457315     4  0.3241     0.8288 0.000 0.112 0.016 0.836 0.036 0.000
#> SRR815398      1  0.3637     0.8528 0.780 0.164 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR656958      3  0.0000     0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600688      4  0.1592     0.8719 0.000 0.020 0.008 0.940 0.032 0.000
#> SRR1098952     1  0.2052     0.8746 0.912 0.056 0.000 0.004 0.028 0.000
#> SRR1314916     3  0.0000     0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614167      3  0.0000     0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348114     2  0.5508     0.6237 0.000 0.576 0.000 0.252 0.004 0.168
#> SRR658033      2  0.5845     0.4618 0.000 0.520 0.000 0.356 0.044 0.080
#> SRR1077503     3  0.5226    -0.3606 0.000 0.092 0.464 0.000 0.444 0.000
#> SRR661854      5  0.4389     0.6402 0.000 0.032 0.372 0.000 0.596 0.000
#> SRR811379      4  0.1078     0.8736 0.000 0.012 0.008 0.964 0.016 0.000
#> SRR1318857     2  0.4562     0.7910 0.000 0.576 0.000 0.032 0.004 0.388
#> SRR656445      3  0.0146     0.8130 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1433044     6  0.0260     0.9541 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1486391     1  0.3254     0.8583 0.820 0.124 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR656071      3  0.2542     0.7142 0.000 0.080 0.876 0.000 0.044 0.000
#> SRR1364824     1  0.3453     0.8457 0.788 0.028 0.000 0.000 0.180 0.004
#> SRR1379133     1  0.3236     0.8536 0.820 0.036 0.000 0.004 0.140 0.000
#> SRR1394169     1  0.2322     0.8755 0.896 0.064 0.000 0.000 0.036 0.004
#> SRR816745      5  0.5496     0.6872 0.000 0.000 0.296 0.000 0.544 0.160
#> SRR601038      5  0.5467     0.6892 0.000 0.000 0.304 0.000 0.544 0.152
#> SRR1360080     1  0.3204     0.8678 0.836 0.092 0.000 0.000 0.068 0.004
#> SRR814868      3  0.4540     0.5197 0.000 0.168 0.712 0.004 0.116 0.000
#> SRR1485997     1  0.3411     0.8511 0.816 0.060 0.000 0.004 0.120 0.000
#> SRR1435560     4  0.1821     0.8666 0.000 0.040 0.008 0.928 0.024 0.000
#> SRR1333330     1  0.3385     0.8528 0.796 0.028 0.000 0.000 0.172 0.004
#> SRR663513      4  0.5644     0.5996 0.000 0.168 0.016 0.592 0.224 0.000
#> SRR1328407     5  0.5637     0.6393 0.000 0.088 0.192 0.000 0.644 0.076
#> SRR602784      3  0.3868    -0.5292 0.000 0.000 0.508 0.000 0.492 0.000
#> SRR1348468     4  0.1149     0.8753 0.000 0.008 0.008 0.960 0.024 0.000
#> SRR663717      2  0.5389     0.2784 0.000 0.456 0.000 0.444 0.004 0.096
#> SRR602217      5  0.5928     0.2249 0.000 0.248 0.000 0.060 0.588 0.104
#> SRR603140      3  0.5700     0.3271 0.000 0.168 0.592 0.020 0.220 0.000
#> SRR1340804     1  0.3440     0.8424 0.776 0.028 0.000 0.000 0.196 0.000
#> SRR1457574     3  0.0000     0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333462     6  0.0260     0.9541 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1094601     1  0.3243     0.8507 0.812 0.028 0.000 0.000 0.156 0.004
#> SRR1434610     4  0.5700     0.5935 0.000 0.168 0.020 0.592 0.220 0.000
#> SRR1435833     4  0.0551     0.8760 0.000 0.004 0.008 0.984 0.004 0.000
#> SRR1398728     2  0.4562     0.7910 0.000 0.576 0.000 0.032 0.004 0.388
#> SRR1358343     4  0.4933     0.5919 0.000 0.176 0.004 0.704 0.024 0.092
#> SRR1410890     2  0.4562     0.7910 0.000 0.576 0.000 0.032 0.004 0.388
#> SRR1350371     1  0.3717     0.8569 0.776 0.160 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1392478     2  0.4184     0.7931 0.000 0.576 0.000 0.016 0.000 0.408
#> SRR1099260     3  0.3756    -0.2508 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1433576     3  0.1518     0.7614 0.000 0.008 0.944 0.024 0.024 0.000
#> SRR1345541     3  0.6315     0.3230 0.000 0.168 0.584 0.124 0.124 0.000
#> SRR1086328     1  0.3416     0.8551 0.804 0.140 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR810391      3  0.0000     0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476207     3  0.5297     0.3670 0.000 0.168 0.616 0.004 0.212 0.000
#> SRR627435      5  0.4989     0.6727 0.000 0.008 0.368 0.004 0.572 0.048
#> SRR1489862     1  0.3079     0.8629 0.844 0.056 0.000 0.004 0.096 0.000
#> SRR1419086     1  0.3416     0.8593 0.804 0.140 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1436539     1  0.3585     0.8415 0.780 0.048 0.000 0.000 0.172 0.000
#> SRR1396191     3  0.0000     0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490115     3  0.0865     0.7905 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1377714     5  0.3940     0.6648 0.000 0.008 0.336 0.004 0.652 0.000
#> SRR819394      1  0.3440     0.8424 0.776 0.028 0.000 0.000 0.196 0.000
#> SRR663161      4  0.1434     0.8734 0.000 0.020 0.008 0.948 0.024 0.000
#> SRR607042      5  0.4157     0.6471 0.000 0.000 0.444 0.000 0.544 0.012
#> SRR656203      4  0.1873     0.8628 0.000 0.020 0.008 0.924 0.048 0.000
#> SRR660602      3  0.0146     0.8130 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1440397     1  0.3336     0.8568 0.812 0.132 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1369264     1  0.2591     0.8797 0.880 0.064 0.000 0.004 0.052 0.000
#> SRR809233      1  0.3254     0.8582 0.820 0.124 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR663249      2  0.4504     0.7921 0.000 0.576 0.000 0.028 0.004 0.392
#> SRR661242      4  0.1555     0.8702 0.000 0.012 0.008 0.940 0.040 0.000
#> SRR1332007     5  0.4994     0.3974 0.000 0.000 0.076 0.000 0.544 0.380
#> SRR809619      4  0.1666     0.8675 0.000 0.020 0.008 0.936 0.036 0.000
#> SRR819975      1  0.2340     0.8724 0.896 0.044 0.000 0.000 0.056 0.004
#> SRR599281      2  0.4538     0.7652 0.000 0.536 0.000 0.008 0.020 0.436
#> SRR662366      3  0.0000     0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317898     3  0.0000     0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382485     4  0.0622     0.8758 0.000 0.000 0.008 0.980 0.012 0.000
#> SRR2166420     1  0.3760     0.8431 0.768 0.044 0.000 0.000 0.184 0.004
#> SRR1419429     1  0.3455     0.8545 0.800 0.144 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1092541     3  0.0000     0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817444      5  0.3854     0.6199 0.000 0.000 0.464 0.000 0.536 0.000
#> SRR1320403     6  0.0260     0.9541 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1101483     2  0.5352     0.7291 0.000 0.576 0.000 0.124 0.004 0.296
#> SRR1331684     3  0.0000     0.8158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400054     4  0.3633     0.8038 0.000 0.124 0.016 0.808 0.052 0.000
#> SRR1406088     2  0.5422     0.6011 0.000 0.576 0.000 0.280 0.004 0.140
#> SRR820733      4  0.3170     0.8232 0.000 0.112 0.016 0.840 0.032 0.000
#> SRR1314113     4  0.4186     0.7649 0.000 0.164 0.016 0.756 0.064 0.000
#> SRR1382615     3  0.3684    -0.1517 0.000 0.000 0.628 0.000 0.372 0.000
#> SRR1480745     1  0.1788     0.8774 0.928 0.028 0.000 0.000 0.040 0.004
#> SRR1468850     2  0.4599     0.7915 0.000 0.556 0.000 0.016 0.016 0.412
#> SRR656782      3  0.5223     0.3892 0.000 0.168 0.628 0.004 0.200 0.000
#> SRR821364      1  0.3168     0.8595 0.828 0.116 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1101106     1  0.1860     0.8774 0.928 0.028 0.000 0.004 0.036 0.004
#> SRR659295      6  0.0520     0.9464 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008 0.984
#> SRR1357103     5  0.5147     0.4846 0.000 0.000 0.104 0.000 0.568 0.328
#> SRR809185      4  0.1503     0.8699 0.000 0.016 0.008 0.944 0.032 0.000
#> SRR811583      4  0.1332     0.8716 0.000 0.012 0.008 0.952 0.028 0.000
#> SRR1468050     1  0.3324     0.8524 0.824 0.060 0.000 0.004 0.112 0.000
#> SRR1440224     2  0.4599     0.7915 0.000 0.556 0.000 0.016 0.016 0.412

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk MAD-kmeans-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-kmeans-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-kmeans-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-kmeans-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-kmeans-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-kmeans-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk MAD-kmeans-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


MAD:skmeans*

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["MAD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:skmeans"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 17314 rows and 500 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#>   Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 5.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk MAD-skmeans-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk MAD-skmeans-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 0.719           0.897       0.952         0.4265 0.589   0.589
#> 3 3 0.863           0.878       0.952         0.5461 0.723   0.540
#> 4 4 0.955           0.935       0.974         0.1186 0.876   0.658
#> 5 5 0.901           0.912       0.933         0.0639 0.937   0.764
#> 6 6 0.865           0.818       0.884         0.0364 0.959   0.810

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 5
#> attr(,"optional")
#> [1] 4

There is also optional best \(k\) = 4 that is worth to check.

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>            class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR1500170     2  0.7219      0.783 0.200 0.800
#> SRR1402368     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR607743      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1457375     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1470923     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR817954      1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR809259      1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR1439785     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR814768      1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR1102031     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1363611     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1468447     2  0.1414      0.932 0.020 0.980
#> SRR1071931     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR810981      1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR615299      2  0.6887      0.799 0.184 0.816
#> SRR663585      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1326773     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1351166     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1477452     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR1084720     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1420320     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1081712     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1318241     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1333718     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1313514     2  0.7219      0.783 0.200 0.800
#> SRR1477861     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1318005     2  0.3114      0.907 0.056 0.944
#> SRR1354665     2  0.7219      0.783 0.200 0.800
#> SRR657707      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1370742     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1412947     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR661553      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1328869     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR662211      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1348181     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1416560     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1319772     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1091452     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1338812     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR1392072     2  0.7219      0.783 0.200 0.800
#> SRR814844      1  0.5842      0.817 0.860 0.140
#> SRR1376619     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR603690      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR2184980     2  0.7219      0.783 0.200 0.800
#> SRR613963      1  0.9686      0.416 0.604 0.396
#> SRR1323422     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR1397673     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1434650     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR659875      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1465734     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1076847     2  0.1633      0.929 0.024 0.976
#> SRR1415072     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR659319      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR663088      1  0.7219      0.746 0.800 0.200
#> SRR1352021     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR1325527     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR659935      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1352530     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR662594      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1095309     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR615647      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR813019      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1374647     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR603472      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR661529      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR607018      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR627423      2  0.7219      0.783 0.200 0.800
#> SRR654921      1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR1418968     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR660871      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1330522     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1499958     2  0.7219      0.783 0.200 0.800
#> SRR614059      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1071403     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR1486719     2  0.7219      0.783 0.200 0.800
#> SRR1440421     2  0.2603      0.915 0.044 0.956
#> SRR1310412     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR614767      2  0.4431      0.880 0.092 0.908
#> SRR820709      1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR658093      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1088168     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1418707     2  0.7219      0.783 0.200 0.800
#> SRR1354291     2  0.7219      0.783 0.200 0.800
#> SRR2165806     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR1415684     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1433860     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1311062     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1360359     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR661385      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR615407      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1413892     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1443459     2  0.7219      0.783 0.200 0.800
#> SRR1338942     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR657480      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1399433     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR818537      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1101324     1  0.9286      0.528 0.656 0.344
#> SRR807637      1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR1091918     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR598300      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1085426     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR1376294     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR813891      1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR1467431     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR658742      1  0.9710      0.406 0.600 0.400
#> SRR1419234     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR1404813     2  0.7219      0.783 0.200 0.800
#> SRR603496      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1407758     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR810945      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR817234      2  0.6438      0.818 0.164 0.836
#> SRR1444852     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR660378      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1467835     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1338964     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1079259     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1072345     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR598725      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1447938     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR1356397     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR1360460     2  0.9710      0.283 0.400 0.600
#> SRR1429468     2  0.7219      0.783 0.200 0.800
#> SRR1446850     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1320363     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1413810     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR598831      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1381865     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR660957      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1491332     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1099744     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1464618     2  0.4298      0.883 0.088 0.912
#> SRR1414559     1  0.9710      0.406 0.600 0.400
#> SRR1337540     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR1444283     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR2184942     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR660295      1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR601335      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1363742     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1345847     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR614960      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR819919      1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR603330      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1327951     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR1345266     2  0.7219      0.783 0.200 0.800
#> SRR1338055     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1430157     2  0.7219      0.783 0.200 0.800
#> SRR1320137     2  0.7219      0.783 0.200 0.800
#> SRR1093483     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR1341080     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR1459913     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR2170490     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR1479845     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1436420     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR1481060     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR662282      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1487089     1  0.9710      0.406 0.600 0.400
#> SRR1075683     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR1338536     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR1338880     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1453456     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1457895     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR1440603     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR658633      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1388081     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR813339      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR809725      1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR627441      2  0.6887      0.799 0.184 0.816
#> SRR613603      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1096571     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1392701     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR1344326     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR1367693     2  0.7219      0.783 0.200 0.800
#> SRR660697      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1489926     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR811491      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1311644     1  0.7602      0.723 0.780 0.220
#> SRR1451740     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR615117      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1391748     1  0.9710      0.406 0.600 0.400
#> SRR1466556     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR614972      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1406200     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR819210      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR662174      1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR811988      1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR663236      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1312598     2  0.7219      0.783 0.200 0.800
#> SRR1330129     2  0.7219      0.783 0.200 0.800
#> SRR1357781     2  0.7219      0.783 0.200 0.800
#> SRR1315517     2  0.7219      0.783 0.200 0.800
#> SRR1400032     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1413722     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR612827      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR814794      1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR819430      1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR1395509     2  0.7139      0.735 0.196 0.804
#> SRR808728      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1070813     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1389133     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR601263      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR604718      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1481351     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1334608     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR658681      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR809283      2  0.9710      0.283 0.400 0.600
#> SRR1459300     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR1392547     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR811049      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1464835     1  0.9635      0.435 0.612 0.388
#> SRR1339619     2  0.7219      0.783 0.200 0.800
#> SRR658501      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1447523     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1415048     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR1444348     2  0.7219      0.783 0.200 0.800
#> SRR603890      2  0.7219      0.783 0.200 0.800
#> SRR810595      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1446244     2  0.7219      0.783 0.200 0.800
#> SRR817373      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1457291     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR598220      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1477991     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR598172      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1349032     2  0.7219      0.783 0.200 0.800
#> SRR604002      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1378026     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1404401     2  0.6887      0.799 0.184 0.816
#> SRR1333240     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1089399     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR603421      2  0.6887      0.799 0.184 0.816
#> SRR812562      1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR808520      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR811839      1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR814317      2  0.7219      0.783 0.200 0.800
#> SRR1436763     1  0.7219      0.746 0.800 0.200
#> SRR1486021     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1465018     2  0.7219      0.783 0.200 0.800
#> SRR1080998     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1083432     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1082833     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR1326536     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR614011      2  0.7219      0.783 0.200 0.800
#> SRR1365873     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1498789     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR601581      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR603566      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1373981     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR821410      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1076511     1  0.7219      0.746 0.800 0.200
#> SRR614143      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1333570     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1366813     2  0.6148      0.829 0.152 0.848
#> SRR1388746     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR1420558     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1409510     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR816250      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR614131      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1331130     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR1316015     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1470798     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR614179      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1474863     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR813560      2  0.7219      0.783 0.200 0.800
#> SRR1312187     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1420960     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1355102     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1084577     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR659971      2  0.7219      0.783 0.200 0.800
#> SRR1350855     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR820779      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1476300     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1090907     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR662294      2  0.7219      0.783 0.200 0.800
#> SRR1480789     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1336263     1  0.9833      0.341 0.576 0.424
#> SRR660776      1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR1090508     2  0.6887      0.799 0.184 0.816
#> SRR615563      1  0.8144      0.671 0.748 0.252
#> SRR1101175     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR2164650     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1431205     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1339856     2  0.0376      0.942 0.004 0.996
#> SRR1352147     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR808968      1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR627419      2  0.7219      0.783 0.200 0.800
#> SRR1402391     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR663609      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR2167857     2  0.6887      0.799 0.184 0.816
#> SRR1398752     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR1405437     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1416955     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR1317064     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR659001      2  0.6148      0.797 0.152 0.848
#> SRR2170696     2  0.9710      0.283 0.400 0.600
#> SRR816589      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1087487     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1329485     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR816920      2  0.7139      0.735 0.196 0.804
#> SRR1341432     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR1361590     1  0.9710      0.406 0.600 0.400
#> SRR817046      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1471331     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR660788      2  0.9710      0.283 0.400 0.600
#> SRR819234      1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR810853      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR809427      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR2170217     2  0.9710      0.283 0.400 0.600
#> SRR1386967     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1420344     2  0.7219      0.783 0.200 0.800
#> SRR1334535     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR614503      2  0.7219      0.783 0.200 0.800
#> SRR602564      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1420669     2  0.7219      0.729 0.200 0.800
#> SRR819024      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR656223      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR608428      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1345647     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR1389324     2  0.6887      0.799 0.184 0.816
#> SRR1361368     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1322619     2  0.7219      0.783 0.200 0.800
#> SRR1349276     1  0.9909      0.282 0.556 0.444
#> SRR1404024     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR1370637     2  0.7219      0.783 0.200 0.800
#> SRR1452631     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR608392      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1357757     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1074646     2  0.8499      0.594 0.276 0.724
#> SRR1367499     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1343501     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1394406     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1381435     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1467407     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR1092422     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1380270     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1091817     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1440137     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR614311      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1407516     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR815494      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1333209     2  0.5946      0.837 0.144 0.856
#> SRR615177      2  0.9710      0.283 0.400 0.600
#> SRR1099648     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR659720      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR2185057     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR1467125     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR657468      1  0.7219      0.746 0.800 0.200
#> SRR660042      2  0.5294      0.836 0.120 0.880
#> SRR2170864     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1440491     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1440852     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR811169      1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR1331311     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR818009      1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR1351836     2  0.7219      0.783 0.200 0.800
#> SRR1498313     2  0.6048      0.833 0.148 0.852
#> SRR1441975     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR819096      1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR1073679     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1489116     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1354138     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1490589     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1412987     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR602034      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1353437     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR1072871     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR661577      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR612190      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1399880     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR1101787     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR657869      1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR1446332     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR816039      1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR1485141     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1476697     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR1379538     2  0.7219      0.783 0.200 0.800
#> SRR1331422     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR660859      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1097594     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR1311419     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1336706     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1472976     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1321307     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR807493      1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR812461      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1477149     2  0.7219      0.783 0.200 0.800
#> SRR1457397     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR661913      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1069024     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR2165634     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR1478722     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1328642     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1488261     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1318815     1  0.3274      0.900 0.940 0.060
#> SRR816945      1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR1367432     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR1359280     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1313910     2  0.7219      0.783 0.200 0.800
#> SRR1457315     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR815398      1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR656958      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR600688      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1098952     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR1314916     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR614167      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1348114     2  0.7219      0.783 0.200 0.800
#> SRR658033      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1077503     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR661854      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR811379      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1318857     2  0.7219      0.783 0.200 0.800
#> SRR656445      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1433044     2  0.6887      0.799 0.184 0.816
#> SRR1486391     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR656071      2  0.7219      0.729 0.200 0.800
#> SRR1364824     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR1379133     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR816745      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR601038      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1360080     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR814868      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1485997     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR1435560     2  0.7219      0.729 0.200 0.800
#> SRR1333330     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR663513      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1328407     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR602784      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1348468     1  0.9661      0.426 0.608 0.392
#> SRR663717      2  0.7219      0.783 0.200 0.800
#> SRR602217      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR603140      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1340804     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR1457574     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1333462     2  0.7219      0.783 0.200 0.800
#> SRR1094601     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR1434610     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1435833     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1398728     2  0.7219      0.783 0.200 0.800
#> SRR1358343     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR1410890     2  0.7219      0.783 0.200 0.800
#> SRR1350371     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR1392478     2  0.7219      0.783 0.200 0.800
#> SRR1099260     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1433576     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1345541     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1086328     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR810391      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1476207     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR627435      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1489862     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR1419086     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR1396191     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1490115     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1377714     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR819394      1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR663161      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR607042      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR656203      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR660602      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1440397     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR1369264     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR809233      1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR663249      2  0.7219      0.783 0.200 0.800
#> SRR661242      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1332007     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR809619      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR819975      1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR599281      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR662366      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1317898     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1382485     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR2166420     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR1419429     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR1092541     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR817444      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1320403     2  0.5946      0.836 0.144 0.856
#> SRR1101483     2  0.7219      0.783 0.200 0.800
#> SRR1331684     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1400054     2  0.9710      0.283 0.400 0.600
#> SRR1406088     2  0.7219      0.783 0.200 0.800
#> SRR820733      2  0.7219      0.729 0.200 0.800
#> SRR1314113     1  0.9710      0.406 0.600 0.400
#> SRR1382615     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1480745     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR1468850     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR656782      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR821364      1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR1101106     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR659295      2  0.6887      0.799 0.184 0.816
#> SRR1357103     2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR809185      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR811583      2  0.0000      0.945 0.000 1.000
#> SRR1468050     1  0.0000      0.954 1.000 0.000
#> SRR1440224     2  0.6801      0.803 0.180 0.820

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> SRR1500170     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402368     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR607743      3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457375     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470923     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR817954      1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR809259      1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439785     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR814768      1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102031     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363611     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468447     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071931     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR810981      1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR615299      2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR663585      3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1326773     3  0.5882     0.4935 0.000 0.348 0.652
#> SRR1351166     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477452     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084720     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420320     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081712     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318241     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333718     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1313514     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477861     2  0.6299     0.0264 0.000 0.524 0.476
#> SRR1318005     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354665     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR657707      3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370742     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1412947     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR661553      3  0.4974     0.6681 0.000 0.236 0.764
#> SRR1328869     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR662211      2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348181     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416560     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1319772     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1091452     2  0.6308     0.0523 0.000 0.508 0.492
#> SRR1338812     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392072     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR814844      1  0.6126     0.3632 0.600 0.400 0.000
#> SRR1376619     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR603690      2  0.0237     0.9405 0.000 0.996 0.004
#> SRR2184980     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR613963      1  0.8614     0.5352 0.600 0.172 0.228
#> SRR1323422     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397673     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434650     2  0.5926     0.4040 0.000 0.644 0.356
#> SRR659875      3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1465734     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1076847     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415072     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR659319      3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR663088      1  0.4555     0.7338 0.800 0.200 0.000
#> SRR1352021     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1325527     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR659935      2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352530     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR662594      3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095309     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR615647      3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR813019      3  0.5926     0.4743 0.000 0.356 0.644
#> SRR1374647     2  0.0237     0.9405 0.000 0.996 0.004
#> SRR603472      2  0.4555     0.7145 0.000 0.800 0.200
#> SRR661529      3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR607018      3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR627423      2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR654921      1  0.6111     0.3729 0.604 0.396 0.000
#> SRR1418968     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR660871      3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330522     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499958     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR614059      3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1071403     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486719     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440421     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310412     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR614767      2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR820709      1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR658093      3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088168     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418707     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354291     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR2165806     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415684     2  0.5948     0.4389 0.000 0.640 0.360
#> SRR1433860     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1311062     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360359     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR661385      3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR615407      2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413892     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1443459     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338942     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR657480      3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399433     2  0.6180     0.2972 0.000 0.584 0.416
#> SRR818537      3  0.6299     0.1443 0.000 0.476 0.524
#> SRR1101324     1  0.6307     0.0508 0.512 0.000 0.488
#> SRR807637      2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091918     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR598300      3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1085426     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376294     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR813891      1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467431     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR658742      3  0.4842     0.6861 0.224 0.000 0.776
#> SRR1419234     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404813     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR603496      3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407758     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR810945      2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR817234      2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444852     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR660378      3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467835     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338964     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1079259     2  0.3267     0.8294 0.000 0.884 0.116
#> SRR1072345     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR598725      3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447938     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356397     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360460     2  0.4555     0.7069 0.200 0.800 0.000
#> SRR1429468     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446850     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320363     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413810     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR598831      2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381865     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR660957      3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1491332     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099744     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464618     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414559     3  0.6126     0.3158 0.400 0.000 0.600
#> SRR1337540     1  0.4555     0.7338 0.800 0.200 0.000
#> SRR1444283     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR2184942     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR660295      1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR601335      3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1363742     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1345847     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR614960      3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR819919      1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR603330      2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327951     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345266     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338055     2  0.2448     0.8719 0.000 0.924 0.076
#> SRR1430157     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320137     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093483     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341080     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459913     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170490     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479845     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1436420     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481060     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR662282      3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487089     1  0.6180     0.3211 0.584 0.416 0.000
#> SRR1075683     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338536     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338880     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453456     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457895     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440603     3  0.6299     0.1443 0.000 0.476 0.524
#> SRR658633      2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388081     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR813339      3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR809725      1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR627441      2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR613603      3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1096571     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1392701     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1344326     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367693     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR660697      2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489926     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR811491      3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1311644     1  0.6305     0.0654 0.516 0.000 0.484
#> SRR1451740     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR615117      2  0.6126     0.2834 0.000 0.600 0.400
#> SRR1391748     2  0.5810     0.4507 0.336 0.664 0.000
#> SRR1466556     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR614972      3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406200     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR819210      3  0.4887     0.6813 0.000 0.228 0.772
#> SRR662174      1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR811988      1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR663236      3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1312598     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330129     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357781     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315517     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400032     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413722     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR612827      3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR814794      1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR819430      1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1395509     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR808728      3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1070813     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389133     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR601263      3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR604718      2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1481351     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1334608     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR658681      3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR809283      2  0.6345     0.2791 0.400 0.596 0.004
#> SRR1459300     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392547     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR811049      3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1464835     1  0.6215     0.2873 0.572 0.428 0.000
#> SRR1339619     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR658501      3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447523     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415048     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444348     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR603890      2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR810595      3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1446244     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR817373      2  0.3192     0.8394 0.000 0.888 0.112
#> SRR1457291     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR598220      3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1477991     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR598172      2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349032     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR604002      2  0.1411     0.9111 0.000 0.964 0.036
#> SRR1378026     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404401     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333240     2  0.4555     0.7145 0.000 0.800 0.200
#> SRR1089399     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR603421      2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR812562      1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR808520      3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR811839      1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR814317      2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436763     1  0.6126     0.3632 0.600 0.400 0.000
#> SRR1486021     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465018     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080998     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083432     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1082833     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326536     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR614011      2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1365873     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498789     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR601581      2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR603566      3  0.4555     0.7435 0.000 0.200 0.800
#> SRR1373981     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR821410      2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076511     1  0.4555     0.7338 0.800 0.200 0.000
#> SRR614143      3  0.6126     0.3713 0.000 0.400 0.600
#> SRR1333570     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1366813     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388746     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420558     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409510     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR816250      2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR614131      2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331130     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316015     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470798     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR614179      3  0.4235     0.7739 0.000 0.176 0.824
#> SRR1474863     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR813560      2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312187     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420960     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1355102     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1084577     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR659971      2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350855     2  0.6126     0.2848 0.400 0.600 0.000
#> SRR820779      3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476300     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090907     2  0.3267     0.8342 0.000 0.884 0.116
#> SRR662294      2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480789     3  0.4555     0.7435 0.000 0.200 0.800
#> SRR1336263     2  0.5810     0.4507 0.336 0.664 0.000
#> SRR660776      1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090508     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR615563      2  0.6154     0.2616 0.408 0.592 0.000
#> SRR1101175     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR2164650     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1431205     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339856     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352147     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR808968      1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR627419      2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402391     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR663609      3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR2167857     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398752     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405437     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416955     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317064     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR659001      2  0.4062     0.7781 0.000 0.836 0.164
#> SRR2170696     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR816589      3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1087487     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1329485     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR816920      3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1341432     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361590     1  0.6168     0.3319 0.588 0.412 0.000
#> SRR817046      3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1471331     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR660788      3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR819234      1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR810853      3  0.4605     0.7382 0.000 0.204 0.796
#> SRR809427      2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170217     3  0.9576    -0.0209 0.196 0.396 0.408
#> SRR1386967     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420344     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334535     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR614503      2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR602564      3  0.5465     0.6151 0.000 0.288 0.712
#> SRR1420669     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR819024      3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR656223      3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR608428      2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345647     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389324     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1361368     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322619     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349276     2  0.4399     0.7252 0.188 0.812 0.000
#> SRR1404024     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370637     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452631     1  0.6154     0.3426 0.592 0.408 0.000
#> SRR608392      3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1357757     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1074646     3  0.4931     0.6750 0.000 0.232 0.768
#> SRR1367499     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343501     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394406     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381435     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467407     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092422     2  0.4555     0.7145 0.000 0.800 0.200
#> SRR1380270     3  0.4555     0.7435 0.000 0.200 0.800
#> SRR1091817     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440137     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR614311      2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407516     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR815494      3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333209     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR615177      3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099648     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR659720      3  0.6045     0.4199 0.000 0.380 0.620
#> SRR2185057     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467125     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR657468      1  0.6079     0.3585 0.612 0.000 0.388
#> SRR660042      3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170864     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440491     2  0.6180     0.2972 0.000 0.584 0.416
#> SRR1440852     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR811169      1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331311     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR818009      1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351836     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498313     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441975     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR819096      1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073679     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1489116     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1354138     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490589     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1412987     1  0.5098     0.6630 0.752 0.248 0.000
#> SRR602034      3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1353437     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072871     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR661577      2  0.6302     0.0963 0.000 0.520 0.480
#> SRR612190      3  0.4974     0.6680 0.000 0.236 0.764
#> SRR1399880     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101787     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR657869      1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446332     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR816039      1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485141     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476697     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379538     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331422     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR660859      3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1097594     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311419     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1336706     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472976     2  0.4931     0.6821 0.000 0.768 0.232
#> SRR1321307     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR807493      1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR812461      3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1477149     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457397     2  0.6126     0.2834 0.000 0.600 0.400
#> SRR661913      3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1069024     3  0.6126     0.3713 0.000 0.400 0.600
#> SRR2165634     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478722     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1328642     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488261     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318815     1  0.6126     0.3632 0.600 0.400 0.000
#> SRR816945      1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367432     1  0.6126     0.3632 0.600 0.400 0.000
#> SRR1359280     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313910     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457315     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR815398      1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR656958      3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR600688      3  0.0424     0.9413 0.000 0.008 0.992
#> SRR1098952     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314916     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR614167      3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348114     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR658033      2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077503     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR661854      3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR811379      2  0.2796     0.8587 0.000 0.908 0.092
#> SRR1318857     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR656445      3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433044     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486391     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR656071      3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1364824     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379133     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR816745      3  0.5138     0.6679 0.000 0.252 0.748
#> SRR601038      3  0.4555     0.7435 0.000 0.200 0.800
#> SRR1360080     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR814868      3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1485997     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435560     3  0.6111     0.3182 0.000 0.396 0.604
#> SRR1333330     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR663513      3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1328407     3  0.6225     0.2834 0.000 0.432 0.568
#> SRR602784      3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348468     2  0.6307    -0.0144 0.488 0.512 0.000
#> SRR663717      2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR602217      2  0.4555     0.7145 0.000 0.800 0.200
#> SRR603140      3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340804     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457574     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333462     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1094601     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434610     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1435833     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398728     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358343     1  0.0747     0.9363 0.984 0.016 0.000
#> SRR1410890     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350371     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392478     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099260     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433576     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1345541     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1086328     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR810391      3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476207     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR627435      3  0.4399     0.7590 0.000 0.188 0.812
#> SRR1489862     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419086     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396191     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490115     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1377714     3  0.3879     0.8023 0.000 0.152 0.848
#> SRR819394      1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR663161      3  0.5178     0.6338 0.000 0.256 0.744
#> SRR607042      3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR656203      2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR660602      3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440397     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1369264     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR809233      1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR663249      2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR661242      3  0.1643     0.9095 0.000 0.044 0.956
#> SRR1332007     3  0.6126     0.3713 0.000 0.400 0.600
#> SRR809619      2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR819975      1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR599281      2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR662366      3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1317898     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1382485     3  0.6008     0.3834 0.000 0.372 0.628
#> SRR2166420     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419429     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092541     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR817444      3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1320403     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101483     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331684     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1400054     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406088     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR820733      3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1314113     3  0.0424     0.9412 0.008 0.000 0.992
#> SRR1382615     3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR1480745     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468850     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR656782      3  0.0000     0.9479 0.000 0.000 1.000
#> SRR821364      1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101106     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR659295      2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357103     3  0.6126     0.3713 0.000 0.400 0.600
#> SRR809185      2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR811583      2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468050     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440224     2  0.0000     0.9440 0.000 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR1500170     2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402368     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR607743      3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457375     2  0.1211    0.91900 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1470923     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954      1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259      1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR814768      1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031     2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1363611     4  0.0000    0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468447     2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071931     4  0.3610    0.74195 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR810981      1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299      2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663585      3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326773     3  0.3907    0.69164 0.000 0.232 0.768 0.000
#> SRR1351166     2  0.0592    0.94003 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1477452     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420320     4  0.0000    0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1081712     2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318241     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333718     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313514     2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477861     2  0.4855    0.34414 0.000 0.600 0.400 0.000
#> SRR1318005     2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354665     2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657707      3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370742     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1412947     2  0.0707    0.93672 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR661553      4  0.0000    0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1328869     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211      2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348181     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416560     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319772     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091452     4  0.0000    0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1338812     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072     2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814844      4  0.0000    0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1376619     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR603690      4  0.3610    0.74195 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR2184980     2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613963      4  0.0000    0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1323422     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434650     2  0.3610    0.74175 0.000 0.800 0.200 0.000
#> SRR659875      3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465734     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076847     2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415072     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319      3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663088      4  0.0000    0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352021     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935      4  0.0000    0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352530     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662594      3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095309     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647      3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR813019      3  0.4790    0.38272 0.000 0.380 0.620 0.000
#> SRR1374647     2  0.3123    0.79234 0.000 0.844 0.156 0.000
#> SRR603472      2  0.3610    0.74175 0.000 0.800 0.200 0.000
#> SRR661529      3  0.1022    0.94091 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR607018      3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR627423      2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR654921      4  0.0000    0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418968     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871      3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330522     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499958     2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614059      3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071403     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719     2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440421     2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310412     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614767      2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820709      1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093      3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088168     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418707     2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354291     2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2165806     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684     4  0.0000    0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433860     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311062     2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360359     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385      3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615407      2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413892     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443459     2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338942     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480      3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399433     4  0.0000    0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR818537      2  0.4855    0.34414 0.000 0.600 0.400 0.000
#> SRR1101324     4  0.0000    0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR807637      2  0.1211    0.91571 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1091918     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300      3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085426     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294     2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813891      1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431     2  0.3610    0.73415 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR658742      4  0.0000    0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419234     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813     2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603496      3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407758     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR810945      2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817234      2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444852     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660378      3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467835     2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338964     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079259     2  0.3280    0.81851 0.000 0.860 0.124 0.016
#> SRR1072345     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR598725      3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447938     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460     4  0.0000    0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1429468     2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446850     2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320363     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413810     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR598831      2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381865     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957      3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1491332     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099744     2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464618     4  0.0000    0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1414559     4  0.0000    0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1337540     1  0.3681    0.77389 0.816 0.008 0.000 0.176
#> SRR1444283     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660295      1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335      3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363742     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345847     4  0.2149    0.87706 0.000 0.088 0.000 0.912
#> SRR614960      3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR819919      1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330      2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327951     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266     2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338055     2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430157     2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320137     2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093483     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170490     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436420     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662282      3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487089     4  0.0000    0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1075683     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880     2  0.3569    0.73984 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR1453456     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457895     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603     2  0.4855    0.34414 0.000 0.600 0.400 0.000
#> SRR658633      2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388081     4  0.0000    0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR813339      3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809725      1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441      2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613603      3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096571     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392701     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693     2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660697      2  0.4843    0.33984 0.000 0.604 0.000 0.396
#> SRR1489926     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811491      3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311644     4  0.0000    0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1451740     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615117      2  0.3610    0.74175 0.000 0.800 0.200 0.000
#> SRR1391748     4  0.0000    0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466556     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614972      3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406200     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210      4  0.0000    0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR662174      1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988      1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236      4  0.0000    0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1312598     2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330129     2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357781     2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315517     2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400032     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413722     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827      3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR814794      1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430      1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509     4  0.0000    0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR808728      3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070813     2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389133     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR601263      3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR604718      4  0.0000    0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1481351     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334608     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658681      3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809283      4  0.0000    0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1459300     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811049      3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464835     4  0.0000    0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339619     2  0.0469    0.94328 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR658501      3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447523     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415048     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348     2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603890      2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810595      3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446244     2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817373      4  0.0000    0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457291     4  0.3610    0.74195 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR598220      3  0.1118    0.93558 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1477991     2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598172      2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349032     2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR604002      2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378026     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404401     2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333240     2  0.3486    0.75585 0.000 0.812 0.188 0.000
#> SRR1089399     2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603421      2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR812562      1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520      3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811839      1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317      2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436763     4  0.0000    0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1486021     4  0.4790    0.38636 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR1465018     2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080998     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083432     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082833     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614011      2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365873     2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498789     2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR601581      4  0.0336    0.95228 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR603566      3  0.3649    0.73509 0.000 0.204 0.796 0.000
#> SRR1373981     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410      2  0.0188    0.94953 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1076511     4  0.0000    0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR614143      3  0.4888    0.29353 0.000 0.412 0.588 0.000
#> SRR1333570     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366813     2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388746     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409510     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816250      2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614131      2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331130     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470798     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614179      3  0.3610    0.74090 0.000 0.200 0.800 0.000
#> SRR1474863     2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813560      2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312187     4  0.0000    0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420960     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355102     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084577     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659971      2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350855     4  0.0000    0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR820779      3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476300     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090907     4  0.0000    0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR662294      2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480789     3  0.3688    0.72916 0.000 0.208 0.792 0.000
#> SRR1336263     4  0.0000    0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR660776      1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508     2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615563      4  0.0000    0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1101175     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431205     2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339856     4  0.0000    0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352147     2  0.3610    0.73415 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR808968      1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419      2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402391     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609      3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2167857     2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398752     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437     2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416955     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064     4  0.3610    0.74195 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR659001      4  0.0000    0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170696     4  0.0000    0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR816589      3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087487     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329485     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816920      4  0.0000    0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1341432     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590     4  0.0000    0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR817046      3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471331     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660788      4  0.0000    0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR819234      1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853      3  0.3837    0.70458 0.000 0.224 0.776 0.000
#> SRR809427      4  0.0000    0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170217     4  0.0000    0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1386967     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420344     2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334535     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503      2  0.0336    0.94646 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR602564      4  0.5609    0.66780 0.000 0.200 0.088 0.712
#> SRR1420669     4  0.0000    0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR819024      3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR656223      3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608428      2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345647     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324     2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361368     4  0.4477    0.54769 0.000 0.312 0.000 0.688
#> SRR1322619     2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349276     4  0.0000    0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404024     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637     2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452631     4  0.0000    0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR608392      3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357757     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1074646     4  0.0000    0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1367499     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343501     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394406     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381435     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467407     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422     2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380270     3  0.3764    0.71706 0.000 0.216 0.784 0.000
#> SRR1091817     2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440137     2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614311      4  0.0000    0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407516     4  0.0000    0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR815494      3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333209     4  0.0000    0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR615177      4  0.0000    0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099648     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659720      3  0.4855    0.32833 0.000 0.400 0.600 0.000
#> SRR2185057     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468      4  0.0000    0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR660042      3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170864     2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440491     4  0.0000    0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440852     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811169      1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311     4  0.0000    0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR818009      1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836     2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498313     2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441975     2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819096      1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679     4  0.4790    0.41151 0.000 0.000 0.380 0.620
#> SRR1489116     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354138     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490589     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1412987     4  0.0000    0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR602034      3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353437     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661577      4  0.0000    0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR612190      4  0.0000    0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399880     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787     4  0.0000    0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR657869      1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039      1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476697     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538     4  0.3486    0.76319 0.000 0.188 0.000 0.812
#> SRR1331422     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859      3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1097594     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336706     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472976     4  0.0000    0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1321307     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493      1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461      3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477149     2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457397     2  0.3610    0.74175 0.000 0.800 0.200 0.000
#> SRR661913      3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069024     3  0.4866    0.31694 0.000 0.404 0.596 0.000
#> SRR2165634     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328642     2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488261     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318815     4  0.0000    0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR816945      1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432     4  0.0000    0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359280     2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313910     2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457315     4  0.0000    0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR815398      1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958      3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR600688      4  0.0000    0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098952     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614167      3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348114     2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658033      2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077503     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661854      3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811379      4  0.0000    0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318857     2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656445      3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433044     2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486391     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071      3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1364824     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745      3  0.4304    0.59920 0.000 0.284 0.716 0.000
#> SRR601038      3  0.3649    0.73509 0.000 0.204 0.796 0.000
#> SRR1360080     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868      3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485997     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560     4  0.0000    0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333330     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513      3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328407     2  0.4961    0.19844 0.000 0.552 0.448 0.000
#> SRR602784      3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348468     4  0.0000    0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR663717      2  0.4907    0.23086 0.000 0.580 0.000 0.420
#> SRR602217      2  0.3610    0.74175 0.000 0.800 0.200 0.000
#> SRR603140      3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340804     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333462     2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1094601     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610     4  0.4907    0.24046 0.000 0.000 0.420 0.580
#> SRR1435833     4  0.0000    0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1398728     2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358343     1  0.2131    0.93349 0.932 0.032 0.000 0.036
#> SRR1410890     2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350371     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478     2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099260     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433576     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345541     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086328     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391      3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476207     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR627435      3  0.3610    0.74090 0.000 0.200 0.800 0.000
#> SRR1489862     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490115     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377714     3  0.3024    0.81182 0.000 0.148 0.852 0.000
#> SRR819394      1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161      4  0.0000    0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR607042      3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR656203      4  0.4277    0.61027 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR660602      3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440397     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233      1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249      2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661242      4  0.0000    0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1332007     2  0.4948    0.22474 0.000 0.560 0.440 0.000
#> SRR809619      4  0.3486    0.75853 0.000 0.188 0.000 0.812
#> SRR819975      1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281      2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662366      3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317898     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382485     4  0.0000    0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2166420     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR817444      3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320403     2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101483     2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331684     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400054     4  0.0000    0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406088     2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820733      4  0.0000    0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1314113     4  0.0000    0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1382615     3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480745     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850     2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656782      3  0.0000    0.97101 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR821364      1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295      2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357103     3  0.5000   -0.00191 0.000 0.496 0.504 0.000
#> SRR809185      4  0.0000    0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR811583      4  0.0000    0.95865 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468050     1  0.0000    0.99788 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224     2  0.0000    0.95255 0.000 1.000 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR1500170     2  0.0000     0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402368     3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607743      3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457375     2  0.0162     0.8936 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1470923     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954      1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259      1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785     3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814768      1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031     2  0.0000     0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1363611     4  0.0404     0.9326 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1468447     2  0.3612     0.8289 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1071931     4  0.3274     0.7129 0.000 0.220 0.000 0.780 0.000
#> SRR810981      1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299      2  0.3612     0.8289 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR663585      3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326773     5  0.3863     0.9041 0.000 0.000 0.248 0.012 0.740
#> SRR1351166     2  0.0000     0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477452     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720     3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420320     4  0.0000     0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081712     2  0.0510     0.8930 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1318241     3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333718     5  0.3684     0.8957 0.000 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR1313514     2  0.3612     0.8289 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1477861     5  0.3003     0.8740 0.000 0.000 0.188 0.000 0.812
#> SRR1318005     2  0.3612     0.8289 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1354665     2  0.0000     0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657707      3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370742     3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1412947     2  0.0000     0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661553      4  0.0000     0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328869     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211      2  0.0000     0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348181     3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416560     3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319772     3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091452     4  0.0000     0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338812     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072     2  0.3612     0.8289 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR814844      4  0.0000     0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376619     3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603690      4  0.3210     0.7246 0.000 0.212 0.000 0.788 0.000
#> SRR2184980     2  0.0000     0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613963      4  0.0000     0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323422     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673     3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434650     5  0.2690     0.8469 0.000 0.000 0.156 0.000 0.844
#> SRR659875      5  0.3534     0.9069 0.000 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1465734     3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076847     2  0.3612     0.8289 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1415072     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319      5  0.3684     0.8957 0.000 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR663088      4  0.0000     0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352021     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935      4  0.0000     0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352530     3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662594      3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095309     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647      3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813019      5  0.3452     0.9083 0.000 0.000 0.244 0.000 0.756
#> SRR1374647     2  0.4251     0.7221 0.000 0.624 0.004 0.000 0.372
#> SRR603472      5  0.0000     0.6782 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR661529      3  0.0510     0.9509 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR607018      5  0.3684     0.8957 0.000 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR627423      2  0.0000     0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654921      4  0.0000     0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418968     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871      3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330522     3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499958     2  0.0000     0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614059      3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071403     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719     2  0.0000     0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440421     2  0.3612     0.8289 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1310412     3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614767      2  0.0000     0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820709      1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093      3  0.4278    -0.3071 0.000 0.000 0.548 0.000 0.452
#> SRR1088168     3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418707     2  0.0000     0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354291     2  0.3612     0.8289 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR2165806     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684     4  0.0000     0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433860     3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311062     2  0.3612     0.8289 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1360359     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385      3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615407      2  0.3612     0.8289 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1413892     3  0.3074     0.6400 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR1443459     2  0.0000     0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338942     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480      5  0.3684     0.8957 0.000 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR1399433     4  0.0000     0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR818537      5  0.3003     0.8740 0.000 0.000 0.188 0.000 0.812
#> SRR1101324     4  0.0000     0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR807637      2  0.0000     0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091918     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300      3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085426     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294     2  0.0000     0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813891      1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431     2  0.3109     0.7469 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR658742      4  0.0000     0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419234     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813     2  0.0000     0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603496      5  0.3480     0.9085 0.000 0.000 0.248 0.000 0.752
#> SRR1407758     3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810945      2  0.3612     0.8289 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR817234      2  0.3612     0.8289 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1444852     3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660378      3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467835     2  0.0000     0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338964     3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1079259     2  0.3336     0.6635 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1072345     3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598725      3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447938     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460     4  0.0000     0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429468     2  0.0000     0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446850     2  0.3612     0.8289 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1320363     3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413810     3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598831      2  0.0000     0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381865     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957      3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1491332     5  0.3684     0.8957 0.000 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR1099744     2  0.0162     0.8943 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1464618     4  0.3612     0.6903 0.000 0.268 0.000 0.732 0.000
#> SRR1414559     4  0.0000     0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337540     1  0.3318     0.7658 0.800 0.192 0.000 0.008 0.000
#> SRR1444283     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942     3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660295      1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335      3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1363742     3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345847     4  0.3143     0.7391 0.000 0.204 0.000 0.796 0.000
#> SRR614960      3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819919      1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330      2  0.3684     0.8212 0.000 0.720 0.000 0.000 0.280
#> SRR1327951     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266     2  0.0000     0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338055     2  0.3796     0.8050 0.000 0.700 0.000 0.000 0.300
#> SRR1430157     2  0.0000     0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320137     2  0.0000     0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1093483     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913     3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2170490     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845     3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436420     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060     5  0.3684     0.8957 0.000 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR662282      3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487089     4  0.0000     0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075683     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880     2  0.0290     0.8906 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1453456     3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457895     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603     5  0.0794     0.7165 0.000 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR658633      2  0.0510     0.8930 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1388081     4  0.0000     0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR813339      3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809725      1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441      2  0.3661     0.8238 0.000 0.724 0.000 0.000 0.276
#> SRR613603      3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096571     5  0.3480     0.9085 0.000 0.000 0.248 0.000 0.752
#> SRR1392701     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693     2  0.0000     0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660697      2  0.2329     0.7885 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1489926     5  0.3612     0.9022 0.000 0.000 0.268 0.000 0.732
#> SRR811491      3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311644     4  0.0000     0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1451740     3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615117      5  0.0404     0.6949 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1391748     4  0.0000     0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466556     3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614972      3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406200     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210      4  0.0000     0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662174      1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988      1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236      4  0.0000     0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312598     2  0.0000     0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330129     2  0.3612     0.8289 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1357781     2  0.3612     0.8289 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1315517     2  0.3612     0.8289 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1400032     3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413722     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827      3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814794      1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430      1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509     4  0.0000     0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR808728      5  0.3684     0.8957 0.000 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR1070813     2  0.0000     0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389133     3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR601263      3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR604718      4  0.0000     0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1481351     5  0.3612     0.9022 0.000 0.000 0.268 0.000 0.732
#> SRR1334608     3  0.4161    -0.0545 0.000 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR658681      5  0.3684     0.8957 0.000 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR809283      4  0.0000     0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459300     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547     5  0.3636     0.9004 0.000 0.000 0.272 0.000 0.728
#> SRR811049      3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464835     4  0.0000     0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339619     2  0.0000     0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658501      3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447523     3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415048     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348     2  0.0000     0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603890      2  0.3612     0.8289 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR810595      3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446244     2  0.0000     0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817373      4  0.0000     0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457291     4  0.3305     0.7099 0.000 0.224 0.000 0.776 0.000
#> SRR598220      3  0.2516     0.7505 0.000 0.000 0.860 0.140 0.000
#> SRR1477991     2  0.0000     0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598172      2  0.3612     0.8289 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1349032     2  0.0000     0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604002      2  0.3684     0.8212 0.000 0.720 0.000 0.000 0.280
#> SRR1378026     3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404401     2  0.3612     0.8289 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1333240     5  0.0000     0.6782 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1089399     2  0.0000     0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603421      2  0.3612     0.8289 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR812562      1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520      5  0.3684     0.8957 0.000 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR811839      1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317      2  0.0000     0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436763     4  0.0000     0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486021     4  0.4201     0.2960 0.000 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR1465018     2  0.3612     0.8289 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1080998     3  0.2516     0.7606 0.000 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR1083432     3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082833     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536     3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614011      2  0.0000     0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365873     2  0.3612     0.8289 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1498789     2  0.0404     0.8934 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR601581      4  0.3707     0.6687 0.000 0.284 0.000 0.716 0.000
#> SRR603566      5  0.3452     0.9083 0.000 0.000 0.244 0.000 0.756
#> SRR1373981     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410      2  0.0000     0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076511     4  0.0000     0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614143      5  0.3003     0.8740 0.000 0.000 0.188 0.000 0.812
#> SRR1333570     3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366813     2  0.0000     0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388746     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558     3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409510     3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816250      2  0.0000     0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614131      2  0.3452     0.8362 0.000 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR1331130     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015     3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470798     3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614179      5  0.3452     0.9083 0.000 0.000 0.244 0.000 0.756
#> SRR1474863     2  0.0510     0.8930 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR813560      2  0.0000     0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312187     4  0.0000     0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420960     3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355102     3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084577     3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659971      2  0.0000     0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350855     4  0.0000     0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR820779      3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476300     3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090907     4  0.0000     0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662294      2  0.3612     0.8289 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1480789     5  0.3452     0.9083 0.000 0.000 0.244 0.000 0.756
#> SRR1336263     4  0.0000     0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660776      1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508     2  0.3684     0.8212 0.000 0.720 0.000 0.000 0.280
#> SRR615563      4  0.0000     0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101175     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650     5  0.3480     0.9085 0.000 0.000 0.248 0.000 0.752
#> SRR1431205     2  0.3612     0.8289 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1339856     4  0.3949     0.5975 0.000 0.332 0.000 0.668 0.000
#> SRR1352147     2  0.1671     0.8562 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR808968      1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419      2  0.3534     0.8328 0.000 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR1402391     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609      5  0.3534     0.9069 0.000 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR2167857     2  0.3684     0.8212 0.000 0.720 0.000 0.000 0.280
#> SRR1398752     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437     2  0.0000     0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416955     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064     4  0.3336     0.7036 0.000 0.228 0.000 0.772 0.000
#> SRR659001      4  0.0000     0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170696     4  0.0000     0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816589      3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087487     3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329485     3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816920      4  0.0000     0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341432     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590     4  0.0000     0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR817046      3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471331     3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660788      4  0.0000     0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR819234      1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853      5  0.3452     0.9083 0.000 0.000 0.244 0.000 0.756
#> SRR809427      4  0.0000     0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170217     4  0.0000     0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1386967     3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420344     2  0.0000     0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334535     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503      2  0.0000     0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602564      4  0.4581     0.6867 0.000 0.196 0.000 0.732 0.072
#> SRR1420669     4  0.0000     0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR819024      3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656223      3  0.4242    -0.2144 0.000 0.000 0.572 0.000 0.428
#> SRR608428      2  0.1341     0.8843 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1345647     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324     2  0.3612     0.8289 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1361368     2  0.4138     0.3801 0.000 0.616 0.000 0.384 0.000
#> SRR1322619     2  0.0000     0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349276     4  0.0000     0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404024     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637     2  0.0000     0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452631     4  0.3003     0.7779 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR608392      5  0.3612     0.9022 0.000 0.000 0.268 0.000 0.732
#> SRR1357757     3  0.0290     0.9643 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1074646     4  0.0000     0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367499     3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343501     5  0.3684     0.8957 0.000 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR1394406     5  0.3707     0.8903 0.000 0.000 0.284 0.000 0.716
#> SRR1381435     3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467407     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422     5  0.0000     0.6782 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1380270     5  0.3452     0.9083 0.000 0.000 0.244 0.000 0.756
#> SRR1091817     2  0.0510     0.8930 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1440137     2  0.0000     0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614311      4  0.3612     0.6903 0.000 0.268 0.000 0.732 0.000
#> SRR1407516     4  0.0000     0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR815494      3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333209     4  0.0000     0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615177      4  0.0000     0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099648     5  0.3684     0.8957 0.000 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR659720      5  0.3452     0.9083 0.000 0.000 0.244 0.000 0.756
#> SRR2185057     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468      4  0.0000     0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660042      3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2170864     2  0.0404     0.8934 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1440491     4  0.0000     0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440852     3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811169      1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311     4  0.0000     0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR818009      1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836     2  0.0000     0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498313     2  0.3684     0.8212 0.000 0.720 0.000 0.000 0.280
#> SRR1441975     2  0.0703     0.8915 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR819096      1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679     4  0.4171     0.3648 0.000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR1489116     5  0.3561     0.9055 0.000 0.000 0.260 0.000 0.740
#> SRR1354138     3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490589     3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1412987     4  0.0000     0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR602034      3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353437     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871     5  0.3636     0.9004 0.000 0.000 0.272 0.000 0.728
#> SRR661577      4  0.0000     0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR612190      4  0.0000     0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399880     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787     4  0.0000     0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR657869      1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039      1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141     3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476697     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538     4  0.3684     0.6739 0.000 0.280 0.000 0.720 0.000
#> SRR1331422     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859      3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097594     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419     3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336706     5  0.3480     0.9085 0.000 0.000 0.248 0.000 0.752
#> SRR1472976     4  0.0000     0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321307     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493      1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461      3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477149     2  0.3612     0.8289 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1457397     5  0.0000     0.6782 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR661913      3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069024     5  0.3003     0.8740 0.000 0.000 0.188 0.000 0.812
#> SRR2165634     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722     3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328642     2  0.3612     0.8289 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1488261     3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318815     4  0.0000     0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816945      1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432     4  0.0162     0.9381 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1359280     2  0.3612     0.8289 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1313910     2  0.0000     0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457315     4  0.0000     0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR815398      1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958      3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR600688      4  0.0000     0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098952     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916     3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614167      3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348114     2  0.0000     0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658033      2  0.0510     0.8930 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1077503     5  0.4304     0.5017 0.000 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR661854      5  0.3612     0.9022 0.000 0.000 0.268 0.000 0.732
#> SRR811379      4  0.0000     0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318857     2  0.0000     0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656445      3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433044     2  0.3612     0.8289 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1486391     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071      3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364824     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745      5  0.3452     0.9083 0.000 0.000 0.244 0.000 0.756
#> SRR601038      5  0.3452     0.9083 0.000 0.000 0.244 0.000 0.756
#> SRR1360080     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868      3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485997     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560     4  0.0000     0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333330     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513      3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328407     5  0.3452     0.9083 0.000 0.000 0.244 0.000 0.756
#> SRR602784      5  0.3684     0.8957 0.000 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR1348468     4  0.0000     0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663717      2  0.3242     0.6486 0.000 0.784 0.000 0.216 0.000
#> SRR602217      5  0.3074     0.8769 0.000 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR603140      3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340804     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574     3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333462     2  0.3612     0.8289 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1094601     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610     3  0.4287     0.1620 0.000 0.000 0.540 0.460 0.000
#> SRR1435833     4  0.0000     0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398728     2  0.0000     0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358343     1  0.4021     0.7276 0.764 0.200 0.000 0.036 0.000
#> SRR1410890     2  0.0000     0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350371     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478     2  0.0000     0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099260     5  0.4227     0.6631 0.000 0.000 0.420 0.000 0.580
#> SRR1433576     3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345541     3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086328     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391      3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476207     3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR627435      5  0.0963     0.7265 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1489862     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191     3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490115     3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377714     5  0.3452     0.9083 0.000 0.000 0.244 0.000 0.756
#> SRR819394      1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161      4  0.0000     0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR607042      5  0.3480     0.9085 0.000 0.000 0.248 0.000 0.752
#> SRR656203      4  0.4192     0.3083 0.000 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR660602      3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440397     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233      1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249      2  0.0000     0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661242      4  0.0000     0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332007     5  0.1671     0.7748 0.000 0.000 0.076 0.000 0.924
#> SRR809619      4  0.3274     0.7160 0.000 0.220 0.000 0.780 0.000
#> SRR819975      1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281      2  0.3612     0.8289 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR662366      3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317898     3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382485     4  0.0000     0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2166420     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541     3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817444      5  0.3684     0.8957 0.000 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR1320403     2  0.3612     0.8289 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1101483     2  0.0000     0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331684     3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400054     4  0.0000     0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406088     2  0.0000     0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820733      4  0.0000     0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314113     4  0.0000     0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382615     5  0.4182     0.7050 0.000 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1480745     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850     2  0.1341     0.8842 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR656782      3  0.0000     0.9743 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR821364      1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295      2  0.3684     0.8212 0.000 0.720 0.000 0.000 0.280
#> SRR1357103     5  0.3003     0.8740 0.000 0.000 0.188 0.000 0.812
#> SRR809185      4  0.0404     0.9326 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR811583      4  0.0000     0.9409 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468050     1  0.0000     0.9962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224     2  0.0000     0.8947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR1500170     2  0.3857     0.2010 0.000 0.532 0.000 0.000 0.000 0.468
#> SRR1402368     3  0.0146     0.9203 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR607743      3  0.0260     0.9166 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1457375     2  0.4271     0.5547 0.000 0.664 0.000 0.020 0.012 0.304
#> SRR1470923     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954      1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259      1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785     3  0.0000     0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814768      1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031     6  0.3394     0.8088 0.000 0.236 0.000 0.000 0.012 0.752
#> SRR1363611     4  0.3997     0.3047 0.000 0.000 0.000 0.508 0.004 0.488
#> SRR1468447     2  0.0363     0.7616 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1071931     4  0.3819     0.5419 0.000 0.000 0.000 0.624 0.004 0.372
#> SRR810981      1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299      2  0.0000     0.7637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663585      3  0.0260     0.9209 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1326773     5  0.4373     0.8487 0.000 0.004 0.212 0.012 0.724 0.048
#> SRR1351166     6  0.3050     0.8184 0.000 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764
#> SRR1477452     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720     3  0.0260     0.9209 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1420320     4  0.1524     0.8549 0.000 0.000 0.000 0.932 0.008 0.060
#> SRR1081712     2  0.3494     0.6356 0.000 0.736 0.000 0.000 0.012 0.252
#> SRR1318241     3  0.4634     0.6583 0.000 0.000 0.692 0.000 0.164 0.144
#> SRR1333718     5  0.2969     0.8868 0.000 0.000 0.224 0.000 0.776 0.000
#> SRR1313514     2  0.0000     0.7637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477861     5  0.3356     0.8882 0.000 0.052 0.140 0.000 0.808 0.000
#> SRR1318005     2  0.0000     0.7637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354665     2  0.3747     0.4231 0.000 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396
#> SRR657707      3  0.4634     0.6583 0.000 0.000 0.692 0.000 0.164 0.144
#> SRR1370742     3  0.0000     0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1412947     2  0.4066     0.4124 0.000 0.596 0.000 0.000 0.012 0.392
#> SRR661553      4  0.1700     0.8492 0.000 0.000 0.000 0.916 0.004 0.080
#> SRR1328869     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211      2  0.3852     0.5484 0.000 0.664 0.000 0.000 0.012 0.324
#> SRR1348181     3  0.0260     0.9209 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1416560     3  0.0000     0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319772     3  0.0260     0.9209 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1091452     4  0.1858     0.8456 0.000 0.000 0.000 0.904 0.004 0.092
#> SRR1338812     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072     2  0.0000     0.7637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814844      4  0.0260     0.8597 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1376619     3  0.0260     0.9209 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR603690      4  0.3940     0.5901 0.000 0.008 0.000 0.652 0.004 0.336
#> SRR2184980     2  0.3647     0.4991 0.000 0.640 0.000 0.000 0.000 0.360
#> SRR613963      4  0.0000     0.8597 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323422     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673     3  0.0260     0.9209 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1434650     5  0.3464     0.8582 0.000 0.084 0.108 0.000 0.808 0.000
#> SRR659875      5  0.2805     0.9180 0.000 0.004 0.184 0.000 0.812 0.000
#> SRR1465734     3  0.4666     0.6540 0.000 0.000 0.688 0.000 0.168 0.144
#> SRR1076847     2  0.0000     0.7637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415072     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319      5  0.2697     0.9171 0.000 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR663088      4  0.0260     0.8597 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1352021     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935      4  0.1970     0.8474 0.000 0.000 0.000 0.900 0.008 0.092
#> SRR1352530     3  0.0260     0.9209 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR662594      3  0.4634     0.6583 0.000 0.000 0.692 0.000 0.164 0.144
#> SRR1095309     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647      3  0.0260     0.9209 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR813019      5  0.2442     0.8949 0.000 0.004 0.144 0.000 0.852 0.000
#> SRR1374647     2  0.3238     0.6569 0.000 0.832 0.036 0.012 0.120 0.000
#> SRR603472      2  0.3499     0.4032 0.000 0.680 0.000 0.000 0.320 0.000
#> SRR661529      3  0.0748     0.9036 0.000 0.000 0.976 0.016 0.004 0.004
#> SRR607018      5  0.2697     0.9171 0.000 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR627423      2  0.3198     0.6469 0.000 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR654921      4  0.0260     0.8597 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1418968     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871      3  0.0000     0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330522     3  0.0000     0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499958     6  0.3050     0.8184 0.000 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764
#> SRR614059      3  0.0000     0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071403     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719     2  0.3747     0.4231 0.000 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396
#> SRR1440421     2  0.0000     0.7637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310412     3  0.4634     0.6583 0.000 0.000 0.692 0.000 0.164 0.144
#> SRR614767      2  0.3445     0.6428 0.000 0.744 0.000 0.000 0.012 0.244
#> SRR820709      1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093      5  0.3843     0.5084 0.000 0.000 0.452 0.000 0.548 0.000
#> SRR1088168     3  0.2178     0.7654 0.000 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000
#> SRR1418707     2  0.3747     0.4231 0.000 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396
#> SRR1354291     2  0.0000     0.7637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2165806     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684     4  0.1858     0.8456 0.000 0.000 0.000 0.904 0.004 0.092
#> SRR1433860     3  0.0260     0.9209 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1311062     2  0.0363     0.7616 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1360359     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385      3  0.0260     0.9209 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR615407      2  0.0508     0.7605 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012 0.000
#> SRR1413892     3  0.3371     0.4074 0.000 0.000 0.708 0.000 0.292 0.000
#> SRR1443459     6  0.2912     0.8136 0.000 0.216 0.000 0.000 0.000 0.784
#> SRR1338942     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480      5  0.2433     0.7316 0.000 0.000 0.044 0.000 0.884 0.072
#> SRR1399433     4  0.1858     0.8456 0.000 0.000 0.000 0.904 0.004 0.092
#> SRR818537      5  0.3293     0.8906 0.000 0.048 0.140 0.000 0.812 0.000
#> SRR1101324     4  0.4940     0.6204 0.000 0.000 0.008 0.676 0.172 0.144
#> SRR807637      6  0.3616     0.8070 0.000 0.232 0.000 0.008 0.012 0.748
#> SRR1091918     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300      3  0.4634     0.6583 0.000 0.000 0.692 0.000 0.164 0.144
#> SRR1085426     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294     2  0.3867     0.5426 0.000 0.660 0.000 0.000 0.012 0.328
#> SRR813891      1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431     6  0.5774     0.6273 0.000 0.240 0.000 0.188 0.012 0.560
#> SRR658742      4  0.0000     0.8597 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419234     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813     6  0.3175     0.7836 0.000 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744
#> SRR603496      5  0.2805     0.9180 0.000 0.004 0.184 0.000 0.812 0.000
#> SRR1407758     3  0.0260     0.9209 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR810945      2  0.0000     0.7637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817234      2  0.0000     0.7637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444852     3  0.0000     0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660378      3  0.0260     0.9209 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1467835     6  0.3050     0.8184 0.000 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764
#> SRR1338964     3  0.4634     0.6583 0.000 0.000 0.692 0.000 0.164 0.144
#> SRR1079259     6  0.4491     0.4720 0.000 0.068 0.004 0.000 0.240 0.688
#> SRR1072345     3  0.4634     0.6583 0.000 0.000 0.692 0.000 0.164 0.144
#> SRR598725      3  0.0000     0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447938     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460     4  0.0260     0.8597 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1429468     2  0.3747     0.4231 0.000 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396
#> SRR1446850     2  0.0146     0.7631 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1320363     3  0.0000     0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413810     3  0.0260     0.9209 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR598831      6  0.3050     0.8184 0.000 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764
#> SRR1381865     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957      3  0.0000     0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1491332     5  0.2697     0.9171 0.000 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR1099744     2  0.3151     0.6415 0.000 0.748 0.000 0.000 0.000 0.252
#> SRR1464618     6  0.2553     0.6509 0.000 0.000 0.000 0.144 0.008 0.848
#> SRR1414559     4  0.0713     0.8513 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1337540     1  0.4647     0.6085 0.700 0.000 0.000 0.096 0.008 0.196
#> SRR1444283     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942     3  0.0632     0.9049 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR660295      1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335      3  0.0260     0.9209 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1363742     3  0.0260     0.9209 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1345847     6  0.3999    -0.2973 0.000 0.000 0.000 0.496 0.004 0.500
#> SRR614960      3  0.0146     0.9203 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR819919      1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330      2  0.0000     0.7637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327951     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266     6  0.2969     0.8178 0.000 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776
#> SRR1338055     2  0.1075     0.7342 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1430157     6  0.3050     0.8184 0.000 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764
#> SRR1320137     2  0.3647     0.4991 0.000 0.640 0.000 0.000 0.000 0.360
#> SRR1093483     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913     3  0.0000     0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2170490     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845     3  0.0260     0.9209 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1436420     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060     5  0.2697     0.9171 0.000 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR662282      3  0.0260     0.9209 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1487089     4  0.0260     0.8597 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1075683     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880     6  0.3339     0.7486 0.000 0.144 0.000 0.028 0.012 0.816
#> SRR1453456     3  0.0260     0.9209 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1457895     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603     5  0.3473     0.8447 0.000 0.096 0.096 0.000 0.808 0.000
#> SRR658633      2  0.3368     0.6537 0.000 0.756 0.000 0.000 0.012 0.232
#> SRR1388081     4  0.2006     0.8401 0.000 0.000 0.000 0.892 0.004 0.104
#> SRR813339      3  0.0000     0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809725      1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441      2  0.0000     0.7637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613603      3  0.4634     0.6583 0.000 0.000 0.692 0.000 0.164 0.144
#> SRR1096571     5  0.2805     0.9180 0.000 0.004 0.184 0.000 0.812 0.000
#> SRR1392701     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693     6  0.3050     0.8184 0.000 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764
#> SRR660697      6  0.3787     0.6842 0.000 0.100 0.000 0.120 0.000 0.780
#> SRR1489926     5  0.1387     0.8205 0.000 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR811491      3  0.0000     0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311644     4  0.5034     0.6164 0.000 0.000 0.012 0.672 0.172 0.144
#> SRR1451740     3  0.0146     0.9216 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR615117      5  0.3356     0.7890 0.000 0.140 0.052 0.000 0.808 0.000
#> SRR1391748     4  0.0260     0.8597 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1466556     3  0.0000     0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614972      3  0.0000     0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406200     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210      4  0.1531     0.8523 0.000 0.000 0.000 0.928 0.004 0.068
#> SRR662174      1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988      1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236      4  0.1155     0.8568 0.000 0.000 0.004 0.956 0.004 0.036
#> SRR1312598     2  0.3857     0.2010 0.000 0.532 0.000 0.000 0.000 0.468
#> SRR1330129     2  0.0000     0.7637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357781     2  0.0000     0.7637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315517     2  0.0000     0.7637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400032     3  0.0146     0.9216 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1413722     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827      3  0.0000     0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814794      1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430      1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509     4  0.1124     0.8513 0.000 0.000 0.000 0.956 0.008 0.036
#> SRR808728      5  0.3101     0.8656 0.000 0.000 0.244 0.000 0.756 0.000
#> SRR1070813     6  0.3050     0.8184 0.000 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764
#> SRR1389133     3  0.4634     0.6583 0.000 0.000 0.692 0.000 0.164 0.144
#> SRR601263      3  0.4634     0.6583 0.000 0.000 0.692 0.000 0.164 0.144
#> SRR604718      4  0.1196     0.8578 0.000 0.000 0.000 0.952 0.008 0.040
#> SRR1481351     5  0.2697     0.9171 0.000 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR1334608     3  0.3862    -0.3147 0.000 0.000 0.524 0.000 0.476 0.000
#> SRR658681      5  0.2697     0.9171 0.000 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR809283      4  0.0000     0.8597 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459300     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547     5  0.2697     0.9171 0.000 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR811049      3  0.4634     0.6583 0.000 0.000 0.692 0.000 0.164 0.144
#> SRR1464835     4  0.0260     0.8597 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1339619     6  0.2969     0.8178 0.000 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776
#> SRR658501      3  0.0000     0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447523     3  0.0000     0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415048     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348     6  0.2969     0.8178 0.000 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776
#> SRR603890      2  0.0000     0.7637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810595      3  0.0260     0.9209 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1446244     6  0.2969     0.8178 0.000 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776
#> SRR817373      4  0.1858     0.8456 0.000 0.000 0.000 0.904 0.004 0.092
#> SRR1457291     4  0.3986     0.3644 0.000 0.000 0.000 0.532 0.004 0.464
#> SRR598220      3  0.2913     0.7651 0.000 0.000 0.848 0.116 0.004 0.032
#> SRR1477991     2  0.3852     0.5487 0.000 0.664 0.000 0.000 0.012 0.324
#> SRR598172      2  0.0363     0.7616 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1349032     6  0.2969     0.8178 0.000 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776
#> SRR604002      2  0.0146     0.7620 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1378026     3  0.0260     0.9209 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1404401     2  0.0000     0.7637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333240     2  0.3823     0.1483 0.000 0.564 0.000 0.000 0.436 0.000
#> SRR1089399     2  0.3725     0.5627 0.000 0.676 0.000 0.000 0.008 0.316
#> SRR603421      2  0.0000     0.7637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812562      1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520      5  0.2697     0.9171 0.000 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR811839      1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317      2  0.3747     0.4231 0.000 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396
#> SRR1436763     4  0.0260     0.8597 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1486021     4  0.4661     0.2905 0.000 0.032 0.000 0.500 0.004 0.464
#> SRR1465018     2  0.0000     0.7637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1080998     5  0.5023     0.4918 0.000 0.000 0.220 0.000 0.636 0.144
#> SRR1083432     3  0.0260     0.9209 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1082833     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536     3  0.0000     0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614011      6  0.3050     0.8184 0.000 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764
#> SRR1365873     2  0.0363     0.7616 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1498789     2  0.3342     0.6572 0.000 0.760 0.000 0.000 0.012 0.228
#> SRR601581      6  0.2300     0.6589 0.000 0.000 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR603566      5  0.2805     0.9180 0.000 0.004 0.184 0.000 0.812 0.000
#> SRR1373981     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410      2  0.4177     0.1658 0.000 0.520 0.000 0.000 0.012 0.468
#> SRR1076511     4  0.1444     0.8273 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR614143      5  0.1549     0.7760 0.000 0.044 0.020 0.000 0.936 0.000
#> SRR1333570     3  0.0000     0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366813     6  0.3050     0.8184 0.000 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764
#> SRR1388746     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558     3  0.4199     0.6981 0.000 0.000 0.736 0.000 0.164 0.100
#> SRR1409510     3  0.0260     0.9209 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR816250      2  0.3819     0.5602 0.000 0.672 0.000 0.000 0.012 0.316
#> SRR614131      2  0.2356     0.6777 0.000 0.884 0.000 0.004 0.016 0.096
#> SRR1331130     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015     3  0.0000     0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470798     3  0.0260     0.9209 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR614179      5  0.2805     0.9180 0.000 0.004 0.184 0.000 0.812 0.000
#> SRR1474863     2  0.3368     0.6537 0.000 0.756 0.000 0.000 0.012 0.232
#> SRR813560      2  0.3857     0.2010 0.000 0.532 0.000 0.000 0.000 0.468
#> SRR1312187     4  0.4083     0.2807 0.000 0.000 0.000 0.532 0.008 0.460
#> SRR1420960     3  0.0260     0.9209 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1355102     3  0.0000     0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084577     3  0.1501     0.8508 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR659971      2  0.3857     0.2010 0.000 0.532 0.000 0.000 0.000 0.468
#> SRR1350855     4  0.0260     0.8597 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR820779      3  0.0000     0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476300     3  0.0000     0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090907     4  0.0146     0.8601 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR662294      2  0.0000     0.7637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480789     5  0.2805     0.9180 0.000 0.004 0.184 0.000 0.812 0.000
#> SRR1336263     4  0.0260     0.8597 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR660776      1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508     2  0.0000     0.7637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615563      4  0.0260     0.8597 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1101175     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650     5  0.2805     0.9180 0.000 0.004 0.184 0.000 0.812 0.000
#> SRR1431205     2  0.0363     0.7616 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1339856     6  0.2593     0.6450 0.000 0.000 0.000 0.148 0.008 0.844
#> SRR1352147     6  0.5081     0.6972 0.000 0.204 0.000 0.124 0.012 0.660
#> SRR808968      1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419      2  0.0000     0.7637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402391     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609      5  0.2805     0.9180 0.000 0.004 0.184 0.000 0.812 0.000
#> SRR2167857     2  0.0000     0.7637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398752     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437     2  0.3854     0.2159 0.000 0.536 0.000 0.000 0.000 0.464
#> SRR1416955     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064     4  0.4161     0.3891 0.000 0.000 0.000 0.540 0.012 0.448
#> SRR659001      4  0.0260     0.8597 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR2170696     4  0.1444     0.8273 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR816589      3  0.0260     0.9209 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1087487     3  0.0260     0.9209 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1329485     3  0.0146     0.9216 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR816920      4  0.4392     0.6568 0.000 0.000 0.000 0.720 0.136 0.144
#> SRR1341432     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590     4  0.0260     0.8597 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR817046      3  0.0000     0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471331     3  0.0260     0.9209 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR660788      4  0.4878     0.6217 0.000 0.000 0.008 0.684 0.164 0.144
#> SRR819234      1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853      5  0.2805     0.9180 0.000 0.004 0.184 0.000 0.812 0.000
#> SRR809427      4  0.3741     0.5594 0.000 0.000 0.000 0.672 0.008 0.320
#> SRR2170217     4  0.0000     0.8597 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1386967     3  0.0260     0.9209 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1420344     6  0.3050     0.8184 0.000 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764
#> SRR1334535     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503      6  0.3050     0.8184 0.000 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764
#> SRR602564      4  0.5079     0.4610 0.000 0.304 0.000 0.600 0.004 0.092
#> SRR1420669     4  0.0146     0.8598 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR819024      3  0.0000     0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656223      5  0.3868     0.3892 0.000 0.000 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR608428      2  0.3046     0.6829 0.000 0.800 0.000 0.000 0.012 0.188
#> SRR1345647     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324     2  0.0000     0.7637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361368     6  0.3883     0.2586 0.000 0.012 0.000 0.332 0.000 0.656
#> SRR1322619     2  0.3857     0.2010 0.000 0.532 0.000 0.000 0.000 0.468
#> SRR1349276     4  0.0260     0.8597 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1404024     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637     6  0.3050     0.8184 0.000 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764
#> SRR1452631     4  0.2980     0.6579 0.000 0.000 0.000 0.800 0.008 0.192
#> SRR608392      5  0.2697     0.9171 0.000 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR1357757     3  0.1387     0.8592 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1074646     4  0.0000     0.8597 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367499     3  0.0260     0.9209 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1343501     5  0.2697     0.9171 0.000 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR1394406     5  0.3062     0.6601 0.000 0.000 0.032 0.000 0.824 0.144
#> SRR1381435     3  0.0260     0.9209 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1467407     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422     2  0.2631     0.5818 0.000 0.820 0.000 0.000 0.180 0.000
#> SRR1380270     5  0.2805     0.9180 0.000 0.004 0.184 0.000 0.812 0.000
#> SRR1091817     2  0.3368     0.6537 0.000 0.756 0.000 0.000 0.012 0.232
#> SRR1440137     2  0.3819     0.5597 0.000 0.672 0.000 0.000 0.012 0.316
#> SRR614311      6  0.2300     0.6589 0.000 0.000 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR1407516     4  0.1858     0.8456 0.000 0.000 0.000 0.904 0.004 0.092
#> SRR815494      3  0.0260     0.9209 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1333209     4  0.3861     0.5403 0.000 0.000 0.000 0.640 0.008 0.352
#> SRR615177      4  0.0713     0.8513 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1099648     5  0.2697     0.9171 0.000 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR659720      5  0.1218     0.7651 0.000 0.004 0.028 0.000 0.956 0.012
#> SRR2185057     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468      4  0.4940     0.6204 0.000 0.000 0.008 0.676 0.172 0.144
#> SRR660042      3  0.0000     0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2170864     2  0.3394     0.6502 0.000 0.752 0.000 0.000 0.012 0.236
#> SRR1440491     4  0.1858     0.8456 0.000 0.000 0.000 0.904 0.004 0.092
#> SRR1440852     3  0.0000     0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811169      1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311     4  0.1970     0.8474 0.000 0.000 0.000 0.900 0.008 0.092
#> SRR818009      1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836     2  0.3620     0.5134 0.000 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352
#> SRR1498313     2  0.0000     0.7637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441975     2  0.3342     0.6569 0.000 0.760 0.000 0.000 0.012 0.228
#> SRR819096      1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679     4  0.5018     0.3216 0.000 0.000 0.396 0.536 0.004 0.064
#> SRR1489116     5  0.2805     0.9180 0.000 0.004 0.184 0.000 0.812 0.000
#> SRR1354138     3  0.0260     0.9209 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1490589     3  0.0146     0.9203 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1412987     4  0.0260     0.8597 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR602034      3  0.0260     0.9209 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1353437     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871     5  0.2697     0.9171 0.000 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR661577      4  0.1531     0.8523 0.000 0.000 0.000 0.928 0.004 0.068
#> SRR612190      4  0.1858     0.8456 0.000 0.000 0.000 0.904 0.004 0.092
#> SRR1399880     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787     4  0.1124     0.8513 0.000 0.000 0.000 0.956 0.008 0.036
#> SRR657869      1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039      1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141     3  0.0260     0.9209 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1476697     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538     6  0.2300     0.6589 0.000 0.000 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR1331422     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859      3  0.4634     0.6583 0.000 0.000 0.692 0.000 0.164 0.144
#> SRR1097594     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419     3  0.0260     0.9209 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1336706     5  0.2805     0.9180 0.000 0.004 0.184 0.000 0.812 0.000
#> SRR1472976     4  0.0000     0.8597 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321307     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493      1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461      3  0.0146     0.9216 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1477149     2  0.0000     0.7637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457397     2  0.3547     0.3779 0.000 0.668 0.000 0.000 0.332 0.000
#> SRR661913      3  0.0000     0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069024     5  0.3293     0.8906 0.000 0.048 0.140 0.000 0.812 0.000
#> SRR2165634     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722     3  0.0000     0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328642     2  0.0000     0.7637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488261     3  0.0000     0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318815     4  0.0260     0.8597 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR816945      1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432     4  0.0520     0.8576 0.000 0.000 0.000 0.984 0.008 0.008
#> SRR1359280     2  0.0000     0.7637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313910     6  0.3050     0.8184 0.000 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764
#> SRR1457315     4  0.1700     0.8492 0.000 0.000 0.000 0.916 0.004 0.080
#> SRR815398      1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958      3  0.0146     0.9216 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR600688      4  0.1858     0.8456 0.000 0.000 0.000 0.904 0.004 0.092
#> SRR1098952     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916     3  0.0146     0.9216 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR614167      3  0.0000     0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348114     6  0.2969     0.8178 0.000 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776
#> SRR658033      2  0.3632     0.6569 0.000 0.756 0.000 0.012 0.012 0.220
#> SRR1077503     5  0.3782     0.6011 0.000 0.000 0.412 0.000 0.588 0.000
#> SRR661854      5  0.2697     0.9171 0.000 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR811379      4  0.1858     0.8456 0.000 0.000 0.000 0.904 0.004 0.092
#> SRR1318857     6  0.3050     0.8184 0.000 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764
#> SRR656445      3  0.0260     0.9209 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1433044     2  0.0000     0.7637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486391     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071      3  0.0777     0.9051 0.000 0.000 0.972 0.000 0.004 0.024
#> SRR1364824     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745      5  0.2805     0.9180 0.000 0.004 0.184 0.000 0.812 0.000
#> SRR601038      5  0.2805     0.9180 0.000 0.004 0.184 0.000 0.812 0.000
#> SRR1360080     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868      3  0.4634     0.6583 0.000 0.000 0.692 0.000 0.164 0.144
#> SRR1485997     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560     4  0.0260     0.8597 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1333330     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513      3  0.4634     0.6583 0.000 0.000 0.692 0.000 0.164 0.144
#> SRR1328407     5  0.0993     0.7755 0.000 0.012 0.024 0.000 0.964 0.000
#> SRR602784      5  0.2697     0.9171 0.000 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR1348468     4  0.0260     0.8597 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR663717      6  0.3328     0.7497 0.000 0.120 0.000 0.064 0.000 0.816
#> SRR602217      5  0.5092     0.6707 0.000 0.232 0.144 0.000 0.624 0.000
#> SRR603140      3  0.4634     0.6583 0.000 0.000 0.692 0.000 0.164 0.144
#> SRR1340804     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574     3  0.0260     0.9209 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1333462     2  0.0000     0.7637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1094601     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610     4  0.7277     0.1487 0.000 0.000 0.300 0.392 0.164 0.144
#> SRR1435833     4  0.1462     0.8556 0.000 0.000 0.000 0.936 0.008 0.056
#> SRR1398728     6  0.3050     0.8184 0.000 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764
#> SRR1358343     1  0.4038     0.6410 0.728 0.000 0.000 0.056 0.000 0.216
#> SRR1410890     6  0.3050     0.8184 0.000 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764
#> SRR1350371     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478     6  0.3050     0.8184 0.000 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764
#> SRR1099260     5  0.3446     0.7872 0.000 0.000 0.308 0.000 0.692 0.000
#> SRR1433576     3  0.1555     0.8772 0.000 0.000 0.940 0.008 0.012 0.040
#> SRR1345541     3  0.0405     0.9134 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004 0.000
#> SRR1086328     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391      3  0.0000     0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476207     3  0.4634     0.6583 0.000 0.000 0.692 0.000 0.164 0.144
#> SRR627435      2  0.5358     0.0897 0.000 0.544 0.128 0.000 0.328 0.000
#> SRR1489862     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191     3  0.0000     0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490115     3  0.0000     0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1377714     5  0.2805     0.9180 0.000 0.004 0.184 0.000 0.812 0.000
#> SRR819394      1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161      4  0.1588     0.8513 0.000 0.000 0.000 0.924 0.004 0.072
#> SRR607042      5  0.2805     0.9180 0.000 0.004 0.184 0.000 0.812 0.000
#> SRR656203      4  0.4224     0.3172 0.000 0.008 0.000 0.512 0.004 0.476
#> SRR660602      3  0.0146     0.9216 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1440397     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233      1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249      6  0.3050     0.8184 0.000 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764
#> SRR661242      4  0.1908     0.8440 0.000 0.000 0.000 0.900 0.004 0.096
#> SRR1332007     5  0.3439     0.8702 0.000 0.072 0.120 0.000 0.808 0.000
#> SRR809619      6  0.3999    -0.2973 0.000 0.000 0.000 0.496 0.004 0.500
#> SRR819975      1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281      2  0.0363     0.7616 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR662366      3  0.0000     0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317898     3  0.0000     0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382485     4  0.1858     0.8456 0.000 0.000 0.000 0.904 0.004 0.092
#> SRR2166420     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541     3  0.0000     0.9220 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817444      5  0.2823     0.9050 0.000 0.000 0.204 0.000 0.796 0.000
#> SRR1320403     2  0.0000     0.7637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101483     6  0.3050     0.8184 0.000 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764
#> SRR1331684     3  0.0260     0.9209 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1400054     4  0.1531     0.8305 0.000 0.000 0.000 0.928 0.004 0.068
#> SRR1406088     6  0.3050     0.8184 0.000 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764
#> SRR820733      4  0.0146     0.8598 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1314113     4  0.4845     0.6258 0.000 0.000 0.008 0.688 0.160 0.144
#> SRR1382615     5  0.3371     0.8101 0.000 0.000 0.292 0.000 0.708 0.000
#> SRR1480745     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850     2  0.2948     0.6843 0.000 0.804 0.000 0.000 0.008 0.188
#> SRR656782      3  0.4634     0.6583 0.000 0.000 0.692 0.000 0.164 0.144
#> SRR821364      1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295      2  0.0000     0.7637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357103     5  0.3293     0.8906 0.000 0.048 0.140 0.000 0.812 0.000
#> SRR809185      4  0.4161     0.3998 0.000 0.000 0.000 0.540 0.012 0.448
#> SRR811583      4  0.1858     0.8456 0.000 0.000 0.000 0.904 0.004 0.092
#> SRR1468050     1  0.0000     0.9952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224     2  0.3578     0.5331 0.000 0.660 0.000 0.000 0.000 0.340

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk MAD-skmeans-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-skmeans-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-skmeans-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-skmeans-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-skmeans-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-skmeans-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk MAD-skmeans-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


MAD:pam*

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["MAD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:pam"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 17314 rows and 500 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#>   Subgroups are detected by 'pam' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 6.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk MAD-pam-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk MAD-pam-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 1.000           1.000       1.000         0.3578 0.643   0.643
#> 3 3 0.898           0.903       0.961         0.8197 0.705   0.541
#> 4 4 0.971           0.940       0.975         0.1422 0.855   0.613
#> 5 5 0.917           0.927       0.953         0.0665 0.934   0.747
#> 6 6 0.909           0.783       0.904         0.0310 0.965   0.833

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 6
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 4 5

There is also optional best \(k\) = 2 4 5 that is worth to check.

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>            class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR1500170     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1402368     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR607743      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1457375     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1470923     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR817954      1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR809259      1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1439785     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR814768      1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1102031     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1363611     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1468447     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1071931     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR810981      1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR615299      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR663585      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1326773     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1351166     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1477452     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1084720     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1420320     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1081712     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1318241     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1333718     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1313514     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1477861     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1318005     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1354665     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR657707      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1370742     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1412947     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR661553      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1328869     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR662211      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1348181     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1416560     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1319772     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1091452     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1338812     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1392072     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR814844      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1376619     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR603690      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR2184980     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR613963      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1323422     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1397673     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1434650     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR659875      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1465734     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1076847     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1415072     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR659319      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR663088      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1352021     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1325527     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1105369     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR659935      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1352530     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR662594      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1095309     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR615647      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR813019      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1374647     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR603472      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR661529      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR607018      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR627423      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR654921      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1418968     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR660871      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1330522     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1499958     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR614059      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1071403     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1486719     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1440421     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1310412     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR614767      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR820709      1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1471500     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR658093      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1088168     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1418707     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1354291     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR2165806     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1415684     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1433860     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1311062     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1360359     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR661385      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR615407      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1413892     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1443459     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1338942     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR657480      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1399433     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR818537      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1101324     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR807637      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1091918     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR598300      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1085426     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1376294     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR813891      1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1467431     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR658742      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1419234     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1404813     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR603496      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1407758     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR810945      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR817234      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1444852     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR660378      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1467835     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1338964     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1079259     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1072345     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR598725      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1447938     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1356397     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1360460     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1429468     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1446850     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1320363     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1413810     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR598831      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1381865     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR660957      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1491332     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1099744     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1464618     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1414559     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1337540     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1444283     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR2184942     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR660295      1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR601335      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1363742     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1345847     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR614960      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR819919      1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR603330      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1327951     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1401885     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1345266     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1338055     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1430157     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1320137     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1093483     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1341080     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1459913     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR2170490     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1479845     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1436420     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1481060     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR662282      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1487089     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1075683     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1338536     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1338880     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1453456     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1457895     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1440603     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR658633      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1388081     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR813339      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR809725      1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR627441      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR613603      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1096571     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1392701     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1344326     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1367693     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR660697      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1489926     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR811491      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1311644     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1451740     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR615117      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1391748     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1466556     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR614972      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1406200     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR819210      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR662174      1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR811988      1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR663236      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1312598     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1330129     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1357781     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1315517     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1400032     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1413722     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR612827      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR814794      1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR819430      1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1395509     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR808728      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1070813     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1389133     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR601263      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR604718      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1481351     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1334608     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR658681      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR809283      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1459300     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1392547     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR811049      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1464835     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1339619     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR658501      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1447523     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1415048     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1355451     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1444348     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR603890      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR810595      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1446244     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR817373      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1457291     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR598220      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1477991     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR598172      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1349032     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR604002      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1378026     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1404401     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1333240     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1089399     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR603421      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR812562      1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR808520      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR811839      1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR814317      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1436763     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1486021     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1465018     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1080998     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1083432     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1082833     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1465804     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1326536     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR614011      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1365873     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1498789     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR601581      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR603566      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1373981     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR821410      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1076511     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR614143      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1333570     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1366813     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1388746     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1420558     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1409510     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR816250      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR614131      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1331130     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1316015     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1470798     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR614179      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1474863     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR813560      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1312187     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1420960     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1355102     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1084577     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR659971      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1350855     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR820779      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1476300     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1090907     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR662294      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1480789     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1336263     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR660776      1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1090508     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR615563      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1101175     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR2164650     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1431205     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1339856     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1352147     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR808968      1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR627419      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1402391     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR663609      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR2167857     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1398752     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1469169     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1405437     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1416955     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1317064     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR659001      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR2170696     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR816589      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1087487     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1329485     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR816920      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1341432     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1361590     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR817046      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1471331     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR660788      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR819234      1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR810853      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR809427      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR2170217     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1386967     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1420344     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1334535     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR614503      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR602564      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1420669     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR819024      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR656223      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR608428      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1345647     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1389324     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1361368     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1322619     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1349276     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1404024     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1370637     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1452631     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR608392      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1357757     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1074646     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1367499     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1343501     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1394406     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1381435     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1467407     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1092422     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1380270     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1091817     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1440137     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR614311      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1407516     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR815494      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1333209     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR615177      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1099648     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR659720      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR2185057     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1467125     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR657468      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR660042      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR2170864     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1440491     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1440852     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR811169      1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1331311     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR818009      1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1351836     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1498313     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1441975     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR819096      1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1073679     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1489116     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1354138     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1490589     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1412987     2   0.224      0.963 0.036 0.964
#> SRR602034      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1353437     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1072871     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR661577      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR612190      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1399880     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1101787     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR657869      1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1446332     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR816039      1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1485141     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1476697     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1379538     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1331422     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR660859      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1097594     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1311419     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1336706     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1472976     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1321307     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR807493      1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR812461      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1477149     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1457397     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR661913      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1069024     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR2165634     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1478722     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1328642     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1488261     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1318815     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR816945      1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1367432     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1359280     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1313910     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1457315     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR815398      1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR656958      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR600688      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1098952     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1314916     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR614167      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1348114     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR658033      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1077503     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR661854      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR811379      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1318857     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR656445      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1433044     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1486391     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR656071      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1364824     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1379133     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1394169     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR816745      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR601038      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1360080     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR814868      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1485997     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1435560     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1333330     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR663513      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1328407     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR602784      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1348468     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR663717      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR602217      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR603140      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1340804     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1457574     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1333462     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1094601     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1434610     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1435833     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1398728     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1358343     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1410890     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1350371     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1392478     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1099260     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1433576     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1345541     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1086328     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR810391      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1476207     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR627435      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1489862     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1419086     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1436539     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1396191     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1490115     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1377714     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR819394      1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR663161      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR607042      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR656203      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR660602      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1440397     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1369264     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR809233      1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR663249      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR661242      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1332007     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR809619      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR819975      1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR599281      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR662366      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1317898     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1382485     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR2166420     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1419429     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1092541     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR817444      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1320403     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1101483     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1331684     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1400054     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1406088     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR820733      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1314113     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1382615     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1480745     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1468850     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR656782      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR821364      1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1101106     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR659295      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1357103     2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR809185      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR811583      2   0.000      1.000 0.000 1.000
#> SRR1468050     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR1440224     2   0.000      1.000 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> SRR1500170     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402368     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR607743      3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457375     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470923     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817954      1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809259      1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439785     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR814768      1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102031     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363611     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468447     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071931     2  0.1031      0.922 0.000 0.976 0.024
#> SRR810981      1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615299      2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR663585      3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1326773     2  0.5397      0.616 0.000 0.720 0.280
#> SRR1351166     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477452     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084720     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420320     2  0.1163      0.919 0.000 0.972 0.028
#> SRR1081712     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318241     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333718     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1313514     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477861     2  0.6126      0.337 0.000 0.600 0.400
#> SRR1318005     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354665     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR657707      3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370742     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1412947     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR661553      3  0.5835      0.489 0.000 0.340 0.660
#> SRR1328869     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662211      2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348181     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416560     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1319772     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1091452     3  0.6126      0.341 0.000 0.400 0.600
#> SRR1338812     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392072     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR814844      2  0.6008      0.416 0.000 0.628 0.372
#> SRR1376619     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR603690      2  0.1529      0.910 0.000 0.960 0.040
#> SRR2184980     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR613963      3  0.4555      0.736 0.000 0.200 0.800
#> SRR1323422     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397673     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434650     2  0.5016      0.665 0.000 0.760 0.240
#> SRR659875      3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1465734     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1076847     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415072     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659319      3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR663088      3  0.5810      0.498 0.000 0.336 0.664
#> SRR1352021     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1325527     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659935      2  0.1163      0.919 0.000 0.972 0.028
#> SRR1352530     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR662594      3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095309     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615647      3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR813019      3  0.1643      0.910 0.000 0.044 0.956
#> SRR1374647     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR603472      2  0.0237      0.935 0.000 0.996 0.004
#> SRR661529      3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR607018      3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR627423      2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR654921      2  0.6140      0.334 0.000 0.596 0.404
#> SRR1418968     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660871      3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330522     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499958     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR614059      3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1071403     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486719     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440421     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310412     3  0.0237      0.944 0.000 0.004 0.996
#> SRR614767      2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR820709      1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658093      3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088168     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418707     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354291     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR2165806     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415684     2  0.6168      0.311 0.000 0.588 0.412
#> SRR1433860     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1311062     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360359     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661385      3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR615407      2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413892     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1443459     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338942     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657480      3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399433     3  0.6126      0.341 0.000 0.400 0.600
#> SRR818537      2  0.6126      0.337 0.000 0.600 0.400
#> SRR1101324     3  0.4555      0.736 0.000 0.200 0.800
#> SRR807637      2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091918     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598300      3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1085426     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376294     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR813891      1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467431     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR658742      3  0.2356      0.884 0.000 0.072 0.928
#> SRR1419234     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404813     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR603496      3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407758     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR810945      2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR817234      2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444852     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR660378      3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467835     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338964     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1079259     2  0.4605      0.727 0.000 0.796 0.204
#> SRR1072345     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR598725      3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447938     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356397     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360460     2  0.5465      0.593 0.000 0.712 0.288
#> SRR1429468     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446850     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320363     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413810     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR598831      2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381865     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660957      3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1491332     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099744     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464618     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414559     3  0.4555      0.736 0.000 0.200 0.800
#> SRR1337540     2  0.1399      0.917 0.004 0.968 0.028
#> SRR1444283     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2184942     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR660295      1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR601335      3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1363742     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1345847     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR614960      3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR819919      1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603330      2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327951     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345266     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338055     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430157     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320137     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093483     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341080     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459913     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170490     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479845     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1436420     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481060     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR662282      3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487089     3  0.6126      0.341 0.000 0.400 0.600
#> SRR1075683     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338536     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338880     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453456     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457895     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440603     2  0.6126      0.337 0.000 0.600 0.400
#> SRR658633      2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388081     2  0.1529      0.910 0.000 0.960 0.040
#> SRR813339      3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR809725      1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR627441      2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR613603      3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1096571     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1392701     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1344326     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367693     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR660697      2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489926     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR811491      3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1311644     3  0.0592      0.938 0.000 0.012 0.988
#> SRR1451740     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR615117      2  0.5016      0.665 0.000 0.760 0.240
#> SRR1391748     2  0.1529      0.910 0.000 0.960 0.040
#> SRR1466556     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR614972      3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406200     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819210      3  0.5926      0.453 0.000 0.356 0.644
#> SRR662174      1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811988      1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663236      3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1312598     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330129     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357781     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315517     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400032     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413722     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR612827      3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR814794      1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819430      1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1395509     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR808728      3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1070813     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389133     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR601263      3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR604718      2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1481351     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1334608     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR658681      3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR809283      2  0.6140      0.334 0.000 0.596 0.404
#> SRR1459300     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392547     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR811049      3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1464835     2  0.5591      0.564 0.000 0.696 0.304
#> SRR1339619     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR658501      3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447523     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415048     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444348     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR603890      2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR810595      3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1446244     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR817373      2  0.6192      0.287 0.000 0.580 0.420
#> SRR1457291     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR598220      3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1477991     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR598172      2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349032     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR604002      2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378026     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404401     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333240     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089399     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR603421      2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR812562      1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808520      3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR811839      1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814317      2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436763     2  0.6140      0.334 0.000 0.596 0.404
#> SRR1486021     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465018     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080998     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083432     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1082833     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326536     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR614011      2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1365873     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498789     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR601581      2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR603566      3  0.0424      0.941 0.000 0.008 0.992
#> SRR1373981     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR821410      2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076511     3  0.5859      0.480 0.000 0.344 0.656
#> SRR614143      3  0.5835      0.514 0.000 0.340 0.660
#> SRR1333570     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1366813     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388746     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420558     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409510     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR816250      2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR614131      2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331130     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316015     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470798     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR614179      3  0.0237      0.944 0.000 0.004 0.996
#> SRR1474863     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR813560      2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312187     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420960     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1355102     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1084577     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR659971      2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350855     2  0.1163      0.919 0.000 0.972 0.028
#> SRR820779      3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476300     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090907     2  0.5835      0.490 0.000 0.660 0.340
#> SRR662294      2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480789     3  0.3619      0.810 0.000 0.136 0.864
#> SRR1336263     2  0.4702      0.717 0.000 0.788 0.212
#> SRR660776      1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090508     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR615563      2  0.4796      0.705 0.000 0.780 0.220
#> SRR1101175     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2164650     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1431205     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339856     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352147     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR808968      1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR627419      2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402391     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663609      3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR2167857     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398752     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405437     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416955     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317064     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR659001      2  0.6215      0.262 0.000 0.572 0.428
#> SRR2170696     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR816589      3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1087487     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1329485     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR816920      3  0.0592      0.938 0.000 0.012 0.988
#> SRR1341432     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361590     2  0.6140      0.334 0.000 0.596 0.404
#> SRR817046      3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1471331     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR660788      3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR819234      1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810853      3  0.1289      0.920 0.000 0.032 0.968
#> SRR809427      2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170217     3  0.6111      0.352 0.000 0.396 0.604
#> SRR1386967     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420344     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334535     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614503      2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR602564      3  0.6154      0.318 0.000 0.408 0.592
#> SRR1420669     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR819024      3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR656223      3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR608428      2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345647     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389324     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1361368     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322619     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349276     2  0.1163      0.919 0.000 0.972 0.028
#> SRR1404024     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370637     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452631     2  0.1163      0.919 0.000 0.972 0.028
#> SRR608392      3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1357757     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1074646     3  0.4504      0.741 0.000 0.196 0.804
#> SRR1367499     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343501     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394406     3  0.5058      0.670 0.000 0.244 0.756
#> SRR1381435     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467407     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092422     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380270     3  0.4702      0.705 0.000 0.212 0.788
#> SRR1091817     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440137     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR614311      2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407516     2  0.1860      0.900 0.000 0.948 0.052
#> SRR815494      3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333209     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR615177      3  0.4291      0.762 0.000 0.180 0.820
#> SRR1099648     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR659720      3  0.4555      0.736 0.000 0.200 0.800
#> SRR2185057     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467125     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657468      3  0.4605      0.730 0.000 0.204 0.796
#> SRR660042      3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170864     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440491     2  0.6140      0.334 0.000 0.596 0.404
#> SRR1440852     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR811169      1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331311     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR818009      1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351836     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498313     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441975     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR819096      1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073679     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1489116     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1354138     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490589     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1412987     2  0.5777      0.751 0.052 0.788 0.160
#> SRR602034      3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1353437     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072871     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR661577      3  0.6180      0.295 0.000 0.416 0.584
#> SRR612190      3  0.6008      0.414 0.000 0.372 0.628
#> SRR1399880     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101787     2  0.2165      0.889 0.000 0.936 0.064
#> SRR657869      1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446332     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816039      1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485141     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476697     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379538     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331422     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660859      3  0.2625      0.872 0.000 0.084 0.916
#> SRR1097594     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311419     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1336706     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472976     2  0.6140      0.334 0.000 0.596 0.404
#> SRR1321307     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR807493      1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR812461      3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1477149     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457397     2  0.4178      0.762 0.000 0.828 0.172
#> SRR661913      3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1069024     3  0.6140      0.299 0.000 0.404 0.596
#> SRR2165634     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478722     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1328642     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488261     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318815     2  0.6140      0.334 0.000 0.596 0.404
#> SRR816945      1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367432     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359280     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313910     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457315     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR815398      1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656958      3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR600688      3  0.6126      0.341 0.000 0.400 0.600
#> SRR1098952     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314916     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR614167      3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348114     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR658033      2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077503     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR661854      3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR811379      2  0.5016      0.675 0.000 0.760 0.240
#> SRR1318857     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR656445      3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433044     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486391     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656071      3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1364824     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379133     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816745      3  0.1529      0.913 0.000 0.040 0.960
#> SRR601038      3  0.1163      0.924 0.000 0.028 0.972
#> SRR1360080     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814868      3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1485997     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435560     3  0.4654      0.725 0.000 0.208 0.792
#> SRR1333330     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663513      3  0.1643      0.911 0.000 0.044 0.956
#> SRR1328407     3  0.4796      0.694 0.000 0.220 0.780
#> SRR602784      3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348468     2  0.6045      0.396 0.000 0.620 0.380
#> SRR663717      2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR602217      2  0.0747      0.926 0.000 0.984 0.016
#> SRR603140      3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340804     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457574     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333462     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1094601     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434610     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1435833     2  0.1163      0.919 0.000 0.972 0.028
#> SRR1398728     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358343     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410890     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350371     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392478     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099260     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433576     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1345541     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1086328     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810391      3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476207     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR627435      2  0.4452      0.752 0.000 0.808 0.192
#> SRR1489862     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419086     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396191     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490115     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1377714     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR819394      1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663161      3  0.6126      0.341 0.000 0.400 0.600
#> SRR607042      3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR656203      2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR660602      3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440397     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1369264     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809233      1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663249      2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR661242      3  0.6026      0.401 0.000 0.376 0.624
#> SRR1332007     2  0.6168      0.305 0.000 0.588 0.412
#> SRR809619      2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR819975      1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR599281      2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR662366      3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1317898     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1382485     3  0.4931      0.689 0.000 0.232 0.768
#> SRR2166420     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419429     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092541     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR817444      3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1320403     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101483     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331684     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1400054     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406088     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR820733      3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1314113     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1382615     3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR1480745     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468850     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR656782      3  0.0000      0.947 0.000 0.000 1.000
#> SRR821364      1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101106     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659295      2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357103     3  0.6140      0.299 0.000 0.404 0.596
#> SRR809185      2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000
#> SRR811583      2  0.1529      0.910 0.000 0.960 0.040
#> SRR1468050     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440224     2  0.0000      0.938 0.000 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>            class entropy silhouette p1    p2    p3    p4
#> SRR1500170     2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402368     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR607743      3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457375     2  0.3311     0.7691  0 0.828 0.000 0.172
#> SRR1470923     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR814768      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031     2  0.1302     0.9052  0 0.956 0.000 0.044
#> SRR1363611     4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468447     2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071931     4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR810981      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299      2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR663585      3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326773     4  0.4382     0.5743  0 0.000 0.296 0.704
#> SRR1351166     2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477452     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420320     4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1081712     2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318241     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333718     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313514     2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477861     2  0.4406     0.5864  0 0.700 0.300 0.000
#> SRR1318005     2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354665     2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR657707      3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370742     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1412947     2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR661553      4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1328869     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211      2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348181     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416560     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319772     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091452     4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1338812     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072     2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR814844      4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1376619     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR603690      4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR2184980     2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR613963      4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1323422     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434650     2  0.3569     0.7470  0 0.804 0.196 0.000
#> SRR659875      3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465734     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076847     2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415072     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319      3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR663088      4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352021     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935      4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352530     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR662594      3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095309     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647      3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR813019      2  0.4804     0.4031  0 0.616 0.384 0.000
#> SRR1374647     2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR603472      2  0.0188     0.9379  0 0.996 0.004 0.000
#> SRR661529      3  0.3444     0.7681  0 0.000 0.816 0.184
#> SRR607018      3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR627423      4  0.4855     0.3713  0 0.400 0.000 0.600
#> SRR654921      4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418968     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871      3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330522     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499958     2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR614059      3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071403     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719     2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440421     2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310412     3  0.0524     0.9751  0 0.004 0.988 0.008
#> SRR614767      2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR820709      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093      3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088168     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418707     2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354291     2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2165806     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684     4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433860     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311062     2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360359     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385      3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR615407      2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413892     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443459     4  0.0188     0.9562  0 0.004 0.000 0.996
#> SRR1338942     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480      3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399433     4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR818537      2  0.4431     0.5790  0 0.696 0.304 0.000
#> SRR1101324     4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR807637      4  0.3610     0.7524  0 0.200 0.000 0.800
#> SRR1091918     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300      3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085426     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294     2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR813891      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431     2  0.3444     0.7537  0 0.816 0.000 0.184
#> SRR658742      4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419234     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813     2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR603496      3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407758     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR810945      2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR817234      2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444852     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR660378      3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467835     2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338964     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079259     2  0.4855     0.2871  0 0.600 0.000 0.400
#> SRR1072345     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR598725      3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447938     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460     4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1429468     2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446850     2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320363     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413810     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR598831      2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381865     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957      3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1491332     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099744     2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464618     4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1414559     4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1337540     4  0.3610     0.7524  0 0.200 0.000 0.800
#> SRR1444283     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR660295      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335      3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363742     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345847     4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR614960      3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR819919      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330      2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327951     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266     4  0.4998     0.0964  0 0.488 0.000 0.512
#> SRR1338055     2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430157     2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320137     2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093483     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170490     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436420     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR662282      3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487089     4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1075683     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880     4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1453456     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457895     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603     2  0.4406     0.5864  0 0.700 0.300 0.000
#> SRR658633      2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388081     4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR813339      3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR809725      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441      2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR613603      3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096571     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392701     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693     2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR660697      4  0.0707     0.9432  0 0.020 0.000 0.980
#> SRR1489926     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR811491      3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311644     4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1451740     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR615117      2  0.4331     0.6076  0 0.712 0.288 0.000
#> SRR1391748     4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466556     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR614972      3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406200     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210      4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR662174      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236      4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1312598     2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330129     2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357781     2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315517     2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400032     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413722     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827      3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR814794      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509     4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR808728      3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070813     2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389133     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR601263      3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR604718      4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1481351     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334608     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR658681      3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR809283      4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1459300     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR811049      3  0.0336     0.9778  0 0.000 0.992 0.008
#> SRR1464835     4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339619     4  0.4193     0.6425  0 0.268 0.000 0.732
#> SRR658501      3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447523     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415048     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348     2  0.4888     0.2515  0 0.588 0.000 0.412
#> SRR603890      2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR810595      3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446244     4  0.3649     0.7470  0 0.204 0.000 0.796
#> SRR817373      4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457291     4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR598220      3  0.1389     0.9388  0 0.000 0.952 0.048
#> SRR1477991     2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR598172      2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349032     2  0.4898     0.2391  0 0.584 0.000 0.416
#> SRR604002      2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378026     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404401     2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333240     2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1089399     2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR603421      2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR812562      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520      3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR811839      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317      2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436763     4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1486021     4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1465018     2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080998     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083432     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082833     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR614011      2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365873     2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498789     2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR601581      4  0.3569     0.7575  0 0.196 0.000 0.804
#> SRR603566      3  0.1022     0.9539  0 0.032 0.968 0.000
#> SRR1373981     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410      2  0.3486     0.7485  0 0.812 0.000 0.188
#> SRR1076511     4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR614143      2  0.1302     0.9021  0 0.956 0.044 0.000
#> SRR1333570     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366813     2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388746     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409510     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR816250      2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR614131      4  0.4855     0.3713  0 0.400 0.000 0.600
#> SRR1331130     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470798     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR614179      3  0.0707     0.9660  0 0.020 0.980 0.000
#> SRR1474863     2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR813560      2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312187     4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420960     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355102     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084577     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR659971      2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350855     4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR820779      3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476300     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090907     4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR662294      2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480789     3  0.3610     0.7370  0 0.200 0.800 0.000
#> SRR1336263     4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR660776      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508     2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR615563      4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1101175     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431205     2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339856     4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352147     2  0.3400     0.7412  0 0.820 0.000 0.180
#> SRR808968      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419      2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402391     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609      3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2167857     2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398752     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437     2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416955     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064     4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR659001      4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170696     4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR816589      3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087487     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329485     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR816920      4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1341432     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590     4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR817046      3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471331     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR660788      4  0.0336     0.9520  0 0.000 0.008 0.992
#> SRR819234      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853      3  0.4431     0.5459  0 0.304 0.696 0.000
#> SRR809427      4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170217     4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1386967     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420344     2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334535     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503      4  0.0469     0.9498  0 0.012 0.000 0.988
#> SRR602564      4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420669     4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR819024      3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR656223      3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR608428      2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345647     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324     2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361368     4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322619     2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349276     4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404024     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637     2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452631     4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR608392      3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357757     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1074646     4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1367499     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343501     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394406     4  0.7412     0.3959  0 0.200 0.296 0.504
#> SRR1381435     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467407     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422     2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380270     3  0.4643     0.4535  0 0.344 0.656 0.000
#> SRR1091817     2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440137     2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR614311      4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407516     4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR815494      3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333209     4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR615177      4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099648     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR659720      2  0.4866     0.3443  0 0.596 0.404 0.000
#> SRR2185057     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468      4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR660042      3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170864     2  0.0592     0.9288  0 0.984 0.000 0.016
#> SRR1440491     4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440852     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR811169      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311     4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR818009      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836     2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498313     2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441975     2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR819096      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679     4  0.1867     0.8888  0 0.000 0.072 0.928
#> SRR1489116     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354138     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490589     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1412987     4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR602034      3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353437     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR661577      4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR612190      4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399880     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787     4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR657869      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476697     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538     4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1331422     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859      3  0.2342     0.8941  0 0.080 0.912 0.008
#> SRR1097594     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336706     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472976     4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1321307     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461      3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477149     2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457397     2  0.3356     0.7685  0 0.824 0.176 0.000
#> SRR661913      3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069024     2  0.4855     0.3614  0 0.600 0.400 0.000
#> SRR2165634     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328642     2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488261     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318815     4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR816945      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432     4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359280     2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313910     2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457315     4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR815398      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958      3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR600688      4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098952     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR614167      3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348114     2  0.4776     0.3537  0 0.624 0.000 0.376
#> SRR658033      2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077503     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR661854      3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR811379      4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318857     2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR656445      3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433044     2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486391     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071      3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1364824     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745      3  0.4898     0.2567  0 0.416 0.584 0.000
#> SRR601038      3  0.3610     0.7370  0 0.200 0.800 0.000
#> SRR1360080     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868      3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485997     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560     4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333330     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513      4  0.4804     0.3718  0 0.000 0.384 0.616
#> SRR1328407     2  0.4454     0.5715  0 0.692 0.308 0.000
#> SRR602784      3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348468     4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR663717      4  0.2868     0.8296  0 0.136 0.000 0.864
#> SRR602217      2  0.0592     0.9276  0 0.984 0.016 0.000
#> SRR603140      3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340804     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333462     2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1094601     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610     3  0.4605     0.4825  0 0.000 0.664 0.336
#> SRR1435833     4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1398728     2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358343     4  0.3610     0.7524  0 0.200 0.000 0.800
#> SRR1410890     2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350371     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478     2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099260     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433576     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345541     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086328     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391      3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476207     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR627435      3  0.1557     0.9277  0 0.056 0.944 0.000
#> SRR1489862     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490115     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377714     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR819394      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161      4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR607042      3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR656203      4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR660602      3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440397     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249      2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR661242      4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1332007     2  0.4477     0.5638  0 0.688 0.312 0.000
#> SRR809619      4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR819975      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281      2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR662366      3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317898     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382485     4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR2166420     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR817444      3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320403     2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101483     2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331684     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400054     4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406088     2  0.1302     0.9051  0 0.956 0.000 0.044
#> SRR820733      4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1314113     4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1382615     3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480745     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850     2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR656782      3  0.0000     0.9851  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR821364      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295      2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357103     2  0.4500     0.5560  0 0.684 0.316 0.000
#> SRR809185      4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR811583      4  0.0000     0.9593  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468050     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224     2  0.0000     0.9411  0 1.000 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>            class entropy silhouette p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR1500170     2  0.0510     0.9466  0 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1402368     3  0.0000     0.9651  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607743      5  0.2516     0.9063  0 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR1457375     2  0.2852     0.7918  0 0.828 0.000 0.172 0.000
#> SRR1470923     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785     3  0.0000     0.9651  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814768      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031     2  0.1043     0.9266  0 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1363611     4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468447     2  0.0000     0.9469  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071931     4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR810981      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299      2  0.0162     0.9465  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR663585      5  0.4015     0.6611  0 0.000 0.348 0.000 0.652
#> SRR1326773     5  0.4489     0.8258  0 0.016 0.084 0.120 0.780
#> SRR1351166     2  0.0609     0.9422  0 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1477452     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720     3  0.0290     0.9598  0 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1420320     4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081712     2  0.0162     0.9465  0 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1318241     3  0.3210     0.7074  0 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1333718     5  0.2929     0.8773  0 0.000 0.180 0.000 0.820
#> SRR1313514     2  0.1792     0.9207  0 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1477861     5  0.2020     0.9344  0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1318005     2  0.1792     0.9207  0 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1354665     2  0.0510     0.9466  0 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR657707      3  0.1671     0.8924  0 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1370742     3  0.0000     0.9651  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1412947     2  0.0609     0.9422  0 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR661553      4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328869     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211      2  0.0000     0.9469  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348181     3  0.1341     0.9133  0 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1416560     3  0.0000     0.9651  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319772     5  0.3983     0.6296  0 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1091452     4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338812     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072     2  0.1341     0.9339  0 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR814844      4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376619     3  0.0000     0.9651  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603690      4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2184980     2  0.0510     0.9466  0 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR613963      4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323422     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673     5  0.4210     0.5261  0 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR1434650     5  0.3321     0.8107  0 0.136 0.032 0.000 0.832
#> SRR659875      5  0.2020     0.9344  0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1465734     5  0.3366     0.8219  0 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR1076847     2  0.1792     0.9207  0 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1415072     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319      5  0.2020     0.9344  0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR663088      4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352021     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935      4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352530     3  0.0000     0.9651  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662594      3  0.2929     0.7536  0 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR1095309     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647      3  0.0000     0.9651  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813019      5  0.2020     0.9344  0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1374647     2  0.0162     0.9465  0 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR603472      2  0.4287     0.3078  0 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR661529      3  0.0880     0.9283  0 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR607018      5  0.2020     0.9344  0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR627423      4  0.4517     0.3819  0 0.388 0.000 0.600 0.012
#> SRR654921      4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418968     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871      3  0.0000     0.9651  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330522     3  0.0000     0.9651  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499958     2  0.0510     0.9466  0 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR614059      3  0.0000     0.9651  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071403     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719     2  0.0510     0.9466  0 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1440421     2  0.1270     0.9334  0 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1310412     5  0.2519     0.9237  0 0.000 0.100 0.016 0.884
#> SRR614767      2  0.0000     0.9469  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820709      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093      5  0.4138     0.5913  0 0.000 0.384 0.000 0.616
#> SRR1088168     3  0.0162     0.9624  0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1418707     2  0.0510     0.9466  0 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1354291     2  0.1792     0.9207  0 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR2165806     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684     4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433860     3  0.0000     0.9651  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311062     2  0.0000     0.9469  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360359     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385      3  0.0000     0.9651  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615407      2  0.0162     0.9465  0 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1413892     5  0.3876     0.7152  0 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR1443459     4  0.0798     0.9406  0 0.008 0.000 0.976 0.016
#> SRR1338942     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480      5  0.2020     0.9344  0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1399433     4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR818537      5  0.2020     0.9344  0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1101324     4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR807637      4  0.3109     0.7563  0 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1091918     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300      3  0.3177     0.7140  0 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1085426     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294     2  0.0290     0.9470  0 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR813891      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431     2  0.2852     0.7875  0 0.828 0.000 0.172 0.000
#> SRR658742      4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419234     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813     2  0.0510     0.9466  0 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR603496      5  0.2020     0.9344  0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1407758     3  0.0000     0.9651  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810945      2  0.0000     0.9469  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817234      2  0.1792     0.9207  0 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1444852     3  0.0000     0.9651  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660378      3  0.0000     0.9651  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467835     2  0.0404     0.9469  0 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1338964     3  0.3074     0.7345  0 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR1079259     2  0.4565     0.2755  0 0.580 0.000 0.408 0.012
#> SRR1072345     3  0.0703     0.9462  0 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR598725      3  0.0000     0.9651  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447938     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460     4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429468     2  0.0510     0.9466  0 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1446850     2  0.0000     0.9469  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320363     3  0.0290     0.9596  0 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1413810     3  0.0000     0.9651  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598831      2  0.0510     0.9466  0 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1381865     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957      3  0.0000     0.9651  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1491332     5  0.2020     0.9344  0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1099744     2  0.0000     0.9469  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464618     4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414559     4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337540     4  0.3456     0.7586  0 0.184 0.000 0.800 0.016
#> SRR1444283     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942     3  0.0000     0.9651  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660295      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335      3  0.0000     0.9651  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1363742     3  0.0000     0.9651  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345847     4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614960      3  0.0000     0.9651  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819919      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330      2  0.1792     0.9207  0 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1327951     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266     4  0.4743     0.1051  0 0.472 0.000 0.512 0.016
#> SRR1338055     2  0.0404     0.9450  0 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1430157     2  0.0510     0.9466  0 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1320137     2  0.0510     0.9466  0 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1093483     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913     3  0.0000     0.9651  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2170490     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845     3  0.0000     0.9651  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436420     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060     5  0.3242     0.8420  0 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR662282      3  0.0000     0.9651  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487089     4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075683     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880     4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453456     3  0.0000     0.9651  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457895     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603     5  0.2020     0.9344  0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR658633      2  0.0000     0.9469  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388081     4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR813339      3  0.0000     0.9651  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809725      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441      2  0.1792     0.9207  0 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR613603      3  0.2852     0.7693  0 0.000 0.828 0.000 0.172
#> SRR1096571     5  0.2020     0.9344  0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1392701     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693     2  0.0510     0.9466  0 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR660697      4  0.0609     0.9411  0 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1489926     5  0.2020     0.9344  0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR811491      3  0.0000     0.9651  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311644     4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1451740     3  0.0703     0.9467  0 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR615117      5  0.1768     0.9124  0 0.004 0.072 0.000 0.924
#> SRR1391748     4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466556     3  0.0000     0.9651  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614972      3  0.0000     0.9651  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406200     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210      4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662174      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236      4  0.0290     0.9499  0 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1312598     2  0.0510     0.9466  0 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1330129     2  0.1732     0.9245  0 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1357781     2  0.1851     0.9208  0 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1315517     2  0.1792     0.9207  0 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1400032     3  0.0000     0.9651  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413722     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827      3  0.0000     0.9651  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814794      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509     4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR808728      5  0.3366     0.8219  0 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR1070813     2  0.0510     0.9466  0 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1389133     3  0.2929     0.7575  0 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR601263      3  0.1792     0.8840  0 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR604718      4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1481351     5  0.2020     0.9344  0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1334608     5  0.2020     0.9344  0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR658681      5  0.2020     0.9344  0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR809283      4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459300     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547     5  0.2020     0.9344  0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR811049      5  0.3949     0.6454  0 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR1464835     4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339619     4  0.4040     0.6371  0 0.260 0.000 0.724 0.016
#> SRR658501      3  0.0000     0.9651  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447523     3  0.0000     0.9651  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415048     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348     2  0.4666     0.2530  0 0.572 0.000 0.412 0.016
#> SRR603890      2  0.1792     0.9207  0 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR810595      3  0.0000     0.9651  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446244     4  0.3492     0.7531  0 0.188 0.000 0.796 0.016
#> SRR817373      4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457291     4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR598220      3  0.4235     0.2738  0 0.000 0.576 0.424 0.000
#> SRR1477991     2  0.0404     0.9469  0 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR598172      2  0.0162     0.9465  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1349032     2  0.4674     0.2403  0 0.568 0.000 0.416 0.016
#> SRR604002      2  0.1043     0.9379  0 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1378026     5  0.2020     0.9344  0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1404401     2  0.1792     0.9207  0 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1333240     2  0.1608     0.9008  0 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1089399     2  0.0404     0.9469  0 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR603421      2  0.1544     0.9276  0 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR812562      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520      5  0.2020     0.9344  0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR811839      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317      2  0.0510     0.9466  0 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1436763     4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486021     4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465018     2  0.1792     0.9207  0 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1080998     5  0.2020     0.9344  0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1083432     3  0.0000     0.9651  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082833     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536     3  0.0000     0.9651  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614011      2  0.0510     0.9466  0 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1365873     2  0.0000     0.9469  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498789     2  0.0000     0.9469  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601581      4  0.2929     0.7757  0 0.180 0.000 0.820 0.000
#> SRR603566      5  0.2020     0.9344  0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1373981     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410      2  0.2966     0.7741  0 0.816 0.000 0.184 0.000
#> SRR1076511     4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614143      5  0.2124     0.8365  0 0.096 0.004 0.000 0.900
#> SRR1333570     3  0.0000     0.9651  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366813     2  0.0510     0.9466  0 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1388746     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558     3  0.0000     0.9651  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409510     3  0.0000     0.9651  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816250      2  0.0000     0.9469  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614131      4  0.4171     0.3848  0 0.396 0.000 0.604 0.000
#> SRR1331130     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015     3  0.0000     0.9651  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470798     3  0.0404     0.9562  0 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR614179      5  0.2020     0.9344  0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1474863     2  0.0000     0.9469  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813560      2  0.0510     0.9466  0 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1312187     4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420960     3  0.0000     0.9651  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355102     3  0.0000     0.9651  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084577     5  0.2773     0.8887  0 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR659971      2  0.0510     0.9466  0 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1350855     4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR820779      3  0.0000     0.9651  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476300     3  0.0000     0.9651  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090907     4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662294      2  0.1792     0.9207  0 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1480789     5  0.2020     0.9344  0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1336263     4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660776      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508     2  0.1792     0.9207  0 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR615563      4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101175     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650     5  0.2020     0.9344  0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1431205     2  0.0162     0.9465  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1339856     4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352147     2  0.3039     0.7507  0 0.808 0.000 0.192 0.000
#> SRR808968      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419      2  0.1544     0.9344  0 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1402391     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609      5  0.2020     0.9344  0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR2167857     2  0.1792     0.9207  0 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1398752     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437     2  0.0510     0.9466  0 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1416955     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064     4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659001      4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170696     4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816589      3  0.0162     0.9624  0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1087487     3  0.0000     0.9651  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329485     3  0.0000     0.9651  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816920      4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341432     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590     4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR817046      3  0.3561     0.6087  0 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR1471331     3  0.0000     0.9651  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660788      4  0.4294     0.0812  0 0.000 0.468 0.532 0.000
#> SRR819234      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853      5  0.2020     0.9344  0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR809427      4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170217     4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1386967     3  0.0404     0.9567  0 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1420344     2  0.0510     0.9466  0 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1334535     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503      4  0.0912     0.9377  0 0.012 0.000 0.972 0.016
#> SRR602564      4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420669     4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR819024      3  0.0000     0.9651  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656223      5  0.3816     0.7322  0 0.000 0.304 0.000 0.696
#> SRR608428      2  0.0162     0.9465  0 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1345647     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324     2  0.0162     0.9465  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1361368     4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322619     2  0.0510     0.9466  0 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1349276     4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404024     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637     2  0.0510     0.9466  0 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1452631     4  0.0162     0.9544  0 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR608392      5  0.2020     0.9344  0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1357757     5  0.2020     0.9344  0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1074646     4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367499     3  0.0000     0.9651  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343501     5  0.2020     0.9344  0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1394406     4  0.5102     0.6504  0 0.128 0.000 0.696 0.176
#> SRR1381435     3  0.0162     0.9624  0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1467407     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422     2  0.1410     0.9196  0 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1380270     5  0.2020     0.9344  0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1091817     2  0.0000     0.9469  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440137     2  0.0000     0.9469  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614311      4  0.0162     0.9541  0 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1407516     4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR815494      3  0.0000     0.9651  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333209     4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615177      4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099648     5  0.2516     0.9093  0 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR659720      5  0.2446     0.8917  0 0.044 0.056 0.000 0.900
#> SRR2185057     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468      4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660042      3  0.0000     0.9651  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2170864     2  0.0609     0.9407  0 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1440491     4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440852     3  0.0000     0.9651  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811169      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311     4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR818009      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836     2  0.0510     0.9466  0 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1498313     2  0.1792     0.9207  0 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1441975     2  0.0162     0.9465  0 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR819096      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679     4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489116     5  0.2020     0.9344  0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1354138     3  0.0000     0.9651  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490589     3  0.0000     0.9651  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1412987     4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR602034      3  0.0000     0.9651  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353437     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871     5  0.2020     0.9344  0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR661577      4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR612190      4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399880     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787     4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR657869      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141     3  0.0000     0.9651  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476697     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538     4  0.0671     0.9433  0 0.004 0.000 0.980 0.016
#> SRR1331422     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859      5  0.5684     0.5450  0 0.004 0.096 0.300 0.600
#> SRR1097594     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419     3  0.0000     0.9651  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336706     5  0.2020     0.9344  0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1472976     4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321307     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461      3  0.0000     0.9651  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477149     2  0.1732     0.9225  0 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1457397     5  0.0510     0.8424  0 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR661913      3  0.0000     0.9651  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069024     5  0.2020     0.9344  0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR2165634     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722     3  0.0000     0.9651  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328642     2  0.1270     0.9334  0 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1488261     3  0.0000     0.9651  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318815     4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816945      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432     4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359280     2  0.0162     0.9465  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1313910     2  0.0510     0.9466  0 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1457315     4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR815398      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958      3  0.0000     0.9651  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR600688      4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098952     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916     3  0.0000     0.9651  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614167      3  0.0000     0.9651  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348114     2  0.4576     0.3583  0 0.608 0.000 0.376 0.016
#> SRR658033      2  0.0000     0.9469  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1077503     5  0.3336     0.8265  0 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR661854      5  0.2020     0.9344  0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR811379      4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318857     2  0.0510     0.9466  0 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR656445      3  0.0162     0.9624  0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1433044     2  0.1792     0.9207  0 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1486391     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071      3  0.0000     0.9651  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364824     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745      5  0.2020     0.9344  0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR601038      5  0.2020     0.9344  0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1360080     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868      3  0.0000     0.9651  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485997     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560     4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333330     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513      4  0.3391     0.7416  0 0.000 0.012 0.800 0.188
#> SRR1328407     5  0.2020     0.9344  0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR602784      5  0.2020     0.9344  0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1348468     4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663717      4  0.2920     0.8230  0 0.132 0.000 0.852 0.016
#> SRR602217      2  0.3001     0.8112  0 0.844 0.008 0.004 0.144
#> SRR603140      5  0.4045     0.5961  0 0.000 0.356 0.000 0.644
#> SRR1340804     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574     3  0.0963     0.9353  0 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1333462     2  0.1792     0.9207  0 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1094601     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610     4  0.4404     0.5838  0 0.000 0.264 0.704 0.032
#> SRR1435833     4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398728     2  0.0510     0.9466  0 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1358343     4  0.3456     0.7586  0 0.184 0.000 0.800 0.016
#> SRR1410890     2  0.0510     0.9466  0 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1350371     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478     2  0.0510     0.9466  0 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1099260     5  0.2020     0.9344  0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1433576     3  0.0000     0.9651  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345541     3  0.0451     0.9562  0 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1086328     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391      3  0.0000     0.9651  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476207     3  0.4138     0.2889  0 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR627435      5  0.2293     0.9211  0 0.016 0.084 0.000 0.900
#> SRR1489862     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191     3  0.0000     0.9651  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490115     3  0.1478     0.9066  0 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1377714     5  0.2293     0.9211  0 0.016 0.084 0.000 0.900
#> SRR819394      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161      4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR607042      5  0.2020     0.9344  0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR656203      4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660602      3  0.0000     0.9651  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440397     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249      2  0.0510     0.9466  0 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR661242      4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332007     5  0.2020     0.9344  0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR809619      4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR819975      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281      2  0.0162     0.9465  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR662366      3  0.0000     0.9651  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317898     3  0.0000     0.9651  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382485     4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2166420     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541     3  0.0000     0.9651  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817444      5  0.2020     0.9344  0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1320403     2  0.0162     0.9465  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1101483     2  0.0510     0.9466  0 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1331684     3  0.3336     0.6726  0 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR1400054     4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406088     2  0.1444     0.9254  0 0.948 0.000 0.040 0.012
#> SRR820733      4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314113     4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382615     5  0.3774     0.7442  0 0.000 0.296 0.000 0.704
#> SRR1480745     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850     2  0.0000     0.9469  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656782      3  0.1197     0.9233  0 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR821364      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295      2  0.1792     0.9207  0 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1357103     5  0.2020     0.9344  0 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR809185      4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811583      4  0.0000     0.9570  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468050     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224     2  0.0510     0.9466  0 0.984 0.000 0.000 0.016

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>            class entropy silhouette p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR1500170     2  0.0000    0.86723  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402368     3  0.3515    0.56123  0 0.000 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR607743      5  0.3864    0.41335  0 0.000 0.000 0.000 0.520 0.480
#> SRR1457375     2  0.2562    0.63893  0 0.828 0.000 0.172 0.000 0.000
#> SRR1470923     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785     3  0.3833    0.39263  0 0.000 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR814768      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031     2  0.0937    0.83152  0 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1363611     4  0.0000    0.92093  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468447     2  0.0000    0.86723  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071931     4  0.0000    0.92093  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810981      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299      2  0.0937    0.83974  0 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR663585      3  0.3547    0.39976  0 0.000 0.668 0.000 0.332 0.000
#> SRR1326773     5  0.2300    0.71454  0 0.000 0.000 0.144 0.856 0.000
#> SRR1351166     2  0.0547    0.85332  0 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1477452     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720     3  0.0260    0.88970  0 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1420320     4  0.0000    0.92093  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081712     2  0.0547    0.85332  0 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1318241     6  0.5655   -0.06124  0 0.000 0.360 0.000 0.160 0.480
#> SRR1333718     5  0.1814    0.78032  0 0.000 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1313514     6  0.3864    0.18277  0 0.480 0.000 0.000 0.000 0.520
#> SRR1477861     5  0.0000    0.85748  0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318005     6  0.3864    0.18277  0 0.480 0.000 0.000 0.000 0.520
#> SRR1354665     2  0.0000    0.86723  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657707      3  0.4183    0.31817  0 0.000 0.508 0.000 0.012 0.480
#> SRR1370742     3  0.0000    0.89604  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1412947     2  0.0547    0.85332  0 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR661553      4  0.0000    0.92093  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328869     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211      2  0.0000    0.86723  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348181     3  0.1267    0.83883  0 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1416560     3  0.0000    0.89604  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319772     5  0.4433    0.51703  0 0.000 0.040 0.000 0.616 0.344
#> SRR1091452     4  0.0000    0.92093  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338812     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072     2  0.3050    0.58487  0 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR814844      4  0.0000    0.92093  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376619     3  0.0000    0.89604  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603690      4  0.0000    0.92093  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2184980     2  0.0000    0.86723  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613963      4  0.0000    0.92093  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323422     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673     5  0.3647    0.42295  0 0.000 0.360 0.000 0.640 0.000
#> SRR1434650     5  0.1327    0.79605  0 0.064 0.000 0.000 0.936 0.000
#> SRR659875      5  0.0000    0.85748  0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465734     6  0.5555   -0.26308  0 0.000 0.140 0.000 0.380 0.480
#> SRR1076847     6  0.3864    0.18277  0 0.480 0.000 0.000 0.000 0.520
#> SRR1415072     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319      5  0.0000    0.85748  0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663088      4  0.0000    0.92093  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352021     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935      4  0.0000    0.92093  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352530     3  0.0000    0.89604  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662594      6  0.5508   -0.13172  0 0.000 0.388 0.000 0.132 0.480
#> SRR1095309     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647      3  0.0000    0.89604  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813019      5  0.0000    0.85748  0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374647     2  0.0909    0.84702  0 0.968 0.000 0.020 0.012 0.000
#> SRR603472      6  0.5643    0.22301  0 0.340 0.000 0.000 0.164 0.496
#> SRR661529      3  0.2762    0.66570  0 0.000 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR607018      5  0.0000    0.85748  0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR627423      2  0.3854    0.11635  0 0.536 0.000 0.464 0.000 0.000
#> SRR654921      4  0.0000    0.92093  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418968     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871      3  0.0000    0.89604  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330522     3  0.0000    0.89604  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499958     2  0.0000    0.86723  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614059      3  0.0000    0.89604  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071403     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719     2  0.0000    0.86723  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440421     2  0.3101    0.57089  0 0.756 0.000 0.000 0.000 0.244
#> SRR1310412     5  0.4095    0.40377  0 0.000 0.000 0.008 0.512 0.480
#> SRR614767      2  0.0000    0.86723  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820709      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093      5  0.3717    0.38711  0 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR1088168     3  0.0000    0.89604  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418707     2  0.0000    0.86723  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354291     6  0.3864    0.18277  0 0.480 0.000 0.000 0.000 0.520
#> SRR2165806     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684     4  0.0000    0.92093  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433860     3  0.0000    0.89604  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311062     2  0.0000    0.86723  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360359     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385      3  0.0000    0.89604  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615407      2  0.0547    0.85332  0 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1413892     5  0.3833    0.25538  0 0.000 0.444 0.000 0.556 0.000
#> SRR1443459     4  0.0865    0.89108  0 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> SRR1338942     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480      5  0.3864    0.41335  0 0.000 0.000 0.000 0.520 0.480
#> SRR1399433     4  0.0000    0.92093  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR818537      5  0.0000    0.85748  0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101324     4  0.3864    0.33096  0 0.000 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR807637      4  0.2823    0.69268  0 0.204 0.000 0.796 0.000 0.000
#> SRR1091918     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300      6  0.5673   -0.05402  0 0.000 0.356 0.000 0.164 0.480
#> SRR1085426     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294     2  0.0000    0.86723  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813891      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431     2  0.2697    0.61177  0 0.812 0.000 0.188 0.000 0.000
#> SRR658742      4  0.0000    0.92093  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419234     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813     2  0.0000    0.86723  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603496      5  0.0000    0.85748  0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407758     3  0.0000    0.89604  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810945      2  0.0000    0.86723  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817234      6  0.3864    0.18277  0 0.480 0.000 0.000 0.000 0.520
#> SRR1444852     3  0.0000    0.89604  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660378      3  0.0000    0.89604  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467835     2  0.0000    0.86723  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338964     6  0.5508   -0.11641  0 0.000 0.388 0.000 0.132 0.480
#> SRR1079259     6  0.5706    0.16547  0 0.348 0.000 0.172 0.000 0.480
#> SRR1072345     3  0.4263    0.31283  0 0.000 0.504 0.000 0.016 0.480
#> SRR598725      3  0.0000    0.89604  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447938     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460     4  0.0000    0.92093  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429468     2  0.0000    0.86723  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446850     2  0.0000    0.86723  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320363     3  0.0858    0.87366  0 0.000 0.968 0.000 0.004 0.028
#> SRR1413810     3  0.0000    0.89604  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598831      2  0.0000    0.86723  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381865     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957      3  0.0000    0.89604  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1491332     5  0.0000    0.85748  0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099744     2  0.0000    0.86723  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464618     4  0.0000    0.92093  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414559     4  0.1141    0.87838  0 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1337540     4  0.2793    0.69782  0 0.200 0.000 0.800 0.000 0.000
#> SRR1444283     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942     3  0.3864    0.33741  0 0.000 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR660295      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335      3  0.0000    0.89604  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1363742     3  0.0000    0.89604  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345847     4  0.0000    0.92093  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614960      3  0.3727    0.47402  0 0.000 0.612 0.000 0.000 0.388
#> SRR819919      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330      6  0.3864    0.18277  0 0.480 0.000 0.000 0.000 0.520
#> SRR1327951     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266     2  0.3774    0.26099  0 0.592 0.000 0.408 0.000 0.000
#> SRR1338055     2  0.1245    0.83560  0 0.952 0.000 0.000 0.016 0.032
#> SRR1430157     2  0.0000    0.86723  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320137     2  0.0000    0.86723  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1093483     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913     3  0.0000    0.89604  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2170490     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845     3  0.0000    0.89604  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436420     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060     5  0.2260    0.73844  0 0.000 0.140 0.000 0.860 0.000
#> SRR662282      3  0.0000    0.89604  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487089     4  0.0000    0.92093  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075683     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880     4  0.0000    0.92093  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453456     3  0.0000    0.89604  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457895     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603     5  0.0000    0.85748  0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658633      2  0.0000    0.86723  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388081     4  0.0000    0.92093  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813339      3  0.0000    0.89604  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809725      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441      6  0.3864    0.18277  0 0.480 0.000 0.000 0.000 0.520
#> SRR613603      6  0.5655   -0.06101  0 0.000 0.360 0.000 0.160 0.480
#> SRR1096571     5  0.0000    0.85748  0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392701     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693     2  0.0000    0.86723  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660697      4  0.0458    0.90711  0 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1489926     5  0.0000    0.85748  0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811491      3  0.0000    0.89604  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311644     4  0.3864    0.33096  0 0.000 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1451740     3  0.0547    0.88007  0 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR615117      5  0.0000    0.85748  0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1391748     4  0.0000    0.92093  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466556     3  0.0000    0.89604  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614972      3  0.3330    0.61277  0 0.000 0.716 0.000 0.000 0.284
#> SRR1406200     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210      4  0.0000    0.92093  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662174      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236      4  0.3851    0.36198  0 0.000 0.000 0.540 0.000 0.460
#> SRR1312598     2  0.0000    0.86723  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330129     2  0.3797    0.12753  0 0.580 0.000 0.000 0.000 0.420
#> SRR1357781     6  0.3864    0.18277  0 0.480 0.000 0.000 0.000 0.520
#> SRR1315517     6  0.3864    0.18277  0 0.480 0.000 0.000 0.000 0.520
#> SRR1400032     3  0.0000    0.89604  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413722     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827      3  0.0000    0.89604  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814794      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509     4  0.0000    0.92093  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808728      5  0.2442    0.72614  0 0.000 0.144 0.000 0.852 0.004
#> SRR1070813     2  0.0000    0.86723  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389133     6  0.5673   -0.05402  0 0.000 0.356 0.000 0.164 0.480
#> SRR601263      3  0.4407    0.29904  0 0.000 0.496 0.000 0.024 0.480
#> SRR604718      4  0.0000    0.92093  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481351     5  0.0000    0.85748  0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334608     5  0.0000    0.85748  0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658681      5  0.0000    0.85748  0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809283      4  0.0000    0.92093  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459300     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547     5  0.0000    0.85748  0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811049      5  0.4594    0.36371  0 0.000 0.036 0.000 0.484 0.480
#> SRR1464835     4  0.0000    0.92093  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339619     4  0.3607    0.45541  0 0.348 0.000 0.652 0.000 0.000
#> SRR658501      3  0.0000    0.89604  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447523     3  0.3838    0.38686  0 0.000 0.552 0.000 0.000 0.448
#> SRR1415048     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348     2  0.3647    0.32845  0 0.640 0.000 0.360 0.000 0.000
#> SRR603890      6  0.3864    0.18277  0 0.480 0.000 0.000 0.000 0.520
#> SRR810595      3  0.0000    0.89604  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446244     4  0.3515    0.50581  0 0.324 0.000 0.676 0.000 0.000
#> SRR817373      4  0.0000    0.92093  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457291     4  0.0000    0.92093  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598220      6  0.5817    0.07425  0 0.000 0.208 0.312 0.000 0.480
#> SRR1477991     2  0.0000    0.86723  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598172      2  0.0790    0.84627  0 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1349032     2  0.3868    0.03863  0 0.508 0.000 0.492 0.000 0.000
#> SRR604002      2  0.3854   -0.03500  0 0.536 0.000 0.000 0.000 0.464
#> SRR1378026     5  0.0000    0.85748  0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404401     6  0.3864    0.18277  0 0.480 0.000 0.000 0.000 0.520
#> SRR1333240     2  0.3175    0.48870  0 0.744 0.000 0.000 0.256 0.000
#> SRR1089399     2  0.0000    0.86723  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603421      2  0.3659    0.29947  0 0.636 0.000 0.000 0.000 0.364
#> SRR812562      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520      5  0.0000    0.85748  0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811839      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317      2  0.0000    0.86723  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436763     4  0.0000    0.92093  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486021     4  0.0000    0.92093  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465018     6  0.3864    0.18277  0 0.480 0.000 0.000 0.000 0.520
#> SRR1080998     5  0.3864    0.41335  0 0.000 0.000 0.000 0.520 0.480
#> SRR1083432     3  0.0000    0.89604  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082833     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536     3  0.0000    0.89604  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614011      2  0.0000    0.86723  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365873     2  0.0146    0.86508  0 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1498789     2  0.0000    0.86723  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601581      4  0.2597    0.72524  0 0.176 0.000 0.824 0.000 0.000
#> SRR603566      5  0.0000    0.85748  0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1373981     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410      2  0.2664    0.61624  0 0.816 0.000 0.184 0.000 0.000
#> SRR1076511     4  0.3499    0.56724  0 0.000 0.000 0.680 0.000 0.320
#> SRR614143      5  0.2260    0.76806  0 0.000 0.000 0.000 0.860 0.140
#> SRR1333570     3  0.0000    0.89604  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366813     2  0.0000    0.86723  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388746     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558     3  0.3864    0.33741  0 0.000 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR1409510     3  0.0000    0.89604  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816250      2  0.0000    0.86723  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614131      2  0.3868    0.04089  0 0.508 0.000 0.492 0.000 0.000
#> SRR1331130     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015     3  0.0000    0.89604  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470798     3  0.0363    0.88642  0 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR614179      5  0.0000    0.85748  0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1474863     2  0.0000    0.86723  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813560      2  0.0000    0.86723  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312187     4  0.0000    0.92093  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420960     3  0.0000    0.89604  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355102     3  0.0000    0.89604  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084577     5  0.3854    0.20523  0 0.000 0.464 0.000 0.536 0.000
#> SRR659971      2  0.0000    0.86723  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350855     4  0.0000    0.92093  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820779      3  0.0000    0.89604  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476300     3  0.0000    0.89604  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090907     4  0.0000    0.92093  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662294      6  0.3864    0.18277  0 0.480 0.000 0.000 0.000 0.520
#> SRR1480789     5  0.0000    0.85748  0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336263     4  0.0000    0.92093  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660776      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508     6  0.3864    0.18277  0 0.480 0.000 0.000 0.000 0.520
#> SRR615563      4  0.0000    0.92093  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101175     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650     5  0.0000    0.85748  0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431205     2  0.0713    0.84924  0 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1339856     4  0.0000    0.92093  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352147     2  0.2762    0.60219  0 0.804 0.000 0.196 0.000 0.000
#> SRR808968      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419      2  0.3050    0.58250  0 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR1402391     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609      5  0.0000    0.85748  0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2167857     6  0.3864    0.18277  0 0.480 0.000 0.000 0.000 0.520
#> SRR1398752     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437     2  0.0000    0.86723  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416955     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064     4  0.0000    0.92093  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659001      4  0.0000    0.92093  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2170696     4  0.3862    0.33735  0 0.000 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR816589      3  0.0000    0.89604  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1087487     3  0.0000    0.89604  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329485     3  0.0000    0.89604  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816920      4  0.3838    0.37945  0 0.000 0.000 0.552 0.000 0.448
#> SRR1341432     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590     4  0.0000    0.92093  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817046      3  0.3990    0.50811  0 0.000 0.688 0.000 0.284 0.028
#> SRR1471331     3  0.0000    0.89604  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660788      6  0.5673   -0.00467  0 0.000 0.164 0.356 0.000 0.480
#> SRR819234      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853      5  0.0000    0.85748  0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809427      4  0.0000    0.92093  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2170217     4  0.0000    0.92093  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1386967     3  0.0363    0.88636  0 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1420344     2  0.0000    0.86723  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334535     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503      4  0.1141    0.87630  0 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000
#> SRR602564      4  0.0000    0.92093  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420669     4  0.0000    0.92093  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819024      3  0.0000    0.89604  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656223      3  0.3695    0.27877  0 0.000 0.624 0.000 0.376 0.000
#> SRR608428      2  0.0547    0.85332  0 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1345647     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324     2  0.2664    0.66798  0 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184
#> SRR1361368     4  0.0000    0.92093  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322619     2  0.0000    0.86723  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349276     4  0.0000    0.92093  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404024     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637     2  0.0000    0.86723  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452631     4  0.0000    0.92093  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR608392      5  0.0000    0.85748  0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357757     5  0.1663    0.80264  0 0.000 0.000 0.000 0.912 0.088
#> SRR1074646     4  0.0000    0.92093  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367499     3  0.0000    0.89604  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343501     5  0.0000    0.85748  0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394406     6  0.6784    0.08738  0 0.088 0.000 0.268 0.164 0.480
#> SRR1381435     3  0.0000    0.89604  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467407     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422     2  0.4172    0.42424  0 0.680 0.000 0.000 0.040 0.280
#> SRR1380270     5  0.0000    0.85748  0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091817     2  0.0000    0.86723  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440137     2  0.0000    0.86723  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614311      4  0.0146    0.91765  0 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1407516     4  0.0000    0.92093  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR815494      3  0.0000    0.89604  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333209     4  0.0000    0.92093  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615177      4  0.3578    0.53861  0 0.000 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR1099648     5  0.1141    0.82127  0 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR659720      5  0.3864    0.41335  0 0.000 0.000 0.000 0.520 0.480
#> SRR2185057     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468      4  0.3864    0.33096  0 0.000 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR660042      3  0.0000    0.89604  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2170864     2  0.0865    0.83813  0 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1440491     4  0.0000    0.92093  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440852     3  0.0000    0.89604  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811169      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311     4  0.0000    0.92093  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR818009      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836     2  0.0000    0.86723  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498313     6  0.3864    0.18277  0 0.480 0.000 0.000 0.000 0.520
#> SRR1441975     2  0.0547    0.85332  0 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR819096      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679     4  0.3782    0.43536  0 0.000 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR1489116     5  0.0000    0.85748  0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354138     3  0.0000    0.89604  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490589     3  0.3833    0.39263  0 0.000 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR1412987     4  0.0000    0.92093  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602034      3  0.0000    0.89604  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353437     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871     5  0.3446    0.59906  0 0.000 0.000 0.000 0.692 0.308
#> SRR661577      4  0.0000    0.92093  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR612190      4  0.0000    0.92093  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399880     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787     4  0.0000    0.92093  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657869      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141     3  0.0000    0.89604  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476697     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538     4  0.0632    0.90084  0 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1331422     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859      5  0.4651    0.36092  0 0.000 0.000 0.040 0.480 0.480
#> SRR1097594     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419     3  0.0000    0.89604  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336706     5  0.0000    0.85748  0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472976     4  0.0000    0.92093  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321307     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461      3  0.0000    0.89604  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477149     2  0.3851   -0.01581  0 0.540 0.000 0.000 0.000 0.460
#> SRR1457397     5  0.3446    0.54177  0 0.000 0.000 0.000 0.692 0.308
#> SRR661913      3  0.0000    0.89604  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069024     5  0.0000    0.85748  0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2165634     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722     3  0.0000    0.89604  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328642     2  0.3023    0.59259  0 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR1488261     3  0.0000    0.89604  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318815     4  0.0000    0.92093  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816945      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432     4  0.0000    0.92093  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359280     2  0.2562    0.68533  0 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR1313910     2  0.0000    0.86723  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457315     4  0.0000    0.92093  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR815398      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958      3  0.0000    0.89604  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600688      4  0.0000    0.92093  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098952     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916     3  0.0000    0.89604  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614167      3  0.0000    0.89604  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348114     2  0.3647    0.33131  0 0.640 0.000 0.360 0.000 0.000
#> SRR658033      2  0.0146    0.86479  0 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1077503     5  0.4392    0.65307  0 0.000 0.136 0.000 0.720 0.144
#> SRR661854      5  0.0000    0.85748  0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811379      4  0.0000    0.92093  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318857     2  0.0000    0.86723  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656445      3  0.0000    0.89604  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433044     6  0.3864    0.18277  0 0.480 0.000 0.000 0.000 0.520
#> SRR1486391     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071      3  0.3843    0.38088  0 0.000 0.548 0.000 0.000 0.452
#> SRR1364824     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745      5  0.0000    0.85748  0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR601038      5  0.0000    0.85748  0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360080     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868      3  0.3864    0.33741  0 0.000 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR1485997     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560     4  0.0000    0.92093  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333330     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513      6  0.5706   -0.04407  0 0.000 0.000 0.348 0.172 0.480
#> SRR1328407     5  0.0000    0.85748  0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR602784      5  0.0000    0.85748  0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348468     4  0.0000    0.92093  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663717      4  0.2340    0.76752  0 0.148 0.000 0.852 0.000 0.000
#> SRR602217      2  0.2773    0.65275  0 0.828 0.000 0.004 0.164 0.004
#> SRR603140      5  0.4651    0.35771  0 0.000 0.040 0.000 0.480 0.480
#> SRR1340804     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574     3  0.1204    0.84962  0 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1333462     6  0.3864    0.18277  0 0.480 0.000 0.000 0.000 0.520
#> SRR1094601     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610     6  0.6119    0.02116  0 0.000 0.168 0.332 0.020 0.480
#> SRR1435833     4  0.0000    0.92093  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398728     2  0.0000    0.86723  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358343     4  0.2793    0.69782  0 0.200 0.000 0.800 0.000 0.000
#> SRR1410890     2  0.0000    0.86723  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350371     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478     2  0.0000    0.86723  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099260     5  0.0000    0.85748  0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433576     3  0.0000    0.89604  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345541     3  0.4225    0.31843  0 0.000 0.508 0.008 0.004 0.480
#> SRR1086328     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391      3  0.0000    0.89604  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476207     6  0.5721   -0.15263  0 0.000 0.176 0.000 0.344 0.480
#> SRR627435      5  0.0000    0.85748  0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489862     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191     3  0.0000    0.89604  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490115     6  0.4990   -0.24356  0 0.000 0.452 0.000 0.068 0.480
#> SRR1377714     5  0.0000    0.85748  0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR819394      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161      4  0.0000    0.92093  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607042      5  0.0000    0.85748  0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR656203      4  0.0000    0.92093  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660602      3  0.0000    0.89604  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440397     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249      2  0.0000    0.86723  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661242      4  0.0000    0.92093  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332007     5  0.0000    0.85748  0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809619      4  0.0000    0.92093  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819975      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281      2  0.0547    0.85504  0 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR662366      3  0.0000    0.89604  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317898     3  0.0000    0.89604  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382485     4  0.0000    0.92093  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2166420     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541     3  0.0000    0.89604  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817444      5  0.0000    0.85748  0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320403     2  0.2527    0.69034  0 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1101483     2  0.0000    0.86723  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331684     3  0.3175    0.58978  0 0.000 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR1400054     4  0.3860    0.34371  0 0.000 0.000 0.528 0.000 0.472
#> SRR1406088     2  0.0865    0.83395  0 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR820733      4  0.0000    0.92093  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314113     4  0.3864    0.33096  0 0.000 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1382615     5  0.3647    0.45430  0 0.000 0.360 0.000 0.640 0.000
#> SRR1480745     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850     2  0.0000    0.86723  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656782      3  0.4263    0.31199  0 0.000 0.504 0.000 0.016 0.480
#> SRR821364      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295      6  0.3864    0.18277  0 0.480 0.000 0.000 0.000 0.520
#> SRR1357103     5  0.0000    0.85748  0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809185      4  0.0000    0.92093  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811583      4  0.0000    0.92093  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468050     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224     2  0.0000    0.86723  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-pam-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-pam-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-pam-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-pam-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-pam-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-pam-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-pam-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-pam-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-pam-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-pam-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-pam-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-pam-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-pam-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-pam-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-pam-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-pam-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-pam-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-pam-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-pam-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-pam-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk MAD-pam-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-pam-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-pam-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-pam-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-pam-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-pam-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk MAD-pam-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


MAD:mclust**

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["MAD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:mclust"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 17314 rows and 500 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#>   Subgroups are detected by 'mclust' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 3.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk MAD-mclust-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk MAD-mclust-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 1.000           1.000       1.000         0.3577 0.643   0.643
#> 3 3 1.000           0.981       0.991         0.7251 0.744   0.601
#> 4 4 0.805           0.894       0.928         0.2036 0.849   0.617
#> 5 5 0.862           0.837       0.915         0.0585 0.912   0.682
#> 6 6 0.850           0.827       0.907         0.0348 0.918   0.656

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2

There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>            class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1500170     2       0          1  0  1
#> SRR1402368     2       0          1  0  1
#> SRR607743      2       0          1  0  1
#> SRR1457375     2       0          1  0  1
#> SRR1470923     1       0          1  1  0
#> SRR817954      1       0          1  1  0
#> SRR809259      1       0          1  1  0
#> SRR1439785     2       0          1  0  1
#> SRR814768      1       0          1  1  0
#> SRR1102031     2       0          1  0  1
#> SRR1363611     2       0          1  0  1
#> SRR1468447     2       0          1  0  1
#> SRR1071931     2       0          1  0  1
#> SRR810981      1       0          1  1  0
#> SRR615299      2       0          1  0  1
#> SRR663585      2       0          1  0  1
#> SRR1326773     2       0          1  0  1
#> SRR1351166     2       0          1  0  1
#> SRR1477452     1       0          1  1  0
#> SRR1084720     2       0          1  0  1
#> SRR1420320     2       0          1  0  1
#> SRR1081712     2       0          1  0  1
#> SRR1318241     2       0          1  0  1
#> SRR1333718     2       0          1  0  1
#> SRR1313514     2       0          1  0  1
#> SRR1477861     2       0          1  0  1
#> SRR1318005     2       0          1  0  1
#> SRR1354665     2       0          1  0  1
#> SRR657707      2       0          1  0  1
#> SRR1370742     2       0          1  0  1
#> SRR1412947     2       0          1  0  1
#> SRR661553      2       0          1  0  1
#> SRR1328869     1       0          1  1  0
#> SRR662211      2       0          1  0  1
#> SRR1348181     2       0          1  0  1
#> SRR1416560     2       0          1  0  1
#> SRR1319772     2       0          1  0  1
#> SRR1091452     2       0          1  0  1
#> SRR1338812     1       0          1  1  0
#> SRR1392072     2       0          1  0  1
#> SRR814844      2       0          1  0  1
#> SRR1376619     2       0          1  0  1
#> SRR603690      2       0          1  0  1
#> SRR2184980     2       0          1  0  1
#> SRR613963      2       0          1  0  1
#> SRR1323422     1       0          1  1  0
#> SRR1397673     2       0          1  0  1
#> SRR1434650     2       0          1  0  1
#> SRR659875      2       0          1  0  1
#> SRR1465734     2       0          1  0  1
#> SRR1076847     2       0          1  0  1
#> SRR1415072     1       0          1  1  0
#> SRR659319      2       0          1  0  1
#> SRR663088      2       0          1  0  1
#> SRR1352021     1       0          1  1  0
#> SRR1325527     1       0          1  1  0
#> SRR1105369     1       0          1  1  0
#> SRR659935      2       0          1  0  1
#> SRR1352530     2       0          1  0  1
#> SRR662594      2       0          1  0  1
#> SRR1095309     1       0          1  1  0
#> SRR615647      2       0          1  0  1
#> SRR813019      2       0          1  0  1
#> SRR1374647     2       0          1  0  1
#> SRR603472      2       0          1  0  1
#> SRR661529      2       0          1  0  1
#> SRR607018      2       0          1  0  1
#> SRR627423      2       0          1  0  1
#> SRR654921      2       0          1  0  1
#> SRR1418968     1       0          1  1  0
#> SRR660871      2       0          1  0  1
#> SRR1330522     2       0          1  0  1
#> SRR1499958     2       0          1  0  1
#> SRR614059      2       0          1  0  1
#> SRR1071403     1       0          1  1  0
#> SRR1486719     2       0          1  0  1
#> SRR1440421     2       0          1  0  1
#> SRR1310412     2       0          1  0  1
#> SRR614767      2       0          1  0  1
#> SRR820709      1       0          1  1  0
#> SRR1471500     1       0          1  1  0
#> SRR658093      2       0          1  0  1
#> SRR1088168     2       0          1  0  1
#> SRR1418707     2       0          1  0  1
#> SRR1354291     2       0          1  0  1
#> SRR2165806     1       0          1  1  0
#> SRR1415684     2       0          1  0  1
#> SRR1433860     2       0          1  0  1
#> SRR1311062     2       0          1  0  1
#> SRR1360359     1       0          1  1  0
#> SRR661385      2       0          1  0  1
#> SRR615407      2       0          1  0  1
#> SRR1413892     2       0          1  0  1
#> SRR1443459     2       0          1  0  1
#> SRR1338942     1       0          1  1  0
#> SRR657480      2       0          1  0  1
#> SRR1399433     2       0          1  0  1
#> SRR818537      2       0          1  0  1
#> SRR1101324     2       0          1  0  1
#> SRR807637      2       0          1  0  1
#> SRR1091918     1       0          1  1  0
#> SRR598300      2       0          1  0  1
#> SRR1085426     1       0          1  1  0
#> SRR1376294     2       0          1  0  1
#> SRR813891      1       0          1  1  0
#> SRR1467431     2       0          1  0  1
#> SRR658742      2       0          1  0  1
#> SRR1419234     1       0          1  1  0
#> SRR1404813     2       0          1  0  1
#> SRR603496      2       0          1  0  1
#> SRR1407758     2       0          1  0  1
#> SRR810945      2       0          1  0  1
#> SRR817234      2       0          1  0  1
#> SRR1444852     2       0          1  0  1
#> SRR660378      2       0          1  0  1
#> SRR1467835     2       0          1  0  1
#> SRR1338964     2       0          1  0  1
#> SRR1079259     2       0          1  0  1
#> SRR1072345     2       0          1  0  1
#> SRR598725      2       0          1  0  1
#> SRR1447938     1       0          1  1  0
#> SRR1356397     1       0          1  1  0
#> SRR1360460     2       0          1  0  1
#> SRR1429468     2       0          1  0  1
#> SRR1446850     2       0          1  0  1
#> SRR1320363     2       0          1  0  1
#> SRR1413810     2       0          1  0  1
#> SRR598831      2       0          1  0  1
#> SRR1381865     1       0          1  1  0
#> SRR660957      2       0          1  0  1
#> SRR1491332     2       0          1  0  1
#> SRR1099744     2       0          1  0  1
#> SRR1464618     2       0          1  0  1
#> SRR1414559     2       0          1  0  1
#> SRR1337540     2       0          1  0  1
#> SRR1444283     1       0          1  1  0
#> SRR2184942     2       0          1  0  1
#> SRR660295      1       0          1  1  0
#> SRR601335      2       0          1  0  1
#> SRR1363742     2       0          1  0  1
#> SRR1345847     2       0          1  0  1
#> SRR614960      2       0          1  0  1
#> SRR819919      1       0          1  1  0
#> SRR603330      2       0          1  0  1
#> SRR1327951     1       0          1  1  0
#> SRR1401885     1       0          1  1  0
#> SRR1345266     2       0          1  0  1
#> SRR1338055     2       0          1  0  1
#> SRR1430157     2       0          1  0  1
#> SRR1320137     2       0          1  0  1
#> SRR1093483     1       0          1  1  0
#> SRR1341080     1       0          1  1  0
#> SRR1459913     2       0          1  0  1
#> SRR2170490     1       0          1  1  0
#> SRR1479845     2       0          1  0  1
#> SRR1436420     1       0          1  1  0
#> SRR1481060     2       0          1  0  1
#> SRR662282      2       0          1  0  1
#> SRR1487089     2       0          1  0  1
#> SRR1075683     1       0          1  1  0
#> SRR1338536     1       0          1  1  0
#> SRR1338880     2       0          1  0  1
#> SRR1453456     2       0          1  0  1
#> SRR1457895     1       0          1  1  0
#> SRR1440603     2       0          1  0  1
#> SRR658633      2       0          1  0  1
#> SRR1388081     2       0          1  0  1
#> SRR813339      2       0          1  0  1
#> SRR809725      1       0          1  1  0
#> SRR627441      2       0          1  0  1
#> SRR613603      2       0          1  0  1
#> SRR1096571     2       0          1  0  1
#> SRR1392701     1       0          1  1  0
#> SRR1344326     1       0          1  1  0
#> SRR1367693     2       0          1  0  1
#> SRR660697      2       0          1  0  1
#> SRR1489926     2       0          1  0  1
#> SRR811491      2       0          1  0  1
#> SRR1311644     2       0          1  0  1
#> SRR1451740     2       0          1  0  1
#> SRR615117      2       0          1  0  1
#> SRR1391748     2       0          1  0  1
#> SRR1466556     2       0          1  0  1
#> SRR614972      2       0          1  0  1
#> SRR1406200     1       0          1  1  0
#> SRR819210      2       0          1  0  1
#> SRR662174      1       0          1  1  0
#> SRR811988      1       0          1  1  0
#> SRR663236      2       0          1  0  1
#> SRR1312598     2       0          1  0  1
#> SRR1330129     2       0          1  0  1
#> SRR1357781     2       0          1  0  1
#> SRR1315517     2       0          1  0  1
#> SRR1400032     2       0          1  0  1
#> SRR1413722     1       0          1  1  0
#> SRR612827      2       0          1  0  1
#> SRR814794      1       0          1  1  0
#> SRR819430      1       0          1  1  0
#> SRR1395509     2       0          1  0  1
#> SRR808728      2       0          1  0  1
#> SRR1070813     2       0          1  0  1
#> SRR1389133     2       0          1  0  1
#> SRR601263      2       0          1  0  1
#> SRR604718      2       0          1  0  1
#> SRR1481351     2       0          1  0  1
#> SRR1334608     2       0          1  0  1
#> SRR658681      2       0          1  0  1
#> SRR809283      2       0          1  0  1
#> SRR1459300     1       0          1  1  0
#> SRR1392547     2       0          1  0  1
#> SRR811049      2       0          1  0  1
#> SRR1464835     2       0          1  0  1
#> SRR1339619     2       0          1  0  1
#> SRR658501      2       0          1  0  1
#> SRR1447523     2       0          1  0  1
#> SRR1415048     1       0          1  1  0
#> SRR1355451     1       0          1  1  0
#> SRR1444348     2       0          1  0  1
#> SRR603890      2       0          1  0  1
#> SRR810595      2       0          1  0  1
#> SRR1446244     2       0          1  0  1
#> SRR817373      2       0          1  0  1
#> SRR1457291     2       0          1  0  1
#> SRR598220      2       0          1  0  1
#> SRR1477991     2       0          1  0  1
#> SRR598172      2       0          1  0  1
#> SRR1349032     2       0          1  0  1
#> SRR604002      2       0          1  0  1
#> SRR1378026     2       0          1  0  1
#> SRR1404401     2       0          1  0  1
#> SRR1333240     2       0          1  0  1
#> SRR1089399     2       0          1  0  1
#> SRR603421      2       0          1  0  1
#> SRR812562      1       0          1  1  0
#> SRR808520      2       0          1  0  1
#> SRR811839      1       0          1  1  0
#> SRR814317      2       0          1  0  1
#> SRR1436763     2       0          1  0  1
#> SRR1486021     2       0          1  0  1
#> SRR1465018     2       0          1  0  1
#> SRR1080998     2       0          1  0  1
#> SRR1083432     2       0          1  0  1
#> SRR1082833     1       0          1  1  0
#> SRR1465804     1       0          1  1  0
#> SRR1326536     2       0          1  0  1
#> SRR614011      2       0          1  0  1
#> SRR1365873     2       0          1  0  1
#> SRR1498789     2       0          1  0  1
#> SRR601581      2       0          1  0  1
#> SRR603566      2       0          1  0  1
#> SRR1373981     1       0          1  1  0
#> SRR821410      2       0          1  0  1
#> SRR1076511     2       0          1  0  1
#> SRR614143      2       0          1  0  1
#> SRR1333570     2       0          1  0  1
#> SRR1366813     2       0          1  0  1
#> SRR1388746     1       0          1  1  0
#> SRR1420558     2       0          1  0  1
#> SRR1409510     2       0          1  0  1
#> SRR816250      2       0          1  0  1
#> SRR614131      2       0          1  0  1
#> SRR1331130     1       0          1  1  0
#> SRR1316015     2       0          1  0  1
#> SRR1470798     2       0          1  0  1
#> SRR614179      2       0          1  0  1
#> SRR1474863     2       0          1  0  1
#> SRR813560      2       0          1  0  1
#> SRR1312187     2       0          1  0  1
#> SRR1420960     2       0          1  0  1
#> SRR1355102     2       0          1  0  1
#> SRR1084577     2       0          1  0  1
#> SRR659971      2       0          1  0  1
#> SRR1350855     2       0          1  0  1
#> SRR820779      2       0          1  0  1
#> SRR1476300     2       0          1  0  1
#> SRR1090907     2       0          1  0  1
#> SRR662294      2       0          1  0  1
#> SRR1480789     2       0          1  0  1
#> SRR1336263     2       0          1  0  1
#> SRR660776      1       0          1  1  0
#> SRR1090508     2       0          1  0  1
#> SRR615563      2       0          1  0  1
#> SRR1101175     1       0          1  1  0
#> SRR2164650     2       0          1  0  1
#> SRR1431205     2       0          1  0  1
#> SRR1339856     2       0          1  0  1
#> SRR1352147     2       0          1  0  1
#> SRR808968      1       0          1  1  0
#> SRR627419      2       0          1  0  1
#> SRR1402391     1       0          1  1  0
#> SRR663609      2       0          1  0  1
#> SRR2167857     2       0          1  0  1
#> SRR1398752     1       0          1  1  0
#> SRR1469169     1       0          1  1  0
#> SRR1405437     2       0          1  0  1
#> SRR1416955     1       0          1  1  0
#> SRR1317064     2       0          1  0  1
#> SRR659001      2       0          1  0  1
#> SRR2170696     2       0          1  0  1
#> SRR816589      2       0          1  0  1
#> SRR1087487     2       0          1  0  1
#> SRR1329485     2       0          1  0  1
#> SRR816920      2       0          1  0  1
#> SRR1341432     1       0          1  1  0
#> SRR1361590     2       0          1  0  1
#> SRR817046      2       0          1  0  1
#> SRR1471331     2       0          1  0  1
#> SRR660788      2       0          1  0  1
#> SRR819234      1       0          1  1  0
#> SRR810853      2       0          1  0  1
#> SRR809427      2       0          1  0  1
#> SRR2170217     2       0          1  0  1
#> SRR1386967     2       0          1  0  1
#> SRR1420344     2       0          1  0  1
#> SRR1334535     1       0          1  1  0
#> SRR614503      2       0          1  0  1
#> SRR602564      2       0          1  0  1
#> SRR1420669     2       0          1  0  1
#> SRR819024      2       0          1  0  1
#> SRR656223      2       0          1  0  1
#> SRR608428      2       0          1  0  1
#> SRR1345647     1       0          1  1  0
#> SRR1389324     2       0          1  0  1
#> SRR1361368     2       0          1  0  1
#> SRR1322619     2       0          1  0  1
#> SRR1349276     2       0          1  0  1
#> SRR1404024     1       0          1  1  0
#> SRR1370637     2       0          1  0  1
#> SRR1452631     2       0          1  0  1
#> SRR608392      2       0          1  0  1
#> SRR1357757     2       0          1  0  1
#> SRR1074646     2       0          1  0  1
#> SRR1367499     2       0          1  0  1
#> SRR1343501     2       0          1  0  1
#> SRR1394406     2       0          1  0  1
#> SRR1381435     2       0          1  0  1
#> SRR1467407     1       0          1  1  0
#> SRR1092422     2       0          1  0  1
#> SRR1380270     2       0          1  0  1
#> SRR1091817     2       0          1  0  1
#> SRR1440137     2       0          1  0  1
#> SRR614311      2       0          1  0  1
#> SRR1407516     2       0          1  0  1
#> SRR815494      2       0          1  0  1
#> SRR1333209     2       0          1  0  1
#> SRR615177      2       0          1  0  1
#> SRR1099648     2       0          1  0  1
#> SRR659720      2       0          1  0  1
#> SRR2185057     1       0          1  1  0
#> SRR1467125     1       0          1  1  0
#> SRR657468      2       0          1  0  1
#> SRR660042      2       0          1  0  1
#> SRR2170864     2       0          1  0  1
#> SRR1440491     2       0          1  0  1
#> SRR1440852     2       0          1  0  1
#> SRR811169      1       0          1  1  0
#> SRR1331311     2       0          1  0  1
#> SRR818009      1       0          1  1  0
#> SRR1351836     2       0          1  0  1
#> SRR1498313     2       0          1  0  1
#> SRR1441975     2       0          1  0  1
#> SRR819096      1       0          1  1  0
#> SRR1073679     2       0          1  0  1
#> SRR1489116     2       0          1  0  1
#> SRR1354138     2       0          1  0  1
#> SRR1490589     2       0          1  0  1
#> SRR1412987     2       0          1  0  1
#> SRR602034      2       0          1  0  1
#> SRR1353437     1       0          1  1  0
#> SRR1072871     2       0          1  0  1
#> SRR661577      2       0          1  0  1
#> SRR612190      2       0          1  0  1
#> SRR1399880     1       0          1  1  0
#> SRR1101787     2       0          1  0  1
#> SRR657869      1       0          1  1  0
#> SRR1446332     1       0          1  1  0
#> SRR816039      1       0          1  1  0
#> SRR1485141     2       0          1  0  1
#> SRR1476697     1       0          1  1  0
#> SRR1379538     2       0          1  0  1
#> SRR1331422     1       0          1  1  0
#> SRR660859      2       0          1  0  1
#> SRR1097594     1       0          1  1  0
#> SRR1311419     2       0          1  0  1
#> SRR1336706     2       0          1  0  1
#> SRR1472976     2       0          1  0  1
#> SRR1321307     1       0          1  1  0
#> SRR807493      1       0          1  1  0
#> SRR812461      2       0          1  0  1
#> SRR1477149     2       0          1  0  1
#> SRR1457397     2       0          1  0  1
#> SRR661913      2       0          1  0  1
#> SRR1069024     2       0          1  0  1
#> SRR2165634     1       0          1  1  0
#> SRR1478722     2       0          1  0  1
#> SRR1328642     2       0          1  0  1
#> SRR1488261     2       0          1  0  1
#> SRR1318815     2       0          1  0  1
#> SRR816945      1       0          1  1  0
#> SRR1367432     2       0          1  0  1
#> SRR1359280     2       0          1  0  1
#> SRR1313910     2       0          1  0  1
#> SRR1457315     2       0          1  0  1
#> SRR815398      1       0          1  1  0
#> SRR656958      2       0          1  0  1
#> SRR600688      2       0          1  0  1
#> SRR1098952     1       0          1  1  0
#> SRR1314916     2       0          1  0  1
#> SRR614167      2       0          1  0  1
#> SRR1348114     2       0          1  0  1
#> SRR658033      2       0          1  0  1
#> SRR1077503     2       0          1  0  1
#> SRR661854      2       0          1  0  1
#> SRR811379      2       0          1  0  1
#> SRR1318857     2       0          1  0  1
#> SRR656445      2       0          1  0  1
#> SRR1433044     2       0          1  0  1
#> SRR1486391     1       0          1  1  0
#> SRR656071      2       0          1  0  1
#> SRR1364824     1       0          1  1  0
#> SRR1379133     1       0          1  1  0
#> SRR1394169     1       0          1  1  0
#> SRR816745      2       0          1  0  1
#> SRR601038      2       0          1  0  1
#> SRR1360080     1       0          1  1  0
#> SRR814868      2       0          1  0  1
#> SRR1485997     1       0          1  1  0
#> SRR1435560     2       0          1  0  1
#> SRR1333330     1       0          1  1  0
#> SRR663513      2       0          1  0  1
#> SRR1328407     2       0          1  0  1
#> SRR602784      2       0          1  0  1
#> SRR1348468     2       0          1  0  1
#> SRR663717      2       0          1  0  1
#> SRR602217      2       0          1  0  1
#> SRR603140      2       0          1  0  1
#> SRR1340804     1       0          1  1  0
#> SRR1457574     2       0          1  0  1
#> SRR1333462     2       0          1  0  1
#> SRR1094601     1       0          1  1  0
#> SRR1434610     2       0          1  0  1
#> SRR1435833     2       0          1  0  1
#> SRR1398728     2       0          1  0  1
#> SRR1358343     2       0          1  0  1
#> SRR1410890     2       0          1  0  1
#> SRR1350371     1       0          1  1  0
#> SRR1392478     2       0          1  0  1
#> SRR1099260     2       0          1  0  1
#> SRR1433576     2       0          1  0  1
#> SRR1345541     2       0          1  0  1
#> SRR1086328     1       0          1  1  0
#> SRR810391      2       0          1  0  1
#> SRR1476207     2       0          1  0  1
#> SRR627435      2       0          1  0  1
#> SRR1489862     1       0          1  1  0
#> SRR1419086     1       0          1  1  0
#> SRR1436539     1       0          1  1  0
#> SRR1396191     2       0          1  0  1
#> SRR1490115     2       0          1  0  1
#> SRR1377714     2       0          1  0  1
#> SRR819394      1       0          1  1  0
#> SRR663161      2       0          1  0  1
#> SRR607042      2       0          1  0  1
#> SRR656203      2       0          1  0  1
#> SRR660602      2       0          1  0  1
#> SRR1440397     1       0          1  1  0
#> SRR1369264     1       0          1  1  0
#> SRR809233      1       0          1  1  0
#> SRR663249      2       0          1  0  1
#> SRR661242      2       0          1  0  1
#> SRR1332007     2       0          1  0  1
#> SRR809619      2       0          1  0  1
#> SRR819975      1       0          1  1  0
#> SRR599281      2       0          1  0  1
#> SRR662366      2       0          1  0  1
#> SRR1317898     2       0          1  0  1
#> SRR1382485     2       0          1  0  1
#> SRR2166420     1       0          1  1  0
#> SRR1419429     1       0          1  1  0
#> SRR1092541     2       0          1  0  1
#> SRR817444      2       0          1  0  1
#> SRR1320403     2       0          1  0  1
#> SRR1101483     2       0          1  0  1
#> SRR1331684     2       0          1  0  1
#> SRR1400054     2       0          1  0  1
#> SRR1406088     2       0          1  0  1
#> SRR820733      2       0          1  0  1
#> SRR1314113     2       0          1  0  1
#> SRR1382615     2       0          1  0  1
#> SRR1480745     1       0          1  1  0
#> SRR1468850     2       0          1  0  1
#> SRR656782      2       0          1  0  1
#> SRR821364      1       0          1  1  0
#> SRR1101106     1       0          1  1  0
#> SRR659295      2       0          1  0  1
#> SRR1357103     2       0          1  0  1
#> SRR809185      2       0          1  0  1
#> SRR811583      2       0          1  0  1
#> SRR1468050     1       0          1  1  0
#> SRR1440224     2       0          1  0  1

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>            class entropy silhouette p1    p2    p3
#> SRR1500170     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1402368     3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR607743      2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1457375     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1470923     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR817954      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR809259      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1439785     3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR814768      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1102031     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1363611     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1468447     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1071931     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR810981      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR615299      2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR663585      3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR1326773     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1351166     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1477452     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1084720     3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR1420320     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1081712     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1318241     2  0.0592      0.975  0 0.988 0.012
#> SRR1333718     3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR1313514     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1477861     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1318005     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1354665     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR657707      2  0.3192      0.880  0 0.888 0.112
#> SRR1370742     3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR1412947     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR661553      2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1328869     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR662211      2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1348181     3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR1416560     3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR1319772     3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR1091452     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1338812     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1392072     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR814844      2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1376619     3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR603690      2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR2184980     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR613963      2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1323422     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1397673     3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR1434650     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR659875      3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR1465734     2  0.3340      0.871  0 0.880 0.120
#> SRR1076847     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1415072     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR659319      3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR663088      2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1352021     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1325527     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR659935      2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1352530     3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR662594      2  0.1643      0.948  0 0.956 0.044
#> SRR1095309     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR615647      3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR813019      2  0.3412      0.866  0 0.876 0.124
#> SRR1374647     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR603472      2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR661529      2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR607018      3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR627423      2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR654921      2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1418968     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR660871      3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR1330522     3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR1499958     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR614059      3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR1071403     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1486719     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1440421     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1310412     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR614767      2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR820709      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR658093      3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR1088168     3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR1418707     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1354291     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR2165806     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1415684     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1433860     3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR1311062     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1360359     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR661385      3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR615407      2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1413892     3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR1443459     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1338942     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR657480      2  0.3879      0.832  0 0.848 0.152
#> SRR1399433     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR818537      2  0.5098      0.693  0 0.752 0.248
#> SRR1101324     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR807637      2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1091918     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR598300      2  0.2959      0.892  0 0.900 0.100
#> SRR1085426     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1376294     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR813891      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1467431     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR658742      2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1419234     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1404813     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR603496      2  0.2165      0.929  0 0.936 0.064
#> SRR1407758     3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR810945      2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR817234      2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1444852     3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR660378      3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR1467835     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1338964     2  0.3816      0.837  0 0.852 0.148
#> SRR1079259     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1072345     2  0.1289      0.958  0 0.968 0.032
#> SRR598725      3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR1447938     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1356397     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1360460     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1429468     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1446850     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1320363     3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR1413810     3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR598831      2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1381865     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR660957      3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR1491332     3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR1099744     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1464618     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1414559     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1337540     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1444283     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR2184942     2  0.6299      0.131  0 0.524 0.476
#> SRR660295      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR601335      3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR1363742     3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR1345847     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR614960      3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR819919      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR603330      2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1327951     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1345266     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1338055     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1430157     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1320137     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1093483     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1341080     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1459913     3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR2170490     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1479845     2  0.4555      0.768  0 0.800 0.200
#> SRR1436420     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1481060     3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR662282      3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR1487089     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1075683     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1338536     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1338880     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1453456     3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR1457895     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1440603     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR658633      2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1388081     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR813339      3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR809725      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR627441      2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR613603      2  0.3192      0.880  0 0.888 0.112
#> SRR1096571     3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR1392701     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1344326     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1367693     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR660697      2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1489926     2  0.2625      0.909  0 0.916 0.084
#> SRR811491      3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR1311644     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1451740     3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR615117      2  0.1411      0.955  0 0.964 0.036
#> SRR1391748     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1466556     3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR614972      3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR1406200     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR819210      2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR662174      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR811988      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR663236      2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1312598     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1330129     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1357781     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1315517     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1400032     3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR1413722     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR612827      3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR814794      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR819430      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1395509     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR808728      3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR1070813     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1389133     2  0.3619      0.852  0 0.864 0.136
#> SRR601263      2  0.3551      0.857  0 0.868 0.132
#> SRR604718      2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1481351     2  0.4931      0.719  0 0.768 0.232
#> SRR1334608     3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR658681      3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR809283      2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1459300     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1392547     3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR811049      2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1464835     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1339619     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR658501      3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR1447523     3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR1415048     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1444348     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR603890      2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR810595      3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR1446244     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR817373      2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1457291     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR598220      2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1477991     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR598172      2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1349032     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR604002      2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1378026     3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR1404401     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1333240     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1089399     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR603421      2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR812562      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR808520      3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR811839      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR814317      2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1436763     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1486021     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1465018     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1080998     2  0.2796      0.901  0 0.908 0.092
#> SRR1083432     3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR1082833     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1326536     3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR614011      2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1365873     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1498789     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR601581      2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR603566      3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR1373981     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR821410      2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1076511     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR614143      2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1333570     3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR1366813     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1388746     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1420558     2  0.1964      0.937  0 0.944 0.056
#> SRR1409510     3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR816250      2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR614131      2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1331130     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1316015     3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR1470798     3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR614179      3  0.1031      0.966  0 0.024 0.976
#> SRR1474863     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR813560      2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1312187     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1420960     3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR1355102     3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR1084577     3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR659971      2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1350855     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR820779      3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR1476300     3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR1090907     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR662294      2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1480789     3  0.5760      0.492  0 0.328 0.672
#> SRR1336263     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR660776      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1090508     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR615563      2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1101175     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR2164650     3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR1431205     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1339856     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1352147     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR808968      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR627419      2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1402391     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR663609      3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR2167857     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1398752     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1405437     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1416955     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1317064     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR659001      2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR2170696     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR816589      3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR1087487     3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR1329485     3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR816920      2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1341432     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1361590     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR817046      3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR1471331     3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR660788      2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR819234      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR810853      3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR809427      2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR2170217     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1386967     3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR1420344     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1334535     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR614503      2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR602564      2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1420669     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR819024      3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR656223      3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR608428      2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1345647     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1389324     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1361368     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1322619     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1349276     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1404024     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1370637     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1452631     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR608392      3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR1357757     2  0.1289      0.958  0 0.968 0.032
#> SRR1074646     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1367499     3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR1343501     3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR1394406     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1381435     3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR1467407     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1092422     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1380270     3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR1091817     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1440137     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR614311      2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1407516     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR815494      3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR1333209     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR615177      2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1099648     3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR659720      2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR2185057     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1467125     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR657468      2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR660042      3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR2170864     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1440491     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1440852     3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR811169      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1331311     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR818009      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1351836     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1498313     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1441975     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR819096      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1073679     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1489116     3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR1354138     3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR1490589     3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR1412987     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR602034      3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR1353437     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1072871     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR661577      2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR612190      2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1399880     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1101787     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR657869      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1446332     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR816039      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1485141     3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR1476697     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1379538     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1331422     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR660859      2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1097594     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1311419     3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR1336706     3  0.0237      0.991  0 0.004 0.996
#> SRR1472976     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1321307     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR807493      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR812461      3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR1477149     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1457397     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR661913      3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR1069024     3  0.1529      0.946  0 0.040 0.960
#> SRR2165634     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1478722     3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR1328642     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1488261     3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR1318815     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR816945      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1367432     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1359280     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1313910     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1457315     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR815398      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR656958      3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR600688      2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1098952     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1314916     3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR614167      3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR1348114     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR658033      2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1077503     2  0.4555      0.768  0 0.800 0.200
#> SRR661854      2  0.1529      0.951  0 0.960 0.040
#> SRR811379      2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1318857     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR656445      3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR1433044     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1486391     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR656071      3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR1364824     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1379133     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR816745      3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR601038      3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR1360080     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR814868      2  0.4654      0.756  0 0.792 0.208
#> SRR1485997     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1435560     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1333330     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR663513      2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1328407     2  0.2356      0.921  0 0.928 0.072
#> SRR602784      3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR1348468     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR663717      2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR602217      2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR603140      2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1340804     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1457574     3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR1333462     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1094601     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1434610     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1435833     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1398728     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1358343     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1410890     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1350371     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1392478     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1099260     3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR1433576     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1345541     2  0.0424      0.978  0 0.992 0.008
#> SRR1086328     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR810391      3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR1476207     2  0.3116      0.884  0 0.892 0.108
#> SRR627435      2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1489862     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1419086     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1396191     3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR1490115     3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR1377714     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR819394      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR663161      2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR607042      3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR656203      2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR660602      3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR1440397     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1369264     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR809233      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR663249      2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR661242      2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1332007     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR809619      2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR819975      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR599281      2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR662366      3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR1317898     3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR1382485     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR2166420     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1419429     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1092541     3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR817444      2  0.5785      0.531  0 0.668 0.332
#> SRR1320403     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1101483     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1331684     3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR1400054     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1406088     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR820733      2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1314113     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1382615     3  0.0000      0.996  0 0.000 1.000
#> SRR1480745     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1468850     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR656782      2  0.3412      0.866  0 0.876 0.124
#> SRR821364      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1101106     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR659295      2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1357103     2  0.3482      0.862  0 0.872 0.128
#> SRR809185      2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR811583      2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000
#> SRR1468050     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000
#> SRR1440224     2  0.0000      0.985  0 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>            class entropy silhouette p1    p2    p3    p4
#> SRR1500170     2  0.2921     0.8962  0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1402368     3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR607743      4  0.0804     0.8523  0 0.012 0.008 0.980
#> SRR1457375     2  0.2921     0.8962  0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1470923     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785     3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR814768      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031     2  0.2921     0.8962  0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1363611     4  0.4331     0.6602  0 0.288 0.000 0.712
#> SRR1468447     2  0.1557     0.8586  0 0.944 0.000 0.056
#> SRR1071931     4  0.2345     0.8647  0 0.100 0.000 0.900
#> SRR810981      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299      2  0.1637     0.8472  0 0.940 0.000 0.060
#> SRR663585      3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326773     4  0.1940     0.8675  0 0.076 0.000 0.924
#> SRR1351166     2  0.2921     0.8962  0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1477452     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720     3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420320     4  0.3726     0.7713  0 0.212 0.000 0.788
#> SRR1081712     2  0.2921     0.8962  0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1318241     4  0.1151     0.8514  0 0.008 0.024 0.968
#> SRR1333718     3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313514     2  0.2345     0.7985  0 0.900 0.000 0.100
#> SRR1477861     3  0.6750     0.3777  0 0.356 0.540 0.104
#> SRR1318005     2  0.2345     0.7985  0 0.900 0.000 0.100
#> SRR1354665     2  0.2921     0.8962  0 0.860 0.000 0.140
#> SRR657707      4  0.2737     0.8046  0 0.008 0.104 0.888
#> SRR1370742     3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1412947     2  0.2921     0.8962  0 0.860 0.000 0.140
#> SRR661553      4  0.1867     0.8671  0 0.072 0.000 0.928
#> SRR1328869     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211      2  0.2921     0.8962  0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1348181     3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416560     3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319772     3  0.0188     0.9714  0 0.000 0.996 0.004
#> SRR1091452     4  0.2408     0.8629  0 0.104 0.000 0.896
#> SRR1338812     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072     2  0.0336     0.8359  0 0.992 0.000 0.008
#> SRR814844      4  0.2345     0.8647  0 0.100 0.000 0.900
#> SRR1376619     3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR603690      4  0.2345     0.8647  0 0.100 0.000 0.900
#> SRR2184980     2  0.2921     0.8962  0 0.860 0.000 0.140
#> SRR613963      4  0.0000     0.8598  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1323422     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673     3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434650     2  0.5160     0.6555  0 0.760 0.136 0.104
#> SRR659875      3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465734     4  0.1970     0.8331  0 0.008 0.060 0.932
#> SRR1076847     2  0.2345     0.7985  0 0.900 0.000 0.100
#> SRR1415072     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319      3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR663088      4  0.0000     0.8598  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352021     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935      4  0.2589     0.8562  0 0.116 0.000 0.884
#> SRR1352530     3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR662594      4  0.1635     0.8393  0 0.008 0.044 0.948
#> SRR1095309     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647      3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR813019      4  0.6081     0.5661  0 0.088 0.260 0.652
#> SRR1374647     2  0.3610     0.8477  0 0.800 0.000 0.200
#> SRR603472      2  0.2345     0.7985  0 0.900 0.000 0.100
#> SRR661529      4  0.0336     0.8569  0 0.008 0.000 0.992
#> SRR607018      3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR627423      4  0.3837     0.6367  0 0.224 0.000 0.776
#> SRR654921      4  0.2345     0.8647  0 0.100 0.000 0.900
#> SRR1418968     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871      3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330522     3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499958     2  0.2921     0.8962  0 0.860 0.000 0.140
#> SRR614059      3  0.0336     0.9689  0 0.000 0.992 0.008
#> SRR1071403     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719     2  0.2921     0.8962  0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1440421     2  0.1557     0.8215  0 0.944 0.000 0.056
#> SRR1310412     4  0.0937     0.8505  0 0.012 0.012 0.976
#> SRR614767      2  0.2921     0.8962  0 0.860 0.000 0.140
#> SRR820709      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093      3  0.0188     0.9714  0 0.000 0.996 0.004
#> SRR1088168     3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418707     2  0.2921     0.8962  0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1354291     2  0.2345     0.7985  0 0.900 0.000 0.100
#> SRR2165806     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684     4  0.2345     0.8647  0 0.100 0.000 0.900
#> SRR1433860     3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311062     2  0.2814     0.8929  0 0.868 0.000 0.132
#> SRR1360359     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385      3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR615407      2  0.2921     0.8962  0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1413892     3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443459     2  0.2921     0.8962  0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1338942     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480      4  0.3142     0.7839  0 0.008 0.132 0.860
#> SRR1399433     4  0.2530     0.8586  0 0.112 0.000 0.888
#> SRR818537      3  0.4662     0.8074  0 0.112 0.796 0.092
#> SRR1101324     4  0.0188     0.8587  0 0.004 0.000 0.996
#> SRR807637      4  0.0188     0.8587  0 0.004 0.000 0.996
#> SRR1091918     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300      4  0.2198     0.8238  0 0.008 0.072 0.920
#> SRR1085426     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294     2  0.2921     0.8962  0 0.860 0.000 0.140
#> SRR813891      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431     4  0.4804     0.4564  0 0.384 0.000 0.616
#> SRR658742      4  0.0000     0.8598  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419234     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813     2  0.2921     0.8962  0 0.860 0.000 0.140
#> SRR603496      4  0.5200     0.6027  0 0.036 0.264 0.700
#> SRR1407758     3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR810945      2  0.3873     0.8318  0 0.772 0.000 0.228
#> SRR817234      2  0.2345     0.7985  0 0.900 0.000 0.100
#> SRR1444852     3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR660378      3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467835     2  0.2921     0.8962  0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1338964     4  0.3249     0.7768  0 0.008 0.140 0.852
#> SRR1079259     4  0.1211     0.8628  0 0.040 0.000 0.960
#> SRR1072345     4  0.1545     0.8419  0 0.008 0.040 0.952
#> SRR598725      3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447938     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460     4  0.2345     0.8647  0 0.100 0.000 0.900
#> SRR1429468     2  0.2921     0.8962  0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1446850     2  0.2921     0.8962  0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1320363     3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413810     3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR598831      2  0.2921     0.8962  0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1381865     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957      3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1491332     3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099744     2  0.2921     0.8962  0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1464618     2  0.4877     0.3410  0 0.592 0.000 0.408
#> SRR1414559     4  0.0188     0.8587  0 0.004 0.000 0.996
#> SRR1337540     4  0.0188     0.8587  0 0.004 0.000 0.996
#> SRR1444283     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942     4  0.3498     0.7564  0 0.008 0.160 0.832
#> SRR660295      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335      3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363742     3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345847     4  0.4072     0.7090  0 0.252 0.000 0.748
#> SRR614960      3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR819919      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330      2  0.2345     0.7985  0 0.900 0.000 0.100
#> SRR1327951     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266     2  0.2921     0.8962  0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1338055     2  0.2408     0.8000  0 0.896 0.000 0.104
#> SRR1430157     2  0.2921     0.8962  0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1320137     2  0.3975     0.8372  0 0.760 0.000 0.240
#> SRR1093483     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913     3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170490     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845     4  0.3545     0.7535  0 0.008 0.164 0.828
#> SRR1436420     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060     3  0.0188     0.9714  0 0.000 0.996 0.004
#> SRR662282      3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487089     4  0.2345     0.8647  0 0.100 0.000 0.900
#> SRR1075683     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880     2  0.2921     0.8962  0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1453456     3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457895     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603     3  0.6822     0.3045  0 0.384 0.512 0.104
#> SRR658633      2  0.2921     0.8962  0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1388081     4  0.2345     0.8647  0 0.100 0.000 0.900
#> SRR813339      3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR809725      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441      2  0.2345     0.7985  0 0.900 0.000 0.100
#> SRR613603      4  0.1970     0.8305  0 0.008 0.060 0.932
#> SRR1096571     3  0.0707     0.9622  0 0.020 0.980 0.000
#> SRR1392701     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693     2  0.2921     0.8962  0 0.860 0.000 0.140
#> SRR660697      4  0.4661     0.5457  0 0.348 0.000 0.652
#> SRR1489926     4  0.3862     0.7552  0 0.024 0.152 0.824
#> SRR811491      3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311644     4  0.0188     0.8587  0 0.004 0.000 0.996
#> SRR1451740     3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR615117      3  0.6794     0.3281  0 0.372 0.524 0.104
#> SRR1391748     4  0.2345     0.8647  0 0.100 0.000 0.900
#> SRR1466556     3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR614972      3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406200     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210      4  0.2408     0.8629  0 0.104 0.000 0.896
#> SRR662174      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236      4  0.1637     0.8674  0 0.060 0.000 0.940
#> SRR1312598     2  0.2921     0.8962  0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1330129     2  0.2345     0.7985  0 0.900 0.000 0.100
#> SRR1357781     2  0.2345     0.7985  0 0.900 0.000 0.100
#> SRR1315517     2  0.2345     0.7985  0 0.900 0.000 0.100
#> SRR1400032     3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413722     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827      3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR814794      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509     4  0.4222     0.6924  0 0.272 0.000 0.728
#> SRR808728      3  0.1389     0.9365  0 0.000 0.952 0.048
#> SRR1070813     2  0.2921     0.8962  0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1389133     4  0.2675     0.8060  0 0.008 0.100 0.892
#> SRR601263      4  0.2675     0.8089  0 0.008 0.100 0.892
#> SRR604718      4  0.2345     0.8647  0 0.100 0.000 0.900
#> SRR1481351     3  0.3616     0.8272  0 0.036 0.852 0.112
#> SRR1334608     3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR658681      3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR809283      4  0.2345     0.8647  0 0.100 0.000 0.900
#> SRR1459300     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547     3  0.0188     0.9714  0 0.000 0.996 0.004
#> SRR811049      4  0.1151     0.8468  0 0.008 0.024 0.968
#> SRR1464835     4  0.2345     0.8647  0 0.100 0.000 0.900
#> SRR1339619     2  0.2921     0.8962  0 0.860 0.000 0.140
#> SRR658501      3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447523     3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415048     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348     2  0.2921     0.8962  0 0.860 0.000 0.140
#> SRR603890      2  0.2345     0.7985  0 0.900 0.000 0.100
#> SRR810595      3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446244     2  0.2921     0.8962  0 0.860 0.000 0.140
#> SRR817373      4  0.2345     0.8647  0 0.100 0.000 0.900
#> SRR1457291     4  0.4992     0.1296  0 0.476 0.000 0.524
#> SRR598220      4  0.1302     0.8655  0 0.044 0.000 0.956
#> SRR1477991     2  0.2921     0.8962  0 0.860 0.000 0.140
#> SRR598172      2  0.2011     0.8518  0 0.920 0.000 0.080
#> SRR1349032     2  0.2921     0.8962  0 0.860 0.000 0.140
#> SRR604002      2  0.2345     0.7985  0 0.900 0.000 0.100
#> SRR1378026     3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404401     2  0.2345     0.7985  0 0.900 0.000 0.100
#> SRR1333240     2  0.2408     0.8000  0 0.896 0.000 0.104
#> SRR1089399     2  0.2921     0.8962  0 0.860 0.000 0.140
#> SRR603421      2  0.2345     0.7985  0 0.900 0.000 0.100
#> SRR812562      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520      3  0.0188     0.9714  0 0.000 0.996 0.004
#> SRR811839      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317      2  0.2921     0.8962  0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1436763     4  0.2345     0.8647  0 0.100 0.000 0.900
#> SRR1486021     4  0.3726     0.7659  0 0.212 0.000 0.788
#> SRR1465018     2  0.2408     0.8005  0 0.896 0.000 0.104
#> SRR1080998     4  0.2799     0.8001  0 0.008 0.108 0.884
#> SRR1083432     3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082833     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536     3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR614011      2  0.2921     0.8962  0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1365873     2  0.3172     0.8859  0 0.840 0.000 0.160
#> SRR1498789     2  0.2921     0.8962  0 0.860 0.000 0.140
#> SRR601581      4  0.4746     0.4977  0 0.368 0.000 0.632
#> SRR603566      3  0.3198     0.8886  0 0.080 0.880 0.040
#> SRR1373981     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410      2  0.2921     0.8962  0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1076511     4  0.0188     0.8587  0 0.004 0.000 0.996
#> SRR614143      4  0.2214     0.8300  0 0.028 0.044 0.928
#> SRR1333570     3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366813     2  0.2921     0.8962  0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1388746     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558     4  0.1356     0.8445  0 0.008 0.032 0.960
#> SRR1409510     3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR816250      2  0.2921     0.8962  0 0.860 0.000 0.140
#> SRR614131      4  0.4866     0.3426  0 0.404 0.000 0.596
#> SRR1331130     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015     3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470798     3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR614179      3  0.2714     0.8928  0 0.112 0.884 0.004
#> SRR1474863     2  0.2921     0.8962  0 0.860 0.000 0.140
#> SRR813560      2  0.2921     0.8962  0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1312187     4  0.4941     0.2914  0 0.436 0.000 0.564
#> SRR1420960     3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355102     3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084577     3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR659971      2  0.2921     0.8962  0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1350855     4  0.2345     0.8647  0 0.100 0.000 0.900
#> SRR820779      3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476300     3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090907     4  0.2530     0.8586  0 0.112 0.000 0.888
#> SRR662294      2  0.2345     0.7985  0 0.900 0.000 0.100
#> SRR1480789     3  0.2988     0.8863  0 0.112 0.876 0.012
#> SRR1336263     4  0.2345     0.8647  0 0.100 0.000 0.900
#> SRR660776      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508     2  0.2345     0.7985  0 0.900 0.000 0.100
#> SRR615563      4  0.2345     0.8647  0 0.100 0.000 0.900
#> SRR1101175     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650     3  0.1109     0.9546  0 0.028 0.968 0.004
#> SRR1431205     2  0.2973     0.8889  0 0.856 0.000 0.144
#> SRR1339856     4  0.4477     0.6220  0 0.312 0.000 0.688
#> SRR1352147     2  0.2921     0.8962  0 0.860 0.000 0.140
#> SRR808968      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419      2  0.1118     0.8278  0 0.964 0.000 0.036
#> SRR1402391     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609      3  0.0921     0.9570  0 0.028 0.972 0.000
#> SRR2167857     2  0.2345     0.7985  0 0.900 0.000 0.100
#> SRR1398752     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437     2  0.2921     0.8962  0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1416955     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064     4  0.4277     0.6790  0 0.280 0.000 0.720
#> SRR659001      4  0.2345     0.8647  0 0.100 0.000 0.900
#> SRR2170696     4  0.0469     0.8624  0 0.012 0.000 0.988
#> SRR816589      3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087487     3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329485     3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR816920      4  0.2345     0.8647  0 0.100 0.000 0.900
#> SRR1341432     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590     4  0.2345     0.8647  0 0.100 0.000 0.900
#> SRR817046      3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471331     3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR660788      4  0.0188     0.8587  0 0.004 0.000 0.996
#> SRR819234      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853      3  0.2385     0.9202  0 0.052 0.920 0.028
#> SRR809427      4  0.2345     0.8647  0 0.100 0.000 0.900
#> SRR2170217     4  0.2345     0.8647  0 0.100 0.000 0.900
#> SRR1386967     3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420344     2  0.2921     0.8962  0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1334535     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503      4  0.3219     0.8069  0 0.164 0.000 0.836
#> SRR602564      4  0.0000     0.8598  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420669     4  0.2345     0.8647  0 0.100 0.000 0.900
#> SRR819024      3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR656223      3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR608428      2  0.2921     0.8962  0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1345647     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324     2  0.2345     0.7985  0 0.900 0.000 0.100
#> SRR1361368     2  0.2921     0.8962  0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1322619     2  0.2921     0.8962  0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1349276     4  0.2345     0.8647  0 0.100 0.000 0.900
#> SRR1404024     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637     2  0.2921     0.8962  0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1452631     4  0.2345     0.8647  0 0.100 0.000 0.900
#> SRR608392      3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357757     4  0.3659     0.7666  0 0.024 0.136 0.840
#> SRR1074646     4  0.2345     0.8647  0 0.100 0.000 0.900
#> SRR1367499     3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343501     3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394406     4  0.0469     0.8549  0 0.012 0.000 0.988
#> SRR1381435     3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467407     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422     2  0.2345     0.7985  0 0.900 0.000 0.100
#> SRR1380270     3  0.2342     0.9151  0 0.080 0.912 0.008
#> SRR1091817     2  0.2921     0.8962  0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1440137     2  0.2921     0.8962  0 0.860 0.000 0.140
#> SRR614311      2  0.2921     0.8962  0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1407516     4  0.2149     0.8663  0 0.088 0.000 0.912
#> SRR815494      3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333209     4  0.2345     0.8647  0 0.100 0.000 0.900
#> SRR615177      4  0.0000     0.8598  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099648     3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR659720      4  0.1284     0.8434  0 0.024 0.012 0.964
#> SRR2185057     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468      4  0.0188     0.8587  0 0.004 0.000 0.996
#> SRR660042      3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170864     2  0.2921     0.8962  0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1440491     4  0.2345     0.8647  0 0.100 0.000 0.900
#> SRR1440852     3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR811169      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311     4  0.3873     0.7522  0 0.228 0.000 0.772
#> SRR818009      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836     2  0.2921     0.8962  0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1498313     2  0.2345     0.7985  0 0.900 0.000 0.100
#> SRR1441975     2  0.2921     0.8962  0 0.860 0.000 0.140
#> SRR819096      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679     4  0.2081     0.8669  0 0.084 0.000 0.916
#> SRR1489116     3  0.0188     0.9719  0 0.004 0.996 0.000
#> SRR1354138     3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490589     3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1412987     4  0.2345     0.8647  0 0.100 0.000 0.900
#> SRR602034      3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353437     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871     4  0.2032     0.8334  0 0.028 0.036 0.936
#> SRR661577      4  0.2345     0.8647  0 0.100 0.000 0.900
#> SRR612190      4  0.1940     0.8670  0 0.076 0.000 0.924
#> SRR1399880     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787     4  0.2345     0.8647  0 0.100 0.000 0.900
#> SRR657869      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141     3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476697     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538     2  0.4985     0.1051  0 0.532 0.000 0.468
#> SRR1331422     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859      4  0.0657     0.8537  0 0.012 0.004 0.984
#> SRR1097594     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419     3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336706     3  0.2530     0.9027  0 0.100 0.896 0.004
#> SRR1472976     4  0.2345     0.8647  0 0.100 0.000 0.900
#> SRR1321307     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461      3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477149     2  0.2345     0.7985  0 0.900 0.000 0.100
#> SRR1457397     2  0.2675     0.7923  0 0.892 0.008 0.100
#> SRR661913      3  0.0469     0.9666  0 0.012 0.988 0.000
#> SRR1069024     3  0.3616     0.8649  0 0.112 0.852 0.036
#> SRR2165634     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722     3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328642     2  0.2149     0.8771  0 0.912 0.000 0.088
#> SRR1488261     3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318815     4  0.2345     0.8647  0 0.100 0.000 0.900
#> SRR816945      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432     4  0.2011     0.8669  0 0.080 0.000 0.920
#> SRR1359280     2  0.2408     0.8042  0 0.896 0.000 0.104
#> SRR1313910     2  0.2921     0.8962  0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1457315     4  0.1940     0.8670  0 0.076 0.000 0.924
#> SRR815398      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958      3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR600688      4  0.0000     0.8598  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098952     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916     3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR614167      3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348114     2  0.2921     0.8962  0 0.860 0.000 0.140
#> SRR658033      4  0.4406     0.6009  0 0.300 0.000 0.700
#> SRR1077503     4  0.2859     0.8001  0 0.008 0.112 0.880
#> SRR661854      4  0.3862     0.7552  0 0.024 0.152 0.824
#> SRR811379      4  0.2469     0.8608  0 0.108 0.000 0.892
#> SRR1318857     2  0.2921     0.8962  0 0.860 0.000 0.140
#> SRR656445      3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433044     2  0.2345     0.7985  0 0.900 0.000 0.100
#> SRR1486391     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071      3  0.2281     0.8918  0 0.000 0.904 0.096
#> SRR1364824     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745      3  0.2845     0.9021  0 0.076 0.896 0.028
#> SRR601038      3  0.2402     0.9151  0 0.076 0.912 0.012
#> SRR1360080     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868      4  0.3498     0.7578  0 0.008 0.160 0.832
#> SRR1485997     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560     4  0.2345     0.8647  0 0.100 0.000 0.900
#> SRR1333330     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513      4  0.0657     0.8537  0 0.012 0.004 0.984
#> SRR1328407     4  0.6873     0.3929  0 0.272 0.148 0.580
#> SRR602784      3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348468     4  0.2345     0.8647  0 0.100 0.000 0.900
#> SRR663717      2  0.4382     0.6489  0 0.704 0.000 0.296
#> SRR602217      4  0.4855     0.3452  0 0.400 0.000 0.600
#> SRR603140      4  0.0336     0.8569  0 0.008 0.000 0.992
#> SRR1340804     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574     3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333462     2  0.2345     0.7985  0 0.900 0.000 0.100
#> SRR1094601     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610     4  0.0592     0.8571  0 0.016 0.000 0.984
#> SRR1435833     4  0.2647     0.8535  0 0.120 0.000 0.880
#> SRR1398728     2  0.2921     0.8962  0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1358343     4  0.0188     0.8587  0 0.004 0.000 0.996
#> SRR1410890     2  0.2921     0.8962  0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1350371     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478     2  0.2921     0.8962  0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1099260     3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433576     4  0.2149     0.8663  0 0.088 0.000 0.912
#> SRR1345541     4  0.0336     0.8569  0 0.008 0.000 0.992
#> SRR1086328     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391      3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476207     4  0.2675     0.8090  0 0.008 0.100 0.892
#> SRR627435      4  0.3760     0.7643  0 0.028 0.136 0.836
#> SRR1489862     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191     3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490115     3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377714     4  0.3760     0.7643  0 0.028 0.136 0.836
#> SRR819394      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161      4  0.0000     0.8598  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR607042      3  0.0376     0.9695  0 0.004 0.992 0.004
#> SRR656203      4  0.4431     0.6315  0 0.304 0.000 0.696
#> SRR660602      3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440397     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249      2  0.2921     0.8962  0 0.860 0.000 0.140
#> SRR661242      4  0.2345     0.8647  0 0.100 0.000 0.900
#> SRR1332007     3  0.6820     0.3506  0 0.364 0.528 0.108
#> SRR809619      4  0.4331     0.6496  0 0.288 0.000 0.712
#> SRR819975      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281      2  0.3172     0.8859  0 0.840 0.000 0.160
#> SRR662366      3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317898     3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382485     4  0.2345     0.8647  0 0.100 0.000 0.900
#> SRR2166420     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541     3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR817444      4  0.3088     0.7877  0 0.008 0.128 0.864
#> SRR1320403     2  0.0921     0.8336  0 0.972 0.000 0.028
#> SRR1101483     2  0.2921     0.8962  0 0.860 0.000 0.140
#> SRR1331684     3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400054     4  0.0000     0.8598  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406088     2  0.2921     0.8962  0 0.860 0.000 0.140
#> SRR820733      4  0.2345     0.8647  0 0.100 0.000 0.900
#> SRR1314113     4  0.0188     0.8587  0 0.004 0.000 0.996
#> SRR1382615     3  0.0000     0.9740  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480745     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850     2  0.2921     0.8962  0 0.860 0.000 0.140
#> SRR656782      4  0.1635     0.8405  0 0.008 0.044 0.948
#> SRR821364      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295      2  0.2345     0.7985  0 0.900 0.000 0.100
#> SRR1357103     3  0.4827     0.7945  0 0.124 0.784 0.092
#> SRR809185      4  0.5000     0.0339  0 0.500 0.000 0.500
#> SRR811583      4  0.1302     0.8667  0 0.044 0.000 0.956
#> SRR1468050     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224     2  0.2921     0.8962  0 0.860 0.000 0.140

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>            class entropy silhouette p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR1500170     2  0.0000     0.8882  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402368     3  0.0000     0.9796  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607743      4  0.4181     0.7727  0 0.032 0.016 0.780 0.172
#> SRR1457375     2  0.0162     0.8882  0 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1470923     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785     3  0.0000     0.9796  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814768      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031     2  0.0290     0.8866  0 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1363611     2  0.4192     0.4227  0 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR1468447     2  0.1121     0.8628  0 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1071931     4  0.2104     0.8062  0 0.060 0.000 0.916 0.024
#> SRR810981      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299      2  0.1410     0.8507  0 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR663585      3  0.0162     0.9785  0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1326773     4  0.2221     0.8108  0 0.036 0.000 0.912 0.052
#> SRR1351166     2  0.0162     0.8882  0 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1477452     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720     3  0.0162     0.9785  0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1420320     2  0.4291     0.2567  0 0.536 0.000 0.464 0.000
#> SRR1081712     2  0.0510     0.8824  0 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1318241     4  0.3292     0.7921  0 0.004 0.032 0.844 0.120
#> SRR1333718     3  0.0794     0.9587  0 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1313514     5  0.3210     0.7229  0 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR1477861     5  0.0794     0.7729  0 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1318005     5  0.4030     0.5038  0 0.352 0.000 0.000 0.648
#> SRR1354665     2  0.0162     0.8882  0 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR657707      4  0.4068     0.7669  0 0.004 0.060 0.792 0.144
#> SRR1370742     3  0.0000     0.9796  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1412947     2  0.0510     0.8824  0 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR661553      4  0.1216     0.8101  0 0.020 0.000 0.960 0.020
#> SRR1328869     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211      2  0.0000     0.8882  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348181     3  0.0162     0.9785  0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1416560     3  0.0000     0.9796  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319772     4  0.5656     0.5616  0 0.000 0.236 0.624 0.140
#> SRR1091452     4  0.3636     0.5438  0 0.272 0.000 0.728 0.000
#> SRR1338812     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072     2  0.1851     0.8338  0 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR814844      4  0.0000     0.8015  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376619     3  0.0162     0.9785  0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR603690      4  0.2813     0.7177  0 0.168 0.000 0.832 0.000
#> SRR2184980     2  0.0162     0.8871  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR613963      4  0.1197     0.8091  0 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR1323422     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673     3  0.0290     0.9762  0 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1434650     5  0.3359     0.7676  0 0.164 0.020 0.000 0.816
#> SRR659875      5  0.3013     0.7391  0 0.000 0.160 0.008 0.832
#> SRR1465734     4  0.4109     0.7651  0 0.004 0.060 0.788 0.148
#> SRR1076847     5  0.3143     0.7313  0 0.204 0.000 0.000 0.796
#> SRR1415072     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319      3  0.4994     0.5440  0 0.000 0.696 0.208 0.096
#> SRR663088      4  0.1908     0.8064  0 0.000 0.000 0.908 0.092
#> SRR1352021     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935      4  0.4305    -0.1070  0 0.488 0.000 0.512 0.000
#> SRR1352530     3  0.0162     0.9785  0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR662594      4  0.4424     0.7637  0 0.020 0.044 0.772 0.164
#> SRR1095309     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647      3  0.0162     0.9785  0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR813019      5  0.5755     0.2373  0 0.052 0.036 0.288 0.624
#> SRR1374647     2  0.2563     0.7799  0 0.872 0.000 0.120 0.008
#> SRR603472      5  0.2732     0.7589  0 0.160 0.000 0.000 0.840
#> SRR661529      4  0.2919     0.7990  0 0.004 0.024 0.868 0.104
#> SRR607018      4  0.6097     0.4921  0 0.000 0.168 0.556 0.276
#> SRR627423      4  0.5644     0.5073  0 0.328 0.000 0.576 0.096
#> SRR654921      4  0.0000     0.8015  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418968     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871      3  0.0000     0.9796  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330522     3  0.0000     0.9796  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499958     2  0.0000     0.8882  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614059      3  0.0000     0.9796  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071403     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719     2  0.0000     0.8882  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440421     2  0.1851     0.8338  0 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1310412     4  0.4556     0.7569  0 0.032 0.028 0.756 0.184
#> SRR614767      2  0.0000     0.8882  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820709      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093      3  0.2723     0.8303  0 0.000 0.864 0.012 0.124
#> SRR1088168     3  0.0510     0.9701  0 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1418707     2  0.0000     0.8882  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354291     2  0.3983     0.4386  0 0.660 0.000 0.000 0.340
#> SRR2165806     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684     4  0.0162     0.8009  0 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1433860     3  0.0000     0.9796  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311062     2  0.0000     0.8882  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360359     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385      3  0.0162     0.9785  0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR615407      2  0.0162     0.8882  0 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1413892     3  0.0404     0.9719  0 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1443459     2  0.0404     0.8851  0 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1338942     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480      4  0.4109     0.7652  0 0.004 0.060 0.788 0.148
#> SRR1399433     4  0.4201     0.1978  0 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR818537      5  0.1341     0.7749  0 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1101324     4  0.1768     0.8098  0 0.004 0.000 0.924 0.072
#> SRR807637      4  0.3477     0.7914  0 0.056 0.000 0.832 0.112
#> SRR1091918     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300      4  0.4068     0.7669  0 0.004 0.060 0.792 0.144
#> SRR1085426     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294     2  0.0000     0.8882  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813891      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431     2  0.4243     0.5821  0 0.712 0.000 0.264 0.024
#> SRR658742      4  0.1270     0.8092  0 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1419234     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813     2  0.0000     0.8882  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603496      4  0.5743     0.6339  0 0.032 0.060 0.632 0.276
#> SRR1407758     3  0.0000     0.9796  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810945      2  0.3146     0.7383  0 0.844 0.000 0.128 0.028
#> SRR817234      2  0.3109     0.7036  0 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1444852     3  0.0000     0.9796  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660378      3  0.0000     0.9796  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467835     2  0.0162     0.8882  0 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1338964     4  0.4068     0.7669  0 0.004 0.060 0.792 0.144
#> SRR1079259     4  0.3471     0.7896  0 0.072 0.000 0.836 0.092
#> SRR1072345     4  0.3567     0.7831  0 0.004 0.032 0.820 0.144
#> SRR598725      3  0.0162     0.9785  0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1447938     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460     4  0.3003     0.6644  0 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR1429468     2  0.0162     0.8871  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1446850     2  0.0000     0.8882  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320363     3  0.0162     0.9785  0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1413810     3  0.0000     0.9796  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598831      2  0.0000     0.8882  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381865     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957      3  0.0000     0.9796  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1491332     3  0.0880     0.9552  0 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1099744     2  0.0000     0.8882  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464618     2  0.2471     0.7894  0 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR1414559     4  0.1502     0.8101  0 0.004 0.000 0.940 0.056
#> SRR1337540     4  0.3477     0.7914  0 0.056 0.000 0.832 0.112
#> SRR1444283     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942     4  0.4505     0.7440  0 0.004 0.068 0.752 0.176
#> SRR660295      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335      3  0.0000     0.9796  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1363742     3  0.0510     0.9699  0 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1345847     2  0.4219     0.3943  0 0.584 0.000 0.416 0.000
#> SRR614960      3  0.0000     0.9796  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819919      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330      5  0.3003     0.7467  0 0.188 0.000 0.000 0.812
#> SRR1327951     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266     2  0.0162     0.8882  0 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1338055     5  0.3366     0.7360  0 0.212 0.004 0.000 0.784
#> SRR1430157     2  0.0000     0.8882  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320137     2  0.0324     0.8877  0 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1093483     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913     3  0.0000     0.9796  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2170490     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845     4  0.4109     0.7652  0 0.004 0.060 0.788 0.148
#> SRR1436420     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060     5  0.3966     0.4967  0 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR662282      3  0.0510     0.9701  0 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1487089     4  0.0000     0.8015  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075683     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880     2  0.0880     0.8733  0 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1453456     3  0.0000     0.9796  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457895     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603     5  0.0794     0.7729  0 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR658633      2  0.0000     0.8882  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388081     4  0.4268     0.0679  0 0.444 0.000 0.556 0.000
#> SRR813339      3  0.0000     0.9796  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809725      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441      5  0.3003     0.7467  0 0.188 0.000 0.000 0.812
#> SRR613603      4  0.4124     0.7688  0 0.008 0.056 0.792 0.144
#> SRR1096571     5  0.2798     0.7498  0 0.000 0.140 0.008 0.852
#> SRR1392701     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693     2  0.0000     0.8882  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660697      2  0.3210     0.6973  0 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR1489926     4  0.4991     0.7353  0 0.032 0.044 0.724 0.200
#> SRR811491      3  0.0000     0.9796  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311644     4  0.1608     0.8090  0 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1451740     3  0.0162     0.9785  0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR615117      5  0.1270     0.7747  0 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1391748     4  0.3210     0.6442  0 0.212 0.000 0.788 0.000
#> SRR1466556     3  0.0000     0.9796  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614972      3  0.0000     0.9796  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406200     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210      4  0.1410     0.7808  0 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR662174      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236      4  0.0404     0.8045  0 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1312598     2  0.0000     0.8882  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330129     2  0.2852     0.7450  0 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR1357781     5  0.3003     0.7467  0 0.188 0.000 0.000 0.812
#> SRR1315517     5  0.4235     0.3253  0 0.424 0.000 0.000 0.576
#> SRR1400032     3  0.0000     0.9796  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413722     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827      3  0.0000     0.9796  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814794      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509     2  0.4210     0.3934  0 0.588 0.000 0.412 0.000
#> SRR808728      4  0.5153     0.6704  0 0.000 0.112 0.684 0.204
#> SRR1070813     2  0.0162     0.8882  0 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1389133     4  0.4068     0.7669  0 0.004 0.060 0.792 0.144
#> SRR601263      4  0.4068     0.7669  0 0.004 0.060 0.792 0.144
#> SRR604718      4  0.4192     0.2542  0 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR1481351     4  0.5715     0.6322  0 0.020 0.080 0.636 0.264
#> SRR1334608     3  0.0162     0.9785  0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR658681      3  0.2674     0.8221  0 0.000 0.856 0.004 0.140
#> SRR809283      4  0.1732     0.7682  0 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR1459300     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547     5  0.3355     0.7111  0 0.000 0.184 0.012 0.804
#> SRR811049      4  0.3951     0.7817  0 0.020 0.032 0.808 0.140
#> SRR1464835     4  0.0000     0.8015  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339619     2  0.0162     0.8882  0 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR658501      3  0.0000     0.9796  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447523     3  0.0000     0.9796  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415048     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348     2  0.0162     0.8882  0 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR603890      2  0.3039     0.7160  0 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR810595      3  0.0000     0.9796  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446244     2  0.0162     0.8882  0 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR817373      4  0.4045     0.3501  0 0.356 0.000 0.644 0.000
#> SRR1457291     2  0.4201     0.4077  0 0.592 0.000 0.408 0.000
#> SRR598220      4  0.1725     0.8118  0 0.020 0.000 0.936 0.044
#> SRR1477991     2  0.0000     0.8882  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598172      2  0.1197     0.8586  0 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1349032     2  0.0609     0.8804  0 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR604002      5  0.3109     0.7356  0 0.200 0.000 0.000 0.800
#> SRR1378026     3  0.2471     0.8264  0 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR1404401     5  0.3684     0.6328  0 0.280 0.000 0.000 0.720
#> SRR1333240     5  0.3366     0.7374  0 0.212 0.004 0.000 0.784
#> SRR1089399     2  0.0000     0.8882  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603421      2  0.2813     0.7501  0 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR812562      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520      4  0.6289     0.2739  0 0.000 0.152 0.452 0.396
#> SRR811839      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317      2  0.0000     0.8882  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436763     4  0.0000     0.8015  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486021     2  0.4294     0.2373  0 0.532 0.000 0.468 0.000
#> SRR1465018     2  0.1965     0.8269  0 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1080998     4  0.4499     0.7595  0 0.020 0.044 0.764 0.172
#> SRR1083432     3  0.0000     0.9796  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082833     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536     3  0.0000     0.9796  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614011      2  0.0162     0.8882  0 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1365873     2  0.0000     0.8882  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498789     2  0.0000     0.8882  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601581      2  0.3177     0.7135  0 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR603566      5  0.2193     0.7665  0 0.000 0.092 0.008 0.900
#> SRR1373981     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410      2  0.0162     0.8882  0 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1076511     4  0.2824     0.8029  0 0.032 0.000 0.872 0.096
#> SRR614143      4  0.4738     0.7464  0 0.032 0.032 0.740 0.196
#> SRR1333570     3  0.0000     0.9796  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366813     2  0.0000     0.8882  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388746     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558     4  0.3795     0.7772  0 0.004 0.044 0.808 0.144
#> SRR1409510     3  0.0162     0.9785  0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR816250      2  0.0000     0.8882  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614131      2  0.4863     0.5112  0 0.672 0.000 0.272 0.056
#> SRR1331130     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015     3  0.0000     0.9796  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470798     3  0.0162     0.9785  0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR614179      5  0.1341     0.7749  0 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1474863     2  0.0000     0.8882  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813560      2  0.0162     0.8871  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1312187     2  0.3816     0.6145  0 0.696 0.000 0.304 0.000
#> SRR1420960     3  0.0000     0.9796  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355102     3  0.0000     0.9796  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084577     3  0.0290     0.9763  0 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR659971      2  0.0162     0.8871  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1350855     4  0.0794     0.7940  0 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR820779      3  0.0162     0.9785  0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1476300     3  0.0000     0.9796  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090907     4  0.4306    -0.1224  0 0.492 0.000 0.508 0.000
#> SRR662294      5  0.4150     0.4212  0 0.388 0.000 0.000 0.612
#> SRR1480789     5  0.1341     0.7749  0 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1336263     4  0.2773     0.6899  0 0.164 0.000 0.836 0.000
#> SRR660776      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508     5  0.3003     0.7467  0 0.188 0.000 0.000 0.812
#> SRR615563      4  0.0000     0.8015  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101175     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650     5  0.2843     0.7485  0 0.000 0.144 0.008 0.848
#> SRR1431205     2  0.0404     0.8833  0 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1339856     2  0.2329     0.7984  0 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1352147     2  0.0404     0.8846  0 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR808968      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419      2  0.1851     0.8338  0 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1402391     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609      5  0.2798     0.7508  0 0.000 0.140 0.008 0.852
#> SRR2167857     5  0.3003     0.7467  0 0.188 0.000 0.000 0.812
#> SRR1398752     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437     2  0.0000     0.8882  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416955     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064     2  0.4227     0.3258  0 0.580 0.000 0.420 0.000
#> SRR659001      4  0.2424     0.7273  0 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR2170696     4  0.0963     0.8082  0 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR816589      3  0.0162     0.9785  0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1087487     3  0.0000     0.9796  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329485     3  0.0000     0.9796  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816920      4  0.0000     0.8015  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341432     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590     4  0.0000     0.8015  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR817046      3  0.5309     0.2452  0 0.000 0.576 0.364 0.060
#> SRR1471331     3  0.0000     0.9796  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660788      4  0.1270     0.8092  0 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR819234      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853      5  0.2516     0.7547  0 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR809427      4  0.3612     0.5370  0 0.268 0.000 0.732 0.000
#> SRR2170217     4  0.0000     0.8015  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1386967     3  0.0162     0.9785  0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1420344     2  0.0162     0.8882  0 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1334535     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503      4  0.4876     0.6747  0 0.220 0.000 0.700 0.080
#> SRR602564      4  0.2984     0.8005  0 0.032 0.000 0.860 0.108
#> SRR1420669     4  0.0000     0.8015  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR819024      3  0.0000     0.9796  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656223      3  0.0162     0.9785  0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR608428      2  0.0162     0.8882  0 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1345647     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324     2  0.2690     0.7630  0 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR1361368     2  0.1043     0.8680  0 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1322619     2  0.0000     0.8882  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349276     4  0.3143     0.6566  0 0.204 0.000 0.796 0.000
#> SRR1404024     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637     2  0.0000     0.8882  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452631     4  0.0771     0.8056  0 0.020 0.000 0.976 0.004
#> SRR608392      5  0.3123     0.7332  0 0.000 0.160 0.012 0.828
#> SRR1357757     4  0.4926     0.7404  0 0.032 0.044 0.732 0.192
#> SRR1074646     4  0.0963     0.7906  0 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1367499     3  0.0000     0.9796  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343501     4  0.6728     0.1071  0 0.000 0.368 0.380 0.252
#> SRR1394406     4  0.3906     0.7878  0 0.032 0.024 0.816 0.128
#> SRR1381435     3  0.0000     0.9796  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467407     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422     5  0.3003     0.7467  0 0.188 0.000 0.000 0.812
#> SRR1380270     5  0.2127     0.7661  0 0.000 0.108 0.000 0.892
#> SRR1091817     2  0.0000     0.8882  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440137     2  0.0000     0.8882  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614311      2  0.1341     0.8596  0 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1407516     4  0.1668     0.8103  0 0.032 0.000 0.940 0.028
#> SRR815494      3  0.0162     0.9785  0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1333209     4  0.4101     0.2801  0 0.372 0.000 0.628 0.000
#> SRR615177      4  0.1270     0.8092  0 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1099648     3  0.2424     0.8370  0 0.000 0.868 0.000 0.132
#> SRR659720      4  0.4738     0.7464  0 0.032 0.032 0.740 0.196
#> SRR2185057     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468      4  0.2951     0.8001  0 0.028 0.000 0.860 0.112
#> SRR660042      3  0.0000     0.9796  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2170864     2  0.0162     0.8882  0 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1440491     4  0.3983     0.3927  0 0.340 0.000 0.660 0.000
#> SRR1440852     3  0.0000     0.9796  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811169      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311     2  0.4262     0.3235  0 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR818009      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836     2  0.0162     0.8871  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1498313     5  0.3003     0.7467  0 0.188 0.000 0.000 0.812
#> SRR1441975     2  0.0162     0.8882  0 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR819096      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679     4  0.0162     0.8028  0 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1489116     5  0.3577     0.7177  0 0.000 0.160 0.032 0.808
#> SRR1354138     3  0.0000     0.9796  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490589     3  0.0000     0.9796  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1412987     4  0.0000     0.8015  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR602034      3  0.0162     0.9785  0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1353437     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871     4  0.4888     0.7412  0 0.032 0.040 0.732 0.196
#> SRR661577      4  0.0000     0.8015  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR612190      4  0.1430     0.7925  0 0.052 0.000 0.944 0.004
#> SRR1399880     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787     4  0.4150     0.2287  0 0.388 0.000 0.612 0.000
#> SRR657869      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141     3  0.0000     0.9796  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476697     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538     2  0.1671     0.8393  0 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1331422     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859      4  0.4436     0.7621  0 0.032 0.024 0.764 0.180
#> SRR1097594     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419     3  0.0000     0.9796  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336706     5  0.1894     0.7692  0 0.000 0.072 0.008 0.920
#> SRR1472976     4  0.3210     0.6456  0 0.212 0.000 0.788 0.000
#> SRR1321307     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461      3  0.0000     0.9796  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477149     2  0.2929     0.7337  0 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1457397     5  0.2230     0.7731  0 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR661913      3  0.0162     0.9785  0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1069024     5  0.1341     0.7749  0 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR2165634     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722     3  0.0162     0.9785  0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1328642     2  0.1608     0.8429  0 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1488261     3  0.0000     0.9796  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318815     4  0.0000     0.8015  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816945      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432     4  0.1907     0.8053  0 0.028 0.000 0.928 0.044
#> SRR1359280     2  0.2230     0.8001  0 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1313910     2  0.0162     0.8882  0 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1457315     4  0.0290     0.8036  0 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR815398      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958      3  0.0162     0.9770  0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR600688      4  0.2769     0.8034  0 0.032 0.000 0.876 0.092
#> SRR1098952     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916     3  0.0000     0.9796  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614167      3  0.0000     0.9796  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348114     2  0.0290     0.8866  0 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR658033      2  0.5693    -0.1601  0 0.468 0.000 0.452 0.080
#> SRR1077503     4  0.4777     0.7363  0 0.012 0.064 0.736 0.188
#> SRR661854      4  0.4926     0.7404  0 0.032 0.044 0.732 0.192
#> SRR811379      4  0.4283     0.0219  0 0.456 0.000 0.544 0.000
#> SRR1318857     2  0.0000     0.8882  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656445      3  0.0290     0.9762  0 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1433044     5  0.4305     0.1173  0 0.488 0.000 0.000 0.512
#> SRR1486391     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071      3  0.0703     0.9485  0 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1364824     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745      5  0.2280     0.7629  0 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR601038      5  0.2424     0.7587  0 0.000 0.132 0.000 0.868
#> SRR1360080     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868      4  0.4192     0.7619  0 0.004 0.068 0.784 0.144
#> SRR1485997     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560     4  0.0162     0.8009  0 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1333330     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513      4  0.4436     0.7617  0 0.032 0.024 0.764 0.180
#> SRR1328407     5  0.6309    -0.1695  0 0.072 0.032 0.408 0.488
#> SRR602784      5  0.4262     0.2313  0 0.000 0.440 0.000 0.560
#> SRR1348468     4  0.0162     0.8009  0 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR663717      2  0.1121     0.8652  0 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR602217      2  0.5325     0.0573  0 0.520 0.000 0.428 0.052
#> SRR603140      4  0.2845     0.8050  0 0.020 0.008 0.876 0.096
#> SRR1340804     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574     3  0.0162     0.9785  0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1333462     5  0.3143     0.7313  0 0.204 0.000 0.000 0.796
#> SRR1094601     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610     4  0.0794     0.8063  0 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1435833     4  0.4273     0.0570  0 0.448 0.000 0.552 0.000
#> SRR1398728     2  0.0162     0.8882  0 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1358343     4  0.3477     0.7914  0 0.056 0.000 0.832 0.112
#> SRR1410890     2  0.0000     0.8882  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350371     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478     2  0.0000     0.8882  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099260     3  0.2389     0.8484  0 0.000 0.880 0.004 0.116
#> SRR1433576     4  0.0162     0.8028  0 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1345541     4  0.3037     0.7981  0 0.004 0.032 0.864 0.100
#> SRR1086328     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391      3  0.0000     0.9796  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476207     4  0.4642     0.7484  0 0.020 0.044 0.748 0.188
#> SRR627435      4  0.5236     0.6823  0 0.032 0.032 0.668 0.268
#> SRR1489862     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191     3  0.0000     0.9796  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490115     3  0.0000     0.9796  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377714     4  0.5116     0.7028  0 0.032 0.032 0.688 0.248
#> SRR819394      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161      4  0.2824     0.8029  0 0.032 0.000 0.872 0.096
#> SRR607042      5  0.2648     0.7479  0 0.000 0.152 0.000 0.848
#> SRR656203      2  0.4182     0.3946  0 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR660602      3  0.0290     0.9762  0 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1440397     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249      2  0.0000     0.8882  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661242      4  0.1671     0.7737  0 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR1332007     5  0.0794     0.7729  0 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR809619      2  0.4150     0.4538  0 0.612 0.000 0.388 0.000
#> SRR819975      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281      2  0.0162     0.8861  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR662366      3  0.0000     0.9796  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317898     3  0.0000     0.9796  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382485     4  0.1608     0.7700  0 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR2166420     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541     3  0.0000     0.9796  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817444      4  0.4382     0.7465  0 0.004 0.060 0.760 0.176
#> SRR1320403     2  0.1410     0.8507  0 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1101483     2  0.0162     0.8882  0 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1331684     3  0.0162     0.9785  0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1400054     4  0.1410     0.8092  0 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR1406088     2  0.0162     0.8882  0 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR820733      4  0.0000     0.8015  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314113     4  0.1544     0.8092  0 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR1382615     3  0.0703     0.9627  0 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1480745     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850     2  0.0000     0.8882  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656782      4  0.4068     0.7669  0 0.004 0.060 0.792 0.144
#> SRR821364      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295      5  0.3003     0.7467  0 0.188 0.000 0.000 0.812
#> SRR1357103     5  0.1341     0.7749  0 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR809185      2  0.3966     0.5527  0 0.664 0.000 0.336 0.000
#> SRR811583      4  0.2769     0.8034  0 0.032 0.000 0.876 0.092
#> SRR1468050     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224     2  0.0162     0.8882  0 0.996 0.000 0.004 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>            class entropy silhouette p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR1500170     2  0.0146     0.9162  0 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1402368     3  0.2100     0.8681  0 0.000 0.884 0.112 0.004 0.000
#> SRR607743      5  0.3976     0.5856  0 0.000 0.004 0.380 0.612 0.004
#> SRR1457375     2  0.0458     0.9102  0 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1470923     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785     3  0.0000     0.9445  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814768      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031     2  0.0146     0.9162  0 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1363611     4  0.4110     0.6638  0 0.268 0.000 0.692 0.000 0.040
#> SRR1468447     2  0.2762     0.7250  0 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196
#> SRR1071931     4  0.3377     0.7625  0 0.188 0.000 0.784 0.028 0.000
#> SRR810981      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299      2  0.2491     0.7694  0 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR663585      3  0.0508     0.9394  0 0.000 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR1326773     4  0.5583     0.1000  0 0.124 0.000 0.480 0.392 0.004
#> SRR1351166     2  0.0146     0.9162  0 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1477452     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720     3  0.0146     0.9436  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1420320     4  0.3755     0.7277  0 0.220 0.000 0.744 0.000 0.036
#> SRR1081712     2  0.0547     0.9073  0 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1318241     5  0.4158     0.5223  0 0.000 0.008 0.416 0.572 0.004
#> SRR1333718     5  0.3330     0.5172  0 0.000 0.284 0.000 0.716 0.000
#> SRR1313514     6  0.1010     0.9530  0 0.036 0.000 0.000 0.004 0.960
#> SRR1477861     5  0.1007     0.7260  0 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR1318005     6  0.1007     0.9542  0 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR1354665     2  0.0000     0.9163  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657707      5  0.3791     0.6919  0 0.000 0.008 0.300 0.688 0.004
#> SRR1370742     3  0.0146     0.9436  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1412947     2  0.0146     0.9162  0 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR661553      4  0.0865     0.7736  0 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1328869     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211      2  0.0458     0.9102  0 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1348181     3  0.1349     0.9136  0 0.000 0.940 0.056 0.004 0.000
#> SRR1416560     3  0.0000     0.9445  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319772     5  0.4643     0.7158  0 0.000 0.128 0.184 0.688 0.000
#> SRR1091452     4  0.3555     0.7549  0 0.184 0.000 0.776 0.000 0.040
#> SRR1338812     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072     2  0.3867     0.0369  0 0.512 0.000 0.000 0.000 0.488
#> SRR814844      4  0.0865     0.7877  0 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1376619     3  0.0146     0.9436  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR603690      4  0.2804     0.7927  0 0.120 0.000 0.852 0.024 0.004
#> SRR2184980     2  0.0000     0.9163  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613963      4  0.0937     0.7720  0 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1323422     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673     3  0.3847     0.1505  0 0.000 0.544 0.000 0.456 0.000
#> SRR1434650     5  0.3072     0.6726  0 0.076 0.000 0.000 0.840 0.084
#> SRR659875      5  0.1088     0.7342  0 0.000 0.016 0.000 0.960 0.024
#> SRR1465734     5  0.3772     0.6948  0 0.000 0.008 0.296 0.692 0.004
#> SRR1076847     6  0.1082     0.9538  0 0.040 0.000 0.000 0.004 0.956
#> SRR1415072     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319      5  0.4594    -0.0838  0 0.000 0.480 0.036 0.484 0.000
#> SRR663088      4  0.0937     0.7720  0 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1352021     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935      4  0.3612     0.7466  0 0.200 0.000 0.764 0.000 0.036
#> SRR1352530     3  0.2003     0.8790  0 0.000 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR662594      5  0.3791     0.6919  0 0.000 0.008 0.300 0.688 0.004
#> SRR1095309     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647      3  0.1910     0.8848  0 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR813019      5  0.1788     0.7516  0 0.004 0.000 0.076 0.916 0.004
#> SRR1374647     2  0.1977     0.8696  0 0.920 0.000 0.032 0.008 0.040
#> SRR603472      5  0.3405     0.4513  0 0.004 0.000 0.000 0.724 0.272
#> SRR661529      4  0.3996    -0.3209  0 0.000 0.004 0.512 0.484 0.000
#> SRR607018      5  0.0547     0.7428  0 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR627423      4  0.4605     0.4228  0 0.364 0.000 0.596 0.032 0.008
#> SRR654921      4  0.0865     0.7877  0 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1418968     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871      3  0.0000     0.9445  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330522     3  0.0000     0.9445  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499958     2  0.0000     0.9163  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614059      3  0.2257     0.8615  0 0.000 0.876 0.116 0.008 0.000
#> SRR1071403     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719     2  0.0000     0.9163  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440421     6  0.2823     0.7635  0 0.204 0.000 0.000 0.000 0.796
#> SRR1310412     5  0.3619     0.6771  0 0.000 0.004 0.316 0.680 0.000
#> SRR614767      2  0.0146     0.9162  0 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR820709      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093      5  0.4201     0.5355  0 0.000 0.300 0.036 0.664 0.000
#> SRR1088168     5  0.3810     0.2371  0 0.000 0.428 0.000 0.572 0.000
#> SRR1418707     2  0.0000     0.9163  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354291     6  0.1075     0.9531  0 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR2165806     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684     4  0.2843     0.7874  0 0.116 0.000 0.848 0.000 0.036
#> SRR1433860     3  0.0146     0.9428  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1311062     2  0.0865     0.8970  0 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1360359     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385      3  0.2003     0.8790  0 0.000 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR615407      2  0.0865     0.8970  0 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1413892     3  0.2219     0.8641  0 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR1443459     2  0.0260     0.9118  0 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1338942     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480      5  0.3733     0.7025  0 0.000 0.008 0.288 0.700 0.004
#> SRR1399433     4  0.3456     0.7622  0 0.172 0.000 0.788 0.000 0.040
#> SRR818537      5  0.1007     0.7260  0 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR1101324     4  0.1814     0.7301  0 0.000 0.000 0.900 0.100 0.000
#> SRR807637      4  0.2933     0.7387  0 0.096 0.000 0.856 0.040 0.008
#> SRR1091918     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300      5  0.3791     0.6919  0 0.000 0.008 0.300 0.688 0.004
#> SRR1085426     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294     2  0.0146     0.9162  0 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR813891      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431     2  0.3219     0.6906  0 0.792 0.000 0.192 0.012 0.004
#> SRR658742      4  0.1007     0.7697  0 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1419234     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813     2  0.0000     0.9163  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603496      5  0.2946     0.7483  0 0.000 0.004 0.184 0.808 0.004
#> SRR1407758     3  0.0000     0.9445  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810945      2  0.2712     0.7926  0 0.864 0.000 0.108 0.016 0.012
#> SRR817234      6  0.1556     0.9351  0 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920
#> SRR1444852     3  0.0000     0.9445  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660378      3  0.2003     0.8790  0 0.000 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR1467835     2  0.0146     0.9162  0 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1338964     5  0.3791     0.6919  0 0.000 0.008 0.300 0.688 0.004
#> SRR1079259     4  0.3005     0.7469  0 0.108 0.000 0.848 0.036 0.008
#> SRR1072345     5  0.3809     0.6882  0 0.000 0.008 0.304 0.684 0.004
#> SRR598725      3  0.2357     0.8612  0 0.000 0.872 0.116 0.012 0.000
#> SRR1447938     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460     4  0.3134     0.7780  0 0.144 0.000 0.820 0.000 0.036
#> SRR1429468     2  0.0000     0.9163  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446850     2  0.0790     0.9003  0 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1320363     3  0.0146     0.9436  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1413810     3  0.0000     0.9445  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598831      2  0.0146     0.9162  0 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1381865     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957      3  0.0000     0.9445  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1491332     5  0.3266     0.5373  0 0.000 0.272 0.000 0.728 0.000
#> SRR1099744     2  0.0146     0.9162  0 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1464618     2  0.3997    -0.1538  0 0.508 0.000 0.488 0.000 0.004
#> SRR1414559     4  0.0937     0.7720  0 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1337540     4  0.2579     0.7468  0 0.088 0.000 0.872 0.040 0.000
#> SRR1444283     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942     5  0.3729     0.6960  0 0.000 0.012 0.296 0.692 0.000
#> SRR660295      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335      3  0.1387     0.9053  0 0.000 0.932 0.068 0.000 0.000
#> SRR1363742     3  0.2340     0.8537  0 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1345847     4  0.3821     0.7239  0 0.220 0.000 0.740 0.000 0.040
#> SRR614960      3  0.2257     0.8615  0 0.000 0.876 0.116 0.008 0.000
#> SRR819919      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330      6  0.1010     0.9530  0 0.036 0.000 0.000 0.004 0.960
#> SRR1327951     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266     2  0.0000     0.9163  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338055     5  0.5336     0.2623  0 0.124 0.000 0.000 0.544 0.332
#> SRR1430157     2  0.0000     0.9163  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320137     2  0.0260     0.9135  0 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1093483     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913     3  0.0000     0.9445  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2170490     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845     5  0.3772     0.6948  0 0.000 0.008 0.296 0.692 0.004
#> SRR1436420     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060     5  0.3253     0.6179  0 0.000 0.192 0.000 0.788 0.020
#> SRR662282      5  0.3789     0.2635  0 0.000 0.416 0.000 0.584 0.000
#> SRR1487089     4  0.0865     0.7877  0 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1075683     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880     2  0.0603     0.9060  0 0.980 0.000 0.016 0.000 0.004
#> SRR1453456     3  0.0000     0.9445  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457895     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603     5  0.1007     0.7260  0 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR658633      2  0.0146     0.9162  0 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1388081     4  0.3490     0.7599  0 0.176 0.000 0.784 0.000 0.040
#> SRR813339      3  0.0000     0.9445  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809725      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441      6  0.1010     0.9530  0 0.036 0.000 0.000 0.004 0.960
#> SRR613603      5  0.3791     0.6919  0 0.000 0.008 0.300 0.688 0.004
#> SRR1096571     5  0.0891     0.7341  0 0.000 0.008 0.000 0.968 0.024
#> SRR1392701     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693     2  0.0000     0.9163  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660697      2  0.3109     0.6592  0 0.772 0.000 0.224 0.000 0.004
#> SRR1489926     5  0.3043     0.7471  0 0.000 0.004 0.196 0.796 0.004
#> SRR811491      3  0.0000     0.9445  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311644     4  0.2631     0.6199  0 0.000 0.000 0.820 0.180 0.000
#> SRR1451740     3  0.0146     0.9436  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR615117      5  0.1007     0.7260  0 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR1391748     4  0.3172     0.7758  0 0.148 0.000 0.816 0.000 0.036
#> SRR1466556     3  0.0000     0.9445  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614972      3  0.0000     0.9445  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406200     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210      4  0.2500     0.7935  0 0.116 0.000 0.868 0.004 0.012
#> SRR662174      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236      4  0.2003     0.7014  0 0.000 0.000 0.884 0.116 0.000
#> SRR1312598     2  0.0000     0.9163  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330129     6  0.1556     0.9351  0 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920
#> SRR1357781     6  0.1010     0.9530  0 0.036 0.000 0.000 0.004 0.960
#> SRR1315517     6  0.1007     0.9542  0 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR1400032     3  0.0000     0.9445  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413722     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827      3  0.0000     0.9445  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814794      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509     4  0.3956     0.6897  0 0.252 0.000 0.712 0.000 0.036
#> SRR808728      5  0.2288     0.7547  0 0.000 0.004 0.116 0.876 0.004
#> SRR1070813     2  0.0458     0.9102  0 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1389133     5  0.3791     0.6919  0 0.000 0.008 0.300 0.688 0.004
#> SRR601263      5  0.3791     0.6919  0 0.000 0.008 0.300 0.688 0.004
#> SRR604718      4  0.3388     0.7651  0 0.172 0.000 0.792 0.000 0.036
#> SRR1481351     5  0.2879     0.7494  0 0.000 0.004 0.176 0.816 0.004
#> SRR1334608     3  0.2092     0.8734  0 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR658681      5  0.2135     0.6883  0 0.000 0.128 0.000 0.872 0.000
#> SRR809283      4  0.0692     0.7861  0 0.000 0.000 0.976 0.004 0.020
#> SRR1459300     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547     5  0.0717     0.7408  0 0.000 0.016 0.000 0.976 0.008
#> SRR811049      5  0.3584     0.6841  0 0.000 0.004 0.308 0.688 0.000
#> SRR1464835     4  0.0865     0.7877  0 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1339619     2  0.0000     0.9163  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658501      3  0.0000     0.9445  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447523     3  0.2257     0.8615  0 0.000 0.876 0.116 0.008 0.000
#> SRR1415048     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348     2  0.0000     0.9163  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603890      6  0.1141     0.9513  0 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948
#> SRR810595      3  0.0000     0.9445  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446244     2  0.0000     0.9163  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817373      4  0.3315     0.7704  0 0.156 0.000 0.804 0.000 0.040
#> SRR1457291     4  0.4067     0.6749  0 0.260 0.000 0.700 0.000 0.040
#> SRR598220      4  0.3528     0.3445  0 0.004 0.000 0.700 0.296 0.000
#> SRR1477991     2  0.0146     0.9162  0 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR598172      2  0.2730     0.7309  0 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR1349032     2  0.0260     0.9118  0 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR604002      6  0.1082     0.9538  0 0.040 0.000 0.000 0.004 0.956
#> SRR1378026     5  0.3645     0.7119  0 0.000 0.152 0.064 0.784 0.000
#> SRR1404401     6  0.1082     0.9539  0 0.040 0.000 0.000 0.004 0.956
#> SRR1333240     5  0.5190     0.2194  0 0.096 0.000 0.000 0.528 0.376
#> SRR1089399     2  0.0458     0.9102  0 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR603421      6  0.1663     0.9283  0 0.088 0.000 0.000 0.000 0.912
#> SRR812562      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520      5  0.0951     0.7464  0 0.000 0.008 0.020 0.968 0.004
#> SRR811839      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317      2  0.0000     0.9163  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436763     4  0.0865     0.7877  0 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1486021     4  0.3998     0.6918  0 0.248 0.000 0.712 0.000 0.040
#> SRR1465018     6  0.2664     0.7953  0 0.184 0.000 0.000 0.000 0.816
#> SRR1080998     5  0.3703     0.6875  0 0.000 0.004 0.304 0.688 0.004
#> SRR1083432     3  0.0000     0.9445  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082833     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536     3  0.0000     0.9445  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614011      2  0.0000     0.9163  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365873     2  0.1610     0.8552  0 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1498789     2  0.0146     0.9162  0 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR601581      2  0.3944     0.0926  0 0.568 0.000 0.428 0.000 0.004
#> SRR603566      5  0.0717     0.7374  0 0.000 0.008 0.000 0.976 0.016
#> SRR1373981     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410      2  0.0146     0.9162  0 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1076511     4  0.1007     0.7702  0 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR614143      5  0.3499     0.7175  0 0.000 0.004 0.264 0.728 0.004
#> SRR1333570     3  0.1957     0.8702  0 0.000 0.888 0.112 0.000 0.000
#> SRR1366813     2  0.0146     0.9162  0 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1388746     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558     5  0.3791     0.6919  0 0.000 0.008 0.300 0.688 0.004
#> SRR1409510     3  0.0146     0.9436  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR816250      2  0.0146     0.9162  0 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR614131      2  0.3086     0.7324  0 0.820 0.000 0.156 0.020 0.004
#> SRR1331130     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015     3  0.0000     0.9445  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470798     3  0.0146     0.9436  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR614179      5  0.0935     0.7320  0 0.000 0.004 0.000 0.964 0.032
#> SRR1474863     2  0.0363     0.9126  0 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR813560      2  0.0000     0.9163  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312187     4  0.4107     0.6537  0 0.280 0.000 0.684 0.000 0.036
#> SRR1420960     3  0.0000     0.9445  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355102     3  0.0000     0.9445  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084577     3  0.2066     0.8964  0 0.000 0.904 0.072 0.024 0.000
#> SRR659971      2  0.0000     0.9163  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350855     4  0.1010     0.7891  0 0.004 0.000 0.960 0.000 0.036
#> SRR820779      3  0.0146     0.9436  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1476300     3  0.0000     0.9445  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090907     4  0.3315     0.7703  0 0.156 0.000 0.804 0.000 0.040
#> SRR662294      6  0.1007     0.9542  0 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR1480789     5  0.0865     0.7307  0 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1336263     4  0.3134     0.7780  0 0.144 0.000 0.820 0.000 0.036
#> SRR660776      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508     6  0.1124     0.9517  0 0.036 0.000 0.000 0.008 0.956
#> SRR615563      4  0.0865     0.7877  0 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1101175     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650     5  0.0717     0.7374  0 0.000 0.008 0.000 0.976 0.016
#> SRR1431205     2  0.1957     0.8264  0 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1339856     2  0.3765     0.1879  0 0.596 0.000 0.404 0.000 0.000
#> SRR1352147     2  0.0146     0.9162  0 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR808968      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419      2  0.3727     0.3672  0 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1402391     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609      5  0.0891     0.7341  0 0.000 0.008 0.000 0.968 0.024
#> SRR2167857     6  0.1010     0.9530  0 0.036 0.000 0.000 0.004 0.960
#> SRR1398752     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437     2  0.0146     0.9162  0 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1416955     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064     4  0.4247     0.6236  0 0.296 0.000 0.664 0.000 0.040
#> SRR659001      4  0.3054     0.7825  0 0.136 0.000 0.828 0.000 0.036
#> SRR2170696     4  0.0937     0.7720  0 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR816589      3  0.2178     0.8674  0 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000
#> SRR1087487     3  0.1908     0.8829  0 0.000 0.900 0.096 0.004 0.000
#> SRR1329485     3  0.0000     0.9445  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816920      4  0.0865     0.7738  0 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1341432     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590     4  0.0865     0.7877  0 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR817046      5  0.5145     0.3388  0 0.000 0.432 0.084 0.484 0.000
#> SRR1471331     3  0.0000     0.9445  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660788      4  0.1663     0.7330  0 0.000 0.000 0.912 0.088 0.000
#> SRR819234      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853      5  0.0972     0.7325  0 0.000 0.008 0.000 0.964 0.028
#> SRR809427      4  0.3172     0.7769  0 0.148 0.000 0.816 0.000 0.036
#> SRR2170217     4  0.1930     0.7975  0 0.048 0.000 0.916 0.000 0.036
#> SRR1386967     3  0.0547     0.9368  0 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1420344     2  0.0000     0.9163  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334535     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503      4  0.3558     0.6788  0 0.212 0.000 0.760 0.028 0.000
#> SRR602564      4  0.3426     0.4032  0 0.004 0.000 0.720 0.276 0.000
#> SRR1420669     4  0.0865     0.7738  0 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR819024      3  0.0000     0.9445  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656223      3  0.2416     0.8465  0 0.000 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR608428      2  0.0146     0.9162  0 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1345647     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324     6  0.1556     0.9351  0 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920
#> SRR1361368     2  0.1010     0.8896  0 0.960 0.000 0.036 0.000 0.004
#> SRR1322619     2  0.0000     0.9163  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349276     4  0.3134     0.7783  0 0.144 0.000 0.820 0.000 0.036
#> SRR1404024     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637     2  0.0000     0.9163  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452631     4  0.0547     0.7788  0 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR608392      5  0.0603     0.7416  0 0.000 0.016 0.000 0.980 0.004
#> SRR1357757     5  0.3606     0.7049  0 0.000 0.004 0.284 0.708 0.004
#> SRR1074646     4  0.3014     0.7829  0 0.132 0.000 0.832 0.000 0.036
#> SRR1367499     3  0.0000     0.9445  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343501     5  0.0993     0.7458  0 0.000 0.024 0.012 0.964 0.000
#> SRR1394406     4  0.3659     0.1790  0 0.000 0.000 0.636 0.364 0.000
#> SRR1381435     3  0.2003     0.8783  0 0.000 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR1467407     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422     6  0.4300     0.4568  0 0.036 0.000 0.000 0.324 0.640
#> SRR1380270     5  0.0972     0.7325  0 0.000 0.008 0.000 0.964 0.028
#> SRR1091817     2  0.0363     0.9126  0 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1440137     2  0.0146     0.9162  0 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR614311      2  0.3782     0.1604  0 0.588 0.000 0.412 0.000 0.000
#> SRR1407516     4  0.0865     0.7736  0 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR815494      3  0.0146     0.9436  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1333209     4  0.3172     0.7769  0 0.148 0.000 0.816 0.000 0.036
#> SRR615177      4  0.0937     0.7720  0 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1099648     5  0.2912     0.6083  0 0.000 0.216 0.000 0.784 0.000
#> SRR659720      5  0.3626     0.7021  0 0.000 0.004 0.288 0.704 0.004
#> SRR2185057     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468      4  0.1501     0.7499  0 0.000 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR660042      3  0.2257     0.8615  0 0.000 0.876 0.116 0.008 0.000
#> SRR2170864     2  0.0146     0.9162  0 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1440491     4  0.3351     0.7686  0 0.160 0.000 0.800 0.000 0.040
#> SRR1440852     3  0.0000     0.9445  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811169      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311     4  0.3727     0.7318  0 0.216 0.000 0.748 0.000 0.036
#> SRR818009      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836     2  0.0260     0.9152  0 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1498313     6  0.1124     0.9517  0 0.036 0.000 0.000 0.008 0.956
#> SRR1441975     2  0.0458     0.9102  0 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR819096      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679     4  0.2066     0.7926  0 0.052 0.000 0.908 0.040 0.000
#> SRR1489116     5  0.0260     0.7420  0 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1354138     3  0.0000     0.9445  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490589     3  0.2146     0.8645  0 0.000 0.880 0.116 0.004 0.000
#> SRR1412987     4  0.0865     0.7877  0 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR602034      3  0.0146     0.9436  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1353437     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871     5  0.3606     0.7049  0 0.000 0.004 0.284 0.708 0.004
#> SRR661577      4  0.2509     0.7942  0 0.088 0.000 0.876 0.000 0.036
#> SRR612190      4  0.1921     0.7954  0 0.052 0.000 0.916 0.032 0.000
#> SRR1399880     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787     4  0.3134     0.7780  0 0.144 0.000 0.820 0.000 0.036
#> SRR657869      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141     3  0.0000     0.9445  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476697     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538     2  0.0937     0.8854  0 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1331422     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859      5  0.3717     0.5860  0 0.000 0.000 0.384 0.616 0.000
#> SRR1097594     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419     3  0.0000     0.9445  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336706     5  0.0547     0.7374  0 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1472976     4  0.3172     0.7780  0 0.148 0.000 0.816 0.000 0.036
#> SRR1321307     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461      3  0.0000     0.9445  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477149     6  0.1501     0.9375  0 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1457397     5  0.1663     0.7044  0 0.000 0.000 0.000 0.912 0.088
#> SRR661913      3  0.2357     0.8612  0 0.000 0.872 0.116 0.012 0.000
#> SRR1069024     5  0.1007     0.7260  0 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR2165634     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722     3  0.0508     0.9396  0 0.000 0.984 0.004 0.012 0.000
#> SRR1328642     2  0.3175     0.6301  0 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR1488261     3  0.2257     0.8615  0 0.000 0.876 0.116 0.008 0.000
#> SRR1318815     4  0.0865     0.7877  0 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR816945      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432     4  0.0713     0.7765  0 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1359280     2  0.3309     0.5862  0 0.720 0.000 0.000 0.000 0.280
#> SRR1313910     2  0.0000     0.9163  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457315     4  0.1007     0.7697  0 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR815398      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958      3  0.2941     0.7566  0 0.000 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR600688      4  0.0865     0.7736  0 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1098952     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916     3  0.0000     0.9445  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614167      3  0.0000     0.9445  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348114     2  0.0000     0.9163  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658033      2  0.4649     0.1403  0 0.560 0.000 0.400 0.036 0.004
#> SRR1077503     5  0.3555     0.7072  0 0.000 0.008 0.280 0.712 0.000
#> SRR661854      5  0.3302     0.7336  0 0.000 0.004 0.232 0.760 0.004
#> SRR811379      4  0.3523     0.7573  0 0.180 0.000 0.780 0.000 0.040
#> SRR1318857     2  0.0000     0.9163  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656445      3  0.2135     0.8706  0 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1433044     6  0.1075     0.9531  0 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR1486391     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071      3  0.2257     0.8615  0 0.000 0.876 0.116 0.008 0.000
#> SRR1364824     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745      5  0.1049     0.7303  0 0.000 0.008 0.000 0.960 0.032
#> SRR601038      5  0.0972     0.7325  0 0.000 0.008 0.000 0.964 0.028
#> SRR1360080     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868      5  0.4518     0.7138  0 0.000 0.072 0.236 0.688 0.004
#> SRR1485997     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560     4  0.2294     0.7969  0 0.072 0.000 0.892 0.000 0.036
#> SRR1333330     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513      5  0.3737     0.5725  0 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000
#> SRR1328407     5  0.4166     0.6776  0 0.124 0.000 0.108 0.760 0.008
#> SRR602784      5  0.2362     0.6767  0 0.000 0.136 0.000 0.860 0.004
#> SRR1348468     4  0.1010     0.7891  0 0.004 0.000 0.960 0.000 0.036
#> SRR663717      2  0.0458     0.9057  0 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR602217      2  0.5582     0.4288  0 0.612 0.000 0.236 0.124 0.028
#> SRR603140      4  0.3993    -0.2944  0 0.000 0.004 0.520 0.476 0.000
#> SRR1340804     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574     3  0.1267     0.9050  0 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1333462     6  0.1010     0.9530  0 0.036 0.000 0.000 0.004 0.960
#> SRR1094601     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610     4  0.2416     0.6690  0 0.000 0.000 0.844 0.156 0.000
#> SRR1435833     4  0.3582     0.7493  0 0.196 0.000 0.768 0.000 0.036
#> SRR1398728     2  0.0000     0.9163  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358343     4  0.2933     0.7387  0 0.096 0.000 0.856 0.040 0.008
#> SRR1410890     2  0.0000     0.9163  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350371     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478     2  0.0000     0.9163  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099260     5  0.2793     0.6256  0 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1433576     4  0.2474     0.7958  0 0.080 0.000 0.880 0.040 0.000
#> SRR1345541     4  0.4227    -0.3618  0 0.000 0.008 0.496 0.492 0.004
#> SRR1086328     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391      3  0.0000     0.9445  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476207     5  0.3672     0.6887  0 0.000 0.008 0.304 0.688 0.000
#> SRR627435      5  0.2979     0.7479  0 0.000 0.004 0.188 0.804 0.004
#> SRR1489862     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191     3  0.0000     0.9445  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490115     3  0.0146     0.9436  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1377714     5  0.3354     0.7300  0 0.000 0.004 0.240 0.752 0.004
#> SRR819394      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161      4  0.0937     0.7720  0 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR607042      5  0.1088     0.7342  0 0.000 0.016 0.000 0.960 0.024
#> SRR656203      4  0.4332     0.5935  0 0.316 0.000 0.644 0.000 0.040
#> SRR660602      5  0.4569     0.3447  0 0.000 0.396 0.040 0.564 0.000
#> SRR1440397     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249      2  0.0000     0.9163  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661242      4  0.3083     0.7823  0 0.132 0.000 0.828 0.000 0.040
#> SRR1332007     5  0.1007     0.7260  0 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR809619      4  0.4044     0.6810  0 0.256 0.000 0.704 0.000 0.040
#> SRR819975      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281      2  0.1267     0.8774  0 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR662366      3  0.0000     0.9445  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317898     3  0.0000     0.9445  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382485     4  0.3054     0.7815  0 0.136 0.000 0.828 0.000 0.036
#> SRR2166420     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541     3  0.0000     0.9445  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817444      5  0.3054     0.7444  0 0.004 0.004 0.180 0.808 0.004
#> SRR1320403     2  0.3515     0.5044  0 0.676 0.000 0.000 0.000 0.324
#> SRR1101483     2  0.0000     0.9163  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331684     3  0.0146     0.9436  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1400054     4  0.3706     0.0583  0 0.000 0.000 0.620 0.380 0.000
#> SRR1406088     2  0.0000     0.9163  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820733      4  0.0937     0.7720  0 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1314113     4  0.3797    -0.1062  0 0.000 0.000 0.580 0.420 0.000
#> SRR1382615     3  0.3727     0.4349  0 0.000 0.612 0.000 0.388 0.000
#> SRR1480745     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850     2  0.0146     0.9162  0 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR656782      5  0.3791     0.6919  0 0.000 0.008 0.300 0.688 0.004
#> SRR821364      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295      6  0.1010     0.9530  0 0.036 0.000 0.000 0.004 0.960
#> SRR1357103     5  0.1007     0.7260  0 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR809185      4  0.4247     0.6207  0 0.296 0.000 0.664 0.000 0.040
#> SRR811583      4  0.2350     0.7552  0 0.076 0.000 0.888 0.036 0.000
#> SRR1468050     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224     2  0.0146     0.9162  0 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-mclust-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-mclust-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-mclust-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-mclust-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-mclust-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-mclust-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-mclust-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-mclust-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-mclust-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-mclust-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-mclust-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-mclust-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-mclust-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-mclust-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-mclust-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-mclust-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-mclust-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-mclust-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-mclust-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-mclust-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk MAD-mclust-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-mclust-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-mclust-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-mclust-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-mclust-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-mclust-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk MAD-mclust-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


MAD:NMF**

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["MAD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:NMF"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 17314 rows and 500 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#>   Subgroups are detected by 'NMF' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 3.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk MAD-NMF-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk MAD-NMF-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 0.967           0.942       0.977         0.3959 0.598   0.598
#> 3 3 1.000           0.945       0.972         0.6512 0.698   0.515
#> 4 4 0.835           0.789       0.901         0.0725 0.961   0.890
#> 5 5 0.811           0.817       0.881         0.0821 0.888   0.672
#> 6 6 0.784           0.706       0.846         0.0367 0.923   0.716

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2

There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>            class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR1500170     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1402368     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR607743      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1457375     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1470923     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR817954      1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR809259      1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR1439785     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR814768      1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR1102031     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1363611     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1468447     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1071931     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR810981      1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR615299      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR663585      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1326773     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1351166     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1477452     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR1084720     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1420320     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1081712     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1318241     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1333718     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1313514     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1477861     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1318005     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1354665     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR657707      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1370742     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1412947     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR661553      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1328869     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR662211      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1348181     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1416560     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1319772     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1091452     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1338812     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR1392072     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR814844      1  0.8267     0.6657 0.740 0.260
#> SRR1376619     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR603690      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR2184980     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR613963      1  0.9944     0.2363 0.544 0.456
#> SRR1323422     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR1397673     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1434650     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR659875      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1465734     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1076847     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1415072     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR659319      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR663088      1  0.7674     0.7177 0.776 0.224
#> SRR1352021     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR1325527     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR659935      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1352530     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR662594      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1095309     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR615647      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR813019      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1374647     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR603472      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR661529      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR607018      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR627423      2  0.9286     0.4349 0.344 0.656
#> SRR654921      1  0.7219     0.7495 0.800 0.200
#> SRR1418968     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR660871      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1330522     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1499958     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR614059      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1071403     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR1486719     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1440421     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1310412     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR614767      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR820709      1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR658093      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1088168     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1418707     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1354291     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR2165806     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR1415684     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1433860     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1311062     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1360359     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR661385      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR615407      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1413892     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1443459     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1338942     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR657480      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1399433     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR818537      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1101324     1  0.9896     0.2855 0.560 0.440
#> SRR807637      1  0.9608     0.4318 0.616 0.384
#> SRR1091918     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR598300      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1085426     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR1376294     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR813891      1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR1467431     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR658742      2  0.7950     0.6599 0.240 0.760
#> SRR1419234     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR1404813     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR603496      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1407758     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR810945      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR817234      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1444852     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR660378      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1467835     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1338964     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1079259     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1072345     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR598725      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1447938     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR1356397     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR1360460     2  0.0376     0.9834 0.004 0.996
#> SRR1429468     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1446850     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1320363     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1413810     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR598831      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1381865     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR660957      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1491332     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1099744     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1464618     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1414559     2  0.9795     0.2278 0.416 0.584
#> SRR1337540     1  0.7219     0.7495 0.800 0.200
#> SRR1444283     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR2184942     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR660295      1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR601335      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1363742     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1345847     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR614960      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR819919      1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR603330      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1327951     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR1345266     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1338055     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1430157     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1320137     1  0.9909     0.2736 0.556 0.444
#> SRR1093483     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR1341080     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR1459913     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR2170490     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR1479845     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1436420     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR1481060     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR662282      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1487089     2  0.9686     0.2908 0.396 0.604
#> SRR1075683     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR1338536     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR1338880     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1453456     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1457895     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR1440603     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR658633      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1388081     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR813339      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR809725      1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR627441      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR613603      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1096571     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1392701     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR1344326     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR1367693     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR660697      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1489926     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR811491      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1311644     1  0.9775     0.3634 0.588 0.412
#> SRR1451740     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR615117      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1391748     2  0.9963     0.0548 0.464 0.536
#> SRR1466556     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR614972      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1406200     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR819210      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR662174      1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR811988      1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR663236      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1312598     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1330129     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1357781     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1315517     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1400032     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1413722     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR612827      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR814794      1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR819430      1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR1395509     2  0.2043     0.9547 0.032 0.968
#> SRR808728      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1070813     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1389133     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR601263      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR604718      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1481351     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1334608     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR658681      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR809283      2  0.5294     0.8492 0.120 0.880
#> SRR1459300     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR1392547     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR811049      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1464835     1  0.9933     0.2490 0.548 0.452
#> SRR1339619     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR658501      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1447523     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1415048     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR1444348     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR603890      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR810595      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1446244     2  0.4298     0.8905 0.088 0.912
#> SRR817373      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1457291     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR598220      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1477991     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR598172      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1349032     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR604002      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1378026     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1404401     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1333240     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1089399     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR603421      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR812562      1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR808520      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR811839      1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR814317      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1436763     1  0.9661     0.4132 0.608 0.392
#> SRR1486021     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1465018     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1080998     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1083432     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1082833     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR1326536     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR614011      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1365873     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1498789     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR601581      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR603566      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1373981     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR821410      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1076511     1  0.9323     0.5095 0.652 0.348
#> SRR614143      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1333570     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1366813     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1388746     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR1420558     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1409510     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR816250      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR614131      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1331130     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR1316015     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1470798     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR614179      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1474863     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR813560      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1312187     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1420960     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1355102     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1084577     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR659971      2  0.3114     0.9283 0.056 0.944
#> SRR1350855     1  0.8555     0.6339 0.720 0.280
#> SRR820779      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1476300     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1090907     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR662294      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1480789     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1336263     2  0.6712     0.7684 0.176 0.824
#> SRR660776      1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR1090508     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR615563      1  0.9710     0.3939 0.600 0.400
#> SRR1101175     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR2164650     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1431205     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1339856     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1352147     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR808968      1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR627419      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1402391     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR663609      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR2167857     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1398752     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR1405437     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1416955     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR1317064     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR659001      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR2170696     2  0.0376     0.9834 0.004 0.996
#> SRR816589      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1087487     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1329485     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR816920      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1341432     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR1361590     1  0.9993     0.1410 0.516 0.484
#> SRR817046      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1471331     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR660788      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR819234      1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR810853      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR809427      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR2170217     2  0.1184     0.9714 0.016 0.984
#> SRR1386967     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1420344     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1334535     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR614503      2  0.9954     0.0705 0.460 0.540
#> SRR602564      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1420669     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR819024      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR656223      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR608428      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1345647     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR1389324     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1361368     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1322619     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1349276     2  0.9661     0.3028 0.392 0.608
#> SRR1404024     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR1370637     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1452631     1  0.7219     0.7495 0.800 0.200
#> SRR608392      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1357757     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1074646     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1367499     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1343501     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1394406     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1381435     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1467407     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR1092422     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1380270     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1091817     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1440137     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR614311      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1407516     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR815494      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1333209     2  0.1633     0.9632 0.024 0.976
#> SRR615177      2  0.1633     0.9632 0.024 0.976
#> SRR1099648     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR659720      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR2185057     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR1467125     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR657468      1  0.9710     0.3939 0.600 0.400
#> SRR660042      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR2170864     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1440491     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1440852     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR811169      1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR1331311     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR818009      1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR1351836     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1498313     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1441975     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR819096      1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR1073679     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1489116     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1354138     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1490589     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1412987     1  0.2236     0.9163 0.964 0.036
#> SRR602034      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1353437     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR1072871     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR661577      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR612190      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1399880     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR1101787     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR657869      1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR1446332     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR816039      1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR1485141     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1476697     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR1379538     2  0.9460     0.3826 0.364 0.636
#> SRR1331422     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR660859      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1097594     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR1311419     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1336706     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1472976     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1321307     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR807493      1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR812461      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1477149     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1457397     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR661913      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1069024     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR2165634     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR1478722     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1328642     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1488261     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1318815     1  0.8386     0.6533 0.732 0.268
#> SRR816945      1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR1367432     1  0.7219     0.7495 0.800 0.200
#> SRR1359280     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1313910     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1457315     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR815398      1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR656958      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR600688      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1098952     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR1314916     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR614167      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1348114     2  0.4022     0.9002 0.080 0.920
#> SRR658033      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1077503     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR661854      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR811379      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1318857     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR656445      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1433044     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1486391     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR656071      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1364824     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR1379133     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR816745      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR601038      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1360080     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR814868      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1485997     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR1435560     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1333330     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR663513      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1328407     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR602784      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1348468     1  0.9850     0.3200 0.572 0.428
#> SRR663717      1  0.9775     0.3634 0.588 0.412
#> SRR602217      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR603140      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1340804     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR1457574     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1333462     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1094601     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR1434610     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1435833     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1398728     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1358343     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR1410890     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1350371     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR1392478     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1099260     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1433576     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1345541     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1086328     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR810391      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1476207     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR627435      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1489862     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR1419086     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR1396191     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1490115     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1377714     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR819394      1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR663161      2  0.1184     0.9714 0.016 0.984
#> SRR607042      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR656203      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR660602      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1440397     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR1369264     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR809233      1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR663249      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR661242      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1332007     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR809619      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR819975      1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR599281      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR662366      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1317898     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1382485     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR2166420     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR1419429     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR1092541     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR817444      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1320403     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1101483     2  0.9833     0.2011 0.424 0.576
#> SRR1331684     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1400054     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1406088     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR820733      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1314113     2  0.4690     0.8755 0.100 0.900
#> SRR1382615     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1480745     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR1468850     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR656782      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR821364      1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR1101106     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR659295      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1357103     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR809185      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR811583      2  0.0000     0.9873 0.000 1.000
#> SRR1468050     1  0.0000     0.9451 1.000 0.000
#> SRR1440224     2  0.0000     0.9873 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> SRR1500170     2  0.0747     0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR1402368     3  0.0237     0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR607743      3  0.0747     0.9749 0.000 0.016 0.984
#> SRR1457375     2  0.0892     0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR1470923     1  0.0000     0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR817954      1  0.0237     0.9759 0.996 0.004 0.000
#> SRR809259      1  0.0000     0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439785     3  0.0237     0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR814768      1  0.0000     0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102031     2  0.0747     0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR1363611     2  0.0747     0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR1468447     2  0.0892     0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR1071931     2  0.0892     0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR810981      1  0.0000     0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR615299      2  0.0892     0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR663585      3  0.0237     0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1326773     3  0.1529     0.9539 0.000 0.040 0.960
#> SRR1351166     2  0.0747     0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR1477452     1  0.0237     0.9759 0.996 0.004 0.000
#> SRR1084720     3  0.0237     0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1420320     2  0.0747     0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR1081712     2  0.0892     0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR1318241     3  0.0592     0.9774 0.000 0.012 0.988
#> SRR1333718     3  0.0424     0.9785 0.000 0.008 0.992
#> SRR1313514     2  0.0892     0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR1477861     3  0.0592     0.9774 0.000 0.012 0.988
#> SRR1318005     2  0.0892     0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR1354665     2  0.0747     0.9610 0.016 0.984 0.000
#> SRR657707      3  0.0592     0.9774 0.000 0.012 0.988
#> SRR1370742     3  0.0237     0.9752 0.004 0.000 0.996
#> SRR1412947     2  0.0747     0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR661553      2  0.0892     0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR1328869     1  0.0000     0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR662211      2  0.0747     0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR1348181     3  0.0829     0.9670 0.004 0.012 0.984
#> SRR1416560     3  0.0237     0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1319772     3  0.0237     0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1091452     2  0.0892     0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR1338812     1  0.0000     0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392072     2  0.0892     0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR814844      2  0.1964     0.9307 0.056 0.944 0.000
#> SRR1376619     3  0.0000     0.9775 0.000 0.000 1.000
#> SRR603690      2  0.0892     0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR2184980     2  0.0747     0.9610 0.016 0.984 0.000
#> SRR613963      1  0.6565     0.2614 0.576 0.416 0.008
#> SRR1323422     1  0.0000     0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397673     3  0.0237     0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1434650     3  0.4399     0.7750 0.000 0.188 0.812
#> SRR659875      3  0.0592     0.9774 0.000 0.012 0.988
#> SRR1465734     3  0.0592     0.9774 0.000 0.012 0.988
#> SRR1076847     2  0.0892     0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR1415072     1  0.0000     0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR659319      3  0.0237     0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR663088      1  0.6111     0.3335 0.604 0.396 0.000
#> SRR1352021     1  0.0000     0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1325527     1  0.0000     0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.0237     0.9759 0.996 0.004 0.000
#> SRR659935      2  0.0747     0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR1352530     3  0.0237     0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR662594      3  0.0592     0.9774 0.000 0.012 0.988
#> SRR1095309     1  0.0237     0.9759 0.996 0.004 0.000
#> SRR615647      3  0.0237     0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR813019      3  0.0592     0.9774 0.000 0.012 0.988
#> SRR1374647     2  0.4702     0.7439 0.000 0.788 0.212
#> SRR603472      3  0.0892     0.9718 0.000 0.020 0.980
#> SRR661529      3  0.0424     0.9784 0.000 0.008 0.992
#> SRR607018      3  0.0237     0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR627423      2  0.1832     0.9484 0.036 0.956 0.008
#> SRR654921      2  0.2066     0.9270 0.060 0.940 0.000
#> SRR1418968     1  0.0000     0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR660871      3  0.0237     0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1330522     3  0.0000     0.9775 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499958     2  0.0747     0.9610 0.016 0.984 0.000
#> SRR614059      3  0.0475     0.9727 0.004 0.004 0.992
#> SRR1071403     1  0.0000     0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486719     2  0.0747     0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR1440421     2  0.0892     0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR1310412     3  0.0592     0.9774 0.000 0.012 0.988
#> SRR614767      2  0.0747     0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR820709      1  0.0000     0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.0000     0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR658093      3  0.0424     0.9785 0.000 0.008 0.992
#> SRR1088168     3  0.0424     0.9785 0.000 0.008 0.992
#> SRR1418707     2  0.0747     0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR1354291     2  0.0892     0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR2165806     1  0.0424     0.9719 0.992 0.008 0.000
#> SRR1415684     2  0.0892     0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR1433860     3  0.0237     0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1311062     2  0.0892     0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR1360359     1  0.0237     0.9759 0.996 0.004 0.000
#> SRR661385      3  0.0237     0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR615407      2  0.0892     0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR1413892     3  0.0237     0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1443459     2  0.0892     0.9590 0.020 0.980 0.000
#> SRR1338942     1  0.0000     0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR657480      3  0.0592     0.9774 0.000 0.012 0.988
#> SRR1399433     2  0.0892     0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR818537      3  0.0592     0.9774 0.000 0.012 0.988
#> SRR1101324     1  0.6228     0.4013 0.624 0.004 0.372
#> SRR807637      2  0.2066     0.9278 0.060 0.940 0.000
#> SRR1091918     1  0.0237     0.9759 0.996 0.004 0.000
#> SRR598300      3  0.0475     0.9773 0.004 0.004 0.992
#> SRR1085426     1  0.0000     0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376294     2  0.0747     0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR813891      1  0.0000     0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467431     2  0.0892     0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR658742      3  0.7184     0.0477 0.472 0.024 0.504
#> SRR1419234     1  0.0000     0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404813     2  0.0747     0.9610 0.016 0.984 0.000
#> SRR603496      3  0.0237     0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1407758     3  0.0237     0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR810945      2  0.0892     0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR817234      2  0.0892     0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR1444852     3  0.0237     0.9752 0.004 0.000 0.996
#> SRR660378      3  0.0237     0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1467835     2  0.0747     0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR1338964     3  0.0592     0.9774 0.000 0.012 0.988
#> SRR1079259     2  0.0747     0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR1072345     3  0.0592     0.9774 0.000 0.012 0.988
#> SRR598725      3  0.0829     0.9670 0.004 0.012 0.984
#> SRR1447938     1  0.0000     0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356397     1  0.0000     0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360460     2  0.0892     0.9590 0.020 0.980 0.000
#> SRR1429468     2  0.0661     0.9659 0.004 0.988 0.008
#> SRR1446850     2  0.0892     0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR1320363     3  0.0237     0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1413810     3  0.0237     0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR598831      2  0.0747     0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR1381865     1  0.0237     0.9759 0.996 0.004 0.000
#> SRR660957      3  0.0829     0.9670 0.004 0.012 0.984
#> SRR1491332     3  0.0237     0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1099744     2  0.0747     0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR1464618     2  0.0892     0.9590 0.020 0.980 0.000
#> SRR1414559     1  0.7475     0.3461 0.580 0.044 0.376
#> SRR1337540     2  0.6225     0.2473 0.432 0.568 0.000
#> SRR1444283     1  0.0000     0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR2184942     3  0.0475     0.9773 0.004 0.004 0.992
#> SRR660295      1  0.0237     0.9759 0.996 0.004 0.000
#> SRR601335      3  0.0237     0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1363742     3  0.0237     0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1345847     2  0.0892     0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR614960      3  0.0829     0.9670 0.004 0.012 0.984
#> SRR819919      1  0.0237     0.9759 0.996 0.004 0.000
#> SRR603330      2  0.6180     0.3012 0.000 0.584 0.416
#> SRR1327951     1  0.0237     0.9759 0.996 0.004 0.000
#> SRR1401885     1  0.0000     0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345266     2  0.0747     0.9610 0.016 0.984 0.000
#> SRR1338055     3  0.1289     0.9615 0.000 0.032 0.968
#> SRR1430157     2  0.0592     0.9628 0.012 0.988 0.000
#> SRR1320137     2  0.0892     0.9590 0.020 0.980 0.000
#> SRR1093483     1  0.0000     0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341080     1  0.0237     0.9759 0.996 0.004 0.000
#> SRR1459913     3  0.0829     0.9670 0.004 0.012 0.984
#> SRR2170490     1  0.0592     0.9690 0.988 0.012 0.000
#> SRR1479845     3  0.0237     0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1436420     1  0.0000     0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481060     3  0.0592     0.9774 0.000 0.012 0.988
#> SRR662282      3  0.0237     0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1487089     2  0.1289     0.9513 0.032 0.968 0.000
#> SRR1075683     1  0.0000     0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338536     1  0.0237     0.9759 0.996 0.004 0.000
#> SRR1338880     2  0.0747     0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR1453456     3  0.0237     0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1457895     1  0.0000     0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440603     3  0.0592     0.9774 0.000 0.012 0.988
#> SRR658633      2  0.0892     0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR1388081     2  0.0892     0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR813339      3  0.0237     0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR809725      1  0.0000     0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR627441      2  0.1031     0.9648 0.000 0.976 0.024
#> SRR613603      3  0.0592     0.9774 0.000 0.012 0.988
#> SRR1096571     3  0.0424     0.9785 0.000 0.008 0.992
#> SRR1392701     1  0.0000     0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1344326     1  0.0000     0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367693     2  0.0892     0.9590 0.020 0.980 0.000
#> SRR660697      2  0.0747     0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR1489926     3  0.0237     0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR811491      3  0.0237     0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1311644     1  0.6769     0.3397 0.592 0.016 0.392
#> SRR1451740     3  0.0829     0.9670 0.004 0.012 0.984
#> SRR615117      3  0.0747     0.9749 0.000 0.016 0.984
#> SRR1391748     2  0.0892     0.9590 0.020 0.980 0.000
#> SRR1466556     3  0.0237     0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR614972      3  0.0237     0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1406200     1  0.0000     0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR819210      2  0.0892     0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR662174      1  0.0424     0.9719 0.992 0.008 0.000
#> SRR811988      1  0.0000     0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR663236      3  0.0747     0.9749 0.000 0.016 0.984
#> SRR1312598     2  0.0747     0.9610 0.016 0.984 0.000
#> SRR1330129     2  0.0892     0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR1357781     2  0.0892     0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR1315517     2  0.0892     0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR1400032     3  0.0829     0.9670 0.004 0.012 0.984
#> SRR1413722     1  0.0000     0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR612827      3  0.0000     0.9775 0.000 0.000 1.000
#> SRR814794      1  0.0000     0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR819430      1  0.0237     0.9759 0.996 0.004 0.000
#> SRR1395509     2  0.0892     0.9590 0.020 0.980 0.000
#> SRR808728      3  0.0592     0.9774 0.000 0.012 0.988
#> SRR1070813     2  0.0747     0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR1389133     3  0.0237     0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR601263      3  0.0424     0.9784 0.000 0.008 0.992
#> SRR604718      2  0.0892     0.9590 0.020 0.980 0.000
#> SRR1481351     3  0.0237     0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1334608     3  0.0237     0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR658681      3  0.0237     0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR809283      2  0.1129     0.9599 0.020 0.976 0.004
#> SRR1459300     1  0.0000     0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392547     3  0.0592     0.9774 0.000 0.012 0.988
#> SRR811049      3  0.0592     0.9774 0.000 0.012 0.988
#> SRR1464835     2  0.1411     0.9482 0.036 0.964 0.000
#> SRR1339619     2  0.0747     0.9610 0.016 0.984 0.000
#> SRR658501      3  0.0237     0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1447523     3  0.0237     0.9752 0.004 0.000 0.996
#> SRR1415048     1  0.0000     0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.0000     0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444348     2  0.0747     0.9610 0.016 0.984 0.000
#> SRR603890      2  0.0892     0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR810595      3  0.0237     0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1446244     2  0.0892     0.9590 0.020 0.980 0.000
#> SRR817373      2  0.0892     0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR1457291     2  0.0892     0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR598220      3  0.0747     0.9749 0.000 0.016 0.984
#> SRR1477991     2  0.0747     0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR598172      2  0.0892     0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR1349032     2  0.0747     0.9610 0.016 0.984 0.000
#> SRR604002      2  0.4121     0.8044 0.000 0.832 0.168
#> SRR1378026     3  0.0237     0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1404401     2  0.0892     0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR1333240     3  0.2959     0.8901 0.000 0.100 0.900
#> SRR1089399     2  0.0747     0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR603421      2  0.0747     0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR812562      1  0.0000     0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR808520      3  0.0592     0.9774 0.000 0.012 0.988
#> SRR811839      1  0.0237     0.9759 0.996 0.004 0.000
#> SRR814317      2  0.0747     0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR1436763     2  0.1643     0.9417 0.044 0.956 0.000
#> SRR1486021     2  0.0892     0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR1465018     2  0.0747     0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR1080998     3  0.0592     0.9774 0.000 0.012 0.988
#> SRR1083432     3  0.0237     0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1082833     1  0.0237     0.9759 0.996 0.004 0.000
#> SRR1465804     1  0.0000     0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326536     3  0.0000     0.9775 0.000 0.000 1.000
#> SRR614011      2  0.0747     0.9610 0.016 0.984 0.000
#> SRR1365873     2  0.0892     0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR1498789     2  0.0892     0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR601581      2  0.0661     0.9659 0.004 0.988 0.008
#> SRR603566      3  0.0592     0.9774 0.000 0.012 0.988
#> SRR1373981     1  0.0000     0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR821410      2  0.0747     0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR1076511     1  0.5859     0.4657 0.656 0.344 0.000
#> SRR614143      3  0.0592     0.9774 0.000 0.012 0.988
#> SRR1333570     3  0.0829     0.9670 0.004 0.012 0.984
#> SRR1366813     2  0.0747     0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR1388746     1  0.0000     0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420558     3  0.0475     0.9773 0.004 0.004 0.992
#> SRR1409510     3  0.0475     0.9727 0.004 0.004 0.992
#> SRR816250      2  0.0747     0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR614131      2  0.0892     0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR1331130     1  0.0237     0.9759 0.996 0.004 0.000
#> SRR1316015     3  0.0829     0.9670 0.004 0.012 0.984
#> SRR1470798     3  0.0000     0.9775 0.000 0.000 1.000
#> SRR614179      3  0.0237     0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1474863     2  0.0747     0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR813560      2  0.0747     0.9610 0.016 0.984 0.000
#> SRR1312187     2  0.0747     0.9610 0.016 0.984 0.000
#> SRR1420960     3  0.0237     0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1355102     3  0.0475     0.9727 0.004 0.004 0.992
#> SRR1084577     3  0.0237     0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR659971      2  0.0892     0.9590 0.020 0.980 0.000
#> SRR1350855     2  0.0892     0.9590 0.020 0.980 0.000
#> SRR820779      3  0.0237     0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1476300     3  0.0829     0.9670 0.004 0.012 0.984
#> SRR1090907     2  0.0747     0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR662294      2  0.0892     0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR1480789     3  0.0424     0.9785 0.000 0.008 0.992
#> SRR1336263     2  0.0892     0.9590 0.020 0.980 0.000
#> SRR660776      1  0.0237     0.9759 0.996 0.004 0.000
#> SRR1090508     2  0.0892     0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR615563      2  0.1411     0.9482 0.036 0.964 0.000
#> SRR1101175     1  0.0237     0.9759 0.996 0.004 0.000
#> SRR2164650     3  0.0592     0.9774 0.000 0.012 0.988
#> SRR1431205     2  0.0892     0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR1339856     2  0.0892     0.9590 0.020 0.980 0.000
#> SRR1352147     2  0.0747     0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR808968      1  0.0000     0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR627419      2  0.0747     0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR1402391     1  0.0000     0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR663609      3  0.0237     0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR2167857     3  0.1529     0.9539 0.000 0.040 0.960
#> SRR1398752     1  0.0000     0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.0237     0.9759 0.996 0.004 0.000
#> SRR1405437     2  0.0747     0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR1416955     1  0.0000     0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317064     2  0.0892     0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR659001      2  0.0661     0.9644 0.008 0.988 0.004
#> SRR2170696     3  0.9857    -0.0233 0.252 0.368 0.380
#> SRR816589      3  0.0237     0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1087487     3  0.0237     0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1329485     3  0.0237     0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR816920      2  0.1411     0.9545 0.000 0.964 0.036
#> SRR1341432     1  0.0237     0.9759 0.996 0.004 0.000
#> SRR1361590     2  0.1529     0.9451 0.040 0.960 0.000
#> SRR817046      3  0.0237     0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1471331     3  0.0237     0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR660788      3  0.0983     0.9733 0.004 0.016 0.980
#> SRR819234      1  0.0000     0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR810853      3  0.0592     0.9774 0.000 0.012 0.988
#> SRR809427      2  0.0747     0.9610 0.016 0.984 0.000
#> SRR2170217     2  0.1015     0.9662 0.008 0.980 0.012
#> SRR1386967     3  0.0237     0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1420344     2  0.0892     0.9590 0.020 0.980 0.000
#> SRR1334535     1  0.0237     0.9759 0.996 0.004 0.000
#> SRR614503      2  0.0892     0.9590 0.020 0.980 0.000
#> SRR602564      3  0.5431     0.6034 0.000 0.284 0.716
#> SRR1420669     2  0.6309     0.0223 0.000 0.504 0.496
#> SRR819024      3  0.0237     0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR656223      3  0.0237     0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR608428      2  0.0892     0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR1345647     1  0.0237     0.9759 0.996 0.004 0.000
#> SRR1389324     2  0.0747     0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR1361368     2  0.0747     0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR1322619     2  0.0661     0.9659 0.004 0.988 0.008
#> SRR1349276     2  0.0892     0.9590 0.020 0.980 0.000
#> SRR1404024     1  0.0237     0.9759 0.996 0.004 0.000
#> SRR1370637     2  0.0592     0.9671 0.000 0.988 0.012
#> SRR1452631     2  0.1964     0.9307 0.056 0.944 0.000
#> SRR608392      3  0.0237     0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1357757     3  0.0829     0.9727 0.004 0.012 0.984
#> SRR1074646     2  0.0747     0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR1367499     3  0.0237     0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1343501     3  0.0592     0.9774 0.000 0.012 0.988
#> SRR1394406     3  0.0747     0.9749 0.000 0.016 0.984
#> SRR1381435     3  0.0237     0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1467407     1  0.0237     0.9759 0.996 0.004 0.000
#> SRR1092422     3  0.0747     0.9749 0.000 0.016 0.984
#> SRR1380270     3  0.0592     0.9774 0.000 0.012 0.988
#> SRR1091817     2  0.0892     0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR1440137     2  0.0747     0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR614311      2  0.0747     0.9610 0.016 0.984 0.000
#> SRR1407516     2  0.0892     0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR815494      3  0.0829     0.9670 0.004 0.012 0.984
#> SRR1333209     2  0.0892     0.9590 0.020 0.980 0.000
#> SRR615177      2  0.5111     0.7892 0.168 0.808 0.024
#> SRR1099648     3  0.0424     0.9785 0.000 0.008 0.992
#> SRR659720      3  0.0747     0.9749 0.000 0.016 0.984
#> SRR2185057     1  0.0592     0.9690 0.988 0.012 0.000
#> SRR1467125     1  0.0000     0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR657468      1  0.6107     0.7768 0.784 0.100 0.116
#> SRR660042      3  0.0829     0.9670 0.004 0.012 0.984
#> SRR2170864     2  0.0892     0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR1440491     2  0.0892     0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR1440852     3  0.0000     0.9775 0.000 0.000 1.000
#> SRR811169      1  0.0000     0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331311     2  0.0661     0.9659 0.004 0.988 0.008
#> SRR818009      1  0.0000     0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351836     2  0.0747     0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR1498313     3  0.1411     0.9578 0.000 0.036 0.964
#> SRR1441975     2  0.0892     0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR819096      1  0.0000     0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073679     3  0.2878     0.8942 0.000 0.096 0.904
#> SRR1489116     3  0.0237     0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1354138     3  0.0000     0.9775 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490589     3  0.0829     0.9670 0.004 0.012 0.984
#> SRR1412987     2  0.2066     0.9270 0.060 0.940 0.000
#> SRR602034      3  0.0661     0.9700 0.004 0.008 0.988
#> SRR1353437     1  0.0000     0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072871     3  0.0592     0.9774 0.000 0.012 0.988
#> SRR661577      2  0.0892     0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR612190      2  0.5397     0.6280 0.000 0.720 0.280
#> SRR1399880     1  0.0237     0.9759 0.996 0.004 0.000
#> SRR1101787     2  0.0747     0.9610 0.016 0.984 0.000
#> SRR657869      1  0.0237     0.9759 0.996 0.004 0.000
#> SRR1446332     1  0.0237     0.9759 0.996 0.004 0.000
#> SRR816039      1  0.0000     0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485141     3  0.0237     0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1476697     1  0.0000     0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379538     2  0.0892     0.9590 0.020 0.980 0.000
#> SRR1331422     1  0.0000     0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR660859      3  0.0424     0.9784 0.000 0.008 0.992
#> SRR1097594     1  0.0237     0.9759 0.996 0.004 0.000
#> SRR1311419     3  0.0237     0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1336706     3  0.0237     0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1472976     2  0.0747     0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR1321307     1  0.0000     0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR807493      1  0.0000     0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR812461      3  0.0237     0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1477149     2  0.0892     0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR1457397     3  0.0592     0.9774 0.000 0.012 0.988
#> SRR661913      3  0.0829     0.9670 0.004 0.012 0.984
#> SRR1069024     3  0.0592     0.9774 0.000 0.012 0.988
#> SRR2165634     1  0.0424     0.9719 0.992 0.008 0.000
#> SRR1478722     3  0.0475     0.9727 0.004 0.004 0.992
#> SRR1328642     2  0.0892     0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR1488261     3  0.0829     0.9670 0.004 0.012 0.984
#> SRR1318815     2  0.1964     0.9307 0.056 0.944 0.000
#> SRR816945      1  0.0000     0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367432     2  0.1964     0.9307 0.056 0.944 0.000
#> SRR1359280     2  0.0892     0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR1313910     2  0.0747     0.9610 0.016 0.984 0.000
#> SRR1457315     3  0.0747     0.9749 0.000 0.016 0.984
#> SRR815398      1  0.0000     0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR656958      3  0.0237     0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR600688      3  0.6307     0.0309 0.000 0.488 0.512
#> SRR1098952     1  0.0000     0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314916     3  0.0000     0.9775 0.000 0.000 1.000
#> SRR614167      3  0.0475     0.9727 0.004 0.004 0.992
#> SRR1348114     2  0.0892     0.9590 0.020 0.980 0.000
#> SRR658033      2  0.0892     0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR1077503     3  0.0592     0.9774 0.000 0.012 0.988
#> SRR661854      3  0.0237     0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR811379      2  0.0747     0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR1318857     2  0.0747     0.9610 0.016 0.984 0.000
#> SRR656445      3  0.0237     0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1433044     2  0.0892     0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR1486391     1  0.0000     0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR656071      3  0.0829     0.9670 0.004 0.012 0.984
#> SRR1364824     1  0.0000     0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379133     1  0.0000     0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.0000     0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR816745      3  0.0592     0.9774 0.000 0.012 0.988
#> SRR601038      3  0.0592     0.9774 0.000 0.012 0.988
#> SRR1360080     1  0.0237     0.9759 0.996 0.004 0.000
#> SRR814868      3  0.0237     0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1485997     1  0.0000     0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435560     2  0.0747     0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR1333330     1  0.0237     0.9759 0.996 0.004 0.000
#> SRR663513      3  0.0747     0.9749 0.000 0.016 0.984
#> SRR1328407     3  0.2356     0.9212 0.000 0.072 0.928
#> SRR602784      3  0.0424     0.9785 0.000 0.008 0.992
#> SRR1348468     2  0.1289     0.9513 0.032 0.968 0.000
#> SRR663717      2  0.0892     0.9590 0.020 0.980 0.000
#> SRR602217      2  0.6180     0.3065 0.000 0.584 0.416
#> SRR603140      3  0.0747     0.9749 0.000 0.016 0.984
#> SRR1340804     1  0.0000     0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457574     3  0.0237     0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1333462     2  0.0892     0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR1094601     1  0.0237     0.9759 0.996 0.004 0.000
#> SRR1434610     3  0.5254     0.6490 0.000 0.264 0.736
#> SRR1435833     2  0.0747     0.9610 0.016 0.984 0.000
#> SRR1398728     2  0.0747     0.9610 0.016 0.984 0.000
#> SRR1358343     2  0.6299     0.0989 0.476 0.524 0.000
#> SRR1410890     2  0.0747     0.9610 0.016 0.984 0.000
#> SRR1350371     1  0.0000     0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392478     2  0.0592     0.9628 0.012 0.988 0.000
#> SRR1099260     3  0.0237     0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1433576     3  0.0747     0.9749 0.000 0.016 0.984
#> SRR1345541     3  0.0424     0.9784 0.000 0.008 0.992
#> SRR1086328     1  0.0237     0.9759 0.996 0.004 0.000
#> SRR810391      3  0.0237     0.9752 0.004 0.000 0.996
#> SRR1476207     3  0.0592     0.9774 0.000 0.012 0.988
#> SRR627435      3  0.0661     0.9700 0.004 0.008 0.988
#> SRR1489862     1  0.0237     0.9759 0.996 0.004 0.000
#> SRR1419086     1  0.0000     0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.0000     0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396191     3  0.0661     0.9700 0.004 0.008 0.988
#> SRR1490115     3  0.0237     0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1377714     3  0.0592     0.9774 0.000 0.012 0.988
#> SRR819394      1  0.0000     0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR663161      2  0.5687     0.7066 0.224 0.756 0.020
#> SRR607042      3  0.0592     0.9774 0.000 0.012 0.988
#> SRR656203      2  0.0892     0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR660602      3  0.0237     0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1440397     1  0.0237     0.9759 0.996 0.004 0.000
#> SRR1369264     1  0.0000     0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR809233      1  0.0000     0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR663249      2  0.0747     0.9610 0.016 0.984 0.000
#> SRR661242      2  0.2261     0.9230 0.000 0.932 0.068
#> SRR1332007     3  0.0237     0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR809619      2  0.0747     0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR819975      1  0.0000     0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR599281      2  0.0892     0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR662366      3  0.0000     0.9775 0.000 0.000 1.000
#> SRR1317898     3  0.0000     0.9775 0.000 0.000 1.000
#> SRR1382485     2  0.0892     0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR2166420     1  0.0592     0.9690 0.988 0.012 0.000
#> SRR1419429     1  0.0237     0.9759 0.996 0.004 0.000
#> SRR1092541     3  0.0237     0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR817444      3  0.0592     0.9774 0.000 0.012 0.988
#> SRR1320403     2  0.0892     0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR1101483     2  0.0892     0.9590 0.020 0.980 0.000
#> SRR1331684     3  0.0237     0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1400054     3  0.0592     0.9774 0.000 0.012 0.988
#> SRR1406088     2  0.0747     0.9610 0.016 0.984 0.000
#> SRR820733      3  0.1643     0.9495 0.000 0.044 0.956
#> SRR1314113     3  0.2152     0.9469 0.036 0.016 0.948
#> SRR1382615     3  0.0237     0.9791 0.000 0.004 0.996
#> SRR1480745     1  0.0000     0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468850     2  0.0892     0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR656782      3  0.0592     0.9774 0.000 0.012 0.988
#> SRR821364      1  0.0237     0.9759 0.996 0.004 0.000
#> SRR1101106     1  0.0000     0.9770 1.000 0.000 0.000
#> SRR659295      3  0.1753     0.9461 0.000 0.048 0.952
#> SRR1357103     3  0.0592     0.9774 0.000 0.012 0.988
#> SRR809185      2  0.0747     0.9681 0.000 0.984 0.016
#> SRR811583      2  0.0892     0.9677 0.000 0.980 0.020
#> SRR1468050     1  0.0237     0.9759 0.996 0.004 0.000
#> SRR1440224     2  0.0747     0.9681 0.000 0.984 0.016

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR1500170     2  0.1557    0.81831 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1402368     3  0.0188    0.88780 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR607743      3  0.2408    0.79107 0.000 0.000 0.896 0.104
#> SRR1457375     2  0.3486    0.75999 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR1470923     1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954      1  0.0188    0.96866 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR809259      1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785     3  0.0000    0.88803 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR814768      1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031     2  0.4250    0.69368 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR1363611     2  0.1867    0.81158 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1468447     2  0.4277    0.69019 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR1071931     2  0.4511    0.48428 0.000 0.724 0.008 0.268
#> SRR810981      1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299      2  0.4193    0.70004 0.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR663585      3  0.3873    0.63760 0.000 0.000 0.772 0.228
#> SRR1326773     3  0.6711   -0.06876 0.000 0.308 0.576 0.116
#> SRR1351166     2  0.1940    0.80948 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1477452     1  0.0188    0.96866 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1084720     3  0.0000    0.88803 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420320     2  0.0921    0.82444 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1081712     2  0.2973    0.78459 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR1318241     3  0.0188    0.88762 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1333718     3  0.0000    0.88803 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313514     2  0.4431    0.66663 0.000 0.696 0.000 0.304
#> SRR1477861     3  0.0336    0.88680 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1318005     2  0.5130    0.63116 0.000 0.668 0.020 0.312
#> SRR1354665     2  0.2149    0.80922 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR657707      3  0.0000    0.88803 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370742     3  0.0921    0.87898 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1412947     2  0.3024    0.78164 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR661553      2  0.2376    0.78344 0.000 0.916 0.068 0.016
#> SRR1328869     1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211      2  0.1637    0.81856 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1348181     3  0.4661    0.36122 0.000 0.000 0.652 0.348
#> SRR1416560     3  0.0469    0.88682 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1319772     3  0.0336    0.88680 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1091452     2  0.1716    0.81154 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1338812     1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072     2  0.3610    0.75087 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR814844      2  0.1488    0.82115 0.012 0.956 0.000 0.032
#> SRR1376619     3  0.2530    0.80614 0.000 0.000 0.888 0.112
#> SRR603690      2  0.4304    0.68587 0.000 0.716 0.000 0.284
#> SRR2184980     2  0.0817    0.82622 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR613963      4  0.7245    0.29777 0.092 0.420 0.016 0.472
#> SRR1323422     1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673     3  0.0000    0.88803 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434650     3  0.1716    0.84246 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR659875      3  0.0188    0.88762 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1465734     3  0.0188    0.88762 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1076847     2  0.4914    0.64243 0.000 0.676 0.012 0.312
#> SRR1415072     1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319      3  0.0592    0.88487 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR663088      1  0.6262    0.13461 0.540 0.400 0.000 0.060
#> SRR1352021     1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527     1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935      2  0.0469    0.82580 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1352530     3  0.0469    0.88682 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR662594      3  0.0188    0.88762 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1095309     1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647      3  0.0707    0.88388 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR813019      3  0.1118    0.86923 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1374647     2  0.5116    0.67346 0.000 0.764 0.108 0.128
#> SRR603472      3  0.3975    0.55768 0.000 0.000 0.760 0.240
#> SRR661529      4  0.4933    0.32984 0.000 0.000 0.432 0.568
#> SRR607018      3  0.0000    0.88803 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR627423      4  0.5402    0.09276 0.012 0.472 0.000 0.516
#> SRR654921      2  0.2563    0.79970 0.020 0.908 0.000 0.072
#> SRR1418968     1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871      3  0.0188    0.88780 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1330522     3  0.0336    0.88715 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1499958     2  0.0592    0.82701 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR614059      3  0.4697    0.33919 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR1071403     1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719     2  0.2216    0.82501 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1440421     2  0.4454    0.66234 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR1310412     3  0.0336    0.88826 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR614767      2  0.2921    0.78583 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR820709      1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093      3  0.0188    0.88780 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1088168     3  0.0000    0.88803 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418707     2  0.0707    0.82621 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1354291     2  0.4431    0.66663 0.000 0.696 0.000 0.304
#> SRR2165806     1  0.0188    0.96766 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1415684     2  0.0707    0.82530 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1433860     3  0.0707    0.88297 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1311062     2  0.3311    0.76861 0.000 0.828 0.000 0.172
#> SRR1360359     1  0.0188    0.96866 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR661385      3  0.0921    0.87996 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR615407      2  0.3266    0.77089 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR1413892     3  0.0188    0.88780 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1443459     2  0.1637    0.81669 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1338942     1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480      3  0.0336    0.88710 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1399433     2  0.0469    0.82598 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR818537      3  0.0469    0.88527 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1101324     1  0.8680    0.07122 0.504 0.140 0.252 0.104
#> SRR807637      1  0.7902   -0.17260 0.364 0.336 0.000 0.300
#> SRR1091918     1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300      3  0.1716    0.85667 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1085426     1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294     2  0.2149    0.80902 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR813891      1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431     2  0.5971    0.56300 0.000 0.584 0.048 0.368
#> SRR658742      4  0.7983    0.52202 0.080 0.076 0.332 0.512
#> SRR1419234     1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813     2  0.0817    0.82530 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR603496      3  0.0469    0.88542 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1407758     3  0.1637    0.85707 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR810945      2  0.1302    0.82855 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR817234      2  0.4477    0.65779 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1444852     3  0.0921    0.87898 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR660378      3  0.0188    0.88780 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1467835     2  0.1557    0.82277 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1338964     3  0.0592    0.88293 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1079259     2  0.7234    0.36887 0.072 0.656 0.164 0.108
#> SRR1072345     3  0.0336    0.88680 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR598725      3  0.1474    0.86350 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1447938     1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397     1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460     2  0.1302    0.82134 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1429468     2  0.1940    0.80972 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1446850     2  0.0592    0.82575 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1320363     3  0.0188    0.88762 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1413810     3  0.3444    0.71143 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR598831      2  0.1118    0.82342 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1381865     1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957      3  0.0707    0.88297 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1491332     3  0.0188    0.88762 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1099744     2  0.0817    0.82505 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1464618     2  0.1637    0.81607 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1414559     3  0.9940   -0.56792 0.196 0.268 0.272 0.264
#> SRR1337540     1  0.6449    0.45448 0.644 0.204 0.000 0.152
#> SRR1444283     1  0.0188    0.96866 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2184942     3  0.3172    0.74628 0.000 0.000 0.840 0.160
#> SRR660295      1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335      3  0.3311    0.72926 0.000 0.000 0.828 0.172
#> SRR1363742     3  0.0592    0.88454 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1345847     2  0.2149    0.80319 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR614960      3  0.1118    0.87535 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR819919      1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330      3  0.6585    0.11682 0.000 0.104 0.584 0.312
#> SRR1327951     1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266     2  0.1474    0.81881 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1338055     3  0.7912   -0.36608 0.000 0.312 0.360 0.328
#> SRR1430157     2  0.2081    0.80523 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1320137     2  0.4304    0.68592 0.000 0.716 0.000 0.284
#> SRR1093483     1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080     1  0.0188    0.96866 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1459913     3  0.4661    0.36279 0.000 0.000 0.652 0.348
#> SRR2170490     1  0.0336    0.96480 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1479845     3  0.5000   -0.18900 0.000 0.000 0.504 0.496
#> SRR1436420     1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060     3  0.0188    0.88762 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR662282      3  0.4072    0.59313 0.000 0.000 0.748 0.252
#> SRR1487089     2  0.1022    0.82331 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1075683     1  0.0188    0.96866 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1338536     1  0.0188    0.96866 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1338880     2  0.0592    0.82589 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1453456     3  0.0469    0.88603 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1457895     1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603     3  0.0707    0.88082 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR658633      2  0.4164    0.70351 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR1388081     2  0.1118    0.82313 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR813339      3  0.0188    0.88804 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR809725      1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441      2  0.7820   -0.05305 0.000 0.412 0.276 0.312
#> SRR613603      3  0.0336    0.88680 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1096571     3  0.0188    0.88791 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1392701     1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326     1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693     2  0.0707    0.82530 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR660697      2  0.1118    0.82348 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1489926     3  0.0817    0.88473 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR811491      3  0.0000    0.88803 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311644     1  0.7007    0.00475 0.524 0.024 0.388 0.064
#> SRR1451740     3  0.1940    0.84299 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR615117      3  0.2530    0.78057 0.000 0.000 0.888 0.112
#> SRR1391748     2  0.0469    0.82580 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1466556     3  0.0188    0.88780 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR614972      3  0.0592    0.88454 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1406200     1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210      2  0.1890    0.82191 0.000 0.936 0.008 0.056
#> SRR662174      1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988      1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236      3  0.4748    0.52493 0.000 0.016 0.716 0.268
#> SRR1312598     2  0.0592    0.82585 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1330129     2  0.3801    0.73826 0.000 0.780 0.000 0.220
#> SRR1357781     2  0.4477    0.65779 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1315517     2  0.4454    0.66234 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR1400032     3  0.2868    0.77768 0.000 0.000 0.864 0.136
#> SRR1413722     1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827      3  0.3569    0.69237 0.000 0.000 0.804 0.196
#> SRR814794      1  0.0188    0.96866 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR819430      1  0.0188    0.96866 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1395509     2  0.2281    0.79791 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR808728      3  0.0000    0.88803 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070813     2  0.2408    0.79528 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1389133     3  0.1557    0.86346 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR601263      3  0.0188    0.88762 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR604718      2  0.2011    0.80737 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1481351     3  0.0336    0.88680 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1334608     3  0.0469    0.88590 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR658681      3  0.0188    0.88762 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR809283      2  0.2011    0.81192 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1459300     1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547     3  0.0336    0.88680 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR811049      3  0.1716    0.84119 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1464835     2  0.0336    0.82613 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1339619     2  0.2216    0.80053 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR658501      3  0.0188    0.88780 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1447523     3  0.0188    0.88780 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1415048     1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348     2  0.0592    0.82563 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR603890      2  0.4431    0.66663 0.000 0.696 0.000 0.304
#> SRR810595      3  0.0188    0.88762 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1446244     2  0.1022    0.82378 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR817373      2  0.0592    0.82575 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1457291     2  0.0707    0.82530 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR598220      3  0.0188    0.88780 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1477991     2  0.2408    0.80295 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR598172      2  0.4454    0.66234 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR1349032     2  0.2345    0.79519 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR604002      3  0.5269    0.25011 0.000 0.016 0.620 0.364
#> SRR1378026     3  0.0336    0.88680 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1404401     2  0.4655    0.65298 0.000 0.684 0.004 0.312
#> SRR1333240     3  0.4356    0.46590 0.000 0.000 0.708 0.292
#> SRR1089399     2  0.1940    0.81385 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR603421      2  0.4477    0.65779 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR812562      1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520      3  0.0188    0.88762 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR811839      1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317      2  0.2149    0.80590 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1436763     2  0.1584    0.82110 0.012 0.952 0.000 0.036
#> SRR1486021     2  0.1022    0.82408 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1465018     2  0.4406    0.67088 0.000 0.700 0.000 0.300
#> SRR1080998     3  0.1389    0.85555 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR1083432     3  0.0000    0.88803 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082833     1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536     3  0.0707    0.88297 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR614011      2  0.1118    0.82342 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1365873     2  0.4406    0.66993 0.000 0.700 0.000 0.300
#> SRR1498789     2  0.4072    0.71314 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR601581      2  0.1716    0.81507 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR603566      3  0.0469    0.88527 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1373981     1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410      2  0.3801    0.73786 0.000 0.780 0.000 0.220
#> SRR1076511     1  0.4289    0.73961 0.796 0.032 0.000 0.172
#> SRR614143      3  0.0336    0.88826 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1333570     3  0.1637    0.85720 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR1366813     2  0.1118    0.82342 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1388746     1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558     3  0.4500    0.44935 0.000 0.000 0.684 0.316
#> SRR1409510     3  0.2530    0.80572 0.000 0.000 0.888 0.112
#> SRR816250      2  0.3024    0.78199 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR614131      4  0.4730    0.23915 0.000 0.364 0.000 0.636
#> SRR1331130     1  0.0188    0.96866 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1316015     3  0.4454    0.46944 0.000 0.000 0.692 0.308
#> SRR1470798     3  0.1474    0.86348 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR614179      3  0.0592    0.88331 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1474863     2  0.4222    0.69729 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR813560      2  0.2149    0.80302 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1312187     2  0.2281    0.79791 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1420960     3  0.0592    0.88454 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1355102     3  0.0921    0.87898 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1084577     3  0.0592    0.88665 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR659971      2  0.1118    0.82342 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1350855     2  0.1867    0.81146 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR820779      3  0.0336    0.88756 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1476300     3  0.0921    0.87898 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1090907     2  0.2216    0.80080 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR662294      2  0.4454    0.66234 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR1480789     3  0.0336    0.88680 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1336263     2  0.1716    0.81505 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR660776      1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508     2  0.7884   -0.13256 0.000 0.384 0.304 0.312
#> SRR615563      2  0.2345    0.79519 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1101175     1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650     3  0.0188    0.88762 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1431205     2  0.4431    0.66663 0.000 0.696 0.000 0.304
#> SRR1339856     2  0.0921    0.82465 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1352147     2  0.0707    0.82530 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR808968      1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419      2  0.2530    0.79949 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1402391     1  0.0188    0.96866 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR663609      3  0.0592    0.88673 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR2167857     3  0.6375    0.16437 0.000 0.088 0.600 0.312
#> SRR1398752     1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.0188    0.96866 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1405437     2  0.0707    0.82530 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1416955     1  0.0188    0.96866 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1317064     2  0.2408    0.80351 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR659001      2  0.2345    0.79519 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR2170696     2  0.6173    0.50873 0.036 0.724 0.148 0.092
#> SRR816589      3  0.0000    0.88803 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087487     3  0.0707    0.88297 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1329485     3  0.2281    0.82393 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR816920      3  0.6813   -0.18194 0.000 0.380 0.516 0.104
#> SRR1341432     1  0.0188    0.96866 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1361590     2  0.1211    0.82195 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR817046      3  0.0336    0.88680 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1471331     3  0.3356    0.72416 0.000 0.000 0.824 0.176
#> SRR660788      3  0.3687    0.72345 0.000 0.064 0.856 0.080
#> SRR819234      1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853      3  0.0469    0.88527 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR809427      2  0.2216    0.80379 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR2170217     2  0.0592    0.82549 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1386967     3  0.1302    0.86924 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR1420344     2  0.0707    0.82621 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1334535     1  0.0188    0.96866 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR614503      2  0.4406    0.70006 0.000 0.700 0.000 0.300
#> SRR602564      4  0.7922    0.51700 0.000 0.340 0.320 0.340
#> SRR1420669     2  0.7036   -0.03843 0.000 0.576 0.216 0.208
#> SRR819024      3  0.0188    0.88780 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR656223      3  0.1302    0.86936 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR608428      2  0.3311    0.76971 0.000 0.828 0.000 0.172
#> SRR1345647     1  0.0188    0.96866 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1389324     2  0.4679    0.65572 0.000 0.648 0.000 0.352
#> SRR1361368     2  0.1637    0.81649 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1322619     2  0.0817    0.82505 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1349276     2  0.0921    0.82411 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1404024     1  0.0188    0.96866 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1370637     2  0.2149    0.80302 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1452631     2  0.1398    0.82151 0.004 0.956 0.000 0.040
#> SRR608392      3  0.0336    0.88826 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1357757     3  0.2081    0.81633 0.000 0.000 0.916 0.084
#> SRR1074646     2  0.2408    0.79278 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1367499     3  0.0000    0.88803 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343501     3  0.0336    0.88680 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1394406     3  0.5272    0.52352 0.000 0.136 0.752 0.112
#> SRR1381435     3  0.0188    0.88780 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1467407     1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422     3  0.2530    0.78098 0.000 0.000 0.888 0.112
#> SRR1380270     3  0.0188    0.88762 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1091817     2  0.4040    0.71705 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1440137     2  0.3486    0.75877 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR614311      2  0.1389    0.82057 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1407516     2  0.0817    0.82505 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR815494      3  0.1389    0.86646 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR1333209     2  0.1867    0.81146 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR615177      2  0.7547    0.04027 0.196 0.548 0.244 0.012
#> SRR1099648     3  0.0188    0.88762 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR659720      3  0.0817    0.87771 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR2185057     1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125     1  0.0188    0.96866 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR657468      1  0.8396    0.25010 0.552 0.204 0.136 0.108
#> SRR660042      3  0.4843    0.20861 0.000 0.000 0.604 0.396
#> SRR2170864     2  0.4164    0.70340 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR1440491     2  0.0921    0.82511 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1440852     3  0.0707    0.88297 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR811169      1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311     2  0.0188    0.82588 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR818009      1  0.0188    0.96866 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1351836     2  0.2760    0.81696 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR1498313     3  0.6535    0.12899 0.000 0.100 0.588 0.312
#> SRR1441975     2  0.0921    0.82541 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR819096      1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679     3  0.2593    0.74882 0.000 0.104 0.892 0.004
#> SRR1489116     3  0.0336    0.88680 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1354138     3  0.4624    0.38576 0.000 0.000 0.660 0.340
#> SRR1490589     3  0.0188    0.88780 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1412987     2  0.2489    0.80214 0.020 0.912 0.000 0.068
#> SRR602034      3  0.1302    0.86949 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR1353437     1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871     3  0.0469    0.88542 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR661577      2  0.0592    0.82575 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR612190      4  0.7060    0.42613 0.000 0.400 0.124 0.476
#> SRR1399880     1  0.0188    0.96866 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1101787     2  0.2345    0.79519 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR657869      1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332     1  0.0188    0.96866 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR816039      1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141     3  0.1211    0.87183 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR1476697     1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538     2  0.1022    0.82331 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1331422     1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859      3  0.0336    0.88744 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1097594     1  0.0188    0.96866 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1311419     3  0.1211    0.87191 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR1336706     3  0.0336    0.88680 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1472976     2  0.1118    0.82347 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1321307     1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493      1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461      3  0.0188    0.88780 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1477149     2  0.3266    0.77194 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR1457397     3  0.1022    0.87188 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR661913      3  0.4804    0.24992 0.000 0.000 0.616 0.384
#> SRR1069024     3  0.0336    0.88680 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR2165634     1  0.0188    0.96766 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1478722     3  0.0592    0.88454 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1328642     2  0.4304    0.68654 0.000 0.716 0.000 0.284
#> SRR1488261     3  0.4331    0.51646 0.000 0.000 0.712 0.288
#> SRR1318815     2  0.1211    0.82252 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR816945      1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432     2  0.0895    0.82596 0.004 0.976 0.000 0.020
#> SRR1359280     2  0.4454    0.66234 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR1313910     2  0.2081    0.80523 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1457315     4  0.6918    0.42644 0.000 0.108 0.420 0.472
#> SRR815398      1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958      3  0.0188    0.88780 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR600688      2  0.5807    0.03067 0.000 0.596 0.364 0.040
#> SRR1098952     1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916     3  0.3764    0.65991 0.000 0.000 0.784 0.216
#> SRR614167      3  0.4543    0.42845 0.000 0.000 0.676 0.324
#> SRR1348114     2  0.1716    0.81448 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR658033      2  0.4454    0.66234 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR1077503     3  0.0000    0.88803 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661854      3  0.0592    0.88759 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR811379      2  0.1118    0.82286 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1318857     2  0.2216    0.80053 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR656445      3  0.0000    0.88803 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433044     2  0.4477    0.65779 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1486391     1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071      3  0.1022    0.87760 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1364824     1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133     1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745      3  0.0469    0.88527 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR601038      3  0.0336    0.88680 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1360080     1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868      3  0.0000    0.88803 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485997     1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560     2  0.2345    0.79519 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1333330     1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513      3  0.0707    0.88088 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1328407     3  0.2635    0.80075 0.000 0.020 0.904 0.076
#> SRR602784      3  0.0000    0.88803 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348468     2  0.2081    0.80563 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR663717      2  0.2081    0.80523 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR602217      2  0.4624    0.21384 0.000 0.660 0.340 0.000
#> SRR603140      3  0.0336    0.88680 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1340804     1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574     3  0.0000    0.88803 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333462     2  0.4477    0.65779 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1094601     1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610     3  0.5010    0.55146 0.000 0.120 0.772 0.108
#> SRR1435833     2  0.0592    0.82585 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1398728     2  0.1940    0.81335 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1358343     2  0.3710    0.63339 0.192 0.804 0.000 0.004
#> SRR1410890     2  0.2216    0.81892 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1350371     1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478     2  0.1867    0.81158 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1099260     3  0.0188    0.88762 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1433576     3  0.3498    0.73745 0.000 0.008 0.832 0.160
#> SRR1345541     3  0.4933    0.06716 0.000 0.000 0.568 0.432
#> SRR1086328     1  0.0188    0.96866 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR810391      3  0.1118    0.87427 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1476207     3  0.0336    0.88680 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR627435      4  0.4454    0.48750 0.000 0.000 0.308 0.692
#> SRR1489862     1  0.0188    0.96866 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1419086     1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.0188    0.96866 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1396191     3  0.2216    0.82734 0.000 0.000 0.908 0.092
#> SRR1490115     3  0.0188    0.88762 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1377714     3  0.3172    0.70636 0.000 0.000 0.840 0.160
#> SRR819394      1  0.0188    0.96866 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR663161      2  0.5409    0.27975 0.012 0.496 0.000 0.492
#> SRR607042      3  0.0336    0.88680 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR656203      2  0.0707    0.82530 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR660602      3  0.0000    0.88803 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440397     1  0.0188    0.96866 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1369264     1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233      1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249      2  0.2216    0.80053 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR661242      2  0.6653   -0.02454 0.000 0.568 0.104 0.328
#> SRR1332007     3  0.1118    0.86836 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR809619      2  0.2081    0.80581 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR819975      1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281      2  0.4356    0.67891 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR662366      3  0.0592    0.88454 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1317898     3  0.0336    0.88720 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1382485     2  0.1867    0.80835 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR2166420     1  0.0188    0.96766 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1419429     1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541     3  0.0188    0.88780 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR817444      3  0.0000    0.88803 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320403     2  0.3610    0.75087 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1101483     2  0.2149    0.80302 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1331684     3  0.0336    0.88680 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1400054     3  0.3448    0.73214 0.000 0.004 0.828 0.168
#> SRR1406088     2  0.1389    0.82047 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR820733      2  0.7313   -0.26154 0.000 0.508 0.176 0.316
#> SRR1314113     4  0.5112    0.32205 0.004 0.000 0.436 0.560
#> SRR1382615     3  0.0188    0.88762 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1480745     1  0.0000    0.97015 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850     2  0.3266    0.77156 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR656782      3  0.0188    0.88762 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR821364      1  0.0188    0.96866 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1101106     1  0.0188    0.96866 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR659295      3  0.6483    0.14158 0.000 0.096 0.592 0.312
#> SRR1357103     3  0.0336    0.88680 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR809185      2  0.0469    0.82580 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR811583      2  0.4222    0.69648 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1468050     1  0.0188    0.96866 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1440224     2  0.2281    0.80585 0.000 0.904 0.000 0.096

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR1500170     4  0.2179     0.8120 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR1402368     3  0.1671     0.9012 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR607743      3  0.3276     0.8162 0.000 0.132 0.836 0.000 0.032
#> SRR1457375     2  0.3305     0.7581 0.000 0.776 0.000 0.224 0.000
#> SRR1470923     1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954      1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259      1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785     3  0.0609     0.9153 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR814768      1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031     2  0.2424     0.8133 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000
#> SRR1363611     4  0.1697     0.8336 0.000 0.060 0.000 0.932 0.008
#> SRR1468447     2  0.1608     0.8127 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR1071931     5  0.4552     0.5088 0.000 0.040 0.000 0.264 0.696
#> SRR810981      1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299      2  0.1410     0.8109 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR663585      3  0.2648     0.8297 0.000 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR1326773     2  0.5403     0.2597 0.000 0.628 0.292 0.004 0.076
#> SRR1351166     4  0.1408     0.8352 0.000 0.044 0.000 0.948 0.008
#> SRR1477452     1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720     3  0.0510     0.9147 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1420320     4  0.1478     0.8305 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1081712     2  0.3491     0.7495 0.000 0.768 0.000 0.228 0.004
#> SRR1318241     3  0.1608     0.8818 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1333718     3  0.0290     0.9139 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1313514     2  0.0290     0.7925 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1477861     3  0.0671     0.9114 0.000 0.016 0.980 0.000 0.004
#> SRR1318005     2  0.0324     0.7890 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1354665     2  0.4150     0.4813 0.000 0.612 0.000 0.388 0.000
#> SRR657707      3  0.2286     0.8489 0.000 0.004 0.888 0.000 0.108
#> SRR1370742     3  0.1908     0.8861 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1412947     2  0.3395     0.7464 0.000 0.764 0.000 0.236 0.000
#> SRR661553      4  0.5258     0.6363 0.000 0.140 0.000 0.680 0.180
#> SRR1328869     1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211      2  0.4101     0.5165 0.000 0.628 0.000 0.372 0.000
#> SRR1348181     5  0.3983     0.6018 0.000 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1416560     3  0.1851     0.8897 0.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1319772     3  0.0609     0.9098 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1091452     5  0.5002     0.3708 0.000 0.044 0.000 0.344 0.612
#> SRR1338812     1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072     2  0.2852     0.7983 0.000 0.828 0.000 0.172 0.000
#> SRR814844      4  0.2124     0.8222 0.000 0.028 0.000 0.916 0.056
#> SRR1376619     3  0.2471     0.8457 0.000 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR603690      2  0.3163     0.8011 0.000 0.824 0.000 0.164 0.012
#> SRR2184980     4  0.4392     0.3705 0.000 0.380 0.000 0.612 0.008
#> SRR613963      5  0.3534     0.5588 0.000 0.000 0.000 0.256 0.744
#> SRR1323422     1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673     3  0.0609     0.9150 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1434650     3  0.3012     0.8217 0.000 0.036 0.860 0.000 0.104
#> SRR659875      3  0.0324     0.9130 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1465734     3  0.1671     0.8791 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1076847     2  0.0324     0.7890 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1415072     1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319      3  0.0703     0.9153 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR663088      1  0.5574     0.4581 0.656 0.196 0.000 0.144 0.004
#> SRR1352021     1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527     1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935      4  0.1830     0.8293 0.000 0.068 0.000 0.924 0.008
#> SRR1352530     3  0.1544     0.9009 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR662594      3  0.0963     0.9055 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1095309     1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647      3  0.1732     0.8944 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR813019      3  0.2361     0.8528 0.000 0.012 0.892 0.000 0.096
#> SRR1374647     2  0.4078     0.7878 0.000 0.792 0.020 0.160 0.028
#> SRR603472      3  0.3398     0.6942 0.000 0.216 0.780 0.000 0.004
#> SRR661529      5  0.3280     0.6992 0.000 0.000 0.176 0.012 0.812
#> SRR607018      3  0.0162     0.9129 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR627423      5  0.5201     0.4692 0.008 0.084 0.000 0.220 0.688
#> SRR654921      4  0.0609     0.8200 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1418968     1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871      3  0.0703     0.9138 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1330522     3  0.1478     0.9028 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1499958     4  0.2488     0.8029 0.000 0.124 0.000 0.872 0.004
#> SRR614059      5  0.3969     0.6513 0.000 0.000 0.304 0.004 0.692
#> SRR1071403     1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719     4  0.4707     0.3641 0.000 0.392 0.000 0.588 0.020
#> SRR1440421     2  0.0794     0.8010 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1310412     3  0.2389     0.8412 0.000 0.004 0.880 0.000 0.116
#> SRR614767      2  0.3480     0.7347 0.000 0.752 0.000 0.248 0.000
#> SRR820709      1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093      3  0.0703     0.9149 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1088168     3  0.0609     0.9130 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1418707     4  0.4171     0.3137 0.000 0.396 0.000 0.604 0.000
#> SRR1354291     2  0.0404     0.7945 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR2165806     1  0.0162     0.9892 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1415684     5  0.5685     0.1705 0.000 0.084 0.000 0.396 0.520
#> SRR1433860     3  0.1608     0.8978 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1311062     2  0.3143     0.7771 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR1360359     1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385      3  0.1121     0.9102 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR615407      2  0.3353     0.7831 0.000 0.796 0.000 0.196 0.008
#> SRR1413892     3  0.0794     0.9131 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1443459     4  0.1704     0.8308 0.000 0.068 0.000 0.928 0.004
#> SRR1338942     1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480      3  0.2074     0.8515 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1399433     4  0.1792     0.8235 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR818537      3  0.0798     0.9099 0.000 0.016 0.976 0.000 0.008
#> SRR1101324     4  0.4592     0.5983 0.000 0.004 0.100 0.756 0.140
#> SRR807637      2  0.4380     0.3263 0.376 0.616 0.000 0.008 0.000
#> SRR1091918     1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300      3  0.2732     0.7817 0.000 0.000 0.840 0.000 0.160
#> SRR1085426     1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294     2  0.3895     0.6256 0.000 0.680 0.000 0.320 0.000
#> SRR813891      1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431     2  0.4606     0.6329 0.000 0.768 0.112 0.108 0.012
#> SRR658742      5  0.4269     0.6865 0.000 0.000 0.108 0.116 0.776
#> SRR1419234     1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813     4  0.3999     0.4594 0.000 0.344 0.000 0.656 0.000
#> SRR603496      3  0.0992     0.9073 0.000 0.024 0.968 0.000 0.008
#> SRR1407758     3  0.1792     0.8932 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR810945      4  0.5053     0.6671 0.000 0.216 0.000 0.688 0.096
#> SRR817234      2  0.0290     0.7925 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1444852     3  0.1965     0.8844 0.000 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR660378      3  0.1197     0.9082 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1467835     4  0.3681     0.7924 0.000 0.148 0.000 0.808 0.044
#> SRR1338964     3  0.2020     0.8570 0.000 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1079259     4  0.4393     0.6208 0.000 0.004 0.068 0.764 0.164
#> SRR1072345     3  0.1430     0.8918 0.000 0.004 0.944 0.000 0.052
#> SRR598725      3  0.2424     0.8537 0.000 0.000 0.868 0.000 0.132
#> SRR1447938     1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397     1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460     4  0.0451     0.8268 0.000 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR1429468     4  0.3390     0.8196 0.000 0.100 0.000 0.840 0.060
#> SRR1446850     2  0.5995     0.2578 0.000 0.468 0.000 0.420 0.112
#> SRR1320363     3  0.0404     0.9134 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1413810     3  0.2561     0.8416 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR598831      4  0.2773     0.8181 0.000 0.112 0.000 0.868 0.020
#> SRR1381865     1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957      3  0.1908     0.8876 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1491332     3  0.0404     0.9147 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1099744     4  0.4305    -0.0639 0.000 0.488 0.000 0.512 0.000
#> SRR1464618     4  0.0912     0.8261 0.000 0.012 0.000 0.972 0.016
#> SRR1414559     5  0.4360     0.6900 0.036 0.004 0.148 0.024 0.788
#> SRR1337540     1  0.4991     0.6828 0.728 0.120 0.000 0.008 0.144
#> SRR1444283     1  0.0162     0.9892 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942     3  0.3508     0.6423 0.000 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR660295      1  0.0162     0.9892 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR601335      3  0.2471     0.8513 0.000 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR1363742     3  0.1197     0.9090 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1345847     4  0.0771     0.8208 0.000 0.004 0.000 0.976 0.020
#> SRR614960      3  0.2074     0.8789 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR819919      1  0.0162     0.9892 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR603330      2  0.0510     0.7773 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1327951     1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266     4  0.0609     0.8308 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1338055     2  0.0324     0.7890 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1430157     4  0.2208     0.7993 0.000 0.020 0.000 0.908 0.072
#> SRR1320137     2  0.1671     0.8129 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1093483     1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080     1  0.0324     0.9867 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR1459913     5  0.3895     0.6325 0.000 0.000 0.320 0.000 0.680
#> SRR2170490     1  0.0162     0.9892 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1479845     5  0.3807     0.7023 0.000 0.000 0.240 0.012 0.748
#> SRR1436420     1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060     3  0.0693     0.9109 0.000 0.012 0.980 0.000 0.008
#> SRR662282      3  0.3684     0.6092 0.000 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR1487089     4  0.1997     0.8281 0.000 0.040 0.000 0.924 0.036
#> SRR1075683     1  0.0162     0.9892 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536     1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880     4  0.2377     0.7954 0.000 0.128 0.000 0.872 0.000
#> SRR1453456     3  0.1197     0.9088 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1457895     1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603     3  0.0992     0.9120 0.000 0.024 0.968 0.000 0.008
#> SRR658633      2  0.2929     0.7938 0.000 0.820 0.000 0.180 0.000
#> SRR1388081     5  0.4717     0.2952 0.000 0.020 0.000 0.396 0.584
#> SRR813339      3  0.0510     0.9147 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR809725      1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441      2  0.0324     0.7890 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR613603      3  0.0794     0.9070 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1096571     3  0.1831     0.8964 0.000 0.004 0.920 0.000 0.076
#> SRR1392701     1  0.0162     0.9892 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1344326     1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693     4  0.2605     0.7794 0.000 0.148 0.000 0.852 0.000
#> SRR660697      2  0.4278     0.2944 0.000 0.548 0.000 0.452 0.000
#> SRR1489926     3  0.1310     0.9073 0.000 0.020 0.956 0.000 0.024
#> SRR811491      3  0.0290     0.9145 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1311644     4  0.5394     0.4896 0.008 0.004 0.152 0.700 0.136
#> SRR1451740     3  0.2179     0.8750 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR615117      3  0.2629     0.8099 0.000 0.136 0.860 0.000 0.004
#> SRR1391748     4  0.1544     0.8293 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1466556     3  0.1043     0.9131 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR614972      3  0.0703     0.9138 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1406200     1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210      4  0.2074     0.8144 0.000 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR662174      1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988      1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236      5  0.4218     0.6168 0.000 0.000 0.332 0.008 0.660
#> SRR1312598     4  0.3480     0.6587 0.000 0.248 0.000 0.752 0.000
#> SRR1330129     2  0.2127     0.8148 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR1357781     2  0.0290     0.7925 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1315517     2  0.0290     0.7925 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1400032     3  0.2471     0.8513 0.000 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR1413722     1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827      3  0.3730     0.5942 0.000 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR814794      1  0.0324     0.9867 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR819430      1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509     4  0.0290     0.8240 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR808728      3  0.0794     0.9067 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1070813     4  0.2873     0.7486 0.000 0.016 0.000 0.856 0.128
#> SRR1389133     3  0.2648     0.7944 0.000 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR601263      3  0.1732     0.8767 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR604718      4  0.0794     0.8328 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1481351     3  0.0000     0.9136 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334608     3  0.0703     0.9138 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR658681      3  0.0510     0.9149 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR809283      2  0.4182     0.4531 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1459300     1  0.0162     0.9892 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1392547     3  0.0566     0.9117 0.000 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR811049      3  0.2605     0.8067 0.000 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1464835     4  0.3184     0.7992 0.000 0.100 0.000 0.852 0.048
#> SRR1339619     4  0.1012     0.8248 0.000 0.012 0.000 0.968 0.020
#> SRR658501      3  0.1732     0.8944 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1447523     3  0.0609     0.9144 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1415048     1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348     4  0.1410     0.8315 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR603890      2  0.0290     0.7925 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR810595      3  0.0290     0.9145 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1446244     4  0.1430     0.8336 0.000 0.052 0.000 0.944 0.004
#> SRR817373      4  0.2516     0.7852 0.000 0.140 0.000 0.860 0.000
#> SRR1457291     4  0.3109     0.7217 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR598220      3  0.1792     0.8917 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1477991     2  0.4030     0.5629 0.000 0.648 0.000 0.352 0.000
#> SRR598172      2  0.0566     0.7945 0.000 0.984 0.004 0.012 0.000
#> SRR1349032     4  0.2179     0.7573 0.000 0.000 0.000 0.888 0.112
#> SRR604002      3  0.4335     0.6752 0.000 0.168 0.760 0.000 0.072
#> SRR1378026     3  0.0000     0.9136 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404401     2  0.0324     0.7890 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1333240     3  0.3558     0.7822 0.000 0.064 0.828 0.000 0.108
#> SRR1089399     2  0.4192     0.4354 0.000 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR603421      2  0.0290     0.7925 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR812562      1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520      3  0.0794     0.9067 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR811839      1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317      4  0.3215     0.7982 0.000 0.056 0.000 0.852 0.092
#> SRR1436763     4  0.1704     0.8299 0.000 0.068 0.000 0.928 0.004
#> SRR1486021     2  0.5648     0.2096 0.000 0.476 0.000 0.448 0.076
#> SRR1465018     2  0.0880     0.8026 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1080998     3  0.2377     0.8282 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR1083432     3  0.0880     0.9128 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1082833     1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.0324     0.9867 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR1326536     3  0.1341     0.9060 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR614011      4  0.1732     0.8262 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR1365873     2  0.2011     0.8136 0.000 0.908 0.000 0.088 0.004
#> SRR1498789     2  0.2377     0.8131 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR601581      4  0.1430     0.8120 0.000 0.004 0.000 0.944 0.052
#> SRR603566      3  0.0912     0.9087 0.000 0.016 0.972 0.000 0.012
#> SRR1373981     1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410      2  0.3143     0.7764 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR1076511     1  0.3846     0.7356 0.776 0.200 0.000 0.004 0.020
#> SRR614143      3  0.2127     0.8502 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR1333570     3  0.2020     0.8816 0.000 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1366813     4  0.2020     0.8166 0.000 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1388746     1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558     5  0.4359     0.5272 0.000 0.000 0.412 0.004 0.584
#> SRR1409510     3  0.2230     0.8709 0.000 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR816250      2  0.3452     0.7393 0.000 0.756 0.000 0.244 0.000
#> SRR614131      5  0.5258     0.4560 0.000 0.140 0.000 0.180 0.680
#> SRR1331130     1  0.0324     0.9867 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR1316015     5  0.4249     0.3901 0.000 0.000 0.432 0.000 0.568
#> SRR1470798     3  0.1732     0.8974 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR614179      3  0.1082     0.9141 0.000 0.008 0.964 0.000 0.028
#> SRR1474863     2  0.2561     0.8098 0.000 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR813560      4  0.2331     0.7936 0.000 0.020 0.000 0.900 0.080
#> SRR1312187     4  0.1704     0.7970 0.000 0.004 0.000 0.928 0.068
#> SRR1420960     3  0.1197     0.9082 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1355102     3  0.1908     0.8874 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1084577     3  0.1341     0.9063 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR659971      4  0.2011     0.8244 0.000 0.088 0.000 0.908 0.004
#> SRR1350855     4  0.0162     0.8255 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR820779      3  0.1544     0.9009 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1476300     3  0.1792     0.8927 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1090907     4  0.1082     0.8331 0.000 0.028 0.000 0.964 0.008
#> SRR662294      2  0.0290     0.7925 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1480789     3  0.0290     0.9141 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1336263     4  0.0324     0.8251 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR660776      1  0.0162     0.9892 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1090508     2  0.3620     0.6585 0.000 0.832 0.112 0.008 0.048
#> SRR615563      4  0.2439     0.7454 0.000 0.004 0.000 0.876 0.120
#> SRR1101175     1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650     3  0.0566     0.9117 0.000 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR1431205     2  0.1341     0.8094 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1339856     4  0.4192     0.2774 0.000 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR1352147     4  0.3561     0.6333 0.000 0.260 0.000 0.740 0.000
#> SRR808968      1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419      2  0.3534     0.7203 0.000 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR1402391     1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609      3  0.0671     0.9159 0.000 0.004 0.980 0.000 0.016
#> SRR2167857     2  0.1732     0.6995 0.000 0.920 0.080 0.000 0.000
#> SRR1398752     1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.0324     0.9867 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR1405437     4  0.4227     0.2232 0.000 0.420 0.000 0.580 0.000
#> SRR1416955     1  0.0451     0.9837 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR1317064     2  0.6694     0.3721 0.000 0.432 0.000 0.292 0.276
#> SRR659001      4  0.1768     0.7884 0.000 0.004 0.000 0.924 0.072
#> SRR2170696     4  0.3446     0.6949 0.000 0.004 0.048 0.840 0.108
#> SRR816589      3  0.0162     0.9129 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1087487     3  0.1792     0.8913 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1329485     3  0.2605     0.8367 0.000 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR816920      4  0.5276     0.5068 0.000 0.004 0.160 0.692 0.144
#> SRR1341432     1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590     4  0.1018     0.8288 0.000 0.016 0.000 0.968 0.016
#> SRR817046      3  0.0162     0.9129 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1471331     3  0.2230     0.8703 0.000 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR660788      3  0.5038     0.6241 0.000 0.008 0.724 0.128 0.140
#> SRR819234      1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853      3  0.0912     0.9087 0.000 0.016 0.972 0.000 0.012
#> SRR809427      4  0.2153     0.8305 0.000 0.040 0.000 0.916 0.044
#> SRR2170217     4  0.1774     0.8318 0.000 0.052 0.000 0.932 0.016
#> SRR1386967     3  0.1544     0.9025 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1420344     4  0.3906     0.5817 0.000 0.292 0.000 0.704 0.004
#> SRR1334535     1  0.0324     0.9867 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR614503      2  0.3379     0.7563 0.016 0.828 0.000 0.148 0.008
#> SRR602564      5  0.5042     0.6814 0.000 0.056 0.144 0.052 0.748
#> SRR1420669     5  0.4894     0.1629 0.000 0.000 0.024 0.456 0.520
#> SRR819024      3  0.0703     0.9138 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR656223      3  0.1732     0.8949 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR608428      2  0.2891     0.7965 0.000 0.824 0.000 0.176 0.000
#> SRR1345647     1  0.0324     0.9867 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR1389324     2  0.0671     0.7966 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1361368     4  0.1671     0.8269 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR1322619     4  0.4060     0.4113 0.000 0.360 0.000 0.640 0.000
#> SRR1349276     4  0.1444     0.8329 0.000 0.040 0.000 0.948 0.012
#> SRR1404024     1  0.0451     0.9837 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR1370637     4  0.1310     0.8288 0.000 0.024 0.000 0.956 0.020
#> SRR1452631     4  0.1168     0.8206 0.000 0.008 0.000 0.960 0.032
#> SRR608392      3  0.0566     0.9155 0.000 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR1357757     3  0.2605     0.8074 0.000 0.148 0.852 0.000 0.000
#> SRR1074646     4  0.0451     0.8222 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR1367499     3  0.0404     0.9147 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1343501     3  0.0510     0.9110 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1394406     4  0.6650     0.0304 0.000 0.004 0.316 0.468 0.212
#> SRR1381435     3  0.0609     0.9150 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1467407     1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422     3  0.3714     0.7584 0.000 0.132 0.812 0.000 0.056
#> SRR1380270     3  0.0451     0.9150 0.000 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1091817     2  0.2929     0.7938 0.000 0.820 0.000 0.180 0.000
#> SRR1440137     2  0.3274     0.7627 0.000 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR614311      4  0.1341     0.8328 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1407516     4  0.3480     0.6531 0.000 0.248 0.000 0.752 0.000
#> SRR815494      3  0.1965     0.8834 0.000 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1333209     4  0.0898     0.8230 0.000 0.008 0.000 0.972 0.020
#> SRR615177      4  0.8081     0.1105 0.144 0.124 0.264 0.456 0.012
#> SRR1099648     3  0.0404     0.9120 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR659720      3  0.2471     0.8184 0.000 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR2185057     1  0.0162     0.9892 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1467125     1  0.0324     0.9867 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR657468      4  0.7853     0.1841 0.132 0.004 0.192 0.492 0.180
#> SRR660042      5  0.3814     0.6766 0.000 0.000 0.276 0.004 0.720
#> SRR2170864     2  0.3003     0.7892 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000
#> SRR1440491     5  0.5151     0.2491 0.000 0.044 0.000 0.396 0.560
#> SRR1440852     3  0.1270     0.9074 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR811169      1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311     4  0.1892     0.8247 0.000 0.080 0.000 0.916 0.004
#> SRR818009      1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836     4  0.4981     0.7167 0.000 0.188 0.000 0.704 0.108
#> SRR1498313     2  0.1270     0.7373 0.000 0.948 0.052 0.000 0.000
#> SRR1441975     4  0.4297     0.0115 0.000 0.472 0.000 0.528 0.000
#> SRR819096      1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679     3  0.2189     0.8850 0.000 0.000 0.904 0.012 0.084
#> SRR1489116     3  0.0162     0.9129 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1354138     5  0.4192     0.4695 0.000 0.000 0.404 0.000 0.596
#> SRR1490589     3  0.0794     0.9130 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1412987     4  0.0162     0.8236 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR602034      3  0.1965     0.8850 0.000 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1353437     1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871     3  0.1300     0.9013 0.000 0.016 0.956 0.000 0.028
#> SRR661577      4  0.3039     0.7319 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000
#> SRR612190      5  0.4378     0.5571 0.000 0.040 0.004 0.216 0.740
#> SRR1399880     1  0.0162     0.9892 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787     4  0.2488     0.7414 0.000 0.004 0.000 0.872 0.124
#> SRR657869      1  0.0162     0.9892 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1446332     1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039      1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141     3  0.1792     0.8923 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1476697     1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538     4  0.0703     0.8319 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1331422     1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859      3  0.2488     0.8306 0.000 0.004 0.872 0.000 0.124
#> SRR1097594     1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419     3  0.1851     0.8907 0.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1336706     3  0.0000     0.9136 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472976     4  0.1341     0.8322 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1321307     1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493      1  0.0162     0.9892 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR812461      3  0.0703     0.9134 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1477149     2  0.4373     0.7407 0.000 0.760 0.000 0.160 0.080
#> SRR1457397     3  0.1877     0.8893 0.000 0.064 0.924 0.000 0.012
#> SRR661913      5  0.3932     0.6209 0.000 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR1069024     3  0.0566     0.9120 0.000 0.012 0.984 0.000 0.004
#> SRR2165634     1  0.0162     0.9892 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1478722     3  0.1544     0.9016 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1328642     2  0.1965     0.8128 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1488261     5  0.4182     0.5870 0.000 0.000 0.352 0.004 0.644
#> SRR1318815     4  0.3210     0.6533 0.000 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR816945      1  0.0162     0.9892 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1367432     4  0.3582     0.6885 0.008 0.224 0.000 0.768 0.000
#> SRR1359280     2  0.0451     0.7922 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1313910     4  0.1740     0.8058 0.000 0.012 0.000 0.932 0.056
#> SRR1457315     5  0.4545     0.6964 0.000 0.000 0.132 0.116 0.752
#> SRR815398      1  0.0162     0.9892 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR656958      3  0.0404     0.9148 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR600688      5  0.5006     0.6779 0.000 0.012 0.112 0.144 0.732
#> SRR1098952     1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916     3  0.3684     0.6140 0.000 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR614167      5  0.4150     0.5207 0.000 0.000 0.388 0.000 0.612
#> SRR1348114     4  0.1106     0.8308 0.000 0.024 0.000 0.964 0.012
#> SRR658033      2  0.1270     0.8078 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1077503     3  0.0404     0.9118 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR661854      3  0.0324     0.9152 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR811379      4  0.1671     0.8030 0.000 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR1318857     4  0.2046     0.7998 0.000 0.016 0.000 0.916 0.068
#> SRR656445      3  0.0703     0.9153 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1433044     2  0.0290     0.7925 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1486391     1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071      3  0.2127     0.8755 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR1364824     1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133     1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745      3  0.0912     0.9087 0.000 0.016 0.972 0.000 0.012
#> SRR601038      3  0.0566     0.9120 0.000 0.012 0.984 0.000 0.004
#> SRR1360080     1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868      3  0.1043     0.9039 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1485997     1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560     4  0.2439     0.7454 0.000 0.004 0.000 0.876 0.120
#> SRR1333330     1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513      3  0.2753     0.8154 0.000 0.008 0.856 0.000 0.136
#> SRR1328407     3  0.3011     0.7994 0.000 0.016 0.844 0.000 0.140
#> SRR602784      3  0.0404     0.9120 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1348468     4  0.0404     0.8226 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR663717      4  0.0992     0.8227 0.000 0.008 0.000 0.968 0.024
#> SRR602217      4  0.5543     0.0312 0.000 0.028 0.424 0.524 0.024
#> SRR603140      3  0.2377     0.8308 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR1340804     1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574     3  0.0290     0.9145 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1333462     2  0.0290     0.7925 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1094601     1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610     3  0.6461     0.0317 0.000 0.008 0.496 0.344 0.152
#> SRR1435833     4  0.2377     0.7962 0.000 0.128 0.000 0.872 0.000
#> SRR1398728     4  0.2597     0.8270 0.000 0.092 0.000 0.884 0.024
#> SRR1358343     4  0.1830     0.8315 0.012 0.052 0.000 0.932 0.004
#> SRR1410890     4  0.3565     0.7569 0.000 0.176 0.000 0.800 0.024
#> SRR1350371     1  0.0162     0.9892 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1392478     4  0.3301     0.8201 0.000 0.080 0.000 0.848 0.072
#> SRR1099260     3  0.0000     0.9136 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433576     3  0.3409     0.8075 0.000 0.000 0.824 0.032 0.144
#> SRR1345541     5  0.3662     0.6931 0.000 0.000 0.252 0.004 0.744
#> SRR1086328     1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391      3  0.1792     0.8927 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1476207     3  0.1251     0.9009 0.000 0.008 0.956 0.000 0.036
#> SRR627435      5  0.3924     0.6898 0.008 0.024 0.168 0.004 0.796
#> SRR1489862     1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086     1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191     3  0.2471     0.8499 0.000 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR1490115     3  0.0162     0.9129 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1377714     3  0.3074     0.7356 0.000 0.196 0.804 0.000 0.000
#> SRR819394      1  0.0324     0.9867 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR663161      2  0.6305     0.4819 0.036 0.596 0.004 0.084 0.280
#> SRR607042      3  0.0324     0.9146 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR656203      4  0.3300     0.7129 0.000 0.204 0.000 0.792 0.004
#> SRR660602      3  0.0404     0.9137 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1440397     1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264     1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233      1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249      4  0.1117     0.8256 0.000 0.016 0.000 0.964 0.020
#> SRR661242      5  0.4116     0.5632 0.000 0.016 0.004 0.248 0.732
#> SRR1332007     3  0.1597     0.9008 0.000 0.048 0.940 0.000 0.012
#> SRR809619      4  0.1124     0.8341 0.000 0.036 0.000 0.960 0.004
#> SRR819975      1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281      2  0.2127     0.8134 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR662366      3  0.0963     0.9122 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1317898     3  0.0963     0.9116 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1382485     4  0.3966     0.4471 0.000 0.000 0.000 0.664 0.336
#> SRR2166420     1  0.0162     0.9892 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1419429     1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541     3  0.1043     0.9110 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR817444      3  0.1043     0.9012 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1320403     2  0.2732     0.8040 0.000 0.840 0.000 0.160 0.000
#> SRR1101483     4  0.2293     0.7902 0.000 0.016 0.000 0.900 0.084
#> SRR1331684     3  0.0290     0.9145 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1400054     3  0.4375     0.1770 0.000 0.000 0.576 0.004 0.420
#> SRR1406088     4  0.1809     0.8345 0.000 0.060 0.000 0.928 0.012
#> SRR820733      4  0.5164     0.4626 0.000 0.000 0.096 0.672 0.232
#> SRR1314113     5  0.4724     0.6325 0.000 0.000 0.104 0.164 0.732
#> SRR1382615     3  0.0162     0.9142 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1480745     1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850     2  0.2825     0.8130 0.000 0.860 0.000 0.124 0.016
#> SRR656782      3  0.1792     0.8734 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR821364      1  0.0162     0.9891 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1101106     1  0.0000     0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295      2  0.1671     0.7049 0.000 0.924 0.076 0.000 0.000
#> SRR1357103     3  0.0579     0.9121 0.000 0.008 0.984 0.000 0.008
#> SRR809185      4  0.2378     0.8230 0.000 0.048 0.000 0.904 0.048
#> SRR811583      2  0.3209     0.7933 0.000 0.812 0.000 0.180 0.008
#> SRR1468050     1  0.0324     0.9867 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR1440224     2  0.4074     0.5402 0.000 0.636 0.000 0.364 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR1500170     4  0.1643     0.7629 0.000 0.068 0.000 0.924 0.008 0.000
#> SRR1402368     3  0.1723     0.8406 0.000 0.000 0.928 0.000 0.036 0.036
#> SRR607743      3  0.5713     0.4889 0.000 0.140 0.648 0.000 0.136 0.076
#> SRR1457375     4  0.4258     0.1044 0.000 0.468 0.000 0.516 0.016 0.000
#> SRR1470923     1  0.0458     0.9815 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR817954      1  0.0146     0.9830 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR809259      1  0.0146     0.9830 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1439785     3  0.1152     0.8472 0.000 0.000 0.952 0.000 0.044 0.004
#> SRR814768      1  0.0260     0.9834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1102031     2  0.3050     0.6303 0.000 0.764 0.000 0.236 0.000 0.000
#> SRR1363611     4  0.1616     0.7574 0.000 0.020 0.000 0.932 0.048 0.000
#> SRR1468447     2  0.2092     0.7422 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000 0.000
#> SRR1071931     6  0.4687    -0.1240 0.000 0.020 0.004 0.456 0.008 0.512
#> SRR810981      1  0.0458     0.9793 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR615299      2  0.0547     0.7682 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR663585      3  0.2520     0.7726 0.000 0.000 0.844 0.000 0.004 0.152
#> SRR1326773     3  0.7535    -0.1103 0.000 0.288 0.444 0.116 0.048 0.104
#> SRR1351166     4  0.0717     0.7588 0.000 0.008 0.000 0.976 0.016 0.000
#> SRR1477452     1  0.0146     0.9837 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1084720     3  0.0717     0.8493 0.000 0.000 0.976 0.000 0.008 0.016
#> SRR1420320     4  0.0862     0.7586 0.000 0.008 0.000 0.972 0.016 0.004
#> SRR1081712     4  0.4368     0.4010 0.000 0.372 0.004 0.604 0.016 0.004
#> SRR1318241     3  0.3652     0.4886 0.000 0.004 0.672 0.000 0.324 0.000
#> SRR1333718     3  0.0777     0.8482 0.000 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR1313514     2  0.0405     0.7651 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR1477861     3  0.1080     0.8440 0.000 0.004 0.960 0.000 0.032 0.004
#> SRR1318005     2  0.0653     0.7667 0.000 0.980 0.000 0.012 0.004 0.004
#> SRR1354665     4  0.3672     0.4629 0.000 0.368 0.000 0.632 0.000 0.000
#> SRR657707      5  0.4227     0.1328 0.000 0.004 0.492 0.008 0.496 0.000
#> SRR1370742     3  0.2831     0.7648 0.000 0.000 0.840 0.000 0.024 0.136
#> SRR1412947     4  0.4089     0.1180 0.000 0.468 0.000 0.524 0.008 0.000
#> SRR661553      4  0.5313     0.3758 0.000 0.056 0.008 0.544 0.012 0.380
#> SRR1328869     1  0.0000     0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211      4  0.3863     0.5901 0.000 0.260 0.000 0.712 0.028 0.000
#> SRR1348181     6  0.3852     0.5590 0.000 0.000 0.324 0.000 0.012 0.664
#> SRR1416560     3  0.1802     0.8252 0.000 0.000 0.916 0.000 0.012 0.072
#> SRR1319772     3  0.1588     0.8265 0.000 0.004 0.924 0.000 0.072 0.000
#> SRR1091452     4  0.4179     0.5394 0.000 0.016 0.000 0.652 0.008 0.324
#> SRR1338812     1  0.0790     0.9742 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1392072     2  0.3607     0.4389 0.000 0.652 0.000 0.348 0.000 0.000
#> SRR814844      4  0.3423     0.7021 0.000 0.000 0.000 0.812 0.100 0.088
#> SRR1376619     3  0.3670     0.6383 0.000 0.000 0.736 0.000 0.024 0.240
#> SRR603690      2  0.5284     0.3323 0.000 0.552 0.000 0.368 0.024 0.056
#> SRR2184980     4  0.4245     0.6545 0.000 0.256 0.000 0.696 0.044 0.004
#> SRR613963      4  0.4297     0.2655 0.000 0.000 0.004 0.532 0.012 0.452
#> SRR1323422     1  0.0000     0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673     3  0.0777     0.8495 0.000 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR1434650     3  0.2584     0.7672 0.000 0.004 0.848 0.000 0.144 0.004
#> SRR659875      3  0.0692     0.8466 0.000 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR1465734     3  0.4124    -0.0656 0.000 0.004 0.516 0.004 0.476 0.000
#> SRR1076847     2  0.0405     0.7651 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR1415072     1  0.0713     0.9765 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR659319      3  0.1421     0.8486 0.000 0.000 0.944 0.000 0.028 0.028
#> SRR663088      1  0.7781    -0.1801 0.364 0.076 0.000 0.184 0.324 0.052
#> SRR1352021     1  0.0458     0.9815 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1325527     1  0.0260     0.9822 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1105369     1  0.0146     0.9830 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR659935      4  0.0862     0.7611 0.000 0.008 0.000 0.972 0.004 0.016
#> SRR1352530     3  0.1367     0.8386 0.000 0.000 0.944 0.000 0.012 0.044
#> SRR662594      3  0.4278     0.3384 0.000 0.004 0.616 0.000 0.360 0.020
#> SRR1095309     1  0.0458     0.9793 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR615647      3  0.1434     0.8368 0.000 0.000 0.940 0.000 0.012 0.048
#> SRR813019      3  0.2946     0.7085 0.000 0.004 0.808 0.000 0.184 0.004
#> SRR1374647     4  0.5912     0.0274 0.000 0.424 0.044 0.472 0.016 0.044
#> SRR603472      3  0.2685     0.7961 0.000 0.080 0.872 0.000 0.044 0.004
#> SRR661529      6  0.2063     0.5961 0.000 0.000 0.060 0.020 0.008 0.912
#> SRR607018      3  0.1007     0.8414 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR627423      6  0.4467     0.4400 0.000 0.044 0.000 0.180 0.040 0.736
#> SRR654921      4  0.2703     0.6650 0.000 0.000 0.000 0.824 0.172 0.004
#> SRR1418968     1  0.0260     0.9822 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR660871      3  0.0820     0.8491 0.000 0.000 0.972 0.000 0.012 0.016
#> SRR1330522     3  0.1349     0.8366 0.000 0.000 0.940 0.000 0.004 0.056
#> SRR1499958     4  0.3098     0.7545 0.000 0.088 0.000 0.844 0.064 0.004
#> SRR614059      6  0.4253     0.5008 0.000 0.000 0.372 0.008 0.012 0.608
#> SRR1071403     1  0.0260     0.9834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1486719     4  0.4670     0.5718 0.000 0.292 0.000 0.636 0.072 0.000
#> SRR1440421     2  0.0632     0.7678 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1310412     5  0.6226     0.3089 0.000 0.008 0.228 0.016 0.524 0.224
#> SRR614767      4  0.4079     0.3742 0.000 0.380 0.000 0.608 0.008 0.004
#> SRR820709      1  0.0260     0.9834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1471500     1  0.0146     0.9837 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR658093      3  0.0993     0.8482 0.000 0.000 0.964 0.000 0.012 0.024
#> SRR1088168     3  0.0935     0.8486 0.000 0.000 0.964 0.000 0.032 0.004
#> SRR1418707     4  0.3271     0.6664 0.000 0.232 0.000 0.760 0.008 0.000
#> SRR1354291     2  0.0547     0.7682 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR2165806     1  0.0291     0.9829 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1415684     4  0.4527     0.6391 0.000 0.044 0.000 0.704 0.024 0.228
#> SRR1433860     3  0.1434     0.8364 0.000 0.000 0.940 0.000 0.012 0.048
#> SRR1311062     2  0.4080     0.1363 0.000 0.536 0.000 0.456 0.000 0.008
#> SRR1360359     1  0.0363     0.9826 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR661385      3  0.1124     0.8432 0.000 0.000 0.956 0.000 0.008 0.036
#> SRR615407      4  0.4768     0.1398 0.000 0.440 0.004 0.524 0.016 0.016
#> SRR1413892     3  0.0858     0.8472 0.000 0.000 0.968 0.000 0.004 0.028
#> SRR1443459     4  0.1434     0.7540 0.000 0.012 0.000 0.940 0.048 0.000
#> SRR1338942     1  0.0547     0.9801 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR657480      3  0.3087     0.7038 0.000 0.004 0.804 0.004 0.184 0.004
#> SRR1399433     4  0.2014     0.7621 0.000 0.016 0.004 0.924 0.032 0.024
#> SRR818537      3  0.1296     0.8439 0.000 0.004 0.948 0.000 0.044 0.004
#> SRR1101324     5  0.4607     0.5342 0.000 0.000 0.052 0.264 0.672 0.012
#> SRR807637      2  0.5598     0.3800 0.248 0.608 0.000 0.020 0.120 0.004
#> SRR1091918     1  0.0458     0.9793 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR598300      6  0.5381     0.3610 0.000 0.004 0.212 0.000 0.180 0.604
#> SRR1085426     1  0.0146     0.9830 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1376294     4  0.3940     0.4742 0.000 0.336 0.000 0.652 0.008 0.004
#> SRR813891      1  0.0632     0.9785 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1467431     2  0.5707     0.3394 0.000 0.556 0.024 0.080 0.332 0.008
#> SRR658742      6  0.2682     0.5594 0.000 0.000 0.020 0.084 0.020 0.876
#> SRR1419234     1  0.0547     0.9774 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1404813     4  0.2772     0.7037 0.000 0.180 0.000 0.816 0.004 0.000
#> SRR603496      3  0.2169     0.8198 0.000 0.012 0.900 0.000 0.080 0.008
#> SRR1407758     3  0.1753     0.8248 0.000 0.000 0.912 0.000 0.004 0.084
#> SRR810945      5  0.5505     0.4563 0.000 0.144 0.000 0.248 0.596 0.012
#> SRR817234      2  0.0260     0.7660 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1444852     3  0.2531     0.7820 0.000 0.000 0.856 0.000 0.012 0.132
#> SRR660378      3  0.1408     0.8403 0.000 0.000 0.944 0.000 0.020 0.036
#> SRR1467835     4  0.3946     0.6947 0.000 0.076 0.000 0.756 0.168 0.000
#> SRR1338964     3  0.3565     0.4993 0.000 0.004 0.692 0.000 0.304 0.000
#> SRR1079259     5  0.4408     0.4430 0.000 0.000 0.036 0.356 0.608 0.000
#> SRR1072345     3  0.3961     0.1481 0.000 0.004 0.556 0.000 0.440 0.000
#> SRR598725      3  0.4234     0.4195 0.000 0.000 0.644 0.000 0.032 0.324
#> SRR1447938     1  0.0146     0.9837 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1356397     1  0.0547     0.9774 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1360460     4  0.0717     0.7551 0.000 0.000 0.000 0.976 0.016 0.008
#> SRR1429468     4  0.4370     0.5753 0.000 0.064 0.000 0.684 0.252 0.000
#> SRR1446850     4  0.4225     0.6416 0.000 0.216 0.000 0.728 0.016 0.040
#> SRR1320363     3  0.2630     0.8018 0.000 0.004 0.872 0.000 0.092 0.032
#> SRR1413810     3  0.2070     0.8136 0.000 0.000 0.896 0.000 0.012 0.092
#> SRR598831      4  0.1995     0.7628 0.000 0.052 0.000 0.912 0.036 0.000
#> SRR1381865     1  0.0260     0.9834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR660957      3  0.2214     0.8068 0.000 0.000 0.888 0.000 0.016 0.096
#> SRR1491332     3  0.0692     0.8483 0.000 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR1099744     4  0.3578     0.5162 0.000 0.340 0.000 0.660 0.000 0.000
#> SRR1464618     4  0.1908     0.7266 0.000 0.000 0.000 0.900 0.096 0.004
#> SRR1414559     6  0.2438     0.5347 0.000 0.004 0.008 0.020 0.076 0.892
#> SRR1337540     5  0.5341     0.3040 0.208 0.096 0.000 0.040 0.656 0.000
#> SRR1444283     1  0.0458     0.9815 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR2184942     6  0.3717     0.5715 0.000 0.000 0.148 0.000 0.072 0.780
#> SRR660295      1  0.0632     0.9752 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR601335      3  0.2121     0.8102 0.000 0.000 0.892 0.000 0.012 0.096
#> SRR1363742     3  0.1320     0.8431 0.000 0.000 0.948 0.000 0.016 0.036
#> SRR1345847     4  0.1082     0.7487 0.000 0.000 0.000 0.956 0.040 0.004
#> SRR614960      3  0.3834     0.5709 0.000 0.000 0.708 0.000 0.024 0.268
#> SRR819919      1  0.0632     0.9752 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR603330      2  0.0508     0.7541 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012 0.000
#> SRR1327951     1  0.0458     0.9793 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1401885     1  0.0547     0.9801 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1345266     4  0.0777     0.7580 0.000 0.000 0.000 0.972 0.024 0.004
#> SRR1338055     2  0.0779     0.7626 0.000 0.976 0.000 0.008 0.008 0.008
#> SRR1430157     4  0.3329     0.5880 0.000 0.004 0.000 0.756 0.236 0.004
#> SRR1320137     2  0.0692     0.7681 0.000 0.976 0.000 0.020 0.000 0.004
#> SRR1093483     1  0.0000     0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080     1  0.0508     0.9824 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR1459913     6  0.3398     0.5984 0.000 0.000 0.252 0.000 0.008 0.740
#> SRR2170490     1  0.0603     0.9782 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR1479845     6  0.5703     0.5251 0.000 0.000 0.316 0.108 0.024 0.552
#> SRR1436420     1  0.0363     0.9809 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1481060     3  0.0935     0.8484 0.000 0.000 0.964 0.000 0.032 0.004
#> SRR662282      3  0.2491     0.7936 0.000 0.000 0.868 0.000 0.020 0.112
#> SRR1487089     4  0.2129     0.7534 0.000 0.000 0.000 0.904 0.040 0.056
#> SRR1075683     1  0.0632     0.9785 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1338536     1  0.0146     0.9837 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1338880     4  0.2579     0.7584 0.000 0.060 0.000 0.884 0.048 0.008
#> SRR1453456     3  0.1010     0.8437 0.000 0.000 0.960 0.000 0.004 0.036
#> SRR1457895     1  0.0000     0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603     3  0.1194     0.8465 0.000 0.004 0.956 0.000 0.032 0.008
#> SRR658633      2  0.4076     0.1408 0.000 0.540 0.000 0.452 0.008 0.000
#> SRR1388081     4  0.3888     0.6703 0.000 0.016 0.000 0.752 0.024 0.208
#> SRR813339      3  0.1934     0.8451 0.000 0.000 0.916 0.000 0.044 0.040
#> SRR809725      1  0.0260     0.9834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR627441      2  0.0291     0.7621 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR613603      3  0.2662     0.7544 0.000 0.004 0.840 0.000 0.152 0.004
#> SRR1096571     3  0.1644     0.8372 0.000 0.000 0.932 0.000 0.028 0.040
#> SRR1392701     1  0.0632     0.9752 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1344326     1  0.0547     0.9801 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1367693     4  0.2002     0.7615 0.000 0.076 0.000 0.908 0.012 0.004
#> SRR660697      4  0.3409     0.5575 0.000 0.300 0.000 0.700 0.000 0.000
#> SRR1489926     6  0.5864     0.3479 0.000 0.036 0.276 0.000 0.120 0.568
#> SRR811491      3  0.0865     0.8447 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1311644     5  0.4941     0.5132 0.000 0.000 0.032 0.244 0.668 0.056
#> SRR1451740     3  0.4461     0.2078 0.000 0.000 0.564 0.000 0.032 0.404
#> SRR615117      3  0.1370     0.8473 0.000 0.012 0.948 0.000 0.036 0.004
#> SRR1391748     4  0.0881     0.7601 0.000 0.008 0.000 0.972 0.012 0.008
#> SRR1466556     3  0.1049     0.8482 0.000 0.000 0.960 0.000 0.032 0.008
#> SRR614972      3  0.1572     0.8472 0.000 0.000 0.936 0.000 0.028 0.036
#> SRR1406200     1  0.0260     0.9834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR819210      4  0.2716     0.7581 0.000 0.044 0.008 0.880 0.064 0.004
#> SRR662174      1  0.0260     0.9834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR811988      1  0.0000     0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236      6  0.5434     0.4198 0.000 0.000 0.396 0.064 0.024 0.516
#> SRR1312598     4  0.2783     0.7317 0.000 0.148 0.000 0.836 0.016 0.000
#> SRR1330129     2  0.2416     0.7196 0.000 0.844 0.000 0.156 0.000 0.000
#> SRR1357781     2  0.0405     0.7651 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR1315517     2  0.0260     0.7660 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1400032     3  0.4025     0.2060 0.000 0.000 0.576 0.000 0.008 0.416
#> SRR1413722     1  0.0260     0.9834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR612827      6  0.4039     0.3558 0.000 0.000 0.424 0.000 0.008 0.568
#> SRR814794      1  0.0291     0.9838 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR819430      1  0.0260     0.9834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1395509     4  0.1219     0.7528 0.000 0.004 0.000 0.948 0.048 0.000
#> SRR808728      3  0.1788     0.8228 0.000 0.000 0.916 0.004 0.076 0.004
#> SRR1070813     4  0.3619     0.4629 0.000 0.004 0.000 0.680 0.316 0.000
#> SRR1389133     6  0.5562     0.3266 0.000 0.004 0.236 0.000 0.188 0.572
#> SRR601263      5  0.4128     0.1163 0.000 0.004 0.492 0.004 0.500 0.000
#> SRR604718      4  0.1700     0.7454 0.000 0.004 0.000 0.916 0.080 0.000
#> SRR1481351     3  0.3368     0.7599 0.000 0.004 0.820 0.000 0.060 0.116
#> SRR1334608     3  0.0891     0.8474 0.000 0.000 0.968 0.000 0.024 0.008
#> SRR658681      3  0.0993     0.8461 0.000 0.000 0.964 0.000 0.024 0.012
#> SRR809283      4  0.5345     0.3121 0.000 0.352 0.000 0.540 0.004 0.104
#> SRR1459300     1  0.0363     0.9813 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1392547     3  0.0858     0.8477 0.000 0.000 0.968 0.000 0.028 0.004
#> SRR811049      5  0.4093     0.4740 0.000 0.004 0.292 0.024 0.680 0.000
#> SRR1464835     4  0.2594     0.7567 0.000 0.028 0.000 0.884 0.016 0.072
#> SRR1339619     4  0.1285     0.7518 0.000 0.004 0.000 0.944 0.052 0.000
#> SRR658501      3  0.1563     0.8329 0.000 0.000 0.932 0.000 0.012 0.056
#> SRR1447523     3  0.1713     0.8462 0.000 0.000 0.928 0.000 0.044 0.028
#> SRR1415048     1  0.0146     0.9837 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1355451     1  0.0547     0.9801 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1444348     4  0.1148     0.7614 0.000 0.016 0.000 0.960 0.020 0.004
#> SRR603890      2  0.0508     0.7670 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004 0.000
#> SRR810595      3  0.0777     0.8487 0.000 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR1446244     4  0.1364     0.7588 0.000 0.004 0.000 0.944 0.048 0.004
#> SRR817373      4  0.2923     0.7559 0.000 0.052 0.000 0.868 0.020 0.060
#> SRR1457291     4  0.2990     0.7475 0.000 0.084 0.000 0.860 0.036 0.020
#> SRR598220      3  0.2595     0.8014 0.000 0.000 0.872 0.000 0.044 0.084
#> SRR1477991     4  0.3737     0.3897 0.000 0.392 0.000 0.608 0.000 0.000
#> SRR598172      2  0.0363     0.7674 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1349032     4  0.3482     0.4369 0.000 0.000 0.000 0.684 0.316 0.000
#> SRR604002      2  0.6031    -0.1880 0.000 0.448 0.328 0.000 0.220 0.004
#> SRR1378026     3  0.1410     0.8408 0.000 0.004 0.944 0.000 0.044 0.008
#> SRR1404401     2  0.0291     0.7621 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1333240     5  0.5243     0.3615 0.000 0.064 0.392 0.008 0.532 0.004
#> SRR1089399     4  0.3489     0.5765 0.000 0.288 0.000 0.708 0.004 0.000
#> SRR603421      2  0.0405     0.7651 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR812562      1  0.0547     0.9801 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR808520      3  0.1010     0.8428 0.000 0.000 0.960 0.000 0.036 0.004
#> SRR811839      1  0.0458     0.9793 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR814317      4  0.3715     0.6625 0.000 0.048 0.000 0.764 0.188 0.000
#> SRR1436763     4  0.3788     0.5312 0.000 0.012 0.000 0.704 0.280 0.004
#> SRR1486021     4  0.4573     0.6179 0.000 0.208 0.000 0.712 0.024 0.056
#> SRR1465018     2  0.0363     0.7674 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1080998     3  0.4292     0.1543 0.000 0.004 0.568 0.008 0.416 0.004
#> SRR1083432     3  0.1176     0.8441 0.000 0.000 0.956 0.000 0.020 0.024
#> SRR1082833     1  0.0363     0.9809 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1465804     1  0.0865     0.9717 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1326536     3  0.1141     0.8408 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR614011      4  0.2046     0.7524 0.000 0.032 0.000 0.908 0.060 0.000
#> SRR1365873     2  0.2595     0.7224 0.000 0.836 0.000 0.160 0.000 0.004
#> SRR1498789     2  0.2527     0.7042 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000 0.000
#> SRR601581      4  0.2743     0.6734 0.000 0.000 0.000 0.828 0.164 0.008
#> SRR603566      3  0.1010     0.8487 0.000 0.000 0.960 0.000 0.036 0.004
#> SRR1373981     1  0.0363     0.9809 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR821410      2  0.4097    -0.0415 0.000 0.500 0.000 0.492 0.008 0.000
#> SRR1076511     5  0.6213     0.0969 0.380 0.196 0.000 0.008 0.412 0.004
#> SRR614143      5  0.6043     0.1733 0.000 0.008 0.184 0.004 0.496 0.308
#> SRR1333570     3  0.3690     0.5409 0.000 0.000 0.700 0.000 0.012 0.288
#> SRR1366813     4  0.1387     0.7617 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR1388746     1  0.0146     0.9830 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1420558     6  0.3448     0.5376 0.000 0.000 0.072 0.004 0.108 0.816
#> SRR1409510     3  0.3431     0.6696 0.000 0.000 0.756 0.000 0.016 0.228
#> SRR816250      4  0.4024     0.3313 0.000 0.400 0.000 0.592 0.004 0.004
#> SRR614131      6  0.4575     0.4273 0.000 0.044 0.000 0.224 0.028 0.704
#> SRR1331130     1  0.0632     0.9785 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1316015     3  0.4184    -0.1177 0.000 0.000 0.504 0.000 0.012 0.484
#> SRR1470798     3  0.3619     0.6576 0.000 0.000 0.744 0.000 0.024 0.232
#> SRR614179      3  0.1313     0.8501 0.000 0.004 0.952 0.000 0.028 0.016
#> SRR1474863     2  0.3984     0.3084 0.000 0.596 0.000 0.396 0.008 0.000
#> SRR813560      4  0.3703     0.4692 0.000 0.004 0.000 0.688 0.304 0.004
#> SRR1312187     4  0.2597     0.6643 0.000 0.000 0.000 0.824 0.176 0.000
#> SRR1420960     3  0.1196     0.8406 0.000 0.000 0.952 0.000 0.008 0.040
#> SRR1355102     3  0.2212     0.8040 0.000 0.000 0.880 0.000 0.008 0.112
#> SRR1084577     3  0.1657     0.8386 0.000 0.000 0.928 0.000 0.016 0.056
#> SRR659971      4  0.3562     0.6859 0.000 0.040 0.000 0.788 0.168 0.004
#> SRR1350855     4  0.0363     0.7553 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR820779      3  0.1225     0.8418 0.000 0.000 0.952 0.000 0.012 0.036
#> SRR1476300     3  0.2019     0.8170 0.000 0.000 0.900 0.000 0.012 0.088
#> SRR1090907     4  0.0777     0.7592 0.000 0.004 0.000 0.972 0.024 0.000
#> SRR662294      2  0.0260     0.7660 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1480789     3  0.1226     0.8428 0.000 0.004 0.952 0.000 0.040 0.004
#> SRR1336263     4  0.0993     0.7558 0.000 0.000 0.000 0.964 0.024 0.012
#> SRR660776      1  0.0632     0.9752 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1090508     2  0.4063     0.4958 0.000 0.736 0.052 0.000 0.208 0.004
#> SRR615563      5  0.3998     0.0983 0.000 0.000 0.000 0.492 0.504 0.004
#> SRR1101175     1  0.0363     0.9809 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR2164650     3  0.0935     0.8437 0.000 0.000 0.964 0.000 0.032 0.004
#> SRR1431205     2  0.0937     0.7655 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1339856     4  0.3053     0.6961 0.000 0.172 0.000 0.812 0.012 0.004
#> SRR1352147     4  0.2957     0.7193 0.000 0.140 0.000 0.836 0.016 0.008
#> SRR808968      1  0.0260     0.9822 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR627419      4  0.3860     0.1694 0.000 0.472 0.000 0.528 0.000 0.000
#> SRR1402391     1  0.0146     0.9837 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR663609      3  0.0993     0.8490 0.000 0.000 0.964 0.000 0.024 0.012
#> SRR2167857     2  0.1036     0.7383 0.000 0.964 0.008 0.000 0.024 0.004
#> SRR1398752     1  0.0146     0.9830 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1469169     1  0.0692     0.9793 0.976 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004
#> SRR1405437     4  0.3103     0.6718 0.000 0.208 0.000 0.784 0.008 0.000
#> SRR1416955     1  0.0937     0.9690 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1317064     4  0.5252     0.5264 0.000 0.200 0.000 0.624 0.004 0.172
#> SRR659001      4  0.3607     0.3709 0.000 0.000 0.000 0.652 0.348 0.000
#> SRR2170696     5  0.3984     0.3456 0.000 0.000 0.008 0.396 0.596 0.000
#> SRR816589      3  0.0777     0.8463 0.000 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR1087487     3  0.1867     0.8248 0.000 0.000 0.916 0.000 0.020 0.064
#> SRR1329485     3  0.1913     0.8198 0.000 0.000 0.908 0.000 0.012 0.080
#> SRR816920      5  0.4254     0.5321 0.000 0.000 0.048 0.272 0.680 0.000
#> SRR1341432     1  0.0603     0.9781 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR1361590     4  0.1498     0.7570 0.000 0.000 0.000 0.940 0.028 0.032
#> SRR817046      3  0.1285     0.8377 0.000 0.004 0.944 0.000 0.052 0.000
#> SRR1471331     3  0.1858     0.8239 0.000 0.000 0.912 0.000 0.012 0.076
#> SRR660788      5  0.5066     0.5446 0.000 0.000 0.176 0.188 0.636 0.000
#> SRR819234      1  0.0260     0.9834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR810853      3  0.1155     0.8430 0.000 0.004 0.956 0.000 0.036 0.004
#> SRR809427      4  0.3721     0.5078 0.000 0.004 0.000 0.684 0.308 0.004
#> SRR2170217     4  0.1737     0.7621 0.000 0.020 0.000 0.932 0.008 0.040
#> SRR1386967     3  0.1524     0.8398 0.000 0.000 0.932 0.000 0.008 0.060
#> SRR1420344     4  0.4203     0.7157 0.000 0.136 0.000 0.740 0.124 0.000
#> SRR1334535     1  0.0603     0.9810 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR614503      2  0.5029     0.1044 0.000 0.484 0.000 0.060 0.452 0.004
#> SRR602564      6  0.2389     0.5551 0.000 0.020 0.012 0.036 0.024 0.908
#> SRR1420669     4  0.4202     0.5520 0.000 0.000 0.028 0.668 0.004 0.300
#> SRR819024      3  0.1245     0.8492 0.000 0.000 0.952 0.000 0.032 0.016
#> SRR656223      3  0.1643     0.8295 0.000 0.000 0.924 0.000 0.008 0.068
#> SRR608428      2  0.3489     0.5501 0.000 0.708 0.000 0.288 0.004 0.000
#> SRR1345647     1  0.0790     0.9742 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1389324     2  0.2009     0.7339 0.000 0.908 0.000 0.024 0.068 0.000
#> SRR1361368     4  0.1088     0.7607 0.000 0.016 0.000 0.960 0.024 0.000
#> SRR1322619     4  0.3136     0.6834 0.000 0.188 0.000 0.796 0.016 0.000
#> SRR1349276     4  0.1332     0.7601 0.000 0.008 0.000 0.952 0.028 0.012
#> SRR1404024     1  0.0865     0.9717 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1370637     4  0.1594     0.7532 0.000 0.016 0.000 0.932 0.052 0.000
#> SRR1452631     4  0.3634     0.4978 0.000 0.000 0.000 0.696 0.296 0.008
#> SRR608392      3  0.0909     0.8489 0.000 0.000 0.968 0.000 0.020 0.012
#> SRR1357757     3  0.6013     0.3100 0.000 0.264 0.572 0.000 0.064 0.100
#> SRR1074646     4  0.0806     0.7564 0.000 0.000 0.000 0.972 0.020 0.008
#> SRR1367499     3  0.0692     0.8478 0.000 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR1343501     3  0.1155     0.8414 0.000 0.004 0.956 0.000 0.036 0.004
#> SRR1394406     5  0.6483     0.4312 0.000 0.004 0.084 0.176 0.564 0.172
#> SRR1381435     3  0.0806     0.8482 0.000 0.000 0.972 0.000 0.020 0.008
#> SRR1467407     1  0.0458     0.9793 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1092422     2  0.5578    -0.1290 0.000 0.492 0.360 0.000 0.148 0.000
#> SRR1380270     3  0.0993     0.8496 0.000 0.000 0.964 0.000 0.024 0.012
#> SRR1091817     2  0.4018     0.2641 0.000 0.580 0.000 0.412 0.008 0.000
#> SRR1440137     4  0.4147     0.2177 0.000 0.436 0.000 0.552 0.012 0.000
#> SRR614311      4  0.0725     0.7606 0.000 0.012 0.000 0.976 0.012 0.000
#> SRR1407516     4  0.4732     0.7024 0.000 0.116 0.000 0.732 0.036 0.116
#> SRR815494      3  0.2748     0.7713 0.000 0.000 0.848 0.000 0.024 0.128
#> SRR1333209     4  0.1411     0.7373 0.000 0.000 0.000 0.936 0.060 0.004
#> SRR615177      5  0.7302     0.2836 0.012 0.068 0.080 0.312 0.476 0.052
#> SRR1099648     3  0.0692     0.8483 0.000 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR659720      5  0.4302     0.4284 0.000 0.004 0.368 0.020 0.608 0.000
#> SRR2185057     1  0.0858     0.9748 0.968 0.000 0.000 0.000 0.028 0.004
#> SRR1467125     1  0.0865     0.9717 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR657468      5  0.4219     0.5228 0.008 0.004 0.072 0.124 0.780 0.012
#> SRR660042      6  0.2491     0.6096 0.000 0.000 0.112 0.000 0.020 0.868
#> SRR2170864     2  0.3852     0.3493 0.000 0.612 0.000 0.384 0.004 0.000
#> SRR1440491     4  0.4140     0.5952 0.000 0.024 0.000 0.688 0.008 0.280
#> SRR1440852     3  0.1349     0.8401 0.000 0.000 0.940 0.000 0.004 0.056
#> SRR811169      1  0.0146     0.9830 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1331311     4  0.1167     0.7621 0.000 0.020 0.000 0.960 0.008 0.012
#> SRR818009      1  0.0000     0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836     5  0.5679     0.0537 0.000 0.156 0.000 0.408 0.436 0.000
#> SRR1498313     2  0.1341     0.7144 0.000 0.948 0.024 0.000 0.028 0.000
#> SRR1441975     4  0.4146     0.5513 0.000 0.288 0.000 0.676 0.036 0.000
#> SRR819096      1  0.0713     0.9765 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1073679     3  0.6551     0.0330 0.000 0.000 0.468 0.116 0.336 0.080
#> SRR1489116     3  0.1296     0.8389 0.000 0.004 0.948 0.000 0.044 0.004
#> SRR1354138     3  0.3748     0.4998 0.000 0.000 0.688 0.000 0.012 0.300
#> SRR1490589     3  0.3878     0.7321 0.000 0.000 0.772 0.000 0.112 0.116
#> SRR1412987     4  0.1082     0.7514 0.000 0.000 0.000 0.956 0.040 0.004
#> SRR602034      3  0.2450     0.7921 0.000 0.000 0.868 0.000 0.016 0.116
#> SRR1353437     1  0.0146     0.9837 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1072871     3  0.3905     0.4118 0.000 0.004 0.636 0.000 0.356 0.004
#> SRR661577      4  0.3436     0.7509 0.000 0.080 0.000 0.836 0.032 0.052
#> SRR612190      6  0.4245     0.4196 0.000 0.024 0.004 0.256 0.012 0.704
#> SRR1399880     1  0.0458     0.9820 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1101787     4  0.3833     0.0931 0.000 0.000 0.000 0.556 0.444 0.000
#> SRR657869      1  0.0632     0.9752 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1446332     1  0.0260     0.9834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR816039      1  0.0000     0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141     3  0.1802     0.8240 0.000 0.000 0.916 0.000 0.012 0.072
#> SRR1476697     1  0.0260     0.9834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1379538     4  0.0935     0.7585 0.000 0.000 0.000 0.964 0.032 0.004
#> SRR1331422     1  0.0260     0.9834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR660859      5  0.5071     0.5018 0.000 0.004 0.220 0.052 0.680 0.044
#> SRR1097594     1  0.0291     0.9829 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1311419     3  0.1686     0.8285 0.000 0.000 0.924 0.000 0.012 0.064
#> SRR1336706     3  0.1155     0.8422 0.000 0.004 0.956 0.000 0.036 0.004
#> SRR1472976     4  0.0858     0.7572 0.000 0.004 0.000 0.968 0.028 0.000
#> SRR1321307     1  0.0632     0.9752 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR807493      1  0.0000     0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461      3  0.0508     0.8485 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1477149     2  0.3633     0.6825 0.000 0.800 0.000 0.120 0.076 0.004
#> SRR1457397     3  0.1622     0.8494 0.000 0.016 0.940 0.000 0.028 0.016
#> SRR661913      6  0.3245     0.6062 0.000 0.000 0.228 0.000 0.008 0.764
#> SRR1069024     3  0.0858     0.8478 0.000 0.000 0.968 0.000 0.028 0.004
#> SRR2165634     1  0.0508     0.9802 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR1478722     3  0.2911     0.7635 0.000 0.000 0.832 0.000 0.024 0.144
#> SRR1328642     2  0.4004     0.5468 0.000 0.684 0.012 0.296 0.004 0.004
#> SRR1488261     6  0.3912     0.5495 0.000 0.000 0.340 0.000 0.012 0.648
#> SRR1318815     4  0.2331     0.7467 0.000 0.000 0.000 0.888 0.032 0.080
#> SRR816945      1  0.0632     0.9752 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1367432     4  0.4868     0.4673 0.000 0.076 0.000 0.592 0.332 0.000
#> SRR1359280     2  0.0363     0.7674 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1313910     4  0.2994     0.6181 0.000 0.000 0.000 0.788 0.208 0.004
#> SRR1457315     4  0.5076     0.2101 0.000 0.000 0.044 0.512 0.016 0.428
#> SRR815398      1  0.0632     0.9752 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR656958      3  0.1049     0.8468 0.000 0.000 0.960 0.000 0.032 0.008
#> SRR600688      6  0.4433     0.5084 0.000 0.024 0.040 0.176 0.012 0.748
#> SRR1098952     1  0.0146     0.9830 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1314916     3  0.2266     0.8047 0.000 0.000 0.880 0.000 0.012 0.108
#> SRR614167      6  0.4093     0.4359 0.000 0.000 0.404 0.000 0.012 0.584
#> SRR1348114     4  0.2146     0.7147 0.000 0.000 0.000 0.880 0.116 0.004
#> SRR658033      2  0.3304     0.7112 0.000 0.804 0.000 0.168 0.020 0.008
#> SRR1077503     3  0.1908     0.8097 0.000 0.004 0.900 0.000 0.096 0.000
#> SRR661854      3  0.4921     0.2778 0.000 0.008 0.584 0.000 0.056 0.352
#> SRR811379      4  0.2179     0.7504 0.000 0.000 0.000 0.900 0.036 0.064
#> SRR1318857     4  0.3133     0.6222 0.000 0.008 0.000 0.780 0.212 0.000
#> SRR656445      3  0.0909     0.8490 0.000 0.000 0.968 0.000 0.020 0.012
#> SRR1433044     2  0.0508     0.7670 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004 0.000
#> SRR1486391     1  0.0146     0.9838 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR656071      3  0.4581    -0.0516 0.000 0.000 0.516 0.000 0.036 0.448
#> SRR1364824     1  0.0260     0.9834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1379133     1  0.0363     0.9826 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1394169     1  0.0000     0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745      3  0.1285     0.8424 0.000 0.000 0.944 0.000 0.052 0.004
#> SRR601038      3  0.1003     0.8438 0.000 0.004 0.964 0.000 0.028 0.004
#> SRR1360080     1  0.0000     0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868      3  0.4117     0.0620 0.000 0.004 0.528 0.000 0.464 0.004
#> SRR1485997     1  0.0260     0.9834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1435560     4  0.3867    -0.0683 0.000 0.000 0.000 0.512 0.488 0.000
#> SRR1333330     1  0.0790     0.9744 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR663513      5  0.4355     0.5046 0.008 0.016 0.176 0.036 0.756 0.008
#> SRR1328407     3  0.4368     0.2843 0.000 0.004 0.604 0.016 0.372 0.004
#> SRR602784      3  0.0603     0.8484 0.000 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1348468     4  0.1644     0.7353 0.000 0.000 0.000 0.920 0.076 0.004
#> SRR663717      4  0.2595     0.6712 0.000 0.000 0.000 0.836 0.160 0.004
#> SRR602217      4  0.5085     0.2063 0.000 0.004 0.332 0.596 0.012 0.056
#> SRR603140      5  0.4191     0.4002 0.000 0.012 0.388 0.004 0.596 0.000
#> SRR1340804     1  0.0865     0.9717 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1457574     3  0.1196     0.8432 0.000 0.000 0.952 0.000 0.040 0.008
#> SRR1333462     2  0.0405     0.7651 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR1094601     1  0.0146     0.9837 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1434610     5  0.5506     0.5225 0.000 0.000 0.264 0.180 0.556 0.000
#> SRR1435833     4  0.1584     0.7618 0.000 0.064 0.000 0.928 0.008 0.000
#> SRR1398728     4  0.4024     0.5739 0.000 0.036 0.000 0.700 0.264 0.000
#> SRR1358343     4  0.3935     0.6950 0.052 0.016 0.000 0.788 0.140 0.004
#> SRR1410890     4  0.4281     0.6034 0.000 0.068 0.000 0.704 0.228 0.000
#> SRR1350371     1  0.0146     0.9830 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1392478     4  0.3487     0.6081 0.000 0.020 0.000 0.756 0.224 0.000
#> SRR1099260     3  0.1285     0.8371 0.000 0.004 0.944 0.000 0.052 0.000
#> SRR1433576     3  0.4652     0.5376 0.000 0.000 0.712 0.196 0.024 0.068
#> SRR1345541     6  0.2805     0.6151 0.000 0.000 0.184 0.000 0.004 0.812
#> SRR1086328     1  0.0260     0.9822 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR810391      3  0.2442     0.7791 0.000 0.000 0.852 0.000 0.004 0.144
#> SRR1476207     3  0.3565     0.5800 0.000 0.004 0.716 0.000 0.276 0.004
#> SRR627435      6  0.1476     0.5757 0.000 0.012 0.028 0.004 0.008 0.948
#> SRR1489862     1  0.0547     0.9801 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1419086     1  0.0000     0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.0363     0.9826 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1396191     3  0.2778     0.7504 0.000 0.000 0.824 0.000 0.008 0.168
#> SRR1490115     3  0.1668     0.8318 0.000 0.004 0.928 0.000 0.060 0.008
#> SRR1377714     3  0.4593     0.0797 0.000 0.472 0.492 0.000 0.036 0.000
#> SRR819394      1  0.0713     0.9765 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR663161      6  0.4886     0.1286 0.000 0.396 0.000 0.064 0.000 0.540
#> SRR607042      3  0.1124     0.8492 0.000 0.000 0.956 0.000 0.036 0.008
#> SRR656203      4  0.3128     0.7427 0.000 0.088 0.000 0.848 0.012 0.052
#> SRR660602      3  0.0777     0.8482 0.000 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR1440397     1  0.0146     0.9836 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1369264     1  0.0363     0.9809 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR809233      1  0.0458     0.9793 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR663249      4  0.1398     0.7500 0.000 0.008 0.000 0.940 0.052 0.000
#> SRR661242      4  0.4918     0.4020 0.000 0.016 0.012 0.580 0.020 0.372
#> SRR1332007     3  0.1938     0.8361 0.000 0.040 0.920 0.000 0.036 0.004
#> SRR809619      4  0.1625     0.7547 0.000 0.012 0.000 0.928 0.060 0.000
#> SRR819975      1  0.0458     0.9815 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR599281      2  0.3644     0.6092 0.000 0.732 0.000 0.252 0.008 0.008
#> SRR662366      3  0.1333     0.8449 0.000 0.000 0.944 0.000 0.008 0.048
#> SRR1317898     3  0.1444     0.8338 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1382485     4  0.2631     0.7184 0.000 0.000 0.000 0.840 0.008 0.152
#> SRR2166420     1  0.0777     0.9772 0.972 0.000 0.000 0.000 0.024 0.004
#> SRR1419429     1  0.0632     0.9785 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1092541     3  0.1141     0.8404 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR817444      3  0.1555     0.8330 0.000 0.000 0.932 0.004 0.060 0.004
#> SRR1320403     2  0.2631     0.6995 0.000 0.820 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1101483     4  0.3899     0.2208 0.000 0.000 0.000 0.592 0.404 0.004
#> SRR1331684     3  0.1155     0.8459 0.000 0.004 0.956 0.000 0.036 0.004
#> SRR1400054     6  0.4886     0.3692 0.000 0.000 0.416 0.032 0.016 0.536
#> SRR1406088     4  0.2176     0.7449 0.000 0.024 0.000 0.896 0.080 0.000
#> SRR820733      4  0.3872     0.6093 0.000 0.000 0.020 0.712 0.004 0.264
#> SRR1314113     6  0.4397     0.4276 0.000 0.000 0.012 0.072 0.188 0.728
#> SRR1382615     3  0.0692     0.8486 0.000 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR1480745     1  0.0000     0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850     2  0.1910     0.7480 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000 0.000
#> SRR656782      3  0.4063     0.1574 0.000 0.004 0.572 0.004 0.420 0.000
#> SRR821364      1  0.0291     0.9829 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1101106     1  0.0000     0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295      2  0.1036     0.7383 0.000 0.964 0.008 0.000 0.024 0.004
#> SRR1357103     3  0.1155     0.8432 0.000 0.004 0.956 0.000 0.036 0.004
#> SRR809185      4  0.2058     0.7572 0.000 0.012 0.000 0.916 0.024 0.048
#> SRR811583      2  0.3992     0.3989 0.000 0.624 0.000 0.364 0.000 0.012
#> SRR1468050     1  0.0458     0.9815 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1440224     4  0.3878     0.4685 0.000 0.348 0.000 0.644 0.004 0.004

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-NMF-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-NMF-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-NMF-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-NMF-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-NMF-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-NMF-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-NMF-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-NMF-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-NMF-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-NMF-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-NMF-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-NMF-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-NMF-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-NMF-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-NMF-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-NMF-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-NMF-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-NMF-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-NMF-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-NMF-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk MAD-NMF-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-NMF-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-NMF-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-NMF-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-NMF-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-NMF-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk MAD-NMF-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


ATC:hclust**

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["ATC", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:hclust"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 17314 rows and 500 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#>   Subgroups are detected by 'hclust' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 2.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk ATC-hclust-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk ATC-hclust-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 1.000           1.000       1.000         0.3577 0.643   0.643
#> 3 3 0.679           0.819       0.913         0.6833 0.735   0.588
#> 4 4 0.666           0.714       0.857         0.1278 0.887   0.722
#> 5 5 0.698           0.666       0.801         0.0513 0.919   0.756
#> 6 6 0.692           0.646       0.807         0.0686 0.898   0.656

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 2

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>            class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1500170     2       0          1  0  1
#> SRR1402368     2       0          1  0  1
#> SRR607743      2       0          1  0  1
#> SRR1457375     2       0          1  0  1
#> SRR1470923     1       0          1  1  0
#> SRR817954      1       0          1  1  0
#> SRR809259      1       0          1  1  0
#> SRR1439785     2       0          1  0  1
#> SRR814768      1       0          1  1  0
#> SRR1102031     2       0          1  0  1
#> SRR1363611     2       0          1  0  1
#> SRR1468447     2       0          1  0  1
#> SRR1071931     2       0          1  0  1
#> SRR810981      1       0          1  1  0
#> SRR615299      2       0          1  0  1
#> SRR663585      2       0          1  0  1
#> SRR1326773     2       0          1  0  1
#> SRR1351166     2       0          1  0  1
#> SRR1477452     1       0          1  1  0
#> SRR1084720     2       0          1  0  1
#> SRR1420320     2       0          1  0  1
#> SRR1081712     2       0          1  0  1
#> SRR1318241     2       0          1  0  1
#> SRR1333718     2       0          1  0  1
#> SRR1313514     2       0          1  0  1
#> SRR1477861     2       0          1  0  1
#> SRR1318005     2       0          1  0  1
#> SRR1354665     2       0          1  0  1
#> SRR657707      2       0          1  0  1
#> SRR1370742     2       0          1  0  1
#> SRR1412947     2       0          1  0  1
#> SRR661553      2       0          1  0  1
#> SRR1328869     1       0          1  1  0
#> SRR662211      2       0          1  0  1
#> SRR1348181     2       0          1  0  1
#> SRR1416560     2       0          1  0  1
#> SRR1319772     2       0          1  0  1
#> SRR1091452     2       0          1  0  1
#> SRR1338812     1       0          1  1  0
#> SRR1392072     2       0          1  0  1
#> SRR814844      2       0          1  0  1
#> SRR1376619     2       0          1  0  1
#> SRR603690      2       0          1  0  1
#> SRR2184980     2       0          1  0  1
#> SRR613963      2       0          1  0  1
#> SRR1323422     1       0          1  1  0
#> SRR1397673     2       0          1  0  1
#> SRR1434650     2       0          1  0  1
#> SRR659875      2       0          1  0  1
#> SRR1465734     2       0          1  0  1
#> SRR1076847     2       0          1  0  1
#> SRR1415072     1       0          1  1  0
#> SRR659319      2       0          1  0  1
#> SRR663088      2       0          1  0  1
#> SRR1352021     1       0          1  1  0
#> SRR1325527     1       0          1  1  0
#> SRR1105369     1       0          1  1  0
#> SRR659935      2       0          1  0  1
#> SRR1352530     2       0          1  0  1
#> SRR662594      2       0          1  0  1
#> SRR1095309     1       0          1  1  0
#> SRR615647      2       0          1  0  1
#> SRR813019      2       0          1  0  1
#> SRR1374647     2       0          1  0  1
#> SRR603472      2       0          1  0  1
#> SRR661529      2       0          1  0  1
#> SRR607018      2       0          1  0  1
#> SRR627423      2       0          1  0  1
#> SRR654921      2       0          1  0  1
#> SRR1418968     1       0          1  1  0
#> SRR660871      2       0          1  0  1
#> SRR1330522     2       0          1  0  1
#> SRR1499958     2       0          1  0  1
#> SRR614059      2       0          1  0  1
#> SRR1071403     1       0          1  1  0
#> SRR1486719     2       0          1  0  1
#> SRR1440421     2       0          1  0  1
#> SRR1310412     2       0          1  0  1
#> SRR614767      2       0          1  0  1
#> SRR820709      1       0          1  1  0
#> SRR1471500     1       0          1  1  0
#> SRR658093      2       0          1  0  1
#> SRR1088168     2       0          1  0  1
#> SRR1418707     2       0          1  0  1
#> SRR1354291     2       0          1  0  1
#> SRR2165806     1       0          1  1  0
#> SRR1415684     2       0          1  0  1
#> SRR1433860     2       0          1  0  1
#> SRR1311062     2       0          1  0  1
#> SRR1360359     1       0          1  1  0
#> SRR661385      2       0          1  0  1
#> SRR615407      2       0          1  0  1
#> SRR1413892     2       0          1  0  1
#> SRR1443459     2       0          1  0  1
#> SRR1338942     1       0          1  1  0
#> SRR657480      2       0          1  0  1
#> SRR1399433     2       0          1  0  1
#> SRR818537      2       0          1  0  1
#> SRR1101324     2       0          1  0  1
#> SRR807637      2       0          1  0  1
#> SRR1091918     1       0          1  1  0
#> SRR598300      2       0          1  0  1
#> SRR1085426     1       0          1  1  0
#> SRR1376294     2       0          1  0  1
#> SRR813891      1       0          1  1  0
#> SRR1467431     2       0          1  0  1
#> SRR658742      2       0          1  0  1
#> SRR1419234     1       0          1  1  0
#> SRR1404813     2       0          1  0  1
#> SRR603496      2       0          1  0  1
#> SRR1407758     2       0          1  0  1
#> SRR810945      2       0          1  0  1
#> SRR817234      2       0          1  0  1
#> SRR1444852     2       0          1  0  1
#> SRR660378      2       0          1  0  1
#> SRR1467835     2       0          1  0  1
#> SRR1338964     2       0          1  0  1
#> SRR1079259     2       0          1  0  1
#> SRR1072345     2       0          1  0  1
#> SRR598725      2       0          1  0  1
#> SRR1447938     1       0          1  1  0
#> SRR1356397     1       0          1  1  0
#> SRR1360460     2       0          1  0  1
#> SRR1429468     2       0          1  0  1
#> SRR1446850     2       0          1  0  1
#> SRR1320363     2       0          1  0  1
#> SRR1413810     2       0          1  0  1
#> SRR598831      2       0          1  0  1
#> SRR1381865     1       0          1  1  0
#> SRR660957      2       0          1  0  1
#> SRR1491332     2       0          1  0  1
#> SRR1099744     2       0          1  0  1
#> SRR1464618     2       0          1  0  1
#> SRR1414559     2       0          1  0  1
#> SRR1337540     2       0          1  0  1
#> SRR1444283     1       0          1  1  0
#> SRR2184942     2       0          1  0  1
#> SRR660295      1       0          1  1  0
#> SRR601335      2       0          1  0  1
#> SRR1363742     2       0          1  0  1
#> SRR1345847     2       0          1  0  1
#> SRR614960      2       0          1  0  1
#> SRR819919      1       0          1  1  0
#> SRR603330      2       0          1  0  1
#> SRR1327951     1       0          1  1  0
#> SRR1401885     1       0          1  1  0
#> SRR1345266     2       0          1  0  1
#> SRR1338055     2       0          1  0  1
#> SRR1430157     2       0          1  0  1
#> SRR1320137     2       0          1  0  1
#> SRR1093483     1       0          1  1  0
#> SRR1341080     1       0          1  1  0
#> SRR1459913     2       0          1  0  1
#> SRR2170490     1       0          1  1  0
#> SRR1479845     2       0          1  0  1
#> SRR1436420     1       0          1  1  0
#> SRR1481060     2       0          1  0  1
#> SRR662282      2       0          1  0  1
#> SRR1487089     2       0          1  0  1
#> SRR1075683     1       0          1  1  0
#> SRR1338536     1       0          1  1  0
#> SRR1338880     2       0          1  0  1
#> SRR1453456     2       0          1  0  1
#> SRR1457895     1       0          1  1  0
#> SRR1440603     2       0          1  0  1
#> SRR658633      2       0          1  0  1
#> SRR1388081     2       0          1  0  1
#> SRR813339      2       0          1  0  1
#> SRR809725      1       0          1  1  0
#> SRR627441      2       0          1  0  1
#> SRR613603      2       0          1  0  1
#> SRR1096571     2       0          1  0  1
#> SRR1392701     1       0          1  1  0
#> SRR1344326     1       0          1  1  0
#> SRR1367693     2       0          1  0  1
#> SRR660697      2       0          1  0  1
#> SRR1489926     2       0          1  0  1
#> SRR811491      2       0          1  0  1
#> SRR1311644     2       0          1  0  1
#> SRR1451740     2       0          1  0  1
#> SRR615117      2       0          1  0  1
#> SRR1391748     2       0          1  0  1
#> SRR1466556     2       0          1  0  1
#> SRR614972      2       0          1  0  1
#> SRR1406200     1       0          1  1  0
#> SRR819210      2       0          1  0  1
#> SRR662174      1       0          1  1  0
#> SRR811988      1       0          1  1  0
#> SRR663236      2       0          1  0  1
#> SRR1312598     2       0          1  0  1
#> SRR1330129     2       0          1  0  1
#> SRR1357781     2       0          1  0  1
#> SRR1315517     2       0          1  0  1
#> SRR1400032     2       0          1  0  1
#> SRR1413722     1       0          1  1  0
#> SRR612827      2       0          1  0  1
#> SRR814794      1       0          1  1  0
#> SRR819430      1       0          1  1  0
#> SRR1395509     2       0          1  0  1
#> SRR808728      2       0          1  0  1
#> SRR1070813     2       0          1  0  1
#> SRR1389133     2       0          1  0  1
#> SRR601263      2       0          1  0  1
#> SRR604718      2       0          1  0  1
#> SRR1481351     2       0          1  0  1
#> SRR1334608     2       0          1  0  1
#> SRR658681      2       0          1  0  1
#> SRR809283      2       0          1  0  1
#> SRR1459300     1       0          1  1  0
#> SRR1392547     2       0          1  0  1
#> SRR811049      2       0          1  0  1
#> SRR1464835     2       0          1  0  1
#> SRR1339619     2       0          1  0  1
#> SRR658501      2       0          1  0  1
#> SRR1447523     2       0          1  0  1
#> SRR1415048     1       0          1  1  0
#> SRR1355451     1       0          1  1  0
#> SRR1444348     2       0          1  0  1
#> SRR603890      2       0          1  0  1
#> SRR810595      2       0          1  0  1
#> SRR1446244     2       0          1  0  1
#> SRR817373      2       0          1  0  1
#> SRR1457291     2       0          1  0  1
#> SRR598220      2       0          1  0  1
#> SRR1477991     2       0          1  0  1
#> SRR598172      2       0          1  0  1
#> SRR1349032     2       0          1  0  1
#> SRR604002      2       0          1  0  1
#> SRR1378026     2       0          1  0  1
#> SRR1404401     2       0          1  0  1
#> SRR1333240     2       0          1  0  1
#> SRR1089399     2       0          1  0  1
#> SRR603421      2       0          1  0  1
#> SRR812562      1       0          1  1  0
#> SRR808520      2       0          1  0  1
#> SRR811839      1       0          1  1  0
#> SRR814317      2       0          1  0  1
#> SRR1436763     2       0          1  0  1
#> SRR1486021     2       0          1  0  1
#> SRR1465018     2       0          1  0  1
#> SRR1080998     2       0          1  0  1
#> SRR1083432     2       0          1  0  1
#> SRR1082833     1       0          1  1  0
#> SRR1465804     1       0          1  1  0
#> SRR1326536     2       0          1  0  1
#> SRR614011      2       0          1  0  1
#> SRR1365873     2       0          1  0  1
#> SRR1498789     2       0          1  0  1
#> SRR601581      2       0          1  0  1
#> SRR603566      2       0          1  0  1
#> SRR1373981     1       0          1  1  0
#> SRR821410      2       0          1  0  1
#> SRR1076511     2       0          1  0  1
#> SRR614143      2       0          1  0  1
#> SRR1333570     2       0          1  0  1
#> SRR1366813     2       0          1  0  1
#> SRR1388746     1       0          1  1  0
#> SRR1420558     2       0          1  0  1
#> SRR1409510     2       0          1  0  1
#> SRR816250      2       0          1  0  1
#> SRR614131      2       0          1  0  1
#> SRR1331130     1       0          1  1  0
#> SRR1316015     2       0          1  0  1
#> SRR1470798     2       0          1  0  1
#> SRR614179      2       0          1  0  1
#> SRR1474863     2       0          1  0  1
#> SRR813560      2       0          1  0  1
#> SRR1312187     2       0          1  0  1
#> SRR1420960     2       0          1  0  1
#> SRR1355102     2       0          1  0  1
#> SRR1084577     2       0          1  0  1
#> SRR659971      2       0          1  0  1
#> SRR1350855     2       0          1  0  1
#> SRR820779      2       0          1  0  1
#> SRR1476300     2       0          1  0  1
#> SRR1090907     2       0          1  0  1
#> SRR662294      2       0          1  0  1
#> SRR1480789     2       0          1  0  1
#> SRR1336263     2       0          1  0  1
#> SRR660776      1       0          1  1  0
#> SRR1090508     2       0          1  0  1
#> SRR615563      2       0          1  0  1
#> SRR1101175     1       0          1  1  0
#> SRR2164650     2       0          1  0  1
#> SRR1431205     2       0          1  0  1
#> SRR1339856     2       0          1  0  1
#> SRR1352147     2       0          1  0  1
#> SRR808968      1       0          1  1  0
#> SRR627419      2       0          1  0  1
#> SRR1402391     1       0          1  1  0
#> SRR663609      2       0          1  0  1
#> SRR2167857     2       0          1  0  1
#> SRR1398752     1       0          1  1  0
#> SRR1469169     1       0          1  1  0
#> SRR1405437     2       0          1  0  1
#> SRR1416955     1       0          1  1  0
#> SRR1317064     2       0          1  0  1
#> SRR659001      2       0          1  0  1
#> SRR2170696     2       0          1  0  1
#> SRR816589      2       0          1  0  1
#> SRR1087487     2       0          1  0  1
#> SRR1329485     2       0          1  0  1
#> SRR816920      2       0          1  0  1
#> SRR1341432     1       0          1  1  0
#> SRR1361590     2       0          1  0  1
#> SRR817046      2       0          1  0  1
#> SRR1471331     2       0          1  0  1
#> SRR660788      2       0          1  0  1
#> SRR819234      1       0          1  1  0
#> SRR810853      2       0          1  0  1
#> SRR809427      2       0          1  0  1
#> SRR2170217     2       0          1  0  1
#> SRR1386967     2       0          1  0  1
#> SRR1420344     2       0          1  0  1
#> SRR1334535     1       0          1  1  0
#> SRR614503      2       0          1  0  1
#> SRR602564      2       0          1  0  1
#> SRR1420669     2       0          1  0  1
#> SRR819024      2       0          1  0  1
#> SRR656223      2       0          1  0  1
#> SRR608428      2       0          1  0  1
#> SRR1345647     1       0          1  1  0
#> SRR1389324     2       0          1  0  1
#> SRR1361368     2       0          1  0  1
#> SRR1322619     2       0          1  0  1
#> SRR1349276     2       0          1  0  1
#> SRR1404024     1       0          1  1  0
#> SRR1370637     2       0          1  0  1
#> SRR1452631     2       0          1  0  1
#> SRR608392      2       0          1  0  1
#> SRR1357757     2       0          1  0  1
#> SRR1074646     2       0          1  0  1
#> SRR1367499     2       0          1  0  1
#> SRR1343501     2       0          1  0  1
#> SRR1394406     2       0          1  0  1
#> SRR1381435     2       0          1  0  1
#> SRR1467407     1       0          1  1  0
#> SRR1092422     2       0          1  0  1
#> SRR1380270     2       0          1  0  1
#> SRR1091817     2       0          1  0  1
#> SRR1440137     2       0          1  0  1
#> SRR614311      2       0          1  0  1
#> SRR1407516     2       0          1  0  1
#> SRR815494      2       0          1  0  1
#> SRR1333209     2       0          1  0  1
#> SRR615177      2       0          1  0  1
#> SRR1099648     2       0          1  0  1
#> SRR659720      2       0          1  0  1
#> SRR2185057     1       0          1  1  0
#> SRR1467125     1       0          1  1  0
#> SRR657468      2       0          1  0  1
#> SRR660042      2       0          1  0  1
#> SRR2170864     2       0          1  0  1
#> SRR1440491     2       0          1  0  1
#> SRR1440852     2       0          1  0  1
#> SRR811169      1       0          1  1  0
#> SRR1331311     2       0          1  0  1
#> SRR818009      1       0          1  1  0
#> SRR1351836     2       0          1  0  1
#> SRR1498313     2       0          1  0  1
#> SRR1441975     2       0          1  0  1
#> SRR819096      1       0          1  1  0
#> SRR1073679     2       0          1  0  1
#> SRR1489116     2       0          1  0  1
#> SRR1354138     2       0          1  0  1
#> SRR1490589     2       0          1  0  1
#> SRR1412987     2       0          1  0  1
#> SRR602034      2       0          1  0  1
#> SRR1353437     1       0          1  1  0
#> SRR1072871     2       0          1  0  1
#> SRR661577      2       0          1  0  1
#> SRR612190      2       0          1  0  1
#> SRR1399880     1       0          1  1  0
#> SRR1101787     2       0          1  0  1
#> SRR657869      1       0          1  1  0
#> SRR1446332     1       0          1  1  0
#> SRR816039      1       0          1  1  0
#> SRR1485141     2       0          1  0  1
#> SRR1476697     1       0          1  1  0
#> SRR1379538     2       0          1  0  1
#> SRR1331422     1       0          1  1  0
#> SRR660859      2       0          1  0  1
#> SRR1097594     1       0          1  1  0
#> SRR1311419     2       0          1  0  1
#> SRR1336706     2       0          1  0  1
#> SRR1472976     2       0          1  0  1
#> SRR1321307     1       0          1  1  0
#> SRR807493      1       0          1  1  0
#> SRR812461      2       0          1  0  1
#> SRR1477149     2       0          1  0  1
#> SRR1457397     2       0          1  0  1
#> SRR661913      2       0          1  0  1
#> SRR1069024     2       0          1  0  1
#> SRR2165634     1       0          1  1  0
#> SRR1478722     2       0          1  0  1
#> SRR1328642     2       0          1  0  1
#> SRR1488261     2       0          1  0  1
#> SRR1318815     2       0          1  0  1
#> SRR816945      1       0          1  1  0
#> SRR1367432     2       0          1  0  1
#> SRR1359280     2       0          1  0  1
#> SRR1313910     2       0          1  0  1
#> SRR1457315     2       0          1  0  1
#> SRR815398      1       0          1  1  0
#> SRR656958      2       0          1  0  1
#> SRR600688      2       0          1  0  1
#> SRR1098952     1       0          1  1  0
#> SRR1314916     2       0          1  0  1
#> SRR614167      2       0          1  0  1
#> SRR1348114     2       0          1  0  1
#> SRR658033      2       0          1  0  1
#> SRR1077503     2       0          1  0  1
#> SRR661854      2       0          1  0  1
#> SRR811379      2       0          1  0  1
#> SRR1318857     2       0          1  0  1
#> SRR656445      2       0          1  0  1
#> SRR1433044     2       0          1  0  1
#> SRR1486391     1       0          1  1  0
#> SRR656071      2       0          1  0  1
#> SRR1364824     1       0          1  1  0
#> SRR1379133     1       0          1  1  0
#> SRR1394169     1       0          1  1  0
#> SRR816745      2       0          1  0  1
#> SRR601038      2       0          1  0  1
#> SRR1360080     1       0          1  1  0
#> SRR814868      2       0          1  0  1
#> SRR1485997     1       0          1  1  0
#> SRR1435560     2       0          1  0  1
#> SRR1333330     1       0          1  1  0
#> SRR663513      2       0          1  0  1
#> SRR1328407     2       0          1  0  1
#> SRR602784      2       0          1  0  1
#> SRR1348468     2       0          1  0  1
#> SRR663717      2       0          1  0  1
#> SRR602217      2       0          1  0  1
#> SRR603140      2       0          1  0  1
#> SRR1340804     1       0          1  1  0
#> SRR1457574     2       0          1  0  1
#> SRR1333462     2       0          1  0  1
#> SRR1094601     1       0          1  1  0
#> SRR1434610     2       0          1  0  1
#> SRR1435833     2       0          1  0  1
#> SRR1398728     2       0          1  0  1
#> SRR1358343     2       0          1  0  1
#> SRR1410890     2       0          1  0  1
#> SRR1350371     1       0          1  1  0
#> SRR1392478     2       0          1  0  1
#> SRR1099260     2       0          1  0  1
#> SRR1433576     2       0          1  0  1
#> SRR1345541     2       0          1  0  1
#> SRR1086328     1       0          1  1  0
#> SRR810391      2       0          1  0  1
#> SRR1476207     2       0          1  0  1
#> SRR627435      2       0          1  0  1
#> SRR1489862     1       0          1  1  0
#> SRR1419086     1       0          1  1  0
#> SRR1436539     1       0          1  1  0
#> SRR1396191     2       0          1  0  1
#> SRR1490115     2       0          1  0  1
#> SRR1377714     2       0          1  0  1
#> SRR819394      1       0          1  1  0
#> SRR663161      2       0          1  0  1
#> SRR607042      2       0          1  0  1
#> SRR656203      2       0          1  0  1
#> SRR660602      2       0          1  0  1
#> SRR1440397     1       0          1  1  0
#> SRR1369264     1       0          1  1  0
#> SRR809233      1       0          1  1  0
#> SRR663249      2       0          1  0  1
#> SRR661242      2       0          1  0  1
#> SRR1332007     2       0          1  0  1
#> SRR809619      2       0          1  0  1
#> SRR819975      1       0          1  1  0
#> SRR599281      2       0          1  0  1
#> SRR662366      2       0          1  0  1
#> SRR1317898     2       0          1  0  1
#> SRR1382485     2       0          1  0  1
#> SRR2166420     1       0          1  1  0
#> SRR1419429     1       0          1  1  0
#> SRR1092541     2       0          1  0  1
#> SRR817444      2       0          1  0  1
#> SRR1320403     2       0          1  0  1
#> SRR1101483     2       0          1  0  1
#> SRR1331684     2       0          1  0  1
#> SRR1400054     2       0          1  0  1
#> SRR1406088     2       0          1  0  1
#> SRR820733      2       0          1  0  1
#> SRR1314113     2       0          1  0  1
#> SRR1382615     2       0          1  0  1
#> SRR1480745     1       0          1  1  0
#> SRR1468850     2       0          1  0  1
#> SRR656782      2       0          1  0  1
#> SRR821364      1       0          1  1  0
#> SRR1101106     1       0          1  1  0
#> SRR659295      2       0          1  0  1
#> SRR1357103     2       0          1  0  1
#> SRR809185      2       0          1  0  1
#> SRR811583      2       0          1  0  1
#> SRR1468050     1       0          1  1  0
#> SRR1440224     2       0          1  0  1

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>            class entropy silhouette p1    p2    p3
#> SRR1500170     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1402368     3  0.3340     0.8166  0 0.120 0.880
#> SRR607743      2  0.6204     0.1342  0 0.576 0.424
#> SRR1457375     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1470923     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR817954      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR809259      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1439785     3  0.6280     0.3409  0 0.460 0.540
#> SRR814768      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1102031     2  0.3340     0.8294  0 0.880 0.120
#> SRR1363611     2  0.5810     0.4332  0 0.664 0.336
#> SRR1468447     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1071931     2  0.6154     0.2212  0 0.592 0.408
#> SRR810981      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR615299      2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR663585      2  0.1643     0.8808  0 0.956 0.044
#> SRR1326773     2  0.1031     0.8889  0 0.976 0.024
#> SRR1351166     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1477452     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1084720     2  0.1964     0.8752  0 0.944 0.056
#> SRR1420320     3  0.4702     0.7727  0 0.212 0.788
#> SRR1081712     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1318241     3  0.6111     0.5125  0 0.396 0.604
#> SRR1333718     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1313514     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1477861     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1318005     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1354665     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR657707      3  0.5810     0.6328  0 0.336 0.664
#> SRR1370742     2  0.6309    -0.1886  0 0.504 0.496
#> SRR1412947     2  0.1643     0.8818  0 0.956 0.044
#> SRR661553      3  0.3267     0.8168  0 0.116 0.884
#> SRR1328869     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR662211      2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1348181     2  0.3619     0.8137  0 0.864 0.136
#> SRR1416560     3  0.6309     0.2120  0 0.496 0.504
#> SRR1319772     3  0.6302     0.2735  0 0.480 0.520
#> SRR1091452     2  0.6062     0.3082  0 0.616 0.384
#> SRR1338812     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1392072     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR814844      3  0.0000     0.7901  0 0.000 1.000
#> SRR1376619     2  0.2356     0.8662  0 0.928 0.072
#> SRR603690      2  0.2959     0.8465  0 0.900 0.100
#> SRR2184980     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR613963      3  0.0000     0.7901  0 0.000 1.000
#> SRR1323422     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1397673     2  0.3192     0.8352  0 0.888 0.112
#> SRR1434650     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR659875      2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1465734     2  0.5327     0.6038  0 0.728 0.272
#> SRR1076847     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1415072     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR659319      2  0.0237     0.8948  0 0.996 0.004
#> SRR663088      3  0.0000     0.7901  0 0.000 1.000
#> SRR1352021     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1325527     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR659935      3  0.5178     0.7355  0 0.256 0.744
#> SRR1352530     2  0.3340     0.8291  0 0.880 0.120
#> SRR662594      3  0.3686     0.8118  0 0.140 0.860
#> SRR1095309     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR615647      2  0.4399     0.7500  0 0.812 0.188
#> SRR813019      2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1374647     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR603472      2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR661529      3  0.4062     0.8018  0 0.164 0.836
#> SRR607018      2  0.0237     0.8948  0 0.996 0.004
#> SRR627423      3  0.5465     0.6972  0 0.288 0.712
#> SRR654921      3  0.0000     0.7901  0 0.000 1.000
#> SRR1418968     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR660871      2  0.6309    -0.1874  0 0.504 0.496
#> SRR1330522     2  0.4235     0.7663  0 0.824 0.176
#> SRR1499958     2  0.1163     0.8878  0 0.972 0.028
#> SRR614059      3  0.0000     0.7901  0 0.000 1.000
#> SRR1071403     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1486719     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1440421     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1310412     3  0.3551     0.8140  0 0.132 0.868
#> SRR614767      2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR820709      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR658093      2  0.0424     0.8939  0 0.992 0.008
#> SRR1088168     2  0.0424     0.8939  0 0.992 0.008
#> SRR1418707     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1354291     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR2165806     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1415684     3  0.4504     0.7841  0 0.196 0.804
#> SRR1433860     2  0.1529     0.8826  0 0.960 0.040
#> SRR1311062     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1360359     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR661385      2  0.3340     0.8291  0 0.880 0.120
#> SRR615407      2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1413892     2  0.0237     0.8948  0 0.996 0.004
#> SRR1443459     2  0.2165     0.8705  0 0.936 0.064
#> SRR1338942     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR657480      2  0.5621     0.5257  0 0.692 0.308
#> SRR1399433     2  0.6154     0.2058  0 0.592 0.408
#> SRR818537      2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1101324     3  0.0000     0.7901  0 0.000 1.000
#> SRR807637      3  0.1411     0.8090  0 0.036 0.964
#> SRR1091918     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR598300      3  0.2165     0.8139  0 0.064 0.936
#> SRR1085426     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1376294     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR813891      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1467431     2  0.1643     0.8809  0 0.956 0.044
#> SRR658742      3  0.0000     0.7901  0 0.000 1.000
#> SRR1419234     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1404813     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR603496      2  0.3038     0.8416  0 0.896 0.104
#> SRR1407758     2  0.1753     0.8789  0 0.952 0.048
#> SRR810945      2  0.0892     0.8908  0 0.980 0.020
#> SRR817234      2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1444852     2  0.4235     0.7663  0 0.824 0.176
#> SRR660378      2  0.1643     0.8819  0 0.956 0.044
#> SRR1467835     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1338964     3  0.6062     0.5398  0 0.384 0.616
#> SRR1079259     3  0.5465     0.6992  0 0.288 0.712
#> SRR1072345     3  0.4654     0.7754  0 0.208 0.792
#> SRR598725      3  0.4605     0.7792  0 0.204 0.796
#> SRR1447938     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1356397     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1360460     3  0.4555     0.7813  0 0.200 0.800
#> SRR1429468     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1446850     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1320363     2  0.5216     0.6269  0 0.740 0.260
#> SRR1413810     2  0.1529     0.8826  0 0.960 0.040
#> SRR598831      2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1381865     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR660957      3  0.6280     0.3423  0 0.460 0.540
#> SRR1491332     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1099744     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1464618     3  0.5291     0.7239  0 0.268 0.732
#> SRR1414559     3  0.0000     0.7901  0 0.000 1.000
#> SRR1337540     3  0.0000     0.7901  0 0.000 1.000
#> SRR1444283     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR2184942     3  0.5948     0.5862  0 0.360 0.640
#> SRR660295      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR601335      2  0.1643     0.8808  0 0.956 0.044
#> SRR1363742     2  0.0424     0.8939  0 0.992 0.008
#> SRR1345847     2  0.2066     0.8733  0 0.940 0.060
#> SRR614960      3  0.2165     0.8139  0 0.064 0.936
#> SRR819919      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR603330      2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1327951     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1345266     2  0.3116     0.8405  0 0.892 0.108
#> SRR1338055     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1430157     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1320137     2  0.3879     0.7963  0 0.848 0.152
#> SRR1093483     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1341080     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1459913     3  0.6267     0.3665  0 0.452 0.548
#> SRR2170490     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1479845     2  0.4750     0.7078  0 0.784 0.216
#> SRR1436420     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1481060     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR662282      2  0.0592     0.8929  0 0.988 0.012
#> SRR1487089     3  0.0000     0.7901  0 0.000 1.000
#> SRR1075683     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1338536     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1338880     2  0.4654     0.7226  0 0.792 0.208
#> SRR1453456     2  0.3619     0.8125  0 0.864 0.136
#> SRR1457895     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1440603     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR658633      2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1388081     2  0.4796     0.7028  0 0.780 0.220
#> SRR813339      3  0.6295     0.3018  0 0.472 0.528
#> SRR809725      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR627441      2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR613603      3  0.2959     0.8179  0 0.100 0.900
#> SRR1096571     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1392701     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1344326     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1367693     2  0.4178     0.7671  0 0.828 0.172
#> SRR660697      3  0.5968     0.5823  0 0.364 0.636
#> SRR1489926     2  0.4002     0.7871  0 0.840 0.160
#> SRR811491      2  0.6309    -0.1886  0 0.504 0.496
#> SRR1311644     3  0.0000     0.7901  0 0.000 1.000
#> SRR1451740     2  0.6154     0.2018  0 0.592 0.408
#> SRR615117      2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1391748     3  0.0424     0.7952  0 0.008 0.992
#> SRR1466556     2  0.6291    -0.0653  0 0.532 0.468
#> SRR614972      3  0.6280     0.3423  0 0.460 0.540
#> SRR1406200     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR819210      3  0.3412     0.8158  0 0.124 0.876
#> SRR662174      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR811988      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR663236      3  0.3267     0.8168  0 0.116 0.884
#> SRR1312598     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1330129     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1357781     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1315517     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1400032     2  0.6154     0.2018  0 0.592 0.408
#> SRR1413722     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR612827      3  0.6309     0.2177  0 0.496 0.504
#> SRR814794      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR819430      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1395509     3  0.2165     0.8159  0 0.064 0.936
#> SRR808728      2  0.0424     0.8939  0 0.992 0.008
#> SRR1070813     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1389133     3  0.2165     0.8139  0 0.064 0.936
#> SRR601263      3  0.5905     0.6019  0 0.352 0.648
#> SRR604718      3  0.3412     0.8158  0 0.124 0.876
#> SRR1481351     2  0.3038     0.8416  0 0.896 0.104
#> SRR1334608     2  0.0237     0.8948  0 0.996 0.004
#> SRR658681      2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR809283      3  0.0000     0.7901  0 0.000 1.000
#> SRR1459300     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1392547     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR811049      3  0.4750     0.7695  0 0.216 0.784
#> SRR1464835     3  0.0000     0.7901  0 0.000 1.000
#> SRR1339619     2  0.2066     0.8727  0 0.940 0.060
#> SRR658501      2  0.6244     0.0691  0 0.560 0.440
#> SRR1447523     3  0.3752     0.8104  0 0.144 0.856
#> SRR1415048     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1444348     2  0.3752     0.8033  0 0.856 0.144
#> SRR603890      2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR810595      2  0.3412     0.8245  0 0.876 0.124
#> SRR1446244     2  0.3752     0.8033  0 0.856 0.144
#> SRR817373      2  0.6308    -0.1779  0 0.508 0.492
#> SRR1457291     2  0.0237     0.8948  0 0.996 0.004
#> SRR598220      2  0.5835     0.4213  0 0.660 0.340
#> SRR1477991     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR598172      2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1349032     3  0.5882     0.5989  0 0.348 0.652
#> SRR604002      2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1378026     2  0.3482     0.8213  0 0.872 0.128
#> SRR1404401     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1333240     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1089399     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR603421      2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR812562      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR808520      2  0.0424     0.8939  0 0.992 0.008
#> SRR811839      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR814317      2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1436763     3  0.0000     0.7901  0 0.000 1.000
#> SRR1486021     2  0.0237     0.8948  0 0.996 0.004
#> SRR1465018     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1080998     3  0.6062     0.5398  0 0.384 0.616
#> SRR1083432     2  0.3192     0.8352  0 0.888 0.112
#> SRR1082833     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1326536     2  0.6291    -0.0655  0 0.532 0.468
#> SRR614011      2  0.2165     0.8705  0 0.936 0.064
#> SRR1365873     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1498789     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR601581      3  0.5291     0.7239  0 0.268 0.732
#> SRR603566      2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1373981     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR821410      2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1076511     3  0.0000     0.7901  0 0.000 1.000
#> SRR614143      2  0.5138     0.6400  0 0.748 0.252
#> SRR1333570     3  0.4555     0.7819  0 0.200 0.800
#> SRR1366813     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1388746     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1420558     3  0.2165     0.8139  0 0.064 0.936
#> SRR1409510     2  0.3482     0.8220  0 0.872 0.128
#> SRR816250      2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR614131      2  0.4931     0.6815  0 0.768 0.232
#> SRR1331130     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1316015     2  0.6204     0.1381  0 0.576 0.424
#> SRR1470798     2  0.2448     0.8638  0 0.924 0.076
#> SRR614179      2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1474863     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR813560      2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1312187     3  0.2878     0.8183  0 0.096 0.904
#> SRR1420960     2  0.2066     0.8730  0 0.940 0.060
#> SRR1355102     3  0.6295     0.3018  0 0.472 0.528
#> SRR1084577     2  0.1964     0.8752  0 0.944 0.056
#> SRR659971      2  0.1289     0.8863  0 0.968 0.032
#> SRR1350855     3  0.0424     0.7952  0 0.008 0.992
#> SRR820779      2  0.4399     0.7500  0 0.812 0.188
#> SRR1476300     3  0.6280     0.3423  0 0.460 0.540
#> SRR1090907     3  0.2878     0.8183  0 0.096 0.904
#> SRR662294      2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1480789     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1336263     3  0.2537     0.8172  0 0.080 0.920
#> SRR660776      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1090508     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR615563      3  0.0237     0.7929  0 0.004 0.996
#> SRR1101175     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR2164650     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1431205     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1339856     3  0.5431     0.7057  0 0.284 0.716
#> SRR1352147     2  0.3038     0.8434  0 0.896 0.104
#> SRR808968      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR627419      2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1402391     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR663609      2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR2167857     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1398752     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1405437     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1416955     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1317064     2  0.3879     0.7963  0 0.848 0.152
#> SRR659001      3  0.1643     0.8115  0 0.044 0.956
#> SRR2170696     3  0.0747     0.8000  0 0.016 0.984
#> SRR816589      2  0.3192     0.8352  0 0.888 0.112
#> SRR1087487     2  0.0592     0.8927  0 0.988 0.012
#> SRR1329485     2  0.3412     0.8254  0 0.876 0.124
#> SRR816920      3  0.2165     0.8160  0 0.064 0.936
#> SRR1341432     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1361590     3  0.0000     0.7901  0 0.000 1.000
#> SRR817046      2  0.4235     0.7663  0 0.824 0.176
#> SRR1471331     2  0.1860     0.8769  0 0.948 0.052
#> SRR660788      3  0.0237     0.7929  0 0.004 0.996
#> SRR819234      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR810853      2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR809427      3  0.1860     0.8138  0 0.052 0.948
#> SRR2170217     3  0.0000     0.7901  0 0.000 1.000
#> SRR1386967     2  0.1964     0.8752  0 0.944 0.056
#> SRR1420344     2  0.1163     0.8878  0 0.972 0.028
#> SRR1334535     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR614503      3  0.2711     0.8180  0 0.088 0.912
#> SRR602564      3  0.5882     0.6111  0 0.348 0.652
#> SRR1420669     3  0.3551     0.8136  0 0.132 0.868
#> SRR819024      3  0.6280     0.3423  0 0.460 0.540
#> SRR656223      2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR608428      2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1345647     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1389324     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1361368     2  0.5431     0.5679  0 0.716 0.284
#> SRR1322619     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1349276     3  0.2537     0.8172  0 0.080 0.920
#> SRR1404024     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1370637     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1452631     3  0.0000     0.7901  0 0.000 1.000
#> SRR608392      2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1357757     3  0.5882     0.6136  0 0.348 0.652
#> SRR1074646     3  0.1753     0.8128  0 0.048 0.952
#> SRR1367499     2  0.3192     0.8352  0 0.888 0.112
#> SRR1343501     2  0.0424     0.8939  0 0.992 0.008
#> SRR1394406     3  0.3551     0.8140  0 0.132 0.868
#> SRR1381435     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1467407     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1092422     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1380270     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1091817     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1440137     2  0.0237     0.8948  0 0.996 0.004
#> SRR614311      3  0.5835     0.6124  0 0.340 0.660
#> SRR1407516     3  0.5431     0.7035  0 0.284 0.716
#> SRR815494      2  0.4121     0.7767  0 0.832 0.168
#> SRR1333209     3  0.5178     0.7355  0 0.256 0.744
#> SRR615177      3  0.0000     0.7901  0 0.000 1.000
#> SRR1099648     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR659720      2  0.6026     0.3195  0 0.624 0.376
#> SRR2185057     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1467125     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR657468      3  0.0000     0.7901  0 0.000 1.000
#> SRR660042      3  0.0000     0.7901  0 0.000 1.000
#> SRR2170864     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1440491     3  0.6140     0.4957  0 0.404 0.596
#> SRR1440852     2  0.3619     0.8125  0 0.864 0.136
#> SRR811169      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1331311     3  0.5178     0.7355  0 0.256 0.744
#> SRR818009      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1351836     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1498313     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1441975     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR819096      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1073679     2  0.2448     0.8641  0 0.924 0.076
#> SRR1489116     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1354138     2  0.1860     0.8769  0 0.948 0.052
#> SRR1490589     3  0.3752     0.8104  0 0.144 0.856
#> SRR1412987     3  0.0000     0.7901  0 0.000 1.000
#> SRR602034      2  0.3816     0.8002  0 0.852 0.148
#> SRR1353437     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1072871     2  0.6026     0.3195  0 0.624 0.376
#> SRR661577      3  0.2796     0.8180  0 0.092 0.908
#> SRR612190      3  0.4605     0.7802  0 0.204 0.796
#> SRR1399880     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1101787     3  0.2878     0.8183  0 0.096 0.904
#> SRR657869      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1446332     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR816039      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1485141     2  0.2066     0.8730  0 0.940 0.060
#> SRR1476697     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1379538     3  0.5058     0.7468  0 0.244 0.756
#> SRR1331422     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR660859      3  0.3551     0.8140  0 0.132 0.868
#> SRR1097594     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1311419     2  0.1529     0.8826  0 0.960 0.040
#> SRR1336706     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1472976     3  0.3412     0.8158  0 0.124 0.876
#> SRR1321307     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR807493      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR812461      2  0.3192     0.8352  0 0.888 0.112
#> SRR1477149     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1457397     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR661913      3  0.4605     0.7792  0 0.204 0.796
#> SRR1069024     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR2165634     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1478722     2  0.5431     0.5761  0 0.716 0.284
#> SRR1328642     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1488261     3  0.0000     0.7901  0 0.000 1.000
#> SRR1318815     3  0.0000     0.7901  0 0.000 1.000
#> SRR816945      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1367432     3  0.0000     0.7901  0 0.000 1.000
#> SRR1359280     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1313910     2  0.2066     0.8733  0 0.940 0.060
#> SRR1457315     3  0.3752     0.8099  0 0.144 0.856
#> SRR815398      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR656958      2  0.3879     0.7960  0 0.848 0.152
#> SRR600688      3  0.5810     0.6302  0 0.336 0.664
#> SRR1098952     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1314916     2  0.3412     0.8254  0 0.876 0.124
#> SRR614167      3  0.6267     0.3665  0 0.452 0.548
#> SRR1348114     2  0.4121     0.7728  0 0.832 0.168
#> SRR658033      2  0.2959     0.8465  0 0.900 0.100
#> SRR1077503     2  0.3038     0.8416  0 0.896 0.104
#> SRR661854      2  0.5560     0.5395  0 0.700 0.300
#> SRR811379      3  0.4605     0.7788  0 0.204 0.796
#> SRR1318857     2  0.0592     0.8927  0 0.988 0.012
#> SRR656445      2  0.0424     0.8939  0 0.992 0.008
#> SRR1433044     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1486391     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR656071      3  0.2165     0.8139  0 0.064 0.936
#> SRR1364824     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1379133     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR816745      2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR601038      2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1360080     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR814868      3  0.2959     0.8179  0 0.100 0.900
#> SRR1485997     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1435560     3  0.2165     0.8160  0 0.064 0.936
#> SRR1333330     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR663513      3  0.2878     0.8181  0 0.096 0.904
#> SRR1328407     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR602784      2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1348468     3  0.0000     0.7901  0 0.000 1.000
#> SRR663717      3  0.4452     0.7864  0 0.192 0.808
#> SRR602217      2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR603140      3  0.5905     0.6019  0 0.352 0.648
#> SRR1340804     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1457574     2  0.4235     0.7680  0 0.824 0.176
#> SRR1333462     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1094601     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1434610     3  0.2066     0.8153  0 0.060 0.940
#> SRR1435833     3  0.4605     0.7789  0 0.204 0.796
#> SRR1398728     2  0.2165     0.8705  0 0.936 0.064
#> SRR1358343     3  0.0000     0.7901  0 0.000 1.000
#> SRR1410890     2  0.1643     0.8809  0 0.956 0.044
#> SRR1350371     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1392478     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1099260     2  0.0237     0.8948  0 0.996 0.004
#> SRR1433576     2  0.4346     0.7580  0 0.816 0.184
#> SRR1345541     3  0.3879     0.8076  0 0.152 0.848
#> SRR1086328     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR810391      3  0.6274     0.3541  0 0.456 0.544
#> SRR1476207     3  0.5882     0.6076  0 0.348 0.652
#> SRR627435      2  0.6008     0.3335  0 0.628 0.372
#> SRR1489862     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1419086     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1396191     3  0.6280     0.3423  0 0.460 0.540
#> SRR1490115     2  0.6305    -0.1378  0 0.516 0.484
#> SRR1377714     2  0.6215     0.1168  0 0.572 0.428
#> SRR819394      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR663161      3  0.0000     0.7901  0 0.000 1.000
#> SRR607042      2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR656203      2  0.5835     0.4213  0 0.660 0.340
#> SRR660602      2  0.0592     0.8929  0 0.988 0.012
#> SRR1440397     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1369264     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR809233      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR663249      2  0.0592     0.8927  0 0.988 0.012
#> SRR661242      2  0.4796     0.7028  0 0.780 0.220
#> SRR1332007     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR809619      2  0.3116     0.8398  0 0.892 0.108
#> SRR819975      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR599281      2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR662366      3  0.6280     0.3423  0 0.460 0.540
#> SRR1317898     2  0.6309    -0.1886  0 0.504 0.496
#> SRR1382485     3  0.5216     0.7313  0 0.260 0.740
#> SRR2166420     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1419429     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1092541     2  0.4178     0.7716  0 0.828 0.172
#> SRR817444      2  0.0424     0.8939  0 0.992 0.008
#> SRR1320403     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1101483     2  0.2165     0.8705  0 0.936 0.064
#> SRR1331684     2  0.3816     0.7999  0 0.852 0.148
#> SRR1400054     3  0.0237     0.7929  0 0.004 0.996
#> SRR1406088     2  0.2165     0.8705  0 0.936 0.064
#> SRR820733      3  0.1753     0.8128  0 0.048 0.952
#> SRR1314113     3  0.0000     0.7901  0 0.000 1.000
#> SRR1382615     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1480745     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1468850     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR656782      3  0.6302     0.2735  0 0.480 0.520
#> SRR821364      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1101106     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR659295      2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR1357103     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000
#> SRR809185      2  0.5835     0.4511  0 0.660 0.340
#> SRR811583      3  0.4178     0.7983  0 0.172 0.828
#> SRR1468050     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1440224     2  0.0000     0.8954  0 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>            class entropy silhouette p1    p2    p3    p4
#> SRR1500170     2  0.0188    0.85437  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1402368     3  0.4914    0.29898  0 0.012 0.676 0.312
#> SRR607743      3  0.5161    0.50775  0 0.300 0.676 0.024
#> SRR1457375     2  0.0000    0.85500  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470923     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785     3  0.5180    0.59812  0 0.196 0.740 0.064
#> SRR814768      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031     2  0.4605    0.58541  0 0.664 0.336 0.000
#> SRR1363611     3  0.5550    0.19427  0 0.428 0.552 0.020
#> SRR1468447     2  0.0188    0.85437  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1071931     3  0.6726    0.39480  0 0.364 0.536 0.100
#> SRR810981      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299      2  0.0188    0.85437  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR663585      2  0.4040    0.71340  0 0.752 0.248 0.000
#> SRR1326773     2  0.2216    0.83156  0 0.908 0.092 0.000
#> SRR1351166     2  0.0707    0.85676  0 0.980 0.020 0.000
#> SRR1477452     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720     2  0.4134    0.69862  0 0.740 0.260 0.000
#> SRR1420320     3  0.4669    0.49060  0 0.036 0.764 0.200
#> SRR1081712     2  0.0188    0.85437  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1318241     3  0.5515    0.59241  0 0.152 0.732 0.116
#> SRR1333718     2  0.0921    0.85519  0 0.972 0.028 0.000
#> SRR1313514     2  0.0188    0.85437  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1477861     2  0.0188    0.85437  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1318005     2  0.0188    0.85437  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1354665     2  0.0817    0.85627  0 0.976 0.024 0.000
#> SRR657707      3  0.5423    0.57911  0 0.116 0.740 0.144
#> SRR1370742     3  0.3569    0.59034  0 0.196 0.804 0.000
#> SRR1412947     2  0.2973    0.79604  0 0.856 0.144 0.000
#> SRR661553      3  0.4040    0.36099  0 0.000 0.752 0.248
#> SRR1328869     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211      2  0.0188    0.85437  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1348181     2  0.4855    0.48280  0 0.600 0.400 0.000
#> SRR1416560     3  0.3486    0.59330  0 0.188 0.812 0.000
#> SRR1319772     3  0.5257    0.59300  0 0.212 0.728 0.060
#> SRR1091452     3  0.6607    0.35023  0 0.376 0.536 0.088
#> SRR1338812     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072     2  0.0188    0.85437  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR814844      4  0.0817    0.81779  0 0.000 0.024 0.976
#> SRR1376619     2  0.4356    0.65864  0 0.708 0.292 0.000
#> SRR603690      2  0.4382    0.64997  0 0.704 0.296 0.000
#> SRR2184980     2  0.0469    0.85675  0 0.988 0.012 0.000
#> SRR613963      4  0.1022    0.81867  0 0.000 0.032 0.968
#> SRR1323422     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673     2  0.4522    0.62033  0 0.680 0.320 0.000
#> SRR1434650     2  0.0188    0.85437  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR659875      2  0.0188    0.85437  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1465734     3  0.5768    0.03621  0 0.456 0.516 0.028
#> SRR1076847     2  0.0188    0.85437  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1415072     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319      2  0.2011    0.83907  0 0.920 0.080 0.000
#> SRR663088      4  0.0817    0.81779  0 0.000 0.024 0.976
#> SRR1352021     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935      3  0.4663    0.54474  0 0.064 0.788 0.148
#> SRR1352530     2  0.4713    0.55443  0 0.640 0.360 0.000
#> SRR662594      3  0.3801    0.39827  0 0.000 0.780 0.220
#> SRR1095309     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647      2  0.4989    0.28785  0 0.528 0.472 0.000
#> SRR813019      2  0.0376    0.85526  0 0.992 0.004 0.004
#> SRR1374647     2  0.0469    0.85675  0 0.988 0.012 0.000
#> SRR603472      2  0.0188    0.85437  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR661529      3  0.3528    0.43311  0 0.000 0.808 0.192
#> SRR607018      2  0.1557    0.84845  0 0.944 0.056 0.000
#> SRR627423      3  0.1576    0.51177  0 0.004 0.948 0.048
#> SRR654921      4  0.0817    0.81779  0 0.000 0.024 0.976
#> SRR1418968     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871      3  0.3569    0.58994  0 0.196 0.804 0.000
#> SRR1330522     2  0.4972    0.32968  0 0.544 0.456 0.000
#> SRR1499958     2  0.2647    0.81046  0 0.880 0.120 0.000
#> SRR614059      4  0.4543    0.70310  0 0.000 0.324 0.676
#> SRR1071403     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719     2  0.0188    0.85437  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1440421     2  0.0188    0.85437  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1310412     3  0.3907    0.38742  0 0.000 0.768 0.232
#> SRR614767      2  0.0469    0.85675  0 0.988 0.012 0.000
#> SRR820709      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093      2  0.1792    0.84403  0 0.932 0.068 0.000
#> SRR1088168     2  0.1716    0.84573  0 0.936 0.064 0.000
#> SRR1418707     2  0.0188    0.85437  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1354291     2  0.0188    0.85437  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR2165806     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684     3  0.4182    0.48266  0 0.024 0.796 0.180
#> SRR1433860     2  0.3528    0.76579  0 0.808 0.192 0.000
#> SRR1311062     2  0.0188    0.85437  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1360359     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385      2  0.4730    0.54622  0 0.636 0.364 0.000
#> SRR615407      2  0.0469    0.85675  0 0.988 0.012 0.000
#> SRR1413892     2  0.1557    0.84845  0 0.944 0.056 0.000
#> SRR1443459     2  0.3764    0.74078  0 0.784 0.216 0.000
#> SRR1338942     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480      3  0.6257    0.13406  0 0.436 0.508 0.056
#> SRR1399433     3  0.6136    0.41146  0 0.356 0.584 0.060
#> SRR818537      2  0.0188    0.85437  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1101324     4  0.0817    0.81779  0 0.000 0.024 0.976
#> SRR807637      3  0.4972   -0.15465  0 0.000 0.544 0.456
#> SRR1091918     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300      3  0.4933   -0.19986  0 0.000 0.568 0.432
#> SRR1085426     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294     2  0.0469    0.85675  0 0.988 0.012 0.000
#> SRR813891      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431     2  0.3266    0.78035  0 0.832 0.168 0.000
#> SRR658742      4  0.2081    0.81412  0 0.000 0.084 0.916
#> SRR1419234     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813     2  0.0469    0.85675  0 0.988 0.012 0.000
#> SRR603496      2  0.4134    0.70029  0 0.740 0.260 0.000
#> SRR1407758     2  0.4040    0.71177  0 0.752 0.248 0.000
#> SRR810945      2  0.2149    0.83139  0 0.912 0.088 0.000
#> SRR817234      2  0.0188    0.85437  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1444852     2  0.4972    0.32968  0 0.544 0.456 0.000
#> SRR660378      2  0.3569    0.76028  0 0.804 0.196 0.000
#> SRR1467835     2  0.0707    0.85676  0 0.980 0.020 0.000
#> SRR1338964     3  0.5423    0.59172  0 0.144 0.740 0.116
#> SRR1079259     3  0.5820    0.54256  0 0.100 0.696 0.204
#> SRR1072345     3  0.5646    0.44505  0 0.056 0.672 0.272
#> SRR598725      3  0.2944    0.48041  0 0.004 0.868 0.128
#> SRR1447938     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460     3  0.4888    0.46965  0 0.036 0.740 0.224
#> SRR1429468     2  0.0188    0.85437  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1446850     2  0.0469    0.85675  0 0.988 0.012 0.000
#> SRR1320363     3  0.5277   -0.00365  0 0.460 0.532 0.008
#> SRR1413810     2  0.3975    0.72070  0 0.760 0.240 0.000
#> SRR598831      2  0.0707    0.85676  0 0.980 0.020 0.000
#> SRR1381865     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957      3  0.3450    0.59656  0 0.156 0.836 0.008
#> SRR1491332     2  0.1211    0.85300  0 0.960 0.040 0.000
#> SRR1099744     2  0.0336    0.85627  0 0.992 0.008 0.000
#> SRR1464618     3  0.4919    0.55147  0 0.076 0.772 0.152
#> SRR1414559     4  0.2704    0.81448  0 0.000 0.124 0.876
#> SRR1337540     4  0.0817    0.81779  0 0.000 0.024 0.976
#> SRR1444283     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942     3  0.3013    0.57592  0 0.080 0.888 0.032
#> SRR660295      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335      2  0.4040    0.71340  0 0.752 0.248 0.000
#> SRR1363742     2  0.1792    0.84403  0 0.932 0.068 0.000
#> SRR1345847     2  0.3649    0.75398  0 0.796 0.204 0.000
#> SRR614960      3  0.4933   -0.19986  0 0.000 0.568 0.432
#> SRR819919      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330      2  0.0188    0.85437  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1327951     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266     2  0.4605    0.58734  0 0.664 0.336 0.000
#> SRR1338055     2  0.0188    0.85437  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1430157     2  0.0707    0.85676  0 0.980 0.020 0.000
#> SRR1320137     2  0.4776    0.50547  0 0.624 0.376 0.000
#> SRR1093483     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913     3  0.3208    0.59722  0 0.148 0.848 0.004
#> SRR2170490     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845     3  0.5404   -0.14065  0 0.476 0.512 0.012
#> SRR1436420     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060     2  0.0188    0.85437  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR662282      2  0.1792    0.84421  0 0.932 0.068 0.000
#> SRR1487089     4  0.4008    0.76278  0 0.000 0.244 0.756
#> SRR1075683     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880     2  0.5408    0.22092  0 0.500 0.488 0.012
#> SRR1453456     2  0.4804    0.50309  0 0.616 0.384 0.000
#> SRR1457895     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603     2  0.0188    0.85437  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR658633      2  0.0336    0.85627  0 0.992 0.008 0.000
#> SRR1388081     3  0.5404   -0.14157  0 0.476 0.512 0.012
#> SRR813339      3  0.3448    0.59518  0 0.168 0.828 0.004
#> SRR809725      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441      2  0.0188    0.85437  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR613603      3  0.4522    0.24843  0 0.000 0.680 0.320
#> SRR1096571     2  0.0817    0.85519  0 0.976 0.024 0.000
#> SRR1392701     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693     2  0.4877    0.42003  0 0.592 0.408 0.000
#> SRR660697      3  0.5257    0.59138  0 0.144 0.752 0.104
#> SRR1489926     2  0.4888    0.43800  0 0.588 0.412 0.000
#> SRR811491      3  0.3569    0.59034  0 0.196 0.804 0.000
#> SRR1311644     4  0.0817    0.81779  0 0.000 0.024 0.976
#> SRR1451740     3  0.4382    0.48744  0 0.296 0.704 0.000
#> SRR615117      2  0.0188    0.85437  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1391748     4  0.4382    0.72337  0 0.000 0.296 0.704
#> SRR1466556     3  0.5663    0.57123  0 0.264 0.676 0.060
#> SRR614972      3  0.3450    0.59656  0 0.156 0.836 0.008
#> SRR1406200     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210      3  0.3975    0.37499  0 0.000 0.760 0.240
#> SRR662174      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236      3  0.4040    0.36099  0 0.000 0.752 0.248
#> SRR1312598     2  0.0469    0.85675  0 0.988 0.012 0.000
#> SRR1330129     2  0.0188    0.85437  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1357781     2  0.0188    0.85437  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1315517     2  0.0188    0.85437  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1400032     3  0.4382    0.48744  0 0.296 0.704 0.000
#> SRR1413722     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827      3  0.3751    0.58982  0 0.196 0.800 0.004
#> SRR814794      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509     3  0.4804    0.07073  0 0.000 0.616 0.384
#> SRR808728      2  0.1716    0.84573  0 0.936 0.064 0.000
#> SRR1070813     2  0.0188    0.85437  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1389133     3  0.4933   -0.19986  0 0.000 0.568 0.432
#> SRR601263      3  0.5531    0.58069  0 0.128 0.732 0.140
#> SRR604718      3  0.3975    0.37499  0 0.000 0.760 0.240
#> SRR1481351     2  0.4134    0.70029  0 0.740 0.260 0.000
#> SRR1334608     2  0.1716    0.84566  0 0.936 0.064 0.000
#> SRR658681      2  0.1118    0.85397  0 0.964 0.036 0.000
#> SRR809283      4  0.4585    0.68073  0 0.000 0.332 0.668
#> SRR1459300     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547     2  0.0921    0.85519  0 0.972 0.028 0.000
#> SRR811049      3  0.5663    0.46269  0 0.060 0.676 0.264
#> SRR1464835     4  0.4008    0.76278  0 0.000 0.244 0.756
#> SRR1339619     2  0.3726    0.74482  0 0.788 0.212 0.000
#> SRR658501      3  0.4072    0.55575  0 0.252 0.748 0.000
#> SRR1447523     3  0.3837    0.39728  0 0.000 0.776 0.224
#> SRR1415048     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348     2  0.4804    0.48591  0 0.616 0.384 0.000
#> SRR603890      2  0.0188    0.85437  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR810595      2  0.4713    0.55380  0 0.640 0.360 0.000
#> SRR1446244     2  0.4804    0.48591  0 0.616 0.384 0.000
#> SRR817373      3  0.5716    0.55925  0 0.272 0.668 0.060
#> SRR1457291     2  0.1118    0.85437  0 0.964 0.036 0.000
#> SRR598220      3  0.5535    0.22205  0 0.420 0.560 0.020
#> SRR1477991     2  0.0469    0.85675  0 0.988 0.012 0.000
#> SRR598172      2  0.0188    0.85437  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1349032     3  0.7180    0.49827  0 0.188 0.548 0.264
#> SRR604002      2  0.0188    0.85437  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1378026     2  0.4776    0.52154  0 0.624 0.376 0.000
#> SRR1404401     2  0.0188    0.85437  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1333240     2  0.0188    0.85437  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1089399     2  0.0188    0.85437  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR603421      2  0.0188    0.85437  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR812562      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520      2  0.1557    0.84825  0 0.944 0.056 0.000
#> SRR811839      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317      2  0.0188    0.85437  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1436763     4  0.4585    0.68073  0 0.000 0.332 0.668
#> SRR1486021     2  0.1118    0.85437  0 0.964 0.036 0.000
#> SRR1465018     2  0.0188    0.85437  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1080998     3  0.5423    0.59172  0 0.144 0.740 0.116
#> SRR1083432     2  0.4522    0.62033  0 0.680 0.320 0.000
#> SRR1082833     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536     3  0.3837    0.57834  0 0.224 0.776 0.000
#> SRR614011      2  0.3801    0.73724  0 0.780 0.220 0.000
#> SRR1365873     2  0.0469    0.85675  0 0.988 0.012 0.000
#> SRR1498789     2  0.0469    0.85675  0 0.988 0.012 0.000
#> SRR601581      3  0.4919    0.55147  0 0.076 0.772 0.152
#> SRR603566      2  0.0921    0.85519  0 0.972 0.028 0.000
#> SRR1373981     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410      2  0.0469    0.85675  0 0.988 0.012 0.000
#> SRR1076511     4  0.0817    0.81779  0 0.000 0.024 0.976
#> SRR614143      3  0.4985   -0.03400  0 0.468 0.532 0.000
#> SRR1333570     3  0.2999    0.47489  0 0.004 0.864 0.132
#> SRR1366813     2  0.0592    0.85693  0 0.984 0.016 0.000
#> SRR1388746     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558     3  0.4933   -0.19986  0 0.000 0.568 0.432
#> SRR1409510     2  0.4713    0.55715  0 0.640 0.360 0.000
#> SRR816250      2  0.0469    0.85675  0 0.988 0.012 0.000
#> SRR614131      3  0.5392   -0.07621  0 0.460 0.528 0.012
#> SRR1331130     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015     3  0.4222    0.52522  0 0.272 0.728 0.000
#> SRR1470798     2  0.4356    0.65891  0 0.708 0.292 0.000
#> SRR614179      2  0.0188    0.85437  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1474863     2  0.0000    0.85500  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR813560      2  0.0707    0.85676  0 0.980 0.020 0.000
#> SRR1312187     3  0.5284    0.17489  0 0.016 0.616 0.368
#> SRR1420960     2  0.4193    0.68832  0 0.732 0.268 0.000
#> SRR1355102     3  0.3448    0.59518  0 0.168 0.828 0.004
#> SRR1084577     2  0.4134    0.69862  0 0.740 0.260 0.000
#> SRR659971      2  0.2868    0.79941  0 0.864 0.136 0.000
#> SRR1350855     4  0.4382    0.72337  0 0.000 0.296 0.704
#> SRR820779      2  0.4989    0.28785  0 0.528 0.472 0.000
#> SRR1476300     3  0.3450    0.59656  0 0.156 0.836 0.008
#> SRR1090907     3  0.5284    0.17489  0 0.016 0.616 0.368
#> SRR662294      2  0.0188    0.85437  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1480789     2  0.0188    0.85437  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1336263     3  0.4955   -0.17384  0 0.000 0.556 0.444
#> SRR660776      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508     2  0.0376    0.85520  0 0.992 0.004 0.004
#> SRR615563      4  0.4916    0.50124  0 0.000 0.424 0.576
#> SRR1101175     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650     2  0.0921    0.85519  0 0.972 0.028 0.000
#> SRR1431205     2  0.0188    0.85437  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1339856     3  0.4700    0.56469  0 0.084 0.792 0.124
#> SRR1352147     2  0.4222    0.67963  0 0.728 0.272 0.000
#> SRR808968      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419      2  0.0188    0.85437  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1402391     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609      2  0.0921    0.85468  0 0.972 0.028 0.000
#> SRR2167857     2  0.0188    0.85437  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1398752     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437     2  0.0469    0.85675  0 0.988 0.012 0.000
#> SRR1416955     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064     2  0.4804    0.49134  0 0.616 0.384 0.000
#> SRR659001      3  0.4961   -0.13228  0 0.000 0.552 0.448
#> SRR2170696     4  0.4961    0.43107  0 0.000 0.448 0.552
#> SRR816589      2  0.4477    0.63235  0 0.688 0.312 0.000
#> SRR1087487     2  0.2149    0.83571  0 0.912 0.088 0.000
#> SRR1329485     2  0.4817    0.49691  0 0.612 0.388 0.000
#> SRR816920      3  0.4877    0.00841  0 0.000 0.592 0.408
#> SRR1341432     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590     4  0.2760    0.81827  0 0.000 0.128 0.872
#> SRR817046      2  0.4972    0.32968  0 0.544 0.456 0.000
#> SRR1471331     2  0.4164    0.69416  0 0.736 0.264 0.000
#> SRR660788      4  0.4916    0.50124  0 0.000 0.424 0.576
#> SRR819234      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853      2  0.0188    0.85437  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR809427      3  0.5039    0.01762  0 0.004 0.592 0.404
#> SRR2170217     4  0.4585    0.68073  0 0.000 0.332 0.668
#> SRR1386967     2  0.4134    0.69792  0 0.740 0.260 0.000
#> SRR1420344     2  0.2647    0.81046  0 0.880 0.120 0.000
#> SRR1334535     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503      3  0.4661    0.18440  0 0.000 0.652 0.348
#> SRR602564      3  0.5058    0.58932  0 0.128 0.768 0.104
#> SRR1420669     3  0.4008    0.36144  0 0.000 0.756 0.244
#> SRR819024      3  0.3450    0.59656  0 0.156 0.836 0.008
#> SRR656223      2  0.0921    0.85468  0 0.972 0.028 0.000
#> SRR608428      2  0.0817    0.85627  0 0.976 0.024 0.000
#> SRR1345647     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324     2  0.0188    0.85437  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1361368     2  0.5506    0.13028  0 0.512 0.472 0.016
#> SRR1322619     2  0.0469    0.85675  0 0.988 0.012 0.000
#> SRR1349276     3  0.4955   -0.17384  0 0.000 0.556 0.444
#> SRR1404024     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637     2  0.0707    0.85676  0 0.980 0.020 0.000
#> SRR1452631     4  0.2408    0.82278  0 0.000 0.104 0.896
#> SRR608392      2  0.0921    0.85468  0 0.972 0.028 0.000
#> SRR1357757     3  0.4055    0.58341  0 0.108 0.832 0.060
#> SRR1074646     3  0.4981   -0.18306  0 0.000 0.536 0.464
#> SRR1367499     2  0.4522    0.62033  0 0.680 0.320 0.000
#> SRR1343501     2  0.1716    0.84573  0 0.936 0.064 0.000
#> SRR1394406     3  0.3907    0.38742  0 0.000 0.768 0.232
#> SRR1381435     2  0.1211    0.85300  0 0.960 0.040 0.000
#> SRR1467407     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422     2  0.0188    0.85437  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1380270     2  0.0188    0.85437  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1091817     2  0.0336    0.85627  0 0.992 0.008 0.000
#> SRR1440137     2  0.0921    0.85623  0 0.972 0.028 0.000
#> SRR614311      3  0.7159    0.49362  0 0.180 0.548 0.272
#> SRR1407516     3  0.5436    0.55805  0 0.092 0.732 0.176
#> SRR815494      2  0.4981    0.32184  0 0.536 0.464 0.000
#> SRR1333209     3  0.4663    0.54474  0 0.064 0.788 0.148
#> SRR615177      4  0.4585    0.68073  0 0.000 0.332 0.668
#> SRR1099648     2  0.0921    0.85519  0 0.972 0.028 0.000
#> SRR659720      3  0.5565    0.41246  0 0.344 0.624 0.032
#> SRR2185057     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468      4  0.0817    0.81779  0 0.000 0.024 0.976
#> SRR660042      4  0.3400    0.79018  0 0.000 0.180 0.820
#> SRR2170864     2  0.0817    0.85627  0 0.976 0.024 0.000
#> SRR1440491     3  0.5454    0.59024  0 0.172 0.732 0.096
#> SRR1440852     2  0.4804    0.50309  0 0.616 0.384 0.000
#> SRR811169      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311     3  0.4663    0.54474  0 0.064 0.788 0.148
#> SRR818009      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836     2  0.0188    0.85437  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1498313     2  0.0188    0.85437  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1441975     2  0.0000    0.85500  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR819096      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679     2  0.4222    0.67923  0 0.728 0.272 0.000
#> SRR1489116     2  0.1211    0.85320  0 0.960 0.040 0.000
#> SRR1354138     2  0.4134    0.69918  0 0.740 0.260 0.000
#> SRR1490589     3  0.3837    0.39728  0 0.000 0.776 0.224
#> SRR1412987     4  0.0817    0.81779  0 0.000 0.024 0.976
#> SRR602034      2  0.4916    0.42671  0 0.576 0.424 0.000
#> SRR1353437     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871     3  0.5565    0.41246  0 0.344 0.624 0.032
#> SRR661577      3  0.4605    0.20820  0 0.000 0.664 0.336
#> SRR612190      3  0.3853    0.48699  0 0.020 0.820 0.160
#> SRR1399880     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787     3  0.5284    0.17489  0 0.016 0.616 0.368
#> SRR657869      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141     2  0.4193    0.68832  0 0.732 0.268 0.000
#> SRR1476697     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538     3  0.3856    0.52558  0 0.032 0.832 0.136
#> SRR1331422     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859      3  0.3907    0.38742  0 0.000 0.768 0.232
#> SRR1097594     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419     2  0.3975    0.72070  0 0.760 0.240 0.000
#> SRR1336706     2  0.0921    0.85468  0 0.972 0.028 0.000
#> SRR1472976     3  0.3975    0.37499  0 0.000 0.760 0.240
#> SRR1321307     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461      2  0.4522    0.62033  0 0.680 0.320 0.000
#> SRR1477149     2  0.0188    0.85437  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1457397     2  0.0188    0.85437  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR661913      3  0.2944    0.48041  0 0.004 0.868 0.128
#> SRR1069024     2  0.0188    0.85437  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR2165634     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722     3  0.4941    0.09242  0 0.436 0.564 0.000
#> SRR1328642     2  0.0188    0.85437  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1488261     4  0.4543    0.70310  0 0.000 0.324 0.676
#> SRR1318815     4  0.1792    0.82330  0 0.000 0.068 0.932
#> SRR816945      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432     4  0.0817    0.81779  0 0.000 0.024 0.976
#> SRR1359280     2  0.0188    0.85437  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1313910     2  0.3649    0.75398  0 0.796 0.204 0.000
#> SRR1457315     3  0.3945    0.40772  0 0.004 0.780 0.216
#> SRR815398      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958      2  0.4898    0.43420  0 0.584 0.416 0.000
#> SRR600688      3  0.5066    0.58573  0 0.120 0.768 0.112
#> SRR1098952     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916     2  0.4817    0.49691  0 0.612 0.388 0.000
#> SRR614167      3  0.3208    0.59722  0 0.148 0.848 0.004
#> SRR1348114     2  0.4866    0.43347  0 0.596 0.404 0.000
#> SRR658033      2  0.4382    0.64997  0 0.704 0.296 0.000
#> SRR1077503     2  0.4134    0.70029  0 0.740 0.260 0.000
#> SRR661854      3  0.4888    0.17885  0 0.412 0.588 0.000
#> SRR811379      3  0.4238    0.49245  0 0.028 0.796 0.176
#> SRR1318857     2  0.1474    0.84849  0 0.948 0.052 0.000
#> SRR656445      2  0.1716    0.84573  0 0.936 0.064 0.000
#> SRR1433044     2  0.0188    0.85437  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1486391     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071      3  0.4933   -0.19986  0 0.000 0.568 0.432
#> SRR1364824     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745      2  0.0188    0.85437  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR601038      2  0.0188    0.85437  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1360080     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868      3  0.4522    0.24843  0 0.000 0.680 0.320
#> SRR1485997     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560     3  0.4877    0.00841  0 0.000 0.592 0.408
#> SRR1333330     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513      3  0.4585    0.22075  0 0.000 0.668 0.332
#> SRR1328407     2  0.0376    0.85526  0 0.992 0.004 0.004
#> SRR602784      2  0.0921    0.85519  0 0.972 0.028 0.000
#> SRR1348468     4  0.2408    0.82278  0 0.000 0.104 0.896
#> SRR663717      3  0.5599    0.40728  0 0.048 0.664 0.288
#> SRR602217      2  0.0469    0.85675  0 0.988 0.012 0.000
#> SRR603140      3  0.5531    0.58069  0 0.128 0.732 0.140
#> SRR1340804     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574     2  0.5244    0.36096  0 0.556 0.436 0.008
#> SRR1333462     2  0.0188    0.85437  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1094601     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610     3  0.4830    0.04352  0 0.000 0.608 0.392
#> SRR1435833     3  0.4485    0.48075  0 0.028 0.772 0.200
#> SRR1398728     2  0.3764    0.74078  0 0.784 0.216 0.000
#> SRR1358343     4  0.0817    0.81779  0 0.000 0.024 0.976
#> SRR1410890     2  0.3266    0.78035  0 0.832 0.168 0.000
#> SRR1350371     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478     2  0.0707    0.85676  0 0.980 0.020 0.000
#> SRR1099260     2  0.1557    0.84845  0 0.944 0.056 0.000
#> SRR1433576     2  0.5147    0.32734  0 0.536 0.460 0.004
#> SRR1345541     3  0.3873    0.40134  0 0.000 0.772 0.228
#> SRR1086328     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391      3  0.3257    0.59716  0 0.152 0.844 0.004
#> SRR1476207     3  0.5613    0.57355  0 0.120 0.724 0.156
#> SRR627435      3  0.5152    0.41044  0 0.316 0.664 0.020
#> SRR1489862     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191     3  0.3450    0.59656  0 0.156 0.836 0.008
#> SRR1490115     3  0.3688    0.58518  0 0.208 0.792 0.000
#> SRR1377714     3  0.5137    0.51533  0 0.296 0.680 0.024
#> SRR819394      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161      4  0.2814    0.81104  0 0.000 0.132 0.868
#> SRR607042      2  0.0188    0.85437  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR656203      3  0.5535    0.22205  0 0.420 0.560 0.020
#> SRR660602      2  0.2011    0.83867  0 0.920 0.080 0.000
#> SRR1440397     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249      2  0.1474    0.84849  0 0.948 0.052 0.000
#> SRR661242      3  0.5404   -0.14157  0 0.476 0.512 0.012
#> SRR1332007     2  0.0524    0.85549  0 0.988 0.008 0.004
#> SRR809619      2  0.4193    0.68436  0 0.732 0.268 0.000
#> SRR819975      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281      2  0.0000    0.85500  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR662366      3  0.3306    0.59714  0 0.156 0.840 0.004
#> SRR1317898     3  0.3569    0.59034  0 0.196 0.804 0.000
#> SRR1382485     3  0.4614    0.54707  0 0.064 0.792 0.144
#> SRR2166420     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541     2  0.4961    0.35431  0 0.552 0.448 0.000
#> SRR817444      2  0.1716    0.84573  0 0.936 0.064 0.000
#> SRR1320403     2  0.0188    0.85437  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1101483     2  0.3801    0.73724  0 0.780 0.220 0.000
#> SRR1331684     2  0.4843    0.47769  0 0.604 0.396 0.000
#> SRR1400054     4  0.4624    0.68223  0 0.000 0.340 0.660
#> SRR1406088     2  0.3764    0.74078  0 0.784 0.216 0.000
#> SRR820733      3  0.4981   -0.18306  0 0.000 0.536 0.464
#> SRR1314113     4  0.0817    0.81779  0 0.000 0.024 0.976
#> SRR1382615     2  0.0921    0.85468  0 0.972 0.028 0.000
#> SRR1480745     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850     2  0.0469    0.85675  0 0.988 0.012 0.000
#> SRR656782      3  0.5257    0.59300  0 0.212 0.728 0.060
#> SRR821364      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295      2  0.0188    0.85437  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1357103     2  0.0188    0.85437  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR809185      3  0.6580    0.21220  0 0.416 0.504 0.080
#> SRR811583      3  0.3539    0.45439  0 0.004 0.820 0.176
#> SRR1468050     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224     2  0.0469    0.85675  0 0.988 0.012 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>            class entropy silhouette p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR1500170     2  0.0162     0.8021  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1402368     4  0.3304     0.6874  0 0.000 0.168 0.816 0.016
#> SRR607743      3  0.6091     0.4905  0 0.172 0.560 0.268 0.000
#> SRR1457375     2  0.0162     0.8032  0 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1470923     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785     3  0.5828     0.1742  0 0.100 0.520 0.380 0.000
#> SRR814768      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031     2  0.4878     0.0455  0 0.536 0.440 0.024 0.000
#> SRR1363611     3  0.6399     0.5720  0 0.316 0.492 0.192 0.000
#> SRR1468447     2  0.0162     0.8021  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1071931     3  0.6887     0.4966  0 0.248 0.468 0.272 0.012
#> SRR810981      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299      2  0.0162     0.8021  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR663585      2  0.4101     0.3991  0 0.628 0.372 0.000 0.000
#> SRR1326773     2  0.3280     0.7201  0 0.812 0.176 0.012 0.000
#> SRR1351166     2  0.1671     0.7987  0 0.924 0.076 0.000 0.000
#> SRR1477452     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720     2  0.4138     0.3609  0 0.616 0.384 0.000 0.000
#> SRR1420320     4  0.4570     0.6292  0 0.000 0.348 0.632 0.020
#> SRR1081712     2  0.0162     0.8021  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1318241     4  0.5901     0.1393  0 0.076 0.456 0.460 0.008
#> SRR1333718     2  0.1197     0.8026  0 0.952 0.048 0.000 0.000
#> SRR1313514     2  0.0162     0.8021  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1477861     2  0.0162     0.8021  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1318005     2  0.0162     0.8021  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1354665     2  0.1851     0.7930  0 0.912 0.088 0.000 0.000
#> SRR657707      4  0.5637     0.3837  0 0.060 0.392 0.540 0.008
#> SRR1370742     3  0.5135     0.3293  0 0.064 0.660 0.272 0.004
#> SRR1412947     2  0.3689     0.6093  0 0.740 0.256 0.004 0.000
#> SRR661553      4  0.3659     0.6965  0 0.000 0.220 0.768 0.012
#> SRR1328869     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211      2  0.0162     0.8021  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1348181     3  0.4964     0.2483  0 0.460 0.516 0.020 0.004
#> SRR1416560     3  0.5178     0.3131  0 0.064 0.652 0.280 0.004
#> SRR1319772     3  0.5913     0.2371  0 0.112 0.524 0.364 0.000
#> SRR1091452     3  0.6898     0.5280  0 0.260 0.484 0.240 0.016
#> SRR1338812     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072     2  0.0162     0.8021  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR814844      5  0.0703     0.8512  0 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1376619     2  0.4235     0.2305  0 0.576 0.424 0.000 0.000
#> SRR603690      2  0.4666     0.2040  0 0.572 0.412 0.016 0.000
#> SRR2184980     2  0.1410     0.8024  0 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR613963      5  0.1041     0.8516  0 0.000 0.004 0.032 0.964
#> SRR1323422     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673     2  0.4744     0.2042  0 0.572 0.408 0.020 0.000
#> SRR1434650     2  0.0162     0.8021  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR659875      2  0.0162     0.8021  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1465734     3  0.5864     0.5928  0 0.320 0.560 0.120 0.000
#> SRR1076847     2  0.0162     0.8021  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1415072     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319      2  0.3003     0.7191  0 0.812 0.188 0.000 0.000
#> SRR663088      5  0.1043     0.8509  0 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1352021     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935      4  0.5189     0.5498  0 0.028 0.376 0.584 0.012
#> SRR1352530     2  0.4744    -0.0893  0 0.508 0.476 0.016 0.000
#> SRR662594      4  0.4040     0.6892  0 0.000 0.260 0.724 0.016
#> SRR1095309     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647      3  0.5015     0.4622  0 0.392 0.576 0.028 0.004
#> SRR813019      2  0.0771     0.8050  0 0.976 0.020 0.000 0.004
#> SRR1374647     2  0.1410     0.8025  0 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR603472      2  0.0162     0.8021  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR661529      4  0.4902     0.6720  0 0.000 0.304 0.648 0.048
#> SRR607018      2  0.2516     0.7626  0 0.860 0.140 0.000 0.000
#> SRR627423      3  0.4054    -0.2962  0 0.000 0.732 0.248 0.020
#> SRR654921      5  0.0703     0.8512  0 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1418968     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871      3  0.5213     0.3312  0 0.068 0.652 0.276 0.004
#> SRR1330522     3  0.5111     0.4227  0 0.408 0.552 0.040 0.000
#> SRR1499958     2  0.3210     0.6762  0 0.788 0.212 0.000 0.000
#> SRR614059      5  0.5813     0.6005  0 0.000 0.112 0.328 0.560
#> SRR1071403     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719     2  0.0162     0.8021  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1440421     2  0.0162     0.8021  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1310412     4  0.3934     0.6925  0 0.000 0.244 0.740 0.016
#> SRR614767      2  0.1544     0.8007  0 0.932 0.068 0.000 0.000
#> SRR820709      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093      2  0.2648     0.7539  0 0.848 0.152 0.000 0.000
#> SRR1088168     2  0.2516     0.7632  0 0.860 0.140 0.000 0.000
#> SRR1418707     2  0.0162     0.8021  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1354291     2  0.0162     0.8021  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2165806     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684     4  0.4323     0.6465  0 0.000 0.332 0.656 0.012
#> SRR1433860     2  0.3876     0.5272  0 0.684 0.316 0.000 0.000
#> SRR1311062     2  0.0162     0.8021  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1360359     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385      2  0.4746    -0.1100  0 0.504 0.480 0.016 0.000
#> SRR615407      2  0.0963     0.8054  0 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR1413892     2  0.2516     0.7626  0 0.860 0.140 0.000 0.000
#> SRR1443459     2  0.4366     0.4824  0 0.664 0.320 0.016 0.000
#> SRR1338942     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480      3  0.6275     0.6018  0 0.300 0.520 0.180 0.000
#> SRR1399433     3  0.6621     0.5163  0 0.248 0.492 0.256 0.004
#> SRR818537      2  0.0162     0.8021  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1101324     5  0.0703     0.8512  0 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR807637      4  0.2903     0.4719  0 0.000 0.048 0.872 0.080
#> SRR1091918     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300      4  0.6562     0.1473  0 0.000 0.244 0.472 0.284
#> SRR1085426     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294     2  0.1544     0.8007  0 0.932 0.068 0.000 0.000
#> SRR813891      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431     2  0.4090     0.5825  0 0.716 0.268 0.016 0.000
#> SRR658742      5  0.3112     0.8279  0 0.000 0.044 0.100 0.856
#> SRR1419234     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813     2  0.1410     0.8024  0 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR603496      2  0.4497     0.4079  0 0.632 0.352 0.016 0.000
#> SRR1407758     2  0.4101     0.3958  0 0.628 0.372 0.000 0.000
#> SRR810945      2  0.2891     0.7226  0 0.824 0.176 0.000 0.000
#> SRR817234      2  0.0162     0.8021  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1444852     3  0.5111     0.4227  0 0.408 0.552 0.040 0.000
#> SRR660378      2  0.3928     0.5524  0 0.700 0.296 0.004 0.000
#> SRR1467835     2  0.1671     0.7987  0 0.924 0.076 0.000 0.000
#> SRR1338964     4  0.5899     0.1845  0 0.076 0.444 0.472 0.008
#> SRR1079259     4  0.5448     0.5050  0 0.044 0.340 0.600 0.016
#> SRR1072345     4  0.4134     0.6260  0 0.004 0.284 0.704 0.008
#> SRR598725      4  0.4965     0.5386  0 0.000 0.452 0.520 0.028
#> SRR1447938     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460     4  0.4804     0.6450  0 0.000 0.328 0.636 0.036
#> SRR1429468     2  0.0162     0.8021  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1446850     2  0.1410     0.8025  0 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR1320363     3  0.5630     0.5852  0 0.324 0.580 0.096 0.000
#> SRR1413810     2  0.4074     0.4177  0 0.636 0.364 0.000 0.000
#> SRR598831      2  0.1671     0.7987  0 0.924 0.076 0.000 0.000
#> SRR1381865     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957      3  0.4755     0.1848  0 0.028 0.672 0.292 0.008
#> SRR1491332     2  0.2074     0.7861  0 0.896 0.104 0.000 0.000
#> SRR1099744     2  0.0404     0.8045  0 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1464618     4  0.5311     0.5361  0 0.036 0.368 0.584 0.012
#> SRR1414559     5  0.3779     0.8057  0 0.000 0.052 0.144 0.804
#> SRR1337540     5  0.1121     0.8495  0 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR1444283     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942     3  0.4844    -0.2791  0 0.012 0.564 0.416 0.008
#> SRR660295      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335      2  0.4101     0.3991  0 0.628 0.372 0.000 0.000
#> SRR1363742     2  0.2648     0.7539  0 0.848 0.152 0.000 0.000
#> SRR1345847     2  0.4309     0.5121  0 0.676 0.308 0.016 0.000
#> SRR614960      4  0.6578     0.1388  0 0.000 0.248 0.468 0.284
#> SRR819919      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330      2  0.0162     0.8021  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1327951     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266     2  0.4957     0.0287  0 0.528 0.444 0.028 0.000
#> SRR1338055     2  0.0162     0.8021  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1430157     2  0.1671     0.7987  0 0.924 0.076 0.000 0.000
#> SRR1320137     2  0.5236    -0.1647  0 0.492 0.464 0.044 0.000
#> SRR1093483     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913     3  0.4755     0.1770  0 0.032 0.664 0.300 0.004
#> SRR2170490     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845     3  0.4954     0.5126  0 0.352 0.616 0.020 0.012
#> SRR1436420     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060     2  0.0162     0.8021  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR662282      2  0.2648     0.7552  0 0.848 0.152 0.000 0.000
#> SRR1487089     5  0.5048     0.5892  0 0.000 0.040 0.380 0.580
#> SRR1075683     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880     3  0.4841     0.4703  0 0.376 0.600 0.016 0.008
#> SRR1453456     3  0.4907     0.1740  0 0.484 0.492 0.024 0.000
#> SRR1457895     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603     2  0.0162     0.8021  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR658633      2  0.0404     0.8045  0 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1388081     3  0.5037     0.5212  0 0.352 0.612 0.024 0.012
#> SRR813339      3  0.4865     0.2599  0 0.048 0.680 0.268 0.004
#> SRR809725      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441      2  0.0162     0.8021  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR613603      4  0.3055     0.6711  0 0.000 0.144 0.840 0.016
#> SRR1096571     2  0.1121     0.8021  0 0.956 0.044 0.000 0.000
#> SRR1392701     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693     3  0.5650     0.2663  0 0.460 0.464 0.076 0.000
#> SRR660697      3  0.5856    -0.2430  0 0.072 0.460 0.460 0.008
#> SRR1489926     3  0.5106     0.2854  0 0.456 0.508 0.036 0.000
#> SRR811491      3  0.5135     0.3293  0 0.064 0.660 0.272 0.004
#> SRR1311644     5  0.0703     0.8512  0 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1451740     3  0.5752     0.5054  0 0.164 0.636 0.196 0.004
#> SRR615117      2  0.0162     0.8021  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1391748     5  0.5103     0.4637  0 0.000 0.036 0.452 0.512
#> SRR1466556     3  0.6050     0.3912  0 0.144 0.544 0.312 0.000
#> SRR614972      3  0.4755     0.1848  0 0.028 0.672 0.292 0.008
#> SRR1406200     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210      4  0.3690     0.6960  0 0.000 0.224 0.764 0.012
#> SRR662174      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236      4  0.3690     0.6962  0 0.000 0.224 0.764 0.012
#> SRR1312598     2  0.1410     0.8024  0 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR1330129     2  0.0162     0.8021  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1357781     2  0.0162     0.8021  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1315517     2  0.0162     0.8021  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1400032     3  0.5752     0.5054  0 0.164 0.636 0.196 0.004
#> SRR1413722     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827      3  0.5225     0.3086  0 0.072 0.656 0.268 0.004
#> SRR814794      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509     4  0.2511     0.6065  0 0.000 0.080 0.892 0.028
#> SRR808728      2  0.2605     0.7570  0 0.852 0.148 0.000 0.000
#> SRR1070813     2  0.0324     0.8027  0 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1389133     4  0.6562     0.1473  0 0.000 0.244 0.472 0.284
#> SRR601263      4  0.5770     0.3179  0 0.068 0.408 0.516 0.008
#> SRR604718      4  0.3720     0.6950  0 0.000 0.228 0.760 0.012
#> SRR1481351     2  0.4497     0.4079  0 0.632 0.352 0.016 0.000
#> SRR1334608     2  0.2648     0.7524  0 0.848 0.152 0.000 0.000
#> SRR658681      2  0.1851     0.7946  0 0.912 0.088 0.000 0.000
#> SRR809283      4  0.5157    -0.3666  0 0.000 0.040 0.520 0.440
#> SRR1459300     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547     2  0.1341     0.8027  0 0.944 0.056 0.000 0.000
#> SRR811049      4  0.4240     0.6108  0 0.004 0.304 0.684 0.008
#> SRR1464835     5  0.5048     0.5892  0 0.000 0.040 0.380 0.580
#> SRR1339619     2  0.4329     0.4960  0 0.672 0.312 0.016 0.000
#> SRR658501      3  0.5626     0.4544  0 0.124 0.640 0.232 0.004
#> SRR1447523     4  0.4181     0.6904  0 0.000 0.268 0.712 0.020
#> SRR1415048     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348     2  0.5351    -0.1884  0 0.484 0.464 0.052 0.000
#> SRR603890      2  0.0162     0.8021  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR810595      2  0.4897    -0.0422  0 0.516 0.460 0.024 0.000
#> SRR1446244     2  0.5351    -0.1884  0 0.484 0.464 0.052 0.000
#> SRR817373      3  0.6545     0.3518  0 0.184 0.476 0.336 0.004
#> SRR1457291     2  0.2074     0.7857  0 0.896 0.104 0.000 0.000
#> SRR598220      3  0.6399     0.5690  0 0.308 0.496 0.196 0.000
#> SRR1477991     2  0.1410     0.8024  0 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR598172      2  0.0162     0.8021  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1349032     4  0.6264     0.3068  0 0.096 0.328 0.552 0.024
#> SRR604002      2  0.0162     0.8021  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1378026     2  0.4907    -0.1531  0 0.492 0.484 0.024 0.000
#> SRR1404401     2  0.0162     0.8021  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1333240     2  0.0162     0.8021  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1089399     2  0.0162     0.8021  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR603421      2  0.0162     0.8021  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR812562      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520      2  0.2471     0.7660  0 0.864 0.136 0.000 0.000
#> SRR811839      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317      2  0.0162     0.8021  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1436763     4  0.5157    -0.3666  0 0.000 0.040 0.520 0.440
#> SRR1486021     2  0.2074     0.7857  0 0.896 0.104 0.000 0.000
#> SRR1465018     2  0.0162     0.8021  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1080998     4  0.5899     0.1845  0 0.076 0.444 0.472 0.008
#> SRR1083432     2  0.4744     0.2042  0 0.572 0.408 0.020 0.000
#> SRR1082833     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536     3  0.5440     0.3995  0 0.096 0.648 0.252 0.004
#> SRR614011      2  0.4384     0.4732  0 0.660 0.324 0.016 0.000
#> SRR1365873     2  0.1410     0.8025  0 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR1498789     2  0.1544     0.8007  0 0.932 0.068 0.000 0.000
#> SRR601581      4  0.5311     0.5361  0 0.036 0.368 0.584 0.012
#> SRR603566      2  0.1197     0.8026  0 0.952 0.048 0.000 0.000
#> SRR1373981     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410      2  0.1410     0.8024  0 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR1076511     5  0.1043     0.8509  0 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR614143      3  0.5613     0.5746  0 0.332 0.576 0.092 0.000
#> SRR1333570     4  0.4878     0.5609  0 0.000 0.440 0.536 0.024
#> SRR1366813     2  0.1410     0.8036  0 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR1388746     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558     4  0.6578     0.1388  0 0.000 0.248 0.468 0.284
#> SRR1409510     2  0.4658    -0.0725  0 0.504 0.484 0.012 0.000
#> SRR816250      2  0.1544     0.8007  0 0.932 0.068 0.000 0.000
#> SRR614131      3  0.4978     0.5402  0 0.336 0.628 0.024 0.012
#> SRR1331130     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015     3  0.5661     0.4757  0 0.144 0.644 0.208 0.004
#> SRR1470798     2  0.4235     0.2313  0 0.576 0.424 0.000 0.000
#> SRR614179      2  0.0162     0.8021  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1474863     2  0.0162     0.8032  0 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR813560      2  0.1671     0.7987  0 0.924 0.076 0.000 0.000
#> SRR1312187     4  0.3099     0.6546  0 0.000 0.124 0.848 0.028
#> SRR1420960     2  0.4182     0.3134  0 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR1355102     3  0.4910     0.2521  0 0.048 0.672 0.276 0.004
#> SRR1084577     2  0.4138     0.3609  0 0.616 0.384 0.000 0.000
#> SRR659971      2  0.3424     0.6374  0 0.760 0.240 0.000 0.000
#> SRR1350855     5  0.5103     0.4637  0 0.000 0.036 0.452 0.512
#> SRR820779      3  0.5015     0.4622  0 0.392 0.576 0.028 0.004
#> SRR1476300     3  0.4755     0.1848  0 0.028 0.672 0.292 0.008
#> SRR1090907     4  0.3146     0.6525  0 0.000 0.128 0.844 0.028
#> SRR662294      2  0.0162     0.8021  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1480789     2  0.0162     0.8021  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1336263     4  0.5784     0.4039  0 0.000 0.144 0.604 0.252
#> SRR660776      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508     2  0.0771     0.8049  0 0.976 0.020 0.000 0.004
#> SRR615563      4  0.4284     0.1689  0 0.000 0.040 0.736 0.224
#> SRR1101175     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650     2  0.1197     0.8026  0 0.952 0.048 0.000 0.000
#> SRR1431205     2  0.0162     0.8021  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1339856     4  0.5473     0.4848  0 0.048 0.396 0.548 0.008
#> SRR1352147     2  0.4746     0.3089  0 0.600 0.376 0.024 0.000
#> SRR808968      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419      2  0.0162     0.8021  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1402391     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609      2  0.1270     0.8017  0 0.948 0.052 0.000 0.000
#> SRR2167857     2  0.0162     0.8021  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1398752     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437     2  0.1270     0.8036  0 0.948 0.052 0.000 0.000
#> SRR1416955     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064     2  0.5238    -0.1954  0 0.484 0.472 0.044 0.000
#> SRR659001      4  0.3146     0.4488  0 0.000 0.052 0.856 0.092
#> SRR2170696     4  0.4096     0.2412  0 0.000 0.040 0.760 0.200
#> SRR816589      2  0.4726     0.2360  0 0.580 0.400 0.020 0.000
#> SRR1087487     2  0.3177     0.6983  0 0.792 0.208 0.000 0.000
#> SRR1329485     3  0.4656     0.1953  0 0.480 0.508 0.012 0.000
#> SRR816920      4  0.3116     0.6052  0 0.000 0.076 0.860 0.064
#> SRR1341432     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590     5  0.2900     0.8373  0 0.000 0.028 0.108 0.864
#> SRR817046      3  0.5111     0.4227  0 0.408 0.552 0.040 0.000
#> SRR1471331     2  0.4161     0.3395  0 0.608 0.392 0.000 0.000
#> SRR660788      4  0.4254     0.1737  0 0.000 0.040 0.740 0.220
#> SRR819234      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853      2  0.0162     0.8021  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR809427      4  0.2511     0.5504  0 0.000 0.080 0.892 0.028
#> SRR2170217     4  0.5157    -0.3666  0 0.000 0.040 0.520 0.440
#> SRR1386967     2  0.4150     0.3515  0 0.612 0.388 0.000 0.000
#> SRR1420344     2  0.3210     0.6762  0 0.788 0.212 0.000 0.000
#> SRR1334535     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503      4  0.2773     0.6559  0 0.000 0.112 0.868 0.020
#> SRR602564      4  0.5760     0.2775  0 0.064 0.456 0.472 0.008
#> SRR1420669     4  0.4210     0.6923  0 0.000 0.224 0.740 0.036
#> SRR819024      3  0.4755     0.1848  0 0.028 0.672 0.292 0.008
#> SRR656223      2  0.1270     0.8017  0 0.948 0.052 0.000 0.000
#> SRR608428      2  0.1732     0.7960  0 0.920 0.080 0.000 0.000
#> SRR1345647     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324     2  0.0162     0.8021  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1361368     3  0.6292     0.4602  0 0.400 0.448 0.152 0.000
#> SRR1322619     2  0.1410     0.8024  0 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR1349276     4  0.5784     0.4039  0 0.000 0.144 0.604 0.252
#> SRR1404024     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637     2  0.1671     0.7987  0 0.924 0.076 0.000 0.000
#> SRR1452631     5  0.2597     0.8415  0 0.000 0.024 0.092 0.884
#> SRR608392      2  0.1270     0.8017  0 0.948 0.052 0.000 0.000
#> SRR1357757     4  0.5626     0.3352  0 0.076 0.420 0.504 0.000
#> SRR1074646     4  0.3192     0.4857  0 0.000 0.040 0.848 0.112
#> SRR1367499     2  0.4744     0.2042  0 0.572 0.408 0.020 0.000
#> SRR1343501     2  0.2561     0.7603  0 0.856 0.144 0.000 0.000
#> SRR1394406     4  0.3934     0.6925  0 0.000 0.244 0.740 0.016
#> SRR1381435     2  0.2074     0.7861  0 0.896 0.104 0.000 0.000
#> SRR1467407     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422     2  0.0162     0.8021  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1380270     2  0.0162     0.8021  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1091817     2  0.0404     0.8045  0 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1440137     2  0.1671     0.7998  0 0.924 0.076 0.000 0.000
#> SRR614311      4  0.6174     0.3322  0 0.088 0.328 0.560 0.024
#> SRR1407516     4  0.5098     0.5019  0 0.028 0.380 0.584 0.008
#> SRR815494      3  0.5097     0.4437  0 0.396 0.568 0.032 0.004
#> SRR1333209     4  0.5189     0.5498  0 0.028 0.376 0.584 0.012
#> SRR615177      4  0.5157    -0.3666  0 0.000 0.040 0.520 0.440
#> SRR1099648     2  0.1341     0.8026  0 0.944 0.056 0.000 0.000
#> SRR659720      3  0.6224     0.5473  0 0.220 0.548 0.232 0.000
#> SRR2185057     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468      5  0.1043     0.8509  0 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR660042      5  0.4662     0.7650  0 0.000 0.096 0.168 0.736
#> SRR2170864     2  0.1851     0.7930  0 0.912 0.088 0.000 0.000
#> SRR1440491     3  0.6278    -0.0876  0 0.096 0.472 0.416 0.016
#> SRR1440852     3  0.4907     0.1740  0 0.484 0.492 0.024 0.000
#> SRR811169      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311     4  0.5189     0.5498  0 0.028 0.376 0.584 0.012
#> SRR818009      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836     2  0.0162     0.8021  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1498313     2  0.0162     0.8021  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1441975     2  0.0000     0.8026  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819096      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679     2  0.4768     0.2822  0 0.592 0.384 0.024 0.000
#> SRR1489116     2  0.1965     0.7908  0 0.904 0.096 0.000 0.000
#> SRR1354138     2  0.4150     0.3529  0 0.612 0.388 0.000 0.000
#> SRR1490589     4  0.4181     0.6904  0 0.000 0.268 0.712 0.020
#> SRR1412987     5  0.0703     0.8512  0 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR602034      3  0.4940     0.3341  0 0.436 0.540 0.020 0.004
#> SRR1353437     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871     3  0.6224     0.5473  0 0.220 0.548 0.232 0.000
#> SRR661577      4  0.3016     0.6663  0 0.000 0.132 0.848 0.020
#> SRR612190      4  0.4734     0.6436  0 0.008 0.344 0.632 0.016
#> SRR1399880     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787     4  0.3099     0.6546  0 0.000 0.124 0.848 0.028
#> SRR657869      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141     2  0.4182     0.3134  0 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR1476697     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538     4  0.4582     0.5856  0 0.000 0.416 0.572 0.012
#> SRR1331422     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859      4  0.3934     0.6925  0 0.000 0.244 0.740 0.016
#> SRR1097594     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419     2  0.4074     0.4177  0 0.636 0.364 0.000 0.000
#> SRR1336706     2  0.1197     0.8009  0 0.952 0.048 0.000 0.000
#> SRR1472976     4  0.3690     0.6960  0 0.000 0.224 0.764 0.012
#> SRR1321307     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461      2  0.4744     0.2042  0 0.572 0.408 0.020 0.000
#> SRR1477149     2  0.0162     0.8021  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1457397     2  0.0162     0.8021  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR661913      4  0.4965     0.5386  0 0.000 0.452 0.520 0.028
#> SRR1069024     2  0.0162     0.8021  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2165634     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722     3  0.5579     0.6131  0 0.300 0.600 0.100 0.000
#> SRR1328642     2  0.0162     0.8021  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1488261     5  0.5813     0.6005  0 0.000 0.112 0.328 0.560
#> SRR1318815     5  0.1774     0.8504  0 0.000 0.016 0.052 0.932
#> SRR816945      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432     5  0.1121     0.8495  0 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR1359280     2  0.0162     0.8021  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1313910     2  0.4309     0.5121  0 0.676 0.308 0.016 0.000
#> SRR1457315     4  0.3942     0.6867  0 0.000 0.260 0.728 0.012
#> SRR815398      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958      3  0.4890     0.2941  0 0.452 0.524 0.024 0.000
#> SRR600688      4  0.5750     0.3230  0 0.056 0.448 0.484 0.012
#> SRR1098952     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916     3  0.4656     0.1953  0 0.480 0.508 0.012 0.000
#> SRR614167      3  0.4755     0.1770  0 0.032 0.664 0.300 0.004
#> SRR1348114     2  0.5605    -0.2643  0 0.464 0.464 0.072 0.000
#> SRR658033      2  0.4666     0.2040  0 0.572 0.412 0.016 0.000
#> SRR1077503     2  0.4497     0.4079  0 0.632 0.352 0.016 0.000
#> SRR661854      3  0.5681     0.6165  0 0.276 0.604 0.120 0.000
#> SRR811379      4  0.4402     0.6307  0 0.000 0.352 0.636 0.012
#> SRR1318857     2  0.2377     0.7692  0 0.872 0.128 0.000 0.000
#> SRR656445      2  0.2561     0.7603  0 0.856 0.144 0.000 0.000
#> SRR1433044     2  0.0162     0.8021  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1486391     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071      4  0.6578     0.1388  0 0.000 0.248 0.468 0.284
#> SRR1364824     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745      2  0.0162     0.8021  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR601038      2  0.0162     0.8021  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1360080     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868      4  0.3055     0.6723  0 0.000 0.144 0.840 0.016
#> SRR1485997     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560     4  0.3116     0.6052  0 0.000 0.076 0.860 0.064
#> SRR1333330     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513      4  0.3321     0.6617  0 0.000 0.136 0.832 0.032
#> SRR1328407     2  0.0865     0.8053  0 0.972 0.024 0.000 0.004
#> SRR602784      2  0.1197     0.8026  0 0.952 0.048 0.000 0.000
#> SRR1348468     5  0.2597     0.8415  0 0.000 0.024 0.092 0.884
#> SRR663717      4  0.4466     0.6526  0 0.008 0.256 0.712 0.024
#> SRR602217      2  0.1410     0.8025  0 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR603140      4  0.5770     0.3179  0 0.068 0.408 0.516 0.008
#> SRR1340804     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574     3  0.5137     0.3818  0 0.424 0.536 0.040 0.000
#> SRR1333462     2  0.0162     0.8021  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1094601     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610     4  0.2388     0.5920  0 0.000 0.072 0.900 0.028
#> SRR1435833     4  0.4540     0.6387  0 0.000 0.340 0.640 0.020
#> SRR1398728     2  0.4366     0.4824  0 0.664 0.320 0.016 0.000
#> SRR1358343     5  0.0703     0.8512  0 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1410890     2  0.4090     0.5825  0 0.716 0.268 0.016 0.000
#> SRR1350371     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478     2  0.1671     0.7987  0 0.924 0.076 0.000 0.000
#> SRR1099260     2  0.2516     0.7626  0 0.860 0.140 0.000 0.000
#> SRR1433576     3  0.4920     0.4137  0 0.408 0.568 0.016 0.008
#> SRR1345541     4  0.5568     0.6646  0 0.000 0.308 0.596 0.096
#> SRR1086328     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391      3  0.4715     0.1996  0 0.032 0.672 0.292 0.004
#> SRR1476207     4  0.5645     0.3456  0 0.060 0.396 0.536 0.008
#> SRR627435      3  0.4629     0.4919  0 0.204 0.740 0.036 0.020
#> SRR1489862     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191     3  0.4755     0.1848  0 0.028 0.672 0.292 0.008
#> SRR1490115     3  0.5257     0.3610  0 0.076 0.656 0.264 0.004
#> SRR1377714     3  0.6080     0.4833  0 0.168 0.560 0.272 0.000
#> SRR819394      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161      5  0.3995     0.7957  0 0.000 0.060 0.152 0.788
#> SRR607042      2  0.0162     0.8021  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR656203      3  0.6399     0.5690  0 0.308 0.496 0.196 0.000
#> SRR660602      2  0.2891     0.7295  0 0.824 0.176 0.000 0.000
#> SRR1440397     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249      2  0.2377     0.7692  0 0.872 0.128 0.000 0.000
#> SRR661242      3  0.5037     0.5212  0 0.352 0.612 0.024 0.012
#> SRR1332007     2  0.0671     0.8034  0 0.980 0.016 0.000 0.004
#> SRR809619      2  0.4950     0.3480  0 0.612 0.348 0.040 0.000
#> SRR819975      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281      2  0.0000     0.8026  0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662366      3  0.4735     0.1939  0 0.032 0.668 0.296 0.004
#> SRR1317898     3  0.5135     0.3293  0 0.064 0.660 0.272 0.004
#> SRR1382485     4  0.5199     0.5435  0 0.028 0.380 0.580 0.012
#> SRR2166420     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541     3  0.5125     0.4019  0 0.416 0.544 0.040 0.000
#> SRR817444      2  0.2605     0.7570  0 0.852 0.148 0.000 0.000
#> SRR1320403     2  0.0162     0.8021  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1101483     2  0.4384     0.4732  0 0.660 0.324 0.016 0.000
#> SRR1331684     3  0.5046     0.2336  0 0.468 0.500 0.032 0.000
#> SRR1400054     5  0.5524     0.5262  0 0.000 0.068 0.416 0.516
#> SRR1406088     2  0.4366     0.4824  0 0.664 0.320 0.016 0.000
#> SRR820733      4  0.3242     0.4826  0 0.000 0.040 0.844 0.116
#> SRR1314113     5  0.0703     0.8512  0 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1382615     2  0.1270     0.8017  0 0.948 0.052 0.000 0.000
#> SRR1480745     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850     2  0.1608     0.7994  0 0.928 0.072 0.000 0.000
#> SRR656782      3  0.5913     0.2371  0 0.112 0.524 0.364 0.000
#> SRR821364      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295      2  0.0162     0.8021  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1357103     2  0.0162     0.8021  0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR809185      3  0.6719     0.5836  0 0.300 0.504 0.180 0.016
#> SRR811583      4  0.4067     0.6714  0 0.000 0.300 0.692 0.008
#> SRR1468050     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224     2  0.1544     0.8007  0 0.932 0.068 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>            class entropy silhouette p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR1500170     2  0.0000    0.82881  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402368     4  0.2948    0.49564  0 0.000 0.060 0.848 0.092 0.000
#> SRR607743      3  0.4093    0.26534  0 0.008 0.656 0.324 0.012 0.000
#> SRR1457375     2  0.1007    0.82655  0 0.956 0.044 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470923     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785     3  0.4517   -0.14978  0 0.000 0.524 0.444 0.032 0.000
#> SRR814768      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031     3  0.3492    0.66383  0 0.176 0.788 0.032 0.004 0.000
#> SRR1363611     3  0.4737    0.46147  0 0.068 0.672 0.248 0.012 0.000
#> SRR1468447     2  0.0000    0.82881  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071931     3  0.4942    0.23937  0 0.028 0.612 0.324 0.036 0.000
#> SRR810981      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299      2  0.0146    0.82887  0 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR663585      3  0.3490    0.54408  0 0.268 0.724 0.000 0.008 0.000
#> SRR1326773     2  0.4222    0.25080  0 0.516 0.472 0.008 0.004 0.000
#> SRR1351166     2  0.3175    0.71421  0 0.744 0.256 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477452     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720     3  0.3323    0.58542  0 0.240 0.752 0.000 0.008 0.000
#> SRR1420320     4  0.4008    0.54475  0 0.000 0.196 0.740 0.064 0.000
#> SRR1081712     2  0.0000    0.82881  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318241     4  0.4372    0.36942  0 0.000 0.432 0.544 0.024 0.000
#> SRR1333718     2  0.2772    0.77404  0 0.816 0.180 0.000 0.004 0.000
#> SRR1313514     2  0.0000    0.82881  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477861     2  0.0000    0.82881  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318005     2  0.0000    0.82881  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354665     2  0.3515    0.62007  0 0.676 0.324 0.000 0.000 0.000
#> SRR657707      4  0.4155    0.46863  0 0.000 0.364 0.616 0.020 0.000
#> SRR1370742     3  0.5399   -0.00263  0 0.000 0.528 0.344 0.128 0.000
#> SRR1412947     3  0.3823    0.13349  0 0.436 0.564 0.000 0.000 0.000
#> SRR661553      4  0.3112    0.52063  0 0.000 0.096 0.836 0.068 0.000
#> SRR1328869     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211      2  0.0000    0.82881  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348181     3  0.4052    0.65376  0 0.132 0.776 0.016 0.076 0.000
#> SRR1416560     3  0.5418   -0.02534  0 0.000 0.520 0.352 0.128 0.000
#> SRR1319772     3  0.4571   -0.08722  0 0.004 0.536 0.432 0.028 0.000
#> SRR1091452     3  0.5048    0.30455  0 0.032 0.632 0.288 0.048 0.000
#> SRR1338812     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072     2  0.0000    0.82881  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814844      6  0.0000    0.76154  0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1376619     3  0.3281    0.63140  0 0.200 0.784 0.004 0.012 0.000
#> SRR603690      3  0.3571    0.62842  0 0.216 0.760 0.020 0.004 0.000
#> SRR2184980     2  0.2664    0.77224  0 0.816 0.184 0.000 0.000 0.000
#> SRR613963      6  0.0363    0.76005  0 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1323422     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673     3  0.3516    0.62164  0 0.220 0.760 0.016 0.004 0.000
#> SRR1434650     2  0.0000    0.82881  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659875      2  0.0146    0.82913  0 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465734     3  0.3756    0.55698  0 0.052 0.784 0.156 0.008 0.000
#> SRR1076847     2  0.0000    0.82881  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415072     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319      2  0.3955    0.36092  0 0.560 0.436 0.000 0.004 0.000
#> SRR663088      6  0.2555    0.72712  0 0.000 0.020 0.008 0.096 0.876
#> SRR1352021     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935      4  0.4190    0.53068  0 0.000 0.260 0.692 0.048 0.000
#> SRR1352530     3  0.3367    0.67112  0 0.164 0.804 0.020 0.012 0.000
#> SRR662594      4  0.3745    0.46679  0 0.000 0.100 0.784 0.116 0.000
#> SRR1095309     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647      3  0.3191    0.63371  0 0.076 0.852 0.036 0.036 0.000
#> SRR813019      2  0.2003    0.80968  0 0.884 0.116 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374647     2  0.2416    0.78780  0 0.844 0.156 0.000 0.000 0.000
#> SRR603472      2  0.0000    0.82881  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661529      4  0.5118    0.43853  0 0.000 0.132 0.692 0.140 0.036
#> SRR607018      2  0.3795    0.53402  0 0.632 0.364 0.000 0.004 0.000
#> SRR627423      5  0.5032    0.33011  0 0.000 0.196 0.164 0.640 0.000
#> SRR654921      6  0.0000    0.76154  0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418968     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871      3  0.5399   -0.00592  0 0.000 0.528 0.344 0.128 0.000
#> SRR1330522     3  0.2787    0.63956  0 0.072 0.872 0.044 0.012 0.000
#> SRR1499958     3  0.3860   -0.01632  0 0.472 0.528 0.000 0.000 0.000
#> SRR614059      6  0.5654    0.27164  0 0.000 0.008 0.144 0.308 0.540
#> SRR1071403     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719     2  0.0000    0.82881  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440421     2  0.0000    0.82881  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310412     4  0.3563    0.46825  0 0.000 0.092 0.800 0.108 0.000
#> SRR614767      2  0.3101    0.72737  0 0.756 0.244 0.000 0.000 0.000
#> SRR820709      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093      2  0.3944    0.39978  0 0.568 0.428 0.000 0.004 0.000
#> SRR1088168     2  0.3907    0.44889  0 0.588 0.408 0.000 0.004 0.000
#> SRR1418707     2  0.0000    0.82881  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354291     2  0.0000    0.82881  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2165806     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684     4  0.4062    0.53622  0 0.000 0.176 0.744 0.080 0.000
#> SRR1433860     3  0.3830    0.31539  0 0.376 0.620 0.000 0.004 0.000
#> SRR1311062     2  0.0000    0.82881  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360359     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385      3  0.3331    0.67093  0 0.160 0.808 0.020 0.012 0.000
#> SRR615407      2  0.1863    0.81121  0 0.896 0.104 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413892     2  0.3795    0.53402  0 0.632 0.364 0.000 0.004 0.000
#> SRR1443459     3  0.3954    0.49277  0 0.296 0.684 0.016 0.004 0.000
#> SRR1338942     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480      3  0.4436    0.50820  0 0.060 0.712 0.216 0.012 0.000
#> SRR1399433     3  0.4321    0.30900  0 0.020 0.652 0.316 0.012 0.000
#> SRR818537      2  0.0000    0.82881  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101324     6  0.0000    0.76154  0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR807637      4  0.3710    0.18829  0 0.000 0.020 0.776 0.184 0.020
#> SRR1091918     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300      5  0.6859    0.83717  0 0.000 0.048 0.340 0.356 0.256
#> SRR1085426     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294     2  0.2562    0.77884  0 0.828 0.172 0.000 0.000 0.000
#> SRR813891      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431     3  0.4171    0.28286  0 0.380 0.604 0.012 0.004 0.000
#> SRR658742      6  0.2500    0.72214  0 0.000 0.004 0.012 0.116 0.868
#> SRR1419234     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813     2  0.2664    0.77224  0 0.816 0.184 0.000 0.000 0.000
#> SRR603496      3  0.3748    0.49733  0 0.300 0.688 0.012 0.000 0.000
#> SRR1407758     3  0.3421    0.56177  0 0.256 0.736 0.000 0.008 0.000
#> SRR810945      2  0.3838    0.30510  0 0.552 0.448 0.000 0.000 0.000
#> SRR817234      2  0.0000    0.82881  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444852     3  0.2787    0.63956  0 0.072 0.872 0.044 0.012 0.000
#> SRR660378      3  0.3864    0.39555  0 0.344 0.648 0.004 0.004 0.000
#> SRR1467835     2  0.3175    0.71421  0 0.744 0.256 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338964     4  0.4294    0.38981  0 0.000 0.428 0.552 0.020 0.000
#> SRR1079259     4  0.3835    0.50293  0 0.000 0.300 0.684 0.016 0.000
#> SRR1072345     4  0.3837    0.52605  0 0.000 0.196 0.752 0.052 0.000
#> SRR598725      4  0.5713    0.05582  0 0.000 0.152 0.496 0.348 0.004
#> SRR1447938     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460     4  0.4402    0.54368  0 0.000 0.184 0.732 0.068 0.016
#> SRR1429468     2  0.0000    0.82881  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446850     2  0.2416    0.78780  0 0.844 0.156 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320363     3  0.3675    0.57297  0 0.052 0.804 0.128 0.016 0.000
#> SRR1413810     3  0.3534    0.53186  0 0.276 0.716 0.000 0.008 0.000
#> SRR598831      2  0.3175    0.71421  0 0.744 0.256 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381865     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957      3  0.5719   -0.15377  0 0.000 0.460 0.372 0.168 0.000
#> SRR1491332     2  0.3383    0.69428  0 0.728 0.268 0.000 0.004 0.000
#> SRR1099744     2  0.1327    0.82344  0 0.936 0.064 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464618     4  0.4191    0.52478  0 0.000 0.284 0.676 0.040 0.000
#> SRR1414559     6  0.3242    0.69141  0 0.000 0.004 0.032 0.148 0.816
#> SRR1337540     6  0.2604    0.72568  0 0.000 0.020 0.008 0.100 0.872
#> SRR1444283     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942     4  0.5728    0.30172  0 0.000 0.336 0.484 0.180 0.000
#> SRR660295      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335      3  0.3490    0.54408  0 0.268 0.724 0.000 0.008 0.000
#> SRR1363742     2  0.3944    0.39978  0 0.568 0.428 0.000 0.004 0.000
#> SRR1345847     3  0.4210    0.41848  0 0.332 0.644 0.016 0.008 0.000
#> SRR614960      5  0.6858    0.83926  0 0.000 0.048 0.336 0.360 0.256
#> SRR819919      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330      2  0.0000    0.82881  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327951     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266     3  0.3499    0.66493  0 0.164 0.796 0.032 0.008 0.000
#> SRR1338055     2  0.0363    0.82929  0 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430157     2  0.3175    0.71421  0 0.744 0.256 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320137     3  0.3728    0.66374  0 0.152 0.784 0.060 0.004 0.000
#> SRR1093483     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913     3  0.5724   -0.16975  0 0.000 0.456 0.376 0.168 0.000
#> SRR2170490     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845     3  0.3779    0.57863  0 0.056 0.800 0.020 0.124 0.000
#> SRR1436420     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060     2  0.0000    0.82881  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662282      2  0.3841    0.49959  0 0.616 0.380 0.000 0.004 0.000
#> SRR1487089     6  0.5466    0.20191  0 0.000 0.000 0.280 0.164 0.556
#> SRR1075683     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880     3  0.3794    0.60911  0 0.076 0.804 0.020 0.100 0.000
#> SRR1453456     3  0.2740    0.66311  0 0.120 0.852 0.028 0.000 0.000
#> SRR1457895     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603     2  0.0000    0.82881  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658633      2  0.1141    0.82548  0 0.948 0.052 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388081     3  0.3730    0.58587  0 0.052 0.812 0.032 0.104 0.000
#> SRR813339      3  0.5624   -0.10235  0 0.000 0.488 0.356 0.156 0.000
#> SRR809725      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441      2  0.0000    0.82881  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613603      4  0.2629    0.46002  0 0.000 0.040 0.868 0.092 0.000
#> SRR1096571     2  0.2558    0.78262  0 0.840 0.156 0.000 0.004 0.000
#> SRR1392701     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693     3  0.4125    0.64396  0 0.140 0.756 0.100 0.004 0.000
#> SRR660697      4  0.4766    0.43490  0 0.004 0.400 0.552 0.044 0.000
#> SRR1489926     3  0.2842    0.65828  0 0.104 0.852 0.044 0.000 0.000
#> SRR811491      3  0.5399   -0.00263  0 0.000 0.528 0.344 0.128 0.000
#> SRR1311644     6  0.0000    0.76154  0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1451740     3  0.5836    0.23262  0 0.028 0.564 0.276 0.132 0.000
#> SRR615117      2  0.0000    0.82881  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391748     6  0.5649   -0.04127  0 0.000 0.000 0.356 0.160 0.484
#> SRR1466556     3  0.4591    0.10845  0 0.012 0.588 0.376 0.024 0.000
#> SRR614972      3  0.5719   -0.15377  0 0.000 0.460 0.372 0.168 0.000
#> SRR1406200     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210      4  0.3150    0.52848  0 0.000 0.104 0.832 0.064 0.000
#> SRR662174      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236      4  0.3159    0.52479  0 0.000 0.100 0.832 0.068 0.000
#> SRR1312598     2  0.2664    0.77224  0 0.816 0.184 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330129     2  0.0000    0.82881  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357781     2  0.0000    0.82881  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315517     2  0.0000    0.82881  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400032     3  0.5836    0.23262  0 0.028 0.564 0.276 0.132 0.000
#> SRR1413722     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827      3  0.5677   -0.05009  0 0.004 0.504 0.344 0.148 0.000
#> SRR814794      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509     4  0.2605    0.41089  0 0.000 0.028 0.864 0.108 0.000
#> SRR808728      2  0.3930    0.42204  0 0.576 0.420 0.000 0.004 0.000
#> SRR1070813     2  0.1075    0.82485  0 0.952 0.048 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389133     5  0.6859    0.83717  0 0.000 0.048 0.340 0.356 0.256
#> SRR601263      4  0.4353    0.44542  0 0.000 0.384 0.588 0.028 0.000
#> SRR604718      4  0.3196    0.53161  0 0.000 0.108 0.828 0.064 0.000
#> SRR1481351     3  0.3748    0.49733  0 0.300 0.688 0.012 0.000 0.000
#> SRR1334608     2  0.3872    0.47287  0 0.604 0.392 0.000 0.004 0.000
#> SRR658681      2  0.3265    0.72000  0 0.748 0.248 0.000 0.004 0.000
#> SRR809283      4  0.5803   -0.44773  0 0.000 0.000 0.412 0.180 0.408
#> SRR1459300     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547     2  0.2933    0.76331  0 0.796 0.200 0.000 0.004 0.000
#> SRR811049      4  0.3892    0.52749  0 0.000 0.212 0.740 0.048 0.000
#> SRR1464835     6  0.5466    0.20191  0 0.000 0.000 0.280 0.164 0.556
#> SRR1339619     3  0.3990    0.47985  0 0.304 0.676 0.016 0.004 0.000
#> SRR658501      3  0.5515    0.16441  0 0.012 0.576 0.288 0.124 0.000
#> SRR1447523     4  0.3871    0.46201  0 0.000 0.084 0.768 0.148 0.000
#> SRR1415048     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348     3  0.3875    0.65741  0 0.144 0.780 0.068 0.008 0.000
#> SRR603890      2  0.0000    0.82881  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810595      3  0.2945    0.66850  0 0.156 0.824 0.020 0.000 0.000
#> SRR1446244     3  0.3875    0.65741  0 0.144 0.780 0.068 0.008 0.000
#> SRR817373      3  0.4510    0.04907  0 0.016 0.564 0.408 0.012 0.000
#> SRR1457291     2  0.3634    0.56413  0 0.644 0.356 0.000 0.000 0.000
#> SRR598220      3  0.4707    0.44955  0 0.064 0.672 0.252 0.012 0.000
#> SRR1477991     2  0.2664    0.77224  0 0.816 0.184 0.000 0.000 0.000
#> SRR598172      2  0.0000    0.82881  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349032     4  0.4634    0.41822  0 0.008 0.352 0.604 0.036 0.000
#> SRR604002      2  0.0000    0.82881  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378026     3  0.2748    0.66514  0 0.128 0.848 0.024 0.000 0.000
#> SRR1404401     2  0.0000    0.82881  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333240     2  0.0363    0.82921  0 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1089399     2  0.0000    0.82881  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603421      2  0.0363    0.82929  0 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR812562      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520      2  0.3881    0.47333  0 0.600 0.396 0.000 0.004 0.000
#> SRR811839      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317      2  0.0000    0.82881  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436763     4  0.5803   -0.44773  0 0.000 0.000 0.412 0.180 0.408
#> SRR1486021     2  0.3634    0.56413  0 0.644 0.356 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465018     2  0.0363    0.82929  0 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1080998     4  0.4294    0.38981  0 0.000 0.428 0.552 0.020 0.000
#> SRR1083432     3  0.3516    0.62164  0 0.220 0.760 0.016 0.004 0.000
#> SRR1082833     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536     3  0.5466    0.07177  0 0.004 0.548 0.320 0.128 0.000
#> SRR614011      3  0.3935    0.50088  0 0.292 0.688 0.016 0.004 0.000
#> SRR1365873     2  0.2416    0.78780  0 0.844 0.156 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498789     2  0.3101    0.72737  0 0.756 0.244 0.000 0.000 0.000
#> SRR601581      4  0.4191    0.52478  0 0.000 0.284 0.676 0.040 0.000
#> SRR603566      2  0.2805    0.77244  0 0.812 0.184 0.000 0.004 0.000
#> SRR1373981     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410      2  0.2664    0.77304  0 0.816 0.184 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076511     6  0.2555    0.72712  0 0.000 0.020 0.008 0.096 0.876
#> SRR614143      3  0.3382    0.57896  0 0.048 0.820 0.124 0.008 0.000
#> SRR1333570     4  0.5635    0.13709  0 0.000 0.152 0.528 0.316 0.004
#> SRR1366813     2  0.2762    0.76894  0 0.804 0.196 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388746     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558     5  0.6858    0.83926  0 0.000 0.048 0.336 0.360 0.256
#> SRR1409510     3  0.3918    0.66595  0 0.160 0.776 0.016 0.048 0.000
#> SRR816250      2  0.3101    0.72737  0 0.756 0.244 0.000 0.000 0.000
#> SRR614131      3  0.3707    0.56489  0 0.044 0.808 0.028 0.120 0.000
#> SRR1331130     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015     3  0.5728    0.18251  0 0.016 0.560 0.280 0.144 0.000
#> SRR1470798     3  0.3390    0.63157  0 0.200 0.780 0.008 0.012 0.000
#> SRR614179      2  0.0000    0.82881  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474863     2  0.0865    0.82743  0 0.964 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR813560      2  0.3151    0.71794  0 0.748 0.252 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312187     4  0.2846    0.48433  0 0.000 0.060 0.856 0.084 0.000
#> SRR1420960     3  0.3302    0.60055  0 0.232 0.760 0.004 0.004 0.000
#> SRR1355102     3  0.5642   -0.09589  0 0.000 0.488 0.352 0.160 0.000
#> SRR1084577     3  0.3323    0.58542  0 0.240 0.752 0.000 0.008 0.000
#> SRR659971      3  0.3823    0.13918  0 0.436 0.564 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350855     6  0.5649   -0.04127  0 0.000 0.000 0.356 0.160 0.484
#> SRR820779      3  0.3191    0.63371  0 0.076 0.852 0.036 0.036 0.000
#> SRR1476300     3  0.5719   -0.15377  0 0.000 0.460 0.372 0.168 0.000
#> SRR1090907     4  0.2897    0.48064  0 0.000 0.060 0.852 0.088 0.000
#> SRR662294      2  0.0000    0.82881  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480789     2  0.0000    0.82881  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336263     4  0.6036   -0.14310  0 0.000 0.060 0.588 0.132 0.220
#> SRR660776      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508     2  0.1141    0.82369  0 0.948 0.052 0.000 0.000 0.000
#> SRR615563      4  0.5173   -0.24776  0 0.000 0.000 0.620 0.200 0.180
#> SRR1101175     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650     2  0.2772    0.77404  0 0.816 0.180 0.000 0.004 0.000
#> SRR1431205     2  0.0363    0.82929  0 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339856     4  0.4443    0.50715  0 0.000 0.300 0.648 0.052 0.000
#> SRR1352147     3  0.3956    0.58707  0 0.252 0.712 0.036 0.000 0.000
#> SRR808968      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419      2  0.0146    0.82887  0 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402391     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609      2  0.2964    0.75367  0 0.792 0.204 0.000 0.004 0.000
#> SRR2167857     2  0.0000    0.82881  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398752     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437     2  0.2300    0.79483  0 0.856 0.144 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416955     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064     3  0.3801    0.66365  0 0.148 0.784 0.060 0.008 0.000
#> SRR659001      4  0.3878    0.12609  0 0.000 0.004 0.764 0.176 0.056
#> SRR2170696     4  0.4915   -0.17743  0 0.000 0.000 0.656 0.188 0.156
#> SRR816589      3  0.3570    0.61339  0 0.228 0.752 0.016 0.004 0.000
#> SRR1087487     2  0.3986    0.27655  0 0.532 0.464 0.000 0.004 0.000
#> SRR1329485     3  0.2982    0.66500  0 0.124 0.844 0.016 0.016 0.000
#> SRR816920      4  0.2797    0.38848  0 0.000 0.016 0.872 0.076 0.036
#> SRR1341432     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590     6  0.2331    0.73719  0 0.000 0.000 0.032 0.080 0.888
#> SRR817046      3  0.2787    0.63956  0 0.072 0.872 0.044 0.012 0.000
#> SRR1471331     3  0.3245    0.59689  0 0.228 0.764 0.000 0.008 0.000
#> SRR660788      4  0.5170   -0.24462  0 0.000 0.000 0.620 0.204 0.176
#> SRR819234      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853      2  0.0000    0.82881  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809427      4  0.2778    0.30459  0 0.000 0.008 0.824 0.168 0.000
#> SRR2170217     4  0.5803   -0.44773  0 0.000 0.000 0.412 0.180 0.408
#> SRR1386967     3  0.3463    0.58859  0 0.240 0.748 0.004 0.008 0.000
#> SRR1420344     3  0.3860   -0.01632  0 0.472 0.528 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334535     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503      4  0.2350    0.46062  0 0.000 0.036 0.888 0.076 0.000
#> SRR602564      4  0.4602    0.45144  0 0.000 0.384 0.572 0.044 0.000
#> SRR1420669     4  0.4267    0.47487  0 0.000 0.104 0.760 0.120 0.016
#> SRR819024      3  0.5719   -0.15377  0 0.000 0.460 0.372 0.168 0.000
#> SRR656223      2  0.2964    0.75367  0 0.792 0.204 0.000 0.004 0.000
#> SRR608428      2  0.3175    0.70342  0 0.744 0.256 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345647     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324     2  0.0363    0.82921  0 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361368     3  0.5163    0.55310  0 0.136 0.652 0.200 0.012 0.000
#> SRR1322619     2  0.2664    0.77224  0 0.816 0.184 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349276     4  0.6036   -0.14310  0 0.000 0.060 0.588 0.132 0.220
#> SRR1404024     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637     2  0.3175    0.71421  0 0.744 0.256 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452631     6  0.2106    0.74334  0 0.000 0.000 0.032 0.064 0.904
#> SRR608392      2  0.2964    0.75367  0 0.792 0.204 0.000 0.004 0.000
#> SRR1357757     4  0.4682    0.40606  0 0.000 0.396 0.556 0.048 0.000
#> SRR1074646     4  0.3587    0.18502  0 0.000 0.000 0.792 0.140 0.068
#> SRR1367499     3  0.3516    0.62164  0 0.220 0.760 0.016 0.004 0.000
#> SRR1343501     2  0.3930    0.42135  0 0.576 0.420 0.000 0.004 0.000
#> SRR1394406     4  0.3563    0.46825  0 0.000 0.092 0.800 0.108 0.000
#> SRR1381435     2  0.3383    0.69428  0 0.728 0.268 0.000 0.004 0.000
#> SRR1467407     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422     2  0.0000    0.82881  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380270     2  0.0000    0.82881  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091817     2  0.1204    0.82486  0 0.944 0.056 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440137     2  0.3244    0.70378  0 0.732 0.268 0.000 0.000 0.000
#> SRR614311      4  0.4518    0.42230  0 0.004 0.348 0.612 0.036 0.000
#> SRR1407516     4  0.4265    0.51854  0 0.000 0.300 0.660 0.040 0.000
#> SRR815494      3  0.4081    0.62840  0 0.092 0.788 0.032 0.088 0.000
#> SRR1333209     4  0.4190    0.53068  0 0.000 0.260 0.692 0.048 0.000
#> SRR615177      4  0.5803   -0.44773  0 0.000 0.000 0.412 0.180 0.408
#> SRR1099648     2  0.2964    0.76055  0 0.792 0.204 0.000 0.004 0.000
#> SRR659720      3  0.4347    0.35069  0 0.028 0.672 0.288 0.012 0.000
#> SRR2185057     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468      6  0.2555    0.72712  0 0.000 0.020 0.008 0.096 0.876
#> SRR660042      6  0.3979    0.60629  0 0.000 0.004 0.032 0.244 0.720
#> SRR2170864     2  0.3531    0.61279  0 0.672 0.328 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440491     4  0.4968    0.37677  0 0.004 0.432 0.508 0.056 0.000
#> SRR1440852     3  0.2740    0.66311  0 0.120 0.852 0.028 0.000 0.000
#> SRR811169      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311     4  0.4190    0.53068  0 0.000 0.260 0.692 0.048 0.000
#> SRR818009      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836     2  0.0363    0.82921  0 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498313     2  0.0000    0.82881  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441975     2  0.0458    0.82924  0 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR819096      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679     3  0.3570    0.60825  0 0.228 0.752 0.016 0.004 0.000
#> SRR1489116     2  0.3136    0.73447  0 0.768 0.228 0.000 0.004 0.000
#> SRR1354138     3  0.3271    0.59272  0 0.232 0.760 0.000 0.008 0.000
#> SRR1490589     4  0.3871    0.46201  0 0.000 0.084 0.768 0.148 0.000
#> SRR1412987     6  0.0000    0.76154  0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR602034      3  0.3800    0.64518  0 0.108 0.800 0.016 0.076 0.000
#> SRR1353437     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871     3  0.4347    0.35069  0 0.028 0.672 0.288 0.012 0.000
#> SRR661577      4  0.2527    0.46484  0 0.000 0.040 0.876 0.084 0.000
#> SRR612190      4  0.4418    0.52202  0 0.000 0.192 0.708 0.100 0.000
#> SRR1399880     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787     4  0.2846    0.48433  0 0.000 0.060 0.856 0.084 0.000
#> SRR657869      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141     3  0.3302    0.60055  0 0.232 0.760 0.004 0.004 0.000
#> SRR1476697     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538     4  0.4663    0.51854  0 0.000 0.244 0.664 0.092 0.000
#> SRR1331422     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859      4  0.3563    0.46825  0 0.000 0.092 0.800 0.108 0.000
#> SRR1097594     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419     3  0.3534    0.53186  0 0.276 0.716 0.000 0.008 0.000
#> SRR1336706     2  0.2595    0.78329  0 0.836 0.160 0.000 0.004 0.000
#> SRR1472976     4  0.3150    0.52848  0 0.000 0.104 0.832 0.064 0.000
#> SRR1321307     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461      3  0.3516    0.62164  0 0.220 0.760 0.016 0.004 0.000
#> SRR1477149     2  0.0000    0.82881  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457397     2  0.0000    0.82881  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661913      4  0.5713    0.05582  0 0.000 0.152 0.496 0.348 0.004
#> SRR1069024     2  0.0000    0.82881  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2165634     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722     3  0.3910    0.55662  0 0.044 0.788 0.140 0.028 0.000
#> SRR1328642     2  0.0000    0.82881  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488261     6  0.5654    0.27164  0 0.000 0.008 0.144 0.308 0.540
#> SRR1318815     6  0.1196    0.75760  0 0.000 0.000 0.008 0.040 0.952
#> SRR816945      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432     6  0.2604    0.72568  0 0.000 0.020 0.008 0.100 0.872
#> SRR1359280     2  0.0000    0.82881  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313910     3  0.4210    0.41848  0 0.332 0.644 0.016 0.008 0.000
#> SRR1457315     4  0.3686    0.52591  0 0.000 0.124 0.788 0.088 0.000
#> SRR815398      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958      3  0.2679    0.65488  0 0.096 0.868 0.032 0.004 0.000
#> SRR600688      4  0.4552    0.46701  0 0.000 0.364 0.592 0.044 0.000
#> SRR1098952     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916     3  0.2982    0.66500  0 0.124 0.844 0.016 0.016 0.000
#> SRR614167      3  0.5724   -0.16975  0 0.000 0.456 0.376 0.168 0.000
#> SRR1348114     3  0.4225    0.64618  0 0.144 0.752 0.096 0.008 0.000
#> SRR658033      3  0.3571    0.62842  0 0.216 0.760 0.020 0.004 0.000
#> SRR1077503     3  0.3748    0.49733  0 0.300 0.688 0.012 0.000 0.000
#> SRR661854      3  0.4205    0.51098  0 0.036 0.760 0.164 0.040 0.000
#> SRR811379      4  0.4156    0.53836  0 0.000 0.188 0.732 0.080 0.000
#> SRR1318857     2  0.3695    0.52070  0 0.624 0.376 0.000 0.000 0.000
#> SRR656445      2  0.3930    0.42135  0 0.576 0.420 0.000 0.004 0.000
#> SRR1433044     2  0.0000    0.82881  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486391     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071      5  0.6858    0.83926  0 0.000 0.048 0.336 0.360 0.256
#> SRR1364824     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745      2  0.0000    0.82881  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601038      2  0.0000    0.82881  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360080     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868      4  0.2629    0.46415  0 0.000 0.040 0.868 0.092 0.000
#> SRR1485997     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560     4  0.2797    0.38848  0 0.000 0.016 0.872 0.076 0.036
#> SRR1333330     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513      4  0.3194    0.43566  0 0.000 0.044 0.840 0.104 0.012
#> SRR1328407     2  0.1910    0.81244  0 0.892 0.108 0.000 0.000 0.000
#> SRR602784      2  0.2772    0.77404  0 0.816 0.180 0.000 0.004 0.000
#> SRR1348468     6  0.2106    0.74334  0 0.000 0.000 0.032 0.064 0.904
#> SRR663717      4  0.3588    0.53729  0 0.000 0.180 0.776 0.044 0.000
#> SRR602217      2  0.2416    0.78780  0 0.844 0.156 0.000 0.000 0.000
#> SRR603140      4  0.4353    0.44542  0 0.000 0.384 0.588 0.028 0.000
#> SRR1340804     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574     3  0.2914    0.64571  0 0.084 0.860 0.048 0.008 0.000
#> SRR1333462     2  0.0000    0.82881  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1094601     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610     4  0.2662    0.38951  0 0.000 0.024 0.856 0.120 0.000
#> SRR1435833     4  0.3948    0.54609  0 0.000 0.188 0.748 0.064 0.000
#> SRR1398728     3  0.3954    0.49277  0 0.296 0.684 0.016 0.004 0.000
#> SRR1358343     6  0.0000    0.76154  0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1410890     3  0.4171    0.28286  0 0.380 0.604 0.012 0.004 0.000
#> SRR1350371     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478     2  0.3175    0.71421  0 0.744 0.256 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099260     2  0.3795    0.53402  0 0.632 0.364 0.000 0.004 0.000
#> SRR1433576     3  0.3666    0.63674  0 0.092 0.812 0.016 0.080 0.000
#> SRR1345541     4  0.5897    0.29770  0 0.000 0.128 0.628 0.160 0.084
#> SRR1086328     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391      3  0.5667   -0.13730  0 0.000 0.472 0.368 0.160 0.000
#> SRR1476207     4  0.4378    0.44979  0 0.000 0.368 0.600 0.032 0.000
#> SRR627435      3  0.5552    0.26759  0 0.048 0.552 0.052 0.348 0.000
#> SRR1489862     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191     3  0.5719   -0.15377  0 0.000 0.460 0.372 0.168 0.000
#> SRR1490115     3  0.5369    0.03102  0 0.000 0.540 0.332 0.128 0.000
#> SRR1377714     3  0.4109    0.25641  0 0.008 0.652 0.328 0.012 0.000
#> SRR819394      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161      6  0.3647    0.66537  0 0.000 0.004 0.052 0.156 0.788
#> SRR607042      2  0.0000    0.82881  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656203      3  0.4707    0.44955  0 0.064 0.672 0.252 0.012 0.000
#> SRR660602      2  0.3993    0.24687  0 0.520 0.476 0.000 0.004 0.000
#> SRR1440397     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249      2  0.3695    0.52070  0 0.624 0.376 0.000 0.000 0.000
#> SRR661242      3  0.3730    0.58587  0 0.052 0.812 0.032 0.104 0.000
#> SRR1332007     2  0.1610    0.81859  0 0.916 0.084 0.000 0.000 0.000
#> SRR809619      3  0.4310    0.55434  0 0.268 0.684 0.044 0.004 0.000
#> SRR819975      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281      2  0.0458    0.82924  0 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR662366      3  0.5673   -0.14453  0 0.000 0.468 0.372 0.160 0.000
#> SRR1317898     3  0.5399   -0.00263  0 0.000 0.528 0.344 0.128 0.000
#> SRR1382485     4  0.4212    0.52878  0 0.000 0.264 0.688 0.048 0.000
#> SRR2166420     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541     3  0.2896    0.64493  0 0.080 0.864 0.044 0.012 0.000
#> SRR817444      2  0.3930    0.42204  0 0.576 0.420 0.000 0.004 0.000
#> SRR1320403     2  0.0000    0.82881  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101483     3  0.3935    0.50088  0 0.292 0.688 0.016 0.004 0.000
#> SRR1331684     3  0.2793    0.66142  0 0.112 0.856 0.028 0.004 0.000
#> SRR1400054     6  0.5849    0.11077  0 0.000 0.004 0.252 0.228 0.516
#> SRR1406088     3  0.3954    0.49277  0 0.296 0.684 0.016 0.004 0.000
#> SRR820733      4  0.3641    0.17828  0 0.000 0.000 0.788 0.140 0.072
#> SRR1314113     6  0.0000    0.76154  0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1382615     2  0.2933    0.75541  0 0.796 0.200 0.000 0.004 0.000
#> SRR1480745     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850     2  0.2883    0.75090  0 0.788 0.212 0.000 0.000 0.000
#> SRR656782      3  0.4571   -0.08722  0 0.004 0.536 0.432 0.028 0.000
#> SRR821364      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295      2  0.0000    0.82881  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357103     2  0.0000    0.82881  0 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809185      3  0.4706    0.46267  0 0.048 0.696 0.224 0.032 0.000
#> SRR811583      4  0.4232    0.50480  0 0.000 0.148 0.736 0.116 0.000
#> SRR1468050     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224     2  0.3101    0.72737  0 0.756 0.244 0.000 0.000 0.000

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-hclust-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-hclust-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-hclust-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-hclust-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-hclust-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-hclust-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-hclust-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-hclust-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-hclust-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-hclust-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-hclust-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-hclust-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-hclust-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-hclust-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-hclust-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-hclust-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-hclust-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-hclust-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-hclust-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-hclust-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk ATC-hclust-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-hclust-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-hclust-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-hclust-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-hclust-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-hclust-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk ATC-hclust-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


ATC:kmeans**

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["ATC", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:kmeans"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 17314 rows and 500 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#>   Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 3.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk ATC-kmeans-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk ATC-kmeans-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 1.000           1.000       1.000         0.3577 0.643   0.643
#> 3 3 0.997           0.961       0.946         0.7467 0.707   0.544
#> 4 4 0.738           0.817       0.859         0.1375 0.797   0.504
#> 5 5 0.741           0.786       0.816         0.0849 0.860   0.545
#> 6 6 0.738           0.692       0.780         0.0499 0.924   0.670

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2

There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>            class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1500170     2       0          1  0  1
#> SRR1402368     2       0          1  0  1
#> SRR607743      2       0          1  0  1
#> SRR1457375     2       0          1  0  1
#> SRR1470923     1       0          1  1  0
#> SRR817954      1       0          1  1  0
#> SRR809259      1       0          1  1  0
#> SRR1439785     2       0          1  0  1
#> SRR814768      1       0          1  1  0
#> SRR1102031     2       0          1  0  1
#> SRR1363611     2       0          1  0  1
#> SRR1468447     2       0          1  0  1
#> SRR1071931     2       0          1  0  1
#> SRR810981      1       0          1  1  0
#> SRR615299      2       0          1  0  1
#> SRR663585      2       0          1  0  1
#> SRR1326773     2       0          1  0  1
#> SRR1351166     2       0          1  0  1
#> SRR1477452     1       0          1  1  0
#> SRR1084720     2       0          1  0  1
#> SRR1420320     2       0          1  0  1
#> SRR1081712     2       0          1  0  1
#> SRR1318241     2       0          1  0  1
#> SRR1333718     2       0          1  0  1
#> SRR1313514     2       0          1  0  1
#> SRR1477861     2       0          1  0  1
#> SRR1318005     2       0          1  0  1
#> SRR1354665     2       0          1  0  1
#> SRR657707      2       0          1  0  1
#> SRR1370742     2       0          1  0  1
#> SRR1412947     2       0          1  0  1
#> SRR661553      2       0          1  0  1
#> SRR1328869     1       0          1  1  0
#> SRR662211      2       0          1  0  1
#> SRR1348181     2       0          1  0  1
#> SRR1416560     2       0          1  0  1
#> SRR1319772     2       0          1  0  1
#> SRR1091452     2       0          1  0  1
#> SRR1338812     1       0          1  1  0
#> SRR1392072     2       0          1  0  1
#> SRR814844      2       0          1  0  1
#> SRR1376619     2       0          1  0  1
#> SRR603690      2       0          1  0  1
#> SRR2184980     2       0          1  0  1
#> SRR613963      2       0          1  0  1
#> SRR1323422     1       0          1  1  0
#> SRR1397673     2       0          1  0  1
#> SRR1434650     2       0          1  0  1
#> SRR659875      2       0          1  0  1
#> SRR1465734     2       0          1  0  1
#> SRR1076847     2       0          1  0  1
#> SRR1415072     1       0          1  1  0
#> SRR659319      2       0          1  0  1
#> SRR663088      2       0          1  0  1
#> SRR1352021     1       0          1  1  0
#> SRR1325527     1       0          1  1  0
#> SRR1105369     1       0          1  1  0
#> SRR659935      2       0          1  0  1
#> SRR1352530     2       0          1  0  1
#> SRR662594      2       0          1  0  1
#> SRR1095309     1       0          1  1  0
#> SRR615647      2       0          1  0  1
#> SRR813019      2       0          1  0  1
#> SRR1374647     2       0          1  0  1
#> SRR603472      2       0          1  0  1
#> SRR661529      2       0          1  0  1
#> SRR607018      2       0          1  0  1
#> SRR627423      2       0          1  0  1
#> SRR654921      2       0          1  0  1
#> SRR1418968     1       0          1  1  0
#> SRR660871      2       0          1  0  1
#> SRR1330522     2       0          1  0  1
#> SRR1499958     2       0          1  0  1
#> SRR614059      2       0          1  0  1
#> SRR1071403     1       0          1  1  0
#> SRR1486719     2       0          1  0  1
#> SRR1440421     2       0          1  0  1
#> SRR1310412     2       0          1  0  1
#> SRR614767      2       0          1  0  1
#> SRR820709      1       0          1  1  0
#> SRR1471500     1       0          1  1  0
#> SRR658093      2       0          1  0  1
#> SRR1088168     2       0          1  0  1
#> SRR1418707     2       0          1  0  1
#> SRR1354291     2       0          1  0  1
#> SRR2165806     1       0          1  1  0
#> SRR1415684     2       0          1  0  1
#> SRR1433860     2       0          1  0  1
#> SRR1311062     2       0          1  0  1
#> SRR1360359     1       0          1  1  0
#> SRR661385      2       0          1  0  1
#> SRR615407      2       0          1  0  1
#> SRR1413892     2       0          1  0  1
#> SRR1443459     2       0          1  0  1
#> SRR1338942     1       0          1  1  0
#> SRR657480      2       0          1  0  1
#> SRR1399433     2       0          1  0  1
#> SRR818537      2       0          1  0  1
#> SRR1101324     2       0          1  0  1
#> SRR807637      2       0          1  0  1
#> SRR1091918     1       0          1  1  0
#> SRR598300      2       0          1  0  1
#> SRR1085426     1       0          1  1  0
#> SRR1376294     2       0          1  0  1
#> SRR813891      1       0          1  1  0
#> SRR1467431     2       0          1  0  1
#> SRR658742      2       0          1  0  1
#> SRR1419234     1       0          1  1  0
#> SRR1404813     2       0          1  0  1
#> SRR603496      2       0          1  0  1
#> SRR1407758     2       0          1  0  1
#> SRR810945      2       0          1  0  1
#> SRR817234      2       0          1  0  1
#> SRR1444852     2       0          1  0  1
#> SRR660378      2       0          1  0  1
#> SRR1467835     2       0          1  0  1
#> SRR1338964     2       0          1  0  1
#> SRR1079259     2       0          1  0  1
#> SRR1072345     2       0          1  0  1
#> SRR598725      2       0          1  0  1
#> SRR1447938     1       0          1  1  0
#> SRR1356397     1       0          1  1  0
#> SRR1360460     2       0          1  0  1
#> SRR1429468     2       0          1  0  1
#> SRR1446850     2       0          1  0  1
#> SRR1320363     2       0          1  0  1
#> SRR1413810     2       0          1  0  1
#> SRR598831      2       0          1  0  1
#> SRR1381865     1       0          1  1  0
#> SRR660957      2       0          1  0  1
#> SRR1491332     2       0          1  0  1
#> SRR1099744     2       0          1  0  1
#> SRR1464618     2       0          1  0  1
#> SRR1414559     2       0          1  0  1
#> SRR1337540     2       0          1  0  1
#> SRR1444283     1       0          1  1  0
#> SRR2184942     2       0          1  0  1
#> SRR660295      1       0          1  1  0
#> SRR601335      2       0          1  0  1
#> SRR1363742     2       0          1  0  1
#> SRR1345847     2       0          1  0  1
#> SRR614960      2       0          1  0  1
#> SRR819919      1       0          1  1  0
#> SRR603330      2       0          1  0  1
#> SRR1327951     1       0          1  1  0
#> SRR1401885     1       0          1  1  0
#> SRR1345266     2       0          1  0  1
#> SRR1338055     2       0          1  0  1
#> SRR1430157     2       0          1  0  1
#> SRR1320137     2       0          1  0  1
#> SRR1093483     1       0          1  1  0
#> SRR1341080     1       0          1  1  0
#> SRR1459913     2       0          1  0  1
#> SRR2170490     1       0          1  1  0
#> SRR1479845     2       0          1  0  1
#> SRR1436420     1       0          1  1  0
#> SRR1481060     2       0          1  0  1
#> SRR662282      2       0          1  0  1
#> SRR1487089     2       0          1  0  1
#> SRR1075683     1       0          1  1  0
#> SRR1338536     1       0          1  1  0
#> SRR1338880     2       0          1  0  1
#> SRR1453456     2       0          1  0  1
#> SRR1457895     1       0          1  1  0
#> SRR1440603     2       0          1  0  1
#> SRR658633      2       0          1  0  1
#> SRR1388081     2       0          1  0  1
#> SRR813339      2       0          1  0  1
#> SRR809725      1       0          1  1  0
#> SRR627441      2       0          1  0  1
#> SRR613603      2       0          1  0  1
#> SRR1096571     2       0          1  0  1
#> SRR1392701     1       0          1  1  0
#> SRR1344326     1       0          1  1  0
#> SRR1367693     2       0          1  0  1
#> SRR660697      2       0          1  0  1
#> SRR1489926     2       0          1  0  1
#> SRR811491      2       0          1  0  1
#> SRR1311644     2       0          1  0  1
#> SRR1451740     2       0          1  0  1
#> SRR615117      2       0          1  0  1
#> SRR1391748     2       0          1  0  1
#> SRR1466556     2       0          1  0  1
#> SRR614972      2       0          1  0  1
#> SRR1406200     1       0          1  1  0
#> SRR819210      2       0          1  0  1
#> SRR662174      1       0          1  1  0
#> SRR811988      1       0          1  1  0
#> SRR663236      2       0          1  0  1
#> SRR1312598     2       0          1  0  1
#> SRR1330129     2       0          1  0  1
#> SRR1357781     2       0          1  0  1
#> SRR1315517     2       0          1  0  1
#> SRR1400032     2       0          1  0  1
#> SRR1413722     1       0          1  1  0
#> SRR612827      2       0          1  0  1
#> SRR814794      1       0          1  1  0
#> SRR819430      1       0          1  1  0
#> SRR1395509     2       0          1  0  1
#> SRR808728      2       0          1  0  1
#> SRR1070813     2       0          1  0  1
#> SRR1389133     2       0          1  0  1
#> SRR601263      2       0          1  0  1
#> SRR604718      2       0          1  0  1
#> SRR1481351     2       0          1  0  1
#> SRR1334608     2       0          1  0  1
#> SRR658681      2       0          1  0  1
#> SRR809283      2       0          1  0  1
#> SRR1459300     1       0          1  1  0
#> SRR1392547     2       0          1  0  1
#> SRR811049      2       0          1  0  1
#> SRR1464835     2       0          1  0  1
#> SRR1339619     2       0          1  0  1
#> SRR658501      2       0          1  0  1
#> SRR1447523     2       0          1  0  1
#> SRR1415048     1       0          1  1  0
#> SRR1355451     1       0          1  1  0
#> SRR1444348     2       0          1  0  1
#> SRR603890      2       0          1  0  1
#> SRR810595      2       0          1  0  1
#> SRR1446244     2       0          1  0  1
#> SRR817373      2       0          1  0  1
#> SRR1457291     2       0          1  0  1
#> SRR598220      2       0          1  0  1
#> SRR1477991     2       0          1  0  1
#> SRR598172      2       0          1  0  1
#> SRR1349032     2       0          1  0  1
#> SRR604002      2       0          1  0  1
#> SRR1378026     2       0          1  0  1
#> SRR1404401     2       0          1  0  1
#> SRR1333240     2       0          1  0  1
#> SRR1089399     2       0          1  0  1
#> SRR603421      2       0          1  0  1
#> SRR812562      1       0          1  1  0
#> SRR808520      2       0          1  0  1
#> SRR811839      1       0          1  1  0
#> SRR814317      2       0          1  0  1
#> SRR1436763     2       0          1  0  1
#> SRR1486021     2       0          1  0  1
#> SRR1465018     2       0          1  0  1
#> SRR1080998     2       0          1  0  1
#> SRR1083432     2       0          1  0  1
#> SRR1082833     1       0          1  1  0
#> SRR1465804     1       0          1  1  0
#> SRR1326536     2       0          1  0  1
#> SRR614011      2       0          1  0  1
#> SRR1365873     2       0          1  0  1
#> SRR1498789     2       0          1  0  1
#> SRR601581      2       0          1  0  1
#> SRR603566      2       0          1  0  1
#> SRR1373981     1       0          1  1  0
#> SRR821410      2       0          1  0  1
#> SRR1076511     2       0          1  0  1
#> SRR614143      2       0          1  0  1
#> SRR1333570     2       0          1  0  1
#> SRR1366813     2       0          1  0  1
#> SRR1388746     1       0          1  1  0
#> SRR1420558     2       0          1  0  1
#> SRR1409510     2       0          1  0  1
#> SRR816250      2       0          1  0  1
#> SRR614131      2       0          1  0  1
#> SRR1331130     1       0          1  1  0
#> SRR1316015     2       0          1  0  1
#> SRR1470798     2       0          1  0  1
#> SRR614179      2       0          1  0  1
#> SRR1474863     2       0          1  0  1
#> SRR813560      2       0          1  0  1
#> SRR1312187     2       0          1  0  1
#> SRR1420960     2       0          1  0  1
#> SRR1355102     2       0          1  0  1
#> SRR1084577     2       0          1  0  1
#> SRR659971      2       0          1  0  1
#> SRR1350855     2       0          1  0  1
#> SRR820779      2       0          1  0  1
#> SRR1476300     2       0          1  0  1
#> SRR1090907     2       0          1  0  1
#> SRR662294      2       0          1  0  1
#> SRR1480789     2       0          1  0  1
#> SRR1336263     2       0          1  0  1
#> SRR660776      1       0          1  1  0
#> SRR1090508     2       0          1  0  1
#> SRR615563      2       0          1  0  1
#> SRR1101175     1       0          1  1  0
#> SRR2164650     2       0          1  0  1
#> SRR1431205     2       0          1  0  1
#> SRR1339856     2       0          1  0  1
#> SRR1352147     2       0          1  0  1
#> SRR808968      1       0          1  1  0
#> SRR627419      2       0          1  0  1
#> SRR1402391     1       0          1  1  0
#> SRR663609      2       0          1  0  1
#> SRR2167857     2       0          1  0  1
#> SRR1398752     1       0          1  1  0
#> SRR1469169     1       0          1  1  0
#> SRR1405437     2       0          1  0  1
#> SRR1416955     1       0          1  1  0
#> SRR1317064     2       0          1  0  1
#> SRR659001      2       0          1  0  1
#> SRR2170696     2       0          1  0  1
#> SRR816589      2       0          1  0  1
#> SRR1087487     2       0          1  0  1
#> SRR1329485     2       0          1  0  1
#> SRR816920      2       0          1  0  1
#> SRR1341432     1       0          1  1  0
#> SRR1361590     2       0          1  0  1
#> SRR817046      2       0          1  0  1
#> SRR1471331     2       0          1  0  1
#> SRR660788      2       0          1  0  1
#> SRR819234      1       0          1  1  0
#> SRR810853      2       0          1  0  1
#> SRR809427      2       0          1  0  1
#> SRR2170217     2       0          1  0  1
#> SRR1386967     2       0          1  0  1
#> SRR1420344     2       0          1  0  1
#> SRR1334535     1       0          1  1  0
#> SRR614503      2       0          1  0  1
#> SRR602564      2       0          1  0  1
#> SRR1420669     2       0          1  0  1
#> SRR819024      2       0          1  0  1
#> SRR656223      2       0          1  0  1
#> SRR608428      2       0          1  0  1
#> SRR1345647     1       0          1  1  0
#> SRR1389324     2       0          1  0  1
#> SRR1361368     2       0          1  0  1
#> SRR1322619     2       0          1  0  1
#> SRR1349276     2       0          1  0  1
#> SRR1404024     1       0          1  1  0
#> SRR1370637     2       0          1  0  1
#> SRR1452631     2       0          1  0  1
#> SRR608392      2       0          1  0  1
#> SRR1357757     2       0          1  0  1
#> SRR1074646     2       0          1  0  1
#> SRR1367499     2       0          1  0  1
#> SRR1343501     2       0          1  0  1
#> SRR1394406     2       0          1  0  1
#> SRR1381435     2       0          1  0  1
#> SRR1467407     1       0          1  1  0
#> SRR1092422     2       0          1  0  1
#> SRR1380270     2       0          1  0  1
#> SRR1091817     2       0          1  0  1
#> SRR1440137     2       0          1  0  1
#> SRR614311      2       0          1  0  1
#> SRR1407516     2       0          1  0  1
#> SRR815494      2       0          1  0  1
#> SRR1333209     2       0          1  0  1
#> SRR615177      2       0          1  0  1
#> SRR1099648     2       0          1  0  1
#> SRR659720      2       0          1  0  1
#> SRR2185057     1       0          1  1  0
#> SRR1467125     1       0          1  1  0
#> SRR657468      2       0          1  0  1
#> SRR660042      2       0          1  0  1
#> SRR2170864     2       0          1  0  1
#> SRR1440491     2       0          1  0  1
#> SRR1440852     2       0          1  0  1
#> SRR811169      1       0          1  1  0
#> SRR1331311     2       0          1  0  1
#> SRR818009      1       0          1  1  0
#> SRR1351836     2       0          1  0  1
#> SRR1498313     2       0          1  0  1
#> SRR1441975     2       0          1  0  1
#> SRR819096      1       0          1  1  0
#> SRR1073679     2       0          1  0  1
#> SRR1489116     2       0          1  0  1
#> SRR1354138     2       0          1  0  1
#> SRR1490589     2       0          1  0  1
#> SRR1412987     2       0          1  0  1
#> SRR602034      2       0          1  0  1
#> SRR1353437     1       0          1  1  0
#> SRR1072871     2       0          1  0  1
#> SRR661577      2       0          1  0  1
#> SRR612190      2       0          1  0  1
#> SRR1399880     1       0          1  1  0
#> SRR1101787     2       0          1  0  1
#> SRR657869      1       0          1  1  0
#> SRR1446332     1       0          1  1  0
#> SRR816039      1       0          1  1  0
#> SRR1485141     2       0          1  0  1
#> SRR1476697     1       0          1  1  0
#> SRR1379538     2       0          1  0  1
#> SRR1331422     1       0          1  1  0
#> SRR660859      2       0          1  0  1
#> SRR1097594     1       0          1  1  0
#> SRR1311419     2       0          1  0  1
#> SRR1336706     2       0          1  0  1
#> SRR1472976     2       0          1  0  1
#> SRR1321307     1       0          1  1  0
#> SRR807493      1       0          1  1  0
#> SRR812461      2       0          1  0  1
#> SRR1477149     2       0          1  0  1
#> SRR1457397     2       0          1  0  1
#> SRR661913      2       0          1  0  1
#> SRR1069024     2       0          1  0  1
#> SRR2165634     1       0          1  1  0
#> SRR1478722     2       0          1  0  1
#> SRR1328642     2       0          1  0  1
#> SRR1488261     2       0          1  0  1
#> SRR1318815     2       0          1  0  1
#> SRR816945      1       0          1  1  0
#> SRR1367432     2       0          1  0  1
#> SRR1359280     2       0          1  0  1
#> SRR1313910     2       0          1  0  1
#> SRR1457315     2       0          1  0  1
#> SRR815398      1       0          1  1  0
#> SRR656958      2       0          1  0  1
#> SRR600688      2       0          1  0  1
#> SRR1098952     1       0          1  1  0
#> SRR1314916     2       0          1  0  1
#> SRR614167      2       0          1  0  1
#> SRR1348114     2       0          1  0  1
#> SRR658033      2       0          1  0  1
#> SRR1077503     2       0          1  0  1
#> SRR661854      2       0          1  0  1
#> SRR811379      2       0          1  0  1
#> SRR1318857     2       0          1  0  1
#> SRR656445      2       0          1  0  1
#> SRR1433044     2       0          1  0  1
#> SRR1486391     1       0          1  1  0
#> SRR656071      2       0          1  0  1
#> SRR1364824     1       0          1  1  0
#> SRR1379133     1       0          1  1  0
#> SRR1394169     1       0          1  1  0
#> SRR816745      2       0          1  0  1
#> SRR601038      2       0          1  0  1
#> SRR1360080     1       0          1  1  0
#> SRR814868      2       0          1  0  1
#> SRR1485997     1       0          1  1  0
#> SRR1435560     2       0          1  0  1
#> SRR1333330     1       0          1  1  0
#> SRR663513      2       0          1  0  1
#> SRR1328407     2       0          1  0  1
#> SRR602784      2       0          1  0  1
#> SRR1348468     2       0          1  0  1
#> SRR663717      2       0          1  0  1
#> SRR602217      2       0          1  0  1
#> SRR603140      2       0          1  0  1
#> SRR1340804     1       0          1  1  0
#> SRR1457574     2       0          1  0  1
#> SRR1333462     2       0          1  0  1
#> SRR1094601     1       0          1  1  0
#> SRR1434610     2       0          1  0  1
#> SRR1435833     2       0          1  0  1
#> SRR1398728     2       0          1  0  1
#> SRR1358343     2       0          1  0  1
#> SRR1410890     2       0          1  0  1
#> SRR1350371     1       0          1  1  0
#> SRR1392478     2       0          1  0  1
#> SRR1099260     2       0          1  0  1
#> SRR1433576     2       0          1  0  1
#> SRR1345541     2       0          1  0  1
#> SRR1086328     1       0          1  1  0
#> SRR810391      2       0          1  0  1
#> SRR1476207     2       0          1  0  1
#> SRR627435      2       0          1  0  1
#> SRR1489862     1       0          1  1  0
#> SRR1419086     1       0          1  1  0
#> SRR1436539     1       0          1  1  0
#> SRR1396191     2       0          1  0  1
#> SRR1490115     2       0          1  0  1
#> SRR1377714     2       0          1  0  1
#> SRR819394      1       0          1  1  0
#> SRR663161      2       0          1  0  1
#> SRR607042      2       0          1  0  1
#> SRR656203      2       0          1  0  1
#> SRR660602      2       0          1  0  1
#> SRR1440397     1       0          1  1  0
#> SRR1369264     1       0          1  1  0
#> SRR809233      1       0          1  1  0
#> SRR663249      2       0          1  0  1
#> SRR661242      2       0          1  0  1
#> SRR1332007     2       0          1  0  1
#> SRR809619      2       0          1  0  1
#> SRR819975      1       0          1  1  0
#> SRR599281      2       0          1  0  1
#> SRR662366      2       0          1  0  1
#> SRR1317898     2       0          1  0  1
#> SRR1382485     2       0          1  0  1
#> SRR2166420     1       0          1  1  0
#> SRR1419429     1       0          1  1  0
#> SRR1092541     2       0          1  0  1
#> SRR817444      2       0          1  0  1
#> SRR1320403     2       0          1  0  1
#> SRR1101483     2       0          1  0  1
#> SRR1331684     2       0          1  0  1
#> SRR1400054     2       0          1  0  1
#> SRR1406088     2       0          1  0  1
#> SRR820733      2       0          1  0  1
#> SRR1314113     2       0          1  0  1
#> SRR1382615     2       0          1  0  1
#> SRR1480745     1       0          1  1  0
#> SRR1468850     2       0          1  0  1
#> SRR656782      2       0          1  0  1
#> SRR821364      1       0          1  1  0
#> SRR1101106     1       0          1  1  0
#> SRR659295      2       0          1  0  1
#> SRR1357103     2       0          1  0  1
#> SRR809185      2       0          1  0  1
#> SRR811583      2       0          1  0  1
#> SRR1468050     1       0          1  1  0
#> SRR1440224     2       0          1  0  1

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> SRR1500170     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402368     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR607743      3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1457375     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470923     1  0.0892      0.978 0.980 0.000 0.020
#> SRR817954      1  0.2165      0.973 0.936 0.000 0.064
#> SRR809259      1  0.2066      0.974 0.940 0.000 0.060
#> SRR1439785     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR814768      1  0.0237      0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR1102031     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363611     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1468447     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071931     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR810981      1  0.2165      0.973 0.936 0.000 0.064
#> SRR615299      2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR663585      2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326773     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1351166     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477452     1  0.0237      0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR1084720     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420320     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1081712     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318241     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1333718     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313514     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477861     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318005     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354665     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR657707      3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1370742     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1412947     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR661553      3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1328869     1  0.0237      0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR662211      2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348181     2  0.4931      0.660 0.000 0.768 0.232
#> SRR1416560     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1319772     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1091452     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1338812     1  0.0892      0.978 0.980 0.000 0.020
#> SRR1392072     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR814844      3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1376619     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR603690      2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR2184980     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR613963      3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1323422     1  0.0237      0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR1397673     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434650     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR659875      2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465734     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1076847     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415072     1  0.0892      0.978 0.980 0.000 0.020
#> SRR659319      2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR663088      3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1352021     1  0.0892      0.978 0.980 0.000 0.020
#> SRR1325527     1  0.0424      0.980 0.992 0.000 0.008
#> SRR1105369     1  0.2066      0.974 0.940 0.000 0.060
#> SRR659935      3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1352530     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR662594      3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1095309     1  0.2261      0.972 0.932 0.000 0.068
#> SRR615647      2  0.6309     -0.167 0.000 0.504 0.496
#> SRR813019      2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374647     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR603472      2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR661529      3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR607018      2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR627423      3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR654921      3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1418968     1  0.2066      0.974 0.940 0.000 0.060
#> SRR660871      3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1330522     3  0.6008      0.554 0.000 0.372 0.628
#> SRR1499958     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR614059      3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1071403     1  0.0892      0.978 0.980 0.000 0.020
#> SRR1486719     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440421     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310412     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR614767      2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR820709      1  0.2066      0.974 0.940 0.000 0.060
#> SRR1471500     1  0.2066      0.974 0.940 0.000 0.060
#> SRR658093      2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1088168     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418707     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354291     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR2165806     1  0.0237      0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR1415684     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1433860     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311062     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360359     1  0.0892      0.978 0.980 0.000 0.020
#> SRR661385      2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR615407      2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413892     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443459     2  0.5254      0.596 0.000 0.736 0.264
#> SRR1338942     1  0.0892      0.978 0.980 0.000 0.020
#> SRR657480      2  0.4654      0.704 0.000 0.792 0.208
#> SRR1399433     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR818537      2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101324     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR807637      3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1091918     1  0.2066      0.974 0.940 0.000 0.060
#> SRR598300      3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1085426     1  0.2066      0.974 0.940 0.000 0.060
#> SRR1376294     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR813891      1  0.0892      0.978 0.980 0.000 0.020
#> SRR1467431     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR658742      3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1419234     1  0.2261      0.972 0.932 0.000 0.068
#> SRR1404813     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR603496      2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407758     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR810945      2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR817234      2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444852     3  0.5327      0.753 0.000 0.272 0.728
#> SRR660378      2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467835     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338964     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1079259     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1072345     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR598725      3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1447938     1  0.0237      0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR1356397     1  0.2066      0.974 0.940 0.000 0.060
#> SRR1360460     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1429468     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446850     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320363     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1413810     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR598831      2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381865     1  0.0892      0.978 0.980 0.000 0.020
#> SRR660957      3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1491332     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099744     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464618     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1414559     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1337540     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1444283     1  0.0892      0.978 0.980 0.000 0.020
#> SRR2184942     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR660295      1  0.2448      0.970 0.924 0.000 0.076
#> SRR601335      2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363742     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345847     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR614960      3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR819919      1  0.2066      0.974 0.940 0.000 0.060
#> SRR603330      2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327951     1  0.2261      0.972 0.932 0.000 0.068
#> SRR1401885     1  0.0892      0.978 0.980 0.000 0.020
#> SRR1345266     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338055     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430157     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320137     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093483     1  0.2066      0.974 0.940 0.000 0.060
#> SRR1341080     1  0.2448      0.974 0.924 0.000 0.076
#> SRR1459913     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR2170490     1  0.0424      0.980 0.992 0.000 0.008
#> SRR1479845     3  0.5254      0.766 0.000 0.264 0.736
#> SRR1436420     1  0.2261      0.972 0.932 0.000 0.068
#> SRR1481060     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR662282      2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487089     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1075683     1  0.0892      0.978 0.980 0.000 0.020
#> SRR1338536     1  0.1964      0.977 0.944 0.000 0.056
#> SRR1338880     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453456     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457895     1  0.0424      0.980 0.992 0.000 0.008
#> SRR1440603     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR658633      2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388081     3  0.4605      0.857 0.000 0.204 0.796
#> SRR813339      3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR809725      1  0.0747      0.980 0.984 0.000 0.016
#> SRR627441      2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR613603      3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1096571     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392701     1  0.2261      0.972 0.932 0.000 0.068
#> SRR1344326     1  0.0747      0.979 0.984 0.000 0.016
#> SRR1367693     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR660697      3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1489926     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR811491      3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1311644     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1451740     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR615117      2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1391748     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1466556     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR614972      3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1406200     1  0.0424      0.979 0.992 0.000 0.008
#> SRR819210      3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR662174      1  0.2711      0.971 0.912 0.000 0.088
#> SRR811988      1  0.0237      0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR663236      3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1312598     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330129     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357781     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315517     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400032     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1413722     1  0.0592      0.979 0.988 0.000 0.012
#> SRR612827      3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR814794      1  0.2711      0.971 0.912 0.000 0.088
#> SRR819430      1  0.0892      0.978 0.980 0.000 0.020
#> SRR1395509     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR808728      2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070813     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389133     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR601263      3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR604718      3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1481351     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334608     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR658681      2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR809283      3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1459300     1  0.0424      0.980 0.992 0.000 0.008
#> SRR1392547     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR811049      3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1464835     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1339619     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR658501      3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1447523     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1415048     1  0.0237      0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR1355451     1  0.0892      0.978 0.980 0.000 0.020
#> SRR1444348     2  0.0424      0.970 0.000 0.992 0.008
#> SRR603890      2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR810595      2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446244     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR817373      3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1457291     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR598220      3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1477991     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR598172      2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349032     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR604002      2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378026     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404401     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333240     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089399     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR603421      2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR812562      1  0.0892      0.978 0.980 0.000 0.020
#> SRR808520      2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR811839      1  0.2165      0.973 0.936 0.000 0.064
#> SRR814317      2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436763     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1486021     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465018     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080998     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1083432     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082833     1  0.2066      0.974 0.940 0.000 0.060
#> SRR1465804     1  0.0892      0.978 0.980 0.000 0.020
#> SRR1326536     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR614011      2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1365873     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498789     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR601581      3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR603566      2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1373981     1  0.2165      0.973 0.936 0.000 0.064
#> SRR821410      2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076511     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR614143      3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1333570     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1366813     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388746     1  0.2066      0.974 0.940 0.000 0.060
#> SRR1420558     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1409510     2  0.6026      0.304 0.000 0.624 0.376
#> SRR816250      2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR614131      3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1331130     1  0.0892      0.978 0.980 0.000 0.020
#> SRR1316015     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1470798     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR614179      2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1474863     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR813560      2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312187     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1420960     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355102     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1084577     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR659971      2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350855     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR820779      3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1476300     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1090907     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR662294      2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480789     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336263     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR660776      1  0.2448      0.970 0.924 0.000 0.076
#> SRR1090508     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR615563      3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1101175     1  0.0424      0.980 0.992 0.000 0.008
#> SRR2164650     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431205     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339856     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1352147     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR808968      1  0.0237      0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR627419      2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402391     1  0.2066      0.974 0.940 0.000 0.060
#> SRR663609      2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR2167857     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398752     1  0.2066      0.974 0.940 0.000 0.060
#> SRR1469169     1  0.2796      0.971 0.908 0.000 0.092
#> SRR1405437     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416955     1  0.1163      0.977 0.972 0.000 0.028
#> SRR1317064     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR659001      3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR2170696     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR816589      2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087487     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329485     2  0.4931      0.660 0.000 0.768 0.232
#> SRR816920      3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1341432     1  0.2261      0.972 0.932 0.000 0.068
#> SRR1361590     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR817046      2  0.6045      0.292 0.000 0.620 0.380
#> SRR1471331     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR660788      3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR819234      1  0.0892      0.978 0.980 0.000 0.020
#> SRR810853      2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR809427      3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR2170217     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1386967     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420344     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334535     1  0.1163      0.977 0.972 0.000 0.028
#> SRR614503      3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR602564      3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1420669     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR819024      3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR656223      2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR608428      2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345647     1  0.0892      0.978 0.980 0.000 0.020
#> SRR1389324     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1361368     3  0.6267      0.339 0.000 0.452 0.548
#> SRR1322619     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349276     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1404024     1  0.1163      0.977 0.972 0.000 0.028
#> SRR1370637     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452631     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR608392      2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357757     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1074646     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1367499     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343501     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394406     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1381435     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467407     1  0.2066      0.974 0.940 0.000 0.060
#> SRR1092422     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380270     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091817     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440137     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR614311      3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1407516     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR815494      3  0.4887      0.823 0.000 0.228 0.772
#> SRR1333209     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR615177      3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1099648     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR659720      3  0.6267      0.334 0.000 0.452 0.548
#> SRR2185057     1  0.1031      0.978 0.976 0.000 0.024
#> SRR1467125     1  0.1289      0.976 0.968 0.000 0.032
#> SRR657468      3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR660042      3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR2170864     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440491     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1440852     2  0.4399      0.737 0.000 0.812 0.188
#> SRR811169      1  0.2066      0.974 0.940 0.000 0.060
#> SRR1331311     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR818009      1  0.1643      0.977 0.956 0.000 0.044
#> SRR1351836     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498313     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441975     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR819096      1  0.0892      0.978 0.980 0.000 0.020
#> SRR1073679     3  0.6267      0.339 0.000 0.452 0.548
#> SRR1489116     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354138     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490589     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1412987     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR602034      2  0.4974      0.652 0.000 0.764 0.236
#> SRR1353437     1  0.0237      0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR1072871     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR661577      3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR612190      3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1399880     1  0.0892      0.978 0.980 0.000 0.020
#> SRR1101787     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR657869      1  0.2448      0.970 0.924 0.000 0.076
#> SRR1446332     1  0.0424      0.980 0.992 0.000 0.008
#> SRR816039      1  0.2261      0.972 0.932 0.000 0.068
#> SRR1485141     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476697     1  0.0424      0.979 0.992 0.000 0.008
#> SRR1379538     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1331422     1  0.0747      0.980 0.984 0.000 0.016
#> SRR660859      3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1097594     1  0.1163      0.979 0.972 0.000 0.028
#> SRR1311419     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336706     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472976     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1321307     1  0.2261      0.972 0.932 0.000 0.068
#> SRR807493      1  0.0747      0.979 0.984 0.000 0.016
#> SRR812461      2  0.2796      0.874 0.000 0.908 0.092
#> SRR1477149     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457397     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR661913      3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1069024     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR2165634     1  0.0237      0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR1478722     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1328642     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488261     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1318815     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR816945      1  0.2261      0.972 0.932 0.000 0.068
#> SRR1367432     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1359280     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313910     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457315     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR815398      1  0.2261      0.972 0.932 0.000 0.068
#> SRR656958      2  0.4452      0.731 0.000 0.808 0.192
#> SRR600688      3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1098952     1  0.0424      0.980 0.992 0.000 0.008
#> SRR1314916     2  0.6045      0.292 0.000 0.620 0.380
#> SRR614167      3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1348114     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR658033      2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077503     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR661854      3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR811379      3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1318857     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR656445      2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433044     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486391     1  0.0747      0.979 0.984 0.000 0.016
#> SRR656071      3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1364824     1  0.0592      0.979 0.988 0.000 0.012
#> SRR1379133     1  0.0892      0.978 0.980 0.000 0.020
#> SRR1394169     1  0.0237      0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR816745      2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR601038      2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360080     1  0.1753      0.976 0.952 0.000 0.048
#> SRR814868      3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1485997     1  0.0237      0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR1435560     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1333330     1  0.1163      0.977 0.972 0.000 0.028
#> SRR663513      3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1328407     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR602784      2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348468     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR663717      3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR602217      2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR603140      3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1340804     1  0.0892      0.978 0.980 0.000 0.020
#> SRR1457574     3  0.2959      0.982 0.000 0.100 0.900
#> SRR1333462     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1094601     1  0.0237      0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR1434610     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1435833     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1398728     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358343     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1410890     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350371     1  0.1163      0.978 0.972 0.000 0.028
#> SRR1392478     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099260     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433576     2  0.4291      0.750 0.000 0.820 0.180
#> SRR1345541     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1086328     1  0.2261      0.972 0.932 0.000 0.068
#> SRR810391      3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1476207     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR627435      2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489862     1  0.1031      0.977 0.976 0.000 0.024
#> SRR1419086     1  0.0424      0.980 0.992 0.000 0.008
#> SRR1436539     1  0.0892      0.978 0.980 0.000 0.020
#> SRR1396191     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1490115     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1377714     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR819394      1  0.0892      0.978 0.980 0.000 0.020
#> SRR663161      3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR607042      2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR656203      3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR660602      2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440397     1  0.2356      0.975 0.928 0.000 0.072
#> SRR1369264     1  0.2066      0.974 0.940 0.000 0.060
#> SRR809233      1  0.2261      0.972 0.932 0.000 0.068
#> SRR663249      2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR661242      3  0.3340      0.960 0.000 0.120 0.880
#> SRR1332007     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR809619      2  0.4346      0.744 0.000 0.816 0.184
#> SRR819975      1  0.0237      0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR599281      2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR662366      3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1317898     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1382485     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR2166420     1  0.0892      0.978 0.980 0.000 0.020
#> SRR1419429     1  0.2796      0.970 0.908 0.000 0.092
#> SRR1092541     2  0.6045      0.292 0.000 0.620 0.380
#> SRR817444      2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320403     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101483     3  0.5138      0.787 0.000 0.252 0.748
#> SRR1331684     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400054     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1406088     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR820733      3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1314113     3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1382615     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480745     1  0.0237      0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR1468850     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR656782      3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR821364      1  0.2165      0.973 0.936 0.000 0.064
#> SRR1101106     1  0.2448      0.970 0.924 0.000 0.076
#> SRR659295      2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357103     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR809185      3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR811583      3  0.2878      0.986 0.000 0.096 0.904
#> SRR1468050     1  0.0892      0.978 0.980 0.000 0.020
#> SRR1440224     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR1500170     2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1402368     3  0.4977     0.2482 0.000 0.000 0.540 0.460
#> SRR607743      3  0.3942     0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1457375     2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1470923     1  0.0376     0.9292 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR817954      1  0.3444     0.9167 0.816 0.184 0.000 0.000
#> SRR809259      1  0.3444     0.9167 0.816 0.184 0.000 0.000
#> SRR1439785     3  0.3942     0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR814768      1  0.0000     0.9304 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031     3  0.0188     0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1363611     3  0.3942     0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1468447     2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1071931     3  0.3942     0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR810981      1  0.3569     0.9131 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR615299      2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR663585      3  0.4746    -0.2201 0.000 0.368 0.632 0.000
#> SRR1326773     3  0.4989    -0.5324 0.000 0.472 0.528 0.000
#> SRR1351166     2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1477452     1  0.0000     0.9304 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720     3  0.0188     0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1420320     4  0.4776     0.3647 0.000 0.000 0.376 0.624
#> SRR1081712     2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1318241     3  0.3942     0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1333718     2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1313514     2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1477861     2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1318005     2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1354665     2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR657707      3  0.3942     0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1370742     3  0.3942     0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1412947     3  0.0188     0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR661553      4  0.2149     0.8830 0.000 0.000 0.088 0.912
#> SRR1328869     1  0.0000     0.9304 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211      2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1348181     3  0.1389     0.7465 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR1416560     3  0.3942     0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1319772     3  0.3942     0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1091452     3  0.3942     0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1338812     1  0.0844     0.9278 0.980 0.004 0.004 0.012
#> SRR1392072     2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR814844      4  0.0921     0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1376619     3  0.0188     0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR603690      3  0.0188     0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR2184980     2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR613963      4  0.0921     0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1323422     1  0.0336     0.9314 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1397673     3  0.0188     0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1434650     2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR659875      2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1465734     3  0.3942     0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1076847     2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1415072     1  0.0992     0.9270 0.976 0.008 0.004 0.012
#> SRR659319      2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR663088      4  0.0921     0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1352021     1  0.0712     0.9283 0.984 0.004 0.004 0.008
#> SRR1325527     1  0.2216     0.9311 0.908 0.092 0.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.3444     0.9167 0.816 0.184 0.000 0.000
#> SRR659935      3  0.4998     0.1482 0.000 0.000 0.512 0.488
#> SRR1352530     3  0.0188     0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR662594      3  0.4250     0.6744 0.000 0.000 0.724 0.276
#> SRR1095309     1  0.3942     0.9015 0.764 0.236 0.000 0.000
#> SRR615647      3  0.2814     0.7455 0.000 0.000 0.868 0.132
#> SRR813019      2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1374647     2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR603472      2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR661529      4  0.0921     0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR607018      2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR627423      4  0.0921     0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR654921      4  0.0921     0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1418968     1  0.3400     0.9177 0.820 0.180 0.000 0.000
#> SRR660871      3  0.3942     0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1330522     3  0.3266     0.7417 0.000 0.000 0.832 0.168
#> SRR1499958     3  0.1637     0.6655 0.000 0.060 0.940 0.000
#> SRR614059      4  0.0921     0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1071403     1  0.0992     0.9270 0.976 0.008 0.004 0.012
#> SRR1486719     2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1440421     2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1310412     4  0.1940     0.8938 0.000 0.000 0.076 0.924
#> SRR614767      2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR820709      1  0.3444     0.9167 0.816 0.184 0.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.3444     0.9167 0.816 0.184 0.000 0.000
#> SRR658093      3  0.4977    -0.5018 0.000 0.460 0.540 0.000
#> SRR1088168     2  0.4981     0.6765 0.000 0.536 0.464 0.000
#> SRR1418707     2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1354291     2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR2165806     1  0.2081     0.9319 0.916 0.084 0.000 0.000
#> SRR1415684     4  0.4776     0.3647 0.000 0.000 0.376 0.624
#> SRR1433860     3  0.4985    -0.5224 0.000 0.468 0.532 0.000
#> SRR1311062     2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1360359     1  0.0564     0.9287 0.988 0.004 0.004 0.004
#> SRR661385      3  0.0188     0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR615407      2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1413892     2  0.4855     0.7901 0.000 0.600 0.400 0.000
#> SRR1443459     3  0.1389     0.7465 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR1338942     1  0.0376     0.9292 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR657480      3  0.1211     0.7457 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR1399433     3  0.3942     0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR818537      2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1101324     4  0.0921     0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR807637      4  0.0921     0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1091918     1  0.3569     0.9131 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR598300      4  0.0921     0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1085426     1  0.3400     0.9176 0.820 0.180 0.000 0.000
#> SRR1376294     2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR813891      1  0.0712     0.9283 0.984 0.004 0.004 0.008
#> SRR1467431     3  0.0188     0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR658742      4  0.0921     0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1419234     1  0.3942     0.9015 0.764 0.236 0.000 0.000
#> SRR1404813     2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR603496      3  0.0188     0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1407758     3  0.2704     0.5607 0.000 0.124 0.876 0.000
#> SRR810945      3  0.3528     0.4441 0.000 0.192 0.808 0.000
#> SRR817234      2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1444852     3  0.3444     0.7394 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR660378      3  0.0188     0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1467835     3  0.4643    -0.1293 0.000 0.344 0.656 0.000
#> SRR1338964     3  0.3942     0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1079259     3  0.3942     0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1072345     3  0.4996     0.1635 0.000 0.000 0.516 0.484
#> SRR598725      3  0.4877     0.4046 0.000 0.000 0.592 0.408
#> SRR1447938     1  0.0921     0.9327 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1356397     1  0.3528     0.9147 0.808 0.192 0.000 0.000
#> SRR1360460     4  0.1389     0.9173 0.000 0.000 0.048 0.952
#> SRR1429468     2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1446850     2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1320363     3  0.3942     0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1413810     3  0.2868     0.5373 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR598831      2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1381865     1  0.0376     0.9292 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR660957      3  0.3942     0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1491332     2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1099744     2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1464618     3  0.3942     0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1414559     4  0.0921     0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1337540     4  0.0921     0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1444283     1  0.0992     0.9270 0.976 0.008 0.004 0.012
#> SRR2184942     3  0.3942     0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR660295      1  0.4103     0.8949 0.744 0.256 0.000 0.000
#> SRR601335      3  0.4985    -0.5224 0.000 0.468 0.532 0.000
#> SRR1363742     3  0.4985    -0.5224 0.000 0.468 0.532 0.000
#> SRR1345847     3  0.0188     0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR614960      4  0.0921     0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR819919      1  0.3610     0.9126 0.800 0.200 0.000 0.000
#> SRR603330      2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1327951     1  0.3942     0.9015 0.764 0.236 0.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.0992     0.9270 0.976 0.008 0.004 0.012
#> SRR1345266     3  0.0188     0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1338055     2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1430157     3  0.2081     0.6297 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR1320137     3  0.0188     0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1093483     1  0.3444     0.9167 0.816 0.184 0.000 0.000
#> SRR1341080     1  0.3568     0.9143 0.856 0.116 0.004 0.024
#> SRR1459913     3  0.3942     0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR2170490     1  0.2216     0.9311 0.908 0.092 0.000 0.000
#> SRR1479845     3  0.3444     0.7394 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR1436420     1  0.3942     0.9015 0.764 0.236 0.000 0.000
#> SRR1481060     2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR662282      2  0.4972     0.6923 0.000 0.544 0.456 0.000
#> SRR1487089     4  0.0921     0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1075683     1  0.0992     0.9270 0.976 0.008 0.004 0.012
#> SRR1338536     1  0.2081     0.9319 0.916 0.084 0.000 0.000
#> SRR1338880     3  0.0188     0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1453456     3  0.0188     0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1457895     1  0.2216     0.9311 0.908 0.092 0.000 0.000
#> SRR1440603     2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR658633      2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1388081     3  0.3688     0.7349 0.000 0.000 0.792 0.208
#> SRR813339      3  0.3942     0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR809725      1  0.1209     0.9345 0.964 0.032 0.004 0.000
#> SRR627441      2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR613603      4  0.0921     0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1096571     2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1392701     1  0.3942     0.9015 0.764 0.236 0.000 0.000
#> SRR1344326     1  0.0376     0.9292 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1367693     3  0.3942     0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR660697      3  0.3942     0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1489926     3  0.0188     0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR811491      3  0.3942     0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1311644     4  0.0921     0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1451740     3  0.3942     0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR615117      2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1391748     4  0.0921     0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1466556     3  0.3942     0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR614972      3  0.3942     0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1406200     1  0.0000     0.9304 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210      4  0.2921     0.8240 0.000 0.000 0.140 0.860
#> SRR662174      1  0.4345     0.9087 0.788 0.188 0.004 0.020
#> SRR811988      1  0.0921     0.9327 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR663236      4  0.4776     0.3647 0.000 0.000 0.376 0.624
#> SRR1312598     2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1330129     2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1357781     2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1315517     2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1400032     3  0.3942     0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1413722     1  0.0000     0.9304 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827      3  0.3942     0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR814794      1  0.4426     0.9080 0.780 0.196 0.004 0.020
#> SRR819430      1  0.0712     0.9283 0.984 0.008 0.004 0.004
#> SRR1395509     4  0.0921     0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR808728      2  0.4972     0.6923 0.000 0.544 0.456 0.000
#> SRR1070813     2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1389133     4  0.0921     0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR601263      3  0.3942     0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR604718      4  0.4776     0.3647 0.000 0.000 0.376 0.624
#> SRR1481351     3  0.0188     0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1334608     3  0.4998    -0.5725 0.000 0.488 0.512 0.000
#> SRR658681      2  0.4977     0.6845 0.000 0.540 0.460 0.000
#> SRR809283      4  0.0921     0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1459300     1  0.2216     0.9311 0.908 0.092 0.000 0.000
#> SRR1392547     2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR811049      3  0.3942     0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1464835     4  0.0921     0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1339619     3  0.0188     0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR658501      3  0.3942     0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1447523     4  0.2589     0.8535 0.000 0.000 0.116 0.884
#> SRR1415048     1  0.0000     0.9304 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.0844     0.9278 0.980 0.004 0.004 0.012
#> SRR1444348     3  0.0524     0.7399 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR603890      2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR810595      3  0.0188     0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1446244     3  0.3942     0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR817373      3  0.3942     0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1457291     3  0.3074     0.5037 0.000 0.152 0.848 0.000
#> SRR598220      3  0.3942     0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1477991     2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR598172      2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1349032     3  0.3942     0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR604002      2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1378026     3  0.0188     0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1404401     2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1333240     2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1089399     2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR603421      2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR812562      1  0.0844     0.9278 0.980 0.004 0.004 0.012
#> SRR808520      2  0.4955     0.7147 0.000 0.556 0.444 0.000
#> SRR811839      1  0.3569     0.9131 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR814317      2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1436763     4  0.0921     0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1486021     3  0.4585    -0.0822 0.000 0.332 0.668 0.000
#> SRR1465018     2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1080998     3  0.3942     0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1083432     3  0.0188     0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1082833     1  0.3444     0.9167 0.816 0.184 0.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.1471     0.9250 0.960 0.012 0.004 0.024
#> SRR1326536     3  0.3942     0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR614011      3  0.0188     0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1365873     2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1498789     2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR601581      3  0.3942     0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR603566      2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1373981     1  0.3726     0.9079 0.788 0.212 0.000 0.000
#> SRR821410      2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1076511     4  0.0921     0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR614143      3  0.3942     0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1333570     4  0.2281     0.8754 0.000 0.000 0.096 0.904
#> SRR1366813     2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1388746     1  0.3444     0.9167 0.816 0.184 0.000 0.000
#> SRR1420558     4  0.0921     0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1409510     3  0.2149     0.7476 0.000 0.000 0.912 0.088
#> SRR816250      2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR614131      3  0.3942     0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1331130     1  0.0992     0.9270 0.976 0.008 0.004 0.012
#> SRR1316015     3  0.3942     0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1470798     3  0.0188     0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR614179      2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1474863     2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR813560      2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1312187     4  0.5000    -0.0997 0.000 0.000 0.496 0.504
#> SRR1420960     3  0.0188     0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1355102     3  0.3942     0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1084577     3  0.0188     0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR659971      3  0.0188     0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1350855     4  0.0921     0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR820779      3  0.3942     0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1476300     3  0.3942     0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1090907     4  0.4761     0.3745 0.000 0.000 0.372 0.628
#> SRR662294      2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1480789     2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1336263     4  0.0921     0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR660776      1  0.4072     0.8957 0.748 0.252 0.000 0.000
#> SRR1090508     2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR615563      4  0.0921     0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1101175     1  0.2281     0.9308 0.904 0.096 0.000 0.000
#> SRR2164650     2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1431205     2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1339856     3  0.3942     0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1352147     3  0.0188     0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR808968      1  0.1557     0.9334 0.944 0.056 0.000 0.000
#> SRR627419      2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1402391     1  0.3486     0.9169 0.812 0.188 0.000 0.000
#> SRR663609      2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR2167857     2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1398752     1  0.3444     0.9167 0.816 0.184 0.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.4277     0.9096 0.800 0.172 0.004 0.024
#> SRR1405437     2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1416955     1  0.2123     0.9196 0.936 0.032 0.004 0.028
#> SRR1317064     3  0.3942     0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR659001      4  0.0921     0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR2170696     4  0.0921     0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR816589      3  0.0592     0.7221 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1087487     2  0.4981     0.6765 0.000 0.536 0.464 0.000
#> SRR1329485     3  0.1389     0.7465 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR816920      4  0.0921     0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1341432     1  0.3907     0.9024 0.768 0.232 0.000 0.000
#> SRR1361590     4  0.0921     0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR817046      3  0.2149     0.7476 0.000 0.000 0.912 0.088
#> SRR1471331     3  0.0188     0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR660788      4  0.0921     0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR819234      1  0.0376     0.9292 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR810853      2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR809427      3  0.4996     0.1635 0.000 0.000 0.516 0.484
#> SRR2170217     4  0.0921     0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1386967     3  0.0188     0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1420344     3  0.0188     0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1334535     1  0.2123     0.9196 0.936 0.032 0.004 0.028
#> SRR614503      4  0.2408     0.8672 0.000 0.000 0.104 0.896
#> SRR602564      3  0.3942     0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1420669     4  0.0921     0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR819024      3  0.3942     0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR656223      2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR608428      2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1345647     1  0.0992     0.9270 0.976 0.008 0.004 0.012
#> SRR1389324     2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1361368     3  0.2973     0.7445 0.000 0.000 0.856 0.144
#> SRR1322619     2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1349276     4  0.0921     0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1404024     1  0.1920     0.9211 0.944 0.024 0.004 0.028
#> SRR1370637     2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1452631     4  0.0921     0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR608392      2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1357757     3  0.3942     0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1074646     4  0.0921     0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1367499     3  0.0188     0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1343501     3  0.4817    -0.2890 0.000 0.388 0.612 0.000
#> SRR1394406     4  0.1637     0.9077 0.000 0.000 0.060 0.940
#> SRR1381435     2  0.4981     0.6765 0.000 0.536 0.464 0.000
#> SRR1467407     1  0.3444     0.9167 0.816 0.184 0.000 0.000
#> SRR1092422     2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1380270     2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1091817     2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1440137     2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR614311      3  0.3942     0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1407516     3  0.3942     0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR815494      3  0.3569     0.7374 0.000 0.000 0.804 0.196
#> SRR1333209     3  0.4933     0.3360 0.000 0.000 0.568 0.432
#> SRR615177      4  0.0921     0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1099648     2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR659720      3  0.2647     0.7455 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR2185057     1  0.3100     0.9281 0.888 0.080 0.004 0.028
#> SRR1467125     1  0.2123     0.9196 0.936 0.032 0.004 0.028
#> SRR657468      4  0.0921     0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR660042      4  0.0921     0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR2170864     3  0.2081     0.6296 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR1440491     3  0.3942     0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1440852     3  0.1211     0.7457 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR811169      1  0.3569     0.9131 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR1331311     3  0.4998     0.1482 0.000 0.000 0.512 0.488
#> SRR818009      1  0.2973     0.9250 0.856 0.144 0.000 0.000
#> SRR1351836     2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1498313     2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1441975     2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR819096      1  0.0844     0.9278 0.980 0.004 0.004 0.012
#> SRR1073679     3  0.2973     0.7445 0.000 0.000 0.856 0.144
#> SRR1489116     2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1354138     3  0.0188     0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1490589     4  0.1637     0.9077 0.000 0.000 0.060 0.940
#> SRR1412987     4  0.0921     0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR602034      3  0.1389     0.7465 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR1353437     1  0.0921     0.9327 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1072871     3  0.3942     0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR661577      4  0.0921     0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR612190      4  0.4500     0.5155 0.000 0.000 0.316 0.684
#> SRR1399880     1  0.0992     0.9270 0.976 0.008 0.004 0.012
#> SRR1101787     4  0.1557     0.9112 0.000 0.000 0.056 0.944
#> SRR657869      1  0.4040     0.8972 0.752 0.248 0.000 0.000
#> SRR1446332     1  0.0921     0.9337 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR816039      1  0.3873     0.9033 0.772 0.228 0.000 0.000
#> SRR1485141     3  0.0188     0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1476697     1  0.0188     0.9299 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1379538     4  0.4776     0.3647 0.000 0.000 0.376 0.624
#> SRR1331422     1  0.1771     0.9344 0.948 0.036 0.004 0.012
#> SRR660859      4  0.1118     0.9254 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR1097594     1  0.2408     0.9317 0.896 0.104 0.000 0.000
#> SRR1311419     3  0.2868     0.5373 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR1336706     2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1472976     4  0.0921     0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1321307     1  0.3942     0.9015 0.764 0.236 0.000 0.000
#> SRR807493      1  0.2281     0.9308 0.904 0.096 0.000 0.000
#> SRR812461      3  0.0592     0.7414 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1477149     2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1457397     2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR661913      4  0.2408     0.8672 0.000 0.000 0.104 0.896
#> SRR1069024     2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR2165634     1  0.1557     0.9334 0.944 0.056 0.000 0.000
#> SRR1478722     3  0.3942     0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1328642     2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1488261     4  0.0921     0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1318815     4  0.0921     0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR816945      1  0.3942     0.9015 0.764 0.236 0.000 0.000
#> SRR1367432     4  0.0921     0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1359280     2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1313910     3  0.0188     0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1457315     4  0.3123     0.8025 0.000 0.000 0.156 0.844
#> SRR815398      1  0.3942     0.9015 0.764 0.236 0.000 0.000
#> SRR656958      3  0.1211     0.7457 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR600688      3  0.3942     0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1098952     1  0.2081     0.9320 0.916 0.084 0.000 0.000
#> SRR1314916     3  0.2149     0.7476 0.000 0.000 0.912 0.088
#> SRR614167      3  0.3942     0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1348114     3  0.3942     0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR658033      3  0.0188     0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1077503     3  0.0188     0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR661854      3  0.3942     0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR811379      4  0.4776     0.3647 0.000 0.000 0.376 0.624
#> SRR1318857     3  0.3975     0.2722 0.000 0.240 0.760 0.000
#> SRR656445      2  0.4985     0.6681 0.000 0.532 0.468 0.000
#> SRR1433044     2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1486391     1  0.0376     0.9292 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR656071      4  0.0921     0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1364824     1  0.0000     0.9304 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133     1  0.0376     0.9292 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1394169     1  0.1792     0.9326 0.932 0.068 0.000 0.000
#> SRR816745      2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR601038      2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1360080     1  0.2921     0.9262 0.860 0.140 0.000 0.000
#> SRR814868      4  0.0921     0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1485997     1  0.0000     0.9304 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560     4  0.0921     0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1333330     1  0.2123     0.9196 0.936 0.032 0.004 0.028
#> SRR663513      4  0.0921     0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1328407     2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR602784      2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1348468     4  0.0921     0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR663717      4  0.4855     0.2871 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR602217      2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR603140      3  0.3942     0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1340804     1  0.0992     0.9270 0.976 0.008 0.004 0.012
#> SRR1457574     3  0.3942     0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1333462     2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1094601     1  0.0592     0.9321 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1434610     4  0.0921     0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1435833     4  0.1389     0.9173 0.000 0.000 0.048 0.952
#> SRR1398728     3  0.0188     0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1358343     4  0.0921     0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1410890     3  0.2011     0.6359 0.000 0.080 0.920 0.000
#> SRR1350371     1  0.2921     0.9262 0.860 0.140 0.000 0.000
#> SRR1392478     2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1099260     2  0.4981     0.6765 0.000 0.536 0.464 0.000
#> SRR1433576     3  0.1211     0.7457 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR1345541     4  0.0921     0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1086328     1  0.3942     0.9015 0.764 0.236 0.000 0.000
#> SRR810391      3  0.3942     0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1476207     3  0.3942     0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR627435      3  0.0188     0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1489862     1  0.1811     0.9225 0.948 0.020 0.004 0.028
#> SRR1419086     1  0.2216     0.9311 0.908 0.092 0.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.0992     0.9270 0.976 0.008 0.004 0.012
#> SRR1396191     3  0.3942     0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1490115     3  0.3942     0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1377714     3  0.3942     0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR819394      1  0.0992     0.9270 0.976 0.008 0.004 0.012
#> SRR663161      4  0.0921     0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR607042      2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR656203      3  0.3942     0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR660602      3  0.0188     0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1440397     1  0.3408     0.9164 0.860 0.120 0.004 0.016
#> SRR1369264     1  0.3569     0.9131 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR809233      1  0.3907     0.9024 0.768 0.232 0.000 0.000
#> SRR663249      3  0.4790    -0.2595 0.000 0.380 0.620 0.000
#> SRR661242      3  0.3942     0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1332007     2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR809619      3  0.1211     0.7457 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR819975      1  0.0000     0.9304 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281      2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR662366      3  0.3942     0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1317898     3  0.3942     0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1382485     3  0.3975     0.7235 0.000 0.000 0.760 0.240
#> SRR2166420     1  0.0376     0.9292 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1419429     1  0.4616     0.9010 0.760 0.216 0.004 0.020
#> SRR1092541     3  0.2149     0.7476 0.000 0.000 0.912 0.088
#> SRR817444      3  0.4989    -0.5324 0.000 0.472 0.528 0.000
#> SRR1320403     2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1101483     3  0.3610     0.7369 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1331684     3  0.0188     0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1400054     4  0.0921     0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1406088     3  0.0188     0.7355 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR820733      4  0.0921     0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1314113     4  0.0921     0.9306 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1382615     2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1480745     1  0.1211     0.9330 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR1468850     2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR656782      3  0.3942     0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR821364      1  0.3444     0.9167 0.816 0.184 0.000 0.000
#> SRR1101106     1  0.3975     0.9008 0.760 0.240 0.000 0.000
#> SRR659295      2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR1357103     2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000
#> SRR809185      3  0.3942     0.7284 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR811583      4  0.2345     0.8714 0.000 0.000 0.100 0.900
#> SRR1468050     1  0.0992     0.9270 0.976 0.008 0.004 0.012
#> SRR1440224     2  0.4134     0.9802 0.000 0.740 0.260 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR1500170     2  0.0290     0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1402368     5  0.4629     0.8230 0.000 0.000 0.244 0.052 0.704
#> SRR607743      5  0.3661     0.8325 0.000 0.000 0.276 0.000 0.724
#> SRR1457375     2  0.1043     0.9236 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR1470923     1  0.1281     0.9125 0.956 0.000 0.000 0.012 0.032
#> SRR817954      1  0.3477     0.9014 0.824 0.000 0.040 0.000 0.136
#> SRR809259      1  0.3551     0.9003 0.820 0.000 0.044 0.000 0.136
#> SRR1439785     5  0.3774     0.8304 0.000 0.000 0.296 0.000 0.704
#> SRR814768      1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031     3  0.3691     0.7318 0.000 0.076 0.820 0.000 0.104
#> SRR1363611     5  0.3508     0.8084 0.000 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR1468447     2  0.0290     0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1071931     5  0.3177     0.8315 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR810981      1  0.3752     0.8949 0.804 0.000 0.048 0.000 0.148
#> SRR615299      2  0.0290     0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR663585      3  0.4199     0.7329 0.000 0.180 0.764 0.000 0.056
#> SRR1326773     3  0.4354     0.6664 0.000 0.256 0.712 0.000 0.032
#> SRR1351166     3  0.4747     0.5289 0.000 0.352 0.620 0.000 0.028
#> SRR1477452     1  0.0162     0.9190 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1084720     3  0.2983     0.7223 0.000 0.076 0.868 0.000 0.056
#> SRR1420320     5  0.4879     0.7162 0.000 0.000 0.108 0.176 0.716
#> SRR1081712     2  0.0290     0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1318241     5  0.3534     0.8379 0.000 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1333718     2  0.2424     0.8273 0.000 0.868 0.132 0.000 0.000
#> SRR1313514     2  0.0290     0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1477861     2  0.0290     0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1318005     2  0.0290     0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1354665     3  0.4747     0.5289 0.000 0.352 0.620 0.000 0.028
#> SRR657707      5  0.3534     0.8379 0.000 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1370742     5  0.3837     0.8263 0.000 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR1412947     3  0.3586     0.7345 0.000 0.076 0.828 0.000 0.096
#> SRR661553      5  0.4380     0.5838 0.000 0.000 0.032 0.260 0.708
#> SRR1328869     1  0.0290     0.9176 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR662211      2  0.0290     0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1348181     3  0.3882     0.5680 0.000 0.044 0.788 0.000 0.168
#> SRR1416560     5  0.3837     0.8263 0.000 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR1319772     5  0.4045     0.7868 0.000 0.000 0.356 0.000 0.644
#> SRR1091452     5  0.3177     0.8315 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1338812     1  0.1915     0.9083 0.928 0.000 0.000 0.040 0.032
#> SRR1392072     2  0.0290     0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR814844      4  0.1956     0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR1376619     3  0.2983     0.7223 0.000 0.076 0.868 0.000 0.056
#> SRR603690      3  0.3586     0.7341 0.000 0.076 0.828 0.000 0.096
#> SRR2184980     3  0.4304     0.2390 0.000 0.484 0.516 0.000 0.000
#> SRR613963      4  0.1956     0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR1323422     1  0.0404     0.9190 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1397673     3  0.2983     0.7223 0.000 0.076 0.868 0.000 0.056
#> SRR1434650     2  0.0290     0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR659875      2  0.0290     0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1465734     5  0.4242     0.6837 0.000 0.000 0.428 0.000 0.572
#> SRR1076847     2  0.0290     0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1415072     1  0.2067     0.9076 0.920 0.000 0.000 0.048 0.032
#> SRR659319      3  0.3913     0.5752 0.000 0.324 0.676 0.000 0.000
#> SRR663088      4  0.1956     0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR1352021     1  0.1836     0.9098 0.932 0.000 0.000 0.032 0.036
#> SRR1325527     1  0.1845     0.9184 0.928 0.000 0.016 0.000 0.056
#> SRR1105369     1  0.3477     0.9014 0.824 0.000 0.040 0.000 0.136
#> SRR659935      5  0.4757     0.7674 0.000 0.000 0.148 0.120 0.732
#> SRR1352530     3  0.2983     0.7223 0.000 0.076 0.868 0.000 0.056
#> SRR662594      5  0.3863     0.8407 0.000 0.000 0.248 0.012 0.740
#> SRR1095309     1  0.4414     0.8838 0.764 0.004 0.072 0.000 0.160
#> SRR615647      3  0.3795     0.5154 0.000 0.028 0.780 0.000 0.192
#> SRR813019      2  0.4235     0.1156 0.000 0.576 0.424 0.000 0.000
#> SRR1374647     2  0.3039     0.7392 0.000 0.808 0.192 0.000 0.000
#> SRR603472      2  0.0290     0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR661529      4  0.4481     0.3600 0.000 0.000 0.008 0.576 0.416
#> SRR607018      3  0.4114     0.4980 0.000 0.376 0.624 0.000 0.000
#> SRR627423      4  0.3809     0.7349 0.000 0.000 0.008 0.736 0.256
#> SRR654921      4  0.1956     0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR1418968     1  0.3238     0.9037 0.836 0.000 0.028 0.000 0.136
#> SRR660871      5  0.3837     0.8263 0.000 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR1330522     3  0.4508     0.0950 0.000 0.020 0.648 0.000 0.332
#> SRR1499958     3  0.3967     0.7413 0.000 0.108 0.800 0.000 0.092
#> SRR614059      4  0.1956     0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR1071403     1  0.1992     0.9079 0.924 0.000 0.000 0.044 0.032
#> SRR1486719     2  0.0290     0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1440421     2  0.0290     0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1310412     5  0.4468     0.6293 0.000 0.000 0.044 0.240 0.716
#> SRR614767      2  0.3661     0.5757 0.000 0.724 0.276 0.000 0.000
#> SRR820709      1  0.3355     0.9032 0.832 0.000 0.036 0.000 0.132
#> SRR1471500     1  0.3400     0.9019 0.828 0.000 0.036 0.000 0.136
#> SRR658093      3  0.3635     0.6786 0.000 0.248 0.748 0.000 0.004
#> SRR1088168     3  0.3661     0.6483 0.000 0.276 0.724 0.000 0.000
#> SRR1418707     2  0.0290     0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1354291     2  0.0290     0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR2165806     1  0.1787     0.9200 0.936 0.000 0.016 0.004 0.044
#> SRR1415684     5  0.4948     0.7107 0.000 0.000 0.108 0.184 0.708
#> SRR1433860     3  0.3305     0.6942 0.000 0.224 0.776 0.000 0.000
#> SRR1311062     2  0.0290     0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1360359     1  0.1836     0.9098 0.932 0.000 0.000 0.032 0.036
#> SRR661385      3  0.2983     0.7223 0.000 0.076 0.868 0.000 0.056
#> SRR615407      2  0.0609     0.9377 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1413892     3  0.3774     0.6210 0.000 0.296 0.704 0.000 0.000
#> SRR1443459     3  0.3521     0.6946 0.000 0.040 0.820 0.000 0.140
#> SRR1338942     1  0.1041     0.9132 0.964 0.000 0.000 0.004 0.032
#> SRR657480      3  0.3216     0.6824 0.000 0.044 0.848 0.000 0.108
#> SRR1399433     5  0.3177     0.8315 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR818537      2  0.0290     0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1101324     4  0.1956     0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR807637      4  0.1956     0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR1091918     1  0.3752     0.8949 0.804 0.000 0.048 0.000 0.148
#> SRR598300      4  0.1956     0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR1085426     1  0.3276     0.9032 0.836 0.000 0.032 0.000 0.132
#> SRR1376294     2  0.3661     0.5757 0.000 0.724 0.276 0.000 0.000
#> SRR813891      1  0.1753     0.9092 0.936 0.000 0.000 0.032 0.032
#> SRR1467431     3  0.3691     0.7318 0.000 0.076 0.820 0.000 0.104
#> SRR658742      4  0.1956     0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR1419234     1  0.4510     0.8838 0.764 0.004 0.068 0.004 0.160
#> SRR1404813     3  0.4726     0.4430 0.000 0.400 0.580 0.000 0.020
#> SRR603496      3  0.1671     0.7418 0.000 0.076 0.924 0.000 0.000
#> SRR1407758     3  0.3527     0.7368 0.000 0.116 0.828 0.000 0.056
#> SRR810945      3  0.3659     0.7131 0.000 0.220 0.768 0.000 0.012
#> SRR817234      2  0.0290     0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1444852     3  0.4367    -0.0912 0.000 0.008 0.620 0.000 0.372
#> SRR660378      3  0.2770     0.7278 0.000 0.076 0.880 0.000 0.044
#> SRR1467835     3  0.4618     0.7070 0.000 0.208 0.724 0.000 0.068
#> SRR1338964     5  0.3534     0.8379 0.000 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1079259     5  0.3177     0.8315 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1072345     5  0.4577     0.8093 0.000 0.000 0.176 0.084 0.740
#> SRR598725      5  0.4527     0.8253 0.000 0.000 0.272 0.036 0.692
#> SRR1447938     1  0.0510     0.9193 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1356397     1  0.3608     0.8974 0.812 0.000 0.040 0.000 0.148
#> SRR1360460     5  0.4547     0.2860 0.000 0.000 0.012 0.400 0.588
#> SRR1429468     2  0.0290     0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1446850     3  0.4278     0.3347 0.000 0.452 0.548 0.000 0.000
#> SRR1320363     5  0.4249     0.6768 0.000 0.000 0.432 0.000 0.568
#> SRR1413810     3  0.3527     0.7368 0.000 0.116 0.828 0.000 0.056
#> SRR598831      3  0.4747     0.5289 0.000 0.352 0.620 0.000 0.028
#> SRR1381865     1  0.1041     0.9132 0.964 0.000 0.000 0.004 0.032
#> SRR660957      5  0.3837     0.8263 0.000 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR1491332     3  0.4150     0.4762 0.000 0.388 0.612 0.000 0.000
#> SRR1099744     2  0.0290     0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1464618     5  0.3455     0.8311 0.000 0.000 0.208 0.008 0.784
#> SRR1414559     4  0.1956     0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR1337540     4  0.1956     0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR1444283     1  0.1915     0.9101 0.928 0.000 0.000 0.040 0.032
#> SRR2184942     5  0.3837     0.8263 0.000 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR660295      1  0.4586     0.8807 0.756 0.004 0.068 0.004 0.168
#> SRR601335      3  0.4555     0.7041 0.000 0.224 0.720 0.000 0.056
#> SRR1363742     3  0.3395     0.6866 0.000 0.236 0.764 0.000 0.000
#> SRR1345847     3  0.3691     0.7318 0.000 0.076 0.820 0.000 0.104
#> SRR614960      4  0.1956     0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR819919      1  0.3710     0.8956 0.808 0.000 0.048 0.000 0.144
#> SRR603330      2  0.0290     0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1327951     1  0.4414     0.8838 0.764 0.004 0.072 0.000 0.160
#> SRR1401885     1  0.1915     0.9083 0.928 0.000 0.000 0.040 0.032
#> SRR1345266     3  0.3691     0.7318 0.000 0.076 0.820 0.000 0.104
#> SRR1338055     2  0.0290     0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1430157     3  0.4069     0.7413 0.000 0.112 0.792 0.000 0.096
#> SRR1320137     3  0.3691     0.7318 0.000 0.076 0.820 0.000 0.104
#> SRR1093483     1  0.3477     0.9010 0.824 0.000 0.040 0.000 0.136
#> SRR1341080     1  0.3948     0.8982 0.808 0.000 0.004 0.076 0.112
#> SRR1459913     5  0.3837     0.8263 0.000 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR2170490     1  0.2005     0.9193 0.924 0.000 0.016 0.004 0.056
#> SRR1479845     3  0.4327     0.0634 0.000 0.008 0.632 0.000 0.360
#> SRR1436420     1  0.4414     0.8838 0.764 0.004 0.072 0.000 0.160
#> SRR1481060     2  0.0290     0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR662282      3  0.3707     0.6387 0.000 0.284 0.716 0.000 0.000
#> SRR1487089     4  0.1956     0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR1075683     1  0.1992     0.9079 0.924 0.000 0.000 0.044 0.032
#> SRR1338536     1  0.2732     0.9196 0.884 0.000 0.020 0.008 0.088
#> SRR1338880     3  0.3691     0.7318 0.000 0.076 0.820 0.000 0.104
#> SRR1453456     3  0.2983     0.7223 0.000 0.076 0.868 0.000 0.056
#> SRR1457895     1  0.1597     0.9190 0.940 0.000 0.012 0.000 0.048
#> SRR1440603     2  0.0290     0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR658633      2  0.1043     0.9236 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR1388081     3  0.4434    -0.1068 0.000 0.004 0.536 0.000 0.460
#> SRR813339      5  0.3857     0.8239 0.000 0.000 0.312 0.000 0.688
#> SRR809725      1  0.1282     0.9222 0.952 0.000 0.000 0.004 0.044
#> SRR627441      2  0.0290     0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR613603      5  0.4283     0.4291 0.000 0.000 0.008 0.348 0.644
#> SRR1096571     2  0.0290     0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1392701     1  0.4414     0.8838 0.764 0.004 0.072 0.000 0.160
#> SRR1344326     1  0.1168     0.9137 0.960 0.000 0.000 0.008 0.032
#> SRR1367693     5  0.4150     0.6494 0.000 0.000 0.388 0.000 0.612
#> SRR660697      5  0.3177     0.8315 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1489926     3  0.2983     0.7223 0.000 0.076 0.868 0.000 0.056
#> SRR811491      5  0.3837     0.8263 0.000 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR1311644     4  0.1956     0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR1451740     5  0.4074     0.7790 0.000 0.000 0.364 0.000 0.636
#> SRR615117      2  0.0290     0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1391748     4  0.1956     0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR1466556     5  0.3932     0.8133 0.000 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR614972      5  0.3837     0.8263 0.000 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR1406200     1  0.0290     0.9176 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR819210      5  0.4522     0.6073 0.000 0.000 0.044 0.248 0.708
#> SRR662174      1  0.4543     0.8952 0.768 0.000 0.016 0.064 0.152
#> SRR811988      1  0.0510     0.9193 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR663236      5  0.4948     0.7107 0.000 0.000 0.108 0.184 0.708
#> SRR1312598     3  0.4430     0.3209 0.000 0.456 0.540 0.000 0.004
#> SRR1330129     2  0.0290     0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1357781     2  0.0290     0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1315517     2  0.0290     0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1400032     5  0.4150     0.7491 0.000 0.000 0.388 0.000 0.612
#> SRR1413722     1  0.0404     0.9181 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR612827      5  0.3895     0.8192 0.000 0.000 0.320 0.000 0.680
#> SRR814794      1  0.4483     0.8959 0.768 0.000 0.012 0.064 0.156
#> SRR819430      1  0.2078     0.9114 0.924 0.000 0.004 0.036 0.036
#> SRR1395509     4  0.4392     0.4686 0.000 0.000 0.008 0.612 0.380
#> SRR808728      3  0.3838     0.6432 0.000 0.280 0.716 0.000 0.004
#> SRR1070813     2  0.2286     0.8563 0.000 0.888 0.108 0.000 0.004
#> SRR1389133     4  0.1956     0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR601263      5  0.3561     0.8376 0.000 0.000 0.260 0.000 0.740
#> SRR604718      5  0.4734     0.7254 0.000 0.000 0.108 0.160 0.732
#> SRR1481351     3  0.1671     0.7418 0.000 0.076 0.924 0.000 0.000
#> SRR1334608     3  0.3452     0.6806 0.000 0.244 0.756 0.000 0.000
#> SRR658681      3  0.3684     0.6442 0.000 0.280 0.720 0.000 0.000
#> SRR809283      4  0.1956     0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR1459300     1  0.1774     0.9185 0.932 0.000 0.016 0.000 0.052
#> SRR1392547     2  0.2605     0.8075 0.000 0.852 0.148 0.000 0.000
#> SRR811049      5  0.3534     0.8379 0.000 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1464835     4  0.1956     0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR1339619     3  0.3691     0.7318 0.000 0.076 0.820 0.000 0.104
#> SRR658501      5  0.4249     0.6768 0.000 0.000 0.432 0.000 0.568
#> SRR1447523     5  0.4876     0.6591 0.000 0.000 0.080 0.220 0.700
#> SRR1415048     1  0.0162     0.9190 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1355451     1  0.1753     0.9092 0.936 0.000 0.000 0.032 0.032
#> SRR1444348     3  0.3682     0.7287 0.000 0.072 0.820 0.000 0.108
#> SRR603890      2  0.0290     0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR810595      3  0.2983     0.7223 0.000 0.076 0.868 0.000 0.056
#> SRR1446244     5  0.3837     0.7660 0.000 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR817373      5  0.3177     0.8315 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1457291     3  0.4238     0.7443 0.000 0.136 0.776 0.000 0.088
#> SRR598220      5  0.3177     0.8315 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1477991     3  0.4430     0.3209 0.000 0.456 0.540 0.000 0.004
#> SRR598172      2  0.0290     0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1349032     5  0.3612     0.7947 0.000 0.000 0.268 0.000 0.732
#> SRR604002      2  0.0290     0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1378026     3  0.2983     0.7223 0.000 0.076 0.868 0.000 0.056
#> SRR1404401     2  0.0290     0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1333240     2  0.0290     0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1089399     2  0.0290     0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR603421      2  0.0290     0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR812562      1  0.1915     0.9083 0.928 0.000 0.000 0.040 0.032
#> SRR808520      3  0.3684     0.6442 0.000 0.280 0.720 0.000 0.000
#> SRR811839      1  0.3752     0.8949 0.804 0.000 0.048 0.000 0.148
#> SRR814317      2  0.0290     0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1436763     4  0.1956     0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR1486021     3  0.4522     0.7151 0.000 0.196 0.736 0.000 0.068
#> SRR1465018     2  0.0290     0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1080998     5  0.3508     0.8379 0.000 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR1083432     3  0.2983     0.7223 0.000 0.076 0.868 0.000 0.056
#> SRR1082833     1  0.3477     0.9010 0.824 0.000 0.040 0.000 0.136
#> SRR1465804     1  0.2344     0.9056 0.904 0.000 0.000 0.064 0.032
#> SRR1326536     5  0.3857     0.8239 0.000 0.000 0.312 0.000 0.688
#> SRR614011      3  0.3691     0.7318 0.000 0.076 0.820 0.000 0.104
#> SRR1365873     3  0.4304     0.2390 0.000 0.484 0.516 0.000 0.000
#> SRR1498789     3  0.4297     0.2774 0.000 0.472 0.528 0.000 0.000
#> SRR601581      5  0.3177     0.8315 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR603566      2  0.1851     0.8790 0.000 0.912 0.088 0.000 0.000
#> SRR1373981     1  0.3875     0.8904 0.792 0.000 0.048 0.000 0.160
#> SRR821410      3  0.4440     0.2861 0.000 0.468 0.528 0.000 0.004
#> SRR1076511     4  0.1956     0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR614143      5  0.4182     0.7328 0.000 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1333570     5  0.5127     0.6899 0.000 0.000 0.124 0.184 0.692
#> SRR1366813     2  0.3906     0.5317 0.000 0.704 0.292 0.000 0.004
#> SRR1388746     1  0.3400     0.9019 0.828 0.000 0.036 0.000 0.136
#> SRR1420558     4  0.1956     0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR1409510     3  0.3760     0.5236 0.000 0.028 0.784 0.000 0.188
#> SRR816250      3  0.4287     0.3130 0.000 0.460 0.540 0.000 0.000
#> SRR614131      5  0.3730     0.7726 0.000 0.000 0.288 0.000 0.712
#> SRR1331130     1  0.1992     0.9079 0.924 0.000 0.000 0.044 0.032
#> SRR1316015     5  0.4060     0.7833 0.000 0.000 0.360 0.000 0.640
#> SRR1470798     3  0.2983     0.7223 0.000 0.076 0.868 0.000 0.056
#> SRR614179      2  0.0290     0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1474863     2  0.0290     0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR813560      3  0.4430     0.3209 0.000 0.456 0.540 0.000 0.004
#> SRR1312187     5  0.4761     0.7637 0.000 0.000 0.144 0.124 0.732
#> SRR1420960     3  0.2983     0.7223 0.000 0.076 0.868 0.000 0.056
#> SRR1355102     5  0.3857     0.8239 0.000 0.000 0.312 0.000 0.688
#> SRR1084577     3  0.2983     0.7223 0.000 0.076 0.868 0.000 0.056
#> SRR659971      3  0.3691     0.7318 0.000 0.076 0.820 0.000 0.104
#> SRR1350855     4  0.1956     0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR820779      5  0.3837     0.8263 0.000 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR1476300     5  0.3837     0.8263 0.000 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR1090907     5  0.4879     0.7162 0.000 0.000 0.108 0.176 0.716
#> SRR662294      2  0.0290     0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1480789     2  0.0290     0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1336263     4  0.1956     0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR660776      1  0.4586     0.8807 0.756 0.004 0.068 0.004 0.168
#> SRR1090508     2  0.0404     0.9424 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR615563      4  0.1956     0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR1101175     1  0.2079     0.9172 0.916 0.000 0.020 0.000 0.064
#> SRR2164650     2  0.2074     0.8615 0.000 0.896 0.104 0.000 0.000
#> SRR1431205     2  0.0703     0.9350 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1339856     5  0.3177     0.8315 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1352147     3  0.3691     0.7318 0.000 0.076 0.820 0.000 0.104
#> SRR808968      1  0.0703     0.9197 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR627419      2  0.0290     0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1402391     1  0.3355     0.9032 0.832 0.000 0.036 0.000 0.132
#> SRR663609      2  0.0290     0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR2167857     2  0.0290     0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1398752     1  0.3400     0.9019 0.828 0.000 0.036 0.000 0.136
#> SRR1469169     1  0.4450     0.8950 0.772 0.004 0.004 0.072 0.148
#> SRR1405437     2  0.1478     0.9030 0.000 0.936 0.064 0.000 0.000
#> SRR1416955     1  0.2792     0.9020 0.884 0.004 0.000 0.072 0.040
#> SRR1317064     5  0.3730     0.7751 0.000 0.000 0.288 0.000 0.712
#> SRR659001      4  0.3835     0.7301 0.000 0.000 0.008 0.732 0.260
#> SRR2170696     4  0.1956     0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR816589      3  0.2770     0.7278 0.000 0.076 0.880 0.000 0.044
#> SRR1087487     3  0.3612     0.6554 0.000 0.268 0.732 0.000 0.000
#> SRR1329485     3  0.3413     0.6384 0.000 0.044 0.832 0.000 0.124
#> SRR816920      4  0.3861     0.7234 0.000 0.000 0.008 0.728 0.264
#> SRR1341432     1  0.4238     0.8852 0.768 0.000 0.068 0.000 0.164
#> SRR1361590     4  0.1956     0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR817046      3  0.3760     0.5236 0.000 0.028 0.784 0.000 0.188
#> SRR1471331     3  0.2983     0.7223 0.000 0.076 0.868 0.000 0.056
#> SRR660788      4  0.1956     0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR819234      1  0.1168     0.9129 0.960 0.000 0.000 0.008 0.032
#> SRR810853      2  0.0290     0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR809427      5  0.4751     0.7710 0.000 0.000 0.152 0.116 0.732
#> SRR2170217     4  0.1956     0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR1386967     3  0.2983     0.7223 0.000 0.076 0.868 0.000 0.056
#> SRR1420344     3  0.3691     0.7318 0.000 0.076 0.820 0.000 0.104
#> SRR1334535     1  0.2694     0.9018 0.884 0.000 0.000 0.076 0.040
#> SRR614503      5  0.4378     0.6005 0.000 0.000 0.036 0.248 0.716
#> SRR602564      5  0.3210     0.8325 0.000 0.000 0.212 0.000 0.788
#> SRR1420669     4  0.1956     0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR819024      5  0.3837     0.8263 0.000 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR656223      2  0.2230     0.8464 0.000 0.884 0.116 0.000 0.000
#> SRR608428      3  0.4287     0.3130 0.000 0.460 0.540 0.000 0.000
#> SRR1345647     1  0.2067     0.9076 0.920 0.000 0.000 0.048 0.032
#> SRR1389324     2  0.0290     0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1361368     3  0.3565     0.6495 0.000 0.024 0.800 0.000 0.176
#> SRR1322619     3  0.4430     0.3209 0.000 0.456 0.540 0.000 0.004
#> SRR1349276     4  0.1956     0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR1404024     1  0.2792     0.9020 0.884 0.004 0.000 0.072 0.040
#> SRR1370637     2  0.3969     0.5011 0.000 0.692 0.304 0.000 0.004
#> SRR1452631     4  0.1956     0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR608392      2  0.2179     0.8493 0.000 0.888 0.112 0.000 0.000
#> SRR1357757     5  0.3561     0.8376 0.000 0.000 0.260 0.000 0.740
#> SRR1074646     4  0.1956     0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR1367499     3  0.2983     0.7223 0.000 0.076 0.868 0.000 0.056
#> SRR1343501     3  0.3143     0.7159 0.000 0.204 0.796 0.000 0.000
#> SRR1394406     5  0.4147     0.4875 0.000 0.000 0.008 0.316 0.676
#> SRR1381435     3  0.3661     0.6483 0.000 0.276 0.724 0.000 0.000
#> SRR1467407     1  0.3477     0.9014 0.824 0.000 0.040 0.000 0.136
#> SRR1092422     2  0.0290     0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1380270     2  0.0290     0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1091817     2  0.1043     0.9236 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR1440137     3  0.4288     0.4825 0.000 0.384 0.612 0.000 0.004
#> SRR614311      5  0.3521     0.8201 0.000 0.000 0.232 0.004 0.764
#> SRR1407516     5  0.3177     0.8315 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR815494      3  0.4367    -0.0912 0.000 0.008 0.620 0.000 0.372
#> SRR1333209     5  0.4724     0.7808 0.000 0.000 0.164 0.104 0.732
#> SRR615177      4  0.1956     0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR1099648     2  0.3707     0.5574 0.000 0.716 0.284 0.000 0.000
#> SRR659720      3  0.4856    -0.0102 0.000 0.028 0.584 0.000 0.388
#> SRR2185057     1  0.3253     0.9095 0.864 0.000 0.012 0.068 0.056
#> SRR1467125     1  0.2792     0.9020 0.884 0.004 0.000 0.072 0.040
#> SRR657468      4  0.1956     0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR660042      4  0.1956     0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR2170864     3  0.3772     0.7413 0.000 0.172 0.792 0.000 0.036
#> SRR1440491     5  0.3177     0.8315 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1440852     3  0.3317     0.6493 0.000 0.044 0.840 0.000 0.116
#> SRR811169      1  0.3681     0.8959 0.808 0.000 0.044 0.000 0.148
#> SRR1331311     5  0.4757     0.7674 0.000 0.000 0.148 0.120 0.732
#> SRR818009      1  0.2669     0.9126 0.876 0.000 0.020 0.000 0.104
#> SRR1351836     2  0.1043     0.9236 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR1498313     2  0.0290     0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1441975     2  0.0703     0.9350 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR819096      1  0.1753     0.9092 0.936 0.000 0.000 0.032 0.032
#> SRR1073679     3  0.4540     0.3827 0.000 0.024 0.656 0.000 0.320
#> SRR1489116     3  0.4287     0.3130 0.000 0.460 0.540 0.000 0.000
#> SRR1354138     3  0.2983     0.7223 0.000 0.076 0.868 0.000 0.056
#> SRR1490589     5  0.4425     0.5344 0.000 0.000 0.024 0.296 0.680
#> SRR1412987     4  0.1956     0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR602034      3  0.3844     0.5752 0.000 0.044 0.792 0.000 0.164
#> SRR1353437     1  0.0510     0.9193 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1072871     5  0.3816     0.8128 0.000 0.000 0.304 0.000 0.696
#> SRR661577      5  0.4283     0.4291 0.000 0.000 0.008 0.348 0.644
#> SRR612190      5  0.4376     0.7514 0.000 0.000 0.092 0.144 0.764
#> SRR1399880     1  0.1997     0.9089 0.924 0.000 0.000 0.040 0.036
#> SRR1101787     5  0.4309     0.4969 0.000 0.000 0.016 0.308 0.676
#> SRR657869      1  0.4586     0.8807 0.756 0.004 0.068 0.004 0.168
#> SRR1446332     1  0.0740     0.9205 0.980 0.000 0.008 0.004 0.008
#> SRR816039      1  0.4238     0.8852 0.768 0.000 0.068 0.000 0.164
#> SRR1485141     3  0.2983     0.7223 0.000 0.076 0.868 0.000 0.056
#> SRR1476697     1  0.0510     0.9167 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1379538     5  0.4734     0.7254 0.000 0.000 0.108 0.160 0.732
#> SRR1331422     1  0.1739     0.9148 0.940 0.004 0.000 0.024 0.032
#> SRR660859      5  0.4298     0.4218 0.000 0.000 0.008 0.352 0.640
#> SRR1097594     1  0.1892     0.9193 0.916 0.000 0.004 0.000 0.080
#> SRR1311419     3  0.3527     0.7368 0.000 0.116 0.828 0.000 0.056
#> SRR1336706     2  0.2074     0.8590 0.000 0.896 0.104 0.000 0.000
#> SRR1472976     5  0.4283     0.4291 0.000 0.000 0.008 0.348 0.644
#> SRR1321307     1  0.4414     0.8838 0.764 0.004 0.072 0.000 0.160
#> SRR807493      1  0.2079     0.9172 0.916 0.000 0.020 0.000 0.064
#> SRR812461      3  0.2983     0.6988 0.000 0.056 0.868 0.000 0.076
#> SRR1477149     2  0.0290     0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1457397     2  0.0290     0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR661913      5  0.5136     0.6931 0.000 0.000 0.128 0.180 0.692
#> SRR1069024     2  0.0290     0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR2165634     1  0.1356     0.9204 0.956 0.000 0.012 0.004 0.028
#> SRR1478722     5  0.3966     0.8069 0.000 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR1328642     2  0.0290     0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1488261     4  0.4147     0.6286 0.000 0.000 0.008 0.676 0.316
#> SRR1318815     4  0.1956     0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR816945      1  0.4414     0.8838 0.764 0.004 0.072 0.000 0.160
#> SRR1367432     4  0.1956     0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR1359280     2  0.0290     0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1313910     3  0.3691     0.7318 0.000 0.076 0.820 0.000 0.104
#> SRR1457315     5  0.4639     0.6291 0.000 0.000 0.056 0.236 0.708
#> SRR815398      1  0.4510     0.8838 0.764 0.004 0.068 0.004 0.160
#> SRR656958      3  0.3164     0.6643 0.000 0.044 0.852 0.000 0.104
#> SRR600688      5  0.3210     0.8325 0.000 0.000 0.212 0.000 0.788
#> SRR1098952     1  0.1628     0.9195 0.936 0.000 0.008 0.000 0.056
#> SRR1314916     3  0.3760     0.5236 0.000 0.028 0.784 0.000 0.188
#> SRR614167      5  0.3857     0.8239 0.000 0.000 0.312 0.000 0.688
#> SRR1348114     5  0.3612     0.7961 0.000 0.000 0.268 0.000 0.732
#> SRR658033      3  0.3476     0.7366 0.000 0.076 0.836 0.000 0.088
#> SRR1077503     3  0.1671     0.7418 0.000 0.076 0.924 0.000 0.000
#> SRR661854      5  0.4161     0.7447 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR811379      5  0.4948     0.7107 0.000 0.000 0.108 0.184 0.708
#> SRR1318857     3  0.4624     0.7303 0.000 0.164 0.740 0.000 0.096
#> SRR656445      3  0.3636     0.6533 0.000 0.272 0.728 0.000 0.000
#> SRR1433044     2  0.0290     0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1486391     1  0.0955     0.9141 0.968 0.000 0.000 0.004 0.028
#> SRR656071      4  0.1956     0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR1364824     1  0.0566     0.9183 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1379133     1  0.1168     0.9129 0.960 0.000 0.000 0.008 0.032
#> SRR1394169     1  0.1106     0.9199 0.964 0.000 0.012 0.000 0.024
#> SRR816745      2  0.0290     0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR601038      2  0.0290     0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1360080     1  0.2813     0.9112 0.868 0.000 0.024 0.000 0.108
#> SRR814868      5  0.4313     0.4137 0.000 0.000 0.008 0.356 0.636
#> SRR1485997     1  0.0290     0.9176 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1435560     4  0.3835     0.7301 0.000 0.000 0.008 0.732 0.260
#> SRR1333330     1  0.2792     0.9020 0.884 0.004 0.000 0.072 0.040
#> SRR663513      4  0.2707     0.8992 0.000 0.000 0.008 0.860 0.132
#> SRR1328407     2  0.4182     0.2089 0.000 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR602784      2  0.1121     0.9200 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000
#> SRR1348468     4  0.1956     0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR663717      5  0.4751     0.7348 0.000 0.000 0.116 0.152 0.732
#> SRR602217      2  0.4306    -0.1696 0.000 0.508 0.492 0.000 0.000
#> SRR603140      5  0.3534     0.8379 0.000 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1340804     1  0.1992     0.9079 0.924 0.000 0.000 0.044 0.032
#> SRR1457574     3  0.4449    -0.4887 0.000 0.004 0.512 0.000 0.484
#> SRR1333462     2  0.0290     0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1094601     1  0.0290     0.9192 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1434610     4  0.4425     0.4330 0.000 0.000 0.008 0.600 0.392
#> SRR1435833     5  0.4138     0.5492 0.000 0.000 0.016 0.276 0.708
#> SRR1398728     3  0.3691     0.7318 0.000 0.076 0.820 0.000 0.104
#> SRR1358343     4  0.1956     0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR1410890     3  0.4022     0.7382 0.000 0.100 0.796 0.000 0.104
#> SRR1350371     1  0.2722     0.9120 0.872 0.000 0.020 0.000 0.108
#> SRR1392478     3  0.4876     0.4471 0.000 0.396 0.576 0.000 0.028
#> SRR1099260     3  0.3684     0.6442 0.000 0.280 0.720 0.000 0.000
#> SRR1433576     3  0.3875     0.6925 0.000 0.048 0.792 0.000 0.160
#> SRR1345541     5  0.4341     0.3936 0.000 0.000 0.008 0.364 0.628
#> SRR1086328     1  0.4414     0.8838 0.764 0.004 0.072 0.000 0.160
#> SRR810391      5  0.3837     0.8263 0.000 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR1476207     5  0.3534     0.8379 0.000 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR627435      3  0.3116     0.7157 0.000 0.076 0.860 0.000 0.064
#> SRR1489862     1  0.2535     0.9048 0.892 0.000 0.000 0.076 0.032
#> SRR1419086     1  0.1872     0.9183 0.928 0.000 0.020 0.000 0.052
#> SRR1436539     1  0.1992     0.9079 0.924 0.000 0.000 0.044 0.032
#> SRR1396191     5  0.3837     0.8263 0.000 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR1490115     5  0.3837     0.8263 0.000 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR1377714     5  0.3684     0.7928 0.000 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR819394      1  0.1992     0.9079 0.924 0.000 0.000 0.044 0.032
#> SRR663161      4  0.1956     0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR607042      2  0.0290     0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR656203      5  0.3796     0.7671 0.000 0.000 0.300 0.000 0.700
#> SRR660602      3  0.1671     0.7418 0.000 0.076 0.924 0.000 0.000
#> SRR1440397     1  0.3948     0.8982 0.808 0.000 0.004 0.076 0.112
#> SRR1369264     1  0.3752     0.8949 0.804 0.000 0.048 0.000 0.148
#> SRR809233      1  0.4238     0.8852 0.768 0.000 0.068 0.000 0.164
#> SRR663249      3  0.4914     0.7006 0.000 0.204 0.704 0.000 0.092
#> SRR661242      3  0.4306    -0.2312 0.000 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR1332007     2  0.0290     0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR809619      3  0.3551     0.6997 0.000 0.044 0.820 0.000 0.136
#> SRR819975      1  0.0290     0.9176 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR599281      2  0.0290     0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR662366      5  0.3837     0.8263 0.000 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR1317898     5  0.3837     0.8263 0.000 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR1382485     5  0.3333     0.8327 0.000 0.000 0.208 0.004 0.788
#> SRR2166420     1  0.1285     0.9141 0.956 0.000 0.004 0.004 0.036
#> SRR1419429     1  0.4981     0.8867 0.740 0.004 0.024 0.056 0.176
#> SRR1092541     3  0.3760     0.5236 0.000 0.028 0.784 0.000 0.188
#> SRR817444      3  0.3689     0.6711 0.000 0.256 0.740 0.000 0.004
#> SRR1320403     2  0.0290     0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1101483     3  0.3519     0.5830 0.000 0.008 0.776 0.000 0.216
#> SRR1331684     3  0.2983     0.7223 0.000 0.076 0.868 0.000 0.056
#> SRR1400054     4  0.1956     0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR1406088     3  0.3691     0.7318 0.000 0.076 0.820 0.000 0.104
#> SRR820733      4  0.1956     0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR1314113     4  0.1956     0.9524 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR1382615     2  0.2127     0.8542 0.000 0.892 0.108 0.000 0.000
#> SRR1480745     1  0.0510     0.9193 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1468850     3  0.4287     0.3130 0.000 0.460 0.540 0.000 0.000
#> SRR656782      5  0.3661     0.8354 0.000 0.000 0.276 0.000 0.724
#> SRR821364      1  0.3477     0.9014 0.824 0.000 0.040 0.000 0.136
#> SRR1101106     1  0.4313     0.8826 0.760 0.000 0.068 0.000 0.172
#> SRR659295      2  0.0290     0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1357103     2  0.0290     0.9453 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR809185      5  0.3752     0.7702 0.000 0.000 0.292 0.000 0.708
#> SRR811583      5  0.4430     0.5917 0.000 0.000 0.036 0.256 0.708
#> SRR1468050     1  0.2067     0.9076 0.920 0.000 0.000 0.048 0.032
#> SRR1440224     3  0.4425     0.3315 0.000 0.452 0.544 0.000 0.004

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR1500170     5  0.2048    0.80778 0.000 0.120 0.000 0.000 0.880 0.000
#> SRR1402368     4  0.3894    0.67918 0.000 0.000 0.220 0.740 0.004 0.036
#> SRR607743      3  0.4208   -0.06031 0.000 0.008 0.536 0.452 0.004 0.000
#> SRR1457375     5  0.2941    0.69804 0.000 0.220 0.000 0.000 0.780 0.000
#> SRR1470923     1  0.1218    0.88326 0.956 0.012 0.028 0.000 0.000 0.004
#> SRR817954      1  0.3867    0.86679 0.784 0.020 0.152 0.044 0.000 0.000
#> SRR809259      1  0.3930    0.86544 0.780 0.020 0.152 0.048 0.000 0.000
#> SRR1439785     4  0.3668    0.59662 0.000 0.000 0.328 0.668 0.004 0.000
#> SRR814768      1  0.0551    0.88853 0.984 0.004 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR1102031     2  0.5583    0.31132 0.000 0.580 0.292 0.104 0.024 0.000
#> SRR1363611     4  0.5052    0.43742 0.000 0.088 0.308 0.600 0.004 0.000
#> SRR1468447     5  0.0000    0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071931     4  0.4014    0.57661 0.000 0.024 0.276 0.696 0.004 0.000
#> SRR810981      1  0.4051    0.86321 0.772 0.020 0.152 0.056 0.000 0.000
#> SRR615299      5  0.0000    0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663585      2  0.4903   -0.00816 0.000 0.472 0.468 0.000 0.060 0.000
#> SRR1326773     2  0.3578    0.69619 0.000 0.812 0.088 0.008 0.092 0.000
#> SRR1351166     2  0.2706    0.70592 0.000 0.832 0.000 0.008 0.160 0.000
#> SRR1477452     1  0.0146    0.88927 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720     3  0.4147    0.56815 0.000 0.304 0.668 0.004 0.024 0.000
#> SRR1420320     4  0.3177    0.71775 0.000 0.024 0.040 0.856 0.004 0.076
#> SRR1081712     5  0.0000    0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318241     4  0.3769    0.55413 0.000 0.000 0.356 0.640 0.004 0.000
#> SRR1333718     5  0.4263    0.38936 0.000 0.376 0.024 0.000 0.600 0.000
#> SRR1313514     5  0.0000    0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477861     5  0.0000    0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318005     5  0.0000    0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354665     2  0.2632    0.70612 0.000 0.832 0.000 0.004 0.164 0.000
#> SRR657707      4  0.3136    0.67773 0.000 0.000 0.228 0.768 0.004 0.000
#> SRR1370742     3  0.3930    0.01653 0.000 0.000 0.576 0.420 0.004 0.000
#> SRR1412947     2  0.4733    0.45700 0.000 0.668 0.264 0.044 0.024 0.000
#> SRR661553      4  0.2540    0.71201 0.000 0.000 0.020 0.872 0.004 0.104
#> SRR1328869     1  0.0405    0.88878 0.988 0.004 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR662211      5  0.0000    0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348181     3  0.3913    0.67743 0.000 0.200 0.756 0.020 0.024 0.000
#> SRR1416560     4  0.3955    0.41559 0.000 0.000 0.436 0.560 0.004 0.000
#> SRR1319772     3  0.3848    0.42853 0.000 0.012 0.692 0.292 0.004 0.000
#> SRR1091452     4  0.4182    0.51734 0.000 0.024 0.312 0.660 0.004 0.000
#> SRR1338812     1  0.2288    0.87293 0.896 0.072 0.028 0.000 0.000 0.004
#> SRR1392072     5  0.0000    0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR814844      6  0.0692    0.96707 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004 0.976
#> SRR1376619     3  0.3650    0.66689 0.000 0.216 0.756 0.004 0.024 0.000
#> SRR603690      2  0.5493    0.19973 0.000 0.544 0.356 0.076 0.024 0.000
#> SRR2184980     2  0.3101    0.64857 0.000 0.756 0.000 0.000 0.244 0.000
#> SRR613963      6  0.0692    0.96707 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004 0.976
#> SRR1323422     1  0.0260    0.88940 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673     3  0.4078    0.53972 0.000 0.320 0.656 0.000 0.024 0.000
#> SRR1434650     5  0.0000    0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659875      5  0.0000    0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465734     3  0.3975    0.57843 0.000 0.048 0.744 0.204 0.004 0.000
#> SRR1076847     5  0.0000    0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415072     1  0.2344    0.87207 0.892 0.076 0.028 0.000 0.000 0.004
#> SRR659319      2  0.4728    0.64302 0.000 0.680 0.176 0.000 0.144 0.000
#> SRR663088      6  0.0837    0.96638 0.000 0.000 0.004 0.020 0.004 0.972
#> SRR1352021     1  0.1565    0.88177 0.940 0.028 0.028 0.000 0.000 0.004
#> SRR1325527     1  0.1881    0.88978 0.928 0.020 0.040 0.008 0.000 0.004
#> SRR1105369     1  0.3867    0.86679 0.784 0.020 0.152 0.044 0.000 0.000
#> SRR659935      4  0.3199    0.71856 0.000 0.024 0.068 0.856 0.004 0.048
#> SRR1352530     3  0.4214    0.54187 0.000 0.320 0.652 0.004 0.024 0.000
#> SRR662594      4  0.2994    0.68758 0.000 0.000 0.208 0.788 0.004 0.000
#> SRR1095309     1  0.5070    0.83293 0.680 0.024 0.184 0.112 0.000 0.000
#> SRR615647      3  0.3916    0.68409 0.000 0.192 0.760 0.032 0.016 0.000
#> SRR813019      2  0.3390    0.57898 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296 0.000
#> SRR1374647     2  0.3828    0.20180 0.000 0.560 0.000 0.000 0.440 0.000
#> SRR603472      5  0.0000    0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661529      4  0.3721    0.48015 0.000 0.000 0.004 0.684 0.004 0.308
#> SRR607018      2  0.4154    0.68889 0.000 0.740 0.096 0.000 0.164 0.000
#> SRR627423      4  0.4174    0.34405 0.000 0.016 0.000 0.628 0.004 0.352
#> SRR654921      6  0.0692    0.96707 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004 0.976
#> SRR1418968     1  0.3894    0.86786 0.792 0.020 0.140 0.044 0.000 0.004
#> SRR660871      4  0.3989    0.34277 0.000 0.000 0.468 0.528 0.004 0.000
#> SRR1330522     3  0.4348    0.67294 0.000 0.124 0.748 0.116 0.012 0.000
#> SRR1499958     2  0.3532    0.65572 0.000 0.828 0.092 0.044 0.036 0.000
#> SRR614059      6  0.1285    0.95883 0.000 0.000 0.000 0.052 0.004 0.944
#> SRR1071403     1  0.2288    0.87293 0.896 0.072 0.028 0.000 0.000 0.004
#> SRR1486719     5  0.0000    0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440421     5  0.0000    0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310412     4  0.3513    0.70827 0.000 0.000 0.084 0.812 0.004 0.100
#> SRR614767      2  0.3620    0.44275 0.000 0.648 0.000 0.000 0.352 0.000
#> SRR820709      1  0.3776    0.87068 0.792 0.024 0.148 0.036 0.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.3946    0.86692 0.780 0.024 0.152 0.044 0.000 0.000
#> SRR658093      2  0.4046    0.66405 0.000 0.748 0.168 0.000 0.084 0.000
#> SRR1088168     2  0.4154    0.67887 0.000 0.744 0.144 0.000 0.112 0.000
#> SRR1418707     5  0.0000    0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354291     5  0.0000    0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2165806     1  0.2034    0.89074 0.924 0.024 0.032 0.008 0.000 0.012
#> SRR1415684     4  0.3177    0.71775 0.000 0.024 0.040 0.856 0.004 0.076
#> SRR1433860     2  0.4874    0.47473 0.000 0.608 0.308 0.000 0.084 0.000
#> SRR1311062     5  0.0000    0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360359     1  0.1421    0.88284 0.944 0.028 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385      3  0.4111    0.57927 0.000 0.296 0.676 0.004 0.024 0.000
#> SRR615407      5  0.3817    0.27708 0.000 0.432 0.000 0.000 0.568 0.000
#> SRR1413892     2  0.4279    0.67940 0.000 0.732 0.140 0.000 0.128 0.000
#> SRR1443459     2  0.5876    0.27405 0.000 0.556 0.272 0.148 0.024 0.000
#> SRR1338942     1  0.1230    0.88402 0.956 0.008 0.028 0.000 0.000 0.008
#> SRR657480      3  0.3881    0.64283 0.000 0.252 0.720 0.004 0.024 0.000
#> SRR1399433     4  0.3239    0.68765 0.000 0.024 0.164 0.808 0.004 0.000
#> SRR818537      5  0.0000    0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101324     6  0.0692    0.96707 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004 0.976
#> SRR807637      6  0.1429    0.95890 0.000 0.000 0.004 0.052 0.004 0.940
#> SRR1091918     1  0.4051    0.86321 0.772 0.020 0.152 0.056 0.000 0.000
#> SRR598300      6  0.1082    0.96485 0.000 0.000 0.000 0.040 0.004 0.956
#> SRR1085426     1  0.3867    0.86828 0.792 0.020 0.144 0.040 0.000 0.004
#> SRR1376294     2  0.3547    0.48237 0.000 0.668 0.000 0.000 0.332 0.000
#> SRR813891      1  0.1485    0.88198 0.944 0.024 0.028 0.000 0.000 0.004
#> SRR1467431     2  0.4576    0.50214 0.000 0.696 0.236 0.044 0.024 0.000
#> SRR658742      6  0.0692    0.96707 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004 0.976
#> SRR1419234     1  0.5188    0.83239 0.680 0.024 0.176 0.116 0.000 0.004
#> SRR1404813     2  0.2854    0.68547 0.000 0.792 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR603496      2  0.4355    0.25365 0.000 0.556 0.420 0.000 0.024 0.000
#> SRR1407758     3  0.4561    0.24543 0.000 0.428 0.536 0.000 0.036 0.000
#> SRR810945      2  0.3784    0.67017 0.000 0.776 0.144 0.000 0.080 0.000
#> SRR817234      5  0.0000    0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444852     3  0.4284    0.65615 0.000 0.108 0.748 0.136 0.008 0.000
#> SRR660378      3  0.4252    0.41729 0.000 0.372 0.604 0.000 0.024 0.000
#> SRR1467835     2  0.3535    0.67782 0.000 0.832 0.068 0.040 0.060 0.000
#> SRR1338964     4  0.3528    0.62801 0.000 0.000 0.296 0.700 0.004 0.000
#> SRR1079259     4  0.2766    0.70465 0.000 0.020 0.124 0.852 0.004 0.000
#> SRR1072345     4  0.3695    0.70036 0.000 0.000 0.176 0.776 0.004 0.044
#> SRR598725      4  0.4361    0.40595 0.000 0.000 0.436 0.544 0.004 0.016
#> SRR1447938     1  0.0551    0.89039 0.984 0.004 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR1356397     1  0.3957    0.86710 0.788 0.020 0.140 0.048 0.000 0.004
#> SRR1360460     4  0.2964    0.63314 0.000 0.000 0.000 0.792 0.004 0.204
#> SRR1429468     5  0.0000    0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446850     2  0.2996    0.66724 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228 0.000
#> SRR1320363     3  0.3877    0.57200 0.000 0.040 0.748 0.208 0.004 0.000
#> SRR1413810     3  0.4561    0.24543 0.000 0.428 0.536 0.000 0.036 0.000
#> SRR598831      2  0.2632    0.70612 0.000 0.832 0.000 0.004 0.164 0.000
#> SRR1381865     1  0.1116    0.88373 0.960 0.008 0.028 0.000 0.000 0.004
#> SRR660957      4  0.3989    0.34277 0.000 0.000 0.468 0.528 0.004 0.000
#> SRR1491332     2  0.4174    0.68897 0.000 0.736 0.092 0.000 0.172 0.000
#> SRR1099744     5  0.3076    0.68123 0.000 0.240 0.000 0.000 0.760 0.000
#> SRR1464618     4  0.2848    0.70317 0.000 0.024 0.124 0.848 0.004 0.000
#> SRR1414559     6  0.0837    0.96638 0.000 0.000 0.004 0.020 0.004 0.972
#> SRR1337540     6  0.0837    0.96638 0.000 0.000 0.004 0.020 0.004 0.972
#> SRR1444283     1  0.2173    0.87539 0.904 0.064 0.028 0.000 0.000 0.004
#> SRR2184942     4  0.3982    0.36024 0.000 0.000 0.460 0.536 0.004 0.000
#> SRR660295      1  0.5376    0.82251 0.660 0.028 0.192 0.116 0.000 0.004
#> SRR601335      2  0.5149    0.10383 0.000 0.476 0.440 0.000 0.084 0.000
#> SRR1363742     2  0.4680    0.55513 0.000 0.652 0.264 0.000 0.084 0.000
#> SRR1345847     2  0.5239    0.44069 0.000 0.644 0.236 0.096 0.024 0.000
#> SRR614960      6  0.1531    0.94859 0.000 0.000 0.000 0.068 0.004 0.928
#> SRR819919      1  0.4137    0.86509 0.776 0.020 0.140 0.060 0.000 0.004
#> SRR603330      5  0.0000    0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327951     1  0.5188    0.83239 0.680 0.024 0.176 0.116 0.000 0.004
#> SRR1401885     1  0.2288    0.87293 0.896 0.072 0.028 0.000 0.000 0.004
#> SRR1345266     2  0.5365    0.41574 0.000 0.628 0.244 0.104 0.024 0.000
#> SRR1338055     5  0.0000    0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430157     2  0.3532    0.65572 0.000 0.828 0.092 0.044 0.036 0.000
#> SRR1320137     2  0.5297    0.30937 0.000 0.588 0.320 0.068 0.024 0.000
#> SRR1093483     1  0.3867    0.86619 0.784 0.020 0.152 0.044 0.000 0.000
#> SRR1341080     1  0.4735    0.83563 0.704 0.132 0.156 0.004 0.000 0.004
#> SRR1459913     4  0.3989    0.34277 0.000 0.000 0.468 0.528 0.004 0.000
#> SRR2170490     1  0.2279    0.89015 0.912 0.024 0.040 0.012 0.000 0.012
#> SRR1479845     3  0.5255    0.60166 0.000 0.152 0.632 0.208 0.008 0.000
#> SRR1436420     1  0.5188    0.83239 0.680 0.024 0.176 0.116 0.000 0.004
#> SRR1481060     5  0.0000    0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662282      2  0.4273    0.67646 0.000 0.732 0.148 0.000 0.120 0.000
#> SRR1487089     6  0.1010    0.96600 0.000 0.000 0.000 0.036 0.004 0.960
#> SRR1075683     1  0.2288    0.87293 0.896 0.072 0.028 0.000 0.000 0.004
#> SRR1338536     1  0.2803    0.88991 0.856 0.012 0.116 0.016 0.000 0.000
#> SRR1338880     2  0.5386    0.39577 0.000 0.620 0.256 0.100 0.024 0.000
#> SRR1453456     3  0.4130    0.57350 0.000 0.300 0.672 0.004 0.024 0.000
#> SRR1457895     1  0.1736    0.89015 0.936 0.020 0.032 0.008 0.000 0.004
#> SRR1440603     5  0.0000    0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658633      5  0.3684    0.44608 0.000 0.372 0.000 0.000 0.628 0.000
#> SRR1388081     3  0.6136    0.18048 0.000 0.208 0.396 0.388 0.008 0.000
#> SRR813339      3  0.3547    0.40684 0.000 0.000 0.696 0.300 0.004 0.000
#> SRR809725      1  0.1245    0.89267 0.952 0.016 0.032 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441      5  0.0000    0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613603      4  0.3401    0.64172 0.000 0.000 0.016 0.776 0.004 0.204
#> SRR1096571     5  0.1075    0.86298 0.000 0.048 0.000 0.000 0.952 0.000
#> SRR1392701     1  0.5188    0.83239 0.680 0.024 0.176 0.116 0.000 0.004
#> SRR1344326     1  0.1230    0.88402 0.956 0.008 0.028 0.000 0.000 0.008
#> SRR1367693     4  0.5875    0.16811 0.000 0.188 0.324 0.484 0.004 0.000
#> SRR660697      4  0.3473    0.67057 0.000 0.024 0.192 0.780 0.004 0.000
#> SRR1489926     3  0.3650    0.66689 0.000 0.216 0.756 0.004 0.024 0.000
#> SRR811491      3  0.3996   -0.22635 0.000 0.000 0.512 0.484 0.004 0.000
#> SRR1311644     6  0.0837    0.96638 0.000 0.000 0.004 0.020 0.004 0.972
#> SRR1451740     3  0.3731    0.52254 0.000 0.020 0.736 0.240 0.004 0.000
#> SRR615117      5  0.0000    0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1391748     6  0.1753    0.93685 0.000 0.000 0.000 0.084 0.004 0.912
#> SRR1466556     3  0.3586    0.45058 0.000 0.004 0.712 0.280 0.004 0.000
#> SRR614972      4  0.3986    0.35288 0.000 0.000 0.464 0.532 0.004 0.000
#> SRR1406200     1  0.0520    0.88854 0.984 0.008 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR819210      4  0.2492    0.71388 0.000 0.000 0.020 0.876 0.004 0.100
#> SRR662174      1  0.4971    0.83468 0.668 0.128 0.196 0.008 0.000 0.000
#> SRR811988      1  0.0551    0.89039 0.984 0.004 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR663236      4  0.2750    0.72160 0.000 0.000 0.048 0.868 0.004 0.080
#> SRR1312598     2  0.3050    0.65923 0.000 0.764 0.000 0.000 0.236 0.000
#> SRR1330129     5  0.0000    0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357781     5  0.0000    0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315517     5  0.0000    0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400032     3  0.3798    0.55927 0.000 0.032 0.748 0.216 0.004 0.000
#> SRR1413722     1  0.0508    0.88862 0.984 0.012 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827      3  0.3565    0.45766 0.000 0.004 0.716 0.276 0.004 0.000
#> SRR814794      1  0.5055    0.83575 0.664 0.124 0.200 0.012 0.000 0.000
#> SRR819430      1  0.1720    0.88167 0.928 0.040 0.032 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509     4  0.3782    0.37180 0.000 0.000 0.000 0.636 0.004 0.360
#> SRR808728      2  0.4164    0.68472 0.000 0.744 0.132 0.000 0.124 0.000
#> SRR1070813     5  0.3737    0.37066 0.000 0.392 0.000 0.000 0.608 0.000
#> SRR1389133     6  0.1700    0.93996 0.000 0.000 0.000 0.080 0.004 0.916
#> SRR601263      4  0.3136    0.67773 0.000 0.000 0.228 0.768 0.004 0.000
#> SRR604718      4  0.3108    0.71685 0.000 0.024 0.036 0.860 0.004 0.076
#> SRR1481351     3  0.4292    0.36558 0.000 0.388 0.588 0.000 0.024 0.000
#> SRR1334608     2  0.4594    0.60135 0.000 0.676 0.232 0.000 0.092 0.000
#> SRR658681      2  0.4196    0.67892 0.000 0.740 0.144 0.000 0.116 0.000
#> SRR809283      6  0.1010    0.96600 0.000 0.000 0.000 0.036 0.004 0.960
#> SRR1459300     1  0.2257    0.88956 0.912 0.020 0.044 0.016 0.000 0.008
#> SRR1392547     5  0.3872    0.38573 0.000 0.392 0.004 0.000 0.604 0.000
#> SRR811049      4  0.3136    0.67773 0.000 0.000 0.228 0.768 0.004 0.000
#> SRR1464835     6  0.0692    0.96707 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004 0.976
#> SRR1339619     2  0.5211    0.45807 0.000 0.652 0.224 0.100 0.024 0.000
#> SRR658501      3  0.3877    0.57200 0.000 0.040 0.748 0.208 0.004 0.000
#> SRR1447523     4  0.4180    0.68544 0.000 0.000 0.132 0.752 0.004 0.112
#> SRR1415048     1  0.0622    0.89108 0.980 0.008 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.1716    0.88066 0.932 0.036 0.028 0.000 0.000 0.004
#> SRR1444348     2  0.5820    0.21417 0.000 0.536 0.320 0.120 0.024 0.000
#> SRR603890      5  0.0000    0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR810595      3  0.4094    0.53209 0.000 0.324 0.652 0.000 0.024 0.000
#> SRR1446244     4  0.5479    0.34574 0.000 0.136 0.304 0.556 0.004 0.000
#> SRR817373      4  0.4182    0.51734 0.000 0.024 0.312 0.660 0.004 0.000
#> SRR1457291     2  0.3466    0.65660 0.000 0.832 0.092 0.040 0.036 0.000
#> SRR598220      4  0.4260    0.49667 0.000 0.024 0.332 0.640 0.004 0.000
#> SRR1477991     2  0.3050    0.65923 0.000 0.764 0.000 0.000 0.236 0.000
#> SRR598172      5  0.0000    0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349032     4  0.5185    0.43017 0.000 0.104 0.300 0.592 0.004 0.000
#> SRR604002      5  0.0000    0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378026     3  0.3834    0.64111 0.000 0.244 0.728 0.004 0.024 0.000
#> SRR1404401     5  0.0000    0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333240     5  0.2300    0.78779 0.000 0.144 0.000 0.000 0.856 0.000
#> SRR1089399     5  0.0000    0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR603421      5  0.2730    0.73894 0.000 0.192 0.000 0.000 0.808 0.000
#> SRR812562      1  0.2231    0.87411 0.900 0.068 0.028 0.000 0.000 0.004
#> SRR808520      2  0.4159    0.68112 0.000 0.744 0.140 0.000 0.116 0.000
#> SRR811839      1  0.4108    0.86250 0.768 0.020 0.152 0.060 0.000 0.000
#> SRR814317      5  0.0000    0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436763     6  0.0837    0.96638 0.000 0.000 0.004 0.020 0.004 0.972
#> SRR1486021     2  0.3524    0.67178 0.000 0.832 0.076 0.040 0.052 0.000
#> SRR1465018     5  0.0000    0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080998     4  0.3528    0.62801 0.000 0.000 0.296 0.700 0.004 0.000
#> SRR1083432     3  0.4198    0.54917 0.000 0.316 0.656 0.004 0.024 0.000
#> SRR1082833     1  0.3867    0.86619 0.784 0.020 0.152 0.044 0.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.2776    0.86501 0.860 0.104 0.032 0.000 0.000 0.004
#> SRR1326536     3  0.3547    0.40684 0.000 0.000 0.696 0.300 0.004 0.000
#> SRR614011      2  0.5324    0.42054 0.000 0.632 0.244 0.100 0.024 0.000
#> SRR1365873     2  0.3288    0.61432 0.000 0.724 0.000 0.000 0.276 0.000
#> SRR1498789     2  0.3076    0.65380 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240 0.000
#> SRR601581      4  0.2804    0.70419 0.000 0.024 0.120 0.852 0.004 0.000
#> SRR603566      5  0.3634    0.47785 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644 0.000
#> SRR1373981     1  0.4248    0.85589 0.752 0.020 0.168 0.060 0.000 0.000
#> SRR821410      2  0.3050    0.65923 0.000 0.764 0.000 0.000 0.236 0.000
#> SRR1076511     6  0.0837    0.96638 0.000 0.000 0.004 0.020 0.004 0.972
#> SRR614143      3  0.3997    0.55989 0.000 0.044 0.736 0.216 0.004 0.000
#> SRR1333570     4  0.4885    0.58126 0.000 0.000 0.260 0.644 0.004 0.092
#> SRR1366813     2  0.3547    0.48238 0.000 0.668 0.000 0.000 0.332 0.000
#> SRR1388746     1  0.3801    0.86728 0.788 0.020 0.152 0.040 0.000 0.000
#> SRR1420558     6  0.1010    0.96600 0.000 0.000 0.000 0.036 0.004 0.960
#> SRR1409510     3  0.3958    0.68169 0.000 0.196 0.756 0.028 0.020 0.000
#> SRR816250      2  0.3050    0.65923 0.000 0.764 0.000 0.000 0.236 0.000
#> SRR614131      3  0.5058    0.24828 0.000 0.068 0.536 0.392 0.004 0.000
#> SRR1331130     1  0.2344    0.87207 0.892 0.076 0.028 0.000 0.000 0.004
#> SRR1316015     3  0.3653    0.54049 0.000 0.020 0.748 0.228 0.004 0.000
#> SRR1470798     3  0.3650    0.66689 0.000 0.216 0.756 0.004 0.024 0.000
#> SRR614179      5  0.0000    0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1474863     5  0.0146    0.89407 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR813560      2  0.3050    0.65923 0.000 0.764 0.000 0.000 0.236 0.000
#> SRR1312187     4  0.3206    0.71883 0.000 0.024 0.064 0.856 0.004 0.052
#> SRR1420960     3  0.4198    0.54917 0.000 0.316 0.656 0.004 0.024 0.000
#> SRR1355102     3  0.3584    0.38738 0.000 0.000 0.688 0.308 0.004 0.000
#> SRR1084577     3  0.4094    0.53209 0.000 0.324 0.652 0.000 0.024 0.000
#> SRR659971      2  0.4552    0.50923 0.000 0.700 0.232 0.044 0.024 0.000
#> SRR1350855     6  0.2006    0.91961 0.000 0.000 0.000 0.104 0.004 0.892
#> SRR820779      3  0.3619    0.36677 0.000 0.000 0.680 0.316 0.004 0.000
#> SRR1476300     4  0.3975    0.37673 0.000 0.000 0.452 0.544 0.004 0.000
#> SRR1090907     4  0.3231    0.71673 0.000 0.024 0.040 0.852 0.004 0.080
#> SRR662294      5  0.0000    0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480789     5  0.0000    0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336263     6  0.2402    0.88040 0.000 0.000 0.000 0.140 0.004 0.856
#> SRR660776      1  0.5376    0.82251 0.660 0.028 0.192 0.116 0.000 0.004
#> SRR1090508     5  0.2823    0.72288 0.000 0.204 0.000 0.000 0.796 0.000
#> SRR615563      6  0.1010    0.96600 0.000 0.000 0.000 0.036 0.004 0.960
#> SRR1101175     1  0.2233    0.88891 0.912 0.020 0.044 0.020 0.000 0.004
#> SRR2164650     5  0.3672    0.44966 0.000 0.368 0.000 0.000 0.632 0.000
#> SRR1431205     5  0.3864    0.11300 0.000 0.480 0.000 0.000 0.520 0.000
#> SRR1339856     4  0.3239    0.68765 0.000 0.024 0.164 0.808 0.004 0.000
#> SRR1352147     2  0.4691    0.47019 0.000 0.676 0.256 0.044 0.024 0.000
#> SRR808968      1  0.1406    0.89102 0.952 0.016 0.020 0.004 0.000 0.008
#> SRR627419      5  0.0000    0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402391     1  0.3946    0.86692 0.780 0.024 0.152 0.044 0.000 0.000
#> SRR663609      5  0.2527    0.76401 0.000 0.168 0.000 0.000 0.832 0.000
#> SRR2167857     5  0.0000    0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398752     1  0.3801    0.86728 0.788 0.020 0.152 0.040 0.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.5102    0.83105 0.668 0.140 0.180 0.004 0.000 0.008
#> SRR1405437     2  0.3868   -0.03610 0.000 0.508 0.000 0.000 0.492 0.000
#> SRR1416955     1  0.3606    0.84998 0.808 0.132 0.048 0.004 0.000 0.008
#> SRR1317064     4  0.5442    0.26593 0.000 0.116 0.348 0.532 0.004 0.000
#> SRR659001      4  0.3923    0.21675 0.000 0.000 0.000 0.580 0.004 0.416
#> SRR2170696     6  0.1082    0.96485 0.000 0.000 0.000 0.040 0.004 0.956
#> SRR816589      3  0.4401    0.16487 0.000 0.464 0.512 0.000 0.024 0.000
#> SRR1087487     2  0.4827    0.58732 0.000 0.652 0.236 0.000 0.112 0.000
#> SRR1329485     3  0.3731    0.67005 0.000 0.212 0.756 0.008 0.024 0.000
#> SRR816920      4  0.3979    0.10273 0.000 0.000 0.000 0.540 0.004 0.456
#> SRR1341432     1  0.4850    0.83987 0.700 0.020 0.176 0.104 0.000 0.000
#> SRR1361590     6  0.0692    0.96707 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004 0.976
#> SRR817046      3  0.4136    0.68351 0.000 0.192 0.748 0.040 0.020 0.000
#> SRR1471331     3  0.4214    0.54187 0.000 0.320 0.652 0.004 0.024 0.000
#> SRR660788      6  0.1226    0.96484 0.000 0.000 0.004 0.040 0.004 0.952
#> SRR819234      1  0.1313    0.88311 0.952 0.016 0.028 0.000 0.000 0.004
#> SRR810853      5  0.0000    0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809427      4  0.3003    0.72266 0.000 0.012 0.068 0.864 0.004 0.052
#> SRR2170217     6  0.1010    0.96600 0.000 0.000 0.000 0.036 0.004 0.960
#> SRR1386967     3  0.4214    0.54187 0.000 0.320 0.652 0.004 0.024 0.000
#> SRR1420344     2  0.4501    0.52069 0.000 0.708 0.224 0.044 0.024 0.000
#> SRR1334535     1  0.3606    0.84998 0.808 0.132 0.048 0.004 0.000 0.008
#> SRR614503      4  0.2443    0.71458 0.000 0.000 0.020 0.880 0.004 0.096
#> SRR602564      4  0.3340    0.67413 0.000 0.016 0.196 0.784 0.004 0.000
#> SRR1420669     6  0.2100    0.91171 0.000 0.000 0.000 0.112 0.004 0.884
#> SRR819024      4  0.3991    0.33196 0.000 0.000 0.472 0.524 0.004 0.000
#> SRR656223      5  0.4750    0.39593 0.000 0.340 0.064 0.000 0.596 0.000
#> SRR608428      2  0.3023    0.66285 0.000 0.768 0.000 0.000 0.232 0.000
#> SRR1345647     1  0.2344    0.87207 0.892 0.076 0.028 0.000 0.000 0.004
#> SRR1389324     5  0.0000    0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1361368     2  0.6364   -0.09143 0.000 0.420 0.316 0.248 0.016 0.000
#> SRR1322619     2  0.3050    0.65923 0.000 0.764 0.000 0.000 0.236 0.000
#> SRR1349276     6  0.2402    0.88040 0.000 0.000 0.000 0.140 0.004 0.856
#> SRR1404024     1  0.3465    0.85153 0.812 0.132 0.048 0.000 0.000 0.008
#> SRR1370637     2  0.3464    0.52532 0.000 0.688 0.000 0.000 0.312 0.000
#> SRR1452631     6  0.0692    0.96707 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004 0.976
#> SRR608392      5  0.4580    0.43252 0.000 0.336 0.052 0.000 0.612 0.000
#> SRR1357757     4  0.3081    0.68140 0.000 0.000 0.220 0.776 0.004 0.000
#> SRR1074646     6  0.2738    0.83187 0.000 0.000 0.000 0.176 0.004 0.820
#> SRR1367499     3  0.4147    0.56775 0.000 0.304 0.668 0.004 0.024 0.000
#> SRR1343501     2  0.4024    0.65068 0.000 0.744 0.184 0.000 0.072 0.000
#> SRR1394406     4  0.2500    0.70670 0.000 0.000 0.012 0.868 0.004 0.116
#> SRR1381435     2  0.4261    0.67089 0.000 0.732 0.156 0.000 0.112 0.000
#> SRR1467407     1  0.3867    0.86679 0.784 0.020 0.152 0.044 0.000 0.000
#> SRR1092422     5  0.0000    0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380270     5  0.0000    0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091817     5  0.3843    0.21774 0.000 0.452 0.000 0.000 0.548 0.000
#> SRR1440137     2  0.2762    0.69638 0.000 0.804 0.000 0.000 0.196 0.000
#> SRR614311      4  0.3316    0.68511 0.000 0.028 0.164 0.804 0.004 0.000
#> SRR1407516     4  0.2588    0.70861 0.000 0.012 0.124 0.860 0.004 0.000
#> SRR815494      3  0.4278    0.65259 0.000 0.104 0.748 0.140 0.008 0.000
#> SRR1333209     4  0.3118    0.71443 0.000 0.024 0.088 0.856 0.004 0.028
#> SRR615177      6  0.1155    0.96592 0.000 0.000 0.004 0.036 0.004 0.956
#> SRR1099648     2  0.4322    0.39684 0.000 0.600 0.028 0.000 0.372 0.000
#> SRR659720      3  0.4633    0.65168 0.000 0.124 0.724 0.136 0.016 0.000
#> SRR2185057     1  0.3883    0.85634 0.784 0.136 0.072 0.004 0.000 0.004
#> SRR1467125     1  0.3668    0.84845 0.804 0.132 0.052 0.004 0.000 0.008
#> SRR657468      6  0.0837    0.96638 0.000 0.000 0.004 0.020 0.004 0.972
#> SRR660042      6  0.0692    0.96707 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004 0.976
#> SRR2170864     2  0.3364    0.68139 0.000 0.828 0.096 0.008 0.068 0.000
#> SRR1440491     4  0.4182    0.51734 0.000 0.024 0.312 0.660 0.004 0.000
#> SRR1440852     3  0.3731    0.67005 0.000 0.212 0.756 0.008 0.024 0.000
#> SRR811169      1  0.3930    0.86518 0.780 0.020 0.152 0.048 0.000 0.000
#> SRR1331311     4  0.3199    0.71856 0.000 0.024 0.068 0.856 0.004 0.048
#> SRR818009      1  0.3397    0.87932 0.832 0.020 0.112 0.032 0.000 0.004
#> SRR1351836     5  0.3309    0.61768 0.000 0.280 0.000 0.000 0.720 0.000
#> SRR1498313     5  0.0000    0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441975     5  0.2793    0.72952 0.000 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000
#> SRR819096      1  0.1485    0.88198 0.944 0.024 0.028 0.000 0.000 0.004
#> SRR1073679     3  0.5470    0.62302 0.000 0.204 0.620 0.160 0.016 0.000
#> SRR1489116     2  0.4357    0.66273 0.000 0.700 0.076 0.000 0.224 0.000
#> SRR1354138     3  0.4014    0.60532 0.000 0.276 0.696 0.004 0.024 0.000
#> SRR1490589     4  0.4183    0.68261 0.000 0.000 0.116 0.752 0.004 0.128
#> SRR1412987     6  0.0692    0.96707 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004 0.976
#> SRR602034      3  0.3859    0.67522 0.000 0.204 0.756 0.016 0.024 0.000
#> SRR1353437     1  0.0551    0.89039 0.984 0.004 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR1072871     3  0.4278    0.26334 0.000 0.020 0.616 0.360 0.004 0.000
#> SRR661577      4  0.2809    0.67074 0.000 0.000 0.004 0.824 0.004 0.168
#> SRR612190      4  0.2641    0.72219 0.000 0.000 0.048 0.876 0.004 0.072
#> SRR1399880     1  0.2145    0.87412 0.900 0.072 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787     4  0.2738    0.66199 0.000 0.000 0.000 0.820 0.004 0.176
#> SRR657869      1  0.5275    0.82650 0.668 0.024 0.188 0.116 0.000 0.004
#> SRR1446332     1  0.1096    0.89220 0.964 0.008 0.020 0.004 0.000 0.004
#> SRR816039      1  0.4915    0.83782 0.696 0.024 0.180 0.100 0.000 0.000
#> SRR1485141     3  0.4198    0.54917 0.000 0.316 0.656 0.004 0.024 0.000
#> SRR1476697     1  0.0767    0.88768 0.976 0.004 0.012 0.000 0.000 0.008
#> SRR1379538     4  0.3177    0.71775 0.000 0.024 0.040 0.856 0.004 0.076
#> SRR1331422     1  0.3115    0.88653 0.856 0.080 0.048 0.008 0.000 0.008
#> SRR660859      4  0.3670    0.68891 0.000 0.000 0.056 0.788 0.004 0.152
#> SRR1097594     1  0.2095    0.89201 0.904 0.016 0.076 0.004 0.000 0.000
#> SRR1311419     3  0.4561    0.24543 0.000 0.428 0.536 0.000 0.036 0.000
#> SRR1336706     5  0.3499    0.54809 0.000 0.320 0.000 0.000 0.680 0.000
#> SRR1472976     4  0.2805    0.65708 0.000 0.000 0.000 0.812 0.004 0.184
#> SRR1321307     1  0.5188    0.83239 0.680 0.024 0.176 0.116 0.000 0.004
#> SRR807493      1  0.2233    0.88891 0.912 0.020 0.044 0.020 0.000 0.004
#> SRR812461      3  0.3650    0.66689 0.000 0.216 0.756 0.004 0.024 0.000
#> SRR1477149     5  0.0000    0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457397     5  0.0000    0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661913      4  0.5064    0.53190 0.000 0.000 0.300 0.604 0.004 0.092
#> SRR1069024     5  0.0000    0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2165634     1  0.1596    0.89137 0.944 0.020 0.020 0.004 0.000 0.012
#> SRR1478722     3  0.3543    0.46513 0.000 0.004 0.720 0.272 0.004 0.000
#> SRR1328642     5  0.0000    0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488261     4  0.4120    0.08477 0.000 0.000 0.004 0.524 0.004 0.468
#> SRR1318815     6  0.0692    0.96707 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004 0.976
#> SRR816945      1  0.5188    0.83239 0.680 0.024 0.176 0.116 0.000 0.004
#> SRR1367432     6  0.0837    0.96638 0.000 0.000 0.004 0.020 0.004 0.972
#> SRR1359280     5  0.0000    0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313910     2  0.5235    0.45050 0.000 0.648 0.228 0.100 0.024 0.000
#> SRR1457315     4  0.2575    0.71394 0.000 0.000 0.024 0.872 0.004 0.100
#> SRR815398      1  0.5188    0.83239 0.680 0.024 0.176 0.116 0.000 0.004
#> SRR656958      3  0.3650    0.66689 0.000 0.216 0.756 0.004 0.024 0.000
#> SRR600688      4  0.2320    0.70834 0.000 0.000 0.132 0.864 0.004 0.000
#> SRR1098952     1  0.1737    0.89195 0.932 0.020 0.040 0.008 0.000 0.000
#> SRR1314916     3  0.3958    0.68169 0.000 0.196 0.756 0.028 0.020 0.000
#> SRR614167      4  0.3989    0.34277 0.000 0.000 0.468 0.528 0.004 0.000
#> SRR1348114     4  0.4933    0.46306 0.000 0.080 0.300 0.616 0.004 0.000
#> SRR658033      2  0.4806    0.40729 0.000 0.644 0.292 0.040 0.024 0.000
#> SRR1077503     2  0.4393    0.15176 0.000 0.524 0.452 0.000 0.024 0.000
#> SRR661854      3  0.3973    0.53787 0.000 0.036 0.728 0.232 0.004 0.000
#> SRR811379      4  0.3177    0.71775 0.000 0.024 0.040 0.856 0.004 0.076
#> SRR1318857     2  0.3597    0.67397 0.000 0.828 0.072 0.044 0.056 0.000
#> SRR656445      2  0.4154    0.67887 0.000 0.744 0.144 0.000 0.112 0.000
#> SRR1433044     5  0.0000    0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486391     1  0.1230    0.88402 0.956 0.008 0.028 0.000 0.000 0.008
#> SRR656071      6  0.1082    0.96485 0.000 0.000 0.000 0.040 0.004 0.956
#> SRR1364824     1  0.0603    0.88866 0.980 0.016 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1379133     1  0.1313    0.88311 0.952 0.016 0.028 0.000 0.000 0.004
#> SRR1394169     1  0.1684    0.89051 0.940 0.016 0.028 0.008 0.000 0.008
#> SRR816745      5  0.0000    0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR601038      5  0.0000    0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360080     1  0.3423    0.87889 0.832 0.020 0.108 0.036 0.000 0.004
#> SRR814868      4  0.4046    0.67043 0.000 0.000 0.068 0.752 0.004 0.176
#> SRR1485997     1  0.0405    0.88878 0.988 0.004 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1435560     4  0.3915    0.22983 0.000 0.000 0.000 0.584 0.004 0.412
#> SRR1333330     1  0.3606    0.84998 0.808 0.132 0.048 0.004 0.000 0.008
#> SRR663513      6  0.3699    0.52872 0.000 0.000 0.000 0.336 0.004 0.660
#> SRR1328407     2  0.3371    0.57627 0.000 0.708 0.000 0.000 0.292 0.000
#> SRR602784      5  0.3266    0.63350 0.000 0.272 0.000 0.000 0.728 0.000
#> SRR1348468     6  0.0692    0.96707 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004 0.976
#> SRR663717      4  0.3190    0.71831 0.000 0.024 0.044 0.856 0.004 0.072
#> SRR602217      2  0.3151    0.64194 0.000 0.748 0.000 0.000 0.252 0.000
#> SRR603140      4  0.3468    0.63970 0.000 0.000 0.284 0.712 0.004 0.000
#> SRR1340804     1  0.2344    0.87207 0.892 0.076 0.028 0.000 0.000 0.004
#> SRR1457574     3  0.3965    0.62326 0.000 0.072 0.764 0.160 0.004 0.000
#> SRR1333462     5  0.0000    0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1094601     1  0.0405    0.89011 0.988 0.004 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610     4  0.3782    0.38206 0.000 0.000 0.000 0.636 0.004 0.360
#> SRR1435833     4  0.2723    0.69965 0.000 0.020 0.000 0.856 0.004 0.120
#> SRR1398728     2  0.4501    0.52069 0.000 0.708 0.224 0.044 0.024 0.000
#> SRR1358343     6  0.0692    0.96707 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004 0.976
#> SRR1410890     2  0.3552    0.65986 0.000 0.828 0.088 0.044 0.040 0.000
#> SRR1350371     1  0.3149    0.88398 0.856 0.020 0.080 0.040 0.000 0.004
#> SRR1392478     2  0.2871    0.69315 0.000 0.804 0.000 0.004 0.192 0.000
#> SRR1099260     2  0.4273    0.67646 0.000 0.732 0.148 0.000 0.120 0.000
#> SRR1433576     2  0.5702    0.21374 0.000 0.544 0.328 0.104 0.024 0.000
#> SRR1345541     4  0.3192    0.62941 0.000 0.000 0.004 0.776 0.004 0.216
#> SRR1086328     1  0.5188    0.83239 0.680 0.024 0.176 0.116 0.000 0.004
#> SRR810391      4  0.3989    0.34277 0.000 0.000 0.468 0.528 0.004 0.000
#> SRR1476207     4  0.3489    0.63624 0.000 0.000 0.288 0.708 0.004 0.000
#> SRR627435      3  0.3786    0.66493 0.000 0.220 0.748 0.008 0.024 0.000
#> SRR1489862     1  0.3041    0.85782 0.832 0.128 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086     1  0.2233    0.88891 0.912 0.020 0.044 0.020 0.000 0.004
#> SRR1436539     1  0.2288    0.87293 0.896 0.072 0.028 0.000 0.000 0.004
#> SRR1396191     4  0.3975    0.37673 0.000 0.000 0.452 0.544 0.004 0.000
#> SRR1490115     3  0.3601    0.37716 0.000 0.000 0.684 0.312 0.004 0.000
#> SRR1377714     3  0.5032   -0.11490 0.000 0.060 0.472 0.464 0.004 0.000
#> SRR819394      1  0.2288    0.87293 0.896 0.072 0.028 0.000 0.000 0.004
#> SRR663161      6  0.0692    0.96707 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004 0.976
#> SRR607042      5  0.0000    0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR656203      4  0.5215    0.34422 0.000 0.096 0.332 0.568 0.004 0.000
#> SRR660602      2  0.4355    0.21453 0.000 0.556 0.420 0.000 0.024 0.000
#> SRR1440397     1  0.4497    0.84846 0.732 0.112 0.144 0.012 0.000 0.000
#> SRR1369264     1  0.3991    0.86425 0.776 0.020 0.152 0.052 0.000 0.000
#> SRR809233      1  0.4958    0.83626 0.692 0.024 0.180 0.104 0.000 0.000
#> SRR663249      2  0.3597    0.68409 0.000 0.828 0.056 0.044 0.072 0.000
#> SRR661242      3  0.5867    0.42860 0.000 0.180 0.512 0.300 0.008 0.000
#> SRR1332007     5  0.2491    0.76796 0.000 0.164 0.000 0.000 0.836 0.000
#> SRR809619      2  0.5734    0.30209 0.000 0.572 0.276 0.128 0.024 0.000
#> SRR819975      1  0.0405    0.88878 0.988 0.004 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR599281      5  0.0000    0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662366      4  0.3989    0.34277 0.000 0.000 0.468 0.528 0.004 0.000
#> SRR1317898     3  0.3997   -0.23911 0.000 0.000 0.508 0.488 0.004 0.000
#> SRR1382485     4  0.2902    0.70639 0.000 0.024 0.116 0.852 0.004 0.004
#> SRR2166420     1  0.1434    0.88547 0.948 0.012 0.028 0.000 0.000 0.012
#> SRR1419429     1  0.5601    0.82778 0.640 0.132 0.196 0.020 0.000 0.012
#> SRR1092541     3  0.3928    0.68243 0.000 0.192 0.760 0.028 0.020 0.000
#> SRR817444      2  0.3650    0.69047 0.000 0.792 0.116 0.000 0.092 0.000
#> SRR1320403     5  0.0000    0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101483     2  0.6120   -0.05165 0.000 0.448 0.324 0.220 0.008 0.000
#> SRR1331684     3  0.3650    0.66689 0.000 0.216 0.756 0.004 0.024 0.000
#> SRR1400054     6  0.1082    0.96485 0.000 0.000 0.000 0.040 0.004 0.956
#> SRR1406088     2  0.4527    0.51454 0.000 0.704 0.228 0.044 0.024 0.000
#> SRR820733      6  0.1958    0.92328 0.000 0.000 0.000 0.100 0.004 0.896
#> SRR1314113     6  0.0692    0.96707 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004 0.976
#> SRR1382615     5  0.4291    0.54676 0.000 0.292 0.044 0.000 0.664 0.000
#> SRR1480745     1  0.1129    0.89083 0.964 0.012 0.012 0.004 0.000 0.008
#> SRR1468850     2  0.3050    0.65923 0.000 0.764 0.000 0.000 0.236 0.000
#> SRR656782      4  0.3636    0.60451 0.000 0.000 0.320 0.676 0.004 0.000
#> SRR821364      1  0.3867    0.86679 0.784 0.020 0.152 0.044 0.000 0.000
#> SRR1101106     1  0.4974    0.83507 0.688 0.024 0.188 0.100 0.000 0.000
#> SRR659295      5  0.0000    0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357103     5  0.0000    0.89665 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809185      4  0.5485    0.24717 0.000 0.120 0.352 0.524 0.004 0.000
#> SRR811583      4  0.2454    0.71195 0.000 0.000 0.016 0.876 0.004 0.104
#> SRR1468050     1  0.2231    0.87403 0.900 0.068 0.028 0.000 0.000 0.004
#> SRR1440224     2  0.2996    0.66724 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228 0.000

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk ATC-kmeans-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-kmeans-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-kmeans-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-kmeans-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-kmeans-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-kmeans-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk ATC-kmeans-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


ATC:skmeans*

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["ATC", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:skmeans"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 17314 rows and 500 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#>   Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 5.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk ATC-skmeans-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk ATC-skmeans-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 1.000           0.986       0.995         0.4317 0.570   0.570
#> 3 3 0.779           0.923       0.954         0.1940 0.936   0.889
#> 4 4 0.980           0.933       0.975         0.3227 0.799   0.610
#> 5 5 0.930           0.920       0.967         0.0616 0.924   0.773
#> 6 6 0.879           0.791       0.913         0.0402 0.946   0.812

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 5
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 4

There is also optional best \(k\) = 2 4 that is worth to check.

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>            class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR1500170     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1402368     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR607743      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1457375     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1470923     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR817954      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR809259      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1439785     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR814768      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1102031     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1363611     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1468447     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1071931     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR810981      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR615299      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR663585      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1326773     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1351166     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1477452     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1084720     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1420320     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1081712     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1318241     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1333718     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1313514     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1477861     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1318005     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1354665     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR657707      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1370742     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1412947     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR661553      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1328869     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR662211      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1348181     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1416560     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1319772     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1091452     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1338812     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1392072     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR814844      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1376619     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR603690      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR2184980     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR613963      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1323422     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1397673     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1434650     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR659875      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1465734     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1076847     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1415072     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR659319      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR663088      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1352021     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1325527     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR659935      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1352530     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR662594      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1095309     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR615647      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR813019      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1374647     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR603472      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR661529      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR607018      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR627423      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR654921      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1418968     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR660871      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1330522     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1499958     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR614059      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1071403     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1486719     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1440421     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1310412     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR614767      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR820709      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR658093      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1088168     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1418707     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1354291     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR2165806     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1415684     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1433860     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1311062     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1360359     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR661385      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR615407      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1413892     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1443459     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1338942     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR657480      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1399433     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR818537      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1101324     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR807637      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1091918     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR598300      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1085426     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1376294     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR813891      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1467431     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR658742      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1419234     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1404813     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR603496      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1407758     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR810945      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR817234      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1444852     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR660378      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1467835     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1338964     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1079259     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1072345     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR598725      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1447938     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1356397     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1360460     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1429468     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1446850     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1320363     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1413810     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR598831      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1381865     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR660957      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1491332     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1099744     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1464618     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1414559     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1337540     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1444283     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR2184942     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR660295      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR601335      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1363742     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1345847     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR614960      1  0.4298      0.900 0.912 0.088
#> SRR819919      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR603330      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1327951     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1345266     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1338055     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1430157     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1320137     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1093483     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1341080     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1459913     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR2170490     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1479845     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1436420     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1481060     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR662282      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1487089     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1075683     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1338536     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1338880     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1453456     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1457895     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1440603     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR658633      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1388081     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR813339      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR809725      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR627441      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR613603      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1096571     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1392701     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1344326     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1367693     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR660697      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1489926     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR811491      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1311644     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1451740     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR615117      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1391748     1  0.7219      0.749 0.800 0.200
#> SRR1466556     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR614972      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1406200     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR819210      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR662174      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR811988      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR663236      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1312598     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1330129     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1357781     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1315517     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1400032     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1413722     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR612827      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR814794      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR819430      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1395509     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR808728      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1070813     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1389133     1  0.8763      0.580 0.704 0.296
#> SRR601263      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR604718      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1481351     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1334608     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR658681      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR809283      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1459300     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1392547     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR811049      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1464835     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1339619     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR658501      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1447523     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1415048     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1444348     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR603890      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR810595      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1446244     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR817373      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1457291     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR598220      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1477991     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR598172      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1349032     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR604002      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1378026     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1404401     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1333240     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1089399     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR603421      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR812562      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR808520      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR811839      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR814317      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1436763     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1486021     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1465018     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1080998     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1083432     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1082833     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1326536     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR614011      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1365873     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1498789     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR601581      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR603566      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1373981     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR821410      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1076511     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR614143      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1333570     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1366813     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1388746     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1420558     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1409510     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR816250      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR614131      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1331130     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1316015     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1470798     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR614179      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1474863     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR813560      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1312187     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1420960     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1355102     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1084577     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR659971      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1350855     1  0.9710      0.333 0.600 0.400
#> SRR820779      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1476300     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1090907     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR662294      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1480789     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1336263     2  0.9491      0.414 0.368 0.632
#> SRR660776      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1090508     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR615563      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1101175     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR2164650     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1431205     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1339856     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1352147     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR808968      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR627419      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1402391     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR663609      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR2167857     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1398752     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1405437     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1416955     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1317064     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR659001      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR2170696     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR816589      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1087487     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1329485     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR816920      2  0.0672      0.987 0.008 0.992
#> SRR1341432     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1361590     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR817046      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1471331     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR660788      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR819234      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR810853      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR809427      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR2170217     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1386967     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1420344     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1334535     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR614503      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR602564      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1420669     2  0.9710      0.330 0.400 0.600
#> SRR819024      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR656223      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR608428      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1345647     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1389324     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1361368     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1322619     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1349276     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1404024     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1370637     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1452631     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR608392      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1357757     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1074646     2  0.9710      0.330 0.400 0.600
#> SRR1367499     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1343501     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1394406     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1381435     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1467407     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1092422     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1380270     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1091817     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1440137     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR614311      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1407516     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR815494      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1333209     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR615177      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1099648     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR659720      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR2185057     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1467125     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR657468      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR660042      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR2170864     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1440491     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1440852     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR811169      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1331311     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR818009      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1351836     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1498313     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1441975     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR819096      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1073679     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1489116     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1354138     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1490589     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1412987     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR602034      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1353437     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1072871     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR661577      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR612190      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1399880     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1101787     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR657869      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1446332     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR816039      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1485141     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1476697     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1379538     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1331422     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR660859      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1097594     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1311419     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1336706     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1472976     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1321307     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR807493      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR812461      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1477149     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1457397     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR661913      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1069024     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR2165634     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1478722     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1328642     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1488261     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1318815     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR816945      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1367432     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1359280     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1313910     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1457315     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR815398      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR656958      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR600688      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1098952     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1314916     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR614167      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1348114     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR658033      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1077503     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR661854      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR811379      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1318857     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR656445      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1433044     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1486391     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR656071      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1364824     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1379133     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR816745      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR601038      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1360080     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR814868      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1485997     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1435560     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1333330     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR663513      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1328407     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR602784      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1348468     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR663717      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR602217      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR603140      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1340804     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1457574     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1333462     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1094601     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1434610     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1435833     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1398728     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1358343     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1410890     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1350371     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1392478     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1099260     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1433576     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1345541     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1086328     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR810391      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1476207     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR627435      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1489862     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1419086     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1396191     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1490115     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1377714     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR819394      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR663161      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR607042      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR656203      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR660602      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1440397     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1369264     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR809233      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR663249      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR661242      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1332007     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR809619      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR819975      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR599281      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR662366      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1317898     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1382485     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR2166420     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1419429     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1092541     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR817444      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1320403     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1101483     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1331684     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1400054     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1406088     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR820733      2  0.9977      0.101 0.472 0.528
#> SRR1314113     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1382615     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1480745     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1468850     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR656782      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR821364      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1101106     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR659295      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1357103     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR809185      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR811583      2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR1468050     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1440224     2  0.0000      0.995 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> SRR1500170     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1402368     3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR607743      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457375     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470923     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR817954      1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR809259      1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439785     3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR814768      1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102031     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1363611     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468447     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1071931     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR810981      1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR615299      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR663585      3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1326773     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1351166     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1477452     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084720     3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1420320     3  0.2066      0.901 0.000 0.060 0.940
#> SRR1081712     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318241     3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1333718     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1313514     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1477861     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318005     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1354665     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR657707      3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1370742     3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1412947     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR661553      3  0.1643      0.929 0.000 0.044 0.956
#> SRR1328869     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR662211      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348181     3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1416560     3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1319772     3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1091452     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1338812     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392072     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR814844      1  0.4452      0.755 0.808 0.192 0.000
#> SRR1376619     3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR603690      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR2184980     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR613963      1  0.4452      0.755 0.808 0.192 0.000
#> SRR1323422     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397673     3  0.3340      0.891 0.000 0.120 0.880
#> SRR1434650     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR659875      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1465734     3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1076847     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415072     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR659319      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR663088      1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352021     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1325527     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR659935      3  0.0747      0.936 0.000 0.016 0.984
#> SRR1352530     3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR662594      3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1095309     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR615647      3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR813019      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1374647     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR603472      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR661529      2  0.4974      0.590 0.000 0.764 0.236
#> SRR607018      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR627423      2  0.6045      0.475 0.000 0.620 0.380
#> SRR654921      1  0.4452      0.755 0.808 0.192 0.000
#> SRR1418968     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR660871      3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1330522     3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1499958     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR614059      2  0.3816      0.850 0.148 0.852 0.000
#> SRR1071403     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486719     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440421     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1310412     3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR614767      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR820709      1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR658093      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1088168     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418707     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1354291     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR2165806     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415684     3  0.1753      0.912 0.000 0.048 0.952
#> SRR1433860     3  0.3192      0.895 0.000 0.112 0.888
#> SRR1311062     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1360359     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR661385      3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR615407      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413892     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1443459     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1338942     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR657480      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399433     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR818537      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1101324     1  0.4291      0.773 0.820 0.180 0.000
#> SRR807637      1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091918     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR598300      2  0.0000      0.830 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085426     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376294     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR813891      1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467431     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR658742      1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419234     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404813     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR603496      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407758     3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR810945      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR817234      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1444852     3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR660378      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467835     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1338964     3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1079259     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1072345     3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR598725      3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1447938     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356397     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360460     2  0.6111      0.435 0.000 0.604 0.396
#> SRR1429468     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1446850     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1320363     3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1413810     3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR598831      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381865     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR660957      3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1491332     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099744     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1464618     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1414559     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337540     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444283     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR2184942     3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR660295      1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR601335      3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1363742     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1345847     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR614960      2  0.0000      0.830 0.000 1.000 0.000
#> SRR819919      1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR603330      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1327951     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345266     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1338055     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1430157     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1320137     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1093483     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341080     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459913     3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR2170490     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479845     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1436420     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481060     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR662282      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487089     2  0.3879      0.849 0.152 0.848 0.000
#> SRR1075683     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338536     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338880     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1453456     3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1457895     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440603     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR658633      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1388081     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR813339      3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR809725      1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR627441      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR613603      3  0.4062      0.865 0.000 0.164 0.836
#> SRR1096571     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1392701     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1344326     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367693     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR660697      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1489926     3  0.3267      0.893 0.000 0.116 0.884
#> SRR811491      3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1311644     1  0.1860      0.933 0.948 0.052 0.000
#> SRR1451740     3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR615117      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1391748     2  0.3879      0.849 0.152 0.848 0.000
#> SRR1466556     3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR614972      3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1406200     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR819210      3  0.0747      0.936 0.000 0.016 0.984
#> SRR662174      1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR811988      1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR663236      3  0.4121      0.862 0.000 0.168 0.832
#> SRR1312598     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330129     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1357781     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1315517     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1400032     3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1413722     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR612827      3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR814794      1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR819430      1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1395509     2  0.3879      0.767 0.000 0.848 0.152
#> SRR808728      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1070813     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1389133     2  0.0000      0.830 0.000 1.000 0.000
#> SRR601263      3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR604718      3  0.0747      0.936 0.000 0.016 0.984
#> SRR1481351     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1334608     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR658681      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR809283      2  0.3879      0.849 0.152 0.848 0.000
#> SRR1459300     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392547     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR811049      3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1464835     2  0.3879      0.849 0.152 0.848 0.000
#> SRR1339619     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR658501      3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1447523     3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1415048     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444348     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR603890      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR810595      3  0.3752      0.878 0.000 0.144 0.856
#> SRR1446244     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR817373      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457291     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR598220      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1477991     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR598172      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1349032     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR604002      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1378026     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404401     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333240     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1089399     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR603421      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR812562      1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR808520      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR811839      1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR814317      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1436763     1  0.1643      0.941 0.956 0.044 0.000
#> SRR1486021     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1465018     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1080998     3  0.2796      0.905 0.000 0.092 0.908
#> SRR1083432     3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1082833     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326536     3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR614011      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1365873     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1498789     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR601581      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR603566      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1373981     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR821410      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1076511     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR614143      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333570     3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1366813     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1388746     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420558     2  0.0000      0.830 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409510     3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR816250      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR614131      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1331130     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316015     3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1470798     3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR614179      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1474863     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR813560      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1312187     3  0.1031      0.930 0.000 0.024 0.976
#> SRR1420960     3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1355102     3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1084577     3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR659971      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1350855     2  0.3879      0.849 0.152 0.848 0.000
#> SRR820779      3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1476300     3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1090907     3  0.1031      0.930 0.000 0.024 0.976
#> SRR662294      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1480789     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1336263     2  0.3879      0.849 0.152 0.848 0.000
#> SRR660776      1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090508     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR615563      2  0.3879      0.849 0.152 0.848 0.000
#> SRR1101175     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR2164650     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1431205     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339856     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352147     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR808968      1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR627419      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1402391     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR663609      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR2167857     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1398752     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405437     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416955     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317064     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR659001      2  0.3879      0.767 0.000 0.848 0.152
#> SRR2170696     2  0.3879      0.849 0.152 0.848 0.000
#> SRR816589      3  0.3038      0.899 0.000 0.104 0.896
#> SRR1087487     3  0.3752      0.878 0.000 0.144 0.856
#> SRR1329485     3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR816920      2  0.0000      0.830 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341432     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361590     2  0.3879      0.849 0.152 0.848 0.000
#> SRR817046      3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1471331     3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR660788      2  0.3879      0.849 0.152 0.848 0.000
#> SRR819234      1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR810853      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR809427      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170217     2  0.3879      0.849 0.152 0.848 0.000
#> SRR1386967     3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1420344     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1334535     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR614503      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR602564      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420669     2  0.3412      0.850 0.124 0.876 0.000
#> SRR819024      3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR656223      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR608428      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1345647     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389324     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1361368     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322619     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1349276     2  0.3879      0.767 0.000 0.848 0.152
#> SRR1404024     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370637     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1452631     2  0.3879      0.849 0.152 0.848 0.000
#> SRR608392      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1357757     3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1074646     2  0.3879      0.849 0.152 0.848 0.000
#> SRR1367499     3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1343501     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394406     3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1381435     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467407     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092422     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1380270     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1091817     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440137     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR614311      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407516     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR815494      3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1333209     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR615177      2  0.4399      0.806 0.188 0.812 0.000
#> SRR1099648     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR659720      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR2185057     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467125     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR657468      1  0.2625      0.899 0.916 0.084 0.000
#> SRR660042      1  0.4346      0.767 0.816 0.184 0.000
#> SRR2170864     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440491     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440852     3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR811169      1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331311     3  0.0747      0.936 0.000 0.016 0.984
#> SRR818009      1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351836     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1498313     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441975     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR819096      1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073679     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1489116     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1354138     3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1490589     3  0.4121      0.862 0.000 0.168 0.832
#> SRR1412987     1  0.4452      0.755 0.808 0.192 0.000
#> SRR602034      3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1353437     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072871     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR661577      3  0.0424      0.941 0.000 0.008 0.992
#> SRR612190      3  0.2165      0.918 0.000 0.064 0.936
#> SRR1399880     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101787     3  0.5968      0.365 0.000 0.364 0.636
#> SRR657869      1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446332     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR816039      1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485141     3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1476697     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379538     3  0.1860      0.908 0.000 0.052 0.948
#> SRR1331422     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR660859      3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1097594     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311419     3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1336706     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472976     3  0.6154      0.228 0.000 0.408 0.592
#> SRR1321307     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR807493      1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR812461      3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1477149     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457397     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR661913      3  0.3941      0.871 0.000 0.156 0.844
#> SRR1069024     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR2165634     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478722     3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1328642     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1488261     2  0.0424      0.825 0.000 0.992 0.008
#> SRR1318815     1  0.5178      0.641 0.744 0.256 0.000
#> SRR816945      1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367432     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359280     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1313910     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457315     3  0.4974      0.789 0.000 0.236 0.764
#> SRR815398      1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR656958      3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR600688      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098952     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314916     3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR614167      3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1348114     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR658033      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1077503     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR661854      3  0.3267      0.893 0.000 0.116 0.884
#> SRR811379      3  0.2625      0.879 0.000 0.084 0.916
#> SRR1318857     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR656445      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433044     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1486391     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR656071      2  0.0000      0.830 0.000 1.000 0.000
#> SRR1364824     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379133     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR816745      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR601038      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1360080     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR814868      3  0.4504      0.834 0.000 0.196 0.804
#> SRR1485997     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435560     2  0.0000      0.830 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333330     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR663513      2  0.0000      0.830 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328407     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR602784      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348468     2  0.3879      0.849 0.152 0.848 0.000
#> SRR663717      3  0.2066      0.901 0.000 0.060 0.940
#> SRR602217      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR603140      3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1340804     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457574     3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1333462     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1094601     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434610     2  0.0000      0.830 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435833     3  0.2625      0.879 0.000 0.084 0.916
#> SRR1398728     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1358343     1  0.3038      0.875 0.896 0.104 0.000
#> SRR1410890     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1350371     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392478     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099260     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433576     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1345541     3  0.6305      0.265 0.000 0.484 0.516
#> SRR1086328     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR810391      3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1476207     3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR627435      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1489862     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419086     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396191     3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1490115     3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1377714     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR819394      1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR663161      1  0.3192      0.865 0.888 0.112 0.000
#> SRR607042      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR656203      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR660602      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440397     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1369264     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR809233      1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR663249      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR661242      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1332007     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR809619      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR819975      1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR599281      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR662366      3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1317898     3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1382485     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR2166420     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419429     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092541     3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR817444      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1320403     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1101483     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1331684     3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR1400054     2  0.3879      0.849 0.152 0.848 0.000
#> SRR1406088     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR820733      2  0.3267      0.850 0.116 0.884 0.000
#> SRR1314113     1  0.3816      0.818 0.852 0.148 0.000
#> SRR1382615     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1480745     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468850     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR656782      3  0.3879      0.874 0.000 0.152 0.848
#> SRR821364      1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101106     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR659295      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1357103     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR809185      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR811583      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468050     1  0.0000      0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440224     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR1500170     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402368     3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR607743      2  0.1557      0.922 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR1457375     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470923     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954      1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259      1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785     3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR814768      1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1363611     2  0.0188      0.980 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1468447     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071931     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810981      1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299      2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663585      3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1326773     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351166     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477452     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720     3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1420320     2  0.0779      0.967 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR1081712     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318241     3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1333718     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313514     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477861     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318005     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354665     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657707      3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1370742     3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1412947     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661553      3  0.3764      0.700 0.000 0.172 0.816 0.012
#> SRR1328869     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211      2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348181     3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1416560     3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1319772     3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1091452     2  0.0188      0.980 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1338812     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814844      4  0.4985      0.162 0.468 0.000 0.000 0.532
#> SRR1376619     3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR603690      2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2184980     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613963      4  0.4989      0.149 0.472 0.000 0.000 0.528
#> SRR1323422     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673     3  0.0707      0.946 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR1434650     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659875      2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465734     3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1076847     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415072     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319      3  0.4304      0.538 0.000 0.284 0.716 0.000
#> SRR663088      1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352021     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935      2  0.0779      0.967 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR1352530     3  0.0336      0.959 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR662594      3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1095309     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647      3  0.0336      0.959 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR813019      2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374647     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603472      2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661529      3  0.0469      0.953 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR607018      2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR627423      2  0.4643      0.480 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR654921      4  0.4992      0.136 0.476 0.000 0.000 0.524
#> SRR1418968     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871      3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1330522     3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1499958     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614059      4  0.0592      0.897 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1071403     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440421     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310412     3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR614767      2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820709      1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093      2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1088168     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418707     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354291     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2165806     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684     2  0.0779      0.967 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR1433860     3  0.4888      0.319 0.000 0.412 0.588 0.000
#> SRR1311062     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360359     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385      3  0.0336      0.959 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR615407      2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413892     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443459     2  0.0188      0.980 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1338942     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480      2  0.1474      0.928 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1399433     2  0.0188      0.980 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR818537      2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101324     1  0.4933      0.184 0.568 0.000 0.000 0.432
#> SRR807637      1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091918     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300      4  0.0592      0.898 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1085426     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813891      1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658742      1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419234     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603496      2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407758     3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR810945      2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817234      2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444852     3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR660378      2  0.4277      0.602 0.000 0.720 0.280 0.000
#> SRR1467835     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338964     3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1079259     2  0.0188      0.980 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1072345     3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR598725      3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1447938     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460     4  0.4936      0.361 0.000 0.372 0.004 0.624
#> SRR1429468     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446850     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320363     3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1413810     3  0.0336      0.959 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR598831      2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381865     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957      3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1491332     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099744     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464618     2  0.0188      0.980 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1414559     1  0.0336      0.966 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1337540     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444283     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942     3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR660295      1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335      3  0.0336      0.959 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1363742     2  0.4643      0.465 0.000 0.656 0.344 0.000
#> SRR1345847     2  0.0188      0.980 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR614960      4  0.0592      0.898 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR819919      1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330      2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327951     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266     2  0.0188      0.980 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1338055     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430157     2  0.0188      0.980 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1320137     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093483     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913     3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR2170490     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845     2  0.4916      0.249 0.000 0.576 0.424 0.000
#> SRR1436420     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662282      2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487089     4  0.0000      0.907 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1075683     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880     2  0.0188      0.980 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1453456     3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1457895     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658633      2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388081     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813339      3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR809725      1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441      2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613603      3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1096571     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392701     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693     2  0.0188      0.980 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR660697      2  0.0188      0.980 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1489926     3  0.0592      0.950 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR811491      3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1311644     1  0.4643      0.437 0.656 0.000 0.000 0.344
#> SRR1451740     3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR615117      2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391748     4  0.0000      0.907 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466556     3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR614972      3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1406200     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210      2  0.0779      0.967 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR662174      1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988      1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236      3  0.0469      0.950 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1312598     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330129     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357781     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315517     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400032     3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1413722     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827      3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR814794      1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430      1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509     4  0.0188      0.905 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR808728      2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070813     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389133     4  0.0592      0.898 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR601263      3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR604718      2  0.0779      0.967 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR1481351     3  0.0921      0.936 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1334608     3  0.4961      0.208 0.000 0.448 0.552 0.000
#> SRR658681      2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809283      4  0.0000      0.907 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1459300     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811049      3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1464835     4  0.0000      0.907 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339619     2  0.0188      0.980 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR658501      3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1447523     3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1415048     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348     2  0.0188      0.980 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR603890      2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810595      3  0.0336      0.959 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1446244     2  0.0188      0.980 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR817373      2  0.0188      0.980 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1457291     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598220      2  0.0188      0.980 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1477991     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598172      2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349032     2  0.0188      0.980 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR604002      2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378026     3  0.4916      0.284 0.000 0.424 0.576 0.000
#> SRR1404401     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333240     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1089399     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603421      2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR812562      1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520      2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811839      1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317      2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436763     1  0.4431      0.527 0.696 0.000 0.000 0.304
#> SRR1486021     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465018     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080998     3  0.3172      0.744 0.000 0.160 0.840 0.000
#> SRR1083432     3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1082833     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536     3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR614011      2  0.0188      0.980 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1365873     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498789     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR601581      2  0.0188      0.980 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR603566      2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1373981     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410      2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076511     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614143      3  0.0707      0.946 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR1333570     3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1366813     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388746     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558     4  0.0592      0.898 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1409510     3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR816250      2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614131      2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331130     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015     3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1470798     3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR614179      2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474863     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813560      2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312187     2  0.0779      0.967 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR1420960     3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1355102     3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1084577     3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR659971      2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350855     4  0.0000      0.907 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR820779      3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1476300     3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1090907     2  0.0779      0.967 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR662294      2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480789     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336263     4  0.0000      0.907 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR660776      1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615563      4  0.0000      0.907 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1101175     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431205     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339856     2  0.0188      0.980 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1352147     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808968      1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419      2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402391     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609      2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2167857     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398752     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416955     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659001      4  0.0188      0.905 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR2170696     4  0.0000      0.907 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR816589      3  0.2704      0.800 0.000 0.124 0.876 0.000
#> SRR1087487     3  0.0469      0.955 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1329485     3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR816920      4  0.0188      0.905 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1341432     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590     4  0.0000      0.907 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR817046      3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1471331     3  0.0336      0.959 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR660788      4  0.0000      0.907 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR819234      1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853      2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809427      2  0.0188      0.980 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR2170217     4  0.0000      0.907 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1386967     3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1420344     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334535     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503      2  0.0188      0.980 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR602564      2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420669     4  0.0000      0.907 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR819024      3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR656223      2  0.4761      0.396 0.000 0.628 0.372 0.000
#> SRR608428      2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345647     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361368     2  0.0188      0.980 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1322619     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349276     4  0.0000      0.907 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404024     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452631     4  0.0000      0.907 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR608392      2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357757     3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1074646     4  0.0000      0.907 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1367499     3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1343501     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394406     3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1381435     2  0.4431      0.554 0.000 0.696 0.304 0.000
#> SRR1467407     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380270     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091817     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440137     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614311      2  0.0188      0.980 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1407516     2  0.0188      0.980 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR815494      3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1333209     2  0.0657      0.971 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR615177      4  0.0000      0.907 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099648     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659720      2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2185057     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468      1  0.4790      0.343 0.620 0.000 0.000 0.380
#> SRR660042      1  0.4933      0.184 0.568 0.000 0.000 0.432
#> SRR2170864     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440491     2  0.0188      0.980 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1440852     3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR811169      1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311     2  0.0779      0.967 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR818009      1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498313     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441975     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819096      1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489116     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354138     3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1490589     3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1412987     4  0.4985      0.162 0.468 0.000 0.000 0.532
#> SRR602034      3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1353437     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871     3  0.4304      0.534 0.000 0.284 0.716 0.000
#> SRR661577      2  0.0657      0.971 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR612190      3  0.3172      0.733 0.000 0.160 0.840 0.000
#> SRR1399880     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787     2  0.4483      0.604 0.000 0.712 0.004 0.284
#> SRR657869      1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039      1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141     3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1476697     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538     2  0.0779      0.967 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR1331422     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859      3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1097594     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419     3  0.0336      0.959 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1336706     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472976     2  0.4283      0.655 0.000 0.740 0.004 0.256
#> SRR1321307     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493      1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461      3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1477149     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457397     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661913      3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1069024     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2165634     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722     3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1328642     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488261     3  0.1474      0.912 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1318815     4  0.4985      0.162 0.468 0.000 0.000 0.532
#> SRR816945      1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432     1  0.0188      0.970 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1359280     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313910     2  0.0188      0.980 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1457315     3  0.0779      0.944 0.000 0.004 0.980 0.016
#> SRR815398      1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958      3  0.0336      0.959 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR600688      2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098952     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916     3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR614167      3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1348114     2  0.0188      0.980 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR658033      2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077503     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661854      3  0.0592      0.950 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR811379      2  0.0779      0.967 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR1318857     2  0.0188      0.980 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR656445      2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433044     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486391     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071      4  0.0592      0.898 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1364824     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745      2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR601038      2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360080     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868      3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1485997     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560     4  0.0188      0.905 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1333330     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513      4  0.2589      0.796 0.000 0.000 0.116 0.884
#> SRR1328407     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602784      2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348468     4  0.0000      0.907 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR663717      2  0.0779      0.967 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR602217      2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603140      3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1340804     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574     3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1333462     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1094601     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610     4  0.0188      0.905 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1435833     2  0.0779      0.967 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR1398728     2  0.0188      0.980 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1358343     1  0.4776      0.354 0.624 0.000 0.000 0.376
#> SRR1410890     2  0.0188      0.980 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1350371     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099260     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433576     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345541     3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1086328     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391      3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1476207     3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR627435      2  0.4817      0.353 0.000 0.612 0.388 0.000
#> SRR1489862     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191     3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1490115     3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1377714     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819394      1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161      1  0.4661      0.429 0.652 0.000 0.000 0.348
#> SRR607042      2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656203      2  0.0188      0.980 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR660602      2  0.2149      0.884 0.000 0.912 0.088 0.000
#> SRR1440397     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233      1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249      2  0.0188      0.980 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR661242      2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332007     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809619      2  0.0188      0.980 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR819975      1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281      2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662366      3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1317898     3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1382485     2  0.0657      0.971 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR2166420     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541     3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR817444      2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320403     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101483     2  0.0188      0.980 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1331684     3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1400054     4  0.0188      0.905 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1406088     2  0.0188      0.980 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR820733      4  0.0000      0.907 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1314113     1  0.4790      0.343 0.620 0.000 0.000 0.380
#> SRR1382615     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480745     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656782      3  0.0188      0.963 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR821364      1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295      2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357103     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809185      2  0.0188      0.980 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR811583      2  0.0188      0.980 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1468050     1  0.0000      0.974 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224     2  0.0000      0.982 0.000 1.000 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR1500170     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402368     3  0.0000     0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607743      2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457375     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470923     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954      1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259      1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785     3  0.0000     0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814768      1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1363611     2  0.3074     0.7812 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR1468447     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071931     2  0.2280     0.8724 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR810981      1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299      2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663585      3  0.1043     0.9038 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1326773     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351166     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477452     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720     3  0.1043     0.9038 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR1420320     4  0.0000     0.8903 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081712     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318241     3  0.0000     0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333718     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313514     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477861     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318005     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354665     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657707      3  0.0000     0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370742     3  0.0000     0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1412947     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661553      4  0.0000     0.8903 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328869     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211      2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348181     3  0.0000     0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416560     3  0.0000     0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319772     3  0.0000     0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091452     2  0.2280     0.8724 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR1338812     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814844      5  0.1121     0.8531 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR1376619     3  0.0000     0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603690      2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184980     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613963      5  0.1043     0.8550 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR1323422     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673     3  0.2329     0.8084 0.000 0.124 0.876 0.000 0.000
#> SRR1434650     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659875      2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465734     3  0.0510     0.9259 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1076847     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415072     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319      2  0.0404     0.9597 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR663088      1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352021     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935      4  0.0000     0.8903 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352530     3  0.3109     0.6921 0.000 0.200 0.800 0.000 0.000
#> SRR662594      3  0.0000     0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095309     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647      3  0.3003     0.7106 0.000 0.188 0.812 0.000 0.000
#> SRR813019      2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374647     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603472      2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661529      3  0.6756    -0.1384 0.000 0.000 0.388 0.344 0.268
#> SRR607018      2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627423      4  0.5844     0.4266 0.000 0.156 0.000 0.600 0.244
#> SRR654921      5  0.1478     0.8385 0.064 0.000 0.000 0.000 0.936
#> SRR1418968     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871      3  0.0000     0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330522     3  0.0000     0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499958     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614059      5  0.0000     0.8651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1071403     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440421     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310412     3  0.0000     0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614767      2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820709      1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093      2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088168     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418707     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354291     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2165806     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684     4  0.0000     0.8903 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433860     2  0.4150     0.3569 0.000 0.612 0.388 0.000 0.000
#> SRR1311062     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360359     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385      3  0.1792     0.8567 0.000 0.084 0.916 0.000 0.000
#> SRR615407      2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413892     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443459     2  0.1792     0.9057 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR1338942     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480      2  0.1608     0.9011 0.000 0.928 0.072 0.000 0.000
#> SRR1399433     4  0.3966     0.3963 0.000 0.336 0.000 0.664 0.000
#> SRR818537      2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101324     5  0.2329     0.7851 0.124 0.000 0.000 0.000 0.876
#> SRR807637      1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091918     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300      5  0.0000     0.8651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1085426     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813891      1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658742      5  0.3949     0.5702 0.332 0.000 0.000 0.000 0.668
#> SRR1419234     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603496      2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407758     3  0.1965     0.8428 0.000 0.096 0.904 0.000 0.000
#> SRR810945      2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817234      2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444852     3  0.0000     0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660378      2  0.0404     0.9597 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1467835     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338964     3  0.0000     0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1079259     4  0.1792     0.7803 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1072345     3  0.0000     0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598725      3  0.0000     0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447938     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460     4  0.0000     0.8903 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429468     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446850     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320363     3  0.0000     0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413810     3  0.3039     0.7052 0.000 0.192 0.808 0.000 0.000
#> SRR598831      2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381865     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957      3  0.0000     0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1491332     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099744     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464618     4  0.0000     0.8903 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414559     5  0.3999     0.5556 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> SRR1337540     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444283     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942     3  0.0000     0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660295      1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335      3  0.2605     0.7737 0.000 0.148 0.852 0.000 0.000
#> SRR1363742     2  0.2280     0.8440 0.000 0.880 0.120 0.000 0.000
#> SRR1345847     2  0.1792     0.9057 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR614960      5  0.0000     0.8651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR819919      1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330      2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327951     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266     2  0.2280     0.8724 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR1338055     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430157     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320137     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1093483     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913     3  0.0000     0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2170490     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845     2  0.4872     0.6586 0.000 0.720 0.160 0.120 0.000
#> SRR1436420     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662282      2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487089     5  0.0000     0.8651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1075683     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880     2  0.2280     0.8724 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR1453456     3  0.0510     0.9259 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1457895     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658633      2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388081     2  0.2280     0.8724 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR813339      3  0.0000     0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809725      1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441      2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613603      3  0.0000     0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096571     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392701     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693     2  0.2280     0.8724 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR660697      2  0.2280     0.8724 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR1489926     3  0.2329     0.8124 0.000 0.124 0.876 0.000 0.000
#> SRR811491      3  0.0000     0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311644     5  0.3816     0.6020 0.304 0.000 0.000 0.000 0.696
#> SRR1451740     3  0.0000     0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615117      2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391748     5  0.2813     0.7071 0.000 0.000 0.000 0.168 0.832
#> SRR1466556     3  0.0000     0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614972      3  0.0000     0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406200     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210      4  0.0000     0.8903 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662174      1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988      1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236      4  0.1121     0.8516 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR1312598     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330129     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357781     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315517     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400032     3  0.0000     0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413722     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827      3  0.0000     0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814794      1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430      1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509     4  0.0000     0.8903 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR808728      2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070813     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389133     5  0.0000     0.8651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR601263      3  0.0000     0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR604718      4  0.0000     0.8903 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1481351     2  0.0290     0.9632 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1334608     2  0.0404     0.9597 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR658681      2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809283      5  0.0000     0.8651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1459300     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811049      3  0.0000     0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464835     5  0.0000     0.8651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339619     2  0.1792     0.9057 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR658501      3  0.0000     0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447523     3  0.0000     0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415048     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348     2  0.2280     0.8724 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR603890      2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810595      3  0.3949     0.4648 0.000 0.332 0.668 0.000 0.000
#> SRR1446244     2  0.2329     0.8682 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR817373      2  0.1732     0.9091 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1457291     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598220      2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477991     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598172      2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349032     4  0.0794     0.8592 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR604002      2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378026     2  0.1410     0.9133 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR1404401     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333240     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1089399     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603421      2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812562      1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520      2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811839      1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317      2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436763     5  0.4192     0.4338 0.404 0.000 0.000 0.000 0.596
#> SRR1486021     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465018     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1080998     3  0.0510     0.9255 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1083432     3  0.0609     0.9225 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1082833     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536     3  0.0000     0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614011      2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365873     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498789     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601581      4  0.0000     0.8903 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR603566      2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1373981     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410      2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076511     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614143      3  0.3661     0.5647 0.000 0.276 0.724 0.000 0.000
#> SRR1333570     3  0.0000     0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366813     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388746     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558     5  0.0000     0.8651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409510     3  0.0000     0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816250      2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614131      2  0.2230     0.8764 0.000 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR1331130     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015     3  0.0000     0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470798     3  0.0000     0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614179      2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474863     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813560      2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312187     4  0.0000     0.8903 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420960     3  0.0609     0.9225 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1355102     3  0.0000     0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084577     3  0.0609     0.9225 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR659971      2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350855     4  0.3534     0.6465 0.000 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR820779      3  0.0000     0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476300     3  0.0000     0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090907     4  0.0000     0.8903 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662294      2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480789     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336263     4  0.3534     0.6465 0.000 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR660776      1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615563      5  0.0000     0.8651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1101175     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1431205     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339856     2  0.2280     0.8724 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR1352147     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808968      1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419      2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402391     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609      2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2167857     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398752     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416955     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659001      4  0.0963     0.8687 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR2170696     5  0.0000     0.8651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR816589      2  0.4242     0.2363 0.000 0.572 0.428 0.000 0.000
#> SRR1087487     2  0.4307    -0.0154 0.000 0.504 0.496 0.000 0.000
#> SRR1329485     3  0.0000     0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816920      4  0.2230     0.7970 0.000 0.000 0.000 0.884 0.116
#> SRR1341432     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590     5  0.0000     0.8651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR817046      3  0.0000     0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471331     3  0.2561     0.7795 0.000 0.144 0.856 0.000 0.000
#> SRR660788      5  0.0000     0.8651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR819234      1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853      2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809427      2  0.4192     0.3003 0.000 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR2170217     5  0.0000     0.8651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1386967     3  0.1608     0.8704 0.000 0.072 0.928 0.000 0.000
#> SRR1420344     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334535     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503      2  0.3074     0.7501 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR602564      2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420669     5  0.3932     0.4191 0.000 0.000 0.000 0.328 0.672
#> SRR819024      3  0.0000     0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656223      2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608428      2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345647     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361368     2  0.2280     0.8724 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR1322619     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349276     4  0.3534     0.6465 0.000 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR1404024     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452631     5  0.0000     0.8651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR608392      2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357757     3  0.0000     0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074646     4  0.2648     0.7638 0.000 0.000 0.000 0.848 0.152
#> SRR1367499     3  0.2280     0.8134 0.000 0.120 0.880 0.000 0.000
#> SRR1343501     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394406     3  0.0000     0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381435     2  0.0609     0.9528 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1467407     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380270     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091817     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440137     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614311      4  0.0290     0.8826 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1407516     2  0.1851     0.9022 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR815494      3  0.0000     0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333209     4  0.0000     0.8903 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615177      5  0.0162     0.8643 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1099648     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659720      2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2185057     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468      5  0.3876     0.5889 0.316 0.000 0.000 0.000 0.684
#> SRR660042      5  0.1043     0.8550 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR2170864     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440491     2  0.2280     0.8724 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR1440852     3  0.0000     0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811169      1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311     4  0.0000     0.8903 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR818009      1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498313     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441975     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819096      1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489116     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354138     3  0.1270     0.8916 0.000 0.052 0.948 0.000 0.000
#> SRR1490589     3  0.0000     0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1412987     5  0.1121     0.8531 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR602034      3  0.0000     0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353437     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871     3  0.4300     0.1488 0.000 0.476 0.524 0.000 0.000
#> SRR661577      4  0.3684     0.4728 0.000 0.280 0.000 0.720 0.000
#> SRR612190      4  0.5415     0.2742 0.000 0.064 0.384 0.552 0.000
#> SRR1399880     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787     4  0.0000     0.8903 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR657869      1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039      1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141     3  0.0290     0.9320 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1476697     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538     4  0.0000     0.8903 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331422     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859      3  0.0000     0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097594     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419     3  0.2690     0.7618 0.000 0.156 0.844 0.000 0.000
#> SRR1336706     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472976     4  0.0000     0.8903 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321307     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493      1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461      3  0.0000     0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477149     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457397     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661913      3  0.0000     0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069024     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2165634     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722     3  0.0000     0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328642     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488261     3  0.3143     0.7102 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1318815     5  0.0794     0.8588 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR816945      1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432     1  0.0794     0.9684 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1359280     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313910     2  0.1792     0.9057 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR1457315     4  0.0000     0.8903 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR815398      1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958      3  0.2377     0.8020 0.000 0.128 0.872 0.000 0.000
#> SRR600688      2  0.1792     0.9059 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR1098952     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916     3  0.0000     0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614167      3  0.0000     0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348114     2  0.2280     0.8724 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR658033      2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1077503     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661854      3  0.2020     0.8408 0.000 0.100 0.900 0.000 0.000
#> SRR811379      4  0.0000     0.8903 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318857     2  0.1544     0.9189 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR656445      2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433044     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486391     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071      5  0.0000     0.8651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1364824     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745      2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601038      2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360080     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868      3  0.0000     0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485997     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560     4  0.2179     0.8014 0.000 0.000 0.000 0.888 0.112
#> SRR1333330     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513      3  0.4249     0.2656 0.000 0.000 0.568 0.000 0.432
#> SRR1328407     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602784      2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348468     5  0.0000     0.8651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR663717      4  0.0000     0.8903 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR602217      2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603140      3  0.0000     0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340804     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574     3  0.0000     0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333462     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1094601     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610     4  0.2179     0.8014 0.000 0.000 0.000 0.888 0.112
#> SRR1435833     4  0.0000     0.8903 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398728     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358343     5  0.3534     0.6526 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744
#> SRR1410890     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350371     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099260     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433576     2  0.2179     0.8802 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1345541     3  0.0000     0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086328     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391      3  0.0000     0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476207     3  0.0000     0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR627435      2  0.0162     0.9663 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1489862     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191     3  0.0000     0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490115     3  0.0000     0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377714     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819394      1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161      5  0.1270     0.8477 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948
#> SRR607042      2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656203      2  0.2280     0.8724 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR660602      2  0.0609     0.9528 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1440397     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233      1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249      2  0.1792     0.9057 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR661242      2  0.2280     0.8724 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR1332007     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809619      2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819975      1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281      2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662366      3  0.0000     0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317898     3  0.0000     0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382485     4  0.0000     0.8903 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2166420     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541     3  0.0000     0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817444      2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320403     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101483     2  0.1732     0.9091 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1331684     3  0.0162     0.9349 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1400054     5  0.0000     0.8651 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406088     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820733      5  0.0404     0.8577 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1314113     5  0.2929     0.7304 0.180 0.000 0.000 0.000 0.820
#> SRR1382615     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480745     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656782      3  0.0000     0.9376 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR821364      1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295      2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357103     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809185      2  0.2280     0.8724 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR811583      2  0.2230     0.8764 0.000 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR1468050     1  0.0000     0.9997 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224     2  0.0000     0.9695 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR1500170     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402368     3  0.3727     0.3560 0.000 0.000 0.612 0.000 0.388 0.000
#> SRR607743      2  0.1814     0.8218 0.000 0.900 0.100 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457375     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470923     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954      1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259      1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785     3  0.3695     0.3798 0.000 0.000 0.624 0.000 0.376 0.000
#> SRR814768      1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1363611     4  0.3756     0.4146 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000 0.000
#> SRR1468447     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071931     4  0.3706     0.5090 0.000 0.380 0.000 0.620 0.000 0.000
#> SRR810981      1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299      2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663585      3  0.0713     0.8481 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326773     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351166     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477452     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720     3  0.0713     0.8481 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420320     4  0.0000     0.5432 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081712     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318241     3  0.3727     0.3534 0.000 0.000 0.612 0.000 0.388 0.000
#> SRR1333718     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313514     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477861     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318005     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354665     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657707      3  0.3717     0.3625 0.000 0.000 0.616 0.000 0.384 0.000
#> SRR1370742     3  0.0000     0.8608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1412947     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661553      4  0.0260     0.5375 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1328869     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211      2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348181     3  0.0000     0.8608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416560     3  0.0000     0.8608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319772     3  0.1265     0.8351 0.000 0.008 0.948 0.000 0.044 0.000
#> SRR1091452     4  0.3659     0.5227 0.000 0.364 0.000 0.636 0.000 0.000
#> SRR1338812     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814844      6  0.1444     0.7150 0.072 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928
#> SRR1376619     3  0.0146     0.8598 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR603690      2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184980     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613963      6  0.1556     0.7125 0.080 0.000 0.000 0.000 0.000 0.920
#> SRR1323422     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673     3  0.3620     0.3106 0.000 0.352 0.648 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434650     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659875      2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465734     3  0.2597     0.6331 0.000 0.176 0.824 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076847     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415072     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319      2  0.3774     0.2848 0.000 0.592 0.408 0.000 0.000 0.000
#> SRR663088      1  0.0260     0.9763 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1352021     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935      4  0.0000     0.5432 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352530     3  0.1075     0.8289 0.000 0.048 0.952 0.000 0.000 0.000
#> SRR662594      3  0.0000     0.8608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095309     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647      3  0.1075     0.8291 0.000 0.048 0.952 0.000 0.000 0.000
#> SRR813019      2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374647     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603472      2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661529      4  0.7346    -0.1603 0.000 0.000 0.252 0.384 0.240 0.124
#> SRR607018      2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627423      4  0.4108     0.3130 0.000 0.000 0.008 0.704 0.028 0.260
#> SRR654921      6  0.2178     0.6799 0.132 0.000 0.000 0.000 0.000 0.868
#> SRR1418968     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871      3  0.0000     0.8608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330522     3  0.0000     0.8608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499958     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614059      6  0.3266     0.6141 0.000 0.000 0.000 0.000 0.272 0.728
#> SRR1071403     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440421     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310412     3  0.3266     0.5639 0.000 0.000 0.728 0.000 0.272 0.000
#> SRR614767      2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820709      1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093      2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088168     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418707     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354291     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2165806     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684     4  0.0000     0.5432 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433860     3  0.3647     0.2706 0.000 0.360 0.640 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311062     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360359     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385      3  0.0865     0.8416 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR615407      2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413892     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443459     2  0.3390     0.4642 0.000 0.704 0.000 0.296 0.000 0.000
#> SRR1338942     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480      2  0.3409     0.5055 0.000 0.700 0.300 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399433     4  0.2048     0.5328 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000 0.000
#> SRR818537      2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101324     6  0.3390     0.5282 0.296 0.000 0.000 0.000 0.000 0.704
#> SRR807637      1  0.4758     0.0181 0.476 0.000 0.000 0.000 0.476 0.048
#> SRR1091918     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300      6  0.3547     0.6000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.332 0.668
#> SRR1085426     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813891      1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658742      6  0.3804     0.3682 0.424 0.000 0.000 0.000 0.000 0.576
#> SRR1419234     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603496      2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407758     3  0.0937     0.8378 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000 0.000
#> SRR810945      2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817234      2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444852     3  0.0000     0.8608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660378      2  0.2527     0.7249 0.000 0.832 0.168 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467835     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338964     3  0.3747     0.3343 0.000 0.000 0.604 0.000 0.396 0.000
#> SRR1079259     5  0.5596     0.3477 0.000 0.112 0.008 0.400 0.480 0.000
#> SRR1072345     3  0.3765     0.3145 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR598725      3  0.0790     0.8443 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1447938     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460     4  0.0000     0.5432 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429468     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446850     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320363     3  0.0000     0.8608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413810     3  0.1204     0.8189 0.000 0.056 0.944 0.000 0.000 0.000
#> SRR598831      2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381865     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957      3  0.0000     0.8608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1491332     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099744     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464618     4  0.0000     0.5432 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414559     1  0.3862    -0.0800 0.524 0.000 0.000 0.000 0.000 0.476
#> SRR1337540     1  0.1462     0.9173 0.936 0.000 0.000 0.000 0.056 0.008
#> SRR1444283     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942     3  0.0000     0.8608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660295      1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335      3  0.1007     0.8338 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR1363742     2  0.3499     0.4785 0.000 0.680 0.320 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345847     2  0.3330     0.4922 0.000 0.716 0.000 0.284 0.000 0.000
#> SRR614960      6  0.3684     0.5876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.372 0.628
#> SRR819919      1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330      2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327951     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266     4  0.3659     0.5227 0.000 0.364 0.000 0.636 0.000 0.000
#> SRR1338055     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430157     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320137     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1093483     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913     3  0.0790     0.8443 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR2170490     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845     4  0.5134     0.4331 0.000 0.228 0.152 0.620 0.000 0.000
#> SRR1436420     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662282      2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487089     6  0.0000     0.7132 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1075683     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880     4  0.3717     0.5043 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000 0.000
#> SRR1453456     3  0.0547     0.8532 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457895     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658633      2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388081     4  0.3706     0.5090 0.000 0.380 0.000 0.620 0.000 0.000
#> SRR813339      3  0.0000     0.8608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809725      1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441      2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613603      5  0.3862    -0.0177 0.000 0.000 0.476 0.000 0.524 0.000
#> SRR1096571     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392701     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693     4  0.3717     0.5041 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000 0.000
#> SRR660697      4  0.3659     0.5227 0.000 0.364 0.000 0.636 0.000 0.000
#> SRR1489926     3  0.0865     0.8417 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR811491      3  0.0000     0.8608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311644     6  0.3797     0.3795 0.420 0.000 0.000 0.000 0.000 0.580
#> SRR1451740     3  0.0000     0.8608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615117      2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391748     6  0.2733     0.6849 0.000 0.000 0.000 0.056 0.080 0.864
#> SRR1466556     3  0.0865     0.8421 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR614972      3  0.0000     0.8608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406200     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210      4  0.2491     0.3665 0.000 0.000 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR662174      1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988      1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236      4  0.0717     0.5269 0.000 0.000 0.016 0.976 0.008 0.000
#> SRR1312598     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330129     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357781     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315517     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400032     3  0.0000     0.8608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413722     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827      3  0.0000     0.8608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814794      1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430      1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509     4  0.4563    -0.1175 0.000 0.000 0.000 0.604 0.348 0.048
#> SRR808728      2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070813     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389133     6  0.3547     0.6000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.332 0.668
#> SRR601263      3  0.3634     0.4214 0.000 0.000 0.644 0.000 0.356 0.000
#> SRR604718      4  0.2527     0.3622 0.000 0.000 0.000 0.832 0.168 0.000
#> SRR1481351     2  0.3789     0.2556 0.000 0.584 0.416 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334608     2  0.3737     0.3209 0.000 0.608 0.392 0.000 0.000 0.000
#> SRR658681      2  0.1327     0.8674 0.000 0.936 0.064 0.000 0.000 0.000
#> SRR809283      6  0.1556     0.7047 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080 0.920
#> SRR1459300     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811049      3  0.3765     0.3145 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR1464835     6  0.0000     0.7132 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339619     2  0.3446     0.4319 0.000 0.692 0.000 0.308 0.000 0.000
#> SRR658501      3  0.0000     0.8608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447523     3  0.2219     0.7599 0.000 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR1415048     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348     4  0.3659     0.5227 0.000 0.364 0.000 0.636 0.000 0.000
#> SRR603890      2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810595      3  0.2996     0.5328 0.000 0.228 0.772 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446244     4  0.3371     0.5304 0.000 0.292 0.000 0.708 0.000 0.000
#> SRR817373      2  0.3499     0.3992 0.000 0.680 0.000 0.320 0.000 0.000
#> SRR1457291     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598220      2  0.0260     0.9320 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1477991     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598172      2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349032     4  0.0713     0.5439 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR604002      2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378026     2  0.3672     0.3742 0.000 0.632 0.368 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404401     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333240     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1089399     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603421      2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812562      1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520      2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811839      1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317      2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436763     6  0.4736     0.3836 0.396 0.000 0.000 0.000 0.052 0.552
#> SRR1486021     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465018     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1080998     3  0.4159     0.3017 0.000 0.016 0.588 0.000 0.396 0.000
#> SRR1083432     3  0.0547     0.8532 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082833     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536     3  0.0000     0.8608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614011      2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365873     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498789     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601581      4  0.0000     0.5432 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603566      2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1373981     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410      2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076511     1  0.0146     0.9807 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR614143      3  0.3515     0.3586 0.000 0.324 0.676 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333570     3  0.3266     0.5639 0.000 0.000 0.728 0.000 0.272 0.000
#> SRR1366813     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388746     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558     6  0.3428     0.6070 0.000 0.000 0.000 0.000 0.304 0.696
#> SRR1409510     3  0.0000     0.8608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816250      2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614131      4  0.3706     0.5090 0.000 0.380 0.000 0.620 0.000 0.000
#> SRR1331130     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015     3  0.0000     0.8608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470798     3  0.0260     0.8585 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR614179      2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474863     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813560      2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312187     4  0.2562     0.3552 0.000 0.000 0.000 0.828 0.172 0.000
#> SRR1420960     3  0.0547     0.8532 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355102     3  0.0000     0.8608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084577     3  0.0547     0.8532 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR659971      2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350855     6  0.3893     0.6158 0.000 0.000 0.000 0.156 0.080 0.764
#> SRR820779      3  0.0000     0.8608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476300     3  0.0713     0.8469 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1090907     4  0.2697     0.3283 0.000 0.000 0.000 0.812 0.188 0.000
#> SRR662294      2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480789     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336263     6  0.4030     0.6016 0.000 0.000 0.000 0.172 0.080 0.748
#> SRR660776      1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615563      6  0.3515     0.5793 0.000 0.000 0.000 0.000 0.324 0.676
#> SRR1101175     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1431205     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339856     4  0.3659     0.5227 0.000 0.364 0.000 0.636 0.000 0.000
#> SRR1352147     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808968      1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419      2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402391     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609      2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2167857     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398752     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416955     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064     2  0.2454     0.7374 0.000 0.840 0.000 0.160 0.000 0.000
#> SRR659001      5  0.4538     0.4722 0.000 0.000 0.000 0.340 0.612 0.048
#> SRR2170696     6  0.3446     0.5964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.308 0.692
#> SRR816589      2  0.3860     0.0710 0.000 0.528 0.472 0.000 0.000 0.000
#> SRR1087487     3  0.2823     0.5689 0.000 0.204 0.796 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329485     3  0.0000     0.8608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816920      5  0.3974     0.4851 0.000 0.000 0.000 0.224 0.728 0.048
#> SRR1341432     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590     6  0.0000     0.7132 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR817046      3  0.0000     0.8608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471331     3  0.0937     0.8378 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000 0.000
#> SRR660788      5  0.3531     0.1341 0.000 0.000 0.000 0.000 0.672 0.328
#> SRR819234      1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853      2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809427      5  0.5660     0.2426 0.000 0.308 0.000 0.180 0.512 0.000
#> SRR2170217     6  0.2340     0.6822 0.000 0.000 0.000 0.000 0.148 0.852
#> SRR1386967     3  0.0865     0.8416 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420344     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334535     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503      5  0.5631     0.2205 0.000 0.324 0.000 0.168 0.508 0.000
#> SRR602564      2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420669     6  0.3735     0.6421 0.000 0.000 0.000 0.124 0.092 0.784
#> SRR819024      3  0.0000     0.8608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656223      2  0.2260     0.7726 0.000 0.860 0.140 0.000 0.000 0.000
#> SRR608428      2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345647     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361368     2  0.3838    -0.0761 0.000 0.552 0.000 0.448 0.000 0.000
#> SRR1322619     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349276     6  0.4030     0.6016 0.000 0.000 0.000 0.172 0.080 0.748
#> SRR1404024     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452631     6  0.0000     0.7132 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR608392      2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357757     3  0.0146     0.8596 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1074646     6  0.5630     0.3830 0.000 0.000 0.000 0.232 0.228 0.540
#> SRR1367499     3  0.3050     0.5253 0.000 0.236 0.764 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343501     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394406     3  0.3405     0.5584 0.000 0.000 0.724 0.004 0.272 0.000
#> SRR1381435     2  0.2135     0.7834 0.000 0.872 0.128 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467407     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380270     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091817     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440137     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614311      4  0.0146     0.5442 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1407516     2  0.3592     0.3272 0.000 0.656 0.000 0.344 0.000 0.000
#> SRR815494      3  0.0000     0.8608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333209     4  0.0000     0.5432 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615177      6  0.3592     0.5558 0.000 0.000 0.000 0.000 0.344 0.656
#> SRR1099648     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659720      2  0.1267     0.8721 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000 0.000
#> SRR2185057     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468      1  0.4264    -0.1763 0.496 0.000 0.000 0.000 0.016 0.488
#> SRR660042      6  0.4701     0.6195 0.128 0.000 0.000 0.000 0.192 0.680
#> SRR2170864     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440491     4  0.3659     0.5227 0.000 0.364 0.000 0.636 0.000 0.000
#> SRR1440852     3  0.0000     0.8608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811169      1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311     4  0.0000     0.5432 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR818009      1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498313     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441975     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819096      1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679     2  0.0146     0.9365 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1489116     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354138     3  0.0790     0.8449 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490589     5  0.3647     0.2435 0.000 0.000 0.360 0.000 0.640 0.000
#> SRR1412987     6  0.1556     0.7126 0.080 0.000 0.000 0.000 0.000 0.920
#> SRR602034      3  0.0000     0.8608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353437     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871     2  0.4306     0.3404 0.000 0.624 0.344 0.000 0.032 0.000
#> SRR661577      5  0.5178     0.3057 0.000 0.088 0.000 0.424 0.488 0.000
#> SRR612190      4  0.3278     0.4138 0.000 0.040 0.152 0.808 0.000 0.000
#> SRR1399880     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787     5  0.3864     0.3821 0.000 0.000 0.000 0.480 0.520 0.000
#> SRR657869      1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039      1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141     3  0.0363     0.8569 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476697     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538     4  0.0000     0.5432 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331422     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859      5  0.3684     0.2155 0.000 0.000 0.372 0.000 0.628 0.000
#> SRR1097594     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419     3  0.1007     0.8338 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336706     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472976     4  0.1714     0.4600 0.000 0.000 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR1321307     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493      1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461      3  0.0000     0.8608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477149     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457397     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661913      3  0.3266     0.5639 0.000 0.000 0.728 0.000 0.272 0.000
#> SRR1069024     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2165634     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722     3  0.0000     0.8608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328642     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488261     3  0.5377     0.2770 0.000 0.000 0.572 0.000 0.272 0.156
#> SRR1318815     6  0.0865     0.7194 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR816945      1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432     1  0.2724     0.8266 0.864 0.000 0.000 0.000 0.052 0.084
#> SRR1359280     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313910     2  0.3409     0.4521 0.000 0.700 0.000 0.300 0.000 0.000
#> SRR1457315     4  0.0000     0.5432 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR815398      1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958      3  0.1007     0.8336 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR600688      2  0.3866    -0.2097 0.000 0.516 0.000 0.484 0.000 0.000
#> SRR1098952     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916     3  0.0000     0.8608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614167      3  0.0632     0.8492 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1348114     4  0.3464     0.5282 0.000 0.312 0.000 0.688 0.000 0.000
#> SRR658033      2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1077503     2  0.0260     0.9316 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR661854      3  0.0632     0.8508 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000 0.000
#> SRR811379      4  0.0000     0.5432 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318857     2  0.2135     0.7854 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000 0.000
#> SRR656445      2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433044     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486391     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071      6  0.3684     0.5876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.372 0.628
#> SRR1364824     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745      2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601038      2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360080     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868      5  0.3390     0.3724 0.000 0.000 0.296 0.000 0.704 0.000
#> SRR1485997     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560     5  0.4524     0.4735 0.000 0.000 0.000 0.336 0.616 0.048
#> SRR1333330     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513      5  0.0260     0.3768 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1328407     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602784      2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348468     6  0.0260     0.7129 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR663717      4  0.0000     0.5432 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602217      2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603140      3  0.3634     0.4215 0.000 0.000 0.644 0.000 0.356 0.000
#> SRR1340804     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574     3  0.0000     0.8608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333462     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1094601     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610     5  0.4122     0.4916 0.000 0.000 0.000 0.248 0.704 0.048
#> SRR1435833     4  0.0146     0.5409 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1398728     2  0.0146     0.9361 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1358343     6  0.3351     0.5364 0.288 0.000 0.000 0.000 0.000 0.712
#> SRR1410890     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350371     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099260     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433576     2  0.3854    -0.1416 0.000 0.536 0.000 0.464 0.000 0.000
#> SRR1345541     3  0.3373     0.5903 0.000 0.000 0.744 0.008 0.248 0.000
#> SRR1086328     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391      3  0.0000     0.8608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476207     3  0.3747     0.3343 0.000 0.000 0.604 0.000 0.396 0.000
#> SRR627435      2  0.4261     0.2374 0.000 0.572 0.408 0.020 0.000 0.000
#> SRR1489862     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191     3  0.0790     0.8443 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1490115     3  0.0000     0.8608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1377714     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819394      1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161      6  0.2048     0.6895 0.120 0.000 0.000 0.000 0.000 0.880
#> SRR607042      2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656203      4  0.3868     0.2695 0.000 0.496 0.000 0.504 0.000 0.000
#> SRR660602      2  0.2178     0.7780 0.000 0.868 0.132 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440397     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233      1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249      2  0.3351     0.4821 0.000 0.712 0.000 0.288 0.000 0.000
#> SRR661242      4  0.3695     0.5127 0.000 0.376 0.000 0.624 0.000 0.000
#> SRR1332007     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809619      2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819975      1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281      2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662366      3  0.0000     0.8608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317898     3  0.0000     0.8608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382485     4  0.0000     0.5432 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2166420     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541     3  0.0000     0.8608 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817444      2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320403     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101483     2  0.3309     0.5020 0.000 0.720 0.000 0.280 0.000 0.000
#> SRR1331684     3  0.1075     0.8299 0.000 0.048 0.952 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400054     6  0.2135     0.6990 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128 0.872
#> SRR1406088     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820733      6  0.2536     0.6903 0.000 0.000 0.000 0.020 0.116 0.864
#> SRR1314113     6  0.3409     0.5240 0.300 0.000 0.000 0.000 0.000 0.700
#> SRR1382615     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480745     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656782      3  0.2969     0.6435 0.000 0.000 0.776 0.000 0.224 0.000
#> SRR821364      1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295      2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357103     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809185      4  0.3659     0.5227 0.000 0.364 0.000 0.636 0.000 0.000
#> SRR811583      4  0.3647     0.5235 0.000 0.360 0.000 0.640 0.000 0.000
#> SRR1468050     1  0.0000     0.9846 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224     2  0.0000     0.9403 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk ATC-skmeans-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-skmeans-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-skmeans-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-skmeans-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-skmeans-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-skmeans-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk ATC-skmeans-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


ATC:pam*

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["ATC", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:pam"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 17314 rows and 500 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#>   Subgroups are detected by 'pam' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 6.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk ATC-pam-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk ATC-pam-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 1.000           1.000       1.000         0.3577 0.643   0.643
#> 3 3 0.991           0.950       0.979         0.8121 0.709   0.547
#> 4 4 0.912           0.900       0.960         0.1408 0.853   0.613
#> 5 5 0.837           0.793       0.884         0.0605 0.901   0.656
#> 6 6 0.926           0.867       0.939         0.0458 0.900   0.593

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 6
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3 4

There is also optional best \(k\) = 2 3 4 that is worth to check.

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>            class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1500170     2       0          1  0  1
#> SRR1402368     2       0          1  0  1
#> SRR607743      2       0          1  0  1
#> SRR1457375     2       0          1  0  1
#> SRR1470923     1       0          1  1  0
#> SRR817954      1       0          1  1  0
#> SRR809259      1       0          1  1  0
#> SRR1439785     2       0          1  0  1
#> SRR814768      1       0          1  1  0
#> SRR1102031     2       0          1  0  1
#> SRR1363611     2       0          1  0  1
#> SRR1468447     2       0          1  0  1
#> SRR1071931     2       0          1  0  1
#> SRR810981      1       0          1  1  0
#> SRR615299      2       0          1  0  1
#> SRR663585      2       0          1  0  1
#> SRR1326773     2       0          1  0  1
#> SRR1351166     2       0          1  0  1
#> SRR1477452     1       0          1  1  0
#> SRR1084720     2       0          1  0  1
#> SRR1420320     2       0          1  0  1
#> SRR1081712     2       0          1  0  1
#> SRR1318241     2       0          1  0  1
#> SRR1333718     2       0          1  0  1
#> SRR1313514     2       0          1  0  1
#> SRR1477861     2       0          1  0  1
#> SRR1318005     2       0          1  0  1
#> SRR1354665     2       0          1  0  1
#> SRR657707      2       0          1  0  1
#> SRR1370742     2       0          1  0  1
#> SRR1412947     2       0          1  0  1
#> SRR661553      2       0          1  0  1
#> SRR1328869     1       0          1  1  0
#> SRR662211      2       0          1  0  1
#> SRR1348181     2       0          1  0  1
#> SRR1416560     2       0          1  0  1
#> SRR1319772     2       0          1  0  1
#> SRR1091452     2       0          1  0  1
#> SRR1338812     1       0          1  1  0
#> SRR1392072     2       0          1  0  1
#> SRR814844      2       0          1  0  1
#> SRR1376619     2       0          1  0  1
#> SRR603690      2       0          1  0  1
#> SRR2184980     2       0          1  0  1
#> SRR613963      2       0          1  0  1
#> SRR1323422     1       0          1  1  0
#> SRR1397673     2       0          1  0  1
#> SRR1434650     2       0          1  0  1
#> SRR659875      2       0          1  0  1
#> SRR1465734     2       0          1  0  1
#> SRR1076847     2       0          1  0  1
#> SRR1415072     1       0          1  1  0
#> SRR659319      2       0          1  0  1
#> SRR663088      2       0          1  0  1
#> SRR1352021     1       0          1  1  0
#> SRR1325527     1       0          1  1  0
#> SRR1105369     1       0          1  1  0
#> SRR659935      2       0          1  0  1
#> SRR1352530     2       0          1  0  1
#> SRR662594      2       0          1  0  1
#> SRR1095309     1       0          1  1  0
#> SRR615647      2       0          1  0  1
#> SRR813019      2       0          1  0  1
#> SRR1374647     2       0          1  0  1
#> SRR603472      2       0          1  0  1
#> SRR661529      2       0          1  0  1
#> SRR607018      2       0          1  0  1
#> SRR627423      2       0          1  0  1
#> SRR654921      2       0          1  0  1
#> SRR1418968     1       0          1  1  0
#> SRR660871      2       0          1  0  1
#> SRR1330522     2       0          1  0  1
#> SRR1499958     2       0          1  0  1
#> SRR614059      2       0          1  0  1
#> SRR1071403     1       0          1  1  0
#> SRR1486719     2       0          1  0  1
#> SRR1440421     2       0          1  0  1
#> SRR1310412     2       0          1  0  1
#> SRR614767      2       0          1  0  1
#> SRR820709      1       0          1  1  0
#> SRR1471500     1       0          1  1  0
#> SRR658093      2       0          1  0  1
#> SRR1088168     2       0          1  0  1
#> SRR1418707     2       0          1  0  1
#> SRR1354291     2       0          1  0  1
#> SRR2165806     1       0          1  1  0
#> SRR1415684     2       0          1  0  1
#> SRR1433860     2       0          1  0  1
#> SRR1311062     2       0          1  0  1
#> SRR1360359     1       0          1  1  0
#> SRR661385      2       0          1  0  1
#> SRR615407      2       0          1  0  1
#> SRR1413892     2       0          1  0  1
#> SRR1443459     2       0          1  0  1
#> SRR1338942     1       0          1  1  0
#> SRR657480      2       0          1  0  1
#> SRR1399433     2       0          1  0  1
#> SRR818537      2       0          1  0  1
#> SRR1101324     2       0          1  0  1
#> SRR807637      2       0          1  0  1
#> SRR1091918     1       0          1  1  0
#> SRR598300      2       0          1  0  1
#> SRR1085426     1       0          1  1  0
#> SRR1376294     2       0          1  0  1
#> SRR813891      1       0          1  1  0
#> SRR1467431     2       0          1  0  1
#> SRR658742      2       0          1  0  1
#> SRR1419234     1       0          1  1  0
#> SRR1404813     2       0          1  0  1
#> SRR603496      2       0          1  0  1
#> SRR1407758     2       0          1  0  1
#> SRR810945      2       0          1  0  1
#> SRR817234      2       0          1  0  1
#> SRR1444852     2       0          1  0  1
#> SRR660378      2       0          1  0  1
#> SRR1467835     2       0          1  0  1
#> SRR1338964     2       0          1  0  1
#> SRR1079259     2       0          1  0  1
#> SRR1072345     2       0          1  0  1
#> SRR598725      2       0          1  0  1
#> SRR1447938     1       0          1  1  0
#> SRR1356397     1       0          1  1  0
#> SRR1360460     2       0          1  0  1
#> SRR1429468     2       0          1  0  1
#> SRR1446850     2       0          1  0  1
#> SRR1320363     2       0          1  0  1
#> SRR1413810     2       0          1  0  1
#> SRR598831      2       0          1  0  1
#> SRR1381865     1       0          1  1  0
#> SRR660957      2       0          1  0  1
#> SRR1491332     2       0          1  0  1
#> SRR1099744     2       0          1  0  1
#> SRR1464618     2       0          1  0  1
#> SRR1414559     2       0          1  0  1
#> SRR1337540     2       0          1  0  1
#> SRR1444283     1       0          1  1  0
#> SRR2184942     2       0          1  0  1
#> SRR660295      1       0          1  1  0
#> SRR601335      2       0          1  0  1
#> SRR1363742     2       0          1  0  1
#> SRR1345847     2       0          1  0  1
#> SRR614960      2       0          1  0  1
#> SRR819919      1       0          1  1  0
#> SRR603330      2       0          1  0  1
#> SRR1327951     1       0          1  1  0
#> SRR1401885     1       0          1  1  0
#> SRR1345266     2       0          1  0  1
#> SRR1338055     2       0          1  0  1
#> SRR1430157     2       0          1  0  1
#> SRR1320137     2       0          1  0  1
#> SRR1093483     1       0          1  1  0
#> SRR1341080     1       0          1  1  0
#> SRR1459913     2       0          1  0  1
#> SRR2170490     1       0          1  1  0
#> SRR1479845     2       0          1  0  1
#> SRR1436420     1       0          1  1  0
#> SRR1481060     2       0          1  0  1
#> SRR662282      2       0          1  0  1
#> SRR1487089     2       0          1  0  1
#> SRR1075683     1       0          1  1  0
#> SRR1338536     1       0          1  1  0
#> SRR1338880     2       0          1  0  1
#> SRR1453456     2       0          1  0  1
#> SRR1457895     1       0          1  1  0
#> SRR1440603     2       0          1  0  1
#> SRR658633      2       0          1  0  1
#> SRR1388081     2       0          1  0  1
#> SRR813339      2       0          1  0  1
#> SRR809725      1       0          1  1  0
#> SRR627441      2       0          1  0  1
#> SRR613603      2       0          1  0  1
#> SRR1096571     2       0          1  0  1
#> SRR1392701     1       0          1  1  0
#> SRR1344326     1       0          1  1  0
#> SRR1367693     2       0          1  0  1
#> SRR660697      2       0          1  0  1
#> SRR1489926     2       0          1  0  1
#> SRR811491      2       0          1  0  1
#> SRR1311644     2       0          1  0  1
#> SRR1451740     2       0          1  0  1
#> SRR615117      2       0          1  0  1
#> SRR1391748     2       0          1  0  1
#> SRR1466556     2       0          1  0  1
#> SRR614972      2       0          1  0  1
#> SRR1406200     1       0          1  1  0
#> SRR819210      2       0          1  0  1
#> SRR662174      1       0          1  1  0
#> SRR811988      1       0          1  1  0
#> SRR663236      2       0          1  0  1
#> SRR1312598     2       0          1  0  1
#> SRR1330129     2       0          1  0  1
#> SRR1357781     2       0          1  0  1
#> SRR1315517     2       0          1  0  1
#> SRR1400032     2       0          1  0  1
#> SRR1413722     1       0          1  1  0
#> SRR612827      2       0          1  0  1
#> SRR814794      1       0          1  1  0
#> SRR819430      1       0          1  1  0
#> SRR1395509     2       0          1  0  1
#> SRR808728      2       0          1  0  1
#> SRR1070813     2       0          1  0  1
#> SRR1389133     2       0          1  0  1
#> SRR601263      2       0          1  0  1
#> SRR604718      2       0          1  0  1
#> SRR1481351     2       0          1  0  1
#> SRR1334608     2       0          1  0  1
#> SRR658681      2       0          1  0  1
#> SRR809283      2       0          1  0  1
#> SRR1459300     1       0          1  1  0
#> SRR1392547     2       0          1  0  1
#> SRR811049      2       0          1  0  1
#> SRR1464835     2       0          1  0  1
#> SRR1339619     2       0          1  0  1
#> SRR658501      2       0          1  0  1
#> SRR1447523     2       0          1  0  1
#> SRR1415048     1       0          1  1  0
#> SRR1355451     1       0          1  1  0
#> SRR1444348     2       0          1  0  1
#> SRR603890      2       0          1  0  1
#> SRR810595      2       0          1  0  1
#> SRR1446244     2       0          1  0  1
#> SRR817373      2       0          1  0  1
#> SRR1457291     2       0          1  0  1
#> SRR598220      2       0          1  0  1
#> SRR1477991     2       0          1  0  1
#> SRR598172      2       0          1  0  1
#> SRR1349032     2       0          1  0  1
#> SRR604002      2       0          1  0  1
#> SRR1378026     2       0          1  0  1
#> SRR1404401     2       0          1  0  1
#> SRR1333240     2       0          1  0  1
#> SRR1089399     2       0          1  0  1
#> SRR603421      2       0          1  0  1
#> SRR812562      1       0          1  1  0
#> SRR808520      2       0          1  0  1
#> SRR811839      1       0          1  1  0
#> SRR814317      2       0          1  0  1
#> SRR1436763     2       0          1  0  1
#> SRR1486021     2       0          1  0  1
#> SRR1465018     2       0          1  0  1
#> SRR1080998     2       0          1  0  1
#> SRR1083432     2       0          1  0  1
#> SRR1082833     1       0          1  1  0
#> SRR1465804     1       0          1  1  0
#> SRR1326536     2       0          1  0  1
#> SRR614011      2       0          1  0  1
#> SRR1365873     2       0          1  0  1
#> SRR1498789     2       0          1  0  1
#> SRR601581      2       0          1  0  1
#> SRR603566      2       0          1  0  1
#> SRR1373981     1       0          1  1  0
#> SRR821410      2       0          1  0  1
#> SRR1076511     2       0          1  0  1
#> SRR614143      2       0          1  0  1
#> SRR1333570     2       0          1  0  1
#> SRR1366813     2       0          1  0  1
#> SRR1388746     1       0          1  1  0
#> SRR1420558     2       0          1  0  1
#> SRR1409510     2       0          1  0  1
#> SRR816250      2       0          1  0  1
#> SRR614131      2       0          1  0  1
#> SRR1331130     1       0          1  1  0
#> SRR1316015     2       0          1  0  1
#> SRR1470798     2       0          1  0  1
#> SRR614179      2       0          1  0  1
#> SRR1474863     2       0          1  0  1
#> SRR813560      2       0          1  0  1
#> SRR1312187     2       0          1  0  1
#> SRR1420960     2       0          1  0  1
#> SRR1355102     2       0          1  0  1
#> SRR1084577     2       0          1  0  1
#> SRR659971      2       0          1  0  1
#> SRR1350855     2       0          1  0  1
#> SRR820779      2       0          1  0  1
#> SRR1476300     2       0          1  0  1
#> SRR1090907     2       0          1  0  1
#> SRR662294      2       0          1  0  1
#> SRR1480789     2       0          1  0  1
#> SRR1336263     2       0          1  0  1
#> SRR660776      1       0          1  1  0
#> SRR1090508     2       0          1  0  1
#> SRR615563      2       0          1  0  1
#> SRR1101175     1       0          1  1  0
#> SRR2164650     2       0          1  0  1
#> SRR1431205     2       0          1  0  1
#> SRR1339856     2       0          1  0  1
#> SRR1352147     2       0          1  0  1
#> SRR808968      1       0          1  1  0
#> SRR627419      2       0          1  0  1
#> SRR1402391     1       0          1  1  0
#> SRR663609      2       0          1  0  1
#> SRR2167857     2       0          1  0  1
#> SRR1398752     1       0          1  1  0
#> SRR1469169     1       0          1  1  0
#> SRR1405437     2       0          1  0  1
#> SRR1416955     1       0          1  1  0
#> SRR1317064     2       0          1  0  1
#> SRR659001      2       0          1  0  1
#> SRR2170696     2       0          1  0  1
#> SRR816589      2       0          1  0  1
#> SRR1087487     2       0          1  0  1
#> SRR1329485     2       0          1  0  1
#> SRR816920      2       0          1  0  1
#> SRR1341432     1       0          1  1  0
#> SRR1361590     2       0          1  0  1
#> SRR817046      2       0          1  0  1
#> SRR1471331     2       0          1  0  1
#> SRR660788      2       0          1  0  1
#> SRR819234      1       0          1  1  0
#> SRR810853      2       0          1  0  1
#> SRR809427      2       0          1  0  1
#> SRR2170217     2       0          1  0  1
#> SRR1386967     2       0          1  0  1
#> SRR1420344     2       0          1  0  1
#> SRR1334535     1       0          1  1  0
#> SRR614503      2       0          1  0  1
#> SRR602564      2       0          1  0  1
#> SRR1420669     2       0          1  0  1
#> SRR819024      2       0          1  0  1
#> SRR656223      2       0          1  0  1
#> SRR608428      2       0          1  0  1
#> SRR1345647     1       0          1  1  0
#> SRR1389324     2       0          1  0  1
#> SRR1361368     2       0          1  0  1
#> SRR1322619     2       0          1  0  1
#> SRR1349276     2       0          1  0  1
#> SRR1404024     1       0          1  1  0
#> SRR1370637     2       0          1  0  1
#> SRR1452631     2       0          1  0  1
#> SRR608392      2       0          1  0  1
#> SRR1357757     2       0          1  0  1
#> SRR1074646     2       0          1  0  1
#> SRR1367499     2       0          1  0  1
#> SRR1343501     2       0          1  0  1
#> SRR1394406     2       0          1  0  1
#> SRR1381435     2       0          1  0  1
#> SRR1467407     1       0          1  1  0
#> SRR1092422     2       0          1  0  1
#> SRR1380270     2       0          1  0  1
#> SRR1091817     2       0          1  0  1
#> SRR1440137     2       0          1  0  1
#> SRR614311      2       0          1  0  1
#> SRR1407516     2       0          1  0  1
#> SRR815494      2       0          1  0  1
#> SRR1333209     2       0          1  0  1
#> SRR615177      2       0          1  0  1
#> SRR1099648     2       0          1  0  1
#> SRR659720      2       0          1  0  1
#> SRR2185057     1       0          1  1  0
#> SRR1467125     1       0          1  1  0
#> SRR657468      2       0          1  0  1
#> SRR660042      2       0          1  0  1
#> SRR2170864     2       0          1  0  1
#> SRR1440491     2       0          1  0  1
#> SRR1440852     2       0          1  0  1
#> SRR811169      1       0          1  1  0
#> SRR1331311     2       0          1  0  1
#> SRR818009      1       0          1  1  0
#> SRR1351836     2       0          1  0  1
#> SRR1498313     2       0          1  0  1
#> SRR1441975     2       0          1  0  1
#> SRR819096      1       0          1  1  0
#> SRR1073679     2       0          1  0  1
#> SRR1489116     2       0          1  0  1
#> SRR1354138     2       0          1  0  1
#> SRR1490589     2       0          1  0  1
#> SRR1412987     2       0          1  0  1
#> SRR602034      2       0          1  0  1
#> SRR1353437     1       0          1  1  0
#> SRR1072871     2       0          1  0  1
#> SRR661577      2       0          1  0  1
#> SRR612190      2       0          1  0  1
#> SRR1399880     1       0          1  1  0
#> SRR1101787     2       0          1  0  1
#> SRR657869      1       0          1  1  0
#> SRR1446332     1       0          1  1  0
#> SRR816039      1       0          1  1  0
#> SRR1485141     2       0          1  0  1
#> SRR1476697     1       0          1  1  0
#> SRR1379538     2       0          1  0  1
#> SRR1331422     1       0          1  1  0
#> SRR660859      2       0          1  0  1
#> SRR1097594     1       0          1  1  0
#> SRR1311419     2       0          1  0  1
#> SRR1336706     2       0          1  0  1
#> SRR1472976     2       0          1  0  1
#> SRR1321307     1       0          1  1  0
#> SRR807493      1       0          1  1  0
#> SRR812461      2       0          1  0  1
#> SRR1477149     2       0          1  0  1
#> SRR1457397     2       0          1  0  1
#> SRR661913      2       0          1  0  1
#> SRR1069024     2       0          1  0  1
#> SRR2165634     1       0          1  1  0
#> SRR1478722     2       0          1  0  1
#> SRR1328642     2       0          1  0  1
#> SRR1488261     2       0          1  0  1
#> SRR1318815     2       0          1  0  1
#> SRR816945      1       0          1  1  0
#> SRR1367432     2       0          1  0  1
#> SRR1359280     2       0          1  0  1
#> SRR1313910     2       0          1  0  1
#> SRR1457315     2       0          1  0  1
#> SRR815398      1       0          1  1  0
#> SRR656958      2       0          1  0  1
#> SRR600688      2       0          1  0  1
#> SRR1098952     1       0          1  1  0
#> SRR1314916     2       0          1  0  1
#> SRR614167      2       0          1  0  1
#> SRR1348114     2       0          1  0  1
#> SRR658033      2       0          1  0  1
#> SRR1077503     2       0          1  0  1
#> SRR661854      2       0          1  0  1
#> SRR811379      2       0          1  0  1
#> SRR1318857     2       0          1  0  1
#> SRR656445      2       0          1  0  1
#> SRR1433044     2       0          1  0  1
#> SRR1486391     1       0          1  1  0
#> SRR656071      2       0          1  0  1
#> SRR1364824     1       0          1  1  0
#> SRR1379133     1       0          1  1  0
#> SRR1394169     1       0          1  1  0
#> SRR816745      2       0          1  0  1
#> SRR601038      2       0          1  0  1
#> SRR1360080     1       0          1  1  0
#> SRR814868      2       0          1  0  1
#> SRR1485997     1       0          1  1  0
#> SRR1435560     2       0          1  0  1
#> SRR1333330     1       0          1  1  0
#> SRR663513      2       0          1  0  1
#> SRR1328407     2       0          1  0  1
#> SRR602784      2       0          1  0  1
#> SRR1348468     2       0          1  0  1
#> SRR663717      2       0          1  0  1
#> SRR602217      2       0          1  0  1
#> SRR603140      2       0          1  0  1
#> SRR1340804     1       0          1  1  0
#> SRR1457574     2       0          1  0  1
#> SRR1333462     2       0          1  0  1
#> SRR1094601     1       0          1  1  0
#> SRR1434610     2       0          1  0  1
#> SRR1435833     2       0          1  0  1
#> SRR1398728     2       0          1  0  1
#> SRR1358343     2       0          1  0  1
#> SRR1410890     2       0          1  0  1
#> SRR1350371     1       0          1  1  0
#> SRR1392478     2       0          1  0  1
#> SRR1099260     2       0          1  0  1
#> SRR1433576     2       0          1  0  1
#> SRR1345541     2       0          1  0  1
#> SRR1086328     1       0          1  1  0
#> SRR810391      2       0          1  0  1
#> SRR1476207     2       0          1  0  1
#> SRR627435      2       0          1  0  1
#> SRR1489862     1       0          1  1  0
#> SRR1419086     1       0          1  1  0
#> SRR1436539     1       0          1  1  0
#> SRR1396191     2       0          1  0  1
#> SRR1490115     2       0          1  0  1
#> SRR1377714     2       0          1  0  1
#> SRR819394      1       0          1  1  0
#> SRR663161      2       0          1  0  1
#> SRR607042      2       0          1  0  1
#> SRR656203      2       0          1  0  1
#> SRR660602      2       0          1  0  1
#> SRR1440397     1       0          1  1  0
#> SRR1369264     1       0          1  1  0
#> SRR809233      1       0          1  1  0
#> SRR663249      2       0          1  0  1
#> SRR661242      2       0          1  0  1
#> SRR1332007     2       0          1  0  1
#> SRR809619      2       0          1  0  1
#> SRR819975      1       0          1  1  0
#> SRR599281      2       0          1  0  1
#> SRR662366      2       0          1  0  1
#> SRR1317898     2       0          1  0  1
#> SRR1382485     2       0          1  0  1
#> SRR2166420     1       0          1  1  0
#> SRR1419429     1       0          1  1  0
#> SRR1092541     2       0          1  0  1
#> SRR817444      2       0          1  0  1
#> SRR1320403     2       0          1  0  1
#> SRR1101483     2       0          1  0  1
#> SRR1331684     2       0          1  0  1
#> SRR1400054     2       0          1  0  1
#> SRR1406088     2       0          1  0  1
#> SRR820733      2       0          1  0  1
#> SRR1314113     2       0          1  0  1
#> SRR1382615     2       0          1  0  1
#> SRR1480745     1       0          1  1  0
#> SRR1468850     2       0          1  0  1
#> SRR656782      2       0          1  0  1
#> SRR821364      1       0          1  1  0
#> SRR1101106     1       0          1  1  0
#> SRR659295      2       0          1  0  1
#> SRR1357103     2       0          1  0  1
#> SRR809185      2       0          1  0  1
#> SRR811583      2       0          1  0  1
#> SRR1468050     1       0          1  1  0
#> SRR1440224     2       0          1  0  1

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>            class entropy silhouette p1    p2    p3
#> SRR1500170     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1402368     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR607743      3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1457375     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1470923     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR817954      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR809259      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1439785     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR814768      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1102031     3  0.5327     0.6418  0 0.272 0.728
#> SRR1363611     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1468447     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1071931     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR810981      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR615299      2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR663585      2  0.2625     0.8913  0 0.916 0.084
#> SRR1326773     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1351166     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1477452     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1084720     3  0.4750     0.7392  0 0.216 0.784
#> SRR1420320     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1081712     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1318241     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1333718     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1313514     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1477861     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1318005     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1354665     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR657707      3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1370742     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1412947     2  0.0424     0.9648  0 0.992 0.008
#> SRR661553      3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1328869     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR662211      2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1348181     3  0.2066     0.9262  0 0.060 0.940
#> SRR1416560     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1319772     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1091452     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1338812     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1392072     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR814844      3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1376619     3  0.2066     0.9262  0 0.060 0.940
#> SRR603690      3  0.2448     0.9114  0 0.076 0.924
#> SRR2184980     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR613963      3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1323422     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1397673     3  0.2165     0.9227  0 0.064 0.936
#> SRR1434650     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR659875      2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1465734     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1076847     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1415072     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR659319      2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR663088      3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1352021     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1325527     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR659935      3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1352530     3  0.4702     0.7452  0 0.212 0.788
#> SRR662594      3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1095309     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR615647      3  0.1643     0.9386  0 0.044 0.956
#> SRR813019      2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1374647     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR603472      2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR661529      3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR607018      2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR627423      3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR654921      3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1418968     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR660871      3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1330522     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1499958     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR614059      3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1071403     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1486719     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1440421     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1310412     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR614767      2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR820709      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR658093      2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1088168     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1418707     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1354291     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR2165806     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1415684     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1433860     2  0.2625     0.8913  0 0.916 0.084
#> SRR1311062     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1360359     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR661385      3  0.2165     0.9227  0 0.064 0.936
#> SRR615407      2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1413892     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1443459     3  0.6168     0.3164  0 0.412 0.588
#> SRR1338942     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR657480      3  0.1289     0.9472  0 0.032 0.968
#> SRR1399433     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR818537      2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1101324     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR807637      3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1091918     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR598300      3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1085426     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1376294     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR813891      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1467431     2  0.6267     0.1541  0 0.548 0.452
#> SRR658742      3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1419234     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1404813     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR603496      2  0.0237     0.9682  0 0.996 0.004
#> SRR1407758     2  0.2878     0.8788  0 0.904 0.096
#> SRR810945      2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR817234      2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1444852     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR660378      3  0.5098     0.6881  0 0.248 0.752
#> SRR1467835     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1338964     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1079259     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1072345     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR598725      3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1447938     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1356397     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1360460     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1429468     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1446850     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1320363     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1413810     2  0.3619     0.8341  0 0.864 0.136
#> SRR598831      2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1381865     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR660957      3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1491332     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1099744     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1464618     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1414559     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1337540     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1444283     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR2184942     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR660295      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR601335      2  0.2625     0.8913  0 0.916 0.084
#> SRR1363742     2  0.2625     0.8913  0 0.916 0.084
#> SRR1345847     2  0.6235     0.2085  0 0.564 0.436
#> SRR614960      3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR819919      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR603330      2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1327951     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1345266     2  0.2165     0.9114  0 0.936 0.064
#> SRR1338055     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1430157     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1320137     2  0.6307     0.0219  0 0.512 0.488
#> SRR1093483     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1341080     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1459913     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR2170490     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1479845     3  0.1860     0.9325  0 0.052 0.948
#> SRR1436420     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1481060     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR662282      2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1487089     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1075683     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1338536     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1338880     2  0.0237     0.9682  0 0.996 0.004
#> SRR1453456     3  0.2537     0.9075  0 0.080 0.920
#> SRR1457895     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1440603     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR658633      2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1388081     3  0.0592     0.9610  0 0.012 0.988
#> SRR813339      3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR809725      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR627441      2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR613603      3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1096571     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1392701     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1344326     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1367693     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR660697      3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1489926     3  0.1964     0.9294  0 0.056 0.944
#> SRR811491      3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1311644     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1451740     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR615117      2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1391748     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1466556     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR614972      3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1406200     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR819210      3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR662174      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR811988      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR663236      3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1312598     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1330129     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1357781     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1315517     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1400032     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1413722     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR612827      3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR814794      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR819430      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1395509     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR808728      2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1070813     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1389133     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR601263      3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR604718      3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1481351     2  0.2711     0.8875  0 0.912 0.088
#> SRR1334608     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR658681      2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR809283      3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1459300     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1392547     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR811049      3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1464835     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1339619     2  0.1411     0.9391  0 0.964 0.036
#> SRR658501      3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1447523     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1415048     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1444348     3  0.5431     0.6177  0 0.284 0.716
#> SRR603890      2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR810595      3  0.5835     0.5095  0 0.340 0.660
#> SRR1446244     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR817373      3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1457291     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR598220      3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1477991     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR598172      2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1349032     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR604002      2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1378026     3  0.2066     0.9262  0 0.060 0.940
#> SRR1404401     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1333240     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1089399     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR603421      2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR812562      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR808520      2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR811839      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR814317      2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1436763     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1486021     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1465018     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1080998     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1083432     3  0.3686     0.8416  0 0.140 0.860
#> SRR1082833     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1326536     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR614011      2  0.6168     0.2840  0 0.588 0.412
#> SRR1365873     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1498789     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR601581      3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR603566      2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1373981     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR821410      2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1076511     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR614143      3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1333570     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1366813     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1388746     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1420558     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1409510     3  0.2066     0.9262  0 0.060 0.940
#> SRR816250      2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR614131      3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1331130     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1316015     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1470798     3  0.2165     0.9227  0 0.064 0.936
#> SRR614179      2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1474863     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR813560      2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1312187     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1420960     3  0.4750     0.7392  0 0.216 0.784
#> SRR1355102     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1084577     3  0.6168     0.3306  0 0.412 0.588
#> SRR659971      2  0.2165     0.9120  0 0.936 0.064
#> SRR1350855     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR820779      3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1476300     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1090907     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR662294      2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1480789     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1336263     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR660776      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1090508     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR615563      3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1101175     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR2164650     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1431205     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1339856     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1352147     2  0.3941     0.8048  0 0.844 0.156
#> SRR808968      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR627419      2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1402391     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR663609      2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR2167857     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1398752     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1405437     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1416955     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1317064     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR659001      3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR2170696     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR816589      3  0.6180     0.3182  0 0.416 0.584
#> SRR1087487     2  0.2625     0.8913  0 0.916 0.084
#> SRR1329485     3  0.2066     0.9262  0 0.060 0.940
#> SRR816920      3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1341432     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1361590     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR817046      3  0.1643     0.9386  0 0.044 0.956
#> SRR1471331     3  0.5968     0.4560  0 0.364 0.636
#> SRR660788      3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR819234      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR810853      2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR809427      3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR2170217     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1386967     3  0.5835     0.5095  0 0.340 0.660
#> SRR1420344     2  0.0237     0.9682  0 0.996 0.004
#> SRR1334535     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR614503      3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR602564      3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1420669     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR819024      3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR656223      2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR608428      2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1345647     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1389324     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1361368     3  0.0592     0.9610  0 0.012 0.988
#> SRR1322619     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1349276     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1404024     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1370637     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1452631     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR608392      2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1357757     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1074646     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1367499     3  0.2066     0.9262  0 0.060 0.940
#> SRR1343501     2  0.3816     0.8179  0 0.852 0.148
#> SRR1394406     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1381435     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1467407     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1092422     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1380270     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1091817     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1440137     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR614311      3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1407516     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR815494      3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1333209     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR615177      3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1099648     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR659720      3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR2185057     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1467125     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR657468      3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR660042      3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR2170864     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1440491     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1440852     3  0.2066     0.9262  0 0.060 0.940
#> SRR811169      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1331311     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR818009      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1351836     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1498313     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1441975     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR819096      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1073679     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1489116     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1354138     3  0.4504     0.7685  0 0.196 0.804
#> SRR1490589     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1412987     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR602034      3  0.2066     0.9262  0 0.060 0.940
#> SRR1353437     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1072871     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR661577      3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR612190      3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1399880     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1101787     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR657869      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1446332     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR816039      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1485141     3  0.4452     0.7741  0 0.192 0.808
#> SRR1476697     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1379538     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1331422     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR660859      3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1097594     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1311419     2  0.3941     0.8082  0 0.844 0.156
#> SRR1336706     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1472976     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1321307     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR807493      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR812461      3  0.2066     0.9262  0 0.060 0.940
#> SRR1477149     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1457397     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR661913      3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1069024     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR2165634     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1478722     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1328642     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1488261     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1318815     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR816945      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1367432     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1359280     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1313910     2  0.0424     0.9648  0 0.992 0.008
#> SRR1457315     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR815398      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR656958      3  0.2066     0.9262  0 0.060 0.940
#> SRR600688      3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1098952     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1314916     3  0.2066     0.9262  0 0.060 0.940
#> SRR614167      3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1348114     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR658033      2  0.6286     0.1164  0 0.536 0.464
#> SRR1077503     2  0.6260     0.1679  0 0.552 0.448
#> SRR661854      3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR811379      3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1318857     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR656445      2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1433044     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1486391     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR656071      3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1364824     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1379133     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR816745      2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR601038      2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1360080     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR814868      3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1485997     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1435560     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1333330     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR663513      3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1328407     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR602784      2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1348468     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR663717      3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR602217      2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR603140      3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1340804     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1457574     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1333462     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1094601     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1434610     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1435833     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1398728     2  0.0237     0.9682  0 0.996 0.004
#> SRR1358343     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1410890     2  0.0237     0.9682  0 0.996 0.004
#> SRR1350371     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1392478     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1099260     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1433576     3  0.2066     0.9262  0 0.060 0.940
#> SRR1345541     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1086328     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR810391      3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1476207     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR627435      3  0.3482     0.8577  0 0.128 0.872
#> SRR1489862     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1419086     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1396191     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1490115     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1377714     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR819394      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR663161      3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR607042      2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR656203      3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR660602      3  0.5810     0.5184  0 0.336 0.664
#> SRR1440397     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1369264     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR809233      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR663249      2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR661242      3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1332007     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR809619      3  0.1753     0.9356  0 0.048 0.952
#> SRR819975      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR599281      2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR662366      3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1317898     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1382485     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR2166420     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1419429     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1092541     3  0.2066     0.9262  0 0.060 0.940
#> SRR817444      2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1320403     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1101483     3  0.1860     0.9284  0 0.052 0.948
#> SRR1331684     3  0.2066     0.9262  0 0.060 0.940
#> SRR1400054     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1406088     2  0.1964     0.9195  0 0.944 0.056
#> SRR820733      3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1314113     3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1382615     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1480745     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1468850     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR656782      3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR821364      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1101106     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR659295      2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR1357103     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000
#> SRR809185      3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR811583      3  0.0000     0.9690  0 0.000 1.000
#> SRR1468050     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000
#> SRR1440224     2  0.0000     0.9715  0 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>            class entropy silhouette p1    p2    p3    p4
#> SRR1500170     2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402368     3  0.0188    0.91928  0 0.000 0.996 0.004
#> SRR607743      3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457375     2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470923     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785     3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR814768      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031     3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363611     3  0.3610    0.73118  0 0.000 0.800 0.200
#> SRR1468447     2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071931     3  0.0336    0.91699  0 0.000 0.992 0.008
#> SRR810981      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299      2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR663585      3  0.1940    0.85436  0 0.076 0.924 0.000
#> SRR1326773     2  0.0188    0.94913  0 0.996 0.004 0.000
#> SRR1351166     2  0.0188    0.94913  0 0.996 0.004 0.000
#> SRR1477452     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720     3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420320     4  0.1557    0.90759  0 0.000 0.056 0.944
#> SRR1081712     2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318241     3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333718     2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313514     2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477861     2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318005     2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354665     2  0.0336    0.94577  0 0.992 0.008 0.000
#> SRR657707      3  0.0188    0.91928  0 0.000 0.996 0.004
#> SRR1370742     3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1412947     3  0.3688    0.71879  0 0.208 0.792 0.000
#> SRR661553      4  0.0336    0.95123  0 0.000 0.008 0.992
#> SRR1328869     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211      2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348181     3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416560     3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319772     3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091452     3  0.0921    0.90351  0 0.000 0.972 0.028
#> SRR1338812     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072     2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR814844      4  0.0000    0.95720  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1376619     3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR603690      3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2184980     2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR613963      4  0.0000    0.95720  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1323422     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673     3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434650     2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR659875      2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465734     3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076847     2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415072     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319      2  0.0469    0.94189  0 0.988 0.012 0.000
#> SRR663088      4  0.0000    0.95720  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352021     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935      4  0.4008    0.65505  0 0.000 0.244 0.756
#> SRR1352530     3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR662594      3  0.0188    0.91928  0 0.000 0.996 0.004
#> SRR1095309     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647      3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR813019      2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374647     2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR603472      2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR661529      4  0.0000    0.95720  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR607018      2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR627423      4  0.0000    0.95720  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR654921      4  0.0000    0.95720  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418968     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871      3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330522     3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499958     2  0.4679    0.45466  0 0.648 0.352 0.000
#> SRR614059      4  0.0000    0.95720  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1071403     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719     2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440421     2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310412     3  0.4999   -0.00959  0 0.000 0.508 0.492
#> SRR614767      2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR820709      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093      3  0.2589    0.81762  0 0.116 0.884 0.000
#> SRR1088168     2  0.3610    0.73742  0 0.800 0.200 0.000
#> SRR1418707     2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354291     2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2165806     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684     4  0.3172    0.78722  0 0.000 0.160 0.840
#> SRR1433860     3  0.4981    0.12087  0 0.464 0.536 0.000
#> SRR1311062     2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360359     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385      3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR615407      2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413892     2  0.0188    0.94913  0 0.996 0.004 0.000
#> SRR1443459     3  0.1004    0.90485  0 0.004 0.972 0.024
#> SRR1338942     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480      3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399433     3  0.3688    0.72128  0 0.000 0.792 0.208
#> SRR818537      2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101324     4  0.0000    0.95720  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR807637      4  0.0000    0.95720  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1091918     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300      4  0.0000    0.95720  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1085426     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294     2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR813891      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431     3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR658742      4  0.0000    0.95720  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419234     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813     2  0.0188    0.94913  0 0.996 0.004 0.000
#> SRR603496      3  0.1557    0.87868  0 0.056 0.944 0.000
#> SRR1407758     3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR810945      2  0.4679    0.45466  0 0.648 0.352 0.000
#> SRR817234      2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444852     3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR660378      3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467835     2  0.4679    0.45466  0 0.648 0.352 0.000
#> SRR1338964     3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079259     3  0.2868    0.80652  0 0.000 0.864 0.136
#> SRR1072345     3  0.3610    0.73090  0 0.000 0.800 0.200
#> SRR598725      3  0.0188    0.91928  0 0.000 0.996 0.004
#> SRR1447938     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460     4  0.0000    0.95720  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1429468     2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446850     2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320363     3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413810     3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR598831      2  0.0188    0.94913  0 0.996 0.004 0.000
#> SRR1381865     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957      3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1491332     2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099744     2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464618     3  0.4989    0.15002  0 0.000 0.528 0.472
#> SRR1414559     4  0.0000    0.95720  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1337540     4  0.0000    0.95720  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1444283     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942     3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR660295      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335      3  0.4855    0.31321  0 0.400 0.600 0.000
#> SRR1363742     3  0.4713    0.41281  0 0.360 0.640 0.000
#> SRR1345847     3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR614960      4  0.0000    0.95720  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR819919      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330      2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327951     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266     3  0.3142    0.80268  0 0.132 0.860 0.008
#> SRR1338055     2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430157     2  0.4679    0.45466  0 0.648 0.352 0.000
#> SRR1320137     3  0.3726    0.71308  0 0.212 0.788 0.000
#> SRR1093483     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913     3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170490     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845     3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436420     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060     2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR662282      2  0.3123    0.79572  0 0.844 0.156 0.000
#> SRR1487089     4  0.0000    0.95720  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1075683     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880     3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453456     3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457895     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603     2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR658633      2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388081     3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR813339      3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR809725      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441      2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR613603      4  0.0188    0.95425  0 0.000 0.004 0.996
#> SRR1096571     2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392701     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693     3  0.0921    0.90351  0 0.000 0.972 0.028
#> SRR660697      3  0.3688    0.72128  0 0.000 0.792 0.208
#> SRR1489926     3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR811491      3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311644     4  0.0000    0.95720  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1451740     3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR615117      2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391748     4  0.0000    0.95720  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466556     3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR614972      3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406200     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210      4  0.0000    0.95720  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR662174      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236      4  0.1474    0.91352  0 0.000 0.052 0.948
#> SRR1312598     2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330129     2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357781     2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315517     2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400032     3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413722     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827      3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR814794      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509     4  0.0000    0.95720  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR808728      2  0.0469    0.94187  0 0.988 0.012 0.000
#> SRR1070813     2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389133     4  0.0000    0.95720  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR601263      3  0.0188    0.91928  0 0.000 0.996 0.004
#> SRR604718      4  0.0000    0.95720  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1481351     3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334608     3  0.4985    0.10740  0 0.468 0.532 0.000
#> SRR658681      2  0.2589    0.83998  0 0.884 0.116 0.000
#> SRR809283      4  0.0000    0.95720  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1459300     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547     2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR811049      3  0.0188    0.91928  0 0.000 0.996 0.004
#> SRR1464835     4  0.0000    0.95720  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339619     3  0.4989    0.10891  0 0.472 0.528 0.000
#> SRR658501      3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447523     3  0.3649    0.70073  0 0.000 0.796 0.204
#> SRR1415048     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348     3  0.0188    0.91941  0 0.000 0.996 0.004
#> SRR603890      2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR810595      3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446244     3  0.3610    0.73118  0 0.000 0.800 0.200
#> SRR817373      3  0.3610    0.73118  0 0.000 0.800 0.200
#> SRR1457291     2  0.4661    0.46363  0 0.652 0.348 0.000
#> SRR598220      3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477991     2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR598172      2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349032     3  0.3610    0.73118  0 0.000 0.800 0.200
#> SRR604002      2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378026     3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404401     2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333240     2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1089399     2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR603421      2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR812562      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520      2  0.3311    0.77399  0 0.828 0.172 0.000
#> SRR811839      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317      2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436763     4  0.0000    0.95720  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1486021     2  0.4356    0.57774  0 0.708 0.292 0.000
#> SRR1465018     2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080998     3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083432     3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082833     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536     3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR614011      3  0.3688    0.71879  0 0.208 0.792 0.000
#> SRR1365873     2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498789     2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR601581      3  0.4925    0.28574  0 0.000 0.572 0.428
#> SRR603566      2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1373981     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410      2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076511     4  0.0000    0.95720  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR614143      3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333570     4  0.5000    0.05353  0 0.000 0.496 0.504
#> SRR1366813     2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388746     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558     4  0.0000    0.95720  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409510     3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR816250      2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR614131      3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331130     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015     3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470798     3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR614179      2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474863     2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR813560      2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312187     4  0.4790    0.34606  0 0.000 0.380 0.620
#> SRR1420960     3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355102     3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084577     3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR659971      3  0.5000    0.01707  0 0.496 0.504 0.000
#> SRR1350855     4  0.0000    0.95720  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR820779      3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476300     3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090907     4  0.3764    0.70353  0 0.000 0.216 0.784
#> SRR662294      2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480789     2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336263     4  0.0000    0.95720  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR660776      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508     2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR615563      4  0.0000    0.95720  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1101175     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650     2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431205     2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339856     3  0.3726    0.71622  0 0.000 0.788 0.212
#> SRR1352147     3  0.1118    0.89530  0 0.036 0.964 0.000
#> SRR808968      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419      2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402391     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609      2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2167857     2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398752     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437     2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416955     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064     3  0.0336    0.91699  0 0.000 0.992 0.008
#> SRR659001      4  0.0000    0.95720  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170696     4  0.0000    0.95720  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR816589      3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087487     2  0.4830    0.35560  0 0.608 0.392 0.000
#> SRR1329485     3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR816920      4  0.0000    0.95720  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1341432     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590     4  0.0000    0.95720  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR817046      3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471331     3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR660788      4  0.0000    0.95720  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR819234      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853      2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR809427      3  0.3688    0.72128  0 0.000 0.792 0.208
#> SRR2170217     4  0.0000    0.95720  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1386967     3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420344     2  0.4697    0.44511  0 0.644 0.356 0.000
#> SRR1334535     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503      4  0.0336    0.95134  0 0.000 0.008 0.992
#> SRR602564      3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420669     4  0.0000    0.95720  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR819024      3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR656223      2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR608428      2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345647     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324     2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361368     3  0.2149    0.85359  0 0.000 0.912 0.088
#> SRR1322619     2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349276     4  0.0000    0.95720  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404024     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637     2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452631     4  0.0000    0.95720  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR608392      2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357757     3  0.3356    0.75893  0 0.000 0.824 0.176
#> SRR1074646     4  0.0000    0.95720  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1367499     3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343501     3  0.0469    0.91304  0 0.012 0.988 0.000
#> SRR1394406     4  0.3873    0.69627  0 0.000 0.228 0.772
#> SRR1381435     2  0.3688    0.72619  0 0.792 0.208 0.000
#> SRR1467407     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422     2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380270     2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091817     2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440137     2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR614311      3  0.4431    0.57171  0 0.000 0.696 0.304
#> SRR1407516     3  0.4454    0.56318  0 0.000 0.692 0.308
#> SRR815494      3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333209     3  0.4994    0.12217  0 0.000 0.520 0.480
#> SRR615177      4  0.0000    0.95720  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099648     2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR659720      3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2185057     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468      4  0.0000    0.95720  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR660042      4  0.0000    0.95720  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170864     2  0.4679    0.45466  0 0.648 0.352 0.000
#> SRR1440491     3  0.0336    0.91699  0 0.000 0.992 0.008
#> SRR1440852     3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR811169      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311     4  0.3649    0.72309  0 0.000 0.204 0.796
#> SRR818009      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836     2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498313     2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441975     2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR819096      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679     3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489116     2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354138     3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490589     4  0.4977    0.17830  0 0.000 0.460 0.540
#> SRR1412987     4  0.0000    0.95720  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR602034      3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353437     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871     3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR661577      4  0.0000    0.95720  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR612190      4  0.0000    0.95720  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399880     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787     4  0.0000    0.95720  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR657869      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141     3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476697     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538     4  0.0000    0.95720  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1331422     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859      4  0.1792    0.89699  0 0.000 0.068 0.932
#> SRR1097594     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419     3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336706     2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472976     4  0.0000    0.95720  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1321307     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461      3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477149     2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457397     2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR661913      3  0.4661    0.42374  0 0.000 0.652 0.348
#> SRR1069024     2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR2165634     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722     3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328642     2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488261     4  0.3528    0.74663  0 0.000 0.192 0.808
#> SRR1318815     4  0.0000    0.95720  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR816945      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432     4  0.0000    0.95720  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359280     2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313910     3  0.4855    0.33693  0 0.400 0.600 0.000
#> SRR1457315     4  0.0000    0.95720  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR815398      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958      3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR600688      3  0.0921    0.90396  0 0.000 0.972 0.028
#> SRR1098952     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916     3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR614167      3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348114     3  0.0921    0.90351  0 0.000 0.972 0.028
#> SRR658033      3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077503     3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR661854      3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR811379      4  0.0000    0.95720  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318857     2  0.4679    0.45466  0 0.648 0.352 0.000
#> SRR656445      2  0.3873    0.69619  0 0.772 0.228 0.000
#> SRR1433044     2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486391     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071      4  0.0000    0.95720  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1364824     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745      2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR601038      2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360080     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868      4  0.4304    0.59334  0 0.000 0.284 0.716
#> SRR1485997     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560     4  0.0000    0.95720  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333330     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513      4  0.0000    0.95720  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1328407     2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR602784      2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348468     4  0.0000    0.95720  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR663717      4  0.2921    0.81320  0 0.000 0.140 0.860
#> SRR602217      2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR603140      3  0.0188    0.91928  0 0.000 0.996 0.004
#> SRR1340804     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574     3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333462     2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1094601     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610     4  0.0000    0.95720  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1435833     4  0.0000    0.95720  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1398728     2  0.4843    0.34172  0 0.604 0.396 0.000
#> SRR1358343     4  0.0000    0.95720  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1410890     2  0.4679    0.45466  0 0.648 0.352 0.000
#> SRR1350371     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478     2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099260     2  0.0188    0.94913  0 0.996 0.004 0.000
#> SRR1433576     3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345541     4  0.0000    0.95720  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1086328     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391      3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476207     3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR627435      3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489862     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191     3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490115     3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377714     3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR819394      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161      4  0.0000    0.95720  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR607042      2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR656203      3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR660602      3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440397     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249      2  0.4643    0.47250  0 0.656 0.344 0.000
#> SRR661242      3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332007     2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR809619      3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR819975      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281      2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR662366      3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317898     3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382485     3  0.4996    0.10751  0 0.000 0.516 0.484
#> SRR2166420     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541     3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR817444      3  0.4989    0.08788  0 0.472 0.528 0.000
#> SRR1320403     2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101483     3  0.0804    0.91043  0 0.012 0.980 0.008
#> SRR1331684     3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400054     4  0.0000    0.95720  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406088     3  0.4877    0.31467  0 0.408 0.592 0.000
#> SRR820733      4  0.0000    0.95720  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1314113     4  0.0000    0.95720  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1382615     2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480745     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850     2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR656782      3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR821364      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295      2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357103     2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR809185      3  0.0000    0.92158  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR811583      4  0.0000    0.95720  0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468050     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224     2  0.0000    0.95216  0 1.000 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>            class entropy silhouette p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR1500170     2  0.3508   0.778181  0 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1402368     3  0.0880   0.834153  0 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR607743      3  0.0000   0.845273  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457375     2  0.3508   0.778181  0 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1470923     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954      1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259      1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785     3  0.0000   0.845273  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814768      1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031     2  0.3913   0.232622  0 0.676 0.324 0.000 0.000
#> SRR1363611     3  0.3789   0.717715  0 0.224 0.760 0.016 0.000
#> SRR1468447     5  0.3816   0.414708  0 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1071931     3  0.3274   0.731993  0 0.220 0.780 0.000 0.000
#> SRR810981      1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299      2  0.3684   0.752510  0 0.720 0.000 0.000 0.280
#> SRR663585      3  0.4489   0.295202  0 0.420 0.572 0.000 0.008
#> SRR1326773     2  0.3958   0.751007  0 0.780 0.044 0.000 0.176
#> SRR1351166     2  0.3395   0.777364  0 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1477452     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720     3  0.3109   0.692689  0 0.200 0.800 0.000 0.000
#> SRR1420320     4  0.5312   0.654097  0 0.220 0.116 0.664 0.000
#> SRR1081712     5  0.0000   0.900142  0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318241     3  0.0880   0.838208  0 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1333718     2  0.3508   0.778181  0 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1313514     5  0.0000   0.900142  0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1477861     5  0.0000   0.900142  0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318005     5  0.0000   0.900142  0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1354665     2  0.3395   0.777364  0 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR657707      3  0.0880   0.838208  0 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1370742     3  0.0000   0.845273  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1412947     2  0.3774   0.251809  0 0.704 0.296 0.000 0.000
#> SRR661553      4  0.3266   0.699382  0 0.004 0.200 0.796 0.000
#> SRR1328869     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211      5  0.0000   0.900142  0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348181     3  0.0794   0.841875  0 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1416560     3  0.0000   0.845273  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319772     3  0.0000   0.845273  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091452     3  0.3430   0.729035  0 0.220 0.776 0.004 0.000
#> SRR1338812     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072     5  0.0000   0.900142  0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR814844      4  0.0000   0.903356  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376619     3  0.0794   0.841875  0 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR603690      3  0.3612   0.724716  0 0.268 0.732 0.000 0.000
#> SRR2184980     2  0.3480   0.779090  0 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR613963      4  0.0000   0.903356  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323422     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673     3  0.3774   0.562756  0 0.296 0.704 0.000 0.000
#> SRR1434650     5  0.0000   0.900142  0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR659875      5  0.3774   0.418524  0 0.296 0.000 0.000 0.704
#> SRR1465734     3  0.0000   0.845273  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076847     5  0.0000   0.900142  0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415072     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319      2  0.3876   0.757071  0 0.776 0.032 0.000 0.192
#> SRR663088      4  0.0000   0.903356  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352021     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935      4  0.6376   0.407337  0 0.220 0.264 0.516 0.000
#> SRR1352530     3  0.4126   0.407228  0 0.380 0.620 0.000 0.000
#> SRR662594      3  0.0880   0.838208  0 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1095309     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647      3  0.0794   0.841875  0 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR813019      2  0.3508   0.778181  0 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1374647     2  0.3508   0.778181  0 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR603472      5  0.0000   0.900142  0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR661529      4  0.0000   0.903356  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR607018      2  0.3912   0.773879  0 0.752 0.020 0.000 0.228
#> SRR627423      4  0.0000   0.903356  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR654921      4  0.0000   0.903356  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418968     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871      3  0.0000   0.845273  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330522     3  0.0794   0.841875  0 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1499958     2  0.3074   0.760150  0 0.804 0.000 0.000 0.196
#> SRR614059      4  0.0000   0.903356  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071403     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719     5  0.4030   0.274865  0 0.352 0.000 0.000 0.648
#> SRR1440421     5  0.0000   0.900142  0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1310412     3  0.4278   0.155247  0 0.000 0.548 0.452 0.000
#> SRR614767      2  0.3508   0.778181  0 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR820709      1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093      2  0.3563   0.615373  0 0.780 0.208 0.000 0.012
#> SRR1088168     2  0.3944   0.625416  0 0.768 0.200 0.000 0.032
#> SRR1418707     5  0.4278  -0.110794  0 0.452 0.000 0.000 0.548
#> SRR1354291     5  0.0000   0.900142  0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2165806     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684     4  0.6285   0.447420  0 0.220 0.244 0.536 0.000
#> SRR1433860     2  0.4620   0.295226  0 0.592 0.392 0.000 0.016
#> SRR1311062     5  0.4262  -0.063764  0 0.440 0.000 0.000 0.560
#> SRR1360359     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385      3  0.3730   0.575070  0 0.288 0.712 0.000 0.000
#> SRR615407      2  0.3508   0.778181  0 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1413892     2  0.3876   0.757071  0 0.776 0.032 0.000 0.192
#> SRR1443459     2  0.3913   0.232622  0 0.676 0.324 0.000 0.000
#> SRR1338942     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480      3  0.0404   0.843362  0 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1399433     3  0.3852   0.716566  0 0.220 0.760 0.020 0.000
#> SRR818537      5  0.0000   0.900142  0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1101324     4  0.0000   0.903356  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR807637      4  0.0000   0.903356  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091918     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300      4  0.0000   0.903356  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085426     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294     2  0.3480   0.779090  0 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR813891      1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431     2  0.4101   0.007612  0 0.628 0.372 0.000 0.000
#> SRR658742      4  0.0000   0.903356  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419234     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813     2  0.3480   0.779090  0 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR603496      2  0.4190   0.740611  0 0.768 0.060 0.000 0.172
#> SRR1407758     3  0.4341   0.345410  0 0.404 0.592 0.000 0.004
#> SRR810945      2  0.3395   0.777364  0 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR817234      5  0.0000   0.900142  0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1444852     3  0.0794   0.841875  0 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR660378      3  0.4015   0.475153  0 0.348 0.652 0.000 0.000
#> SRR1467835     2  0.3395   0.777364  0 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1338964     3  0.0880   0.838208  0 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1079259     3  0.3852   0.716566  0 0.220 0.760 0.020 0.000
#> SRR1072345     3  0.1270   0.824549  0 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR598725      3  0.0000   0.845273  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447938     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460     4  0.0000   0.903356  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429468     2  0.4114   0.597382  0 0.624 0.000 0.000 0.376
#> SRR1446850     2  0.3480   0.779090  0 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR1320363     3  0.0000   0.845273  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413810     3  0.4359   0.325089  0 0.412 0.584 0.000 0.004
#> SRR598831      2  0.3395   0.777364  0 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1381865     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957      3  0.0000   0.845273  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1491332     2  0.4104   0.770577  0 0.748 0.032 0.000 0.220
#> SRR1099744     2  0.3508   0.778181  0 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1464618     4  0.6465   0.360948  0 0.220 0.288 0.492 0.000
#> SRR1414559     4  0.0000   0.903356  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337540     4  0.0000   0.903356  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444283     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942     3  0.0000   0.845273  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660295      1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335      3  0.4708   0.230152  0 0.436 0.548 0.000 0.016
#> SRR1363742     2  0.4620   0.295226  0 0.592 0.392 0.000 0.016
#> SRR1345847     2  0.1341   0.599487  0 0.944 0.056 0.000 0.000
#> SRR614960      4  0.0000   0.903356  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR819919      1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330      5  0.0000   0.900142  0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1327951     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266     2  0.2124   0.612037  0 0.916 0.056 0.000 0.028
#> SRR1338055     2  0.3508   0.778181  0 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1430157     2  0.0794   0.650933  0 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1320137     2  0.3816   0.246448  0 0.696 0.304 0.000 0.000
#> SRR1093483     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913     3  0.0000   0.845273  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2170490     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845     3  0.0794   0.841875  0 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1436420     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060     5  0.0000   0.900142  0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR662282      2  0.4247   0.681504  0 0.776 0.132 0.000 0.092
#> SRR1487089     4  0.0000   0.903356  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075683     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880     2  0.0794   0.620949  0 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1453456     3  0.3774   0.562756  0 0.296 0.704 0.000 0.000
#> SRR1457895     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603     5  0.0000   0.900142  0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR658633      2  0.3508   0.778181  0 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1388081     3  0.3395   0.732399  0 0.236 0.764 0.000 0.000
#> SRR813339      3  0.0000   0.845273  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809725      1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441      5  0.0000   0.900142  0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR613603      4  0.3586   0.619093  0 0.000 0.264 0.736 0.000
#> SRR1096571     2  0.3983   0.661141  0 0.660 0.000 0.000 0.340
#> SRR1392701     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693     2  0.4235  -0.067333  0 0.576 0.424 0.000 0.000
#> SRR660697      3  0.3852   0.716566  0 0.220 0.760 0.020 0.000
#> SRR1489926     3  0.0794   0.841875  0 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR811491      3  0.0000   0.845273  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311644     4  0.0000   0.903356  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1451740     3  0.0794   0.841875  0 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR615117      5  0.0000   0.900142  0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1391748     4  0.0000   0.903356  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466556     3  0.0000   0.845273  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614972      3  0.0000   0.845273  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406200     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210      4  0.4024   0.739699  0 0.220 0.028 0.752 0.000
#> SRR662174      1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988      1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236      3  0.4030   0.434999  0 0.000 0.648 0.352 0.000
#> SRR1312598     2  0.3480   0.779090  0 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR1330129     5  0.0000   0.900142  0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1357781     5  0.0000   0.900142  0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1315517     5  0.0000   0.900142  0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1400032     3  0.0794   0.841875  0 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1413722     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827      3  0.0000   0.845273  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814794      1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430      1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509     4  0.0000   0.903356  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR808728      2  0.4104   0.770577  0 0.748 0.032 0.000 0.220
#> SRR1070813     2  0.3508   0.778181  0 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1389133     4  0.0000   0.903356  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR601263      3  0.0880   0.838208  0 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR604718      4  0.4325   0.728852  0 0.220 0.044 0.736 0.000
#> SRR1481351     3  0.4101   0.426113  0 0.372 0.628 0.000 0.000
#> SRR1334608     2  0.3757   0.615867  0 0.772 0.208 0.000 0.020
#> SRR658681      2  0.3696   0.611564  0 0.772 0.212 0.000 0.016
#> SRR809283      4  0.0000   0.903356  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459300     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547     2  0.3508   0.778181  0 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR811049      3  0.0880   0.838208  0 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1464835     4  0.0000   0.903356  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339619     2  0.1582   0.633682  0 0.944 0.028 0.000 0.028
#> SRR658501      3  0.0703   0.842557  0 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1447523     3  0.1410   0.818563  0 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR1415048     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348     2  0.3913   0.232622  0 0.676 0.324 0.000 0.000
#> SRR603890      5  0.0000   0.900142  0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR810595      3  0.3913   0.518672  0 0.324 0.676 0.000 0.000
#> SRR1446244     2  0.4826  -0.244291  0 0.508 0.472 0.020 0.000
#> SRR817373      3  0.3430   0.729035  0 0.220 0.776 0.004 0.000
#> SRR1457291     2  0.0794   0.650933  0 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR598220      3  0.3274   0.731993  0 0.220 0.780 0.000 0.000
#> SRR1477991     2  0.3480   0.779090  0 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR598172      5  0.0000   0.900142  0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1349032     3  0.3882   0.714338  0 0.224 0.756 0.020 0.000
#> SRR604002      5  0.0000   0.900142  0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1378026     3  0.0794   0.841875  0 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1404401     5  0.0000   0.900142  0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333240     2  0.3508   0.778181  0 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1089399     5  0.3039   0.653507  0 0.192 0.000 0.000 0.808
#> SRR603421      2  0.3508   0.778181  0 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR812562      1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520      2  0.3876   0.757071  0 0.776 0.032 0.000 0.192
#> SRR811839      1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317      5  0.3949   0.336702  0 0.332 0.000 0.000 0.668
#> SRR1436763     4  0.0000   0.903356  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486021     2  0.3366   0.776254  0 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR1465018     2  0.3876   0.703103  0 0.684 0.000 0.000 0.316
#> SRR1080998     3  0.1197   0.832410  0 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR1083432     3  0.3913   0.518672  0 0.324 0.676 0.000 0.000
#> SRR1082833     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536     3  0.0000   0.845273  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614011      2  0.3913   0.232622  0 0.676 0.324 0.000 0.000
#> SRR1365873     2  0.3508   0.778181  0 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1498789     2  0.3480   0.779090  0 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR601581      4  0.6491   0.350486  0 0.220 0.296 0.484 0.000
#> SRR603566      2  0.3508   0.778181  0 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1373981     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410      2  0.3480   0.779090  0 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR1076511     4  0.0000   0.903356  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614143      3  0.0000   0.845273  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333570     3  0.1478   0.815981  0 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR1366813     2  0.3480   0.779090  0 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR1388746     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558     4  0.0000   0.903356  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409510     3  0.0794   0.841875  0 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR816250      2  0.3480   0.779090  0 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR614131      3  0.3508   0.733513  0 0.252 0.748 0.000 0.000
#> SRR1331130     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015     3  0.0794   0.841875  0 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1470798     3  0.0794   0.841875  0 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR614179      5  0.1792   0.807818  0 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR1474863     2  0.3586   0.768431  0 0.736 0.000 0.000 0.264
#> SRR813560      2  0.3480   0.779090  0 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR1312187     4  0.6491   0.350662  0 0.220 0.296 0.484 0.000
#> SRR1420960     3  0.3796   0.556783  0 0.300 0.700 0.000 0.000
#> SRR1355102     3  0.0000   0.845273  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084577     3  0.3913   0.518672  0 0.324 0.676 0.000 0.000
#> SRR659971      2  0.2450   0.592027  0 0.896 0.076 0.000 0.028
#> SRR1350855     4  0.0000   0.903356  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR820779      3  0.0000   0.845273  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476300     3  0.0000   0.845273  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090907     4  0.6478   0.359825  0 0.220 0.292 0.488 0.000
#> SRR662294      5  0.0000   0.900142  0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1480789     5  0.3774   0.418524  0 0.296 0.000 0.000 0.704
#> SRR1336263     4  0.0000   0.903356  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660776      1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508     2  0.3508   0.778181  0 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR615563      4  0.0000   0.903356  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101175     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650     2  0.3508   0.778181  0 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1431205     2  0.3508   0.778181  0 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1339856     3  0.4024   0.709198  0 0.220 0.752 0.028 0.000
#> SRR1352147     2  0.2690   0.497282  0 0.844 0.156 0.000 0.000
#> SRR808968      1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419      5  0.4278  -0.110794  0 0.452 0.000 0.000 0.548
#> SRR1402391     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609      2  0.3508   0.778181  0 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR2167857     5  0.0000   0.900142  0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1398752     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437     2  0.3508   0.778181  0 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1416955     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064     3  0.3305   0.729805  0 0.224 0.776 0.000 0.000
#> SRR659001      4  0.0000   0.903356  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170696     4  0.0000   0.903356  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816589      3  0.4201   0.346997  0 0.408 0.592 0.000 0.000
#> SRR1087487     2  0.4497   0.399646  0 0.632 0.352 0.000 0.016
#> SRR1329485     3  0.0794   0.841875  0 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR816920      4  0.0000   0.903356  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341432     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590     4  0.0000   0.903356  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR817046      3  0.0794   0.841875  0 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1471331     3  0.4161   0.379960  0 0.392 0.608 0.000 0.000
#> SRR660788      4  0.0000   0.903356  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR819234      1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853      5  0.0000   0.900142  0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR809427      3  0.3852   0.716566  0 0.220 0.760 0.020 0.000
#> SRR2170217     4  0.0000   0.903356  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1386967     3  0.3932   0.510277  0 0.328 0.672 0.000 0.000
#> SRR1420344     2  0.0955   0.648728  0 0.968 0.004 0.000 0.028
#> SRR1334535     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503      3  0.6514   0.200768  0 0.220 0.476 0.304 0.000
#> SRR602564      3  0.3274   0.731993  0 0.220 0.780 0.000 0.000
#> SRR1420669     4  0.0000   0.903356  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR819024      3  0.0000   0.845273  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656223      2  0.4010   0.765643  0 0.760 0.032 0.000 0.208
#> SRR608428      2  0.3480   0.779090  0 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR1345647     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324     2  0.4242   0.490694  0 0.572 0.000 0.000 0.428
#> SRR1361368     2  0.4126   0.074227  0 0.620 0.380 0.000 0.000
#> SRR1322619     2  0.3480   0.779090  0 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR1349276     4  0.0000   0.903356  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404024     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637     2  0.3480   0.779090  0 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR1452631     4  0.0000   0.903356  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608392      2  0.4104   0.770577  0 0.748 0.032 0.000 0.220
#> SRR1357757     3  0.0510   0.841096  0 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1074646     4  0.0000   0.903356  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367499     3  0.1197   0.833400  0 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR1343501     2  0.4101   0.353196  0 0.628 0.372 0.000 0.000
#> SRR1394406     4  0.3988   0.754937  0 0.196 0.036 0.768 0.000
#> SRR1381435     2  0.3812   0.619091  0 0.772 0.204 0.000 0.024
#> SRR1467407     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422     5  0.3774   0.418524  0 0.296 0.000 0.000 0.704
#> SRR1380270     5  0.0000   0.900142  0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1091817     2  0.3508   0.778181  0 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1440137     2  0.3480   0.779090  0 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR614311      3  0.6380   0.306157  0 0.224 0.516 0.260 0.000
#> SRR1407516     3  0.5396   0.589333  0 0.220 0.656 0.124 0.000
#> SRR815494      3  0.0794   0.841875  0 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1333209     4  0.6579   0.259294  0 0.220 0.332 0.448 0.000
#> SRR615177      4  0.0000   0.903356  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099648     2  0.3508   0.778181  0 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR659720      3  0.2732   0.772138  0 0.160 0.840 0.000 0.000
#> SRR2185057     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468      4  0.0000   0.903356  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660042      4  0.0000   0.903356  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170864     2  0.3395   0.777364  0 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1440491     3  0.3274   0.731993  0 0.220 0.780 0.000 0.000
#> SRR1440852     3  0.0794   0.841875  0 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR811169      1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311     4  0.6376   0.407337  0 0.220 0.264 0.516 0.000
#> SRR818009      1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836     2  0.3508   0.778181  0 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1498313     5  0.0000   0.900142  0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441975     2  0.3508   0.778181  0 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR819096      1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679     3  0.2561   0.782087  0 0.144 0.856 0.000 0.000
#> SRR1489116     2  0.3508   0.778181  0 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1354138     3  0.3003   0.706753  0 0.188 0.812 0.000 0.000
#> SRR1490589     3  0.3612   0.585899  0 0.000 0.732 0.268 0.000
#> SRR1412987     4  0.0000   0.903356  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR602034      3  0.0794   0.841875  0 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1353437     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871     3  0.0880   0.838208  0 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR661577      4  0.0000   0.903356  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR612190      4  0.1043   0.879582  0 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR1399880     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787     4  0.3274   0.754697  0 0.220 0.000 0.780 0.000
#> SRR657869      1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039      1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141     3  0.3857   0.538251  0 0.312 0.688 0.000 0.000
#> SRR1476697     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538     4  0.3274   0.754697  0 0.220 0.000 0.780 0.000
#> SRR1331422     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859      4  0.3876   0.499861  0 0.000 0.316 0.684 0.000
#> SRR1097594     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419     3  0.4192   0.353447  0 0.404 0.596 0.000 0.000
#> SRR1336706     2  0.3508   0.778181  0 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1472976     4  0.0000   0.903356  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321307     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493      1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461      3  0.0794   0.841875  0 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1477149     5  0.0000   0.900142  0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457397     5  0.0000   0.900142  0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR661913      3  0.1043   0.829335  0 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1069024     5  0.0000   0.900142  0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2165634     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722     3  0.0000   0.845273  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328642     5  0.0000   0.900142  0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1488261     4  0.0000   0.903356  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318815     4  0.0000   0.903356  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816945      1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432     4  0.0000   0.903356  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359280     5  0.0000   0.900142  0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1313910     2  0.1582   0.633682  0 0.944 0.028 0.000 0.028
#> SRR1457315     4  0.0000   0.903356  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR815398      1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958      3  0.0794   0.841875  0 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR600688      3  0.3852   0.716566  0 0.220 0.760 0.020 0.000
#> SRR1098952     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916     3  0.0794   0.841875  0 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR614167      3  0.0000   0.845273  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348114     3  0.3789   0.717715  0 0.224 0.760 0.016 0.000
#> SRR658033      3  0.4210   0.524533  0 0.412 0.588 0.000 0.000
#> SRR1077503     3  0.3707   0.584494  0 0.284 0.716 0.000 0.000
#> SRR661854      3  0.0000   0.845273  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811379      4  0.0404   0.896387  0 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1318857     2  0.0794   0.650933  0 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR656445      2  0.3863   0.622704  0 0.772 0.200 0.000 0.028
#> SRR1433044     5  0.0000   0.900142  0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1486391     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071      4  0.0000   0.903356  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1364824     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745      5  0.0000   0.900142  0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR601038      5  0.0000   0.900142  0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1360080     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868      3  0.2020   0.791668  0 0.000 0.900 0.100 0.000
#> SRR1485997     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560     4  0.0000   0.903356  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333330     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513      4  0.0794   0.884448  0 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1328407     2  0.3508   0.778181  0 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR602784      2  0.3508   0.778181  0 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1348468     4  0.0000   0.903356  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663717      4  0.5032   0.683616  0 0.220 0.092 0.688 0.000
#> SRR602217      2  0.3508   0.778181  0 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR603140      3  0.0880   0.838208  0 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1340804     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574     3  0.0000   0.845273  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333462     5  0.0000   0.900142  0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1094601     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610     4  0.0290   0.898278  0 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1435833     4  0.3274   0.754697  0 0.220 0.000 0.780 0.000
#> SRR1398728     2  0.1582   0.633682  0 0.944 0.028 0.000 0.028
#> SRR1358343     4  0.0000   0.903356  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410890     2  0.0794   0.650933  0 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1350371     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478     2  0.3395   0.777364  0 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1099260     2  0.3876   0.757071  0 0.776 0.032 0.000 0.192
#> SRR1433576     3  0.4088   0.508379  0 0.368 0.632 0.000 0.000
#> SRR1345541     4  0.0000   0.903356  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086328     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391      3  0.0000   0.845273  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476207     3  0.0880   0.838208  0 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR627435      3  0.0880   0.840758  0 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1489862     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191     3  0.0000   0.845273  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490115     3  0.0000   0.845273  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377714     3  0.0880   0.838208  0 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR819394      1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161      4  0.0000   0.903356  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR607042      5  0.0000   0.900142  0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR656203      3  0.3274   0.731993  0 0.220 0.780 0.000 0.000
#> SRR660602      3  0.4201   0.346997  0 0.408 0.592 0.000 0.000
#> SRR1440397     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233      1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249      2  0.0794   0.650933  0 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR661242      3  0.3480   0.735728  0 0.248 0.752 0.000 0.000
#> SRR1332007     2  0.3508   0.778181  0 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR809619      2  0.4060   0.136128  0 0.640 0.360 0.000 0.000
#> SRR819975      1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281      2  0.3876   0.704440  0 0.684 0.000 0.000 0.316
#> SRR662366      3  0.0000   0.845273  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317898     3  0.0000   0.845273  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382485     3  0.6619  -0.000753  0 0.220 0.420 0.360 0.000
#> SRR2166420     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541     3  0.0794   0.841875  0 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR817444      2  0.4010   0.767792  0 0.760 0.032 0.000 0.208
#> SRR1320403     5  0.0000   0.900142  0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1101483     2  0.4242  -0.080278  0 0.572 0.428 0.000 0.000
#> SRR1331684     3  0.0794   0.841875  0 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1400054     4  0.0000   0.903356  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406088     2  0.2900   0.560872  0 0.864 0.108 0.000 0.028
#> SRR820733      4  0.0000   0.903356  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314113     4  0.0000   0.903356  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382615     2  0.4104   0.770577  0 0.748 0.032 0.000 0.220
#> SRR1480745     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850     2  0.3480   0.779090  0 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR656782      3  0.0880   0.838208  0 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR821364      1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295      5  0.0000   0.900142  0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1357103     5  0.3774   0.418524  0 0.296 0.000 0.000 0.704
#> SRR809185      3  0.3305   0.730209  0 0.224 0.776 0.000 0.000
#> SRR811583      4  0.4982   0.691399  0 0.220 0.088 0.692 0.000
#> SRR1468050     1  0.0000   1.000000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224     2  0.3480   0.779090  0 0.752 0.000 0.000 0.248

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>            class entropy silhouette p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR1500170     2  0.0146     0.8344  0 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1402368     3  0.1856     0.9054  0 0.000 0.920 0.032 0.000 0.048
#> SRR607743      3  0.0790     0.9381  0 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1457375     2  0.0146     0.8344  0 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1470923     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785     3  0.0790     0.9381  0 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR814768      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031     4  0.0458     0.9151  0 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1363611     4  0.0000     0.9186  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468447     5  0.3774     0.5013  0 0.408 0.000 0.000 0.592 0.000
#> SRR1071931     4  0.0146     0.9185  0 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR810981      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299      2  0.2793     0.6014  0 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR663585      2  0.3789     0.4521  0 0.584 0.416 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326773     2  0.0260     0.8329  0 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351166     2  0.0146     0.8343  0 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1477452     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720     3  0.3847    -0.0896  0 0.456 0.544 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420320     4  0.0858     0.9090  0 0.000 0.004 0.968 0.000 0.028
#> SRR1081712     5  0.3684     0.5551  0 0.372 0.000 0.000 0.628 0.000
#> SRR1318241     3  0.1556     0.9058  0 0.000 0.920 0.080 0.000 0.000
#> SRR1333718     2  0.0146     0.8344  0 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1313514     5  0.0000     0.8983  0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477861     5  0.0000     0.8983  0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318005     5  0.0000     0.8983  0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354665     2  0.0146     0.8343  0 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR657707      3  0.1556     0.9058  0 0.000 0.920 0.080 0.000 0.000
#> SRR1370742     3  0.0790     0.9381  0 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1412947     4  0.0914     0.9091  0 0.016 0.016 0.968 0.000 0.000
#> SRR661553      6  0.0790     0.9438  0 0.000 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR1328869     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211      5  0.3684     0.5551  0 0.372 0.000 0.000 0.628 0.000
#> SRR1348181     3  0.0146     0.9287  0 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416560     3  0.0790     0.9381  0 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1319772     3  0.0790     0.9381  0 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1091452     4  0.0146     0.9185  0 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1338812     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072     5  0.0000     0.8983  0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR814844      6  0.0000     0.9735  0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1376619     3  0.0146     0.9287  0 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR603690      4  0.3531     0.5502  0 0.000 0.328 0.672 0.000 0.000
#> SRR2184980     2  0.0146     0.8343  0 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR613963      6  0.0000     0.9735  0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1323422     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673     2  0.3789     0.4521  0 0.584 0.416 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434650     5  0.1910     0.8303  0 0.108 0.000 0.000 0.892 0.000
#> SRR659875      2  0.1007     0.8126  0 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1465734     3  0.0790     0.9381  0 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1076847     5  0.0000     0.8983  0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415072     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319      2  0.1556     0.8074  0 0.920 0.080 0.000 0.000 0.000
#> SRR663088      6  0.0000     0.9735  0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352021     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935      4  0.0858     0.9090  0 0.000 0.004 0.968 0.000 0.028
#> SRR1352530     2  0.3797     0.4436  0 0.580 0.420 0.000 0.000 0.000
#> SRR662594      3  0.1556     0.9058  0 0.000 0.920 0.080 0.000 0.000
#> SRR1095309     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647      3  0.0146     0.9287  0 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR813019      2  0.0146     0.8344  0 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1374647     2  0.0146     0.8344  0 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR603472      5  0.0000     0.8983  0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661529      6  0.0000     0.9735  0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR607018      2  0.1075     0.8207  0 0.952 0.048 0.000 0.000 0.000
#> SRR627423      6  0.0000     0.9735  0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR654921      6  0.0000     0.9735  0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418968     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871      3  0.0790     0.9381  0 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1330522     3  0.0146     0.9287  0 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499958     2  0.3765     0.1943  0 0.596 0.000 0.404 0.000 0.000
#> SRR614059      6  0.0000     0.9735  0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1071403     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719     5  0.3789     0.4885  0 0.416 0.000 0.000 0.584 0.000
#> SRR1440421     5  0.0000     0.8983  0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310412     6  0.4238     0.4036  0 0.000 0.344 0.028 0.000 0.628
#> SRR614767      2  0.0146     0.8344  0 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR820709      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093      2  0.2969     0.7118  0 0.776 0.224 0.000 0.000 0.000
#> SRR1088168     2  0.2883     0.7222  0 0.788 0.212 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418707     5  0.3789     0.4885  0 0.416 0.000 0.000 0.584 0.000
#> SRR1354291     5  0.0000     0.8983  0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2165806     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684     4  0.0858     0.9090  0 0.000 0.004 0.968 0.000 0.028
#> SRR1433860     2  0.3782     0.4595  0 0.588 0.412 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311062     5  0.3789     0.4885  0 0.416 0.000 0.000 0.584 0.000
#> SRR1360359     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385      3  0.2996     0.6118  0 0.228 0.772 0.000 0.000 0.000
#> SRR615407      2  0.0146     0.8344  0 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1413892     2  0.1556     0.8074  0 0.920 0.080 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443459     4  0.0458     0.9151  0 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1338942     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480      4  0.3797     0.2216  0 0.000 0.420 0.580 0.000 0.000
#> SRR1399433     4  0.0146     0.9185  0 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR818537      5  0.0000     0.8983  0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101324     6  0.0000     0.9735  0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR807637      6  0.0000     0.9735  0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1091918     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300      6  0.0000     0.9735  0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1085426     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294     2  0.0146     0.8343  0 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR813891      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431     4  0.3483     0.6504  0 0.236 0.016 0.748 0.000 0.000
#> SRR658742      6  0.0000     0.9735  0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419234     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813     2  0.0146     0.8343  0 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR603496      2  0.3351     0.6424  0 0.712 0.288 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407758     2  0.3789     0.4521  0 0.584 0.416 0.000 0.000 0.000
#> SRR810945      2  0.0291     0.8339  0 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR817234      5  0.0000     0.8983  0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444852     3  0.0146     0.9287  0 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR660378      2  0.3789     0.4521  0 0.584 0.416 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467835     2  0.0146     0.8343  0 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1338964     3  0.1556     0.9058  0 0.000 0.920 0.080 0.000 0.000
#> SRR1079259     4  0.0146     0.9185  0 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1072345     3  0.1863     0.9069  0 0.000 0.920 0.036 0.000 0.044
#> SRR598725      3  0.0790     0.9381  0 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1447938     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460     6  0.2664     0.7669  0 0.000 0.000 0.184 0.000 0.816
#> SRR1429468     2  0.3672     0.1905  0 0.632 0.000 0.000 0.368 0.000
#> SRR1446850     2  0.0146     0.8343  0 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1320363     3  0.0790     0.9381  0 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1413810     2  0.3789     0.4521  0 0.584 0.416 0.000 0.000 0.000
#> SRR598831      2  0.0146     0.8343  0 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1381865     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957      3  0.0790     0.9381  0 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1491332     2  0.1411     0.8171  0 0.936 0.060 0.000 0.004 0.000
#> SRR1099744     2  0.0146     0.8344  0 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1464618     4  0.0603     0.9149  0 0.000 0.004 0.980 0.000 0.016
#> SRR1414559     6  0.0000     0.9735  0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1337540     6  0.0000     0.9735  0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1444283     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942     3  0.0790     0.9381  0 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR660295      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335      2  0.3789     0.4521  0 0.584 0.416 0.000 0.000 0.000
#> SRR1363742     2  0.3774     0.4666  0 0.592 0.408 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345847     4  0.0858     0.9075  0 0.028 0.004 0.968 0.000 0.000
#> SRR614960      6  0.0000     0.9735  0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR819919      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330      5  0.0000     0.8983  0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327951     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266     4  0.0790     0.9060  0 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR1338055     2  0.0146     0.8344  0 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1430157     4  0.3288     0.6223  0 0.276 0.000 0.724 0.000 0.000
#> SRR1320137     4  0.0717     0.9132  0 0.016 0.008 0.976 0.000 0.000
#> SRR1093483     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913     3  0.0790     0.9381  0 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR2170490     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845     3  0.3601     0.5212  0 0.004 0.684 0.312 0.000 0.000
#> SRR1436420     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060     5  0.3023     0.7282  0 0.232 0.000 0.000 0.768 0.000
#> SRR662282      2  0.2178     0.7792  0 0.868 0.132 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487089     6  0.0000     0.9735  0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1075683     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880     4  0.0914     0.9091  0 0.016 0.016 0.968 0.000 0.000
#> SRR1453456     3  0.3747     0.1483  0 0.396 0.604 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457895     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603     5  0.0000     0.8983  0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658633      2  0.0146     0.8344  0 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1388081     4  0.0458     0.9146  0 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR813339      3  0.0790     0.9381  0 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR809725      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441      5  0.0000     0.8983  0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613603      6  0.1334     0.9252  0 0.000 0.020 0.032 0.000 0.948
#> SRR1096571     2  0.0146     0.8344  0 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1392701     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693     4  0.0458     0.9151  0 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR660697      4  0.0146     0.9185  0 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1489926     3  0.0146     0.9287  0 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR811491      3  0.0790     0.9381  0 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1311644     6  0.0000     0.9735  0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1451740     3  0.0146     0.9312  0 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR615117      5  0.0000     0.8983  0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1391748     6  0.0000     0.9735  0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466556     3  0.0790     0.9381  0 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR614972      3  0.0790     0.9381  0 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1406200     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210      4  0.0146     0.9185  0 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR662174      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236      6  0.5718     0.3788  0 0.000 0.252 0.228 0.000 0.520
#> SRR1312598     2  0.0146     0.8343  0 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1330129     5  0.0000     0.8983  0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357781     5  0.0000     0.8983  0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315517     5  0.0000     0.8983  0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400032     3  0.0291     0.9300  0 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000
#> SRR1413722     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827      3  0.0790     0.9381  0 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR814794      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509     6  0.0000     0.9735  0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR808728      2  0.1075     0.8202  0 0.952 0.048 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070813     2  0.0146     0.8344  0 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1389133     6  0.0000     0.9735  0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR601263      3  0.1556     0.9058  0 0.000 0.920 0.080 0.000 0.000
#> SRR604718      4  0.0146     0.9185  0 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1481351     2  0.3789     0.4521  0 0.584 0.416 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334608     2  0.3634     0.5514  0 0.644 0.356 0.000 0.000 0.000
#> SRR658681      2  0.3076     0.7005  0 0.760 0.240 0.000 0.000 0.000
#> SRR809283      6  0.0000     0.9735  0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1459300     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547     2  0.0146     0.8344  0 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR811049      3  0.1556     0.9058  0 0.000 0.920 0.080 0.000 0.000
#> SRR1464835     6  0.0000     0.9735  0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339619     4  0.0790     0.9060  0 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR658501      3  0.0260     0.9324  0 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1447523     3  0.1856     0.9054  0 0.000 0.920 0.032 0.000 0.048
#> SRR1415048     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348     4  0.0458     0.9151  0 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR603890      5  0.0000     0.8983  0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR810595      2  0.3789     0.4521  0 0.584 0.416 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446244     4  0.0000     0.9186  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817373      4  0.0146     0.9185  0 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1457291     2  0.2340     0.7260  0 0.852 0.000 0.148 0.000 0.000
#> SRR598220      4  0.0146     0.9185  0 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1477991     2  0.0146     0.8343  0 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR598172      5  0.0000     0.8983  0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349032     4  0.0000     0.9186  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR604002      5  0.0000     0.8983  0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378026     3  0.0146     0.9287  0 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404401     5  0.0000     0.8983  0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333240     2  0.0146     0.8344  0 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1089399     5  0.3756     0.5135  0 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000
#> SRR603421      2  0.0146     0.8344  0 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR812562      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520      2  0.1471     0.8155  0 0.932 0.064 0.000 0.004 0.000
#> SRR811839      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317      5  0.3789     0.4885  0 0.416 0.000 0.000 0.584 0.000
#> SRR1436763     6  0.0000     0.9735  0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1486021     2  0.0260     0.8330  0 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1465018     2  0.3499     0.3379  0 0.680 0.000 0.000 0.320 0.000
#> SRR1080998     4  0.3634     0.3902  0 0.000 0.356 0.644 0.000 0.000
#> SRR1083432     2  0.3833     0.3875  0 0.556 0.444 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082833     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536     3  0.0790     0.9381  0 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR614011      4  0.0713     0.9087  0 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1365873     2  0.0146     0.8344  0 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1498789     2  0.0146     0.8343  0 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR601581      4  0.0146     0.9185  0 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR603566      2  0.0146     0.8344  0 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1373981     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410      2  0.0146     0.8343  0 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1076511     6  0.0000     0.9735  0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR614143      3  0.0790     0.9381  0 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1333570     3  0.1856     0.9054  0 0.000 0.920 0.032 0.000 0.048
#> SRR1366813     2  0.0146     0.8343  0 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1388746     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558     6  0.0000     0.9735  0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409510     3  0.0146     0.9287  0 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR816250      2  0.0146     0.8343  0 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR614131      4  0.0713     0.9074  0 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1331130     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015     3  0.0146     0.9287  0 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470798     3  0.0146     0.9287  0 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR614179      5  0.3684     0.3406  0 0.372 0.000 0.000 0.628 0.000
#> SRR1474863     2  0.0363     0.8294  0 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR813560      2  0.0146     0.8343  0 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1312187     4  0.0146     0.9185  0 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1420960     3  0.3747     0.1483  0 0.396 0.604 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355102     3  0.0790     0.9381  0 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1084577     2  0.3789     0.4521  0 0.584 0.416 0.000 0.000 0.000
#> SRR659971      4  0.0858     0.9075  0 0.028 0.004 0.968 0.000 0.000
#> SRR1350855     6  0.0000     0.9735  0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR820779      3  0.0790     0.9381  0 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1476300     3  0.0790     0.9381  0 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1090907     4  0.0146     0.9185  0 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR662294      5  0.0000     0.8983  0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480789     2  0.3330     0.5624  0 0.716 0.000 0.000 0.284 0.000
#> SRR1336263     6  0.0000     0.9735  0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR660776      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508     2  0.0146     0.8344  0 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR615563      6  0.0000     0.9735  0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1101175     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650     2  0.0146     0.8344  0 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1431205     2  0.0146     0.8344  0 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1339856     4  0.0146     0.9185  0 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1352147     4  0.0858     0.9075  0 0.028 0.004 0.968 0.000 0.000
#> SRR808968      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419      5  0.3789     0.4885  0 0.416 0.000 0.000 0.584 0.000
#> SRR1402391     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609      2  0.0146     0.8344  0 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2167857     5  0.0000     0.8983  0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398752     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437     2  0.0146     0.8344  0 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1416955     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064     4  0.0000     0.9186  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659001      6  0.0000     0.9735  0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170696     6  0.0000     0.9735  0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR816589      2  0.3789     0.4521  0 0.584 0.416 0.000 0.000 0.000
#> SRR1087487     2  0.3765     0.4736  0 0.596 0.404 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329485     3  0.0146     0.9287  0 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR816920      6  0.0000     0.9735  0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1341432     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590     6  0.0000     0.9735  0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR817046      3  0.0146     0.9287  0 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471331     2  0.3789     0.4521  0 0.584 0.416 0.000 0.000 0.000
#> SRR660788      6  0.0000     0.9735  0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR819234      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853      5  0.0000     0.8983  0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809427      4  0.0146     0.9185  0 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2170217     6  0.0000     0.9735  0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1386967     2  0.3789     0.4521  0 0.584 0.416 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420344     4  0.0865     0.9037  0 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> SRR1334535     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503      4  0.0260     0.9168  0 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR602564      4  0.1501     0.8642  0 0.000 0.076 0.924 0.000 0.000
#> SRR1420669     6  0.0000     0.9735  0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR819024      3  0.0790     0.9381  0 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR656223      2  0.1644     0.8103  0 0.920 0.076 0.000 0.004 0.000
#> SRR608428      2  0.0146     0.8343  0 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1345647     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324     2  0.0260     0.8328  0 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1361368     4  0.0000     0.9186  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322619     2  0.0146     0.8343  0 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1349276     6  0.0000     0.9735  0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404024     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637     2  0.0146     0.8343  0 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1452631     6  0.0000     0.9735  0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR608392      2  0.1219     0.8209  0 0.948 0.048 0.000 0.004 0.000
#> SRR1357757     3  0.0790     0.9381  0 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1074646     6  0.0000     0.9735  0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1367499     3  0.0865     0.9045  0 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343501     2  0.3765     0.4736  0 0.596 0.404 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394406     6  0.2996     0.7074  0 0.000 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR1381435     2  0.3050     0.7048  0 0.764 0.236 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467407     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422     2  0.3409     0.5373  0 0.700 0.000 0.000 0.300 0.000
#> SRR1380270     5  0.0000     0.8983  0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091817     2  0.0146     0.8344  0 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1440137     2  0.0146     0.8343  0 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR614311      4  0.0146     0.9185  0 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1407516     4  0.0146     0.9185  0 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR815494      3  0.0146     0.9287  0 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333209     4  0.0146     0.9185  0 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR615177      6  0.0000     0.9735  0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099648     2  0.0146     0.8344  0 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR659720      3  0.3672     0.4254  0 0.000 0.632 0.368 0.000 0.000
#> SRR2185057     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468      6  0.0000     0.9735  0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR660042      6  0.0000     0.9735  0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170864     2  0.0146     0.8343  0 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1440491     4  0.0146     0.9185  0 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1440852     3  0.0146     0.9287  0 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR811169      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311     4  0.0858     0.9090  0 0.000 0.004 0.968 0.000 0.028
#> SRR818009      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836     2  0.0146     0.8344  0 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1498313     5  0.0000     0.8983  0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441975     2  0.0146     0.8344  0 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR819096      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679     4  0.3620     0.4278  0 0.000 0.352 0.648 0.000 0.000
#> SRR1489116     2  0.0146     0.8344  0 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1354138     3  0.2762     0.6731  0 0.196 0.804 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490589     3  0.2868     0.8289  0 0.000 0.840 0.028 0.000 0.132
#> SRR1412987     6  0.0000     0.9735  0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR602034      3  0.0146     0.9287  0 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353437     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871     3  0.1556     0.9058  0 0.000 0.920 0.080 0.000 0.000
#> SRR661577      6  0.0000     0.9735  0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR612190      6  0.2092     0.8468  0 0.000 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1399880     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787     4  0.0858     0.9090  0 0.000 0.004 0.968 0.000 0.028
#> SRR657869      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141     2  0.3833     0.3875  0 0.556 0.444 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476697     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538     4  0.0865     0.9035  0 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1331422     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859      6  0.1644     0.9091  0 0.000 0.040 0.028 0.000 0.932
#> SRR1097594     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419     2  0.3789     0.4521  0 0.584 0.416 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336706     2  0.0146     0.8344  0 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1472976     6  0.0000     0.9735  0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1321307     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461      3  0.0146     0.9287  0 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477149     5  0.0000     0.8983  0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457397     5  0.0000     0.8983  0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661913      3  0.1334     0.9273  0 0.000 0.948 0.032 0.000 0.020
#> SRR1069024     5  0.0000     0.8983  0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2165634     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722     3  0.0790     0.9381  0 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1328642     5  0.0000     0.8983  0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488261     6  0.0000     0.9735  0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318815     6  0.0000     0.9735  0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR816945      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432     6  0.0000     0.9735  0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359280     5  0.0000     0.8983  0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313910     4  0.0790     0.9060  0 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR1457315     6  0.0000     0.9735  0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR815398      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958      3  0.0146     0.9287  0 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR600688      4  0.0146     0.9185  0 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1098952     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916     3  0.0146     0.9287  0 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR614167      3  0.0790     0.9381  0 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1348114     4  0.0146     0.9185  0 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR658033      4  0.2883     0.7523  0 0.000 0.212 0.788 0.000 0.000
#> SRR1077503     2  0.3797     0.4436  0 0.580 0.420 0.000 0.000 0.000
#> SRR661854      3  0.0790     0.9381  0 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR811379      4  0.3823     0.2357  0 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR1318857     4  0.2996     0.6908  0 0.228 0.000 0.772 0.000 0.000
#> SRR656445      2  0.3023     0.7089  0 0.768 0.232 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433044     5  0.0000     0.8983  0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486391     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071      6  0.0000     0.9735  0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1364824     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745      5  0.2854     0.7503  0 0.208 0.000 0.000 0.792 0.000
#> SRR601038      5  0.0000     0.8983  0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360080     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868      3  0.2106     0.8920  0 0.000 0.904 0.032 0.000 0.064
#> SRR1485997     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560     6  0.0000     0.9735  0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333330     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513      6  0.0713     0.9460  0 0.000 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1328407     2  0.0146     0.8344  0 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR602784      2  0.0146     0.8344  0 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1348468     6  0.0000     0.9735  0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR663717      4  0.0858     0.9090  0 0.000 0.004 0.968 0.000 0.028
#> SRR602217      2  0.0146     0.8344  0 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR603140      3  0.1556     0.9058  0 0.000 0.920 0.080 0.000 0.000
#> SRR1340804     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574     3  0.0790     0.9381  0 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1333462     5  0.0000     0.8983  0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1094601     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610     6  0.0260     0.9660  0 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1435833     4  0.0865     0.9035  0 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1398728     4  0.0790     0.9060  0 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR1358343     6  0.0000     0.9735  0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1410890     4  0.3695     0.4179  0 0.376 0.000 0.624 0.000 0.000
#> SRR1350371     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478     2  0.0547     0.8247  0 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1099260     2  0.1556     0.8074  0 0.920 0.080 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433576     4  0.2793     0.7380  0 0.000 0.200 0.800 0.000 0.000
#> SRR1345541     6  0.0000     0.9735  0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1086328     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391      3  0.0790     0.9381  0 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1476207     3  0.1556     0.9058  0 0.000 0.920 0.080 0.000 0.000
#> SRR627435      3  0.0937     0.9005  0 0.040 0.960 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489862     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191     3  0.0790     0.9381  0 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1490115     3  0.0790     0.9381  0 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1377714     4  0.3756     0.2809  0 0.000 0.400 0.600 0.000 0.000
#> SRR819394      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161      6  0.0000     0.9735  0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR607042      5  0.0000     0.8983  0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR656203      4  0.0146     0.9185  0 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR660602      2  0.3789     0.4521  0 0.584 0.416 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440397     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249      4  0.3050     0.6787  0 0.236 0.000 0.764 0.000 0.000
#> SRR661242      4  0.0790     0.9046  0 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1332007     2  0.0146     0.8344  0 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR809619      4  0.0000     0.9186  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819975      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281      2  0.1141     0.7958  0 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR662366      3  0.0790     0.9381  0 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1317898     3  0.0790     0.9381  0 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1382485     4  0.0146     0.9185  0 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2166420     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541     3  0.0146     0.9287  0 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR817444      2  0.1285     0.8198  0 0.944 0.052 0.004 0.000 0.000
#> SRR1320403     5  0.0000     0.8983  0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101483     4  0.0000     0.9186  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331684     3  0.0146     0.9287  0 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400054     6  0.0000     0.9735  0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406088     4  0.0790     0.9060  0 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR820733      6  0.0000     0.9735  0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1314113     6  0.0000     0.9735  0 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1382615     2  0.1219     0.8209  0 0.948 0.048 0.000 0.004 0.000
#> SRR1480745     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850     2  0.0146     0.8343  0 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR656782      3  0.1556     0.9058  0 0.000 0.920 0.080 0.000 0.000
#> SRR821364      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295      5  0.0000     0.8983  0 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357103     2  0.3050     0.6309  0 0.764 0.000 0.000 0.236 0.000
#> SRR809185      4  0.0000     0.9186  0 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811583      4  0.0865     0.9035  0 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1468050     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224     2  0.0146     0.8343  0 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-pam-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-pam-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-pam-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-pam-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-pam-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-pam-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-pam-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-pam-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-pam-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-pam-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-pam-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-pam-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-pam-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-pam-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-pam-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-pam-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-pam-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-pam-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-pam-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-pam-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk ATC-pam-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-pam-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-pam-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-pam-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-pam-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-pam-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk ATC-pam-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


ATC:mclust*

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["ATC", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:mclust"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 17314 rows and 500 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#>   Subgroups are detected by 'mclust' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 4.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk ATC-mclust-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk ATC-mclust-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 1.000           1.000       1.000         0.3577 0.643   0.643
#> 3 3 0.728           0.829       0.913         0.7637 0.712   0.552
#> 4 4 0.921           0.927       0.954         0.1838 0.855   0.613
#> 5 5 0.797           0.737       0.857         0.0480 0.887   0.605
#> 6 6 0.804           0.747       0.819         0.0348 0.912   0.639

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 2

There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>            class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1500170     2       0          1  0  1
#> SRR1402368     2       0          1  0  1
#> SRR607743      2       0          1  0  1
#> SRR1457375     2       0          1  0  1
#> SRR1470923     1       0          1  1  0
#> SRR817954      1       0          1  1  0
#> SRR809259      1       0          1  1  0
#> SRR1439785     2       0          1  0  1
#> SRR814768      1       0          1  1  0
#> SRR1102031     2       0          1  0  1
#> SRR1363611     2       0          1  0  1
#> SRR1468447     2       0          1  0  1
#> SRR1071931     2       0          1  0  1
#> SRR810981      1       0          1  1  0
#> SRR615299      2       0          1  0  1
#> SRR663585      2       0          1  0  1
#> SRR1326773     2       0          1  0  1
#> SRR1351166     2       0          1  0  1
#> SRR1477452     1       0          1  1  0
#> SRR1084720     2       0          1  0  1
#> SRR1420320     2       0          1  0  1
#> SRR1081712     2       0          1  0  1
#> SRR1318241     2       0          1  0  1
#> SRR1333718     2       0          1  0  1
#> SRR1313514     2       0          1  0  1
#> SRR1477861     2       0          1  0  1
#> SRR1318005     2       0          1  0  1
#> SRR1354665     2       0          1  0  1
#> SRR657707      2       0          1  0  1
#> SRR1370742     2       0          1  0  1
#> SRR1412947     2       0          1  0  1
#> SRR661553      2       0          1  0  1
#> SRR1328869     1       0          1  1  0
#> SRR662211      2       0          1  0  1
#> SRR1348181     2       0          1  0  1
#> SRR1416560     2       0          1  0  1
#> SRR1319772     2       0          1  0  1
#> SRR1091452     2       0          1  0  1
#> SRR1338812     1       0          1  1  0
#> SRR1392072     2       0          1  0  1
#> SRR814844      2       0          1  0  1
#> SRR1376619     2       0          1  0  1
#> SRR603690      2       0          1  0  1
#> SRR2184980     2       0          1  0  1
#> SRR613963      2       0          1  0  1
#> SRR1323422     1       0          1  1  0
#> SRR1397673     2       0          1  0  1
#> SRR1434650     2       0          1  0  1
#> SRR659875      2       0          1  0  1
#> SRR1465734     2       0          1  0  1
#> SRR1076847     2       0          1  0  1
#> SRR1415072     1       0          1  1  0
#> SRR659319      2       0          1  0  1
#> SRR663088      2       0          1  0  1
#> SRR1352021     1       0          1  1  0
#> SRR1325527     1       0          1  1  0
#> SRR1105369     1       0          1  1  0
#> SRR659935      2       0          1  0  1
#> SRR1352530     2       0          1  0  1
#> SRR662594      2       0          1  0  1
#> SRR1095309     1       0          1  1  0
#> SRR615647      2       0          1  0  1
#> SRR813019      2       0          1  0  1
#> SRR1374647     2       0          1  0  1
#> SRR603472      2       0          1  0  1
#> SRR661529      2       0          1  0  1
#> SRR607018      2       0          1  0  1
#> SRR627423      2       0          1  0  1
#> SRR654921      2       0          1  0  1
#> SRR1418968     1       0          1  1  0
#> SRR660871      2       0          1  0  1
#> SRR1330522     2       0          1  0  1
#> SRR1499958     2       0          1  0  1
#> SRR614059      2       0          1  0  1
#> SRR1071403     1       0          1  1  0
#> SRR1486719     2       0          1  0  1
#> SRR1440421     2       0          1  0  1
#> SRR1310412     2       0          1  0  1
#> SRR614767      2       0          1  0  1
#> SRR820709      1       0          1  1  0
#> SRR1471500     1       0          1  1  0
#> SRR658093      2       0          1  0  1
#> SRR1088168     2       0          1  0  1
#> SRR1418707     2       0          1  0  1
#> SRR1354291     2       0          1  0  1
#> SRR2165806     1       0          1  1  0
#> SRR1415684     2       0          1  0  1
#> SRR1433860     2       0          1  0  1
#> SRR1311062     2       0          1  0  1
#> SRR1360359     1       0          1  1  0
#> SRR661385      2       0          1  0  1
#> SRR615407      2       0          1  0  1
#> SRR1413892     2       0          1  0  1
#> SRR1443459     2       0          1  0  1
#> SRR1338942     1       0          1  1  0
#> SRR657480      2       0          1  0  1
#> SRR1399433     2       0          1  0  1
#> SRR818537      2       0          1  0  1
#> SRR1101324     2       0          1  0  1
#> SRR807637      2       0          1  0  1
#> SRR1091918     1       0          1  1  0
#> SRR598300      2       0          1  0  1
#> SRR1085426     1       0          1  1  0
#> SRR1376294     2       0          1  0  1
#> SRR813891      1       0          1  1  0
#> SRR1467431     2       0          1  0  1
#> SRR658742      2       0          1  0  1
#> SRR1419234     1       0          1  1  0
#> SRR1404813     2       0          1  0  1
#> SRR603496      2       0          1  0  1
#> SRR1407758     2       0          1  0  1
#> SRR810945      2       0          1  0  1
#> SRR817234      2       0          1  0  1
#> SRR1444852     2       0          1  0  1
#> SRR660378      2       0          1  0  1
#> SRR1467835     2       0          1  0  1
#> SRR1338964     2       0          1  0  1
#> SRR1079259     2       0          1  0  1
#> SRR1072345     2       0          1  0  1
#> SRR598725      2       0          1  0  1
#> SRR1447938     1       0          1  1  0
#> SRR1356397     1       0          1  1  0
#> SRR1360460     2       0          1  0  1
#> SRR1429468     2       0          1  0  1
#> SRR1446850     2       0          1  0  1
#> SRR1320363     2       0          1  0  1
#> SRR1413810     2       0          1  0  1
#> SRR598831      2       0          1  0  1
#> SRR1381865     1       0          1  1  0
#> SRR660957      2       0          1  0  1
#> SRR1491332     2       0          1  0  1
#> SRR1099744     2       0          1  0  1
#> SRR1464618     2       0          1  0  1
#> SRR1414559     2       0          1  0  1
#> SRR1337540     2       0          1  0  1
#> SRR1444283     1       0          1  1  0
#> SRR2184942     2       0          1  0  1
#> SRR660295      1       0          1  1  0
#> SRR601335      2       0          1  0  1
#> SRR1363742     2       0          1  0  1
#> SRR1345847     2       0          1  0  1
#> SRR614960      2       0          1  0  1
#> SRR819919      1       0          1  1  0
#> SRR603330      2       0          1  0  1
#> SRR1327951     1       0          1  1  0
#> SRR1401885     1       0          1  1  0
#> SRR1345266     2       0          1  0  1
#> SRR1338055     2       0          1  0  1
#> SRR1430157     2       0          1  0  1
#> SRR1320137     2       0          1  0  1
#> SRR1093483     1       0          1  1  0
#> SRR1341080     1       0          1  1  0
#> SRR1459913     2       0          1  0  1
#> SRR2170490     1       0          1  1  0
#> SRR1479845     2       0          1  0  1
#> SRR1436420     1       0          1  1  0
#> SRR1481060     2       0          1  0  1
#> SRR662282      2       0          1  0  1
#> SRR1487089     2       0          1  0  1
#> SRR1075683     1       0          1  1  0
#> SRR1338536     1       0          1  1  0
#> SRR1338880     2       0          1  0  1
#> SRR1453456     2       0          1  0  1
#> SRR1457895     1       0          1  1  0
#> SRR1440603     2       0          1  0  1
#> SRR658633      2       0          1  0  1
#> SRR1388081     2       0          1  0  1
#> SRR813339      2       0          1  0  1
#> SRR809725      1       0          1  1  0
#> SRR627441      2       0          1  0  1
#> SRR613603      2       0          1  0  1
#> SRR1096571     2       0          1  0  1
#> SRR1392701     1       0          1  1  0
#> SRR1344326     1       0          1  1  0
#> SRR1367693     2       0          1  0  1
#> SRR660697      2       0          1  0  1
#> SRR1489926     2       0          1  0  1
#> SRR811491      2       0          1  0  1
#> SRR1311644     2       0          1  0  1
#> SRR1451740     2       0          1  0  1
#> SRR615117      2       0          1  0  1
#> SRR1391748     2       0          1  0  1
#> SRR1466556     2       0          1  0  1
#> SRR614972      2       0          1  0  1
#> SRR1406200     1       0          1  1  0
#> SRR819210      2       0          1  0  1
#> SRR662174      1       0          1  1  0
#> SRR811988      1       0          1  1  0
#> SRR663236      2       0          1  0  1
#> SRR1312598     2       0          1  0  1
#> SRR1330129     2       0          1  0  1
#> SRR1357781     2       0          1  0  1
#> SRR1315517     2       0          1  0  1
#> SRR1400032     2       0          1  0  1
#> SRR1413722     1       0          1  1  0
#> SRR612827      2       0          1  0  1
#> SRR814794      1       0          1  1  0
#> SRR819430      1       0          1  1  0
#> SRR1395509     2       0          1  0  1
#> SRR808728      2       0          1  0  1
#> SRR1070813     2       0          1  0  1
#> SRR1389133     2       0          1  0  1
#> SRR601263      2       0          1  0  1
#> SRR604718      2       0          1  0  1
#> SRR1481351     2       0          1  0  1
#> SRR1334608     2       0          1  0  1
#> SRR658681      2       0          1  0  1
#> SRR809283      2       0          1  0  1
#> SRR1459300     1       0          1  1  0
#> SRR1392547     2       0          1  0  1
#> SRR811049      2       0          1  0  1
#> SRR1464835     2       0          1  0  1
#> SRR1339619     2       0          1  0  1
#> SRR658501      2       0          1  0  1
#> SRR1447523     2       0          1  0  1
#> SRR1415048     1       0          1  1  0
#> SRR1355451     1       0          1  1  0
#> SRR1444348     2       0          1  0  1
#> SRR603890      2       0          1  0  1
#> SRR810595      2       0          1  0  1
#> SRR1446244     2       0          1  0  1
#> SRR817373      2       0          1  0  1
#> SRR1457291     2       0          1  0  1
#> SRR598220      2       0          1  0  1
#> SRR1477991     2       0          1  0  1
#> SRR598172      2       0          1  0  1
#> SRR1349032     2       0          1  0  1
#> SRR604002      2       0          1  0  1
#> SRR1378026     2       0          1  0  1
#> SRR1404401     2       0          1  0  1
#> SRR1333240     2       0          1  0  1
#> SRR1089399     2       0          1  0  1
#> SRR603421      2       0          1  0  1
#> SRR812562      1       0          1  1  0
#> SRR808520      2       0          1  0  1
#> SRR811839      1       0          1  1  0
#> SRR814317      2       0          1  0  1
#> SRR1436763     2       0          1  0  1
#> SRR1486021     2       0          1  0  1
#> SRR1465018     2       0          1  0  1
#> SRR1080998     2       0          1  0  1
#> SRR1083432     2       0          1  0  1
#> SRR1082833     1       0          1  1  0
#> SRR1465804     1       0          1  1  0
#> SRR1326536     2       0          1  0  1
#> SRR614011      2       0          1  0  1
#> SRR1365873     2       0          1  0  1
#> SRR1498789     2       0          1  0  1
#> SRR601581      2       0          1  0  1
#> SRR603566      2       0          1  0  1
#> SRR1373981     1       0          1  1  0
#> SRR821410      2       0          1  0  1
#> SRR1076511     2       0          1  0  1
#> SRR614143      2       0          1  0  1
#> SRR1333570     2       0          1  0  1
#> SRR1366813     2       0          1  0  1
#> SRR1388746     1       0          1  1  0
#> SRR1420558     2       0          1  0  1
#> SRR1409510     2       0          1  0  1
#> SRR816250      2       0          1  0  1
#> SRR614131      2       0          1  0  1
#> SRR1331130     1       0          1  1  0
#> SRR1316015     2       0          1  0  1
#> SRR1470798     2       0          1  0  1
#> SRR614179      2       0          1  0  1
#> SRR1474863     2       0          1  0  1
#> SRR813560      2       0          1  0  1
#> SRR1312187     2       0          1  0  1
#> SRR1420960     2       0          1  0  1
#> SRR1355102     2       0          1  0  1
#> SRR1084577     2       0          1  0  1
#> SRR659971      2       0          1  0  1
#> SRR1350855     2       0          1  0  1
#> SRR820779      2       0          1  0  1
#> SRR1476300     2       0          1  0  1
#> SRR1090907     2       0          1  0  1
#> SRR662294      2       0          1  0  1
#> SRR1480789     2       0          1  0  1
#> SRR1336263     2       0          1  0  1
#> SRR660776      1       0          1  1  0
#> SRR1090508     2       0          1  0  1
#> SRR615563      2       0          1  0  1
#> SRR1101175     1       0          1  1  0
#> SRR2164650     2       0          1  0  1
#> SRR1431205     2       0          1  0  1
#> SRR1339856     2       0          1  0  1
#> SRR1352147     2       0          1  0  1
#> SRR808968      1       0          1  1  0
#> SRR627419      2       0          1  0  1
#> SRR1402391     1       0          1  1  0
#> SRR663609      2       0          1  0  1
#> SRR2167857     2       0          1  0  1
#> SRR1398752     1       0          1  1  0
#> SRR1469169     1       0          1  1  0
#> SRR1405437     2       0          1  0  1
#> SRR1416955     1       0          1  1  0
#> SRR1317064     2       0          1  0  1
#> SRR659001      2       0          1  0  1
#> SRR2170696     2       0          1  0  1
#> SRR816589      2       0          1  0  1
#> SRR1087487     2       0          1  0  1
#> SRR1329485     2       0          1  0  1
#> SRR816920      2       0          1  0  1
#> SRR1341432     1       0          1  1  0
#> SRR1361590     2       0          1  0  1
#> SRR817046      2       0          1  0  1
#> SRR1471331     2       0          1  0  1
#> SRR660788      2       0          1  0  1
#> SRR819234      1       0          1  1  0
#> SRR810853      2       0          1  0  1
#> SRR809427      2       0          1  0  1
#> SRR2170217     2       0          1  0  1
#> SRR1386967     2       0          1  0  1
#> SRR1420344     2       0          1  0  1
#> SRR1334535     1       0          1  1  0
#> SRR614503      2       0          1  0  1
#> SRR602564      2       0          1  0  1
#> SRR1420669     2       0          1  0  1
#> SRR819024      2       0          1  0  1
#> SRR656223      2       0          1  0  1
#> SRR608428      2       0          1  0  1
#> SRR1345647     1       0          1  1  0
#> SRR1389324     2       0          1  0  1
#> SRR1361368     2       0          1  0  1
#> SRR1322619     2       0          1  0  1
#> SRR1349276     2       0          1  0  1
#> SRR1404024     1       0          1  1  0
#> SRR1370637     2       0          1  0  1
#> SRR1452631     2       0          1  0  1
#> SRR608392      2       0          1  0  1
#> SRR1357757     2       0          1  0  1
#> SRR1074646     2       0          1  0  1
#> SRR1367499     2       0          1  0  1
#> SRR1343501     2       0          1  0  1
#> SRR1394406     2       0          1  0  1
#> SRR1381435     2       0          1  0  1
#> SRR1467407     1       0          1  1  0
#> SRR1092422     2       0          1  0  1
#> SRR1380270     2       0          1  0  1
#> SRR1091817     2       0          1  0  1
#> SRR1440137     2       0          1  0  1
#> SRR614311      2       0          1  0  1
#> SRR1407516     2       0          1  0  1
#> SRR815494      2       0          1  0  1
#> SRR1333209     2       0          1  0  1
#> SRR615177      2       0          1  0  1
#> SRR1099648     2       0          1  0  1
#> SRR659720      2       0          1  0  1
#> SRR2185057     1       0          1  1  0
#> SRR1467125     1       0          1  1  0
#> SRR657468      2       0          1  0  1
#> SRR660042      2       0          1  0  1
#> SRR2170864     2       0          1  0  1
#> SRR1440491     2       0          1  0  1
#> SRR1440852     2       0          1  0  1
#> SRR811169      1       0          1  1  0
#> SRR1331311     2       0          1  0  1
#> SRR818009      1       0          1  1  0
#> SRR1351836     2       0          1  0  1
#> SRR1498313     2       0          1  0  1
#> SRR1441975     2       0          1  0  1
#> SRR819096      1       0          1  1  0
#> SRR1073679     2       0          1  0  1
#> SRR1489116     2       0          1  0  1
#> SRR1354138     2       0          1  0  1
#> SRR1490589     2       0          1  0  1
#> SRR1412987     2       0          1  0  1
#> SRR602034      2       0          1  0  1
#> SRR1353437     1       0          1  1  0
#> SRR1072871     2       0          1  0  1
#> SRR661577      2       0          1  0  1
#> SRR612190      2       0          1  0  1
#> SRR1399880     1       0          1  1  0
#> SRR1101787     2       0          1  0  1
#> SRR657869      1       0          1  1  0
#> SRR1446332     1       0          1  1  0
#> SRR816039      1       0          1  1  0
#> SRR1485141     2       0          1  0  1
#> SRR1476697     1       0          1  1  0
#> SRR1379538     2       0          1  0  1
#> SRR1331422     1       0          1  1  0
#> SRR660859      2       0          1  0  1
#> SRR1097594     1       0          1  1  0
#> SRR1311419     2       0          1  0  1
#> SRR1336706     2       0          1  0  1
#> SRR1472976     2       0          1  0  1
#> SRR1321307     1       0          1  1  0
#> SRR807493      1       0          1  1  0
#> SRR812461      2       0          1  0  1
#> SRR1477149     2       0          1  0  1
#> SRR1457397     2       0          1  0  1
#> SRR661913      2       0          1  0  1
#> SRR1069024     2       0          1  0  1
#> SRR2165634     1       0          1  1  0
#> SRR1478722     2       0          1  0  1
#> SRR1328642     2       0          1  0  1
#> SRR1488261     2       0          1  0  1
#> SRR1318815     2       0          1  0  1
#> SRR816945      1       0          1  1  0
#> SRR1367432     2       0          1  0  1
#> SRR1359280     2       0          1  0  1
#> SRR1313910     2       0          1  0  1
#> SRR1457315     2       0          1  0  1
#> SRR815398      1       0          1  1  0
#> SRR656958      2       0          1  0  1
#> SRR600688      2       0          1  0  1
#> SRR1098952     1       0          1  1  0
#> SRR1314916     2       0          1  0  1
#> SRR614167      2       0          1  0  1
#> SRR1348114     2       0          1  0  1
#> SRR658033      2       0          1  0  1
#> SRR1077503     2       0          1  0  1
#> SRR661854      2       0          1  0  1
#> SRR811379      2       0          1  0  1
#> SRR1318857     2       0          1  0  1
#> SRR656445      2       0          1  0  1
#> SRR1433044     2       0          1  0  1
#> SRR1486391     1       0          1  1  0
#> SRR656071      2       0          1  0  1
#> SRR1364824     1       0          1  1  0
#> SRR1379133     1       0          1  1  0
#> SRR1394169     1       0          1  1  0
#> SRR816745      2       0          1  0  1
#> SRR601038      2       0          1  0  1
#> SRR1360080     1       0          1  1  0
#> SRR814868      2       0          1  0  1
#> SRR1485997     1       0          1  1  0
#> SRR1435560     2       0          1  0  1
#> SRR1333330     1       0          1  1  0
#> SRR663513      2       0          1  0  1
#> SRR1328407     2       0          1  0  1
#> SRR602784      2       0          1  0  1
#> SRR1348468     2       0          1  0  1
#> SRR663717      2       0          1  0  1
#> SRR602217      2       0          1  0  1
#> SRR603140      2       0          1  0  1
#> SRR1340804     1       0          1  1  0
#> SRR1457574     2       0          1  0  1
#> SRR1333462     2       0          1  0  1
#> SRR1094601     1       0          1  1  0
#> SRR1434610     2       0          1  0  1
#> SRR1435833     2       0          1  0  1
#> SRR1398728     2       0          1  0  1
#> SRR1358343     2       0          1  0  1
#> SRR1410890     2       0          1  0  1
#> SRR1350371     1       0          1  1  0
#> SRR1392478     2       0          1  0  1
#> SRR1099260     2       0          1  0  1
#> SRR1433576     2       0          1  0  1
#> SRR1345541     2       0          1  0  1
#> SRR1086328     1       0          1  1  0
#> SRR810391      2       0          1  0  1
#> SRR1476207     2       0          1  0  1
#> SRR627435      2       0          1  0  1
#> SRR1489862     1       0          1  1  0
#> SRR1419086     1       0          1  1  0
#> SRR1436539     1       0          1  1  0
#> SRR1396191     2       0          1  0  1
#> SRR1490115     2       0          1  0  1
#> SRR1377714     2       0          1  0  1
#> SRR819394      1       0          1  1  0
#> SRR663161      2       0          1  0  1
#> SRR607042      2       0          1  0  1
#> SRR656203      2       0          1  0  1
#> SRR660602      2       0          1  0  1
#> SRR1440397     1       0          1  1  0
#> SRR1369264     1       0          1  1  0
#> SRR809233      1       0          1  1  0
#> SRR663249      2       0          1  0  1
#> SRR661242      2       0          1  0  1
#> SRR1332007     2       0          1  0  1
#> SRR809619      2       0          1  0  1
#> SRR819975      1       0          1  1  0
#> SRR599281      2       0          1  0  1
#> SRR662366      2       0          1  0  1
#> SRR1317898     2       0          1  0  1
#> SRR1382485     2       0          1  0  1
#> SRR2166420     1       0          1  1  0
#> SRR1419429     1       0          1  1  0
#> SRR1092541     2       0          1  0  1
#> SRR817444      2       0          1  0  1
#> SRR1320403     2       0          1  0  1
#> SRR1101483     2       0          1  0  1
#> SRR1331684     2       0          1  0  1
#> SRR1400054     2       0          1  0  1
#> SRR1406088     2       0          1  0  1
#> SRR820733      2       0          1  0  1
#> SRR1314113     2       0          1  0  1
#> SRR1382615     2       0          1  0  1
#> SRR1480745     1       0          1  1  0
#> SRR1468850     2       0          1  0  1
#> SRR656782      2       0          1  0  1
#> SRR821364      1       0          1  1  0
#> SRR1101106     1       0          1  1  0
#> SRR659295      2       0          1  0  1
#> SRR1357103     2       0          1  0  1
#> SRR809185      2       0          1  0  1
#> SRR811583      2       0          1  0  1
#> SRR1468050     1       0          1  1  0
#> SRR1440224     2       0          1  0  1

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>            class entropy silhouette p1    p2    p3
#> SRR1500170     2  0.0000    0.90629  0 1.000 0.000
#> SRR1402368     3  0.0424    0.83103  0 0.008 0.992
#> SRR607743      3  0.4796    0.78671  0 0.220 0.780
#> SRR1457375     2  0.0237    0.90756  0 0.996 0.004
#> SRR1470923     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR817954      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR809259      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1439785     3  0.0592    0.83197  0 0.012 0.988
#> SRR814768      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1102031     2  0.2356    0.84513  0 0.928 0.072
#> SRR1363611     2  0.0892    0.89570  0 0.980 0.020
#> SRR1468447     2  0.0237    0.90756  0 0.996 0.004
#> SRR1071931     3  0.5327    0.75138  0 0.272 0.728
#> SRR810981      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR615299      2  0.0237    0.90756  0 0.996 0.004
#> SRR663585      3  0.0592    0.83197  0 0.012 0.988
#> SRR1326773     2  0.0592    0.90268  0 0.988 0.012
#> SRR1351166     2  0.0424    0.90189  0 0.992 0.008
#> SRR1477452     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1084720     3  0.0592    0.83197  0 0.012 0.988
#> SRR1420320     2  0.6274   -0.06252  0 0.544 0.456
#> SRR1081712     2  0.0237    0.90756  0 0.996 0.004
#> SRR1318241     3  0.4346    0.80366  0 0.184 0.816
#> SRR1333718     3  0.1753    0.81962  0 0.048 0.952
#> SRR1313514     2  0.0237    0.90756  0 0.996 0.004
#> SRR1477861     2  0.0237    0.90756  0 0.996 0.004
#> SRR1318005     2  0.0237    0.90756  0 0.996 0.004
#> SRR1354665     2  0.0000    0.90629  0 1.000 0.000
#> SRR657707      3  0.2261    0.82952  0 0.068 0.932
#> SRR1370742     3  0.0424    0.83103  0 0.008 0.992
#> SRR1412947     2  0.6252   -0.02186  0 0.556 0.444
#> SRR661553      3  0.5178    0.76909  0 0.256 0.744
#> SRR1328869     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR662211      2  0.0237    0.90756  0 0.996 0.004
#> SRR1348181     3  0.0592    0.83197  0 0.012 0.988
#> SRR1416560     3  0.0592    0.83197  0 0.012 0.988
#> SRR1319772     3  0.0592    0.83197  0 0.012 0.988
#> SRR1091452     3  0.6026    0.59235  0 0.376 0.624
#> SRR1338812     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1392072     2  0.0237    0.90756  0 0.996 0.004
#> SRR814844      3  0.5178    0.76909  0 0.256 0.744
#> SRR1376619     3  0.0592    0.83197  0 0.012 0.988
#> SRR603690      3  0.5178    0.76909  0 0.256 0.744
#> SRR2184980     2  0.0000    0.90629  0 1.000 0.000
#> SRR613963      3  0.5178    0.76909  0 0.256 0.744
#> SRR1323422     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1397673     3  0.0592    0.83197  0 0.012 0.988
#> SRR1434650     2  0.0237    0.90756  0 0.996 0.004
#> SRR659875      2  0.5859    0.39337  0 0.656 0.344
#> SRR1465734     3  0.0592    0.83197  0 0.012 0.988
#> SRR1076847     2  0.0237    0.90756  0 0.996 0.004
#> SRR1415072     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR659319      3  0.0592    0.83197  0 0.012 0.988
#> SRR663088      3  0.5178    0.76909  0 0.256 0.744
#> SRR1352021     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1325527     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR659935      3  0.6295    0.33093  0 0.472 0.528
#> SRR1352530     3  0.0592    0.83197  0 0.012 0.988
#> SRR662594      3  0.5138    0.77149  0 0.252 0.748
#> SRR1095309     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR615647      3  0.0592    0.83197  0 0.012 0.988
#> SRR813019      2  0.3879    0.74874  0 0.848 0.152
#> SRR1374647     2  0.0237    0.90756  0 0.996 0.004
#> SRR603472      2  0.0237    0.90756  0 0.996 0.004
#> SRR661529      3  0.5178    0.76909  0 0.256 0.744
#> SRR607018      3  0.1031    0.82900  0 0.024 0.976
#> SRR627423      3  0.5178    0.76909  0 0.256 0.744
#> SRR654921      3  0.5178    0.76909  0 0.256 0.744
#> SRR1418968     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR660871      3  0.0592    0.83197  0 0.012 0.988
#> SRR1330522     3  0.0592    0.83197  0 0.012 0.988
#> SRR1499958     2  0.0237    0.90437  0 0.996 0.004
#> SRR614059      3  0.5178    0.76909  0 0.256 0.744
#> SRR1071403     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1486719     2  0.0237    0.90756  0 0.996 0.004
#> SRR1440421     2  0.0237    0.90756  0 0.996 0.004
#> SRR1310412     3  0.4750    0.78993  0 0.216 0.784
#> SRR614767      2  0.0237    0.90756  0 0.996 0.004
#> SRR820709      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR658093      3  0.1860    0.82501  0 0.052 0.948
#> SRR1088168     3  0.4002    0.78075  0 0.160 0.840
#> SRR1418707     2  0.0237    0.90756  0 0.996 0.004
#> SRR1354291     2  0.0237    0.90756  0 0.996 0.004
#> SRR2165806     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1415684     3  0.5733    0.67928  0 0.324 0.676
#> SRR1433860     3  0.0592    0.83197  0 0.012 0.988
#> SRR1311062     2  0.0237    0.90756  0 0.996 0.004
#> SRR1360359     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR661385      3  0.0592    0.83197  0 0.012 0.988
#> SRR615407      2  0.0237    0.90756  0 0.996 0.004
#> SRR1413892     3  0.0592    0.83197  0 0.012 0.988
#> SRR1443459     2  0.0424    0.90189  0 0.992 0.008
#> SRR1338942     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR657480      3  0.3192    0.82059  0 0.112 0.888
#> SRR1399433     2  0.6215    0.06019  0 0.572 0.428
#> SRR818537      2  0.0237    0.90756  0 0.996 0.004
#> SRR1101324     3  0.5178    0.76909  0 0.256 0.744
#> SRR807637      3  0.5178    0.76909  0 0.256 0.744
#> SRR1091918     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR598300      3  0.4931    0.78223  0 0.232 0.768
#> SRR1085426     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1376294     2  0.0237    0.90756  0 0.996 0.004
#> SRR813891      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1467431     2  0.0424    0.90620  0 0.992 0.008
#> SRR658742      3  0.5178    0.76909  0 0.256 0.744
#> SRR1419234     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1404813     2  0.0000    0.90629  0 1.000 0.000
#> SRR603496      3  0.5016    0.78252  0 0.240 0.760
#> SRR1407758     3  0.0592    0.83197  0 0.012 0.988
#> SRR810945      2  0.1031    0.89188  0 0.976 0.024
#> SRR817234      2  0.0237    0.90756  0 0.996 0.004
#> SRR1444852     3  0.0592    0.83197  0 0.012 0.988
#> SRR660378      3  0.0592    0.83197  0 0.012 0.988
#> SRR1467835     2  0.0000    0.90629  0 1.000 0.000
#> SRR1338964     3  0.5058    0.77020  0 0.244 0.756
#> SRR1079259     2  0.6204    0.07754  0 0.576 0.424
#> SRR1072345     3  0.4702    0.79014  0 0.212 0.788
#> SRR598725      3  0.0237    0.83022  0 0.004 0.996
#> SRR1447938     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1356397     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1360460     3  0.6309    0.24747  0 0.496 0.504
#> SRR1429468     2  0.0237    0.90756  0 0.996 0.004
#> SRR1446850     2  0.0000    0.90629  0 1.000 0.000
#> SRR1320363     3  0.0592    0.83197  0 0.012 0.988
#> SRR1413810     3  0.0592    0.83197  0 0.012 0.988
#> SRR598831      2  0.0000    0.90629  0 1.000 0.000
#> SRR1381865     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR660957      3  0.0592    0.83197  0 0.012 0.988
#> SRR1491332     3  0.0892    0.83013  0 0.020 0.980
#> SRR1099744     2  0.0237    0.90756  0 0.996 0.004
#> SRR1464618     2  0.5968    0.28553  0 0.636 0.364
#> SRR1414559     3  0.5178    0.76909  0 0.256 0.744
#> SRR1337540     3  0.5178    0.76909  0 0.256 0.744
#> SRR1444283     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR2184942     3  0.1753    0.83032  0 0.048 0.952
#> SRR660295      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR601335      3  0.0592    0.83197  0 0.012 0.988
#> SRR1363742     3  0.0592    0.83197  0 0.012 0.988
#> SRR1345847     2  0.4346    0.69008  0 0.816 0.184
#> SRR614960      3  0.0000    0.82903  0 0.000 1.000
#> SRR819919      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR603330      2  0.0237    0.90756  0 0.996 0.004
#> SRR1327951     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1345266     2  0.0424    0.90189  0 0.992 0.008
#> SRR1338055     2  0.0237    0.90756  0 0.996 0.004
#> SRR1430157     2  0.0424    0.90189  0 0.992 0.008
#> SRR1320137     3  0.5178    0.76909  0 0.256 0.744
#> SRR1093483     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1341080     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1459913     3  0.0424    0.83103  0 0.008 0.992
#> SRR2170490     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1479845     3  0.1289    0.83175  0 0.032 0.968
#> SRR1436420     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1481060     2  0.4062    0.72289  0 0.836 0.164
#> SRR662282      3  0.1753    0.83186  0 0.048 0.952
#> SRR1487089     3  0.5178    0.76909  0 0.256 0.744
#> SRR1075683     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1338536     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1338880     2  0.0237    0.90437  0 0.996 0.004
#> SRR1453456     3  0.0592    0.83197  0 0.012 0.988
#> SRR1457895     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1440603     2  0.0237    0.90756  0 0.996 0.004
#> SRR658633      2  0.0237    0.90756  0 0.996 0.004
#> SRR1388081     2  0.6295   -0.14227  0 0.528 0.472
#> SRR813339      3  0.0592    0.83197  0 0.012 0.988
#> SRR809725      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR627441      2  0.0237    0.90756  0 0.996 0.004
#> SRR613603      3  0.4974    0.78023  0 0.236 0.764
#> SRR1096571     3  0.0592    0.83197  0 0.012 0.988
#> SRR1392701     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1344326     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1367693     2  0.2261    0.84958  0 0.932 0.068
#> SRR660697      3  0.5397    0.74191  0 0.280 0.720
#> SRR1489926     3  0.4291    0.80436  0 0.180 0.820
#> SRR811491      3  0.0592    0.83197  0 0.012 0.988
#> SRR1311644     3  0.5178    0.76909  0 0.256 0.744
#> SRR1451740     3  0.0592    0.83197  0 0.012 0.988
#> SRR615117      2  0.0237    0.90756  0 0.996 0.004
#> SRR1391748     3  0.5650    0.69863  0 0.312 0.688
#> SRR1466556     3  0.0592    0.83197  0 0.012 0.988
#> SRR614972      3  0.0424    0.83103  0 0.008 0.992
#> SRR1406200     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR819210      3  0.5178    0.76909  0 0.256 0.744
#> SRR662174      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR811988      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR663236      3  0.5178    0.76909  0 0.256 0.744
#> SRR1312598     2  0.0000    0.90629  0 1.000 0.000
#> SRR1330129     2  0.0237    0.90756  0 0.996 0.004
#> SRR1357781     2  0.0237    0.90756  0 0.996 0.004
#> SRR1315517     2  0.0237    0.90756  0 0.996 0.004
#> SRR1400032     3  0.0592    0.83197  0 0.012 0.988
#> SRR1413722     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR612827      3  0.0424    0.83103  0 0.008 0.992
#> SRR814794      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR819430      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1395509     2  0.6204    0.07641  0 0.576 0.424
#> SRR808728      3  0.2261    0.80984  0 0.068 0.932
#> SRR1070813     2  0.0237    0.90437  0 0.996 0.004
#> SRR1389133     3  0.4887    0.78435  0 0.228 0.772
#> SRR601263      3  0.1643    0.83069  0 0.044 0.956
#> SRR604718      2  0.6225    0.04342  0 0.568 0.432
#> SRR1481351     3  0.0747    0.83245  0 0.016 0.984
#> SRR1334608     3  0.0592    0.83197  0 0.012 0.988
#> SRR658681      3  0.0592    0.83197  0 0.012 0.988
#> SRR809283      3  0.5178    0.76909  0 0.256 0.744
#> SRR1459300     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1392547     3  0.2066    0.81375  0 0.060 0.940
#> SRR811049      3  0.4555    0.79449  0 0.200 0.800
#> SRR1464835     3  0.5178    0.76909  0 0.256 0.744
#> SRR1339619     2  0.0424    0.90189  0 0.992 0.008
#> SRR658501      3  0.0592    0.83197  0 0.012 0.988
#> SRR1447523     3  0.0000    0.82903  0 0.000 1.000
#> SRR1415048     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1444348     2  0.0592    0.90053  0 0.988 0.012
#> SRR603890      2  0.0237    0.90756  0 0.996 0.004
#> SRR810595      3  0.0592    0.83197  0 0.012 0.988
#> SRR1446244     2  0.0747    0.89844  0 0.984 0.016
#> SRR817373      2  0.6267   -0.04489  0 0.548 0.452
#> SRR1457291     2  0.0000    0.90629  0 1.000 0.000
#> SRR598220      2  0.6295   -0.13868  0 0.528 0.472
#> SRR1477991     2  0.0000    0.90629  0 1.000 0.000
#> SRR598172      2  0.0237    0.90756  0 0.996 0.004
#> SRR1349032     2  0.0592    0.89894  0 0.988 0.012
#> SRR604002      2  0.0237    0.90756  0 0.996 0.004
#> SRR1378026     3  0.0747    0.83243  0 0.016 0.984
#> SRR1404401     2  0.0237    0.90756  0 0.996 0.004
#> SRR1333240     2  0.1529    0.87864  0 0.960 0.040
#> SRR1089399     2  0.0237    0.90756  0 0.996 0.004
#> SRR603421      2  0.0237    0.90756  0 0.996 0.004
#> SRR812562      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR808520      3  0.0892    0.83013  0 0.020 0.980
#> SRR811839      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR814317      2  0.0237    0.90756  0 0.996 0.004
#> SRR1436763     3  0.5178    0.76909  0 0.256 0.744
#> SRR1486021     2  0.0000    0.90629  0 1.000 0.000
#> SRR1465018     2  0.0237    0.90756  0 0.996 0.004
#> SRR1080998     3  0.5529    0.71745  0 0.296 0.704
#> SRR1083432     3  0.0592    0.83197  0 0.012 0.988
#> SRR1082833     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1326536     3  0.0592    0.83197  0 0.012 0.988
#> SRR614011      2  0.0424    0.90189  0 0.992 0.008
#> SRR1365873     2  0.0237    0.90756  0 0.996 0.004
#> SRR1498789     2  0.0237    0.90756  0 0.996 0.004
#> SRR601581      2  0.6299   -0.14683  0 0.524 0.476
#> SRR603566      2  0.0424    0.90511  0 0.992 0.008
#> SRR1373981     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR821410      2  0.0237    0.90756  0 0.996 0.004
#> SRR1076511     3  0.5178    0.76909  0 0.256 0.744
#> SRR614143      3  0.4842    0.78917  0 0.224 0.776
#> SRR1333570     3  0.0424    0.83103  0 0.008 0.992
#> SRR1366813     2  0.0000    0.90629  0 1.000 0.000
#> SRR1388746     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1420558     3  0.4796    0.78817  0 0.220 0.780
#> SRR1409510     3  0.0592    0.83197  0 0.012 0.988
#> SRR816250      2  0.0237    0.90756  0 0.996 0.004
#> SRR614131      3  0.5327    0.75138  0 0.272 0.728
#> SRR1331130     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1316015     3  0.0592    0.83197  0 0.012 0.988
#> SRR1470798     3  0.0592    0.83197  0 0.012 0.988
#> SRR614179      2  0.4235    0.71731  0 0.824 0.176
#> SRR1474863     2  0.0237    0.90756  0 0.996 0.004
#> SRR813560      2  0.0000    0.90629  0 1.000 0.000
#> SRR1312187     2  0.1031    0.89294  0 0.976 0.024
#> SRR1420960     3  0.0592    0.83197  0 0.012 0.988
#> SRR1355102     3  0.0424    0.83103  0 0.008 0.992
#> SRR1084577     3  0.0592    0.83197  0 0.012 0.988
#> SRR659971      2  0.0424    0.90189  0 0.992 0.008
#> SRR1350855     2  0.6244    0.00866  0 0.560 0.440
#> SRR820779      3  0.0592    0.83197  0 0.012 0.988
#> SRR1476300     3  0.0592    0.83197  0 0.012 0.988
#> SRR1090907     2  0.6204    0.07641  0 0.576 0.424
#> SRR662294      2  0.0237    0.90756  0 0.996 0.004
#> SRR1480789     2  0.1163    0.88823  0 0.972 0.028
#> SRR1336263     3  0.6244    0.42937  0 0.440 0.560
#> SRR660776      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1090508     2  0.0237    0.90756  0 0.996 0.004
#> SRR615563      3  0.5859    0.64572  0 0.344 0.656
#> SRR1101175     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR2164650     3  0.3551    0.78313  0 0.132 0.868
#> SRR1431205     2  0.0237    0.90756  0 0.996 0.004
#> SRR1339856     3  0.6154    0.51184  0 0.408 0.592
#> SRR1352147     2  0.0237    0.90437  0 0.996 0.004
#> SRR808968      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR627419      2  0.0237    0.90756  0 0.996 0.004
#> SRR1402391     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR663609      3  0.3340    0.82000  0 0.120 0.880
#> SRR2167857     2  0.0237    0.90756  0 0.996 0.004
#> SRR1398752     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1405437     2  0.0237    0.90756  0 0.996 0.004
#> SRR1416955     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1317064     3  0.6026    0.58538  0 0.376 0.624
#> SRR659001      2  0.6215    0.06019  0 0.572 0.428
#> SRR2170696     3  0.5859    0.64679  0 0.344 0.656
#> SRR816589      3  0.0592    0.83197  0 0.012 0.988
#> SRR1087487     3  0.0592    0.83197  0 0.012 0.988
#> SRR1329485     3  0.0592    0.83197  0 0.012 0.988
#> SRR816920      3  0.5178    0.76909  0 0.256 0.744
#> SRR1341432     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1361590     3  0.5327    0.75138  0 0.272 0.728
#> SRR817046      3  0.0592    0.83197  0 0.012 0.988
#> SRR1471331     3  0.0592    0.83197  0 0.012 0.988
#> SRR660788      3  0.5216    0.76526  0 0.260 0.740
#> SRR819234      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR810853      2  0.0237    0.90756  0 0.996 0.004
#> SRR809427      3  0.5291    0.75718  0 0.268 0.732
#> SRR2170217     3  0.5178    0.76909  0 0.256 0.744
#> SRR1386967     3  0.0592    0.83197  0 0.012 0.988
#> SRR1420344     2  0.0237    0.90437  0 0.996 0.004
#> SRR1334535     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR614503      3  0.5178    0.76909  0 0.256 0.744
#> SRR602564      3  0.5178    0.76909  0 0.256 0.744
#> SRR1420669     3  0.5254    0.76059  0 0.264 0.736
#> SRR819024      3  0.0592    0.83197  0 0.012 0.988
#> SRR656223      3  0.0592    0.83197  0 0.012 0.988
#> SRR608428      2  0.0237    0.90756  0 0.996 0.004
#> SRR1345647     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1389324     2  0.0237    0.90756  0 0.996 0.004
#> SRR1361368     2  0.0424    0.90189  0 0.992 0.008
#> SRR1322619     2  0.0000    0.90629  0 1.000 0.000
#> SRR1349276     3  0.5926    0.62457  0 0.356 0.644
#> SRR1404024     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1370637     2  0.0424    0.90189  0 0.992 0.008
#> SRR1452631     3  0.5291    0.75613  0 0.268 0.732
#> SRR608392      3  0.2625    0.82744  0 0.084 0.916
#> SRR1357757     3  0.5178    0.76909  0 0.256 0.744
#> SRR1074646     2  0.6244    0.00866  0 0.560 0.440
#> SRR1367499     3  0.0592    0.83197  0 0.012 0.988
#> SRR1343501     3  0.1860    0.81815  0 0.052 0.948
#> SRR1394406     3  0.5178    0.76909  0 0.256 0.744
#> SRR1381435     3  0.0592    0.83197  0 0.012 0.988
#> SRR1467407     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1092422     2  0.0237    0.90756  0 0.996 0.004
#> SRR1380270     2  0.0237    0.90756  0 0.996 0.004
#> SRR1091817     2  0.0237    0.90756  0 0.996 0.004
#> SRR1440137     2  0.0000    0.90629  0 1.000 0.000
#> SRR614311      2  0.1031    0.89294  0 0.976 0.024
#> SRR1407516     3  0.5178    0.76909  0 0.256 0.744
#> SRR815494      3  0.0592    0.83197  0 0.012 0.988
#> SRR1333209     2  0.6225    0.04342  0 0.568 0.432
#> SRR615177      3  0.5178    0.76909  0 0.256 0.744
#> SRR1099648     3  0.2066    0.81924  0 0.060 0.940
#> SRR659720      3  0.5138    0.77578  0 0.252 0.748
#> SRR2185057     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1467125     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR657468      3  0.5178    0.76909  0 0.256 0.744
#> SRR660042      3  0.4654    0.79300  0 0.208 0.792
#> SRR2170864     2  0.0237    0.90756  0 0.996 0.004
#> SRR1440491     3  0.6140    0.52921  0 0.404 0.596
#> SRR1440852     3  0.0592    0.83197  0 0.012 0.988
#> SRR811169      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1331311     2  0.6274   -0.06252  0 0.544 0.456
#> SRR818009      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1351836     2  0.0237    0.90756  0 0.996 0.004
#> SRR1498313     2  0.0237    0.90756  0 0.996 0.004
#> SRR1441975     2  0.0237    0.90756  0 0.996 0.004
#> SRR819096      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1073679     3  0.5621    0.71131  0 0.308 0.692
#> SRR1489116     3  0.1643    0.82136  0 0.044 0.956
#> SRR1354138     3  0.0592    0.83197  0 0.012 0.988
#> SRR1490589     3  0.0424    0.83103  0 0.008 0.992
#> SRR1412987     3  0.5178    0.76909  0 0.256 0.744
#> SRR602034      3  0.0592    0.83197  0 0.012 0.988
#> SRR1353437     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1072871     3  0.4931    0.78109  0 0.232 0.768
#> SRR661577      3  0.5178    0.76909  0 0.256 0.744
#> SRR612190      3  0.5178    0.76909  0 0.256 0.744
#> SRR1399880     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1101787     2  0.5178    0.56250  0 0.744 0.256
#> SRR657869      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1446332     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR816039      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1485141     3  0.0592    0.83197  0 0.012 0.988
#> SRR1476697     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1379538     3  0.6260    0.40517  0 0.448 0.552
#> SRR1331422     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR660859      3  0.4931    0.78223  0 0.232 0.768
#> SRR1097594     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1311419     3  0.0592    0.83197  0 0.012 0.988
#> SRR1336706     3  0.3941    0.79812  0 0.156 0.844
#> SRR1472976     3  0.5254    0.76059  0 0.264 0.736
#> SRR1321307     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR807493      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR812461      3  0.0592    0.83197  0 0.012 0.988
#> SRR1477149     2  0.0237    0.90756  0 0.996 0.004
#> SRR1457397     2  0.0237    0.90756  0 0.996 0.004
#> SRR661913      3  0.0424    0.83103  0 0.008 0.992
#> SRR1069024     2  0.0237    0.90756  0 0.996 0.004
#> SRR2165634     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1478722     3  0.0424    0.83103  0 0.008 0.992
#> SRR1328642     2  0.0237    0.90756  0 0.996 0.004
#> SRR1488261     3  0.2625    0.82493  0 0.084 0.916
#> SRR1318815     3  0.5178    0.76909  0 0.256 0.744
#> SRR816945      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1367432     3  0.5178    0.76909  0 0.256 0.744
#> SRR1359280     2  0.0237    0.90756  0 0.996 0.004
#> SRR1313910     2  0.0424    0.90189  0 0.992 0.008
#> SRR1457315     3  0.5216    0.76492  0 0.260 0.740
#> SRR815398      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR656958      3  0.0592    0.83197  0 0.012 0.988
#> SRR600688      3  0.5178    0.76909  0 0.256 0.744
#> SRR1098952     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1314916     3  0.0592    0.83197  0 0.012 0.988
#> SRR614167      3  0.0424    0.83103  0 0.008 0.992
#> SRR1348114     2  0.1031    0.89294  0 0.976 0.024
#> SRR658033      3  0.6095    0.56616  0 0.392 0.608
#> SRR1077503     3  0.4605    0.79701  0 0.204 0.796
#> SRR661854      3  0.4931    0.78223  0 0.232 0.768
#> SRR811379      2  0.6305   -0.17987  0 0.516 0.484
#> SRR1318857     2  0.0424    0.90189  0 0.992 0.008
#> SRR656445      3  0.1289    0.82632  0 0.032 0.968
#> SRR1433044     2  0.0237    0.90756  0 0.996 0.004
#> SRR1486391     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR656071      3  0.0424    0.83103  0 0.008 0.992
#> SRR1364824     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1379133     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR816745      2  0.0424    0.90511  0 0.992 0.008
#> SRR601038      2  0.0237    0.90756  0 0.996 0.004
#> SRR1360080     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR814868      3  0.0000    0.82903  0 0.000 1.000
#> SRR1485997     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1435560     3  0.6192    0.48159  0 0.420 0.580
#> SRR1333330     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR663513      3  0.5138    0.77149  0 0.252 0.748
#> SRR1328407     2  0.2625    0.82745  0 0.916 0.084
#> SRR602784      3  0.3686    0.79151  0 0.140 0.860
#> SRR1348468     3  0.6244    0.42937  0 0.440 0.560
#> SRR663717      2  0.5138    0.57087  0 0.748 0.252
#> SRR602217      2  0.0237    0.90756  0 0.996 0.004
#> SRR603140      3  0.4887    0.78297  0 0.228 0.772
#> SRR1340804     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1457574     3  0.0592    0.83197  0 0.012 0.988
#> SRR1333462     2  0.0237    0.90756  0 0.996 0.004
#> SRR1094601     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1434610     2  0.6267   -0.04200  0 0.548 0.452
#> SRR1435833     3  0.6244    0.42837  0 0.440 0.560
#> SRR1398728     2  0.0424    0.90189  0 0.992 0.008
#> SRR1358343     3  0.5178    0.76909  0 0.256 0.744
#> SRR1410890     2  0.0424    0.90189  0 0.992 0.008
#> SRR1350371     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1392478     2  0.0237    0.90437  0 0.996 0.004
#> SRR1099260     3  0.2796    0.82554  0 0.092 0.908
#> SRR1433576     3  0.5397    0.74164  0 0.280 0.720
#> SRR1345541     3  0.5178    0.76909  0 0.256 0.744
#> SRR1086328     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR810391      3  0.0424    0.83103  0 0.008 0.992
#> SRR1476207     3  0.4750    0.78851  0 0.216 0.784
#> SRR627435      3  0.5138    0.76962  0 0.252 0.748
#> SRR1489862     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1419086     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1396191     3  0.0592    0.83197  0 0.012 0.988
#> SRR1490115     3  0.0424    0.83103  0 0.008 0.992
#> SRR1377714     3  0.5178    0.76909  0 0.256 0.744
#> SRR819394      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR663161      3  0.5178    0.76909  0 0.256 0.744
#> SRR607042      2  0.0237    0.90756  0 0.996 0.004
#> SRR656203      2  0.6192    0.08060  0 0.580 0.420
#> SRR660602      3  0.0592    0.83197  0 0.012 0.988
#> SRR1440397     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1369264     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR809233      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR663249      2  0.0424    0.90189  0 0.992 0.008
#> SRR661242      3  0.5810    0.67953  0 0.336 0.664
#> SRR1332007     3  0.6267    0.35311  0 0.452 0.548
#> SRR809619      2  0.0424    0.90189  0 0.992 0.008
#> SRR819975      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR599281      2  0.0237    0.90756  0 0.996 0.004
#> SRR662366      3  0.0424    0.83103  0 0.008 0.992
#> SRR1317898     3  0.0424    0.83103  0 0.008 0.992
#> SRR1382485     3  0.5621    0.70997  0 0.308 0.692
#> SRR2166420     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1419429     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1092541     3  0.0592    0.83197  0 0.012 0.988
#> SRR817444      3  0.5327    0.73232  0 0.272 0.728
#> SRR1320403     2  0.0237    0.90756  0 0.996 0.004
#> SRR1101483     2  0.0424    0.90189  0 0.992 0.008
#> SRR1331684     3  0.2711    0.82691  0 0.088 0.912
#> SRR1400054     3  0.5178    0.76909  0 0.256 0.744
#> SRR1406088     2  0.0424    0.90189  0 0.992 0.008
#> SRR820733      3  0.5216    0.76492  0 0.260 0.740
#> SRR1314113     3  0.5178    0.76909  0 0.256 0.744
#> SRR1382615     3  0.0747    0.83114  0 0.016 0.984
#> SRR1480745     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1468850     2  0.0237    0.90756  0 0.996 0.004
#> SRR656782      3  0.0592    0.83197  0 0.012 0.988
#> SRR821364      1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1101106     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR659295      2  0.0237    0.90756  0 0.996 0.004
#> SRR1357103     2  0.0237    0.90756  0 0.996 0.004
#> SRR809185      2  0.6299   -0.15871  0 0.524 0.476
#> SRR811583      3  0.5178    0.76909  0 0.256 0.744
#> SRR1468050     1  0.0000    1.00000  1 0.000 0.000
#> SRR1440224     2  0.0237    0.90756  0 0.996 0.004

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>            class entropy silhouette p1    p2    p3    p4
#> SRR1500170     2  0.1302      0.944  0 0.956 0.000 0.044
#> SRR1402368     3  0.2081      0.899  0 0.000 0.916 0.084
#> SRR607743      4  0.2402      0.903  0 0.012 0.076 0.912
#> SRR1457375     2  0.0336      0.952  0 0.992 0.000 0.008
#> SRR1470923     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785     4  0.3764      0.769  0 0.000 0.216 0.784
#> SRR814768      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031     2  0.2222      0.923  0 0.924 0.016 0.060
#> SRR1363611     2  0.1940      0.925  0 0.924 0.000 0.076
#> SRR1468447     2  0.0000      0.952  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071931     4  0.2256      0.910  0 0.020 0.056 0.924
#> SRR810981      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299      2  0.0000      0.952  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR663585      3  0.0000      0.977  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326773     2  0.1356      0.934  0 0.960 0.032 0.008
#> SRR1351166     2  0.1302      0.944  0 0.956 0.000 0.044
#> SRR1477452     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720     3  0.0000      0.977  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420320     4  0.4252      0.685  0 0.252 0.004 0.744
#> SRR1081712     2  0.0336      0.952  0 0.992 0.000 0.008
#> SRR1318241     4  0.3172      0.836  0 0.000 0.160 0.840
#> SRR1333718     3  0.0817      0.961  0 0.024 0.976 0.000
#> SRR1313514     2  0.0188      0.951  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1477861     2  0.0376      0.950  0 0.992 0.004 0.004
#> SRR1318005     2  0.0188      0.951  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1354665     2  0.0592      0.951  0 0.984 0.000 0.016
#> SRR657707      4  0.1637      0.910  0 0.000 0.060 0.940
#> SRR1370742     3  0.0000      0.977  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1412947     2  0.4716      0.695  0 0.764 0.040 0.196
#> SRR661553      4  0.1389      0.911  0 0.000 0.048 0.952
#> SRR1328869     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211      2  0.0469      0.952  0 0.988 0.000 0.012
#> SRR1348181     3  0.0000      0.977  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416560     3  0.0000      0.977  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319772     3  0.0469      0.967  0 0.000 0.988 0.012
#> SRR1091452     4  0.3793      0.856  0 0.112 0.044 0.844
#> SRR1338812     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072     2  0.0000      0.952  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR814844      4  0.1474      0.912  0 0.000 0.052 0.948
#> SRR1376619     3  0.0000      0.977  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR603690      4  0.4998      0.780  0 0.200 0.052 0.748
#> SRR2184980     2  0.0817      0.950  0 0.976 0.000 0.024
#> SRR613963      4  0.1474      0.912  0 0.000 0.052 0.948
#> SRR1323422     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673     3  0.0000      0.977  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434650     2  0.0336      0.952  0 0.992 0.000 0.008
#> SRR659875      3  0.2654      0.878  0 0.108 0.888 0.004
#> SRR1465734     3  0.1792      0.915  0 0.000 0.932 0.068
#> SRR1076847     2  0.0000      0.952  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415072     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319      3  0.0000      0.977  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR663088      4  0.1474      0.912  0 0.000 0.052 0.948
#> SRR1352021     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935      4  0.1890      0.877  0 0.056 0.008 0.936
#> SRR1352530     3  0.0000      0.977  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR662594      4  0.1557      0.911  0 0.000 0.056 0.944
#> SRR1095309     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647      3  0.0000      0.977  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR813019      2  0.3764      0.727  0 0.784 0.216 0.000
#> SRR1374647     2  0.0188      0.951  0 0.996 0.004 0.000
#> SRR603472      2  0.0188      0.951  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR661529      4  0.1557      0.911  0 0.000 0.056 0.944
#> SRR607018      3  0.0817      0.961  0 0.024 0.976 0.000
#> SRR627423      4  0.1474      0.912  0 0.000 0.052 0.948
#> SRR654921      4  0.0921      0.907  0 0.000 0.028 0.972
#> SRR1418968     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871      3  0.0000      0.977  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330522     3  0.0000      0.977  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499958     2  0.1302      0.944  0 0.956 0.000 0.044
#> SRR614059      4  0.1474      0.912  0 0.000 0.052 0.948
#> SRR1071403     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719     2  0.0707      0.951  0 0.980 0.000 0.020
#> SRR1440421     2  0.0000      0.952  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310412     4  0.1716      0.908  0 0.000 0.064 0.936
#> SRR614767      2  0.0000      0.952  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR820709      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093      3  0.0817      0.961  0 0.024 0.976 0.000
#> SRR1088168     3  0.1022      0.955  0 0.032 0.968 0.000
#> SRR1418707     2  0.0707      0.951  0 0.980 0.000 0.020
#> SRR1354291     2  0.0188      0.951  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR2165806     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684     4  0.2596      0.882  0 0.068 0.024 0.908
#> SRR1433860     3  0.0000      0.977  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311062     2  0.0000      0.952  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360359     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385      3  0.0000      0.977  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR615407      2  0.0000      0.952  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413892     3  0.0336      0.972  0 0.008 0.992 0.000
#> SRR1443459     2  0.1792      0.931  0 0.932 0.000 0.068
#> SRR1338942     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480      4  0.1867      0.905  0 0.000 0.072 0.928
#> SRR1399433     4  0.4621      0.634  0 0.284 0.008 0.708
#> SRR818537      2  0.3257      0.813  0 0.844 0.152 0.004
#> SRR1101324     4  0.1474      0.912  0 0.000 0.052 0.948
#> SRR807637      4  0.1474      0.912  0 0.000 0.052 0.948
#> SRR1091918     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300      4  0.1557      0.911  0 0.000 0.056 0.944
#> SRR1085426     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294     2  0.0469      0.952  0 0.988 0.000 0.012
#> SRR813891      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431     2  0.1902      0.933  0 0.932 0.004 0.064
#> SRR658742      4  0.1474      0.912  0 0.000 0.052 0.948
#> SRR1419234     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813     2  0.0921      0.949  0 0.972 0.000 0.028
#> SRR603496      4  0.4553      0.803  0 0.040 0.180 0.780
#> SRR1407758     3  0.0000      0.977  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR810945      2  0.1256      0.941  0 0.964 0.028 0.008
#> SRR817234      2  0.0000      0.952  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444852     3  0.0000      0.977  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR660378      3  0.0000      0.977  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467835     2  0.1211      0.945  0 0.960 0.000 0.040
#> SRR1338964     4  0.1557      0.911  0 0.000 0.056 0.944
#> SRR1079259     4  0.3266      0.779  0 0.168 0.000 0.832
#> SRR1072345     4  0.1637      0.910  0 0.000 0.060 0.940
#> SRR598725      3  0.4072      0.626  0 0.000 0.748 0.252
#> SRR1447938     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460     4  0.3688      0.742  0 0.208 0.000 0.792
#> SRR1429468     2  0.0817      0.950  0 0.976 0.000 0.024
#> SRR1446850     2  0.0000      0.952  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320363     3  0.0000      0.977  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413810     3  0.0000      0.977  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR598831      2  0.0707      0.951  0 0.980 0.000 0.020
#> SRR1381865     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957      3  0.0000      0.977  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1491332     3  0.0817      0.961  0 0.024 0.976 0.000
#> SRR1099744     2  0.0336      0.952  0 0.992 0.000 0.008
#> SRR1464618     4  0.5288      0.139  0 0.472 0.008 0.520
#> SRR1414559     4  0.1474      0.912  0 0.000 0.052 0.948
#> SRR1337540     4  0.1474      0.912  0 0.000 0.052 0.948
#> SRR1444283     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942     4  0.2589      0.875  0 0.000 0.116 0.884
#> SRR660295      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335      3  0.0000      0.977  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363742     3  0.0000      0.977  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345847     2  0.4917      0.495  0 0.656 0.008 0.336
#> SRR614960      4  0.3610      0.792  0 0.000 0.200 0.800
#> SRR819919      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330      2  0.0000      0.952  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327951     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266     2  0.1716      0.933  0 0.936 0.000 0.064
#> SRR1338055     2  0.0000      0.952  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430157     2  0.1302      0.944  0 0.956 0.000 0.044
#> SRR1320137     4  0.1474      0.912  0 0.000 0.052 0.948
#> SRR1093483     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913     3  0.0000      0.977  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170490     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845     3  0.3219      0.796  0 0.000 0.836 0.164
#> SRR1436420     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060     3  0.5039      0.315  0 0.404 0.592 0.004
#> SRR662282      3  0.0188      0.974  0 0.004 0.996 0.000
#> SRR1487089     4  0.0921      0.907  0 0.000 0.028 0.972
#> SRR1075683     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880     2  0.2124      0.927  0 0.924 0.008 0.068
#> SRR1453456     3  0.0000      0.977  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457895     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603     2  0.3870      0.735  0 0.788 0.208 0.004
#> SRR658633      2  0.0336      0.952  0 0.992 0.000 0.008
#> SRR1388081     4  0.5105      0.666  0 0.276 0.028 0.696
#> SRR813339      3  0.0000      0.977  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR809725      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441      2  0.0000      0.952  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR613603      4  0.1474      0.912  0 0.000 0.052 0.948
#> SRR1096571     3  0.0707      0.964  0 0.020 0.980 0.000
#> SRR1392701     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693     2  0.1940      0.925  0 0.924 0.000 0.076
#> SRR660697      4  0.2675      0.902  0 0.044 0.048 0.908
#> SRR1489926     4  0.4933      0.344  0 0.000 0.432 0.568
#> SRR811491      3  0.0000      0.977  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311644     4  0.1474      0.912  0 0.000 0.052 0.948
#> SRR1451740     3  0.0000      0.977  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR615117      2  0.0376      0.950  0 0.992 0.004 0.004
#> SRR1391748     4  0.0592      0.902  0 0.000 0.016 0.984
#> SRR1466556     3  0.2814      0.836  0 0.000 0.868 0.132
#> SRR614972      3  0.0000      0.977  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406200     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210      4  0.1118      0.910  0 0.000 0.036 0.964
#> SRR662174      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236      4  0.1637      0.910  0 0.000 0.060 0.940
#> SRR1312598     2  0.0817      0.950  0 0.976 0.000 0.024
#> SRR1330129     2  0.0188      0.951  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1357781     2  0.0188      0.951  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1315517     2  0.0188      0.951  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1400032     3  0.0000      0.977  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413722     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827      3  0.0000      0.977  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR814794      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509     4  0.4277      0.643  0 0.280 0.000 0.720
#> SRR808728      3  0.0817      0.961  0 0.024 0.976 0.000
#> SRR1070813     2  0.1637      0.936  0 0.940 0.000 0.060
#> SRR1389133     4  0.1557      0.911  0 0.000 0.056 0.944
#> SRR601263      4  0.2589      0.875  0 0.000 0.116 0.884
#> SRR604718      4  0.4222      0.655  0 0.272 0.000 0.728
#> SRR1481351     3  0.0000      0.977  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334608     3  0.0000      0.977  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR658681      3  0.0000      0.977  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR809283      4  0.1474      0.912  0 0.000 0.052 0.948
#> SRR1459300     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547     3  0.0817      0.961  0 0.024 0.976 0.000
#> SRR811049      4  0.1792      0.907  0 0.000 0.068 0.932
#> SRR1464835     4  0.1474      0.912  0 0.000 0.052 0.948
#> SRR1339619     2  0.1637      0.936  0 0.940 0.000 0.060
#> SRR658501      3  0.0000      0.977  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447523     4  0.2469      0.881  0 0.000 0.108 0.892
#> SRR1415048     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348     2  0.2271      0.921  0 0.916 0.008 0.076
#> SRR603890      2  0.0188      0.951  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR810595      3  0.0000      0.977  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446244     2  0.2125      0.923  0 0.920 0.004 0.076
#> SRR817373      4  0.4567      0.647  0 0.276 0.008 0.716
#> SRR1457291     2  0.1635      0.940  0 0.948 0.008 0.044
#> SRR598220      4  0.3972      0.741  0 0.204 0.008 0.788
#> SRR1477991     2  0.0592      0.951  0 0.984 0.000 0.016
#> SRR598172      2  0.0000      0.952  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349032     2  0.1940      0.925  0 0.924 0.000 0.076
#> SRR604002      2  0.0000      0.952  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378026     3  0.0000      0.977  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404401     2  0.0188      0.951  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1333240     2  0.3123      0.808  0 0.844 0.156 0.000
#> SRR1089399     2  0.0707      0.951  0 0.980 0.000 0.020
#> SRR603421      2  0.0000      0.952  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR812562      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520      3  0.0817      0.961  0 0.024 0.976 0.000
#> SRR811839      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317      2  0.0707      0.951  0 0.980 0.000 0.020
#> SRR1436763     4  0.1474      0.912  0 0.000 0.052 0.948
#> SRR1486021     2  0.1520      0.938  0 0.956 0.020 0.024
#> SRR1465018     2  0.0000      0.952  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080998     4  0.2174      0.908  0 0.020 0.052 0.928
#> SRR1083432     3  0.0000      0.977  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082833     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536     3  0.0000      0.977  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR614011      2  0.1557      0.938  0 0.944 0.000 0.056
#> SRR1365873     2  0.0000      0.952  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498789     2  0.0000      0.952  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR601581      4  0.4360      0.690  0 0.248 0.008 0.744
#> SRR603566      2  0.2589      0.855  0 0.884 0.116 0.000
#> SRR1373981     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410      2  0.0817      0.950  0 0.976 0.000 0.024
#> SRR1076511     4  0.1474      0.912  0 0.000 0.052 0.948
#> SRR614143      4  0.2081      0.898  0 0.000 0.084 0.916
#> SRR1333570     3  0.0000      0.977  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366813     2  0.1302      0.944  0 0.956 0.000 0.044
#> SRR1388746     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558     4  0.1557      0.911  0 0.000 0.056 0.944
#> SRR1409510     3  0.0000      0.977  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR816250      2  0.0000      0.952  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR614131      4  0.2466      0.907  0 0.028 0.056 0.916
#> SRR1331130     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015     3  0.0000      0.977  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470798     3  0.0000      0.977  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR614179      2  0.5028      0.334  0 0.596 0.400 0.004
#> SRR1474863     2  0.0336      0.952  0 0.992 0.000 0.008
#> SRR813560      2  0.1022      0.948  0 0.968 0.000 0.032
#> SRR1312187     2  0.2149      0.916  0 0.912 0.000 0.088
#> SRR1420960     3  0.0000      0.977  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355102     3  0.0000      0.977  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084577     3  0.0000      0.977  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR659971      2  0.1211      0.945  0 0.960 0.000 0.040
#> SRR1350855     4  0.4072      0.686  0 0.252 0.000 0.748
#> SRR820779      3  0.0336      0.971  0 0.000 0.992 0.008
#> SRR1476300     3  0.0000      0.977  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090907     4  0.4277      0.643  0 0.280 0.000 0.720
#> SRR662294      2  0.0000      0.952  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480789     2  0.4088      0.696  0 0.764 0.232 0.004
#> SRR1336263     4  0.1302      0.882  0 0.044 0.000 0.956
#> SRR660776      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508     2  0.0469      0.949  0 0.988 0.012 0.000
#> SRR615563      4  0.0188      0.895  0 0.004 0.000 0.996
#> SRR1101175     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650     3  0.0817      0.961  0 0.024 0.976 0.000
#> SRR1431205     2  0.0000      0.952  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339856     4  0.2867      0.846  0 0.104 0.012 0.884
#> SRR1352147     2  0.1637      0.936  0 0.940 0.000 0.060
#> SRR808968      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419      2  0.0000      0.952  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402391     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609      3  0.0779      0.964  0 0.016 0.980 0.004
#> SRR2167857     2  0.0188      0.951  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1398752     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437     2  0.0707      0.951  0 0.980 0.000 0.020
#> SRR1416955     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064     4  0.5312      0.692  0 0.268 0.040 0.692
#> SRR659001      4  0.4164      0.667  0 0.264 0.000 0.736
#> SRR2170696     4  0.0188      0.897  0 0.000 0.004 0.996
#> SRR816589      3  0.0000      0.977  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087487     3  0.0000      0.977  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329485     3  0.0000      0.977  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR816920      4  0.0921      0.908  0 0.000 0.028 0.972
#> SRR1341432     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590     4  0.1109      0.907  0 0.004 0.028 0.968
#> SRR817046      3  0.0000      0.977  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471331     3  0.0000      0.977  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR660788      4  0.0469      0.901  0 0.000 0.012 0.988
#> SRR819234      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853      2  0.0779      0.943  0 0.980 0.016 0.004
#> SRR809427      4  0.2385      0.907  0 0.028 0.052 0.920
#> SRR2170217     4  0.1211      0.910  0 0.000 0.040 0.960
#> SRR1386967     3  0.0000      0.977  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420344     2  0.1211      0.945  0 0.960 0.000 0.040
#> SRR1334535     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503      4  0.1474      0.912  0 0.000 0.052 0.948
#> SRR602564      4  0.1557      0.911  0 0.000 0.056 0.944
#> SRR1420669     4  0.0817      0.905  0 0.000 0.024 0.976
#> SRR819024      3  0.0000      0.977  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR656223      3  0.0000      0.977  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR608428      2  0.0000      0.952  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345647     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324     2  0.0336      0.952  0 0.992 0.000 0.008
#> SRR1361368     2  0.1940      0.925  0 0.924 0.000 0.076
#> SRR1322619     2  0.0817      0.950  0 0.976 0.000 0.024
#> SRR1349276     4  0.0804      0.897  0 0.012 0.008 0.980
#> SRR1404024     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637     2  0.1302      0.944  0 0.956 0.000 0.044
#> SRR1452631     4  0.0921      0.907  0 0.000 0.028 0.972
#> SRR608392      3  0.0188      0.974  0 0.000 0.996 0.004
#> SRR1357757     4  0.1474      0.912  0 0.000 0.052 0.948
#> SRR1074646     4  0.4072      0.686  0 0.252 0.000 0.748
#> SRR1367499     3  0.0000      0.977  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343501     3  0.0817      0.961  0 0.024 0.976 0.000
#> SRR1394406     4  0.1474      0.912  0 0.000 0.052 0.948
#> SRR1381435     3  0.0000      0.977  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467407     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422     2  0.1118      0.930  0 0.964 0.036 0.000
#> SRR1380270     2  0.3052      0.834  0 0.860 0.136 0.004
#> SRR1091817     2  0.0336      0.952  0 0.992 0.000 0.008
#> SRR1440137     2  0.0592      0.951  0 0.984 0.000 0.016
#> SRR614311      2  0.1940      0.925  0 0.924 0.000 0.076
#> SRR1407516     4  0.1474      0.912  0 0.000 0.052 0.948
#> SRR815494      3  0.0000      0.977  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333209     4  0.4594      0.640  0 0.280 0.008 0.712
#> SRR615177      4  0.1474      0.912  0 0.000 0.052 0.948
#> SRR1099648     3  0.0817      0.961  0 0.024 0.976 0.000
#> SRR659720      4  0.3370      0.889  0 0.048 0.080 0.872
#> SRR2185057     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468      4  0.1474      0.912  0 0.000 0.052 0.948
#> SRR660042      4  0.1557      0.911  0 0.000 0.056 0.944
#> SRR2170864     2  0.0592      0.952  0 0.984 0.000 0.016
#> SRR1440491     4  0.2002      0.907  0 0.020 0.044 0.936
#> SRR1440852     3  0.0000      0.977  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR811169      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311     4  0.4452      0.673  0 0.260 0.008 0.732
#> SRR818009      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836     2  0.0707      0.951  0 0.980 0.000 0.020
#> SRR1498313     2  0.0000      0.952  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441975     2  0.0188      0.952  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR819096      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679     4  0.4104      0.866  0 0.080 0.088 0.832
#> SRR1489116     3  0.0817      0.961  0 0.024 0.976 0.000
#> SRR1354138     3  0.0000      0.977  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490589     3  0.1474      0.933  0 0.000 0.948 0.052
#> SRR1412987     4  0.0921      0.907  0 0.000 0.028 0.972
#> SRR602034      3  0.0000      0.977  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353437     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871     4  0.1902      0.909  0 0.004 0.064 0.932
#> SRR661577      4  0.1474      0.912  0 0.000 0.052 0.948
#> SRR612190      4  0.1474      0.912  0 0.000 0.052 0.948
#> SRR1399880     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787     4  0.4804      0.422  0 0.384 0.000 0.616
#> SRR657869      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141     3  0.0000      0.977  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476697     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538     4  0.2737      0.845  0 0.104 0.008 0.888
#> SRR1331422     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859      4  0.1557      0.911  0 0.000 0.056 0.944
#> SRR1097594     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419     3  0.0000      0.977  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336706     3  0.1004      0.958  0 0.024 0.972 0.004
#> SRR1472976     4  0.1022      0.908  0 0.000 0.032 0.968
#> SRR1321307     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461      3  0.0000      0.977  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477149     2  0.0000      0.952  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457397     2  0.0188      0.951  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR661913      3  0.0000      0.977  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069024     2  0.3306      0.809  0 0.840 0.156 0.004
#> SRR2165634     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722     3  0.0000      0.977  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328642     2  0.0188      0.951  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1488261     4  0.2973      0.842  0 0.000 0.144 0.856
#> SRR1318815     4  0.1474      0.912  0 0.000 0.052 0.948
#> SRR816945      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432     4  0.1474      0.912  0 0.000 0.052 0.948
#> SRR1359280     2  0.0000      0.952  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313910     2  0.1474      0.940  0 0.948 0.000 0.052
#> SRR1457315     4  0.1474      0.911  0 0.000 0.052 0.948
#> SRR815398      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958      3  0.0000      0.977  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR600688      4  0.1474      0.912  0 0.000 0.052 0.948
#> SRR1098952     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916     3  0.0000      0.977  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR614167      3  0.0000      0.977  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348114     2  0.2271      0.921  0 0.916 0.008 0.076
#> SRR658033      4  0.5596      0.709  0 0.236 0.068 0.696
#> SRR1077503     3  0.0336      0.971  0 0.008 0.992 0.000
#> SRR661854      4  0.1557      0.911  0 0.000 0.056 0.944
#> SRR811379      4  0.3852      0.760  0 0.192 0.008 0.800
#> SRR1318857     2  0.1302      0.944  0 0.956 0.000 0.044
#> SRR656445      3  0.0817      0.961  0 0.024 0.976 0.000
#> SRR1433044     2  0.0188      0.951  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1486391     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071      3  0.2345      0.881  0 0.000 0.900 0.100
#> SRR1364824     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745      2  0.4018      0.710  0 0.772 0.224 0.004
#> SRR601038      2  0.2888      0.846  0 0.872 0.124 0.004
#> SRR1360080     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868      4  0.3444      0.810  0 0.000 0.184 0.816
#> SRR1485997     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560     4  0.0592      0.892  0 0.016 0.000 0.984
#> SRR1333330     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513      4  0.1474      0.912  0 0.000 0.052 0.948
#> SRR1328407     2  0.4224      0.822  0 0.812 0.144 0.044
#> SRR602784      3  0.0817      0.961  0 0.024 0.976 0.000
#> SRR1348468     4  0.0817      0.890  0 0.024 0.000 0.976
#> SRR663717      2  0.4804      0.376  0 0.616 0.000 0.384
#> SRR602217      2  0.0000      0.952  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR603140      4  0.1716      0.908  0 0.000 0.064 0.936
#> SRR1340804     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574     3  0.0000      0.977  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333462     2  0.0188      0.951  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1094601     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610     4  0.2760      0.818  0 0.128 0.000 0.872
#> SRR1435833     4  0.1389      0.880  0 0.048 0.000 0.952
#> SRR1398728     2  0.1302      0.944  0 0.956 0.000 0.044
#> SRR1358343     4  0.1474      0.912  0 0.000 0.052 0.948
#> SRR1410890     2  0.1118      0.947  0 0.964 0.000 0.036
#> SRR1350371     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478     2  0.1302      0.944  0 0.956 0.000 0.044
#> SRR1099260     3  0.0188      0.974  0 0.004 0.996 0.000
#> SRR1433576     4  0.1743      0.911  0 0.004 0.056 0.940
#> SRR1345541     4  0.1474      0.912  0 0.000 0.052 0.948
#> SRR1086328     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391      3  0.0000      0.977  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476207     4  0.1867      0.905  0 0.000 0.072 0.928
#> SRR627435      4  0.1743      0.912  0 0.004 0.056 0.940
#> SRR1489862     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191     3  0.0000      0.977  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490115     3  0.0817      0.958  0 0.000 0.976 0.024
#> SRR1377714     4  0.1474      0.912  0 0.000 0.052 0.948
#> SRR819394      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161      4  0.1474      0.912  0 0.000 0.052 0.948
#> SRR607042      2  0.4252      0.666  0 0.744 0.252 0.004
#> SRR656203      4  0.4621      0.625  0 0.284 0.008 0.708
#> SRR660602      3  0.0188      0.974  0 0.004 0.996 0.000
#> SRR1440397     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249      2  0.1302      0.944  0 0.956 0.000 0.044
#> SRR661242      4  0.2124      0.907  0 0.008 0.068 0.924
#> SRR1332007     3  0.3052      0.843  0 0.136 0.860 0.004
#> SRR809619      2  0.1867      0.928  0 0.928 0.000 0.072
#> SRR819975      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281      2  0.0000      0.952  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR662366      3  0.0000      0.977  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317898     3  0.0000      0.977  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382485     4  0.1389      0.911  0 0.000 0.048 0.952
#> SRR2166420     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541     3  0.0000      0.977  0 0.000 1.000 0.000
#> SRR817444      3  0.1833      0.944  0 0.032 0.944 0.024
#> SRR1320403     2  0.0000      0.952  0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101483     2  0.1940      0.925  0 0.924 0.000 0.076
#> SRR1331684     3  0.1716      0.916  0 0.000 0.936 0.064
#> SRR1400054     4  0.1474      0.912  0 0.000 0.052 0.948
#> SRR1406088     2  0.1302      0.944  0 0.956 0.000 0.044
#> SRR820733      4  0.0921      0.907  0 0.000 0.028 0.972
#> SRR1314113     4  0.1474      0.912  0 0.000 0.052 0.948
#> SRR1382615     3  0.0779      0.964  0 0.016 0.980 0.004
#> SRR1480745     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850     2  0.0592      0.951  0 0.984 0.000 0.016
#> SRR656782      3  0.4331      0.554  0 0.000 0.712 0.288
#> SRR821364      1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295      2  0.0188      0.951  0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1357103     2  0.3355      0.804  0 0.836 0.160 0.004
#> SRR809185      4  0.4826      0.678  0 0.264 0.020 0.716
#> SRR811583      4  0.1474      0.912  0 0.000 0.052 0.948
#> SRR1468050     1  0.0000      1.000  1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224     2  0.0188      0.952  0 0.996 0.000 0.004

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>            class entropy silhouette p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR1500170     2  0.3857     0.3378  0 0.688 0.000 0.000 0.312
#> SRR1402368     3  0.1638     0.8925  0 0.004 0.932 0.064 0.000
#> SRR607743      4  0.4979     0.1596  0 0.480 0.028 0.492 0.000
#> SRR1457375     5  0.4307     0.3180  0 0.500 0.000 0.000 0.500
#> SRR1470923     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785     3  0.4367     0.3846  0 0.000 0.620 0.372 0.008
#> SRR814768      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031     2  0.3197     0.5727  0 0.836 0.000 0.024 0.140
#> SRR1363611     2  0.3141     0.6010  0 0.852 0.000 0.040 0.108
#> SRR1468447     5  0.3876     0.6915  0 0.316 0.000 0.000 0.684
#> SRR1071931     2  0.3932     0.3458  0 0.672 0.000 0.328 0.000
#> SRR810981      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299      5  0.3707     0.7219  0 0.284 0.000 0.000 0.716
#> SRR663585      3  0.0162     0.9294  0 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1326773     2  0.4844     0.3267  0 0.668 0.052 0.000 0.280
#> SRR1351166     2  0.3837     0.3462  0 0.692 0.000 0.000 0.308
#> SRR1477452     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720     3  0.0000     0.9306  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420320     2  0.2230     0.6451  0 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR1081712     2  0.4297    -0.2427  0 0.528 0.000 0.000 0.472
#> SRR1318241     3  0.6243     0.2719  0 0.240 0.544 0.216 0.000
#> SRR1333718     3  0.1992     0.9103  0 0.032 0.924 0.000 0.044
#> SRR1313514     5  0.0510     0.7045  0 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1477861     5  0.1121     0.6989  0 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR1318005     5  0.0404     0.7024  0 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1354665     2  0.4088     0.1911  0 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR657707      4  0.6576     0.3799  0 0.216 0.340 0.444 0.000
#> SRR1370742     3  0.0510     0.9252  0 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1412947     2  0.2707     0.6392  0 0.876 0.000 0.100 0.024
#> SRR661553      2  0.3707     0.4127  0 0.716 0.000 0.284 0.000
#> SRR1328869     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211      2  0.4283    -0.1784  0 0.544 0.000 0.000 0.456
#> SRR1348181     3  0.0000     0.9306  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416560     3  0.0000     0.9306  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319772     3  0.1205     0.9113  0 0.004 0.956 0.040 0.000
#> SRR1091452     2  0.4024     0.5117  0 0.752 0.028 0.220 0.000
#> SRR1338812     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072     5  0.3707     0.7216  0 0.284 0.000 0.000 0.716
#> SRR814844      4  0.1121     0.8436  0 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1376619     3  0.0000     0.9306  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603690      2  0.4219     0.2563  0 0.584 0.000 0.416 0.000
#> SRR2184980     2  0.3932     0.3040  0 0.672 0.000 0.000 0.328
#> SRR613963      4  0.0703     0.8444  0 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1323422     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673     3  0.0963     0.9227  0 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1434650     5  0.4273     0.4476  0 0.448 0.000 0.000 0.552
#> SRR659875      5  0.5606     0.3040  0 0.104 0.296 0.000 0.600
#> SRR1465734     3  0.3734     0.7841  0 0.128 0.812 0.060 0.000
#> SRR1076847     5  0.3707     0.7219  0 0.284 0.000 0.000 0.716
#> SRR1415072     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319      3  0.0290     0.9296  0 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR663088      4  0.0000     0.8390  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352021     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935      2  0.2891     0.5892  0 0.824 0.000 0.176 0.000
#> SRR1352530     3  0.0703     0.9258  0 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR662594      4  0.0963     0.8450  0 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1095309     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647      3  0.0000     0.9306  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813019      3  0.6885    -0.2970  0 0.264 0.388 0.004 0.344
#> SRR1374647     5  0.4687     0.6652  0 0.336 0.028 0.000 0.636
#> SRR603472      5  0.0404     0.7024  0 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR661529      4  0.1205     0.8449  0 0.040 0.004 0.956 0.000
#> SRR607018      3  0.2927     0.8724  0 0.092 0.868 0.000 0.040
#> SRR627423      4  0.0000     0.8390  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR654921      4  0.3242     0.7479  0 0.216 0.000 0.784 0.000
#> SRR1418968     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871      3  0.0000     0.9306  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330522     3  0.0000     0.9306  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499958     2  0.3837     0.3463  0 0.692 0.000 0.000 0.308
#> SRR614059      4  0.1205     0.8449  0 0.040 0.004 0.956 0.000
#> SRR1071403     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719     2  0.3966     0.2825  0 0.664 0.000 0.000 0.336
#> SRR1440421     5  0.3707     0.7216  0 0.284 0.000 0.000 0.716
#> SRR1310412     4  0.2488     0.8134  0 0.124 0.004 0.872 0.000
#> SRR614767      5  0.4227     0.5328  0 0.420 0.000 0.000 0.580
#> SRR820709      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093      3  0.1818     0.9127  0 0.024 0.932 0.000 0.044
#> SRR1088168     3  0.2153     0.9072  0 0.040 0.916 0.000 0.044
#> SRR1418707     2  0.3983     0.2714  0 0.660 0.000 0.000 0.340
#> SRR1354291     5  0.0609     0.7064  0 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR2165806     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684     2  0.3039     0.5704  0 0.808 0.000 0.192 0.000
#> SRR1433860     3  0.0290     0.9296  0 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1311062     5  0.3636     0.7263  0 0.272 0.000 0.000 0.728
#> SRR1360359     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385      3  0.0609     0.9268  0 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR615407      5  0.4015     0.6542  0 0.348 0.000 0.000 0.652
#> SRR1413892     3  0.1444     0.9179  0 0.012 0.948 0.000 0.040
#> SRR1443459     2  0.2970     0.5369  0 0.828 0.000 0.004 0.168
#> SRR1338942     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480      3  0.5423     0.4674  0 0.112 0.644 0.244 0.000
#> SRR1399433     2  0.2338     0.6456  0 0.884 0.000 0.112 0.004
#> SRR818537      5  0.2193     0.7035  0 0.060 0.028 0.000 0.912
#> SRR1101324     4  0.0703     0.8444  0 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR807637      4  0.0000     0.8390  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091918     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300      4  0.1205     0.8449  0 0.040 0.004 0.956 0.000
#> SRR1085426     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294     2  0.4150     0.1100  0 0.612 0.000 0.000 0.388
#> SRR813891      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431     2  0.3548     0.5239  0 0.796 0.004 0.012 0.188
#> SRR658742      4  0.0000     0.8390  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419234     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813     2  0.3913     0.3132  0 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR603496      4  0.6260     0.3607  0 0.372 0.152 0.476 0.000
#> SRR1407758     3  0.0000     0.9306  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810945      2  0.4119     0.5553  0 0.804 0.032 0.032 0.132
#> SRR817234      5  0.3707     0.7219  0 0.284 0.000 0.000 0.716
#> SRR1444852     3  0.0000     0.9306  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660378      3  0.2669     0.8590  0 0.104 0.876 0.020 0.000
#> SRR1467835     2  0.3857     0.3378  0 0.688 0.000 0.000 0.312
#> SRR1338964     4  0.6552     0.4655  0 0.276 0.248 0.476 0.000
#> SRR1079259     2  0.3266     0.5631  0 0.796 0.000 0.200 0.004
#> SRR1072345     4  0.3882     0.7415  0 0.224 0.020 0.756 0.000
#> SRR598725      3  0.4740     0.1270  0 0.016 0.516 0.468 0.000
#> SRR1447938     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460     2  0.2230     0.6451  0 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR1429468     2  0.3932     0.3034  0 0.672 0.000 0.000 0.328
#> SRR1446850     2  0.4604    -0.1778  0 0.560 0.012 0.000 0.428
#> SRR1320363     3  0.0000     0.9306  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413810     3  0.0000     0.9306  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598831      2  0.3949     0.2936  0 0.668 0.000 0.000 0.332
#> SRR1381865     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957      3  0.0566     0.9282  0 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR1491332     3  0.1741     0.9143  0 0.024 0.936 0.000 0.040
#> SRR1099744     5  0.4294     0.4241  0 0.468 0.000 0.000 0.532
#> SRR1464618     2  0.2248     0.6432  0 0.900 0.000 0.088 0.012
#> SRR1414559     4  0.0000     0.8390  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337540     4  0.0000     0.8390  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444283     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942     4  0.2694     0.8039  0 0.040 0.076 0.884 0.000
#> SRR660295      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335      3  0.0000     0.9306  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1363742     3  0.0703     0.9258  0 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1345847     2  0.1485     0.6213  0 0.948 0.000 0.020 0.032
#> SRR614960      4  0.3602     0.7092  0 0.024 0.180 0.796 0.000
#> SRR819919      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330      5  0.3143     0.7308  0 0.204 0.000 0.000 0.796
#> SRR1327951     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266     2  0.3086     0.5261  0 0.816 0.000 0.004 0.180
#> SRR1338055     5  0.3707     0.7219  0 0.284 0.000 0.000 0.716
#> SRR1430157     2  0.3816     0.3543  0 0.696 0.000 0.000 0.304
#> SRR1320137     4  0.1965     0.8201  0 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1093483     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913     3  0.0000     0.9306  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2170490     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845     3  0.2457     0.8742  0 0.008 0.900 0.076 0.016
#> SRR1436420     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060     5  0.5115     0.4946  0 0.092 0.232 0.000 0.676
#> SRR662282      3  0.3115     0.8569  0 0.112 0.852 0.000 0.036
#> SRR1487089     2  0.4307    -0.2476  0 0.500 0.000 0.500 0.000
#> SRR1075683     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880     2  0.1768     0.5997  0 0.924 0.000 0.004 0.072
#> SRR1453456     3  0.0162     0.9302  0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1457895     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603     5  0.2079     0.6940  0 0.064 0.020 0.000 0.916
#> SRR658633      5  0.4278     0.4623  0 0.452 0.000 0.000 0.548
#> SRR1388081     2  0.2127     0.6455  0 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR813339      3  0.0000     0.9306  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809725      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441      5  0.3707     0.7219  0 0.284 0.000 0.000 0.716
#> SRR613603      4  0.1792     0.8310  0 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1096571     3  0.1469     0.9182  0 0.016 0.948 0.000 0.036
#> SRR1392701     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693     2  0.3421     0.6295  0 0.840 0.000 0.080 0.080
#> SRR660697      2  0.3395     0.5319  0 0.764 0.000 0.236 0.000
#> SRR1489926     4  0.6163     0.4910  0 0.168 0.292 0.540 0.000
#> SRR811491      3  0.0000     0.9306  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311644     4  0.0865     0.8443  0 0.024 0.004 0.972 0.000
#> SRR1451740     3  0.0000     0.9306  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615117      5  0.1430     0.7163  0 0.052 0.004 0.000 0.944
#> SRR1391748     2  0.4201     0.0639  0 0.592 0.000 0.408 0.000
#> SRR1466556     3  0.2813     0.8525  0 0.000 0.868 0.108 0.024
#> SRR614972      3  0.0000     0.9306  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406200     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210      2  0.4074     0.2293  0 0.636 0.000 0.364 0.000
#> SRR662174      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236      4  0.4118     0.6163  0 0.336 0.004 0.660 0.000
#> SRR1312598     2  0.3913     0.3132  0 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR1330129     5  0.0880     0.7103  0 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR1357781     5  0.0510     0.7045  0 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1315517     5  0.0609     0.7064  0 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1400032     3  0.0000     0.9306  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413722     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827      3  0.0000     0.9306  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814794      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509     2  0.2439     0.6456  0 0.876 0.000 0.120 0.004
#> SRR808728      3  0.1992     0.9103  0 0.032 0.924 0.000 0.044
#> SRR1070813     2  0.3861     0.3881  0 0.712 0.000 0.004 0.284
#> SRR1389133     4  0.1205     0.8449  0 0.040 0.004 0.956 0.000
#> SRR601263      4  0.6349     0.5371  0 0.212 0.268 0.520 0.000
#> SRR604718      2  0.2230     0.6457  0 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR1481351     3  0.2900     0.8490  0 0.108 0.864 0.028 0.000
#> SRR1334608     3  0.0290     0.9296  0 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR658681      3  0.1124     0.9216  0 0.004 0.960 0.000 0.036
#> SRR809283      4  0.0000     0.8390  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459300     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547     3  0.1830     0.9131  0 0.028 0.932 0.000 0.040
#> SRR811049      2  0.4965    -0.1218  0 0.520 0.028 0.452 0.000
#> SRR1464835     4  0.0963     0.8448  0 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1339619     2  0.3491     0.4724  0 0.768 0.000 0.004 0.228
#> SRR658501      3  0.0162     0.9302  0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1447523     4  0.3495     0.7429  0 0.028 0.160 0.812 0.000
#> SRR1415048     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348     2  0.1216     0.6242  0 0.960 0.000 0.020 0.020
#> SRR603890      5  0.0609     0.7064  0 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR810595      3  0.2248     0.8804  0 0.088 0.900 0.012 0.000
#> SRR1446244     2  0.3116     0.6254  0 0.860 0.000 0.064 0.076
#> SRR817373      2  0.2230     0.6457  0 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR1457291     2  0.2741     0.5599  0 0.860 0.004 0.004 0.132
#> SRR598220      2  0.2966     0.5854  0 0.816 0.000 0.184 0.000
#> SRR1477991     2  0.3966     0.2825  0 0.664 0.000 0.000 0.336
#> SRR598172      5  0.3636     0.7253  0 0.272 0.000 0.000 0.728
#> SRR1349032     2  0.3692     0.5907  0 0.812 0.000 0.052 0.136
#> SRR604002      5  0.3612     0.7263  0 0.268 0.000 0.000 0.732
#> SRR1378026     3  0.3051     0.8371  0 0.120 0.852 0.028 0.000
#> SRR1404401     5  0.0510     0.7045  0 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1333240     5  0.5449     0.6366  0 0.264 0.104 0.000 0.632
#> SRR1089399     2  0.3966     0.2825  0 0.664 0.000 0.000 0.336
#> SRR603421      5  0.3707     0.7219  0 0.284 0.000 0.000 0.716
#> SRR812562      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520      3  0.1725     0.9141  0 0.020 0.936 0.000 0.044
#> SRR811839      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317      2  0.3932     0.3034  0 0.672 0.000 0.000 0.328
#> SRR1436763     4  0.0000     0.8390  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486021     2  0.3999     0.5333  0 0.808 0.068 0.008 0.116
#> SRR1465018     5  0.3707     0.7219  0 0.284 0.000 0.000 0.716
#> SRR1080998     2  0.4484     0.3590  0 0.668 0.024 0.308 0.000
#> SRR1083432     3  0.0290     0.9296  0 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1082833     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536     3  0.0000     0.9306  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614011      2  0.3048     0.5288  0 0.820 0.000 0.004 0.176
#> SRR1365873     5  0.4114     0.6137  0 0.376 0.000 0.000 0.624
#> SRR1498789     5  0.4182     0.5716  0 0.400 0.000 0.000 0.600
#> SRR601581      2  0.2230     0.6451  0 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR603566      5  0.5264     0.6631  0 0.256 0.092 0.000 0.652
#> SRR1373981     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410      2  0.3949     0.2936  0 0.668 0.000 0.000 0.332
#> SRR1076511     4  0.0000     0.8390  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614143      4  0.5104     0.7109  0 0.192 0.116 0.692 0.000
#> SRR1333570     3  0.2471     0.8289  0 0.000 0.864 0.136 0.000
#> SRR1366813     2  0.3857     0.3378  0 0.688 0.000 0.000 0.312
#> SRR1388746     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558     4  0.1205     0.8449  0 0.040 0.004 0.956 0.000
#> SRR1409510     3  0.0000     0.9306  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816250      5  0.4297     0.4105  0 0.472 0.000 0.000 0.528
#> SRR614131      4  0.3424     0.7387  0 0.240 0.000 0.760 0.000
#> SRR1331130     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015     3  0.0000     0.9306  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470798     3  0.0000     0.9306  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614179      5  0.5059     0.4921  0 0.112 0.192 0.000 0.696
#> SRR1474863     5  0.4306     0.3574  0 0.492 0.000 0.000 0.508
#> SRR813560      2  0.3895     0.3215  0 0.680 0.000 0.000 0.320
#> SRR1312187     2  0.2754     0.6392  0 0.880 0.000 0.080 0.040
#> SRR1420960     3  0.0290     0.9296  0 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1355102     3  0.0000     0.9306  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084577     3  0.0000     0.9306  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659971      2  0.3177     0.4923  0 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR1350855     2  0.2230     0.6453  0 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR820779      3  0.0324     0.9301  0 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1476300     3  0.0566     0.9280  0 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR1090907     2  0.2329     0.6425  0 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR662294      5  0.3684     0.7237  0 0.280 0.000 0.000 0.720
#> SRR1480789     5  0.4343     0.5899  0 0.096 0.136 0.000 0.768
#> SRR1336263     2  0.3305     0.5283  0 0.776 0.000 0.224 0.000
#> SRR660776      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508     5  0.4122     0.7034  0 0.304 0.004 0.004 0.688
#> SRR615563      2  0.3508     0.4770  0 0.748 0.000 0.252 0.000
#> SRR1101175     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650     3  0.2446     0.8985  0 0.056 0.900 0.000 0.044
#> SRR1431205     5  0.3999     0.6586  0 0.344 0.000 0.000 0.656
#> SRR1339856     2  0.2516     0.6312  0 0.860 0.000 0.140 0.000
#> SRR1352147     2  0.2970     0.5380  0 0.828 0.000 0.004 0.168
#> SRR808968      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419      5  0.3707     0.7219  0 0.284 0.000 0.000 0.716
#> SRR1402391     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609      3  0.4454     0.7864  0 0.112 0.760 0.000 0.128
#> SRR2167857     5  0.0404     0.7024  0 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1398752     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437     2  0.3949     0.2936  0 0.668 0.000 0.000 0.332
#> SRR1416955     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064     2  0.2561     0.6347  0 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR659001      2  0.2230     0.6451  0 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR2170696     2  0.3636     0.4441  0 0.728 0.000 0.272 0.000
#> SRR816589      3  0.0794     0.9251  0 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1087487     3  0.0000     0.9306  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329485     3  0.0290     0.9296  0 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR816920      2  0.4182     0.1311  0 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1341432     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590     4  0.3932     0.6298  0 0.328 0.000 0.672 0.000
#> SRR817046      3  0.0000     0.9306  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471331     3  0.0162     0.9302  0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR660788      2  0.3837     0.3696  0 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR819234      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853      5  0.1764     0.7146  0 0.064 0.008 0.000 0.928
#> SRR809427      4  0.2813     0.7828  0 0.168 0.000 0.832 0.000
#> SRR2170217     4  0.2471     0.8028  0 0.136 0.000 0.864 0.000
#> SRR1386967     3  0.0162     0.9302  0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1420344     2  0.3684     0.3955  0 0.720 0.000 0.000 0.280
#> SRR1334535     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503      4  0.0290     0.8411  0 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR602564      4  0.3109     0.7605  0 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1420669     2  0.4101     0.1762  0 0.628 0.000 0.372 0.000
#> SRR819024      3  0.0000     0.9306  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656223      3  0.0290     0.9296  0 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR608428      5  0.4278     0.4658  0 0.452 0.000 0.000 0.548
#> SRR1345647     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324     5  0.4291     0.4344  0 0.464 0.000 0.000 0.536
#> SRR1361368     2  0.2763     0.5540  0 0.848 0.000 0.004 0.148
#> SRR1322619     2  0.3913     0.3132  0 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR1349276     2  0.3730     0.4112  0 0.712 0.000 0.288 0.000
#> SRR1404024     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637     2  0.3837     0.3462  0 0.692 0.000 0.000 0.308
#> SRR1452631     4  0.4201     0.4865  0 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR608392      3  0.3459     0.8433  0 0.116 0.832 0.000 0.052
#> SRR1357757     4  0.0510     0.8428  0 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1074646     2  0.2230     0.6451  0 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR1367499     3  0.0162     0.9302  0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1343501     3  0.1992     0.9103  0 0.032 0.924 0.000 0.044
#> SRR1394406     4  0.2488     0.8142  0 0.124 0.004 0.872 0.000
#> SRR1381435     3  0.0703     0.9258  0 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1467407     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422     5  0.3921     0.7275  0 0.172 0.044 0.000 0.784
#> SRR1380270     5  0.1270     0.6884  0 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR1091817     5  0.4294     0.4270  0 0.468 0.000 0.000 0.532
#> SRR1440137     2  0.4126     0.1418  0 0.620 0.000 0.000 0.380
#> SRR614311      2  0.3800     0.6178  0 0.812 0.000 0.080 0.108
#> SRR1407516     4  0.3796     0.6512  0 0.300 0.000 0.700 0.000
#> SRR815494      3  0.0000     0.9306  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333209     2  0.2127     0.6454  0 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR615177      4  0.0000     0.8390  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099648     3  0.1907     0.9114  0 0.028 0.928 0.000 0.044
#> SRR659720      2  0.4526     0.4080  0 0.672 0.028 0.300 0.000
#> SRR2185057     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468      4  0.0703     0.8444  0 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR660042      4  0.1205     0.8449  0 0.040 0.004 0.956 0.000
#> SRR2170864     2  0.3143     0.4935  0 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1440491     2  0.3612     0.5133  0 0.764 0.008 0.228 0.000
#> SRR1440852     3  0.0000     0.9306  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811169      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311     2  0.2230     0.6451  0 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR818009      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836     2  0.3983     0.2714  0 0.660 0.000 0.000 0.340
#> SRR1498313     5  0.3730     0.7188  0 0.288 0.000 0.000 0.712
#> SRR1441975     5  0.4278     0.4522  0 0.452 0.000 0.000 0.548
#> SRR819096      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679     2  0.6282     0.1358  0 0.536 0.216 0.248 0.000
#> SRR1489116     3  0.3003     0.8705  0 0.092 0.864 0.000 0.044
#> SRR1354138     3  0.0000     0.9306  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490589     3  0.2690     0.8049  0 0.000 0.844 0.156 0.000
#> SRR1412987     4  0.3242     0.7479  0 0.216 0.000 0.784 0.000
#> SRR602034      3  0.0000     0.9306  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353437     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871     2  0.4522     0.0495  0 0.552 0.008 0.440 0.000
#> SRR661577      4  0.0000     0.8390  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR612190      4  0.2690     0.7964  0 0.156 0.000 0.844 0.000
#> SRR1399880     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787     2  0.2248     0.6432  0 0.900 0.000 0.088 0.012
#> SRR657869      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141     3  0.0162     0.9302  0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1476697     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538     2  0.3461     0.5329  0 0.772 0.000 0.224 0.004
#> SRR1331422     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859      4  0.1357     0.8435  0 0.048 0.004 0.948 0.000
#> SRR1097594     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419     3  0.0000     0.9306  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336706     3  0.3780     0.8303  0 0.116 0.812 0.000 0.072
#> SRR1472976     2  0.4297    -0.1624  0 0.528 0.000 0.472 0.000
#> SRR1321307     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461      3  0.0162     0.9302  0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1477149     5  0.4201     0.5561  0 0.408 0.000 0.000 0.592
#> SRR1457397     5  0.0510     0.7038  0 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR661913      3  0.1792     0.8776  0 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR1069024     5  0.1478     0.6954  0 0.064 0.000 0.000 0.936
#> SRR2165634     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722     3  0.0000     0.9306  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328642     5  0.1732     0.7212  0 0.080 0.000 0.000 0.920
#> SRR1488261     4  0.2423     0.8079  0 0.024 0.080 0.896 0.000
#> SRR1318815     4  0.0510     0.8431  0 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR816945      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432     4  0.0000     0.8390  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359280     5  0.3661     0.7248  0 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR1313910     2  0.3452     0.4497  0 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR1457315     4  0.4147     0.6480  0 0.316 0.008 0.676 0.000
#> SRR815398      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958      3  0.0000     0.9306  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR600688      4  0.4300     0.2560  0 0.476 0.000 0.524 0.000
#> SRR1098952     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916     3  0.0000     0.9306  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614167      3  0.0000     0.9306  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348114     2  0.2331     0.6416  0 0.900 0.000 0.080 0.020
#> SRR658033      2  0.4147     0.5749  0 0.760 0.016 0.208 0.016
#> SRR1077503     3  0.3821     0.7722  0 0.148 0.800 0.052 0.000
#> SRR661854      4  0.0963     0.8451  0 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR811379      2  0.2280     0.6434  0 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR1318857     2  0.3796     0.3621  0 0.700 0.000 0.000 0.300
#> SRR656445      3  0.1818     0.9127  0 0.024 0.932 0.000 0.044
#> SRR1433044     5  0.0510     0.7045  0 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1486391     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071      4  0.4446     0.0246  0 0.004 0.476 0.520 0.000
#> SRR1364824     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745      5  0.4835     0.6397  0 0.120 0.156 0.000 0.724
#> SRR601038      5  0.1701     0.7002  0 0.048 0.016 0.000 0.936
#> SRR1360080     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868      4  0.3615     0.7344  0 0.036 0.156 0.808 0.000
#> SRR1485997     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560     2  0.3210     0.5439  0 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR1333330     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513      4  0.1121     0.8439  0 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1328407     2  0.6148     0.1942  0 0.552 0.124 0.008 0.316
#> SRR602784      3  0.1992     0.9103  0 0.032 0.924 0.000 0.044
#> SRR1348468     2  0.3395     0.5089  0 0.764 0.000 0.236 0.000
#> SRR663717      2  0.2331     0.6416  0 0.900 0.000 0.080 0.020
#> SRR602217      5  0.4930     0.5831  0 0.388 0.032 0.000 0.580
#> SRR603140      4  0.4449     0.2184  0 0.484 0.004 0.512 0.000
#> SRR1340804     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574     3  0.0162     0.9302  0 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1333462     5  0.0510     0.7045  0 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1094601     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610     2  0.3177     0.5513  0 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1435833     2  0.2690     0.6134  0 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1398728     2  0.3730     0.3822  0 0.712 0.000 0.000 0.288
#> SRR1358343     4  0.0000     0.8390  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410890     2  0.3876     0.3299  0 0.684 0.000 0.000 0.316
#> SRR1350371     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478     2  0.3857     0.3378  0 0.688 0.000 0.000 0.312
#> SRR1099260     3  0.3085     0.8540  0 0.116 0.852 0.000 0.032
#> SRR1433576     3  0.6444     0.0501  0 0.204 0.488 0.308 0.000
#> SRR1345541     4  0.1043     0.8445  0 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR1086328     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391      3  0.0000     0.9306  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476207     4  0.4774     0.3978  0 0.424 0.020 0.556 0.000
#> SRR627435      4  0.0880     0.8453  0 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1489862     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191     3  0.0000     0.9306  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490115     3  0.3967     0.7775  0 0.092 0.800 0.108 0.000
#> SRR1377714     4  0.1410     0.8372  0 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR819394      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161      4  0.0000     0.8390  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR607042      5  0.1732     0.6753  0 0.080 0.000 0.000 0.920
#> SRR656203      2  0.2971     0.6161  0 0.836 0.000 0.156 0.008
#> SRR660602      3  0.1205     0.9200  0 0.004 0.956 0.000 0.040
#> SRR1440397     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249      2  0.3730     0.3834  0 0.712 0.000 0.000 0.288
#> SRR661242      2  0.6718    -0.1629  0 0.420 0.272 0.308 0.000
#> SRR1332007     3  0.5803     0.4101  0 0.100 0.532 0.000 0.368
#> SRR809619      2  0.2763     0.5532  0 0.848 0.000 0.004 0.148
#> SRR819975      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281      5  0.3684     0.7233  0 0.280 0.000 0.000 0.720
#> SRR662366      3  0.0000     0.9306  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317898     3  0.0000     0.9306  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382485     4  0.5606     0.6054  0 0.296 0.104 0.600 0.000
#> SRR2166420     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541     3  0.0000     0.9306  0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817444      3  0.4134     0.8096  0 0.116 0.808 0.052 0.024
#> SRR1320403     5  0.3395     0.7310  0 0.236 0.000 0.000 0.764
#> SRR1101483     2  0.2909     0.5640  0 0.848 0.000 0.012 0.140
#> SRR1331684     3  0.4404     0.7385  0 0.152 0.760 0.088 0.000
#> SRR1400054     4  0.0880     0.8451  0 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1406088     2  0.3177     0.4945  0 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR820733      4  0.4074     0.5808  0 0.364 0.000 0.636 0.000
#> SRR1314113     4  0.0865     0.8443  0 0.024 0.004 0.972 0.000
#> SRR1382615     3  0.2300     0.9039  0 0.040 0.908 0.000 0.052
#> SRR1480745     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850     5  0.4307     0.3451  0 0.496 0.000 0.000 0.504
#> SRR656782      3  0.1830     0.8878  0 0.008 0.924 0.068 0.000
#> SRR821364      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295      5  0.0404     0.7024  0 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1357103     5  0.3590     0.6854  0 0.092 0.080 0.000 0.828
#> SRR809185      2  0.2513     0.6423  0 0.876 0.008 0.116 0.000
#> SRR811583      4  0.0000     0.8390  0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468050     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224     2  0.4126     0.1459  0 0.620 0.000 0.000 0.380

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>            class entropy silhouette p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR1500170     2  0.4499     0.6516  0 0.708 0.000 0.152 0.140 0.000
#> SRR1402368     3  0.2739     0.7875  0 0.000 0.872 0.032 0.012 0.084
#> SRR607743      4  0.4624     0.5869  0 0.004 0.040 0.708 0.028 0.220
#> SRR1457375     2  0.1461     0.6458  0 0.940 0.000 0.044 0.016 0.000
#> SRR1470923     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785     3  0.4696     0.6785  0 0.000 0.728 0.088 0.032 0.152
#> SRR814768      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031     4  0.4465     0.6591  0 0.128 0.000 0.748 0.100 0.024
#> SRR1363611     4  0.4131     0.6583  0 0.088 0.000 0.760 0.144 0.008
#> SRR1468447     2  0.0603     0.6101  0 0.980 0.000 0.004 0.016 0.000
#> SRR1071931     4  0.3368     0.7071  0 0.012 0.000 0.828 0.052 0.108
#> SRR810981      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299      2  0.0922     0.6009  0 0.968 0.000 0.004 0.024 0.004
#> SRR663585      3  0.0000     0.8617  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326773     2  0.4645     0.2175  0 0.616 0.040 0.336 0.008 0.000
#> SRR1351166     2  0.5034     0.6271  0 0.652 0.000 0.200 0.144 0.004
#> SRR1477452     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720     3  0.0000     0.8617  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420320     4  0.2828     0.7461  0 0.040 0.000 0.868 0.080 0.012
#> SRR1081712     2  0.2237     0.6671  0 0.896 0.000 0.068 0.036 0.000
#> SRR1318241     4  0.5461     0.5333  0 0.000 0.180 0.664 0.080 0.076
#> SRR1333718     3  0.5503     0.6549  0 0.048 0.620 0.060 0.268 0.004
#> SRR1313514     5  0.5218     0.8313  0 0.384 0.000 0.004 0.528 0.084
#> SRR1477861     5  0.3828     0.7961  0 0.440 0.000 0.000 0.560 0.000
#> SRR1318005     5  0.5218     0.8313  0 0.384 0.000 0.004 0.528 0.084
#> SRR1354665     2  0.3458     0.6718  0 0.808 0.000 0.112 0.080 0.000
#> SRR657707      4  0.5693     0.5398  0 0.000 0.116 0.648 0.076 0.160
#> SRR1370742     3  0.1232     0.8452  0 0.000 0.956 0.016 0.004 0.024
#> SRR1412947     4  0.3587     0.7207  0 0.116 0.000 0.816 0.044 0.024
#> SRR661553      4  0.2333     0.7386  0 0.004 0.000 0.896 0.040 0.060
#> SRR1328869     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211      2  0.2308     0.6678  0 0.892 0.000 0.068 0.040 0.000
#> SRR1348181     3  0.0000     0.8617  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416560     3  0.0717     0.8579  0 0.000 0.976 0.000 0.008 0.016
#> SRR1319772     3  0.4146     0.7188  0 0.000 0.752 0.180 0.052 0.016
#> SRR1091452     4  0.3610     0.7239  0 0.024 0.008 0.832 0.068 0.068
#> SRR1338812     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072     2  0.1493     0.5644  0 0.936 0.000 0.004 0.056 0.004
#> SRR814844      6  0.3123     0.8540  0 0.000 0.000 0.136 0.040 0.824
#> SRR1376619     3  0.0000     0.8617  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603690      4  0.4138     0.6716  0 0.044 0.000 0.752 0.020 0.184
#> SRR2184980     2  0.4281     0.6627  0 0.732 0.000 0.136 0.132 0.000
#> SRR613963      6  0.2398     0.8752  0 0.000 0.000 0.104 0.020 0.876
#> SRR1323422     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673     3  0.1777     0.8486  0 0.004 0.928 0.024 0.044 0.000
#> SRR1434650     2  0.2618     0.6114  0 0.872 0.000 0.076 0.052 0.000
#> SRR659875      5  0.6013     0.6200  0 0.308 0.152 0.016 0.520 0.004
#> SRR1465734     3  0.5126     0.5914  0 0.000 0.648 0.256 0.060 0.036
#> SRR1076847     2  0.1674     0.5541  0 0.924 0.000 0.004 0.068 0.004
#> SRR1415072     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319      3  0.0922     0.8569  0 0.000 0.968 0.004 0.024 0.004
#> SRR663088      6  0.2263     0.8759  0 0.000 0.000 0.100 0.016 0.884
#> SRR1352021     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935      4  0.1938     0.7525  0 0.020 0.000 0.920 0.052 0.008
#> SRR1352530     3  0.1067     0.8563  0 0.004 0.964 0.004 0.024 0.004
#> SRR662594      6  0.2968     0.8580  0 0.000 0.000 0.168 0.016 0.816
#> SRR1095309     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647      3  0.0363     0.8620  0 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR813019      2  0.5196     0.1466  0 0.704 0.144 0.088 0.060 0.004
#> SRR1374647     2  0.3753     0.4169  0 0.812 0.028 0.088 0.072 0.000
#> SRR603472      5  0.5218     0.8313  0 0.384 0.000 0.004 0.528 0.084
#> SRR661529      6  0.2783     0.8661  0 0.000 0.000 0.148 0.016 0.836
#> SRR607018      3  0.5219     0.6781  0 0.024 0.636 0.068 0.268 0.004
#> SRR627423      6  0.1863     0.8776  0 0.000 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR654921      6  0.4788     0.3687  0 0.000 0.000 0.396 0.056 0.548
#> SRR1418968     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871      3  0.0291     0.8607  0 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1330522     3  0.0000     0.8617  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499958     2  0.5112     0.6235  0 0.652 0.000 0.196 0.144 0.008
#> SRR614059      6  0.2783     0.8661  0 0.000 0.000 0.148 0.016 0.836
#> SRR1071403     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719     2  0.4204     0.6648  0 0.740 0.000 0.132 0.128 0.000
#> SRR1440421     2  0.1080     0.5930  0 0.960 0.000 0.004 0.032 0.004
#> SRR1310412     6  0.3998     0.6122  0 0.000 0.000 0.340 0.016 0.644
#> SRR614767      2  0.0717     0.6296  0 0.976 0.000 0.016 0.008 0.000
#> SRR820709      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093      3  0.5661     0.6458  0 0.060 0.604 0.072 0.264 0.000
#> SRR1088168     3  0.5834     0.6252  0 0.068 0.592 0.064 0.272 0.004
#> SRR1418707     2  0.4003     0.6683  0 0.760 0.000 0.124 0.116 0.000
#> SRR1354291     5  0.5218     0.8313  0 0.384 0.000 0.004 0.528 0.084
#> SRR2165806     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684     4  0.1542     0.7576  0 0.016 0.000 0.944 0.024 0.016
#> SRR1433860     3  0.1155     0.8534  0 0.000 0.956 0.004 0.036 0.004
#> SRR1311062     2  0.1204     0.5594  0 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1360359     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385      3  0.1067     0.8563  0 0.004 0.964 0.004 0.024 0.004
#> SRR615407      2  0.0725     0.6222  0 0.976 0.000 0.012 0.012 0.000
#> SRR1413892     3  0.4251     0.7336  0 0.004 0.708 0.040 0.244 0.004
#> SRR1443459     2  0.5817     0.3276  0 0.460 0.000 0.388 0.144 0.008
#> SRR1338942     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480      4  0.6276     0.1228  0 0.004 0.388 0.464 0.072 0.072
#> SRR1399433     4  0.2673     0.7359  0 0.044 0.000 0.880 0.064 0.012
#> SRR818537      5  0.4491     0.7531  0 0.476 0.008 0.016 0.500 0.000
#> SRR1101324     6  0.2491     0.8769  0 0.000 0.000 0.112 0.020 0.868
#> SRR807637      6  0.2263     0.8759  0 0.000 0.000 0.100 0.016 0.884
#> SRR1091918     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300      6  0.2869     0.8646  0 0.000 0.000 0.148 0.020 0.832
#> SRR1085426     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294     2  0.2106     0.6657  0 0.904 0.000 0.064 0.032 0.000
#> SRR813891      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431     2  0.5868     0.4105  0 0.488 0.000 0.364 0.132 0.016
#> SRR658742      6  0.2263     0.8759  0 0.000 0.000 0.100 0.016 0.884
#> SRR1419234     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813     2  0.4354     0.6599  0 0.724 0.000 0.144 0.132 0.000
#> SRR603496      4  0.6228     0.3715  0 0.004 0.168 0.556 0.040 0.232
#> SRR1407758     3  0.0000     0.8617  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810945      2  0.5402     0.0884  0 0.488 0.024 0.444 0.020 0.024
#> SRR817234      2  0.1155     0.5958  0 0.956 0.000 0.004 0.036 0.004
#> SRR1444852     3  0.0000     0.8617  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660378      3  0.2744     0.8181  0 0.000 0.864 0.072 0.064 0.000
#> SRR1467835     2  0.4980     0.6323  0 0.660 0.000 0.192 0.144 0.004
#> SRR1338964     4  0.5158     0.6012  0 0.000 0.088 0.704 0.076 0.132
#> SRR1079259     4  0.2920     0.7556  0 0.016 0.000 0.864 0.080 0.040
#> SRR1072345     4  0.4962     0.4534  0 0.000 0.020 0.632 0.056 0.292
#> SRR598725      6  0.4533     0.2955  0 0.000 0.376 0.032 0.004 0.588
#> SRR1447938     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460     4  0.2555     0.7519  0 0.032 0.000 0.888 0.064 0.016
#> SRR1429468     2  0.4242     0.6639  0 0.736 0.000 0.136 0.128 0.000
#> SRR1446850     2  0.2560     0.5581  0 0.872 0.000 0.092 0.036 0.000
#> SRR1320363     3  0.0146     0.8613  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1413810     3  0.0146     0.8616  0 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR598831      2  0.4242     0.6639  0 0.736 0.000 0.136 0.128 0.000
#> SRR1381865     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957      3  0.1461     0.8488  0 0.000 0.940 0.000 0.016 0.044
#> SRR1491332     3  0.5202     0.6763  0 0.032 0.640 0.056 0.268 0.004
#> SRR1099744     2  0.0713     0.6427  0 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1464618     4  0.3050     0.7360  0 0.044 0.000 0.852 0.092 0.012
#> SRR1414559     6  0.2263     0.8759  0 0.000 0.000 0.100 0.016 0.884
#> SRR1337540     6  0.2263     0.8759  0 0.000 0.000 0.100 0.016 0.884
#> SRR1444283     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942     6  0.4038     0.7372  0 0.000 0.156 0.072 0.008 0.764
#> SRR660295      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335      3  0.0291     0.8611  0 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1363742     3  0.1812     0.8443  0 0.004 0.924 0.008 0.060 0.004
#> SRR1345847     4  0.5017     0.5483  0 0.212 0.000 0.664 0.112 0.012
#> SRR614960      6  0.3709     0.8162  0 0.000 0.076 0.100 0.016 0.808
#> SRR819919      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330      2  0.4234    -0.2690  0 0.676 0.000 0.000 0.280 0.044
#> SRR1327951     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266     2  0.5601     0.5299  0 0.556 0.000 0.292 0.144 0.008
#> SRR1338055     2  0.1010     0.6004  0 0.960 0.000 0.004 0.036 0.000
#> SRR1430157     2  0.5139     0.6205  0 0.648 0.000 0.200 0.144 0.008
#> SRR1320137     4  0.4208     0.0496  0 0.004 0.000 0.536 0.008 0.452
#> SRR1093483     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913     3  0.0291     0.8606  0 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR2170490     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845     3  0.2757     0.8218  0 0.004 0.884 0.052 0.024 0.036
#> SRR1436420     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060     5  0.6225     0.6095  0 0.380 0.152 0.028 0.440 0.000
#> SRR662282      3  0.4869     0.7081  0 0.004 0.664 0.088 0.240 0.004
#> SRR1487089     4  0.3892     0.6424  0 0.000 0.000 0.740 0.048 0.212
#> SRR1075683     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880     4  0.5284     0.4169  0 0.256 0.000 0.612 0.124 0.008
#> SRR1453456     3  0.0260     0.8617  0 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1457895     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603     5  0.4680     0.7609  0 0.388 0.020 0.012 0.576 0.004
#> SRR658633      2  0.0603     0.6327  0 0.980 0.000 0.016 0.004 0.000
#> SRR1388081     4  0.2555     0.7479  0 0.032 0.000 0.888 0.064 0.016
#> SRR813339      3  0.0146     0.8613  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR809725      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441      2  0.1219     0.5871  0 0.948 0.000 0.004 0.048 0.000
#> SRR613603      6  0.3992     0.5672  0 0.000 0.000 0.364 0.012 0.624
#> SRR1096571     3  0.5352     0.6702  0 0.044 0.636 0.056 0.260 0.004
#> SRR1392701     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693     4  0.3270     0.7119  0 0.072 0.000 0.836 0.084 0.008
#> SRR660697      4  0.2665     0.7496  0 0.024 0.000 0.884 0.032 0.060
#> SRR1489926     3  0.6174     0.4907  0 0.000 0.576 0.192 0.060 0.172
#> SRR811491      3  0.0146     0.8613  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1311644     6  0.2491     0.8769  0 0.000 0.000 0.112 0.020 0.868
#> SRR1451740     3  0.0146     0.8613  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR615117      2  0.4505    -0.6812  0 0.528 0.004 0.016 0.448 0.004
#> SRR1391748     4  0.2918     0.7376  0 0.004 0.000 0.856 0.052 0.088
#> SRR1466556     3  0.2375     0.8322  0 0.004 0.896 0.004 0.028 0.068
#> SRR614972      3  0.0291     0.8607  0 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1406200     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210      4  0.3223     0.7342  0 0.008 0.000 0.836 0.052 0.104
#> SRR662174      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236      4  0.3439     0.6800  0 0.000 0.000 0.808 0.072 0.120
#> SRR1312598     2  0.4281     0.6627  0 0.732 0.000 0.136 0.132 0.000
#> SRR1330129     5  0.4393     0.7460  0 0.480 0.000 0.004 0.500 0.016
#> SRR1357781     5  0.5218     0.8313  0 0.384 0.000 0.004 0.528 0.084
#> SRR1315517     5  0.5218     0.8313  0 0.384 0.000 0.004 0.528 0.084
#> SRR1400032     3  0.0146     0.8613  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1413722     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827      3  0.0146     0.8613  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR814794      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509     4  0.3222     0.7447  0 0.036 0.000 0.844 0.096 0.024
#> SRR808728      3  0.5684     0.6391  0 0.060 0.604 0.060 0.272 0.004
#> SRR1070813     2  0.5112     0.6243  0 0.652 0.000 0.196 0.144 0.008
#> SRR1389133     6  0.2783     0.8656  0 0.000 0.000 0.148 0.016 0.836
#> SRR601263      4  0.5755     0.4866  0 0.000 0.088 0.612 0.064 0.236
#> SRR604718      4  0.3147     0.7391  0 0.044 0.000 0.844 0.100 0.012
#> SRR1481351     3  0.2897     0.8089  0 0.000 0.852 0.088 0.060 0.000
#> SRR1334608     3  0.1080     0.8548  0 0.000 0.960 0.004 0.032 0.004
#> SRR658681      3  0.4360     0.7234  0 0.016 0.704 0.028 0.248 0.004
#> SRR809283      6  0.2263     0.8759  0 0.000 0.000 0.100 0.016 0.884
#> SRR1459300     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547     3  0.5682     0.6372  0 0.064 0.604 0.056 0.272 0.004
#> SRR811049      4  0.4692     0.6224  0 0.004 0.024 0.724 0.072 0.176
#> SRR1464835     6  0.2901     0.8645  0 0.000 0.000 0.128 0.032 0.840
#> SRR1339619     2  0.5394     0.5802  0 0.604 0.000 0.244 0.144 0.008
#> SRR658501      3  0.0363     0.8620  0 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1447523     6  0.4360     0.7185  0 0.000 0.172 0.072 0.016 0.740
#> SRR1415048     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348     4  0.4412     0.6207  0 0.128 0.000 0.736 0.128 0.008
#> SRR603890      5  0.5218     0.8313  0 0.384 0.000 0.004 0.528 0.084
#> SRR810595      3  0.2571     0.8229  0 0.000 0.876 0.064 0.060 0.000
#> SRR1446244     4  0.3976     0.6723  0 0.088 0.000 0.776 0.128 0.008
#> SRR817373      4  0.2384     0.7457  0 0.044 0.000 0.900 0.040 0.016
#> SRR1457291     4  0.5037     0.0899  0 0.408 0.000 0.524 0.064 0.004
#> SRR598220      4  0.1693     0.7601  0 0.020 0.000 0.936 0.012 0.032
#> SRR1477991     2  0.3611     0.6717  0 0.796 0.000 0.108 0.096 0.000
#> SRR598172      2  0.2001     0.5160  0 0.900 0.000 0.004 0.092 0.004
#> SRR1349032     4  0.5911    -0.0200  0 0.384 0.000 0.448 0.160 0.008
#> SRR604002      2  0.1897     0.5152  0 0.908 0.000 0.004 0.084 0.004
#> SRR1378026     3  0.3337     0.7930  0 0.000 0.824 0.108 0.064 0.004
#> SRR1404401     5  0.5218     0.8313  0 0.384 0.000 0.004 0.528 0.084
#> SRR1333240     2  0.4319     0.2321  0 0.772 0.116 0.028 0.080 0.004
#> SRR1089399     2  0.3735     0.6710  0 0.784 0.000 0.124 0.092 0.000
#> SRR603421      2  0.0692     0.6067  0 0.976 0.000 0.004 0.020 0.000
#> SRR812562      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520      3  0.5099     0.6784  0 0.040 0.648 0.040 0.268 0.004
#> SRR811839      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317      2  0.4242     0.6639  0 0.736 0.000 0.136 0.128 0.000
#> SRR1436763     6  0.2263     0.8759  0 0.000 0.000 0.100 0.016 0.884
#> SRR1486021     4  0.5378     0.0944  0 0.444 0.012 0.484 0.048 0.012
#> SRR1465018     2  0.0837     0.6027  0 0.972 0.000 0.004 0.020 0.004
#> SRR1080998     4  0.3701     0.7063  0 0.004 0.016 0.816 0.072 0.092
#> SRR1083432     3  0.0547     0.8600  0 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1082833     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536     3  0.0146     0.8613  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR614011      2  0.5749     0.4359  0 0.504 0.000 0.344 0.144 0.008
#> SRR1365873     2  0.0909     0.6289  0 0.968 0.000 0.020 0.012 0.000
#> SRR1498789     2  0.0993     0.6324  0 0.964 0.000 0.024 0.012 0.000
#> SRR601581      4  0.1984     0.7580  0 0.032 0.000 0.912 0.056 0.000
#> SRR603566      2  0.4682     0.2411  0 0.756 0.088 0.072 0.080 0.004
#> SRR1373981     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410      2  0.4242     0.6639  0 0.736 0.000 0.136 0.128 0.000
#> SRR1076511     6  0.2263     0.8759  0 0.000 0.000 0.100 0.016 0.884
#> SRR614143      4  0.5905     0.4042  0 0.000 0.096 0.584 0.060 0.260
#> SRR1333570     3  0.4436     0.3797  0 0.000 0.592 0.020 0.008 0.380
#> SRR1366813     2  0.4499     0.6516  0 0.708 0.000 0.152 0.140 0.000
#> SRR1388746     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558     6  0.2783     0.8656  0 0.000 0.000 0.148 0.016 0.836
#> SRR1409510     3  0.0000     0.8617  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816250      2  0.0935     0.6436  0 0.964 0.000 0.032 0.004 0.000
#> SRR614131      4  0.4308     0.4640  0 0.008 0.000 0.664 0.028 0.300
#> SRR1331130     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015     3  0.0000     0.8617  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470798     3  0.0000     0.8617  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614179      5  0.6149     0.5868  0 0.284 0.152 0.028 0.532 0.004
#> SRR1474863     2  0.1934     0.6627  0 0.916 0.000 0.044 0.040 0.000
#> SRR813560      2  0.4356     0.6594  0 0.724 0.000 0.140 0.136 0.000
#> SRR1312187     4  0.3322     0.7337  0 0.052 0.000 0.832 0.104 0.012
#> SRR1420960     3  0.0405     0.8611  0 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1355102     3  0.0146     0.8613  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1084577     3  0.0000     0.8617  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659971      2  0.5601     0.5358  0 0.556 0.000 0.292 0.144 0.008
#> SRR1350855     4  0.3150     0.7430  0 0.032 0.000 0.848 0.096 0.024
#> SRR820779      3  0.0622     0.8616  0 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008
#> SRR1476300     3  0.1124     0.8521  0 0.000 0.956 0.000 0.008 0.036
#> SRR1090907     4  0.3147     0.7391  0 0.044 0.000 0.844 0.100 0.012
#> SRR662294      2  0.2462     0.4338  0 0.860 0.000 0.004 0.132 0.004
#> SRR1480789     5  0.6034     0.6294  0 0.352 0.140 0.016 0.488 0.004
#> SRR1336263     4  0.2513     0.7514  0 0.008 0.000 0.888 0.060 0.044
#> SRR660776      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508     2  0.2095     0.6096  0 0.916 0.016 0.040 0.028 0.000
#> SRR615563      4  0.2591     0.7498  0 0.004 0.000 0.880 0.064 0.052
#> SRR1101175     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650     3  0.5816     0.6293  0 0.068 0.596 0.064 0.268 0.004
#> SRR1431205     2  0.0725     0.6222  0 0.976 0.000 0.012 0.012 0.000
#> SRR1339856     4  0.1944     0.7556  0 0.036 0.000 0.924 0.024 0.016
#> SRR1352147     4  0.5944    -0.2072  0 0.416 0.000 0.432 0.136 0.016
#> SRR808968      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419      2  0.0837     0.6027  0 0.972 0.000 0.004 0.020 0.004
#> SRR1402391     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609      3  0.5341     0.6227  0 0.016 0.584 0.072 0.324 0.004
#> SRR2167857     5  0.5176     0.8312  0 0.384 0.000 0.004 0.532 0.080
#> SRR1398752     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437     2  0.3921     0.6694  0 0.768 0.000 0.116 0.116 0.000
#> SRR1416955     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064     4  0.3041     0.7478  0 0.044 0.000 0.864 0.036 0.056
#> SRR659001      4  0.3150     0.7430  0 0.032 0.000 0.848 0.096 0.024
#> SRR2170696     4  0.2994     0.7429  0 0.004 0.000 0.852 0.080 0.064
#> SRR816589      3  0.1852     0.8486  0 0.004 0.928 0.024 0.040 0.004
#> SRR1087487     3  0.0436     0.8604  0 0.000 0.988 0.004 0.004 0.004
#> SRR1329485     3  0.0146     0.8618  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR816920      4  0.3354     0.7266  0 0.000 0.000 0.812 0.060 0.128
#> SRR1341432     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590     4  0.4254     0.5469  0 0.000 0.000 0.680 0.048 0.272
#> SRR817046      3  0.0146     0.8623  0 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1471331     3  0.0146     0.8616  0 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR660788      4  0.2744     0.7464  0 0.000 0.000 0.864 0.064 0.072
#> SRR819234      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853      2  0.4564    -0.7289  0 0.500 0.008 0.020 0.472 0.000
#> SRR809427      4  0.3940     0.4886  0 0.008 0.000 0.652 0.004 0.336
#> SRR2170217     4  0.4802    -0.0245  0 0.000 0.000 0.496 0.052 0.452
#> SRR1386967     3  0.0146     0.8616  0 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1420344     2  0.5131     0.6222  0 0.648 0.000 0.204 0.140 0.008
#> SRR1334535     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503      6  0.2730     0.8147  0 0.000 0.000 0.192 0.000 0.808
#> SRR602564      4  0.4064     0.4004  0 0.000 0.000 0.644 0.020 0.336
#> SRR1420669     4  0.3123     0.7293  0 0.000 0.000 0.836 0.076 0.088
#> SRR819024      3  0.0146     0.8613  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR656223      3  0.1708     0.8498  0 0.000 0.932 0.024 0.040 0.004
#> SRR608428      2  0.0937     0.6447  0 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1345647     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324     2  0.1152     0.6421  0 0.952 0.000 0.044 0.004 0.000
#> SRR1361368     4  0.5701     0.1470  0 0.324 0.000 0.524 0.144 0.008
#> SRR1322619     2  0.4281     0.6627  0 0.732 0.000 0.136 0.132 0.000
#> SRR1349276     4  0.2645     0.7489  0 0.008 0.000 0.880 0.056 0.056
#> SRR1404024     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637     2  0.4952     0.6301  0 0.664 0.000 0.188 0.144 0.004
#> SRR1452631     4  0.3776     0.6636  0 0.000 0.000 0.756 0.048 0.196
#> SRR608392      3  0.5084     0.6918  0 0.008 0.644 0.092 0.252 0.004
#> SRR1357757     6  0.2692     0.8677  0 0.000 0.000 0.148 0.012 0.840
#> SRR1074646     4  0.2790     0.7520  0 0.028 0.000 0.872 0.080 0.020
#> SRR1367499     3  0.1700     0.8475  0 0.000 0.928 0.024 0.048 0.000
#> SRR1343501     3  0.5733     0.6538  0 0.056 0.612 0.076 0.252 0.004
#> SRR1394406     6  0.4322     0.2852  0 0.000 0.000 0.452 0.020 0.528
#> SRR1381435     3  0.3032     0.8104  0 0.004 0.840 0.024 0.128 0.004
#> SRR1467407     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422     2  0.4648    -0.0821  0 0.700 0.048 0.020 0.228 0.004
#> SRR1380270     5  0.3915     0.8050  0 0.412 0.000 0.000 0.584 0.004
#> SRR1091817     2  0.0777     0.6422  0 0.972 0.000 0.024 0.004 0.000
#> SRR1440137     2  0.2563     0.6692  0 0.876 0.000 0.072 0.052 0.000
#> SRR614311      4  0.3297     0.7303  0 0.060 0.000 0.832 0.100 0.008
#> SRR1407516     4  0.3628     0.5787  0 0.004 0.000 0.720 0.008 0.268
#> SRR815494      3  0.0146     0.8619  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1333209     4  0.2951     0.7389  0 0.044 0.000 0.856 0.092 0.008
#> SRR615177      6  0.2263     0.8759  0 0.000 0.000 0.100 0.016 0.884
#> SRR1099648     3  0.5731     0.6324  0 0.068 0.600 0.056 0.272 0.004
#> SRR659720      4  0.4453     0.6758  0 0.012 0.032 0.768 0.060 0.128
#> SRR2185057     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468      6  0.2815     0.8726  0 0.000 0.000 0.120 0.032 0.848
#> SRR660042      6  0.2783     0.8656  0 0.000 0.000 0.148 0.016 0.836
#> SRR2170864     2  0.4203     0.4957  0 0.652 0.000 0.316 0.032 0.000
#> SRR1440491     4  0.2519     0.7309  0 0.004 0.000 0.884 0.068 0.044
#> SRR1440852     3  0.0000     0.8617  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811169      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311     4  0.2322     0.7530  0 0.036 0.000 0.896 0.064 0.004
#> SRR818009      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836     2  0.4165     0.6656  0 0.744 0.000 0.128 0.128 0.000
#> SRR1498313     2  0.1010     0.6004  0 0.960 0.000 0.004 0.036 0.000
#> SRR1441975     2  0.1320     0.6165  0 0.948 0.000 0.036 0.016 0.000
#> SRR819096      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679     4  0.4471     0.6723  0 0.004 0.072 0.772 0.064 0.088
#> SRR1489116     3  0.5377     0.6647  0 0.032 0.624 0.068 0.272 0.004
#> SRR1354138     3  0.0000     0.8617  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490589     3  0.4347     0.4935  0 0.000 0.672 0.028 0.012 0.288
#> SRR1412987     6  0.4807     0.1166  0 0.000 0.000 0.464 0.052 0.484
#> SRR602034      3  0.0000     0.8617  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353437     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871     4  0.4281     0.6137  0 0.004 0.008 0.732 0.052 0.204
#> SRR661577      6  0.2260     0.8671  0 0.000 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR612190      4  0.4219     0.2405  0 0.000 0.000 0.592 0.020 0.388
#> SRR1399880     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787     4  0.3194     0.7376  0 0.044 0.000 0.840 0.104 0.012
#> SRR657869      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141     3  0.0000     0.8617  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476697     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538     4  0.3243     0.7479  0 0.020 0.000 0.844 0.088 0.048
#> SRR1331422     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859      6  0.3898     0.6935  0 0.000 0.000 0.296 0.020 0.684
#> SRR1097594     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419     3  0.0146     0.8616  0 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1336706     3  0.5787     0.5997  0 0.040 0.568 0.080 0.308 0.004
#> SRR1472976     4  0.3395     0.7278  0 0.004 0.000 0.816 0.056 0.124
#> SRR1321307     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461      3  0.0260     0.8617  0 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1477149     2  0.1168     0.6331  0 0.956 0.000 0.028 0.016 0.000
#> SRR1457397     5  0.4882     0.8161  0 0.428 0.000 0.000 0.512 0.060
#> SRR661913      3  0.4093     0.2676  0 0.000 0.552 0.004 0.004 0.440
#> SRR1069024     5  0.4199     0.7833  0 0.444 0.000 0.008 0.544 0.004
#> SRR2165634     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722     3  0.0146     0.8613  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1328642     2  0.3993    -0.5510  0 0.592 0.000 0.000 0.400 0.008
#> SRR1488261     6  0.3341     0.8254  0 0.000 0.060 0.088 0.016 0.836
#> SRR1318815     6  0.2398     0.8752  0 0.000 0.000 0.104 0.020 0.876
#> SRR816945      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432     6  0.2263     0.8759  0 0.000 0.000 0.100 0.016 0.884
#> SRR1359280     2  0.1843     0.5361  0 0.912 0.000 0.004 0.080 0.004
#> SRR1313910     2  0.5470     0.5641  0 0.588 0.000 0.260 0.144 0.008
#> SRR1457315     4  0.3493     0.6857  0 0.000 0.004 0.812 0.072 0.112
#> SRR815398      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958      3  0.0603     0.8617  0 0.000 0.980 0.004 0.016 0.000
#> SRR600688      4  0.3789     0.6338  0 0.004 0.000 0.760 0.040 0.196
#> SRR1098952     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916     3  0.0000     0.8617  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614167      3  0.0291     0.8606  0 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1348114     4  0.3039     0.7218  0 0.056 0.000 0.852 0.084 0.008
#> SRR658033      4  0.3837     0.7259  0 0.024 0.020 0.820 0.044 0.092
#> SRR1077503     3  0.5340     0.3875  0 0.000 0.552 0.360 0.068 0.020
#> SRR661854      6  0.2814     0.8612  0 0.000 0.000 0.172 0.008 0.820
#> SRR811379      4  0.2639     0.7560  0 0.032 0.000 0.876 0.084 0.008
#> SRR1318857     2  0.5112     0.6235  0 0.652 0.000 0.196 0.144 0.008
#> SRR656445      3  0.5463     0.6522  0 0.060 0.620 0.044 0.272 0.004
#> SRR1433044     5  0.5218     0.8313  0 0.384 0.000 0.004 0.528 0.084
#> SRR1486391     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071      6  0.3991     0.7050  0 0.000 0.176 0.044 0.016 0.764
#> SRR1364824     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745      2  0.5962    -0.2829  0 0.616 0.116 0.064 0.200 0.004
#> SRR601038      5  0.4706     0.7609  0 0.468 0.012 0.016 0.500 0.004
#> SRR1360080     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868      6  0.4555     0.7698  0 0.000 0.080 0.184 0.016 0.720
#> SRR1485997     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560     4  0.2475     0.7543  0 0.012 0.000 0.892 0.060 0.036
#> SRR1333330     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513      6  0.2915     0.8474  0 0.000 0.000 0.184 0.008 0.808
#> SRR1328407     2  0.6422     0.5255  0 0.588 0.084 0.188 0.128 0.012
#> SRR602784      3  0.5766     0.6329  0 0.068 0.600 0.060 0.268 0.004
#> SRR1348468     4  0.2407     0.7506  0 0.004 0.000 0.892 0.056 0.048
#> SRR663717      4  0.3194     0.7376  0 0.044 0.000 0.840 0.104 0.012
#> SRR602217      2  0.3139     0.4878  0 0.848 0.012 0.084 0.056 0.000
#> SRR603140      4  0.4288     0.5902  0 0.000 0.004 0.716 0.064 0.216
#> SRR1340804     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574     3  0.0260     0.8619  0 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1333462     5  0.5218     0.8313  0 0.384 0.000 0.004 0.528 0.084
#> SRR1094601     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610     4  0.3048     0.7485  0 0.008 0.000 0.848 0.100 0.044
#> SRR1435833     4  0.3025     0.7499  0 0.028 0.000 0.860 0.080 0.032
#> SRR1398728     2  0.5190     0.6139  0 0.640 0.000 0.208 0.144 0.008
#> SRR1358343     6  0.2263     0.8759  0 0.000 0.000 0.100 0.016 0.884
#> SRR1410890     2  0.5290     0.6179  0 0.640 0.000 0.212 0.132 0.016
#> SRR1350371     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478     2  0.5085     0.6260  0 0.656 0.000 0.192 0.144 0.008
#> SRR1099260     3  0.4868     0.7032  0 0.004 0.664 0.112 0.220 0.000
#> SRR1433576     4  0.4620     0.6412  0 0.004 0.096 0.760 0.072 0.068
#> SRR1345541     6  0.2783     0.8661  0 0.000 0.000 0.148 0.016 0.836
#> SRR1086328     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391      3  0.0436     0.8595  0 0.000 0.988 0.004 0.004 0.004
#> SRR1476207     4  0.4756     0.5761  0 0.000 0.028 0.696 0.060 0.216
#> SRR627435      6  0.2951     0.8634  0 0.004 0.004 0.168 0.004 0.820
#> SRR1489862     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191     3  0.0146     0.8613  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1490115     3  0.3636     0.7713  0 0.000 0.812 0.064 0.016 0.108
#> SRR1377714     6  0.3690     0.6838  0 0.000 0.000 0.308 0.008 0.684
#> SRR819394      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161      6  0.2263     0.8759  0 0.000 0.000 0.100 0.016 0.884
#> SRR607042      5  0.3954     0.7657  0 0.372 0.004 0.004 0.620 0.000
#> SRR656203      4  0.1851     0.7568  0 0.024 0.000 0.928 0.036 0.012
#> SRR660602      3  0.5096     0.7205  0 0.028 0.692 0.100 0.176 0.004
#> SRR1440397     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249      2  0.5112     0.6235  0 0.652 0.000 0.196 0.144 0.008
#> SRR661242      4  0.3324     0.7092  0 0.004 0.024 0.848 0.068 0.056
#> SRR1332007     3  0.6290     0.3339  0 0.076 0.444 0.068 0.408 0.004
#> SRR809619      4  0.5523     0.2775  0 0.272 0.000 0.576 0.144 0.008
#> SRR819975      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281      2  0.1152     0.5894  0 0.952 0.000 0.004 0.044 0.000
#> SRR662366      3  0.0146     0.8613  0 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1317898     3  0.0748     0.8542  0 0.000 0.976 0.004 0.004 0.016
#> SRR1382485     4  0.3513     0.6853  0 0.000 0.008 0.816 0.072 0.104
#> SRR2166420     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541     3  0.0000     0.8617  0 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817444      3  0.6448     0.5189  0 0.076 0.540 0.260 0.120 0.004
#> SRR1320403     2  0.2772     0.2937  0 0.816 0.000 0.000 0.180 0.004
#> SRR1101483     4  0.5586     0.2211  0 0.288 0.000 0.560 0.144 0.008
#> SRR1331684     3  0.4540     0.7325  0 0.000 0.744 0.152 0.056 0.048
#> SRR1400054     6  0.2003     0.8771  0 0.000 0.000 0.116 0.000 0.884
#> SRR1406088     2  0.5601     0.5343  0 0.556 0.000 0.292 0.144 0.008
#> SRR820733      4  0.3570     0.6873  0 0.000 0.000 0.792 0.064 0.144
#> SRR1314113     6  0.2404     0.8772  0 0.000 0.000 0.112 0.016 0.872
#> SRR1382615     3  0.5154     0.6768  0 0.024 0.636 0.060 0.276 0.004
#> SRR1480745     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850     2  0.1934     0.6595  0 0.916 0.000 0.044 0.040 0.000
#> SRR656782      3  0.4962     0.5353  0 0.000 0.640 0.284 0.048 0.028
#> SRR821364      1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295      5  0.5218     0.8313  0 0.384 0.000 0.004 0.528 0.084
#> SRR1357103     5  0.5847     0.6402  0 0.436 0.096 0.020 0.444 0.004
#> SRR809185      4  0.2479     0.7478  0 0.028 0.000 0.892 0.064 0.016
#> SRR811583      6  0.1863     0.8777  0 0.000 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR1468050     1  0.0000     1.0000  1 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224     2  0.1007     0.6508  0 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-mclust-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-mclust-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-mclust-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-mclust-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-mclust-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-mclust-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-mclust-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-mclust-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-mclust-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-mclust-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-mclust-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-mclust-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-mclust-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-mclust-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-mclust-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-mclust-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-mclust-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-mclust-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-mclust-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-mclust-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk ATC-mclust-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-mclust-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-mclust-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-mclust-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-mclust-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-mclust-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk ATC-mclust-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


ATC:NMF**

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["ATC", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:NMF"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 17314 rows and 500 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#>   Subgroups are detected by 'NMF' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 2.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk ATC-NMF-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk ATC-NMF-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 0.983           0.966       0.986         0.3797 0.626   0.626
#> 3 3 0.693           0.746       0.892         0.6641 0.713   0.544
#> 4 4 0.649           0.657       0.799         0.1463 0.828   0.558
#> 5 5 0.691           0.619       0.747         0.0598 0.919   0.712
#> 6 6 0.711           0.552       0.726         0.0410 0.932   0.724

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 2

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>            class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR1500170     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1402368     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR607743      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1457375     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1470923     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR817954      1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR809259      1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR1439785     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR814768      1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR1102031     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1363611     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1468447     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1071931     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR810981      1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR615299      2  0.0672     0.9792 0.008 0.992
#> SRR663585      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1326773     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1351166     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1477452     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR1084720     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1420320     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1081712     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1318241     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1333718     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1313514     2  0.7299     0.7488 0.204 0.796
#> SRR1477861     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1318005     2  0.5946     0.8311 0.144 0.856
#> SRR1354665     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR657707      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1370742     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1412947     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR661553      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1328869     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR662211      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1348181     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1416560     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1319772     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1091452     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1338812     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR1392072     2  0.7139     0.7605 0.196 0.804
#> SRR814844      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1376619     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR603690      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR2184980     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR613963      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1323422     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR1397673     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1434650     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR659875      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1465734     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1076847     2  0.7453     0.7367 0.212 0.788
#> SRR1415072     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR659319      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR663088      2  0.4690     0.8831 0.100 0.900
#> SRR1352021     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR1325527     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR659935      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1352530     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR662594      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1095309     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR615647      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR813019      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1374647     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR603472      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR661529      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR607018      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR627423      1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR654921      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1418968     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR660871      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1330522     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1499958     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR614059      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1071403     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR1486719     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1440421     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1310412     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR614767      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR820709      1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR658093      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1088168     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1418707     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1354291     2  0.7376     0.7428 0.208 0.792
#> SRR2165806     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR1415684     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1433860     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1311062     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1360359     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR661385      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR615407      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1413892     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1443459     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1338942     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR657480      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1399433     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR818537      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1101324     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR807637      1  0.9248     0.4995 0.660 0.340
#> SRR1091918     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR598300      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1085426     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR1376294     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR813891      1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR1467431     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR658742      1  0.7883     0.6946 0.764 0.236
#> SRR1419234     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR1404813     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR603496      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1407758     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR810945      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR817234      2  0.9552     0.4096 0.376 0.624
#> SRR1444852     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR660378      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1467835     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1338964     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1079259     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1072345     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR598725      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1447938     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR1356397     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR1360460     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1429468     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1446850     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1320363     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1413810     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR598831      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1381865     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR660957      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1491332     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1099744     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1464618     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1414559     2  0.1633     0.9641 0.024 0.976
#> SRR1337540     2  0.0938     0.9755 0.012 0.988
#> SRR1444283     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR2184942     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR660295      1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR601335      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1363742     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1345847     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR614960      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR819919      1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR603330      2  0.7815     0.7051 0.232 0.768
#> SRR1327951     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR1345266     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1338055     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1430157     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1320137     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1093483     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR1341080     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR1459913     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR2170490     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR1479845     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1436420     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR1481060     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR662282      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1487089     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1075683     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR1338536     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR1338880     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1453456     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1457895     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR1440603     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR658633      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1388081     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR813339      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR809725      1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR627441      1  0.6438     0.7957 0.836 0.164
#> SRR613603      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1096571     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1392701     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR1344326     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR1367693     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR660697      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1489926     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR811491      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1311644     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1451740     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR615117      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1391748     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1466556     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR614972      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1406200     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR819210      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR662174      1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR811988      1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR663236      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1312598     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1330129     2  0.7299     0.7488 0.204 0.796
#> SRR1357781     2  0.7299     0.7488 0.204 0.796
#> SRR1315517     2  0.7299     0.7488 0.204 0.796
#> SRR1400032     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1413722     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR612827      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR814794      1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR819430      1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR1395509     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR808728      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1070813     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1389133     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR601263      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR604718      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1481351     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1334608     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR658681      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR809283      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1459300     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR1392547     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR811049      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1464835     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1339619     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR658501      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1447523     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1415048     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR1444348     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR603890      2  0.7376     0.7428 0.208 0.792
#> SRR810595      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1446244     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR817373      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1457291     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR598220      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1477991     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR598172      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1349032     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR604002      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1378026     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1404401     2  0.7376     0.7428 0.208 0.792
#> SRR1333240     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1089399     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR603421      2  0.0672     0.9791 0.008 0.992
#> SRR812562      1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR808520      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR811839      1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR814317      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1436763     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1486021     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1465018     2  0.4815     0.8811 0.104 0.896
#> SRR1080998     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1083432     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1082833     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR1326536     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR614011      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1365873     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1498789     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR601581      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR603566      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1373981     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR821410      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1076511     1  0.9998     0.0525 0.508 0.492
#> SRR614143      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1333570     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1366813     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1388746     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR1420558     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1409510     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR816250      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR614131      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1331130     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR1316015     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1470798     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR614179      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1474863     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR813560      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1312187     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1420960     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1355102     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1084577     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR659971      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1350855     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR820779      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1476300     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1090907     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR662294      2  0.9954     0.1603 0.460 0.540
#> SRR1480789     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1336263     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR660776      1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR1090508     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR615563      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1101175     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR2164650     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1431205     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1339856     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1352147     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR808968      1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR627419      2  0.9963     0.1469 0.464 0.536
#> SRR1402391     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR663609      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR2167857     2  0.7219     0.7547 0.200 0.800
#> SRR1398752     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR1405437     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1416955     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR1317064     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR659001      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR2170696     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR816589      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1087487     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1329485     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR816920      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1341432     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR1361590     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR817046      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1471331     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR660788      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR819234      1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR810853      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR809427      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR2170217     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1386967     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1420344     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1334535     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR614503      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR602564      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1420669     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR819024      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR656223      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR608428      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1345647     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR1389324     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1361368     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1322619     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1349276     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1404024     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR1370637     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1452631     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR608392      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1357757     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1074646     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1367499     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1343501     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1394406     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1381435     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1467407     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR1092422     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1380270     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1091817     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1440137     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR614311      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1407516     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR815494      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1333209     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR615177      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1099648     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR659720      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR2185057     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR1467125     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR657468      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR660042      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR2170864     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1440491     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1440852     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR811169      1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR1331311     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR818009      1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR1351836     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1498313     1  0.9522     0.4006 0.628 0.372
#> SRR1441975     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR819096      1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR1073679     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1489116     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1354138     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1490589     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1412987     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR602034      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1353437     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR1072871     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR661577      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR612190      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1399880     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR1101787     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR657869      1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR1446332     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR816039      1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR1485141     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1476697     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR1379538     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1331422     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR660859      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1097594     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR1311419     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1336706     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1472976     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1321307     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR807493      1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR812461      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1477149     2  0.2236     0.9527 0.036 0.964
#> SRR1457397     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR661913      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1069024     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR2165634     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR1478722     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1328642     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1488261     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1318815     2  0.0376     0.9828 0.004 0.996
#> SRR816945      1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR1367432     2  0.5178     0.8642 0.116 0.884
#> SRR1359280     2  0.2423     0.9487 0.040 0.960
#> SRR1313910     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1457315     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR815398      1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR656958      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR600688      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1098952     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR1314916     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR614167      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1348114     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR658033      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1077503     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR661854      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR811379      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1318857     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR656445      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1433044     2  0.7299     0.7488 0.204 0.796
#> SRR1486391     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR656071      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1364824     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR1379133     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR816745      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR601038      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1360080     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR814868      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1485997     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR1435560     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1333330     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR663513      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1328407     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR602784      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1348468     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR663717      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR602217      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR603140      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1340804     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR1457574     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1333462     2  0.7299     0.7488 0.204 0.796
#> SRR1094601     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR1434610     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1435833     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1398728     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1358343     1  0.9393     0.4601 0.644 0.356
#> SRR1410890     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1350371     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR1392478     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1099260     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1433576     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1345541     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1086328     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR810391      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1476207     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR627435      2  0.6247     0.8179 0.156 0.844
#> SRR1489862     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR1419086     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR1396191     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1490115     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1377714     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR819394      1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR663161      1  0.7056     0.7596 0.808 0.192
#> SRR607042      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR656203      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR660602      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1440397     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR1369264     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR809233      1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR663249      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR661242      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1332007     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR809619      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR819975      1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR599281      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR662366      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1317898     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1382485     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR2166420     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR1419429     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR1092541     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR817444      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1320403     2  0.2236     0.9527 0.036 0.964
#> SRR1101483     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1331684     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1400054     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1406088     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR820733      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1314113     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1382615     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR1480745     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR1468850     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR656782      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR821364      1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR1101106     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR659295      2  0.7299     0.7488 0.204 0.796
#> SRR1357103     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR809185      2  0.0000     0.9864 0.000 1.000
#> SRR811583      2  0.0376     0.9828 0.004 0.996
#> SRR1468050     1  0.0000     0.9822 1.000 0.000
#> SRR1440224     2  0.0000     0.9864 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> SRR1500170     2  0.0000    0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402368     3  0.0592    0.83395 0.000 0.012 0.988
#> SRR607743      3  0.5650    0.53222 0.000 0.312 0.688
#> SRR1457375     2  0.2959    0.76151 0.000 0.900 0.100
#> SRR1470923     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR817954      1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR809259      1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439785     3  0.5254    0.60347 0.000 0.264 0.736
#> SRR814768      1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102031     2  0.0000    0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363611     2  0.0000    0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468447     2  0.0000    0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071931     3  0.5882    0.46067 0.000 0.348 0.652
#> SRR810981      1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR615299      2  0.3816    0.73047 0.000 0.852 0.148
#> SRR663585      3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1326773     2  0.6299    0.17019 0.000 0.524 0.476
#> SRR1351166     2  0.0000    0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477452     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084720     3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420320     2  0.5058    0.64646 0.000 0.756 0.244
#> SRR1081712     2  0.0000    0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318241     3  0.5785    0.49343 0.000 0.332 0.668
#> SRR1333718     3  0.2261    0.79995 0.000 0.068 0.932
#> SRR1313514     2  0.9369    0.12774 0.168 0.424 0.408
#> SRR1477861     3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318005     2  0.6140    0.39329 0.000 0.596 0.404
#> SRR1354665     2  0.0000    0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR657707      3  0.5706    0.51744 0.000 0.320 0.680
#> SRR1370742     3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1412947     2  0.6140    0.39329 0.000 0.596 0.404
#> SRR661553      3  0.6295    0.04740 0.000 0.472 0.528
#> SRR1328869     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR662211      2  0.0000    0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348181     3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416560     3  0.1163    0.82579 0.000 0.028 0.972
#> SRR1319772     3  0.5560    0.55220 0.000 0.300 0.700
#> SRR1091452     2  0.6299    0.16912 0.000 0.524 0.476
#> SRR1338812     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392072     2  0.0000    0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR814844      2  0.5016    0.65134 0.000 0.760 0.240
#> SRR1376619     3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR603690      3  0.6295    0.04612 0.000 0.472 0.528
#> SRR2184980     2  0.0000    0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR613963      3  0.0592    0.83143 0.000 0.012 0.988
#> SRR1323422     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397673     3  0.2878    0.77863 0.000 0.096 0.904
#> SRR1434650     2  0.0000    0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR659875      3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1465734     3  0.2537    0.79049 0.000 0.080 0.920
#> SRR1076847     3  0.9672   -0.07234 0.212 0.384 0.404
#> SRR1415072     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR659319      3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR663088      3  0.8844    0.06312 0.120 0.392 0.488
#> SRR1352021     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1325527     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR659935      2  0.6154    0.38394 0.000 0.592 0.408
#> SRR1352530     3  0.0424    0.83557 0.000 0.008 0.992
#> SRR662594      3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095309     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR615647      3  0.0592    0.83384 0.000 0.012 0.988
#> SRR813019      2  0.6299    0.17032 0.000 0.524 0.476
#> SRR1374647     3  0.6111    0.32984 0.000 0.396 0.604
#> SRR603472      3  0.5882    0.45491 0.000 0.348 0.652
#> SRR661529      3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR607018      3  0.0424    0.83563 0.000 0.008 0.992
#> SRR627423      1  0.3340    0.86863 0.880 0.000 0.120
#> SRR654921      2  0.2448    0.77341 0.000 0.924 0.076
#> SRR1418968     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR660871      3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330522     3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499958     2  0.0000    0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR614059      3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1071403     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486719     2  0.0000    0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440421     2  0.0000    0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310412     3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR614767      2  0.5058    0.64633 0.000 0.756 0.244
#> SRR820709      1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR658093      3  0.5882    0.45845 0.000 0.348 0.652
#> SRR1088168     3  0.5905    0.44897 0.000 0.352 0.648
#> SRR1418707     2  0.0000    0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354291     2  0.7163    0.64883 0.144 0.720 0.136
#> SRR2165806     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415684     2  0.6154    0.38359 0.000 0.592 0.408
#> SRR1433860     3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1311062     2  0.6126    0.40247 0.000 0.600 0.400
#> SRR1360359     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR661385      3  0.0237    0.83702 0.000 0.004 0.996
#> SRR615407      2  0.2711    0.76799 0.000 0.912 0.088
#> SRR1413892     3  0.0237    0.83702 0.000 0.004 0.996
#> SRR1443459     2  0.0000    0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338942     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR657480      3  0.6026    0.38793 0.000 0.376 0.624
#> SRR1399433     2  0.3038    0.75952 0.000 0.896 0.104
#> SRR818537      3  0.5650    0.53221 0.000 0.312 0.688
#> SRR1101324     3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR807637      2  0.3482    0.68687 0.128 0.872 0.000
#> SRR1091918     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR598300      3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1085426     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376294     2  0.0237    0.79817 0.000 0.996 0.004
#> SRR813891      1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467431     2  0.4750    0.67468 0.000 0.784 0.216
#> SRR658742      1  0.6421    0.36347 0.572 0.004 0.424
#> SRR1419234     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404813     2  0.0000    0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR603496      3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407758     3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR810945      3  0.6180    0.26446 0.000 0.416 0.584
#> SRR817234      2  0.5115    0.64467 0.188 0.796 0.016
#> SRR1444852     3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR660378      3  0.1163    0.82571 0.000 0.028 0.972
#> SRR1467835     2  0.1031    0.79496 0.000 0.976 0.024
#> SRR1338964     3  0.6079    0.35419 0.000 0.388 0.612
#> SRR1079259     2  0.5968    0.47504 0.000 0.636 0.364
#> SRR1072345     3  0.5591    0.54573 0.000 0.304 0.696
#> SRR598725      3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447938     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356397     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360460     2  0.5465    0.59311 0.000 0.712 0.288
#> SRR1429468     2  0.0000    0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446850     2  0.6192    0.35255 0.000 0.580 0.420
#> SRR1320363     3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413810     3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR598831      2  0.0000    0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381865     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR660957      3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1491332     3  0.1031    0.82802 0.000 0.024 0.976
#> SRR1099744     2  0.2066    0.78145 0.000 0.940 0.060
#> SRR1464618     2  0.0424    0.79792 0.000 0.992 0.008
#> SRR1414559     3  0.0424    0.83322 0.008 0.000 0.992
#> SRR1337540     2  0.0000    0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444283     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR2184942     3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR660295      1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR601335      3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1363742     3  0.0237    0.83702 0.000 0.004 0.996
#> SRR1345847     2  0.4504    0.69355 0.000 0.804 0.196
#> SRR614960      3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR819919      1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR603330      3  0.9962   -0.07675 0.292 0.344 0.364
#> SRR1327951     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345266     2  0.0000    0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338055     3  0.5678    0.52378 0.000 0.316 0.684
#> SRR1430157     2  0.0000    0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320137     2  0.0000    0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093483     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341080     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459913     3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170490     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479845     3  0.1289    0.82378 0.000 0.032 0.968
#> SRR1436420     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481060     3  0.5560    0.55229 0.000 0.300 0.700
#> SRR662282      3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487089     2  0.6302    0.15424 0.000 0.520 0.480
#> SRR1075683     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338536     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338880     2  0.1031    0.79503 0.000 0.976 0.024
#> SRR1453456     3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457895     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440603     3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR658633      2  0.0000    0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388081     2  0.6168    0.37373 0.000 0.588 0.412
#> SRR813339      3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR809725      1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR627441      1  0.1620    0.95478 0.964 0.012 0.024
#> SRR613603      3  0.5560    0.55220 0.000 0.300 0.700
#> SRR1096571     3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1392701     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1344326     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367693     2  0.0000    0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR660697      2  0.6008    0.45975 0.000 0.628 0.372
#> SRR1489926     3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR811491      3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1311644     3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1451740     3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR615117      3  0.5621    0.53917 0.000 0.308 0.692
#> SRR1391748     2  0.0000    0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466556     3  0.1753    0.81363 0.000 0.048 0.952
#> SRR614972      3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406200     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR819210      2  0.5835    0.51617 0.000 0.660 0.340
#> SRR662174      1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR811988      1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR663236      3  0.5859    0.46742 0.000 0.344 0.656
#> SRR1312598     2  0.0000    0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330129     2  0.0592    0.79134 0.012 0.988 0.000
#> SRR1357781     3  0.9623   -0.05866 0.204 0.384 0.412
#> SRR1315517     2  0.8175    0.55984 0.132 0.632 0.236
#> SRR1400032     3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413722     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR612827      3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR814794      1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR819430      1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1395509     2  0.0000    0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR808728      3  0.5733    0.50966 0.000 0.324 0.676
#> SRR1070813     2  0.0000    0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389133     3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR601263      3  0.4796    0.65818 0.000 0.220 0.780
#> SRR604718      2  0.0592    0.79738 0.000 0.988 0.012
#> SRR1481351     3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1334608     3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR658681      3  0.3038    0.77214 0.000 0.104 0.896
#> SRR809283      2  0.2878    0.76429 0.000 0.904 0.096
#> SRR1459300     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392547     3  0.5591    0.54573 0.000 0.304 0.696
#> SRR811049      3  0.5706    0.51742 0.000 0.320 0.680
#> SRR1464835     2  0.6154    0.38456 0.000 0.592 0.408
#> SRR1339619     2  0.0000    0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR658501      3  0.0237    0.83702 0.000 0.004 0.996
#> SRR1447523     3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415048     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444348     2  0.1289    0.79252 0.000 0.968 0.032
#> SRR603890      2  0.6372    0.67110 0.152 0.764 0.084
#> SRR810595      3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1446244     2  0.0000    0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR817373      2  0.6126    0.40250 0.000 0.600 0.400
#> SRR1457291     2  0.6079    0.42817 0.000 0.612 0.388
#> SRR598220      2  0.6192    0.35307 0.000 0.580 0.420
#> SRR1477991     2  0.1163    0.79380 0.000 0.972 0.028
#> SRR598172      2  0.6192    0.35315 0.000 0.580 0.420
#> SRR1349032     2  0.0000    0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR604002      2  0.4399    0.70021 0.000 0.812 0.188
#> SRR1378026     3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404401     3  0.9673   -0.08660 0.212 0.388 0.400
#> SRR1333240     3  0.6215    0.22280 0.000 0.428 0.572
#> SRR1089399     2  0.0000    0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR603421      2  0.0000    0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR812562      1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR808520      3  0.5529    0.55839 0.000 0.296 0.704
#> SRR811839      1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR814317      2  0.0000    0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436763     2  0.0000    0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486021     2  0.6180    0.36345 0.000 0.584 0.416
#> SRR1465018     2  0.0000    0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080998     3  0.6180    0.26642 0.000 0.416 0.584
#> SRR1083432     3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1082833     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326536     3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR614011      2  0.0000    0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1365873     2  0.6225    0.31878 0.000 0.568 0.432
#> SRR1498789     2  0.6126    0.40242 0.000 0.600 0.400
#> SRR601581      2  0.5905    0.49556 0.000 0.648 0.352
#> SRR603566      3  0.5678    0.52491 0.000 0.316 0.684
#> SRR1373981     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR821410      2  0.0000    0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076511     2  0.9865    0.00291 0.332 0.404 0.264
#> SRR614143      3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333570     3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1366813     2  0.0000    0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388746     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420558     3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409510     3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR816250      2  0.5397    0.60384 0.000 0.720 0.280
#> SRR614131      3  0.0592    0.83143 0.000 0.012 0.988
#> SRR1331130     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316015     3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470798     3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR614179      3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1474863     2  0.0000    0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR813560      2  0.0000    0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312187     2  0.0000    0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420960     3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1355102     3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1084577     3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR659971      2  0.0000    0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350855     2  0.0000    0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR820779      3  0.2165    0.80284 0.000 0.064 0.936
#> SRR1476300     3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090907     2  0.0000    0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR662294      2  0.5202    0.59450 0.220 0.772 0.008
#> SRR1480789     3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1336263     2  0.0747    0.79677 0.000 0.984 0.016
#> SRR660776      1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090508     3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR615563      2  0.5591    0.57126 0.000 0.696 0.304
#> SRR1101175     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR2164650     3  0.5529    0.55879 0.000 0.296 0.704
#> SRR1431205     2  0.0424    0.79794 0.000 0.992 0.008
#> SRR1339856     2  0.6026    0.45233 0.000 0.624 0.376
#> SRR1352147     2  0.1031    0.79504 0.000 0.976 0.024
#> SRR808968      1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR627419      2  0.1289    0.77887 0.032 0.968 0.000
#> SRR1402391     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR663609      3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR2167857     3  0.7124    0.50938 0.048 0.296 0.656
#> SRR1398752     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405437     2  0.0000    0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416955     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317064     2  0.6079    0.42820 0.000 0.612 0.388
#> SRR659001      2  0.0892    0.79587 0.000 0.980 0.020
#> SRR2170696     2  0.6225    0.31820 0.000 0.568 0.432
#> SRR816589      3  0.1031    0.82810 0.000 0.024 0.976
#> SRR1087487     3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1329485     3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR816920      2  0.6291    0.19991 0.000 0.532 0.468
#> SRR1341432     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361590     2  0.6026    0.45191 0.000 0.624 0.376
#> SRR817046      3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1471331     3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR660788      2  0.6307    0.12239 0.000 0.512 0.488
#> SRR819234      1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR810853      3  0.6286    0.08238 0.000 0.464 0.536
#> SRR809427      2  0.0000    0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170217     2  0.0424    0.79790 0.000 0.992 0.008
#> SRR1386967     3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420344     2  0.0000    0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334535     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR614503      2  0.0424    0.79803 0.000 0.992 0.008
#> SRR602564      3  0.4750    0.66177 0.000 0.216 0.784
#> SRR1420669     3  0.6308   -0.04316 0.000 0.492 0.508
#> SRR819024      3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR656223      3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR608428      2  0.6192    0.35315 0.000 0.580 0.420
#> SRR1345647     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389324     2  0.0892    0.79606 0.000 0.980 0.020
#> SRR1361368     2  0.0000    0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322619     2  0.0000    0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349276     2  0.1289    0.79286 0.000 0.968 0.032
#> SRR1404024     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370637     2  0.0000    0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452631     2  0.4796    0.67088 0.000 0.780 0.220
#> SRR608392      3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1357757     3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1074646     2  0.3752    0.73365 0.000 0.856 0.144
#> SRR1367499     3  0.5291    0.59817 0.000 0.268 0.732
#> SRR1343501     3  0.5882    0.45828 0.000 0.348 0.652
#> SRR1394406     3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381435     3  0.0237    0.83702 0.000 0.004 0.996
#> SRR1467407     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092422     3  0.0237    0.83704 0.000 0.004 0.996
#> SRR1380270     3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1091817     2  0.4121    0.71559 0.000 0.832 0.168
#> SRR1440137     2  0.0592    0.79741 0.000 0.988 0.012
#> SRR614311      2  0.0000    0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407516     2  0.6140    0.39329 0.000 0.596 0.404
#> SRR815494      3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333209     2  0.4654    0.68259 0.000 0.792 0.208
#> SRR615177      2  0.5465    0.59393 0.000 0.712 0.288
#> SRR1099648     3  0.5650    0.53220 0.000 0.312 0.688
#> SRR659720      3  0.5621    0.53908 0.000 0.308 0.692
#> SRR2185057     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467125     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR657468      3  0.5835    0.47615 0.000 0.340 0.660
#> SRR660042      3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170864     2  0.6168    0.37375 0.000 0.588 0.412
#> SRR1440491     2  0.6280    0.22724 0.000 0.540 0.460
#> SRR1440852     3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR811169      1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331311     2  0.5760    0.53536 0.000 0.672 0.328
#> SRR818009      1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351836     2  0.0000    0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498313     1  0.6835    0.56627 0.676 0.040 0.284
#> SRR1441975     2  0.5098    0.64197 0.000 0.752 0.248
#> SRR819096      1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073679     3  0.6111    0.32925 0.000 0.396 0.604
#> SRR1489116     3  0.0424    0.83563 0.000 0.008 0.992
#> SRR1354138     3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490589     3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1412987     2  0.0000    0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR602034      3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1353437     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072871     3  0.5591    0.54573 0.000 0.304 0.696
#> SRR661577      2  0.5254    0.62376 0.000 0.736 0.264
#> SRR612190      3  0.0892    0.83004 0.000 0.020 0.980
#> SRR1399880     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101787     2  0.0424    0.79790 0.000 0.992 0.008
#> SRR657869      1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446332     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR816039      1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485141     3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476697     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379538     2  0.0000    0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331422     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR660859      3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1097594     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311419     3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1336706     3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472976     2  0.1031    0.79496 0.000 0.976 0.024
#> SRR1321307     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR807493      1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR812461      3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1477149     2  0.0000    0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457397     3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR661913      3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1069024     3  0.0237    0.83704 0.000 0.004 0.996
#> SRR2165634     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478722     3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1328642     2  0.1163    0.79391 0.000 0.972 0.028
#> SRR1488261     3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318815     3  0.5292    0.62937 0.008 0.228 0.764
#> SRR816945      1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367432     2  0.0000    0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359280     3  0.8665    0.04829 0.104 0.412 0.484
#> SRR1313910     2  0.0000    0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457315     3  0.5733    0.50972 0.000 0.324 0.676
#> SRR815398      1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR656958      3  0.0237    0.83702 0.000 0.004 0.996
#> SRR600688      3  0.5650    0.53222 0.000 0.312 0.688
#> SRR1098952     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314916     3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR614167      3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348114     2  0.0000    0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR658033      3  0.6026    0.38572 0.000 0.376 0.624
#> SRR1077503     3  0.4605    0.67609 0.000 0.204 0.796
#> SRR661854      3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR811379      2  0.6111    0.41119 0.000 0.604 0.396
#> SRR1318857     2  0.0000    0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR656445      3  0.5785    0.49343 0.000 0.332 0.668
#> SRR1433044     2  0.8447    0.30576 0.092 0.516 0.392
#> SRR1486391     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR656071      3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1364824     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379133     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR816745      3  0.6062    0.36457 0.000 0.384 0.616
#> SRR601038      3  0.5431    0.57608 0.000 0.284 0.716
#> SRR1360080     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR814868      3  0.0747    0.83192 0.000 0.016 0.984
#> SRR1485997     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435560     2  0.6154    0.38394 0.000 0.592 0.408
#> SRR1333330     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR663513      3  0.1529    0.81866 0.000 0.040 0.960
#> SRR1328407     2  0.3038    0.75983 0.000 0.896 0.104
#> SRR602784      3  0.5560    0.55220 0.000 0.300 0.700
#> SRR1348468     2  0.1529    0.78955 0.000 0.960 0.040
#> SRR663717      2  0.0000    0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR602217      2  0.6192    0.35277 0.000 0.580 0.420
#> SRR603140      3  0.5591    0.54573 0.000 0.304 0.696
#> SRR1340804     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457574     3  0.0237    0.83702 0.000 0.004 0.996
#> SRR1333462     3  0.9625   -0.07300 0.204 0.388 0.408
#> SRR1094601     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434610     2  0.5926    0.48906 0.000 0.644 0.356
#> SRR1435833     2  0.1753    0.78659 0.000 0.952 0.048
#> SRR1398728     2  0.0000    0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358343     2  0.7085    0.22906 0.356 0.612 0.032
#> SRR1410890     2  0.0000    0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350371     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392478     2  0.0000    0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099260     3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433576     2  0.6235    0.30633 0.000 0.564 0.436
#> SRR1345541     3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1086328     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR810391      3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476207     3  0.5621    0.53908 0.000 0.308 0.692
#> SRR627435      3  0.0892    0.82314 0.020 0.000 0.980
#> SRR1489862     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419086     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396191     3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490115     3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1377714     3  0.5621    0.54023 0.000 0.308 0.692
#> SRR819394      1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR663161      1  0.6000    0.73353 0.760 0.040 0.200
#> SRR607042      3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR656203      2  0.6140    0.39329 0.000 0.596 0.404
#> SRR660602      3  0.5591    0.54573 0.000 0.304 0.696
#> SRR1440397     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1369264     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR809233      1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR663249      2  0.0000    0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR661242      3  0.6168    0.28074 0.000 0.412 0.588
#> SRR1332007     3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR809619      2  0.0747    0.79672 0.000 0.984 0.016
#> SRR819975      1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR599281      2  0.6299    0.17044 0.000 0.524 0.476
#> SRR662366      3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1317898     3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1382485     2  0.6307    0.12212 0.000 0.512 0.488
#> SRR2166420     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419429     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092541     3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR817444      3  0.6225    0.21006 0.000 0.432 0.568
#> SRR1320403     2  0.6373    0.38192 0.004 0.588 0.408
#> SRR1101483     2  0.0000    0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331684     3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1400054     3  0.2165    0.80313 0.000 0.064 0.936
#> SRR1406088     2  0.0000    0.79842 0.000 1.000 0.000
#> SRR820733      3  0.5926    0.43924 0.000 0.356 0.644
#> SRR1314113     3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1382615     3  0.0000    0.83826 0.000 0.000 1.000
#> SRR1480745     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468850     2  0.1411    0.79126 0.000 0.964 0.036
#> SRR656782      3  0.5497    0.56441 0.000 0.292 0.708
#> SRR821364      1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101106     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR659295      3  0.9520    0.11000 0.200 0.340 0.460
#> SRR1357103     3  0.1031    0.82789 0.000 0.024 0.976
#> SRR809185      2  0.6180    0.36345 0.000 0.584 0.416
#> SRR811583      3  0.6775    0.60384 0.096 0.164 0.740
#> SRR1468050     1  0.0000    0.99041 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440224     2  0.5785    0.52920 0.000 0.668 0.332

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR1500170     2  0.4679    0.39648 0.000 0.648 0.000 0.352
#> SRR1402368     3  0.5149    0.57823 0.000 0.336 0.648 0.016
#> SRR607743      2  0.5493   -0.16360 0.000 0.528 0.456 0.016
#> SRR1457375     2  0.4399    0.58275 0.000 0.768 0.020 0.212
#> SRR1470923     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954      1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259      1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785     3  0.5279    0.46330 0.000 0.400 0.588 0.012
#> SRR814768      1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031     2  0.4977    0.12733 0.000 0.540 0.000 0.460
#> SRR1363611     2  0.3975    0.55924 0.000 0.760 0.000 0.240
#> SRR1468447     4  0.4406    0.57796 0.000 0.300 0.000 0.700
#> SRR1071931     4  0.3494    0.57640 0.000 0.004 0.172 0.824
#> SRR810981      1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299      2  0.5229    0.26735 0.000 0.564 0.008 0.428
#> SRR663585      3  0.1833    0.80089 0.000 0.032 0.944 0.024
#> SRR1326773     2  0.5669    0.55232 0.000 0.708 0.200 0.092
#> SRR1351166     2  0.3873    0.56785 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR1477452     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720     3  0.1398    0.82371 0.000 0.040 0.956 0.004
#> SRR1420320     4  0.4188    0.64198 0.000 0.244 0.004 0.752
#> SRR1081712     2  0.4040    0.55379 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1318241     2  0.5138    0.08682 0.000 0.600 0.392 0.008
#> SRR1333718     3  0.5663    0.38910 0.000 0.440 0.536 0.024
#> SRR1313514     2  0.7591    0.46855 0.088 0.572 0.056 0.284
#> SRR1477861     3  0.2450    0.82044 0.000 0.072 0.912 0.016
#> SRR1318005     2  0.5386    0.57496 0.000 0.708 0.056 0.236
#> SRR1354665     4  0.4776    0.43619 0.000 0.376 0.000 0.624
#> SRR657707      3  0.5329    0.38501 0.000 0.420 0.568 0.012
#> SRR1370742     3  0.1792    0.81908 0.000 0.068 0.932 0.000
#> SRR1412947     4  0.4507    0.65824 0.000 0.224 0.020 0.756
#> SRR661553      2  0.6916    0.45978 0.000 0.588 0.176 0.236
#> SRR1328869     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211      2  0.4999   -0.03304 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR1348181     3  0.2124    0.79332 0.000 0.028 0.932 0.040
#> SRR1416560     3  0.3626    0.75651 0.000 0.184 0.812 0.004
#> SRR1319772     3  0.5300    0.44904 0.000 0.408 0.580 0.012
#> SRR1091452     4  0.3523    0.65076 0.000 0.032 0.112 0.856
#> SRR1338812     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072     4  0.4356    0.59244 0.000 0.292 0.000 0.708
#> SRR814844      4  0.2376    0.65480 0.000 0.016 0.068 0.916
#> SRR1376619     3  0.1520    0.80674 0.000 0.020 0.956 0.024
#> SRR603690      2  0.6198    0.54927 0.000 0.660 0.116 0.224
#> SRR2184980     2  0.4994    0.03031 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR613963      4  0.5085    0.47207 0.000 0.032 0.260 0.708
#> SRR1323422     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673     3  0.5167    0.57146 0.000 0.340 0.644 0.016
#> SRR1434650     2  0.2329    0.55625 0.000 0.916 0.072 0.012
#> SRR659875      3  0.5560    0.48025 0.000 0.392 0.584 0.024
#> SRR1465734     3  0.4250    0.66087 0.000 0.276 0.724 0.000
#> SRR1076847     2  0.8396    0.45782 0.212 0.548 0.100 0.140
#> SRR1415072     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319      3  0.0336    0.81953 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR663088      4  0.8135    0.41572 0.152 0.076 0.204 0.568
#> SRR1352021     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935      4  0.4867    0.65508 0.000 0.232 0.032 0.736
#> SRR1352530     3  0.2466    0.81089 0.000 0.096 0.900 0.004
#> SRR662594      3  0.0188    0.82035 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1095309     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647      3  0.1059    0.82344 0.000 0.016 0.972 0.012
#> SRR813019      2  0.3494    0.51253 0.000 0.824 0.172 0.004
#> SRR1374647     4  0.6506    0.55453 0.000 0.132 0.240 0.628
#> SRR603472      2  0.6232    0.36279 0.000 0.596 0.332 0.072
#> SRR661529      3  0.5833    0.19102 0.000 0.032 0.528 0.440
#> SRR607018      3  0.4122    0.70559 0.000 0.236 0.760 0.004
#> SRR627423      4  0.4977    0.53199 0.024 0.032 0.164 0.780
#> SRR654921      4  0.2522    0.69366 0.000 0.076 0.016 0.908
#> SRR1418968     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871      3  0.2053    0.81882 0.000 0.072 0.924 0.004
#> SRR1330522     3  0.1557    0.82161 0.000 0.056 0.944 0.000
#> SRR1499958     4  0.4961    0.25017 0.000 0.448 0.000 0.552
#> SRR614059      3  0.5169    0.53885 0.000 0.032 0.696 0.272
#> SRR1071403     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719     2  0.3528    0.57713 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR1440421     2  0.4697    0.42184 0.000 0.644 0.000 0.356
#> SRR1310412     3  0.3215    0.75776 0.000 0.032 0.876 0.092
#> SRR614767      4  0.3428    0.69805 0.000 0.144 0.012 0.844
#> SRR820709      1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093      3  0.5271    0.57373 0.000 0.320 0.656 0.024
#> SRR1088168     2  0.4883    0.28439 0.000 0.696 0.288 0.016
#> SRR1418707     2  0.4730    0.37372 0.000 0.636 0.000 0.364
#> SRR1354291     2  0.7279    0.48334 0.168 0.612 0.024 0.196
#> SRR2165806     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684     4  0.2589    0.68332 0.000 0.044 0.044 0.912
#> SRR1433860     3  0.0657    0.82262 0.000 0.012 0.984 0.004
#> SRR1311062     4  0.3554    0.70068 0.000 0.136 0.020 0.844
#> SRR1360359     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385      3  0.0779    0.82289 0.000 0.016 0.980 0.004
#> SRR615407      4  0.3105    0.69649 0.000 0.140 0.004 0.856
#> SRR1413892     3  0.2593    0.80758 0.000 0.104 0.892 0.004
#> SRR1443459     2  0.4972    0.13225 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR1338942     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480      2  0.5673    0.19882 0.000 0.596 0.372 0.032
#> SRR1399433     2  0.4522    0.47642 0.000 0.680 0.000 0.320
#> SRR818537      2  0.4576    0.40098 0.000 0.748 0.232 0.020
#> SRR1101324     3  0.4244    0.68139 0.000 0.032 0.800 0.168
#> SRR807637      2  0.4422    0.47421 0.116 0.824 0.044 0.016
#> SRR1091918     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300      3  0.3694    0.72851 0.000 0.032 0.844 0.124
#> SRR1085426     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294     4  0.4188    0.64355 0.000 0.244 0.004 0.752
#> SRR813891      1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431     2  0.3716    0.56756 0.000 0.852 0.096 0.052
#> SRR658742      4  0.5937    0.24491 0.008 0.032 0.360 0.600
#> SRR1419234     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813     4  0.4776    0.44273 0.000 0.376 0.000 0.624
#> SRR603496      3  0.1807    0.82308 0.000 0.052 0.940 0.008
#> SRR1407758     3  0.0927    0.81493 0.000 0.008 0.976 0.016
#> SRR810945      2  0.6634    0.52028 0.000 0.624 0.212 0.164
#> SRR817234      2  0.7284    0.45480 0.204 0.604 0.020 0.172
#> SRR1444852     3  0.1637    0.82086 0.000 0.060 0.940 0.000
#> SRR660378      3  0.4594    0.65748 0.000 0.280 0.712 0.008
#> SRR1467835     2  0.3837    0.57169 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1338964     2  0.4792    0.30541 0.000 0.680 0.312 0.008
#> SRR1079259     2  0.4153    0.59026 0.000 0.820 0.048 0.132
#> SRR1072345     3  0.5650    0.39731 0.000 0.432 0.544 0.024
#> SRR598725      3  0.0336    0.81949 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1447938     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460     4  0.4053    0.65562 0.000 0.228 0.004 0.768
#> SRR1429468     2  0.3688    0.57208 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1446850     4  0.3367    0.64651 0.000 0.028 0.108 0.864
#> SRR1320363     3  0.1743    0.82199 0.000 0.056 0.940 0.004
#> SRR1413810     3  0.1733    0.80296 0.000 0.024 0.948 0.028
#> SRR598831      2  0.4406    0.49360 0.000 0.700 0.000 0.300
#> SRR1381865     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957      3  0.1743    0.82210 0.000 0.056 0.940 0.004
#> SRR1491332     3  0.5496    0.51573 0.000 0.372 0.604 0.024
#> SRR1099744     2  0.4585    0.46342 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1464618     4  0.4331    0.59841 0.000 0.288 0.000 0.712
#> SRR1414559     3  0.5756    0.39981 0.004 0.032 0.616 0.348
#> SRR1337540     2  0.1970    0.55116 0.000 0.932 0.060 0.008
#> SRR1444283     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942     3  0.0672    0.82144 0.000 0.008 0.984 0.008
#> SRR660295      1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335      3  0.1733    0.80296 0.000 0.028 0.948 0.024
#> SRR1363742     3  0.1902    0.82123 0.000 0.064 0.932 0.004
#> SRR1345847     2  0.4948    0.19252 0.000 0.560 0.000 0.440
#> SRR614960      3  0.0921    0.82342 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR819919      1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330      2  0.8861    0.36765 0.284 0.468 0.140 0.108
#> SRR1327951     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266     4  0.4040    0.64110 0.000 0.248 0.000 0.752
#> SRR1338055     3  0.6867    0.13624 0.000 0.412 0.484 0.104
#> SRR1430157     2  0.4356    0.50709 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR1320137     4  0.3668    0.68032 0.000 0.188 0.004 0.808
#> SRR1093483     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913     3  0.2483    0.78413 0.000 0.032 0.916 0.052
#> SRR2170490     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845     4  0.5842    0.02968 0.000 0.032 0.448 0.520
#> SRR1436420     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060     2  0.5386    0.12573 0.000 0.632 0.344 0.024
#> SRR662282      3  0.3856    0.71686 0.000 0.032 0.832 0.136
#> SRR1487089     4  0.4428    0.65681 0.000 0.068 0.124 0.808
#> SRR1075683     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880     4  0.2888    0.69823 0.000 0.124 0.004 0.872
#> SRR1453456     3  0.1743    0.82199 0.000 0.056 0.940 0.004
#> SRR1457895     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603     3  0.2918    0.79855 0.000 0.116 0.876 0.008
#> SRR658633      4  0.4907    0.30345 0.000 0.420 0.000 0.580
#> SRR1388081     4  0.2797    0.66959 0.000 0.032 0.068 0.900
#> SRR813339      3  0.0927    0.82003 0.000 0.008 0.976 0.016
#> SRR809725      1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441      1  0.4735    0.78012 0.804 0.008 0.108 0.080
#> SRR613603      3  0.5597    0.33551 0.000 0.464 0.516 0.020
#> SRR1096571     3  0.4327    0.72098 0.000 0.216 0.768 0.016
#> SRR1392701     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693     4  0.4331    0.59850 0.000 0.288 0.000 0.712
#> SRR660697      4  0.3672    0.69293 0.000 0.164 0.012 0.824
#> SRR1489926     3  0.1520    0.80674 0.000 0.020 0.956 0.024
#> SRR811491      3  0.3498    0.77062 0.000 0.160 0.832 0.008
#> SRR1311644     3  0.3464    0.74311 0.000 0.032 0.860 0.108
#> SRR1451740     3  0.0779    0.81626 0.000 0.004 0.980 0.016
#> SRR615117      2  0.4820    0.29595 0.000 0.692 0.296 0.012
#> SRR1391748     4  0.3539    0.68609 0.000 0.176 0.004 0.820
#> SRR1466556     3  0.5167    0.56962 0.000 0.340 0.644 0.016
#> SRR614972      3  0.0779    0.82289 0.000 0.016 0.980 0.004
#> SRR1406200     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210      2  0.4483    0.52591 0.000 0.712 0.004 0.284
#> SRR662174      1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988      1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236      3  0.7264    0.14731 0.000 0.392 0.460 0.148
#> SRR1312598     2  0.4994    0.02999 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1330129     2  0.5281    0.12778 0.008 0.528 0.000 0.464
#> SRR1357781     2  0.8090    0.45895 0.204 0.568 0.068 0.160
#> SRR1315517     2  0.7381    0.48761 0.124 0.596 0.032 0.248
#> SRR1400032     3  0.0779    0.81626 0.000 0.004 0.980 0.016
#> SRR1413722     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827      3  0.1406    0.80846 0.000 0.016 0.960 0.024
#> SRR814794      1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430      1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509     2  0.4661    0.41131 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR808728      3  0.5548    0.43839 0.000 0.388 0.588 0.024
#> SRR1070813     2  0.3486    0.57558 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR1389133     3  0.3581    0.73737 0.000 0.032 0.852 0.116
#> SRR601263      3  0.4585    0.58413 0.000 0.332 0.668 0.000
#> SRR604718      2  0.4304    0.52161 0.000 0.716 0.000 0.284
#> SRR1481351     3  0.0672    0.82138 0.000 0.008 0.984 0.008
#> SRR1334608     3  0.0469    0.81867 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR658681      3  0.5673    0.36667 0.000 0.448 0.528 0.024
#> SRR809283      4  0.2737    0.69902 0.000 0.104 0.008 0.888
#> SRR1459300     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547     2  0.5420    0.11218 0.000 0.624 0.352 0.024
#> SRR811049      2  0.5310   -0.02689 0.000 0.576 0.412 0.012
#> SRR1464835     4  0.2909    0.65194 0.000 0.020 0.092 0.888
#> SRR1339619     2  0.4522    0.46131 0.000 0.680 0.000 0.320
#> SRR658501      3  0.2831    0.79992 0.000 0.120 0.876 0.004
#> SRR1447523     3  0.1474    0.82265 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR1415048     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348     4  0.3751    0.67610 0.000 0.196 0.004 0.800
#> SRR603890      2  0.6817    0.52782 0.132 0.664 0.028 0.176
#> SRR810595      3  0.3196    0.78683 0.000 0.136 0.856 0.008
#> SRR1446244     4  0.4008    0.64407 0.000 0.244 0.000 0.756
#> SRR817373      2  0.5038    0.46998 0.000 0.652 0.012 0.336
#> SRR1457291     4  0.4605    0.51351 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR598220      2  0.5222    0.58511 0.000 0.756 0.112 0.132
#> SRR1477991     4  0.4543    0.54047 0.000 0.324 0.000 0.676
#> SRR598172      2  0.5705    0.55708 0.000 0.676 0.064 0.260
#> SRR1349032     2  0.4624    0.43083 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR604002      2  0.3144    0.56952 0.000 0.884 0.072 0.044
#> SRR1378026     3  0.1398    0.82418 0.000 0.040 0.956 0.004
#> SRR1404401     2  0.8036    0.45921 0.204 0.568 0.060 0.168
#> SRR1333240     2  0.4079    0.48568 0.000 0.800 0.180 0.020
#> SRR1089399     4  0.4998    0.09449 0.000 0.488 0.000 0.512
#> SRR603421      2  0.3672    0.58752 0.000 0.824 0.012 0.164
#> SRR812562      1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520      3  0.5298    0.51378 0.000 0.372 0.612 0.016
#> SRR811839      1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317      2  0.4382    0.49693 0.000 0.704 0.000 0.296
#> SRR1436763     4  0.4961    0.27461 0.000 0.448 0.000 0.552
#> SRR1486021     4  0.5090    0.52031 0.000 0.324 0.016 0.660
#> SRR1465018     2  0.4967    0.12358 0.000 0.548 0.000 0.452
#> SRR1080998     2  0.4955    0.40977 0.000 0.708 0.268 0.024
#> SRR1083432     3  0.5152    0.60375 0.000 0.316 0.664 0.020
#> SRR1082833     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536     3  0.1902    0.82056 0.000 0.064 0.932 0.004
#> SRR614011      2  0.4948    0.18833 0.000 0.560 0.000 0.440
#> SRR1365873     4  0.3099    0.64339 0.000 0.020 0.104 0.876
#> SRR1498789     4  0.2965    0.69342 0.000 0.072 0.036 0.892
#> SRR601581      4  0.3032    0.69947 0.000 0.124 0.008 0.868
#> SRR603566      2  0.5152    0.22709 0.000 0.664 0.316 0.020
#> SRR1373981     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410      2  0.3837    0.57087 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1076511     2  0.7595    0.22922 0.288 0.548 0.140 0.024
#> SRR614143      3  0.0804    0.82077 0.000 0.008 0.980 0.012
#> SRR1333570     3  0.0469    0.82271 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1366813     2  0.4925    0.21789 0.000 0.572 0.000 0.428
#> SRR1388746     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558     3  0.2483    0.78319 0.000 0.032 0.916 0.052
#> SRR1409510     3  0.0779    0.81626 0.000 0.004 0.980 0.016
#> SRR816250      4  0.2706    0.69680 0.000 0.080 0.020 0.900
#> SRR614131      4  0.4900    0.49100 0.000 0.032 0.236 0.732
#> SRR1331130     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015     3  0.1520    0.80674 0.000 0.020 0.956 0.024
#> SRR1470798     3  0.1059    0.81339 0.000 0.012 0.972 0.016
#> SRR614179      3  0.3142    0.78924 0.000 0.132 0.860 0.008
#> SRR1474863     2  0.3873    0.56905 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR813560      4  0.4998    0.10542 0.000 0.488 0.000 0.512
#> SRR1312187     2  0.4277    0.51923 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR1420960     3  0.1398    0.82344 0.000 0.040 0.956 0.004
#> SRR1355102     3  0.0779    0.82289 0.000 0.016 0.980 0.004
#> SRR1084577     3  0.0672    0.82138 0.000 0.008 0.984 0.008
#> SRR659971      2  0.4985    0.06641 0.000 0.532 0.000 0.468
#> SRR1350855     4  0.4277    0.60668 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR820779      3  0.2773    0.80384 0.000 0.116 0.880 0.004
#> SRR1476300     3  0.1004    0.82340 0.000 0.024 0.972 0.004
#> SRR1090907     2  0.4134    0.54242 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR662294      2  0.7558    0.11207 0.196 0.444 0.000 0.360
#> SRR1480789     3  0.2593    0.80753 0.000 0.104 0.892 0.004
#> SRR1336263     4  0.3494    0.68761 0.000 0.172 0.004 0.824
#> SRR660776      1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508     3  0.2730    0.81606 0.000 0.088 0.896 0.016
#> SRR615563      2  0.4008    0.56021 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1101175     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650     2  0.5643   -0.11322 0.000 0.548 0.428 0.024
#> SRR1431205     2  0.4164    0.54263 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR1339856     4  0.3547    0.69855 0.000 0.144 0.016 0.840
#> SRR1352147     2  0.4999   -0.01541 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR808968      1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419      4  0.2999    0.69671 0.004 0.132 0.000 0.864
#> SRR1402391     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609      3  0.0657    0.81775 0.000 0.004 0.984 0.012
#> SRR2167857     3  0.6420    0.58619 0.012 0.284 0.632 0.072
#> SRR1398752     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437     2  0.4877    0.29034 0.000 0.592 0.000 0.408
#> SRR1416955     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064     4  0.4228    0.65372 0.000 0.232 0.008 0.760
#> SRR659001      2  0.4406    0.49699 0.000 0.700 0.000 0.300
#> SRR2170696     2  0.4951    0.58447 0.000 0.744 0.044 0.212
#> SRR816589      3  0.5047    0.60113 0.000 0.316 0.668 0.016
#> SRR1087487     3  0.1256    0.82320 0.000 0.028 0.964 0.008
#> SRR1329485     3  0.0657    0.81753 0.000 0.004 0.984 0.012
#> SRR816920      2  0.4482    0.56992 0.000 0.804 0.128 0.068
#> SRR1341432     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590     4  0.2623    0.66844 0.000 0.028 0.064 0.908
#> SRR817046      3  0.4690    0.67615 0.000 0.260 0.724 0.016
#> SRR1471331     3  0.1724    0.80375 0.000 0.020 0.948 0.032
#> SRR660788      2  0.4057    0.53714 0.000 0.812 0.160 0.028
#> SRR819234      1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853      2  0.4121    0.47621 0.000 0.796 0.184 0.020
#> SRR809427      2  0.3071    0.56824 0.000 0.888 0.068 0.044
#> SRR2170217     4  0.4304    0.60358 0.000 0.284 0.000 0.716
#> SRR1386967     3  0.0592    0.81757 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1420344     2  0.4916    0.24561 0.000 0.576 0.000 0.424
#> SRR1334535     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503      2  0.3156    0.57655 0.000 0.884 0.048 0.068
#> SRR602564      3  0.5536    0.31768 0.000 0.024 0.592 0.384
#> SRR1420669     4  0.4735    0.64018 0.000 0.068 0.148 0.784
#> SRR819024      3  0.0895    0.82329 0.000 0.020 0.976 0.004
#> SRR656223      3  0.1629    0.80491 0.000 0.024 0.952 0.024
#> SRR608428      2  0.4798    0.59062 0.000 0.768 0.052 0.180
#> SRR1345647     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324     2  0.3421    0.58242 0.000 0.868 0.044 0.088
#> SRR1361368     2  0.4679    0.41525 0.000 0.648 0.000 0.352
#> SRR1322619     4  0.4431    0.57560 0.000 0.304 0.000 0.696
#> SRR1349276     4  0.2773    0.69834 0.000 0.116 0.004 0.880
#> SRR1404024     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637     2  0.4193    0.53298 0.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR1452631     4  0.2036    0.68041 0.000 0.032 0.032 0.936
#> SRR608392      3  0.1174    0.81157 0.000 0.012 0.968 0.020
#> SRR1357757     3  0.3048    0.80166 0.000 0.108 0.876 0.016
#> SRR1074646     4  0.4933    0.29567 0.000 0.432 0.000 0.568
#> SRR1367499     3  0.5582    0.45457 0.000 0.400 0.576 0.024
#> SRR1343501     2  0.5125    0.06507 0.000 0.604 0.388 0.008
#> SRR1394406     3  0.5411    0.47227 0.000 0.032 0.656 0.312
#> SRR1381435     3  0.5173    0.60002 0.000 0.320 0.660 0.020
#> SRR1467407     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422     3  0.3681    0.75805 0.000 0.176 0.816 0.008
#> SRR1380270     3  0.2402    0.81694 0.000 0.076 0.912 0.012
#> SRR1091817     2  0.4428    0.53911 0.000 0.720 0.004 0.276
#> SRR1440137     4  0.4331    0.59524 0.000 0.288 0.000 0.712
#> SRR614311      2  0.4998   -0.03327 0.000 0.512 0.000 0.488
#> SRR1407516     2  0.5206    0.51308 0.000 0.668 0.024 0.308
#> SRR815494      3  0.1211    0.82332 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR1333209     4  0.4916    0.31092 0.000 0.424 0.000 0.576
#> SRR615177      2  0.3156    0.57813 0.000 0.884 0.048 0.068
#> SRR1099648     2  0.5548    0.02411 0.000 0.588 0.388 0.024
#> SRR659720      2  0.5500   -0.16353 0.000 0.520 0.464 0.016
#> SRR2185057     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468      2  0.5130    0.23429 0.000 0.668 0.312 0.020
#> SRR660042      3  0.2943    0.76690 0.000 0.032 0.892 0.076
#> SRR2170864     2  0.6060    0.24116 0.000 0.516 0.044 0.440
#> SRR1440491     4  0.5383    0.66734 0.000 0.160 0.100 0.740
#> SRR1440852     3  0.1398    0.82344 0.000 0.040 0.956 0.004
#> SRR811169      1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311     4  0.4123    0.66238 0.000 0.220 0.008 0.772
#> SRR818009      1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836     2  0.2662    0.57728 0.000 0.900 0.016 0.084
#> SRR1498313     1  0.5286    0.29967 0.604 0.008 0.384 0.004
#> SRR1441975     2  0.4501    0.58375 0.000 0.764 0.024 0.212
#> SRR819096      1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679     2  0.5970    0.32534 0.000 0.600 0.348 0.052
#> SRR1489116     3  0.4252    0.68983 0.000 0.252 0.744 0.004
#> SRR1354138     3  0.2399    0.78553 0.000 0.032 0.920 0.048
#> SRR1490589     3  0.3088    0.79205 0.000 0.128 0.864 0.008
#> SRR1412987     4  0.2546    0.69723 0.000 0.092 0.008 0.900
#> SRR602034      3  0.0804    0.82219 0.000 0.012 0.980 0.008
#> SRR1353437     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871     2  0.5691   -0.23365 0.000 0.508 0.468 0.024
#> SRR661577      2  0.4319    0.57298 0.000 0.760 0.012 0.228
#> SRR612190      4  0.5432    0.38270 0.000 0.032 0.316 0.652
#> SRR1399880     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787     2  0.3837    0.57064 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR657869      1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039      1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141     3  0.0657    0.82262 0.000 0.012 0.984 0.004
#> SRR1476697     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538     4  0.2401    0.69551 0.000 0.092 0.004 0.904
#> SRR1331422     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859      3  0.1109    0.82337 0.000 0.028 0.968 0.004
#> SRR1097594     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419     3  0.0927    0.81493 0.000 0.008 0.976 0.016
#> SRR1336706     3  0.3032    0.79356 0.000 0.124 0.868 0.008
#> SRR1472976     4  0.4989    0.16731 0.000 0.472 0.000 0.528
#> SRR1321307     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493      1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461      3  0.3893    0.74404 0.000 0.196 0.796 0.008
#> SRR1477149     2  0.4304    0.51891 0.000 0.716 0.000 0.284
#> SRR1457397     3  0.1388    0.81647 0.000 0.012 0.960 0.028
#> SRR661913      3  0.1520    0.80674 0.000 0.020 0.956 0.024
#> SRR1069024     3  0.5213    0.58373 0.000 0.328 0.652 0.020
#> SRR2165634     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722     3  0.1489    0.82317 0.000 0.044 0.952 0.004
#> SRR1328642     4  0.4454    0.56788 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR1488261     3  0.3404    0.74750 0.000 0.032 0.864 0.104
#> SRR1318815     4  0.3088    0.60611 0.000 0.008 0.128 0.864
#> SRR816945      1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432     2  0.3444    0.56311 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR1359280     4  0.5032    0.63069 0.000 0.080 0.156 0.764
#> SRR1313910     4  0.4999    0.08518 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR1457315     4  0.5530    0.41228 0.000 0.032 0.336 0.632
#> SRR815398      1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958      3  0.2125    0.81760 0.000 0.076 0.920 0.004
#> SRR600688      4  0.5311    0.42349 0.000 0.024 0.328 0.648
#> SRR1098952     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916     3  0.1520    0.80674 0.000 0.020 0.956 0.024
#> SRR614167      3  0.2565    0.78256 0.000 0.032 0.912 0.056
#> SRR1348114     4  0.4925    0.31039 0.000 0.428 0.000 0.572
#> SRR658033      2  0.7176    0.44512 0.000 0.552 0.252 0.196
#> SRR1077503     3  0.5018    0.57690 0.000 0.332 0.656 0.012
#> SRR661854      3  0.1629    0.80491 0.000 0.024 0.952 0.024
#> SRR811379      4  0.3143    0.69952 0.000 0.100 0.024 0.876
#> SRR1318857     2  0.4713    0.38285 0.000 0.640 0.000 0.360
#> SRR656445      2  0.5387    0.00336 0.000 0.584 0.400 0.016
#> SRR1433044     2  0.6713    0.45140 0.032 0.580 0.044 0.344
#> SRR1486391     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071      3  0.0657    0.82262 0.000 0.012 0.984 0.004
#> SRR1364824     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745      2  0.4387    0.44466 0.000 0.776 0.200 0.024
#> SRR601038      2  0.5685   -0.20485 0.000 0.516 0.460 0.024
#> SRR1360080     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868      3  0.5047    0.60702 0.000 0.316 0.668 0.016
#> SRR1485997     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560     2  0.4644    0.57887 0.000 0.748 0.024 0.228
#> SRR1333330     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513      3  0.5130    0.59090 0.000 0.332 0.652 0.016
#> SRR1328407     2  0.2266    0.54913 0.000 0.912 0.084 0.004
#> SRR602784      2  0.5576   -0.14948 0.000 0.536 0.444 0.020
#> SRR1348468     4  0.3448    0.68914 0.000 0.168 0.004 0.828
#> SRR663717      4  0.4356    0.59327 0.000 0.292 0.000 0.708
#> SRR602217      2  0.6097    0.40441 0.000 0.580 0.056 0.364
#> SRR603140      3  0.5220    0.39726 0.000 0.424 0.568 0.008
#> SRR1340804     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574     3  0.1978    0.82077 0.000 0.068 0.928 0.004
#> SRR1333462     2  0.7874    0.46878 0.128 0.568 0.056 0.248
#> SRR1094601     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610     2  0.3621    0.57790 0.000 0.860 0.072 0.068
#> SRR1435833     4  0.4967    0.22555 0.000 0.452 0.000 0.548
#> SRR1398728     2  0.3837    0.57071 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1358343     4  0.1661    0.65522 0.000 0.004 0.052 0.944
#> SRR1410890     2  0.3356    0.58278 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR1350371     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478     2  0.4222    0.52838 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1099260     3  0.3402    0.77158 0.000 0.164 0.832 0.004
#> SRR1433576     2  0.6607    0.11171 0.000 0.476 0.080 0.444
#> SRR1345541     3  0.4932    0.58801 0.000 0.032 0.728 0.240
#> SRR1086328     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391      3  0.0469    0.81867 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1476207     2  0.5657   -0.13777 0.000 0.540 0.436 0.024
#> SRR627435      3  0.5766    0.28221 0.000 0.032 0.564 0.404
#> SRR1489862     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191     3  0.1284    0.81006 0.000 0.012 0.964 0.024
#> SRR1490115     3  0.2281    0.80996 0.000 0.096 0.904 0.000
#> SRR1377714     3  0.5924    0.34513 0.000 0.404 0.556 0.040
#> SRR819394      1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161      4  0.6514    0.46017 0.104 0.032 0.172 0.692
#> SRR607042      3  0.2741    0.80842 0.000 0.096 0.892 0.012
#> SRR656203      2  0.5143    0.41423 0.000 0.628 0.012 0.360
#> SRR660602      3  0.5345    0.40923 0.000 0.428 0.560 0.012
#> SRR1440397     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233      1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249      2  0.4994    0.01017 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR661242      4  0.4057    0.60976 0.000 0.028 0.160 0.812
#> SRR1332007     3  0.2918    0.79791 0.000 0.116 0.876 0.008
#> SRR809619      2  0.3801    0.57266 0.000 0.780 0.000 0.220
#> SRR819975      1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281      2  0.5964    0.56582 0.000 0.684 0.108 0.208
#> SRR662366      3  0.0469    0.81867 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1317898     3  0.1661    0.82251 0.000 0.052 0.944 0.004
#> SRR1382485     4  0.5326    0.65207 0.000 0.116 0.136 0.748
#> SRR2166420     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541     3  0.1398    0.82344 0.000 0.040 0.956 0.004
#> SRR817444      2  0.5903    0.35091 0.000 0.616 0.332 0.052
#> SRR1320403     4  0.2489    0.66126 0.000 0.020 0.068 0.912
#> SRR1101483     2  0.4981    0.09994 0.000 0.536 0.000 0.464
#> SRR1331684     3  0.5271    0.59628 0.000 0.320 0.656 0.024
#> SRR1400054     3  0.2376    0.81967 0.000 0.068 0.916 0.016
#> SRR1406088     2  0.4679    0.41553 0.000 0.648 0.000 0.352
#> SRR820733      4  0.6495    0.42123 0.000 0.084 0.356 0.560
#> SRR1314113     3  0.5565    0.41387 0.000 0.032 0.624 0.344
#> SRR1382615     3  0.3300    0.78149 0.000 0.144 0.848 0.008
#> SRR1480745     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850     2  0.4057    0.59033 0.000 0.812 0.028 0.160
#> SRR656782      3  0.4643    0.56062 0.000 0.344 0.656 0.000
#> SRR821364      1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295      2  0.8503    0.09193 0.180 0.416 0.360 0.044
#> SRR1357103     3  0.3972    0.73817 0.000 0.204 0.788 0.008
#> SRR809185      4  0.3505    0.69502 0.000 0.088 0.048 0.864
#> SRR811583      4  0.3606    0.58854 0.000 0.024 0.132 0.844
#> SRR1468050     1  0.0000    0.99450 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224     4  0.3280    0.70116 0.000 0.124 0.016 0.860

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR1500170     5  0.5044   0.172056 0.000 0.036 0.000 0.408 0.556
#> SRR1402368     3  0.3916   0.691438 0.000 0.012 0.732 0.000 0.256
#> SRR607743      2  0.5692   0.394600 0.000 0.624 0.268 0.008 0.100
#> SRR1457375     2  0.6441   0.522854 0.000 0.544 0.008 0.196 0.252
#> SRR1470923     1  0.0000   0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954      1  0.0290   0.993298 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR809259      1  0.0000   0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785     3  0.4227   0.451681 0.000 0.000 0.580 0.000 0.420
#> SRR814768      1  0.0000   0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031     4  0.6114   0.363428 0.000 0.152 0.000 0.536 0.312
#> SRR1363611     5  0.5274   0.247698 0.000 0.056 0.000 0.372 0.572
#> SRR1468447     4  0.5715   0.439368 0.000 0.228 0.000 0.620 0.152
#> SRR1071931     4  0.4606   0.476508 0.000 0.068 0.096 0.788 0.048
#> SRR810981      1  0.0000   0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299      2  0.4809   0.590176 0.000 0.740 0.020 0.184 0.056
#> SRR663585      3  0.2180   0.805859 0.000 0.020 0.924 0.024 0.032
#> SRR1326773     2  0.6868   0.468091 0.000 0.536 0.124 0.052 0.288
#> SRR1351166     5  0.4731   0.340127 0.000 0.032 0.000 0.328 0.640
#> SRR1477452     1  0.0000   0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720     3  0.1300   0.820963 0.000 0.016 0.956 0.000 0.028
#> SRR1420320     4  0.2771   0.612430 0.000 0.012 0.000 0.860 0.128
#> SRR1081712     5  0.6082   0.249308 0.000 0.148 0.000 0.312 0.540
#> SRR1318241     5  0.4859   0.176124 0.000 0.024 0.364 0.004 0.608
#> SRR1333718     3  0.4744   0.432927 0.000 0.020 0.572 0.000 0.408
#> SRR1313514     2  0.6797   0.568483 0.004 0.564 0.040 0.136 0.256
#> SRR1477861     3  0.3090   0.798990 0.000 0.104 0.860 0.004 0.032
#> SRR1318005     2  0.7105   0.399763 0.000 0.436 0.028 0.188 0.348
#> SRR1354665     4  0.6219   0.068719 0.000 0.384 0.000 0.472 0.144
#> SRR657707      5  0.5024  -0.153859 0.000 0.024 0.440 0.004 0.532
#> SRR1370742     3  0.1670   0.818739 0.000 0.012 0.936 0.000 0.052
#> SRR1412947     4  0.5683   0.434751 0.000 0.244 0.024 0.652 0.080
#> SRR661553      4  0.7343   0.093989 0.000 0.052 0.164 0.424 0.360
#> SRR1328869     1  0.0000   0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211      4  0.5639   0.247291 0.000 0.080 0.000 0.524 0.396
#> SRR1348181     3  0.2362   0.800969 0.000 0.024 0.916 0.028 0.032
#> SRR1416560     3  0.2629   0.792144 0.000 0.004 0.860 0.000 0.136
#> SRR1319772     3  0.4227   0.446131 0.000 0.000 0.580 0.000 0.420
#> SRR1091452     4  0.3163   0.554248 0.000 0.028 0.072 0.872 0.028
#> SRR1338812     1  0.0162   0.996870 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392072     4  0.4827   0.557385 0.000 0.116 0.000 0.724 0.160
#> SRR814844      4  0.3661   0.525514 0.000 0.064 0.052 0.848 0.036
#> SRR1376619     3  0.2321   0.802850 0.000 0.044 0.916 0.024 0.016
#> SRR603690      2  0.4101   0.616235 0.000 0.816 0.052 0.100 0.032
#> SRR2184980     4  0.5606   0.359915 0.000 0.088 0.000 0.568 0.344
#> SRR613963      4  0.5848   0.359298 0.000 0.092 0.176 0.680 0.052
#> SRR1323422     1  0.0000   0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673     3  0.4130   0.640071 0.000 0.012 0.696 0.000 0.292
#> SRR1434650     5  0.2869   0.361209 0.000 0.016 0.040 0.056 0.888
#> SRR659875      3  0.4608   0.564920 0.000 0.024 0.640 0.000 0.336
#> SRR1465734     3  0.3452   0.777583 0.000 0.032 0.820 0.000 0.148
#> SRR1076847     2  0.4024   0.585288 0.016 0.840 0.060 0.044 0.040
#> SRR1415072     1  0.0162   0.996870 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR659319      3  0.1095   0.817247 0.000 0.012 0.968 0.008 0.012
#> SRR663088      2  0.5123   0.545655 0.000 0.736 0.072 0.156 0.036
#> SRR1352021     1  0.0000   0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527     1  0.0000   0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.0162   0.996081 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935      4  0.2830   0.617766 0.000 0.016 0.020 0.884 0.080
#> SRR1352530     3  0.3055   0.790526 0.000 0.016 0.840 0.000 0.144
#> SRR662594      3  0.2912   0.792295 0.000 0.088 0.876 0.008 0.028
#> SRR1095309     1  0.0000   0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647      3  0.2900   0.816123 0.000 0.040 0.884 0.012 0.064
#> SRR813019      5  0.2921   0.358507 0.000 0.004 0.148 0.004 0.844
#> SRR1374647     4  0.5703   0.435837 0.000 0.112 0.172 0.684 0.032
#> SRR603472      5  0.7214  -0.094444 0.000 0.312 0.268 0.020 0.400
#> SRR661529      4  0.6914   0.124117 0.000 0.096 0.360 0.484 0.060
#> SRR607018      3  0.2915   0.790272 0.000 0.024 0.860 0.000 0.116
#> SRR627423      4  0.5854   0.377420 0.004 0.100 0.136 0.700 0.060
#> SRR654921      4  0.2473   0.574495 0.000 0.072 0.000 0.896 0.032
#> SRR1418968     1  0.0000   0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871      3  0.1628   0.819149 0.000 0.008 0.936 0.000 0.056
#> SRR1330522     3  0.1626   0.819074 0.000 0.016 0.940 0.000 0.044
#> SRR1499958     4  0.5150   0.490432 0.000 0.076 0.000 0.652 0.272
#> SRR614059      3  0.6897   0.323565 0.000 0.112 0.520 0.312 0.056
#> SRR1071403     1  0.0000   0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486719     5  0.5973   0.246706 0.000 0.164 0.000 0.256 0.580
#> SRR1440421     2  0.6414   0.447517 0.000 0.532 0.004 0.260 0.204
#> SRR1310412     3  0.4854   0.703276 0.000 0.116 0.768 0.068 0.048
#> SRR614767      4  0.4296   0.504954 0.000 0.204 0.016 0.756 0.024
#> SRR820709      1  0.0000   0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471500     1  0.0000   0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093      3  0.5357   0.406465 0.000 0.020 0.580 0.028 0.372
#> SRR1088168     5  0.4152   0.332120 0.000 0.012 0.296 0.000 0.692
#> SRR1418707     5  0.6513   0.000995 0.000 0.192 0.000 0.384 0.424
#> SRR1354291     2  0.8154   0.411710 0.096 0.408 0.012 0.176 0.308
#> SRR2165806     1  0.0162   0.996870 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415684     4  0.2140   0.582552 0.000 0.024 0.040 0.924 0.012
#> SRR1433860     3  0.1117   0.822484 0.000 0.020 0.964 0.000 0.016
#> SRR1311062     4  0.4592   0.490805 0.000 0.208 0.024 0.740 0.028
#> SRR1360359     1  0.0000   0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385      3  0.2124   0.820017 0.000 0.028 0.916 0.000 0.056
#> SRR615407      4  0.2110   0.616638 0.000 0.016 0.000 0.912 0.072
#> SRR1413892     3  0.2361   0.805944 0.000 0.012 0.892 0.000 0.096
#> SRR1443459     4  0.5744   0.386377 0.000 0.108 0.000 0.572 0.320
#> SRR1338942     1  0.0162   0.996870 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480      5  0.4134   0.334738 0.000 0.004 0.284 0.008 0.704
#> SRR1399433     5  0.5454   0.002728 0.000 0.060 0.000 0.452 0.488
#> SRR818537      5  0.4276   0.337097 0.000 0.032 0.244 0.000 0.724
#> SRR1101324     3  0.6919   0.447841 0.000 0.128 0.572 0.224 0.076
#> SRR807637      2  0.6012   0.523106 0.040 0.664 0.036 0.032 0.228
#> SRR1091918     1  0.0000   0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300      3  0.5360   0.649485 0.000 0.104 0.732 0.112 0.052
#> SRR1085426     1  0.0000   0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294     4  0.4364   0.574713 0.000 0.120 0.000 0.768 0.112
#> SRR813891      1  0.0162   0.996870 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431     5  0.6517  -0.031321 0.000 0.300 0.060 0.076 0.564
#> SRR658742      4  0.6702   0.256514 0.004 0.108 0.232 0.596 0.060
#> SRR1419234     1  0.0000   0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813     4  0.5391   0.513941 0.000 0.116 0.000 0.652 0.232
#> SRR603496      3  0.1753   0.823265 0.000 0.032 0.936 0.000 0.032
#> SRR1407758     3  0.1095   0.815571 0.000 0.012 0.968 0.008 0.012
#> SRR810945      2  0.8373   0.275669 0.000 0.336 0.188 0.176 0.300
#> SRR817234      2  0.3872   0.611584 0.004 0.836 0.024 0.084 0.052
#> SRR1444852     3  0.1485   0.820632 0.000 0.020 0.948 0.000 0.032
#> SRR660378      3  0.3807   0.701767 0.000 0.012 0.748 0.000 0.240
#> SRR1467835     5  0.5490   0.305310 0.000 0.084 0.000 0.324 0.592
#> SRR1338964     5  0.3676   0.346925 0.000 0.004 0.232 0.004 0.760
#> SRR1079259     5  0.3063   0.366202 0.000 0.020 0.012 0.104 0.864
#> SRR1072345     3  0.5133   0.452539 0.000 0.044 0.568 0.000 0.388
#> SRR598725      3  0.1483   0.820733 0.000 0.028 0.952 0.008 0.012
#> SRR1447938     1  0.0000   0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397     1  0.0000   0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460     4  0.2983   0.613117 0.000 0.040 0.000 0.864 0.096
#> SRR1429468     5  0.4836   0.357427 0.000 0.044 0.000 0.304 0.652
#> SRR1446850     4  0.3510   0.536447 0.000 0.048 0.064 0.856 0.032
#> SRR1320363     3  0.1251   0.821179 0.000 0.008 0.956 0.000 0.036
#> SRR1413810     3  0.2095   0.806187 0.000 0.020 0.928 0.024 0.028
#> SRR598831      5  0.5037   0.247152 0.000 0.040 0.000 0.376 0.584
#> SRR1381865     1  0.0000   0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957      3  0.1484   0.819203 0.000 0.008 0.944 0.000 0.048
#> SRR1491332     3  0.4642   0.596114 0.000 0.032 0.660 0.000 0.308
#> SRR1099744     4  0.6372   0.158725 0.000 0.168 0.000 0.456 0.376
#> SRR1464618     4  0.3231   0.590822 0.000 0.004 0.000 0.800 0.196
#> SRR1414559     3  0.7495   0.164474 0.000 0.288 0.448 0.208 0.056
#> SRR1337540     2  0.5909   0.351059 0.000 0.484 0.036 0.036 0.444
#> SRR1444283     1  0.0162   0.996870 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942     3  0.2400   0.803561 0.000 0.048 0.912 0.020 0.020
#> SRR660295      1  0.0000   0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335      3  0.2087   0.808754 0.000 0.020 0.928 0.020 0.032
#> SRR1363742     3  0.2777   0.802519 0.000 0.016 0.864 0.000 0.120
#> SRR1345847     4  0.4658   0.304500 0.000 0.016 0.000 0.576 0.408
#> SRR614960      3  0.1661   0.822751 0.000 0.036 0.940 0.000 0.024
#> SRR819919      1  0.0000   0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330      2  0.5074   0.568844 0.060 0.784 0.064 0.036 0.056
#> SRR1327951     1  0.0000   0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.0000   0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266     4  0.3264   0.605287 0.000 0.016 0.000 0.820 0.164
#> SRR1338055     2  0.3674   0.552512 0.000 0.832 0.116 0.032 0.020
#> SRR1430157     5  0.5185   0.222419 0.000 0.048 0.000 0.384 0.568
#> SRR1320137     4  0.5489   0.113358 0.000 0.420 0.012 0.528 0.040
#> SRR1093483     1  0.0000   0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080     1  0.0000   0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913     3  0.2856   0.789242 0.000 0.044 0.892 0.032 0.032
#> SRR2170490     1  0.0000   0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845     4  0.6767   0.229725 0.004 0.100 0.272 0.568 0.056
#> SRR1436420     1  0.0000   0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060     5  0.4940   0.099513 0.000 0.032 0.392 0.000 0.576
#> SRR662282      3  0.4039   0.732959 0.000 0.032 0.816 0.112 0.040
#> SRR1487089     4  0.4661   0.518434 0.000 0.124 0.080 0.772 0.024
#> SRR1075683     1  0.0000   0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536     1  0.0000   0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880     4  0.2046   0.613005 0.000 0.016 0.000 0.916 0.068
#> SRR1453456     3  0.1043   0.820122 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1457895     1  0.0000   0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603     3  0.3214   0.784285 0.000 0.120 0.844 0.000 0.036
#> SRR658633      2  0.6477   0.161951 0.000 0.448 0.004 0.388 0.160
#> SRR1388081     4  0.2839   0.559689 0.000 0.036 0.048 0.892 0.024
#> SRR813339      3  0.1243   0.817690 0.000 0.028 0.960 0.008 0.004
#> SRR809725      1  0.0000   0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441      2  0.7196   0.238708 0.380 0.456 0.096 0.060 0.008
#> SRR613603      3  0.4957   0.367603 0.000 0.028 0.528 0.000 0.444
#> SRR1096571     3  0.3732   0.743523 0.000 0.032 0.792 0.000 0.176
#> SRR1392701     1  0.0000   0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326     1  0.0162   0.996870 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367693     4  0.3462   0.589415 0.000 0.012 0.000 0.792 0.196
#> SRR660697      4  0.2728   0.609296 0.000 0.048 0.016 0.896 0.040
#> SRR1489926     3  0.2844   0.788973 0.000 0.044 0.892 0.024 0.040
#> SRR811491      3  0.2573   0.800042 0.000 0.016 0.880 0.000 0.104
#> SRR1311644     3  0.5803   0.618074 0.000 0.120 0.700 0.108 0.072
#> SRR1451740     3  0.1518   0.813461 0.000 0.020 0.952 0.016 0.012
#> SRR615117      5  0.6177   0.231712 0.000 0.140 0.316 0.004 0.540
#> SRR1391748     4  0.2144   0.614723 0.000 0.020 0.000 0.912 0.068
#> SRR1466556     3  0.3980   0.652726 0.000 0.008 0.708 0.000 0.284
#> SRR614972      3  0.1310   0.821205 0.000 0.024 0.956 0.000 0.020
#> SRR1406200     1  0.0000   0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210      5  0.4697   0.234033 0.000 0.020 0.000 0.388 0.592
#> SRR662174      1  0.0162   0.996081 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988      1  0.0000   0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236      3  0.7023   0.156220 0.000 0.052 0.520 0.284 0.144
#> SRR1312598     4  0.6036   0.372613 0.000 0.144 0.000 0.548 0.308
#> SRR1330129     4  0.6956   0.167720 0.008 0.244 0.004 0.460 0.284
#> SRR1357781     2  0.8506   0.438105 0.096 0.412 0.060 0.112 0.320
#> SRR1315517     2  0.6262   0.586658 0.000 0.608 0.024 0.148 0.220
#> SRR1400032     3  0.1617   0.811958 0.000 0.020 0.948 0.020 0.012
#> SRR1413722     1  0.0000   0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827      3  0.2165   0.805365 0.000 0.036 0.924 0.024 0.016
#> SRR814794      1  0.0162   0.996081 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430      1  0.0000   0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509     5  0.4446   0.201657 0.000 0.008 0.000 0.400 0.592
#> SRR808728      3  0.4909   0.277785 0.000 0.008 0.508 0.012 0.472
#> SRR1070813     5  0.4014   0.388918 0.000 0.016 0.000 0.256 0.728
#> SRR1389133     3  0.5197   0.661771 0.000 0.100 0.744 0.108 0.048
#> SRR601263      3  0.4350   0.677328 0.000 0.028 0.704 0.000 0.268
#> SRR604718      5  0.6164   0.090964 0.000 0.136 0.000 0.388 0.476
#> SRR1481351     3  0.0854   0.819667 0.000 0.004 0.976 0.012 0.008
#> SRR1334608     3  0.0981   0.817577 0.000 0.012 0.972 0.008 0.008
#> SRR658681      3  0.4744   0.435557 0.000 0.020 0.572 0.000 0.408
#> SRR809283      4  0.5198   0.459845 0.000 0.252 0.024 0.680 0.044
#> SRR1459300     1  0.0000   0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547     5  0.4885   0.074997 0.000 0.028 0.400 0.000 0.572
#> SRR811049      5  0.5057   0.144928 0.000 0.036 0.356 0.004 0.604
#> SRR1464835     4  0.3779   0.541024 0.000 0.068 0.060 0.840 0.032
#> SRR1339619     5  0.5195   0.211800 0.000 0.048 0.000 0.388 0.564
#> SRR658501      3  0.2179   0.805758 0.000 0.004 0.896 0.000 0.100
#> SRR1447523     3  0.2036   0.820119 0.000 0.024 0.920 0.000 0.056
#> SRR1415048     1  0.0000   0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.0162   0.996870 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348     4  0.2136   0.616210 0.000 0.008 0.000 0.904 0.088
#> SRR603890      2  0.7460   0.446536 0.040 0.460 0.012 0.164 0.324
#> SRR810595      3  0.2522   0.811542 0.000 0.052 0.896 0.000 0.052
#> SRR1446244     4  0.2909   0.609781 0.000 0.012 0.000 0.848 0.140
#> SRR817373      4  0.6655   0.153115 0.000 0.260 0.000 0.444 0.296
#> SRR1457291     4  0.5288   0.546670 0.000 0.120 0.008 0.696 0.176
#> SRR598220      5  0.6047   0.347083 0.000 0.080 0.076 0.176 0.668
#> SRR1477991     4  0.5104   0.539181 0.000 0.116 0.000 0.692 0.192
#> SRR598172      2  0.3821   0.611003 0.000 0.836 0.044 0.084 0.036
#> SRR1349032     5  0.4494   0.247840 0.000 0.012 0.000 0.380 0.608
#> SRR604002      5  0.4096   0.312518 0.000 0.084 0.036 0.060 0.820
#> SRR1378026     3  0.1168   0.822423 0.000 0.008 0.960 0.000 0.032
#> SRR1404401     2  0.7467   0.575863 0.056 0.560 0.040 0.116 0.228
#> SRR1333240     5  0.4686   0.295047 0.000 0.104 0.160 0.000 0.736
#> SRR1089399     4  0.5213   0.291938 0.000 0.048 0.000 0.556 0.396
#> SRR603421      2  0.5923   0.536105 0.000 0.572 0.000 0.140 0.288
#> SRR812562      1  0.0162   0.996870 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520      3  0.4651   0.510132 0.000 0.020 0.608 0.000 0.372
#> SRR811839      1  0.0000   0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317      5  0.4849   0.288147 0.000 0.032 0.000 0.360 0.608
#> SRR1436763     4  0.6631   0.209758 0.000 0.256 0.000 0.452 0.292
#> SRR1486021     4  0.5496   0.542815 0.000 0.136 0.020 0.696 0.148
#> SRR1465018     4  0.6766   0.078369 0.000 0.284 0.000 0.396 0.320
#> SRR1080998     5  0.3944   0.344148 0.000 0.020 0.212 0.004 0.764
#> SRR1083432     3  0.3789   0.719410 0.000 0.020 0.768 0.000 0.212
#> SRR1082833     1  0.0000   0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.0162   0.996870 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326536     3  0.1282   0.820284 0.000 0.004 0.952 0.000 0.044
#> SRR614011      4  0.5365   0.236688 0.000 0.056 0.000 0.528 0.416
#> SRR1365873     4  0.4089   0.538328 0.000 0.072 0.076 0.820 0.032
#> SRR1498789     4  0.5093   0.375886 0.000 0.276 0.040 0.668 0.016
#> SRR601581      4  0.2726   0.602459 0.000 0.052 0.000 0.884 0.064
#> SRR603566      5  0.4558   0.277430 0.000 0.024 0.324 0.000 0.652
#> SRR1373981     1  0.0000   0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410      5  0.6529   0.109652 0.000 0.228 0.000 0.296 0.476
#> SRR1076511     2  0.6661   0.308965 0.048 0.520 0.092 0.000 0.340
#> SRR614143      3  0.3107   0.787626 0.000 0.088 0.868 0.012 0.032
#> SRR1333570     3  0.0898   0.820514 0.000 0.020 0.972 0.000 0.008
#> SRR1366813     4  0.5556   0.090040 0.000 0.068 0.000 0.476 0.456
#> SRR1388746     1  0.0000   0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558     3  0.4289   0.737548 0.000 0.108 0.804 0.040 0.048
#> SRR1409510     3  0.1314   0.814233 0.000 0.012 0.960 0.016 0.012
#> SRR816250      4  0.3090   0.572055 0.000 0.104 0.032 0.860 0.004
#> SRR614131      4  0.5953   0.354573 0.000 0.096 0.168 0.676 0.060
#> SRR1331130     1  0.0162   0.996870 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015     3  0.1908   0.808023 0.000 0.024 0.936 0.024 0.016
#> SRR1470798     3  0.1413   0.812928 0.000 0.012 0.956 0.020 0.012
#> SRR614179      3  0.3115   0.789123 0.000 0.112 0.852 0.000 0.036
#> SRR1474863     2  0.6607   0.368490 0.000 0.448 0.000 0.232 0.320
#> SRR813560      4  0.4833   0.292828 0.000 0.024 0.000 0.564 0.412
#> SRR1312187     5  0.4849   0.285331 0.000 0.032 0.000 0.360 0.608
#> SRR1420960     3  0.1597   0.818519 0.000 0.012 0.940 0.000 0.048
#> SRR1355102     3  0.0693   0.820809 0.000 0.012 0.980 0.000 0.008
#> SRR1084577     3  0.0671   0.821399 0.000 0.016 0.980 0.000 0.004
#> SRR659971      4  0.5345   0.267856 0.000 0.056 0.000 0.540 0.404
#> SRR1350855     4  0.3764   0.598997 0.000 0.044 0.000 0.800 0.156
#> SRR820779      3  0.3409   0.782391 0.000 0.024 0.816 0.000 0.160
#> SRR1476300     3  0.1195   0.822266 0.000 0.012 0.960 0.000 0.028
#> SRR1090907     5  0.5360   0.214784 0.000 0.060 0.000 0.384 0.556
#> SRR662294      2  0.5560   0.594038 0.040 0.712 0.008 0.172 0.068
#> SRR1480789     3  0.2570   0.806118 0.000 0.084 0.888 0.000 0.028
#> SRR1336263     4  0.2300   0.614505 0.000 0.024 0.000 0.904 0.072
#> SRR660776      1  0.0404   0.989679 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090508     2  0.4907  -0.130337 0.000 0.512 0.468 0.008 0.012
#> SRR615563      5  0.4623   0.340868 0.000 0.032 0.000 0.304 0.664
#> SRR1101175     1  0.0000   0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650     5  0.4803  -0.087219 0.000 0.020 0.444 0.000 0.536
#> SRR1431205     2  0.6241   0.515940 0.000 0.580 0.008 0.220 0.192
#> SRR1339856     4  0.4071   0.573440 0.000 0.128 0.028 0.808 0.036
#> SRR1352147     4  0.5678   0.447207 0.000 0.116 0.000 0.600 0.284
#> SRR808968      1  0.0000   0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419      4  0.2381   0.614786 0.004 0.036 0.000 0.908 0.052
#> SRR1402391     1  0.0000   0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609      3  0.1518   0.816647 0.000 0.020 0.952 0.016 0.012
#> SRR2167857     3  0.6762   0.337346 0.000 0.308 0.524 0.036 0.132
#> SRR1398752     1  0.0000   0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.0162   0.996870 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405437     4  0.6202   0.247620 0.000 0.148 0.000 0.496 0.356
#> SRR1416955     1  0.0510   0.987385 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317064     4  0.5380   0.481011 0.000 0.216 0.012 0.680 0.092
#> SRR659001      5  0.4613   0.282047 0.000 0.020 0.000 0.360 0.620
#> SRR2170696     5  0.5267   0.358216 0.000 0.028 0.032 0.288 0.652
#> SRR816589      3  0.3835   0.693722 0.000 0.012 0.744 0.000 0.244
#> SRR1087487     3  0.1626   0.818381 0.000 0.016 0.940 0.000 0.044
#> SRR1329485     3  0.1772   0.816368 0.000 0.032 0.940 0.008 0.020
#> SRR816920      5  0.3947   0.349662 0.000 0.060 0.044 0.064 0.832
#> SRR1341432     1  0.0000   0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590     4  0.3036   0.550051 0.000 0.064 0.028 0.880 0.028
#> SRR817046      3  0.3236   0.769004 0.000 0.020 0.828 0.000 0.152
#> SRR1471331     3  0.2400   0.807110 0.000 0.048 0.912 0.020 0.020
#> SRR660788      5  0.3356   0.354122 0.000 0.024 0.120 0.012 0.844
#> SRR819234      1  0.0000   0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853      5  0.4010   0.347284 0.000 0.032 0.176 0.008 0.784
#> SRR809427      5  0.5981  -0.067715 0.000 0.308 0.028 0.072 0.592
#> SRR2170217     4  0.4434   0.568790 0.000 0.056 0.000 0.736 0.208
#> SRR1386967     3  0.1095   0.818373 0.000 0.012 0.968 0.008 0.012
#> SRR1420344     4  0.6685   0.041120 0.000 0.340 0.000 0.416 0.244
#> SRR1334535     1  0.0162   0.996870 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503      2  0.5811   0.558828 0.000 0.644 0.032 0.076 0.248
#> SRR602564      3  0.7530  -0.204268 0.000 0.308 0.352 0.304 0.036
#> SRR1420669     4  0.3267   0.545205 0.000 0.044 0.076 0.864 0.016
#> SRR819024      3  0.1800   0.821503 0.000 0.020 0.932 0.000 0.048
#> SRR656223      3  0.2188   0.808231 0.000 0.024 0.924 0.024 0.028
#> SRR608428      2  0.4207   0.617078 0.000 0.812 0.036 0.092 0.060
#> SRR1345647     1  0.0162   0.996870 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324     5  0.5533   0.207656 0.000 0.192 0.016 0.112 0.680
#> SRR1361368     5  0.5003   0.121530 0.000 0.032 0.000 0.424 0.544
#> SRR1322619     4  0.4581   0.570480 0.000 0.072 0.000 0.732 0.196
#> SRR1349276     4  0.1915   0.602693 0.000 0.032 0.000 0.928 0.040
#> SRR1404024     1  0.0162   0.996870 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370637     5  0.4894   0.299781 0.000 0.036 0.000 0.352 0.612
#> SRR1452631     4  0.2228   0.570395 0.000 0.056 0.008 0.916 0.020
#> SRR608392      3  0.1393   0.817429 0.000 0.024 0.956 0.008 0.012
#> SRR1357757     3  0.4801   0.598672 0.000 0.284 0.668 0.000 0.048
#> SRR1074646     4  0.4066   0.476415 0.000 0.004 0.000 0.672 0.324
#> SRR1367499     3  0.4482   0.510787 0.000 0.012 0.612 0.000 0.376
#> SRR1343501     5  0.4525   0.187384 0.000 0.016 0.360 0.000 0.624
#> SRR1394406     3  0.7082   0.137944 0.000 0.116 0.440 0.388 0.056
#> SRR1381435     3  0.4054   0.680524 0.000 0.020 0.732 0.000 0.248
#> SRR1467407     1  0.0000   0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422     3  0.3983   0.753428 0.000 0.164 0.784 0.000 0.052
#> SRR1380270     3  0.2522   0.812130 0.000 0.052 0.896 0.000 0.052
#> SRR1091817     2  0.6804   0.360827 0.000 0.440 0.004 0.276 0.280
#> SRR1440137     4  0.4665   0.565326 0.000 0.112 0.000 0.740 0.148
#> SRR614311      4  0.4696   0.264593 0.000 0.016 0.000 0.556 0.428
#> SRR1407516     2  0.6898   0.274882 0.000 0.444 0.012 0.328 0.216
#> SRR815494      3  0.1300   0.820536 0.000 0.016 0.956 0.000 0.028
#> SRR1333209     4  0.4793   0.541991 0.000 0.068 0.000 0.700 0.232
#> SRR615177      2  0.6179   0.382683 0.000 0.480 0.032 0.060 0.428
#> SRR1099648     5  0.4494   0.124037 0.000 0.012 0.380 0.000 0.608
#> SRR659720      5  0.5234   0.010949 0.000 0.040 0.396 0.004 0.560
#> SRR2185057     1  0.0162   0.996870 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467125     1  0.0290   0.994042 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR657468      5  0.4650   0.309416 0.000 0.056 0.216 0.004 0.724
#> SRR660042      3  0.4039   0.741612 0.000 0.084 0.824 0.040 0.052
#> SRR2170864     2  0.6248   0.433663 0.000 0.572 0.024 0.300 0.104
#> SRR1440491     4  0.3091   0.603691 0.000 0.032 0.044 0.880 0.044
#> SRR1440852     3  0.1117   0.822027 0.000 0.016 0.964 0.000 0.020
#> SRR811169      1  0.0000   0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311     4  0.2756   0.616205 0.000 0.024 0.004 0.880 0.092
#> SRR818009      1  0.0162   0.996081 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351836     5  0.5661   0.204320 0.000 0.192 0.008 0.144 0.656
#> SRR1498313     2  0.3622   0.539095 0.008 0.832 0.128 0.024 0.008
#> SRR1441975     2  0.6845   0.332333 0.000 0.420 0.008 0.216 0.356
#> SRR819096      1  0.0162   0.996870 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679     2  0.7326   0.122887 0.000 0.364 0.276 0.024 0.336
#> SRR1489116     3  0.3183   0.767234 0.000 0.016 0.828 0.000 0.156
#> SRR1354138     3  0.2696   0.795701 0.000 0.040 0.900 0.028 0.032
#> SRR1490589     3  0.2769   0.809534 0.000 0.032 0.876 0.000 0.092
#> SRR1412987     4  0.2234   0.596030 0.000 0.044 0.004 0.916 0.036
#> SRR602034      3  0.0566   0.821740 0.000 0.012 0.984 0.000 0.004
#> SRR1353437     1  0.0000   0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871     5  0.5350  -0.220244 0.000 0.052 0.460 0.000 0.488
#> SRR661577      2  0.6269   0.509977 0.000 0.584 0.012 0.232 0.172
#> SRR612190      4  0.6140   0.315609 0.000 0.084 0.220 0.640 0.056
#> SRR1399880     1  0.0290   0.993298 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101787     5  0.4425   0.365545 0.000 0.024 0.000 0.296 0.680
#> SRR657869      1  0.0000   0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332     1  0.0162   0.996870 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039      1  0.0000   0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141     3  0.0898   0.821989 0.000 0.020 0.972 0.000 0.008
#> SRR1476697     1  0.0162   0.996870 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538     4  0.1661   0.601693 0.000 0.024 0.000 0.940 0.036
#> SRR1331422     1  0.0162   0.996870 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR660859      3  0.3146   0.802411 0.000 0.092 0.856 0.000 0.052
#> SRR1097594     1  0.0000   0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419     3  0.1095   0.816701 0.000 0.012 0.968 0.008 0.012
#> SRR1336706     3  0.2233   0.808665 0.000 0.016 0.904 0.000 0.080
#> SRR1472976     4  0.5053   0.432670 0.000 0.052 0.000 0.624 0.324
#> SRR1321307     1  0.0000   0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493      1  0.0162   0.996870 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461      3  0.2825   0.788780 0.000 0.016 0.860 0.000 0.124
#> SRR1477149     5  0.4886   0.267237 0.000 0.032 0.000 0.372 0.596
#> SRR1457397     3  0.4204   0.686230 0.000 0.216 0.752 0.012 0.020
#> SRR661913      3  0.2447   0.797067 0.000 0.032 0.912 0.024 0.032
#> SRR1069024     3  0.4665   0.639256 0.000 0.048 0.692 0.000 0.260
#> SRR2165634     1  0.0162   0.996870 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722     3  0.1329   0.822557 0.000 0.032 0.956 0.004 0.008
#> SRR1328642     4  0.5747   0.486392 0.004 0.160 0.000 0.636 0.200
#> SRR1488261     3  0.4642   0.703948 0.000 0.084 0.784 0.092 0.040
#> SRR1318815     4  0.4715   0.467496 0.000 0.092 0.084 0.780 0.044
#> SRR816945      1  0.0000   0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432     2  0.5199   0.589566 0.000 0.720 0.016 0.140 0.124
#> SRR1359280     2  0.5658   0.439429 0.000 0.612 0.076 0.300 0.012
#> SRR1313910     4  0.5155   0.382944 0.000 0.052 0.000 0.596 0.352
#> SRR1457315     4  0.5159   0.418269 0.000 0.072 0.168 0.728 0.032
#> SRR815398      1  0.0000   0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958      3  0.1670   0.820765 0.000 0.012 0.936 0.000 0.052
#> SRR600688      4  0.5908   0.331054 0.000 0.080 0.232 0.648 0.040
#> SRR1098952     1  0.0162   0.996081 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916     3  0.1974   0.811155 0.000 0.036 0.932 0.016 0.016
#> SRR614167      3  0.3385   0.773023 0.000 0.056 0.864 0.044 0.036
#> SRR1348114     4  0.4213   0.484189 0.000 0.012 0.000 0.680 0.308
#> SRR658033      2  0.5136   0.614968 0.000 0.752 0.084 0.104 0.060
#> SRR1077503     3  0.4150   0.712368 0.000 0.036 0.748 0.000 0.216
#> SRR661854      3  0.2747   0.793070 0.000 0.048 0.896 0.020 0.036
#> SRR811379      4  0.2426   0.606643 0.000 0.036 0.000 0.900 0.064
#> SRR1318857     5  0.5111   0.162738 0.000 0.040 0.000 0.408 0.552
#> SRR656445      5  0.4264   0.133036 0.000 0.004 0.376 0.000 0.620
#> SRR1433044     2  0.5891   0.614065 0.000 0.664 0.028 0.156 0.152
#> SRR1486391     1  0.0000   0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071      3  0.1365   0.817158 0.000 0.040 0.952 0.004 0.004
#> SRR1364824     1  0.0000   0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133     1  0.0162   0.996870 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.0000   0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745      5  0.3935   0.348837 0.000 0.024 0.200 0.004 0.772
#> SRR601038      3  0.5505   0.226426 0.000 0.064 0.484 0.000 0.452
#> SRR1360080     1  0.0000   0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868      3  0.4525   0.709169 0.000 0.056 0.724 0.000 0.220
#> SRR1485997     1  0.0000   0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560     5  0.4687   0.303821 0.000 0.028 0.000 0.336 0.636
#> SRR1333330     1  0.0162   0.996870 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513      3  0.4901   0.655325 0.000 0.060 0.672 0.000 0.268
#> SRR1328407     5  0.2464   0.364876 0.000 0.004 0.048 0.044 0.904
#> SRR602784      5  0.4760  -0.007290 0.000 0.020 0.416 0.000 0.564
#> SRR1348468     4  0.2946   0.610855 0.000 0.044 0.000 0.868 0.088
#> SRR663717      4  0.3563   0.583824 0.000 0.012 0.000 0.780 0.208
#> SRR602217      4  0.5268   0.351161 0.000 0.024 0.020 0.588 0.368
#> SRR603140      3  0.5224   0.372547 0.000 0.036 0.532 0.004 0.428
#> SRR1340804     1  0.0162   0.996870 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574     3  0.1981   0.821383 0.000 0.028 0.924 0.000 0.048
#> SRR1333462     2  0.7723   0.485264 0.028 0.456 0.032 0.188 0.296
#> SRR1094601     1  0.0000   0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610     5  0.2758   0.368710 0.000 0.012 0.024 0.076 0.888
#> SRR1435833     4  0.5238   0.497002 0.000 0.088 0.000 0.652 0.260
#> SRR1398728     5  0.5759   0.277224 0.000 0.108 0.000 0.324 0.568
#> SRR1358343     4  0.4063   0.498983 0.000 0.108 0.032 0.816 0.044
#> SRR1410890     5  0.5703   0.281533 0.000 0.140 0.000 0.244 0.616
#> SRR1350371     1  0.0000   0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478     5  0.4894   0.300098 0.000 0.036 0.000 0.352 0.612
#> SRR1099260     3  0.2144   0.813557 0.000 0.020 0.912 0.000 0.068
#> SRR1433576     4  0.5579   0.268595 0.000 0.028 0.028 0.544 0.400
#> SRR1345541     3  0.6196   0.518872 0.000 0.088 0.640 0.212 0.060
#> SRR1086328     1  0.0290   0.993298 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR810391      3  0.1299   0.816844 0.000 0.020 0.960 0.008 0.012
#> SRR1476207     3  0.5498   0.254679 0.000 0.064 0.496 0.000 0.440
#> SRR627435      4  0.7076  -0.051585 0.000 0.108 0.412 0.420 0.060
#> SRR1489862     1  0.0162   0.996870 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086     1  0.0000   0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.0000   0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191     3  0.1967   0.807306 0.000 0.036 0.932 0.020 0.012
#> SRR1490115     3  0.1740   0.817447 0.000 0.012 0.932 0.000 0.056
#> SRR1377714     3  0.6616  -0.046887 0.000 0.412 0.436 0.016 0.136
#> SRR819394      1  0.0162   0.996870 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161      4  0.7062   0.272604 0.012 0.168 0.172 0.588 0.060
#> SRR607042      3  0.2922   0.806379 0.000 0.056 0.872 0.000 0.072
#> SRR656203      4  0.5153   0.193399 0.000 0.040 0.000 0.524 0.436
#> SRR660602      3  0.4448   0.295673 0.000 0.004 0.516 0.000 0.480
#> SRR1440397     1  0.0000   0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264     1  0.0000   0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233      1  0.0000   0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249      4  0.4743   0.153021 0.000 0.016 0.000 0.512 0.472
#> SRR661242      4  0.3622   0.521905 0.000 0.032 0.092 0.844 0.032
#> SRR1332007     3  0.2770   0.804037 0.000 0.076 0.880 0.000 0.044
#> SRR809619      5  0.5099   0.318199 0.000 0.052 0.000 0.336 0.612
#> SRR819975      1  0.0162   0.996870 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281      2  0.4171   0.615963 0.000 0.808 0.052 0.112 0.028
#> SRR662366      3  0.1280   0.816736 0.000 0.024 0.960 0.008 0.008
#> SRR1317898     3  0.1124   0.820915 0.000 0.004 0.960 0.000 0.036
#> SRR1382485     4  0.3288   0.570301 0.000 0.040 0.076 0.864 0.020
#> SRR2166420     1  0.0162   0.996870 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419429     1  0.0162   0.996870 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092541     3  0.1012   0.821460 0.000 0.012 0.968 0.000 0.020
#> SRR817444      5  0.3875   0.358797 0.000 0.004 0.228 0.012 0.756
#> SRR1320403     4  0.4641   0.483272 0.000 0.180 0.048 0.752 0.020
#> SRR1101483     4  0.5165   0.348212 0.000 0.048 0.000 0.576 0.376
#> SRR1331684     3  0.4766   0.703203 0.000 0.132 0.732 0.000 0.136
#> SRR1400054     3  0.4207   0.767712 0.000 0.092 0.808 0.024 0.076
#> SRR1406088     4  0.6503   0.141667 0.000 0.192 0.000 0.436 0.372
#> SRR820733      4  0.5271   0.430155 0.000 0.080 0.168 0.720 0.032
#> SRR1314113     3  0.7102   0.130204 0.000 0.112 0.436 0.392 0.060
#> SRR1382615     3  0.2376   0.810517 0.000 0.052 0.904 0.000 0.044
#> SRR1480745     1  0.0000   0.998239 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850     2  0.6433   0.485057 0.000 0.524 0.012 0.144 0.320
#> SRR656782      3  0.4193   0.644400 0.000 0.012 0.684 0.000 0.304
#> SRR821364      1  0.0290   0.993298 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101106     1  0.0290   0.993298 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR659295      2  0.9113   0.225908 0.188 0.312 0.248 0.032 0.220
#> SRR1357103     3  0.3152   0.786035 0.000 0.024 0.840 0.000 0.136
#> SRR809185      4  0.1597   0.595280 0.000 0.024 0.020 0.948 0.008
#> SRR811583      4  0.5588   0.450880 0.000 0.156 0.096 0.704 0.044
#> SRR1468050     1  0.0162   0.996870 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224     4  0.3774   0.544333 0.000 0.152 0.032 0.808 0.008

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR1500170     5  0.4715    0.40352 0.000 0.052 0.000 0.336 0.608 0.004
#> SRR1402368     3  0.5777    0.27742 0.000 0.020 0.580 0.000 0.176 0.224
#> SRR607743      2  0.4444    0.46779 0.000 0.744 0.176 0.004 0.040 0.036
#> SRR1457375     2  0.6525    0.47200 0.000 0.556 0.008 0.140 0.220 0.076
#> SRR1470923     1  0.0000    0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817954      1  0.0405    0.98625 0.988 0.004 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR809259      1  0.0000    0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439785     3  0.4953    0.43736 0.000 0.000 0.624 0.000 0.268 0.108
#> SRR814768      1  0.0000    0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102031     4  0.5885    0.13502 0.000 0.228 0.000 0.468 0.304 0.000
#> SRR1363611     5  0.5138    0.35806 0.000 0.072 0.000 0.360 0.560 0.008
#> SRR1468447     4  0.6062    0.31644 0.000 0.256 0.004 0.544 0.176 0.020
#> SRR1071931     4  0.4062    0.41417 0.000 0.004 0.060 0.744 0.000 0.192
#> SRR810981      1  0.0146    0.99089 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615299      2  0.3693    0.61441 0.000 0.816 0.000 0.100 0.048 0.036
#> SRR663585      3  0.1777    0.72520 0.000 0.004 0.928 0.024 0.000 0.044
#> SRR1326773     2  0.7463    0.43047 0.000 0.488 0.188 0.040 0.180 0.104
#> SRR1351166     5  0.4578    0.42696 0.000 0.056 0.000 0.320 0.624 0.000
#> SRR1477452     1  0.0000    0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084720     3  0.1116    0.73436 0.000 0.004 0.960 0.000 0.008 0.028
#> SRR1420320     4  0.2662    0.53145 0.000 0.024 0.000 0.856 0.120 0.000
#> SRR1081712     5  0.6697    0.31561 0.000 0.176 0.000 0.236 0.504 0.084
#> SRR1318241     5  0.5476   -0.04703 0.000 0.012 0.200 0.000 0.612 0.176
#> SRR1333718     3  0.4508    0.59068 0.000 0.004 0.716 0.000 0.164 0.116
#> SRR1313514     2  0.7757    0.48220 0.004 0.484 0.072 0.096 0.196 0.148
#> SRR1477861     3  0.3124    0.68956 0.000 0.008 0.828 0.000 0.024 0.140
#> SRR1318005     2  0.8438    0.27107 0.004 0.328 0.064 0.160 0.276 0.168
#> SRR1354665     2  0.5913    0.24686 0.000 0.508 0.000 0.344 0.124 0.024
#> SRR657707      5  0.5731   -0.34089 0.000 0.000 0.204 0.000 0.508 0.288
#> SRR1370742     3  0.1850    0.72662 0.000 0.008 0.924 0.000 0.016 0.052
#> SRR1412947     4  0.5318    0.24567 0.000 0.348 0.004 0.568 0.064 0.016
#> SRR661553      4  0.7906   -0.11085 0.000 0.044 0.100 0.340 0.192 0.324
#> SRR1328869     1  0.0000    0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662211      5  0.6864    0.12240 0.000 0.140 0.000 0.380 0.388 0.092
#> SRR1348181     3  0.1989    0.71923 0.000 0.004 0.916 0.028 0.000 0.052
#> SRR1416560     3  0.3798    0.65052 0.000 0.000 0.788 0.004 0.100 0.108
#> SRR1319772     3  0.5219    0.33492 0.000 0.000 0.580 0.000 0.296 0.124
#> SRR1091452     4  0.3354    0.55139 0.000 0.036 0.060 0.852 0.008 0.044
#> SRR1338812     1  0.0146    0.99067 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1392072     4  0.5491    0.42745 0.000 0.156 0.000 0.648 0.160 0.036
#> SRR814844      4  0.3836    0.42092 0.000 0.004 0.016 0.728 0.004 0.248
#> SRR1376619     3  0.3422    0.60385 0.000 0.000 0.788 0.036 0.000 0.176
#> SRR603690      2  0.2137    0.61660 0.000 0.912 0.000 0.048 0.012 0.028
#> SRR2184980     4  0.5458    0.07476 0.000 0.112 0.000 0.512 0.372 0.004
#> SRR613963      4  0.4610    0.30323 0.000 0.004 0.072 0.672 0.000 0.252
#> SRR1323422     1  0.0000    0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397673     3  0.3694    0.65409 0.000 0.000 0.784 0.000 0.140 0.076
#> SRR1434650     5  0.3094    0.39763 0.000 0.024 0.024 0.032 0.872 0.048
#> SRR659875      3  0.4456    0.59761 0.000 0.004 0.724 0.000 0.140 0.132
#> SRR1465734     6  0.6256    0.59847 0.000 0.040 0.284 0.000 0.160 0.516
#> SRR1076847     2  0.2030    0.59229 0.004 0.920 0.000 0.012 0.016 0.048
#> SRR1415072     1  0.0146    0.99067 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR659319      3  0.1219    0.73058 0.000 0.000 0.948 0.004 0.000 0.048
#> SRR663088      2  0.3625    0.43533 0.000 0.768 0.004 0.020 0.004 0.204
#> SRR1352021     1  0.0000    0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325527     1  0.0146    0.99089 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105369     1  0.0146    0.99089 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659935      4  0.2189    0.56381 0.000 0.016 0.004 0.912 0.052 0.016
#> SRR1352530     3  0.2201    0.71990 0.000 0.000 0.900 0.000 0.048 0.052
#> SRR662594      6  0.5288    0.65820 0.000 0.012 0.268 0.032 0.048 0.640
#> SRR1095309     1  0.0000    0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615647      3  0.1390    0.73584 0.000 0.000 0.948 0.004 0.016 0.032
#> SRR813019      5  0.3415    0.34808 0.000 0.000 0.096 0.004 0.820 0.080
#> SRR1374647     4  0.6949    0.24989 0.000 0.156 0.236 0.520 0.048 0.040
#> SRR603472      3  0.7352    0.13851 0.000 0.180 0.440 0.004 0.212 0.164
#> SRR661529      4  0.5417    0.11628 0.000 0.000 0.180 0.576 0.000 0.244
#> SRR607018      3  0.4224    0.61022 0.000 0.016 0.756 0.000 0.072 0.156
#> SRR627423      4  0.4197    0.37903 0.004 0.004 0.048 0.728 0.000 0.216
#> SRR654921      4  0.4091    0.44856 0.004 0.004 0.008 0.736 0.024 0.224
#> SRR1418968     1  0.0000    0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660871      3  0.3911    0.60107 0.000 0.008 0.772 0.004 0.044 0.172
#> SRR1330522     3  0.1453    0.73244 0.000 0.008 0.944 0.000 0.008 0.040
#> SRR1499958     4  0.5190    0.21706 0.000 0.096 0.000 0.576 0.324 0.004
#> SRR614059      4  0.6618   -0.36174 0.012 0.008 0.232 0.404 0.004 0.340
#> SRR1071403     1  0.0146    0.99067 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1486719     5  0.5553    0.41080 0.000 0.168 0.000 0.208 0.608 0.016
#> SRR1440421     2  0.5998    0.48418 0.000 0.584 0.000 0.208 0.164 0.044
#> SRR1310412     6  0.5586    0.61844 0.004 0.000 0.256 0.144 0.008 0.588
#> SRR614767      4  0.4705    0.43445 0.000 0.248 0.008 0.684 0.048 0.012
#> SRR820709      1  0.0260    0.98823 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1471500     1  0.0000    0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658093      3  0.5511    0.43721 0.000 0.000 0.608 0.040 0.272 0.080
#> SRR1088168     5  0.5152   -0.07148 0.000 0.000 0.400 0.000 0.512 0.088
#> SRR1418707     5  0.6165    0.22752 0.000 0.212 0.000 0.320 0.456 0.012
#> SRR1354291     2  0.9077    0.29867 0.108 0.308 0.036 0.124 0.264 0.160
#> SRR2165806     1  0.0146    0.99067 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1415684     4  0.2164    0.57172 0.000 0.044 0.012 0.916 0.008 0.020
#> SRR1433860     3  0.0777    0.73672 0.000 0.004 0.972 0.000 0.000 0.024
#> SRR1311062     4  0.5050    0.43848 0.000 0.216 0.020 0.684 0.068 0.012
#> SRR1360359     1  0.0000    0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661385      3  0.0951    0.73771 0.000 0.000 0.968 0.004 0.008 0.020
#> SRR615407      4  0.2839    0.54716 0.000 0.044 0.000 0.860 0.092 0.004
#> SRR1413892     3  0.1074    0.73788 0.000 0.000 0.960 0.000 0.028 0.012
#> SRR1443459     4  0.5564    0.01198 0.000 0.140 0.000 0.472 0.388 0.000
#> SRR1338942     1  0.0000    0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657480      5  0.4805    0.18510 0.000 0.000 0.292 0.004 0.632 0.072
#> SRR1399433     5  0.5421    0.15329 0.000 0.100 0.000 0.432 0.464 0.004
#> SRR818537      5  0.5737   -0.05218 0.000 0.004 0.380 0.000 0.468 0.148
#> SRR1101324     6  0.5847    0.64766 0.012 0.000 0.176 0.144 0.036 0.632
#> SRR807637      2  0.3658    0.47626 0.000 0.800 0.000 0.004 0.092 0.104
#> SRR1091918     1  0.0146    0.99089 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598300      6  0.6190    0.50537 0.008 0.004 0.320 0.208 0.000 0.460
#> SRR1085426     1  0.0000    0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376294     4  0.4882    0.45670 0.000 0.204 0.004 0.668 0.124 0.000
#> SRR813891      1  0.0000    0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467431     5  0.5481   -0.00600 0.000 0.368 0.008 0.048 0.548 0.028
#> SRR658742      4  0.5216    0.07955 0.004 0.004 0.080 0.568 0.000 0.344
#> SRR1419234     1  0.0146    0.99089 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404813     4  0.5428    0.30122 0.000 0.176 0.000 0.572 0.252 0.000
#> SRR603496      3  0.4667    0.38422 0.000 0.036 0.664 0.004 0.016 0.280
#> SRR1407758     3  0.1434    0.72751 0.000 0.000 0.940 0.012 0.000 0.048
#> SRR810945      6  0.7054    0.49334 0.000 0.208 0.096 0.060 0.088 0.548
#> SRR817234      2  0.1434    0.60642 0.000 0.948 0.000 0.028 0.012 0.012
#> SRR1444852     3  0.1523    0.73172 0.000 0.008 0.940 0.000 0.008 0.044
#> SRR660378      3  0.3159    0.68731 0.000 0.000 0.832 0.000 0.100 0.068
#> SRR1467835     5  0.5355    0.38497 0.000 0.108 0.000 0.308 0.576 0.008
#> SRR1338964     5  0.4356    0.20509 0.000 0.000 0.140 0.000 0.724 0.136
#> SRR1079259     5  0.3228    0.39371 0.000 0.000 0.020 0.044 0.844 0.092
#> SRR1072345     6  0.6735    0.50460 0.000 0.036 0.268 0.000 0.336 0.360
#> SRR598725      3  0.1624    0.73136 0.000 0.012 0.936 0.008 0.000 0.044
#> SRR1447938     1  0.0000    0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356397     1  0.0000    0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360460     4  0.2939    0.55382 0.000 0.044 0.004 0.864 0.080 0.008
#> SRR1429468     5  0.4545    0.47772 0.000 0.064 0.000 0.240 0.688 0.008
#> SRR1446850     4  0.2152    0.54785 0.000 0.004 0.024 0.904 0.000 0.068
#> SRR1320363     3  0.4055    0.55601 0.000 0.016 0.744 0.004 0.024 0.212
#> SRR1413810     3  0.1845    0.72164 0.000 0.000 0.920 0.028 0.000 0.052
#> SRR598831      5  0.4685    0.39675 0.000 0.048 0.000 0.344 0.604 0.004
#> SRR1381865     1  0.0000    0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660957      3  0.0405    0.73746 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1491332     3  0.3675    0.66526 0.000 0.004 0.796 0.000 0.124 0.076
#> SRR1099744     4  0.6143   -0.01460 0.000 0.212 0.000 0.412 0.368 0.008
#> SRR1464618     4  0.3329    0.45417 0.000 0.008 0.000 0.768 0.220 0.004
#> SRR1414559     6  0.6517    0.60657 0.000 0.140 0.180 0.108 0.004 0.568
#> SRR1337540     2  0.5992    0.29100 0.000 0.464 0.000 0.012 0.360 0.164
#> SRR1444283     1  0.0000    0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2184942     6  0.5451    0.49792 0.000 0.076 0.376 0.008 0.008 0.532
#> SRR660295      1  0.0260    0.98838 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601335      3  0.1552    0.72800 0.000 0.004 0.940 0.020 0.000 0.036
#> SRR1363742     3  0.2433    0.70750 0.000 0.000 0.884 0.000 0.044 0.072
#> SRR1345847     4  0.4423    0.06674 0.000 0.028 0.000 0.552 0.420 0.000
#> SRR614960      3  0.5412   -0.23590 0.000 0.016 0.488 0.004 0.060 0.432
#> SRR819919      1  0.0000    0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603330      2  0.5265    0.56293 0.044 0.732 0.036 0.012 0.044 0.132
#> SRR1327951     1  0.0000    0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401885     1  0.0000    0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345266     4  0.3189    0.48851 0.000 0.020 0.000 0.796 0.184 0.000
#> SRR1338055     2  0.2565    0.60759 0.000 0.900 0.032 0.032 0.016 0.020
#> SRR1430157     5  0.4659    0.40744 0.000 0.048 0.000 0.336 0.612 0.004
#> SRR1320137     2  0.4705    0.25563 0.000 0.564 0.000 0.396 0.028 0.012
#> SRR1093483     1  0.0000    0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341080     1  0.0260    0.98756 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459913     3  0.4325    0.43751 0.000 0.000 0.692 0.064 0.000 0.244
#> SRR2170490     1  0.0000    0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479845     4  0.4989    0.13363 0.000 0.000 0.316 0.592 0.000 0.092
#> SRR1436420     1  0.0146    0.99089 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481060     3  0.5269    0.45948 0.000 0.004 0.604 0.000 0.260 0.132
#> SRR662282      3  0.3164    0.67814 0.000 0.004 0.832 0.044 0.000 0.120
#> SRR1487089     4  0.5378    0.29131 0.000 0.084 0.024 0.600 0.000 0.292
#> SRR1075683     1  0.0000    0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338536     1  0.0000    0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338880     4  0.2170    0.54801 0.000 0.012 0.000 0.888 0.100 0.000
#> SRR1453456     3  0.1124    0.73342 0.000 0.000 0.956 0.000 0.008 0.036
#> SRR1457895     1  0.0000    0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440603     3  0.2401    0.71706 0.000 0.016 0.892 0.000 0.016 0.076
#> SRR658633      2  0.5804    0.23416 0.000 0.492 0.000 0.332 0.172 0.004
#> SRR1388081     4  0.0972    0.56499 0.000 0.000 0.008 0.964 0.000 0.028
#> SRR813339      3  0.3178    0.62698 0.000 0.000 0.804 0.016 0.004 0.176
#> SRR809725      1  0.0000    0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627441      1  0.8046   -0.16790 0.400 0.236 0.204 0.016 0.024 0.120
#> SRR613603      5  0.6433   -0.43319 0.000 0.024 0.244 0.000 0.444 0.288
#> SRR1096571     3  0.3826    0.63795 0.000 0.004 0.784 0.000 0.088 0.124
#> SRR1392701     1  0.0146    0.99089 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344326     1  0.0146    0.99067 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1367693     4  0.3582    0.46379 0.000 0.036 0.000 0.768 0.196 0.000
#> SRR660697      4  0.2753    0.56679 0.000 0.092 0.004 0.872 0.016 0.016
#> SRR1489926     3  0.5083   -0.02563 0.000 0.028 0.536 0.032 0.000 0.404
#> SRR811491      3  0.3857    0.63661 0.000 0.008 0.780 0.000 0.064 0.148
#> SRR1311644     6  0.5327    0.65927 0.004 0.004 0.200 0.124 0.012 0.656
#> SRR1451740     3  0.2592    0.68438 0.000 0.004 0.864 0.016 0.000 0.116
#> SRR615117      3  0.5974    0.35544 0.000 0.020 0.524 0.000 0.296 0.160
#> SRR1391748     4  0.1409    0.56370 0.000 0.012 0.000 0.948 0.032 0.008
#> SRR1466556     3  0.3103    0.69375 0.000 0.000 0.836 0.000 0.100 0.064
#> SRR614972      3  0.2426    0.70191 0.000 0.000 0.884 0.012 0.012 0.092
#> SRR1406200     1  0.0000    0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819210      5  0.4721    0.40197 0.000 0.016 0.000 0.344 0.608 0.032
#> SRR662174      1  0.0000    0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811988      1  0.0000    0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663236      4  0.8297   -0.31909 0.000 0.072 0.260 0.308 0.104 0.256
#> SRR1312598     4  0.5890    0.03040 0.000 0.208 0.000 0.440 0.352 0.000
#> SRR1330129     4  0.7936   -0.06135 0.016 0.204 0.008 0.328 0.316 0.128
#> SRR1357781     2  0.9469    0.30197 0.124 0.276 0.120 0.068 0.240 0.172
#> SRR1315517     2  0.7326    0.52858 0.016 0.544 0.028 0.128 0.160 0.124
#> SRR1400032     3  0.3147    0.64003 0.000 0.008 0.816 0.016 0.000 0.160
#> SRR1413722     1  0.0000    0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612827      3  0.3168    0.62371 0.000 0.000 0.804 0.024 0.000 0.172
#> SRR814794      1  0.0000    0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819430      1  0.0000    0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395509     5  0.4358    0.37393 0.000 0.008 0.000 0.380 0.596 0.016
#> SRR808728      3  0.4961    0.36938 0.000 0.000 0.564 0.004 0.368 0.064
#> SRR1070813     5  0.4087    0.48478 0.000 0.028 0.000 0.240 0.720 0.012
#> SRR1389133     6  0.6359    0.47395 0.008 0.004 0.328 0.252 0.000 0.408
#> SRR601263      6  0.6474    0.61154 0.000 0.028 0.236 0.004 0.248 0.484
#> SRR604718      5  0.5757    0.28881 0.000 0.144 0.000 0.348 0.500 0.008
#> SRR1481351     3  0.3572    0.58180 0.000 0.008 0.772 0.008 0.008 0.204
#> SRR1334608     3  0.0935    0.73436 0.000 0.000 0.964 0.004 0.000 0.032
#> SRR658681      3  0.4358    0.60528 0.000 0.004 0.728 0.000 0.172 0.096
#> SRR809283      4  0.5642    0.01069 0.000 0.420 0.000 0.468 0.016 0.096
#> SRR1459300     1  0.0000    0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392547     3  0.5214    0.43175 0.000 0.004 0.584 0.000 0.308 0.104
#> SRR811049      5  0.5725   -0.34818 0.000 0.020 0.100 0.000 0.488 0.392
#> SRR1464835     4  0.4293    0.42176 0.000 0.032 0.016 0.704 0.000 0.248
#> SRR1339619     5  0.4788    0.39350 0.000 0.048 0.000 0.344 0.600 0.008
#> SRR658501      3  0.1341    0.73455 0.000 0.000 0.948 0.000 0.024 0.028
#> SRR1447523     3  0.5300   -0.23179 0.000 0.008 0.476 0.004 0.064 0.448
#> SRR1415048     1  0.0000    0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355451     1  0.0000    0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444348     4  0.1788    0.55535 0.000 0.004 0.000 0.916 0.076 0.004
#> SRR603890      2  0.8523    0.32710 0.072 0.364 0.020 0.116 0.276 0.152
#> SRR810595      3  0.1364    0.73984 0.000 0.020 0.952 0.000 0.012 0.016
#> SRR1446244     4  0.2988    0.51201 0.000 0.028 0.000 0.828 0.144 0.000
#> SRR817373      4  0.6355   -0.00543 0.000 0.376 0.000 0.380 0.228 0.016
#> SRR1457291     4  0.5937    0.35082 0.000 0.176 0.012 0.588 0.208 0.016
#> SRR598220      5  0.4992    0.46503 0.000 0.076 0.020 0.152 0.724 0.028
#> SRR1477991     4  0.5117    0.39326 0.000 0.172 0.000 0.628 0.200 0.000
#> SRR598172      2  0.1528    0.60636 0.000 0.944 0.000 0.028 0.012 0.016
#> SRR1349032     5  0.4121    0.37310 0.000 0.000 0.000 0.380 0.604 0.016
#> SRR604002      5  0.3193    0.36841 0.000 0.040 0.016 0.024 0.864 0.056
#> SRR1378026     3  0.2265    0.72236 0.000 0.000 0.900 0.008 0.024 0.068
#> SRR1404401     2  0.8693    0.45507 0.080 0.432 0.076 0.080 0.180 0.152
#> SRR1333240     5  0.5077    0.08713 0.000 0.032 0.068 0.000 0.660 0.240
#> SRR1089399     5  0.5301    0.12064 0.000 0.076 0.000 0.456 0.460 0.008
#> SRR603421      2  0.4482    0.53799 0.000 0.700 0.000 0.056 0.232 0.012
#> SRR812562      1  0.0000    0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808520      3  0.4046    0.61713 0.000 0.000 0.748 0.000 0.168 0.084
#> SRR811839      1  0.0146    0.99089 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814317      5  0.4514    0.45544 0.000 0.044 0.000 0.288 0.660 0.008
#> SRR1436763     2  0.6532    0.24286 0.000 0.448 0.000 0.256 0.264 0.032
#> SRR1486021     4  0.6408    0.34074 0.000 0.220 0.036 0.556 0.172 0.016
#> SRR1465018     5  0.6491    0.08499 0.000 0.328 0.000 0.324 0.332 0.016
#> SRR1080998     5  0.4358    0.13380 0.000 0.000 0.092 0.000 0.712 0.196
#> SRR1083432     3  0.2814    0.70849 0.000 0.004 0.864 0.000 0.080 0.052
#> SRR1082833     1  0.0000    0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465804     1  0.0146    0.99067 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1326536     3  0.2255    0.71028 0.000 0.004 0.892 0.000 0.016 0.088
#> SRR614011      4  0.4977   -0.05647 0.000 0.056 0.000 0.496 0.444 0.004
#> SRR1365873     4  0.4661    0.50633 0.000 0.116 0.048 0.756 0.008 0.072
#> SRR1498789     4  0.5264    0.22827 0.000 0.360 0.024 0.572 0.016 0.028
#> SRR601581      4  0.2588    0.55240 0.000 0.004 0.008 0.888 0.040 0.060
#> SRR603566      3  0.5383    0.25898 0.000 0.000 0.472 0.000 0.416 0.112
#> SRR1373981     1  0.0000    0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821410      5  0.6723    0.25038 0.000 0.228 0.000 0.256 0.460 0.056
#> SRR1076511     6  0.6518    0.33254 0.004 0.228 0.032 0.000 0.252 0.484
#> SRR614143      6  0.5355    0.66401 0.000 0.008 0.252 0.056 0.040 0.644
#> SRR1333570     3  0.3791    0.53311 0.000 0.016 0.748 0.008 0.004 0.224
#> SRR1366813     5  0.5277    0.17132 0.000 0.084 0.000 0.436 0.476 0.004
#> SRR1388746     1  0.0000    0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420558     6  0.5471    0.64404 0.000 0.032 0.244 0.088 0.004 0.632
#> SRR1409510     3  0.1760    0.72467 0.000 0.004 0.928 0.020 0.000 0.048
#> SRR816250      4  0.3764    0.49430 0.000 0.192 0.008 0.772 0.016 0.012
#> SRR614131      4  0.4650    0.32933 0.000 0.004 0.096 0.688 0.000 0.212
#> SRR1331130     1  0.0000    0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316015     3  0.2088    0.71387 0.000 0.000 0.904 0.028 0.000 0.068
#> SRR1470798     3  0.2006    0.71378 0.000 0.000 0.904 0.016 0.000 0.080
#> SRR614179      3  0.2926    0.68831 0.000 0.012 0.852 0.000 0.024 0.112
#> SRR1474863     2  0.6352    0.28561 0.000 0.480 0.000 0.172 0.312 0.036
#> SRR813560      4  0.4657   -0.08006 0.000 0.032 0.000 0.508 0.456 0.004
#> SRR1312187     5  0.4421    0.43098 0.000 0.028 0.000 0.328 0.636 0.008
#> SRR1420960     3  0.0748    0.73683 0.000 0.004 0.976 0.000 0.004 0.016
#> SRR1355102     3  0.1988    0.71706 0.000 0.004 0.912 0.008 0.004 0.072
#> SRR1084577     3  0.1226    0.73113 0.000 0.004 0.952 0.004 0.000 0.040
#> SRR659971      4  0.5245   -0.10995 0.000 0.056 0.000 0.476 0.452 0.016
#> SRR1350855     4  0.3284    0.49940 0.000 0.032 0.000 0.800 0.168 0.000
#> SRR820779      3  0.1982    0.73348 0.000 0.000 0.912 0.004 0.068 0.016
#> SRR1476300     3  0.1900    0.72112 0.000 0.000 0.916 0.008 0.008 0.068
#> SRR1090907     5  0.5230    0.35180 0.000 0.092 0.000 0.352 0.552 0.004
#> SRR662294      2  0.4945    0.60693 0.040 0.748 0.000 0.116 0.040 0.056
#> SRR1480789     3  0.2085    0.72390 0.000 0.008 0.912 0.000 0.024 0.056
#> SRR1336263     4  0.1667    0.56212 0.000 0.008 0.004 0.936 0.044 0.008
#> SRR660776      1  0.0405    0.98628 0.988 0.008 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1090508     6  0.5685    0.49244 0.000 0.300 0.120 0.000 0.020 0.560
#> SRR615563      5  0.4800    0.40164 0.000 0.004 0.000 0.192 0.680 0.124
#> SRR1101175     1  0.0000    0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164650     3  0.4951    0.48499 0.000 0.000 0.620 0.000 0.276 0.104
#> SRR1431205     2  0.4743    0.55260 0.000 0.700 0.000 0.140 0.152 0.008
#> SRR1339856     4  0.4275    0.51411 0.000 0.156 0.008 0.760 0.012 0.064
#> SRR1352147     4  0.5998    0.18973 0.000 0.180 0.004 0.508 0.300 0.008
#> SRR808968      1  0.0000    0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627419      4  0.3463    0.55426 0.000 0.064 0.000 0.832 0.080 0.024
#> SRR1402391     1  0.0000    0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663609      3  0.1116    0.73477 0.000 0.004 0.960 0.008 0.000 0.028
#> SRR2167857     3  0.7215    0.30019 0.004 0.152 0.528 0.036 0.084 0.196
#> SRR1398752     1  0.0146    0.99089 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469169     1  0.0146    0.99067 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1405437     4  0.6013    0.00892 0.000 0.204 0.000 0.428 0.364 0.004
#> SRR1416955     1  0.0870    0.97163 0.972 0.012 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1317064     4  0.5071    0.24742 0.000 0.356 0.000 0.564 0.076 0.004
#> SRR659001      5  0.4341    0.39802 0.000 0.004 0.000 0.356 0.616 0.024
#> SRR2170696     5  0.5212    0.38279 0.000 0.004 0.004 0.236 0.632 0.124
#> SRR816589      3  0.2658    0.70588 0.000 0.000 0.864 0.000 0.100 0.036
#> SRR1087487     3  0.1410    0.72922 0.000 0.004 0.944 0.000 0.008 0.044
#> SRR1329485     3  0.1088    0.73551 0.000 0.000 0.960 0.016 0.000 0.024
#> SRR816920      5  0.4791    0.08718 0.000 0.028 0.032 0.004 0.664 0.272
#> SRR1341432     1  0.0146    0.99089 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361590     4  0.1471    0.55406 0.000 0.000 0.000 0.932 0.004 0.064
#> SRR817046      3  0.3348    0.69705 0.000 0.016 0.836 0.000 0.064 0.084
#> SRR1471331     3  0.1341    0.72895 0.000 0.000 0.948 0.024 0.000 0.028
#> SRR660788      5  0.3647    0.27821 0.000 0.004 0.052 0.000 0.788 0.156
#> SRR819234      1  0.0000    0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810853      5  0.5484    0.18902 0.000 0.004 0.280 0.000 0.568 0.148
#> SRR809427      5  0.5730    0.01384 0.000 0.292 0.004 0.012 0.560 0.132
#> SRR2170217     4  0.4478    0.45081 0.000 0.104 0.000 0.716 0.176 0.004
#> SRR1386967     3  0.1003    0.73414 0.000 0.000 0.964 0.016 0.000 0.020
#> SRR1420344     2  0.6263    0.22507 0.000 0.468 0.000 0.304 0.208 0.020
#> SRR1334535     1  0.0000    0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614503      2  0.5333    0.36193 0.000 0.612 0.000 0.004 0.180 0.204
#> SRR602564      6  0.7352    0.27783 0.000 0.304 0.128 0.204 0.000 0.364
#> SRR1420669     4  0.2540    0.53410 0.000 0.004 0.020 0.872 0.000 0.104
#> SRR819024      3  0.2151    0.71798 0.000 0.000 0.904 0.008 0.016 0.072
#> SRR656223      3  0.1624    0.72776 0.000 0.004 0.936 0.020 0.000 0.040
#> SRR608428      2  0.2186    0.59114 0.000 0.908 0.000 0.024 0.012 0.056
#> SRR1345647     1  0.0000    0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389324     5  0.3838    0.37922 0.000 0.100 0.004 0.044 0.812 0.040
#> SRR1361368     5  0.4676    0.28011 0.000 0.036 0.000 0.416 0.544 0.004
#> SRR1322619     4  0.4601    0.41889 0.000 0.112 0.000 0.688 0.200 0.000
#> SRR1349276     4  0.1340    0.55841 0.000 0.000 0.004 0.948 0.008 0.040
#> SRR1404024     1  0.0146    0.99067 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1370637     5  0.4480    0.44293 0.000 0.044 0.000 0.304 0.648 0.004
#> SRR1452631     4  0.3269    0.49497 0.000 0.004 0.008 0.808 0.012 0.168
#> SRR608392      3  0.1536    0.72910 0.000 0.004 0.940 0.016 0.000 0.040
#> SRR1357757     2  0.6264   -0.17915 0.000 0.504 0.260 0.000 0.028 0.208
#> SRR1074646     4  0.4062    0.23969 0.000 0.004 0.000 0.640 0.344 0.012
#> SRR1367499     3  0.4186    0.59745 0.000 0.000 0.728 0.000 0.192 0.080
#> SRR1343501     3  0.5167    0.29266 0.000 0.000 0.500 0.000 0.412 0.088
#> SRR1394406     6  0.6270    0.43610 0.012 0.004 0.176 0.332 0.004 0.472
#> SRR1381435     3  0.3546    0.66810 0.000 0.004 0.808 0.000 0.112 0.076
#> SRR1467407     1  0.0146    0.99089 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092422     6  0.5982    0.49000 0.000 0.104 0.368 0.000 0.036 0.492
#> SRR1380270     3  0.3473    0.64931 0.000 0.004 0.804 0.000 0.048 0.144
#> SRR1091817     2  0.6087    0.28283 0.000 0.496 0.000 0.240 0.252 0.012
#> SRR1440137     4  0.5600    0.37960 0.000 0.200 0.004 0.600 0.188 0.008
#> SRR614311      4  0.4721   -0.10095 0.000 0.036 0.000 0.496 0.464 0.004
#> SRR1407516     2  0.6508    0.49657 0.000 0.560 0.000 0.172 0.132 0.136
#> SRR815494      3  0.0692    0.73669 0.000 0.004 0.976 0.000 0.000 0.020
#> SRR1333209     4  0.4439    0.40003 0.000 0.064 0.000 0.692 0.240 0.004
#> SRR615177      2  0.5978    0.32091 0.000 0.528 0.004 0.008 0.256 0.204
#> SRR1099648     3  0.5087    0.31241 0.000 0.000 0.508 0.000 0.412 0.080
#> SRR659720      5  0.6055   -0.41079 0.000 0.024 0.136 0.000 0.464 0.376
#> SRR2185057     1  0.0146    0.99067 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1467125     1  0.0767    0.97527 0.976 0.012 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR657468      6  0.5509    0.42666 0.004 0.004 0.084 0.004 0.404 0.500
#> SRR660042      3  0.5391   -0.18849 0.000 0.000 0.492 0.116 0.000 0.392
#> SRR2170864     2  0.5259    0.46564 0.000 0.632 0.004 0.272 0.064 0.028
#> SRR1440491     4  0.3161    0.57346 0.000 0.052 0.028 0.868 0.024 0.028
#> SRR1440852     3  0.1942    0.72421 0.000 0.012 0.916 0.000 0.008 0.064
#> SRR811169      1  0.0000    0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331311     4  0.2237    0.55792 0.000 0.024 0.004 0.904 0.064 0.004
#> SRR818009      1  0.0146    0.99067 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1351836     5  0.3816    0.38621 0.000 0.128 0.000 0.068 0.792 0.012
#> SRR1498313     2  0.1836    0.55782 0.000 0.928 0.012 0.008 0.004 0.048
#> SRR1441975     5  0.7464   -0.13385 0.000 0.344 0.012 0.188 0.352 0.104
#> SRR819096      1  0.0000    0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073679     2  0.6985   -0.05098 0.000 0.372 0.060 0.000 0.280 0.288
#> SRR1489116     3  0.2237    0.72107 0.000 0.000 0.896 0.000 0.068 0.036
#> SRR1354138     3  0.1780    0.72074 0.000 0.000 0.924 0.028 0.000 0.048
#> SRR1490589     6  0.6091    0.40371 0.000 0.036 0.412 0.000 0.112 0.440
#> SRR1412987     4  0.3511    0.49654 0.000 0.008 0.008 0.780 0.008 0.196
#> SRR602034      3  0.0692    0.73695 0.000 0.004 0.976 0.000 0.000 0.020
#> SRR1353437     1  0.0000    0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072871     6  0.6405    0.51525 0.000 0.040 0.156 0.000 0.364 0.440
#> SRR661577      2  0.5196    0.52817 0.000 0.692 0.000 0.056 0.096 0.156
#> SRR612190      4  0.4941    0.25240 0.000 0.000 0.124 0.640 0.000 0.236
#> SRR1399880     1  0.0291    0.98902 0.992 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1101787     5  0.4268    0.45283 0.000 0.004 0.000 0.272 0.684 0.040
#> SRR657869      1  0.0260    0.98838 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446332     1  0.0000    0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816039      1  0.0146    0.99089 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485141     3  0.0603    0.73669 0.000 0.000 0.980 0.004 0.000 0.016
#> SRR1476697     1  0.0000    0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379538     4  0.0993    0.56246 0.000 0.000 0.000 0.964 0.024 0.012
#> SRR1331422     1  0.0146    0.99067 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR660859      6  0.5188    0.68173 0.000 0.016 0.212 0.024 0.068 0.680
#> SRR1097594     1  0.0000    0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311419     3  0.1341    0.72986 0.000 0.000 0.948 0.024 0.000 0.028
#> SRR1336706     3  0.0725    0.73785 0.000 0.000 0.976 0.000 0.012 0.012
#> SRR1472976     4  0.4866    0.15460 0.000 0.068 0.000 0.568 0.364 0.000
#> SRR1321307     1  0.0260    0.98838 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807493      1  0.0000    0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812461      3  0.1930    0.72703 0.000 0.000 0.916 0.000 0.048 0.036
#> SRR1477149     5  0.4810    0.46691 0.000 0.056 0.000 0.260 0.664 0.020
#> SRR1457397     3  0.4476    0.60800 0.000 0.052 0.748 0.012 0.020 0.168
#> SRR661913      3  0.3091    0.64484 0.000 0.004 0.824 0.024 0.000 0.148
#> SRR1069024     3  0.4293    0.59746 0.000 0.004 0.740 0.000 0.112 0.144
#> SRR2165634     1  0.0000    0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478722     3  0.4647    0.39494 0.000 0.044 0.672 0.004 0.012 0.268
#> SRR1328642     4  0.7135    0.25287 0.000 0.148 0.016 0.500 0.220 0.116
#> SRR1488261     3  0.6206   -0.38965 0.004 0.004 0.396 0.220 0.000 0.376
#> SRR1318815     4  0.4122    0.36933 0.000 0.000 0.048 0.704 0.000 0.248
#> SRR816945      1  0.0000    0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367432     2  0.3548    0.53963 0.000 0.824 0.000 0.028 0.048 0.100
#> SRR1359280     2  0.5849    0.54575 0.000 0.644 0.056 0.204 0.024 0.072
#> SRR1313910     4  0.4875    0.07469 0.000 0.052 0.000 0.544 0.400 0.004
#> SRR1457315     4  0.3872    0.44883 0.000 0.004 0.076 0.776 0.000 0.144
#> SRR815398      1  0.0000    0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656958      3  0.2342    0.71305 0.000 0.000 0.888 0.004 0.020 0.088
#> SRR600688      4  0.5243    0.10709 0.000 0.008 0.068 0.552 0.004 0.368
#> SRR1098952     1  0.0146    0.99089 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314916     3  0.1418    0.72823 0.000 0.000 0.944 0.024 0.000 0.032
#> SRR614167      3  0.4381    0.44024 0.000 0.000 0.692 0.072 0.000 0.236
#> SRR1348114     4  0.4437    0.22511 0.000 0.020 0.000 0.620 0.348 0.012
#> SRR658033      2  0.3687    0.62396 0.000 0.832 0.016 0.080 0.036 0.036
#> SRR1077503     6  0.6848    0.44277 0.000 0.076 0.364 0.000 0.164 0.396
#> SRR661854      3  0.5007   -0.21684 0.000 0.024 0.484 0.028 0.000 0.464
#> SRR811379      4  0.0972    0.56235 0.000 0.000 0.000 0.964 0.028 0.008
#> SRR1318857     5  0.4716    0.35049 0.000 0.044 0.000 0.376 0.576 0.004
#> SRR656445      3  0.5139    0.27795 0.000 0.000 0.492 0.000 0.424 0.084
#> SRR1433044     2  0.6963    0.56269 0.012 0.588 0.032 0.120 0.124 0.124
#> SRR1486391     1  0.0000    0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656071      3  0.4833   -0.13718 0.000 0.004 0.520 0.012 0.024 0.440
#> SRR1364824     1  0.0000    0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379133     1  0.0000    0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394169     1  0.0000    0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816745      5  0.5466    0.14654 0.000 0.004 0.320 0.000 0.548 0.128
#> SRR601038      3  0.5125    0.50780 0.000 0.004 0.636 0.000 0.220 0.140
#> SRR1360080     1  0.0000    0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814868      6  0.6840    0.61481 0.000 0.088 0.240 0.000 0.192 0.480
#> SRR1485997     1  0.0000    0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435560     5  0.4812    0.40641 0.000 0.004 0.000 0.224 0.668 0.104
#> SRR1333330     1  0.0146    0.99039 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663513      6  0.6228    0.62081 0.000 0.052 0.172 0.000 0.220 0.556
#> SRR1328407     5  0.2459    0.38523 0.000 0.004 0.040 0.016 0.900 0.040
#> SRR602784      3  0.4990    0.47657 0.000 0.000 0.616 0.000 0.276 0.108
#> SRR1348468     4  0.2760    0.54738 0.000 0.000 0.004 0.868 0.076 0.052
#> SRR663717      4  0.3536    0.40797 0.000 0.004 0.000 0.736 0.252 0.008
#> SRR602217      4  0.6431    0.02987 0.000 0.020 0.112 0.484 0.352 0.032
#> SRR603140      6  0.6470    0.51216 0.000 0.028 0.204 0.000 0.376 0.392
#> SRR1340804     1  0.0000    0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457574     3  0.2239    0.71982 0.000 0.000 0.900 0.008 0.020 0.072
#> SRR1333462     2  0.8987    0.38680 0.044 0.352 0.080 0.132 0.220 0.172
#> SRR1094601     1  0.0000    0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434610     5  0.3251    0.38990 0.000 0.000 0.028 0.036 0.844 0.092
#> SRR1435833     4  0.5201    0.33063 0.000 0.120 0.000 0.608 0.268 0.004
#> SRR1398728     5  0.5340    0.42788 0.000 0.124 0.000 0.268 0.600 0.008
#> SRR1358343     4  0.4095    0.36268 0.004 0.004 0.008 0.692 0.008 0.284
#> SRR1410890     5  0.4781    0.44270 0.000 0.140 0.000 0.188 0.672 0.000
#> SRR1350371     1  0.0000    0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392478     5  0.4601    0.43856 0.000 0.044 0.000 0.308 0.640 0.008
#> SRR1099260     3  0.3868    0.60903 0.000 0.012 0.772 0.000 0.044 0.172
#> SRR1433576     4  0.6260   -0.02286 0.000 0.000 0.168 0.468 0.336 0.028
#> SRR1345541     3  0.5993   -0.18538 0.000 0.004 0.472 0.296 0.000 0.228
#> SRR1086328     1  0.0520    0.98310 0.984 0.008 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR810391      3  0.3087    0.64593 0.000 0.004 0.820 0.012 0.004 0.160
#> SRR1476207     5  0.7016   -0.38429 0.000 0.080 0.240 0.000 0.424 0.256
#> SRR627435      4  0.6098   -0.21672 0.000 0.004 0.304 0.440 0.000 0.252
#> SRR1489862     1  0.0000    0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419086     1  0.0000    0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436539     1  0.0000    0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396191     3  0.2201    0.71098 0.000 0.000 0.896 0.028 0.000 0.076
#> SRR1490115     3  0.2151    0.71918 0.000 0.008 0.904 0.000 0.016 0.072
#> SRR1377714     2  0.6128    0.29637 0.000 0.540 0.328 0.032 0.072 0.028
#> SRR819394      1  0.0000    0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663161      4  0.5462    0.03322 0.000 0.032 0.056 0.520 0.000 0.392
#> SRR607042      3  0.3691    0.63745 0.000 0.004 0.788 0.000 0.060 0.148
#> SRR656203      4  0.4873    0.01621 0.000 0.060 0.000 0.520 0.420 0.000
#> SRR660602      3  0.4424    0.46669 0.000 0.000 0.632 0.000 0.324 0.044
#> SRR1440397     1  0.0260    0.98776 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369264     1  0.0000    0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809233      1  0.0146    0.99089 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663249      5  0.4697    0.16283 0.000 0.028 0.000 0.464 0.500 0.008
#> SRR661242      4  0.2429    0.55546 0.000 0.008 0.064 0.896 0.004 0.028
#> SRR1332007     3  0.2285    0.72652 0.000 0.028 0.900 0.000 0.008 0.064
#> SRR809619      5  0.4634    0.44563 0.000 0.056 0.000 0.300 0.640 0.004
#> SRR819975      1  0.0000    0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599281      2  0.3018    0.62515 0.000 0.868 0.004 0.064 0.028 0.036
#> SRR662366      3  0.1888    0.72148 0.000 0.000 0.916 0.012 0.004 0.068
#> SRR1317898     3  0.1801    0.72782 0.000 0.004 0.924 0.000 0.016 0.056
#> SRR1382485     4  0.2950    0.54555 0.000 0.016 0.028 0.864 0.004 0.088
#> SRR2166420     1  0.0146    0.99067 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1419429     1  0.0405    0.98513 0.988 0.004 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1092541     3  0.1299    0.73117 0.000 0.004 0.952 0.004 0.004 0.036
#> SRR817444      5  0.4828    0.26665 0.000 0.000 0.292 0.016 0.640 0.052
#> SRR1320403     4  0.5033    0.46818 0.000 0.172 0.024 0.712 0.020 0.072
#> SRR1101483     4  0.5089   -0.06738 0.000 0.044 0.000 0.496 0.444 0.016
#> SRR1331684     3  0.4338    0.64958 0.000 0.116 0.768 0.000 0.040 0.076
#> SRR1400054     6  0.6102    0.67848 0.000 0.004 0.224 0.088 0.088 0.596
#> SRR1406088     5  0.5931    0.08863 0.000 0.212 0.000 0.388 0.400 0.000
#> SRR820733      4  0.4773    0.31880 0.000 0.004 0.044 0.660 0.016 0.276
#> SRR1314113     6  0.6268    0.42468 0.012 0.004 0.196 0.348 0.000 0.440
#> SRR1382615     3  0.2701    0.69192 0.000 0.004 0.864 0.000 0.028 0.104
#> SRR1480745     1  0.0000    0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468850     2  0.5210    0.48309 0.000 0.636 0.000 0.104 0.244 0.016
#> SRR656782      3  0.6176   -0.28735 0.000 0.004 0.408 0.000 0.276 0.312
#> SRR821364      1  0.0405    0.98625 0.988 0.004 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1101106     1  0.0520    0.98310 0.984 0.008 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR659295      3  0.8876   -0.13911 0.160 0.208 0.328 0.012 0.108 0.184
#> SRR1357103     3  0.3118    0.71364 0.000 0.000 0.836 0.000 0.072 0.092
#> SRR809185      4  0.1261    0.56528 0.000 0.004 0.008 0.956 0.004 0.028
#> SRR811583      4  0.5911    0.35693 0.000 0.196 0.040 0.608 0.004 0.152
#> SRR1468050     1  0.0000    0.99253 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440224     4  0.4168    0.47856 0.000 0.212 0.008 0.740 0.020 0.020

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-NMF-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-NMF-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-NMF-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-NMF-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-NMF-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-NMF-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-NMF-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-NMF-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-NMF-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-NMF-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-NMF-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-NMF-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-NMF-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-NMF-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-NMF-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-NMF-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-NMF-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-NMF-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-NMF-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-NMF-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk ATC-NMF-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-NMF-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-NMF-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-NMF-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-NMF-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-NMF-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk ATC-NMF-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.

Session info

sessionInfo()
#> R version 3.6.0 (2019-04-26)
#> Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
#> Running under: CentOS Linux 7 (Core)
#> 
#> Matrix products: default
#> BLAS:   /usr/lib64/libblas.so.3.4.2
#> LAPACK: /usr/lib64/liblapack.so.3.4.2
#> 
#> locale:
#>  [1] LC_CTYPE=en_GB.UTF-8       LC_NUMERIC=C               LC_TIME=en_GB.UTF-8       
#>  [4] LC_COLLATE=en_GB.UTF-8     LC_MONETARY=en_GB.UTF-8    LC_MESSAGES=en_GB.UTF-8   
#>  [7] LC_PAPER=en_GB.UTF-8       LC_NAME=C                  LC_ADDRESS=C              
#> [10] LC_TELEPHONE=C             LC_MEASUREMENT=en_GB.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       
#> 
#> attached base packages:
#> [1] grid      stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     
#> 
#> other attached packages:
#> [1] genefilter_1.66.0    ComplexHeatmap_2.3.1 markdown_1.1         knitr_1.26          
#> [5] GetoptLong_0.1.7     cola_1.3.2          
#> 
#> loaded via a namespace (and not attached):
#>  [1] circlize_0.4.8       shape_1.4.4          xfun_0.11            slam_0.1-46         
#>  [5] lattice_0.20-38      splines_3.6.0        colorspace_1.4-1     vctrs_0.2.0         
#>  [9] stats4_3.6.0         blob_1.2.0           XML_3.98-1.20        survival_2.44-1.1   
#> [13] rlang_0.4.2          pillar_1.4.2         DBI_1.0.0            BiocGenerics_0.30.0 
#> [17] bit64_0.9-7          RColorBrewer_1.1-2   matrixStats_0.55.0   stringr_1.4.0       
#> [21] GlobalOptions_0.1.1  evaluate_0.14        memoise_1.1.0        Biobase_2.44.0      
#> [25] IRanges_2.18.3       parallel_3.6.0       AnnotationDbi_1.46.1 highr_0.8           
#> [29] Rcpp_1.0.3           xtable_1.8-4         backports_1.1.5      S4Vectors_0.22.1    
#> [33] annotate_1.62.0      skmeans_0.2-11       bit_1.1-14           microbenchmark_1.4-7
#> [37] brew_1.0-6           impute_1.58.0        rjson_0.2.20         png_0.1-7           
#> [41] digest_0.6.23        stringi_1.4.3        polyclip_1.10-0      clue_0.3-57         
#> [45] tools_3.6.0          bitops_1.0-6         magrittr_1.5         eulerr_6.0.0        
#> [49] RCurl_1.95-4.12      RSQLite_2.1.4        tibble_2.1.3         cluster_2.1.0       
#> [53] crayon_1.3.4         pkgconfig_2.0.3      zeallot_0.1.0        Matrix_1.2-17       
#> [57] xml2_1.2.2           httr_1.4.1           R6_2.4.1             mclust_5.4.5        
#> [61] compiler_3.6.0